lowQualScore : 111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 11 1 1 1 000000000000000000000000000000000 111 111 1 1111 11 3333333 111 222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222 11111111111 1111 1111111
lowQualScore : 9 2222 66 33 5 0 0 5 111111111111111111111111111111111 444 6 4 222 0 3 4444 6 33 2 1111111 0 555 777 333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222222222222222 33 2 2 2 2 00000000000 444 2222 1 2222222 4444 1 1 7777 1 1 55 555555 999999 222 11 2 1 1 1 1 22 444
lowQualScore : . .... .. .. . . . . ................................. ... . . ... . . .... . .. . ....... . ... ... .................................... ................................... .. . . . . ........... ... .... . ....... .... . . .... . . .. ...... ...... ... .. . . . . . .. ...
lowQualScore : 4 1111 99 88 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444 000 6 0 777 6 0 2222 5 88 5 2222222 3 000 333 999999999999999999999999999999999999 55555555555555555555555555555555555 22 4 1 1 2 33333333333 444 1111 4 6666666 0000 9 9 9999 9 8 55 222222 000000 777 99 8 4 4 4 4 11 222
consensus : NNNNCATCTTGTCA----GA--T--AATTATGTCG-ACTT-G-TCAG--ATAA-------TCTTGTATA---------NCGACTTGTC---AAATAANTA--TGTTGTCAANTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--AAACACGTTTTTA-TC-ANGAAAT--------CTTG-AA----CA-CGT-A------ATATCTGA-C-AA------GT--CGACAAA---AAG-------AT--C-TG-A-C-AAGT-C---------GAC--ATA----AAGAT-------CT----GA-CA-A----G-T-C-GACATAA------TT------AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
Reference ( gi|2 ) : ACTACATCTAGTCA----GA--T--AATGATGTCG-ACTT-G-TCAG--ATGA-------T----TATA---------ATGACTTGTC---AGAAAAATA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTCA-TC-ATGAATT--------CTTG-AA----CA-CGTGA------ATATCTGA-C-AA------GT--CGACAAA---AAG-------AT--C-TG-A-C-AAGT-C---------GAC--ATA----AAGAT-------CT----GA-CA-A----G-T-C-GACATAA------TT------AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|10 : CATTT-GTCA----TA--T--AATTATGTAG-ACTTTG-TTAG--CTGACCTGTTTT----TATATCCATANCCATCATTTGTC---AGATAATTA--TG
gi|1 : ATCTGGTTA----GA--T--AATTATGACG-ACTTTG-TCAA--AAAAATC----T----TGTC---------A--ACTAGTA---AAAAAAAAAATTGGTATTAAGTGA-A--GGTACA--AATTGGG---------ACATTTTTA-GT-ACAAAAA--------CCTC-AAAGTCCT-CCTT--------TAACTGA-C-AA------CT-------AA---AAGTGCTGGTCT--C-TG-AAC-AAGT-C---------GAC--TTC----ATGAT-------TC----AA-GT-A----A-T-C-GACACAA------CTTACTGTAC---TT--G-AC-AAGT-GG-T-GGAA--GAA---ATGTGCCACCATAataacaggaatataccaccata
gi|6 : tgttcttgtATCTTGTCATTTGGAGTT--AAT--TTTCA-ACTT-G-CTCGTTAT-A-------T----TATG----------TGACTTTTTCAGAGAAAAATG-----TATCAA--GG-A-TGG-AAA--AACTTGGCAT--GGACATGTTTT---TT-TTGATTT--------ATTA-A---------GTAA------G----------AA------GT--CGACAAAAG-AGG-------AT--C-TG-A-C-AAGT-
gi|8 : CTTGTCA----GG--TTAAATTATGTTGGACTT-G-TCAG--A-AA-------TCTTGTATA---------TCGACTTGTC---AAATTATTA--TGTTGt
gi|7 : gtcttatcaagattgacatatatgtctgaagttcCTTGTCA----GG--TTAAATTATGTTGGACTT-G-TCAG--A-AA-------TCTTGTATA---------TCGACTTGTC---AAATTATTA--TGTTGtggtgcaacgaatatgccatattgggttcaaag
gi|13 : gtcttatcaagattgacatatatgtctgaagttcGCCA----GA--T--CGTGATGCCG-ACAT-G-TCAG--ATtggtgcaacgaatatgccatattgggttcaaag
gi|23 : aagaacacgGTCA----GA--T--TATTATGTCG-ATTT-G-TCaaacgcaataatttgataaatggttggcagaaatgagccactata
gi|17 : A--T--AATCATGTCG-ACTT-GTTCAG--ATgggcagaaataagccaccataaa
gi|22 : AAATA--AGTTGTCAGCTGG-A-TAGCACA--AACTGTACAC--AA--ACGTTTTCT-TC-gaactcagacaagtcatggtagaaattatatgcctccata
gi|9 : TTAATTGGCACTGGCACACAAACTGGGCATTGAAACACGTTATTACTCAATGAAATCTCCCCCCCTTGCAA----CACCGTGACAACCTATACCTGACC-AA------GT--CGACCAA---A---------AT--C-CG-A-
gi|8 : TCTTA-TC-AAGA------------TTG-A-----CA-TAT--------ATGTCTGA----A------GTTCCAACATA---ATA-------AT--T-TG-A-C-AAGT-C---------GAT--ATAC---AAGATTT-----CT----GA-CA-A----G-T-CCAACATAA------TTTA----AC---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GCAA--CGA---ATATGCCA
gi|7 : gTCTTA-TC-AAGA------------TTG-A-----CA-TAT--------ATGTCTGA----A------GTTCCAACATA---ATA-------AT--T-TG-A-C-AAGT-C---------GAT--ATAC---AAGATTT-----CT----GA-CA-A----G-T-CCAACATAA------TTTA----AC---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GCAA--CGA---ATATGCCAtattgggttcaaag
gi|4 : gA-CATTA------ATATCTGAAC-AATATAGGAT--GGAGCAG---AAC-------ATTAC-TG---C-ACGC-C---------AAT--CTA----GAGAT-------C-----GA---------------GACAC---------C------AG---CT--A-GT-GAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAtattgggttcaaag
gi|14 : caagttgacaaatagaatatcatgaccagtcgacataaagatagacacagctcgTATTTGA-C-AA------GT--CGACGGA---A---------------TT-A-C-ACGT-T---------G-----T--------AT-------CT----AA-CA-A----G-T-C-AATATAAATCGAGTT------AT---CT--G-AG-AAGTGGG-T-GACA--GAA---ATgatcag
gi|21 : ATCTGA-CCAA------G---CGACATA---AAG-------AT--C-TG-A-C-AAGTCC---------GA----------------------CT----GA-CA-A----G-T-
gi|20 : gCTGA-C-AA------A-----AAAAA---AAG-------AT--T-TA-A-C-AAGT-G---------AAC--ATA----ATTAA-------CT----GA-CA-A----A-T-ggt
gi|4 : -C-AA------GT--TGACAAATAGAAT-------AT--CATG-A-C-CAGT-C---------GAC--ATA----AAGAT-------A-----GA-CACA----GCT-C-GACATTA------AT------AT---CT--GAAC-AAggt
gi|12 : AA-------AT--T-TG-A-C-AAGT-C---------GAC--ATAC---AAGAT--------T----G--CA-AATTTG-T-C-G-CATAA------TT------AT----T--G-A--AAGT--G-T-GG-A--GAA---ATATGCCCCCATAtataggatggagcagaacattactgcacgccaatctagagatcgagacaccagctagtgagtggtggcagaaatatgccaccatagatcag
gi|13 : tgaaagtaacattG-------AT--C-TG-A-C-ATGT-C---------GGC--ATC----ACGAT-------CT----GG-CA-A-----------ACGCAA------TA------AT---TT--G-AT-AAAT-GGTT-GGCA--GAA---ATGAGCCACTATA
