lowQualScore : 2222 1 999999999999999 22222222 1111 3333333333333 3 11 111 3333 11 11111 22222 111 333 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 111111111111 22222222222 1111111 333333333333333 222222 111111 111 11111111 111 1111111111 22222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1 555555555555555555555555555555555555 11111111111 1111 2222222222222222222222222 11111 1111111 222222 333333 1111111 1111111111 111111 8888888888 222222222222222 11111 44444444444444444444
lowQualScore : 3333 6 8 000000000000000 8 99999999 6 6 5555 6 0000000000000 6 6 6 9999 0 99 00 666 6 8 3 0 6 111 8888 99 55 99 66666 22222 111 99 99 6 666 6 0 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8 11 3 0 000 66 66 88 3 2 99999 55 666 3 7 6 3 666666666666 3 55 77 66666666666 3 55 0000000 3 6 888888888888888 55 666 88 555555 88 666 5 8 9999 4 111111 4 4 999 3 3 44 555 666 0 66666666 222 3 3333333333 6 3 3 44 55555555555555555 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0000000 44 3 999999999999999999999999999999999999 7777 88888888888 1 0000 3 3 5555555555555555555555555 2 2 33 2 00000 2 2 1111111 2 444444 2 66 2 4 111111 2 2 2222222 2 5 1 2 0000000000 33 2 2 111111 444 33 3333333333 22 0 222222222222222 2 777 2 2 11111 11111111111111111111
lowQualScore : .... . . ............... . ........ . . .... . ............. . . . .... . .. .. ... . . . . . ... .... .. .. .. ..... ..... ... .. .. . ... . . . ...................................................................... . .. . . ... .. .. .. . . ..... .. ... . . . . ............ . .. .. ........... . .. ....... . . ............... .. ... .. ...... .. ... . . .... . ...... . . ... . . .. ... ... . ........ ... . .......... . . . .. ................. . ..................................................................................................... ....... .. . .................................... .... ........... . .... . . ......................... . . .. . ..... . . ....... . ...... . .. . . ...... . . ....... . . . . .......... .. . . ...... ... .. .......... .. . ............... . ... . . ..... ....................
lowQualScore : 0000 0 0 444444444444444 0 00000000 7 7 3333 7 3333333333333 7 7 7 3333 5 22 22 888 7 0 2 8 7 777 7777 22 88 22 77777 77777 777 22 22 7 777 7 2 8 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 66 9 4 000 11 11 66 6 1 11111 88 444 6 3 8 6 555555555555 6 00 99 44444444444 3 88 0000000 3 7 222222222222222 00 333 66 777777 66 444 4 0 3333 0 555555 0 0 555 3 3 66 888 666 4 44444444 777 1 2222222222 2 1 1 22 44444444444444444 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0000000 66 3 444444444444444444444444444444444444 7777 77777777777 0 3333 3 3 9999999999999999999999999 9 9 99 9 00000 9 9 6666666 5 333333 4 55 4 7 999999 5 5 9999999 5 0 9 5 9999999999 44 5 5 666666 444 44 8888888888 66 2 222222222222222 5 000 5 5 66666 44444444444444444444
consensus : GTAACAAAAAAT-T-GTTCCAA-GTTGTGAA------CAAGA---TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTAT-TATGGGG--AAAA-TA-T-CTGA-ATTAA-TGAAATTTGATA-TATC---ATG---AAAAAC--AA--TTGTTG--TA-----GGA---T-TTT---TTAA--TG--A-GA--TT-CACCGAA-AT----AAC---A--A-CAA-A---ATTATTTAATAAT-AT------CA--------TA--CC-CATC-GT-AGGATACAAAAATGTATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-TGAAT-C-T---G-T---AAA-TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCTTT---------N-T---ATC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT-A-AAN--GC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CC--A---T--TAT-A---A-GAATA----C---AGA-AA-----CG-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--T-TCTT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-TATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG-------C-ACC--C-C-G-G--T-GA-GG-----T-AT-AT-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCTC---A--TAC-GTTGT---TGT-TGTTG-TTT-A--TCGTT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAAAN--A-CG-TT-A-A-AC---TAAAAAAAAA
Reference ( gi|5 ) : GTAACAAAAAAT-T-GTTC-AA-GTTGTGA-------CA-G----TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTATATATGGGA--AAAA-TA-T-CTGA-ATTAA-TGGAATTTAATA-TATC---ATGT--AAAAAC--AA--TTGTTG--TA-----GGA---T-TTT---TTAA--TG--A-G---TT-CACAGAA-------AAC---A--A-CAA-A---ATTATTTAATAAT-GT------CA--------TA--TC-TATT-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-TAAAT-C-T---G-T---GAA-TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCTTT---------T-T---ATC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGTG-A-G--A-A------GTGTT-A-AAA--GC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CC--A---T--TAT-A---A-GAATA----C---ACA-AA-----CG-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--T-TCTT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-TATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG-------C-ACC--A-C-G-G--T-GA-G------T-AT-AT-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCTC---A--TAC-GTTGTAACTGT-TGTTG-TTA-A--TTATT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAAAT--A-TG-TT-C-A-AC---TAAAAAAAAA
gi|12 : GTAGCCAAAATT-T-GTTCCAA-GTTGTGAA------CAAG----TGG-AA--------TAT-ATC-GA---------------------------TGTC-CA-GAGACA--A----TAT-TACGGGG--AAAA-TA-T-CTGA-AT
gi|1 : tctgctgtcaaaaaagacgcataaaccaataccatgaataatggaaaagaaatcgtcaaatgaattcaatatatcaaatgagcaatggaaaaatatatacacaggtaagataataaatgtatttgataggcaaattattatagcagattttaacaaaatcaattgaattgtaactatatatactgtaaataaatggaataaaTAAAAAAAAA----ATTC-AA-GTTTTGAA------CAAG----TGG-AA--------TAT-ATT-GAA---CA-TTT---GA--T--T-TGG-ATGTC-CT-GAAACA--A-AATT-TGTATTGGG--AAAA-TA-T-CTGA-ATTAA-TGAAATTTGATT-TAAC---ATG---GAAAAC--AA--TTGTTG--TA-----GGA---T-TTT-----AA--TG--A-G---TT-CACCGAA-------A-C---A--A-CAACA---ATT--TTAAT--------------------------------T-GT-AGGATATAAAA-TATACAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-T-TGAAT-C-T---G-T---AAA-TGCAA--ATGCGCTTTT--AA--------T--TTT-T---A-----------------------------T---ATC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---AGGTGCG-A-G--A-AGTGCACGTGTT-A-AAT--GC-A-A--TTA---CA-AACTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-CGA-AA--CA--A---T--TAT-G---A-GAATAC---C---AGA-AA-----CT-TT---TTTTTAATGAAGGAAT---ATCTT----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGTACATTGCAT--TA-TATA---AT--T-TC-T---TTT----TG----T-A--TACTTATAAATA---------C-TTCTA---ATC-TC-TA-T----------------------------AA--A-C-----GG-ATCCA-GGAAGCCCCTGG-------C-ACC--C-CAG-G--T-GA-GGTA---T-AT-GT-A-T---G-GAGGG-TCTTTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCTC---A--TAT-GTT-T--CTGT-TG-TA-T---A--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAAAT--A-
gi|2 : gaaaatattttgatgacatattagaaactaacggaatagattttgaatatttgctgcgaagcaacattgttaacccgaatgatctaaatattttgaaaaaaaattcccaaaattttataaagaaattttatgtagctttgatgaatggaaatccgtaaatcaactacgaattcagcttgctgaaattttaaggttgaataattctataaatcataaacgtacatgtaagccgccctaaggtggcattttatacgttgaagatgtgtttacaatagaaggtataagacatataaatgccattaagaaagtattcaatcgaaaagaaattacctttgcgaatatatgataatgaaaaacgctatcaaaaggttaaatatagattactataatttaaacaattataaacaaaacatccagaacttgagaaatcataattttactataaagttctaatgtcaaaaaagacgtaactatcgataatggaaaagaaacgtttaattgaatttaaatttaaaatgagcaatgatttaaaatatatacacagcgaagataataaaatttaatatatttgataagtaaatagcagaatttaacttaaactctaacttaatcagttgaattggaactttactgtaaataaatggaataaagaagtaaTAACGCAAAAT-AAGTTC-AAAGTTGTGAA------CA-GA---TGG-AAACAATAAGTAT--TT-GAG---CAATTT---AAATTATA-GGG-AATTC-CA-GAGAAATCA-AATTAGTTATGGGAGGAAAA-TAAC-CTGATATTAACTAGA--TAAATA-T-TC---ATGA--CAAAAC--AA--TTGTGG--TATTACGAGA---T-TTT---TAGAGTCG--A-GATATTACACCGAATATC---AAC---AGGA-GAA-A---ATT--TTAATAATCAT------CA--------CAGATC-CATC-GT-AGAATACA-AAATA-ATAAAATTATAA--AA---GAAA--TG-TAG-----AATTCA---AA-A-TGAAT-T-C---G-----AAG-AGCAA--ATGCGCTTCTAAAA--------TTATTT-TTTGAA-A-----TC-A-ACTTT---------A-TAAAATCGAAGTTAA--TCACTTTCTCAAAACA--AAAAGGGAAGCGAA-A--A-A------GTGTT-A-AAAACGC-A-A--TTA---CA-TCCTTTTGAAA-----AA---A-TG----------AG-C-A-GA--CCCAA---C--T-T-A---A-AAAAA----C----CA-GA-----Caaaatttaaaatttaaaa
gi|4 : gagaatttgattgacaatactagaactaatgaatagagaccaattttgcctgcgaagcacagttgttaacggaggaaccgaatgatctaaatgttttgaaaaactcccaacacttttataaagaaaagattatgtagcttaatgaatgtaaatccgtcaatcaactttacgaaattcgcttccggagggaagataaagtttatgcgagttgaatactgtactataaacaaaaggttaacccgctattctaaacccctgggtaaagggcgatctataggaccgtctaagtatactggtttaacaatacacgataacgtagagagagatataaatgacattaaggaaatatttgagtctaaaagaaattactgtgcgaatattagattaagtgaaaaacgctgataaaaagtctaataaatagatttcgataatctaaacaatactagtcattcaaaagcccttccgcgtttgatagctcacctaagcgaaaaataaaaaatccagaagatgagaaatctggattatttaattataaaagtttctctgcatccaagaggcgcaaaaccaatcaaaggacaaagaaatggtcaaacgatttaatatatccaaatgaattccaatacggcgaaaaagtagtaataaaacacagtaaaacctagcaaaataatctaacattaatattactacgataagctatataatagcagcaatattaactttaactcttacataatcattgagatattgcgagttaattctttataaatgttataataaaatatgacaccgagaaaaagaatgcTAGCAAAAAATAT-GTTCCAA-GTTGTGAAA-----CA-AGC--TGGTAA--------TATGATTCGAGTCGCA-TTT---AA--TATTGTGGGATGTCGCAAGAAACA--AGAATTAT-TATAGGG--AAAT-TA-T-CTGA-ATTAA-T-GAATTTGATATTATC---AGG----AAAGC--AAG-TTGTTG--TA-----AGA---TGTTT---TTAA--TG--A-GAA-TT-CACCGAA-------CAC---A--A-CAA-ATTTAATATTTAAGAAT-ATGGTTGGCATTAGGTAGTA--CCATAAC-GT-A--ATACAAAAATGAATAAA--TATAAGGAA--TGAAA--TGTTAGGATGTACTGCAATTAA-A-TGAAT-C-TA--G-TAGAGGG-TACAT--ATGCGCCTCTG-AA--------TTGTTT-TTTGAA-A-----TCGA-TCTTC---------T-C---ATa
gi|3 : aataaaatggaataaagaagcttAAAAAAAAAA-T-GTTC-AG-GTTGTGAACTATAGTA-GATACTAG-AA--------TAT-ATT-GAA---CA-TTTTTAAA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTAT-TGTGGGA--AAA--TA-T-CTGA-ATTAA-TGAAATTTAATA-GAAC---ATG---AAAAACCGAA-------A--TA-----ACAT--T-TTT---TTAA--TGTCATG---TT-CAatcgagctgatacaaattgctaaaagcaaccggtagggataagatgggaaatgaggcatgcacgttaggttcggcatttaatgaaagtgtttaaaagcaattgaggcaagtcttttgatgaacaattgtagcaagaccaaaatggtatagggagagtaccagaatgaccgttatatttggttaaattgaatatgaaaatattgatgatacaatacactgactatgtattatatatatatctattacgtttcctctgataatatgcctatatgttactggcttatacatctttattacatatattgtttattcaaacacgatccagggagcccctggtgctaaaccccaaggtga
gi|6 : aaaatgtatgattgaataattctataaaacataaaggtaagccactatttctaaacttcggggtaaaaggtgacattttttacgttaaagatatgtttacaacagaaggtataagatatattaatgacattaaagaaaatattgagttaaaaaaaatacttgtgcgaatatgtaataataaaaaaacgctctttaaaaggtaaaataaggattacaatgtaaacaatgccaatattcaagttttacttttgccggtaaataaaaaatccagaacttgagaaataaggattttattttaaaggtctacagtcaaaagacacaaaagtcaataatggaaattaaaagaaatggtcaaatggattcaatatatcaaatgagcaatgggaaaatatatacccagctaaaaataataactgtatttgatacaatgtaagcaaatagcagaatgtaactttaaactctttatacgtaatcaattgaattgtaactactgtacatgtataacgtaaatgaaaggaataaaaaaaggagcaa-ATT-G-G---CA-TTTT--AA--TATT--GG-ATGTC-CA-GAAAT---G-AATTAT-TATGGGA--AAAATTA-TCCTGA-ATTAA-TGAAATTTGATA-TATC---ATG---AAAAAC--AA--TTGTTGTTTA-----GGA---T-TTT---TTAA--TA--A-GT--TT-CACCG-A-------AAC---A--ACCAA-A---AACATTTAATAAT-A-------CA--------TA--CC-CATCGGTAAGGATAC-AAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAAT-TG-AAG-----ATTACA---AAGA-TGAA--C-T---G-T---TAA-TACAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA----------A-TCTTT---------TAT---ATC--AGT--A---TA--TTTTCA-AACA--GA---GGGAGCG-A-AACA-A------GTGTT-A-AAA--GC-T-ATTTTA---CA-GTATTTTG--AAG---AA---TGTG--T-------A--C-A-GA--CCA-A---T--TAT-A---AGGAATAC---C---AGA-AA-----CGTTT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTGAA----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TACA---AT--T---TT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATCTTT-TA-C--TAC----T-ATTATT---TATTT-C-AA--A-C-----CG-ATCC--GGGAGCCCCTGG-------C-ACC----C-G-G--T-GA-GC-----T-ATAAT-A-T---G-GAGGG-CCTCTGTGG----------GAGG--TT-TT-A------CCTC---A--TAC-GTTGT-----T-TGTTG-TTT-A--TCG-T--GAA-AA---G-AA-T-----AAAAA--AGGG-TT-A-A-AC---TCAAAAAAAAttgtaggatataaatatacagatataaaatgaaatgaatcggatagcgcaaatgcgcttttaatttttttaatcatctttatacatgtatcagcatcatttcataacaaaaagtgcgagaagtgtaaacttttgaaaattgtaggaaaattgtatgataatacttcttttgtttgaatgaaggtatatcttggaacaataatatattgtatacttttatacttacaatctttatacaggacaaacttaccgatccagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagagcccctgagcactccaggtgaggttatatgggggcctgctgtgcgagttgtttgtatattgtgggaaatggattttaaaaatttgggaaaataaaaaaaaa
