lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111111111 1 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 11 11111 222222
lowQualScore : 0 2 4 4444 55555 55555 4444444 22 44444 0 000000000 2 2 33 2 2 0000000 222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 2 2 2 8888888 5 1 55555 2 22 22 2 33 22222 2 2 222222 8888 2 3 6 2
lowQualScore : . . . .... ..... ..... ....... .. ..... . ......... . . .. . . ....... ............................................. . . . . . ....... . . ..... . .. .. . .. ..... . . ...... .... . . . .
lowQualScore : 1 1 2 5555 33333 44444 9999999 11 88888 3 000000000 1 4 44 5 5 6666666 888888888888888888888888888888888888888888888 9 7 7 7 5 2222222 6 7 33333 1 99 99 2 99 55555 7 7 777777 3333 7 7 0 2
consensus : AGTTCGAAAT-TTT-ATCA----ATAAA-----GT---CGAT----AT-AAT-TCACT-----CGATTGAC---------CAAA-CCA--T-G-A-------GCTA-------G---C-A--TATGT-CGCG----CTAT-G-T-G-T--CGC-AT-AGC-T-CAT-GG------TTTGGTCAATCG-----AGT-G--A--A-TT-ATATCG---ACTTT-A-T----TGAT----AAA-ATTTCGAACTCCT
Reference ( gi|1 ) : AGTTGGAAAT-TTT-ATCA----ATAAA-----GT---CGAT----AT-AAT-TCACT-----CGATTGAC---------CACA-CCA--T-G-A-------GCTA-------G---T-A--TATGTTCGCA----CTAT-G-T-GTT--TGC-AT-AGC-T-CAT-GT------TTTGGCCAGTCG-----AGT-G--A--A-TG-ATATCA---ACTTT-A-T----CTAT----AAA-ATTTTGAATTCTT
gi|3 : AGTTAGAAAT-TTT-ATCA----ATAAA-----GT---CGAT-------------------------TGAC---------CAAA-CCA--T-G-A-------GCTATTCGTTAG---C-A--TA-G--CGAA----CTAT-G-C-TAA--CGC-AT-AGT-T-CAT-GG------TTTGGTCAATCG-----AGT-G--A--ATTA-ATTTAG---ACTCT-A-T----TGAT----AAA-A-TTCGAACTC
gi|3 : AGTTCGAA-T-TTT-ATCA----ATAGA-----GT---CTAA----ATTAAT-TCACT-----CGATTGAC---------CAAA-CCA--T-G-AACTATGCGTTA-------G---C-A--TA-GTTCGC--------T-A-T-GCTAACGA-AT-AGC-T-CAT-GG------TTTGGTCAATCG-----------------------------ACTTT-A-T----TGAT----AAA-ATTTCTAACTCCcct
gi|11 : gAGTTCGAAAT-TTT-ATCA----ATAAA-----GT---CGAT----AT-AAT-ACACT-----CGATTGAC---------CAAA-CCA--T-G-A-------GCTAC------A---T-G--TATG
gi|2 : cgAGTTCGACAT-TTT-ATTA----ATAAA-----GT---CAAC----AA-GAT-TTACC-----CGACTGACCAAATAATTCACA-CGA--TAG-A-------GCAA-------A---T----CAT----GAG----CTA-----------TGC-AT-AGC-T-CAT-GG------TTTGGTCAGTCG-----AGTCT--A--A-TG-ATAact
gi|2 : accgaagttcgacatttAGTTCGACAT-TTT-ATCA----TTAGA----------------------------CT-----CGACTGAC---------CAAA-CCA--T-G-A-------GCTAT------G---C-A--TA-GCTC---------AT-G---ATT--TGCTCT-A---T-CGT-GTGAATTATTTGGTCAGTCG-----GGT-A--A--A-TC-TTGTTG---ACTTT-A-T----TAAT----AAA-ATGTCGAACTCCcctgc
gi|9 : accgaAGTTAGAAATGTTT-ATCA----CTAAA-----GG----GAT----AC-AAT-TCACT-----CGACTGAC---------CAAA-CCA--T-G-A-------GCTA-------gc
gi|6 : acaggAGTTCACAAT-TTT-ATAACTATATAAA-----GT---CTAA----AT-AAT-TCACT-------ATAAACT--------CACG-CTA------A-------CCTATA-----G---C-C--TATG---GCA-----TAT-A-TAG-----GC-CT-AGC-T-CAT-GG------TTTGGTCAGTCGACTCAAGT-G--A--A-Ttgcatcagtatac
gi|7 : ggAGTTCGAAAT-TTTTATCA----ATAAA-----GTAATTGAT----TT-AAT-TCACT-----TGCTTGAC---------CAAA-TGA--T-G-A-------
gi|18 : acaatAGTTTGAAAC-TTT-ATCA----ATGAA-----GT---TGAT----AT-AAT-TCGTT-----Cttatgtcttaacacagaaagaatgccttaggcaat
gi|5 : gAGTTCGAACT-TTT-ATT---------------------GAT----AT-AA------------------AC---------CAAA-CCT--T-G-A-------CCTA----------------TGCGTTC-TG----CCAT-A-A---T--TGC-AT-AGCCT-CATAGC------TCTGGTC-TTTG-----AAT-G--A----TT-ATATCA----CTTT-A-T----TGAT-----AA-ATTTCGGA
