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lowQualScore                  :            .   ...        ....................................................................   .  ...         .  .    .....    ..   ....   .....   ......   ..         ..   . ..   . . .  .....   ..........  ..... . .....   .   .....   ........... .    .. .   ..........    .    ...   .. ...  .  .  .   .    
lowQualScore                  :            0   000        55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   2  000         7  8    33333    77   0000   00000   999999   44         77   0 44   0 0 5  55555   5555555555  99999 0 55555   0   88888   00000000000 3    22 1   5555555555    1    444   22 444  1  1  1   9    
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Reference ( gi|2 )            : TAAGCTTTATCAAATGTTTAAAAATGCGTCAAAGACAGAAATGGATTCCGGAG-ACAAATTTCAAGCCTTACAAAA-TCTCTAAAACTCTG---GAGCTTTCCGGGGGCTTT-GCCCCCT--GGTCCCCC-ACAA---GGGC--T-TTGCC--CTGGA-CCCACTGGGGACCTCAA-AGCG-G-CCCC-CAGGACC---C-C----TG--T--C-T---C-ATA-TGAT-T--TTG---CA------C-CCCC--C-CCC----------CTAA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCACCCT
gi|4                          :       TTATCTAATCAATAAAAATGT-TGGAATACAGA-------TCC-----AC-AATTTGAAACCACACAA----CTCT----C--------AGTTTTTGGGAAGCTTTCGCCCCCT--GGACCCCCTACAA---AGG-------G-C--CTG---TCCACC--GGACCTC-A-AGCG-A-CACC-
gi|5                          :                                 taaatgAAAGGGA----GGAGGACATACTTCAAGTACTATAAAAGTATGTAAAA-TCAAAAAGAGCTTTGCGGAGGCTTC-GTTCCTTTGGGTCCCCA-ACA-----GGCTTT-TTG-T--TTGGG-CCCACCGGG
gi|8                          :                                                                    CCTAAAAAA-TCACTAA--TTCAG---GAG--TTCCGGGGGTTCT-GCACCCT--AGGAACAC-ACAAGAGGGGC--CATTGCCGACTGGA--CTACTGGGGGCCtcggtctcgagaccc
gi|7                          :                                                                                            ---GAGCTT-CCGGAGACTTT-GTTCCC---GGACTCTT-ACCA---GGGC--T-TTGCC--C-AGA-TCCTCTGAGGGTATCAA-GGCG-G-TTTC-TGGGACC---C-C----TG--T--C-T---A-AT--TGG------TG---TA------C-CCca
gi|3                          :                                                                                            ---GAGCTTCC--GGGGTTTT-ACTCACT--A---CCCA-ACA----GGGA--T-TTGTC--C-GGA-CCCACTGGGGA-CTCAG-ACCA-G-TCCA-TACAACC---C-A----TGCCT--C-T---C-A-A-AG------TTG---CG-----------C--C-CGA----------CTAACCTCA---GGA--T---CC-TGTGA-TCCACCCT
gi|16                         :                                                                                                     aaaatcaGCTTT-GCTCACT--GA-CTCCC-ACTA---GGAA--T-TTGCG--GTGGA-CCCACTGGGGGCCTCA
gi|9                          :                                                                                                                                                       C--CTGGAACCCACTGGGA-----------G-G-C-------GACT---C-C----TG--C--C-T---CAATA-AGAT-T--TCGCCCCC------C-CCCC--C-CCC----------CCAA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                          tCCTCGATGGCG-G-CCCC-CATCACCACGC-C----TG--CGCC-TAGTC-ATA-TGAT-G--TTG---C-------C-CCCC--C-CCC----------CTCA-CTCGTATAATTGT---TCTTG-GA-TCCGCCCctggct
gi|1                          :                                                                                                                                                                    acttggacgcCAA-GGCGAG-CCCCGCAA-ACCG--C-CATCGTGCCT--C-T---C-ATGGTGAT-G--TTG---CG------C-CCCC--C-CCCCCCGCCCCCGCTAA-CTCG---AAT--TCTCCC-TG-GA-TCCGACCTc
gi|11                         :                                                                                                                                                                               AA-GGCG-G-TACC-CAG-ACC---CAC----TG--C--C-T-----ATA-TGAT-G--TTG---CCGCGCGCC-CCCC--C-CCC----------CCAA-CTCG---AA---T---TC-TG-GA-TCCGCCCcgactgtctaccctaaacggtgatgaggagcatggatcgcggcgccagatgatttccctttttaaattcatcaatcgatgctacagagtccttgtgccaaaaaaaaatatataagtatataacctgtaatcctaaccaaaacaaacaaaatgaatggcacataaccccggtttaaaaaacctttaatcatccaatataatttccttttctcgatatatctccgataagttccctcaatgattcatacaccggagctgtactttatggcagttatattctcggtaactgtattttatgaggttcatggccgtttgcctgtatatagttttaaaaatgtagtatgatttcaaacttcagtgaaaagtcatatacatttttttttaaagggacgctatgcgttttgataagacgaggataagagctaggaaggaagctttaaaaactgaaaaaaatttgcttctgttcacatggaattagcctgaggttttgcaatacattttttctaacctttatactggtttaaattgcataaagcacaggtttttgatatgttactttttgtaacatcttctgtcttgtcatttttctgatattaataatgaccaatttaagttttttttggtgacctggcttaattttatttggagaggcagacgggaatgtcaggaagccccaagatctcccccggctaggacgcctcaagaacaatgcgagattctatagaagggagcacacgaaccaaattatacctcccaacatgatcggacgaggattaaatattttcagaatatttaaaattaaacactgattaattggcaatttagaatagtgaggcagtaaagcactttattggcatgttgtaaatgaaacgtaatcacaaaattcaataagcatagtgtttatgattaatgaattttatttgtatgtacacaatacaaacataaactaattgtaaaaacaaaaaaacataaaaaccaaaaaaagccaaaaaaaacggctcaaaaaaaccaatgataaaaaacgccctaaaacaatctgttgaacttttaaatctctataattcagcttgtaatacatataagcaaataaaacaacaattaaatcgttcttctctgttaaaaaaaaatttcatcccctctcgtataagccctgggtgtcattctctcgcaccaacgacaactcctacaatacaacagataaaaagtacagacaaaccttgggggaactcatacatcgggatagtttacttttctgaatatagcaccaatagcaatttgtcatttagccaatcctgttattatttataggatatatgctattacattgcgacgtattaaacaatataaaatttgttcaaaattcca
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                    CG-G-CCCC---AGACC---C-CG---CG--C--C-T-----ATA-TGAT-G--TTG---C-------C-CCCT--C-CCC----------CTAA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCacgcacgcc
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                           CCC--C-CCC----------CCAA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCctga
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                             C--C-CCC----------CTA--CTCG---ATT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CCGGGGCTTTGCCACCGAGGCGGACCCCCCCGCAGGGCATTGCCCGATGCAC






Alignments
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Reference ( family-427 )      : NNNNNNTTATCTAATCAATAAAAATGT-TGGAATACAGAAAGGGAT-CCGGAGGACANACTTNAAGCCCTANAAAA-TCTCTAA--C-TCAG---GAGCTTTCCGGAGGCTTT-GCTCCCT--GG--CCCCC-ACAA---GGGC--T-TTGCC--CTGGA-CCCACCGGG--GGCCTCAA-GGCG-GCCCC-CANGACC---C-C----TGC--C-T---C--A-TA-TGA-TN-T-TGC-----GC-CCCCC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                  CAA-GGCGAGCCCCGCAA-ACCG--C-CATCGTGC--C-T---CTCA-TGGTGA-TG-T-TGC-----GC-CCCCC-CCCCCCGCCCCCGCT---AA-CTCG---AAT--TCTCCC-TG-GA-TCCGACCT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                   AA-GGCG-GTACC-CA-GACC---CAC----TGC--C-T------A-TA-TGA-TG-T-TGCCGCGCGCCCCCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AA---T---TC-TG-GA-TCCGCCCcgactgtctaccctaaacggtgatgaggagcatggatcgcggcgccagatgatttccctttttaaattcatcaatcgatgctacagagtccttgtgccaaaaaaaaatatataagtatataacctgtaatcctaaccaaaacaaacaaaatgaatggcacataaccccggtttaaaaaacctttaatcatccaatataatttccttttctcgatatatctccgataagttccctcaatgattcatacaccggagctgtactttatggcagttatattctcggtaactgtattttatgaggttcatggccgtttgcctgtatatagttttaaaaatgtagtatgatttcaaacttcagtgaaaagtcatatacatttttttttaaagggacgctatgcgttttgataagacgaggataagagctaggaaggaagctttaaaaactgaaaaaaatttgcttctgttcacatggaattagcctgaggttttgcaatacattttttctaacctttatactggtttaaattgcataaagcacaggtttttgatatgttactttttgtaacatcttctgtcttgtcatttttctgatattaataatgaccaatttaagttttttttggtgacctggcttaattttatttggagaggcagacgggaatgtcaggaagccccaagatctcccccggctaggacgcctcaagaacaatgcgagattctatagaagggagcacacgaaccaaattatacctcccaacatgatcggacgaggattaaatattttcagaatatttaaaattaaacactgattaattggcaatttagaatagtgaggcagtaaagcactttattggcatgttgtaaatgaaacgtaatcacaaaattcaataagcatagtgtttatgattaatgaattttatttgtatgtacacaatacaaacataaactaattgtaaaaacaaaaaaacataaaaaccaaaaaaagccaaaaaaaacggctcaaaaaaaccaatgataaaaaacgccctaaaacaatctgttgaacttttaaatctctataattcagcttgtaatacatataagcaaataaaacaacaattaaatcgttcttctctgttaaaaaaaaatttcatcccctctcgtataagccctgggtgtcattctctcgcaccaacgacaactcctacaatacaacagataaaaagtacagacaaaccttgggggaactcatacatcgggatagtttacttttctgaatatagcaccaatagcaatttgtcatttagccaatcctgttattatttataggatatatgctattacattgcgacgtattaaacaatataaaatttgttcaaaattcca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                    A-AGCG-GGCCC-C-CGACA----------TGG--C-T---C--A-TA-TGAGTGGT-TGC-----GC-CCCCCGCCC----------CT---AA-CTCG---AAC--T---GC-TG-GA-TACGC
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                             CCC-CA--ACC---C-C----TGC--C-T---C--A-TA-TGA-TC----G------GC-CCCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCTGCCCc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                 ggAG-GACG-GCCCC---AGACC---C-CG---CGC--C-T------A-TA-TGA-TG-T-TGC------C-CCCTC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCctgc
gi|16                         :                                                                                                             GCTTT-GCTCACT--GA--CTCCC-ACTA---GGAA--T-TTGCG--GTGGA-CCCACTGGG--GGCCTCAt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                       C-CCCCC-CTA----------CT---AA-CTTG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                          CCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCctga
gi|2                          :       TTATCAAATGTTTAAAAATGCGTCAAAGACAGAAATGGATTCCGGAG-ACAAATTTCAAGCCTTACAAAA-TCTCTAAAAC-TCTG---GAGCTTTCCGGGGGCTTT-GCCCCCT--GGT-CCCCC-ACAA---GGGC--T-TTGCC--CTGGA-CCCACTGGG--GACCTCAA-AGCG-GCCCC-CAGGACC---C-C----TGT--C-T---C--A-TA-TGA-TT-T-TGC-----AC-CCCCC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCACCCTc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                      taagctCC-CCC----------CT---A--CTCG---ATT--T---TC-TG-GA-TCCGCCC
gi|3                          :                                                                                  gAA--A-TCAG----AGCTT-CCGG-GGTTTT-ACTCACT--A----CCCA-ACA----GGGA--T-TTGTC--C-GGA-CCCACTGGG--GA-CTCAG-ACCA-GTCCA-TACAACC---C-A----TGC--C-T---C--T-CA---A-AG-T-TGC-----G-----CC-CGA----------CT---AACCTCA---GGA--T---CC-TGTGA-TCCACCCTct
gi|4                          :      aTTATCTAATCAATAAAAATGT-TGGAATACA------GAT-CC-----ACA-ATTTGAAACCACACAA----CTCT----C---------AGTTTTTGGGAAGCTTTCGCCCCCT--GGACCCCCT-ACAA---AGG-------G-C--CTG---TCCACC--G--GACCTCAA--GCG-ACACC-
gi|5                          :                                 taaatgAAAGGGA----GGAGGACATACTTCAAGTACTATAAAAGTATGTAA--AATCAAAAAGAGCTTTGCGGAGGCTTC-GTTCCTTTGGG--TCCCCAACA-----GGCTTT-TTG-T--TTGGG-CCCACCGGGTCGGTCTCGA-GAC
gi|6                          :                                                                                                                                                                               CCTCGATGGCG-GCCCC-CATCACCACGC-C----TGCGCC-TAGTC--A-TA-TGA-TG-T-TGC------C-CCCCC-CCC----------CT---CA-CTCGTATAATTGT---TCTTG-GA-TCCGCCCcc
gi|7                          :                                                                                   acttggacgc---GAGCTT-CCGGAGACTTT-GTTCCCG--GA--CTCTT-ACCA---GGGC--T-TTGCC--C-AGA-TCCTCTGAG--GGTATCAA-GGCG-GTTTC-TGGGACC---C-C----TGT--C-T---A--A-T--TGG-TG-T-c
gi|8                          :                                                                    CCTAAAAAA-TCACTAA--T-TCAG---GAG--TTCCGGGGGTTCT-GCACCCTA-GG--AACAC-ACAAGAGGGGC--CATTGCCGACTGGA--CTACTGGG--GGCCaccc
gi|9                          :                                                                                                                                                         C--CTGGAACCCACTGGG---------A-GGCG-----------ACT---C-C----TGC--C-T---C--AATA-AGA-TT-T-CGC-----CC-CCCCC-CCC----------CCCCCAA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGGCCTTGTGCGGCCTAGACGCATCTGCGTCTGAAGAAAAATTCGCACGCCCCTTCCCCCCAATCAGAATTCCTGGATCCACCCCTA
Unaligned ( gi|17 ): CCGGGGCTTTGCCACCGAGGCGGACCCCCCCGCAGGGCATTGCCCGATGCAC






Alignments
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lowQualScore                  :            1   333         5 2   1   22222222222222222   777         0  0  000    3  222  888888  1  7    4      5       111111     5   5555   44444   8888 3   55        66  1     3    3     77777   4444444444   55 3 222222 3  3   3  3 3   444444 3     3   3333333333  555  3    555   44 555  3  3  3        
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Reference ( family-427 )      : NNNNNNTTATCNAATNNNTAAAAATGCGTCGAANACAGAAA-GGAT-CCGGAG-ACA-A-TTTCAAGCCCTACAAAA-TCTCTAAN--TCAG---GAGCTTTCCGGAGGCTTT-GCTCCCT--GG--CCCCC-ACAA---GGGC--T-TTGCC--CTGGA-CCCACTGGG--GGCCTCAA-GGCG-GCCCC-CANGACC---C-C----TGC--C-T---C--A-TA-TGA-TG-T-TGC-----GC-CCCCC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCT
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                   AA-GGCG-GTACC-CA-GACC---CAC----TGC--C-T------A-TA-TGA-TG-T-TGCCGCGCGCCCCCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AA---T---TC-TG-GA-TCCGCCCcgactgtctaccctaaacggtgatgaggagcatggatcgcggcgccagatgatttccctttttaaattcatcaatcgatgctacagagtccttgtgccaaaaaaaaatatataagtatataacctgtaatcctaaccaaaacaaacaaaatgaatggcacataaccccggtttaaaaaacctttaatcatccaatataatttccttttctcgatatatctccgataagttccctcaatgattcatacaccggagctgtactttatggcagttatattctcggtaactgtattttatgaggttcatggccgtttgcctgtatatagttttaaaaatgtagtatgatttcaaacttcagtgaaaagtcatatacatttttttttaaagggacgctatgcgttttgataagacgaggataagagctaggaaggaagctttaaaaactgaaaaaaatttgcttctgttcacatggaattagcctgaggttttgcaatacattttttctaacctttatactggtttaaattgcataaagcacaggtttttgatatgttactttttgtaacatcttctgtcttgtcatttttctgatattaataatgaccaatttaagttttttttggtgacctggcttaattttatttggagaggcagacgggaatgtcaggaagccccaagatctcccccggctaggacgcctcaagaacaatgcgagattctatagaagggagcacacgaaccaaattatacctcccaacatgatcggacgaggattaaatattttcagaatatttaaaattaaacactgattaattggcaatttagaatagtgaggcagtaaagcactttattggcatgttgtaaatgaaacgtaatcacaaaattcaataagcatagtgtttatgattaatgaattttatttgtatgtacacaatacaaacataaactaattgtaaaaacaaaaaaacataaaaaccaaaaaaagccaaaaaaaacggctcaaaaaaaccaatgataaaaaacgccctaaaacaatctgttgaacttttaaatctctataattcagcttgtaatacatataagcaaataaaacaacaattaaatcgttcttctctgttaaaaaaaaatttcatcccctctcgtataagccctgggtgtcattctctcgcaccaacgacaactcctacaatacaacagataaaaagtacagacaaaccttgggggaactcatacatcgggatagtttacttttctgaatatagcaccaatagcaatttgtcatttagccaatcctgttattatttataggatatatgctattacattgcgacgtattaaacaatataaaatttgttcaaaattcca
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                             CCC-CA--ACC---C-C----TGC--C-T---C--A-TA-TGA-T----CG------GC-CCCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCTGCCCc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                 ggAG-GACG-GCCCC---AGACC---C-CG---CGC--C-T------A-TA-TGA-TG-T-TGC------C-CCCTC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCctgc
gi|16                         :                                                                                                             GCTTT-GCTCACT--GA--CTCCC-ACTA---GGAA--T-TTGCG--GTGGA-CCCACTGGG--GGCCTCAt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                       C-CCCCC-CTA----------CT---AA-CTTG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                          CCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCctga
gi|2                          :       TTATCAAATGTTTAAAAATGCGTCAAAGACAGAAATGGATTCCGGAG-ACA-AATTTCAAGCCTTACAAAA-TCTCTAAAACTCTG---GAGCTTTCCGGGGGCTTT-GCCCCCT--GGT-CCCCC-ACAA---GGGC--T-TTGCC--CTGGA-CCCACTGGG--GACCTCAA-AGCG-GCCCC-CAGGACC---C-C----TGT--C-T---C--A-TA-TGA-TT-T-TGC-----AC-CCCCC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCACCCTc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                      taagctCC-CCC----------CT---A--CTCG---ATT--T---TC-TG-GA-TCCGCCC
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gi|4                          :      aTTATCTAATCAATAAAAATGT-TGGAATACA------GAT-CC-----ACA-A-TTTGAAACCACACAA----CTC------TC------AGTTTTTGGGAAGCTTTCGCCCCCT--GGACCCCCT-ACAA---AGG-------G-C--CTG---TCCACC--G--GACCTCAA--GCG-ACACC-
gi|5                          :                                 taaatgAAG-GGA----GGAGGACATA-CTTCAAGTACTATAAAAGTATGTAAAA-TCAAAAAGAGCTTTGCGGAGGCTTC-GTTCCTTTGGG--TCCCCAACA-----GGCTTT-TTG-T--TTGGG-CCCACCGGGTCGGTCTCGA-GAC
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gi|7                          :                                                                                   acttggacgc---GAGCTT-CCGGAGACTTT-GTTCCCG--GA--CTCTT-ACCA---GGGC--T-TTGCC--C-AGA-TCCTCTGAG--GGTATCAA-GGCG-GTTTC-TGGGACC---C-C----TGT--C-T---A--A-T--TGG-TG-T-c
gi|8                          :                                                                     CCTAAAAAA-TCACTAAT--TCAG---GAG--TTCCGGGGGTTCT-GCACCCTA-GG--AACAC-ACAAGAGGGGC--CATTGCCGACTGGA--CTACTGGG--GGCCaccc
gi|9                          :                                                                                                                                                         C--CTGGAACCCACTGGG---------A-GGCG-----------ACT---C-C----TGC--C-T---C--AATA-AGA-TT-T-CGC-----CC-CCCCC-CCC----------CCCCCAA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|17 ): CCGGGGCTTTGCCACCGAGGCGGACCCCCCCGCAGGGCATTGCCCGATGCAC






Alignments
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Reference ( family-427 )      : NNNNNNTTATCNAATNNNTAAAAATGCGTCGAANACAGAAG-GGAT-CCGGAG-ACA-A-TTTCAAGCCCTACAAAA-TCTCTAAAA-TCAG---GAGCTTTCCGGAGGCTTT-GCTCCCT--GG--CCCCC-ACAAG---GGC--T-TTGCC--CTGGA-CCCACTGGG--GGCCTCAA-GGCG-GCCCC-CANGACC---C-C----TGC--C-T---C--A-TA-TGA-TG-T-TGC-----GC-CCCCC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCT
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                   AA-GGCG-GTACC-CA-GACC---CAC----TGC--C-T------A-TA-TGA-TG-T-TGCCGCGCGCCCCCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AA---T---TC-TG-GA-TCCGCCCcgactgtctaccctaaacggtgatgaggagcatggatcgcggcgccagatgatttccctttttaaattcatcaatcgatgctacagagtccttgtgccaaaaaaaaatatataagtatataacctgtaatcctaaccaaaacaaacaaaatgaatggcacataaccccggtttaaaaaacctttaatcatccaatataatttccttttctcgatatatctccgataagttccctcaatgattcatacaccggagctgtactttatggcagttatattctcggtaactgtattttatgaggttcatggccgtttgcctgtatatagttttaaaaatgtagtatgatttcaaacttcagtgaaaagtcatatacatttttttttaaagggacgctatgcgttttgataagacgaggataagagctaggaaggaagctttaaaaactgaaaaaaatttgcttctgttcacatggaattagcctgaggttttgcaatacattttttctaacctttatactggtttaaattgcataaagcacaggtttttgatatgttactttttgtaacatcttctgtcttgtcatttttctgatattaataatgaccaatttaagttttttttggtgacctggcttaattttatttggagaggcagacgggaatgtcaggaagccccaagatctcccccggctaggacgcctcaagaacaatgcgagattctatagaagggagcacacgaaccaaattatacctcccaacatgatcggacgaggattaaatattttcagaatatttaaaattaaacactgattaattggcaatttagaatagtgaggcagtaaagcactttattggcatgttgtaaatgaaacgtaatcacaaaattcaataagcatagtgtttatgattaatgaattttatttgtatgtacacaatacaaacataaactaattgtaaaaacaaaaaaacataaaaaccaaaaaaagccaaaaaaaacggctcaaaaaaaccaatgataaaaaacgccctaaaacaatctgttgaacttttaaatctctataattcagcttgtaatacatataagcaaataaaacaacaattaaatcgttcttctctgttaaaaaaaaatttcatcccctctcgtataagccctgggtgtcattctctcgcaccaacgacaactcctacaatacaacagataaaaagtacagacaaaccttgggggaactcatacatcgggatagtttacttttctgaatatagcaccaatagcaatttgtcatttagccaatcctgttattatttataggatatatgctattacattgcgacgtattaaacaatataaaatttgttcaaaattcca
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                             CCC-CA--ACC---C-C----TGC--C-T---C--A-TA-TGA-T----CG------GC-CCCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCTGCCCc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                 ggAG-GACG-GCCCC---AGACC---C-CG---CGC--C-T------A-TA-TGA-TG-T-TGC------C-CCCTC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCctgc
gi|16                         :                                                                                                             GCTTT-GCTCACT--GA--CTCCC-ACTAG---GAA--T-TTGCG--GTGGA-CCCACTGGG--GGCCTCAt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                       C-CCCCC-CTA----------CT---AA-CTTG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                          CCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCctga
gi|2                          :       TTATCAAATGTTTAAAAATGCGTCAAAGACAGAAATGGATTCCGGAG-ACA-AATTTCAAGCCTTACAAAA-TCTCTAAAACTCTG---GAGCTTTCCGGGGGCTTT-GCCCCCT--GGT-CCCCC-ACAAG---GGC--T-TTGCC--CTGGA-CCCACTGGG--GACCTCAA-AGCG-GCCCC-CAGGACC---C-C----TGT--C-T---C--A-TA-TGA-TT-T-TGC-----AC-CCCCC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCACCCTc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                      taagctCC-CCC----------CT---A--CTCG---ATT--T---TC-TG-GA-TCCGCCC
gi|3                          :                                                                                   gAAAA-TCAG----AGCTT-CCGG-GGTTTT-ACTCACT--A----CCCA-ACA-G---GGA--T-TTGTC--C-GGA-CCCACTGGG--GA-CTCAG-ACCA-GTCCA-TACAACC---C-A----TGC--C-T---C--T-CA---A-AG-T-TGC-----G-----CC-CGA----------CT---AACCTCA---GGA--T---CC-TGTGA-TCCACCCTct
gi|4                          :       TTATCTAATCAATAAAAATGT-TGGAATACAGA------T-CC-----ACA-A-TTTGAAACCACACAA----CTC------TC------AGTTTTTGGGAAGCTTTCGCCCCCT--GGACCCCCT-ACAAA---GG-------G-C--CTG---TCCACC--G--GACCTCAA--GCG-ACACC-
gi|5                          :                                 taaatgAAG-GGA----GGAGGACATA-CTTCAAGTACTATAAAAGTATGTAAAA-TCAAAAAGAGCTTTGCGGAGGCTTC-GTTCCTTTGGG--TCCCCAACA-----GGCTTT-TTG-T--TTGGG-CCCACCGGGTCGGTCTCGA-GAC
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gi|7                          :                                                                                   acttggacgc---GAGCTT-CCGGAGACTTT-GTTCCCG--GA--CTCTT-ACCAG---GGC--T-TTGCC--C-AGA-TCCTCTGAG--GGTATCAA-GGCG-GTTTC-TGGGACC---C-C----TGT--C-T---A--A-T--TGG-TG-T-c
gi|8                          :                                                                     CCTAAAAAA-TCACTAAT--TCAG---GAG--TTCCGGGGGTTCT-GCACCCTA-GG--AACAC-ACAAGAGGGGC--CATTGCCGACTGGA-CT-ACTGGG--GGCCaccc
gi|9                          :                                                                                                                                                         C--CTGGAACCCACTGGG---------A-GGCG-----------ACT---C-C----TGC--C-T---C--AATA-AGA-TT-T-CGC-----CC-CCCCC-CCC----------CCCCCAA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGGCCTTGTGCGGCCTAGACGCATCTGCGTCTGAAGAAAAATTCGCACGCCCCTTCCCCCCAATCAGAATTCCTGGATCCACCCCTA
Unaligned ( gi|17 ): CCGGGGCTTTGCCACCGAGGCGGACCCCCCCGCAGGGCATTGCCCGATGCAC






