lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333 444444444444444444 2222222222222222222222 111111111111 55555555555555555555555555555 11111111 111 333333333333333333333333 22222222222222222222222222222222222222 11111111111 22222222222 11 222222 33 11 333333333333333333333 11111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 1111
lowQualScore : 4 8 3 6666 0 33 6 3 3 3 444444444444444444 2 2222222222222222222222 2 33 33 5 2 444 2 444 222222222222 22 66666666666666666666666666666 55 33 11111111 2 77 222 9999999 555555555555555555555555 22222222222222222222222222222222222222 2 55555555555 5 2 2 2 55555555555 22 2 3 3 3 222222 77 3 99 3 44 6 6666 3 3 3 6666 3 00 888888 3 6666 3 77777 3 333333333333333333333 11111111 3 555 6 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 3333333 2 2 2 2 2 2 444 2 2 2 33 5 2 2 2 66666 5 5555 5 2 5555 2 5 444 4444 33 777 2 2 2 2 2 33 2 5 2 1 4 4
lowQualScore : . . . .... . .. . . . . .................. . ...................... . .. .. . . ... . ... ............ .. ............................. .. .. ........ . .. ... ....... ........................ ...................................... . ........... . . . . ........... .. . . . . ...... .. . .. . .. . .... . . . .... . .. ...... . .... . ..... . ..................... ........ . ... . ................................................................................................................................ . . ....... . . . . . . ... . . . .. . . . . ..... . .... . . .... . . ... .... .. ... . . . . . .. . . . . . .
lowQualScore : 0 0 6 4444 8 77 2 1 1 1 222222222222222222 7 8888888888888888888888 5 44 44 0 5 444 5 444 888888888888 22 44444444444444444444444444444 99 44 55555555 7 33 777 9999999 666666666666666666666666 11111111111111111111111111111111111111 7 77777777777 3 7 7 7 33333333333 44 9 1 3 3 888888 55 1 22 1 22 2 5555 1 1 1 5555 1 44 888888 1 5555 1 77777 1 888888888888888888888 22222222 1 444 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 2222222 9 9 9 9 9 9 777 7 7 7 77 3 7 7 7 77777 3 7777 3 7 7777 7 3 777 6666 99 999 7 7 7 7 7 77 7 3 5 5 4 4
consensus : AAAT-GCA-TAATTA-TCA--ATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC-CCCCCCCCCC--T---CCC---------CCA-GT-AAC--T--TC-CTA-TA---T-C---AGTT------------TTCTTTTGGGG-G-----TTTGG--TT--------T--TTTTT--TTAT-T------AT-T--TACAAT---AGT-T---CTGTG------------G-A---------GTTC------------TG-----------T------------G-GT--------GG-T-CTGT-G-GT-A-----------AAAA-GACGC-ACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTGT-AAA-CA--ACACTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATCC----AAC-GA-----C-GT---------------------CG--------AA-TC---TCA-TC--------------------------GTTT-------------------------G--T-------ACAA-----A--------CC---------------A---G---GC---A------CA---C-AACA-C-CCA-------C-AAGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-GAA-TAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAG-C-G-C--CGCC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
Reference ( gi|8 ) : AAAT-GCA-TAATTA-TAC--ATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC-CCCCCCCCCC--T---TTC---------CCA-GT-AAC--T--TC-CTA-TA---T-C---AGTT------------TTCTTTTGGGG-GG----TTTGG--TT--------T--TTTTT--TTAT-T------AT-T--TACAAT---AGC-T---CTGTG------------G-A---------GTTC------------TG-----------T------------G-GT--------GG-T-CTGT-G-GT-A-----------AAAA-GACGC-ACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTGC-AAA-CA-CACACTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATCC----AAC-GA-----C-GT---------------------CG--------AA-TC---TCA-TC--------------------------GTTT-------------------------G--T-------ACAA-----A--------CC---------------A---G---GC---A------CA---G-AACA-C-CCA-------C-AAGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-GAA-TAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAG-C-G-C--CGCC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
gi|5 : AAAT-GCA-TAAGTA-TCA--ATGACC-ATGTGC--T--AA-AGTCTCAAA-CC-GCCA-T-A----------------------CCCCCCTCCC--T---------------CCA-GT-AAC--T--TC-CTA-TA---T-C---AGTT------------TTCTTTTGGGGTTG----TTTTG--TT--------T--TTTCT--TTATAT------A--T--TACAATA--AGT-T---TTGT---------------A---------GTTC------------TATTGGTTATTCTT------------G-GT---------G-T-CTGT-G-GCAA-----------AAAA-AACGC-ACT-G-T-GTCTTACTAGTA-TAGT-AAA-CA--ACACTAT-T---G--GA-AGG----GCA-CCACA-ACTTT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTT-ATTGC-A------T-TATCC----AAC-GAACATTC-GTGTTTG----------------CGTGAAAAACGA-TG---TCACTC--------------------------GTTT-------------------------AGCT-------ACAA-----AAACCC---CC---------------AGGGG---GC---AACCCC-CAAACA-AACA-C-CCA-------C-AAGT-A-G-C-AT-CGTT-TT---C-GAA-TAAAGAGAT--C-AG-CAAAAT-CG--GAC-----ATAGTGT----ATT-A-T-----GCG-TG-TTT---AC-T--TTAAT-G---TCCCT-C-TT-C-ACTAG-C---C--CGCC-T-ACTTCC-CGGCAAG---AATAACCGCAGTA-AAGATTG
gi|6 : AAATTGCC-TAATTAATCA--AGGACCCATGTG-AAT--AACAGTCGCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC-CACCCCCCCC--T---TCC---------CTA-GA-GAC--C--CCTCTA-TA---T-C---AGTG------------T-CTTTTG------------------T--------T--TTTTTGATTAT-T------AT-TATTACAATT--AGTAT---CTTTG------------A------------TTC------------TA-----------T------------G-GT--------AT-TGCTGT-TCGT-A-----------AAA--GACGC--CCGG-T-GC-CT--T--TA-TTG--AAA-CA--ACACTAT-TTGGA--TA-GGG-----CA-CCACA-AC-TT----TCCTG--CTCTCGT-C-C--TTTTGATGGCAA------T-CATCC----AAC-GA-----C-GCGAATCTCATCGTTTTCGAAAACG--------AA-TC---TCA-TCCTCT----------------------GTTT-------------------------G--TT------ATCA-----A--------CC---------------A---GTGCAC---A------CA---C-AACA-C-CCA-------T-CAAA-AAG-C-AT-GTTT------C-GAAATAAAGAG-T--CCAG-CAAAAT-CG-TGA------AT-GTGT----ATT-A-TGCCAGGC--TG-GTT---AC-T--TG--TGGTCATCCCTACTTTCC-ACTAGCC-G-C----CC-T-ACTT-CGC-GCAA-TGAAATAATC-CAATA-AAG-g
gi|2 : gAAAT-GC--TAATTA-TA---ATA--CCATG-GGATC--GAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC-CGTCTCTCCC--T---CCC---------CCA-ATCCGC--T--TT-CCA-TAAACT-CTATAGTA------------TCTATTTGGGGTGGTT--TTTGG--TTTG------T--TTTTT--TTAT-T------AT-TGGTACAAT---GAG-TGAGTTGTG------------G-T---------G-TC------------TG-----------TG-----------G-GT--------GG-TGCGGT-G-GT-A-----------GAAC-GACGG-ACCGG-TGGT-TTACT--TGAGTGT-AAAGCA--AC-CTCT-TTGGAGTGA-GGATGGTGCG-CCACAGAC-TT----TCCT-GCTTCTCGTCCTCGTTTTTGATGGCAA------G-TAT-C----AACGGA-----CGGT---------------------CG--------AA-T----TTA-TC--------------------------GTTT-------------------------G--C-------GGAA-----AGACGATGTCC---------------A---A---GCTCTATTTGTCCA---A-ACCAGC-CCAACACGGCC-AGGA-AGG-C-ATGGTTTGTT---C-GAA-TAAAGAG-T----AA-CAAAAT-CG-TGAC-----AG-TTGG----ATT-ATT----GGCGTTG-TTTTTAGCGT--TT--TGG---T-CCGAC-TTCC-AC-AG-C-G-C--CGCC-TGACTT-CGCGCAAAGGGAAAGTACCGCAATA-AAG-TTGg
gi|16 : aAAA--GCA-TA-TTA-T-----TAAC--ATGTGGATC----GAGTCTCAAA-CC-GCA--T-A------------------ATC-CCCTC---------------------------GT-A-C--T--TC-CTA-TA---TAC---AGTT------------C-CTTT---GG-GG----TTT----TT--------TGGTTTTT--TTAT-T------TT-T--TTTAATTTTAAT-T---CTGTG------------G-GTTCTAGGGTGTTC------------TG-----------T------------G-GT--------GT-T-CTGT-A-GT-A-----------AAAA----GC-ATCGG-
gi|4 : AT-GCA-TAATTA-TCA--ATTACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CCCGCAA-T-A------------------ACC-CCCCCCCCCC--CCCCTTC---------CCA-GT-AAC--TATTC-CTA-TA---T-C---AGTT------------TCTTTTTG------------TGT--TT--------TA-TTTTT--TTAT-T------AT-T--TACAAN---NNN-N---NNNNN------------N-N---------NNNN------------NN-----------N------------N-NN--------NN-N-NNNN-N-NN-NNNNNNNNNNNNAAAA-GACGC-ACCGG-G-TT-TTACA---G-TTGT-AAA-CA--ACAC-AT-TTGGA--GA-GGG-----CA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTT--TGGGCA------T-TATCC----AAC-GA-----C-GT---------------------CG--------AA-TCGTATCAATC--------------------------GTTTTCCGGAAACGATGTCCACCTCTGTTG--T-------ACAA--------------CC---------------A---GA--GC---A------CA---C-AACA-C-CCA-------C-AAGA-AAG-C-AT-GTTT-TT---C-GAA--AAGAAG-T--C-AG-CAAAAT-CG--GAC-----AT-GTGT----ATTAA-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGGT--TCCCTAC--TCC-ACTAG-C-C-C--CGCCAT-ACTTCCGC-GCAAGGGAAATAACCGCAATAGAAG-TTGg
gi|11 : AT-GCA-TA--TA-TCA--ATGACCCATGTGGAA---AAG-GTCTCAAA-CC-GCAA-T-A-----------------------------CCC--T---TTC---------C-A-GT-AAC--T--CC-CTA-T------C---AGTT------------TTTTTTTTTTT-------TTTTG--TT--------T--TTTTT--TTAT-T------AT-T--TACAAT---AGC-T-----GTG------------G-A---------GTTC------------TA-----------T------------G-GTATTCTGTTGG-T-CTGT-G-GT-A-----------AAAA-GACGC-ACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTGT-AAA--A--ACACTAT-TTGGA--GA-GGG----G-A-CCACA-AC-TT----T-CTGGC-TCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATCC----AAC-GT-----C-GT---------------------CG---------A-TC---TCA-TCGTTTTTCGGAAAACCAGTCCACTCT-GTTT-------------------------G--T-------AC-------A--------CC---------------A---G---GC---A------CA---C-A--A-C-CCA-------C-AAGA-AGG-C-AT-GCTT-TT---C-GAA-TAAAGAG-T--C-AG-C---AT-CG-TGAC--------GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-----T--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAG-C-G-C--CG-C-T-ACTTCCGCGG
gi|15 : AT-GCAATAATTT-TATCAATGGCC-ATTTGGAAT--AAGAGTTTCA
gi|18 : AT-GCAATAATTT-TATCAATGGCCCATTTGGAAT--AAGAGTTTCAcatcattaccattaagttaatattcttttgatctttagtagtttaaaccccacccctcccgcagtagcttcctatatcagtttttttttttacaatagttctgtgtgatgttcttgagatagttctgtggtattttgtggtagatct
gi|7 : T-GCA-TAATTA-TCA--ATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACCACCCCCCCCCC--C---CCC---------CCC-GT-AAC--T--TC-CTA-TA---G-C---AGTT------------TTCTTTTGGTG-TT----TTTGT--TT--------T--TTTGT--TTAT-T------AT-T--TACAAT---AGT-T---CTGTG------------G-A---------GTTC------------TA-----------T------------G-GT--------GG-T-CTGT-G-GT-A-----------AAAA-GACGC-ACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTGT-AAA-CA--ACACTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTCT-TTTTGATGGCAA------T-TATCC----AAC-GA-----C-GT---------------------CG--------AA-TC---TCA-TC--------------------------GTTT-------------------------T--TTCGGAAAACGATGTCCA--------CCTCTGTTTGTACAACCA---G---GC---A------CA---C-AACA-C-CCA-------C-AAGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-GAA-T-------------------AT-CG-TGAT-----TT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAG-C-G-C--CGCC-T-ACTTCCGCGGC--GGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTGcatcattacattaattaatattcttttgatctttagtagttaaacccccacccctcccgcagtagcttcctatatcagttttttttttacaatagttctgtgatgatgttct
gi|13 : T-GCA-TAATTA------AT----CATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-TCA------------------ACC-CCCCCCC-----T---TTC---------CCA--T-AACCTT--TC-CTA-TA---T-C---AGTT------------TTCTTTTGGGG-T-----TTTGG--TT--------T--TTTTT--TTTT-TTTTTATAT-T--TACAAT---AGT-T----TGTG------------G-A---------GTTC------------TG-----------TTGGTAGTTCTGTGCGT--------GG-T-CTGT-G-GT-A-----------AAC--GACGCCACCGGCT-GT-TTACTA-TG-TTGCTAAA-CAACAC-CTATGTTGGA--GATGGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTCT-TTTTGATGGCAA------T-TATCC----AAC-GA-----C-GT---------------------CG--------AATTC---TCA-TC--------------------------GTTT-------------------------gc
gi|3 : acATTA-TCA--ATGGCCCATGTGGAAT--AAGAGTTTTAAATCC-TTAATT-A------------------ACC-ttcggaaaacgatgtccacctctgtcttgtacaac
gi|21 : GACCCATGTGAAAT--AAGAGTATCAAATCC-GCAA-T-ATTCCTTTGATTTTTAGTAACC-CCCCCCCCCC--T---C---------------GT-AAC--T--TC-CTA-TA---T-C---AGTT------------TT---TTGTGG-G------------TT--------T--TTTTT--TTggtaatattttttttttttttactctttagccccccccccccccactcacacacgccccagtaactttgctaatatcagttttctttcctttttttgtttttaatttacaatagtactgtggtagttttgtggtcttctgtggtaaaaagacgcaccagtggttatacaaacaacactattcggaatggggcatcacgactttcctggcttcttgtctcttttgatggcaacgacgttttttcggaaaacgatgtccacctctgtttgtacaaccaggcacataacactcacaagaaggcatgttgttcgaataaagagtcggcaaaatcgttacatttgtattatggcgtgttaacaatttggtccatatttccactagcactgcctacttccgccgcaaggtaaatgaccgcaataaagttgac
gi|1 : aattaCCATGTG-AATTAAAGAATATCAAA-TC-GCAA-T-ATTCCTTTGATTTTAGTA-ACC-CCCCCCCCCC--G---TC--------------GT-AAG--T--TC-CTA-TA---T-C---AGTTCGTTTTTGGGTTTTTTTTTGGGG-GGGGGGTTTGG--TT--------T--TTTT-----ATAT------ATAT--TACAATT--AGT-T----TGTG------------GTA---------GTT-------------TG-----------T------------A-GT--------TT-T-CTGTAG-GT-A-----------AAA--GACGC-ATCGG-T-GT-TTAC-------TAC-AAA-CA--ACACTA---TGGA--GT-GGG----GCA-CCACA-AC-TTTTAATCCTAGTTTCTCGT--TC--TTTTGATGGCAA------TATATCC----AAC-GA-----C-GT---------------------CG--------AA-TC---TCA-TT--------------------------G
gi|10 : ggaaatttgtagtttaatagaGGAAT--A-GAGTCTGAAA-C--GCAA-T-A------------------ACC-CCCACCCC----T---TTC---------CCA-GT-AAC--T--TC-CT--TA---T-C---AGTT------------TTCTTTTGGGG-T-----TTTGGGTTT--------T--TTTTT--TTAT-T------AT-T---ACAAN---NNN-N---NNNNN------------N-N---------NNNN------------NN-----------N------------N-NN--------NN-N-NNNN-N-NN-NNNNNNNNNNNNAAAC-GACGC-ACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTGT-AAA-CA--ACACTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGTTCCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TCTC-----AAC-GA-----C-GT---------------------CG--------AA-TC---TCA-TC--------------------------GTTTTTCGGAAAACGATGTCCACCTGTTTG--T-------ACAA--------------CC---------------A---G---GC---A------CC------ACA-CACCA-------C-GAGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-GAA-TAAAGAG-T--C-AA-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---T-CCTAC-TTCC-ACTAG-C-G-C--CCGC-T-ACTTCCGCGgaattgttttttttttttcggaaaacgatgtcacctctgtttgttacacccacaaataggtatgtcttttgataagagtcggccaaaacgtcaccacatattgtattatcattatggtgtgtttgcaatatgtccctacttccaactagcgcgaccctacttcctccacaaggaaataccgcataagattgac
