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consensus                     : GTA-TACTA-AG-AATA--C-TTAGC--AGAGA-T--T-GA-----GAAGA--AA-GCT--AAAGTG--------CTC-T-T-CA-GGTTTT-A-CAA-CCC-TG-TTT-GGA--ACAGAT--CGA-CT-------A-A-T-A-A---T-AA-------------CT----A-ATG-C---G-GT-C----------AC--C--AC--A--ACAA--CCTG-A---CTAT--GG----GGT-CAT---ATG-AT----GAA-AT--GA------TAAG-TAAAT-T-ATT-A-T-G-A-TG-GAA----------AT-G-TAT-ATA-TTT--GTCAA-T-G-A-TCTGTAAA--T-GAC---AA-CA--AT-GC-TACT-TTT---GATTTT-A-TT--AAA--AA-TGG-CA-CCCACAAAA-ACTCC--AC-T-TG-TTAAAAA-A-CA----------AA----A--ATAA----A-A-AT-C-TC-AC-AC-T-TGCA--ATCCA-G-T--GGA-T----A-GGG-C-T-A-A-GATA-CA--T-----A-T-A--CCTG-TG-G--T-AC-A---CATG--TA-CA-----C--AA--------AGCG-A--TAA-TTTA-CT-A--CAC--ACAAC-CG--ACTGG---T--GCA-CC-C-TC--T-TGGT-G-T-T-AT---CT-CAGTT-TCA-CTAG-AG-CGTAA-AA-T-A----T-CACCAG--GAA-------TTTT--C--ACAC----CGTTAAGG-TT-T-AA-TTG---ATTAT---------------------C---A-G-GAC-T--TC-----GGGG--A-TAAC-TT-T---ACT-----G-AT-TTTA-G-T-A-TC---ATT-TCT--AC--AG-GAGTCCA-AG-A-CG-CG-GTTC-G----C------------C--GG--A--C-----TC--------------GT-CATA-TC-A-GA-C-ATCC--TTG-----CGTCAACAAA----TT--AC-A-T--GA---T-A-CCATC-AA-CA---TG--A-TT---A--TAAA---AAAAATTC--T-A-T--A-G-TTTT---A-AA-T-A-A-A-TG-GA-CTTT---C-A--A--TCG--T-TC-G--ACGA----A--T-AAT-TGC--TG-AAAAA----------TG-TA-TA--TC-CG-TA--TTTGC--AAAAAGTAAA--CA---G----G--A--TGAGCT-C--G---G---AA-A--A-----CT---TC-A-T-AA--TT-------G-AC-----------TTA---C--CGA--AA---T--ACGAA--TTGA-TC-T--A-----GT--GT-CA-TA----TG---CAG-A-G-G---TGA--AAA-C-ATTC---T-----A-G-----------T-AC--CAACTCTTT--G-CT-G-TCCGC-TGGCC-C-TT-T--TGT-AAC-GCA---TTT--A-TC-TGC-TT--CAG-C-CG-T-GA---TTT---TT-T-GA-CAAAT-T--T--CCCTTC----------AT-GTC--TCG-TA-CC---------GC-AC--GTTG----T--TTGTTNT--GCTT-C-AA-------TA-C-TTC-A-CCG-G-----T-T-ATTTC-T-CT-C-G-CAAT-GTAAAA-AGT-TAC-A-----C---CAATAAC------GT-TAG-AATCC--GGTTTCCGG--TTTGG--C-GCG-AG---T-A-GT-CCCCTACTTT
Reference ( gi|8 )            : GTA-TACTA-AG-AATA--C-TTAGC-CAGAGA-T--T-GA-----GAAGA--AA-GCT--AAAGTG--------CTC-T-T-CA-AGTTTT-A-CAA-CCC-TG-TTTTGGA--ACAGAT--CGA-CT-------A-A-T-A-A---T-AA-------------CT----A-ATG-C---G-GT-C----------AC--C--A---A--ACAA--CCT--A---CTAT--GG----GGT-CAT---ATG-AT----GAA-AT--GA-A----TAAG-TAAAT-T-ATT-A-T-G-A-TG-GAA----------AT-G-TAT-ATA-TTT--GTCAA-T-G-A-TCTGTAAA--T-GAC---AA-CA--AT-GC-TACT-TTT---GATTTTGA-TT--AAA--A--TGG-CA-CCCACAAAA-ACTCC--AC-T-TG-TTAAAAACA-CA----------AA----A--ATAA----A-A-AT-C-TC-AC-AC-T-TGCATTATTC--G-T--GGA-T----A-GGG-C-T-A-A-GATA-CA--T-----A-T-A--CCTG-TG-G--T-AC-A---CATG--TA-CA-----C--AA--------AGC--A--TAA-TTTA-CT-A--CAC--ACAACGCG--ACTGG---T--GCA-CC-C-TC--T-TGGT-G-T-T-AT---CT-CAGTT-TCA-CTAG-AGGCGTAA-AA-T-A----T-CACCAG--GAA-------TTTT--C--ACAC----CGTTAAGG-TT-T-AA-TTG---ATTAT---------------------C---A-G-GAC-T--TC-----GGGG--A-TAAC-TT-T---ACT-----G-AT-TTTA-G-T-A-TC---ATT-TCT--AC--AG-GAGTCCA-AG-A-CG-CG-GTTC-G----C------------C--GG--A--C-----TC--------------GT-CATA-TC-A-GA-C-ATCC--TTG-----CGTCAACAAA----T---AC-A-T--GA---T-A-TCATC-AA-CA---TG--A-TT---A--TAAA---AAAAATTC--T-A-T--A-G-TTTT---A-AA-T-A-A-A-TG-GA-CTTT---C-A--A--TCG--T-TC-G--ACGA----A--T-AAT-TGC--TG-AAAAA----------TG-TA-TA--TC-CG-TA--TTTGC--AAAAAGT-AA--CA---G----G--A--TGAGCT-C--G---G---AA-A--A-----CT---TC-A-T-AA--TT-------G-AC-----------TTA---C--CGA--AA---T--ACGAA--TTGA-TC-T--A-----GT--GT-CA-TA----TG---CAG-A-G-G---TGA--AAA-C-ATTC---T-----A-G-----------T-AC--CAACTCTTT--G-CT-G-TCCGC-TGGCC-C-TT-T--TGT-AAC-GC----TTT--A-TC-TGC-TT--CAG-C-CG-T-GA---TTT---TT-T-GA-CAAA--T--T--CCCTTC----------AT-GTC--TCG-TA-CC---------GC-AC--GTTGT---T--TTGTTTG--GCTT-C-AA-------TA-C-TTC-A-CCG-G-----T-T-ATTTC-T-CT-C-G-CAAT-GTAAAA-AGT-TAC-A-----C---CAATAAC------GT-TAG-AATCC--GGTTTCCGG--TTTGG--C-GCG-AG---T-A-GT-CCCCTACTTT
