lowQualScore : 1111111111111111111
lowQualScore : 11 11111 111111 1111 5555555555555555555555555555555555555555 1 22 6666666666666666666 1
lowQualScore : 33 33 2 33 33 7 2 2 55555 1 6666 2 2 4444 2 6666666 5555 00000 33 444444 2 44 44 3 3 3 6 0000 3 77 5 7777777777777777777777777777777777777777 6 3 8 4 7 66 99 66 00 4 5555555555555555555 4 1 6
lowQualScore : .. .. . .. .. . . . ..... . .... . . .... . ....... .... ..... .. ...... . .. .. . . . . .... . .. . ........................................ . . . . . .. .. .. .. . ................... . . .
lowQualScore : 77 33 7 77 22 5 5 4 33333 9 7777 1 1 5555 1 8888888 0000 77777 22 666666 1 22 22 1 1 1 2 1111 1 33 4 6666666666666666666666666666666666666666 2 1 8 0 4 99 88 55 00 0 5555555555555555555 0 5 0
consensus : CACACCT--TT-TT-GC--AGGGAAA--TAG-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-T----C-A-------G----T--T--T--TTTNAC---GGTGATTTTCAGGG--AA--T-CGG-CA-A-A--T-T-AT--ATCGATTTA-------------C-TC--------TT--------A-TA-TAGT-GA-AAAATCAGTAG-AGGTATA--ATAATNATAAT-GTANTACACC---CTTCGACTGATTTTTCACNACACACGTGTAAAT
Reference ( gi|6 ) : CACACCT--TT-CT-GC--AGGGAAA--TAG-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-T----C-A-------G----T--T--T--TTTAAT---GGTGATTTTCAGGG--AA--T-CAG-CA-A-A--T-T-AT--ATCAATTTA-------------A-TC--------TT--------A-TA-TAGT-GA-AAATTCAGTAG-AGGTGTA--ATAATGATAATTATATTACATCGTACTTTAACTGA----ACACAATATATGTATAAAT
gi|11 : CACACCT--TTTCT-GC--AGGGAGAATTAG-T-CT-GTAT-----TGC-AGG----A-A-T----C-A-------G----T--TCTT--TTTACG---GGTGATTTTCAGGG--AATCT-CAG-CA-A-A--T-T-AT--A-CGATTTA-------------C-TT--------TT--------A-AT-TAGT-GA-AAA-TCAG
gi|9 : tCACACCTATTTGTT-GC--AGTGAAA----G-T-CT-GTAT-----T-C-AGG--G-A-AAT----C-A-------G----C--T--T--TTTA-C---GGGGATT--CAGGG--A---T-CAGGCA-A-A--T-T-AT--ATCGA-TTA-------------T-TT--------TT--------A-TATTAGT-GA-AAAATCATTAG-AGa
gi|4 : tCACACTT--TT--T-GCCGAGGAGGA--TAG-TTCT-GTAT-----TGC-AGG----A-A-T----C-A-------G----T--C--T--TT--AC---G-TGATTT-CAGGG--AA--T-CAG-CA-ACAATT-T-AA--ATCGATTTT-------------A-T---------TT--------A-TA-TAGT-GA-AAAcgatata
gi|7 : CACACCT--TT-TT-GT--CAGGAAG--TTG-T-CT-GTAT-----TGT-TAG--G-A-A-T----C-A-------GTTTCT--T--T--TTTTAT---GGTGATTTTCAGGG--AA--TACTG-CA-A-A--T-TAAT--ATCGATATAAAAGGATAGAAAGA-TCAAGTGACGTTTA------A-TA-T-GTAGA-AAAATCAGTAG-AGGGTTA--ATAaatagttttaagtctatattaataaacagtaatataatacagatataaagtaaatgaggtatatgttatatacatatatacat
gi|16 : tCACACCT--TT-TT-GC--AGTGAAA--TAG-T-CT-GTTT-----TGC-AGG--G-A-A-T----C-A-------G----T--C--T--TTTTAT---GGTtt
gi|13 : tCACACCT--TT-TT-GC--AGGGAGA--TA--T-CT-GTAT-----TGCTAGGGAG-A-A-T----C-A-------G----TTCT--T--TTTTAC---GGTGATTTTC
gi|17 : tCACACCT--TT-TT-GC--AGG-AAG--TTG-T-CT-GTAT-----TTT-AGG--G-A-A-T----C-A-------G----T--C--T--TTTTAT---GGTt
gi|19 : tCACACCT--TT-TT-GC--AGAGAAA--TAG-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-
gi|22 : tCACACCT--TT-TTTGC--AGGGAGA--TAG-T-CT-GTAT-----TGC-
gi|8 : tACACTT--TT-G--GC--ATGGAGA--TAGAT-CTTGTAT-----TGC-GGG--A-A-A-T----CCA-------G----TC-T--T--TTTACC---GGTGATTTTCAGGG--AA----CAG-CA-A-A--T-T-AT--ATCGATTTA-------------CTTT--------TT--------ATTA-TAGCGGA-AAAATCAGTAGAAGGTATA--AT-ATAATA
gi|5 : gtcacagCACCT--TT-TT-GC--AGGGAA---TAGGT-CT-GTAT-----TGC-AGG--------T----T-G-------G----T--C--TAGTTTGAC---G--GATTTTCAGGG--GA--T-CGG-CA-A-A--T-T-ATA-ATTGATTTA-------------C-TC--------TT--------A--G-TAGT-GACAAAATCAGTAG--GGTATA--CTAg
gi|18 : gCACCT--TT--T-GC--AGG--AG--TAG-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-T----C-A-------G----G--T--C--TTTTAC---GGTttttaatacgaagagaattcaagctaaacagaacaatgaatggacagggtgttatatacata
gi|21 : tcCACCT--T--CT-GC--AGGGAAA--TA--T-CT--TAT-----TTC-AGG--G-A-A-T----C-A-------
gi|20 : CACCT--T--CT-GC--AGGGAAA--TA--T-CT--TAT-----TTC-AGG--G-A-A-T----C-A-------
gi|3 : ACCT--TT-TT-GC--AGGGAAA--T
gi|14 : ttcccagtgattgatggtttaagtactaggggaccaattaattttatgatgcagtcatttcagagcttttttcatgtaaaatgaattgctagtgttttgaataggttaaatagaagtgttataagttcaatgtGGAGA--TAG-C-TT-GTAT-----TGC-AGG--A-A-T-T----C-A-------G----T--TC-T--TTTTAC---GGTcggtcatttcacaataatttttagacaatcaacaaaatatatttattaactttcatataatgaaaaataa
gi|2 : gttcaacgctttggccaAAA--TAGGT-GT-GTATCATTGTGC-ATC--A-A-A-T----T---------G----T--C--A--TTTCAC---GATGATTTTCAGGG--CA--T-CGG-CA-A-A--A-T-AC--GTTGTTTTAC------------A-T---------TT--------A-TA-TTGT-GA-AAAATCAATCG-AGATGTA--ATAATTAT--TTATACTATAC----CTTT--CTGATTTTTCACTACACACGTGTAAAT
gi|12 : aaggaattaaacaatttacgatgattttcatggaattcgcaacatatatgtct-GTTT-----TGT-AGG--GTA-A-T----T-A-------G----T--CA-T--GTTA-------TGATTGTGAAAG--AA--G-CAG-CA-A-A--A-T-AT--ATCGATTTA----------------C--------TT------------------------TTCAGTAG-AGGCGTA--Agggacttttatc
gi|1 : tcatcaaaatgacgtaacT-----TGC-AGG--G-CTA-T----C-A-------G----T--T--A--TTTTAT---GACG-------------A--T-CAG-CA-A-A----T-AT--ATCGATTTA----------------C--------TTTAATTTAAA-TC-TAGT-GA-AAA-TCAGTAG-AAGT-----ATAATGA-AATAGTAGTACA
gi|3 : ttcttattaattgattatccaagaatatggggaccaattaactcgtgttatggttccaattggatcagataagaacattgtataagataaaagaagttgctgggtgttttgagtataggtgtgttatcggttctaattT-----TGC-AGG--GAA-A-T----C-G-------G----T--C--A--TTTCAC---AATAATTTTTAGAC--AA--T-CAA-CA-A-A--A-T-AT--ATTTATTAA-------------C-TT--------TC--------A-TA-TAAT-GA-AAA
gi|2 : ttcccagtgattgatggtttaagtactaggggaccaattaattttatgatgcagtcatttcagagcttttttcatgtaaaatgaattgctagtgttttgaataggttaaatagaagtgttataagttcaatgtaccttt-AAG--G-A-A-TTAAAC-A-------A----T--T--T------AC---GATGATTTTCATGG--AA--T-TCG-CA-ACA--TAT-AT--GTCTATTTA-------------C-AC--------GT--------G-TG-TAGT-GA-AAAATCAG-AA-AGGTATAGTATAA--ATAAT--TATTACATC-----TCGATTGATTTTTCACAATATAAATGTAAAataa
gi|10 : -AAG--G-A-A-T----C-ATAACGATG----T--T--T--GTCAATTACGATGATTTT-GGGGTAAA--T-CAA-CACG-A--T-T-ATTGATCAATTCG-------------A-TC--------T---------------AGT-GA-AAAATCAATAG-AGGCATA--ACAAacaacgtattttgccgatgccctgaaaatcatcgtgaaatgacaatttgatgcacaatgatacacacctatttgggacttttatc
gi|15 : taaggaacctttctacaaaATTTACAGGG--AA--T-CGG-CA-A-A--A-T-TT--GTCAATTT----------------TCA-------TT--------A-TA-TAGT-GA-AAAATCAGTAG-
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222 111111111111 1111111111 44444444
lowQualScore : 33 2 77 33 33 555 2 2 55555 1 22 2 2 4 2 6666666 5555 7777777 333 3 4 1 33 33 2 55 2 5 8888 2 66 5555555555555555555555 2 55 333333333333 2 5 2 555 3 3 22 5555555555 1 0 11111111 7 1 0 0 3
lowQualScore : .. . .. .. .. ... . . ..... . .. . . . . ....... .... ....... ... . . . .. .. . .. . . .... . .. ...................... . .. ............ . . . ... . . .. .......... . . ........ . . . . .
