lowQualScore : 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 777777 2 33 33 2 2 0 33 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 0 2 66 2 777777
lowQualScore : ...... . .. .. . . . .. ............................................................................................ . . . .. . ......
lowQualScore : 222222 5 44 44 5 4 3 22 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 9 5 99 5 222222
consensus : CTAATTAAA------A-TTA--A--A-TC-TCCCA--GCTCA-----------------T-CG-----------A----T---AA---------C---AAA-A-T--------------C-G-------A----T-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAG
Reference ( gi|11 ) : CTAATTAAA------A-TTA--A--A-TC-TCCCA--GCTCA-----------------T-CG-----------A----T---AA---------C---AAA-A-T--------------C-G-------A----T-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAG
gi|9 : CTAATAAAA------AATTG--A--A-TC-TCCCA--GCTCA-----------------T-------------------T---AA---------T---TTT-G-T--------------T-GGTTTTGCG----T-GAGCTGGGGGA-TT--TAA-T------TT
gi|2 : tCTAATTAAA------T-TTA--A--A-TC-TCCCA--GCTCA-----------------T-TG-----------A----T---aa
gi|13 : taattaaaattagatcctttggtccacttccatgctatcgctactcccacgcaaaaacaacaaaCTAATTAAA--------TTA--A--A-TC-TCCCA--GCTCA-----------------T-CG-----------A----T---at
gi|16 : aatttcgctatattcgcaaaagtaacaaaCTAATTAAA------A-TTA--A--AATC-TCC-A--GCTCA-----------------T-CG-----------A----T---attg
gi|10 : gaaaataacaaaCTAATTAAATCATAAA-TTA--G--A-TA-TCCCA--GCTCA-----------------T-TA-----------ATTT-T---GT---------T---AAA-A-T--------------C-A-------A----T-GAGCT-------TT--TAA-T------a
gi|3 : atctCTAAATAAA------A-TTA--A--A-TC-TCCCA--GCTat
gi|1 : tgaaccactcatctatgcgccttacagtactcacgcgaacataacaaaattagttCTAATGGAA------A-TTATAA--A-TC-TACCA--GCTCAATCTGATTTTGTTATTGT-CG-----------C----C---AA---------CGCGAAA-A-TAA------------C-A-------AATGCT-GAGCTGG-AGA-TTGTTAA-T------TTTAAattgtgtt
gi|12 : CTAATTAAA------A-TCA--G--A-TCCTCTCAAAG-TCG-----------------T-TG----------------T---AA---------C--------------------------G-------A----T----TTGAGGGA-TC--TGA-T------TTTAATTAGattg
gi|12 : atCTAATTAAA------A-TCA--G--A-TC-CCTCA--AATCG-----------------T-T------------A----C---AA---------C---GAC-T-T--------------T-G-------A------GAG------GA-TC--TGA-T------TTTAATTAGattgg
gi|7 : atTAATCAAA------A-TTT--A--A-TC-TCCCA--GCTCA-----------------T-TG-----------A----T---TTTGTTTTTT-C---GATTA-T--------------C-A-------A----T-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAAattgg
gi|7 : TTAAA------A-TTA--A--A-TC-TCCCA--GCTCA-----------------T-TG-----------A----T---AATCGAAAAAAC---AAA-A-T--------------C-A-------A----T-GAGCTGGGAGA-TT--AAA-T------TTTGATTA
