lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 55 4444444444444 1 3333333 1111 111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222 11 7777777777777777777777 22222222222 222222 3333333333333 33333333333333333333333333333333333333333333 111 3333333333333 3333333 1 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111111111111 11 1111111111111111 4444444444444444444 1 1111 44444444444444444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 11111 111 1 11
lowQualScore : 7 55 9999999999999 2 3 7777777 0 33 3 2 2 1111 444 8888888 777777777777777 33 555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 8 66 4 4 4444 88 5 7777777777777777777777 11111111111 000000 4 7 9 1111111111111 9999 33333333333333333333333333333333333333333333 99999 66 88 3 888 3333333333333 4 4 1111111 7777 666 9 5 55 555 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444444444444444444444444444 99 4 7777 7777 7 3 3 5555 55 9999999999999999 44 55 1 6666666666666666666 3 7777 4 1 0000 1 4 00000000000000000 55 0 3 3 666 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 6 6 00000 99 55 3 55 999 4 4 88 1 4 0 2 8 1 5 444 33 2 2 999 5 3 2 2 666666 00 5 2
lowQualScore : . .. ............. . . ....... . .. . . . .... ... ....... ............... .. ... ................................................................................ . . .. . . .... .. . ...................... ........... ...... . . . ............. .... ............................................ ..... .. .. . ... ............. . . ....... .... ... . . .. ... ........................................................................... ............................ .. . .... .... . . . .... .. ................ .. .. . ................... . .... . . .... . . ................. .. . . . ... ............................................................................................................................. . . . ..... .. .. . .. ... . . .. . . . . . . . ... .. . . ... . . . . ...... .. . .
lowQualScore : 0 00 9999999999999 2 5 0000000 2 11 9 5 5 9999 444 7777777 999999999999999 99 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 4 99 4 4 4444 44 0 6666666666666666666666 22222222222 666666 4 0 0 2222222222222 4444 22222222222222222222222222222222222222222222 11111 99 33 3 555 1111111111111 0 0 8888888 7777 444 7 4 55 888 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8888888888888888888888888888 99 0 7777 7777 3 6 6 4444 00 6666666666666666 00 00 5 5555555555555555555 7 7777 0 6 7777 1 0 44444444444444444 55 5 6 6 444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 8 4 00000 66 55 6 55 888 0 0 55 2 0 8 6 7 4 3 111 22 4 4 555 4 7 2 0 111111 77 9 2
consensus : NTTTGTTT--CGCACAAACCCTANAC-G--CATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-A-CTTCT--TTTACCTCCC-GTGGG-AC--A-CAA---CAC-------CGA---------------TA--T---T------------------G-------------T------------------GCGTGAC----------CT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCGGAA-CTCAAA-ACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCA-TGAA-------------AGTATATATTAT---------G-ATTAT------T-ACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGG----TAA---------GCTTAACAT-------ACC----------------TATATA-----AGCCG-ATGAAATA-CCAA-GTCC-GTT-C--AAAA-A---TT-AAA-T-TNT--TCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGG-CGAG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-C-G---GTACATA-GACTCG---G---TAC-GCAGTAG--TAAACGCTTGGTA-----G-----CATAG--TCTTTTT-CCTCCCCCAG-TCTT----TAC----A-GAC-A-AA-A--A--C--ACA-T--C----T-C-CGCTTCAA--TAATGCAGA-T-AA--G-CATCTCGCT-AAGCTTTGT----A-ACTAGT--CCAACTTAAA-C--------TTA---G--TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATG-----T-----N------GT-----GCT--CC-T--GAA-C-A--------------C--T---A-AAAG-G--T------TTC--A-N-------------TGG-------------TTGAATTATCG-CAATACGGA-----AT-GG--TATT-GCGA--CCA-A-TCACA-T-TAAGAAG-CCGAGAC-ACACCTTCCAGCGAAAA-TATCGGTG---T--TGT-GT-CCC--ACGGGAGG-TAAAA-GAAG------TGCAACCGACCGTGGGT-TTCCGACG
Reference ( gi|3 ) : GTTAGTTTACCGCACAA---CTAAAC-G--CATTGTCGCAAACCCACGGTCGGTTGCACCA-CTTTT--TTTACCTCTC-GTGGG-AC--G-CAA---CAC-------CGA---------------TA--T---T------------------G-------------T------------------ACGTGAC----------TT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGTCGTA--AGTATTTCCGGAA-CTCAAA-ACGTTAACAGTAATGGCGGCGGCCA-TGAA-------------A-------CTAT---------G-ATTAT------T-ACAGACAAGATT----TACCAGTTATTGTGG----TAA---------G---------------ACC----------------TATATA-----AGCCA-ATGAAATA-TCAA-GTGT-GTT-C--AATA-A---TT-AAA-T-GCT--TCCTGTAT----GATGGA---TATAAGGTGG-GGAG---ACTACGAG------TGCCGA------------ACATGCAGAC-C-G---GTACATA-GACTCG---G---TA--GCAGCAT--TAAACGCTTGGTA--CATGT--ACCATAG--TTTTTTT-CGTCCCCC-G-TCTT----TAC----A-GAC-A-AA-A--A--C--ATA-T--C----T-C-CGCTTCAA--TAATGCAGA-T-AA--G-CATCTCGCCAAAGCTTTGT----A-ATTAGT--CTAACTTAAA-C--------TT----G--TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATG-----T-----A------GT-----GCT--CC-T--GGA-C-A--------------C--T---A----------------TTC--A-A-------------TGG-------------TTGAATTATCG-CAATTCAGA-----AT-TG--TATT-GCGA--CCA-T-TCACA-T-TAAGAAA-CCGAGAC-ACACTTCCCAGCGAAAA-TATCGGTG---T--TGT-GT-CCT--ACGTGAAG-TAAAA-GAAG------TGCAATTGACCGTGAGT-TTCCGACG
gi|2 : TTTGTTT--CGTACAAACCCTTCAC----CATCGTCCGAAACCCACGGTCGGTTG---CA-CTTCT--TTTACCTCCC-ATGGA-AA--A-AAAACTCAC-------CGA---------------TA--
gi|9 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgtCATAA---C-AAACTGACCATCATTGGAAACCCGCGGTCAGTTGCAC----TTCT--TTTACCTCCC-GTGGG-AC--A-TAA---CGC-------TGA---------------TA--T---TTTTGCACAACTCTTTAAAA-------------T------------------GCATGACCTTACGTGACCT----------GTCAAGGACCAATAGGAATTGCCGTA--AGTAATT-CGAAA-CTTAGA-ACGTCAGTAGAAATGGCGGTCCCCA-TGGA-------------A-------GTATATATACAACG-ATTAC------T-ACCGACCAAA-T----TATCGGTTCTTGTGG----TAA---------ACTTAACAT-------ACC----------------TATACA-----AGCAG-ATGAAATA-CCAA-GTCC-ATTAA--AAAA-A---TT-AAATT-GC---TCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAATGG-AGAG---ACTacgct
gi|21 : tttaacaaactttAGAT-G--CATTATCGGAACCCCACAGTCGGTTG---CA-CTTTT--TTT-CTTCT
gi|8 : tgctgtttcctgaaga-G--CAATGTCAGAAACCCGCAGTTGGTTG---CA-CTTCT--TTCACCTCCT-GTGGG-ACATA-TAA---CAC-------TAA---------------TA--T---T------------------ccgctcataaatcatagtactagtactgtgcgtac
gi|1 : gtgctgagcattacatgtagacctgcctgtacacaggcttgtacttagtggtaaacgcttggtagcatattttttttccttctcaggtctttgcagacacaaaactcatccctctgtttcaataatgctaagttttgtaaatagtccaaattatacttaatagttaaagtccttgcttcgaaagtaatgttcttctctgttccgaaacacccttaaaaatggctttttcttggcttgaatatcacaaaacgcatatggatacaaaaccaaatcacattaaaaagctgtgacacaccttccagtgaa--CATCATCAGAAATCCATAGTTGGTT---------TCT--TTTACCTCCC-ATGGG-AC--A-CAA---CAC-------CAA---------------TA--T---TTTTGCATAACACATTAAAA-------------T------------------GCATGACCTTATGGGACCT----------GTCGAGGACTGATGGGAATCACTGAA--AGTACTCCCGGAA-CTCAAACAC-----CAGTAGTGGTGGT-GCCACT----------------A-------CTAT---------G-GTTAT------C-ACAGACAAAA-T----TACGGGTTCTTGTGA----TTA---------GCTTAACAT-------ACC----------------TTCATA-----AGCAG-ATGAATTA-CCAA-GTTT-TTT-C--AAAAGA---TTGAAA-T-G-G--TCCTGTAT----GATGGA---TAAATGGTGG-TGAG---AC-AC--A------TA--GA------------GCA-GTAG---T-GA--GTACATA-GACTC----G---TAC-ACAGTAG--TAAATGCTTGGTA-----G-----CATAG--GCTTTTT-CCTCCCCT-G-TCTTTATGTAT----A-AAC-A-CA-A--A--C--ACA-TCCC----T-C-TGTTTCAA--TTACGCAGATT-AA--G-CATCTTGCT-AAGCTTTGT----A-ACTAGT--TCAACTTAAA-C---------A----G--TCAAAGTCC--TTACTTCGA-AAG-TA---TTGTTTTCT-----A-------T-----GCT--CC-T--GAA-C-A--------------C--TTTGATAAGGGGCTT------TTC--A-T-------------TGG-------------TTGAA-TATTG-CAATACGGA-----AT-GG--TATT-GCAA--CCA-A-TCACA-A-TAAGAAG-CCAAGAC-AC-CTT-CCAGCAAAAA-TGT---TG---T--TGT-AT-CC------------CAAAA-GAAA------TGCAACCGACCAT--GT-TTTCGAaaattgacaactggatatcatagtaaataaatatcatcatgaggg
gi|10 : catgctcttagaaatgtgcaagattgtgaatgt--CATCGTCGGAAACTCACGGTCGGTTGCACGA----TT--TTTACCTCCC-ATGGG-AC--A-CAA---CGT-------CAG---------------TA--T---T------------------t
gi|13 : tttattacagacacaaacacactccaccgtttcaattgctttgtaacctatcaaaattaaacgtagtcaaaatcctcgcttcgaaaggcatgtcttgtgtgctcccgaacactgaaaaaaggactattttcattggttgaacatcataatgcagaatagtattgcgaccaatcgcattaagaaactcagacacatcttccagcgaa--CACCGTCGCAAACCCACGGTCAGTTGCACTT-CTTTT--T---CGTCCC-GTGGA-AC--AACAA---CAT-------CGATCTTTTTGCATAACCTA--T---T------------------AAATCGCATGACCTT------------------ACGTGAC----------CT----------GTTGAGGACCAATGGGAATCG-CGTA--AGTATTTCCGG-A-CTTAAA-ATATC-ATAGTAATGGCGGTACCCA-TGAA-------------A-------GTAT---------GTATTATCATTAAT-ACACACAAAA-T----TACTGGTT-CCGTGG----TAA---------A-----------------C----------------TG---A-----AGCCA-ATGAAATA-CCAA-GTCC-GTT-G--AAacgaaatgacagcacgatatagctattatgacgtcattcgtatcacaca
gi|26 : --CATCGTCGGAAGCCCACGGTCGGTTGCACata
gi|4 : cggaaataaATCGTCGGAAACCCACGGCTGGATGCAC-A---TCT--TTTGCCTCCC-GTGGA-AC--A-CAA---GAC-------CGA---------------TA--T---T------------------G-------------TTGCATAACTCATTAAAGTGCATGAC----------TTTACGAGACCAGTCGACAACCAATGATGATCACCATA--AGTATTTCCA-AA-CTCAAA-ATGCCAGTAGTAATGACGGCGCACA-TGAA-------------AGTATATATTAT---------G-ATTATATT---T-A-ATACCAAATT----T-CCGGTTCTTTTGG----AAA---------GCTTAACAT-------ACC----------------TATATA-----AGCCG-ACGAAAGA-CCGA-GTCC-ATT-C--AAAA-AA--TT-AAA-A-TAT--TCCTGTAT----GTTTGA---TAAAAAGTAA-CGAG---ACTACGAG------TGTTGATCTTTAAAATGTACACGTAGAC-C-T---GTACACA-GG--CGT--G---TAC-GCAGTGG--TAAAGGTTTGGTT--TG-GT--AGCATA-------------CCCCCT-G-TCTT----TAC----A-GAC-A-CA-A--ACCC--A-A-T--C----T-TATGTTTCAA--TAATACAAA-TGAA--G-TATCTCGTT-ATGCATTGT----A-AATAGT--CTAACTTGTA-C--------TTA---G--TTAAAGTCC--TCACTCCGA-AAG-TA---ATA-----T--------------------TT--TC-T--TTA-C-T--------------T--T---AAAAAGGGTCT------TTC--A-T-------------TGG-------------CTGAG-TATCG-CAATACGGC-----AT-TG--CATT-GCGA--CTA-A-TCATA-T-CCAGTCG-CCGCAAC-ACACCTTGCAGCGAAAA-TATCGATG---T--TGT-GT-CCC--ACGGTAGG-TAACA-GAAag
gi|12 : ATCGTCGGAAACTCACGGTTGGTTGCAC---TTCTT--TTTACCTCCC-GAGGG-AC--A-CAT---CGC-------TGA---------------TA--T---T------------------
gi|25 : aagaaaagtaatgttttctatgctcctgagcactttattctaaaggggcattttcatccgttggatatcacaatacggaatggcattgcgaccaatcacatgaaaaaggccgagacacaccttccagcgaaaTCGTCGGAAACCCACGTTCGGTTGCACtaatgaacgaaatatatcaagcgcagatataacgactcgttagaaatagttgaaatatatcacaca
gi|23 : agaaTGTCGGAAATCCACA--CAGT------A-TTTCT--TTTACCTCCC-GTGGA-AC--A-CAA---CGC-------Cagatgcaaaaataa
gi|11 : gcgaaaaaggGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC----TTCT--TTTACCTCCC-CTGGG-AC--A-CAA---CAC-------CGA---------------TA--T---T------------------
gi|5 : cccctgtctatatctgtagacaagaacacatccaatacagataaagcatctcgctaagctttgtaactagtccaacataaacttagctctcgcttcagaagtaatgttttctgtgctcaaggggcattttcactggttaaatatcgcaatacggaatggtattgcgaccaatcacatcaagaagccgagacacactttccagcgaaGTCGGAATACCACGGTCTGTTGTAACGGCTTTTCTTTTATCTCTC-GTGGGGAC--A-CAG---CAC-------CGA---------------TA--T---T------------------g
gi|1 : agatatatccggattctcaaaatgtatagtgatggcgacacccaagaaagtatatattatgattatttacagacaaaattgctgttgttgtgttaagcttaacatacatgctacctacatgtcatgagtcgatgaaataccaagtccgttcccgaaattaaattgatcccatatgatggaacctaccaagtggcgggctaaatacgagtctgaacatgtagacgtatgcatgtacacgcttgttaggctgttaaagaaaggctttttttgcctccccattctttacacgaccaaagactaacatcctaatccgcctcaacataatgcagataaatgcactcggccaagtattgtgcctaacgagtggcaacttaaaacttaactcaaagaacgaaagataattttctaatgttccaggacaacttagaaaggttctttttttttcattgttgaatattaacaacacaggattgcgtatttgcgaccaattcacacttaagaagccgatactacctttacagcgaaaTCGAAAAC--ATGGTCGGTTGCA-----TTTC--TTT---------TGGG-AT--A-CAA---CAg
gi|19 : catgctcttagaaatgtgcaagattgtgaatgtcatcatcagaaatccatagttggtttcttttacctcccatgggacacaacaccaatatttttgcataacacattaaaatgcatgaccttatgggacctgtcgaggactgatgggaatcactgaaagtactcccggaactcaaacaccagtagtggtggtgccactactatggttatcacagacaaaattacgggttcttgtgattagcttaacataccttcataagcagatgaattaccaagttttttcaaaagattgaaatggtcctgtatgatggataaatggtggtgagacacatagagcagtagtgagtacatagactcgtacacagtagtaaatgcttggtagcataggctttttcctcccctgtctttatgtataaacacaaacacatccctctgtttcaattacgcagattaagcatcttgctaagctttgtaactagttcaacttaaacagtcaaagtccttacttcgaaagtattgttttctatgctcctgaacactttgataaggggcttttcattggttgaatattgcaatacggaatggtattgcaaccaatcacaataagaagccaagacaccttccagcaaaaatgtTCGGAAACTCATGTTCGGTTGCAC----TTCT--TTTACCTCCC-GTGGC-TT--A-GAA---CAC-------CAA---------------TA--T---t
gi|27 : ttgggaccattcacattaagaagccgtgacacatcttccaccaaacTCGGAAACCAACGGTCGGTTG---CA-CTTCT--TGTACTTCtgctgttcatagggttagacacgatcaatacaatgc
gi|6 : tccAAACCCACGATCGGCTGCAC-----TTT--TGTACTTCTC-GTAAG-AC--A-CAA---CAT-------TGA---------------TATCT---T------------------G-------------T------------------ATGTG-------------T----------GTC
gi|20 : cagtcaacgtgaaccaataggaatggttgtaagcatttctggaactcaaaatgtcagtagtatatattattacagacaaaattcctgtgctaatataactcatataaccatatgaaataccaagtctgttcaaaatattgcattgctcctgtatgatggataagagtggcaagactacaagaacttgtgctgaacatgtagaccggtacaaactcgtacatcatatcaaatgcttgattttccctcccccagtctttacagccacaatcacatttctcagtttcaataatgaagacttactatgctttgtaacttgtcaaatttaaacatacccggtagtcaaaatccttgtatcaaaagtcatgttttattaactgtgctcctgaacaatgaaaaaaggggcttcttcatatgttaaatattgcaatacggaaagatattgtggccaatcacataaaagaagccgtGGTTGGTTACAC----TTCT--TTTACCTCCCCGTGGG-GC--A-CAA---CATAACTTGTTGA---------------AA--TGCAT------------------GACC----------T------------------ACGTGAC----------CT----------GTTGAGGACCAATGGAAATCGCCGTT--AGTATTTCCGGAA-TTGAAA-ACGT---CAGTGATGGc
