lowQualScore : 1111111 11 11111111111111111 44444444444444444444444444444444 22222222222222 1111 111111111111111111 11111 2 222222222 11 1 3333333333333333 1 2222222222222 1111 11111 2222 111 111 111 11 11 1111 33 222 111 222222222222222 222222 11111111111111111 111 1111 1111 111111111111 1111 333333 111 11 1 222222222 3333 1 11 88888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 999 66 4 5 3 2222222 44 3 33 3 3 0 4 1 66 1 99 2 0 5 11 88888888888888888 4 4 11111111111111111111111111111111 1 4 4 00000000000000 1 88 5 5 5 4 9999 4444 6 55 555555555555555555 55 8888 6 55 11 00000 0 5 5 4 66 333333333 5 00 0 7777777777777777 66 0 66 7777777777777 5 0000 77 22222 66 3 777 2222 6 2 6 99 111 222 888 55 6 0 11 7777 55 00 0 222 6 99 111 999999999999999 333333 77777777777777777 5 66 555 66 0 66 4 44 88 5555 3 3 99 4 4 8888 55 777777777777 4 4 4 4 777 3333 0 6666 4 444444 3 000 4 4 66 33 3 1 2 888888888 5555 9 99 6 44444444444444444444444444444444444
lowQualScore : ... .. . . . ....... .. . .. . . . . . .. . .. . . . .. ................. . . ................................ . . . .............. . .. . . . . .... .... . .. .................. .. .... . .. .. ..... . . . . .. ......... . .. . ................ .. . .. ............. . .... .. ..... .. . ... .... . . . .. ... ... ... .. . . .. .... .. .. . ... . .. ... ............... ...... ................. . .. ... .. . .. . .. .. .... . . .. . . .... .. ............ . . . . ... .... . .... . ...... . ... . . .. .. . . . ......... .... . .. . ...................................
lowQualScore : 333 44 4 6 6 3333333 66 3 88 3 3 8 4 0 88 0 77 4 2 0 99 88888888888888888 4 4 99999999999999999999999999999999 1 4 4 22222222222222 1 33 4 0 0 6 1111 2222 5 11 666666666666666666 11 5555 4 55 44 00000 8 7 0 4 11 222222222 0 00 0 2222222222222222 99 0 99 5555555555555 0 4444 00 55555 99 4 222 7777 7 2 7 22 777 555 333 88 7 8 00 0000 88 66 8 555 7 22 777 555555555555555 111111 55555555555555555 7 11 444 11 8 11 0 88 66 6666 6 6 55 0 0 0000 55 333333333333 4 4 4 4 888 9999 1 4444 0 999999 6 333 0 0 11 33 0 9 2 888888888 7777 0 33 7 00000000000000000000000000000000000
consensus : AAAAGAAT-TGGA-CTG-TGGTTATCAAGAAG-AAG---TTA-AAA--ATGTT-CAAT-T-G-TTAACAC-ATTTCATCAATGATCATTTTGGCC-CCA--CC-TA---ATAC---A--GA-ACCC-C-----TA-C-CCN-AN-GAT-C----------ACGAAATT-TACA-A--TTNTG-------ATAGAAGNCTCCCTGC-TC-ATTCC---AAATAT-N--CATTTAGTT-TCACATTGAT--A-T---CAGTAGCATTAAAGAAGA----TGCTT--TTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC---CG--CCC--T-GGGT--CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GG-ATC-----ACC--AAATTTACAA--TTTNT--GT-AAAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGGTT-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--CCCAGGG--GTG-CAAG--AGACCTG--AAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAAA-GA-AT-TGGA-CT--GGTGGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--ATGTTCAATTGTTTAACGGACGACGG-------ACGTCG-CACGACGACGGACGAAGGACCAA-TT-CAAATAG--GT---CGCCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
Reference ( gi|1 ) : AAAAGAAT-TGGA-CTG-TGGTTATTAAGAAG-AAG---TTA-AAA--ATGTT-CAAT-T-G-TTAACAC-ATTTCATCAATGGCCATTTTGGCC-CCA--CC-TA---ATAC---A--AA-ACCC-C-----TA-C-CCA-AC-GAT-C----------ATGAAATT-TACA-A--TTTTG-------ATAAAAGGCTCCCTAC-TC-ATTTC---AAATAT-T--CATTTAGTT-TCACATTGAT--A-T---CAATAACATTAAAGAAGA----TGCTT--TTCAA-----AATGTGTTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC---CG--CCC--TAGGGT--CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GG-ATC-----ACC--AAATTTACAA--TTTTT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGGTTGGTAAGAGAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--CCCAGGG--GTA-CAAG--AGACCTG--GAATTTACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAAA-GA-AT-TGGA-CT-CGGTGGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--ATGTTCACTTGTTTAACGGACGAC-G-------ACGTCGCCACGACGACGTACGAAGGACCAAGTTGCAAATAG-CGT--CCACCTGA----------GTGACCTAAAAAAAAACC
gi|2 : AAAAGAAT-TGGAGCTA-TGG-TATCAAGAAG-AAG---TTAGAAA--ATGTT-CAA--T-G-TTAACGC-A
gi|5 : ttttggtcccatcctaataccataaaccccttacccctagaatcatgaatttacaaaattttgagagaaggctcccattcattcaaaaattcatttagttcacattaataatcaacagcattaaagaagatatttcaaaatgtttacatataaacactactaaccaagtttgaccccgccctgtgtcagaacccctaccccggacaccaaattacatattatgtaaatgcttttccttgccctcttacatcactatgcatttgttctctcaacatgctatgtaaagaagatttttaaaatggtcaacttttggcagtttttgccccactccaaggccccagggtcaagagacctgaaatttacaattatgtgccctttgtcccaccaaagatcttcataccaaattatgAAAAGA-T-TGGA-CAG-GAGTTATCA-GAAG-AAG---TCA-AAA--ATGTT-CAAT-T-G-TCAACAC-agacgagcatgcacgtcgcacgacgacgacgaaaaacaattcaattggtcatacctgcctgagtttactcaggtgacctaaaaagata
gi|10 : ccatgtcattccaaatattcattattttaaattgatatgaatagcatcaatggagatgtttttcaaatgtacatataaacactatatgtgacgcaggtttggccccatcagtaacctctaccctgggatcaccagatttacaatttggtagagtcttcctgctctacatcacctatggcattgtttctctcagacatgtgtggttgtaaagaagaagatttattgaaaattggtcacttttgccccacccatcccagaaccccaggggtgtcaaaagacctgaaattcacaatttacgtttccccttgtcccaagatgcttcataccaaatttgAAAAGAAT-TGGA-CTG-TGGTTATTAAGAAG-AAG---TTA-AAA--ATGTT-CAAT-T-G-TTAACAC-
gi|4 : gtcacttttggcaatttttgccccatccccaaggccccaggggtgcaagagacctgaaatataaaattatgtgctccttgtcccaaagatgcttcaataccaaatttgAAAAGA-T-TGA------TAGTGATCAAAAGG-AAG--------AA--ATGTTTCAAT-TTG-TTAACCA-ATTTTATCACTGATCACTTTGGAAGCCAACCC-TATATATAC---ATGGA-ACCC-C-----T----CTA-GT-GTG-T----------AT-AAATTATACAGA--ATAAG-------ATAAAA--TTCTCTGCATA-AATTCCATAAATAG-A--TATTTAGTA-TCACATT-ATTAA-T---CA-TAGCATTAAAGAACA----TGCTT--TACAG-----AATGT-TTTACATTACAAACAC--TATAGTT---ACC-CAACGTTTGGACCCAACG--CTT--GGGGGT--CAGCAATTCCCT-------------TG-CCC-AA-GG-ATC-----A-G--AAATTTTCAA--TGTTTA-GTGACAGGCCTTT--CCTGGGC---TACGA-CCAAGTCTAT--A-ATCGTAGTTTTAGTCTTAGCTTAACAT-TGCGGGT-GT-AGAAACAAAATAT--TTG---AAAA
gi|3 : AAGAAA-TTGA-CTGGTGGTTATCAAGAAG-AAG---TTA-AAA--ATG-T-CACT-T-G-TTAAC
gi|12 : taaaggaagatgcttttgcaaatgttttacatataaacactattaccaagtttggccccgcctgggtcagaacccctaccccggcggatcaccaaatttacaatcttttggtagaggctttcctgctctactcatattggcatttggttctctcagacatgtgcggtggtaaagaagaagattttgaaaattggtcactttttgccccaccccctaggccccagggtacaagagacctggaatttacacatttatgtgccccttgtcccaagatgcttcataccaaatttgacGAATATGGA--TG-TGGTTATCAAGGGGGAAG---TTT-AAGGTATGTT-CAAT-T-GTTTAACggacgacggacgtcgcacgacgacggacgaagaccaattgcaataggtcacctgagtgacctaaaaaa
gi|23 : -CTA-TAGTTATCAAGA----AG---TTA-AAA--ATATT-CCAT-T-G-TTAAggatgagaccaacttgcaaggttatcttgagggttttttcttaggtgacctaaaatgtataaaaccaaaa
gi|5 : ttagacttTG-TGGTTGTAAAGAAG-AAG------------AT-------T-T-A-TTGAAA-------AT---TGGTCACTTTTGCC-CCA--CC-CA---TCCC---A--GA-ACCC-CAGGGGTG-T-CAA-AA-GAC-C-----------TGAAATT-CACA-A--TTTtggatgac
gi|8 : ccatgtcattccaaatattcattattttaaattgatatgaatagcatcaatggagatgtttttcaaatgtacatataaacactatatgtgacgcaggtttggccccatcagtaacctctaccctgggatcaccagatttacaatttggtagagtcttcctgctctacatcacctatggcattgtttctctcagacatg-TAGTGATCAAGAAG-AA-------------ATGTT-CAAT-T-G-TTAAC-C-AATTTATCAATGATCATTTCGATC-CAC--CC-TT---ATAC---A--TGTACTC-C-----TA----------GGTGT----------ATGAAATT-CACA-A--ATAAG-------ATAAAATGTTTTCTGC-AT-ATTCC---AAATAG-A--TATTTAGTT-TCANNNNNNN--N-N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGCTT--TTC-A-----AATGT-TCTACA-TACTAACAC--TATG--T---A-C-CAC-GTTTGG-CCA--CA--CCT--Tacgtttccccttgtcccaagatgcttcataccaaatttgaaaagattggacaggagttatcagaagaagtcaaaaatgttcaattgtcaacac
gi|3 : AGGAAG-ATGCTTTTG-CAA--ATGTT-TTACAT-A-TAAACACTATT--ACCAA--G----TTTGGCC-CCG--CC-TG---GGTC---A--GA-ACCC-C-----TACC-CCG-GCGGAT-C----------ACCAAATT-TACA-ATCTTTTG-------GTAGAGGCTTTCCTGC-TC-TACTC-----ATAT-TGGCATTTGGTTCTCTCA--GAC--A-TGTGCGGTGG---TAAAGAAGA----AGATT--TTGAA-----AAT-TGGTCAC
gi|22 : taaAAG-AAG---TTA-AAA--ATGTT-CAA------TTAACAC-Atttttgccccaccccctaggccccagggtacaagagacctggaatttacacatttatgtgccccttgtcccaagatgcttcataccaaatttgacaagaaattgactggtggttatcaagaagaagttaaaaatgtcacttgttaacggacgacggacgtcgcacgacgacggacgaagaccaattgcaataggtcacctgagtgacctaaaaaa
