lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 11111111 1111111111 111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 8888 55555555 55 1 1 3333 7777777777 1 1 1 11 1 222 333 2 1 4444 999999999999999999999999999 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 3 7777777 1 3 333 22 22 3 22 44 9999 2 2 22 55 2
lowQualScore : .... ........ .. . . .... .......... . . . .. . ... ... . . .... ........................... . ............................................................................................... .. . ....... . . ... .. .. . .. .. .... . . .. .. .
lowQualScore : 7777 88888888 00 7 7 8888 5555555555 4 4 4 99 4 444 888 8 4 3333 555555555555555555555555555 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 8 6666666 9 8 333 66 66 8 66 55 3333 0 0 99 00 1
consensus : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T--T-TT-TT---TN---TTC-GTTCAC-A-TA-TAT--C-A---G---A-TA-T----A-----T-----A---G---T---T---CTCTA-TCA----GACAAATAT-AT-ACAAA----AAG-----------------CAA-A-GAA-A-A--A-----AAAT-GC-A-----------------TC--TG-AA------NA-TAT-GG---G--AG--A-T--TTT--G-AG-TAT-A-AGAAAG--A--C-AGAGT
Reference ( gi|4 ) : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T--T-TT-TT---TG---TTC-GTTCAC-A-TA-TAT--C-A---G---A-TA-T----A-----T-----A---G---T---T---CTCTA-TTAT---GACAAATAT-AT-ACAAA----AAG----------------TCAA-AGGAA-A-A--A-----AAAT-GC-A-----------------TC--TG-AA------TA-TAT-GG---G--AG--A-T--TTT--G-AA-TAT-A-AGAAAG--A--C-AGAGT
gi|5 : TCTTTTTA----TAATTTTT-A-------T--T-TT-T-----G---TTC-A---AA-A-TA-TA---C-A---G---A-TAAT----A-----T-----A---G---T-----------AGTT-------CAACTAT-GT-ACAAA----AA--------------------A-ATGAA-A-A--A-----AA---GC-A-----------------TC--TA-AA-------A-TAT-GG---C--AG--A-T--TTT--G-AAATAT-A-AGAAAG--A--T-AGAG
gi|10 : ttttTTTTTTTA----TAATTTTTCA-------T--T-TT---------------GTTCAT---CA-TAC--T-A---G---A--A-T----A-----T-----AAGAG---T---T----TCAA-T-------ACAA------T-ACAAA----AAG--------------------------------A-----AAA--GC-A-----------------TCC-TA-AA------TA-TAT-GG---G--AG--A-T--TTT--G-AA-TATAA-AGAAAG--A--C-AGActaagagtataagaacagac
gi|8 : ttcttttTTTTTTTAAAA-TAATTTTTTA-------T--T-TT-T-------------GTTCAC-A-TG-TAT--C-A---G---A-TA-C----ATACAGT-----A---G---T---T---CTATA-TCTT---AAGAGACAA-AA-AAAAACCCCAAC----------------CCAA-ATAAA-ACAACA-----AAAC-GT-A-----------------GC--TG-A----------------------GG--A-T--TTT--A-A---GT-A-AGAAAG--A--G-AGAGtaagagtataa
gi|9 : TTTTTTAAAAA--ATGTTTTC-------T--T-TA-TT---T----TTC--TTCAC-A-TA-TAT--C-A---T---A-TA-C----AG----T-----A---G---T---T---CTCTA-TCA------CAAA----AT-ACTAG----AAG---------------------AAGAA-C-A--C-----AAA--GT-A-----------------TC--TA-AA------GA-TAT-GATAAG--AG--A-T--TTTT-G-AG-AAT-A-AGAAAG--A--C-AGAGT
gi|28 : ATAATTTTTTT-------T--A-TT-TT---TG---TT-------C-A-TA--------A---G---A-TA-T----A-----C-----A---GTA-T---T---CTCTA-TCA----GA-AAACA-----ACAAA----AA------------------CAATA---------------------GT-A-----------------TC--TG-AA-------A-TAT-GG---G--AG--A-T--TTT--g
gi|1 : tatATAATTTTTT--------T--T-TT-AA---TT---TTT-GTTCAC-A-TA-T-T--C-A---G---ATTA-T----A-----C-----A---G---T---CATGCTCTA-TCA----G--AAATA-------AGA----AAGGACCTCCCCTCCCCCCCCAA-AAAAA-A-A--AAACCCAAAT-AC-AACGAAAACATTTATGTATC--TGAAA------AA-TAT-GG---G--AG--A-TTATTT--G-TA-T-T-A-AGAAAG--AC-C-AGAGT
gi|35 : ttttgttATTTTTTG-------T--TATT-TT---TAATTTTT-GATCAC-A-TA-TAT--C-A---G---A-TA-T----A-----TAC---A---G---T----------TA-TTATA--GACAAAga
gi|13 : TTTTTTAATACGATT--T-TT-TT---TAGT-TTT-GTTCAC-A-TA-TAT--C-AACAG---A-TA-T----A-----C-----A---G---TAATT---CTCTA-T--------------------CAGA----AA------------------CAA-C-------A--A-----AAATAGT-A-----------------TC--TG-AA------AA-TAT-GG------AG--A-T--TTTTTG-TA-TA--A-AGAAAG--A--C-AGAGaaacaattaaa
gi|7 : TTTTTTA-------T--A-GT-TA---TA---TTT-GTTCAC-G--A-TAT--T-A---AC--A-TA-T----------T-----A---G---TGT-T---CTCTA-TTTA---GACAA-TAT-AT-ACAA--------------------------AA-AAGAA-A-A--G-----AGAT--------------------------TG--A------TA-TA--GG---G--AG--A-A--TTT--G-AATTAT-A-AATAAG--A--C-AG
gi|3 : ttttTTTTTTT-------T--T-TT-TT---TT---TTC-CACCAT-A-TA-CAT--C-A---G---A-TA-TT---A-----T-----A---G---T---TAG-TTC--------------AATAT-ATTACAAA----AAA-----------------------GAA-A-A--A----------GC-A-----------------TC--TATAA------TAGTATTGG---G--AG--A-T--TCT--GTAA-TAT-A-AG--AC--A--C-AGAtaagataaagaaagcagagtagg
gi|36 : ttttttattttTTTTTT--------T--T-TT-ATATATA---TTT-GTTCAC-A-TA-TAT--C-A---C---A-TA-T----ATAG--T-----A---G---T---T---CTCTA-TTAT---GACAAATAttagcagtaagagtataagaaca
gi|14 : TTTTTAA-------T--T-TT-TT---TA---TTTTGTTCAC-AATAATAT--C-A---G---A-TA-T----A-----TAAAGCA---G---T---CA--TTCTA-TCA----GA-AAACAC--C-ACAAA----A-------------------CAA-AGTAA--------------------G-----------------TCT-TG-AA------AA-TATGGG---G--AG--ATT--TTT--G----TAT-A-AGAAAG--A--C-
gi|12 : TCTTTTT-------T--T-TT-TT---TG---TTC-A---ACGA-TA-TAT--C-A---G---A-TA-T----A-----C-----A---GTCAT---T---CTCTA-TCA-----GTAAA----AC-ACAAA----CA-----------------CC-------A-A-A--A-----CAATAGT-A-----------------TC--TG-AA------AA-TAT-GG---GGAAG--A-T--TTT--T-TG-TAT-A-AGA
gi|21 : ttttttgtttgttTTTTTTA-------TAAT-TT-AT---T----TTT-GTT-AC-A-TA-TAT--C-A---G---A-TA-T----ACC---C-----A---T---T---T---C-CTA-TCA----GAAAAA-------ACAA-------------------------C---------A-A--A-----CAAT-AG-A-----------------TA--TA-AA-------A-TAT-GG---G--AG--A-T--TTT--T-TG-TAT-A-AGAAA---A--C-AG
gi|23 : TTTTTTACTTT---T--T-TT-TT---TT---TTT-GATCAC-A-TA-TAT--C-A---G---A-TA-T----A-----
gi|6 : TTTTTAAT-----T--T-TT-TT---TG---TT---TCCA--A-TA-TAT--C-A---ATATA-TA-T----AG----T-----A---G---T---T---CTCTA-ATAT---GACAAATAT-AT-ACAAA----AAG-------------------A-GGGGA-G-G--A-----GGGT-GCAA-----------------TC--TC-AATACATGTA-TAT-GG---G--AG--A-T--TTT--GAAA-TCT-G-AGAAAGAAA--C-AGAGTaccagtcagtagttaagaacaatcaagacaacaataattggacttgaaatatatgtggtttaagt
gi|32 : aTTTTTA-------T--T-TT-TT---TG---TTC-----AC-A-TA-TAT--C-A---G---A-TA-T----A-----T-----A---G---TAGTT---CTCTA-TTAT---GACAAATAT-AT-ACAAA----AAG-----------------AGA-AGGAA-ag
gi|24 : TTTTTA-------TAAT-TTATC---TG---ATC-G----C-A-TA-TAT--A-A---G---A-TA-T----A-----C-----AGTTG---T---T---CTCTA-TCA----GA-AA-----AT-ACAAA----TAG------------------A---------------------------A-----------------TC--TG-AA------GA-T----G---G--CA--A-T--TTT--G-AG-TAC-A-AGAAAG--A--C-
gi|15 : TTTTA-------T--T-TT-T-------------ATTCAC-A-TA-TAT--C-A---G---A--A-C----AG----T-----A---G---T---T---CTCTA-TCA----GA--AA----AT-ACAAA----AAG-------------------A-ACAAC-A-A--A-----AAGT-G--------------------TC--TG-AA------GA-TAT-GA---G--AG--A-T--TTT--G-AG-TAT-A-AGAAAG--A--CAAGAGT
gi|2 : TTT--------T--T-TT-TT---TG---T---GTTCAC-A-TA-C-T--C-A---G---A-TA-T----AAG---T-----A---G---T---T---CTCTA-TT-T---GACAA-TATTAT-ACAAA----AAG-------------------A-A--AA-A-A--A-----AATT-TC-A-----------------TC---G-AA------TA-TAT-GG---G--AG--A-T--TTT--G-AA-TAA-A-AGAAAG--A--C-AGAAT