gi|9 : GAAT--A-GAGTCTCAAA--C-GCAA-T-A------------------ACC-CCCACCCCTT--A---TCC---------CCAGGT-AAC--T--TC-CTC-TA---T-C---AGTT------------TTCTTTT-GGG-GT----TTTGGGTTT--------T--TTTTT--TTAT-T------AT-T--TACAAT---AGT-T---C-GTG------------G-A---------GTTCCTTGTGGTAGTTTG-----------T------------G-GT--------GGTT-CTGT-G-GT-A-----------AAAACGACGC-ACCGG-T-GT-TTACTAGTT-TTGT--AA-CA--ACACTAT-TTGGA--GAGGGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGTTCCTCGT--TC--TTTTGATGGCAA------T---TTC----AAC-GA-----C-GT---------------------CG--------AA-TC---TCA-TCGTTTTTCGGAAAACGATGTCGCACCTGTTT-------------------------G--T-------AC-A-----A--------CC---------------A---G---GC---A------C------CACA-C-CCA-------C-GAGA-AGG-CAAT-GTTT-TT---C-GAA-TAAAGAG-T--C-AA-CAAAATCCG-TGAC-----AT-GTGT----ATTAA-T----GGCG-TGTTTT---AC-T--TT--TGG---T-CCTAC-TTCC-ACT-G-C-GCC--CGCC-T-ACTTCCGCGG
gi|3 : CC-CCCCCCCCCC--A---CTCACACACGCCCCA-GT-AAC--T--TTGCTAATA---T-C---AGTT------------TTCTTTCC----------TTT----TT--------T--TGTTT--TTA---------AT-T--TACAAT---AGT-A---CTGTG------------GTA---------GTTT------------TG-----------T------------G-GT--------CT-T-CTGT-G-GT-A-----------AAAA-GACGC-ACCAG-T-GG-TTA--------TAC-AAA-CA--ACACTAT-TCGGA--AT-GGG----GCA-TCACG-AC-TT----TCCTGGCTTCTTGT-CTC--TTTTGATGGCAACGACGTT-TTTTCGGAAAAC-GA-----T-GT---------------------CC--------A--CC---TC---T--------------------------GTTT-------------------------G--T-------ACAA--------------CC---------------A---G---GC---A------CA---T-AACA-C-TCA-------C-AAGA-AGG-C-AT-GTTG-TT---C-GAA-TAAAGAG-T--C-GG-CAAAAT-CG-TTAC-----AT-TTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTA---ACAA--TT--TGG---TCCATAT-TTCC-ACTAG-C-A-C--TGCC-T-ACTTCCGCCGCAAGGTAAATGACCGCAATA-AAG-TTG
gi|18 : attatcaatggcccatgtggaataagagttttaaatccttaattaaccggtaatattttttttttttttactctttagcc-CCCCCACCCC--T---CCC---------GCA-GT-AGC--T--TC-CTA-TA---T-C---AGT----------------------------------------------------TTTT--TT-----------T-T--TACAAT---AGT-T---CTGTGAT----------G-AT--------GTTC------------Tac
gi|15 : atgcaataattttatcaatggcccatttggaataagagtttcacatcattacattaattaatattcttttgatctttagtagttaaaCCCCACCCC--T---CCC---------GCA-GT-AGC--T--TC-CTA-TA---T-C---AGTT---------------------------------------------------TTTT--TT-----------T-T--TACAAT---AGT-T---CTGTGTGATGTTCTTGAG-ATA-------GTTC------------TG-----------T------------G-GT--------AT-T-TTGT-G-GT-A-----------GA
gi|12 : atgcaataattttatcaatggccatttggaataagagtttcacatcattaccattaagttaatattcttttgatctttagtagtttaaaCCCCCCAGTA--TTC---------C----T-AAG--T--TC--TA-TA---T-C---AGTT------------TTCTTT-GGGG-GT----TTTTG--TTGTTGTTTTT--TTTTT--TTAT-TT-----AT-T--TACAAT---AGT-T---CTGTG------------GTA---------GTTC------------TG-----------T------------G-GT--------GG-T-CTGT-G-GT-A-----------AAA--GACGC-ACC------------------------AA-CA--ACACTAT-TTGGA--GT-GGG----GCAACCATA-AC-TT----TCCTAGCTTCTCGT-CT---TTTTAATGGCA-------T-TATCC----AAC-GA-----C-AT---------------------CG--------AA-TC---TCA-TC--------------------------GTTTTCGGAAACGATCTCCACCTCAGTTTG--T-------ACAA--------------CC---------------A---G---GC---A------CA---C-AACA-C-CCA-------C-A-GA-ACG-C-AT-GTTT-TT---T--AA-TAAAGAG-T--CCAG-CAAAAC-CG-TCAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-A--TT--TGA---TCCCTAC-TTCA-GCTAG-C-G----CGCC-TCACTTCCtct
gi|23 : TGTG------------G-TT--------GTTC------------TG-----------T------------G-GT--------G--T-CTGT-G-GT-A-----------AAAG-AGCAC-ACa
gi|14 : ttaT--TA-CTAC-AAA-CA--ACACTGT-TTGGA--GT-GGG----GCA-CCATA-TC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CCC--TTCTGATTGCAA------T-CAACC----AAC-GA-----C-GT---------------------CG--------AA-GC---TCG-TC--------------------------GTTTTTTGGAAAACGATGTCCACCGTTGTG--T-------GCAA---------------C---------------A---G---GC---A------CA---ACAACA-CGCCA-------CCAAGAGAGGTC-AT-GTTT-TTTTCC-GAA-TAATGAG-T--C-AG-CAA--------------------TGT----ATA-A-T-----GCG-TG-TTT---ACAA--CT--TGG---TCCCTAC-TTCC-GCCAG-C-G-C--CGCC-T-ACTTCCGCCGAAAGGGAAATAACCGCtaa
gi|19 : t--------------------------GTTT-------------------------G--T-------ACCA-----A--------CC---------------A---G---------------CA---A-CACACC-CCA-------C-AA-A-AGA--------TT-TT---T-GAA-T-AAGAG-TCCC-AGCCAACAT--G-TGAC-----AT-GTGT-----TT---T----GGCG-TG-TTT---AT-T--
gi|17 : tcgtttttccggaacttccaccttctA-----A--------CC---------------A---G---GC---A------CA---C-AACA-C-CCAAA-----C-GAGA-AG--C-AT-GTTT-TT---CCGAA-TAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CGCTGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TGTTTT---AC-T--TT--T-G---TCCCTAC--TCC-ACTAG-CGG-C--CGCC-T-ACTTTCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TT
gi|1 : ACA-C-CCA-------C-AAAT-AGG-T-AT-GTCT-TT---T-GA--TAA-GAG-T--C-GG-CCAAAA-CG-TCACCACATATTGTATTATCATT-A-T----GGTG-TG-TTT---GC-A--AT--ATG---TCCCTAC-TTCCAACTAG-C-G-CGAC-CC-T-ACTTCCTCCACAA-GGAAAT-ACCGC-ATA-AGA-TTGta
gi|20 : ggaaatttgtagtttaatagaccatgtgaattaaagaatatcaaatcgcaatattcctttgattttagtaaccccccccccccgtcgtaagttcctatatcagttcgtttttgggtttttttttggggggggggtttggtttttttatatatattacaattagtttgtggtagtttgtagttttctgtaggtaaaagacgcatcggtgtttactacaaacaacactatggagtggggcaccacaacttttaatcctagtttctcgttcttttgatggcaatatatccaacgacgtcgaatctcattggaattgttttttttttttcggaaaacgatgtcacctctgtttgttT---C-GAA-TAAAGAG-T--C-AG-CAAAAC-CG-TCAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGTG-TG-TTT---AC-ACATT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAG-T-G-C--CGCC-T-ACTTCCTCGGCAAGGGAAATAAac
gi|22 : CCCTAC-TTCC-GCTAG-C-G-C--CGCC-T-ACTTCCGTGGCAAGAGAAATTACCGCAATA-AAG-TCGagttgacc
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111 11111111111111 1111111111111111111 1111111 111111111111 333333333333333333333333333333333 11111 22222222222 111111111111 1111111111111111111111111111111111 2222222222222 11111 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 111111111 1111
lowQualScore : 3 7 99 3 0 2 33 5 2 2 2 9999999999999999999 33 44444444444444 2 2222222222222222222 2 33 33 4 0000000 444 2 444 222222222222 111111111111111111111111111111111 2 33 2 999999 2 88 33 2 55555 2 1 33 00000000000 222222222222 5 2 9999999999999999999999999999999999 5 2 2 6666666666666 66 2 2 3 3 99999 33 2 2 2 2 33 5 6666 2 2 2 6666 2 99 888888 2 888 6666 888888 2 33333 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5 2222222 2 000000000 2 2 2 2 2 444 2 2 2 55 2 2 2 2 66666 5 5555 5 2 5555 2 5 444 3333 33 777 2 2 2 2 55 2 5 1 0 4 4
lowQualScore : . . .. . . . .. . . . . ................... .. .............. . ................... . .. .. . ....... ... . ... ............ ................................. . .. . ...... . .. .. . ..... . . .. ........... ............ . . .................................. . . . ............. .. . . . . ..... .. . . . . .. . .... . . . .... . .. ...... . ... .... ...... . ..... . ......................................................................................................................................................................................................................... . . ....... . ......... . . . . . ... . . . .. . . . . ..... . .... . . .... . . ... .... .. ... . . . . .. . . . . . .
lowQualScore : 6 3 22 1 2 2 44 7 9 7 7 9999999999999999999 44 77777777777777 5 8888888888888888888 4 22 22 7 0000000 111 4 111 111111111111 111111111111111111111111111111111 4 44 5 777777 5 44 44 5 66666 4 1 22 22222222222 111111111111 0 5 3333333333333333333333333333333333 0 7 7 9999999999999 00 7 9 1 1 44444 44 9 9 9 9 99 7 1111 9 9 9 1111 9 66 222222 9 999 1111 222222 9 22222 9 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 3 3333333 7 777777777 7 7 7 7 7 444 5 5 5 99 5 5 5 5 22222 0 3333 0 5 3333 5 0 444 1111 77 333 5 5 5 5 99 5 0 7 7 0 0
consensus : AAAT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-----------CC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTT------------TTCTTTTGGGG--N---TT----TGG--TT--------T--TTTT-T--T-TAT------T-AT--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
Reference ( family-379 ) : AAAT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-----------CC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTT------------TTCTTTTGGGG--G---TT----TGG--TT--------T--TTTT-T--T-TAT------T-AT--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
gi|1 : -TTAATAGACCATGTG-AATTAAAGAATATCAAA-TC-GCAA-T-A------------------TTC--CTTTGATTTTAGTAACC-CCCCCCCCC-----------CG---TC-GT-AAG--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTCGTTTTTGGGTTTTTTTTTGGGG--G---GG----GGG--TT--------TGGTTTT-T--T-TATA-----T-ATA-T--TACAA-TT----AGT-T-TGTG--GTA---------GTT-------------TG-T-A------------G-------T--------T--T-T-CTG-TAGGT-A-----------AAA--GACG-CATCGG-T-GT-TTAC-------TA-CAAA-CA-ACA-CTA---TGGA--GT-GGG----GCA-CCACA-AC-TTTTAATCCTAGTTTCTCGT--TC--TTTTGATGGCAA------TATATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TT---G
gi|1 : ggaaatttgtagtA------CA-C-CCA-------C-A---------AAT-AGG-T-AT-GTCT-TT---T-G-A-TAA-GAG-T--C-GG-CCAAAA-CG-TCACCACATATTGTATTATCATT-A-T----GGTG-TG-TTT---GC-A--AT--ATG---TCCCTAC-TTCCAACTAGC-G--CGACCC-T-ACTTCCTCCACAA-GGAAAT-ACCGC-ATA-AGA-TTGgaattgttttttttttttcggaaaacgatgtcacctctgtttgttacacccacaaataggtatgtcttttgataagagtcggccaaaacgtcaccacatattgtattatcattatggtgtgtttgcaatatgtccctacttccaactagcgcgaccctacttcctccacaaggaaataccgcataagattgac
gi|10 : ggaaatttgtagtttaatagaccatgtgaattaaagaatatcaaatcgcaatattcctttgattttagtaaccccccccccccgtcgtaagttcctatatcagttcgtttttgggtttttttttggggggggggtttggtttttttatatatattacaattagtttgtggtagtttgtagttttctgtaggtaaaagacgcatcggtgtttactacaaacaacactatggagtggggcaccacaacttttaatcctagtttctcgttcttttgatggcaatatatccaacgacgtcgaatctcattggaattgttttttttttttcggaaaacgatgtcacctctgtttgttGGAAT--A-GAGTCTGAAA-C--GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-ACCCCTTTC-----------CC-----AGT-AAC--T--TC-CT--------TA---T-C---AGTT------------TTCTTTTGGGG--T---TT----TGGGTTT--------T--TTTT-T--T-TAT------T-AT--T---ACAA-N-----NNN-NNNNNN--N-N---------NNNN------------NN-N-N------------N-------N--------N--N-N-NNN-N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAAC-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGTTCCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TCTCAA-C----GA------C-GT-----C-GAATCTCATCGTTTTT-----CG----------GAAAACGATG-------------TC-----C--------A-CCT--GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-----------------C-A-------CA-CACCA-------C-G---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AA-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---T-CCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCC--GC-T-ACTTCCGCGac
gi|11 : AT-GCA-TA--T--A-TCAATGACCCATGTGGAA---AAG-GTCTCAAA-CC-GCAA-T-A---------------------------------------------CCCTT-----------TC---C-AGT-AAC--T--CC-CTA-------T------C---AGTT------------TTTTTTTTTTT--T---TT----TG---TT--------T--TTTT-T--T-TAT------T-AT--T--TACAA-T-----AG---CTGTG--G-A---------GTTC------------TA-T-G------------G-------TATTCTGTTG--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTG-TAAA--A-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----G-A-CCACA-AC-TT----T-CTGGC-TCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GT-----C-G--------------T-----CG-----------A---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--T--------CGGAAA-----A--------CCAGTCCACTCTGTTTGTACACCAG-G----------CAC-A---------------C-A--------A-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GCTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-C---AT-CG-TGAC--------GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-----T--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG---C-T-ACTTCCGCGG
gi|12 : C-----------CC---CCAGT-A----T--TC-CTAAGTTCTATA---T-C---AGTT------------TTCTTTGGGGG--T---TT----TTG--TTGTTGTTTTT--TTTT-T--T-TAT------TTAT--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--GTA---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAA--GACG-CACC------------------------AA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GT-GGG----GCAACCATA-AC-TT----TCCTAGCTTCTCGT-CT---TTTTAATGGCA-------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-A--------------T-----CG----------AATCTCATCGTTTTCGGAAACGATC----TCC-------A-CCTCAGT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A----------GA-ACG-C-AT-GTTT-TT---T---AATAAAGAG-T--CCAG-CAAAAC-CG-TCAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-A--TT--TGA---TCCCTAC-TTCA-GCTAGC-G--CG--CC-TCACTTCC
gi|13 : cT-GCA-TAATT--A----AT----CATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-TCA------------------ACC--C--------------CC-CCCC---TT-----------TC---CCA-T-AACCTT--TC-CTA-------TA---T-C---AGTT------------TTCTTTTGGGG--T---TT----TGG--TT--------T--TTTT-T--T-TTTTTTTTAT-AT--T--TACAA-T-----AGT-T-TGTG--G-A---------GTTC------------TGTT-GGTAGTTCTGTGCG-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-------------AAAC-GACGCCACCGGCT-GT-TTACTA-TG-TTGCTAAA-CA-ACACCTATGTTGGA--GATGGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTCT-TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AAT--------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------a
gi|14 : acT--TA-CTA-CAAA-CA-ACA-CTGT-TTGGA--GT-GGG----GCA-CCATA-TC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CCC--TTCTGATTGCAA------T-CAAC---C----AACGACGTC-GAAGCT-C-G--------------T-----CGTTTTTTGGAAAACGATG----------------TC-----C--------A-CC---GT---------TGT--------------------------G--T-------GC---AA---------------C---------------------AG-G----------CAC-AA--------------C-AA------CA-CGCCA-------CCA---------AGAGAGGTC-AT-GTTT-TTTTCC-G-AATAATGAG-T--C-AG-CAA--------------------TGT----ATA-A-T-----GCG-TG-TTT---ACAA--CT--TGG---TCCCTAC-TTCC-GCCAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCCGAAAGGGAAATAACCGCttcggaaaacgatgtccacctctgtcttgtacaac
gi|15 : tAT-GCAATAATTTTA-TCAATGGCC-ATTTGGAAT--AAGAGTTTCA
gi|15 : --------------CC-CCACCCCTC-----------CC---GCAGT-AGC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTT------------TTTTTTT----------TTACAATAG--TT--------C--TGTG-T--GATGT------T-CT--T--GA-GA-T-----AGT-TCTGTG--G-T---------ATTT------------TG-T-G------------G-------TA-------G--A-T-CTcatcattaccattaagttaatattcttttgatctttagtagtttaaaccccacccctcccgcagtagcttcctatatcagtttttttttttacaatagttctgtgtgatgttcttgagatagttctgtggtattttgtggtagatct
gi|16 : atgcaataattttatcaatggccatttggaataagagtttcacatcattaccattaagttaatattcttttgatctttagtagtttaaaAAA--GCA-TA-TT--A-TTAA-----CATGTGGATC----GAGTCTCAAA-CC-GCA--T-A------------------ATC--C--------------CC-TC--------------------------GT-A-C--T--TC-CTA-------TA---TAC---AGTT------------C-CTTT--GGG--G---TT----T----TT--------TGGTTTT-T--T-TAT------T-TT--T--TTTAA-TTTT--AAT-TCTGTG--G-GTTCTAGGGTGTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--T-T-CTG-T-AGT-A-----------AAAA----G-CATCGG-
gi|17 : A-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCAAA-----C-G---------AGA-AG--C-AT-GTTT-TT---CCG-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CGCTGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TGTTTT---AC-T--TT--T-G---TCCCTAC--TCC-ACTAGCGG-CCG--CC-T-ACTTTCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTg
gi|18 : AT-GCAATAATTTTA-TCAATGGCCCATTTGGAAT--AAGAGTTTCAta
gi|18 : --C--------------CC-CCACCCCTC-----------CC---GCAGT-AGC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTT------------TTTTT----------------------------------------------------------T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTGATG-AT--------GTTC------------Tcatcattacattaattaatattcttttgatctttagtagttaaacccccacccctcccgcagtagcttcctatatcagttttttttttacaatagttctgtgatgatgttct
gi|19 : atgcaataattttatcaatggcccatttggaataagagtttcacatcattacattaattaatattcttttgatctttagtagttaaa---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---CA-----A--------CC---------------------AG-C----------AAC-A---------------C--A------C--C-CCA-------C-A---------A-A-AGA--------TT-TT---T-G-AAT-AAGAG-TCCC-AGCCAACAT--G-TGAC-----AT-GTGT-----TT---T----GGCG-TG-TTT---AT-T--
gi|2 : tcgtttttccggaacttccaccttctAAAT-GC--TAATT--A-T-AATA--CCATG-GGATC--GAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------GT-CTCTCCCTC-----------CC---CCAATCCGC--T--TT-CCA-------TAAACT-CTATAGTA------------TCTATTTGGGGT-GGTTTT----TGG--TTTG------T--TTTT-T--T-TAT------T-AT--TGGTACAA-TGAGTGAGT---TGTG--G-T---------G-TC------------TG-TGG------------G-------T--------G--G-TGCGG-T-GGT-A-----------GAAC-GACG-GACCGG-TGGT-TTACT--TGAGTG-TAAAGCA-AC--CTCT-TTGGAGTGA-GGATGGTGCG-CCACAGAC-TT----TCCT-GCTTCTCGTCCTCGTTTTTGATGGCAA------G-TAT----C----AA------CGGA-----CGG--------------T-----CG----------AA---------------------T-----TT--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--C-------GG---AA-----AGACGATGTCC---------------------AA-G----------CTCTATTTGTC---------C-AAAC----CAGC-CCAACACGGCC-A---------GGA-AGG-C-ATGGTTTGTT---C-G-AATAAAGAG-T----AA-CAAAAT-CG-TGAC-----AG-TTGG----ATT-ATT----GGCGTTG-TTTTTAGCGT--TT--TGG---T-CCGAC-TTCC-AC-AGC-G-CCG--CC-TGACTT-CGCGCAAAGGGAAAGTACCGCAATA-AAG-TTG
gi|20 : aT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAC-CG-TCAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGTG-TG-TTT---AC-ACATT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGT-G-CCG--CC-T-ACTTCCTCGGCAAGGGAAATAA
gi|21 : GACCCATGTGAAAT--AAGAGTATCAAATCC-GCAA-T-ATTCCTTTGATTTTTAGTAACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-------------------GT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTT---------------TTTTGTGG--G---TT----T----TT--------T--TTTT-agttgacc
gi|22 : aattaCCCTAC-TTCC-GCTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGTGGCAAGAGAAATTACCGCAATA-AAG-TCG
gi|23 : T-TATGTG--G-TT--------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G----T-CTG-T-GGT-A-----------AAAG-AGCA-CACgc
gi|3 : ATT--A-TCAATGGCCCATGTGGAAT--AAGAGTTTTAAATCC-TTAATT-A------------------ACC--taa
gi|3 : -T-A------------------GCC--C--------------CC-CCCCCCCCCACTCACACACGCC---CCAGT-AAC--T--TTGCTAA------TA---T-C---AGTT------------TTCTTTCC---------TT----T----TT--------T--TGTT-T--T-TA---------AT--T--TACAA-T-----AGT-ACTGTG--GTA---------GTTT------------TG-T-G------------G-------T--------C--T-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCAG-T-GG-TTA--------TA-CAAA-CA-ACA-CTAT-TCGGA--AT-GGG----GCA-TCACG-AC-TT----TCCTGGCTTCTTGT-CTC--TTTTGATGGCAACGACGTT-TTTT---CGGAAAA------C-GA-----T-G--------------T-----CC----------A----------------------CC----TC-----------T---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------T-AA------CA-C-TCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTG-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-GG-CAAAAT-CG-TTAC-----AT-TTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTA---ACAA--TT--TGG---TCCATAT-TTCC-ACTAGC-A-CTG--CC-T-ACTTCCGCCGCAAGGTAAATGACCGCAATA-AAG-TTGggtaatattttttttttttttactctttagccccccccccccccactcacacacgccccagtaactttgctaatatcagttttctttcctttttttgtttttaatttacaatagtactgtggtagttttgtggtcttctgtggtaaaaagacgcaccagtggttatacaaacaacactattcggaatggggcatcacgactttcctggcttcttgtctcttttgatggcaacgacgttttttcggaaaacgatgtccacctctgtttgtacaaccaggcacataacactcacaagaaggcatgttgttcgaataaagagtcggcaaaatcgttacatttgtattatggcgtgttaacaatttggtccatatttccactagcactgcctacttccgccgcaaggtaaatgaccgcaataaagttgac
gi|4 : attatcaatggcccatgtggaataagagttttaaatccttaattaaccggtaatattttttttttttttactcttAT-GCA-TAATT--A-TCAATTACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CCCGCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCCC-----------CCTTCCCAGT-AAC--TATTC-CTA-------TA---T-C---AGTT------------TCTTTTTG---------------TGT--TT--------TA-TTTT-T--T-TAT------T-AT--T--TACAA-N-----NNN-NNNNNN--N-N---------NNNN------------NN-N-N------------N-------N--------N--N-N-NNN-N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAAA-GACG-CACCGG-G-TT-TTACA---G-TTG-TAAA-CA-ACA-C-AT-TTGGA--GA-GGG-----CA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTT--TGGGCA------T-TATCCAAC----GA------C-GT-----C-GAA------------T-----CGTATC------AA---------------------TCGTTTTCCGGAAACGA-T----GTCCACCTCTGT-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AGAG----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AAG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AA-AAGAAG-T--C-AG-CAAAAT-CG--GAC-----AT-GTGT----ATTAA-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGGT--TCCCTAC--TCC-ACTAGC-C-CCG--CCAT-ACTTCCGC-GCAAGGGAAATAACCGCAATAGAAG-TTGac
gi|5 : AAAT-GCA-TAAGT--A-TCAATGACC-ATGTGC--T--AA-AGTCTCAAA-CC-GCCA-T-A-----------------------C--------------CC-CCCTCCCTC-----------C------AGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTT------------TTCTTTTGGGGTTG---TT----TTG--TT--------T--TTTC-T--T-TA-------T-ATA-T--TACAA-TA----AGT-TTTGT-----A---------GTTC------------TATT-G------------GTTATTCTT--------GGTG-T-CTG-T-GGCAA-----------AAAA-AACG-CACT-G-T-GTCTTACTAGTA-TAG-TAAA-CA-ACA-CTAT-T---G--GA-AGG----GCA-CCACA-ACTTT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTT-ATTGC-A------T-TATC---C----AA------C-GAACATTC-G--------------TGTTTGCGTGAAAAAC--GA---------------------TG----TC--------ACTC---GT---------T-T--------------------------AGCT-------AC---AA-----AAACCC---CC---------------------AG-GGGGCAACCCCCAA-A---------------CAAA------CA-C-CCA-------C-A---------AGT-A-G-C-AT-CGTT-TT---C-G-AATAAAGAGAT--C-AG-CAAAAT-CG--GAC-----ATAGTGT----ATT-A-T-----GCG-TG-TTT---AC-T--TTAAT-G---TCCCT-C-TT-C-ACTAGC---CCG--CC-T-ACTTCC-CGGCAAG---AATAACCGCAGTA-AAGATTG
gi|6 : AAATTGCC-TAATT--AATCAAGGACCCATGTG-AAT--AACAGTCGCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------AC-CCCCCCCTT-----------CC---CTAGA-GAC--C--CCTCTA-------TA---T-C---AG-T------------GTCTTTTG---------------------T--------T--TTTT-TGAT-TAT------T-ATTAT--TACAATT-----AGTATCTTTG--------------ATTC------------TA-T-G------------G-------T--------A--T-TGCTGTT-CGT-------------AAAA-GACG-C-CCGG-T-GC-CT--T--TA-TTG--AAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--TA--GG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTG--CTCTCGT-C-C--TTTTGATGGCAA------T-CATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------------CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--C-------GA---AA-----A--------CG---------------------AA-T----------CTC-ATCCTCTGTTTGTTATC-AACCAGTGCA-C-ACA-------C-AACACCCATCAAA-AAG-C-AT-G--T-TT---C-GAAATAAAGAG-TC-C-AG-CAAAAT-CG-TGA------AT-GTGT----ATT-A-TGCCAGGC--TG-GTT---AC-T--TG--TGGTCATCCCTACTTTCC-ACTA---G-CCGC-CC-T-ACTT-CGC-GCAA-TGAAATAATC-CAATA-AAG-g
gi|7 : gT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACCACC--------------CC-CCCCCCCCC-----------CC---CC-GT-AAC--T--TC-CTA-------TA---G-C---AGTT------------TTCTTTTGGTG--T---TT----TTG--TT--------T--TTTTGT--T-TAT------T-AT--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TA-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTCT-TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--TTCGGAAAAC---GATGTCCA--------CCTCTGTTTGTACAACC------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AAT-------------------AT-CG-TGAT-----TT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGC--GGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTGg
gi|8 : AAAT-GCA-TAATT--A-TACATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTT-----------TC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTT------------TTCTTTTGGGG--GG--TT----TGG--TT--------T--TTTT-T--T-TAT------T-AT--T--TACAA-T-----AGC-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-CAAA-CACACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------G-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTGgc
gi|9 : GAAT--A-GAGTCTCAAA--C-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CCACCCCTTATC-----------CC---CAGGT-AAC--T--TC-CTC-------TA---T-C---AGTT------------TTCTTTTGGGG--T---TT----TGGGTTT--------T--TTTT-T--T-TAT------T-AT--T--TACAA-T-----AGT-TC-GTG--G-A---------GTTCCTTGTGGTAGTTTG-T-G------------G-------T--------G--GTT-CTG-T-GGT-A-----------AAAACGACG-CACCGG-T-GT-TTACTAGTT-TTG-T-AA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GAGGGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGTTCCTCGT--TC--TTTTGATGGCAA------T---TT---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-TTTCGGAAAACGATGTCGCACCTGTTTG--T-------AC----A-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-----------------C--A------CA-C-CCA-------C-G---------AGA-AGG-CAAT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AA-CAAAATCCG-TGAC-----AT-GTGT----ATTAA-T----GGCG-TGTTTT---AC-T--TT--TGG---T-CCTAC-TTCC-ACT-GC-GCCCG--CC-T-ACTTCCGCGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111 11111111111111 1111111111111111111 1111111 333333333333333333333333333333333333333 11111 22222222222 111111111111 1111111111111111111111111111111111 2222222222222 11111 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 111111111 1111
lowQualScore : 3 7 99 3 0 2 33 5 2 2 2 9999999999999999999 33 44444444444444 2 2222222222222222222 2 33 33 4 0000000 444 2 444 000 000000000000000000000000000000000000000 33 666 33 2 999999 2 2 88 33 2 11111 2 1 33 00000000000 222222222222 5 2 9999999999999999999999999999999999 5 2 2 6666666666666 66 2 2 3 3 99999 33 2 2 2 2 33 5 6666 2 2 2 6666 2 99 888888 2 888 6666 888888 2 33333 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5 2222222 2 000000000 2 2 2 2 2 444 2 2 2 55 2 2 2 2 66666 5 5555 5 2 5555 2 5 444 3333 33 777 2 2 2 2 55 2 5 1 0 4 4
lowQualScore : . . .. . . . .. . . . . ................... .. .............. . ................... . .. .. . ....... ... . ... ... ....................................... .. ... .. . ...... . . .. .. . ..... . . .. ........... ............ . . .................................. . . . ............. .. . . . . ..... .. . . . . .. . .... . . . .... . .. ...... . ... .... ...... . ..... . ......................................................................................................................................................................................................................... . . ....... . ......... . . . . . ... . . . .. . . . . ..... . .... . . .... . . ... .... .. ... . . . . .. . . . . . .
lowQualScore : 6 3 22 1 2 2 44 7 9 7 7 9999999999999999999 44 77777777777777 5 8888888888888888888 4 22 22 7 0000000 111 4 111 999 000000000000000000000000000000000000000 22 555 44 5 777777 5 5 44 44 5 22222 4 1 22 22222222222 111111111111 0 5 3333333333333333333333333333333333 0 7 7 9999999999999 00 7 9 1 1 44444 44 9 9 9 9 99 7 1111 9 9 9 1111 9 66 222222 9 999 1111 222222 9 22222 9 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 3 3333333 7 777777777 7 7 7 7 7 444 5 5 5 99 5 5 5 5 22222 0 3333 0 5 3333 5 0 444 1111 77 333 5 5 5 5 99 5 0 7 7 0 0
consensus : AAAT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-----------CC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTGGGG----T-TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
Reference ( family-379 ) : AAAT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-----------CC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTGGGG----N-TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
gi|1 : -TTAATAGACCATGTG-AATTAAAGAATATCAAA-TC-GCAA-T-A------------------TTC--CTTTGATTTTAGTAACC-CCCCCCCCC-----------CG---TC-GT-AAG--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTCGTTTTTGGGT----T-TT----TTTTTGGGGGGGGGG--TT--------TGGTTTT---T--T-TATA-----T-A-TA-T--TACAA-TT----AGT-T-TGTG--GTA---------GTT-------------TG-T-A------------G-------T--------T--T-T-CTG-TAGGT-A-----------AAA--GACG-CATCGG-T-GT-TTAC-------TA-CAAA-CA-ACA-CTA---TGGA--GT-GGG----GCA-CCACA-AC-TTTTAATCCTAGTTTCTCGT--TC--TTTTGATGGCAA------TATATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TT---G
gi|1 : ggaaatttgtagtA------CA-C-CCA-------C-A---------AAT-AGG-T-AT-GTCT-TT---T-G-A-TAA-GAG-T--C-GG-CCAAAA-CG-TCACCACATATTGTATTATCATT-A-T----GGTG-TG-TTT---GC-A--AT--ATG---TCCCTAC-TTCCAACTAGC-G--CGACCC-T-ACTTCCTCCACAA-GGAAAT-ACCGC-ATA-AGA-TTGgaattgttttttttttttcggaaaacgatgtcacctctgtttgttacacccacaaataggtatgtcttttgataagagtcggccaaaacgtcaccacatattgtattatcattatggtgtgtttgcaatatgtccctacttccaactagcgcgaccctacttcctccacaaggaaataccgcataagattgac
gi|10 : ggaaatttgtagtttaatagaccatgtgaattaaagaatatcaaatcgcaatattcctttgattttagtaaccccccccccccgtcgtaagttcctatatcagttcgtttttgggtttttttttggggggggggtttggtttttttatatatattacaattagtttgtggtagtttgtagttttctgtaggtaaaagacgcatcggtgtttactacaaacaacactatggagtggggcaccacaacttttaatcctagtttctcgttcttttgatggcaatatatccaacgacgtcgaatctcattggaattgttttttttttttcggaaaacgatgtcacctctgtttgttGGAAT--A-GAGTCTGAAA-C--GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-ACCCCTTTC-----------CC-----AGT-AAC--T--TC-CT--------TA---T-C---AGTTTTCTTTTGGGG----T-TT----T------------GGGTTT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T---ACAA-N-----NNN-NNNNNN--N-N---------NNNN------------NN-N-N------------N-------N--------N--N-N-NNN-N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAAC-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGTTCCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TCTCAA-C----GA------C-GT-----C-GAATCTCATCGTTTTT-----CG----------GAAAACGATG-------------TC-----C--------A-CCT--GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-----------------C-A-------CA-CACCA-------C-G---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AA-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---T-CCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCC--GC-T-ACTTCCGCGac
gi|11 : AT-GCA-TA--T--A-TCAATGACCCATGTGGAA---AAG-GTCTCAAA-CC-GCAA-T-A---------------------------------------------CCCTT-----------TC---C-AGT-AAC--T--CC-CTA-------T------C---AGTTTTTTTTTTTTT----T-TT----T------------G---TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AG---CTGTG--G-A---------GTTC------------TA-T-G------------G-------TATTCTGTTG--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTG-TAAA--A-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----G-A-CCACA-AC-TT----T-CTGGC-TCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GT-----C-G--------------T-----CG-----------A---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--T--------CGGAAA-----A--------CCAGTCCACTCTGTTTGTACACCAG-G----------CAC-A---------------C-A--------A-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GCTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-C---AT-CG-TGAC--------GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-----T--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG---C-T-ACTTCCGCGG
gi|12 : C-----------CC---CCAGT-A----T--TC-CTAAGTTCTATA---T-C---AGTTTTCTTTGGGGG----T-TT----T------------TG--TTGTTGTTTTT--TTTT---T--T-TAT------TTA-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--GTA---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAA--GACG-CACC------------------------AA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GT-GGG----GCAACCATA-AC-TT----TCCTAGCTTCTCGT-CT---TTTTAATGGCA-------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-A--------------T-----CG----------AATCTCATCGTTTTCGGAAACGATC----TCC-------A-CCTCAGT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A----------GA-ACG-C-AT-GTTT-TT---T---AATAAAGAG-T--CCAG-CAAAAC-CG-TCAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-A--TT--TGA---TCCCTAC-TTCA-GCTAGC-G--CG--CC-TCACTTCC
gi|13 : cT-GCA-TAATT--A----AT----CATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-TCA------------------ACC--C--------------CC-CCCC---TT-----------TC---CCA-T-AACCTT--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTGGGG----T-TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TTTTTTTTAT-A-T--T--TACAA-T-----AGT-T-TGTG--G-A---------GTTC------------TGTT-GGTAGTTCTGTGCG-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-------------AAAC-GACGCCACCGGCT-GT-TTACTA-TG-TTGCTAAA-CA-ACACCTATGTTGGA--GATGGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTCT-TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AAT--------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------a
gi|14 : acT--TA-CTA-CAAA-CA-ACA-CTGT-TTGGA--GT-GGG----GCA-CCATA-TC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CCC--TTCTGATTGCAA------T-CAAC---C----AACGACGTC-GAAGCT-C-G--------------T-----CGTTTTTTGGAAAACGATG----------------TC-----C--------A-CC---GT---------TGT--------------------------G--T-------GC---AA---------------C---------------------AG-G----------CAC-AA--------------C-AA------CA-CGCCA-------CCA---------AGAGAGGTC-AT-GTTT-TTTTCC-G-AATAATGAG-T--C-AG-CAA--------------------TGT----ATA-A-T-----GCG-TG-TTT---ACAA--CT--TGG---TCCCTAC-TTCC-GCCAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCCGAAAGGGAAATAACCGCttcggaaaacgatgtccacctctgtcttgtacaac
gi|15 : tAT-GCAATAATTTTA-TCAATGGCC-ATTTGGAAT--AAGAGTTTCA
gi|15 : --------------CC-CCACCCCTC-----------CC---GCAGT-AGC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTTTTTT----------TTACAAT------------AG--TT--------C--TGTG---T--GATGT------T-C-T--T--GA-GA-T-----AGT-TCTGTG--G-T---------ATTT------------TG-T-G------------G-------TA-------G--A-T-CTcatcattaccattaagttaatattcttttgatctttagtagtttaaaccccacccctcccgcagtagcttcctatatcagtttttttttttacaatagttctgtgtgatgttcttgagatagttctgtggtattttgtggtagatct
gi|16 : atgcaataattttatcaatggccatttggaataagagtttcacatcattaccattaagttaatattcttttgatctttagtagtttaaaAAA--GCA-TA-TT--A-TTAA-----CATGTGGATC----GAGTCTCAAA-CC-GCA--T-A------------------ATC--C--------------CC-TC--------------------------GT-A-C--T--TC-CTA-------TA---TAC---AGTT--CCTTTGGGG----T-TT----TTT----------GG--TT--------T--TTTTATTT--T-TTT------T-AAT--T--T-----T-----AAT-TCTGTG--G-GTTCTAGGGTGTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--T-T-CTG-T-AGT-A-----------AAAA----G-CATCGG-
gi|17 : A-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCAAA-----C-G---------AGA-AG--C-AT-GTTT-TT---CCG-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CGCTGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TGTTTT---AC-T--TT--T-G---TCCCTAC--TCC-ACTAGCGG-CCG--CC-T-ACTTTCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTg
gi|18 : AT-GCAATAATTTTA-TCAATGGCCCATTTGGAAT--AAGAGTTTCAta
gi|18 : --C--------------CC-CCACCCCTC-----------CC---GCAGT-AGC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTTTT-------------------------------------------------------------------------T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTGATG-AT--------GTTC------------Tcatcattacattaattaatattcttttgatctttagtagttaaacccccacccctcccgcagtagcttcctatatcagttttttttttacaatagttctgtgatgatgttct
gi|19 : atgcaataattttatcaatggcccatttggaataagagtttcacatcattacattaattaatattcttttgatctttagtagttaaa---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---CA-----A--------CC---------------------AG-C----------AAC-A---------------C--A------C--C-CCA-------C-A---------A-A-AGA--------TT-TT---T-G-AAT-AAGAG-TCCC-AGCCAACAT--G-TGAC-----AT-GTGT-----TT---T----GGCG-TG-TTT---AT-T--
gi|2 : tcgtttttccggaacttccaccttctAAAT-GC--TAATT--A-T-AATA--CCATG-GGATC--GAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------GT-CTCTCCCTC-----------CC---CCAATCCGC--T--TT-CCA-------TAAACT-CTATAGTATCTATTTGGGGTGGTT-TT----T------------GG--TTTG------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--TGGTACAA-TGAGTGAGT---TGTG--G-T---------G-TC------------TG-TGG------------G-------T--------G--G-TGCGG-T-GGT-A-----------GAAC-GACG-GACCGG-TGGT-TTACT--TGAGTG-TAAAGCA-AC--CTCT-TTGGAGTGA-GGATGGTGCG-CCACAGAC-TT----TCCT-GCTTCTCGTCCTCGTTTTTGATGGCAA------G-TAT----C----AA------CGGA-----CGG--------------T-----CG----------AA---------------------T-----TT--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--C-------GG---AA-----AGACGATGTCC---------------------AA-G----------CTCTATTTGTC---------C-AAAC----CAGC-CCAACACGGCC-A---------GGA-AGG-C-ATGGTTTGTT---C-G-AATAAAGAG-T----AA-CAAAAT-CG-TGAC-----AG-TTGG----ATT-ATT----GGCGTTG-TTTTTAGCGT--TT--TGG---T-CCGAC-TTCC-AC-AGC-G-CCG--CC-TGACTT-CGCGCAAAGGGAAAGTACCGCAATA-AAG-TTG
gi|20 : aT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAC-CG-TCAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGTG-TG-TTT---AC-ACATT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGT-G-CCG--CC-T-ACTTCCTCGGCAAGGGAAATAA
gi|21 : GACCCATGTGAAAT--AAGAGTATCAAATCC-GCAA-T-ATTCCTTTGATTTTTAGTAACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-------------------GT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTT---TTTTGTGG----G-TT----T----------------TT--------T--TTTT---agttgacc
gi|22 : aattaCCCTAC-TTCC-GCTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGTGGCAAGAGAAATTACCGCAATA-AAG-TCG
gi|23 : T-TATGTG--G-TT--------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G----T-CTG-T-GGT-A-----------AAAG-AGCA-CACgc
gi|3 : ATT--A-TCAATGGCCCATGTGGAAT--AAGAGTTTTAAATCC-TTAATT-A------------------ACC--taa
gi|3 : -T-A------------------GCC--C--------------CC-CCCCCCCCCACTCACACACGCC---CCAGT-AAC--T--TTGCTAA------TA---T-C---AGTTTTCTTTC--------C-TT----T----------------TT--------T--TGTT---T--T-TA---------A-T--T--TACAA-T-----AGT-ACTGTG--GTA---------GTTT------------TG-T-G------------G-------T--------C--T-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCAG-T-GG-TTA--------TA-CAAA-CA-ACA-CTAT-TCGGA--AT-GGG----GCA-TCACG-AC-TT----TCCTGGCTTCTTGT-CTC--TTTTGATGGCAACGACGTT-TTTT---CGGAAAA------C-GA-----T-G--------------T-----CC----------A----------------------CC----TC-----------T---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------T-AA------CA-C-TCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTG-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-GG-CAAAAT-CG-TTAC-----AT-TTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTA---ACAA--TT--TGG---TCCATAT-TTCC-ACTAGC-A-CTG--CC-T-ACTTCCGCCGCAAGGTAAATGACCGCAATA-AAG-TTGggtaatattttttttttttttactctttagccccccccccccccactcacacacgccccagtaactttgctaatatcagttttctttcctttttttgtttttaatttacaatagtactgtggtagttttgtggtcttctgtggtaaaaagacgcaccagtggttatacaaacaacactattcggaatggggcatcacgactttcctggcttcttgtctcttttgatggcaacgacgttttttcggaaaacgatgtccacctctgtttgtacaaccaggcacataacactcacaagaaggcatgttgttcgaataaagagtcggcaaaatcgttacatttgtattatggcgtgttaacaatttggtccatatttccactagcactgcctacttccgccgcaaggtaaatgaccgcaataaagttgac
gi|4 : attatcaatggcccatgtggaataagagttttaaatccttaattaaccggtaatattttttttttttttactcttAT-GCA-TAATT--A-TCAATTACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CCCGCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCCC-----------CCTTCCCAGT-AAC--TATTC-CTA-------TA---T-C---AGTTT-CTTTTTGTG----T-TT----T------------A----------------TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-N-----NNN-NNNNNN--N-N---------NNNN------------NN-N-N------------N-------N--------N--N-N-NNN-N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAAA-GACG-CACCGG-G-TT-TTACA---G-TTG-TAAA-CA-ACA-C-AT-TTGGA--GA-GGG-----CA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTT--TGGGCA------T-TATCCAAC----GA------C-GT-----C-GAA------------T-----CGTATC------AA---------------------TCGTTTTCCGGAAACGA-T----GTCCACCTCTGT-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AGAG----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AAG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AA-AAGAAG-T--C-AG-CAAAAT-CG--GAC-----AT-GTGT----ATTAA-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGGT--TCCCTAC--TCC-ACTAGC-C-CCG--CCAT-ACTTCCGC-GCAAGGGAAATAACCGCAATAGAAG-TTGac
gi|5 : AAAT-GCA-TAAGT--A-TCAATGACC-ATGTGC--T--AA-AGTCTCAAA-CC-GCCA-T-A-----------------------C--------------CC-CCCTCCCTC-----------C------AGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTGGGGTT--G-TT----T------------TG--TT--------T--TTTC---T--T-TA-------T-A-TA-T--TACAA-TA----AGT-TTTGT-----A---------GTTC------------TATT-G------------GTTATTCTT--------GGTG-T-CTG-T-GGCAA-----------AAAA-AACG-CACT-G-T-GTCTTACTAGTA-TAG-TAAA-CA-ACA-CTAT-T---G--GA-AGG----GCA-CCACA-ACTTT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTT-ATTGC-A------T-TATC---C----AA------C-GAACATTC-G--------------TGTTTGCGTGAAAAAC--GA---------------------TG----TC--------ACTC---GT---------T-T--------------------------AGCT-------AC---AA-----AAACCC---CC---------------------AG-GGGGCAACCCCCAA-A---------------CAAA------CA-C-CCA-------C-A---------AGT-A-G-C-AT-CGTT-TT---C-G-AATAAAGAGAT--C-AG-CAAAAT-CG--GAC-----ATAGTGT----ATT-A-T-----GCG-TG-TTT---AC-T--TTAAT-G---TCCCT-C-TT-C-ACTAGC---CCG--CC-T-ACTTCC-CGGCAAG---AATAACCGCAGTA-AAGATTG
gi|6 : AAATTGCC-TAATT--AATCAAGGACCCATGTG-AAT--AACAGTCGCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------AC-CCCCCCCTT-----------CC---CTAGA-GAC--C--CCTCTA-------TA---T-C---AG-TGTCTTTTG---------------------------------T--------T--TTTT---TGAT-TAT------T-A-TTAT--TACAATT-----AGTATCTTTG--------------ATTC------------TA-T-G------------G-------T--------A--T-TGCTGTT-CGT-------------AAAA-GACG-C-CCGG-T-GC-CT--T--TA-TTG--AAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--TA--GG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTG--CTCTCGT-C-C--TTTTGATGGCAA------T-CATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------------CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--C-------GA---AA-----A--------CG---------------------AA-T----------CTC-ATCCTCTGTTTGTTATC-AACCAGTGCA-C-ACA-------C-AACACCCATCAAA-AAG-C-AT-G--T-TT---C-GAAATAAAGAG-TC-C-AG-CAAAAT-CG-TGA------AT-GTGT----ATT-A-TGCCAGGC--TG-GTT---AC-T--TG--TGGTCATCCCTACTTTCC-ACTA---G-CCGC-CC-T-ACTT-CGC-GCAA-TGAAATAATC-CAATA-AAG-g
gi|7 : gT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACCACC--------------CC-CCCCCCCCC-----------CC---CC-GT-AAC--T--TC-CTA-------TA---G-C---AGTTTTCTTTTGGTG----T-TT----T------------TG--TT--------T--TTTTG--T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TA-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTCT-TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--TTCGGAAAAC---GATGTCCA--------CCTCTGTTTGTACAACC------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AAT-------------------AT-CG-TGAT-----TT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGC--GGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTGg
gi|8 : AAAT-GCA-TAATT--A-TACATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTT-----------TC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTGGGG----GGTT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGC-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-CAAA-CACACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------G-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTGgc
gi|9 : GAAT--A-GAGTCTCAAA--C-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CCACCCCTTATC-----------CC---CAGGT-AAC--T--TC-CTC-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTGGGG----T-TT----T------------GGGTTT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TC-GTG--G-A---------GTTCCTTGTGGTAGTTTG-T-G------------G-------T--------G--GTT-CTG-T-GGT-A-----------AAAACGACG-CACCGG-T-GT-TTACTAGTT-TTG-T-AA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GAGGGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGTTCCTCGT--TC--TTTTGATGGCAA------T---TT---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-TTTCGGAAAACGATGTCGCACCTGTTTG--T-------AC----A-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-----------------C--A------CA-C-CCA-------C-G---------AGA-AGG-CAAT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AA-CAAAATCCG-TGAC-----AT-GTGT----ATTAA-T----GGCG-TGTTTT---AC-T--TT--TGG---T-CCTAC-TTCC-ACT-GC-GCCCG--CC-T-ACTTCCGCGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111 11111111111111 1111111111111111111 1111111 22222222222222222222222222 11111 22222222222 111111111111 1111111111111111111111111111111111 2222222222222 11111 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 111111111 1111
lowQualScore : 3 7 99 3 0 2 33 5 2 2 2 9999999999999999999 33 44444444444444 2 2222222222222222222 2 33 33 4 0000000 444 2 444 888888888888 5555 99999999999999999999999999 33 666 33 2 999999 2 2 88 33 2 11111 2 1 33 00000000000 222222222222 5 2 9999999999999999999999999999999999 5 2 2 6666666666666 66 2 2 3 3 99999 33 2 2 2 2 33 5 6666 2 2 2 6666 2 99 888888 2 888 6666 888888 2 33333 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5 2222222 2 000000000 2 2 2 2 2 444 2 2 2 55 2 2 2 2 66666 5 5555 5 2 5555 2 5 444 3333 33 777 2 2 2 2 55 2 5 1 0 4 4
lowQualScore : . . .. . . . .. . . . . ................... .. .............. . ................... . .. .. . ....... ... . ... ............ .... .......................... .. ... .. . ...... . . .. .. . ..... . . .. ........... ............ . . .................................. . . . ............. .. . . . . ..... .. . . . . .. . .... . . . .... . .. ...... . ... .... ...... . ..... . ......................................................................................................................................................................................................................... . . ....... . ......... . . . . . ... . . . .. . . . . ..... . .... . . .... . . ... .... .. ... . . . . .. . . . . . .
