lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111111 55555555555555555555555555555555 111 333333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222 11111111 1 111 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 3333333333333333333 11 1 111111
lowQualScore : 4 5 1 777777 22222222222222222222222222222222 6 333 666666666666666666 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 77 77777777777777777 99 66666666 777 7 0 3 44 000 88 666 33 777777 5 2 2 4 1 2 33 2 4 0 0 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 2 444 0 0 66 4 4444444444444444444 55 3 111111 55
lowQualScore : . . . ...... ................................ . ... .................. . ..................................................................................................................................................................................... .. .. ................. .. ........ ... . . . .. ... .. ... .. ...... . . . . . . .. . . . . . .......................................................... . . ... . . .. . ................... .. . ...... ..
lowQualScore : 4 0 4 222222 88888888888888888888888888888888 0 222 888888888888888888 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 99 00000000000000000 00 11111111 000 9 7 3 66 666 22 555 22 444444 4 2 2 4 5 2 11 2 9 2 1 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 9 000 6 0 88 5 1111111111111111111 55 0 555555 77
consensus : AAGACNAGTTCTGATTGGTTAA---CA-AG--CC---GGGTGTAAAT-TTCTGTA----CG-CCCTGCTGAAACCGG-AGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAAT----G-TA-----------NATATG-CACGCAAGG-T--A---AA-A--T-A---ATGNTATTTGTTCTTTAGAACGTA-TTTNTCA----C--A-GATT-NA-TG-TATTG---TAA-GTC---ATTAT------TTAC-CCCA--NCTTATNATACATGTAAAA-ATATNTNANA-TTGAATTTCCTTA--TTT----TAATCACT-----AAATNATT--------ACATGTA---ATATCATTTTGGTTACATAGG--AAATAAATTC-GTT---ATCC--AGGTCCANT---CAAGGGTG-TA-CG-GGG-ATT--TA-CCCCGGGTTGTAT-TCC--T-ACAC--A---C-T-T-G-CCTGCGGCC-----T---C---NG-----GAT--GTATGGAATACAA-CC--CGGGGTAAA--TCCCCGTACA-CCCT--TGAN--------TGGAC-CCTGGAT------AACTAATANTATT
Reference ( gi|2 ) : AAGACAACTTCTGATTGGTTAA---TA-AG--CC---TGGTATAAAA-TCCCATC----CA-CCCTGCTAAAACCAA-AGGAAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAAT----T-TA-----------AATATA-CAGGCAAAG----A---AA-A--T-A---ATGTTGTTTGTCTCCTAGAATATA-TTTGTCAC--TT--ATGATTAAAGTG-TATTG---TAA-GTCCCCATTAT------TTAC-CTCA-CTCTTGTAAAACAAGTAAAA-ATCTTTAATACTTTAATTTCCTTA--TTT----CAATAACT-----AAATAATT--------ACATGTA---ATATCATTTTGGTTACACAGG--AAATGAATTT-GTT---ATCC--AGGTCCAAT---TAAGGGAG-TA-TG-GAG-ATT--TA-CTCTGGGTTGTAT-TCCT-T-ATAC-TAGCTCCTCT-G-CCTGCGGCC-----T---C---TG-----GAG--ATATAGAATACAA-CC--TGGGAT-AA--TCCCTATACA-CTCT--TTAG--------TGGAC-CCTGTAT------AACTAATATTATTA
gi|1 : AAGACTAGTTTTGATTGGTTAA---CA-AG--AT---GGGTGTAAAT-TTCTATCCGTACA-CCCTGTTGAAACCAGCAGCAAAA-AAATGTTACATTGTGATGTCGCAATGC-AT---------------------TGTG-CATGCAAGGTTA-A---AA-A--T-A---ATGGCAATTGTTCTGTAGAAGGTA-TTTGTCACAATTCCATG--TATAGTGACAT-----TAA------CATTAT------ATATAATCA--GCTTATTATACATGTAAAATATC----AGATGTGAA-TTCCTTA--TTT----TGACCACA-----AAA------------------TA---ATATCA-TTTGATTACATACA--AG-----------T---ATCC--AGACCCACTCTCT-AGGGTG-TACTG---G-CTT--TA-CCCTGGGCTGTAT-GCCA-T-ACAC-T-------------CTACAGCC-----T--------------GAGT-GTATGGAACACAT-CC--TGGGGTCAA--T-TTTGTACA-CACT--CGAG--------TGGA--GTTGGAT------AACTTAT
gi|4 : gaaaaaaatatatggacaaacttataaacattaattcctgtgtagcttgtAAGACAAGTTCTGATTGATTAA---CA-AG--CTGGGTGGT-------TTCTGTA----CA-CCCTTCTGAAGCTAG-AG-----TAAG---------GTGATGTCACATTGCAATGACAT-TATGTGCATCTACAACATGTCACACACAC----A---AATATTT-A---ATGCTGTTTTTTCTTTAAAACATA-TTTATAA-------A-GATT-CATTG-TATTGGGCT---GTTCAAATC-T------TTAC-CCCT-AACTTGTGATACATGTAAAA-ATATAGAAAA--TCAATTTCCTTA--TTT----T-----CTTTTTAAAATTATT--------ACAAGTA---ATATCATCTC-ATTATATAAG--AAA--AATTT-G-T---ATAC--AG--CC------TCAGGATG-TA-TG-GA--ATA--CA-ACCCAGGGTAAAT-TCCTGT-ACAC-cacagttattctgtagtttgggtttatga
gi|14 : tttttagtaatccagatccattcaaggAAGATGAGTTCTGATTGGTTAA---CA-AG--CC---AAGGATAAAacaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|8 : aaaatattcatagacatactgtgtaatttatttcctttatatcttgtAAGACTAGTTTTGATTGGTTGA---CACAGTACT---TG----AAAATTTCTGTG----CAGCCCTGTTGAAACCTA-TGGTAAATAAT---------GTGA
gi|3 : gaattgtgatgcatatattgAGATAAATTGTGATTGTTTAA---AG-AG--CT---GGGTGTAAAT-TTCTGTA----TG-CCTTGCTGAAATTGG-AGGTAAATAAA---------GAGATATCACAATGCAAT----G-TG-----------CATCTA-CACTTAAAGGTTAA---AA-A--T-ATGCATGTacaagttacatgggaaataagtactgtaaatttatttctgtgttattttgcattctaaagagtctcctacaaaaatgccaagaaaatacaaatttttaata
gi|5 : atattcagaacttgaaccctgaatcttaactttttgtcagatattgatcttgcctctatagcaagcaatatacaacataaatacacttaatatttcctatgtaccttgtgTGATTGGTTAGCATTA-AG--CC---ATATGTAAAT-TTTTGTA----TG-CCTGGCTGAATTCGG-AGG----TAAA---------GTGACATCACAATGCAGT----GGTA-----------TCTACA-CAG-TAAGG----ATAAAA-A--TGA---ATAGTATCTGTTTCTTAGAACATAATTTTTC-----C--AAGATTCGA-TG-TATTG---TAATGTCAC-ATTACCGATAATTAC-CCCAGCTTCTATAATGCA--TAAAA--TATGTCAT--TCGAATTTTATTAAATTT----TGATTACT-----AAATGATTTAACACTTACAT-TA---ATAT----TTGGCTACATAGA--AAATATATTT-GTT---ATCC--ATTTCCAAT---CGAGGGTG-CA-CA-GGA-ATT--TT-CCTTGGAT--TAT-TC-----ATAC-atacaaagtaagaaaataaaatcccataattccaaaggtataattatcataaaactaacaaatataaaattaaatcaaacaaaataaatcaattagggccatggcctaaatgaacttctttttcctaatttttatcagtaaaaaaattacacataatataatttgggtacat
gi|9 : agccatatgtaagagTTTGATA-TGGAATACCCTTA--TTT----TAATCGCT-----AAATAATT--------TCATGTT---ATATCA-TTTGGTTACATAGG--AAATAAATTC-TTTA--ATCTTGAAGTTCAAT---GAAGGATG-TA-AG-GGG-ATT--TA-CTC------ATAT-TC-----A---------------G-TCTGCAGCT-----T---C---AG-----TGT--GTAT---GTACAA-CC--TAGGAC-A------CCATACA--TCT--T--GC-------TGGAA-CCTTGAT------AACTAactctg
gi|7 : TTTA--TTTCTTA--ATT----CAATCACT-----AAATAATT--------ACATGTA---ATAACA-TTTGGTTACATGGG--AAATAAATTT-GTTATGATCC--AAAGCCAAT---CAAGAAAGATA-TGTGAG-A----CA-CCCAACGTTGTATGTCGT-TCATCC-TA-CAC-------CCTGCGGTC-----T---C---CG-----AAT--GTATGGACTACAA-----TAGTAT-TG--TCC----------CT--TGAA--------TGGA--CCTGAAT------CACTAATAta
gi|12 : TTTCCTAA--TTTTTATCAGTAA-------AAA-AATT--------ACACATA---ATATAA-TTTGGGTACATAAG--Aat
gi|6 : ttatgcagttatgtgtacagtattagttatttgggtccaattaagggtgtatgggactttaccttgaattgtgttccatacatcctgtcactgcaggctgttgtttaCTTA--TCT----TAATCACT-----AAATTGTT--------ATATGTG---ATATCATTT-GGTTACATAGG--AA-TGAATGT-ATT---ATCC--ATGTCCATT---TATGGGTG-TA-TG-AGG-ATT--TA-CCTCAGGTCGGAT-TCTG-T-ACACACAA----TCTGG-CCCATAGCC-----T---T---AG-----GGT--GTATGGAATAAAG-CC--AGAGGTAAA--TCCTTGTACA-