gi|18 : attttttatgtgttgtgA-------T--T-TT-TT---T----TAC----CAC-A-TA-CAT--C-A---G---A-TA-T----A-----T-----A---GAAGT---T---CTCTA-TCA----GA-AAATAC---------------------------------CAA-AAGAACA-AC-A-----AAAT-TT-A-----------------TT--TG-AA------GA-TAT-GT---A--AG--G-T--TTT--G-AG-TAT-A-AGAAAG--A--C-aagcaagagtataagaaaacaagag
gi|30 : ata-------T--T-TT-TT---TT---TTT-GATCAC-A-TA-TAT--C-A---G---A-TA-T----A-----T-----A------------------CA-TTATAGAGACAAAAAA-AC-A-AAA----AAG----------------T
gi|16 : -TT-TT---TT---TTA-AATCAC-A-TA-TATATC-A---G---A-TA-T----ACAG--T-----A---G---T---T---CTCTA-TCA----GA--AA----AT-ACAAG----AAG---------------------AACAA-C-A--A-----AAA--GT-A-----------------TC--TG-AA------GA-TAT-GG---A--AG--AGT--TTT--G-AG-TGT-A-AGAAAG--A--C-ggctgaaaatatgtggttttaagta
gi|11 : -TT---TT---TTA-GTTCAC-A-TA-T-T--C-A---G---AATA-T----A-----T-----A---G---TAG-C---TTCAA-TT-----------TAT-AT-ACAAA----AAG---------------------------A-A--A-----AAA--GC-A-----------------TC--TA-AA------TA-TAT-GG---G--AAATA-T--TTT--GTAA-TAT-A-AGAAAG--A--C-AGA
gi|19 : ---TTT-GTTCAC-A-GA-TAT------------A-TA------G-----T-----A---G---T---T---CTCTA-TTAT---GACAAATAT-AT-ACAAA----AAG-----------------------AAA-A-A--A-----AAAT-GC-A-----------------TC--TG-AA------TA-TAT-GG---G--AG--A-T--TTT--G-AA-TAT-A-AGAAAG--A--C-AGAGTcgtaaggagtatacagaagacacgagt
gi|31 : ---TTT-GTTTAC-A-TA-TAT--C-A---G---C-TA-T----A-----T-----A---aaga
gi|37 : tTT-GTTCAC-A-TA-TAT--CTA---G---A-TA-TGCAGG-----T-----A---G---T---T---CTATA-TTAA---GAGA---------ACAAA----AAA----------------TCCA-Acagtagtagagacaaaaacaaatttaggtggtgaaaatattgtgggttttaag
gi|34 : TCAC-A-TA-TAT--C-A---G---A-TA-T----A-----T-----A---caaat
gi|20 : tga-A-TA-TAT--C-A---G---A-TA-T----ATG---T-----A---G---T---T---CTCTA-T----------AATAT-G--ACAAA----AAG------------------AA----AA-A-C--A-----AAAT-GC-A-----------------TCGATG-AG-------A--AT-GG---G--AG--A----TTT--G-AG-TAT-AGAGCAAG--AGTA-AGAGTcagtaagtagagacaaaaaacaatatagttggctgaaaacatgtggttttaa
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAATTTTATGTTTACATATATATCAGATCATACAGCAACTTCAAGATGAATAGTGACAATAATGGGAAGATTCTTGAGCAGAGAGCAAGAGAAAGAGAGAGTAGAGAAGAGT
Unaligned ( gi|22 ): TTCAAATATATTCAGATATACAAAACAGTTCCAAATGATTAACCGGTAATTTGAAATATGTGAGATTTTGAGGCAGGAGAGAAGAAAGAAAGAGAAAGAAGAGAAGAAG
Unaligned ( gi|25 ): TCACAATATATTCAGATATTACAGCAGTTCAAATGAGTTAGTTAGAATATGTGAGATTTTGAGCAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAGATGAAAAAGAGT
Unaligned ( gi|26 ): TATTTTTTGATCCAATAATAAAATCAGATAATATAGCAGTAGTAGAGACAAAAAACAGAATAAGTGCGCTGAAAATATACGTGGTTTTCAAGAGA
Unaligned ( gi|27 ): TTATTTTTTGAATCAACATATATTCAGATATATCAGTTAGTAAGAGACAAAAAATTTCAAAAACAAAGTGGGCTGAAAATATGTGGTTTTTAAGT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTTGATCACAATACATATCAGATAATATACAGTAGTAAAGACGACAATAGAACAATCTAATTGGCTGAAAATCATGTGGTTTTAAGTA
Unaligned ( gi|33 ): TATTTTTGATCACATATTTCAGATATATACAGTAGTAGAGACAAAAAAAAAACAAATGAGTAGCTGAAAATATGTGG
Unaligned ( gi|38 ): TTCACATATATATTCAGATATTACGTAATTCAAATGAATAGTTAAAGATATGGGAGATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 111111111111 222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 3 3 777777777777777777 22 333333333333 1 1 2 1 444 333 2 2 111111111111111111 7777777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 1 3 8888888 1 1 1 333 44 22 1 1 5 3 1 3 1 22 44 2
lowQualScore : . . .................. .. ............ . . . . ... ... . . .................. ....... .............................................................................................. .. . . ....... . . . ... .. .. . . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 2 2 444444444444444444 33 999999999999 5 4 9 4 555 999 9 9 999999999999999999 0000000 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 7 5 3333333 7 7 7 000 11 44 7 7 5 6 8 8 9 88 88 0
consensus : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TTTT---TT--TT-T-GTTCA-C-A-TA-TAT---CAG---A-TA-TA-----T--A-----G---T---T---CTCTAT-C-----A-GA-CAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------CAAA-GAAAA----AAAA-----------------------T-GC-ATC--T-G-AA------NA-TA-TG-G---G--AG--A-TTTT-G-AG-TA-T-A-AGAAAG--A--C-AGAGT
Reference ( family-3149 ) : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TTTT---TN--TT-C-GTTCA-C-A-TA-TAT---CAG---A-TA-TA-----T--A-----G---T---T---CTCTAT-C-----A-GA-CAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------CAAA-GAAAA----AAAA-----------------------T-GC-ATC--T-G-AA------NA-TA-TG-G---G--AG--A-TTTT-G-AG-TA-T-A-AGAAAG--A--C-AGAGT
gi|1 : ATAATTTTTT--------T---------T--TTAA---TT--TT-T-GTTCA-C-A-TA-T-T---CAG---ATTA-TA-----C--A-----G---T---CATGCTCTAT-C-----A-G---AA-ATA------AGAAAGGACCTCCCCTCCCCCCCCAAA-AAAAA----AAAACCCAAATACAACGAAAACATTTAT-GT-ATC--T-GAAA------AA-TA-TG-G---G--AG--A-TTAT-T-TG-TATT-A-AGAAAG--AC-C-AGAGT
gi|10 : ttttgttTTTTTTTA----TAATTTTTCA-------T---------T--TT--------------GTTCA-T---CA-TAC---TAG---A--A-TA-----T--AAGA--G---T---T----TCAAT----------A-CAA-------TACAAAAAG-------------------------------AAAA-------------------------GC-ATCC-T-A-AA------TA-TA-TG-G---G--AG--A-TTTT-G-AA-TA-TAA-AGAAAG--A--C-AGAga
gi|11 : ttcttttTT---TT--TT-A-GTTCA-C-A-TA-T-T---CAG---AATA-TA-----T--A-----G---TAG-C---TTCAAT-T---------------TATA-TACAAAAAG-------------------------AA----AAAA-------------------------GC-ATC--T-A-AA------TA-TA-TG-G---G--AAATA-TTTT-GTAA-TA-T-A-AGAAAG--A--C-AGAtaagagtataa
gi|12 : TTTCT--------T---------T--TTTT---TT--TT-T-GTTCAACGA-TA-TAT---CAG---A-TA-TA-----C--A-----G---TCATT---CTCTAT-C-----A-G--TAA-A---A-CACAAACAC-----------------CAAA----------ACAA-----------------------TAGT-ATC--T-G-AA------AA-TA-TG-G---GGAAG--A-TTTT-T-TG-TA-T-A-AGAcgtaaggagtatacagaagacacgagt
gi|13 : ttttttgtttgTTTTTTAATACGATT---------T--TTTT---TAGTTT-T-GTTCA-C-A-TA-TATCAACAG---A-TA-TA-----C--A-----GTAAT---T---CTCTAT-C-----A-G---------------------------------------AAA-CAACA----AAAA-----------------------TAGT-ATC--T-G-AA------AA-TA-T--G---G--AG--A-TTTT-T-TG-TA-TAA-AGAAAG--A--C-AGAG
gi|14 : TTTTTAA-------T---------T--TTTT---TA--TT-TTGTTCA-C-AATAATAT---CAG---A-TA-TA-----T--AAAGCAG---T---CA--TTCTAT-C-----A-GA--AA-ACAC--CACAAAA-------------------CAAA-GTAAG-------------------------------------TC--TTG-AA------AA-TA-TG-G---GG-AG--A-TTTT-T--G-TA-T-A-AGAAAG--A--C-
gi|15 : TTTTA-------T---------T--TTT-------------ATTCA-C-A-TA-TAT---CAG---A--A-CAG----T--A-----G---T---T---CTCTAT-C-----A-GA---A-A---A-TACAAAAAG-------------------AA-CAACA----AAAA-------------------------GT-GTC--T-G-AA------GA-TA-TG-A---G--AG--A-TTTT-G-AG-TA-T-A-AGAAAG--A--CAAGAGT
gi|16 : --TTTT---TT--TT-A-AATCA-C-A-TA-TATAT-CAG---A-TA-TACAG--T--A-----G---T---T---CTCTAT-C-----A-GA---A-A---A-TACAAGAAG-------------------AA-CAACA----AAAA-------------------------GT-ATC--T-G-AA------GA-TA-TG-G---A--AG--AGTTTT-G-AG-TG-T-A-AGAAAG--A--C-