gi|4 : TTCT--GTTACCTACC-GTGGG-AC--A-CAA---CAT-------CGA---------------TA--T---T------------------act
gi|2 : atcgtcggaaacccacggctggatgcacatcttttgcctcccgtggaacacaagaccgatattgttgcataactcattaaagtgcatgactttacgagaccagtcgacaaccaatgatgatcaccataagtatttccaaactcaaaatgccagtagtaatgacggcgcacatgaaagtatatattatgattatatttaataccaaatttccggttcttttggaaagcttaacatacctatataagccgacgaaagaccgagtccattcaaaaaattaaaatattcctgtatgtttgataaaaagtaacgagactacgagtgttgatctttaaaatgtacacgtagacctgtacacaggcgtgtacgcagtggtaaaggtttggtttggtagcataccccctgtctttacagacacaaacccaatcttatgtttcaataatacaaatgaagtatctcgttatgcattgtaaatagtctaacttgtacttagttaaagtcctcactccgaaagtaatattttctttactttaaaaagggtctttcattggctgagtatcgcaatacggcattgcattgcgactaatcatatccagtcgccgcaacacaccttgcagcgaa-------------T------------------ACTTTAC----------CT----------GTTGAGACCCAATGGAAATAACCGTA--AGCATTTCTGGAA--TC-----TGTCAGTAGTAATGGCGACGCCCA-TGAA-------------AGTATATATTAT---------G-ATTAT------T-ACAGTCAAAACT-----ACCGGTGTTTGTGG----TAAGCTCACATGG---------------GCCATGCCTACTCATACTGTATATA-----AGCCG-ATGAAATA-CGAA-GTTC-GTT-C--AAAA-AA--TT-AAA-TTGCT---CTTTTAT----GA-------------GTGG-CGAG---ACTATGAG------TGCTGA------------ACATATAGAC-T-T---GTAGAT---ACTCGTACA---TA--GCAG-----TAAACGCTTGGTA---A-------CATAG--GCGTTTT-CTTCCCCTAG-ACTT----TAC----A-CAC-A-AA-A--G--C--ACA-T--CCT--C-C-CACTTAAC--CAAAGCAGA-T-AA--ATTATATCGCT-AAGCTTTGT----A-ACAAAT--GCAACCTAAA-T--------TTA---G--TCAAAGTAT--TTGCTTCGA-TAG-TA---ATG-----T------------TT-----TCTACCC-TTCGCAGC-A--------------CTTT---AAAAAGTGGCTTT----TTT--A-T-------------TGG-------------TTGAA-TATCG-CATTACGGA-----AT-GG--CATT-GCGA--TCA-A-TCACA-T-TAAGAAG-CCGAGCC-ATACCTCC--GT------TATCGGTGAGTT--TTT-TT-TCC--ATGGGAGG-TAAAA-GAAG------TGCAACCGACCGTGGGT-TTCGGACG
gi|15 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaactTGAC----------CT----------GTTGAGGACCAATGGAAATTGCCATATTGGCATTTCCAGAA-TTCAAA-ACGTTAGTAGCAATGGCAGCGTCCA-TGAAAGTACATGTATATA-------TTAT---------G-ATTAT------T-ACAGACAAAATTACTGTACAGGTTCTTGTGG----TAA---------GCTTGACAA-------ACC----------------TATACA-----AGCCG-ATGAAATA-CCAA-GTCT-Gatggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|6 : ttccatgtgacacaacattgattttttcacatatctcattaaacagcatgaccttgatCGTGAACCAATAGGAATGGTTGTA--AGCATTTCTGGAA-CTCAAA-ATGTCAGTAGTA----------------------------------------TAT-----------ATTAT------T-ACAGACAAAATT------CC------TGTGC----TAATAT------A---------------ACT----------------CATATA-----A-CCATATGAAATA-CCAA-GTCT-GTT-C--AAAATA---TT-GCA-TTGCT---CCTGTAT----GATGGA---TA-AGAGTGG-CAAG---ACTACAAGAACTTGTGCTGA------------ACATGTAGAC-C-G---GTACA---AACTCG-------TA---CATCATATCAAATGCTTGAT----------------------TTTC-CCTCCCCCAG-TCTT----TAC----A-GCC-A-CA-ATCA--C--ATT-T--C----T-C-AGTTTCAA--TAATGAAGA------------CTTACT-ATGCTTTGT----A-ACTTGT--CAAATTTAAA-CATACCCGGTA----G--TCAAAATCC--TTGTATCAA-AAG-TC---ATGTTT--T-----ATTAACTGT-----GCT--CC-T--GAA-C-AATGAAAAAAGGGGCT--T---C----------------TTC--ATA-------------T-G-------------TTAAA-TATTG-CAATACGGA-----AA-GA--TATT-GTGG--CCA-A-TCACA-TAAAAGAAG-CCGTGAC-ACACATAC-----AAGA-TATCAATG---T--TGT-GT-CTT--ACGAGAAG-TACAA--AAG------TGCAGCCGATCGTGGGT-TTC
gi|5 : cagtcaaTATATCCGGATTCTCAAA-ATGT--ATAGTGATGGCGACACCCA-AGAA-------------AGTATATATTAT---------G-ATTAT------TTACAGACAAAATT----G--CTGTTGTTGTGT----TAA---------GCTTAACATACATGCTACC----------------TACATGTCATGAGTCG-ATGAAATA-CCAA-GTCC-GTT-CCCGA-A-A---TT-AAA-T-TGA--TCCCATAT----GATGGAACCTACCAAGTGG-CGGGCTAAATACGAG------T-CTGA------------ACATGTAGAC-------GTAT------------------------GCATG-TACACGCTTGTTAGGC-TGTTAAAGAAAGGCTTTTTTTGCCTCCCCA-T-TCTT----TAC----ACGACCA-AA-G--A--CTAACA-T--CCTAAT-C-CGCCTCAACATAATGCAGA-T-AAATG-CA-CTCGGCCAAGTATTGTGCCTA-ACGAGTGGC-AACTTAAAAC--------TT----AACTCAAAGAAC---------GA-AAGATA---ATT-----TTCT--A------AT-----GTT--CC-A--GGA-C-AAC------------T--T---AGAAAGGTTCTTTTTTTTTC--A---------------TTG-------------TTGAAT-ATTAACAACACAGG-----AT-TGCGTATTTGCGA--CCAAT-TCACACT-TAAGAAG-CCGATACTAC-CTTTACAGCGAAAAATATCGGTG---C--TGT-GTCCCC--ACGAGAGA-TAAAA-GAAAAGCCGTTACAACAGACCGTG-GTATTCCGACG
gi|7 : agaTTAT------T-ACCGACAATATT-----ACTGGTT-CTGTGGAGCTTAA---------TCAC------------ACCG---------------TATACA-----GG--G-ATGAAATACTCAAAGTGCCGTT-A--AAAA-AAAATT-AAA-T--TTGGTCCTGTAT----GATGGA---T-TAAAAAGA-TAAA---TCTG-GAG------T--------------------TGCTGA--------G-ACATAAGATT-----G---TATTGCAATAT--AAGA---TTGGTAG-CATA---ACCTTTG--TTTCCCT-CTTCTC---G-T-TT----TAC----A-GG--A-AA-A--A--T--AAA-C--C------C-TGCTTTA---TAAAGCAGA-T-AAA-G-CAT-TCGCTAAGGCTTTGT----A-A-------CTAACTTA------------------G--TCAAAGTACTTTTGCTTCAAGAAA-TACTTGTT-----T-----T------AT-----G-T--CC----GAA-CAA--------------C--T---T----------------TAT--A-A-------------AGG---------------GAA-TATCA-TAATACGGAAGTACAT-TG--TATT-G
gi|17 : tcaatcaattctcattactcattaaaatgactgtgtatgtgtgttatcgcaaacggttgagggactatggagtattttggagaatttcaatggtagtaagtgatgagtgtatatttCC----------------TATATT-----AGCCG-ATGAAATA-CCAA-GTCC-GTT----AA-A-A---TT-ACA-T-TGT--TTCTGTAT----GATGTC---TA-AAAGTGG-TGAG---ACTTCGA-------TAC------------------TCC---C-A-A---GTACATT-TATTCA---C---AC--GCAGTGG--TAAACGCTTGGTAG-CATa
gi|16 : aggcaaaattaccgattCC----------------TATATT-----AGCCG-ATGAAATA-CCAA-GTCC-GTT----AA-A-A---TT-ACA-T-TGT--TTCTGTAT----GATGTC---TA-AAAGTGGTGAAG---ACTTCGAacggc
gi|14 : ggcaaaattaccgattAA-GTCC-GTT-A--AAAA-AG--TT-AGA-T-TGT--TCCTATATAATTGATGGG---TAAAAAGTTG-CAAG---ATTAAGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-T-T---GCACATA-AACTCG-------TAC-GCAAGAG--CAAACGCTTAGTA-----G-----CATAG-----------GTACCCCAG-TCTT----TAC----A-GAA-A-AC-C--A--C--ATC-C--C----T-C-CGCTTCAA--TAATGCAGA-TAAA--G-CATCTCGTC-AAGCTTTCT----ATCCTAAT--GCAAATAAAA-C--------TTA---G--TCAAAGTCT--TCGCTTCAA-AAG-TA---Ataccccaagtacatttatttcatcacgcactcagacgggttaaacgctattagacacaccgacttttcctc
gi|22 : TAT----GATGGA---TAAAAAGTGG-CGAG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTTGACTC-A---GT---TG-TAC--------------GCAGTAG--TAAACGCTTGGTA--GG--------ATAG--TCTTTT
gi|18 : aG---ACTACGAG------TGTTGA------------ACATG-ACAC-T-T---GTACATA-GACTC----G---TAC-GCAGTAC--GAAACGCTTAGTA-----G-----CATAA--GCTTTTC-C-TCCCCCAG-TCTT----TAC----AGGAC-A-AGTC--A--C--ATC-C--C----T-C-CGCTTCAA--TAATGTATA-TAAA--G-CATATCTTC-AAGCTTTGT----c
gi|8 : G------TGCTGAGCATT-------ACATGTAGAC-CTGCCTGTACACA-GGCTTG---TACTTA--GTGG-----TAAACGCTTGGTA-----G-----CATAT--TTTTTTT-CCTTCTCA-GGTCTT----TGC----A-GAC-ACAA-A--A--CTCATC-C--C----T-C-TGTTTCAA--TAATGC----------------T-----AAGTTTTGT----A-AATAGT--CCAAATTATA-C--------TTAATAG--TTAAAGTCC--TTGCTTCGA-AAG-TA---ATG-----T-----T------CTTCTCTGTT--CC-G--AAA-C-A--------------C--C---C----------------TTA--A-AAATGGCTTTTTCTTGGC------------TTGAAT-ATCA-CAAAAC-GC-----ATATG--GAT--ACAAAACCA-AATCACA-T-TAAAAAG-CTGTGAC-ACACCTTCCAGTGAAAA-TATTAGTG---TTATAT-GT-CCC--ACAGGAGG-TGAAA-GAAG------TGCAACCAACTGCGGGT-TTCTGAC
gi|11 : CCCCT-G-TCTA----TATCTGTA-GAC-A-AG-A--A--C--ACA-T--C-------------CAA--TA---CAGA-T-AAA-G-CATCTCGCTAA-GCTTTGT----A-ACTAGT--CCAACATAAA-C--------TT-----------AGCTC--TCGCTTCAG-AAG-TA---ATG-----T-----TTTCT--GT-----GCT--CAAG--GGG-C-A--------------T--T--------------------TTC--A-C-------------TGG-------------TTAAAT-ATCG-CAATACGGA-----AT-GG--TATT-GCGA--CCA-A-TCACA-T-CAAGAAG-CCGAGAC-ACACTTTCCAGCGAAAA-TATCGGTG---T--TGT-GT-CCC--AGGGGAGG-TAAAA-GAAG------TGCAACCGACCGTGGGT-TTCCGACGattgcaaattgacaactggatatcatagtaaataaatatcatcatgaggg
gi|10 : T----TAC----A-GAC-A-CA-A--A--C--ACACT--C----CAC-CGTTTCAA--T---------------------T-------GCTTTGT----A-ACCTAT--CAAAATTAAA-C--------GTA---G--TCAAAATCC--TCGCTTCGA-AAG-GC---ATG-----T-----CTTGT--GT-----GCT--CC-C--GAA-C-A--------------C--T---GAAAAAAGGACTATT--TTC--A-T-------------TGG-------------TTGAAC-ATCA-TAATGCAGA-----AT-AG--TATT-GCGA--CCA-A-TCGCA-T-TAAGAAA-CTCAGAC-ACATCTTCCAGCGAAAA-TACTGACG---T--TGT-GT-CCC--ATGGGAGG-TAAAA-ATCG------TGCAACCGACCGTGAGT-TTCCGACG
gi|12 : tttaA-AAG-TA---ATG-----TTTTCTA-------T-----GCT--CC-T--GAG-C-A--------------C--TTT-A----------------TTCTAA-A-------------GGGGCATTTTCATCCGTTGGAT-ATCA-CAATACGGA-----AT-GG--CATT-GCGA--CCA-A-TCACA-T-GAAAAAGGCCGAGAC-ACACCTTCCAGCGAAAAATATCAGCG---A--TGT-GT-CCC--TCGGGAGG-TAAAAAGAAG------TGCAACCAACCGTGAGT-TTCCGACGatgacgaaatgacagcacgatatagctattatgacgtcattcgtatcacaca
gi|19 : aagaTT-GGGA--CCA-T-TCACA-T-TAAGAAG-CCGTGAC-ACATCTTCCACCAAACA-TATTGGTG---T--TCT-AA-GCC--ACGGGAGG-TAAAA-GAAG------TGCAACCGAACATGAGT-TTCCGATGattaatgaacgaaatatatcaagcgcagatataacgactcgttagaaatagttgaaatatatcacaca
gi|1 : GCAAAAA-TATTGGTG---T--TGT-GT-CCC--ATGGGAGG-TAAAA-GA-----------AACCAACTATGGAT-TTCTGATGctgttcatagggttagacacgatcaatacaatgc
gi|4 : catgctcttagaaatgtgcaagattgtgaatgtcatGCAACAA-TATCGGTC---T--TGT-GT-TCC--ACGGGAGG-CAAAA-GATG------TGCATCCAGCCGTGGGT-TTCCGACGataacacattaaaatgcatgaccttatgggacctgtcgaggactgatgggaatcactgaaagtactcccggaactcaaacaccagtagtggtggtgccactactatggttatcacagacaaaattacgggttcttgtgattagcttaacataccttcataagcagatgaattaccaagttttttcaaaagattgaaatggtcctgtatgatggataaatggtggtgagacacatagagcagtagtgagtacatagactcgtacacagtagtaaatgcttggtagcataggctttttcctcccctgtctttatgtataaacacaaacacatccctctgtttcaattacgcagattaagcatcttgctaagctttgtaactagttcaacttaaacagtcaaagtccttacttcgaaagtattgttttctatgctcctgaacactttgataaggggcttttcattggttgaatattgcaatacggaatggtattgcaaccaatcacaataagaagccaagacaccttccagcaaaaatgttgttgtatcccaaaagaaatgcaaccgaccatgttttcgat
gi|9 : atGCAAAAA-TATCAGCG---T--TAT-GT-CCC--ACGGGAGG-TAAAA-GAAG------TGCAACTGACCGCGGGT-TTCCAATGataactcattaaagtgcatgactttacgagaccagtcgacaaccaatgatgatcaccataagtatttccaaactcaaaatgccagtagtaatgacggcgcacatgaaagtatatattatgattatatttaataccaaatttccggttcttttggaaagcttaacatacctatataagccgacgaaagaccgagtccattcaaaaaattaaaatattcctgtatgtttgataaaaagtaacgagactacgagtgttgatctttaaaatgtacacgtagacctgtacacaggcgtgtacgcagtggtaaaggtttggtttggtagcataccccctgtctttacagacacaaacccaatcttatgtttcaataatacaaatgaagtatctcgttatgcattgtaaatagtctaacttgtacttagttaaagtcctcactccgaaagtaatattttctttactttaaaaagggtctttcattggctgagtatcgcaatacggcattgcattgcgactaatcatatccagtcgccgcaacacaccttgcagcgaaaatatcgatgttgtgtcccacggtaggtaacagaa
gi|13 : tttaacaaactttcataacaaactgaccatGCAAAAA-GATCGATG---T--TGTTGT-TCC--ACGGGACG-AAAAA-GAAG------TGCAACTGACCGTGGGT-TTGCGACGacaactctttaaaatgcatgaccttacgtgacctgtcaaggaccaataggaattgccgtaagtaattcgaaacttagaacgtcagtagaaatggcggtccccatggaagtatatatacaacgattactaccgaccaaattatcggttcttgtggtaaacttaacatacctatacaagcagatgaaataccaagtccattaaaaaaattaaattgctcctgtatgatggataaaaaatggagagact
gi|23 : cacGCGAAAA--AGGGGCG---T--TGT-GT-TCC--ACGGGAGG-TAAAA-GAAA------TAC---TG--TGTGGAT-TTCCGACataacctattaaatcgcatgaccttacgtgacctgttgaggaccaatgggaatcgcgtaagtatttccggacttaaaatatcatagtaatggcggtacccatgaaagtatgtattatcattaatacacacaaaattactggttccgtggtaaactgaagccaatgaaataccaagtccgttgaaata
gi|20 : TG---T--TGT-GC-CCC--ACGGGGAGGTAAAA-GAAG------TGTAACCAACCa
gi|21 : TG---C--TGT-TT-CCTGAAGAAGAAG--AAAA-AAAG------TGCAACCGACTGTGGGG-TTCCGAtaacttgttgaaatgcatgacctacgtgacctgttgaggaccaatggaaatcgccgttagtatttccggaattgaaaacgtcagtgatggact
gi|27 : GAAG-TACAA-GAAG------TGCAACCGACCGTTGGT-TTCCGAtaatgcatctccgctcataaatcatagtactagtactgtgcgtac
gi|26 : tccAAA-TAAG------TGCAACCGACCGTGGGC-TTCCGACG
gi|25 : cggA-GAAG------TGCAACCGAACGTGGGT-TTCCGACGatgag
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAAACGATCATGTAAGATAGTTGAAACGCTACCATGTGAAATGCCCAATGCCTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1 222 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 4444444444 111111 111111 2222222222222222222222222222222222222222 222 111 222222222222 333333333333333333333333 1111111111111111 2222222 1111 222222222222 1111111 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 11111
lowQualScore : 4 77 3 22 22 3 22 888 4 4 777 3333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9999999999 3333333333 55 3 3 3 5555 0 111111 55 2 4 777 5 999999 0 1 0 4444444444444444444444444444444444444444 44 3 000 7 000 666 7777 999 5 3 555 888888 3 555555555555 0 0 000000000000000000000000 3 0 88888 4444444444444444 0000000 777 8 4444 6 3 3 44 3 555555555555 3 44 0 9999999 33 3 6 7777 3 0 44 0 3 11111111 666 3 55 3 3 6666666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 1 3 77 3 3 22222 3 3 55 7 3 3 3 0 3 6 0 555 44 3 3 888888
lowQualScore : . .. . .. .. . .. ... . . ... ....... ............................................................ .......... .......... .. . . . .... . ...... .. . . ... . ...... . . . ........................................ .. . ... . ... ... .... ... . . ... ...... . ............ . . ........................ . . ..... ................ ....... ... . .... . . . .. . ............ . .. . ....... .. . . .... . . .. . . ........ ... . .. . . ....... ....................................................................... . . . .. . . ..... . . .. . . . . . . . . ... .. . . ......
