lowQualScore : 11 222 11 222222222 66666666666666666666 1111111 111111 11111111 11111 11
lowQualScore : 11 222 999 44 99 4 555555555 777 00000000000000000000 4 7777777 4 111111 4 66666666 5 22222 22 0 8 3 3 5
lowQualScore : .. ... ... .. .. . ......... ... .................... . ....... . ...... . ........ . ..... .. . . . . .
lowQualScore : 00 111 222 00 55 0 000000000 888 11111111111111111111 4 3333333 0 555555 0 11111111 1 55555 11 7 7 7 9 4
consensus : TAATTAAATAAAA--AAAAAN--TTAGCG-AGCGCGCTCACAATA--CC-CCG-CGCATCCCCAC---TATATC----GC------C-------CCCT-GAATGT-----C-GGGG-AACAATGTGGA------CA-TACCA--------TTCATGTTTGAC-----ATAAANATAGAATGGTGGACTGACTAAGCANTCTTAACA
Reference ( gi|2 ) : TAATTAAATAAAA--AAAAAG--TTAGCA-AGTGCGACCACAATA--CC-CCG-TGCATACCCAC---TATATC----AC------C-------CCCT-GAATGT-----T-GGGG-AACAATGTGGA------CA-TACCA--------TTCATGTTTGGC-----ATAAAAGTAGAATAGTGGGCTAACTAAGCAATCTTAACA
gi|1 : TAATTAAATAAAA--AAAAAG--TTAGCA-AGTGCGACCACAATA--CCACCG-TGCATACCCAC---TATATC----A-------C-------CCCT-GAATGT-----T-GGGG-AACAATGTGGA------CA-TACCA--------TTCATGTTTGGC-----ATAAAAGTAGAATAGTGGGCTAACTAAGCAATCTTAACA
gi|9 : tATAAAATTAAAGAACCTTAGTG-AGCATGCTCATAATA--CC-CCT-T---------------TGTT----GA------C-------CCCT-GAATGT-----T-GGA--AACAATGTGGA------CA-TACCA--------TTCATGTT
gi|15 : aacAA--AGAACC--TCAGTG-AGAGCGCTCACAATA--CC-CCA-GGCATCCCCAC---TATA
gi|13 : AA--AGAAAA--TTAGTG-AGTGCACTCACAATA--CC-CC
gi|12 : atacaattA--AAAAATCTTTAGTGGAGTGTGCCCACAATA---C-CCA-CGCATCCACACTTTTATATA----ACCAATG-C-------CCCTGGAATGactattgacccatg
gi|3 : tt--TTAGTG-AGCGCGCTCACAACA--CC-CCG-CGCATTTCTGC---TATATC----ACTGCTGCC-------CCCT-GATTAT-----C-GGGGGAACGATATGAA------CA-AACCA--------TTCATGTTTGAC-----ATAAATGTAGAAAGGTGGACTGATTAAAC--TCTTcc
gi|5 : attgcagaacc--TTAGTG-AGTGTGCTCACAATATACC-CCA-AGTACCCCCAC---TATATC----AC------CATTGGCCCCCT-AAATGT-----C-TGGA-AACAATGTGGA------CA-TACCA--------T---TATTTGACTTTTAATACAA----AATGGTGGACTGACAGAGCAtta
gi|6 : aagaaccAGCA---TGC--TCACAATA--CC-CCACTGTATCGCCAT---TGT---------------C-------CCCT-GAATGTACAGGTAGGGG-AACAACGTGGA------CA-TACCATTCATCATTTCATGTTTGAC---------AAATACAGT--TGGACTGATTAAGCAAct
gi|8 : aagaacctaatggCACAATA--CC-CC-----------AC---TCTATC----AC------CGTTGAC-CCCT-TAATGT-----C-GAGG-AACAATGTGGACATATGCA-TACCA--------TTCTTATTTGAC-----ATGAATATAGGATGGTGAAATGACTACGCACTTTTcaca
