lowQualScore : 4 11 4 4 22 1 2 1 55555 1 333 2222 333333 2 4 4 55 66666666666 4444 1 222 1 33 4 4 4 4 4 6666 4 4 33 2 2 2 1 3333333 22222222 1 111 444444 1111111 222222 555555555555555555555555555555555 1111 1111 2222222222 3333333 11111 1111111 1111 22222222222222 6666666 22222222222222222222222222 1111 11111 1111 11
lowQualScore : 0 22 0 0 44 3 6 5 0 5 44444 3 5 333 3333 888888 0 2 0 0 55 2 3 2 44444444444 2222 5 4 111 5 3 3 2 11 3 55 2 0 0 0 0 0 2222 0 0 00 4 0 8 0 3 5 8888888 2 00000000 8 2 222 777777 77777 8888888 5 222222 5 5 000000000000000000000000000000000 5 3 2222 0000 2222222222 5 66 3 2 7777777 11111 3333333 99 4 8888 2 55 99999 7777 666666 3 666 66 3 3 55 7777 6 88888888 4444 22 555 3 77777777777777 0 44 2 88 3 0 333 6666666 5 4 88 4 88888888888888888888888888 555 3 5 2222 2 2 44 33 2 3 44444 7777 3 44 555 3 3 6666 3 55 555 8 4
lowQualScore : . .. . . .. . . . . . ..... . . ... .... ...... . . . . .. . . . ........... .... . . ... . . . . .. . .. . . . . . . .... . . .. . . . . . . ....... . ........ . . ... ...... ..... ....... . ...... . . ................................. . . .... .... .......... . .. . . ....... ..... ....... .. . .... . .. ..... .... ...... . ... .. . . .. .... . ........ .... .. ... . .............. . .. . .. . . ... ....... . . .. . .......................... ... . . .... . . .. .. . . ..... .... . .. ... . . .... . .. ... . .
lowQualScore : 0 00 0 0 00 0 0 5 0 5 00000 0 0 555 5555 555555 0 5 0 0 00 5 0 5 55555555555 5555 0 0 000 0 0 0 5 55 0 00 5 0 0 0 0 0 0000 0 0 00 0 0 5 0 0 0 0000000 5 88888888 8 0 000 555555 55555 3333333 7 111111 7 7 888888888888888888888888888888888 2 5 1111 6666 9999999999 0 33 9 9 9999999 11111 0000000 55 0 5555 9 55 00000 3333 999999 6 444 77 6 6 00 1111 7 88888888 2222 77 888 3 44444444444444 7 22 8 22 3 5 999 3333333 7 0 11 0 55555555555555555555555555 444 1 7 2222 9 9 22 66 9 1 22222 1111 3 22 444 1 1 5555 1 88 000 0 0
consensus : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGAGTTCGATTC-CTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAGGATANAGNACTCTAGGGGACTAGCTACTACTGTGTGTCTAGCNGCCCCCAGAGCCCCGCCGNNGACCACGCAACACATGCTGCGTGGAGATGGGGCTGGGCATGAATCGNCGCCATCA-GGAGTTCGAACCGAGACAA--ACGAGTCGGTNAACATGAGGGTGGGNGTTCACANTGGNNNGGGTCCNCTGTGGGGTCGTCGGTCTCAGGACAGNGGCTCAAGTTTGATGTCTGGTCCANTGACGTCACNCTNGCTAACAANATGGAGNCCGGCGGNNTNCCAGGAAA-GTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAG-GGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGG-TGAGTATATTT-ACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGAT-TA-TTCTGCAGACAAA-CTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATAC-GATATGATATGGCAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCATTGAGAGCGGGNAGATGGGAGATATACCTAGANAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAATGA--GATAG--GT-ATGAGTTT-CATTATA------TATT-TAACTG------TACTGACATTTC-T-ATAAA-C-AAG-CC------A-GGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TACACACA-------TCC-----TAATAT-------TCAT--AAATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T--T-C--CGGGTT--AGA-NAT-ACTTT-T-TTG-----TTTTGTTT-TTTN-T-TTTG-TTTTGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGC---NT-TT-ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TACTN---TGTAT-TGCAA-GA-AATAAT-AA-AACATTGAA
Reference ( gi|1 ) : TAGTAGGTTTG-CTGAACGATTTGTTTGGAAGGTTCGATTCTCTGTGCACAAA-CTCTGGGTGTGAGAAGAT-TAGTACCCTAGGGGACT-GCTATTATTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAG--TCTCGC-GAGGACCATGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGA-TCACCGCTATCAAGGAGTTCGA-CCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTAC-AGTGCTCTGTGGGATCGTTGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGATGTCACTCTCGCTAACACAATGGAGTCCAGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACG-ACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGCGAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAAAT-TACCCATAGAG-GTGGGAAGATGGGAGATATAC-TAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCAAAATGA--AATAG--G--GTGAGTTT-CATTATA------TATT-TAACTG------TACTGACATTTC-T-ATAAA-C-AAG-CT------A-G-CAA-----------CTGAATGT----GT----CAA-A--T-----TAT-TAT-TACACACA---C---TCC-----TAATAT-------TCAT--AAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T--T-T--CGGGTT--AGA-GAT-ACTTT-T-TTGGGGGGTTTTGTTT-TTTG-T-TTTG-TTTTGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGC---AT-TT-ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TACTA---TGTAT-TGCAT-GA-AATAAT-AA-AATATTGAA
gi|2 : AGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGAGTTCGATTC-CTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACTAGCTATTAT-GTGTGTC--GCTGCCCC-AG--CTTCGCCGAGGACCATGCAACAC-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCACCGCTATCA-GGAGTTCGAACCGAGACAA--ACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTG-TACGAGT--CCTGTGGGATCGTTGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTT-ATGTTTGGTCTACTGATGTCACTCTCGCTAACA-AATGGAGTCCAGCGGCCTCCCAGGAAA-GTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAG-GGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGG-TGAGTATATTT-ACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGAT-TA-TTCTGCAGACAAA-CTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATAC-GATATGATATGGCAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAATTATACCCAT-GAGAGTGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATAGAATTTGCCATTTATGTAACC-AAATGA--GATAGGTG--ATGAG-TT-CATTATA------TATT-TAACTG------TACTGACATTTC-T-ATAAA-C--AG-CT------AGG-CAA-----------CTGAATGT----GT----CAA-A--T-----TAT-TAT-TACACACA-------TCC-----TAATA--------TCATTCTAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAGAA---ACAACA-T-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-AT-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTCT-C--CGGGTT--AGA-GAT-ACTTT-T-TTGGGGGG-TTTGTTT-TTTG-TGTTTGTTTTTGAT-TT-T-----GGT---ACTT---TTTCACG-CATGTT-TGC---AT-TT-ATTTTGTAATA--T-A-G-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--GTATC-TT-TACTA---TGTAT-TGCAT-G--AATAAT-AA-AATA
gi|11 : GAGGAT-AAAGATTCT-GGGGACT-GTTACTACTGTGT---TAGCGGTCCCCAGAGCCCCGC-ACCGATCACGC--C-CATGCTGTGTGGAGATGGGGCTAGACATGA-TTGATGCCATC
gi|17 : ctgaatgaattgttagctcgatttgaccgcttggccgctgacaactactgctcGTTAACATGAGGGTGGGGATTCACAGTGGGCG-GGTCCATTGTGGGGTCATCGGTCTCAGGA-AGTGGC---AGTTTGATGTCTGGTCCAATGACGTTACGCTGGCTAACAATATGGAGGCCGGTGGAATGCCAGG
gi|7 : AAT-TACCTATTGAA-ACGGGCAGATGGGA-AT---C-T-GATAGAA--AA---TGCAATTTATGTGATCTAAACGA--TATTGGTG--ATGAATTTCCATTATT------TGTT-TAAATGCAAAGATAGTGTCAAATC-TCAT--A-C-GAG-AC------A-G---A-----------C-GAG-------GT----CTA-C--C-----TATCTA--TACTCA-A---CGAATCC-----CAGTAT-------ATAC--AAGTTCAATAA-TTT----GTTTAA--CAATAGTAA---TGA---T--CAT-G---TC----TT-A-A--ATAAAA----TATGTACATTA-GT-AAA--A-GT-TATTCA-A---CAGAAAG-TTGAAA--C--T-C--CGGGTT--AAA-gtag
gi|5 : GAATTT-GCCATTTAATTAACCGAAATGA--GATAG--G---TGA------------------TATT-TAACTG------TGCTGGCATTTC-T-ATAAAAC-AAG-CC------A-GGCAA-----------CTCAATGT----GT----CAA-G--G-----TAT-TA---------------------------GTAT-------TCAT--AAAGTTAATCA-ACC----ATTCAA--T----ATAA---CGA---A--CAG-A---GCGGGATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT--------------------------GAG-TT------C--T-C--TGGGTT--ATA-CAT-GCTTT-A-TTG----------TTT-TTTC-T-TTT----TTGTT-TT-T-----GGTA-ACTTT---TTTCACG-CATGT---GC---TT-TT-ATTTTGTAATA--T-TTG-TATTGA-T-----GT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TACTT---TGTAT-AGCAA-GA----AAT-AA-AACATTG
gi|4 : aGAATTT-GC-ATTTATGTAACCGAAATGATGAATAG--GTTATGAGTTG-CATTATA------TAAT-TA-TTG------TACTCA-ATTTC-T-AGAAA-AGAAG-CT------A-GACAA-----------CTCAGTGT----GT----CAA-G--T------AT-TAT-TACACACA-------TCC-----TAATGT-------TCAT--CA-TTTAATCATATT----TTTAAA--T----ATAA---TTA---A--CAA-A---CCAACAAT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-CT---G--ACAT-TA-TCGTG---GAGAGAG-TT--AA--T--TCT--CAGTTT--A-A-CAT-AC-TT-T-TTG------TTTATTC-TTTT-T-TTTT-TTTT--T-TT-T------------CTT---TCTAAAG--ATG-T-TGCTTTAT-TTAATTTTGTAATA--C-ATG-TCTTTG-TTTTA-AT-----CT-TTTCAAT--A---C-TT-TACTT---TGAAT-AGCAA-GA-AATAA
gi|22 : taTGTAACAAACAAGA--ATTAG--GTGATGGATTT-CATGATT------TGTT-CAACTG------TACT
gi|23 : aatatatcctgtcAAATGA--GATAG--GTGATGAGTTT-CATTATACATGTATATT-TAACTG------TACTGACATTTC-T-ATAAA-
gi|3 : ATA------TAATATAACTGA-----TACAGAC-TTTCAT-ATAAA-A-AAGGCTTATAAGG-G-CAATCGAAAGCTCTCTAAATGTTGAGATAACACAA-AATT-----CAT-TATGTACAAACATAAC---ACT-----TAATGTACGTTAACCATG-AAAATTATCCA-ACTTCGAATTTAAAGT----GTAAAA-CGA---A--CAG-ACGGACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTTAAT-AGA--A-ATATA-TCATG---GAGAAAA-TT--AGATC--T-C--CTGGTTGCAGAGGAT-ACTTT-T-TT---GGGTTTT-TTT-TTTG-T-TTT--TTTT-AT-TTGTTTAAGGGTACGATCT---TTTCATATTATCCTATGC---AT-TT-ATTTGCTAATC--TCATGATAGTGAGT-----ATACGACTTATTTCAAT--G---CATTATACTAT--TGTAT-T-CATAGAGAATAATAAA-AATATTGAA
gi|8 : TC-T-GTAAAAT-ATG-CC------A-GGCAA-----------CTCAAATT----AT----CCG-A--G-----TAT-TAT-TACAAAAA-------TCC-----TAATAT-------TCAT--AAATTTAGTTA-ACT----AATAAA--T----ATAAGTTTGA---ATTTGG-C---AC-ACATT-ACA--T-AAACACTATATGTAAA-TT-AT-AAC--A-AC-TC-TC------------------------------CAAGTT----G-GAC-GCCTT-T-TTATGGA--------T-TTTA-T-TTTG-T----A---T-T-----GGT--AACCT---CTTCACG-CGTGTT-TGC---CT-TA-GTCTTCTA--A--T-ATC-TATTGA-T-----taatattt
