lowQualScore                  :                         2222222222222222222222222222222222222222    444444444444              111111              555555555555555555555555555555555555555555555555555   1111111111111       11111111                      
lowQualScore                  :                  55   4 5555555555555555555555555555555555555555    222222222222 555   555 3  888888   6 3 3  2   999999999999999999999999999999999999999999999999999   8888888888888  555  11111111 2   2  2 3 3   3     
lowQualScore                  :                  ..   . ........................................    ............ ...   ... .  ......   . . .  .   ...................................................   .............  ...  ........ .   .  . . .   .     
lowQualScore                  :                  55   0 8888888888888888888888888888888888888888    555555555555 888   888 3  555555   7 1 1  9   222222222222222222222222222222222222222222222222222   0000000000000  000  44444444 9   9  9 1 1   6     
consensus                     :             CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A------GTGTTC-C---A--TTA---GCT---T-TTTT--T-GAT-T-T-TT-GCT----T--G--T-C-GC-----A--T--T-A-CT-TA--GG--A-G--T---TTG----C-C--T---CC---CC---C----C-CCC-TC-T-T-CAA-AGACC
Reference ( gi|11 )           :             CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A------GTGT---C---A--T-A---GCT---T-TTCT--T-GAT-T-T-TT-GCT----T--G--T-C-GC-----G--T--T-A-CT-TA--AG--A-G--T---TTG----C-C--T---CC---CC---T----C-CCC-TC-T-T-CAA-AGACC
gi|7                          :             CCCAA--CAC-AC----A------CAC-A-----T-----T--TTA------GTGTTC-C---A--TTA---GCT---TGTCCT--T-GAT-T-T-TT-GCT----T--G--T-C-GC--------T--T-ACCT-TAGCAG--A-G--T---TTAGT--C-C--TC--CC---CC---T----C-CCCTTC-TCT-CAA-
gi|9                          :       cctcccCCCCAATCAC-A-----A------CAC-ACA---T-----T--T-AA-----GTGTTC-C---A--TTA---GCT---T-TTTT--TTGAT-T-T-CT-GCT----TT-G--T-TTGC-----A--T--TTA-CT-TA--GA--A-G--T---TTG----C-C--T---CC---CC---C----T-CCC-TT-T-----A-AGACacaaa
gi|5                          :           ccCCCCA--CAC-ACACCCA------CAC-A-----T-----CAAT-A------GTCT---C---A--TTA---GCT---T-TTTT--T-GAT-T-T-TT-GCTA---T--G--T-C-GC-----A-----T-A----TA--GA--A-G------TTG----C-CTTT---CC---CC---C----C-CCC-CC-ag
gi|6                          :    ccccccgccCCCCA--CAC-A------------CACTA-----T-----T--A-G------GTGT---TTCAA--C-A---GCT---T-TTTT--T-GAT-T-G-TT-GTTGCTAT--G--TTC-GC-----AATT--T-A-CT-TT--AG--AAG--T---TTA----C-G--C---CT---CA---T----C-CC--TC-T-T-CAA-AGccccctcccctttcaaaacag
gi|15                         :     ccccccccCCCCA--CAT-C-----A------CAC-ACACCAT-----T--T-A------GTGTTC-C---A--T-A---GCT---T-TTTTC-T-GAT-T-T-TT-GCT----T--G-----------------------------------------------------------CC---CC---T----C-CCC-TC-T-T-C-A-AGACgaacgag
gi|8                          :        ttgccccCCA--CAC-A------------CAT-A-----T-----T--TTA------GTTT---C---AATT-A---GCT---T-TT-T--T-GAT-T-T-TTTGCT----T--G----C-GC-----A--T--TTA-TT-TT--AGCAA-G--T---TTG----C-C--CATCCC---CC---TGCGAC-CCC-TC-T-T-CAA-AGACag