gi|10 : cgctCACAATAT-CC-CCA-CGTAACCCCAC---TGTATCTGTTGA------T-------CCCT-GTATGT-----C-GGAG-AACTATGTGGG------CATTACC
gi|11 : ttaatgcagcgcttt-------CCTT-GAATGT-----C-AGGG-AACAATGTGGA------CA-TACCA--------ATCATGTTCGCC-----A
gi|4 : ataccaccccacccccctttattacggttgaa-GGGG-AACCATGTGGA------CA-CACCG--------ATCATGTTTGAC-----ATAAATATAGAATGGTGGACTGACTATGTACTTTTAACA
gi|7 : agaacctcagtgagagcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGG-TACAATGTGAA------CA-TACCA--------TTCGTGTTGGAC-----ATAAATATACAATGGTGGACTGAC
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AAGAACCTTAGTGAGCGTTGCTCACATATACCCCACGGCTCCCACTATATC
Unaligned ( gi|16 ): TAAACTGAGGAACCTTAGTGAGTGTGCTCACAATACCCCCAGGGAT
Unaligned ( gi|17 ): AATCAAAGAACCTTAGTGAGTGTGCTCATAATAT
Alignments
lowQualScore : 1111 44444444444444444444444 111111 11111111
lowQualScore : 0000 3 6 0 3 2 66 2 888888 555 4 33333333333333333333333 4 99999 4 4 111111 66666666 55 1 0 1 1
lowQualScore : .... . . . . . .. . ...... ... . ....................... . ..... . . ...... ........ .. . . . .
lowQualScore : 1111 1 7 1 1 9 88 9 888888 888 8 99999999999999999999999 0 11111 0 0 555555 11111111 44 0 1 7 0
consensus : TAATTAAATAAAAAGAACC--TTAGTG-AGCGC-GCTCACA-ATA--CC-CCAC-GC-ATCCCCAC---TATAT------C-------GCC------CCCTGAATGT-C-----GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAATGGTGGACTGACTAAGCACTTTTAACA
Reference ( family-3151 ) : TAATTAAATAAAAAAAAAN--TTAGCG-AGCGC-GCTCACA-ATA--CC-CCGC-GC-ATCCCCAC---TATAT------C-------GCC------CCCTGAATGT-C-----GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAANATAGAATGGTGGACTGACTAAGCANTCTTAACA
gi|1 : TAATTAAATAAAAAAAAAG--TTAGCA-AGTGC-GACCACA-ATA--CCACCGT-GC-ATACCCAC---TATAT------C-------A-C------CCCTGAATGT-T-----GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGGC-ATAAAAGTAGAATAGTGGGCTAACTAAGCAATCTTAACA
gi|10 : t-AGCGC-TTTCACA-ATAT-CC-CCAC-GT-AACCCCAC---TGTAT------CTGTT---GAT------CCCTGTATGT-C-----GGAG-AACTATGTGGGCATTA------CC
gi|11 : ttaatgc-ATA--CC-ACCC--C-ACCCCC-C---TTTAT------T-------ACGGTTGAACCTTGAATGT-C-----AGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------ATCATGTTCGCC-A