gi|13 : taacatcacaaaaatgttttaaatcacacacaatatctgaTC--------ACATGTA---ACATAA-TTTGCTCGCATAGG--AATTAACTTC-GTC---ATCT--AGGTTCAA----TAAATGTG-CG-TG-GGG-ATTTATA-CCATGGGTTTTAT-GTCT-C-Agcctcggttagacgtgggtagctcattctatctgtggtgt
gi|11 : g--------ACATGAATTTATATCATTTCG-TTACATATG--AAATTAATTA-GTT---ACCC--AGGTCCAGT---CAAAAGTG-TT-CA-GAG-ATT--TA-CCCTGGGTTTTAT-T--T-T-ATAC---AC---------CCTGAGGCT-----T---C---CGTCTAAAGG--ATGT--AATACAATTC--AAGGGG-AA--TCCCCACACA-CCCT--TGAC--------TGGAC-gggtgtatgaaatacaacccgggttagatcctcgcatac
gi|15 : tctgGCA---ATGCCATTTTGGTTACATAGG-------------------ATCT--CAGTTCAGT---CAAGAGTA-TA-TG-GGG-ATT--TA-TCTTAGGGTGTAT-Tatggataatca
gi|10 : TATACAGG--AAATAAATTC-GCT---ATCC--AGACCAAAT---CAAAGCTG-TA-CG-GGG-ATT--TA-CCATGGACTGTAT-TTC----ATAC--A--TCATTT-GATCTTTGGCC-----T---C-----------AGCTGTATGGAATCCAA-CA--CGGTATAAA--TCTCCATACA-CCCT--TAAA--------TGTA--CCTGGAT------AATTAATGGTAT
gi|6 : CACAGATAGAATGA-----GCT---ACCC--ACGTCTAAC---CGAGGCTG-TA-CA-AGG-ATT--TACCTCTGGCTT-TAT-TCCA-T-ACAC------CCTAA-G-GCTATGGGC-----CAGAT---TG-----TGT--GTACAGAATCCGA-CC--TGAGGTAAA--TCCTCATACA-CCCA--TAAA--------TGGAC-ccagaccacatgataaataac
gi|10 : taacatcacaaaaatgttttaaatcacacacaatatctgacttatcttaatcactaaattgttatatgtgatatcatttggttacataggaatgaatgtattatccatATTA-ATT---ATCC--AGGTACATT---TAAGGGTG-TA-TG-GAG-ATT--TA-TACCGTGTTGGAT-TCC----ATAC--AG-----------CTGAGGCCAAAGAT---CAAAT------GAT--GTATGAAATACAG-TCCATGGTA--AA--TCCCCGTACAGCTTTGATT----------TGG---TCTGGAT------AGCGAAT-TTATTgtgt
gi|12 : tatacaggaATTA-GTT---ATTT--GGGTCCAAT---TAAGGGTG-TA-TG-GGA-CTT--TA-CCTTGAATTGTGT-TCC----ATAC--A--TCCTGT-C-ACTGCAGGC-----T---ggtatccagaccacatgataaataac
gi|16 : ttatgcagttatgtgtacagtATTA-GTT---ATCC--AGGT-----------GG-----A-TA-GGG-ATT--TA-CCCCAGGTTTTAT-TCCA-T-ACAC-CAgttgtttatcttatgtacccaaattatattatgtgtaatttttttactgataaaaattaggaaa
gi|4 : atattTTTAGTA---ATCC--AGATCCATT---CAAGGGTG-TA-CA-GGA-ATT--TA-CCCTGGGTTGTAT-TCC----ATAC-tggg
gi|1 : tt-GTT---ATCC--AACTCCACT---CGAGTGTG-TA-C--AAA-ATT--GA-CCCCAGGATGTGT-TCCA-T-ACAC-T----------------CAGGC-----T---G---TA-----GAGT-GTATGGCATACAG-CC--CAGGGT-AA--AGCCAGTACA-CCCT--AGAGAGTGGGTCTGGATACTTGTATGTAATCAAATGATATTATTatcctgaggctgtatacaaatttttcttatataatgagatgatattacttgtaataattttaaaaagaaaataaggaaattgattttctatatttttacatgtatcacaagttaggggtaaagatttgaacagcccaatacaatgaatctttataaatatgttttaaagaaaaaacagcattaaatatttgtgtgtgtgacatgttgtagatgcacataatgtcattgcaatgtgacatcaccttactctagcttcagaagggtgtacagaaaccacccagcttgttaatcaatcagaacttgtcttacaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|11 : gaaaaaaatatatggacaaacttataaacattaattcctgtgtagcttgtaagactagttttgattggttaacaagatgggtgtaaatttctatccgtacaccctgttgaaaccagcagcaaaaaaatgttacattgtgatgtcgcaatgcattgtgcatgcaaggttaaaaataatggcaattgttctgtagaaggtatttgtcacaattccatgtatagtgacattaacattatatataatcagcttattatacatgtaaaatatcagatgtgaattccttattttgaccacaaTT---ATCC--ATGTCCAGT---CAAGGGTG-TG-TG-GGG-ATT--CC-CCTTGAATTGTAT-T------ACA------TCCTTTAG-ACGGAAGCC-----T---C---AG-----GGT--GTATAAAATAAAA-CC--CAGGGT-AAA-TCTCTGAACA-CTTT--TGAC--------TGGAC-C-TGGGT------AACTAATttatcacagttattctgtagtttgggtttatga
gi|13 : tctgacatgaatttatatcatttcgttacatatgaaattaG-TA-TGCGAGGATC--TA-ACCCGGGTTGTAT-TTCA-T-ACAC------CCT----------------------------------GAG--ACATAAAACCCA------TGGTATAAA--TCCCCACGCA-C-AT--TTAT--------TGAAC-Ctca
gi|4 : gtcacatgtaacataatttgctcgcataggaattaacttcgtcatctaTTT-G-TATACAGCC-----T---C---AG-----GAT--GTATGGAATACAA-CC--CAGGGTAAA--TTCCTGTACA-CCCT--TGAA--------TGGA--TCTGGAT------TACTAA
gi|12 : ttt-G-CCTGCAGTG-----A---C---AG-----GAT--GTATGGAACACAA-TT--CAAGGT-AAAGTCCC-ATACA-CCCT--TAAT--------TGGAC-CC-AAAT------AACTAATACTGTtttttcttatataatgagatgatattacttgtaataattttaaaaagaaaataaggaaattgattttctatatttttacatgtatcacaagttaggggtaaagatttgaacagcccaatacaatgaatctttataaatatgttttaaagaaaaaacagcattaaatatttgtgtgtgtgacatgttgtagatgcacataatgtcattgcaatgtgacatcaccttactctagcttcagaagggtgtacagaaaccacccagcttgttaatcaatcagaacttgtcttacaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|16 : ttatgcagttatgtgtTATGGAATAAAA-CC--TGGGGTAAA--TCCCTATCCA-------------------------CCTGGAT------AACTAATAATATtgttgtttatcttatgtacccaaattatattatgtgtaatttttttactgataaaaattaggaaa
Alignments
lowQualScore : 111 1111 3333333333 33333 2222222 555555555555555 1111 1 22222 1111111 777777777777777777777777777777777 1 1111 11 33333333 111 11111111 6666666666666666666666666666666666666 2
lowQualScore : 1 555 77 5 1 4444 6 2 1 3 2222222222 1 66666 5 3333333 999999999999999 8 8 7777 1 0 22 0 1 33333 6666666 888888888888888888888888888888888 0 2222 33 1 2 0 1 1 666 11111111 000 77 3 66666666 777 3 8 0 4 4 1 666 3 55 1 777 3 666 55 7 0 1111111111111111111111111111111111111 0 2 666 0 1 2 2 5 1
lowQualScore : . ... .. . . .... . . . . .......... . ..... . ....... ............... . . .... . . .. . . ..... ....... ................................. . .... .. . . . . . ... ........ ... .. . ........ ... . . . . . . ... . .. . ... . ... .. . . ..................................... . . ... . . . . . .
lowQualScore : 0 777 99 3 7 2222 7 2 8 5 3333333333 8 88888 5 5555555 888888888888888 0 0 0000 0 8 22 0 0 55555 8888888 555555555555555555555555555555555 0 0000 88 0 5 8 0 0 888 00000000 000 99 0 11111111 000 2 7 7 5 1 2 444 6 00 2 333 6 666 00 0 3 9999999999999999999999999999999999999 5 4 444 4 3 0 4 0 0
consensus : AAGACGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCGGGTGTAAATTTCT----GTAC-GCCCTGCTGAAACCGGAGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATG-CG--ATNTGCA-C--GC-AAGG-TTAA----------AAA-T-A----ATGNTGTTTGTTCCTTAGAACATA-TTTGTCAC--A-GATTC-A--T-GTATTG-------TAACGT---C---A--TTAT------TTAC-CCC-AG-CTT--GTAATACATGTAAAAATATNTNANA-T-CG-----AATTTC---CTTA--TTTTAATCACTAAATNATT--------ACATGTA---ATATCATTTCGGTTACATAGGAAATAAATTCGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATCAAGGGTG-TACG-GGGATT--TACCCCGGGTTGTAT--------TCC--TACA-CAC----T--------TG-CCTGCGGCCTCAG---GGTGTATGGAATACAACCCGGGGTAAATCCCCGTACACCCTTGANTGGA-CCTGGATAACTAATANTATT
Reference ( family-344 ) : AAGACNAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCGGGTGTAAATTTCT----GTAC-GCCCTGCTGAAACCGGAGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATG-TAN-ATATGCA-C--GC-AAGG-T--A----------AAA-T-A----ATGNTATTTGTTCTTTAGAACGTA-TTTNTCAC--A-GATTN-A--T-GTATTG-------TAA-GT---C---A--TTAT------TTAC-CCC-AN-CTT--ATNATACATGTAAAAATATNTNANA-T-TG-----AATTTC---CTTA--TTTTAATCACTAAATNATT--------ACATGTA---ATATCATTTTGGTTACATAGGAAATAAATTCGTT---A-TCC--AGGTCCA--NTCAAGGGTG-TACG-GGGATT--TACCCCGGGTTGTAT--------TCC--TACA-CAC----T--------TG-CCTGCGGCCTCNG---GATGTATGGAATACAACCCGGGGTAAATCCCCGTACACCCTTGANTGGACCCTGGATAACTAATANTATT
