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lowQualScore : 11 11 111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 11 4 1 1 4 8888888888888888888 4 66666666666 55555555555555 55555 4 1 4 4 1 4
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consensus : ACCAACTCG-CCCC-CAATA-TTTG--AA--CCAACT-CG-C-CC-----C-CA-C----T--------GTT--T--A------C--CA-----ACT--CG--C-----CC--A---CC--TA--NATT-T-T----------A---------CCA--ATTNGCAA----C-CA--------A-------A--T-TT-T------T-AT-TA-------AC----------A--CTCG-C-CC-C--A------CTT------------------------CT-A-TAT---AAT-------GC-TA-C--AAA--T------C-GC---------------CCCCAC-C--T----TT---TT-A----GC----G-CG-----GTG---A-CC-A-CTCGC-C--C-CCAA-C-GT-T---TA-TATTNT---A--T------TACCA-AC--TCGC-C-CCCGC---TTTTT-TTTAT----AATGC-TAC-T---A---------------CAC-CA--CCCC---------CC----CCCATTTTTAT-ATGA-GACGTTCAAA-------CCCTCGCC---CCCAAC-GTT-----TTCGTCNTATTACCAAATCGCCCCCACATCCTTTTCGTCCATCGAACTCCCCCAGAGCCCCACACAAACACNCNCATCCACCGCGTTGANATAAAAGGTGACATTCTACAAAANACATGACATGTTTTTCTTGCCTCTATTTCTAT-TAT-TATATTATAT---AGTGTAGTTTGAACTGTGT-CATTCAG-CCCATCTGT-ATGT-CTGCCAT-TATTAATTAGTTAATCCAACCC-ATCTGTGTTTTACTATTTTAAT-GTCCCT-TTATTATTCTGTT-ATCAAATGA
Reference ( gi|2 ) : ACCACTTCG-CCCC-CAATA-TTTG--AA--CCAACT-CG-G-CC-----C-CA-C----T--------GTT--C--A------C--CA-----ACT--CG--T-----CC--A---CC--TA--AATT-T-T----------A---------CCA--ATTGGCAA----C-CA--------A-------A--T-TT-T------T-AT-TA-------AC----------A--CTCG-C-CC-C--A------CTT------------------------CT-A-TAT---AAT-------GC-TA-C--AAA--T------C-GC---------------CCCCAC-C--T----TT---TT-A----GT----G-TG-----GTG---A-CC-A-CTCGCAC--CGCCAA-T-AT-T---TA-TAGTGT---A--T------TGCCA-A---TCGC-C-CCCAC---TTTCTATTTAT----GATGC-TAC-T---A---------------CAC-CA--CCCC---------CC----CCCATTTTTAT-ATGA-GATTTTCAAA-------CCCTCGCC---CCCAAA-GTT-----TTCGTTT-------------CCCC----TCCTTTT--TTCA--GA--------AGA--T------------ACTCA--CACCGCG-TAAT----AAGGT-ATATTCTA-AAAAAACAT-ACAGGTTTTTATTGC-TCTATTTCTACATATGTATAT-ATATTTGAGTGTAGTT-GAACTGTTTTCAT-CAGTCCCATCTGTGATGTGTTTCCATGTATTAAT-AGT-AATCCAACCCCATCTGTGATTTACTATCTTAGTGGTCCCTGTTTTTATTCTGTTGATCAAATGAA
gi|9 : ACCAACTCA-CCCC-CA-TA-CTTG------CCAACT-CG-C-CC-----C-CA-C----T--------ATT--T--AAA----C--CA-----ACT--CG--C-----CCCCA---TC--T-----TT-T-TTTACATGGTGA---------CCA--TCTCGCCC----C-CA--------ATGTTTATA--TATT-T------C-AT-TAT------ACCA--------A--CTCG-C-CC-CC-A------CTT------------------------CT-T-TAT---AAT-------GT-TACC--AAC--T------T-TC---------------CCCCAC-A--T----TT---TT-ACGCGGT----G-TGTGTATGTG------C-G-TTCGCATTATGCCGA-T-AC-C---TA-