lowQualScore : 0 55 2 88 00 2 22 333 4 0 000 0000000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444444444 8888888888 55 6 6 6 3333 7 555555 55 5 0 000 7 888888 7 8 4 2222222222222222222222222222222222222222 22 1 000 3 000 555 1111 222 2 3 444 888888 3 444444444444 3 3 444444444444444444444444 3 4 33333 7777777777777777 0000000 000 2 2222 7 3 3 66 3 222222222222 3 66 6 5555555 66 3 7 1111 6 2 22 5 6 77777777 444 6 00 3 3 1111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 4 6 99 6 6 77777 6 3 00 3 6 6 6 3 6 7 2 888 66 3 1 222222
consensus : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCT-CCCGTGGGACA-CAA---CA-------CCGA---------------TA-T---T------------------G------A-----------TGCGTG----------ACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATAT--TATGATTA-T---TACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC---C-----------T-A---------TATAAGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATTGN-TCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGA------G-TGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATAGNCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---A---TGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AAC-A---C---T-------A-AAA--GGGNNT-----TTTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
Reference ( family-3835 ) : NTTTGTTT--CGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCT-CCCGTGGGACA-CAA---CA-------CCGA---------------TA-T---T------------------G------------------TGCGTG----------ACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATAT--TATGATTA-T---TACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC---C-----------T-A---------TATAAGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATTNT-TCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGA------G-TGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATAGTCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---A---TGT---------N----GT-----GCT--CCT--G-AAC-A---C---T-------A-AAA--GG---------TTTCANTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
gi|1 : CATCATCAGAAATCCATAGTTGGTT--------TCTTTTACCT-CCCATGGGACA-CAA---CA-------CCAA---------------TA-TTTTT------------------GCATAACACATTAAAA---TGCATG----------ACCTTATGGGACCTGTCGAGGACTGATGGGAATCACTGAA--AGTACTCCCG-GAA-CT-CAAA-CACCAGTAGTGGTGGTG----CCAC---------------TAC--TATGGTTA-T---CACAGACAAAATT-----ACGGGTTCTTGTGATTAGCTTA-A-----C-ATAC---C-----------T-T---------CATAAGCAGATGAATTACC--AAGT-TTTTT-C-AAAAGA---TTGAAATGG-TCCTGTAT----GATGGA---TAAATGGTGGTG-AG---AC-ACA---------TA--GA------------GCA-GTAG---T--GA--GTACAT-AGACTCG--TA-CACAGTAGTAAA-----TGCTTGGTA---G---C--------ATAGGCT---TTTT---CCTCCCCT-GTCTTTATGTATA-AA-CA-CAAAC--AC-A--T--CCC--T-C-TGTTTCA--ATTACGCAGATTAA--G-CATCTT-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-TCAACTT-AAAC---------A---G-TCAAAGTCC--TTACTTCGA-AAG-TA---T---TGT---------TTTCTAT-----GCT--CCT--G-AAC-A---C---TTTG----A-TAA--GGGGCT-----TTTCATTGG-TTGAAT-ATT-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCAA--CCAA-TCACA-A-TAAGAA-GCCAAG--ACACCTTC-CAGCA-AAAATGT---TG---T--TGTAT-CCC----------AAAAGAAA------TGCAACCGACCAT--GTTTTCGA
gi|10 : catgctcttagaaatgtgcaagattgtgaatgtTTAC----A-GA-CA-CAAAC--AC-AC-T--C----CAC-CGTTTCA--AT-------------------------T---GCTTTG----TA-ACCTAT-CAAAATT-AAAC-G------TA---G-TCAAAATCC--TCGCTTCGA-AAG-GC---A---TGT---------CTTGTGT-----GCT--CCC--G-AAC-A---C---TGAA----A-AAA--GGACTAT----TTTCATTGG-TTGAAC-ATC-ATAATGC-AGA-----ATA-GTA-TTGCGA--CCAA-TCGCA-T-TAAGAA-ACTCAGACACATCTTC-CAGCG-AAAATACTGACG---T--TGTGT-CCCATGGGAGGT-AAAAATCG------TGCAACCGACCGTGAGTTTCCGACGt
gi|11 : tttaCCCCTGTCTATATCTGTA-GA-CA-AGAAC--AC-A--T--C-------------CA--ATA---CAGAT-AAA-G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACAT-AAAC-T------TA---G-CT------C--TCGCTTCAG-AAG-TA---A---TGT---------T-------------T--TCT--G---T-G---C---T-------C-AAG--GGGCAT-----TTTCACTGG-TTAAAT-ATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-CAAGAA-GCCGAGACACACTTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCAGGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACGatgacgaaatgacagcacgatatagctattatgacgtcattcgtatcacaca
gi|12 : A-AAG-TA---A---TGT---------TTTCTAT-----GCT--CCT--G-AGC-A---C---TTTATTCTA-AAG--GGGCAT-----TTTCATCCG-TTGGAT-ATC-ACAATAC-GGA-----ATG-GCA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-GAAAAAGGCCGAGACACACCTTC-CAGCGAAAAATATCAGCG---A--TGTGT-CCCTCGGGAGGTAAAAAGAAG------TGCAACCAACCGTGAGTTTCCGACG
gi|13 : aagaCACCGTCGCAAACCCACGGTCAGTTGCAC---TTCTTTTTCGT-CCCGTGGAACAACAA---CA-------TCGATCTTTTTGCATAACCTA-T---T------------------AAATCGCATGACCT-----TACGTG----------ACCT----------GTTGAGGACCAATGGGAATCGC-GTA--AGTATTTCCG-GA--CT-TAAAATATCA-TAGTAATGGCGGTACCCATGAAAGTA------TGTAT--TATCATTA-A---TACACACAAAA-T----TACTGGTTC-CGTGGTAAACT--------------------------------------------GAAGCCAATGAAATACC--AAGT-CCGTT-G-AAAattaatgaacgaaatatatcaagcgcagatataacgactcgttagaaatagttgaaatatatcacaca
gi|14 : --AAGT-CCGTT-A-AAAA-AG--TTAGATTGT-TCCTATATAATTGATGGG---TAAAAAGTTGCA-AG---ATTAAGA------G-TGCTGA------------ACATGTAGAC-T--T---GCACAT-AAACTC--GTA-CGCAAGAGCAAA-----CGCTTAGTA---G---C--------ATAG--------------GTACCCCAGTCTTTAC----A-G---A-AAACC--AC-A--TCCC----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGATAAA--G-CATCTC-GTCAA-GCTTTC----TATCCTAAT-GCAAATA-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCT--TCGCTTCAA-AAG-TA---A---ta
gi|15 : TG----------ACCT----------GTTGAGGACCAATGGAAATTGCCATATTGGCATTTCCA-GAA-TT-CAAAACGTTAGTAGCAATGGCAGCGTCCATGAAAGTACATGTATATAT--TATGATTA-T---TACAGACAAAATTACTGTACAGGTTCTTGTGGTAAGCTTG-A-----C-AAAC---C-----------T-A---------TACAAGCCGATGAAATACC--AAGT-CTG
gi|16 : ttccatgtgacacaacattgattttttcacatatctcattaaacagcatgaccttgatGGCAAAATTA-C-----CGATTC---C-----------T-A---------TATTAGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT----AAA-A---TTACATTGT-TTCTGTAT----GATGTC---T-AAAAGTGGTGAAG---ACTTCGA------
gi|17 : GGCAAAATTA-C-----CGATTC---C-----------T-A---------TATTAGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT----AAA-A---TTACATTGT-TTCTGTAT----GATGTC---T-AAAAGTGGTG-AG---ACTTCGA--------TACT-----------------------C-CCAA---GTACAT-TTATTC--ACA-CGCAGTGGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATAtaccccaagtacatttatttcatcacgcactcagacgggttaaacgctattagacacaccgacttttcctc
gi|18 : aG---ACTACGA------G-TGTTGA------------ACATG-ACAC-T--T---GTACAT-AGACTCG--TA-CGCAGTACGAAA-----CGCTTAGTA---G---C--------ATAAGC----TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----AGGA-C--AAGTC--AC-A--TCCC----T-C-CGCTTCA--ATAATGTATATAAA--G-CATATC-TTCAA-GCTTTG----Tcggc
gi|19 : -TTGGGA--CCAT-TCACA-T-TAAGAA-GCCGTGACACATCTTC-CACCA-AACATATTGGTG---T--TCTAA-GCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGAACATGAGTTTCCGATG
gi|19 : AACCCTATGAACAGCATCGGAAACTCATGTTCGGTTGCAC---TTCTTTTACCT-CCCGTGGCTTA-GAA---CA-------CCAA---------------TA-T---ctgttcatagggttagacacgatcaatacaatgc
gi|2 : ttgggaccattcacattaagaagccgtgacacatcttccaccaaacGTGGGACA-CAA---CA-------TCCA---------------TCTT---T------------------G------------------TGCATA----------ACagacacgatcaatacaatgc
gi|2 : ----------ACCT----------GTTGAGACCCAATGGAAATAACCGTA--AGCATTTCTG-GAA--T-C----TGTCAGTAGTAATGGCGACGCCCATGAAAGTA------TATAT--TATGATTA-T---TACAGTCAAAA-C----TACCGGTGTTTGTGGTAAGCTCACATGGGCC-ATGC---CTACTCATACTGT-A---------TATAAGCCGATGAAATACG--AAGT-TCGTT-CAAAAA-A---TTAAATTGC-TCTTTTAT----G-------------AGTGGCG-AG---ACTATGA------G-TGCTGA------------ACATATAGAC-T--T---GTAGAT---ACTC--GTA-CATAGCAGTAAA-----CGCTTGGTA---A---C--------ATAGGCG---TTTT---CTTCCCCTAGACTTTAC----A-CA-CA-AAAGC--AC-A--T--CCT--C-C-CACTTAA--CCAAAGCAGAT-AA--ATTATATC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACAAAT-GCAACCT-AAAT-T------TA---G-TCAAAGTAT--TTGCTTCGA-TAG-TA---A---TGT---------T-----T-----TCTACCCTTCGCAGC-A---CTT-T-------A-AAA--AGTGGCTT---TTTTATTGG-TTGAA-TATC-GCATTAC-GGA-----ATG-GCA-TTGCGA--TCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGCCATACCTCC---GT------TATCGGTGAGTT--TTTTT-TCCATGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCGGACGtcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgttatcggtgagttttttttccatgggaggtaaaagaagtgcaaccgaccgtgggtttcggacgatggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|2 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttTTTGTTT--CGTACAAACCCTTCAC-CATCGTCCGAAACCCACGGTCGGTTG--C-ACTTCTTTTACCT-CCCATGGAAAA-AAAACTCA-------CCGA---------------TA-atggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|20 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgtGGTTGGTT--AC-ACTTCTTTTACCTCCCCGTGGGGCA-CAA---CATAACTTGTTGA---------------AA-TGCAT------------------GACC---------------TACGTG----------ACCT----------GTTGAGGACCAATGGAAATCGCCGTT--AGTATTTCCG-GAA-TT-GAAAACGTCAGTacgct
gi|21 : AGATGCATTATCGGAACCCCACAGTCGGTTGCAC--TTTTTTTCTTCT-TCTTCAGGAAA-CAG---CA-------gatggact
gi|22 : TAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGA------G-TGCTGA------------ACATGTTGACTC--A---GT---T---------GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---G--------ATAGTCT---TTTccgctcataaatcatagtactagtactgtgcgtac
gi|23 : aGCG-AAAA-AGGGGCG---T--TGTGT-TCCACGGGAGGT-AAAAGAAA------T---ACTG--TGTGGATTTCCGACc
gi|25 : AGAAG------TGCAACCGAACGTGGGTTTCCGACGa
gi|26 : AAATAAG------TGCAACCGACCGTGGGCTTCCGACGaagatgcaaaaataa
gi|27 : cggGAAGT-ACAAGAAG------TGCAACCGACCGTTGGTTTCCGAatgag
gi|3 : tccTTAGTTTACCGCACAA---CTAAACGCATTGTCGCAAACCCACGGTCGGTTGCACCACTTTTTTTACCT-CTCGTGGGACG-CAA---CA-------CCGA---------------TA-T---T------------------G------------------TACGTG----------ACTT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGTCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTTAACAGTAATGGCGGCGGCCATGAAA-------------C--TATGATTA-T---TACAGACAAGATT----TACCAGTTATTGTGGTAAG---------------AC---C-----------T-A---------TATAAGCCAATGAAATATC--AAGT-GTGTT-C-AATA-A---TTAAATGCT-TCCTGTAT----GATGGA---TATAAGGTGGGG-AG---ACTACGA------G-TGCCGA------------ACATGCAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA--GCAGCATTAAA-----CGCTTGGTACATGTACC--------ATAGTTT---TTTT---CGTCCCCC-GTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AT-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCCAAAGCTTTG----TA-ATTAGT-CTAACTT-AAAC-T------T----G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---A---TGT---------A----GT-----GCT--CCT--G-GAC-A---C---T-------A------------------TTCAATGG-TTGAATTATC-GCAATTC-AGA-----ATT-GTA-TTGCGA--CCAT-TCACA-T-TAAGAA-ACCGAGACACACTTCC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCTACGTGAAGT-AAAAGAAG------TGCAATTGACCGTGAGTTTCCGACG
gi|4 : gATCGTCGGAAACCCACGGCTGGATGCAC-A--TCTTTTGCCT-CCCGTGGAACA-CAA---GA-------CCGA---------------TA-T---T------------------GTTGCATAACTCATTAAAGTGCATG----------ACTTTACGAGACCAGTCGACAACCAATGATGATCACCATA--AGTATTTCCA--AA-CT-CAAAATGCCAGTAGTAATGACGGCGCACATGAAAGTA------TATAT--TATGATTA-TATTTA-ATACCAAATT----T-CCGGTTCTTTTGGAAAGCTTA-A-----C-ATAC---C-----------T-A---------TATAAGCCGACGAAAGACC--GAGT-CCATT-CAAAAA-A---TTAAAATAT-TCCTGTAT----GTTTGA---TAAAAAGTAACG-AG---ACTACGA------G-TGTTGATCTTTAAAATGTACACGTAGAC-C--T---GTACAC-AGG--CGTGTA-CGCAGTGGTAAAGGTTTGGTTTGGTA---G---C--------ATA-----------------CCCCCTGTCTTTAC----A-GA-CA-CAAAC--CCAA--T--C----T-TATGTTTCA--ATAATACAAATGAA--G-TATCTC-GTTAT-GCATTG----TA-AATAGT-CTAACTT-GTAC-T------TA---G-TTAAAGTCC--TCACTCCGA-AAG-TA---A---TAT---------T-------------T--TCT--T-TAC-T---T---T-------A-AAA--AGGGTC-----TTTCATTGG-CTGAG-TATC-GCAATAC-GGC-----ATT-GCA-TTGCGA--CTAA-TCATA-T-CCAGTC-GCCGCAACACACCTTG-CAGCG-AAAATATCGATG---T--TGTGT-CCCACGGTAGGT-AACAGAA
gi|5 : TATATCCG-GATTCT-CAAAATGT--ATAGTGATGGCGACACCCAAGAAAGTA------TATAT--TATGATTATT---TACAGACAAAATT------GCTGTTGTTGTGTTAAGCTTA-A-----C-ATACATGC-----------T-ACCTACATGTCATGAGTCGATGAAATACC--AAGT-CCGTTCC-CGAA-A---TTAAATTGA-TCCCATAT----GATGGAACCTACCAAGTGGCG-GGCTAAATACGA------G-T-CTGA------------ACATGTAGAC-----------------------GTA-TGCA-T-GTACA-----CGCTTGTTAG--G---CTGTTAAAGAAAGGCT---TTTTTTGCCT-CCCCATTCTTTAC----ACGACCA-AAGACTAAC-A--T--CCTAAT-C-CGCCTCAACATAATGCAGAT-AAATG-CA-CTCGGCCAA-GTATTGTGCCTA-ACGAGTGGCAACTTAAAAC-T------TA---ACTCAAAGAA---------CGA-AAGATA---ATTTTCT---------A----AT-----GTT--CCA--G-GACAA---C---TTA-----G-AAA--GGTTCTTTTTTTTTCATT-G-TTGAA-TATTAACAACACAGGA-----TTGCGTATTTGCGA--CCAATTCACACT-TAAGAA-GCCGATAC-TACCTTTACAGCGAAAAATATCGGTG---C--TGTGTCCCCACGAGAGAT-AAAAGAAAAGCCGTTACAACAGACCGTGGTATTCCGACG
gi|6 : agaCGTGAACCAATAGGAATGGTTGTA--AGCATTTCTG-GAA-CT-CAAAATGTCAGTAGTA----------------------------------TAT-ATTA-T---TACAGACAAAATT------------CCTGTG------CTA-A-----T-ATAA---C-----------TCA---------TATAACCATATGAAATACC--AAGT-CTGTT-C-AAAATA---TTGCATTGC-TCCTGTAT----GATGGA---T-AAGAGTGGCA-AG---ACTACAAGAACTTG-TGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTAC---AAACTC--GTA-CATCATATCAAA-----TGCTTGA------------------------T---TTTC---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GC-CA-CAATC--AC-ATTT--C----T-C-AGTTTCA--ATAATGAAGA-----------CTT-ACTAT-GCTTTG----TA-ACTTGT-CAAATTT-AAACATACCCGGTA---G-TCAAAATCC--TTGTATCAA-AAG-TC---A---TGTTTTATTAACT----GT-----GCT--CCT--G-AAC-A---A---TGAA----A-AAA--GGGGCTT----CTTCATATG-TTAAA-TATT-GCAATAC-GGA-----AAG-ATA-TTGTGG--CCAA-TCACA-TAAAAGAA-GCCGTGACACACATAC-------AAGATATCAATG---T--TGTGT-CTTACGAGAAGT-ACAA-AAG------TGCAGCCGATCGTGGGTTTC
gi|7 : cagtcaa--AGTATTTTGGAGAA-TTTCAA-----TGGTAGTAA-----GTG---ATGA--GTG------TATAT--T-T--TTA-T---TACCGACAATATT-----ACTGGTTCT-GTGG--AGCTTA-AT----C-ACAC---CG----------T-A---------TACAGG--GATGAAATACTCAAAGTGCCGTT-A-AAAA-AAAATTAAATTTGGTCCTGTAT----GATGGAT--TAAAAA--GATA-AA---TCTG-GA------GTTGCTGA------------G-------------------ACATAAGATT---GTATTGCAATA-TAA-------GATTGGTA---G---C--------ATAACCTTTGTTTC---CCTCTTCTCGT-TTTAC----A-GG--A-AAAAT--AA-A-----C----C-C-TGCTTT---ATAAAGCAGATAAA--G-CAT-TC-GCTAAGGCTTTG----TA-ACT-------------AAC-T------TA---G-TCAAAGTACTTTTGCTTCAAGAAA-TACTTG---TTT---------T----AT-----G-T--CC---G-AAC-AACTT---T-------ATAAA--GG---------------------GAA-TATC-ATAATAC-GGAAGTACATT-GTA-TTG
gi|8 : tcaatcaattctcattactcattaaaatgactgtgtatgtgtgttatcgcaaacggttgagggactatgg------G-TGCTGAGCATT-------ACATGTAGAC-CT-GCCTGTACAC-AGGCTTG--TA-CTTAGTGGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATATTTT---TTTT---CCTTCTCAGGTCTTTGC----A-GA-CACAAAAC--TC-A--T--CCC--T-C-TGTTTCA--ATAATGC--------------------TAA-GTTTTG----TA-AATAGT-CCAAATT-ATAC-T------TAATAG-TTAAAGTCC--TTGCTTCGA-AAG-TA---A---TGT---------T----CTTCTCTGTT--CCG--A-AAC-A---CCCTT-------A-AAAATGGCTT------TTTC-TTGGCTTGAAT-ATC-ACAAAAC-GCAT----ATG-G-A-T-ACAAAACCAAATCACA-T-TAAAAA-GCTGTGACACACCTTC-CAGTG-AAAATATTAGTG---TTATATGT-CCCACAGGAGGT-GAAAGAAG------TGCAACCAACTGCGGGTTTCTGACa
gi|9 : ACAAACT---GAC-CATCATTGGAAACCCGCGGTCAGTTGCAC---TTCTTTTACCT-CCCGTGGGACA-TAA---CG-------CTGA---------------TA-T---TTTTGCACAACTCTTTAAAA------------------TGCATGACCTTACGTGACCT----------GTCAAGGACCAATAGGAATTGCCGTA--AGTAATT-CG-AAA-CT-TAGAACGTCAGTAGAAATGGCGGTCCCCATGGAAGTA------TATATACAACGATTA-C---TACCGACCAAA-T----TATCGGTTCTTGTGGTAAACTTA-A-----C-ATAC---C-----------T-A---------TACAAGCAGATGAAATACC--AAGT-CCATTAA-AAAA-A---TTAAATTGC-TCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAATGGAG-AG---ACTattgcaaattgacaactggatatcatagtaaataaatatcatcatgaggg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAAACGATCATGTAAGATAGTTGAAACGCTACCATGTGAAATGCCCAATGCCTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 222 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444 111111 222222 22222222222222222222222222222222 222 111 111111 222222222222 333333333333333333333333 1111111111111111 1111111 1111 222222222222 1111111 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 22 11111
lowQualScore : 1 88 3 22 22 3 22 888 4 3 666 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 3333333333 55 3 3 3 5555 0 111111 55 2 777 4 0 444444 0 1 0 44444444444444444444444444444444 3 88888 44 3 000 7 000 3 1 7777 999 1 3 555 222222 555555555555 0 0 000000000000000000000000 3 0 88888 4444444444444444 8888888 777 8 4444 6 3 3 44 3 555555555555 3 44 0 9999999 33 3 6 7777 3 0 44 0 3 11111111 666 3 55 3 3 555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 7 888888888 3 1 3 55 3 3 22222 3 3 55 7 3 3 3 0 3 6 0 555 44 3 3 888888
lowQualScore : . .. . .. .. . .. ... . . ... ....... .......................................................................................... . .......... .. . . . .... . ...... .. . ... . . ...... . . . ................................ . ..... .. . ... . ... . . .... ... . . ... ...... ............ . . ........................ . . ..... ................ ....... ... . .... . . . .. . ............ . .. . ....... .. . . .... . . .. . . ........ ... . .. . . ... .................................................... . . ......... . . . .. . . ..... . . .. . . . . . . . . ... .. . . ......