lowQualScore : 22 4 22 22 11 999 4 2 00000 9 88 0 1 2 1 8888888 0000 2222222 999 9 4 4 99 99 9 66 9 7 7777 9 88 4444444444444444444444 9 66 777777777777 9 7 9 444 3 6 77 9999999999 0 7 00000000 3 0 7 7 7
consensus : CACACCT--TT-T-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-A-------G----T--C-T--TT---TTAC-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-GGCA-A-A--T-T-AT--ATCGAT----------------------TTAC-TT-T--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-AGGTATAATAATAA----TAA-TATANTACATC---CTTCGACTGATTTTTCACAATATACGTGTAAAT
Reference ( family-391 ) : CACACCT--TT-T-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-A-------G----T--T-T--TT---TNAC-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-GGCA-A-A--T-T-AT--ATCGAT----------------------TTAC-TC-T--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-AGGTATAATAATNA----TAA-TGTANTACACC---CTTCGACTGATTTTTCACNACACACGTGTAAAT
gi|1 : T-----TGC-AGG--G-CTA-TC-A-------G----T--T-A--TT---TTAT-GACG-------------A--T-C-AGCA-A-A----T-AT--ATCGAT----------------------TTAC-TT-TAATTTAAA-TC-TA-GT-G--AAAATCAG---TAG-AAGTATAATGA-AA----TA---GTAGTACA
gi|10 : ttcttattaattgattatccaagaatatggggaccaattaactcgtgttatggttccaattggatcagataagaacattgtataagataaaagaagttgctgggtgttttgagtataggtgtgttatcggttctaatt-AAG--G-A-A-TC-ATAACGATG----T--T-T--GTCAATTAC-GATGATTTT-GGGGTAAA--T-C-AACACG-A--T-T-ATTGATCAAT----------------------TCGA-TC-T-------------A-GT-GA-AAAATCAA---TAG-AGGCATAACAA
gi|11 : taaggaacctttctacaaaCACACCT--TT-TCTGC--AGGGAGAATTA-G-T-CT-GTAT-----TGC-A-G--G-A-A-TC-A-------G----T--TCT--TT---TTACGGGTGATTTTCAGGG--AATCT-C-AGCA-A-A--T-T-AT--A-CGAT----------------------TTAC-TT-T--T----A-AT-TA-GT-G--AAAATCAG---
gi|12 : t-GTTT-----TGT-AGG--GTA-A-TT-A-------G----T--C-A--TG---TTA----TGATTGTGAAAG--AA--G-C-AGCA-A-A--A-T-AT--ATCGAT----------------------TTAC-TT-T-------------------------TCAG---TAG-AGGCGTAAa
gi|13 : tcatcaaaatgacgtaacCACACCT--TT-T-TGC--AGGGAGA--TA---T-CT-GTAT-----TGCTAGGGAG-A-A-TC-A-------G----TTCT-T--TT---TTAC-GGTGATTTTC
gi|14 : t--TT-T-GGC--CAGGAGA--TA-G-C-TT-GTAT-----TGC-AGG--A-A-T-TC-A-------G----T--TCT--TT---TTAC-GGTt
gi|15 : gttcaacgcATTTACAGGG--AA--T-C-GGCA-A-A--A-T-TT--GTCAAT----------------------TT---TCAT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-
gi|16 : CACACCT--TT-T-TGC--AGTGAAA--TA-G-T-CT-GTTT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-A-------G----T--C-T--TT---TTAT-GGT
gi|17 : tCACACCT--TT-T-TGC--AGG-AAG--TT-G-T-CT-GTAT-----TTT-AGG--G-A-A-TC-A-------G----T--C-T--TT---TTAT-GGT
gi|18 : tCACCT--TT-T--GC--AGG--AG--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-A-------G----G--T-C--TT---TTAC-GGT
gi|19 : tcCACACCT--TT-T-TGC--AGAGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-
gi|2 : tT---TTAC-GATGATTTTCATGG--AA--T-T-CGCA-ACA--TAT-AT--GTCTAT----------------------TTAC-AC-G--T----G-TG-TA-GT-GA-AAAATCAG----AA-AGGTATAGTATAAA----TAA-T-TATTACATC-----TCGATTGATTTTTCACAATATAAATGTAAA
gi|2 : aaggaattaaacaaAAA--TA-GGT-GT-GTATCATTGTGC-ATC--A-A-A-TT---------G----T--C-A--TT---TCAC-GATGATTTTCAGGG--CA--T-C-GGCA-A-A--A-T-AC--GTTGTT----------------------TTAC-AT-T--T----A-TA-TT-GT-GA-AAAATCAA---TCG-AGATGTAATAATTA----T-T-TATACTATACC---TTT---CTGATTTTTCACTACACACGTGTAAATacaacgtattttgccgatgccctgaaaatcatcgtgaaatgacaatttgatgcacaatgatacacacctatttgggacttttatc
gi|20 : aaggaattaaacaatttacgatgattttcatggaattcgcaacatatatgtctCACCT--TC-T--GC--AGGGAAA--TA---T-CT--TAT-----TTC-AGG--G-A-A-TC-A-------gggacttttatc
gi|21 : CACCT--TC-T--GC--AGGGAAA--TA---T-CT--TAT-----TTC-AGG--G-A-A-TC-A-------
gi|22 : CACACCT--TT-TTTGC--AGGGAGA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-
gi|3 : tACCT--TT-T-TGC--AGGGAAA--T
gi|3 : ttcccagtgattgatggtttaagtactaggggaccaattaattttatgatgcagtcatttcagagcttttttcatgtaaaatgaattgctagtgttttgaataggttaaatagaagtgttataagttcaatgtT-----TGC-AGG--G-A-AATC-G-------G----T--C-A--TT---TCAC-AATAATTTTTAGAC--AA--T-C-AACA-A-A--A-T-AT--ATTTAT----------------------TAAC-TT-T--C----A-TA-TA-AT-GA-AAAATcggtcatttcacaataatttttagacaatcaacaaaatatatttattaactttcatataatgaaaaataa
