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gi|1 : gggctcaaaattaatttaaatctgtcagtccatgactggttattatcttggcggactgacagatgtttgtcctgC-----AA-CC--AG-T---CA----CAGA--CTGACA-GA-C--------TT-------GAGT-T-AATT--TCGAGCCttttatcaaacttgggaaaacccacaaatattaatgcattgatcagtaaatgattgagcaccaa
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gi|3 : ctcgaaattaactcaagtccgtcagtccgtgactggttattatcctggtggactgactgatgtttgtcccaagctttatcattcattgtttatcaacaaaaatgaaactaaaatccaacccacaagtattaacaataaaatgttccagtagatgattgaacatcaatacaaagtctgccacctactctataatttgattcataatttaccagtctttctttttaacttgttatttaaccccccccccccccccccccccccccccccccccAATAAACTTC-CAG-CC--GTCAAAACAGTCG-----C--GC-GACT----ATTCATCCT------G-CGGAC---T----ACT-GTATG-TTTGTCC-AATCAGTTCGACCCG-ACAGA--TAGATAT--TTTTTT-AA---A-C-TCTC-----A-TTGGGAAAG-CCCTCAAATATGACAAATAC----------------A--A-------AT-----G----TATTAAAATGTCCAA-TCAGTA-G------------T------GACTTAACCA-T-------AAT--ATCAA--TCTAGCA-C-TAACTCTGA--TTATC-GATTCATTA-T-TA--TAG-------TCTTTTC---TTATT---ATCAGA-TATT-----ATT--TA-------AATC-----CCCCACCCAACCCA-----ATATATG-C-TTAAT-TATATCTGCGAC---TGGT-AA-C-TT-TTC------GGGGATACTGGTTTTCTGTTTTTGATAATCC-----AA-TC--ATAC---CATCGCACGAC--CTCCT--TA----------TT-AA--A-AATT-TAAGTT--TCAAGgt
gi|4 : AAA-CCCTCAAATAT--------TAAGATAAAATGTATTAA--A-------AT-----G----T-------------A-TCAGTA-GT-----------T------GA-TTt
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAG-------TC-TTTC---TTATT---AT---G-TA-T-----TTC--AAT------A--C-----CCCCC--------C-----AATAATG-C-TTAAT-CA-ATCTG-GAC---TGGT-AA-C-TT-TTT---CT-GCGG--ACTGGTT---CG--TTTGAT-ATCC-----AA-TC--AGTC---CA--GC-CGGA--CTGGT--CC-C--------TT-AA--A-AATT-T-AGTT--TCAAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtctttcttattatgtatttcaatacccccccaataatgcttaatcaatctggactggtaactttttctgcggactggttcgtttgatatccaatcagtccagccggactggtcccttaaaaatttagtttcaagctgtgtatatagtga
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaccctcaaatattaagataaaatgtattaaaatgtatcagtagttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTCGAAATTAACT---AAGTCC--GTCA-----GTCGGAGTCC--AT-GACTGGTTATT-ATCCT------AGCGGAC---T---GACTCG-ATG-TTTGTCCTGATCAGTCCAACCAG-ACTGG--TAGA-AT--ATTTTT-AA---A-C-T-TC-----ATTTGGGAAAA-C---CAAATAA--------T----------------AGTA-------AC-----G----T-------------A-TCAGT--GATTACGTATCAGT------GA-TTGGGCA-T-C-----AAT--A-AAA--TCTGTCA-C-TA--TCT-G--TAATCGGATTCATCATA-TA--CAA-------TC-TTTC---TTATT---TT---ATTA-T-----TTT--AA-------C--C-----CCCCC--------A-----AAATATG-C-TTGAT-CA-ATCTG-GACTGGTGGT-AA-C-TT-TTT---CT-GCGG--ACTGGTT---CG--TTTGAT-ACCC-----AA-CCTGAGTC---CG--GC-TGGA--CTGGT--GA-C--------TT-AA--A-AATT-T-AGAT--TCAAtgtgtatatagtga
