lowQualScore : 22
lowQualScore : 3 1 1 22 44444 33 88 22 3 5 1 1 22 4
lowQualScore : . . . .. ..... .. .. .. . . . . .. .
lowQualScore : 6 7 7 22 00000 00 66 33 6 5 8 9 66 7
consensus : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGCA-A--CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
Reference ( gi|12 ) : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC--A--CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
gi|22 : AGCAACG-CAAGCGT---GC--ATCCC-----CTTGCA-A--CA--CAAA-A-T-
gi|16 : aGTAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCT-----CTTGCA-A--CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATGGagt
gi|13 : gGCAACT-CAAGCGT-A-GC--AT-CC-----CTCGCA-A--CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATTGTC
gi|5 : agGCAATG-CAAGCATTA-GC--ATCCC-----CTCGCA-A--CA--CAAG-ATT-T-TT--TAAACA-ATAGCCA
gi|21 : gGCAATG-CAAGTGA-A-GC--ATCCC-----CTCGCA-A--CA--CATG-A-T-T-TT--TAat
gi|10 : agGCAACC-CAAGCGT-A-GT--ATTCC-----CTCGCA-A--CA--CAAT-T-T-T-TT--TTAACA---AGTCA
gi|6 : agGCAACG-CAAGCGT-A-GCGAATCCT-----C-GGA--A--CA---AAG-A-TAT-TT--GAAACA-ATAGTCAgt
gi|1 : agGCAACG-TCAGCGT-A-GC--AT-CC-----CTCGC--AATCA--CAAG-A-T-T-TT--tag
gi|20 : agGCAACA-CAAGCTT-A-GC--ATCCCCTTATCTTGCA-A--CA--CAAG-A-T-T-GT--Tctatatatacatgacaatagt
gi|2 : agGCAACA-CA-GTGT-A-GA--AATGC-----CTCCC--A--CA--CAAA-A---T-TT--TAAACACATAGTCA
gi|26 : acagGCAACG-CAAGCGT-A-GC--AACCT-----CTCAC--A--atag
gi|24 : agGCAATG-CAAGCGT-A-GC--ATCTC-----CTTTCA-A--CA--Cac
gi|15 : aacaagCAACG-GAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGCA-A--CA--CAAG-A-C-T-TT--TAAACA-ATAGTC
gi|7 : CAATG-CAAGCGT-C-GC--ATCCC-----TTCAC--AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
gi|11 : gaCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----C-CGCAAA--CG--CAAG-A-T-T-TA--T-AACA-ATAGTCAat
gi|3 : CAACA-CAAGCAT-A-GC--ATCCT-----GTCAC--A--AA--AAAG-A-T-T-TT--TAGGCA-ATAGTCAatag
gi|14 : aaaaaggtCACCG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGCA-A--CA--CAAG-C-C-T-CTTGTAAACA-AT
gi|23 : aagcCAACG-CAAGCGT-A-AC--ATTCC-----CTTGCA-A--CA--CAA
gi|9 : acaagaAACGGCAAGCGT-A-GC--ATCCG-----CGCG---A--TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGT
gi|8 : aggcaAACGGCAAGCGT-A-GC--ATCCG-----CGCG---A--TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTt
gi|18 : aggca-CAAGTGT-A-GC--ATCCC-----CTCTC--AA-CC--CAAG-A-G-T-TT--TAAACA-ATAGTCAt
gi|17 : a-CAAGCAT-A-GC--ATCCC-----CTTGCA-A--CC--CCAA-A-T-T-TA--TCAACA-ATAGTCAat
gi|25 : aAAACGT-A-GC--ATCCC-----CTCGCA-A--GA--CAAG-A-T-T-TT--Tata
gi|4 : AGCGT-AAGC--ATCCC------TCGC--AA-CATGCAAG-A-T-TCTT--TAAACAGATAGCCA
gi|19 : --ATCCC-----CTCGC--AA-CA--AAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGatgataggct
Alignments
lowQualScore : 3 1 1 22 33333 1 1 22 3 5 1 1 22 4
lowQualScore : . . . .. ..... . . .. . . . . .. .
