lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 1 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 1111111 666666666666666666666666666 111 11111 111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 5555555555555555555555 1 55555555555555555555555555555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 11111
lowQualScore : 0 7777777 7777 3 44 0 44 6 66 5 7777 3 999 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 444444 4444444 99 000000000000000000000000000 5 222 2 444 9999999 00000 5 0 222222222 1 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 55555 5555 2 33 2 33 0 9999999999999999999999 0 33 0 2 99999999999999999999999999999 555 6666 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2 4 55 00000 0 0
lowQualScore : . ....... .... . .. . .. . .. . .... . ... ............................................................................................................................................................................................................ . ...... ....... .. ........................... . ... . ... ....... ..... . . ......... . . ................................................................................................... . . ..... .... . .. . .. . ...................... . .. . . ............................. ... .... . .................................................................... . . . .. ..... . .
lowQualScore : 2 1111111 1111 1 22 2 33 0 00 5 1111 3 333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 222222 4444444 55 888888888888888888888888888 7 666 3 777 1111111 55555 7 5 333333333 7 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 99999 9999 7 44 5 44 6 6666666666666666666666 9 99 1 9 77777777777777777777777777777 444 5555 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 1 0 55 00000 9 6
consensus : GCAATTTCCGAGACATCAGCTCTTCTGTGA----TGGAGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-NTTGAACGC----T-TGGGTGGGTAC---AA--GA--TG-----A------TAT----AT--ATA----TTAT-AGNCTGGTTATGNAGATA--GATAAAAAA-T--AC--A-GCA--ATAGAA----GTT-AAAC--GTGAATTTTGTTTATATCAGCTGTTGG-TATACAT--TAAAC-TGA--CCATATCT------ATCAAGAATAATTT-GT-TTGAATT-----TAGGCCATTAAATTA-AA---TATGAAATTATNATTTANTTCC--TCTTCGA------CGCGA----G--T-GA-TACT-TTNATCAAAGAAAGAT---G------GTGATT-A---TCGATTT---------TTGT-TTGA--------------------G-----CT--AT------T------------A-------C-----T------------CA-----T-------------A-AAC-T-NA-CTAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-T-G-AC-GGCTG------GTAATCATCC--TTTAGGC-AA-------TA-----A-ATG-A--CA--CAGCGATA---AGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGGGT-ACGAAAACANAT-TTTG--CGTCTCACCGTGCGCAAGAGCT-C-AN-CAAA-G---GAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
Reference ( gi|2 ) : GCAATTTCCGAGATCTCTGTTCTTCTGTGA----TGGAGG-TA--CATTC-AGTACTCT-GTTGAACTC----T-TGGGCAAGTAC---AA--AA--T------A------TAC----AT--ATA----TTAT-AGACTGGTTATGAAGATA--GATAGAAAG-T--ACCAAGGCA-GATAGAA----GTT-AAATGAGTGAATTTTGTTTATATCGGCCATTGG-AATACAT--TAAAC-TTA--CCATATCTGAT--TATCAAGAATAATAT-GT-GTGAATTA---ATAGGCCATTAAATTA-A----TATGAAATTATTATTTAATTCC--TCTTCAA------CGTAA----A--T-GA-AACT-TTAATCAAAGAAAGAT---G------ATGATT-A---TCAATTT---------TTGT-TTGA--------------------A-----TT--AT------T------------A-------C-----T------------CA-----T-------------A-AAC-T-GA-CTAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-T-A-AT-GTCGG------GTAATCATCC--TTTCAGC-AA-------TA-----A-ATG-AT-CA--CAGCGATA---AGCATT----TGTAC-CCACTGC--ATTAAT-ATGAAAGCACAT-TTTT--CATCTTGCCATGTGTAATAGTT-C-AC-CAAA-A---GAAATAGC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATTTC
gi|15 : GCGATTTCCAAGAAATCAGCTCGTTTTTGA----TGGAAG-TA--CATTT-AGTATTGT-GTTGAACGC----T-TGGGTGGTTAT---AA--GA--T------G------TAT----ACCGA-A----TTGC-AA------TGTAAAGAAG--GATA-AAAG-T--AC-----------GGAA----GC-------GGTGAATTT-GTTAATATCAGCTATT-----TACAT--TAAAC-CAA--CCA------AT---ATCAAGAATAATTT-GGAGTGAA------GTAGGCCATTAAGTTAGA----TATGAAATTATTA
gi|4 : GCAATTTCCGAGACATCAGCTCTTTTGTGA----TGGAGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGATTGC----T-TGGGTGAGTAC---AA--GATGT------A------TAC----GT--ATA----TCAT-AGCCTGACTATG
gi|16 : cGCAATTTC-GAGATGCCAGCTCTTTTACAACAAATGGA---TG--CGTTC-AGTTTTCT-GCTAATCGC----T-TGGGTTGGTAC---GG--TT--T------T------TAT----GTGCATA----TCAT-AGGCCGGTTTTGAAGATG-----AGAA-------------TA-GATTGTA-----TG-AAATG-GTGTATTATGTTTTTATCAGCTGGCAG-TATGCAC--TAAAtaatatgatgtcgtgagtgttgttgttatctgccggtggtacatgtttacattaaagtgaccgtatcaaatatgaaattatcattcatttcctctttgaccaaaatcgatatttttaacaaaggaaaatcgtaatttctttcgatttatatcaaagttatattacagtatttctaagtgctcaaacttcctaaatttgtgattccctgcaatttgggtggctgcacgacagctgaaaatcacccttcagtataatagataagcatttgttgacgagaacaccttttgcgtctcaccgtgcataagagttaaacaaagagagaaaactactgggtaattcgtacattgct
gi|5 : cCAATTTCCGACCTACCAACTCTTTTGTGA----TTGAGG-TA--CGATT-AGTATTCT-gcgataccttccaaataaaat
gi|28 : tacaAATTTTCGAGAAATCAGTTCTCTTGTGA----TGAAGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-TTAGCACAC----T-TGAGTGGATAC---AA--actattagactggttatgtaaataagactgaaaatcgtgaaaatgtaaattttgtttatatcagctattgctatacatgaaactggctctatcaagaataattgtttgaatcaaaccattaaataagatatgaaattatgattaatttcctcttcgagcgagtagtactttgtcaaagaagatggtgactatcgaattttgtttgaggtattacatgtgttatcaaatactaaagaaaacttactaaatttgtgcatctctgcagttcgtatggtaattaccctttaggcaatattaggcatttgtacccaccgcgtgtgtaccaaaacaaaatatcgttgtggatgagatttcgataaaaagaaacaacaaaaagggtaactagggaattgcg
gi|24 : ATTTCTGACCCATCAGCTCTTCTGTGA----TAGAGA-TA--CATTA-AGTATCTT-ACTTAATGC----T-TTGATGGGTAC---GT--GG--T------G------TAT----AT--GTACAGTTTAT-AGACAGAATATG
gi|27 : TTCTGAGACACCTGATCTTCTTTGG----TTGAAG-TA--CAGTC-AGTATTCT-ATTGAACAC----T-TGGGTGAGTACTACAG--AA--TGTATACA------TAC----ATGTATA----TTAT-Attgtgtatgtag
gi|26 : TTCGAGATATCAACTCTTCTGTGT----TGGAGG-TA--TGGTT-AGTATTCTAACTGAA-GC----T-TGGat
gi|14 : tatgtcattcgtcaAGATATCAACTCTTCTGCGA----TGGAGG-TA--CATTT-AGAATTCT-GTTGAACGC----T-TGGGTGAGTAC---AA--GA--T------ATATAATTAT----AC--ATA----TTAT-AAGATGG-TAAGTAGATAACGATAAAAAT-T--ATGAAAGC---ATA-AATTTTGTT-TAGCAA--AAATTTTGTTTATACAGG------------------AAAC-TGA--CCATATC--AG--CAT------TGATTT-GT-TTAAAT------TAGGTCATTAAATTA-AATACTGTGGAATatgattatgtcatcataactgtaatatgtaca
gi|17 : TCAGCTCTTCTGTGA----TGGAAA-TA--CGTTA-AGTATTCT-AATCAACGC----CATGAGTGGGTAC---A--------------A------TAT----GT--ATA----CCAT-AT-CTAGGTA--ACGCTA-------AAAGTT--AC-----------GGAA----GC--------GCGAATTTTGTCTTTATTAGCCGTTAA-TATACAT--
gi|1 : aTCTTCTGTGA----TAAAAGATT--CGTTT-AGTCTTCA-TTTGAACGC----C-TGG-TGGGTAC---AA--GA--TGT----A------TACCGGTAC--ATAAG--TTAG-AGCCAGATTATATAGACA--ATTAAATAA-TTCATGAAAACA---TAAAA----TTT-GAAC---------------ATATCAG---TTGGTGATATATAATAAAC-TGA--CCATATCT----------AGA-CGGTATTGT-TTGAATT-----TAA-CCTTTGAATGA-AA---TGTGAAATTAC------ACCGC--TCTTTGA--------TAA----GATT-GA-TGCTCTTCA-CAAAGAAAGAT---G------ATTTTTGA---GCTATTT---------T----------------------------A-----TT--ATCAAA--T------------A-------C-----T------------CA-----T-------------A-AAC-T-GA-CTAA---TATTGT-TG-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-T-G-AC-AGCTG------ACAATTGTCC--TTCAGGC-AC-------TA-----C-AGG-AG-CA--CAGCAATA---AACATT----TGTAC-CTAC-------------------CAC----------ATCTCACCGTATTTACGAGCT-A-AA-CAAAGG---GAAACAAC-T--ATAA-----GGCAAGAAGGAAATTgtacatgtatatacgtaaaactgacaata
gi|3 : tgtgattcctgagggtataagaTCTTTTGTGA----TAAAAG-TATTCGTTTTAGTCTTCA-TTTGAACGC----C-TGGTGGGTTAC---AA--GA--TGT----A------TACCGGTAC--ATAAG--TTAG-AGCCAGATTATATAGACA--ATTAAATAA-T--TC--ATGAA-AACATAA----ATT--------TGAAC-------ATATCGA--GTTGGTGATATATAATAAAC-TGA--C-ATATCT----------AGA-CGGTATTGT-TTGAATT-----TAA-CCTTTGAATGA-AA---TGTGAAAGT------TAACACCGCTCTTTA---------TAA----GATT-GA-TGCTCTTCA-CAAAGAAAA-----G------ATGATT-T---TTGAGCT---------AT-T-TT----------------------A-----TT--ATCAAA--T------------A-------C-----T------------CA-----T-------------A-AAC-T-GA-CTAA---TATTGT-TG-TCC--CTGG--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-T-G-AC-AGCTG------ACAATTGTCC--TTCAGGC-AC-------TA-----C-AGG-AG-CA--CAGCAATA---AACATT----TGTAC-CTACCAC--ATgcgtattgcacttgacctaattttgctcaaattctgtttaatgatcttgaattttttttgttttatgtttcagtc
gi|13 : tgtgattcctgagggtataaaGG-TA--AATTC-AGTGTTCT-ATAGAACACAAGTT-TGGG----TAC---AA--GG--TGC----A------TAT----AT--GTA----TTAT-AGACTGGTAATG----TA--AAT---------------GGCA--ATAAAA----ATTGAAATT-GTGAATT--GCT------AGCCAGTGG-AATG--T--TAAAC-TTAAACCATATC----------AAGAAGAAAAT-GA-TTGAG-TA---TTAGGCCATT---TT--A----TGTGGAATGATAATTTCATTTCA-TTTT----------GTGATGGCA--T-GA-------TAAT-GAAGAAAGAT---G------GTctcaccgtatttacgagctaaacaaagggaaacaactataaggcaagaggaaattgcgt
gi|5 : AGGTAC---GATTAG--T------A------T-------T--CTA----CTATTAGACTGGTTATGTAAATAA-GACTGAAAA-T---------CGTGA-------------AAATG--TAAATTTTGTTTATATCAGCTATTGC-TATACAT--GAAAC-TGG--C----TC------TATCAAGAATAAT-T-GT-TTGAATCA---A---ACCATTAAATAAGA----TATGAAATTATGATTAATTTCC--TCTTCGA-------GCGA----G--T-AG-TACT-TT-GTCAAAG-AAGAT---G------GTGACT-A---TCGAATT---------TTGT-TTGA--------------------G-----GT--AT------T------------A-------CATGTGT------------TA-----TCAAATACTAAAGAA-AAC-T-TA-CTAA---ATTTGTGCA-TCT--CT-G--CAGTTC--------GTA-T------------G------GTAATTACCC--TTTAGGC-AA-------T--------AT---------------TA---GGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGTGT-ACCAAAACAAA---------ATATCGTTGTGGATGAGATTT-CGAT-AAAA-A---GAAACAACAA--AAAG-----GGTAACTAGGGAATT
gi|6 : tacacaatttccgacctaccaactcttttgtgattgTT-AAA--AGTGTATATT-TTTAAATCATCTGCTGG-TATACAT--TGTACATTA------AACTGCTCATATCAAAAATAATTT-GC-TTGAACTATATATAGGTCATTAAATTAGA----CAAGAAACTATTATTTATTCCC--ACTTTGAACTACACGTA--------T-GA-TACT-TTTATCGAAGA----T---G------GTGATA-A---TCGAGTT---------TTGT-TTGC--------------------G-----CT--AT------T------------A-------C-----TAAATCTAATTAATA-----T-------------ATAAC-T-TC-CTGA---TTTTGCGTT-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGTTGC--T-T-G-AC-GTCTT------GTAATgcg
gi|7 : cttttctgtgatgatcggcgtcgtatctgttgaatgttgggcgggggggcggggggtaacgtatgtatatctaataaattgaatagtttatATTTTGTTCATATCAGCTATTGG----------TA-----TA--C-------------ATCA----TAATTT-TT-TTTAATTG------GACCATTAAATTA-A----TATGAAATTATAATTTATTTCC--TCATCTA------CACGA----G--T-GA-TACT-TTTATCAAAGAAAGAT---G------GAGATG-A---TTGATTG---------TTGT-TTGAGCTACCAAGGTACGGACTGTA-----TTTGAT------T------------ACAAAATAC-----T------------TA-----T-------------A-AAC-T-GA-CT-----ATTTTTGTT-TCT--CT-G--TAATTCGGGTACTT----T------------G------GTAATCATCA--TCTAGGC-A---------A-----A-AT------A--C--CGGTA---AGCATT----TGTAC-CCACAGC--GTGAAT-ACGAAAACA-ATATTTG--CGTTTCATTGTACGCAAGAGCT-C-A---AAA-AAGGGAAATACC-T--TTTG-----AGAAA
gi|11 : cCAAGGAGAAATT-GT-TTGAA------GTAGGTCATGAAATTA-AA---TATACAATTGTCAGTCA--------CATCA---------------------------T-TTAAATAAA--AAGAT---G------GTGAAG-T---TCGATTT---------T-GT-TTGA--------------------TGTTT-TT--AT------T------------A-------------T------------CAAACATT-------------A-AAC-T----TTAA---TTTTGTGAT-TCC--CT-G--CAGTATGAGTAACTGTAGT-TGA-AT-AGCAGCTGCTAATAATTTTTT--TTTCAGG-AAGTGTATTTA-----A-ATG--------CAGCAATA---AGCACG----TGTGC-aaa
gi|21 : AATTA-AA---TATGAAAT--------AATTCT--TCTTTGA------CACAA----G--T-GC-TACT-TTTATGAAAAAAAGATCATG------GTGATT-A---TCGATTT---------TTGT-TTGA--------------------G-----CT--A-------G------------G-------C-----C------------TA-----C-------------A-TAC-T-CA-------------TGTT-TCT--CT-G--CAATTCAGGTACGTGC--T-T-A-AT-GACAG------ATAATAAT
gi|4 : A-A----TATGAAATTATCATTCATTTCC--TCTTTGA------CCAAA----A--TCGA-TATT-TTTAACAAAGGAAAAT---C------GTAATT-TCTTTCGATTTATATCAAAGTTATATTAC--------------------A-----GT--AT------T------------T-------C-----T------------AAGTGCTC-------------A-AAC-T-TC-CTAA---ATTTGTGAT-TCC--CT-G--CAATTTGGGTGGCTGCA---C-G-AC-AGCTG------AAAATCA-CC--CTTCAGT--A-------T------A-ATA------------GATA---AGCATT----TGT-------TG----------ACGAGAACACCT-TTTG--CGTCTCACCGTGCATAAGAGTT-A-AA-CAAAGA---GAGAAAAC-T--ACTG-----GGTAATTCGTACATT
gi|30 : cgcaatttccgagacatcagctcttttgtgatggaggtacgttcagtattctgttgattgcttgggtgagtacaagatgtatacgtatatcatagcctgactatgtaatatgatgtcgtgagtgttgttgttatctgccggtggtacatgtttacattaaagtgaccgtatcaTTTATTTCC--TTTTCGA------CATGA----G--T-GA-TATT-TCTATGAAAGAAAGCT---G------gct
gi|9 : TTCGA------CACGA----G--T--A-TACT-TTCATCAAAGGAAACT---G------ACGATT-A---CCAAATT---------TAGT-GTGA--------------------GCTGTTTT--GT------T------------A-------T-----T------------AAA----T-------------A-CACAT-AATCTTA---ATTCGT----------T-G--AAAT------AATTGCA-T---G-AC-AGCTG------GCAACCATCC--TTTAAGC-AA-------TA-----T-ATG-AA-CG--AAGCAATA---AGCATA----TGTAG-CAACCGC--GTGAGT-ATGGAAATATAT-TTTG--CGTCTTCCCGCACAAAAGAGCT-C-AA-CAAAGA---GAAATATC-C--AGTG-----GAAAGCTCGGAACTTg
gi|8 : t--T-GATAATT-TTG-TCAAAGAAAAAT---G------GTGATT-A---TCGATTT---------TTGT-TTGA--------------------G-----CT--AT------TTTATCATCAAATA-------C-----T------------CA-----T-------------A-ACC-T-TA-CTAG---ATTTGAGAA-TCC--TT-GCCCCCTTTACGTGGTCACA---T-G-AC-ATCTA------GTAATCATCgtgta
gi|19 : gACT-TTTATCAGAGAAAGAT---GGCACTGATGATT-A---TCGATTT---------TTGT-TTGA--------------------G-----CT--AT------TTTATGATCAAATA-------C-----T------------CG-----T-------------A-TAC----A--TAA---TTTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTGTAGTGGTTACA-T-tgttagttaatatttgaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcaacttagaaattgcgt
gi|10 : ggtt-TTAA-CAAAGAAAT-T---G------TTGAAT-T---TTGAGTT---------TCGT-TTTA--------------------G-----CT--AT------TTCAGAT------A-------C-----T------------CA-----T-------------A-AAC-T-CA-ATAATAGATTTGAGTT-TCC--TT-T--TAGTTCAGGTGATTGTA-TAT-A-AC-AGCTT------GTAATGTTCC--ATTCAGC-AA-------TA-----A-AT---------------------GCATT----TATAC-CTACTGT--GTGGGG-ACAAAAA-ATGT-TTT----------CCATG-----------------AAA-G---GAAAAAAC-T--ATAT-----GACAACTCAGACATTgaccctttgtgtatggtaatttatttgtcccatttt
gi|23 : AAGAA-GAT---G------AAGACTGA---TTGGTTT---------TTGT-GTGAGCTATTTC------------A-----TT--ATCATCAAT------------A-------C-----T------------CT-----T-------------A-AAC-T-TA-GTAA---ATCTGCGTT-TCC--CT-G--GAGTGCAGGTAAT---A-T-T-GCAC-GTTG-------------ATCC--TTTAGGC-AA-------Tgagtattgggaacattgacatga
gi|18 : agg------------CA-----T-------------G-GAC-T-C--CTGA---ATATACGTTATTC--CC-A--CAGTTCGGGTAGTTGCA---T-G-AT-----A------GTAATCATGC--GTTAGGC-AA-------T----------------------CG-----------T----TATAC-CCACCACTGGTGGGT-ACGAAAACAAAC-TTTGAACATC--ACCGGGTGCAAGA-CT-C-GCACAAA-GT--GGAACAAC-T--TTTG-----GGCAAC
gi|12 : A-----T-------------C-AAC-TTAA-CTAA---ATTTGTGTT-TCCGTTT-G--TGTCTCGGGTGGTTGCA-T-----ATCGACTG------GTGA--ATCCAATTTGGCC-AA-------TGCATGTA-ATG-AA-TA--TAGCGACA---AGTAGTATAGTGGACACCACCGCA-AAGAATAATGAAAACATAC-TTTTG-CGTCTCACCGTGCGTAAGAGTTCC-AC-AAAG-G---GAAATAAC-T--GTTG-----
gi|25 : ttttgttggagttgtttagtatcaaatcaccga--CT-G--CACTTCAGAAGGTTGCA-T---G-AC-ATCTT------GTTACCATCT--TTTTGTC-AA-------TA-----A-ATG-A--CT--CCGTGATATTAAGCATT----AGTAC-TCACTGT--AGGAAT-ATGAAAACATAT-
gi|20 : TTCGGGTGGTTGCA-T-G-A-G--GCTTG------GTAATCATCT--TTT-ATCTAA-------TAT----ACATGTATGCATGCAGGGATA---AGCATT----ATTAC-CCACCG---AC--------AAAACAAAT-TTGG--CATCTTACCGTGC-------TT---------A-G---AAAATA-C-T--ATTG-----GGTAACCCGAAA
gi|22 : ATCT--GTTTAGC-AA-------TA-----ATATG-AA-CA--CAGCGATA---AGCATT----TGTAC-CCACCAT--GTGGAT-ACAAAAACATAT-TTGT---GTCTCACAGTGACCAAGAGTC-CAAC-CAAT-G---GAAACGCC-TACATTGTATATGGCAATATGGAAAcgtgcgt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): AAATGTAATTTTATGTCTCGTACGTAAAGTTTCAACAAAGGGAAATAACT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333 11 55555555555555555555555555555555555555555 1111111 33333333 11 222222222 1111111 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222 5555555555555555555 22222222222 11111 111 222
lowQualScore : 66 6666 2 33 33 33 555 2 1 555 3 1 77777777777777 0 555 33 3 3 4 55 1 0 22222222222222222222222222222222222222222 3 3 88888 2 11 999999 1111111 55 3 99999999 1 3 00 3 222222222 4 2 44 555 3 2 9999 7 33 6666666 0 3 5 1 2 1 444 777777 555 33 1111 0 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 999999999 5555 2 33 2 33 777777777777777 2 0 33 5555 22 8888888 1111111111111111111 555 6666 2 33333333333 333 77777 555 444 3 88 111 1 3 44 88888 111
lowQualScore : .. .... . .. .. .. ... . . ... . . .............. . ... .. . . . .. . . ......................................... . . ..... . .. ...... ....... .. . ........ . . .. . ......... . . .. ... . . .... . .. ....... . . . . . . ... ...... ... .. .... . . ............................................................................................. . ......... .... . .. . .. ............... . . .. .... .. ....... ................... ... .... . ........... ... ..... ... ... . .. ... . . .. ..... ...