gi|6 : ttatcAA--ATGTT-CAAT-T-G-TCAACAC-ATTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CCA--CCCTA---ATACC--A--AA-ACCC-C-----TA-C-CCT-AG-GGT-C----------ACGAAATT-TACA-A--TTATA-------ATAGAAAACTCCGTGC-TC-ATTCC---AAACAC-C--CATTTAGTT-TAAT-TTACT--A-T---CAATAGCATTAAAGA-------TGTTT--TTCAA-----A-TAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--T---A-C-CA--GTTTGG-CC---CG--CCC--TGGGGT--CAG-AA--CCCC-------------TACCCC-AG-GG-ATC-----ACC--AAATTTACAA---TTTG--GT-AAAGG-CCTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGGTTTGTAAGA-AGAAGAT-T--T-----AAAAggacgacggacgacgcacaac
gi|7 : TTCACTTATGATTAATTTG--C-CCA--CC-TG---GACC---A--AA-ACCC-T-----T----TTA-AC--AT-CTGCTGGGGAGATGAAATT-TACA-AA-TTTTGTATTCATATATAAGACTCACTTC-TA-ATACC---TAGTAT-T--AGGTAAGGC-GCA-ATT-AT--A-G----AGCAATATTAAGAAAGA----TGTTA--TTTAATTAAGAACGT-TTTACA-T-TAAACACGGTAT---T---G-C-CAA-GCTTGG-CC---AAAATCCAATAGCTA--CAG-AA--CCTCCATGTAGCTCACATA-CCA-GG-AA-CTC-----TTA--GAAGTTGCAAAATGTAT--GT-TATGG-GTTT--CCTGCTG---TAC-AGTCA---CTAT--GCAGT-Ta
gi|2 : TTTTGGTC-CCAT-CC-TA---ATACCATA--AA-CCCC-T-----TA-C-CCCTAG-AAT-C----------ATGAA-TT-TACA-AAATTTTG-------AGAGAAGGCTCCC-AT-TC-ATT-C---AAAAAT-T--CATTTAGTT--CACATTAAT--AAT---CAACAGCATTAAAGAAGA----TA--T--TTCAA-----AATGT--TTACA-TATAAACAC--TACT--A---A-C-CAA-GTTTGACCC---CG--CCC--T-GTGT--CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CG-GA---C-----ACC--AAA-TTACAT--ATTAT--GT-AAATG-CTTTTCCTTGCCCTCTTAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TG--TTC--TCTCA-----ACA--TGCTAT--GTAA---AGAAGAT-T--TTT---AAAA-TGGTCAACTTTTGGCAGTTTTTGCCC------CACTC--C---A-A-G-G-C--CCCA-GG--GT--CAAG--AGACCTG--AAATTTACA-A--TTATG--T--G-C-CCTTTG--TC-C-CACCAA--AGAT----CT------T-CA-TACC-AA-AT---TA---TGAAAA-GA-AT-TGGAGCT---ATGG-TATCAA-GAAG-AAGTT-AGAAA--ATGTTCAA-TG-TTAACGCAAGAC-GAGCATGCACGTCG-CACGACGACG-ACGAAAAAC--AATT-CAATTGGTCATACCTGCCTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAGA
gi|5 : TTTGGCC-CCA--TC--A---GTA----------ACCT-C-----TA-C-CCT-GG-GAT-C----------ACCAGATT-TACA-A---TTTG-------GT-AGAGTCTTCCTGC-TCTACATC---ACCTATGG--CATT--GTT-TCTCTCAGAC--A-T---GTGTGGTTGTAAAGAAGA----AGATTTATTGAA-----AAT-TGGT-----------CAC--T------------------TTTGC-CC---CA--CCC------ATCCCAG-AA--CCCC--------------A-----GG-GGTGTCAAAAGACCTGAAATTCACAA--TTTta
gi|26 : ccatgtcattccaaatattcattattttaaattgatatgaatagcatcaatggagatgtttttcaaatgtacatataaacactatatgtgacgcaggA---ATGC---C--AA-ACCCTC-----TA-CATCT-AT-GAT-C----------ACGAAATT-TACA-A--TTATA-------ATAacgtttccccttgtcccaagatgcttcataccaaatttgaaaagattggacaggagttatcagaagaagtcaaaaatgttcaattgtcaacac
gi|5 : -TC-ATTCC---AAATAT-T--CATT--ATT-TTAAATTGAT--A-T---GAATAGCATCAATGGAGA----TGTTT--TTCAA-----A---TGT--ACA-TATAAACAC--TATA--TGTGA-CGCAG-GTTTGG-CC---C-----C------AT--CAGTAA--CCTC-------------TA-CCC-TG-GG-ATC-----ACC--AGATTTACAA--TTTG---GT-AGAGT-CTT---CCTGCTC---TAC-A-TCAC--CTATG-GCATT---GTTTC--TCTCAG----ACATGTGTGGTT-GTAAAGAAGAAGAT-TTATTG---AAAATTGGTC-AC----------TTTTGCCC------CACCCATC---CCA-GAA-C--CCCAGGG--GTGTCAAA--AGACCTG--AAATTCACA-AT-TTACGTTT--C-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAAA-G--AT-TGGA----CAGGAGTTATC-A-GAAG-AAGTC-A-AAA--ATGTTCAATTGTg
gi|3 : ccatgAAGGAAGA----TGCTT--TTGCA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TAT---T---A-C-CAA-GTTTGG-CC---CC--GCC--T-GGGT--CAG-AA--CCCC-------------TA-CCCCGGCGG-ATC-----ACC--AAATTTACAA--TCTTTTGGT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC---TCA----TATTGGCATT-TGGTT-C--TCTCAG----ACATGTGCGGT-GGTAAAGAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--CCCA-GG--GTA-CAAG--AGACCTG--GAATTTACACAT-TTATG--T--GCC-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGACAA-GA-AA-TTGA-CT--GGTGGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--ATG-TCACTTG-TTAACGGACGACGG-------ACGTCG-CACGACGACGGACGAA-GACCAA-TTGC-AATAG--GT---CACCTGA----------GTGACCTAAAAAAcaacac
gi|30 : taAGA----TGTTT--TTTCA-----AATAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--
gi|29 : GT--CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CGTGG-ATC-----ACC--AAAATTACAA--T
gi|15 : AGA-AGAAGAT-T--TTGGTTAAAATTGGT--AC----------TTTTGCCCCTG---CACGC--CTGGCTGTG-G-TCGCCCAAGG--GGG-CAAGGAAGGTC-GCTGAATTC-CA-AT-TTAT---T--G-C-CC-
gi|10 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CATCC--C---CAA-G-G-C--CCCAGGG--GTG-CAAG--AGACCTG--AAATATAAA-A--TTATG--T--G-CTCC-TTG--TC-C-CA---A--AGATG--CTT------C-AA-TACC-AA-AT---T----TGAAAA-GA-AT-TGGA-CT---GTGGTTATTAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--ATGTTCAATTG-TTAAC
gi|28 : gtcacttTTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CA-CC--C---TTA-------------AG--GTA-CAAG--AGTCCTG--ac
gi|14 : gttacatt---------TTTTTGCCC------GGCCC-------TA-G-GGC--CCCAGGT--G-----AA--AGATTCC--AAAATTACA-AT-TTATGT-T--A-C-TT-TTG--TT-C-CAA--A--AGATG--CTa
gi|9 : ttgtcctcatttgcgaTTTTGACCACGGCACACCC--C---TCA-G-G-C--CCCAGGGAAGCA-CAAA--TAAC--A--AAATTCACA-ATGTCAGT--T--T-T-CC-TCGACTCTT-C----A--AG------TT------TATA-TACCGAA-ATGGGT----TGA-----A-AT-TGG--CA-AGGCCGTT-TCACTAAAG-AAGAT-A-AAgaaaaagaaatggagtgatata
gi|19 : GGG--GTGGCACG--AGTCCTG--GAATTCCTC-AT-TTACG--TC-T-C-CC-CTG--TC-C-T----A--AGATG--A--------T-CA-TACC----AT---TTCCATGAAAATTA-AT-TGAA-tcgttctcacatttacaactgacacaatggacaactaataatgctgggatgaaaacagattgcaacaagtcacatgagt
gi|13 : TTACA-AT-TTATC--TC-A-C-CA-TTA--CG-C-C----AGTATATA--CTTATCACTT-CA-TACC-GA-AA---T----TGGAAA-CACAA-TGAA-AA-TAATATTTACCAA-GAC--AAGTTGA-AAA--ATGTTAAATTGTGTAACAGATGAta
gi|21 : -AT-GTATG--TACG-C-GC-TTGA-TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TG
gi|20 : TG--T--G-T-CT-TTG--TG-AGC----A--AGATAAACTT------T-CAATACT-AATAT---T----TGAAAA-TA-AT--GTA-CT-GGGTGGTTATCAA-tgataataat
gi|12 : g-GA-ATATGGA-T----GTGGTTATCAA-GGGGGAAGTT-T-AAGGTATGTTCAATTGTTTAACGGATGA--G-------AC
gi|23 : T-TAGA-CTTCTATAGTTATCAA-GA----AGTT-A-AAA--ATATTCCATTG-TTAATGGATGAC-caacttgcaaggttatcttgagggttttttcttaggtgacctaaaatgtataaaaccaaaa
gi|22 : TTATCAA-GA----AGTT-A-AAA--ATGTTCAA----TTAACACAGGAC-G-------ACG-------GACGACGCACAA
gi|27 : TTATGAA-GAAA-ACGTT-A-AAC--ATTTCCAATTGTT-AACGGACGACGG-------ACGc
gi|32 : TTCAATTGTT-AACGGACGACGG-------ACGa
gi|11 : CACGACGACAGACGA-GGACCAA----CAGAAAG-AGA--ACACTTGA----------ATGGCCTAAAAaag
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTAACTGATTAGTTGTCGAGAAGAAGTAAAAGAAATGTAATTATACTTTTTTGATTGCGATGAAGATCGACGAACACACAATTGCAATAAGGTCACC
Unaligned ( gi|17 ): ACCAAGCTTGGCAAGGTAGTTATATAAGAATGTGCAACTGTTAAAGTTCGACGAACGACGACGGACGCAGAACGACAGCAAGAGGTCACCTGAGTG
Unaligned ( gi|18 ): AATATTAAATTGTCACTGCATCAATCACTGGTTATTTTGATCGCACCTTGATACCCAAATATCTACCCTTGGGGTCATGAATTACA
Unaligned ( gi|24 ): TTTTGGCCGTGTTTGCACCGTCCCAAGTCACCAAGGGTGCAAGAGTCACCTGG
Unaligned ( gi|25 ): TCATTGCTATCGCACGGCCGACTTTGCACAACGACGGATGCAGACCAATTG
Unaligned ( gi|31 ): CTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAAGTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1 2222 44444 1 1 11 111 2222222 333333333333333333333333 11 1111111 1 11111 1111111 1 11111111111111 1 2222222222222 1111 1111 111 111 11 1111 11111 111 22222222222 111111 11111111 1111 1111 11111111111 1111 11111 1 22222222 2222222 3333333333
lowQualScore : 5 3333 0 7 33333 0 0 9 44 6 55 6 000 5555555 5 777777777777777777777777 2 5 5 33 1 8888888 0 88 77 77 0 1 1 1 4 0 77 5 2 7 9999 2 11111 7 4 4 66 6666666 5 5 77 0 99999999999999 5 5 0 66 7777777777777 5 0000 0 3 66 9999 5 5 77 000 999 555 33 5 99 4444 00000 7 4 5 77 000 666 22222222222 888888 44444444 444 4 55 4 4 7 3 55 55 55 0 3 3 3 77 3333 3 3 77 3 3 5555 77 11111111111 3 3 7 3 666 1111 4 77 3 33333 3 3 555 3 3 44 2 3 4 555 555 555 1 1 5 1 9 66666666 0 8 8 5555555 5555555555
lowQualScore : . .... . . ..... . . . .. . .. . ... ....... . ........................ . . . .. . ....... . .. .. .. . . . . . . .. . . . .... . ..... . . . .. ....... . . .. . .............. . . . .. ............. . .... . . .. .... . . .. ... ... ... .. . .. .... ..... . . . .. ... ... ........... ...... ........ ... . .. . . . . .. .. .. . . . . .. .... . . .. . . .... .. ........... . . . . ... .... . .. . ..... . . ... . . .. . . . ... ... ... . . . . . ........ . . . ....... ..........