lowQualScore : 5 6 6 11 88888 5 5 22 5 2 7 8 55 4
consensus : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
Reference ( family-34 ) : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
gi|1 : GCAACG-TCAGCGT-A-GC--AT-CC-----CTCGC-AATCA--CAAG-A-T-T-TT--
gi|10 : agGCAACC-CAAGCGT-A-GT--ATTCC-----CTCGC-AA-CA--CAAT-T-T-T-TT--TTAACA---AGTCActatatatacatgacaatagt
gi|11 : agCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----C-CGCAAA-CG--CAAG-A-T-T-TA--T-AACA-ATAGTCAgt
gi|12 : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC--A-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCAatag
gi|13 : GCAACT-CAAGCGT-A-GC--ATCCC------TCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATTGTC
gi|14 : agCACCG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-C-C-T-CTTGTAAACA-AT
gi|15 : aagcCAACG-GAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-C-T-TT--TAAACA-ATAGTC
gi|16 : GTAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCT-----CTTGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATGG
gi|17 : g-CAAGCAT-A-GC--ATCCC-----CTTGC-AA-CC--CCAA-A-T-T-TA--TCAACA-ATAGTCA
gi|18 : a-CAAGTGT-A-GC--ATCCC-----CTCTC-AA-CC--CAAG-A-G-T-TT--TAAACA-ATAGTCAata
gi|19 : a--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--AAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGat
gi|2 : aggcaatctGCAACA-CA-GTGT-A-GA--AATGC-----CTCCC-A--CA--CAAA-A-T-T-TT---AAACACATAGTCActaat
gi|20 : acagGCAACA-CAAGCTT-A-GC--ATCCCCTTATCTTGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-GT--Tatag
gi|21 : agGCAATG-CAAGTGA-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CATG-A-T-T-TT--TA
gi|22 : agAGCAACG-CAAGCGT---GC--ATCCC-----CTTGC-AA-CA--CAAA-A-T-
gi|23 : aCAACG-CAAGCGT-A-AC--ATTCC-----CTTGC-AA-CA--CAAagt
gi|24 : acaagaGCAATG-CAAGCGT-A-GC--ATCTC-----CTTTC-AA-CA--C
gi|25 : aacaagAAACGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-GA--CAAG-A-T-T-TT--T
gi|26 : GCAACG-CAAGCGT-A-GC--AACCT-----CTCAC-AA-C
gi|3 : agCAACA-CAAGCAT-A-GC--ATCCT-----GTCAC-AA--A--AAAG-A-T-T-TT--TAGGCA-ATAGTCA
gi|4 : aaaaaggtAGCGT-AAGC--ATCCC------TCGC-AA-CATGCAAG-A-T-TCTT--TAAACAGATAGCCA
gi|5 : GCAATG-CAAGCATTA-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-ATT-T-TT--TAAACA-ATAGCCAatgataggct
gi|6 : gGCAACG-CAAGCGT-A-GCGAAT--C-----CTCGG-AA-CA---AAG-A-TAT-TT--GAAACA-ATAGTCAat
gi|7 : agCAATG-CAAGCGT-C-GC--ATCCC-----TTCAC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCAtag
gi|8 : gaAACGGCAAGCGT-A-GC--AT--C-----CGCGC-GA-TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTat
gi|9 : aggcaAACGGCAAGCGT-A-GC--AT--C-----CGCGC-GA-TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTt
Alignments
lowQualScore : 3 1 1 22 33333 1 1 22 3 5 1 1 22 4
lowQualScore : . . . .. ..... . . .. . . . . .. .
lowQualScore : 5 6 6 11 88888 5 5 22 5 2 7 8 55 4
consensus : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
Reference ( family-34 ) : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
gi|1 : GCAACG-TCAGCGT-A-GC--AT-CC-----CTCGC-AATCA--CAAG-A-T-T-TT--
gi|10 : agGCAACC-CAAGCGT-A-GT--ATTCC-----CTCGC-AA-CA--CAAT-T-T-T-TT--TTAACA---AGTCActatatatacatgacaatagt
gi|11 : agCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----C-CGCAAA-CG--CAAG-A-T-T-TA--T-AACA-ATAGTCAgt
gi|12 : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC--A-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCAatag
gi|13 : GCAACT-CAAGCGT-A-GC--ATCCC------TCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATTGTC
gi|14 : agCACCG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-C-C-T-CTTGTAAACA-AT
gi|15 : aagcCAACG-GAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-C-T-TT--TAAACA-ATAGTC
gi|16 : GTAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCT-----CTTGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATGG
gi|17 : g-CAAGCAT-A-GC--ATCCC-----CTTGC-AA-CC--CCAA-A-T-T-TA--TCAACA-ATAGTCA
gi|18 : a-CAAGTGT-A-GC--ATCCC-----CTCTC-AA-CC--CAAG-A-G-T-TT--TAAACA-ATAGTCAata
gi|19 : a--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--AAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGat
gi|2 : aggcaatctGCAACA-CA-GTGT-A-GA--AATGC-----CTCCC-A--CA--CAAA-A-T-T-TT---AAACACATAGTCActaat
