lowQualScore                  :                                            22                                    
lowQualScore                  :              3       1 1  22     44444     33 88  22    3 5 1 1  22      4       
lowQualScore                  :              .       . .  ..     .....     .. ..  ..    . . . .  ..      .       
lowQualScore                  :              6       7 7  22     00000     00 66  33    6 5 8 9  66      7       
consensus                     :       AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGCA-A--CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
Reference ( gi|12 )           :       AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC--A--CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
gi|22                         :       AGCAACG-CAAGCGT---GC--ATCCC-----CTTGCA-A--CA--CAAA-A-T-
gi|16                         :       aGTAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCT-----CTTGCA-A--CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATGGagt
gi|13                         :       gGCAACT-CAAGCGT-A-GC--AT-CC-----CTCGCA-A--CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATTGTC
gi|5                          :      agGCAATG-CAAGCATTA-GC--ATCCC-----CTCGCA-A--CA--CAAG-ATT-T-TT--TAAACA-ATAGCCA
gi|21                         :       gGCAATG-CAAGTGA-A-GC--ATCCC-----CTCGCA-A--CA--CATG-A-T-T-TT--TAat
gi|10                         :      agGCAACC-CAAGCGT-A-GT--ATTCC-----CTCGCA-A--CA--CAAT-T-T-T-TT--TTAACA---AGTCA
gi|6                          :      agGCAACG-CAAGCGT-A-GCGAATCCT-----C-GGA--A--CA---AAG-A-TAT-TT--GAAACA-ATAGTCAgt
gi|1                          :      agGCAACG-TCAGCGT-A-GC--AT-CC-----CTCGC--AATCA--CAAG-A-T-T-TT--tag
gi|20                         :      agGCAACA-CAAGCTT-A-GC--ATCCCCTTATCTTGCA-A--CA--CAAG-A-T-T-GT--Tctatatatacatgacaatagt
gi|2                          :      agGCAACA-CA-GTGT-A-GA--AATGC-----CTCCC--A--CA--CAAA-A---T-TT--TAAACACATAGTCA
gi|26                         :    acagGCAACG-CAAGCGT-A-GC--AACCT-----CTCAC--A--atag
gi|24                         :      agGCAATG-CAAGCGT-A-GC--ATCTC-----CTTTCA-A--CA--Cac
gi|15                         :   aacaagCAACG-GAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGCA-A--CA--CAAG-A-C-T-TT--TAAACA-ATAGTC
gi|7                          :         CAATG-CAAGCGT-C-GC--ATCCC-----TTCAC--AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
gi|11                         :       gaCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----C-CGCAAA--CG--CAAG-A-T-T-TA--T-AACA-ATAGTCAat
gi|3                          :         CAACA-CAAGCAT-A-GC--ATCCT-----GTCAC--A--AA--AAAG-A-T-T-TT--TAGGCA-ATAGTCAatag
gi|14                         : aaaaaggtCACCG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGCA-A--CA--CAAG-C-C-T-CTTGTAAACA-AT
gi|23                         :     aagcCAACG-CAAGCGT-A-AC--ATTCC-----CTTGCA-A--CA--CAA
gi|9                          :    acaagaAACGGCAAGCGT-A-GC--ATCCG-----CGCG---A--TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGT
gi|8                          :     aggcaAACGGCAAGCGT-A-GC--ATCCG-----CGCG---A--TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTt
gi|18                         :         aggca-CAAGTGT-A-GC--ATCCC-----CTCTC--AA-CC--CAAG-A-G-T-TT--TAAACA-ATAGTCAt
gi|17                         :             a-CAAGCAT-A-GC--ATCCC-----CTTGCA-A--CC--CCAA-A-T-T-TA--TCAACA-ATAGTCAat
gi|25                         :               aAAACGT-A-GC--ATCCC-----CTCGCA-A--GA--CAAG-A-T-T-TT--Tata
gi|4                          :                 AGCGT-AAGC--ATCCC------TCGC--AA-CATGCAAG-A-T-TCTT--TAAACAGATAGCCA
gi|19                         :                           --ATCCC-----CTCGC--AA-CA--AAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGatgataggct





Alignments
lowQualScore                  :                3       1 1  22     33333     1  1  22    3 5 1 1  22      4       
lowQualScore                  :                .       . .  ..     .....     .  .  ..    . . . .  ..      .       