gi|13 : taT----GT----CAA-G--TACATGTAC-T-T-TCCA-ACA-------TCC-----TAATAT--------CAT--AAATT-AATCA-ACC----ATTTAA--T----ATAA---GGA---A--CAG-A---ACG-CATTTA-A--TCAAAT-----ATGTAAATTA-AT-TAA--T-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T--TCT--CCGGGT--AGA-CAT-AATTTAT-TT
gi|6 : T----CAACA--T-----TAT-CAT-TACACACA-------TCC-----TAATAT-------TCAT--AAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTCT-C--CAGTTT--AGA-GAT-ACATT-T---------TTTTGTTT-TTTGTT-TTTG-TTTTGA--TT-T-----GGT--AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGC---AT-TT-ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TACTA---TGTAT-TGCAT-GA-AATAAT--A-AATATTGAa
gi|9 : cAT-TACACATA---T---TCTAATATTAGTAT-------TCAT--ATAATTAATCA-ACC----ATCAAA--T----A----------------AG-A---AGAGTATT-A-A--TTAAAT----CATGTG-------T-AAA--A-AT-TA-TCACG---GAGAACT-TT--AG--T--T-CTGCGGATT--AGA-AAT-ACTTT-----------TTTTGTC-------------------AT----T-----GGTA-ACTTT---TTTCACG-CACGCT-TGC---TG-TT-ATTTGGTAATA--T-CTG-TATTGA-A-----AT----CC-------ACCGG---C----TACAT---TGTAT-TGCAA-GA-A--AAT-AA-tattga
gi|12 : caaggtacAT-------TCAT--TAATTTAAGTA-ATG----A-GAAA--T----CTAA-----ATTTA--CA--A---ATATCATC-A-ACTTTAGAT----AATGTAAATTC-AT-GAG--A-AT-CA-TCATG---GAGACAGTTT--AG--TTCT-C--CAGGTT--A-A-AAT-AATTT-T-Tcat
gi|16 : A---A--CAG-A---ACAGCATT-A-A--TC-AAT----TATGTAAATTC-ATGAAGATA-AC-TA-TCATGGGAGAAAAAG-TT--AG--T--T-T--Ccttaactttttcatgtatgtatgcttttgttt
gi|10 : CAAAT----TACA-AAATTTCAC-AAG--------------G---GAAAGA--TT--A---------------TT--AGA-TATTACTTC-TATT------TTTTGTTTGTTTG-T-TCT--TTATGTTCTT-T-----GGTA-A-CTTGCTTTTCACG-CATTGT-TGC----T-TT--TTTTGTAATA--T-ATG-TAtccggatgaacgaccatacattagtgtgtttggataacttttcactcatgtttgcctttattttttgta
gi|15 : ttggg--T-C--CGGGTT--AGA-CAT----TT-T-TTGGG---TTTTATTT-CCTT-T-TTTG-TTTTGGT-AC-A-----TGTA-A-CTT---TTTCACG-CATGTT-TGC---AT-TT-ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTAA-T-----AT----CCA-TTTAAAT--G---C-TT-TACTC---TGTAT-TGCAA-GA-AATAAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctgtatcaatatccttttcaatgctttacttagtattgcaagaaatgaaaccattgattgattgc
gi|14 : c--CGGGTT--AGA-CAT-ACTCT-T-TTG-----TTTTTTTC-CTTT-T-TTTG-TTTTGAT---------------AACCT---TTTCACG-CATGTT-TGC---AT-TT-ATTTTGTAATATGT-ATG-CATTAA-T-----AT----CTT-TTTCAAT--G---C-TT-TACTGATCTGTAT-TGCAA-GA----AAT-AA-AACATTG
gi|18 : AC-TC-T-----GGCA-ATCTT---TTT-ATG-CATGTT-TGT---TT-AT-ATTTTGAAATA--T-CTG-TATTAC-G-----AT----CCT-TGTAAAT--G---C-TT-TACCT---TGTAT-TGCA---A-GACAATGAA-AATATTGA
gi|16 : -TT-T-----GGAT-AACTT---TT-CACT-CATGTT-TGC---CT-TT-ATTTTtt
gi|19 : aacagaacagcattaatcaattatgtaaattcatgaagataactatcatgggagaaaaagttagtttctccggatgaacgaccatacattagtgtgCTC---TTTCACG-CATGTTCTGC---TTATT-ATTTTGTAATA--T-CTG-TATTCA-T-----AT----CCT-TCTTCAT--G---C-TC-TACTA---ATTATATGCAA-GA-AATAAA-AACAATttgta
gi|20 : TATT-TGC---TT-AT-ATTTTGTAATA--T-TTG-TGTTAA-TTTAATAT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TACTT---TGCAT-TGCAA-GA-A--AAT-AA-AACATTGA
gi|10 : tTG-TATCAA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TACTT---AGTAT-TGCAA-GA-AATG---AA-ACCATTGAt
gi|25 : ttgggcaaattacaaaatttcacaagggaaagattattagatattacttctattttttgtttgtttgttctttatgttctttggtaacttgcttttcacgcattgttgctttttttgtaatatatgtaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccTTCAAT--G---C-TT-TACTT---TGTAT-AGCAA-GA-AATAAttgattgc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CTCTCGTCACCTTAGATGCAGTAGTCATAAATTGCCAATTGAATGTAAGTGGCAGATACAGTAGGTCTGAACG
Unaligned ( gi|24 ): GATAGTGTCATCTCATACGAGTCTACCTAGAATATACTCAACGAATCCCAGTACAT
Alignments
lowQualScore : 1 2 1 1 2 1 22222 1111 2 333 11 2 1 22 2222 11 4444 1 2 2 1 2 2 2222 2 2 1 111 1 2 111111 111111 1111 111111 22222222222 1111 1111 2222222222 22222222222222 1111 2222222222 2222222222222 22222222222222222222 11111
lowQualScore : 5 0 5 0 88 4 7 3 0 2 00000 1 1111 0 3 22 0 7 777 0 0 44 11 0 0 5 77 1 0 1 1 2222 6 77 0 0 4444 0 6 1 88 6 0 0 1 0 1 1 4 1 0 22 1 0 0 5 0 0 2222 0 0 55 1 5 7 444 1 6 6 7 1 7 0 5 5 9 77 77 8 1 5 444444 999999 5 5 5555 666666 77777777777 3 0000 2222 0000000000 4 44 777 2 4 8888 11111111111111 88 3 7777 1 55 7777 4444 555 44 3 555 44 3 3 44 6666 6 44 5555 4444 1 555 3 3333333333 33 33 33 66 2 4444444444444 5 3 66 3 55 3 66666666666666666666 555 2 5 1 2 444 2 33 2 2 2 33333 6666 3 33 555 2 2 555 33 2 2 9999 6
lowQualScore : . . . . .. . . . . . ..... . .... . . .. . . ... . . .. .. . . . .. . . . . .... . .. . . .... . . . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . .... . . .. . . . ... . . . . . . . . . . .. .. . . . ...... ...... . . .... ...... ........... . .... .... .......... . .. ... . . .... .............. .. . .... . .. .... .... ... .. . ... .. . . .. .... . .. .... .... . ... . .......... .. .. .. .. . ............. . . .. . .. . .................... ... . . . . ... . .. . . . ..... .... . .. ... . . ... .. . . .... .
lowQualScore : 5 0 5 7 33 0 3 7 7 0 33333 0 3333 7 3 00 7 3 333 7 7 77 77 7 0 5 55 0 7 0 0 7777 7 77 7 7 0000 7 7 0 00 7 7 7 0 7 0 0 0 0 7 00 0 0 0 5 0 0 0000 0 0 00 0 5 3 777 0 7 7 3 0 3 8 4 0 3 99 99 6 4 7 444444 444444 0 0 3333 444444 11111111111 0 6666 5555 6666666666 0 88 000 5 0 5555 55555555555555 66 6 7777 0 00 7777 8888 888 66 3 888 77 3 3 66 5555 2 88 9999 5555 5 444 1 4444444444 77 77 77 33 9 1111111111111 2 1 22 1 88 1 44444444444444444444 000 9 3 0 7 777 7 99 9 9 9 22222 5555 1 99 000 9 9 000 99 9 9 9999 7
consensus : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGGGTTCGATTCTCTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACT-GCTATTACTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAGAGCCTCGC-GAGGACCACGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCGCCGCTATCAAGGAGTTCGAACCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACGGGTCC-CTGTGGGATCGTCGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGACGTCACTCTCGCTAACAA-ATGGAGTCCGGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGNNAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCATTGAGAGCGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAACGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-ATAAA-C-AAGCC------AGGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TC--CGGGTT--A--GA-CAT-ACTTT-TTT-----G--TTTTGTTT-TTT-NT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCNT-T---TA-TTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T-TTGTAT-TGCA-AGA-AATAAT-AAAACATTGAA
Reference ( family-4251 ) : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGAGTTCGATTC-CTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAGGATANAGNACTCTAGGGGACTAGCTACTACTGTGTGTCTAGCNGCCCCCAGAGCCCCGCCGNNGACCACGCAACACATGCTGCGTGGAGATGGGGCTGGGCATGAATCGNCGCCATCA-GGAGTTCGAACCGAGACAA--ACGAGTCGGTNAACATGAGGGTGGGNGTTCACANTGGNNNGGGTCCNCTGTGGGGTCGTCGGTCTCAGGACAGNGGCTCAAGTTTGATGTCTGGTCCANTGACGTCACNCTNGCTAACAANATGGAGNCCGGCGGNNTNCCAGGAAA-GTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAG-GGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGG-TGAGTATATTT-ACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGAT-TA-TTCTGCAGACAAA-CTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATAC-GATATGATATGGCAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCATTGAGAGCGGGNAGATGGGAGATATACCTAGANAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAATGA--GA--TAGGT-ATGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-ATAAA-C-AAGCC------AGGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TC--CGGGTT--A--GA-NAT-ACTTT-TTT-----G--TTTTGTTT-TTT-NT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCNT-T---TA-TTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T-NTGTAT-TGCA-AGA-AATAAT-AAAACATTGAA
gi|1 : AGTAGGTTTG-CTGAACGATTTGTTTGGAAGGTTCGATTCTCTGTGCACAAA-CTCTGGGTGTGAGAAGAT-TAGTACCCTAGGGGACT-GCTATTATTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAG--TCTCGC-GAGGACCATGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGA-TCACCGCTATCAAGGAGTTCGA-CCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACAG-TGCTCTGTGGGATCGTTGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGATGTCACTCTCGCTAACACAATGGAGTCCAGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACG-ACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGCGAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAAAT-TACCCATAGAG-GTGGGAAGATGGGAGATATAC-TAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCAAAATGA--AA--TAGG--GTGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-ATAAA-C-AAGCT------A-GCAA-----------CTGAATGT----GT----CAA-A--T-----TAT-TAT-TAC---ACACACT----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TT--CGGGTT--A--GA-GAT-ACTTT-TTTGGGGGG--TTTTGTTT-TTT-GT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T---TA-TTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T-ATGTAT-TGCA-TGA-AATAAT-AAAATATTGAA
gi|10 : tCAAAT----TACA-AAATTTCAC-AAG--------------G---GAAAGA--TT--A---------------TT--A--GA-TATTACTTC-TAT-----T--TTTTGTTTGTTT-GT-TCT--TTA-TGTTCTT-T-----GGTA-A-CTTGCTTTTCACG-CATTGT-TGCTT-T------TTTTGTAATA--T-ATG-TA
gi|10 : ttgggA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T-TAGTAT-TGCA-AGA-AATG---AAACCATTGAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctgtatcaatatccttttcaatgctttacttagtattgcaagaaatgaaaccattgattgattgc