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gi|5 : gattgctaTCG-CCCC-AAATAACTTG--AA--CCAAAT-CACG-CC-----CGCACC----T--------GGT--C--A------CCACA-----ATTG-CT--T-----CT--A----C--TA--TATT-C-A----------A---------CAA--ATC-GCAAAACTC-CA--------C-------C--T-TTGT------T-TT-GA-------ACGGGGTGACCAA--CTCG-C-CC-CTTA------CGT-------------------------T-A-TAT---TTT-------ACTTACC--AAC--T------C-GC---------------CCCCACACA-T----TT---TT-AC---GC----ACCG-----GTGCAAA-CCAA-GTC-CGC--C-CCAACC-AG-T---TAGTAGTTT---T--TTTTTTATACCA-A---CTCC-C-CCCTC---CCTTTATTTTTACGAGATGC--AT-T---A----------------AC-AA--TCTG---------CC----CCCAtgactcacaggaagatatatagtgctattctgcaataccaagaacgacagtttacctacctaatagtatataatttaccttggttggttcttacagttgatagtttgaacgtgctggattcaatggtcagcttctatgtgaagagtatgatggtatgtgttaatttaggtaaataccaagcccgcatcgtgttattcgtacatattctaggtgacctctgtatattcattctggactcagaatataaa
gi|12 : gacactcgcccattgccaaatgcaccacgcaaacgccccaatgtcttttccaaaTCG-CCCC--AATA-TTGG--AA--CCAAATCCG-C-CC-----C-CA-CCTA-T--------ATT--T--A------C--CA-----AC
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gi|7 : tgccaagacacttcggccccatatccaactcacccaCA-CCCC-CAATA-AATGCCAA--TCTGTT-CG-C-CC-----C-CA-CCATAT--------ATT--T--A------C--CA-----A-T--CG---------C--A---TC-------ATT-T-T----------T---------TTAGTATTATGAAT---C-CACCTCTCCCA-------C--T-TT-T------TCAT-TG-------ATGCTACA----A--CTTG-C-TCTC--A------CTT------------------------CTTA-TAT---AAT-------GC-TA-CA-AAA--T------CTGC---------------CTCCAC-C--T----TT---TA-G----GCACGGG-TG-----TTG---A-CC-A-ATTGC-C----TCAA-T-TG-T---TA-TATTGT---A--T------TACCC-C---TC-C-C-CCTCC---TCTCTCTTTAT----AATtgtttaccaac
gi|13 : tgccaagacacttcggccccatatccaactcacccaCC-CAATA-TTTG--AA--CCAACT-C--G-CC-----C-CA-C----CTAA-----ATT--T--A------C--CA-----AAT--TG---------C--A---CC--tgtttaccaac
gi|3 : gacatttcgccccattgccaactcgccccacgccaactcgggtA--CCAACT-CG-C-TC-----C-CA-C----TTCTATAATGCT-----A------C--CA-----AAA--TG--C-----CCTCA---CC--T-----TT-T-T----------AACGTGGTGCCCA--ACTCGCCC----C-CA--------A-------A--G-TT-TATATTGT-AT-TT-------CC----------AA-CTCGTC-CC-C--G------CTTT-----------------------CT-T-TAT---AAT-------GC-TA-C--TAACTT------C-CCAACACCACCACCACCCCCCAC-C--CCCCATT---TT-AT---AC----G-AG-----ATG---TTCC-A-CTCGC-C--C-CCAA-C-GT-T---TT-TGTTTT---A--T------TACCA-AA--TCGC-C-CCTCC---TTTT--TTCAT----GA
gi|14 : cccctacttcttcatgatgct--CCAACT-CG-C-CC-----C-CA-C----T--------GTT--C--A------C--CA-----ACTCGCG--C-----CC--A---TC--TA--AA-T-T-T----------A---------CCA--AATCGC-A----C-CA--------A-------A--T-TT-T------T-TT-TATGGAAAGACCA--------A--CTCG-C-CC-agacccacacaaacacacacacaccgcgtaaaaaagtgatattctaaaaattatgacatgtttttcttgcctctatttctattattatattatatagtgtagtttgaactgtgtcattcagcccatctgtatgtctgccattattaattagttaatccaacccatctgtgttttactattttaatgtccctttattattctgttatcaaatga