lowQualScore                  :                5       6 6  11     88888     5  5  22    5 2 7 8  55      4       
consensus                     :         AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
Reference ( family-34 )       :         AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
gi|1                          :          GCAACG-TCAGCGT-A-GC--AT-CC-----CTCGC-AATCA--CAAG-A-T-T-TT--
gi|10                         :        agGCAACC-CAAGCGT-A-GT--ATTCC-----CTCGC-AA-CA--CAAT-T-T-T-TT--TTAACA---AGTCActatatatacatgacaatagt
gi|11                         :         agCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----C-CGCAAA-CG--CAAG-A-T-T-TA--T-AACA-ATAGTCAgt
gi|12                         :         AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC--A-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCAatag
gi|13                         :          GCAACT-CAAGCGT-A-GC--ATCCC------TCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATTGTC
gi|14                         :         agCACCG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-C-C-T-CTTGTAAACA-AT
gi|15                         :       aagcCAACG-GAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-C-T-TT--TAAACA-ATAGTC
gi|16                         :          GTAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCT-----CTTGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATGG
gi|17                         :               g-CAAGCAT-A-GC--ATCCC-----CTTGC-AA-CC--CCAA-A-T-T-TA--TCAACA-ATAGTCA
gi|18                         :               a-CAAGTGT-A-GC--ATCCC-----CTCTC-AA-CC--CAAG-A-G-T-TT--TAAACA-ATAGTCAata
gi|19                         :                            a--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--AAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGat
gi|2                          : aggcaatctGCAACA-CA-GTGT-A-GA--AATGC-----CTCCC-A--CA--CAAA-A-T-T-TT---AAACACATAGTCActaat
gi|20                         :      acagGCAACA-CAAGCTT-A-GC--ATCCCCTTATCTTGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-GT--Tatag
gi|21                         :        agGCAATG-CAAGTGA-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CATG-A-T-T-TT--TA
gi|22                         :       agAGCAACG-CAAGCGT---GC--ATCCC-----CTTGC-AA-CA--CAAA-A-T-
gi|23                         :          aCAACG-CAAGCGT-A-AC--ATTCC-----CTTGC-AA-CA--CAAagt
gi|24                         :    acaagaGCAATG-CAAGCGT-A-GC--ATCTC-----CTTTC-AA-CA--C
gi|25                         :            aacaagAAACGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-GA--CAAG-A-T-T-TT--T
gi|26                         :          GCAACG-CAAGCGT-A-GC--AACCT-----CTCAC-AA-C
gi|3                          :         agCAACA-CAAGCAT-A-GC--ATCCT-----GTCAC-AA--A--AAAG-A-T-T-TT--TAGGCA-ATAGTCA
gi|4                          :           aaaaaggtAGCGT-AAGC--ATCCC------TCGC-AA-CATGCAAG-A-T-TCTT--TAAACAGATAGCCA
gi|5                          :          GCAATG-CAAGCATTA-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-ATT-T-TT--TAAACA-ATAGCCAatgataggct
gi|6                          :         gGCAACG-CAAGCGT-A-GCGAAT--C-----CTCGG-AA-CA---AAG-A-TAT-TT--GAAACA-ATAGTCAat
gi|7                          :         agCAATG-CAAGCGT-C-GC--ATCCC-----TTCAC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCAtag
gi|8                          :          gaAACGGCAAGCGT-A-GC--AT--C-----CGCGC-GA-TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTat
gi|9                          :       aggcaAACGGCAAGCGT-A-GC--AT--C-----CGCGC-GA-TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTt





Alignments
lowQualScore                  :                3       1 1  22     33333     1  1  22    3 5 1 1  22      4       
lowQualScore                  :                .       . .  ..     .....     .  .  ..    . . . .  ..      .       
lowQualScore                  :                5       6 6  11     88888     5  5  22    5 2 7 8  55      4       
consensus                     :         AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
Reference ( family-34 )       :         AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
gi|1                          :          GCAACG-TCAGCGT-A-GC--AT-CC-----CTCGC-AATCA--CAAG-A-T-T-TT--
gi|10                         :        agGCAACC-CAAGCGT-A-GT--ATTCC-----CTCGC-AA-CA--CAAT-T-T-T-TT--TTAACA---AGTCActatatatacatgacaatagt
gi|11                         :         agCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----C-CGCAAA-CG--CAAG-A-T-T-TA--T-AACA-ATAGTCAgt
gi|12                         :         AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC--A-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCAatag
gi|13                         :          GCAACT-CAAGCGT-A-GC--ATCCC------TCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATTGTC
gi|14                         :         agCACCG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-C-C-T-CTTGTAAACA-AT
gi|15                         :       aagcCAACG-GAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-C-T-TT--TAAACA-ATAGTC
gi|16                         :          GTAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCT-----CTTGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATGG
gi|17                         :               g-CAAGCAT-A-GC--ATCCC-----CTTGC-AA-CC--CCAA-A-T-T-TA--TCAACA-ATAGTCA
gi|18                         :               a-CAAGTGT-A-GC--ATCCC-----CTCTC-AA-CC--CAAG-A-G-T-TT--TAAACA-ATAGTCAata
gi|19                         :                            a--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--AAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGat
gi|2                          : aggcaatctGCAACA-CA-GTGT-A-GA--AATGC-----CTCCC-A--CA--CAAA-A-T-T-TT---AAACACATAGTCActaat
gi|20                         :      acagGCAACA-CAAGCTT-A-GC--ATCCCCTTATCTTGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-GT--Tatag
gi|21                         :        agGCAATG-CAAGTGA-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CATG-A-T-T-TT--TA
gi|22                         :       agAGCAACG-CAAGCGT---GC--ATCCC-----CTTGC-AA-CA--CAAA-A-T-
gi|23                         :          aCAACG-CAAGCGT-A-AC--ATTCC-----CTTGC-AA-CA--CAAagt
gi|24                         :    acaagaGCAATG-CAAGCGT-A-GC--ATCTC-----CTTTC-AA-CA--C
gi|25                         :            aacaagAAACGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-GA--CAAG-A-T-T-TT--T
gi|26                         :          GCAACG-CAAGCGT-A-GC--AACCT-----CTCAC-AA-C
gi|3                          :         agCAACA-CAAGCAT-A-GC--ATCCT-----GTCAC-AA--A--AAAG-A-T-T-TT--TAGGCA-ATAGTCA
gi|4                          :           aaaaaggtAGCGT-AAGC--ATCCC------TCGC-AA-CATGCAAG-A-T-TCTT--TAAACAGATAGCCA
gi|5                          :          GCAATG-CAAGCATTA-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-ATT-T-TT--TAAACA-ATAGCCAatgataggct
gi|6                          :         gGCAACG-CAAGCGT-A-GCGAAT--C-----CTCGG-AA-CA---AAG-A-TAT-TT--GAAACA-ATAGTCAat
gi|7                          :         agCAATG-CAAGCGT-C-GC--ATCCC-----TTCAC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCAtag
gi|8                          :          gaAACGGCAAGCGT-A-GC--AT--C-----CGCGC-GA-TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTat
gi|9                          :       aggcaAACGGCAAGCGT-A-GC--AT--C-----CGCGC-GA-TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTt


blockSeqs                     :                G       T A  GA     CTTAT     A  .  TG    T T A C  TG      C
blockSeqs                     :                G       . .  .      .         .  .  .     T T . .  .       G
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . T . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .       .
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .        
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .        
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .        
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . . .  .        
blockSeqs                     :                .       . .  .      .         .  .  .     . . .             
blockSeqs                     :                        . .  .      .         .  .  .                       
blockSeqs                     :                        . .  .      .         .  .  .                       
blockSeqs                     :                             .      .         .  .                          


blockSeqCons                  :         
originalCons                  :         AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
finalCons                     :         AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA





Alignments
lowQualScore                  :                3       1 1  22     33333     1  1  22    3 5 1 1  22      4       
lowQualScore                  :                .       . .  ..     .....     .  .  ..    . . . .  ..      .       
lowQualScore                  :                5       6 6  11     88888     5  5  22    5 2 7 8  55      4       
consensus                     :         AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
Reference ( family-34 )       :         AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCA
gi|1                          :          GCAACG-TCAGCGT-A-GC--AT-CC-----CTCGC-AATCA--CAAG-A-T-T-TT--
gi|10                         :        agGCAACC-CAAGCGT-A-GT--ATTCC-----CTCGC-AA-CA--CAAT-T-T-T-TT--TTAACA---AGTCActatatatacatgacaatagt
gi|11                         :         agCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----C-CGCAAA-CG--CAAG-A-T-T-TA--T-AACA-ATAGTCAgt
gi|12                         :         AGCAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC--A-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCAatag
gi|13                         :          GCAACT-CAAGCGT-A-GC--ATCCC------TCGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATTGTC
gi|14                         :         agCACCG-CAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-C-C-T-CTTGTAAACA-AT
gi|15                         :       aagcCAACG-GAAGCGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-A-C-T-TT--TAAACA-ATAGTC
gi|16                         :          GTAACG-CAAGCGT-A-GC--ATCCT-----CTTGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATGG
gi|17                         :               g-CAAGCAT-A-GC--ATCCC-----CTTGC-AA-CC--CCAA-A-T-T-TA--TCAACA-ATAGTCA
gi|18                         :               a-CAAGTGT-A-GC--ATCCC-----CTCTC-AA-CC--CAAG-A-G-T-TT--TAAACA-ATAGTCAata
gi|19                         :                            a--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--AAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGat
gi|2                          : aggcaatctGCAACA-CA-GTGT-A-GA--AATGC-----CTCCC-A--CA--CAAA-A-T-T-TT---AAACACATAGTCActaat
gi|20                         :      acagGCAACA-CAAGCTT-A-GC--ATCCCCTTATCTTGC-AA-CA--CAAG-A-T-T-GT--Tatag
gi|21                         :        agGCAATG-CAAGTGA-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CATG-A-T-T-TT--TA
gi|22                         :       agAGCAACG-CAAGCGT---GC--ATCCC-----CTTGC-AA-CA--CAAA-A-T-
gi|23                         :          aCAACG-CAAGCGT-A-AC--ATTCC-----CTTGC-AA-CA--CAAagt
gi|24                         :    acaagaGCAATG-CAAGCGT-A-GC--ATCTC-----CTTTC-AA-CA--C
gi|25                         :            aacaagAAACGT-A-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-GA--CAAG-A-T-T-TT--T
gi|26                         :          GCAACG-CAAGCGT-A-GC--AACCT-----CTCAC-AA-C
gi|3                          :         agCAACA-CAAGCAT-A-GC--ATCCT-----GTCAC-AA--A--AAAG-A-T-T-TT--TAGGCA-ATAGTCA
gi|4                          :           aaaaaggtAGCGT-AAGC--ATCCC------TCGC-AA-CATGCAAG-A-T-TCTT--TAAACAGATAGCCA
gi|5                          :          GCAATG-CAAGCATTA-GC--ATCCC-----CTCGC-AA-CA--CAAG-ATT-T-TT--TAAACA-ATAGCCAatgataggct
gi|6                          :         gGCAACG-CAAGCGT-A-GCGAAT--C-----CTCGG-AA-CA---AAG-A-TAT-TT--GAAACA-ATAGTCAat
gi|7                          :         agCAATG-CAAGCGT-C-GC--ATCCC-----TTCAC-AA-CA--CAAG-A-T-T-TT--TAAACA-ATAGTCAtag
gi|8                          :          gaAACGGCAAGCGT-A-GC--AT--C-----CGCGC-GA-TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTat
gi|9                          :       aggcaAACGGCAAGCGT-A-GC--AT--C-----CGCGC-GA-TA--CAAATATT-T-TT--TAAACA-ATAGTt