gi|6 : GGCTCAAAATTAACC-T-AAGTCC--GTCA-----GTC------C--TT-GACTGGTTATT-ATCCT------TGCGGAC---T---GACT-G-ATG-TTTGTCCCAATAAGTCCAACCGG-ACTGG--TAGA-AT--ATTTTT-AA---A-C-T-TC-----ATTTGGGAAAA-CCCACAAATATGAAAA---TA---------------A--A-------AT-----G----T-------------ATTCATTA-GA-----------T------GA-TTGAACA-T-C-----AAT--A-AAA--TCTGTCA-T-TA--TC--------TCTGATTCATAATT-TA--CAA-------TC-TTTC---TTATT---TC---A-TA-TTTTTAATCAATA-------A--A-----CCTAA--------A-----AAATATG-C-TTGAT-CA-ATCTG-GAT---TGGT-AA-C-TC-TTT---CT-GCAG--ACTGGTT---CG--TTTGAT-ATCC-----AG-CC--AGTCGTACA--GC-CGGA--CTGGT--GA-TCGACTTAATT-AA--A-AACT-T-AGTT--TCAAGCcaag
gi|7 : GGCTCAAAATTAACT-C-CAGTCC--GTCA-----GTC------C--GT-GACTGGTTATT-ATCCT------GGCGGAC---T---GACT-G-AAG-TTTGTCATAATCAGTCCGACCAG-ACTGG--TAGA-AT--ATTTTT-AA---A-C-T-T------ATTTGGGAAAA-CCCTCAAATAT--------T----------------A--A-------AT-----G----T-------------A-TCAGTA-GA-----------T------GA-TTGATCA-T-C-----AAT--A-AAA--TCTGTCA-C-TA--TCT-A--TAATCTGATTCACAATT-TA--CAA-------TC-TTTC---TTATT---TT---A-TA-T-----ATC--CA-------A--C-----CTCCA--------A-----AATTATG-T-TTGAT-CA-ATCTG-AAC---TGGC-AA-C-TT-TTC---CT-GCGG--ACTGGTT---CG--TTTGAT-ATCC-----AA-CC--AGTT---CA--GC-TGGA--CTGAT--GA-C--------TT-AA--A-AAGT-T-AGTT--TCAAGCC
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blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TAATGCATTG . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . GTA ATTTAAC A . . . . . . . . . . T . . . . . . . . CCG . . . . . . . . T . . .
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GATTGATCACCAGTTCGTTGTCTTTACAATCTAATTTTAATTAGAATGATTTATCTTTATTTGTTTCTGGTATAGCTTTGAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAACATAATG
Alignments
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lowQualScore : ... .. ..... ...... .. . . ...... ... ... . . . . .. . .. . ... . . . ..... . . ............................................................... . ........... . . ...... . . . . ..... .. . .. . . .. .... . . . ........ . ... . . ....................................... ........ .. . . . . . . ... . . . .... . .. ... .. . ..... . .. . ........ . .. .. . ........ . .. . . . . ..
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consensus : GGCTCGAAATTAACT-C-AAGTCC--GTCA-----GTC------C--GT-GACTGGTTATT-ATCCT------GGCGGAC---T---GACT-G-ATG-TTTGTCCCAATCAGTCCGACCGG-ACTGG--TAGA-AT--ATTTTT-AA---A-C-T-TC-----ATTTGGGAAAA-CCCTCAAATAT--------T----------------A--A-------A-T-----G----T-------------A-TCAGT-----------A-GAT------GA-TTGAACA-T-C-----AAT--A-AAA--TCTGTCA-C-TA--TCT-A--TAATCTGATTCATAATTTA-CAG-------TC-TTTC---TT-ATT-TTA------TATTT------AA--T--AA-C-----------CCCCA--------A--AAATAT-GC-TTGA-TCA-ATCTG-GAC---TGGT-AAC-TT-TTC---CT-GCGG--ACTGGTT---CG--TTTGAT-ATCC-----AA-CC--AGTC---CG--GC-CGGA--CTGGT--GA-C--------TT-AA--A-AANT-T-AGTT--TCAAGCC
