lowQualScore : 11111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 11111111111111111111111111 2222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 3333333333333333 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777 11 2 1111 11111111111 111111 2222 1 333
lowQualScore : 2 44 44444444444444444444444444 1111 6 7 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 4 6 7 0 8 4444444444444444 0000000 44 1 44 555 333333333333333333333333333333333333333333333333 00 1 7777 5555 3 33333333333 6 4 333 0 1 2 777777 000000 88 3 0000 5 99 5 555
lowQualScore : . .. .......................... .... . . . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . . . . ................ ....... .. . .. ... ................................................ .. . .... .... . ........... . . ... . . . ...... ...... .. . .... . .. . ...
lowQualScore : 2 55 00000000000000000000000000 5555 0 4 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 5 0 0 4 6 2222222222222222 8888888 66 8 66 888 777777777777777777777777777777777777777777777777 00 0 4444 8888 3 66666666666 2 9 555 6 2 5 222222 666666 77 4 5555 1 22 5 000
consensus : GGATGTCTCGTTGAAGGA------G-----------GTTTA---AGGN---ATGAGAACCCAAGAAATTCANAATA-AAAG---G---CAT-TTACATTCGT-ATAA--TA--TTGAGNCTGATN---TAA--TAGATT---------TTGCAT-----------A-AACT-C-TTGC----AAAA------------GT---------TGTT-CATTAAAAAATTC---AAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACANATTTATAGG----AG-TTAACCCATATATCGAATAA-A--AC-----ATATA---AAAATTTCAAAGAA-A----CAGGTAA----ATGNTATGTCGCTGG----CCTTTATTCATATGATTATAAAGT-ACAAAACTTTGCGAAGTATGCCACAGCTTGATGATGGCTGATACTAC-CTTA---CGT-----AAAGTT-------C--TACAACTCCTGGCA--TT---TT------TGC-CGTGTTTTCTTAAT--CAA---TG--------------TCACA--AAACAAACA---TCTTATAATA-AAAA-------C--ACCCTATATAA--CCTTCTCACGGG-C------GTATT------ATGTACC-GTTTACGGTACTCT--TGTTTT--CTGCTGTTTGCATAT
Reference ( gi|2 ) : GGATATCTTGTTGAGGGA------G-----------G-------AGGT---ATGAGGACCCAAGAAATTCATAATA-AAAG---A--TCAT-TTACATTCAT-ATAA--TA--TGGAGTCT-ATT---TAA--TAGATT---------TTGCA------------A-AACT-C-TTGC----AGAA------------GT---------TGT---ATCAAAAAATTC---AAATTTTAATAGATTGAAACCTTTGATCCATAGATTTATAGGACCAAGATTAACTCATATATTGAATAA-A--ATC---AGTATG---AAAATTTAGAATAACACTGTCAGGTAATTATATGATATATTATTGAACTGCCTTTGTGCATGTG-TTACAACGTTACAACAC-----AAGGTATGTCGCAGCATGATGATGGCTGATAATAC-CGTA---CGT-----AAAGTT-------C--TACAACTCCTGGCA--TT---TT------TAC-CCTGTTCTCTTAAT--GAG---TG--------------TCACA--AATCAAACA---TCATGTAATA-AAAA-------C--ACCCTGTGTAA--CCTTCTCACAGG-C------GTATT------ATGTACC-ATTTATGGTACTCG--TATTTT--CTGCTGTT---ATATT
gi|5 : GGATGTCTTGTTGAATGA------GATTTAAGCTTAG-------AGGA---ATGAGAACCCAATCAATTCATAATACAAAG---AAATCAT-T-ACATTCGT-ATAA--TA--TTGAGCTG-ATA---TAA--TAGGTT---------TTGGAT-----------A-AACC-T-TTGT----AAAA------------GTACATTTTAATGTTACATTAAAAA--TG---AAATTCGAA---ATTCAAACTTATGATTAAAAGTTCTATAGG-------TTAG-TCACAAATT-ACTAG-A----------TATA---AATATTTCAAAGAA------CAGGTAA-TATATTGCA-GTCATT------TCTTTGTTCATATGATTATAA
gi|24 : GAATGTCTCATTGAAGAAAATTTAG-----------A-------AGGT---ATGAGAACCCTAGAAATTAACAATA-AAAG---taac
gi|10 : caaatATGTCTTGTTGATGGA------G-----------GTTTA---AGGTGGTATGAGAACCCAAGAAATTCAAAATA-AAAG---G----ATATTA-ATTTAT-GTCA--TATTTGG---CTGATG---TAA--ATGATT---------TTGCGT-----------A-AACT---TTGC----AAAA------------Ggatagt
gi|4 : tgagcATACCTCGTTGAGAGA------G-----------GTTTAAGAAGGA---ATGGGAACTCAAGAAATTCACAATA-AAAG---G--------TACATGCAT-ATAATTTA--T-GATTTT-GTCCTGTCA--CAAATTGCCCAACCACTTCA------------ATCACC-T-TTGC----AAAAGTATATTTGATTGT---------TAT---ATTAAAATATCC---ATATTTTGTGAGATTTAAATCTATGATTCACAAATTTATGGGCTC-------ATCCATCTATCAAATAAGA--ATA---TACAAG---AAAATTTCAAAGACCA-----A---------ATGTTATATTGCTGGCCTTCCTTTATTCAcacatgttattgttacaata
gi|1 : ACCCACGAAATTCAAAATA-AAAGGAAA--GTAT-T-ACATTCCTTATGA--TA--TT-AGGCTGATT---TAAAATAGATT---------TTGCATAAACTCTTGCAA-AAGTACATTTT----A----------------T---------TGTTTCATTAGAAAATT----GTATTCTTCGAGGTTCAAACCTATAATCCACATATTTAT-------AGATTAGCACATATATCGAATgatatacagctgattgatgatcatgtac
gi|3 : T-C-TCGCTGAGAGAA------------GT---------TAC---ATC------TTTTTAAAATATGAA---ATTCAAACTTAGGATCCACAGTTTTATAGG-------TTAAACCATATATTGAATAA-GCTACCCTGAATATATATAAAATTTA---TAAGAC---CAGGTAA------GATAT--TGCTAA----CCTTCATTCAT-------TAAAGT-ACAAAACTTTGCGAAGTCTAGCACAGCTTAATGGTGGCTTATACTAC-CTTA---AGC-----AAAGTT-------C--GACAACTCCTAGCA--TT---TT------TAA-CATGGTTGCT-AAT--CAA---TG--------------TCACA--AAACGAACA---TCTTATAATA-AAAA-------C--GCCTTATATGA--CCTCCTAACTGG-C------GTAT--------TGTA-C-GTTGACGATCCT------TTTT--CTGtatctatcctgcacagataatgtatgaacaaaacatcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattaatacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattctgacattctaccagtctgataatcaatgtctcaaaatagacatcttataaaaaagcgccctgtatatcctcctcacggacacacaagaattatgtaccgtttacggaactgtttattttttactattt
gi|12 : AAAAAAATC---AAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACATATCTG-------AAGGTTTACCCATATAGCGAATAA-acatcatcttctc
gi|21 : acattttgttgtttttgcaccaaaagaa-----AAAGTATGTCACAGATTGATGATTTCTGATC-TACATGTA---CGTTAGATAAAGTT-------A--TACAAATCGTGGCA--TT---Tgctaccctgaatagataa
gi|15 : tagGTATGCCAGAGCTTGATGATAACTGATACTAC-CTTA---AAT-----AAAGAT-------C--TACAACTCCGGGCA--TT---TT------T---TATGTTTGC-TAAT--CAA---TG--------------TCACAGTAAGCAAAC
gi|25 : ATGCCACCGCTTGAAGATGGCTAATACTAT-C------CGG-----AAAGTT-------C--TACAACTCCTGGTA--TA---TT------Tgcctcaataa
gi|7 : aAGCTTGATGATGGCTAATGCTAC-CTTAACTC-T-----ATACTTATTACCACAGTACGACTCCTGGCA--TC---TTCGTCAATAC----G-TCTGCTAAT--CAA---TG--------------TCATA--GA--AAACAAAGTCCTG-AAGA-AAAT-------C---CTCT-TACAAATGCTTGCGACAGG-C------ATACTAC----ATGTACCAATTTCT-GTACTCT--TGTTGT--C
gi|18 : TAATGATGGTTGATACTAC-TTGA---AAC-----AAAGTT-------C--TACAAAGCATGGCa
gi|11 : ATGATGGCTAATACTAT-CTCA----GT-----AAAGTT-------C--TACAACTCCTGGCA--TT---TT------TGC-TGTGTT-TGTTAAT--CAGCCATGTTTGTTAATCACTTTCACA--AAACAAACA---TCTCATATTA-AAAA-------C--ACAGTATATAA--CCTTCTCACtccaacccccaccccccaacccccaaaaaaca
gi|6 : cactttGT-----AAATCT-------A--TAAAACTCATATCA--AT---GT------TGC-CATGTT-TGTTAAT--CAA---TA--------------TCATAGAAAACAAACA---CCATG--ATAGAAAA-------C--ATTCTACATGA--GCTTATGGCAGG-C------ATATT------ATGTACC-GTTTCTGGTA
gi|8 : taaaggtctataaaactctacaggttgatggatttattctatgagaaacatttaaaT-----ATAGTA-------C--TTCAACTCCTGGAA--TT---TT------TGCATTTGTTTGC--AATTCAAG----A--------------CCACA--AAACAAACA---TCTTATAATA-AAAACAAAACCC--ACCTTATGTAA--CACTCTCACATT-C------GTATT------ATATACC-TCTCACAACACTCT--TGTTCT--
