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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ACAAATGAGTTTATTTTTCAAT--GGG-ATTTTTGAATACCCAG----CATTGGC------TGTAGGTGAACTCTTTATTTCTTAATGGCCATTGATGAACGATGTTACCTTAATTATTATATGAAAAT----ACACGGA--GTTTTATTTTACTGAAAAGAAAACTTGGTGATG-----TCTCACAAC--GTTTTGTGAAGCTTTT
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taataaaaaTCTTTG---GTCATTGCTTTACAATATGAACCTAATGAAGA---AAGTACAAGACTTAG--------TATTAAATTATAAAGAAGTCTTGCTAATGAAATATTTCCAATCC-ATTTTGTGAAACTGTTgattaccaatgaaatactacgtccagttagcacatacatttctgctttatgcaact
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cAGAAGGCTTACTAATGAAACATCTCCAAAC-TGTTTTGTAActgcagccattttataatttgaaaagcagatccatttctgcttcatacaactatgagatacatttgtatgcgaaacatggggtactttgtaaagagcttcatgtatagcaatgaatgccagaaatgtcccttctttaagtttgcacgtttatttagtgacaaattgtttcataaaccaacccatttatcagtcttagtgtaaacagtattaaacgattggatttttatcaacattttagttttactagcaatcatatcatttgccattgt
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5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|8 ): TGGGATTCAAAGTATGAAATACTTCGTAATCAAGTTTCAAGTTTATCGATGTTCCATCTTTTTTTTAAAAGTTCCGTGTTTGTCTGGGGAATGTTTATTGATTATATTAACAGTCTTTTGTGTATTAGCAGTATTAAACAATTTGACGTATCAACATTTTCGTCTAATTAGCAGCCATTTAACAAGGTATGTATGT
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Unaligned ( gi|15 ): TGTTCGTTTGTTTTGCGATATGAACCTAAGTAAGAAAGTACAAGACTATGAAGAAGGCCTACGTATGAAATATTTCTA
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Reference ( family-3720 )     :       TTTGCATTACCTTTTGCNNATCAGCCGTTAACTANGATATGGGAAGAAAAACTTAC------CCCGGTA-CGATCGTAGTCTTANTGGTAACT-CCT-------GTCTGTAGATCAGTTATAGA-CTTA--AGA-CATTCGGAAATGACACGNTT-TATATG----CGATATCTGTG--AAGATGTTTGTG--CA---GGA---TTTA-AA-CAATT-ATAG-TC--TCACTGCTC-AATT-TGTT-T-GACACTGAGTTCTAGA-CTTTAATTGATCTG-TCGTAAT-TGTTCTCGTGGGTTCCGTACTC--G---------------GTTTTAACACCTGAGTTGTCACCTGTGA-----GTCGTCTACAGGTNTCTAGCT-AATTACCCGTCGTT-ATCGCCGGGGCGGTAATACCANNCTTTTGATGTGCGNGTACACGGGAATCGTGATTTCATCGGTTACAATTATTCTAATGACGAGAATGATCTTCTACAAATCAGTTTATTTATCG--ATAGA-ATTTT-AAAGACTCAGTTACTATTAA-C-ATGCCCGTAGGTGAACCCTTTATT-CTTCG-CGGCCATTG--NT--ACGATGT--ACCT-AAT----A-A----TAAAA--ACAAGGATACGGGGT---T--T-ATTNTACTGNAA---AGAAGNCTTGCTAAT--GAAATATCTCCAAACCTGTTTTGTGAAACTGTT