gi|12                         :         ctcccgCCA--CA--A-----A------CAC-A-----TAATCAT--T-A------GTGTT--C---A--TTA---GCT---T-TT----------T-A-TT-GCT----T---------------------------T-TA--AG-----------TTG----C-C--T---CC---CC---CG---C-CCC-TC-T-T-CAA-AGAC
gi|13                         : cccccccccacacaaCA--CAC-A-----A------CT--------T-----T--T-A------ATGTTC-C---A--TTA---GCT---T-TTAT----AAT-C-T-TT-GCT-------G--A-G-GC-----A--T--T-A-CT-TA--GA--A-G--T---TTG----CGC--C---CCCCGCC---T----C-CAC-TC-T-T-CAA-
gi|1                          :              caCA--CAC-A-----ATTTTTACAC-A-----T-----T--T-ACGATTTGTTC---C---A--TTA---GCT---T-TTTTATT-GATGTGT-TT-GCT----TATG--T-C-GCTTGAGA--T--T-A-CT--A--GA--A-G--TG--TTG----C-C--T---CC---TCCTCT----C-CCC-TCTT-T-CAA-AGA
gi|2                          : ccccccccaaacacaCA--CACGA-----A------CA--A-----T-----T-----------GTGTTTCC---A--T-ATTAGCTTTTT-TTTT--T-TAT-T-TATT-GCC----T--G--T-C-GC-----A--T--T-A-CT-TT--AGAAA-G--TATATTGTACTC-A--T---CA---CC---T----CTCCC-CC-G-T-CAtacagt
gi|4                          :       ccccccctcccaacaaca-----A------CAC-A-----T-----T--T-AT-----GTGT---CC--A--T-T---ACT---T-TTTG--C-GAT-T-T-T--GCT----TC-G--T-C-GC-----C--CCAT-A-CT-TA--AGA-A-G--T---TTG----C--------CC---CC---C----C-CCC-TC-C-T-Ccgccccataactcaaag
gi|10                         :                      cacacacaccgttggcAC-A-----T-----T--T-A------GTTT---CC--A--TTA---GCT---T-TT-T--T-GATAT-T-TT-GGC----T--GAAT-C-GC-----A--T--TTA-CT-TAC-AG--AAG--T---TTG----C-CC-T---CC---CC---T----C-CCC-CC-T-TCCAA-AGACCcacttcttgcacagacatctcctacg
gi|3                          :                                                                                                          -T-TT-GCT----A--G----C-GC-----AATC--T-ATCT-TA--GA--A-G--A---TTG----C-C--C---CC---AC---C----C-CCC-TC-T-T-CAA-AGACagtcc
gi|17                         :                                            ctcccccccccccccctttagttatccaataccataagctttttctcggtgatgtattctgttagcT-GCT----T--G--G-C-GC-----AA-T--T-AACTATA--GG--A-AGAT---TTG----C-C--C---CC---CC---C----C-CCC-TC-T-T-CAACAGACagtc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCCTCCTCACCACTCCACACACACACACACACAATGCTAGTTCTATTACTTTTTTTGTGCTGCTTGTCGCAATATGAGAAGTTT
Unaligned ( gi|16 ): CTTCTTTCGATTGCCTTGCTTGTCACATTTATTTTAAAATATCTTTCCCCTTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCTTCAAAACAG






Alignments
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lowQualScore                  :                                               44   3 111111111111   2 444444444444444444 444 2 0  444      0 2   5555 2 444 2 5 444     2222222222 2  00000000000000000 2 33  111111111111   9999999  5555   33 99999      2 2 2   3     
lowQualScore                  :                                               ..   . ............   . .................. ... . .  ...      . .   .... . ... . . ...     .......... .  ................. . ..  ............   .......  ....   .. .....      . . .   .     