lowQualScore : 0 00 2 88 00 2 22 333 0 6 444 0000000 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 8888888888 55 6 6 6 3333 7 555555 55 5 000 0 8 777777 7 8 4 44444444444444444444444444444444 3 33333 22 1 000 3 000 6 0 1111 222 2 3 444 999999 444444444444 3 3 444444444444444444444444 3 4 33333 7777777777777777 1111111 000 2 2222 7 3 3 66 3 222222222222 3 66 6 5555555 66 3 7 1111 6 2 22 5 6 77777777 444 6 00 3 3 888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 3 666666666 6 4 6 66 6 6 77777 6 3 00 3 6 6 6 3 6 7 2 888 66 3 1 222222
consensus : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G-----------------A------------TGCGTGACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATT-GNTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATAGGCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AACA---C---T--A----A-AAAG-GG------CN-TT-TTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
Reference ( family-3835 ) : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G-----------------A------------TGCGTGACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATT-GNTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATAGNCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AACA---C---T-------A-AAAG-GG------NN-TT-TTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
gi|1 : CATCATCAGAAATCCATAGTTGGTT--------TCTTTTACCTCCC-ATGGGACA-CAA---CAC-------CAAT---------------AT------------------------TTTTGCATAACACATTAAA-----------------A------------TGCATGACCTTATGGGACCTGTCGAGGACTGATGGGAATCACTGAA--AGTACTCCCG-GAA-CT-CAAA-CACCAGTAGTGGTGGTG----CCAC---------------TACT--ATGGTTAT---C-ACAGACAAAATT-----ACGGGTTCTTGTGATTAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-TCATA-----AGCAGATGAATTACC--AAGT-TTTTT-C-AAAAGA---TTGAAAT-GGTCCTGTAT----GATGGA---TAAATGGTGGTG-AG---AC-ACA--------TA--GA------------GCA-GTAG---T--GA--GTACAT-AGACTCG--TA-CACAGTAGTAAA-----TGCTTGGTA---G---C--------ATAGGCT---TTTT---CCTCCCCT-GTCTTTATGTATA-AA-CA-CAAAC--AC-A--T--CCC--T-C-TGTTTCA--ATTACGCAGATTAA--G-CATCTT-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-TCAACTT-AAAC---------A---G-TCAAAGTCC--TTACTTCGA-AAG-TA---TTGT---------TTTCTAT-----GCT--CCT--G-AACA---C---TTTG----A-TAAG-GG------GC-TT-TTCATTGG-TTGAAT-ATT-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCAA--CCAA-TCACA-A-TAAGAA-GCCAAG--ACACCTTC-CAGCA-AAAATGT---TG---T--TGTAT-CCC----------AAAAGAAA------TGCAACCGACCAT--GTTTTCGA
gi|10 : catgctcttagaaatgtgcaagattgtgaatgtTTAC----A-GA-CA-CAAAC--AC-AC-T--C----CAC-CGTTTCA--AT-------------------------T---GCTTTG----TA-ACCTAT-CAAAATT-AAAC-G------TA---G-TCAAAATCC--TCGCTTCGA-AAG-GC---ATGTCTTG-----T----GT-----GCT--CCC--G-AACA---C---TGAA----A-AAAG-GA------CTATT-TTCATTGG-TTGAAC-ATC-ATAATGC-AGA-----ATA-GTA-TTGCGA--CCAA-TCGCA-T-TAAGAA-ACTCAGACACATCTTC-CAGCG-AAAATACTGACG---T--TGTGT-CCCATGGGAGGT-AAAAATCG------TGCAACCGACCGTGAGTTTCCGACGt
gi|11 : tttaCCCCTGTCTATATCTGTA-GA-CA-AGAAC--AC-A--T--C-------------CA--ATA---CAGAT-AAA-G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACAT-AAAC-T------TA---G-CT------C--TCGCTTCAG-AAG-TA---ATGT---------T-------------T--TCT--G---TG---C---T-------C-AAGG-GG------CA-TT-TTCACTGG-TTAAAT-ATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-CAAGAA-GCCGAGACACACTTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCAGGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACGatgacgaaatgacagcacgatatagctattatgacgtcattcgtatcacaca
gi|12 : A-AAG-TA---ATGT---------TTTCTAT-----GCT--CCT--G-AGCA---C---TTTATTCTA-AAGG-GG------CA-TT-TTCATCCG-TTGGAT-ATC-ACAATAC-GGA-----ATG-GCA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-GAAAAAGGCCGAGACACACCTTC-CAGCGAAAAATATCAGCG---A--TGTGT-CCCTCGGGAGGTAAAAAGAAG------TGCAACCAACCGTGAGTTTCCGACG
gi|13 : aagaCACCGTCGCAAACCCACGGTCAGTTGCAC---TTCTTTTTCGTCCC-GTGGAACAACAA---CAT-------CGATCTTTTTGCATAACCTAT------------------------T-----------------A-----------------AATCGCATGACCTTACGTGACCT----------GTTGAGGACCAATGGGAATCGC-GTA--AGTATTTCCG-GA--CT-TAAAATATCA-TAGTAATGGCGGTACCCATGAAAGTA------TGTATT--ATCATTAA---T-ACACACAAAA-T----TACTGGTTC-CGTGGTAAACT---------------------------------------GA-----AGCCAATGAAATACC--AAGT-CCGTT-G-AAAattaatgaacgaaatatatcaagcgcagatataacgactcgttagaaatagttgaaatatatcacaca
gi|14 : --AAGT-CCGTT-A-AAAA-AG--TTAGATT-GTTCCTATATAATTGATGGG---TAAAAAGTTGCA-AG---ATTAAGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-T--T---GCACAT-AAACTC--GTA-CGCAAGAGCAAA-----CGCTTAGTA---G---C--------ATAGG--------------TACCCCAGTCTTTAC----A-G---A-AAACC--AC-A--TCCC----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGATAAA--G-CATCTC-GTCAA-GCTTTC----TATCCTAAT-GCAAATA-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCT--TCGCTTCAA-AAG-TA---Ata
gi|15 : A-CAG---CAT--------GAC---------------CT------------------------T-----------------G-----------------A------------T---TGACCT----------GTTGAGGACCAATGGAAATTGCCATATTGGCATTTCCA-GAA-TT-CAAAACGTTAGTAGCAATGGCAGCGTCCATGAAAGTACATGTATATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATTACTGTACAGGTTCTTGTGGTAAGCTTG-A-----C-AAAC-------C-----------T-ATACA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CTG
gi|16 : ttccatgtgacacaacattgattttttcacatatctcattaaGGCAAAATTA-C-----CGATTC-------C-----------T-ATATT-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT----AAA-A---TTACATT-GTTTCTGTAT----GATGTC---T-AAAAGTGGTGAAG---ACTTCGA
gi|17 : GGCAAAATTA-C-----CGATTC-------C-----------T-ATATT-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT----AAA-A---TTACATT-GTTTCTGTAT----GATGTC---T-AAAAGTGGTG-AG---ACTTCGA-------TACT-----------------------C-CCAA---GTACAT-TTATTC--ACA-CGCAGTGGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATAtaccccaagtacatttatttcatcacgcactcagacgggttaaacgctattagacacaccgacttttcctc
gi|18 : aG---ACTACGAG------TGTTGA------------ACATG-ACAC-T--T---GTACAT-AGACTCG--TA-CGCAGTACGAAA-----CGCTTAGTA---G---C--------ATAAGC----TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----AGGA-C--AAGTC--AC-A--TCCC----T-C-CGCTTCA--ATAATGTATATAAA--G-CATATC-TTCAA-GCTTTG----Tcggc
gi|19 : -TTGGGA--CCAT-TCACA-T-TAAGAA-GCCGTGACACATCTTC-CACCA-AACATATTGGTG---T--TCTAA-GCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGAACATGAGTTTCCGATG
gi|19 : AACCCTATGAACAGCATCGGAAACTCATGTTCGGTTGCAC---TTCTTTTACCTCCC-GTGGCTTA-GAA---CAC-------CAAT---------------AT------------------------ctgttcatagggttagacacgatcaatacaatgc
gi|2 : ttgggaccattcacattaagaagccgtgacacatcttccaccaaac-GTGGGACA-CAA---CAT-------CCAT---------------CT------------------------T-----------------T-----------------G------------TGCATAACagacacgatcaatacaatgc
gi|2 : ACCT----------GTTGAGACCCAATGGAAATAACCGTA--AGCATTTCTG-GAA--T-C----TGTCAGTAGTAATGGCGACGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGTCAAAA-C----TACCGGTGTTTGTGGTAAGCTCACATGGGCC-ATGC-------CTACTCATACTGT-ATATA-----AGCCGATGAAATACG--AAGT-TCGTT-CAAAAA-A---TTAAATT-GCTCTTTTAT----G-------------AGTGGCG-AG---ACTATGAG------TGCTGA------------ACATATAGAC-T--T---GTAGAT---ACTC--GTA-CATAGCAGTAAA-----CGCTTGGTA---A---C--------ATAGGCG---TTTT---CTTCCCCTAGACTTTAC----A-CA-CA-AAAGC--AC-A--T--CCT--C-C-CACTTAA--CCAAAGCAGAT-AA--ATTATATC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACAAAT-GCAACCT-AAAT-T------TA---G-TCAAAGTAT--TTGCTTCGA-TAG-TA---ATGT---------T-----T-----TCTACCCTTCGCAGCA---C---TTTA----A-AAAGTGG------CT-TT-TTTATTGG-TTGAA-TATC-GCATTAC-GGA-----ATG-GCA-TTGCGA--TCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGCCATACCTCC---GT------TATCGGTGAGTT--TTTTT-TCCATGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCGGACGtcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgttatcggtgagttttttttccatgggaggtaaaagaagtgcaaccgaccgtgggtttcggacgatggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|2 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttTTTGTTT--CGTACAAACCCTTCAC-CATCGTCCGAAACCCACGGTCGGTTG--C-ACTTCTTTTACCTCCC-ATGGAAAA-AAAACTCAC-------CGAT---------------Aatggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|20 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgtGGTTGGTT--AC-ACTTCTTTTACCTCCCCGTGGGGCA-CAA---CATAACTTGTTGAA---------------ATGCA---------------------T-----------------G-----------------ACC----------TACGTGACCT----------GTTGAGGACCAATGGAAATCGCCGTT--AGTATTTCCG-GAA-TT-GAAAACGTCAGTacgct
gi|21 : AGATGCATTATCGGAACCCCACAGTCGGTTGCAC--TTTTTTTCTTCTTCT-TCAGGAAA-CAG---CAgatggact
gi|22 : TAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTTGACTC--A---GT---T---------GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---G--------ATAGTCT---TTTccgctcataaatcatagtactagtactgtgcgtac
gi|23 : aGCG-AAAA-AGGGGCG---T--TGTGT-TCCACGGGAGGT-AAAAGAAA------T---ACTG--TGTGGATTTCCGACc
gi|25 : AGAAG------TGCAACCGAACGTGGGTTTCCGACGa
gi|26 : AAATAAG------TGCAACCGACCGTGGGCTTCCGACGaagatgcaaaaataa
gi|27 : cggGAAGT-ACAAGAAG------TGCAACCGACCGTTGGTTTCCGAatgag
gi|3 : tccTTAGTTTACCGCACAA---CTAAACGCATTGTCGCAAACCCACGGTCGGTTGCACCACTTTTTTTACCTCTC-GTGGGACG-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G------------------------------TACGTGACTT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGTCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTTAACAGTAATGGCGGCGGCCATGAAA-------------CT--ATGATTAT---T-ACAGACAAGATT----TACCAGTTATTGTGGTAAG---------------AC-------C-----------T-ATATA-----AGCCAATGAAATATC--AAGT-GTGTT-C-AATA-A---TTAAATG-CTTCCTGTAT----GATGGA---TATAAGGTGGGG-AG---ACTACGAG------TGCCGA------------ACATGCAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA--GCAGCATTAAA-----CGCTTGGTACATGTACC--------ATAGTTT---TTTT---CGTCCCCC-GTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AT-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCCAAAGCTTTG----TA-ATTAGT-CTAACTT-AAAC-T------T----G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------A----GT-----GCT--CCT--G-GACA---C---T-------A--------------------TTCAATGG-TTGAATTATC-GCAATTC-AGA-----ATT-GTA-TTGCGA--CCAT-TCACA-T-TAAGAA-ACCGAGACACACTTCC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCTACGTGAAGT-AAAAGAAG------TGCAATTGACCGTGAGTTTCCGACG
gi|4 : gATCGTCGGAAACCCACGGCTGGATGCAC-A--TCTTTTGCCTCCC-GTGGAACA-CAA---GAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------GTTGCATAACTCATTAAAG------------TGCATGACTTTACGAGACCAGTCGACAACCAATGATGATCACCATA--AGTATTTCCA--AA-CT-CAAAATGCCAGTAGTAATGACGGCGCACATGAAAGTA------TATATT--ATGATTATATTT-A-ATACCAAATT----T-CCGGTTCTTTTGGAAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGACGAAAGACC--GAGT-CCATT-CAAAAA-A---TTAAAAT-ATTCCTGTAT----GTTTGA---TAAAAAGTAACG-AG---ACTACGAG------TGTTGATCTTTAAAATGTACACGTAGAC-C--T---GTACAC-AGG--CGTGTA-CGCAGTGGTAAAGGTTTGGTTTGGTA---G---C--------ATA-----------------CCCCCTGTCTTTAC----A-GA-CA-CAAAC--CCAA--T--C----T-TATGTTTCA--ATAATACAAATGAA--G-TATCTC-GTTAT-GCATTG----TA-AATAGT-CTAACTT-GTAC-T------TA---G-TTAAAGTCC--TCACTCCGA-AAG-TA---ATAT---------T-------------T--TCT--T-TACT---T---T-------A-AAAA-GG------GT-CT-TTCATTGG-CTGAG-TATC-GCAATAC-GGC-----ATT-GCA-TTGCGA--CTAA-TCATA-T-CCAGTC-GCCGCAACACACCTTG-CAGCG-AAAATATCGATG---T--TGTGT-CCCACGGTAGGT-AACAGAA
gi|5 : TATATCCG-GATTCT-CAAAATGT--ATAGTGATGGCGACACCCAAGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---TTACAGACAAAATT----G--CTGTTGTTGTGTTAAGCTTA-A-----C-ATACATGCTACC-----------T-ACATGTCATGAGTCGATGAAATACC--AAGT-CCGTTCC-CGAA-A---TTAAATT-GATCCCATAT----GATGGAACCTACCAAGTGGCG-GGCTAAATACGAG------T-CTGA------------ACATGTAGAC-----------------------GTA-TGCA-T-GTACA-----CGCTTGTTAG--G---CTGTTAAAGAAAGGCT---TTTTTTGCCT-CCCCATTCTTTAC----ACGACCA-AAGACTAAC-A--T--CCTAAT-C-CGCCTCAACATAATGCAGAT-AAATG-CA-CTCGGCCAA-GTATTGTGCCTA-ACGAGTGGCAACTTAAAAC-T------TA---ACTCAAAGAA---------CGA-AAGATA---ATTT---------TCTA-AT-----GTT--CCA--G-GACAAC-T---T-------A-GAAA-GGTTCTTTTT-TT-TTCATT-G-TTGAA-TATTAACAACACAGGA-----TTGCGTATTTGCGA--CCAATTCACACT-TAAGAA-GCCGATAC-TACCTTTACAGCGAAAAATATCGGTG---C--TGTGTCCCCACGAGAGAT-AAAAGAAAAGCCGTTACAACAGACCGTGGTATTCCGACG
gi|6 : agaCGTGAACCAATAGGAATGGTTGTA--AGCATTTCTG-GAA-CT-CAAAATGTCAGTAGTA--------------------------------T--AT-ATTAT---T-ACAGACAAAATT------------CCTGTG------CTA-A-----T-ATAA-------C-----------TCATATA-----ACCATATGAAATACC--AAGT-CTGTT-C-AAAATA---TTGCATT-GCTCCTGTAT----GATGGA---TAAGA-GTGGCA-AG---ACTACAAGAACTTGTGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACA---AACTCG--TA-CATCATATCAAA-----TGCTTGAT---------------------------TTTC---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GC-CA-CAATC--AC-ATTT--C----T-C-AGTTTCA--ATAATGAAGA-----------CTT-ACTAT-GCTTTG----TA-ACTTGT-CAAATTT-AAACATACCCGGTA---G-TCAAAATCC--TTGTATCAA-AAG-TC---ATGTTTTATTAACT----GT-----GCT--CCT--G-AACA---A---TGAA----A-AAAG-GG------GC-TTCTTCATATG-TTAAA-TATT-GCAATAC-GGA-----AAG-ATA-TTGTGG--CCAA-TCACA-TAAAAGAA-GCCGTGACACACATAC-------AAGATATCAATG---T--TGTGT-CTTACGAGAAGT-ACAA-AAG------TGCAGCCGATCGTGGGTTTC
gi|7 : cagtcaa--AGTATTTTGGAGAA-TTTCAA-----TGGTAGTAA-----GTG---ATGA--GTG------TATATT---T--TTAT---T-ACCGACAATATT-----ACTGGTTCT-GTGG--AGCTTA-AT----C-ACAC-------CG----------T-ATACA-----GG--GATGAAATACTCAAAGTGCCGTT-A-AAAA-AAAATTAAATTTGGTCCTGTAT----GATGGAT--TAAAAA--GATA-AA---TCTG-GAGT-----TGCTGA------------G-------------------ACATAAGATT---GTATTGCAATA-TAA-------GATTGGTA---G---C--------ATAACCTTTGTTTC---CCTCTTCTCGT-TTTAC----A-GG--A-AAAAT--AA-A-----C----C-C-TGCTTT---ATAAAGCAGATAAA--G-CAT-TC-GCTAAGGCTTTG----TA-ACT-------------AAC-T------TA---G-TCAAAGTACTTTTGCTTCAAGAAA-TACTTGTTT---------T----AT-----G-T--CC---G-AACAACTT---T-------ATAAAG-GG------AA-------------------TATC-ATAATAC-GGAAGTACATT-GTA-TTG
gi|8 : tcaatcaattctcattactcattaaaatgactgtgtatgtgtgttatcgcaaacggttgagggactatggG------TGCTGAGCATT-------ACATGTAGAC-CT-GCCTGTACAC-AGGCTTG--TA-CTTAGTGGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATATTTT---TTTT---CCTTCTCAGGTCTTTGC----A-GA-CACAAAAC--TC-A--T--CCC--T-C-TGTTTCA--ATAATGC--------------------TAA-GTTTTG----TA-AATAGT-CCAAATT-ATAC-T------TAATAG-TTAAAGTCC--TTGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----CTTCTCTGTT--CCG--A-AACA---CCCTT-------A-AAAATGG------CT-TT-TTC-TTGGCTTGAAT-ATC-ACAAAAC-GCAT----ATG-G-A-T-ACAAAACCAAATCACA-T-TAAAAA-GCTGTGACACACCTTC-CAGTG-AAAATATTAGTG---TTATATGT-CCCACAGGAGGT-GAAAGAAG------TGCAACCAACTGCGGGTTTCTGACa
gi|9 : ACAAACT---GAC-CATCATTGGAAACCCGCGGTCAGTTGCAC---TTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-TAA---CGC-------TGAT---------------ATTTTTGCACAACTCTTTAAAATGCAT-----------------G-----------------ACCT---------TACGTGACCT----------GTCAAGGACCAATAGGAATTGCCGTA--AGTAATTC-G-AAA-CT-TAGAACGTCAGTAGAAATGGCGGTCCCCATGGAAGTA------TATATACAACGATTAC---T-ACCGACCAAATT-----ATCGGTTCTTGTGGTAAACTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATACA-----AGCAGATGAAATACC--AAGT-CCATTAA-AAAA-A---TTAAATT-GCTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAATGGAG-AG---ACTattgcaaattgacaactggatatcatagtaaataaatatcatcatgaggg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAAACGATCATGTAAGATAGTTGAAACGCTACCATGTGAAATGCCCAATGCCTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 222 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444 111111 222222 22222222222222222222222222222222 222 111 111111 222222222222 333333333333333333333333 1111111111111111 11111111 1111 222222222222 1111111 11111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 22 11111
lowQualScore : 1 88 3 22 22 3 22 888 4 3 666 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 3333333333 55 3 3 3 5555 0 111111 55 2 777 4 0 444444 0 1 0 44444444444444444444444444444444 3 88888 44 3 000 7 000 3 1 7777 999 1 3 555 222222 555555555555 0 0 000000000000000000000000 3 0 88888 4444444444444444 88888888 777 8 4444 6 3 3 44 3 555555555555 3 44 0 9999999 33 3 3 3 7777 3 0 44 0 3 11111111 666 3 55 3 3 555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 999999999 1 3 77 3 3 22222 3 3 55 7 3 3 3 0 3 6 0 555 44 3 3 888888
lowQualScore : . .. . .. .. . .. ... . . ... ....... .......................................................................................... . .......... .. . . . .... . ...... .. . ... . . ...... . . . ................................ . ..... .. . ... . ... . . .... ... . . ... ...... ............ . . ........................ . . ..... ................ ........ ... . .... . . . .. . ............ . .. . ....... .. . . . .... . . .. . . ........ ... . .. . . ... ...................................................... . ......... . . .. . . ..... . . .. . . . . . . . . ... .. . . ......