gi|18 : TA-------A---------T--TTTT---TT--TA-C----CA-C-A-TA-CAT---CAG---A-TA-TA-----T--A-----GAAGT---T---CTCTAT-C-----A-GA---A-A---A-TACCAAAAG--------------------A-ACAAC----AAAA-----------------------T-TT-ATT--T-G-AA------GA-TA-TG-T---A--AG--G-TTTT-G-AG-TA-T-A-AGAAAG--A--C-
gi|19 : a--TT-T-GTTCA-C-A------------G---A-TA-TATAG--T--A-----G---T---T---CTCTAT-T-----ATGA-CAA-ATATA-TACAAAAAG----------------------AAAAA----AAAA-----------------------T-GC-ATC--T-G-AA------TA-TA-TG-G---G--AG--A-TTTT-G-AA-TA-T-A-AGAAAG--A--C-AGAGT
gi|2 : ATTTTTTA-------TGTGTTGTGTT--TTTT---TT--TTGT-GTTCA-C-A-TA-C-T---CAG---A-TA-TAAG---T--A-----G---T---T---CTCTAT-T-----T-GA-CAATAT-TA-TACAAAAAG--------------------A-AAAAA----AAAT-----------------------T-TC-ATC----G-AA------TA-TA-TG-G---G--AG--A-TTTT-G-AA-TA-A-A-AGAAAG--A--C-AGAATaaga
gi|20 : -A-TA-TAT---CAG---A-TA-TA-----TGTA-----G---T---T---CTCTAT--------------A-ATATG--ACAAAAAG--------------------A-AAAAC----AAAA-----------------------T-GC-ATCGAT-G-AG------AA-T---G-G---G--AG--A--TTT-G-AG-TA-T-AGAGCAAG--AGTA-AGAGTaagcaagagtataagaaaacaagag
gi|21 : TTTTTTA-------TAA-------T--TTAT---TT--TT---GTT-A-C-A-TA-TAT---CAG---A-TA-TACC---C--A-----T---T---T---C-CTAT-C-----A-GA-AAA-A------ACAA---------------------CAAA-CAATA----GATA-----------------------T-------------AA------AA-TA-TG-G---G--AG--A-TTTT-T-TG-TA-T-A-AGAAA---A--C-AGataagaaagac
gi|23 : TTTTTTACTTT---T---------T--TTTT---TT--TT-T-GATCA-C-A-TA-TAT---CAG---A-TA-TA-----
gi|24 : TTTTTA-------T---------A--ATTT----A--TC-T-GATCG-C-A-TA-TAT---AAG---A-TA-TA-----C--AGTT--G---T---T---CTCTAT-C-----A-GA--AA-ATA-----------------------------CAAA-TAGA-------------------------------------ATC--T-G-AA------GA-T-----G---G--CA--A-TTTT-G-AG-TA-C-A-AGAAAG--A--C-accagtcagtagttaagaacaatcaagacaacaataattggacttgaaatatatgtggtttaagt
gi|28 : ATAATTTTTTT-------T---------A--TTTT---TG--TT---------C-A-TA--------AG---A-TA-TA-----C--A-----GTA-T---T---CTCTAT-C-----A-GA--AA-ACA----ACAAAAA------------------C---------------AA-----------------------TAGT-ATC--T-G-AA-------A-TA-TG-G---G--AG--A-TTTT-
gi|3 : tatTTTTTTT-------T---------T--TTTT---TT--TT-C-CACCA-T-A-TA-CAT---CAG---A-TATTA-----T--A-----G---T---T----------------A-GT-TCA-ATATATTACAAA---------------------AAA-GAAAA----A----------------------------GC-ATC--T-ATAA------TAGTATTG-G---G--AG--A-TTCT-GTAA-TA-T-A-AG--AC--A--C-AGA
gi|30 : ttttttatttt-------T---------T--TTTT---TT--TT-T-GATCA-C-A-TA-TAT---CAG---A-TA-TA-----T--A-----------------CATTATAG-----A-GA-CA-----------AAAAAA-----------------C------AAA----AAAG-----------------------T-G---GC--T-G-AA------AA-TA-TGTG---G--------TTTT-A-AG-TA-ttagcagtaagagtataagaaca
gi|32 : TTTTTA-------T---------T--TTTT---T--------GTTCA-C-A-TA-TAT---CAG---A-TA-TATAG--T--A-----G---T---T---CTCTAT-T-----ATGA-CAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------AGAA-GGAA
gi|34 : TCA-C-A-TA-TAT---CAG---A-TA-TA-----T--A------------------------C-----A-G--TAA-GTAGA-GACAAAAAA-----------------CAA
gi|35 : tgaATTTTTTG-------T---------TATTTTTAA-TT--TT-T-GATCA-C-A-TA-TAT---CAG---A-TA-TA-----TACA-----G---T---T---AT-TAT-------A-GA-CAA-Atatagttggctgaaaacatgtggttttaa
gi|36 : TTTTTT--------T---------T--TTATATATA--TT-T-GTTCA-C-A-TA-TAT---CAC---A-TA-TATAG--T--A-----G---T---T---CTCTAT-T-----ATGA-CAA-ATAaaacaattaaa
gi|4 : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TTTT---TG--TT-C-GTTCA-C-A-TA-TAT---CAG---A-TA-TA-----T--A-----G---T---T---CTCTAT-T-----ATGA-CAA-ATATA-TACAAAAAGT----------------CAAAGGAAAA----AAAA-----------------------T-GC-ATC--T-G-AA------TA-TA-TG-G---G--AG--A-TTTT-G-AA-TA-T-A-AGAAAG--A--C-AGAGT
gi|5 : TTTTTA-------TAA-------T--TTTTA--TT--TT-T-GTTCA-A-AATA-TA----CAG---A-TAATA-----T--A-----G---T--------------------A-GTTCAA-CTATG-TACAAAAA-------------------AAT-GAAAA----AAA--------------------------GC-ATC--T---AA------AA-TA-TG-G---C--AG--A-TTTT-G-AAATA-T-A-AGAAAG--A--T-AGAG
gi|6 : tttttcTTTTTAAT-----T---------T--TTTT---TG--TT----TCCA---A-TA-TAT---CAATATA-TA-TAG----T--A-----G---T---T---CTCTAA-T-----ATGA-CAA-ATATA-TACAAAAAG------------------AGG-GGAGG----AGGG-----------------------T-GCAATC--T-C-AATACATGTA-TA-TG-G---G--AG--A-TTTT-GAAA-TC-T-G-AGAAAGAAA--C-AGAGTctaagagtataagaacagac
gi|7 : aTTTTTTA-------T---------A--GTTA---TA--TT-T-GTTCA-C-G--A-TAT---TAAC--A-TA-T------T--A-----G---TGT-T---CTCTAT-TT----A-GA-CAA--TATA-TACAAA---------------------AAA-GAAAA----GAGA-----------------------T---------T-G--A------TA-TA--G-G---G--AG--A-ATTT-G-AATTA-T-A-AATAAG--A--C-AGag
gi|8 : ttttTTTTTTTAAAA-TAATTTTTTA-------T---------T--TTT-------------GTTCA-C-A-TG-TAT---CAG---A-TA-CATACAGT--A-----G---T---T---CTATAT-CTTAAGA-GA-CAA-A--------AAAAAACCCCAACC---------CAAA-TAAAACAACAAAA-----------------------C-GT-AGC--T-G-A-----------------------GG--A-TTTT-A-AG----T-A-AGAAAG--A--G-AGAGtaagataaagaaagcagagtagg
gi|9 : TTTTTTAAAAA--ATGTTTTC-------T---------T--TATT---T---TT-C--TTCA-C-A-TA-TAT---CAT---A-TA-CAG----T--A-----G---T---T---CTCTAT-C-----A----CAA-A---A-TACTAGAAG-------------------AA-GAACA----CAAA-------------------------GT-ATC--T-A-AA------GA-TA-TG-ATAAG--AG--A-TTTTTG-AG-AA-T-A-AGAAAG--A--C-AGAGT
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAATTTTATGTTTACATATATATCAGATCATACAGCAACTTCAAGATGAATAGTGACAATAATGGGAAGATTCTTGAGCAGAGAGCAAGAGAAAGAGAGAGTAGAGAAGAGT
Unaligned ( gi|22 ): TTCAAATATATTCAGATATACAAAACAGTTCCAAATGATTAACCGGTAATTTGAAATATGTGAGATTTTGAGGCAGGAGAGAAGAAAGAAAGAGAAAGAAGAGAAGAAG
Unaligned ( gi|25 ): TCACAATATATTCAGATATTACAGCAGTTCAAATGAGTTAGTTAGAATATGTGAGATTTTGAGCAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAGATGAAAAAGAGT
Unaligned ( gi|26 ): TATTTTTTGATCCAATAATAAAATCAGATAATATAGCAGTAGTAGAGACAAAAAACAGAATAAGTGCGCTGAAAATATACGTGGTTTTCAAGAGA
Unaligned ( gi|27 ): TTATTTTTTGAATCAACATATATTCAGATATATCAGTTAGTAAGAGACAAAAAATTTCAAAAACAAAGTGGGCTGAAAATATGTGGTTTTTAAGT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTTGATCACAATACATATCAGATAATATACAGTAGTAAAGACGACAATAGAACAATCTAATTGGCTGAAAATCATGTGGTTTTAAGTA
Unaligned ( gi|31 ): TTTTGTTTACATATATCAGCTATATACAGTAGTAGAGACAAAAACAAATTTAGGTGGTGAAAATATTGTGGGTTTTAAG
Unaligned ( gi|33 ): TATTTTTGATCACATATTTCAGATATATACAGTAGTAGAGACAAAAAAAAAACAAATGAGTAGCTGAAAATATGTGG
Unaligned ( gi|37 ): TTGTTCACATATATCTAGATATGCAGGTAGTTCTATATTAAGAGAACAAAAAATCCAACAAAT
Unaligned ( gi|38 ): TTCACATATATATTCAGATATTACGTAATTCAAATGAATAGTTAAAGATATGGGAGATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111
lowQualScore : 11 555555555555555555 22 1 55 55 4444444 1 2222 1 1 1 1 555 333 2 1 1 333333333333333333 444444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 1 3 8888888 1 1 1 333 44 22 1 1111111111111111 8888 1 1 3 22 2 2
lowQualScore : .. .................. .. . .. .. ....... . .... . . . . ... ... . . . .................. ...... ............................................................................................... .. . . ....... . . . ... .. .. . ................ .... . . . .. . .