gi|3 : TTTAA-A-TATTTGGATGTCCAGAAAC--AAAATTATTG--TG-----GGAAAATATCTGAATTAA--TG--A-AAT-TT-AATAGAACATGAAAAACCGAA--A-TAA-C---ATTTTTT--TAAT-GT------CA--------TG--TT-CATT-GT-AGGATATAAA--TATACAGA--TATAA--AA--TGAAA--TG-------------------------AAT-C-G---G-A---TAG-CGCAA--ATGCGCTTTT--AA--------T--TTT-TTT--A-A-----TC-A-TCTTTATACA----TGT---ATC--AGC--A--TCA--TTT-CATAACA--AA---AAGTGCG-A-G--A-A------GTGT----AAA---------------------CTTTTG--A-----AAA--T-TG--T-------AG-G-A-AA------A---T--TGT-A---T-GA-TA----------A-TA-----CT-TC---TTTT----------GT-------T----TGAATGAAGGTATATC----TTGGA----ACAA--T-A--------ATAT-------AT--TG-TATA----------CTT------------------------TT----ATA---------C-TTACA---ATC-TT-TA----TACAGGAC-A-AACT---T-----------A-C-----CG-ATCCA-GANNNNNNNNNN-------N-NNN--N-N-N-N--N-NN-N------N-NN-A----------GAGAG-CCCCTGA-GCACTCCAGGTGAGG--TT-AT-ATGGGGGCCT-----------GCTGTGCGAGT-TGTTT-GTATA--TTGTG--GGA-AA-T-G-GA-TTTTA-AAAAT--T-TG-GG-A-A-AA---TAAAAAAAAA
gi|19 : aaaatgtatgattgaataattctataaaacataaaggtaagccactatttctaaacttcggggtaaaaggtgacattttttacgttaaagatatgtttacaacagaaggtataagatatattaatgacattaaagaaaatattgagttaaaaaaaatacttgtgcgaatatgtaataataaaaaaacgctctttaaaaggtaaaataaggattacaatgtaaacaatgccaatattcaagttttacttttgccggtaaataaaaaatccagaacttgagaaataaggattttattttaaaggtctacagtcaaaagacacaaaagtcaataatggaaattaaaagaaatggtcaaatggattcaatatatcaaatgagcaatgggaaaatatatacccagctaaaaataataactgtatttgatacaatgtaagcaaatagcagaatgtaactttaaactctttatacgtaatcaattgaattgtaactactgtacatgtataacgtaaatgaaaggaataaaaaaaggagcaaaaaaaaaaaatgttcaggttgtgaactatagtagatactagaatatattgaacattAAATTTAAAAA-----AA--AACTTGAAAAATG-TAG-----ATTACA---AA-A-TGAAT-C-T---G-T---AAA-TGCAA--ATGCGCTTCT--AATT------T--TTT-TTTTAA-A-----TC-A-TCTTT---------A-T---ATC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---G-----G-A-A--A-A------TTGTC-GCAGA--CC-A-A--TTA---
gi|10 : gtatgataaataaacttgAAGTGTGTTAA--GATTA--AA--TAAAA--T--TAG-----AT-ACA---AA-AATGAAT-CCT---GAT---AAA-TCAAA--ATGTGCTTCT--AA--------T--TCT-TT--GA-A-----TT-ACTCTTT---------A-T---ATC--GG---A--TAG------CATAACA--AA---GGtgagaataccagaaactttttt
gi|9 : AAGTGTGTTAA--GATTA--AA--TAAAA--T--TAG-----AT-ACA---AA-AATGAAT-CCT---GAT---AAA-TCAAA--ATGTGCTTCT--AA--------T--TCT-TT--GA-A-----TT-ACTCTTT---------A-T---ATC--GG---A--TAG------CATAACA--AA---GGaatacctaaaaaatgttgcattttgtataactgatgaatgtattagtataatggttctctctgtaaatgcttatatcagctttagtccattaatctaaccgacaggactccgcactgcaggagtatatcatagcggaggggccttggagtgttacctcaactacgttgttgttgaaaatcgaataaaagaaacgtaataaaaaaaaat
gi|14 : A--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-TGAAT-C-T---G-T---AAA-TACAA--ATGCGCTTC---AA--------T--TTTGTTTGAA-A-----TC-A-TCTTT---------A-T---ATC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT-A-AAT--GA-A-A--TTA---CA-GTCTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CCA-A---T--TAT-G---A-GAATA----C----CAGAA-----C--TT---TTTT----------AT---ATC-T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ATAA--T-A--------ATGT-------Aaatacctaaaaaatgttgcattttgtataactgatgaatgtattagtataatggttctctctgtaaatgcttatatcagctttagtccattaatctaaccgacaggactccgcactgcaggagtatatcatagcggaggggccttggagtgttacctcaactacgttgttgttgaaaatcgaataaaagaaacgtaataaaaaaaaat
gi|7 : --TG-T-G-----ATTTCA---AA-A-TGAAT-C-TTCTG-T---GAA-TGCAACTATGCGCT-CT--AAATTATTCTT--TTT-TTTGAAGA-----TC-A-CCCTCCATCTCATAT-C---ATC--AAT--AC-TTA--TTT-CATAACATAAG---GGGTGCG-AAG--ACA------GTGTT-A-AAT--GCCACA--TTA---C--GT-TTTTG--A-----AAAC-T-TG--T-------AGAC-A-GA--CC--AAG-T--T-T-A---G-CAATAT---C---AGATAA-----CG-TT---T-------------GT---AA--T----TGAAT------A--AT----TTA-A----ACA---T-A--------A----------GT--TA-TATA---CT--T-TATC---T-------------------CTA----ATA---------C-T---A---ATC-TTATA-T--TAC----T-G-CATT---T--TT-C-AA--AAC-----CG-ATCCA-GGAAGCCCCTG--------C-ACC----C-A-GATT-GA-GCGGTACT-AT-AT---T---G-GATG---CT-TGT-------------AGG--TT-TT-A------CCTC---A--TTC--------CAG--TG-TG-TTACG--TTGTT--GAA-AA-T-G-AATT-----AAAAA--A-CG-TT-TAA-AC---TAAAAAACAA
gi|8 : ttacatagtcttagtttaggttacaatcaaattttaaaaccagtggtt--TG-T-G-----ATT-CA---AA-A-TGAATTC-T---G-T---GAAATGCAA--ATGCGC-TCT--AAATTTTT--T--TTT-TTTGAA-GATCACTC-A-TCTCTA--------T-C---ATC--AAT--ACGTTA----TTCATAACAT-AA---GGGTGCGAA-G--A-C------ATGTT-A-AAT--GC-A-A--TTA---C--GTTTTTGA--A-----AA---T-TG--T-------AGAC-A-GA--CC--AAC-T--TGT-AG--A-CAATA----C---AGATAA-----CG------TTTT----------GTA--A---T----TGAAT------AT-TA----T---A----ACAACCC-A--------GAAT-------AT--TACTCTA---A---------------------------------------GTA---------C-TTCTA-----------A-T--TAC----TGG-CATT---TAGTT-CAAA--A-C-----CGTATCCA-GCGAACCCCT-G-------C-ACC--C-A-G-A--T-GA-GGT----T-AT-AT---T---G-GAAGG--CTATGT-A----------GAAG--TTATTGA------CCTC---A--T-------TA--TG--TGTTG-TTT-ACGTTGTT--GAATAA-T-GAAA-T-----AAAAA--A-CGCTT-A-A-AC---TAAAAAAAAAaa
gi|20 : tagtcttagttttaggttcaatcaaattcacaaaaccagggttTCT--A---------T--TTT-TTTTAA-A-----TC-A-TCTTG---------A-T---ATC--AGT--A--TTA--TTT-CATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT-A-AAT--GC-A-A--TTG---CA-ATCTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CCA-A---T--TAT-A---A-GAATAC---C---AGA-AA-----AG-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTT-A------------A--------ATGT-------AT--TA-aaccgaaa
gi|4 : TG-A----A-A------GTGTTTA-AAA--GC-A-A--TTGAGGCAAGTCTTTTG--ATGAACAA---T-TG--T-------AG-C-AAGA--CC--AAAATGGTAT-AGGGA-GAGTA----C----CA-GAATGACCG-TTATATTTG----------GTTAAA---T----TGAAT------ATGAAAATATTG-ATGATACAA--T-ACACTGACTATGT-------AT--TA-TATATATAT--C-TATTACGTTTCCTCTGATAAT-A--TGCCT----ATATGTTACTGGC-TTATAC--ATC-TT-TA-T--TACA---T-A-TATTGTTTA-TT-C-AA--A-CA----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGGTGCTAAAC-CCC--A-A-G-G--T-GA-
gi|10 : aataaaatggaataaagaagctttagcaaaaaatatgttccaagttgtgaaacaagctggtaatatgattcgagtcgcatttaatattgtgggatgtcgcaagaaacaagaattattatagggaaattatctgaattaatgaatttgatattatcaggaaagcaagttgttgtaagatgtttttaatgagaattcaccgaacacaacaaatttaatatttaagaatatggttggcattaggtagtaccataacgtaatacaaaaatgaataaatataaggaatgaaatgttaggatgtactgcaattaaatgaatctagtagagggtacatatgcgcctctgaattgttttttgaaatcgatcttctcatatcgagctgatacaaattgctaaaagcaaccggtagggataagatgggaaatgaggcatgcacgttaggttcggcatttaa-A-A--TTA---C---TCTTT----A-----TA---T-CGGAT-------AG-C-A-TA--AC--A-------A--A---G-GAATA----CCTAAAA-AA-----TG-TTGCATTTT----------GT---A---T------------------AA----CTG-A----------TGA--------ATGT-------AT--TAGTATA---ATGGT-TCTC---TCT-----G----T-AAATGCTT----ATA--------------TC---AGC-TT-TA-G--T-C----C-A-T------TA-AT-C-TA--A-C-----CG-A--CA-GGA--CTCC--G-------C-ACT--G-C-A-G----GA-G------T-AT-ATCA-TAGCG-GAGGGGCCT---T-G----------GAG---TG-TT-A------CCTC---A---AC-----TA--CGT-TGTTG-----------TT--GAA-AA-TCG-AA-T-----AAAAGAAA-CG-T----A-A----TAAAAAAAAA
gi|9 : aagtgtgttaagattaaataaaattagatacaaaaatgaatcctgataaatcaaaatgtgcttctaattctttg-A-A--TTA---C---TCTTT----A-----TA---T-CGGAT-------AG-C-A-TA--AC--A-------A--A---G-GAATA----CCTAAAA-AA-----TG-TTGCATTTT----------GT---A---T------------------AA----CTG-A----------TGA--------ATGT-------AT--TAGTATA---ATGGT-TCTC---TCT-----G----T-AAATGCTT----ATA--------------TC---AGC-TT-TA-G--T-C----C-A-T------TA-AT-C-TA--A-C-----CG-A--CA-GGA--CTCC--G-------C-ACT--G-C-A-G----GA-G------T-AT-ATCA-TAGCG-GAGGGGCCT---T-G----------GAG---TG-TT-A------CCTC---A---AC-----TA--CGT-TGTTG-----------TT--GAA-AA-TCG-AA-T-----AAAAGAAA-CG-T----A-A----TAAAAAAAAAt
gi|11 : aagtgtgttaagattaaataaaattagatacaaaaatgaatcctgataaatcaaaatgtgcttctaattctttgTCTTTTG--A-----AAATCT-T---T-------AG-C-A-GATTCA--A---T--TAT-A---A-CGATATATCC---AGA-AAT----CG-GT---TTTT----------GTT--A---T----TGAAT------A-AAA----T-G-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TACA---GT--CATTTT---GTT----TG----TTA--TGCTT----ATA---------CCTTAAA---ATC-TT-TA-CAGTAC----A-A-TATT---AC-TT-C-AATAA-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG-------T-ACCCAA-C-A-GGTT-GA-GGGT---T-AT-AC---T---GTGAGGG-CCTCTGT-G----------AGGT--TT-TT-A------CCTC---A--TAC-GTTG--------TGTTG-TTT-A--TCGTTA-GAA-AA-T-G-AA-T-----TAAAC----TG-TT-A-ATACT--TAAAAAAAAAt
gi|13 : caTCTTTTT--A-----AA---T-CA--TCTATATCAG-C-A-GA--CA--AA--T--TATTG---A-GAATA----C----CA-AA-----AG-TT---TTTTT---------GT---A---TATCTTAAAA------ACAA------T--A----ACAA--T-A--------AT-T-------CT--TAATATA---AT--T-TC-T---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA-----C-TA-GA----TAC----T-ATTCTT---TA-TTAC-AA--A-C-----CG-ATCCAGGGGAGCCTCTGG-------A-CCC--AGC-G-G--T-GAGG------T-AT-AT-A-T---G-GAGG---CTCTGT-G----------GA-G--TT-TT-A------CCTC---A--TACTGTT----TTGT-TATTG-TTA-A------------------G-AA-T-----AAAA---A-TG-TGAA-A-AA---TAAAAAAAAaa
gi|15 : tca-TT---TTTT-------------------T----TGG-T------ATATC----TTG-A----A-----T-A--------GTGT-------ATAGTA-TATA---GT--T-T--T---TCC----TG----T-A--T-CT-------A---------T-TTATA---CTA-TT-TACT--TAT----T-C-TATT---AA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG-------CGACC--C-C-GTG--T-GAGG------T-AT-AT-ACT---G-GA-GG-CCTC--T-A----------GAGG---T-TT-A-------CTCGATA--TAC-G-----------TGTTG-TTT-A--TTGTT----A-AA-C-G-GA-T-----AAGA---A-TG-TG-A-A-AC---TGGAAAAAAA
gi|18 : TATAGCCATC-TT-TA-T---AC----T-G-AAAT---TA-AT-A-AA--A-CTAATCCG-ATCCA-ATAAGTTTCTGG-------T-GCC--C-CAG-G--T-GA-GG-----T-AT-AG-A-T---G-GAGGG-CATCTTT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCTC---A--TAC-GTTGT---TATATATTG-TTA-A----------AA-A----G-GA-T-----AAAAT--a
gi|17 : gcatgtactttcaatctctgAC----T-A-TATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG-------C-ACC--C-CAG-G--T-GA-GG-----T-AT-AT-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCTC---A--TAC-GT------TGT-TGTTG-TTT-A--TCGTT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAAAA--A-TG-TT-A-A-ACA--CAAAAAACAAgaattttagaaaatcgaagaaaaaa
gi|22 : tctatttctaatattctcattaaaaattatctgtaaactca-A-TCTT---TA-TT-C-AA--A-C-----AG-ATACA-AGGAACCCCTGG-------C-ACC--C-CAG-G--T-GA-G------GGAT-AT-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-A----------GAGG--TT-CT-A------CCTC---A--TAC----------GT-TGTTG-TTT-A--TTATT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAAA---A-TG-T----A-A-----AAAAAAAAAa
gi|21 : CCCCTGGGG-----C-ACC--C-C-A-G--TTGA-G------T-A--AT-AAT---G-TAGG--CCTCTGT-G----------GAAGGTTT-TT-AAAC---CCTT---ATTTAC-CCCGTG--TTT-TGTTGTTTA-G--TCGTTTGGAA-AATT-G-AA-TTAAAAAAAAA--A-TG-TT-TAA-AC---TCAAAAAAAA
gi|23 : ccG-------C-ACC--C-CAG-G--T-GA-GG-----T-AT-AT-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCTC---A--TAT-------AC-GT-TGTTG-TTT-A--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAAA---A-TG-TG-A-A-ACTGTTAAAAAAAAAa
gi|24 : CC--A---G-G--T-GA-GG-----C-AT-AT-A-T---G-AAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCTC---A--TAC-GTTGT---TGT-TG-TG-T---A--TTGAT--GAA-AA-G-G-AA-T-----AAAAaaaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GACATAAGCTGATTAATATTTCGAGTTCTAAAAAATACTGTGCGAATTTATAATAATGGAAACGGCTGTAAAAAAAGTTAACATATAGATATTGGAGAATGTAAAGCAATCAATTCAAAAGCCTTACTTTACTACCACGGAAGTAATAAAAATCCAGAAAGTGAGAAATCAGATTTTTATTAAAGTTCTACTTAAAAG
Unaligned ( gi|25 ): TATGAATTACTATAATGTAAACAATACGTACCAATATTCAAAAATAAAAATTCCAGAACTTGAGAAATCAAGATTTTGTT
Alignments
lowQualScore : 1 222222222 111 22222222 1111111 1111111111111 11111111 111 2222222 2222 22222222222222 555555555555555555555555 1111 1 11111 22222222 11111111 111 222222 111111 111 11111111 111 1111111111 222222222 22222222 111 1111111111111111111 111111111111111111111 1 4444444444444444444444444444444444 11111111111 11111111111111111111111111 11111 1111111111 111111 11 3333333333 11111 2222222222222 111111
lowQualScore : 888 0 6 777777777 111 6 44444444 5 2222222 5 7777777777777 5 5 5 77 5 1 555 999 5 5 5 5 5 3 6 3 999 6 66666666 111 99 8888888 0000 33333333333333 3 777777777777777777777777 3333 6 5 1 777 55 55 77 3 1 88888 33 555 3 6 3 3 00000 777 555 44 77 44444444 88 3 33 3 77777 3 6 11111111 1 111 888888 44 555 77 000000 77 555 8 4 55 4 111111 99 4 3 3 44 555 333 33333333 111 2 0000000000 5 2 2 33 222222222 2 777 2 77777777 5 33 2 666 444 9999999999999999999 6666 888888888888888 5 111111111111111111111 9999999 44 2 3333333333333333333333333333333333 1 7777 66666666666 0 8888 3 3 66666666666666666666666666 2 2 33 2 99999 2 2 0 33 77777 55555 2 55 2 33 2 2 33 4 9 888 2 4 1 2 0000000000 33 2 2 000000 33 444 44 444 0000000000 5 55 3 55 2 777 2 2 00000 66 1111111111111 111111
lowQualScore : ... . . ......... ... . ........ . ....... . ............. . . . .. . . ... ... . . . . . . . . ... . ........ ... .. ....... .... .............. . ........................ .... . . . ... .. .. .. . . ..... .. ... . . . . ..... ... ... .. .. ........ .. . .. . ..... . . ........ . ... ...... .. ... .. ...... .. ... . . .. . ...... .. . . . .. ... ... ........ ... . .......... . . . .. ......... . ... . ........ . .. . ... ... ................... .... ............... . ..................... ....... .. . .................................. . .... ........... . .... . . .......................... . . .. . ..... . . . .. ..... ..... . .. . .. . . .. . . ... . . . . .......... .. . . ...... .. ... .. ... .......... . .. . .. . ... . . ..... .. ............. ......