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Reference ( family-3720 )     :       TTTGCATTACCTTTTGCAAATCAGTCGTTAACTAAGATATGAAAAGAAAAACTTAC------CCCGGTA-TGATCNTAGTCTTANTGGTAACT-CCT-------GTCTGTAG--C--AGTTATAGA-TTTA--AGA-CATTCGGAAATGACACGGTT-TATAT-----CGATATCTGT-A---AGATGTTTGTG--CA---GGA---TTTA-AA-CAATT-ATAG-TC--TCACTGCTC-AATT-TATTTTGACACTGAGTTCCAGA-CTTTAATTGATCTG-TCGTAAT-TGTTCTCGTGGGTTCCGTACTCG---------------ATTTTAACACCTGAGTTGTCACCTGTGA-----GTCGCCCACAGGTNTCTAGCT-AATTACCCGTCATT-ATCGCCGGGGCGGTT-CCATGCTTTTGACGTGCGCGTACACGGGAATCGTAATTTCANCGGNTACAATTATTCTAATNACGAGAATGATCTTCTACAAANCAGTTTATTTATCAA--TANA-A-TTTTAAGGACTCAGTTATTATTAACCATGCCCGTAGGT-AATCCTTTA-TTCTTCGTCGGCCATTG--NT--ACGATATGGACCTAAT-----GA----TGAAAACAAAGATACGGAA-C---TTATTNT---ACTGCAA---AGAAGACTTGCTAAT--GAAATATCTCCAAACCTGTTTTGTGAAACTGTT
gi|1                          :       TTTGCATT--TTTTTGCAAATAAGTCGTTAACTAAGATATGAACAGAAAAACTTAC------CCTGGTA-TGATCTTAGTCTTACTGGTAACT-CCT-------GTCTGTGG--C-------------TTA--AGA-CATT-GGAAATGACACGGTT-TATA------CGATATCTG--A---AGATGTTTGTA--CA---GGA---TTCA-AA-CAATT-ACAA--A--TCACTACTC-AATT-T----TGACACTGAGTTCCAGA-CCTTAATTAATCTG-TCATAAT-TGTTCCTGTGGGTTCTGTACT-G---------------ATTTTAACACCTAAGTTGTCACCTGTGA-----GTCTCCCACAGGTGTCTCGCT-AATTACCCACCATT-ATCTCCGGGGTGGTTTCCATGCTTTTGACGTGCACGTAC--GGGAATCATAATTTCAATGGATACAATTATTTTAATCACAAGAATGATCTTCTACAAAACAATTTATTTATCAA--CATA-A-TCTTAAGGACTCAGTTATCATTAGCCATGCCTGTAGGT-AATCCTTTA-TTCTTTGTCGGCCATTGCCGT--ATTATATGGACTTAAT-----GATAATTAAAAACAAAAATAAGGAA-CATGTTACTGT---ATTACAA---AGAAGACTTATCGAT--G-AATTTCTCCAAACCTGTTTTGTGAAGCTATT
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gi|2                          :       TTTGCATTACCTTTTGCAAATCAGTCGTTAACTACGATATGAAAAGAAAAACTTAC------CCCGGTA-TGATCTTAGTGTTACTGGTAACT-CTT-------GTCTGTAG--CGCAGTTGTAGA-ATTA--AAAACATTGGGGAATGACACG----------------ATATCTG--A---AGATGTTTATGTACA---GGA---TTCA-AA-CAATT-ATAG-TC--TCACTGCTC-AATC-TATTTTGACACGGAGTTTGAGT-CTTTAATTGATCTG-ACGTAAT-TGTTCTTGTGAGTTCCGAACTCGTCGGCGGGGAGAGTGATTTTAACACCTGAGTTATCACCTGTGA-----GTAGTCTACAGGTGTCTAGCT-AATTACCCGCCCTT-ATCGCCGGGGTGGTTACCAAGCTTTTGATGTGCACG--CACGGAAATCATAATTTCATCGGTTACAATTATTCTAATGACGAGAATGATCTTCTACAAAACAATTTATTTATCGACATATA-A-TTTTAAGGACTCAGTTATTATTAACCATGCCCGTAGGT-AATCCTTTA-TTCTTCGTCGGCCATTA--TC--A---------------------A----TAAAAA-AAAGATACGGGA-C---ATAT--T---ACTG
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cACAAATGAGTTTATTTTTCAA--TGGG-ATTTTTGAATACCCAG-CAT---------TGGCTGTAGGTGAACTCTTTATTTCTTAAT-GGCCATTG--ATGAACGATGTTACCTTAATTATTATA----TGAAAAT----ACACGGAGTT---TTATTTT---ACTGAAA---AGAAAACTTGGTGAT--G-----TCTCACAAC--GTTTTGTGAAGCTTTTctgcagccattttataatttgaaaagcagatccatttctgcttcatacaactatgagatacatttgtatgcgaaacatggggtactttgtaaagagcttcatgtatagcaatgaatgccagaaatgtcccttctttaagtttgcacgtttatttagtgacaaattgtttcataaaccaacccatttatcagtcttagtgtaaacagtattaaacgattggatttttatcaacattttagttttactagcaatcatatcatttgccattgt