Alignments
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Reference ( family-427 )      : NNNNNNTTATCNAATNNNTAAAAATGCGTCGAANACAGAAG-GGAT-CCGGAG-ACA-A-TTTCAAGCCCTACAAAA-TCTCTAAAA-TCAG---GAGCTTTCCGGAGGCTTT-GCTCCCT--GG--CCCCC-ACAAG---GGC--T-TTGCC--CTGGA-CCCACTGGG--GGCCTCAA-GGCG-GCCCC-CANGACC---C-C----TGC--C-T---C--A-TA-TGA-TG-T-TGC-----GC-CCCCC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                  CAA-GGCGAGCCCCGCAA-ACCG--C-CATCGTGC--C-T---CTCA-TGGTGA-TG-T-TGC-----GC-CCCCC-CCCCCCGCCCCCGCT---AA-CTCG---AAT--TCTCCC-TG-GA-TCCGACCT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                   AA-GGCG-GTACC-CA-GACC---CAC----TGC--C-T------A-TA-TGA-TG-T-TGCCGCGCGCCCCCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AA---T---TC-TG-GA-TCCGCCCcgactgtctaccctaaacggtgatgaggagcatggatcgcggcgccagatgatttccctttttaaattcatcaatcgatgctacagagtccttgtgccaaaaaaaaatatataagtatataacctgtaatcctaaccaaaacaaacaaaatgaatggcacataaccccggtttaaaaaacctttaatcatccaatataatttccttttctcgatatatctccgataagttccctcaatgattcatacaccggagctgtactttatggcagttatattctcggtaactgtattttatgaggttcatggccgtttgcctgtatatagttttaaaaatgtagtatgatttcaaacttcagtgaaaagtcatatacatttttttttaaagggacgctatgcgttttgataagacgaggataagagctaggaaggaagctttaaaaactgaaaaaaatttgcttctgttcacatggaattagcctgaggttttgcaatacattttttctaacctttatactggtttaaattgcataaagcacaggtttttgatatgttactttttgtaacatcttctgtcttgtcatttttctgatattaataatgaccaatttaagttttttttggtgacctggcttaattttatttggagaggcagacgggaatgtcaggaagccccaagatctcccccggctaggacgcctcaagaacaatgcgagattctatagaagggagcacacgaaccaaattatacctcccaacatgatcggacgaggattaaatattttcagaatatttaaaattaaacactgattaattggcaatttagaatagtgaggcagtaaagcactttattggcatgttgtaaatgaaacgtaatcacaaaattcaataagcatagtgtttatgattaatgaattttatttgtatgtacacaatacaaacataaactaattgtaaaaacaaaaaaacataaaaaccaaaaaaagccaaaaaaaacggctcaaaaaaaccaatgataaaaaacgccctaaaacaatctgttgaacttttaaatctctataattcagcttgtaatacatataagcaaataaaacaacaattaaatcgttcttctctgttaaaaaaaaatttcatcccctctcgtataagccctgggtgtcattctctcgcaccaacgacaactcctacaatacaacagataaaaagtacagacaaaccttgggggaactcatacatcgggatagtttacttttctgaatatagcaccaatagcaatttgtcatttagccaatcctgttattatttataggatatatgctattacattgcgacgtattaaacaatataaaatttgttcaaaattcca
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                             CCC-CA--ACC---C-C----TGC--C-T---C--A-TA-TGA-T----CG------GC-CCCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCTGCCCc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                 ggAG-GACG-GCCCC---AGACC---C-CG---CGC--C-T------A-TA-TGA-TG-T-TGC------C-CCCTC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCctgc
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                       C-CCCCC-CTA----------CT---AA-CTTG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                          CCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCctga
gi|2                          :       TTATCAAATGTTTAAAAATGCGTCAAAGACAGAAATGGATTCCGGAG-ACA-AATTTCAAGCCTTACAAAA-TCTCTAAAACTCTG---GAGCTTTCCGGGGGCTTT-GCCCCCT--GGT-CCCCC-ACAAG---GGC--T-TTGCC--CTGGA-CCCACTGGG--GACCTCAA-AGCG-GCCCC-CAGGACC---C-C----TGT--C-T---C--A-TA-TGA-TT-T-TGC-----AC-CCCCC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCACCCTc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                      taagctCC-CCC----------CT---A--CTCG---ATT--T---TC-TG-GA-TCCGCCC
gi|3                          :                                                                                   gAAAA-TCAG----AGCTT-CCGG-GGTTTT-ACTCACT--A----CCCA-ACA-G---GGA--T-TTGTC--C-GGA-CCCACTGGG--GA-CTCAG-ACCA-GTCCA-TACAACC---C-A----TGC--C-T---C--T-CA---A-AG-T-TGC-----G-----CC-CGA----------CT---AACCTCA---GGA--T---CC-TGTGA-TCCACCCTct
gi|4                          :       TTATCTAATCAATAAAAATGT-TGGAATACAGA------T-CC-----ACA-A-TTTGAAACCACACAA----CTC------TC------AGTTTTTGGGAAGCTTTCGCCCCCT--GGACCCCCT-ACAAA---GG-------G-C--CTG---TCCACC--G--GACCTCAA--GCG-ACACC-
gi|5                          :                                 taaatgAAG-GGA----GGAGGACATA-CTTCAAGTACTATAAAAGTATGTAAAA-TCAAAAAGAGCTTTGCGGAGGCTTC-GTTCCTTTGGG--TCCCCAACA-----GGCTTT-TTG-T--TTGGG-CCCACCGGGTCGGTCTCGA-GAC
gi|6                          :                                                                                                                                                                              aCCTCGATGGCG-GCCCC-CATCACCACGC-C----TGCGCC-TAGTC--A-TA-TGA-TG-T-TGC------C-CCCCC-CCC----------CT---CA-CTCGTATAATTGT---TCTTG-GA-TCCGCCCcc
