lowQualScore : 22 111111 11111111111 111111111 1111111111111 111111111111 11111111111 1111111111111111111111111111111 11111111111 1111111111111111111 2222
lowQualScore : 444 1 222 1 66666 1 1 99 2 2222 11 11 66 22 2222 555 222 2 1 1 2222 66 3 1 22 11 444 44 11 1 2222 1 1 2 11 1 1 1 11 11 2 555 1 11 1 2222 1 1 2222 1 3 888888 11 2 1 333 11 1 22222 33 1 1 555 2 1 333 44 8888888 4444 333333 2 1 333 222 1 222222 2 3333 444 11 333 2 11 00000000000 44444 77777777777777 1 222222222 555555 2 33 1 3 555555555555 11 1 88888888888888888888 1 8888888888888 555555555555 66 55555555 444444444444 2 1 44 333 11 111 33 55 1 1 777777777777 44444444444 1 1 22222 4444444444444444444444444444444 44 2 222 1 2222 111 22222222222 11 11 1 8888888888888888888 11 11 22 1 5555 1 1 2222
lowQualScore : ... . ... . ..... . . .. . .... .. .. .. .. .... ... ... . . . .... .. . . .. .. ... .. .. . .... . . . .. . . . .. .. . ... . .. . .... . . .... . . ...... .. . . ... .. . ..... .. . . ... . . ... .. ....... .... ...... . . ... ... . ...... . .... ... .. ... . .. ........... ..... .............. . ......... ...... . .. . . ............ .. . .................... . ............. ............ .. ........ ............ . . .. ... .. ... .. .. . . ............ ........... . . ..... ............................... .. . ... . .... ... ........... .. .. . ................... .. .. .. . .... . . ....
lowQualScore : 888 4 222 7 44444 2 2 22 4 6666 11 77 55 88 6666 555 000 3 1 1 4444 66 4 2 88 66 111 00 66 2 6666 2 2 4 77 2 2 2 77 77 5 111 2 77 2 6666 2 2 5555 2 5 000000 66 4 2 222 22 2 99999 22 2 2 111 4 2 222 00 8888888 6666 444444 4 2 111 111 2 333333 4 6666 333 66 111 3 66 66666666666 00000 99999999999999 1 999999999 666666 3 11 1 4 999999999999 66 1 22222222222222222222 1 5555555555555 555555555555 22 00000000 999999999999 2 1 11 000 55 999 00 88 1 1 777777777777 77777777777 1 1 99999 1111111111111111111111111111111 33 3 000 1 4444 999 88888888888 66 66 1 3333333333333333333 66 66 77 2 0000 2 2 2222
consensus : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTG-CTTTTTA-A----AGC-T--TT--T--GT----T---GA--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C--A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----CA-GG----GT---CCT--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-G-------G------A-TT--C-A-T------------G--A-A---------A----------T-TN--A---------TTT------------T--A--------TTT---A-------NT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T-GAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCGTGACA
Reference ( gi|11 ) : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTG-TTTTTTA-A----AG--T--TT--T--GT----T---GA--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C--A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----A-A--ATTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----TA-GG----GT---CCT--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-T-------G------A-TT--C-A-T------------G--A-A---------A----------T-TC--A---------TTT------------T--A--------TTT---A-------AT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----A-----T--TT--CC-T-GAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTC---AACCGTGACA
gi|15 : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTG-CTTTTTA-A----AGC-T--TT--T--GT----T---GA--TT-GTT-G-TA-------T-GTA-C--A--TA---GTG--CC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-T-TA----G-A--ATTT-ATTT-T---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--TC------AT-T-TTA---C---T-TC-----CA-GG----GT---CCT--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-G-------G------A-GT--C-A-T------------A--A-A---------A----------T-TC--A---------TTT------------T--A--------TTT---A-------AT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CTA-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T-GAA-CC------------GAA--C--TGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AA
gi|14 : gCCTATA---TC-G-----GATTAA-----G-A-CTG-CTTTT-A-A----AG--C--TTCTT--GT----T---GG--TT-GTT-G-TA----T--T-GAG-C--A--TA---TTG--T---AGCCTT-G----C-A-T-GGA--T-A-T-TTAAC--AA-AT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-A----A-A-TA----G-A--ATTT-GTTA-A---AC-TTT-GGTG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----CA-GG----GT---CCT--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-G-------G------A-TT--C-A-T------------G--A-A---------A----------T-TA--A---------TTT------------T--A---------TT---A-------AT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------A---A-GA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----AGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T-------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-AT-T-CTG---AACCGTGACA
gi|5 : CCTA-A---TACGT---CTATTAA-----G-A-CTA-TTTC----A----AGC-T--TT--T--GT----TT--GA--TT-GTT-GGTA----T--T-GTA-CG-A--TT---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-TTGAT--T-A-T-G--AT--AT-AT-GGTGTA--TA-TT----G-CT-G----A-AATA----G-A--ATT--ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--CTTCTG-T---AAAC-------A-C--CC------AT-T-ATA---C---T-TC-----CA-TC----GT---TCT--C---A-A--G-----------AA----TAT--------------T-C-T-------G------G-AT--C-A-T------------G--A-A---------A----------T-T---A---------TTT------------TTAA--------GTT---A-------TT--C-AG-C---AA--A---AATTAAAA--C-CGA-T------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT---TA-----G-----T--TC--TC-T-GAA-CT------------GAA--C--CGAA--ACG--------A-ATGT-CTG---AACCG-GACAg
gi|4 : CCTAT----TA-GT---CTATTAAAA---G-A-CTG-CTTTTTAGA----AGC-T--TT--T--GT----T---GA--TTTGTT-G-TA----T--TTGTA-C--A--TATAAATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GA---T-A-T-T--AC--AT-ATTG-T-TA--TA-T-----G-CT-G----A-A-TAG---A-A--ATTTGATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GCCTGTT-GG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----CA-TG----GTC--CCT--G---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-G-------G------C-TTGGA-A-A------------G--A-A---------A----------T-T---A----------TT------------T--A--------TTT---AT------AT-TA-A--C----A--A---A--TAAAAC-C-CGA-AT-----------CCG-------AT--A-AT-A-----A------------------------A------CCTGATA---AC-CCGA----GGTT---CA-----GT----T--TT--CC-T-GAA-CT------------GGA-------AA--CCG-AT---AAA-ATGT-CTTGAAAACCGT-ACAgc
gi|3 : CCTAT----TA-GT---CTATTAAAA---G-A-CTG-CTTTTTAGA----AGC-T--TT--T--GT----T---GA--TTTGTT-G-TA----T--TTGTA-C--A--TATAAATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GA---T-A-T-T--AC--AT-ATTG-T-TA--TA-T-----G-CT-G----A-A-TAG---A-A--ATTTGATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GCCTGTT-GG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----CA-TG----GTC--CCT--G---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-G-------G------C-TTGGA-A-A------------G--A-A---------A----------T-T---A----------TT------------T--A--------TTT---AT------AT-TA-A--C----A--A---A--TAAAAC-C-CGA-AT-----------CCG-------AT--A-AT-A-----A------------------------A------CCTGATA---AC-CCGA----GGTT---CA-----GT----T--TT--CC-T-GAA-CT------------GGA-------AA--CCG-AT---AAA-ATGT-CTTGAAAACCGT-ACAg
gi|22 : CCTATAGA-TA-ATGCTCG-TTAA-----GGA-CTG-CTTTTTG-------------TT--T--GT----T---G----------G-TA----T--T-GTA-C--A--TA---ATG--TC--GACCTT-G----C-A-T-GAA--T-A------AC---T-ATCA-T-TA--TA-TT----G-CTAG----ACA-TA----G-A--ATTT-ATTA-A---G----T-AA-G-----T--G-T-GC--ATT-TA-T---AA-C-------A-C--CC------AT-T-TTA---C---T-C-------A-GG----GT---CC---C---A-A--G-----------A-----TGC--------------C-T-T-------G--------TT--C-A-T------------G--ACA---------A----------T-T---A---------TTT------------G--A--------TT----A-------TT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGC-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------AA-----C--GA-A---AAACCGA----GGTT---CC-----G-----T--TT--CC-T-GAA-CC------------GAA--C--CGAA--g
gi|44 : CCTATACGGTA-GT---CAGTTAAATTAGG-A-CTG-CTTTTTA-A----AG--C--TT-------------------TT-GTT-G-TA----T--T-GTaaatcgttgagactgaca
gi|19 : agTATA---TA-GT---CGGTTAA-----G-A-CTG-CTTTTT---------------T--T--GT----T--------T-GTT-G-TA----T--T-GTA-C--A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-C--AC--AT-AT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-A---AC-TTC-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----CA-GG----GT---CCC--C---A-A--G-----------A-----TGC--------------C-T-T-------G------A-TT--C-A-T------------G--A-A---------A----------T-T---A---------TTT------------TG-A--------TTT---A-------TT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCGA------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT---CC-----G-----T--TT--CC-T-------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACTATGACA
gi|8 : taTAAA---TA-GT---CGGTTAA-----G-A-CTG-CTTTTTA-ACTAAAGC-T--TT--T--GT----T---GA--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C--A--TT---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-T-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--CGTGTTGTA-C--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----CA-GG----GT---CAA--C---A-A--GAT---------A-----TAC--------------C-T-G-------G------A-TT--C-A-T------------G--A-A---------A----------T-T---A---------TTT------------TG-A--------TTT---A-------TA-AC-A--C---AA--A---A--TAAAG--C-CAA-A------------CCA-------AAACA-AA-A-----A------------------------A------C--AA-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T----------------------------GAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCGTGACg
gi|21 : TATA---TA-GT---CAATTAA-----A-A-CTG-CTCTTGA-G----GG--C--TTA-T--TT----T---GC--AC-GT----TA----C--T-GTA-C--A--TA---ATG------AT---------------------T-A-T-T--ACTTAT-CT-T-T-TA--TA-TT----G-TT-G----A-A-T-----A-A--ATTT-TTT---------TTT---------------T-GC--ATT-TG-T---A--CAGAA---A-A--AA------AA-T-ATG---C------G-----TA-GT----GT---CCT-----------------------------TAT--------------T-T-TTG-----G------A-TC--C-A-T------------T----A---------A----------T-TT--A---------TTT------------C--A--------TTT---T-------AT--C-A--C---AA--A---A--TAAAC--C-TGA-T------------CCG-------A---A-AA-A-----ATAGATAGAAAAAAAAAATAATAATA------C--GA-A---AA-CGGA----GATT---TT-----C-----T--TT--CC---G-----------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AGCC
gi|32 : ATG---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTG-CTTTTTA-A----AG--T--TT--TGAGTTTTGT---GA--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C--A--TT---ATGT-TC--AT-CTT-G----CAA-TAAAA--T-A-T-T--AC--AT-AC-G-T-TA--TA-TT----G-CT-GCTGAA-G-TA----A-G--ATTT--TTA-A---ACGTTT-AATG-----T--G-TGGC--A-T-TG-T---A--C---------C--CC------ATATGTTA---C---T-TC-----TA-GGT---GT---TCT--CA--A-A--G-----------A-----TACG-------------C-T-T-------G------A-TT--C-A-T------------G--A-A---------AT---------T-TC--A---------TTT------------TTAA--------TCT---A-------AT-AC-A--C----A--A---C--TAAAA--T-AGA-A------------
gi|23 : tatacTG---TA-GT---CGGTTAA-----G-G-CTG-CTTTTTA-A----AGC-T--TT--T--GT----T---GG--CT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C--A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-T---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-T--CC------AT-T-TTA---C---A-TC-----CAGGG----GT---CCT--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-G-------A------A-TT--C-A-T------------C--A-A---------A----------T-TA--A---------TTT------------T--A--------TTT---A-------TT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------C--------------------------------------------------------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T-------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCGTGa
gi|10 : cTA---CA-GT---CGGTT-----------CTG-CTTCCTA-A----AGC-T--TT--T--GT----T---GG--CT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C--A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-A---AC-TTT-GATA-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----AA-GG----GT---TCT--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-G-------G------A-TT--C-A-T------------G--A-A---------A----------T-TA--A---------TTT------------T--A--------TTT----------------------------A---A--CAGAA--C-CGA-A------------AAA-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T-GAA-CCGAACAGTTTCCTGAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCGTGACA
gi|12 : gccTA---TA-GT---CTATTAA-----G-A-CTG-CTTTTTA-A----AGA-T--TT--T--TT----T---TA--TT-GTT-A-TA----T--T-GTA-T--A--TG---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GGA--T-A-T-T--AC--AT----G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----C-A--ATTT-ATTA-A---AC-TTT-GGTG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----CA-AG----GT---CTT--C---A-A--G-----------ATACTGTAC--------------C-T-G-------G------A-TT--C-A-T------------G--A-A---------A----------T-TA--A---------TTT------------T--A--------TTT---A-------TT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------AAAACCCC--GA-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T----------------------------GAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCGTGACAgc
gi|7 : gccTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTG-CTTTTTA-A----AGC-T--TT--T--CT----TTACAA--TT-GTT-G-TA----TATT-GTA-C--A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AA-TT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----TTGG-T-GC---TT-TG-T---A--C-------ACC--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----AA-TG----GT---CCT--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-G-------G------A-TT--C-ATT------------G--A-A---------A----------T-TA--AGT-------TTT------------T--A--------TTT---A-------TT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T-GAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCGTGACAg
gi|6 : cTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTG-CTTTTTA-A----AGC-T--TT--T--CT----TTACAA--TT-GTT-G-TA----TATT-GTA-C--A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AA-TT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----TTGG-T-GC---TT-TG-T---A--C-------ACC--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----AA-TG----GT---CCT--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-G-------G------A-TT--C-ATT------------G--A-A---------A----------T-TA--AGT-------TTT------------T--A--------TTT---A-------TT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T-GAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCGTGACAgc
gi|13 : cTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTG-CTTTTTA-A----AGC-T--TT--T--TT----T---AACATT-GTT-G-TA----TA-T-GTA-C--A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----T--G-T-GC---CT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----AA-TG----GT---CCT--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-G-------G------A-TT--CGA-T------------G--A-A---------A----------T-TA--A---------GTT------------T--A---------TT---A-------TT-AC-A--C---AA--A---A--T-AAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTT---GC-----A-----T--TT--CC-T-GAA-CC------------GAA--C--CGAA---CG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCGTGACAgc
gi|16 : cTA---TA-GT---CTATTAA-----G---CTG-CTTTT-A-A----AGC-T--TT--T--GT----T---GA--TT-GTT-G-TA----T--TTGTA-C--ACTTA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-A---AC-TTT-GAAG-----T--G-T-G------------------------------CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----CA-TG----GT---CCT--C---A-A--G-----------A-----TAC------------------G-------G------ATTT--C-A-T------------G----A---------A----------T-TA--A---------TTT------------T--A--------TTT---AT------AA-AC-A--C---AA--AAAGA--AAAAA--C-CGA-A------------CTG-----------A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T-GAA-CT------------GAA--C--CGGA--CCGAA----AAA-ATGT-CTT---AACCGTGACAgc