lowQualScore : 66 555555555555555555 44 6 22 00 6666666 4 9999 4 3 3 3 555 777 7 3 3 222222222222222222 888888 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 7 3 0000000 7 7 7 000 11 44 7 5555555555555555 5555 8 8 8 88 0 0
consensus : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGTT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----G---T--T---CTCTAT-C-----A-G-ACAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------CAAA-GAAAA----AAAA-----------------------T--GC-ATC--T-G-AA------NA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AG-TA-T-AAGAAAG--A-C-AGAGT
Reference ( family-3149 ) : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGTT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----G---T--T---CTCTAT-C-----A-G-ACAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------CAAA-GAAAA----AAAA-----------------------T--GC-ATC--T-G-AA------NA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AG-TA-T-AAGAAAG--A-C-AGAGT
gi|1 : ATAATTTTTT--------T---------T--TT-AA--T--T-------TT-TGTT----C-AC-A-TA-T-T---CAG---ATT-A-TA-----C--A-----G---T--CATGCTCTAT-C-----A-G---AA-ATA------AGAAAGGACCTCCCCTCCCCCCCCAAA-AAAAA----AAAACCCAAATACAACGAAAACATTTAT--GT-ATC--T-GAAA------AA-TA-TG-G---G--AG--A-TTA----------------T--T-TG-TATT-AAGAAAG--ACC-AGAGT
gi|10 : ttttgttTTTTTTA-------TAA-------T--TT-TT--CA-T-------TT-TGTT----C-AT---CA-TAC---TAG---A---A-TA-----T--AAGA--G---T--T----TCAAT-----------ACAA-------TACAAAAAG-------------------------------AAAA--------------------------GC-ATCC-T-A-AA------TA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AA-TA-TAAAGAAAG--A-C-AGAga
gi|11 : ttcttttt-TT--T--T-------TT-AGTT----C-AC-A-TA-T-T---CAG---AAT-A-TA-----T--A-----G---TAGC---TTCAAT-T---------------TATA-TACAAAAAG-------------------------AA----AAAA--------------------------GC-ATC--T-A-AA------TA-TA-TG-G---G--AAATA-TTT----------------T--GTAA-TA-T-AAGAAAG--A-C-AGAtaagagtataa
gi|12 : TTGTTTC-------T---------T--TTTTT--T--T-------TT-TGTT----CAACGA-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----C--A-----GTCAT--T---CTCTAT-C-----A-G--TAA-A---A-CACAAACAC-----------------C------AAA----ACAA-----------------------TA-GT-ATC--T-G-AA------AA-TA-TG-G---GGAAG--A-TTT----------------T--T-TG-TA-T-AAGAcgtaaggagtatacagaagacacgagt
gi|13 : ttttttgtTTTTTTAATACGATT---------T--TT-TT--TAGT-------TT-TGTT----C-AC-A-TA-TATCAACAG---A-T-A-TA-----C--A-----GTAAT--T---CTCTAT-C-----A-G---------------------------------------AAA-CAACA----AAAA-----------------------TA-GT-ATC--T-G-AA------AA-TA-T--G---G--AG--A-TTT----------------T--T-TG-TA-TAAAGAAAG--A-C-AGAG
gi|14 : TTTTTAA-------T---------T--TT-TT--TA-T-------TT-TGTT----C-AC-AATAATAT---CAG---A-T-A-TA-----T--AAAGCAG---T--CA--TTCTAT-C-----A-G-A-AA-ACAC--CACAAAA-------------------CAAA-GTAAG--------------------------------------TC--TTG-AA------AA-TA-TG-G---GG-AG--A-TTT----------------T--T--G-TA-T-AAGAAAG--A-C-
gi|15 : ---------T--TT-TA--T--T-------TT-TATT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A---A-CAG----T--A-----G---T--T---CTCTAT-C-----A-G-A--A-A---A-TACAAAAAG-------------------AA-CAACA----AAAA--------------------------GT-GTC--T-G-AA------GA-TA-TG-A---G--AG--A-TTT----------------T--G-AG-TA-T-AAGAAAG--A-CAAGAGT
gi|16 : --TT-TT--T--T-------TT-AAAT----C-AC-A-TA-TATAT-CAG---A-T-A-TACAG--T--A-----G---T--T---CTCTAT-C-----A-G-A--A-A---A-TACAAGAAG-------------------AA-CAACA----AAAA--------------------------GT-ATC--T-G-AA------GA-TA-TG-G---A--AG--AGTTT----------------T--G-AG-TG-T-AAGAAAG--A-C-
gi|18 : T-TT--T--T-------TT-TAC-----C-AC-A-TA-CAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----GAAGT--T---CTCTAT-C-----A-G-A--A-A---A-TACCAAAAG--------------------A-ACAAC----AAAA-----------------------T--TT-ATT--T-G-AA------GA-TA-TG-T---A--AG--G-TTT----------------T--G-AG-TA-T-AAGAAAG--A-C-
gi|19 : ataa-------TT-TGTT----C-AC-A------------G---A-T-A-TATAG--T--A-----G---T--T---CTCTAT-T-----ATG-ACAA-ATATA-TACAAAAAG----------------------AAAAA----AAAA-----------------------T--GC-ATC--T-G-AA------TA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AA-TA-T-AAGAAAG--A-C-AGAGT
gi|2 : ATTTTTTA-------TGTGTTGTGTT--TT-TT--T--T-------TTGTGTT----C-AC-A-TA-C-T---CAG---A-T-A-TAAG---T--A-----G---T--T---CTCTAT-T-----T-G-ACAATAT-TA-TACAAAAAG--------------------A-AAAAA----AAAT-----------------------T--TC-ATC----G-AA------TA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AA-TA-A-AAGAAAG--A-C-AGAATaaga
gi|20 : -A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----TGTA-----G---T--T---CTCTAT--------------A-ATATG--ACAAAAAG--------------------A-AAAAC----AAAA-----------------------T--GC-ATCGAT-G-AG------AA-T---G-G---G--AG--A-TTTGAGTATAGAGCAAGAGTAAG-AG-TA-T-AAGAAAG--A-C-aagcaagagtataagaaaacaagag
gi|21 : TTTTTTA-------T---------A--AT-TTA-T--T-------TT-TGTT------AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TACC---C--A-----T---T--T---C-CTAT-C-----A-G-AAAA-A------ACAA---------------------CAAA-CAATA----GATA-----------------------T--------------AA------AA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--T-TG-TA-T-AAGAAA---A-C-AG
gi|23 : TTTTTTACTTT---T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGAT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----
gi|24 : TTTTTA-------T---------A--AT-TT--A--T-------CT--GAT----C-GC-A-TA-TAT---AAG---A-T-A-TA-----C--AGTT--G---T--T---CTCTAT-C-----A-G-A-AA-ATA-----------------------------CAAA-TAGA--------------------------------------ATC--T-G-AA------GA-T-----G---G--CA--A-TTT----------------T--G-AG-TA-C-AAGAAAG--A-C-accagtcagtagttaagaacaatcaagacaacaataattggacttgaaatatatgtggtttaagt
gi|28 : ATAATTTTTT----------------------T-TA--T--T-------TT-TGTT----C-AT-A-----------AG---A-T-A-TA-----C--A-----GTA-T--T---CTCTAT-C-----A-G-A-AA-ACA----ACAAAAA------------------C---------------AA-----------------------TA-GT-ATC--T-G-AA-------A-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--
gi|3 : tatATTTTTTT-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TTTTCCACC-AT-A-TA-CAT---CAG---A-T-ATTA-----T--A-----G---T--T----------------A-G-TTCA-ATATATTACAAA---------------------AAA-GAAAA----A-----------------------------GC-ATC--T-ATAA------TAGTATTG-G---G--AG--A-TTC----------------T--GTAA-TA-T-AAG--AC--A-C-AGA
gi|30 : tttttt-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGAT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A----------------CATTATAG-----A-G-ACA-----------AAAAAA-----------------C------AAA----AAAG-----------------------T--G---GC--T-G-AA------AA-TA-TGTG---G--------TTT----------------T--A-AG-TA-ttagcagtaagagtataagaaca
gi|31 : --T-------TT-TGTT----T-AC-A-TA-TAT---CAG---C-T-A-TA-----T--A-----
gi|32 : TTTTTA-------T---------T--TT----------------TT-TGTT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TATAG--T--A-----G---T--T---CTCTAT-T-----ATG-ACAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------AGAA-GGAAcagtagtagagacaaaaacaaatttaggtggtgaaaatattgtgggttttaag
gi|33 : --T--T-------TT-TGAT----C-AC-A-TA-TTT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----------------------C-----A-G---TA-GTAGA-GACAA----------------------AAA-AAAAA----CAAA-----------------------TGAGT-AGC--T-G-AA------AA-TA-TG-
gi|34 : ta-TGAT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----------------------C-----A-G--TAA-GTAGA-GACAAAAAA-----------------CAAtgg