lowQualScore : 0 00 2 88 00 2 22 333 0 6 444 0000000 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 8888888888 55 6 6 6 3333 7 555555 55 5 000 0 8 777777 7 8 4 44444444444444444444444444444444 3 33333 22 1 000 3 000 6 0 1111 222 2 3 444 999999 444444444444 3 3 444444444444444444444444 3 4 33333 7777777777777777 44444444 000 2 2222 7 3 3 66 3 222222222222 3 66 6 5555555 66 3 3 3 1111 6 2 22 5 6 77777777 444 6 00 3 3 888 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 666666666 4 6 99 6 6 77777 6 3 00 3 6 6 6 3 6 7 2 888 66 3 1 222222
consensus : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G-----------------A------------TGCGTGACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATT-GNTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCT-AA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AACA---C---T---A----AAAAG-G-----GCT-TTTTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
Reference ( family-3835 ) : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G-----------------A------------TGCGTGACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATT-GNTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCT-AA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AACA---C---T---A----AAAAG-G-----GCN-TTTTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
gi|1 : CATCATCAGAAATCCATAGTTGGTT--------TCTTTTACCTCCC-ATGGGACA-CAA---CAC-------CAAT---------------AT------------------------TTTTGCATAACACATTAAA-----------------A------------TGCATGACCTTATGGGACCTGTCGAGGACTGATGGGAATCACTGAA--AGTACTCCCG-GAA-CT-CAAA-CACCAGTAGTGGTGGTG----CCAC---------------TACT--ATGGTTAT---C-ACAGACAAAATT-----ACGGGTTCTTGTGATTAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-TCATA-----AGCAGATGAATTACC--AAGT-TTTTT-C-AAAAGA---TTGAAAT-GGTCCTGTAT----GATGGA---TAAATGGTGGTG-AG---AC-ACA--------TA--GA------------GCA-GTAG---T--GA--GTACAT-AGACTCG--TA-CACAGTAGTAAA-----TGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCT-GTCTTTATGTATA-AA-CA-CAAAC--AC-A--T--CCC--T-C-TGTTTCA--ATTACGCAGATTAA--G-CATCTT-GCT-AA-GCTTTG----TA-ACTAGT-TCAACTT-AAAC---------A---G-TCAAAGTCC--TTACTTCGA-AAG-TA---TTGT---------TTTCTAT-----GCT--CCT--G-AACA---C---TTT-G----ATAAG-G-----GGC-TTTTCATTGG-TTGAAT-ATT-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCAA--CCAA-TCACA-A-TAAGAA-GCCAAG--ACACCTTC-CAGCA-AAAATGT---TG---T--TGTAT-CCC----------AAAAGAAA------TGCAACCGACCAT--GTTTTCGA
gi|10 : catgctcttagaaatgtgcaagattgtgaatgtTTAC----A-GA-CA-CAAAC--AC-AC-T--C----CAC-CGTTTCA--AT-------------------------T----GCTTTG----TA-ACCTAT-CAAAATT-AAAC-G------TA---G-TCAAAATCC--TCGCTTCGA-AAG-GC---ATGTCTTG-----T----GT-----GCT--CCC--G-AACA---C---TGA-A----AAAAG-G-----ACTATTTTCATTGG-TTGAAC-ATC-ATAATGC-AGA-----ATA-GTA-TTGCGA--CCAA-TCGCA-T-TAAGAA-ACTCAGACACATCTTC-CAGCG-AAAATACTGACG---T--TGTGT-CCCATGGGAGGT-AAAAATCG------TGCAACCGACCGTGAGTTTCCGACGt
gi|11 : tttaCCCCTGTCTATATCTGTA-GA-CA-AGAAC--AC-A--T--C-------------CA--ATA---CAGAT-AAA-G-CATCTC-GCT-AA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACAT-AAAC-T------TA---G-CT------C--TCGCTTCAG-AAG-TA---ATGT---------TTTCTGT-----GCT--C---------------------------AAGG-G-----GCA-TTTTCACTGG-TTAAAT-ATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-CAAGAA-GCCGAGACACACTTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCAGGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACGatgacgaaatgacagcacgatatagctattatgacgtcattcgtatcacaca
gi|12 : A-AAG-TA---ATGT---------TTTCTAT-----GCT--CCT--G-AGCA---C---TTT-ATTCTAAAGG-G-----GCA-TTTTCATCCG-TTGGAT-ATC-ACAATAC-GGA-----ATG-GCA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-GAAAAAGGCCGAGACACACCTTC-CAGCGAAAAATATCAGCG---A--TGTGT-CCCTCGGGAGGTAAAAAGAAG------TGCAACCAACCGTGAGTTTCCGACG
gi|13 : aagaCACCGTCGCAAACCCACGGTCAGTTGCAC---TTCTTTTTCGTCCC-GTGGAACAACAA---CAT-------CGATCTTTTTGCATAACCTAT------------------------T-----------------A-----------------AATCGCATGACCTTACGTGACCT----------GTTGAGGACCAATGGGAATCGC-GTA--AGTATTTCCG-GA--CT-TAAAATATCA-TAGTAATGGCGGTACCCATGAAAGTA------TGTATT--ATCATTAA---T-ACACACAAAA-T----TACTGGTTC-CGTGGTAAACT---------------------------------------GA-----AGCCAATGAAATACC--AAGT-CCGTT-G-AAAattaatgaacgaaatatatcaagcgcagatataacgactcgttagaaatagttgaaatatatcacaca
gi|14 : --AAGT-CCGTT-A-AAAA-AG--TTAGATT-GTTCCTATATAATTGATGGG---TAAAAAGTTGCA-AG---ATTAAGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-T--T---GCACAT-AAACTC--GTA-CGCAAGAGCAAA-----CGCTTAGTA---G---C--------ATA-GG--------------TACCCCAGTCTTTAC----A-G---A-AAACC--AC-A--TCCC----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGATAAA--G-CATCTC-GTC-AA-GCTTTC----TATCCTAAT-GCAAATA-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCT--TCGCTTCAA-AAG-TA---Ata
gi|15 : A-CAG---CAT--------GAC---------------CT------------------------T-----------------G-----------------A------------T---TGACCT----------GTTGAGGACCAATGGAAATTGCCATATTGGCATTTCCA-GAA-TT-CAAAACGTTAGTAGCAATGGCAGCGTCCATGAAAGTACATGTATATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATTACTGTACAGGTTCTTGTGGTAAGCTTG-A-----C-AAAC-------C-----------T-ATACA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CTG
gi|16 : ttccatgtgacacaacattgattttttcacatatctcattaaGGCAAAATTA-C-----CGATTC-------C-----------T-ATATT-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT----AAA-A---TTACATT-GTTTCTGTAT----GATGTC---T-AAAAGTGGTGAAG---ACTTCGA
gi|17 : GGCAAAATTA-C-----CGATTC-------C-----------T-ATATT-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT----AAA-A---TTACATT-GTTTCTGTAT----GATGTC---T-AAAAGTGGTG-AG---ACTTCGA-------TACT-----------------------C-CCAA---GTACAT-TTATTC--ACA-CGCAGTGGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATACGGCtaccccaagtacatttatttcatcacgcactcagacgggttaaacgctattagacacaccgacttttcctc
gi|18 : aG---ACTACGAG------TGTTGA------------ACATG-ACAC-T--T---GTACAT-AGACTCG--TA-CGCAGTACGAAA-----CGCTTAGTA---G---C--------ATA-AGC----TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----AGGA-C--AAGTC--AC-A--TCCC----T-C-CGCTTCA--ATAATGTATATAAA--G-CATATC-TTC-AA-GCTTTG----T
gi|19 : -TTGGGA--CCAT-TCACA-T-TAAGAA-GCCGTGACACATCTTC-CACCA-AACATATTGGTG---T--TCTAA-GCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGAACATGAGTTTCCGATG
gi|19 : AACCCTATGAACAGCATCGGAAACTCATGTTCGGTTGCAC---TTCTTTTACCTCCC-GTGGCTTA-GAA---CAC-------CAAT---------------AT------------------------ctgttcatagggttagacacgatcaatacaatgc
gi|2 : ttgggaccattcacattaagaagccgtgacacatcttccaccaaac-GTGGGACA-CAA---CAT-------CCAT---------------CT------------------------T-----------------T-----------------G------------TGCATAACagacacgatcaatacaatgc
gi|2 : ACCT----------GTTGAGACCCAATGGAAATAACCGTA--AGCATTTCTG-GAA--T-C----TGTCAGTAGTAATGGCGACGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGTCAAAA-C----TACCGGTGTTTGTGGTAAGCTCACATGGGCC-ATGC-------CTACTCATACTGT-ATATA-----AGCCGATGAAATACG--AAGT-TCGTT-CAAAAA-A---TTAAATT-GCTCTTTTAT----G-------------AGTGGCG-AG---ACTATGAG------TGCTGA------------ACATATAGAC-T--T---GTAGAT---ACTC--GTA-CATAGCAGTAAA-----CGCTTGGTA---A---C--------ATA-GGCG---TTTT---CTTCCCCTAGACTTTAC----A-CA-CA-AAAGC--AC-A--T--CCT--C-C-CACTTAA--CCAAAGCAGAT-AA--ATTATATC-GCT-AA-GCTTTG----TA-ACAAAT-GCAACCT-AAAT-T------TA---G-TCAAAGTAT--TTGCTTCGA-TAG-TA---ATGT---------T-----T-----TCTACCCTTCGCAGCA---CTT-T---A----AAAAGTG-----GCT-TTTTTATTGG-TTGAA-TATC-GCATTAC-GGA-----ATG-GCA-TTGCGA--TCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGCCATACCTCC---GT------TATCGGTGAGTT--TTTTT-TCCATGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCGGACGtcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgttatcggtgagttttttttccatgggaggtaaaagaagtgcaaccgaccgtgggtttcggacgatggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|2 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttTTTGTTT--CGTACAAACCCTTCAC-CATCGTCCGAAACCCACGGTCGGTTG--C-ACTTCTTTTACCTCCC-ATGGAAAA-AAAACTCAC-------CGAT---------------Aatggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|20 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgtGGTTGGTT--AC-ACTTCTTTTACCTCCCCGTGGGGCA-CAA---CATAACTTGTTGAA---------------ATGCA---------------------T-----------------G-----------------ACC----------TACGTGACCT----------GTTGAGGACCAATGGAAATCGCCGTT--AGTATTTCCG-GAA-TT-GAAAACGTCAGTacgct
gi|21 : AGATGCATTATCGGAACCCCACAGTCGGTTGCAC--TTTTTTTCTTCTTCT-TCAGGAAA-CAG---CAgatggact
gi|22 : TAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTTGACTC--A---GT---T---------GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---G--------ATA-GTCT---TTTccgctcataaatcatagtactagtactgtgcgtac
gi|23 : aGCG-AAAA-AGGGGCG---T--TGTGT-TCCACGGGAGGT-AAAAGAAA------T---ACTG--TGTGGATTTCCGACc
gi|25 : AGAAG------TGCAACCGAACGTGGGTTTCCGACGa
gi|26 : AAATAAG------TGCAACCGACCGTGGGCTTCCGACGaagatgcaaaaataa
gi|27 : cggGAAGT-ACAAGAAG------TGCAACCGACCGTTGGTTTCCGAatgag
gi|3 : tccTTAGTTTACCGCACAA---CTAAACGCATTGTCGCAAACCCACGGTCGGTTGCACCACTTTTTTTACCTCTC-GTGGGACG-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G------------------------------TACGTGACTT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGTCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTTAACAGTAATGGCGGCGGCCATGAAA-------------CT--ATGATTAT---T-ACAGACAAGATT----TACCAGTTATTGTGGTAAG---------------AC-------C-----------T-ATATA-----AGCCAATGAAATATC--AAGT-GTGTT-C-AATA-A---TTAAATG-CTTCCTGTAT----GATGGA---TATAAGGTGGGG-AG---ACTACGAG------TGCCGA------------ACATGCAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA--GCAGCATTAAA-----CGCTTGGTACATGTACC--------ATA-GTTT---TTTT---CGTCCCCC-GTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AT-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCCAAA-GCTTTG----TA-ATTAGT-CTAACTT-AAAC-T------T----G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------A----GT-----GCT--CCT--G-GACA---C---T---A----------------------TTCAATGG-TTGAATTATC-GCAATTC-AGA-----ATT-GTA-TTGCGA--CCAT-TCACA-T-TAAGAA-ACCGAGACACACTTCC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCTACGTGAAGT-AAAAGAAG------TGCAATTGACCGTGAGTTTCCGACG
gi|4 : gATCGTCGGAAACCCACGGCTGGATGCAC-A--TCTTTTGCCTCCC-GTGGAACA-CAA---GAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------GTTGCATAACTCATTAAAG------------TGCATGACTTTACGAGACCAGTCGACAACCAATGATGATCACCATA--AGTATTTCCA--AA-CT-CAAAATGCCAGTAGTAATGACGGCGCACATGAAAGTA------TATATT--ATGATTATATTT-A-ATACCAAATT----T-CCGGTTCTTTTGGAAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGACGAAAGACC--GAGT-CCATT-CAAAAA-A---TTAAAAT-ATTCCTGTAT----GTTTGA---TAAAAAGTAACG-AG---ACTACGAG------TGTTGATCTTTAAAATGTACACGTAGAC-C--T---GTACAC-AGG--CGTGTA-CGCAGTGGTAAAGGTTTGGTTTGGTA---G---C--------ATA------------------CCCCCTGTCTTTAC----A-GA-CA-CAAAC--CCAA--T--C----T-TATGTTTCA--ATAATACAAATGAA--G-TATCTC-GTT-AT-GCATTG----TA-AATAGT-CTAACTT-GTAC-T------TA---G-TTAAAGTCC--TCACTCCGA-AAG-TA---ATAT---------T-------------T--TCT--T-TACT---T---T---A----AAAAG-G-----G-T-CTTTCATTGG-CTGAG-TATC-GCAATAC-GGC-----ATT-GCA-TTGCGA--CTAA-TCATA-T-CCAGTC-GCCGCAACACACCTTG-CAGCG-AAAATATCGATG---T--TGTGT-CCCACGGTAGGT-AACAGAA
gi|5 : TATATCCG-GATTCT-CAAAATGT--ATAGTGATGGCGACACCCAAGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---TTACAGACAAAATT----G--CTGTTGTTGTGTTAAGCTTA-A-----C-ATACATGCTACC-----------T-ACATGTCATGAGTCGATGAAATACC--AAGT-CCGTTCC-CGAA-A---TTAAATT-GATCCCATAT----GATGGAACCTACCAAGTGGCG-GGCTAAATACGAG------T-CTGA------------ACATGTAGAC-----------------------GTA-TGCA-T-GTACA-----CGCTTGTTAG--G---CTGTTAAAGAAA-GGCT---TTTTTTGCCT-CCCCATTCTTTAC----ACGACCA-AAGACTAAC-A--T--CCTAAT-C-CGCCTCAACATAATGCAGAT-AAATG-CA-CTCGGCC-AA-GTATTGTGCCTA-ACGAGTGGCAACTTAAAAC-T------TA---ACTCAAAGAA---------CGA-AAGATA---ATTT---------TCTA-AT-----GTT--CCA--G-GACAAC-T---T---A----GAAAG-GTTCTTTTT-TTTTCATT-G-TTGAA-TATTAACAACACAGGA-----TTGCGTATTTGCGA--CCAATTCACACT-TAAGAA-GCCGATAC-TACCTTTACAGCGAAAAATATCGGTG---C--TGTGTCCCCACGAGAGAT-AAAAGAAAAGCCGTTACAACAGACCGTGGTATTCCGACG
gi|6 : agaCGTGAACCAATAGGAATGGTTGTA--AGCATTTCTG-GAA-CT-CAAAATGTCAGTAGTA--------------------------------T--AT-ATTAT---T-ACAGACAAAATT------------CCTGTG------CTA-A-----T-ATAA-------C-----------TCATATA-----ACCATATGAAATACC--AAGT-CTGTT-C-AAAATA---TTGCATT-GCTCCTGTAT----GATGGA---TAAGA-GTGGCA-AG---ACTACAAGAACTTGTGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACA---AACTCG--TA-CATCATATCAAA-----TGCTTGAT----------------------------TTTC---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GC-CA-CAATC--AC-ATTT--C----T-C-AGTTTCA--ATAATGAAGA-----------CTT-ACT-AT-GCTTTG----TA-ACTTGT-CAAATTT-AAACATACCCGGTA---G-TCAAAATCC--TTGTATCAA-AAG-TC---ATGTTTTATTAACT----GT-----GCT--CCT--G-AACA---A---TGAAA----AAAGG-G-----GCT-TCTTCATATG-TTAAA-TATT-GCAATAC-GGA-----AAG-ATA-TTGTGG--CCAA-TCACA-TAAAAGAA-GCCGTGACACACATAC-------AAGATATCAATG---T--TGTGT-CTTACGAGAAGT-ACAA-AAG------TGCAGCCGATCGTGGGTTTC
gi|7 : cagtcaa--AGTATTTTGGAGAA-TTTCAA-----TGGTAGTAA-----GTG---ATGA--GTG------TATATT---T--TTAT---T-ACCGACAATATT-----ACTGGTTCT-GTGG--AGCTTA-AT----C-ACAC-------CG----------T-ATACA-----GG--GATGAAATACTCAAAGTGCCGTT-A-AAAA-AAAATTAAATTTGGTCCTGTAT----GATGGAT--TAAAAA--GATA-AA---TCTG-GAGT-----TGCTGA------------G-------------------ACATAAGATT---GTATTGCAATA-TAA-------GATTGGTA---G---C--------ATA-ACCTTTGTTTC---CCTCTTCTCGT-TTTAC----A-GG--A-AAAAT--AA-A-----C----C-C-TGCTTT---ATAAAGCAGATAAA--G-CAT-TC-GCT-AAGGCTTTG----TA-ACT-------------AAC-T------TA---G-TCAAAGTACTTTTGCTTCAAGAAA-TACTTGTTT---------T----AT-----G-T--CC---G-AACAACTT---T---A----TAAAG-G----------------------GAA-TATC-ATAATAC-GGAAGTACATT-GTA-TTG
gi|8 : tcaatcaattctcattactcattaaaatgactgtgtatgtgtgttatcgcaaacggttgagggactatggG------TGCTGAGCATT-------ACATGTAGAC-CT-GCCTGTACAC-AGGCTTG--TA-CTTAGTGGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-TTTT---TTTT---CCTTCTCAGGTCTTTGC----A-GA-CACAAAAC--TC-A--T--CCC--T-C-TGTTTCA--ATAATGC--------------------T-AA-GTTTTG----TA-AATAGT-CCAAATT-ATAC-T------TAATAG-TTAAAGTCC--TTGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----CTTCTCTGTT--CCG--A-AACA---CCCTT---A----AAAAT-G-----GCT-TTTTC-TTGGCTTGAAT-ATC-ACAAAAC-GCAT----ATG-G-A-T-ACAAAACCAAATCACA-T-TAAAAA-GCTGTGACACACCTTC-CAGTG-AAAATATTAGTG---TTATATGT-CCCACAGGAGGT-GAAAGAAG------TGCAACCAACTGCGGGTTTCTGACa
gi|9 : ACAAACT---GAC-CATCATTGGAAACCCGCGGTCAGTTGCAC---TTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-TAA---CGC-------TGAT---------------ATTTTTGCACAACTCTTTAAAATGCAT-----------------G-----------------ACCT---------TACGTGACCT----------GTCAAGGACCAATAGGAATTGCCGTA--AGTAATTC-G-AAA-CT-TAGAACGTCAGTAGAAATGGCGGTCCCCATGGAAGTA------TATATACAACGATTAC---T-ACCGACCAAATT-----ATCGGTTCTTGTGGTAAACTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATACA-----AGCAGATGAAATACC--AAGT-CCATTAA-AAAA-A---TTAAATT-GCTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAATGGAG-AG---ACTattgcaaattgacaactggatatcatagtaaataaatatcatcatgaggg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAAACGATCATGTAAGATAGTTGAAACGCTACCATGTGAAATGCCCAATGCCTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 222 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444 111111 222222 22222222222222222222222222222222 222 111 111111 222222222222 333333333333333333333333 1111111111111111 11111111 1111 222222222222 1111111 11111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 22 11111
lowQualScore : 1 88 3 22 22 3 22 888 4 3 666 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 3333333333 55 3 3 3 5555 0 111111 55 2 777 4 0 444444 0 1 0 44444444444444444444444444444444 3 88888 44 3 000 7 000 3 1 7777 999 1 3 555 222222 555555555555 0 0 000000000000000000000000 3 0 88888 4444444444444444 88888888 777 8 4444 6 3 3 44 3 555555555555 3 44 0 9999999 33 3 6 7777 3 0 44 0 3 11111111 666 3 55 3 3 555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 333333333 1 3 77 3 3 22222 3 3 55 7 3 3 3 0 3 6 0 555 44 3 3 888888
lowQualScore : . .. . .. .. . .. ... . . ... ....... .......................................................................................... . .......... .. . . . .... . ...... .. . ... . . ...... . . . ................................ . ..... .. . ... . ... . . .... ... . . ... ...... ............ . . ........................ . . ..... ................ ........ ... . .... . . . .. . ............ . .. . ....... .. . . .... . . .. . . ........ ... . .. . . ... ...................................................... . ......... . . .. . . ..... . . .. . . . . . . . . ... .. . . ......