gi|1 : TTAAA------A-TTA--ACAA-TC-TCC-A--GCTCAGCATTTGTTATTT----T-CGCGTTGGCGACAA----T---AA---------C---AAA-A-T--------------CAG-------A----TTGAGCTGGTAGA-TTTATAA-T------TTCCATTAG
gi|6 : AAA------A-TTG--A--A-TC-TCC-A--GCTCA-----------------T-T-------------------------------------AA-A-TTTTGTTGGTTTTTGC-G------------T-GAGCTGGGGGA-TT--TAA-T------TTattg
gi|9 : gtctcgttAA------A-TTA--A--A-TC-CCCCA--GCTCA-----------------CGCA-----------AAAC-C---AA---------C---AAA-A-T--------------T-A-------A----T-GAGCTGGGAGA-TT--CAATT------TTTTATTAGttatt
gi|6 : tAA------A-TTA--A--A-TC-CCCCA--GCTCA-----------------CGCA-----------AAAACC---AA---------C---AAA-ATT--------------T-A-------A----T-GAGCT-GGAGA-TT--CAA-T------TTTaa
gi|10 : gtctcgttA------A-TTA--A--A--------A--GCTCA-----------------T-TG-----------A----TTTTAA---------C---AAA-A-T--------------T-A-------A----T-GAGCTGGGATA-TC--TAA-TTTATGATTTAATTAGttatt
gi|2 : atctC-TCCCA---CGCA-----------------A-AA-----------A----C---AA---------C---AAA-A-T--------------C-A-------A----T-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-A------TTTAATTAGat
gi|16 : taattaaaattagatcctttggtccacttccatgctatcgcta-----------A----T---AA---------C---AAA-A-T--------------C-G-------A----T-GAGCT-GGAGATTT--TAA-T------TTTAATTAGat
gi|3 : gaaa-----------A----T---AA---------C---AAA-A-T--------------T-A-------G----T-TAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTATTTAGa
gi|13 : tgaaccactcatctatgcgccttacagtactcacgcgaac----T---AA---------C---AAA-A-T--------------C-G-------A----T-GAGCTGGGAGA-TT--TAA--------TTTAATTAGattgtgtt
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): AATCTAATTAAAATCAGATCTTCTCTACCCATTACAATGTACAGTGTAACTGTTAGAGAGGTTCTGATTTGAATTAGATTG
Unaligned ( gi|5 ): CTCTAATTAAAATCAGATCTTCGCTGGCCGTTACTTCGCCAGTGTAAGGGTTAGAGAGGATCTGATTTGAATCAGATT
Unaligned ( gi|8 ): TTCTAATTATAATCAGACCTTCTCTAACTGTCCAGTGACGGTGTAATGGTTAGACAATATCTGATTTTAATT
Unaligned ( gi|14 ): AATCTCATTAAAACCAGATCTTCATTAACCGTTACACAGGAGAGATCTGATTTTAATTAGATT
Unaligned ( gi|15 ): CTTATTAAAATCAGATCTTCTCTGTTACACTCCAGGAGATCAGATTTTAATGAGATTG
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666 111111111 11111111
lowQualScore : 66 4 4 1111111111111111111111111111111111111 333333333 3 44 3 3 2 3 44 00000000
lowQualScore : .. . . ..................................... ......... . .. . . . . .. ........
lowQualScore : 99 4 4 0000000000000000000000000000000000000 333333333 3 66 3 3 5 3 66 22222222
consensus : CTAATTAAAATTAA--ATC-TCCC-AGCTCA-------------T-CG-----------A----T---AA---------CAAAA-T--C-GAT-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAG
Reference ( family-3121 ) : CTAATTAAAATTAA--ATC-TCCC-AGCTCA-------------T-CG-----------A----T---AA---------CAAAA-T--C-GAT-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAG
gi|1 : TTAAAATTAACAATC-TCC--AGCTCAGCATTTGTTATTTT-CGCGTTGGCGACAA----T---AA---------CAAAA-T--CAGATTGAGCTGGTAGA-TTTATAA-T------TTCCATTAG
gi|10 : AATTAA--A--------AGCTCA-------------T-TG-----------A----TTTTAA---------CAAAA-T--T-AAT-GAGCTGGGATA-TC--TAA-TTTATGATTTAATTAGattg
gi|11 : atctCTAATTAAAATTAA--ATC-TCCC-AGCTCA-------------T-CG-----------A----T---AA---------CAAAA-T--C-GAT-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAGat
gi|12 : CTAATTAAAATCAG--ATC-CCTC-AAATCG-------------T-T------------A----C---AA---------CGACT-T--T-GA--GAG------GA-TC--TGA-T------TTTAATTAG
gi|13 : at----T---AA---------CAAAA-T--C-GAT-GAGCTGGGAGA-TT--TAA--------TTTAATTAGattgg
gi|16 : aatttcgctatattcgcaaaag-----------A----T---AA---------CAAAA-T--C-GAT-GAGCT-GGAGATTT--TAA-T------TTTAATTAGattg
gi|2 : gaaaC-TCCC-A-CGCA-------------A-AA-----------A----C---AA---------CAAAA-T--C-AAT-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-A------TTTAATTAGa
gi|3 : taattaaaattagatcctttggtccacttccatgctatcgcta-----------A----T---AA---------CAAAA-T--T-AGT-TAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTATTTAGat
gi|5 : tgaaccactcatctatgcgccttacagtactcacgcgaacCTGATTCAAATCAG--ATCCTCTCTAACCCT-------------TACA-----------C----T---GG---------CGAAG-TAAC-GGC-CAGC--GAAGA-TC--TGA-T------TTTAATTAGattgtgtt
gi|6 : ctAAATTAA--ATC-CCCC-AGCTCA-------------CGCA-----------AAAACC---AA---------CAAAATT--T-AAT-GAGCT-GGAGA-TT--CAA-T------TTTatt
gi|7 : gtctcgttTTAAAATTAA--ATC-TCCC-AGCTCA-------------T-TG-----------A----T---AATCGAAAAAACAAAA-T--C-AAT-GAGCTGGGAGA-TT--AAA-T------TTTGATTAttatt
gi|9 : AAATTAA--ATC-CCCC-AGCTCA-------------CGCA-----------AAAC-C---AA---------CAAAA-T--T-AAT-GAGCTGGGAGA-TT--CAATT------TTTTATTAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): AATCTAATTAAAATCAGATCTTCTCTACCCATTACAATGTACAGTGTAACTGTTAGAGAGGTTCTGATTTGAATTAGATTG
Unaligned ( gi|8 ): TTCTAATTATAATCAGACCTTCTCTAACTGTCCAGTGACGGTGTAATGGTTAGACAATATCTGATTTTAATT
Unaligned ( gi|14 ): AATCTCATTAAAACCAGATCTTCATTAACCGTTACACAGGAGAGATCTGATTTTAATTAGATT
Unaligned ( gi|15 ): CTTATTAAAATCAGATCTTCTCTGTTACACTCCAGGAGATCAGATTTTAATGAGATTG
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666 111111111 11111111
lowQualScore : 66 4 4 1111111111111111111111111111111111111 333333333 3 44 3 3 2 3 44 00000000
lowQualScore : .. . . ..................................... ......... . .. . . . . .. ........
lowQualScore : 99 4 4 0000000000000000000000000000000000000 333333333 3 66 3 3 5 3 66 22222222
consensus : CTAATTAAAATTAA--ATC-TCCC-AGCTCA-------------T-CG-----------A----T---AA---------CAAAA-T--C-GAT-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAG
Reference ( family-3121 ) : CTAATTAAAATTAA--ATC-TCCC-AGCTCA-------------T-CG-----------A----T---AA---------CAAAA-T--C-GAT-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAG
gi|1 : TTAAAATTAACAATC-TCC--AGCTCAGCATTTGTTATTTT-CGCGTTGGCGACAA----T---AA---------CAAAA-T--CAGATTGAGCTGGTAGA-TTTATAA-T------TTCCATTAG
gi|10 : AATTAA--A--------AGCTCA-------------T-TG-----------A----TTTTAA---------CAAAA-T--T-AAT-GAGCTGGGATA-TC--TAA-TTTATGATTTAATTAGattg
gi|11 : atctCTAATTAAAATTAA--ATC-TCCC-AGCTCA-------------T-CG-----------A----T---AA---------CAAAA-T--C-GAT-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAGat
gi|12 : CTAATTAAAATCAG--ATC-CCTC-AAATCG-------------T-T------------A----C---AA---------CGACT-T--T-GA--GAG------GA-TC--TGA-T------TTTAATTAG
gi|13 : at----T---AA---------CAAAA-T--C-GAT-GAGCTGGGAGA-TT--TAA--------TTTAATTAGattgg
gi|16 : aatttcgctatattcgcaaaag-----------A----T---AA---------CAAAA-T--C-GAT-GAGCT-GGAGATTT--TAA-T------TTTAATTAGattg
gi|2 : gaaaC-TCCC-A-CGCA-------------A-AA-----------A----C---AA---------CAAAA-T--C-AAT-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-A------TTTAATTAGa
gi|3 : taattaaaattagatcctttggtccacttccatgctatcgcta-----------A----T---AA---------CAAAA-T--T-AGT-TAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTATTTAGat
gi|5 : tgaaccactcatctatgcgccttacagtactcacgcgaacCTGATTCAAATCAG--ATCCTCTCTAACCCT-------------TACA-----------C----T---GG---------CGAAG-TAAC-GGC-CAGC--GAAGA-TC--TGA-T------TTTAATTAGattgtgtt
gi|6 : ctAAATTAA--ATC-CCCC-AGCTCA-------------CGCA-----------AAAACC---AA---------CAAAATT--T-AAT-GAGCT-GGAGA-TT--CAA-T------TTTatt
gi|7 : gtctcgttTTAAAATTAA--ATC-TCCC-AGCTCA-------------T-TG-----------A----T---AATCGAAAAAACAAAA-T--C-AAT-GAGCTGGGAGA-TT--AAA-T------TTTGATTAttatt
gi|9 : AAATTAA--ATC-CCCC-AGCTCA-------------CGCA-----------AAAC-C---AA---------CAAAA-T--T-AAT-GAGCTGGGAGA-TT--CAATT------TTTTATTAG
blockSeqs : . C T CGCAAAAACC TCGAAAAAA T AA . . G T . TTTATGA
blockSeqs : . . . CGCAAAACC . . . . . G . . TT
blockSeqs : . . . TTGATTTT . . . . . G . . T
blockSeqs : . . . TACACT . . . . . G . . T
blockSeqs : . . . TCGAT . . . . . G . . T
blockSeqs : . . . AAAAC . . . . . G . . A
blockSeqs : . . . TTGAT . . . . . G . . T
blockSeqs : . . TTAC . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** TNNAC******************************** **
originalCons : CTAATTAAAATTAA--ATC-TCCC-AGCTCA-------------T-CG-----------A----T---AA---------CAAAA-T--C-GAT-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAG
finalCons : CTAATTAAAATTAA--ATC-TCCC-AGCTCATNNAC--------------------------------AA---------CAAAA-T--C-GAT-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): AATCTAATTAAAATCAGATCTTCTCTACCCATTACAATGTACAGTGTAACTGTTAGAGAGGTTCTGATTTGAATTAGATTG
Unaligned ( gi|8 ): TTCTAATTATAATCAGACCTTCTCTAACTGTCCAGTGACGGTGTAATGGTTAGACAATATCTGATTTTAATT
Unaligned ( gi|14 ): AATCTCATTAAAACCAGATCTTCATTAACCGTTACACAGGAGAGATCTGATTTTAATTAGATT
Unaligned ( gi|15 ): CTTATTAAAATCAGATCTTCTCTGTTACACTCCAGGAGATCAGATTTTAATGAGATTG
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444 111111111
lowQualScore : 66 4 4 999999999999999999999999999999 222222222 555 3 88 3 6666 3 1 3 88 3 888888
lowQualScore : .. . . .............................. ......... ... . .. . .... . . . .. . ......