gi|12 : AAAAAATCTTTAGTGGAGTGT-GCCCACA-ATA--CC-C-AC-GC-ATCCACACTTTTATATAACCAAT-------GCC------CCTGGAATGC-C-----
gi|13 : ttAAAGAAAA--TTAGTG-AGTGC-ACTCACA-ATA--CC-CCAC-
gi|14 : atacaattAAGAACC--TTAGTG-AGCGTTGCTCACATATA--CC-CCAC-G--GCTCCCAC---TATAT------C-------tattgacccatg
gi|15 : AAAGAACC--TCAGTG-AGAGC-GCTCACA-ATA--CC-CCAG-GC-ATCCCCAC---TATA
gi|16 : AACC--TTAGTG-AGTGT-GCTCACA-ATA--CC-CC
gi|2 : taaactgaggTAATTAAATAAAAAAAAAG--TTAGCA-AGTGC-GACCACA-ATA--CC-CCGT-GC-ATACCCAC---TATAT------C-------ACC------CCCTGAATGT-T-----GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGGC-ATAAAAGTAGAATAGTGGGCTAACTAAGCAATCTTAACAcagggat
gi|3 : AGAACC--TTAGTG-AGCGC-GCTCACA-ACA--CC-CCGC-GC-ATTTCTGC---TATAT------CACTGCT-GCC------CCCTGATTAT-C-----GGGGGAACGATATGAACA-AA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAAAGGTGGACTGATTAAACTCTTTTA
gi|4 : attgc-----GGGG-AACCATGTGGACA-CA------CCG--------ATCATGTTTGAC-ATAAATATAGAATGGTGGACTGACTATGTACTTTTAACA
gi|5 : agaacctcagtgagagcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGAACC--TTAGTG-AGTGT-GCTCACA-ATATACC-CCAA-GT-ACCCCCAC---TATAT------CACCATTGGCC------CCCTAAATGT-C-----TGGA-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------T---TATTTGACTTTTAATACAAAATGGTGGACTGACAGAGCAC
gi|6 : AAGAAC--CTAATGGAGCAT-GCTCACA-ATA--CC-CCACTGT-ATCGCCAT---T------------------GTC------CCCTGAATGTACAGGTAGGGG-AACAACGTGGACA-TA------CCATTCATCATTTCATGTTTGAC---AAATACAG--T--TGGACTGATTAAGCA
gi|8 : C-GCTCACA-ATA--CC-CCAC-TCTATCACCGT---T------------------GAC------CCCTTAATGT-C-----GAGG-AACAATGTGGACA-TATGCATACCA--------TTCTTATTTGAC-ATGAATATAGGATGGTGAAATGACTACGCACTTTTacaca
gi|9 : AAAGAACC--TTAGTG-AGCAT-GCTCATA-ATA--CC-CC-----------------TTTGT------T-------GAC------CCCTGAATGT-T-----GGA--AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AATTAAAGATCCTTCGTGAGTGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGTACAATGTGAACATACCATTCGTGTTGGACATAAATATACAATGGTGGACTGAC
Unaligned ( gi|17 ): AATCAAAGAACCTTAGTGAGTGTGCTCATAATAT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333 2222222 111111 11111111
lowQualScore : 666 5 1 2 2 55 2 6666 555 2 66666666666666666666 6 3 0000000 4 4 111111 66666666 55 0 1
lowQualScore : ... . . . . .. . .... ... . .................... . . ....... . . ...... ........ .. . .