lowQualScore : 0 00 2 88 00 2 22 333 0 6 444 0000000 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 8888888888 55 6 6 6 3333 7 555555 55 5 000 0 8 777777 7 8 4 44444444444444444444444444444444 3 33333 22 1 000 3 000 6 0 1111 222 2 3 444 999999 444444444444 3 3 444444444444444444444444 3 4 33333 7777777777777777 44444444 000 2 2222 7 3 3 66 3 222222222222 3 66 6 5555555 66 3 7 1111 6 2 22 5 6 77777777 444 6 00 3 3 888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 999999999 4 6 99 6 6 77777 6 3 00 3 6 6 6 3 6 7 2 888 66 3 1 222222
consensus : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G-----------------A------------TGCGTGACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATT-GNTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AACA---C---T---A----AAAAG-G-----GCT-TTTTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
Reference ( family-3835 ) : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G-----------------A------------TGCGTGACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATT-GNTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AACA---C---T---A----AAAAG-G-----GCT-TTTTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
gi|1 : CATCATCAGAAATCCATAGTTGGTT--------TCTTTTACCTCCC-ATGGGACA-CAA---CAC-------CAAT---------------AT------------------------TTTTGCATAACACATTAAA-----------------A------------TGCATGACCTTATGGGACCTGTCGAGGACTGATGGGAATCACTGAA--AGTACTCCCG-GAA-CT-CAAA-CACCAGTAGTGGTGGTG----CCAC---------------TACT--ATGGTTAT---C-ACAGACAAAATT-----ACGGGTTCTTGTGATTAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-TCATA-----AGCAGATGAATTACC--AAGT-TTTTT-C-AAAAGA---TTGAAAT-GGTCCTGTAT----GATGGA---TAAATGGTGGTG-AG---AC-ACA--------TA--GA------------GCA-GTAG---T--GA--GTACAT-AGACTCG--TA-CACAGTAGTAAA-----TGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCT-GTCTTTATGTATA-AA-CA-CAAAC--AC-A--T--CCC--T-C-TGTTTCA--ATTACGCAGATTAA--G-CATCTT-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-TCAACTT-AAAC---------A---G-TCAAAGTCC--TTACTTCGA-AAG-TA---TTGT---------TTTCTAT-----GCT--CCT--G-AACA---C---TTTGA----TAAGG-G-----GCT-TTT-CATTGG-TTGAAT-ATT-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCAA--CCAA-TCACA-A-TAAGAA-GCCAAG--ACACCTTC-CAGCA-AAAATGT---TG---T--TGTAT-CCC----------AAAAGAAA------TGCAACCGACCAT--GTTTTCGA
gi|10 : catgctcttagaaatgtgcaagattgtgaatgtTTAC----A-GA-CA-CAAAC--AC-AC-T--C----CAC-CGTTTCA--AT-------------------------T---GCTTTG----TA-ACCTAT-CAAAATT-AAAC-G------TA---G-TCAAAATCC--TCGCTTCGA-AAG-GC---ATGTCTTG-----T----GT-----GCT--CCC--G-AACA---C---TGA-A----AAAAG-G-----ACTATTTTCATTGG-TTGAAC-ATC-ATAATGC-AGA-----ATA-GTA-TTGCGA--CCAA-TCGCA-T-TAAGAA-ACTCAGACACATCTTC-CAGCG-AAAATACTGACG---T--TGTGT-CCCATGGGAGGT-AAAAATCG------TGCAACCGACCGTGAGTTTCCGACGt
gi|11 : tttaCCCCTGTCTATATCTGTA-GA-CA-AGAAC--AC-A--T--C-------------CA--ATA---CAGAT-AAA-G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACAT-AAAC-T------TA---G-CT------C--TCGCTTCAG-AAG-TA---ATGT---------TTTCTGT-----GCT--C---------------------------AAGG-G-----GCA-TTTTCACTGG-TTAAAT-ATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-CAAGAA-GCCGAGACACACTTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCAGGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACGatgacgaaatgacagcacgatatagctattatgacgtcattcgtatcacaca
gi|12 : A-AAG-TA---ATGT---------TTTCTAT-----GCT--CCT--G-AGCA---C---TTT-ATTCTAAAGG-G-----GCA-TTTTCATCCG-TTGGAT-ATC-ACAATAC-GGA-----ATG-GCA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-GAAAAAGGCCGAGACACACCTTC-CAGCGAAAAATATCAGCG---A--TGTGT-CCCTCGGGAGGTAAAAAGAAG------TGCAACCAACCGTGAGTTTCCGACG
gi|13 : aagaCACCGTCGCAAACCCACGGTCAGTTGCAC---TTCTTTTTCGTCCC-GTGGAACAACAA---CAT-------CGATCTTTTTGCATAACCTAT------------------------T-----------------A-----------------AATCGCATGACCTTACGTGACCT----------GTTGAGGACCAATGGGAATCGC-GTA--AGTATTTCCG-GA--CT-TAAAATATCA-TAGTAATGGCGGTACCCATGAAAGTA------TGTATT--ATCATTAA---T-ACACACAAAA-T----TACTGGTTC-CGTGGTAAACT---------------------------------------GA-----AGCCAATGAAATACC--AAGT-CCGTT-G-AAAattaatgaacgaaatatatcaagcgcagatataacgactcgttagaaatagttgaaatatatcacaca
gi|14 : --AAGT-CCGTT-A-AAAA-AG--TTAGATT-GTTCCTATATAATTGATGGG---TAAAAAGTTGCA-AG---ATTAAGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-T--T---GCACAT-AAACTC--GTA-CGCAAGAGCAAA-----CGCTTAGTA---G---C--------ATA-GG--------------TACCCCAGTCTTTAC----A-G---A-AAACC--AC-A--TCCC----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGATAAA--G-CATCTC-GTCAA-GCTTTC----TATCCTAAT-GCAAATA-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCT--TCGCTTCAA-AAG-TA---Ata
gi|15 : A-CAG---CAT--------GAC---------------CT------------------------T-----------------G-----------------A------------T---TGACCT----------GTTGAGGACCAATGGAAATTGCCATATTGGCATTTCCA-GAA-TT-CAAAACGTTAGTAGCAATGGCAGCGTCCATGAAAGTACATGTATATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATTACTGTACAGGTTCTTGTGGTAAGCTTG-A-----C-AAAC-------C-----------T-ATACA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CTG
gi|16 : ttccatgtgacacaacattgattttttcacatatctcattaaGGCAAAATTA-C-----CGATTC-------C-----------T-ATATT-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT----AAA-A---TTACATT-GTTTCTGTAT----GATGTC---T-AAAAGTGGTGAAG---ACTTCGA
gi|17 : GGCAAAATTA-C-----CGATTC-------C-----------T-ATATT-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT----AAA-A---TTACATT-GTTTCTGTAT----GATGTC---T-AAAAGTGGTG-AG---ACTTCGA-------TACT-----------------------C-CCAA---GTACAT-TTATTC--ACA-CGCAGTGGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATACGGCtaccccaagtacatttatttcatcacgcactcagacgggttaaacgctattagacacaccgacttttcctc
gi|18 : aG---ACTACGAG------TGTTGA------------ACATG-ACAC-T--T---GTACAT-AGACTCG--TA-CGCAGTACGAAA-----CGCTTAGTA---G---C--------ATA-AGC----TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----AGGA-C--AAGTC--AC-A--TCCC----T-C-CGCTTCA--ATAATGTATATAAA--G-CATATC-TTCAA-GCTTTG----T
gi|19 : -TTGGGA--CCAT-TCACA-T-TAAGAA-GCCGTGACACATCTTC-CACCA-AACATATTGGTG---T--TCTAA-GCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGAACATGAGTTTCCGATG
gi|19 : AACCCTATGAACAGCATCGGAAACTCATGTTCGGTTGCAC---TTCTTTTACCTCCC-GTGGCTTA-GAA---CAC-------CAAT---------------AT------------------------ctgttcatagggttagacacgatcaatacaatgc
gi|2 : ttgggaccattcacattaagaagccgtgacacatcttccaccaaac-GTGGGACA-CAA---CAT-------CCAT---------------CT------------------------T-----------------T-----------------G------------TGCATAACagacacgatcaatacaatgc
gi|2 : ACCT----------GTTGAGACCCAATGGAAATAACCGTA--AGCATTTCTG-GAA--T-C----TGTCAGTAGTAATGGCGACGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGTCAAAA-C----TACCGGTGTTTGTGGTAAGCTCACATGGGCC-ATGC-------CTACTCATACTGT-ATATA-----AGCCGATGAAATACG--AAGT-TCGTT-CAAAAA-A---TTAAATT-GCTCTTTTAT----G-------------AGTGGCG-AG---ACTATGAG------TGCTGA------------ACATATAGAC-T--T---GTAGAT---ACTC--GTA-CATAGCAGTAAA-----CGCTTGGTA---A---C--------ATA-GGCG---TTTT---CTTCCCCTAGACTTTAC----A-CA-CA-AAAGC--AC-A--T--CCT--C-C-CACTTAA--CCAAAGCAGAT-AA--ATTATATC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACAAAT-GCAACCT-AAAT-T------TA---G-TCAAAGTAT--TTGCTTCGA-TAG-TA---ATGT---------T-----T-----TCTACCCTTCGCAGCA---CTT-T---A----AAAAGTG-----GCT-TTTTTATTGG-TTGAA-TATC-GCATTAC-GGA-----ATG-GCA-TTGCGA--TCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGCCATACCTCC---GT------TATCGGTGAGTT--TTTTT-TCCATGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCGGACGtcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgttatcggtgagttttttttccatgggaggtaaaagaagtgcaaccgaccgtgggtttcggacgatggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|2 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttTTTGTTT--CGTACAAACCCTTCAC-CATCGTCCGAAACCCACGGTCGGTTG--C-ACTTCTTTTACCTCCC-ATGGAAAA-AAAACTCAC-------CGAT---------------Aatggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|20 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgtGGTTGGTT--AC-ACTTCTTTTACCTCCCCGTGGGGCA-CAA---CATAACTTGTTGAA---------------ATGCA---------------------T-----------------G-----------------ACC----------TACGTGACCT----------GTTGAGGACCAATGGAAATCGCCGTT--AGTATTTCCG-GAA-TT-GAAAACGTCAGTacgct
gi|21 : AGATGCATTATCGGAACCCCACAGTCGGTTGCAC--TTTTTTTCTTCTTCT-TCAGGAAA-CAG---CAgatggact
gi|22 : TAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTTGACTC--A---GT---T---------GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---G--------ATA-GTCT---TTTccgctcataaatcatagtactagtactgtgcgtac
gi|23 : aGCG-AAAA-AGGGGCG---T--TGTGT-TCCACGGGAGGT-AAAAGAAA------T---ACTG--TGTGGATTTCCGACc
gi|25 : AGAAG------TGCAACCGAACGTGGGTTTCCGACGa
gi|26 : AAATAAG------TGCAACCGACCGTGGGCTTCCGACGaagatgcaaaaataa
gi|27 : cggGAAGT-ACAAGAAG------TGCAACCGACCGTTGGTTTCCGAatgag
gi|3 : tccTTAGTTTACCGCACAA---CTAAACGCATTGTCGCAAACCCACGGTCGGTTGCACCACTTTTTTTACCTCTC-GTGGGACG-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G------------------------------TACGTGACTT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGTCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTTAACAGTAATGGCGGCGGCCATGAAA-------------CT--ATGATTAT---T-ACAGACAAGATT----TACCAGTTATTGTGGTAAG---------------AC-------C-----------T-ATATA-----AGCCAATGAAATATC--AAGT-GTGTT-C-AATA-A---TTAAATG-CTTCCTGTAT----GATGGA---TATAAGGTGGGG-AG---ACTACGAG------TGCCGA------------ACATGCAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA--GCAGCATTAAA-----CGCTTGGTACATGTACC--------ATA-GTTT---TTTT---CGTCCCCC-GTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AT-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCCAAAGCTTTG----TA-ATTAGT-CTAACTT-AAAC-T------T----G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------A----GT-----GCT--CCT--G-GACA---C---T---A----------------------TTCAATGG-TTGAATTATC-GCAATTC-AGA-----ATT-GTA-TTGCGA--CCAT-TCACA-T-TAAGAA-ACCGAGACACACTTCC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCTACGTGAAGT-AAAAGAAG------TGCAATTGACCGTGAGTTTCCGACG
gi|4 : gATCGTCGGAAACCCACGGCTGGATGCAC-A--TCTTTTGCCTCCC-GTGGAACA-CAA---GAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------GTTGCATAACTCATTAAAG------------TGCATGACTTTACGAGACCAGTCGACAACCAATGATGATCACCATA--AGTATTTCCA--AA-CT-CAAAATGCCAGTAGTAATGACGGCGCACATGAAAGTA------TATATT--ATGATTATATTT-A-ATACCAAATT----T-CCGGTTCTTTTGGAAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGACGAAAGACC--GAGT-CCATT-CAAAAA-A---TTAAAAT-ATTCCTGTAT----GTTTGA---TAAAAAGTAACG-AG---ACTACGAG------TGTTGATCTTTAAAATGTACACGTAGAC-C--T---GTACAC-AGG--CGTGTA-CGCAGTGGTAAAGGTTTGGTTTGGTA---G---C--------ATA------------------CCCCCTGTCTTTAC----A-GA-CA-CAAAC--CCAA--T--C----T-TATGTTTCA--ATAATACAAATGAA--G-TATCTC-GTTAT-GCATTG----TA-AATAGT-CTAACTT-GTAC-T------TA---G-TTAAAGTCC--TCACTCCGA-AAG-TA---ATAT---------T-------------T--TCT--T-TACT---T---T---A----AAAAG-G-----G-T-CTTTCATTGG-CTGAG-TATC-GCAATAC-GGC-----ATT-GCA-TTGCGA--CTAA-TCATA-T-CCAGTC-GCCGCAACACACCTTG-CAGCG-AAAATATCGATG---T--TGTGT-CCCACGGTAGGT-AACAGAA
gi|5 : TATATCCG-GATTCT-CAAAATGT--ATAGTGATGGCGACACCCAAGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---TTACAGACAAAATT----G--CTGTTGTTGTGTTAAGCTTA-A-----C-ATACATGCTACC-----------T-ACATGTCATGAGTCGATGAAATACC--AAGT-CCGTTCC-CGAA-A---TTAAATT-GATCCCATAT----GATGGAACCTACCAAGTGGCG-GGCTAAATACGAG------T-CTGA------------ACATGTAGAC-----------------------GTA-TGCA-T-GTACA-----CGCTTGTTAG--G---CTGTTAAAGAAA-GGCT---TTTTTTGCCT-CCCCATTCTTTAC----ACGACCA-AAGACTAAC-A--T--CCTAAT-C-CGCCTCAACATAATGCAGAT-AAATG-CA-CTCGGCCAA-GTATTGTGCCTA-ACGAGTGGCAACTTAAAAC-T------TA---ACTCAAAGAA---------CGA-AAGATA---ATTT---------TCTA-AT-----GTT--CCA--G-GACAAC-T---T---A----GAAAG-GTTCTTTTT-TTTTCATT-G-TTGAA-TATTAACAACACAGGA-----TTGCGTATTTGCGA--CCAATTCACACT-TAAGAA-GCCGATAC-TACCTTTACAGCGAAAAATATCGGTG---C--TGTGTCCCCACGAGAGAT-AAAAGAAAAGCCGTTACAACAGACCGTGGTATTCCGACG
gi|6 : agaCGTGAACCAATAGGAATGGTTGTA--AGCATTTCTG-GAA-CT-CAAAATGTCAGTAGTA--------------------------------T--AT-ATTAT---T-ACAGACAAAATT------------CCTGTG------CTA-A-----T-ATAA-------C-----------TCATATA-----ACCATATGAAATACC--AAGT-CTGTT-C-AAAATA---TTGCATT-GCTCCTGTAT----GATGGA---TAAGA-GTGGCA-AG---ACTACAAGAACTTGTGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACA---AACTCG--TA-CATCATATCAAA-----TGCTTGAT----------------------------TTTC---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GC-CA-CAATC--AC-ATTT--C----T-C-AGTTTCA--ATAATGAAGA-----------CTT-ACTAT-GCTTTG----TA-ACTTGT-CAAATTT-AAACATACCCGGTA---G-TCAAAATCC--TTGTATCAA-AAG-TC---ATGTTTTATTAACT----GT-----GCT--CCT--G-AACA---A---TGAAA----AAAGG-G-----GCT-TCTTCATATG-TTAAA-TATT-GCAATAC-GGA-----AAG-ATA-TTGTGG--CCAA-TCACA-TAAAAGAA-GCCGTGACACACATAC-------AAGATATCAATG---T--TGTGT-CTTACGAGAAGT-ACAA-AAG------TGCAGCCGATCGTGGGTTTC
gi|7 : cagtcaa--AGTATTTTGGAGAA-TTTCAA-----TGGTAGTAA-----GTG---ATGA--GTG------TATATT---T--TTAT---T-ACCGACAATATT-----ACTGGTTCT-GTGG--AGCTTA-AT----C-ACAC-------CG----------T-ATACA-----GG--GATGAAATACTCAAAGTGCCGTT-A-AAAA-AAAATTAAATTTGGTCCTGTAT----GATGGAT--TAAAAA--GATA-AA---TCTG-GAGT-----TGCTGA------------G-------------------ACATAAGATT---GTATTGCAATA-TAA-------GATTGGTA---G---C--------ATA-ACCTTTGTTTC---CCTCTTCTCGT-TTTAC----A-GG--A-AAAAT--AA-A-----C----C-C-TGCTTT---ATAAAGCAGATAAA--G-CAT-TC-GCTAAGGCTTTG----TA-ACT-------------AAC-T------TA---G-TCAAAGTACTTTTGCTTCAAGAAA-TACTTGTTT---------T----AT-----G-T--CC---G-AACAACTT---T---A----TAAAG-G----------------------GAA-TATC-ATAATAC-GGAAGTACATT-GTA-TTG
gi|8 : tcaatcaattctcattactcattaaaatgactgtgtatgtgtgttatcgcaaacggttgagggactatggG------TGCTGAGCATT-------ACATGTAGAC-CT-GCCTGTACAC-AGGCTTG--TA-CTTAGTGGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-TTTT---TTTT---CCTTCTCAGGTCTTTGC----A-GA-CACAAAAC--TC-A--T--CCC--T-C-TGTTTCA--ATAATGC--------------------TAA-GTTTTG----TA-AATAGT-CCAAATT-ATAC-T------TAATAG-TTAAAGTCC--TTGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----CTTCTCTGTT--CCG--A-AACA---CCCTT---A----AAAAT-G-----GCT-TTTTC-TTGGCTTGAAT-ATC-ACAAAAC-GCAT----ATG-G-A-T-ACAAAACCAAATCACA-T-TAAAAA-GCTGTGACACACCTTC-CAGTG-AAAATATTAGTG---TTATATGT-CCCACAGGAGGT-GAAAGAAG------TGCAACCAACTGCGGGTTTCTGACa
gi|9 : ACAAACT---GAC-CATCATTGGAAACCCGCGGTCAGTTGCAC---TTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-TAA---CGC-------TGAT---------------ATTTTTGCACAACTCTTTAAAATGCAT-----------------G-----------------ACCT---------TACGTGACCT----------GTCAAGGACCAATAGGAATTGCCGTA--AGTAATTC-G-AAA-CT-TAGAACGTCAGTAGAAATGGCGGTCCCCATGGAAGTA------TATATACAACGATTAC---T-ACCGACCAAATT-----ATCGGTTCTTGTGGTAAACTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATACA-----AGCAGATGAAATACC--AAGT-CCATTAA-AAAA-A---TTAAATT-GCTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAATGGAG-AG---ACTattgcaaattgacaactggatatcatagtaaataaatatcatcatgaggg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAAACGATCATGTAAGATAGTTGAAACGCTACCATGTGAAATGCCCAATGCCTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 222 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444 111111 222222 22222222222222222222222222222222 222 111 111111 222222222222 333333333333333333333333 1111111111111111 11111111 1111 222222222222 1111111 11111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 22 11111
lowQualScore : 1 88 3 22 22 3 22 888 4 3 666 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 3333333333 55 3 3 3 5555 0 111111 55 2 777 4 0 444444 0 1 0 44444444444444444444444444444444 3 88888 44 3 000 7 000 3 1 7777 999 1 3 555 222222 555555555555 0 0 000000000000000000000000 3 0 88888 4444444444444444 88888888 777 8 4444 6 3 3 44 3 555555555555 3 44 0 9999999 33 3 6 7777 3 0 44 0 3 11111111 666 3 55 3 3 555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 333333333 1 3 77 3 3 22222 3 3 55 7 3 3 3 0 3 6 0 555 44 3 3 888888
lowQualScore : . .. . .. .. . .. ... . . ... ....... .......................................................................................... . .......... .. . . . .... . ...... .. . ... . . ...... . . . ................................ . ..... .. . ... . ... . . .... ... . . ... ...... ............ . . ........................ . . ..... ................ ........ ... . .... . . . .. . ............ . .. . ....... .. . . .... . . .. . . ........ ... . .. . . ... ...................................................... . ......... . . .. . . ..... . . .. . . . . . . . . ... .. . . ......