lowQualScore : 99 5555 9 99 33 77 000 9 2 444 1 6 88888888888888 1 888 88 3 3 5 33 0 7 66666666666666666666666666666666666666666 0 3 33333 2 22 666666 8888888 00 6 88888888 0 3 00 6 555555555 3 6 00 888 3 3 5555 3 44 0000000 7 1 3 9 5 6 444 222222 000 11 3333 9 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 222222222 0000 5 22 4 22 444444444444444 4 8 44 3333 99 1111111 8888888888888888888 000 1111 9 99999999999 999 22222 888 444 3 88 444 6 3 66 33333 999
consensus : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGGAGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-NTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-ACAAGATGT---A-T-A----TATAT---A--T-TAT-AGNCT-GGTTATGTAGATA--GATAAAAAATAC---GG---AT-GAA-T-AAA--C-G--TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCATATCT----A-CAAGAAT-AATTTGT-TTGAAT-T-----TAGGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ATTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACT-TTTATCAAAGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------AT-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACTN----A-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAA-------TA-----A---ATG-A-CGCAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGGG-TA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTC-A-ACAAA-G-GAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
Reference ( family-3444 ) : GCAATTTCCGAGA-CATCAGCTCTTCTGTGA----TGGAGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-NTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-ACAAGATG----A-T-A----TATAT---A--T-TAT-AGNCT-GGTTATGNAGATA--GATAAAAAATAC---AGCA-ATAGAAGTTAAA--C-G--TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CTGTTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCATATCT----ATCAAGAAT-AATTTGT-TTGAAT-T-----TAGGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ANTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACT-TTNATCAAAGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------AT-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACTN----A-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAA-------TA-----A---ATG-A-CACAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGGG-TA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGCAAGAGCTC-A-NCAAA-G-GAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
gi|1 : ATTCCTGAGGGTATAAGATCTTCTGTGA----TAAAAGATT--CGTTT-AGTCTTCA-TTTGAACGC---C-TGG-TGGG---T-ACAAGATGT---A-T-ACCGGTACAT---AAGT-TAG-AGCCA-GATTATATAGACA--ATTAAATAATTC---A-----T-GAA----AA--C-A--TAAAATTTGAACATATC-AG-----TTGGTGATA------TATAAT-------AAACT--GACCATATCT----A--GACGGT-A--TTGT-TTGAAT-T-----TAA-CCTTTGAATGAAATG---TGAAA-TTACA--------CCGCTCTT-TGA----TAAGATT-GATGCTCTTCA-CAAAGAAAGAT---G---------AT---T-TTTGAGCTATTTTATT--A-TCA----------------------AA-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACTG----A-C-TAA---TATTGT-TG-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-TG-A----CAGCT-GACAATTGTCC--TTC----AG-GCAC-------TA-----C---AGG-AGCACAGCAA---TAAACATT----TGTAC-CTACC------------------ACA-----------TCTCACCGTATTTACGAGCTA-A-ACAAAGG-GAAACAAC-T--ATAA-----GGCAAGAAGGAAATT
gi|10 : tgtg-TTAA-CAAAGAAAT-T---GT------TGAA---T-TTTGA--G-TTTCGTTTTA-GCT----------------------AT-----------------TTCAGAT--AC-------T------------CA-----T-------------A-AACTC----A-A-TAATAGATTTGAGTT-TCC--TT-T--TAGTTCAGGTGATTGTA-TATA-A----CAGCT-TGTAATGTTCC--ATT----CA-GCAA-------TA-----A---AT------------------GCATT----TATAC-CTACTGT--GTGGG-GA-CAAAAA-ATG-T-TTT--------CCATG----------------AAA-G-GAAAAAAC-T--ATAT-----GACAACTCAGACATTgcgtattgcacttgacctaattttgctcaaattctgtttaatgatcttgaattttttttgttttatgtttcagtc
gi|11 : CAAGGAG-AAATTGT-TTGAAG-T------AGGTCATGAAATTAAATA---TACAA-TTGTCAGTC-ACATC-------------------------ATT-TAAAT---AAAAAGAT---GG------TGAA---G-TTCGA--T-TTT-GTTTGATGTTTTT-------------------AT-----------------T--------A--------T------------CAAACATT-------------A-AACTT--------TAA---TTTTGTGAT-TCC--CT-G--CAGTATGAGTAACTGTAGT-TG-AATAGCAGCT-GCTAATAATTT--TTTTTTCAG-G-AAGTGTATTTA-----A---ATG-----CAGCAA---TAAGCACG----TGTGC-gagtattgggaacattgacatga
gi|12 : -TTTTGTTGGA-GTT----------------------GT-----------------TTAGTATCAAA-------T------------CACCGAAT-------------C-AACTT----AAC-TAA---ATTTGTGTT-TCCGTTT-G--TGTCTCGGGTGGTTGCA-TAT-------CGACT-GGTGA--ATCCAATTT----GG-CCAA-------TGCATGTA---ATG-AATATAGCGA---CAAGTAGTATAGTGGACACCACCGC--AAAGAATAATGAAAACATACT-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGTTC-C-ACAAAGG-GAAATAAC-T--GTTG-----
gi|13 : GG-TA--AATTC-AGTGTTCT-ATAGAACACAAGT-T---TGGG---T-ACAAGGTGC---A-T-A----TATGT---A--T-TAT-AGACT-GGTAATGTAAATG--G----------------CA-ATAAAAATTGAAATT-G--TGAATT--GCT-------AG-----CCAGTGGAA------TG--TT-------AAACTTAAACCATATC--------AAGAAG-AAAATGA-TTGAGTAT-----TAGGCCATT---TTA--TG---TGGAA-TGATAATTTCATTTC-ATTTTGTGA----TG-GCAT-GATA------AT-GAAGAAAGAT---GG------T
gi|14 : AGA-TATCAACTCTTCTGCGA----TGGAGG-TA--CATTT-AGAATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGAG---T-ACAAGATATATAA-TTA----TACAT---A--T-TAT-AAGAT-GGTAA-GTAGATAACGATAAAAATTAT-----------GAA----AG--C-A--TAAATTTTGTTTAG--C-AAAAATTTTGTT--TA------TACAGG-------AAACT--GACCATATC---------AGCATTGATTTGT-TTAAAT-T------AGGTCATTAAATTAAATACTGTGGAA-T
gi|15 : GCGATTTCCAAGA-AATCAGCTCGTTTTTGA----TGGAAG-TA--CATTT-AGTATTGT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGT---T-ATAAGATG-------------TATACCGAA--T-TGC-AA-------TGTAAAGAAG--GAT-AAAAGTAC---GG------------AAG--CGG--TGAA-TTTGTTAATATC-AG-----CTATT----------TACATT-------AAACC--AACCA-A--T----ATCAAGAAT-AATTTGGAGTGAA--G-----TAGGCCATTAAGTTAGATA---TGAAA-TTATTA
gi|16 : GCAATTTC-GAGA-TGCCAGCTCTTTTACAACAAATGGA---TG--CGTTC-AGTTTTCT-GCTAATCGC---T-TGGGTTGG---T-AC--GGTTTTT-A-T-G----TGCAT---A--T-CAT-AGGCC-GGTTTTGAAGATG-------AGAATA-------G-ATTGTA-TGAAA--T-GG-TGTATTATGTTTTTATC-AG-----CTGGCAGTA------TGCACT-------AAA-----GCGATACCT----TCCA--AAT-AA
gi|17 : cATCAGCTCTTCTGTGA----TGGAAA-TA--CGTTA-AGTATTCT-AATCAACGC---CATGAGTGGG---T-ACA---------A-T-A----TGTAT---A--C-CAT-A-TCTAGGTAACGC---------TAAAAGTTAC---GG------------AAG--C-G--CGAATTTTGTCTTTATT-AG-----CCGTTAATA------TACATaat
gi|18 : ------------CA-----T-------------G-GACTC------C-TGA---ATATACGTTATTC--CC-A--CAGTTCGGGTAGTTGCA-T--G-A--------T-AGTAATCATGC--GTT----AG-GCAA-------T---------------------CG-----------T----TATAC-CCACCACTGGTGGG-TA-CGAAAACAAA-C-TTTGAACATCACCGGGTGCAAGA-CTC-GCACAAA-GTGGAACAAC-T--TTTG-----GGCAACgtacatgtatatacgtaaaactgacaata
gi|19 : TACT-TTTATCAGAGAAAGAT---GGCACTGATGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------AT-----------------TTT------ATGA-----T------------CA-----A-------------A-TACTCGTATA-CATAA---TTTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTGTAGTGGTTACA---TG-A----C
gi|2 : ggtGCAATTTCCGAGA-TCTCTGTTCTTCTGTGA----TGGAGG-TA--CATTC-AGTACTCT-GTTGAACTC---T-TGGGCAAG---T-ACAAAAT-----A-T-A----CATAT---A--T-TAT-AGACT-GGTTATGAAGATA--GATAGAAAGTACCAAGGCAGATAGAAGTTAAA--T-GAGTGAATTTTGTTTATATC-GG-----CCATTGGAA------TACATT-------AAACT--TACCATATCTGATTATCAAGAAT-AATATGT-GTGAAT-TAA---TAGGCCATTAAATTAA-TA---TGAAA-TTATTATTT-AATTC-CTCTT-CAA----CGTAAAT-GAAACT-TTAATCAAAGAAAGAT---GA------TGAT---T-ATCAA--T-TTTTGTTTGA-ATT----------------------AT-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACTG----A-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TA-A----TGTCG-GGTAATCATCC--TTT----CA-GCAA-------TA-----A---ATG-ATCACAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACTGC--ATTAA-TA-TGAAAGCACA-T-TTTTCATCTTGCCATGTGTAATAGTTC-A-CCAAA-A-GAAATAGC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATTcctttgtgtatggtaatttatttgtcccatttt
gi|20 : TTCGGGTGGTTGCA-T--G-A-----GGCTTGGTAATCATCT--TTT----AT-CTAA-------TATAC--ATGTATGCA-TGCAGGGA---TAAGCATT----ATTAC-CCACCG----------A-C-AAAACAAA-T-TTGGCATCTTACCGT--------GCTT-A---------GAAAATAC-T--ATTG-----GGTAACCCGAAAtc
gi|21 : AATTAAATA---TGAAA-T---------AATTC-TTCTT-TGA----CACAAGT-GCTACT-TTTATGAAAAAAAGATCATGG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A------------------G--------GC-------C------------TA-----C-------------A-TACTC----A--------------TGTT-TCT--CT-G--CAATTCAGGTACGTGC--T-TA-A----TGACA-GATAATAATcgtgcgt
gi|22 : --TTT----AG--CAA-------TA-----AT--ATG-AACACAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCAT--GTGGA-TA-CAAAAACATA---TTTGTGTCTCACAGTGACCAAGAGTCC-A-ACCAATG-GAAACGCC-TACATTGTATATGGCAATATGGAAA
gi|23 : tatctgAAGAA-GAT---GA------AGAC---TGATTGG--T-TTTTGTGTGA-GCT----------------------ATTTCATTATCATCAA---T--------AC-------T------------CT-----T-------------A-AACTT----A-G-TAA---ATCTGCGTT-TCC--CT-G--GAGTGCAGGTAAT---A-T-TGCA----C-GTT-G------ATCC--TTT----AG-GCAA-------T
gi|24 : aggATTTCTGACC-CATCAGCTCTTCTGTGA----TAGAGA-TA--CATTA-AGTATCTT-ACTTAATGC---T-TTGATGGG---T-ACGTGGTGT---A-T-A----TGTAC---AGTT-TAT-AGACA-GAATATG
gi|25 : --CT-G--CACTTCAGAAGGTTGCA-T--G-A----CATCT-TGTTACCATCT--TTT----TG-TCAA-------TA-----A---ATG-A-CTCCGTGATATTAAGCATT----AGTAC-TCACTGT--AGGAA-TA-TGAAAACATA-T-ttgtgtatgtag
gi|26 : TTCGAGA-TATCAACTCTTCTGTGT----TGGAGG-TA--TGGTT-AGTATTCTAACTGAA-GC---T-TGGATG
gi|27 : tatgtcattcgtcaTTCTGAGA-CACCTGATCTTCTTTGG----TTGAAG-TA--CAGTC-AGTATTCT-ATTGAACAC---T-TGGGTGAGTACT-ACAGAATGT---A-T-A----CATAC---A--TGTAT-Aattatgtcatcataactgtaatatgtaca
gi|28 : AATTTTCGAGA-AATCAGTTCTCTTGTGA----TGAAGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-TTAGCACAC---T-TGAGTGGA---T-ACAAttataat
gi|3 : TCTTTTGTGA----TAAAAG-TATTCGTTTTAGTCTTCA-TTTGAACGC---C-TGG-TGGG---TTACAAGATGT---A-T-ACCGGTACAT---AAGT-TAG-AGCCA-GATTATATAGACA--ATTAAATAATTC---A-----T-GAA----AA--C-A--TAAATTT-GAACATATCGAG-----TTGGTGATA------TATAAT-------AAACT--GAC-ATATCT----A--GACGGT-A--TTGT-TTGAAT-T-----TAA-CCTTTGAATGAAATG---TGAAAGTTAACAC-------CGCTCTT-T-A----TAAGATT-GATGCTCTTCA-CAAAGAAAA-----GA------TGAT---T-TTTGAGCTATTTTATT--A-TCA----------------------AA-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACTG----A-C-TAA---TATTGT-TG-TCC--CTGG--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-TG-A----CAGCT-GACAATTGTCC--TTC----AG-GCAC-------TA-----C---AGG-AGCACAGCAA---TAAACATT----TGTAC-CTACC------------------ACA-----------TCTCACCGTATTTACGAGCTA-A-ACAAAGG-GAAACAAC-T--ATAA-----GGCAA-GAGGAAATT
gi|30 : tgtgattcctgagggtataaaTTT-ATTTC-CTTTT-CGA----CATGAGT-GATATT-TCTATGAAAGAAAGCT---GG------gcgt
gi|4 : GCAATTTCCGAGA-CATCAGCTCTTTTGTGA----TGGAGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGATTGC---T-TGGGTGAG---T-ACAAGATGT---A-T-A----CGTAT---A--T-CAT-AGCCT-GACTATGTA-ATAT-GAT-----------------------GT------C-G--TGAGTGTTGTTGTTATC-TG-----CCGGTGGTACATGTTTACATT-------AAAGT--GACCGTATC----------AAAT-A--------TGAAA-T-----TA--TCATT-----------------------CATTT-----C-CTCTT-TGA----CCAAAATCGATATT-TTTAACAAAGGAAAAT---CG------TAATTTCT-TTCGA--T-TTATATCAAA-GTT----------------------ATATTACAGTATTTCTAAGT--------GC-------T------------C--------------------A-AACTT----C-C-TAA---ATTTGTGAT-TCC--CT-G--CAATTTGGGTGGCTGCA---CG-A----CAGCT-GAAAATCACCC--TTC----AGTATAA-------TA---------------------GA---TAAGCATT----TGT-------------TG----A-CGAGAACACC-T-TTTGCGTCTCACCGTGCATAAGAGTTA-A-ACAAA-GAGAGAAAAC-T--ACTG-----GGTAATTCGTACATT
gi|5 : cCAATTTCCGACC-TACCAACTCTTTTGTGA----TTGAGG-TA--CGATT-AGTATTCT-ACTgct
gi|5 : tacaACTCT-TTTG--TGA---T-TGAG---G---T-AC--GATT----AGT-A----T-TCT---A--C-TATTAGACT-GGTTATGTAAATAA-GACTGAAAAT-C----GTG-A--------AAA--T-G--TAAATTTTGTTTATATC-AG-----CTATTGCTA------TACATG-------AAACT--GGC----TCT----ATCAAGAAT-AA-TTGT-TTGAA--T-----CAAACCATTAAATAAGATA---TGAAA-TTATGATTA-ATTTC-CTCTT-CGA-----GCGAGT-AGTACT-TTG-TCAAAG-AAGAT---GG------TGAC---T-ATCGA--A-TTTTGTTTGA-GGT----------------------AT-----------------T--------ACATGTG--T------------TA-----TCAAATACTAAAGAA-AACTT----A-C-TAA---ATTTGTGCA-TCT--CT-G--CAGTTC--GTA---------------------T-GGTAATTACCC--TTT----AG-GCAA-------T----------AT---------------TAGGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGTG-TA-CCAAAACAAA--------ATATCGTTGTGGATGAGATTTCGA-TAAAA-A-GAAACAACAA--AAAG-----GGTAACTAGGGAATTattagactggttatgtaaataagactgaaaatcgtgaaaatgtaaattttgtttatatcagctattgctatacatgaaactggctctatcaagaataattgtttgaatcaaaccattaaataagatatgaaattatgattaatttcctcttcgagcgagtagtactttgtcaaagaagatggtgactatcgaattttgtttgaggtattacatgtgttatcaaatactaaagaaaacttactaaatttgtgcatctctgcagttcgtatggtaattaccctttaggcaatattaggcatttgtacccaccgcgtgtgtaccaaaacaaaatatcgttgtggatgagatttcgataaaaagaaacaacaaaaagggtaactagggaattgcg
gi|6 : tacacaatttccgacctaccaTTAAA--A-G--TGTATATT-TTTAAATC-AT-----CTGCTGGTA------TACATTGTACATTAAACT--GCTCATATC--------AAAAAT-AATTTGC-TTGAAC-TATATATAGGTCATTAAATTAGACA---AGAAA-CTATTATTT-ATTCC-CACTT-TGAACTACACGTAT-GATACT-TTTATCGAAGA----T---GG------TGAT---A-ATCGA--G-TTTTGTTTGC-GCT----------------------AT-----------------T--------AC-------TAAATCTAATTAATA-----T-------------ATAACTT----C-C-TGA---TTTTGCGTT-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGTTGC--T-TG-A----CGTCT-TGTAATgcg
gi|7 : cttttctgtgatgatcggcgtcgtatctgttgaatgttgggcgggggggcggggggtaacgtatgtatatctaataaattgaatagtttatATTTTGTTCATATC-AG-----CTATTGGTA------TACATC-------A----------------------------T-AATTTTT-TTTAAT-T------GGACCATTAAATTAA-TA---TGAAA-TTATAATTT-ATTTC-CTCAT-CTA----CACGAGT-GATACT-TTTATCAAAGAAAGAT---GG------AGAT---G-ATTGA--T-TGTTGTTTGA-GCTACCAAGGTACGGACTGTATTTGAT-----------------T--------ACAAAATACT------------TA-----T-------------A-AACTG----A-C-T-----ATTTTTGTT-TCT--CT-G--TAATTCGGGTACTT------------------T-GGTAATCATCA--TCT----AG-GCA---------A-----A---AT--A-C----CGG---TAAGCATT----TGTAC-CCACAGC--GTGAA-TA-CGAAAACA-A-TATTTGCGTTTCATTGTACGCAAGAGCTC-A-AAAAAGG-GAAATACC-T--TTTG-----AGAAA
gi|8 : cGT-GATAAT-TTTGTCAAAGAAAAAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------ATTTTATCATCAAA-----T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-ACCTT----A-C-TAG---ATTTGAGAA-TCC--TT-GCCCCCTTTACGTGGTCACA---TG-A----CATCT-AGTAATCATCT--GTT----AG-TTAA-------TA-----aaa
gi|9 : TT-CGA----CACGAGT--ATACT-TTCATCAAAGGAAACT---GA------CGAT---T-ACCAA--A-TTTAGTGTGA-GCT----------------------GT-----------------T--------TTG------T------------TA-----TT------------A-AATAC----A-C-ATA---ATCT-TAAT-TC-----------GTTGAAATAATTGCA-T--G-A----CAGCT-GGCAACCATCC--TTT----AA-GCAA-------TA-----T---ATG-AACGAAGCAA---TAAGCATA----TGTAG-CAACCGC--GTGAG-TA-TGGAAATATA-T-TTTGCGTCTTCCCGCACAAAAGAGCTC-A-ACAAA-GAGAAATATC-C--AGTG-----GAAAGCTCGGAACTTtttgaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcaacttagaaattgcgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): AAATGTAATTTTATGTCTCGTACGTAAAGTTTCAACAAAGGGAAATAACT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11 1111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 333333333333333333 222222222 111111111 1111111 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222 5555555555555555555555 22222222222 11111 222
lowQualScore : 0 6 6666 2 2 33 55 33 444 2 1 555 2 33 77777 6666 3333 00 22 3 555 0000000000000000000000000000000000000000000000 2 88 1 88 3 88888 0 1 11 999999 1111111 55 3 888888888888888888 3 222222222 33 0 1 555 3 777777777 7 3 6666666 0 3 1 2 1 444 777777 555 33 1111 0 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 999999999 5555 2 33 2 33 777777777777777 2 0 33 5555 22 6666666666666666666666 555 6666 2 33333333333 333 55555 555 0 55 0 22 3 3 222 1 3 44 88888 111
lowQualScore : . . .... . . .. .. .. ... . . ... . .. ..... .... .... .. .. . ... .............................................. . .. . .. . ..... . . .. ...... ....... .. . .................. . ......... .. . . ... . ......... . . ....... . . . . . ... ...... ... .. .... . . ............................................................................................. . ......... .... . .. . .. ............... . . .. .... .. ...................... ... .... . ........... ... ..... ... . .. . .. . . ... . . .. ..... ...
lowQualScore : 4 7 1111 9 7 77 77 77 777 7 5 000 9 99 77777 5555 1111 77 77 1 888 6666666666666666666666666666666666666666666666 0 66 3 66 3 33333 7 0 22 666666 8888888 00 6 999999999999999999 6 555555555 22 4 2 888 3 111111111 3 3 0000000 7 1 2 5 6 444 222222 000 11 3333 9 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 222222222 0000 5 22 4 22 444444444444444 4 8 44 3333 99 8888888888888888888888 000 1111 9 99999999999 999 44444 555 8 99 3 88 1 1 111 9 1 22 33333 999
consensus : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----TA----TACATA--T-TATAGACTGGTTATGTAGATA--G--ATAAAAAATAC------GGAT-GA----AAACG--TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCA-TATCTA------AAGAA-TAATTTGT-TTGAAT-T-----TAGGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ATTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------AT-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACTN----A-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAATA-----A---AT---G-A-CGCAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGGG-TA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTCA-AC-AAAGG-GAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
Reference ( family-3444 ) : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-NTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----TA----TATATA--T-TATAGNCTGGTTATGTAGATA--G--ATAAAAAATAC------GGAT-GAA--TAAACG--TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCA-TATCTA-----CAAGAA-TAATTTGT-TTGAAT-T-----TAGGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ATTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------AT-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACTN----A-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAATA-----A---AT---G-A-CGCAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGGG-TA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTCA-AC-AAA-G-GAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
gi|1 : ATTCCTGAGGGTATAAGATCTTCTGTGA----TAA-AAGATT--CGTTT-AGTCTTCA-TTTGAACGC---C-TGG-TGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----TACCGGTACATAAGT-TAGAGCCAGATTATATAGACA--A--TTAAATAATTC--------AT-GAA----AACA--TAAAATTTGAACATATC-AG-----TTGGTGATA------TATAAT-------AAACT--GACCA-TATCTA-----GACGG--TA--TTGT-TTGAAT-T-----TAA-CCTTTGAATGAAATG---TGAAA-TTACA--------CCGCTCTT-TGA----TAAGATT-GATGCTCTTCACAA-AGAAAGAT---G---------AT---T-TTTGAGCTATTTTATT--A-TCA----------------------AA-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACTG----A-C-TAA---TATTGT-TG-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-TG-A----CAGCT-GACAATTGTCC--TTC----AG-GCACTA-----C---AG---G-AGCACAGCAA---TAAACATT----TGTAC-CTACC------------------ACA-----------TCTCACCGTATTTACGAGCTAA-AC-AAAGG-GAAACAAC-T--ATAA-----GGCAAGAAGGAAATT
gi|10 : tgtgTTAACAA-AGAAAT-T---GT------TGAA---T-TTTGA--G-TTTCGTTTTA-GCT----------------------AT-----------------TTCAGAT--AC-------T------------CA-----T-------------A-AACTC----A-A-TAATAGATTTGAGTT-TCC--TT-T--TAGTTCAGGTGATTGTA-TATA-A----CAGCT-TGTAATGTTCC--ATT----CA-GCAATA-----A---AT---------------------GCATT----TATAC-CTACTGT--GTGGG-GA-CAAAAA-ATG-T-TTT--------CCATG----------------AAA-G-GAAAAAAC-T--ATAT-----GACAACTCAGACATTgcgtattgcacttgacctaattttgctcaaattctgtttaatgatcttgaattttttttgttttatgtttcagtc
gi|11 : -----CAAGGA-GAAATTGT-TTGAAG-T------AGGTCATGAAATTAAATA---TACAA-TTGTCAGTC-A-------CAT-CA-------------------TTTA--AATAAAAAGAT---GG------TGAA---G-TTCGA--T-TTT-GTTTGATGTTTTT-------------------AT-----------------T--------A--------T------------CAAACATT-------------A-AACTT--------TAA---TTTTGTGAT-TCC--CT-G--CAGTATGAGTAACTGTAGT-TG-AATAGCAGCT-GCTAATAATTT--TTTTTTCAG-GAAGTG-----T---ATTTAA-A-TGCAGCAA---TAAGCACG----TGTGC-gagtattgggaacattgacatga
gi|12 : -TTTTGTTGGA-GTT----------------------GT-----------------TTAGTATCAAA-------T------------CACCGAAT-------------C-AACTT----AAC-TAA---ATTTGTGTT-TCCGTTT-G--TGTCTCGGGTGGTTGCA-TAT-------CGACT-GGTGA--ATCCAATTT----GG-CCAATGCATGTA---AT---G-AATATAGCGA---CAAGTAGTATAGTGGACACCACCGC--AAAGAATAATGAAAACATACT-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGTTCC-AC-AAAGG-GAAATAAC-T--GTTG-----
gi|13 : GG-TA--AATTC-AGTGTTCT-ATAGAACACAAGT-T---TGGG---T-A--CAAG-----GTGCA----TA----TATGTA--T-TATAGACTGGTAATGTAAATG--GCAAT-AAAAAT-----------T-GA----AATTG--TGAA--TTGCT-------AG-----CCAGTGGAA------T--GTT-------AAACTTAAACCA-TATCAA-----GAAGAA--AA--TGA-TTGAGTAT-----TAGGCCATT---TT--ATG---TGGAA-TGATAATTTCATTTC-ATTTTGTGA----TG-GCAT-GATA-----AT-GA-AGAAAGAT---GG------T
gi|14 : AGA-TATCAACTCTTCTGCGA----TGG-AGG-TA--CATTT-AGAATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGAG---T-A--CAAG-----ATATATAATTA----TACATA--T-TATAAGATGG-TAAGTAGATAACG--ATAAAAATT----------AT-GA----AAGCA--TAAATTTTGTT--TAGC-AAAAATTTTGTT--TA------TACAGG-------AAACT--GACCA-TATC---------AGCATTGATTTGT-TTAAA--T-----TAGGTCATTAAATTAAATACTGTGGAA-T
gi|15 : GCGATTTCCAAGA-AATCAGCTCGTTTTTGA----TGG-AAG-TA--CATTT-AGTATTGT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGT---T-A--TAAG-----ATGTA----TA----CCGA-A--T-TGCA--------ATGTAAAGAAGG--ATAAAAG-TAC------GGA---------AGCGG-TGAATTT-GTTAATATC-AG-----CTATT----------TACATT-------AAACC--AACCAATATC--------AAGAA-TAATTTGGAGTGAA--G-----TAGGCCATTAAGTTAGATA---TGAAA-TTATTA
gi|16 : GCAATTTC-GAGA-TGCCAGCTCTTTTACAACAAATGG-A---TG--CGTTC-AGTTTTCT-GCTAATCGC---T-TGGGTTGG---T-A--CGGT-----TTTTA----TG----TGCATA--T-CATAGGCCGGTTTTGAAGAT---G--AGAATAGAT-T------GTAT-GA----AATGG--TGTATTATGTTTTTATC-AG-----CTGGCAGTA------TGCACT-------AAA-----GCGA-TACCTT-----CCA-AA-TAA
gi|17 : cATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AAA-TA--CGTTA-AGTATTCT-AATCAACGC---CATGAGTGGG---T-A--CAAT-----ATGTA----TA----C-CATA--T-C-TAG----GTAACGC-----------TAAAAGTTAC------GGA---------AGCG--CGAATTTTGTCTTTATT-AG-----CCGTTAATA------TACATaat
gi|18 : ------------CA-----T-------------G-GACTC------C-TGA---ATATACGTTATTC--CC-A--CAGTTCGGGTAGTTGCA-T--G-A--------T-AGTAATCATGC--GTT----AG-GCAAT------------------------CG-----------T----TATAC-CCACCACTGGTGGG-TA-CGAAAACAAA-C-TTTGAACATCACCGGGTGCAAGA-CTCGCAC-AAA-GTGGAACAAC-T--TTTG-----GGCAACgtacatgtatatacgtaaaactgacaata
gi|19 : TACTTTTATCAG-AGAAAGAT---GGCACTGATGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------AT-----------------TTT------ATGA-----T------------CA-----A-------------A-TACTCGTATA-CATAA---TTTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTGTAGTGGTTACA---TG-A----C
gi|2 : ggtGCAATTTCCGAGA-TCTCTGTTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CATTC-AGTACTCT-GTTGAACTC---T-TGGGCAAG---T-A--CAAA-----AT--A----TA----CATATA--T-TATAGACTGGTTATGAAGATA--G--ATAGAAAGTACCAAGGCAGATAGAAGTTAAATGAGTGAATTTTGTTTATATC-GG-----CCATTGGAA------TACATT-------AAACT--TACCA-TATCTGATTATCAAGAA-TAATATGT-GTGAAT-TAA---TAGGCCATTAAATTAA-TA---TGAAA-TTATTATTT-AATTC-CTCTT-CAA----CGTAAAT-GAAACTTTAATCAA-AGAAAGAT---GA------TGAT---T-ATCAA--T-TTTTGTTTGA-ATT----------------------AT-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACTG----A-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TA-A----TGTCG-GGTAATCATCC--TTT----CA-GCAATA-----A---AT---G-ATCACAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACTGC--ATTAA-TA-TGAAAGCACA-T-TTTTCATCTTGCCATGTGTAATAGTTCA-CC-AAA-A-GAAATAGC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATTcctttgtgtatggtaatttatttgtcccatttt
gi|20 : TTCGGGTGGTTGCA-T--G-A-----GGCTTGGTAATCATCT--TTT----AT-CTAATATAC--ATGTAT---GCA-TGCAGGGA---TAAGCATT----ATTAC-CCACCG----------A-C-AAAACAAA-T-TTGGCATCTTACCGTGCTTA------------------GAAAATAC-T--ATTG-----GGTAACCCGAAAtc
gi|21 : AATTAAATA---TGAAA-TAAT---------TC-TTCTT-TGA----CACAAGT-GCTACTTTTATGAA-AAAAAGATCATGG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A------------------G--------GC-------C------------TA-----C-------------A-TACTC----A--------------TGTT-TCT--CT-G--CAATTCAGGTACGTGC--T-TA-A----TGACA-GATAATAATcgtgcgt
gi|22 : --TTT----AG--CAATA-----AT--AT---G-AACACAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCAT--GTGGA-TA-CAAAAACATA---TTTGTGTCTCACAGTGACCAAGAGTCCA-AC-CAATG-GAAACGCC-TACATTGTATATGGCAATATGGAAA
gi|23 : tatctgA-AGAA-GAT---GA------AGAC---TGATTGG--T-TTTTGTGTGA-GCT----------------------ATTTCATTATCATCAA---T--------AC-------T------------CT-----T-------------A-AACTT----A-G-TAA---ATCTGCGTT-TCC--CT-G--GAGTGCAGGTAAT---A-T-TGCA----C-GTT-G------ATCC--TTT----AG-GCAAT
gi|24 : aggATTTCTGACC-CATCAGCTCTTCTGTGA----TAG-AGA-TA--CATTA-AGTATCTT-ACTTAATGC---T-TTGATGGG---T-A--CGTG-----GTGTA----TA----TGTACAGTT-TATAGACAGAATATGT
gi|25 : --CT-G--CACTTCAGAAGGTTGCA-T--G-A----CATCT-TGTTACCATCT--TTT----TG-TCAATA-----A---AT---G-A-CTCCGTGATATTAAGCATT----AGTAC-TCACTGT--AGGAA-TA-TGAAAACATA-T-tgtgtatgtag
gi|26 : TTCGAGA-TATCAACTCTTCTGTGT----TGG-AGG-TA--TGGTT-AGTATTCTAACTGAA-GC---T-TGGATG
gi|27 : tatgtcattcgtcaTTCTGAGA-CACCTGATCTTCTTTGG----TTG-AAG-TA--CAGTC-AGTATTCT-ATTGAACAC---T-TGGGTGAGTACT-A--CAGA-----ATGTA----TA----CATACA--TGTATAattatgtcatcataactgtaatatgtaca
gi|28 : AATTTTCGAGA-AATCAGTTCTCTTGTGA----TGA-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-TTAGCACAC---T-TGAGTGGA---T-A--CAAttataat
gi|29 : A-T-TTTATGTCTC---GTACGTAAAGTTTCA-AC-AAAGG-GAAATAAC-T--
gi|3 : aaatgtaATTCCTGAGGGTATAAA-TCTTTTGTGA----TAA-AAG-TATTCGTTTTAGTCTTCA-TTTGAACGC---C-TGG-TGGG---TTA--CAAG-----ATGTA----TACCGGTACATAAGT-TAGAGCCAGATTATATAGACA--A--TTAAATAATTC--------AT-GA----AAACA--TAAA-TTTGAACATATCGAG-----TTGGTGATA------TATAAT-------AAACT--GA-CA-TATCTA-----GACG-G-TA--TTGT-TTGAAT-T-----TA-ACCTTTGAATGAAATG---TGAAAGTTAACA-------CCGCTCTT-T-A----TAAGATT-GATGCTCTTCACAA-AGAAAA-----GA------TGAT---T-TTTGAGCTATTTTATT--A-TCA----------------------AA-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACTG----A-C-TAA---TATTGT-TG-TCC--CTGG--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-TG-A----CAGCT-GACAATTGTCC--TTC----AG-GCACTA-----C---AG---G-AGCACAGCAA---TAAACATT----TGTAC-CTACC------------------ACA-----------TCTCACCGTATTTACGAGCTAA-AC-AAAGG-GAAACAAC-T--ATAA-----GGCAA-GAGGAAATT
gi|30 : tgtgTTT-ATTTC-CTTTT-CGA----CATGAGT-GATATTTCTATGAA-AGAAAGCT---GG------gcgt
gi|4 : GCAATTTCCGAGA-CATCAGCTCTTTTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGATTGC---T-TGGGTGAG---T-A--CAAG-----ATGTA----TA----CGTATA--T-CATAGCCTGACTATGT----------------AATAT-------GAT-G----T---CG--TGAGTGTTGTTGTTATC-TG-----CCGGTGGTACATGTTTACATT-------AAAGT--GACCG-TATC----------AAA-TA--------TGAAA-T-----TA--TCAT-----------------------TCATTT-----C-CTCTT-TGA----CCAAAATCGATATTTTTAACAA-AGGAAAAT---CG------TAATTTCT-TTCGA--T-TTATATCAAA-GTT----------------------ATATTACAGTATTTCTAAGT--------GC-------T------------C--------------------A-AACTT----C-C-TAA---ATTTGTGAT-TCC--CT-G--CAATTTGGGTGGCTGCA---CG-A----CAGCT-GAAAATCACCC--TTC----AGTATAATA------------------------GA---TAAGCATT----TGT-------------TG----A-CGAGAACACC-T-TTTGCGTCTCACCGTGCATAAGAGTTAA-AC-AAA-GAGAGAAAAC-T--ACTG-----GGTAATTCGTACATT
gi|5 : cCAATTTCCGACC-TACCAACTCTTTTGTGA----TTG-AGG-TA--CGATT-AGTATTCT-ACTA--------T-TAGACTGG---T----------------TA----TG----TAAATA-------AGACTG---------------------AAAAT-C------G--T-GA----AAATG--TAAATTTTGTTTATATC-AG-----CTATTGCTA------TACATG-------AAACT--GGC-----TCTAT----CAAGAA-TAA-TTGT-TTGAA--T-----CAAACCATTAAATAAGATA---TGAAA-TTATGATTA-ATTTC-CTCTT-CGA-----GCGAGT-AGTAC-TTTGTCAA-AG-AAGAT---GG------TGAC---T-ATCGA--A-TTTTGTTTGA-GGT----------------------AT-----------------T--------ACATGTG--T------------TA-----TCAAATACTAAAGAA-AACTT----A-C-TAA---ATTTGTGCA-TCT--CT-G--CAGTTC--GTA---------------------T-GGTAATTACCC--TTT----AG-GCAAT----------AT------------------TAGGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGTG-TA-CCAAAACAAA--------ATATCGTTGTGGATGAGATTTCG-ATAAAA-A-GAAACAACAA--AAAG-----GGTAACTAGGGAATTgct
gi|6 : tacaCTTTTCTGTGA----TGATCGG-----CGTC---GTAT-CT-GTTGAATG----T-TGGGCGGG---G-GGGCGGGGGGTAACGTA----TG----TATATC--T-AATAAATTGA--------ATA--G--TT------TAT---------T------TAAAAG--TGTATATT-TTTAAATC-AT-----CTGCTGGTA------TACATTGTACATTAAACT--GCTCA-TATC--------AAAAA-TAATTTGC-TTGAAC-TATATATAGGTCATTAAATTAGACA---AGAAA-CTATTATTT-ATTCC-CACTT-TGAACTACACGTAT-GATACTTTTATCGA-AGA----T---GG------TGAT---A-ATCGA--G-TTTTGTTTGC-GCT----------------------AT-----------------T--------AC-------TAAATCTAATTAATA-----T-------------ATAACTT----C-C-TGA---TTTTGCGTT-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGTTGC--T-TG-A----CGTCT-TGTAATgcg
gi|7 : ATTTTGTTCATATC-AG-----CTATTGGTA------TACATC-------A------------------------------TAATTTTT-TTTAAT-T------GGACCATTAAATTAA-TA---TGAAA-TTATAATTT-ATTTC-CTCAT-CTA----CACGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------AGAT---G-ATTGA--T-TGTTGTTTGA-GCTACCAAGGTACGGACTGTATTTGAT-----------------T--------ACAAAATACT------------TA-----T-------------A-AACTG----A-C-T-----ATTTTTGTT-TCT--CT-G--TAATTCGGGTACTT------------------T-GGTAATCATCA--TCT----AG-GCA--A-----A---AT-----A-C----CGG---TAAGCATT----TGTAC-CCACAGC--GTGAA-TA-CGAAAACA-A-TATTTGCGTTTCATTGTACGCAAGAGCTCA-AA-AAAGG-GAAATACC-T--TTTG-----AGAAA
gi|8 : cGT-GATAATTTTGTCAA-AGAAAAAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------ATTTTATCATCAAA-----T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-ACCTT----A-C-TAG---ATTTGAGAA-TCC--TT-GCCCCCTTTACGTGGTCACA---TG-A----CATCT-AGTAATCATCT--GTT----AG-TTAATA-----aaa
gi|9 : TT-CGA----CACGAGT--ATACTTTCATCAA-AGGAAACT---GA------CGAT---T-ACCAA--A-TTTAGTGTGA-GCT----------------------GT-----------------T--------TTG------T------------TA-----TT------------A-AATAC----A-C-ATA---ATCT-TAAT-TC-----------GTTGAAATAATTGCA-T--G-A----CAGCT-GGCAACCATCC--TTT----AA-GCAATA-----T---AT---G-AACGAAGCAA---TAAGCATA----TGTAG-CAACCGC--GTGAG-TA-TGGAAATATA-T-TTTGCGTCTTCCCGCACAAAAGAGCTCA-AC-AAA-GAGAAATATC-C--AGTG-----GAAAGCTCGGAACTTtttgaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcaacttagaaattgcgt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 444444444 11 222222222 111111111 1111111 1111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222 5555555555555555555555 22222222222 11111
lowQualScore : 0 6 6666 2 2 33 55 44 444 2 1 555 2 33 77777 6666 44 66666666666 22 11111111111111111111111111111111111111111111111111 33 88 88 3 88888 0 1 11 999999 1111111 55 4 222222222 3 11 3 222222222 33 0 1 555 3 888888888 7 3 6666666 0 3 1 2 1 444 777777 555 33 1111 0 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 999999999 5555 2 33 2 33 777777777777777 2 0 33 5555 22 5555555555555555555555 444 5555 2 22222222222 333 44444 555 0 55 0 22 2 3 2 33 77777 00
lowQualScore : . . .... . . .. .. .. ... . . ... . .. ..... .... .. ........... .. .................................................. .. .. .. . ..... . . .. ...... ....... .. . ......... . .. . ......... .. . . ... . ......... . . ....... . . . . . ... ...... ... .. .... . . ............................................................................................... . ......... .... . .. . .. ............... . . .. .... .. ...................... ... .... . ........... ... ..... ... . .. . .. . . . .. ..... ..
lowQualScore : 4 7 1111 9 7 77 77 11 777 7 5 000 9 99 77777 5555 22 88888888888 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777 44 66 66 3 33333 7 0 22 666666 8888888 55 0 888888888 6 11 6 555555555 22 4 2 888 3 555555555 3 3 0000000 7 1 2 5 6 444 222222 000 11 3333 9 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 222222222 0000 5 22 4 22 444444444444444 4 8 44 3333 99 9999999999999999999999 777 7777 7 88888888888 888 66666 444 8 66 4 77 9 6 9 99 77777 88
consensus : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--A----TAC----ATA--TTATAGACTGGTTATGTAGATA--G--ATAAAAAATAC------GGAT-GAA----ANCG--TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCA-TATC--G------AGAA-TAATTTGT-TTGAAT-T-----TAGGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ATTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAATA-----A---AT---G-A-CGCAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGGG-TA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTCA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
Reference ( family-3444 ) : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--A----TAC----ATA--TTATAGACTGGTTATGTAGATA--G--ATAAAAAATAC------GGAT-GAA----AACG--TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCA-TATCTAA------AGAA-TAATTTGT-TTGAAT-T-----TAGGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ATTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----NA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAATA-----A---AT---G-A-CGCAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGGG-TA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTCA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
gi|1 : ATTCCTGAGGGTATAAGATCTTCTGTGA----TAA-AAGATT--CGTTT-AGTCTTCA-TTTGAACGC---C-TGG-TGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--ACCGGTAC----ATAAGTTAGAGCCAGATTATATAGACA--A--TTAAATAATTC--------AT-GAA----AACA--TAAAATTTGAACATATC-AG-----TTGGTGATA------TATAAT-------AAACT--GACCA-TATCTAG------ACGG-TA--TTGT-TTGAAT-T-----TA-ACCTTTGAATGAAATG---TGAAA-TTACA--------CCGCTCTT-TGA----TAAGATT-GATGCTCTTCACAA-AGAAAGA------------TGAT---T-TTTGAGCTATTTTATT--A-TCA----------------------A--A-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----GA-C-TAA---TATTGT-TG-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-TG-A----CAGCT-GACAATTGTCC--TTC----AG-GCACTA-----C---AG---G-AGCACAGCAA---TAAACATT----TGTAC-CTACC------------------ACA-----------TCTCACCGTATTTACGAGCTAA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATAA-----GGCAAGAAGGAAATT
gi|10 : tgtgTTAACAA-AGAAAT-T---GT------TGAA---T-TTTGA--G-TTTCGTTTTA-GCT----------------------A--T-----------------TTCAGAT--AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----CA-A-TAATAGATTTGAGTT-TCC--TT-T--TAGTTCAGGTGATTGTA-TATA-A----CAGCT-TGTAATGTTCC--ATT----CA-GCAATA-----A---AT---------------------GCATT----TATAC-CTACTGT--GTGGG-GA-CAAAAA-ATG-T-TTT--------CCATG---------------AAAGGAAAA-AAC-T--ATAT-----GACAACTCAGACATTgcgtattgcacttgacctaattttgctcaaattctgtttaatgatcttgaattttttttgttttatgtttcagtc
gi|11 : A------AGGA-GAAATTGT-TTGAAG-T------AGGTCATGAAATTAAATA---TACAA-TTGTCAGTC-A-------CAT-CA-------------------TTTA--AATAAAAAGAT---GG------TGAA---G-TTCGA--T-TTT-GTTTGATGTTTTT-------------------A--T-----------------T--------A--------T------------CAAACATT-------------A-AACT----T----TAA---TTTTGTGAT-TCC--CT-G--CAGTATGAGTAACTGTAGT-TG-AATAGCAGCT-GCTAATAATTT--TTTTTTCAG-GAAGTG-----T---ATTTAA-A-TGCAGCAA---TAAGCACG----TGTGC-gagtattgggaacattgacatga
gi|12 : c-TTTTGTTGGA-GTT----------------------G--T-----------------TTAGTATCAAA-------T------------CACCGAAT-------------C-AACT----TAAC-TAA---ATTTGTGTT-TCCGTTT-G--TGTCTCGGGTGGTTGCA-TAT-------CGACT-GGTGA--ATCCAATTT----GG-CCAATGCATGTA---AT---G-AATATAGCGA---CAAGTAGTATAGTGGACACCACCGC--AAAGAATAATGAAAACATACT-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGTTCC-ACAAAGGGAAATAAC-T--GTTG-----
gi|13 : GG-TA--AATTC-AGTGTTCT-ATAGAACACAAGT-T---TGGG---T-A--CAAG-----GTGCA----T--A----TAT----GTA--TTATAGACTGGTAATGTAAATG--GCAAT-AAAAAT-----------T-GAA----ATTG--TGAA--TTGCT-------AG-----CCAGTGGAA------T--GTT-------AAACTTAAACCA-TATC--A------AGAA-GAAAATGA-TTGAGTAT-----TAGGCCATT---TT--ATG---TGGAA-TGATAATTTCATTTC-ATTTTGTGA----TG-GCAT-GATA-----AT-GA-AGAAAGAT---GG------T
gi|14 : AGA-TATCAACTCTTCTGCGA----TGG-AGG-TA--CATTT-AGAATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGAG---T-A--CAAG-----ATATATAATT--A----TAC----ATA--TTATAAGATGG-TAAGTAGATAACG--ATAAAAATT----------AT-GAA----AGCA--TAAATTTTGTT--TAGC-AAAAATTTTGTT--TA------TACAGG-------AAACT--GACCA-TATC---------AGCATTGATTTGT-TTAAA--T-----TAGGTCATTAAATTAAATACTGTGGAA-T
gi|15 : GCGATTTCCAAGA-AATCAGCTCGTTTTTGA----TGG-AAG-TA--CATTT-AGTATTGT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGT---T-A--TAAG-----ATGTA----T--A----C-C----GAA--TTGCA--------ATGTAAAGAAGG--ATAAAAG-TAC------GGA---------AGCGG-TGAATTT-GTTAATATC-AG-----CTATT----------TACATT-------AAACC--AACCAATATC--A------AGAA-TAATTTGGAGTGAA--G-----TAGGCCATTAAGTTAGATA---TGAAA-TTATTA
gi|16 : GCAATTTC-GAGA-TGCCAGCTCTTTTACAACAAATGG-A---TG--CGTTC-AGTTTTCT-GCTAATCGC---T-TGGGTTGG---T-A--CGGT-----TTTTA----T--G----TGC----ATA--TCATAGGCCGGTTTTGAAGAT---G--AGAATAGAT-T------GTAT-GAA----ATGG--TGTATTATGTTTTTATC-AG-----CTGGCAGTA------TGCACT-------AAA
gi|17 : cATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AAA-TA--CGTTA-AGTATTCT-AATCAACGC---CATGAGTGGG---T-A--CAAT-----ATGTA----T--A----C-C----ATA--TC-TAG----GTAACGC-----------TAAAAGTTAC------GGA---------AGCG--CGAATTTTGTCTTTATT-AG-----CCGTTAATA------TACATgcgataccttccaaataaaat
gi|18 : ------------CA-----T-------------G-GACT----C--C-TGA---ATATACGTTATTC--CC-A--CAGTTCGGGTAGTTGCA-T--G-A--------T-AGTAATCATGC--GTT----AG-GCAAT------------------------CG-----------T----TATAC-CCACCACTGGTGGG-TA-CGAAAACAAA-C-TTTGAACATCACCGGGTGCAAGA-CTCGCACAAAGTGGAACAAC-T--TTTG-----GGCAACgtacatgtatatacgtaaaactgacaata
gi|19 : TACTTTTATCAG-AGAAAGAT---GGCACTGATGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------ATTT-----------------T--------ATGA-----T------------CA-----A-------------A-TACTCGTATA-CATAA---TTTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTGTAGTGGTTACA---TG-A----C
gi|2 : ggtGCAATTTCCGAGA-TCTCTGTTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CATTC-AGTACTCT-GTTGAACTC---T-TGGGCAAG---T-A--CAAA-----ATATA----C--A----TA------TA--TTATAGACTGGTTATGAAGATA--G--ATAGAAAGTACCAAGGCAGATAGAAGTTAAATGAGTGAATTTTGTTTATATC-GG-----CCATTGGAA------TACATT-------AAACT--TACCA-TATCTGATTATCAAGAA-TAATATGT-GTGAAT-TAA---TAGGCCATTAAATTAA-TA---TGAAA-TTATTATTT-AATTC-CTCTT-CAA----CGTAAAT-GAAACTTTAATCAA-AGAAAGAT---GA------TGAT---T-ATCAA--T-TTTTGTTTGA-ATT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----GA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TA-A----TGTCG-GGTAATCATCC--TTT----CA-GCAATA-----A---AT---G-ATCACAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACTGC--ATTAA-TA-TGAAAGCACA-T-TTTTCATCTTGCCATGTGTAATAGTTCA-CCAAA-AGAAATAGC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATTcctttgtgtatggtaatttatttgtcccatttt
gi|20 : TTCGGGTGGTTGCA-T--G-A-----GGCTTGGTAATCATCT--TTT----AT-CTAATATAC--ATGTAT---GCA-TGCAGGGA---TAAGCATT----ATTAC-CCACCG----------A-C-AAAACAAA-T-TTGGCATCTTACCGTGCTTA----------------GAAAATAC-T--ATTG-----GGTAACCCGAAAtc
gi|21 : AATTAAATA---TGAAA-TAAT---------TC-TTCTT-TGA----CACAAGT-GCTACTTTTATGAA-AAAAAGATCATGG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--------------------G--------GC-------C------------TA-----C-------------A-TACT----CA--------------TGTT-TCT--CT-G--CAATTCAGGTACGTGC--T-TA-A----TGACA-GATAATAATcgtgcgt
gi|22 : --TTT----AG--CAATA-----AT--AT---G-AACACAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCAT--GTGGA-TA-CAAAAACATA---TTTGTGTCTCACAGTGACCAAGAGTCCA-ACCAATGGAAACGCC-TACATTGTATATGGCAATATGGAAA
gi|23 : tatctgA-AGAA-GAT---GA------AGAC---TGATTGG--T-TTTTGTGTGA-GCT----------------------A--TTTCATTATCATCAA---T--------AC-------T------------CT-----T-------------A-AACT----TA-G-TAA---ATCTGCGTT-TCC--CT-G--GAGTGCAGGTAAT---A-T-TGCA----C-GTT-G------ATCC--TTT----AG-GCAAT
gi|24 : aggATTTCTGACC-CATCAGCTCTTCTGTGA----TAG-AGA-TA--CATTA-AGTATCTT-ACTTAATGC---T-TTGATGGG---T-A--CGTG-----GTGTA----T--A----TGT----ACAGTTTATAGACAGAATATGT
gi|25 : --CT-G--CACTTCAGAAGGTTGCA-T--G-A----CATCT-TGTTACCATCT--TTT----TG-TCAATA-----A---AT---G-A-CTCCGTGATATTAAGCATT----AGTAC-TCACTGT--AGGAA-TA-TGAAAACATA-T-tgtgtatgtag
gi|26 : TTCGAGA-TATCAACTCTTCTGTGT----TGG-AGG-TA--TGGTT-AGTATTCTAACTGAA-GC---T-TGGATG
gi|27 : tatgtcattcgtcaTTCTGAGA-CACCTGATCTTCTTTGG----TTG-AAG-TA--CAGTC-AGTATTCT-ATTGAACAC---T-TGGGTGAGTACT-A--CAGA-----ATGTA----TACA----TACATGTATA--TTATAattatgtcatcataactgtaatatgtaca
gi|28 : AATTTTCGAGA-AATCAGTTCTCTTGTGA----TGA-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-TTAGCACAC---T-TGAGTGGA---T-A--CAAat
gi|29 : A-T-TTTATGTCTC---GTACGTAAAGTTTCA-ACAAAGGGAAATAAC-T--
gi|3 : aaatgtaATTCCTGAGGGTATAAA-TCTTTTGTGA----TAA-AAG-TATTCGTTTTAGTCTTCA-TTTGAACGC---C-TGG-TGGG---TTA--CAAG-----ATGTA----T--ACCGGTAC----ATAAGTTAGAGCCAGATTATATAGACA--A--TTAAATAATTC--------AT-GAA----AACA--TAAATTT-GAACATATCGAG-----TTGGTGATA------TATAAT-------AAACT--GAC-A-TATCTAG------ACGG-TA--TTGT-TTGAAT-T-----TAA-CCTTTGAATGAAATG---TGAAAGTTAACAC-------CGCTCTT-T-A----TAAGATT-GATGCTCTTCACAA-AGAAAA-----GA------TGAT---T-TTTGAGCTATTTTATT--A-TCA----------------------A--A-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----GA-C-TAA---TATTGT-TG-TCC--CTGG--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-TG-A----CAGCT-GACAATTGTCC--TTC----AG-GCACTA-----C---AG---G-AGCACAGCAA---TAAACATT----TGTAC-CTACC------------------ACA-----------TCTCACCGTATTTACGAGCTAA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATAA-----GGCAA-GAGGAAATT