lowQualScore : 444 7 6 7 7 99 7 7777 444 5 33333333333333333333 1 6 9999999 0 0 555555 11111111 44 1 7
consensus : TAATTAAATAAA---AAGAACCTTAGTG-AGCG-CGCTCACA-ATA--CC-CCAC-GC-ATCCCCAC---TAT----AT------C-------GNCCCCTGAATGT-C-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAATGGTGGACTGACTAAGCACTTTTAACA
Reference ( family-3151 ) : TAATTAAATAAA---AAGAACCTTAGTG-AGCG-CGCTCACA-ATA--CC-CCAC-GC-ATCCCCAC---TAT----AT------C-------GCCCCCTGAATGT-C-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAATGGTGGACTGACTAAGCACTTTTAACA
gi|1 : TAATTAAATAAA---AAAAAAGTTAGCA-AGTG-CGACCACA-ATA--CCACCGT-GC-ATACCCAC---TAT----AT------C-------A-CCCCTGAATGT-T-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGGC-ATAAAAGTAGAATAGTGGGCTAACTAAGCAATCTTAACA
gi|10 : tTTAATGCAGCG-CTTTCACA-ATAT-CC-CCAC-GT-AACCCCAC---TGT----AT------CTGTT---GATCCCTGTATGT-C-------GGAG-AACTATGTGGGCATTA------CC
gi|11 : A--CC-CCAC-----CCCCCTT---TATTACGGT------T-------GAACCTTGAATGT-C-------AGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------ATCATGTTCGCC-A
gi|12 : ataccAA---AAAATCTTTAGTGGAGTG-TGCCCACA-ATA---C-CCAC-GC-ATCCACACTTTTAT----ATAACCAAT-------GCCCCTGGAATGC-C-------
gi|13 : ttAATTAAAGAAA---A------TTAGTG-AGTG-CACTCACA-ATA--CC-CCAC-
gi|14 : atac---AAGAACCTTAGTG-AGCGTTGCTCACATATA--CC-CCAC-G--GCTCCCAC---TAT----AT------C-------tattgacccatg
gi|15 : A---AAGAACCTCAGTG-AGAG-CGCTCACA-ATA--CC-CCAG-GC-ATCCCCAC---TAT----A
gi|16 : TAAACTGAGGAACCTTAGTG-AGTG-TGCTCACA-ATA--CC-CC
gi|17 : A---AAGAACCTTAGTG-AGTG-TGCTCATA-ATA--cagggat
gi|2 : aatcTAATTAAATAAA---AAAAAAGTTAGCA-AGTG-CGACCACA-ATA--CC-CCGT-GC-ATACCCAC---TAT----AT------C-------ACCCCCTGAATGT-T-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGGC-ATAAAAGTAGAATAGTGGGCTAACTAAGCAATCTTAACAt
gi|3 : AGAACCTTAGTG-AGCG-CGCTCACA-ACA--CC-CCGC-GC-ATTTCTGC---TAT----AT------CACTGCT-GCCCCCTGATTAT-C-------GGGGGAACGATATGAACA-AA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAAAGGTGGACTGATTAAACTCTTTTA
gi|4 : attgcAGAACCTCAGTG-AGAG-CGCNNNNN-NNN--NN-NNNN-NN-NNNNNNNN---NNN----NN------N-------NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNGGGG-AACCATGTGGACA-CA------CCG--------ATCATGTTTGAC-ATAAATATAGAATGGTGGACTGACTATGTACTTTTAACA
gi|5 : ---AAGAACCTTAGTG-AGTG-TGCTCACA-ATATACC-CCAA-GT-ACCCCCAC---TAT----AT------CACCATTGGCCCCCTAAATGT-C-------TGGA-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------T---TATTTGACTTTTAATACAAAATGGTGGACTGACAGAGCACT
gi|6 : ---AAGAACCTAATGG-AGCA-TGCTCACA-ATA--CC-CCACTGT-ATCGCCAT---T----------------------GTCCCCTGAATGTACAGGTA--GGGG-AACAACGTGGACA-TA------CCATTCATCATTTCATGTTTGAC---AAATACAG--T--TGGACTGATTAAGCA
gi|8 : -CGCTCACA-ATA--CC-CCAC-TCTATCACCGT---T----------------------GACCCCTTAATGT-C-------GAGG-AACAATGTGGACA-TATGCATACCA--------TTCTTATTTGAC-ATGAATATAGGATGGTGAAATGACTACGCACTTTTacaca
gi|9 : A---AAGAACCTTAGTG-AGCA-TGCTCATA-ATA--CC-CC-----------------TTT----GT------T-------GACCCCTGAATGT-T-------GGA--AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AATTAAAGATCCTTCGTGAGTGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGTACAATGTGAACATACCATTCGTGTTGGACATAAATATACAATGGTGGACTGAC
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333 2222222 111111 11111111
lowQualScore : 666 5 1 2 2 55 2 6666 555 2 66666666666666666666 1 3 0000000 4 4 111111 66666666 55 0 1
lowQualScore : ... . . . . .. . .... ... . .................... . . ....... . . ...... ........ .. . .