gi|1 : AAGACTAGTTTTGATTGGTTAACA---AG--ATGGGTGTAAATTTCTATCCGTAC-ACCCTGTTGAAACCAGCAGCAAAAAAATGTTACATTGTGATGTCGCAATGCATTG--------TGCA-T--GC-AAGG-TTAA----------AAA-T-A----ATGGCAATTGTTCTGTAGAAGGTA-TTTGTCAC--A-ATTCC-A--T-GTATAG-------TGACATTAAC---A--TTAT------ATATAATC-AG-CTT--ATTATACATGTAAA---ATATCAGA-TGTG-----AA-TTC---CTTA--TTTTGACCACAAAA------------------TA---ATATCA-TTTGATTACAT-----ACAAG-----T---A-TCC--AGACCCACTCTCTAGGGTG-TAC--TGGCTT--TACCCTGGGCTGTAT--------GCC---ATA-CAC----T------------CTACAGCCT--G---AGTGTATGGAACACATCCTGGGGTCAAT-TTTGTACACACTCGAGTGGA-GTTGGATAACTTAT
gi|10 : gaaaaaaatatatggacaaacttataaacattaattcctgtgtagcttgtTATACAGGAAATAAATTCGCT---A-TCC--AGACCAA--ATCAAAGCTG-TACG-GGGATT--TACCATGGACTGTAT--------TTCA-TACATCAT----T--------TGATCTTTGGCCTCA----GCTGTATGGAATCCAACACGGTATAAATCTCCATACACCCTTAAATGTA-CCTGGATAATTAATGGTATcacagttattctgtagtttgggtttatga
gi|11 : --------ACATGAATTTATATCATTTCG-TTACATATGAAATTAATTAGTT---A-CCC--AGGTCCA--GTCAAAAGTG-TTCA-GAGATT--TACCCTGGGTTTTAT--------T-T--TATA-CAC----------------CCTGAGGCTTCCGTCTAAAGGATGTAATACAATTCAAGGGGAATCCCCACACACCCTTGACTGGA-CATGGATAAccagaccacatgataaataac
gi|12 : tctgG-CCTGCAGTGACAG---GATGTATGGAACACAATTCAAGGTAAAGTCCCATACACCCTTAATTGGACCC-AAATAACTAATACTGTtca
gi|13 : ttatgcagttatgtgtTC--------ACATGTA---ACATAATTT-GCTCGCATAGGAATTAACTTCGTC---A-TCT--AGGTTCA--AT-AAATGTG-CGTG-GGGATTTATACCATGGGTTTTAT-------------------------------------------GTCTCAG---GGTGTATGAAATACAACCCGGGTTAGATCCTCGCATACtgttgtttatcttatgtacccaaattatattatgtgtaatttttttactgataaaaattaggaaa
gi|14 : gAAGATGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCAAGGATAAA
gi|15 : aaaatattcatagacatactgtgtaatttatttcctttatatcttgtGCA---ATGCCATTTTGGTTACATAGGA-----------------TCT--CAGTTCA--GTCAAGAGTA-TATG-GGGATT--TATCTTAGGGTGTAT--------T
gi|16 : ---GGTGTATGGAATAAAACCTGGGGTAAATCCCTATCCA-------------CCTGGATAACTAATAATAT
gi|2 : AAGACAACTTCTGATTGGTTAATA---AG--CCTGGTATAAAATCCC----ATCC-ACCCTGCTAAAACCAAAGGAAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATT-TAA-ATATACA-G--GC-AAAG----A----------AAA-T-A----ATGTTGTTTGTCTCCTAGAATATA-TTTGTCACTTATGATTA-AAGT-GTATTG-------TAA-GT---CCCCA--TTAT------TTAC-CTC-ACTCTT--GTAAAACAAGTAAAAATCTTTAATACT-TT-----AATTTC---CTTA--TTTCAATAACTAAATAATT--------ACATGTA---ATATCATTTTGGTTACACAGGAAATGAATTTGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATTAAGGGAG-TATG-GAGATT--TACTCTGGGTTGTAT--------TCC--T-TA-TAC----TAGCTCCTCTG-CCTGCGGCCTCTG---GAGATATAGAATACAACCTGGGAT-AATCCCTATACACTCTTTAGTGGACCCTGTATAACTAATATTATTatggg
gi|3 : AGATAAATTGTGATTGTTTAAAG---AG--CTGGGTGTAAATTTCT----GTAT-GCCTTGCTGAAATTGGAGGTAAATAAA---------GAGATATCACAATGCAATG-TGC-ATCTACA-C--TTAAAGG-TTAA----------AAA-T-A----a
gi|4 : atattcagaacttgaaccctgaatcttaactttttgtcagatattgatcttgcctctatagcaagcaatatacaacataaatacacttaatatttcctatgtaccttgtgAT----T--------TG-TATACAGCCTCAG---GATGTATGGAATACAACCCAGGGTAAATTCCTGTACACCCTTGAATGGA-TCTGGATTACTAAtgcatgtatacaaagtaagaaaataaaatcccataattccaaaggtataattatcataaaactaacaaatataaaattaaatcaaacaaaataaatcaattagggccatggcctaaatgaacttctttttcctaatttttatcagtaaaaaaattacacataatataatttgggtacat
gi|4 : tttAAGACAAGTTCTGATTGATTAACA---AG--CTGGGTG---GTTTCT----GTAC-ACCCTTCTGAAGCTAGAG-----TAAG---------GTGATGTCACATTGCAATGACATTATGTGCA-TCTAC-AACA-T--GTCACACACACAAA-T-ATTTAATGCTGTTTTTTCTTTAAAACATA-TTTATAA---A-GATTC-A--TTGTATTGGGCTGTTCAA-AT---C---------T------TTAC-CCCTAA-CTT--GTGATACATGTAAAAATATAGAAAA-T-C------AATTTC---CTTA--TTTTCTTTTTAAAATTATT--------ACAAGTA---ATATCATCTC-ATTATATAAGAA--AAATTTG-T---A-TAC--AG--CC----TC-AGGATG-TAT--GGAATA--CAACCCAGGGTAAAT--------TCCTGTACA-CCC----T--------TG-ttttcttatataatgagatgatattacttgtaataattttaaaaagaaaataaggaaattgattttctatatttttacatgtatcacaagttaggggtaaagatttgaacagcccaatacaatgaatctttataaatatgttttaaagaaaaaacagcattaaatatttgtgtgtgtgacatgttgtagatgcacataatgtcattgcaatgtgacatcaccttactctagcttcagaagggtgtacagaaaccacccagcttgttaatcaatcagaacttgtcttacaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|5 : tttttagtaatccagatccattTGATTGGTTAGCATTAAG--CCATATGTAAATTTTT----GTAT-GCCTGGCTGAATTCGGAGGTAAA-------------GTGACATCACAATGCAGTG--GT-ATCTACA-CA-GT-AAGGAT--A----------AAAATGA----ATAGTATCTGTTTCTTAGAACATAATTTTTCCA--A-GATTCGA--T-GTATTG-------TAATGT---C---ACATTACCGATAATTAC-CCC-AG-CTTCTATAATGCAT---AAAATATGTCAT--T-CG-----AATTTT---ATTAAATTTTGATTACTAAATGATTTAACACTTACAT-TA---ATAT----TTGGCTACATAGAAAATATATTTGTT---A-TCC--ATTTCCA--ATCGAGGGTG-CACA-GGAATT--TTCCTTGGAT--TAT--------TCA--TACA-CTC----T--------acaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|6 : agccatatgtaagagAAAAATGTTTTAAA-T-CACACACAATATCTGACTTA--TCTTAATCACTAAATTGTT--------ATATGTG---ATATCATTT-GGTTACATAGGAA-TGAATGTATT---A-TCC--ATGTCCA--TTTATGGGTG-TATG-AGGATT--TACCTCAGGTCGGAT--------TCTG-TACA-CACAATCT--------GG-CCCATAGCCTTAG---GGTGTATGGAATAAAGCCAGAGGTAAATCCTTGTACAGCCTCGGTTAGA-CGTGGGTAGCTCATTCTATg
gi|7 : taacatcacTTT---CTTA--ATTCAATCACTAAATAATT--------ACATGTA---ATAACA-TTTGGTTACATGGGAAATAAATTTGTTATGA-TCC--AAAGCCA--ATCAAGAAAGATATGTGAGA----CACCCAACGTTGTATGTCGTTCATCC--TACA-C------------------CCTGCGGTCTCCG---AATGTATGGACTACAAT----AGTA-----TTGT---CCCTTGAATGGA-CCTGAATCACTAATAActgtggtgt
gi|8 : tttaAAGACTAGTTTTGATTGGTTGACAC--AGTACT---TGAAAATTTCT----GTGCAGCCCTGTTGAAACCTATGGTAAATAA--------------TGTGACAAT-----------ATATGCATC--AC-AA
gi|9 : gaaTTTGATA-T-GG-----AATACC---CTTA--TTTTAATCGCTAAATAATT--------TCATGTT---ATATCATTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCTTT---AATCTTGAAGTTCA--ATGAAGGATG-TAAG-GGGATT--TACTC------ATAT--------TC---------A---------------G-TCTGCAGCTTCAG---TGTGTATG---TACAACCTAGGACA-----CCATACATC-TTG-CTGGAACCTTGATAACTAacaagttacatgggaaataagtactgtaaatttatttctgtgttattttgcattctaaagagtctcctacaaaaatgccaagaaaatacaaatttttaata
Alignments
lowQualScore : 111 1111 2222222222 55555555555555555555555555555555 1111 1 22222 111111 444444444444444444444444 1 1111 11 22222222 11111111 2 6666666666666666666666666666666666666 1111111
lowQualScore : 6 555 77 5 1 4444 6 2 1 3 8888888888 11111111111111111111111111111111 8 7777 1 0 0 0 0 33333 555555 555555555555555555555555 0 1111 33 1 2 0 1 1 666 88888888 777 66 2 8888 33333333 555 0 3 3 4 1 666 3 55 1 555 3 666 55 7 0 1111111111111111111111111111111111111 0 1111111 0 1 2 2 4 4 1
lowQualScore : . ... .. . . .... . . . . .......... ................................ . .... . . . . . ..... ...... ........................ . .... .. . . . . . ... ........ ... .. . .... ........ ... . . . . . ... . .. . ... . ... .. . . ..................................... . ....... . . . . . . .