lowQualScore                  :                                               66   3 222222222222   9 999999999999999999 777 7 8  777      8 7   5555 7 777 7 3 444     8888888888 5  00000000000000000 5 44  222222222222   1111111  7777   77 77777      7 9 9   3     
consensus                     :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-C-T-T--AG--AA-G--T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACC
Reference ( family-3676 )     :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-C-T-T--AG--GA-G--T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACC
gi|1                          :                                             CA--CAC-A-----ATTTTTACAC-A-----T-----T--T-ACGATTTGTTCC---ATTAGCTT-TTTTAT-T-G---A-TGTGT-TTGCTTA--T-G--TC-GCTTGAGA--T--T-A-C---T--AG--AA-G--TG--TTG--C-C--TC----CTC--CTCT--CCCCTCTT-T-CAA-AGA
gi|10                         :                                                    ccccccccaaacacaAC-A-----T-----T--T-A-G---T-TTCC---ATTAGC-T-TTT--T-T-G---A-TAT-T-TTGGC----T-GAATC-GC-----AT-T--T-A-C-T-TACAG--AA-G--T---TTGC-C-C--TC----CCC--T-----CCCCCC-T-TCCAA-AGACCtacagt
gi|11                         :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGT--C---AT-AGCTT-TTC--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----G--T--T-A-C-T-T--AA--GA-G--T---TTG--C-C--TC----CCC--T-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACCagtcc
gi|12                         :                                            CCA--CA--A-----A------CAC-A-----TAATCAT--T-A-G---TGTTC----ATTAGCTT-TTT----------A-T-T-----GCT----T--------------------------T-T--AA--G---------TTG--C-C--TC----CCC--CG----CCCCTC-T-T-CAA-AGAC
gi|13                         :                              cccccccccacacaaCA--CAC-A-----A------CT--------T-----T--T-A-A---TGTTCC---ATTAGC-T-TTT--A-T-A---A-T-C-T-TTGC-----T-G--AG-GC-----A--T--T-A-C-T-T--AG--AA-G--T---TTG--C-G--CC----CCC--CGCCT-CCACTC-T-T-CAA-
gi|14                         :                                           caCA--CAC-AC----A------CAC-A-----A-----TGCT-A-G---T--TCT---ATTA-CTT-TTT--T-T-G-------T-G-CTGCT----T-G--TC-GC-----A--A--T-A---T-G--AG--AA-G--T---TT
gi|15                         :                     tcctcctcaccactccacacaCCCCA--CAT-C-----A------CAC-ACACCAT-----T--T-A-G---TGTTCC---A-TAGCTT-TTT--TCT-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G------------------------------------------------------C----CCC--T-----CCCCTC-T-T-C-A-AGAC
gi|17                         :                                                                                                                              ttgccccTGCT----T-G--GC-GC-----AA-T--T-AAC-TAT--AG--GA-AGAT---TTG--C-C--CC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAACAGACag
gi|2                          :                                             CA--CACGA-----A------CA--A-----T-----T------G---TGTTTCCATATTAGCTT-TTT--T-T-TTTTA-T-T-TATTGCC----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-CTT-T--AGA-AA-G--TATATTG--TAC--TCATCACCT--C-----TCCCCC-G-T-CAagt
gi|3                          :                                                                      ccccccctcccaacaaca-G---TATTCT---GTTAGCTT-T----------------------GCT----A-G---C-GC-----AATC--T-ATC-T-T--AG--AA-G--A---TTG--C-C--CC----CAC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACcgccccataactcaaag
gi|4                          : ctcccccccccccccctttagttatccaataccataagctttttctcggtgat-----A------CAC-A-----T-----T--T-ATG---TGT-CC---ATTA-CTT-TTT--G-C-G---A-T-T-T-T-GCT----TCG--TC-GC-----C--CCAT-A-C-T-T--AA--GAAG--T---TTG--C-----C----CCC--C-----CCCCTC-C-T-Cagtc
gi|5                          :                          cacacacaccgttggcCCCCA--CAC-ACACCCA------CAC-A-----T-----CAAT-A-G---TCT--C---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCTA---T-G--TC-GC-----A-----T-A-----T--AG--AA-G------TTG--C-CTTTC----CCC--C-----CCCCCC-cacttcttgcacagacatctcctacg
gi|6                          :                                 ccccccgccCCCCA--CAC-A------------CACTA-----T-----T--A-G-G---TGTTTC---AACAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-G-TTGTTGCTAT-GT-TC-GC-----AATT--T-A-CTT-T--AG--AA-G--T---TTA----C--GC----CTC--A-----TCCCTC-T-T-CAA-AGccccctcccctttcaaaacag
gi|7                          :                                  ccccccccCCCAA--CAC-AC----A------CAC-A-----T-----T--TTA-G---TGTTCC---ATTAGCTTGTCC--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC--------T--T-ACC-T-T--AGCAGA-G--T---TTAGTC-C--TC----CCCCTC-----CCCTTC-TCT-CAA-gaacgag
gi|8                          :                                      cctcccCCA--CAC-A------------CAT-A-----T-----T--TTA-G---T-TTCA---ATTAGC-T-TTT--T-T-G---ATT-T-T-TTGCT----T-G---C-GC-----AT-T--T-ATT-T-T--AGC-AA-G--T---TTG--C-CCATC----CCC--CTGCGACCCCTC-T-T-CAA-AGACacaaa
gi|9                          :                                    ctcccgCCCCAATCAC-A-----A------CAC-ACA---T-----T--T-AAG---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-TTG---A-T-T-T-CTGCT----TTG--TTTGC-----A--T--TTA-C-T-T--AG--AA-G--T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----TCCCTT-T-----A-AGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTCTTTCGATTGCCTTGCTTGTCACATTTATTTTAAAATATCTTTCCCCTTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCTTCAAAACAG






Alignments
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lowQualScore                  :                                               44   3 111111111111   2 444444444444444444 444 2 0  444        2   8888888888 2 5 444     9999999999999999999999999999999   444444   2 666   9999999  5555   33 99999      2 2 2   3     
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lowQualScore                  :                                               66   3 222222222222   9 999999999999999999 777 7 8  777        7   9999999999 7 3 444     3333333333333333333333333333333   444444   5 999   1111111  7777   77 77777      7 9 9   3     
consensus                     :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACC
Reference ( family-3676 )     :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACC
gi|1                          :                                             CA--CAC-A-----ATTTTTACAC-A-----T-----T--T-ACGATTTGTTCC---ATTAGCTT-TTTTAT-T-G---A-TGTGT-TTGCTTA--T-G--TC-GCTTGAGA--T--T-A-C--TA---G--AAG-TG--TTG--C-C--TC----CTC--CTCT--CCCCTCTT-T-CAA-AGA
gi|10                         :                                                    ccccccccaaacacaAC-A-----T-----T--T-A-G---T-TTCC---ATTAGCTT-TTT--T---G---A-TAT-T-TTGGC----T-GAATC-GC-----A--T--TTA-C-TTACA-G--AAG-T---TTGC-C-C--TC----CCC--T-----CCCCCC-T-TCCAA-AGACCtacagt
gi|11                         :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGT--C---AT-AGCTT-TTC--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----G--T--T-A-C-TTA---A--GAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--T-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACCagtcc
gi|12                         :                                            CCA--CA--A-----A------CAC-A-----TAATCAT--T-A-G---TGTTC----ATTAGCTT-TTT----------A-T-T-----GCT----T--------------------------TTA-------AG-T---T-G--C-C--TC----CCC--CG----CCCCTC-T-T-CAA-AGAC
gi|13                         :                              cccccccccacacaaCA--CAC-A-----A------CT--------T-----T--T-A-A---TGTTCC---ATTAGCTT-TTA--T---A---A-T-C-T-TTGCT------G--AG-GC-----A--T--T-A-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-G--CC----CCC--CGCCT-CCACTC-T-T-CAA-
gi|14                         :                                           caCA--CAC-AC----A------CAC-A-----A-----TGCT-A-G---T--TCT---ATTA-CTT-TTT--T-T-G-------T-G-CTGCT----T-G--TC-GC-----A--A--T-A---TGA---G--AAG-T---TT
gi|15                         :                     tcctcctcaccactccacacaCCCCA--CAT-C-----A------CAC-ACACCAT-----T--T-A-G---TGTTCC---A-TAGCTT-TTT--TCT-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G----------------------------------------------------C----CCC--T-----CCCCTC-T-T-C-A-AGAC
gi|17                         :                                                                                                                              ttgccccTGCT----T-G--GC-GC-----AA-T--T-A-A-CTATAGG--AAGAT---TTG--C-C--CC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAACAGACag
gi|2                          :                                             CA--CACGA-----A------CA--A-----T-----T------G---TGTTTCCATATTAGCTT-TTT--T-T-TTTTA-T-T-TATTGCC----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-CTTTA---GA-AAG-TATATTG--TAC--TCATCACCT--C-----TCCCCC-G-T-CAagt
gi|3                          :                                                                      ccccccctcccaacaaca-G---TATTCT---GTTAGCTT-T----------------------GCT----A-G---C-GC-----AATC--T-ATC-TTA---G--AAG-A---TTG--C-C--CC----CAC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACcgccccataactcaaag
gi|4                          : ctcccccccccccccctttagttatccaataccataagctttttctcggtgat-----A------CAC-A-----T-----T--T-ATG---TGT-CC---ATTA-CTT-TTT--G-C-G---A-T-T-T-T-GCT----TCG--TC-GC-----C--CCAT-A-C-TTAA--G--AAG-T---TTG--C-----C----CCC--C-----CCCCTC-C-T-Cagtc
gi|5                          :                          cacacacaccgttggcCCCCA--CAC-ACACCCA------CAC-A-----T-----CAAT-A-G---TCT--C---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCTA---T-G--TC-GC-----A-----T-A----TA---G--AAG-----TTG--C-CTTTC----CCC--C-----CCCCCC-cacttcttgcacagacatctcctacg
gi|6                          :                                 ccccccgccCCCCA--CAC-A------------CACTA-----T-----T--A-G-G---TGTTTC---AACAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-G-TTGTTGCTAT-GT-TC-GC-----AATT--T-A-CTTTA---G--AAG-T---TTA----C--GC----CTC--A-----TCCCTC-T-T-CAA-AGccccctcccctttcaaaacag
gi|7                          :                                  ccccccccCCCAA--CAC-AC----A------CAC-A-----T-----T--TTA-G---TGTTCC---ATTAGCTTGTCC--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC--------T--T-ACC-TTA---GCAGAG-T---TTAGTC-C--TC----CCCCTC-----CCCTTC-TCT-CAA-gaacgag
gi|8                          :                                      cctcccCCA--CAC-A------------CAT-A-----T-----T--TTA-G---T-TTCA---ATTAGC-T-TTT--T-T-G---ATT-T-T-TTGCT----T-G---C-GC-----AT-T--T-ATT-TTA---GC-AAG-T---TTG--C-CCATC----CCC--CTGCGACCCCTC-T-T-CAA-AGACacaaa
gi|9                          :                                    ctcccgCCCCAATCAC-A-----A------CAC-ACA---T-----T--T-AAG---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-TTG---A-T-T-T-CTGCT----TTG--TTTGC-----A--T--TTA-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----TCCCTT-T-----A-AGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTCTTTCGATTGCCTTGCTTGTCACATTTATTTTAAAATATCTTTCCCCTTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCTTCAAAACAG






Alignments
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lowQualScore                  :                                               44   3 111111111111   2 444444444444444444 444 2 0  444        2   8888888888 2 5 444     9999999999999999999999999999999   444444   2 666   9999999  5555   33 99999      2 2 2   3     
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lowQualScore                  :                                               66   3 222222222222   9 999999999999999999 777 7 8  777        7   9999999999 7 3 444     3333333333333333333333333333333   444444   5 999   1111111  7777   77 77777      7 9 9   3     
consensus                     :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACC
Reference ( family-3676 )     :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACC
gi|1                          :                                             CA--CAC-A-----ATTTTTACAC-A-----T-----T--T-ACGATTTGTTCC---ATTAGCTT-TTTTAT-T-G---A-TGTGT-TTGCTTA--T-G--TC-GCTTGAGA--T--T-A-C--TA---G--AAG-TG--TTG--C-C--TC----CTC--CTCT--CCCCTCTT-T-CAA-AGA
gi|10                         :                                                    ccccccccaaacacaAC-A-----T-----T--T-A-G---T-TTCC---ATTAGCTT-TTT--T---G---A-TAT-T-TTGGC----T-GAATC-GC-----A--T--TTA-C-TTACA-G--AAG-T---TTGC-C-C--TC----CCC--T-----CCCCCC-T-TCCAA-AGACCtacagt
gi|11                         :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGT--C---AT-AGCTT-TTC--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----G--T--T-A-C-TTA---A--GAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--T-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACCagtcc
gi|12                         :                                            CCA--CA--A-----A------CAC-A-----TAATCAT--T-A-G---TGTTC----ATTAGCTT-TTT----------A-T-T-----GCT----T--------------------------TTA-------AG-T---T-G--C-C--TC----CCC--CG----CCCCTC-T-T-CAA-AGAC
gi|13                         :                              cccccccccacacaaCA--CAC-A-----A------CT--------T-----T--T-A-A---TGTTCC---ATTAGCTT-TTA--T---A---A-T-C-T-TTGCT------G--AG-GC-----A--T--T-A-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-G--CC----CCC--CGCCT-CCACTC-T-T-CAA-