lowQualScore : 6 3 22 1 2 2 44 7 9 7 7 9999999999999999999 44 77777777777777 5 8888888888888888888 4 22 22 7 0000000 111 4 111 777777777777 0000 55555555555555555555555555 22 999 44 5 777777 5 5 44 44 5 22222 4 1 22 22222222222 111111111111 0 5 3333333333333333333333333333333333 0 7 7 9999999999999 00 7 9 1 1 44444 44 9 9 9 9 99 7 1111 9 9 9 1111 9 66 222222 9 999 1111 222222 9 22222 9 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 3 3333333 7 777777777 7 7 7 7 7 444 5 5 5 99 5 5 5 5 22222 0 3333 0 5 3333 5 0 444 1111 77 333 5 5 5 5 99 5 0 7 7 0 0
consensus : AAAT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-----------CC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
Reference ( family-379 ) : AAAT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-----------CC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
gi|1 : -TTAATAGACCATGTG-AATTAAAGAATATCAAA-TC-GCAA-T-A------------------TTC--CTTTGATTTTAGTAACC-CCCCCCCCC-----------CG---TC-GT-AAG--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTCGTTTTTG-GGT----T--TT----TTTTTGGGGGGGGGG--TT--------TGGTTTT---T--T-TATA-----T-A-TA-T--TACAA-TT----AGT-T-TGTG--GTA---------GTT-------------TG-T-A------------G-------T--------T--T-T-CTG-TAGGT-A-----------AAA--GACG-CATCGG-T-GT-TTAC-------TA-CAAA-CA-ACA-CTA---TGGA--GT-GGG----GCA-CCACA-AC-TTTTAATCCTAGTTTCTCGT--TC--TTTTGATGGCAA------TATATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TT---G
gi|1 : ggaaatttgtagtA------CA-C-CCA-------C-A---------AAT-AGG-T-AT-GTCT-TT---T-G-A-TAA-GAG-T--C-GG-CCAAAA-CG-TCACCACATATTGTATTATCATT-A-T----GGTG-TG-TTT---GC-A--AT--ATG---TCCCTAC-TTCCAACTAGC-G--CGACCC-T-ACTTCCTCCACAA-GGAAAT-ACCGC-ATA-AGA-TTGgaattgttttttttttttcggaaaacgatgtcacctctgtttgttacacccacaaataggtatgtcttttgataagagtcggccaaaacgtcaccacatattgtattatcattatggtgtgtttgcaatatgtccctacttccaactagcgcgaccctacttcctccacaaggaaataccgcataagattgac
gi|10 : ggaaatttgtagtttaatagaccatgtgaattaaagaatatcaaatcgcaatattcctttgattttagtaaccccccccccccgtcgtaagttcctatatcagttcgtttttgggtttttttttggggggggggtttggtttttttatatatattacaattagtttgtggtagtttgtagttttctgtaggtaaaagacgcatcggtgtttactacaaacaacactatggagtggggcaccacaacttttaatcctagtttctcgttcttttgatggcaatatatccaacgacgtcgaatctcattggaattgttttttttttttcggaaaacgatgtcacctctgtttgttGGAAT--A-GAGTCTGAAA-C--GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-ACCCCTTTC-----------CC-----AGT-AAC--T--TC-CT--------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GGGTTT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T---ACAA-N-----NNN-NNNNNN--N-N---------NNNN------------NN-N-N------------N-------N--------N--N-N-NNN-N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAAC-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGTTCCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TCTCAA-C----GA------C-GT-----C-GAATCTCATCGTTTTT-----CG----------GAAAACGATG-------------TC-----C--------A-CCT--GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-----------------C-A-------CA-CACCA-------C-G---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AA-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---T-CCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCC--GC-T-ACTTCCGCGac
gi|11 : AT-GCA-TA--T--A-TCAATGACCCATGTGGAA---AAG-GTCTCAAA-CC-GCAA-T-A---------------------------------------------CCCTT-----------TC---C-AGT-AAC--T--CC-CTA-------T------C---AGTTTTTTTTTT-TTT----T--TT----T------------G---TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AG---CTGTG--G-A---------GTTC------------TA-T-G------------G-------TATTCTGTTG--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTG-TAAA--A-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----G-A-CCACA-AC-TT----T-CTGGC-TCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GT-----C-G--------------T-----CG-----------A---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--T--------CGGAAA-----A--------CCAGTCCACTCTGTTTGTACACCAG-G----------CAC-A---------------C-A--------A-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GCTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-C---AT-CG-TGAC--------GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-----T--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG---C-T-ACTTCCGCGG
gi|12 : C-----------CC---CCAGT-A----T--TC-CTAAGTTCTATA---T-C---AGTTTTCTTTGG-GGG----T--TT----T------------TG--TTGTTGTTTTT--TTTT---T--T-TAT------TTA-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--GTA---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAA--GACG-CACC------------------------AA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GT-GGG----GCAACCATA-AC-TT----TCCTAGCTTCTCGT-CT---TTTTAATGGCA-------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-A--------------T-----CG----------AATCTCATCGTTTTCGGAAACGATC----TCC-------A-CCTCAGT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A----------GA-ACG-C-AT-GTTT-TT---T---AATAAAGAG-T--CCAG-CAAAAC-CG-TCAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-A--TT--TGA---TCCCTAC-TTCA-GCTAGC-G--CG--CC-TCACTTCC
gi|13 : cT-GCA-TAATT--A----AT----CATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-TCA------------------ACC--C--------------CC-CCCC---TT-----------TC---CCA-T-AACCTT--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TTTTTTTTAT-A-T--T--TACAA-T-----AGT-T-TGTG--G-A---------GTTC------------TGTT-GGTAGTTCTGTGCG-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-------------AAAC-GACGCCACCGGCT-GT-TTACTA-TG-TTGCTAAA-CA-ACACCTATGTTGGA--GATGGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTCT-TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AAT--------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------a
gi|14 : acT--TA-CTA-CAAA-CA-ACA-CTGT-TTGGA--GT-GGG----GCA-CCATA-TC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CCC--TTCTGATTGCAA------T-CAAC---C----AACGACGTC-GAAGCT-C-G--------------T-----CGTTTTTTGGAAAACGATG----------------TC-----C--------A-CC---GT---------TGT--------------------------G--T-------GC---AA---------------C---------------------AG-G----------CAC-AA--------------C-AA------CA-CGCCA-------CCA---------AGAGAGGTC-AT-GTTT-TTTTCC-G-AATAATGAG-T--C-AG-CAA--------------------TGT----ATA-A-T-----GCG-TG-TTT---ACAA--CT--TGG---TCCCTAC-TTCC-GCCAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCCGAAAGGGAAATAACCGCttcggaaaacgatgtccacctctgtcttgtacaac
gi|15 : tAT-GCAATAATTTTA-TCAATGGCC-ATTTGGAAT--AAGAGTTTCA
gi|15 : --------------CC-CCACCCCTC-----------CC---GCAGT-AGC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTTTTTT------------TTACAAT------------AG--TT--------C--TGTG---T--GATGT------T-C-T--T--GA-GA-T-----AGT-TCTGTG--G-T---------ATTT------------TG-T-G------------G-------TA-------G--A-T-CTcatcattaccattaagttaatattcttttgatctttagtagtttaaaccccacccctcccgcagtagcttcctatatcagtttttttttttacaatagttctgtgtgatgttcttgagatagttctgtggtattttgtggtagatct
gi|16 : atgcaataattttatcaatggccatttggaataagagtttcacatcattaccattaagttaatattcttttgatctttagtagtttaaaAAA--GCA-TA-TT--A-TTAA-----CATGTGGATC----GAGTCTCAAA-CC-GCA--T-A------------------ATC--C--------------CC-TC--------------------------GT-A-C--T--TC-CTA-------TA---TAC---AGTT--CCTTTG-GGG----T--TT----TTT----------GG--TT--------T--TTTTATTT--T-TTT------T-AAT--T--T-----T-----AAT-TCTGTG--G-GTTCTAGGGTGTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--T-T-CTG-T-AGT-A-----------AAAA----G-CATCGG-
gi|17 : A-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCAAA-----C-G---------AGA-AG--C-AT-GTTT-TT---CCG-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CGCTGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TGTTTT---AC-T--TT--T-G---TCCCTAC--TCC-ACTAGCGG-CCG--CC-T-ACTTTCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTg
gi|18 : AT-GCAATAATTTTA-TCAATGGCCCATTTGGAAT--AAGAGTTTCAta
gi|18 : --C--------------CC-CCACCCCTC-----------CC---GCAGT-AGC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTTTT---------------------------------------------------------------------------T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTGATG-AT--------GTTC------------Tcatcattacattaattaatattcttttgatctttagtagttaaacccccacccctcccgcagtagcttcctatatcagttttttttttacaatagttctgtgatgatgttct
gi|19 : atgcaataattttatcaatggcccatttggaataagagtttcacatcattacattaattaatattcttttgatctttagtagttaaa---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---CA-----A--------CC---------------------AG-C----------AAC-A---------------C--A------C--C-CCA-------C-A---------A-A-AGA--------TT-TT---T-G-AAT-AAGAG-TCCC-AGCCAACAT--G-TGAC-----AT-GTGT-----TT---T----GGCG-TG-TTT---AT-T--
gi|2 : tcgtttttccggaacttccaccttctAAAT-GC--TAATT--A-T-AATA--CCATG-GGATC--GAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------GT-CTCTCCCTC-----------CC---CCAATCCGC--T--TT-CCA-------TAAACT-CTATAGTATCTATTTG-GGGTGGTT--TT----T------------GG--TTTG------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--TGGTACAA-TGAGTGAGT---TGTG--G-T---------G-TC------------TG-TGG------------G-------T--------G--G-TGCGG-T-GGT-A-----------GAAC-GACG-GACCGG-TGGT-TTACT--TGAGTG-TAAAGCA-AC--CTCT-TTGGAGTGA-GGATGGTGCG-CCACAGAC-TT----TCCT-GCTTCTCGTCCTCGTTTTTGATGGCAA------G-TAT----C----AA------CGGA-----CGG--------------T-----CG----------AA---------------------T-----TT--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--C-------GG---AA-----AGACGATGTCC---------------------AA-G----------CTCTATTTGTC---------C-AAAC----CAGC-CCAACACGGCC-A---------GGA-AGG-C-ATGGTTTGTT---C-G-AATAAAGAG-T----AA-CAAAAT-CG-TGAC-----AG-TTGG----ATT-ATT----GGCGTTG-TTTTTAGCGT--TT--TGG---T-CCGAC-TTCC-AC-AGC-G-CCG--CC-TGACTT-CGCGCAAAGGGAAAGTACCGCAATA-AAG-TTG
gi|20 : aT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAC-CG-TCAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGTG-TG-TTT---AC-ACATT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGT-G-CCG--CC-T-ACTTCCTCGGCAAGGGAAATAA
gi|21 : GACCCATGTGAAAT--AAGAGTATCAAATCC-GCAA-T-ATTCCTTTGATTTTTAGTAACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-------------------GT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTT---TTTTGTGGG----T--TT----T----------------TT--------T--TTTagttgacc
gi|22 : aattaCCCTAC-TTCC-GCTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGTGGCAAGAGAAATTACCGCAATA-AAG-TCG
gi|23 : T-TATGTG--G-TT--------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G----T-CTG-T-GGT-A-----------AAAG-AGCA-CACgc
gi|3 : ATT--A-TCAATGGCCCATGTGGAAT--AAGAGTTTTAAATCC-TTAATT-A------------------ACC--taa
gi|3 : -T-A------------------GCC--C--------------CC-CCCCCCCCCACTCACACACGCC---CCAGT-AAC--T--TTGCTAA------TA---T-C---AGTTTTCTTTC---------C--TT----T----------------TT--------T--TGTT---T--T-TA---------A-T--T--TACAA-T-----AGT-ACTGTG--GTA---------GTTT------------TG-T-G------------G-------T--------C--T-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCAG-T-GG-TTA--------TA-CAAA-CA-ACA-CTAT-TCGGA--AT-GGG----GCA-TCACG-AC-TT----TCCTGGCTTCTTGT-CTC--TTTTGATGGCAACGACGTT-TTTT---CGGAAAA------C-GA-----T-G--------------T-----CC----------A----------------------CC----TC-----------T---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------T-AA------CA-C-TCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTG-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-GG-CAAAAT-CG-TTAC-----AT-TTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTA---ACAA--TT--TGG---TCCATAT-TTCC-ACTAGC-A-CTG--CC-T-ACTTCCGCCGCAAGGTAAATGACCGCAATA-AAG-TTGggtaatattttttttttttttactctttagccccccccccccccactcacacacgccccagtaactttgctaatatcagttttctttcctttttttgtttttaatttacaatagtactgtggtagttttgtggtcttctgtggtaaaaagacgcaccagtggttatacaaacaacactattcggaatggggcatcacgactttcctggcttcttgtctcttttgatggcaacgacgttttttcggaaaacgatgtccacctctgtttgtacaaccaggcacataacactcacaagaaggcatgttgttcgaataaagagtcggcaaaatcgttacatttgtattatggcgtgttaacaatttggtccatatttccactagcactgcctacttccgccgcaaggtaaatgaccgcaataaagttgac
gi|4 : attatcaatggcccatgtggaataagagttttaaatccttaattaaccggtaatattttttttttttttactcttAT-GCA-TAATT--A-TCAATTACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CCCGCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCCC-----------CCTTCCCAGT-AAC--TATTC-CTA-------TA---T-C---AGTTT-CTTTTT-GTG----T--TT----T------------A----------------TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-N-----NNN-NNNNNN--N-N---------NNNN------------NN-N-N------------N-------N--------N--N-N-NNN-N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAAA-GACG-CACCGG-G-TT-TTACA---G-TTG-TAAA-CA-ACA-C-AT-TTGGA--GA-GGG-----CA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTT--TGGGCA------T-TATCCAAC----GA------C-GT-----C-GAA------------T-----CGTATC------AA---------------------TCGTTTTCCGGAAACGA-T----GTCCACCTCTGT-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AGAG----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AAG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AA-AAGAAG-T--C-AG-CAAAAT-CG--GAC-----AT-GTGT----ATTAA-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGGT--TCCCTAC--TCC-ACTAGC-C-CCG--CCAT-ACTTCCGC-GCAAGGGAAATAACCGCAATAGAAG-TTGac
gi|5 : AAAT-GCA-TAAGT--A-TCAATGACC-ATGTGC--T--AA-AGTCTCAAA-CC-GCCA-T-A-----------------------C--------------CC-CCCTCCCTC-----------C------AGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----TTGTT----T------------TG--TT--------T--TTTC---T--T-TA-------T-A-TA-T--TACAA-TA----AGT-TTTGT-----A---------GTTC------------TATT-G------------GTTATTCTT--------GGTG-T-CTG-T-GGCAA-----------AAAA-AACG-CACT-G-T-GTCTTACTAGTA-TAG-TAAA-CA-ACA-CTAT-T---G--GA-AGG----GCA-CCACA-ACTTT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTT-ATTGC-A------T-TATC---C----AA------C-GAACATTC-G--------------TGTTTGCGTGAAAAAC--GA---------------------TG----TC--------ACTC---GT---------T-T--------------------------AGCT-------AC---AA-----AAACCC---CC---------------------AG-GGGGCAACCCCCAA-A---------------CAAA------CA-C-CCA-------C-A---------AGT-A-G-C-AT-CGTT-TT---C-G-AATAAAGAGAT--C-AG-CAAAAT-CG--GAC-----ATAGTGT----ATT-A-T-----GCG-TG-TTT---AC-T--TTAAT-G---TCCCT-C-TT-C-ACTAGC---CCG--CC-T-ACTTCC-CGGCAAG---AATAACCGCAGTA-AAGATTG