gi|4 : ttcccagtgattgatggtttaagtactaggggaccaattaattttatgatgcagtcatttcagagcttttttcatgtaaaatgaattgctagtgttttgaataggttaaatagaagtgttataagttcaatgtacctttCACAC-T--TT-T-TGCCGAGGAGGA--TA-G-TTCT-GTAT-----TGC-AGG----A-A-TC-A-------G----T--C-T--TT-----AC-G-TGATTT-CAGGG--AA--T-C-AGCA-ACAATT-T-AA--ATCGAT----------------------TTTA-T--T--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAAATAGTTTTAA-GTCTATATTAATAAACAGTAA-TATAATACAaa
gi|5 : CACCT--TT-T-TGC--AGGG-AA--TAGG-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--------TT-G-------G----T--C-TAGTT---TGAC-G--GATTTTCAGGG--GA--T-C-GGCA-A-A--T-T-ATA-ATTGAT----------------------TTAC-TC-T--T----A--G-TA-GT-GACAAAATCAG---TAG--GGTATACT-ATTT----TAA-Tgatataaagtaaatgaggtatatgttatatacatatatacat
gi|6 : gCACACCT--TT-C-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-A-------G----T--T-T--TT---TAAT-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-AGCA-A-A--T-T-AT--ATCAAT----------------------TTAA-TC-T--T----A-TA-TA-GT-GA-AAATTCAG---TAG-AGGTGTAATAATGA----TAATTATATTACATCGTACTTTAACTGA----ACACAATATATGTATAAATacgaagagaattcaagctaaacagaacaatgaatggacagggtgttatatacata
gi|7 : CACACCT--TT-T-TGT--CAGGAAG--TT-G-T-CT-GTAT-----TGT-TAG--G-A-A-TC-A-------GTTTCT--T-T--TT---TTAT-GGTGATTTTCAGGG--AA--TAC-TGCA-A-A--T-TAAT--ATCGATATAAAAGGATAGAAAGATCAAGTGAC-GT-T--T----A--A-TATGTAGA-AAAATCAG---TAG-AGGGTTAATA
gi|8 : tACAC-T--TT-T-GGC--ATGGAGA--TA-GAT-CTTGTAT-----TGC-GGG--A-A-A-TCCA-------G----T--C-T--TT---TTACCGGTGATTTTCAGGG--AA----C-AGCA-A-A--T-T-AT--ATCGAT----------------------TTACTTT-T--T----ATTA-TA-GCGGA-AAAATCAG---TAGAAGGTATAAT-ATAA----TAtt
gi|9 : gtcacagCACACCTATTTGT-TGC--AGTGAAA-----G-T-CT-GTAT-----T-C-AGG--G-A-AATC-A-------G----C--T-T--TT---T-AC-GGGGATT--CAGGG--A---T-CAGGCA-A-A--T-T-AT--ATCGA-----------------------TTAT-TT-T--T----A-TATTA-GT-GA-AAAATCAT---TAG-AGg
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222 111111111111 1111 44444444
lowQualScore : 33 2 88 33 33 555 2 2 55555 1 22 2 2 4 2 9999999 33 2 2 1 33 33 2 55 2 66 44 5 66 5555555555555555555555 2 444 222222222222 2 5 2 555 3 66 4444 8 0 1 11111111 7 3
lowQualScore : .. . .. .. .. ... . . ..... . .. . . . . ....... .. . . . .. .. . .. . .. .. . .. ...................... . ... ............ . . . ... . .. .... . . . ........ . .
lowQualScore : 44 5 22 44 22 999 4 2 00000 9 88 0 1 2 1 8888888 22 2 2 4 99 99 9 66 9 88 88 7 88 4444444444444444444444 9 666 000000000000 9 7 9 444 3 11 2222 0 8 0 00000000 3 7
consensus : CACACCT--TT-T-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-C-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-GGCA-A--AT-T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-AGGTATAAT--AATAA----TAA-TATATTACATC---CTTCGACTGATTTTTCACAATATACGTGTAAAT
Reference ( family-391 ) : CACACCT--TT-T-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-C-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-GGCA-A--AT-T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-AGGTATAAT--AATAA----TAA-TATANTACATC---CTTCGACTGATTTTTCACAATATACGTGTAAAT
gi|1 : T-----TGC-AGG--G-CTA-TC-AG----T--TA--TTTTA-T-GACG-------------A--T-C-AGCA-A--A--T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTTAATTTAAA-TC-TA-GT-G--AAAATCAG---TAG-AAGTATAATGAAATAG----TAG-TACA
gi|10 : ttcttattaattgattatccaagaatatggggaccaattaactcgtgttatggttccaattggatcagataagaacattgtataagataaaagaagttgctgggtgttttgagtataggtgtgttatcggttctaattTTA-C-GATGATTTT-GGGGTAAA--T-C-AACACG--AT-T-ATTGATCAAT----------------------TC-G------------A-TC-TA-GT-GA-AAAATCAA---TAG-AGGCATAAC--AA
gi|11 : taaggaacctttctacaaaaaggaatcataacgatgtttgtcaaCACACCT--TT-TCTGC--AGGGAGAATTA-G-T-CT-GTAT-----TGC-A-G--G-A-A-TC-AGT---T--CT--TTTTA-CGGGTGATTTTCAGGG--AATCT-C-AGCA-A--AT-T-AT--A-CGAT----------------------TT-AC-TTT--T----A-AT-TA-GT-G--AAAATCAG---
gi|12 : t-GTTT-----TGT-AGG--GTA-A-TT-AG----T--CA--TGTTA-----TGATTGTGAAAG--AA--G-C-AGCA-A--AA-T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTT-------------------------TCAG---TAG-AGGCGTAAa