gi|21 : aagaacacG-------AT--C-TG-A-CCAAG--C---------GAC--ATA----AAGAT-------CT----GA-CA-A----G-TCC-GA------------------------CT--G-AC-AAGT-GG-T-
gi|10 : -------AT--C-TG-A-C-AAAT-GATGGNTATGGAT--ATA----AAAACAGGTCAGCT----AA-CA-AA---G-T-C-TACATAA------TT------AT---AT--G-AC-AAAT-GA-T-AACA--GGA---ATATACCACCATA
gi|16 : cataatt-------AT--C-TC-A-C-AAGA-G---------GAG--CTA----ATTAT-------TT-----A-CA-A----G-T-T----ATAA------TT------AT---TT--G-AC-ACAT-GA-T-GGTA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|15 : -------AT--C-TGCA-C-AA-T-T---------GACTGATACTCTAATA--------CT----GA-CG-T----G-T-C----ATAA------TT-------T---CT--G--C-AAGT-G--T-GGCA--GAA---ATATGCCCCCATAgtac
gi|20 : --C-TG-A-C-AAA-------------AA--AAA----AAGAT-------TT----AA-CA-A----G-T-G-AACATAA------TT------AA---CT--G-AC-AAAT-GG-T-gga
gi|23 : G-A-C-AAAT-C---------GAC--ATA----ATAAT-------CT----GA-CG-G----G-C-A-GAAATAA------
gi|1 : -A-C-TAGT-T---------GAC--A-------AGAT-------TTTTTTGA-CA-AA---G-T-C-GTCATAA------TT------AT---CT--A-AC-CAGgccaccataaa
gi|17 : tgttcttgtatAT-------CT----GAACA-A----G-T-C-GACATGA------TT------ATGAACTCAG-AC-AAGT-CA-T-GGTA--GAAATTATATGCCTCCATAaaaaaaaaaaattggtattaagtgaaggtacaaattgggacatttttagtacaaaaacctcaaagtcctcctttaactgacaactaaaagtgctggtctctgaacaagtcgacttcatgattcaagtaatcgacacaacttactgtacttgacaagtggtggaagaaatgtgccaccata
gi|18 : T-------CT----GA-CA-A----G-T-A-GAAATAA------TT-------T---AT--GTAC-GGGT-GA-T-GGCA--AAA---A-ATACCACCGTA
gi|19 : ----GA-CA-A----A-T-T-GACATGA------TT------AT---CT--T-AC-AAGT-GG-TGGGCA--GAA---CTATGCCACCACAa
gi|23 : c----GA-CA-A----A-T-C-GACATAA------TA------AT---CT--G-AC-G---------GGCA--GAA---ATAAGCCACCATA
gi|24 : -C-AACATAA------TT------TA---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCAaa
gi|28 : TAA------TT-----------TT--G-ACCAAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCttgtaa
gi|29 : ------TT------AC---TT--G-AC-AAGT-GG-T-TGCA--GAA---ATATGCCACCAT
gi|27 : T------AT---CT--G-AC-AAAT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCGCGATA
gi|3 : ------AT---CT--A-AC-AAGT-GG-G-GGCA--GAA---TTATGCCACCATA
gi|26 : ------AT---CT----AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATG-CACCATAgaaagtgataacatctctacatccacaactatgcatgttcatattggaatgttttgtaagagttatcgctcttttccaaatggtggcgaaaaagagctgctgacaagagatatatatcgctttgcaaaacagtggatgacaga
gi|5 : ------AT---CT--A-AC-A-GT-GG-G-GGCACAGAAT--ATATGCCACCATAcacg
gi|31 : T---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAgaaagtgataactctcacaccgcactatgcatgttcatattggaaatgttttttgtaagagttatcgctcttttccaaatggtggcgaaaaaatagctgctgacaagagatatatatcgctttg
gi|33 : T--G-AC-AAGT-GA-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAct
gi|32 : T--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAC---ATATGCCATCATAc
gi|30 : --G-AC-AAGT-GA-T-GGCA--GAA---ATGTGCCACCATAcat
gi|34 : tataaT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATCGAGACGTATTGTAAGAGTTATCGCTCTTTCCTAAACGAGGTTGATAATGAGATCGACGTACGTTCTTTGCAGAAGAGAAAGTGACAGA
Unaligned ( gi|25 ): TGATAAATCAACAAAATTATCAGACAATCAACTTAAT
Alignments
lowQualScore : 2222 11 111 555555555555555555 1 1 11 11 11111 777777777777777777777777777777777777777777 11 111111 111 2222222222222 1111 1111111
lowQualScore : 7 8888 88 7 6 666 555555555555555555 3 1 6 55 33 9 8 8 88 3 11 77777 9999 1 777777777777777777777777777777777777777777 00 111111 555 33 4444444444444 33 2 2 2 2 1 33 4444 5555555 2 2 6666 2 2 66 555555 999999 222 11 2 1 1 1 1 22 444
lowQualScore : . .... .. . . ... .................. . . . .. .. . . . .. . .. ..... .... . .......................................... .. ...... ... .. ............. .. . . . . . .. .... ....... . . .... . . .. ...... ...... ... .. . . . . . .. ...
lowQualScore : 7 3333 33 3 7 777 000000000000000000 3 0 3 00 88 2 8 0 88 2 00 22222 3333 0 111111111111111111111111111111111111111111 55 555555 111 88 1111111111111 44 5 5 5 7 9 99 6666 0000000 2 2 9999 2 1 33 555555 000000 777 99 8 4 4 4 4 00 111
consensus : NNNNCATCTNGTCA----GA--TAATTATGTCGACTT-G-TCAGATNA-T-TTGTGT--CGAC-TTGTCAGAAAAANA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTTA-TC-ACGAA----------CTTG-AA------CA-CGT-A-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACGAA---AAG-------AT--C-TG-A-C-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------TT------AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
Reference ( family-3566 ) : NNNNCATCTTGTCA----GA--TAATTATGTCGACTT-G-TCAGATAA-TCTTGTATANCGAC-TTGTCAAATAANTA--TGTTGTCAANTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--AAACACGTTTTTA-TC-ANGAAAT--------CTTG-AA------CA-CGT-A-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACAAA---AAG-------AT--C-TG-A-C-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------TT------AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|1 : ATCTGGTTA----GA--TAATTATGACGACTTTG-TCAAAAAAATCTTGT----CAAC-TAGTAAAAAAAAAAATTGGTATTAAGTGA-A--GGTACA--AATTGGG---------ACATTTTTA-GT-ACAAAAA--------CCTC-AAAGTCCTCC-TTT-A-------A----CTGA-CAA------CT-------AA---AAGTGCTGGTCT--C-TG-AAC-AAGTCGAC--TTC----ATGAT-------TCAA-GT-A----A-T-C-GACACAA------CTTACTGTAC---TT--G-AC-AAGT-GG-T-GGAA--GAA---ATGTGCCACCATA
gi|10 : tgttcttgt-CAT-A-------ATTATCTGA-CAA------AT---GATG-------G-------NT--A-TG----------GAT--ATA----AAAACAGGTCAGCTAA-CA-AA---G-T-C-TACATAA------TT------AT---AT--G-AC-AAAT-GA-T-AACA--GGA---ATATACCACCATA
gi|12 : AA-------AT--T-TG-A-C-AAGTCGAC--ATAC---AAGAT--------TG--CA-AATTTG-T-C-G-CATAA------TT------AT----T--G-A--AAGT--G-T-GG-A--GAA---ATATGCCCCCATA
gi|13 : tgaaagtaacattG-------AT--C-TG-A-C-ATGTCGGC--ATC----ACGAT-------CTGG-CA-A-----------ACGCAA------TA------AT---TT--G-AT-AAAT-GGTT-GGCA--GAA---ATGAGCCACTATA
gi|14 : aagaacacT-ATTTGA-CAA------GT--CGACGGA---A---------------TT-A-C-ACGTTG-----T--------AT-------CTAA-CA-A----G-T-C-AATATAAATCGAGTT------AT---CT--G-AG-AAGTGGG-T-GACA--GAA---AT
gi|15 : -------AT--C-TGCA-C-AA-TTGACTGATACTCTAATA--------CTGA-CG-T----G-T-C----ATAA------TT-------T---CT--G--C-AAGT-G--T-GGCA--GAA---ATATGCCCCCATA
gi|16 : -------AT--C-TC-A-C-AAGAGGAG--CTA----ATTAT-------TT-A-CA-A----G-T-T----ATAA------TT------AT---TT--G-AC-ACAT-GA-T-GGTA--GAA---ATATGCCACCATAgga
gi|17 : AT-------CTGAACA-A----G-T-C-GACATGA------TT------ATGAACTCAG-AC-AAGT-CA-T-GGTA--GAAATTATATGCCTCCATAgtac
gi|18 : T-------CTGA-CA-A----G-T-A-GAAATAA------TT-------T---AT--GTAC-GGGT-GA-T-GGCA--AAA---A-ATACCACCGTA
gi|19 : GA-CA-A----A-T-T-GACATGA------TT------AT---CT--T-AC-AAGT-GG-TGGGCA--GAA---CTATGCCACCACAa
gi|2 : cCATCTAGTCA----GA--TAATGATGTCGACTT-G-TCAGATGA-T----TATAATGAC-TTGTCAGAAAAATA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTCA-TC-ATGAATT--------CTTG-AA------CA-CGTGA-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACAAA---AAG-------AT--C-TG-A-C-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------TT------AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|20 : acta--C-TG-A-C-AAA---AA--AAA----AAGAT-------TTAA-CA-A----G-T-G-AACATAA------TT------AA---CT--G-AC-AAAT-GG-T-
gi|21 : G-------AT--C-TG-A-CCAAG-CGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-TCC-GA------------------------CT--G-AC-AAGT-GG-T-
gi|22 : AAATA--AGTTGTCAGCTGG-A-TAGCACA--AACTGTACAC--AA--ACGTTTT
gi|23 : GA-CA-A----A-T-C-GACATAA------TA------AT---CT--G-AC-G---------GGCA--GAA---ATAAGCCACCATActtc
gi|24 : -C-AACATAA------TT------TA---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCAaa
gi|26 : ------AT---CT----AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATG-CACCATAttgtaa
gi|27 : T------AT---CT--G-AC-AAAT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCGCGATAcacg
gi|28 : TAA------TT-----------TT--G-ACCAAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACC
gi|29 : ------TT------AC---TT--G-AC-AAGT-GG-T-TGCA--GAA---ATATGCCACCAT
gi|3 : ------AT---CT--A-AC-AAGT-GG-G-GGCA--GAA---TTATGCCACCATA
gi|30 : --G-AC-AAGT-GA-T-GGCA--GAA---ATGTGCCACCATAgaaagtgataacatctctacatccacaactatgcatgttcatattggaatgttttgtaagagttatcgctcttttccaaatggtggcgaaaaagagctgctgacaagagatatatatcgctttgcaaaacagtggatgacaga
gi|31 : tataaT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|32 : T--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAC---ATATGCCATCATAct
gi|33 : T--G-AC-AAGT-GA-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAcat
gi|34 : T-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAc
gi|4 : -CAA------GT--TGACAAATAGAAT-------AT--CATG-A-C-CAGTCGAC--ATA----AAGAT-------A-GA-CACA----GCT-C-GACATTA------AT------AT---CT--GAAC-AAgatt
gi|4 : T-A-------AT-ATCTGAACAATATAGGAT--GGAGCAG---AAC-------ATTAC-TG---C-ACGCCAAT--CTA----GAGAT-------C-GA---------------GACAC---------C------AG---CT--A-GT-GAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAtataggatggagcagaacattactgcacgccaatctagagatcgagacaccagctagtgagtggtggcagaaatatgccaccatagatcag
gi|5 : caagttgacaaatagaatatcatgaccagtcgacataaagatagacacagctcgacat------AT---CT--A-AC-A-GT-GG-G-GGCACAGAAT--ATATGCCACCATAgatcag
gi|6 : ATCTTGTCATTTGGAGTTAATT-T-TCAACTT-GCTC--GTTA-TATTATGT---GACTTTTTCAGAGAAAAA--TG-TATCAA--GG-A-TGG-AAA--AACTTGGCAT--GGACATGTTTTTT-T---TGA------------TTT-AT------TA-AGT-A-------A------G---AA------GT--CGACAAAAG-AGG-------AT--C-TG-A-C-AAGTgaaagtgataactctcacaccgcactatgcatgttcatattggaaatgttttttgtaagagttatcgctcttttccaaatggtggcgaaaaaatagctgctgacaagagatatatatcgctttg
gi|7 : TCTTA-TC-AAGA------------TTG-A-------CA-TAT-A--------T-GTCTGA---A------GTTCCAACATA---ATA-------AT--T-TG-A-C-AAGTCGAT--ATAC---AAGATTT-----CTGA-CA-A----G-T-CCAACATAA------TTTA----AC---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GCAA--CGA---ATATGCCAt
gi|8 : gTCTTA-TC-AAGA------------TTG-A-------CA-TAT-A--------T-GTCTGA---A------GTTCCAACATA---ATA-------AT--T-TG-A-C-AAGTCGAT--ATAC---AAGATTT-----CTGA-CA-A----G-T-CCAACATAA------TTTA----AC---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GCAA--CGA---ATATGCCAtattgggttcaaag
gi|9 : gTTAATTGGCACTGGCACACAAACTGGGCATTGAAACACGTTATTACTCAATGAAATCTCCCCCCCTTGCAA------CACCGT-GACAACCTAT-ACCTGACCAA------GT--CGACCAA---A---------AT--C-CG-A-tattgggttcaaag
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATCGAGACGTATTGTAAGAGTTATCGCTCTTTCCTAAACGAGGTTGATAATGAGATCGACGTACGTTCTTTGCAGAAGAGAAAGTGACAGA
Unaligned ( gi|25 ): TGATAAATCAACAAAATTATCAGACAATCAACTTAAT
Alignments
lowQualScore : 2222 11 1 1 11 2222 1 1 11 11 11111 777777777777777777777777777777777777777 111111111111111 2222222222222222 1111 1111111
lowQualScore : 1 8888 88 7 6 3 3 11 1 5555 2 3 1 33 9 8 8 88 3 11 66666 6666 4 777777777777777777777777777777777777777 555555555555555 7777777777777777 33 2 5 2 1 33 4444 5555555 2 2 6666 2 2 66 5555555555555 44 222 11 2 1 1 1 1 22 444
lowQualScore : . .... .. . . . . .. . .... . . . .. . . . .. . .. ..... .... . ....................................... ............... ................ .. . . . . .. .... ....... . . .... . . .. ............. .. ... .. . . . . . .. ...
lowQualScore : 0 3333 33 3 7 3 3 00 0 7777 0 3 0 88 2 6 0 88 2 00 88888 8888 0 444444444444444444444444444444444444444 444444444444444 1111111111111111 44 5 0 7 9 99 6666 0000000 2 2 9999 2 1 33 9999999999999 44 777 99 8 4 4 4 4 00 111
consensus : NNNNCATCTNGTCA----GA--TAATTATGTCGAC-TTG-TCAGATNAT-TCATGTCGAC-TTGTCAGAAAAANA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTTA-TC-ACGAA----------CTCG-AA---CA-CGT-A-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACGAA---AAG-------AT--C-TG-AC-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
Reference ( family-3566 ) : NNNNCATCTNGTCA----GA--TAATTATGTCGAC-TTG-TCAGATNAT-TTGTGTCGAC-TTGTCAGAAAAANA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTTA-TC-ACGAA----------CTTG-AA---CA-CGT-A-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACGAA---AAG-------AT--C-TG-AC-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|1 : ATCTGGTTA----GA--TAATTATGACGACTTTG-TCAAAAAAA-TCTTGTCAAC-TAGTAAAAAAAAAAATTGGTATTAAGTGA-A--GGTACA--AATTGGG---------ACATTTTTA-GT-ACAAAAAC-------CTCA-AAGTCCT-CCT---------TT-AACTGA-CA-------------ACTAA---AAGTGCTGGTCT--C-TGAAC-AAGTCGAC--TTC----ATGAT-------TCAA-GT-A----A-T-C-GACACAA------CTTACTGT--AC---TT--G-AC-AAGT-GG-T-GGAA--GAA---ATGTGCCACCATA
gi|10 : tgttcttgt-CAT-A-------ATTATCTGA-CAA------AT---GATG-------G-------NT--A-TG---------GAT--ATA----AAAACAGGTCAGCTAA-CA-AA---G-T-C-TACATAA------T------T--AT---AT--G-AC-AAAT-GA-T-AACA--GGA---ATATACCACCATA
gi|12 : AA-------AT--T-TG-AC-AAGTCGAC--ATAC---AAGAT--------TG--CA-AATTTG-T-C-G-CATAA------T------T--AT----T--G-A--AAGT--G-T-GG-A--GAA---ATATGCCCCCATA
gi|13 : tgaaagtaacattG-------AT--C-TG-AC-ATGTCGGC--ATC----ACGAT-------CTGG-CA-A-----------ACGCAA------T------A--AT---TT--G-AT-AAAT-GGTT-GGCA--GAA---ATGAGCCACTATA
gi|14 : aagaacacT-ATTTGA-CAA------GT--CGACGGA---A---------------TT-AC-ACGTTG-----T--------AT-------CTAA-CA-A----G-T-C-AATATAAATCGAGT------T--AT---CT--G-AG-AAGTGGG-T-GACA--GAA---AT
gi|15 : -------AT--C-TGCAC-AA-TTGACTGATACTCTAATA--------CTGA-CG-T----G-T-C----ATAA------T------T---T---CT--G--C-AAGT-G--T-GGCA--GAA---ATATGCCCCCATA
gi|16 : -------AT--C-TC-AC-AAGAGGAG--CTA----ATTAT-------TT-A-CA-A----G-T-T----ATAA------T------T--AT---TT--G-AC-ACAT-GA-T-GGTA--GAA---ATATGCCACCATAgga
gi|17 : AT-------CTGAACA-A----G-T-C-GACATGA------T------T--ATGAACTCAG-AC-AAGT-CA-T-GGTA--GAAATTATATGCCTCCATAgtac
gi|18 : T-------CTGA-CA-A----G-T-A-GAAATAA------T------T---T---AT--GTAC-GGGT-GA-T-GGCA--AAA---A-ATACCACCGTA
gi|19 : GA-CA-A----A-T-T-GACATGA------T------T--AT---CT--T-AC-AAGT-GG-TGGGCA--GAA---CTATGCCACCACAa
gi|2 : cCATCTAGTCA----GA--TAATGATGTCGAC-TTG-TCAGATGAT-T-ATAATGAC-TTGTCAGAAAAATA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTCA-TC-ATGAATT--------CTTG-AA---CA-CGTGA-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACAAA---AAG-------AT--C-TG-AC-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|20 : acta--C-TG-AC-AAA---AA--AAA----AAGAT-------TTAA-CA-A----G-T-G-AACATAA------T------T--AA---CT--G-AC-AAAT-GG-T-
gi|21 : G-------AT--C-TG-ACCAAG-CGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-TCC-GA--------------------------CT--G-AC-AAGT-GG-T-
gi|22 : AAATA--AGTTGTCAGCTGG-A-TAGCACA--AACTGTACAC--AA--ACGTTTT
gi|23 : GA-CA-A----A-T-C-GACATAA------T------A--AT---CT--G-AC-G---------GGCA--GAA---ATAAGCCACCATActtc
gi|24 : -C-AACATAA------T------T--TA---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCAaa
gi|26 : --AT---CT----AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATG-CACCATAttgtaa
gi|27 : ------T--AT---CT--G-AC-AAAT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCGCGATAcacg
gi|28 : TAA------T------T-------TT--G-ACCAAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACC
gi|29 : ------T------T--AC---TT--G-AC-AAGT-GG-T-TGCA--GAA---ATATGCCACCAT
gi|3 : --AT---CT--A-AC-AAGT-GG-G-GGCA--GAA---TTATGCCACCATA
gi|30 : --G-AC-AAGT-GA-T-GGCA--GAA---ATGTGCCACCATAgaaagtgataacatctctacatccacaactatgcatgttcatattggaatgttttgtaagagttatcgctcttttccaaatggtggcgaaaaagagctgctgacaagagatatatatcgctttgcaaaacagtggatgacaga
gi|31 : tataaT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|32 : T--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAC---ATATGCCATCATAct
gi|33 : T--G-AC-AAGT-GA-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAcat
gi|34 : T-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAc
gi|4 : -CAA------GT--TGACAAATAGAAT-------AT--CATG-AC-CAGTCGAC--ATA----AAGAT-------A-GA-CACA----GCT-C-GACATTA------A------T--AT---CT--GAAC-AAgatt
gi|4 : C-AC-AG----------CTCG-A----CA-T-T-A-------AT-ATCTGAACAATATAGGAT--GGAGCAG---AAC-------ATTAC-TG--C-ACGCCAAT--CTA----GAGAT-------C-GA---------------GACAC---------------C--AG---CT--A-GT-GAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAtataggatggagcagaacattactgcacgccaatctagagatcgagacaccagctagtgagtggtggcagaaatatgccaccatagatcag
gi|5 : caagttgacaaatagaatatcatgaccagtcgacataaagataga--AT---CT--A-AC-A-GT-GG-G-GGCACAGAAT--ATATGCCACCATAgatcag
gi|6 : ATCTTGTCATTTGGAGTTAATT-T-TCAAC-TTGCTC--GTTATATTATGT-GACTTTTTCAGAGAAAAA--TG-TATCAA--GG-A-TGG-AAA--AACTTGGCAT--GGACATGTTTTTT-T---TGA------------TTT-AT---TA-AGT-A-------A------G---AA------GT--CGACAAAAG-AGG-------AT--C-TG-AC-AAGTgaaagtgataactctcacaccgcactatgcatgttcatattggaaatgttttttgtaagagttatcgctcttttccaaatggtggcgaaaaaatagctgctgacaagagatatatatcgctttg
gi|7 : TCTTA-TC-AAGA------------TTG-A----CA-TAT-A--------T-GTCTGA---A------GTTCCAACATA---ATA-------AT--T-TG-AC-AAGTCGAT--ATAC---AAGATTT-----CTGA-CA-A----G-T-CCAACATAA------T------TTAAC---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GCAA--CGA---ATATGCCAt
gi|8 : gTCTTA-TC-AAGA------------TTG-A----CA-TAT-A--------T-GTCTGA---A------GTTCCAACATA---ATA-------AT--T-TG-AC-AAGTCGAT--ATAC---AAGATTT-----CTGA-CA-A----G-T-CCAACATAA------T------TTAAC---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GCAA--CGA---ATATGCCAtattgggttcaaag
gi|9 : gTTAATTGGCACTGGCACACAAACTGGGCATTGAAACACGTTATTACTCAATGAAATCTCCCCCCCTTGCAA---CACCGT-GACAACCTAT-ACCTGACCAA------GT--CGACCAA---A---------AT--C-CG-Atattgggttcaaag
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATCGAGACGTATTGTAAGAGTTATCGCTCTTTCCTAAACGAGGTTGATAATGAGATCGACGTACGTTCTTTGCAGAAGAGAAAGTGACAGA
Unaligned ( gi|25 ): TGATAAATCAACAAAATTATCAGACAATCAACTTAAT
Alignments
lowQualScore : 2222 11 1 1 11 111 1 1 11 11 11111 88888888888888888888888888888888888888888 111111111111111 2222222222222222 1111 1111111
lowQualScore : 1 8888 88 7 6 3 3 11 1 666 2 3 1 33 9 8 8 88 3 11 66666 6666 4 33333333333333333333333333333333333333333 555555555555555 7777777777777777 33 2 5 2 1 33 4444 5555555 2 2 6666 2 2 66 5555555555555 44 222 11 2 1 1 1 1 22 444
lowQualScore : . .... .. . . . . .. . ... . . . .. . . . .. . .. ..... .... . ......................................... ............... ................ .. . . . . .. .... ....... . . .... . . .. ............. .. ... .. . . . . . .. ...
lowQualScore : 0 3333 33 3 7 3 3 00 0 333 0 3 0 88 2 6 0 88 2 00 88888 8888 0 66666666666666666666666666666666666666666 444444444444444 1111111111111111 44 5 0 7 9 99 6666 0000000 2 2 9999 2 1 33 9999999999999 44 777 99 8 4 4 4 4 00 111
consensus : NNNNCATCTNGTCA----GA--TAATTATGTCGAC-TTG-TCAGATNAT-TCATGTCGAC-TTGTCAGAAAAANA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTTA-TC-ACGAA----------CTC--G-AA---CA-CGT-A-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACGAA---AAG-------AT--C-TG-AC-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
Reference ( family-3566 ) : NNNNCATCTNGTCA----GA--TAATTATGTCGAC-TTG-TCAGATNAT-TCATGTCGAC-TTGTCAGAAAAANA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTTA-TC-ACGAA----------CTC--G-AA---CA-CGT-A-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACGAA---AAG-------AT--C-TG-AC-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|1 : ATCTGGTTA----GA--TAATTATGACGACTTTG-TCAAAAAAA-TCTTGTCAAC-TAGTAAAAAAAAAAATTGGTATTAAGTGA-A--GGTACA--AATTGGG---------ACATTTTTA-GT-ACAAAAAC-------CTC--A-AAGTCCT-CCT---------TT-AACTGA-CA-------------ACTAA---AAGTGCTGGTCT--C-TGAAC-AAGTCGAC--TTC----ATGAT-------TCAA-GT-A----A-T-C-GACACAA------CTTACTGT--AC---TT--G-AC-AAGT-GG-T-GGAA--GAA---ATGTGCCACCATA
gi|10 : tgttcttgt-CAT-A-------ATTATCTGA-CAA------AT---GATG-------G-------NT--A-TG---------GAT--ATA----AAAACAGGTCAGCTAA-CA-AA---G-T-C-TACATAA------T------T--AT---AT--G-AC-AAAT-GA-T-AACA--GGA---ATATACCACCATA
gi|12 : AA-------AT--T-TG-AC-AAGTCGAC--ATAC---AAGAT--------TG--CA-AATTTG-T-C-G-CATAA------T------T--AT----T--G-A--AAGT--G-T-GG-A--GAA---ATATGCCCCCATA
gi|13 : tgaaagtaacattG-------AT--C-TG-AC-ATGTCGGC--ATC----ACGAT-------CTGG-CA-A-----------ACGCAA------T------A--AT---TT--G-AT-AAAT-GGTT-GGCA--GAA---ATGAGCCACTATA
gi|14 : aagaacacT-ATTTGA-CAA------GT--CGACGGA---A---------------TT-AC-ACGTTG-----T--------AT-------CTAA-CA-A----G-T-C-AATATAAATCGAGT------T--AT---CT--G-AG-AAGTGGG-T-GACA--GAA---AT
gi|15 : -------AT--C-TGCAC-AA-TTGACTGATACTCTAATA--------CTGA-CG-T----G-T-C----ATAA------T------T---T---CT--G--C-AAGT-G--T-GGCA--GAA---ATATGCCCCCATA
gi|16 : -------AT--C-TC-AC-AAGAGGAG--CTA----ATTAT-------TT-A-CA-A----G-T-T----ATAA------T------T--AT---TT--G-AC-ACAT-GA-T-GGTA--GAA---ATATGCCACCATAgga
gi|17 : AT-------CTGAACA-A----G-T-C-GACATGA------T------T--ATGAACTCAG-AC-AAGT-CA-T-GGTA--GAAATTATATGCCTCCATAgtac
gi|18 : T-------CTGA-CA-A----G-T-A-GAAATAA------T------T---T---AT--GTAC-GGGT-GA-T-GGCA--AAA---A-ATACCACCGTA
gi|19 : GA-CA-A----A-T-T-GACATGA------T------T--AT---CT--T-AC-AAGT-GG-TGGGCA--GAA---CTATGCCACCACAa
gi|2 : cCATCTAGTCA----GA--TAATGATGTCGAC-TTG-TCAGATGAT-T-ATAATGAC-TTGTCAGAAAAATA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTCA-TC-ATGAA----------TTCTTG-AA---CA-CGTGA-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACAAA---AAG-------AT--C-TG-AC-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|20 : acta--C-TG-AC-AAA---AA--AAA----AAGAT-------TTAA-CA-A----G-T-G-AACATAA------T------T--AA---CT--G-AC-AAAT-GG-T-
gi|21 : G-------AT--C-TG-ACCAAG-CGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-TCC-GA--------------------------CT--G-AC-AAGT-GG-T-
gi|22 : AAATA--AGTTGTCAGCTGG-A-TAGCACA--AACTGTACAC--AA--ACGTTTT
gi|23 : GA-CA-A----A-T-C-GACATAA------T------A--AT---CT--G-AC-G---------GGCA--GAA---ATAAGCCACCATActtc
gi|24 : -C-AACATAA------T------T--TA---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCAaa
gi|26 : --AT---CT----AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATG-CACCATAttgtaa
gi|27 : ------T--AT---CT--G-AC-AAAT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCGCGATAcacg
gi|28 : TAA------T------T-------TT--G-ACCAAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACC
gi|29 : ------T------T--AC---TT--G-AC-AAGT-GG-T-TGCA--GAA---ATATGCCACCAT
gi|3 : --AT---CT--A-AC-AAGT-GG-G-GGCA--GAA---TTATGCCACCATA
gi|30 : --G-AC-AAGT-GA-T-GGCA--GAA---ATGTGCCACCATAgaaagtgataacatctctacatccacaactatgcatgttcatattggaatgttttgtaagagttatcgctcttttccaaatggtggcgaaaaagagctgctgacaagagatatatatcgctttgcaaaacagtggatgacaga
gi|31 : tataaT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|32 : T--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAC---ATATGCCATCATAct
gi|33 : T--G-AC-AAGT-GA-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAcat
gi|34 : T-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAc
gi|4 : -CAA------GT--TGACAAATAGAAT-------AT--CATG-AC-CAGTCGAC--ATA----AAGAT-------A-GA-CACA----GCT-C-GACATTA------A------T--AT---CT--GAAC-AAgatt
gi|4 : C-AC-AG----------CTC--G-A----CA-T-T-A-------AT-ATCTGAACAATATAGGAT--GGAGCAG---AAC-------ATTAC-TG--C-ACGCCAAT--CTA----GAGAT-------C-GA---------------GACAC---------------C--AG---CT--A-GT-GAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAtataggatggagcagaacattactgcacgccaatctagagatcgagacaccagctagtgagtggtggcagaaatatgccaccatagatcag
gi|5 : caagttgacaaatagaatatcatgaccagtcgacataaagataga--AT---CT--A-AC-A-GT-GG-G-GGCACAGAAT--ATATGCCACCATAgatcag
gi|6 : ATCTTGTCATTTGGAGTTAATT-T-TCAAC-TTGCTC--GTTATATTATGT-GACTTTTTCAGAGAAAAA--TG-TATCAA--GG-A-TGG-AAA--AACTTGGCAT--GGACATGTTTTTT-T---TGA------------TT--T-AT---TA-AGT-A-------A------G---AA------GT--CGACAAAAG-AGG-------AT--C-TG-AC-AAGTgaaagtgataactctcacaccgcactatgcatgttcatattggaaatgttttttgtaagagttatcgctcttttccaaatggtggcgaaaaaatagctgctgacaagagatatatatcgctttg
gi|7 : TCTTA-TC-AAGA------------TT--G-A----CA-TAT-A--------T-GTCTGA---A------GTTCCAACATA---ATA-------AT--T-TG-AC-AAGTCGAT--ATAC---AAGATTT-----CTGA-CA-A----G-T-CCAACATAA------T------TTAAC---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GCAA--CGA---ATATGCCAt
gi|8 : gTCTTA-TC-AAGA------------TT--G-A----CA-TAT-A--------T-GTCTGA---A------GTTCCAACATA---ATA-------AT--T-TG-AC-AAGTCGAT--ATAC---AAGATTT-----CTGA-CA-A----G-T-CCAACATAA------T------TTAAC---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GCAA--CGA---ATATGCCAtattgggttcaaag
gi|9 : gTTAATTGGCACTGGCACACAAACTGGGCATTGAAACACGTTATTACTCAATGAAATCTCCCCCCCTT--GCAA---CACCGT-GACAACCTAT-ACCTGACCAA------GT--CGACCAA---A---------AT--C-CG-Atattgggttcaaag
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATCGAGACGTATTGTAAGAGTTATCGCTCTTTCCTAAACGAGGTTGATAATGAGATCGACGTACGTTCTTTGCAGAAGAGAAAGTGACAGA
Unaligned ( gi|25 ): TGATAAATCAACAAAATTATCAGACAATCAACTTAAT
Alignments
lowQualScore : 2222 11 1 1 11 111 1 1 11 11 11111 88888888888888888888888888888888888888888 111111111111111 2222222222222222 1111 1111111
lowQualScore : 1 8888 88 7 6 3 3 11 1 666 2 3 1 33 9 8 8 88 3 11 66666 6666 4 33333333333333333333333333333333333333333 555555555555555 7777777777777777 33 2 5 2 1 33 4444 5555555 2 2 6666 2 2 66 5555555555555 44 222 11 2 1 1 1 1 22 444
lowQualScore : . .... .. . . . . .. . ... . . . .. . . . .. . .. ..... .... . ......................................... ............... ................ .. . . . . .. .... ....... . . .... . . .. ............. .. ... .. . . . . . .. ...
lowQualScore : 0 3333 33 3 7 3 3 00 0 333 0 3 0 88 2 6 0 88 2 00 88888 8888 0 66666666666666666666666666666666666666666 444444444444444 1111111111111111 44 5 0 7 9 99 6666 0000000 2 2 9999 2 1 33 9999999999999 44 777 99 8 4 4 4 4 00 111
consensus : NNNNCATCTNGTCA----GA--TAATTATGTCGAC-TTG-TCAGATNAT-TCATGTCGAC-TTGTCAGAAAAANA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTTA-TC-ACGAA----------CTC--G-AA---CA-CGT-A-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACGAA---AAG-------AT--C-TG-AC-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
Reference ( family-3566 ) : NNNNCATCTNGTCA----GA--TAATTATGTCGAC-TTG-TCAGATNAT-TCATGTCGAC-TTGTCAGAAAAANA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTTA-TC-ACGAA----------CTC--G-AA---CA-CGT-A-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACGAA---AAG-------AT--C-TG-AC-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|1 : ATCTGGTTA----GA--TAATTATGACGACTTTG-TCAAAAAAA-TCTTGTCAAC-TAGTAAAAAAAAAAATTGGTATTAAGTGA-A--GGTACA--AATTGGG---------ACATTTTTA-GT-ACAAAAAC-------CTC--A-AAGTCCT-CCT---------TT-AACTGA-CA-------------ACTAA---AAGTGCTGGTCT--C-TGAAC-AAGTCGAC--TTC----ATGAT-------TCAA-GT-A----A-T-C-GACACAA------CTTACTGT--AC---TT--G-AC-AAGT-GG-T-GGAA--GAA---ATGTGCCACCATA
gi|10 : tgttcttgt-CAT-A-------ATTATCTGA-CAA------AT---GATG-------G-------NT--A-TG---------GAT--ATA----AAAACAGGTCAGCTAA-CA-AA---G-T-C-TACATAA------T------T--AT---AT--G-AC-AAAT-GA-T-AACA--GGA---ATATACCACCATA
gi|12 : AA-------AT--T-TG-AC-AAGTCGAC--ATAC---AAGAT--------TG--CA-AATTTG-T-C-G-CATAA------T------T--AT----T--G-A--AAGT--G-T-GG-A--GAA---ATATGCCCCCATA
gi|13 : tgaaagtaacattG-------AT--C-TG-AC-ATGTCGGC--ATC----ACGAT-------CTGG-CA-A-----------ACGCAA------T------A--AT---TT--G-AT-AAAT-GGTT-GGCA--GAA---ATGAGCCACTATA
gi|14 : aagaacacT-ATTTGA-CAA------GT--CGACGGA---A---------------TT-AC-ACGTTG-----T--------AT-------CTAA-CA-A----G-T-C-AATATAAATCGAGT------T--AT---CT--G-AG-AAGTGGG-T-GACA--GAA---AT
gi|15 : -------AT--C-TGCAC-AA-TTGACTGATACTCTAATA--------CTGA-CG-T----G-T-C----ATAA------T------T---T---CT--G--C-AAGT-G--T-GGCA--GAA---ATATGCCCCCATA
gi|16 : -------AT--C-TC-AC-AAGAGGAG--CTA----ATTAT-------TT-A-CA-A----G-T-T----ATAA------T------T--AT---TT--G-AC-ACAT-GA-T-GGTA--GAA---ATATGCCACCATAgga
gi|17 : AT-------CTGAACA-A----G-T-C-GACATGA------T------T--ATGAACTCAG-AC-AAGT-CA-T-GGTA--GAAATTATATGCCTCCATAgtac
gi|18 : T-------CTGA-CA-A----G-T-A-GAAATAA------T------T---T---AT--GTAC-GGGT-GA-T-GGCA--AAA---A-ATACCACCGTA
gi|19 : GA-CA-A----A-T-T-GACATGA------T------T--AT---CT--T-AC-AAGT-GG-TGGGCA--GAA---CTATGCCACCACAa
gi|2 : cCATCTAGTCA----GA--TAATGATGTCGAC-TTG-TCAGATGAT-T-ATAATGAC-TTGTCAGAAAAATA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTCA-TC-ATGAA----------TTCTTG-AA---CA-CGTGA-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACAAA---AAG-------AT--C-TG-AC-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|20 : acta--C-TG-AC-AAA---AA--AAA----AAGAT-------TTAA-CA-A----G-T-G-AACATAA------T------T--AA---CT--G-AC-AAAT-GG-T-
gi|21 : G-------AT--C-TG-ACCAAG-CGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-TCC-GA--------------------------CT--G-AC-AAGT-GG-T-
gi|22 : AAATA--AGTTGTCAGCTGG-A-TAGCACA--AACTGTACAC--AA--ACGTTTT
gi|23 : GA-CA-A----A-T-C-GACATAA------T------A--AT---CT--G-AC-G---------GGCA--GAA---ATAAGCCACCATActtc
gi|24 : -C-AACATAA------T------T--TA---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCAaa
gi|26 : --AT---CT----AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATG-CACCATAttgtaa
gi|27 : ------T--AT---CT--G-AC-AAAT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCGCGATAcacg
gi|28 : TAA------T------T-------TT--G-ACCAAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACC
gi|29 : ------T------T--AC---TT--G-AC-AAGT-GG-T-TGCA--GAA---ATATGCCACCAT
gi|3 : --AT---CT--A-AC-AAGT-GG-G-GGCA--GAA---TTATGCCACCATA
gi|30 : --G-AC-AAGT-GA-T-GGCA--GAA---ATGTGCCACCATAgaaagtgataacatctctacatccacaactatgcatgttcatattggaatgttttgtaagagttatcgctcttttccaaatggtggcgaaaaagagctgctgacaagagatatatatcgctttgcaaaacagtggatgacaga
gi|31 : tataaT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|32 : T--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAC---ATATGCCATCATAct
gi|33 : T--G-AC-AAGT-GA-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAcat
gi|34 : T-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAc
gi|4 : -CAA------GT--TGACAAATAGAAT-------AT--CATG-AC-CAGTCGAC--ATA----AAGAT-------A-GA-CACA----GCT-C-GACATTA------A------T--AT---CT--GAAC-AAgatt
gi|4 : C-AC-AG----------CTC--G-A----CA-T-T-A-------AT-ATCTGAACAATATAGGAT--GGAGCAG---AAC-------ATTAC-TG--C-ACGCCAAT--CTA----GAGAT-------C-GA---------------GACAC---------------C--AG---CT--A-GT-GAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAtataggatggagcagaacattactgcacgccaatctagagatcgagacaccagctagtgagtggtggcagaaatatgccaccatagatcag
gi|5 : caagttgacaaatagaatatcatgaccagtcgacataaagataga--AT---CT--A-AC-A-GT-GG-G-GGCACAGAAT--ATATGCCACCATAgatcag
gi|6 : ATCTTGTCATTTGGAGTTAATT-T-TCAAC-TTGCTC--GTTATATTATGT-GACTTTTTCAGAGAAAAA--TG-TATCAA--GG-A-TGG-AAA--AACTTGGCAT--GGACATGTTTTTT-T---TGA------------TT--T-AT---TA-AGT-A-------A------G---AA------GT--CGACAAAAG-AGG-------AT--C-TG-AC-AAGTgaaagtgataactctcacaccgcactatgcatgttcatattggaaatgttttttgtaagagttatcgctcttttccaaatggtggcgaaaaaatagctgctgacaagagatatatatcgctttg
gi|7 : TCTTA-TC-AAGA------------TT--G-A----CA-TAT-A--------T-GTCTGA---A------GTTCCAACATA---ATA-------AT--T-TG-AC-AAGTCGAT--ATAC---AAGATTT-----CTGA-CA-A----G-T-CCAACATAA------T------TTAAC---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GCAA--CGA---ATATGCCAt
gi|8 : gTCTTA-TC-AAGA------------TT--G-A----CA-TAT-A--------T-GTCTGA---A------GTTCCAACATA---ATA-------AT--T-TG-AC-AAGTCGAT--ATAC---AAGATTT-----CTGA-CA-A----G-T-CCAACATAA------T------TTAAC---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GCAA--CGA---ATATGCCAtattgggttcaaag
gi|9 : gTTAATTGGCACTGGCACACAAACTGGGCATTGAAACACGTTATTACTCAATGAAATCTCCCCCCCTT--GCAA---CACCGT-GACAACCTAT-ACCTGACCAA------GT--CGACCAA---A---------AT--C-CG-Atattgggttcaaag
blockSeqs : A TTTG GT A G . C AG G ATT T T T . T T C CT C CA TGAAA CTCA T AATCTCCCCCCCTTGCAACACCGTGACAACCTAT ACAATATAGGATG AAATAGAAT TA A C C T TG CTCT AGGTCAG A C ATTT C C CA ATCGAGT TA GAA CA T C G T G CA ATT
blockSeqs : T . . . . . . . T T . . T . T C . T C . GAA TC C ATTCTTGAACACGTGAAT CCAAGTC AAAAGAGG . . . . T . C TT . . A . . CA T TA . . A . . . . . T
blockSeqs : A . . T . T C . GGA TC T GCTCGACATTAAT CAAGTC AAAAAG . . . . T . C TT . . . . . T T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . AA TC A TTTATTAAGTAA CAAGTC CAGAAC . . . . T . C . . . . . . G T . . . . . . . . . .
blockSeqs : T A TTGACATATAT CAAGTT ATAATA . . . . A . . . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : T TTGACATATAT AGTTCC ATAATA . . . . T . . . . . . . . G T . . . . . . . . . .
blockSeqs : AGTTCC GGAA . . . . T . . . . . . . . G T . . . . . . . . . .
blockSeqs : CAAAT CAAA . . . . C . . . . . . . . G T . . . . . . . . . .
blockSeqs : AAGTC GG . . . . T . . . . . . . . G T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . G T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : T* GAA** ATCTTGACATATAT*************************** CGAGTC********* AAAAN*********** T************
originalCons : NNNNCATCTNGTCA----GA--TAATTATGTCGAC-TTG-TCAGATNAT-TCATGTCGAC-TTGTCAGAAAAANA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTTA-TC-ACGAA----------CTC--G-AA---CA-CGT-A-------AT-ATCTGA-CAA------GT--CGACGAA---AAG-------AT--C-TG-AC-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
finalCons : NNNNCATCTNGTCA----GA--TAATTATGTCGAC-TTG-TCAGATNAT-TCATGTCGAC-TTGTCAGAAAAANA--TGTTGTCAATTGG-AT-GGCACA--AACTGGGCATGAA--CACGTTTTTA-TC-ACGAATCTTGACATATAT---------------------------ATCTGACGAGTC---------GACAAAAN-----------AT--C-TG-AC-AAGTCGAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAAT------------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATCGAGACGTATTGTAAGAGTTATCGCTCTTTCCTAAACGAGGTTGATAATGAGATCGACGTACGTTCTTTGCAGAAGAGAAAGTGACAGA
Unaligned ( gi|25 ): TGATAAATCAACAAAATTATCAGACAATCAACTTAAT
Alignments
lowQualScore : 2222 11 1 111 1 1 11 11 11111 7777777777777777777777777777777777 222222222 333333333 111 333333333 111111111 1111 1111111
lowQualScore : 1 8888 88 7 6 3 888 666 2 3 1 33 3 8 8 88 11 66666 4444444444444444444444444444444444 777 000000000 111111111 222 4 0 8888 111111111 5 33 2 5 2 0 111111111 33 4444 5555555 2 2 6666 2 2 66 5555555555555 44 222 11 2 1 1 1 1 22 444
lowQualScore : . .... .. . . . ... ... . . . .. . . . .. .. ..... .................................. ... ......... ......... ... . . .... ......... . .. . . . . ......... .. .... ....... . . .... . . .. ............. .. ... .. . . . . . .. ...
lowQualScore : 0 3333 33 3 7 3 000 333 0 3 0 88 2 6 0 88 00 88888 8888888888888888888888888888888888 333 111111111 888888888 333 4 1 5555 555555555 3 44 5 0 7 3 444444444 99 6666 0000000 2 2 9999 2 1 33 3333333333333 22 666 88 7 3 3 3 3 00 111
consensus : NNNNCATCTNGTCA----GA--TAATTATGTCGAC-TTGTCAGATNAT-TCATGTCGACTTGT-CAGAAAAANA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTTA-TC-AN--G-AAT-CT------------------CGA-C-AT----NT--ATATCTGA-C------AAGT--CGA-CAAA----A-------N-A-T--C-TG-AC-AAGTC---------GAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
Reference ( family-3566 ) : NNNNCATCTNGTCA----GA--TAATTATGTCGAC-TTGTCAGATNAT-TCATGTCGACTTGT-CAGAAAAANA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTTA-TC-AC--G-AAT-CT------------------TGA-C-AT----AT--ATATCTGA-C------GAGT--CGA-CAAA----A-------N-A-T--C-TG-AC-AAGTC---------GAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|1 : ATCTGGTTA----GA--TAATTATGACGACTTTGTCAAAAAAA-TCTTGTCAACTAGT-AAAAAAAAAAATTGGTATTAAGTGA-A--GGTACA--AATTGGG---------ACATTTTTA-GT-ACAAA-AAC-CT------------------CAA-A-GTCCTCCT--TTAACTGA-C------AACT-------AAA----AGTGCTGGT-C-T--C-TGAAC-AAGTC---------GAC--TTC----ATGAT-------TCAA-GT-A----A-T-C-GACACAA------CTTACTGT--AC---TT--G-AC-AAGT-GG-T-GGAA--GAA---ATGTGCCACCATA
gi|10 : tgttcttgtCATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAAT-GA-T-GG
gi|10 : -A-T--C-TG-AC-AAATGATGGNTATGGAT--ATA----AAAACAGGTCAGCTAA-CA-AA---G-T-C-TACATAA------T------T--AT---AT--G-AC-AAAT-GA-T-AACA--GGA---ATATACCACCATAntatggatataaaaacaggtcagctaacaaagtctacataattatatgacaaatgataacaggaatataccaccata
gi|12 : cataatt----A-------A-A-T--T-TG-AC-AAGTC---------GAC--ATAC---AAGAT--------TG--CA-AATTTG-T-C-G-CATAA------T------T--AT----T--G-A--AAGT--G-T-GG-A--GAA---ATATGCCCCCATA
gi|13 : tgaaagtaacatt-A-T--C-TG-AC-ATGTC---------GGC--ATC----ACGAT-------CTGG-CA-A-----------ACGCAA------T------A--AT---TT--G-AT-AAAT-GGTT-GGCA--GAA---ATGAGCCACTATA
gi|14 : aagaacacgTATTTGA-C------AAGT--CGA-CGGA----A----------------TT-AC-ACGTT---------G-----T--------AT-------CTAA-CA-A----G-T-C-AATATAAATCGAGT------T--AT---CT--G-AG-AAGTGGG-T-GACA--GAA---AT
gi|15 : -A-T--C-TGCAC-AA-TT---------GACTGATACTCTAATA--------CTGA-CG-T----G-T-C----ATAA------T------T---T---CT--G--C-AAGT-G--T-GGCA--GAA---ATATGCCCCCATA
gi|16 : -A-T--C-TC-AC-AAGAG---------GAG--CTA----ATTAT-------TT-A-CA-A----G-T-T----ATAA------T------T--AT---TT--G-AC-ACAT-GA-T-GGTA--GAA---ATATGCCACCATAgga
gi|17 : AT-------CTGAACA-A----G-T-C-GACATGA------T------T--ATGAACTCAG-AC-AAGT-CA-T-GGTA--GAAATTATATGCCTCCATAgtac
gi|18 : T-------CTGA-CA-A----G-T-A-GAAATAA------T------T---T---AT--GTAC-GGGT-GA-T-GGCA--AAA---A-ATACCACCGTA
gi|19 : GA-CA-A----A-T-T-GACATGA------T------T--AT---CT--T-AC-AAGT-GG-TGGGCA--GAA---CTATGCCACCACAa
gi|2 : cCATCTAGTCA----GA--TAATGATGTCGAC-TTGTCAGATGAT-T-ATAATGACTTGT-CAGAAAAATA--TGTTGTCAATTGG-A-TGGCACA--AACTGGGCAT--GAACACGTTTTCA-TC-AT--G-AATTCT------------------TGAAC-AC----GTGAATATCTGA-C------AAGT--CGA-CAAA----A-------AGA-T--C-TG-AC-AAGTC---------GAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-T-C-GACATAA------T------T--AT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|20 : acta--C-TG-AC-AAA------------AA--AAA----AAGAT-------TTAA-CA-A----G-T-G-AACATAA------T------T--AA---CT--G-AC-AAAT-GG-T-
gi|21 : -A-T--C-TG-ACCAAG-C---------GAC--ATA----AAGAT-------CTGA-CA-A----G-TCC-GA--------------------------CT--G-AC-AAGT-GG-T-
gi|22 : gAAATA--AGTTGTCAGCTGG-A-TAGCACA--AACTGTACAC--AA--ACGTTTT
gi|23 : GA-CA-A----A-T-C-GACATAA------T------A--AT---CT--G-AC-G---------GGCA--GAA---ATAAGCCACCATActtc
gi|24 : -C-AACATAA------T------T--TA---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCAaa
gi|26 : --AT---CT----AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATG-CACCATAttgtaa
gi|27 : ------T--AT---CT--G-AC-AAAT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCGCGATAcacg
gi|28 : TAA------T------T-------TT--G-ACCAAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACC
gi|29 : ------T------T--AC---TT--G-AC-AAGT-GG-T-TGCA--GAA---ATATGCCACCAT
gi|3 : --AT---CT--A-AC-AAGT-GG-G-GGCA--GAA---TTATGCCACCATA
gi|30 : --G-AC-AAGT-GA-T-GGCA--GAA---ATGTGCCACCATAgaaagtgataacatctctacatccacaactatgcatgttcatattggaatgttttgtaagagttatcgctcttttccaaatggtggcgaaaaagagctgctgacaagagatatatatcgctttgcaaaacagtggatgacaga
gi|31 : tataaT---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATA
gi|32 : T--G-AC-AAGT-GG-T-GGCA--GAC---ATATGCCATCATAct
gi|33 : T--G-AC-AAGT-GA-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAcat
gi|34 : T-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAc
gi|4 : -C------AAGT--TGA-CAAATAGAA-------T-A-T--CATG-AC-CAGTC---------GAC--ATA----AAGAT-------A-GA-CACA----GCT-C-GACATTA------A------T--AT---CT--GAAC-AAgatt
gi|4 : -CT------------------CGA-C-AT----TA--ATATCTGAACAATATAGGAT--GGAGCAGA----A-------C-A-TTAC-TG--C-ACGCC---------AAT--CTA----GAGAT-------C-GA---------------GACAC---------------C--AG---CT--A-GT-GAGT-GG-T-GGCA--GAA---ATATGCCACCATAtataggatggagcagaacattactgcacgccaatctagagatcgagacaccagctagtgagtggtggcagaaatatgccaccatagatcag
gi|5 : caagttgacaaatagaatatcatgaccagtcgacataaagatagacacag--AT---CT--A-AC-A-GT-GG-G-GGCACAGAAT--ATATGCCACCATAgatcag
gi|6 : ATCTTGTCATTTGGAGTTAATT-T-TCAAC-TTGCTCG-TTATATTATGT-GACTTTTTCAGAGAAAAA--TGT-ATCAA--GG-A-TGGAA-A--AACTTGGCAT--GGACATGTTTTT---------------TT------------------TGA-T-TT----AT---TAAGTAA-G------AAGT--CGA-CAAA----AGAG----G-A-T--C-TG-AC-AAGTgaaagtgataactctcacaccgcactatgcatgttcatattggaaatgttttttgtaagagttatcgctcttttccaaatggtggcgaaaaaatagctgctgacaagagatatatatcgctttg
gi|7 : TCTTA-TC-AA--G-A----T------------------TGA-C-AT----AT--ATGTCTGA---------AGTTCCAA-CATA----A-------T-AAT--T-TG-AC-AAGTC---------GAT--ATAC---AAGATTT-----CTGA-CA-A----G-T-CCAACATAA------T------TTAAC---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GCAA--CGA---ATATGCCAt
gi|8 : gTCTTA-TC-AA--G-A----T------------------TGA-C-AT----AT--ATGTCTGA---------AGTTCCAA-CATA----A-------T-AAT--T-TG-AC-AAGTC---------GAT--ATAC---AAGATTT-----CTGA-CA-A----G-T-CCAACATAA------T------TTAAC---CT--G-AC-AAGT-GG-T-GCAA--CGA---ATATGCCAtattgggttcaaag
gi|9 : gTTAATTGGCACTGGCACACAAACTGGGCATTGAAACACGTTATTACTCAAT--GAAAT-CTCCCCCCCTTGCAACACCGTGA-CAAC----CT--ATACCTGACC------AAGT--CGA-CCAA----A---------A-T--C-CG-Atattgggttcaaag
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATCGAGACGTATTGTAAGAGTTATCGCTCTTTCCTAAACGAGGTTGATAATGAGATCGACGTACGTTCTTTGCAGAAGAGAAAGTGACAGA
Unaligned ( gi|25 ): TGATAAATCAACAAAATTATCAGACAATCAACTTAAT