gi|2 : ccTA---TA-GT---CTATTAG-----A-AGCTG-CTATTTA-A----GA--T--TT--T--GT----T---GA--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C--A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-G-GAAATT-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-TA--TA-TT----GCCT-G----A-A-TA----G-A--ATTG-ATTA-A---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---AC-C-------ATC--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----T--TG----GT---CCT--C---A-A--GNNNNNNNNNNNN-----NNN--------------N-N-N-------N------N-NN--N-N-N------------G--A-AGATACCTGGA----------T-TC--ATGAAATTAATTT------------T--A--------TTT---A-------TT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T-------------------GAA--C--TGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCGTg
gi|1 : ccTA---TA-GT---CTATTTA-----A-A-CT---CTTTTA-A----AGCTT--TT--T--TT----T---TA--TT-GTTTG-TA----C--T-G-G-C--A--TA---ATT--CT--ATCCTT-GGCTAC-T-T-GAA--TTA-TGT--GC--A--AT-C-T-TA--TAGTT----G-C-------A-A-TATTCAG-A--ATGT-ATTA-ATAAAC-TTT-GGTGACTGGT--G-C-GC--CTT-TG-CTTGA--C-------A-C--CC------AT-T-TTGTACC---TATA-----TA-GG----GT---CCT--CCAAA-A--G-----------A-----TAC--------------C-C-T-------ATGGTATA-TT--C-A-G------------G--A-A---------AAA--------TATA--G---------TTT------------T--A--------TTT---A-------TT-AC-A--C----A--A---A--TAAAA--C-CG--A------------CTG----------------A-----A------------------------G------T--GA-A---AA-CTGA----GGTTGTCCA-----G-----TTGTC--CC-C-GA---C------------GAAGTC--CGAAGTCC-------AAT-ATGT--TCTGAAACCGTGACA
gi|34 : agcccTA---TA-GT---AGATTAA-----A-A-CTC-ATTTTGG-G----AG--C--TAA-C--GT----T---GC--CT-GTT-G-TA----T-------------------ATG--CC--ATTTTT-A----A-A-T-GAA--T-A-T-C--A-----------------TA-TT----G-TT-A----A-A-TA----A-A--------------------TT-CATG-----T--T-T-GC--AAA-TG-T---A--A-------A-G--AA------AT-A-TTA---C---T-TC------A-GG----GT---CTT--C---A-A--G-----------A-----TGCAACTGCACTTCAGTC-T-T-------GA-----A-TT--C-T-T------------G--A-A----------------------TT--G---------TTT------------T--A--------TTT---T-------ATAAC-A--C---AA--A---A--TATAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-Agc
gi|25 : A---TA-GT---CG-TTAA-----G-A-CTGATTCTTTA-A----AGC-T--TT--T--GT----T---GA--TT--TT-G-TA----TA-T-GTA-C--A--TG----T---TC--ATCCTTTG----C-A---AAA--T-A-T-T--A---AT-AT---T-TA--TA-TC----G-CT------A-A-TA----A-A---TTT-ACTA-A---AC-TTT-GA-G-----T--GCT-GC--ATT--G-T---A--C-------A-C--C-------AT-T-TTA---C---T-TC-----CA-GG-----T---CGT--C---A-A--G-----------A-----AAT--------------C-T-G-------G------A-TT--C-A-T------------GAAA-A---------A----------T-TA--A---------TTT------------T--A--------TCT---A-------TT-AC-AACC---AA--A---A--TAAAAAGC-C-A-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--G--A---AA-CTGG----GTTT---CA-----G-----T--TT--CCGT-GAA------------------------------CG-A----AAA-A-GT-CTG---AACCGTGttttgtttcctgaggcaaacccaaa
gi|26 : A---TA-GT---TAATTAG-----A-A-CTC-CACTTGA-G----AG--T--TA--T--GT----T---GC--TT-GTT-G-CA----T--T-GTA-CATA--TA---ATG--TT--GTTCTT-A----A-A-T--AA--C-A-T-T--AC--TT-AT-GTT-TA--CA-TT----G-TT-T----A-ATTA----A-A--ATTT-ATTA-AG--AA-ATT-GATG-----T--T-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-G--AA------ATAT-TAA---C---T-TC-----AG-GA----GT---CCT--C---ATA--GT----------A-----TTC--------------C-T-T-------G------A-TT--C-A-T------------T--A------------------------TT--A---------TTT------------TC-A--------T--------------C-AC-A--C---AA--C---A--TATAA--C-CGA-A------------TTGA------A---A-AA-A-----A------------------------A------CA-AA-A---AA-CCAT----GATT---T------G-----T--TT--CC-T-GCA-----------------------CGAA--CTG-A----AAA-A
gi|50 : A---TA-GT---CTATTAA-----G-A-CTG-CTTTTTA-A----AG--C--TT--T--
gi|43 : agccaA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTG-CTTT
gi|41 : tatgtataggtctaaattttcactatctcacccagagcc---TA-GT---CCATTAA-----G-A-CTG--TTTTTA-A----AG--C--TT--TA-GT----T---GA--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C--A--TA---ATG--TC--AT
gi|9 : ccA-GT---CGATGAA-----G-A-TCG-GCTTTTT-A----AG--C--TT--T--GT----T---GA-----GTT-G-TG----TA-T-GTA-C--A--TA---ATG--TATAATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-AGT-C--AC--AT-AT-G-T--A--TA-TTATTCG-GT-G----A-A-TA----GTA--ATTG-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--T-T-GC--TTTATG-T---A--C-------A-T--CC------TT-T-TTG---C---T-TC-----AT-GG----GTTCGCCT--C---A-ATTG-----------A-----TAC--------------C-T---------G------A-TT--C-C-T------------G--A-A---------A----------G-TT--AAT-------TTT------------T--A--------TTT---A-------TT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-C-A-A------------CCG-----------A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CTGA----G--T---CT-----A-----G--TT--TC-T-G-A-CT------------GAA--C--CGAA--CCG-------AA-ACGG-TTG---AA-CGTGACA
gi|28 : tgaA-GT---CTATTAA-----A-A-CTG-CTTGTGA-G----AG--C--TTA-T--GT----T---GC--CC-ATT-G-TG----T--T-GTA-C--A--T-----TG--CC--ATCCTT-A----A-A-T-AAA--T-A-T-T--AC--TT-AT-A-T-TA--TT-TT----G-TT-G----A-A-TA----A-A--ATTT-ATCA-G---A------------------G-T-CC--A----G-A---A--A-------A------------GT-T-ATA---------TC------A-GG----GT---CCT--C---A-G--T-----------A-----TTC--------------C-T-G-------G------A-GT--A-ATT------------G--A-A----------------------TC--A---------TTT------------C--A--------TTT---T-------ATCAC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------C--------------------------------------------------------T--GA-A---AA-CTGA----GG-T---CA-----ATAATGT--TT--CC-T-GAA-CT------------GAA--TGGCGAA--CCG-C----AAA-ATAT-CTG---AACgc
gi|27 : T---CGATTAA-----G-A-CTG-CTTTTTA-A----AGC-T--TT--T--GT----T---AA--TT-GTT-G-TA----T--T-GTG-C--A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---C---T-TC-----CA-TG----GT---CCT--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-G-------G------A-TT--T-A-T------------G--A-A---------A----------T-TA--A---------TTT------------T--A--------T--------------T-AC-A--C---AA--A---A--TAAAT--C-TGA-A------------CCG----------------A-----A------------------------A------T--GA-A---A----GA-----------TA-----G-----T--TT--C--------CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCGTGACAtat
gi|18 : T---CGGTTAA-------A-CTG-CTTTTTA-A----AGC-T--TT--T--GT----T---AA--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C--A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-A---GC-TTTGGATG-----T--G-T-GC--ATC-TG-T---A--C-------A-C--CC------AA-T-TTA---C---T-TC-----CA-GG----A------T--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-A-------G------A-TT--C-A-T------------G--A-A---------AGTAATTTTATT-TCGGG---------TTT------------T--A--------TTT---A-------TT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C---------------------------------------------------------------------------C--GA-A---AA-CCGA------TT---CA-----G-----T--TT--CC-T-GAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCGAGACAg
gi|17 : taT---CGGTTAA-------A-CTG-CTTTTTA-A----AGC-T--TT--T--GT----T---AA--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C--A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-TA--TA-TT----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-A---GC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATC-TG-T---A--C-------A-C--CC------AA-T-TTA---C---T-TC-----CA-GG----A------T--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-A-------G------A-TT--C-A-T------------G--A-A---------A----------G-TA--A---------TTT------------T--ATTTCGGGTTTT---ATTT----AT-AC-A--CA--AA--A---A--TAAAA--C---------------------------------------------------------------------------C--GA-A---AA-CCAA------TT---CA-----G-----T--TT--CC-T-GAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-AACCGAAA-ATGT-CTG---AACCGAGACAtc
gi|39 : taT---CGATTAA-----G-A-CTG--CTTTTA-A----AG--CTGTT--T--GT----T---GA--TT--TT-G-TA----T--T-GTAGC--A--TA---ATAT-TC--ATCCTT-G----C---T-GAA--T-A-T-T--
gi|30 : tctaattagtcgattaagactgctttttaaagctttTAA-----G-A--TG-CTTTTTA-------G--C--TT--T--GT----T---GC--TT---T-G--A----T----GTA----A--TA---ATAGATC--ACTCT--G----C-A-T-GA---T-A-T-T--A---AT-AT---T-TA--TG-------G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-T---AT-CTA-CATG-----T--G---------T-CG-T---A-----------------------------TA---C---T-TC-----CA-GG----AC---GCT--C---A----------------A-----TAC------------------T-------G------A--T--C-A-T------------G--A-A---------A----------T-----A---------ATT------------T--A--------TC------------AT-AT-A--C---AA--A---AACTAAAA--C-CGATA------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------T--GA-A---AA-C-------GATT---CA--------------TT--CC-T-G-A-TC------------G-A--C--CGAA--CCA-G----AAA-ATGT-CT----AA-CGTGA
gi|35 : gcctgtagtactgTA-A----AG--C--TTG-T--GT----T---GC--CC-GTT-G-TA----T--T-GTG-C--G--TA---ATA--TC--GTCCTT-A----A-A-T-GGA--C-A-G-T--GC------T-T-T-T---TA-TT----G-------------TA-----------TT-GTTG-A---A---TA-GA-A-----T--A-T-AT--ATT--G-T---A--C-------A-G--AA------A------A---A---T-CC------A-AG----GT---CCT--------A--G-----------T-----TAT--------------TAT-T-------GG-----A-TT--C-A-T-----------------------------------------C--A---------TTT------------G--AA-------TTT---A-------TC-AT-A--C---AA--A---A--TAAAAA-C-CGA-A------------CCG-------GG--A-AA-A-----A------------------------A------T--GA-A---AA-TCGA----GGTT---agctga
gi|29 : c--GC----T---GC--CT-GTT-G-TA----T--T-ATA-T--T--CA---ATA--AC--ATA--T-G----T-AAT-AAA--T-A-T-T--A---ATCAC-G-T-TAATTA-TT-------T-G----A-A-TG----A-A---CTT-ATT-----------T-G-TA-----T--T-T-GT--ATT-TC-T---A--CGGAA---A------------AA-A-TTA---C---T-C----------A----GT---CTT--C---G-T--C-----------A-----T-T--------------C-T-T-------G------AATT--C-A-A------------T--A-A---------A----------T-----A---------TTA------------A--A--------TTT---C-------AT--C-AGGC---AA--A---G--CAAAA--C-CCA-A------------TCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------------A---AA-TCAA----AATC---CACGACCA-----T--TTTTCC-T------C-------------AA--C--TGTA--CCG-A----AAA-ATGG-GTG---AACCGTGACAttgttcaggagtgttgtttcctgaattgtg
gi|33 : tttcgagagcttaa--TT-GTT-G-CAGCTTT--T-ATC-C--A--TA---TTG--TC--GTCCTT-G----A-A-T-GAA--T-A-G-T--GC--TT-AT-G-T-AA--TA-TT----G-TT-G----A-A-AA----A-A--AAAT-ATAAGA---AA-TTG-AATG-----T--T-T-CC--ATT--G-TC--A--C-------A-A--AA------AT-A-A-A---C---C-TA-----TA-AG----AC---ACT--C---A-T--T-----------A-----TTC--------------T-T-G-------G------A-CT--C-A-T------------T--A-A---------A----------T-T---G---------TTT------------T--A--------TTTTA-A-------AC-AC-A--C---AA--C---A--TAAAA--C-AGA-A------------CCC-------A---A-AG-G-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GTTT---TT-----A-----T--TT--CC-T-GAA-CC------------GAA--C--TGAA--gc
gi|31 : -GTT-G-TA----T--G-GCG-T--A--TA---ATG--T----------------------------A-T-T--AC--TTTAT-C-T-TA--CA-TT----G-TT-G----A-AATA----A-A--ACTT-ATTA-G---AA-ATT-GATG-----T--T-T-TC--ATT-GT-T---A--C-------A-T--AG------AG-T---A---CAAGT-TC------A-AA----AT---CCT--C--------G-----------C-----TAT--------------C-C-TCATAGTGG------A-TT--C-A-T------------T--G-A---------A----------T-TT------------TTT------------T--C--------TTTTTAA-------AC-AC-A--C---AC--A---A--CAAAA--C-TTA-A------------CCACCTCCACA---ACAA-A-----A------------------------A------T--CA-ACATAA-CCGA----TGTT---TT-----A-----T--TT--CC-G-GA-----------------AA--C--CGG-----G-A----AAA-ATGT-CT----AACTGTacat
gi|46 : tgcc----G-CT-G----A-A-TA----G-A--ATTT-ATTA-T---AC-TTT-AATG-----T--G-A-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---agag
gi|24 : -G----A-A-TA----A-AGAATTT-ATTA-A-------------------T--A-T--C--ATT-TGGT---A--A-------A-CAGCCTCATAAAT-T-TTAA--C---T-TCCGCGCTATGG----AT---TCTAAC---ATA--T-----------A-----CAC--------------C-T-G-------G------A-TT--C-A-TAGAAGAGTGGTAG--A-A---------T----------T-TT--A---------TCT------------T--A--------AAT---A-------GT-ACCA--CCCCAA--A---A--TAAAAA-C-CAA-AAGTGACCACCACCCG-------A---A-AA-ATTCTGA------------------------A------C--GA-A---CA-CCGGAACCGGT----CA-----G-----T--TT--TT-C-CGA-CT------------GAA--C--CGAAG-CCA-A----AAATATGT-CCT---GAC
gi|20 : ttacagtatttgctagaaaaA---C---C-TC-----TA-GGGTCAGT---CTT--C---A-A--GACAA-------A-----TAC--------------C-TAT-------C------A-TT--C---C------------G--A-A---------A----------T-TA--A---------TTTAATGACAATTTAT--A--------TTT---A-------AT-GA-T--C---AATTA---A--TGAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A----------A-C---AA-ACG-----GGTT----A-----A-----T--TT--CC-TAAAA-CC------------GAA--C--GAAA--CCG------AAA-ATGT-CTTG--AACCGTGACacctgagcaagccac
gi|37 : tgcagaaaataaacgcaaatttatatcttactaataaatcttgcatattagaacaataatgtgacttcccccattgtaacaaacatcaccattgtttaaaaggctcggaaaaaG----GT---TCT--C---A-A--G-----------A-----TAC--------------C-T-G-------G------A-TT--C-T-T------------G--A-A---------A----------T-TA--A---------TTT------------T--A--------TTT---A-------TT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T-------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCGTGAC
gi|40 : ccatca--A---------TTT------------T--G--------TTC---C-------CC-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--AACAG-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------G------C--AA-A---AA-CCCT----AGTT---TG-----------T--TT--CC-T-GAAACC------------TAA--C--CAAT--CCG-A----AAA-ATGTGCTG---AACCGTGACA
gi|38 : ---------TTT------------T--A--------TTT---ACCCGGTAAT-AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------A---A-AAAA-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT---CA-----G-----T--TT--CC-T-GAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-CTG---AACCATGACAa
gi|47 : GTT---AA-----A-----T--TT--CC-T-GAA-C---------------------CGAA--CCG-A----AAA-ATGT-ATG---AACCATGACAgc
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): TTGTTTAATAAAAATGATCAGAAATGGGGTATTGCTATTTTTACCGAAATAAAACTTTAAGGCACTTAATTCTTGGTTTCATTAAATAGCTTTATTTTCACACACAAGATAAATTTGAAACGCCAAAAAAGCG
Unaligned ( gi|42 ): CTGAACCGTGACAGCCCTAATCACTGCTACAAATGTCATCAGATAAACAGGACCCTACCT
Unaligned ( gi|45 ): ACTATGACAGCCCTACCATTTATGTATTAATATAGACCAGTGTTAAATATGACAT
Unaligned ( gi|48 ): AACCCTAAATTAGGCCTTAGTTTCATGAATGTCATTGTCTG
Unaligned ( gi|49 ): TATTTATAAGGTTTCTAAATTTTCAGTACCTCACCTAGAGC
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111111 1111111111111111111111111111111111 111111111111111111
lowQualScore : 444 1 222 1 66666 1 2 1 2 2222 333333 1 1 555 3333 2 1 1 2222 66 3 1 1 11 555 33 11 1 2222 1 1 2 11 1 1 1 11 11 2 4 1 1 1 11 1 2222 1 1 2222 1 2 1 4444 1 2 2 1 333 1 1 22222 33 1 1 555 2 1 333 33 8888888 4444 333333 1 1 333 1 444444 2 444 2222 11 333 2 11 77777777777 66666 33 7777777 111 2 33 1 5555 777777777777 4444444 444444444 88888 1 000000000 444444444 555555555555 44 4 22 999999999999999999 111 1 22 111 11 111 33 55 1 1 777777777777 33333333333 1 2 22222 3333333333333333333333333333333333 2 111 1 2222 55555 33333 88888888 11 1 444444444444444444 11 11 22 1 4444 1 1 2 555 1 1
lowQualScore : ... . ... . ..... . . . . .... ...... . . ... .... . . . .... .. . . . .. ... .. .. . .... . . . .. . . . .. .. . . . . . .. . .... . . .... . . . .... . . . . ... . . ..... .. . . ... . . ... .. ....... .... ...... . . ... . ...... . ... .... .. ... . .. ........... ..... .. ....... ... . .. . .... ............ ....... ......... ..... . ......... ......... ............ .. . .. .................. ... . .. ... .. ... .. .. . . ............ ........... . . ..... .................................. . ... . .... ..... ..... ........ .. . .................. .. .. .. . .... . . . ... . .