gi|9                          : GTA-TACTA-AG-AATA--C-TTAGC--AGAGT-A--T-GA-----GAAGA--AA-GCT--AAAGTG--------CTC-T-T-CA-G--TTT-A--AA-CCC-TG-TTT-GGA--ACAGAT--CGA-C--------A-A-T-A-A---T-AA-------------CT----ATATG-C---G-GT-C----------AC--C--AC--A--ACAA--CCTG-A---CTAT--GG----GGT-CAT---ATG-AT----GAA-AT--GA------TAAG-TAAAT-TCATT-A-T-G-A-TG-GAA-----------T-G-TAT-ATA-TTT--GTCAA-T-G-A-TCTGTAAA--T-GAC---AA-AC--AT-GC-TACT-TTTT--GATTTT-A-TT--AAA--AAATGG--A-CC-ACAAA---CTCC--AC-T-TG-TTAAAAA-A-CA----------AA----A--ATAA----A-A-AT-C-TC-AC-AC-T-TGCA--ATTCA-G-T--GGA-T----A-GGG-C-C-A-A-GATA-CA--TT----A-T-A--CCTG-TG-G--T-AC-A---CATG--TA-CA-----C--AA--------AGG--C--GAA-TTTA-CT-A--CAC--A--AC-CG--ACTGG---TTTGCA-CC-C-TC--T-TGGT-G-T-T-AT---CT-CAGTT--CA-CTAG-AG-CGTAA-AA-TGA----T-CACCAG--GAA-------TTTT--C--ACACA---CGTTAAGG-TT-T-AAATTG---AT-AT---------------------C---A-G-GAC-T--TC-----GGGG--A-TAA--TT-T---ACT-----G--T-TTTA-G-T-A-TC---ATT-TCT--AC--AG--AGTCCA-AG-A-CG-CG--TTC-G----C------------C--GG--GACC-----TC--------------GT-CATA-TC-A-GA-C-ATCC--TTG-----CGTCA-CAAA----TTTAAC-A-TC-GA---T-A-CCATC-AA-CAA--TGT-A-TT---AA-TAAA---AAACATTC--T-A-T--A-G-TTTTC--A-AA-T-A-A-A-TG-GAGCTTT---C----A--TCG--T-TC-G--ACGA----A--T-AAT-TGC--TG-AAAAA----------TG-TA-TA--TC-CG-TAT-TTTGC--AAAAAGTAAA--CA---G----G--A--TGAGCT-C--G---G---GA-A--A-----CT---TCAA-T-AA--TT-------G-AC-----------TTA---C--CG---AA---T--ACGAA---TGA--C-T--A------T--GT-CA-TA----TG---CAG-A-G-G---TGA--AAA-C-A-TC---T-----A-G-----------T-AC--CAACTCTTT--G-CT-G-TTCGC-TGGCC-C-TT-T--TGTAAAC-GCA---TTT--A-TC-TGC-TT--CAG-C-CG-T-G----TTT---TT-T-GA-CAAAT-T--T--CCCTTC----------AT-GTC--TCA-TA-CC---------GC-AC--GTTG----T--TTGTTTGT-GCTT-C-AA-------T--C-TTC-A-CCG-G-----T-T-ATTTC-T-CT-C-GCCAAT-GT-AAA-AGT-TAC-A-----C---CAATAAC------GT-ACG-AAT-C--GGTTTC--G--TTTGG--C-GCG-AG---T-A-GT-CCCCTACTTT
gi|1                          : GTAGTACTA-GC-AATA--C-TTAAC--AGAGA-T--T-GACGAGCAAAAG--AA-GCT--AAA-TG--------CTCATGT-CA--GTTTT-AACAA-CCG-TG-TTTTGGA--ACAGAT---GA-CT-------A-A-T-A-A---T-AA-------------C-----A-ATG-TTCGG-GT-C----------AC--CTCA---A--ACAA--CCTG-A---CTAT--GG----GTA-CGT---ATG--T----GAATATT-GA-T----TAAGATAAAT-T-ATT-A-T-G-A-TGTGAA----------GT---TAT-GTA-CTTCTATCAA-T-GTA-TCTGTAAA----GAC---AAACA--AT-GCCTATT-TTT------TTT-A-TT--AAA--AA-TGG-CAGCCCACAAAGGACACC--ACAT-TG-TTAAAAAAAACA----------AA----A--ATAAGTAAA-ATAT-CATC-AC-AC-T-TGCA--ATCA--G----GGA-TGATTA-TGG-CGT-ACA-GATA-CA--T-----A-T-ATACCTG-TG-GCGT-AC-AAAGCATG--TA-CA-----C--AAGGAGCCGAAGT--G--TAA-ATCA-TT-AACTAC--ACAAC-CG--ACTGAAGAT--GCA-CA-CGTC--TCTGGT-GATGT-AT---CT-CAGTT-GCAGCTAG-AGCAGTAA-AA-T-AACTCTACACCAGCCGAA-------TTTCTCC--CCAT----CTTTAAGA-CTCT-TA-TGA---ATCAG---------------------CGCGA-G-GGC-T--TC-----GAGGGCA-AAAC-TT-T---ACTC----GCAT-TCT--G-TGA-TCT--ATT-CGTG-ACCAAGAGAGTCCACAG-AACG-CTTGTTT-G----CGCAAGAGGGCAGC--GG--G--CATCAATCA-------------GT-CATA-TC-A-GA-C-ATCC--TTGG----CGTCAGCAAAAA--T---AC-AGT--GAGTGT-A-ACAAT-AA-CGACTCG--AATT---A--TCAAGAGAAAAATTC--T-A-TTAATG-CTTTTAAA-AA-T-A-A-A-TG-G--CTTC---C-A-----TCA--TATC-GGAACGA----A--GGAATCTGCC-TG-AAAGACAGAGGAGTTTC-TACTAG-TC-TG-TAA-TTTGC--AAAAAGG-AA--CACAGG----A--A--TG-GC--C--GAGGG---AA-AGAA-----CT---TC-AAT-AA--ATCATGGGGG-ACCGGGGCCAACTTTA---CGCCGA--AC---TCAACGAACATTTA-TC-TGGA-----GT--GTGCA-CT----CG---CAG-AAG-G---TGAAAAAA-C-AGTC---TGCTGAA-GGGAAATACGTAC-AC--CAACTCTTTTGA-CTGG-TCCGC-TCGCCGCGTT-TAGTGT-AAG-GCCATATTT--A-TC-TGCGTTTGCAG-C-CGTT-GA---TTT---TTAT-GA-CAAA--TTAT--CCCCTCTTTCGATTGGAT-ATC--ACC-TAGCC---------AG-ACCAGTTG----T--TTGTTTGCAACTA-C-AAACATCCGTA-C-TTC-A-CCG-GCTTACT-T-GCTTC-TCCT-C-A-CAAT--TAAAA-AGGATAC-A-----CT--CAATAACAGAGTGGT-AAGTAATCC--GTTATACGG--TGTGGCAC-GTG-AG---TCG-GT-CCACT
gi|4                          :  TA-TACTA-AGTAATA--C-TTAGC--AGAGAAT--T-GA-----AAAGA--AA-GCT--AAAG-G--------CT--T-T-CA-GTCTTT-A-CAA-CCC-TG-TTT--GA--ACAGAT--CGA-CTT------A-A-T-A-A---T-AA-------------CT----T-AAG-C---G-GT-C----------AC--C--AC--A--ACAA--CCTG-A---CTATT-GG----GGT-CAT---ATG-AT----GAA-AT--GA------TAAG-TAAAT-T-ATT-A-T-G-ACTG-GAA----------TT-G-TAT--TA-TT---GT--A-T-G-A-TCTGTAAA--TTGAA---AA-CA---T-GC--ACT-TTT---GATTTTTA-TTTAAAA--A--TCA-C--CCCACAAAA--CTCC--AC-TGTT-TTAAAAACA--G----------AC----A--ATAA----A-A-AT-C-TC-ACCAC-T-TGCA--ATTCAAG-T--GGA-T----A-GGGGC-T-A-ATGATA-CA--T-----A-T-A--CCTG-TG-G----AC-A---CATGCATA-CA-----C--AA--------AGC--GATTAA-TTTA-CTTA--CA---ACAAC-CGGAACTGG---T--GCA-CCTC-TC--T---GT---T-T-AT---CT-CAGTCATCA-CTAG-AG-CGTAATAA-T-A----T-T--CAG--GAA-------TTTT--C--ACAC----GGTTAAGG-TT-T-AA-GTG---AT-AT---------------------C---A-G-ACT-T--TC-----GGCG--A-TAAC-TT-----ACT-----G-AT-TTTA-G-T-A-TC---ATT-TCT--AC--AG-GAGT-CA-AG-A-CG-CG-TTTC-G----C------------G--GG--A--C-----TC--------------GT--ATA-TC-A-GA-C-ATCC--TTG-----CGC--ACAAAT---T---AC-A-TTCGA---TCATTCATC--A-CA---TG--A-TT---A---ATC---AAAAATTC--T---T--A-G-TTTT---A-AA-T-A-A-A-TG-GA-CTTTTTCC-A--A--TCGT-T-TC-G--ACGA----A--T-AAT-TGC--TG-AAAAA----------TGTTA-TA--TC-CG-TA----TGC--AAAAATA-AA--CA---G----G--A--TGAATT-CTGG---G---AATA--ATC---CTTTCTC-A-T-AATTTT-------A-TT-----------TTA---T--AGT--AACCTT--TTTTA--TTGA-TC-T--AT----GT---T-CATTA----TG---CAG-A-G-GTTTTGA--TAC-CTACTCATAT-----A-G-----------T-AC--CAACTCTTT--GACTGG-TCCGC-TGCGC-C-TT-T--TGT-AAC-CCA---GTT--A-T--TGC-CT--CAG-C-CG-T-TA---TTG---TT-T-GACCAAAT-T--T--CCCTTC----------AT-GTC--TCG-TA-CC---------GC-AC--GTTTG---T--TTGTGT---GCTT-C-AT-------TA-C-TTC-ATCCGTG-----T-T-ATTTCTT-CT-C-GCCAATAGTGAAATAGT-TAC-A-----C---CAATAAC------GTATAG-AATCC--GTTTTCCGG---TTGG--C-GCGCAG---T-A-GT-CCCCT-CTTTt
gi|3                          :  TA-TACTACAG-AA-A--C-TT-GCACATAGA-T--T-GA-----GAAGA--AA-CCT--AAAGTG--------CTC-T-T-C--GGTTTT-A-CA---CC-TG--TTTGGA--ACA-AT---GA-CT-------ATA-T-A-A---TAAA-------------CT----A-ATG-C---G-GT-C----------AA--C--AC--A--ACAAC-CCT--G---C-AT--GG----GGTCCAT---ATG-AT----GAA-A---GA-T----AAAG-TAACA-T-ATT-A-T-G-A-TG-GGC----------ATGG-TATAATA--TT--GTCAACT-G-ATTCTGTAAA--TAGACA--AA-CA--AT-GC-TACT-TTT---GATTTT-A-TT--AAAAGA--TGG-CC-CCC---AAA-ACTCCCGAC-T-TG-TTAAAAA-A-CA----------AACACCA--AT-A----A-A-AT-C-TC-AC-AT-TCTGCA--ATTCA-G-T--GGA-T----A-GGG-C-T-A-A-GATACCATTT-----A-T-A---CTG-TG-G--T-AC-A---ATTA--CA-TA-----C--AA--------ATCG-A--TAT-TTTA-CT-----AC--ACAAC-CG--ACTGG---T---C-------------------------T---CT-CAG-T-TCA-CTAC-GAGCG-AA-AA-T-A----T-CACCTG--GAA-------TTTT--C--ACACAACGCATTAAGG-TT-TAAA-TTGTGCA-TAT---------------------C---A-GCGAC-TAGTC-----GGGG--G-TAAC-TT-TG--ACT-----G-A--TTTA-GTT-A-TC---ATTCTCT--AC--AG-GAGTCC--AG-A-CG-C--GTTCGG----C------------CG-GG--A--C-----CC--------------GT-CATA-TCAA-GA-C-ATCCTTTTG-----CGTC-ACAAAT---T---AC-A-T--GA---T---CCATCGAA-CA---TG--A-TTA--A--TAAA---ATAATTTC--A-ACT--A-GTTTTT---ACAA-TCACA-A-TGCGA-CTTT---C-ATCA--TCG----TC-GC-ATGAACCGA--T-TAT-TGC--TGAAAAAA----------TG-TA-CATCTC-TG-TA--TCTGC---AAAAGT-AAACCA---GCTGCA--G--TGAGCT-TCGG---G---AA-A--A-----CT---TCAA-T-AA--TT-------GCACT----------TTA---C--CG---AA---C--A-GAA---TGA-TC-T--A-----CT--GT-C--TA----TAACTCAG-A-GCG---TGA--AAA-C-A-TC---T-----AGG-----------TGACCACAACTCTTT--GCCT-G-TCC-C-TGG-C-C-TT-T--TGT-AACTGCA---TTTCAA-TG-TGC-TT--CGGAC-CG-T-GA---TTT---CT-T-GA-CAAATTT--T--CCCTTC----------AT-GTC--TCATTA-CCCCTG-----GC-AC--GTTGT---TTGTTGTTC----TTT-C-AA-------TA-C-TTC-A-CCG-G-----T-T-ATTTC-T-CT-C-A-CAAT-GT--AA-AGT-TAC-AAATATCACGCAATAAC------ACGTAG--ATCT--CGTTTCCGG--TTTGG--C-GCG--G---TAA-GTCCCCCTACTTT
gi|2                          :  TA-TACTA-A--AATGACC-TTAGC-CAGAGA-T----GA-----GAAAACAAA-GCT--AAAGTG--------CTC-T-T-CA-GTTTTC-A-CAA-CCC-TG-TTT-GGACCACAGATATCGAACTTGGTGTCA-A-TTATA---T-AA-------------CTTTTAA-ATG-C---GTGTTC----------ACT-C--AC--A--ACAATACCT--GG--CT----GGTATTGGT-CAT----TG-TTTTTTGAA-AT--GA------TAAG-TAGAT-TTATT-A-TTG-A-TGTGGA----------AT-GATAT-ATA-TTT--GTCAA-T-G-A-TCTGTAAA--T-GAC---AA-CACCAT--C-TACT-TT----GATTTTAA-T--------A--TG--CA-CC-ACAAAA---TCC--AC-T-TG-TAAAAAACA-TA----------AA----ATTACAA----A-A-AT-C-T--AC-ACAT-TGCAT--------------A-T----A-GG--C-TGA-A-TCTG-CA--TCGGGAA-TTA--CCTG-T-----T-AC-A---CA-G--TATCA-----CC-AA--------AGCG-A--TAA-TC-A-CT-A--CAC--A--AC-CG--ACTGG---T--GCT-CC-C-TC--T-TGG--G-T-A-AT---CTTCAGTC--CA-ATAA---GCGTAA-AA-T-A----T-CACCAG--GAA---------TT--C--ACA------GTTAA-G-TT-T-AA-TTG---A-TAT---------------------C---A-
gi|7                          :  tA-TACTA-AGGAATA--CCTTAGG-CAGAGAAT--T-GA-----GAAGA--A--GCT--AAGGTT--------CT--T-T-CA-AGTTTT-A-CAA-CCC-TGGTTTTGAA--ACAG-T--CGA-CT-------A-A-T-A-AA--T-AA-------------CT----A-AAG-C---G--T-C----------AC--C--ACACA--ACAA--CTTTGA---CTA---GG----GGT-CAT---A---AT----GAA-AT--GA-AATGATAAG-TAAAT-T-ATT-A-T-G-A--G-GAA----------GT-A-TAT--TA-TTT--GTCAA-TTG-A-TCTGTAAA--T-GAC---AAACA--AT-GC-TACT-TT----GATTTT-A-TT--AAA--AA-TGGGCA-CCCACAAAA-CTCCC--AC-T-TGGTTAAAAA------------------------ACAA----A-A-AT-C-TC-AC-AC-T-TGCA--AT-CAAG-T--GGAAT----A-GGG-C-T-A-AAGATA-CAATT-----A-T-A--C-TG-TG-G--TTACCA---CATG--TA-CATA---C--GA--------AGCG-A--TAA-TTTATCT-A--CAT--A--AC-CG--ACTGG---TT-GCAACC-C-TC--T-TGGT---T-T-AT---CT-CAGTT-TCA-CTAA-GAGCGTAA-A--T-A----T-CACCAG--GAA-------TTTT--C--A-AC-----GTTAAGGTTT-T-AA-TTG---A-TAT---------------------C---A-G-GAC-T--TC-----GGGG--A-TAAC-TTCT---ACT-----G-AT-TTTA-G-T-A-TCAATATT-TCT--AC--AG-GATCCCAGAA-A-CG-C--GTTC-G----CT-----------C--GGGAA--C-----TC--------------GT-CATA-TC-A-GA-CAATCC--TTG-----CGTCAACAAA----TTA-AC-A----GA---T-A-CCATC-AA-CA---TG--A-TA---A--T--A---AAAAATTC--T-A-T--A-G-TTTTA--A-AA-T-A-A-A-TG-G--CTTC--------A--TCG--T-TC-G--ACGA----A--TAAAT-TGC--TG-AAAA------------------------CA-------TGC--AAAAAGTAAA--CA---G----G--A--TGAGCC-G--G---G---AA-A--A-----CT---TC-A-TAAA--TT-------G-AC-----------TTA---C--CG---AA---T--AC--A--GTGAGTC-T--A------T--GT-CA-TA----TG---CAGAA-G-G---TGA--AAA-C-A-TC---T-----A-G-----------T-AC--CAACTC-TT--G-CG-T-TCCGC-TGGCC-C-TT-T--TGT-AAC-CA----TTTA-A-TC-TGC-TT--CAGAG-GG-T-GAT--TTT---TT-T-GA-CAAATTT--T--CCCTTC----------AT-GTC--TCA-TA-CC---------GC-A---GTTG----T--TTGTTGT--GCTT-CAAA-------TATC-TTCAA-CCG-G-----T-TAATTTC-TACT-CGG-CAAT-GTAAAA-G---TACAA-----C---CAATAAC------GT-TAG-AATCC--GGTTTCCGG--TTGGC--C-GCG-AG---T-AGGT-CCCCTACTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtggagatgtgagtattctattttttctacgttaggtattctagatgacttcgtttcgctcttttatttcttgttcgatgtttctgagtgttgattcttgttgaccgtcacaaattacaatgatatcatcaacatgtaattaaataaaaaaatttccttatatttaaagtaaagactttcactcgttcgacgaataattgctcgaactcgaatatccgatatttgcaaaagtaaacagatgactacgggaaactccataatgacttacccgaatacgacatgatcatatgtcattatgcagagtgagaaaaccattcagtaccaacatcttgctgttccgctcccttttgtaaacgcatttatcttgcattcaggcgtccatattgacaaatttcccttcatggtttcatatccagcaacgtgttagttgtgcttccaatacattcacagcgtgatttcatctccgcaatgtaattacaccaataacgttaaatcccaggtttccgatttggtgcgatagtcccctactt
gi|10                         :      ACTA-AG-AATA--C-TAAGC--AGAGA-T--T-GA-----GAAGA--A--GCT--AAAGTG--------CTC-T-T-CA--GTTTT-A-CAA-CCC-TG-TTT-GGA--ACAGAT--CGA-CT-------A-A-T-A-A---T-AA-------------CT----A-ATG-C---G-GTTC----------AC--C--A---ACAACAA--CCTG-A---CTAT--GG----GGT-CAT---ATG-AT----GAA-AT--GA------TAAG-TAAAT-T-ATT-A-T-G-A-TG-GAA-----------T-G-TAT-ATA-TTT--GTCAA-T-G-A-TCTGTAAA--T-GAC---AAACA--AT-GC-TACT-TTT---GATTTT-A-TT--AAA--AA-TGG-CA-CCCACAAAA-A-TCC--AC-T-TG-TTAAAAA----------------A----T--ATAA----A-A-A--C-TC-AC-AC-T-TGCA--ATCA--G-T--GGA-T----A-GGG-C-T-A-A-GATA-CA--TT----A-T-A--CCTG-TG-G--T-AC-A---CATG--TA-CA-----C--AA--------AGCG-A--TAA-TTTA-CT-A--CAC--A--AC-CG--ACTGG---T--GCA-CC-C-TC--T-TGGT-G-T-T-AT---CT-CAGTT--CA-CTAG-AG-CGTAA-A--T-A----T-CACCAG--GAA-------TTT---C--ACAC----GTTTAAGG-TT-T-AA-TTG---AT-AT---------------------CT--A-G-GAC-T--TC-----GGG---A-TAACCTT-T---ACT-----G-AT-TTTA-G-T-AATC---ATT-TCTTCAC--AG-GAGTCCA-AGGA-CG-CG--TTC-G----C------------C--GG--G--A-----CC--------------GT--ATAATC-A-GA-C--TCC--TTG-----CGTCA-CAAA----TT--AC---T--GA---T-A-TCATC-AA-CA---TG--A-TTCACA--TAAA---AAAAATTC--T-A-T--A-G-TTTT---A-AA-T-A-A-A-TG--A-CTTT---C-A-----TCG--T-TC-G--ACGA----A--T-AAT-TGC--TG-AAAAA----------TG-TT-T-------G-TA--TTTGC--AAAAAGT-AA--CA---G----G--A--TGAGCT-C--G---GG--AA-A--A-----CT---T--A-T-AA--TT-------G-CC-----------TTA---C----G--AA---T--ACGAA--T-GA-TC-T--A------T--GT-CAATA----TG---CAG-A-G-G---TGA--AAA-C-AT-C---T-----A-G-----------T-AC--CAACTCTTT--G-CT-G-TC-GC-TGGCC-C--T-T--TGT-AAC-GCA---TTT--A-TC-TGC-TT--CAG-C-CG-T-GA---TTT---TT-T-GA-CAAA--T--T--TCCCTC----------AT-GTC--TCA-TA-CC---------GC-AC--GTTG----T--TTGTTGT--GCTT-C-AA-------TA-C-TTC-A-CCG-G-----T-T-ATTTC-T-CT-C-G--AAT-GT-AAA-AGT-TACAA-----C---CAATAAC------GT-TAG-AATCC--GGTTTCC-G--TTTGG--C-GCGAAG---T-A-GT-CCCC
gi|5                          :      ACTA-AG-AA----C-TTAGC--AG-GA-T--T-GAC----GAAGA--AA-GCT--AAAGTG--------CTC-T-TTCATAGTTTTTA-CAA-CCC-TG-TT---GA--ACAGAT--CGA-CT-------A-A-T-A-A---T-AA-------------CC----A-ATG-C---G-GTTC----------AC--C--AC--A--ACAA--CCT--GAC-CTCT--GG----GGT-CATCCTATGCAT----GGA-ATATGATA----CGAG-TAAAT-TTATTTA-T-G-A-TG-GAA-----------T-G-TAT-ATA-TTT--GTCAA-T-G-A-TCTGTAAAAAT-GA----AA-CA--AT-GC-TACT-TTTTTTGATTTT-A-TT--AAA--AAATGG-CA-CCCACAAAA--CTCC--AC-T-TG-TTAAAAA-A-CA----------CA----A--ATAA----A-A-AT-C-TC-ACCAC-T-TGCA--ATTCA-G-T--GGA-T----A-GGGGC-T-A-A-GATAACA--TT----A-T-A--CCTG-TG-G--T-AC-A---CATG--TA-CA-----C--AA--------AGCG-A--TAT-CTTA-CT-A--CAC--A--AC-CG--ACTGG---T--GCA-CC-C-TC--T-TGGT-G-T-TTAT---CTTCAGTT--CA-CT-G-AG-CGTAA-AA-T-A----T--ACCAG--GAA-------TTTT--C--ACAC-----GTTAAGG-TT-T-AA-TTG---AT-AT---------------------C---AAG-GAC-T--TC-----GGGA--AATAAC-TT-T---ACT-----G-ATCTTTATG-T-A-TC---ATTGTCT--AC--AG-GAG-CCA-AG-AACG-CG--TTC-GGTCAC------------A--GG--A--C-----TC--------------GTTCATA-TC-A-GAAC-ATCC--TTG-----CGTTA-CAAA----TT--AC-AAT--GA---TTA-TCATC-AA-CA---TG--A-TT---A--TAAA---AAAAATTC--T-A-T--A-GTTTTT---A-AA-T-A-A-A-TG-GA-CTTT---T-C--ATTTCG----TC-G--ACGA----AT-T-AAT-TGC--TG-AAAAA----------TG-TA-TA--TC-CG-TA--TTTGC---AAAAGTAAA--CA---GA---G--A--TGAGCT-G--G---G---AA-A--A-----CT---TC-ATT-AA--TT-------G-AC-----------TTA---C--CG---AA---T--ACGAA---TGA-TC-T--T-----AT--GT-CA-TA----TG---CAG-A-G-G---TGA--AAA---ATCT---A-----A-G-----------T-AC--CAACTCTTT--G-CT-T-TCCGC--GGCT-C-CT-T--TGT-AAC-GC----TTT--A-TC-TGC-TT--CAG-CGCG-T-GATTTTTT---TT-T-GA-CAAA--T--TTCCCTTTC----------AT-GTCTTTCG-TA-CCG--------GC-AC--GTTACATGT--TTGTTGT--GCTT-C--A-------TA-C-TTC-A--CG-G-----TGT-ATTTC-T-TT-C-G-CAAT-GTAAAG-----TAC-------C---CAATAAC------GTGTAG-AA--C--GTGTTCCGG--TTTGG--C-GCG-AG---T-A-GT-CCCCTA
gi|6                          :     gttaA-AG-AATA--CATTAGC-AAGAGA-TATT-GA-----GAAGA--AA-GCA--AAAGTG--------CTC-T-T-CA--GTTTT-A-CAAACCC-TG-TTT--GA--ACAGAT--CGA-CTTA-----A-A-T-A-A---T-AA-------------CT----A-ATG-C---G-GT-C----------ACCAC--A---A--ACAA--CTG--A---CTAT---C----GGT-CAT---TTG--T----GAA-AT--G--A----TAAG-TAAAT-T-TTT-ATT-GCA-TG-G-A----------AT-G--AT-ATA-TTG--GTCAA-T-G-A--CTGTAAA--TGGACAAAAA-CA--AT-GCATACT-TTT---GATTTTTA-TT--AAA--A--AGG-CA-CCCAC-AAA-ACTCCA-AC-T-TG-TTAAAA--A-CA----------AA----A--ATAA----A-A-ATCC-TC-AC-AC-T-TGCA--ATCA--G-T--GGA-T----AGGGG-C-T-A-A--ATA-CA--T-----A-T-A--CCTG-TGCG--T-AC-A---CATG--TA-CA-----CCAAA--------AGCG-A--TAATTTTA-CT-----AC--ACAAC-CG--ACTGA---T--GCA-CC-C-TC--T-TGGT-G-T-T-AT---CT-CAGCT-TCA--TAG-A--CGTAA-AAGT-A----T-CACCA---GAA-------TTTT--CTAACAC----AGTTAAGG-TT-T-AA-TTG---A-TAT---------------------C---A-G-GAC-T--TC-----GGGG--A-TAAC-TT-T---ACT-----G-AT-TTTA-G-T-A-TC---ATT---T--AC--AG-GAGTCCA-AG-A-CG-CA-GTTC-G----C------------CG-GG--A--C-----TC--------------GT-CATA-TC-AGGA-C-ATCC--TTG------GTC-ACAAAT---T---AC-A-T--GA---T-A-TCATC-AA-CA---T---A-TT---A--ATAA---AAAAATTC--T-A-T--A-G-TTTTTA-A-AA-T-A-A-A-TG-GA--TTT---C----A--TCGGTT-TC-G--ACGA----A--T-AAT-TGCTTTG--AAAA----------TG-T--TA--TC-CG-TA--TTTGCCAAAAAAGTAAA--CA---G----G--ATTTGAGCT-C--G---GTGAAA-A--A-----CT---TC-A-T-AA--TTG------G-AC-----------TTATACC--CGA--AT---T--ACGAA---TGA-TC-T--A------T--GT-CA-TA-----G---CAG-A-G-G---TGA--AAA-C-AT-----T-----A-GT----------T-AC--CAACTCTTT--G-CT-G-T-CGC-TGGCC-C-TT-T--TGT-AAC-GCA---TTT--A-TC-TGC-TT--CAG-C-CG-T-GA---TTT---TT-TGGA-CAAAT-T--T--CCCTTC----------AT-GTC--TCG-TA-CCG--------GC-AC--GTTG-------TTGTTTGT-GCTT-C-AA-------TA-C-TTC-A-CCG---------T-ATTTC-T-CT---G-CAAT-GT-AAA-AGT-TAC-A-----C-----ATAAC------GTGTAG-AATCC--GGTTTCCGGCTTTTGG--CAGCG-AGTTTT-A-GC-CCCTTACTTT
gi|15                         :                    c-TTAGC--AGAGA-T--TTGA-----GAAGA--AAAGCTTCAAAATATGACTTGCCTG-T-T-----GTTTT-A-CAA-CCCCTG-CTTTGGA--ACAGAT--TCA-CT-------A-A-T-A-ATAAT-AAGAATAGGCAAGTTTT----A-A-G-CA--G-GT-CTCGCTTGAAAAA--C--AC--A--GCAA--CCT--AGTACTATTAGG----GGT-CAT---ATG-AT----GAA-AT--G--A----TAGG-TAAATAT-ATT-A-T-G-A-TG-GGA----------t
gi|11                         :                                                                                 tgttataactaagtccattgCC-TG-TTT-GGA--ACAGAT--CGA-CTT------A-ACT-A-C---T-AA-------------CT----C-ATGGC---G-GT-C----------AC--C--AC--A--ACAA--CCTG-A---CCAT--GG----G-T-CAT----TG-GT----GAATAT--GA------TAAA-TAAAT-T-ATT-A-T-G-A-TG-GAATACTACATGTAT-G-TAT-ATAATTT--GTCAA-T-G-A-TCCGTAAA--T-GATTA-AA-CA--ATCGC-TACTCTTT---GATTTTTACTT--AAA--A--TGG-CA-CTAA-GAAA-AC-CC--AT-T-TG-TTAAAAAAA-AATAATATAAATAA----A--ATAA----ATA-AT-C-TCCAC-AC-T-TGCA--ATTC--GGT--GGA-T----G-AGG-CAT-A-A-GATA-CC--T-----A-T-T--CCTG-TG-G--T-AC-A---CATG--TA-CA-----C--AA--------ACG--A--TAA-TTTA----A--CAGTAACAAC-CG--ACTG----T--GCA-CC-C-CTGAT-TGGTTA-T-T-AT---C--CAGTT--CA-CTAG-AG-CGTAC-A--T-A----T-CACCTG--GAA-------CTTT--A--A-AT----T-TT-----TT-T-AA-TTG---AT-AT---------------------CCC-A-G-GACCT--TC-----GGGGA-A-TAAC--T-T---ACT-----G---------------------TC-TGT--AT--AG-AGGTCCA-AG-A-TG-C--GTTC-G----C----------------G--A--T-----TCGGGGGGGGGGCGGGGT-CATA-TCAA-GA-C-ATCC---TG-----CGTC-ACAAATCATT---ACAA-T--GA---T-A-CTATC-AACCA---TG--A-TT--------AA---TATAATT---T-A-TA-A-G-TTTTAA-A-AA-T-A-ATATTG-GA-CTTT---CAA--A--TCGT-T-TC-G--ACGA----ACTT-AAT-TGC--TC-GAAAA----------TGTTA-TA--TCTTGCTA--TTTGC--AAAgatatgatctt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    a----------AA----A--ATAA----A-A-ATAC-TC-AC-AC-T-TGCAT--TCC--A-TAAAGA-T----A-GGG-C-T-A-A-GATA-CAGTT-----AGT-A--CCTGTTG-G--T-AC-A---CATG--TA-CAGCAACC--AA--------AGCCGA--TAA-TTcgtaaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acA-----C--AA--------ACCG-A--TAA-TT--------------ACAAC-CG--ACTGG---T--GCA-CC-C-TC--T-TTGT-G-T-T-ATTATCT-CAGTT-T-A-CTAG-AG-CGTAA-CA-T-A----T-CACCTG--GAA-------TTTT--A--A-AT------TT-----TT-T-AA-TTG---AT-AT---------------------C---A-G-GAC-T--T----------------------T---ACT-----G-AT-TT-----------------------AT--AG-GAGTCCA-GG-A-TG-CG--TTC-G----C------------G--GGG-A--C-----TC--------------GT-CATA-TC-A-GA-C-ATCC-------------------A----T----C-C-T--GA---T-A-CTATC-GA-CA---TG--A-TT---A--ATAA---AAAAATTC--T-A-T--A-G-TTTT---A-AA-T-A-A-A-TG-GA-TTTT---C----A--TCG--T-TC-G--ACGA----A--T-AAT-TGC--TG-AAAAA----------TG-TA-TA--TC-TG-TATTTTTGC--AAAAAGTAAA--CA---G----G--A--TGAGCT-TGGG---G---AG-A--A-----CT---TT-A-T-AA--TT-------G-AC-----------TTA---C--CGA--A---------------TGA-TC-T--A-----G---GT-CA-TA----TG---CAG-A-G-G---TGA--GAA-C-A-TC---T-----A-G-----------T-AC--CAACTCTTT--G-TT-G-TCCGC-gcttgtagtcggtacagaccgac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    T-CAGTT-T-----AGTAGGCGTAA-AA-A-AA---T-CACCAG--GAAAGATTTGTTCC--C--ACAA----CGTTAAGG-TT-T-AA-TTA---ATTATCTTGCTCAGGAAGGCGGCATAC---A-G-GGC-T--GCACTGAGGGC--A-CTAC-TT-TTGAGCTTATGGG-AT-TTTA-G-TTA-TC---ATT-TCT--AC--AG-GAGTCAA-AG-A-CGGTGCGTTC-GGG--C------------CAAGG--A--C-----TC--------------GT-CATA-TC-A-GAAC-ATTC--TTG-----CGTCA-CAAA----TT--AC-A-T--GA---T-A-CCATC-AA-CA---TG--A-TA---A--T-AA---AAAAATTC--TAA-T--AGG-TTTT---A-AT-T-A-A-A-TG-GA-CTTT---C----A--TCG--T-TCGG--ACGA----
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Reference ( family-3202 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTA-TACTA-AG-AATA--C-TTA-G-C-A-GAGA-T--T-GA-----GAAGA--AA-GCT--AAAGTG---CTC-T-TC---AG--GTTTTACAA-CCC-TG--TTT-GGA--ACAG--ATCG-ACT-------A-A-TA-A-TAA-C----------------T----A-ATG-C---G-G-T-C----------AC-CA-C-A--A-CA--ACCT-G--AC-TAT--GG----GGTC-AT---A-TG----A--TGAA-A-T--GA-TA--A-G-TAAA-T-T-ATT-A-T-G-A-TG-GAA----------ATG-TATA-TA--TTTGTCAA-T-G-AT-CTGTAAA--T-G-AC--AA---CA--AT-G-C-TAC-T-TTT---GA-TTTT-A-TT-AAAA-A-TGG-CA-CCCACA-AA-AACTCC--A-C-TTG-TT--AAAAA-ACA-A-----------A----AAT---AA--A-A---AT-C-TC-A-C-AC-T-TGCA--ATCC-AGTG--GA----TA-GGG-C-T-A-A-GATA-C--A--T----A--TACCTG-TG--GT-AC-A---CATG--TA-CA-----C--AAA-G---CGA----TAATTT-A-C-TA--CAC--ACAAC-CG--ACT---GG--T-GCA-C-C-CTC--T-TGGT-G-T-T-AT---C-T-CAGTT-TCA-CTA-GAG-C-GTAA-AA-T-A--T---CACCAG--GAA-------TT--TTC--ACAC----CGTTAAGG-TTT-AATTGAT---TAT---------------------C---A-G-GAC-T--TC-----GGGG--A-TAAC-TT-T---ACT-----G-AT-TTTA-G-T-A-TC-A---TT-TCT--AC--AG-GAGTCCA-AG-A-CG-C-G---GTTC-G--C------------C--GG--A--C-TC--------------GT-CATA-TC-AG-A-CA-TCC--TT-G-----CGTCAAC-AA---ATT--AC-A-T--GA---T-A-CCATC-AA-C-A---TG--ATT---A--TAAA---AAAAATTC--T-A-T-A--G-TTTT---A-AA-T-A-A-A-TG-GA-CTTT---C-A--AT--CG--T-TC-G--ACGA----A--T-AAT-TG-CT--G-AAAAA----------TG-TA-TA--TC-CG-T-A--TTTGC--AAAAAGTAA-A-CAG----GA-----T--GAGCT-C--GG---AA--AA-----CT---TC-A-T-AA--TT-------G-AC-----------TTA---CCGA--AA---T--ACGA--ATTGA-TC-T--A-----GT--G-T-CA-TA----TG---CAG-AG-G---TG--AAAA-C-ATTC---T-----A-G-----------T-AC--CAACTCTTT--G-CT-G-TCCGC-TGGCC-C-TT-T--TGT-AAC-GC---ATTT--A-TC-TGC-TT--CAG-C-CG-T-GA---TTT---TT-T-GA-CAAA-TT-TCCC-TTC----------AT-GTC--TCG-TA-C---------C----GC-AC--G-T----TG-TTTG-TTNTG---C-TT-C-AA-------TA-C-TTC-A-CCG-G-----T-T-ATTTC-T-CT-C-G-CAAT-GTAAAA-AGT-TAC-A-----C---CAATAAC------GT-TAG-AATCC--GGTTTCCGG--TTTGG--C-GCG-AG---T-A-GT-CCCCTACTTT
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtacttttcatacgaatttagaagtgctgcataaattgtactagaactcgtggtgagtttgttgttgctacaaaagtgtaagagtactaagta-A-----------A----AAT---AA--A-A---ATAC-TC-A-C-AC-T-TGCA--TTCC-A-TAAAGA----TA-GGG-C-T-A-A-GATA-C--AGTT----AG-TACCTGTTG--GT-AC-A---CATG--TA-CAGCAACC--AAA-GC--CGA----TAATT
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Reference ( family-3202 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTA-TACTA-AG-AATA--C-TTA-G-C-A-GAGA-T--T-GA-----GAAGA--AA-GCT--AAAGTG---CTC-T-TC---AGNT--TTTACAA-CCC-TG--TTT-GGA--ACAG--ATCG-ACT-------A-A-TA-A-TAA-C----------------T----A-ATG-C---G-G-T-C----------AC-CA-C-A--A-CA--ACCT-G--AC-TAT--GG----GGTC-AT---A-TG----A--TGAA-A-T--GA-TA--A-G-TAAA-T-T-ATT-A-T-G-A-TG-GAA----------ATG-TATA-TA--TTTGTCAA-T-G-AT-CTGTAAA--T-G-AC--AA---CA--AT-G-C-TAC-T-TTT---GA-TTTT-A-TT-AAAA-A-TGG-CA-CCCACA-AA-AACTCC--A-C-TTG-TT--AAAAA-ACA-A-----------A----AAT---AA--A-A---AT-C-TC-A-C-AC-T-TGCA--ATTC-AGTG--GA----TA-GGG-C-T-A-A-GATA-C--A--T----A--TACCTG-TG--GT-AC-A---CATG--TA-CA-----C--AAA-G---CGA----TAATTT-A-C-TA--CAC--ACAAC-CG--ACT---GG--T-GCA-C-C-CTC--T-TGGT-G-T-T-AT---C-T-CAGTT-TCA-CTA-GAG-C-GTAA-AA-T-A--T---CACCAG--GAA-------TT--TTC--ACAC----CGTTAAGG-TTT-AATTGAT---TAT---------------------C---A-G-GAC-T--TC-----GGGG--A-TAAC-TT-T---ACT-----G-AT-TTTA-G-T-A-TC-A---TT-TCT--AC--AG-GAGTCCA-AG-A-CG-C-G---GTTC-G--C------------C--GG--A--C-TC--------------GT-CATA-TC-AG-A-CA-TCC--TT-G-----CGTCAAC-AA---ATT--AC-A-T--GA---T-A-CCATC-AA-C-A---TG--ATT---A--TAAA---AAAAATTC--T-A-T-A--G-TTTT---A-AA-T-A-A-A-TG-GA-CTTT---C-A--AT--CG--T-TC-G--ACGA----A--T-AAT-TG-CT--G-AAAAA----------TG-TA-TA--TC-CG-T-A--TTTGC--AAAAAGTAA-A-CAG----GA-----T--GAGCT-C--GG---AA--AA-----CT---TC-A-T-AA--TT-------G-AC-----------TTA---CCGA--AA---T--ACGA--ATTGA-TC-T--A-----GT--G-T-CA-TA----TG---CAG-AG-G---TG--AAAA-C-ATTC---T-----A-G-----------T-AC--CAACTCTTT--G-CT-G-TCCGC-TGGCC-C-TT-T--TGT-AAC-GC---ATTT--A-TC-TGC-TT--CAG-C-CG-T-GA---TTT---TT-T-GA-CAAA-TT-TCCC-TTC----------AT-GTC--TCG-TA-C---------C----GC-AC--G-T----TG-TTTG-TTGTG---C-TT-C-AA-------TA-C-TTC-A-CCG-G-----T-T-ATTTC-T-CT-C-G-CAAT-GTAAAA-AGT-TAC-A-----C---CAATAAC------GT-TAG-AATCC--GGTTTCCGG--TTTGG--C-GCG-AG---T-A-GT-CCCCTACTTT
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtacttttcatacgaatttagaagtgctgcataaattgtactagaactcgtggtgagtttgttgttgctacaaaagtgtaagagtactaagta-A-----------A----AAT---AA--A-A---ATAC-TC-A-C-AC-T-TGCA---TTC-CATAAAGA----TA-GGG-C-T-A-A-GATA-C--AGTT----AG-TACCTGTTG--GT-AC-A---CATG--TA-CAGCAACC--AAA-GC--CGA----TAATT
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Reference ( family-3202 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTA-TACTA-AG-AATA--C-TTA-G-C-A-GAGA-T--T-GA-----GAAGA--AA-GCT--AAAGTG---CTC-T-TC---AGTT--TTTACAA-CCC-TG--TTT-GGA--ACAG--ATCG-ACT-------A-A-TA-A-TAA-C----------------T----A-ATG-C---G-G-T-C----------AC-CA-C-A--A-CA--ACCT-G--AC-TAT--GG----GGTC-AT---A-TG----A--TGAA-A-T--GA-TA--A-G-TAAA-T-T-ATT-A-T-G-A-TG-GAA----------ATG-TATA-TA--TTTGTCAA-T-G-AT-CTGTAAA--T-G-AC--AA---CA--AT-G-C-TAC-T-TTT---GA-TTTT-A-TT-AAAA-A-TGG-CA-CCCACA-AA-AACTCC--A-C-TTG-TT--AAAAA-ACA-A-----------A----AAT---AA--A-A---AT-C-TC-A-C-AC-T-TGCA--ATTC-AGTG--GA----TA-GGG-C-T-A-A-GATA-C--A--T----A--TACCTG-TG--GT-AC-A---CATG--TA-CA-----C--AAA-G---CGA----TAATTT-A-C-TA--CAC--ACAAC-CG--ACT---GG--T-GCA-C-C-CTC--T-TGGT-G-T-T-AT---C-T-CAGTT-TCA-CTA-GAG-C-GTAA-AA-T-A--T---CACCAG--GAA-------TT--TTC--ACAC----CGTTAAGG-TTT-AATTGAT---TAT---------------------C---A-G-GAC-T--TC-----GGGG--A-TAAC-TT-T---ACT-----G-AT-TTTA-G-T-A-TC-A---TT-TCT--AC--AG-GAGTCCA-AG-A-CG-C-G---GTTC-G--C------------C--GG--A--C-TC--------------GT-CATA-TC-AG-A-CA-TCC--TT-G-----CGTCAAC-AA---ATT--AC-A-T--GA---T-A-CCATC-AA-C-A---TG--ATT---A--TAAA---AAAAATTC--T-A-T-A--G-TTTT---A-AA-T-A-A-A-TG-GA-CTTT---C-A--AT--CG--T-TC-G--ACGA----A--T-AAT-TG-CT--G-AAAAA----------TG-TA-TA--TC-CG-T-A--TTTGC--AAAAAGTAA-A-CAG----GA-----T--GAGCT-C--GG---AA--AA-----CT---TC-A-T-AA--TT-------G-AC-----------TTA---CCGA--AA---T--ACGA--ATTGA-TC-T--A-----GT--G-T-CA-TA----TG---CAG-AG-G---TG--AAAA-C-ATTC---T-----A-G-----------T-AC--CAACTCTTT--G-CT-G-TCCGC-TGGCC-C-TT-T--TGT-AAC-GC---ATTT--A-TC-TGC-TT--CAG-C-CG-T-GA---TTT---TT-T-GA-CAAA-TT-TCCC-TTC----------AT-GTC--TCG-TA-C---------C----GC-AC--G-T----TG-TTTG-TTGTG---C-TT-C-AA-------TA-C-TTC-A-CCG-G-----T-T-ATTTC-T-CT-C-G-CAAT-GTAAAA-AGT-TAC-A-----C---CAATAAC------GT-TAG-AATCC--GGTTTCCGG--TTTGG--C-GCG-AG---T-A-GT-CCCCTACTTT
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtacttttcatacgaatttagaagtgctgcataaattgtactagaactcgtggtgagtttgttgttgctacaaaagtgtaagagtactaagta-A-----------A----AAT---AA--A-A---ATAC-TC-A-C-AC-T-TGCA---TTC-CATAAAGA----TA-GGG-C-T-A-A-GATA-C--AGTT----AG-TACCTGTTG--GT-AC-A---CATG--TA-CAGCAACC--AAA-GC--CGA----TAATT
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Reference ( family-3202 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTA-TACTA-AG-AATA--C-TTA-G-C-A-GAGA-T--T-GA-----GAAGA--AA-GCT--AAAGTG---CTC-T-TC---AGTT--TTTACAA-CCC-TG--TTT-GGA--ACAG--ATCG-ACT-------A-A-TA-A-TAA-C----------------T----A-ATG-C---G-G-T-C----------AC-CA-C-A--A-CA--ACCT-G--AC-TAT--GG----GGTC-AT---A-TG----A--TGAA-A-T--GA-TA--A-G-TAAA-T-T-ATT-A-T-G-A-TG-GAA----------ATG-TATA-TA--TTTGTCAA-T-G-AT-CTGTAAA--T-G-AC--AA---CA--AT-G-C-TACT-TTT---GA-TTTT-A-TTAAAA-A-TGG-CA-CCCACA-AA-AACTCC--A-C-TTG-TT--AAAAA-ACA-A-----------A----AAT---AA--A-A---AT-C-TC-A-C-AC-T-TGCA--ATTC-AGTG--GA----TA-GGG-C-T-A-A-GATA-C--A--T----A--TACCTG-TG--GT-AC-A---CATG--TA-CA-----C--AAAG---CGA----TAATTT-A-C-TA--CAC--ACAAC-CG--ACT---GGT--GCA-C-C-CTC--T-TGGT-G-T-T-AT---C-T-CAGTT-TCA-CTA-GAG-C-GTAA-AA-T-A--T---CACCAG--GAA-------TT--TTC--ACAC----CGTTAAGG--TTT-AA-TTG---AT---------------------AT--C------A-G-GA-CT--TC-----GGGG--A-TAAC-TT-T---ACT-----G-AT-TTTA-G-T-A-TC---ATT-TCT--AC--AG-GAGTCCA-AG-A-CG---C--G-TTC-G--C------------CG-GG----AC-TC--------------GT-CATA-TC-A-GA-C-ATCC--TT-G-----CGTC-A-C-AA---ATT--AC-A-T--GA---T-A-CCATC-AA-CA---TG--ATT---A--TAAA---AAAAATTC--T-A-T-A--G-TTTT---A-AA-T-A-A-A-TG-GA-CTTT---C-A--AT--CG--T-TC-G--ACGA----A--T-AAT-TG-C--TG-AAAAA----------TG-TA-TA--TC-CG-T-ATTT--GC--AAAAAGTAA-A-CAG----GA-----TGAGCT-C--GG---AA--AA-----CT---TC-A-T-AA--TT-------G-AC-----------TTA---CCGA--AA----T--ACGA-A---TGA-TC-T---A-T--------G-T-CA-TA----TG---CAG-AG-G---TG--AAA---A--CA-TCT-----A-G-----------T-AC--CAACTCTTT--G-CT-G-TCCGC-TGGCC-C-TT-T--TGT-AAC-GC---ATTT--A-TC-TGC-TT--CAG-C-CG-T-GA---TTT---TT-T-GA-CAAA-TT-TCCC-TTC----------AT-GTC--TCG-TA-C---------C----GC-AC--G-T----TG-TTTG-TTGTG---C-TT-C-AA-------TA-C-TTC-A-CCG-G-----T-T-ATTTC-T-CT-C-G-CAAT-GTAAAA-AGT-TAC-A-----C---CAATAAC------GT-TAG-AATCC--GGTTTCCGG--TTTGG--C-GCG-AG---T-A-GT-CCCCTACTTT
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