gi|4 : gagttGTTCGTAAT-TTT-ATCA----ATAAA-----GT---CATT----AG-AAT-TCACT-----CCATTGAT---------CAAA-CTA--T-A-----------TA-------A---T----TAT----GCA----TTATCA-T-AGCAATGA-AT-AGC-T-CA------------TGGTCAATCG-----AGT-G--A--A-TT-ATAc
gi|15 : ctTTGAGGAT-TTT-ATTA----GTAAA-----GT---CAAT----AT-AAT-TCACT-----CGATTGAC---------Ccttgatgtaatgttcttgt
gi|13 : acaggagtTTCGAAAT-TTTTATCC-----TAAA-----GT---CGAT----AT-AAT-TCACT-----CGACTGCC---------GAAA-CC
gi|10 : caggagtTTGAAAAT-TTT-ATCA----AT-AA-----GT---CGAC------------------------TTGAC---------CAAA-CCAATT-GTA-------GCTA-------
gi|8 : agagtttatgcctaaccgcagGAAAT-TTT-ATCA----TTAAA-----GT---CTATGTACAT-AATAACACT-----TGACTAAT---------TAAA-CCA--T-G-A-------GCTA-------tcctgt
gi|5 : actatgctaaggaaGAAAT-TT--ATCA----ATAAA-----GT----GAT----AT-AA--TCATT-----CAA-AGAC---------CAGAGCTA--T-G-AG------GCTAT------G---C-AATTATG---GCA----GAA-----------CGC-AT-AGG-T-CAA-GG------TTTGGgatctcct
gi|14 : gagtttccAAAT-TTT-ACCA----ATAAA-----GT---CAAT----AT-AAT-TCACT-----CAATTGAC---------tttatatcaataaaagttcgaactc
gi|17 : cagcgagttttcgaaAAAT-TTT-GTCA----ATAAATTAAAGT---CAAT----AT-AAT-TCACT-----CGATTGAC---------CAa
gi|12 : AT-TTT-ATCA----ATAA--------------------------TCACT-----CGATTAAC---------CAAA-GCA--T-G-A-------GCTA-----------T-A--TGCGTTAG------CTAT-G-a
gi|4 : T----AT-AAT-TCACT-----CGATTG--------------A-CCA--T-G-A-------GCTA-------T---TCA--T-TG----------CTAT-GAT-A-A--TGC-AT-AAT-TATAT-AG------TTTGATCAATGG-----AGT-G--A--A-TT-CTAATG---ACTTT-A-T----TGAT----AAA-ATTACGAAaactcctatgata
gi|6 : ctgAT-TCACTTGAGTCGACTGAC---------CAAA-CCA--T-G-A-------GCTA-------GGCCT-A--TATATGC-CATAGGCTAT-A-G-GTT--AGC-GTGAGT-T-TAT--------------------------AGT-G--A--A-TT-ATTTAG---ACTTT-A-TATAGTTAT----AAA-ATTGTGAACTCcttgatgtaatgttcttgt
gi|7 : gT-G-T-GTTAAGAC-AT-AA--T-CAT-CA------TTTGGTCAAGCA-----AGT-G--A--A-TT-AAATCAATTACTTT-A-T----TGATA---AAA-ATTTCGAACTAT
gi|9 : ac--TGC-AT-AGC-T-CAT-GG------TTTGGTCAGTCG-----AGT-G--A--A-TT-GTATC----CCTTT-A-G----TGAT----AAACATTTCTAACTCCgaaagaatgccttaggcaat
gi|8 : ac-AT-AGC-T-CAT-GG------TTTAATTAGTCA-----AGT-GTTATTA-TGTACATAG---ACTTT-A-A----TGAT----AAA-ATTTCGAtcagtatac
gi|12 : actatgctaagga-AT-AGC-T-CAT-GC------TTTGGTTAATCG-----AGT-G--A--tctcct
gi|11 : attttatcaataaT-AGC-T-CAT-GG------TTTGGTCAATCG-----AGT-G--T--A-TT-ATATCG---ACTTT-A-T----TGAT----AAA-ATTTCGAACTatgcgttagctatgaactcctatgata
gi|13 : cgcatacatg-GT------TTCGGC-AGTCG-----AGT-G--A--A-TT-ATATCG---ACTTT-AGG----ATA-----AAA-ATTTCGAAact
gi|17 : caggagtTTGGTCAATCG-----AGT-G--A--A-TT-ATATTG---ACTTTAA-T----TTATTGACAAA-ATTTc
gi|15 : GGTCAATCG-----AGT-G--A--A-TT-ATATTG---ACTTT-A-C----TAAT----AAA-AT
gi|14 : acaggagtttgaggGTCAATTG-----AGT-G--A--A-TT-ATATTG---ACTTT-A-T----TGGT----AAA-ATTTT
gi|18 : cagcgagttttcgaG-----AAC-G--A--A-TT-ATATCA---ACTTC-A-T----TGAT----AAA-GTTTCAAACTCa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGGTCATGGTTTGGCTATATCACCTTTATAAATGAAATTTTGAACTCCTGT
Alignments
lowQualScore : 222222222222 66666666666666666666666666 33333333 111
lowQualScore : 66 4 111111111111 4 99999 77777777777777777777777777 55555555 4 55 8 55 3 3 000 33 6666 1 6666 3 3 3 77
lowQualScore : .. . ............ . ..... .......................... ........ . .. . .. . . ... .. .... . .... . . . ..