lowQualScore : 555 3 111 0 00000 1 3 1 2 4444 222222 1 1 333 3333 2 1 1 4444 66 4 1 1 66 666 99 66 2 5555 2 2 4 66 2 2 2 66 77 4 8 2 2 2 77 2 5555 2 1 4444 1 3 1 0000 1 3 3 1 111 1 1 99999 11 1 1 444 3 1 111 99 6666666 2222 333333 1 1 111 1 444444 2 222 4444 55 111 2 55 99999999999 33333 88 1111111 999 2 11 1 7777 666666666666 7777777 444444444 11111 1 111111111 222222222 444444444444 66 2 99 222222222222222222 888 1 55 888 44 888 99 77 1 1 555555555555 00000000000 1 2 77777 6666666666666666666666666666666666 2 999 1 3333 55555 77777 99999999 44 1 222222222222222222 55 55 66 2 9999 2 2 4 555 2 2
consensus : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T------------GA-------A---------A-----T-TAA-------T---------TT------------T--A-TT--T--------A-T-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
Reference ( family-3254 ) : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T------------GA-------A---------A-----T-TNA-------T---------TT------------T--A-TT--T--------A-N-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|1 : TA---TA-GT---CTATTTA-----A-A-CT--CT-TTTA-A----AGC------T-T-TTTTT---TTA--TT-GTTTG-TA----C--T-G-G-C-A--TA---ATT--CT--ATCCTT-GGCTAC-T-T-GAA--TTA-TGT--GC--A--AT-C-T-T-A--TAGTT----G-C-------A-A-T-ATTCAG-AA-TGT-ATTA-ATAAAC-TTT-GGTGACTGGT--G-C-GC--CTT-TG-CTTGA--C-------A-C--CC------AT-T-TTGTACCTATATA------GG-GT---C----CT--CCAAA-A--G-----------A-----TAC--CCTA----TGGTATA-TT--C-A----G------------GA-------A---------AAA---TATAG-------T---------TT------------T--A-TT--T--------A-T-------T---AC-A--C----A--A---A--TAAAA--C-CG--A------------CTG----------------A-----A------------------------G------T--GA-A---AA-CTGA----GGTTGTC--CA-----G--------TTGTCCC-CGA---C------------GAAGTC--CGAAGTCC-------AAT-ATGTT-CT---GAA-ACCGTGACA
gi|10 : agcccTA---CA-GT---CGGTT-----------CTGCTT-CCTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-G--CT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATA-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------GG-GT---T----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T------------GA-------A---------A-----T-TAA-------T---------TT------------T--A-TT--T------------------------------------A---A--CAGAA--C-CGA-A------------AAA-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CCGAACAGTTTCCTGAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACAgc
gi|11 : gccCCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGTTT-TTTA-A----AG-------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----A-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCTA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TTG---A-TT--C-A----T------------GA-------A---------A-----T-TCA-------T---------TT------------T--A-TT--T--------A-A-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----A--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---C-A-ACCGTGACAgc
gi|12 : TA---TA-GT---CTATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGA------T-T-TTTTT---T-A--TT-GTT-A-TA----T--T-GTA-T-A--TG---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GGA--T-A-T-T--AC--AT----G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----C-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GGTG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------AG-GT---C----TT--C---A-A--G-----------ATACTGTAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T------------GA-------A---------A-----T-TAA-------T---------TT------------T--A-TT--T--------A-T-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------AAAACCCC--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T---------------------------GAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|13 : gccTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTTTT---A-ACATT-GTT-G-TA----TA-T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----T--G-T-GC---CT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--CGA----T------------GA-------A---------A-----T-TAA-------G---------TT------------T--A--T--T--------A-T-------T---AC-A--C---AA--A---A--T-AAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTTG----CA--------------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA---CG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACAg
gi|14 : cCCTATA---TC-G-----GATTAA-----G-A-CTGCTT-TT-A-A----AGC------T-TCTTGTT---G-G--TT-GTT-G-TA----T--T-GAG-C-A--TA---TTG--T---AGCCTT-G----C-A-T-GGA--T-A-T-TTAAC--AA-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-A----A-A-T-A----G-AA-TTT-GTTA-A---AC-TTT-GGTG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T------------GA-------A---------A-----T-TAA-------T---------TT------------T--A--T--T--------A-A-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------A---A-GA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----AGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-AT--T-CT---G-A-ACCGTGACAgc
gi|15 : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T----GTA-C-A--TA---GTG--CC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-T-T-A----G-AA-TTT-ATTT-T---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--TC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-GT--C-A----T------------AA-------A---------A-----T-TCA-------T---------TT------------T--A-TT--T--------A-A-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CTA-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--TGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-g
gi|16 : gTA---TA-GT---CTATTAA-----G---CTGCTT-TT-A-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--TTGTA-C-ACTTA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GAAG-----T--G-T-G------------------------------CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC-----------GG---ATTT--C-A----T------------G--------A---------A-----T-TAA-------T---------TT------------T--A-TT--T--------ATA-------A---AC-A--C---AA--AAAGA--AAAAA--C-CGA-A------------CTG-----------A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CT------------GAA--C--CGGA--CCGAA----AAA-ATG-T-CT---T-A-ACCGTGACA
gi|17 : ccT---CGGTTAA-------A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---A-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---GC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATC-TG-T---A--C-------A-C--CC------AA-T-TTA---CT-TCCA------GG-AT---C------------A-A--G-----------A-----TAC--C-------TAG---A-TT--C-A----T------------GA-------A---------A-----G-TAA-------T---------TT------------T--A-TT--TCGGGTTTTA-T-------TTATAC-A--C---AA--A---AA-TAAAA--C-CGA-A-------------------------------------------------------------------------------AA-CCAA------TT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-AACCGAAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGAGACAg
gi|18 : taT---CGGTTAA-------A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---A-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---GC-TTTGGATG-----T--G-T-GC--ATC-TG-T---A--C-------A-C--CC------AA-T-TTA---CT-TCCA------GG-A----------T--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TAG---A-TT--C-A----T------------GA-------A---------AGTAATT-TTATTTCGGGT---------TT------------T--A-TT--T--------A-T-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C---------------------------------------------------------------------------C--GA-A---AA-CCGA------TT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGAGACA
gi|19 : taTATA---TA-GT---CGGTTAA-----G-A-CTGCTT-TTT--------------------TTGTT---------T-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-C--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTC-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CC--C---A-A--G-----------A-----TGC--C-------TTG---A-TT--C-A----T------------GA-------A---------A-----T-T-A-------T---------TT------------TG-A-TT--T--------A-T-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCGA------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CC-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACTATGACAtc
gi|2 : taTA---TA-GT---CTATTAG-----A-AGCTGCTA-TTTA-A-----GA------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-G-GAAATT-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----GCCT-G----A-A-T-A----G-AA-TTG-ATTA-A---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---AC-C-------ATC--CC------AT-T-TTA---CT-TCT-------TG-GT---C----CT--C---A-A--GNNNNNNNNNNNN-----NNN--N-------NNN---N-NN--N-N----N------------GA-------AGATACCTGGA-----T-TCA-------TGAAATTAATTT------------T--A-TT--T--------A-T-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--TGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTg
gi|20 : ccA---CC-TCTA------GG-GT---CAGTCTT--C---A-A--G-----------ACAAA-TAC--C-------TA-------T--C-A----TTCC---------GA-------A---------A-----T-TAA-------T---------TTAATGACAATTTAT--A-TT--T--------A-A-------T---GA-T--C---AATTA---A--TGAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------A--CA-A---A---CG-----GGTT------A-----A--------T--TTCC-TAAAACC------------GAA--C--GAAA--CCG-A----AAA--TG-T-CTT--G-A-ACCGTGAC
gi|21 : tgcagaaaataaacgcaaatttatatcttactaataaatcttgcatattagaacaataatgtgacttcccccattgtaacaaacatcaccattgtttaaaaggctcggaaaaaTATA---TA-GT---CAATTAA-----A-A-CTGCTC-TTGA-G----GGC------T-T-ATTTT---G-C--AC-GT----TA----C--T-GTA-C-A--TA---ATG------AT---------------------T-A-T-T--ACTTAT-CT-T-T-T-A--TA-TT----G-TT-G----A-A-T-A------AA-TTT-TTT---------TTT---------------T-GC--ATT-TG-T---A--CAGAA---A-A--AA------AA-T-ATG---CG-T--A------GT-GT---C----CT--T--------------------A-----TTT--T-------TGG---A-TC--C-A----T------------T--------A---------A-----T-TTA-------T---------TT------------C--A-TT--T--------T-A-------T----C-A--C---AA--A---A--TAAAC--C-TGA-T------------CCG-------A---A-AA-A-----ATAGATAGAAAAAAAAAATAATAATA------C--GA-A---AA-CGGA----GATT-----TT-----C--------T--TTCC--G-----------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-GCC
gi|22 : CCTATAGA-TA-ATGCTCG-TTAA-----GGA-CTGCTT-TTTG-----------------T-TTGTT---G-----------G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--GACCTT-G----C-A-T-GAA--T-A------AC---T-ATCA-T-T-A--TA-TT----G-CTAG----ACA-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---G----T-AA-G-----T--G-T-GC--ATT-TA-T---AA-C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT---CA------GG-GT---C----C---C---A-A--G-----------A-----TGC--C-------TTG-----TT--C-A----T------------GAC------A---------A-----T-T-A-------T---------TT------------G--A-TT-----------A-T-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGC-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------AA-----C--GA-A---AAACCGA----GGTT-----CC-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--
gi|23 : TG---TA-GT---CGGTTAA-----G-G-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-G--CT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-T---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-T--CC------AT-T-TTA---CA-TCCAG-----GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGA---A-TT--C-A----T------------CA-------A---------A-----T-TAA-------T---------TT------------T--A-TT--T--------A-T-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------C--------------------------------------------------------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGaaatcgttgagactgaca
gi|24 : c-G----A-A-T-AAA--G-AA-TTT-ATTA-A-------------------T--A-T--C--ATT-TGGT---A--A-------A-CAGCCTCATAAAT-T-TTAA--CT-TCCGCGCTATGG-AT---T----CTAAC---ATA--T-----------A-----CAC--C-------TGG---A-TT--C-A----TAGAAGAGTGGTAGA-------A---------T-----T-TTA-------T---------CT------------T--A-AA--T--------A-G-------T---ACCA--CCCCAA--A---A--TAAAAA-C-CAA-AAGTGACCACCACCCG-------A---A-AA-ATTCTGA------------------------A------C--GA-A---CA-CCGGAACCGGT------CA-----G--------T--TTTT-CCGA-CT------------GAA--C--CGAAG-CCA-A----AAATATG-TCCT---G-ACACC-TGA
gi|25 : ttacagtatttgctagaaaaA---TA-GT---CG-TTAA-----G-A-CTGATTCTTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT--TT-G-TA----TA-T-GTA-C-A--TG----T---TC--ATCCTTTG----C-A---AAA--T-A-T-T--A---AT-AT---T-T-A--TA-TC----G-CT------A-A-T-A------AA-TTT-ACTA-A---AC-TTT-GA-G-----T--GCT-GC--ATT--G-T---A--C-------A-C--C-------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG--T---C----GT--C---A-A--G-----------A-----AAT--C-------TGG---A-TT--C-A----T------------GA-------A---------AAA---T-TAA-------T---------TT------------T--A-TC--T--------A-T-------T---AC-AACC---AA--A---A--TAAAAAGC-C-A-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---A--CTGG----GTTT-----CA-----G--------T--TTCCGTGAA-C-----------------------------G-A----AAA-A-G-T-CT---G-A-ACCGTGgcaagccac
gi|26 : A---TA-GT---TAATTAG-----A-A-CTCCAC-TTGA-G----AG-------T-T-ATGTT---G-C--TT-GTT-G-CA----T--T-GTA-C-A--TATA-ATG--TT--GTTCTT-A----A-A-T--AA--C-A-T-T--AC--TT-AT-G-T-TTA--CA-TT----G-TT-T----A-A-TTA----A-AA-TTT-ATTA-AG--AA-ATT-GATG-----T--T-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-G--AA------AT-A-TTA---AC-TTCA------GGAGT---C----CT--C---ATA--GT----------A-----TTC--C-------TTG---A-TT--C-A----T------------TA-------------------------TTA-------T---------TT------------T--------C--------A-T-------C---AC-A--C---AA--C---A--TATAA--C-CGA-A------------TTG-------A---A-AAAA-----A------------------------A------CA-AA-A---AA-CCAT----GATT-----T------G--------T--TTCC-TGCA-----------------------CGAA--CTG-A----AAA-A
gi|27 : T---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---A-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTG-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--T-A----T------------GA-------A---------A-----T-TAA-------T---------TT------------T--A-T----------------------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAT--C-TGA-A------------CCG----------------A-----A------------------------A------T--GA-A---A----GA-------------TA-----G--------T--TTC-------CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|28 : A-GT---CTATTAA-----A-A-CTGCTT-GTGA-G----AGC------T-T-ATGTT---G-C--CC-ATT-G-TG----T--T-GTA-C-A--T-----TG--CC--ATCCTT-A----A-A-T-AAA--T-A-T-T--AC--TT-AT-A-T-T-A--TT-TT----G-TT-G----A-A-T-A----A-AA-TTT-ATCA-G---A------------------G-T-CC--A----G-A---A--A-------A------------GT-T-ATA---T----CA------GG-GT---C----CT--C---A-G--T-----------A-----TTC--C-------TGG---A-GT--A-AT---T------------GA-------A-----------------TCA-------T---------TT------------C--ATTT--T--------A-T-------C---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------C--------------------------------------------------------T--GA-A---AA-CTGA----GG-T-----CAATAATG--------T--TTCC-TGAA-CT------------GAA--TGGCGAA--CCG-C----AAA-ATA-T-CT---G-A-ACg
gi|29 : TT-TCGA-G----AGC------T-T-AAGCT---G-C--CT-GTT-G-TA----T--T-ATA-T-T--CA---ATA--AC--ATA--T-G----T-AAT-AAA--T-A-T-T--A---ATCAC-G-T-T-AATTA-TT-------T-G----A-A-T------G-AA-CTT-ATT-----------T-G-TA-----T--T-T-GT--ATT-TC-T---A--CGGAA---A------------AA-A-TTA---CT---CA------G---T---C----TT--C---G-T--C-----------A-----TTC--T-------TGA---A-TT--C-A----A------------TA-------A---------A-----T---A-------T---------TA------------A--A-TT--TC-------A-T-------C---AG-G--C---AA--A---G--CAAAA--C-CCA-A------------TCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------------A---AA-TCAA----AATC-----CAC----GACCATT--T--TTCC-T-----C-------------AA--C--TGTA--CCG-A----AAA-ATG-G-GT---G-A-ACCGTGACAtat
gi|3 : CCTAT----TA-GT---CTATTAAAA---G-A-CTGCTT-TTTAGA----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TTTGTT-G-TA----T--TTGTA-C-A--TATAAATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GA---T-A-T-T--AC--AT-ATTG-T-T-A--TA-T-----G-CT-G----A-A-T-A----G-AAATTTGATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GCCTGTT-GG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GTC--C----CT--G---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---C-TTGGA-A----A------------GA-------A---------A-----T-TA------------------TT------------T--A-TTTAT--------A-T-------T---A--A--C----A--A---A--TAAAAC-C-CGA-AT-----------CCG-------AT--A-AT-A-----A------------------------A------CCTGATA---AC-CCGA----GGTT-----CA-----GT-------T--TTCC-TGAA-CT------------GGA-------AA--CCG-AT---AAA-ATG-T-CTTGAA-A-ACCGT-ACAgc
gi|30 : TAA-----G-A--TGCTT-TTTA-------GC------T-T-T-GTT---G-C--TT---T-G--A----T----GTA---A--TA---ATAGATC--ACTCT--G----C-A-T-GA---T-A-T-T--A---AT-AT---T-T-A--TG-------G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-T---AT-CTA-CATG-----T--G---------T-CG-T---A-----------------------------TA---CT-TCCA------GG-AC---G----CT--C---A----------------A-----TA---C-------TGA------T--C-A----T------------GA-------A---------A-----T---A-------A---------TT------------T--A-TC-------------A-------T---AT-A--C---AA--A---AACTAAAA--C-CGATA------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------T--GA-A---AA-C-------GATT-----CA-----------------TTCC-TG-A-TC------------G-A--C--CGAA--CCA-G----AAA-ATG-T-CT---A-A---CGTGAg
gi|31 : gcctgtagtactg-GTT-G-TA----T--G-GCG-T-A--TA---ATG--T----------------------------A-T-T--AC--TTTAT-C-T-T-A--CA-TT----G-TT-G----A-AAT-A----A-AA-CTT-ATTA-G---AA-ATT-GATG-----T--T-T-TC--ATT-GT-T---A--C-------A-T--AG------AG-T-ACA---AG-TTCA------AA-AT---C----CT--C--------G-----------C-----TAT--CCTCATAGTGG---A-TT--C-A----T------------TG-------A---------A-----T-TT--------T---------TT------------T--C-TT--TTTA-----A-A-------C---AC-A--C---AC--A---A--CAAAA--C-TTA-A------------CCACCTCCACA---ACAA-A-----A------------------------A------T--CA-ACATAA-CCGA----TGTT-----TT-----A--------T--TTCC-GGA-----------------AA--C--CGG-----G-A----AAA-ATG-T-CT-----A-ACTGTagctga
gi|32 : tgccATG---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGTTTTGAGT-T-TTG-T---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TT---ATGT-TC--AT-CTT-G----CAA-TAAAA--T-A-T-T--AC--AT-AC-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-GCTGAA-G-T-A----A-GA-TTT--TTA-A---ACGTTT-AATG-----T--G-TGGC--A-T-TG-T---A--C---------C--CC------ATATGTTA---CT-TCTA------GGTGT---T----CT--CA--A-A--G-----------A-----TACG-C-------TTG---A-TT--C-A----T------------GA-------A---------AT----T-TCA-------T---------TT------------TTAA-TC--T--------A-A-------T---AC-A--C----A--A---C--TAAAA--T-AGA-A------------agag