lowQualScore : 444 7 6 7 7 99 7 7777 444 5 33333333333333333333 0 6 9999999 0 0 555555 11111111 44 1 7
consensus : TAATTAAATAAA---AAGAACCTTAGTG-AGCG-CGCTCACA-ATA--CC-CCAC-GC-ATCCCCAC---TAT----AT------C-------GNCCCCTGAATGT-C-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAATGGTGGACTGACTAAGCACTTTTAACA
Reference ( family-3151 ) : TAATTAAATAAA---AAGAACCTTAGTG-AGCG-CGCTCACA-ATA--CC-CCAC-GC-ATCCCCAC---TAT----AT------C-------GNCCCCTGAATGT-C-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAATGGTGGACTGACTAAGCACTTTTAACA
gi|1 : TAATTAAATAAA---AAAAAAGTTAGCA-AGTG-CGACCACA-ATA--CCACCGT-GC-ATACCCAC---TAT----AT------C--------ACCCCTGAATGT-T-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGGC-ATAAAAGTAGAATAGTGGGCTAACTAAGCAATCTTAACA
gi|10 : tTTAATGCAGCG-CTTTCACA-ATAT-CC-CCAC-GT-AACCCCAC---TGT----AT------CTGTT---GATCCCTGTATGT-C-------GGAG-AACTATGTGGGCATTA------CC
gi|11 : A--CC-CCAC-----CCCCCTT---TATTACGGT------T-------GAACCTTGAATGT-C-------AGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------ATCATGTTCGCC-A
gi|12 : ataccAA---AAAATCTTTAGTGGAGTG-TGCCCACA-ATA---C-CCAC-GC-ATCCACACTTTTAT----ATAACCAAT-------GCCCCTGGAATGC-C-------
gi|13 : ttAATTAAAGAAA---A------TTAGTG-AGTG-CACTCACA-ATA--CC-CCAC-
gi|14 : atac---AAGAACCTTAGTG-AGCGTTGCTCACATATA--CC-CCAC-G--GCTCCCAC---TAT----AT------C-------tattgacccatg
gi|15 : A---AAGAACCTCAGTG-AGAG-CGCTCACA-ATA--CC-CCAG-GC-ATCCCCAC---TAT----A
gi|16 : TAAACTGAGGAACCTTAGTG-AGTG-TGCTCACA-ATA--CC-CC
gi|17 : A---AAGAACCTTAGTG-AGTG-TGCTCATA-ATA--cagggat
gi|2 : aatcTAATTAAATAAA---AAAAAAGTTAGCA-AGTG-CGACCACA-ATA--CC-CCGT-GC-ATACCCAC---TAT----AT------C-------ACCCCCTGAATGT-T-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGGC-ATAAAAGTAGAATAGTGGGCTAACTAAGCAATCTTAACAt
gi|3 : AGAACCTTAGTG-AGCG-CGCTCACA-ACA--CC-CCGC-GC-ATTTCTGC---TAT----AT------CACTGCT-GCCCCCTGATTAT-C-------GGGGGAACGATATGAACA-AA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAAAGGTGGACTGATTAAACTCTTTTA
gi|4 : attgcAGAACCTCAGTG-AGAG-CGCNNNNN-NNN--NN-NNNN-NN-NNNNNNNN---NNN----NN------N-------NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNGGGG-AACCATGTGGACA-CA------CCG--------ATCATGTTTGAC-ATAAATATAGAATGGTGGACTGACTATGTACTTTTAACA