gi|30 : tgtgTTT-ATTTC-CTTTT-CGA----CATGAGT-GATATTTCTATGAA-AGAAAGCT---GG------gcgt
gi|4 : GCAATTTCCGAGA-CATCAGCTCTTTTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGATTGC---T-TGGGTGAG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--A----CGT----ATA--TCATAGCCTGACTATGT----------------AATAT-------GAT-G-------TCG--TGAGTGTTGTTGTTATC-TG-----CCGGTGGTACATGTTTACATT-------AAAGT--GACCG-TATC----------AAA-TA--------TGAAA-T-----TA--TCAT-----------------------TCATT-----TC-CTCTT-TGA----CCAAAATCGATATTTTTAACAA-AGGAAAAT---CG------TAATTTCT-TTCGA--T-TTATATCAAA-GTT----------------------A--TATTACAGTATTTCTAAGT--------GC-------T------------C--------------------A-AACT----TC-C-TAA---ATTTGTGAT-TCC--CT-G--CAATTTGGGTGGCTGCA---CG-A----CAGCT-GAAAATCACCC--TTC----AGTATAATA------------------------GA---TAAGCATT----TGT-------------TG----A-CGAGAACACC-T-TTTGCGTCTCACCGTGCATAAGAGTTAA-ACAAAGAGAGAAAAC-T--ACTG-----GGTAATTCGTACATT
gi|5 : cCAATTTCCGACC-TACCAACTCTTTTGTGA----TTG-AGG-TA--CGATT-AGTATTCT-ACTA--------T-TAGACTGG---T----------------TA----T--G----TAA----ATA------AGACTG---------------------AAAAT-C------G--T-GAA----AATG--TAAATTTTGTTTATATC-AG-----CTATTGCTA------TACATG-------AAACT--GGCTC-TATC--A------AGAA-TAA-TTGT-TTGAA--T-----CAAACCATTAAATAAGATA---TGAAA-TTATGATTA-ATTTC-CTCTT-CGA-----GCGAGT-AGTAC-TTTGTCAA-AG-AAGAT---GG------TGAC---T-ATCGA--A-TTTTGTTTGA-GGT----------------------A--T-----------------T--------ACATGTG--T------------TA-----TCAAATACTAAAGAA-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGCA-TCT--CT-G--CAGTTC--GTA---------------------T-GGTAATTACCC--TTT----AG-GCAAT----------AT------------------TAGGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGTG-TA-CCAAAACAAA--------ATATCGTTGTGGATGAGATTTCG-ATAAAAAGAAACAACAA--AAAG-----GGTAACTAGGGAATTgct
gi|6 : tacaCTTTTCTGTGA----TGATCGG-----CGTC---GTAT-CT-GTTGAATG----T-TGGGCGGG---G-GGGCGGGGGGTAACGTA----T--G----TAT----ATC--TAATAAATTGA--------ATA--G--TT------TAT---------T-TAA----AA-G--TGTATATT-TTTAAATC-AT-----CTGCTGGTA------TACATTGTACATTAAACT--GCTCA-TATC--A------AAAA-TAATTTGC-TTGAAC-TATATATAGGTCATTAAATTAGACA---AGAAA-CTATTATTT-ATTCC-CACTT-TGAACTACACGTAT-GATACTTTTATCGA-AGA----T---GG------TGAT---A-ATCGA--G-TTTTGTTTGC-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------TAAATCTAATTAATA-----T-------------ATAACT----TC-C-TGA---TTTTGCGTT-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGTTGC--T-TG-A----CGTCT-TGTAATgcg
gi|7 : ATTTTGTTCATATC-AG-----CTATTGGTA------TACATC-------A------------------------------TAATTTTT-TTTAAT-T------GGACCATTAAATTAA-TA---TGAAA-TTATAATTT-ATTTC-CTCAT-CTA----CACGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------AGAT---G-ATTGA--T-TGTTGTTTGA-GCTACCAAGGTACGGACTGTATTTGA--T-----------------T--------ACAAAATACT------------TA-----T-------------A-AACT----GA-C-T-----ATTTTTGTT-TCT--CT-G--TAATTCGGGTACTT------------------T-GGTAATCATCA--TCT----AG-GCA--A-----A---AT-----A-C----CGG---TAAGCATT----TGTAC-CCACAGC--GTGAA-TA-CGAAAACA-A-TATTTGCGTTTCATTGTACGCAAGAGCTCA-AAAAAGGGAAATACC-T--TTTG-----AGAAA
gi|8 : cGT-GATAATTTTGTCAA-AGAAAAAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--TTTTATCATCAAA-----T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-ACCT----TA-C-TAG---ATTTGAGAA-TCC--TT-GCCCCCTTTACGTGGTCACA---TG-A----CATCT-AGTAATCATCT--GTT----AG-TTAATA-----T---TT---G-A--ACANNNN---NNNNNNNN----NNNNN-NNNNNNN--NNNNN-NN-NNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNN-----GGCAACTTAGAAATTaaa
gi|9 : TT-CGA----CACGAGT--ATACTTTCATCAA-AGGAAACT---GA------CGAT---T-ACCAA--A-TTTAGTGTGA-GCT----------------------G--T-----------------T--------TTG------T------------TA-----TT------------A-AATA----CA-C-ATA---ATCT-TAAT-TC-----------GTTGAAATAATTGCA-T--G-A----CAGCT-GGCAACCATCC--TTT----AA-GCAATA-----T---AT---G-AACGAAGCAA---TAAGCATA----TGTAG-CAACCGC--GTGAG-TA-TGGAAATATA-T-TTTGCGTCTTCCCGCACAAAAGAGCTCA-ACAAAGAGAAATATC-C--AGTG-----GAAAGCTCGGAACTTgcgt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 11 6666666666666666666666666666666666666666 1111111 1111111 222222222 11 11 222222222 11111111 1111111 1111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222 5555555555555555555555 22222222222 11111
lowQualScore : 0 6 6666 2 2 33 55 44 444 2 1 555 2 33 77777 6666 44 66666666666 22 8888888888888888888888888888888888888888 1 1 1111111 3 88 3 88888 0 1 11 999999 1111111 55 4 444444444 00 11 3 888888888 1 2 1 555 3 77777777 7 3 6666666 0 3 1 2 1 444 777777 555 33 1111 0 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 7777777 2 444 2 33 2 33 777777777777777 2 0 33 5555 22 5555555555555555555555 444 5555 2 22222222222 333 44444 555 0 55 0 22 2 3 2 33 77777 00
lowQualScore : . . .... . . .. .. .. ... . . ... . .. ..... .... .. ........... .. ........................................ . . ....... . .. . ..... . . .. ...... ....... .. . ......... .. .. . ......... . . . ... . ........ . . ....... . . . . . ... ...... ... .. .... . . ............................................................................................... . ....... . ... . .. . .. ............... . . .. .... .. ...................... ... .... . ........... ... ..... ... . .. . .. . . . .. ..... ..
lowQualScore : 4 7 1111 9 7 77 77 11 777 7 5 000 9 99 77777 5555 22 88888888888 77 7777777777777777777777777777777777777777 2 0 8888888 6 66 3 33333 7 0 22 666666 8888888 55 0 777777777 00 11 6 999999999 2 6 2 888 3 00000000 3 3 0000000 7 1 2 5 6 444 222222 000 11 3333 9 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 8888888 5 444 5 22 4 22 444444444444444 4 8 44 3333 99 9999999999999999999999 777 7777 7 88888888888 888 66666 444 8 66 4 77 9 6 9 99 77777 88
consensus : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--A----TAC----ATA--TTATAGACTGGTTATGTAGATA--G--ATAAAAAATAC------GGATGAAAGC-------G-TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCA-TATC--------AAGA--ATAATTTGT-TTGAAT-T-----TAGGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ATTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAATA-----A---AT---G-A-CGCAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGGG-TA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTCA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
Reference ( family-3444 ) : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--A----TAC----ATA--TTATAGACTGGTTATGTAGATA--G--ATAAAAAATAC------GGATGAAANC-------G-TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCA-TATC--------GAGA--ATAATTTGT-TTGAAT-T-----TAGGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ATTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAATA-----A---AT---G-A-CGCAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGGG-TA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTCA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
gi|1 : ATTCCTGAGGGTATAAGATCTTCTGTGA----TAA-AAGATT--CGTTT-AGTCTTCA-TTTGAACGC---C-TGG-TGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--ACCGGTAC----ATAAGTTAGAGCCAGATTATATAGACA--A--TTAAATAATTC--------ATGAAAAC-------A-TAAAATTTGAACATATC-AG-----TTGGTGATA------TATAAT-------AAACT--GACCA-TATC--------TAGACGGTA--TTGT-TTGAAT-T-----TA-ACCTTTGAATGAAATG---TGAAA-TTACA--------CCGCTCTT-TGA----TAAGATT-GATGCTCTTCACAA-AGAAAGA------------TGAT---T-TTTGAGCTATTTTATT--A-TCA----------------------A--A-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----GA-C-TAA---TATTGT-TG-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-TG-A----CAGCT-GACAATTGTCC--TTC----AG-GCACTA-----C---AG---G-AGCACAGCAA---TAAACATT----TGTAC-CTACC------------------ACA-----------TCTCACCGTATTTACGAGCTAA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATAA-----GGCAAGAAGGAAATT
gi|10 : tgtgTTAACAA-AGAAAT-T---GT------TGAA---T-TTTGA--G-TTTCGTTTTA-GCT----------------------A--T-----------------TTCAGAT--AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----CA-A-TAATAGATTTGAGTT-TCC--TT-T--TAGTTCAGGTGATTGTA-TATA-A----CAGCT-TGTAATGTTCC--ATT----CA-GCAATA-----A---AT---------------------GCATT----TATAC-CTACTGT--GTGGG-GA-CAAAAA-ATG-T-TTT--------CCATG---------------AAAGGAAAA-AAC-T--ATAT-----GACAACTCAGACATTgcgtattgcacttgacctaattttgctcaaattctgtttaatgatcttgaattttttttgttttatgtttcagtc
gi|11 : C--------AAGG--AGAAATTGT-TTGAAG-T------AGGTCATGAAATTAAATA---TACAA-TTGTCAGTC-A-------CAT-CA-------------------TTTA--AATAAAAAGAT---GG------TGAA---G-TTCGA--T-TTT-GTTTGATGTTTTT-------------------A--T-----------------T--------A--------T------------CAAACATT-------------A-AACT----T----TAA---TTTTGTGAT-TCC--CT-G--CAGTATGAGTAACTGTAGT-TG-AATAGCAGCT-GCTAATAATTT--TTTTTTCAG-GAAGTG-----T---ATTTAA-A-TGCAGCAA---TAAGCACG----TGTGC-gagtattgggaacattgacatga
gi|12 : -TTTTGTTGGA-GTT----------------------G--T-----------------TTAGTATCAAA-------T------------CACCGAAT-------------C-AACT----TAAC-TAA---ATTTGTGTT-TCCGTTT-G--TGTCTCGGGTGGTTGCA-TAT-------CGACT-GGTGA--ATCCAATTT----GG-CCAATGCATGTA---AT---G-AATATAGCGA---CAAGTAGTATAGTGGACACCACCGC--AAAGAATAATGAAAACATACT-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGTTCC-ACAAAGGGAAATAAC-T--GTTG-----
gi|13 : GG-TA--AATTC-AGTGTTCT-ATAGAACACAAGT-T---TGGG---T-A--CAAG-----GTGCA----T--A----TAT----GTA--TTATAGACTGGTAATGTAAATG--GCAAT-AAAAAT-----------TGAAATT-------G-TGAA--TTGCT-------AG-----CCAGTGGAA------T--GTT-------AAACTTAAACCA-TATC--------AAGA--AGAAAATGA-TTGAGTAT-----TAGGCCATT---TT--ATG---TGGAA-TGATAATTTCATTTC-ATTTTGTGA----TG-GCAT-GATA-----AT-GA-AGAAAGAT---GG------T
gi|14 : AGA-TATCAACTCTTCTGCGA----TGG-AGG-TA--CATTT-AGAATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGAG---T-A--CAAG-----ATATATAATT--A----TAC----ATA--TTATAAGATGG-TAAGTAGATAACG--ATAAAAATT----------ATGAAAGC-------A-TAAATTTTGTT--TAGC-AAAAATTTTGTT--TA------TACAGG-------AAACT--GACCA-TATC--------AGCA--TTGATTTGT-TTAAA--T-----TAGGTCATTAAATTAAATACTGTGGAA-T
gi|15 : GCGATTTCCAAGA-AATCAGCTCGTTTTTGA----TGG-AAG-TA--CATTT-AGTATTGT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGT---T-A--TAAG-----ATGTA----T--A----C-C----GAA--TTGCA--------ATGTAAAGAAGG--ATAAAAG-TAC------GGA----AGC-------GGTGAATTT-GTTAATATC-AG-----CTATT----------TACATT-------AAACC--AACCAATATC--------AAGA--ATAATTTGGAGTGAA--G-----TAGGCCATTAAGTTAGATA---TGAAA-TTATTA
gi|16 : GCAATTTC-GAGA-TGCCAGCTCTTTTACAACAAATGG-A---TG--CGTTC-AGTTTTCT-GCTAATCGC---T-TGGGTTGG---T-A--CGGT-----TTTTA----T--G----TGC----ATA--TCATAGGCCGGTTTTGAAGAT---G--AGAATAGAT-T------GTATGAAATG-------G-TGTATTATGTTTTTATC-AG-----CTGGCAGTA------TGCACT-------AAA
gi|17 : cATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AAA-TA--CGTTA-AGTATTCT-AATCAACGC---CATGAGTGGG---T-A--CAAT-----ATGTA----T--A----C-C----ATA--TC-TAG----GTAACGC-----------TAAAAGTTAC------GGA----AGC-------G-CGAATTTTGTCTTTATT-AG-----CCGTTAATA------TACATgcgataccttccaaataaaat
gi|18 : ------------CA-----T-------------G-GACT----C--C-TGA---ATATACGTTATTC--CC-A--CAGTTCGGGTAGTTGCA-T--G-A--------T-AGTAATCATGC--GTT----AG-GCAAT------------------------CG-----------T----TATAC-CCACCACTGGTGGG-TA-CGAAAACAAA-C-TTTGAACATCACCGGGTGCAAGA-CTCGCACAAAGTGGAACAAC-T--TTTG-----GGCAACgtacatgtatatacgtaaaactgacaata
gi|19 : TACTTTTATCAG-AGAAAGAT---GGCACTGATGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------ATTT-----------------T--------ATGA-----T------------CA-----A-------------A-TACTCGTATA-CATAA---TTTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTGTAGTGGTTACA---TG-A----C
gi|2 : ggtGCAATTTCCGAGA-TCTCTGTTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CATTC-AGTACTCT-GTTGAACTC---T-TGGGCAAG---T-A--CAAA-----ATATA----C--A----TA------TA--TTATAGACTGGTTATGAAGATA--G--ATAGAAAGTACCAAGGCAGATAGAAGTTAAATGAG-TGAATTTTGTTTATATC-GG-----CCATTGGAA------TACATT-------AAACT--TACCA-TATCTGATTATCAAGA--ATAATATGT-GTGAAT-TAA---TAGGCCATTAAATTAA-TA---TGAAA-TTATTATTT-AATTC-CTCTT-CAA----CGTAAAT-GAAACTTTAATCAA-AGAAAGAT---GA------TGAT---T-ATCAA--T-TTTTGTTTGA-ATT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----GA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TA-A----TGTCG-GGTAATCATCC--TTT----CA-GCAATA-----A---AT---G-ATCACAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACTGC--ATTAA-TA-TGAAAGCACA-T-TTTTCATCTTGCCATGTGTAATAGTTCA-CCAAA-AGAAATAGC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATTcctttgtgtatggtaatttatttgtcccatttt
gi|20 : TTCGGGTGGTTGCA-T--G-A-----GGCTTGGTAATCATCT--TTT----AT-CTAATATAC--ATGTAT---GCA-TGCAGGGA---TAAGCATT----ATTAC-CCACCG----------A-C-AAAACAAA-T-TTGGCATCTTACCGTGCTTA----------------GAAAATAC-T--ATTG-----GGTAACCCGAAAtc
gi|21 : AATTAAATA---TGAAA-TAAT---------TC-TTCTT-TGA----CACAAGT-GCTACTTTTATGAA-AAAAAGATCATGG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GC----------------------------------------------------------------------------------T-------------A-GGCC----TA-C--AT---ACTCATGTT-TCT--CT-G--CAATTCAGGTACGTGC--T-TA-A----TGACA-GATAATAATcgtgcgt
gi|22 : --TTT----AG--CAATA-----AT--AT---G-AACACAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCAT--GTGGA-TA-CAAAAACATA---TTTGTGTCTCACAGTGACCAAGAGTCCA-ACCAATGGAAACGCC-TACATTGTATATGGCAATATGGAAA
gi|23 : tatctgA-AGAA-GAT---GA------AGAC---TGATTGG--T-TTTTGTGTGA-GCT----------------------A--TTTCATTATCATCAA---T--------AC-------T------------CT-----T-------------A-AACT----TA-G-TAA---ATCTGCGTT-TCC--CT-G--GAGTGCAGGTAAT---A-T-TGCA----C-GTT-G------ATCC--TTT----AG-GCAAT
gi|24 : aggATTTCTGACC-CATCAGCTCTTCTGTGA----TAG-AGA-TA--CATTA-AGTATCTT-ACTTAATGC---T-TTGATGGG---T-A--CGTG-----GTGTA----T--A----TGT----ACAGTTTATAGACAGAATATGT
gi|25 : --CT-G--CACTTCAGAAGGTTGCA-T--G-A----CATCT-TGTTACCATCT--TTT----TG-TCAATA-----A---AT---G-A-CTCCGTGATATTAAGCATT----AGTAC-TCACTGT--AGGAA-TA-TGAAAACATA-T-tgtgtatgtag
gi|26 : TTCGAGA-TATCAACTCTTCTGTGT----TGG-AGG-TA--TGGTT-AGTATTCTAACTGAA-GC---T-TGGATG
gi|27 : tatgtcattcgtcaTTCTGAGA-CACCTGATCTTCTTTGG----TTG-AAG-TA--CAGTC-AGTATTCT-ATTGAACAC---T-TGGGTGAGTACT-A--CAGA-----ATGTA----TACA----TACATGTATA--TTATAattatgtcatcataactgtaatatgtaca
gi|28 : AATTTTCGAGA-AATCAGTTCTCTTGTGA----TGA-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-TTAGCACAC---T-TGAGTGGA---T-A--CAAat
gi|29 : A-T-TTTATGTCTC---GTACGTAAAGTTTCA-ACAAAGGGAAATAAC-T--
gi|3 : aaatgtaATTCCTGAGGGTATAAA-TCTTTTGTGA----TAA-AAG-TATTCGTTTTAGTCTTCA-TTTGAACGC---C-TGG-TGGG---TTA--CAAG-----ATGTA----T--ACCGGTAC----ATAAGTTAGAGCCAGATTATATAGACA--A--TTAAATAATTC--------ATGAAAAC-------A-TAAATTT-GAACATATCGAG-----TTGGTGATA------TATAAT-------AAACT--GAC-A-TATC--------TAGACGGTA--TTGT-TTGAAT-T-----TAA-CCTTTGAATGAAATG---TGAAAGTTAACAC-------CGCTCTT-T-A----TAAGATT-GATGCTCTTCACAA-AGAAAA-----GA------TGAT---T-TTTGAGCTATTTTATT--A-TCA----------------------A--A-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----GA-C-TAA---TATTGT-TG-TCC--CTGG--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-TG-A----CAGCT-GACAATTGTCC--TTC----AG-GCACTA-----C---AG---G-AGCACAGCAA---TAAACATT----TGTAC-CTACC------------------ACA-----------TCTCACCGTATTTACGAGCTAA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATAA-----GGCAA-GAGGAAATT
gi|30 : tgtgTTT-ATTTC-CTTTT-CGA----CATGAGT-GATATTTCTATGAA-AGAAAGCT---GG------gcgt
gi|4 : GCAATTTCCGAGA-CATCAGCTCTTTTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGATTGC---T-TGGGTGAG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--A----CGT----ATA--TCATAGCCTGACTATGT----------------AATAT-------GATG---TC-------G-TGAGTGTTGTTGTTATC-TG-----CCGGTGGTACATGTTTACATT-------AAAGT--GACCG-TATC----------AA--ATA--------TGAA--------------ATT-----------------A-TCAT---TC-ATTTC-CTCTT-TGA----CCAAAATCGATATTTTTAACAA-AGGAAAAT---CG------TAATTTCT-TTCGA--T-TTATATCAAA-GTT----------------------A--TATTACAGTATTTCTAAGT--------GC-------T------------C--------------------A-AACT----TC-C-TAA---ATTTGTGAT-TCC--CT-G--CAATTTGGGTGGCTGCA---CG-A----CAGCT-GAAAATCACCC--TTC----AGTATAATA------------------------GA---TAAGCATT----TGT-------------TG----A-CGAGAACACC-T-TTTGCGTCTCACCGTGCATAAGAGTTAA-ACAAAGAGAGAAAAC-T--ACTG-----GGTAATTCGTACATT
gi|5 : cCAATTTCCGACC-TACCAACTCTTTTGTGA----TTG-AGG-TA--CGATT-AGTATTCT-ACTA--------T-TAGACTGG---T----------------TA----T--G----TAA----ATA------AGACTG---------------------AAAAT-C------G--TGAAAAT-------G-TAAATTTTGTTTATATC-AG-----CTATTGCTA------TACATG-------AAACT--GGCTC-TATC--------AAGA--ATAA-TTGT-TTGAA--T-----CAAACCATTAAATAAGATA---TGAAA-TTATGATTA-ATTTC-CTCTT-CGA-----GCGAGT-AGTAC-TTTGTCAA-AG-AAGAT---GG------TGAC---T-ATCGA--A-TTTTGTTTGA-GGT----------------------A--T-----------------T--------ACATGTG--T------------TA-----TCAAATACTAAAGAA-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGCA-TCT--CT-G--CAGTTC--GTA---------------------T-GGTAATTACCC--TTT----AG-GCAAT----------AT------------------TAGGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGTG-TA-CCAAAACAAA--------ATATCGTTGTGGATGAGATTTCG-ATAAAAAGAAACAACAA--AAAG-----GGTAACTAGGGAATTgct
gi|6 : tacaCTTTTCTGTGA----TGATCGG-----CGTC---GTAT-CT-GTTGAATG----T-TGGGCGGG---G-GGGCGGGGGGTAACGTA----T--G----TAT----ATC--TAATAAATTGA--------ATA--G--TT------TAT------T--TAAAAGT-------G-TATATTTT---TAAATC-AT-----CTGCTGGTA------TACATTGTACATTAAACT--GCTCA-TATC--------AAAA--ATAATTTGC-TTGAAC-TATATATAGGTCATTAAATTAGACA---AGAAA-CTATTATTT-ATTCC-CACTT-TGAACTACACGTAT-GATACTTTTATCGA-AGA----T---GG------TGAT---A-ATCGA--G-TTTTGTTTGC-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------TAAATCTAATTAATA-----T-------------ATAACT----TC-C-TGA---TTTTGCGTT-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGTTGC--T-TG-A----CGTCT-TGTAATgcg
gi|7 : ATTTTGTTCATATC-AG-----CTATTGGTA------TACATC-------A-------------------------------TAATTTTT-TTTAAT-T------GGACCATTAAATTAA-TA---TGAAA-TTATAATTT-ATTTC-CTCAT-CTA----CACGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------AGAT---G-ATTGA--T-TGTTGTTTGA-GCTACCAAGGTACGGACTGTATTTGA--T-----------------T--------ACAAAATACT------------TA-----T-------------A-AACT----GA-C-T-----ATTTTTGTT-TCT--CT-G--TAATTCGGGTACTT------------------T-GGTAATCATCA--TCT----AG-GCA--A-----A---AT-----A-C----CGG---TAAGCATT----TGTAC-CCACAGC--GTGAA-TA-CGAAAACA-A-TATTTGCGTTTCATTGTACGCAAGAGCTCA-AAAAAGGGAAATACC-T--TTTG-----AGAAA
gi|8 : cGT-GATAATTTTGTCAA-AGAAAAAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--TTTTATCATCAAA-----T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-ACCT----TA-C-TAG---ATTTGAGAA-TCC--TT-GCCCCCTTTACGTGGTCACA---TG-A----CATCT-AGTAATCATCT--GTT----AG-TTAATA-----T---TT---G-A--ACANNNN---NNNNNNNN----NNNNN-NNNNNNN--NNNNN-NN-NNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNN-----GGCAACTTAGAAATTaaa
gi|9 : TT-CGA----CACGAGT--ATACTTTCATCAA-AGGAAACT---GA------CGAT---T-ACCAA--A-TTTAGTGTGA-GCT----------------------G--T-----------------T--------TTG------T------------TA-----TT------------A-AATA----CA-C-ATA---ATCT-TAAT-TC-----------GTTGAAATAATTGCA-T--G-A----CAGCT-GGCAACCATCC--TTT----AA-GCAATA-----T---AT---G-AACGAAGCAA---TAAGCATA----TGTAG-CAACCGC--GTGAG-TA-TGGAAATATA-T-TTTGCGTCTTCCCGCACAAAAGAGCTCA-ACAAAGAGAAATATC-C--AGTG-----GAAAGCTCGGAACTTgcgt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 11 6666666666666666666666666666666666666666 1111111 1111111 11111111 11 11 222222222 11111111 1111111 1111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222 5555555555555555555555 22222222222 11111
lowQualScore : 0 6 6666 2 2 33 55 44 444 2 1 555 2 33 77777 6666 44 66666666666 22 8888888888888888888888888888888888888888 1 1 1111111 3 88 3 88888 0 1 11 999999 1111111 55 4 33333333 00 11 3 888888888 4 2 1 555 3 77777777 7 3 6666666 0 3 1 2 1 444 777777 555 33 1111 0 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 7777777 2 444 2 33 2 33 777777777777777 2 0 33 5555 22 5555555555555555555555 444 5555 2 22222222222 333 44444 555 0 55 0 22 2 3 2 33 77777 00
lowQualScore : . . .... . . .. .. .. ... . . ... . .. ..... .... .. ........... .. ........................................ . . ....... . .. . ..... . . .. ...... ....... .. . ........ .. .. . ......... . . . ... . ........ . . ....... . . . . . ... ...... ... .. .... . . ............................................................................................... . ....... . ... . .. . .. ............... . . .. .... .. ...................... ... .... . ........... ... ..... ... . .. . .. . . . .. ..... ..
lowQualScore : 4 7 1111 9 7 77 77 11 777 7 5 000 9 99 77777 5555 22 88888888888 77 7777777777777777777777777777777777777777 2 2 8888888 6 66 3 33333 7 0 22 666666 8888888 55 0 22222222 00 11 6 999999999 3 6 2 888 3 00000000 3 3 0000000 7 1 2 5 6 444 222222 000 11 3333 9 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 8888888 5 444 5 22 4 22 444444444444444 4 8 44 3333 99 9999999999999999999999 777 7777 7 88888888888 888 66666 444 8 66 4 77 9 6 9 99 77777 88
consensus : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--A----TAC----ATA--TTATAGACTGGTTATGTAGATA--G--ATAAAAAATAC------GGATGAAAGC-------G-TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCA-TATC--------AAGA--ATAATTTGT-TTGAAT-T-----TAGGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ATTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAATA-----A---AT---G-A-CGCAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGGG-TA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTCA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
Reference ( family-3444 ) : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--A----TAC----ATA--TTATAGACTGGTTATGTAGATA--G--ATAAAAAATAC------GGATGAAAGC-------G-TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCA-TATC--------AAGA--ATAATTTGT-TTGAAT-T-----TAGGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ATTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAATA-----A---AT---G-A-CGCAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGGG-TA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTCA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
gi|1 : ATTCCTGAGGGTATAAGATCTTCTGTGA----TAA-AAGATT--CGTTT-AGTCTTCA-TTTGAACGC---C-TGG-TGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--ACCGGTAC----ATAAGTTAGAGCCAGATTATATAGACA--A--TTAAATAATTC--------ATGAAAAC-------A-TAAAATTTGAACATATC-AG-----TTGGTGATA------TATAAT-------AAACT--GACCA-TATC--------TAGACGGTA--TTGT-TTGAAT-T-----TAA-CCTTTGAATGAAATG---TGAAA-TTACA--------CCGCTCTT-TGA----TAAGATT-GATGCTCTTCACAA-AGAAAGAT---G---------AT---T-TTTGAGCTATTTTATT--A-TCA----------------------A--A-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----GA-C-TAA---TATTGT-TG-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-TG-A----CAGCT-GACAATTGTCC--TTC----AG-GCACTA-----C---AG---G-AGCACAGCAA---TAAACATT----TGTAC-CTACC------------------ACA-----------TCTCACCGTATTTACGAGCTAA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATAA-----GGCAAGAAGGAAATT
gi|10 : tgtgTTAACAA-AGAAAT-T---GT------TGAA---T-TTTGA--G-TTTCGTTTTA-GCT----------------------A--T-----------------TTCAGAT--AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----CA-A-TAATAGATTTGAGTT-TCC--TT-T--TAGTTCAGGTGATTGTA-TATA-A----CAGCT-TGTAATGTTCC--ATT----CA-GCAATA-----A---AT---------------------GCATT----TATAC-CTACTGT--GTGGG-GA-CAAAAA-ATG-T-TTT--------CCATG---------------AAAGGAAAA-AAC-T--ATAT-----GACAACTCAGACATTgcgtattgcacttgacctaattttgctcaaattctgtttaatgatcttgaattttttttgttttatgtttcagtc
gi|11 : C--------AAGG--AGAAATTGT-TTGAAG-T------AGGTCATGAAATTAAATA---TACAA-TTGTCAGTC-A-------CAT-CA-------------------TTTA--AATAAAAAGAT---GG------TGAA---G-TTCGA--T-TTT-GTTTGATGTTTTT-------------------A--T-----------------T--------A--------T------------CAAACATT-------------A-AACT----T----TAA---TTTTGTGAT-TCC--CT-G--CAGTATGAGTAACTGTAGT-TG-AATAGCAGCT-GCTAATAATTT--TTTTTTCAG-GAAGTG-----T---ATTTAA-A-TGCAGCAA---TAAGCACG----TGTGC-gagtattgggaacattgacatga
gi|12 : -TTTTGTTGGA-GTT----------------------G--T-----------------TTAGTATCAAA-------T------------CACCGAAT-------------C-AACT----TAAC-TAA---ATTTGTGTT-TCCGTTT-G--TGTCTCGGGTGGTTGCA-TAT-------CGACT-GGTGA--ATCCAATTT----GG-CCAATGCATGTA---AT---G-AATATAGCGA---CAAGTAGTATAGTGGACACCACCGC--AAAGAATAATGAAAACATACT-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGTTCC-ACAAAGGGAAATAAC-T--GTTG-----
gi|13 : GG-TA--AATTC-AGTGTTCT-ATAGAACACAAGT-T---TGGG---T-A--CAAG-----GTGCA----T--A----TAT----GTA--TTATAGACTGGTAATGTAAATG--GCAAT-AAAAAT-----------TGAAATT-------G-TGAA--TTGCT-------AG-----CCAGTGGAA------T--GTT-------AAACTTAAACCA-TATC--------AAGA--AGAAAATGA-TTGAGTAT-----TAGGCCATT---TT--ATG---TGGAA-TGATAATTTCATTTC-ATTTTGTGA----TG-GCAT-GATA-----AT-GA-AGAAAGAT---GG------T
gi|14 : AGA-TATCAACTCTTCTGCGA----TGG-AGG-TA--CATTT-AGAATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGAG---T-A--CAAG-----ATATATAATT--A----TAC----ATA--TTATAAGATGG-TAAGTAGATAACG--ATAAAAATT----------ATGAAAGC-------A-TAAATTTTGTT--TAGC-AAAAATTTTGTT--TA------TACAGG-------AAACT--GACCA-TATC--------AGCA--TTGATTTGT-TTAAA--T-----TAGGTCATTAAATTAAATACTGTGGAA-T
gi|15 : GCGATTTCCAAGA-AATCAGCTCGTTTTTGA----TGG-AAG-TA--CATTT-AGTATTGT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGT---T-A--TAAG-----ATGTA----T--A----C-C----GAA--TTGCA--------ATGTAAAGAAGG--ATAAAAG-TAC------GGA----AGC-------GGTGAATTT-GTTAATATC-AG-----CTATT----------TACATT-------AAACC--AACCAATATC--------AAGA--ATAATTTGGAGTGAA--G-----TAGGCCATTAAGTTAGATA---TGAAA-TTATTA
gi|16 : GCAATTTC-GAGA-TGCCAGCTCTTTTACAACAAATGG-A---TG--CGTTC-AGTTTTCT-GCTAATCGC---T-TGGGTTGG---T-A--CGGT-----TTTTA----T--G----TGC----ATA--TCATAGGCCGGTTTTGAAGAT---G--AGAATAGAT-T------GTATGAAATG-------G-TGTATTATGTTTTTATC-AG-----CTGGCAGTA------TGCACT-------AAA
gi|17 : cATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AAA-TA--CGTTA-AGTATTCT-AATCAACGC---CATGAGTGGG---T-A--CAAT-----ATGTA----T--A----C-C----ATA--TC-TAG----GTAACGC-----------TAAAAGTTAC------GGA----AGC-------G-CGAATTTTGTCTTTATT-AG-----CCGTTAATA------TACATgcgataccttccaaataaaat
gi|18 : ------------CA-----T-------------G-GACT----C--C-TGA---ATATACGTTATTC--CC-A--CAGTTCGGGTAGTTGCA-T--G-A--------T-AGTAATCATGC--GTT----AG-GCAAT------------------------CG-----------T----TATAC-CCACCACTGGTGGG-TA-CGAAAACAAA-C-TTTGAACATCACCGGGTGCAAGA-CTCGCACAAAGTGGAACAAC-T--TTTG-----GGCAACgtacatgtatatacgtaaaactgacaata
gi|19 : TACTTTTATCAG-AGAAAGAT---GGCACTGATGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------ATTT-----------------T--------ATGA-----T------------CA-----A-------------A-TACTCGTATA-CATAA---TTTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTGTAGTGGTTACA---TG-A----C
gi|2 : ggtGCAATTTCCGAGA-TCTCTGTTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CATTC-AGTACTCT-GTTGAACTC---T-TGGGCAAG---T-A--CAAA-----ATATA----C--A----TA------TA--TTATAGACTGGTTATGAAGATA--G--ATAGAAAGTACCAAGGCAGATAGAAGTTAAATGAG-TGAATTTTGTTTATATC-GG-----CCATTGGAA------TACATT-------AAACT--TACCA-TATCTGATTATCAAGA--ATAATATGT-GTGAAT-TAA---TAGGCCATTAAATTAA-TA---TGAAA-TTATTATTT-AATTC-CTCTT-CAA----CGTAAAT-GAAACTTTAATCAA-AGAAAGAT---GA------TGAT---T-ATCAA--T-TTTTGTTTGA-ATT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----GA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TA-A----TGTCG-GGTAATCATCC--TTT----CA-GCAATA-----A---AT---G-ATCACAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACTGC--ATTAA-TA-TGAAAGCACA-T-TTTTCATCTTGCCATGTGTAATAGTTCA-CCAAA-AGAAATAGC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATTcctttgtgtatggtaatttatttgtcccatttt
gi|20 : TTCGGGTGGTTGCA-T--G-A-----GGCTTGGTAATCATCT--TTT----AT-CTAATATAC--ATGTAT---GCA-TGCAGGGA---TAAGCATT----ATTAC-CCACCG----------A-C-AAAACAAA-T-TTGGCATCTTACCGTGCTTA----------------GAAAATAC-T--ATTG-----GGTAACCCGAAAtc
gi|21 : AATTAAATA---TGAAA-TAAT---------TC-TTCTT-TGA----CACAAGT-GCTACTTTTATGAA-AAAAAGATCATGG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GC----------------------------------------------------------------------------------T-------------A-GGCC----TA-C--AT---ACTCATGTT-TCT--CT-G--CAATTCAGGTACGTGC--T-TA-A----TGACA-GATAATAATcgtgcgt
gi|22 : --TTT----AG--CAATA-----AT--AT---G-AACACAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCAT--GTGGA-TA-CAAAAACATA---TTTGTGTCTCACAGTGACCAAGAGTCCA-ACCAATGGAAACGCC-TACATTGTATATGGCAATATGGAAA
gi|23 : tatctgA-AGAA-GAT---GA------AGAC---TGATTGG--T-TTTTGTGTGA-GCT----------------------A--TTTCATTATCATCAA---T--------AC-------T------------CT-----T-------------A-AACT----TA-G-TAA---ATCTGCGTT-TCC--CT-G--GAGTGCAGGTAAT---A-T-TGCA----C-GTT-G------ATCC--TTT----AG-GCAAT
gi|24 : aggATTTCTGACC-CATCAGCTCTTCTGTGA----TAG-AGA-TA--CATTA-AGTATCTT-ACTTAATGC---T-TTGATGGG---T-A--CGTG-----GTGTA----T--A----TGT----ACAGTTTATAGACAGAATATGT
gi|25 : --CT-G--CACTTCAGAAGGTTGCA-T--G-A----CATCT-TGTTACCATCT--TTT----TG-TCAATA-----A---AT---G-A-CTCCGTGATATTAAGCATT----AGTAC-TCACTGT--AGGAA-TA-TGAAAACATA-T-tgtgtatgtag
gi|26 : TTCGAGA-TATCAACTCTTCTGTGT----TGG-AGG-TA--TGGTT-AGTATTCTAACTGAA-GC---T-TGGATG
gi|27 : tatgtcattcgtcaTTCTGAGA-CACCTGATCTTCTTTGG----TTG-AAG-TA--CAGTC-AGTATTCT-ATTGAACAC---T-TGGGTGAGTACT-A--CAGA-----ATGTA----TACA----TACATGTATA--TTATAattatgtcatcataactgtaatatgtaca
gi|28 : AATTTTCGAGA-AATCAGTTCTCTTGTGA----TGA-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-TTAGCACAC---T-TGAGTGGA---T-A--CAAat
gi|29 : A-T-TTTATGTCTC---GTACGTAAAGTTTCA-ACAAAGGGAAATAAC-T--
gi|3 : aaatgtaATTCCTGAGGGTATAAA-TCTTTTGTGA----TAA-AAG-TATTCGTTTTAGTCTTCA-TTTGAACGC---C-TGG-TGGG---TTA--CAAG-----ATGTA----T--ACCGGTAC----ATAAGTTAGAGCCAGATTATATAGACA--A--TTAAATAATTC--------ATGAAAAC-------A-TAAATTT-GAACATATCGAG-----TTGGTGATA------TATAAT-------AAACT--GAC-A-TATC--------TAGACGGTA--TTGT-TTGAAT-T-----TAA-CCTTTGAATGAAATG---TGAAAGTTAACAC-------CGCTCTT-T-A----TAAGATT-GATGCTCTTCACAA-AGAAAA-----GA------TGAT---T-TTTGAGCTATTTTATT--A-TCA----------------------A--A-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----GA-C-TAA---TATTGT-TG-TCC--CTGG--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-TG-A----CAGCT-GACAATTGTCC--TTC----AG-GCACTA-----C---AG---G-AGCACAGCAA---TAAACATT----TGTAC-CTACC------------------ACA-----------TCTCACCGTATTTACGAGCTAA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATAA-----GGCAA-GAGGAAATT
gi|30 : tgtgTTT-ATTTC-CTTTT-CGA----CATGAGT-GATATTTCTATGAA-AGAAAGCT---GG------gcgt
gi|4 : GCAATTTCCGAGA-CATCAGCTCTTTTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGATTGC---T-TGGGTGAG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--A----CGT----ATA--TCATAGCCTGACTATGT----------------AATAT-------GATG---TC-------G-TGAGTGTTGTTGTTATC-TG-----CCGGTGGTACATGTTTACATT-------AAAGT--GACCG-TATC--------A--A--ATA--------TGAA--------------ATT-----------------A-TCAT---TC-ATTTC-CTCTT-TGA----CCAAAATCGATATTTTTAACAA-AGGAAAAT---CG------TAATTTCT-TTCGA--T-TTATATCAAA-GTT----------------------A--TATTACAGTATTTCTAAGT--------GC-------T------------C--------------------A-AACT----TC-C-TAA---ATTTGTGAT-TCC--CT-G--CAATTTGGGTGGCTGCA---CG-A----CAGCT-GAAAATCACCC--TTC----AGTATAATA------------------------GA---TAAGCATT----TGT-------------TG----A-CGAGAACACC-T-TTTGCGTCTCACCGTGCATAAGAGTTAA-ACAAAGAGAGAAAAC-T--ACTG-----GGTAATTCGTACATT
gi|5 : cCAATTTCCGACC-TACCAACTCTTTTGTGA----TTG-AGG-TA--CGATT-AGTATTCT-ACTA--------T-TAGACTGG---T----------------TA----T--G----TAA----ATA------AGACTG---------------------AAAAT-C------G--TGAAAAT-------G-TAAATTTTGTTTATATC-AG-----CTATTGCTA------TACATG-------AAACT--GGCTC-TATC--------AAGA--ATAA-TTGT-TTGAA--T-----CAAACCATTAAATAAGATA---TGAAA-TTATGATTA-ATTTC-CTCTT-CGA-----GCGAGT-AGTAC-TTTGTCAA-AG-AAGAT---GG------TGAC---T-ATCGA--A-TTTTGTTTGA-GGT----------------------A--T-----------------T--------ACATGTG--T------------TA-----TCAAATACTAAAGAA-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGCA-TCT--CT-G--CAGTTC--GTA---------------------T-GGTAATTACCC--TTT----AG-GCAAT----------AT------------------TAGGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGTG-TA-CCAAAACAAA--------ATATCGTTGTGGATGAGATTTCG-ATAAAAAGAAACAACAA--AAAG-----GGTAACTAGGGAATTgct
gi|6 : tacaCTTTTCTGTGA----TGATCGG-----CGTC---GTAT-CT-GTTGAATG----T-TGGGCGGG---G-GGGCGGGGGGTAACGTA----T--G----TAT----ATC--TAATAAATTGA--------ATA--G--TT------TAT------T--TAAAAGT-------G-TATATTTT---TAAATC-AT-----CTGCTGGTA------TACATTGTACATTAAACT--GCTCA-TATC--------AAAA--ATAATTTGC-TTGAAC-TATATATAGGTCATTAAATTAGACA---AGAAA-CTATTATTT-ATTCC-CACTT-TGAACTACACGTAT-GATACTTTTATCGA-AGA----T---GG------TGAT---A-ATCGA--G-TTTTGTTTGC-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------TAAATCTAATTAATA-----T-------------ATAACT----TC-C-TGA---TTTTGCGTT-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGTTGC--T-TG-A----CGTCT-TGTAATgcg
gi|7 : ATTTTGTTCATATC-AG-----CTATTGGTA------TACATC-------A-------------------------------TAATTTTT-TTTAAT-T------GGACCATTAAATTAA-TA---TGAAA-TTATAATTT-ATTTC-CTCAT-CTA----CACGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------AGAT---G-ATTGA--T-TGTTGTTTGA-GCTACCAAGGTACGGACTGTATTTGA--T-----------------T--------ACAAAATACT------------TA-----T-------------A-AACT----GA-C-T-----ATTTTTGTT-TCT--CT-G--TAATTCGGGTACTT------------------T-GGTAATCATCA--TCT----AG-GCA--A-----A---AT-----A-C----CGG---TAAGCATT----TGTAC-CCACAGC--GTGAA-TA-CGAAAACA-A-TATTTGCGTTTCATTGTACGCAAGAGCTCA-AAAAAGGGAAATACC-T--TTTG-----AGAAA
gi|8 : cGT-GATAATTTTGTCAA-AGAAAAAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--TTTTATCATCAAA-----T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-ACCT----TA-C-TAG---ATTTGAGAA-TCC--TT-GCCCCCTTTACGTGGTCACA---TG-A----CATCT-AGTAATCATCT--GTT----AG-TTAATA-----T---TT---G-A--ACANNNN---NNNNNNNN----NNNNN-NNNNNNN--NNNNN-NN-NNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNN-----GGCAACTTAGAAATTaaa
gi|9 : TT-CGA----CACGAGT--ATACTTTCATCAA-AGGAAACT---GA------CGAT---T-ACCAA--A-TTTAGTGTGA-GCT----------------------G--T-----------------T--------TTG------T------------TA-----TT------------A-AATA----CA-C-ATA---ATCT-TAAT-TC-----------GTTGAAATAATTGCA-T--G-A----CAGCT-GGCAACCATCC--TTT----AA-GCAATA-----T---AT---G-AACGAAGCAA---TAAGCATA----TGTAG-CAACCGC--GTGAG-TA-TGGAAATATA-T-TTTGCGTCTTCCCGCACAAAAGAGCTCA-ACAAAGAGAAATATC-C--AGTG-----GAAAGCTCGGAACTTgcgt
blockSeqs : G CAAA T . TT TT AA AAG A G TAC T GG GGGTA TAAT AC TACATGT GT ACTGGTTATGAAGATAGATAGAAAGTACCAAGGCAG A T TAAATGA G AA G AAATT G GG CATGTT GTACATT TA A TGATTATC CG AA A CTATATAT G A A CTG G AATTTCAT G G ACTACAC C A T A CAT CACTGA TTC GA GCTA T ACCAAGGTACGGACTGTATTTGATTACAAAATACTTAT T CGTATA A TAG A GT G CC AGTTGAATAGCAG T AA TTTC TA TACATGTATGCATGCA TAT ATAG A ACTGGTGGGT ATG TACT GCG CG GT C T A AC TATAT
blockSeqs : . . . . . C A . . G . . . . . . CCGGTAC AG GCCGGTTTTGAAGATGAGAATAGATTGT A G . . TT . . T AG . . . . . . AA . TTAAT G A A . . TATTTAA . . CGT . T . A . . . T G . ATTACATGTGTTATCAAATACTAAAGA . TAA . . . . . . ATATAACAG . . . G CATGTAATGAATATA . . . GCAAAGAAT CA TGT GAA TG GT . C . . .
blockSeqs : . . . . . T G . . G . . . . . . TAT . CCAGATTATATAGACAATTAAATAATTC A G . . TT . . T AA . . . . . . AT . TATT G A A . . GATTAAT . . CAC . T . A . . . T T . ATATTACAGTATTTCTAAGTGCTC . CA . . . . . . ATTAATGT . . . G TATTTAAATGCA . . . GTGTGGGG CG AAC TCA TG GT . T . . .
blockSeqs : . . . . . T G . . G . . . . . . TAC . ACTGGTAATGTAAATGGCAATAAAAAT G T . . TA . . G GG . . . . . . AT . TTT G A A . . TATTTAT . . TAA . T . A . . . A T . ATTTCATTATCATCAATACTCTT . GA . . . . . . ATTGCACG . . . C ATATGAACACA . . . GCATTAAT TG CAT GCA CT TT . A . . .
blockSeqs : . . . . . C G . . G . . . . . . TGC . GATGGTAAGTAGATAACGATAAAAATT A G . . CA . . T GA . . . . . . AT . GT G G A . . AATTTAT . . CAT . T . A . . . A T . GTTTAGTATCAAATCACCGAAT . TA . . . . . . ATATCGA . . . G AATGATCACA . . . ATGTGGAT CA AAT GTG AC GC . C . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . A . . . . . . TGT . ATGTAAAGAAGGATAAAAGTACGG A G . . GT . . T GG . . . . . . AT . TT A A A . . CAGTCA . . CCA . A . A . . . A T . ATTACTAAATCTAATTAATAT . TA . . . . . . TTAATGA . . . G CAGGAGCACA . . . GTAGGAAT TG TAT ATG CG GT . T . . .
blockSeqs : . . . . . C G . . A . . . . . . CGT . GTAACGCTAAAAGTTACGG A A . . TA . . G GC . . . . . . AT . GT G A A . . TCAT . . CAC . T . C . . . T T . ATTTTATCATCAAATACTCAT . GA . . . . . . ATGACAT . . . C TATGAACGAA . . . GCGTGTGT CG CCT GCG TT TT . C . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . G . . . . . . TAA . CCTGACTATGTAATATG . T . . TA . . G GG . . . . . . A . TC A A A . . CAC . . CAC . A . A . . . T T . TTTATTATCAAACATT . TC . . . . . . CTGACAG . . . G AATGACTCC . . . GCGTGAAT CC ATA GCG CA GC . A . . .
blockSeqs : . . . . . T A . . G . . . . . . TAT . ATTGAATAGTTTATT . A . . CA . . T GG . . . . . . . . TT . . . . . . . . TG . T . A . . . A A . ATTTCAGATACTCAT . TA . . . . . . ACGACAG . . . T TTTGAACA . . . NNNNNNNN CG NNN NNN GA NN . C . . .
blockSeqs : . . . . . C T . . G . . . . . . CC . ACTGAAAATCG . G . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . GC . T . A . . . A G . ATTTTATGATCAA . TC . . . . . . TTGACGT . . . G AATAC . . . GCGTGAGT NN TAT GCG CG GC . T . . .
blockSeqs : . . . . . C T . . A . . . . . . CC . . . . T . . . . . . . . T . A . . . A T . GTTTTGTTATT . GA . . . . . . ATGACAT . . . G AAT . . . TG TG TA A NN C . N . . .
blockSeqs : . . . . C G . . G . . . . . . TA . . T . C . . . A T . ATTACTCAT . TA . . . . . . ATGACAG . . . G AT . . . G C AA . CA . . T . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . T . . . . . A A . AATACTCAT . CA . . . . . . ATGAGG . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . T . T . . . . . . ATGA . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TGT******** ** ** AT TT******* NATTTAT* T*** GCGTGAGT*** CG* NAT** GCG
originalCons : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--A----TAC----ATA--TTATAGACTGGTTATGTAGATA--G--ATAAAAAATAC------GGATGAAAGC-------G-TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCA-TATC--------AAGA--ATAATTTGT-TTGAAT-T-----TAGGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ATTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAATA-----A---AT---G-A-CGCAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCGC--GTGGG-TA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTCA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
finalCons : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-A--CAAG-----ATGTA----T--ATGT--------ATA--TTATAGACTGGTTATGTAGATA--G--ATAAAAAATAC------GGATGAAAGC-------G-TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCA-TATC--------AAGA--ATAATTTGT-TTGAATT-------AGGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTTAT-TTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGAT---TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAATA-----A---AT---G-A-CGCAGCGA---TAAGCATT----TGTAC-CCACCGCGTGAGT---ACG-AAAACANAT--TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTCA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 1111111 1111111 11111111 11 11 111111 1111111 1111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222 5555555555555555555555 22222222222 11111
lowQualScore : 0 6 6666 2 2 33 55 44 444 2 1 555 2 33 00 22222222222 88 2 44 44 88 9999999999999999999999999999999999999999999 1 1 1111111 3 88 3 88888 0 1 11 999999 1111111 55 4 33333333 00 11 3 55 1 666666 1 555 3 99999999 7 3 6666666 0 3 1 2 1 444 777777 555 33 1111 0 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 7777777 2 444 2 33 2 33 777777777777777 2 0 33 5555 22 5555555555555555555555 444 5555 2 11111111111 333 44444 555 0 55 0 22 2 3 2 33 77777 00
lowQualScore : . . .... . . .. .. .. ... . . ... . .. .. ........... .. . .. .. .. ........................................... . . ....... . .. . ..... . . .. ...... ....... .. . ........ .. .. . .. . ...... . ... . ........ . . ....... . . . . . ... ...... ... .. .... . . ............................................................................................... . ....... . ... . .. . .. ............... . . .. .... .. ...................... ... .... . ........... ... ..... ... . .. . .. . . . .. ..... ..
lowQualScore : 4 7 1111 9 7 77 77 11 777 7 5 000 9 99 33 99999999999 55 0 22 22 55 1111111111111111111111111111111111111111111 2 2 8888888 6 66 3 33333 7 0 22 666666 8888888 55 0 22222222 00 11 6 00 2 888888 2 888 3 11111111 3 3 0000000 7 1 2 5 6 444 222222 000 11 3333 9 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 8888888 5 444 5 22 4 22 444444444444444 4 8 44 3333 99 9999999999999999999999 777 7777 7 00000000000 888 66666 444 8 66 4 77 9 6 9 99 77777 88
consensus : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-A--CAAGATGTA----T------AT--GTATA--TT--A--TAGA--CTGGTTATGTAGATA--G--NTAAAAAATAC------GGATGAAAGC-------G-TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCA-TATC--------AAGA--ATAATTTGT-TTGA--ATTA------GGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ATTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAATA-----A---AT---G-A-CGCAGCGATA---AGCATT----TGTAC-CCACCGC--GT-GAGTA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTCA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
Reference ( family-3444 ) : GCAATTTCCGAGA-TATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGG---T-A--CAAGATGTA----T------AT--GTATA--TT--A--TAGA--CTGGTTATGTAGATA--G--ATAAAAAATAC------GGATGAAAGC-------G-TGAATTTTGTTTATATC-AG-----CCGNTGGTA------TACATT-------AAACT--GACCA-TATC--------AAGA--ATAATTTGT-TTGA--ATTA------GGCCATTAAATTAAATA---TGAAA-TTATNATTT-ATTTC-CTCTT-CGA----CGCGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TG-A----CGGCT-GGTAATCATCC--TTT----AG-GCAATA-----A---AT---G-A-CGCAGCGATA---AGCATT----TGTAC-CCACCGC--GT-GAGTA-CGAAAACANA-T-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGCTCA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATT
gi|1 : ATTCCTGAGGGTATAAGATCTTCTGTGA----TAA-AAGATT--CGTTT-AGTCTTCA-TTTGAACGC---C-TGG-TGGG---T-A--CAAGATGTA----T------ACCGGTACA--TA--AGTTAGAGCCAGATTATATAGACA--A--TTAAATAATTC--------ATGAAAAC-------A-TAAAATTTGAACATATC-AG-----TTGGTGATA------TATAAT-------AAACT--GACCA-TATC--------TAGACGGTA--TTGT-TTGA--ATTT------AACCTTTGAATGAAATG---TGAAA-TTACA--------CCGCTCTT-TGA----TAAGATT-GATGCTCTTCACAA-AGAAAGA------------TGAT---T-TTTGAGCTATTTTATT--A-TCA----------------------A--A-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----GA-C-TAA---TATTGT-TG-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-TG-A----CAGCT-GACAATTGTCC--TTC----AG-GCACTA-----C---AG---G-AGCACAGCAATA---AACATT----TGTAC-CTACC------------------ACA-----------TCTCACCGTATTTACGAGCTAA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATAA-----GGCAAGAAGGAAATT
gi|10 : tgtgTTAACAA-AGAAAT-T---GT------TGAA---T-TTTGA--G-TTTCGTTTTA-GCT----------------------A--T-----------------TTCAGAT--AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----CA-A-TAATAGATTTGAGTT-TCC--TT-T--TAGTTCAGGTGATTGTA-TATA-A----CAGCT-TGTAATGTTCC--ATT----CA-GCAATA-----A---AT---------------------GCATT----TATAC-CTACTGT--GT-GGGGA-CAAAAA-ATG-T-TTT--------CCATG---------------AAAGGAAAA-AAC-T--ATAT-----GACAACTCAGACATTgcgtattgcacttgacctaattttgctcaaattctgtttaatgatcttgaattttttttgttttatgtttcagtc
gi|11 : C--------AAGG--AGAAATTGT-TTGA--AGTA------GGTCATGAAATTAAATA---TACAA-TTGTCAGTC-A-------CAT-CA-------------------TTTA--AATAAAAAGAT---GG------TGAA---G-TTCGA--T-TTT-GTTTGATGTTTTT-------------------A--T-----------------T--------A--------T------------CAAACATT-------------A-AACT----T----TAA---TTTTGTGAT-TCC--CT-G--CAGTATGAGTAACTGTAGT-TG-AATAGCAGCT-GCTAATAATTT--TTTTTTCAG-GAAGTG-----T---ATTTAA-A-TGCAGCAATA---AGCACG----TGTGC-gagtattgggaacattgacatga
gi|12 : -TTTTGTTGGA-GTT----------------------G--T-----------------TTAGTATCAAA-------T------------CACCGAAT-------------C-AACT----TAAC-TAA---ATTTGTGTT-TCCGTTT-G--TGTCTCGGGTGGTTGCA-TAT-------CGACT-GGTGA--ATCCAATTT----GG-CCAATGCATGTA---AT---G-AATATAGCGACA---AGTAGTATAGTGGACACCACCGC--AAAGAATAATGAAAACATACT-TTTGCGTCTCACCGTGCGTAAGAGTTCC-ACAAAGGGAAATAAC-T--GTTG-----
gi|13 : GG-TA--AATTC-AGTGTTCT-ATAGAACACAAGT-T---TGGG---T-A--CAAGGTGCA----T------AT--ATGTA--TT--A--TAGA--CTGGTAATGTAAATG--GCAAT-AAAAAT-----------TGAAATT-------G-TGAA--TTGCT-------AG-----CCAGTGGAA------T--GTT-------AAACTTAAACCA-TATC--------AAGA--AGAAAATGA-TTGAGTATTA------GGCCATT---TT--ATG---TGGAA-TGATAATTTCATTTC-ATTTTGTGA----TG-GCAT-GATA-----AT-GA-AGAAAGAT---GG------T
gi|14 : AGA-TATCAACTCTTCTGCGA----TGG-AGG-TA--CATTT-AGAATTCT-GTTGAACGC---T-TGGGTGAG---T-A--CAAGATATATAATT------AT--ACATA--TT--A--TAAG--ATGG-TAAGTAGATAACG--ATAAAAATT----------ATGAAAGC-------A-TAAATTTTGTT--TAGC-AAAAATTTTGTT--TA------TACAGG-------AAACT--GACCA-TATC--------AGCA--TTGATTTGT-TTAA--ATTA------GGTCATTAAATTAAATACTGTGGAA-T
gi|15 : GCGATTTCCAAGA-AATCAGCTCGTTTTTGA----TGG-AAG-TA--CATTT-AGTATTGT-GTTGAACGC---T-TGGGTGGT---T-A--TAAGATGTA----T------AC--CGA-A--TT--G--CA----------ATGTAAAGAAGG--ATAAAAG-TAC------GGA----AGC-------GGTGAATTT-GTTAATATC-AG-----CTATT----------TACATT-------AAACC--AACCAATATC--------AAGA--ATAATTTGGAGTGA--AGTA------GGCCATTAAGTTAGATA---TGAAA-TTATTA
gi|16 : GCAATTTC-GAGA-TGCCAGCTCTTTTACAACAAATGG-A---TG--CGTTC-AGTTTTCT-GCTAATCGC---T-TGGGTTGG---T-A--CGGTTTTTA----T------GT--GCATA--TC--A--TAGG--CCGGTTTTGAAGAT---G--AGAATAGAT-T------GTATGAAATG-------G-TGTATTATGTTTTTATC-AG-----CTGGCAGTA------TGCACT-------AAA
gi|17 : cATCAGCTCTTCTGTGA----TGG-AAA-TA--CGTTA-AGTATTCT-AATCAACGC---CATGAGTGGG---T-A--CAA----------T------AT--GTATA--CC--A--TA-----------TCTAGGTAACG--CTAAAAGTTAC------GGA----AGC-------G-CGAATTTTGTCTTTATT-AG-----CCGTTAATA------TACATgcgataccttccaaataaaat
gi|18 : ------------CA-----T-------------G-GACT----C--C-TGA---ATATACGTTATTC--CC-A--CAGTTCGGGTAGTTGCA-T--G-A--------T-AGTAATCATGC--GTT----AG-GCAAT------------------------CG-----------T----TATAC-CCACCACTGGT-GGGTA-CGAAAACAAA-C-TTTGAACATCACCGGGTGCAAGA-CTCGCACAAAGTGGAACAAC-T--TTTG-----GGCAACgtacatgtatatacgtaaaactgacaata
gi|19 : TACTTTTATCAG-AGAAAGAT---GGCACTGATGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------ATTT-----------------T--------ATGA-----T------------CA-----A-------------A-TACTCGTATA-CATAA---TTTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTGTAGTGGTTACA---TG-A----C
gi|2 : ggtGCAATTTCCGAGA-TCTCTGTTCTTCTGTGA----TGG-AGG-TA--CATTC-AGTACTCT-GTTGAACTC---T-TGGGCAAG---T-A--CAAAATATA----C------AT----ATA--TT--A--TAGA--CTGGTTATGAAGATA--G--ATAGAAAGTACCAAGGCAGATAGAAGTTAAATGAG-TGAATTTTGTTTATATC-GG-----CCATTGGAA------TACATT-------AAACT--TACCA-TATCTGATTATCAAGA--ATAATATGT-GTGA--ATTAATA---GGCCATTAAATTAA-TA---TGAAA-TTATTATTT-AATTC-CTCTT-CAA----CGTAAAT-GAAACTTTAATCAA-AGAAAGAT---GA------TGAT---T-ATCAA--T-TTTTGTTTGA-ATT----------------------A--T-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----GA-C-TAA---ATTTGTGTT-TCC--CT-G--CAGTTCGGGTGGTTGCA-T-TA-A----TGTCG-GGTAATCATCC--TTT----CA-GCAATA-----A---AT---G-ATCACAGCGATA---AGCATT----TGTAC-CCACTGC--AT-TAATA-TGAAAGCACA-T-TTTTCATCTTGCCATGTGTAATAGTTCA-CCAAA-AGAAATAGC-T--ATTG-----GGCAACTCGGAAATTcctttgtgtatggtaatttatttgtcccatttt
gi|20 : TTCGGGTGGTTGCA-T--G-A-----GGCTTGGTAATCATCT--TTT----AT-CTAATATAC--ATGTAT---GCA-TGCAGGGATA---AGCATT----ATTAC-CCACCG----------A-C-AAAACAAA-T-TTGGCATCTTACCGTGCTTA----------------GAAAATAC-T--ATTG-----GGTAACCCGAAAtc
gi|21 : AATTAAATA---TGAAA-TAAT---------TC-TTCTT-TGA----CACAAGT-GCTACTTTTATGAA-AAAAAGATCATGG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GC----------------------------------------------------------------------------------T-------------A-GGCC----TA-C--AT---ACTCATGTT-TCT--CT-G--CAATTCAGGTACGTGC--T-TA-A----TGACA-GATAATAATcgtgcgt
gi|22 : --TTT----AG--CAATA-----AT--AT---G-AACACAGCGATA---AGCATT----TGTAC-CCACCAT--GT-GGATA-CAAAAACATA---TTTGTGTCTCACAGTGACCAAGAGTCCA-ACCAATGGAAACGCC-TACATTGTATATGGCAATATGGAAA
gi|23 : tatctgA-AGAA-GAT---GA------AGAC---TGATTGG--T-TTTTGTGTGA-GCT----------------------A--TTTCATTATCATCAA---T--------AC-------T------------CT-----T-------------A-AACT----TA-G-TAA---ATCTGCGTT-TCC--CT-G--GAGTGCAGGTAAT---A-T-TGCA----C-GTT-G------ATCC--TTT----AG-GCAAT
gi|24 : aggATTTCTGACC-CATCAGCTCTTCTGTGA----TAG-AGA-TA--CATTA-AGTATCTT-ACTTAATGC---T-TTGATGGG---T-A--CGTGGTGTA----T------AT--GTACAGTTT--A--TAGA--CAGAATATGT
gi|25 : --CT-G--CACTTCAGAAGGTTGCA-T--G-A----CATCT-TGTTACCATCT--TTT----TG-TCAATA-----A---AT---G-A-CTCCGTGATATTAAGCATT----AGTAC-TCACTGT--AG-GAATA-TGAAAACATA-T-tgtgtatgtag
gi|26 : TTCGAGA-TATCAACTCTTCTGTGT----TGG-AGG-TA--TGGTT-AGTATTCTAACTGAA-GC---T-TGGATG
gi|27 : tatgtcattcgtcaTTCTGAGA-CACCTGATCTTCTTTGG----TTG-AAG-TA--CAGTC-AGTATTCT-ATTGAACAC---T-TGGGTGAGTACT-A--CAGAATGTA----TACATACAT--GTATA--TT--A--TAattatgtcatcataactgtaatatgtaca
gi|28 : AATTTTCGAGA-AATCAGTTCTCTTGTGA----TGA-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-TTAGCACAC---T-TGAGTGGA---T-A--CAAat
gi|29 : A-T-TTTATGTCTC---GTACGTAAAGTTTCA-ACAAAGGGAAATAAC-T--
gi|3 : aaatgtaATTCCTGAGGGTATAAA-TCTTTTGTGA----TAA-AAG-TATTCGTTTTAGTCTTCA-TTTGAACGC---C-TGG-TGGG---TTA--CAAGATGTA----T------ACCGGTACA--TA--AGTTAGAGCCAGATTATATAGACA--A--TTAAATAATTC--------ATGAAAAC-------A-TAAATTT-GAACATATCGAG-----TTGGTGATA------TATAAT-------AAACT--GAC-A-TATC--------TAGACGGTA--TTGT-TTGA--ATTT------AACCTTTGAATGAAATG---TGAAAGTTAACAC-------CGCTCTT-T-A----TAAGATT-GATGCTCTTCACAA-AGAAAA-----GA------TGAT---T-TTTGAGCTATTTTATT--A-TCA----------------------A--A-----------------T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-AACT----GA-C-TAA---TATTGT-TG-TCC--CTGG--CTGTTCGGGTGGCTGC--C-TG-A----CAGCT-GACAATTGTCC--TTC----AG-GCACTA-----C---AG---G-AGCACAGCAATA---AACATT----TGTAC-CTACC------------------ACA-----------TCTCACCGTATTTACGAGCTAA-ACAAAGGGAAACAAC-T--ATAA-----GGCAA-GAGGAAATT
gi|30 : tgtgTTT-ATTTC-CTTTT-CGA----CATGAGT-GATATTTCTATGAA-AGAAAGCT---GG------gcgt
gi|4 : GCAATTTCCGAGA-CATCAGCTCTTTTGTGA----TGG-AGG-TA--CGTTC-AGTATTCT-GTTGATTGC---T-TGGGTGAG---T-A--CAAGATGTA----T------AC--GTATA--TC--A--TAGC--CTGACTATGT----------------AATAT-------GATG---TC-------G-TGAGTGTTGTTGTTATC-TG-----CCGGTGGTACATGTTTACATT-------AAAGT--GACCG-TATC--------A--A--ATA--------TGA--A-------------ATTA---------------------TCATTC-ATTTC-CTCTT-TGA----CCAAAATCGATATTTTTAACAA-AGGAAAAT---CG------TAATTTCT-TTCGA--T-TTATATCAAA-GTT----------------------A--TATTACAGTATTTCTAAGT--------GC-------T------------C--------------------A-AACT----TC-C-TAA---ATTTGTGAT-TCC--CT-G--CAATTTGGGTGGCTGCA---CG-A----CAGCT-GAAAATCACCC--TTC----AGTATAATA------------------------GATA---AGCATT----TGT-------------T-G---A-CGAGAACACC-T-TTTGCGTCTCACCGTGCATAAGAGTTAA-ACAAAGAGAGAAAAC-T--ACTG-----GGTAATTCGTACATT
gi|5 : cCAATTTCCGACC-TACCAACTCTTTTGTGA----TTG-AGG-TA--CGATT-AGTATTCT-ACTA--------T-TAGACTGG---T-----------------T------AT--GTA-A--AT--A---AGA--CTG---------------------AAAAT-C------G--TGAAAAT-------G-TAAATTTTGTTTATATC-AG-----CTATTGCTA------TACATG-------AAACT--GGCTC-TATC--------AAGA--ATAA-TTGT-TTGA--ATCA------AACCATTAAATAAGATA---TGAAA-TTATGATTA-ATTTC-CTCTT-CGA-----GCGAGT-AGTAC-TTTGTCAA-AG-AAGAT---GG------TGAC---T-ATCGA--A-TTTTGTTTGA-GGT----------------------A--T-----------------T--------ACATGTG--T------------TA-----TCAAATACTAAAGAA-AACT----TA-C-TAA---ATTTGTGCA-TCT--CT-G--CAGTTC--GTA---------------------T-GGTAATTACCC--TTT----AG-GCAAT----------AT---------------TA---GGCATT----TGTAC-CCACCGC--GT-GTGTA-CCAAAACAAA--------ATATCGTTGTGGATGAGATTTCG-ATAAAAAGAAACAACAA--AAAG-----GGTAACTAGGGAATTgct
gi|6 : tacaCTTTTCTGTGA----TGATCGG-----CGTC---GTAT-CT-GTTGAATG----T-TGGGCGGG---G-GGGCGGGGGGTAACG-T------AT--GTATA--TCTAA--TAAA--TTGA--------ATA--G--TT------TAT------T--TAAAAGT-------G-TATATTTT---TAAATC-AT-----CTGCTGGTA------TACATTGTACATTAAACT--GCTCA-TATC--------AAAA--ATAATTTGC-TTGA--ACTATATATAGGTCATTAAATTAGACA---AGAAA-CTATTATTT-ATTCC-CACTT-TGAACTACACGTAT-GATACTTTTATCGA-AGA----T---GG------TGAT---A-ATCGA--G-TTTTGTTTGC-GCT----------------------A--T-----------------T--------AC-------TAAATCTAATTAATA-----T-------------ATAACT----TC-C-TGA---TTTTGCGTT-TCC--CT-G--CTGTTCGGGTGGTTGC--T-TG-A----CGTCT-TGTAATgcg
gi|7 : ATTTTGTTCATATC-AG-----CTATTGGTA------TACATC-------A-------------------------------TAATTTTT-TTTA--ATTG------GACCATTAAATTAA-TA---TGAAA-TTATAATTT-ATTTC-CTCAT-CTA----CACGAGT-GATACTTTTATCAA-AGAAAGAT---GG------AGAT---G-ATTGA--T-TGTTGTTTGA-GCTACCAAGGTACGGACTGTATTTGA--T-----------------T--------ACAAAATACT------------TA-----T-------------A-AACT----GA-C-T-----ATTTTTGTT-TCT--CT-G--TAATTCGGGTACTT------------------T-GGTAATCATCA--TCT----AG-GCA--A-----A---AT-----A-C----CGGTA---AGCATT----TGTAC-CCACAGC--GT-GAATA-CGAAAACA-A-TATTTGCGTTTCATTGTACGCAAGAGCTCA-AAAAAGGGAAATACC-T--TTTG-----AGAAA
gi|8 : cGT-GATAATTTTGTCAA-AGAAAAAT---GG------TGAT---T-ATCGA--T-TTTTGTTTGA-GCT----------------------A--TTTTATCATCAAA-----T--------AC-------T------------CA-----T-------------A-ACCT----TA-C-TAG---ATTTGAGAA-TCC--TT-GCCCCCTTTACGTGGTCACA---TG-A----CATCT-AGTAATCATCT--GTT----AG-TTAATA-----T---TT---G-A--ACANNNNNN---NNNNNN----NNNNN-NNNNNNN--NN-NNNNN-NNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNN-----GGCAACTTAGAAATTaaa
gi|9 : TT-CGA----CACGAGT--ATACTTTCATCAA-AGGAAACT---GA------CGAT---T-ACCAA--A-TTTAGTGTGA-GCT----------------------G--T-----------------T--------TTG------T------------TA-----TT------------A-AATA----CA-C-ATA---ATCT-TAAT-TC-----------GTTGAAATAATTGCA-T--G-A----CAGCT-GGCAACCATCC--TTT----AA-GCAATA-----T---AT---G-AACGAAGCAATA---AGCATA----TGTAG-CAACCGC--GT-GAGTA-TGGAAATATA-T-TTTGCGTCTTCCCGCACAAAAGAGCTCA-ACAAAGAGAAATATC-C--AGTG-----GAAAGCTCGGAACTTgcgt