gi|5                          :                                         AGAT-TAAAATAAAAAACTTACATGTCATTCGGTAGTGATCGTAGTCTTAGTTGTAACTACCTATCGGCAGTCTGTAGATC--AGTTATAGA-TTTAGAAGA-CATTCGGAAATGG-----------AT-----TGATAGCTGTGA---AGAAGTTTGTG--CGCGTGGA---ATTATAA-CAATTCATGA-TCACTCACTGCTC-AATTATATTTTGACACTGAGTTCTAGA-CTTTAATTGATCTGTTCGTAAT-TTTTTTGGTGGGTGCCGTACTC-----------------TGGGAA-----GAGTTGTCACCTGTGACGCTTGT-GTCCACACGTCTCTAGCTAAATTACCCGTCATTAATCGCGGGAACGATA-ATATTCTTTTGATGTACGGGTATACGGGAATCGTGAtgtcatccaatttataatgtgagaaaaaaaatgcatatctactttatacgattgtggaatagaaattatgaagagctttagaattaagttgccattttactaataaatgccggatatgctccttgtttttaattcccatgttccgttggtaaatatttattgttttatacacaaacccatttttaacatgcttagtattaa
gi|6                          :                                                                                                                 aatctG--C--AGCTATAGAATTTA--AGA-CCATCGGAAATGGCACGGTTATATATGTTTGCGGTATCTAT-ATAAAGATGTTTGTG--CA---GGA---TTTA-AA-CAATT-ATAG-TC--TCACTACTC-AATT-TGTTTTGACACTGAGTTCCAGA-TTTTAATTGATCTG-TCGTAAT-TGTTCTCGTGAGTTCTGTATTTG---------------TTTGTAACACCTATGTGGTCACCTGTGA-----GTTGCCTGCCGGTTTCTAGCT-AATTGCCCGTTATT-gatgtttttcta
gi|9                          :                                                                                                                                    ttagcA--AAA-CATTCGAAAATAA-ATTTTT-TATATA----CGATATCTA--A---AGATA---------A---GGAATTTTTA-AAACAAGT-ATAGGTC--TCACTGCTCCAATT-CATTATGACACTGATTTATAGGTCTTTAATTGATCTG-TTGTAATCTGTGCT--TTGGTTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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Reference ( family-3720 )     :       TTTGCATTACCTTTTGCAAATCAGTCGTTAACTAAGATATGAAAAGAAAAACTTAC------CCCGGTA-TGATCNTAGTCTTANTGGTAACT-CCT-------GTCTGTAG--C--AGTTATAGA-TTTA--AGA-CATTCGGAAATGACACGGTT-TATAT-----CGATATCTGT-A---AGATGTTTGTG--CA---GGA---TTTA-AA-CAATT-ATAG-TC--TCACTGCTC-AATT-TATTTTGACACTGAGTTCCAGA-CTTTAATTGATCTG-TCGTAAT-TGTTCTCGTGGGTTCCGTACTCG---------------ATTTTAACACCTGAGTTGTCACCTGTGA-----GTCGCCCACAGGTNTCTAGCT-AATTACCCGTCATT-ATCGCCGGGGCGGTT-CCATGCTTTTGACGTGCGCGTACACGGGAATCGTAATTTCANCGGNTACAATTATTCTAATNACGAGAATGATCTTCTACAAANCAGTTTATTTATCA--ATANA-A-TTTTAAGGACTCAGTTATTATTAACCATGCCCGTAGGT-AATCCTTTA-TTCTTCGTCGGCCATTG--NT--ACGATATGAACCTAATNATGA--AA----AAAAATACG-GGA--C---TTA-T-T-T--ACTGCAAAGAAGACTTGCTAAT--GAAATATCTCCAAACCTGTTTTGTGAAACTGTT