gi|20 : acagGCAACA-CAAGCTT-A-GC--ATCCCCTTATCTTGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-GT--Tatag
gi|21 : agGCAATG-CAAGTGA-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CATG-A-T-T-TT--TA
gi|22 : agAGCAACG-CAAGCGT---GC--ATCCC-----CTTGC-AA-CA--CAAA-A-T-
gi|23 : aCAACG-CAAGCGT-A-AC--ATTCC-----CTTGC-AA-CA--CAAagt
gi|24 : acaagaGCAATG-CAAGCGT-A-GC--ATCTC-----CTTTC-AA-CA--C
gi|25 : aacaagAAACGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-GA--CAAG-A-T-T-TT--T
gi|26 : GCAACG-CAAGCGT-A-GC--AACCT-----CTCAC-AA-C
gi|3 : agCAACA-CAAGCAT-A-GC--ATCCT-----GTCAC-AA--A--AAAG-A-T-T-TT--TAGGCA-ATAGTCA
gi|4 : aaaaaggtAGCGT-AAGC--ATCCC------TCGC-AA-CATGCAAG-A-T-TCTT--TAAACAGATAGCCA
gi|5 : GCAATG-CAAGCATTA-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-ATT-T-TT--TAAACA-ATAGCCAatgataggct
gi|6 : gGCAACG-CAAGCGT-A-GCGAAT--C-----CTCGG-AA-CA---AAG-A-TAT-TT--GAAACA-ATAGTCAat
gi|7 : agCAATG-CAAGCGT-C-GC--ATCCC-----TTCAC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCAtag
gi|8 : gaAACGGCAAGCGT-A-GC--AT--C-----CGCGC-GA-TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTat
gi|9 : aggcaAACGGCAAGCGT-A-GC--AT--C-----CGCGC-GA-TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTt
blockSeqs : G T A GA CTTAT A . TG T T A C TG C
blockSeqs : G . . . . . . . T T . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
finalCons : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
Alignments
lowQualScore : 3 1 1 22 33333 1 1 22 3 5 1 1 22 4
lowQualScore : . . . .. ..... . . .. . . . . .. .
lowQualScore : 5 6 6 11 88888 5 5 22 5 2 7 8 55 4
consensus : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
Reference ( family-34 ) : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
gi|1 : GCAACG-TCAGCGT-A-GC--AT-CC-----CTCGC-AATCA--CAAG-A-T-T-TT--
gi|10 : agGCAACC-CAAGCGT-A-GT--ATTCC-----CTCGC-AA-CA--CAAT-T-T-T-TT--TTAACA---AGTCActatatatacatgacaatagt
gi|11 : agCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----C-CGCAAA-CG--CAAG-A-T-T-TA--T-AACA-ATAGTCAgt
gi|12 : AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC--A-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCAatag
gi|13 : GCAACT-CAAGCGT-A-GC--ATCCC------TCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATTGTC
gi|14 : agCACCG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-C-C-T-CTTGTAAACA-AT
gi|15 : aagcCAACG-GAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-C-T-TT--TAAACA-ATAGTC
gi|16 : GTAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCT-----CTTGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATGG
gi|17 : g-CAAGCAT-A-GC--ATCCC-----CTTGC-AA-CC--CCAA-A-T-T-TA--TCAACA-ATAGTCA
gi|18 : a-CAAGTGT-A-GC--ATCCC-----CTCTC-AA-CC--CAAG-A-G-T-TT--TAAACA-ATAGTCAata
gi|19 : a--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--AAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGat
gi|2 : aggcaatctGCAACA-CA-GTGT-A-GA--AATGC-----CTCCC-A--CA--CAAA-A-T-T-TT---AAACACATAGTCActaat
gi|20 : acagGCAACA-CAAGCTT-A-GC--ATCCCCTTATCTTGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-GT--Tatag
gi|21 : agGCAATG-CAAGTGA-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CATG-A-T-T-TT--TA
gi|22 : agAGCAACG-CAAGCGT---GC--ATCCC-----CTTGC-AA-CA--CAAA-A-T-
gi|23 : aCAACG-CAAGCGT-A-AC--ATTCC-----CTTGC-AA-CA--CAAagt
gi|24 : acaagaGCAATG-CAAGCGT-A-GC--ATCTC-----CTTTC-AA-CA--C
gi|25 : aacaagAAACGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-GA--CAAG-A-T-T-TT--T
gi|26 : GCAACG-CAAGCGT-A-GC--AACCT-----CTCAC-AA-C
gi|3 : agCAACA-CAAGCAT-A-GC--ATCCT-----GTCAC-AA--A--AAAG-A-T-T-TT--TAGGCA-ATAGTCA
gi|4 : aaaaaggtAGCGT-AAGC--ATCCC------TCGC-AA-CATGCAAG-A-T-TCTT--TAAACAGATAGCCA
gi|5 : GCAATG-CAAGCATTA-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-ATT-T-TT--TAAACA-ATAGCCAatgataggct
gi|6 : gGCAACG-CAAGCGT-A-GCGAAT--C-----CTCGG-AA-CA---AAG-A-TAT-TT--GAAACA-ATAGTCAat
gi|7 : agCAATG-CAAGCGT-C-GC--ATCCC-----TTCAC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCAtag
gi|8 : gaAACGGCAAGCGT-A-GC--AT--C-----CGCGC-GA-TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTat
gi|9 : aggcaAACGGCAAGCGT-A-GC--AT--C-----CGCGC-GA-TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTt