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consensus                     :  GTCTTACAGTTCCAC--TTTGTTGT-AATCC--G---G--GGG-CATCA----------G-TGTTTCACAAGT
Reference ( gi|19 )           :  GCCTTACAGTTCCAC--TTTGTTGT-AATCC--G---A--GGA-CATCG----------A-TGTTTCACAAGTA
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gi|3                          : tGCCTTACAGTTCCAT--TTAGTTGTAAATCT--G---G--AGG-CATCacagtgacaaacacatct
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gi|22                         : tgtaTTGCAATTCCAC--TGTATTGT-AATAT--GTACA--GG--CATTA----------A-TGTTTCACAAGacacatgtattt
gi|1                          :      TACAGTTCCAC--TTTGTTGT-AATCC--A---G--AGC-CATCACTTTAATTCAG-TGTTTCACAAAT
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gi|9                          : ataagTACAGTCCC----TTTGTTGT-AATTCACG---G--GGA-CATCC----------G-TATTTTACAA
gi|24                         :    caTACAGTCCCAC--TTCGT-AT-AGTTC------A--GGG-CATCA----------G-AGTTTCACAAacatattttg
gi|23                         :       ACGGTTTCAC--TTTGT-GT-AATCC--A---T--GAA-CATCA----------AATGTTTCACAAaaca
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gi|2                          :         AGTTCCAC--TTTGTTAT-AATCC--G---agacatcttgt
gi|17                         :      aagAATTCTAC--AGTGTTGT-AATCCA-G---A--AG--CATCA----------G-TAATTCACAAttggttgcagtgtatcacaaacacatcaccgtttacatatc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTACAGGATTCGATTCCATGTTGTCTTATCGGGGGCATCTGGTGTTTCACGAACACTTCT
Unaligned ( gi|11 ): AATTCTGCTCTGTTGGAATTCGGGGGCATCAATTAATTCACAAACACATATTTGTT






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Reference ( family-3672 )     :      GTCTTACAG-------TTCCAC--TTTGTTGT-AATC--CGGG--GGCA----------TC-AG-TGT--TTCACAAGT
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gi|3                          : ataagGCCTTACAG-------TTCCAT--TTAGTTGTAAATC--TGGA--GGCA----------TC-
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Alignments
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consensus                     :      GTCTTACAG-------TTCCAC--TTTGTTGT-AATC--CGGG--GGCA----------TC-AG-TGT--TTCACAAGT
Reference ( family-3672 )     :      GTCTTACAG-------TTCCAC--TTTGTTGT-AATC--CGGG--GGCA----------TC-AG-TGT--TTCACAAGT
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blockSeqs                     :               .            .         .    .     .     .           .  .   . 
blockSeqs                     :               .            .         .    .     .     .           .  .   . 
blockSeqs                     :               .            .         .    .     .     .           .  .   . 
blockSeqs                     :               .            .         .    .     .     .           .  .   . 
blockSeqs                     :               .            .         .    .     .     .           .  .   . 
blockSeqs                     :               .            .         .    .     .     .           .  .   . 
blockSeqs                     :               .            .         .    .     .     .           .  .     
blockSeqs                     :               .            .         .    .     .     .           .  .     
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blockSeqCons                  :                                                       **********
originalCons                  :      GTCTTACAG-------TTCCAC--TTTGTTGT-AATC--CGGG--GGCA----------TC-AG-TGT--TTCACAAGT
finalCons                     :      GTCTTACAG-------TTCCAC--TTTGTTGT-AATC--CGGG--GGCA----------TC-AG-TGT--TTCACAAGT





Alignments
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lowQualScore                  :               .......      ..        .    .. .  ..    ..........  .  .   ..         
lowQualScore                  :               0000000      11        5    11 7  11    7777777777  5  6   44         
consensus                     :      GTCTTACAG-------TTCCAC--TTTGTTGT-AATC--CGGG--GGCA----------TC-AG-TGT--TTCACAAGT
Reference ( family-3672 )     :      GTCTTACAG-------TTCCAC--TTTGTTGT-AATC--CGGG--GGCA----------TC-AG-TGT--TTCACAAGT
gi|1                          :      GTCGTACAG-------TTCCAC--TTTGTTGT-AATC--CAGA--GCCATCACTTTAATTC-AG-TGT--TTCACAAAT
gi|10                         :     tGTCTTTTAG-------TTCCAC--TTTATCGT-GATC--CGGG--GACA----------TC-AG-TGT--TTCACAgcgtctt
gi|11                         :             AA-------TTCTGC--TCTGTTGG-AATT--CGGG--GGCA----------TC-AA-T-TAATTCACAAgacatctt
gi|12                         :      GTCTTGCGC-------TTCCTC--TTTGTTGT-TATC--GAGG--AGCG----------TC-AA-TGT--TTCACAAacacatatttgtt
gi|13                         :       TCTTATAG-------TTCCTC--TTTGTTGT-AAT---CAGG--GGTA----------TC-AG-TAT--TTCACacacatt
gi|14                         :       TCTTACAG-------TTCCAC--TTTGTTGT-AATC--CATT--GGAA----------TT-AG-TGT--TTCACAAtctatcatatt
gi|15                         :      GTCTTGCAG-------TTTCAC--TGTGTTGT-AATC--CGAT--GGCA----------AC-AG-TGacacatc
gi|16                         :      tTCTTACAA-------TTCCAC--TTTGTTGT-AATT--TGGA--GGCA----------TC-AG-TG---TTCACacaaacacatct
gi|17                         :             AA-------TTCTAC--AGTGTTGT-AATC--CAGA--AGCA----------TC-AG-TAA--TTCACAAtaacacat
gi|18                         :      GTCTTACAG-------TTCTTC--TCTGTTAT-AATC--CAGG--GGTA----------TC-AG-TGT--acccatcttgt
gi|19                         :      GCCTTACAG-------TTCCAC--TTTGTTGT-AATC--CGAG--GACA----------TC-GA-TGT--TTCACAAGTcagatacgt
gi|2                          :             AG-------TTCCAC--TTTGTTAT-AATC--CGTT--GGTT----------GC-AG-TGT--ATCACAAa
gi|20                         :   aagGTCTTACAT-------TTCCAC--TTCGTTGT-AATC--C--G--GGCA----------TC-AG-CGT--TT-ACAAacacatcaccgtttacatatc
gi|21                         :             AG-------TTCCAC-----GTTGT-AATC--CGGA--GGCA----------TC-AG-TTA--TTCACAAacacc
gi|22                         :         TTGCAA-------TTCCAC--TGTATTGT-AATA--TGTACAGGCA----------TT-AA-TGT--TTCACAAGagacatcttgt
gi|23                         :           ACGG-------TTTCAC--TTTGT-GT-AATC--CATG--AACA----------TC-AAATGT--TTCACAA
gi|24                         :          TACAG-------TCCCAC--TTCGT-AT-AGTT--CAGG--G-CA----------TC-AG-AGT--TTCACAAaacac
gi|25                         :       TCTTACAG-------TTTCAC--TGTATTGT-AATA--C--A--GGCA----------TT-AA-TGT--TTaaca
gi|26                         :          TACAG-------TTCCAC--CTTGTTGT--ATC--AGGG--GACA----------TC-AA-Ttcc
gi|3                          : ataagGCCTTACAG-------TTCCAT--TTAGTTGTAAATC--TGGA--GGCA----------TC-
gi|4                          :      GTATTGCAG-------TTTCAC--TTTGTTGT-AATC--C-AA--TGCA----------TC-TG-TAT--CTCACAAttggtttgttgacaaacagttaca
gi|5                          :     tGTCTTACAG-------TTCCACCTTTTGTTGT-AATC--TGGA--GGCA----------TC-GT-TGT--TTCACAacacatgtattt
gi|6                          :     tGTCTTACAG-------TTCCAC--TTTGTTGT-TATC--CGGG--GGCA----------TC-TG-TGT--CTcaacctgtg
gi|7                          :         TTACAGGATTCGATTCCAT--GTTGTCTT-A--T--CGGG--GGCA----------TCTGG-TGT--TTCACGAtgctctgacatgatct
gi|8                          :         TTACAG-------TTC-AC--TTTGCTGT-AATT--CGGG--GGCG----------TC-AG-TGT--TTCACTAGTacacttct
gi|9                          :        taTACAG-------TCCC----TTTGTTGT-AATTCACGGG--GACA----------TC-CG-TAT--TTTACAAtaacacgtct