gi|33 : tatac--TT-GTT-G-CAGCTTT--T-ATC-C-A--TA---TTG--TC--GTCCTT-G----A-A-T-GAA--T-A-G-T--GC--TT-AT-G-T-A-A--TA-TT----G-TT-G----A-A-A-A----A-AA-AAT-ATAAGA---AA-TTG-AATG-----T--T-T-CC--ATT--G-TC--A--C-------A-A--AA------AT-A-A-A---CC-TATA------AG-AC---A----CT--C---A-T--T-----------A-----TTC--T-------TGG---A-CT--C-A----T------------TA-------A---------A-----T-TG--------T---------TT------------T--A-TT--TTA------A-A-------C---AC-A--C---AA--C---A--TAAAA--C-AGA-A------------CCC-------A---A-AG-G-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GTTT-----TT-----A--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--TGAA--a
gi|34 : TA---TA-GT---AGATTAA-----A-A-CTCATT-TTGG-G----AGC------T-A-ACGTT---G-C--CT-GTT-G-TA----T------------------ATG--CC--ATTTTT-A----A-A-T-GAA--T-A-T-C--A------------------TA-TT----G-TT-A----A-A-T-A------AA-TTC-AT-----------------G-----T--T-T-GC--AAA-TG-T---A--A-------A-G--AA------AT-A-TTA---CT-TC-A------GG-GT---C----TT--C---A-A--G-----------A-----TGCAAC-------TGC---ACTT--C-AGTCTT------------GAATTCTTGA---------A-----T-TG--------T---------TT------------T--ATTT--T--------A-T-------A---AC-A--C---AA--A---A--TATAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-A---------------------------------------------------------------TT-----TT-----G--------T--TTCC-TGAG-GC------------AAA--C--CCAA--acat
gi|35 : TA-A----AGC------T-T-GTGTT---G-C--CC-GTT-G-TA----T--T-GTG-C-G--TA---ATA--TC--GTCCTT-A----A-A-T-GGA--C-A-G-T--GC--TT-TTTA-T-T-G--TA-TT----G-TT-----------------G-AA-T------A-G---A-------ATA-----T--A-T-A-----T-TG-T---A--C-------A-G--AA------A------A---AT--CCA------AG-GT---C----CT--------A--G-----------T-----TAT--TAT-----TGG---A-TT--C-A----T----------------------------------------CA-------T---------TT------------G--AATT--T--------A-T-------C---AT-A--C---AA--A---A--TAAAAA-C-CGA-A------------CCG-------GG--A-AA-A-----A------------------------A------T--GA-A---AA-TCGA----GGTTTTGTTCA-----GGAGTGTTGT--TTCC-TGAA-a
gi|37 : cG-GT---T----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-T----T------------GA-------A---------A-----T-TAA-------T---------TT------------T--A-TT--T--------A-T-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACttgtg
gi|38 : ccatca-------T---------TT------------T--A-TT--T--------A-CCCGGTAAT---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------A---A-AAAA-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCATGACA
gi|39 : ---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTgc
gi|39 : tctaatT---CGATTAA-----G-A-CTGC-T-TTTA-A----AGC------TGT-TTGTT---G-A--TT--TT-G-TA----T--T-GTAGC-A--TA---ATAT-TC--ATCCTT-G----C---T-GAA--T-A-T-T--cgattaagactgcttttaaagctgtttgttgattttgtattgtagcataatattcatccttgctgaatatt
gi|4 : tctaattagtcgattaagactgctttttaaagctttCCTAT----TA-GT---CTATTAAAA---G-A-CTGCTT-TTTAGA----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TTTGTT-G-TA----T--TTGTA-C-A--TATAAATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GA---T-A-T-T--AC--AT-ATTG-T-T-A--TA-T-----G-CT-G----A-A-T-A----G-AAATTTGATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GCCTGTT-GG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GTC--C----CT--G---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---C-TTGGA-A----A------------GA-------A---------A-----T-TA------------------TT------------T--A-TTTAT--------A-T-------T---A--A--C----A--A---A--TAAAAC-C-CGA-AT-----------CCG-------AT--A-AT-A-----A------------------------A------CCTGATA---AC-CCGA----GGTT-----CA-----GT-------T--TTCC-TGAA-CT------------GGA-------AA--CCG-AT---AAA-ATG-T-CTTGAA-A-ACCGT-ACA
gi|40 : A-------T---------TT------------T--G-TT--C--------C-C-------C---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--AACAG-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------G------C--AA-A---AA-CCCT----AGTT-----T------G--------T--TTCC-TGAAACC------------TAA--C--CAAT--CCG-A----AAA-ATG-TGCT---G-A-ACCGTGACAg
gi|41 : ---TA-GT---CCATTAA-----G-A-CTG-TT-TTTA-A----AGC------T-T-TAGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATa
gi|43 : ccA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-T
gi|44 : tatgtataggtctaaattttcactatctcacccagagccCCTATACGGTA-GT---CAGTTAAATTAGG-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---GTA--TT-GT
gi|46 : ag----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-T---AC-TTT-AATG-----T--G-A-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---
gi|47 : GTT-----AA-----A--------T--TTCC-TGAA-C---------------------CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-AT---G-A-ACCATGACA
gi|5 : CCTA-A---TACGT---CTATTAA-----G-A-CTA----TTTC-A----AGC------T-T-TTGTTT--G-A--TT-GTT-GGTA----T--T-GTA-CGA--TT---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-TTGAT--T-A-T-G--AT--AT-AT-GGTGT-A--TA-TT----G-CT-G----A-AAT-A----G-AA-TT--ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--CTTCTG-T---AAAC-------A-C--CC------AT-T-ATA---CT-TCCA------TC-GT---T----CT--C---A-A--G-----------AA----TATT-C-------TGG---A-T---C-A----T------------GA-------A---------A-----T-TAT-------T---------TT------------T--AAGT--T--------A-T-------T----C-AG-C---AA--A---AATTAAAA--C-CGA-T------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----TA-----G--------T--TCTC-TGAA-CT------------GAA--C--CGAA--ACG--------A-ATG-T-CT---G-A-ACCG-GACAg
gi|50 : A---TA-GT---CTATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-Tgc
gi|6 : agccaTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTCTTTACA-A--TT-GTT-G-TA----TATT-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AA-TT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----TTGG-T-GC---TT-TG-T---A--C-------ACC--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-AT---T------------GA-------A---------A-----T-TAAGT-----T---------TT------------T--A-TT--T--------A-T-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|7 : cTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTCTTTACA-A--TT-GTT-G-TA----TATT-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AA-TT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----TTGG-T-GC---TT-TG-T---A--C-------ACC--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-AT---T------------GA-------A---------A-----T-TAAGT-----T---------TT------------T--A-TT--T--------A-T-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACAgc
gi|8 : cTAAA---TA-GT---CGGTTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-ACTAAAGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TT---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-T-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--CGTGTTGTA-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----AA--C---A-A--GAT---------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T------------GA-------A---------A-----T-T-A-------T---------TT------------TG-A-TT--T--------A-T-------A---AC-A--C---AA--A---A--TAAAG--C-CAA-A------------CCA-------AAACA-AA-A-----A------------------------A------C--AA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T---------------------------GAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACgc
gi|9 : A-GT---CGATGAA-----G-ATCGGCTT-TTTA-A-----GC------T-T-T-GTT---G-A-----GTT-G-TG----TA-T-GTA-C-A--TA---ATG--TATAATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-AGT-C--AC--AT-AT-G-T---A--TA-TTATTCG-GT-G----A-A-T-A----GTAA-TTG-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--T-T-GC--TTTATG-T---A--C-------A-T--CC------TT-T-TTG---CT-TCAT------GG-GTTCGC----CT--C---A-ATTG-----------A-----TAC--C-------TG----A-TT--C-C----T------------GA-------A---------AG----T-TAA-------T---------TT------------TT-A-TT--T--------A-T-------T---AC-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-C-A-A------------CCG-----------A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CTGA-----GTC-----TA-----G--------T--TT-C-TG-A-CT------------GAA--C--CGAA--CCG-------AA-ACG-G-TT---G-A-A-CGTGACA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): TTGTTTAATAAAAATGATCAGAAATGGGGTATTGCTATTTTTACCGAAATAAAACTTTAAGGCACTTAATTCTTGGTTTCATTAAATAGCTTTATTTTCACACACAAGATAAATTTGAAACGCCAAAAAAGCG
Unaligned ( gi|42 ): CTGAACCGTGACAGCCCTAATCACTGCTACAAATGTCATCAGATAAACAGGACCCTACCT
Unaligned ( gi|45 ): ACTATGACAGCCCTACCATTTATGTATTAATATAGACCAGTGTTAAATATGACAT
Unaligned ( gi|48 ): AACCCTAAATTAGGCCTTAGTTTCATGAATGTCATTGTCTG
Unaligned ( gi|49 ): TATTTATAAGGTTTCTAAATTTTCAGTACCTCACCTAGAGC
Alignments
lowQualScore : 111111111 1111111111111111111111 11111111 11111111111 1111111111111111111111111111111111 111111111111111111
lowQualScore : 444 1 222 1 66666 1 2 1 2 2222 333333 1 1 555 3333 2 1 1 2222 66 3 1 1 11 555 33 11 1 2222 1 1 2 11 1 1 1 11 11 2 4 1 1 1 11 1 2222 1 1 2222 1 2 1 4444 1 2 2 1 333 1 1 22222 33 1 1 555 2 1 333 33 8888888 4444 333333 1 1 333 1 444444 2 444 2222 11 333 2 11 77777777777 66666 33 7777777 111 2 33 1 5555 333 1 000000000 55 1 1111111111111111111111 2222 555555555555 33 2 22 00000000 7777777 111 3333 1 22 111 11 111 22 55 1 1 777777777777 33333333333 1 2 22222 3333333333333333333333333333333333 2 111 1 2222 55555 33333 88888888 11 1 333333333333333333 11 11 22 1 4444 1 1 2 555 1 1
lowQualScore : ... . ... . ..... . . . . .... ...... . . ... .... . . . .... .. . . . .. ... .. .. . .... . . . .. . . . .. .. . . . . . .. . .... . . .... . . . .... . . . . ... . . ..... .. . . ... . . ... .. ....... .... ...... . . ... . ...... . ... .... .. ... . .. ........... ..... .. ....... ... . .. . .... ... . ......... .. . ...................... .... ............ .. . .. ........ ....... ... .... . .. ... .. ... .. .. . . ............ ........... . . ..... .................................. . ... . .... ..... ..... ........ .. . .................. .. .. .. . .... . . . ... . .
lowQualScore : 555 3 111 0 00000 1 3 1 2 4444 222222 1 1 333 3333 2 1 1 4444 66 4 1 1 66 666 99 66 2 5555 2 2 4 66 2 2 2 66 77 4 8 2 2 2 77 2 5555 2 1 4444 1 3 1 0000 1 3 3 1 111 1 1 99999 11 1 1 444 3 1 111 99 6666666 2222 333333 1 1 111 1 444444 2 222 4444 55 111 2 55 99999999999 33333 88 1111111 999 2 11 1 7777 111 1 333333333 33 1 9999999999999999999999 2222 444444444444 99 1 99 77777777 0000000 888 3333 1 55 888 44 888 55 77 1 1 555555555555 00000000000 1 2 77777 6666666666666666666666666666666666 2 999 1 3333 55555 77777 99999999 44 1 555555555555555555 55 55 66 2 9999 2 2 4 555 2 2
consensus : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
Reference ( family-3254 ) : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|1 : TA---TA-GT---CTATTTA-----A-A-CT--CT-TTTA-A----AGC------T-T-TTTTT---TTA--TT-GTTTG-TA----C--T-G-G-C-A--TA---ATT--CT--ATCCTT-GGCTAC-T-T-GAA--TTA-TGT--GC--A--AT-C-T-T-A--TAGTT----G-C-------A-A-T-ATTCAG-AA-TGT-ATTA-ATAAAC-TTT-GGTGACTGGT--G-C-GC--CTT-TG-CTTGA--C-------A-C--CC------AT-T-TTGTACCTATATA------GG-GT---C----CT--CCAAA-A--G-----------A-----TAC--CCTA----TGGTATA-TT--C-A----G---GA-A---------AAATAT-----AG--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C----A--A---A--TAAAA--C-CG--A------------CTG----------------A-----A------------------------G------T--GA-A---AA-CTGA----GGTTGTC--CA-----G--------TTGTCCC-CGA---C------------GAAGTC--CGAAGTCC-------AAT-ATGTT-CT---GAA-ACCGTGACA
gi|10 : agcccTA---CA-GT---CGGTT-----------CTGCTT-CCTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-G--CT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATA-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------GG-GT---T----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T---------------------------------------A---A--CAGAA--C-CGA-A------------AAA-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CCGAACAGTTTCCTGAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACAgc
gi|11 : gccCCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGTTT-TTTA-A----AG-------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----A-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCTA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TTG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----CA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AA-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----A--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---C-A-ACCGTGACAgc
gi|12 : TA---TA-GT---CTATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGA------T-T-TTTTT---T-A--TT-GTT-A-TA----T--T-GTA-T-A--TG---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GGA--T-A-T-T--AC--AT----G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----C-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GGTG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------AG-GT---C----TT--C---A-A--G-----------ATACTGTAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------AAAACCCC--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T---------------------------GAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|13 : gccTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTTTT---A-ACATT-GTT-G-TA----TA-T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----T--G-T-GC---CT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--CGA----T---GA-A---------A--T-T-----AA--G------------T----T------------T--A--T--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--T-AAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTTG----CA--------------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA---CG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACAg
gi|14 : cCCTATA---TC-G-----GATTAA-----G-A-CTGCTT-TT-A-A----AGC------T-TCTTGTT---G-G--TT-GTT-G-TA----T--T-GAG-C-A--TA---TTG--T---AGCCTT-G----C-A-T-GGA--T-A-T-TTAAC--AA-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-A----A-A-T-A----G-AA-TTT-GTTA-A---AC-TTT-GGTG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A--T--T--------AA-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------A---A-GA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----AGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-AT--T-CT---G-A-ACCGTGACAgc
gi|15 : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T----GTA-C-A--TA---GTG--CC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-T-T-A----G-AA-TTT-ATTT-T---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--TC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-GT--C-A----T---AA-A---------A--T-T-----CA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AA-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CTA-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--TGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-g
gi|16 : gTA---TA-GT---CTATTAA-----G---CTGCTT-TT-A-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--TTGTA-C-ACTTA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GAAG-----T--G-T-G------------------------------CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC-----------GG---ATTT--C-A----T---G--A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------ATA------A---A----C-A--C---AA--AAAGA--AAAAA--C-CGA-A------------CTG-----------A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CT------------GAA--C--CGGA--CCGAA----AAA-ATG-T-CT---T-A-ACCGTGACA
gi|17 : ccT---CGGTTAA-------A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---A-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---GC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATC-TG-T---A--C-------A-C--CC------AA-T-TTA---CT-TCCA------GG-AT---C------------A-A--G-----------A-----TAC--C-------TAG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--G-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--TCGGGTTTTAT-------TTATA----C-A--C---AA--A---AA-TAAAA--C-CGA-A-------------------------------------------------------------------------------AA-CCAA------TT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-AACCGAAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGAGACAg
gi|18 : taT---CGGTTAA-------A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---A-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---GC-TTTGGATG-----T--G-T-GC--ATC-TG-T---A--C-------A-C--CC------AA-T-TTA---CT-TCCA------GG-A----------T--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TAG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--G-T-----AA--TTTTATTTCGGGTT----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C---------------------------------------------------------------------------C--GA-A---AA-CCGA------TT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGAGACA
gi|19 : taTATA---TA-GT---CGGTTAA-----G-A-CTGCTT-TTT--------------------TTGTT---------T-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-C--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTC-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CC--C---A-A--G-----------A-----TGC--C-------TTG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AT--T------------T----T------------G--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCGA------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CC-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACTATGACAtc
gi|2 : taTA---TA-GT---CTATTAG-----A-AGCTGCTA-TTTA-A-----GA------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-G-GAAATT-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----GCCT-G----A-A-T-A----G-AA-TTG-ATTA-A---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---AC-C-------ATC--CC------AT-T-TTA---CT-TCT-------TG-GT---C----CT--C---A-A--GNNNNNNNNNNNN-----NNN--N-------NNN---N-NN--N-N----N---GA-AGATACCTGGA--T-TCATGAAA--T------------TAATTT------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--TGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTg
gi|20 : ccA---CC-TCTA------GG-GT---CAGTCTT--C---A-A--G-----------ACAAA-TAC--C-------TA-------T--C-A----TTCCGA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----TAATGACAATTTAT--A-TT--T--------AA-------T---G----A-T--C---AATTA---A--TGAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------A--CA-A---A---CG-----GGTT------A-----A--------T--TTCC-TAAAACC------------GAA--C--GAAA--CCG-A----AAA--TG-T-CTT--G-A-ACCGTGAC