Reference ( family-4303 ) : GGCTCGAAATTAACT-C-AAGTCC--GTCA-----GTC------C--GT-GACTGGTTATT-ATCCT------GGCGGAC---T---GACT-G-ATG-TTTGTCCCAATCAGTCCGACCGG-ACTGG--TAGA-AT--ATTTTT-AA---A-C-T-TC-----ATTTGGGAAAA-CCCTCAAATAT--------T----------------A--A-------A-T-----G----T-------------A-TCAGT-----------A-GAT------GA-TTGAACA-T-C-----AAT--A-AAA--TCTGTCA-C-TA--TCT-A--TAATCTGATTCATAATTTA-CAG-------TC-TTTC---TT-ATT-TTA------TATTT------AA--T--AA-C-----------CCCCA--------A--AAATAT-GC-TTGA-TCA-ATCTG-GAC---TGGT-AAC-TT-TTC---CT-GCGG--ACTGGTT---CG--TTTGAT-ATCC-----AA-CC--AGTC---CG--GC-CGGA--CTGGT--GA-C--------TT-AA--A-AANT-T-AGTT--TCAAGCC
gi|1 : GGCTCGAAATTAACT-C-AAGTCT--GTCA-----GTC------T--GT-GACTGGTTGTT-ATCCT------GGCGGAC---T---GACT-G-ATG-TTTGTCCCAATCAGTCC-AT--G-ACTGG--T
gi|1 : GTCCCAATCA-----GTC------C--AT-GACTGGTTATT-ATCCT------GGTGGAC---T---GACT-G-ATG-TTTGTCCTAATCAGTCCGACCGG-ACTGG--TAGA-AT--A-------------C-T-TC-----ATGTGGGAAAA-CCCTCTAATAT--------T----------------A--A-------AAT-----AAAATT-------------A-TCAGT-----------A-GAT------TA-TTGAACA-T-CTGATTAAT--T-AAA--TCTGTCA-C-GA--T--------AT-TGATTCA-AATT-A-TAT-------TC-TGTC---TTTATTATTA-------ATTA------AA--T--AA-CAACCCCCCCCCCCCCACCACC---ACCAAATAT-AC-TTGC-TCA-ATCTG-GAC---TGGT-AACTTT-TTC---CT-GCGA--ACTTGTT---------------------------C--AG------------CAGA--CTGGT--GA-C--------TT-AA--A-AAGT-T-AGTG--TCAAGCtattatcctggtggactgactgatgtttgtcctaatcagtccgaccggactggtagaatacttcatgtgggaaaaccctctaatattaaaataaaattatcagtagattattgaacatctgattaattaaatctgtcacgatattgattcaaattatattctgtctttattattaattaaataacaacccccccccccccaccaccaccaaatatacttgctcaatctggactggtaactttttcctgcgaacttgttcagcagactggtgacttaaaaagttagtgtcaagc
gi|10 : ggctcgaaattaactcaagtctgtcagtctgtgactggttgttatcctggcggactgactgatgtttAATTAACT-TTAAGTCCAGGTCA-----GCT------CTTGTTGACTCGTTATT-ATCCT------GGCGGAC---T---GACT-G-ATGTTTTGACCTGATCAGTCCGACCGG-ACTGGCTTAGA-AT--A--TTT-AACACA-C-T-TCATAAAATTTGGGAAAAGCCACCAAATAT--------T-------------------A-------A-T-----G----T-------------A-TCAGT-----------A-AGC------GA-TTCAGCATT-C-----AAT--A-AAAACTCTGTCA-CTTA--TCT-A--TAA
gi|11 : tctGGCTCAAAATTAATT-T-AAATCT--GTCA-----GTC------C--AT-GACTGGTTATT-ATCTT------GGCGGAC---T---GACA-G-ATG-TTTGTCCTGATCAGTCCGACCGG-ACTGG--TAGA-AT--ATTTTT-A----------TCAA---ACTTGGGAAAA-CCCACAAATAT--------T----------------A--ATGC----A-T-----T----G-------------A-TCAGT-----------A-AAT------GA-TTGAGCA-C-C-----AA
gi|12 : gCGAAATTAACC-C-AAGTCC--GTCA-----GTC------C--GT-GACTGGTTATT-ATCCTCAGGCTGGCGGAC---T---GACT-G-ATG-TTTGTCCCAATCAGTCCGACCGG-ACTGG--TAGA-ATAAATTTTTAAA---A-C-T-T
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gi|14 : TCAT--TTTA-CAA-------TC-TTTC---TT-AAT-T-G------TATTT------AA--T------------------------------------------------------CTG-GAC---TGGT-GAC-TTGTTC---CT-GCGGG-ACTGGT----CA--TTTGAT-ATCC-----AAGCC--AGTT---CG--AC-TGGAACTTGGTTGGATC--------TT-AG--ACAAGTGT-AGTTAGTCAAACC