gi|6 : AAATTGCC-TAATT--AATCAAGGACCCATGTG-AAT--AACAGTCGCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------AC-CCCCCCCTT-----------CC---CTAGA-GAC--C--CCTCTA-------TA---T-C---AG-TGTCTTTTG-----------------------------------T--------T--TTTT---TGAT-TAT------T-A-TTAT--TACAATT-----AGTATCTTTG--------------ATTC------------TA-T-G------------G-------T--------A--T-TGCTGTT-CGT-------------AAAA-GACG-C-CCGG-T-GC-CT--T--TA-TTG--AAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--TA--GG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTG--CTCTCGT-C-C--TTTTGATGGCAA------T-CATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------------CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--C-------GA---AA-----A--------CG---------------------AA-T----------CTC-ATCCTCTGTTTGTTATC-AACCAGTGCA-C-ACA-------C-AACACCCATCAAA-AAG-C-AT-G--T-TT---C-GAAATAAAGAG-TC-C-AG-CAAAAT-CG-TGA------AT-GTGT----ATT-A-TGCCAGGC--TG-GTT---AC-T--TG--TGGTCATCCCTACTTTCC-ACTA---G-CCGC-CC-T-ACTT-CGC-GCAA-TGAAATAATC-CAATA-AAG-g
gi|7 : gT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACCACC--------------CC-CCCCCCCCC-----------CC---CC-GT-AAC--T--TC-CTA-------TA---G-C---AGTTTTCTTTTG-GTG----T--TT----T------------TG--TT--------T--TTTTG--T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TA-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTCT-TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--TTCGGAAAAC---GATGTCCA--------CCTCTGTTTGTACAACC------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AAT-------------------AT-CG-TGAT-----TT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGC--GGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTGg
gi|8 : AAAT-GCA-TAATT--A-TACATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTT-----------TC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----GG-TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGC-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-CAAA-CACACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------G-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTGgc
gi|9 : GAAT--A-GAGTCTCAAA--C-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CCACCCCTTATC-----------CC---CAGGT-AAC--T--TC-CTC-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GGGTTT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TC-GTG--G-A---------GTTCCTTGTGGTAGTTTG-T-G------------G-------T--------G--GTT-CTG-T-GGT-A-----------AAAACGACG-CACCGG-T-GT-TTACTAGTT-TTG-T-AA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GAGGGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGTTCCTCGT--TC--TTTTGATGGCAA------T---TT---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-TTTCGGAAAACGATGTCGCACCTGTTTG--T-------AC----A-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-----------------C--A------CA-C-CCA-------C-G---------AGA-AGG-CAAT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AA-CAAAATCCG-TGAC-----AT-GTGT----ATTAA-T----GGCG-TGTTTT---AC-T--TT--TGG---T-CCTAC-TTCC-ACT-GC-GCCCG--CC-T-ACTTCCGCGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111 11111111111111 1111111111111111111 1111111 22222222222222222222222222 11111 22222222222 111111111111 1111111111111111111111111111111111 2222222222222 11111 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 111111111 1111
lowQualScore : 3 7 99 3 0 2 33 5 2 2 2 9999999999999999999 33 44444444444444 2 2222222222222222222 2 33 33 4 0000000 444 2 444 888888888888 5555 99999999999999999999999999 33 666 33 2 999999 2 2 88 33 2 11111 2 1 33 00000000000 222222222222 5 2 9999999999999999999999999999999999 5 2 2 6666666666666 66 2 2 3 3 99999 33 2 2 2 2 33 5 6666 2 2 2 6666 2 99 888888 2 888 6666 888888 2 33333 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5 2222222 2 000000000 2 2 2 2 2 444 2 2 2 55 2 2 2 2 66666 5 5555 5 2 5555 2 5 444 3333 33 777 2 2 2 2 55 2 5 1 0 4 4
lowQualScore : . . .. . . . .. . . . . ................... .. .............. . ................... . .. .. . ....... ... . ... ............ .... .......................... .. ... .. . ...... . . .. .. . ..... . . .. ........... ............ . . .................................. . . . ............. .. . . . . ..... .. . . . . .. . .... . . . .... . .. ...... . ... .... ...... . ..... . ......................................................................................................................................................................................................................... . . ....... . ......... . . . . . ... . . . .. . . . . ..... . .... . . .... . . ... .... .. ... . . . . .. . . . . . .
lowQualScore : 6 3 22 1 2 2 44 7 9 7 7 9999999999999999999 44 77777777777777 5 8888888888888888888 4 22 22 7 0000000 111 4 111 777777777777 0000 55555555555555555555555555 22 999 44 5 777777 5 5 44 44 5 22222 4 1 22 22222222222 111111111111 0 5 3333333333333333333333333333333333 0 7 7 9999999999999 00 7 9 1 1 44444 44 9 9 9 9 99 7 1111 9 9 9 1111 9 66 222222 9 999 1111 222222 9 22222 9 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 3 3333333 7 777777777 7 7 7 7 7 444 5 5 5 99 5 5 5 5 22222 0 3333 0 5 3333 5 0 444 1111 77 333 5 5 5 5 99 5 0 7 7 0 0
consensus : AAAT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-----------CC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
Reference ( family-379 ) : AAAT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-----------CC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
gi|1 : -TTAATAGACCATGTG-AATTAAAGAATATCAAA-TC-GCAA-T-A------------------TTC--CTTTGATTTTAGTAACC-CCCCCCCCC-----------CG---TC-GT-AAG--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTCGTTTTTG-GGT----T--TT----TTTTTGGGGGGGGGG--TT--------TGGTTTT---T--T-TATA-----T-A-TA-T--TACAA-TT----AGT-T-TGTG--GTA---------GTT-------------TG-T-A------------G-------T--------T--T-T-CTG-TAGGT-A-----------AAA--GACG-CATCGG-T-GT-TTAC-------TA-CAAA-CA-ACA-CTA---TGGA--GT-GGG----GCA-CCACA-AC-TTTTAATCCTAGTTTCTCGT--TC--TTTTGATGGCAA------TATATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TT---G
gi|1 : ggaaatttgtagtA------CA-C-CCA-------C-A---------AAT-AGG-T-AT-GTCT-TT---T-G-A-TAA-GAG-T--C-GG-CCAAAA-CG-TCACCACATATTGTATTATCATT-A-T----GGTG-TG-TTT---GC-A--AT--ATG---TCCCTAC-TTCCAACTAGC-G--CGACCC-T-ACTTCCTCCACAA-GGAAAT-ACCGC-ATA-AGA-TTGgaattgttttttttttttcggaaaacgatgtcacctctgtttgttacacccacaaataggtatgtcttttgataagagtcggccaaaacgtcaccacatattgtattatcattatggtgtgtttgcaatatgtccctacttccaactagcgcgaccctacttcctccacaaggaaataccgcataagattgac
gi|10 : ggaaatttgtagtttaatagaccatgtgaattaaagaatatcaaatcgcaatattcctttgattttagtaaccccccccccccgtcgtaagttcctatatcagttcgtttttgggtttttttttggggggggggtttggtttttttatatatattacaattagtttgtggtagtttgtagttttctgtaggtaaaagacgcatcggtgtttactacaaacaacactatggagtggggcaccacaacttttaatcctagtttctcgttcttttgatggcaatatatccaacgacgtcgaatctcattggaattgttttttttttttcggaaaacgatgtcacctctgtttgttGGAAT--A-GAGTCTGAAA-C--GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-ACCCCTTTC-----------CC-----AGT-AAC--T--TC-CT--------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GGGTTT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T---ACAA-N-----NNN-NNNNNN--N-N---------NNNN------------NN-N-N------------N-------N--------N--N-N-NNN-N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAAC-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGTTCCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TCTCAA-C----GA------C-GT-----C-GAATCTCATCGTTTTT-----CG----------GAAAACGATG-------------TC-----C--------A-CCT--GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-----------------C-A-------CA-CACCA-------C-G---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AA-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---T-CCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCC--GC-T-ACTTCCGCGac
gi|11 : AT-GCA-TA--T--A-TCAATGACCCATGTGGAA---AAG-GTCTCAAA-CC-GCAA-T-A---------------------------------------------CCCTT-----------TC---C-AGT-AAC--T--CC-CTA-------T------C---AGTTTTTTTTTT-TTT----T--TT----T------------G---TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AG---CTGTG--G-A---------GTTC------------TA-T-G------------G-------TATTCTGTTG--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTG-TAAA--A-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----G-A-CCACA-AC-TT----T-CTGGC-TCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GT-----C-G--------------T-----CG-----------A---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--T--------CGGAAA-----A--------CCAGTCCACTCTGTTTGTACACCAG-G----------CAC-A---------------C-A--------A-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GCTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-C---AT-CG-TGAC--------GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-----T--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG---C-T-ACTTCCGCGG
gi|12 : C-----------CC---CCAGT-A----T--TC-CTAAGTTCTATA---T-C---AGTTTTCTTTGG-GGG----T--TT----T------------TG--TTGTTGTTTTT--TTTT---T--T-TAT------TTA-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--GTA---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAA--GACG-CACC------------------------AA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GT-GGG----GCAACCATA-AC-TT----TCCTAGCTTCTCGT-CT---TTTTAATGGCA-------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-A--------------T-----CG----------AATCTCATCGTTTTCGGAAACGATC----TCC-------A-CCTCAGT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A----------GA-ACG-C-AT-GTTT-TT---T---AATAAAGAG-T--CCAG-CAAAAC-CG-TCAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-A--TT--TGA---TCCCTAC-TTCA-GCTAGC-G--CG--CC-TCACTTCC
gi|13 : cT-GCA-TAATT--A----AT----CATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-TCA------------------ACC--C--------------CC-CCCC---TT-----------TC---CCA-T-AACCTT--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TTTTTTTTAT-A-T--T--TACAA-T-----AGT-T-TGTG--G-A---------GTTC------------TGTT-GGTAGTTCTGTGCG-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-------------AAAC-GACGCCACCGGCT-GT-TTACTA-TG-TTGCTAAA-CA-ACACCTATGTTGGA--GATGGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTCT-TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AAT--------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------a
gi|14 : acT--TA-CTA-CAAA-CA-ACA-CTGT-TTGGA--GT-GGG----GCA-CCATA-TC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CCC--TTCTGATTGCAA------T-CAAC---C----AACGACGTC-GAAGCT-C-G--------------T-----CGTTTTTTGGAAAACGATG----------------TC-----C--------A-CC---GT---------TGT--------------------------G--T-------GC---AA---------------C---------------------AG-G----------CAC-AA--------------C-AA------CA-CGCCA-------CCA---------AGAGAGGTC-AT-GTTT-TTTTCC-G-AATAATGAG-T--C-AG-CAA--------------------TGT----ATA-A-T-----GCG-TG-TTT---ACAA--CT--TGG---TCCCTAC-TTCC-GCCAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCCGAAAGGGAAATAACCGCttcggaaaacgatgtccacctctgtcttgtacaac
gi|15 : tAT-GCAATAATTTTA-TCAATGGCC-ATTTGGAAT--AAGAGTTTCA
gi|15 : --------------CC-CCACCCCTC-----------CC---GCAGT-AGC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTTTTTT------------TTACAAT------------AG--TT--------C--TGTG---T--GATGT------T-C-T--T--GA-GA-T-----AGT-TCTGTG--G-T---------ATTT------------TG-T-G------------G-------TA-------G--A-T-CTcatcattaccattaagttaatattcttttgatctttagtagtttaaaccccacccctcccgcagtagcttcctatatcagtttttttttttacaatagttctgtgtgatgttcttgagatagttctgtggtattttgtggtagatct
gi|16 : atgcaataattttatcaatggccatttggaataagagtttcacatcattaccattaagttaatattcttttgatctttagtagtttaaaAAA--GCA-TA-TT--A-TTAA-----CATGTGGATC----GAGTCTCAAA-CC-GCA--T-A------------------ATC--C--------------CC-TC--------------------------GT-A-C--T--TC-CTA-------TA---TAC---AGTT--CCTTTG-GGG----T--TT----TTT----------GG--TT--------T--TTTTATTT--T-TTT------T-AAT--T--T-----T-----AAT-TCTGTG--G-GTTCTAGGGTGTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--T-T-CTG-T-AGT-A-----------AAAA----G-CATCGG-
gi|17 : A-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCAAA-----C-G---------AGA-AG--C-AT-GTTT-TT---CCG-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CGCTGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TGTTTT---AC-T--TT--T-G---TCCCTAC--TCC-ACTAGCGG-CCG--CC-T-ACTTTCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTg
gi|18 : AT-GCAATAATTTTA-TCAATGGCCCATTTGGAAT--AAGAGTTTCAta
gi|18 : --C--------------CC-CCACCCCTC-----------CC---GCAGT-AGC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTTTT---------------------------------------------------------------------------T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTGATG-AT--------GTTC------------Tcatcattacattaattaatattcttttgatctttagtagttaaacccccacccctcccgcagtagcttcctatatcagttttttttttacaatagttctgtgatgatgttct
gi|19 : atgcaataattttatcaatggcccatttggaataagagtttcacatcattacattaattaatattcttttgatctttagtagttaaa---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---CA-----A--------CC---------------------AG-C----------AAC-A---------------C--A------C--C-CCA-------C-A---------A-A-AGA--------TT-TT---T-G-AAT-AAGAG-TCCC-AGCCAACAT--G-TGAC-----AT-GTGT-----TT---T----GGCG-TG-TTT---AT-T--
gi|2 : tcgtttttccggaacttccaccttctAAAT-GC--TAATT--A-T-AATA--CCATG-GGATC--GAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------GT-CTCTCCCTC-----------CC---CCAATCCGC--T--TT-CCA-------TAAACT-CTATAGTATCTATTTG-GGGTGGTT--TT----T------------GG--TTTG------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--TGGTACAA-TGAGTGAGT---TGTG--G-T---------G-TC------------TG-TGG------------G-------T--------G--G-TGCGG-T-GGT-A-----------GAAC-GACG-GACCGG-TGGT-TTACT--TGAGTG-TAAAGCA-AC--CTCT-TTGGAGTGA-GGATGGTGCG-CCACAGAC-TT----TCCT-GCTTCTCGTCCTCGTTTTTGATGGCAA------G-TAT----C----AA------CGGA-----CGG--------------T-----CG----------AA---------------------T-----TT--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--C-------GG---AA-----AGACGATGTCC---------------------AA-G----------CTCTATTTGTC---------C-AAAC----CAGC-CCAACACGGCC-A---------GGA-AGG-C-ATGGTTTGTT---C-G-AATAAAGAG-T----AA-CAAAAT-CG-TGAC-----AG-TTGG----ATT-ATT----GGCGTTG-TTTTTAGCGT--TT--TGG---T-CCGAC-TTCC-AC-AGC-G-CCG--CC-TGACTT-CGCGCAAAGGGAAAGTACCGCAATA-AAG-TTG