gi|13 : gctcgatgacggtcT-----AAACTT-------C--TACAACTTTTGCCA--TG---TT------TGC-----------TAAT--CAA---TG--------------TCACA--TAACAAAC----TTAC--AATA-AAA--------T--ATCCTATATAA--CCTCTT---AGG-T------TTATA------ATGTACC-ATTTACAGTAagtattttttatca
gi|9 : aaAAGT--------C--TATAATCCCTG-CACCTTGACTT------TAC-AATGTTTGCTTA-T--CCA---TG--------------TCACA--AAACAAATA----CTTATAATA-AA---------C--ACCCAATATAA--CCTTCTCATAGG-C------ATAGT------ATGTACC-ATTTACGA---TCA--TGATTT--CTactt
gi|1 : ggT-------C--TA-AATTC-TGACA--TT---CT-------AC-C--AGTCTGATAAT--CAA---TG--------------TCTCA--AAATAGACA---TCTTATAA-A-AAAG-------C--GCCCTGTATAT--CCTCCTCACGGA-CACACAAGAATT------ATGTACC-GTTTACGGAACT-GTTTATTTT--TTACTATT---tgatatctatcc
gi|20 : acccacgaaattcaaaataaaaggaaagtattacattccttatgatattaggctgatttaaaatagattttgcataaactcttgcaaaagtacattttattgtttcattagaaaattgtattcttcgaggttcaaacctataatccacatatttatagattagcacatatatcgaattatctatcctgcacagataatgtatgaacaaaacatcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattaatacgtcagatgattgatggcagaacta--TT---TT------TGC-CCTGTTTTCT--------------------------------A--AA-CAAACA---CCTTCTAATA-AAAT-------A--ACCCTATATAA--CCTTCTCAAGGG-T------GTATT------ATt
gi|17 : CA--GAACAAACT---CCTCATAATA-AAAA-------C--ACCCTATATAA--CCTTCTCACTGG-C------GTATT------ATGTTCC-GTTTACGGTATTta
gi|26 : TATAATA-AAAA-------AGAACCCTGTATAA--CTTCCTTACAGG-C------GTATT------CTATACT-GTTTACAGTAattgttgtgtactttttc
gi|29 : -AAAA-------C--GCCCTACA-AA--GCTTGTGACGGG-C------GTATC------ATATACC-GTTT
gi|27 : agCCTATATAA--GCTTTTCACGTG-C------GTATT------ATATACT-GTTTTTGGTAC
gi|19 : TATAA--GCTTTTCACGGGGC------GTATT------ATGTACC-GTTTATAGTACTCT--TGTTat
gi|30 : aTAA--GCTTTTCACGGA-C------TTGTT------ATGTACCGATTT-CGGTACTCattgacatgtacatttgtattctgt
gi|28 : TAA--CCTTACGGCAGG-C------GTATTACGTACATGTACC-GTTTCTGGTttgt
gi|22 : tacaAA--GCTTTTCACAGG-C------ATATT------ATTTACC-CTTTTTGGAACTCT--TGTTTTAACTGC-GTTTGCATAT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AATTAATGACATTATTACTATGTTTGCCAGTCAATGTCATAGAATACAAACTCTTAAGAAACATCCAACATATATTTGCTTGTGACAGGAGTGTTATATACTGTTCCTTATA
Unaligned ( gi|16 ): CATTATTACTATGTTTGCCAGTCAATGTCATAGAATACAAACTCTTAAGAGAAACATCCAACATATATGCTTGTGACAGGAGTGTTATATACTGTTCCTTATA
Unaligned ( gi|23 ): TGTAAATTTAAAAAAAAAAAAATATGTGACTGGGTATTGTCGACTGTTCTACTTTTACTTACAAAACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111
lowQualScore : 11 444444444444 55555555 111111 11 11 33333333333 222222222222222 55555555 444444444444444 1111 5555555555555555555555555555555555555555555 2222 1111 2 22222 2222222222222 1111111 111111 4444444444444444444444
lowQualScore : 2 0 11 555555555555 1 6 66666666 4 8 333333 11 1 11 0 3 88888888888 6 555555555555555 11 5 1 6 3 1 44444444 5 3 333333333333333 4444 33 8888888888888888888888888888888888888888888 1111 7777 3 0 3 66666 1 4 7777777777777 0000000 44 2 444 1 333333 6666666666666666666666 3 33 77 77 44 1 2 8888888 33 7777 22 0 0 2 2 666666 888888 1 4 66 33 888
lowQualScore : . . .. ............ . . ........ . . ...... .. . .. . . ........... . ............... .. . . . . . ........ . . ............... .... .. ........................................... .... .... . . . ..... . . ............. ....... .. . ... . ...... ...................... . .. .. .. .. . . ....... .. .... .. . . . . ...... ...... . . .. .. ...
lowQualScore : 2 8 00 000000000000 0 7 33333333 6 0 444444 00 0 00 8 8 00000000000 4 555555555555555 88 0 4 4 2 0 77777777 2 7 888888888888888 8888 88 8888888888888888888888888888888888888888888 2222 7777 0 0 0 55555 4 4 7777777777777 0000000 22 9 777 2 444444 2222222222222222222222 1 99 99 99 22 1 5 7777777 77 8888 88 7 3 4 1 111111 999999 1 0 99 55 222
consensus : GGATGTCTCGTTGAGGGAGGTTTA--AG-------GT---ATGAGAACCCAAGAAATTCANAATA-AAAGG-AA--TA-TTACATTCAT-ATAATAT-TGAGNCTG--ATNTAA--TAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTTACATTAAAAAATTCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACAGATTTATAGG------GTTAACCCATATATCGAATAAG--------AA-TA-TATA-A--AAATTTCGAAGAA-AC----AGGTAA----ATGATATATTGCTG----GC----CTT----TGTTCATATG-TTATAANGTTACAANACTTTGCGAAGTATGCCACAGCTTGAT-GATGGCTGATACTACCT-TA---CG-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGC-C---ATGTTT-----GC-----------T--TAAT-CAATGTCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACGGG-C------GTATT------ATGTACCGTTTACGGTACT-CTTGTTTT--CTGCTGTTTGCATAT
Reference ( family-325 ) : GGATGTCTCGTTGAAGGAGGTTTA--AG-------GN---ATGAGAACCCAAGAAATTCANAATA-AAAGG-CA--T--TTACATTCGT-ATAATAT-TGAGNCTG--ATNTAA--TAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGT---------TGTT-CATTAAAAAATTCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACANATTTATAGGA-----GTTAACCCATATATCGAATAA---------AA-CA-TATA-A--AAATTTCAAAGAA-AC----AGGTAA----ATGNTATGTCGCTG----GC----CTT----TATTCATATGATTATAAAGT-ACAAAACTTTGCGAAGTATGCCACAGCTTGAT-GATGGCTGATACTACCT-TA---CG-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGC-C---GTGTTT-----TC-----------T--TAAT-CAATGTCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACGGG-C------GTATT------ATGTACCGTTTACGGTACT-CTTGTTTT--CTGCTGTTTGCATAT
gi|1 : ACCCACGAAATTCAAAATA-AAAGG-AAAGTA-TTACATTCCTTATGATAT-T-AGGCTG--ATTTAAAATAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTTTCATTAGAAAATT-GTATTCTTCGAGGTTCAAACCTATAATCCACATATTTATAG-------ATTAGCACATATATCGAAT
gi|1 : TGATTGATGGCAGA-ACTATCT---------------AAATT-------C--T---------G-ACATT---CT-AC-C---A-GT--------C-----------TGATAAT-CAATGTCTC--A--AA--ATAGACATCTTATAA-A-AAAG-------C--GCCC----TGTATATC-CTCCTCACGGA-CACACAAGAATT------ATGTACCGTTTACGGAACTGTTTATTTT--TTACTATTTtatctatcctgcacagataatgtatgaacaaaacatcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattaatacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattctgacattctaccagtctgataatcaatgtctcaaaatagacatcttataaaaaagcgccctgtatatcctcctcacggacacacaagaattatgtaccgtttacggaactgtttattttttactattt
gi|10 : acccacgaaattcaaaataaaaggaaagtattacattccttatgatattaggctgatttaaaatagattttgcataaactcttgcaaaagtacattttattgtttcattagaaaattgtattcttcgaggttcaaacctataatccacatatttatagattagcacatatatcgaattatctatcctgcacagataatgtatgaacaaaacatcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattaatacgtcagaATGTCTTGTTGATGGAGGTTTA--AG-------GTGGTATGAGAACCCAAGAAATTCAAAATA-AAAGG--A--TA-TTA-ATTTAT-GTCATAT-TT-GGCTG--ATGTAA--ATGATTTTGCGTAA-----------ACT-TTGCAAAAG