gi|16 : ctttgaagccaGGCTCGAAATTAACT-CGAAGTCC--GTCA-----GTC------T--GT-GACTGGT---------------------------------------G-TTTGTCCCAATCAGTCCGACCGG-ACTGG--TAGA-AT--ATT
gi|17 : aTCGAAATTAACT-C-AAGTCC--ATCA-----GTC------C--GT-GACTGGTTATT-ATCCT------AGCGGAC---T---GACT-C-ATG-TTTGTC
gi|18 : --ACTGGTT---CG--TTTGAT-ATCC-----GA-CC--A-------G--GC-CGGA--TTGGT--CC-C--------TT-AA--A-AATT-T-AGTT--TCAAG
gi|2 : CTCGAAATTAACT-C-AAGTCC--GTCA-----GTC------C--GT-GACTGGTTATT-ATCCT------GGTGGAC---T---GACT-G-ATG-TTTGTCCCAA
gi|2 : AA-CCCACAAGTAT--------T----------------A--ACAATAAAA-T-----G----T-------------T-CCAGT-----------A-GAT------GA-TTGAACA-T-C-----AATACA-AAG--TCTGCCACC-TAC-TCT-A--TAATTTGATTCATAATTTACCAG-------TC-TTTC---T---TT-TTAACTTGTTATT-----------T--AA-C-----------CCCCgctttatcattcattgtttatcaacaaaaatgaaactaaaatccaacccacaagtattaacaataaaatgttccagtagatgattgaacatcaatacaaagtctgccacctactctataatttgattcataatttaccagtctttctttttaacttgttatttaacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgaacatatgcttgatcaatctggactggccaacttttcttcctgcagacatttgatatccaaccagtccggccggactggtgacttaaaaaagttagtttcaaggt
gi|2 : ctcgaaattaactcaagtccgtcagtccgtgactggttattatcctggtggactgactgatgtttgtcccaagctttatcattcattgtttatcaacaaaaatgaaactaaaatcc-C-----------CCCCG--------A--ACATAT-GC-TTGA-TCA-ATCTG-GAC---TGGCCAAC-TT-TTCTTCCT-GCAG--AC---------A--TTTGAT-ATCC-----AA-CC--AGTC---CG--GC-CGGA--CTGGT--GA-C--------TTAAA--A-AAGT-T-AGTT--TCAAGccccccccccccccccccccccccccccccccccgaacatatgcttgatcaatctggactggccaacttttcttcctgcagacatttgatatccaaccagtccggccggactggtgacttaaaaaagttagtttcaaggt
gi|3 : ctcgaaattaactcaagtccgtcagtccgtgactggttattatcctggtggactgactgatgtttgtcccaagctttatcattcattgtttatcaacaaaaatgaaactaaaatccaacccacaagtattaacaataaaatgttccagtagatgattgaacatcaatacaaagtctgccacctactctataatttgattcataatttaccagtctttctttttaacttgttatttaaccccccccccccccccccccccccccccccccccAATAAACTTC-CAG-CC--GTCAAAACAGTCG-----C--GC-GACT----ATTCATCCT------G-CGGAC---T----ACT-GTATG-TTTGTCC-AATCAGTTCGACCCG-ACAGA--TAGATAT--TTTTTT-AA---A-C-TCTC-----A-TTGGGAAAG-CCCTCAAATATGACAAATAC----------------A--A-------A-T-----G----TATTAAAATGTCCAA-TCAGT-----------A-G-T------GACTTAACCA-T-------AAT--ATCAA--TCTAGCA-C-TAACTCTGA--TTATC-GATTCATTA-TTA-TAG-------TCTTTTC---TT-ATTATCAGATAT-TATTT------AA-----AT-C-----------CCCCACCCAACCCA--ATATAT-GC-TTAA-TTATATCTGCGAC---TGGT-AAC-TT-TTC------GGGGATACTGGTTTTCTGTTTTTGATAATCC-----AA-TC--ATAC---CATCGCACGAC--CTCCT--TA----------TT-AA--A-AATT-TAAGTT--TCAAGgt
gi|4 : AAA-CCCTCAAATAT--------TAAGATAAAATGTATTAA--A-------A-T-----G----T-------------A-TCAGT-----------A-GTT------GA-TTt