lowQualScore : 777 8 7 222222222 777 7 22222222 7 4444444 7 0000000000000 7 7 7 99 7 4 999 666 7 7 7 7 7 2 7 2 333 7 88888888 555 22 3333333 7777 33333333333333 2 000000000000000000000000 8888 7 5 7 999 55 55 99 3 2 33333 88 888 3 7 3 3 11111 111 888 66 33 22222222 55 1 88 1 77777 1 2 22222222 0 555 888888 66 000 99 666666 99 888 9 4 55 0 555555 55 9 3 3 66 888 777 00000000 000 7 3333333333 3 7 7 77 222222222 7 333 7 00000000 3 99 9 222 000 8888888888888888888 1111 333333333333333 7 666666666666666666666 3333333 22 3 4444444444444444444444444444444444 8 1111 33333333333 2 8888 1 1 55555555555555555555555555 7 7 77 7 33333 7 7 1 22 88888 11111 2 33 2 11 4 4 22 7 4 222 4 7 2 4 3333333333 22 4 4 999999 22 111 44 111 4444444444 4 66 8 66 4 555 4 4 99999 55 0000000000000 333333
consensus : GTAACAAAAAAT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG-TG---G-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TATGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG-AT--T-CACCGAA-AC-AACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-AT------CA--------TA--TCCAT--C-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCTT--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CC--A---T--TAT-A---A-GAATAC---C---AGA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--T-TCTT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--C--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---CG-TGT---TGTTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAA--AAA-CG-TT-----AA-AC---TAAAAAAAAA
Reference ( family-3332 ) : GTAACAAAAAAT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AGATG---G-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TATGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG-AT--T-CACCGAA-AT-AACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-AT------CA--------TA--CCCAT--C-GT-AGGATACAAAAATGTATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCTT--------TNT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAANGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CC--A---T--TAT-A---A-GAATA----C---AGA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--T-TCTT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--C--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---CGTTGT---TGTTGTTGTTTA--TCGTT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAA--ANA-CG-TT-----AA-AC---TAAAAAAAAA
gi|1 : AAAAAAAAAT-T-----CAAGTTTTGAA-C---A--AG-TG---G-AA--------TAT-ATT-GAA---CA-TTT---GA--T--T-TGG-ATGTC-CT-GAAACA--A-AATTT-G-TATTGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATT-TAACATG-G-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGA---TTTTAA--TGAG--T--T-CACCGAA-AC-AACA--AC--A---AT--TTTA-------------------------------AT--T-GT-AGGATAT-AAAATATACAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-T-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTTT--AA--------T--T-----------------------TT--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---AGGTGCG-A-G--A-AGTGCACGTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-AACTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-CGA-AA--CA--A---T--TAT-G---A-GAATAC---C---AGA-A--A-C-T-TT---TTTTTAATGAAGGAAT---ATCTT----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGTACATTGCAT--TA-TATA---AT--T-TC-T---TTT----TG----T-A--TACTTATAAATA---------C-TTCTA---ATC-TC-TA-T-----------------------------AA--A-C-----GG-ATCCA-GGAAGCCCCTGG--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-ATGT-A-T---G-GAGGG-TCTTTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA------TGT---TTCTGTTGTATA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAA--ATA-
gi|10 : gaaaatattttgatgacatattagaaactaacggaatagattttgaatatttgctgcgaagcaacattgttaacccgaatgatctaaatattttgaaaaaaaattcccaaaattttataaagaaattttatgtagctttgatgaatggaaatccgtaaatcaactacgaattcagcttgctgaaattttaaggttgaataattctataaatcataaacgtacatgtaagccgccctaaggtggcattttatacgttgaagatgtgtttacaatagaaggtataagacatataaatgccattaagaaagtattcaatcgaaaagaaattacctttgcgaatatatgataatgaaaaacgctatcaaaaggttaaatatagattactataatttaaacaattataaacaaaacatccagaacttgagaaatcataattttactataaagttctaatgtcaaaaaagacgtaactatcgataatggaaaagaaacgtttaattgaatttaaatttaaaatgagcaatgatttaaaatatatacacagcgaagataataaaatttaatatatttgataagtaaatagcagaatttaacttaaactctaacttaatcagttgaattggaactttactgtaaataaatggaataaagaagtaataAAGTGTGTTAA--GATTA--AA--TAAAA--T--TAG-----AT-ACA---AA-AAT-GAAT-CCT---GAT-AAA---TCAAA--ATGTGCTTCT--AA--------T--TCT-TT--GA-A-----TT-ACTCTT--------TAT---A------TC--GG---A--TAG------CATAACA--AA---GGaaaatttaaaatttaaaa
gi|10 : -A-A--TTA---C---TCTTT----A-----TA---T-CGGAT-------AG-C-A-TA--AC--A-------A--A---G-GAATA----CCTAAAA-A--A-T-G-TTGCATTTT----------GT---A---T------------------AA----CTG-A----------TGA--------ATGT-------AT--TAGTATA---ATGGT-TCTC---TCT-----G----T-AAATGCTT----ATA--------------TC---AGC-TT-TA-G--T-C----C-A-T-------TA-AT-C-TA--A-C-----CG-A--CA-GGA--CTCC--G--C-----ACTG--C--A-G----GA--G-TA-T-A--TCA-TAGCG-GAGGGGCCT---T-G----------GAG---TG-TT-A------CCT--C---AACTA---CGTTGT---TGTTG-----------------AA-AA-TCG-AA-T-----AAAAGAAA-CG--T-----AA------TAAAAAAAAAaatacctaaaaaatgttgcattttgtataactgatgaatgtattagtataatggttctctctgtaaatgcttatatcagctttagtccattaatctaaccgacaggactccgcactgcaggagtatatcatagcggaggggccttggagtgttacctcaactacgttgttgttgaaaatcgaataaaagaaacgtaataaaaaaaaat
gi|11 : aagtgtgttaagattaaataaaattagatacaaaaatgaatcctgataaatcaaaatgtgcttctaattctttgTCTTTTG--A-----AAATCT-T---T-------AG-C-A-GATTCA--A---T--TAT-A---A-CGATATATCC---AGA-A--ATC-G-GT---TTTT----------GTT--A---T----TGAAT------A-AAA----T-G-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TACA---GT--CATTTT---GTT----TG----TTA--TGCTT----ATA---------CCTTAAA---ATC-TT-TA-CAGTAC----A-A-T-ATT---AC-TT-C-AATAA-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--T-----ACCCAAC--A-GGTT-GA--GGGT-T-A--T-ACT---GTGAGGG-CCTCTGT-G----------AGGT--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---CGTTG-------TGTTGTTTA--TCGTTA-GAA-AA-T-G-AA-T-----TAA--AC--TG-TT-----AATACT--TAAAAAAAAAt
gi|12 : caGTAGCCAAAATT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG-TG---G-AA--------TAT-ATC---------------------------G-ATGTC-CA-GAGACA--A----TA-T-TACGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATaa
gi|13 : tctgctgtcaaaaaagacgcataaaccaataccatgaataatggaaaagaaatcgtcaaatgaattcaatatatcaaatgagcaatggaaaaatatatacacaggtaagataataaatgtatttgataggcaaattattatagcagattttaacaaaatcaattgaattgtaactatatatactgtaaataaatggaataaaTCTTTTT--A-----AA---T-CA--TCTATATCAG-C-A-GA--CA--AA--T--TATTG---A-GAATA----C---CAA-A--A-G-T-TT---TTTT----------GT---A---TATCTTAAAA------ACAA------T--A----ACAA--T-A--------AT-T-------CT--TAATATA---AT--T-TCTT---TTT-----G----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA-----C-TA-GA-T---AC----T-A-TTCTT---TA-TTAC-AA--A-C-----CG-ATCCAGGGGAGCCTCTGG--------ACCCAGC--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGG---CTCTGT-G----------GA-G--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C--TGT---T-TTG----TTA--TTGTT--AA-------G-AA-T-----AAA--A-A-TG-TGA----AA-AA---TAAAAAAAA
gi|14 : tcaA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TACAA--ATGCGCTTC---AA--------T--TTTGTTTGAA-A-----TC-A-TCTT--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGA-A-A--TTA---CA-GTCTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CCA-A---T--TAT-G---A-GAATA----C---CAG-A--A-C---TT---TTTT----------AT---ATC-T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ATAA--T-A--------ATGT-------A
gi|15 : -TT---TTTT-------------------T----TGG-T------ATATC----TTG-A----A-----T-A--------GTGT-------ATAGTA-TATA---GT--T-T--T---TCC----TG----T-A--T-CT-------A---------T-TTATA---CTA-TT-TACT--TAT----T-C-T-ATT---AA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--CG----ACCC--C--GTG--T-GA--GGTA-T-A--T-ACT---G-GA-GG-CCTC--T-A----------GAGG---T-TT-A-------CT--CGATA--TA---CG----------TGTTGTTTA--TTGTT----A-AA-C-G-GA-T-----AAG--A-A-TG-TG-----AA-AC---TGGAAAAAAA
gi|17 : AC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C---GT---TGTTGTTGTTTA--TCGTT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAA--AAA-TG-TT-----AA-ACA--CAAAAAACAAa
gi|18 : tctatttctaatattctcattaaaaattatctgtaaactcaTATAGCCATC-TT-TA-T---AC----T-G-A-AAT---TA-AT-A-AA--A-CTAATCCG-ATCCA-ATAAGTTTCTGG--T-----GCCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-A--G-A-T---G-GAGGG-CATCTTT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C---------GTTGTTATATA--TTGTT--AAA-AA---G-GA-T-----AAA--ATG-AA-TTTTAGAAA-AT---CGAAGAAAAAa
gi|19 : gcatgtactttcaatctctgAAATTTAAAAA-----AA--AACTTGAAAAATG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AATT------T--TTT-TTTTAA-A-----TC-A-TCTT--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---GGa
gi|19 : gtatgataaataaacttg--A-----AA---T-TG--T-------CG-C-A-GA--CCA-A---T--TAT-G---A-GAATAC---C---AGA-A--A-C-T-TT---TTTaaaattgtcgcagaccaattatgagaataccagaaactttttt
gi|2 : gtatgataaataaacttgaaatttaaaaaaaaacttgaaaaatgtagattacaaaatgaatctgtaaatgcaaatgcgcttctaattttttttttaaatcatctttatatcagtattatttcataacaaaggaTAACGCAAAAT-AAGTTCAAAGTTGTGAA-C---A---GATG---G-AAACAATAAGTAT--TT-GAG---CAATTT---AAATTATA-GGG-AATTC-CA-GAGAAATCA-AATTAGT-TATGGGAGGAAAAT-AACC-TGATATTAACTAGATA-AATA-T-TCATG-ACAAAACAA-TTGTGGT--ATTACGAGAT-TTTTAGAGTCGAG-ATATTACACCGAATATCAACAGGAGAAA---ATT--TTAATAATCAT------CA--------CAGATCCAT--C-GT-AGAATAC-AAAATA-ATAAAATTATAA--AA---GAAA--TG-TAG-----AATTCA---AA-A-T-GAAT-T-C---G---AAG---AGCAA--ATGCGCTTCTAAAA--------TTATTT-TTTGAA-A-----TC-A-ACTT--------TATAAAA------TCGAAGTTAA--TCACTTTCTCAAAACA--AAAAGGGAAGCGAA-A--A-A------GTGTTAAAAACGC-A-A--TTA---CA-TCCTTTTGAAA-----AA---A-TG----------AG-C-A-GA--CCCAA---C--T-T-A---A-AAAAAC---C---AGA-
gi|20 : gagaatttgattgacaatactagaactaatgaatagagaccaattttgcctgcgaagcacagttgttaacggaggaaccgaatgatctaaatgttttgaaaaactcccaacacttttataaagaaaagattatgtagcttaatgaatgtaaatccgtcaatcaactttacgaaattcgcttccggagggaagataaagtttatgcgagttgaatactgtactataaacaaaaggttaacccgctattctaaacccctgggtaaagggcgatctataggaccgtctaagtatactggtttaacaatacacgataacgtagagagagatataaatgacattaaggaaatatttgagtctaaaagaaattactgtgcgaatattagattaagtgaaaaacgctgataaaaagtctaataaatagatttcgataatctaaacaatactagtcattcaaaagcccttccgcgtttgatagctcacctaagcgaaaaataaaaaatccagaagatgagaaatctggattatttaattataaaagtttctctgcatccaagaggcgcaaaaccaatcaaaggacaaagaaatggtcaaacgatttaatatatccaaatgaattccaatacggcgaaaaagtagtaataaaacacagtaaaacctagcaaaataatctaacattaatattactacgataagctatataatagcagcaatattaactttaactcttacataatcattgagatattgcgagttaattctttataaatgttataataaaatatgacaccgagaaaaagaatgcTCT--A---------T--TTT-TTTTAA-A-----TC-A-TCTT--------GAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTT-CATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTG---CA-ATCTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CCA-A---T--TAT-A---A-GAATAC---C---AGA-A--A-A-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTT-A------------A--------ATGT-------AT--TA-ca
gi|21 : CCCCTGGGGC-----ACCC--C--A-G--TTGA--GTAA-T-A----A-T---G-TAGG--CCTCTGT-G----------GAAGGTTT-TT-AAAC---CCT--T---ATTTACCCCG-TGT---T-TTGTTGTTTAG-TCGTTTGGAA-AATT-G-AA-TTAAAAAAA--AAA-TGTTT-----AA-AC---TCAAAAAAAA
gi|22 : cc-A-T-CTT---TA-TT-C-AA--A-C-----AG-ATACA-AGGAACCCCTGG--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGGA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-A----------GAGG--TT-CT-A------CCT--C---A--TA---C---------GTTGTTGTTTA--TTATT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAA--A-A-TG--T-----AA-A-----AAAAAAAAa
gi|23 : G--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---TA-------CGTTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAA--A-A-TG-TG-----AA-ACTGTTAAAAAAAAA
gi|24 : -----ACCC--A--G-G--T-GA--GGCA-T-A--T-A-T---G-AAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---CGTTGT---TGTTG-TG--TA--TTGAT--GAA-AA-G-G-AA-T-----AAA--Aaaaa
gi|3 : aAAAAAAAAAA-T-GTTC-AGGTTGTGAA-CTATAGTAGATACTAG-AA--------TAT-ATT-GAA---CA-TTTTTAAA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TGTGGG---AAAAT-A-TC-TGA-ATTA------------------ATG-A-AA------TT-TAAT--A-----GAAC-------A--TGAA-A-----AACCGAA-AT-AACA-----------TTTTTT--TAAT-GT------CA--------TG--TTCAT--T-GT-AGGATATAAA--TATACAGA--TATAA--AA--TGAAA--TG-------------------A-A-TCGGAT------------AG---CGCAA--ATGCGCTTTT--AA--------T--TTT-TTT--A-A-----TC-A-TCTT--------TAT---ACATGTATC--AGC--A--TCA--TTT-CATAACA--AA---AAGTGCG-A-G--A-A------GTGT---AAA--------------------CTTTTG--A-----AAA--T-TG--T-------AG-G-A-AA------A---T--TGT-A---T-GA-TA----------A-T--A-C-T-TC---TTTT----------GT-------T----TGAATGAAGGTATATC----TTGGA----ACAA--T-A--------ATAT-------AT--TG-TATA----------CTT------------------------TT----ATA---------C-TTACA---ATC-TT-TA----TACAGGAC-A-A-ACT---T-----------A-C-----CG-ATCCA-GA-----NNNNN--N-----NNNN--N--N-N--N-NN--NNNN-N-N--N-N-N---A-GAGAG-CCCCTGA-GCACTCCAGGTGAGG--TT-AT-ATGGGGGCCTGCT---G--TG---CG-AGT---TGT--TTGTATA--TTGTG--GGA-AA-T-G-GA-TTTTA-AAA--ATT-TG-GG-----AA-AA---TAAAAAAAAAattgggggaaaaactc
gi|4 : aaaatgtatgattgaataattctataaaacataaaggtaagccactatttctaaacttcggggtaaaaggtgacattttttacgttaaagatatgtttacaacagaaggtataagatatattaatgacattaaagaaaatattgagttaaaaaaaatacttgtgcgaatatgtaataataaaaaaacgctctttaaaaggtaaaataaggattacaatgtaaacaatgccaatattcaagttttacttttgccggtaaataaaaaatccagaacttgagaaataaggattttattttaaaggtctacagtcaaaagacacaaaagtcaataatggaaattaaaagaaatggtcaaatggattcaatatatcaaatgagcaatgggaaaatatatacccagctaaaaataataactgtatttgatacaatgtaagcaaatagcagaatgtaactttaaactctttatacgtaatcaattgaattgtaactactgtacatgtataacgtaaatgaaaggaataaaaaaaggagcaaTAGCAAAAAATAT-GTTCCAAGTTGTGAAAC---A--AGCTG---GTAA--------TATGATTCGAGTCGCA-TTT---AA--TATTGTGGGATGTCGCAAGAAACA--AGAATTA-T-TATAGG--GAAATT-A-TC-TGA-ATTAATG-AATTTGATATTATCA-G-G-AAAGCAAGTTGTTGT--A-----AGATGTTTTTAA--TGAGAAT--T-CACCGAA----CACA--ACAAATTTAATATTTAAGAAT-ATGGTTGGCATTAGGTAGTA---CCATAAC-GT-A--ATACAAAAATGAATAAA--TATAAGGAA--TGAAA--TGTTAGGATGTACTGCAATTAA-A-T-GAAT-C-TA--G-T-AGAGGGTACAT--ATGCGCCTCTG-AA--------TTGTTT-TTTGAA-A-----TCGA-TCTT--------CTC---A------T
gi|4 : aataaaatggaataaagaagctt--A-A------GTGTTT-AAAAGC-A-A--TTGAGGCAAGTCTTTTG--ATGAACAA---T-TG--T-------AG-C-AAGA--CC--AAAATGGTAT-AGGGA-GAGTA----CC--AGA-ATGA-CCG-TTATATTTG----------GTTAAA---T----TGAAT------ATGAAAATATTG-ATGATACAA--T-ACACTGACTATGT-------AT--TA-TATATATAT--C-TATTACGTTTCCTCTGATAAT-A--TGCCT----ATATGTTACTGGC-TTATAC--ATC-TT-TA-T--TACA---T-A-T-ATTGTTTA-TT-C-AA--A-CA----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--TGCTAAACCC--CAAG-G--T-GA--atcgagctgatacaaattgctaaaagcaaccggtagggataagatgggaaatgaggcatgcacgttaggttcggcatttaatgaaagtgtttaaaagcaattgaggcaagtcttttgatgaacaattgtagcaagaccaaaatggtatagggagagtaccagaatgaccgttatatttggttaaattgaatatgaaaatattgatgatacaatacactgactatgtattatatatatatctattacgtttcctctgataatatgcctatatgttactggcttatacatctttattacatatattgtttattcaaacacgatccagggagcccctggtgctaaaccccaaggtga
gi|5 : aataaaatggaataaagaagctttagcaaaaaatatgttccaagttgtgaaacaagctggtaatatgattcgagtcgcatttaatattgtgggatgtcgcaagaaacaagaattattatagggaaattatctgaattaatgaatttgatattatcaggaaagcaagttgttgtaagatgtttttaatgagaattcaccgaacacaacaaatttaatatttaagaatatggttggcattaggtagtaccataacgtaatacaaaaatgaataaatataaggaatgaaatgttaggatgtactgcaattaaatgaatctagtagagggtacatatgcgcctctgaattgttttttgaaatcgatcttctcatatcgagctgatacaaattgctaaaagcaaccggtagggataagatgggaaatgaggcatgcacgttaggttcggcatttaatgaGTAACAAAAAAT-T-GTTC-AAGTTGTGA--C---A--G--TG---G-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-TATATGGG--AAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGGAATTTAATA-TATCATGTA-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG--T--T-CACAGAA-A---ACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-GT------CA--------TA--TCTAT--T-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-AAAT-C-T---G-T-GAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCTT--------TTT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGTG-A-G--A-A------GTGTT--AAAAGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CC--A---T--TAT-A---A-GAATA----C---ACA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--T-TCTT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCA--C--G-G--T-GA---GTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---CGTTGTAACTGTTGTTGTTAA--TTATT--GAA-AA-T-G-AA-T-----AAA--ATA-TG-TT-----CA-AC---TAAAAAAAAA
gi|6 : -ATT-G-G---CA-TTTT--AA--TATT--GG-ATGTC-CA-GAAATG--A-A-TTA-T-TATGGG--AAAAATTA-TCCTGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGTTTA-----GGAT-TTTTTAA--TAAG-TT--T-CACCGAA-AC-AAC----CAAA---AACATTTAATAAT-A-------CA--------TA--CCCAT--CGGTAAGGATAC-AAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAAT-TG-AAG-----ATTACA---AAGA-T-GAA--C-T---G-T-TAA---TACAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC----TTT--------TAT---A------TC--AGT--A---TA--TTTTCA-AACA--GA---GGGAGCG-A-AACA-A------GTGTT--AAAAGC-T-ATTTTA---CA-GTATTTTG--AAG---AA---TGTG--T-------A--C-A-GA--CCA-A---T--TAT-A---AGGAATAC---C---AGA-A--A-C-GTTT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTGAA----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TACA---AT--T---TT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATCTTT-TA-C--TAC----T-ATT-ATT---TATTT-C-AA--A-C-----CG-ATCC--GGGAGCCCCTGG--C-----A-CC--C--G-G--T-GA--GCTA-TAA--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGTGG----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---CGTTGT-----TTGTTGTTTA--TCG-T--GAA-AA---G-AA-T-----AAA--AAAGGG-TT-----AA-AC---TCAAAAAAAA
gi|7 : --TG-T-G-----ATTTCA---AA-A-T-GAAT-C-TTCTG-T-GAA---TGCAACTATGCGCT-CT--AAATTATTCTT--TTT-TTTGAAGA-----TC-A-CCCTCCATCTCATATC--A------TC--AAT--AC-TTA--TTT-CATAACATAAG---GGGTGCG-AAG--ACA------GTGTT--AAATGCCACA--TTA---C--GT-TTTTG--A-----AAAC-T-TG--T-------AGAC-A-GA--CC--AAG-T--T-T-A---G-CAATAT---C---AGATA--A-C-G-TT---T-------------GT---AA--T----TGAAT------A--AT----TTA-A----ACA---T-A--------A----------GT--TA-TATA---CT--T-TATC---T-------------------CTA----ATA---------C-T---A---ATC-TTATA-T--TAC----T-G-C-ATT---T--TT-C-AA--AAC-----CG-ATCCA-GGAAGCCCCT-G--C-----ACCC--A--G-AT-T-GAGCGGTACT-A--T-ATT---G-GATG---CT-TGT-------------AGG--TT-TT-A------CCT--C---AT-TC---CAGTG----TGTTA-CGTT------GTT--GAA-AA-T-G-AATT-----AAA--AAA-CGTTT-----AA-AC---TAAAAAACAA
gi|8 : ttacatagtcttagtttaggttacaatcaaattttaaaaccagtggtt--TG-T-G-----ATT-CA---AA-A-T-GAATTC-T---G-TGAAA---TGCAA--ATGCGC-TCT--AAATTTTT--T--TTT-TTTGAA-GATCACTC-A-TCTC--------TATC--A------TC--AAT--ACGTTA----TTCATAACAT-AA---GGGTGCGAA-G--A-C------ATGTT--AAATGC-A-A--TTA---C--GTTTTTGA--A-----AA---T-TG--T-------AGAC-A-GA--CC--AAC-T--TGT-AG--A-CAATA----C---AGATA--A-C-G------TTTT----------GTA--A---T----TGAAT------AT-TA----T---A----ACAACCC-A--------GAAT-------AT--TACTCTA---A---------------------------------------GTA---------C-TTCTA-----------A-T--TAC----TGG-C-ATT---TAGTT-CAAA--A-C-----CGTATCCA-GCGAACCCCT-G--C-----ACCC--A--G-A--T-GA--GGT--T-A--T-ATT---G-GAAGG--CTATGT-A----------GAAG--TTATTGA------CCT--C---AT-TA---TG----------TGTTGTTTACGTTGTT--GAATAA-T-GAAA-T-----AAA--AAA-CGCTT-----AA-AC---TAAAAAAAAAaa
gi|9 : tagtcttagttttaggttcaatcaaattcacaaaaccagggttAAGTGTGTTAA--GATTA--AA--TAAAA--T--TAG-----AT-ACA---AA-AAT-GAAT-CCT---GAT-AAA---TCAAA--ATGTGCTTCT--AA--------T--TCT-TT--GA-A-----TT-ACTCTT--------TAT---A------TC--GG---A--TAG------CATAACA--AA---GGaaccgaaa
gi|9 : -A-A--TTA---C---TCTTT----A-----TA---T-CGGAT-------AG-C-A-TA--AC--A-------A--A---G-GAATA----CCTAAAA-A--A-T-G-TTGCATTTT----------GT---A---T------------------AA----CTG-A----------TGA--------ATGT-------AT--TAGTATA---ATGGT-TCTC---TCT-----G----T-AAATGCTT----ATA--------------TC---AGC-TT-TA-G--T-C----C-A-T-------TA-AT-C-TA--A-C-----CG-A--CA-GGA--CTCC--G--C-----ACTG--C--A-G----GA--G-TA-T-A--TCA-TAGCG-GAGGGGCCT---T-G----------GAG---TG-TT-A------CCT--C---AACTA---CGTTGT---TGTTG-----------------AA-AA-TCG-AA-T-----AAAAGAAA-CG--T-----AA------TAAAAAAAAAaatacctaaaaaatgttgcattttgtataactgatgaatgtattagtataatggttctctctgtaaatgcttatatcagctttagtccattaatctaaccgacaggactccgcactgcaggagtatatcatagcggaggggccttggagtgttacctcaactacgttgttgttgaaaatcgaataaaagaaacgtaataaaaaaaaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GACATAAGCTGATTAATATTTCGAGTTCTAAAAAATACTGTGCGAATTTATAATAATGGAAACGGCTGTAAAAAAAGTTAACATATAGATATTGGAGAATGTAAAGCAATCAATTCAAAAGCCTTACTTTACTACCACGGAAGTAATAAAAATCCAGAAAGTGAGAAATCAGATTTTTATTAAAGTTCTACTTAAAAG
Unaligned ( gi|25 ): TATGAATTACTATAATGTAAACAATACGTACCAATATTCAAAAATAAAAATTCCAGAACTTGAGAAATCAAGATTTTGTT
Alignments
lowQualScore : 1 222222222222 22222222 1111111 1111111111111 11111111 111 2222222 111 22222222222222 44444444444444444444444 1111 1 11111 22222222 11111111 111 222222 111111 111 11111111 111 1111111111 222222222 111 1111111111111111111 111111111111111111111 1 4444444444444444444444444444444444 11111111111 11111111111111111111111111 11111 1111111111 111111 3333333333333 11111111111 11111111
lowQualScore : 888 0 6 777777777777 6 44444444 5 2222222 5 7777777777777 5 5 5 77 5 1 555 999 5 5 5 5 5 3 6 3 999 6 66666666 111 99 8888888 6 000 33333333333333 3 88888888888888888888888 3333 6 5 777 55 55 77 3 1 88888 33 555 3 6 3 3 00000 777 555 44 77 44444444 88 3 33 3 77777 3 6 44 11111111 111 888888 44 555 77 000000 77 555 8 4 55 4 111111 99 5 3 3 44 555 333 33333333 111 2 0000000000 5 2 2 33 222222222 2 777 2 5555 77 5 33 2 888 444 9999999999999999999 6666 888888888888888 5 111111111111111111111 9999999 44 2 3333333333333333333333333333333333 1 7777 66666666666 0 8888 3 3 66666666666666666666666666 2 2 33 2 99999 2 2 0 33 77777 55555 2 55 2 33 2 2 33 4 9 888 2 4 1 2 0000000000 33 2 2 000000 33 444 99 444 7777777777777 1 55 55 2 666 2 666 999999 444 66 33 33333333333 2 88888888
lowQualScore : ... . . ............ . ........ . ....... . ............. . . . .. . . ... ... . . . . . . . . ... . ........ ... .. ....... . ... .............. . ....................... .... . . ... .. .. .. . . ..... .. ... . . . . ..... ... ... .. .. ........ .. . .. . ..... . . .. ........ ... ...... .. ... .. ...... .. ... . . .. . ...... .. . . . .. ... ... ........ ... . .......... . . . .. ......... . ... . .... .. . .. . ... ... ................... .... ............... . ..................... ....... .. . .................................. . .... ........... . .... . . .......................... . . .. . ..... . . . .. ..... ..... . .. . .. . . .. . . ... . . . . .......... .. . . ...... .. ... .. ... ............. . .. .. . ... . ... ...... ... .. .. ........... . ........