lowQualScore : 99 4 4 555555555555555555555555555555 333333333 444 1 55 1 5555 1 5 1 55 1 888888
consensus : CTAATTAAAATTA--AATC-TCCC-AGCTCA-----------------TNNA-----C---AA---------C---AAAA-T--C-GA----T-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAG
Reference ( family-3121 ) : CTAATTAAAATTA--AATC-TCCC-AGCTCA-----------------TNNA-----C---AA---------C---AAAA-T--C-GA----T-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAG
gi|1 : CTAATGGAAATTATAAATC-TACC-AGCTCAATCTGATTTTGTTATTGTCGC-----C---AA---------CGCGAAAA-TAAC-AAATGCT-GAGCTGG-AGA-TTGTTAA-T------TTTAA
gi|1 : A-----T---AA---------C---AAAA-T--CAGA----TTGAGCTGGTAGA-TTTATAA-T------TTCCATTAGattg
gi|10 : ttaaaattaacaatctccagctcagcatttgttattttcgcgttggcgacaAATTA--AA--------AGCTCA-----------------TTGA-----TTTTAA---------C---AAAA-T--T-AA----T-GAGCTGGGATA-TC--TAA-TTTATGATTTAATTAGattg
gi|11 : atctCTAATTAAAATTA--AATC-TCCC-AGCTCA-----------------TCGA-----T---AA---------C---AAAA-T--C-GA----T-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTAATTAGat
gi|12 : CTAATTAAAATCA--GATC-CCTC-AAATCG-----------------T-TA-----C---AA---------C---GACT-T--T-GA------GAG------GA-TC--TGA-T------TTTAATTAG
gi|13 : at---AA---------C---AAAA-T--C-GA----T-GAGCTGGGAGA-TT--TAA--------TTTAATTAGattgg
gi|16 : aatttcgctatattcgcaaaagtA-----T---AA---------C---AAAA-T--C-GA----T-GAGCT-GGAGATTT--TAA-T------TTTAATTAGattg
gi|2 : gaaaC-TCCC-A-CGCA-----------------AAAA-----C---AA---------C---AAAA-T--C-AA----T-GAGCTGGGAGA-TT--TAA-A------TTTAATTAGa
gi|3 : taattaaaattagatcctttggtccacttccatgctatcgctaA-----T---AA---------C---AAAA-T--T-AG----T-TAGCTGGGAGA-TT--TAA-T------TTTATTTAGat
gi|5 : tgaaccactcatctatgcgccttacagtactcacgcgaacCTGATTCAAATCA--GATCCTCTCTAACCCT-----------------TACA-----CT--GG---------C---GAAG-TAAC-GG----C-CAGC--GAAGA-TC--TGA-T------TTTAATTAGattgtgtt
gi|6 : ctAAATTA--AATC-CCCC-AGCTCA-----------------CGCAAAAACC---AA---------C---AAAATT--T-AA----T-GAGCT-GGAGA-TT--CAA-T------TTTatt
gi|7 : gtctcgttTTAAAATTA--AATC-TCCC-AGCTCA-----------------TTGA-----T---AATCGAAAAAAC---AAAA-T--C-AA----T-GAGCTGGGAGA-TT--AAA-T------TTTGATTAttatt
gi|9 : AAATTA--AATC-CCCC-AGCTCA-----------------CGCAAAAC-C---AA---------C---AAAA-T--T-AA----T-GAGCTGGGAGA-TT--CAATT------TTTTATTAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): AATCTAATTAAAATCAGATCTTCTCTACCCATTACAATGTACAGTGTAACTGTTAGAGAGGTTCTGATTTGAATTAGATTG
Unaligned ( gi|8 ): TTCTAATTATAATCAGACCTTCTCTAACTGTCCAGTGACGGTGTAATGGTTAGACAATATCTGATTTTAATT
Unaligned ( gi|14 ): AATCTCATTAAAACCAGATCTTCATTAACCGTTACACAGGAGAGATCTGATTTTAATTAGATT
Unaligned ( gi|15 ): CTTATTAAAATCAGATCTTCTCTGTTACACTCCAGGAGATCAGATTTTAATGAGATTG