gi|11 : ttgggcaaattacaaaatttcacaagggaaagattattagatattacttctattttttgtttgtttgttctttatgttctttggtaacttgcttttcacgcattgttgctttttttgtaatatatgtaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctgtatcaGAGGATAAAG-ATTCT-GGGGACT-GTTACTACTGTGT---TAGCGGTCCCCAGAGCCCCGC-ACCGATCACGC--C-CATGCTGTGTGGAGATGGGGCTAGACATG-ATTGATGCCATCttgattgc
gi|12 : ctgaatgaattgttagctcgatttgaccgcttggccgctgacaactactgctcAT-------T------CAT--TAATTTAAGTA-ATG----AG-AAA--T----CTAA-----ATTTA--CA--A---ATATCATC-A-ACTTTAGAT----AATGTAAATTC-AT-GAG--A-AT-CA-TCATG---GAGACAGTTT--AG--TTC-TC--CAGGTT--A---A-AAT-AATTT-TT---------CTTAACTT-TTT-CA-TGTA-TGTATGCT-TT-T-----G
gi|13 : T----GT----CAA-G--TACATGTAC-T-T-TCC---A-ACA-T----CCTAATAT--------------CAT--AAATT-AATCA-ACC----ATTTAA--T----ATAA---GGA---A--CAG-A---ACG-CATTTA-A--TCAAAT-----ATGTAAATTA-AT-TAA--T-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTC-TC--CGGG-T--A--GA-CAT-AATTTATTT-----ttt
gi|14 : --CGGGTT--A--GA-CAT-ACTCT-TTT-----G--TTTTTTTC-CTT-TT-TTTG-TTT-TGAT---------------AACCT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T---TA-TTTTGTAATATGT-ATG-CATTAA-T-----AT----CTT-TTTCAAT--G---C-TT-TACTGAT-CTGTAT-TGCA-AGA----AAT-AAAACATTGa
gi|15 : ---TC--CGGGTT--A--GA-CAT----TT-TTT-----GGGTTTTATTT-CCT-TT-TTTG-TTT-TGGT-AC-A-----TGTA-A-CTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T---TA-TTTTGTAATA--T-ATG-TATTAA-T-----AT----CCA-TTTAAAT--G---C-TT-TAC---T-CTGTAT-TGCA-AGA-AATAA
gi|16 : cA---A--CAG-A---ACAGCATT-A-A--TC-AAT----TATGTAAATTC-ATGAAGATA-AC-TA-TCATGGGAGAAAAAG-TT--AG--TTTCTC--CGGATG--AACGACCAT-ACATT-AGT-----G--------------------TG-TTT-GGAT---------------AAC-T---TTTCACT-CATGTT-TGCCT-T---TA-TTTT
gi|17 : GTTAACATGAGGGTGGGGATTCACAGTGGGC-GGGTCCATTGTGGGGTCATCGGTCTCAGGA-AGTGGC---AGTTTGATGTCTGGTCCAATGACGTTACGCTGGCTAACAATATGGAGGCCGGTGGAATGCCAGGttgta
gi|18 : AC-TC-T-----GGCA-ATCTT---TTT-ATG-CATGTT-TGTTT-A---TA-TTTTGAAATA--T-CTG-TATTAC-G-----AT----CCT-TGTAAAT--G---C-TT-TAC---C-TTGTAT-TGCA-AG---ACAATGAAAATATTGAgtag
gi|19 : CTC---TTTCACG-CATGTTCTGCTTAT---TA-TTTTGTAATA--T-CTG-TATTCA-T-----AT----CCT-TCTTCAT--G---C-TC-TAC---T-AATTATATGCA-AGA-AATA---AAAACAtt
gi|2 : AGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGAGTTCGATTC-CTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACTAGCTATTA-TGTGTGTC--GCTGCCCC---AGCTTCGCCGAGGACCATGCAACAC-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCACCGCTATCA-GGAGTTCGAACCGAGACAA--ACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTG-TACGAGTCC--TGTGGGATCGTTGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTT-ATGTTTGGTCTACTGATGTCACTCTCGCTAACAA-ATGGAGTCCAGCGGCCTCCCAGGAAA-GTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAG-GGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGG-TGAGTATATTT-ACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGAT-TA-TTCTGCAGACAAA-CTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATAC-GATATGATATGGCAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAATTATACCCA-TGAGAGTGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATAGAATTTGCCATTTATGTAACC-AAATGA--GA--TAGGTGATGAG-TT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-ATAAA-C--AGCT------AGGCAA-----------CTGAATGT----GT----CAA-A--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATA--------T------CATTCTAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAGAA---ACAACA-T-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-AT-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTC-TC--CGGGTT--A--GA-GAT-ACTTT-TTTGGGG-G--GTTTGTTT-TTT-GTGTTTGTTTT-TGAT-TT-T-----GGT---ACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T---TA-TTTTGTAATA--T-A-G-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--GTATC-TT-TAC---T-ATGTAT-TGCA-TG--AATAAT-AAAATAat
gi|20 : TATT-TGCTT-A---TA-TTTTGTAATA--T-TTG-TGTTAA-TTTAATAT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T-TTGCAT-TGCA-AGA-A--AAT-AAAACATTGA
gi|22 : tTGTAAC--AAACAA--GAATTAGGTGATGGATTT-CATGATT------TGTTCAACTG------TACTt
gi|23 : aatatatcctgtcAAATGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATACATGTATATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-ATAAA-
gi|25 : TTCAAT--G---C-TT-TAC---T-TTGTAT-AGCA-AGA----AAT-AAAACAGTG
gi|3 : TATA-------ATATAACTGA-----TACAGAC-TTTCAT-ATAAA-A-AAGGCTTATAAGGGCAATCGAAAGCTCTCTAAATGTTGAGATAACACAA-AATT-----CAT-TATGTAC---AAACA-TAACACTTAATGTACGTTAAC------CATG-AAAATTATCCA-ACTTCGAATTTAAAGT----GTAAAA-CGA---A--CAG-ACGGACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTTAAT-AGA--A-ATATA-TCATG---GAGAAAA-TT--AGATC---TC--CTGGTTGCA--GAGGAT-ACTTT-TTTGG---G--TTTT-TTT-TTT-GT-TTT--TTT-T-AT-TTGTTTAAGGGTACGATCT---TTTCATATTATCCTATGCAT-T---TA-TTTGCTAATC--TCATGATAGTGAGT-----ATACGACTTATTTCAAT--G---CATTATAC---TATTGTAT-T-CATAGAGAATAATAAAAATATTGAAgttgattg
gi|4 : aGAATTT-GC-ATTTATGTAACCGAAATGATGAA--TAGGTTATGAGTTG-CATTATA------TAATTA-TTG------TACTCA-ATTTC-T-AGAAA-AGAAGCT------AGACAA-----------CTCAGTGT----GT----CAA-G--T------AT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATGT-------T------CAT--CA-TTTAATCATATT----TTTAAA--T----ATAA---TTA---A--CAA-A---CCAACAAT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-CT---G--ACAT-TA-TCGTG---GAGAGAG-TT--AA--T---TC--TCAGTT--T--AA-CAT-ACTTT-TT------G--TTT-ATTC-TTT-TT-TTTT-TTT-T--T-TT-T------------CTT---TCTAAAG--ATGTT--GCTT-TATTTAATTTTGTAATA--C-ATG-TCTTTG-TTTTA-AT----C-T-TTTCAAT--A---C-TT-TAC---T-TTGAAT-AGCA-AGA-AATAAtaatattt
gi|5 : taGAATTT-GCCATTTAATTAACCGAAATGA--GA--TAGGT-G--------------A------TATTTAACTG------TGCTGGCATTTC-T-ATAAAAC-AAGCC------AGGCAA-----------CTCAATGT----GT----CAA-G--G-----TAT-TA-----------------------GTAT-------T------CAT--AAAGTTAATCA-ACC----ATTCAA--T----ATAA---CGA---A--CAG-A---GCGGGATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT--------------------------GAG-TT------C---TC--TGGGTT--A--TA-CAT-GCTTT-ATT-----G--TTTT---T-TCT-TT-TTTG-TTT-T-------T-----GGTA-ACTTT---TTTCACG-CATGT---GCTT-T---TA-TTTTGTAATA--T-TTG-TATTGA-T-----GT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T-TTGTAT-AGCA-AGA----AAT-AAAACATTG
gi|6 : aT----CAACA--T-----TAT-CAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTC-TC--CAGTTT--A--GA-GAT-ACATT-T----------TTTTGTTT-TTTGTT-TTTG-TTT-TGA--TT-T-----GGT--AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T---TA-TTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T-ATGTAT-TGCA-TGA-AATAAT--AAATATTGA
gi|7 : cTACCTATTGAAA-CGGGCAGATGGGA-----ATCT-GATAGAA--AAT---GCAATTTATGTGATCTAAACGA--TA--TTGGTGATGAATTTCCATTATT------TGTTTAAATGCAAAGATAGTGTCAAATC-TCAT--A-C-GAGAC------AGACGA-----------------G-----GT----CTA-C--C-----TATCTA--TACTCAACGAA-T----CCCAGTAT-------A------TAC--AAGTTCAATAA-TTT----GTTTAA--CAATAGTAA---TGA---T--CAT-G---TC----TT-A-A--ATAAAA----TATGTACATTA-GT-AAA--A-GT-TATTCA-A---CAGAAAG-TTGAAA--C---TC--CGGGTT--A--AA-tattga
gi|8 : aatTC-T-GTAAAAT-ATGCC------AGGCAA-----------CTCAAATT----ATC---CGA-G--------TAT-TAT-TAC---AAAAA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAGTTA-ACT----AATAAA--T----ATAAGTTTGA---ATTTGG-C---AC-ACATT-ACA--T-AAACACTATATGTAAA-TT-AT-AAC--A-AC-T--------------------------C---TC--CAAGTT--G--GA-C---GCCTT-TTT-----A-----TGGAT-TTT-AT-TTTG-T-----A---T-T-----GGT--AACCT---CTTCACG-CGTGTT-TGCCT-T---AG-TCTTCTA--A--T-ATC-TATTGA-T-----
gi|9 : ta----CAA-G--G-----TAC--AT-TAC---ACATA-T----TCTAATAT-------TAGTATTCAT--ATAATTAATCA-ACC----ATCAAA--T----A----------------AG-A---AGAGTATT-A-A--TTAAAT----CATG------T-GT-AAA--A-AT-TA-TCACG---GAGAACT-TT--AG--T---TCTGCGGATT--A--GA-AAT-ACTTT------------TTTTGTC--------------------A---T-T-----GGTA-ACTTT---TTTCACG-CACGCT-TGCTG-T---TA-TTTGGTAATA--T-CTG-TATTGA-A-----AT----CC-------ACCGG---C----TAC---A-TTGTAT-TGCA-AGA-A--AAT--AAACAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CTCTCGTCACCTTAGATGCAGTAGTCATAAATTGCCAATTGAATGTAAGTGGCAGATACAGTAGGTCTGAACG
Unaligned ( gi|24 ): GATAGTGTCATCTCATACGAGTCTACCTAGAATATACTCAACGAATCCCAGTACAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1 1 11111 1111 1 111 11 1 1 11 11 22 2222 111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 111 1 1 11 11111111 111111 1 111111 22222222222 1111 1111 2222222222 22222222222222 1111 2222222222 222222222 22222222222222222222 11111
lowQualScore : 5 5 5 7 7 7 3 2 99999 1111 3 0 7 666 44 0 5 5 88 44 55 0 8888 6 7 6 0 777 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 22 1 5 6 444 6 2 7 7 0 5 5 9 1 77 77 00 55555555 999999 5 5 5 0 1 666666 77777777777 3 0000 2222 5555555555 4 44 777 2 4 8888 55555555555555 8888 3 7777 1 55 7777 4444 555 44 3 555 44 3 3 44 6666 6 44 5555 4444 1 555 3 3333333333 33 33 33 99 2 1 2 555555555 5 3 66 3 55 3 66666666666666666666 555 2 5 1 2 2 444 33 2 2 2 33333 6666 3 33 555 2 2 555 66 2 9999 6
lowQualScore : . . . . . . . . ..... .... . . . ... .. . . . .. .. .. . .... . . . . ... . . . . . . . . . . .. . . . ... . . . . . . . . . .. .. .. ........ ...... . . . . . ...... ........... . .... .... .......... . .. ... . . .... .............. .... . .... . .. .... .... ... .. . ... .. . . .. .... . .. .... .... . ... . .......... .. .. .. .. . . . ......... . . .. . .. . .................... ... . . . . . ... .. . . . ..... .... . .. ... . . ... .. . .... .