lowQualScore : 11 4 000000000000 0 11111 55555555555555555555555555 66666666 4 66 0 55 6 6 333 44 5555 4 5555 1 1 1 33
consensus : AGTTCGAAA--TTTT-ATCAATAAA-----GT---CGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAACCATGAGCTA-------G-----CATATG-TCGC--GCTATG---TA-TCGCA-TAGC-T-CA--TG-GTT-TGGTCAGTCGAGTGA-ATTAT----ATCGACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG--AACTCCT
Reference ( family-409 ) : AGTTCGAAA--TTTT-ATCAATAAA-----GT---CGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAACCATGAGCTA-------G-----CATATG-TCGC--GCTATG---TG-TCGCA-TAGC-T-CA--TG-GTT-TGGTCAATCGAGTGA-ATTAT----ATCGACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG--AACTCCT
gi|1 : AGTTGGAAA--TTTT-ATCAATAAA-----GT---CGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCACACCATGAGCTA-------G-----TATATGTTCGC--ACTATG---TGTTTGCA-TAGC-T-CA--TG-TTT-TGGCCAGTCGAGTGA-ATGAT----ATCAACTTTAT----CTAT-AAA-AT-TTTG--AATTCTT
gi|10 : CGCAGTAGC-TACAATTG-GTT-TGGTCAA------------------GTCGACTT-AT----TGAT-AAA-AT-TTTC--AA-TCCT
gi|11 : agagtttatgcctaacAGTTCGAAA--TTTT-ATCAATAAA-----GT---CGATAT-AATACACT-----CGATTGACCAAACCATGAGCTA-------------CATGTA-T-GC--Ggt
gi|12 : A--TTTT-ATCAATAA---------------------TCACT-----CGATTAACCAAAGCATGAGCT---------------ATATG--CGTTAGCTATG---act
gi|13 : G-GTT-TCGGCAGTCGAGTGA-ATTAT----ATCGACTTTA-----GGATAAAA-AT-TTCGA-AACTCCTaactcctatgata
gi|14 : cTTCGAAAAATTTT-ACCAATAAA-----GT---CAATAT-AATTCACT-----CAATTGAC
gi|15 : cagcgagttGGTCAATCGAGTGA-ATTAT----ATTGACTTTAC----TAAT-AAA-ATCCTCA--AACTCCTa
gi|16 : acAGG-T-CA--TG-GTT-TGGC--------------TAT----ATCACCTTTAT----AAAT-GAA-AT-TTTG--AACTCCT
gi|17 : AAA--TTTT-GTCAATAAATTAAAGT---CAATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAgt
gi|18 : GAACGA-ATTAT----ATCAACTTCAT----TGAT-AAA-GT-TTCA--AACTC
gi|2 : AGTTCGACA--TTTT-ATCATTAGA-----------------------CT-----CGACTGACCAAACCATGAGCTAT------G-----CATAGC-TCAT--GATTTGCTCTA-TCGTG-TGAA-T-TA--T----T-TGGTCAGTCGGGTAA-ATCTT----GTTGACTTTAT----TAAT-AAA-AT-GTCG--AACTCCT
gi|3 : accgaAGTTCGAA---TTTT-ATCAATAGA-----GT---CTAAATTAATTCACT-----CGATTGACCAAACCATGAACTATGCGTTAG-----CATA-G-TT-C--GCTATGC--TA-ACGAA-TAGC-T-CA--TG-GTT-TGGTCA-------------------ATCGACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCT--AACTCCTgc
gi|4 : gTAT-AATTCACT-----CGATTGACCA-----TGAGCTA-------TT----CAT-------T--GCTATGA--TA-ATGCA-TAAT-TATA--TA-GTT-TGATCAATGGAGTGA-ATTCT----AATGACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TACG--AAC
gi|5 : ctAGTTCGAAC--TTTT-ATT-----------------GATAT-AA-----------------ACCAAACCTTGACCTA---------------TGCG-TTCT--GCCATA----A-TTGCA-TAGCCT-CA--TA-GCTCTGGTCT-TTGAATGA--TTAT----ATC-ACTTTAT----TGAT--AA-AT-TTCGGAAACTCcttgatgtaatgttcttgt
gi|6 : ATTCACTTGAGTCGACTGACCAAACCATGAGCTA-------GGCCTATATATG-CCATAGGCTATA---GG-T-----TAG----CG--TGAGTT-T-----AT--AGTGA-ATTAT----TTAGACTTTATATAGTTAT-AAA-AT-TGTG--AACTCCc
gi|7 : AGTTCGAAA--TTTTTATCAATAAA-----GTAATTGATTT-AATTCACT-----TGCTTGACCAAATGATGA
gi|8 : acaatA-TAGC-T-CA--TG-GTT-TAATTAGTCAAGTGTTATTATGTACATAGACTTTAA----TGAT-AAA-AT-TTCG--ATCTCCTttatgtcttaacacagaaagaatgccttaggcaat
gi|9 : actatgctaaggaGCA-TAGC-T-CA--TG-GTT-TGGTCAGTCGAGTGA-ATTGT----ATC-CCTTTAG----TGAT-AAACAT-TTCT--AACTCCT
Alignments
lowQualScore : 222222222222 1111111 5555555555555555 22222222
lowQualScore : 66 4 111111111111 4 99999 4444444 1111111111111111 44444444 4 4 8 55 3 3 3 77777 33 6666 1 6666 3 3 3 77
lowQualScore : .. . ............ . ..... ....... ................ ........ . . . .. . . . ..... .. .... . .... . . . ..
lowQualScore : 11 4 000000000000 0 11111 4444444 5555555555555555 55555555 4 0 0 55 6 6 3 44444 44 5555 4 5555 1 1 1 33
consensus : AGTTCGAAA--TTTT-ATCAATAAA-----GT---CGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAACCATGA-------GCTA-G-CATATG-TCGC--GCTATGC--TA-NCGCA-TAGC-T-CA--T-GGTT-TG-GTCAGTC--GAGTGA-ATTAT----ATCGACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG--AACTCCT
Reference ( family-409 ) : AGTTCGAAA--TTTT-ATCAATAAA-----GT---CGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAACCATGA-------GCTA-G-CATATG-TCGC--GCTATG---TA-TCGCA-TAGC-T-CA--T-GGTT-TG-GTCAGTC--GAGTGA-ATTAT----ATCGACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG--AACTCCT
gi|1 : AGTTGGAAA--TTTT-ATCAATAAA-----GT---CGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCACACCATGA-------GCTA-G-TATATGTTCGC--ACTATG---TGTTTGCA-TAGC-T-CA--T-GTTT-TG-GCCAGTC--GAGTGA-ATGAT----ATCAACTTTAT----CTAT-AAA-AT-TTTG--AATTCTT
gi|10 : A-CCGCAGTAGC-TACAATT-GGTT-TG-GTCA------AGT--------------CGACTT-AT----TGAT-AAA-AT-TTTC--AA-TCCT
gi|11 : agagtttatgcctaAGTTCGAAA--TTTT-ATCAATAAA-----GT---CGATAT-AATACACT-----CGATTGACCAAACCATGA-------GCTA---CATGTA-T-GC--Ggt
gi|12 : A--TTTT-ATCAATAA---------------------TCACT-----CGATTAACCAAAGCATGA-------GCT-----ATATG--CGTTAGCTATG---act
gi|13 : -GGTT-TC-GGCAGTC--GAGTGA-ATTAT----ATCGACTTTA-----GGATAAAA-AT-TTCGA-AACTCCTaactcctatgata
gi|14 : cTTCGAAAAATTTT-ACCAATAAA-----GT---CAATAT-AATTCACT-----CAATTGAC
gi|15 : cagcgagttG-GTCAATC--GAGTGA-ATTAT----ATTGACTTTAC----TAAT-AAA-ATCCTCA--AACTCCTa
gi|16 : acAGG-T-CA--T-GGTT-TG-GC----------------TAT----ATCACCTTTAT----AAAT-GAA-AT-TTTG--AACTCCT
gi|17 : AAA--TTTT-GTCAATAAATTAAAGT---CAATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAgt
gi|18 : --GAACGA-ATTAT----ATCAACTTCAT----TGAT-AAA-GT-TTCA--AACTC
gi|2 : AGTTCGACA--TTTT-ATCATTAGA-----------------------CT-----CGACTGACCAAACCATGA-------GCTATG-CATAGC-TCAT--GATTTGCTCTA-TCGTG-TGAA-T-TA--T----T-TG-GTCAGTC--GGGTAA-ATCTT----GTTGACTTTAT----TAAT-AAA-AT-GTCG--AACTCCT
gi|3 : accgaAGTTCGAA---TTTT-ATCAATAGA-----GT---CTAAATTAATTCACT-----CGATTGACCAAACCATGAACTATGCGTTA-G-CATA-G-TT-C--GCTATGC--TA-ACGAA-TAGC-T-CA--T-GGTT-TG-GTCA---------------------ATCGACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCT--AACTCCTgc
gi|4 : gTAT-AATTCACT-----CGATTGACCA-----TGA-------GCTA-TTCAT-------T--GCTATGA--TA-ATGCA-TAAT-TATA--T-AGTT-TG-ATCAATG--GAGTGA-ATTCT----AATGACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TACG--AAC
gi|5 : ctAGTTCGAAC--TTTT-ATT-----------------GATAT-AA-----------------ACCAAACCTTGA-------CCTA-----TGCG-TTCT--GCCATA----A-TTGCA-TAGCCT-CA--T-AGCTCTG-GTC-TTT--GAATGA--TTAT----ATC-ACTTTAT----TGAT--AA-AT-TTCGGAAACTCcttgatgtaatgttcttgt
gi|6 : ATTCACTTGAGTCGACTGACCAAACCATGA-------GCTA-G----------GC---CTATA---TA-TGCCA-TAGG-C-TA--TAGGTT-AGCGTGAGTTTATAGTGA-ATTAT----TTAGACTTTATATAGTTAT-AAA-AT-TGTG--AACTCCc
gi|7 : AGTTCGAAA--TTTTTATCAATAAA-----GTAATTGATTT-AATTCACT-----TGCTTGACCAAATGATGA-------
gi|8 : acaatCTATGC--TA-AGGAA-TAGC-T-CA--T-GGTT-TA-ATTAGTC--AAGTGTTATTATGTACATAGACTTTAA----TGAT-AAA-AT-TTCG--ATCTCCTttatgtcttaacacagaaagaatgccttaggcaat
gi|9 : aGCA-TAGC-T-CA--T-GGTT-TG-GTCAGTC--GAGTGA-ATTGT----ATC-CCTTTAG----TGAT-AAACAT-TTCT--AACTCCT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 666666666666666666666 111111
lowQualScore : 99 77 44444 22 5 11111 55 5 555555555555555555555 2 111111 3 44 3 6 44 3 2 1 999999 2 0 0 5555 7777 55555 5 2 2 2
lowQualScore : .. .. ..... .. . ..... .. . ..................... . ...... . .. . . .. . . . ...... . . . .... .... ..... . . . .
lowQualScore : 22 99 33333 44 0 11111 11 7 333333333333333333333 5 555555 6 66 8 7 66 1 9 2 111111 7 7 1 7777 3333 99999 3 7 7 9
consensus : AGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCA-AACCATGA-GCTAT------G-CA--TATG-T-GCGCTATGCT--AACGCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTC--GAGTG-AATTAT----ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG-AACTCCT
Reference ( family-409 ) : AGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCA-AACCATGA-GCTA-------G-CA--TATG-TCGCGCTATGCT--ANCGCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTC--GAGTG-AATTAT----ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG-AACTCCT
gi|1 : AGTT--GGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCA-CACCATGA-GCTA-------G-TA--TATGTTCGCACTATGTG--TTTGCA-TA--GCT-CA--T-GTTTTG-GCCAGTC--GAGTG-AATGAT----ATCA---ACTTTAT----CTAT-AAA-AT-TTTG-AATTCTT
gi|10 : TATGCCTAACCGCAGTA--GCTACAATT-GGTTTG-GTCA------AGT--------------CG---ACTT-AT----TGAT-AAA-AT-TTTC-AA-TCCT
gi|11 : agagttAGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATACACT-----CGATTGACCA-AACCATGA-GCTA---------CA--TGTA-T-GCGgt
gi|12 : GCT--AACGCA-TATAGCT-CA--T-GCTTTG-GTTAATC--GAGTG-A-------------------TTAT----TGAT-AAA-AT-act
gi|13 : -GGTTTC-GGCAGTC--GAGTG-AATTAT----ATCG---ACTTTA-----GGATAAAA-AT-TTCGAAACTCCTtatgaactcctatgata
gi|14 : cTT--CGAAAAATTTTACCAATAAA-----GTCAATAT-AATTCACT-----CAATTGAC
gi|15 : cagcgagttG-GTCAATC--GAGTG-AATTAT----ATTG---ACTTTAC----TAAT-AAA-ATCCTCA-AACTCCTa
gi|16 : acA--GGT-CA--T-GGTTTG-GC----------------TAT----ATCA---CCTTTAT----AAAT-GAA-AT-TTTG-AACTCCT
gi|17 : AAA--TTTTGTCAATAAATTAAAGTCAATAT-AATTCACT-----CGATTGACCA-Agt
gi|18 : --GAACG-AATTAT----ATCA---ACTTCAT----TGAT-AAA-GT-TTCA-AACTC
gi|2 : AGTT--CGACA--TTTTATCATTAGA--------------------CT-----CGACTGACCA-AACCATGA-GCTAT------G-CA--TAGC-TCATGATTTGCTCTATCGTG-TG--AAT-TA--T----TTG-GTCAGTC--GGGTA-AATCTT----GTTG---ACTTTAT----TAAT-AAA-AT-GTCG-AACTCCT
gi|3 : accgaAGTT--CGAA---TTTTATCAATAGA-----GTCTAAATTAATTCACT-----CGATTGACCA-AACCATGA-ACTATGCGTTAG-CA--TA-G-TT-CGCTATGCT--AACGAA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCA---------------------ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCT-AACTCCTgc
gi|4 : gTAT-AATTCACT-----CGATTGACCA------TGA-GCTA-------TTCA--T-------TGCTATGAT--AATGCA-TA--ATTATA--T-AGTTTG-ATCAATG--GAGTG-AATTCT----AATG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TACG-AAC
gi|5 : ctAGTTTCCGAAA--TTT-ATCAATAAA-----GT-GATAT-AA-TCATT-----CAA-AGACCAGAGCTATGAGGCTAT------G-CAATTATG---GCA----G----AACGCA-TA--GGT-CA--A-GGTTTG-GT---------------TTAT----ATC----------------AAT-AAA-AG-TTCG-AACTCcttgatgtaatgttcttgt
gi|6 : gATTCACTTGAGTCGACTGACCA-AACCATGA-GCTAG------G-CC--TATA-------TATGC-------CA-TA--GGC-TA--TAGGTTAGCGTGAGTTTATAGTG-AATTAT----TTAG---ACTTTATATAGTTAT-AAA-AT-TGTG-AACTCC
gi|7 : CTGTGTT--AAGACA-TA--A-T-CA--T-CATTTG-GTCAAGC--AAGTG-AATTAA----ATCAATTACTTTAT----TGATAAAA-AT-TTCG-AACT
gi|8 : acaatCTATGCT--AAGGAA-TA--GCT-CA--T-GGTTTA-ATTAGTC--AAGTGTTATTATGTACATAG---ACTTTAA----TGAT-AAA-AT-TTCG-ATCTCCTaaagaatgccttaggcaat
gi|9 : aTATACT--GATGCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTC--GAGTG-AATTGT----ATC----CCTTTAG----TGAT-AAACAT-TTCT-AACTCCT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 4444444444444444
lowQualScore : 99 77 44444 22 5 2 11111 2 5 5 8 77 8888888888888888 1 9999999 3 44 666 44 3 2 1 5555555 2 0 0 5555 7777 55555 5 2 2 2
lowQualScore : .. .. ..... .. . . ..... . . . . .. ................ . ....... . .. ... .. . . . ....... . . . .... .... ..... . . . .
lowQualScore : 22 99 33333 44 0 0 11111 0 7 7 4 99 4444444444444444 7 3333333 6 66 888 66 1 9 2 9999999 7 7 1 7777 3333 99999 3 7 7 9
consensus : AGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAG-CTATGCA--T-----AT-G---T--GCGCTATGC-TAAC-GCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTCGA--GTG-AATTAT----ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG-AACTCCT
Reference ( family-409 ) : AGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAG-CTATGCA--T-----AT-G---T--GCGCTATGC-TAAC-GCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTCGA--GTG-AATTAT----ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG-AACTCCT
gi|1 : AGTT--GGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCACA-CCATGAG-CTA-GTA--T-----AT-G---TTCGCACTATGT-GTTT-GCA-TA--GCT-CA--T-GTTTTG-GCCAGTCGA--GTG-AATGAT----ATCA---ACTTTAT----CTAT-AAA-AT-TTTG-AATTCTT
gi|10 : TATGCCTAACCGCAGTA--GCTACAATT-GGTTTG-GTCA----A--GT--------------CG---ACTT-AT----TGAT-AAA-AT-TTTC-AA-TCCT
gi|11 : agagttAGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATACACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAG-CTA--CA--T-----GT-A---T--GCGgt
gi|12 : GC-TAAC-GCA-TATAGCT-CA--T-GCTTTG-GTTAATCGA--GTG-A-------------------TTAT----TGAT-AAA-AT-act
gi|13 : -GGTTTC-GGCAGTCGA--GTG-AATTAT----ATCG---ACTTTA-----GGATAAAA-AT-TTCGAAACTCCTtatgaactcctatgata
gi|14 : cTT--CGAAAAATTTTACCAATAAA-----GTCAATAT-AATTCACT-----CAATTGAC
gi|15 : cagcgagttG-GTCAATCGA--GTG-AATTAT----ATTG---ACTTTAC----TAAT-AAA-ATCCTCA-AACTCCTa
gi|16 : acA--GGT-CA--T-GGTTTG-GC----------------TAT----ATCA---CCTTTAT----AAAT-GAA-AT-TTTG-AACTCCT
gi|17 : AAA--TTTTGTCAATAAATTAAAGTCAATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAgt
gi|18 : GA--ACG-AATTAT----ATCA---ACTTCAT----TGAT-AAA-GT-TTCA-AACTC
gi|2 : AGTT--CGACA--TTTTATCATTAGA--------------------CT-----CGACTGACCAAA-CCATGAG-CTATGCA--TAGCTCAT-GATTT--GCTCTAT------C-GTG-TG--A----A--T-TATTTG-GTCAGTCGG--GTA-AATCTT----GTTG---ACTTTAT----TAAT-AAA-AT-GTCG-AACTCCT
gi|3 : accgaAGTT--CGAA---TTTTATCAATAGA-----GTCTAAATTAATTCACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAA-CTATGCG--TTAGC-ATAG---T--TCGCTATGC-TAAC-GAA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCA---------------------ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCT-AACTCCTgc
gi|4 : gTAT-AATTCACT-----CGATTGACCA------TGAG-CTATTCA--T----------------TGCTATGA-TAAT-GCA-TA--ATTATA--T-AGTTTG-ATCAATGGA--GTG-AATTCT----AATG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TACG-AAC
gi|5 : ctAGTTTCCGAAA--TTT-ATCAATAAA-----GT-GATAT-AAT-CATT-----CAAA-GACCAGAGCTATGAGGCTATGCAATT-----AT-G------GCA----G---AAC-GCA-TA--GGT-CA--A-GGTTTG-GT---------------TTAT----ATC----------------AAT-AAA-AG-TTCG-AACTCcttgatgtaatgttcttgt
gi|6 : gATTCACTTGAGTCGACTGACCAAA-CCATGAG-CTAGGCC--T-----AT-A---T-------ATGC-------CA-TA--GGC-TA--TAGGTTAGCGTGAGTTTATAGTG-AATTAT----TTAG---ACTTTATATAGTTAT-AAA-AT-TGTG-AACTCC
gi|7 : CTGTGT-TAAG-ACA-TA--A-T-CA--T-CATTTG-GTCAAGCAA--GTG-AATTAA----ATCAATTACTTTAT----TGATAAAA-AT-TTCG-AACT
gi|8 : acaatCTATGC-TAAG-GAA-TA--GCT-CA--T-GGTTTA-ATTAGTCAA--GTGTTATTATGTACATAG---ACTTTAA----TGAT-AAA-AT-TTCG-ATCTCCTaaagaatgccttaggcaat
gi|9 : aTATAC-TGAT-GCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTCGA--GTG-AATTGT----ATC----CCTTTAG----TGAT-AAACAT-TTCT-AACTCCT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 4444444444444444
lowQualScore : 99 77 44444 22 5 2 11111 2 5 5 8 77 8888888888888888 1 9999999 3 44 666 44 3 2 1 5555555 2 0 0 5555 7777 55555 5 2 2 2
lowQualScore : .. .. ..... .. . . ..... . . . . .. ................ . ....... . .. ... .. . . . ....... . . . .... .... ..... . . . .