gi|1                          :       TTTGCATT--TTTTTGCAAATAAGTCGTTAACTAAGATATGAACAGAAAAACTTAC------CCTGGTA-TGATCTTAGTCTTACTGGTAACT-CCT-------GTCTGTGG--C-------------TTA--AGA-CATT-GGAAATGACACGGTT-TATA------CGATATCTG--A---AGATGTTTGTA--CA---GGA---TTCA-AA-CAATT-ACAA--A--TCACTACTC-AATT-T----TGACACTGAGTTCCAGA-CCTTAATTAATCTG-TCATAAT-TGTTCCTGTGGGTTCTGTACT-G---------------ATTTTAACACCTAAGTTGTCACCTGTGA-----GTCTCCCACAGGTGTCTCGCT-AATTACCCACCATT-ATCTCCGGGGTGGTTTCCATGCTTTTGACGTGCACGTAC--GGGAATCATAATTTCAATGGATACAATTATTTTAATCACAAGAATGATCTTCTACAAAACAATTTATTTATCA--ACATA-A-TCTTAAGGACTCAGTTATCATTAGCCATGCCTGTAGGT-AATCCTTTA-TTCTTTGTCGGCCATTGCCGT--ATTATATGGACTTAATGATAATTAAAAACAAAAATAAG-GAA--CATGTTA-C-TGT--ATTACAAAGAAGACTTATCGAT--G-AATTTCTCCAAACCTGTTTTGTGAAGCTATT
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            taataaaaaGTTAATTTGAATTATCTCCAAATCT-TTTTGTGAAACTGTTgattaccaatgaaatactacgtccagttagcacatacatttctgctttatgcaact
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gT--GCGATATGAACCTAA----GT--AA----GAAAGTACA-AGA--C---T-A-T-----------GAAGAAGGCCTACGTAT--GAAATATTTCTA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taataaaaaGTTAATTTGAATTATCTCCAAATCT-TTTTGTGAAACTGTTgattaccaatgaaatactacgtccagttagcacatacatttctgctttatgcaact
gi|13                         : aaaaaaTTTACATTATCTTTTGCTTATCAGCTGTTAATTAAGATATGGGAA--AAAACTTAC------CCCTGTA-CGGTCGTAGTCTTAATGGTAACT-CCT-------ctacagccagtttataagttgggaaggcgattcacagtctacacaacaatgagatacacaaagtacgggatac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gT--GCGATATGAACCTAAGTA--A---------GAAAGTACA-AGA---CT----A-T-----------------GAAGAAGGCCTACGTAT--GAAATATTTCTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tgttcgtttgtttTTAACACCTGAGTTGTCACCTGTGA-----GTCG-------------AGCT-AATTACCCGTCGTT-ATCGCCGG
gi|2                          :       TTTGCATTACCTTTTGCAAATCAGTCGTTAACTACGATATGAAAAGAAAAACTTAC------CCCGGTA-TGATCTTAGTGTTACTGGTAACT-CTT-------GTCTGTAG--CGCAGTTGTAGA-ATTA--AAAACATTGGGGAATGACACG----------------ATATCTG--A---AGATGTTTATGTACA---GGA---TTCA-AA-CAATT-ATAG-TC--TCACTGCTC-AATC-TATTTTGACACGGAGTTTGAGT-CTTTAATTGATCTG-ACGTAAT-TGTTCTTGTGAGTTCCGAACTCGTCGGCGGGGAGAGTGATTTTAACACCTGAGTTATCACCTGTGA-----GTAGTCTACAGGTGTCTAGCT-AATTACCCGCCCTT-ATCGCCGGGGTGGTTACCAAGCTTTTGATGTGCACG--CACGGAAATCATAATTTCATCGGTTACAATTATTCTAATGACGAGAATGATCTTCTACAAAACAATTTATTTATCGACATATA-A-TTTTAAGGACTCAGTTATTATTAACCATGCCCGTAGGT-AATCCTTTA-TTCTTCGTCGGCCAT------------TATCAA--TAA-AA--A---------AAAGATACG-GGA---C-----A-TAT----TACTG------