gi|13 : tcatcaaaatgacgtaacCACACCT--TT-T-TGC--AGGGAGA--TA---T-CT-GTAT-----TGCTAGGGAG-A-A-TC-AG----TTCTT--TTTTA-C-GGTGATTTTC
gi|14 : t--TT-T-GGC--CAGGAGA--TA-G-C-TT-GTAT-----TGC-AGG--A-A-T-TC-AGT---T--CT--TTTTA-C-GGTt
gi|15 : gttcaacgcATTTACAGGG--AA--T-C-GGCA-A--AA-T-TT--GTCAAT----------------------TT-TC-ATT-------A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-
gi|16 : CACACCT--TT-T-TGC--AGTGAAA--TA-G-T-CT-GTTT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-T-GGT
gi|17 : tCACACCT--TT-T-TGC--AGG-AAG--TT-G-T-CT-GTAT-----TTT-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-T-GGT
gi|18 : tCACCT--TT-T--GC--AGG--AG--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----G--TC--TTTTA-C-GGT
gi|19 : tcCACACCT--TT-T-TGC--AGAGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-
gi|2 : t-AAG--G-A-A-TT-AA----A--CA--ATTTA-C-GATGATTTTCATGG--AA--T-T-CGCA-AC-ATAT-AT--GTCTAT----------------------TT-AC-ACG--T----G-TG-TA-GT-GA-AAAATCAG----AA-AGGTATAGT--ATAAA----TAA-T-TATTACATC-----TCGATTGATTTTTCACAATATAAATGTAAA
gi|2 : AAA--TA-GGT-GT-GTATCATTGTGC-ATC--A-A-A-TT--G----T--CA--TTTCA-C-GATGATTTTCAGGG--CA--T-C-GGCA-A--AA-T-AC--GTTGTT----------------------TT-AC-ATT--T----A-TA-TT-GT-GA-AAAATCAA---TCG-AGATGTAAT--AATTA----T-T-TATACTATACC---TTT---CTGATTTTTCACTACACACGTGTAAATacaacgtattttgccgatgccctgaaaatcatcgtgaaatgacaatttgatgcacaatgatacacacctatttgggacttttatc
gi|20 : aaggaattaaacaatttacgatgattttcatggaattcgcaacatatatgtctCACCT--TC-T--GC--AGGGAAA--TA---T-CT--TAT-----TTC-AGG--G-A-A-TC-Agggacttttatc
gi|21 : CACCT--TC-T--GC--AGGGAAA--TA---T-CT--TAT-----TTC-AGG--G-A-A-TC-A
gi|22 : CACACCT--TT-TTTGC--AGGGAGA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-
gi|3 : tT-----TGC-AGG--G-A-AATC-GG----T--CA--TTTCA-C-AATAATTTTTAGAC--AA--T-C-AACA-A--AA-T-AT--ATTTAT----------------------TA-AC-TTT--C----A-TA-TA-AT-GA-AAAAT
gi|4 : ttcccagtgattgatggtttaagtactaggggaccaattaattttatgatgcagtcatttcagagcttttttcatgtaaaatgaattgctagtgttttgaataggttaaatagaagtgttataagttcaatgtacctttCACAC-T--TT-T-TGCCGAGGAGGA--TA-G-TTCT-GTAT-----TGC-AGG----A-A-TC-AG----T--CT--TT--A-C-G-TGATTT-CAGGG--AA--T-C-AGCA-ACAAT-TTAA--ATCGAT----------------------TTTA---TT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAAATAGTTTTAA-GTCTATATT--AATAAACAGTAA-TATAATACAaa
gi|5 : CACCT--TT-T-TGC--AGGG-AA--TAGG-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--------TT-GG----T--CTAGTTTGA-C-G--GATTTTCAGGG--GA--T-C-GGCA-A--AT-T-ATA-ATTGAT----------------------TT-AC-TCT--T----A--G-TA-GT-GACAAAATCAG---TAG--GGTATACT--Agatataaagtaaatgaggtatatgttatatacatatatacat
gi|6 : gCACACCT--TT-C-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--TT--TTTAA-T-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-AGCA-A--AT-T-AT--ATCAAT----------------------TT-AA-TCT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAATTCAG---TAG-AGGTGTAAT--AATGA----TAATTATATTACATCGTACTTTAACTGA----ACACAATATATGTATAAATttttaatacgaagagaattcaagctaaacagaacaatgaatggacagggtgttatatacata
gi|7 : CACACCT--TT-T-TGT--CAGGAAG--TT-G-T-CT-GTAT-----TGT-TAG--G-A-A-TC-AGTTTCT--TT--TTTTA-T-GGTGATTTTCAGGG--AA--TAC-TGCA-A--AT-TAAT--ATCGATATAAAAGGATAGAAAGATCAAGTG-AC-GTT--T----A--A-TATGTAGA-AAAATCAG---TAG-AGGGTTAAT--A
gi|8 : tACAC-T--TT-T-GGC--ATGGAGA--TA-GAT-CTTGTAT-----TGC-GGG--A-A-A-TCCAG----T--CT--TTTTACC-GGTGATTTTCAGGG--AA----C-AGCA-A--AT-T-AT--ATCGAT----------------------TT-ACTTTT--T----ATTA-TA-GCGGA-AAAATCAG---TAGAAGGTATAAT---ATAA----TAtt
gi|9 : gtcacagCACACCTATTTGT-TGC--AGTGAAA-----G-T-CT-GTAT-----T-C-AGG--G-A-AATC-AG-------CT--TTTTA-C-GGGGATT--CAGGG--A---T-CAGGCA-A--AT-T-AT--ATCGA-----------------------TT-AT-TTT--T----A-TATTA-GT-GA-AAAATCAT---TAG-AGg
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222 111111111111 1111 44444444
lowQualScore : 33 2 88 33 33 555 2 2 55555 1 22 2 2 4 2 9999999 33 2 2 1 33 33 2 55 2 66 44 5 66 5555555555555555555555 2 444 222222222222 2 5 2 555 3 66 4444 8 0 1 11111111 7 3
lowQualScore : .. . .. .. .. ... . . ..... . .. . . . . ....... .. . . . .. .. . .. . .. .. . .. ...................... . ... ............ . . . ... . .. .... . . . ........ . .