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAG-------TC-TTTC---TT-ATT-ATG------TATTTC-----AA--T--AC-C-----------CCCCC--------A--ATA-AT-GC-TTAA-TCA-ATCTG-GAC---TGGT-AAC-TT-TTT---CT-GCGG--ACTGGTT---CG--TTTGAT-ATCC-----AA-TC--AGTC---CA--GC-CGGA--CTGGT--CC-C--------TT-AA--A-AATT-T-AGTT--TCAAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtctttcttattatgtatttcaatacccccccaataatgcttaatcaatctggactggtaactttttctgcggactggttcgtttgatatccaatcagtccagccggactggtcccttaaaaatttagtttcaagctgtgtatatagtga
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaccctcaaatattaagataaaatgtattaaaatgtatcagtagttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTCGAAATTAACT---AAGTCC--GTCA-----GTCGGAGTCC--AT-GACTGGTTATT-ATCCT------AGCGGAC---T---GACTCG-ATG-TTTGTCCTGATCAGTCCAACCAG-ACTGG--TAGA-AT--ATTTTT-AA---A-C-T-TC-----ATTTGGGAAAA-CC---AAATAA--------T----------------AGTA-------A-C-----G----T-------------A-TCAGTGATTACGTATCA-G-T------GA-TTGGGCA-T-C-----AAT--A-AAA--TCTGTCA-C-TA--TCT-G--TAATCGGATTCATCATATA-CAA-------TC-TTTC---TT-ATT-TTAT-----TATTT----------T--AACC-----------CCCCC--------A--AAATAT-GC-TTGA-TCA-ATCTG-GACTGGTGGT-AAC-TT-TTT---CT-GCGG--ACTGGTT---CG--TTTGAT-ACCC-----AA-CCTGAGTC---CG--GC-TGGA--CTGGT--GA-C--------TT-AA--A-AATT-T-AGAT--TCAAtgtgtatatagtga
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gi|7 : GGCTCAAAATTAACT-C-CAGTCC--GTCA-----GTC------C--GT-GACTGGTTATT-ATCCT------GGCGGAC---T---GACT-G-AAG-TTTGTCATAATCAGTCCGACCAG-ACTGG--TAGA-AT--ATTTTT-AA---A-C-T-T------ATTTGGGAAAA-CCCTCAAATAT--------T----------------A--A-------A-T-----G----T-------------A-TCAGT-----------A-GAT------GA-TTGATCA-T-C-----AAT--A-AAA--TCTGTCA-C-TA--TCT-A--TAATCTGATTCACAATTTA-CAA-------TC-TTTC---TT-ATT-TTA------TAT---------A--TCCAA-C-----------CTCCA--------A--AATTAT-GT-TTGA-TCA-ATCTG-AAC---TGGC-AAC-TT-TTC---CT-GCGG--ACTGGTT---CG--TTTGAT-ATCC-----AA-CC--AGTT---CA--GC-TGGA--CTGAT--GA-C--------TT-AA--A-AAGT-T-AGTT--TCAAGCC
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gi|9 : TCGAAATTAACT-C-AAGTCC--GTCA-----GTC------C--GT-GACTGGTTATT-ATCCT------GGCGGAC---T---GAC------G-TTTGTCCCAATCAGTCCGACCGG-ACTGG--TAAA-AT--ATTTTT-AA---AAC-T-TC-----ATTTGGGAAAA-CCCTCAAATATGAAAA---T----------------A--A-------A-TT----G----C-------------A-TCAGT-----------A-GAT------GA-TTGAACA-T-C-----AAT--A-AAA--TCTGTCA-C-TA--TCT-A--TAATCTAATTCATAATTT---AG-------TC-TTTC---TT-CTC-TTA-------ATTT------AA--T--AA-C-----------CTACA--------A--AAATAT-GC-TTGA-TCA-ATCTG-GAC---CGGT-AAC-TT-TT----CT-GCAG--ACTGGTT---CG--TTTGAT-ATCCATTGGAA-CC--AGTC---CG--GC-CAGA---TGAT--GA-C--------c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GATTGATCACCAGTTCGTTGTCTTTACAATCTAATTTTAATTAGAATGATTTATCTTTATTTGTTTCTGGTATAGCTTTGAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAACATAATG