lowQualScore : 11111111 222222222222 111 2 22 111 11 11
lowQualScore : 33 5 2 888888888 2 4444 33 2 2 2 888 2 2 2 33333333 2 2 999999999 111111111111 000 2 777 2 2 666 2 8888888 2 33 33 99 444 2 33 2 2 2 33 2 66666 2 2 2 33 2 4 4 2 2 55555 2 2 2 2 4 2 888888888 77 2 2 00 6666 77777 2 888 77777 888888 2 2 2 2 33 2 33 4444 2 22 55 2 2 44 44 2 4 2 55 333 2
lowQualScore : .. . . ......... . .... .. . . . ... . . . ........ . . ......... ............ ... . ... . . ... . ....... . .. .. .. ... . .. . . . .. . ..... . . . .. . . . . . ..... . . . . . . ......... .. . . .. .... ..... . ... ..... ...... . . . . .. . .. .... . .. .. . . .. .. . . . .. ... .
lowQualScore : 99 5 5 111111111 5 7777 44 4 4 4 888 2 1 1 66666666 2 2 444444444 555555555555 333 7 333 7 7 999 5 7777777 7 77 77 00 777 7 77 7 7 7 77 7 77777 5 7 5 44 4 7 4 2 2 99999 4 4 4 4 4 2 999999999 55 2 2 88 9999 88888 4 111 88888 888888 4 4 4 4 66 2 11 7777 2 99 11 0 0 88 88 1 2 2 33 999 2
consensus : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-T-----ATATT-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATACTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-C-ACT-GT---------T--ATATATG-GT-TC-C----TAT-----T-TTTCC-AATATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-C--AAA-TTTT-CC-TA--TA-TTTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
Reference ( gi|7 ) : ATTGTC--AGTGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-T-----ATATT-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATACTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-C-A-T-GT---------T--ATATATG-GT-T--C----TAT-----T-TTTCC-AATATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-C--AAG-TTTT-CC-TA--TA-TTTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
gi|10 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAA-A-GCGAT--------GT-GGTTGACTG-TAA---------GGAGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--GC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-T-----ATATT-A-AG-TG--------------ATACTA-ATG-T-TTA-----TGATACT-C-TTG-C-ACT-GT---------T--ATA------------------------T-TTTCC--ATATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-TCCC----CC-C--ATA-TTTT-CC-TC--TATTTTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
gi|4 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------G-T----GAT--A-TT-AAAA--AAGT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGGTACATT---GT-GTTTGGCTG-TAA---------GGGGAGCACATTGTAGGTGTCA-GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--TT--TT-AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-AT-----T-----ATATT-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATACTATATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-C-ACT-GT---------T--ATATATG-GT-TTCC----TAT-----T-TTT-C-AATA-A-----TTC------AAACA-TT-T-TA-TCCTA--TTT-T--T----TT-C--AAATTTTT-CC-TA--TA--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-AC-TGACActgc
gi|3 : aATTGTC--AATGTAA--TTGTT--A------G-T----GAT--A-TT--AAACAAAGT-TT---AAAT-AATGGAGGA-GCGGTAGCATTGTGT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAGCTACTTTAG---GTTCAGGA-GGGGAC-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--TT--TT-AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-A-----TTATT-A-AG-TG--T-ATTTGA-CA-ATACTATATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-C-ACT-GT---------T--ATATATG-GT-TC-C----TAT-----T-TTCGC-AATAGA------TT--C-A-AAACA-TT-T-AA-TCCTA--TTT-T--T----TT-C--AA---TTT-CC-TA--TA-TTTTTGGGC-CC-AAA-AAGTT---C-ACTTGACAG
gi|12 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------C-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AGTGGAG-A-GTGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATT--AC--T--AA---TC-A--A-TCA-TTTTAC-ATC--T-T-----ATATC-A-AG-TG--T-ATTTGACCA-ATACTA-AT-----------------CT-A-TT------T-GT---------TC-ATATAT-----------------------------------------TT--C-G-AAACA-TT-A-AC-TCCTA--TTTGT--T----TT-C--AA---TTT-CC-TA--TA--TGTTTTGC-CC-AAACAG--T---C-ACTT
gi|8 : tATTGTCCAAATGTAA--TTGTTTTA------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGAAG-AAGCAAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGAGGG---C-CATTTTTTT---GTTTAAA-------GAGTAATGAAAC--T--AA---TC-ATTT-TCA-TTTTAC-ATC--T-T-----ATATT-A-AG-TT--TAATTTGATCA-AAACCA-ATG-T-TTA-----TAATA-T-C--TG-C-----GC---------T--GTAT----GT-T--C-----------------CC--ATATA-----TTTCCC-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTATTTTT-T--T----TT-C--AAATTTTT-CC-TA--TA-TTGTTTCGC-CC-AAA-AG--T---C-t
gi|1 : aATTGTC--AATGTAAA-T-GTT--A------T-TCTT-GAT--A-TTTGAAATAAATT-TTCAAAAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GTGTGGCTG-TAAATTAACAAGGGGGAA------------GTT--GGA-GG---CTCA-ATTTT----G-TTCAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TCAA--T-TCATTTTTACAATC--TCT-----ATATT-A-AG-TG--T-ATTTGATCATAT-CTA-ATG-TATTATAAAGTAATACT-C-TTGCC-ACT-GT---------T--ATATATG-GT-TC-C----TATG----TATTTCC-AATATA-----TTC------AAACA-TT-ATAA-TCCTATTTTT-T--T----TT-C--AAA-TTTT-CCATAATTA--TTTTTTGC-CCAAAA-AG--T---C-A-TTGACAGC
gi|19 : tATTGTC--AATGTAAA-TTGTT-----------T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAA--------------------------------------TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-T-----ATATT-tg
gi|23 : tttATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--A-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AGAT-AAAGGAG-A-GCGAT--------TT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------
gi|26 : tATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--ACATGTAT-T--T-CAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCG
gi|6 : tttTTGTC--ATTGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-AT-GAAATAGATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GTGAT--------GT-GGTTGGTTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGG-ATG--AC--T--AA---TT-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-T-----ATATC-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATACTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-C-ACT-GT---------T--ATATATG-GT-TC-C----TAT-----T-TTTCC--ATATA-----TTT--C-A-AAACA-AT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-C--AAA-TTTT-CC-TA--TA-TTTGTTTGT-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
gi|5 : TTGT---AGTGTAAA-TTGTT--A------T-T--TTGAT--AATT-GAAATAAATT-TTA--AAATAAATGGAG-A-GCGAT--------GTGGGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA----TTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG---C--T--AA---TC-A--TGTCA-TTTTAC-ATC--T-T-----ATATT-A-AG-TG--T-ATTTGATTC-ATACTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-CTTTG-CAA-T-GT---------TA-ATATATG-GT-TC-C----TAT-----T-TTTCC-AATATA-----TTT--CAA-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAAAG-TTTTCCC-TA--TA-TTTTTTTGCTCC-AAA-AGT-T---C-ACTTGACAGCct
gi|2 : atTCGTC--AATGTAAA-T-GTTCAA------T-T--T-GATCAA-TC-CGAATAGATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GTGCT--------GT-GGTTGGTTGATAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GGC--C-CA-ATTTTTC--G-TT-AA-------GAG--GTG--AC--T--AATTTTC----T-CCA-TATTAC-ATCATC-T-----ATATTCA-AG-TGTAT-ATTTGATCA-A-GTGA-ATGTT-TTA-----TAATACTCC-TTG-C-A-T-GTGATGCTGGAT--ATATATG-GTAT--C----CATATATGT-CTTCCTCATCTACTCGCTTTGGC-AGAAACA-AT-A-ATGTCCTATGTTT-T--T----TT-C--AAA-TTTT-CC-TAT-TA-TTTGTTTG---T-AAA-AG--T---C-
gi|21 : TTGTC--AATGAAAA-TT-CT--A------TAT--T-GAT--A-TT-GAAATAAATTATT---AAAC-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAG---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATGTTT---G-TT
gi|11 : GTC--AATGTAAAATTGTT--A------T-T--T-G------TT-TAAATAAA--------------ATG-AG-A-GTGAT--------GT-GGTTGGCCG-TAA---------GGG-AG------------GT---GGA-GG---C-CA-AATTT----G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATT--T-T-----ATATT-A-AG-TG--T-ATTT--TCA-ATACTA-ATG-T-TAA-----TAATACT-C-TTG-C-ATT-GT---------TTAAT-TATT-GT-TC-C----TAT-----T-TTCC---ATATAT----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTAT-TTT-T--T----TT-C--AAA--TTT-CC-TA--TA-TATTTTTGC-CC-
gi|24 : TGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TTT--AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGCAG------------GT---GG
gi|9 : aAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TC-AAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---TGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGTATGGAGT-ATG--ACTAT--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC----T-----ATATT-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATACTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-C-ACT-GC---------T--ATATATG-GT-TC-C----TAT-----T-TTTCC--ATATA-----TTT--C-A-AAACA-TG-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----AT-C--AAA-TTTT-CC-TA--TA-TTTTTTGGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACA
gi|16 : -TT-GAAATAAAGT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GTGAT--------GT-GATTGGCTG-CAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---T-CA-CTTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-T-----ATATT-A-AGTTG--T-ATTTGATCA-ATACTA-ATG-T-T
gi|33 : gAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TA
gi|13 : GGAG-A-GCGAT---------T-GGTTGG-TG-TAA---------GG--AT------------GT---GAA-G----C-CA-ATTTTTTAAG-TTAT--------GACT-AAG--AC--TTAAA---TC-A--A-TCA-TTTTAC-ATA--T-TATATAATATT-A-AA-T---T-ATTTAATAACATACTA-A---T-TAA-----TAATACT-C-TT--C-A----C---------T--ATATATG-TT-C--C----TAT-----T-TTTCC-A--ATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-A--TCATA---TT-T--T----TT-C--AAA----T-CC-TA--TA-TTGATTTGC-C---AA-AG--TGTCC-AC-TGACA
gi|20 : taTTTTT---A-TTAAA-------GAGT-ATG--AT--T--AA---TC-A--T-TCT-TTTTAC-ATC--T-T-----ATATT-AGAG-TG--T-ATTTGATCA-ATACTC-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTA-C-A-CAGT---------T--ATATGTG-GT-TC-C----TAT-----
gi|14 : TT-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATACTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-C-ACT-GT---------T--ATATATG-GT-T--CT---TAT-----T-TTTCC-AA-ATT-----TTT--C-A-AAACATTT-A-AT-TCCTAT-TTT-T--T----TT-C--AAA-TTTT-TC-TA--TA-TTTTTTCCC-CC-GAA-AG--T---C-ACTTGA
gi|15 : G-TG--T-ATTTGATCA-ATACTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-C-ACT-GT---------T--ATATATG-GT-T--CCTGGTTT-----T-TTTCC--CCATA-----TTT--C---AAACA-TT-A-AT-TCCTT--TTT-T--TTTTCTT-C--AAA-TTTT-CC-TA--TATTTTTTTTGC-CC-AAA-AG--T-----ACTTGAt
gi|18 : -ATTTGATCA-ATACTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-T-G-C-GCT-GT---------T--ATATATGCGT-T--C----CGT-----T-TTCC---ACATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-C--AAA-TTTT-CC-TA--TA-TTTTTT
gi|17 : gTACTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-C-ACT-GT---------T--ATATATG-TT-C--C----TAT-----T-TTTCC--ATATA-----TTT--A-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TTCC--AAA-TTTT-CC-TA--TG--TTTTTTGC-TCAAAA-AG--T---C-AC
gi|30 : att-T-GT---------T--ATATGTG-GT-TC-C----TAT-----T-TTTCC----ATA-----TTT--C-A-AAAC
gi|25 : cTTCC-A-TATA-----TTC-------AACA-TTTA-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-C--AAAATTTT-CC-TA--TA-TTTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---CAACTT
gi|28 : --TTT-T--T----TT-C--AAA-TTTC-CC-TA--TA-T-TTTTTGC-CC-AAA-AC--T---T-ACTTGACAGC
gi|32 : --AAA-TTTT-CC-TA--TA-TTTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-
gi|29 : TT-CC-TA--TA-TTTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TGATTTGTGACCACAGTTACAGTATTCTTGCTACATGTATAACATATTAAAATATTTAAGTTTTTCCATACAAAAACAGATCG
Unaligned ( gi|27 ): TTGATTGTGACCACAGTTACAGTATTCTTGCTACATGTATAACATATTAAAATAAGTT
Unaligned ( gi|31 ): GTAATTTATTTGATATTAAAAATTTTCAAAACAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 222222222222 111 11
lowQualScore : 33 2 777777777 2 3333 33 2 2 2 888 2 2 2 22222222 2 2 888888888 000000000000 999 2 666 2 2 666 2 8888888 2 33 33 88 444 2 33 2 2 2 33 2 55555 2 2 2 33 2 2 2 4 2 2 55555 2 2 2 888888888 2 22 444 2 2 333 555 2 666 77777 777777 2 2 2 2 22 2 22 4444 2 999 1 1 6666 2 4 2 55 333 2
lowQualScore : .. . ......... . .... .. . . . ... . . . ........ . . ......... ............ ... . ... . . ... . ....... . .. .. .. ... . .. . . . .. . ..... . . . .. . . . . . . ..... . . . ......... . .. ... . . ... ... . ... ..... ...... . . . . .. . .. .... . ... . . .... . . . .. ... .
lowQualScore : 77 4 111111111 4 9999 22 2 2 2 333 1 0 0 99999999 1 1 999999999 333333333333 777 5 999 5 5 555 4 1111111 5 44 44 44 444 5 44 5 5 5 44 5 99999 4 5 4 22 2 2 1 2 1 1 66666 2 2 2 444444444 1 99 777 1 1 777 888 2 222 44444 444444 2 2 2 2 99 1 99 5555 1 555 9 9 8888 0 0 1 00 777 1
consensus : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC-AATATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
Reference ( family-4181 ) : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC-AATATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
gi|1 : ATTGTC--AATGTAAA-T-GTT--A------T-TCTT-GAT--A-TTTGAAATAAATT-TTCAAAAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GTGTGGCTG-TAAATTAACAAGGGGGAA------------GTT--GGA-GG---CTCA-ATTTT----G-TTCAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TCAA--T-TCATTTTTACAATC--TCTATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATC--ATATCTA-ATG-TATTATAAAGTAATACT-C-TTGCCACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---TG--TATTTCC-AATATA-----TTC------AAACA-TT-ATAA-TCCTATTTTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCC-A-TAA-TTATTTTTTGC-CCAAAA-AG--T---C-A-TTGACAGC
gi|10 : tATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAA-A-GCGAT--------GT-GGTTGACTG-TAA---------GGAGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--GC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--------------ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TGATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA------------------------T-TTTCC--ATATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-TCCC----CC-CATA---TTTTCCTC-T-ATT--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGCtg
gi|11 : GTC--AATGTAAAATTGTT--A------T-T--T-G------TT-TAAATAAA--------------ATG-AG-A-GTGAT--------GT-GGTTGGCCG-TAA---------GGG-AG------------GT---GGA-GG---C-CA-AATTT----G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATT--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTT--TCA-ATA-CTA-ATG-T-TAA-----TAATACT-C-TTG-CATTGT---------T--TAATTATT-G-T-TCC-TA---T---T-TTCC---ATATAT----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTAT-TTT-T--T----TT-CAAA----TTTCCTA-T-A-T--ATTTTTGC-CC-ctgc
gi|12 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------C-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AGTGGAG-A-GTGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATT--AC--T--AA---TC-A--A-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----C-A-AG-TG--T-ATTTGACCA-ATA-CTA-AT-----------------CT-A-TT-----TGT---------T--CA--TA-----------TA---T---T-T---------------------C-G-AAACA-TT-A-AC-TCCTA--TTTGT--T----TT-CAA-----TTTCCTA-T-A----TGTTTTGC-CC-AAACAG--T---C-ACTT
gi|13 : tGGAG-A-GCGAT---------T-GGTTGG-TG-TAA---------GG--AT------------GT---GAA-G----C-CA-ATTTTTTAAG-TTAT--------GACT-AAG--AC--TTAAA---TC-A--A-TCA-TTTTAC-ATA--T-TATATAATATT-A-AA-T---T-ATTTAATAACATA-CTA-AT----TAA-----TAATACT-C-TT--CACT-------------ATA--TATG---T-TCC-TA---T---T-TTTCC-A--ATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-A--TCATA---TT-T--T----TT-CAAA------TCCTA-T-A-T--TGATTTGC-C---AA-AG--TGTCC-AC-TGACAt
gi|14 : taT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCT-TA---T---T-TTTCC-AA-ATT-----TTT--C-A-AAACATTT-A-AT-TCCTAT-TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTTCTA-T-A-T--TTTTTCCC-CC-GAA-AG--T---C-ACTTGA
gi|15 : G-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TGGTTT---T-TTTCC--CCATA-----TTT--C---AAACA-TT-A-AT-TCCTT--TTT-T--TTTTCTT-CAAA---TTTTCCTA-T-ATT--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T-----ACTTGAt
gi|16 : -TT-GAAATAAAGT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GTGAT--------GT-GATTGGCTG-CAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---T-CA-CTTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AGTTG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-T
gi|17 : gTA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG---T-TCC-TA---T---T-TTTCC-A-TATA-----TTT--A-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TTCCAAA---TTTTCCTA-T-G----TTTTTTGC-TCAAAA-AG--T---C-AC
gi|18 : att-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-T-G-CGCTGT---------T-ATA--TATGCG-T-TCC-G--------T-TTTCC-A-CATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTT
gi|19 : gATTGTC--AATGTAAA-TTGTT-----------T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AA----------------------------------------------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-
gi|2 : tttTCGTC--AATGTAAA-T-GTTCAA------T-T--T-GATCAA-TC-CGAATAGATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GTGCT--------GT-GGTTGGTTGATAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GGC--C-CA-ATTTTTC--G-TT-AA-------GAG--GTG--AC--T--AATTTTC----T-CCA-TATTAC-ATCATC-TATAT-----TCA-AG-TGTAT-ATTTGATCA-A-G-TGA-ATGTT-TTA-----TAATACTCC-TTG-CA-TGTGATGCTGGAT-ATA--TATG-G-TATCCATA---TATGT-CTTCCTCATCTACTCGCTTTGGC-AGAAACA-AT-A-ATGTCCTATGTTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTATT-A-T--TTGTTTG---T-AAA-AG--T---C-
gi|20 : TTTTT---A-TTAAA-------GAGT-ATG--AT--T--AA---TC-A--T-TCT-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-AGAG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTC-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTA-CACAGT---------T-ATA--TGTG-G-T-TCC-TA---T---
gi|21 : TTGTC--AATGAAAA-TT-CT--A------TAT--T-GAT--A-TT-GAAATAAATTATT---AAAC-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAG---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATGTTT---G-TT
gi|23 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--A-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AGAT-AAAGGAG-A-GCGAT--------TT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------
gi|24 : tATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TTT--AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGCAG------------GT---GG
gi|25 : TTCC-A-TATA-----TTC-------AACA-TTTA-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAAA--TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---CAACTT
gi|26 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--ACATGTAT-T--T-CAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCG
gi|28 : ttt--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTCCCTA-T-A----TTTTTTGC-CC-AAA-AC--T---T-ACTTGACAGC
gi|29 : TTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
gi|3 : ATTGTC--AATGTAA--TTGTT--A------G-T----GAT--A-TT--AAACAAAGT-TT---AAAT-AATGGAGGA-GCGGTAGCATTGTGT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAGCTACTTTAG---GTTCAGGA-GGGGAC-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--TT--TT-AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-ATTAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGA-CA-ATA-CTATATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTCGC-AATAGA------TT--C-A-AAACA-TT-T-AA-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAA-----TTTCCTA-T-A-T--TTTTGGGC-CC-AAA-AAGTT---C-ACTTGACAGct
gi|30 : CTGT---------T-ATA--TGTG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC----ATA-----TTT--C-A-AAAC
gi|32 : AAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-
gi|33 : AAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TA
gi|4 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------G-T----GAT--A-TT-AAAA--AAGT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGGTACATT---GT-GTTTGGCTG-TAA---------GGGGAGCACATTGTAGGTGTCA-GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--TT--TT-AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-AT-----TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTATATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-GTT-TCC-TA---T---T-TTT-C-AATA-A-----TTC------AAACA-TT-T-TA-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAAT--TTTTCCTA-T-A----TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-AC-TGACA
gi|5 : aTTGT---AGTGTAAA-TTGTT--A------T-T--TTGAT--AATT-GAAATAAATT-TTA--AAATAAATGGAG-A-GCGAT--------GTGGGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA----TTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG---C--T--AA---TC-A--TGTCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATTC-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-CTTTG-CAATGT---------TAATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC-AATATA-----TTT--CAA-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAAAGTTTTCCCTA-T-A-T--TTTTTTGCTCC-AAA-AGT-T---C-ACTTGACAGC
gi|6 : atTTGTC--ATTGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-AT-GAAATAGATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GTGAT--------GT-GGTTGGTTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGG-ATG--AC--T--AA---TT-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----C-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC--ATATA-----TTT--C-A-AAACA-AT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTGTTTGT-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
gi|7 : ATTGTC--AGTGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CA-TGT---------T-ATA--TATG-G-T-T-C-TA---T---T-TTTCC-AATATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAG---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGCct
gi|8 : ATTGTCCAAATGTAA--TTGTTTTA------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGAAG-AAGCAAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGAGGG---C-CATTTTTTT---GTTTAAA-------GAGTAATGAAAC--T--AA---TC-ATTT-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TT--TAATTTGATCA-AAA-CCA-ATG-T-TTA-----TAATA-T-C--TG-CGCTG-----------------TATG---------------------TTCC-CATATA-----TTTCCC-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTATTTTT-T--T----TT-CAAAT--TTTTCCTA-T-A-T--TGTTTCGC-CC-AAA-AG--T---C-
gi|9 : aAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TC-AAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---TGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGTATGGAGT-ATG--ACTAT--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC----TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGC---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC--ATATA-----TTT--C-A-AAACA-TG-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----AT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTGGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TGATTTGTGACCACAGTTACAGTATTCTTGCTACATGTATAACATATTAAAATATTTAAGTTTTTCCATACAAAAACAGATCG
Unaligned ( gi|27 ): TTGATTGTGACCACAGTTACAGTATTCTTGCTACATGTATAACATATTAAAATAAGTT
Unaligned ( gi|31 ): GTAATTTATTTGATATTAAAAATTTTCAAAACAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 222222222222 111 11
lowQualScore : 33 2 777777777 2 3333 33 2 2 2 888 2 2 2 22222222 2 2 888888888 000000000000 999 2 666 2 2 666 2 8888888 2 33 33 88 444 2 33 2 2 2 33 2 55555 2 2 2 33 2 2 2 4 2 2 55555 2 2 2 888888888 2 22 444 2 2 333 555 2 666 77777 777777 2 2 2 2 22 2 22 4444 2 999 1 1 6666 2 4 2 55 333 2
lowQualScore : .. . ......... . .... .. . . . ... . . . ........ . . ......... ............ ... . ... . . ... . ....... . .. .. .. ... . .. . . . .. . ..... . . . .. . . . . . . ..... . . . ......... . .. ... . . ... ... . ... ..... ...... . . . . .. . .. .... . ... . . .... . . . .. ... .
lowQualScore : 77 4 111111111 4 9999 22 2 2 2 333 1 0 0 99999999 1 1 999999999 333333333333 777 5 999 5 5 555 4 1111111 5 44 44 44 444 5 44 5 5 5 44 5 99999 4 5 4 22 2 2 1 2 1 1 66666 2 2 2 444444444 1 99 777 1 1 777 888 2 222 44444 444444 2 2 2 2 99 1 99 5555 1 555 9 9 8888 0 0 1 00 777 1
consensus : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC-AATATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
Reference ( family-4181 ) : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC-AATATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
gi|1 : ATTGTC--AATGTAAA-T-GTT--A------T-TCTT-GAT--A-TTTGAAATAAATT-TTCAAAAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GTGTGGCTG-TAAATTAACAAGGGGGAA------------GTT--GGA-GG---CTCA-ATTTT----G-TTCAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TCAA--T-TCATTTTTACAATC--TCTATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATC--ATATCTA-ATG-TATTATAAAGTAATACT-C-TTGCCACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---TG--TATTTCC-AATATA-----TTC------AAACA-TT-ATAA-TCCTATTTTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCC-A-TAA-TTATTTTTTGC-CCAAAA-AG--T---C-A-TTGACAGC
gi|10 : tATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAA-A-GCGAT--------GT-GGTTGACTG-TAA---------GGAGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--GC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--------------ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TGATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA------------------------T-TTTCC--ATATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-TCCC----CC-CATA---TTTTCCTC-T-ATT--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGCtg
gi|11 : GTC--AATGTAAAATTGTT--A------T-T--T-G------TT-TAAATAAA--------------ATG-AG-A-GTGAT--------GT-GGTTGGCCG-TAA---------GGG-AG------------GT---GGA-GG---C-CA-AATTT----G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATT--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTT--TCA-ATA-CTA-ATG-T-TAA-----TAATACT-C-TTG-CATTGT---------T--TAATTATT-G-T-TCC-TA---T---T-TTCC---ATATAT----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTAT-TTT-T--T----TT-CAAA----TTTCCTA-T-A-T--ATTTTTGC-CC-ctgc
gi|12 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------C-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AGTGGAG-A-GTGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATT--AC--T--AA---TC-A--A-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----C-A-AG-TG--T-ATTTGACCA-ATA-CTA-AT-----------------CT-A-TT-----TGT---------T--CA--TA-----------TA---T---T-T---------------------C-G-AAACA-TT-A-AC-TCCTA--TTTGT--T----TT-CAA-----TTTCCTA-T-A----TGTTTTGC-CC-AAACAG--T---C-ACTT
gi|13 : tGGAG-A-GCGAT---------T-GGTTGG-TG-TAA---------GG--AT------------GT---GAA-G----C-CA-ATTTTTTAAG-TTAT--------GACT-AAG--AC--TTAAA---TC-A--A-TCA-TTTTAC-ATA--T-TATATAATATT-A-AA-T---T-ATTTAATAACATA-CTA-AT----TAA-----TAATACT-C-TT--CACT-------------ATA--TATG---T-TCC-TA---T---T-TTTCC-A--ATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-A--TCATA---TT-T--T----TT-CAAA------TCCTA-T-A-T--TGATTTGC-C---AA-AG--TGTCC-AC-TGACAt
gi|14 : taT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCT-TA---T---T-TTTCC-AA-ATT-----TTT--C-A-AAACATTT-A-AT-TCCTAT-TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTTCTA-T-A-T--TTTTTCCC-CC-GAA-AG--T---C-ACTTGA
gi|15 : G-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TGGTTT---T-TTTCC--CCATA-----TTT--C---AAACA-TT-A-AT-TCCTT--TTT-T--TTTTCTT-CAAA---TTTTCCTA-T-ATT--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T-----ACTTGAt
gi|16 : -TT-GAAATAAAGT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GTGAT--------GT-GATTGGCTG-CAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---T-CA-CTTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AGTTG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-T
gi|17 : gTA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG---T-TCC-TA---T---T-TTTCC-A-TATA-----TTT--A-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TTCCAAA---TTTTCCTA-T-G----TTTTTTGC-TCAAAA-AG--T---C-AC
gi|18 : att-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-T-G-CGCTGT---------T-ATA--TATGCG-T-TCC-G--------T-TTTCC-A-CATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTT
gi|19 : gATTGTC--AATGTAAA-TTGTT-----------T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AA----------------------------------------------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-
gi|2 : tttTCGTC--AATGTAAA-T-GTTCAA------T-T--T-GATCAA-TC-CGAATAGATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GTGCT--------GT-GGTTGGTTGATAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GGC--C-CA-ATTTTTC--G-TT-AA-------GAG--GTG--AC--T--AATTTTC----T-CCA-TATTAC-ATCATC-TATAT-----TCA-AG-TGTAT-ATTTGATCA-A-G-TGA-ATGTT-TTA-----TAATACTCC-TTG-CA-TGTGATGCTGGAT-ATA--TATG-G-TATCCATA---TATGT-CTTCCTCATCTACTCGCTTTGGC-AGAAACA-AT-A-ATGTCCTATGTTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTATT-A-T--TTGTTTG---T-AAA-AG--T---C-
gi|20 : TTTTT---A-TTAAA-------GAGT-ATG--AT--T--AA---TC-A--T-TCT-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-AGAG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTC-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTA-CACAGT---------T-ATA--TGTG-G-T-TCC-TA---T---
gi|21 : TTGTC--AATGAAAA-TT-CT--A------TAT--T-GAT--A-TT-GAAATAAATTATT---AAAC-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAG---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATGTTT---G-TT
gi|23 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--A-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AGAT-AAAGGAG-A-GCGAT--------TT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------
gi|24 : tATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TTT--AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGCAG------------GT---GG
gi|25 : TTCC-A-TATA-----TTC-------AACA-TTTA-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAAA--TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---CAACTT
gi|26 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--ACATGTAT-T--T-CAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCG
gi|28 : ttt--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTCCCTA-T-A----TTTTTTGC-CC-AAA-AC--T---T-ACTTGACAGC
gi|29 : TTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
gi|3 : ATTGTC--AATGTAA--TTGTT--A------G-T----GAT--A-TT--AAACAAAGT-TT---AAAT-AATGGAGGA-GCGGTAGCATTGTGT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAGCTACTTTAG---GTTCAGGA-GGGGAC-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--TT--TT-AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-ATTAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGA-CA-ATA-CTATATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTCGC-AATAGA------TT--C-A-AAACA-TT-T-AA-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAA-----TTTCCTA-T-A-T--TTTTGGGC-CC-AAA-AAGTT---C-ACTTGACAGct
gi|30 : CTGT---------T-ATA--TGTG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC----ATA-----TTT--C-A-AAAC
gi|32 : AAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-
gi|33 : AAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TA
gi|4 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------G-T----GAT--A-TT-AAAA--AAGT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGGTACATT---GT-GTTTGGCTG-TAA---------GGGGAGCACATTGTAGGTGTCA-GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--TT--TT-AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-AT-----TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTATATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-GTT-TCC-TA---T---T-TTT-C-AATA-A-----TTC------AAACA-TT-T-TA-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAAT--TTTTCCTA-T-A----TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-AC-TGACA
gi|5 : aTTGT---AGTGTAAA-TTGTT--A------T-T--TTGAT--AATT-GAAATAAATT-TTA--AAATAAATGGAG-A-GCGAT--------GTGGGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA----TTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG---C--T--AA---TC-A--TGTCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATTC-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-CTTTG-CAATGT---------TAATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC-AATATA-----TTT--CAA-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAAAGTTTTCCCTA-T-A-T--TTTTTTGCTCC-AAA-AGT-T---C-ACTTGACAGC
gi|6 : atTTGTC--ATTGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-AT-GAAATAGATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GTGAT--------GT-GGTTGGTTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGG-ATG--AC--T--AA---TT-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----C-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC--ATATA-----TTT--C-A-AAACA-AT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTGTTTGT-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
gi|7 : ATTGTC--AGTGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CA-TGT---------T-ATA--TATG-G-T-T-C-TA---T---T-TTTCC-AATATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAG---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGCct
gi|8 : ATTGTCCAAATGTAA--TTGTTTTA------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGAAG-AAGCAAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGAGGG---C-CATTTTTTT---GTTTAAA-------GAGTAATGAAAC--T--AA---TC-ATTT-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TT--TAATTTGATCA-AAA-CCA-ATG-T-TTA-----TAATA-T-C--TG-CGCTG-----------------TATG---------------------TTCC-CATATA-----TTTCCC-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTATTTTT-T--T----TT-CAAAT--TTTTCCTA-T-A-T--TGTTTCGC-CC-AAA-AG--T---C-
gi|9 : aAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TC-AAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---TGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGTATGGAGT-ATG--ACTAT--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC----TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGC---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC--ATATA-----TTT--C-A-AAACA-TG-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----AT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTGGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACA
blockSeqs : CA A ACATGTA A TT CA A . A T A G A AGCATTGT G A . CACATTGTAGGT TCA G GGA . T TAA T GAGTATG A AA TA TA TTT . TT G . . AT . AATAT C G T TA A C . T T . . C T . GATGCTGGA A AT CG A A GTT ATG . TCA CTCGC GGCAG T T . G TG G CC TTTC C AGT T . TT T A C GT GTC A
blockSeqs : . . CAA . T . . . . A . . . ACATT . . . CTACTTTAG CA . C . . C . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . GT . . . . . AA T CCCA . . . . TT . . . . A . . TT . . . T . .
blockSeqs : . . TTA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . AA . CAA . . . . T . . . . T . . T . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . AA . CA . . . . T . . . . T . . T . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . AA . CA . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . AA . CG . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . CA . CA . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . CA . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . CA . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . C . CA . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . CA . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . CA . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . CA . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . CA . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : T*** *** ********* *** ***** *** A** CA**** ** T***
originalCons : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCC-AATATA-----TTT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
finalCons : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-TT---GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAA-------GAGT-ATG--AC--T--AA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---T-TTTCCA--TATA-----TTTCA----AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-AT---TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TGATTTGTGACCACAGTTACAGTATTCTTGCTACATGTATAACATATTAAAATATTTAAGTTTTTCCATACAAAAACAGATCG
Unaligned ( gi|27 ): TTGATTGTGACCACAGTTACAGTATTCTTGCTACATGTATAACATATTAAAATAAGTT
Unaligned ( gi|31 ): GTAATTTATTTGATATTAAAAATTTTCAAAACAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 222222222222 1111111 11
lowQualScore : 33 2 777777777 2 3333 33 2 2 2 888 2 2 2 22222222 2 2 888888888 000000000000 999 2 666 2 2 666 2 2 1111111 88 33 444 2 33 2 2 2 33 2 55555 2 2 2 33 2 2 2 4 2 2 55555 2 2 2 888888888 4 22 444 2 2 9999999 22 4 1 77777 2 777777 2 2 2 2 22 2 22 4444 2 999 1 1 6666 2 4 2 55 333 2
lowQualScore : .. . ......... . .... .. . . . ... . . . ........ . . ......... ............ ... . ... . . ... . . ....... .. .. ... . .. . . . .. . ..... . . . .. . . . . . . ..... . . . ......... . .. ... . . ....... .. . . ..... . ...... . . . . .. . .. .... . ... . . .... . . . .. ... .
lowQualScore : 77 4 111111111 4 9999 22 2 2 2 333 1 0 0 99999999 1 1 999999999 333333333333 777 5 999 5 5 555 4 5 6666666 44 44 444 5 44 5 5 5 44 5 99999 4 5 4 22 2 2 1 2 1 1 66666 2 2 2 444444444 2 99 777 1 1 7777777 99 2 6 44444 1 444444 2 2 2 2 99 1 99 5555 1 555 9 9 8888 0 0 1 00 777 1
consensus : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGT-ATG-------ACT--A--A---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---TTTTC--C-ATATA-----T-TT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
Reference ( family-4181 ) : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGT-ATG-------ACT--A--A---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---TTTTC--C-ATATA-----T-TT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
gi|1 : ATTGTC--AATGTAAA-T-GTT--A------T-TCTT-GAT--A-TTTGAAATAAATT-TTCAAAAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GTGTGGCTG-TAAATTAACAAGGGGGAA------------GTT--GGA-GG---CTCA-ATTTT----G-TTCAAGAGT-ATG-------ACT--A--A---TCAA--T-TCATTTTTACAATC--TCTATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATC--ATATCTA-ATG-TATTATAAAGTAATACT-C-TTGCCACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---TGTATTTCC--A-ATATA-----T-TC------AAACA-TT-ATAA-TCCTATTTTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCC-A-TAA-TTATTTTTTGC-CCAAAA-AG--T---C-A-TTGACAGC
gi|10 : tATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAA-A-GCGAT--------GT-GGTTGACTG-TAA---------GGAGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGT-ATG-------GCT--A--A---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--------------ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TGATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA------------------------TTTTC--C-ATATA-----T-TT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-TCCC----CC-CATA---TTTTCCTC-T-ATT--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGCtg
gi|11 : GTC--AATGTAAAATTGTT--A------T-T--T-G------TT-TAAATAAA--------------ATG-AG-A-GTGAT--------GT-GGTTGGCCG-TAA---------GGG-AG------------GT---GGA-GG---C-CA-AATTT----G-TTAAAGAGT-ATG-------ACT--A--A---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATT--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTT--TCA-ATA-CTA-ATG-T-TAA-----TAATACT-C-TTG-CATTGT---------T--TAATTATT-G-T-TCC-TA-------TTTTC--C-ATATAT----T-TT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTAT-TTT-T--T----TT-CAAA----TTTCCTA-T-A-T--ATTTTTGC-CC-ctgc
gi|12 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------C-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AGTGGAG-A-GTGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGT-ATT-------ACT--A--A---TC-A--A-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----C-A-AG-TG--T-ATTTGACCA-ATA-CTA-AT-----------------CT-A-TT-----TGT---------TCATA--TAT----------------------------------------TT--C-G-AAACA-TT-A-AC-TCCTA--TTTGT--T----TT-CAA-----TTTCCTA-T-A----TGTTTTGC-CC-AAACAG--T---C-ACTT
gi|13 : tGGAG-A-GCGAT---------T-GGTTGG-TG-TAA---------GG--AT------------GT---GAA-G----C-CA-ATTTTTTAAG-TTAT-GACT-AAG-------ACTTAA--A---TC-A--A-TCA-TTTTAC-ATA--T-TATATAATATT-A-AA-T---T-ATTTAATAACATA-CTA-AT----TAA-----TAATACT-C-TT--CACT-------------ATA--TATG---T-TCC-TA---T---TTTTC--C-A-ATA-----T-TT--C-A-AAACA-TT-A-A--TCATA---TT-T--T----TT-CAAA------TCCTA-T-A-T--TGATTTGC-C---AA-AG--TGTCC-AC-TGACAt
gi|14 : taT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCT-TA---T---TTTTC--C-AAATT-----T-TT--C-A-AAACATTT-A-AT-TCCTAT-TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTTCTA-T-A-T--TTTTTCCC-CC-GAA-AG--T---C-ACTTGA
gi|15 : G-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TGGTTT---TTTTC--C-CCATA-----T-TT--C---AAACA-TT-A-AT-TCCTT--TTT-T--TTTTCTT-CAAA---TTTTCCTA-T-ATT--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T-----ACTTGAt
gi|16 : -TT-GAAATAAAGT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GTGAT--------GT-GATTGGCTG-CAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---T-CA-CTTTTT---G-TTAAAGAGT-ATG-------ACT--A--A---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AGTTG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-T
gi|17 : gTA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG---T-TCC-TA---T---TTTTC--C-ATATA-----T-TT--A-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TTCCAAA---TTTTCCTA-T-G----TTTTTTGC-TCAAAA-AG--T---C-AC
gi|18 : att-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-T-G-CGCTGT---------T-ATA--TATGCG-T-TCC-G--------TTTTC--C-ACATA-----T-TT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTT
gi|19 : gATTGTC--AATGTAAA-TTGTT-----------T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AA----------------------------------------------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGT-ATG-------ACT--A--A---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-
gi|2 : tttTCGTC--AATGTAAA-T-GTTCAA------T-T--T-GATCAA-TC-CGAATAGATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GTGCT--------GT-GGTTGGTTGATAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GGC--C-CA-ATTTTTC--G-TT-AAGAG--GTG-------ACT--A--ATTTTC----T-CCA-TATTAC-ATCATC-TATAT-----TCA-AG-TGTAT-ATTTGATCA-A-G-TGA-ATGTT-TTA-----TAATACTCC-TTG-CA-TGTGATGCTGGAT-ATA--TATG-G-TATCCATA---TATGTCTTCCTC-ATCTACTCGCT-TTGGC-AGAAACA-AT-A-ATGTCCTATGTTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTATT-A-T--TTGTTTG---T-AAA-AG--T---C-
gi|20 : TTTTT---A-TTAAAGAGT-ATG-------ATT--A--A---TC-A--T-TCT-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-AGAG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTC-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTA-CACAGT---------T-ATA--TGTG-G-T-TCC-TA---T---
gi|21 : TTGTC--AATGAAAA-TT-CT--A------TAT--T-GAT--A-TT-GAAATAAATTATT---AAAC-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAG---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATGTTT---G-TT
gi|23 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------T-T--A-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AGAT-AAAGGAG-A-GCGAT--------TT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------
gi|24 : tATGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TTT--AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGCAG------------GT---GG
gi|25 : TTC--C-ATATA-----T-TC-------AACA-TTTA-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAAA--TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---CAACTT
gi|26 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--ACATGTAT-T--T-CAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCG
gi|28 : ttt--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTCCCTA-T-A----TTTTTTGC-CC-AAA-AC--T---T-ACTTGACAGC
gi|29 : TTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
gi|3 : ATTGTC--AATGTAA--TTGTT--A------G-T----GAT--A-TT--AAACAAAGT-TT---AAAT-AATGGAGGA-GCGGTAGCATTGTGT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAGCTACTTTAG---GTTCAGGA-GGGGAC-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGT-ATG-------TTTT-A--A---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-ATTAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGA-CA-ATA-CTATATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---TTTCG--C-A-ATA-----GATT--C-A-AAACA-TT-T-AA-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAA-----TTTCCTA-T-A-T--TTTTGGGC-CC-AAA-AAGTT---C-ACTTGACAGct
gi|30 : CTGT---------T-ATA--TGTG-G-T-TCC-TA---T---TTTTC--C---ATA-----T-TT--C-A-AAAC
gi|32 : AAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-
gi|33 : AAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TA
gi|4 : ATTGTC--AATGTAAA-TTGTT--A------G-T----GAT--A-TT-AAAA--AAGT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGGTACATT---GT-GTTTGGCTG-TAA---------GGGGAGCACATTGTAGGTGTCA-GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGT-ATG-------TTTT-A--A---TC-A--T-TCA-TTTTAC-AT-----TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTATATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-GTT-TCC-TA---T---TTTTC--A-ATA-A-----T-TC------AAACA-TT-T-TA-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAAT--TTTTCCTA-T-A----TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-AC-TGACA
gi|5 : aTTGT---AGTGTAAA-TTGTT--A------T-T--TTGAT--AATT-GAAATAAATT-TTA--AAATAAATGGAG-A-GCGAT--------GTGGGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA----TTT---G-TTAAAGAGT-ATG--------CT--A--A---TC-A--TGTCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATTC-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-CTTTG-CAATGT---------TAATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---TTTTC--CAATATA-----T-TT--CAA-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAAAGTTTTCCCTA-T-A-T--TTTTTTGCTCC-AAA-AGT-T---C-ACTTGACAGC
gi|6 : atTTGTC--ATTGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-AT-GAAATAGATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GTGAT--------GT-GGTTGGTTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGG-ATG-------ACT--A--A---TT-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----C-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGT---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---TTTTC--C-ATATA-----T-TT--C-A-AAACA-AT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTGTTTGT-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGC
gi|7 : ATTGTC--AGTGTAAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGT-ATG-------ACT--A--A---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CA-TGT---------T-ATA--TATG-G-T-T-C-TA---T---TTTTC--CAATATA-----T-TT--C-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----TT-CAAG---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTTGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACAGCct
gi|8 : ATTGTCCAAATGTAA--TTGTTTTA------T-T--T-GAT--A-TT-GAAATAAATT-TT---AAAT-AATGAAG-AAGCAAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---GGAGGG---C-CATTTTTTT---GTTTAAAGAGTAATGAA-----ACT--A--A---TC-ATTT-TCA-TTTTAC-ATC--T-TATAT-----T-A-AG-TT--TAATTTGATCA-AAA-CCA-ATG-T-TTA-----TAATA-T-C--TG-CGCTG-----------------TATG-------------------TTCC--C-ATATA-----T-TTCCC-A-AAACA-TT-A-AT-TCCTATTTTT-T--T----TT-CAAAT--TTTTCCTA-T-A-T--TGTTTCGC-CC-AAA-AG--T---C-
gi|9 : aAA-TTGTT--A------T-T--T-GAT--A-TC-AAAATAAATT-TT---AAAT-AATGGAG-A-GCGAT--------GT-GGTTGGCTG-TAA---------GGGGAG------------GT---TGA-GG---C-CA-ATTTTT---G-TTAAAGAGT-ATGGAGTATGACT--ATAA---TC-A--T-TCA-TTTTAC-ATC--T--ATAT-----T-A-AG-TG--T-ATTTGATCA-ATA-CTA-ATG-T-TTA-----TAATACT-C-TTG-CACTGC---------T-ATA--TATG-G-T-TCC-TA---T---TTTTC--C-ATATA-----T-TT--C-A-AAACA-TG-A-AT-TCCTA--TTT-T--T----AT-CAAA---TTTTCCTA-T-A-T--TTTTTGGC-CC-AAA-AG--T---C-ACTTGACA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TGATTTGTGACCACAGTTACAGTATTCTTGCTACATGTATAACATATTAAAATATTTAAGTTTTTCCATACAAAAACAGATCG
Unaligned ( gi|27 ): TTGATTGTGACCACAGTTACAGTATTCTTGCTACATGTATAACATATTAAAATAAGTT
Unaligned ( gi|31 ): GTAATTTATTTGATATTAAAAATTTTCAAAACAAT