gi|14                         :                                           caCA--CAC-AC----A------CAC-A-----A-----TGCT-A-G---T--TCT---ATTA-CTT-TTT--T-T-G-------T-G-CTGCT----T-G--TC-GC-----A--A--T-A---TGA---G--AAG-T---TT
gi|15                         :                     tcctcctcaccactccacacaCCCCA--CAT-C-----A------CAC-ACACCAT-----T--T-A-G---TGTTCC---A-TAGCTT-TTT--TCT-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G----------------------------------------------------C----CCC--T-----CCCCTC-T-T-C-A-AGAC
gi|17                         :                                                                                                                              ttgccccTGCT----T-G--GC-GC-----AA-T--T-A-A-CTATAGG--AAGAT---TTG--C-C--CC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAACAGACag
gi|2                          :                                             CA--CACGA-----A------CA--A-----T-----T------G---TGTTTCCATATTAGCTT-TTT--T-T-TTTTA-T-T-TATTGCC----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-CTTTA---GA-AAG-TATATTG--TAC--TCATCACCT--C-----TCCCCC-G-T-CAagt
gi|3                          :                                                                      ccccccctcccaacaaca-G---TATTCT---GTTAGCTT-T----------------------GCT----A-G---C-GC-----AATC--T-ATC-TTA---G--AAG-A---TTG--C-C--CC----CAC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACcgccccataactcaaag
gi|4                          : ctcccccccccccccctttagttatccaataccataagctttttctcggtgat-----A------CAC-A-----T-----T--T-ATG---TGT-CC---ATTA-CTT-TTT--G-C-G---A-T-T-T-T-GCT----TCG--TC-GC-----C--CCAT-A-C-TTAA--G--AAG-T---TTG--C-----C----CCC--C-----CCCCTC-C-T-Cagtc
gi|5                          :                          cacacacaccgttggcCCCCA--CAC-ACACCCA------CAC-A-----T-----CAAT-A-G---TCT--C---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCTA---T-G--TC-GC-----A-----T-A----TA---G--AAG-----TTG--C-CTTTC----CCC--C-----CCCCCC-cacttcttgcacagacatctcctacg
gi|6                          :                                 ccccccgccCCCCA--CAC-A------------CACTA-----T-----T--A-G-G---TGTTTC---AACAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-G-TTGTTGCTAT-GT-TC-GC-----AATT--T-A-CTTTA---G--AAG-T---TTA----C--GC----CTC--A-----TCCCTC-T-T-CAA-AGccccctcccctttcaaaacag
gi|7                          :                                  ccccccccCCCAA--CAC-AC----A------CAC-A-----T-----T--TTA-G---TGTTCC---ATTAGCTTGTCC--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC--------T--T-ACC-TTA---GCAGAG-T---TTAGTC-C--TC----CCCCTC-----CCCTTC-TCT-CAA-gaacgag
gi|8                          :                                      cctcccCCA--CAC-A------------CAT-A-----T-----T--TTA-G---T-TTCA---ATTAGC-T-TTT--T-T-G---ATT-T-T-TTGCT----T-G---C-GC-----AT-T--T-ATT-TTA---GC-AAG-T---TTG--C-CCATC----CCC--CTGCGACCCCTC-T-T-CAA-AGACacaaa
gi|9                          :                                    ctcccgCCCCAATCAC-A-----A------CAC-ACA---T-----T--T-AAG---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-TTG---A-T-T-T-CTGCT----TTG--TTTGC-----A--T--TTA-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----TCCCTT-T-----A-AGAC


blockSeqs                     :                                               AT   G CACCCA         T TAATCATTA          .   G    CAT        G   TTTTTT     T A TA      GCTATGTTCGCAATTTACT               TAGG     A ATA   CCTT     ATCA   CT TGCGA      . C C   C
blockSeqs                     :                                               .    . CA             . CACCATTTA          .   G    .          .   TCTG       . . T       TGAATCGCATTTAC                    CAG      . .     GTCC     .      .  GCCT       . . .   .
blockSeqs                     :                                               .    . CA             . CATTTAA            .   G    .          .   TTTG       . . T       TCGTCGCCCCATAC                    GCA      . .     CCCA     .      .  G          . . .   .
blockSeqs                     :                                               .    . A              . ATGCTA             .   G    .          .   TTG        . . T       TTGTTTGCATTTAC                    GA       . .     CCC      .      .  .          . . .   .
blockSeqs                     :                                               .    . A              . TCAATA             .   G    .          .   TTG        . . G       AGCGCAATCTATC                     AG       . .     TAC      .      .  .          . . .   .
