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lowQualScore                  :                          2 55555    22222222222   44444444444444444   444  777  8888888 2  0 999999      7777777  33     33 88 3     22   3333   6 44444      
lowQualScore                  :                          . .....    ...........   .................   ...  ...  ....... .  . ......      .......  ..     .. .. .     ..   ....   . .....      
lowQualScore                  :                          9 00000    77777777777   55555555555555555   777  333  0000000 5  2 555555      8888888  99     99 66 6     88   5555   0 00000      
consensus                     :                  TAATTATA-C-----CCCC--CG-C-----AAA--C-A-A--G-------TTT---GG---GG--G-G--T-ATATNG----GAATCA-GC--N-TG--TCCGT-CT--G-TCTGTGCAGATTCGTGTTCTGATTATAACT
Reference ( gi|4 )            :                  TAATTATA-C-----CCCC--CG-C-----AAA--C-A-A--G-------TTT---GG---GG--G-G--T-ATATAG----GAATCA-CT--C-TG--TCCGT-TT--G-TCTGTGCAGATTCGTGTCCGGGCAATAACT
gi|14                         :                  TAACTATA-TTA---CCGC--CG-------AAA--C-G-A--G-------TTT---GG---GGG-G-G--T-ATATTG----GAATCA-----C-AG--TCCGT-
gi|1                          :               tcaTATTTATA-C-----CCCC--CGCC-----AAA--C-G-A--T-------TTTTGGGG---GG--G-G--G-ATATTGC---GAATCA-GC--A-TG--TCC
gi|12                         :         atagggataaAATTATA-C-----CCCCTCCC-C-----CAC--C-A-AT-G-------TTT---GG---GG--G----T-ATGTAA----GTGTCA-TT--C-TA--TCCGT-TG--G-TCTcaggccgcttctgtctcagtccgtctgtctcgctaaac
gi|11                         :                   AATTATA-C-----CTTC--CT-A-----ACA--CGA-A--G-------TT-----G---GG--T-G--T-ATGTTG----GAATCA-GC--A-TG--TCCGT-TT--G-TCTGT
gi|10                         :                    ATTATA-T-----CCCT---G-C-----AAA--G-A-AA-G-------TTT---AG---GG--G-A--T-ATGTAG----GGATCG-GT----TG--TTTTT-TTCTG-TCTGTGCAag
gi|3                          :                    ATTATA-CACGGCCCTC--CG-CCCACCAAA--C-G-A--GAGTTTGGTTT---GG---GG--G-GGTT-ATATTG----GAATCA-GT--G-T---TCCGT-CT--G-TC-GTGTAGA
gi|16                         :               attgttTTATA-C-----CCCC---G-C-----CAA--C-A-A--A-------ATT---GG---GG--G----T-ATGTAG----AAATCC-CT--A-TG--Tcatg
gi|9                          :               tgtttgTTATA-CATC--CCCC--TG-C-----AAAA-C-GTA--G-------TTA---GG---AG--G-C--T-ATATTG----GAATCA-GC--A-TA--TGCGT-CTG-G-TCTGT
gi|13                         :                  tgttTATA-C-----CCCC--CGCC-----AAA--CGA-A--G-------TTT---GG---AGGCG-G--T-A-ATAA----GTTTCA-CT--C--G--TCTGT-CT--GTTCTGa
gi|14                         :                      TATA-C-----CCCC--C--C-----AAA--C-T-C--G-------TTT---CG---GC--G-G--TAATATAG----c
gi|7                          :                tcataaTATAAC-----TCCC--TG-C-----AAAA-CGA-A--G-------TTT---GGT--GG--G-G--T-ATAT-G----GAATCT-TG--CATG--T-CGT-CT--G-TCTGTttggaatcacagtccgt
gi|1                          :                    tcTATC-C-----CCCC--CC-C-----AAA----A-ATCG-------TTT---GGCGGGG--G-G--T-ATAcggtctgtctgtagac
gi|6                          :         atagggataatattATA-A-----CCCC--TG-C-----AAA--T-A-A--AA------TTT---AG---GG--ATG--T-ATATAATAATGGATCAGCTAGCATG--TTTGT-CT--G-TCTGTttgcgaatcagcatgtcccaggccgcttctgtctcagtccgtctgtctcgctaaac
gi|8                          :                          -C-----CCCC--CA-A-----AAAAAC-A-AA-G-------TTT---AG---GG--G-------TGTTG----GAATCA-GC--A-TG--TCCGT-CT--G-Tcaatctacttgtggaca
gi|5                          : cagcagcttctttctataccaccccct-----CCCC--CA-C-----AAA--C-AGA--G-------TTT---GG---GG--A-G--T-AT-T-G----GAATCA-GC--A-TGTCTCCGT-CT--G-TCTGT--AGA--CGTG
gi|15                         :                                                             attttgttgttataccccaccca-G--T-ATCTAG----AAATCA-CC--C--G--TCCATCTT--A-TCTGTGCAGATTC-TGTTCTGATTATAACTat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): GACATAATTTATTTATCCCCGCCAACGAAGTCGCGGGGGGGGGGGGGGAGGGTCATATTTGGAATCAGCATGTTCCGTCTGTCTGTCCGTCTGTCTGTTAAACCA






Alignments
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lowQualScore                  :                                                     3 66666    00000000000   7777777777777777   444  2  66 4444 2  0 55 7777     5555 777777777777777  33 2    33  6 3          7  6     3   4      
lowQualScore                  :                                                     . .....    ...........   ................   ...  .  .. .... .  . .. ....     .... ...............  .. .    ..  . .          .  .     .   .      
lowQualScore                  :                                                     1 11111    44444444444   9999999999999999   777  7  33 8888 5  2 99 8888     3333 333333333333333  77 7    99  2 1          3  7     0   0      
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Reference ( family-365 )      :                                             TAATTATA-C-----CCCC--CG-C-----AAA--C-A-A-G-------TTT---GG-GG--G-G--T-ATATN-G----GAATC----A--------GCN----TG--T-CCGT--CT-G-TCTGTGCAGATTCGTGTTCTGATTATAACT
gi|1                          :                                             TATTTATA-C-----CCCC--CGCC-----AAA--C-G-A-T-------TTTTGGGG-GG--G-G--G-ATATT-GC---GAATC----A--------GCA----TG--T-CC
gi|10                         :                                     atagggataaATTATA-T-----CCCT---G-C-----AAA--G-A-AAG-------TTT---AG-GG--G-A--T-ATGTA-G----GGATC----G--------G-T----TG--T-TTTTTTCT-G-TCTGTGCAcaggccgcttctgtctcagtccgtctgtctcgctaaac
gi|11                         :                                              AATTATA-C-----CTTC--CT-A-----ACA--CGA-A-G-------TT-----G-GG--T-G--T-ATGTT-G----GAATC----A--------GCA----TG--T-CCGT--TT-G-TCTGT
gi|12                         :                                              AATTATA-C-----CCCCTCCC-C-----CAC--C-A-ATG-------TTT---GG-GG--G----T-ATGTA-A----GTGTC----A--------TTC----TA--T-CCGT--TG-G-TCTag
gi|13                         :                                                 TATA-C-----CCCC--CGCC-----AAA--CGA-A-G-------TTT---GG-AGGCG-G--T-A-ATA-A----GTTTC----A---------CT----CG--T-CTGT--CT-GTTCTG
gi|14                         :                                             TAACTATA-TTA---CCGC--CG-------AAA--C-G-A-G-------TTT---GG-GGG-G-G--T-ATATT-G----GAATC----A---------CA-----G--T-CCGT--c
gi|15                         :                                                                                                         tca-G--T-ATCTA-G----AAATC----A---------CC----CG--T-CCAT--CTTA-TCTGTGCAGATTC-TGTTCTGATTATAACT
gi|16                         :                                                TTATA-C-----CCCC---G-C-----CAA--C-A-A-A-------ATT----G-GG--G-G--T-ATGTA-G----AAATC----
gi|2                          :                                                                                           tgtttg---GG-AG--G-G--TCATATTTG----GAATC----A--------GCA----TG--TTCCGT--CT-G-TCTGTcctatgt
gi|3                          : gacataatttatttatccccgccaacgaagtcgcggggggggggggATTATA-CACGGCCCTC--CG-CCCACCAAA--C-G-A-GAGTTTGGTTT---GG-GG--G-GGTT-ATATT-G----GAATC----A--------GTG----T---T-CCGT--CT-G-TC-GTGTAGAccgtctgtctgttaaacca
gi|4                          :                                       attgttTAATTATA-C-----CCCC--CG-C-----AAA--C-A-A-G-------TTT---GG-GG--G-G--T-ATATA-G----GAATC----A--------CTC----TG--T-CCGT--TT-G-TCTGTGCAGATTCGTGTCCGGGCAATAACTcatg
gi|5                          :                                                       -----CCCC--CA-C-----AAA--C-AGA-G-------TTT---GG-GG--A-G--T-AT--T-G----GAATC----A--------GCA----TGTCT-CCGT--CT-G-TCTGT--AGA--CGTG
gi|6                          :                           attttgttgttataccccacccaATA-A-----CCCC--TG-C-----AAA--T-A-A-AA------TTT---AG-GG--ATG--T-ATATA-ATAATGGATC----A--------GCTAGCATG--T-TTGT--CT-G-TCTGTat
gi|7                          :                                                 TATAAC-----TCCC--TG-C-----AAAA-CGA-A-G-------TTT---GGTGG--G-G--T-ATAT--G----GAATCTTGCATGTCGTCTGTC----TG--T-CGGT--CT-G-TCTGTcaatctacttgtggaca
gi|8                          :                                                   tc-C-----CCCC--CA-A-----AAAAAC-A-AAG-------TTT---AG-GG--G-------TGTT-G----GAATC----A--------GCA----TG--T-CCGT--CT-G-Tagac
gi|9                          :                     cagcagcttctttctataccaccccctTTATA-CATC--CCCC--TG-C-----AAAA-C-GTA-G-------TTA---GG-AG--G-C--T-ATATT-G----GAATC----A--------GCA----TA--T-GCGT--CTGG-TCTGT





Alignments
lowQualScore                  :                                                       11111    11111111111   1111111111111111                                         111111111111111                                               
lowQualScore                  :                                                     3 66666    00000000000   7777777777777777   444  2  66 4444 2  0 55 7777     5555 777777777777777  33 2    33  6 3          7  6     1   1      
lowQualScore                  :                                                     . .....    ...........   ................   ...  .  .. .... .  . .. ....     .... ...............  .. .    ..  . .          .  .     .   .      
lowQualScore                  :                                                     1 11111    44444444444   9999999999999999   777  7  33 8888 5  2 99 8888     3333 333333333333333  77 7    99  2 1          3  7     0   0      
consensus                     :                                             TAATTATA-C-----CCCC--CG-C-----AAA--C-A-A-G-------TTT---GG-GG--G-G--T-ATATN-G----GAATC----A--------GCN----TG--T-CCGT--CT-G-TCTGTGCAGATTCGTGTCCNGGCNATAACT
Reference ( family-365 )      :                                             TAATTATA-C-----CCCC--CG-C-----AAA--C-A-A-G-------TTT---GG-GG--G-G--T-ATATN-G----GAATC----A--------GCN----TG--T-CCGT--CT-G-TCTGTGCAGATTCGTGTCCNGGCNATAACT
gi|1                          :                                             TATTTATA-C-----CCCC--CGCC-----AAA--C-G-A-T-------TTTTGGGG-GG--G-G--G-ATATT-GC---GAATC----A--------GCA----TG--T-CC
gi|10                         :                                     atagggataaATTATA-T-----CCCT---G-C-----AAA--G-A-AAG-------TTT---AG-GG--G-A--T-ATGTA-G----GGATC----G--------G-T----TG--T-TTTTTTCT-G-TCTGTGCAcaggccgcttctgtctcagtccgtctgtctcgctaaac
gi|11                         :                                              AATTATA-C-----CTTC--CT-A-----ACA--CGA-A-G-------TT-----G-GG--T-G--T-ATGTT-G----GAATC----A--------GCA----TG--T-CCGT--TT-G-TCTGT
gi|12                         :                                              AATTATA-C-----CCCCTCCC-C-----CAC--C-A-ATG-------TTT---GG-GG--G----T-ATGTA-A----GTGTC----A--------TTC----TA--T-CCGT--TG-G-TCTag
gi|13                         :                                                 TATA-C-----CCCC--CGCC-----AAA--CGA-A-G-------TTT---GG-AGGCG-G--T-A-ATA-A----GTTTC----A---------CT----CG--T-CTGT--CT-GTTCTG
gi|14                         :                                             TAACTATA-TTA---CCGC--CG-------AAA--C-G-A-G-------TTT---GG-GGG-G-G--T-ATATT-G----GAATC----A---------CA-----G--T-CCGT--c
gi|15                         :                                                                                                         tca-G--T-ATCTA-G----AAATC----A---------CC----CG--T-CCAT--CTTA-TCTGTGCAGATTC-TGTTCTGATTATAACT
gi|16                         :                                                TTATA-C-----CCCC---G-C-----CAA--C-A-A-A-------ATT----G-GG--G-G--T-ATGTA-G----AAATC----
gi|2                          :                                                                                           tgtttg---GG-AG--G-G--TCATATTTG----GAATC----A--------GCA----TG--TTCCGT--CT-G-TCTGTcctatgt
gi|3                          : gacataatttatttatccccgccaacgaagtcgcggggggggggggATTATA-CACGGCCCTC--CG-CCCACCAAA--C-G-A-GAGTTTGGTTT---GG-GG--G-GGTT-ATATT-G----GAATC----A--------GTG----T---T-CCGT--CT-G-TC-GTGTAGAccgtctgtctgttaaacca
gi|4                          :                                       attgttTAATTATA-C-----CCCC--CG-C-----AAA--C-A-A-G-------TTT---GG-GG--G-G--T-ATATA-G----GAATC----A--------CTC----TG--T-CCGT--TT-G-TCTGTGCAGATTCGTGTCCGGGCAATAACTcatg
gi|5                          :                                                       -----CCCC--CA-C-----AAA--C-AGA-G-------TTT---GG-GG--A-G--T-AT--T-G----GAATC----A--------GCA----TGTCT-CCGT--CT-G-TCTGT--AGA--CGTG
gi|6                          :                           attttgttgttataccccacccaATA-A-----CCCC--TG-C-----AAA--T-A-A-AA------TTT---AG-GG--ATG--T-ATATA-ATAATGGATC----A--------GCTAGCATG--T-TTGT--CT-G-TCTGTat
gi|7                          :                                                 TATAAC-----TCCC--TG-C-----AAAA-CGA-A-G-------TTT---GGTGG--G-G--T-ATAT--G----GAATCTTGCATGTCGTCTGTC----TG--T-CGGT--CT-G-TCTGTcaatctacttgtggaca
gi|8                          :                                                   tc-C-----CCCC--CA-A-----AAAAAC-A-AAG-------TTT---AG-GG--G-------TGTT-G----GAATC----A--------GCA----TG--T-CCGT--CT-G-Tagac
gi|9                          :                     cagcagcttctttctataccaccccctTTATA-CATC--CCCC--TG-C-----AAAA-C-GTA-G-------TTA---GG-AG--G-C--T-ATATT-G----GAATC----A--------GCA----TA--T-GCGT--CTGG-TCTGT


blockSeqs                     :                                                     A ACGGC    CGCCCACC      CGAGAGTTTGG        .    T  GC GGT  C    TT TAAT     TTGC TGTCGTCTGTC      TC T    .   T T          T  G     G   A
blockSeqs                     :                                                     . ATC      TCCCC         AACAAAG            .    .  G  TG   .    A  .        .    GCTAGCA          .  .    .   G .          .  G          
blockSeqs                     :                                                     . TA       CGCC          ACGAAG             .    .  .  A    .    T  .        .    GCA              .  .    .   . .                        
blockSeqs                     :                                                     . .        CTA           ACGTAG             .    .  .  G    .    A  .        .    TTC              .  .    .   . .                        
blockSeqs                     :                                                     . .        CGC           GAAAG              .    .  .  G    .    A  .        .    GCA              .  .    .   . .                        
blockSeqs                     :                                                     . .        CAC           CGAAG              .    .  .  G    .    T  .        .    GTG              .  .    .   . .                        
blockSeqs                     :                                                     . .        TGC           CAATG              .    .  .  G    .    A  .        .    CTC              .  .    .   . .                        
blockSeqs                     :                                                     . .        TGC           CGAAG              .    .  .  G    .    A  .        .    GCA              .  .    .   . .                        
blockSeqs                     :                                                     . .        CAA           CAGAG              .    .  .  G    .    T  .        .    GCA              .  .    .   . .                        
blockSeqs                     :                                                     . .        TGC           TAAAA              .    .  .  G    .    A  .        .    GCA              .  .    .   . .                        
blockSeqs                     :                                                     . .        GC            CGAG               .    .  .  G    .    T  .        .    GT               .  .    .   . .                        
blockSeqs                     :                                                     . .        CG            CAAA               .    .  .  G    .    A  .        .    CT               .  .    .   . .                        
blockSeqs                     :                                                       .        GC            CAAG               .    .  .  C    .    T  .        .    CA               .  .    .                              
blockSeqs                     :                                                                                                 .    .  .  .    .    T  .        .    CC               .  .                                   
blockSeqs                     :                                                                                                            .    .    .  .        .                                                            


blockSeqCons                  :                                                                CGC********   CGAAG***********   ***                     ****                                   **
originalCons                  :                                             TAATTATA-C-----CCCC--CG-C-----AAA--C-A-A-G-------TTT---GG-GG--G-G--T-ATATN-G----GAATC----A--------GCN----TG--T-CCGT--CT-G-TCTGTGCAGATTCGTGTCCNGGCNATAACT
finalCons                     :                                             TAATTATA-C-----CCCCCGC--------AAACGAAG-----------TTT---GG-GG--G-G--T-ATATN-G----GAATC----A--------GCN----TG--T-CCGT--CT-G-TCTGTGCAGATTCGTGTCCNGGCNATAACT





Alignments
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lowQualScore                  :                                 2 55555    33  2 99999   99    777777   6666  2  888888888888888888   0 55 7777     2 3 66666   2 33   33  6 3          7  6     1   1      
lowQualScore                  :                                 . .....    ..  . .....   ..    ......   ....  .  ..................   . .. ....     . . .....   . ..   ..  . .          .  .     .   .      
lowQualScore                  :                                 9 00000    77  7 33333   00    777777   6666  7  666666666666666666   2 99 8888     5 3 77777   7 77   99  2 1          3  7     0   0      
consensus                     :                         TAATTATA-C-----CCCC--CG-C-----AAA--CGAA------GTT-T--GG-GG--G-G-------------TATATN-G----GAATC-AGCN----TGT-C--CGT--CT-G-TCTGTGCAGATTCGTGTCCNGGCNATAACT
Reference ( family-365 )      :                         TAATTATA-C-----CCCC--CG-C-----AAA--CGAA------GTT-T--GG-GG--G-G-------------TATATN-G----GAATC-AGCN----TGT-C--CGT--CT-G-TCTGTGCAGATTCGTGTCCNGGCNATAACT
gi|1                          :                         TATTTATA-C-----CCCC--CGCC-----AAA--CGAT------TTT-TGGGG-GG--G-G-------------GATATT-GC---GAATC-AGCA----TGT-C--C
gi|10                         :                 atagggataaATTATA-T-----CCCT---G-C-----AAA--GAAA------GTT-T--AG-GG--G-A-------------TATGTA-G----GGATC-GG-T----TGT-T--TTTTTCT-G-TCTGTGCAcaggccgcttctgtctcagtccgtctgtctcgctaaac
gi|11                         :                          AATTATA-C-----CTTC--CT-A-----ACA--CGAA------GTT-----G-GG--T-G-------------TATGTT-G----GAATC-AGCA----TGT-C--CGT--TT-G-TCTGT
gi|12                         :                          AATTATA-C-----CCCCTCCC-C-----CAC--CAAT------GTT-T--GG-GG--G---------------TATGTA-A----GTGTC-ATTC----TAT-C--CGT--TG-G-TCTag
gi|13                         :                             TATA-C-----CCCC--CG-CC----AAA--CGAA------GTT-T--GG-AGGCG-G-------------TA-ATA-A----GTTTC-A-CT----CGT-C--TGT--CT-GTTCTG
gi|14                         :                         TAACTATA-TTA---CCGC--CG-------AAA--CGA-------GTT-T--GG-GGG-G-G-------------TATATT-G----GAATC-A-CA-----GT-C--CGT--c
gi|15                         :                                                                                  tca-G-------------TATCTA-G----AAATC-A-CC----CGT-C--CAT--CTTA-TCTGTGCAGATTC-TGTTCTGATTATAACT
gi|16                         :                            TTATA-C-----CCCC---G-C-----CAA--CAAA------ATT-----G-GG--G-G-------------TATGTA-G----AAATC-
gi|2                          :                   tgtttgTATTTAT---------CCC--CG-C-----CAA--CGAA------GTCGC--GG-GG--G-GGGGGGGGGAGGGTCATATTTG----GAATC-AGCA----TGTTC--CGT--CT-G-TCTGTcctatgt
gi|3                          :                  gacataattATTATA-CACGGCCCTC--CG-CCCACCAAA--CGAGAGTTTGGTT-T--GG-GG--G-GGT-----------TATATT-G----GAATC-AGTG----T-T-C--CGT--CT-G-TC-GTGTAGAccgtctgtctgttaaacca
gi|4                          :                   attgttTAATTATA-C-----CCCC--CG-C-----AAA--C-AA------GTT-T--GG-GG--G-G-------------TATATA-G----GAATC-ACTC----TGT-C--CGT--TT-G-TCTGTGCAGATTCGTGTCCGGGCAATAACTcatg
gi|5                          :                                   -----CCCC--CA-C-----AAA--CAGA------GTT-T--GG-GG--A-G-------------TAT--T-G----GAATC-AGCA----TGT-CTCCGT--CT-G-TCTGT--AGA--CGTG
gi|6                          :       attttgttgttataccccacccaATA-A-----CCCC--TG-C-----AAA--TAAA------ATT-T--AG-GG--ATG-------------TATATA-ATAATGGATC-AGCTAGCATGT-T--TGT--CT-G-TCTGTat
gi|7                          :                             TATAAC-----TCCC--TG-C-----AAAA-CGAA------GTT-T--GGTGG--G-G-------------TATAT--G----GAATCTTGCA----TGT----CGT--CT-G-TCTGTcaatctacttgtggaca
gi|8                          :                               tc-C-----CCCC--CA-A-----AAAAACAAA------GTT-T--AG-GG--G-----------------TGTT-G----GAATC-AGCA----TGT-C--CGT--CT-G-Tcggtctgtctgtagac
gi|9                          : cagcagcttctttctataccaccccctTTATA-CATC--CCCC--TG-C-----AAAA-CGTA------GTT-A--GG-AG--G-C-------------TATATT-G----GAATC-AGCA----TAT-G--CGT--CTGG-TCTGT