lowQualScore : 3 777 99 3 7 2222 7 2 8 5 5555555555 22222222222222222222222222222222 0 0000 0 8 2 0 2 55555 888888 888888888888888888888888 0 2222 88 2 5 8 0 0 888 00000000 888 11 8 1111 22222222 888 4 2 3 1 2 444 6 00 2 555 6 666 00 0 3 9999999999999999999999999999999999999 5 8888888 4 3 0 4 0 0 0
consensus : AAGACGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCGGGTGTAAATTTCT----GTAC-GCCCTGCTGAAACCGGAGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATG-CG--A-TNTACAC--GC-AAGGT--------TAAAAAT-A----ATGNTGTTTGTTCCTTAGAACATA-TTTGTCAC--A-GATTC-A--T-GTATTGTGA--CGT---C--A--TTAT------TTAC-CCC-AG-CTT--GTAATACATGTAAAAATATNTNANA-T-CG-----AATTTC---CTTA--TTTTNATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCATTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATCAAGGGTG-TACG-GGGATT--TACCCCGGGTTGTAT--------TCC--TACA-CAC----T--------TG-CCTGCGGCCTC-------AGGGTGTATGGAATACAACCCGGGGTAAATCCCCGTACACCCTTGANTGG-A-CCTGGATAACTAATANTATT
Reference ( family-344 ) : AAGACGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCGGGTGTAAATTTCT----GTAC-GCCCTGCTGAAACCGGAGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATG-CG--A-TNTGCAC--GC-AAGGT--------TAAAAAT-A----ATGNTGTTTGTTCCTTAGAACATA-TTTGTCAC--A-GATTC-A--T-GTATTGTAA--CGT---C--A--TTAT------TTAC-CCC-AG-CTT--GTAATACATGTAAAAATATNTNANA-T-CG-----AATTTC---CTTA--TTTTAATCACTAAATNA-TT--------ACATGTA---ATATCATTTCGGTTACATAGGAAATAAATTCGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATCAAGGGTG-TACG-GGGATT--TACCCCGGGTTGTAT--------TCC--TACA-CAC----T--------TG-CCTGCGGCCTC-------AGGGTGTATGGAATACAACCCGGGGTAAATCCCCGTACACCCTTGANTGG-A-CCTGGATAACTAATANTATT
gi|1 : AAGACTAGTTTTGATTGGTTAACA---AG--ATGGGTGTAAATTTCTATCCGTAC-ACCCTGTTGAAACCAGCAGCAAAAAAATGTTACATTGTGATGTCGCAATGCATTG---------TGCAT--GC-AAGGT--------TAAAAAT-A----ATGGCAATTGTTCTGTAGAAGGTA-TTTGTCAC--A-ATTCC-A--T-GTATAGTGA--CATTAAC--A--TTAT------ATATAATC-AG-CTT--ATTATACATGTAAA---ATATCAGA-TGTG-----AA-TTC---CTTA--TTTTGACCACAAAA-------------------TA---ATATCATTT-GATTACAT-----ACAAG-----T---A-TCC--AGACCCACTCTCTAGGGTG-TAC--TGGCTT--TACCCTGGGCTGTAT--------GCC---ATA-CAC----T------------CTACAGCCT---------GAGTGTATGGAACACATCCTGGGGTCAAT-TTTGTACACACTCGAGTGG-A-GTTGGATAACTTAT
gi|10 : gaaaaaaatatatggacaaacttataaacattaattcctgtgtagcttgtTATACAGGAAATAAATTCGCT---A-TCC--AGACCAA--ATCAAAGCTG-TACG-GGGATT--TACCATGGACTGTAT--------TTCA-TACATCAT----T--------TGATCTTTGGCCTC-------A-GCTGTATGGAATCCAACACGGTATAAATCTCCATACACCCTTAAATGT-A-CCTGGATAATTAATGGTATcacagttattctgtagtttgggtttatga
gi|11 : --------ACATGAATTTATATCATTTCG-TTACATATGAAATTAATTAGTT---A-CCC--AGGTCCA--GTCAAAAGTG-TTCA-GAGATT--TACCCTGGGTTTTAT--------T-T--TATA-CAC----------------CCTGAGGCTTCCGTCTAAAGGATGT----AATACAATTCAAGGGGAATCCCCACACACCCTTGACTGG-A-CATGGATAAccagaccacatgataaataac
gi|12 : tctgG-CCTGCAGTGAC-------AGGATGTATGGAACACAATTCAAGGTAAAGTCCCATACACCCTTAATTGG-A-CCCAAATAACTAATACTGTtca
gi|12 : ttatgcagttatgtgtTTTC---CTAA--TTTTTATCAGTAAAAAAATT--------ACACATA---ATATAATTT-GGGTACATAAG--ATAAAtgttgtttatcttatgtacccaaattatattatgtgtaatttttttactgataaaaattaggaaa
gi|13 : ttatgcagttatgtgtacagtattagttatttgggtccaattaagggtgtatgggactttaccttgaattgtgttccatacatcctgtcactgcaggctgttg-TC--------ACATGTA---ACATAATTT-GCTCGCATAGGAATTAACTTCGTC---A-TCT--AGGTTCA--AT-AAATGTG-CGTG-GGGATTTATACCATGGGTTTTAT-------------------------------------------GTCTC-------AGGGTGTATGAAATACAACCCGGGTTAGATCCTCGCATAC
gi|14 : gAAGATGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCAAGGATAAA
gi|15 : aaaatattcatagacatactgtgtaatttatttcctttatatcttgtGCA---ATGCCATTTTGGTTACATAGGA-----------------TCT--CAGTTCA--GTCAAGAGTA-TATG-GGGATT--TATCTTAGGGTGTAT--------T
gi|16 : CCC-------ATGGTGTATGGAATAAAACCTGGGGTAAATCCCTAT---CC----------A-CCTGGATAACTAATAATAT
gi|2 : AAGACAACTTCTGATTGGTTAATA---AG--CCTGGTATAAAATCCC----ATCC-ACCCTGCTAAAACCAAAGGAAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATT-TA--AATATACAG--GC-AAAG-----------AAAAT-A----ATGTTGTTTGTCTCCTAGAATATA-TTTGTCACTTATGATTA-AAGT-GTATTGTAAGTCCC---C--A--TTAT------TTAC-CTC-ACTCTT--GTAAAACAAGTAAAAATCTTTAATACT-TT-----AATTTC---CTTA--TTTCAATAACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCATTTTGGTTACACAGGAAATGAATTTGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATTAAGGGAG-TATG-GAGATT--TACTCTGGGTTGTAT--------TCC--T-TA-TAC----TAGCTCCTCTG-CCTGCGGCCTC-------TGGAGATATAGAATACAACCTGGGAT-AATCCCTATACACTCTTTAGTGG-ACCCTGTATAACTAATATTATT
gi|3 : AGATAAATTGTGATTGTTTAAAG---AG--CTGGGTGTAAATTTCT----GTAT-GCCTTGCTGAAATTGGAGGTAAATAAA---------GAGATATCACAATGCAATG-TGC-A-TCTACAC--TTAAAGGT--------TAAAAAT-A----a
gi|3 : atattcagaacttgaaccctgaatcttaactttttgtcagatattgatcttgcctctatagcaagcaatatacaacataaatacacttaatatttcctatgtaccttgtgTTTC---CTAA--TTTTTATCAGTAAAAAAATT--------ACACATA---ATATAATTT-GGGTACATtgcatgtatacaaagtaagaaaataaaatcccataattccaaaggtataattatcataaaactaacaaatataaaattaaatcaaacaaaataaatcaattagggccatggcctaaatgaacttctttttcctaatttttatcagtaaaaaaattacacataatataatttgggtacat
gi|4 : atattcagaacttgaaccctgaatcttaactttttgtcagatattgatcttgcctctatagcaagcaatatacaacataaatacacttaatatttcctatgtaccttgtgagataaattgtgattgtttaaagagctgggtgtaaatttctgtatgccttgctgaaattggaggtaaataaagagatatcacaatgcaatgtgcatctacacttaaaggttaaaaatatgcatgtatacaaagtaagaaaataaaatcccataattccaaaggtataattatcataaaactaacaaatataaaattaaatcaaacaaaataaatcaattagggccatggcctaaatgaacttcttAT----T--------TG-TATACAGCCTC-------AGGATGTATGGAATACAACCCAGGGTAAATTCCTGTACACCCTTGAATGG-A-TCTGGATTACTAA
gi|4 : tttAAGACAAGTTCTGATTGATTAACA---AG--CTGGGTG---GTTTCT----GTAC-ACCCTTCTGAAGCTAGAG-----TAAG---------GTGATGTCACATTGCAATGACATTA-TGTGCATCTAC-AACATGTCACACACACAAAT-ATTTAATGCTGTTTTTTCTTTAAAACATA-TTTATAA---A-GATTC-A--TTGTATTGGGC--TGT---TCAA--ATCT------TTAC-CCCTAA-CTT--GTGATACATGTAAAAATATAGAAAA-T-C------AATTTC---CTTA--TTTTCTTTTTAAAATTA-TT--------ACAAGTA---ATATCATCTC-ATTATATAAGAA--AAATTTG-T---A-TAC--AG--CC----TC-AGGATG-TAT--GGAATA--CAACCCAGGGTAAAT--------TCCTGTACA-CCC----T--------TG-ttttcttatataatgagatgatattacttgtaataattttaaaaagaaaataaggaaattgattttctatatttttacatgtatcacaagttaggggtaaagatttgaacagcccaatacaatgaatctttataaatatgttttaaagaaaaaacagcattaaatatttgtgtgtgtgacatgttgtagatgcacataatgtcattgcaatgtgacatcaccttactctagcttcagaagggtgtacagaaaccacccagcttgttaatcaatcagaacttgtcttacaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|5 : tttttagtaatccagatccattTGATTGGTTAGCATTAAG--CCATATGTAAATTTTT----GTAT-GCCTGGCTGAATTCGGAGGTAAA-------------GTGACATCACAATGCAGTG-GT--A-TCTACACA-GT-AAGGA--------TAAAAATGA----ATAGTATCTGTTTCTTAGAACATAATTTTTCCA--A-GATTCGA--T-GTATTGTAA--TGT---C--ACATTACCGATAATTAC-CCC-AG-CTTCTATAATGCAT---AAAATATGTCAT--T-CG-----AATTTT---ATTAAATTTTGATTACTAAATGA-TTTAACACTTACAT-TA---ATAT----TTGGCTACATAGAAAATATATTTGTT---A-TCC--ATTTCCA--ATCGAGGGTG-CACA-GGAATT--TTCCTTGGAT--TAT--------TCA--TACA-CTC----T--------acaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|6 : agccatatgtaagagAAAAATGTTTTAAA-T-CACACACAATATCTGACTTA--TCTTAATCACTAAATTG-TT--------ATATGTG---ATATCATTT-GGTTACATAGGAA-TGAATGTATT---A-TCC--ATGTCCA--TTTATGGGTG-TATG-AGGATT--TACCTCAGGTCGGAT--------TCTG-TACA-CACAATCT--------GG-CCCATAGCCTT-------AGGGTGTATGGAATAAAGCCAGAGGTAAATCCTTGTACAGCCTCGGTTAG-A-CGTGGGTAGCTCATTCTATg
gi|7 : taacatcacTTT---CTTA--ATTCAATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATAACATTT-GGTTACATGGGAAATAAATTTGTTATGA-TCC--AAAGCCA--ATCAAGAAAGATATGTGAGA----CACCCAACGTTGTATGTCGTTCATCC--TACA-C------------------CCTGCGGTCTC-------CGAATGTATGGACTACAAT----AGTA-----TTGT---CCCTTGAATGG-A-CCTGAATCACTAATAActgtggtgt
gi|8 : tttaAAGACTAGTTTTGATTGGTTGACAC--AGTACT---TGAAAATTTCT----GTGCAGCCCTGTTGAAACCTATGGTAAATAAT---------GTGA
gi|9 : gaattgtgatgcatatattgTTTGATA-T-GG-----AATACC---CTTA--TTTTAATCGCTAAATAA-TT--------TCATGTT---ATATCATTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCTTT---AATCTTGAAGTTCA--ATGAAGGATG-TAAG-GGGATT--TACTC------ATAT--------TC---------A---------------G-TCTGCAGCTTC-------AGTGTGTATG---TACAACCTAGGACA-----CCATACA-TCTTG-CTGGAA-CCTTGATAACTAacaagttacatgggaaataagtactgtaaatttatttctgtgttattttgcattctaaagagtctcctacaaaaatgccaagaaaatacaaatttttaata
Alignments
lowQualScore : 111 1111 2222222222 44444444444444444444444444444444 1111 1 22222 111111 444444444444444444444444 1 1111 11 22222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666 1111111
lowQualScore : 6 555 77 5 1 4444 6 2 1 3 8888888888 88888888888888888888888888888888 8 7777 1 0 0 0 0 33333 555555 555555555555555555555555 0 1111 33 1 2 0 1 1 666 88888888 777 66 1 33 8 33333333 555 0 3 3 1 4 1 666 3 55 1 555 3 666 55 7 0 1111111111111111111111111111111111111 0 1111111 0 1 2 2 4 4 1
lowQualScore : . ... .. . . .... . . . . .......... ................................ . .... . . . . . ..... ...... ........................ . .... .. . . . . . ... ........ ... .. . .. . ........ ... . . . . . . ... . .. . ... . ... .. . . ..................................... . ....... . . . . . . .