lowQualScore : 44 5 22 44 22 999 4 2 00000 9 88 0 1 2 1 8888888 22 2 2 4 99 99 9 66 9 88 88 7 88 4444444444444444444444 9 666 000000000000 9 7 9 444 3 11 2222 0 8 2 00000000 3 7
consensus : CACACCT--TT-T-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-C-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-GGCA-A--AT-T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-AGGTATAAT--AATAA----TAA-TATATTACATC---CTTCGACTGATTTTTCACAATATACGTGTAAAT
Reference ( family-391 ) : CACACCT--TT-T-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-C-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-GGCA-A--AT-T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-AGGTATAAT--AATAA----TAA-TATATTACATC---CTTCGACTGATTTTTCACAATATACGTGTAAAT
gi|1 : T-----TGC-AGG--G-CTA-TC-AG----T--TA--TTTTA-T-GACG-------------A--T-C-AGCA-A--A--T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTTAATTTAAA-TC-TA-GT-G--AAAATCAG---TAG-AAGTATAATGAAATAG----TAG-TACA
gi|10 : ttcttattaattgattatccaagaatatggggaccaattaactcgtgttatggttccaattggatcagataagaacattgtataagataaaagaagttgctgggtgttttgagtataggtgtgttatcggttctaattTTA-C-GATGATTTT-GGGGTAAA--T-C-AACACG--AT-T-ATTGATCAAT----------------------TC-G------------A-TC-TA-GT-GA-AAAATCAA---TAG-AGGCATAAC--AA
gi|11 : taaggaacctttctacaaaaaggaatcataacgatgtttgtcaaCACACCT--TT-TCTGC--AGGGAGAATTA-G-T-CT-GTAT-----TGC-A-G--G-A-A-TC-AGT---T--CT--TTTTA-CGGGTGATTTTCAGGG--AATCT-C-AGCA-A--AT-T-AT--A-CGAT----------------------TT-AC-TTT--T----A-AT-TA-GT-G--AAAATCAG---
gi|12 : t-GTTT-----TGT-AGG--GTA-A-TT-AG----T--CA--TGTTA-----TGATTGTGAAAG--AA--G-C-AGCA-A--AA-T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTT-------------------------TCAG---TAG-AGGCGTAAa
gi|13 : tcatcaaaatgacgtaacCACACCT--TT-T-TGC--AGGGAGA--TA---T-CT-GTAT-----TGCTAGGGAG-A-A-TC-AG----TTCTT--TTTTA-C-GGTGATTTTC
gi|14 : t--TT-T-GGC--CAGGAGA--TA-G-C-TT-GTAT-----TGC-AGG--A-A-T-TC-AGT---T--CT--TTTTA-C-GGTt
gi|15 : gttcaacgcATTTACAGGG--AA--T-C-GGCA-A--AA-T-TT--GTCAAT----------------------TT-TC-ATT-------A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-
gi|16 : CACACCT--TT-T-TGC--AGTGAAA--TA-G-T-CT-GTTT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-T-GGT
gi|17 : tCACACCT--TT-T-TGC--AGG-AAG--TT-G-T-CT-GTAT-----TTT-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-T-GGT
gi|18 : tCACCT--TT-T--GC--AGG--AG--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----G--TC--TTTTA-C-GGT
gi|19 : tcCACACCT--TT-T-TGC--AGAGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-
gi|2 : t-AAG--G-A-A-TT-AA----A--CA--ATTTA-C-GATGATTTTCATGG--AA--T-T-CGCA-AC-ATAT-AT--GTCTAT----------------------TT-AC-ACG--T----G-TG-TA-GT-GA-AAAATCAG----AA-AGGTATAGT--ATAAA----TAA-T-TATTACATC-----TCGATTGATTTTTCACAATATAAATGTAAA
gi|2 : AAA--TA-GGT-GT-GTATCATTGTGC-ATC--A-A-A-TT--G----T--CA--TTTCA-C-GATGATTTTCAGGG--CA--T-C-GGCA-A--AA-T-AC--GTTGTT----------------------TT-AC-ATT--T----A-TA-TT-GT-GA-AAAATCAA---TCG-AGATGTAAT--AATTA----T-T-TATACTATACC---TTT---CTGATTTTTCACTACACACGTGTAAATacaacgtattttgccgatgccctgaaaatcatcgtgaaatgacaatttgatgcacaatgatacacacctatttgggacttttatc
gi|20 : aaggaattaaacaatttacgatgattttcatggaattcgcaacatatatgtctCACCT--TC-T--GC--AGGGAAA--TA---T-CT--TAT-----TTC-AGG--G-A-A-TC-Agggacttttatc
gi|21 : CACCT--TC-T--GC--AGGGAAA--TA---T-CT--TAT-----TTC-AGG--G-A-A-TC-A
gi|22 : CACACCT--TT-TTTGC--AGGGAGA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-
gi|3 : tT-----TGC-AGG--G-A-AATC-GG----T--CA--TTTCA-C-AATAATTTTTAGAC--AA--T-C-AACA-A--AA-T-AT--ATTTAT----------------------TA-AC-TTT--C----A-TA-TA-AT-GA-AAAAT
gi|4 : ttcccagtgattgatggtttaagtactaggggaccaattaattttatgatgcagtcatttcagagcttttttcatgtaaaatgaattgctagtgttttgaataggttaaatagaagtgttataagttcaatgtacctttCACAC-T--TT-T-TGCCGAGGAGGA--TA-G-TTCT-GTAT-----TGC-AGG----A-A-TC-AG----T--CT--TT--A-C-G-TGATTT-CAGGG--AA--T-C-AGCA-ACAAT-TTAA--ATCGAT----------------------TTTA---TT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAAATAGTTTTAA-GTCTATATT--AATAAACAGTAA-TATAATACAaa
gi|5 : CACCT--TT-T-TGC--AGGG-AA--TAGG-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--------TT-GG----T--CTAGTTTGA-C-G--GATTTTCAGGG--GA--T-C-GGCA-A--AT-T-ATA-ATTGAT----------------------TT-AC-TCT--T----A--G-TA-GT-GACAAAATCAG---TAG--GGTATACT--Agatataaagtaaatgaggtatatgttatatacatatatacat
gi|6 : gCACACCT--TT-C-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--TT--TTTAA-T-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-AGCA-A--AT-T-AT--ATCAAT----------------------TT-AA-TCT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAATTCAG---TAG-AGGTGTAAT--AATGA----TAATTATATTACATCGTACTTTAACTGA----ACACAATATATGTATAAATttttaatacgaagagaattcaagctaaacagaacaatgaatggacagggtgttatatacata
gi|7 : CACACCT--TT-T-TGT--CAGGAAG--TT-G-T-CT-GTAT-----TGT-TAG--G-A-A-TC-AGTTTCT--TT--TTTTA-T-GGTGATTTTCAGGG--AA--TAC-TGCA-A--AT-TAAT--ATCGATATAAAAGGATAGAAAGATCAAGTG-AC-GTT--T----A--A-TATGTAGA-AAAATCAG---TAG-AGGGTTAAT--A
gi|8 : tACAC-T--TT-T-GGC--ATGGAGA--TA-GAT-CTTGTAT-----TGC-GGG--A-A-A-TCCAG----T--CT--TTTTACC-GGTGATTTTCAGGG--AA----C-AGCA-A--AT-T-AT--ATCGAT----------------------TT-ACTTTT--T----ATTA-TA-GCGGA-AAAATCAG---TAGAAGGTATAAT---ATAA----TAtt
gi|9 : gtcacagCACACCTATTTGT-TGC--AGTGAAA-----G-T-CT-GTAT-----T-C-AGG--G-A-AATC-AG-------CT--TTTTA-C-GGGGATT--CAGGG--A---T-CAGGCA-A--AT-T-AT--ATCGA-----------------------TT-AT-TTT--T----A-TATTA-GT-GA-AAAATCAT---TAG-AGg
blockSeqs : AT G TT CG . GG T T CATTG T GA T . A C TTTCT AG C G A TA TC A AG C CA TA T TG ATAAAAGGATAGAAAGATCAAG T CTT TATTA T A C TTT A . ACAG T C GTACTTTA T C
blockSeqs : . . T . . GG . . . . . . . A . TTC . . . G . . . A . C T A A . . CT TATAT . G . . . . . . A TTT . T
blockSeqs : . . G . . GA . . . . . . . . . TT . . . G . . . A . . T . . . . CT TAAT . . . . . . . . T
blockSeqs : . . T . . G . . . . . . . . . TT . . . G . . . A . . A . . . . CA TGTG . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . G . . . . . . . . . T . . . G . . . G . . A . . . . CA TATA . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . G . . . . . . . . . T . . . G . . . C . . A . . . . CA CATA . . . . . .