gi|13 : --CCAACT-CG-GGTC-----C-CA-A----T--------ATT--TGAA------C--CA-----ACT--CGC-C-----CC--A---CC--TA--AA-T-T-T----------A---------CCA--AATTGCA
gi|4 : gacatttcgccccattgccaactcgccccacgCAAAT-CT-G-CC-----C-CA-A----T--------GTT--T--TT-----C--CAT----AAT--CG--C-----CC------CC--AA--TACA-T-A----------A---------CCA--AT-AGC------C-CC--------A-------C--T-TT-T------C-ACCTA-------GT----------A--TTCG-C-CC-C--A------CCT-----------------------------------AAC-------AC-CA----AAG--T------C------------------CCCCAC-C--T----TT---TT-T----AC----G-CT-----GTG---A-CCAA-CTC---C--CCCTAA-C-GTAT---TA-TTATTT---AG-T------TACCA-AC--TCGC-C-TCCAC---ATTTTACTCAC----G-TG---------------------------AC-CAAGTCGG---------CC----CCCAACTGT-T-ATGA-TATGTACCAACAGGCCCCCCTCCCC---CCCcc
gi|3 : gtgttaggtgtaatgatgctggatgccaacacatcggtttctccaattgcctgatgtaaccaccacggtccaaatcgcaccacgctt----------A--CTCG-CTCC-C--A------CTT------------------------CT-A-TA-----AT-------GC-TA-CCAAAA--T--------GC---------------CCTCAC-C--T----TT---TT-A----AC----G-TG-----GTG---C-CC-AACTCGC-C--C-CCAA-A-GT-T---TA-TATTGT---A--T------TTCCA-AC--TCGT-C-CCCGC---TTTCT--TTAT----AATGC-TAC-T---AACTTCCCAACACCACCAC-CA--CCCC---------CCACCCCCCATTTT-AT-ACGA-GATGTTC----------CACTCGCC---CCCAAC-GTT-----TTTGTTTTATTACCAAATCGCCCC----TCCTTTT--TTCAT-GA--------AGA--CCCACACAAACACACACA--CACCGCG-TAAA----AAAGTGATATTCTA-AAAAT-TATGACATGTTTTTCTTGCCTCTATTTCTAT-TAT-TATATTATAT---AGTGTAGTTTGAACTGTGT-CATTCAG-CCCATCTGT-ATGT-CTGCCAT-TATTAATTAGTTAATCCAACCC-ATCTGTGTTTTACTATTTTAAT-GTCCCT-TTATTATTCTGTT-ATCAAATGActttatcttttattacgagatgctattaacaactcgctttcccaacgttttaatatttatgacaactcgctcccc
gi|9 : cccctacttcttcatgatgctacca----------A--CTCG-C-CC-CC-A------CT----------------------------A-TTT---AA--------AC----C--AAC--T------C-GC---------------CCCCAT-CTTT----TT---TT-A-----C----A-TG-----GTG---A-CC-ATCTCGC-C--C-CCAA-T-GT-T---TA-TA-TATTTCA--TTA----TACCA-AC--TCGC-C-CCCAC---TTC---TTTAT----AATGT-TAC---------------------CAA-CT--TTCC---------CC----CACATTTTTA
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-3750 ) : ACCAACTCG-C-CC------C-CAATA-TTTG--A-A--CCAACT-C--G------C-----CCCCAC----T--GT--T-----------T----------A-CCA-ACT--C---G-C--CC----ACCT-AN----ATT-T---TA-----------CCAACTCGCA-----CC--ACATTT--T---CAT-T-A-------AC----------ACTCG--C-CC-C--A------CTT------------------------CT-A-T-AT---AAT-------GCT-AC--AAA-T------C-G--------C----CCCCAC-C--TTT-----TT--A--GC--GC-GG----TG------ACC-A--CTC-GC-C--C-CCAAC--G-T-TT--A-------TAT--TTTA-TTA--CCAACTCGC-C-C-CCACTTT--C--TTTA--TAATGC-TAC-T---A---------------CAC---CNCCC----C---------C--CCC---C---A-TTTTATACGAGATG-T-TC-AA-------CCCTC-GCC---CCCA-ACGTTTTCGTTTTATTACCAAATCGCCC-CCTCCTTTT--TTCAT---GA----CCC-CA-GAAGACACNCA--CACCGCGT--A-ATAAAAGGTGATATTCTA-AAAAAACATGACANGTTTTTNTTGCCTCTATTTCTACATATGTATATTATATTTGAGTGTAGTTTGAA----CTGTNTTC-AT--TCAGCCCCATCTGTGA----TGTGNTGCCATGTATTAATT--AG-T-AAT-CCAA-CCC-CATC-TGTGATT--TAC-TATTTTA-GTGGTCCCTGT-TATT-ATTCTGTTGATCAAATGA
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gi|4 : gtgttaggtgtaatgatgctggatgccaacacatcggtttctccaattgcctgatgtaaccaccacggtATTCG-C-CC------C-----A-CCTA--ACA--CCAAA-----GT-----C-----CCCCAC----C--TT--T-----------TTTACGCTGTGA-CCA-ACT--C---C-C--CCTA--ACGT-ATTATTATT-TAGTTA-----------CCAACTCGCCT----CC--ACATTT--TACTCACGT-G-------ACCA--------AGTCGGCC-CC-C--AA-----CTG------------------------TT-A-TGAT---A-T-------G-T-AC--CAA-C------A-GGCCCCCCTC----CCCCCC-C--TTTATCTTTT--ATTAC--GA-GA----TGCTATTAACA-A--CTC-GC-TTTC-CCAAC--G-T-TTTAA-------TA---TTTA-TGA---CAACTCGC-T-C-CCgctattaacaactcgctttcccaacgttttaatatttatgacaactcgctcccc
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gi|10 : gattgctatcgccccacaaatttgaaccaatgcggccgagccccaactggtcaaacaccctatacacactcatagcactcataccttactaatttataccacttgcaccaaattattaccactcgtccccaagtcagctctcatatttaaattatctgagcgacccaaattcttctctcccccacccttttttagttagtggtgaccactctggtgtaaatattttatatggcttattttatcacagttcgcacacccacttttcttttataatgcatacattaaatacctcccccgcgtcctacccccatttatagaatgattcaaacttcgcccggcccacatgtcataggttcgtcaccctcacattcttttcgtccatcgaactcccccagagctcctcatccacaacgttgatataaaaggacattctacaaaaaactgactcacaggaagatatatagtgctattctgcaataccaagaacgacagtttacctacctaatagtatataatttaccttggttggttcCCAACT------CG-C-CC----C-CAATA-TTTG--AA--CAAACT--CG------C-----TCCCA-T----T--G--GT-----------T--A-CT-G--ACT--CG-C--C-CAACCTATA-A-ATA-----------CCAAC-TCA-----CC-C---CAA-CCTTT------T-T-TT----T------------------------------------------TT------------------------TT-TA-CAG---AAA-------G---A-C--TAA-T------T-G-----------------T-TT---A--C--G-TGG----TG---ACCAA--C-TC-A---CC-CCAAC--G-T-CTT-------T-AT--TTAA-T-CA--CCAACTCTC-T-C-CCgactcagaatataaa
gi|12 : agacacttcaacccattgCAACT------CG-C-CC----C--AATA-TTGG--AA--CCAAATC-CG------C-----CCCCA-CCTA-T--A--TT-----------T--A-CC-A--ACccaacccaatcatttttacgaggatacca
gi|13 : ccagacacttcgcgcccattgCCAACT------CG-C-CC----C-----A-C------G--CCAACT--CG------GG----TCCCA-A----T--A--TT-----------TGAA-CC-A--ACT--CGCC--C-C-ACCTAAA-T-TTA-----------CCAAA-TTG-----CA-C---C-aacaccaatttttttttttttttaggaaagaccatctcgctc