gi|35 : ATTTTTTG-------T---------TATTT-TTAAT--T-------TT-TGAT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----TACA-----G---T--T---AT-TAT-------A-G-ACAA-Atatagttggctgaaaacatgtggttttaa
gi|36 : -------T---------T--TT-TT--T--TATATATATT-TGTT----C-AC-A-TA-TAT---CAC---A-T-A-TATAG--T--A-----G---T--T---CTCTAT-T-----ATG-ACAA-ATAaaacaattaaa
gi|4 : ttTTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TT-TT--T--G-------TT-CGTT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----G---T--T---CTCTAT-T-----ATG-ACAA-ATATA-TACAAAAAGT----------------CAAAGGAAAA----AAAA-----------------------T--GC-ATC--T-G-AA------TA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AA-TA-T-AAGAAAG--A-C-AGAGT
gi|5 : TTTTTA-------TAA-------T--TT-TTA-T--T-------TT-TGTT----C-AA-A--A-TATA--CAG---A-TAA-TA-----T--A-----G---T-------------------A-GTTCAA-CTATG-TACAAAAA-------------------AAT-GAAAA----AAA---------------------------GC-ATC--T---AA------AA-TA-TG-G---C--AG--A-TTT----------------T--GAAA-TA-T-AAGAAAG--A-T-AGAG
gi|6 : tttttcATTTTTAA-------T---------T--TT-TT--T--T-------GT-T-TC----C-A--A-TA-TAT---CAATATA-T-A-TAG----T--A-----G---T--T---CTCTAA-T-----ATG-ACAA-ATATA-TACAAAAAG------------------AGG-GGAGG----AGGG-----------------------T--GCAATC--T-C-AATACATGTA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--GAAA-TC-T-GAGAAAGAAA-C-AGAGTctaagagtataagaacagac
gi|7 : TTTTTTA-------T---------A--GT-TA--T--A-------TT-TGTT----C-AC-G--A-TAT---TAAC--A-T-A-T------T--A-----G---TGTT---CTCTAT-TT----A-G-ACAA--TATA-TACAAA---------------------AAA-GAAAA----GAGA-----------------------T----------T-G--A------TA-TA--G-G---G--AG--A-ATT----------------T--G-AATTA-T-AAATAAG--A-C-AGag
gi|8 : ttttTTTTTTTAAAA-TAATTTTTTA-------T---------T--TT-------------------TGTT----C-AC-A-TG-TAT---CAG---A-T-A-CATACAGT--A-----G---T--T---CTATAT-CTTAAGA-G-ACAA-A--------AAAAAACCCCAACC---------CAAA-TAAAACAACAAAA-----------------------C--GT-AGC--T-G-A-----------------------GG--A-TTT----------------T--A-AG----T-AAGAAAG--A-G-AGAGtaagataaagaaagcagagtagg
gi|9 : TTTTTTAAAAA--ATGTTTTC-------T---------T--TA-TT--T--T-------TC-T--T----C-AC-A-TA-TAT---CAT---A-T-A-CAG----T--A-----G---T--T---CTCTAT-C-----A----CAA-A---A-TACTAGAAG-------------------AA-GAACA----CAAA--------------------------GT-ATC--T-A-AA------GA-TA-TG-ATAAG--AG--A-TTT----------------TT-G-AG-AA-T-AAGAAAG--A-C-AGAGT
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAATTTTATGTTTACATATATATCAGATCATACAGCAACTTCAAGATGAATAGTGACAATAATGGGAAGATTCTTGAGCAGAGAGCAAGAGAAAGAGAGAGTAGAGAAGAGT
Unaligned ( gi|22 ): TTCAAATATATTCAGATATACAAAACAGTTCCAAATGATTAACCGGTAATTTGAAATATGTGAGATTTTGAGGCAGGAGAGAAGAAAGAAAGAGAAAGAAGAGAAGAAG
Unaligned ( gi|25 ): TCACAATATATTCAGATATTACAGCAGTTCAAATGAGTTAGTTAGAATATGTGAGATTTTGAGCAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAGATGAAAAAGAGT
Unaligned ( gi|26 ): TATTTTTTGATCCAATAATAAAATCAGATAATATAGCAGTAGTAGAGACAAAAAACAGAATAAGTGCGCTGAAAATATACGTGGTTTTCAAGAGA
Unaligned ( gi|27 ): TTATTTTTTGAATCAACATATATTCAGATATATCAGTTAGTAAGAGACAAAAAATTTCAAAAACAAAGTGGGCTGAAAATATGTGGTTTTTAAGT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTTGATCACAATACATATCAGATAATATACAGTAGTAAAGACGACAATAGAACAATCTAATTGGCTGAAAATCATGTGGTTTTAAGTA
Unaligned ( gi|37 ): TTGTTCACATATATCTAGATATGCAGGTAGTTCTATATTAAGAGAACAAAAAATCCAACAAAT
Unaligned ( gi|38 ): TTCACATATATATTCAGATATTACGTAATTCAAATGAATAGTTAAAGATATGGGAGATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111
lowQualScore : 11 555555555555555555 22 1 55 55 4444444 1 2222 1 1 1 1 555 333 2 1 1 333333333333333333 444444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 1 3 8888888 1 1 1 333 44 22 1 1111111111111111 8888 1 1 3 22 2 2
lowQualScore : .. .................. .. . .. .. ....... . .... . . . . ... ... . . . .................. ...... ............................................................................................... .. . . ....... . . . ... .. .. . ................ .... . . . .. . .
lowQualScore : 66 555555555555555555 44 6 22 00 6666666 4 9999 4 3 3 3 555 777 7 3 3 222222222222222222 888888 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 7 3 0000000 7 7 7 000 11 44 7 5555555555555555 5555 8 8 8 88 0 0
consensus : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGTT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----G---T--T---CTCTAT-C-----A-G-ACAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------CAAA-GAAAA----AAAA-----------------------T--GC-ATC--T-G-AA------NA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AG-TA-T-AAGAAAG--A-C-AGAGT
Reference ( family-3149 ) : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGTT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----G---T--T---CTCTAT-C-----A-G-ACAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------CAAA-GAAAA----AAAA-----------------------T--GC-ATC--T-G-AA------NA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AG-TA-T-AAGAAAG--A-C-AGAGT
gi|1 : ATAATTTTTT--------T---------T--TT-AA--T--T-------TT-TGTT----C-AC-A-TA-T-T---CAG---ATT-A-TA-----C--A-----G---T--CATGCTCTAT-C-----A-G---AA-ATA------AGAAAGGACCTCCCCTCCCCCCCCAAA-AAAAA----AAAACCCAAATACAACGAAAACATTTAT--GT-ATC--T-GAAA------AA-TA-TG-G---G--AG--A-TTA----------------T--T-TG-TATT-AAGAAAG--ACC-AGAGT
gi|10 : ttttgttTTTTTTA-------TAA-------T--TT-TT--CA-T-------TT-TGTT----C-AT---CA-TAC---TAG---A---A-TA-----T--AAGA--G---T--T----TCAAT-----------ACAA-------TACAAAAAG-------------------------------AAAA--------------------------GC-ATCC-T-A-AA------TA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AA-TA-TAAAGAAAG--A-C-AGAga
gi|11 : ttcttttt-TT--T--T-------TT-AGTT----C-AC-A-TA-T-T---CAG---AAT-A-TA-----T--A-----G---TAGC---TTCAAT-T---------------TATA-TACAAAAAG-------------------------AA----AAAA--------------------------GC-ATC--T-A-AA------TA-TA-TG-G---G--AAATA-TTT----------------T--GTAA-TA-T-AAGAAAG--A-C-AGAtaagagtataa
gi|12 : TTGTTTC-------T---------T--TTTTT--T--T-------TT-TGTT----CAACGA-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----C--A-----GTCAT--T---CTCTAT-C-----A-G--TAA-A---A-CACAAACAC-----------------C------AAA----ACAA-----------------------TA-GT-ATC--T-G-AA------AA-TA-TG-G---GGAAG--A-TTT----------------T--T-TG-TA-T-AAGAcgtaaggagtatacagaagacacgagt
gi|13 : ttttttgtTTTTTTAATACGATT---------T--TT-TT--TAGT-------TT-TGTT----C-AC-A-TA-TATCAACAG---A-T-A-TA-----C--A-----GTAAT--T---CTCTAT-C-----A-G---------------------------------------AAA-CAACA----AAAA-----------------------TA-GT-ATC--T-G-AA------AA-TA-T--G---G--AG--A-TTT----------------T--T-TG-TA-TAAAGAAAG--A-C-AGAG
gi|14 : TTTTTAA-------T---------T--TT-TT--TA-T-------TT-TGTT----C-AC-AATAATAT---CAG---A-T-A-TA-----T--AAAGCAG---T--CA--TTCTAT-C-----A-G-A-AA-ACAC--CACAAAA-------------------CAAA-GTAAG--------------------------------------TC--TTG-AA------AA-TA-TG-G---GG-AG--A-TTT----------------T--T--G-TA-T-AAGAAAG--A-C-
gi|15 : ---------T--TT-TA--T--T-------TT-TATT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A---A-CAG----T--A-----G---T--T---CTCTAT-C-----A-G-A--A-A---A-TACAAAAAG-------------------AA-CAACA----AAAA--------------------------GT-GTC--T-G-AA------GA-TA-TG-A---G--AG--A-TTT----------------T--G-AG-TA-T-AAGAAAG--A-CAAGAGT