blockSeqs : . . T . . G . . . . . . . . . T . . . G . . . G . . A . . . . CT TATA . . . . . .
blockSeqs : . . T . . G . . . . . . . . . G . . . A . . . A . . T . . . . CT TATA . . . . . .
blockSeqs : . . T . . G . . . . . . . . . A . . . A . . . A . . T . . . . AT ATC . . . . .
blockSeqs : . . T . . G . . . . . . . . . T . . . A . . . G . . T . . . . CG ATA . . . . .
blockSeqs : . . G . . G . . . . . . . . . T . . . G . . . A . . T . . . . TT TAG . . . . .
blockSeqs : . . T . . G . . . . . . . . . T . . . G . . . T . . T . . . . . TAA . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . T . . . G . . . A . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : T* ** T* TATA******** **
originalCons : CACACCT--TT-T-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-C-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-GGCA-A--AT-T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-AGGTATAAT--AATAA----TAA-TATATTACATC---CTTCGACTGATTTTTCACAATATACGTGTAAAT
finalCons : CACACCT--TT-TT-GC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-C-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-GGCA-A--AT-T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTTTATA--------TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-AGGTATAAT--AATAA----TAA-TATATTACATC---CTTCGACTGATTTTTCACAATATACGTGTAAAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222 111111111111 1111 44444444
lowQualScore : 33 2 88 33 33 555 2 2 55555 1 22 2 2 4 2 9999999 33 2 2 1 33 33 2 55 2 66 44 5 66 5555555555555555555555 2 444 222222222222 2 5 2 555 3 66 4444 8 0 1 11111111 7 3
lowQualScore : .. . .. .. .. ... . . ..... . .. . . . . ....... .. . . . .. .. . .. . .. .. . .. ...................... . ... ............ . . . ... . .. .... . . . ........ . .
lowQualScore : 44 5 22 44 22 999 4 2 00000 9 88 0 1 2 1 8888888 22 2 2 4 99 99 9 66 9 88 88 7 88 4444444444444444444444 9 666 000000000000 9 7 9 444 3 11 2222 0 8 2 00000000 3 7
consensus : CACACCT--TT-T-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-C-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-GGCA-A--AT-T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-AGGTATAAT--AATAA----TAA-TATATTACATC---CTTCGACTGATTTTTCACAATATACGTGTAAAT
Reference ( family-391 ) : CACACCT--TT-T-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-C-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-GGCA-A--AT-T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-AGGTATAAT--AATAA----TAA-TATATTACATC---CTTCGACTGATTTTTCACAATATACGTGTAAAT
gi|1 : T-----TGC-AGG--G-CTA-TC-AG----T--TA--TTTTA-T-GACG-------------A--T-C-AGCA-A--A--T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTTAATTTAAA-TC-TA-GT-G--AAAATCAG---TAG-AAGTATAATGAAATAG----TAG-TACA
gi|10 : ttcttattaattgattatccaagaatatggggaccaattaactcgtgttatggttccaattggatcagataagaacattgtataagataaaagaagttgctgggtgttttgagtataggtgtgttatcggttctaattTTA-C-GATGATTTT-GGGGTAAA--T-C-AACACG--AT-T-ATTGATCAAT----------------------TC-G------------A-TC-TA-GT-GA-AAAATCAA---TAG-AGGCATAAC--AA
gi|11 : taaggaacctttctacaaaaaggaatcataacgatgtttgtcaaCACACCT--TT-TCTGC--AGGGAGAATTA-G-T-CT-GTAT-----TGC-A-G--G-A-A-TC-AGT---T--CT--TTTTA-CGGGTGATTTTCAGGG--AATCT-C-AGCA-A--AT-T-AT--A-CGAT----------------------TT-AC-TTT--T----A-AT-TA-GT-G--AAAATCAG---
gi|12 : t-GTTT-----TGT-AGG--GTA-A-TT-AG----T--CA--TGTTA-----TGATTGTGAAAG--AA--G-C-AGCA-A--AA-T-AT--ATCGAT----------------------TT-AC-TTT-------------------------TCAG---TAG-AGGCGTAAa
gi|13 : tcatcaaaatgacgtaacCACACCT--TT-T-TGC--AGGGAGA--TA---T-CT-GTAT-----TGCTAGGGAG-A-A-TC-AG----TTCTT--TTTTA-C-GGTGATTTTC
gi|14 : t--TT-T-GGC--CAGGAGA--TA-G-C-TT-GTAT-----TGC-AGG--A-A-T-TC-AGT---T--CT--TTTTA-C-GGTt
gi|15 : gttcaacgcATTTACAGGG--AA--T-C-GGCA-A--AA-T-TT--GTCAAT----------------------TT-TC-ATT-------A-TA-TA-GT-GA-AAAATCAG---TAG-
gi|16 : CACACCT--TT-T-TGC--AGTGAAA--TA-G-T-CT-GTTT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-T-GGT
gi|17 : tCACACCT--TT-T-TGC--AGG-AAG--TT-G-T-CT-GTAT-----TTT-AGG--G-A-A-TC-AG----T--CT--TTTTA-T-GGT
gi|18 : tCACCT--TT-T--GC--AGG--AG--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----G--TC--TTTTA-C-GGT
gi|19 : tcCACACCT--TT-T-TGC--AGAGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-
gi|2 : t-AAG--G-A-A-TT-AA----A--CA--ATTTA-C-GATGATTTTCATGG--AA--T-T-CGCA-AC-ATAT-AT--GTCTAT----------------------TT-AC-ACG--T----G-TG-TA-GT-GA-AAAATCAG----AA-AGGTATAGT--ATAAA----TAA-T-TATTACATC-----TCGATTGATTTTTCACAATATAAATGTAAA
gi|2 : AAA--TA-GGT-GT-GTATCATTGTGC-ATC--A-A-A-TT--G----T--CA--TTTCA-C-GATGATTTTCAGGG--CA--T-C-GGCA-A--AA-T-AC--GTTGTT----------------------TT-AC-ATT--T----A-TA-TT-GT-GA-AAAATCAA---TCG-AGATGTAAT--AATTA----T-T-TATACTATACC---TTT---CTGATTTTTCACTACACACGTGTAAATacaacgtattttgccgatgccctgaaaatcatcgtgaaatgacaatttgatgcacaatgatacacacctatttgggacttttatc
gi|20 : aaggaattaaacaatttacgatgattttcatggaattcgcaacatatatgtctCACCT--TC-T--GC--AGGGAAA--TA---T-CT--TAT-----TTC-AGG--G-A-A-TC-Agggacttttatc
gi|21 : CACCT--TC-T--GC--AGGGAAA--TA---T-CT--TAT-----TTC-AGG--G-A-A-TC-A
gi|22 : CACACCT--TT-TTTGC--AGGGAGA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-
gi|3 : tT-----TGC-AGG--G-A-AATC-GG----T--CA--TTTCA-C-AATAATTTTTAGAC--AA--T-C-AACA-A--AA-T-AT--ATTTAT----------------------TA-AC-TTT--C----A-TA-TA-AT-GA-AAAAT
gi|4 : ttcccagtgattgatggtttaagtactaggggaccaattaattttatgatgcagtcatttcagagcttttttcatgtaaaatgaattgctagtgttttgaataggttaaatagaagtgttataagttcaatgtacctttCACAC-T--TT-T-TGCCGAGGAGGA--TA-G-TTCT-GTAT-----TGC-AGG----A-A-TC-AG----T--CT--TT--A-C-G-TGATTT-CAGGG--AA--T-C-AGCA-ACAAT-TTAA--ATCGAT----------------------TTTA---TT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAAAATAGTTTTAA-GTCTATATT--AATAAACAGTAA-TATAATACAaa
gi|5 : CACCT--TT-T-TGC--AGGG-AA--TAGG-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--------TT-GG----T--CTAGTTTGA-C-G--GATTTTCAGGG--GA--T-C-GGCA-A--AT-T-ATA-ATTGAT----------------------TT-AC-TCT--T----A--G-TA-GT-GACAAAATCAG---TAG--GGTATACT--Agatataaagtaaatgaggtatatgttatatacatatatacat
gi|6 : gCACACCT--TT-C-TGC--AGGGAAA--TA-G-T-CT-GTAT-----TGC-AGG--G-A-A-TC-AG----T--TT--TTTAA-T-GGTGATTTTCAGGG--AA--T-C-AGCA-A--AT-T-AT--ATCAAT----------------------TT-AA-TCT--T----A-TA-TA-GT-GA-AAATTCAG---TAG-AGGTGTAAT--AATGA----TAATTATATTACATCGTACTTTAACTGA----ACACAATATATGTATAAATttttaatacgaagagaattcaagctaaacagaacaatgaatggacagggtgttatatacata
gi|7 : CACACCT--TT-T-TGT--CAGGAAG--TT-G-T-CT-GTAT-----TGT-TAG--G-A-A-TC-AGTTTCT--TT--TTTTA-T-GGTGATTTTCAGGG--AA--TAC-TGCA-A--AT-TAAT--ATCGATATAAAAGGATAGAAAGATCAAGTG-AC-GTT--T----A--A-TATGTAGA-AAAATCAG---TAG-AGGGTTAAT--A
gi|8 : tACAC-T--TT-T-GGC--ATGGAGA--TA-GAT-CTTGTAT-----TGC-GGG--A-A-A-TCCAG----T--CT--TTTTACC-GGTGATTTTCAGGG--AA----C-AGCA-A--AT-T-AT--ATCGAT----------------------TT-ACTTTT--T----ATTA-TA-GCGGA-AAAATCAG---TAGAAGGTATAAT---ATAA----TAtt
gi|9 : gtcacagCACACCTATTTGT-TGC--AGTGAAA-----G-T-CT-GTAT-----T-C-AGG--G-A-AATC-AG-------CT--TTTTA-C-GGGGATT--CAGGG--A---T-CAGGCA-A--AT-T-AT--ATCGA-----------------------TT-AT-TTT--T----A-TATTA-GT-GA-AAAATCAT---TAG-AGg