lowQualScore : 0 00 2 88 00 2 22 333 0 6 444 0000000 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 8888888888 55 6 6 6 3333 7 555555 55 5 000 0 8 777777 7 8 4 44444444444444444444444444444444 3 33333 22 1 000 3 000 6 0 1111 222 2 3 444 999999 444444444444 3 3 444444444444444444444444 3 4 33333 7777777777777777 44444444 000 2 2222 7 3 3 66 3 222222222222 3 66 6 5555555 66 3 7 1111 6 2 22 5 6 77777777 444 6 00 3 3 888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 999999999 4 6 99 6 6 77777 6 3 00 3 6 6 6 3 6 7 2 888 66 3 1 222222
consensus : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G-----------------A------------TGCGTGACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATT-GNTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AACA---C---T---A----AAAAG-G-----GCT-TTTTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
Reference ( family-3835 ) : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G-----------------A------------TGCGTGACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATT-GNTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AACA---C---T---A----AAAAG-G-----GCT-TTTTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
gi|1 : CATCATCAGAAATCCATAGTTGGTT--------TCTTTTACCTCCC-ATGGGACA-CAA---CAC-------CAAT---------------AT------------------------TTTTGCATAACACATTAAA-----------------A------------TGCATGACCTTATGGGACCTGTCGAGGACTGATGGGAATCACTGAA--AGTACTCCCG-GAA-CT-CAAA-CACCAGTAGTGGTGGTG----CCAC---------------TACT--ATGGTTAT---C-ACAGACAAAATT-----ACGGGTTCTTGTGATTAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-TCATA-----AGCAGATGAATTACC--AAGT-TTTTT-C-AAAAGA---TTGAAAT-GGTCCTGTAT----GATGGA---TAAATGGTGGTG-AG---AC-ACA--------TA--GA------------GCA-GTAG---T--GA--GTACAT-AGACTCG--TA-CACAGTAGTAAA-----TGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCT-GTCTTTATGTATA-AA-CA-CAAAC--AC-A--T--CCC--T-C-TGTTTCA--ATTACGCAGATTAA--G-CATCTT-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-TCAACTT-AAAC---------A---G-TCAAAGTCC--TTACTTCGA-AAG-TA---TTGT---------TTTCTAT-----GCT--CCT--G-AACA---C---TTTGA----TAAGG-G-----GCT-TTT-CATTGG-TTGAAT-ATT-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCAA--CCAA-TCACA-A-TAAGAA-GCCAAG--ACACCTTC-CAGCA-AAAATGT---TG---T--TGTAT-CCC----------AAAAGAAA------TGCAACCGACCAT--GTTTTCGA
gi|10 : catgctcttagaaatgtgcaagattgtgaatgtTTAC----A-GA-CA-CAAAC--AC-AC-T--C----CAC-CGTTTCA--AT-------------------------T---GCTTTG----TA-ACCTAT-CAAAATT-AAAC-G------TA---G-TCAAAATCC--TCGCTTCGA-AAG-GC---ATGTCTTG-----T----GT-----GCT--CCC--G-AACA---C---TGA-A----AAAAG-G-----ACTATTTTCATTGG-TTGAAC-ATC-ATAATGC-AGA-----ATA-GTA-TTGCGA--CCAA-TCGCA-T-TAAGAA-ACTCAGACACATCTTC-CAGCG-AAAATACTGACG---T--TGTGT-CCCATGGGAGGT-AAAAATCG------TGCAACCGACCGTGAGTTTCCGACGt
gi|11 : tttaCCCCTGTCTATATCTGTA-GA-CA-AGAAC--AC-A--T--C-------------CA--ATA---CAGAT-AAA-G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACAT-AAAC-T------TA---G-CT------C--TCGCTTCAG-AAG-TA---ATGT---------TTTCTGT-----GCT--C---------------------------AAGG-G-----GCA-TTTTCACTGG-TTAAAT-ATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-CAAGAA-GCCGAGACACACTTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCAGGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACGatgacgaaatgacagcacgatatagctattatgacgtcattcgtatcacaca
gi|12 : A-AAG-TA---ATGT---------TTTCTAT-----GCT--CCT--G-AGCA---C---TTT-ATTCTAAAGG-G-----GCA-TTTTCATCCG-TTGGAT-ATC-ACAATAC-GGA-----ATG-GCA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-GAAAAAGGCCGAGACACACCTTC-CAGCGAAAAATATCAGCG---A--TGTGT-CCCTCGGGAGGTAAAAAGAAG------TGCAACCAACCGTGAGTTTCCGACG
gi|13 : aagaCACCGTCGCAAACCCACGGTCAGTTGCAC---TTCTTTTTCGTCCC-GTGGAACAACAA---CAT-------CGATCTTTTTGCATAACCTAT------------------------T-----------------A-----------------AATCGCATGACCTTACGTGACCT----------GTTGAGGACCAATGGGAATCGC-GTA--AGTATTTCCG-GA--CT-TAAAATATCA-TAGTAATGGCGGTACCCATGAAAGTA------TGTATT--ATCATTAA---T-ACACACAAAA-T----TACTGGTTC-CGTGGTAAACT---------------------------------------GA-----AGCCAATGAAATACC--AAGT-CCGTT-G-AAAattaatgaacgaaatatatcaagcgcagatataacgactcgttagaaatagttgaaatatatcacaca
gi|14 : --AAGT-CCGTT-A-AAAA-AG--TTAGATT-GTTCCTATATAATTGATGGG---TAAAAAGTTGCA-AG---ATTAAGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-T--T---GCACAT-AAACTC--GTA-CGCAAGAGCAAA-----CGCTTAGTA---G---C--------ATA-GG--------------TACCCCAGTCTTTAC----A-G---A-AAACC--AC-A--TCCC----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGATAAA--G-CATCTC-GTCAA-GCTTTC----TATCCTAAT-GCAAATA-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCT--TCGCTTCAA-AAG-TA---Ata
gi|15 : A-CAG---CAT--------GAC---------------CT------------------------T-----------------G-----------------A------------T---TGACCT----------GTTGAGGACCAATGGAAATTGCCATATTGGCATTTCCA-GAA-TT-CAAAACGTTAGTAGCAATGGCAGCGTCCATGAAAGTACATGTATATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATTACTGTACAGGTTCTTGTGGTAAGCTTG-A-----C-AAAC-------C-----------T-ATACA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CTG
gi|16 : ttccatgtgacacaacattgattttttcacatatctcattaaGGCAAAATTA-C-----CGATTC-------C-----------T-ATATT-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT----AAA-A---TTACATT-GTTTCTGTAT----GATGTC---T-AAAAGTGGTGAAG---ACTTCGA
gi|17 : GGCAAAATTA-C-----CGATTC-------C-----------T-ATATT-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT----AAA-A---TTACATT-GTTTCTGTAT----GATGTC---T-AAAAGTGGTG-AG---ACTTCGA-------TACT-----------------------C-CCAA---GTACAT-TTATTC--ACA-CGCAGTGGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATACGGCtaccccaagtacatttatttcatcacgcactcagacgggttaaacgctattagacacaccgacttttcctc
gi|18 : aG---ACTACGAG------TGTTGA------------ACATG-ACAC-T--T---GTACAT-AGACTCG--TA-CGCAGTACGAAA-----CGCTTAGTA---G---C--------ATA-AGC----TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----AGGA-C--AAGTC--AC-A--TCCC----T-C-CGCTTCA--ATAATGTATATAAA--G-CATATC-TTCAA-GCTTTG----T
gi|19 : -TTGGGA--CCAT-TCACA-T-TAAGAA-GCCGTGACACATCTTC-CACCA-AACATATTGGTG---T--TCTAA-GCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGAACATGAGTTTCCGATG
gi|19 : AACCCTATGAACAGCATCGGAAACTCATGTTCGGTTGCAC---TTCTTTTACCTCCC-GTGGCTTA-GAA---CAC-------CAAT---------------AT------------------------ctgttcatagggttagacacgatcaatacaatgc
gi|2 : ttgggaccattcacattaagaagccgtgacacatcttccaccaaac-GTGGGACA-CAA---CAT-------CCAT---------------CT------------------------T-----------------T-----------------G------------TGCATAACagacacgatcaatacaatgc
gi|2 : ACCT----------GTTGAGACCCAATGGAAATAACCGTA--AGCATTTCTG-GAA--T-C----TGTCAGTAGTAATGGCGACGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGTCAAAA-C----TACCGGTGTTTGTGGTAAGCTCACATGGGCC-ATGC-------CTACTCATACTGT-ATATA-----AGCCGATGAAATACG--AAGT-TCGTT-CAAAAA-A---TTAAATT-GCTCTTTTAT----G-------------AGTGGCG-AG---ACTATGAG------TGCTGA------------ACATATAGAC-T--T---GTAGAT---ACTC--GTA-CATAGCAGTAAA-----CGCTTGGTA---A---C--------ATA-GGCG---TTTT---CTTCCCCTAGACTTTAC----A-CA-CA-AAAGC--AC-A--T--CCT--C-C-CACTTAA--CCAAAGCAGAT-AA--ATTATATC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACAAAT-GCAACCT-AAAT-T------TA---G-TCAAAGTAT--TTGCTTCGA-TAG-TA---ATGT---------T-----T-----TCTACCCTTCGCAGCA---CTT-T---A----AAAAGTG-----GCT-TTTTTATTGG-TTGAA-TATC-GCATTAC-GGA-----ATG-GCA-TTGCGA--TCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGCCATACCTCC---GT------TATCGGTGAGTT--TTTTT-TCCATGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCGGACGtcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgttatcggtgagttttttttccatgggaggtaaaagaagtgcaaccgaccgtgggtttcggacgatggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|2 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttTTTGTTT--CGTACAAACCCTTCAC-CATCGTCCGAAACCCACGGTCGGTTG--C-ACTTCTTTTACCTCCC-ATGGAAAA-AAAACTCAC-------CGAT---------------Aatggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|20 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgtGGTTGGTT--AC-ACTTCTTTTACCTCCCCGTGGGGCA-CAA---CATAACTTGTTGAA---------------ATGCA---------------------T-----------------G-----------------ACC----------TACGTGACCT----------GTTGAGGACCAATGGAAATCGCCGTT--AGTATTTCCG-GAA-TT-GAAAACGTCAGTacgct
gi|21 : AGATGCATTATCGGAACCCCACAGTCGGTTGCAC--TTTTTTTCTTCTTCT-TCAGGAAA-CAG---CAgatggact
gi|22 : TAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTTGACTC--A---GT---T---------GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---G--------ATA-GTCT---TTTccgctcataaatcatagtactagtactgtgcgtac
gi|23 : aGCG-AAAA-AGGGGCG---T--TGTGT-TCCACGGGAGGT-AAAAGAAA------T---ACTG--TGTGGATTTCCGACc
gi|25 : AGAAG------TGCAACCGAACGTGGGTTTCCGACGa
gi|26 : AAATAAG------TGCAACCGACCGTGGGCTTCCGACGaagatgcaaaaataa
gi|27 : cggGAAGT-ACAAGAAG------TGCAACCGACCGTTGGTTTCCGAatgag
gi|3 : tccTTAGTTTACCGCACAA---CTAAACGCATTGTCGCAAACCCACGGTCGGTTGCACCACTTTTTTTACCTCTC-GTGGGACG-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G------------------------------TACGTGACTT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGTCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTTAACAGTAATGGCGGCGGCCATGAAA-------------CT--ATGATTAT---T-ACAGACAAGATT----TACCAGTTATTGTGGTAAG---------------AC-------C-----------T-ATATA-----AGCCAATGAAATATC--AAGT-GTGTT-C-AATA-A---TTAAATG-CTTCCTGTAT----GATGGA---TATAAGGTGGGG-AG---ACTACGAG------TGCCGA------------ACATGCAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA--GCAGCATTAAA-----CGCTTGGTACATGTACC--------ATA-GTTT---TTTT---CGTCCCCC-GTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AT-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCCAAAGCTTTG----TA-ATTAGT-CTAACTT-AAAC-T------T----G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------A----GT-----GCT--CCT--G-GACA---C---T---A----------------------TTCAATGG-TTGAATTATC-GCAATTC-AGA-----ATT-GTA-TTGCGA--CCAT-TCACA-T-TAAGAA-ACCGAGACACACTTCC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCTACGTGAAGT-AAAAGAAG------TGCAATTGACCGTGAGTTTCCGACG
gi|4 : gATCGTCGGAAACCCACGGCTGGATGCAC-A--TCTTTTGCCTCCC-GTGGAACA-CAA---GAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------GTTGCATAACTCATTAAAG------------TGCATGACTTTACGAGACCAGTCGACAACCAATGATGATCACCATA--AGTATTTCCA--AA-CT-CAAAATGCCAGTAGTAATGACGGCGCACATGAAAGTA------TATATT--ATGATTATATTT-A-ATACCAAATT----T-CCGGTTCTTTTGGAAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGACGAAAGACC--GAGT-CCATT-CAAAAA-A---TTAAAAT-ATTCCTGTAT----GTTTGA---TAAAAAGTAACG-AG---ACTACGAG------TGTTGATCTTTAAAATGTACACGTAGAC-C--T---GTACAC-AGG--CGTGTA-CGCAGTGGTAAAGGTTTGGTTTGGTA---G---C--------ATA------------------CCCCCTGTCTTTAC----A-GA-CA-CAAAC--CCAA--T--C----T-TATGTTTCA--ATAATACAAATGAA--G-TATCTC-GTTAT-GCATTG----TA-AATAGT-CTAACTT-GTAC-T------TA---G-TTAAAGTCC--TCACTCCGA-AAG-TA---ATAT---------T-------------T--TCT--T-TACT---T---T---A----AAAAG-G-----G-T-CTTTCATTGG-CTGAG-TATC-GCAATAC-GGC-----ATT-GCA-TTGCGA--CTAA-TCATA-T-CCAGTC-GCCGCAACACACCTTG-CAGCG-AAAATATCGATG---T--TGTGT-CCCACGGTAGGT-AACAGAA
gi|5 : TATATCCG-GATTCT-CAAAATGT--ATAGTGATGGCGACACCCAAGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---TTACAGACAAAATT----G--CTGTTGTTGTGTTAAGCTTA-A-----C-ATACATGCTACC-----------T-ACATGTCATGAGTCGATGAAATACC--AAGT-CCGTTCC-CGAA-A---TTAAATT-GATCCCATAT----GATGGAACCTACCAAGTGGCG-GGCTAAATACGAG------T-CTGA------------ACATGTAGAC-----------------------GTA-TGCA-T-GTACA-----CGCTTGTTAG--G---CTGTTAAAGAAA-GGCT---TTTTTTGCCT-CCCCATTCTTTAC----ACGACCA-AAGACTAAC-A--T--CCTAAT-C-CGCCTCAACATAATGCAGAT-AAATG-CA-CTCGGCCAA-GTATTGTGCCTA-ACGAGTGGCAACTTAAAAC-T------TA---ACTCAAAGAA---------CGA-AAGATA---ATTT---------TCTA-AT-----GTT--CCA--G-GACAAC-T---T---A----GAAAG-GTTCTTTTT-TTTTCATT-G-TTGAA-TATTAACAACACAGGA-----TTGCGTATTTGCGA--CCAATTCACACT-TAAGAA-GCCGATAC-TACCTTTACAGCGAAAAATATCGGTG---C--TGTGTCCCCACGAGAGAT-AAAAGAAAAGCCGTTACAACAGACCGTGGTATTCCGACG
gi|6 : agaCGTGAACCAATAGGAATGGTTGTA--AGCATTTCTG-GAA-CT-CAAAATGTCAGTAGTA--------------------------------T--AT-ATTAT---T-ACAGACAAAATT------------CCTGTG------CTA-A-----T-ATAA-------C-----------TCATATA-----ACCATATGAAATACC--AAGT-CTGTT-C-AAAATA---TTGCATT-GCTCCTGTAT----GATGGA---TAAGA-GTGGCA-AG---ACTACAAGAACTTGTGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACA---AACTCG--TA-CATCATATCAAA-----TGCTTGAT----------------------------TTTC---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GC-CA-CAATC--AC-ATTT--C----T-C-AGTTTCA--ATAATGAAGA-----------CTT-ACTAT-GCTTTG----TA-ACTTGT-CAAATTT-AAACATACCCGGTA---G-TCAAAATCC--TTGTATCAA-AAG-TC---ATGTTTTATTAACT----GT-----GCT--CCT--G-AACA---A---TGAAA----AAAGG-G-----GCT-TCTTCATATG-TTAAA-TATT-GCAATAC-GGA-----AAG-ATA-TTGTGG--CCAA-TCACA-TAAAAGAA-GCCGTGACACACATAC-------AAGATATCAATG---T--TGTGT-CTTACGAGAAGT-ACAA-AAG------TGCAGCCGATCGTGGGTTTC
gi|7 : cagtcaa--AGTATTTTGGAGAA-TTTCAA-----TGGTAGTAA-----GTG---ATGA--GTG------TATATT---T--TTAT---T-ACCGACAATATT-----ACTGGTTCT-GTGG--AGCTTA-AT----C-ACAC-------CG----------T-ATACA-----GG--GATGAAATACTCAAAGTGCCGTT-A-AAAA-AAAATTAAATTTGGTCCTGTAT----GATGGAT--TAAAAA--GATA-AA---TCTG-GAGT-----TGCTGA------------G-------------------ACATAAGATT---GTATTGCAATA-TAA-------GATTGGTA---G---C--------ATA-ACCTTTGTTTC---CCTCTTCTCGT-TTTAC----A-GG--A-AAAAT--AA-A-----C----C-C-TGCTTT---ATAAAGCAGATAAA--G-CAT-TC-GCTAAGGCTTTG----TA-ACT-------------AAC-T------TA---G-TCAAAGTACTTTTGCTTCAAGAAA-TACTTGTTT---------T----AT-----G-T--CC---G-AACAACTT---T---A----TAAAG-G----------------------GAA-TATC-ATAATAC-GGAAGTACATT-GTA-TTG
gi|8 : tcaatcaattctcattactcattaaaatgactgtgtatgtgtgttatcgcaaacggttgagggactatggG------TGCTGAGCATT-------ACATGTAGAC-CT-GCCTGTACAC-AGGCTTG--TA-CTTAGTGGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-TTTT---TTTT---CCTTCTCAGGTCTTTGC----A-GA-CACAAAAC--TC-A--T--CCC--T-C-TGTTTCA--ATAATGC--------------------TAA-GTTTTG----TA-AATAGT-CCAAATT-ATAC-T------TAATAG-TTAAAGTCC--TTGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----CTTCTCTGTT--CCG--A-AACA---CCCTT---A----AAAAT-G-----GCT-TTTTC-TTGGCTTGAAT-ATC-ACAAAAC-GCAT----ATG-G-A-T-ACAAAACCAAATCACA-T-TAAAAA-GCTGTGACACACCTTC-CAGTG-AAAATATTAGTG---TTATATGT-CCCACAGGAGGT-GAAAGAAG------TGCAACCAACTGCGGGTTTCTGACa
gi|9 : ACAAACT---GAC-CATCATTGGAAACCCGCGGTCAGTTGCAC---TTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-TAA---CGC-------TGAT---------------ATTTTTGCACAACTCTTTAAAATGCAT-----------------G-----------------ACCT---------TACGTGACCT----------GTCAAGGACCAATAGGAATTGCCGTA--AGTAATTC-G-AAA-CT-TAGAACGTCAGTAGAAATGGCGGTCCCCATGGAAGTA------TATATACAACGATTAC---T-ACCGACCAAATT-----ATCGGTTCTTGTGGTAAACTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATACA-----AGCAGATGAAATACC--AAGT-CCATTAA-AAAA-A---TTAAATT-GCTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAATGGAG-AG---ACTattgcaaattgacaactggatatcatagtaaataaatatcatcatgaggg
blockSeqs : A AC A CC TC G GC CAC C A ACT AACTTGT CTTTTTGCATAACCTATTAAATCGCATGACCT A TACGAGACCA TT A T T GTAC CATGTA CA C ATT T ACTGTA T CATGGGCCATGCCTACTCATACTG C TCATG CA G CA T AAA T T AATT ACC A A CTA AACTTG TCTTTAAAATGT CTGCCTGTACACAGGCTTG T GGTTT GGCTGTTAAAG ACCTTTG TTG T CTGT G C C TA A TCCTAAT A AC AAATG TC G A TGCC T GG A ATACCCGG ATA C TT G A CTT TTTATTAACTGTGCTCCTGAACAATGAAAA T TTCTTTTT G C TT A A AGTAC C T AA T C A G A A AGT TA C A AGCCGT
blockSeqs : A C AG G GC AC . . . . ATTTTTGCACAACTCTTTAAAATGCATGACCT G . . . . . GCGT . . G . . TA T ACATACATGCTACC . . . . CA . G . T . T A . . T GCATT CCAAGTACATTTATTCA . . CATGTACC GGCG . A . C . . . . CTCCA . . AAAG TC . G . . C . G . . . . . . TTTCTATGCTCCTGAGCACTTTATTCTA . ACTA G . C . . T . . . A . . . . A . . . . .
blockSeqs : . T AA . GC AC . . . . ATTGTTGCATAACTCATTAAAG A . . . . . ACGC . . G . . TA C ATCACACCG . . . . CC . . . T . . A . . . . CGGTACATAGACTCGG . . GC GTCT . A . . . . . . TCCCT . . AAAG TA . . . . C . T . . . . . . TCTTCTCTGTTCCGAAACACCCTTAA . GCA C . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . GC T . . . . ATGCATGACC A . . . . . GCGG . . G . . TA C CCGATTCC . . . . AA . . . C . . A . . . . TTGCACATAAACTCG . . GC GTTT . A . . . . . . TCCCT . . AAAG TA . . . . G . T . . . . . . CTTGTGTGCTCCCGAACACTGAAA . GCA G . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GC A . . . . CTTGA G . . . . . GCGC . . G . . T T CCGATTCC . . . . G . . . T . . A . . . . TTGTACATAGACTCG . . GC GGCT . T . . . . . . TCCTC . . AAAT TC . . . . G . T . . . . . . TTTCTACCCTTCGCAGCACTTTAA . GCT G . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GC . . . . . CTTTG A . . . . . ACAC . . G . . G T ACAAACC . . . . A . . . T . . A . . . . CTGTACACAGGCGTG . . AC TTTT . A . . . . . . TTTCT . . GAAG TC . . . . C . T . . . . . . TCTAATGTTCCAGGACAACTTAG . GCT G . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . ATTG . . . . . . GTCC . . G . . A A ACATACC . . . . C . . . A . . A . . . . TTGTAGATACTCG . . GG AGC . A . . . . . . TCCCT . . AAAG C . . . . C . T . . . . . . TATGTCCGAACAACTTTAT . GCT T . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . GTG . . . . . A T ATATAAC . . . . C . . . C . . A . . . . CGGTACAAACTCG . . GC GG . C . . . . . . TCT . . AAG C . . . . C . T . . . . . . AGTGCTCCTGGACACTA . GT G . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T ACATACC . . . . A . . . G . . . . . . . ACATAAGATTG . . GC . . G . . . . . . TCT . . . T . . . . C . T . . . . . . TTTCTTTACTTTAA . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . ACC . . . . . . . . C . . . . . . . TCAGTTG . . GC . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . T . . . . . . TTTCTGTGCTC . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : GC ********** GCGC CCGTACATAGGCTCG********* **** T*******
originalCons : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G-----------------A------------TGCGTGACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATT-GNTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAGAC-C--G---GTACAT-AGACTCG-GTA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AACA---C---T---A----AAAAG-G-----GCT-TTTTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
finalCons : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G-----------------A------------TGCGTGACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTAT---T-ACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC-------C-----------T-ATATA-----AGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATT-GNTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAGACCCGTACATAGGCTCG---------TA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAACT-------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AACA---C---T---A----AAAAG-G-----GCT-TTTTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAAACGATCATGTAAGATAGTTGAAACGCTACCATGTGAAATGCCCAATGCCTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 222 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444 111111 222222 2222222222222222222222222222222222222222 222 111 111111 222222222222 1111111111 11 1111111111111111 11111111 1111 222222222222 1111111 11111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 22 11111
lowQualScore : 1 88 3 22 22 3 22 888 4 3 666 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 3333333333 55 3 3 3 5555 0 111111 55 2 4 777 0 444444 0 1 0 4444444444444444444444444444444444444444 44 3 000 7 000 3 1 7777 999 1 3 555 222222 555555555555 0 0 44 9999999999 22 3 3 0 88888 4444444444444444 88888888 777 8 4444 6 3 3 44 3 555555555555 3 44 0 9999999 33 3 6 7777 3 0 44 0 3 11111111 666 3 55 3 3 555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 888888888 1 3 77 3 3 22222 3 3 55 7 3 3 3 0 3 6 0 555 44 3 3 888888
lowQualScore : . .. . .. .. . .. ... . . ... ....... .......................................................................................... . .......... .. . . . .... . ...... .. . . ... . ...... . . . ........................................ .. . ... . ... . . .... ... . . ... ...... ............ . . .. .......... .. . . . ..... ................ ........ ... . .... . . . .. . ............ . .. . ....... .. . . .... . . .. . . ........ ... . .. . . ... ...................................................... . ......... . . .. . . ..... . . .. . . . . . . . . ... .. . . ......