gi|20 : aT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAC-CG-TCAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGTG-TG-TTT---AC-ACATT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGT-G-CCG--CC-T-ACTTCCTCGGCAAGGGAAATAA
gi|21 : GACCCATGTGAAAT--AAGAGTATCAAATCC-GCAA-T-ATTCCTTTGATTTTTAGTAACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-------------------GT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTT---TTTTGTGGG----T--TT----T----------------TT--------T--TTTagttgacc
gi|22 : aattaCCCTAC-TTCC-GCTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGTGGCAAGAGAAATTACCGCAATA-AAG-TCG
gi|23 : T-TATGTG--G-TT--------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G----T-CTG-T-GGT-A-----------AAAG-AGCA-CACgc
gi|3 : ATT--A-TCAATGGCCCATGTGGAAT--AAGAGTTTTAAATCC-TTAATT-A------------------ACC--taa
gi|3 : -T-A------------------GCC--C--------------CC-CCCCCCCCCACTCACACACGCC---CCAGT-AAC--T--TTGCTAA------TA---T-C---AGTTTTCTTTC---------C--TT----T----------------TT--------T--TGTT---T--T-TA---------A-T--T--TACAA-T-----AGT-ACTGTG--GTA---------GTTT------------TG-T-G------------G-------T--------C--T-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCAG-T-GG-TTA--------TA-CAAA-CA-ACA-CTAT-TCGGA--AT-GGG----GCA-TCACG-AC-TT----TCCTGGCTTCTTGT-CTC--TTTTGATGGCAACGACGTT-TTTT---CGGAAAA------C-GA-----T-G--------------T-----CC----------A----------------------CC----TC-----------T---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------T-AA------CA-C-TCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTG-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-GG-CAAAAT-CG-TTAC-----AT-TTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTA---ACAA--TT--TGG---TCCATAT-TTCC-ACTAGC-A-CTG--CC-T-ACTTCCGCCGCAAGGTAAATGACCGCAATA-AAG-TTGggtaatattttttttttttttactctttagccccccccccccccactcacacacgccccagtaactttgctaatatcagttttctttcctttttttgtttttaatttacaatagtactgtggtagttttgtggtcttctgtggtaaaaagacgcaccagtggttatacaaacaacactattcggaatggggcatcacgactttcctggcttcttgtctcttttgatggcaacgacgttttttcggaaaacgatgtccacctctgtttgtacaaccaggcacataacactcacaagaaggcatgttgttcgaataaagagtcggcaaaatcgttacatttgtattatggcgtgttaacaatttggtccatatttccactagcactgcctacttccgccgcaaggtaaatgaccgcaataaagttgac
gi|4 : attatcaatggcccatgtggaataagagttttaaatccttaattaaccggtaatattttttttttttttactcttAT-GCA-TAATT--A-TCAATTACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CCCGCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCCC-----------CCTTCCCAGT-AAC--TATTC-CTA-------TA---T-C---AGTTT-CTTTTT-GTG----T--TT----T------------A----------------TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-N-----NNN-NNNNNN--N-N---------NNNN------------NN-N-N------------N-------N--------N--N-N-NNN-N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAAA-GACG-CACCGG-G-TT-TTACA---G-TTG-TAAA-CA-ACA-C-AT-TTGGA--GA-GGG-----CA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTT--TGGGCA------T-TATCCAAC----GA------C-GT-----C-GAA------------T-----CGTATC------AA---------------------TCGTTTTCCGGAAACGA-T----GTCCACCTCTGT-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AGAG----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AAG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AA-AAGAAG-T--C-AG-CAAAAT-CG--GAC-----AT-GTGT----ATTAA-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGGT--TCCCTAC--TCC-ACTAGC-C-CCG--CCAT-ACTTCCGC-GCAAGGGAAATAACCGCAATAGAAG-TTGac
gi|5 : AAAT-GCA-TAAGT--A-TCAATGACC-ATGTGC--T--AA-AGTCTCAAA-CC-GCCA-T-A-----------------------C--------------CC-CCCTCCCTC-----------C------AGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----TTGTT----T------------TG--TT--------T--TTTC---T--T-TA-------T-A-TA-T--TACAA-TA----AGT-TTTGT-----A---------GTTC------------TATT-G------------GTTATTCTT--------GGTG-T-CTG-T-GGCAA-----------AAAA-AACG-CACT-G-T-GTCTTACTAGTA-TAG-TAAA-CA-ACA-CTAT-T---G--GA-AGG----GCA-CCACA-ACTTT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTT-ATTGC-A------T-TATC---C----AA------C-GAACATTC-G--------------TGTTTGCGTGAAAAAC--GA---------------------TG----TC--------ACTC---GT---------T-T--------------------------AGCT-------AC---AA-----AAACCC---CC---------------------AG-GGGGCAACCCCCAA-A---------------CAAA------CA-C-CCA-------C-A---------AGT-A-G-C-AT-CGTT-TT---C-G-AATAAAGAGAT--C-AG-CAAAAT-CG--GAC-----ATAGTGT----ATT-A-T-----GCG-TG-TTT---AC-T--TTAAT-G---TCCCT-C-TT-C-ACTAGC---CCG--CC-T-ACTTCC-CGGCAAG---AATAACCGCAGTA-AAGATTG
gi|6 : AAATTGCC-TAATT--AATCAAGGACCCATGTG-AAT--AACAGTCGCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------AC-CCCCCCCTT-----------CC---CTAGA-GAC--C--CCTCTA-------TA---T-C---AG-TGTCTTTTG-----------------------------------T--------T--TTTT---TGAT-TAT------T-A-TTAT--TACAATT-----AGTATCTTTG--------------ATTC------------TA-T-G------------G-------T--------A--T-TGCTGTT-CGT-------------AAAA-GACG-C-CCGG-T-GC-CT--T--TA-TTG--AAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--TA--GG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTG--CTCTCGT-C-C--TTTTGATGGCAA------T-CATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------------CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--C-------GA---AA-----A--------CG---------------------AA-T----------CTC-ATCCTCTGTTTGTTATC-AACCAGTGCA-C-ACA-------C-AACACCCATCAAA-AAG-C-AT-G--T-TT---C-GAAATAAAGAG-TC-C-AG-CAAAAT-CG-TGA------AT-GTGT----ATT-A-TGCCAGGC--TG-GTT---AC-T--TG--TGGTCATCCCTACTTTCC-ACTA---G-CCGC-CC-T-ACTT-CGC-GCAA-TGAAATAATC-CAATA-AAG-g
gi|7 : gT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACCACC--------------CC-CCCCCCCCC-----------CC---CC-GT-AAC--T--TC-CTA-------TA---G-C---AGTTTTCTTTTG-GTG----T--TT----T------------TG--TT--------T--TTTTG--T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TA-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--AG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTCT-TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--TTCGGAAAAC---GATGTCCA--------CCTCTGTTTGTACAACC------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AAT-------------------AT-CG-TGAT-----TT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGC--GGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTGg
gi|8 : AAAT-GCA-TAATT--A-TACATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTT-----------TC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----GG-TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGC-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-CAAA-CACACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------G-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTGgc
gi|9 : GAAT--A-GAGTCTCAAA--C-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CCACCCCTTATC-----------CC---CAGGT-AAC--T--TC-CTC-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GGGTTT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TC-GTG--G-A---------GTTCCTTGTGGTAGTTTG-T-G------------G-------T--------G--GTT-CTG-T-GGT-A-----------AAAACGACG-CACCGG-T-GT-TTACTAGTT-TTG-T-AA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GAGGGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGTTCCTCGT--TC--TTTTGATGGCAA------T---TT---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-TTTCGGAAAACGATGTCGCACCTGTTTG--T-------AC----A-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-----------------C--A------CA-C-CCA-------C-G---------AGA-AGG-CAAT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AA-CAAAATCCG-TGAC-----AT-GTGT----ATTAA-T----GGCG-TGTTTT---AC-T--TT--TGG---T-CCTAC-TTCC-ACT-GC-GCCCG--CC-T-ACTTCCGCGG
blockSeqs : T A TT A A . T C T C TTCCTTTGATTTTTAGTAA AC . A ACTCACACACGCCCCA C CT AT G AGTTCTA AAC A TAT GGGGTGGTT ACAA TGTTGTTGTTTT . ATT GA A TTTTTA T A TA GG T GAGTG A N AT GTTCTAGGGT CTTGTGGTAGTT T G GTAGTTCTGTGCGTGG G T . NNNNNNNNNNNN AC C C G C AGTA CT G C C G GT T TGGT A G T . C GT CGACGT . CAA GGAA CGACGT G ACATT G TGTTTGCGTGAAAAACGATGTCACTCGTTTAGCTACAAAAACCCCCAGGGGGCAACCCCCAAACAAA G A ACACGGC C ACACCCATC G T A G G TTC C A A CC C C C C . A . A T GCCA T T TTA ACA AA TCA T . G C C A C G G A
blockSeqs : . A TT . G . T . . . A . . . CCTTCCCA . . . T A . . . GGGGTTG . GGGTTT . G . . . . . A . . A . C . TA . T . GTTATTCTTGGTG G . . NNNNNNNNNNNN C . . . . AGTT T . . . . . G . . . . . . T . . AA . . . AGCT . TCGAATCTCATCGTTTTTTCGGAAAACGATGTCCACCTCTGTTTGTACAACCAGGCACACAA . G AA . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A . . . T . AA . T . . . . . . G G . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . A . . . CCCCA . . . . . . . . GTGGGT . TTGGTT . . . . . . . . . . . . C . AT . . . GTATTCTGTTGG . . . AA A . . . . ATG T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . AATCGTATCAATCGTTTTCCGGAAACGATGTCCACCTCTGTTGTACAACCAGAGCACACAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . A . . . TCCCA . . . . . . . . GGGGGG . GGTTTG . . . . . . . . . . . . C . TT . . . GTAGA . . . A C . . . . TGA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCGAATCTCATCGTTTTCGGAAACGATCTCCACCTCAGTTTGTACAACCAGGCACACAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . A . . . CCGCA . . . . . . . . GGGGT . GGGTTT . . . . . . . . . . . . C . TA . . . GTGGT . . . A A . . . . AG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCGAATCTCATCGTTTTTCGGAAAACGATGTCGCACCTGTTTGTACAACCAGGCACCA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . A . . . CCGCA . . . . . . . . TTTTT . GGTT . . . . . . . . . . . . C . N . . . NNNN . . . A C . . . . AG C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCGATCTCATCGTTTTTCGGAAAACCAGTCCACTCTGTTTGTACACCAGGCACACA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . G . . . CCCCA . . . . . . . . GGGGT . AGTT . . . . . . . . . . . . A . A . . . GTGG . . . A G . . . . TA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CGAATCTCATCGTTTTCGAAAACGAATCTCATCCTCTGTTTGTTATCAACCAGTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . A . . . CCCTA . . . . . . . . GGGGT . TGTT . . . . . . . . . . . . C . A . . . GTGT . . . A A . . . . TA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCGAATTTATCGTTTGCGGAAAGACGATGTCCAAGCTCTATTTGTCCAAAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . A . . . TCCCA . . . . . . . . GGGGT . TGTT . . . . . . . . . . . . N . T . . . GTGG . . . A A . . . . AG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCGTTTTTTGGAAAACGATGTCCACCGTTGTGTGCAACAGGCACAACAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . A . . . CCCAG . . . . . . . . TGTGT . GGTT . . . . . . . . . . . . T . T . . . GTCT . . . A A . . . . TG C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCGAATCTCATCGTTTGTACAAACCAGGCACAGAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . TCCA . . . . . . . . GGTGT . GTT . . . . . . . . . . . . C . N . . . NNNN . . . A A . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCCACCTCTGTTTGTACAACCAGGCACATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . A . . . CCCC . . . . . . . . GGGGT . TT . . . . . . . . . . . . C . A . . . GTAT . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . CCA . . . . . . . . C . TT . . . . . . . . . . . . C . A . . . GTGG . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . CA . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . . C . A . . . GTGG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . GTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ************** CCCCA************** GGTT********************** ** ****** ** ***** A********** A* NG*** **** ***** **** **
originalCons : AAAT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-----------CC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT--TG-TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
finalCons : AAAT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTCCCCCA--------------GT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----TGGTT----------------------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--GA----------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACTNG---TTG-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111 11111111111111 1111111111111111111 1111111 22222222222222222222222222 11111 22222222222 111111111111 1111111111111111111111111111111111 2222222222222 1111111 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 111111111 1111
lowQualScore : 3 7 99 3 0 2 33 5 2 2 2 9999999999999999999 33 44444444444444 2 2222222222222222222 2 33 33 4 0000000 444 2 444 888888888888 5555 99999999999999999999999999 33 666 33 2 999999 2 2 88 33 2 11111 2 1 33 00000000000 222222222222 5 2 9999999999999999999999999999999999 5 2 2 6666666666666 66 2 2 3 2 6666666 2 33 2 2 2 2 33 5 6666 2 2 2 6666 2 99 888888 2 888 6666 888888 2 33333 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5 2222222 2 000000000 2 2 2 2 2 444 2 2 2 55 2 2 2 2 66666 5 5555 5 2 5555 2 5 444 3333 33 777 2 2 2 2 55 2 5 1 0 4 4
lowQualScore : . . .. . . . .. . . . . ................... .. .............. . ................... . .. .. . ....... ... . ... ............ .... .......................... .. ... .. . ...... . . .. .. . ..... . . .. ........... ............ . . .................................. . . . ............. .. . . . . ....... . .. . . . . .. . .... . . . .... . .. ...... . ... .... ...... . ..... . ......................................................................................................................................................................................................................... . . ....... . ......... . . . . . ... . . . .. . . . . ..... . .... . . .... . . ... .... .. ... . . . . .. . . . . . .
lowQualScore : 6 3 22 1 2 2 44 7 9 7 7 9999999999999999999 44 77777777777777 5 8888888888888888888 4 22 22 7 0000000 111 4 111 777777777777 0000 55555555555555555555555555 22 999 44 5 777777 5 5 44 44 5 22222 4 1 22 22222222222 111111111111 0 5 3333333333333333333333333333333333 0 7 7 9999999999999 00 7 9 1 9 9999999 9 44 9 9 9 9 99 7 1111 9 9 9 1111 9 66 222222 9 999 1111 222222 9 22222 9 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 3 3333333 7 777777777 7 7 7 7 7 444 5 5 5 99 5 5 5 5 22222 0 3333 0 5 3333 5 0 444 1111 77 333 5 5 5 5 99 5 0 7 7 0 0
consensus : AAAT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-----------CC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT-AG--T-T-G-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
Reference ( family-379 ) : AAAT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-----------CC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT-NG--T-T-G-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTG
gi|1 : -TTAATAGACCATGTG-AATTAAAGAATATCAAA-TC-GCAA-T-A------------------TTC--CTTTGATTTTAGTAACC-CCCCCCCCC-----------CG---TC-GT-AAG--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTCGTTTTTG-GGT----T--TT----TTTTTGGGGGGGGGG--TT--------TGGTTTT---T--T-TATA-----T-A-TA-T--TACAA-TT----AGT-T-TGTG--GTA---------GTT-------------TG-T-A------------G-------T--------T--T-T-CTG-TAGGT-A-----------AAA--GACG-CATCGG-T-GT-TTACT-A---------CAAA-CA-ACA-CTA---TGGA--GT-GGG----GCA-CCACA-AC-TTTTAATCCTAGTTTCTCGT--TC--TTTTGATGGCAA------TATATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TT---G
gi|1 : ggaaatttgtagtA------CA-C-CCA-------C-A---------AAT-AGG-T-AT-GTCT-TT---T-G-A-TAA-GAG-T--C-GG-CCAAAA-CG-TCACCACATATTGTATTATCATT-A-T----GGTG-TG-TTT---GC-A--AT--ATG---TCCCTAC-TTCCAACTAGC-G--CGACCC-T-ACTTCCTCCACAA-GGAAAT-ACCGC-ATA-AGA-TTGgaattgttttttttttttcggaaaacgatgtcacctctgtttgttacacccacaaataggtatgtcttttgataagagtcggccaaaacgtcaccacatattgtattatcattatggtgtgtttgcaatatgtccctacttccaactagcgcgaccctacttcctccacaaggaaataccgcataagattgac
gi|10 : ggaaatttgtagtttaatagaccatgtgaattaaagaatatcaaatcgcaatattcctttgattttagtaaccccccccccccgtcgtaagttcctatatcagttcgtttttgggtttttttttggggggggggtttggtttttttatatatattacaattagtttgtggtagtttgtagttttctgtaggtaaaagacgcatcggtgtttactacaaacaacactatggagtggggcaccacaacttttaatcctagtttctcgttcttttgatggcaatatatccaacgacgtcgaatctcattggaattgttttttttttttcggaaaacgatgtcacctctgtttgttGGAAT--A-GAGTCTGAAA-C--GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-ACCCCTTTC-----------CC-----AGT-AAC--T--TC-CT--------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GGGTTT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T---ACAA-N-----NNN-NNNNNN--N-N---------NNNN------------NN-N-N------------N-------N--------N--N-N-NNN-N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAAC-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT-AG--T-T-G-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGTTCCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TCTCAA-C----GA------C-GT-----C-GAATCTCATCGTTTTT-----CG----------GAAAACGATG-------------TC-----C--------A-CCT--GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-----------------C-A-------CA-CACCA-------C-G---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AA-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---T-CCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCC--GC-T-ACTTCCGCGac
gi|11 : AT-GCA-TA--T--A-TCAATGACCCATGTGGAA---AAG-GTCTCAAA-CC-GCAA-T-A---------------------------------------------CCCTT-----------TC---C-AGT-AAC--T--CC-CTA-------T------C---AGTTTTTTTTTT-TTT----T--TT----T------------G---TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AG---CTGTG--G-A---------GTTC------------TA-T-G------------G-------TATTCTGTTG--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT-AG--T-T-G-TAAA--A-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----G-A-CCACA-AC-TT----T-CTGGC-TCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GT-----C-G--------------T-----CG-----------A---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--T--------CGGAAA-----A--------CCAGTCCACTCTGTTTGTACACCAG-G----------CAC-A---------------C-A--------A-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GCTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-C---AT-CG-TGAC--------GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-----T--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG---C-T-ACTTCCGCGG
gi|12 : C-----------CC---CCAGT-A----T--TC-CTAAGTTCTATA---T-C---AGTTTTCTTTGG-GGG----T--TT----T------------TG--TTGTTGTTTTT--TTTT---T--T-TAT------TTA-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--GTA---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAA--GACG-CACC--------------------------AA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GT-GGG----GCAACCATA-AC-TT----TCCTAGCTTCTCGT-CT---TTTTAATGGCA-------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-A--------------T-----CG----------AATCTCATCGTTTTCGGAAACGATC----TCC-------A-CCTCAGT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A----------GA-ACG-C-AT-GTTT-TT---T---AATAAAGAG-T--CCAG-CAAAAC-CG-TCAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-A--TT--TGA---TCCCTAC-TTCA-GCTAGC-G--CG--CC-TCACTTCC
gi|13 : cT-GCA-TAATT--A----AT----CATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-TCA------------------ACC--C--------------CC-CCCC---TT-----------TC---CCA-T-AACCTT--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TTTTTTTTAT-A-T--T--TACAA-T-----AGT-T-TGTG--G-A---------GTTC------------TGTT-GGTAGTTCTGTGCG-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-------------AAAC-GACGCCACCGGCT-GT-TTACTATG--T-T-GCTAAA-CA-ACACCTATGTTGGA--GATGGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTCT-TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AAT--------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------a
gi|14 : acT-TTACT-A---------CAAA-CA-ACA-CTGT-TTGGA--GT-GGG----GCA-CCATA-TC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CCC--TTCTGATTGCAA------T-CAAC---C----AACGACGTC-GAAGCT-C-G--------------T-----CGTTTTTTGGAAAACGATG----------------TC-----C--------A-CC---GT---------TGT--------------------------G--T-------GC---AA---------------C---------------------AG-G----------CAC-AA--------------C-AA------CA-CGCCA-------CCA---------AGAGAGGTC-AT-GTTT-TTTTCC-G-AATAATGAG-T--C-AG-CAA--------------------TGT----ATA-A-T-----GCG-TG-TTT---ACAA--CT--TGG---TCCCTAC-TTCC-GCCAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCCGAAAGGGAAATAACCGCttcggaaaacgatgtccacctctgtcttgtacaac
gi|15 : AT-GCAATAATTTTA-TCAATGGCC-ATTTGGAAT--AAGAGTTTCA
gi|15 : --------------CC-CCACCCCTC-----------CC---GCAGT-AGC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTTTTTT------------TTACAAT------------AG--TT--------C--TGTG---T--GATGT------T-C-T--T--GA-GA-T-----AGT-TCTGTG--G-T---------ATTT------------TG-T-G------------G-------TA-------G--A-T-CTcatcattaccattaagttaatattcttttgatctttagtagtttaaaccccacccctcccgcagtagcttcctatatcagtttttttttttacaatagttctgtgtgatgttcttgagatagttctgtggtattttgtggtagatct
gi|16 : atgcaataattttatcaatggccatttggaataagagtttcacatcattaccattaagttaatattcttttgatctttagtagtttaaaAAA--GCA-TA-TT--A-TTAA-----CATGTGGATC----GAGTCTCAAA-CC-GCA--T-A------------------ATC--C--------------CC-TC--------------------------GT-A-C--T--TC-CTA-------TA---TAC---AGTT--CCTTTG-GGG----T--TT----TTT----------GG--TT--------T--TTTTATTT--T-TTT------T-AAT--T--T-----T-----AAT-TCTGTG--G-GTTCTAGGGTGTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--T-T-CTG-T-AGT-A-----------AAAA----G-CATCGG-
gi|17 : A-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCAAA-----C-G---------AGA-AG--C-AT-GTTT-TT---CCG-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CGCTGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TGTTTT---AC-T--TT--T-G---TCCCTAC--TCC-ACTAGCGG-CCG--CC-T-ACTTTCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTg
gi|18 : AT-GCAATAATTTTA-TCAATGGCCCATTTGGAAT--AAGAGTTTCAta
gi|18 : --C--------------CC-CCACCCCTC-----------CC---GCAGT-AGC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTTTT---------------------------------------------------------------------------T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTGATG-AT--------GTTC------------Tcatcattacattaattaatattcttttgatctttagtagttaaacccccacccctcccgcagtagcttcctatatcagttttttttttacaatagttctgtgatgatgttct
gi|19 : atgcaataattttatcaatggcccatttggaataagagtttcacatcattacattaattaatattcttttgatctttagtagttaaa---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---CA-----A--------CC---------------------AG-C----------AAC-A---------------C--A------C--C-CCA-------C-A---------A-A-AGA--------TT-TT---T-G-AAT-AAGAG-TCCC-AGCCAACAT--G-TGAC-----AT-GTGT-----TT---T----GGCG-TG-TTT---AT-T--
gi|2 : tcgtttttccggaacttccaccttctAAAT-GC--TAATT--A-T-AATA--CCATG-GGATC--GAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------GT-CTCTCCCTC-----------CC---CCAATCCGC--T--TT-CCA-------TAAACT-CTATAGTATCTATTTG-GGGTGGTT--TT----T------------GG--TTTG------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--TGGTACAA-TGAGTGAGT---TGTG--G-T---------G-TC------------TG-TGG------------G-------T--------G--G-TGCGG-T-GGT-A-----------GAAC-GACG-GACCGG-TGGT-TTACT-TGA-G-T-G-TAAAGCA-AC--CTCT-TTGGAGTGA-GGATGGTGCG-CCACAGAC-TT----TCCT-GCTTCTCGTCCTCGTTTTTGATGGCAA------G-TAT----C----AA------CGGA-----CGG--------------T-----CG----------AA---------------------T-----TT--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--C-------GG---AA-----AGACGATGTCC---------------------AA-G----------CTCTATTTGTC---------C-AAAC----CAGC-CCAACACGGCC-A---------GGA-AGG-C-ATGGTTTGTT---C-G-AATAAAGAG-T----AA-CAAAAT-CG-TGAC-----AG-TTGG----ATT-ATT----GGCGTTG-TTTTTAGCGT--TT--TGG---T-CCGAC-TTCC-AC-AGC-G-CCG--CC-TGACTT-CGCGCAAAGGGAAAGTACCGCAATA-AAG-TTG
gi|20 : aT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAC-CG-TCAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGTG-TG-TTT---AC-ACATT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGT-G-CCG--CC-T-ACTTCCTCGGCAAGGGAAATAA
gi|21 : GACCCATGTGAAAT--AAGAGTATCAAATCC-GCAA-T-ATTCCTTTGATTTTTAGTAACC--C--------------CC-CCCCCCCTC-------------------GT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTT---TTTTGTGGG----T--TT----T----------------TT--------T--TTTagttgacc
gi|22 : aattaCCCTAC-TTCC-GCTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGTGGCAAGAGAAATTACCGCAATA-AAG-TCG
gi|23 : T-TATGTG--G-TT--------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G----T-CTG-T-GGT-A-----------AAAG-AGCA-CACgc
gi|3 : ATT--A-TCAATGGCCCATGTGGAAT--AAGAGTTTTAAATCC-TTAATT-A------------------ACC--taa
gi|3 : -T-A------------------GCC--C--------------CC-CCCCCCCCCACTCACACACGCC---CCAGT-AAC--T--TTGCTAA------TA---T-C---AGTTTTCTTTC---------C--TT----T----------------TT--------T--TGTT---T--T-TA---------A-T--T--TACAA-T-----AGT-ACTGTG--GTA---------GTTT------------TG-T-G------------G-------T--------C--T-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCAG-T-GG-TTA---------T-A-CAAA-CA-ACA-CTAT-TCGGA--AT-GGG----GCA-TCACG-AC-TT----TCCTGGCTTCTTGT-CTC--TTTTGATGGCAACGACGTT-TTTT---CGGAAAA------C-GA-----T-G--------------T-----CC----------A----------------------CC----TC-----------T---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------T-AA------CA-C-TCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTG-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-GG-CAAAAT-CG-TTAC-----AT-TTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTA---ACAA--TT--TGG---TCCATAT-TTCC-ACTAGC-A-CTG--CC-T-ACTTCCGCCGCAAGGTAAATGACCGCAATA-AAG-TTGggtaatattttttttttttttactctttagccccccccccccccactcacacacgccccagtaactttgctaatatcagttttctttcctttttttgtttttaatttacaatagtactgtggtagttttgtggtcttctgtggtaaaaagacgcaccagtggttatacaaacaacactattcggaatggggcatcacgactttcctggcttcttgtctcttttgatggcaacgacgttttttcggaaaacgatgtccacctctgtttgtacaaccaggcacataacactcacaagaaggcatgttgttcgaataaagagtcggcaaaatcgttacatttgtattatggcgtgttaacaatttggtccatatttccactagcactgcctacttccgccgcaaggtaaatgaccgcaataaagttgac
gi|4 : attatcaatggcccatgtggaataagagttttaaatccttaattaaccggtaatattttttttttttttactcttAT-GCA-TAATT--A-TCAATTACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CCCGCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCCC-----------CCTTCCCAGT-AAC--TATTC-CTA-------TA---T-C---AGTTT-CTTTTT-GTG----T--TT----T------------A----------------TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-N-----NNN-NNNNNN--N-N---------NNNN------------NN-N-N------------N-------N--------N--N-N-NNN-N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAAA-GACG-CACCGG-G-TT-TTAC--AG--T-T-G-TAAA-CA-ACA-C-AT-TTGGA--GA-GGG-----CA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTT--TGGGCA------T-TATCCAAC----GA------C-GT-----C-GAA------------T-----CGTATC------AA---------------------TCGTTTTCCGGAAACGA-T----GTCCACCTCTGT-T--------------------------G--T-------AC---AA--------------CC---------------------AGAG----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AAG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AA-AAGAAG-T--C-AG-CAAAAT-CG--GAC-----AT-GTGT----ATTAA-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGGT--TCCCTAC--TCC-ACTAGC-C-CCG--CCAT-ACTTCCGC-GCAAGGGAAATAACCGCAATAGAAG-TTGac
gi|5 : AAAT-GCA-TAAGT--A-TCAATGACC-ATGTGC--T--AA-AGTCTCAAA-CC-GCCA-T-A-----------------------C--------------CC-CCCTCCCTC-----------C------AGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----TTGTT----T------------TG--TT--------T--TTTC---T--T-TA-------T-A-TA-T--TACAA-TA----AGT-TTTGT-----A---------GTTC------------TATT-G------------GTTATTCTT--------GGTG-T-CTG-T-GGCAA-----------AAAA-AACG-CACT-G-T-GTCTTACT-AG--TATAG-TAAA-CA-ACA-CTAT-T---G--GA-AGG----GCA-CCACA-ACTTT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTT-ATTGC-A------T-TATC---C----AA------C-GAACATTC-G--------------TGTTTGCGTGAAAAAC--GA---------------------TG----TC--------ACTC---GT---------T-T--------------------------AGCT-------AC---AA-----AAACCC---CC---------------------AG-GGGGCAACCCCCAA-A---------------CAAA------CA-C-CCA-------C-A---------AGT-A-G-C-AT-CGTT-TT---C-G-AATAAAGAGAT--C-AG-CAAAAT-CG--GAC-----ATAGTGT----ATT-A-T-----GCG-TG-TTT---AC-T--TTAAT-G---TCCCT-C-TT-C-ACTAGC---CCG--CC-T-ACTTCC-CGGCAAG---AATAACCGCAGTA-AAGATTG
gi|6 : AAATTGCC-TAATT--AATCAAGGACCCATGTG-AAT--AACAGTCGCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------AC-CCCCCCCTT-----------CC---CTAGA-GAC--C--CCTCTA-------TA---T-C---AG-TGTCTTTTG-----------------------------------T--------T--TTTT---TGAT-TAT------T-A-TTAT--TACAATT-----AGTATCTTTG--------------ATTC------------TA-T-G------------G-------T--------A--T-TGCTGTT-CGT-------------AAAA-GACG-C-CCGG-T-GC-CT--T-TA--T-T-G--AAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--TA--GG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTG--CTCTCGT-C-C--TTTTGATGGCAA------T-CATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------------CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--C-------GA---AA-----A--------CG---------------------AA-T----------CTC-ATCCTCTGTTTGTTATC-AACCAGTGCA-C-ACA-------C-AACACCCATCAAA-AAG-C-AT-G--T-TT---C-GAAATAAAGAG-TC-C-AG-CAAAAT-CG-TGA------AT-GTGT----ATT-A-TGCCAGGC--TG-GTT---AC-T--TG--TGGTCATCCCTACTTTCC-ACTA---G-CCGC-CC-T-ACTT-CGC-GCAA-TGAAATAATC-CAATA-AAG-g
gi|7 : gT-GCA-TAATT--A-TCAATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACCACC--------------CC-CCCCCCCCC-----------CC---CC-GT-AAC--T--TC-CTA-------TA---G-C---AGTTTTCTTTTG-GTG----T--TT----T------------TG--TT--------T--TTTTG--T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TA-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT-AG--T-T-G-TAAA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTCT-TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------T--TTCGGAAAAC---GATGTCCA--------CCTCTGTTTGTACAACC------AG-G----------CAC-A---------------C-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AAT-------------------AT-CG-TGAT-----TT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGC--GGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTGg
gi|8 : AAAT-GCA-TAATT--A-TACATGACCCATGTGGAAT--AAGAGTCTCAAA-CC-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CC-CCCCCCCTT-----------TC---CCAGT-AAC--T--TC-CTA-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----GG-TT----T------------GG--TT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGC-TCTGTG--G-A---------GTTC------------TG-T-G------------G-------T--------G--G-T-CTG-T-GGT-A-----------AAAA-GACG-CACCGG-T-GT-TTACT-TG--T-T-G-CAAA-CACACA-CTAT-TTGGA--GA-GGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGCTTCTCGT-CTC--TTTTGATGGCAA------T-TATC---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-T--------------------------G--T-------AC---AA-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-A---------------G-AA------CA-C-CCA-------C-A---------AGA-AGG-C-AT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AG-CAAAAT-CG-TGAC-----AT-GTGT----ATT-A-T----GGCG-TG-TTT---AC-T--TT--TGG---TCCCTAC-TTCC-ACTAGC-G-CCG--CC-T-ACTTCCGCGGCAAGGGAAATAACCGCAATA-AAG-TTGgc
gi|9 : GAAT--A-GAGTCTCAAA--C-GCAA-T-A------------------ACC--C--------------CCACCCCTTATC-----------CC---CAGGT-AAC--T--TC-CTC-------TA---T-C---AGTTTTCTTTTG-GGG----T--TT----T------------GGGTTT--------T--TTTT---T--T-TAT------T-A-T--T--TACAA-T-----AGT-TC-GTG--G-A---------GTTCCTTGTGGTAGTTTG-T-G------------G-------T--------G--GTT-CTG-T-GGT-A-----------AAAACGACG-CACCGG-T-GT-TTACT-AGTTT-T-G-T-AA-CA-ACA-CTAT-TTGGA--GAGGGG----GCA-CCACA-AC-TT----TCCTGGTTCCTCGT--TC--TTTTGATGGCAA------T---TT---C----AA------C-GA-----C-G--------------T-----CG----------AA---------------------TC----TC--------A-TC---GT---------T-TTTCGGAAAACGATGTCGCACCTGTTTG--T-------AC----A-----A--------CC---------------------AG-G----------CAC-----------------C--A------CA-C-CCA-------C-G---------AGA-AGG-CAAT-GTTT-TT---C-G-AATAAAGAG-T--C-AA-CAAAATCCG-TGAC-----AT-GTGT----ATTAA-T----GGCG-TGTTTT---AC-T--TT--TGG---T-CCTAC-TTCC-ACT-GC-GCCCG--CC-T-ACTTCCGCGG