lowQualScore : 22 99 33333 44 0 0 11111 0 7 7 4 99 4444444444444444 7 3333333 6 66 888 66 1 9 2 9999999 7 7 1 7777 3333 99999 3 7 7 9
consensus : AGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAG-CTATGCA--T-----AT-G---T--GCGCTATGC-TAAC-GCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTCGA--GTG-AATTAT----ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG-AACTCCT
Reference ( family-409 ) : AGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAG-CTATGCA--T-----AT-G---T--GCGCTATGC-TAAC-GCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTCGA--GTG-AATTAT----ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG-AACTCCT
gi|1 : AGTT--GGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCACA-CCATGAG-CTA-GTA--T-----AT-G---TTCGCACTATGT-GTTT-GCA-TA--GCT-CA--T-GTTTTG-GCCAGTCGA--GTG-AATGAT----ATCA---ACTTTAT----CTAT-AAA-AT-TTTG-AATTCTT
gi|10 : TATGCCTAACCGCAGTA--GCTACAATT-GGTTTG-GTCA----A--GT--------------CG---ACTT-AT----TGAT-AAA-AT-TTTC-AA-TCCT
gi|11 : agagttAGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATACACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAG-CTA--CA--T-----GT-A---T--GCGgt
gi|12 : GC-TAAC-GCA-TATAGCT-CA--T-GCTTTG-GTTAATCGA--GTG-A-------------------TTAT----TGAT-AAA-AT-act
gi|13 : -GGTTTC-GGCAGTCGA--GTG-AATTAT----ATCG---ACTTTA-----GGATAAAA-AT-TTCGAAACTCCTtatgaactcctatgata
gi|14 : cTT--CGAAAAATTTTACCAATAAA-----GTCAATAT-AATTCACT-----CAATTGAC
gi|15 : cagcgagttG-GTCAATCGA--GTG-AATTAT----ATTG---ACTTTAC----TAAT-AAA-ATCCTCA-AACTCCTa
gi|16 : acA--GGT-CA--T-GGTTTG-GC----------------TAT----ATCA---CCTTTAT----AAAT-GAA-AT-TTTG-AACTCCT
gi|17 : AAA--TTTTGTCAATAAATTAAAGTCAATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAgt
gi|18 : GA--ACG-AATTAT----ATCA---ACTTCAT----TGAT-AAA-GT-TTCA-AACTC
gi|2 : AGTT--CGACA--TTTTATCATTAGA--------------------CT-----CGACTGACCAAA-CCATGAG-CTATGCA--TAGCTCAT-GATTT--GCTCTAT------C-GTG-TG--A----A--T-TATTTG-GTCAGTCGG--GTA-AATCTT----GTTG---ACTTTAT----TAAT-AAA-AT-GTCG-AACTCCT
gi|3 : accgaAGTT--CGAA---TTTTATCAATAGA-----GTCTAAATTAATTCACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAA-CTATGCG--TTAGC-ATAG---T--TCGCTATGC-TAAC-GAA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCA---------------------ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCT-AACTCCTgc
gi|4 : gTAT-AATTCACT-----CGATTGACCA------TGAG-CTATTCA--T----------------TGCTATGA-TAAT-GCA-TA--ATTATA--T-AGTTTG-ATCAATGGA--GTG-AATTCT----AATG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TACG-AAC
gi|5 : ctAGTTTCCGAAA--TTT-ATCAATAAA-----GT-GATAT-AAT-CATT-----CAAA-GACCAGAGCTATGAGGCTATGCAATT-----AT-G------GCA----G---AAC-GCA-TA--GGT-CA--A-GGTTTG-GT---------------TTAT----ATC----------------AAT-AAA-AG-TTCG-AACTCcttgatgtaatgttcttgt
gi|6 : gATTCACTTGAGTCGACTGACCAAA-CCATGAG-CTAGGCC--T-----AT-A---T-------ATGC-------CA-TA--GGC-TA--TAGGTTAGCGTGAGTTTATAGTG-AATTAT----TTAG---ACTTTATATAGTTAT-AAA-AT-TGTG-AACTCC
gi|7 : CTGTGT-TAAG-ACA-TA--A-T-CA--T-CATTTG-GTCAAGCAA--GTG-AATTAA----ATCAATTACTTTAT----TGATAAAA-AT-TTCG-AACT
gi|8 : acaatCTATGC-TAAG-GAA-TA--GCT-CA--T-GGTTTA-ATTAGTCAA--GTGTTATTATGTACATAG---ACTTTAA----TGAT-AAA-AT-TTCG-ATCTCCTaaagaatgccttaggcaat
gi|9 : aTATAC-TGAT-GCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTCGA--GTG-AATTGT----ATC----CCTTTAG----TGAT-AAACAT-TTCT-AACTCCT
blockSeqs : TC AA TTAAA CG T A TGAGT A G G T AT AGCTCATGATTTG G CCTAACC G TA CTA AT A C C GTTTATA T GTAC AATT TATAG A C C A
blockSeqs : . . . CA . T . A . . T . TAGCATAGTT T CTAAC . . TTA . . . T ATCGA . . G T A . . .
blockSeqs : . . . CA . T . A . . T . GTATG G CTAAC . . CT . . . C GTCGA . . G T . . . .
blockSeqs : . . . CT . T . A . . T . ATGG G ATAAT . . GT . . . C ATCGA . . G C . . . .
blockSeqs : . . . G . T . G . . G . ATAT A TTAAG . . CT . . . C GTCGG . . A T . . . .
blockSeqs : . . . . T . A . . . . . . CTAAG . . GT . . . C ATGGA . . A T . . . .
blockSeqs : . . . . CTGAT . . GC . . . C AGCAA . . G T . . . .
blockSeqs : . . AAC . . CT . . . G GTCAA . . G T . . . .
blockSeqs : C . . CT . . . C GTCGA . . G T . . . .
blockSeqs : C . . T . . . T A . . G T . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ATATG***********
originalCons : AGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAG-CTATGCA--T-----AT-G---T--GCGCTATGC-TAAC-GCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTCGA--GTG-AATTAT----ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG-AACTCCT
finalCons : AGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAG-CTATGCA--TATATG-----------CGCTATGC-TAAC-GCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTCGA--GTG-AATTAT----ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG-AACTCCT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 4444444444444444444
lowQualScore : 99 77 44444 22 5 2 11111 2 5 5 8 6666666666666666666 3 44 3 44 666 44 3 2 1 5555555 2 0 0 5555 7777 55555 5 2 2 2
lowQualScore : .. .. ..... .. . . ..... . . . . ................... . .. . .. ... .. . . . ....... . . . .... .... ..... . . . .
lowQualScore : 22 99 33333 44 0 0 11111 0 7 7 4 7777777777777777777 6 88 6 66 888 66 1 9 2 9999999 7 7 1 7777 3333 99999 3 7 7 9
consensus : AGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAG-CTATGCAT----A---TA-T--G---CGCTATGC-TAAC-GCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTCGA--GTG-AATTAT----ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG-AACTCCT
Reference ( family-409 ) : AGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAG-CTATGCAT----A---TA-T--G---CGCTATGC-TAAC-GCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTCGA--GTG-AATTAT----ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCG-AACTCCT
gi|1 : AGTT--GGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATTCACT-----CGATTGACCACA-CCATGAG-CTA-GTAT----A---TG-TTCG---CACTATGT-GTTT-GCA-TA--GCT-CA--T-GTTTTG-GCCAGTCGA--GTG-AATGAT----ATCA---ACTTTAT----CTAT-AAA-AT-TTTG-AATTCTT
gi|10 : TATGCCTAACCGCAGTA--GCTACAATT-GGTTTG-GTCA----A--GT--------------CG---ACTT-AT----TGAT-AAA-AT-TTTC-AA-TCCT
gi|11 : agagttAGTT--CGAAA--TTTTATCAATAAA-----GTCGATAT-AATACACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAG-CTA--CAT----G---TA-T--G---CGgt
gi|12 : GC-TAAC-GCA-TATAGCT-CA--T-GCTTTG-GTTAATCGA--GTG-A-------------------TTAT----TGAT-AAA-AT-act
gi|13 : -GGTTTC-GGCAGTCGA--GTG-AATTAT----ATCG---ACTTTA-----GGATAAAA-AT-TTCGAAACTCCTtatgaactcctatgata
gi|14 : cTT--CGAAAAATTTTACCAATAAA-----GTCAATAT-AATTCACT-----CAATTGAC
gi|15 : cagcgagttG-GTCAATCGA--GTG-AATTAT----ATTG---ACTTTAC----TAAT-AAA-ATCCTCA-AACTCCTa
gi|16 : acA--GGT-CA--T-GGTTTG-GC----------------TAT----ATCA---CCTTTAT----AAAT-GAA-AT-TTTG-AACTCCT
gi|17 : AAA--TTTTGTCAATAAATTAAAGTCAATAT-AATTCACT-----CGATTGACCAAgt
gi|18 : GA--ACG-AATTAT----ATCA---ACTTCAT----TGAT-AAA-GT-TTCA-AACTC
gi|2 : AGTT--CGACA--TTTTATCATTAGA--------------------CT-----CGACTGACCAAA-CCATGAG-CTATGCAT----AGCTCA-T--GATTTGCT---C-TATC-GTG-TG--A----A--T-TATTTG-GTCAGTCGG--GTA-AATCTT----GTTG---ACTTTAT----TAAT-AAA-AT-GTCG-AACTCCT
gi|3 : accgaAGTT--CGAA---TTTTATCAATAGA-----GTCTAAATTAATTCACT-----CGATTGACCAAA-CCATGAA-CTATGCGTTAGCA---TAGT--T---CGCTATGC-TAAC-GAA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCA---------------------ATCG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TTCT-AACTCCTgc
gi|4 : gTAT-AATTCACT-----CGATTGACCA------TGAG-CTATTCAT------------------TGCTATGA-TAAT-GCA-TA--ATTATA--T-AGTTTG-ATCAATGGA--GTG-AATTCT----AATG---ACTTTAT----TGAT-AAA-AT-TACG-AAC
gi|5 : ctAGTTTCCGAAA--TTT-ATCAATAAA-----GT-GATAT-AAT-CATT-----CAAA-GACCAGAGCTATGAGGCTATGCAA----T---TA-T--G----GC-A-G---AAC-GCA-TA--GGT-CA--A-GGTTTG-GT---------------TTAT----ATC----------------AAT-AAA-AG-TTCG-AACTCcttgatgtaatgttcttgt
gi|6 : gATTCACTTGAGTCGACTGACCAAA-CCATGAG-CTAGGCCT----A---TA-T----------ATGC-------CA-TA--GGC-TA--TAGGTTAGCGTGAGTTTATAGTG-AATTAT----TTAG---ACTTTATATAGTTAT-AAA-AT-TGTG-AACTCC
gi|7 : CTGTGT-TAAG-ACA-TA--A-T-CA--T-CATTTG-GTCAAGCAA--GTG-AATTAA----ATCAATTACTTTAT----TGATAAAA-AT-TTCG-AACT
gi|8 : acaatCTATGC-TAAG-GAA-TA--GCT-CA--T-GGTTTA-ATTAGTCAA--GTGTTATTATGTACATAG---ACTTTAA----TGAT-AAA-AT-TTCG-ATCTCCTaaagaatgccttaggcaat
gi|9 : aTATAC-TGAT-GCA-TA--GCT-CA--T-GGTTTG-GTCAGTCGA--GTG-AATTGT----ATC----CCTTTAG----TGAT-AAACAT-TTCT-AACTCCT