gi|16 : --TT-TT--T--T-------TT-AAAT----C-AC-A-TA-TATAT-CAG---A-T-A-TACAG--T--A-----G---T--T---CTCTAT-C-----A-G-A--A-A---A-TACAAGAAG-------------------AA-CAACA----AAAA--------------------------GT-ATC--T-G-AA------GA-TA-TG-G---A--AG--AGTTT----------------T--G-AG-TG-T-AAGAAAG--A-C-
gi|18 : T-TT--T--T-------TT-TAC-----C-AC-A-TA-CAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----GAAGT--T---CTCTAT-C-----A-G-A--A-A---A-TACCAAAAG--------------------A-ACAAC----AAAA-----------------------T--TT-ATT--T-G-AA------GA-TA-TG-T---A--AG--G-TTT----------------T--G-AG-TA-T-AAGAAAG--A-C-
gi|19 : ataa-------TT-TGTT----C-AC-A------------G---A-T-A-TATAG--T--A-----G---T--T---CTCTAT-T-----ATG-ACAA-ATATA-TACAAAAAG----------------------AAAAA----AAAA-----------------------T--GC-ATC--T-G-AA------TA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AA-TA-T-AAGAAAG--A-C-AGAGT
gi|2 : ATTTTTTA-------TGTGTTGTGTT--TT-TT--T--T-------TTGTGTT----C-AC-A-TA-C-T---CAG---A-T-A-TAAG---T--A-----G---T--T---CTCTAT-T-----T-G-ACAATAT-TA-TACAAAAAG--------------------A-AAAAA----AAAT-----------------------T--TC-ATC----G-AA------TA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AA-TA-A-AAGAAAG--A-C-AGAATaaga
gi|20 : -A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----TGTA-----G---T--T---CTCTAT--------------A-ATATG--ACAAAAAG--------------------A-AAAAC----AAAA-----------------------T--GC-ATCGAT-G-AG------AA-T---G-G---G--AG--A-TTTGAGTATAGAGCAAGAGTAAG-AG-TA-T-AAGAAAG--A-C-aagcaagagtataagaaaacaagag
gi|21 : TTTTTTA-------T---------A--AT-TTA-T--T-------TT-TGTT------AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TACC---C--A-----T---T--T---C-CTAT-C-----A-G-AAAA-A------ACAA---------------------CAAA-CAATA----GATA-----------------------T--------------AA------AA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--T-TG-TA-T-AAGAAA---A-C-AG
gi|23 : TTTTTTACTTT---T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGAT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----
gi|24 : TTTTTA-------T---------A--AT-TT--A--T-------CT--GAT----C-GC-A-TA-TAT---AAG---A-T-A-TA-----C--AGTT--G---T--T---CTCTAT-C-----A-G-A-AA-ATA-----------------------------CAAA-TAGA--------------------------------------ATC--T-G-AA------GA-T-----G---G--CA--A-TTT----------------T--G-AG-TA-C-AAGAAAG--A-C-accagtcagtagttaagaacaatcaagacaacaataattggacttgaaatatatgtggtttaagt
gi|28 : ATAATTTTTT----------------------T-TA--T--T-------TT-TGTT----C-AT-A-----------AG---A-T-A-TA-----C--A-----GTA-T--T---CTCTAT-C-----A-G-A-AA-ACA----ACAAAAA------------------C---------------AA-----------------------TA-GT-ATC--T-G-AA-------A-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--
gi|3 : tatATTTTTTT-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TTTTCCACC-AT-A-TA-CAT---CAG---A-T-ATTA-----T--A-----G---T--T----------------A-G-TTCA-ATATATTACAAA---------------------AAA-GAAAA----A-----------------------------GC-ATC--T-ATAA------TAGTATTG-G---G--AG--A-TTC----------------T--GTAA-TA-T-AAG--AC--A-C-AGA
gi|30 : tttttt-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGAT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A----------------CATTATAG-----A-G-ACA-----------AAAAAA-----------------C------AAA----AAAG-----------------------T--G---GC--T-G-AA------AA-TA-TGTG---G--------TTT----------------T--A-AG-TA-ttagcagtaagagtataagaaca
gi|31 : --T-------TT-TGTT----T-AC-A-TA-TAT---CAG---C-T-A-TA-----T--A-----
gi|32 : TTTTTA-------T---------T--TT----------------TT-TGTT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TATAG--T--A-----G---T--T---CTCTAT-T-----ATG-ACAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------AGAA-GGAAcagtagtagagacaaaaacaaatttaggtggtgaaaatattgtgggttttaag
gi|33 : --T--T-------TT-TGAT----C-AC-A-TA-TTT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----------------------C-----A-G---TA-GTAGA-GACAA----------------------AAA-AAAAA----CAAA-----------------------TGAGT-AGC--T-G-AA------AA-TA-TG-
gi|34 : ta-TGAT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----------------------C-----A-G--TAA-GTAGA-GACAAAAAA-----------------CAAtgg
gi|35 : ATTTTTTG-------T---------TATTT-TTAAT--T-------TT-TGAT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----TACA-----G---T--T---AT-TAT-------A-G-ACAA-Atatagttggctgaaaacatgtggttttaa
gi|36 : -------T---------T--TT-TT--T--TATATATATT-TGTT----C-AC-A-TA-TAT---CAC---A-T-A-TATAG--T--A-----G---T--T---CTCTAT-T-----ATG-ACAA-ATAaaacaattaaa
gi|4 : ttTTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TT-TT--T--G-------TT-CGTT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----G---T--T---CTCTAT-T-----ATG-ACAA-ATATA-TACAAAAAGT----------------CAAAGGAAAA----AAAA-----------------------T--GC-ATC--T-G-AA------TA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AA-TA-T-AAGAAAG--A-C-AGAGT
gi|5 : TTTTTA-------TAA-------T--TT-TTA-T--T-------TT-TGTT----C-AA-A--A-TATA--CAG---A-TAA-TA-----T--A-----G---T-------------------A-GTTCAA-CTATG-TACAAAAA-------------------AAT-GAAAA----AAA---------------------------GC-ATC--T---AA------AA-TA-TG-G---C--AG--A-TTT----------------T--GAAA-TA-T-AAGAAAG--A-T-AGAG
gi|6 : tttttcATTTTTAA-------T---------T--TT-TT--T--T-------GT-T-TC----C-A--A-TA-TAT---CAATATA-T-A-TAG----T--A-----G---T--T---CTCTAA-T-----ATG-ACAA-ATATA-TACAAAAAG------------------AGG-GGAGG----AGGG-----------------------T--GCAATC--T-C-AATACATGTA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--GAAA-TC-T-GAGAAAGAAA-C-AGAGTctaagagtataagaacagac
gi|7 : TTTTTTA-------T---------A--GT-TA--T--A-------TT-TGTT----C-AC-G--A-TAT---TAAC--A-T-A-T------T--A-----G---TGTT---CTCTAT-TT----A-G-ACAA--TATA-TACAAA---------------------AAA-GAAAA----GAGA-----------------------T----------T-G--A------TA-TA--G-G---G--AG--A-ATT----------------T--G-AATTA-T-AAATAAG--A-C-AGag
gi|8 : ttttTTTTTTTAAAA-TAATTTTTTA-------T---------T--TT-------------------TGTT----C-AC-A-TG-TAT---CAG---A-T-A-CATACAGT--A-----G---T--T---CTATAT-CTTAAGA-G-ACAA-A--------AAAAAACCCCAACC---------CAAA-TAAAACAACAAAA-----------------------C--GT-AGC--T-G-A-----------------------GG--A-TTT----------------T--A-AG----T-AAGAAAG--A-G-AGAGtaagataaagaaagcagagtagg
gi|9 : TTTTTTAAAAA--ATGTTTTC-------T---------T--TA-TT--T--T-------TC-T--T----C-AC-A-TA-TAT---CAT---A-T-A-CAG----T--A-----G---T--T---CTCTAT-C-----A----CAA-A---A-TACTAGAAG-------------------AA-GAACA----CAAA--------------------------GT-ATC--T-A-AA------GA-TA-TG-ATAAG--AG--A-TTT----------------TT-G-AG-AA-T-AAGAAAG--A-C-AGAGT
blockSeqs : AT ATGTGTTGTGT AT T AA AG ATATATA G CCAC A G A A CAA TAT A A T TAAAGCAG AGC CTTAAGAGACAAAAAAAAACCCCAACCCAAATAAAACAACAAAACGT GA T T TACATGT G T T TAA GA AT G GAGTATAGAGCAAGAG AAG T . A AA . A
blockSeqs : AT AATACGATT . . A A . . . . . . . AT C . . . TACAGTAG GTT TATGACAAATATATACAAAAAGTCAAAGGAAAAAAAATGC C . . T . . . . G . . . GT . . A . . .
blockSeqs : T ACTTTT . . A A . . . . . . . A . . . . TAAGAG CA TATGACAAATATATACAAAAAGAGGGGAGGAGGGTGCA . . . T . . . . . . . . GT . . . . . .
blockSeqs : A ATAA . . . . . . . . . . . . . . . . CAGTCA T TATGACAAATATATACAAAAAGAAAAAAAAATGC . . . A . . . . . . . . GA . . . . . .
blockSeqs : ATAA . . . . . . . . . . . . . . . . CAGTAA T TTGACAATATTATACAAAAAGAAAAAAAAATTTC . . . A . . . . . . . . GA . . . . . .
blockSeqs : CT . . . . . . . . . . . . . . . . CAGTAG T AGTTCAACTATGTACAAAAAAATGAAAAAAAGC . . . A . . . . . . . . TG . . . . . .