lowQualScore : 777 8 7 000000000000 7 22222222 7 4444444 7 0000000000000 7 7 7 99 7 4 999 666 7 7 7 7 7 2 7 2 333 7 88888888 555 22 3333333 7 888 33333333333333 2 22222222222222222222222 8888 7 5 999 55 55 99 3 2 33333 88 888 3 7 3 3 11111 111 888 66 33 22222222 55 1 88 1 77777 1 2 22 22222222 555 888888 22 000 99 666666 99 888 9 4 55 0 555555 55 2 3 3 66 888 777 00000000 000 7 3333333333 3 7 7 77 222222222 7 333 7 7777 33 3 99 9 000 000 8888888888888888888 1111 333333333333333 7 666666666666666666666 3333333 22 3 4444444444444444444444444444444444 8 1111 33333333333 2 8888 1 1 55555555555555555555555555 7 7 77 7 33333 7 7 1 22 88888 11111 2 33 2 11 4 4 22 7 4 222 4 7 2 4 3333333333 22 4 4 999999 22 111 77 111 6666666666666 2 66 66 4 111 4 555 888888 111 55 22 44444444444 5 55555555
consensus : GTAACAAAAAAT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TATGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG-AT--T-CACCGAA-A-CAACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-AT------CAT---A--T----CCAT--C-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CC--A---T--TAT-A---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--T-TCTT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--C--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C--G-TGT---TG-TTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--AA-C-G-TT----AA-A----C---TAAAAAAAAA
Reference ( family-3332 ) : GTAACAAAAAAT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TATGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG-AT--T-CACCGAA-A-CAACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-AT------CAT---A--T----CCAT--C-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CC--A---T--TAT-A---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--T-TCTT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--C--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C--G-TGT---TG-TTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--AA-C-G-TT----AA-A----C---TAAAAAAAAA
gi|1 : AAAAAAAAAT-T-----CAAGTTTTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATT-GAA---CA-TTT---GA--T--T-TGG-ATGTC-CT-GAAACA--A-AATTT-G-TATTGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATT-TAACATG-G-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGA---TTTTAA--TGAG--T--T-CACCGAA-A-CAACA--AC--A---AT--TTTA------------------------------AT--T-GT-AGGATAT-AAAATATACAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-T-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTTT--AA--------T--T-----------------------T--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---AGGTGCG-A-G--A-AGTGCACGTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-AACTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-CGA-AA--CA--A---T--TAT-G---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-T-TT---TTTTTAATGAAGGAAT---ATCTT----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGTACATTGCAT--TA-TATA---AT--T-TC-T---TTT----TG----T-A--TACTTATAAATA---------C-TTCTA---ATC-TC-TA-T-----------------------------AA--A-C-----GG-ATCCA-GGAAGCCCCTGG--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-ATGT-A-T---G-GAGGG-TCTTTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA--------TGT---TT-CTGTTGTATA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AAAATA--A--AA-A-T-TT----AA-AAT--T---TAAAA
gi|10 : gaaaatattttgatgacatattagaaactaacggaatagattttgaatatttgctgcgaagcaacattgttaacccgaatgatctaaatattttgaaaaaaaattcccaaaattttataaagaaattttatgtagctttgatgaatggaaatccgtaaatcaactacgaattcagcttgctgaaattttaaggttgaataattctataaatcataaacgtacatgtaagccgccctaaggtggcattttatacgttgaagatgtgtttacaatagaaggtataagacatataaatgccattaagaaagtattcaatcgaaaagaaattacctttgcgaatatatgataatgaaaaacgctatcaaaaggttaaatatagattactataatttaaacaattataaacaaaacatccagaacttgagaaatcataattttactataaagttctaatgtcaaaaaagacgtaactatcgataatggaaaagaaacgtttaattgaatttaaatttaaaatgagcaatgatttaaaatatatacacagcgaagataataaaatttaatatatttgataagtaaatagcagaatttaacttaaactctaacttaatcagttgaattggaactttactgtaaataaatggaataaagaagtaataAAGTGTGTTAA--GATTA--AA--TAAAA--T--TAG-----AT-ACA---AA-AAT-GAAT-CCT---GAT-AAA---TCAAA--ATGTGCTTCT--AA--------T--TCT-TT--GA-A-----TT-ACTCT--T--------TAT---A------TC--GG---A--TAG------CATAACA--AA---GG
gi|10 : -A-A--TTA---C---TCTTT----A-----TA---T-CGGAT-------AG-C-A-TA--AC--A-------A--A---G-GAATA---CCTAAAA-A--A-T-G-TTGCATTTT----------GT---A---T------------------AA----CTG-A----------TGA--------ATGT-------AT--TAGTATA---ATGGT-TCTC---TCT-----G----T-AAATGCTT----ATA--------------TC---AGC-TT-TA-G--T-C----C-A-T-------TA-AT-C-TA--A-C-----CG-A--CA-GGA--CTCC--G--C-----ACTG--C--A-G----GA--G-TA-T-A--TCA-TAGCG-GAGGGGCCT---T-G----------GAG---TG-TT-A------CCT--C---AACTA---C--G-T-----TG-TT------------GTT--GAA-AA-TCG-AA---T-----AA---AAGA--AA-C-G--T----AA----------TAAAAAAAAAaatacctaaaaaatgttgcattttgtataactgatgaatgtattagtataatggttctctctgtaaatgcttatatcagctttagtccattaatctaaccgacaggactccgcactgcaggagtatatcatagcggaggggccttggagtgttacctcaactacgttgttgttgaaaatcgaataaaagaaacgtaataaaaaaaaat
gi|11 : aagtgtgttaagattaaataaaattagatacaaaaatgaatcctgataaatcaaaatgtgcttctaattctttgTCTTTTG--A-----AAATCT-T---T-------AG-C-A-GATTCA--A---T--TAT-A---A-CGATATATCC--AGA-A--ATC-G-GT---TTTT----------GTT--A---T----TGAAT------A-AAA----T-G-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TACA---GT--CATTTT---GTT----TG----TTA--TGCTT----ATA---------CCTTAAA---ATC-TT-TA-CAGTAC----A-A-T-ATT---AC-TT-C-AATAA-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--T-----ACCCAAC--A-GGTT-GA--GGGT-T-A--T-ACT---GTGAGGG-CCTCTGT-G----------AGGT--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C-----GT---TG--TGTTGTTTA--TCGTTA-GAA-AA-T-G-AA---T----------T--A--AA-CTG-TT----AATA----CT--TAAAAAAAAAt
gi|12 : caGTAGCCAAAATT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATC---------------------------G-ATGTC-CA-GAGACA--A----TA-T-TACGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATaa
gi|13 : tctgctgtcaaaaaagacgcataaaccaataccatgaataatggaaaagaaatcgtcaaatgaattcaatatatcaaatgagcaatggaaaaatatatacacaggtaagataataaatgtatttgataggcaaattattatagcagattttaacaaaatcaattgaattgtaactatatatactgtaaataaatggaataaaTCTTTTT--A-----AA---T-CA--TCTATATCAG-C-A-GA--CA--AA--T--TATTG---A-GAATA---CC--AAA-A--G-T---TT---TTTT----------GT---A---TATCTTAAAA------ACAA------T--A----ACAA--T-A--------AT-T-------CT--TAATATA---AT--T-TCTT---TTT-----G----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA-----C-TA-GA-T---AC----T-A-TTCTT---TA-TTAC-AA--A-C-----CG-ATCCAGGGGAGCCTCTGG--------ACCCAGC--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGG---CTCTGT-G----------GA-G--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C----TGT---T--TTG----TTA--TTGTT--AAG-AA-T---------------A---A--A--AA-T-G-TGA---AA-A----A---TAAAAAAAA
gi|14 : tcaA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TACAA--ATGCGCTTC---AA--------T--TTTGTTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGA-A-A--TTA---CA-GTCTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CCA-A---T--TAT-G---A-GAATA---CC--AG--A--A-C---TT---TTTT----------AT---ATC-T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ATAA--T-A--------ATGT-------A
gi|15 : -TT---TTTT-------------------T----TGG-T------ATATC----TTG-A----A-----T-A--------GTGT-------ATAGTA-TATA---GT--T-T--T---TCC----TG----T-A--T-CT-------A---------T-TTATA---CTA-TT-TACT--TAT----T-C-T-ATT---AA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--CG----ACCC--C--GTG--T-GA--GGTA-T-A--T-ACT---G-GA-GG-CCTC--T-A----------GAGG---T-TT-A-------CT--CGATA--TA---C--G-----------TGTTGTTTA--TTGTT----A-AA-C-G-GA---T------A---A--G--AA-T-G-TG----AA-A----C---TGGAAAAAAA
gi|17 : AC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C-----GT---TG-TTGTTGTTTA--TCGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--AA-T-G-TT----AA-A----CA--CAAAAAACAAa
gi|18 : tctatttctaatattctcattaaaaattatctgtaaactcaTATAGCCATC-TT-TA-T---AC----T-G-A-AAT---TA-AT-A-AA--A-CTAATCCG-ATCCA-ATAAGTTTCTGG--T-----GCCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-A--G-A-T---G-GAGGG-CATCTTT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C-----------G-TTGTTATATA--TTGTT--AAA-AA---G-GA---T-----AA---A--ATGAA-T-T-TT----AG-AAAATC---GAAGAAAAAAa
gi|19 : gcatgtactttcaatctctgAAATTTAAAAA-----AA--AACTTGAAAAATG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AATT------T--TTT-TTTTAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---GG
gi|19 : gtatgataaataaacttg--A-----AA---T-TG--T-------CG-C-A-GA--CC--AA--T--TAT-G---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-T-TT---TTTaaaattgtcgcagaccaattatgagaataccagaaactttttt
gi|2 : gtatgataaataaacttgaaatttaaaaaaaaacttgaaaaatgtagattacaaaatgaatctgtaaatgcaaatgcgcttctaattttttttttaaatcatctttatatcagtattatttcataacaaaggaTAACGCAAAAT-AAGTTCAAAGTTGTGAA-C---A--GA----TGG-AAACAATAAGTAT--TT-GAG---CAATTT---AAATTATA-GGG-AATTC-CA-GAGAAATCA-AATTAGT-TATGGGAGGAAAAT-AACC-TGATATTAACTAGATA-AATA-T-TCATG-ACAAAACAA-TTGTGGT--ATTACGAGAT-TTTTAGAGTCGAG-ATATTACACCGAATATCAACAGGAGAAA---ATT--TTAATAATCAT------CAC---AGAT----CCAT--C-GT-AGAATAC-AAAATA-ATAAAATTATAA--AA---GAAA--TG-TAG-----AATTCA---AA-A-T-GAAT-T-C---G---AAG---AGCAA--ATGCGCTTCTAAAA--------TTATTT-TTTGAA-A-----TC-A-ACT--T--------TATAAAA------TCGAAGTTAA--TCACTTTCTCAAAACA--AAAAGGGAAGCGAA-A--A-A------GTGTTAAAAACGC-A-A--TTA---CA-TCCTTTTGAAA-----AA---A-TG----------AG-C-A-GA--CCCAA---C--T-T-A---A-AAAAA---CC--AGA-
gi|20 : gagaatttgattgacaatactagaactaatgaatagagaccaattttgcctgcgaagcacagttgttaacggaggaaccgaatgatctaaatgttttgaaaaactcccaacacttttataaagaaaagattatgtagcttaatgaatgtaaatccgtcaatcaactttacgaaattcgcttccggagggaagataaagtttatgcgagttgaatactgtactataaacaaaaggttaacccgctattctaaacccctgggtaaagggcgatctataggaccgtctaagtatactggtttaacaatacacgataacgtagagagagatataaatgacattaaggaaatatttgagtctaaaagaaattactgtgcgaatattagattaagtgaaaaacgctgataaaaagtctaataaatagatttcgataatctaaacaatactagtcattcaaaagcccttccgcgtttgatagctcacctaagcgaaaaataaaaaatccagaagatgagaaatctggattatttaattataaaagtttctctgcatccaagaggcgcaaaaccaatcaaaggacaaagaaatggtcaaacgatttaatatatccaaatgaattccaatacggcgaaaaagtagtaataaaacacagtaaaacctagcaaaataatctaacattaatattactacgataagctatataatagcagcaatattaactttaactcttacataatcattgagatattgcgagttaattctttataaatgttataataaaatatgacaccgagaaaaagaatgcTCT--A---------T--TTT-TTTTAA-A-----TC-A-TCT--T--------GAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTT-CATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTG---CA-ATCTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CCA-A---T--TAT-A---A-GAATA---CC--AGA-A--A-A-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTT-A------------A--------ATGT-------AT--TA-ca
gi|21 : CCCCTGGGGC-----ACCC--C--A-G--TTGA--GTAA-T-A----A-T---G-TAGG--CCTCTGT-G----------GAAGGTTT-TT-AAAC---CCT--T---ATTTACCCC--G-TGT---T--TTGTTGTTTAG-TCGTTTGGAA-AATT-G-AA---TTAAAAAA---A--A--AA-T-GTTT----AA-A----C---TCAAAAAAAA
gi|22 : cc-A-T-CTT---TA-TT-C-AA--A-C-----AG-ATACA-AGGAACCCCTGG--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGGA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-A----------GAGG--TT-CT-A------CCT--C---A--TA---C-----------G-TTGTTGTTTA--TTATT--GAA-AA-T-G-AA---T------A---A--A--AA-T-G--T----AA-A---------AAAAAAAAa
gi|23 : G--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---T--A-------CG-TTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T------A---A--A--AA-T-G-TG----AA-A----CTGTTAAAAAAAAA
gi|24 : -----ACCC--A--G-G--T-GA--GGCA-T-A--T-A-T---G-AAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C-----GT---TG-TTGTTGTGTA--TTGAT--GAA-AA-G-G-AA---T-----AA---A--A--Aaaaa
gi|3 : aAAAAAAAAAA-T-GTTC-AGGTTGTGAA-CTATAGTAGATACTAG-AA--------TAT-ATT-GAA---CA-TTTTTAAA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TGTGGG---AAAAT-A-TC-TGA-ATTA------------------ATG-A-AA------TT-TAAT--A-----GAAC-------A--TGAA-A-----AACCGAA-A-TAACA-----------TTTTTT--TAAT-GT------CAT---G--T----TCAT--T-GT-AGGATATAAA--TATACAGA--TATAA--AA--TGAAA--TG-------------------A-A-TCGGAT------------AG---CGCAA--ATGCGCTTTT--AA--------T--TTT-TTT--A-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---ACATGTATC--AGC--A--TCA--TTT-CATAACA--AA---AAGTGCG-A-G--A-A------GTGT---AAA--------------------CTTTTG--A-----AAA--T-TG--T-------AG-G-A-AA------A---T--TGT-A---T-GA-TA---------A-T--A-C-T-TC---TTTT----------GT-------T----TGAATGAAGGTATATC----TTGGA----ACAA--T-A--------ATAT-------AT--TG-TATA----------CTT------------------------TT----ATA---------C-TTACA---ATC-TT-TA----TACAGGAC-A-A-ACT---T-----------A-C-----CG-ATCCA-GA-----NNNNN--N-----NNNN--N--N-N--N-NN--NNNN-N-N--N-N-N---A-GAGAG-CCCCTGA-GCACTCCAGGTGAGG--TT-AT-ATGGGGGCCTGCT---G--TG---C--G-AGT---TG-T--TTGTATA--TTGTG--GGA-AA-T-G-GATTTT-----AA---A--A--A------TTTGGGAA-A----A---TAAAAAAAAAttgggggaaaaactc
gi|4 : aaaatgtatgattgaataattctataaaacataaaggtaagccactatttctaaacttcggggtaaaaggtgacattttttacgttaaagatatgtttacaacagaaggtataagatatattaatgacattaaagaaaatattgagttaaaaaaaatacttgtgcgaatatgtaataataaaaaaacgctctttaaaaggtaaaataaggattacaatgtaaacaatgccaatattcaagttttacttttgccggtaaataaaaaatccagaacttgagaaataaggattttattttaaaggtctacagtcaaaagacacaaaagtcaataatggaaattaaaagaaatggtcaaatggattcaatatatcaaatgagcaatgggaaaatatatacccagctaaaaataataactgtatttgatacaatgtaagcaaatagcagaatgtaactttaaactctttatacgtaatcaattgaattgtaactactgtacatgtataacgtaaatgaaaggaataaaaaaaggagcaaTAGCAAAAAATAT-GTTCCAAGTTGTGAAAC---A--AGC---TGGTAA--------TATGATTCGAGTCGCA-TTT---AA--TATTGTGGGATGTCGCAAGAAACA--AGAATTA-T-TATAGG--GAAATT-A-TC-TGA-ATTAATG-AATTTGATATTATCA-G-G-AAAGCAAGTTGTTGT--A-----AGATGTTTTTAA--TGAGAAT--T-CACCG-A-A-C-ACA--ACAAATTTAATATTTAAGAAT-ATGGTTGGCATTAGG--TAGTACCATAAC-GT-A--ATACAAAAATGAATAAA--TATAAGGAA--TGAAA--TGTTAGGATGTACTGCAATTAA-A-T-GAAT-C-TA--G-T-AGAGGGTACAT--ATGCGCCTCTG-AA--------TTGTTT-TTTGAA-A-----TCGA-TCTTCT--------CAT---A------TC--
gi|4 : aataaaatggaataaagaagctt--A-A------GTGTTT-AAAAGC-A-A--TTGAGGCAAGTCTTTTG--ATGAACAA---T-TG--T-------AG-C-AAGA--CC--AAAATGGTAT-AGGGA-GAGTA---CC--AGA-ATGA-CCG-TTATATTTG----------GTTAAA---T----TGAAT------ATGAAAATATTG-ATGATACAA--T-ACACTGACTATGT-------AT--TA-TATATATAT--C-TATTACGTTTCCTCTGATAAT-A--TGCCT----ATATGTTACTGGC-TTATAC--ATC-TT-TA-T--TACA---T-A-T-ATTGTTTA-TT-C-AA--A-CA----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--TGCTAAACCC--CAAG-G--T-GA--gagctgatacaaattgctaaaagcaaccggtagggataagatgggaaatgaggcatgcacgttaggttcggcatttaatgaaagtgtttaaaagcaattgaggcaagtcttttgatgaacaattgtagcaagaccaaaatggtatagggagagtaccagaatgaccgttatatttggttaaattgaatatgaaaatattgatgatacaatacactgactatgtattatatatatatctattacgtttcctctgataatatgcctatatgttactggcttatacatctttattacatatattgtttattcaaacacgatccagggagcccctggtgctaaaccccaaggtga
gi|5 : aataaaatggaataaagaagctttagcaaaaaatatgttccaagttgtgaaacaagctggtaatatgattcgagtcgcatttaatattgtgggatgtcgcaagaaacaagaattattatagggaaattatctgaattaatgaatttgatattatcaggaaagcaagttgttgtaagatgtttttaatgagaattcaccgaacacaacaaatttaatatttaagaatatggttggcattaggtagtaccataacgtaatacaaaaatgaataaatataaggaatgaaatgttaggatgtactgcaattaaatgaatctagtagagggtacatatgcgcctctgaattgttttttgaaatcgatcttctcatatcgagctgatacaaattgctaaaagcaaccggtagggataagatgggaaatgaggcatgcacgttaggttcggcatttaatgaGTAACAAAAAAT-T-GTTC-AAGTTGTGA--C---A---G----TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-TATATGGG--AAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGGAATTTAATA-TATCATGTA-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG--T--T-CACAGAA-A---ACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-GT------CAT---A--T----CTAT--T-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-AAAT-C-T---G-T-GAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TTT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGTG-A-G--A-A------GTGTT--AAAAGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CC--A---T--TAT-A---A-GAATA----C--ACA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--T-TCTT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCA--C--G-G--T-GA---GTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C--GTTGTAACTG-TTGTTGTTAA--TTATT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--TA-T-G-TT----CA-A----C---TAAAAAAAAA
gi|6 : -ATT-G-G---CA-TTTT--AA--TATT--GG-ATGTC-CA-GAAATG--A-A-TTA-T-TATGGG--AAAAATTA-TCCTGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGTTTA-----GGAT-TTTTTAA--TAAG-TT--T-CACCGAA-A-CAAC----CAAA---AACATTTAATAAT-A-------CAT---A--C----CCAT--CGGTAAGGATAC-AAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAAT-TG-AAG-----ATTACA---AAGA-T-GAA--C-T---G-T-TAA---TACAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC----TT--T--------TAT---A------TC--AGT--A---TA--TTTTCA-AACA--GA---GGGAGCG-A-AACA-A------GTGTT--AAAAGC-T-ATTTTA---CA-GTATTTTG--AAG---AA---TGTG--T-------A--C-A-GA--CCA-A---T--TAT-A---AGGAATA---CC--AGA-A--A-C-GTTT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTGAA----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TACA---AT--T---TT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATCTTT-TA-C--TAC----T-ATT-ATT---TATTT-C-AA--A-C-----CG-ATCC--GGGAGCCCCTGG--C-----A-CC--C--G-G--T-GA--GCTA-TAA--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGTGG----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C-----GT---TGTTTGTTGTTTA--TCG-T--GAA-AA---G-AA---T-----AA---A--A--AAGG-G-TT----AA-A----C---TCAAAAAAAA
gi|7 : --TG-T-G-----ATTTCA---AA-A-T-GAAT-C-TTCTG-T-GAA---TGCAACTATGCGCT-CT--AAATTATTCTT--TTT-TTTGAAGA-----TC-A-CCC--TCCATCTCATATC--A------TC--AAT--AC-TTA--TTT-CATAACATAAG---GGGTGCG-AAG--ACA------GTGTT--AAATGCCACA--TTA---C--GT-TTTTG--A-----AAAC-T-TG--T-------AGAC-A-GA--CC--AAG-T--T-T-A---G-CAATA---TC--AGATA--A-C-G-TT---T-------------GT---AA--T----TGAAT------A--AT----TTA-A----ACA---T-A--------A----------GT--TA-TATA---CT--T-TATC---T-------------------CTA----ATA---------C-T---A---ATC-TTATA-T--TAC----T-G-C-ATT---T--TT-C-AA--AAC-----CG-ATCCA-GGAAGCCCCT-G--C-----ACCC--A--G-AT-T-GAGCGGTACT-A--T-ATT---G-GATG---CT-TGT-------------AGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TT---CCAG-TG----TG-TTA-----CG--TTGTT--GAA-AA-T-G-AAT--T-----AA---A--A--AA-C-GTTT----AA-A----C---TAAAAAACAA
gi|8 : ttacatagtcttagtttaggttacaatcaaattttaaaaccagtggtt--TG-T-G-----ATT-CA---AA-A-T-GAATTC-T---G-TGAAA---TGCAA--ATGCGC-TCT--AAATTTTT--T--TTT-TTTGAA-GATCACTC-A-TCT--C--------TATC--A------TC--AAT--ACGTTA----TTCATAACAT-AA---GGGTGCGAA-G--A-C------ATGTT--AAATGC-A-A--TTA---C--GTTTTTGA--A-----AA---T-TG--T-------AGAC-A-GA--CC--AAC-T--TGT-AG--A-CAATA----C--AGATA--A-C-G------TTTT----------GTA--A---T----TGAAT------AT-TA----T---A----ACAACCC-A--------GAAT-------AT--TACTCTA---A---------------------------------------GTA---------C-TTCTA-----------A-T--TAC----TGG-C-ATT---TAGTT-CAAA--A-C-----CGTATCCA-GCGAACCCCT-G--C-----ACCC--A--G-A--T-GA--GGT--T-A--T-ATT---G-GAAGG--CTATGT-A----------GAAG--TTATTGA------CCT--C---A--T----T--A-TG--------TGTTGTTTACGTTGTT--GAATAA-T-GAAA---T-----AA---A--A--AA-C-GCTT----AA-A----C---TAAAAAAAAAaa
gi|9 : tagtcttagttttaggttcaatcaaattcacaaaaccagggttAAGTGTGTTAA--GATTA--AA--TAAAA--T--TAG-----AT-ACA---AA-AAT-GAAT-CCT---GAT-AAA---TCAAA--ATGTGCTTCT--AA--------T--TCT-TT--GA-A-----TT-ACTCT--T--------TAT---A------TC--GG---A--TAG------CATAACA--AA---GGaaccgaaa
gi|9 : -A-A--TTA---C---TCTTT----A-----TA---T-CGGAT-------AG-C-A-TA--AC--A-------A--A---G-GAATA---CCTAAAA-A--A-T-G-TTGCATTTT----------GT---A---T------------------AA----CTG-A----------TGA--------ATGT-------AT--TAGTATA---ATGGT-TCTC---TCT-----G----T-AAATGCTT----ATA--------------TC---AGC-TT-TA-G--T-C----C-A-T-------TA-AT-C-TA--A-C-----CG-A--CA-GGA--CTCC--G--C-----ACTG--C--A-G----GA--G-TA-T-A--TCA-TAGCG-GAGGGGCCT---T-G----------GAG---TG-TT-A------CCT--C---AACTA---C--G-T-----TG-TT------------GTT--GAA-AA-TCG-AA---T-----AA---AAGA--AA-C-G--T----AA----------TAAAAAAAAAaatacctaaaaaatgttgcattttgtataactgatgaatgtattagtataatggttctctctgtaaatgcttatatcagctttagtccattaatctaaccgacaggactccgcactgcaggagtatatcatagcggaggggccttggagtgttacctcaactacgttgttgttgaaaatcgaataaaagaaacgtaataaaaaaaaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GACATAAGCTGATTAATATTTCGAGTTCTAAAAAATACTGTGCGAATTTATAATAATGGAAACGGCTGTAAAAAAAGTTAACATATAGATATTGGAGAATGTAAAGCAATCAATTCAAAAGCCTTACTTTACTACCACGGAAGTAATAAAAATCCAGAAAGTGAGAAATCAGATTTTTATTAAAGTTCTACTTAAAAG
Unaligned ( gi|25 ): TATGAATTACTATAATGTAAACAATACGTACCAATATTCAAAAATAAAAATTCCAGAACTTGAGAAATCAAGATTTTGTT
Alignments
lowQualScore : 1 222222222222 22222222 1111111 1111111111111 11111111 111 2222222 111 22222222222222 44444444444444444444444 1111 1 11111 22222222 11111111 111 222222 111111 111 11111111 111 1111111111 222222222 111 1111111111111111111 111111111111111111111 1 4444444444444444444444444444444444 11111111111 11111111111111111111111111 11111 1111111111 111111 3333333333333 11111111111 11111111
lowQualScore : 888 0 6 777777777777 6 44444444 5 2222222 5 7777777777777 5 5 5 77 5 1 555 999 5 5 5 5 5 3 6 3 999 6 66666666 111 99 8888888 6 000 33333333333333 3 88888888888888888888888 3333 6 5 777 55 55 77 3 1 88888 33 555 3 6 3 3 00000 777 555 44 77 44444444 88 3 33 3 77777 3 6 44 11111111 111 888888 44 555 77 000000 77 555 8 4 55 4 111111 99 5 3 3 44 555 333 33333333 111 2 0000000000 5 2 2 33 222222222 2 777 2 5555 77 5 33 2 888 444 9999999999999999999 6666 888888888888888 5 111111111111111111111 9999999 44 2 3333333333333333333333333333333333 1 7777 66666666666 0 8888 3 3 66666666666666666666666666 2 2 33 2 99999 2 2 0 33 77777 55555 2 55 2 33 2 2 33 4 9 888 2 4 1 2 0000000000 33 2 2 000000 33 444 99 444 7777777777777 1 55 55 2 666 2 666 999999 444 66 33 33333333333 2 88888888
lowQualScore : ... . . ............ . ........ . ....... . ............. . . . .. . . ... ... . . . . . . . . ... . ........ ... .. ....... . ... .............. . ....................... .... . . ... .. .. .. . . ..... .. ... . . . . ..... ... ... .. .. ........ .. . .. . ..... . . .. ........ ... ...... .. ... .. ...... .. ... . . .. . ...... .. . . . .. ... ... ........ ... . .......... . . . .. ......... . ... . .... .. . .. . ... ... ................... .... ............... . ..................... ....... .. . .................................. . .... ........... . .... . . .......................... . . .. . ..... . . . .. ..... ..... . .. . .. . . .. . . ... . . . . .......... .. . . ...... .. ... .. ... ............. . .. .. . ... . ... ...... ... .. .. ........... . ........
lowQualScore : 777 8 7 000000000000 7 22222222 7 4444444 7 0000000000000 7 7 7 99 7 4 999 666 7 7 7 7 7 2 7 2 333 7 88888888 555 22 3333333 7 888 33333333333333 2 22222222222222222222222 8888 7 5 999 55 55 99 3 2 33333 88 888 3 7 3 3 11111 111 888 66 33 22222222 55 1 88 1 77777 1 2 22 22222222 555 888888 22 000 99 666666 99 888 9 4 55 0 555555 55 2 3 3 66 888 777 00000000 000 7 3333333333 3 7 7 77 222222222 7 333 7 7777 33 3 99 9 000 000 8888888888888888888 1111 333333333333333 7 666666666666666666666 3333333 22 3 4444444444444444444444444444444444 8 1111 33333333333 2 8888 1 1 55555555555555555555555555 7 7 77 7 33333 7 7 1 22 88888 11111 2 33 2 11 4 4 22 7 4 222 4 7 2 4 3333333333 22 4 4 999999 22 111 77 111 6666666666666 2 66 66 4 111 4 555 888888 111 55 22 44444444444 5 55555555
consensus : GTAACAAAAAAT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TATGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG-AT--T-CACCGAA-A-CAACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-AT------CAT---A--T----CCAT--C-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CC--A---T--TAT-A---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--T-TCTT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--C--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C--G-TGT---TG-TTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--AA-C-G-TT----AA-A----C---TAAAAAAAAA
Reference ( family-3332 ) : GTAACAAAAAAT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TATGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG-AT--T-CACCGAA-A-CAACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-AT------CAT---A--T----CCAT--C-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CC--A---T--TAT-A---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--T-TCTT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--C--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C--G-TGT---TG-TTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--AA-C-G-TT----AA-A----C---TAAAAAAAAA
gi|1 : AAAAAAAAAT-T-----CAAGTTTTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATT-GAA---CA-TTT---GA--T--T-TGG-ATGTC-CT-GAAACA--A-AATTT-G-TATTGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATT-TAACATG-G-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGA---TTTTAA--TGAG--T--T-CACCGAA-A-CAACA--AC--A---AT--TTTA------------------------------AT--T-GT-AGGATAT-AAAATATACAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-T-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTTT--AA--------T--T-----------------------T--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---AGGTGCG-A-G--A-AGTGCACGTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-AACTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-CGA-AA--CA--A---T--TAT-G---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-T-TT---TTTTTAATGAAGGAAT---ATCTT----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGTACATTGCAT--TA-TATA---AT--T-TC-T---TTT----TG----T-A--TACTTATAAATA---------C-TTCTA---ATC-TC-TA-T-----------------------------AA--A-C-----GG-ATCCA-GGAAGCCCCTGG--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-ATGT-A-T---G-GAGGG-TCTTTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA--------TGT---TT-CTGTTGTATA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AAAATA--A--AA-A-T-TT----AA-AAT--T---TAAAA
gi|10 : gaaaatattttgatgacatattagaaactaacggaatagattttgaatatttgctgcgaagcaacattgttaacccgaatgatctaaatattttgaaaaaaaattcccaaaattttataaagaaattttatgtagctttgatgaatggaaatccgtaaatcaactacgaattcagcttgctgaaattttaaggttgaataattctataaatcataaacgtacatgtaagccgccctaaggtggcattttatacgttgaagatgtgtttacaatagaaggtataagacatataaatgccattaagaaagtattcaatcgaaaagaaattacctttgcgaatatatgataatgaaaaacgctatcaaaaggttaaatatagattactataatttaaacaattataaacaaaacatccagaacttgagaaatcataattttactataaagttctaatgtcaaaaaagacgtaactatcgataatggaaaagaaacgtttaattgaatttaaatttaaaatgagcaatgatttaaaatatatacacagcgaagataataaaatttaatatatttgataagtaaatagcagaatttaacttaaactctaacttaatcagttgaattggaactttactgtaaataaatggaataaagaagtaataAAGTGTGTTAA--GATTA--AA--TAAAA--T--TAG-----AT-ACA---AA-AAT-GAAT-CCT---GAT-AAA---TCAAA--ATGTGCTTCT--AA--------T--TCT-TT--GA-A-----TT-ACTCT--T--------TAT---A------TC--GG---A--TAG------CATAACA--AA---GG
gi|10 : -A-A--TTA---C---TCTTT----A-----TA---T-CGGAT-------AG-C-A-TA--AC--A-------A--A---G-GAATA---CCTAAAA-A--A-T-G-TTGCATTTT----------GT---A---T------------------AA----CTG-A----------TGA--------ATGT-------AT--TAGTATA---ATGGT-TCTC---TCT-----G----T-AAATGCTT----ATA--------------TC---AGC-TT-TA-G--T-C----C-A-T-------TA-AT-C-TA--A-C-----CG-A--CA-GGA--CTCC--G--C-----ACTG--C--A-G----GA--G-TA-T-A--TCA-TAGCG-GAGGGGCCT---T-G----------GAG---TG-TT-A------CCT--C---AACTA---C--G-T-----TG-TT------------GTT--GAA-AA-TCG-AA---T-----AA---AAGA--AA-C-G--T----AA----------TAAAAAAAAAaatacctaaaaaatgttgcattttgtataactgatgaatgtattagtataatggttctctctgtaaatgcttatatcagctttagtccattaatctaaccgacaggactccgcactgcaggagtatatcatagcggaggggccttggagtgttacctcaactacgttgttgttgaaaatcgaataaaagaaacgtaataaaaaaaaat
gi|11 : aagtgtgttaagattaaataaaattagatacaaaaatgaatcctgataaatcaaaatgtgcttctaattctttgTCTTTTG--A-----AAATCT-T---T-------AG-C-A-GATTCA--A---T--TAT-A---A-CGATATATCC--AGA-A--ATC-G-GT---TTTT----------GTT--A---T----TGAAT------A-AAA----T-G-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TACA---GT--CATTTT---GTT----TG----TTA--TGCTT----ATA---------CCTTAAA---ATC-TT-TA-CAGTAC----A-A-T-ATT---AC-TT-C-AATAA-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--T-----ACCCAAC--A-GGTT-GA--GGGT-T-A--T-ACT---GTGAGGG-CCTCTGT-G----------AGGT--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C-----GT---TG--TGTTGTTTA--TCGTTA-GAA-AA-T-G-AA---T----------T--A--AA-CTG-TT----AATA----CT--TAAAAAAAAAt
gi|12 : caGTAGCCAAAATT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATC---------------------------G-ATGTC-CA-GAGACA--A----TA-T-TACGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATaa
gi|13 : tctgctgtcaaaaaagacgcataaaccaataccatgaataatggaaaagaaatcgtcaaatgaattcaatatatcaaatgagcaatggaaaaatatatacacaggtaagataataaatgtatttgataggcaaattattatagcagattttaacaaaatcaattgaattgtaactatatatactgtaaataaatggaataaaTCTTTTT--A-----AA---T-CA--TCTATATCAG-C-A-GA--CA--AA--T--TATTG---A-GAATA---CC--AAA-A--G-T---TT---TTTT----------GT---A---TATCTTAAAA------ACAA------T--A----ACAA--T-A--------AT-T-------CT--TAATATA---AT--T-TCTT---TTT-----G----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA-----C-TA-GA-T---AC----T-A-TTCTT---TA-TTAC-AA--A-C-----CG-ATCCAGGGGAGCCTCTGG--------ACCCAGC--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGG---CTCTGT-G----------GA-G--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C----TGT---T--TTG----TTA--TTGTT--AAG-AA-T---------------A---A--A--AA-T-G-TGA---AA-A----A---TAAAAAAAA
gi|14 : tcaA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TACAA--ATGCGCTTC---AA--------T--TTTGTTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGA-A-A--TTA---CA-GTCTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CCA-A---T--TAT-G---A-GAATA---CC--AG--A--A-C---TT---TTTT----------AT---ATC-T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ATAA--T-A--------ATGT-------A
gi|15 : -TT---TTTT-------------------T----TGG-T------ATATC----TTG-A----A-----T-A--------GTGT-------ATAGTA-TATA---GT--T-T--T---TCC----TG----T-A--T-CT-------A---------T-TTATA---CTA-TT-TACT--TAT----T-C-T-ATT---AA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--CG----ACCC--C--GTG--T-GA--GGTA-T-A--T-ACT---G-GA-GG-CCTC--T-A----------GAGG---T-TT-A-------CT--CGATA--TA---C--G-----------TGTTGTTTA--TTGTT----A-AA-C-G-GA---T------A---A--G--AA-T-G-TG----AA-A----C---TGGAAAAAAA
gi|17 : AC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C-----GT---TG-TTGTTGTTTA--TCGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--AA-T-G-TT----AA-A----CA--CAAAAAACAAa
gi|18 : tctatttctaatattctcattaaaaattatctgtaaactcaTATAGCCATC-TT-TA-T---AC----T-G-A-AAT---TA-AT-A-AA--A-CTAATCCG-ATCCA-ATAAGTTTCTGG--T-----GCCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-A--G-A-T---G-GAGGG-CATCTTT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C-----------G-TTGTTATATA--TTGTT--AAA-AA---G-GA---T-----AA---A--ATGAA-T-T-TT----AG-AAAATC---GAAGAAAAAAa
gi|19 : gcatgtactttcaatctctgAAATTTAAAAA-----AA--AACTTGAAAAATG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AATT------T--TTT-TTTTAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---GG
gi|19 : gtatgataaataaacttg--A-----AA---T-TG--T-------CG-C-A-GA--CC--AA--T--TAT-G---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-T-TT---TTTaaaattgtcgcagaccaattatgagaataccagaaactttttt
gi|2 : gtatgataaataaacttgaaatttaaaaaaaaacttgaaaaatgtagattacaaaatgaatctgtaaatgcaaatgcgcttctaattttttttttaaatcatctttatatcagtattatttcataacaaaggaTAACGCAAAAT-AAGTTCAAAGTTGTGAA-C---A--GA----TGG-AAACAATAAGTAT--TT-GAG---CAATTT---AAATTATA-GGG-AATTC-CA-GAGAAATCA-AATTAGT-TATGGGAGGAAAAT-AACC-TGATATTAACTAGATA-AATA-T-TCATG-ACAAAACAA-TTGTGGT--ATTACGAGAT-TTTTAGAGTCGAG-ATATTACACCGAATATCAACAGGAGAAA---ATT--TTAATAATCAT------CAC---AGAT----CCAT--C-GT-AGAATAC-AAAATA-ATAAAATTATAA--AA---GAAA--TG-TAG-----AATTCA---AA-A-T-GAAT-T-C---G---AAG---AGCAA--ATGCGCTTCTAAAA--------TTATTT-TTTGAA-A-----TC-A-ACT--T--------TATAAAA------TCGAAGTTAA--TCACTTTCTCAAAACA--AAAAGGGAAGCGAA-A--A-A------GTGTTAAAAACGC-A-A--TTA---CA-TCCTTTTGAAA-----AA---A-TG----------AG-C-A-GA--CCCAA---C--T-T-A---A-AAAAA---CC--AGA-
gi|20 : gagaatttgattgacaatactagaactaatgaatagagaccaattttgcctgcgaagcacagttgttaacggaggaaccgaatgatctaaatgttttgaaaaactcccaacacttttataaagaaaagattatgtagcttaatgaatgtaaatccgtcaatcaactttacgaaattcgcttccggagggaagataaagtttatgcgagttgaatactgtactataaacaaaaggttaacccgctattctaaacccctgggtaaagggcgatctataggaccgtctaagtatactggtttaacaatacacgataacgtagagagagatataaatgacattaaggaaatatttgagtctaaaagaaattactgtgcgaatattagattaagtgaaaaacgctgataaaaagtctaataaatagatttcgataatctaaacaatactagtcattcaaaagcccttccgcgtttgatagctcacctaagcgaaaaataaaaaatccagaagatgagaaatctggattatttaattataaaagtttctctgcatccaagaggcgcaaaaccaatcaaaggacaaagaaatggtcaaacgatttaatatatccaaatgaattccaatacggcgaaaaagtagtaataaaacacagtaaaacctagcaaaataatctaacattaatattactacgataagctatataatagcagcaatattaactttaactcttacataatcattgagatattgcgagttaattctttataaatgttataataaaatatgacaccgagaaaaagaatgcTCT--A---------T--TTT-TTTTAA-A-----TC-A-TCT--T--------GAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTT-CATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTG---CA-ATCTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CCA-A---T--TAT-A---A-GAATA---CC--AGA-A--A-A-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTT-A------------A--------ATGT-------AT--TA-ca
gi|21 : CCCCTGGGGC-----ACCC--C--A-G--TTGA--GTAA-T-A----A-T---G-TAGG--CCTCTGT-G----------GAAGGTTT-TT-AAAC---CCT--T---ATTTACCCC--G-TGT---T--TTGTTGTTTAG-TCGTTTGGAA-AATT-G-AA---TTAAAAAA---A--A--AA-T-GTTT----AA-A----C---TCAAAAAAAA
gi|22 : cc-A-T-CTT---TA-TT-C-AA--A-C-----AG-ATACA-AGGAACCCCTGG--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGGA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-A----------GAGG--TT-CT-A------CCT--C---A--TA---C-----------G-TTGTTGTTTA--TTATT--GAA-AA-T-G-AA---T------A---A--A--AA-T-G--T----AA-A---------AAAAAAAAa
gi|23 : G--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---T--A-------CG-TTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T------A---A--A--AA-T-G-TG----AA-A----CTGTTAAAAAAAAA
gi|24 : -----ACCC--A--G-G--T-GA--GGCA-T-A--T-A-T---G-AAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C-----GT---TG-TTGTTGTGTA--TTGAT--GAA-AA-G-G-AA---T-----AA---A--A--Aaaaa
gi|3 : aAAAAAAAAAA-T-GTTC-AGGTTGTGAA-CTATAGTAGATACTAG-AA--------TAT-ATT-GAA---CA-TTTTTAAA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TGTGGG---AAAAT-A-TC-TGA-ATTA------------------ATG-A-AA------TT-TAAT--A-----GAAC-------A--TGAA-A-----AACCGAA-A-TAACA-----------TTTTTT--TAAT-GT------CAT---G--T----TCAT--T-GT-AGGATATAAA--TATACAGA--TATAA--AA--TGAAA--TG-------------------A-A-TCGGAT------------AG---CGCAA--ATGCGCTTTT--AA--------T--TTT-TTT--A-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---ACATGTATC--AGC--A--TCA--TTT-CATAACA--AA---AAGTGCG-A-G--A-A------GTGT---AAA--------------------CTTTTG--A-----AAA--T-TG--T-------AG-G-A-AA------A---T--TGT-A---T-GA-TA---------A-T--A-C-T-TC---TTTT----------GT-------T----TGAATGAAGGTATATC----TTGGA----ACAA--T-A--------ATAT-------AT--TG-TATA----------CTT------------------------TT----ATA---------C-TTACA---ATC-TT-TA----TACAGGAC-A-A-ACT---T-----------A-C-----CG-ATCCA-GA-----NNNNN--N-----NNNN--N--N-N--N-NN--NNNN-N-N--N-N-N---A-GAGAG-CCCCTGA-GCACTCCAGGTGAGG--TT-AT-ATGGGGGCCTGCT---G--TG---C--G-AGT---TG-T--TTGTATA--TTGTG--GGA-AA-T-G-GATTTT-----AA---A--A--A------TTTGGGAA-A----A---TAAAAAAAAAttgggggaaaaactc