gi|11 : tgagcCTTTAT-GATGGCTAATACTATCT-CA----G-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGC-T---GTGTTTGTTAATCAGCCATGTTTGT--TAAT-CACTTTCAC--A--AA--ACAAACATCTCATATTA-AAAA-------C--ACAG----TATATAAC-CTTCTCACcacatgttattgttacaata
gi|12 : caAAAAAAATCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACATATCTGAAG-------GTTTACCCATATAGCGAATAA---------
gi|13 : acattttgttgtttttgcaccaaaagaa-----TAAACTT-------C--TACAACT-------------TTTGC-C---ATGTTT-----GC-----------T---AAT-CAATGTCAC--A--TA--ACAAA---CTTACAAT--AAAA-------T--ATCC----TATATAAC-C-TCTTA--GG-T------TTATA------ATGTACCATTTACAGTAgctaccctgaatagataa
gi|14 : aaTG-ACATT---ATTAC-T---ATGTTT-----GC-----------C---AGT-CAATGTCAT--A--GAATACAAAC-TCTTA----A-GAAA-------C--ATCCAACATATATTTG-CTTGTGACAGG-A------GTGTT------ATATACTGTTactt
gi|15 : aattaaGTATGCCAGAGCTTGAT-GATAACTGATACTACCT-TA---AA-----TAAAGAT-------C--TACAACTCCGG-GCATT---TTT---T---ATGTTT-----GC--------------TAAT-CAATGTCAC--AGTAA--GCAAACGCCT--CAATA-Accttata
gi|16 : CATT---ATTAC-T---ATGTTT-----GC-----------C---AGT-CAATGTCAT--A--GAATACAAAC-TCT--TAAGA-GAAA-------C--ATCCAA--CATATATG-CTTGTGACAGG-A------GTGTT------ATATACTGTT
gi|17 : C--A--GA--ACAAACTCCTCATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACTGG-C------GTATT------ATGTTCCGTTTACGGTATT-ATTGTTGT--GTACTTTTTccttata
gi|18 : TAAT-GATGGTTGATACTACTT-GA---AA-----CAAAGTT-------C--TACAAAGCATG-GCc
gi|19 : ATATAAG-CTTTTCACGGGGC------GTATT------ATGTACCGTTTATAGTACT-CTTGTTtccaacccccaccccccaacccccaaaaaaca
gi|2 : GGATATCTTGTTGAGGGAGG------AG-------GT---ATGAGGACCCAAGAAATTCATAATA-AAAGATCA--T--TTACATTCAT-ATAATAT-GGAGTCT---ATTTAA--TAGATTTTGCA-AA-----------ACTCTTGCAGAAGT---------TGT---ATCAAAAAATTCAAATTTTAATAGATTGAAACCTTTGATCCATAGATTTATAGGACCAAGATTAACTCATATATTGAATAA---------AATCAGTATG-A--AAATTTAGAATAACACTGTCAGGTAATTATATGATATATTATTGAACTGC----CTT----TGTGCATGTG-TTACAACGTTACAACAC-----AAGGTATGTCGCAGCATGAT-GATGGCTGATAATACCG-TA---CG-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTAC-C---CTGTTC-----TC-----------T--TAAT-GAGTGTCAC--A--AA--TCAAACATCATGTAATA-AAAA-------C--ACCC----TGTGTAAC-CTTCTCACAGG-C------GTATT------ATGTACCATTTATGGTACT-CGTATTTT--CTGCTGTT---ATATattgacatgtacatttgtattctgt
gi|20 : TT---TTTGC-C---CTGTTT-----TC-----------T---------------------AA--ACAAACACCTTCTAATA-AAAT-------A--ACCC----TATATAAC-CTTCTCAAGGG-T------GTATT------ATt
gi|21 : AAGTATGTCACAGATTGAT-GATTTCTGAT-CTACATGTA---CGTTAGATAAAGTT-------A--TACAAATCGTG-GCATT---Tta
gi|22 : taga----TATAAAAG-CTTTTCACAGG-C------ATATT------ATTTACCCTTTTTGGAACT-CTTGTTTTAACTGC-GTTTGCATAT
gi|24 : taGAATGTCTCATTGAAGAAAATTTAGAAG-------GT---ATGAGAACCCTAGAAATTAACAATA-AAAGG-at
gi|25 : caaatATGCCACCGCTTGAA-GATGGCTAATACTATC-------CG-----GAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GTATA---TTTatagt
gi|26 : aTATAATA-AAAA-------AGAACCC----TGTATAAC-TTCCTTACAGG-C------GTATT------CTATACTGTTTACAGTA
gi|27 : CC----TATATAAG-CTTTTCACGTG-C------GTATT------ATATACTGTTTTTGGTAC
gi|28 : ----TACATAAC-CTTACGGCAGG-C------GTATTACGTACATGTACCGTTTCTGGTat
gi|29 : -AAAA-------C--GCCC----TACA-AAG-CTTGTGACGGG-C------GTATC------ATATACCGTTT
gi|3 : agGAAATTCAAACTTAGGATCCACAGTTTTATAGG-------TTAAACCATATATTGAATAAGCTACCCTGAA-TA-TATATA--AAATTTATAAGAC--C----AGGTAA------GATAT--TGCTA----AC----CTT----CATTCAT-------TAAAGT-ACAAAACTTTGCGAAGTCTAGCACAGCTTAAT-GGTGGCTTATACTACCT-TA---AG-----CAAAGTT-------C--GACAACTCCTA-GCATT---TTTAA-C---ATGGTT-----GC--------------TAAT-CAATGTCAC--A--AA--ACGAACATCTTATAATA-AAAA-------C--GCCT----TATATGAC-CTCCTAACTGG-C------GTAT--------TGTA-CGTTGACGATCCT-----TTTT--CTG
gi|30 : tctcgctgagagaagttacatctttttaaaatatTAAG-CTTTTCACGGA-C------TTGTT------ATGTACCGATTTCGGTACT-CTTGTacatcatcttctc
gi|4 : ATACCTCGTTGAGAGAGGTTTA--AGAAG----GA---ATGGGAACTCAAGAAATTCACAATA-AAAGG---------TACATGCAT-ATAATTTATGATTTTGTCCTGTCA--CAAATT--GCCCAACCACTTCAATCACCTTTGCAAAAGTATATTTGATTGTTATATTAAAATATCCATATTTTGTGAGATTTAAATCTATGATTCACAAATTTATGGG-------CTCATCCATCTATCAAATAAG--------AA-TA-TACA-AGAAAATTTCAAAGA---C-------CAA----ATGTTATATTGCTG----GC----CTTCCTTTATTCAGAT
gi|5 : GGATGTCTTGTTGAATGAGATTTA--AGCTTAGAGGA---ATGAGAACCCAATCAATTCATAATACAAAGA-AA--TCATTACATTCGT-ATAATAT-TGAG-CTG--ATATAA--TAGGTTTTGGATAA-----------ACCTTTGTAAAAGTACATTTTAATGTTACATTAAAAA--TGAAATT---CGAAATTCAAACTTATGATTAAAAGTTCTATAG-------GTTAG-TCACAAAT----TAC---------TA-GA-TATA-A--ATATTTCAAAG-A-AC----AGGTAA--------TATATTGCAG----TCATTTCTT----TGTTCATATGATTATAAatacagctgattgatgatcatgtac
gi|6 : G-----TAAATCT-------A--TAAAACTCATA-TCAAT---GTTGC-C---ATGTTT-----G------------T--TAAT-CAATATCAT--AGAAA--ACAAACACC--ATGATAGAAAA-------C--ATTC----TACATGAG-CTTATGGCAGG-C------ATATT------ATGTACCGTTTCTGGTAtaac
gi|7 : taaaggtctataaaactctacaggttgatggatttattctatgagaaacatttaaaAGCTTGAT-GATGGCTAATGCTACCT-TAACTC------TATACTTATTACCACAGTACGACTCCTG-GCATC---TTCGT-CAATACGTCT-----GC--------------TAAT-CAATGTCATAGA--AA--ACAAA-GTCCTG-AAGA-AAAT-------C--CTCT----TACA-AATGCTTGCGACAGG-C------ATACTAC----ATGTACCAATTTCTGTACT-CTTGTTGT--C
gi|8 : -----TATAGTA-------C--TTCAACTCCTG-GAATT---TTTGCAT---TTGTTT-----GC---------------AATTCAAGACCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAACAAAACCC--ACCT----TATGTAAC-ACTCTCACATT-C------GTATT------ATATACCTCTCACAACACT-CTTGTTCT--a
gi|9 : gctcgatgacggtcAAGT--------C--TATAATCCCTGCACCTTGACTTTAC-A---ATGTTT-----GC-----------T--TA-T-CCATGTCAC--A--AA--ACAAATA-CTTATAATA-AA---------C--ACCC----AATATAAC-CTTCTCATAGG-C------ATAGT------ATGTACCATTTACGA---T-CATGATTT--CTagtattttttatca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGTAAATTTAAAAAAAAAAAAATATGTGACTGGGTATTGTCGACTGTTCTACTTTTACTTACAAAACAAA
Alignments
lowQualScore : 11 444444444444 33333333 111111 11 11 33333333333 1111 2222222 2222222 333333333 11 22 66666666666666666666666 3333333333 2222 1 22222 2222222222222 1111111 22 11111111111111
lowQualScore : 1 0 11 555555555555 1 6 44444444 8 333333 11 1 11 0 3 88888888888 6 3 3333 6666666 11 5 1 6 3 1 8888888 3 5 444444444 33 33 66 55555555555555555555555 2222222222 0 3333 1 5 1 66666 1 4 7777777777777 0000000 44 2 444 1 6666 44 00 3 555 88888888888888 77 33 77 44 1 2 8888888 33 7777 22 0 0 2 2 666666 888888 1 4 66 33 888
lowQualScore : . . .. ............ . . ........ . ...... .. . .. . . ........... . . .... ....... .. . . . . . ....... . . ......... .. .. .. ....................... .......... . .... . . . ..... . . ............. ....... .. . ... . .... .. .. . ... .............. .. .. .. .. . . ....... .. .... .. . . . . ...... ...... . . .. .. ...
lowQualScore : 4 8 00 222222222222 0 7 22222222 0 444444 00 0 00 8 8 00000000000 4 8 5555 0000000 88 0 4 4 2 0 5555555 7 2 000000000 88 88 88 00000000000000000000000 8888888888 2 0000 0 5 0 55555 4 4 7777777777777 0000000 22 9 777 2 1111 22 11 1 444 11111111111111 99 99 99 22 1 5 7777777 77 8888 88 7 3 4 1 111111 999999 1 0 99 55 222
consensus : GGATGTCTCGTTGAGGGAGGTTTA--AG---GT-------ATGAGAACCCAAGAAATTCANAATA-AAAGG-AA--T-ATTACATTCAT-ATAATAT-TGAGNCTG--ATNTAA--TAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTT---ACATTAAAA-------AATTCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACAGATTTATAG------GGTTAACCCATATATCGAATAAG--------AAT--ATATA--AAAATTTCGAAGAA-A----CAGGTAA----ATGATATATTGCTG----GC----CTTCGTTCATGTG-TTATAANGTTACAANACTTTGCGAAGTATGCCACAGCTTGAT-GATGGCTGATACTACCT-TA---CG-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGCC---AT--GTTTGCTTAAT-CA---ATG--------------TCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACGGG-C------GTATT------ATGTACCGTTTACGGTACT-CTTGTTTT--CTGCTGTTTGCATAT
Reference ( family-325 ) : GGATGTCTCGTTGAGGGAGGTTTA--AG---GT-------ATGAGAACCCAAGAAATTCANAATA-AAAGG-AA--T-ATTACATTCAT-ATAATAT-TGAGNCTG--ATNTAA--TAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTT---ACATTAAAA-------AATTCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACAGATTTATAG------GGTTAACCCATATATCGAATAAG--------AAT--ATATA--AAAATTTCGAAGAA-A----CAGGTAA----ATGATATATTGCTG----GC----CTTTGTTCATATG-TTATAANGTTACAANACTTTGCGAAGTATGCCACAGCTTGAT-GATGGCTGATACTACCT-TA---CG-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGCC---AT--GTTTGCTTAAT-CA---ATG--------------TCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACGGG-C------GTATT------ATGTACCGTTTACGGTACT-CTTGTTTT--CTGCTGTTTGCATAT
gi|1 : ACCCACGAAATTCAAAATA-AAAGG-AAAGT-ATTACATTCCTTATGATAT-T-AGGCTG--ATTTAAAATAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTT---TCATTAGAA-------AATT-GTATTCTTCGAGGTTCAAACCTATAATCCACATATTTATA-------GATTAGCACATATATCGAAT
gi|1 : TGATTGATGGCAGA-ACTATCT---------------AAATT-------C--T---------G-ACATT---CT-ACC---A---GTCTGAT-AAT-CA---ATG--------------TCTC--A--AA--ATAGACATCTTATAA-A-AAAG-------C--GCCC----TGTATATC-CTCCTCACGGA-CACACAAGAATT------ATGTACCGTTTACGGAACTGTTTATTTT--TTACTATTTtatctatcctgcacagataatgtatgaacaaaacatcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattaatacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattctgacattctaccagtctgataatcaatgtctcaaaatagacatcttataaaaaagcgccctgtatatcctcctcacggacacacaagaattatgtaccgtttacggaactgtttattttttactattt
gi|10 : acccacgaaattcaaaataaaaggaaagtattacattccttatgatattaggctgatttaaaatagattttgcataaactcttgcaaaagtacattttattgtttcattagaaaattgtattcttcgaggttcaaacctataatccacatatttatagattagcacatatatcgaattatctatcctgcacagataatgtatgaacaaaacatcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattaatacgtcagaATGTCTTGTTGATGGAGGTTTA--AG---GTGGT----ATGAGAACCCAAGAAATTCAAAATA-AAAGG--A--T-ATTA-ATTTAT-GTCATAT-TT-GGCTG--ATGTAA--ATGATTTTGCGTAA-----------ACT-TTGCAAAAGCACATGTTATTGTT---ACAATA
gi|11 : tgagcCTTTAT-GATGGCTAATACTATCT-CA----G-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGCT---GT--GTTTG-TTAAT-CAGCCATGTTTGTTAATCACTTTCAC--A--AA--ACAAACATCTCATATTA-AAAA-------C--ACAG----TATATAAC-CTTCTCAC
gi|12 : caACATTTTGTTGTTTTTGCACCAAAAGAAAAAAAAATCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACATATCTG-AA------GGTTTACCCATATAGCGAATAAG--------
gi|13 : -----TAAACTT-------C--TACAACT-------------TTTGCC---AT--GTTTGCT-AAT-CA---ATG--------------TCAC--A--TA--ACAAA---CTTACAAT--AAAA-------T--ATCC----TATATAAC-C-TCTTA--GG-T------TTATA------ATGTACCATTTACAGTActaccctgaatagataa
gi|14 : aaTG-ACATT---ATTACT---AT--GTTTGC-CAGT-CA---ATG--------------TCAT--A--GAATACAAAC-TCTTA----A-GAAA-------C--ATCCAACATATATTTG-CTTGTGACAGG-A------GTGTT------ATATACTGTTactt
gi|15 : aattaaGTATGCCAGAGCTTGAT-GATAACTGATACTACCT-TA---AA-----TAAAGAT-------C--TACAACTCCGG-GCATT---TTT--T---AT--GTTTGC-TAAT-CA---ATG--------------TCAC--AGTAA--GCAAACGCCT--CAATA-Accttata
gi|16 : CATT---ATTACT---AT--GTTTGC-CAGT-CA---ATG--------------TCAT--A--GAATACAAAC-TCT--TAAGA-GAAA-------C--ATCCAA--CATATATG-CTTGTGACAGG-A------GTGTT------ATATACTGTT
gi|17 : C--A--GA--ACAAACTCCTCATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACTGG-C------GTATT------ATGTTCCGTTTACGGTATT-ATTGTTGT--GTACTTTTTccttata
gi|18 : TAAT-GATGGTTGATACTACTT-GA---AA-----CAAAGTT-------C--TACAAAGCATG-GCc
gi|19 : ATATAAG-CTTTTCACGGGGC------GTATT------ATGTACCGTTTATAGTACT-CTTGTTtccaacccccaccccccaacccccaaaaaaca
gi|2 : GGATATCTTGTTGAGGGAGG------AG---GT-------ATGAGGACCCAAGAAATTCATAATA-AAAGATCA--T--TTACATTCAT-ATAATAT-GGAGTCT---ATTTAA--TAGATTTTGCA-AA-----------ACTCTTGCAGAAG---------TTGT------ATCAAAA-------AATTCAAATTTTAATAGATTGAAACCTTTGATCCATAGATTTATAGGACCAAGATTAACTCATATATTGAATAA---------AATCAGTATG--AAAATTTAGAATAACACTGTCAGGTAATTATATGATATATTATTGAACTGC----CTTTGTGCATGTG-TTACAACGTTACAACA-----CAAGGTATGTCGCAGCATGAT-GATGGCTGATAATACCG-TA---CG-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTACC---CT--GTTCTCTTAAT-GA---GTG--------------TCAC--A--AA--TCAAACATCATGTAATA-AAAA-------C--ACCC----TGTGTAAC-CTTCTCACAGG-C------GTATT------ATGTACCATTTATGGTACT-CGTATTTT--CTGCTGTT---ATATattgacatgtacatttgtattctgt
gi|20 : TT---TTTGCC---CT--GTTTTCT------------------------------------AA--ACAAACACCTTCTAATA-AAAT-------A--ACCC----TATATAAC-CTTCTCAAGGG-T------GTATT------ATt
gi|21 : AAGTATGTCACAGATTGAT-GATTTCTGAT-CTACATGTA---CGTTAGATAAAGTT-------A--TACAAATCGTG-GCATT---Tta
gi|22 : taga----TATAAAAG-CTTTTCACAGG-C------ATATT------ATTTACCCTTTTTGGAACT-CTTGTTTTAACTGC-GTTTGCATAT
gi|24 : taGAATGTCTCATTGAAGAAAATTTAGAAG---GT-------ATGAGAACCCTAGAAATTAACAATA-AAAGG-Aat
gi|25 : caaatATGCCACCGCTTGAA-GATGGCTAATACTATC-------CG-----GAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GTATA---TTTtagt
gi|26 : aTATAATA-AAAA-------AGAACCC----TGTATAAC-TTCCTTACAGG-C------GTATT------CTATACTGTTTACAGTA
gi|27 : CC----TATATAAG-CTTTTCACGTG-C------GTATT------ATATACTGTTTTTGGTAC
gi|28 : ----TACATAAC-CTTACGGCAGG-C------GTATTACGTACATGTACCGTTTCTGGTat
gi|29 : -AAAA-------C--GCCC----TACA-AAG-CTTGTGACGGG-C------GTATC------ATATACCGTTT