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     taTCTTTGGTCATTG--CTTTACAATATGAACCTAATGA--A---------GAAAGTACA-AGA---CTTAGTA-T-TAAATTAT--------AAAGAAGTCTTGCTAAT--GAAATATTTCCAATCC-ATTTTGTGAAACTGTTtctatt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cACAAATGAGTTTATTTTTCA--ATGGG-ATTTTTGAATACCCAG-CAT---------TGGCTGTAGGTGAACTCTTTATTTCTTAAT-GGCCATTG--ATGAACGATGTTACCTTAATTATTATAT------GAAAATACACGGAGTTTT----ATT-T----TACTGA-----AAAGAAAACTTGGTGAT--G-----TCTCACAAC--GTTTTGTGAAGCTTTTctgcagccattttataatttgaaaagcagatccatttctgcttcatacaactatgagatacatttgtatgcgaaacatggggtactttgtaaagagcttcatgtatagcaatgaatgccagaaatgtcccttctttaagtttgcacgtttatttagtgacaaattgtttcataaaccaacccatttatcagtcttagtgtaaacagtattaaacgattggatttttatcaacattttagttttactagcaatcatatcatttgccattgt
gi|5                          :                                         AGAT-TAAAATAAAAAACTTACATGTCATTCGGTAGTGATCGTAGTCTTAGTTGTAACTACCTATCGGCAGTCTGTAGATC--AGTTATAGA-TTTAGAAGA-CATTCGGAAATGG-----------AT-----TGATAGCTGTGA---AGAAGTTTGTG--CGCGTGGA---ATTATAA-CAATTCATGA-TCACTCACTGCTC-AATTATATTTTGACACTGAGTTCTAGA-CTTTAATTGATCTGTTCGTAAT-TTTTTTGGTGGGTGCCGTACTC-----------------TGGGAA-----GAGTTGTCACCTGTGACGCTTGT-GTCCACACGTCTCTAGCTAAATTACCCGTCATTAATCGCGGGAACGATA-ATATTCTTTTGATGTACGGGTATACGGGAATCGTGAtgtcatccaatttataatgtgagaaaaaaaatgcatatctactttatacgattgtggaatagaaattatgaagagctttagaattaagttgccattttactaataaatgccggatatgctccttgtttttaattcccatgttccgttggtaaatatttattgttttatacacaaacccatttttaacatgcttagtattaa
gi|6                          :                                                                                                                 aatctG--C--AGCTATAGAATTTA--AGA-CCATCGGAAATGGCACGGTTATATATGTTTGCGGTATCTAT-ATAAAGATGTTTGTG--CA---GGA---TTTA-AA-CAATT-ATAG-TC--TCACTACTC-AATT-TGTTTTGACACTGAGTTCCAGA-TTTTAATTGATCTG-TCGTAAT-TGTTCTCGTGAGTTCTGTATTTG---------------TTTGTAACACCTATGTGGTCACCTGTGA-----GTTGCCTGCCGGTTTCTAGCT-AATTGCCCGTTATT-gatgtttttcta
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cACAAATGAGTTTATTTTTCA--ATGGG-ATTTTTGAATACCCAG-CAT---------TGGCTGTAGGTGAACTCTTTATTTCTTAAT-GGCCATTG--ATGAACGATGTTACCTTAATTATTATAT------GAAAATACACGGAGTTTT----ATT-T----TACTGA-----AAAGAAAACTTGGTGAT--G-----TCTCACAAC--GTTTTGTGAAGCTTTTctgcagccattttataatttgaaaagcagatccatttctgcttcatacaactatgagatacatttgtatgcgaaacatggggtactttgtaaagagcttcatgtatagcaatgaatgccagaaatgtcccttctttaagtttgcacgtttatttagtgacaaattgtttcataaaccaacccatttatcagtcttagtgtaaacagtattaaacgattggatttttatcaacattttagttttactagcaatcatatcatttgccattgt