blockSeqs : AT . . . . . . . . . . . . . . . . TAGAAG T CAGTAGTAGAGACAAAAAAAAAACAAATGAGT . . . G . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : AT . . . . . . . . . . . . . . . . TAGTAG T TTAGACAATATATACAAAAAAGAAAAGAGAT . . . G . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : AT . . . . . . . . . . . . . . . . CAGTTG T CAGTAAAACACAAACACCAAAACAATAGT . . . G . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : TT . . . . . . . . . . . . . . . . TAGTAG T CAGAAAATACAAAAAGAACAACAAAAAGT . . . T . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : AT . . . . . . . . . . . . . . . . TAGTAG T CAGAAAATACAAGAAGAACAACAAAAAGT . . . T . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : GT . . . . . . . . . . . . . . . . AGTAG T CAGAAAATACCAAAAGAACAACAAAATTT . . . A . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : AT . . . . . . . . . . . . . . . . TGTAG T AGTTCAATATATTACAAAAAAGAAAAAGC . . . A . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : AT . . . . . . . . . . . . . . . . CCCAT T CACAAAATACTAGAAGAAGAACACAAAGT . . . G . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : AT . . . . . . . . . . . . . . . . CAGTA T AATATGACAAAAAGAAAAACAAAATGC . . . T . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : AT . . . . . . . . . . . . . . . . TACAG T CAGAAAACACCACAAAACAAAGTAAG . . . A . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : CT . . . . . . . . . . . . . . . . GTAG T CAGAAAAAACAACAAACAATAGATAT . . . A . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . GTAG T CAGAAAACAACAAAAACAATAGT . . . T . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . GTAG T AGAGACAAAAAAACAAAAAAGTG . . . A . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TAG T TTATATACAAAAAGAAAAAAGC . . . T . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TAG T ACAATACAAAAAGAAAAGC . . . G . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TAG T CAGAAACAACAAAAATAGT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TAG T CAGAAAATACAAATAGA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TAG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : AT AT**************** TAGTAG************ T*****
originalCons : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGTT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TA-----T--A-----G---T--T---CTCTAT-C-----A-G-ACAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------CAAA-GAAAA----AAAA-----------------------T--GC-ATC--T-G-AA------NA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AG-TA-T-AAGAAAG--A-C-AGAGT
finalCons : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTAT----------------T--TT-TT--T--T-------TT-TGTT----C-AC-A-TA-TAT---CAG---A-T-A-TATAGTAG------------TT-----CTCTAT-C-----A-G-ACAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------CAAA-GAAAA----AAAA-----------------------T--GC-ATC--T-G-AA------NA-TA-TG-G---G--AG--A-TTT----------------T--G-AG-TA-T-AAGAAAG--A-C-AGAGT
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAATTTTATGTTTACATATATATCAGATCATACAGCAACTTCAAGATGAATAGTGACAATAATGGGAAGATTCTTGAGCAGAGAGCAAGAGAAAGAGAGAGTAGAGAAGAGT
Unaligned ( gi|22 ): TTCAAATATATTCAGATATACAAAACAGTTCCAAATGATTAACCGGTAATTTGAAATATGTGAGATTTTGAGGCAGGAGAGAAGAAAGAAAGAGAAAGAAGAGAAGAAG
Unaligned ( gi|25 ): TCACAATATATTCAGATATTACAGCAGTTCAAATGAGTTAGTTAGAATATGTGAGATTTTGAGCAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAGATGAAAAAGAGT
Unaligned ( gi|26 ): TATTTTTTGATCCAATAATAAAATCAGATAATATAGCAGTAGTAGAGACAAAAAACAGAATAAGTGCGCTGAAAATATACGTGGTTTTCAAGAGA
Unaligned ( gi|27 ): TTATTTTTTGAATCAACATATATTCAGATATATCAGTTAGTAAGAGACAAAAAATTTCAAAAACAAAGTGGGCTGAAAATATGTGGTTTTTAAGT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTTGATCACAATACATATCAGATAATATACAGTAGTAAAGACGACAATAGAACAATCTAATTGGCTGAAAATCATGTGGTTTTAAGTA
Unaligned ( gi|37 ): TTGTTCACATATATCTAGATATGCAGGTAGTTCTATATTAAGAGAACAAAAAATCCAACAAAT
Unaligned ( gi|38 ): TTCACATATATATTCAGATATTACGTAATTCAAATGAATAGTTAAAGATATGGGAGATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 11 555555555555555555 22 1 55 44 4444444 1 2222 1 1 444 1 11 1 222 666 2 11 2 666666666 33 1 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44 1 3 8888888 1 1 444 44 22 3 5 3 1 3 1 22 44 2
lowQualScore : .. .................. .. . .. .. ....... . .... . . ... . .. . ... ... . .. . ......... .. . . ................................................................................................ .. . . ....... . . ... .. .. . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 66 555555555555555555 44 6 00 88 5555555 3 8888 3 3 888 3 88 3 333 666 6 88 6 444444444 11 3 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 7 3 0000000 7 7 666 11 44 5 5 6 8 8 9 88 88 0
consensus : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGTT----C-AC-A---TA-TAT--C-A---G---A-T--A-TA------C--A--G-TAGTT-CTCTAT-C-----A----GACAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------CAAA-GAAAA----AAAA-----------------------T-GC-ATC--T-G-AA------NA-TA-TG---GG--AG--A-TTTTG-AG-TA-T-A-AGAAAG--A--C-AGAGT
Reference ( family-3149 ) : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGTT----C-AC-A---TA-TAT--C-A---G---A-T--A-TA------T--A--G-TAGTT-CTCTAT-C-----A----GACAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------CAAA-GAAAA----AAAA-----------------------T-GC-ATC--T-G-AA------NA-TA-TG---GG--AG--A-TTTTG-AG-TA-T-A-AGAAAG--A--C-AGAGT
gi|1 : ATAATTTTTT--------T---------T--TT-AA--T--T-------TT-TGTT----C-AC-A---TA-T-T--C-A---G---ATT--A-TA------C--A--G-TCATG-CTCTAT-C-----A----G--AA-ATA------AGAAAGGACCTCCCCTCCCCCCCCAAA-AAAAA----AAAACCCAAATACAACGAAAACATTTAT-GT-ATC--T-GAAA------AA-TA-TG---GG--AG--A-TTATT-TG-TATT-A-AGAAAG--AC-C-AGAGT
gi|10 : ttttgttTTTTTTA-------TAA-------T--TT-TT--CA-T-------TT-TGTT----C-AT-----CA-TAC--T-A---G---A----A-TA------T--A--A-GAGTT--TCAAT-------------ACAA-------TACAAAAAG-------------------------------AAAA-------------------------GC-ATCC-T-A-AA------TA-TA-TG---GG--AG--A-TTTTG-AA-TA-TAA-AGAAAG--A--C-AGAga
gi|11 : ttcttttt-TT--T--T-------TT-AGTT----C-AC-A---TA-T-T--C-A---G---AAT--A-TA------T--A--G-TAGCT--TCAAT-T-----------------TATA-TACAAAAAG-------------------------AA----AAAA-------------------------GC-ATC--T-A-AA------TA-TA-TG---GG--AAATA-TTTTGTAA-TA-T-A-AGAAAG--A--C-AGAtaagagtataa
gi|12 : TTGTTTC-------T---------T--TTTTT--T--T-------TT-TGTT----CAACGA---TA-TAT--C-A---G---A-T--A-TA------C--A--G-TCATT-CTCTAT-C-----A----G-TAA-A---A-CACAAACAC-----------------C------AAA----ACAA-----------------------TAGT-ATC--T-G-AA------AA-TA-TG---GGGAAG--A-TTTTT-TG-TA-T-A-AGAcgtaaggagtatacagaagacacgagt
gi|13 : ttttttgtTTTTTTAATACGATT---------T--TT-TT--TAGT-------TT-TGTT----C-AC-A---TA-TAT--C-AACAG---A-T--A-TA------C--A--G-TAATT-CTCTAT-C-----A----G--------------------------------------AAA-CAACA----AAAA-----------------------TAGT-ATC--T-G-AA------AA-TA-T----GG--AG--A-TTTTT-TG-TA-TAA-AGAAAG--A--C-AGAG
gi|14 : TTTTTAA-------T---------T--TT-TT--TA-T-------TT-TGTT----C-AC-AA--TAATAT--C-A---G---A-T--A-TA------T--AAAG-CAGTCATTCTAT-C-----A----GA-AA-ACAC--CACAAAA-------------------CAAA-GTAAG-------------------------------------TC--TTG-AA------AA-TA-TG---GGG-AG--A-TTTTT--G-TA-T-A-AGAAAG--A--C-
gi|15 : ---------T--TT-TA--T--T-------TT-TATT----C-AC-A---TA-TAT--C-A---G---A-------A------C--A--G-TAGTT-CTCTAT-C-----A----GA--A-A---A-TACAAAAAG-------------------AA-CAACA----AAAA-------------------------GT-GTC--T-G-AA------GA-TA-TG---AG--AG--A-TTTTG-AG-TA-T-A-AGAAAG--A--CAAGAGT
gi|16 : --TT-TT--T--T-------TT-AAAT----C-AC-A---TA-TATATC-A---G---A-T--A-TA------C--A--G-TAGTT-CTCTAT-C-----A----GA-AA-----A-TACAAGAAG-------------------AA-CAACA----AAAA-------------------------GT-ATC--T-G-AA------GA-TA-TG---GA--AG--AGTTTTG-AG-TG-T-A-AGAAAG--A--C-
gi|18 : T-TT--T--T-------TT-TAC-----C-AC-A---TA-CAT--C-A---G---A-T--A-TA------T--A--G-AAGTT-CTCTAT-C-----A----GA-AA-----A-TACCAAAAG--------------------A-ACAAC----AAAA-----------------------T-TT-ATT--T-G-AA------GA-TA-TG---TA--AG--G-TTTTG-AG-TA-T-A-AGAAAG--A--C-
gi|19 : ataa-------TT-TGTT----C-AC-A-----------------G---A-T--A-TA------T--A--G-TAGTT-CTCTAT-T-----AT---GACAA-ATATA-TACAAAAAG----------------------AAAAA----AAAA-----------------------T-GC-ATC--T-G-AA------TA-TA-TG---GG--AG--A-TTTTG-AA-TA-T-A-AGAAAG--A--C-AGAGT
gi|2 : ATTTTTTA-------TGTGTTGTGTT--TT-TT--T--T-------TTGTGTT----C-AC-A---TA-C-T--C-A---G---A-T--A-TA---------A--G-TAGTT-CTCTAT-T-----T----GACAATAT-TA-TACAAAAAG--------------------A-AAAAA----AAAT-----------------------T-TC-ATC----G-AA------TA-TA-TG---GG--AG--A-TTTTG-AA-TA-A-A-AGAAAG--A--C-AGAATaaga
gi|20 : -A---TA-TAT--C-A---G---A-T--A-TA------T-----G-TAGTT-CTCTAT----------------A-ATATG--ACAAAAAG--------------------A-AAAAC----AAAA-----------------------T-GC-ATCGAT-G-AG------AA-T---G---GG--AG--A--TTTG-AG-TA-T-AGAGCAAG--AGTA-AGAGTaagcaagagtataagaaaacaagag
gi|21 : TTTTTTA-------T---------A--AT-TTA-T--T-------TT-TGTT------AC-A---TA-TAT--C-A---G---A-T--A-TA------C-----C-CATTT-C-CTAT-C-----A----GAAAA-A------ACAA---------------------CAAA-CAATA----GATA-----------------------T-------------AA------AA-TA-TG---GG--AG--A-TTTTT-TG-TA-T-A-AGAAA---A--C-AGataagaaagac
gi|23 : TTTTTTACTTT---T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGAT----C-AC-A---TA-TAT--C-A---G---A-T--A-TAACCAGTC--A--G-TAGTT-
gi|24 : TTTTTA-------T---------A--AT-TT--A--T-------CT--GAT----C-GC-A---TA-TAT--A-A---G---A-T--A-TA------C--A--G-TTGTT-CTCTAT-C-----A----GA-AA-ATA-----------------------------CAAA-TAGA-------------------------------------ATC--T-G-AA------GA-T-------GG--CA--A-TTTTG-AG-TA-C-A-AGAAAG--A--C-aagaacaatcaagacaacaataattggacttgaaatatatgtggtttaagt
gi|28 : ATAATTTTTT----------------------T-TA--T--T-------TT-TGTT----C-AT-A-------------A---G---A-T--A-TA------C--A--G-TA-TT-CTCTAT-C-----A----GA-AA-ACA----ACAAAAA------------------C---------------AA-----------------------TAGT-ATC--T-G-AA-------A-TA-TG---GG--AG--A-TTTT
gi|29 : tatT--T--T-------TT-TGAT----C-AC-AATACA-TAT--C-A---GATAA-T--A-TA------C--A--G-TAGT
gi|3 : aATTTTTTT-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TTTTCCACC-AT-A---TA-CAT--C-A---G---A-T--ATTA------T--A--GTTAGTT-C---------------------A-ATATATTACAAA---------------------AAA-GAAAA----A----------------------------GC-ATC--T-ATAA------TAGTATTG---GG--AG--A-TTCTGTAA-TA-T-A-AG--AC--A--C-AGAaaagacgacaatagaacaatctaattggctgaaaatcatgtggttttaagta
gi|30 : tttttt-------T---------T--TT-TT--T--T-------TT-TGAT----C-AC-A---TA-TAT--C-A---G---A-T--A-TA------T--A----------CATTATAG-----A----GACA-----------AAAAAA-----------------C------AAA----AAAG-----------------------T-G---GC--T-G-AA------AA-TA-TGT--GG--------TTTTA-AG-TA-ttagcagtaagagtataagaaca
gi|31 : --T-------TT-TGTT----T-AC-A---TA-TAT--C-A---GCT-A-T--A-TA------C--A--G-TAGT
gi|32 : TTTTTA-------T---------T--TT----------------TT-TGTT----C-AC-A---TA-TAT--C-A---G---A-T--A-TA------T--A--G-TAGTT-CTCTAT-T-----AT---GACAA-ATATA-TACAAAAAG-----------------AGAA-GGAAagagacaaaaacaaatttaggtggtgaaaatattgtgggttttaag
gi|33 : --T--T-------TT-TGAT----C-AC-A---TA-TTT--C-A---G---A-T--A-TA------TACA--G-TAG------TA--G-----A----GACAA-A-A------AAAAAA-----------------CAAATGA------------------------------------GT-AGC--T-G-AA------AA-TA-TG---
gi|35 : taATTTTTTG-------T---------TATTT-TTAAT--T-------TT-TGAT----C-AC-A---TA-TAT--C-A---G---A-T--A-TA------T--A----CAGTT-AT-TAT-------A----GACAA-Atgg
gi|36 : -------T---------T--TT-TT--T--TATATATATT-TGTT----C-AC-A---TA-TAT--C-A---C---A-T--A-TA------T--A--G-TAGTT-CTCTAT-T-----AT---GACAA-ATAaaacaattaaa
gi|37 : ttT-TGTT----C-AC-A---TA-TAT--CTA---G---A-T--A-TG------C--AG-G-TAGTT-CTATAT-T-----AAGAGAACAA-A-AAA-TCCAACAA
gi|4 : TTTTTTTAAAAATAATTTTTTA-------T---------T--TT-TT--T--G-------TT-CGTT----C-AC-A---TA-TAT--C-A---G---A-T--A-TA--------------TAGTT-CTCTAT-T-----AT---GACAA-ATATA-TACAAAAAGT----------------CAAAGGAAAA----AAAA-----------------------T-GC-ATC--T-G-AA------TA-TA-TG---GG--AG--A-TTTTG-AA-TA-T-A-AGAAAG--A--C-AGAGTat
gi|5 : TTTTTA-------TAA-------T--TT-TTA-T--T-------TT-TGTT----C-AA-AA--TA-TA---C-A---G---A-T--AATA------T--A--G-TAGTT-C--------------------AA-CTATG-TACAAAAA-------------------AAT-GAAAA----AAA--------------------------GC-ATC--T---AA------AA-TA-TG---GC--AG--A-TTTTG-AAATA-T-A-AGAAAG--A--T-AGAG
gi|6 : tttttcATTTTTAA-------T---------T--TT-TT--T--T-------GT-T-TC----C-A--A---TA-TAT--C-A---AT--A-T--A-TA------T--A--G-TAGTT-CTCTAA-T-----AT---GACAA-ATATA-TACAAAAAG------------------AGG-GGAGG----AGGG-----------------------T-GCAATC--T-C-AATACATGTA-TA-TG---GG--AG--A-TTTTGAAA-TC-T-G-AGAAAGAAA--C-AGAGTctaagagtataagaacagac
gi|7 : TTTTTTA-------T---------A--GT-TA--T--A-------TT-TGTT----C-AC-G----A-TAT--T-A---AC--A-T--A-T-------T--A--G-T-GTT-CTCTAT-TT----A----GACAA--TATA-TACAAA---------------------AAA-GAAAA----GAGA-----------------------T---------T-G--A------TA-TA--G---GG--AG--A-ATTTG-AATTA-T-A-AATAAG--A--C-AGag
gi|8 : ttttTTTTTTTAAAA-TAATTTTTTA-------T---------T--TT-------------------TGTT----C-AC-A---TG-TAT--C-A---G---A-TACA-TA------C--A--G-TAGTT-CTATAT-CTTAAGA----GACAA-A--------AAAAAACCCCAACC---------CAAA-TAAAACAACAAAA-----------------------C-GT-AGC--T-G-A----------------------GG--A-TTTTA-AG----T-A-AGAAAG--A--G-AGAGtaagataaagaaagcagagtagg
gi|9 : TTTTTTAAAAA--ATGTTTTC-------T---------T--TA-TT--T--T-------TC-T--T----C-AC-A---TA-TAT--C-A---------T--A-TA------C--A--G-TAGTT-CTCTAT-C-----------ACAA-A---A-TACTAGAAG-------------------AA-GAACA----CAAA-------------------------GT-ATC--T-A-AA------GA-TA-TGATAAG--AG--ATTTTTG-AG-AA-T-A-AGAAAG--A--C-AGAGT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAATTTTATGTTTACATATATATCAGATCATACAGCAACTTCAAGATGAATAGTGACAATAATGGGAAGATTCTTGAGCAGAGAGCAAGAGAAAGAGAGAGTAGAGAAGAGT
Unaligned ( gi|22 ): TTCAAATATATTCAGATATACAAAACAGTTCCAAATGATTAACCGGTAATTTGAAATATGTGAGATTTTGAGGCAGGAGAGAAGAAAGAAAGAGAAAGAAGAGAAGAAG
Unaligned ( gi|25 ): TCACAATATATTCAGATATTACAGCAGTTCAAATGAGTTAGTTAGAATATGTGAGATTTTGAGCAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAGATGAAAAAGAGT
Unaligned ( gi|26 ): TATTTTTTGATCCAATAATAAAATCAGATAATATAGCAGTAGTAGAGACAAAAAACAGAATAAGTGCGCTGAAAATATACGTGGTTTTCAAGAGA
Unaligned ( gi|27 ): TTATTTTTTGAATCAACATATATTCAGATATATCAGTTAGTAAGAGACAAAAAATTTCAAAAACAAAGTGGGCTGAAAATATGTGGTTTTTAAGT
Unaligned ( gi|34 ): TGATCACATATATCAGATATATACAGTAAGTAGAGACAAAAAACAATATAGTTGGCTGAAAACATGTGGTTTTAA
Unaligned ( gi|38 ): TTCACATATATATTCAGATATTACGTAATTCAAATGAATAGTTAAAGATATGGGAGATTT