lowQualScore : 5 5 5 3 3 3 3 0 77777 3333 3 7 3 777 77 7 5 5 00 00 33 7 3333 7 3 7 7 777 7 5 5 5 0 5 0 0 5 0 00 0 5 0 777 7 0 3 3 8 4 0 3 4 99 99 66 00000000 444444 0 0 0 0 7 444444 11111111111 0 6666 5555 5555555555 0 88 000 5 0 5555 99999999999999 8888 6 7777 0 00 7777 8888 888 66 3 888 77 3 3 66 5555 2 88 9999 5555 5 444 1 4444444444 77 77 77 00 9 0 9 666666666 2 1 22 1 88 1 44444444444444444444 000 9 3 0 7 7 777 99 9 7 9 22222 5555 1 99 000 9 9 000 88 9 9999 7
consensus : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGGGTTCGATTCTCTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACT-GCTATTACTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAGAGCCTCGC-GAGGACCACGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCGCCGCTATCAAGGAGTTCGAACCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACGGGTCC-CTGTGGGATCGTCGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGACGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCGGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGNNAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCAT-GAGAGCGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAACGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCC------AGGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT-A--AATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TC--CGGGTT--A--GA-CAT-ACTTT-TTT-----G--TTTTGTTT-TTT-NT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCNT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATTGCA-AGA-AATAAT-AAAACATTGAA
Reference ( family-4251 ) : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGGGTTCGATTCTCTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACT-GCTATTACTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAGAGCCTCGC-GAGGACCACGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCGCCGCTATCAAGGAGTTCGAACCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACGGGTCC-CTGTGGGATCGTCGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGACGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCGGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGNNAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCATTGAGAGCGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAACGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCC------AGGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT-A--AATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TC--CGGGTT--A--GA-CAT-ACTTT-TTT-----G--TTTTGTTT-TTT-NT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCNT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATTGCA-AGA-AATAAT-AAAACATTGAA
gi|1 : AGTAGGTTTG-CTGAACGATTTGTTTGGAAGGTTCGATTCTCTGTGCACAAA-CTCTGGGTGTGAGAAGAT-TAGTACCCTAGGGGACT-GCTATTATTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAG--TCTCGC-GAGGACCATGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGA-TCACCGCTATCAAGGAGTTCGA-CCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACAGTGCT-CTGTGGGATCGTTGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGATGTCACTCTCGCTAACACA-ATGGAGTCCAGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACG-ACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGCGAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAAAT-TACCCATAGAG-GTGGGAAGATGGGAGATATA-CTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCAAAATGA--AA--TAG--GGTGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCT------A-GCAA-----------CTGAATGT----GT----CAA-A--T-----TAT-TAT-TAC---ACACACT----CCTAATAT-------T------CAT-A--AATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TT--CGGGTT--A--GA-GAT-ACTTT-TTTGGGGGG--TTTTGTTT-TTT-GT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--ATGTATTGCA-TGA-AATAAT-AAAATATTGAA
gi|10 : tCAAAT----TACA-AAATTTCAC-AAG--------------G---GAAAGA--TT--A---------------TT--A--GA-TATTACTTC-TAT-----T--TTTTGTTTGTTT-GT-TCT--TTA-TGTTCTT-T-----GGTA-A-CTTGCTTTTCACG-CATTGT-TGCTT-T-T-----TTTGTAATA--T-ATG-TA
gi|10 : ttgggTG-TATCAA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TAGTATTGCA-AGA-AATG---AAACCATTGAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctgtatcaatatccttttcaatgctttacttagtattgcaagaaatgaaaccattgattgattgc
gi|11 : ttgggcaaattacaaaatttcacaagggaaagattattagatattacttctattttttgtttgtttgttctttatgttctttggtaacttgcttttcacgcattgttgctttttttgtaatatatgtaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccGAGGATAAAG-ATTCT-GGGGACT-GTTACTACTGTGT---TAGCGGTCCCCAGAGCCCCGC-ACCGATCACGC--C-CATGCTGTGTGGAGATGGGGCTAGACATG-ATTGATGCCATCttgattgc
gi|12 : ctgaatgaattgttagctcgatttgaccgcttggccgctgacaactactgctcAT-------T------CAT-T--AATTTAAGTA-ATG----AG-AAA--T----CTAA-----ATTTA--CA--A---ATATCATC-A-ACTTTAGAT----AATGTAAATTC-AT-GAG--A-AT-CA-TCATG---GAGACAGTTT--AG--TTC-TC--CAGGTT--A--AA--AT-AATTT-TT---------CTTAACTT-TTT-CA-TGTA-TGTATGCT-TT-T-----G
gi|13 : T----GT----CAA-G--TACATGTAC-T-T-TCC---A-ACA-T----CCTAATAT--------------CAT-A--AATT-AATCA-ACC----ATTTAA--T----ATAA---GGA---A--CAG-A---ACG-CATTTA-A--TCAAAT-----ATGTAAATTA-AT-TAA--T-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTC-TC--CGGG-T--A--GA-CAT-AATTTATTT-----ttt
gi|14 : --CGGGTT--A--GA-CAT-ACTCT-TTT-----G--TTTTTTTC-CTT-TT-TTTG-TTT-TGAT---------------AACCT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATATGT-ATG-CATTAA-T-----AT----CTT-TTTCAAT--G---C-TT-TACTGAT--CTGTATTGCA-AGA----AAT-AAAACATTGa
gi|15 : ---TC--CGGGTT--A--GA-CAT----TT-TTT-----GGGTTTTATTT-CCT-TT-TTTG-TTT-TGGT-AC-A-----TGTA-A-CTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTAA-T-----AT----CCA-TTTAAAT--G---C-TT-TAC---T--CTGTATTGCA-AGA-AATAA
gi|16 : cA---A--CAG-A---ACAGCATT-A-A--TC-AAT----TATGTAAATTC-ATGAAGATA-AC-TA-TCATGGGAGAAAAAG-TT--AG--TTTCTC--CGGATG--AACGACCAT-ACATT-AGT-----G--------------------TG-TTT-GGAT---------------AAC-T---TTTCACT-CATGTT-TGCCT-T-T---ATTTT
gi|17 : GTTAACATGAGGGTGGGGATTCACAGTGG-GCGGGTCCATTGTGGGGTCATCGGTCTCAGGA-AGTGGC---AGTTTGATGTCTGGTCCAATGACGTTACGCTGGCTAACA-ATATGGAGGCCGGTGGAATGCCAGGttgta
gi|18 : AC-TC-T-----GGCA-ATCTT---TTT-ATG-CATGTT-TGTTT-A-T---ATTTTGAAATA--T-CTG-TATTAC-G-----AT----CCT-TGTAAAT--G---C-TT-TAC---C--TTGTATTGCA-AG---ACAATGAAAATATTGAgtag
gi|19 : CTC---TTTCACG-CATGTTCTGCTTAT-T---ATTTTGTAATA--T-CTG-TATTCA-T-----AT----CCT-TCTTCAT--G---C-TC-TAC---TAATTATA-TGCA-AGA-AATA---AAAACAtt
gi|2 : AGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGAGTTCGATTC-CTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACTAGCTATTA-TGTGTGTC--GCTGCCCC---AGCTTCGCCGAGGACCATGCAACAC-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCACCGCTATCA-GGAGTTCGAACCGAGACAA--ACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTG-TACGAGTCC--TGTGGGATCGTTGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTT-ATGTTTGGTCTACTGATGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCAGCGGCCTCCCAGGAAA-GTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAG-GGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGG-TGAGTATATTT-ACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGAT-TA-TTCTGCAGACAAA-CTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATAC-GATATGATATGGCAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAATTATACCCAT-GAGAGTGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATAGAATTTGCCATTTATGTAACC-AAATGA--GA--TAGGTGATGAGTT--CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CA-GCT------AGGCAA-----------CTGAATGT----GT----CAA-A--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT--------------CAT-TCTAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAGAA---ACAACA-T-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-AT-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTC-TC--CGGGTT--A--GA-GAT-ACTTT-TTTGGGG-G--GTTTGTTT-TTT-GTGTTTGTTTT-TGAT-TT-T-----GGT---ACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-A-G-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--GTATC-TT-TAC---T--ATGTATTGCA-TG--AATAAT-AAAATAat
gi|20 : TATT-TGCTT-A-T---ATTTTGTAATA--T-TTG-TGTTAA-TTTAATAT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGCATTGCA-AGA-A--AAT-AAAACATTGA
gi|22 : tTGTAAC--AAACAA--GAATTAGGTGATGGATTT-CATGATT------TGTTCAACTG------TACTt
gi|23 : aatatatcctgtcAAATGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATACATGTATATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-
gi|25 : TTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATAGCA-AGA----AAT-AAAACAGTG
gi|3 : TATA-------ATATAACTGA-----TACAGAC-TTTCAT-AT-AAA-AAAGGCTTATAAGGGCAATCGAAAGCTCTCTAAATGTTGAGATAACACAA-AATT-----CAT-TATGTAC---AAACA-TAACACTTAATGTACGTTAAC------CATGA--AAATTATCCA-ACTTCGAATTTAAAGT----GTAAAA-CGA---A--CAG-ACGGACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTTAAT-AGA--A-ATATA-TCATG---GAGAAAA-TT--AGATC---TC--CTGGTTGCA--GAGGAT-ACTTT-TTTGG---G--TTTT-TTT-TTT-GT-TTT--TTT-T-AT-TTGTTTAAGGGTACGATCT---TTTCATATTATCCTATGCAT-T-T---ATTTGCTAATC--TCATGATAGTGAGT-----ATACGACTTATTTCAAT--G---CATTATAC---TA-TTGTATT-CATAGAGAATAATAAAAATATTGAAgttgattg
gi|4 : aGAATTT-GC-ATTTATGTAACCGAAATGATGAA--TAGGTTATGAGTTG-CATTATA------TAATT-ATTG------TACTCA-ATTTC-T-AGAAAA-GAAGCT------AGACAA-----------CTCAGTGT----GT----CAA-G--------TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATGT-------T------CAT----CATTTAATCATATT----TTTAAA--T----ATAA---TTA---A--CAA-A---CCAACAAT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-CT---G--ACAT-TA-TCGTG---GAGAGAG-TT--AA--T---TC--TCAGTT--T--AA-CAT-AC-TT-TTT-----G---TTTATTC-TTT-TT-TTTT-TTT-T--T-TT-T------------CTT---TCTAAAG--ATG-T-TGCTT-TATTTAATTTTGTAATA--C-ATG-TCTTTG-TTTTA-AT-----CT-TTTCAAT--A---C-TT-TAC---T--TTGAATAGCA-AGA-AATAAtaatattt
gi|5 : taGAATTT-GCCATTTAATTAACCGAAATGA--GA--TAGGTGAT---------------------ATTTAACTG------TGCTGGCATTTC-T-AT-AAAACAAGCC------AGGCAA-----------CTCAATGT----GT----CAA-G--G-----TAT-TA-----------------------GTAT-------T------CAT-A--AAGTTAATCA-ACC----ATTCAA--T----ATAA---CGA---A--CAG-A---GCGGGATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT--------------------------GAG-TT------C---TC--TGGGTT--A--TA-CAT-GCTTT-ATT-----G--TTTT---T-TCT-TT-TTTG-TTT-T-------T-----GGTA-ACTTT---TTTCACG-CATGT---GCTT-T-T---ATTTTGTAATA--T-TTG-TATTGA-T-----GT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATAGCA-AGA----AAT-AAAACATTG
gi|6 : aT----CAACA--T-----TAT-CAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT-A--AATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTC-TC--CAGTTT--A--GA-GAT-ACATT-T----------TTTTGTTT-TTTGTT-TTTG-TTT-TGA--TT-T-----GGT--AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--ATGTATTGCA-TGA-AATAAT--AAATATTGA
gi|7 : cTACCTATTGAAA-CGGGCAGATGGGA-----ATCT-GATAGAA--AAT---GCAATTTATGTGATCTAAACGA--TA--TTGGTGATGAATTTCCATTATT------TGTTTAAATGCAAAGATAGTGTCAAATC-TCAT---A-CGAGAC------AGACGA-----------------G-----GT----CTA-C--C-----TATCTA--TACTCAACGAA-T----CCCAGTAT-------A------TAC-A--AGTTCAATAA-TTT----GTTTAA--CAATAGTAA---TGA---T--CAT-G---TC----TT-A-A--ATAAAA----TATGTACATTA-GT-AAA--A-GT-TATTCA-A---CAGAAAG-TTGAAA--C---TC--CGGGTT--A--AA-tattga
gi|8 : aatTC-T-GT-AAAATATGCC------AGGCAA-----------CTCAAATT----ATC---CGA-G--------TAT-TAT-TAC---AAAAA-T----CCTAATAT-------T------CAT-A--AATTTAGTTA-ACT----AATAAA--T----ATAAGTTTGA---ATTTGG-C---AC-ACATT-ACA--T-AAACACTATATGTAAA-TT-AT-AAC--A-AC-T--------------------------C---TC--CAAGTT--G--GA-C---GCCTT-TTT-----A-----TGGAT-TTT-AT-TTTG-T-----A---T-T-----GGT--AACCT---CTTCACG-CGTGTT-TGCCT-T-A---GTCTTCTA--A--T-ATC-TATTGA-T-----
gi|9 : ta----CAA-G--G-----TAC--AT-TAC---ACATA-T----TCTAATAT-------TAGTATTCAT-A--TAATTAATCA-ACC----ATCAAA--T----A----------------AG-A---AGAGTATT-A-A--TTAAAT----CATG------T-GT-AAA--A-AT-TA-TCACG---GAGAACT-TT--AG--T---TCTGCGGATT--A--GA-AAT-ACTTT------------TTTTGTC--------------------A---T-T-----GGTA-ACTTT---TTTCACG-CACGCT-TGCTG-T-T---ATTTGGTAATA--T-CTG-TATTGA-A-----AT----CC-------ACCGG---C----TAC---A--TTGTATTGCA-AGA-A--AAT--AAACAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CTCTCGTCACCTTAGATGCAGTAGTCATAAATTGCCAATTGAATGTAAGTGGCAGATACAGTAGGTCTGAACG
Unaligned ( gi|24 ): GATAGTGTCATCTCATACGAGTCTACCTAGAATATACTCAACGAATCCCAGTACAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1 1 11111 1111 1 111 11 1 1 11 11 22 2222 111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 11111111 111111 1 111111 22222222222 1111 1111 2222222222 22222222222222 1111 2222222222 222222222 22222222222222222222 11111
lowQualScore : 5 5 5 7 7 7 3 2 99999 1111 3 0 7 666 44 0 5 5 88 44 55 0 8888 6 7 6 0 777 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 22 1 5 3 7 0 6 2 7 7 0 5 5 9 1 77 77 1 5 55555555 999999 5 5 5 0 0 666666 77777777777 3 0000 2222 5555555555 4 44 777 2 4 8888 11111111111111 888 3 7777 1 55 7777 4444 555 44 3 555 44 3 3 44 6666 6 44 5555 4444 1 555 3 3333333333 33 33 33 99 2 1 2 555555555 5 3 66 3 55 3 66666666666666666666 555 2 5 1 2 2 444 33 2 2 2 33333 6666 3 33 555 2 2 555 66 2 9999 6
lowQualScore : . . . . . . . . ..... .... . . . ... .. . . . .. .. .. . .... . . . . ... . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. .. . . ........ ...... . . . . . ...... ........... . .... .... .......... . .. ... . . .... .............. ... . .... . .. .... .... ... .. . ... .. . . .. .... . .. .... .... . ... . .......... .. .. .. .. . . . ......... . . .. . .. . .................... ... . . . . . ... .. . . . ..... .... . .. ... . . ... .. . .... .