gi|21 : tgcagaaaataaacgcaaatttatatcttactaataaatcttgcatattagaacaataatgtgacttcccccattgtaacaaacatcaccattgtttaaaaggctcggaaaaaTATA---TA-GT---CAATTAA-----A-A-CTGCTC-TTGA-G----GGC------T-T-ATTTT---G-C--AC-GT----TA----C--T-GTA-C-A--TA---ATG------AT---------------------T-A-T-T--ACTTAT-CT-T-T-T-A--TA-TT----G-TT-G----A-A-T-A------AA-TTT-TTT---------TTT---------------T-GC--ATT-TG-T---A--CAGAA---A-A--AA------AA-T-ATG---CG-T--A------GT-GT---C----CT--T--------------------A-----TTT--T-------TGG---A-TC--C-A----T---T--A---------A--T-T-----TA--T------------T----T------------C--A-TT------------T-------T---AT---C-A--C---AA--A---A--TAAAC--C-TGA-T------------CCG-------A---A-AA-A-----ATAGATAGAAAAAAAAAATAATAATA------C--GA-A---AA-CGGA----GATT-----TT-----C--------T--TTCC--G-----------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-GCC
gi|22 : CCTATAGA-TA-ATGCTCG-TTAA-----GGA-CTGCTT-TTTG-----------------T-TTGTT---G-----------G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--GACCTT-G----C-A-T-GAA--T-A------AC---T-ATCA-T-T-A--TA-TT----G-CTAG----ACA-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---G----T-AA-G-----T--G-T-GC--ATT-TA-T---AA-C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT---CA------GG-GT---C----C---C---A-A--G-----------A-----TGC--C-------TTG-----TT--C-A----T---GACA---------A--T-T-----A----------------T----T------------T--G-AT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGC-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------AA-----C--GA-A---AAACCGA----GGTT-----CC-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--
gi|23 : TG---TA-GT---CGGTTAA-----G-G-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-G--CT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-T---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-T--CC------AT-T-TTA---CA-TCCAG-----GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGA---A-TT--C-A----T---CA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------C--------------------------------------------------------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGaaatcgttgagactgaca
gi|24 : c-G----A-A-T-AAA--G-AA-TTT-ATTA-A-------------------T--A-T--C--ATT-TGGT---A--A-------A-CAGCCTCATAAAT-T-TTAA--CT-TCCGCGCTATGG-AT---T----CTAAC---ATA--T-----------A-----CAC--C-------TGG---A-TT--C-A----TA--GA-AG--------A--G-TGGTAGAA--T------------T----T------------T--A-TC--TTAA-----ATAG-----T---A----CCA--CCCCAA--A---A--TAAAAA-C-CAA-AAGTGACCACCACCCG-------A---A-AA-ATTCTGA------------------------A------C--GA-A---CA-CCGGAACCGGT------CA-----G--------T--TTTT-CCGA-CT------------GAA--C--CGAAG-CCA-A----AAATATG-TCCT---G-ACACC-TGA
gi|25 : ttacagtatttgctagaaaaA---TA-GT---CG-TTAA-----G-A-CTGATTCTTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT--TT-G-TA----TA-T-GTA-C-A--TG----T---TC--ATCCTTTG----C-A---AAA--T-A-T-T--A---AT-AT---T-T-A--TA-TC----G-CT------A-A-T-A------AA-TTT-ACTA-A---AC-TTT-GA-G-----T--GCT-GC--ATT--G-T---A--C-------A-C--C-------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG--T---C----GT--C---A-A--G-----------A-----AAT--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------AAAT-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TC--T--------AT-------T---A----C-AACC---AA--A---A--TAAAAAGC-C-A-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---A--CTGG----GTTT-----CA-----G--------T--TTCCGTGAA-C-----------------------------G-A----AAA-A-G-T-CT---G-A-ACCGTGgcaagccac
gi|26 : A---TA-GT---TAATTAG-----A-A-CTCCAC-TTGA-G----AG-------T-T-ATGTT---G-C--TT-GTT-G-CA----T--T-GTA-C-A--TATA-ATG--TT--GTTCTT-A----A-A-T--AA--C-A-T-T--AC--TT-AT-G-T-TTA--CA-TT----G-TT-T----A-A-TTA----A-AA-TTT-ATTA-AG--AA-ATT-GATG-----T--T-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-G--AA------AT-A-TTA---AC-TTCA------GGAGT---C----CT--C---ATA--GT----------A-----TTC--C-------TTG---A-TT--C-A----T---------------------T-----A---------------------T------------T--A-TT--TTC------AT-------C---A----C-A--C---AA--C---A--TATAA--C-CGA-A------------TTG-------A---A-AAAA-----A------------------------A------CA-AA-A---AA-CCAT----GATT-----T------G--------T--TTCC-TGCA-----------------------CGAA--CTG-A----AAA-A
gi|27 : T---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---A-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTG-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--T-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T-----------------------------------TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAT--C-TGA-A------------CCG----------------A-----A------------------------A------T--GA-A---A----GA-------------TA-----G--------T--TTC-------CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|28 : A-GT---CTATTAA-----A-A-CTGCTT-GTGA-G----AGC------T-T-ATGTT---G-C--CC-ATT-G-TG----T--T-GTA-C-A--T-----TG--CC--ATCCTT-A----A-A-T-AAA--T-A-T-T--AC--TT-AT-A-T-T-A--TT-TT----G-TT-G----A-A-T-A----A-AA-TTT-ATCA-G---A------------------G-T-CC--A----G-A---A--A-------A------------GT-T-ATA---T----CA------GG-GT---C----CT--C---A-G--T-----------A-----TTC--C-------TGG---A-GT--A-A----T---TG-A---------A--T-C------A--T------------T----T------------C--ATTT--T--------AT-------C---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------C--------------------------------------------------------T--GA-A---AA-CTGA----GG-T-----CAATAATG--------T--TTCC-TGAA-CT------------GAA--TGGCGAA--CCG-C----AAA-ATA-T-CT---G-A-ACg
gi|29 : TT-TCGA-G----AGC------T-T-AAGCT---G-C--CT-GTT-G-TA----T--T-ATA-T-T--CA---ATA--AC--ATA--T-G----T-AAT-AAA--T-A-T-T--A---ATCAC-G-T-T-AATTA-TT-------T-G----A-A-T------G-AA-CTT-ATT-----------T-G-TA-----T--T-T-GT--ATT-TC-T---A--CGGAA---A------------AA-A-TTA---CT---CA------G---T---C----TT--C---G-T--C-----------A-----TTC--T-------TGA---A-TT--C-AA---T---AA-AT--------A--T-T-----AA------------------------------------A-TT--TC-------AT-------C---A----G-G--C---AA--A---G--CAAAA--C-CCA-A------------TCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------------A---AA-TCAA----AATC-----CAC----GACCATT--T--TTCC-T-----C-------------AA--C--TGTA--CCG-A----AAA-ATG-G-GT---G-A-ACCGTGACAtat
gi|3 : CCTAT----TA-GT---CTATTAAAA---G-A-CTGCTT-TTTAGA----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TTTGTT-G-TA----T--TTGTA-C-A--TATAAATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GA---T-A-T-T--AC--AT-ATTG-T-T-A--TA-T-----G-CT-G----A-A-T-A----G-AAATTTGATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GCCTGTT-GG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GTC--C----CT--G---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---C-TTGGA-A----A---GA-A---------A--T-T-----A----------------T----T------------T--A-TTTAT--------AT-------T---A------A--C----A--A---A--TAAAAC-C-CGA-AT-----------CCG-------AT--A-AT-A-----A------------------------A------CCTGATA---AC-CCGA----GGTT-----CA-----GT-------T--TTCC-TGAA-CT------------GGA-------AA--CCG-AT---AAA-ATG-T-CTTGAA-A-ACCGT-ACAgc
gi|30 : TAA-----G-A--TGCTT-TTTA-------GC------T-T-T-GTT---G-C--TT---T-G--A----T----GTA---A--TA---ATAGATC--ACTCT--G----C-A-T-GA---T-A-T-T--A---AT-AT---T-T-A--TG-------G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-T---AT-CTA-CATG-----T--G---------T-CG-T---A-----------------------------TA---CT-TCCA------GG-AC---G----CT--C---A----------------A-----TA---C-------TGA------T--C-A----T---GA-A---------A----T-----AA---------------T----T------------T--A--T--C--------ATA------T---A----C-A--A---AA--A---C--TAAAA--C-CGATA------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------T--GA-A---AA-C-------GATT-----CA-----------------TTCC-TG-A-TC------------G-A--C--CGAA--CCA-G----AAA-ATG-T-CT---A-A---CGTGAg
gi|31 : gcctgtagtactg-GTT-G-TA----T--G-GCG-T-A--TA---ATG--T----------------------------A-T-T--AC--TTTAT-C-T-T-A--CA-TT----G-TT-G----A-AAT-A----A-AA-CTT-ATTA-G---AA-ATT-GATG-----T--T-T-TC--ATT-GT-T---A--C-------A-T--AG------AG-T-ACA---AG-TTCA------AA-AT---C----CT--C--------G-----------C-----TAT--CCTCATAGTGG---A-TT--C-A----T---TG-A---------A--T-T---------T------------T----T------------T--T-CT--T--------TT-------T---AAACAC-A--C---AC--A---A--CAAAA--C-TTA-A------------CCACCTCCACA---ACAA-A-----A------------------------A------T--CA-ACATAA-CCGA----TGTT-----TT-----A--------T--TTCC-GGAA-----------------A--C--CGG-----G-A----AAA-ATG-T-CT-----A-ACTGTagctga
gi|32 : tgccATG---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGTTTTGAGT-T-TTG-T---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TT---ATGT-TC--AT-CTT-G----CAA-TAAAA--T-A-T-T--AC--AT-AC-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-GCTGAA-G-T-A----A-GA-TTT--TTA-A---ACGTTT-AATG-----T--G-TGGC--A-T-TG-T---A--C---------C--CC------ATATGTTA---CT-TCTA------GGTGT---T----CT--CA--A-A--G-----------A-----TACG-C-------TTG---A-TT--C-A----T---GA-A---------AT-T-T-----CA--T------------T----T------------TTAA-TC--T--------AA-------T---A----C-A--C----A--A---C--TAAAA--T-AGA-A------------agag
gi|33 : tatac--TT-GTT-G-CAGCTTT--T-ATC-C-A--TA---TTG--TC--GTCCTT-G----A-A-T-GAA--T-A-G-T--GC--TT-AT-G-T-A-A--TA-TT----G-TT-G----A-A-A-A----A-AA-AAT-ATAAGA---AA-TTG-AATG-----T--T-T-CC--ATT--G-TC--A--C-------A-A--AA------AT-A-A-A---CC-TATA------AG-AC---A----CT--C---A-T--T-----------A-----TTC--T-------TGG---A-CT--C-A----T---TA-A---------A--T-T-----G---T------------T----T------------T--A-TT--TTA------AA-------C---A----C-A--C---AA--C---A--TAAAA--C-AGA-A------------CCC-------A---A-AG-G-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GTTT-----TT-----A--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--TGAA--a
gi|34 : TA---TA-GT---AGATTAA-----A-A-CTCATT-TTGG-G----AGC------T-A-ACGTT---G-C--CT-GTT-G-TA----T------------------ATG--CC--ATTTTT-A----A-A-T-GAA--T-A-T-C--A------------------TA-TT----G-TT-A----A-A-T-A------AA-TTC-AT-----------------G-----T--T-T-GC--AAA-TG-T---A--A-------A-G--AA------AT-A-TTA---CT-TC-A------GG-GT---C----TT--C---A-A--G-----------A-----TGCAAC-------TGC---ACTT--C-AGTCTT---GA-ATTCTTGA--A--T-T-----G---T------------T----T------------T--A-TT--TT-------AT-------A---A----C-A--C---AA--A---A--TATAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-A---------------------------------------------------------------TT-----TT-----G--------T--TTCC-TGAG-GC------------AAA--C--CCAA--acat
gi|35 : TA-A----AGC------T-T-GTGTT---G-C--CC-GTT-G-TA----T--T-GTG-C-G--TA---ATA--TC--GTCCTT-A----A-A-T-GGA--C-A-G-T--GC--TT-TTTA-T-T-G--TA-TT----G-TT-----------------G-AA-T------A-G---A-------ATA-----T--A-T-A-----T-TG-T---A--C-------A-G--AA------A------A---AT--CCA------AG-GT---C----CT--------A--G-----------T-----TAT--TAT-----TGG---A-TT--C-A----T---CA---------------------------------------T----T------------TGAA-TT--T--------AT-------C---A----T-A--C---AA--A---A--TAAAAA-C-CGA-A------------CCG-------GG--A-AA-A-----A------------------------A------T--GA-A---AA-TCGA----GGTTTTGTTCA-----GGAGTGTTGT--TTCC-TGAA-a
gi|37 : cG-GT---T----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-T----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACttgtg
gi|38 : ccatca--T------------T----T------------T--A-TT--T--------ACCCGGTAAT---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------A---A-AAAA-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCATGACA
gi|39 : ---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTgc
gi|39 : tctaatT---CGATTAA-----G-A-CTGC-T-TTTA-A----AGC------TGT-TTGTT---G-A--TT--TT-G-TA----T--T-GTAGC-A--TA---ATAT-TC--ATCCTT-G----C---T-GAA--T-A-T-T--cgattaagactgcttttaaagctgtttgttgattttgtattgtagcataatattcatccttgctgaatatt
gi|4 : tctaattagtcgattaagactgctttttaaagctttCCTAT----TA-GT---CTATTAAAA---G-A-CTGCTT-TTTAGA----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TTTGTT-G-TA----T--TTGTA-C-A--TATAAATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GA---T-A-T-T--AC--AT-ATTG-T-T-A--TA-T-----G-CT-G----A-A-T-A----G-AAATTTGATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GCCTGTT-GG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GTC--C----CT--G---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---C-TTGGA-A----A---GA-A---------A--T-T-----A----------------T----T------------T--A-TTTAT--------AT-------T---A------A--C----A--A---A--TAAAAC-C-CGA-AT-----------CCG-------AT--A-AT-A-----A------------------------A------CCTGATA---AC-CCGA----GGTT-----CA-----GT-------T--TTCC-TGAA-CT------------GGA-------AA--CCG-AT---AAA-ATG-T-CTTGAA-A-ACCGT-ACA
gi|40 : A--T------------T----T------------T--G-TT--C--------CC-------C---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--AACAG-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------G------C--AA-A---AA-CCCT----AGTT-----T------G--------T--TTCC-TGAAACC------------TAA--C--CAAT--CCG-A----AAA-ATG-TGCT---G-A-ACCGTGACAg
gi|41 : ---TA-GT---CCATTAA-----G-A-CTG-TT-TTTA-A----AGC------T-T-TAGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATa
gi|43 : ccA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-T
gi|44 : tatgtataggtctaaattttcactatctcacccagagccCCTATACGGTA-GT---CAGTTAAATTAGG-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---GTA--TT-GT
gi|46 : ag----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-T---AC-TTT-AATG-----T--G-A-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---
gi|47 : GTT-----AA-----A--------T--TTCC-TGAA-C---------------------CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-AT---G-A-ACCATGACA
gi|5 : CCTA-A---TACGT---CTATTAA-----G-A-CTA----TTTC-A----AGC------T-T-TTGTTT--G-A--TT-GTT-GGTA----T--T-GTA-CGA--TT---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-TTGAT--T-A-T-G--AT--AT-AT-GGTGT-A--TA-TT----G-CT-G----A-AAT-A----G-AA-TT--ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--CTTCTG-T---AAAC-------A-C--CC------AT-T-ATA---CT-TCCA------TC-GT---T----CT--C---A-A--G-----------AA----TATT-C-------TGG---A-T---C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AT--T------------T----T------------T--AAGT--T--------AT-------T--------C-AG-C---AA--A---AATTAAAA--C-CGA-T------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----TA-----G--------T--TCTC-TGAA-CT------------GAA--C--CGAA--ACG--------A-ATG-T-CT---G-A-ACCG-GACAg
gi|50 : A---TA-GT---CTATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-Tgc
gi|6 : agccaTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTCTTTACA-A--TT-GTT-G-TA----TATT-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AA-TT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----TTGG-T-GC---TT-TG-T---A--C-------ACC--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-AT---T---GA-A---------A--T-T-----AAGTT------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|7 : cTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTCTTTACA-A--TT-GTT-G-TA----TATT-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AA-TT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----TTGG-T-GC---TT-TG-T---A--C-------ACC--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-AT---T---GA-A---------A--T-T-----AAGTT------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACAgc
gi|8 : cTAAA---TA-GT---CGGTTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-ACTAAAGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TT---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-T-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--CGTGTTGTA-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----AA--C---A-A--GAT---------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AT--T------------T----T------------G--A-TT--T--------AT-------A---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAG--C-CAA-A------------CCA-------AAACA-AA-A-----A------------------------A------C--AA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T---------------------------GAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACgc
gi|9 : A-GT---CGATGAA-----G-ATCGGCTT-TTTA-A-----GC------T-T-T-GTT---G-A-----GTT-G-TG----TA-T-GTA-C-A--TA---ATG--TATAATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-AGT-C--AC--AT-AT-G-T---A--TA-TTATTCG-GT-G----A-A-T-A----GTAA-TTG-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--T-T-GC--TTTATG-T---A--C-------A-T--CC------TT-T-TTG---CT-TCAT------GG-GTTCGC----CT--C---A-ATTG-----------A-----TAC--C-------TG----A-TT--C-C----T---GA-A---------AG-T-T-----AA--T------------T----T------------TT-A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-C-A-A------------CCG-----------A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CTGA-----GTC-----TA-----G--------T--TT-C-TG-A-CT------------GAA--C--CGAA--CCG-------AA-ACG-G-TT---G-A-A-CGTGACA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): TTGTTTAATAAAAATGATCAGAAATGGGGTATTGCTATTTTTACCGAAATAAAACTTTAAGGCACTTAATTCTTGGTTTCATTAAATAGCTTTATTTTCACACACAAGATAAATTTGAAACGCCAAAAAAGCG
Unaligned ( gi|42 ): CTGAACCGTGACAGCCCTAATCACTGCTACAAATGTCATCAGATAAACAGGACCCTACCT
Unaligned ( gi|45 ): ACTATGACAGCCCTACCATTTATGTATTAATATAGACCAGTGTTAAATATGACAT
Unaligned ( gi|48 ): AACCCTAAATTAGGCCTTAGTTTCATGAATGTCATTGTCTG
Unaligned ( gi|49 ): TATTTATAAGGTTTCTAAATTTTCAGTACCTCACCTAGAGC
Alignments
lowQualScore : 111111111 1111111111111111111111 11111111 11111111111 1111111111111111111111111111111111 111111111111111111
lowQualScore : 444 1 222 1 66666 1 2 1 2 2222 333333 1 1 555 3333 2 1 1 2222 66 3 1 1 11 555 33 11 1 2222 1 1 2 11 1 1 1 11 11 2 4 1 1 1 11 1 2222 1 1 2222 1 2 1 4444 1 2 2 1 333 1 1 22222 33 1 1 555 2 1 333 33 8888888 4444 333333 1 1 333 1 444444 2 444 2222 11 333 2 11 77777777777 66666 33 7777777 111 2 33 1 5555 333 1 000000000 55 1 1111111111111111111111 2222 555555555555 33 2 22 00000000 7777777 111 3333 1 22 111 11 111 22 55 1 1 777777777777 33333333333 1 2 22222 3333333333333333333333333333333333 2 111 1 2222 55555 33333 88888888 11 1 333333333333333333 11 11 22 1 4444 1 1 2 555 1 1
lowQualScore : ... . ... . ..... . . . . .... ...... . . ... .... . . . .... .. . . . .. ... .. .. . .... . . . .. . . . .. .. . . . . . .. . .... . . .... . . . .... . . . . ... . . ..... .. . . ... . . ... .. ....... .... ...... . . ... . ...... . ... .... .. ... . .. ........... ..... .. ....... ... . .. . .... ... . ......... .. . ...................... .... ............ .. . .. ........ ....... ... .... . .. ... .. ... .. .. . . ............ ........... . . ..... .................................. . ... . .... ..... ..... ........ .. . .................. .. .. .. . .... . . . ... . .