blockSeqs                     :                                               .    . A              . TTTAT              .   A    .          .   GCG        . . T       TGGCGCAATTAA                      GC       . .     CC       .      .  .          . . .   .
blockSeqs                     :                                               .    . A              . TTTTA              .   G    .          .   TTG        . . T       TGTCGCATTACT                      A        . .     CC       .      .  .          . . .   .
blockSeqs                     :                                               .    . A              . TTTTA              .   C    .          .   TTG        . . T       TGCGCATTTATT                      G        . .     CG       .      .  .          . . .   .
blockSeqs                     :                                               .    . A              . TTTA               .   G    .          .   TTG        . . G       TGTCGCGTTAC                       G        . .     CC       .      .  .          . . .   .
blockSeqs                     :                                               .    . A              . TTTA               .   G    .          .   TTG        . . T       TGTCGCTTACC                       G        . .     CC       .      .  .          . . .   .
blockSeqs                     :                                               .    . .              . TTTA               .   G    .          .   TG         . . T       GAGGCATTAC                        G        . .     CC       .      .  .          . . .   .
blockSeqs                     :                                                      .              . TTAG               .   .    .          .   TA         . . T       TGTCGCAATA                        G        . .     C        .      .  .          . . .    
blockSeqs                     :                                                                     . TT                 .   .    .          .   .          . . .       ATGTCGCATA                        G        . .     C        .      .  .          . . .    
blockSeqs                     :                                                                                          .   .    .          .   .          . . .       TG                                .        . .     .        .      .  .          .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                         T                                 .        . .                                            


blockSeqCons                  :                                                      A***********     TTTA************** ***                     TTG*******     T**     TGTCGCATTAC********************              ***                      *****
originalCons                  :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACC
finalCons                     :                                          CCCCA--CAC-AA-----------CAC-ATTTA--------------G---TGTTCC---ATTAGCTT-TTTTTG-------A-T-TT--TTGCTTGTCGCATTAC--------------------TTA---G--AAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTCTTTCGATTGCCTTGCTTGTCACATTTATTTTAAAATATCTTTCCCCTTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCTTCAAAACAG






Alignments
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lowQualScore                  :                                               44   3 111111111111   2 444444444444444444 444 2 0  444        2   8888888888 2 5 444     9999999999999999999999999999999   444444   2 666   9999999  5555   33 99999      2 2 2   3     
lowQualScore                  :                                               ..   . ............   . .................. ... . .  ...        .   .......... . . ...     ...............................   ......   . ...   .......  ....   .. .....      . . .   .     
lowQualScore                  :                                               66   3 222222222222   9 999999999999999999 777 7 8  777        7   9999999999 7 3 444     3333333333333333333333333333333   444444   5 999   1111111  7777   77 77777      7 9 9   3     
consensus                     :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACC
Reference ( family-3676 )     :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACC
gi|1                          :                                             CA--CAC-A-----ATTTTTACAC-A-----T-----T--T-ACGATTTGTTCC---ATTAGCTT-TTTTAT-T-G---A-TGTGT-TTGCTTA--T-G--TC-GCTTGAGA--T--T-A-C--TA---G--AAG-TG--TTG--C-C--TC----CTC--CTCT--CCCCTCTT-T-CAA-AGA