lowQualScore : 0 00 2 88 00 2 22 333 0 6 444 0000000 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 8888888888 55 6 6 6 3333 7 555555 55 5 0 000 8 777777 7 8 4 2222222222222222222222222222222222222222 22 1 000 3 000 6 0 1111 222 2 3 444 999999 444444444444 3 3 66 1111111111 22 3 3 4 33333 7777777777777777 44444444 000 2 2222 7 3 3 66 3 222222222222 3 66 6 5555555 66 3 7 1111 6 2 22 5 6 77777777 444 6 00 3 3 888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 444444444 4 6 99 6 6 77777 6 3 00 3 6 6 6 3 6 7 2 888 66 3 1 222222
consensus : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G-----------------A------------TGCGTGACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTA-T---TACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC---C-----------T-A---------TATAAGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATT-GNTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAG--ACCC--G----TACATAGACTCG-TA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AACA---C---T---A----AAAAG-G-----GCT-TTTTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
Reference ( family-3835 ) : NTTNGTTTACCGCACAAACCCTANACGCATCGTCGGAAACCCACGGTCGGTTGCAC-ACTTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G-----------------A------------TGCGTGACCT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGCCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTCAGTAGTAATGGCGGCGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTA-T---TACAGACAAAATT----TACCGGTTCTTGTGGTAAGCTTA-A-----C-ATAC---C-----------T-A---------TATAAGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT-C-AAAA-A---TTAAATT-GNTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTAG--ACCC--G----TACATAGGCTCG-TA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AC-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACTT-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----GT-----GCT--CCT--G-AACA---C---T---A----AAAAG-G-----GCT-TTTTCATTGG-TTGAATTATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGACACACCTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACG
gi|1 : CATCATCAGAAATCCATAGTTGGTT--------TCTTTTACCTCCC-ATGGGACA-CAA---CAC-------CAAT---------------AT------------------------TTTTGCATAACACATTAAA-----------------A------------TGCATGACCTTATGGGACCTGTCGAGGACTGATGGGAATCACTGAA--AGTACTCCCG-GAA-CT-CAAA-CACCAGTAGTGGTGGTG----CCAC---------------TACT--ATGGTTA-T---CACAGACAAAATT-----ACGGGTTCTTGTGATTAGCTTA-A-----C-ATAC---C-----------T-T---------CATAAGCAGATGAATTACC--AAGT-TTTTT-C-AAAAGA---TTGAAAT-GGTCCTGTAT----GATGGA---TAAATGGTGGTG-AG---AC-ACA--------TA--GA------------GCA-GTAGTGA-----G----TACATAGACTCG-TA-CACAGTAGTAAA-----TGCTTGGTA---G---C--------ATA-GGCT---TTTT---CCTCCCCT-GTCTTTATGTATA-AA-CA-CAAAC--AC-A--T--CCC--T-C-TGTTTCA--ATTACGCAGATTAA--G-CATCTT-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-TCAACTT-AAAC---------A---G-TCAAAGTCC--TTACTTCGA-AAG-TA---TTGTTTTC-----T----AT-----GCT--CCT--G-AACA---C---TTTGA----TAAGG-G-----GC--TTTTCATTGG-TTGAA-TATT-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCAA--CCAA-TCACA-A-TAAGAA-GCCAAG--ACACCTTC-CAGCA-AAAATGT---TG---T--TGTAT-CCC----------AAAAGAAA------TGCAACCGACCAT--GTTTTCGA
gi|10 : catgctcttagaaatgtgcaagattgtgaatgtTTAC----A-GA-CA-CAAAC--AC-AC-T--C----CAC-CGTTTCA--AT-------------------------T---GCTTTG----TA-ACCTAT-CAAAATT-AAAC-G------TA---G-TCAAAATCC--TCGCTTCGA-AAG-GC---ATGTCTTG-----T----GT-----GCT--CCC--G-AACA---C---TGA-A----AAAAG-G-----ACTATTTTCATTGG-TTGAAC-ATC-ATAATGC-AGA-----ATA-GTA-TTGCGA--CCAA-TCGCA-T-TAAGAA-ACTCAGACACATCTTC-CAGCG-AAAATACTGACG---T--TGTGT-CCCATGGGAGGT-AAAAATCG------TGCAACCGACCGTGAGTTTCCGACGt
gi|11 : tttaCCCCTGTCTATATCTGTA-GA-CA-AGAAC--AC-A--T--C-------------CA--ATA---CAGAT-AAA-G-CATCTC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACTAGT-CCAACAT-AAAC-T------TA---G-CT------C--TCGCTTCAG-AAG-TA---ATGT---------TTTCTGT-----GCT--C---------------------------AAGG-G-----GCA-TTTTCACTGG-TTAAAT-ATC-GCAATAC-GGA-----ATG-GTA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-CAAGAA-GCCGAGACACACTTTC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCCAGGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCCGACGatgacgaaatgacagcacgatatagctattatgacgtcattcgtatcacaca
gi|12 : A-AAG-TA---ATGT---------TTTCTAT-----GCT--CCT--G-AGCA---C---TTT-ATTCTAAAGG-G-----GCA-TTTTCATCCG-TTGGAT-ATC-ACAATAC-GGA-----ATG-GCA-TTGCGA--CCAA-TCACA-T-GAAAAAGGCCGAGACACACCTTC-CAGCGAAAAATATCAGCG---A--TGTGT-CCCTCGGGAGGTAAAAAGAAG------TGCAACCAACCGTGAGTTTCCGACG
gi|13 : aagaCACCGTCGCAAACCCACGGTCAGTTGCAC---TTCTTTTTCGTCCC-GTGGAACAACAA---CAT-------CGATCTTTTTGCATAACCTAT------------------------T-----------------A-----------------AATCGCATGACCTTACGTGACCT----------GTTGAGGACCAATGGGAATCGC-GTA--AGTATTTCCG-GA--CT-TAAAATATCA-TAGTAATGGCGGTACCCATGAAAGTA------TGTATT--ATCATTA-A---TACACACAAAA-T----TACTGGTTC-CGTGGTAAACT--------------------------------------------GAAGCCAATGAAATACC--AAGT-CCGTT-G-AAAattaatgaacgaaatatatcaagcgcagatataacgactcgttagaaatagttgaaatatatcacaca
gi|14 : --AAGT-CCGTT-A-AAAA-AG--TTAGATT-GTTCCTATATAATTGATGGG---TAAAAAGTTGCA-AG---ATTAAGAG------TGCTGA------------ACATGTAG--ACTT--G----CACATAAACTCG-TA-CGCAAGAGCAAA-----CGCTTAGTA---G---C--------ATA-GG--------------TACCCCAGTCTTTAC----A-G---A-AAACC--AC-A--TCCC----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGATAAA--G-CATCTC-GTCAA-GCTTTC----TATCCTAAT-GCAAATA-AAAC-T------TA---G-TCAAAGTCT--TCGCTTCAA-AAG-TA---Ata
gi|15 : A-CAG---CAT--------GAC---------------CT------------------------T-----------------G-----------------A------------T---TGACCT----------GTTGAGGACCAATGGAAATTGCCATATTGGCATTTCCA-GAA-TT-CAAAACGTTAGTAGCAATGGCAGCGTCCATGAAAGTACATGTATATATT--ATGATTA-T---TACAGACAAAATTACTGTACAGGTTCTTGTGGTAAGCTTG-A-----C-AAAC---C-----------T-A---------TACAAGCCGATGAAATACC--AAGT-CTG
gi|16 : ttccatgtgacacaacattgattttttcacatatctcattaaGGCAAAATTA-C-----CGATTC---C-----------T-A---------TATTAGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT----AAA-A---TTACATT-GTTTCTGTAT----GATGTC---T-AAAAGTGGTGAAG---ACTTCGA
gi|17 : GGCAAAATTA-C-----CGATTC---C-----------T-A---------TATTAGCCGATGAAATACC--AAGT-CCGTT----AAA-A---TTACATT-GTTTCTGTAT----GATGTC---T-AAAAGTGGTG-AG---ACTTCGA-------TACT-------------------------CCCAAG----TACATTTATTCA-CA-CGCAGTGGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATACGGCtaccccaagtacatttatttcatcacgcactcagacgggttaaacgctattagacacaccgacttttcctc
gi|18 : aG---ACTACGAG------TGTTGA------------ACATG-AC--ACTT--G----TACATAGACTCG-TA-CGCAGTACGAAA-----CGCTTAGTA---G---C--------ATA-AGC----TTTT---CCTCCCCCAGTCTTTAC----AGGA-C--AAGTC--AC-A--TCCC----T-C-CGCTTCA--ATAATGTATATAAA--G-CATATC-TTCAA-GCTTTG----T
gi|19 : -TTGGGA--CCAT-TCACA-T-TAAGAA-GCCGTGACACATCTTC-CACCA-AACATATTGGTG---T--TCTAA-GCCACGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGAACATGAGTTTCCGATG
gi|19 : AACCCTATGAACAGCATCGGAAACTCATGTTCGGTTGCAC---TTCTTTTACCTCCC-GTGGCTTA-GAA---CAC-------CAAT---------------AT------------------------ctgttcatagggttagacacgatcaatacaatgc
gi|2 : ttgggaccattcacattaagaagccgtgacacatcttccaccaaac-GTGGGACA-CAA---CAT-------CCAT---------------CT------------------------T-----------------T-----------------G------------TGCATAACagacacgatcaatacaatgc
gi|2 : ACCT----------GTTGAGACCCAATGGAAATAACCGTA--AGCATTTCTG-GAA--T-C----TGTCAGTAGTAATGGCGACGCCCATGAAAGTA------TATATT--ATGATTA-T---TACAGTCAAAA-C----TACCGGTGTTTGTGGTAAGCTCACATGGGCC-ATGC---CTACTCATACTGT-A---------TATAAGCCGATGAAATACG--AAGT-TCGTT-CAAAAA-A---TTAAATT-GCTCTTTTAT----G-------------AGTGGCG-AG---ACTATGAG------TGCTGA------------ACATATAG--ACTT--G----TAGATA--CTCG-TA-CATAGCAGTAAA-----CGCTTGGTA---A---C--------ATA-GGCG---TTTT---CTTCCCCTAGACTTTAC----A-CA-CA-AAAGC--AC-A--T--CCT--C-C-CACTTAA--CCAAAGCAGAT-AA--ATTATATC-GCTAA-GCTTTG----TA-ACAAAT-GCAACCT-AAAT-T------TA---G-TCAAAGTAT--TTGCTTCGA-TAG-TA---ATGT---------T-----T-----TCTACCCTTCGCAGCA---CTT-T---A----AAAAGTG-----GCT-TTTTTATTGG-TTGAA-TATC-GCATTAC-GGA-----ATG-GCA-TTGCGA--TCAA-TCACA-T-TAAGAA-GCCGAGCCATACCTCC---GT------TATCGGTGAGTT--TTTTT-TCCATGGGAGGT-AAAAGAAG------TGCAACCGACCGTGGGTTTCGGACGtcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgttatcggtgagttttttttccatgggaggtaaaagaagtgcaaccgaccgtgggtttcggacgatggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|2 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttTTTGTTT--CGTACAAACCCTTCAC-CATCGTCCGAAACCCACGGTCGGTTG--C-ACTTCTTTTACCTCCC-ATGGAAAA-AAAACTCAC-------CGAT---------------Aatggtgaagggtttgtacgaaacaaaacgct
gi|20 : gtgggacacaacatccatctttgtgcataactcattttattgcatgaacttactttacctgttgagacccaatggaaataaccgtaagcatttctggaatctgtcagtagtaatggcgacgcccatgaaagtatatattatgattattacagtcaaaactaccggtgtttgtggtaagctcacatgggccatgcctactcatactgtatataagccgatgaaatacgaagttcgttcaaaaaattaaattgctcttttatgagtggcgagactatgagtgctgaacatatagacttgtagatactcgtacatagcagtaaacgcttggtaacataggcgttttcttcccctagactttacacacaaaagcacatcctcccacttaaccaaagcagataaattatatcgctaagctttgtaacaaatgcaacctaaatttagtcaaagtatttgcttcgatagtaatgttttctacccttcgcagcactttaaaaagtggcttttttattggttgaatatcgcattacggaatggcattgcgatcaatcacattaagaagccgagccatacctccgtGGTTGGTT--AC-ACTTCTTTTACCTCCCCGTGGGGCA-CAA---CATAACTTGTTGAA---------------ATGCA---------------------T-----------------G-----------------ACC----------TACGTGACCT----------GTTGAGGACCAATGGAAATCGCCGTT--AGTATTTCCG-GAA-TT-GAAAACGTCAGTacgct
gi|21 : AGATGCATTATCGGAACCCCACAGTCGGTTGCAC--TTTTTTTCTTCTTCT-TCAGGAAA-CAG---CAgatggact
gi|22 : TAT----GATGGA---TAAAAAGTGGCG-AG---ACTACGAG------TGCTGA------------ACATGTTG--ACTC------------AG--TTG-TA-CGCAGTAGTAAA-----CGCTTGGTA---G---G--------ATA-GTCT---TTTccgctcataaatcatagtactagtactgtgcgtac
gi|23 : aGCG-AAAA-AGGGGCG---T--TGTGT-TCCACGGGAGGT-AAAAGAAA------T---ACTG--TGTGGATTTCCGACc
gi|25 : AGAAG------TGCAACCGAACGTGGGTTTCCGACGa
gi|26 : AAATAAG------TGCAACCGACCGTGGGCTTCCGACGaagatgcaaaaataa
gi|27 : cggGAAGT-ACAAGAAG------TGCAACCGACCGTTGGTTTCCGAatgag
gi|3 : tccTTAGTTTACCGCACAA---CTAAACGCATTGTCGCAAACCCACGGTCGGTTGCACCACTTTTTTTACCTCTC-GTGGGACG-CAA---CAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------G------------------------------TACGTGACTT----------GTCGAGGACCAATGGGAATCGTCGTA--AGTATTTCCG-GAA-CT-CAAAACGTTAACAGTAATGGCGGCGGCCATGAAA-------------CT--ATGATTA-T---TACAGACAAGATT----TACCAGTTATTGTGGTAAG---------------AC---C-----------T-A---------TATAAGCCAATGAAATATC--AAGT-GTGTT-C-AATA-A---TTAAATG-CTTCCTGTAT----GATGGA---TATAAGGTGGGG-AG---ACTACGAG------TGCCGA------------ACATGCAG--ACCG--G----TACATAGACTCGGTA--GCAGCATTAAA-----CGCTTGGTACATGTACC--------ATA-GTTT---TTTT---CGTCCCCC-GTCTTTAC----A-GA-CA-AAAAC--AT-A--T--C----T-C-CGCTTCA--ATAATGCAGAT-AA--G-CATCTC-GCCAAAGCTTTG----TA-ATTAGT-CTAACTT-AAAC-T------T----G-TCAAAGTCC--TCGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------A----GT-----GCT--CCT--G-GACA---C---T---A----------------------TTCAATGG-TTGAATTATC-GCAATTC-AGA-----ATT-GTA-TTGCGA--CCAT-TCACA-T-TAAGAA-ACCGAGACACACTTCC-CAGCG-AAAATATCGGTG---T--TGTGT-CCTACGTGAAGT-AAAAGAAG------TGCAATTGACCGTGAGTTTCCGACG
gi|4 : gATCGTCGGAAACCCACGGCTGGATGCAC-A--TCTTTTGCCTCCC-GTGGAACA-CAA---GAC-------CGAT---------------AT------------------------T-----------------GTTGCATAACTCATTAAAG------------TGCATGACTTTACGAGACCAGTCGACAACCAATGATGATCACCATA--AGTATTTCCA--AA-CT-CAAAATGCCAGTAGTAATGACGGCGCACATGAAAGTA------TATATT--ATGATTA-TATTTA-ATACCAAATT----T-CCGGTTCTTTTGGAAAGCTTA-A-----C-ATAC---C-----------T-A---------TATAAGCCGACGAAAGACC--GAGT-CCATT-CAAAAA-A---TTAAAAT-ATTCCTGTAT----GTTTGA---TAAAAAGTAACG-AG---ACTACGAG------TGTTGATCTTTAAAATGTACACGTAG--ACCT--G----TACACAGGCGTG-TA-CGCAGTGGTAAAGGTTTGGTTTGGTA---G---C--------ATA------------------CCCCCTGTCTTTAC----A-GA-CA-CAAAC--CCAA--T--C----T-TATGTTTCA--ATAATACAAATGAA--G-TATCTC-GTTAT-GCATTG----TA-AATAGT-CTAACTT-GTAC-T------TA---G-TTAAAGTCC--TCACTCCGA-AAG-TA---ATAT---------T-------------T--TCT--T-TACT---T---T---A----AAAAG-G-----G-T-CTTTCATTGG-CTGAG-TATC-GCAATAC-GGC-----ATT-GCA-TTGCGA--CTAA-TCATA-T-CCAGTC-GCCGCAACACACCTTG-CAGCG-AAAATATCGATG---T--TGTGT-CCCACGGTAGGT-AACAGAA
gi|5 : TATATCCG-GATTCT-CAAAATGT--ATAGTGATGGCGACACCCAAGAAAGTA------TATATT--ATGATTATT---TACAGACAAAATT------GCTGTTGTTGTGTTAAGCTTA-A-----C-ATACATGC-----------T-ACCTACATGTCATGAGTCGATGAAATACC--AAGT-CCGTTCC-CGAA-A---TTAAATT-GATCCCATAT----GATGGAACCTACCAAGTGGCG-GGCTAAATACGAG------T-CTGA------------ACATGTAG--A--------------------CG-TA-TGCA-T-GTACA-----CGCTTGTTAG--G---CTGTTAAAGAAA-GGCT---TTTTTTGCCT-CCCCATTCTTTAC----ACGACCA-AAGACTAAC-A--T--CCTAAT-C-CGCCTCAACATAATGCAGAT-AAATG-CA-CTCGGCCAA-GTATTGTGCCTA-ACGAGTGGCAACTTAAAAC-T------TA---ACTCAAAGAA---------CGA-AAGATA---ATTT---------TCTA-AT-----GTT--CCA--G-GACAAC-T---T---A----GAAAG-GTTCTTTTT-TTTTCATT-G-TTGAA-TATTAACAACACAGGA-----TTGCGTATTTGCGA--CCAATTCACACT-TAAGAA-GCCGATAC-TACCTTTACAGCGAAAAATATCGGTG---C--TGTGTCCCCACGAGAGAT-AAAAGAAAAGCCGTTACAACAGACCGTGGTATTCCGACG
gi|6 : agaCGTGAACCAATAGGAATGGTTGTA--AGCATTTCTG-GAA-CT-CAAAATGTCAGTAGTA--------------------------------T--AT-ATTA-T---TACAGACAAAATT------------CCTGTG------CTA-A-----T-ATAA---C-----------TCA---------TATAACCATATGAAATACC--AAGT-CTGTT-C-AAAATA---TTGCATT-GCTCCTGTAT----GATGGA---TAAGA-GTGGCA-AG---ACTACAAGAACTTGTGCTGA------------ACATGTAG--ACCG--G----TACAAA--CTCG-TA-CATCATATCAAA-----TGCTTGAT----------------------------TTTC---CCTCCCCCAGTCTTTAC----A-GC-CA-CAATC--AC-ATTT--C----T-C-AGTTTCA--ATAATGAAGA-----------CTT-ACTAT-GCTTTG----TA-ACTTGT-CAAATTT-AAACATACCCGGTA---G-TCAAAATCC--TTGTATCAA-AAG-TC---ATGTTTTATTAACT----GT-----GCT--CCT--G-AACA---A---TGAAA----AAAGG-G-----GCT-TCTTCATATG-TTAAA-TATT-GCAATAC-GGA-----AAG-ATA-TTGTGG--CCAA-TCACA-TAAAAGAA-GCCGTGACACACATAC-------AAGATATCAATG---T--TGTGT-CTTACGAGAAGT-ACAA-AAG------TGCAGCCGATCGTGGGTTTC
gi|7 : cagtcaa--AGTATTTTGGAGAA-TTTCAA-----TGGTAGTAA-----GTG---ATGA--GTG------TATATT---T--TTA-T---TACCGACAATATT-----ACTGGTTCT-GTGG--AGCTTA-AT----C-ACAC---CG----------T-A---------TACAGG--GATGAAATACTCAAAGTGCCGTT-A-AAAA-AAAATTAAATTTGGTCCTGTAT----GATGGAT--TAAAAA--GATA-AA---TCTG-GAGT-----TGCTGA------------G---------------------ACATAAGATTG-TATTGCAATA-TAA-------GATTGGTA---G---C--------ATA-ACCTTTGTTTC---CCTCTTCTCGT-TTTAC----A-GG--A-AAAAT--AA-A-----C----C-C-TGCTTT---ATAAAGCAGATAAA--G-CAT-TC-GCTAAGGCTTTG----TA-ACT-------------AAC-T------TA---G-TCAAAGTACTTTTGCTTCAAGAAA-TACTTGTTT---------T----AT-----G-T--CC---G-AACAACTT---T---A----TAAAG-G----------------------GAA-TATC-ATAATAC-GGAAGTACATT-GTA-TTG
gi|8 : tcaatcaattctcattactcattaaaatgactgtgtatgtgtgttatcgcaaacggttgagggactatggG------TGCTGAGCATT-------ACATGTAG--ACCT--GCCTGTACACAGGCTTG-TA-CTTAGTGGTAAA-----CGCTTGGTA---G---C--------ATA-TTTT---TTTT---CCTTCTCAGGTCTTTGC----A-GA-CACAAAAC--TC-A--T--CCC--T-C-TGTTTCA--ATAATGC--------------------TAA-GTTTTG----TA-AATAGT-CCAAATT-ATAC-T------TAATAG-TTAAAGTCC--TTGCTTCGA-AAG-TA---ATGT---------T----CTTCTCTGTT--CCG--A-AACA---CCCTT---A----AAAAT-G-----GCT-TTTTC-TTGGCTTGAAT-ATC-ACAAAAC-GCAT----ATG-G-A-T-ACAAAACCAAATCACA-T-TAAAAA-GCTGTGACACACCTTC-CAGTG-AAAATATTAGTG---TTATATGT-CCCACAGGAGGT-GAAAGAAG------TGCAACCAACTGCGGGTTTCTGACa
gi|9 : ACAAACT---GAC-CATCATTGGAAACCCGCGGTCAGTTGCAC---TTCTTTTACCTCCC-GTGGGACA-TAA---CGC-------TGAT---------------ATTTTTGCACAACTCTTTAAAATGCAT-----------------G-----------------ACCT---------TACGTGACCT----------GTCAAGGACCAATAGGAATTGCCGTA--AGTAATTC-G-AAA-CT-TAGAACGTCAGTAGAAATGGCGGTCCCCATGGAAGTA------TATATACAACGATTA-C---TACCGACCAAATT-----ATCGGTTCTTGTGGTAAACTTA-A-----C-ATAC---C-----------T-A---------TACAAGCAGATGAAATACC--AAGT-CCATTAA-AAAA-A---TTAAATT-GCTCCTGTAT----GATGGA---TAAAAAATGGAG-AG---ACTattgcaaattgacaactggatatcatagtaaataaatatcatcatgaggg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAAACGATCATGTAAGATAGTTGAAACGCTACCATGTGAAATGCCCAATGCCTAC