lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999 1 222 222 3333333333333333333 1 111111 1 1 333333333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 11 222 66666666666666666666 11 4444444444444444444444444 444444444444444444444 22222222222 111111 1 333333 3333333333333 666666666666666666666666666 111111 111 333333333 1 77777777777777 33333333333333 1 1 11 333333333333 22222222 2222 1 2222222 11111 555 11 111 5555 11111 888888888888888888888888888888888888888888 222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 11
lowQualScore : 888888 5 99999999999999999999999999999999 5 1 5 7 1 99999 5 7 2 666 11 666 5555555555555555555 5 3 1 5 666666 1 2 5 5 6 2 77 777777777 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 888 666 88 5 888 888 44444444444444444444 3 44 3 555 3 888888 666 7 55 8 55 0000000000000000000000000 5 0 999999999999999999999 5 9 66666666666 666666 77 1 1 333333 5 6 3 8888888888888 66 0 1 555555555555555555555555555 66 444444 5 5 1 1 555 6 333333333 0 99999999999999 2 2 55555555555555 5 5 1 2 11 111111111111 8 66666666 5555 5 8 6666666 77777 333 3 11 0 111 99 9999 0 5 5 88888 3 66 66 333333333333333333333333333333333333333333 4 555555555555 4 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 5 66 5 4 5 4 0 00 1 3
lowQualScore : ...... . ................................ . . . . . ..... . . . ... .. ... ................... . . . . ...... . . . . . . .. ......... . ...................................................................................... . ... ... .. . ... ... .................... . .. . ... . ...... ... . .. . .. ......................... . . ..................... . . ........... ...... .. . . ...... . . . ............. .. . . ........................... .. ...... . . . . ... . ......... . .............. . . .............. . . . . .. ............ . ........ .... . . ....... ..... ... . .. . ... .. .... . . . ..... . .. .. .......................................... . ............ . . ....................................................................................................................... . . .. . . . . . .. . .
lowQualScore : 999999 7 33333333333333333333333333333333 0 1 7 1 3 66666 1 9 1 000 77 666 3333333333333333333 7 0 9 7 444444 1 1 4 7 0 1 44 333333333 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 888 666 33 5 999 666 66666666666666666666 3 66 1 888 3 555555 444 3 00 3 77 3333333333333333333333333 0 2 444444444444444444444 0 4 99999999999 000000 99 7 4 999999 3 6 0 0000000000000 66 7 3 777777777777777777777777777 99 444444 0 0 0 0 666 0 222222222 0 55555555555555 5 5 55555555555555 0 0 0 8 00 222222222222 0 22222222 0000 0 0 0000000 88888 888 8 00 8 333 22 3333 7 0 0 66666 1 99 99 333333333333333333333333333333333333333333 4 444444444444 4 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 99 0 4 0 4 1 44 0 9
consensus : GGGCTGGACCA--AT--AT-ATCGATT--------ATA----TA------T----C--GG-TATTCT-TAGAGCGATACAATAACCGATACA--GCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----ACG--GACG----TAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------GCAAATAAATTGNAAATANACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTNGC-TCC-T-GA---CTG-CGTAC--ACG--------C-----NAAA-ACGT------NGAA-AGTGT-GTG-CN-----GTCCCGT--GG-TCTCGGTTT---ATTA-CTTT-AAAA---AGCCAAAGTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGC---A--A-T-CAAGT-T--CTGTT---G-GTA--CG--A---CTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTACACTNTT-AGAAAGATGGCGAT---NAAA--TATT---A-T-TTAGCTATT-GACGCGACGAATG---G--TATG--TGGTGA-TCAAAGACGAACGCNATNTGCAGGAGTAGCA-T-GTTTC-ATGTGAATAA-----A--T---T-TGAACAAG-ACTATTAA--ATGAAGT------T-ACAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA-----TTC-C-GCCGATGCCTCAGNCTCGCAGTGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAG-----GAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GA----GCTTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGA--TGNCC-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TATT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAATAAC-AAACAT--ATGT----ACAATTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC--T--A---T-N------------CAA---------ATG---------GA-AAAG--------ATGAAGCTTTAA-TTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------AA--------------TGTAA-------------TT---ACA-TTG---TATCGTCAA-T--ACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
Reference ( gi|3 ) : GGGCTGGATCA--AT--AT-ATCGAT---------ATA----TA------T----C--GG-TATTTT-T-GAGCGATACAATAACCGATACA--GCAAACCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAAGA----ATG--GACG----TAA-CAACGATATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGCAAATATACGTA-CGAACTATCTAAATGTCGTTTGC-TCT-T-GA---CTG-CATAC--ATG--------C-----CAAA-ATGT------TGAA-AGTGT-GTG-CC-----GTCTCGT--GG-TCTCAGTTTCCAATTAGCTTT-AAAA---AGTC--GGTATTATGTTTTG--AATATCAGGG--ACCGC---A--ATTGCAAGT-T--CTGTT---G-GTA--TG--A---CTAA-TTTAT--CAACACATTAGTGATGCCACCAT--ACAG--AACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGGT---TAAA--TATC---A-T-TCAGCTATT-GACGCGACAAATG---G--TATG--TGATAA-TCAAAGAGGAACGCGATCTAC---AGT--CA-T-GTTTT-ATGTGAATAA-----A--T---T-TGAATAAGTGTTATTAA--ATGAAGT------T-ACAATT-CATTTGTAAATTTTCATCCTG-ATAAAGAA-----TT--C-GCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGAATTTTAGTACAATGTACA-----GCAG-----GAAATAGGCCTTATTGTATCAGCAACCTATA--TA----AA----GATTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGA--AGACC-TTTTT----GTTGGGAAAATA-TA-------TATT----AACACTTAATATGATAG--AAATAAATAGC-AAACAT--ATGTACAAACAATTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC--T--A---T-C------------TAA---------ATG---------GA-AAAT--------ATCAAGCTTTAA-TTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------AA--------------TGTAA-------------TA---ACA-ATA---TATCGTCAA-T--ACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTATGT-ATCGCAG-TACATATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCCTG
gi|2 : GGGCTGGATCA--AT--AT-ATCGATTATCGATATATA----TA------T----C--GG-TATTTT-T-GAGCAATACAATAACCGATACA--GCAAACCCCTTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----ACG--GATG----TTA-C---GAGATTTC-ATGAACGAGTTACATGTAACAAATAAATTGAAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGC-TCC----A----TG-CATACTAACT--------C-----GAAA-ATGT------TGGA-AATGT-GTG-CC-----G-----------------------------TTT-AAAA---AGCC--AGTAATACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCGC---A--A------GT-T--CTGTT---C-GTA--CG--A---CTAA-TTTAT--CAACACACTAGCAATGAAGCCAT--ACAGTTAACTGCACTGTT-AGAAAAATGG-GGTATTTAAAAATATT---A-T-TTAGCTATC-GACACGACAAATG---G--TATG--TGATGA-TAAAAAACGAACGCGATCTAC---AGT--CA-TGGTTTT-ATGTGAATAA-----A--T---T-TAAATAAGTATT-TGAAATATGAAGTTACGTAT-ACAATT-CATTTGTAAATTTTCATTCTG-AAAAAAAA-----TT--CGGCCGATGCCTC--------------ATTTTAGTACAATGTACAAGTTGACAG-----GAAATAGGCCCTATTGCATCAGCAACTTATA--TA----GA----GCTTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGATTATTTT-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TATACAATGTATT----AACACT---TGCGATAT--AAATAAATAAC-AAACAT--ATGTA-A---AATTGTA-AT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC--T--A---T-TCAAATATTAGAACAA---------ATG---------GA-AAAG--------ATGAAGCTTTAA-TTTTGTTCA---TCCTCAA---A--CTTGTGTGTAA------ATG--------TACA----------------------AA--------------TGTAG-------------TT---ACA-TTG---TATCGTCAA-T--ACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCATATCGAACTTT
gi|5 : GGGCTGGATCA--AT--AT-ATTGAT---------ATAATTATA------TGATTC--GG-TATTTT-T-GAGCGATACAATAACCAATACA--GAAAGCCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----ACG--GATG----TAA-CAACGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGAAAATATACGCA-CGAAATATCTAAATGTCATTTGC-TCCGT-TA---CTG-CATAC--ATGTACTAACTC-----GAAA-ACGTTGAAACTGAA-AATGT-GTG-CCGTCATGTCTCAT--GG-TCTCAGTTTTTGATTAGCTTT-AAAA---ATCC--AGTATTACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCC-----------GCAAGT-T--TTGTT---G-GTA--CG--A---CTAA-TTTAT--CGACAAATTAGCGATGACACCATGAACAGCTAACTGCACCGGT-AGAAAGATGGCGTT---TAAA--TATT---A-T-TTAGCTATA-GACGCGACAAATT---GTATATG--TGATGA-TCAAAGATGAACACGATATAC---AAT--CA-TGGTTTT-ATGTGAATAA-----A--T---T-T---TAAGTATT
gi|6 : GGGCTGGACCA--GG--AC-ATGGATTTCAA----ATG----TAAACTGGC----CAGGG-CATTCT-TAGCGCGATACAATAATCGATACA--ATGAGCCCC-TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATAT-AACAAATCTAA-CAGCAAGATT-C-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAGT-TCT-GAGA---CTG-CGTAC--CTA--------CG----CACT-ACGCA-----AGAC-AGTAT-G-A-CA-----GTTCCGTAGGG-TCTTGG------AT----TTT-AAAA---AGTCAAAGTGTAAC-TTTTG--CAGAACAAAGTTTCATT---A--ATT-CAAGC-T--CT-T------GTA--TGCAA---GTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAAC-T--AAAG----CTA-ACTTTC-AGAAA-ATGGC-AT---GAAA--T--------T-TTAGATATTAGATATGATGAATGTATG--TGTA--TGGTAATTC------GAATCCTATATGCAGGAGTAGCA---GTTTC-ATTTGAAGAATG---A--TGAAC-AGAACAA-----ATAAA--ATG-ATT------T-ATAATT-CATtgaactattaa
gi|7 : GGGCTGGACCAGGATGGAT-TTCAAT---------GTAAAC-TG------C----C--GGGCATTCT-TAGCGCGAACCAATAATCGATACA--ATGAGCC---TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATATATTACA--AATC----TAA-CAGCAAT--TTC-ATGAACAAGTTA------GCAA-TAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCT-AATATCATTAG--TC--T-GAGATCTG-CGTACT-ACG--------CATACGCAGACATGT--------AATAG------A-CA-----GTTCCGT--AG-TCTTGAT-----ATT--------AAA---AGTCAAAGTG-TACATTTTG--CAGA-CAAAG--GTTTC---ATTAATCCAAGTCT--TTG-T---G-GCAAGTG--A---T----TTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAGT-AACT-----TTC-AGAAAGATGGC-AT---GAAA--T-T------T-TTAGATATTAGATATGATGAATG---A--TGTA--TGGTAA-TC------GAATCCTATCTGCAGGAGTAGCA---GTTTC-ATTTGAAGAA-----AAGT---A-TGAAC-AGAACAAAT-A--ATGAATT------T-ATAATT-CATcaatgaa
gi|24 : taGGGCTGGATCA--AT--AT-ATCGAT----------------TA------T----C--GA-TAcaatgatatctcaacctaaca
gi|4 : aGGCTGGACCA--GG--AC-ATGGATTTTCA----ATG----TAAACTGGC----CAGGG-CATTCT-TAGCGCGATACAATAATCGATACA--ATGAGCCCCCTATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATTAACAAATCTAA-CAGCAAGATTTC-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAGT-TCT-GAGA---CTG-CGTAC--CTA--------CG----CACT-ACGC------AGAC-A-TGTAATGACA-----GTTCCGT--AG-TCTTGATT----------TTT-AAAA---AGTCAAAGTGTAACATTTTG--CAGAACAAAG--GTTTCATTA--ATT-CAAGC-T--CTTGT---G-ATG--CA--A---GTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAG----CTA-ACTTTC-AGAAAGATGGC-AT---GAAA--TTTTTAGA-TATTAGATATT-GATG-----AATG---A--TATGTATGGTAATTC------GAATCCTATCTGCAGGAGTAGCA---GTTTC-ATTTGAAGAA-----A--TG--TATGAAC-AGAACAAATAA--ATGAATT------T-ATAATT-CATCAATGAATACTCAACCT
gi|11 : GCTGGATCA--AT--ATTATCGAT----------------TA------T----C--GA-TATTTTGT-GAGCGATA-AATAACCGATACAAGGC---CCCCGTATCGTTTTAATATGAAAAAAAATTGTT--TA----ACG--GATG----CAAACAACGAGATTTCTACGAACGAGTTA------A-AAATAAATTGAAAAT-TACGAAACGA-CTATCTAAATGTCATTTGC-TCCGT-GA---CTGCCATAC--TCA--------C-------------T------CGTA---------G-CT-----GTCTTGT--GGTTCTCAGTTTCCAATTAGCTTTAAAAA---AGCC--AGCATTA--CTCTGGAAAAAACAGGG---CCGC---A-------GAGT-T--CTGTT---GCTTA--CG--A---CTAA-TTTAT--
gi|1 : TA----TA------T----C--AA-TATTAT-T-TAGCAATATGATAACCGATACA--GCAAGCCCCGTATTGTT--AATAT---------TTGTTATCA----ACG--GATA----TAA-CAGCGTAATTTC-ATGAACAAATTA------ACAAATAAATTGAAAATAT-TAAA-CAAACTATCTAAATGTGATTTGCACCG-T-TA---TTG-CA-----ACT--------C-----AAAA-ATGT------TAAA-AGTGT-GCG--------ATCTTGT--GG-TCTCAGTTTCCTATTATCTTT-AAAGGCCAGGC--AGAATTA-ACTTTG--TAAAACAGAG--ACC-----------GCAAGT-T--CTGGT---G-GTA--CG--A---CTGA-TATAT--CAACACTTTTGTGAT-------------------------GTT-AGAAGGATGGCGTT---AAAA--TATT---GCT-TAAGCTAT
gi|17 : -AAAA---AGTT--AGTATGACATTT-G--TAGAGCTGAG--GC-----------TACAAGG-T--ATGGT---G-GTA--CA--A---CTAA-TTTAG--CAACACATTTGCAATGACCCCGT--Acatgtagtgatcaaaangatgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaagaaaatatgaagctttaatttcattagtaatgaattattctaatcctcaaacttttgtataaatgtaattacattgtattgtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|12 : ccgtatggGTATTACATTTGT--AAAA-CAGAG--GCCGC---A--A------GT-T--CTGGT---G-GCA--CA--A---CTAA-TTTAT--CAACACATTTGTGATAACGCCAT--ACAGCTAACTACACCTTTAAAAAAAATGGC-AT---CAAA---------A-T-ACTGCTAT------CGATGAATG---G--TATG--TAGTGA-CCAAAGATGAACGCCAATTAA---AGT--CATT-GTTTG-CTGTGAATAAAAAATA--T---T-TGAA------CTATTAA--ATGAGGT------T-ACTATT-CATTTGTGAATTTTCAT------TAAAAAA-----atgatatgtgtaaaaaagataggtat
gi|21 : TACGTGTGG--AAAAACAGGG--GCCGC---A--A------GT-T--CTGTT---G-GTa
gi|22 : AGGG--GCCGC---A--A------GT-T--TTGTT---G-GTA--CG--A---CTAA-CTTAT--
gi|5 : TGCA-GT-TAGCTGTTCATG-GTG--TC--ATCGCTAA-TTTGT--CGATAAATTAGTCGTACCA------ACAA--AACT
gi|1 : gggctggatcaatatattgatataattatatgattcggtatttttgagcgatacaataaccaatacagaaagccccgtatcgtttaatatgaaaagatttgttaacaacggatgtaacaacgagatttcatgaacgagttaacaaataaattgaaaatatacgcacgaaatatctaaatgtcatttgctccgttactgcatacatgtactaactcgaaaacgttgaaactgaaaatgtgtgccgtcatgtctcatggtctcagtttttgattagctttaaaaatccagtattacgtttggaaaaacaggggccgcaGTT-AGAAGGATGGCG-T---TAAA---AT----A-T-T--GCTATT-G--------------------TG--TAGTGA-TCAAAGACAAACACAATGAAC---AGT--CA-T-GGTTTGATGTGAATAA-----A--TAT-T-TGAACAA------TTAA--ATGAAGT------T-ACAATT-CATTTGTGAATTTTCATCATG-AAAAAAGA-----TTTCC-GCCAATGCCTCAGACTCACAGTGGGATTTTAGTACAAC---CA-----G-AGTTGGCGAAAGACGCC--GTNACAACAGCAAC-------TA----GA----GCCTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGG--TGCCCTTTTTT----GTGGGGAAACTA-TA-------CATT---------TT--TATGATAG--AAACGA----------AT--ATGT----ACAATTGTA-AT-AAATT---A-ATTCCAGCTAAC--T--A---T-G------------CAA---------ATGGAACAAAAAGA-AAAT--------ATGAAGCTTTAA-TTTCATT-A---GT----A---A--TG--------A------AT---------T-------------------------AT--------------TCTAA-------------Tccggtagaaagatggcgtttaaatattatttagctatagacgcgacaaattgtatatgtgatgatcaaagatgaacacgatatacaatcatggttttatgtgaataaattttaagtatttgaactattaa
gi|8 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangat-----A--T---T-TGAAC------TATTAA--ATGAAGT------T-ACAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAAAAAATTC--C-GCTGATGCCTCAGG-----------ATTTGAGTACAATGTACA-----ACAG-----GAAATAGGCCCTATTGTATCTGCAACTTATA--TA----GA----GCTTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGA--TGTCCATTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TTTT----AACACTT--TATGATAG--AAAGAAATAAT-AAACATACATGT----ACAATTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC--T--A---T-T------------CAAATAAAACAGATG---------GA-AAAG--------ATGAAGCTTTAA-TTTGGTT-A---TT----G---A--TT--------A------ATAAATTATTCT-------------------------AATCCTCAAACCTATGTGTAAATG----------TAATTACG-TTG---TATCATCAA-T--ACGTATCAGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACATATCATATCGAACTTTTCCAAACGATACCCcctcaaacttttgtataaatgtaattacattgtattgtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|9 : taagtA--ATGAAGT------TTACAATTTCATTTGTAAATTTTCATCCTGAAAAAAAAA-----TTCGC-GCCGATGCCTCTACTTCGCAGTGAGATTTTA-TACAATGTACA-----ACAG-----GAGATA-GCCCTATTGTATCAGCAACTTATAATTATACGGA----GCTTGTCTAAAAACCAGAACAAGTGGA--TGACG-TTTTTTGTGGTGGGGAAAATATTA-------TATTTAACAACACTT-GTG-GATAGAAAAATAAATAACAAAACAT--ATGT----ACAATTGTATTT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC--T--A---T-T------------CAA---------ATG---------AACAAATGGACGAAGATGAAGATTAAA-TTTTCTA-ATCCTC----A---ACCTT--------AT-----GTG--------T-------------------------AA--------------TGTAG-------------TT---ACATATG---TATCG-CAATT--ACATATCGGATGATCGTTTTCTCTGTCATCGCAA-TACGTATCGTATC-AACTTTagcc
gi|10 : GGCCATATTGTATCCGCAACTTATA--TA----GATCGTGATTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGA--AGACC-TTTTTG---GTGGGGAAAATA-TA-------TATT----AACATT---TATGATAG--AAATAAATAAC-AAACAT--GTG------CAATTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC--T--A---TACAAACAGAA----CAA---------ATG---------GA-AGAG--------ATGAAGCTTTAA-TTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------TATTGTAATCCTCAAACTTATGTGTAAA--------------TGTAA-------------TT---ACA-TTG---TATCGGCAA-T--AAGTACCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCGTATCGAAC
gi|1 : C-AAACTT--TTGTATAAA----TGTA-ATTACATT---GTATT---GTCAAN--N--N---N-N------------NNN---------NNN---------NN-NNNN--------NNNNNNNNNAAACTTTTGT------------------------------------AT---------A-------------------------AA--------------TGTAA-------------TT---ACA-TTG---TATCGTCAG-T--ATGCATTGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-AATGCAA-TACGTATTGT-----ACTTTTCCAAATGATACC
gi|13 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangatgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaagaaaatatgaagctttaatttcattagtaatgaattattctaatcctCAATCGTA-AT-GA--T---A-ATTT--GTTAAA--TGAA---A-C-------------AA---------AGG---------AA-AAAG--------TTGAAGCTTTAT-TTTCGTT-A---TT----ATTCG--TT--------ACATTCTAT---------T-------------------------AC--------------AGTAAATTTTTCTACTCTCA---AAA-AAAGAATATTGT--A-TCGACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAAATACATATCGTATCAAACTTTTTCAAAACATACCCgagc
gi|14 : atttgataaaaacaatcaacacatgtctttttgttcagaaattatcTGTC-AG-AAATT---T-ATCCAATCTAATGAT--AATTT-G------------TAA---------ATGAAACAAAAGGA-AAAG--------GTGAAGCTTTAT-TTTCGTT-A---TT----A---a
gi|15 : ---------GA-AAAG--------ATTCTGCTTTAA-TTTTGTT-A---TT----A---A--TTATCCTCA-A------AC---------TTATGTGTA-----------------AA--------------TGTAA-------------TT---ACA-TTG---TATCATCAA-T--ACATATTTGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATTGCAA-TACGTATTGTATCAAAttcgtttacattctattacattaaatttttctactcctcaaaaattaaaagtaatattgtatcgacgtatcgcaaatagattctctgtactgcaatacatatcgtatcaaacttttcaaaacg
gi|14 : aattatgcaaatggaaaaaaaagaa--------A------AT---------T-------------------------AA-----------------AAG------------TA---ATA-TTG---TATCG--------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAA-TACATATCGTATCAAACTTTTCAAAACGtga
gi|20 : tgtcagaaatttatccaatctaatgataatttgtaaatgaaacaaaaggaaaaggtgaagctttattttcgttattattcgtttacattctattacattaaatttttctactcctcaaa-TTTCTCTGT-AACGCGA-TACGTTTCGTATCGTTTTGTTCCAAATGATACC
gi|23 : TATCATATCAAACTTTTCCAAACGATACCCaagc
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTTACTGTATCGTCTGCTCTAAGATAAACACGTGATGAACGAGTTACTGGTTTCGGTATTTTATACATGAACACCAAATGAAATACAGTAGTTATAATATTCAATTCATTTGTAAATCTTCATCA
Unaligned ( gi|18 ): TTTCTGACAAATGATTCATGCTAACAATATGATGTGCAATTGAATCATAAAGAAAAGGTAAAGCTTTATTTTTGTTATTATTTGATT
Unaligned ( gi|19 ): CCCAGCCCTTCTGAGTTCTGTTATGCTATATACATGGCATTCTTATACAAAGCCC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777 1 11 1 22222222222 111111 2222 4444444444444444444444444444444444444 111111 666666666666666 2222 444444444444444 1 11 22222 11111111 2222 33333333 111111 2222222222222222 11111 1111 3333333333 11111111 111111 1111111 1111 11 3333333333333 22222 1111 1111 2222 222222222222 1111 11111111111111 111 222222222222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 66 66 5 3333333333333333333333333333333333 5 1 8 5 5 5 44 22 2 2 1 88888888888 55 5 0 5 444444 1 1 5 1 8 5555 888 5 4444444444444444444444444444444444444 555 5 333333 33 66 5 1 555555555555555 4 4444 6 6 666 44 444444444444444 3 3 6 0 55 1 55 0 66 2 7 99999 2 4 88888888 0000 4 11111111 33 333333 66 77777 3 1 5 6666666666666666 4 0 1 00000 55 3333 4 2222222222 55 55 44444444 111111 4 3333333 4 5 7777 8 33 0000000000000 00000 99 4444 4444 6 99 1 6 0000 6 5 000000000000 2222 55 77 77 88888888888888 999 8888 4 4 0 444 4 55 000000000000000000000000 44444444444444444444444444444444444444444444444444 99999 33333333 5 3 666 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 8 4 4 4 4 4 2
lowQualScore : .. .. . .................................. . . . . . . .. .. . . . ........... .. . . . ...... . . . . . .... ... . ..................................... ... . ...... .. .. . . ............... . .... . . ... .. ............... . . . . .. . .. . .. . . ..... . . ........ .... . ........ .. ...... .. ..... . . . ................ . . . ..... .. .... . .......... .. .. ........ ...... . ....... . . .... . .. ............. ..... .. .... .... . .. . . .... . . ............ .... .. .. .. .............. ... .... . . . ... . .. ........................ .................................................. ..... ........ . . ... ......................................................................................................................................... . . . . . . . .
lowQualScore : 99 99 0 5555555555555555555555555555555555 0 1 8 4 6 9 44 22 8 4 1 55555555555 44 0 2 0 444444 0 0 0 0 8 9999 888 0 5555555555555555555555555555555555555 222 0 555555 44 99 0 1 999999999999999 4 0000 4 5 000 66 222222222222222 3 1 7 9 00 9 66 8 11 5 6 00000 6 4 66666666 4444 4 66666666 66 000000 11 00000 7 0 3 1111111111111111 4 9 8 00000 55 5555 0 3333333333 55 00 55555555 555555 0 0000000 0 7 0000 0 00 2222222222222 00000 22 2222 2222 7 22 0 7 8888 7 7 111111111111 1111 77 99 99 33333333333333 222 5555 0 0 8 000 0 55 555555555555555555555555 55555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 22222222 5 6 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 1 0 4 0 0 0 6
consensus : GGGCTGGATCA--AT--AT-ATCGAT-----T----AT--------A-TAA-----CC--GG-TATTCTT-GAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGT--GA---CTG-CGTACC-ACG--------C-AANACGT------NGAAA-GT-GT-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAAAGCCA---AGTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGC---A--A-----CAAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCG-NT---GAAATATT-TTT-AGCTATT-GACA-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTAG-CA-T-G-TTTCATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-CA---GG-AC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----G-TGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------A---------TG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
Reference ( family-3745 ) : GGGCTGGACCA--AT--AT-ATCGAT-----T----AT--------A-TA------TC--GG-TATTCTTAGAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGACGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------GCAAATAAATTGNAAATANACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTNGCTCC-T--GA---CTG-CGTAC--ACG--------CNAAAACGT------NGAAA-GT-GT-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTA-CTTT-AAAAAGCCAA--AGTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGC---A--A--T--CAAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTACACTNTT-AGAAAGATGGCG-AT---NAAATATTATTT-AGCTATT-GACG-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCNATNTGCAGGAGTAG-CA-T-G-TTTCATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-CA---AG-AC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGNCTCGCAGTGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----G-TGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------A---------TG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|1 : T--------A-TA------TC--AA-TATTATT-TAGCAATATGATAACCGATACAGCAAGCCCCGTATTG-TT-AATAT---------TTGTTATCA----A------CGGATATAA-CAGCGTAATTTC-ATGAACAAATTA------ACAAATAAATTGAAAATAT-TAAA-CAAACTATCTAAATGTGATTTGCACCGT--TA---TTG-CA-----ACT--------CAAAAATGT------TAAAA----GT-GTG-C-----GATCTTGT--GG-TCTCAGTTTCCT---ATTA-TCTT-TAAAGGCCAGGCAGAATTA-ACTTTG--TAAAACAGAG--ACCG-------------CAAGT-TCTGGTG-GTACGACTGA-TATAT--CAACACTTTTGTGATG-------------------------TT-AGAAGGATGGCG-TT---AAAATATTGCTTAAGCTAT----------------------CATG--TAGTGATCAAA-ANGA
gi|1 : TGTT-AGAAGGATGGCG-TT---AAAATATT------GCTATT-G---------------------TG--TAGTGATCAAAGACAAACACAAT------GAACAGTCA-T-GGTTTGATGTGAATAA-----A--TATT-TGAA-CA---A-------TT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCATG-AAAAAAGA----TTTC-CGCCAATGCCTCAGACTCACAGTGGGATTTTAGTACAAC-CAGA-----GTTGGCGAAAGACGCCGTNACAACAGCAACT-------A----GAGC----CTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGGT--GCCC-TTTTTT---G-TGGGGAAACTA-TA-------CA---TT---------TT--TATGATAG--AAACGAAT------A----------------TGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCCAGCTAAC-------T-AT------------GCAA---------A---------TG---------G----A---------ACAAAAAGAAAATATGAA--------GCTTTAATTTCATT-A---GT----A---A--TG--------A------AT---------TATTCTAATCCTCAAACTTTTGTATAA-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATTGTCAA-tgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaagaaaatatgaagctttaatttcattagtaatgaattattctaatcctcaaacttttgtataaatgtaattacattgtattgtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|1 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangaGAAAATA-TG-------AAGCTTT----AAT--TT--CAT--TAG--TAATGAATTATTCTAATCCTC-AAACTT--TTGTATAA----ATGTA-ATTACATT---GTATT---GTCAAN-------N-NN------------NNNN---------N---------NN---------N----N---------N----NNNN-----NNNN--------NNNNAAACTT--TT-G---T-----------------------------AT---------A-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAG-TATGCATTGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-AATGCAA-TACGTATTGT-----ACTTTTCCAAATGATACCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|10 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangatgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaaGGCCATATTGTATCCGCAACTTATA--TA----GATCGTGATTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAA--GACC-TTTTT----GGTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACA-TT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--GTG--CAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------ACAA---------ACAGAACAAATG---------G----A---------A----GAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-T--------------TGTAA------TCCTCAAACTTATGTGTAAATGTAATTAC---------------AT-TGTATCGGCAA-TAAGTACCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCGTATCGAACgagc
gi|11 : GCTGGATCA--AT--ATTATCGAT-----T----AT-------------------C--GA-TATTTTGTGAGCGATA-AATAACCGATACAA-GGCCCCCGTATCGTTTTAATATGAAAAAAAATTGTT--TA----A------CGGATGCAAACAACGAGATTTCTACGAACGAGTTA------A-AAATAAATTGAAAAT-TACGAAACGA-CTATCTAAATGTCATTTGCTCCGT--GA---CTGCCATAC--TCA--------CT----CGT------A-------------G-C-----TGTCTTGT--GGTTCTCAGTT---TCCAATTAGCTTTAAAAAAGCC----AGCATTAC--TCTGGAAAAAACA-GG--GCCGC---A---------GAGT-TCTGTTGCTTACGACTAA-TTTAT--
gi|12 : GTATTACATTT-G--TAAAACAGAG--GCCGC---A--A--------GT-TCTGGTG-GCACAACTAA-TTTAT--CAACACATTTGTGATAACGCCAT--ACAGCTAACTACACCTTTAAAAAAAATGGCA-TC---AAAATACT------GCTAT-------CGATGAATG---G--TATG--TAGTGACCAAAGATGAACGCCAATT---AAAGT---CATT-G-TTTGCTGTGAATAAAAAATA--T--T-TGA----------AC-TATT--AA--ATGAG--------GT------T-A-------CTATT-CATTTGTGAATTTTCAT--TA-AAAAAA
gi|13 : CAA----TCGTA-AT-GA--T---A-ATTT--GTTAAA-------TGAA------------ACAA---------A---------GG---------A----A---------A----AAGT-----TGAA--------GCTTTATTTTCGTT-A---TT----ATTCG--TT--------ACATTCTAT---------T-------------------------A-C--------------AGTAAATTTTTC-------------------------TACTCTCAAAAAAAGAATAT-TGTATCG------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAAATACATATCGTATCAAACTTTTTCAAAACATACCC
gi|14 : atttgataaaaacaatcaacacatgtctttttgttcagaaattatc----C-AGAAAT--TTATCCAA----TC-TA-AT-GA--T---A-ATTTG---TAAA-------TGAA------------ACAA---------A---------AG---------G----A---------A----AAGG-----TGAA--------GCTTTATTTTCGTT-A---TT----A---T--TC--------G------TT---------T-------------------------ACA--------------TTCTA------T-------------------------TAC---------------AT-Ta
gi|14 : tgt----A---A--TT--------A------A------------------------------------A-A---------------GTAA------T-------------------------------------------AT-TGTATCG------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAA-TACATATCGTATCAAACTTTTCAAAACGaaatttttctactcctcaaaaattaaaagtaatattgtatcgacgtatcgcaaatagattctctgtactgcaatacatatcgtatcaaacttttcaaaacg
gi|15 : tgtcagaaatttatccaatctaatgataatttgtaaatgaaacaaaaggaaaaggtgaagctttattttcgttattattcgtttacattctattacattaaatttttctactcctcaaaAAT-------T-AT------------GCAA---------A---------TG---------GAAAAA---------A----AAGA-----AGAAAAGATTCTGCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TTATCCTCA-A------AC---------TTATGTGTA-----------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCATCAA-TACATATTTGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATTGCAA-TACGTATTGTATCAAA
gi|16 : TGCTCTAAGATAAACACGTGATGAACGAGTTA-CT-G-G-TTTCG-GT--AT----------T--T-TATA-CA---TG-AA-CACC--AA--ATGAAATACAGTAGT------T-ATAATATTCAATT-CATTTGTAAATCTTCATCtga
gi|17 : gttactgtatcgtc-AAAAAGTTA----GTATGACATTT-G--TAGAGCTGAG--GCTAC---A--A--------GG-TATGGTG-GTACAACTAA-TTTAG--CAACACATTTGCAATGACCCCGT--Aa
gi|18 : ccgtatgg----TTCTG-AC-AAAT----G-ATTCATGCTAACAATATGAT-GT------------GCAA---------T---------TGAATCATAAAG----A---------A----AAGG-----TAAA--------GCTTTATTTTTGTT-A---TT----A---T--TT--------G------AT---------T-------------------------atgatatgtgtaaaaaagataggtat
gi|2 : tGGGCTGGATCA--AT--AT-ATCGAT-----T----ATCGATATATA-TA------TC--GG-TATTTTT-GAGCAATACAATAACCGATACAGCAAACCCCTTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----A------CGGATGTTA-C---GAGATTTC-ATGAACGAGTTACATGTAACAAATAAATTGAAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCC-----A----TG-CATACTAACT--------CGAAAATGT------TGGAA-AT-GT-GTG-C-----CGT--------------------------------TT-AAAAAGCCA----GTAATACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCGC---A--A--------GT-TCTGTTC-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACACTAGCAATGAAGCCAT--ACAGTTAACTGCACTGTT-AGAAAAATGGGGTATTTAAAAATATTATTT-AGCTATC-GACA-CGACAAATG---G--TATG--TGATGATAAAAAACGAACGCGATCTAC---AGT---CA-TGG-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TAAA-TA---AG----TATTTGAAATATGAA--------GTTACGTAT-A-------CAATT-CATTTGTAAATTTTCATTCTG-AAAAAAAA----TT-C-GGCCGATGCCTC--------------ATTTTAGTACAATGTACAAGTTGACAGGAAATAGGCCCTATTGCATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGATTATTTT-TTTTT----G-TGGGGAAAATA-TATACAATGTA---TT----AACAC-T--TGCGATAT--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTAAAA----TTGTA-AT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC-------T-ATTCAAATATTAGAACAA---------A---------TG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTTGTTCA---TCCTCAA---A--CTTGTGTGTAA------ATG--------TACA----------------------A-A--------------TGTAG------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCATATCGAACTTT
gi|20 : -TTTCTCTGT-AACGCGA-TACGTTTCGTATCGTTTTGTTCCAAATGATACC
gi|21 : TACGTGTGG--AAAAACAGGG--GCCG-------------CAAGT-TCTGTTG-GTaagc
gi|22 : AGGG--GCCGC---A--A--------GT-TTTGTTG-GTACGACTAA-CTTAT--
gi|23 : TATCATATCAAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|24 : GGGCTGGATCA--AT--AT-ATCGAT-----T----AT--------agccc
gi|3 : aGGGCTGGATCA--AT--AT-ATCGAT----------AT--------A-TA------TC--GG-TATTTTT-GAGCGATACAATAACCGATACAGCAAACCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAAGA----A------TGGACGTAA-CAACGATATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGCAAATATACGTA-CGAACTATCTAAATGTCGTTTGCTCT-T--GA---CTG-CATAC--ATG--------CCAAAATGT------TGAAA-GT-GT-GTG-C-----CGTCTCGT--GG-TCTCAGTT---TCCAATTAGCTTT-AAAAAGTCG----GTATTATGTTTTG--AATATCAGGG--ACCGC---A--A--TTGCAAGT-TCTGTTG-GTATGACTAA-TTTAT--CAACACATTAGTGATGCCACCAT--ACAG--AACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCG-GT---TAAATATCATTC-AGCTATT-GACG-CGACAAATG---G--TATG--TGATAATCAAAGAGGAACGCGATCTACAG---T---CA-T-G-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-TA---AGTGT-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTAAATTTTCATCCTG-ATAAAGAA----TT-C--GCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGAATTTTAGTACAATGTACA-----GCAGGAAATAGGCCTTATTGTATCAGCAACCTATA--TA----AAGA----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAA--GACC-TTTTT----G-TTGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTTAATATGATAG--AAATAAAT------AG----C-AAACAT--ATGTACAAACAATTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------CTAA---------A---------TG---------G----A---------A----AATA-----TCAA--------GCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------AAC---------------AA-TATATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTATGT-ATCGCAG-TACATATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCCcgata
gi|4 : GGCTGGACCA--GG--AC-ATGGAT-----TTTCAAT--------G-TAAACTGGCCAGGG-CATTCTTAGCGCGATACAATAATCGATACAATGAGCCCCCTATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATTAACAAATCTAA-CAGCAAGATTTC-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAG-TTC-TGAGA---CTG-CGTACCTACG--------C-ACTACGC------AGACA--T-GTAATGAC-----AGTTCCGT--AG-TCTTGATT-------------TTT-AAAAAGTCAA--AGTGTAACATTTTG--CAGAACAAAG--GTTTC---ATTAATT--CAAGC-TCTTGTG-ATGCAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAGCTA-----ACTTTC-AGAAAGATGGC--AT---GAAAT-T--TTT-AGATATTAGATATTGATGAATG---A--TATGTATGGTAATT-----CGAATCCTATCTGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAAGAA-----A--TG-TATGAA-CA---GA-AC-AAAT--AA--ATGAA--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGAATACTCAACCTtg
gi|5 : GGGCTGGATCA--AT--AT-ATTGATATAATT----AT--------A-TGAT----TC--GG-TATTTTT-GAGCGATACAATAACCAATACAGAAAGCCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAACGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGAAAATATACGCA-CGAAATATCTAAATGTCATTTGCTCCGT--TA---CTG-CATAC--ATGTACTAACTCGAAAACGTTGAAACTGAAA-AT-GT-GTG-CCGTCATGTCTCAT--GG-TCTCAGTT---TTTGATTAGCTTT-AAAAATCC----AGTATTACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCG-------------CAAGT-TTTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CGACAAATTAGCGATGACACCATGAACAGCTAACTGCACCGGT-AGAAAGATGGCG-TT---TAAATATTATTT-AGCTATA-GACG-CGACAAATT---GTATATG--TGATGATCAAAGATGAACACGATATACA-----AT-CA-TGG-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TTAAGTATTTGA-AC-TATT--AA--
gi|6 : GGGCTGGACCA--GG--AC-ATGGAT-----TTCAAAT--------G-TAAACTGGCCAGGG-CATTCTTAGCGCGATACAATAATCGATACAATGAGCCCC-TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATAA-CAAATCTAA-CAGCAAGATT-C-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAG-TTC-TGAGA---CTG-CGTACCTACG--------C-ACTACGCA-----AGACA-GT-AT-G-A-C-----AGTTCCGTAGGG-TCTTGG------------A-TTTT-AAAAAGTCAA--AGTGTAAC-TTTTG--CAGAACAAAGTTTCATT---A--AT-T--CAAGC-TC--TTGTATGCAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAAC-T--AAAGCTA-----ACTTTC-AGAAA-ATGGC--AT---GAAAT----TTT-AGATATTAGATA-TGATGAATGTATG--TGTA--TGGTAATT-----CGAATCCTATATGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAA-GA-----A--T--GATGAA-CA---GA-ACAAATA--AA--ATG-A--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGAA
gi|7 : GGGCTGGACCAGGATGGAT-TTCAATG----T----AA--------ACTG------CC--GGGCATTCTTAGCGCGAACCAATAATCGATACAATGAGCC---TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATATATTA------CAAATCTAA-CAGC--AATTTC-ATGAACAAGTTA------GC-AATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCT-AATATCATTAG--TC-T--GAGATCTG-CGTACT-ACG--------C--ATACGC------AGACATGTAAT-AGA-C-----AGTTCCGT--AG-TCTTGA-----T---ATT--------AAAAGTCAA--AGTG-TACATTTTG--C-AGACAAAG--GTTTCATTA--A--TC-CAAGTCTTTG-TG-G--CAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAG-TA-----ACTTTC-AGAAAGATGGC--AT---GAAAT-T--TTT-AGATATTAGATA-TGATGAATG---A--TGTA--TGGTAAT------CGAATCCTATCTGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAAGAA-----AAGT--A-TGAA-CA---GA-AC-AAAT---A--ATGAA--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGATATCTCAACCTA-A
gi|8 : ta-----A--T--T-TGAA-C----------TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAAAAAATT-C-CGCTGATGCCTCAG-----------GATTTGAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCTGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GTCCATTTTT----G-TGGGGAAAATA-TA-------TT---TT----AACACTT--TATGATAG--AAAGAAAT------AA----T-AAACATACATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------TCAAATAAAACAGA---------TG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTGGTT-A---TT----G---A--TT--------A------ATAAATTATTCT-------------------------A-ATCCTCAAACCTATGTGTAAATGTAAT-------------------------TAC---------------GT-TGTATCATCAA-TACGTATCAGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACATATCATATCGAACTTTTCCAAACGATACCCca
gi|9 : taagtA--ATGAA--------GT------TTA-------CAATTTCATTTGTAAATTTTCATCCTGAAAAAAAAA----TT-CGCGCCGATGCCTCTACTTCGCAGTGAGATTTTA-TACAATGTACA-----ACAGGAGATA-GCCCTATTGTATCAGCAACTTATAATTATACGGAGC----TTGTCTAAAAACCAGAACAAGTGGAT--GACG-TTTTTTGTGG-TGGGGAAAATATTA-------TA---TTTAACAACACTT--GTGGATAGAAAAATAAAT------AA----CAAAACAT--ATGTACAA----TTGTATTT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------TCAA---------A---------TG---------A----ACAAATGGACG----AAGA-----TGAA--------GATTAAATTTTCTA-ATCCTC----A---ACCTT--------AT-----GTG--------T-------------------------A-A--------------TGTAG------T-------------------------TAC---------------ATATGTATCG-CAATTACATATCGGATGATCGTTTTCTCTGTCATCGCAA-TACGTATCGTATC-AACTTTagcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCCAGCCCTTCTGAGTTCTGTTATGCTATATACATGGCATTCTTATACAAAGCCC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888 1 11 1 22222222222 111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333 44444444444 11 222222 111111111 222 22222222 111111 2222222222222222 11111 1111 3333333333 11111111 111111 1111111 1111 11 3333333333333 22222 1111 1111 2222 222222222222 1111 11111111111111 111 333333333333333333333333 111111111 22222222222222222222222222222 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 5 1 222222222222222222222222222222222 5 1 5 5 5 5 5 44 22 2 2 1 88888888888 1 5 1 5 444444 1 0 5 0 0 0 5 5 444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 1111111 2 6 6 666 44 22222222222 3 6 7 3 55 1 55 0 66 2 7 777777 4 555555555 111 0 88888888 33 333333 66 8888 0 3 2 5 6666666666666666 4 0 1 00000 55 3333 4 1111111111 55 55 44444444 111111 4 3333333 4 5 7777 8 33 1111111111111 00000 99 4444 4444 6 99 1 6 7777 5 000000000000 2222 55 77 77 88888888888888 77777 8888 4 4 0 444 4 55 555555555555555555555555 444444444 33333333333333333333333333333 99999 33333333 5 3 666 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 8 4 4 4 4 4 2
lowQualScore : . . ................................. . . . . . . . .. .. . . . ........... . . . . ...... . . . . . . . . ...... ................................................................................ . ....... . . . ... .. ........... . . . . .. . .. . .. . . ...... . ......... ... . ........ .. ...... .. .... . . . . ................ . . . ..... .. .... . .......... .. .. ........ ...... . ....... . . .... . .. ............. ..... .. .... .... . .. . . .... . ............ .... .. .. .. .............. ..... .... . . . ... . .. ........................ ......... ............................. ..... ........ . . ... ......................................................................................................................................... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 4 555555555555555555555555555555555 0 1 0 0 4 6 9 44 22 8 4 1 55555555555 4 0 4 0 444444 0 8 0 8 2 8 0 0 444444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 6666666 4 4 5 000 66 33333333333 3 7 3 6 00 9 66 8 11 5 6 555555 4 999999999 333 9 44444444 66 000000 11 8888 9 7 9 7 1111111111111111 4 9 8 00000 55 5555 0 1111111111 55 00 55555555 555555 0 0000000 0 7 0000 0 00 8888888888888 00000 22 2222 2222 7 22 0 7 5555 7 111111111111 1111 77 99 99 33333333333333 88888 5555 0 0 8 000 0 55 111111111111111111111111 555555555 66666666666666666666666666666 11111 22222222 5 6 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 1 0 4 0 0 0 6
consensus : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT-----T----AT------GTA-AACTG-C-C--GG-TATTCT-TAGAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTG-C------GTAC-C-A---CGC-AANACGT------NGAAA-GTG-T-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAAAGCC-A---A-GTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGCA---A---CAAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTT-AT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGNT-----GAAATATT--TTTAGCTATT-GACA-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTAG-CA-T-G-TTTCATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-CA---GG-AC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
Reference ( family-3745 ) : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT-----T----AT------ATA-A-----C-C--GG-TATTCT-T-GAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTG-C------GTAC-C-A---CGC-AANACGT------NGAAA-GTG-T-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAAAGCC-A---A-GTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGCA---A---CAAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTT-AT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGNT-----GAAATATT--TTTAGCTATT-GACA-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTAG-CA-T-G-TTTCATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-CA---GG-AC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|1 : -----T----AT------AT----------C--AA-TATTAT-T-TAGCAATATGATAACCGATACAGCAAGCCCCGTATTG-TT-AATAT---------TTGTTATCA----A------CGGATATAA-CAGCGTAATTTC-ATGAACAAATTA------ACAAATAAATTGAAAATAT-TAAA-CAAACTATCTAAATGTGATTTGCACCGTTA-TTG-C------A-ACTC-A-------AAAATGT------TAAAA---G-T-GTG-C-----GATCTTGT--GG-TCTCAGTTTCCT---ATTATCTTT--AAAGGCC-AGGCA-GAATTA-ACTTTG--TAAAACAGAG--ACCG---------CAAGT-TCTGGTG-GTACGACTGA-TAT-AT--CAACACTTTTGTGAT-------------------------GTT-AGAAGGATGGCGTT-----AAAATATTGCTTAAGCTAT----------------------CATG--TAGTGATCAAA-ANGA
gi|1 : GTT-AGAAGGATGGCGTT-----AAAATATT------GCTATT-G---------------------TG--TAGTGATCAAAGACAAACACAAT------GAACAGTCA-T-GGTTTGATGTGAATAA-----A--TATT-TGAA-CA----------ATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCATG-AAAAAAGA----TTTC-CGCCAATGCCTCAGACTCACAGTGGGATTTTAGTACAAC-CAGA-----GTTGGCGAAAGACGCCGTNACAACAGCAACT-------A----GAGC----CTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGGT--GCCC-TTTTTT---GTGGGGAAACTA-TA-------CA---TT---------TT--TATGATAG--AAACGAAT------A----------------TGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCCAGCTAAC-------T-AT------------GCAA---------ATG---------G----A---------ACAAAAAGAAAATATGAA--------GCTTTAATTTCATT-A---GT----A---A--TG--------A------AT---------TATTCTAATCCTCAAACTTTTGTATAA-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATTGTCAA-tgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaagaaaatatgaagctttaatttcattagtaatgaattattctaatcctcaaacttttgtataaatgtaattacattgtattgtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|1 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangatGAAAATA-TG-------AAGCTTT----AAT--TT--CAT--TAG--TAATGAATTATTCTAATCCTC-AAACTT--TTGTATAA----ATGTA-ATTACATT---GTATT---GTCAAN-------N-NN------------NNNN---------NNN---------N----N---------N----NNNN-----NNNN--------NNNNAAACTT--TT-G---T-----------------------------AT---------A-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAG-TATGCATTGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-AATGCAA-TACGTATTGT-----ACTTTTCCAAATGATACCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|10 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangatgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaaGGCCATATTGTATCCGCAACTTATA--TA----GATCGTGATTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAA--GACC-TTTTTG---GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACA-TT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAAC----ATGTGCAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-ATACAAACAGA---ACAA---------ATG---------G----A---------A----GAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-T--------------TGTAA------TCCTCAAACTTATGTGTAAATGTAATTAC---------------AT-TGTATCGGCAA-TAAGTACCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCGTATCGAACgagc
gi|11 : GCTGGATCAATATTATCGAT-----T----AT------------------C--GA-TATTTTGT-GAGCGATA-AATAACCGATACAA-GGCCCCCGTATCGTTTTAATATGAAAAAAAATTGTT--TA----A------CGGATGCAAACAACGAGATTTCTACGAACGAGTTA------A-AAATAAATTGAAAAT-TACGAAACGA-CTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTGCC------ATACTC-A---CT------CGT------A-------------G-C-----TGTCTTGT--GGTTCTCAGTT---TCCAATTAGCTTTAAAAAAGCC-----A-GCATTAC--TCTGGAAAAAACA-GG--GCCGCA--------GAGT-TCTGTTGCTTACGACTAA-TTT-AT--
gi|12 : -GTATTACATTT-G--TAAAACAGAG--GCCGCA---A------GT-TCTGGTG-GCACAACTAA-TTT-AT--CAACACATTTGTGATAACGCCAT--ACAGCTAACTACACCTTTAAAAAAAATGGCATC-----AAAATACT------GCTAT-------CGATGAATG---G--TATG--TAGTGACCAAAGATGAACGCCAATT---AAAGT---CATT-G-TTTGCTGTGAATAAAAAATA--T--T-TGA----------AC-TATT--AA--ATGAG--------GT------T-A-------CTATT-CATTTGTGAATTTTCAT--TA-AAAAAA
gi|13 : CAA----TCGTA-AT-GA--T---A-ATTT--GTTAAA-------TGAA------------ACAA---------AGG---------A----A---------A----AAGT-----TGAA--------GCTTTATTTTCGTT-A---TT----ATTCG--TT--------ACATTCTAT---------T-------------------------A-C--------------AGTAAATTTTTC-------------------------TACTCTCAAAAAAAGAATAT-TGTATCG------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAAATACATATCGTATCAAACTTTTTCAAAACATACCC
gi|14 : atttgataaaaacaatcaacacatgtctttttgttcagaaattatc----C-AGAAAT--TTATCCAA----TC-TA-AT-GA--T---A-ATTTG---TAAA-------TGAA------------ACAA---------AAG---------G----A---------A----AAGG-----TGAA--------GCTTTATTTTCGTT-A---TT----A---T--TC--------G------TT---------T-------------------------ACA--------------TTCTA------T-------------------------TAC---------------AT-Ta
gi|14 : tgt----A---A--TT--------A------A------------------------------------A-A---------------GTAA------T-------------------------------------------AT-TGTATCG------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAA-TACATATCGTATCAAACTTTTCAAAACGaaatttttctactcctcaaaaattaaaagtaatattgtatcgacgtatcgcaaatagattctctgtactgcaatacatatcgtatcaaacttttcaaaacg
gi|15 : tgtcagaaatttatccaatctaatgataatttgtaaatgaaacaaaaggaaaaggtgaagctttattttcgttattattcgtttacattctattacattaaatttttctactcctcaaaAAT-------T-AT------------GCAA---------ATG---------GAAAAA---------A----AAGA-----AGAAAAGATTCTGCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TTATCCTCA-A------AC---------TTATGTGTA-----------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCATCAA-TACATATTTGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATTGCAA-TACGTATTGTATCAAA
gi|16 : TGCTCTAAGATAAACACGTGATGAACGAGTTA-CT-G-G-TTTCG-GT--AT----------T--T-TATA-CA---TG-AA-CACC--AA--ATGAAATACAGTAGT------T-ATAATATTCAATT-CATTTGTAAATCTTCATCtga
gi|17 : gttactgtatcgtc-AAAAAGTT-A-----GTATGACATTT-G--TAGAGCTGAG--GCT------A---CAAGG-TATGGTG-GTACAACTAA-TTT-AG--CAACACATTTGCAATGACCCCGT--Aa
gi|18 : ccgtatgg----TTCTG-AC-AAAT----G-ATTCATGCTAACAATATGAT-GT------------GCAA---------TTGAATCATAAAG----A---------A----AAGG-----TAAA--------GCTTTATTTTTGTT-A---TT----A---T--TT--------G------AT---------T-------------------------atgatatgtgtaaaaaagataggtat
gi|2 : tGGGCTGGATCAATAT-ATCGAT-----T----ATCGATATATATA-----T-C--GG-TATTTT-T-GAGCAATACAATAACCGATACAGCAAACCCCTTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----A------CGGATGTTA-C---GAGATTTC-ATGAACGAGTTACATGTAACAAATAAATTGAAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCATG------C------ATAC-T-AACTCG--AAAATGT------TGGAA-ATG-T-GTG-C-----CGT--------------------------------TT-AAAAAGCC-A-----GTAATACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCGCA---A------GT-TCTGTTC-GTACGACTAA-TTT-AT--CAACACACTAGCAATGAAGCCAT--ACAGTTAACTGCACTGTT-AGAAAAATGG-GGTATTTAAAAATATTA-TTTAGCTATC-GACA-CGACAAATG---G--TATG--TGATGATAAAAAACGAACGCGATCTAC---AGT---CA-TGG-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TAAA-TA---AG----TATTTGAAATATGAA--------GTTACGTAT-A-------CAATT-CATTTGTAAATTTTCATTCTG-AAAAAAAA----TT-C-GGCCGATGCCTC--------------ATTTTAGTACAATGTACAAGTTGACAGGAAATAGGCCCTATTGCATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGATTATTTT-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TATACAATGTA---TT----AACAC-T--TGCGATAT--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTAAAA----TTGTA-AT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC-------T-ATTCAAATATTAGAACAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTTGTTCA---TCCTCAA---A--CTTGTGTGTAA------ATG--------TACA----------------------A-A--------------TGTAG------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCATATCGAACTTT
gi|20 : -TTTCTCTGT-AACGCGA-TACGTTTCGTATCGTTTTGTTCCAAATGATACC
gi|21 : TACGTGTGG--AAAAACAGGG--GCCG---------CAAGT-TCTGTTG-GTaagc
gi|22 : AGGG--GCCGCA---A------GT-TTTGTTG-GTACGACTAA-CTT-AT--
gi|23 : TATCATATCAAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|24 : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT-----T----AT------agccc
gi|3 : aGGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----------AT------ATA-------T-C--GG-TATTTT-T-GAGCGATACAATAACCGATACAGCAAACCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAAGA----A------TGGACGTAA-CAACGATATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGCAAATATACGTA-CGAACTATCTAAATGTCGTTTGCTCT-TGA-CTG-C------ATAC---A---TGCCAAAATGT------TGAAA-GTG-T-GTG-C-----CGTCTCGT--GG-TCTCAGTT---TCCAATTAGCTTT-AAAAAGTC-G-----GTATTATGTTTTG--AATATCAGGG--ACCGCA---ATTGCAAGT-TCTGTTG-GTATGACTAA-TTT-AT--CAACACATTAGTGATGCCACCAT--ACAG--AACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGGT-----TAAATATCA-TTCAGCTATT-GACG-CGACAAATG---G--TATG--TGATAATCAAAGAGGAACGCGATCTACAG---T---CA-T-G-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-TA---AGTGT-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTAAATTTTCATCCTG-ATAAAGAA----TT-C--GCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGAATTTTAGTACAATGTACA-----GCAGGAAATAGGCCTTATTGTATCAGCAACCTATA--TA----AAGA----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAA--GACC-TTTTT----GTTGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTTAATATGATAG--AAATAAAT------AG----C-AAACAT--ATGTACAAACAATTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------CTAA---------ATG---------G----A---------A----AATA-----TCAA--------GCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------AAC---------------AA-TATATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTATGT-ATCGCAG-TACATATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCCcgata
gi|4 : GGCTGGACCAGGAC-ATGGAT-----TTTCAAT------GTA-AACTGGC-CAGGG-CATTCT-TAGCGCGATACAATAATCGATACAATGAGCCCCCTATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATTAACAAATCTAA-CAGCAAGATTTC-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAGTTCTGAGA-CTG-C------GTAC-CTA---CGC-ACTACGC------AGACA--TG-TAATGAC-----AGTTCCGT--AG-TCTTGATT-------------TTT-AAAAAGTCAA---A-GTGTAACATTTTG--CAGAACAAAG--GTTTCATT-AATTCAAGC-TCTTGTG-ATGCAAGTGATTTT-ATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAGCTAACT-----TTC-AGAAAGATGGC-AT-----GAA--ATT--TTTAGATATTAGATATTGATGAATG---A--TATGTATGGTAATT-----CGAATCCTATCTGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAAGAA-----A--TG-TATGAA-CA---GA-AC-AAAT--AA--ATGAA--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGAATACTCAACCTtg
gi|5 : GGGCTGGATCAATAT-ATTGATATAATT----AT------ATG-A-----TTC--GG-TATTTT-T-GAGCGATACAATAACCAATACAGAAAGCCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAACGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGAAAATATACGCA-CGAAATATCTAAATGTCATTTGCTCCGTTA-CTG-CATACATGTAC-T-AACTCG--AAAACGTTGAAACTGAAA-ATG-T-GTG-CCGTCATGTCTCAT--GG-TCTCAGTT---TTTGATTAGCTTT-AAAAATCC-----A-GTATTACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCG---------CAAGT-TTTGTTG-GTACGACTAA-TTT-AT--CGACAAATTAGCGATGACACCATGAACAGCTAACTGCACCGGT-AGAAAGATGGCGTT-----TAAATATTA-TTTAGCTATA-GACG-CGACAAATT---GTATATG--TGATGATCAAAGATGAACACGATATACA-----AT-CA-TGG-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TTAAGTATTTGA-AC-TATT--AA--
gi|6 : GGGCTGGACCAGGAC-ATGGAT-----TTCAAAT------GTA-AACTGGC-CAGGG-CATTCT-TAGCGCGATACAATAATCGATACAATGAGCCCC-TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATAA-CAAATCTAA-CAGCAAGATT-C-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAGTTCTGAGA-CTG-C------GTAC-CTA---CGC-ACTACGCA-----AGACA-GTA-T-G-A-C-----AGTTCCGTAGGG-TCTTGG---------AT----TTT-AAAAAGTCAA---A-GTGTAAC-TTTTG--CAGAACAAAGTTTCATTA---ATT-CAAGC-TC--TTGTATGCAAGTGATTTT-ATAGTAACACATTTGCTATGACAAC-T--AAAGCTAACT-----TTC-AGAAA-ATGGC-AT-----GAAA---T--TTTAGATATTAGATA-TGATGAATGTATG--TGTA--TGGTAATT-----CGAATCCTATATGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAA-GA-----A--T--GATGAA-CA---GA-ACAAATA--AA--ATG-A--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGAA
gi|7 : GGGCTGGACCAGGAT-G--GAT-----TTCA-AT------GTA-AACTG-C-C--GGGCATTCT-TAGCGCGAACCAATAATCGATACAATGAGCC---TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATATATTA------CAAATCTAA-CAGCAA--TTTC-ATGAACAAGTTA------GCAA-TAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAA-TATCATTAG-TCTGAGATCTG-C------GTAC-T-A---CGC-A-TACGC------AGACATGTAAT-AGA-C-----AGTTCCGT--AG-TCTTGAT--------ATTA--------AAAGTC-A---AAGTGT-ACATTTTG--CAGA-CAAAG--GTTTCATTAATC-CAAGTCTTTGT-G-GCAAG--TGA-TTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAG-TAACTT-----TC-AGAAAGATGGC-AT-----GAAAT--T--TTTAGATATTAGATA-TGATGAATG---A--TGTA--TGGTAATC------GAATCCTATCTGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAAGAA-----AAGT--A-TGAA-CA---GA-AC-AAAT---A--ATGAA--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGATATCTCAACCTA-A
gi|8 : ta-----A--T--T-TGAA-C----------TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAAAAAATT-C-CGCTGATGCCTCAG-----------GATTTGAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCTGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GTCCATTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TT---TT----AACACTT--TATGATAG--AAAGAAAT------AA----T-AAACATACATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------TCAAATAAAACAGATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTGGTT-A---TT----G---A--TT--------A------ATAAATTATTCT-------------------------A-ATCCTCAAACCTATGTGTAAATGTAAT-------------------------TAC---------------GT-TGTATCATCAA-TACGTATCAGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACATATCATATCGAACTTTTCCAAACGATACCCca
gi|9 : taagtA--ATGAA--------GT------TTA-------CAATTTCATTTGTAAATTTTCATCCTGAAAAAAAAA----TT-CGCGCCGATGCCTCTACTTCGCAGTGAGATTTTA-TACAATGTACA-----ACAGGAGATA-GCCCTATTGTATCAGCAACTTATAATTATACGGAGC----TTGTCTAAAAACCAGAACAAGTGGAT--GACG-TTTTTTGTGGTGGGGAAAATATTA-------TA---TTTAACAACACTT--GTGGATAGAAAAATAAAT------AA----CAAAACAT--ATGTACAA----TTGTATTT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------TCAA---------ATG---------A----ACAAATGGACG----AAGA-----TGAA--------GATTAAATTTTCTA-ATCCTC----A---ACCTT--------AT-----GTG--------T-------------------------A-A--------------TGTAG------T-------------------------TAC---------------ATATGTATCG-CAATTACATATCGGATGATCGTTTTCTCTGTCATCGCAA-TACGTATCGTATC-AACTTTagcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCCAGCCCTTCTGAGTTCTGTTATGCTATATACATGGCATTCTTATACAAAGCCC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666666666666666 1 11 1 22222222222 111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333 4444444444 1 11 222222 111111111 222 22222222 111111 2222222222222222 11111 1111 3333333333 11111111 111111 1111111 1111 11 3333333333333 22222 1111 1111 2222 222222222222 1111 11111111111111 111 222222222222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 5 1 4444444444444444444444444444 5 5 5 5 5 44 22 2 2 1 88888888888 1 5 0 5 444444 1 0 5 0 0 0 5 5 444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 222222 6 6 666 44 2222222222 3 3 6 0 55 1 55 0 66 2 7 777777 4 555555555 33 111 0 88888888 33 333333 66 77777 3 2 5 6666666666666666 4 0 1 00000 55 3333 4 1111111111 55 55 44444444 111111 4 3333333 4 5 7777 8 33 1111111111111 00000 99 4444 4444 6 99 1 6 0000 6 5 000000000000 2222 55 77 77 88888888888888 999 8888 4 4 0 444 4 55 000000000000000000000000 44444444444444444444444444444444444444444444444444 99999 33333333 5 3 666 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 8 4 4 4 4 4 2
lowQualScore : . . ............................ . . . . . .. .. . . . ........... . . . . ...... . . . . . . . . ...... ................................................................................ . ...... . . ... .. .......... . . . . .. . .. . .. . . ...... . ......... .. ... . ........ .. ...... .. ..... . . . ................ . . . ..... .. .... . .......... .. .. ........ ...... . ....... . . .... . .. ............. ..... .. .... .... . .. . . .... . . ............ .... .. .. .. .............. ... .... . . . ... . .. ........................ .................................................. ..... ........ . . ... ......................................................................................................................................... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 4 2222222222222222222222222222 7 7 4 6 9 44 22 8 4 1 55555555555 4 0 2 0 444444 0 8 0 8 2 8 0 0 444444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 000000 4 5 000 66 3333333333 3 1 7 9 00 9 66 8 11 5 6 555555 4 999999999 77 333 9 44444444 66 000000 11 00000 7 9 7 1111111111111111 4 9 8 00000 55 5555 0 1111111111 55 00 55555555 555555 0 0000000 0 7 0000 0 00 8888888888888 00000 22 2222 2222 7 22 0 7 8888 7 7 111111111111 1111 77 99 99 33333333333333 222 5555 0 0 8 000 0 55 555555555555555555555555 55555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 22222222 5 6 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 1 0 4 0 0 0 6
consensus : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT-----TT---AT--GTAAAC-TG-CC--GG-CATTCTTAGAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTG-C------GTAC-C-A---CGC-AANACGT------NGAAA-GT-GT-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAAAGCC-A---AGTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGCA--A---CAAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGNT-----GAAATATT--TTTAGCTATT-GACA-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTAG-CA-T-G-TTTCATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-CA---GG-AC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----G-TGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------A---------TG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
Reference ( family-3745 ) : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT-----T----AT--GTAAAC-TG-CC--GG-TATTCTTAGAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTG-C------GTAC-C-A---CGC-AANACGT------NGAAA-GT-GT-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAAAGCC-A---AGTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGCA--A---CAAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGNT-----GAAATATT--TTTAGCTATT-GACA-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTAG-CA-T-G-TTTCATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-CA---GG-AC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----G-TGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------A---------TG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|1 : AGCAATATGATAACCGATACAGCAAGCCCCGTATTG-TT-AATAT---------TTGTTATCA----A------CGGATATAA-CAGCGTAATTTC-ATGAACAAATTA------ACAAATAAATTGAAAATAT-TAAA-CAAACTATCTAAATGTGATTTGCACCGTTA-TTG-C------A-ACTC-A-------AAAATGT------TAAAA----GT-GTG-C-----GATCTTGT--GG-TCTCAGTTTCCT---ATTATCTTT--AAAGGCC-AGGCAGAATTA-ACTTTG--TAAAACAGAG--ACCG--------CAAGT-TCTGGTG-GTACGACTGA-TATAT--CAACACTTTTGTGAT-------------------------GTT-AGAAGGATGGCGTT-----AAAATATTGCTTAAGCTAT----------------------CATG--TAGTGATCAAA-ANGA
gi|1 : tatatcaatattatttGTT-AGAAGGATGGCGTT-----AAAATATT------GCTATT-G---------------------TG--TAGTGATCAAAGACAAACACAAT------GAACAGTCA-T-GGTTTGATGTGAATAA-----A--TATT-TGAA-CA----------ATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCATG-AAAAAAGA----TTTC-CGCCAATGCCTCAGACTCACAGTGGGATTTTAGTACAAC-CAGA-----GTTGGCGAAAGACGCCGTNACAACAGCAACT-------A----GAGC----CTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGGT--GCCC-TTTTTT---G-TGGGGAAACTA-TA-------CA---TT---------TT--TATGATAG--AAACGAAT------A----------------TGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCCAGCTAAC-------T-AT------------GCAA---------A---------TG---------G----A---------ACAAAAAGAAAATATGAA--------GCTTTAATTTCATT-A---GT----A---A--TG--------A------AT---------TATTCTAATCCTCAAACTTTTGTATAA-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATTGTCAA-tgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaagaaaatatgaagctttaatttcattagtaatgaattattctaatcctcaaacttttgtataaatgtaattacattgtattgtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|1 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangatGAAAATA-TG-------AAGCTTT----AAT--TT--CAT--TAG--TAATGAATTATTCTAATCCTC-AAACTT--TTGTATAA----ATGTA-ATTACATT---GTATT---GTCAAN-------N-NN------------NNNN---------N---------NN---------N----N---------N----NNNN-----NNNN--------NNNNAAACTT--TT-G---T-----------------------------AT---------A-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAG-TATGCATTGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-AATGCAA-TACGTATTGT-----ACTTTTCCAAATGATACCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|10 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangatgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaaGGCCATATTGTATCCGCAACTTATA--TA----GATCGTGATTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAA--GACC-TTTTT----GGTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACA-TT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--GTG--CAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------ACAA---------ACAGAACAAATG---------G----A---------A----GAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-T--------------TGTAA------TCCTCAAACTTATGTGTAAATGTAATTAC---------------AT-TGTATCGGCAA-TAAGTACCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCGTATCGAACgagc
gi|11 : GCTGGATCAATATTATCGAT-----T----AT-------------C--GA-TATTTTGTGAGCGATA-AATAACCGATACAA-GGCCCCCGTATCGTTTTAATATGAAAAAAAATTGTT--TA----A------CGGATGCAAACAACGAGATTTCTACGAACGAGTTA------A-AAATAAATTGAAAAT-TACGAAACGA-CTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTGCC------ATACTC-A---CT------CGT------A-------------G-C-----TGTCTTGT--GGTTCTCAGTT---TCCAATTAGCTTTAAAAAAGCC-----AGCATTAC--TCTGGAAAAAACA-GG--GCCGCA-------GAGT-TCTGTTGCTTACGACTAA-TTTAT--
gi|12 : GTATTACATTT-G--TAAAACAGAG--GCCGCA--A------GT-TCTGGTG-GCACAACTAA-TTTAT--CAACACATTTGTGATAACGCCAT--ACAGCTAACTACACCTTTAAAAAAAATGGCATC-----AAAATACT------GCTAT-------CGATGAATG---G--TATG--TAGTGACCAAAGATGAACGCCAATT---AAAGT---CATT-G-TTTGCTGTGAATAAAAAATA--T--T-TGA----------AC-TATT--AA--ATGAG--------GT------T-A-------CTATT-CATTTGTGAATTTTCAT--TA-AAAAAA
gi|13 : CAA----TCGTA-AT-GA--T---A-ATTT--GTTAAA-------TGAA------------ACAA---------A---------GG---------A----A---------A----AAGT-----TGAA--------GCTTTATTTTCGTT-A---TT----ATTCG--TT--------ACATTCTAT---------T-------------------------A-C--------------AGTAAATTTTTC-------------------------TACTCTCAAAAAAAGAATAT-TGTATCG------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAAATACATATCGTATCAAACTTTTTCAAAACATACCC
gi|14 : atttgataaaaacaatcaacacatgtctttttgttcagaaattatc----C-AGAAAT--TTATCCAA----TC-TA-AT-GA--T---A-ATTTG---TAAA-------TGAA------------ACAA---------A---------AG---------G----A---------A----AAGG-----TGAA--------GCTTTATTTTCGTT-A---TT----A---T--TC--------G------TT---------T-------------------------ACA--------------TTCTA------T-------------------------TAC---------------AT-Ta
gi|14 : tgt----A---A--TT--------A------A------------------------------------A-A---------------GTAA------T-------------------------------------------AT-TGTATCG------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAA-TACATATCGTATCAAACTTTTCAAAACGaaatttttctactcctcaaaaattaaaagtaatattgtatcgacgtatcgcaaatagattctctgtactgcaatacatatcgtatcaaacttttcaaaacg
gi|15 : tgtcagaaatttatccaatctaatgataatttgtaaatgaaacaaaaggaaaaggtgaagctttattttcgttattattcgtttacattctattacattaaatttttctactcctcaaaAAT-------T-AT------------GCAA---------A---------TG---------GAAAAA---------A----AAGA-----AGAAAAGATTCTGCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TTATCCTCA-A------AC---------TTATGTGTA-----------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCATCAA-TACATATTTGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATTGCAA-TACGTATTGTATCAAA
gi|16 : TGCTCTAAGATAAACACGTGATGAACGAGTTA-CT-G-G-TTTCG-GT--AT----------T--T-TATA-CA---TG-AA-CACC--AA--ATGAAATACAGTAGT------T-ATAATATTCAATT-CATTTGTAAATCTTCATCtga
gi|17 : gttactgtatcgtc-AAAAAGTT-A----GTATGACATTT-G--TAGAGCTGAG--GCT-----A---CAAGG-TATGGTG-GTACAACTAA-TTTAG--CAACACATTTGCAATGACCCCGT--Aa
gi|18 : ccgtatgg----TTCTG-AC-AAAT----G-ATTCATGCTAACAATATGAT-GT------------GCAA---------T---------TGAATCATAAAG----A---------A----AAGG-----TAAA--------GCTTTATTTTTGTT-A---TT----A---T--TT--------G------AT---------T-------------------------atgatatgtgtaaaaaagataggtat
gi|2 : tGGGCTGGATCAATAT-ATCGAT-----T----ATCGATATATATA-TC--GG-TATTTTT-GAGCAATACAATAACCGATACAGCAAACCCCTTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----A------CGGATGTTA-C---GAGATTTC-ATGAACGAGTTACATGTAACAAATAAATTGAAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCATG------C------ATAC-T-AACTCG--AAAATGT------TGGAA-AT-GT-GTG-C-----CGT--------------------------------TT-AAAAAGCC-A----GTAATACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCGCA--A------GT-TCTGTTC-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACACTAGCAATGAAGCCAT--ACAGTTAACTGCACTGTT-AGAAAAATGG-GGTATTTAAAAATATTA-TTTAGCTATC-GACA-CGACAAATG---G--TATG--TGATGATAAAAAACGAACGCGATCTAC---AGT---CA-TGG-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TAAA-TA---AG----TATTTGAAATATGAA--------GTTACGTAT-A-------CAATT-CATTTGTAAATTTTCATTCTG-AAAAAAAA----TT-C-GGCCGATGCCTC--------------ATTTTAGTACAATGTACAAGTTGACAGGAAATAGGCCCTATTGCATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGATTATTTT-TTTTT----G-TGGGGAAAATA-TATACAATGTA---TT----AACAC-T--TGCGATAT--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTAAAA----TTGTA-AT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC-------T-ATTCAAATATTAGAACAA---------A---------TG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTTGTTCA---TCCTCAA---A--CTTGTGTGTAA------ATG--------TACA----------------------A-A--------------TGTAG------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCATATCGAACTTT
gi|20 : -TTTCTCTGT-AACGCGA-TACGTTTCGTATCGTTTTGTTCCAAATGATACC
gi|21 : TACGTGTGG--AAAAACAGGG--GCCG--------CAAGT-TCTGTTG-GTaagc
gi|22 : AGGG--GCCGCA--A------GT-TTTGTTG-GTACGACTAA-CTTAT--
gi|23 : TATCATATCAAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|24 : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT-----T----AT--agccc
gi|3 : aGGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----------AT--ATA-------TC--GG-TATTTTT-GAGCGATACAATAACCGATACAGCAAACCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAAGA----A------TGGACGTAA-CAACGATATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGCAAATATACGTA-CGAACTATCTAAATGTCGTTTGCTCT-TGA-CTG-C------ATAC---A---TGCCAAAATGT------TGAAA-GT-GT-GTG-C-----CGTCTCGT--GG-TCTCAGTT---TCCAATTAGCTTT-AAAAAGTC-G----GTATTATGTTTTG--AATATCAGGG--ACCGCA--ATTGCAAGT-TCTGTTG-GTATGACTAA-TTTAT--CAACACATTAGTGATGCCACCAT--ACAG--AACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGGT-----TAAATATCA-TTCAGCTATT-GACG-CGACAAATG---G--TATG--TGATAATCAAAGAGGAACGCGATCTACAG---T---CA-T-G-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-TA---AGTGT-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTAAATTTTCATCCTG-ATAAAGAA----TT-C--GCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGAATTTTAGTACAATGTACA-----GCAGGAAATAGGCCTTATTGTATCAGCAACCTATA--TA----AAGA----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAA--GACC-TTTTT----G-TTGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTTAATATGATAG--AAATAAAT------AG----C-AAACAT--ATGTACAAACAATTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------CTAA---------A---------TG---------G----A---------A----AATA-----TCAA--------GCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------AAC---------------AA-TATATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTATGT-ATCGCAG-TACATATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCCcgata
gi|4 : GGCTGGACCAGGAC-ATGGAT-----TTTCAAT--GTAAAC-TGGCCAGGG-CATTCTTAGCGCGATACAATAATCGATACAATGAGCCCCCTATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATTAACAAATCTAA-CAGCAAGATTTC-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAGTTCTGAGA-CTG-C------GTAC-CTA---CGC-ACTACGC------AGACA--T-GTAATGAC-----AGTTCCGT--AG-TCTTGATT-------------TTT-AAAAAGTCAA---AGTGTAACATTTTG--CAGAACAAAG--GTTTCATTAATTCAAGC-TCTTGTG-ATGCAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAGCTAACT-----TTC-AGAAAGATGGC-AT-----GAA--ATT--TTTAGATATTAGATATTGATGAATG---A--TATGTATGGTAATT-----CGAATCCTATCTGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAAGAA-----A--TG-TATGAA-CA---GA-AC-AAAT--AA--ATGAA--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGAATACTCAACCTtg
gi|5 : GGGCTGGATCAATAT-ATTGATATAATT----AT--ATGA---T--TC--GG-TATTTTT-GAGCGATACAATAACCAATACAGAAAGCCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAACGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGAAAATATACGCA-CGAAATATCTAAATGTCATTTGCTCCGTTA-CTG-CATACATGTAC-T-AACTCG--AAAACGTTGAAACTGAAA-AT-GT-GTG-CCGTCATGTCTCAT--GG-TCTCAGTT---TTTGATTAGCTTT-AAAAATCC-----AGTATTACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCG--------CAAGT-TTTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CGACAAATTAGCGATGACACCATGAACAGCTAACTGCACCGGT-AGAAAGATGGCGTT-----TAAATATTA-TTTAGCTATA-GACG-CGACAAATT---GTATATG--TGATGATCAAAGATGAACACGATATACA-----AT-CA-TGG-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TTAAGTATTTGA-AC-TATT--AA--
gi|6 : GGGCTGGACCAGGAC-ATGGAT-----TTCAAAT--GTAAAC-TGGCCAGGG-CATTCTTAGCGCGATACAATAATCGATACAATGAGCCCC-TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATAA-CAAATCTAA-CAGCAAGATT-C-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAGTTCTGAGA-CTG-C------GTAC-CTA---CGC-ACTACGCA-----AGACA-GT-AT-G-A-C-----AGTTCCGTAGGG-TCTTGG---------AT----TTT-AAAAAGTCAA---AGTGTAAC-TTTTG--CAGAACAAAGTTTCATTA--ATT-CAAGC-TC--TTGTATGCAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAAC-T--AAAGCTAACT-----TTC-AGAAA-ATGGC-AT-----GAAA---T--TTTAGATATTAGATA-TGATGAATGTATG--TGTA--TGGTAATT-----CGAATCCTATATGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAA-GA-----A--T--GATGAA-CA---GA-ACAAATA--AA--ATG-A--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGAA
gi|7 : GGGCTGGACCAGGAT-G--GAT-----TTCA-AT--GTAAAC-TG-CC--GGGCATTCTTAGCGCGAACCAATAATCGATACAATGAGCC---TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATATATTA------CAAATCTAA-CAGC--AATTTC-ATGAACAAGTTA------GC-AATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCT-AATATCATTAG-TCTGAGATCTG-C------GTAC-T-A---CGC--ATACGC------AGACATGTAAT-AGA-C-----AGTTCCGT--AG-TCTTGA-----T---ATT--------AAAAGTCAA---AGTG-TACATTTTG--C-AGACAAAG--GTTTCATTAATCCAAGTCTTTG-TG-G--CAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAG-TAACT-----TTC-AGAAAGATGGC-AT-----GAA--ATT--TTTAGATATTAGATA-TGATGAATG---A--TGTA--TGGTAAT------CGAATCCTATCTGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAAGAA-----AAGT--A-TGAA-CA---GA-AC-AAAT---A--ATGAA--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGATATCTCAACCTA-A
gi|8 : ta-----A--T--T-TGAA-C----------TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAAAAAATT-C-CGCTGATGCCTCAG-----------GATTTGAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCTGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GTCCATTTTT----G-TGGGGAAAATA-TA-------TT---TT----AACACTT--TATGATAG--AAAGAAAT------AA----T-AAACATACATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------TCAAATAAAACAGA---------TG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTGGTT-A---TT----G---A--TT--------A------ATAAATTATTCT-------------------------A-ATCCTCAAACCTATGTGTAAATGTAAT-------------------------TAC---------------GT-TGTATCATCAA-TACGTATCAGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACATATCATATCGAACTTTTCCAAACGATACCCca
gi|9 : taagtA--ATGAA--------GT------TTA-------CAATTTCATTTGTAAATTTTCATCCTGAAAAAAAAA----TT-CGCGCCGATGCCTCTACTTCGCAGTGAGATTTTA-TACAATGTACA-----ACAGGAGATA-GCCCTATTGTATCAGCAACTTATAATTATACGGAGC----TTGTCTAAAAACCAGAACAAGTGGAT--GACG-TTTTTTGTGG-TGGGGAAAATATTA-------TA---TTTAACAACACTT--GTGGATAGAAAAATAAAT------AA----CAAAACAT--ATGTACAA----TTGTATTT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------TCAA---------A---------TG---------A----ACAAATGGACG----AAGA-----TGAA--------GATTAAATTTTCTA-ATCCTC----A---ACCTT--------AT-----GTG--------T-------------------------A-A--------------TGTAG------T-------------------------TAC---------------ATATGTATCG-CAATTACATATCGGATGATCGTTTTCTCTGTCATCGCAA-TACGTATCGTATC-AACTTTagcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCCAGCCCTTCTGAGTTCTGTTATGCTATATACATGGCATTCTTATACAAAGCCC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 66666666666666666666666666666 1 11 1 22222222222 111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333 4444444444 1 11 222222 111111111 222 22222222 111111 2222222222222222 11111 1111 3333333333 11111111 111111 1111111 1111 11 3333333333333 22222 1111 1111 2222 222222222222 1111 11111111111111 111 333333333333333333333333 111111111 22222222222222222222222222222 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 5 1 77777777777777777777777777777 5 5 5 5 5 44 22 2 2 1 88888888888 1 5 0 5 444444 1 0 5 0 0 0 5 5 444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 222222 6 6 666 44 2222222222 3 3 6 0 55 1 55 0 66 2 7 777777 4 555555555 33 111 0 88888888 33 333333 66 77777 3 2 5 6666666666666666 4 0 1 00000 55 3333 4 1111111111 55 55 44444444 111111 4 3333333 4 5 7777 8 33 1111111111111 00000 99 4444 4444 6 99 1 6 7777 5 000000000000 2222 55 77 77 88888888888888 77777 8888 4 4 0 444 4 55 555555555555555555555555 444444444 33333333333333333333333333333 99999 33333333 5 3 666 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 8 4 4 4 4 4 2
lowQualScore : . . ............................. . . . . . .. .. . . . ........... . . . . ...... . . . . . . . . ...... ................................................................................ . ...... . . ... .. .......... . . . . .. . .. . .. . . ...... . ......... .. ... . ........ .. ...... .. ..... . . . ................ . . . ..... .. .... . .......... .. .. ........ ...... . ....... . . .... . .. ............. ..... .. .... .... . .. . . .... . ............ .... .. .. .. .............. ..... .... . . . ... . .. ........................ ......... ............................. ..... ........ . . ... ......................................................................................................................................... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 4 99999999999999999999999999999 7 7 4 6 9 44 22 8 4 1 55555555555 4 0 2 0 444444 0 8 0 8 2 8 0 0 444444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 000000 4 5 000 66 3333333333 3 1 7 9 00 9 66 8 11 5 6 555555 4 999999999 77 333 9 44444444 66 000000 11 00000 7 9 7 1111111111111111 4 9 8 00000 55 5555 0 1111111111 55 00 55555555 555555 0 0000000 0 7 0000 0 00 8888888888888 00000 22 2222 2222 7 22 0 7 5555 7 111111111111 1111 77 99 99 33333333333333 88888 5555 0 0 8 000 0 55 111111111111111111111111 555555555 66666666666666666666666666666 11111 22222222 5 6 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 1 0 4 0 0 0 6
consensus : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----T-----T---ATGTAAACTG-CC--GG-CATTCTTAGAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTG-C------GTAC-C-A---CGC-AANACGT------NGAAA-GT-GT-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAAAGCC-A---AGTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGCA--A---CAAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGNT-----GAAATATT--TTTAGCTATT-GACA-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTAG-CA-T-G-TTTCATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-CA---GG-AC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
Reference ( family-3745 ) : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----T-----T---ATGTAAACTG-CC--GG-CATTCTTAGAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTG-C------GTAC-C-A---CGC-AANACGT------NGAAA-GT-GT-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAAAGCC-A---AGTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGCA--A---CAAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGNT-----GAAATATT--TTTAGCTATT-GACA-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTAG-CA-T-G-TTTCATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-CA---GG-AC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|1 : AGCAATATGATAACCGATACAGCAAGCCCCGTATTG-TT-AATAT---------TTGTTATCA----A------CGGATATAA-CAGCGTAATTTC-ATGAACAAATTA------ACAAATAAATTGAAAATAT-TAAA-CAAACTATCTAAATGTGATTTGCACCGTTA-TTG-C------A-ACTC-A-------AAAATGT------TAAAA----GT-GTG-C-----GATCTTGT--GG-TCTCAGTTTCCT---ATTATCTTT--AAAGGCC-AGGCAGAATTA-ACTTTG--TAAAACAGAG--ACCG--------CAAGT-TCTGGTG-GTACGACTGA-TATAT--CAACACTTTTGTGAT-------------------------GTT-AGAAGGATGGCGTT-----AAAATATTGCTTAAGCTAT----------------------CATG--TAGTGATCAAA-ANGA
gi|1 : tatatcaatattatttGTT-AGAAGGATGGCGTT-----AAAATATT------GCTATT-G---------------------TG--TAGTGATCAAAGACAAACACAAT------GAACAGTCA-T-GGTTTGATGTGAATAA-----A--TATT-TGAA-CA----------ATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCATG-AAAAAAGA----TTTC-CGCCAATGCCTCAGACTCACAGTGGGATTTTAGTACAAC-CAGA-----GTTGGCGAAAGACGCCGTNACAACAGCAACT-------A----GAGC----CTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGGT--GCCC-TTTTTT---GTGGGGAAACTA-TA-------CA---TT---------TT--TATGATAG--AAACGAAT------A----------------TGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCCAGCTAAC-------T-AT------------GCAA---------ATG---------G----A---------ACAAAAAGAAAATATGAA--------GCTTTAATTTCATT-A---GT----A---A--TG--------A------AT---------TATTCTAATCCTCAAACTTTTGTATAA-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATTGTCAA-tgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaagaaaatatgaagctttaatttcattagtaatgaattattctaatcctcaaacttttgtataaatgtaattacattgtattgtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|1 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangatGAAAATA-TG-------AAGCTTT----AAT--TT--CAT--TAG--TAATGAATTATTCTAATCCTC-AAACTT--TTGTATAA----ATGTA-ATTACATT---GTATT---GTCAAN-------N-NN------------NNNN---------NNN---------N----N---------N----NNNN-----NNNN--------NNNNAAACTT--TT-G---T-----------------------------AT---------A-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAG-TATGCATTGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-AATGCAA-TACGTATTGT-----ACTTTTCCAAATGATACCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|10 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangatgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaaGGCCATATTGTATCCGCAACTTATA--TA----GATCGTGATTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAA--GACC-TTTTTG---GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACA-TT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAAC----ATGTGCAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-ATACAAACAGA---ACAA---------ATG---------G----A---------A----GAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-T--------------TGTAA------TCCTCAAACTTATGTGTAAATGTAATTAC---------------AT-TGTATCGGCAA-TAAGTACCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCGTATCGAACgagc
gi|11 : GCTGGATCAATATTATCGAT----T---------AT----------C--GA-TATTTTGTGAGCGATA-AATAACCGATACAA-GGCCCCCGTATCGTTTTAATATGAAAAAAAATTGTT--TA----A------CGGATGCAAACAACGAGATTTCTACGAACGAGTTA------A-AAATAAATTGAAAAT-TACGAAACGA-CTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTGCC------ATACTC-A---CT------CGT------A-------------G-C-----TGTCTTGT--GGTTCTCAGTT---TCCAATTAGCTTTAAAAAAGCC-----AGCATTAC--TCTGGAAAAAACA-GG--GCCGCA-------GAGT-TCTGTTGCTTACGACTAA-TTTAT--
gi|12 : GTATTACATTT-G--TAAAACAGAG--GCCGCA--A------GT-TCTGGTG-GCACAACTAA-TTTAT--CAACACATTTGTGATAACGCCAT--ACAGCTAACTACACCTTTAAAAAAAATGGCATC-----AAAATACT------GCTAT-------CGATGAATG---G--TATG--TAGTGACCAAAGATGAACGCCAATT---AAAGT---CATT-G-TTTGCTGTGAATAAAAAATA--T--T-TGA----------AC-TATT--AA--ATGAG--------GT------T-A-------CTATT-CATTTGTGAATTTTCAT--TA-AAAAAA
gi|13 : CAA----TCGTA-AT-GA--T---A-ATTT--GTTAAA-------TGAA------------ACAA---------AGG---------A----A---------A----AAGT-----TGAA--------GCTTTATTTTCGTT-A---TT----ATTCG--TT--------ACATTCTAT---------T-------------------------A-C--------------AGTAAATTTTTC-------------------------TACTCTCAAAAAAAGAATAT-TGTATCG------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAAATACATATCGTATCAAACTTTTTCAAAACATACCC
gi|14 : atttgataaaaacaatcaacacatgtctttttgttcagaaattatc----C-AGAAAT--TTATCCAA----TC-TA-AT-GA--T---A-ATTTG---TAAA-------TGAA------------ACAA---------AAG---------G----A---------A----AAGG-----TGAA--------GCTTTATTTTCGTT-A---TT----A---T--TC--------G------TT---------T-------------------------ACA--------------TTCTA------T-------------------------TAC---------------AT-Ta
gi|14 : tgt----A---A--TT--------A------A------------------------------------A-A---------------GTAA------T-------------------------------------------AT-TGTATCG------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAA-TACATATCGTATCAAACTTTTCAAAACGaaatttttctactcctcaaaaattaaaagtaatattgtatcgacgtatcgcaaatagattctctgtactgcaatacatatcgtatcaaacttttcaaaacg
gi|15 : tgtcagaaatttatccaatctaatgataatttgtaaatgaaacaaaaggaaaaggtgaagctttattttcgttattattcgtttacattctattacattaaatttttctactcctcaaaAAT-------T-AT------------GCAA---------ATG---------GAAAAA---------A----AAGA-----AGAAAAGATTCTGCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TTATCCTCA-A------AC---------TTATGTGTA-----------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCATCAA-TACATATTTGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATTGCAA-TACGTATTGTATCAAA
gi|16 : TGCTCTAAGATAAACACGTGATGAACGAGTTA-CT-G-G-TTTCG-GT--AT----------T--T-TATA-CA---TG-AA-CACC--AA--ATGAAATACAGTAGT------T-ATAATATTCAATT-CATTTGTAAATCTTCATCtga
gi|17 : gttactgtatcgtc-AAAAAGTT-A----GTATGACATTT-G--TAGAGCTGAG--GCT-----A---CAAGG-TATGGTG-GTACAACTAA-TTTAG--CAACACATTTGCAATGACCCCGT--Aa
gi|18 : ccgtatgg----TTCTG-AC-AAAT----G-ATTCATGCTAACAATATGAT-GT------------GCAA---------TTGAATCATAAAG----A---------A----AAGG-----TAAA--------GCTTTATTTTTGTT-A---TT----A---T--TT--------G------AT---------T-------------------------atgatatgtgtaaaaaagataggtat
gi|2 : tGGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----TATCGAT---ATATA---TA-TC--GG-TATTTTT-GAGCAATACAATAACCGATACAGCAAACCCCTTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----A------CGGATGTTA-C---GAGATTTC-ATGAACGAGTTACATGTAACAAATAAATTGAAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCATG------C------ATAC-T-AACTCG--AAAATGT------TGGAA-AT-GT-GTG-C-----CGT--------------------------------TT-AAAAAGCC-A----GTAATACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCGCA--A------GT-TCTGTTC-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACACTAGCAATGAAGCCAT--ACAGTTAACTGCACTGTT-AGAAAAATGG-GGTATTTAAAAATATTA-TTTAGCTATC-GACA-CGACAAATG---G--TATG--TGATGATAAAAAACGAACGCGATCTAC---AGT---CA-TGG-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TAAA-TA---AG----TATTTGAAATATGAA--------GTTACGTAT-A-------CAATT-CATTTGTAAATTTTCATTCTG-AAAAAAAA----TT-C-GGCCGATGCCTC--------------ATTTTAGTACAATGTACAAGTTGACAGGAAATAGGCCCTATTGCATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGATTATTTT-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TATACAATGTA---TT----AACAC-T--TGCGATAT--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTAAAA----TTGTA-AT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC-------T-ATTCAAATATTAGAACAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTTGTTCA---TCCTCAA---A--CTTGTGTGTAA------ATG--------TACA----------------------A-A--------------TGTAG------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCATATCGAACTTT
gi|20 : -TTTCTCTGT-AACGCGA-TACGTTTCGTATCGTTTTGTTCCAAATGATACC
gi|21 : TACGTGTGG--AAAAACAGGG--GCCG--------CAAGT-TCTGTTG-GTaagc
gi|22 : AGGG--GCCGCA--A------GT-TTTGTTG-GTACGACTAA-CTTAT--
gi|23 : TATCATATCAAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|24 : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----T-----agccc
gi|3 : aGGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----A-----T---ATAT--------C--GG-TATTTTT-GAGCGATACAATAACCGATACAGCAAACCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAAGA----A------TGGACGTAA-CAACGATATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGCAAATATACGTA-CGAACTATCTAAATGTCGTTTGCTCT-TGA-CTG-C------ATAC---A---TGCCAAAATGT------TGAAA-GT-GT-GTG-C-----CGTCTCGT--GG-TCTCAGTT---TCCAATTAGCTTT-AAAAAGTC-G----GTATTATGTTTTG--AATATCAGGG--ACCGCA--ATTGCAAGT-TCTGTTG-GTATGACTAA-TTTAT--CAACACATTAGTGATGCCACCAT--ACAG--AACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGGT-----TAAATATCA-TTCAGCTATT-GACG-CGACAAATG---G--TATG--TGATAATCAAAGAGGAACGCGATCTACAG---T---CA-T-G-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-TA---AGTGT-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTAAATTTTCATCCTG-ATAAAGAA----TT-C--GCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGAATTTTAGTACAATGTACA-----GCAGGAAATAGGCCTTATTGTATCAGCAACCTATA--TA----AAGA----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAA--GACC-TTTTT----GTTGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTTAATATGATAG--AAATAAAT------AG----C-AAACAT--ATGTACAAACAATTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------CTAA---------ATG---------G----A---------A----AATA-----TCAA--------GCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------AAC---------------AA-TATATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTATGT-ATCGCAG-TACATATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCCatcgata
gi|4 : GGCTGGACCAGGAC-ATGGAT----T-----TTCAATGTAAACTGGCCAGGG-CATTCTTAGCGCGATACAATAATCGATACAATGAGCCCCCTATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATTAACAAATCTAA-CAGCAAGATTTC-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAGTTCTGAGA-CTG-C------GTAC-CTA---CGC-ACTACGC------AGACA--T-GTAATGAC-----AGTTCCGT--AG-TCTTGATT-------------TTT-AAAAAGTCAA---AGTGTAACATTTTG--CAGAACAAAG--GTTTCATTAATTCAAGC-TCTTGTG-ATGCAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAGCTAACT-----TTC-AGAAAGATGGC-AT-----GAA--ATT--TTTAGATATTAGATATTGATGAATG---A--TATGTATGGTAATT-----CGAATCCTATCTGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAAGAA-----A--TG-TATGAA-CA---GA-AC-AAAT--AA--ATGAA--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGAATACTCAACCTtg
gi|5 : GGGCTGGATCAATAT-ATTGATATAAT-----T---ATATGA--T--TC--GG-TATTTTT-GAGCGATACAATAACCAATACAGAAAGCCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAACGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGAAAATATACGCA-CGAAATATCTAAATGTCATTTGCTCCGTTA-CTG-CATACATGTAC-T-AACTCG--AAAACGTTGAAACTGAAA-AT-GT-GTG-CCGTCATGTCTCAT--GG-TCTCAGTT---TTTGATTAGCTTT-AAAAATCC-----AGTATTACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCG--------CAAGT-TTTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CGACAAATTAGCGATGACACCATGAACAGCTAACTGCACCGGT-AGAAAGATGGCGTT-----TAAATATTA-TTTAGCTATA-GACG-CGACAAATT---GTATATG--TGATGATCAAAGATGAACACGATATACA-----AT-CA-TGG-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TTAAGTATTTGA-AC-TATT--AA--
gi|6 : GGGCTGGACCAGGAC-ATGGAT----T-----TCAAATGTAAACTGGCCAGGG-CATTCTTAGCGCGATACAATAATCGATACAATGAGCCCC-TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATAA-CAAATCTAA-CAGCAAGATT-C-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAGTTCTGAGA-CTG-C------GTAC-CTA---CGC-ACTACGCA-----AGACA-GT-AT-G-A-C-----AGTTCCGTAGGG-TCTTGG---------AT----TTT-AAAAAGTCAA---AGTGTAAC-TTTTG--CAGAACAAAGTTTCATTA--ATT-CAAGC-TC--TTGTATGCAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAAC-T--AAAGCTAACT-----TTC-AGAAA-ATGGC-AT-----GAAA---T--TTTAGATATTAGATA-TGATGAATGTATG--TGTA--TGGTAATT-----CGAATCCTATATGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAA-GA-----A--T--GATGAA-CA---GA-ACAAATA--AA--ATG-A--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGAA
gi|7 : GGGCTGGACCAGGAT-G--GAT----T-----TCA-ATGTAAACTG-CC--GGGCATTCTTAGCGCGAACCAATAATCGATACAATGAGCC---TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATATATTA------CAAATCTAA-CAGC--AATTTC-ATGAACAAGTTA------GC-AATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCT-AATATCATTAG-TCTGAGATCTG-C------GTAC-T-A---CGC--ATACGC------AGACATGTAAT-AGA-C-----AGTTCCGT--AG-TCTTGA-----T---ATT--------AAAAGTCAA---AGTG-TACATTTTG--C-AGACAAAG--GTTTCATTAATCCAAGTCTTTG-TG-G--CAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAG-TAACT-----TTC-AGAAAGATGGC-AT-----GAA--ATT--TTTAGATATTAGATA-TGATGAATG---A--TGTA--TGGTAAT------CGAATCCTATCTGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAAGAA-----AAGT--A-TGAA-CA---GA-AC-AAAT---A--ATGAA--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGATATCTCAACCTA-A
gi|8 : ta-----A--T--T-TGAA-C----------TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAAAAAATT-C-CGCTGATGCCTCAG-----------GATTTGAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCTGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GTCCATTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TT---TT----AACACTT--TATGATAG--AAAGAAAT------AA----T-AAACATACATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------TCAAATAAAACAGATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTGGTT-A---TT----G---A--TT--------A------ATAAATTATTCT-------------------------A-ATCCTCAAACCTATGTGTAAATGTAAT-------------------------TAC---------------GT-TGTATCATCAA-TACGTATCAGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACATATCATATCGAACTTTTCCAAACGATACCCca
gi|9 : taagtA--ATGAA--------GT------TTA-------CAATTTCATTTGTAAATTTTCATCCTGAAAAAAAAA----TT-CGCGCCGATGCCTCTACTTCGCAGTGAGATTTTA-TACAATGTACA-----ACAGGAGATA-GCCCTATTGTATCAGCAACTTATAATTATACGGAGC----TTGTCTAAAAACCAGAACAAGTGGAT--GACG-TTTTTTGTGGTGGGGAAAATATTA-------TA---TTTAACAACACTT--GTGGATAGAAAAATAAAT------AA----CAAAACAT--ATGTACAA----TTGTATTT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------TCAA---------ATG---------A----ACAAATGGACG----AAGA-----TGAA--------GATTAAATTTTCTA-ATCCTC----A---ACCTT--------AT-----GTG--------T-------------------------A-A--------------TGTAG------T-------------------------TAC---------------ATATGTATCG-CAATTACATATCGGATGATCGTTTTCTCTGTCATCGCAA-TACGTATCGTATC-AACTTTagcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCCAGCCCTTCTGAGTTCTGTTATGCTATATACATGGCATTCTTATACAAAGCCC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 66666666666666666666666666666 1 11 1 22222222222 111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333 4444444444 1 11 222222 111111111 222 22222222 111111 2222222222222222 11111 1111 3333333333 11111111 111111 1111111 1111 11 3333333333333 22222 1111 1111 2222 222222222222 1111 11111111111111 111 333333333333333333333333 111111111 22222222222222222222222222222 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 5 1 77777777777777777777777777777 5 5 5 5 5 44 22 2 2 1 88888888888 1 5 0 5 444444 1 0 5 0 0 0 5 5 444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 222222 6 6 666 44 2222222222 3 3 6 0 55 1 55 0 66 2 7 777777 4 555555555 33 111 0 88888888 33 333333 66 77777 3 2 5 6666666666666666 4 0 1 00000 55 3333 4 1111111111 55 55 44444444 111111 4 3333333 4 5 7777 8 33 1111111111111 00000 99 4444 4444 6 99 1 6 7777 5 000000000000 2222 55 77 77 88888888888888 77777 8888 4 4 0 444 4 55 555555555555555555555555 444444444 33333333333333333333333333333 99999 33333333 5 3 666 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 8 4 4 4 4 4 2
lowQualScore : . . ............................. . . . . . .. .. . . . ........... . . . . ...... . . . . . . . . ...... ................................................................................ . ...... . . ... .. .......... . . . . .. . .. . .. . . ...... . ......... .. ... . ........ .. ...... .. ..... . . . ................ . . . ..... .. .... . .......... .. .. ........ ...... . ....... . . .... . .. ............. ..... .. .... .... . .. . . .... . ............ .... .. .. .. .............. ..... .... . . . ... . .. ........................ ......... ............................. ..... ........ . . ... ......................................................................................................................................... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 4 99999999999999999999999999999 7 7 4 6 9 44 22 8 4 1 55555555555 4 0 2 0 444444 0 8 0 8 2 8 0 0 444444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 000000 4 5 000 66 3333333333 3 1 7 9 00 9 66 8 11 5 6 555555 4 999999999 77 333 9 44444444 66 000000 11 00000 7 9 7 1111111111111111 4 9 8 00000 55 5555 0 1111111111 55 00 55555555 555555 0 0000000 0 7 0000 0 00 8888888888888 00000 22 2222 2222 7 22 0 7 5555 7 111111111111 1111 77 99 99 33333333333333 88888 5555 0 0 8 000 0 55 111111111111111111111111 555555555 66666666666666666666666666666 11111 22222222 5 6 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 1 0 4 0 0 0 6
consensus : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----T-----T---ATGTAAACTG-CC--GG-CATTCTTAGAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTG-C------GTAC-C-A---CGC-AANACGT------NGAAA-GT-GT-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAAAGCC-A---AGTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGCA--A---CAAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGNT-----GAAATATT--TTTAGCTATT-GACA-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTAG-CA-T-G-TTTCATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-CA---GG-AC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
Reference ( family-3745 ) : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----T-----T---ATGTAAACTG-CC--GG-CATTCTTAGAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTG-C------GTAC-C-A---CGC-AANACGT------NGAAA-GT-GT-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAAAGCC-A---AGTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGCA--A---CAAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGNT-----GAAATATT--TTTAGCTATT-GACA-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTAG-CA-T-G-TTTCATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-CA---GG-AC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|1 : AGCAATATGATAACCGATACAGCAAGCCCCGTATTG-TT-AATAT---------TTGTTATCA----A------CGGATATAA-CAGCGTAATTTC-ATGAACAAATTA------ACAAATAAATTGAAAATAT-TAAA-CAAACTATCTAAATGTGATTTGCACCGTTA-TTG-C------A-ACTC-A-------AAAATGT------TAAAA----GT-GTG-C-----GATCTTGT--GG-TCTCAGTTTCCT---ATTATCTTT--AAAGGCC-AGGCAGAATTA-ACTTTG--TAAAACAGAG--ACCG--------CAAGT-TCTGGTG-GTACGACTGA-TATAT--CAACACTTTTGTGAT-------------------------GTT-AGAAGGATGGCGTT-----AAAATATTGCTTAAGCTAT----------------------CATG--TAGTGATCAAA-ANGA
gi|1 : tatatcaatattatttGTT-AGAAGGATGGCGTT-----AAAATATT------GCTATT-G---------------------TG--TAGTGATCAAAGACAAACACAAT------GAACAGTCA-T-GGTTTGATGTGAATAA-----A--TATT-TGAA-CA----------ATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCATG-AAAAAAGA----TTTC-CGCCAATGCCTCAGACTCACAGTGGGATTTTAGTACAAC-CAGA-----GTTGGCGAAAGACGCCGTNACAACAGCAACT-------A----GAGC----CTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGGT--GCCC-TTTTTT---GTGGGGAAACTA-TA-------CA---TT---------TT--TATGATAG--AAACGAAT------A----------------TGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCCAGCTAAC-------T-AT------------GCAA---------ATG---------G----A---------ACAAAAAGAAAATATGAA--------GCTTTAATTTCATT-A---GT----A---A--TG--------A------AT---------TATTCTAATCCTCAAACTTTTGTATAA-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATTGTCAA-tgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaagaaaatatgaagctttaatttcattagtaatgaattattctaatcctcaaacttttgtataaatgtaattacattgtattgtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|1 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangatGAAAATA-TG-------AAGCTTT----AAT--TT--CAT--TAG--TAATGAATTATTCTAATCCTC-AAACTT--TTGTATAA----ATGTA-ATTACATT---GTATT---GTCAAN-------N-NN------------NNNN---------NNN---------N----N---------N----NNNN-----NNNN--------NNNNAAACTT--TT-G---T-----------------------------AT---------A-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAG-TATGCATTGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-AATGCAA-TACGTATTGT-----ACTTTTCCAAATGATACCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|10 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangatgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaaGGCCATATTGTATCCGCAACTTATA--TA----GATCGTGATTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAA--GACC-TTTTTG---GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACA-TT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAAC----ATGTGCAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-ATACAAACAGA---ACAA---------ATG---------G----A---------A----GAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-T--------------TGTAA------TCCTCAAACTTATGTGTAAATGTAATTAC---------------AT-TGTATCGGCAA-TAAGTACCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCGTATCGAACgagc
gi|11 : GCTGGATCAATATTATCGAT----T---------AT----------C--GA-TATTTTGTGAGCGATA-AATAACCGATACAA-GGCCCCCGTATCGTTTTAATATGAAAAAAAATTGTT--TA----A------CGGATGCAAACAACGAGATTTCTACGAACGAGTTA------A-AAATAAATTGAAAAT-TACGAAACGA-CTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTGCC------ATACTC-A---CT------CGT------A-------------G-C-----TGTCTTGT--GGTTCTCAGTT---TCCAATTAGCTTTAAAAAAGCC-----AGCATTAC--TCTGGAAAAAACA-GG--GCCGCA-------GAGT-TCTGTTGCTTACGACTAA-TTTAT--
gi|12 : GTATTACATTT-G--TAAAACAGAG--GCCGCA--A------GT-TCTGGTG-GCACAACTAA-TTTAT--CAACACATTTGTGATAACGCCAT--ACAGCTAACTACACCTTTAAAAAAAATGGCATC-----AAAATACT------GCTAT-------CGATGAATG---G--TATG--TAGTGACCAAAGATGAACGCCAATT---AAAGT---CATT-G-TTTGCTGTGAATAAAAAATA--T--T-TGA----------AC-TATT--AA--ATGAG--------GT------T-A-------CTATT-CATTTGTGAATTTTCAT--TA-AAAAAA
gi|13 : CAA----TCGTA-AT-GA--T---A-ATTT--GTTAAA-------TGAA------------ACAA---------AGG---------A----A---------A----AAGT-----TGAA--------GCTTTATTTTCGTT-A---TT----ATTCG--TT--------ACATTCTAT---------T-------------------------A-C--------------AGTAAATTTTTC-------------------------TACTCTCAAAAAAAGAATAT-TGTATCG------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAAATACATATCGTATCAAACTTTTTCAAAACATACCC
gi|14 : atttgataaaaacaatcaacacatgtctttttgttcagaaattatc----C-AGAAAT--TTATCCAA----TC-TA-AT-GA--T---A-ATTTG---TAAA-------TGAA------------ACAA---------AAG---------G----A---------A----AAGG-----TGAA--------GCTTTATTTTCGTT-A---TT----A---T--TC--------G------TT---------T-------------------------ACA--------------TTCTA------T-------------------------TAC---------------AT-Ta
gi|14 : tgt----A---A--TT--------A------A------------------------------------A-A---------------GTAA------T-------------------------------------------AT-TGTATCG------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAA-TACATATCGTATCAAACTTTTCAAAACGaaatttttctactcctcaaaaattaaaagtaatattgtatcgacgtatcgcaaatagattctctgtactgcaatacatatcgtatcaaacttttcaaaacg
gi|15 : tgtcagaaatttatccaatctaatgataatttgtaaatgaaacaaaaggaaaaggtgaagctttattttcgttattattcgtttacattctattacattaaatttttctactcctcaaaAAT-------T-AT------------GCAA---------ATG---------GAAAAA---------A----AAGA-----AGAAAAGATTCTGCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TTATCCTCA-A------AC---------TTATGTGTA-----------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCATCAA-TACATATTTGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATTGCAA-TACGTATTGTATCAAA
gi|16 : TGCTCTAAGATAAACACGTGATGAACGAGTTA-CT-G-G-TTTCG-GT--AT----------T--T-TATA-CA---TG-AA-CACC--AA--ATGAAATACAGTAGT------T-ATAATATTCAATT-CATTTGTAAATCTTCATCtga
gi|17 : gttactgtatcgtc-AAAAAGTT-A----GTATGACATTT-G--TAGAGCTGAG--GCT-----A---CAAGG-TATGGTG-GTACAACTAA-TTTAG--CAACACATTTGCAATGACCCCGT--Aa
gi|18 : ccgtatgg----TTCTG-AC-AAAT----G-ATTCATGCTAACAATATGAT-GT------------GCAA---------TTGAATCATAAAG----A---------A----AAGG-----TAAA--------GCTTTATTTTTGTT-A---TT----A---T--TT--------G------AT---------T-------------------------atgatatgtgtaaaaaagataggtat
gi|2 : tGGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----TATCGAT---ATATA---TA-TC--GG-TATTTTT-GAGCAATACAATAACCGATACAGCAAACCCCTTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----A------CGGATGTTA-C---GAGATTTC-ATGAACGAGTTACATGTAACAAATAAATTGAAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCATG------C------ATAC-T-AACTCG--AAAATGT------TGGAA-AT-GT-GTG-C-----CGT--------------------------------TT-AAAAAGCC-A----GTAATACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCGCA--A------GT-TCTGTTC-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACACTAGCAATGAAGCCAT--ACAGTTAACTGCACTGTT-AGAAAAATGG-GGTATTTAAAAATATTA-TTTAGCTATC-GACA-CGACAAATG---G--TATG--TGATGATAAAAAACGAACGCGATCTAC---AGT---CA-TGG-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TAAA-TA---AG----TATTTGAAATATGAA--------GTTACGTAT-A-------CAATT-CATTTGTAAATTTTCATTCTG-AAAAAAAA----TT-C-GGCCGATGCCTC--------------ATTTTAGTACAATGTACAAGTTGACAGGAAATAGGCCCTATTGCATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGATTATTTT-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TATACAATGTA---TT----AACAC-T--TGCGATAT--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTAAAA----TTGTA-AT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC-------T-ATTCAAATATTAGAACAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTTGTTCA---TCCTCAA---A--CTTGTGTGTAA------ATG--------TACA----------------------A-A--------------TGTAG------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCATATCGAACTTT
gi|20 : -TTTCTCTGT-AACGCGA-TACGTTTCGTATCGTTTTGTTCCAAATGATACC
gi|21 : TACGTGTGG--AAAAACAGGG--GCCG--------CAAGT-TCTGTTG-GTaagc
gi|22 : AGGG--GCCGCA--A------GT-TTTGTTG-GTACGACTAA-CTTAT--
gi|23 : TATCATATCAAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|24 : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----T-----agccc
gi|3 : aGGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----A-----T---ATAT--------C--GG-TATTTTT-GAGCGATACAATAACCGATACAGCAAACCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAAGA----A------TGGACGTAA-CAACGATATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGCAAATATACGTA-CGAACTATCTAAATGTCGTTTGCTCT-TGA-CTG-C------ATAC---A---TGCCAAAATGT------TGAAA-GT-GT-GTG-C-----CGTCTCGT--GG-TCTCAGTT---TCCAATTAGCTTT-AAAAAGTC-G----GTATTATGTTTTG--AATATCAGGG--ACCGCA--ATTGCAAGT-TCTGTTG-GTATGACTAA-TTTAT--CAACACATTAGTGATGCCACCAT--ACAG--AACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGGT-----TAAATATCA-TTCAGCTATT-GACG-CGACAAATG---G--TATG--TGATAATCAAAGAGGAACGCGATCTACAG---T---CA-T-G-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-TA---AGTGT-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTAAATTTTCATCCTG-ATAAAGAA----TT-C--GCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGAATTTTAGTACAATGTACA-----GCAGGAAATAGGCCTTATTGTATCAGCAACCTATA--TA----AAGA----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAA--GACC-TTTTT----GTTGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTTAATATGATAG--AAATAAAT------AG----C-AAACAT--ATGTACAAACAATTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------CTAA---------ATG---------G----A---------A----AATA-----TCAA--------GCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------AAC---------------AA-TATATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTATGT-ATCGCAG-TACATATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCCatcgata
gi|4 : GGCTGGACCAGGAC-ATGGAT----T-----TTCAATGTAAACTGGCCAGGG-CATTCTTAGCGCGATACAATAATCGATACAATGAGCCCCCTATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATTAACAAATCTAA-CAGCAAGATTTC-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAGTTCTGAGA-CTG-C------GTAC-CTA---CGC-ACTACGC------AGACA--T-GTAATGAC-----AGTTCCGT--AG-TCTTGATT-------------TTT-AAAAAGTCAA---AGTGTAACATTTTG--CAGAACAAAG--GTTTCATTAATTCAAGC-TCTTGTG-ATGCAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAGCTAACT-----TTC-AGAAAGATGGC-AT-----GAA--ATT--TTTAGATATTAGATATTGATGAATG---A--TATGTATGGTAATT-----CGAATCCTATCTGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAAGAA-----A--TG-TATGAA-CA---GA-AC-AAAT--AA--ATGAA--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGAATACTCAACCTtg
gi|5 : GGGCTGGATCAATAT-ATTGATATAAT-----T---ATATGA--T--TC--GG-TATTTTT-GAGCGATACAATAACCAATACAGAAAGCCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAACGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGAAAATATACGCA-CGAAATATCTAAATGTCATTTGCTCCGTTA-CTG-CATACATGTAC-T-AACTCG--AAAACGTTGAAACTGAAA-AT-GT-GTG-CCGTCATGTCTCAT--GG-TCTCAGTT---TTTGATTAGCTTT-AAAAATCC-----AGTATTACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCG--------CAAGT-TTTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CGACAAATTAGCGATGACACCATGAACAGCTAACTGCACCGGT-AGAAAGATGGCGTT-----TAAATATTA-TTTAGCTATA-GACG-CGACAAATT---GTATATG--TGATGATCAAAGATGAACACGATATACA-----AT-CA-TGG-TTTTATGTGAATAA-----A--T--T-TTAAGTATTTGA-AC-TATT--AA--
gi|6 : GGGCTGGACCAGGAC-ATGGAT----T-----TCAAATGTAAACTGGCCAGGG-CATTCTTAGCGCGATACAATAATCGATACAATGAGCCCC-TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATAA-CAAATCTAA-CAGCAAGATT-C-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAGTTCTGAGA-CTG-C------GTAC-CTA---CGC-ACTACGCA-----AGACA-GT-AT-G-A-C-----AGTTCCGTAGGG-TCTTGG---------AT----TTT-AAAAAGTCAA---AGTGTAAC-TTTTG--CAGAACAAAGTTTCATTA--ATT-CAAGC-TC--TTGTATGCAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAAC-T--AAAGCTAACT-----TTC-AGAAA-ATGGC-AT-----GAAA---T--TTTAGATATTAGATA-TGATGAATGTATG--TGTA--TGGTAATT-----CGAATCCTATATGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAA-GA-----A--T--GATGAA-CA---GA-ACAAATA--AA--ATG-A--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGAA
gi|7 : GGGCTGGACCAGGAT-G--GAT----T-----TCA-ATGTAAACTG-CC--GGGCATTCTTAGCGCGAACCAATAATCGATACAATGAGCC---TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATATATTA------CAAATCTAA-CAGC--AATTTC-ATGAACAAGTTA------GC-AATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCT-AATATCATTAG-TCTGAGATCTG-C------GTAC-T-A---CGC--ATACGC------AGACATGTAAT-AGA-C-----AGTTCCGT--AG-TCTTGA-----T---ATT--------AAAAGTCAA---AGTG-TACATTTTG--C-AGACAAAG--GTTTCATTAATCCAAGTCTTTG-TG-G--CAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAG-TAACT-----TTC-AGAAAGATGGC-AT-----GAA--ATT--TTTAGATATTAGATA-TGATGAATG---A--TGTA--TGGTAAT------CGAATCCTATCTGCAGGAGTAG-CA---G-TTTCATTTGAAGAA-----AAGT--A-TGAA-CA---GA-AC-AAAT---A--ATGAA--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGATATCTCAACCTA-A
gi|8 : ta-----A--T--T-TGAA-C----------TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAAAAAATT-C-CGCTGATGCCTCAG-----------GATTTGAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCTGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GTCCATTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TT---TT----AACACTT--TATGATAG--AAAGAAAT------AA----T-AAACATACATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------TCAAATAAAACAGATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTGGTT-A---TT----G---A--TT--------A------ATAAATTATTCT-------------------------A-ATCCTCAAACCTATGTGTAAATGTAAT-------------------------TAC---------------GT-TGTATCATCAA-TACGTATCAGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACATATCATATCGAACTTTTCCAAACGATACCCca
gi|9 : taagtA--ATGAA--------GT------TTA-------CAATTTCATTTGTAAATTTTCATCCTGAAAAAAAAA----TT-CGCGCCGATGCCTCTACTTCGCAGTGAGATTTTA-TACAATGTACA-----ACAGGAGATA-GCCCTATTGTATCAGCAACTTATAATTATACGGAGC----TTGTCTAAAAACCAGAACAAGTGGAT--GACG-TTTTTTGTGGTGGGGAAAATATTA-------TA---TTTAACAACACTT--GTGGATAGAAAAATAAAT------AA----CAAAACAT--ATGTACAA----TTGTATTT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------TCAA---------ATG---------A----ACAAATGGACG----AAGA-----TGAA--------GATTAAATTTTCTA-ATCCTC----A---ACCTT--------AT-----GTG--------T-------------------------A-A--------------TGTAG------T-------------------------TAC---------------ATATGTATCG-CAATTACATATCGGATGATCGTTTTCTCTGTCATCGCAA-TACGTATCGTATC-AACTTTagcc
blockSeqs : . C TTTCAATGTAAACTGGCCAG G A C G T TT AA A A T ATATTAA G A T CATGTA A A T C ATACAT TAACTCGAAAACGTTGAAACTGAAAATGTGTGCCGTCATGTCTCATGGTCTCAGTTTTTGATTAGC A AAA A T GAA TT TCATTAATTC C T C T AG G GC GA C C ACACCT A GGTATTTAA AT AT TAGATATT TG TATG TA CAAAG G C T GAACGAGTTACTG . T AAAAT AG GTA G TTTGAACT TG AT ATACAGTA TACGTA T TAATATT T A AAAA . GC AGACTCGCAGCGG AGTTG AT TACG GTGA A TA A A TGTG T TACAATGTA TAAC AC AA AA TATTCTAATCCTC ATACA ACAA T T TTA T AA TATTCAAATATTAGAA ATAAAACAG AATCATAAAGAA . AAGATTCT T C TCC ATTCGTTACATTCTATTACAGTAAATTTTTCTACTCTCAAAAAAAGAAT A T T G T C A G
blockSeqs : . C TTCAAATGTAAACTGGCCAG . A C T T T AA A A C ATATAA G . . . A . . . . ATGCCAAAATGTTGAAAGTGTGTGCCGTCTCGTGGTCTCAGTTTCCAATTAGC . AAA A G T . TCATTAATCC . G T T AG A CC . C T GCACTG . GTTA AT AT TAGATAT CA GTA . CAAAG A G A GCAGGAGTAGCA . T . . GA . AGTGTT . . . . . . . . . . G TACTTCGCAGTGA . . . . . . T . G . AAGCT . AC . . AACA TTT . . . TTA . AT TATACAAACAGAA . AACAAATGGACG . . C . . GATTAATAAATTATTCTAATCCTCAAACCTATGTGTAAATGTAATTAC . G . . . . . A
blockSeqs : . C TATCGATATATATATC . A T G T T AA A A G TATTA G . . . C . . . . CTACGCACTACGCAAGACAGTATGACAGTTCCGTAGGGTCTTGGAT . AAA G G T . GCAATTGC . G . T AG A GC . C C GCACCG . ATCA AT AT TAGATAT CA G . CTAAG G G C GCAGGAGTAGCA . T . . T . GAACAA . . . . . . . . . . C AG . . . . . . A . . . TA . AC . . AAC ATT . . . . . AA AATATGATGTG . GAAAAAA . . C . . AATTAATTATTGTAATCCTCAAACTTATGTGTAAATGTAATTAC . T . . . . . A
blockSeqs : . G TTCAATGTAAACTGCC . . A C A T GG T A T A C . . . T . . . . TACGCATACGCAGACATGTAATAGACAGTTCCGTAGTCTTGATATT . A G T A . TTAATTC . T . . . G AC . A C GCACCG . GGTT AT T CGACAC TG G . AAAAA G G C GCAGGAGTAGCA . T . . T . TGAAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . TA . AC . . AAC ATA . . . . . AA TGAAA . NNN . . T . . CTCAAACTTGTGTGTAAATGTACAAATGTAGTTAC . T . . . . . A
blockSeqs : . T ATAATTATATGATTC . . T G T . AA A . C A G . . . A . . . . CTACGCACTACGCAGACATGTAATGACAGTTCCGTAGTCTTGATT . A G T A . GCAA . T . . . T AA . C C T . GTTT AT T TGACGC CA G . CAAAG C T C AAAGTCATT . G . . T . GAACA . . . . . . . . . . . . . A . . . TT . A . . AGC ATA . . . . . AA TGAAA . GAA . . T . . AATTATCCTCAAACTTATGTGTAAATGTAATTAC . T . . . . . G
blockSeqs : . G ATATATC . . T . A . GG T . T A C . . . T . . . . TCACTCGTAGCTGTCTTGTGGTTCTCAGTTTCCAATTAGC . A A G A . GCAA . T . . . G AC . A . T . ATG A T AGACGC TG A . CAAAG A G A ACAGTCATG . T . . T . GAACA . . . . . . . . . TA . . . . AAT ATA . . . . . AA NNNN . AAA . . T . . AACCTTATGTGTAATGTAGTTAC . T . . . . . G
blockSeqs : . . . . A . GG T . T A C . . . T . . . . TAACTCGAAAATGTTGGAAATGTGTGCCGT . G G T C . GCAA . T . . . T AA . A . T . ATG . . TG TG A . T C T A ACAATCATG . G . . T . ACT . . . . . . . A . . . . . G TATG . GAA . . T . . ATTCGTTTACATTCTATTAC . . . . . . . A
blockSeqs : . A A T A . GCA . G . . . T AA . . ATG . . C . . . T C T C ACAGTCAT . . . . A . AGT . . . . . . . . . . . . . TATC . GAA . . G . . AATTAATTAATGTAATAAC . . . . . . . G
blockSeqs : . . C . AC . T . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . TATT . GAA . . T . . ATAAATGTAATTAC . . . . . . G
blockSeqs : . . C . GC . T . . . . TATT . GAA . . . . . AATTAAAAGTAAT . .
blockSeqs : . GC . . .
blockSeqCons : TTCAATATAAACTGGCCAG********** GG A***** GCAAT***** AC GCACCG T** TAGACGC* CG G***** CAAAG GCAGGAGTCGCG**** T*** GAACT***** **** AC AAC*********** ATA** GAA************************** *****
originalCons : GGGCTGGATCAATAT-ATCGAT----T-----T---ATGTAAACTG-CC--GG-CATTCTTAGAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTG-C------GTAC-C-A---CGC-AANACGT------NGAAA-GT-GT-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAAAGCC-A---AGTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGCA--A---CAAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGNT-----GAAATATT--TTTAGCTATT-GACA-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTAG-CA-T-G-TTTCATGTGAATAA-----A--T--T-TGAA-CA---GG-AC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
finalCons : GGGCTGGATCAATAT-ATCGATTTCAATATAAACTGGCCAG----------GG-CATTCTTAGAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTG-C------GTAC-C-A---CGC-AANACGT------NGAAA-GT-GT-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAAAGCCA-----GTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGCAAT-----AAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACACCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGNT-----GAAATATTT--TTAGCTATTAGACGC-GACGAATGG-----TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTCGCG----G-TTTCATGTGAATAA-----A--TT---TGAA-CAGAACT-----ATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAATAAC-----------AAACATA--TGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------ATGGAA--------------------------AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCCAGCCCTTCTGAGTTCTGTTATGCTATATACATGGCATTCTTATACAAAGCCC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 55555555555 1 11 1 22222222222 111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 5555555555 1 11 222222 111111111 222 22222222 111111 11111 2222222 222 11 11111111 111111 1111111 1111 11 3333333333333 22222 1111 1111 2222 222222222222 1111 11111111111111 111 333333333333333333333333 111111111 22222222222222222222222222222 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 5 1 55 5 5 66666666666 0 9 5 5 5 44 22 2 2 1 88888888888 1 5 0 5 444444 1 0 5 0 0 0 5 5 444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 777 1 88 6 6 666 44 1111111111 3 3 6 0 55 1 1 0 66 2 7 777777 4 555555555 33 111 0 77777777 33 333333 66 77777 3 2 5 44444 00 4 0 1 1111111 4 222 00 55 55 44444444 111111 4 3333333 4 5 7777 8 33 1111111111111 00000 99 4444 4444 6 99 1 6 7777 5 000000000000 2222 55 77 77 88888888888888 77777 8888 4 4 0 444 4 55 555555555555555555555555 444444444 33333333333333333333333333333 99999 33333333 5 3 666 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 8 4 4 4 4 4 2
lowQualScore : . . .. . . ........... . . . . . .. .. . . . ........... . . . . ...... . . . . . . . . ...... ................................................................................ . ... . .. . . ... .. .......... . . . . .. . . . .. . . ...... . ......... .. ... . ........ .. ...... .. ..... . . . ..... .. . . . ....... . ... .. .. .. ........ ...... . ....... . . .... . .. ............. ..... .. .... .... . .. . . .... . ............ .... .. .. .. .............. ..... .... . . . ... . .. ........................ ......... ............................. ..... ........ . . ... ......................................................................................................................................... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 4 44 0 0 44444444444 4 0 4 6 9 44 22 8 4 1 55555555555 4 0 2 0 444444 0 8 0 8 2 8 0 0 444444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 888 7 33 4 5 000 66 2222222222 3 1 7 9 00 9 1 8 11 5 6 555555 4 999999999 77 333 9 00000000 66 000000 11 00000 7 9 7 11111 88 4 9 8 2222222 4 000 11 55 00 55555555 555555 0 0000000 0 7 0000 0 00 8888888888888 00000 22 2222 2222 7 22 0 7 5555 7 111111111111 1111 77 99 99 33333333333333 88888 5555 0 0 8 000 0 55 111111111111111111111111 555555555 66666666666666666666666666666 11111 22222222 5 6 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 1 0 4 0 0 0 6
consensus : GGGCTGGATCAATAT-ATCGATTAT-CGA-TATAAACTG-C-C-GGGCATTCTTAGAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTG-C------GTAC-C-A---CGC-AANACGT------NGAAA-GT-GT-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAA---AGTC--AGTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGC---AA----AAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACGCCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGNT-----GAAATATT--TTTAGCTATTAGACA-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTCGC-GGTTTCATGTGAATAAA--T--T-TGAA-CA---GAAC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
Reference ( family-3745 ) : GGGCTGGATCAATAT-ATCGATT-T-CAA-TATAAACTGGC-CAGGGCATTCTTAGAGCGATACAATAACCGATACAGCGAGCCCCGTATCGNTT-AATATGAAGGGNTATTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAGCGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGNAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTG-C------GTAC-C-A---CGC-AANACGT------NGAAA-GT-GT-GTG-C-----NGTCCCGT--GG-TCTCGGTT---T---ATTAGCTTT-AAAA---AGCC--AGTATTACGTTTTG--NAAAACAGGG--GCCGC---AAT---AAGT-TCTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACATTTGCGATGACACCAT--ACAGCTAACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGNT-----GAAATATT--TTTAGCTATTAGACG-CGACGAATG---G--TATG--TGGTGATCAAAGACGAACGCGATCTGCAGGAGTCGC-GGTTTCATGTGAATAAA--T--T-TGAA-CA---GAAC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAA----TT-C-CGCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGGATTTTAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GNCC-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------NCAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTCGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACGTATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|1 : AGCAATATGATAACCGATACAGCAAGCCCCGTATTG-TT-AATAT---------TTGTTATCA----A------CGGATATAA-CAGCGTAATTTC-ATGAACAAATTA------ACAAATAAATTGAAAATAT-TAAA-CAAACTATCTAAATGTGATTTGCACCGTTA-TTG-C------A-ACTC-A-------AAAATGT------TAAAA----GT-GTG-C-----GATCTTGT--GG-TCTCAGTTTCCT---ATTATCTTT-AAAGGCCAGGC--AGAATTA-ACTTTG--TAAAACAGAG--ACCGC---------AAGT-TCTGGTG-GTACGACTGA-TATAT--CAACACTTTTGTGAT-------------------------GTT-AGAAGGATGGCGTT-----AAAATATTGCTTAAGCTAT----------------------CATG--TAGTGATCAAA-ANGA
gi|1 : tatatcaatattatttGTT-AGAAGGATGGCGTT-----AAAATATT------GCTATTG----------------------TG--TAGTGATCAAAGACAAACACAAT--G-AACAGTCAT-GGTTTGATGTGAATAAA--TATT-TGAA-CA---------ATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCATG-AAAAAAGA----TTTC-CGCCAATGCCTCAGACTCACAGTGGGATTTTAGTACAAC-CAGA-----GTTGGCGAAAGACGCCGTNACAACAGCAACT-------A----GAGC----CTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGGT--GCCC-TTTTTT---GTGGGGAAACTA-TA-------CA---TT---------TT--TATGATAG--AAACGAAT------A----------------TGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCCAGCTAAC-------T-AT------------GCAA---------ATG---------G----A---------ACAAAAAGAAAATATGAA--------GCTTTAATTTCATT-A---GT----A---A--TG--------A------AT---------TATTCTAATCCTCAAACTTTTGTATAA-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATTGTCAA-tgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaagaaaatatgaagctttaatttcattagtaatgaattattctaatcctcaaacttttgtataaatgtaattacattgtattgtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|1 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangatGAAAATA-TG-------AAGCTTT----AAT--TT--CAT--TAG--TAATGAATTATTCTAATCCTC-AAACTT--TTGTATAA----ATGTA-ATTACATT---GTATT---GTCAAN-------N-NN------------NNNN---------NNN---------N----N---------N----NNNN-----NNNN--------NNNNAAACTT--TT-G---T-----------------------------AT---------A-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAG-TATGCATTGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-AATGCAA-TACGTATTGT-----ACTTTTCCAAATGATACCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttgtataaatgtaattacattgtatcgtcagtatgcattggatatcgtttctctgtaatgcaatacgtattgtacttttccaaatgataccgagc
gi|10 : tatatcaatattatttagcaatatgataaccgatacagcaagccccgtattgttaatatttgttatcaacggatataacagcgtaatttcatgaacaaattaacaaataaattgaaaatattaaacaaactatctaaatgtgatttgcaccgttattgcaactcaaaaatgttaaaagtgtgcgatcttgtggtctcagtttcctattatctttaaaggccaggcagaattaactttgtaaaacagagaccgcaagttctggtggtacgactgatatatcaacacttttgtgatgttagaaggatggcgttaaaatattgcttaagctatcatgtagtgatcaaaangatgttagaaggatggcgttaaaatattgctattgtgtagtgatcaaagacaaacacaatgaacagtcatggtttgatgtgaataaatatttgaacaattaaatgaagttacaattcatttgtgaattttcatcatgaaaaaagatttccgccaatgcctcagactcacagtgggattttagtacaaccagagttggcgaaagacgccgtnacaacagcaactagagcctgtctaaaaccagagcaagtgggtgcccttttttgtggggaaactatacatttttatgatagaaacgaatatgtacaattgtaataaattaattccagctaactatgcaaatggaacaaaaaGGCCATATTGTATCCGCAACTTATA--TA----GATCGTGATTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAA--GACC-TTTTTG---GTGGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACA-TT--TATGATAG--AAATAAAT------AA----C-AAAC----ATGTGCAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-ATACAAACAGA---ACAA---------ATG---------G----A---------A----GAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-T--------------TGTAA------TCCTCAAACTTATGTGTAAATGTAATTAC---------------AT-TGTATCGGCAA-TAAGTACCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCGTATCGAACgagc
gi|11 : GCTGGATCAATATTATCGATTAT-CGA-TAT----------------TTTGT-GAGCGATA-AATAACCGATACAA-GGCCCCCGTATCGTTTTAATATGAAAAAAAATTGTT--TA----A------CGGATGCAAACAACGAGATTTCTACGAACGAGTTA------A-AAATAAATTGAAAAT-TACGAAACGA-CTATCTAAATGTCATTTGCTCCGTGA-CTGCC------ATACTC-A---CT------CGT------A-------------G-C-----TGTCTTGT--GGTTCTCAGTT---TCCAATTAGCTTTAAAAA---AGCC--AGCATTAC--TCTGGAAAAAACA-GG--GCCGC---A-----GAGT-TCTGTTGCTTACGACTAA-TTTAT--
gi|12 : GTATTACATTT-G--TAAAACAGAG--GCCGC---AA------GT-TCTGGTG-GCACAACTAA-TTTAT--CAACACATTTGTGATAACGCCAT--ACAGCTAACTACACCTTTAAAAAAAATGGCATC-----AAAATACT------GCTAT-------CGATGAATG---G--TATG--TAGTGACCAAAGATGAACGCCAATT---AAAGTCAT-TGTTTGCTGTGAATAAA--------AAA-TATTTGAAC-TATT--AA--ATGAG--------GT------T-A-------CTATT-CATTTGTGAATTTTCAT--TA-AAAAAA
gi|13 : CAA----TCGTA-AT-GA--T---A-ATTT--GTTAAA-------TGAA------------ACAA---------AGG---------A----A---------A----AAGT-----TGAA--------GCTTTATTTTCGTT-A---TT----ATTCG--TT--------ACATTCTAT---------T-------------------------A-C--------------AGTAAATTTTTC-------------------------TACTCTCAAAAAAAGAATAT-TGTATCG------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAAATACATATCGTATCAAACTTTTTCAAAACATACCC
gi|14 : atttgataaaaacaatcaacacatgtctttttgttcagaaattatc----C-AGAAAT--TTATCCAA----TC-TA-AT-GA--T---A-ATTTG---TAAA-------TGAA------------ACAA---------AAG---------G----A---------A----AAGG-----TGAA--------GCTTTATTTTCGTT-A---TT----A---T--TC--------G------TT---------T-------------------------ACA--------------TTCTA------T-------------------------TAC---------------AT-Ta
gi|14 : tgt----A---A--TT--------A------A------------------------------------A-A---------------GTAA------T-------------------------------------------AT-TGTATCG------ACGTATCGCAA-ATAG-ATTCTCTGT-ACTGCAA-TACATATCGTATCAAACTTTTCAAAACGaaatttttctactcctcaaaaattaaaagtaatattgtatcgacgtatcgcaaatagattctctgtactgcaatacatatcgtatcaaacttttcaaaacg
gi|15 : tgtcagaaatttatccaatctaatgataatttgtaaatgaaacaaaaggaaaaggtgaagctttattttcgttattattcgtttacattctattacattaaatttttctactcctcaaaAAT-------T-AT------------GCAA---------ATG---------GAAAAA---------A----AAGA-----AGAAAAGATTCTGCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TTATCCTCA-A------AC---------TTATGTGTA-----------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCATCAA-TACATATTTGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATTGCAA-TACGTATTGTATCAAA
gi|16 : TGCTCTAAGATAAACACGTGATGAACGAGTTACTGGTTTCG-GT--AT-----T--T-TATA-CAT--GAAC--ACC--AA--ATGAAATACAGTAGT------T-ATAATATTCAATT-CATTTGTAAATCTTCATCtga
gi|17 : gttactgtatcgtc-AAAA---AGTT--AGTATGACATTT-G--TAGAGCTGAG--GCTAC---AA------GG-TATGGTG-GTACAACTAA-TTTAG--CAACACATTTGCAATGACCCCGT--Aa
gi|18 : ccgtatgg----TTCTG-AC-AAAT----G-ATTCATGCTAACAATATGAT-GT------------GCAA---------TTGAATCATAAAG----A---------A----AAGG-----TAAA--------GCTTTATTTTTGTT-A---TT----A---T--TT--------G------AT---------T-------------------------atgatatgtgtaaaaaagataggtat
gi|2 : tGGGCTGGATCAATAT-ATCGATTAT-CGA-TATATA-TATC----GGTATTTTT-GAGCAATACAATAACCGATACAGCAAACCCCTTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----A------CGGATGTTA-C---GAGATTTC-ATGAACGAGTTACATGTAACAAATAAATTGAAAATATACGAA-CGAACTATCTAAATGTCATTTGCTCCATG------C------ATAC-T-AACTCG--AAAATGT------TGGAA-AT-GT-GTG-C-----CGT--------------------------------TT-AAAA---AGCC--AGTAATACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCGC---AA------GT-TCTGTTC-GTACGACTAA-TTTAT--CAACACACTAGCAATGAAGCCAT--ACAGTTAACTGCACTGTT-AGAAAAATGG-GGTATTTAAAAATATTA-TTTAGCTATC-GACA-CGACAAATG---G--TATG--TGATGATAAAAAACGAACGCGATCTAC---AGTCAT-GGTTTTATGTGAATAAA--T--T-TAAA-T-----AAG-TATTTGAAATATGAA--------GTTACGTAT-A-------CAATT-CATTTGTAAATTTTCATTCTG-AAAAAAAA----TT-C-GGCCGATGCCTC--------------ATTTTAGTACAATGTACAAGTTGACAGGAAATAGGCCCTATTGCATCAGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGATTATTTT-TTTTT----GTGGGGAAAATA-TATACAATGTA---TT----AACAC-T--TGCGATAT--AAATAAAT------AA----C-AAACAT--ATGTAAAA----TTGTA-AT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC-------T-ATTCAAATATTAGAACAA---------ATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTTGTTCA---TCCTCAA---A--CTTGTGTGTAA------ATG--------TACA----------------------A-A--------------TGTAG------T-------------------------TAC---------------AT-TGTATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TATGTATCATATCGAACTTT
gi|20 : -TTTCTCTGT-AACGCGA-TACGTTTCGTATCGTTTTGTTCCAAATGATACC
gi|21 : TACGTGTGG--AAAAACAGGG--GCCGC---------AAGT-TCTGTTG-GTaagc
gi|22 : AGGG--GCCGC---AA------GT-TTTGTTG-GTACGACTAA-CTTAT--
gi|23 : TATCATATCAAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|24 : GGGCTGGATCAATAT-ATCGATTAT-CGA-TAagccc
gi|3 : aGGGCTGGATCAATAT-ATCGAT------A-TATA------T-C--GGTATTTTT-GAGCGATACAATAACCGATACAGCAAACCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAAGA----A------TGGACGTAA-CAACGATATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGCAAATATACGTA-CGAACTATCTAAATGTCGTTTGCTCT-TGA-CTG-C------ATAC---A---TGCCAAAATGT------TGAAA-GT-GT-GTG-C-----CGTCTCGT--GG-TCTCAGTT---TCCAATTAGCTTT-AAAA---AGTC--GGTATTATGTTTTG--AATATCAGGG--ACCGC---AATTGCAAGT-TCTGTTG-GTATGACTAA-TTTAT--CAACACATTAGTGATGCCACCAT--ACAG--AACTGCACCGTT-AGAAAGATGGCGGT-----TAAATATCA-TTCAGCTATT-GACG-CGACAAATG---G--TATG--TGATAATCAAAGAGGAACGCGATCTACAG---TCAT-G-TTTTATGTGAATAAA--T--T-TGAA-TAA--GTGT-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTAAATTTTCATCCTG-ATAAAGAA----TT-C--GCCGATGCCTCAGACTCGCAGCGGAATTTTAGTACAATGTACA-----GCAGGAAATAGGCCTTATTGTATCAGCAACCTATA--TA----AAGA----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAA--GACC-TTTTT----GTTGGGAAAATA-TA-------TA---TT----AACACTTAATATGATAG--AAATAAAT------AG----C-AAACAT--ATGTACAAACAATTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------CTAA---------ATG---------G----A---------A----AATA-----TCAA--------GCTTTAATTTTGTT-A---TT----A---A--TT--------A------AT---------T-------------------------A-A--------------TGTAA------T-------------------------AAC---------------AA-TATATCGTCAA-TACGTATCGGAT-ATCG-TTTCTATGT-ATCGCAG-TACATATCGTATCGAACTTTTCCAAACGATACCC
gi|4 : GGCTGGACCAGGAC-ATGGATT-TTCAA-TGTAAACTGGC-CAGGGCATTCTTAGCGCGATACAATAATCGATACAATGAGCCCCCTATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATTAACAAATCTAA-CAGCAAGATTTC-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAGTTCTGAGA-CTG-C------GTAC-CTA---CGC-ACTACGC------AGACA--T-GTAATGAC-----AGTTCCGT--AG-TCTTGATT-------------TTT-AAAA---AGTCAAAGTGTAACATTTTG--CAGAACAAAG--GTTTCATTAATTC-AAGC-TCTTGTG-ATGCAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAGCTAACT-----TTC-AGAAAGATGGC-AT-----GAA--ATT--TTTAGATATTAGATATTGATGAATG---A--TATGTATGGTAATT-----CGAATCCTATCTGCAGGAGTAGC-AGTTTCATTTGAAGAAA--TG-TATGAA-CA---GAAC-AAAT--AA--ATGAA--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGAATACTCAACCTtg
gi|5 : GGGCTGGATCAATAT-ATTGATA-T-AAT-TATA---TGATTC--GGTATTTTT-GAGCGATACAATAACCAATACAGAAAGCCCCGTATCGTTT-AATATGAAAAGAT-TTGTTAACA----A------CGGATGTAA-CAACGAGATTTC-ATGAACGAGTTA------ACAAATAAATTGAAAATATACGCA-CGAAATATCTAAATGTCATTTGCTCCGTTA-CTG-CATACATGTAC-T-AACTCG--AAAACGTTGAAACTGAAA-AT-GT-GTG-CCGTCATGTCTCAT--GG-TCTCAGTT---TTTGATTAGCTTT-AAAA---ATCC--AGTATTACGTTTGG--AAAAACAGGG--GCCGC---------AAGT-TTTGTTG-GTACGACTAA-TTTAT--CGACAAATTAGCGATGACACCATGAACAGCTAACTGCACCGGT-AGAAAGATGGCGTT-----TAAATATTA-TTTAGCTA-TAGACG-CGACAAATT---GTATATG--TGATGATCAAAGATGAACACGATATAC---AATCAT-GGTTTTATGTGAATAAA--T--T-TTAAGTATTTGAAC-TATT--AA--
gi|6 : GGGCTGGACCAGGAC-ATGGATT-T-CAAATGTAAACTGGC-CAGGGCATTCTTAGCGCGATACAATAATCGATACAATGAGCCCC-TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATA----ATATAA-CAAATCTAA-CAGCAAGATT-C-ATGAACAAGTTA------GCAAATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCTAAATATCATTAGTTCTGAGA-CTG-C------GTAC-CTA---CGC-ACTACGCA-----AGACA-GT-AT-G-A-C-----AGTTCCGTAGGG-TCTTGG---------AT----TTT-AAAA---AGTCAAAGTGTAAC-TTTTG--CAGAACAAAGTTTCATT---AATTC-AAGC-TC--TTGTATGCAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAAC-T--AAAGCTAACT-----TTC-AGAAA-ATGGC-AT-----GAAA---T--TTTAGATATTAGATA-TGATGAATGTATG--TGTA--TGGTAATT-----CGAATCCTATATGCAGGAGTAGC-AGTTTCATTTGAA-GAA--T--GATGAA-CA---GAACAAATA--AA--ATG-A--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGAA
gi|7 : GGGCTGGACCAGGAT-G--GATT-T-CAA-TGTAAACTG-C-C-GGGCATTCTTAGCGCGAACCAATAATCGATACAATGAGCC---TATTAAT---ATATGAAGGGTTATTATTAATATATTA------CAAATCTAA-CAGC--AATTTC-ATGAACAAGTTA------GC-AATAAATTGTAAATAAATGAA-TAAACTATCT-AATATCATTAG-TCTGAGATCTG-C------GTAC-T-A---CGC--ATACGC------AGACATGTAAT-AGA-C-----AGTTCCGT--AG-TCTTGA-----T---ATT--------AAA---AGTCAAAGTG-TACATTTTG--C-AGACAAAG--GTTTCATTAATCC-AAGTCTTTG-TG-G--CAAGTGATTTTATAGTAACACATTTGCTATGACAACAT--AAAG-TAACT-----TTC-AGAAAGATGGC-AT-----GAA--ATT--TTTAGATATTAGATA-TGATGAATG---A--TGTA--TGGTAAT------CGAATCCTATCTGCAGGAGTAGC-AGTTTCATTTGAAGAAAAGT--A-TGAA-CA---GAAC-AAAT---A--ATGAA--------TT------T-A-------TAATT-CATCAATGATATCTCAACCTA-A
gi|8 : ta---GAAC-TATT--AA--ATGAA--------GT------T-A-------CAATT-CATTTGTGAATTTTCATCCTG-AAAAAAAAAAAATT-C-CGCTGATGCCTCAG-----------GATTTGAGTACAATGTACA-----ACAGGAAATAGGCCCTATTGTATCTGCAACTTATA--TA----GAGC----TTGTCT-AAAACCAGAGCAAGTGGAT--GTCCATTTTT----GTGGGGAAAATA-TA-------TT---TT----AACACTT--TATGATAG--AAAGAAAT------AA----T-AAACATACATGTACAA----TTGTA-AT-AAATT---A-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------TCAAATAAAACAGATG---------G----A---------A----AAGA-----TGAA--------GCTTTAATTTGGTT-A---TT----G---A--TT--------A------ATAAATTATTCT-------------------------A-ATCCTCAAACCTATGTGTAAATGTAAT-------------------------TAC---------------GT-TGTATCATCAA-TACGTATCAGAT-ATCG-TTTCTCTGT-ATCGCAA-TACATATCATATCGAACTTTTCCAAACGATACCCca
gi|9 : taagtatttA--ATGAA--------GT------TTA-------CAATTTCATTTGTAAATTTTCATCCTGAAAAAAAAA----TT-CGCGCCGATGCCTCTACTTCGCAGTGAGATTTTA-TACAATGTACA-----ACAGGAGATA-GCCCTATTGTATCAGCAACTTATAATTATACGGAGC----TTGTCTAAAAACCAGAACAAGTGGAT--GACG-TTTTTTGTGGTGGGGAAAATATTA-------TA---TTTAACAACACTT--GTGGATAGAAAAATAAAT------AA----CAAAACAT--ATGTACAA----TTGTATTT-AAATTTTAA-ATTCAAGCTAAC-------T-AT------------TCAA---------ATG---------A----ACAAATGGACG----AAGA-----TGAA--------GATTAAATTTTCTA-ATCCTC----A---ACCTT--------AT-----GTG--------T-------------------------A-A--------------TGTAG------T-------------------------TAC---------------ATATGTATCG-CAATTACATATCGGATGATCGTTTTCTCTGTCATCGCAA-TACGTATCGTATC-AACTTTagcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCCAGCCCTTCTGAGTTCTGTTATGCTATATACATGGCATTCTTATACAAAGCCC