gi|3 : agGAAATTCAAACTTAGGATCCACAGTTTTATAG------G-TTAAACCATATATTGAATAAGCTACCCTGAAT--ATATAT-AAAATTTATAAGAC------CAGGTAA----G----ATATTGCTA----AC----CTTCATTCAT-------TAAAGT-ACAAAACTTTGCGAAGTCTAGCACAGCTTAAT-GGTGGCTTATACTACCT-TA---AG-----CAAAGTT-------C--GACAACTCCTA-GCATT---TTTAAC---AT--GGTTGC-TAAT-CA---ATG--------------TCAC--A--AA--ACGAACATCTTATAATA-AAAA-------C--GCCT----TATATGAC-CTCCTAACTGG-C------GTAT--------TGTA-CGTTGACGATCCT-----TTTT--CTG
gi|30 : tctcgctgagagaagttacatctttttaaaatatTAAG-CTTTTCACGGA-C------TTGTT------ATGTACCGATTTCGGTACT-CTTGTacatcatcttctc
gi|4 : ATACCTCGTTGAGAGAGGTTTA--AGAAGGA-------ATGGGAACTCAAGAAATTCACAATA-AAAGG---------TACATGCAT-ATAATTTATGATTTTGTCCTGTCA--CAAATT--GCCCAACCACTTCAATCACCTTTGCAAAAGTATATTTGATTGTT---ATATTAAAA-------TATCCATATTTTGTGAGATTTAAATCTATGATTCACAAATTTAT-G------GGCTCATCCATCTATCAAATAAG--------AAT--ATACAAGAAAATTTCAAAG---A----C---CAA----ATGTTATATTGCTG----GC----CTTCCTTTAT
gi|5 : GGATGTCTTGTTGAATGAGATTTA--AG---CTTAGAGGAATGAGAACCCAATCAATTCATAATACAAAGA-AA--TCATTACATTCGT-ATAATAT-TGAG-CTG--ATATAA--TAGGTTTTGGATAA-----------ACCTTTGTAAAAGTACATTTTAATGTT---ACATTAAAA-------A--TGAAATT---CGAAATTCAAACTTATGATTAAAAGTTCTATA-------GGTTAG-TCA-----CAAATTAC--------TAG--ATATA--AATATTTCAAAG-A-A----CAGGTA--------ATATATTGCAG----TCATTTCTTTGTTCATATGATTATAAtcagatatacagctgattgatgatcatgtac
gi|6 : G-----TAAATCT-------A--TAAAACTCATA-TCAAT---GTTGCC---AT--GTTTG-TTAAT-CA---ATA--------------TCATAGA--AA--ACAAACACC--ATGATAGAAAA-------C--ATTC----TACATGAG-CTTATGGCAGG-C------ATATT------ATGTACCGTTTCTGGTAtaac
gi|7 : taaaggtctataaaactctacaggttgatggatttattctatgagaaacatttaaaAGCTTGAT-GATGGCTAATGCTACCT-TAACTC------TATACTTATTACCACAGTACGACTCCTG-GCATC---TTCGTCAATAC--GTCTGC-TAAT-CA---ATG--------------TCATAGA--AA--ACAAA-GTCCTG-AAGA-AAAT-------C--CTCT----TACA-AATGCTTGCGACAGG-C------ATACTAC----ATGTACCAATTTCTGTACT-CTTGTTGT--C
gi|8 : -----TATAGTA-------C--TTCAACTCCTG-GAATT---TTTGC----ATTTGTTTGC--AATTCA---AGA--------------CCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAACAAAACCC--ACCT----TATGTAAC-ACTCTCACATT-C------GTATT------ATATACCTCTCACAACACT-CTTGTTCT--a
gi|9 : gctcgatgacggtcAAGT--------C--TATAATCCCTGCACCTTGACTTTACA---AT--GTTTGCTTA-T-CC---ATG--------------TCAC--A--AA--ACAAATA-CTTATAATA-AA---------C--ACCC----AATATAAC-CTTCTCATAGG-C------ATAGT------ATGTACCATTTACGA---T-CATGATTT--CTagtattttttatca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGTAAATTTAAAAAAAAAAAAATATGTGACTGGGTATTGTCGACTGTTCTACTTTTACTTACAAAACAAA
Alignments
lowQualScore : 11 444444444444 33333333 111111 11 11 33333333333 1111 2222222 2222222 333333333 11 22 66666666666666666666666 3333333333 2222 1 22222 2222222222222 1111111 22 11111111111111
lowQualScore : 1 0 11 555555555555 1 6 44444444 8 333333 11 1 11 0 3 88888888888 6 3 3333 6666666 11 5 1 6 3 1 8888888 3 5 444444444 33 33 66 55555555555555555555555 2222222222 0 2222 1 5 1 66666 1 4 7777777777777 0000000 44 2 444 1 6666 44 00 3 555 88888888888888 77 33 77 44 1 2 8888888 33 7777 22 0 0 2 2 666666 888888 1 4 66 33 888
lowQualScore : . . .. ............ . . ........ . ...... .. . .. . . ........... . . .... ....... .. . . . . . ....... . . ......... .. .. .. ....................... .......... . .... . . . ..... . . ............. ....... .. . ... . .... .. .. . ... .............. .. .. .. .. . . ....... .. .... .. . . . . ...... ...... . . .. .. ...
lowQualScore : 4 8 00 222222222222 0 7 22222222 0 444444 00 0 00 8 8 00000000000 4 8 5555 0000000 88 0 4 4 2 0 5555555 7 2 000000000 88 88 88 00000000000000000000000 8888888888 2 7777 0 5 0 55555 4 4 7777777777777 0000000 22 9 777 2 1111 22 11 1 444 11111111111111 99 99 99 22 1 5 7777777 77 8888 88 7 3 4 1 111111 999999 1 0 99 55 222
consensus : GGATGTCTCGTTGAGGGAGGTTTA--AG---GT-------ATGAGAACCCAAGAAATTCANAATA-AAAGG-AA--T-ATTACATTCAT-ATAATAT-TGAGNCTG--ATNTAA--TAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTT---ACATTAAAA-------AATTCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACAGATTTATAG------GGTTAACCCATATATCGAATAAG--------AAT--ATATA--AAAATTTCGAAGAA-A----CAGGTAA----ATGATATATTGCTG----GC----CTTCGTTCATGTG-TTATAANGTTACAANACTTTGCGAAGTATGCCACAGCTTGAT-GATGGCTGATACTACCT-TA---CG-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGCC---AT--GTTTGCTTAAT-CA---ATG--------------TCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACGGG-C------GTATT------ATGTACCGTTTACGGTACT-CTTGTTTT--CTGCTGTTTGCATAT
Reference ( family-325 ) : GGATGTCTCGTTGAGGGAGGTTTA--AG---GT-------ATGAGAACCCAAGAAATTCANAATA-AAAGG-AA--T-ATTACATTCAT-ATAATAT-TGAGNCTG--ATNTAA--TAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTT---ACATTAAAA-------AATTCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACAGATTTATAG------GGTTAACCCATATATCGAATAAG--------AAT--ATATA--AAAATTTCGAAGAA-A----CAGGTAA----ATGATATATTGCTG----GC----CTTCGTTCATGTG-TTATAANGTTACAANACTTTGCGAAGTATGCCACAGCTTGAT-GATGGCTGATACTACCT-TA---CG-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGCC---AT--GTTTGCTTAAT-CA---ATG--------------TCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACGGG-C------GTATT------ATGTACCGTTTACGGTACT-CTTGTTTT--CTGCTGTTTGCATAT
gi|1 : ACCCACGAAATTCAAAATA-AAAGG-AAAGT-ATTACATTCCTTATGATAT-T-AGGCTG--ATTTAAAATAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTT---TCATTAGAA-------AATT-GTATTCTTCGAGGTTCAAACCTATAATCCACATATTTATA-------GATTAGCACATATATCGAAT
gi|1 : TGATTGATGGCAGA-ACTATCT---------------AAATT-------C--T---------G-ACATT---CT-ACC---A---GTCTGAT-AAT-CA---ATG--------------TCTC--A--AA--ATAGACATCTTATAA-A-AAAG-------C--GCCC----TGTATATC-CTCCTCACGGA-CACACAAGAATT------ATGTACCGTTTACGGAACTGTTTATTTT--TTACTATTTtatctatcctgcacagataatgtatgaacaaaacatcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattaatacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattctgacattctaccagtctgataatcaatgtctcaaaatagacatcttataaaaaagcgccctgtatatcctcctcacggacacacaagaattatgtaccgtttacggaactgtttattttttactattt
gi|10 : acccacgaaattcaaaataaaaggaaagtattacattccttatgatattaggctgatttaaaatagattttgcataaactcttgcaaaagtacattttattgtttcattagaaaattgtattcttcgaggttcaaacctataatccacatatttatagattagcacatatatcgaattatctatcctgcacagataatgtatgaacaaaacatcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattaatacgtcagaATGTCTTGTTGATGGAGGTTTA--AG---GTGGT----ATGAGAACCCAAGAAATTCAAAATA-AAAGG--A--T-ATTA-ATTTAT-GTCATAT-TT-GGCTG--ATGTAA--ATGATTTTGCGTAA-----------ACT-TTGCAAAAGCACATGTTATTGTT---ACAATA