lowQualScore : 5 5 5 3 3 3 3 0 77777 3333 3 7 3 777 77 7 5 5 00 00 33 7 3333 7 3 7 7 777 7 5 5 5 0 5 0 0 5 0 00 0 5 3 3 7 7 0 3 3 8 4 0 3 4 99 99 4 7 00000000 444444 0 0 0 0 1 444444 11111111111 0 6666 5555 5555555555 0 88 000 5 0 5555 55555555555555 888 6 7777 0 00 7777 8888 888 66 3 888 77 3 3 66 5555 2 88 9999 5555 5 444 1 4444444444 77 77 77 00 9 0 9 666666666 2 1 22 1 88 1 44444444444444444444 000 9 3 0 7 7 777 99 9 7 9 22222 5555 1 99 000 9 9 000 88 9 9999 7
consensus : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGGGTTCGATTCTCTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACT-GCTATTACTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAGAGCCTCGC-GAGGACCACGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCGCCGCTATCAAGGAGTTCGAACCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACGGGTCC-CTGTGGGATCGTCGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGACGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCGGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGNNAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCAT-GAGAGCGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAACGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCC------AGGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TC--CGGGTT--A--GA-CAT-ACTTT-TTT-----G--TTTTGTTT-TTT-NT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCNT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATTGCA-AGA-AATAAT-AAAACATTGAA
Reference ( family-4251 ) : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGGGTTCGATTCTCTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACT-GCTATTACTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAGAGCCTCGC-GAGGACCACGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCGCCGCTATCAAGGAGTTCGAACCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACGGGTCC-CTGTGGGATCGTCGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGACGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCGGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGNNAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCAT-GAGAGCGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAACGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCC------AGGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TC--CGGGTT--A--GA-CAT-ACTTT-TTT-----G--TTTTGTTT-TTT-NT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCNT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATTGCA-AGA-AATAAT-AAAACATTGAA
gi|1 : AGTAGGTTTG-CTGAACGATTTGTTTGGAAGGTTCGATTCTCTGTGCACAAA-CTCTGGGTGTGAGAAGAT-TAGTACCCTAGGGGACT-GCTATTATTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAG--TCTCGC-GAGGACCATGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGA-TCACCGCTATCAAGGAGTTCGA-CCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACAGTGCT-CTGTGGGATCGTTGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGATGTCACTCTCGCTAACACA-ATGGAGTCCAGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACG-ACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGCGAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAAAT-TACCCATAGAG-GTGGGAAGATGGGAGATATA-CTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCAAAATGA--AA--TAG--GGTGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCT------A-GCAA-----------CTGAATGT----GT----CAA-A--T-----TAT-TAT-TAC---ACACACT----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TT--CGGGTT--A--GA-GAT-ACTTT-TTTGGGGGG--TTTTGTTT-TTT-GT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--ATGTATTGCA-TGA-AATAAT-AAAATATTGAA
gi|10 : tCAAAT----TACA-AAATTTCAC-AAG--------------G---GAAAGA--TT--A---------------TT--A--GA-TATTACTTC-TAT-----T--TTTTGTTTGTTT-GT-TCT--TTA-TGTTCTT-T-----GGTA-A-CTTGCTTTTCACG-CATTGT-TGCTT-T-T-----TTTGTAATA--T-ATG-TA
gi|10 : ttgggTG-TATCAA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TAGTATTGCA-AGA-AATG---AAACCATTGAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctgtatcaatatccttttcaatgctttacttagtattgcaagaaatgaaaccattgattgattgc
gi|11 : ttgggcaaattacaaaatttcacaagggaaagattattagatattacttctattttttgtttgtttgttctttatgttctttggtaacttgcttttcacgcattgttgctttttttgtaatatatgtaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccGAGGATAAAG-ATTCT-GGGGACT-GTTACTACTGTGT---TAGCGGTCCCCAGAGCCCCGC-ACCGATCACGC--C-CATGCTGTGTGGAGATGGGGCTAGACATG-ATTGATGCCATCttgattgc
gi|12 : ctgaatgaattgttagctcgatttgaccgcttggccgctgacaactactgctcAT-------T------CAT--TAATTTAAGTA-ATG----AG-AAA--T----CTAA-----ATTTA--CA--A---ATATCATC-A-ACTTTAGAT----AATGTAAATTC-AT-GAG--A-AT-CA-TCATG---GAGACAGTTT--AG--TTC-TC--CAGGTT--A--AA--AT-AATTT-TT---------CTTAACTT-TTT-CA-TGTA-TGTATGCT-TT-T-----G
gi|13 : T----GT----CAA-G--TACATGTAC-T-T-TCC---A-ACA-T----CCTAATAT--------------CAT--AAATT-AATCA-ACC----ATTTAA--T----ATAA---GGA---A--CAG-A---ACG-CATTTA-A--TCAAAT-----ATGTAAATTA-AT-TAA--T-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTC-TC--CGGG-T--A--GA-CAT-AATTTATTT-----ttt
gi|14 : --CGGGTT--A--GA-CAT-ACTCT-TTT-----G--TTTTTTTC-CTT-TT-TTTG-TTT-TGAT---------------AACCT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATATGT-ATG-CATTAA-T-----AT----CTT-TTTCAAT--G---C-TT-TACTGAT--CTGTATTGCA-AGA----AAT-AAAACATTGa
gi|15 : ---TC--CGGGTT--A--GA-CAT----TT-TTT-----GGGTTTTATTT-CCT-TT-TTTG-TTT-TGGT-AC-A-----TGTA-A-CTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTAA-T-----AT----CCA-TTTAAAT--G---C-TT-TAC---T--CTGTATTGCA-AGA-AATAA
gi|16 : cA---A--CAG-A---ACAGCATT-A-A--TC-AAT----TATGTAAATTC-ATGAAGATA-AC-TA-TCATGGGAGAAAAAG-TT--AG--TTTCTC--CGGATG--AACGACCAT-ACATT-AGT-----G--------------------TG-TTT-GGAT---------------AAC-T---TTTCACT-CATGTT-TGCCT-T-T---ATTTT
gi|17 : GTTAACATGAGGGTGGGGATTCACAGTGG-GCGGGTCCATTGTGGGGTCATCGGTCTCAGGA-AGTGGC---AGTTTGATGTCTGGTCCAATGACGTTACGCTGGCTAACA-ATATGGAGGCCGGTGGAATGCCAGGttgta
gi|18 : AC-TC-T-----GGCA-ATCTT---TTT-ATG-CATGTT-TGTTT-A-T---ATTTTGAAATA--T-CTG-TATTAC-G-----AT----CCT-TGTAAAT--G---C-TT-TAC---C--TTGTATTGCA-AG---ACAATGAAAATATTGAgtag
gi|19 : CTC---TTTCACG-CATGTTCTGCTTAT-T---ATTTTGTAATA--T-CTG-TATTCA-T-----AT----CCT-TCTTCAT--G---C-TC-TAC---TAATTATA-TGCA-AGA-AATA---AAAACAtt
gi|2 : AGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGAGTTCGATTC-CTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACTAGCTATTA-TGTGTGTC--GCTGCCCC---AGCTTCGCCGAGGACCATGCAACAC-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCACCGCTATCA-GGAGTTCGAACCGAGACAA--ACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTG-TACGAGTCC--TGTGGGATCGTTGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTT-ATGTTTGGTCTACTGATGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCAGCGGCCTCCCAGGAAA-GTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAG-GGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGG-TGAGTATATTT-ACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGAT-TA-TTCTGCAGACAAA-CTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATAC-GATATGATATGGCAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAATTATACCCAT-GAGAGTGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATAGAATTTGCCATTTATGTAACC-AAATGA--GA--TAGGTGATGAG-TT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-C-AGCT------AGGCAA-----------CTGAATGT----GT----CAA-A--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATA--------T------CATTCTAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAGAA---ACAACA-T-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-AT-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTC-TC--CGGGTT--A--GA-GAT-ACTTT-TTTGGGG-G--GTTTGTTT-TTT-GTGTTTGTTTT-TGAT-TT-T-----GGT---ACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-A-G-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--GTATC-TT-TAC---T--ATGTATTGCA-TG--AATAAT-AAAATAat
gi|20 : TATT-TGCTT-A-T---ATTTTGTAATA--T-TTG-TGTTAA-TTTAATAT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGCATTGCA-AGA-A--AAT-AAAACATTGA
gi|22 : tTGTAAC--AAACAA--GAATTAGGTGATGGATTT-CATGATT------TGTTCAACTG------TACTt
gi|23 : aatatatcctgtcAAATGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATACATGTATATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-
gi|25 : TTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATAGCA-AGA----AAT-AAAACAGTG
gi|3 : TATA-------ATATAACTGA-----TACAGAC-TTTCAT-AT-AAA-AAAGGCTTATAAGGGCAATCGAAAGCTCTCTAAATGTTGAGATAACACAA-AATT-----CAT-TATGTAC---AAACA-TAACACTTAATGTACGTTAAC------CATG-AAAATTATCCA-ACTTCGAATTTAAAGT----GTAAAA-CGA---A--CAG-ACGGACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTTAAT-AGA--A-ATATA-TCATG---GAGAAAA-TT--AGATC---TC--CTGGTTGCA--GAGGAT-ACTTT-TTTGG---G--TTTT-TTT-TTT-GT-TTT--TTT-T-AT-TTGTTTAAGGGTACGATCT---TTTCATATTATCCTATGCAT-T-T---ATTTGCTAATC--TCATGATAGTGAGT-----ATACGACTTATTTCAAT--G---CATTATAC---TA-TTGTATT-CATAGAGAATAATAAAAATATTGAAgttgattg
gi|4 : aGAATTT-GC-ATTTATGTAACCGAAATGATGAA--TAGGTTATGAGTTG-CATTATA------TAATT-ATTG------TACTCA-ATTTC-T-AGAAAA-GAAGCT------AGACAA-----------CTCAGTGT----GT----CAA-G--------TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATGT-------T------CAT---CATTTAATCATATT----TTTAAA--T----ATAA---TTA---A--CAA-A---CCAACAAT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-CT---G--ACAT-TA-TCGTG---GAGAGAG-TT--AA--T---TC--TCAGTT--T--AA-CAT-AC-TT-TTT-----G---TTTATTC-TTT-TT-TTTT-TTT-T--T-TT-T------------CTT---TCTAAAG--ATG-T-TGCTT-TATTTAATTTTGTAATA--C-ATG-TCTTTG-TTTTA-AT-----CT-TTTCAAT--A---C-TT-TAC---T--TTGAATAGCA-AGA-AATAAtaatattt
gi|5 : taGAATTT-GCCATTTAATTAACCGAAATGA--GA--TAGGTGAT---------------------ATTTAACTG------TGCTGGCATTTC-T-AT-AAAACAAGCC------AGGCAA-----------CTCAATGT----GT----CAA-G--G-----TAT-TA-----------------------GTAT-------T------CAT--AAAGTTAATCA-ACC----ATTCAA--T----ATAA---CGA---A--CAG-A---GCGGGATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT--------------------------GAG-TT------C---TC--TGGGTT--A--TA-CAT-GCTTT-ATT-----G--TTTT---T-TCT-TT-TTTG-TTT-T-------T-----GGTA-ACTTT---TTTCACG-CATGT---GCTT-T-T---ATTTTGTAATA--T-TTG-TATTGA-T-----GT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATAGCA-AGA----AAT-AAAACATTG
gi|6 : aT----CAACA--T-----TAT-CAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTC-TC--CAGTTT--A--GA-GAT-ACATT-T----------TTTTGTTT-TTTGTT-TTTG-TTT-TGA--TT-T-----GGT--AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--ATGTATTGCA-TGA-AATAAT--AAATATTGA
gi|7 : cTACCTAT-TGAAACGGGCAGATGGGA-----ATCT-GATAGAA--AAT---GCAATTTATGTGATCTAAACGA--TA--TTGGTGATGAATTTCCATTATT------TGTTTAAATGCAAAGATAGTGTCAAATC-TCAT---A-CGAGAC------AGACGA-----------------G-----GT----CTA-C--C-----TATCTA--TACTCAACGAA-T----CCCAGTAT-------A------TAC--AAGTTCAATAA-TTT----GTTTAA--CAATAGTAA---TGA---T--CAT-G---TC----TT-A-A--ATAAAA----TATGTACATTA-GT-AAA--A-GT-TATTCA-A---CAGAAAG-TTGAAA--C---TC--CGGGTT--A--AA-tattga
gi|8 : aatTC-T-GT-AAAATATGCC------AGGCAA-----------CTCAAATT----ATC---CGA-G--------TAT-TAT-TAC---AAAAA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAGTTA-ACT----AATAAA--T----ATAAGTTTGA---ATTTGG-C---AC-ACATT-ACA--T-AAACACTATATGTAAA-TT-AT-AAC--A-AC-T--------------------------C---TC--CAAGTT--G--GA-C---GCCTT-TTT-----A-----TGGAT-TTT-AT-TTTG-T-----A---T-T-----GGT--AACCT---CTTCACG-CGTGTT-TGCCT-T-A---GTCTTCTA--A--T-ATC-TATTGA-T-----
gi|9 : ta----CAA-G--G-----TAC--AT-TAC---ACATA-T----TCTAATAT-------TAGTATTCAT--ATAATTAATCA-ACC----ATCAAA--T----A----------------AG-A---AGAGTATT-A-A--TTAAAT----CATGTG-------T-AAA--A-AT-TA-TCACG---GAGAACT-TT--AG--T---TCTGCGGATT--A--GA-AAT-ACTTT------------TTTTGTC--------------------A---T-T-----GGTA-ACTTT---TTTCACG-CACGCT-TGCTG-T-T---ATTTGGTAATA--T-CTG-TATTGA-A-----AT----CC-------ACCGG---C----TAC---A--TTGTATTGCA-AGA-A--AAT--AAACAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CTCTCGTCACCTTAGATGCAGTAGTCATAAATTGCCAATTGAATGTAAGTGGCAGATACAGTAGGTCTGAACG
Unaligned ( gi|24 ): GATAGTGTCATCTCATACGAGTCTACCTAGAATATACTCAACGAATCCCAGTACAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1 1 11111 1111 1 111 11 1 1 11 11 22 2222 111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 11111111 111111 1 111111 22222222222 1111 1111 2222222222 22222222222222 1111 2222222222 222222222 22222222222222222222 11111
lowQualScore : 5 5 5 7 7 7 3 2 99999 1111 3 0 7 666 44 0 5 5 88 44 55 0 8888 6 7 6 0 777 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 22 1 5 3 7 0 6 2 7 7 0 5 5 9 1 77 77 1 5 55555555 999999 5 5 5 0 0 666666 77777777777 3 0000 2222 5555555555 4 44 777 2 4 8888 11111111111111 888 3 7777 1 55 7777 4444 555 44 3 555 44 3 3 44 6666 6 44 5555 4444 1 555 3 3333333333 33 33 33 99 2 1 2 555555555 5 3 66 3 55 3 66666666666666666666 555 2 5 1 2 2 444 33 2 2 2 33333 6666 3 33 555 2 2 555 66 2 9999 6
lowQualScore : . . . . . . . . ..... .... . . . ... .. . . . .. .. .. . .... . . . . ... . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. .. . . ........ ...... . . . . . ...... ........... . .... .... .......... . .. ... . . .... .............. ... . .... . .. .... .... ... .. . ... .. . . .. .... . .. .... .... . ... . .......... .. .. .. .. . . . ......... . . .. . .. . .................... ... . . . . . ... .. . . . ..... .... . .. ... . . ... .. . .... .
lowQualScore : 5 5 5 3 3 3 3 0 77777 3333 3 7 3 777 77 7 5 5 00 00 33 7 3333 7 3 7 7 777 7 5 5 5 0 5 0 0 5 0 00 0 5 3 3 7 7 0 3 3 8 4 0 3 4 99 99 4 7 00000000 444444 0 0 0 0 1 444444 11111111111 0 6666 5555 5555555555 0 88 000 5 0 5555 55555555555555 888 6 7777 0 00 7777 8888 888 66 3 888 77 3 3 66 5555 2 88 9999 5555 5 444 1 4444444444 77 77 77 00 9 0 9 666666666 2 1 22 1 88 1 44444444444444444444 000 9 3 0 7 7 777 99 9 7 9 22222 5555 1 99 000 9 9 000 88 9 9999 7
consensus : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGGGTTCGATTCTCTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACT-GCTATTACTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAGAGCCTCGC-GAGGACCACGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCGCCGCTATCAAGGAGTTCGAACCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACGGGTCC-CTGTGGGATCGTCGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGACGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCGGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGNNAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCAT-GAGAGCGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAACGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCC------AGGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TC--CGGGTT--A--GA-CAT-ACTTT-TTT-----G--TTTTGTTT-TTT-NT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCNT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATTGCA-AGA-AATAAT-AAAACATTGAA
Reference ( family-4251 ) : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGGGTTCGATTCTCTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACT-GCTATTACTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAGAGCCTCGC-GAGGACCACGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCGCCGCTATCAAGGAGTTCGAACCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACGGGTCC-CTGTGGGATCGTCGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGACGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCGGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGNNAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCAT-GAGAGCGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAACGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCC------AGGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TC--CGGGTT--A--GA-CAT-ACTTT-TTT-----G--TTTTGTTT-TTT-NT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCNT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATTGCA-AGA-AATAAT-AAAACATTGAA
gi|1 : AGTAGGTTTG-CTGAACGATTTGTTTGGAAGGTTCGATTCTCTGTGCACAAA-CTCTGGGTGTGAGAAGAT-TAGTACCCTAGGGGACT-GCTATTATTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAG--TCTCGC-GAGGACCATGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGA-TCACCGCTATCAAGGAGTTCGA-CCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACAGTGCT-CTGTGGGATCGTTGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGATGTCACTCTCGCTAACACA-ATGGAGTCCAGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACG-ACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGCGAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAAAT-TACCCATAGAG-GTGGGAAGATGGGAGATATA-CTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCAAAATGA--AA--TAG--GGTGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCT------A-GCAA-----------CTGAATGT----GT----CAA-A--T-----TAT-TAT-TAC---ACACACT----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TT--CGGGTT--A--GA-GAT-ACTTT-TTTGGGGGG--TTTTGTTT-TTT-GT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--ATGTATTGCA-TGA-AATAAT-AAAATATTGAA
gi|10 : tCAAAT----TACA-AAATTTCAC-AAG--------------G---GAAAGA--TT--A---------------TT--A--GA-TATTACTTC-TAT-----T--TTTTGTTTGTTT-GT-TCT--TTA-TGTTCTT-T-----GGTA-A-CTTGCTTTTCACG-CATTGT-TGCTT-T-T-----TTTGTAATA--T-ATG-TA
gi|10 : ttgggTG-TATCAA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TAGTATTGCA-AGA-AATG---AAACCATTGAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctgtatcaatatccttttcaatgctttacttagtattgcaagaaatgaaaccattgattgattgc
gi|11 : ttgggcaaattacaaaatttcacaagggaaagattattagatattacttctattttttgtttgtttgttctttatgttctttggtaacttgcttttcacgcattgttgctttttttgtaatatatgtaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccGAGGATAAAG-ATTCT-GGGGACT-GTTACTACTGTGT---TAGCGGTCCCCAGAGCCCCGC-ACCGATCACGC--C-CATGCTGTGTGGAGATGGGGCTAGACATG-ATTGATGCCATCttgattgc
gi|12 : ctgaatgaattgttagctcgatttgaccgcttggccgctgacaactactgctcAT-------T------CAT--TAATTTAAGTA-ATG----AG-AAA--T----CTAA-----ATTTA--CA--A---ATATCATC-A-ACTTTAGAT----AATGTAAATTC-AT-GAG--A-AT-CA-TCATG---GAGACAGTTT--AG--TTC-TC--CAGGTT--A--AA--AT-AATTT-TT---------CTTAACTT-TTT-CA-TGTA-TGTATGCT-TT-T-----G
gi|13 : T----GT----CAA-G--TACATGTAC-T-T-TCC---A-ACA-T----CCTAATAT--------------CAT--AAATT-AATCA-ACC----ATTTAA--T----ATAA---GGA---A--CAG-A---ACG-CATTTA-A--TCAAAT-----ATGTAAATTA-AT-TAA--T-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTC-TC--CGGG-T--A--GA-CAT-AATTTATTT-----ttt
gi|14 : --CGGGTT--A--GA-CAT-ACTCT-TTT-----G--TTTTTTTC-CTT-TT-TTTG-TTT-TGAT---------------AACCT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATATGT-ATG-CATTAA-T-----AT----CTT-TTTCAAT--G---C-TT-TACTGAT--CTGTATTGCA-AGA----AAT-AAAACATTGa
gi|15 : ---TC--CGGGTT--A--GA-CAT----TT-TTT-----GGGTTTTATTT-CCT-TT-TTTG-TTT-TGGT-AC-A-----TGTA-A-CTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTAA-T-----AT----CCA-TTTAAAT--G---C-TT-TAC---T--CTGTATTGCA-AGA-AATAA
gi|16 : cA---A--CAG-A---ACAGCATT-A-A--TC-AAT----TATGTAAATTC-ATGAAGATA-AC-TA-TCATGGGAGAAAAAG-TT--AG--TTTCTC--CGGATG--AACGACCAT-ACATT-AGT-----G--------------------TG-TTT-GGAT---------------AAC-T---TTTCACT-CATGTT-TGCCT-T-T---ATTTT
gi|17 : GTTAACATGAGGGTGGGGATTCACAGTGG-GCGGGTCCATTGTGGGGTCATCGGTCTCAGGA-AGTGGC---AGTTTGATGTCTGGTCCAATGACGTTACGCTGGCTAACA-ATATGGAGGCCGGTGGAATGCCAGGttgta
gi|18 : AC-TC-T-----GGCA-ATCTT---TTT-ATG-CATGTT-TGTTT-A-T---ATTTTGAAATA--T-CTG-TATTAC-G-----AT----CCT-TGTAAAT--G---C-TT-TAC---C--TTGTATTGCA-AG---ACAATGAAAATATTGAgtag
gi|19 : CTC---TTTCACG-CATGTTCTGCTTAT-T---ATTTTGTAATA--T-CTG-TATTCA-T-----AT----CCT-TCTTCAT--G---C-TC-TAC---TAATTATA-TGCA-AGA-AATA---AAAACAtt
gi|2 : AGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGAGTTCGATTC-CTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACTAGCTATTA-TGTGTGTC--GCTGCCCC---AGCTTCGCCGAGGACCATGCAACAC-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCACCGCTATCA-GGAGTTCGAACCGAGACAA--ACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTG-TACGAGTCC--TGTGGGATCGTTGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTT-ATGTTTGGTCTACTGATGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCAGCGGCCTCCCAGGAAA-GTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAG-GGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGG-TGAGTATATTT-ACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGAT-TA-TTCTGCAGACAAA-CTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATAC-GATATGATATGGCAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAATTATACCCAT-GAGAGTGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATAGAATTTGCCATTTATGTAACC-AAATGA--GA--TAGGTGATGAG-TT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-C-AGCT------AGGCAA-----------CTGAATGT----GT----CAA-A--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATA--------T------CATTCTAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAGAA---ACAACA-T-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-AT-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTC-TC--CGGGTT--A--GA-GAT-ACTTT-TTTGGGG-G--GTTTGTTT-TTT-GTGTTTGTTTT-TGAT-TT-T-----GGT---ACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-A-G-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--GTATC-TT-TAC---T--ATGTATTGCA-TG--AATAAT-AAAATAat
gi|20 : TATT-TGCTT-A-T---ATTTTGTAATA--T-TTG-TGTTAA-TTTAATAT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGCATTGCA-AGA-A--AAT-AAAACATTGA
gi|22 : tTGTAAC--AAACAA--GAATTAGGTGATGGATTT-CATGATT------TGTTCAACTG------TACTt
gi|23 : aatatatcctgtcAAATGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATACATGTATATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-
gi|25 : TTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATAGCA-AGA----AAT-AAAACAGTG
gi|3 : TATA-------ATATAACTGA-----TACAGAC-TTTCAT-AT-AAA-AAAGGCTTATAAGGGCAATCGAAAGCTCTCTAAATGTTGAGATAACACAA-AATT-----CAT-TATGTAC---AAACA-TAACACTTAATGTACGTTAAC------CATG-AAAATTATCCA-ACTTCGAATTTAAAGT----GTAAAA-CGA---A--CAG-ACGGACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTTAAT-AGA--A-ATATA-TCATG---GAGAAAA-TT--AGATC---TC--CTGGTTGCA--GAGGAT-ACTTT-TTTGG---G--TTTT-TTT-TTT-GT-TTT--TTT-T-AT-TTGTTTAAGGGTACGATCT---TTTCATATTATCCTATGCAT-T-T---ATTTGCTAATC--TCATGATAGTGAGT-----ATACGACTTATTTCAAT--G---CATTATAC---TA-TTGTATT-CATAGAGAATAATAAAAATATTGAAgttgattg
gi|4 : aGAATTT-GC-ATTTATGTAACCGAAATGATGAA--TAGGTTATGAGTTG-CATTATA------TAATT-ATTG------TACTCA-ATTTC-T-AGAAAA-GAAGCT------AGACAA-----------CTCAGTGT----GT----CAA-G--------TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATGT-------T------CAT---CATTTAATCATATT----TTTAAA--T----ATAA---TTA---A--CAA-A---CCAACAAT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-CT---G--ACAT-TA-TCGTG---GAGAGAG-TT--AA--T---TC--TCAGTT--T--AA-CAT-AC-TT-TTT-----G---TTTATTC-TTT-TT-TTTT-TTT-T--T-TT-T------------CTT---TCTAAAG--ATG-T-TGCTT-TATTTAATTTTGTAATA--C-ATG-TCTTTG-TTTTA-AT-----CT-TTTCAAT--A---C-TT-TAC---T--TTGAATAGCA-AGA-AATAAtaatattt
gi|5 : taGAATTT-GCCATTTAATTAACCGAAATGA--GA--TAGGTGAT---------------------ATTTAACTG------TGCTGGCATTTC-T-AT-AAAACAAGCC------AGGCAA-----------CTCAATGT----GT----CAA-G--G-----TAT-TA-----------------------GTAT-------T------CAT--AAAGTTAATCA-ACC----ATTCAA--T----ATAA---CGA---A--CAG-A---GCGGGATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT--------------------------GAG-TT------C---TC--TGGGTT--A--TA-CAT-GCTTT-ATT-----G--TTTT---T-TCT-TT-TTTG-TTT-T-------T-----GGTA-ACTTT---TTTCACG-CATGT---GCTT-T-T---ATTTTGTAATA--T-TTG-TATTGA-T-----GT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATAGCA-AGA----AAT-AAAACATTG
gi|6 : aT----CAACA--T-----TAT-CAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--TTC-TC--CAGTTT--A--GA-GAT-ACATT-T----------TTTTGTTT-TTTGTT-TTTG-TTT-TGA--TT-T-----GGT--AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--ATGTATTGCA-TGA-AATAAT--AAATATTGA
gi|7 : cTACCTAT-TGAAACGGGCAGATGGGA-----ATCT-GATAGAA--AAT---GCAATTTATGTGATCTAAACGA--TA--TTGGTGATGAATTTCCATTATT------TGTTTAAATGCAAAGATAGTGTCAAATC-TCAT---A-CGAGAC------AGACGA-----------------G-----GT----CTA-C--C-----TATCTA--TACTCAACGAA-T----CCCAGTAT-------A------TAC--AAGTTCAATAA-TTT----GTTTAA--CAATAGTAA---TGA---T--CAT-G---TC----TT-A-A--ATAAAA----TATGTACATTA-GT-AAA--A-GT-TATTCA-A---CAGAAAG-TTGAAA--C---TC--CGGGTT--A--AA-tattga
gi|8 : aatTC-T-GT-AAAATATGCC------AGGCAA-----------CTCAAATT----ATC---CGA-G--------TAT-TAT-TAC---AAAAA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAGTTA-ACT----AATAAA--T----ATAAGTTTGA---ATTTGG-C---AC-ACATT-ACA--T-AAACACTATATGTAAA-TT-AT-AAC--A-AC-T--------------------------C---TC--CAAGTT--G--GA-C---GCCTT-TTT-----A-----TGGAT-TTT-AT-TTTG-T-----A---T-T-----GGT--AACCT---CTTCACG-CGTGTT-TGCCT-T-A---GTCTTCTA--A--T-ATC-TATTGA-T-----
gi|9 : ta----CAA-G--G-----TAC--AT-TAC---ACATA-T----TCTAATAT-------TAGTATTCAT--ATAATTAATCA-ACC----ATCAAA--T----A----------------AG-A---AGAGTATT-A-A--TTAAAT----CATGTG-------T-AAA--A-AT-TA-TCACG---GAGAACT-TT--AG--T---TCTGCGGATT--A--GA-AAT-ACTTT------------TTTTGTC--------------------A---T-T-----GGTA-ACTTT---TTTCACG-CACGCT-TGCTG-T-T---ATTTGGTAATA--T-CTG-TATTGA-A-----AT----CC-------ACCGG---C----TAC---A--TTGTATTGCA-AGA-A--AAT--AAACAT
blockSeqs : T . A A T A A C GTC CAGA C A CA AA . A . G AT TCTC C T G AT . . T . . . . . . GC T A . A G C A T T C G T TG AT T C ACATGTAT CAAAGA A C A A TTATAA TCGAAAGCTCT G TGAG AACA GTACATG C TG TCA C . AACA ACGTTAAC TCT T TCGA A AG AATA GTTT TTT TT A CGG AT T C CT ACTA C GA ATA ATA T GGA T AGTTTC TG GC AC CC T T A GGGGGG G G GT G GT A ATTTGTTTAAGGGTACGA GCT T C T A A TTA TG C A G TTAAT ACGA A CG TAT A A TGA AA T GAAT G
blockSeqs : A . . . . TA A . . AC A T . . . . . A . A . T . . . C G C . . T . AT A . . . A . . A . C AATT . T . A . . TAGTATT GA . . T . . AAC . . . . AG . . . . A A AC TAT T . . AGTTC . . . GG . T . GGGT A . G . A . GTTCTTTGGTAA . . A A . . . . . . . TTTA . . . . . . . A . AAT A
blockSeqs : . A T T . . T . TT . . . . . . . C . . CAT . T . C . . T T . . T . . G . . . . AA . . . . . G A CA T . . AGTTC . . . T . T . GGGT T . C . G . GGTACATGTAA . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT .
blockSeqs : . . . T . . T . AT . . . . . . . C . . AT . T . C . . T A . . T . . C . . . . AA . . . . . T T TA T . . AGTTC . . . C . T . TT A . T . G . GATTTTGGTA . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT .
blockSeqs : . T . . . . TT . . . . . . . C . . GG . T . C . . T A . . A . . T . . . . AA . . . . . A A TA T . . AGATC . . . C . A . GT G . T . G . GATTTGGTAA . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT .
blockSeqs : C . . . . A . . . . . . . . . . CC . T . A . . T A . . C . . C . . . . GG . . . . . A A AT T . . AGTTC . . . C . T . GT A . G . T . ATTGGTAAC . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT .
blockSeqs : . . . . . . . . GG . T . C . . T A . . T . . C . . . . AA . . . . . A A TA T . . GAAAC . . . G . T . C G . G . G . ATTGGTAA . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT .
blockSeqs : . G . . . . . . A A . . T . . T . . . . AG . . . . . A A TA C . . AAT . . . C . T . G G . T . G . TGGTAAC . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . AC .
blockSeqs : . G . . . . . . T A . . A . . . . . . . G . . . . . A A TA . . . AGT . . . C . A . G G . T . G . GATAA . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . A . . . . . A A T . . . A . . . G . C . T . . A . . . GATAA . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . C . T . A . . . . . . TTTT . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . A . . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . .
blockSeqCons : AGTTC***** GT******* GATTTGGTAA**********
originalCons : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGGGTTCGATTCTCTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACT-GCTATTACTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAGAGCCTCGC-GAGGACCACGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCGCCGCTATCAAGGAGTTCGAACCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACGGGTCC-CTGTGGGATCGTCGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGACGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCGGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGNNAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCAT-GAGAGCGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAACGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCC------AGGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TT--AG--T---TC--CGGGTT--A--GA-CAT-ACTTT-TTT-----G--TTTTGTTT-TTT-NT-TTTG-TTT-TGAT-TT-T-----GGTA-AACTT---TTTCACG-CATGTT-TGCNT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATTGCA-AGA-AATAAT-AAAACATTGAA
finalCons : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGGGTTCGATTCTCTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACT-GCTATTACTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAGAGCCTCGC-GAGGACCACGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCGCCGCTATCAAGGAGTTCGAACCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACGGGTCC-CTGTGGGATCGTCGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGACGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCGGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGNNAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCAT-GAGAGCGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAACGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCC------AGGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TTAGTTC-----TC--CGGGTT--A--GA-CAT-ACTTT-TTTGT-------TTTGTTT-TTT-NT-TTTG-TTT-TGATTTGGTAA----------CTT---TTTCACG-CATGTT-TGCNT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATTGCA-AGA-AATAAT-AAAACATTGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CTCTCGTCACCTTAGATGCAGTAGTCATAAATTGCCAATTGAATGTAAGTGGCAGATACAGTAGGTCTGAACG
Unaligned ( gi|24 ): GATAGTGTCATCTCATACGAGTCTACCTAGAATATACTCAACGAATCCCAGTACAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1 1 11111 1111 1 111 11 1 1 11 11 22 2222 111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 11111111 111111 1 111111 22222222222 1111 1111 2222222222 22222222222222 1111 2222222 222222222222222 11111
lowQualScore : 5 5 5 7 7 7 3 2 99999 1111 3 0 7 666 44 0 5 5 88 44 55 0 8888 6 7 6 0 777 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 22 1 5 3 7 0 6 2 7 7 0 5 5 9 1 77 77 1 5 55555555 999999 5 5 5 0 0 666666 77777777777 3 0000 2222 5555555555 4 44 777 2 4 8888 11111111111111 888 3 7777 1 55 7777 4444 555 44 3 555 44 3 3 44 7777 3 3 5555 3 3 0 555 1 3 3 3 33 33 77 2222 6666666 3 66 3 33 1 555555555555555 2 33 2 2 2 5 1 2 2 444 33 44 2 2 33333 6666 3 33 555 2 2 555 66 2 9999 6
lowQualScore : . . . . . . . . ..... .... . . . ... .. . . . .. .. .. . .... . . . . ... . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. .. . . ........ ...... . . . . . ...... ........... . .... .... .......... . .. ... . . .... .............. ... . .... . .. .... .... ... .. . ... .. . . .. .... . . .... . . . ... . . . . .. .. .. .... ....... . .. . .. . ............... . .. . . . . . . . ... .. .. . . ..... .... . .. ... . . ... .. . .... .
lowQualScore : 5 5 5 3 3 3 3 0 77777 3333 3 7 3 777 77 7 5 5 00 00 33 7 3333 7 3 7 7 777 7 5 5 5 0 5 0 0 5 0 00 0 5 3 3 7 7 0 3 3 8 4 0 3 4 99 99 4 7 00000000 444444 0 0 0 0 1 444444 11111111111 0 6666 5555 5555555555 0 88 000 5 0 5555 55555555555555 888 6 7777 0 00 7777 8888 888 66 3 888 77 3 3 66 1111 3 3 2222 3 3 3 888 6 1 1 1 77 77 88 9999 8888888 8 77 3 88 2 000000000000000 9 99 7 7 7 0 0 5 5 444 99 44 9 9 22222 5555 1 99 000 9 9 000 88 9 9999 7
consensus : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGGGTTCGATTCTCTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACT-GCTATTACTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAGAGCCTCGC-GAGGACCACGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCGCCGCTATCAAGGAGTTCGAACCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACGGGTCC-CTGTGGGATCGTCGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGACGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCGGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGNNAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCAT-GAGAGCGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAACGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCC------AGGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TTA-G-TTCTCCGGGTT--A--GA-CATACTTT-TT-T-----GTTTTGTTTTTT-TT-TTTG-TTTTGA-TTT-------G-GT-A--AC-TTTTT-CACG-CATGTT-TGCNT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATTGCA-AGA-AATAAT-AAAACATTGAA
Reference ( family-4251 ) : NAGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGGGTTCGATTCTCTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACT-GCTATTACTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAGAGCCTCGC-GAGGACCACGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCGCCGCTATCAAGGAGTTCGAACCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACGGGTCC-CTGTGGGATCGTCGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGACGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCGGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGNNAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAANTATACCCAT-GAGAGCGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCGAAACGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCC------AGGCAA-----------CTNAATGT----GT----CAA-G--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ACT----ATTNAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TTA-G-TTCTCCGGGTT--A--GA-CATACTTT-TT-T-----GTTTTGTTTTTT-NT-TTTG-TTTTGA-TTT-------G-GT-A--AC-TTTTT-CACG-CATGTT-TGCNT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATTGCA-AGA-AATAAT-AAAACATTGAA
gi|1 : AGTAGGTTTG-CTGAACGATTTGTTTGGAAGGTTCGATTCTCTGTGCACAAA-CTCTGGGTGTGAGAAGAT-TAGTACCCTAGGGGACT-GCTATTATTGTGTGTCCGGCTGCCCCCAG--TCTCGC-GAGGACCATGCAAC-C-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGA-TCACCGCTATCAAGGAGTTCGA-CCGAGACAACAACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTGGTACAGTGCT-CTGTGGGATCGTTGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTTGATGTTTGGTCTAATGATGTCACTCTCGCTAACACA-ATGGAGTCCAGCGGCCTCCCAGGAAAAGTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAGAGGACTACG-ACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGGGTGAGTATATTTTACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGATGTACTTCTGCAGACAAAACTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATACCGATATGATATGCGAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAAAT-TACCCATAGAG-GTGGGAAGATGGGAGATATA-CTAGAGAGAATGAATTTTGCCATTTATGTAACCAAAATGA--AA--TAG--GGTGAGTTT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-CAAGCT------A-GCAA-----------CTGAATGT----GT----CAA-A--T-----TAT-TAT-TAC---ACACACT----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TTA-G-T--TTCGGGTT--A--GA-GATACTTT-TT-TGGGGGGTTTTGTTTTTT-GT-TTTG-TTTTGATTTT-------G-GTAA--AC-TTTTT-CACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--ATGTATTGCA-TGA-AATAAT-AAAATATTGAA
gi|10 : t-TTATG-TTCTTTGG--T--A---A-CTTGCTTT-TCAC-----GCATTGTTGCTT-TT-TTTG-T---AA-TAT-------ATGT-A--AC-NNNNN-NNNN-NNNNNN-NNNNN-N-N---NNNCC-----------TG-TATCAA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TAGTATTGCA-AGA-AATG---AAACCATTGA
gi|11 : ttgggcaaattacaaaatttcacaagggaaagattattagatattacttctattttttgtttgtttgttctGAGGATAAAG-ATTCT-GGGGACT-GTTACTACTGTGT---TAGCGGTCCCCAGAGCCCCGC-ACCGATCACGC--C-CATGCTGTGTGGAGATGGGGCTAGACATG-ATTGATGCCATCttgattgc
gi|12 : ctgaatgaattgttagctcgatttgaccgcttggccgctgacaactactgctcAT-------T------CAT--TAATTTAAGTA-ATG----AG-AAA--T----CTAA-----ATTTA--CA--A---ATATCATC-A-ACTTTAGAT----AATGTAAATTC-AT-GAG--A-AT-CA-TCATG---GAGACAGTTTA-G-TTCTCCAGGTT--A--AA--ATAATTT-TT-
gi|12 : T-A--AC-TTTTT-CATG-TATGTA-TGCTT-T-T---GTTTcttaactttttcatgtatgtatgcttttgttt
gi|13 : attcattaatttaagtaatgagaaatctaaatttacaaatatcatcaactttagataatgtaaattcatgagaatcatcatggagacagtttagttctccaggttaaaataatttttctT----GT----CAA-G--TACATGTAC-T-T-TCC---A-ACA-T----CCTAATAT--------------CAT--AAATT-AATCA-ACC----ATTTAA--T----ATAA---GGA---A--CAG-A---ACG-CATTTA-A--TCAAAT-----ATGTAAATTA-AT-TAA--T-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TTA-G-TTCTCCGGG-T--A--GA-CATAATTTATT-T-----
gi|14 : CGGGTT--A--GA-CATACTCT-TT-T----------GTTTTTT-TC-CTTT-TTTTGT-TTT-------G-AT-A--AC-CTTTT-CACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATATGT-ATG-CATTAA-T-----AT----CTT-TTTCAAT--G---C-TT-TACTGAT--CTGTATTGCA-AGA----AAT-AAAACATTGa
gi|15 : CTCCGGGTT--A--GA-CA---TTT-TT-TGG---GTTTTATTTCCT-TT-TTTG-TTTTGG-TAC-------ATGT-A--AC-TTTTT-CACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTAA-T-----AT----CCA-TTTAAAT--G---C-TT-TAC---T--CTGTATTGCA-AGA-AATAA
gi|16 : A---A--CAG-A---ACAGCATT-A-A--TC-AAT----TATGTAAATTC-ATGAAGATA-AC-TA-TCATGGGAGAAAAAG-TTA-GTTTCTCCGGATG--AACGACCATACATT-AG-T-----G-----------------TG-TTTGGA--------------T-A--AC--TTTT-CACT-CATGTT-TGCCT-T-T---ATTTT
gi|17 : GTTAACATGAGGGTGGGGATTCACAGTGG-GCGGGTCCATTGTGGGGTCATCGGTCTCAGGA-AGTGGC---AGTTTGATGTCTGGTCCAATGACGTTACGCTGGCTAACA-ATATGGAGGCCGGTGGAATGCCAGGttgta
gi|18 : -TCT-------G-GC-A--AT-CTTTT-TATG-CATGTT-TGTTT-A-T---ATTTTGAAATA--T-CTG-TATTAC-G-----AT----CCT-TGTAAAT--G---C-TT-TAC---C--TTGTATTGCA-AG---ACAATGAAAATATTGAgtag
gi|19 : acC-TCTTT-CACG-CATGTTCTGCTTAT-T---ATTTTGTAATA--T-CTG-TATTCA-T-----AT----CCT-TCTTCAT--G---C-TC-TAC---TAATTATA-TGCA-AGA-AATA---AAAACAtt
gi|2 : AGTAGGTTTGTCTGAACGATTTGTTTGGAGAGTTCGATTC-CTGTGCACAAAACTCTGGGTGTGAGAAGATATAGTACTCTAGGGGACTAGCTATTA-TGTGTGTC--GCTGCCCC---AGCTTCGCCGAGGACCATGCAACAC-TGTTGCGTGGAGATGGGGCTGGGTATGAATCACCGCTATCA-GGAGTTCGAACCGAGACAA--ACGAGTCGGTGAACATGAGGGTAGGTGTTCACACTG-TACGAGTCC--TGTGGGATCGTTGG----AAGACAGAGGTTCAAGTTT-ATGTTTGGTCTACTGATGTCACTCTCGCTAACA-A-ATGGAGTCCAGCGGCCTCCCAGGAAA-GTACATATCTCAGAGGCCTCCTTAAGCTTCCTCAATAAAG-GGACTACGTACCTAGACGAGGGCCCAGACGTTCAGG-TGAGTATATTT-ACAAGGTTTCATTGTTTTAGAAAGGTGTGAGATAGAT-TA-TTCTGCAGACAAA-CTGGGATTGTCTTTGTCAGGCTACTCAATAC-GATATGATATGGCAGTTTCGTAAACTCTGTACCTGGTACATACAGGTAATGCAAATTATACCCAT-GAGAGTGGGAAGATGGGAGATATACCTAGAGAGAATAGAATTTGCCATTTATGTAACC-AAATGA--GA--TAGGTGATGAG-TT-CATTATA------TATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-C-AGCT------AGGCAA-----------CTGAATGT----GT----CAA-A--T-----TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATA--------T------CATTCTAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAGAA---ACAACA-T-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-AT-TCATG---GAGAGAG-TTA-G-TTCTCCGGGTT--A--GA-GATACTTT-TT-TGGGG-GGTTTGTTTTTT-GTGTTTGTTTTTGATTTT-------G-GT----AC-TTTTT-CACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-A-G-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--GTATC-TT-TAC---T--ATGTATTGCA-TG--AATAAT-AAAATAat
gi|20 : TATT-TGCTT-A-T---ATTTTGTAATA--T-TTG-TGTTAA-TTTAATAT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGCATTGCA-AGA-A--AAT-AAAACATTGA
gi|22 : tTGTAAC--AAACAA--GAATTAGGTGATGGATTT-CATGATT------TGTTCAACTG------TACTt
gi|23 : aatatatcctgtcAAATGA--GA--TAGGTGATGAGTTT-CATTATACATGTATATTTAACTG------TACTGACATTTC-T-AT-AAA-
gi|25 : TTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATAGCA-AGA----AAT-AAAACAGTG
gi|3 : TATA-------ATATAACTGA-----TACAGAC-TTTCAT-AT-AAA-AAAGGCTTATAAGGGCAATCGAAAGCTCTCTAAATGTTGAGATAACACAA-AATT-----CAT-TATGTAC---AAACA-TAACACTTAATGTACGTTAAC------CATG-AAAATTATCCA-ACTTCGAATTTAAAGT----GTAAAA-CGA---A--CAG-ACGGACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTTAAT-AGA--A-ATATA-TCATG---GAGAAAA-TTA-G-ATCTCCTGGTTGCA--GAGGATACTTT-TT-TGG---GTTTT-TTTTTT-GT-TTT--TTTT-A-TTTGTTTAAGG-GT-ACGAT-CTTTT-CATATTATCCTATGCAT-T-T---ATTTGCTAATC--TCATGATAGTGAGT-----ATACGACTTATTTCAAT--G---CATTATAC---TA-TTGTATT-CATAGAGAATAATAAAAATATTGAAgttgattg
gi|4 : aGAATTT-GC-ATTTATGTAACCGAAATGATGAA--TAGGTTATGAGTTG-CATTATA------TAATT-ATTG------TACTCA-ATTTC-T-AGAAAA-GAAGCT------AGACAA-----------CTCAGTGT----GT----CAA-G--------TAT-TAT-TAC---ACACA-T----CCTAATGT-------T------CAT---CATTTAATCATATT----TTTAAA--T----ATAA---TTA---A--CAA-A---CCAACAAT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-CT---G--ACAT-TA-TCGTG---GAGAGAG-TTA-A-TTCTC--AGTT--T--AA-CATAC-TT-TT-T-----GTTTATTCTTTT-TT-TTTT-TTTT---TTT----------------C-TTTCT-AAAG--ATG-T-TGCTT-TATTTAATTTTGTAATA--C-ATG-TCTTTG-TTTTA-AT-----CT-TTTCAAT--A---C-TT-TAC---T--TTGAATAGCA-AGA-AATAAtaatattt
gi|5 : taGAATTT-GCCATTTAATTAACCGAAATGA--GA--TAGGTGAT---------------------ATTTAACTG------TGCTGGCATTTC-T-AT-AAAACAAGCC------AGGCAA-----------CTCAATGT----GT----CAA-G--G-----TAT-TA-----------------------GTAT-------T------CAT--AAAGTTAATCA-ACC----ATTCAA--T----ATAA---CGA---A--CAG-A---GCGGGATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-GAG--------------------------------TTCTCTGGGTT--A--TA-CATGCTTT-AT-T-----GTTTT---TTCT-TT-TTTG-TTTT-----T-------G-GT-A--AC-TTTTTTCACG-CATGT---GCTT-T-T---ATTTTGTAATA--T-TTG-TATTGA-T-----GT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--TTGTATAGCA-AGA----AAT-AAAACATTG
gi|6 : aT----CAACA--T-----TAT-CAT-TAC---ACACA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAATCA-ATT----ATTTAA--T----GTAA---CGA---A--CAG-A---ACAACATT-A-A--TCAAAT----TATGTAAATTT-AT-AAG--A-AT-TA-TCATG---GAGAGAG-TTA-G-TTCTCCAGTTT--A--GA-GATACATT-T---------TTTTGTTTTTTGTT-TTTG-TTTTGA-TTT-------G-GT-A--AC-TTTTT-CACG-CATGTT-TGCAT-T-T---ATTTTGTAATA--T-ATG-TATTGA-T-----AT----CCT-TTTCAAT--G---C-TT-TAC---T--ATGTATTGCA-TGA-AATAAT--AAATATTGA
gi|7 : cTACCTAT-TGAAACGGGCAGATGGGA-----ATCT-GATAGAA--AAT---GCAATTTATGTGATCTAAACGA--TA--TTGGTGATGAATTTCCATTATT------TGTTTAAATGCAAAGATAGTGTCAAATC-TCAT---A-CGAGAC------AGACGA-----------------G-----GT----CTA-C--C-----TATCTA--TACTCAACGAA-T----CCCAGTAT-------A------TAC--AAGTTCAATAA-TTT----GTTTAA--CAATAGTAA---TGA---T--CAT-G---TC----TT-A-A--ATAAAA----TATGTACATTA-GT-AAA--A-GT-TATTCA-A---CAGAAAG-TTG-A-AACTCCGGGTT--A--AA-tattga
gi|8 : aatTC-T-GT-AAAATATGCC------AGGCAA-----------CTCAAATT----ATC---CGA-G--------TAT-TAT-TAC---AAAAA-T----CCTAATAT-------T------CAT--AAATTTAGTTA-ACT----AATAAA--T----ATAAGTTTGA---ATTTGG-C---AC-ACATT-ACA--T-AAACACTATATGTAAA-TT-AT-AAC--A-A---------------------------CTCTCCAAGTT--G--GA-C--GCCTT-TT-T-----A---TGGATTTT-AT-TTTG-T----A--TT-------G-GT-A--AC-CTCTT-CACG-CGTGTT-TGCCT-T-A---GTCTTCTA--A--T-ATC-TATTGA-T-----
gi|9 : ta----CAA-G--G-----TAC--AT-TAC---ACATA-T----TCTAATAT-------TAGTATTCAT--ATAATTAATCA-ACC----ATCAAA--T----A----------------AG-A---AGAGTATT-A-A--TTAAAT----CATGTG-------T-AAA--A-AT-TA-TCACG---GAGAACT-TTA-G-TTCTGCGGATT--A--GA-AATACTTT-----------TTTTGTC------------------A--TT-------G-GT-A--ACTTTTTT-CACG-CACGCT-TGCTG-T-T---ATTTGGTAATA--T-CTG-TATTGA-A-----AT----CC-------ACCGG---C----TAC---A--TTGTATTGCA-AGA-A--AAT--AAACAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CTCTCGTCACCTTAGATGCAGTAGTCATAAATTGCCAATTGAATGTAAGTGGCAGATACAGTAGGTCTGAACG
Unaligned ( gi|24 ): GATAGTGTCATCTCATACGAGTCTACCTAGAATATACTCAACGAATCCCAGTACAT