gi|5                          :                                         AGAT-TAAAATAAAAAACTTACATGTCATTCGGTAGTGATCGTAGTCTTAGTTGTAACTACCTATCGGCAGTCTGTAGATC--AGTTATAGA-TTTAGAAGA-CATTCGGAAATGG-----------AT-----TGATAGCTGTGA---AGAAGTTTGTG--CGCGTGGA---ATTATAA-CAATTCATGA-TCACTCACTGCTC-AATTATATTTTGACACTGAGTTCTAGA-CTTTAATTGATCTGTTCGTAAT-TTTTTTGGTGGGTGCCGTACTC-----------------TGGGAA-----GAGTTGTCACCTGTGACGCTTGT-GTCCACACGTCTCTAGCTAAATTACCCGTCATTAATCGCGGGAACGATA-ATATTCTTTTGATGTACGGGTATACGGGAATCGTGAtgtcatccaatttataatgtgagaaaaaaaatgcatatctactttatacgattgtggaatagaaattatgaagagctttagaattaagttgccattttactaataaatgccggatatgctccttgtttttaattcccatgttccgttggtaaatatttattgttttatacacaaacccatttttaacatgcttagtattaa
gi|6                          :                                                                                                                 aatctG--C--AGCTATAGAATTTA--AGA-CCATCGGAAATGGCACGGTTATATATGTTTGCGGTATCTAT-ATAAAGATGTTTGTG--CA---GGA---TTTA-AA-CAATT-ATAG-TC--TCACTACTC-AATT-TGTTTTGACACTGAGTTCCAGA-TTTTAATTGATCTG-TCGTAAT-TGTTCTCGTGAGTTCTGTATTTG---------------TTTGTAACACCTATGTGGTCACCTGTGA-----GTTGCCTGCCGGTTTCTAGCT-AATTGCCCGTTATT-gatgtttttcta
gi|9                          :                                                                                                                                    ttagcA--AAA-CATTCGAAAATAA-ATTTTT-TATATA----CGATATCTA--A---AGATA---------A---GGAATTTTTA-AAACAAGT-ATAGGTC--TCACTGCTCCAATT-CATTATGACACTGATTTATAGGTCTTTAATTGATCTG-TTGTAATCTGTGCT--TTGGTTC


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lowQualScore                  :               ..                            .      .          ......       .     .        .        .   .......        ...... . .    ..   ..   .    .        ...............................         ......     .     ..  ...   ...    .  .     .    .....         .    . .  .             .   .              .       .      .              ..................  .                        .....  ... .  .   .       .              .          .    .            .    .  ....        .        .   .               .                     .               ..  . ...              .   .    . .     .      .         .     .. .      . ......  .            .. ............        ..   ............................      .      .  .. .        .   .  .             .  