gi|11 : tgagcCTTTAT-GATGGCTAATACTATCT-CA----G-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGCT---GT--GTTTG-TTAAT-CAGCCATGTTTGTTAATCACTTTCAC--A--AA--ACAAACATCTCATATTA-AAAA-------C--ACAG----TATATAAC-CTTCTCAC
gi|12 : caACATTTTGTTGTTTTTGCACCAAAAGAAAAAAAAATCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACATATCTG-AA------GGTTTACCCATATAGCGAATAAG--------
gi|13 : -----TAAACTT-------C--TACAACT-------------TTTGCC---AT--GTTTGCT-AAT-CA---ATG--------------TCAC--A--TA--ACAAA---CTTACAAT--AAAA-------T--ATCC----TATATAAC-C-TCTTA--GG-T------TTATA------ATGTACCATTTACAGTActaccctgaatagataa
gi|14 : aaTG-ACATT---ATTACT---AT--GTTTGC-CAGT-CA---ATG--------------TCAT--A--GAATACAAAC-TCTTA----A-GAAA-------C--ATCCAACATATATTTG-CTTGTGACAGG-A------GTGTT------ATATACTGTTactt
gi|15 : aattaaGTATGCCAGAGCTTGAT-GATAACTGATACTACCT-TA---AA-----TAAAGAT-------C--TACAACTCCGG-GCATT---TTT--T---AT--GTTTGC-TAAT-CA---ATG--------------TCAC--AGTAA--GCAAACGCCT--CAATA-Accttata
gi|16 : CATT---ATTACT---AT--GTTTGC-CAGT-CA---ATG--------------TCAT--A--GAATACAAAC-TCT--TAAGA-GAAA-------C--ATCCAA--CATATATG-CTTGTGACAGG-A------GTGTT------ATATACTGTT
gi|17 : C--A--GA--ACAAACTCCTCATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACTGG-C------GTATT------ATGTTCCGTTTACGGTATT-ATTGTTGT--GTACTTTTTccttata
gi|18 : TAAT-GATGGTTGATACTACTT-GA---AA-----CAAAGTT-------C--TACAAAGCATG-GCc
gi|19 : ATATAAG-CTTTTCACGGGGC------GTATT------ATGTACCGTTTATAGTACT-CTTGTTtccaacccccaccccccaacccccaaaaaaca
gi|2 : GGATATCTTGTTGAGGGAGG------AG---GT-------ATGAGGACCCAAGAAATTCATAATA-AAAGATCA--T--TTACATTCAT-ATAATAT-GGAGTCT---ATTTAA--TAGATTTTGCA-AA-----------ACTCTTGCAGAAG---------TTGT------ATCAAAA-------AATTCAAATTTTAATAGATTGAAACCTTTGATCCATAGATTTATAGGACCAAGATTAACTCATATATTGAATAA---------AATCAGTATG--AAAATTTAGAATAACACTGTCAGGTAATTATATGATATATTATTGAACTGC----CTTTGTGCATGTG-TTACAACGTTACAACA-----CAAGGTATGTCGCAGCATGAT-GATGGCTGATAATACCG-TA---CG-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTACC---CT--GTTCTCTTAAT-GA---GTG--------------TCAC--A--AA--TCAAACATCATGTAATA-AAAA-------C--ACCC----TGTGTAAC-CTTCTCACAGG-C------GTATT------ATGTACCATTTATGGTACT-CGTATTTT--CTGCTGTT---ATATattgacatgtacatttgtattctgt
gi|20 : TT---TTTGCC---CT--GTTTTCT------------------------------------AA--ACAAACACCTTCTAATA-AAAT-------A--ACCC----TATATAAC-CTTCTCAAGGG-T------GTATT------ATt
gi|21 : AAGTATGTCACAGATTGAT-GATTTCTGAT-CTACATGTA---CGTTAGATAAAGTT-------A--TACAAATCGTG-GCATT---Tta
gi|22 : taga----TATAAAAG-CTTTTCACAGG-C------ATATT------ATTTACCCTTTTTGGAACT-CTTGTTTTAACTGC-GTTTGCATAT
gi|24 : taGAATGTCTCATTGAAGAAAATTTAGAAG---GT-------ATGAGAACCCTAGAAATTAACAATA-AAAGG-Aat
gi|25 : caaatATGCCACCGCTTGAA-GATGGCTAATACTATC-------CG-----GAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GTATA---TTTtagt
gi|26 : aTATAATA-AAAA-------AGAACCC----TGTATAAC-TTCCTTACAGG-C------GTATT------CTATACTGTTTACAGTA
gi|27 : CC----TATATAAG-CTTTTCACGTG-C------GTATT------ATATACTGTTTTTGGTAC
gi|28 : ----TACATAAC-CTTACGGCAGG-C------GTATTACGTACATGTACCGTTTCTGGTat
gi|29 : -AAAA-------C--GCCC----TACA-AAG-CTTGTGACGGG-C------GTATC------ATATACCGTTT
gi|3 : agGAAATTCAAACTTAGGATCCACAGTTTTATAG------G-TTAAACCATATATTGAATAAGCTACCCTGAAT--ATATAT-AAAATTTATAAGAC------CAGGTAA----G----ATATTGCTA----AC----CTTCATTCAT-------TAAAGT-ACAAAACTTTGCGAAGTCTAGCACAGCTTAAT-GGTGGCTTATACTACCT-TA---AG-----CAAAGTT-------C--GACAACTCCTA-GCATT---TTTAAC---AT--GGTTGC-TAAT-CA---ATG--------------TCAC--A--AA--ACGAACATCTTATAATA-AAAA-------C--GCCT----TATATGAC-CTCCTAACTGG-C------GTAT--------TGTA-CGTTGACGATCCT-----TTTT--CTG
gi|30 : tctcgctgagagaagttacatctttttaaaatatTAAG-CTTTTCACGGA-C------TTGTT------ATGTACCGATTTCGGTACT-CTTGTacatcatcttctc
gi|4 : ATACCTCGTTGAGAGAGGTTTA--AGAAGGA-------ATGGGAACTCAAGAAATTCACAATA-AAAGG---------TACATGCAT-ATAATTTATGATTTTGTCCTGTCA--CAAATT--GCCCAACCACTTCAATCACCTTTGCAAAAGTATATTTGATTGTT---ATATTAAAA-------TATCCATATTTTGTGAGATTTAAATCTATGATTCACAAATTTAT-G------GGCTCATCCATCTATCAAATAAG--------AAT--ATACAAGAAAATTTCAAAG---A----C---CAA----ATGTTATATTGCTG----GC----CTTCCTTTAT
gi|5 : GGATGTCTTGTTGAATGAGATTTA--AG---CTTAGAGGAATGAGAACCCAATCAATTCATAATACAAAGA-AA--TCATTACATTCGT-ATAATAT-TGAG-CTG--ATATAA--TAGGTTTTGGATAA-----------ACCTTTGTAAAAGTACATTTTAATGTT---ACATTAAAA-------A--TGAAATT---CGAAATTCAAACTTATGATTAAAAGTTCTATA-------GGTTAG-TCA-----CAAATTAC--------TAG--ATATA--AATATTTCAAAG-A-A----CAGGTA--------ATATATTGCAG----TCATTTCTTTGTTCATATGATTATAAtcagatatacagctgattgatgatcatgtac
gi|6 : G-----TAAATCT-------A--TAAAACTCATA-TCAAT---GTTGCC---AT--GTTTG-TTAAT-CA---ATA--------------TCATAGA--AA--ACAAACACC--ATGATAGAAAA-------C--ATTC----TACATGAG-CTTATGGCAGG-C------ATATT------ATGTACCGTTTCTGGTAtaac
gi|7 : taaaggtctataaaactctacaggttgatggatttattctatgagaaacatttaaaAGCTTGAT-GATGGCTAATGCTACCT-TAACTC------TATACTTATTACCACAGTACGACTCCTG-GCATC---TTCGTCAATAC--GTCTGC-TAAT-CA---ATG--------------TCATAGA--AA--ACAAA-GTCCTG-AAGA-AAAT-------C--CTCT----TACA-AATGCTTGCGACAGG-C------ATACTAC----ATGTACCAATTTCTGTACT-CTTGTTGT--C
gi|8 : -----TATAGTA-------C--TTCAACTCCTG-GAATT---TTTGC----ATTTGTTTGC--AATTCA---AGA--------------CCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAACAAAACCC--ACCT----TATGTAAC-ACTCTCACATT-C------GTATT------ATATACCTCTCACAACACT-CTTGTTCT--a
gi|9 : gctcgatgacggtcAAGT--------C--TATAATCCCTGCACCTTGACTTTACA---AT--GTTTGCTTA-T-CC---ATG--------------TCAC--A--AA--ACAAATA-CTTATAATA-AA---------C--ACCC----AATATAAC-CTTCTCATAGG-C------ATAGT------ATGTACCATTTACGA---T-CATGATTT--CTagtattttttatca
blockSeqs : G GA CTTAGAGGA A C AATCA . ATGATT TC G . T CCACTTCAATC C C TTTG GAAAAAA AA C A C G T GGACCAA G C GCTACCCTG . AG AT ACCAGGTAAG TCATTT ATGA A . A CTTTG T . GTACGTTAGA ATTACCA AG C GAC G CAAT TT TT T GCC TTTGTTAATCACTT AG GT AT AT C G CAAAACC GA AACA TG A G . ACGTAC A . AA TT TGC
blockSeqs : A . AAGGA T . TCAT . GGAGT . T . C . T T A . AT C A T A G A A C G . T CA ACCAAATGT AC . T . TAACTC . . . . G T . TT . . . AG . AT GC T . . . AA C A . . AC A . . TG
blockSeqs : G . GT C . ATA . TTGG . G . T . T T A . AT C T T G G G G A C . . CA AACAGGTAA GC C . TAAA . . . . A C . TT . . . . . . TC T . . . . C T . . . A . . G
blockSeqs : A . GT C . . . TGAG . A . . . . . A . . G A . . A G G T . G . GAAA . . . . A T . TT . . . . . . AT C . . . . G G . . . A . .
blockSeqs : T . . G . . . . TACG . . . . A T . T . . . . . . AC T . . . . G A . . . T . .
blockSeqs : . TAAG . . . . G T . C . . . . . . AT T . . . . C G . . . A . .
blockSeqs : . CAG . . . . A C . T . . . . . . AC T . . . . G A . . . T . .
blockSeqs : . CG . . . . G C . C . . . . . . GT T . . . . C A . . . C .
blockSeqs : . . . . G C . T . . . . . . AT T . . . . C G . . . A .
blockSeqs : . . . . G C . T . . . . . . T T . . . . G A . . . T
blockSeqs : . . . . A A . T . . . . . . T T . . . . C G . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G T . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C G . . . A
blockSeqs : . . . . . . G A . . . A
blockSeqs : . . C A . . .
blockSeqs : . G A . . .
blockSeqs : . G A . . .
blockSeqs : C . . . .
blockSeqs : C
blockSeqCons : GT********** AC****** ** G****** TAAG********* ******
originalCons : GGATGTCTCGTTGAGGGAGGTTTA--AG---GT-------ATGAGAACCCAAGAAATTCANAATA-AAAGG-AA--T-ATTACATTCAT-ATAATAT-TGAGNCTG--ATNTAA--TAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTT---ACATTAAAA-------AATTCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACAGATTTATAG------GGTTAACCCATATATCGAATAAG--------AAT--ATATA--AAAATTTCGAAGAA-A----CAGGTAA----ATGATATATTGCTG----GC----CTTCGTTCATGTG-TTATAANGTTACAANACTTTGCGAAGTATGCCACAGCTTGAT-GATGGCTGATACTACCT-TA---CG-----TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGCC---AT--GTTTGCTTAAT-CA---ATG--------------TCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACGGG-C------GTATT------ATGTACCGTTTACGGTACT-CTTGTTTT--CTGCTGTTTGCATAT
finalCons : GGATGTCTCGTTGAGGGAGGTTTA--AGGT----------ATGAGAACCCAAGAAATTCANAATA-AAAGGAC------TTACATTCAT-ATAATAT-TGAGNCTG--ATNTAA--TAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTT---ACATTAAAA-------AATTCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACAGATTTATAG------GGTTAACCCATATATCGAATAAG--------AAT--ATATA--AAAATTTCGAAGAA-A----CAGGTAA----ATGATATATTGCTG----GC----CTTCGTTCATGTG-TTATAANGTTACAANACTTTGCGAAGTATGCCACAGCTTGAT-GATGGCTGATACTACCTTAAG---------TAAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGCC---AT--GTTTGCTTAAT-CA---ATG--------------TCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACGGG-C------GTATT------ATGTACCGTTTACGGTACT-CTTGTTTT--CTGCTGTTTGCATAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGTAAATTTAAAAAAAAAAAAATATGTGACTGGGTATTGTCGACTGTTCTACTTTTACTTACAAAACAAA
Alignments
lowQualScore : 11 444444444444 5555555555 111111 11 11 33333333333 1111 2222222 2222222 333333333 11 22 66666666666666666666666 3333333333 2222 1 22222 1111111 111111111 1111111 22 11111111111111
lowQualScore : 1 0 11 555555555555 1 6 6666666666 8 333333 11 1 11 0 3 88888888888 6 3 3333 6666666 11 5 1 6 3 1 8888888 3 5 444444444 33 33 66 55555555555555555555555 2222222222 0 2222 1 5 1 66666 4 55 777 3333333 111111111 0000000 44 2 444 1 6666 44 00 3 555 88888888888888 33 77 77 44 1 2 8888888 33 7777 22 0 0 2 2 666666 888888 1 4 66 33 888
lowQualScore : . . .. ............ . . .......... . ...... .. . .. . . ........... . . .... ....... .. . . . . . ....... . . ......... .. .. .. ....................... .......... . .... . . . ..... . .. ... ....... ......... ....... .. . ... . .... .. .. . ... .............. .. .. .. .. . . ....... .. .... .. . . . . ...... ...... . . .. .. ...
lowQualScore : 4 8 00 222222222222 0 7 9999999999 0 444444 00 0 00 8 8 00000000000 4 8 5555 0000000 88 0 4 4 2 0 5555555 7 2 000000000 88 88 88 00000000000000000000000 8888888888 2 7777 0 5 0 55555 0 55 000 0000000 888888888 0000000 22 9 777 2 1111 22 11 1 444 11111111111111 99 99 99 22 1 5 7777777 77 8888 88 7 3 4 1 111111 999999 1 0 99 55 222
consensus : GGATGTCTCGTTGAGGGAGGTTTA--AG---GT-------ATGAGAACCCAAGAAATTCANAATA-AAAGG--A--TA---TTACATTCAT-ATAATAT-TGAGNCTG--ATNTAA--TAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTT---ACATTAAAA-------AATTCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACAGATTTATAG------GGTTAACCCATATATCGAATAAG--------AAT--ATATA--AAAATTTCGAAGAA-A----CAGGTAA----ATGATATATTGCTG----GC----CTTCGTTCATGTG-TTATAANGTTACAANACTTTGCGAAGTATGCCACAGCTTGAT-GATGGCTGAT--AC---TA-------CCTT--AAGT--AAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGCC---AT--GTTTGCTTAAT-CA---ATG--------------TCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACGGG-C------GTATT------ATGTACCGTTTACGGTACT-CTTGTTTT--CTGCTGTTTGCATAT
Reference ( family-325 ) : GGATGTCTCGTTGAGGGAGGTTTA--AG---GT-------ATGAGAACCCAAGAAATTCANAATA-AAAGG--A--C----TTACATTCAT-ATAATAT-TGAGNCTG--ATNTAA--TAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTT---ACATTAAAA-------AATTCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACAGATTTATAG------GGTTAACCCATATATCGAATAAG--------AAT--ATATA--AAAATTTCGAAGAA-A----CAGGTAA----ATGATATATTGCTG----GC----CTTCGTTCATGTG-TTATAANGTTACAANACTTTGCGAAGTATGCCACAGCTTGAT-GATGGCTGAT--AC---TA-------CCTT--AAGT--AAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGCC---AT--GTTTGCTTAAT-CA---ATG--------------TCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACGGG-C------GTATT------ATGTACCGTTTACGGTACT-CTTGTTTT--CTGCTGTTTGCATAT
gi|1 : ACCCACGAAATTCAAAATA-AAAGG--A--AAGTATTACATTCCTTATGATAT-T-AGGCTG--ATTTAAAATAGATTTTGCATAA-----------ACTCTTGCAAAAGTACATTTTATTGTT---TCATTAGAA-------AATT-GTATTCTTCGAGGTTCAAACCTATAATCCACATATTTATA-------GATTAGCACATATATCGAAT
gi|1 : TGATTGATGGCAGA---AC---TA-------TCT----------AAATT-------C--T---------G-ACATT---CT-ACC---A---GTCTGAT-AAT-CA---ATG--------------TCTC--A--AA--ATAGACATCTTATAA-A-AAAG-------C--GCCC----TGTATATC-CTCCTCACGGA-CACACAAGAATT------ATGTACCGTTTACGGAACTGTTTATTTT--TTACTATTTtatctatcctgcacagataatgtatgaacaaaacatcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattaatacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattctgacattctaccagtctgataatcaatgtctcaaaatagacatcttataaaaaagcgccctgtatatcctcctcacggacacacaagaattatgtaccgtttacggaactgtttattttttactattt
gi|10 : acccacgaaattcaaaataaaaggaaagtattacattccttatgatattaggctgatttaaaatagattttgcataaactcttgcaaaagtacattttattgtttcattagaaaattgtattcttcgaggttcaaacctataatccacatatttatagattagcacatatatcgaattatctatcctgcacagataatgtatgaacaaaacatcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgtcagatgattgatggcagaactatctaaattaatacgtcagaATGTCTTGTTGATGGAGGTTTA--AG---GTGGT----ATGAGAACCCAAGAAATTCAAAATA-AAAGG--A--TA---TTA-ATTTAT-GTCATAT-TT-GGCTG--ATGTAA--ATGATTTTGCGTAA-----------ACT-TTGCAAAAGCACATGTTATTGTT---ACAATA
gi|11 : tgagcCTTTAT-GATGGCTAAT--AC---TA-------TCTC--A-GT--AAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTGCT---GT--GTTTG-TTAAT-CAGCCATGTTTGTTAATCACTTTCAC--A--AA--ACAAACATCTCATATTA-AAAA-------C--ACAG----TATATAAC-CTTCTCAC
gi|12 : caACATTTTGTTGTTTTTGCACCAAAAGAAAAAAAAATCAAATTCTGCGAGATTCAAACCTATGATCCACATATCTG-AA------GGTTTACCCATATAGCGAATAAG--------
gi|13 : AAT--AAACTT-------C--TACAACT-------------TTTGCC---AT--GTTTGCT-AAT-CA---ATG--------------TCAC--A--TA--ACAAA---CTTACAAT--AAAA-------T--ATCC----TATATAAC-C-TCTTA--GG-T------TTATA------ATGTACCATTTACAGTActaccctgaatagataa
gi|14 : TG-ACATT---ATTACT---AT--GTTTGC-CAGT-CA---ATG--------------TCAT--A--GAATACAAAC-TCTTA----A-GAAA-------C--ATCCAACATATATTTG-CTTGTGACAGG-A------GTGTT------ATATACTGTTactt
gi|15 : aattaaGTATGCCAGAGCTTGAT-GATAACTGAT--AC---TA-------CCTT--AAAT--AAAGAT-------C--TACAACTCCGG-GCATT---TTT--T---AT--GTTTGC-TAAT-CA---ATG--------------TCAC--AGTAA--GCAAACGCCT--CAATA-Accttata
gi|16 : CATT---ATTACT---AT--GTTTGC-CAGT-CA---ATG--------------TCAT--A--GAATACAAAC-TCT--TAAGA-GAAA-------C--ATCCAA--CATATATG-CTTGTGACAGG-A------GTGTT------ATATACTGTT
gi|17 : C--A--GA--ACAAACTCCTCATAATA-AAAA-------C--ACCC----TATATAAC-CTTCTCACTGG-C------GTATT------ATGTTCCGTTTACGGTATT-ATTGTTGT--GTACTTTTTccttata
gi|18 : TAAT-GATGGTTGAT--AC---TA-------CTTG--AAAC--AAAGTT-------C--TACAAAGCATG-GCc
gi|19 : ATATAAG-CTTTTCACGGGGC------GTATT------ATGTACCGTTTATAGTACT-CTTGTTtccaacccccaccccccaacccccaaaaaaca
gi|2 : GGATATCTTGTTGAGGGAGG------AG---GT-------ATGAGGACCCAAGAAATTCATAATA-AAAGATCA--T----TTACATTCAT-ATAATAT-GGAGTCT---ATTTAA--TAGATTTTGCA-AA-----------ACTCTTGCAGAAG---------TTGT------ATCAAAA-------AATTCAAATTTTAATAGATTGAAACCTTTGATCCATAGATTTATAGGACCAAGATTAACTCATATATTGAATAA---------AATCAGTATG--AAAATTTAGAATAACACTGTCAGGTAATTATATGATATATTATTGAACTGC----CTTTGTGCATGTG-TTACAACGTTACAACA-----CAAGGTATGTCGCAGCATGAT-GATGGCTGAT--AA---TA-------CCGT--ACGT--AAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GCATT---TTTACC---CT--GTTCTCTTAAT-GA---GTG--------------TCAC--A--AA--TCAAACATCATGTAATA-AAAA-------C--ACCC----TGTGTAAC-CTTCTCACAGG-C------GTATT------ATGTACCATTTATGGTACT-CGTATTTT--CTGCTGTT---ATATattgacatgtacatttgtattctgt
gi|20 : TT---TTTGCC---CT--GTTTTCT------------------------------------AA--ACAAACACCTTCTAATA-AAAT-------A--ACCC----TATATAAC-CTTCTCAAGGG-T------GTATT------ATt
gi|21 : AAGTATGTCACAGATTGAT-GATTTCTGATCTACATGTA-------CGTT--AGAT--AAAGTT-------A--TACAAATCGTG-GCATT---Tta
gi|22 : taga----TATAAAAG-CTTTTCACAGG-C------ATATT------ATTTACCCTTTTTGGAACT-CTTGTTTTAACTGC-GTTTGCATAT
gi|24 : taGAATGTCTCATTGAAGAAAATTTAGAAG---GT-------ATGAGAACCCTAGAAATTAACAATA-AAAGG--A--at
gi|25 : caaatATGCCACCGCTTGAA-GATGGCTAAT--AC---TA-------TCC-----GG--AAAGTT-------C--TACAACTCCTG-GTATA---TTTtagt
gi|26 : aTATAATA-AAAA-------AGAACCC----TGTATAAC-TTCCTTACAGG-C------GTATT------CTATACTGTTTACAGTA
gi|27 : CC----TATATAAG-CTTTTCACGTG-C------GTATT------ATATACTGTTTTTGGTAC
gi|28 : ----TACATAAC-CTTACGGCAGG-C------GTATTACGTACATGTACCGTTTCTGGTat
gi|29 : -AAAA-------C--GCCC----TACA-AAG-CTTGTGACGGG-C------GTATC------ATATACCGTTT
gi|3 : agGAAATTCAAACTTAGGATCCACAGTTTTATAG------G-TTAAACCATATATTGAATAAGCTACCCTGAAT--ATATAT-AAAATTTATAAGAC------CAGGTAA----G----ATATTGCTA----AC----CTTCATTCAT-------TAAAGT-ACAAAACTTTGCGAAGTCTAGCACAGCTTAAT-GGTGGCTTAT--AC---TA-------CCTT--AAGC--AAAGTT-------C--GACAACTCCTA-GCATT---TTTAAC---AT--GGTTGC-TAAT-CA---ATG--------------TCAC--A--AA--ACGAACATCTTATAATA-AAAA-------C--GCCT----TATATGAC-CTCCTAACTGG-C------GTAT--------TGTA-CGTTGACGATCCT-----TTTT--CTG
gi|30 : tctcgctgagagaagttacatctttttaaaatatTAAG-CTTTTCACGGA-C------TTGTT------ATGTACCGATTTCGGTACT-CTTGTacatcatcttctc
gi|4 : ATACCTCGTTGAGAGAGGTTTA--AGAAGGA-------ATGGGAACTCAAGAAATTCACAATA-AAAGG-----------TACATGCAT-ATAATTTATGATTTTGTCCTGTCA--CAAATT--GCCCAACCACTTCAATCACCTTTGCAAAAGTATATTTGATTGTT---ATATTAAAA-------TATCCATATTTTGTGAGATTTAAATCTATGATTCACAAATTTAT-G------GGCTCATCCATCTATCAAATAAG--------AAT--ATACAAGAAAATTTCAAAG---A----C---CAA----ATGTTATATTGCTG----GC----CTTCCTTTAT
gi|5 : GGATGTCTTGTTGAATGAGATTTA--AG---CTTAGAGGAATGAGAACCCAATCAATTCATAATACAAAGA--AATCA---TTACATTCGT-ATAATAT-TGAG-CTG--ATATAA--TAGGTTTTGGATAA-----------ACCTTTGTAAAAGTACATTTTAATGTT---ACATTAAAA-------A--TGAAATT---CGAAATTCAAACTTATGATTAAAAGTTCTATA-------GGTTAG-TCA-----CAAATTAC--------TAG--ATATA--AATATTTCAAAG-A-A----CAGGTA--------ATATATTGCAG----TCATTTCTTTGTTCATATGATTATAAtcagatatacagctgattgatgatcatgtac
gi|6 : CTACAGGTTGAT-G--GATTTAT--TC---TATGAGAAACATTTAAAGT--AAATCT-------A--TAAAACTCATA-TCAAT---GTTGCC---AT--GTTTG-TTAAT-CA---ATA--------------TCAT--AGAAA--ACAAACACC--ATGATAGAAAA-------C--ATTC----TACATGAG-CTTATGGCAGG-C------ATATT------ATGTACCGTTTCTGGTAtaac
gi|7 : taaaggtctataaaactAGCTTGAT-GATGGCTAAT--GC---TA-------CCTT--AACTCTATACTTATTACCACAGTACGACTCCTG-GCATC---TTCGTCAATAC--GTCTGC-TAAT-CA---ATG--------------TCATAGA--AA--ACAAA-GTCCTG-AAGA-AAAT-------C--CTCT----TACA-AATGCTTGCGACAGG-C------ATACTAC----ATGTACCAATTTCTGTACT-CTTGTTGT--C
gi|8 : T--ATAGTA-------C--TTCAACTCCTG-GAATT---TTTGC----ATTTGTTTGC--AATTCA---AGA--------------CCAC--A--AA--ACAAACATCTTATAATA-AAAACAAAACCC--ACCT----TATGTAAC-ACTCTCACATT-C------GTATT------ATATACCTCTCACAACACT-CTTGTTCT--a
gi|9 : gctcgatgacggtcAAGT--------C--TATAATCCCTGCACCTTGACTTTACA---AT--GTTTGCTTA-T-CC---ATG--------------TCAC--A--AA--ACAAATA-CTTATAATA-AA---------C--ACCC----AATATAAC-CTTCTCATAGG-C------ATAGT------ATGTACCATTTACGA---T-CATGATTT--CTagtattttttatca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGTAAATTTAAAAAAAAAAAAATATGTGACTGGGTATTGTCGACTGTTCTACTTTTACTTACAAAACAAA