lowQualScore : 3 777 99 3 7 2222 7 2 8 5 5555555555 44444444444444444444444444444444 0 0000 0 8 2 0 2 55555 888888 888888888888888888888888 0 2222 88 2 5 8 0 0 888 00000000 888 11 0 33 0 22222222 888 4 3 3 2 1 2 444 6 00 2 555 6 666 00 0 3 9999999999999999999999999999999999999 5 8888888 4 3 0 4 0 0 0
consensus : AAGACGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCGGGTGTAAATTTCT----GTAC-GCCCTGCTGAAACCGGAGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATG-C-G--ATNTACAC--GC-AAGGT--------TAAAAAT-A----ATGNTGTTTGTTCCTTAGAACATA-TTTGTCAC--A-GATTC-A--T-GTATTGTGA--CGT---C--A--TTAT------TTAC-CCC-A-GCTT--GTAATACATGTAAAAATATNTNANA-T-CG-----AATTTC---CTTA--TTTTNATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCA-TTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATCAAGGGTG-TACG-GGGATT--TACCCCGGGTTGTAT--------TCC--TACA-CA----CT--------TG-CCTGCGGCCTC-------AGGGTGTATGGAATACAACCCGGGGTAAATCCCCGTACACCCTTGANTGG-A-CCTGGATAACTAATANTATT
Reference ( family-344 ) : AAGACGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCGGGTGTAAATTTCT----GTAC-GCCCTGCTGAAACCGGAGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATG-C-G--ATNTACAC--GC-AAGGT--------TAAAAAT-A----ATGNTGTTTGTTCCTTAGAACATA-TTTGTCAC--A-GATTC-A--T-GTATTGTGA--CGT---C--A--TTAT------TTAC-CCC-A-GCTT--GTAATACATGTAAAAATATNTNANA-T-CG-----AATTTC---CTTA--TTTTNATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCA-TTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATCAAGGGTG-TACG-GGGATT--TACCCCGGGTTGTAT--------TCC--TACA-CA----CT--------TG-CCTGCGGCCTC-------AGGGTGTATGGAATACAACCCGGGGTAAATCCCCGTACACCCTTGANTGG-A-CCTGGATAACTAATANTATT
gi|1 : AAGACTAGTTTTGATTGGTTAACA---AG--ATGGGTGTAAATTTCTATCCGTAC-ACCCTGTTGAAACCAGCAGCAAAAAAATGTTACATTGTGATGTCGCAATGCATTG-T-G-------CAT--GC-AAGGT--------TAAAAAT-A----ATGGCAATTGTTCTGTAGAAGGTA-TTTGTCAC--A-ATTCC-A--T-GTATAGTGA--CATTAAC--A--TTAT------ATATAATC-A-GCTT--ATTATACATGTAAA---ATATCAGA-TGTG-----AA-TTC---CTTA--TTTTGACCACAAAA-------------------TA---ATATCA-TTT-GATTACAT-----ACAAG-----T---A-TCC--AGACCCACTCTCTAGGGTG-TAC--TGGCTT--TACCCTGGGCTGTAT--------GCC---ATA-CA----CT------------CTACAGCCT---------GAGTGTATGGAACACATCCTGGGGTCAAT-TTTGTACACACTCGAGTGG-A-GTTGGATAACTTAT
gi|10 : gaaaaaaatatatggacaaacttataaacattaattcctgtgtagcttgtTATACAGGAAATAAATTCGCT---A-TCC--AGACCAA--ATCAAAGCTG-TACG-GGGATT--TACCATGGACTGTAT--------TTCA-TACATCA----TT--------TGATCTTTGGCCTC-------A-GCTGTATGGAATCCAACACGGTATAAATCTCCATACACCCTTAAATGT-A-CCTGGATAATTAATGGTATcacagttattctgtagtttgggtttatga
gi|11 : --------ACATGAATTTATATCA-TTT-CGTTACATATGAAATTAATTAGTT---A-CCC--AGGTCCA--GTCAAAAGTG-TTCA-GAGATT--TACCCTGGGTTTTAT--------T-T--TATA-CA----C------------CCTGAGGCTTCCGTCTAAAGGATGT----AATACAATTCAAGGGGAATCCCCACACACCCTTGACTGG-A-CATGGATAAccagaccacatgataaataac
gi|12 : tctgG-CCTGCAGTGAC-------AGGATGTATGGAACACAATTCAAGGTAAAGTCCCATACACCCTTAATTGG-A-CCCAAATAACTAATACTGTtca
gi|12 : ttatgcagttatgtgtTTTC---CTAA--TTTTTATCAGTAAAAAAATT--------ACACATA---ATATAA-TTT-GGGTACATAAG--ATAAAtgttgtttatcttatgtacccaaattatattatgtgtaatttttttactgataaaaattaggaaa
gi|13 : ttatgcagttatgtgtacagtattagttatttgggtccaattaagggtgtatgggactttaccttgaattgtgttccatacatcctgtcactgcaggctgttg-TC--------ACATGTA---ACATAA-TTT-GCTCGCATAGGAATTAACTTCGTC---A-TCT--AGGTTCA--AT-AAATGTG-CGTG-GGGATTTATACCATGGGTTTTAT-------------------------------------------GTCTC-------AGGGTGTATGAAATACAACCCGGGTTAGATCCTCGCATAC
gi|14 : gAAGATGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCAAGGATAAA
gi|15 : aaaatattcatagacatactgtgtaatttatttcctttatatcttgtGCA---ATGCCA-TTTTGGTTACATAGGA-----------------TCT--CAGTTCA--GTCAAGAGTA-TATG-GGGATT--TATCTTAGGGTGTAT--------T
gi|16 : CCC-------ATGGTGTATGGAATAAAACCTGGGGTAAATCCCTAT---CC----------A-CCTGGATAACTAATAATAT
gi|2 : AAGACAACTTCTGATTGGTTAATA---AG--CCTGGTATAAAATCCC----ATCC-ACCCTGCTAAAACCAAAGGAAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATT-TAA--ATATACAG--GC-AAAG-----------AAAAT-A----ATGTTGTTTGTCTCCTAGAATATA-TTTGTCACTTATGATTA-AAGT-GTATTGTAAGTCCC---C--A--TTAT------TTAC-CTC-ACTCTT--GTAAAACAAGTAAAAATCTTTAATACT-TT-----AATTTC---CTTA--TTTCAATAACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCATTTT-GGTTACACAGGAAATGAATTTGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATTAAGGGAG-TATG-GAGATT--TACTCTGGGTTGTAT--------TCC--T-TA-TA----CTAGCTCCTCTG-CCTGCGGCCTC-------TGGAGATATAGAATACAACCTGGGAT-AATCCCTATACACTCTTTAGTGG-ACCCTGTATAACTAATATTATT
gi|3 : AGATAAATTGTGATTGTTTAAAG---AG--CTGGGTGTAAATTTCT----GTAT-GCCTTGCTGAAATTGGAGGTAAATAAA---------GAGATATCACAATGCAATG-T-GC-ATCTACAC--TTAAAGGT--------TAAAAAT-A----a
gi|3 : atattcagaacttgaaccctgaatcttaactttttgtcagatattgatcttgcctctatagcaagcaatatacaacataaatacacttaatatttcctatgtaccttgtgTTTC---CTAA--TTTTTATCAGTAAAAAAATT--------ACACATA---ATATAA-TTT-GGGTACATtgcatgtatacaaagtaagaaaataaaatcccataattccaaaggtataattatcataaaactaacaaatataaaattaaatcaaacaaaataaatcaattagggccatggcctaaatgaacttctttttcctaatttttatcagtaaaaaaattacacataatataatttgggtacat
gi|4 : atattcagaacttgaaccctgaatcttaactttttgtcagatattgatcttgcctctatagcaagcaatatacaacataaatacacttaatatttcctatgtaccttgtgagataaattgtgattgtttaaagagctgggtgtaaatttctgtatgccttgctgaaattggaggtaaataaagagatatcacaatgcaatgtgcatctacacttaaaggttaaaaatatgcatgtatacaaagtaagaaaataaaatcccataattccaaaggtataattatcataaaactaacaaatataaaattaaatcaaacaaaataaatcaattagggccatggcctaaatgaacttcttA----TT--------TG-TATACAGCCTC-------AGGATGTATGGAATACAACCCAGGGTAAATTCCTGTACACCCTTGAATGG-A-TCTGGATTACTAA
gi|4 : tttAAGACAAGTTCTGATTGATTAACA---AG--CTGGGTG---GTTTCT----GTAC-ACCCTTCTGAAGCTAGAG-----TAAG---------GTGATGTCACATTGCAATGAC-ATTATGTGCATCTAC-AACATGTCACACACACAAAT-ATTTAATGCTGTTTTTTCTTTAAAACATA-TTTATAA---A-GATTC-A--TTGTATTGGGC--TGT---TCAA--ATCT------TTAC-CCCTA-ACTT--GTGATACATGTAAAAATATAGAAAA-T-C------AATTTC---CTTA--TTTTCTTTTTAAAATTA-TT--------ACAAGTA---ATATCA-TCT-CATTATATAAGAA--AAATTTG-T---A-TAC--AG--CC----TC-AGGATG-TAT--GGAATA--CAACCCAGGGTAAAT--------TCCTGTACA-CC----CT--------TG-ttttcttatataatgagatgatattacttgtaataattttaaaaagaaaataaggaaattgattttctatatttttacatgtatcacaagttaggggtaaagatttgaacagcccaatacaatgaatctttataaatatgttttaaagaaaaaacagcattaaatatttgtgtgtgtgacatgttgtagatgcacataatgtcattgcaatgtgacatcaccttactctagcttcagaagggtgtacagaaaccacccagcttgttaatcaatcagaacttgtcttacaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|5 : tttttagtaatccagatccattTGATTGGTTAGCATTAAG--CCATATGTAAATTTTT----GTAT-GCCTGGCTGAATTCGGAGGTAAA-------------GTGACATCACAATGCAGTG-G-T--ATCTACACA-GT-AAGGA--------TAAAAATGA----ATAGTATCTGTTTCTTAGAACATAATTTTTCCA--A-GATTCGA--T-GTATTGTAA--TGT---C--ACATTACCGATAATTAC-CCC-A-GCTTCTATAATGCAT---AAAATATGTCAT--T-CG-----AATTTT---ATTAAATTTTGATTACTAAATGA-TTTAACACTTACAT-TA---ATAT----TT-GGCTACATAGAAAATATATTTGTT---A-TCC--ATTTCCA--ATCGAGGGTG-CACA-GGAATT--TTCCTTGGAT--TAT--------TCA--TACA-CT----CT--------acaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|6 : agccatatgtaagagAAAAATGTTTTAAA-T-CACACACAATATCTGACTTA--TCTTAATCACTAAATTG-TT--------ATATGTG---ATATCA-TTT-GGTTACATAGG-AATGAATGTATT---A-TCC--ATGTCCA--TTTATGGGTG-TATG-AGGATT--TACCTCAGGTCGGAT--------TCTG-TACA-CACAATCT--------GG-CCCATAGCCTT-------AGGGTGTATGGAATAAAGCCAGAGGTAAATCCTTGTACAGCCTCGGTTAG-A-CGTGGGTAGCTCATTCTATg
gi|7 : taacatcacTTT---CTTA--ATTCAATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATAACA-TTT-GGTTACATGGGAAATAAATTTGTTATGA-TCC--AAAGCCA--ATCAAGAAAGATATGTGAGA----CACCCAACGTTGTATGTCGTTCATCC--TACA-C------------------CCTGCGGTCTC-------CGAATGTATGGACTACAAT----AGTA-----TTGT---CCCTTGAATGG-A-CCTGAATCACTAATAActgtggtgt
gi|8 : tttaAAGACTAGTTTTGATTGGTTGACAC--AGTACT---TGAAAATTTCT----GTGCAGCCCTGTTGAAACCTATGGTAAATAAT---------GTGA
gi|9 : gaattgtgatgcatatattgTTTGATA-T-GG-----AATACC---CTTA--TTTTAATCGCTAAATAA-TT--------TCATGTT---ATATCA-TTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCTTT---AATCTTGAAGTTCA--ATGAAGGATG-TAAG-GGGATT--TACTC------ATAT--------TC---------A---------------G-TCTGCAGCTTC-------AGTGTGTATG---TACAACCTAGGACA-----CCATACA-TCTTG-CTGGAA-CCTTGATAACTAacaagttacatgggaaataagtactgtaaatttatttctgtgttattttgcattctaaagagtctcctacaaaaatgccaagaaaatacaaatttttaata
Alignments
lowQualScore : 111 1111 2222222222 44444444444444444444444444444444 1111 1 22222 111111 444444444444444444444444 1 1111 11 22222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666 1111111
lowQualScore : 6 555 77 5 1 4444 6 2 1 3 8888888888 88888888888888888888888888888888 8 7777 1 0 0 0 0 33333 555555 555555555555555555555555 0 1111 33 1 2 0 1 1 666 88888888 777 66 1 33 8 33333333 555 0 3 3 1 4 1 666 3 55 1 555 3 666 55 7 0 1111111111111111111111111111111111111 0 1111111 0 1 2 2 4 4 1
lowQualScore : . ... .. . . .... . . . . .......... ................................ . .... . . . . . ..... ...... ........................ . .... .. . . . . . ... ........ ... .. . .. . ........ ... . . . . . . ... . .. . ... . ... .. . . ..................................... . ....... . . . . . . .
lowQualScore : 3 777 99 3 7 2222 7 2 8 5 5555555555 44444444444444444444444444444444 0 0000 0 8 2 0 2 55555 888888 888888888888888888888888 0 2222 88 2 5 8 0 0 888 00000000 888 11 0 33 0 22222222 888 4 3 3 2 1 2 444 6 00 2 555 6 666 00 0 3 9999999999999999999999999999999999999 5 8888888 4 3 0 4 0 0 0
consensus : AAGACGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCGGGTGTAAATTTCT----GTAC-GCCCTGCTGAAACCGGAGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATG-C-G--ATNTACAC--GC-AAGGT--------TAAAAAT-A----ATGNTGTTTGTTCCTTAGAACATA-TTTGTCAC--A-GATTC-A--T-GTATTGTGA--CGT---C--A--TTAT------TTAC-CCC-A-GCTT--GTAATACATGTAAAAATATNTNANA-T-CG-----AATTTC---CTTA--TTTTNATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCA-TTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATCAAGGGTG-TACG-GGGATT--TACCCCGGGTTGTAT--------TCC--TACA-CA----CT--------TG-CCTGCGGCCTC-------AGGGTGTATGGAATACAACCCGGGGTAAATCCCCGTACACCCTTGANTGG-A-CCTGGATAACTAATANTATT
Reference ( family-344 ) : AAGACGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCGGGTGTAAATTTCT----GTAC-GCCCTGCTGAAACCGGAGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATG-C-G--ATNTACAC--GC-AAGGT--------TAAAAAT-A----ATGNTGTTTGTTCCTTAGAACATA-TTTGTCAC--A-GATTC-A--T-GTATTGTGA--CGT---C--A--TTAT------TTAC-CCC-A-GCTT--GTAATACATGTAAAAATATNTNANA-T-CG-----AATTTC---CTTA--TTTTNATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCA-TTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATCAAGGGTG-TACG-GGGATT--TACCCCGGGTTGTAT--------TCC--TACA-CA----CT--------TG-CCTGCGGCCTC-------AGGGTGTATGGAATACAACCCGGGGTAAATCCCCGTACACCCTTGANTGG-A-CCTGGATAACTAATANTATT
gi|1 : AAGACTAGTTTTGATTGGTTAACA---AG--ATGGGTGTAAATTTCTATCCGTAC-ACCCTGTTGAAACCAGCAGCAAAAAAATGTTACATTGTGATGTCGCAATGCATTG-T-G-------CAT--GC-AAGGT--------TAAAAAT-A----ATGGCAATTGTTCTGTAGAAGGTA-TTTGTCAC--A-ATTCC-A--T-GTATAGTGA--CATTAAC--A--TTAT------ATATAATC-A-GCTT--ATTATACATGTAAA---ATATCAGA-TGTG-----AA-TTC---CTTA--TTTTGACCACAAAA-------------------TA---ATATCA-TTT-GATTACAT-----ACAAG-----T---A-TCC--AGACCCACTCTCTAGGGTG-TAC--TGGCTT--TACCCTGGGCTGTAT--------GCC---ATA-CA----CT------------CTACAGCCT---------GAGTGTATGGAACACATCCTGGGGTCAAT-TTTGTACACACTCGAGTGG-A-GTTGGATAACTTAT
gi|10 : gaaaaaaatatatggacaaacttataaacattaattcctgtgtagcttgtTATACAGGAAATAAATTCGCT---A-TCC--AGACCAA--ATCAAAGCTG-TACG-GGGATT--TACCATGGACTGTAT--------TTCA-TACATCA----TT--------TGATCTTTGGCCTC-------A-GCTGTATGGAATCCAACACGGTATAAATCTCCATACACCCTTAAATGT-A-CCTGGATAATTAATGGTATcacagttattctgtagtttgggtttatga
gi|11 : --------ACATGAATTTATATCA-TTT-CGTTACATATGAAATTAATTAGTT---A-CCC--AGGTCCA--GTCAAAAGTG-TTCA-GAGATT--TACCCTGGGTTTTAT--------T-T--TATA-CA----C------------CCTGAGGCTTCCGTCTAAAGGATGT----AATACAATTCAAGGGGAATCCCCACACACCCTTGACTGG-A-CATGGATAAccagaccacatgataaataac
gi|12 : tctgG-CCTGCAGTGAC-------AGGATGTATGGAACACAATTCAAGGTAAAGTCCCATACACCCTTAATTGG-A-CCCAAATAACTAATACTGTtca
gi|12 : ttatgcagttatgtgtTTTC---CTAA--TTTTTATCAGTAAAAAAATT--------ACACATA---ATATAA-TTT-GGGTACATAAG--ATAAAtgttgtttatcttatgtacccaaattatattatgtgtaatttttttactgataaaaattaggaaa
gi|13 : ttatgcagttatgtgtacagtattagttatttgggtccaattaagggtgtatgggactttaccttgaattgtgttccatacatcctgtcactgcaggctgttg-TC--------ACATGTA---ACATAA-TTT-GCTCGCATAGGAATTAACTTCGTC---A-TCT--AGGTTCA--AT-AAATGTG-CGTG-GGGATTTATACCATGGGTTTTAT-------------------------------------------GTCTC-------AGGGTGTATGAAATACAACCCGGGTTAGATCCTCGCATAC
gi|14 : gAAGATGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCAAGGATAAA
gi|15 : aaaatattcatagacatactgtgtaatttatttcctttatatcttgtGCA---ATGCCA-TTTTGGTTACATAGGA-----------------TCT--CAGTTCA--GTCAAGAGTA-TATG-GGGATT--TATCTTAGGGTGTAT--------T
gi|16 : CCC-------ATGGTGTATGGAATAAAACCTGGGGTAAATCCCTAT---CC----------A-CCTGGATAACTAATAATAT
gi|2 : AAGACAACTTCTGATTGGTTAATA---AG--CCTGGTATAAAATCCC----ATCC-ACCCTGCTAAAACCAAAGGAAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATT-TAA--ATATACAG--GC-AAAG-----------AAAAT-A----ATGTTGTTTGTCTCCTAGAATATA-TTTGTCACTTATGATTA-AAGT-GTATTGTAAGTCCC---C--A--TTAT------TTAC-CTC-ACTCTT--GTAAAACAAGTAAAAATCTTTAATACT-TT-----AATTTC---CTTA--TTTCAATAACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCATTTT-GGTTACACAGGAAATGAATTTGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATTAAGGGAG-TATG-GAGATT--TACTCTGGGTTGTAT--------TCC--T-TA-TA----CTAGCTCCTCTG-CCTGCGGCCTC-------TGGAGATATAGAATACAACCTGGGAT-AATCCCTATACACTCTTTAGTGG-ACCCTGTATAACTAATATTATT
gi|3 : AGATAAATTGTGATTGTTTAAAG---AG--CTGGGTGTAAATTTCT----GTAT-GCCTTGCTGAAATTGGAGGTAAATAAA---------GAGATATCACAATGCAATG-T-GC-ATCTACAC--TTAAAGGT--------TAAAAAT-A----a
gi|3 : atattcagaacttgaaccctgaatcttaactttttgtcagatattgatcttgcctctatagcaagcaatatacaacataaatacacttaatatttcctatgtaccttgtgTTTC---CTAA--TTTTTATCAGTAAAAAAATT--------ACACATA---ATATAA-TTT-GGGTACATtgcatgtatacaaagtaagaaaataaaatcccataattccaaaggtataattatcataaaactaacaaatataaaattaaatcaaacaaaataaatcaattagggccatggcctaaatgaacttctttttcctaatttttatcagtaaaaaaattacacataatataatttgggtacat
gi|4 : atattcagaacttgaaccctgaatcttaactttttgtcagatattgatcttgcctctatagcaagcaatatacaacataaatacacttaatatttcctatgtaccttgtgagataaattgtgattgtttaaagagctgggtgtaaatttctgtatgccttgctgaaattggaggtaaataaagagatatcacaatgcaatgtgcatctacacttaaaggttaaaaatatgcatgtatacaaagtaagaaaataaaatcccataattccaaaggtataattatcataaaactaacaaatataaaattaaatcaaacaaaataaatcaattagggccatggcctaaatgaacttcttA----TT--------TG-TATACAGCCTC-------AGGATGTATGGAATACAACCCAGGGTAAATTCCTGTACACCCTTGAATGG-A-TCTGGATTACTAA
gi|4 : tttAAGACAAGTTCTGATTGATTAACA---AG--CTGGGTG---GTTTCT----GTAC-ACCCTTCTGAAGCTAGAG-----TAAG---------GTGATGTCACATTGCAATGAC-ATTATGTGCATCTAC-AACATGTCACACACACAAAT-ATTTAATGCTGTTTTTTCTTTAAAACATA-TTTATAA---A-GATTC-A--TTGTATTGGGC--TGT---TCAA--ATCT------TTAC-CCCTA-ACTT--GTGATACATGTAAAAATATAGAAAA-T-C------AATTTC---CTTA--TTTTCTTTTTAAAATTA-TT--------ACAAGTA---ATATCA-TCT-CATTATATAAGAA--AAATTTG-T---A-TAC--AG--CC----TC-AGGATG-TAT--GGAATA--CAACCCAGGGTAAAT--------TCCTGTACA-CC----CT--------TG-ttttcttatataatgagatgatattacttgtaataattttaaaaagaaaataaggaaattgattttctatatttttacatgtatcacaagttaggggtaaagatttgaacagcccaatacaatgaatctttataaatatgttttaaagaaaaaacagcattaaatatttgtgtgtgtgacatgttgtagatgcacataatgtcattgcaatgtgacatcaccttactctagcttcagaagggtgtacagaaaccacccagcttgttaatcaatcagaacttgtcttacaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|5 : tttttagtaatccagatccattTGATTGGTTAGCATTAAG--CCATATGTAAATTTTT----GTAT-GCCTGGCTGAATTCGGAGGTAAA-------------GTGACATCACAATGCAGTG-G-T--ATCTACACA-GT-AAGGA--------TAAAAATGA----ATAGTATCTGTTTCTTAGAACATAATTTTTCCA--A-GATTCGA--T-GTATTGTAA--TGT---C--ACATTACCGATAATTAC-CCC-A-GCTTCTATAATGCAT---AAAATATGTCAT--T-CG-----AATTTT---ATTAAATTTTGATTACTAAATGA-TTTAACACTTACAT-TA---ATAT----TT-GGCTACATAGAAAATATATTTGTT---A-TCC--ATTTCCA--ATCGAGGGTG-CACA-GGAATT--TTCCTTGGAT--TAT--------TCA--TACA-CT----CT--------acaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|6 : agccatatgtaagagAAAAATGTTTTAAA-T-CACACACAATATCTGACTTA--TCTTAATCACTAAATTG-TT--------ATATGTG---ATATCA-TTT-GGTTACATAGG-AATGAATGTATT---A-TCC--ATGTCCA--TTTATGGGTG-TATG-AGGATT--TACCTCAGGTCGGAT--------TCTG-TACA-CACAATCT--------GG-CCCATAGCCTT-------AGGGTGTATGGAATAAAGCCAGAGGTAAATCCTTGTACAGCCTCGGTTAG-A-CGTGGGTAGCTCATTCTATg
gi|7 : taacatcacTTT---CTTA--ATTCAATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATAACA-TTT-GGTTACATGGGAAATAAATTTGTTATGA-TCC--AAAGCCA--ATCAAGAAAGATATGTGAGA----CACCCAACGTTGTATGTCGTTCATCC--TACA-C------------------CCTGCGGTCTC-------CGAATGTATGGACTACAAT----AGTA-----TTGT---CCCTTGAATGG-A-CCTGAATCACTAATAActgtggtgt
gi|8 : tttaAAGACTAGTTTTGATTGGTTGACAC--AGTACT---TGAAAATTTCT----GTGCAGCCCTGTTGAAACCTATGGTAAATAAT---------GTGA
gi|9 : gaattgtgatgcatatattgTTTGATA-T-GG-----AATACC---CTTA--TTTTAATCGCTAAATAA-TT--------TCATGTT---ATATCA-TTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCTTT---AATCTTGAAGTTCA--ATGAAGGATG-TAAG-GGGATT--TACTC------ATAT--------TC---------A---------------G-TCTGCAGCTTC-------AGTGTGTATG---TACAACCTAGGACA-----CCATACA-TCTTG-CTGGAA-CCTTGATAACTAacaagttacatgggaaataagtactgtaaatttatttctgtgttattttgcattctaaagagtctcctacaaaaatgccaagaaaatacaaatttttaata
blockSeqs : G TTA TA A T . A A A T A ACATTATGTGCATCTACAACATGTCACACA G TTTA T A CTTAT AAGT TGTCACATTACCGATAA . ACT CT A G T A TAC CACACAC TGA AA T AA A TAACACTT TTT T T A C C ATG A TG A A A TGT TA T TCCTTATACTAGCTCCTCTG CGTCTAA A C A A C C
blockSeqs : A C . T T . . G T T A TGCATCTACACTTAAAGGT . . C . AA ATT GTCCCCATTAT . TAA . G G A A AA TT . . A TA A . . . . A A T . . . G G . CG . T TCTGTACACACAATCTGG . A C C . . A
blockSeqs : A . . G T . . A T T G GTATCTACACAGTAAGGA . . G . A GAT TGTTCAAATCT . AG . A . G C AA CG . . T AA . . . . . A C T . . . G A . CA . T TTCATACATCATTTGA . A T T . . T
blockSeqs : A . . G T . . G T T T TAAATATACAGGCAAAG . . T T TA GG . . C TT . . . . . A T T . . . G G . TG . T GTCGTTCATCCTACAC . G C G . . C
blockSeqs : T . . A A . . T . . . T G T C . . G TG . . . . . A T T . . . G A . TG . T TCCTGTACACCCTTG . A C A . . A
blockSeqs : . . . . . . A TT . . . . . A T T . . . T A . TG . C TTTATACAC . A C T . .
blockSeqs : . . A TA . . . . . A T T . . . G T . CA . T TCAG . A T A . .
blockSeqs : . . A TA . . . . . A T T . . . A A . TG . C . . A C C . .
blockSeqs : . . . . . A C . . . . G A . AG . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : **** A********* TGNATCTACAGAAAGG**************** CG****** TA A** CG* TTCGTACACCT**************************
originalCons : AAGACGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCGGGTGTAAATTTCT----GTAC-GCCCTGCTGAAACCGGAGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATG-C-G--ATNTACAC--GC-AAGGT--------TAAAAAT-A----ATGNTGTTTGTTCCTTAGAACATA-TTTGTCAC--A-GATTC-A--T-GTATTGTGA--CGT---C--A--TTAT------TTAC-CCC-A-GCTT--GTAATACATGTAAAAATATNTNANA-T-CG-----AATTTC---CTTA--TTTTNATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCA-TTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATCAAGGGTG-TACG-GGGATT--TACCCCGGGTTGTAT--------TCC--TACA-CA----CT--------TG-CCTGCGGCCTC-------AGGGTGTATGGAATACAACCCGGGGTAAATCCCCGTACACCCTTGANTGG-A-CCTGGATAACTAATANTATT
finalCons : AAGACGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCGGGTGTAAATTTCT----GTAC-GCCCTGCTGAAACCGGAGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATGTGNATCTACAGAAAGG----------------TAAAAAT-A----ATGNTGTTTGTTCCTTAGAACATA-TTTGTCAC--A-GATTC-A--T-GTATTGTGA--CGT---C--A--TTAT------TTAC-CCC-A-GCTT--GTAATACATGTAAAAATATNTNANA-TCG------AATTTC---CTTA--TTTTNATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCA-TTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCGTT---A-TCC--AGGTCCAA--TCAAGGGTG-TACG-GGGATT--TACCCCGGGTTGTATTTCGTACACCT--------------------------CCTGCGGCCTC-------AGGGTGTATGGAATACAACCCGGGGTAAATCCCCGTACACCCTTGANTGG-A-CCTGGATAACTAATANTATT
Alignments
lowQualScore : 111 1111 33333333333 22222222 555555555555555555555555 1111 1 22222 111111 444444444444444444444444 1 1111 11 22222222 11111111 666666666666666666666 1111111
lowQualScore : 6 555 77 5 1 4444 6 2 1 3 11111111111 44444444 1 55 666666666666666666666666 8 7777 1 0 0 0 0 33333 555555 555555555555555555555555 0 1111 33 1 2 0 1 1 666 88888888 777 66 1 33 8 33333333 555 0 3 3 1 4 1 666 3 55 1 555 3 666 55 7 0 0 55 0 888888888888888888888 2 0 1111111 0 1 2 2 4 4 1
lowQualScore : . ... .. . . .... . . . . ........... ........ . .. ........................ . .... . . . . . ..... ...... ........................ . .... .. . . . . . ... ........ ... .. . .. . ........ ... . . . . . . ... . .. . ... . ... .. . . . .. . ..................... . . ....... . . . . . . .
lowQualScore : 3 777 99 3 7 2222 7 2 8 5 33333333333 22222222 0 77 222222222222222222222222 0 0000 0 8 2 0 2 55555 888888 888888888888888888888888 0 2222 88 2 5 8 0 0 888 00000000 888 11 0 33 0 22222222 888 4 3 3 2 1 2 444 6 00 2 555 6 666 00 0 3 9 44 9 444444444444444444444 3 5 8888888 4 3 0 4 0 0 0
consensus : AAGACGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCGGGTGTAAATTTCT----GTAC-GCCCTGCTGAAACCGGAGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATG--------TGCATCTACA--N--A--AAGG-T-AA-------AAAT-A----ATGNTGTTTGTTCCTTAGAACATA-TTTGTCAC--A-GATTC-A--T-GTATTGTGA--CGT---C--A--TTAT------TTAC-CCC-A-GCTT--GTAATACATGTAAAAATATNTNANA-T-CG-----AATTTC---CTTA--TTTTNATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCA-TTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATCAAGGGTG-TACG-GGGATT--TACCCCGGGTTGTATTCC-GTACA-C-----C------T------CCTGCGGCCTC-------AGGGTGTATGGAATACAACCCGGGGTAAATCCCCGTACACCCTTGANTGG-A-CCTGGATAACTAATANTATT
Reference ( family-344 ) : AAGACGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCGGGTGTAAATTTCT----GTAC-GCCCTGCTGAAACCGGAGGTAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATG--------TGNATCTACA--G--A--AAGG-T-AA-------AAAT-A----ATGNTGTTTGTTCCTTAGAACATA-TTTGTCAC--A-GATTC-A--T-GTATTGTGA--CGT---C--A--TTAT------TTAC-CCC-A-GCTT--GTAATACATGTAAAAATATNTNANA-T-CG-----AATTTC---CTTA--TTTTNATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCA-TTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATCAAGGGTG-TACG-GGGATT--TACCCCGGGTTGTATTTC-GTACA-C-----C------T------CCTGCGGCCTC-------AGGGTGTATGGAATACAACCCGGGGTAAATCCCCGTACACCCTTGANTGG-A-CCTGGATAACTAATANTATT
gi|1 : AAGACTAGTTTTGATTGGTTAACA---AG--ATGGGTGTAAATTTCTATCCGTAC-ACCCTGTTGAAACCAGCAGCAAAAAAATGTTACATTGTGATGTCGCAATGCATTG--------TGCAT-------G--C--AAGG-TTAA-------AAAT-A----ATGGCAATTGTTCTGTAGAAGGTA-TTTGTCAC--A-ATTCC-A--T-GTATAGTGA--CATTAAC--A--TTAT------ATATAATC-A-GCTT--ATTATACATGTAAA---ATATCAGA-TGTG-----AA-TTC---CTTA--TTTTGACCACAAAA-------------------TA---ATATCA-TTT-GATTACAT-----ACAAG-----T---A-TCC--AGACCCACTCTCTAGGGTG-TAC--TGGCTT--TACCCTGGGCTGTATGCC-ATACA-C-------------------TCTACAGCCT---------GAGTGTATGGAACACATCCTGGGGTCAAT-TTTGTACACACTCGAGTGG-A-GTTGGATAACTTAT
gi|10 : gaaaaaaatatatggacaaacttataaacattaattcctgtgtagcttgtTATACAGGAAATAAATTCGCT---A-TCC--AGACCAA--ATCAAAGCTG-TACG-GGGATT--TACCATGGACTGTATTTC-ATACA-T-----CATTTGAT------CTT-TGGCCTC-------A-GCTGTATGGAATCCAACACGGTATAAATCTCCATACACCCTTAAATGT-A-CCTGGATAATTAATGGTATcacagttattctgtagtttgggtttatga
gi|11 : --------ACATGAATTTATATCA-TTT-CGTTACATATGAAATTAATTAGTT---A-CCC--AGGTCCA--GTCAAAAGTG-TTCA-GAGATT--TACCCTGGGTTTTATTTT-ATACA-C-------------------CCTGAGGCTTCCGTCTAAAGGATGT----AATACAATTCAAGGGGAATCCCCACACACCCTTGACTGG-A-CATGGATAAccagaccacatgataaataac
gi|12 : tctg------CCTGCAGTGAC-------AGGATGTATGGAACACAATTCAAGGTAAAGTCCCATACACCCTTAATTGG-A-CCCAAATAACTAATACTGTtca
gi|12 : ttatgcagttatgtgtTTTC---CTAA--TTTTTATCAGTAAAAAAATT--------ACACATA---ATATAA-TTT-GGGTACATAAG--ATAAActgttgtttatcttatgtacccaaattatattatgtgtaatttttttactgataaaaattaggaaa
gi|13 : ttatgcagttatgtgtacagtattagttatttgggtccaattaagggtgtatgggactttaccttgaattgtgttccatacatcctgtcactgcaggctgttg-TC--------ACATGTA---ACATAA-TTT-GCTCGCATAGGAATTAACTTCGTC---A-TCT--AGGTTCA--AT-AAATGTG-CGTG-GGGATTTATACCATGGGTTTTAT------------------------------------GTCTC-------AGGGTGTATGAAATACAACCCGGGTTAGATCCTCGCATAC
gi|14 : gAAGATGAGTTCTGATTGGTTAACA---AG--CCAAGGATAAA
gi|15 : aaaatattcatagacatactgtgtaatttatttcctttatatcttgtGCA---ATGCCA-TTTTGGTTACATAGGA-----------------TCT--CAGTTCA--GTCAAGAGTA-TATG-GGGATT--TATCTTAGGGTGTATT
gi|16 : CCC-------ATGGTGTATGGAATAAAACCTGGGGTAAATCCCTAT---CC----------A-CCTGGATAACTAATAATAT
gi|2 : AAGACAACTTCTGATTGGTTAATA---AG--CCTGGTATAAAATCCC----ATCC-ACCCTGCTAAAACCAAAGGAAAATAAA---------GTGATGTCACAATGCAATT--------TAAATATACA--GGCA--AAG-----A-------AAAT-A----ATGTTGTTTGTCTCCTAGAATATA-TTTGTCACTTATGATTA-AAGT-GTATTGTAAGTCCC---C--A--TTAT------TTAC-CTC-ACTCTT--GTAAAACAAGTAAAAATCTTTAATACT-TT-----AATTTC---CTTA--TTTCAATAACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATATCATTTT-GGTTACACAGGAAATGAATTTGTT---A-TCC--AGGTCCA--ATTAAGGGAG-TATG-GAGATT--TACTCTGGGTTGTATTCC-TTATA-CTAG--C------TCCTCTGCCTGCGGCCTC-------TGGAGATATAGAATACAACCTGGGAT-AATCCCTATACACTCTTTAGTGG-ACCCTGTATAACTAATATTATT
gi|3 : AGATAAATTGTGATTGTTTAAAG---AG--CTGGGTGTAAATTTCT----GTAT-GCCTTGCTGAAATTGGAGGTAAATAAA---------GAGATATCACAATGCAATG--------TGCATCTACACTT--A--AAGGTT-AA-------AAAT-A----a
gi|3 : atattcagaacttgaaccctgaatcttaactttttgtcagatattgatcttgcctctatagcaagcaatatacaacataaatacacttaatatttcctatgtaccttgtgTTTC---CTAA--TTTTTATCAGTAAAAAAATT--------ACACATA---ATATAA-TTT-GGGTACATtgcatgtatacaaagtaagaaaataaaatcccataattccaaaggtataattatcataaaactaacaaatataaaattaaatcaaacaaaataaatcaattagggccatggcctaaatgaacttctttttcctaatttttatcagtaaaaaaattacacataatataatttgggtacat
gi|4 : atattcagaacttgaaccctgaatcttaactttttgtcagatattgatcttgcctctatagcaagcaatatacaacataaatacacttaatatttcctatgtaccttgtgagataaattgtgattgtttaaagagctgggtgtaaatttctgtatgccttgctgaaattggaggtaaataaagagatatcacaatgcaatgtgcatctacacttaaaggttaaaaatatgcatgtatacaaagtaagaaaataaaatcccataattccaaaggtataattatcataaaactaacaaatataaaattaaatcaaacaaaataaatcaattagggccatggcctaaatgaacttcttTACAGCCTC-------AGGATGTATGGAATACAACCCAGGGTAAATTCCTGTACACCCTTGAATGG-A-TCTGGATTACTAA
gi|4 : tttAAGACAAGTTCTGATTGATTAACA---AG--CTGGGTG---GTTTCT----GTAC-ACCCTTCTGAAGCTAGAG-----TAAG---------GTGATGTCACATTGCAATGACATTATGTGCATCTACA-----A--CATG-T-CACACACACAAAT-ATTTAATGCTGTTTTTTCTTTAAAACATA-TTTATAA---A-GATTC-A--TTGTATTGGGC--TGT---TCAA--ATCT------TTAC-CCCTA-ACTT--GTGATACATGTAAAAATATAGAAAA-T-C------AATTTC---CTTA--TTTTCTTTTTAAAATTA-TT--------ACAAGTA---ATATCA-TCT-CATTATATAAGAA--AAATTTG-T---A-TAC--AG--CC----TC-AGGATG-TAT--GGAATA--CAACCCAGGGTAAATTCCTGTACA-C-----C------tacaaatttttcttatataatgagatgatattacttgtaataattttaaaaagaaaataaggaaattgattttctatatttttacatgtatcacaagttaggggtaaagatttgaacagcccaatacaatgaatctttataaatatgttttaaagaaaaaacagcattaaatatttgtgtgtgtgacatgttgtagatgcacataatgtcattgcaatgtgacatcaccttactctagcttcagaagggtgtacagaaaccacccagcttgttaatcaatcagaacttgtcttacaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|5 : tttttagtaatccagatccattcaagTGATTGGTTAGCATTAAG--CCATATGTAAATTTTT----GTAT-GCCTGGCTGAATTCGGAGGTAAA-------------GTGACATCACAATGCAGTG---------GTATCTACA--C--AGTAAGGAT-AA-------AAATGA----ATAGTATCTGTTTCTTAGAACATAATTTTTCCA--A-GATTCGA--T-GTATTGTAA--TGT---C--ACATTACCGATAATTAC-CCC-A-GCTTCTATAATGCAT---AAAATATGTCAT--T-CG-----AATTTT---ATTAAATTTTGATTACTAAATGA-TTTAACACTTACAT-TA---ATAT----TT-GGCTACATAGAAAATATATTTGTT---A-TCC--ATTTCCA--ATCGAGGGTG-CACA-GGAATT--TTCCTTGGATTA---TTC-ATACA-C-----acaagaaataaattactacatttaggatttatt
gi|6 : agccatatgtaagagAAAAATGTTTTAAA-T-CACACACAATATCTGACTTA--TCTTAATCACTAAATTG-TT--------ATATGTG---ATATCA-TTT-GGTTACATAGG-AATGAATGTATT---A-TCC--ATGTCCA--TTTATGGGTG-TATG-AGGATT--TACCTCAGGTCGGATTCT-GTACA-CACAATC------TGG----CCCATAGCCTT-------AGGGTGTATGGAATAAAGCCAGAGGTAAATCCTTGTACAGCCTCGGTTAG-A-CGTGGGTAGCTCATTCTATtctg
gi|7 : taacatcacTTT---CTTA--ATTCAATCACTAAATAA-TT--------ACATGTA---ATAACA-TTT-GGTTACATGGGAAATAAATTTGTTATGA-TCC--AAAGCCA--ATCAAGAAAGATATGTGAGA----CACCCAACGTTGTATGTC-GTTCATC-----C------TACAC--CCTGCGGTCTC-------CGAATGTATGGACTACAAT----AGTA-----TTGT---CCCTTGAATGG-A-CCTGAATCACTAATAActgtggtgt
gi|8 : tttaAAGACTAGTTTTGATTGGTTGACAC--AGTACT---TGAAAATTTCT----GTGCAGCCCTGTTGAAACCTATGGTAAATA--------------ATGTGACAAT---ATA--------TGCATC-ACA--
gi|9 : gaatTTTGATA-T-GG-----AATACC---CTTA--TTTTAATCGCTAAATAA-TT--------TCATGTT---ATATCA-TTT-GGTTACATAGGAAATAAATTCTTT---AATCTTGAAGTTCA--ATGAAGGATG-TAAG-GGGATT--TACTC------ATATTCA-GT-------------------------CTGCAGCTTC-------AGTGTGTATG---TACAACCTAGGACA-----CCATACA-TCTTG-CTGGAA-CCTTGATAACTAacaagttacatgggaaataagtactgtaaatttatttctgtgttattttgcattctaaagagtctcctacaaaaatgccaagaaaatacaaatttttaata