lowQualScore                  :               00                            2      5          888888       0     0        0        0   5555555        888888 8 8    55   00   0    0        8888888888888888888888888888888         444444     8     00  000   000    0  0     0    88888         0    0 8  0             4   0              0       0      4              000000000000000000  6                        00000  666 4  6   8       0              0          7    7            7    7  0000        7        0   0               0                     0               88  0 000              2   0    8 5     7      3         3     55 5      2 666666  0            22 222222222222        33   4444444444444444444444444444      4      3  22 3        7   0  0             2  
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Reference ( family-3720 )     :       TTTGCATTACCTTTTGCAAATCAGTCGTTAACTAAGATATGAAAAGAAAAACTTAC------CCCGGTA-TGATCNTAGTCTTANTGGTAACT-CCT-------GTCTGTAG--C--AGTTATAGA-TTTA--AGA-CATTCGGAAATGAGTC------G------------CG-------CGATATCTGT-A---AGATGTTTGTG--CA---GGA---TTTA-AA-CAATT-ATAG-TC--TCACTGCTC-AATT-TATTTTGACACTGAGTTCCAGA-CTTTAATTGATCTG-TCGTAAT-TGTTCTCGTGGGTTCCGTACTCG---------------ATTTTAACACCTGAGTTGTCACCTGTGA-----GTCGCCCACAGGTNTCTAGCT-AATTACCCGTCATT-ATCGCCGGGGCGGTT-CCATGCTTTTGACGTGCGCGTACACGGGAATCGTAATTTCANCGGNTACAATTATTCTAATNACGAGAATGATCTTCTACAAANCAGTTTATTTATCAA--TANA-A-TTTTAAGGACTCAGTTATTATTAACCATGCCCGTAGGT-AATCCTTTA-TTCTTCGTCGGCCATTG--NT--ACGATATGAACCTAATNA--A---------GAAAATACG-GGA---C-T-A--TTACTG-A----A-----AAGAAGGCTTGCTAAT--GAAATATCTC-CAAACC-GTTTTGTGAAACTGTT
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgttcgtttgtttTTAACACCTGAGTTGTCACCTGTGA-----GTCG-------------AGCT-AATTACCCGTCGTT-ATCGCCGG
gi|2                          :       TTTGCATTACCTTTTGCAAATCAGTCGTTAACTACGATATGAAAAGAAAAACTTAC------CCCGGTA-TGATCTTAGTGTTACTGGTAACT-CTT-------GTCTGTAG--CGCAGTTGTAGA-ATTA--AAAACATTGGGGAATGA----------------------CA-------CGATATCTG--A---AGATGTTTATGTACA---GGA---TTCA-AA-CAATT-ATAG-TC--TCACTGCTC-AATC-TATTTTGACACGGAGTTTGAGT-CTTTAATTGATCTG-ACGTAAT-TGTTCTTGTGAGTTCCGAACTCGTCGGCGGGGAGAGTGATTTTAACACCTGAGTTATCACCTGTGA-----GTAGTCTACAGGTGTCTAGCT-AATTACCCGCCCTT-ATCGCCGGGGTGGTTACCAAGCTTTTGATGTGCACG--CACGGAAATCATAATTTCATCGGTTACAATTATTCTAATGACGAGAATGATCTTCTACAAAACAATTTATTTATCGACATATA-A-TTTTAAGGACTCAGTTATTATTAACCATGCCCGTAGGT-AATCCTTTA-TTCTTCGTCGGCCAT------------TATCAA--TAA-AA--A---------AAAGATACG-GGA---CAT-A--TTACTG-