gi|5 : ---AAGAACCTTAGTG-AGTG-TGCTCACA-ATATACC-CCAA-GT-ACCCCCAC---TAT----AT------CACCATTGGCCCCCTAAATGT-C-------TGGA-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------T---TATTTGACTTTTAATACAAAATGGTGGACTGACAGAGCACT
gi|6 : ---AAGAACCTAATGG-AGCA-TGCTCACA-ATA--CC-CCACTGT-ATCGCCAT---T----------------------GTCCCCTGAATGTACAGGTA--GGGG-AACAACGTGGACA-TA------CCATTCATCATTTCATGTTTGAC---AAATACAG--T--TGGACTGATTAAGCA
gi|8 : -CGCTCACA-ATA--CC-CCAC-TCTATCACCGT---T----------------------GACCCCTTAATGT-C-------GAGG-AACAATGTGGACA-TATGCATACCA--------TTCTTATTTGAC-ATGAATATAGGATGGTGAAATGACTACGCACTTTTacaca
gi|9 : A---AAGAACCTTAGTG-AGCA-TGCTCATA-ATA--CC-CC-----------------TTT----GT------T-------GACCCCTGAATGT-T-------GGA--AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTT
blockSeqs : CTG C C T T TA . TGT TTT G ATCACCATTG A A NNNNNNN G T TGCATA TTCATCAT TT A
blockSeqs : . G T . . T . TCT . A ATAACCAAT A . AGGTA . . . . A G
blockSeqs : . . T . . . . GT . A ATCACTGCT C . . . . . . A G
blockSeqs : . . C . . . . GC . A ATCTGTT C . . . . . . A G
blockSeqs : . . A . . . . GC . A TACGGTT C . . . . . . A G
blockSeqs : . . T . . . . GC . A ATC N . . . . . . A .
blockSeqs : . . T . . . . GC . A ATC C . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . NN . N NNN T . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . GT . A GTT A . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . G . T . A . .
blockSeqs : . T . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TAATTAAATAAA---AAGAACCTTAGTG-AGCG-CGCTCACA-ATA--CC-CCAC-GC-ATCCCCAC---TAT----AT------C-------GNCCCCTGAATGT-C-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAATGGTGGACTGACTAAGCACTTTTAACA
finalCons : TAATTAAATAAA---AAGAACCTTAGTG-AGCG-CGCTCACA-ATA--CC-CCAC-GC-ATCCCCAC---TAT----AT------C-------GNCCCCTGAATGT-C-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAATGGTGGACTGACTAAGCACTTTTAACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AATTAAAGATCCTTCGTGAGTGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGTACAATGTGAACATACCATTCGTGTTGGACATAAATATACAATGGTGGACTGAC
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333 2222222 111111 11111111
lowQualScore : 666 5 1 2 2 55 2 6666 555 2 66666666666666666666 1 3 0000000 4 4 111111 66666666 55 0 1
lowQualScore : ... . . . . .. . .... ... . .................... . . ....... . . ...... ........ .. . .
lowQualScore : 444 7 6 7 7 99 7 7777 444 5 33333333333333333333 0 6 9999999 0 0 555555 11111111 44 1 7
consensus : TAATTAAATAAA---AAGAACCTTAGTG-AGCG-CGCTCACA-ATA--CC-CCAC-GC-ATCCCCAC---TAT----AT------C-------GNCCCCTGAATGT-C-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAATGGTGGACTGACTAAGCACTTTTAACA
Reference ( family-3151 ) : TAATTAAATAAA---AAGAACCTTAGTG-AGCG-CGCTCACA-ATA--CC-CCAC-GC-ATCCCCAC---TAT----AT------C-------GNCCCCTGAATGT-C-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAATGGTGGACTGACTAAGCACTTTTAACA
gi|1 : TAATTAAATAAA---AAAAAAGTTAGCA-AGTG-CGACCACA-ATA--CCACCGT-GC-ATACCCAC---TAT----AT------C--------ACCCCTGAATGT-T-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGGC-ATAAAAGTAGAATAGTGGGCTAACTAAGCAATCTTAACA
gi|10 : tTTAATGCAGCG-CTTTCACA-ATAT-CC-CCAC-GT-AACCCCAC---TGT----AT------CTGTT---GATCCCTGTATGT-C-------GGAG-AACTATGTGGGCATTA------CC
gi|11 : A--CC-CCAC-----CCCCCTT---TATTACGGT------T-------GAACCTTGAATGT-C-------AGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------ATCATGTTCGCC-A
gi|12 : ataccAA---AAAATCTTTAGTGGAGTG-TGCCCACA-ATA---C-CCAC-GC-ATCCACACTTTTAT----ATAACCAAT-------GCCCCTGGAATGC-C-------
gi|13 : ttAATTAAAGAAA---A------TTAGTG-AGTG-CACTCACA-ATA--CC-CCAC-
gi|14 : atac---AAGAACCTTAGTG-AGCGTTGCTCACATATA--CC-CCAC-G--GCTCCCAC---TAT----AT------C-------tattgacccatg
gi|15 : A---AAGAACCTCAGTG-AGAG-CGCTCACA-ATA--CC-CCAG-GC-ATCCCCAC---TAT----A
gi|16 : TAAACTGAGGAACCTTAGTG-AGTG-TGCTCACA-ATA--CC-CC
gi|17 : A---AAGAACCTTAGTG-AGTG-TGCTCATA-ATA--cagggat
gi|2 : aatcTAATTAAATAAA---AAAAAAGTTAGCA-AGTG-CGACCACA-ATA--CC-CCGT-GC-ATACCCAC---TAT----AT------C-------ACCCCCTGAATGT-T-------GGGG-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTTTGGC-ATAAAAGTAGAATAGTGGGCTAACTAAGCAATCTTAACAt
gi|3 : AGAACCTTAGTG-AGCG-CGCTCACA-ACA--CC-CCGC-GC-ATTTCTGC---TAT----AT------CACTGCT-GCCCCCTGATTAT-C-------GGGGGAACGATATGAACA-AA------CCA--------TTCATGTTTGAC-ATAAATGTAGAAAGGTGGACTGATTAAACTCTTTTA
gi|4 : attgcAGAACCTCAGTG-AGAG-CGCNNNNN-NNN--NN-NNNN-NN-NNNNNNNN---NNN----NN------N-------NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNGGGG-AACCATGTGGACA-CA------CCG--------ATCATGTTTGAC-ATAAATATAGAATGGTGGACTGACTATGTACTTTTAACA
gi|5 : ---AAGAACCTTAGTG-AGTG-TGCTCACA-ATATACC-CCAA-GT-ACCCCCAC---TAT----AT------CACCATTGGCCCCCTAAATGT-C-------TGGA-AACAATGTGGACA-TA------CCA--------T---TATTTGACTTTTAATACAAAATGGTGGACTGACAGAGCACT
gi|6 : ---AAGAACCTAATGG-AGCA-TGCTCACA-ATA--CC-CCACTGT-ATCGCCAT---T----------------------GTCCCCTGAATGTACAGGTA--GGGG-AACAACGTGGACA-TA------CCATTCATCATTTCATGTTTGAC---AAATACAG--T--TGGACTGATTAAGCA
gi|8 : -CGCTCACA-ATA--CC-CCAC-TCTATCACCGT---T----------------------GACCCCTTAATGT-C-------GAGG-AACAATGTGGACA-TATGCATACCA--------TTCTTATTTGAC-ATGAATATAGGATGGTGAAATGACTACGCACTTTTacaca
gi|9 : A---AAGAACCTTAGTG-AGCA-TGCTCATA-ATA--CC-CC-----------------TTT----GT------T-------GACCCCTGAATGT-T-------GGA--AACAATGTGGACA-TA------CCA--------TTCATGTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AATTAAAGATCCTTCGTGAGTGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGTACAATGTGAACATACCATTCGTGTTGGACATAAATATACAATGGTGGACTGAC