gi|13 : gacatttcgccccattgCCAACT------CG-GGTC----C-CAATA-TTTG--AA--CCAACT--CG------C-----CCCAC-C----TAAA--TT-----------T--A-CC-A--AAT--TG-C--
gi|14 : gacatttcgccccattgccaactcgccccacg--CCAACT--CG------C-----CCCCA-C----T--G--TT-----------C--A-CC-A--ACTCGCG-C--C-C-ATCTAAA-T-TTA-----------CCAAA-TCG-----CA-C---C-A-AATTT------T-T-TT----TATGGAAAGACCA--------A--CTCG-C-CCacc
gi|15 : CCAACT------CGAC-CC----C-CAGTA-TTTG--AA--CCAACT--CG------C-----CCCTA-C----T--G--TT-----------G--A-CC-A--ACT--CG-CT-C-C-ACCTATATT-T
gi|16 : cacttcgccccatagGATC-T-N-----C-CA-------ACTTC-GCC---TCCA-ATGTTTTTGT-TTTATTACC-AACTG-CCCCCCac
gi|2 : ACCACTT------CG-C-CC----C-CAATA-TTTG--AA--CCAACT--CG------G-----CCCCA-C----T--G--TT-----------C--A-CC-A--ACT--CG-T--C-C-ACCTAAATT-TTA-----------CCAAT-TGG-----CAAC---C-A-AATTT------T-T-AT----TA-------AC----------A--CTCG-C-CCC--A------CT------------------------TC-TA-TAT---AAT-------GC-TA-C--AAA-T------C-GC----CCCCAC-C--TTT-TT---A-GT--G-TGG----TG---ACC-A--C-TC-G-CACCGCCAAT--A-T-TTA-------T-AG--TGTA-T-TG--CCAA-TCGC-C-C-CCACTTT--CTATTTA-TGA-TG-C-TAC--TAC--A-------------------CCACCC-C---------CCCCC---ATT--TTTAT-ATGAGATT-T-T-----CAAA-------CCCTC-GCC---CCCA-AAGTTTTCGT-TTC-------------CCCTCCTTTT-TT----------------CA-GAAGATACTCA--CACCGCGT--A-AT--AAGGT-ATATTCTA-AAAAAACAT-ACAGGTTTTTATTG-CTCTATTTCTACATATGTATA-TATATTTGAGTGTAG-TTGAA----CTGTTTTC-A---TCAGTCCCATCTGTGA----TGTGTTTCCATGTATTAA-T--AG-T-AAT-CCAA-CCC-CATC-TGTGATT--TAC-TATCTTA-GTGGTCCCTGT-TTTT-ATTCTGTTGATCAAATGA
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gi|4 : gtgttaggtgtaatgatgctggatgccaacacatcggtttctccaattgcctgatgtaaccaccacggtT------CG-C-CC----C-CAATA-CAT---AA--CCAA-T--AG------C-----CCC-A-C----T--T--TT-----------C--A-CCTAGTATT--CG-C--C-CCACCTAA-----CA-----------CCAAAGTC------CC-C---C-A-CCTTT------T-TTACGCTGTG-------ACCA--------A--CTC--C-CCCTAA------CG------------------------TA-T--TAT---TATTTA----GT-TA-C--CAACT------C-GC----CTCCAC-A--TTT-TA---C-TC--A-CG-----TG---ACC-A--AGTC-GGC-CC-CCAAC--T-G-TTA-------TGAT-----A-TGTA--CCAACAGGC-C-C-CC----------------------C-T------------------------------CCCCC-C---------CCTTT---A-TCTTTTATTACGAGATG-C-TATTAAC-AA-------C--TC-GCTTT-CCCA-ACGTTTTAATATTTATGACA-ACTCG-CTCCCCgagatgctattaacaactcgctttcccaacgttttaatatttatgacaactcgctcccc