gi|10                         :                                                    ccccccccaaacacaAC-A-----T-----T--T-A-G---T-TTCC---ATTAGCTT-TTT--T---G---A-TAT-T-TTGGC----T-GAATC-GC-----A--T--TTA-C-TTACA-G--AAG-T---TTGC-C-C--TC----CCC--T-----CCCCCC-T-TCCAA-AGACCtacagt
gi|11                         :                                          CCCCA--CAC-A-----A------CAC-A-----T-----T--T-A-G---TGT--C---AT-AGCTT-TTC--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC-----G--T--T-A-C-TTA---A--GAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--T-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACCagtcc
gi|12                         :                                            CCA--CA--A-----A------CAC-A-----TAATCAT--T-A-G---TGTTC----ATTAGCTT-TTT----------A-T-T-----GCT----T--------------------------TTA-------AG-T---T-G--C-C--TC----CCC--CG----CCCCTC-T-T-CAA-AGAC
gi|13                         :                              cccccccccacacaaCA--CAC-A-----A------CT--------T-----T--T-A-A---TGTTCC---ATTAGCTT-TTA--T---A---A-T-C-T-TTGCT------G--AG-GC-----A--T--T-A-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-G--CC----CCC--CGCCT-CCACTC-T-T-CAA-
gi|14                         :                                           caCA--CAC-AC----A------CAC-A-----A-----TGCT-A-G---T--TCT---ATTA-CTT-TTT--T-T-G-------T-G-CTGCT----T-G--TC-GC-----A--A--T-A---TGA---G--AAG-T---TT
gi|15                         :                     tcctcctcaccactccacacaCCCCA--CAT-C-----A------CAC-ACACCAT-----T--T-A-G---TGTTCC---A-TAGCTT-TTT--TCT-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G----------------------------------------------------C----CCC--T-----CCCCTC-T-T-C-A-AGAC
gi|17                         :                                                                                                                              ttgccccTGCT----T-G--GC-GC-----AA-T--T-A-A-CTATAGG--AAGAT---TTG--C-C--CC----CCC--C-----CCCCTC-T-T-CAACAGACag
gi|2                          :                                             CA--CACGA-----A------CA--A-----T-----T------G---TGTTTCCATATTAGCTT-TTT--T-T-TTTTA-T-T-TATTGCC----T-G--TC-GC-----A--T--T-A-CTTTA---GA-AAG-TATATTG--TAC--TCATCACCT--C-----TCCCCC-G-T-CAagt
gi|3                          :                                                                      ccccccctcccaacaaca-G---TATTCT---GTTAGCTT-T----------------------GCT----A-G---C-GC-----AATC--T-ATC-TTA---G--AAG-A---TTG--C-C--CC----CAC--C-----CCCCTC-T-T-CAA-AGACcgccccataactcaaag
gi|4                          : ctcccccccccccccctttagttatccaataccataagctttttctcggtgat-----A------CAC-A-----T-----T--T-ATG---TGT-CC---ATTA-CTT-TTT--G-C-G---A-T-T-T-T-GCT----TCG--TC-GC-----C--CCAT-A-C-TTAA--G--AAG-T---TTG--C-----C----CCC--C-----CCCCTC-C-T-Cagtc
gi|5                          :                          cacacacaccgttggcCCCCA--CAC-ACACCCA------CAC-A-----T-----CAAT-A-G---TCT--C---ATTAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-T-TTGCTA---T-G--TC-GC-----A-----T-A----TA---G--AAG-----TTG--C-CTTTC----CCC--C-----CCCCCC-cacttcttgcacagacatctcctacg
gi|6                          :                                 ccccccgccCCCCA--CAC-A------------CACTA-----T-----T--A-G-G---TGTTTC---AACAGCTT-TTT--T-T-G---A-T-T-G-TTGTTGCTAT-GT-TC-GC-----AATT--T-A-CTTTA---G--AAG-T---TTA----C--GC----CTC--A-----TCCCTC-T-T-CAA-AGccccctcccctttcaaaacag
gi|7                          :                                  ccccccccCCCAA--CAC-AC----A------CAC-A-----T-----T--TTA-G---TGTTCC---ATTAGCTTGTCC--T-T-G---A-T-T-T-TTGCT----T-G--TC-GC--------T--T-ACC-TTA---GCAGAG-T---TTAGTC-C--TC----CCCCTC-----CCCTTC-TCT-CAA-gaacgag
gi|8                          :                                      cctcccCCA--CAC-A------------CAT-A-----T-----T--TTA-G---T-TTCA---ATTAGC-T-TTT--T-T-G---ATT-T-T-TTGCT----T-G---C-GC-----AT-T--T-ATT-TTA---GC-AAG-T---TTG--C-CCATC----CCC--CTGCGACCCCTC-T-T-CAA-AGACacaaa
gi|9                          :                                    ctcccgCCCCAATCAC-A-----A------CAC-ACA---T-----T--T-AAG---TGTTCC---ATTAGCTT-TTT--T-TTG---A-T-T-T-CTGCT----TTG--TTTGC-----A--T--TTA-C-TTA---G--AAG-T---TTG--C-C--TC----CCC--C-----TCCCTT-T-----A-AGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTCTTTCGATTGCCTTGCTTGTCACATTTATTTTAAAATATCTTTCCCCTTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCTTCAAAACAG