lowQualScore : 11111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111 1111111111111 22222222222222
lowQualScore : 11 333333333333 111 1 11 111 111 11111 1111 1 111 66666666666666666666 1 1 22222 11 5555555555 111 22222222222222222222222222222222 11 111 11 2222 111 1 44444444444 11 4444444444444444444444444444444444 1 111 11 33333333333 11 1 11 111 222 11 2 1 1 1 22222 2 4 555555 1 33 44 4 2 2 33333 4444444444444 66666666666 2222 2 2 1 22 33333333333333
lowQualScore : 99 33 0 6 444444444444 444 5 11 444 0 8 66 444 88888 7777 2 3 44 1 2 33 0 0 666 22222222222222222222 3 0 5 1 444 0 6 1 11111 1 5 00 2222222222 66 444 00000000000000000000000000000000 11 8 444 00 5555 2 22 0 2 444 1 2 8 1 8 4 11111111111 22 999 6 9999999999999999999999999999999999 6 0 222 11 88888888888 2 6 4 88 88 6 7 3 33 888 333 88 77 0 5 5 5 66666 0 0 6 6 888888 6 5 44 66 6 0 6 0 0 22222 4 0000000000000 33333333333 1111 0 6 0 5 11 55555555555555 6
lowQualScore : .. .. . . ............ ... . .. ... . . .. ... ..... .... . . .. . . .. . . ... .................... . . . . ... . . . ..... . . .. .......... .. ... ................................ .. . ... .. .... . .. . . ... . . . . . . ........... .. ... . .................................. . . ... .. ........... . . . .. .. . . . .. ... ... .. .. . . . . ..... . . . . ...... . . .. .. . . . . . ..... . ............. ........... .... . . . . .. .............. .
lowQualScore : 22 22 8 4 000000000000 000 0 00 000 8 6 00 000 77777 8888 5 2 88 0 5 55 8 0 000 88888888888888888888 2 0 0 2 888 6 7 4 66666 0 2 88 2222222222 44 000 22222222222222222222222222222222 00 0 000 88 6666 8 22 8 8 000 4 8 0 4 0 6 00000000000 00 333 7 0000000000000000000000000000000000 0 0 444 88 00000000000 5 5 0 33 33 7 3 3 33 000 333 33 00 0 0 5 5 55555 0 0 0 0 000000 0 0 00 00 0 0 0 0 0 55555 0 5555555555555 55555555555 0000 0 0 0 0 00 00000000000000 0
consensus : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTCTAATA-TT--AA-ANGGAGAACAACTTTTAAACAAGACCGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGACGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTAT-CTAT---GAAC--A----CTTA-ACAATTGCGCAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTNCCGA-TAATA---TA----CTTTTTGA---TATATTTT-ATCC-G-AC--GAAG-----TTCCT----CGTA--AC-G---AGGA-CA-T--ATTAATATAAAAT---GATATT-CGTCC-TCTATATC---GTTT----TTACANAATTCACACAATC--TCC--CCTTGGAGTTCTATTGCAAGAGTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTC--AAGAATGTG-----------ANAANANATTGA--AACACAAATGAAT-CTATGTAATATGT-TATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGGTTATAGGTGATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGACCAAGATTCCTCGTCAGCCAAGATTTCTTGTATTTGT-CTTAGAAAAAAAAAATGACAACTTTGAAAATAAATACCTTTGGT-CAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCACCACATGGACGAATTCCCCCNCATTAAGTGCTA---ATA-ATGTTTTATGCAAATTGTTCCAGTTTGGCTCGGAAACACATTCAAGAGAAGCGCAACTCCTTTCAATTGCAAGTCTATTAA--------------TCTATGTGATGT
Reference ( gi|1 ) : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAACAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTATAATA-TT--AA-ATCGAGAACAACTTTTAAACAAGATGATTATCCCGCATCTTAAATGCAAGATGTATATATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTATATTAT---GAAC--A----CTTA-ATAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTGCCAA-TAGT----T-----CTTTTTGA---TATATTT--AC---G-AC--GAAG-----TTCCT----CGTA--AT-G---AGGG-CA-A--ATCAATATAAAGT---GATACT-CGTCC-TCTATGTC---ATTT----TTACATAATTTATACACTCTATTT--TCTTTAAG-TATATTGT-----TATGGCGGCCTGTTTCAA-TTTC--AAGATTGTG-----------AGAAGATATTGA--AATACACATGAAT-CTATATAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTAATTATAGG-GATTTACTTTAAAGAAATGAAACTGAAAACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAG-TTTTTTGTATTTATTCCTA-AGAAAAAAAATGACAAGTTTGAAATAAAATACCTTTGGTATAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAACC-AATATATATAATTCTCCTT-CCAC-ATATG-ATT-ATTTCCCCACATTAA-TGCTAATTATATATGTTTTAT-CAAAATG---CAGTTTA-CT-GAAAACACATTC-AAGGAAG-ACAACTATTTCAAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTTTATGTGATGT
gi|20 : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTT
gi|9 : taATACATATCTTTATTG-TTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACATGTACAATGT--ACATA---ACAAAAA--TTG---CATTGT-TGGT-GTGTACAAATTAT-ATA-TTTAAA-AAGGAGAACAACTTTTAAAC-AGATCGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAG
gi|3 : TATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACACATCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------TGTACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTCTAATA-TT--AA-AAGGAGAACAACTTTTAAACAAAATGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGATGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTATATTAT---GAAC--A----CTTA-ATAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGCTTTTGCCAA-ct
gi|13 : TATATATTTTCGTTGCTCAAGACAAACA--TCTTATCACAT---TATTACAATATGTATACA---------T--AAATA---CCAAAAAACTGAGGTCA-CGTGTCAAGGTGTACAAaatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtttcaatttcaagattgtgagaagata
gi|15 : ACATCTTTATTGCTGAAGACGTACA--TCTTATTACAT--A-ATTACAATATG---------------T--ACACA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAA
gi|7 : atcTGCA--TTTTATTACATCAATGTTACAATATGTATACA---------T--TAATATGTATAAGAA--GAG---CATT------------ACAAATTCAAACAACT--AATATTGA-------TTTTAAACAAAACGGTTTTTTCGCAACTTAAGTGCAAGACATAGATACTTC---AA-----GA-AGT-T-ATATA---TAT---GAAC--ATTGCCTTGTACATTTGT------TTTAAATAACA--AA
gi|18 : aA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACCATTATCTCGTATCTAAAATG
gi|8 : atATACATTTCCCTAAACTGCAATAGCATCATGTA--------------------CTTA-AAAATC-CGCAACATTTAGTTAAT-----TGTGTTTTGCCAAATAATA---C-----CTTCTTAAAAATATATTT--ACCC-GCAC--GAAGGCGAGCTCCT----CGTA--ATAG---AGGGCCA-A--ATTAAT-T--AGTTGAGATACTGCATCCTTCTGT-TC---ATTT----attactataccaacctgtgtata
gi|6 : acATTTACCTAAATTACAA-AGT-T---GTATTCTATTTCGAATTGA----C--A-ACAGTTGCACCA-GTTTAAA-CATA--GAAGCATGATACCA--TAAT----T-----CTTCTTGA---TATATAT--A----G-ACCTGAGG-----TT-TT----TGTACGAT-G---A--A-CA-T--TTCAAAATAAAAT---GATATC-CATTC-GCTATTTT---GTCTAAAATTACAACATTCACACAATCGATCT--T
gi|4 : ATAA-GTTTGAA-AACA--CTTGGTCTCTTTTAG-TAAT----A-----ACTTTTGA---TATATTTT-ATTCTG-AG--GA---------CAT----GGCA--AC-G---AGGA-CA-T--ATTAATATAAAAT---GTTATT-CGTCC-TCTATATCTTTATTA----TCACATAGTTCACACAACCT-TTCACCCTTGGAG-TTTATTGCAAGAGTAT--TGACCTGTTTCAATTTTT--AAAAATGTGCTGACAAACGCAGAACATATTAAAGAATACAAATG--TGCTG-GCAGTATGTCTAAATACTGTTCAAATCCAAAACTTGGTT
gi|11 : A-ATTTTAA-GACACTGG-GGGTTTTTTTGG-TAGTAAAATA----CTTT--GA---TATATTT-------------GAAA-----TTCTTAAGCCGTT--AT-GAAAAGAA-CA-T--ATTAAAATAAAAT---GAAATT-CGTCT-TCTATATtaacgtaattatataaatgcaaaacagtactattttccttattttgatgtcaattttgtaaaaaaaaaaa
gi|5 : ctTGAA-AACA----TTGGTCT--CTTA-TAGT----TAATAACTTTT-GA---TAAATTTTTATCT-G-A---GAA--------CCA----TGTA--AC-G---AGGA-CATATTATTAATATAAAAT---GTTATT-CCTCC-TCTATATC------T----TTAT-CAACCT-TTCACTC--------CTTGGAGTTCTATTGCAAGAGTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTTTAAAGAATGTG-----------tgatagttcgaatcattcagacatttca
gi|3 : TGTTTCAA-TTTC--AAGATTGTG-----------AGAAGATActgacaaacgcagtctacatattaaacaatacaaatgtgccggcagtat
gi|10 : tatatatctttattgcttaagacgtacacatcttattacatttatattacaatatgcatacatgtacataacaaaaatggcattgtatggtggtgtacaaattctaatattaaaaggagaacaacttttaaacaaaatggttatcccgcatcttaaatgcaagatgtatacatttccctaaactacaaagttcatgtatattatgaacacttaataattgtacaaatttaaaaacagatggcttttgccaaaatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA-TTTA--AAG--TATG-----------ATAATAAATTGA--AACACAAATGAAT-CTATGTAATATATATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGATTATAGG-GATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGATCAAAATTCCTTGT-AGTCAA
gi|2 : aaaC--AAGAGTATG-----------ATTAAAAATTGA--A-CATACATGAAT-CTATGTAATAT-----TGTATTG---AAGT--TAAGCTTGGTTATAGGTGATTTACTTGAAAGAAATGAA-CTGAAA-CCAAG-----TCATCAGCCAAGATTTCTTGTATTTGT-CTTAGAAAAAAAAAATGACAACTTTGAAAATAAATACCTTTGGT-CAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCAC-ATATG-ATTAATTCCCCCACATTAAGTGCTA-------ATGTTTTATGCAAATTG---CAGTTTAGCT-GAAAACACATTC-AGAGAAGCACAACTCCTTTCAATTGCAAGTCTATTAA--------------TCTATGTGATGTaaaaatcctagcaaaaaaagatttaaca
gi|14 : atgCTT-CCACCACATGGACG-ATTTCCCCTCATTAA--G------ATA-ATGTTTTAT-C----TGTTCCAGTTTG-CTCGGAAACACATTCAAAAGAAA-GCAACTCTTTgtacaggtcgagaaatcacaattagtgaatctgcattttaaaaacaaaccttgttggaactaattaatacaagatctatttaattaacccaattttgccattgcaaaacaatcaattgtctagatatacagaacagtggttttaaaaacaattatgcatacaatgtcagattccctca
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCCTTTATATCTTTATCATTACATAGTTCACATAACCTTTTCACTCCTTGGAGTCTTATTACAAGACGGTATTGACCTGTTGCAATTTTTAAGAAATGTGCTGACAAACGCAGT
Unaligned ( gi|16 ): AAGTTGGTCTCTTATATTAATAACTTTTGATATATATTTTTTTAGGACATGCATATGGTAACGAGGACAGATATTAGT
Unaligned ( gi|17 ): AAGGTTTGCCCAGATTACAAAGTTGTTTTCTATTTCGAATAGATATCAGCTGTACCATAGAAGCATGAGACCAATAC
Unaligned ( gi|19 ): TTGTCTCTCTTATATTCTACTTTTGATATATATTTTTTTGGACATGCTTATGGTAACGAGGACAGATATT
Unaligned ( gi|21 ): TGTAAGTTTGAAAACACTTGGTTTCTTATAGCAATAACTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111
lowQualScore : 222222222222 111 111 1 11 1 55555555555555555555 1 11111 111 33333333 111 55555555555555555555555555555555 111 111 3333333333 111 111 5555555555555 1 11 11 1 111 444444444444444444444444 22 1 333 111 11 1 1 1 2 2 1 2 1 11111 222222222 5555555555555 44444444444 22222 22 11111111111111
lowQualScore : 77 88 3 666666666666 111 99 111 5 2 2 3 0 33 8 1 0 5 0 0 8 8 0 11111111111111111111 0 8 1 9 5 0 55555 3 000 88888888 3 111 99999999999999999999999999999999 6 888 6 111 99 6 5 3 4444444444 111 1 111 22 6666666666666 3 2 3 33 33 3 888 777 000 444444444444444444444444 1 1 22 0 0 3 0 3 333 777 33 3 0 5 7 2 7 11 3 7 0 5 2 88 0 5 44444 888888888 0 1 0000000000000 11111111111 88888 0 7 7 44 0 77777777777777
lowQualScore : .. .. . ............ ... .. ... . . . . . .. . . . . . . . . . .................... . . . . . . ..... . ... ........ . ... ................................ . ... . ... .. . . . .......... ... . ... .. ............. . . . .. .. . ... ... ... ........................ . . .. . . . . . ... ... .. . . . . . . .. . . . . . .. . . ..... ......... . . ............. ........... ..... . . . .. . ..............
lowQualScore : 99 77 7 888888888888 777 22 777 7 5 5 2 0 88 0 0 8 0 7 8 0 0 0 00000000000000000000 8 0 4 6 7 0 22222 0 999 55555555 2 777 22222222222222222222222222222222 7 333 7 777 22 7 7 9 0000000000 777 0 777 44 8888888888888 2 8 2 88 88 3 333 777 000 444444444444444444444444 0 0 00 8 6 2 0 2 555 555 88 2 0 5 3 0 3 33 3 3 0 0 5 00 0 0 33333 333333333 7 0 7777777777777 77777777777 33333 7 3 3 00 7 55555555555555
consensus : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTNTAATA-TT--AA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGACGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTATATTAT---GAAC--A----CTTA-ACAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTGCCGA-TAGT--A---TACTTTTTGA---TATATTTT-ATCC-G-AC--GAAG-----TTCCT----CGTAAC-GA---GGA-CATATTA---ATATAA--AATGATATT-CGTCC-TCTATATCGTT--T----TT---ACATAA---TTCACACAACC--T-----T---TCCTTGGAGTTNTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ANTG---TG-----------ANA----------ANANATTGAA-AATACAAATGAAT-CTATGTAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAGATTTCTTGTATTTGTTCCTAGAGAAAAAAAATGACAANTTTGAAANNAAATACCTTTGGTACAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCACCACAT-GACGA--ATTTCCCCACATTAAGTGC--A-TA---ATGTTTTAT-CAAANTG---CAGTTTGGCT-GAAAACACATTCAAGAGAAG-ACAACTCTTTTCAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTCTATGTGATGT
Reference ( family-4216 ) : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTCTAATA-TT--AA-ANGGAGAACAACTTTTAAACAAGACCGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGACGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTAT-CTAT---GAAC--A----CTTA-ACAATTGCGCAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTNCCGA-TAAT--A---TACTTTTTGA---TATATTTT-ATCC-G-AC--GAAG-----TTCCT----CGTAAC-GA---GGA-CATATTA---ATATAA--AATGATATT-CGTCC-TCTATATCGTT--T----TT---ACANAA---TTCACACAATC--T-----C---CCCTTGGAGTTCTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTC--AAG-AATG---TG-----------ANA----------ANANATTGA--AACACAAATGAAT-CTATGTAATATGT-TATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGACCAAGATTCCTCGTCAGCCAAGATTTCTTGTATTTG-TCTTAGAAAAAAAAAATGACAACTTTGAAAATAAATACCTTTGGT-CAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCACCACATGGACGA--ATTCCCCCNCATTAAGTGCTAA-TA---ATGTTTTATGCAAATTGTTCCAGTTTGGCTCGGAAACACATTCAAGAGAAGCGCAACTCCTTTCAATTGCAAGTCTATTAA--------------TCTATGTGATGT
gi|1 : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAACAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTATAATA-TT--AA-ATCGAGAACAACTTTTAAACAAGATGATTATCCCGCATCTTAAATGCAAGATGTATATATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTATATTAT---GAAC--A----CTTA-ATAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTGCCAA-TAGT------T-CTTTTTGA---TATA-TTT-A--C-G-AC--GAAG-----TTCCT----CGTAAT-GA---GGG-CAAATCA---ATATAA--AGTGATACT-CGTCC-TCTATGTCATT--T----TT---ACATAA---TTTATACACTCTAT-----T---TTCTTTAAG-TATATTGT-------TATGGCGGCCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ATTG---TG-----------AGA----------AGATATTGA--AATACACATGAAT-CTATATAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTAATTATAG-G-GATTTACTTTAAAGAAATGAAACTGAAAACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAG-TTTTTTGTATTTATTCCTA-AGAAAAAAAATGACAAGTTTGAAATAAAATACCTTTGGTATAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAACC-AATATATATAATTCTCCTT----CCACAT--ATGATTATTTCCCCACATTAA-TGCTAATTATATATGTTTTAT-CAAAATG---CAGTTT-ACT-GAAAACACATTCAAG-GAAG-ACAACTATTTCAAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTTTATGTGATGT
gi|10 : AA-TTTA--AAG---TA---TG-----------ATA----------ATAAATTGA--AACACAAATGAAT-CTATGTAATATATATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGATTATAG-G-GATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGATCAAAATTCCTTGT-AGTCAAAA
gi|11 : aaaA-ATTTTAA-GACACTGG-GGGTTTTTTTGG-TAGT--AAAATACTTT--GA---TATATTT-------------GAAA-----TTCTTAAGCCGTTAT-GAAAAGAA-CATATTA---AAATAA--AATGAAATT-CGTCT-TCTATATTGATAGT----TC---GAATCA---TTCAGACAaaatcctagcaaaaaaagatttaaca
gi|12 : ctTCC-TTTATATC-TT--TATCATT---ACATAG---TTCACATAACC--TTTTCAC---TCCTTGGAGTCTTATTACAAGACGGTAT--TGACCTGTTGCAATTTTT--AAGAAATG---TG-----------CTG----------ACAAAtttca
gi|13 : TATATATTTTCGTTGCTCAAGACAAACA--TCTTATCACAT---TATTACAATATGTATACA---------T--AAATA---CCAAAAAACTGAGGTCA-CGTGTCAAGGTGTACAAcgcagt
gi|14 : TTCCACCACATGGACGA---TTTCCCCTCATTAAG-----A-TA---ATGTTTTAT-----CTGTTCCAGTTTG-CTCGGAAACACATTCAAAAGAAA-GCAACTCTTTTCA
gi|15 : cACATCTTTATTGCTGAAGACGTACA--TCTTATTACAT--A-ATTACAATATG---------------T--ACACA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAA
gi|18 : atcA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACCATTATCTCGTATCTAAAATG
gi|2 : atC--AAG-AGTA---TG-----------ATT----------AAAAATTGA--A-CATACATGAAT-CTATGTAATAT-----TGTATTG---AAGT--TAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAA-CTGAA-ACCAAG-----TCATCAGCCAAGATTTCTTGTATTTG-TCTTAGAAAAAAAAAATGACAACTTTGAAAATAAATACCTTTGGT-CAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCA-CATAT-GATTA--ATTCCCCCACATTAAGTGC----TA---ATGTTTTATGCAAATTG---CAGTTTAGCT-GAAAACACATTC-AGAGAAGCACAACTCCTTTCAATTGCAAGTCTATTAA--------------TCTATGTGATGTattactataccaacctgtgtata
gi|20 : atgTATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTgtacaggtcgagaaatcacaattagtgaatctgcattttaaaaacaaaccttgttggaactaattaatacaagatctatttaattaacccaattttgccattgcaaaacaatcaattgtctagatatacagaacagtggttttaaaaacaattatgcatacaatgtcagattccctca
gi|3 : taTATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACACATCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------TGTACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTCTAATA-TT--AA-AAGGAGAACAACTTTTAAACAAAATGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGATGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTATATTAT---GAAC--A----CTTA-ATAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGCTTTTGCCAA--AAT--A---T
gi|3 : TGTTTCAA-TTTC--AAG-ATTG---TG-----------AGA----------AGATAtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtttcaatttcaagattgtgagaagata
gi|4 : tatatatctttattgcttaagacgtacacatcttattacatttatattacaatatgcatacatgtacataacaaaaatggcattgtatggtggtgtacaaattctaatattaaaaggagaacaacttttaaacaaaatggttatcccgcatcttaaatgcaagatgtatacatttccctaaactacaaagttcatgtatattatgaacacttaataattgtacaaatttaaaaacagatggcttttgccaaaatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA-GTTTGAA-AACA--CTTGGTCTCTTTTAG-TAAT--A----ACTTTT-GA---TATATTTT-ATTCTG-AG--GA---------CAT----GGCAAC-GA---GGA-CATATTA---ATATAA--AATGTTATT-CGTCC-TCTATATCTTT--A----TTATCACATAG---TTCACACAACC--T-----TTCACCCTTGGAGTT-TATTGCAAGA--GTAT--TGACCTGTTTCAATTTTT--AAA-AATG---TGCTGACAAACGCAGA----------ACATATTAAAGAATACAAATG--TGCTG-GCAGTATGTCTAAATACTGTTCAAATCCAAAACTTGGTT-TAACGTAATT
gi|5 : atTGAA-AACA----TTGGTCT--CTTA-TAGTTAA---TAACTTTTGA---TAAATTTTTATCT-G-A---GAA--------CCA----TGTAAC-GA---GGA-CATATTATTAATATAA--AATGTTATT-CCTCC-TCTATATC-----T----TT---AT-CAACCTTTCAC------------------TCCTTGGAGTTCTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTTTAAAG-AATGTGCTG-----------ACAAACGCAGTCTACATATTAAACAATACAAATGatataaatgcaaaacagtactattttccttattttgatgtcaattttgtaaaaaaaaaaa
gi|6 : ATTTACCTAAATTACAA-AGT-T---GTATTCTATTTCGAATTGA----C--A-ACAGTTGCACCA-GTTTAAA-CATA--GAAGCATGATACC-A-TAAT------T-CTTCTTGA---TATAT----ATA--G-ACCTGAGG-----TTTTT-----GTA-C-GAT--GAA-CATTTCA---AAATAA--AATGATATC-CATTC-GCTATTTTGTC--TAAAATT---ACAACA---TTCACACAATC--tgccggcagtat
gi|7 : TGCA--TTTTATTACATCAATGTTACAATATGTATACA---------T--TAATATGTATAAGAA--GAG---CATT------------ACAAATTCAAACAACT--AATATTGA-------TTTTAAACAAAACGGTTTTTTCGCAACTTAAGTGCAAGACATAGATACTTC---AA-----GA-AGT-T-ATATA---TAT---GAAC--ATTGCCTTGTACATTTGT------TTTAAATAACA--AAgatctt
gi|8 : aATACATTTCCCTAAACTGCAATAGCATCATGTA--------------------CTTA-AAAATC-CGCAACATTTAGTTAAT-----TGTGTTTTGCCAAATAAT--A---C-CTTCTTAAAAATATATTT--ACCC-GCAC--GAAGGCGAGCTCCT----CGTAATAGA---GGGCCAAATTA---AT-TAGTTGA-GATACTGCATCCTTCTGT-TCATT--T----
gi|9 : acATACATATCTTTATTG-TTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACATGTACAATGT--ACATA---ACAAAAA--TTG---CATTGT-TGGT-GTGTACAAATTAT-ATA-TTTAAA-AAGGAGAACAACTTTTAAAC-AGATCGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAGTTGGTCTCTTATATTAATAACTTTTGATATATATTTTTTTAGGACATGCATATGGTAACGAGGACAGATATTAGT
Unaligned ( gi|17 ): AAGGTTTGCCCAGATTACAAAGTTGTTTTCTATTTCGAATAGATATCAGCTGTACCATAGAAGCATGAGACCAATAC
Unaligned ( gi|19 ): TTGTCTCTCTTATATTCTACTTTTGATATATATTTTTTTGGACATGCTTATGGTAACGAGGACAGATATT
Unaligned ( gi|21 ): TGTAAGTTTGAAAACACTTGGTTTCTTATAGCAATAACTTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222 111 111 1 11 111 33333333333333333333 1 11111 2222222222222222 111 5555555555555555555555555555555 111 111 3333333333 111 33333333333333 1 11 11 1 111 444444444444444444444444 1 1 111 11 1 1 1 1 1 1 1 1 1 222222222 5555555555 1 1 11 1 55555555555555
lowQualScore : 77 88 3 666666666666 111 99 111 5 2 1 3 0 33 8 1 0 0 0 8 333 00000000000000000000 0 8 1 1 5 0 55555 3 6666666666666666 111 7 5555555555555555555555555555555 3 6 888 6 111 99 6 5 3 4444444444 111 3 1 3 99 55555555555555 3 0 3 33 33 3 888 666 000 444444444444444444444444 1 1 0 6 0 5 3 0 3 6 3 777 33 3 0 5 7 2 7 3 7 5 5 1 22 5 5 2 6 666666666 1111111111 3 3 88 55 7 7 3 22222222222222
lowQualScore : .. .. . ............ ... .. ... . . . . . .. . . . . . . ... .................... . . . . . . ..... . ................ ... . ............................... . . ... . ... .. . . . .......... ... . . . .. .............. . . . .. .. . ... ... ... ........................ . . . . . . . . . . . ... .. . . . . . . . . . . . .. . . . . ......... .......... . . .. .. . . . ..............
lowQualScore : 99 77 7 888888888888 777 22 777 7 5 0 2 0 88 0 4 8 7 8 0 888 00000000000000000000 8 0 4 7 7 0 22222 0 7777777777777777 777 3 7777777777777777777777777777777 5 7 333 7 777 22 7 7 9 0000000000 777 0 0 2 22 22222222222222 2 8 2 88 88 3 333 777 000 444444444444444444444444 0 0 8 0 8 6 2 0 2 5 0 555 88 2 0 5 3 0 3 3 3 5 0 0 00 5 0 0 7 777777777 3333333333 3 3 33 77 3 3 3 00000000000000
consensus : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTNTAATA-TT--AA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGACGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTA---TATTATGAAC--A----CTTA-ACAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTGCCGA-TAGT--A---TACTTTTTGA---TATATTTT-ATCC-G-AC--GAAG-----TTCCT----CGTAAC-GA---GGA-CATATTA---ATATAA--AATGATATT-CGTCC-TCTATATCGTT--T----TT---ACATAATTCACACAACC--TT-----T---C----CTTGGAGTTNTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ANTG---TG-----------ANA----------ANANATTGAA-AATACAAATGAAT-CTATGTAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAGATTTCTTGTATTTGTTCCTAGAGAAAAAAAATGACAANTTTGAAANNAAATACCTTTGGTACAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCACCACATG-ACGA--ATTTCCCCACATTAAGTGC-----ATA-ATGTTTTAT-CAAATTGCAGTTTGNCCGAAAACACATTCAAGAGAAG-ACAACTCTTTTCAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTCTATGTGATGT
Reference ( family-4216 ) : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTNTAATA-TT--AA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGACGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTA---TATTATGAAC--A----CTTA-ACAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTGCCGA-TAGT--A---TACTTTTTGA---TATATTTT-ATCC-G-AC--GAAG-----TTCCT----CGTAAC-GA---GGA-CATATTA---ATATAA--AATGATATT-CGTCC-TCTATATCGTT--T----TT---ACATAATTCACACAACC--TT-----T---C----CTTGGAGTTNTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ANTG---TG-----------ANA----------ANANATTGAA-AATACAAATGAAT-CTATGTAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAGATTTCTTGTATTTGTTCCTAGAGAAAAAAAATGACAANTTTGAAANNAAATACCTTTGGTACAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCACCACATG-ACGA--ATTTCCCCACATTAAGTGC-----ATA-ATGTTTTAT-CAAANTGCAGTTTGGCTGAAAACACATTCAAGAGAAG-ACAACTCTTTTCAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTCTATGTGATGT
gi|1 : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAACAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTATAATA-TT--AA-ATCGAGAACAACTTTTAAACAAGATGATTATCCCGCATCTTAAATGCAAGATGTATATATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTA---TATTATGAAC--A----CTTA-ATAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTGCCAA-TAGT------T-CTTTTTGA---TATA-TTT-A--C-G-AC--GAAG-----TTCCT----CGTAAT-GA---GGG-CAAATCA---ATATAA--AGTGATACT-CGTCC-TCTATGTCATT--T----TT---ACATAATTTATACACTCTATT-----T---T----CTTTAAG-TATATTGT-------TATGGCGGCCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ATTG---TG-----------AGA----------AGATATTG-A-AATACACATGAAT-CTATATAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTAATTATAG-G-GATTTACTTTAAAGAAATGAAACTGAAAACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAG-TTTTTTGTATTTATTCCTA-AGAAAAAAAATGACAAGTTTGAAATAAAATACCTTTGGTATAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAACC-AATATATATAATTCTCCTT----CCACAT--ATGATTATTTCCCCACATTAA-TGCTAATTATATATGTTTTAT-CAAAATGCAGTTT-ACTGAAAACACATTCAAG-GAAG-ACAACTATTTCAAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTTTATGTGATGT
gi|10 : AA-TTTA--AAG---TA---TG-----------ATA----------ATAAATTGAA-A-CACAAATGAAT-CTATGTAATATATATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGATTATAG-G-GATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGATCAAAATTCCTTGT-AGTCAAAA
gi|11 : aaaA-ATTTTAA-GACACTGG-GGGTTTTTTTGG-TAGT--AAAATACTTT--GA---TATATTT-------------GAAA-----TTCTTAAGCCGTTAT-GAAAAGAA-CATATTA---AAATAA--AATGAAATT-CGTCT-TCTATATTGATAGT----TC---GAATCATTCAGACA-----TT-----T---C----aaatcctagcaaaaaaagatttaaca
gi|12 : ctTCC-TTTATATC-TT--TATCATT---ACATAGTTCACATAACC--TTTTCACT---C----CTTGGAGTCTTATTACAAGACGGTAT--TGACCTGTTGCAATTTTT--AAGAAATG---TG-----------CTG----------ACAAAa
gi|13 : TATATATTTTCGTTGCTCAAGACAAACA--TCTTATCACAT---TATTACAATATGTATACA---------T--AAATA---CCAAAAAACTGAGGTCA-CGTGTCAAGGTGTACAAcgcagt
gi|14 : TTCCACCACATGGACGA---TTTCCCCTCATTAAG--------ATA-ATGTTTTAT-CTG-TTCCAGTTTGCTCGGAAACACATTCAAAAGAAA-GCAACTCTTTTCA
gi|15 : cACATCTTTATTGCTGAAGACGTACA--TCTTATTACAT--A-ATTACAATATG---------------T--ACACA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAA
gi|18 : atcA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACCATTATCTCGTATCTAAAATG
gi|2 : atC--AAG-AGTA---TG-----------ATT----------AAAAATTGAA-CATACA--TGAAT-CTATGTAATAT-----TGTATTG---AAGT--TAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAA-CTGAA-ACCAAG-----TCATCAGCCAAGATTTCTTGTATTTGT-CTTAGAAAAAAAAAATGACAACTTTGAAAATAAATACCTTTGGT-CAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCAC-ATATG-ATTA--ATTCCCCCACATTAAGTGC------TA-ATGTTTTATGCAAATTGCAGTTTAGCTGAAAACACATTC-AGAGAAGCACAACTCCTTTCAATTGCAAGTCTATTAA--------------TCTATGTGATGTattactataccaacctgtgtata
gi|20 : atgTATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTgtacaggtcgagaaatcacaattagtgaatctgcattttaaaaacaaaccttgttggaactaattaatacaagatctatttaattaacccaattttgccattgcaaaacaatcaattgtctagatatacagaacagtggttttaaaaacaattatgcatacaatgtcagattccctca
gi|3 : taTATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACACATCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------TGTACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTCTAATA-TT--AA-AAGGAGAACAACTTTTAAACAAAATGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGATGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTA---TATTATGAAC--A----CTTA-ATAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGCTTTTGCCAA--AAT--A---T
gi|3 : TGTTTCAA-TTTC--AAG-ATTG---TG-----------AGA----------AGATAtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtttcaatttcaagattgtgagaagata
gi|4 : tatatatctttattgcttaagacgtacacatcttattacatttatattacaatatgcatacatgtacataacaaaaatggcattgtatggtggtgtacaaattctaatattaaaaggagaacaacttttaaacaaaatggttatcccgcatcttaaatgcaagatgtatacatttccctaaactacaaagttcatgtatattatgaacacttaataattgtacaaatttaaaaacagatggcttttgccaaaatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAA-GTTTGAA-AACA--CTTGGTCTCTTT----TAGT--AA--TAACTTTTGA---TATATTTT-ATTCTG-AG--GA---------CAT----GGCAAC-GA---GGA-CATATTA---ATATAA--AATGTTATT-CGTCC-TCTATATCTTT--A----TTATCACATAGTTCACACAACC--TT-----TCACC----CTTGGAGTT-TATTGCAAGA--GTAT--TGACCTGTTTCAATTTTT--AAA-AATG---TGCTGACAAACGCAGA----------ACATATTAAAGAATACAAATG--TGCTG-GCAGTATGTCTAAATACTGTTCAAATCCAAAACTTGGTT-TAACGTAATT
gi|5 : TGAA-AACA----TTGGTCT--CTTA-TAGTTAA---TAACTTTTGA---TAAATTTTTATCT-G-A---GAA--------CCA----TGTAAC-GA---GGA-CATATTATTAATATAA--AATGTTATT-CCTCC-TCTATATC-----T----TT---AT----------CAACC--TT-----T---CACTCCTTGGAGTTCTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTTTAAAG-AATGTGCTG-----------ACAAACGCAGTCTACATATTAAACAATACAAATGatataaatgcaaaacagtactattttccttattttgatgtcaattttgtaaaaaaaaaaa
gi|6 : ATTTACCTAAATTACAA-AGT----TGTATTCTATTTCGAATTGA----C--A-ACAGTTGCACCA-GTTTAAA-CATA--GAAGCATGATACC-A-TA----A---TTCTTCTTGA---TATA---T-AT-A-G-ACCTGAGG-----TT-TT----TGT-AC-GAT--GAA-CATTTCA---AAATAA--AATGATATC-CATTC-GCTATTTTGTC--TAAAATT---ACAACATTCACACAATC--tgccggcagtat
gi|7 : TGCA--TTTTATTACATCAATGTTACAATATGTATACA---------T--TAATATGTATAAGAA--GAG---CATT------------ACAAATTCAAACAACT--AATATTGA-------TTTTAAACAAAACGGTTTTTTCGCAACTTAAGTGCAAGACATAGATACTTC---AA-----GA-AGT-T-ATATA------TATGAAC--ATTGCCTTGTACATTTGT------TTTAAATAACA--AAgatctt
gi|8 : aATACATTTCCCTAAACTGCAATAGCATCATGTA--------------------CTTA-AAAATC-CGCAACATTTAGTTAAT-----TGTGTTTTGCCAAATAAT--A---C-CTTCTTAAAAATATATTT--ACCC-GCAC--GAAGGCGAGCTCCT----CGTAATAGA---GGGCCAAATTA---AT-TAGTTGA-GATACTGCATCCTTCTGT-TCATT--T----
gi|9 : acATACATATCTTTATTG-TTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACATGTACAATGT--ACATA---ACAAAAA--TTG---CATTGT-TGGT-GTGTACAAATTAT-ATA-TTTAAA-AAGGAGAACAACTTTTAAAC-AGATCGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAGTTGGTCTCTTATATTAATAACTTTTGATATATATTTTTTTAGGACATGCATATGGTAACGAGGACAGATATTAGT
Unaligned ( gi|17 ): AAGGTTTGCCCAGATTACAAAGTTGTTTTCTATTTCGAATAGATATCAGCTGTACCATAGAAGCATGAGACCAATAC
Unaligned ( gi|19 ): TTGTCTCTCTTATATTCTACTTTTGATATATATTTTTTTGGACATGCTTATGGTAACGAGGACAGATATT
Unaligned ( gi|21 ): TGTAAGTTTGAAAACACTTGGTTTCTTATAGCAATAACTTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222 111 111 1 11 111 33333333333333333333 1 11111 2222222222222222 111 5555555555555555555555555555555 111 111 3333333333 111 33333333333333 1 11 11 1 111 444444444444444444444444 1 1 111 11 1 1 1 1 1 1 1 1 1 222222222 5555555555 1 1 11 1 55555555555555
lowQualScore : 77 88 3 666666666666 111 99 111 5 2 1 3 0 33 8 1 0 0 0 8 333 00000000000000000000 0 8 1 1 5 0 55555 3 6666666666666666 111 7 5555555555555555555555555555555 3 6 888 6 111 99 6 5 3 4444444444 111 3 1 3 99 55555555555555 3 0 3 33 33 3 888 666 000 444444444444444444444444 1 1 0 6 0 5 3 0 3 6 3 777 33 3 0 5 7 2 7 3 7 5 5 1 22 5 5 2 6 666666666 1111111111 3 3 7 33 0 7 7 3 22222222222222
lowQualScore : .. .. . ............ ... .. ... . . . . . .. . . . . . . ... .................... . . . . . . ..... . ................ ... . ............................... . . ... . ... .. . . . .......... ... . . . .. .............. . . . .. .. . ... ... ... ........................ . . . . . . . . . . . ... .. . . . . . . . . . . . .. . . . . ......... .......... . . . .. . . . . ..............
lowQualScore : 99 77 7 888888888888 777 22 777 7 5 0 2 0 88 0 4 8 7 8 0 888 00000000000000000000 8 0 4 7 7 0 22222 0 7777777777777777 777 3 7777777777777777777777777777777 5 7 333 7 777 22 7 7 9 0000000000 777 0 0 2 22 22222222222222 2 8 2 88 88 3 333 777 000 444444444444444444444444 0 0 8 0 8 6 2 0 2 5 0 555 88 2 0 5 3 0 3 3 3 5 0 0 00 5 0 0 7 777777777 3333333333 3 3 3 00 7 3 3 3 00000000000000
consensus : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTNTAATA-TT--AA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGACGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTA---TATTATGAAC--A----CTTA-ACAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTGCCGA-TAGT--A---TACTTTTTGA---TATATTTT-ATCC-G-AC--GAAG-----TTCCT----CGTAAC-GA---GGA-CATATTA---ATATAA--AATGATATT-CGTCC-TCTATATCGTT--T----TT---ACATAATTCACACAACC--TT-----T---C----CTTGGAGTTNTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ANTG---TG-----------ANA----------ANANATTGAA-AATACAAATGAAT-CTATGTAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAGATTTCTTGTATTTGTTCCTAGAGAAAAAAAATGACAANTTTGAAANNAAATACCTTTGGTACAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCACCACATG-ACGA--ATTTCCCCACATTAAGTGC-----ATA-ATGTTTTAT-CAAATTGCAGTTTGNCCGAAAACACATTCAAGAGAAG-ACAACTCTTTTCAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTCTATGTGATGT
Reference ( family-4216 ) : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTNTAATA-TT--AA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGACGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTA---TATTATGAAC--A----CTTA-ACAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTGCCGA-TAGT--A---TACTTTTTGA---TATATTTT-ATCC-G-AC--GAAG-----TTCCT----CGTAAC-GA---GGA-CATATTA---ATATAA--AATGATATT-CGTCC-TCTATATCGTT--T----TT---ACATAATTCACACAACC--TT-----T---C----CTTGGAGTTNTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ANTG---TG-----------ANA----------ANANATTGAA-AATACAAATGAAT-CTATGTAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAGATTTCTTGTATTTGTTCCTAGAGAAAAAAAATGACAANTTTGAAANNAAATACCTTTGGTACAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCACCACATG-ACGA--ATTTCCCCACATTAAGTGC-----ATA-ATGTTTTAT-CAAATTGCAGTTTGNCCGAAAACACATTCAAGAGAAG-ACAACTCTTTTCAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTCTATGTGATGT
gi|1 : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAACAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTATAATA-TT--AA-ATCGAGAACAACTTTTAAACAAGATGATTATCCCGCATCTTAAATGCAAGATGTATATATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTA---TATTATGAAC--A----CTTA-ATAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTGCCAA-TAGT------T-CTTTTTGA---TATA-TTT-A--C-G-AC--GAAG-----TTCCT----CGTAAT-GA---GGG-CAAATCA---ATATAA--AGTGATACT-CGTCC-TCTATGTCATT--T----TT---ACATAATTTATACACTCTATT-----T---T----CTTTAAG-TATATTGT-------TATGGCGGCCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ATTG---TG-----------AGA----------AGATATTG-A-AATACACATGAAT-CTATATAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTAATTATAG-G-GATTTACTTTAAAGAAATGAAACTGAAAACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAG-TTTTTTGTATTTATTCCTA-AGAAAAAAAATGACAAGTTTGAAATAAAATACCTTTGGTATAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAACC-AATATATATAATTCTCCTT----CCACAT--ATGATTATTTCCCCACATTAA-TGCTAATTATATATGTTTTAT-CAAAATGCAGTTT-ACTGAAAACACATTCAAG-GAAG-ACAACTATTTCAAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTTTATGTGATGT
gi|10 : AA-TTTA--AAG---TA---TG-----------ATA----------ATAAATTGAA-A-CACAAATGAAT-CTATGTAATATATATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGATTATAG-G-GATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGATCAAAATTCCTTGT-AGTCAAAA
gi|11 : aaaA-ATTTTAA-GACACTGG-GGGTTTTTTTGG-TAGT--AAAATACTTT--GA---TATATTT-------------GAAA-----TTCTTAAGCCGTTAT-GAAAAGAA-CATATTA---AAATAA--AATGAAATT-CGTCT-TCTATATTGATAGT----TC---GAATCATTCAGACA-----TT-----T---C----aaatcctagcaaaaaaagatttaaca
gi|12 : ctTCC-TTTATATC-TT--TATCATT---ACATAGTTCACATAACC--TTTTCACT---C----CTTGGAGTCTTATTACAAGACGGTAT--TGACCTGTTGCAATTTTT--AAGAAATG---TG-----------CTG----------ACAAAa
gi|13 : TATATATTTTCGTTGCTCAAGACAAACA--TCTTATCACAT---TATTACAATATGTATACA---------T--AAATA---CCAAAAAACTGAGGTCA-CGTGTCAAGGTGTACAAcgcagt
gi|14 : TTCCACCACATGGACGA---TTTCCCCTCATTAAG--------ATA-ATGTTTTAT-CTG-TTCCAGTTTGCTCGGAAACACATTCAAAAGAAA-GCAACTCTTTTCA
gi|15 : cACATCTTTATTGCTGAAGACGTACA--TCTTATTACAT--A-ATTACAATATG---------------T--ACACA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAA
gi|18 : atcA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACCATTATCTCGTATCTAAAATG
gi|2 : atC--AAG-AGTA---TG-----------ATT----------AAAAATTGAA-CATACA--TGAAT-CTATGTAATAT-----TGTATTG---AAGT--TAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAA-CTGAA-ACCAAG-----TCATCAGCCAAGATTTCTTGTATTTGT-CTTAGAAAAAAAAAATGACAACTTTGAAAATAAATACCTTTGGT-CAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCAC-ATATG-ATTA--ATTCCCCCACATTAAGTGC------TA-ATGTTTTATGCAAATTGCAGTTTAGCTGAAAACACATTC-AGAGAAGCACAACTCCTTTCAATTGCAAGTCTATTAA--------------TCTATGTGATGTattactataccaacctgtgtata
gi|20 : atgTATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTgtacaggtcgagaaatcacaattagtgaatctgcattttaaaaacaaaccttgttggaactaattaatacaagatctatttaattaacccaattttgccattgcaaaacaatcaattgtctagatatacagaacagtggttttaaaaacaattatgcatacaatgtcagattccctca
gi|3 : taTATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACACATCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------TGTACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTCTAATA-TT--AA-AAGGAGAACAACTTTTAAACAAAATGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGATGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTA---TATTATGAAC--A----CTTA-ATAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGCTTTTGCCAA--AAT--A---T
gi|3 : TGTTTCAA-TTTC--AAG-ATTG---TG-----------AGA----------AGATAtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtttcaatttcaagattgtgagaagata
gi|4 : tatatatctttattgcttaagacgtacacatcttattacatttatattacaatatgcatacatgtacataacaaaaatggcattgtatggtggtgtacaaattctaatattaaaaggagaacaacttttaaacaaaatggttatcccgcatcttaaatgcaagatgtatacatttccctaaactacaaagttcatgtatattatgaacacttaataattgtacaaatttaaaaacagatggcttttgccaaaatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAA-GTTTGAA-AACA--CTTGGTCTCTTT----TAGT--AA--TAACTTTTGA---TATATTTT-ATTCTG-AG--GA---------CAT----GGCAAC-GA---GGA-CATATTA---ATATAA--AATGTTATT-CGTCC-TCTATATCTTT--A----TTATCACATAGTTCACACAACC--TT-----TCACC----CTTGGAGTT-TATTGCAAGA--GTAT--TGACCTGTTTCAATTTTT--AAA-AATG---TGCTGACAAACGCAGA----------ACATATTAAAGAATACAAATG--TGCTG-GCAGTATGTCTAAATACTGTTCAAATCCAAAACTTGGTT-TAACGTAATT
gi|5 : TGAA-AACA----TTGGTCT--CTTA-TAGTTAA---TAACTTTTGA---TAAATTTTTATCT-G-A---GAA--------CCA----TGTAAC-GA---GGA-CATATTATTAATATAA--AATGTTATT-CCTCC-TCTATATC-----T----TT---AT----------CAACC--TT-----T---CACTCCTTGGAGTTCTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTTTAAAG-AATGTGCTG-----------ACAAACGCAGTCTACATATTAAACAATACAAATGatataaatgcaaaacagtactattttccttattttgatgtcaattttgtaaaaaaaaaaa
gi|6 : ATTTACCTAAATTACAA-AGT----TGTATTCTATTTCGAATTGA----C--A-ACAGTTGCACCA-GTTTAAA-CATA--GAAGCATGATACC-A-TA----A---TTCTTCTTGA---TATA---T-AT-A-G-ACCTGAGG-----TT-TT----TGT-AC-GAT--GAA-CATTTCA---AAATAA--AATGATATC-CATTC-GCTATTTTGTC--TAAAATT---ACAACATTCACACAATC--tgccggcagtat
gi|7 : TGCA--TTTTATTACATCAATGTTACAATATGTATACA---------T--TAATATGTATAAGAA--GAG---CATT------------ACAAATTCAAACAACT--AATATTGA-------TTTTAAACAAAACGGTTTTTTCGCAACTTAAGTGCAAGACATAGATACTTC---AA-----GA-AGT-T-ATATA------TATGAAC--ATTGCCTTGTACATTTGT------TTTAAATAACA--AAgatctt
gi|8 : aATACATTTCCCTAAACTGCAATAGCATCATGTA--------------------CTTA-AAAATC-CGCAACATTTAGTTAAT-----TGTGTTTTGCCAAATAAT--A---C-CTTCTTAAAAATATATTT--ACCC-GCAC--GAAGGCGAGCTCCT----CGTAATAGA---GGGCCAAATTA---AT-TAGTTGA-GATACTGCATCCTTCTGT-TCATT--T----
gi|9 : acATACATATCTTTATTG-TTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACATGTACAATGT--ACATA---ACAAAAA--TTG---CATTGT-TGGT-GTGTACAAATTAT-ATA-TTTAAA-AAGGAGAACAACTTTTAAAC-AGATCGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAG
blockSeqs : CA TT T TGTACAATGT TGT AC GGT G G C A A TA T T T ATC TTCTATTTCGAATTGA T T A C T CTGG T TGGTAGTAAAATA AAA T ACCCGCACGAAGGCGAGCTCCT T A AAA C TTA TT G T A GTCTAAAA ATC C G A . TTCACTC T T A CG . T TTA AAA TGC CTGACAAACGCAGA T A G A A G T A A TTC CC A C T A G A C A . G C AT . G T C GGACGA GTGC . G A GC A A C .
blockSeqs : . TT C TGT . . . A G C A . . . A . TC TATGAACATTGC . C A . T GAT G TTATAGTTAATA . T TATAGACCTGAGGTTTT A . T . . . . . A TTTATCA . A C A . TCACTC T C A . . T A AG . ACAAACGCAGTCT C A C A A . T G C . . A . T . . . . A C . GATTAA GA . . . AG . A .
blockSeqs : . CA T T . . . A G A . . . . T . T TATTATGAACA . C A . . CTT T CAAATAATAC . T TATTCTGAGGACAT A . . . . . . . A GATAGT . A C A . TCACC T . A . . . T AT . ATA A A . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TT C T . . . . . . A . . . . A G . . GAA A TAGTAATA . T TTATCTGAGAACCA A . . . . . . . A TTTA . C C A . TC . C AA . CTG G T . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . T G CATAATT . . GAAATTCTTAAGC . . . . . . . . T ATTT . . . . . . C AA . ATT C T
blockSeqs : . . . . T . . . T T . . AGA C T
blockSeqs : .
blockSeqCons : T** TCGAACA************* CAGTAATA******** TATCCTGAGGNCNT***************** **
originalCons : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTNTAATA-TT--AA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGACGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGT-TCATGTA---TATTATGAAC--A----CTTA-ACAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTGCCGA-TAGT--A---TACTTTTTGA---TATATTTT-ATCC-G-AC--GAAG-----TTCCT----CGTAAC-GA---GGA-CATATTA---ATATAA--AATGATATT-CGTCC-TCTATATCGTT--T----TT---ACATAATTCACACAACC--TT-----T---C----CTTGGAGTTNTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ANTG---TG-----------ANA----------ANANATTGAA-AATACAAATGAAT-CTATGTAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAGATTTCTTGTATTTGTTCCTAGAGAAAAAAAATGACAANTTTGAAANNAAATACCTTTGGTACAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCACCACATG-ACGA--ATTTCCCCACATTAAGTGC-----ATA-ATGTTTTAT-CAAATTGCAGTTTGNCCGAAAACACATTCAAGAGAAG-ACAACTCTTTTCAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTCTATGTGATGT
finalCons : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTNTAATA-TT--AA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGACGTATACATTTCCCTAAACTACAA-AGTT--ATGTATCGAACA-------------CTTA-ACAATTGTACAA-ATTTAAA-AACA--GATGGGTTTTGCCAGTAATA--------CTTTTTGA---TATATTTTATCCTGAGGNCNT-----------------CGTAAC-GA---GGA-CATATTA---ATATAA--AATGATATT-CGTCC-TCTATATCGTT--T----TT---ACATAATTCACACAACC--TT-----T---C----CTTGGAGTTNTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ANTG---TG-----------ANA----------ANANATTGAA-AATACAAATGAAT-CTATGTAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAGATTTCTTGTATTTGTTCCTAGAGAAAAAAAATGACAANTTTGAAANNAAATACCTTTGGTACAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCACCACATG-ACGA--ATTTCCCCACATTAAGTGC-----ATA-ATGTTTTAT-CAAATTGCAGTTTGNCCGAAAACACATTCAAGAGAAG-ACAACTCTTTTCAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTCTATGTGATGT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAGTTGGTCTCTTATATTAATAACTTTTGATATATATTTTTTTAGGACATGCATATGGTAACGAGGACAGATATTAGT
Unaligned ( gi|17 ): AAGGTTTGCCCAGATTACAAAGTTGTTTTCTATTTCGAATAGATATCAGCTGTACCATAGAAGCATGAGACCAATAC
Unaligned ( gi|19 ): TTGTCTCTCTTATATTCTACTTTTGATATATATTTTTTTGGACATGCTTATGGTAACGAGGACAGATATT
Unaligned ( gi|21 ): TGTAAGTTTGAAAACACTTGGTTTCTTATAGCAATAACTTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222 111 111 1 11 1 111 5555 1111111 111111 1111 3333333333333333 2222222 111 3333333333 111 33333333333333 1 11 11 1 111 444444444444444444444444 1 1 111 11 1 1 1 1 1 1 1 1 1 222222222 5555555555 1 1 11 1 55555555555555
lowQualScore : 77 88 3 666666666666 111 99 111 5 2 1 3 0 33 8 1 0 0 0 0 6 0 444 3333 9999999 0 8 1 1 5 666 88 777777 6 6 66 1 0 2222 5 9999999999999999 66 1 0000000 5 5 5 77 000 99 6 5 3 4444444444 111 3 1 3 99 55555555555555 3 0 3 33 33 3 888 666 000 444444444444444444444444 1 1 0 6 0 5 3 0 3 6 3 777 33 3 0 5 7 2 7 3 7 5 5 1 22 5 5 2 6 666666666 1111111111 3 3 7 33 0 7 7 3 22222222222222
lowQualScore : .. .. . ............ ... .. ... . . . . . .. . . . . . . . . ... .... ....... . . . . . ... .. ...... . . .. . . .... . ................ .. . ....... . . . .. ... .. . . . .......... ... . . . .. .............. . . . .. .. . ... ... ... ........................ . . . . . . . . . . . ... .. . . . . . . . . . . . .. . . . . ......... .......... . . . .. . . . . ..............
lowQualScore : 99 77 7 888888888888 777 22 777 7 5 0 2 0 88 0 4 8 7 8 8 0 8 000 0000 0000000 8 0 4 7 7 111 11 777777 7 3 99 4 1 1111 0 0000000000000000 77 0 4444444 7 7 7 99 000 22 7 7 9 0000000000 777 0 0 2 22 22222222222222 2 8 2 88 88 3 333 777 000 444444444444444444444444 0 0 8 0 8 6 2 0 2 5 0 555 88 2 0 5 3 0 3 3 3 5 0 0 00 5 0 0 7 777777777 3333333333 3 3 3 00 7 3 3 3 00000000000000
consensus : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTNTAATA-TT--AA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGACGTATACATTTCCCTAAACTACAAAGTTCATGT---ATATTACGAAC--A----CTTA-ACAATTGTACAA-ATTTAA-A-AACAGATGGG-----TTTTGCC-AATAA--TACCTTTT----GATATATTTT-A--TCC---------CGAGG-NCNT-C-----GTAAC-GA-GGA-C--ATATTA---ATATAA--AATGATATT-CGTCC-TCTATATCGTT--T----TT---ACATAATTCACACAACC--TT-----T---C----CTTGGAGTTNTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ANTG---TG-----------ANA----------ANANATTGAA-AATACAAATGAAT-CTATGTAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAGATTTCTTGTATTTGTTCCTAGAGAAAAAAAATGACAANTTTGAAANNAAATACCTTTGGTACAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCACCACATG-ACGA--ATTTCCCCACATTAAGTGC-----ATA-ATGTTTTAT-CAAATTGCAGTTTGNCCGAAAACACATTCAAGAGAAG-ACAACTCTTTTCAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTCTATGTGATGT
Reference ( family-4216 ) : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTNTAATA-TT--AA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGACGTATACATTTCCCTAAACTACAAAGTT-ATGT---AT----CGAAC--A----CTTA-ACAATTGTACAA-ATTTAA-A-AACAGATGGG-----TTTTGCC-AGTAA--TACTTTTT----GATATATTTT-A--TCC---------TGAGG-NCNT-C-----GTAAC-GA-GGA-C--ATATTA---ATATAA--AATGATATT-CGTCC-TCTATATCGTT--T----TT---ACATAATTCACACAACC--TT-----T---C----CTTGGAGTTNTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ANTG---TG-----------ANA----------ANANATTGAA-AATACAAATGAAT-CTATGTAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAGATTTCTTGTATTTGTTCCTAGAGAAAAAAAATGACAANTTTGAAANNAAATACCTTTGGTACAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCACCACATG-ACGA--ATTTCCCCACATTAAGTGC-----ATA-ATGTTTTAT-CAAATTGCAGTTTGNCCGAAAACACATTCAAGAGAAG-ACAACTCTTTTCAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTCTATGTGATGT
gi|1 : TATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------T--ACATA---ACAACAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTATAATA-TT--AA-ATCGAGAACAACTTTTAAACAAGATGATTATCCCGCATCTTAAATGCAAGATGTATATATTTCCCTAAACTACAAAGTTCATGT---ATATTATGAAC--A----CTTA-ATAATTGTACAA-ATTTAA-A-AACAGATGGG-----TTTTGCC-AATAG--TTCTTTTT----GATATA-TTT-A--CGA---------CGAAGTTCCT-C-----GTAAT-GA-GGG-C--AAATCA---ATATAA--AGTGATACT-CGTCC-TCTATGTCATT--T----TT---ACATAATTTATACACTCTATT-----T---T----CTTTAAG-TATATTGT-------TATGGCGGCCTGTTTCAA-TTTC--AAG-ATTG---TG-----------AGA----------AGATATTG-A-AATACACATGAAT-CTATATAATATGTATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTAATTATAG-G-GATTTACTTTAAAGAAATGAAACTGAAAACCAAGATTCCTTAT-AGCCAAG-TTTTTTGTATTTATTCCTA-AGAAAAAAAATGACAAGTTTGAAATAAAATACCTTTGGTATAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAACC-AATATATATAATTCTCCTT----CCACAT--ATGATTATTTCCCCACATTAA-TGCTAATTATATATGTTTTAT-CAAAATGCAGTTT-ACTGAAAACACATTCAAG-GAAG-ACAACTATTTCAAATTGCAAGTCTATTAAACCTGAATGAATTCTTTATGTGATGT
gi|10 : AA-TTTA--AAG---TA---TG-----------ATA----------ATAAATTGAA-A-CACAAATGAAT-CTATGTAATATATATATGTATTG---AAGT--AAAGCTTGATTATAG-G-GATTTACTTGAAAGAAATGAAACTGAAGATCAAAATTCCTTGT-AGTCAAAA
gi|11 : aaaA-ATTTTA-A-GACAC-TGGGGGTTTTTTTGGT-AGTAAAATACTTT------GATATATTTG-AAATTC---------TTAAG-CCGT-T-----ATGAA-AA-GAA-C--ATATTA---AAATAA--AATGAAATT-CGTCT-TCTATATTGATAGT----TC---GAATCATTCAGACA-----TT-----T---C----aaatcctagcaaaaaaagatttaaca
gi|12 : ctTCC-TTTATATC-TT--TATCATT---ACATAGTTCACATAACC--TTTTCACT---C----CTTGGAGTCTTATTACAAGACGGTAT--TGACCTGTTGCAATTTTT--AAGAAATG---TG-----------CTG----------ACAAAa
gi|13 : TATATATTTTCGTTGCTCAAGACAAACA--TCTTATCACAT---TATTACAATATGTATACA---------T--AAATA---CCAAAAAACTGAGGTCA-CGTGTCAAGGTGTACAAcgcagt
gi|14 : TTCCACCACATGGACGA---TTTCCCCTCATTAAG--------ATA-ATGTTTTAT-CTG-TTCCAGTTTGCTCGGAAACACATTCAAAAGAAA-GCAACTCTTTTCA
gi|15 : cACATCTTTATTGCTGAAGACGTACA--TCTTATTACAT--A-ATTACAATATG---------------T--ACACA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAA
gi|16 : atcTAA--TAACTTTT----GATATATATT----TTT---------TTAGG-ACATGCATATGGTAAC-GA-GGA-CAGATATTA---GT
gi|18 : aagttggtctcttatatA-ATGGAGAACAACTTTTAAACAAGACCATTATCTCGTATCTAAAATG
gi|2 : atC--AAG-AGTA---TG-----------ATT----------AAAAATTGAA-CATACA--TGAAT-CTATGTAATAT-----TGTATTG---AAGT--TAAGCTTGGTTATAG-GTGATTTACTTGAAAGAAATGAA-CTGAA-ACCAAG-----TCATCAGCCAAGATTTCTTGTATTTGT-CTTAGAAAAAAAAAATGACAACTTTGAAAATAAATACCTTTGGT-CAAAATGTTATCTTTCTCCTGGTAGCCGAATGTATATAATTCTCCTTCCCAC-ATATG-ATTA--ATTCCCCCACATTAAGTGC------TA-ATGTTTTATGCAAATTGCAGTTTAGCTGAAAACACATTC-AGAGAAGCACAACTCCTTTCAATTGCAAGTCTATTAA--------------TCTATGTGATGTattactataccaacctgtgtata
gi|20 : atgTATATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTgtacaggtcgagaaatcacaattagtgaatctgcattttaaaaacaaaccttgttggaactaattaatacaagatctatttaattaacccaattttgccattgcaaaacaatcaattgtctagatatacagaacagtggttttaaaaacaattatgcatacaatgtcagattccctca
gi|3 : taTATATATCTTTATTGCTTAAGACGTACACATCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACA---------TGTACATA---ACAAAAA--TGG---CATTGTATGGTGGTGTACAAATTCTAATA-TT--AA-AAGGAGAACAACTTTTAAACAAAATGGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAGATGTATACATTTCCCTAAACTACAAAGTTCATGT---ATATTATGAAC--A----CTTA-ATAATTGTACAA-ATTTAA-A-AACAGATGGC-----TTTTGCC-AA-AA--TATT
gi|3 : TGTTTCAA-TTTC--AAG-ATTG---TG-----------AGA----------AGATAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtttcaatttcaagattgtgagaagata
gi|4 : tatatatctttattgcttaagacgtacacatcttattacatttatattacaatatgcatacatgtacataacaaaaatggcattgtatggtggtgtacaaattctaatattaaaaggagaacaacttttaaacaaaatggttatcccgcatcttaaatgcaagatgtatacatttccctaaactacaaagttcatgtatattatgaacacttaataattgtacaaatttaaaaacagatggcttttgccaaaatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAA-GTTTGA-A-AACACTTGGT-----CTCTTTT-AGTAA--TAACTTTT----GATATATTTT-A--TTC---------TGAGG-ACAT-G-----GCAAC-GA-GGA-C--ATATTA---ATATAA--AATGTTATT-CGTCC-TCTATATCTTT--A----TTATCACATAGTTCACACAACC--TT-----TCACC----CTTGGAGTT-TATTGCAAGA--GTAT--TGACCTGTTTCAATTTTT--AAA-AATG---TGCTGACAAACGCAGA----------ACATATTAAAGAATACAAATG--TGCTG-GCAGTATGTCTAAATACTGTTCAAATCCAAAACTTGGTT-TAACGTAATT
gi|5 : TAA--TAACTTTT----GATAAATTTTTA--TC----------TGAGA-ACCA-T-----GTAAC-GA-GGA-C--ATATTATTAATATAA--AATGTTATT-CCTCC-TCTATATC-----T----TT---AT----------CAACC--TT-----T---CACTCCTTGGAGTTCTATTGCAAGA--GTAT--CGACCTGTTTCAA-TTTTTAAAG-AATGTGCTG-----------ACAAACGCAGTCTACATATTAAACAATACAAATGatataaatgcaaaacagtactattttccttattttgatgtcaattttgtaaaaaaaaaaa
gi|6 : tgaaaacattggtctcttatagtATTTACCTAAATTACAAAGTT-GTATTCTATTT--CGAATTGA----C--A-ACAGTTGCACCA-GTTTAA-A-CATAGAAGCA-----TGATACC-A-TAA--TTCTTCTT----GATATATATA-G--ACC---------TGAGG-TTTT-T-----GTA-C-GATGAA-C--ATTTCA---AAATAA--AATGATATC-CATTC-GCTATTTTGTC--TAAAATT---ACAACATTCACACAATC--tgccggcagtat
gi|7 : TGCA--TTTTATTACATCAATGTTACAATATGTATACA---------T--TAATATGTATAAGAA--GAG---CATT------------ACAAATTCAAACAACT--AATATTGA-------TTTTAAACAAAACGGTTTTTTCGCAACTTAAGTGCAAGACATAGATACTTC---AA-----GAAGTT-ATAT---ATA---TGAAC--ATTGCCTTGTACATTTGT------TTTAA-ATAACAAAgatctt
gi|8 : aATACATTTCCCTAAACTGCAA---T-A-GC---AT----CATGT--A----CTTA-AAAATC-CGCAACATTTAGTT-AAT---TGTG-----TTTTGCCAAATAA--TACCTTCTTAAAAATATA-TTT-A--CCCGCACGAAGGCGAGC-TCCT-C-----GTAATAGA-GGGCC--AAATTA---AT-TAGTTGA-GATACTGCATCCTTCTGT-TCATT--T----
gi|9 : acATACATATCTTTATTG-TTAAGACGTACA--TCTTATTACATTTATATTACAATATGCATACATGTACAATGT--ACATA---ACAAAAA--TTG---CATTGT-TGGT-GTGTACAAATTAT-ATA-TTTAAA-AAGGAGAACAACTTTTAAAC-AGATCGTTATCCCGCATCTTAAATGCAAG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAGGTTTGCCCAGATTACAAAGTTGTTTTCTATTTCGAATAGATATCAGCTGTACCATAGAAGCATGAGACCAATAC
Unaligned ( gi|19 ): TTGTCTCTCTTATATTCTACTTTTGATATATATTTTTTTGGACATGCTTATGGTAACGAGGACAGATATT
Unaligned ( gi|21 ): TGTAAGTTTGAAAACACTTGGTTTCTTATAGCAATAACTTT