gi|5 : gtgttaggtgtaatgatgctggatgccaacacatcggtttctccaattgcctgatgtaaccaccacggtccaaatcgcaccacgcttcaaatctgccccaatgtttttccataaACT------CG-C-CCATTGC-CAA-A---TG--CA--CCA-----CG------CAAACGCCCCA-A----T--GTCTT-----------T--T-CC-A--AAT--CGCC--C-C-AAATAACTT-GAA-----------CCAAA-TCA-----CG-CCCGC-A-CCTGG------T-C-AC----C--------AC----------A--ATTG---------------CT------------------------TC-TACTAT----AT-------TC-AA-C--AAA-T------C-GCAAAACTCCAC-C--TTTGTTTTGA-AC--G-GGG----TG---ACCAA--C-TC-G-C-CC-CTTAC--G---TTA-------T-AT--TTTACT-TA--CCAACTCGC-C-C-CCAC
gi|5 : gacCCAAAT------CG-C-CC----C-AAATAACTTG--AA--CCAAATCACG------C-----CCGCACC----T--G--GT-----------C--A-CC-AC-AAT--TG-CTTC-T-A-CTATA-T-TCA-----------ACAAA-TCGCAAAACT-C---C-A-CCTTTG-----T-T-TT----GA-------ACGGGGTGACCAA--CTCG-C-CCCTTA------CG------------------------T--TA-TAT---TTT-------ACTTACC--AAC-T------C-GC----CCCCACACA-TTT-TT---ACGC--ACCGG----TGCAAACC-AAGT-CC-G---CC-CCAACCAG-T-TAG-------T-AG--TTT--------------------------TTT--T--TTTA----------TAC--CA---A-------------------CTCCCC-C---------CTCCCTTTA-T--TTT-T-ACGAGATG-CAT-----T-AA-------CAATCTGCC---CCCA-acatttttacgcaccggtgcaaaccaagtccgccccaaccagttagtagttttttttttataccaactcccccctccctttatttttacgagatgcattaacaatctgccccca
gi|6 : gacactcgcccattgccaaatgcaccacgcaaacgccccaatgtcttttCCAACT------CG-C-CC----C--AATA-TTTG--AAACCCAACT--CG------C-----CCC-A-CCTA-T--A--TT-----------T--A-CC-A--ACT--CG-C--A-C-GC--AAATTATTA-----------TTTAT-TTT-----AT-T---T-AGTATTT------TAT-AT----TA-------CC----------AAACTAG-C-CCCC-A------CTTAATTTAAATTCTTTTATGATAGTTC-TT-TAT---AAT-------GC-TA-C--AAC-T------C-GC----CCGGAC-----TT-TT---C-GA--G-CGG----TG---ACC-AT-C-TC-G-C-CC-CCAATG-G-T-TTA-------T-CT--TGTG-T-TA--CCAACTCCC-C-C-CCGC-TT--C--TTTA-TAA-TG-CTTAC--CA---A-------------------CTCCCT-T---------CCC
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blockSeqs : . . . . C ACTTG . C . C C . CTA G . . . . C C . . CCAACCTATAAATA A ACC . . . A . . . GCTGTGACCAACTCCCCCTAACGTATTATTATTTAGTTAC . T . C . TTA . . . . AAC . C . TGGT . . . G . . . A . . . TCTCTC . TGCT . A . . ATT A AC . TCAAACCC . . . TG . A T ACTCG
blockSeqs : . . . . C TTTG . C . C A . CTA A . . . . . A . . CCACCTAAATTTTA A GCA . . . T . . . TGATGCTACAACTTGCTCTCACTTCTTATATAATGCTACA . C . C . AG . . . . AAC . C . CGT . . . T . . . A . . . TCTCTC . TGC . A . . AT A AC . ATTAACAA . . . AA . A G .
blockSeqs : . . . . C TTGG . C . C C . . A . . . . . C . . CCAAATAACTTGAA T GCA . . . C . . . TGATGCTACAACTTGCTCTCACTTCTTATATAATGCTACA . C . A . AA . . . . AAG . C . TAT . . . T . . . A . . . GCTTC . TGC . A . . CT . AC . NCCAACT . . . C . . .
blockSeqs : . . . . C TTTG . C . C T . . G . . . . . C . . TTCTACTATATTCA A GCC . . . C . . . GATGCTACCAACTCGCTCCCACTTCTATAATGCTACCA . C . C . TA . . . . AAC . C . AGT . . . T . . . A . . . ACTTC . CGT . A . . AT . . . TCCAC . . .
blockSeqs : . . . . A TTTG . C . C C . . G . . . . . C . . CCACCTAAATTTA A ACG . . . C . . . TAACACTCGCCCCACTTCTATATAATGCTAC . C . C . CT . . . . ATC . C . CTG . . . G . . . A . . . ACAT . TGT . A . . .
blockSeqs : . . . . C TTTG . A . G C . . G . . . . . A . . CCATCTAAATTTA T TAT . . . A . . . CTAGTATTCGCCCCACCTAACACCA . C . C . CG . . . . ATC . . . TTG . . . G . . . A . . . TTTT . C . A
blockSeqs : . . . . C TTTG . A . G C . . G . . . . . T . . CCCCAATACATAA C ACC . . . T . . . CACAATTGCTTCTACTATATTCAAC . C . C . GG . . . . AC . . . TTG . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CTT . C . C C . . T . . . . . A . . ACGCAAATTATTA C CC . . . T . . . CAACTCGCCCCCACTATTTAAACC . C . . . GG . . . . AA . . . TGT . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CAT . T . C C . . G . . . . . A . . CCCACCTAACA C TC . . . A . . . TTTTTTACAGAAAGAC . . . . . A . . . . AA . . . CG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TG . T . C C . . A . . . . . C . . CCCACA . TC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . C . . . A . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . C . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : C* C*********** *********** CCACCTAAATTTA***************** ****** C******* C*** ** AAC*** CGT**** ******* NCTTTC**** TGC*** ** A********************** ********* ATT***** AC* TAAACAACCC*********** *** AACCG**
originalCons : ACCAACT------CG-C-CC----C-CAATA-TTTG--AA--CCAACT--CG------C-----CCCCA-C----T--G--TT-----------T--A-CC-A--ACT--CG-C--C-C-ACCTANATT-TTA-----------CCAAN-TCG-----CN-C---C-A-CNTTT------T-T-AT----TA-------AC----------A--CTCG-C-CCC--A------CT------------------------TC-TA-TAT---AAT-------GC-TA-C--AAA-T------C-GC----CCCCAC-C--TTT-TT---A-GC--G-CGG----TG---ACC-A--C-TC-G-C-CC-CCAAC--G-T-TTA-------T-AT--TTTA-T-TA--CCAACTCGC-C-C-CCGCTTT--C--TTTA-TAA-TG-C-TAC--CA---A-------------------CCCCCC-C---------CCCCC---A-T--TTTAT-ACGAGATG-T-T-----C-AA-------CCCTC-GCC---CCCA-ACGTTTTCGT-TTTATTACC-ANTCG-CCCTCCTTTT-TTCAT---GA----CCC-CA-GAAGATACTCA--CACCGCGT--A-ATAAAAGGTGATATTCTA-AAAAAACATGACANGTTTTTNTTGCCTCTATTTCTACATATGTATATTATATTTGAGTGTAGTTTGAA----CTGTNTTC-AT--TCAGCCCCATCTGTGA----TGTGNTGCCATGTATTAATT--AG-T-AAT-CCAA-CCC-CATC-TGTGATT--TAC-TATTTTA-GTGGTCCCTGT-TATT-ATTCTGTTGATCAAATGA
finalCons : ACCAACT------CG-C-CC----CC-AATA-TTTG--AA--CCAACT--CGC-----------CCCCA-C----T--G--TT-----------T--A-CC-A--ACT--CG-CCCACCTAAATTTA-----------------CCAAN-TCG-----CN-C---C-A-CNTTT------T-T-AT----TA-------AC----------A--CTCG-C-CCC--A------CT------------------------TC-TA-TAT---AAT-------GC-TA-C--AAA-TC-------GC----CCCCACC---TTT-TT---A-GC--G-CGG----TG---ACCAAC---TC-G-C-CC-CCAACGT----TTA-------T-AT--TTTA-T-TA--CCAACTCGC-C-C-CCNCTTTC----TTTA-TAATGC---TAC--CAA----------------------CCCCCC-C---------CCCCCATT-----TTTATAC-GAGATG-TTAAACAACCC-----------TC-GCC---CCCA-ACGTTTTCGT-TTTATTACCAACCG--CCCTCCTTTT-TTCAT---GA----CCC-CA-GAAGATACTCA--CACCGCGT--A-ATAAAAGGTGATATTCTA-AAAAAACATGACANGTTTTTNTTGCCTCTATTTCTACATATGTATATTATATTTGAGTGTAGTTTGAA----CTGTNTTC-AT--TCAGCCCCATCTGTGA----TGTGNTGCCATGTATTAATT--AG-T-AAT-CCAA-CCC-CATC-TGTGATT--TAC-TATTTTA-GTGGTCCCTGT-TATT-ATTCTGTTGATCAAATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus : ACCAACTCG-CCC------C-CAATA-TTTG--AA--CCAACT-C--G------C-----CCCCAC----TG--TT-----------T--A-CC-A--ACT--C---GC--CC----ACCT-A---AAT---TT--A--CCAAN-TCGCC-----C---C-A-CNTTTT-T-AT----T-A-------AC----------ACTCG-C-CC-C--A------CT------------------------TCT-A-TAT---AAT-------GCT-AC--AAA-T------C-GC----CCCCAC-C--TTT-TT---A-GC--GC-GG----TG---ACCAACTC-G-C-CC-CCAAC--G-T-T--TA-------T-ATTTTA-T--TACCAACTCGC-C-C-CCGCTTT--C--TTTA-TAA-TG-C-TAC--CA---A-------------------CCCCCC-C---------CCCCCAT-T-TTTAT-ACGAGATG--T-T---AACAA----CC-CTCGCC---CCCA-ACGTTTTCGT-TTTATTACC-AAC-CG-C-CCTCCTTTT--TTCAT---GA----CCC-CA-GAAGATACTCA--CACCGCGT--A-ATAAAAGGTGATATTCTA-AAAAAACATGACANGTTTTTNTTGCCTCTATTTCTACATATGTATATTATATTTGAGTGTAGTTTGAA----CTGTNTTC-AT--TCAGCCCCATCTGTGA----TGTGNTGCCATGTATTAATT--AG-T-AAT-CCAA-CCC-CATC-TGTGATT--TAC-TATTTTA-GTGGTCCCTGT-TATT-ATTCTGTTGATCAAATGA
Reference ( family-3750 ) : ACCAACTCG-CCC------C-CAATA-TTTG--AA--CCAACT-C--G------C-----CCCCAC----TG--TT-----------T--A-CC-A--ACT--C---GC--CC----ACCT-A---AAT---TT--A--CCAAN-TCGCN-----C---C-A-CNTTTT-T-AT----T-A-------AC----------ACTCG-C-CC-C--A------CT------------------------TCT-A-TAT---AAT-------GCT-AC--AAA-T------C-GC----CCCCAC-C--TTT-TT---A-GC--GC-GG----TG---ACCAACTC-G-C-CC-CCAAC--G-T-T--TA-------T-ATTTTA-T--TACCAACTCGC-C-C-CCNCTTT--C--TTTA-TAA-TG-C-TAC--CA---A-------------------CCCCCC-C---------CCCCCAT-T-TTTAT-ACGAGATG--T-TA--AACAA----CC-CTCGCC---CCCA-ACGTTTTCGT-TTTATTACC-AAC-CG-C-CCTCCTTTT--TTCAT---GA----CCC-CA-GAAGATACTCA--CACCGCGT--A-ATAAAAGGTGATATTCTA-AAAAAACATGACANGTTTTTNTTGCCTCTATTTCTACATATGTATATTATATTTGAGTGTAGTTTGAA----CTGTNTTC-AT--TCAGCCCCATCTGTGA----TGTGNTGCCATGTATTAATT--AG-T-AAT-CCAA-CCC-CATC-TGTGATT--TAC-TATTTTA-GTGGTCCCTGT-TATT-ATTCTGTTGATCAAATGA
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTTGAGAATCACAGAAAAAAATAACAGACAAGAAAAGGAAGATGCCTACATGTGCTAGGTGCAATAATGATTATGTGTTCACTTCATAGAGTTGTTAACATAGTCGACCTATGTACGA