lowQualScore : 555 3 111 0 00000 1 3 1 2 4444 222222 1 1 333 3333 2 1 1 4444 66 4 1 1 66 666 99 66 2 5555 2 2 4 66 2 2 2 66 77 4 8 2 2 2 77 2 5555 2 1 4444 1 3 1 0000 1 3 3 1 111 1 1 99999 11 1 1 444 3 1 111 99 6666666 2222 333333 1 1 111 1 444444 2 222 4444 55 111 2 55 99999999999 33333 88 1111111 999 2 11 1 7777 111 1 333333333 33 1 9999999999999999999999 2222 444444444444 99 1 99 77777777 0000000 888 3333 1 55 888 44 888 55 77 1 1 555555555555 00000000000 1 2 77777 6666666666666666666666666666666666 2 999 1 3333 55555 77777 99999999 44 1 555555555555555555 55 55 66 2 9999 2 2 4 555 2 2
consensus : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
Reference ( family-3254 ) : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|1 : TA---TA-GT---CTATTTA-----A-A-CT--CT-TTTA-A----AGC------T-T-TTTTT---TTA--TT-GTTTG-TA----C--T-G-G-C-A--TA---ATT--CT--ATCCTT-GGCTAC-T-T-GAA--TTA-TGT--GC--A--AT-C-T-T-A--TAGTT----G-C-------A-A-T-ATTCAG-AA-TGT-ATTA-ATAAAC-TTT-GGTGACTGGT--G-C-GC--CTT-TG-CTTGA--C-------A-C--CC------AT-T-TTGTACCTATATA------GG-GT---C----CT--CCAAA-A--G-----------A-----TAC--CCTA----TGGTATA-TT--C-A----G---GA-A---------AAATAT-----AG--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C----A--A---A--TAAAA--C-CG--A------------CTG----------------A-----A------------------------G------T--GA-A---AA-CTGA----GGTTGTC--CA-----G--------TTGTCCC-CGA---C------------GAAGTC--CGAAGTCC-------AAT-ATGTT-CT---GAA-ACCGTGACA
gi|10 : agcccTA---CA-GT---CGGTT-----------CTGCTT-CCTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-G--CT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATA-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------GG-GT---T----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T---------------------------------------A---A--CAGAA--C-CGA-A------------AAA-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CCGAACAGTTTCCTGAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACAgc
gi|11 : gccCCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGTTT-TTTA-A----AG-------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----A-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCTA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TTG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----CA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AA-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----A--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---C-A-ACCGTGACAgc
gi|12 : TA---TA-GT---CTATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGA------T-T-TTTTT---T-A--TT-GTT-A-TA----T--T-GTA-T-A--TG---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GGA--T-A-T-T--AC--AT----G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----C-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GGTG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------AG-GT---C----TT--C---A-A--G-----------ATACTGTAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------AAAACCCC--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T---------------------------GAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|13 : gccTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTTTT---A-ACATT-GTT-G-TA----TA-T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----T--G-T-GC---CT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--CGA----T---GA-A---------A--T-T-----AA--G------------T----T------------T--A--T--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--T-AAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTTG----CA--------------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA---CG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACAg
gi|14 : cCCTATA---TC-G-----GATTAA-----G-A-CTGCTT-TT-A-A----AGC------T-TCTTGTT---G-G--TT-GTT-G-TA----T--T-GAG-C-A--TA---TTG--T---AGCCTT-G----C-A-T-GGA--T-A-T-TTAAC--AA-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-A----A-A-T-A----G-AA-TTT-GTTA-A---AC-TTT-GGTG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A--T--T--------AA-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------A---A-GA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----AGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-AT--T-CT---G-A-ACCGTGACAgc
gi|15 : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T----GTA-C-A--TA---GTG--CC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-T-T-A----G-AA-TTT-ATTT-T---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--TC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-GT--C-A----T---AA-A---------A--T-T-----CA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AA-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CTA-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--TGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-g
gi|16 : gTA---TA-GT---CTATTAA-----G---CTGCTT-TT-A-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--TTGTA-C-ACTTA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GAAG-----T--G-T-G------------------------------CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC-----------GG---ATTT--C-A----T---G--A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------ATA------A---A----C-A--C---AA--AAAGA--AAAAA--C-CGA-A------------CTG-----------A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CT------------GAA--C--CGGA--CCGAA----AAA-ATG-T-CT---T-A-ACCGTGACA
gi|17 : ccT---CGGTTAA-------A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---A-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---GC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATC-TG-T---A--C-------A-C--CC------AA-T-TTA---CT-TCCA------GG-AT---C------------A-A--G-----------A-----TAC--C-------TAG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--G-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--TCGGGTTTTAT-------TTATA----C-A--C---AA--A---AA-TAAAA--C-CGA-A-------------------------------------------------------------------------------AA-CCAA------TT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-AACCGAAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGAGACAg
gi|18 : taT---CGGTTAA-------A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---A-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---GC-TTTGGATG-----T--G-T-GC--ATC-TG-T---A--C-------A-C--CC------AA-T-TTA---CT-TCCA------GG-A----------T--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TAG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--G-T-----AA--TTTTATTTCGGGTT----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C---------------------------------------------------------------------------C--GA-A---AA-CCGA------TT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGAGACA
gi|19 : taTATA---TA-GT---CGGTTAA-----G-A-CTGCTT-TTT--------------------TTGTT---------T-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-C--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTC-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CC--C---A-A--G-----------A-----TGC--C-------TTG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AT--T------------T----T------------G--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCGA------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CC-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACTATGACAtc
gi|2 : taTA---TA-GT---CTATTAG-----A-AGCTGCTA-TTTA-A-----GA------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-G-GAAATT-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----GCCT-G----A-A-T-A----G-AA-TTG-ATTA-A---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---AC-C-------ATC--CC------AT-T-TTA---CT-TCT-------TG-GT---C----CT--C---A-A--GNNNNNNNNNNNN-----NNN--N-------NNN---N-NN--N-N----N---GA-AGATACCTGGA--T-TCATGAAA--T------------TAATTT------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--TGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTg
gi|20 : ccA---CC-TCTA------GG-GT---CAGTCTT--C---A-A--G-----------ACAAA-TAC--C-------TA-------T--C-A----TTCCGA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----TAATGACAATTTAT--A-TT--T--------AA-------T---G----A-T--C---AATTA---A--TGAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------A--CA-A---A---CG-----GGTT------A-----A--------T--TTCC-TAAAACC------------GAA--C--GAAA--CCG-A----AAA--TG-T-CTT--G-A-ACCGTGAC
gi|21 : tgcagaaaataaacgcaaatttatatcttactaataaatcttgcatattagaacaataatgtgacttcccccattgtaacaaacatcaccattgtttaaaaggctcggaaaaaTATA---TA-GT---CAATTAA-----A-A-CTGCTC-TTGA-G----GGC------T-T-ATTTT---G-C--AC-GT----TA----C--T-GTA-C-A--TA---ATG------AT---------------------T-A-T-T--ACTTAT-CT-T-T-T-A--TA-TT----G-TT-G----A-A-T-A------AA-TTT-TTT---------TTT---------------T-GC--ATT-TG-T---A--CAGAA---A-A--AA------AA-T-ATG---CG-T--A------GT-GT---C----CT--T--------------------A-----TTT--T-------TGG---A-TC--C-A----T---T--A---------A--T-T-----TA--T------------T----T------------C--A-TT------------T-------T---AT---C-A--C---AA--A---A--TAAAC--C-TGA-T------------CCG-------A---A-AA-A-----ATAGATAGAAAAAAAAAATAATAATA------C--GA-A---AA-CGGA----GATT-----TT-----C--------T--TTCC--G-----------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-GCC
gi|22 : CCTATAGA-TA-ATGCTCG-TTAA-----GGA-CTGCTT-TTTG-----------------T-TTGTT---G-----------G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--GACCTT-G----C-A-T-GAA--T-A------AC---T-ATCA-T-T-A--TA-TT----G-CTAG----ACA-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---G----T-AA-G-----T--G-T-GC--ATT-TA-T---AA-C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT---CA------GG-GT---C----C---C---A-A--G-----------A-----TGC--C-------TTG-----TT--C-A----T---GACA---------A--T-T-----A----------------T----T------------T--G-AT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGC-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------AA-----C--GA-A---AAACCGA----GGTT-----CC-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--
gi|23 : TG---TA-GT---CGGTTAA-----G-G-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-G--CT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-T---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-T--CC------AT-T-TTA---CA-TCCAG-----GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGA---A-TT--C-A----T---CA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------C--------------------------------------------------------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGaaatcgttgagactgaca
gi|24 : c-G----A-A-T-AAA--G-AA-TTT-ATTA-A-------------------T--A-T--C--ATT-TGGT---A--A-------A-CAGCCTCATAAAT-T-TTAA--CT-TCCGCGCTATGG-AT---T----CTAAC---ATA--T-----------A-----CAC--C-------TGG---A-TT--C-A----TA--GA-AG--------A--G-TGGTAGAA--T------------T----T------------T--A-TC--TTAA-----ATAG-----T---A----CCA--CCCCAA--A---A--TAAAAA-C-CAA-AAGTGACCACCACCCG-------A---A-AA-ATTCTGA------------------------A------C--GA-A---CA-CCGGAACCGGT------CA-----G--------T--TTTT-CCGA-CT------------GAA--C--CGAAG-CCA-A----AAATATG-TCCT---G-ACACC-TGA
gi|25 : ttacagtatttgctagaaaaA---TA-GT---CG-TTAA-----G-A-CTGATTCTTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT--TT-G-TA----TA-T-GTA-C-A--TG----T---TC--ATCCTTTG----C-A---AAA--T-A-T-T--A---AT-AT---T-T-A--TA-TC----G-CT------A-A-T-A------AA-TTT-ACTA-A---AC-TTT-GA-G-----T--GCT-GC--ATT--G-T---A--C-------A-C--C-------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG--T---C----GT--C---A-A--G-----------A-----AAT--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------AAAT-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TC--T--------AT-------T---A----C-AACC---AA--A---A--TAAAAAGC-C-A-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---A--CTGG----GTTT-----CA-----G--------T--TTCCGTGAA-C-----------------------------G-A----AAA-A-G-T-CT---G-A-ACCGTGgcaagccac
gi|26 : A---TA-GT---TAATTAG-----A-A-CTCCAC-TTGA-G----AG-------T-T-ATGTT---G-C--TT-GTT-G-CA----T--T-GTA-C-A--TATA-ATG--TT--GTTCTT-A----A-A-T--AA--C-A-T-T--AC--TT-AT-G-T-TTA--CA-TT----G-TT-T----A-A-TTA----A-AA-TTT-ATTA-AG--AA-ATT-GATG-----T--T-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-G--AA------AT-A-TTA---AC-TTCA------GGAGT---C----CT--C---ATA--GT----------A-----TTC--C-------TTG---A-TT--C-A----T---------------------T-----A---------------------T------------T--A-TT--TTC------AT-------C---A----C-A--C---AA--C---A--TATAA--C-CGA-A------------TTG-------A---A-AAAA-----A------------------------A------CA-AA-A---AA-CCAT----GATT-----T------G--------T--TTCC-TGCA-----------------------CGAA--CTG-A----AAA-A
gi|27 : T---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---A-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTG-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--T-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T-----------------------------------TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAT--C-TGA-A------------CCG----------------A-----A------------------------A------T--GA-A---A----GA-------------TA-----G--------T--TTC-------CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|28 : A-GT---CTATTAA-----A-A-CTGCTT-GTGA-G----AGC------T-T-ATGTT---G-C--CC-ATT-G-TG----T--T-GTA-C-A--T-----TG--CC--ATCCTT-A----A-A-T-AAA--T-A-T-T--AC--TT-AT-A-T-T-A--TT-TT----G-TT-G----A-A-T-A----A-AA-TTT-ATCA-G---A------------------G-T-CC--A----G-A---A--A-------A------------GT-T-ATA---T----CA------GG-GT---C----CT--C---A-G--T-----------A-----TTC--C-------TGG---A-GT--A-A----T---TG-A---------A--T-C------A--T------------T----T------------C--ATTT--T--------AT-------C---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------C--------------------------------------------------------T--GA-A---AA-CTGA----GG-T-----CAATAATG--------T--TTCC-TGAA-CT------------GAA--TGGCGAA--CCG-C----AAA-ATA-T-CT---G-A-ACg
gi|29 : TT-TCGA-G----AGC------T-T-AAGCT---G-C--CT-GTT-G-TA----T--T-ATA-T-T--CA---ATA--AC--ATA--T-G----T-AAT-AAA--T-A-T-T--A---ATCAC-G-T-T-AATTA-TT-------T-G----A-A-T------G-AA-CTT-ATT-----------T-G-TA-----T--T-T-GT--ATT-TC-T---A--CGGAA---A------------AA-A-TTA---CT---CA------G---T---C----TT--C---G-T--C-----------A-----TTC--T-------TGA---A-TT--C-AA---T---AA-AT--------A--T-T-----AA------------------------------------A-TT--TC-------AT-------C---A----G-G--C---AA--A---G--CAAAA--C-CCA-A------------TCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------------A---AA-TCAA----AATC-----CAC----GACCATT--T--TTCC-T-----C-------------AA--C--TGTA--CCG-A----AAA-ATG-G-GT---G-A-ACCGTGACAtat
gi|3 : CCTAT----TA-GT---CTATTAAAA---G-A-CTGCTT-TTTAGA----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TTTGTT-G-TA----T--TTGTA-C-A--TATAAATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GA---T-A-T-T--AC--AT-ATTG-T-T-A--TA-T-----G-CT-G----A-A-T-A----G-AAATTTGATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GCCTGTT-GG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GTC--C----CT--G---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---C-TTGGA-A----A---GA-A---------A--T-T-----A----------------T----T------------T--A-TTTAT--------AT-------T---A------A--C----A--A---A--TAAAAC-C-CGA-AT-----------CCG-------AT--A-AT-A-----A------------------------A------CCTGATA---AC-CCGA----GGTT-----CA-----GT-------T--TTCC-TGAA-CT------------GGA-------AA--CCG-AT---AAA-ATG-T-CTTGAA-A-ACCGT-ACAgc
gi|30 : TAA-----G-A--TGCTT-TTTA-------GC------T-T-T-GTT---G-C--TT---T-G--A----T----GTA---A--TA---ATAGATC--ACTCT--G----C-A-T-GA---T-A-T-T--A---AT-AT---T-T-A--TG-------G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-T---AT-CTA-CATG-----T--G---------T-CG-T---A-----------------------------TA---CT-TCCA------GG-AC---G----CT--C---A----------------A-----TA---C-------TGA------T--C-A----T---GA-A---------A----T-----AA---------------T----T------------T--A--T--C--------ATA------T---A----C-A--A---AA--A---C--TAAAA--C-CGATA------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------T--GA-A---AA-C-------GATT-----CA-----------------TTCC-TG-A-TC------------G-A--C--CGAA--CCA-G----AAA-ATG-T-CT---A-A---CGTGAg
gi|31 : gcctgtagtactg-GTT-G-TA----T--G-GCG-T-A--TA---ATG--T----------------------------A-T-T--AC--TTTAT-C-T-T-A--CA-TT----G-TT-G----A-AAT-A----A-AA-CTT-ATTA-G---AA-ATT-GATG-----T--T-T-TC--ATT-GT-T---A--C-------A-T--AG------AG-T-ACA---AG-TTCA------AA-AT---C----CT--C--------G-----------C-----TAT--CCTCATAGTGG---A-TT--C-A----T---TG-A---------A--T-T---------T------------T----T------------T--T-CT--T--------TT-------T---AAACAC-A--C---AC--A---A--CAAAA--C-TTA-A------------CCACCTCCACA---ACAA-A-----A------------------------A------T--CA-ACATAA-CCGA----TGTT-----TT-----A--------T--TTCC-GGAA-----------------A--C--CGG-----G-A----AAA-ATG-T-CT-----A-ACTGTagctga
gi|32 : tgccATG---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGTTTTGAGT-T-TTG-T---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TT---ATGT-TC--AT-CTT-G----CAA-TAAAA--T-A-T-T--AC--AT-AC-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-GCTGAA-G-T-A----A-GA-TTT--TTA-A---ACGTTT-AATG-----T--G-TGGC--A-T-TG-T---A--C---------C--CC------ATATGTTA---CT-TCTA------GGTGT---T----CT--CA--A-A--G-----------A-----TACG-C-------TTG---A-TT--C-A----T---GA-A---------AT-T-T-----CA--T------------T----T------------TTAA-TC--T--------AA-------T---A----C-A--C----A--A---C--TAAAA--T-AGA-A------------agag
gi|33 : tatac--TT-GTT-G-CAGCTTT--T-ATC-C-A--TA---TTG--TC--GTCCTT-G----A-A-T-GAA--T-A-G-T--GC--TT-AT-G-T-A-A--TA-TT----G-TT-G----A-A-A-A----A-AA-AAT-ATAAGA---AA-TTG-AATG-----T--T-T-CC--ATT--G-TC--A--C-------A-A--AA------AT-A-A-A---CC-TATA------AG-AC---A----CT--C---A-T--T-----------A-----TTC--T-------TGG---A-CT--C-A----T---TA-A---------A--T-T-----G---T------------T----T------------T--A-TT--TTA------AA-------C---A----C-A--C---AA--C---A--TAAAA--C-AGA-A------------CCC-------A---A-AG-G-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GTTT-----TT-----A--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--TGAA--a
gi|34 : TA---TA-GT---AGATTAA-----A-A-CTCATT-TTGG-G----AGC------T-A-ACGTT---G-C--CT-GTT-G-TA----T------------------ATG--CC--ATTTTT-A----A-A-T-GAA--T-A-T-C--A------------------TA-TT----G-TT-A----A-A-T-A------AA-TTC-AT-----------------G-----T--T-T-GC--AAA-TG-T---A--A-------A-G--AA------AT-A-TTA---CT-TC-A------GG-GT---C----TT--C---A-A--G-----------A-----TGCAAC-------TGC---ACTT--C-AGTCTT---GA-ATTCTTGA--A--T-T-----G---T------------T----T------------T--A-TT--TT-------AT-------A---A----C-A--C---AA--A---A--TATAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-A---------------------------------------------------------------TT-----TT-----G--------T--TTCC-TGAG-GC------------AAA--C--CCAA--acat