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taTCTTTGGTCATTG--CTTTACAATATGAACCTAATGA--A---------GAAAGTACA-AGA---C-TTA--GTATTA-A----ATTATAAAGAAGTCTTGCTAAT--GAAATATTTC-CAATCC-ATTTTGTGAAACTGTTtctatt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cACAAATGAGTTTATTTTTCAA--TGGG-ATTTTTGAATACCCAG-CAT---------TGGCTGTAGGTGAACTCTTTATTTCTTAAT-GGCCATTG--ATGAACGATGTTACCTTAATTATTATAT------GAAAATACACGGAGTTT-T-ATTTTACTG-A----A-----AAGAAAACTTGGTGAT--G-----TCTCACAA--C-GTTTTGTGAAGCTTTTctgcagccattttataatttgaaaagcagatccatttctgcttcatacaactatgagatacatttgtatgcgaaacatggggtactttgtaaagagcttcatgtatagcaatgaatgccagaaatgtcccttctttaagtttgcacgtttatttagtgacaaattgtttcataaaccaacccatttatcagtcttagtgtaaacagtattaaacgattggatttttatcaacattttagttttactagcaatcatatcatttgccattgt
gi|5                          :                                         AGAT-TAAAATAAAAAACTTACATGTCATTCGGTAGTGATCGTAGTCTTAGTTGTAACTACCTATCGGCAGTCTGTAGATC--AGTTATAGA-TTTAGAAGA-CATTCGGAAATGGATT------G-----------------------ATAGCTGTGA---AGAAGTTTGTG--CGCGTGGA---ATTATAA-CAATTCATGA-TCACTCACTGCTC-AATTATATTTTGACACTGAGTTCTAGA-CTTTAATTGATCTGTTCGTAAT-TTTTTTGGTGGGTGCCGTACTC-----------------TGGGAA-----GAGTTGTCACCTGTGACGCTTGT-GTCCACACGTCTCTAGCTAAATTACCCGTCATTAATCGCGGGAACGATA-ATATTCTTTTGATGTACGGGTATACGGGAATCGTGAtgtcatccaatttataatgtgagaaaaaaaatgcatatctactttatacgattgtggaatagaaattatgaagagctttagaattaagttgccattttactaataaatgccggatatgctccttgtttttaattcccatgttccgttggtaaatatttattgttttatacacaaacccatttttaacatgcttagtattaa
gi|6                          :                                                                                                                 aatctG--C--AGCTATAGAATTTA--AGA-CCATCGGAAATGGCAC------GGTTATATATGTTTG-------CGGTATCTAT-ATAAAGATGTTTGTG--CA---GGA---TTTA-AA-CAATT-ATAG-TC--TCACTACTC-AATT-TGTTTTGACACTGAGTTCCAGA-TTTTAATTGATCTG-TCGTAAT-TGTTCTCGTGAGTTCTGTATTTG---------------TTTGTAACACCTATGTGGTCACCTGTGA-----GTTGCCTGCCGGTTTCTAGCT-AATTGCCCGTTATT-gatgtttttcta
gi|9                          :                                                                                                                                    ttagcA--AAA-CATTCGAAAATAAATTTTTTATA------------TA-------CGATATCTA--A---AGATA---------A---GGAATTTTTA-AAACAAGT-ATAGGTC--TCACTGCTCCAATT-CATTATGACACTGATTTATAGGTCTTTAATTGATCTG-TTGTAATCTGTGCT--TTGGTTC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AGTATGGGATACTTTATAATATCTCATACTTTGTAATAAGCTTAAAGTTTACCTATAAATTCCAGAAATGTTCCATATATTTAAATTCCATATTTGTCTGGTGAATGTTTATTGCTAAAATAAACCAAACCAATTAAGTCTTTTGAATTAACAGTATTAAACATTTGACTTATCACCATTAGGCTTTTATTAGAAGTCAGTTAAACTGGGCATGTA
Unaligned ( gi|8 ): TGGGATTCAAAGTATGAAATACTTCGTAATCAAGTTTCAAGTTTATCGATGTTCCATCTTTTTTTTAAAAGTTCCGTGTTTGTCTGGGGAATGTTTATTGATTATATTAACAGTCTTTTGTGTATTAGCAGTATTAAACAATTTGACGTATCAACATTTTCGTCTAATTAGCAGCCATTTAACAAGGTATGTATGT
Unaligned ( gi|14 ): ACAGTACTTTTATAAGCAAAATTAAATAATTTTAGGGAGCAACATATTTGTTTCATTGGTAGTCGGTTAGCAAGGTATATATATTT
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGACTTATAAACATTTTTGTCTAATCAACAGTCAACTGACAAGGTATGTATGTGA