gi|7                          :                                                                                   acttggacgc---GAGCTT-CCGGAGACTTT-GTTCCCG--GA--CTCTT-ACCAG---GGC--T-TTGCC--C-AGA-TCCTCTGAG--GGTATCAA-GGCG-GTTTC-TGGGACC---C-C----TGT--C-T---A--A-T--TGG-TG-T-c
gi|8                          :                                                                     CCTAAAAAA-TCACTAAT--TCAG---GAG--TTCCGGGGGTTCT-GCACCCTA-GG--AACAC-ACAAGAGGGGC--CATTGCCGACTGGA-CT-ACTGGG--GGCCaccc
gi|9                          :                                                                                                                                                         C--CTGGAACCCACTGGG---------A-GGCG-----------ACT---C-C----TGC--C-T---C--AATA-AGA-TT-T-CGC-----CC-CCCCC-CCC----------CCCCCAA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCca


blockSeqs                     :            T   CAA         . G   T     AGGGAGGAGG        TA                AAG    T  AA   AAAAAG  C  T    A      C       GGAC       A   AGAGG  CTTT    CCGA T   A         TC  C     T    .     CAAA    ACGCC        GC C AGTC   A  .   G  G C   CGCGCG C     G   .           CCC  C    TAT   TG .    T  T  T
blockSeqs                     :                                        TCC               A                 AA     T  AA   AGG     T  T    A      .       TGGG       .   AG     CCA     CC   T   .         .   C     .    .     CAGG    CAC          .  . C      .  .   .  . .   G      .     .   .           .    .    .     .  .    .  .  .
blockSeqs                     :                                                                            .      .  T    AG      C  T    A      .       GGT        .   AA     CT      TC   T   .         .   T     .    .     TACA    CCG          .  . C      .  .   .  . .   G      .     .   .           .    .    .     .  .    .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                      .    .       C  .    G      .       AGG        .   AG     AT      CC   T   .         .   C     .    .     CATC    CC           .  . C      .  .   .  . .   G      .     .   .           .    .    .     .  .    .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                   .  .    .      .       GA         .   G      CT      C    T   .         .   T     .    .     TGGG    CC           .  . C      .  .   .  . .   A      .     .   .           .    .    .     .  .    .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                  .       A          .   .      .       T    .   .         .   C     .    .     CAG     CC           .  . C      .  .   .  . .   G      .     .   .           .    .    .     .  .    .  .  .
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGGCCTTGTGCGGCCTAGACGCATCTGCGTCTGAAGAAAAATTCGCACGCCCCTTCCCCCCAATCAGAATTCCTGGATCCACCCCTA
Unaligned ( gi|17 ): CCGGGGCTTTGCCACCGAGGCGGACCCCCCCGCAGGGCATTGCCCGATGCAC






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Reference ( family-427 )      : NNNNNNTTATCNAATNNNTAAAAATGCGTCGAANACAGAAG-GGAT-CCGGAG-ACA-A-TTTCAAGCCCTACAAAA-TCTCTAA---T-CAG---GAGCTTTCCGGAGGCTTT-GCTCCCT--GGACCCCC-ACAAG---GGC--T-TTGCC--CTGGA-CCCACTGGG--GGCCTCAA-GGCG-GCCCC-CANGACC---C-C----TGC--C-T---C--A-TA-TGA-TG-T-TGC-----GC-CCCCC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                  CAA-GGCGAGCCCCGCAA-ACCG--C-CATCGTGC--C-T---CTCA-TGGTGA-TG-T-TGC-----GC-CCCCC-CCCCCCGCCCCCGCT---AA-CTCG---AAT--TCTCCC-TG-GA-TCCGACCT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                   AA-GGCG-GTACC-CA-GACC---CAC----TGC--C-T------A-TA-TGA-TG-T-TGCCGCGCGCCCCCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AA---T---TC-TG-GA-TCCGCCCcgactgtctaccctaaacggtgatgaggagcatggatcgcggcgccagatgatttccctttttaaattcatcaatcgatgctacagagtccttgtgccaaaaaaaaatatataagtatataacctgtaatcctaaccaaaacaaacaaaatgaatggcacataaccccggtttaaaaaacctttaatcatccaatataatttccttttctcgatatatctccgataagttccctcaatgattcatacaccggagctgtactttatggcagttatattctcggtaactgtattttatgaggttcatggccgtttgcctgtatatagttttaaaaatgtagtatgatttcaaacttcagtgaaaagtcatatacatttttttttaaagggacgctatgcgttttgataagacgaggataagagctaggaaggaagctttaaaaactgaaaaaaatttgcttctgttcacatggaattagcctgaggttttgcaatacattttttctaacctttatactggtttaaattgcataaagcacaggtttttgatatgttactttttgtaacatcttctgtcttgtcatttttctgatattaataatgaccaatttaagttttttttggtgacctggcttaattttatttggagaggcagacgggaatgtcaggaagccccaagatctcccccggctaggacgcctcaagaacaatgcgagattctatagaagggagcacacgaaccaaattatacctcccaacatgatcggacgaggattaaatattttcagaatatttaaaattaaacactgattaattggcaatttagaatagtgaggcagtaaagcactttattggcatgttgtaaatgaaacgtaatcacaaaattcaataagcatagtgtttatgattaatgaattttatttgtatgtacacaatacaaacataaactaattgtaaaaacaaaaaaacataaaaaccaaaaaaagccaaaaaaaacggctcaaaaaaaccaatgataaaaaacgccctaaaacaatctgttgaacttttaaatctctataattcagcttgtaatacatataagcaaataaaacaacaattaaatcgttcttctctgttaaaaaaaaatttcatcccctctcgtataagccctgggtgtcattctctcgcaccaacgacaactcctacaatacaacagataaaaagtacagacaaaccttgggggaactcatacatcgggatagtttacttttctgaatatagcaccaatagcaatttgtcatttagccaatcctgttattatttataggatatatgctattacattgcgacgtattaaacaatataaaatttgttcaaaattcca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                    A-AGCG-GGCCC-C-CGACA----------TGG--C-T---C--A-TA-TGAGTGGT-TGC-----GC-CCCCCGCCC----------CT---AA-CTCG---AAC--T---GC-TG-GA-TACGC
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                             CCC-CA--ACC---C-C----TGC--C-T---C--A-TA-TGA-T----CG------GC-CCCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCTGCCCc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                 ggAG-GACG-GCCCC---AGACC---C-CG---CGC--C-T------A-TA-TGA-TG-T-TGC------C-CCCTC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCctgc
gi|16                         :                                                                                                              GCTTT-GCTCACT--G-ACTCCC-ACTAG---GAA--T-TTGCG--GTGGA-CCCACTGGG--GGCCTCAt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                       C-CCCCC-CTA----------CT---AA-CTTG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                          CCCC-CCC----------CC---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCctga
gi|2                          :       TTATCAAATGTTTAAAAATGCGTCAAAGACAGAAATGGATTCCGGAG-ACA-AATTTCAAGCCTTACAAAA-TCTCTAAAACT-CTG---GAGCTTTCCGGGGGCTTT-GCCCCCT--GGTCCCCC-ACAAG---GGC--T-TTGCC--CTGGA-CCCACTGGG--GACCTCAA-AGCG-GCCCC-CAGGACC---C-C----TGT--C-T---C--A-TA-TGA-TT-T-TGC-----AC-CCCCC-CCC----------CT---AA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCACCCTc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                      taagctCC-CCC----------CT---A--CTCG---ATT--T---TC-TG-GA-TCCGCCC
gi|3                          :                                                                                   gAA---T-CAG----AGCTT-CCGG-GGTTTT-ACTCACT--A---CCCA-ACA-G---GGA--T-TTGTC--C-GGA-CCCACTGGG--GA-CTCAG-ACCA-GTCCA-TACAACC---C-A----TGC--C-T---C--T-CA---A-AG-T-TGC-----G-----CC-CGA----------CT---AACCTCA---GGA--T---CC-TGTGA-TCCACCCTct
gi|4                          :     aaTTATCTAATCAATAAAAATGT-TGGAATACAGA------T-CC-----ACA-A-TTTGAAACCACACAA----CTCT-------CAG------TTTTTGGGAAGCTTTCGCCCCCT--GGACCCCCTACAAA---GG-------G-C--CTG---TCCACC--G--GACCTCAA--GCG-ACACC-
gi|5                          :                                 taaatgAAG-GGA----GGAGGACATA-CTTCAAGTACTATAAAAGTATGTAAAA-T-CAAAAAGAGCTTTGCGGAGGCTTC-GTTCCTTTGGGTCCCCA-ACA-----GGCTTT-TTG-T--TTGGG-CCCACCGGGTCGGTCTCGA-GAC
gi|6                          :                                                                                                                                                                              aCCTCGATGGCG-GCCCC-CATCACCACGC-C----TGCGCC-TAGTC--A-TA-TGA-TG-T-TGC------C-CCCCC-CCC----------CT---CA-CTCGTATAATTGT---TCTTG-GA-TCCGCCCcc
gi|7                          :                                                                                    acttggacgc---GAGCTT-CCGGAGACTTT-GTTCCC---GGACTCTT-ACCAG---GGC--T-TTGCC--C-AGA-TCCTCTGAG--GGTATCAA-GGCG-GTTTC-TGGGACC---C-C----TGT--C-T---A--A-T--TGG-TG-T-c
gi|8                          :                                                                     CCTAAAAAA-TCACTAA---TTCAG---GAG--TTCCGGGGGTTCT-GCACCCT--AGGAACAC-ACAAGAGGGGC--CATTGCCGACTGGA-CT-ACTGGG--GGCCaccc
gi|9                          :                                                                                                                                                         C--CTGGAACCCACTGGG---------A-GGCG-----------ACT---C-C----TGC--C-T---C--AATA-AGA-TT-T-CGC-----CC-CCCCC-CCC----------CCCCCAA-CTCG---AAT--T---TC-TG-GA-TCCGCCCca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGGCCTTGTGCGGCCTAGACGCATCTGCGTCTGAAGAAAAATTCGCACGCCCCTTCCCCCCAATCAGAATTCCTGGATCCACCCCTA
Unaligned ( gi|17 ): CCGGGGCTTTGCCACCGAGGCGGACCCCCCCGCAGGGCATTGCCCGATGCAC