gi|35 : TA-A----AGC------T-T-GTGTT---G-C--CC-GTT-G-TA----T--T-GTG-C-G--TA---ATA--TC--GTCCTT-A----A-A-T-GGA--C-A-G-T--GC--TT-TTTA-T-T-G--TA-TT----G-TT-----------------G-AA-T------A-G---A-------ATA-----T--A-T-A-----T-TG-T---A--C-------A-G--AA------A------A---AT--CCA------AG-GT---C----CT--------A--G-----------T-----TAT--TAT-----TGG---A-TT--C-A----T---CA---------------------------------------T----T------------TGAA-TT--T--------AT-------C---A----T-A--C---AA--A---A--TAAAAA-C-CGA-A------------CCG-------GG--A-AA-A-----A------------------------A------T--GA-A---AA-TCGA----GGTTTTGTTCA-----GGAGTGTTGT--TTCC-TGAA-a
gi|37 : cG-GT---T----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-T----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACttgtg
gi|38 : ccatca--T------------T----T------------T--A-TT--T--------ACCCGGTAAT---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------A---A-AAAA-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCATGACA
gi|39 : ---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTgc
gi|39 : tctaatT---CGATTAA-----G-A-CTGC-T-TTTA-A----AGC------TGT-TTGTT---G-A--TT--TT-G-TA----T--T-GTAGC-A--TA---ATAT-TC--ATCCTT-G----C---T-GAA--T-A-T-T--cgattaagactgcttttaaagctgtttgttgattttgtattgtagcataatattcatccttgctgaatatt
gi|4 : tctaattagtcgattaagactgctttttaaagctttCCTAT----TA-GT---CTATTAAAA---G-A-CTGCTT-TTTAGA----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TTTGTT-G-TA----T--TTGTA-C-A--TATAAATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GA---T-A-T-T--AC--AT-ATTG-T-T-A--TA-T-----G-CT-G----A-A-T-A----G-AAATTTGATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GCCTGTT-GG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GTC--C----CT--G---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---C-TTGGA-A----A---GA-A---------A--T-T-----A----------------T----T------------T--A-TTTAT--------AT-------T---A------A--C----A--A---A--TAAAAC-C-CGA-AT-----------CCG-------AT--A-AT-A-----A------------------------A------CCTGATA---AC-CCGA----GGTT-----CA-----GT-------T--TTCC-TGAA-CT------------GGA-------AA--CCG-AT---AAA-ATG-T-CTTGAA-A-ACCGT-ACA
gi|40 : A--T------------T----T------------T--G-TT--C--------CC-------C---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--AACAG-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------G------C--AA-A---AA-CCCT----AGTT-----T------G--------T--TTCC-TGAAACC------------TAA--C--CAAT--CCG-A----AAA-ATG-TGCT---G-A-ACCGTGACAg
gi|41 : ---TA-GT---CCATTAA-----G-A-CTG-TT-TTTA-A----AGC------T-T-TAGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATa
gi|43 : ccA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-T
gi|44 : tatgtataggtctaaattttcactatctcacccagagccCCTATACGGTA-GT---CAGTTAAATTAGG-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---GTA--TT-GT
gi|46 : ag----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-T---AC-TTT-AATG-----T--G-A-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---
gi|47 : GTT-----AA-----A--------T--TTCC-TGAA-C---------------------CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-AT---G-A-ACCATGACA
gi|5 : CCTA-A---TACGT---CTATTAA-----G-A-CTA----TTTC-A----AGC------T-T-TTGTTT--G-A--TT-GTT-GGTA----T--T-GTA-CGA--TT---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-TTGAT--T-A-T-G--AT--AT-AT-GGTGT-A--TA-TT----G-CT-G----A-AAT-A----G-AA-TT--ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--CTTCTG-T---AAAC-------A-C--CC------AT-T-ATA---CT-TCCA------TC-GT---T----CT--C---A-A--G-----------AA----TATT-C-------TGG---A-T---C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AT--T------------T----T------------T--AAGT--T--------AT-------T--------C-AG-C---AA--A---AATTAAAA--C-CGA-T------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----TA-----G--------T--TCTC-TGAA-CT------------GAA--C--CGAA--ACG--------A-ATG-T-CT---G-A-ACCG-GACAg
gi|50 : A---TA-GT---CTATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-Tgc
gi|6 : agccaTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTCTTTACA-A--TT-GTT-G-TA----TATT-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AA-TT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----TTGG-T-GC---TT-TG-T---A--C-------ACC--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-AT---T---GA-A---------A--T-T-----AAGTT------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|7 : cTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTCTTTACA-A--TT-GTT-G-TA----TATT-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AA-TT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----TTGG-T-GC---TT-TG-T---A--C-------ACC--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-AT---T---GA-A---------A--T-T-----AAGTT------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACAgc
gi|8 : cTAAA---TA-GT---CGGTTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-ACTAAAGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TT---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-T-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--CGTGTTGTA-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----AA--C---A-A--GAT---------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AT--T------------T----T------------G--A-TT--T--------AT-------A---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAG--C-CAA-A------------CCA-------AAACA-AA-A-----A------------------------A------C--AA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T---------------------------GAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACgc
gi|9 : A-GT---CGATGAA-----G-ATCGGCTT-TTTA-A-----GC------T-T-T-GTT---G-A-----GTT-G-TG----TA-T-GTA-C-A--TA---ATG--TATAATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-AGT-C--AC--AT-AT-G-T---A--TA-TTATTCG-GT-G----A-A-T-A----GTAA-TTG-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--T-T-GC--TTTATG-T---A--C-------A-T--CC------TT-T-TTG---CT-TCAT------GG-GTTCGC----CT--C---A-ATTG-----------A-----TAC--C-------TG----A-TT--C-C----T---GA-A---------AG-T-T-----AA--T------------T----T------------TT-A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-C-A-A------------CCG-----------A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CTGA-----GTC-----TA-----G--------T--TT-C-TG-A-CT------------GAA--C--CGAA--CCG-------AA-ACG-G-TT---G-A-A-CGTGACA
blockSeqs : CGG C GCT ATTAG G G C G CTAA TTTGAG G C TAC ACA T . G GCTT AT T G G CT TAA GA TA T . A A A AT . G . TA TT C C G G T AT . ATTC C A CTGA C A T AA T A G G G G G . TG C G CTG C G C AA GTGTTGT CAG TCATAA A G A . CGCTAT A TCG AGTC AA A T TT NNNNNNNNNNN TACTG AA CTCATAG . T GG G GTCT TCC C GATACCTGG AA . AATTTTATTTCGGGT AATT AATGACAATTTA TA T TA CGGGTTTT CCGGTAA TAT AACA C AC CCC TT AAG AT AG A T AGTGACCACCAC CCTCCACA C A TTCTG TAGATAGAAAAAAAAAATAATAATAC T CAT A AACC TTGTT ATAAT GAGTGTTG . G GAACCGAACAGTTTCCT . GG G A ACCG T . C TGA . C
blockSeqs : GA . . AA . T . G . . . . TAC TA T . . . AT T . . . TAA T . . . . . T . . . . . . T T . . . . . . . . . . A . . . A G . . . . . TG . . CTG A . . C AGAA TC . . . . . G T C . . . T . AT CAAA G AT . C GG . A A . TTCTTGA T . CATGAAAT . . GA A TA TAA AG . T . G . . . A A . . T AAAC . A . AAAACCCC T . . . G C ACCATT . . AAAACC . . . . T . . G TGA . .
blockSeqs : . . . AA . . . . . . . . T G . . . . A T . . . TA T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A GGAA CC . . . . . . . C . . . . . T A T . . . . . T . . G G . GGTAGAAT . . T . . TC A . . . . . . . . C . . T AA . . . ACCT . . . . . . T . . GAAACC . . . . T . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . AAGTT . . . . . TA A . . . . . . . . A . . . AT . . . ACCT . . . . . . T . . GAACC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAGTT . . . . . C . . . . . . . . . C . . . GG . . . AAC . . . . . . . . . GAACC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . T . . . . . . . . . . . . . AT . . . ACA . . . . . . . . . GAACC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . . . . . . . . GAACT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . . . . . . . . GAACC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . . . . . . . . GAACC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CC . . . . . . . . . GAACC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CC . . . . . . . . . CGACT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . . . . . . . . GAACT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . . . . . . . . GAACT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CC . . . . . . . . . GAACC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AA . . . . . . . . . GAGGC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . . . . . . . . GAACC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CC . . . . . . . . . GAACT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AT . . . . . . . . . GAACT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AT . . . . . . . . . GAACC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AT . . . . . . . . . GAACC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . . . . . . . . GAAC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AT . . . . . . . . . GATC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CC . . . . . . . . . GAAC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . . . . . . . . GACT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . GC . . . . . . . . . GCA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . . . . . . . . GAA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A*** **** **** *** ***** *** *** *** ******* *** ** A********** ***** ** GAACC************* ** **
originalCons : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
finalCons : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---GA---TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCGA----------A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAACC-------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): TTGTTTAATAAAAATGATCAGAAATGGGGTATTGCTATTTTTACCGAAATAAAACTTTAAGGCACTTAATTCTTGGTTTCATTAAATAGCTTTATTTTCACACACAAGATAAATTTGAAACGCCAAAAAAGCG
Unaligned ( gi|42 ): CTGAACCGTGACAGCCCTAATCACTGCTACAAATGTCATCAGATAAACAGGACCCTACCT
Unaligned ( gi|45 ): ACTATGACAGCCCTACCATTTATGTATTAATATAGACCAGTGTTAAATATGACAT
Unaligned ( gi|48 ): AACCCTAAATTAGGCCTTAGTTTCATGAATGTCATTGTCTG
Unaligned ( gi|49 ): TATTTATAAGGTTTCTAAATTTTCAGTACCTCACCTAGAGC
Alignments
lowQualScore : 111111111 1111111111111111111111 11111111 11111111111 1111111111111111111111111111111111 111111111111111111
lowQualScore : 444 1 222 1 66666 1 2 1 2 2222 333333 1 1 555 3333 2 1 1 2222 66 3 1 1 11 555 33 11 1 2222 1 1 2 11 1 1 1 11 11 2 4 1 1 1 11 1 2222 1 1 2222 1 2 1 4444 1 2 2 1 333 1 1 22222 33 1 1 555 2 1 333 33 8888888 4444 333333 1 1 333 1 444444 2 444 2222 11 333 2 11 77777777777 66666 33 7777777 111 2 33 1 5555 333 1 000000000 55 1 1111111111111111111111 2222 555555555555 33 2 22 00000000 7777777 111 3333 1 22 111 11 111 22 55 1 1 777777777777 33333333333 1 2 22222 3333333333333333333333333333333333 2 111 1 2222 55555 33333 88888888 11 1 333333333333333333 11 11 22 1 4444 1 1 2 555 1 1
lowQualScore : ... . ... . ..... . . . . .... ...... . . ... .... . . . .... .. . . . .. ... .. .. . .... . . . .. . . . .. .. . . . . . .. . .... . . .... . . . .... . . . . ... . . ..... .. . . ... . . ... .. ....... .... ...... . . ... . ...... . ... .... .. ... . .. ........... ..... .. ....... ... . .. . .... ... . ......... .. . ...................... .... ............ .. . .. ........ ....... ... .... . .. ... .. ... .. .. . . ............ ........... . . ..... .................................. . ... . .... ..... ..... ........ .. . .................. .. .. .. . .... . . . ... . .
lowQualScore : 555 3 111 0 00000 1 3 1 2 4444 222222 1 1 333 3333 2 1 1 4444 66 4 1 1 66 666 99 66 2 5555 2 2 4 66 2 2 2 66 77 4 8 2 2 2 77 2 5555 2 1 4444 1 3 1 0000 1 3 3 1 111 1 1 99999 11 1 1 444 3 1 111 99 6666666 2222 333333 1 1 111 1 444444 2 222 4444 55 111 2 55 99999999999 33333 88 1111111 999 2 11 1 7777 111 1 333333333 33 1 9999999999999999999999 2222 444444444444 99 1 99 77777777 0000000 888 3333 1 55 888 44 888 55 77 1 1 555555555555 00000000000 1 2 77777 6666666666666666666666666666666666 2 999 1 3333 55555 77777 99999999 44 1 555555555555555555 55 55 66 2 9999 2 2 4 555 2 2
consensus : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
Reference ( family-3254 ) : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|1 : TA---TA-GT---CTATTTA-----A-A-CT--CT-TTTA-A----AGC------T-T-TTTTT---TTA--TT-GTTTG-TA----C--T-G-G-C-A--TA---ATT--CT--ATCCTT-GGCTAC-T-T-GAA--TTA-TGT--GC--A--AT-C-T-T-A--TAGTT----G-C-------A-A-T-ATTCAG-AA-TGT-ATTA-ATAAAC-TTT-GGTGACTGGT--G-C-GC--CTT-TG-CTTGA--C-------A-C--CC------AT-T-TTGTACCTATATA------GG-GT---C----CT--CCAAA-A--G-----------A-----TAC--CCTA----TGGTATA-TT--C-A----G---GA-A---------AAATAT-----AG--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C----A--A---A--TAAAA--C-CG--A------------CTG----------------A-----A------------------------G------T--GA-A---AA-CTGA----GGTTGTC--CA-----G--------TTGTCCC-CGA---C------------GAAGTC--CGAAGTCC-------AAT-ATGTT-CT---GAA-ACCGTGACA
gi|10 : agcccTA---CA-GT---CGGTT-----------CTGCTT-CCTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-G--CT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATA-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------GG-GT---T----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T---------------------------------------A---A--CAGAA--C-CGA-A------------AAA-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CCGAACAGTTTCCTGAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACAgc
gi|11 : gccCCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGTTT-TTTA-A----AG-------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----A-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCTA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TTG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----CA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AA-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----A--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---C-A-ACCGTGACAgc
gi|12 : TA---TA-GT---CTATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGA------T-T-TTTTT---T-A--TT-GTT-A-TA----T--T-GTA-T-A--TG---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GGA--T-A-T-T--AC--AT----G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----C-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GGTG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------AG-GT---C----TT--C---A-A--G-----------ATACTGTAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------AAAACCCC--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T---------------------------GAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|13 : gccTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTTTT---A-ACATT-GTT-G-TA----TA-T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----T--G-T-GC---CT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--CGA----T---GA-A---------A--T-T-----AA--G------------T----T------------T--A--T--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--T-AAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTTG----CA--------------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA---CG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACAg
gi|14 : cCCTATA---TC-G-----GATTAA-----G-A-CTGCTT-TT-A-A----AGC------T-TCTTGTT---G-G--TT-GTT-G-TA----T--T-GAG-C-A--TA---TTG--T---AGCCTT-G----C-A-T-GGA--T-A-T-TTAAC--AA-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-A----A-A-T-A----G-AA-TTT-GTTA-A---AC-TTT-GGTG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A--T--T--------AA-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------A---A-GA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----AGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-AT--T-CT---G-A-ACCGTGACAgc
gi|15 : CCTATA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T----GTA-C-A--TA---GTG--CC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-T-T-A----G-AA-TTT-ATTT-T---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--TC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-GT--C-A----T---AA-A---------A--T-T-----CA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AA-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CTA-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--TGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-g
gi|16 : gTA---TA-GT---CTATTAA-----G---CTGCTT-TT-A-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--TTGTA-C-ACTTA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GAAG-----T--G-T-G------------------------------CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC-----------GG---ATTT--C-A----T---G--A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------ATA------A---A----C-A--C---AA--AAAGA--AAAAA--C-CGA-A------------CTG-----------A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CT------------GAA--C--CGGA--CCGAA----AAA-ATG-T-CT---T-A-ACCGTGACA
gi|17 : ccT---CGGTTAA-------A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---A-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---GC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATC-TG-T---A--C-------A-C--CC------AA-T-TTA---CT-TCCA------GG-AT---C------------A-A--G-----------A-----TAC--C-------TAG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--G-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--TCGGGTTTTAT-------TTATA----C-A--C---AA--A---AA-TAAAA--C-CGA-A-------------------------------------------------------------------------------AA-CCAA------TT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-AACCGAAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGAGACAg
gi|18 : taT---CGGTTAA-------A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---A-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---GC-TTTGGATG-----T--G-T-GC--ATC-TG-T---A--C-------A-C--CC------AA-T-TTA---CT-TCCA------GG-A----------T--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TAG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--G-T-----AA--TTTTATTTCGGGTT----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C---------------------------------------------------------------------------C--GA-A---AA-CCGA------TT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGAGACA
gi|19 : taTATA---TA-GT---CGGTTAA-----G-A-CTGCTT-TTT--------------------TTGTT---------T-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ACCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-C--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTC-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----CC--C---A-A--G-----------A-----TGC--C-------TTG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AT--T------------T----T------------G--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCGA------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CC-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACTATGACAtc
gi|2 : taTA---TA-GT---CTATTAG-----A-AGCTGCTA-TTTA-A-----GA------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-G-GAAATT-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----GCCT-G----A-A-T-A----G-AA-TTG-ATTA-A---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---AC-C-------ATC--CC------AT-T-TTA---CT-TCT-------TG-GT---C----CT--C---A-A--GNNNNNNNNNNNN-----NNN--N-------NNN---N-NN--N-N----N---GA-AGATACCTGGA--T-TCATGAAA--T------------TAATTT------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--TGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTg
gi|20 : ccA---CC-TCTA------GG-GT---CAGTCTT--C---A-A--G-----------ACAAA-TAC--C-------TA-------T--C-A----TTCCGA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----TAATGACAATTTAT--A-TT--T--------AA-------T---G----A-T--C---AATTA---A--TGAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------A--CA-A---A---CG-----GGTT------A-----A--------T--TTCC-TAAAACC------------GAA--C--GAAA--CCG-A----AAA--TG-T-CTT--G-A-ACCGTGAC
gi|21 : tgcagaaaataaacgcaaatttatatcttactaataaatcttgcatattagaacaataatgtgacttcccccattgtaacaaacatcaccattgtttaaaaggctcggaaaaaTATA---TA-GT---CAATTAA-----A-A-CTGCTC-TTGA-G----GGC------T-T-ATTTT---G-C--AC-GT----TA----C--T-GTA-C-A--TA---ATG------AT---------------------T-A-T-T--ACTTAT-CT-T-T-T-A--TA-TT----G-TT-G----A-A-T-A------AA-TTT-TTT---------TTT---------------T-GC--ATT-TG-T---A--CAGAA---A-A--AA------AA-T-ATG---CG-T--A------GT-GT---C----CT--T--------------------A-----TTT--T-------TGG---A-TC--C-A----T---T--A---------A--T-T-----TA--T------------T----T------------C--A-TT------------T-------T---AT---C-A--C---AA--A---A--TAAAC--C-TGA-T------------CCG-------A---A-AA-A-----ATAGATAGAAAAAAAAAATAATAATA------C--GA-A---AA-CGGA----GATT-----TT-----C--------T--TTCC--G-----------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-GCC
gi|22 : CCTATAGA-TA-ATGCTCG-TTAA-----GGA-CTGCTT-TTTG-----------------T-TTGTT---G-----------G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--GACCTT-G----C-A-T-GAA--T-A------AC---T-ATCA-T-T-A--TA-TT----G-CTAG----ACA-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---G----T-AA-G-----T--G-T-GC--ATT-TA-T---AA-C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT---CA------GG-GT---C----C---C---A-A--G-----------A-----TGC--C-------TTG-----TT--C-A----T---GACA---------A--T-T-----A----------------T----T------------T--G-AT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGC-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------AA-----C--GA-A---AAACCGA----GGTT-----CC-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--
gi|23 : TG---TA-GT---CGGTTAA-----G-G-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-G--CT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-T---AC-TTT-AATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-T--CC------AT-T-TTA---CA-TCCAG-----GG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGA---A-TT--C-A----T---CA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------C--------------------------------------------------------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGaaatcgttgagactgaca
gi|24 : c-G----A-A-T-AAA--G-AA-TTT-ATTA-A-------------------T--A-T--C--ATT-TGGT---A--A-------A-CAGCCTCATAAAT-T-TTAA--CT-TCCGCGCTATGG-AT---T----CTAAC---ATA--T-----------A-----CAC--C-------TGG---A-TT--C-A----TA--GA-AG--------A--G-TGGTAGAA--T------------T----T------------T--A-TC--TTAA-----ATAG-----T---A----CCA--CCCCAA--A---A--TAAAAA-C-CAA-AAGTGACCACCACCCG-------A---A-AA-ATTCTGA------------------------A------C--GA-A---CA-CCGGAACCGGT------CA-----G--------T--TTTT-CCGA-CT------------GAA--C--CGAAG-CCA-A----AAATATG-TCCT---G-ACACC-TGA
gi|25 : ttacagtatttgctagaaaaA---TA-GT---CG-TTAA-----G-A-CTGATTCTTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TT--TT-G-TA----TA-T-GTA-C-A--TG----T---TC--ATCCTTTG----C-A---AAA--T-A-T-T--A---AT-AT---T-T-A--TA-TC----G-CT------A-A-T-A------AA-TTT-ACTA-A---AC-TTT-GA-G-----T--GCT-GC--ATT--G-T---A--C-------A-C--C-------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG--T---C----GT--C---A-A--G-----------A-----AAT--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------AAAT-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TC--T--------AT-------T---A----C-AACC---AA--A---A--TAAAAAGC-C-A-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---A--CTGG----GTTT-----CA-----G--------T--TTCCGTGAA-C-----------------------------G-A----AAA-A-G-T-CT---G-A-ACCGTGgcaagccac
gi|26 : A---TA-GT---TAATTAG-----A-A-CTCCAC-TTGA-G----AG-------T-T-ATGTT---G-C--TT-GTT-G-CA----T--T-GTA-C-A--TATA-ATG--TT--GTTCTT-A----A-A-T--AA--C-A-T-T--AC--TT-AT-G-T-TTA--CA-TT----G-TT-T----A-A-TTA----A-AA-TTT-ATTA-AG--AA-ATT-GATG-----T--T-T-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-G--AA------AT-A-TTA---AC-TTCA------GGAGT---C----CT--C---ATA--GT----------A-----TTC--C-------TTG---A-TT--C-A----T---------------------T-----A---------------------T------------T--A-TT--TTC------AT-------C---A----C-A--C---AA--C---A--TATAA--C-CGA-A------------TTG-------A---A-AAAA-----A------------------------A------CA-AA-A---AA-CCAT----GATT-----T------G--------T--TTCC-TGCA-----------------------CGAA--CTG-A----AAA-A
gi|27 : T---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---A-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTG-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--CTT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--T-A----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T-----------------------------------TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAT--C-TGA-A------------CCG----------------A-----A------------------------A------T--GA-A---A----GA-------------TA-----G--------T--TTC-------CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|28 : A-GT---CTATTAA-----A-A-CTGCTT-GTGA-G----AGC------T-T-ATGTT---G-C--CC-ATT-G-TG----T--T-GTA-C-A--T-----TG--CC--ATCCTT-A----A-A-T-AAA--T-A-T-T--AC--TT-AT-A-T-T-A--TT-TT----G-TT-G----A-A-T-A----A-AA-TTT-ATCA-G---A------------------G-T-CC--A----G-A---A--A-------A------------GT-T-ATA---T----CA------GG-GT---C----CT--C---A-G--T-----------A-----TTC--C-------TGG---A-GT--A-A----T---TG-A---------A--T-C------A--T------------T----T------------C--ATTT--T--------AT-------C---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------C--------------------------------------------------------T--GA-A---AA-CTGA----GG-T-----CAATAATG--------T--TTCC-TGAA-CT------------GAA--TGGCGAA--CCG-C----AAA-ATA-T-CT---G-A-ACg
gi|29 : TT-TCGA-G----AGC------T-T-AAGCT---G-C--CT-GTT-G-TA----T--T-ATA-T-T--CA---ATA--AC--ATA--T-G----T-AAT-AAA--T-A-T-T--A---ATCAC-G-T-T-AATTA-TT-------T-G----A-A-T------G-AA-CTT-ATT-----------T-G-TA-----T--T-T-GT--ATT-TC-T---A--CGGAA---A------------AA-A-TTA---CT---CA------G---T---C----TT--C---G-T--C-----------A-----TTC--T-------TGA---A-TT--C-AA---T---AA-AT--------A--T-T-----AA------------------------------------A-TT--TC-------AT-------C---A----G-G--C---AA--A---G--CAAAA--C-CCA-A------------TCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------------A---AA-TCAA----AATC-----CAC----GACCATT--T--TTCC-T-----C-------------AA--C--TGTA--CCG-A----AAA-ATG-G-GT---G-A-ACCGTGACAtat
gi|3 : CCTAT----TA-GT---CTATTAAAA---G-A-CTGCTT-TTTAGA----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TTTGTT-G-TA----T--TTGTA-C-A--TATAAATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GA---T-A-T-T--AC--AT-ATTG-T-T-A--TA-T-----G-CT-G----A-A-T-A----G-AAATTTGATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GCCTGTT-GG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GTC--C----CT--G---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---C-TTGGA-A----A---GA-A---------A--T-T-----A----------------T----T------------T--A-TTTAT--------AT-------T---A------A--C----A--A---A--TAAAAC-C-CGA-AT-----------CCG-------AT--A-AT-A-----A------------------------A------CCTGATA---AC-CCGA----GGTT-----CA-----GT-------T--TTCC-TGAA-CT------------GGA-------AA--CCG-AT---AAA-ATG-T-CTTGAA-A-ACCGT-ACAgc
gi|30 : TAA-----G-A--TGCTT-TTTA-------GC------T-T-T-GTT---G-C--TT---T-G--A----T----GTA---A--TA---ATAGATC--ACTCT--G----C-A-T-GA---T-A-T-T--A---AT-AT---T-T-A--TG-------G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-T---AT-CTA-CATG-----T--G---------T-CG-T---A-----------------------------TA---CT-TCCA------GG-AC---G----CT--C---A----------------A-----TA---C-------TGA------T--C-A----T---GA-A---------A----T-----AA---------------T----T------------T--A--T--C--------ATA------T---A----C-A--A---AA--A---C--TAAAA--C-CGATA------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------T--GA-A---AA-C-------GATT-----CA-----------------TTCC-TG-A-TC------------G-A--C--CGAA--CCA-G----AAA-ATG-T-CT---A-A---CGTGAg
gi|31 : gcctgtagtactg-GTT-G-TA----T--G-GCG-T-A--TA---ATG--T----------------------------A-T-T--AC--TTTAT-C-T-T-A--CA-TT----G-TT-G----A-AAT-A----A-AA-CTT-ATTA-G---AA-ATT-GATG-----T--T-T-TC--ATT-GT-T---A--C-------A-T--AG------AG-T-ACA---AG-TTCA------AA-AT---C----CT--C--------G-----------C-----TAT--CCTCATAGTGG---A-TT--C-A----T---TG-A---------A--T-T---------T------------T----T------------T--T-CT--T--------TT-------T---AAACAC-A--C---AC--A---A--CAAAA--C-TTA-A------------CCACCTCCACA---ACAA-A-----A------------------------A------T--CA-ACATAA-CCGA----TGTT-----TT-----A--------T--TTCC-GGAA-----------------A--C--CGG-----G-A----AAA-ATG-T-CT-----A-ACTGTagctga
gi|32 : tgccATG---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGTTTTGAGT-T-TTG-T---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TT---ATGT-TC--AT-CTT-G----CAA-TAAAA--T-A-T-T--AC--AT-AC-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-GCTGAA-G-T-A----A-GA-TTT--TTA-A---ACGTTT-AATG-----T--G-TGGC--A-T-TG-T---A--C---------C--CC------ATATGTTA---CT-TCTA------GGTGT---T----CT--CA--A-A--G-----------A-----TACG-C-------TTG---A-TT--C-A----T---GA-A---------AT-T-T-----CA--T------------T----T------------TTAA-TC--T--------AA-------T---A----C-A--C----A--A---C--TAAAA--T-AGA-A------------agag
gi|33 : tatac--TT-GTT-G-CAGCTTT--T-ATC-C-A--TA---TTG--TC--GTCCTT-G----A-A-T-GAA--T-A-G-T--GC--TT-AT-G-T-A-A--TA-TT----G-TT-G----A-A-A-A----A-AA-AAT-ATAAGA---AA-TTG-AATG-----T--T-T-CC--ATT--G-TC--A--C-------A-A--AA------AT-A-A-A---CC-TATA------AG-AC---A----CT--C---A-T--T-----------A-----TTC--T-------TGG---A-CT--C-A----T---TA-A---------A--T-T-----G---T------------T----T------------T--A-TT--TTA------AA-------C---A----C-A--C---AA--C---A--TAAAA--C-AGA-A------------CCC-------A---A-AG-G-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GTTT-----TT-----A--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--TGAA--a
gi|34 : TA---TA-GT---AGATTAA-----A-A-CTCATT-TTGG-G----AGC------T-A-ACGTT---G-C--CT-GTT-G-TA----T------------------ATG--CC--ATTTTT-A----A-A-T-GAA--T-A-T-C--A------------------TA-TT----G-TT-A----A-A-T-A------AA-TTC-AT-----------------G-----T--T-T-GC--AAA-TG-T---A--A-------A-G--AA------AT-A-TTA---CT-TC-A------GG-GT---C----TT--C---A-A--G-----------A-----TGCAAC-------TGC---ACTT--C-AGTCTT---GA-ATTCTTGA--A--T-T-----G---T------------T----T------------T--A-TT--TT-------AT-------A---A----C-A--C---AA--A---A--TATAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-A---------------------------------------------------------------TT-----TT-----G--------T--TTCC-TGAG-GC------------AAA--C--CCAA--acat
gi|35 : TA-A----AGC------T-T-GTGTT---G-C--CC-GTT-G-TA----T--T-GTG-C-G--TA---ATA--TC--GTCCTT-A----A-A-T-GGA--C-A-G-T--GC--TT-TTTA-T-T-G--TA-TT----G-TT-----------------G-AA-T------A-G---A-------ATA-----T--A-T-A-----T-TG-T---A--C-------A-G--AA------A------A---AT--CCA------AG-GT---C----CT--------A--G-----------T-----TAT--TAT-----TGG---A-TT--C-A----T---CA---------------------------------------T----T------------TGAA-TT--T--------AT-------C---A----T-A--C---AA--A---A--TAAAAA-C-CGA-A------------CCG-------GG--A-AA-A-----A------------------------A------T--GA-A---AA-TCGA----GGTTTTGTTCA-----GGAGTGTTGT--TTCC-TGAA-a
gi|37 : cG-GT---T----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-T----T---GA-A---------A--T-T-----AA--T------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CGA-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T------------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACttgtg
gi|38 : ccatca--T------------T----T------------T--A-TT--T--------ACCCGGTAAT---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------A---A-AAAA-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCATGACA
gi|39 : ---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTgc
gi|39 : tctaatT---CGATTAA-----G-A-CTGC-T-TTTA-A----AGC------TGT-TTGTT---G-A--TT--TT-G-TA----T--T-GTAGC-A--TA---ATAT-TC--ATCCTT-G----C---T-GAA--T-A-T-T--cgattaagactgcttttaaagctgtttgttgattttgtattgtagcataatattcatccttgctgaatatt
gi|4 : tctaattagtcgattaagactgctttttaaagctttCCTAT----TA-GT---CTATTAAAA---G-A-CTGCTT-TTTAGA----AGC------T-T-TTGTT---G-A--TTTGTT-G-TA----T--TTGTA-C-A--TATAAATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GA---T-A-T-T--AC--AT-ATTG-T-T-A--TA-T-----G-CT-G----A-A-T-A----G-AAATTTGATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GCCTGTT-GG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------TG-GTC--C----CT--G---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---C-TTGGA-A----A---GA-A---------A--T-T-----A----------------T----T------------T--A-TTTAT--------AT-------T---A------A--C----A--A---A--TAAAAC-C-CGA-AT-----------CCG-------AT--A-AT-A-----A------------------------A------CCTGATA---AC-CCGA----GGTT-----CA-----GT-------T--TTCC-TGAA-CT------------GGA-------AA--CCG-AT---AAA-ATG-T-CTTGAA-A-ACCGT-ACA
gi|40 : A--T------------T----T------------T--G-TT--C--------CC-------C---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--AACAG-A------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------G------C--AA-A---AA-CCCT----AGTT-----T------G--------T--TTCC-TGAAACC------------TAA--C--CAAT--CCG-A----AAA-ATG-TGCT---G-A-ACCGTGACAg
gi|41 : ---TA-GT---CCATTAA-----G-A-CTG-TT-TTTA-A----AGC------T-T-TAGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATa
gi|43 : ccA---TA-GT---CGATTAA-----G-A-CTGCTT-T
gi|44 : tatgtataggtctaaattttcactatctcacccagagccCCTATACGGTA-GT---CAGTTAAATTAGG-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTGTT---GTA--TT-GT
gi|46 : ag----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-T---AC-TTT-AATG-----T--G-A-GC--ATT-TG-T---A--C-------A-C--CC------AT-T-TTA---
gi|47 : GTT-----AA-----A--------T--TTCC-TGAA-C---------------------CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-AT---G-A-ACCATGACA
gi|5 : CCTA-A---TACGT---CTATTAA-----G-A-CTA----TTTC-A----AGC------T-T-TTGTTT--G-A--TT-GTT-GGTA----T--T-GTA-CGA--TT---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-TTGAT--T-A-T-G--AT--AT-AT-GGTGT-A--TA-TT----G-CT-G----A-AAT-A----G-AA-TT--ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--CTTCTG-T---AAAC-------A-C--CC------AT-T-ATA---CT-TCCA------TC-GT---T----CT--C---A-A--G-----------AA----TATT-C-------TGG---A-T---C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AT--T------------T----T------------T--AAGT--T--------AT-------T--------C-AG-C---AA--A---AATTAAAA--C-CGA-T------------CCG-------A---A-AA-A-----A------------------------A------C--GA-A---AA-CCGA----GGTT-----TA-----G--------T--TCTC-TGAA-CT------------GAA--C--CGAA--ACG--------A-ATG-T-CT---G-A-ACCG-GACAg
gi|50 : A---TA-GT---CTATTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-Tgc
gi|6 : agccaTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTCTTTACA-A--TT-GTT-G-TA----TATT-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AA-TT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----TTGG-T-GC---TT-TG-T---A--C-------ACC--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-AT---T---GA-A---------A--T-T-----AAGTT------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACA
gi|7 : cTA---TA-GT---CTAT-AA-----A-A-CTGCTT-TTTA-A----AGC------T-T-TTCTTTACA-A--TT-GTT-G-TA----TATT-GTA-C-A--TA---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AA-TT-G-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-ATT-GGTG-----TTGG-T-GC---TT-TG-T---A--C-------ACC--CC------AT-T-TTA---CT-TCAA------TG-GT---C----CT--C---A-A--G-----------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-AT---T---GA-A---------A--T-T-----AAGTT------------T----T------------T--A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-CAA-A------------CCG-------------AA-A-----A------------------------A------C--CG-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-TGAA-CC------------GAA--C--CGAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACAgc
gi|8 : cTAAA---TA-GT---CGGTTAA-----G-A-CTGCTT-TTTA-ACTAAAGC------T-T-TTGTT---G-A--TT-GTT-G-TA----T--T-GTA-C-A--TT---ATG--TC--ATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-A-T-T--AC--AT-AT-T-T-T-A--TA-TT----G-CT-G----A-A-T-A----G-AA-TTT-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--G-T-GC--ATT-TG-T---A--CGTGTTGTA-C--CC------AT-T-TTA---CT-TCCA------GG-GT---C----AA--C---A-A--GAT---------A-----TAC--C-------TGG---A-TT--C-A----T---GA-A---------A--T-T-----AT--T------------T----T------------G--A-TT--T--------AT-------A---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAG--C-CAA-A------------CCA-------AAACA-AA-A-----A------------------------A------C--AA-A---AA-CCGA----GGTT-----CA-----G--------T--TTCC-T---------------------------GAA--CCG-A----AAA-ATG-T-CT---G-A-ACCGTGACgc
gi|9 : A-GT---CGATGAA-----G-ATCGGCTT-TTTA-A-----GC------T-T-T-GTT---G-A-----GTT-G-TG----TA-T-GTA-C-A--TA---ATG--TATAATCCTT-G----C-A-T-GAA--T-AGT-C--AC--AT-AT-G-T---A--TA-TTATTCG-GT-G----A-A-T-A----GTAA-TTG-ATTA-A---AC-TTT-GATG-----T--T-T-GC--TTTATG-T---A--C-------A-T--CC------TT-T-TTG---CT-TCAT------GG-GTTCGC----CT--C---A-ATTG-----------A-----TAC--C-------TG----A-TT--C-C----T---GA-A---------AG-T-T-----AA--T------------T----T------------TT-A-TT--T--------AT-------T---A----C-A--C---AA--A---A--TAAAA--C-C-A-A------------CCG-----------A-AA-A-----A------------------------C------C--GA-A---AA-CTGA-----GTC-----TA-----G--------T--TT-C-TG-A-CT------------GAA--C--CGAA--CCG-------AA-ACG-G-TT---G-A-A-CGTGACA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): TTGTTTAATAAAAATGATCAGAAATGGGGTATTGCTATTTTTACCGAAATAAAACTTTAAGGCACTTAATTCTTGGTTTCATTAAATAGCTTTATTTTCACACACAAGATAAATTTGAAACGCCAAAAAAGCG
Unaligned ( gi|42 ): CTGAACCGTGACAGCCCTAATCACTGCTACAAATGTCATCAGATAAACAGGACCCTACCT
Unaligned ( gi|45 ): ACTATGACAGCCCTACCATTTATGTATTAATATAGACCAGTGTTAAATATGACAT
Unaligned ( gi|48 ): AACCCTAAATTAGGCCTTAGTTTCATGAATGTCATTGTCTG
Unaligned ( gi|49 ): TATTTATAAGGTTTCTAAATTTTCAGTACCTCACCTAGAGC