gi|4 : aaaatgtatgattgaataattctataaaacataaaggtaagccactatttctaaacttcggggtaaaaggtgacattttttacgttaaagatatgtttacaacagaaggtataagatatattaatgacattaaagaaaatattgagttaaaaaaaatacttgtgcgaatatgtaataataaaaaaacgctctttaaaaggtaaaataaggattacaatgtaaacaatgccaatattcaagttttacttttgccggtaaataaaaaatccagaacttgagaaataaggattttattttaaaggtctacagtcaaaagacacaaaagtcaataatggaaattaaaagaaatggtcaaatggattcaatatatcaaatgagcaatgggaaaatatatacccagctaaaaataataactgtatttgatacaatgtaagcaaatagcagaatgtaactttaaactctttatacgtaatcaattgaattgtaactactgtacatgtataacgtaaatgaaaggaataaaaaaaggagcaaTAGCAAAAAATAT-GTTCCAAGTTGTGAAAC---A--AGC---TGGTAA--------TATGATTCGAGTCGCA-TTT---AA--TATTGTGGGATGTCGCAAGAAACA--AGAATTA-T-TATAGG--GAAATT-A-TC-TGA-ATTAATG-AATTTGATATTATCA-G-G-AAAGCAAGTTGTTGT--A-----AGATGTTTTTAA--TGAGAAT--T-CACCG-A-A-C-ACA--ACAAATTTAATATTTAAGAAT-ATGGTTGGCATTAGG--TAGTACCATAAC-GT-A--ATACAAAAATGAATAAA--TATAAGGAA--TGAAA--TGTTAGGATGTACTGCAATTAA-A-T-GAAT-C-TA--G-T-AGAGGGTACAT--ATGCGCCTCTG-AA--------TTGTTT-TTTGAA-A-----TCGA-TCTTCT--------CAT---A------TC--
gi|4 : aataaaatggaataaagaagctt--A-A------GTGTTT-AAAAGC-A-A--TTGAGGCAAGTCTTTTG--ATGAACAA---T-TG--T-------AG-C-AAGA--CC--AAAATGGTAT-AGGGA-GAGTA---CC--AGA-ATGA-CCG-TTATATTTG----------GTTAAA---T----TGAAT------ATGAAAATATTG-ATGATACAA--T-ACACTGACTATGT-------AT--TA-TATATATAT--C-TATTACGTTTCCTCTGATAAT-A--TGCCT----ATATGTTACTGGC-TTATAC--ATC-TT-TA-T--TACA---T-A-T-ATTGTTTA-TT-C-AA--A-CA----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--TGCTAAACCC--CAAG-G--T-GA--gagctgatacaaattgctaaaagcaaccggtagggataagatgggaaatgaggcatgcacgttaggttcggcatttaatgaaagtgtttaaaagcaattgaggcaagtcttttgatgaacaattgtagcaagaccaaaatggtatagggagagtaccagaatgaccgttatatttggttaaattgaatatgaaaatattgatgatacaatacactgactatgtattatatatatatctattacgtttcctctgataatatgcctatatgttactggcttatacatctttattacatatattgtttattcaaacacgatccagggagcccctggtgctaaaccccaaggtga
gi|5 : aataaaatggaataaagaagctttagcaaaaaatatgttccaagttgtgaaacaagctggtaatatgattcgagtcgcatttaatattgtgggatgtcgcaagaaacaagaattattatagggaaattatctgaattaatgaatttgatattatcaggaaagcaagttgttgtaagatgtttttaatgagaattcaccgaacacaacaaatttaatatttaagaatatggttggcattaggtagtaccataacgtaatacaaaaatgaataaatataaggaatgaaatgttaggatgtactgcaattaaatgaatctagtagagggtacatatgcgcctctgaattgttttttgaaatcgatcttctcatatcgagctgatacaaattgctaaaagcaaccggtagggataagatgggaaatgaggcatgcacgttaggttcggcatttaatgaGTAACAAAAAAT-T-GTTC-AAGTTGTGA--C---A---G----TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-TATATGGG--AAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGGAATTTAATA-TATCATGTA-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG--T--T-CACAGAA-A---ACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-GT------CAT---A--T----CTAT--T-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-AAAT-C-T---G-T-GAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TTT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGTG-A-G--A-A------GTGTT--AAAAGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CC--A---T--TAT-A---A-GAATA----C--ACA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--T-TCTT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCA--C--G-G--T-GA---GTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C--GTTGTAACTG-TTGTTGTTAA--TTATT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--TA-T-G-TT----CA-A----C---TAAAAAAAAA
gi|6 : -ATT-G-G---CA-TTTT--AA--TATT--GG-ATGTC-CA-GAAATG--A-A-TTA-T-TATGGG--AAAAATTA-TCCTGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGTTTA-----GGAT-TTTTTAA--TAAG-TT--T-CACCGAA-A-CAAC----CAAA---AACATTTAATAAT-A-------CAT---A--C----CCAT--CGGTAAGGATAC-AAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAAT-TG-AAG-----ATTACA---AAGA-T-GAA--C-T---G-T-TAA---TACAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC----TT--T--------TAT---A------TC--AGT--A---TA--TTTTCA-AACA--GA---GGGAGCG-A-AACA-A------GTGTT--AAAAGC-T-ATTTTA---CA-GTATTTTG--AAG---AA---TGTG--T-------A--C-A-GA--CCA-A---T--TAT-A---AGGAATA---CC--AGA-A--A-C-GTTT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTGAA----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TACA---AT--T---TT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATCTTT-TA-C--TAC----T-ATT-ATT---TATTT-C-AA--A-C-----CG-ATCC--GGGAGCCCCTGG--C-----A-CC--C--G-G--T-GA--GCTA-TAA--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGTGG----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C-----GT---TGTTTGTTGTTTA--TCG-T--GAA-AA---G-AA---T-----AA---A--A--AAGG-G-TT----AA-A----C---TCAAAAAAAA
gi|7 : --TG-T-G-----ATTTCA---AA-A-T-GAAT-C-TTCTG-T-GAA---TGCAACTATGCGCT-CT--AAATTATTCTT--TTT-TTTGAAGA-----TC-A-CCC--TCCATCTCATATC--A------TC--AAT--AC-TTA--TTT-CATAACATAAG---GGGTGCG-AAG--ACA------GTGTT--AAATGCCACA--TTA---C--GT-TTTTG--A-----AAAC-T-TG--T-------AGAC-A-GA--CC--AAG-T--T-T-A---G-CAATA---TC--AGATA--A-C-G-TT---T-------------GT---AA--T----TGAAT------A--AT----TTA-A----ACA---T-A--------A----------GT--TA-TATA---CT--T-TATC---T-------------------CTA----ATA---------C-T---A---ATC-TTATA-T--TAC----T-G-C-ATT---T--TT-C-AA--AAC-----CG-ATCCA-GGAAGCCCCT-G--C-----ACCC--A--G-AT-T-GAGCGGTACT-A--T-ATT---G-GATG---CT-TGT-------------AGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TT---CCAG-TG----TG-TTA-----CG--TTGTT--GAA-AA-T-G-AAT--T-----AA---A--A--AA-C-GTTT----AA-A----C---TAAAAAACAA
gi|8 : ttacatagtcttagtttaggttacaatcaaattttaaaaccagtggtt--TG-T-G-----ATT-CA---AA-A-T-GAATTC-T---G-TGAAA---TGCAA--ATGCGC-TCT--AAATTTTT--T--TTT-TTTGAA-GATCACTC-A-TCT--C--------TATC--A------TC--AAT--ACGTTA----TTCATAACAT-AA---GGGTGCGAA-G--A-C------ATGTT--AAATGC-A-A--TTA---C--GTTTTTGA--A-----AA---T-TG--T-------AGAC-A-GA--CC--AAC-T--TGT-AG--A-CAATA----C--AGATA--A-C-G------TTTT----------GTA--A---T----TGAAT------AT-TA----T---A----ACAACCC-A--------GAAT-------AT--TACTCTA---A---------------------------------------GTA---------C-TTCTA-----------A-T--TAC----TGG-C-ATT---TAGTT-CAAA--A-C-----CGTATCCA-GCGAACCCCT-G--C-----ACCC--A--G-A--T-GA--GGT--T-A--T-ATT---G-GAAGG--CTATGT-A----------GAAG--TTATTGA------CCT--C---A--T----T--A-TG--------TGTTGTTTACGTTGTT--GAATAA-T-GAAA---T-----AA---A--A--AA-C-GCTT----AA-A----C---TAAAAAAAAAaa
gi|9 : tagtcttagttttaggttcaatcaaattcacaaaaccagggttAAGTGTGTTAA--GATTA--AA--TAAAA--T--TAG-----AT-ACA---AA-AAT-GAAT-CCT---GAT-AAA---TCAAA--ATGTGCTTCT--AA--------T--TCT-TT--GA-A-----TT-ACTCT--T--------TAT---A------TC--GG---A--TAG------CATAACA--AA---GGaaccgaaa
gi|9 : -A-A--TTA---C---TCTTT----A-----TA---T-CGGAT-------AG-C-A-TA--AC--A-------A--A---G-GAATA---CCTAAAA-A--A-T-G-TTGCATTTT----------GT---A---T------------------AA----CTG-A----------TGA--------ATGT-------AT--TAGTATA---ATGGT-TCTC---TCT-----G----T-AAATGCTT----ATA--------------TC---AGC-TT-TA-G--T-C----C-A-T-------TA-AT-C-TA--A-C-----CG-A--CA-GGA--CTCC--G--C-----ACTG--C--A-G----GA--G-TA-T-A--TCA-TAGCG-GAGGGGCCT---T-G----------GAG---TG-TT-A------CCT--C---AACTA---C--G-T-----TG-TT------------GTT--GAA-AA-TCG-AA---T-----AA---AAGA--AA-C-G--T----AA----------TAAAAAAAAAaatacctaaaaaatgttgcattttgtataactgatgaatgtattagtataatggttctctctgtaaatgcttatatcagctttagtccattaatctaaccgacaggactccgcactgcaggagtatatcatagcggaggggccttggagtgttacctcaactacgttgttgttgaaaatcgaataaaagaaacgtaataaaaaaaaat
blockSeqs : AA C A TATAGTAGATAC T ACAATAAG G CGAGTCG A TTAAATATTT G G A TC G A GT AGG T A C T A T T A AC G ATTACG TGT GT ATATTA T TCA ACAAATTTAATA A ATGGTTGGCATTAGGTAGTA AAC A A ATT GG CT AA T A GATGT TA ATT G A C T TTCT AT GGG CT AA ATTATTCT TA G TG G ATCAC G C TC CCATCTCA AAA CATGTA GA TTA CG CTTTCT TA AAG A A AC C . AA T C C TT AGG AAG ATGAAC ATC G TCTATATC A . A TT AAAATGG T GGG G TATC TA T TG T CG GCA GTTAAA ATCT GAAGGTATATC G TGATACAATACACTGACT . AG G TATATCTATTACGTTTCCTCTGATAATA G . TGTTACTGGC GCCA T A TTACATATATTGTTTA A A TA A TAATC T G GG GCTAA AAC T GT T GC C A . C C AGC T G C G CACTCCAGGT GT A G TGGGGG GC GAT AC CCC GTTGTAACTG T CG TG T TC A TTT TAAAAA . AG TG TTTGGG T AAATC
blockSeqs : AT A . AAGC . . . GAG . AAATTATAG . . . . . A TA G . . . . G T . A TA . TTA TT . AATT . TA GGAGAAAATT A CATCACAGAT CG . A G . . T . A . TA . . A . . CT TG . . G ATTTTT TG . TT . . . C . . C . . T C TTTT T . A . . . . T C . . . . AG AAA AC . GAT A . . . CAAC . G . C TA T . . GT ATA ATATC . ATGAAAATA A ACAACCCA . . A ATGGTTCTCTCTGTAAA G . CC CA . . CAGTACAATATTAC . . . . A . . . G AGC . T . . . . . C C AGC . G C . . . . . AAC . . TT . CAGTGTG T G A . TT . T A . AG . CTGTT . CTGT
blockSeqs : T C . AAG . . . GAA . AATATTGT . . . . . A T G . . . . A T . A A . A TT . TTT . CA ACAAAATTA A GTCATGT C . A T . . . . A . TT . . . . . TA AT . . . TT . . TG . . . . . . C . . T . TTTT . . . . . . . . T . . . . AT AAG A . GAT . . . . AAGT . . . C . . . . G GCA GTTA . ATAAA . ACAATA . . C ATGGTTCTCTCTGTAAA G . C A . . TACAGGACAAACTT . . . . . . . . . CAA . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . AC . GAGTTG T . . . TC . . A . . . TGTGA . CT
blockSeqs : T . . AGA . . . GAG . AATATTT . . . . . A T A . . . . . . . . G . A TT . TT . C CAAAAACA A GTCATAT T . . T . . . . A . TG . . . . . CT T . . . . . . TT . . . . . . . . . T . TTT . . . . . . . . A . . . . AA AA . . T . . . . AACT . . . C . . . . G . GTAA . ATATC . ACAATA . . G GTCATTTTGTTTGTTA G . T A . . CTACTATTATTTAT . . . . . . . . . CA . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . . . GTGTT T . . . T . . A . . . TGTTT . CA
blockSeqs : T . . AG . . . GG . TAATATT . . . . . . T A . . . . . . . . A . A C . A . . TTT . ACATAC T . . T . . . . A . TA . . . . . T T . . . . . . TG . . . . . . . . . C . TTT . . . . . . . . A . . . . AG AA . . T . . . . AAT . . . C . . . . T . GTAA . ATAAA . ATAATA . . . ATTTCTTTTTTGTA G . C C . . TTACTGGCATTTAG . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . GTTGT A . . . T . . A . . . GGGTT . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . A . TA . . . . . T T . . . . . . TG . . . . . . . . . T . TTT . . . . . . . . A . . . . AG A . . T . . . . AAT . . . C . . . . G . GTA . ATAAA . ACAATA . . . ATTTCTTTTTGTA G . C A . . CTTATTCTATTAA . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . GTTG T . . . C . . A . . . CGTTT . C
blockSeqs : G . . . . A . TT . . . . . C T . . . . . . TG . . . . . . . . . T . TTT . . . . . . . . T . . . . G A . . T . . . . AAT . . . C . . . . T . GTA . ATAAA . ACAATA . . . GTTTTTCCTGTA G . C A . . TACTATTCTTTA . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . GTTG T . . . T . . A . . . CGCTT . C
blockSeqs : . . . . . A . A . . . . . T T . . . . . . TG . . . . . . . . . T . TTT . . . . . . . . T . . . . G A . . T . . . . AAT . . . C . . . . G . GTA . AAAA . ACAATA . . . ATTTTTTTTGTA . . C A . . TTACTATATTTA . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . TGTT T . . . T . . A . . . TGTG . A
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . T T . . . . . . TG . . . . . . . . . T . TT . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . AAT . . . C . . . . G . GTA . ACAA . ACATA . . . CTTTATCT . . C A . . TACTGAAATTA . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . GTTG G . . . T . . A . . . TGTT . C
blockSeqs : . . . . A . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . AT . . . T . . . . G . GTA . ATTA . TGA . . . CTT . . . A . . TTACTGCATTT . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . GTTG A . . . G . . A . . . TTTT . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . AT . . . C . . . . G . GTA . AAT . ATA . . . A . . . . . . GTCCATTA . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . GTTG T . . . T . . A . . . TGTG . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . AT . . . . . . . . . . GT . AA . TGA . . . . . . GTCCATTA . . . . . . . . . N . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . ACG T . . . T . . . . . . TGTT . C
blockSeqs : A . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . AA . A . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . ATG T . . . T . . . . . . CGT . .
blockSeqs : A . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . T . . . . . . TGT . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . CGT . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . .
blockSeqCons : TAATATTT***** TT* ATT**** ACAAAATTA***** ATCATGT**************** TG ****** A******* AAT****** GTA**************** ******* ATTTCTTTCTGTA********************* **** TTACTATATTTA************** C**** ** GTTG********* *** CGTT******* C*******
originalCons : GTAACAAAAAAT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TATGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG-AT--T-CACCGAA-A-CAACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-AT------CAT---A--T----CCAT--C-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CC--A---T--TAT-A---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--T-TCTT---TTT----TG----T-A--TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-T-ATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--C--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---C--G-TGT---TG-TTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--AA-C-G-TT----AA-A----C---TAAAAAAAAA
finalCons : GTAACAAAAAAT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CA-TTTTAATATTT-----GG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TATGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGATT-TTTTAA--TGAGATT----CACCGAA-A-CAACAACAAAATTA-----TTTAATAATATCATGT----------------CCAT--C-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTGA-------AA---T-TG--T-------AG-C-A-GA--CCAAT------TAT-A---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-G-TT---TTTTGTA----------------T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATAATTTCTTTCTGTA---------------------TGCTT----ATA---------C-TTATA---ATC-TT-TATTACTATATTTA--------------TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCCC----G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TA---CGTTG---------TTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--AACGTT-------AA-AC-------TAAAAAAAAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GACATAAGCTGATTAATATTTCGAGTTCTAAAAAATACTGTGCGAATTTATAATAATGGAAACGGCTGTAAAAAAAGTTAACATATAGATATTGGAGAATGTAAAGCAATCAATTCAAAAGCCTTACTTTACTACCACGGAAGTAATAAAAATCCAGAAAGTGAGAAATCAGATTTTTATTAAAGTTCTACTTAAAAG
Unaligned ( gi|25 ): TATGAATTACTATAATGTAAACAATACGTACCAATATTCAAAAATAAAAATTCCAGAACTTGAGAAATCAAGATTTTGTT
Alignments
lowQualScore : 1 222222222222 22222222 1111111 2222222 11 11111111 111 2222222 111 22222222222222 55555555555555555555555 1111 1 11111 22222222 11111111 111 222222 111111 111 11111 111 1111111111 11111 111 1111111111111111111 111111111111111111111 2222222222222222222222 1111111111111111111 11111111111 1111111111111111111111111 11111 1111111111 111111 11 22222222222222222 11111111111 11111111
lowQualScore : 888 0 6 777777777777 6 44444444 5 2222222 3333333 00 5 5 5 77 5 1 555 999 5 5 5 5 5 3 6 3 999 6 66666666 111 99 8888888 6 000 33333333333333 3 00000000000000000000000 3333 6 5 777 55 55 77 3 1 88888 33 555 3 6 3 3 00000 777 555 44 77 44444444 88 3 33 3 77777 3 6 44 11111111 111 888888 44 555 77 000000 77 555 8 4 55 4 111111 99 5 3 3 44 555 333 99 00000 333 2 0000000000 5 2 444 00000 1 2 777 2 5555 77 5 33 2 888 444 9999999999999999999 6666 888888888888888 5 111111111111111111111 9999999 44 8 1111111111111111111111 1111111111111111111 66666666666 22 33 3 3 6666666666666666666666666 2 2 33 2 99999 2 2 0 33 77777 55555 2 55 2 33 2 2 33 4 9 888 2 4 1 2 0000000000 33 2 2 000000 33 444 44 55555555555555555 1 55 55 2 666 2 666 999999 444 66 33 33333333333 2 88888888
lowQualScore : ... . . ............ . ........ . ....... ....... .. . . . .. . . ... ... . . . . . . . . ... . ........ ... .. ....... . ... .............. . ....................... .... . . ... .. .. .. . . ..... .. ... . . . . ..... ... ... .. .. ........ .. . .. . ..... . . .. ........ ... ...... .. ... .. ...... .. ... . . .. . ...... .. . . . .. ... ... .. ..... ... . .......... . . ... ..... . . ... . .... .. . .. . ... ... ................... .... ............... . ..................... ....... .. . ...................... ................... ........... .. .. . . ......................... . . .. . ..... . . . .. ..... ..... . .. . .. . . .. . . ... . . . . .......... .. . . ...... .. ... .. ................. . .. .. . ... . ... ...... ... .. .. ........... . ........
lowQualScore : 777 8 7 000000000000 7 22222222 7 4444444 4444444 66 7 7 7 99 7 4 999 666 7 7 7 7 7 2 7 2 333 7 88888888 555 22 3333333 7 888 33333333333333 2 33333333333333333333333 8888 7 5 999 55 55 99 3 2 33333 88 888 3 7 3 3 11111 111 888 66 33 22222222 55 1 88 1 77777 1 2 22 22222222 555 888888 22 000 99 666666 99 888 9 4 55 0 555555 55 2 3 3 66 888 777 00 33333 777 7 3333333333 3 7 777 11111 2 7 333 7 7777 33 3 99 9 000 000 8888888888888888888 1111 333333333333333 7 666666666666666666666 3333333 22 6 2222222222222222222222 5555555555555555555 22222222222 44 55 1 1 5555555555555555555555555 7 7 77 7 33333 7 7 1 22 88888 11111 2 33 2 11 4 4 22 7 4 222 4 7 2 4 3333333333 22 4 4 999999 22 111 44 44444444444444444 2 66 66 4 111 4 555 888888 111 55 22 44444444444 5 55555555
consensus : GTAACAAAAAAT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CATTTT--AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TATGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG-AT--T-CACCGAA-A-CAACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-AT------CAT---A--T----CCAT--C-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-CA-GA-C-CAA--T--TAT-A---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--TTC--TT--------TCTG----T-A--T-GCTT----ATA---------C-TTATA-ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-TATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--C--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TAC-----GT------TG-TTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--AA-C-G-TT----AA-A----C---TAAAAAAAAA
Reference ( family-3332 ) : GTAACAAAAAAT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CATTTT--AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TATGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG-AT--T-CACCGAA-A-CAACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-AT------CAT---G--T----CCAT--C-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-CA-GA-C-CAA--T--TAT-A---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--TTC--TT--------TCTG----T-A--T-GCTT----ATA---------C-TTATA-ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-TATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--C--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TAC-----GT------TG-TTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--AA-C-G-TT----AA-A----C---TAAAAAAAAA
gi|1 : AAAAAAAAAT-T-----CAAGTTTTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATT-GAA---CATTTG--A-----TT-TGG-ATGTC-CT-GAAACA--A-AATTT-G-TATTGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGAAATTTGATT-TAACATG-G-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGA---TTTTAA--TGAG--T--T-CACCGAA-A-CAACA--AC--A---AT--TTTA------------------------------AT--T-GT-AGGATAT-AAAATATACAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-T-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTTT--AA--------T--T-----------------------T--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---AGGTGCG-A-G--A-AGTGCACGTGTT--AAATGC-A-A--TTA---CA-AACTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-CG-AA-A-CAA--T--TAT-G---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-T-TT---TTTTTAATGAAGGAAT---ATCTT----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGTACATTGCAT--TA-TATA---AT--TTC--TT--------TTTG----T-A--T-ACTTATAAATA---------C-TTCTA-ATC-TC-TA-T----------------------------AA--A-C-----GG-ATCCA-GGAAGCCCCTGG--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-ATGT-A-T---G-GAGGG-TCTTTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TAT-----GT------TT-CTGTTGTATA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AAAATA--A--AA-A-T-TT----AA-AAT--T---TAAAA
gi|10 : gaaaatattttgatgacatattagaaactaacggaatagattttgaatatttgctgcgaagcaacattgttaacccgaatgatctaaatattttgaaaaaaaattcccaaaattttataaagaaattttatgtagctttgatgaatggaaatccgtaaatcaactacgaattcagcttgctgaaattttaaggttgaataattctataaatcataaacgtacatgtaagccgccctaaggtggcattttatacgttgaagatgtgtttacaatagaaggtataagacatataaatgccattaagaaagtattcaatcgaaaagaaattacctttgcgaatatatgataatgaaaaacgctatcaaaaggttaaatatagattactataatttaaacaattataaacaaaacatccagaacttgagaaatcataattttactataaagttctaatgtcaaaaaagacgtaactatcgataatggaaaagaaacgtttaattgaatttaaatttaaaatgagcaatgatttaaaatatatacacagcgaagataataaaatttaatatatttgataagtaaatagcagaatttaacttaaactctaacttaatcagttgaattggaactttactgtaaataaatggaataaagaagtaataAAGTGTGTTAA--GATTA--AA--TAAAA--T--TAG-----AT-ACA---AA-AAT-GAAT-CCT---GAT-AAA---TCAAA--ATGTGCTTCT--AA--------T--TCT-TT--GA-A-----TT-ACTCT--T--------TAT---A------TC--GG---A--TAG------CATAACA--AA---GG
gi|10 : -A-A--TTA---C---TCTTT----A-----TA---T-CGGAT-------AG-CA-TA-A-CAA---------A---G-GAATA---CCTAAAA-A--A-T-G-TTGCATTTT----------GT---A---T------------------AA----CTG-A----------TGA--------ATGT-------AT--TAGTATA---ATGGTTC--TC--------TCTG----T-AAAT-GCTT----ATA--------------TC-AGC-TT-TA-G--T-C----C-A-T------TA-AT-C-TA--A-C-----CG-A--CA-GGA--CTCC--G--C-----ACTG--C--A-G----GA--G-TA-T-A--TCA-TAGCG-GAGGGGCCT---T-G----------GAG---TG-TT-A------CCT--C---AACTAC-----GT------TG-------------TTGTT--GAA-AA-TCG-AA---T-----AA---AAGA--AA-C-G--T----AA----------TAAAAAAAAAaatacctaaaaaatgttgcattttgtataactgatgaatgtattagtataatggttctctctgtaaatgcttatatcagctttagtccattaatctaaccgacaggactccgcactgcaggagtatatcatagcggaggggccttggagtgttacctcaactacgttgttgttgaaaatcgaataaaagaaacgtaataaaaaaaaat
gi|11 : aagtgtgttaagattaaataaaattagatacaaaaatgaatcctgataaatcaaaatgtgcttctaattctttgTCTTTTG--A-----AAATCT-T---T-------AG-CA-GA-TTCAA--T--TAT-A---A-CGATATATCC--AGA-A--ATC-G-GT---TTTT----------GTT--A---T----TGAAT------A-AAA----T-G-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TACA---GTCATTT--TG--------TTTG----TTA--T-GCTT----ATA---------CCTTAAA-ATC-TT-TA-CAGTAC----A-A-TATT---AC-TT-C-AATAA-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--T-----ACCCAAC--A-GGTT-GA--GGGT-T-A--T-ACT---GTGAGGG-CCTCTGT-G----------AGGT--TT-TT-A------CCT--C---A--TAC-----GT------TG--TGTTGTTTA--TCGTTA-GAA-AA-T-G-AA---T----------T--A--AA-CTG-TT----AATA----CT--TAAAAAAAAAt
gi|12 : caGTAGCCAAAATT-T-GTTCCAAGTTGTGAA-C---A--AG----TGG-AA--------TAT-ATC--------------------------G-ATGTC-CA-GAGACA--A----TA-T-TACGGG--GAAAAT-A-TC-TGA-ATaa
gi|13 : tctgctgtcaaaaaagacgcataaaccaataccatgaataatggaaaagaaatcgtcaaatgaattcaatatatcaaatgagcaatggaaaaatatatacacaggtaagataataaatgtatttgataggcaaattattatagcagattttaacaaaatcaattgaattgtaactatatatactgtaaataaatggaataaaTCTTTTT--A-----AA---T-CA--TCTATATCAG-CA-GA-C-AAA--T--TATTG---A-GAATA---CC--AAA-A--G-T---TT---TTTT----------GT---A---TATCTTAAAA------ACAA------T--A----ACAA--T-A--------AT-T-------CT--TAATATA---AT--TTC--TT--------TTTG----T-A--T-GCTT----ATA---------C-TTATA---C-TA-GA----TAC----T-ATTCTT---TA-TTAC-AA--A-C-----CG-ATCCAGGGGAGCCTCTGG--------ACCCAGC--G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGG---CTCTGT-G----------GA-G--TT-TT-A------CCT--C---A--TAC-------------TG-TT-TTG-TTA--TTGTT--AAG-AA-T---------------A---A--A--AA-T-G-TGA---AA-A----A---TAAAAAAAA
gi|14 : tcaA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TACAA--ATGCGCTTC---AA--------T--TTTGTTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGA-A-A--TTA---CA-GTCTTTTGA-A-----AA---T-TG--T-------AG-CA-GA-C-CAA--T--TAT-G---A-GAATA---CC--AG--A--A-C---TT---TTTT----------AT---ATC-T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ATAA--T-A--------ATGT-------A
gi|15 : -TT---TTTT-------------------T----TGG-T------ATATC----TTG-A----A-----T-A--------GTGT-------ATAGTA-TATA---GT--TT---TT--------CCTG----T-A--T--CT-------A---------T-TTATA-CTA-TT-TACT--TAT----T-C-TATT---AA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--CG----ACCC--C--GTG--T-GA--GGTA-T-A--T-ACT---G-GA-GG-CCTC--T-A----------GAGG---T-TT-A-------CT--CGATA--TAC-----G-----------TGTTGTTTA--TTGTT----A-AA-C-G-GA---T------A---A--G--AA-T-G-TG----AA-A----C---TGGAAAAAAA
gi|17 : AC----T-A-TATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TAC-----GT------TG-TTGTTGTTTA--TCGTT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--AA-T-G-TT----AA-A----CA--CAAAAAACAAa
gi|18 : tctatttctaatattctcattaaaaattatctgtaaactcaA-TGTA---CT--TTCAATC--------TCTG----T-A--TAGCC-------------------------ATC-TT-TA-T---AC----T-G-AAAT---TA-AT-A-AA--A-CTAATCCG-ATCCA-ATAAGTTTCTGG--T-----GCCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-A--G-A-T---G-GAGGG-CATCTTT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TAC--------------G-TTGTTATATA--TTGTT--AAA-AA---G-GA---T-----AA---A--ATGAA-T-T-TT----AG-AAAATC---GAAGAAAAAAa
gi|19 : gcAAATTTAAAAA-----AA--AACTTGAAAAATG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-GAAT-C-T---G-T-AAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AATT------T--TTT-TTTTAA-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---A------TC--AGT--A--TTA---TTTCATAACA--AA---GG
gi|19 : gtatgataaataaacttg--A-----AA---T-TG--T-------CG-CA-GA-C-CAA--T--TAT-G---A-GAATA---CC--AGA-A--A-C-T-TT---TTTaaaattgtcgcagaccaattatgagaataccagaaactttttt
gi|2 : gtatgataaataaacttgaaatttaaaaaaaaacttgaaaaatgtagattacaaaatgaatctgtaaatgcaaatgcgcttctaattttttttttaaatcatctttatatcagtattatttcataacaaaggaTAACGCAAAAT-AAGTTCAAAGTTGTGAA-C---A--GA----TGG-AAACAATAAGTAT--TT-GAG---CAATTT--AAATTATA-GGG-AATTC-CA-GAGAAATCA-AATTAGT-TATGGGAGGAAAAT-AACC-TGATATTAACTAGATA-AATA-T-TCATG-ACAAAACAA-TTGTGGT--ATTACGAGAT-TTTTAGAGTCGAG-ATATTACACCGAATATCAACAGGAGAAA---ATT--TTAATAATCAT------CAC---AGAT----CCAT--C-GT-AGAATAC-AAAATA-ATAAAATTATAA--AA---GAAA--TG-TAG-----AATTCA---AA-A-T-GAAT-T-C---G---AAG---AGCAA--ATGCGCTTCTAAAA--------TTATTT-TTTGAA-A-----TC-A-ACT--T--------TATAAAA------TCGAAGTTAA--TCACTTTCTCAAAACA--AAAAGGGAAGCGAA-A--A-A------GTGTTAAAAACGC-A-A--TTA---CA-TCCTTTTGAAA-----AA---A-TG----------AG-CA-GACC-CAA--C--T-T-A---A-AAAAA---CC--AGA-
gi|20 : gagaatttgattgacaatactagaactaatgaatagagaccaattttgcctgcgaagcacagttgttaacggaggaaccgaatgatctaaatgttttgaaaaactcccaacacttttataaagaaaagattatgtagcttaatgaatgtaaatccgtcaatcaactttacgaaattcgcttccggagggaagataaagtttatgcgagttgaatactgtactataaacaaaaggttaacccgctattctaaacccctgggtaaagggcgatctataggaccgtctaagtatactggtttaacaatacacgataacgtagagagagatataaatgacattaaggaaatatttgagtctaaaagaaattactgtgcgaatattagattaagtgaaaaacgctgataaaaagtctaataaatagatttcgataatctaaacaatactagtcattcaaaagcccttccgcgtttgatagctcacctaagcgaaaaataaaaaatccagaagatgagaaatctggattatttaattataaaagtttctctgcatccaagaggcgcaaaaccaatcaaaggacaaagaaatggtcaaacgatttaatatatccaaatgaattccaatacggcgaaaaagtagtaataaaacacagtaaaacctagcaaaataatctaacattaatattactacgataagctatataatagcagcaatattaactttaactcttacataatcattgagatattgcgagttaattctttataaatgttataataaaatatgacaccgagaaaaagaatgcTCT--A---------T--TTT-TTTTAA-A-----TC-A-TCT--T--------GAT---A------TC--AGT--A--TTA--TTT-CATAACA--AA---GGGTGCG-A-G--A-A------GTGTT--AAATGC-A-A--TTG---CA-ATCTTTTG--A-----AAA--T-TG--T-------AG-CA-GA-C-CAA--T--TAT-A---A-GAATA---CC--AGA-A--A-A-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTT-A------------A--------ATGT-------AT--TA-ca
gi|21 : CCCCTGGGGC-----ACCC--C--A-G--TTGA--GTAA-T-A----A-T---G-TAGG--CCTCTGT-G----------GAAGGTTT-TT-AAAC---CCT--T---ATTTACCCCGTGT------T--TTGTTGTTTAG-TCGTTTGGAA-AATT-G-AA---TTAAAAAA---A--A--AA-T-GTTT----AA-A----C---TCAAAAAAAA
gi|22 : cc-A-TCTT---TA-TT-C-AA--A-C-----AG-ATACA-AGGAACCCCTGG--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGGA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-A----------GAGG--TT-CT-A------CCT--C---A--TAC--------------G-TTGTTGTTTA--TTATT--GAA-AA-T-G-AA---T------A---A--A--AA-T-G--T----AA-A---------AAAAAAAAa
gi|23 : G--C-----ACCC--CA-G-G--T-GA--GGTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TAT-----A-------CG-TTGTTGTTTA--TTGTT--GAA-AA-T-G-AA---T------A---A--A--AA-T-G-TG----AA-A----CTGTTAAAAAAAAA
gi|24 : -----ACCC--A--G-G--T-GA--GGCA-T-A--T-A-T---G-AAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TAC-----GT------TG-TTGTTGTGTA--TTGAT--GAA-AA-G-G-AA---T-----AA---A--A--Aaaaa
gi|3 : aAAAAAAAAAA-T-GTTC-AGGTTGTGAA-CTATAGTAGATACTAG-AA--------TAT-ATT-GAA---CATTTTTAAA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-T-TGTGGG---AAAAT-A-TC-TGA-ATTA------------------ATG-A-AA------TT-TAAT--A-----GAAC-------A--TGAA-A-----AACCGAA-A-TAACA-----------TTTTTT--TAAT-GT------CAT---G--T----TCAT--T-GT-AGGATATAAA--TATACAGA--TATAA--AA--TGAAA--TG-------------------A-A-TCGGAT------------AG---CGCAA--ATGCGCTTTT--AA--------T--TTT-TTT--A-A-----TC-A-TCT--T--------TAT---ACATGTATC--AGC--A--TCA--TTT-CATAACA--AA---AAGTGCG-A-G--A-A------GTGT---AAA--------------------CTTTTG--A-----AAA--T-TG--T-------AG-GA-AA-----A--T--TGT-A---T-GA-TA---------A-T--A-C-T-TC---TTTT----------GT-------T----TGAATGAAGGTATATC----TTGGA----ACAA--T-A--------ATAT-------AT--TG-TATA---------C--TT-------------------------TT----ATA---------C-TTACA-ATC-TT-TA----TACAGGAC-A-AACT---T-----------A-C-----CG-ATCCA-GA-----NNNNN--N-----NNNN--N--N-N--N-NN--NNNN-N-N--N-N-N---A-GAGAG-CCCCTGA-GCACTCCAGGTGAGG--TT-AT-ATGGGGGCCTGCT---G--TGCGA---GT------TG-T--TTGTATA--TTGTG--GGA-AA-T-G-GATTTT-----AA---A--A--A------TTTGGGAA-A----A---TAAAAAAAAAttgggggaaaaactc
gi|4 : aaaatgtatgattgaataattctataaaacataaaggtaagccactatttctaaacttcggggtaaaaggtgacattttttacgttaaagatatgtttacaacagaaggtataagatatattaatgacattaaagaaaatattgagttaaaaaaaatacttgtgcgaatatgtaataataaaaaaacgctctttaaaaggtaaaataaggattacaatgtaaacaatgccaatattcaagttttacttttgccggtaaataaaaaatccagaacttgagaaataaggattttattttaaaggtctacagtcaaaagacacaaaagtcaataatggaaattaaaagaaatggtcaaatggattcaatatatcaaatgagcaatgggaaaatatatacccagctaaaaataataactgtatttgatacaatgtaagcaaatagcagaatgtaactttaaactctttatacgtaatcaattgaattgtaactactgtacatgtataacgtaaatgaaaggaataaaaaaaggagcaaTAGCAAAAAATAT-GTTCCAAGTTGTGAAAC---A--AGC---TGGTAA--------TATGATTCGAGTCGCATTT---AA--TATTGTGGGATGTCGCAAGAAACA--AGAATTA-T-TATAGG--GAAATT-A-TC-TGA-ATTAATG-AATTTGATATTATCA-G-G-AAAGCAAGTTGTTGT--A-----AGATGTTTTTAA--TGAGAAT--T-CACCG-A-A-C-ACA--ACAAATTTAATATTTAAGAAT-ATGGTTGGCATTAGG--TAGTACCATAAC-GT-A--ATACAAAAATGAATAAA--TATAAGGAA--TGAAA--TGTTAGGATGTACTGCAATTAA-A-T-GAAT-C-TA--G-T-AGAGGGTACAT--ATGCGCCTCTG-AA--------TTGTTT-TTTGAA-A-----TCGA-TCTTCT--------CAT---A------TC--
gi|4 : aataaaatggaataaagaagctt--A-A------GTGTTT-AAAAGC-A-A--TTGAGGCAAGTCTTTTG--ATGAACAA---T-TG--T-------AG-CAAGA-C-CAAAATGGTAT-AGGGA-GAGTA---CC--AGA-ATGA-CCG-TTATATTTG----------GTTAAA---T----TGAAT------ATGAAAATATTG-ATGATACAA--T-ACACTGACTATGT-------AT--TA-TATATATAT--CTA--TTACGTTTCCTCTGATAAT-A--T-GCCT----ATATGTTACTGGC-TTATACATC-TT-TA-T--TACA---T-A-TATTGTTTA-TT-C-AA--A-CA----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--TGCTAAACCC--CAAG-G--T-GA--gagctgatacaaattgctaaaagcaaccggtagggataagatgggaaatgaggcatgcacgttaggttcggcatttaatgaaagtgtttaaaagcaattgaggcaagtcttttgatgaacaattgtagcaagaccaaaatggtatagggagagtaccagaatgaccgttatatttggttaaattgaatatgaaaatattgatgatacaatacactgactatgtattatatatatatctattacgtttcctctgataatatgcctatatgttactggcttatacatctttattacatatattgtttattcaaacacgatccagggagcccctggtgctaaaccccaaggtga
gi|5 : aataaaatggaataaagaagctttagcaaaaaatatgttccaagttgtgaaacaagctggtaatatgattcgagtcgcatttaatattgtgggatgtcgcaagaaacaagaattattatagggaaattatctgaattaatgaatttgatattatcaggaaagcaagttgttgtaagatgtttttaatgagaattcaccgaacacaacaaatttaatatttaagaatatggttggcattaggtagtaccataacgtaatacaaaaatgaataaatataaggaatgaaatgttaggatgtactgcaattaaatgaatctagtagagggtacatatgcgcctctgaattgttttttgaaatcgatcttctcatatcgagctgatacaaattgctaaaagcaaccggtagggataagatgggaaatgaggcatgcacgttaggttcggcatttaatgaGTAACAAAAAAT-T-GTTC-AAGTTGTGA--C---A---G----TGG-AA--------TAT-ATT-GAG---CATTT---AA--TATT-TGG-ATGTC-CA-GAAACA--A-AATTA-TATATGGG--AAAAAT-A-TC-TGA-ATTAATGGAATTTAATA-TATCATGTA-AAAACAA-TTGTTGT--A-----GGAT-TTTTTAA--TGAG--T--T-CACAGAA-A---ACA--ACAAA---ATTATTTAATAAT-GT------CAT---A--T----CTAT--T-GT-AGGATACAAAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAA--TG-TAG-----ATTACA---AA-A-T-AAAT-C-T---G-T-GAA---TGCAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC-A-TCT--T--------TTT---A------TC--AGT--A--TTA--TTTTCATAACA--AA---GGGTGTG-A-G--A-A------GTGTT--AAAAGC-A-A--TTA---CA-GTCTTTTG--A-----AA---T-TG--T-------AG-CA-GA-C-C-A--T--TAT-A---A-GAATA----C--ACA-A--A-C-G-TT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTG-A----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TATA---AT--TTCT-TT--------TTTG----T-A--T-GCTT----ATA---------C-TTATA-ATC-TT-TA-T--TAC----T-A-TATT---TA-TT-C-AA--A-C-----CG-ATCCA-GGGAGCCCCTGG--C-----ACCA--C--G-G--T-GA---GTA-T-A--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGT-G----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TAC-----GTTGTAACTG-TTGTTGTTAA--TTATT--GAA-AA-T-G-AA---T-----AA---A--A--TA-T-G-TT----CA-A----C---TAAAAAAAAA
gi|6 : -ATT-G-G---CATTTT--AA--TATT--GG-ATGTC-CA-GAAATG--A-A-TTA-T-TATGGG--AAAAATTA-TCCTGA-ATTAATGAAATTTGATA-TATCATG-A-AAAACAA-TTGTTGTTTA-----GGAT-TTTTTAA--TAAG-TT--T-CACCGAA-A-CAAC----CAAA---AACATTTAATAAT-A-------CAT---A--C----CCAT--CGGTAAGGATAC-AAAATATATAAA--TATAA--AA--TGAAAT-TG-AAG-----ATTACA---AAGA-T-GAA--C-T---G-T-TAA---TACAA--ATGCGCTTCT--AA--------T--TTT-TTTGAA-A-----TC----TT--T--------TAT---A------TC--AGT--A---TA--TTTTCA-AACA--GA---GGGAGCG-A-AACA-A------GTGTT--AAAAGC-T-ATTTTA---CA-GTATTTTG--AAG---AA---TGTG--T-------A--CA-GA-C-CAA--T--TAT-A---AGGAATA---CC--AGA-A--A-C-GTTT---TTTT----------GT---A---T----TGAAT------ATAAA----TTGAA----ACAA--T-A--------ATGT-------AT--TA-TACA---AT--TT---TT--------TTTG----T-A--T-GCTT----ATA---------C-TTATA-ATCTTT-TA-C--TAC----T-ATTATT---TATTT-C-AA--A-C-----CG-ATCC--GGGAGCCCCTGG--C-----A-CC--C--G-G--T-GA--GCTA-TAA--T-A-T---G-GAGGG-CCTCTGTGG----------GAGG--TT-TT-A------CCT--C---A--TAC-----GT------TGTTTGTTGTTTA--TCG-T--GAA-AA---G-AA---T-----AA---A--A--AAGG-G-TT----AA-A----C---TCAAAAAAAA
gi|7 : --TG-T-G-----ATTTCA---AA-A-T-GAAT-C-TTCTG-T-GAA---TGCAACTATGCGCT-CT--AAATTATTCTT--TTT-TTTGAAGA-----TC-A-CCC--TCCATCTCATATC--A------TC--AAT--AC-TTA--TTT-CATAACATAAG---GGGTGCG-AAG--ACA------GTGTT--AAATGCCACA--TTA---C--GT-TTTTG--A-----AAAC-T-TG--T-------AGACA-GA-C-CAA--G--TTT-A---G-CAATA---TC--AGATA--A-C-G-TT---T-------------GT---AA--T----TGAAT------A--AT----TTA-A----ACA---T-A--------A----------GT--TA-TATA---CT--TTA--TC--------TCTA-------------------ATA---------C-T---A-ATC-TTATA-T--TAC----T-G-CATT---T--TT-C-AA--AAC-----CG-ATCCA-GGAAGCCCCT-G--C-----ACCC--A--G-AT-T-GAGCGGTACT-A--T-ATT---G-GATG---CT-TGT-------------AGG--TT-TT-A------CCT--C---AT-TCC-----AG------TG--TGTTA--CG--TTGTT--GAA-AA-T-G-AAT--T-----AA---A--A--AA-C-GTTT----AA-A----C---TAAAAAACAA
gi|8 : ttacatagtcttagtttaggttacaatcaaattttaaaaccagtggtt--TG-T-G-----ATT-CA---AA-A-T-GAATTC-T---G-TGAAA---TGCAA--ATGCGC-TCT--AAATTTTT--T--TTT-TTTGAA-GATCACTC-A-TCT--C--------TATC--A------TC--AAT--ACGTTA----TTCATAACAT-AA---GGGTGCGAA-G--A-C------ATGTT--AAATGC-A-A--TTA---C--GTTTTTGA--A-----AA---T-TG--T-------AGACA-GA-C-CAAC-T--TGT-AG--A-CAATA----C--AGATA--A-C-G------TTTT----------GTA--A---T----TGAAT------AT-TA----T---A----ACAACCC-A--------GAAT-------AT--TA----------------------------CTC----T-A--A-G--------TA---------C-TTCTA---------A-T--TAC----TGG-CATT---TAGTT-CAAA--A-C-----CGTATCCA-GCGAACCCCT-G--C-----ACCC--A--G-A--T-GA--GGT--T-A--T-ATT---G-GAAGG--CTATGT-A----------GAAG--TTATTGA------CCT--C---AT-TAT-----G-----------TGTTGTTTACGTTGTT--GAATAA-T-GAAA---T-----AA---A--A--AA-C-GCTT----AA-A----C---TAAAAAAAAAaa
gi|9 : tagtcttagttttaggttcaatcaaattcacaaaaccagggttAAGTGTGTTAA--GATTA--AA--TAAAA--T--TAG-----AT-ACA---AA-AAT-GAAT-CCT---GAT-AAA---TCAAA--ATGTGCTTCT--AA--------T--TCT-TT--GA-A-----TT-ACTCT--T--------TAT---A------TC--GG---A--TAG------CATAACA--AA---GGaaccgaaa
gi|9 : -A-A--TTA---C---TCTTT----A-----TA---T-CGGAT-------AG-CA-TA-A-CAA---------A---G-GAATA---CCTAAAA-A--A-T-G-TTGCATTTT----------GT---A---T------------------AA----CTG-A----------TGA--------ATGT-------AT--TAGTATA---ATGGTTC--TC--------TCTG----T-AAAT-GCTT----ATA--------------TC-AGC-TT-TA-G--T-C----C-A-T------TA-AT-C-TA--A-C-----CG-A--CA-GGA--CTCC--G--C-----ACTG--C--A-G----GA--G-TA-T-A--TCA-TAGCG-GAGGGGCCT---T-G----------GAG---TG-TT-A------CCT--C---AACTAC-----GT------TG-------------TTGTT--GAA-AA-TCG-AA---T-----AA---AAGA--AA-C-G--T----AA----------TAAAAAAAAAaatacctaaaaaatgttgcattttgtataactgatgaatgtattagtataatggttctctctgtaaatgcttatatcagctttagtccattaatctaaccgacaggactccgcactgcaggagtatatcatagcggaggggccttggagtgttacctcaactacgttgttgttgaaaatcgaataaaagaaacgtaataaaaaaaaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GACATAAGCTGATTAATATTTCGAGTTCTAAAAAATACTGTGCGAATTTATAATAATGGAAACGGCTGTAAAAAAAGTTAACATATAGATATTGGAGAATGTAAAGCAATCAATTCAAAAGCCTTACTTTACTACCACGGAAGTAATAAAAATCCAGAAAGTGAGAAATCAGATTTTTATTAAAGTTCTACTTAAAAG
Unaligned ( gi|25 ): TATGAATTACTATAATGTAAACAATACGTACCAATATTCAAAAATAAAAATTCCAGAACTTGAGAAATCAAGATTTTGTT