lowQualScore : 5 5555 7 0 00000 0 0 2 77 7 88 7 000 1111111 7 444444444444444444444444 7 7 7 66 0 6666666 4 55 99 99 1 0 7 4 6 4 99 7 3 9 4444 7 11111 3 4 4 11 6666666 0 0 00 0 66666666666666 0 0 0 99 5555555555555 0 4444 1 4 99 6666 7 7 99 000 444 777 66 7 22 2222 00000 3 2 7 99 000 444 22222222222 555555 66666666 666 0 55 0 3 3 6 00 00 00 4 0 6 6 99 5555 3 1 99 3 3 0000 99 33333333333 6 6 3 6 444 4444 0 33 6 55555 6 1 444 1 1 66 6 0 2 444 888 888 1 7 7 0 3 88888888 6 0 0 8888888 0000000000
consensus : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCATCAATGATCATTTTGGCC-CCA--CC-TA---ATAC---A--AAACCC-CT---AC-----CCN-ANG---AT-CACGAAATT-TACA-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTGAT--A-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GTAG-AGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-TGGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--ATGTTCAATTGTTTAAC---G---GACG---ACGGACGTCG-CACGACGACGGACGAAGGACCAA-TT-CA--AATAG-GT-C------ACCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
Reference ( family-3104 ) : AAAAGAATTGGACTGTGGTTATCAAGAAGAAGTTAAAAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCATCAATGATCATTTTGGCC-CCA--CC-TA---ATAC---A--GAACCC-CT---AC-----CCN-ANG---AT-CACGAAATT-TACA-A--TTNTG-------ATAGAAGNCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATNCATTTAGTTTCACATTGAT--A-TCAGTAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GTAA-AGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-TGGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--ATGTTCAATTGTTTAAC---G---GACG---ACGGACGTCG-CACGACGACGGACGAAGGACCAA-TT-CA--AATAG-GT-C------GCCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
gi|1 : AAAAGAATTGGACTGTGGTTATTAAGAAGAAGTTAAAAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCATCAATGGCCATTTTGGCC-CCA--CC-TA---ATAC---A--AAACCC-CT---AC-----CCA-ACG---AT-CATGAAATT-TACA-A--TTTTG-------ATAAAAGGCTCCCTACTCA--TTTCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTGAT--A-TCAATAACATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGTGTTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--TA--GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTTT--GTAG-AGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-TGGTAAGAGAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CTCGG-TGGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--ATGTTCACTTGTTTAAC---G---GACG---AC-GACGTCGCCACGACGACGTACGAAGGACCAAGTTGCA--AATAGCGTCC------ACCTGA----------GTGACCTAAAAAAA
gi|10 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CATCC--C---CAA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATATAAA-A--TTATG--T--G-CTCC-TTG--TC-C-CA---A--AGATG--CTT------C-AA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT--G-TGGTTATTAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--ATGTTCAATTG-TTAAC---aacc
gi|11 : gtcacttC-TTT--TC-C-A----AG-AGATG---TT------T-CA-CACC-AA-A------------AA-A------TGG---T-AA-CATTT------GAAG-AAGTA-A-AAC--ATGT--AA------AA---------ATG---A------TAA-CACGACGACAGACGA-GGACCAA-CA-GA--AAGAG-AA-C------ACTTGA----------ATGGCCTAAAAac
gi|12 : acattcat-GAATATGGA-T---G-TGGTTATCAA-GGGGGAAGTT-T-AAGGTATGTTCAATTGTTTAAC---G---GATG---Aca
gi|13 : TTACA-AT-TTATC--TC-A-C-CA-TTA--CG-C-C----AGTATATA--CTTATCACTT-CA-TACCGAA-AT---T----GGAAACA-CAAT-GAAA-AT-AA-TATTTACCAA-GAC--AAGTTGA-AAA--ATGTTAAATTGTGTAAC---A---GATG---Agaccaacttgcaaggttatcttgagggttttttcttaggtgacctaaaatgtataaaaccaaaa
gi|14 : ---------TTTTTGCCC------GGCCC-------TA-G-GGC--C-CCAGG--TG-AA-AG--AT--TC--C-AAAATT-ACA-AT-TTATGT-T--A-C-TT-TTG--TT-C-CAA--A--AGATG--CT
gi|15 : ttgtcctcatttgcgaAAGAAGAT-T--TTGGTTAAAATTGGT--AC----------TTTTGCCCCTG---CACGC--CTGGCTGTG-G-TCGC-CCAAGGGGG-CA-AGGAAG--GTCGCTG-AATTC-CA-AT-TTAT---T--G-C-CC-gaaaaagaaatggagtgatata
gi|17 : agT-A-AGA--ATGTGCAACTGTT-AAA---G---TTCG---ACGAACG--------ACGACGGACGCAGAACGA-----CAGCAAGAG-GT-C------ACCTGA----------GTG
gi|19 : accaagcttggcaaggtagttataGGGGTGGCA-CG--AG--TC--CTGGAATTCCTC-AT-TTACG--T--CTC-CC-CTG--TC-C-T----A--AGATG--AT---------CA-TACC----AT---TTCCATGAAA-ATTAAT-TGAA-
gi|2 : TTTTGGTC-CCAT-CC-TA---ATACCATA--AACCCC-TT---AC-----CCCTAGA---AT-CATGAA-TT-TACA-AAATTTTG-------AGAGAAGGCTCCC-ATTCA--TTCAA--AA-ATTCATTTAGTT-CACATTAAT--AATCAACAGCATTAAAGAAGA----TA--TTTCAA-----AATGT-TT-ACA-TATAAACAC--TACT--A---A-C-CAA-GTTTGACCC--C-GCCC--T---GTG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CG-GA--CACCAAA-TTAC--ATATTAT--GTAA-ATG-CTTTTCCTTGCCCTCTTAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TG--TTC--TCTCA-----ACATGC-----TAT-GT---AAAGAAGAT-T--TTT---AAAA-TGGTCAACTTTTGGCAGTTTTTGCCC------CACTC--C---A-A-G-G-C--C-CCA-GGGT--CA-AG--AG--AC--CTGAAATTTACA-A--TTATG--T--G-C-CCTTTG--TC-C-CACCAA--AGAT----CT------T-CA-TACC-AA-AT---TA---TGAAA-A-GAAT-TGGAGCT--A-TGG-TATCAA-GAAG-AAGTT-AGAAA--ATGTTCAA-TG-TTAAC---GCAAGACGAGCATGCACGTCG-CACGACGAC-GACGAAAAA-CAA-TT-C---AATTG-GT-CATACCTGCCTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAGAta
gi|20 : TG--T--G-T-CT-TTG--TG-AGC----A--AGATAAACTT------T-CAATACT-AATAT---T----TGAAA-A-TAAT--GTA-CT-GGGTGGTTATCAA-ta
gi|21 : g-AT-GTATG--TACG-C-GC-TTGA-TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TG
gi|22 : TTATCAA-GA----AGTT-A-AAA--ATGTTCAA----TTAACACAG---GACG---ACGGACGACG-CACAACtgataataat
gi|23 : -TAGTTATCAA-GA----AGTT-A-AAA--ATATTCCATTG-TTAAT---G---GATG---AC
gi|24 : ttagacttctaTTGGCC-G----------TGTTTGCAC------CGTCC--C-----A-A-G-T--CACCAAGGGTG-CA-AG--AGTCAC--CTG
gi|25 : ttATTGCT-ATC---G---CACG---GCCGACTTTG-CACAACGACGGATGCA-GACCAA-TT-g
gi|26 : tcA---ATGC---C--AAACCCTCT---ACA----TCT-ATG---AT-CACGAAATT-TACA-A--TTATA-------ATAGg
gi|27 : TTATGAA-GAAA-ACGTT-A-AAC--ATTTCCAATTG-TTAAC---G---GACG---ACGGACG
gi|28 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CA-CC--C---TTA--------------AGGTA-CA-AG--AG--TC--CTGAa
gi|29 : gttacattG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CGTGGATCACCAAAATTAC--AAT
gi|3 : AAGGAAGA----TGCTTTTGCA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TAT---T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-CGCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCCCGGCGGATCACCAAATTTAC--AATCTTTTGGTAG-AGG-CTTT--CCTGCTC---TAC---TCA----TATTGGCATT-TGGTT-C--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-G-GTAAAGAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCA-GGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACACAT-TTATG--T--GCC-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGACA-A-GAAA-TTGA-CT-GG-TGGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--ATG-TCACTTG-TTAAC---G---GACG---ACGGACGTCG-CACGACGACGGACGAA-GACCAA-TT-GC--AATAG-GT-C------ACCTGA----------GTGACCTAAAAA
gi|30 : taAGA----TGTTTTTTCA-----AATAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--a
gi|32 : TTCAATTGTT-AAC---G---GACG---ACGGACG
gi|4 : AAAAGA-TTGA----TAGTGATCAAAAGGAAG----AAATGTTTCAATTTGTTAACCAATTTTATCACTGATCACTTTGGAAGCCAACCC-TATATATAC---ATGGAACCC-CT----------CTA-GTGTGTAT-----AAATTATACAGA--ATAAG-------ATAAAA--TTCTCTGCATAAATTCCATAAATAGATATTTAGTATCACATT-ATTAA-TCA-TAGCATTAAAGAACA----TGCTTTACAG-----AATGT-TTTACATTACAAACAC--TATAGTT---ACC-CAACGTTTGGACC--CAACGC--TTGGGGG-T-CAGCAATTCCCT-------------TG-CCC-AA-GGATCA-GAAATTTTC--AATGTTTA-GTGACAGGCCTTT--CCTGGGC---TACGA-CCAAGTCTAT--A-ATCGTAGTTTTAGTCTTAGCTTAACAT-TGCGG-G-T-GT-AGAAACAAAATAT--TTG---AAAAaag
gi|5 : TCA--TTCCA--AATATTCATT--ATTTTAAATTGAT--A-TGAATAGCATCAATGGAGA----TGTTTTTCAA-----A-TGT----ACA-TATAAACAC--TATA--TGTGA-CGCAG-GTTTGG-CC--C----C--------A-T-CAGTAA--CCTC-------------TA-CCC-TG-GGATCACCAGATTTAC--AATTTG---GTAG-AGT-CTT---CCTGCTC---TAC-A-TCAC--CTATG-GCATT---GTTTC--TCTCAG----ACATGTGTGG-T-T-GTAAAGAAGAAGAT-TTATTG---AAAATTGGTC-AC----------TTTTGCCC------CACCCATC---CCA-GAA-C--C-CCAGGGGTGTCA-AA--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTACGTTT--C-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-G-AT-TGGA-CA-GG--AGTTATC-A-GAAG-AAGTC-A-AAA--ATGTTCAATTGT
gi|6 : ccatgAAATGTT-CAATT-GTCAACACATTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CCA--CCCTA---ATACC--A--AAACCC-CT---AC-----CCT-AGG---GT-CACGAAATT-TACA-A--TTATA-------ATAGAAAACTCCGTGCTCA--TTCCA--AACACCCATTTAGTTTAAT-TTACT--A-TCAATAGCATTAAAGA-------TGTTTTTCAA-----A-TAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--T---A-C-CA--GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGGGT-CAG-AA--CCCC-------------TACCCC-AG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTG---GTAA-AGG-CCTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGGTT-T-GTAAG-AAGAAGAT-T--T-----AAAAcaacac
gi|7 : TTCACTTATGATTAATTTG--C-CCA--CC-TG---GACC---A--AAACCC-TTTTAACATCTGCTG-GGG---AG--ATGAAATT-TACA-AA-TTTTGTATTCATATATAAGACTCACTTCTAA--TACCT--AGTATTAGGTAAGGCGCA-ATT-AT--A-G-AGCAATATTAAGAAAGA----TGTTATTTAATTAAGAACGT-TTTACA-T-TAAACACGGTAT---T---G-C-CAA-GCTTGG-CCAAA-ATCCAAT---AGC-TACAG-AA--CCTCCATGTAGCTCACATA-CCA-GG-AACTCTTAGAAGTTGCAAAATGTAT--GTTA-TGG-GTTT--CCTGCTG---TAC-AGTCA---CTAT--GCAGT-Ta
gi|8 : TAGTGATCAAGAAGAA-------ATGTT-CAATT-GTTAAC-CAATTTATCAATGATCATTTCGATC-CAC--CC-TT---ATAC---AT-GTACTC-CT---A------------G---GTGTATGAAATT-CACA-A--ATAAG-------ATAAAATGTTTTCTGCATA--TTCCA--AATAGATATTTAGTTTCANNNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGCTTTTCAA-----A-TGT-TCTACA-TACTAACAC--TATG--T---A-C-CAC-GTTTGG-CCA-C-ACCT--T---
gi|9 : TTTTGACCACGGCACACCC--C---TCA-G-G-C--C-CCAGGGAAG-CACAA--AT--AA--C-AAAATTCACA-ATGTCAGT--T--T-T-CC-TCGACTCTT-C----A--AG------TT------TATA-TACCGAA-ATGGGT----TGA------AAT-TGGC-AA-GG-CCGTT-TCACTAAAG-AAGAT-A-AA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTAACTGATTAGTTGTCGAGAAGAAGTAAAAGAAATGTAATTATACTTTTTTGATTGCGATGAAGATCGACGAACACACAATTGCAATAAGGTCACC
Unaligned ( gi|18 ): AATATTAAATTGTCACTGCATCAATCACTGGTTATTTTGATCGCACCTTGATACCCAAATATCTACCCTTGGGGTCATGAATTACA
Unaligned ( gi|31 ): CTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAAGTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222 1 1 11 111 1111111 2222222222 111111 11 1111111 11 11111 1111111 1 11111111111111 1 2222222222222 1111 1111 111 111 11 1111 11111 111 22222222222 111111 11111111 1111 1111 11111111111 1111 11111 111 1 22222222 111111 2222222222
lowQualScore : 5 3333 77777 0 0 9 44 6 55 6 000 8888888 5 7777777777 66 1 111111 2 5 5 33 1 8888888 0 5 77 77 0 0 1 1 4 11 77 5 1 9999 2 11111 7 4 4 66 6666666 5 5 77 0 99999999999999 5 5 0 66 7777777777777 5 0000 0 3 66 9999 5 0 5 77 000 999 555 33 5 99 4444 00000 7 4 5 77 000 666 22222222222 888888 44444444 444 4 55 4 4 7 3 55 55 55 0 3 3 3 77 3333 3 3 77 3 3 5555 77 11111111111 3 3 7 3 666 1111 4 77 3 33333 3 3 555 3 3 44 3 33 2 1 222 5555555 44 555 5555 77 3 55555555 1 6 6 999999 9999999999
lowQualScore : . .... ..... . . . .. . .. . ... ....... . .......... .. . ...... . . . .. . ....... . . .. .. . . . . . .. .. . . .... . ..... . . . .. ....... . . .. . .............. . . . .. ............. . .... . . .. .... . . . .. ... ... ... .. . .. .... ..... . . . .. ... ... ........... ...... ........ ... . .. . . . . .. .. .. . . . . .. .... . . .. . . .... .. ........... . . . . ... .... . .. . ..... . . ... . . .. . .. . . ... ....... .. ... .... .. . ........ . . . ...... ..........
lowQualScore : 5 5555 99999 0 0 2 77 7 88 7 000 1111111 7 3333333333 77 0 333333 7 7 7 66 0 6666666 4 2 99 99 1 6 7 4 6 33 99 7 0 4444 7 11111 3 4 4 11 6666666 0 0 00 0 66666666666666 0 0 0 99 5555555555555 0 4444 1 4 99 6666 7 4 7 99 000 444 777 66 7 22 2222 00000 3 2 7 99 000 444 22222222222 555555 66666666 666 0 55 0 3 3 6 00 00 00 4 0 6 6 99 5555 3 1 99 3 3 0000 99 33333333333 6 6 3 6 444 4444 0 33 6 55555 6 1 444 1 1 22 1 99 7 8 111 5555555 22 444 1111 99 7 00000000 5 7 7 222222 2222222222
consensus : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCATCAATGATCATTTTGGCC-CCA--CC-TA---ATAC---A--AAACCC-CT---AC-----CCN-AGG---ATCACGAAATT-TACA-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-AT--A-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-TGGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--AT-GT--TCA-ATTGTTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGACGAC--GGACGAAGGACCAA-TT-NA--AATAG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
Reference ( family-3104 ) : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCATCAATGATCATTTTGGCC-CCA--CC-TA---ATAC---A--AAACCC-CT---AC-----CCN-ANG---ATCACGAAATT-TACA-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTG-AT--A-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-TGGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--AT-GT--TCA-ATTGTTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGACGAC--GGACGAAGGACCAA-TT-CA--AATAG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
gi|1 : AAAAGAATTGGACTGTGGTTATTAAGAAGAAGTTAAAAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCATCAATGGCCATTTTGGCC-CCA--CC-TA---ATAC---A--AAACCC-CT---AC-----CCA-ACG---ATCATGAAATT-TACA-A--TTTTG-------ATAAAAGGCTCCCTACTCA--TTTCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTG-AT--A-TCAATAACATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGTGTTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--TA--GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTTT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-TGGTAAGAGAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CTCGG-TGGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--AT-GT--TCA-CTTGTTTAAC---G---G--ACG---AC-GACGTCGCCACGACGAC--GTACGAAGGACCAAGTTGCA--AATAGCGTCCA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAAA
gi|10 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CATCC--C---CAA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATATAAA-A--TTATG--T--G-CTCC-TTG--TC-C-CA---A--AGATG--CTT------C-AA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT--G-TGGTTATTAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--AT-GT--TCA-ATTG-TTAAC---aacc
gi|11 : gtcacttC-TTT--TC-C-A----AG-AGATG---TT------T-CA-CACC-AA-A------------AA-A------TGG---T-AA-CATTT------GAAG-AAGTA-A-AAC--AT-GT----A-A------AA-----------ATG---A------TAA-CACGACGAC--AGACGA-GGACCAA-CA-GA--AAGAG-AA-CA------CTTGA----------ATGGCCTAAAAac
gi|12 : acattcat-GAATATGGA-T---G-TGGTTATCAA-GGGGGAAGTT-T-AAGGTAT-GT--TCA-ATTGTTTAAC---G---G--ATG---Aca
gi|13 : TTACA-AT-TTATC--TC-A-C-CA-TTA--CG-C-C----AGTATATA--CTTATCACTT-CA-TACCGAA-AT---T----GGAAACA-CAAT-GAAA-AT-AA-TATTTACCAA-GAC--AAGTTGA-AAA--AT-GT--TAA-ATTGTGTAAC---A---G--ATG---Agaccaacttgcaaggttatcttgagggttttttcttaggtgacctaaaatgtataaaaccaaaa
gi|14 : ---------TTTTTGCCC------GGCCC-------TA-G-GGC--C-CCAGG--TG-AA-AG--AT--TC--C-AAAATT-ACA-AT-TTATGT-T--A-C-TT-TTG--TT-C-CAA--A--AGATG--CT
gi|15 : ttgtcctcatttgcgaAAGAAGAT-T--TTGGTTAAAATTGGT--AC----------TTTTGCCCCTG---CACGC--CTGGCTGTG-G-TCGC-CCAAGGGGG-CA-AGGAAG--GTCGCTG-AATTC-CA-AT-TTAT---T--G-C-CC-gaaaaagaaatggagtgatata
gi|17 : agT-A-AGA--AT-GT--GCA-ACTGTT-AAA---G---T--TCG---ACGAACG--------ACGAC--GGACGCAGAACGA-----CAGCAAGAG-GT-CA------CCTGA----------GTG
gi|19 : accaagcttggcaaggtagttataGGGGTGGCA-CG--AG--TC--CTGGAATTCCTC-AT-TTACG--T--CTC-CC-CTG--TC-C-T----A--AGATG--AT---------CA-TACC----AT---TTCCATGAAA-ATTAAT-TGAA-
gi|2 : TTTTGGTC-CCAT-CC-TA---ATACCATA--AACCCC-TT---AC-----CCCTAGA---ATCATGAA-TT-TACA-AAATTTTG-------AGAGAAGGCTCCC-ATTCA--TTCAA--AA-ATTCATTTAGTT-CACATTA-AT--AATCAACAGCATTAAAGAAGA----TA--TTTCAA-----AATGT-TT-ACA-TATAAACAC--TACT--A---A-C-CAA-GTTTGACCC--C-GCCC--T---GTG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CG-GA--CACCAAA-TTAC--ATATTAT--GT-AAATG-CTTTTCCTTGCCCTCTTAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TG--TTC--TCTCA-----ACATGC-----TAT-GT---AAAGAAGAT-T--TTT---AAAA-TGGTCAACTTTTGGCAGTTTTTGCCC------CACTC--C---A-A-G-G-C--C-CCA-GGGT--CA-AG--AG--AC--CTGAAATTTACA-A--TTATG--T--G-C-CCTTTG--TC-C-CACCAA--AGAT----CT------T-CA-TACC-AA-AT---TA---TGAAA-A-GAAT-TGGAGCT--A-TGG-TATCAA-GAAG-AAGTT-AGAAA--AT-GT--TCA-A-TG-TTAAC---GCAAG--ACGAGCATGCACGTCG-CACGACGAC---GACGAAAAA-CAA-TT-C---AATTG-GT-CATACCTGCCTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAGAta
gi|20 : TG--T--G-T-CT-TTG--TG-AGC----A--AGATAAACTT------T-CAATACT-AATAT---T----TGAAA-A-TAAT--GTA-CT-GGGTGGTTATCAA-ta
gi|21 : g-AT-GTATG--TACG-C-GC-TTGA-TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TG
gi|22 : TTATCAA-GA----AGTT-A-AAA--AT-GT--TCA-A----TTAACACAG---G--ACG---ACGGACGACG-CACAACtgataataat
gi|23 : -TAGTTATCAA-GA----AGTT-A-AAA--AT-AT--TCC-ATTG-TTAAT---G---G--ATG---AC
gi|24 : ttagacttctaTTGGCC-G----------TGTTTGCAC------CGTCC--C-----A-A-G-T--CACCAAGGGTG-CA-AG--AGTCAC--CTG
gi|25 : tt-ATTGCT-ATC---G---C--ACG---GCCGACTTTG-CACAACGAC--GGATGCA-GACCAA-TT-g
gi|26 : tcA---ATGC---C--AAACCCTCT---ACA----TCT-ATG---ATCACGAAATT-TACA-A--TTATA-------ATAGg
gi|27 : TTATGAA-GAAA-ACGTT-A-AAC--AT-TT--CCA-ATTG-TTAAC---G---G--ACG---ACGGACG
gi|28 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CA-CC--C---TTA--------------AGGTA-CA-AG--AG--TC--CTGAa
gi|29 : gttacattG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CGTGGATCACCAAAATTAC--AAT
gi|3 : AAGGAAGA----TGCTTTTGCA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TAT---T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-CGCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCCCGGCGGATCACCAAATTTAC--AATCTTTTGGT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC---TCA----TATTGGCATT-TGGTT-C--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-G-GTAAAGAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCA-GGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACACAT-TTATG--T--GCC-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGACA-A-GAAA-TTGA-CT-GG-TGGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-AAA--AT-G---TCA-CTTG-TTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGACGAC--GGACGAA-GACCAA-TT-GC--AATAG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAA
gi|30 : taAGA----TGTTTTTTCA-----AATAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--a
gi|32 : T--TCA-ATTGTT-AAC---G---G--ACG---ACGGACG
gi|4 : AAAAGA-TTGA----TAGTGATCAAAAGGAAG----AAATGTTTCAATTTGTTAACCAATTTTATCACTGATCACTTTGGAAGCCAACCC-TATATATAC---ATGGAACCC-CT----------CTA-GTGTGTAT----AAATTATACAGA--ATAAG-------ATAAAA--TTCTCTGCATAAATTCCATAAATAGATATTTAGTATCACATT--ATTAA-TCA-TAGCATTAAAGAACA----TGCTTTACAG-----AATGT-TTTACATTACAAACAC--TATAGTT---ACC-CAACGTTTGGACC--CAACGC--TTGGGGG-T-CAGCAATTCCCT-------------TG-CCC-AA-GGATCA-GAAATTTTC--AATGTTTA-GTGACAGGCCTTT--CCTGGGC---TACGA-CCAAGTCTAT--A-ATCGTAGTTTTAGTCTTAGCTTAACAT-TGCGG-G-T-GT-AGAAACAAAATAT--TTG---AAAAaag
gi|5 : TCA--TTCCA--AATATTCATT--ATTTTAAATTG-AT--A-TGAATAGCATCAATGGAGA----TGTTTTTCAA-----A-TGT----ACA-TATAAACAC--TATA--TGTGA-CGCAG-GTTTGG-CC--C----C--------A-T-CAGTAA--CCTC-------------TA-CCC-TG-GGATCACCAGATTTAC--AATTTG---GT-AGAGT-CTT---CCTGCTC---TAC-A-TCAC--CTATG-GCATT---GTTTC--TCTCAG----ACATGTGTGG-T-T-GTAAAGAAGAAGAT-TTATTG---AAAATTGGTC-AC----------TTTTGCCC------CACCCATC---CCA-GAA-C--C-CCAGGGGTGTCA-AA--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTACGTTT--C-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-G-AT-TGGA-CA-GG--AGTTATC-A-GAAG-AAGTC-A-AAA--AT-GT--TCA-ATTGT
gi|6 : ccatg----AAATGTT-CAATT-GTCAACACATTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CCA--CCCTA---ATACC--A--AAACCC-CT---AC-----CCT-AGG---GTCACGAAATT-TACA-A--TTATA-------ATAGAAAACTCCGTGCTCA--TTCCA--AACACCCATTTAGTTTAAT-TTA-CT--A-TCAATAGCATTAAAGA-------TGTTTTTCAA-----A-TAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--T---A-C-CA--GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGGGT-CAG-AA--CCCC-------------TACCCC-AG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTG---GT-AAAGG-CCTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGGTT-T-GTAAG-AAGAAGAT-T--T-----AAAAcaacac
gi|7 : TTCACTTATGATTAATTTG--C-CCA--CC-TG---GACC---A--AAACCC-TTTTAACATCTGCTG-GGG---AG-ATGAAATT-TACA-AA-TTTTGTATTCATATATAAGACTCACTTCTAA--TACCT--AGTATTAGGTAAGGCGCA-ATTATAG--A-GCAATA---TTAAGAAAGA----TGTTATTTAATTAAGAACGT-TTTACA-T-TAAACACGGTAT---T---G-C-CAA-GCTTGG-CCAAA-ATCCAAT---AGC-TACAG-AA--CCTCCATGTAGCTCACATA-CCA-GG-AACTCTTAGAAGTTGCAAAATGTAT--GT-TATGG-GTTT--CCTGCTG---TAC-AGTCA---CTAT--GCAGT-Ta
gi|8 : TAGTGATCAAGAAGAA-------ATGTT-CAATT-GTTAAC-CAATTTATCAATGATCATTTCGATC-CAC--CC-TT---ATAC---A-------T-GT---ACT----CCT-AGG---TGTATGAAATT-CACA-A--ATAAG-------ATAAAATGTTTTCTGCATA--TTCCA--AATAGATATTTAGTTTCANNNNN-NN--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGCTTTTCAA-----A-TGT-TCTACA-TACTAACAC--TATG--T---A-C-CAC-GTTTGG-CCA-C-ACCT--T---
gi|9 : TTTTGACCACGGCACACCC--C---TCA-G-G-C--C-CCAGGGAAG-CACAA--AT--AA--C-AAAATTCACA-ATGTCAGT--T--T-T-CC-TCGACTCTT-C----A--AG------TT------TATA-TACCGAA-ATGGGT----TGA------AAT-TGGC-AA-GG-CCGTT-TCACTAAAG-AAG---A-TAA--ATCGTTCTCACATT-TACAAC---T---GACACA---ATGGACAACT-AATAATG-CTGGGATGAA-AACAGA-TT-GC--AACAA-GT-CA------CATGA----------GT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTAACTGATTAGTTGTCGAGAAGAAGTAAAAGAAATGTAATTATACTTTTTTGATTGCGATGAAGATCGACGAACACACAATTGCAATAAGGTCACC
Unaligned ( gi|18 ): AATATTAAATTGTCACTGCATCAATCACTGGTTATTTTGATCGCACCTTGATACCCAAATATCTACCCTTGGGGTCATGAATTACA
Unaligned ( gi|31 ): CTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAAGTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222 1 1 11 111 1111111 2222222222 1111111 1 11111 1111111 1 11111111111111 1 2222222222222 1111 1111 111 111 11 1111 11111 111 22222222222 111111 11111111 1111 1111 11111111111 1111 1111111 11 11 2222 111111 2222222222
lowQualScore : 5 3333 77777 0 0 9 44 6 55 6 000 8888888 5 7777777777 66 77 1 5 5 5 77 1 8888888 0 5 77 77 0 0 1 1 4 5 1 9999 2 1 11111 1 4 4 66 6666666 5 5 77 0 99999999999999 5 5 0 66 7777777777777 5 0000 0 3 66 9999 5 0 5 77 000 999 555 33 5 99 4444 00000 7 4 5 77 000 666 22222222222 888888 44444444 444 4 55 4 4 7 3 55 55 55 0 3 3 3 77 3333 3 3 77 3 3 5555 77 11111111111 3 3 7 3 666 1111 4 77 3 999999999 2 333 2 2 33 33 2 333 2 1 7777777 3 6666666 33 555 9999 4 66 44 11 5 0000 5 5 5 666666 9999999999
lowQualScore : . .... ..... . . . .. . .. . ... ....... . .......... .. .. . . . . .. . ....... . . .. .. . . . . . . . .... . . ..... . . . .. ....... . . .. . .............. . . . .. ............. . .... . . .. .... . . . .. ... ... ... .. . .. .... ..... . . . .. ... ... ........... ...... ........ ... . .. . . . . .. .. .. . . . . .. .... . . .. . . .... .. ........... . . . . ... .... . .. . ......... . ... . . .. .. . ... . . ....... . ....... .. ... .... . .. .. .. . .... . . . ...... ..........
lowQualScore : 5 5555 99999 0 0 2 77 7 88 7 000 1111111 7 3333333333 77 44 4 7 7 7 99 0 6666666 4 2 99 99 1 6 7 4 6 7 4 4444 7 8 11111 9 4 4 11 6666666 0 0 00 0 66666666666666 0 0 0 99 5555555555555 0 4444 1 4 99 6666 7 4 7 99 000 444 777 66 7 22 2222 00000 3 2 7 99 000 444 22222222222 555555 66666666 666 0 55 0 3 3 6 00 00 00 4 0 6 6 99 5555 3 1 99 3 3 0000 99 33333333333 6 6 3 6 444 4444 0 33 6 888888888 9 555 9 9 99 99 9 888 5 1 4444444 4 2222222 99 000 6666 4 99 00 99 0 1111 7 7 7 444444 2222222222
consensus : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCATCAATGATCATTTTGGCC-CCA--CC-TA---ATAC---A--AAACCC-CT---AC-----CCT-AGGAT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-ATA-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAAGGAC--CAA-TT-GCAAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
Reference ( family-3104 ) : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCATCAATGATCATTTTGGCC-CCA--CC-TA---ATAC---A--AAACCC-CT---AC-----CCN-AGGAT-CACGAAATT-TAC-A-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-ATA-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAAGGAC--CAA-TT-NAAAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
gi|1 : AAAAGAATTGGACTGTGGTTATTAAGAAGAAGTTAAAAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCATCAATGGCCATTTTGGCC-CCA--CC-TA---ATAC---A--AAACCC-CT---AC-----CCA-ACGAT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTTTG-------ATAAAAGGCTCCCTACTCA--TTTCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTG-ATA-TCAATAACATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGTGTTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--TA--GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTTT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-TGGTAAGAGAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CTCGG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-CTTG------TTTAAC---G---G--ACG---AC-GACGTCGCCACGA-CGAC--GTACGAAGGAC--CAAGTTGCAAAT-AGCGTCCA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAAA
gi|10 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CATCC--C---CAA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATATAAA-A--TTATG--T--G-CTCC-TTG--TC-C-CA---A--AGATG--CTT------C-AA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT--G-T-GGTTATTAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG-------TTAAC---aacc
gi|11 : gtcacttC-TTT--TC-C-A----AG-AGATG---TT------T-CA-CACC-AA-A------------AA-A------TGG---T-AA-C-ATTT------GAAG-AAGTA-A-A--AC--AT-GT----A-A------------AA-----------ATG---A------TAA-CACGA-CGAC--AGACGA-GGAC--CAA-CA-GAAAG-AG-AA-CA------CTTGA----------ATGGCCTAAAAac
gi|12 : acattcat-GAATATGGA-T---G-T-GGTTATCAA-GGGGGAAGTT-T-A--AGGTAT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ATG---Aca
gi|13 : TTACA-AT-TTATC--TC-A-C-CA-TTA--CG-C-C----AGTATATA--CTTATCACTT-CA-TACCGAA-AT---T----GGAAACA-CAAT-GAAA-AT-AA-T-ATTTACCAA-GAC--AAGTTGA-A--AA--AT-GT--TAA-ATTG------TGTAAC---A---G--ATG---Agaccaacttgcaaggttatcttgagggttttttcttaggtgacctaaaatgtataaaaccaaaa
gi|14 : ---------TTTTTGCCC------GGCCC-------TA-G-GGC--C-CCAGG--TG-AA-AG--AT--TC--C-AAAATT-ACA-AT-TTATGT-T--A-C-TT-TTG--TT-C-CAA--A--AGATG--CT
gi|15 : ttgtcctcatttgcgaAAGAAGAT-T--TTGGTTAAAATTGGT--AC----------TTTTGCCCCTG---CACGC--CTGGCTGTG-G-TCGC-CCAAGGGGG-CA-AGGAAG--GTCGCTG-AATTC-CA-AT-TTAT---T--G-C-CC-gaaaaagaaatggagtgatata
gi|16 : agA-CT-GA-TTAGTTGTCGA-GAAG-AAGTA-A-AAGAA--AT-GT----A-ATTATACTTTTTTGAT---T---G---CG---ATGAA---------GATCGAC--GAAC-----ACA-CAA-TT-GCAATAAG-GT-CA------CC
gi|17 : ttaT-A-A--GA--AT-GT--GCA-ACTG------TT-AAA---G---T--TCG---ACGAACG--------A-CGAC--GGACGCAGAACGACAG-C----AAG-AG-GT-CA------CCTGA----------GTG
gi|19 : accaagcttggcaaggtagttataGGGGTGGCA-CG--AG--TC--CTGGAATTCCTC-AT-TTACG--T--CTC-CC-CTG--TC-C-T----A--AGATG--AT---------CA-TACC----AT---TTCCATGAAA-ATTAAT-TGAA-
gi|2 : TTTTGGTC-CCAT-CC-TA---ATACCATA--AACCCC-TT---AC-----CCCTAGAAT-CATGAA-TT-TAC-A-AAATTTTG-------AGAGAAGGCTCCC-ATTCA--TTCAA--AA-ATTCATTTAGTT-CACATTA-ATAATCAACAGCATTAAAGAAGA----TA--TTTCAA-----AATGT-TT-ACA-TATAAACAC--TACT--A---A-C-CAA-GTTTGACCC--C-GCCC--T---GTG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CG-GA--CACCAAA-TTAC--ATATTAT--GT-AAATG-CTTTTCCTTGCCCTCTTAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TG--TTC--TCTCA-----ACATGC-----TAT-GT---AAAGAAGAT-T--TTT---AAAA-TGGTCAACTTTTGGCAGTTTTTGCCC------CACTC--C---A-A-G-G-C--C-CCA-GGGT--CA-AG--AG--AC--CTGAAATTTACA-A--TTATG--T--G-C-CCTTTG--TC-C-CACCAA--AGAT----CT------T-CA-TACC-AA-AT---TA---TGAAA-A-GAAT-TGGAGCT--A-T-GG-TATCAA-GAAG-AAGTT-AGA--AA--AT-GT--TCA-A-TG-------TTAAC---GCAAG--ACGAGCATGCACGTCG-CACGA-CGAC---GACGAAAAA---CAA-TT-C-AAT-TG-GT-CATACCTGCCTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAGAta
gi|20 : TG--T--G-T-CT-TTG--TG-AGC----A--AGATAAACTT------T-CAATACT-AATAT---T----TGAAA-A-TAAT--GTA-CT-GGGT-GGTTATCAA-ta
gi|21 : g-AT-GTATG--TACG-C-GC-TTGA-TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TG
gi|22 : TTATCAA-GA----AGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-A----------TTAACACAG---G--ACG---ACGGACGACG-CACAA-Ctgataataat
gi|23 : -T-AGTTATCAA-GA----AGTT-A-A--AA--AT-AT--TCC-ATTG-------TTAAT---G---G--ATG---AC
gi|24 : ttagacttctaTTGGCC-G----------TGTTTGCAC------CGTCC--C-----A-A-G-T--CACCAAGGGTG-CA-AG--AGTCAC--CTG
gi|25 : tt-ATTG------CT-ATC---G---C--ACG---GCCGACTTTG-CACAA-CGAC--GGATGCA-GAC--CAA-TT-g
gi|26 : tcA---ATGC---C--AAACCCTCT---ACA----TCT-ATGAT-CACGAAATT-TAC-A-A--TTATA-------ATAGg
gi|27 : TTATGAA-GAAA-ACGTT-A-A--AC--AT-TT--CCA-ATTG-------TTAAC---G---G--ACG---ACGGACG
gi|28 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CA-CC--C---TTA--------------AGGTA-CA-AG--AG--TC--CTGAa
gi|29 : gttacattG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CGTGGATCACCAAAATTAC--AAT
gi|3 : AAGGAAGA----TGCTTTTGCA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TAT---T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-CGCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCCCGGCGGATCACCAAATTTAC--AATCTTTTGGT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC---TCA----TATTGGCATT-TGGTT-C--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-G-GTAAAGAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCA-GGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACACAT-TTATG--T--GCC-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGACA-A-GAAA-TTGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-G---TCA-CTTG-------TTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAA-GAC--CAA-TT-GCAAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAA
gi|30 : taAGA----TGTTTTTTCA-----AATAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--a
gi|32 : T--TCA-ATTG------TT-AAC---G---G--ACG---ACGGACG
gi|4 : AAAAGA-TTGA----TAGTGATCAAAAGGAAG----AAATGTTTCAATTTGTTAACCAATTTTATCACTGATCACTTTGGAAGCCAACCC-TATATATAC---ATGGAACCC-CT-----------CT-AGTGTGTAT-AAATTATAC-AGA--ATAAG-------ATAAAA--TTCTCTGCATAAATTCCATAAATAGATATTTAGTATCACATTA-TTAATCA-TAGCATTAAAGAACA----TGCTTTACAG-----AATGT-TTTACATTACAAACAC--TATAGTT---ACC-CAACGTTTGGACC--CAACGC--TTGGGGG-T-CAGCAATTCCCT-------------TG-CCC-AA-GGATCA-GAAATTTTC--AATGTTTA-GTGACAGGCCTTT--CCTGGGC---TACGA-CCAAGTCTAT--A-ATCGTAGTTTTAGTCTTAGCTTAACAT-TGCGG-G-T-GT-AGAAACAAAATAT--TTG---AAAAaag
gi|5 : TCA--TTCCA--AATATTCATT--ATTTTAAATTG-ATA-TGAATAGCATCAATGGAGA----TGTTTTTCAA-----A-TGT----ACA-TATAAACAC--TATA--TGTGA-CGCAG-GTTTGG-CC--C----C--------A-T-CAGTAA--CCTC-------------TA-CCC-TG-GGATCACCAGATTTAC--AATTTG---GT-AGAGT-CTT---CCTGCTC---TAC-A-TCAC--CTATG-GCATT---GTTTC--TCTCAG----ACATGTGTGG-T-T-GTAAAGAAGAAGAT-TTATTG---AAAATTGGTC-AC----------TTTTGCCC------CACCCATC---CCA-GAA-C--C-CCAGGGGTGTCA-AA--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTACGTTT--C-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-G-AT-TGGA-CA-GG---AGTTATC-A-GAAG-AAGTC-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------T
gi|6 : ccatg----AAATGTT-CAATT-GTCAACACATTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CCA--CCCTA---ATACC--A--AAACCC-CT---AC-----CCT-AGGGT-CACGAAATT-TAC-A-A--TTATA-------ATAGAAAACTCCGTGCTCA--TTCCA--AACACCCATTTAGTTTAAT-TTA-CTA-TCAATAGCATTAAAGA-------TGTTTTTCAA-----A-TAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--T---A-C-CA--GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGGGT-CAG-AA--CCCC-------------TACCCC-AG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTG---GT-AAAGG-CCTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGGTT-T-GTAAG-AAGAAGAT-T--T-----AAAAcaacac
gi|7 : TTCACTTATGATTAATTTG--C-CCA--CC-TG---GACC---A--AAACCC-TTTTAACATCTGCTG-GGGAG--ATGAAATT-TACAA-A--TTTTGTATTCATATATAAGACTCACTTCTAA--TACCT--AGTATTAGGTAAGGCGCA-ATTATAGA-GCAAT---ATTAAGAAAGA----TGTTATTTAATTAAGAACGT-TTTACA-T-TAAACACGGTAT---T---G-C-CAA-GCTTGG-CCAAA-ATCCAAT---AGC-TACAG-AA--CCTCCATGTAGCTCACATA-CCA-GG-AACTCTTAGAAGTTGCAAAATGTAT--GT-TATGG-GTTT--CCTGCTG---TAC-AGTCA---CTAT--GCAGT-Ta
gi|8 : TAGTGATCAAGAAGAA-------ATGTT-CAATT-GTTAAC-CAATTTATCAATGATCATTTCGATC-CAC--CC-TT---ATAC---A-------T-GT---ACT----CCT-AGGTG-TATGAAATT-CAC-A-A--ATAAG-------ATAAAATGTTTTCTGCATA--TTCCA--AATAGATATTTAGTTTCANNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGCTTTTC-A-----AATGT-TCTACA-TACTAACAC--TATG--T---A-C-CAC-GTTTGG-CCA-C-ACCT--T---
gi|9 : TTTTGACCACGGCACACCC--C---TCA-G-G-C--C-CCAGGGAAG-CACAA--AT--AA--C-AAAATTCACA-ATGTCAGT--T--T-T-CC-TCGACTCTT-C----A--AG------TT------TATA-TACCGAA-ATGGGT----TGA------AAT-TGGC-AA-GG-C-CGTT-TCACTAAAG-AAG---A-T--AA--ATCGTTCTCACATT-------TACAAC---T---GACACA---ATGGACAACT-AATAA-TG-CTGGGATGAA-AAC--AGA-TT-GCAAC-AA-GT-CA------CATGA----------GT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATATTAAATTGTCACTGCATCAATCACTGGTTATTTTGATCGCACCTTGATACCCAAATATCTACCCTTGGGGTCATGAATTACA
Unaligned ( gi|31 ): CTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAAGTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222 11 11111 222222 11111111111 1111111 1 11111 1111111 1 11111111111111 1 2222222222222 1111 1111 111 111 11 1111 11111 111 22222222222 111111 11111111 1111 1111 11111111111 1111 1111111 11 111111 2222222222
lowQualScore : 5 3333 77777 8 8 8 6 55 5 33 5 11111 222222 5 66666666666 5 5 1 5 3 5 5 5 77 1 8888888 0 5 77 77 0 0 1 1 4 5 1 9999 2 11111 7 4 4 66 6666666 5 5 77 0 99999999999999 5 5 0 66 7777777777777 5 0000 0 3 66 9999 5 0 5 77 000 999 555 33 5 99 4444 00000 7 4 5 77 000 666 22222222222 888888 44444444 444 4 55 4 4 7 3 55 55 55 0 3 3 3 77 3333 3 3 77 3 3 5555 77 11111111111 3 3 7 3 666 1111 4 77 3 999999999 2 333 2 2 33 33 2 333 2 1 7777777 3 6666666 33 555 9999 4 66 44 5 5 5 5 5 5 666666 9999999999
lowQualScore : . .... ..... . . . . .. . .. . ..... ...... . ........... . . . . . . . . .. . ....... . . .. .. . . . . . . . .... . ..... . . . .. ....... . . .. . .............. . . . .. ............. . .... . . .. .... . . . .. ... ... ... .. . .. .... ..... . . . .. ... ... ........... ...... ........ ... . .. . . . . .. .. .. . . . . .. .... . . .. . . .... .. ........... . . . . ... .... . .. . ......... . ... . . .. .. . ... . . ....... . ....... .. ... .... . .. .. . . . . . . ...... ..........
lowQualScore : 5 5555 99999 0 0 6 7 77 7 66 7 88888 666666 0 88888888888 0 0 8 0 2 0 0 0 99 0 6666666 4 2 99 99 1 6 7 4 6 7 4 4444 7 11111 3 4 4 11 6666666 0 0 00 0 66666666666666 0 0 0 99 5555555555555 0 4444 1 4 99 6666 7 4 7 99 000 444 777 66 7 22 2222 00000 3 2 7 99 000 444 22222222222 555555 66666666 666 0 55 0 3 3 6 00 00 00 4 0 6 6 99 5555 3 1 99 3 3 0000 99 33333333333 6 6 3 6 444 4444 0 33 6 888888888 9 555 9 9 99 99 9 888 5 1 4444444 4 2222222 99 000 6666 4 99 00 0 0 7 7 7 7 444444 2222222222
consensus : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACGCATTTCA-TCAATGATCATTTTGGTC-CCA--CC-T-A---ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGGGT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-ATA-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAAGGAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
Reference ( family-3104 ) : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCA-TCAATGATCATTTTGGCC-CCA--CC-T-A---ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGGAT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-ATA-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAAGGAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
gi|1 : AAAAGAATTGGACTGTGGTTATTAAGAAGAAGTTAAAAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCA-TCAATGGCCATTTTGGCC-CCA--CC-T-A---ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-A-ACGAT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTTTG-------ATAAAAGGCTCCCTACTCA--TTTCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTG-ATA-TCAATAACATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGTGTTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--TA--GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTTT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-TGGTAAGAGAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CTCGG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-CTTG------TTTAAC---G---G--ACG---AC-GACGTCGCCACGA-CGAC--GTACGAAGGAC-CAAGTTGCAAAT-AGCGTCCA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAAA
gi|10 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CATCC--C---CAA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATATAAA-A--TTATG--T--G-CTCC-TTG--TC-C-CA---A--AGATG--CTT------C-AA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT--G-T-GGTTATTAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG-------TTAAC---aacc
gi|11 : gtcacttC-TTT--TC-C-A----AG-AGATG---TT------T-CA-CACC-AA-A------------AA-A------TGG---T-AA-C-ATTT------GAAG-AAGTA-A-A--AC--AT-GT----A-A------------AA-----------ATG---A------TAA-CACGA-CGAC--AGACGA-GGAC-CAA-CAGA-AAG-AG-AA-CA------CTTGA----------ATGGCCTAAAAac
gi|12 : acattcat-GAATATGGA-T---G-T-GGTTATCAA-GGGGGAAGTT-T-A--AGGTAT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ATG---Aca
gi|13 : TTACA-AT-TTATC--TC-A-C-CA-TTA--CG-C-C----AGTATATA--CTTATCACTT-CA-TACCGAA-AT---T----GGAAACA-CAAT-GAAA-AT-AA-T-ATTTACCAA-GAC--AAGTTGA-A--AA--AT-GT--TAA-ATTG------TGTAAC---A---G--ATG---Agaccaacttgcaaggttatcttgagggttttttcttaggtgacctaaaatgtataaaaccaaaa
gi|14 : ---------TTTTTGCCC------GGCCC-------TA-G-GGC--C-CCAGG--TG-AA-AG--AT--TC--C-AAAATT-ACA-AT-TTATGT-T--A-C-TT-TTG--TT-C-CAA--A--AGATG--CT
gi|15 : ttgtcctcatttgcgaAAGAAGAT-T--TTGGTTAAAATTGGT--AC----------TTTTGCCCCTG---CACGC--CTGGCTGTG-G-TCGC-CCAAGGGGG-CA-AGGAAG--GTCGCTG-AATTC-CA-AT-TTAT---T--G-C-CC-gaaaaagaaatggagtgatata
gi|16 : agA-CT-GA-TTAGTTGTCGA-GAAG-AAGTA-A-AAGAA--AT-GT----A-ATTATACTTTTTTGAT---T---G---CG---ATGAA---------GATCGAC--GAAC-----ACACAA-TTGC-AATAAG-GT-CA------CC
gi|17 : ttaT-A-A--GA--AT-GT--GCA-ACTG------TT-AAA---G---T--TCG---ACGAACG--------A-CGAC--GGACGCAGAAC--GA-CAGC-AAG-AG-GT-CA------CCTGA----------GTG
gi|18 : accaagcttggcaaggtagttataAATATT-AAATT-GTCACTGCAT--CAATCACTGGTTATTTTGATC-GCA--CC-TTG---ATAC---CC-AAATAT-CT-----AC-C--C-TTGGGGT-CATGAA--T-TAC-A-
gi|19 : GGGGTGGCA-CG--AG--TC--CTGGAATTCCTC-AT-TTACG--T--CTC-CC-CTG--TC-C-T----A--AGATG--AT---------CA-TACC----AT---TTCCATGAAA-ATTAAT-TGAA-
gi|2 : TTTTGGTC-CCAT-CC-T-A---ATACCATA--AACCCC-TT-----AC-C--CCT-AGAAT-CATGAA-TT-TAC-A-AAATTTTG-------AGAGAAGGCTCCC-ATTCA--TTCAA--AA-ATTCATTTAGTT-CACATTA-ATAATCAACAGCATTAAAGAAGA----TA--TTTCAA-----AATGT-TT-ACA-TATAAACAC--TACT--A---A-C-CAA-GTTTGACCC--C-GCCC--T---GTG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CG-GA--CACCAAA-TTAC--ATATTAT--GT-AAATG-CTTTTCCTTGCCCTCTTAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TG--TTC--TCTCA-----ACATGC-----TAT-GT---AAAGAAGAT-T--TTT---AAAA-TGGTCAACTTTTGGCAGTTTTTGCCC------CACTC--C---A-A-G-G-C--C-CCA-GGGT--CA-AG--AG--AC--CTGAAATTTACA-A--TTATG--T--G-C-CCTTTG--TC-C-CACCAA--AGAT----CT------T-CA-TACC-AA-AT---TA---TGAAA-A-GAAT-TGGAGCT--A-T-GG-TATCAA-GAAG-AAGTT-AGA--AA--AT-GT--TCA-A-TG-------TTAAC---GCAAG--ACGAGCATGCACGTCG-CACGA-CGAC---GACGAAAAA--CAA-TT-C-AAT-TG-GT-CATACCTGCCTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAGAta
gi|20 : TG--T--G-T-CT-TTG--TG-AGC----A--AGATAAACTT------T-CAATACT-AATAT---T----TGAAA-A-TAAT--GTA-CT-GGGT-GGTTATCAA-ta
gi|21 : g-AT-GTATG--TACG-C-GC-TTGA-TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TG
gi|22 : TTATCAA-GA----AGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-A----------TTAACACAG---G--ACG---ACGGACGACG-CACAA-Ctgataataat
gi|23 : -T-AGTTATCAA-GA----AGTT-A-A--AA--AT-AT--TCC-ATTG-------TTAAT---G---G--ATG---AC
gi|24 : ttagacttctaTTGGCC-G----------TGTTTGCAC------CGTCC--C-----A-A-G-T--CACCAAGGGTG-CA-AG--AGTCAC--CTG
gi|25 : tt-ATTG------CT-ATC---G---C--ACG---GCCGACTTTG-CACAA-CGAC--GGATGCA-GAC-CAA-TTGg
gi|26 : tc-A---ATGC---C--AAACCCTCT-----ACAT--C-T-ATGAT-CACGAAATT-TAC-A-A--TTATA-------ATAG
gi|27 : TTATGAA-GAAA-ACGTT-A-A--AC--AT-TT--CCA-ATTG-------TTAAC---G---G--ACG---ACGGACG
gi|28 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CA-CC--C---TTA--------------AGGTA-CA-AG--AG--TC--CTGAa
gi|29 : gttacattG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CGTGGATCACCAAAATTAC--AAT
gi|3 : AAGGAAGA----TGCTTTTGCA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TAT---T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-CGCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCCCGGCGGATCACCAAATTTAC--AATCTTTTGGT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC---TCA----TATTGGCATT-TGGTT-C--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-G-GTAAAGAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCA-GGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACACAT-TTATG--T--GCC-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGACA-A-GAAA-TTGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-G---TCA-CTTG-------TTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAA-GAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAA
gi|30 : taAGA----TGTTTTTTCA-----AATAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--a
gi|32 : T--TCA-ATTG------TT-AAC---G---G--ACG---ACGGACG
gi|4 : AAAAGA-TTGA----TAGTGATCAAAAGGAAG----AAATGTTTCAATTTGTTAACCAATTTTA-TCACTGATCACTTTGGAAGCCAACCC-T-ATATATAC---ATGGAACCC-CT-----------C-T-AGTGTGTAT-AAATTATAC-AGA--ATAAG-------ATAAAA--TTCTCTGCATAAATTCCATAAATAGATATTTAGTATCACATTA-TTAATCA-TAGCATTAAAGAACA----TGCTTTACAG-----AATGT-TTTACATTACAAACAC--TATAGTT---ACC-CAACGTTTGGACC--CAACGC--TTGGGGG-T-CAGCAATTCCCT-------------TG-CCC-AA-GGATCA-GAAATTTTC--AATGTTTA-GTGACAGGCCTTT--CCTGGGC---TACGA-CCAAGTCTAT--A-ATCGTAGTTTTAGTCTTAGCTTAACAT-TGCGG-G-T-GT-AGAAACAAAATAT--TTG---AAAAaag
gi|5 : TCA--TTCCA--AATATTCATT--ATTTTAAATTG-ATA-TGAATAGCATCAATGGAGA----TGTTTTTCAA-----A-TGT----ACA-TATAAACAC--TATA--TGTGA-CGCAG-GTTTGG-CC--C----C--------A-T-CAGTAA--CCTC-------------TA-CCC-TG-GGATCACCAGATTTAC--AATTTG---GT-AGAGT-CTT---CCTGCTC---TAC-A-TCAC--CTATG-GCATT---GTTTC--TCTCAG----ACATGTGTGG-T-T-GTAAAGAAGAAGAT-TTATTG---AAAATTGGTC-AC----------TTTTGCCC------CACCCATC---CCA-GAA-C--C-CCAGGGGTGTCA-AA--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTACGTTT--C-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-G-AT-TGGA-CA-GG---AGTTATC-A-GAAG-AAGTC-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------T
gi|6 : ccatg----AAATGTT-CAATT-GTCAACACATTTCA-TCAATGACCATTTTGGCC-CCA--CCCT-A---ATACC--A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGGGT-CACGAAATT-TAC-A-A--TTATA-------ATAGAAAACTCCGTGCTCA--TTCCA--AACACCCATTTAGTTTAAT-TTA-CTA-TCAATAGCATTAAAGA-------TGTTTTTCAA-----A-TAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--T---A-C-CA--GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGGGT-CAG-AA--CCCC-------------TACCCC-AG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTG---GT-AAAGG-CCTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGGTT-T-GTAAG-AAGAAGAT-T--T-----AAAAcaacac
gi|7 : TTCA-CTTATGATTAATTTG--C-CCA--CC-T-G---GACC---A--AAACCC-TTTTAACAT-CTGC-T-GGGGA-GATGAAATT-TACAA-A--TTTTGTATTCATATATAAGACTCACTTCTAA--TACCT--AGTATTAGGTAAGGCGCA-ATTATAGA-GCAAT---ATTAAGAAAGA----TGTTATTTAATTAAGAACGT-TTTACA-T-TAAACACGGTAT---T---G-C-CAA-GCTTGG-CCAAA-ATCCAAT---AGC-TACAG-AA--CCTCCATGTAGCTCACATA-CCA-GG-AACTCTTAGAAGTTGCAAAATGTAT--GT-TATGG-GTTT--CCTGCTG---TAC-AGTCA---CTAT--GCAGT-Ta
gi|8 : TAGTGATCAAGAAGAA-------ATGTT-CAATT-GTTAAC-CAATTTA-TCAATGATCATTTCGATC-CAC--CC-T-T---ATAC---A-------T-GT-----ACTC--C-T-AGGTG-TATGAAATT-CAC-A-A--ATAAG-------ATAAAATGTTTTCTGCATA--TTCCA--AATAGATATTTAGTTTCANNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGCTTTTCAA-----A-TGT-TCTACA-TACTAACAC--TATG--T---A-C-CAC-GTTTGG-CCA-C-ACCT--T---
gi|9 : TTTTGACCACGGCACACCC--C---TCA-G-G-C--C-CCAGGGAAG-CACAA--AT--AA--C-AAAATTCACA-ATGTCAGT--T--T-T-CC-TCGACTCTT-C----A--AG------TT------TATA-TACCGAA-ATGGGT----TGA------AAT-TGGC-AA-GG-C-CGTT-TCACTAAAG-AAG---A-T--AA--ATCGTTCTCACATT-------TACAAC---T---GACACA---ATGGACAACT-AATAA-TG-CTGGGATGAA-AAC-AGA-TTGC-AAC-AA-GT-CA------CATGA----------GT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAAGTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222 1 1111 111 222222 11111111111 1111111 1 11111 1111111 1 11111111111111 1 2222222222222 1111 1111 111 111 11 1111 11111 111 22222222222 111111 11111111 1111 1111 11111111111 1111 1111111 11 111111 2222222222
lowQualScore : 5 3333 77777 8 8 1 6 1111 5 555 888 222222 5 66666666666 5 5 5 66 3 5 5 5 77 1 8888888 0 5 77 77 0 0 1 1 4 5 1 9999 2 1 11111 1 4 4 66 6666666 5 5 77 0 99999999999999 5 5 0 66 7777777777777 5 0000 0 3 66 9999 5 0 5 77 000 999 555 33 5 99 4444 00000 7 4 5 77 000 666 22222222222 888888 44444444 444 4 55 4 4 7 3 55 55 55 0 3 3 3 77 3333 3 3 77 3 3 5555 77 11111111111 3 3 7 3 666 1111 4 77 3 999999999 2 333 2 2 33 33 2 333 2 1 7777777 3 6666666 33 555 9999 4 66 44 5 5 5 5 5 5 666666 9999999999
lowQualScore : . .... ..... . . . . .... . ... ... ...... . ........... . . . .. . . . . .. . ....... . . .. .. . . . . . . . .... . . ..... . . . .. ....... . . .. . .............. . . . .. ............. . .... . . .. .... . . . .. ... ... ... .. . .. .... ..... . . . .. ... ... ........... ...... ........ ... . .. . . . . .. .. .. . . . . .. .... . . .. . . .... .. ........... . . . . ... .... . .. . ......... . ... . . .. .. . ... . . ....... . ....... .. ... .... . .. .. . . . . . . ...... ..........
lowQualScore : 5 5555 99999 0 0 4 7 7777 7 777 000 666666 0 88888888888 0 0 0 44 2 0 0 0 99 0 6666666 4 2 99 99 1 6 7 4 6 7 4 4444 7 8 11111 9 4 4 11 6666666 0 0 00 0 66666666666666 0 0 0 99 5555555555555 0 4444 1 4 99 6666 7 4 7 99 000 444 777 66 7 22 2222 00000 3 2 7 99 000 444 22222222222 555555 66666666 666 0 55 0 3 3 6 00 00 00 4 0 6 6 99 5555 3 1 99 3 3 0000 99 33333333333 6 6 3 6 444 4444 0 33 6 888888888 9 555 9 9 99 99 9 888 5 1 4444444 4 2222222 99 000 6666 4 99 00 0 0 7 7 7 7 444444 2222222222
consensus : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACGCATTTCA-TCAATGATCATTTTGG--TCCCA-CC---T-A-ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGG-GT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-ATA-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAAGGAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
Reference ( family-3104 ) : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACGCATTTCA-TCAATGATCATTTTGG--TCCCA-CC---T-A-ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGG-GT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-ATA-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAAGGAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
gi|1 : AAAAGAATTGGACTGTGGTTATTAAGAAGAAGTTAAAAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCA-TCAATGGCCATTTTGG--CCCCA-CC---T-A-ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-A-ACG-AT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTTTG-------ATAAAAGGCTCCCTACTCA--TTTCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTG-ATA-TCAATAACATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGTGTTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--TA--GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTTT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-TGGTAAGAGAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CTCGG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-CTTG------TTTAAC---G---G--ACG---AC-GACGTCGCCACGA-CGAC--GTACGAAGGAC-CAAGTTGCAAAT-AGCGTCCA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAAA
gi|10 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CATCC--C---CAA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATATAAA-A--TTATG--T--G-CTCC-TTG--TC-C-CA---A--AGATG--CTT------C-AA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT--G-T-GGTTATTAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG-------TTAAC---aacc
gi|11 : gtcacttC-TTT--TC-C-A----AG-AGATG---TT------T-CA-CACC-AA-A------------AA-A------TGG---T-AA-C-ATTT------GAAG-AAGTA-A-A--AC--AT-GT----A-A------------AA-----------ATG---A------TAA-CACGA-CGAC--AGACGA-GGAC-CAA-CAGA-AAG-AG-AA-CA------CTTGA----------ATGGCCTAAAAac
gi|12 : acattcat-GAATATGGA-T---G-T-GGTTATCAA-GGGGGAAGTT-T-A--AGGTAT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ATG---Aca
gi|13 : TTACA-AT-TTATC--TC-A-C-CA-TTA--CG-C-C----AGTATATA--CTTATCACTT-CA-TACCGAA-AT---T----GGAAACA-CAAT-GAAA-AT-AA-T-ATTTACCAA-GAC--AAGTTGA-A--AA--AT-GT--TAA-ATTG------TGTAAC---A---G--ATG---Agaccaacttgcaaggttatcttgagggttttttcttaggtgacctaaaatgtataaaaccaaaa
gi|14 : ---------TTTTTGCCC------GGCCC-------TA-G-GGC--C-CCAGG--TG-AA-AG--AT--TC--C-AAAATT-ACA-AT-TTATGT-T--A-C-TT-TTG--TT-C-CAA--A--AGATG--CT
gi|15 : ttgtcctcatttgcgaAAGAAGAT-T--TTGGTTAAAATTGGT--AC----------TTTTGCCCCTG---CACGC--CTGGCTGTG-G-TCGC-CCAAGGGGG-CA-AGGAAG--GTCGCTG-AATTC-CA-AT-TTAT---T--G-C-CC-gaaaaagaaatggagtgatata
gi|16 : agA-CT-GA-TTAGTTGTCGA-GAAG-AAGTA-A-AAGAA--AT-GT----A-ATTATACTTTTTTGAT---T---G---CG---ATGAA---------GATCGAC--GAAC-----ACACAA-TTGC-AATAAG-GT-CA------CC
gi|17 : ttaT-A-A--GA--AT-GT--GCA-ACTG------TT-AAA---G---T--TCG---ACGAACG--------A-CGAC--GGACGCAGAAC--GA-CAGC-AAG-AG-GT-CA------CCTGA----------GTG
gi|18 : accaagcttggcaaggtagttataAATATT-AAATT-GTCACTGCAT--CAATCACTGGTTATTTTGA--TCGCA-CC---TTG-ATAC---CC-AAATAT-CT-----AC-C--C-TTGGG-GT-CATGAA--T-TAC-A-
gi|19 : GGGGTGGCA-CG--AG--TC--CTGGAATTCCTC-AT-TTACG--T--CTC-CC-CTG--TC-C-T----A--AGATG--AT---------CA-TACC----AT---TTCCATGAAA-ATTAAT-TGAA-
gi|2 : TTTTGG--TCCCATCC---T-A-ATACCATA--AACCCC-TT-----AC-C--CCT-AGA-AT-CATGAA-TT-TAC-A-AAATTTTG-------AGAGAAGGCTCCC-ATTCA--TTCAA--AA-ATTCATTTAGTT-CACATTA-ATAATCAACAGCATTAAAGAAGA----TA--TTTCAA-----AATGT-TT-ACA-TATAAACAC--TACT--A---A-C-CAA-GTTTGACCC--C-GCCC--T---GTG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CG-GA--CACCAAA-TTAC--ATATTAT--GT-AAATG-CTTTTCCTTGCCCTCTTAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TG--TTC--TCTCA-----ACATGC-----TAT-GT---AAAGAAGAT-T--TTT---AAAA-TGGTCAACTTTTGGCAGTTTTTGCCC------CACTC--C---A-A-G-G-C--C-CCA-GGGT--CA-AG--AG--AC--CTGAAATTTACA-A--TTATG--T--G-C-CCTTTG--TC-C-CACCAA--AGAT----CT------T-CA-TACC-AA-AT---TA---TGAAA-A-GAAT-TGGAGCT--A-T-GG-TATCAA-GAAG-AAGTT-AGA--AA--AT-GT--TCA-A-TG-------TTAAC---GCAAG--ACGAGCATGCACGTCG-CACGA-CGAC---GACGAAAAA--CAA-TT-C-AAT-TG-GT-CATACCTGCCTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAGAta
gi|20 : TG--T--G-T-CT-TTG--TG-AGC----A--AGATAAACTT------T-CAATACT-AATAT---T----TGAAA-A-TAAT--GTA-CT-GGGT-GGTTATCAA-ta
gi|21 : g-AT-GTATG--TACG-C-GC-TTGA-TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TG
gi|22 : TTATCAA-GA----AGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-A----------TTAACACAG---G--ACG---ACGGACGACG-CACAA-Ctgataataat
gi|23 : -T-AGTTATCAA-GA----AGTT-A-A--AA--AT-AT--TCC-ATTG-------TTAAT---G---G--ATG---AC
gi|24 : ttagacttctaTTGGCC-G----------TGTTTGCAC------CGTCC--C-----A-A-G-T--CACCAAGGGTG-CA-AG--AGTCAC--CTG
gi|25 : tt-ATTG------CT-ATC---G---C--ACG---GCCGACTTTG-CACAA-CGAC--GGATGCA-GAC-CAA-TTGg
gi|26 : tc-A-ATGC---C--AAACCCTCT-----ACAT--C-T-ATG-AT-CACGAAATT-TAC-A-A--TTATA-------ATAG
gi|27 : TTATGAA-GAAA-ACGTT-A-A--AC--AT-TT--CCA-ATTG-------TTAAC---G---G--ACG---ACGGACG
gi|28 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CA-CC--C---TTA--------------AGGTA-CA-AG--AG--TC--CTGAa
gi|29 : gttacattG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CGTGGATCACCAAAATTAC--AAT
gi|3 : AAGGAAGA----TGCTTTTGCA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TAT---T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-CGCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCCCGGCGGATCACCAAATTTAC--AATCTTTTGGT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC---TCA----TATTGGCATT-TGGTT-C--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-G-GTAAAGAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCA-GGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACACAT-TTATG--T--GCC-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGACA-A-GAAA-TTGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-G---TCA-CTTG-------TTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAA-GAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAA
gi|30 : taAGA----TGTTTTTTCA-----AATAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--a
gi|32 : T--TCA-ATTG------TT-AAC---G---G--ACG---ACGGACG
gi|4 : AAAAGA-TTGA----TAGTGATCAAAAGGAAG----AAATGTTTCAATTTGTTAACCAATTTTA-TCACTGATCACTTTGGAAGCCAA-CCCTAT-ATATAC---ATGGAACCC-CT-----------C-T-AGT-GTGTAT-AAATTATAC-AGA--ATAAG-------ATAAAA--TTCTCTGCATAAATTCCATAAATAGATATTTAGTATCACATTA-TTAATCA-TAGCATTAAAGAACA----TGCTTTACAG-----AATGT-TTTACATTACAAACAC--TATAGTT---ACC-CAACGTTTGGACC--CAACGC--TTGGGGG-T-CAGCAATTCCCT-------------TG-CCC-AA-GGATCA-GAAATTTTC--AATGTTTA-GTGACAGGCCTTT--CCTGGGC---TACGA-CCAAGTCTAT--A-ATCGTAGTTTTAGTCTTAGCTTAACAT-TGCGG-G-T-GT-AGAAACAAAATAT--TTG---AAAAaag
gi|5 : TCA--TTCCA--AATATTCATT--ATTTTAAATTG-ATA-TGAATAGCATCAATGGAGA----TGTTTTTCAA-----A-TGT----ACA-TATAAACAC--TATA--TGTGA-CGCAG-GTTTGG-CC--C----C--------A-T-CAGTAA--CCTC-------------TA-CCC-TG-GGATCACCAGATTTAC--AATTTG---GT-AGAGT-CTT---CCTGCTC---TAC-A-TCAC--CTATG-GCATT---GTTTC--TCTCAG----ACATGTGTGG-T-T-GTAAAGAAGAAGAT-TTATTG---AAAATTGGTC-AC----------TTTTGCCC------CACCCATC---CCA-GAA-C--C-CCAGGGGTGTCA-AA--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTACGTTT--C-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-G-AT-TGGA-CA-GG---AGTTATC-A-GAAG-AAGTC-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------T
gi|6 : ccatg----AAATGTT-CAATT-GTCAACACATTTCA-TCAATGACCATTTTGG--CCCCA-CCC--T-A-ATACC--A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGG-GT-CACGAAATT-TAC-A-A--TTATA-------ATAGAAAACTCCGTGCTCA--TTCCA--AACACCCATTTAGTTTAAT-TTA-CTA-TCAATAGCATTAAAGA-------TGTTTTTCAA-----A-TAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--T---A-C-CA--GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGGGT-CAG-AA--CCCC-------------TACCCC-AG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTG---GT-AAAGG-CCTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGGTT-T-GTAAG-AAGAAGAT-T--T-----AAAAcaacac
gi|7 : TTCA-CTTATGATTAATTTG----CCCA-CC---T-G-GACC---A--AAACCC-TTTTAACAT-CTGC-T-GGG-GA-GATGAAATT-TACAA-A--TTTTGTATTCATATATAAGACTCACTTCTAA--TACCT--AGTATTAGGTAAGGCGCA-ATTATAGA-GCAAT---ATTAAGAAAGA----TGTTATTTAATTAAGAACGT-TTTACA-T-TAAACACGGTAT---T---G-C-CAA-GCTTGG-CCAAA-ATCCAAT---AGC-TACAG-AA--CCTCCATGTAGCTCACATA-CCA-GG-AACTCTTAGAAGTTGCAAAATGTAT--GT-TATGG-GTTT--CCTGCTG---TAC-AGTCA---CTAT--GCAGT-Ta
gi|8 : TAGTGATCAAGAAGAA-------ATGTT-CAATT-GTTAAC-CAATTTA-TCAATGATCATTTCGA--TCCAC-CC---T-T-ATAC---A-------T-GT-----ACTC--C-T-AGGTGT--ATGAAATT-CAC-A-A--ATAAG-------ATAAAATGTTTTCTGCATA--TTCCA--AATAGATATTTAGTTTCANNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGCTTTTC-A-----AATGT-TCTACA-TACTAACAC--TATG--T---A-C-CAC-GTTTGG-CCA-C-ACCT--T---
gi|9 : TTTTGACCACGGCACACCC--C---TCA-G-G-C--C-CCAGGGAAG-CACAA--AT--AA--C-AAAATTCACA-ATGTCAGT--T--T-T-CC-TCGACTCTT-C----A--AG------TT------TATA-TACCGAA-ATGGGT----TGA------AAT-TGGC-AA-GG-C-CGTT-TCACTAAAG-AAG---A-T--AA--ATCGTTCTCACATT-------TACAAC---T---GACACA---ATGGACAACT-AATAA-TG-CTGGGATGAA-AAC-AGA-TTGC-AAC-AA-GT-CA------CATGA----------GT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAAGTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222 1 1111 111 222222 11111111111 1111111 1 11111 1111111 1 11111111111111 1 2222222222222 1111 1111 111 111 11 1111 11111 111 22222222222 111111 11111111 1111 1111 11111111111 1111 1111111 11 111111 2222222222
lowQualScore : 5 3333 77777 8 8 1 6 1111 5 555 888 222222 5 66666666666 5 5 5 66 3 5 5 5 77 1 8888888 0 5 77 77 0 0 1 1 4 5 1 9999 2 1 11111 1 4 4 66 6666666 5 5 77 0 99999999999999 5 5 0 66 7777777777777 5 0000 0 3 66 9999 5 0 5 77 000 999 555 33 5 99 4444 00000 7 4 5 77 000 666 22222222222 888888 44444444 444 4 55 4 4 7 3 55 55 55 0 3 3 3 77 3333 3 3 77 3 3 5555 77 11111111111 3 3 7 3 666 1111 4 77 3 999999999 2 333 2 2 33 33 2 333 2 1 7777777 3 6666666 33 555 9999 4 66 44 5 5 5 5 5 5 666666 9999999999
lowQualScore : . .... ..... . . . . .... . ... ... ...... . ........... . . . .. . . . . .. . ....... . . .. .. . . . . . . . .... . . ..... . . . .. ....... . . .. . .............. . . . .. ............. . .... . . .. .... . . . .. ... ... ... .. . .. .... ..... . . . .. ... ... ........... ...... ........ ... . .. . . . . .. .. .. . . . . .. .... . . .. . . .... .. ........... . . . . ... .... . .. . ......... . ... . . .. .. . ... . . ....... . ....... .. ... .... . .. .. . . . . . . ...... ..........
lowQualScore : 5 5555 99999 0 0 4 7 7777 7 777 000 666666 0 88888888888 0 0 0 44 2 0 0 0 99 0 6666666 4 2 99 99 1 6 7 4 6 7 4 4444 7 8 11111 9 4 4 11 6666666 0 0 00 0 66666666666666 0 0 0 99 5555555555555 0 4444 1 4 99 6666 7 4 7 99 000 444 777 66 7 22 2222 00000 3 2 7 99 000 444 22222222222 555555 66666666 666 0 55 0 3 3 6 00 00 00 4 0 6 6 99 5555 3 1 99 3 3 0000 99 33333333333 6 6 3 6 444 4444 0 33 6 888888888 9 555 9 9 99 99 9 888 5 1 4444444 4 2222222 99 000 6666 4 99 00 0 0 7 7 7 7 444444 2222222222
consensus : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACGCATTTCA-TCAATGATCATTTTGG--TCCCA-CC---T-A-ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGG-GT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-ATA-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAAGGAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
Reference ( family-3104 ) : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACGCATTTCA-TCAATGATCATTTTGG--TCCCA-CC---T-A-ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGG-GT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-ATA-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAAGGAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
gi|1 : AAAAGAATTGGACTGTGGTTATTAAGAAGAAGTTAAAAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCA-TCAATGGCCATTTTGG--CCCCA-CC---T-A-ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-A-ACG-AT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTTTG-------ATAAAAGGCTCCCTACTCA--TTTCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTG-ATA-TCAATAACATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGTGTTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--TA--GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTTT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-TGGTAAGAGAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CTCGG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-CTTG------TTTAAC---G---G--ACG---AC-GACGTCGCCACGA-CGAC--GTACGAAGGAC-CAAGTTGCAAAT-AGCGTCCA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAAA
gi|10 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CATCC--C---CAA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATATAAA-A--TTATG--T--G-CTCC-TTG--TC-C-CA---A--AGATG--CTT------C-AA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT--G-T-GGTTATTAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG-------TTAAC---aacc
gi|11 : gtcacttC-TTT--TC-C-A----AG-AGATG---TT------T-CA-CACC-AA-A------------AA-A------TGG---T-AA-C-ATTT------GAAG-AAGTA-A-A--AC--AT-GT----A-A------------AA-----------ATG---A------TAA-CACGA-CGAC--AGACGA-GGAC-CAA-CAGA-AAG-AG-AA-CA------CTTGA----------ATGGCCTAAAAac
gi|12 : acattcat-GAATATGGA-T---G-T-GGTTATCAA-GGGGGAAGTT-T-A--AGGTAT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ATG---Aca
gi|13 : TTACA-AT-TTATC--TC-A-C-CA-TTA--CG-C-C----AGTATATA--CTTATCACTT-CA-TACCGAA-AT---T----GGAAACA-CAAT-GAAA-AT-AA-T-ATTTACCAA-GAC--AAGTTGA-A--AA--AT-GT--TAA-ATTG------TGTAAC---A---G--ATG---Agaccaacttgcaaggttatcttgagggttttttcttaggtgacctaaaatgtataaaaccaaaa
gi|14 : ---------TTTTTGCCC------GGCCC-------TA-G-GGC--C-CCAGG--TG-AA-AG--AT--TC--C-AAAATT-ACA-AT-TTATGT-T--A-C-TT-TTG--TT-C-CAA--A--AGATG--CT
gi|15 : ttgtcctcatttgcgaAAGAAGAT-T--TTGGTTAAAATTGGT--AC----------TTTTGCCCCTG---CACGC--CTGGCTGTG-G-TCGC-CCAAGGGGG-CA-AGGAAG--GTCGCTG-AATTC-CA-AT-TTAT---T--G-C-CC-gaaaaagaaatggagtgatata
gi|16 : agA-CT-GA-TTAGTTGTCGA-GAAG-AAGTA-A-AAGAA--AT-GT----A-ATTATACTTTTTTGAT---T---G---CG---ATGAA---------GATCGAC--GAAC-----ACACAA-TTGC-AATAAG-GT-CA------CC
gi|17 : ttaT-A-A--GA--AT-GT--GCA-ACTG------TT-AAA---G---T--TCG---ACGAACG--------A-CGAC--GGACGCAGAAC--GA-CAGC-AAG-AG-GT-CA------CCTGA----------GTG
gi|18 : accaagcttggcaaggtagttataAATATT-AAATT-GTCACTGCAT--CAATCACTGGTTATTTTGA--TCGCA-CC---TTG-ATAC---CC-AAATAT-CT-----AC-C--C-TTGGG-GT-CATGAA--T-TAC-A-
gi|19 : GGGGTGGCA-CG--AG--TC--CTGGAATTCCTC-AT-TTACG--T--CTC-CC-CTG--TC-C-T----A--AGATG--AT---------CA-TACC----AT---TTCCATGAAA-ATTAAT-TGAA-
gi|2 : TTTTGG--TCCCATCC---T-A-ATACCATA--AACCCC-TT-----AC-C--CCT-AGA-AT-CATGAA-TT-TAC-A-AAATTTTG-------AGAGAAGGCTCCC-ATTCA--TTCAA--AA-ATTCATTTAGTT-CACATTA-ATAATCAACAGCATTAAAGAAGA----TA--TTTCAA-----AATGT-TT-ACA-TATAAACAC--TACT--A---A-C-CAA-GTTTGACCC--C-GCCC--T---GTG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CG-GA--CACCAAA-TTAC--ATATTAT--GT-AAATG-CTTTTCCTTGCCCTCTTAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TG--TTC--TCTCA-----ACATGC-----TAT-GT---AAAGAAGAT-T--TTT---AAAA-TGGTCAACTTTTGGCAGTTTTTGCCC------CACTC--C---A-A-G-G-C--C-CCA-GGGT--CA-AG--AG--AC--CTGAAATTTACA-A--TTATG--T--G-C-CCTTTG--TC-C-CACCAA--AGAT----CT------T-CA-TACC-AA-AT---TA---TGAAA-A-GAAT-TGGAGCT--A-T-GG-TATCAA-GAAG-AAGTT-AGA--AA--AT-GT--TCA-A-TG-------TTAAC---GCAAG--ACGAGCATGCACGTCG-CACGA-CGAC---GACGAAAAA--CAA-TT-C-AAT-TG-GT-CATACCTGCCTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAGAta
gi|20 : TG--T--G-T-CT-TTG--TG-AGC----A--AGATAAACTT------T-CAATACT-AATAT---T----TGAAA-A-TAAT--GTA-CT-GGGT-GGTTATCAA-ta
gi|21 : g-AT-GTATG--TACG-C-GC-TTGA-TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TG
gi|22 : TTATCAA-GA----AGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-A----------TTAACACAG---G--ACG---ACGGACGACG-CACAA-Ctgataataat
gi|23 : -T-AGTTATCAA-GA----AGTT-A-A--AA--AT-AT--TCC-ATTG-------TTAAT---G---G--ATG---AC
gi|24 : ttagacttctaTTGGCC-G----------TGTTTGCAC------CGTCC--C-----A-A-G-T--CACCAAGGGTG-CA-AG--AGTCAC--CTG
gi|25 : tt-ATTG------CT-ATC---G---C--ACG---GCCGACTTTG-CACAA-CGAC--GGATGCA-GAC-CAA-TTGg
gi|26 : tc-A-ATGC---C--AAACCCTCT-----ACAT--C-T-ATG-AT-CACGAAATT-TAC-A-A--TTATA-------ATAG
gi|27 : TTATGAA-GAAA-ACGTT-A-A--AC--AT-TT--CCA-ATTG-------TTAAC---G---G--ACG---ACGGACG
gi|28 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CA-CC--C---TTA--------------AGGTA-CA-AG--AG--TC--CTGAa
gi|29 : gttacattG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CGTGGATCACCAAAATTAC--AAT
gi|3 : AAGGAAGA----TGCTTTTGCA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TAT---T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-CGCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCCCGGCGGATCACCAAATTTAC--AATCTTTTGGT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC---TCA----TATTGGCATT-TGGTT-C--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-G-GTAAAGAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCA-GGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACACAT-TTATG--T--GCC-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGACA-A-GAAA-TTGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-G---TCA-CTTG-------TTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAA-GAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAA
gi|30 : taAGA----TGTTTTTTCA-----AATAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--a
gi|32 : T--TCA-ATTG------TT-AAC---G---G--ACG---ACGGACG
gi|4 : AAAAGA-TTGA----TAGTGATCAAAAGGAAG----AAATGTTTCAATTTGTTAACCAATTTTA-TCACTGATCACTTTGGAAGCCAA-CCCTAT-ATATAC---ATGGAACCC-CT-----------C-T-AGT-GTGTAT-AAATTATAC-AGA--ATAAG-------ATAAAA--TTCTCTGCATAAATTCCATAAATAGATATTTAGTATCACATTA-TTAATCA-TAGCATTAAAGAACA----TGCTTTACAG-----AATGT-TTTACATTACAAACAC--TATAGTT---ACC-CAACGTTTGGACC--CAACGC--TTGGGGG-T-CAGCAATTCCCT-------------TG-CCC-AA-GGATCA-GAAATTTTC--AATGTTTA-GTGACAGGCCTTT--CCTGGGC---TACGA-CCAAGTCTAT--A-ATCGTAGTTTTAGTCTTAGCTTAACAT-TGCGG-G-T-GT-AGAAACAAAATAT--TTG---AAAAaag
gi|5 : TCA--TTCCA--AATATTCATT--ATTTTAAATTG-ATA-TGAATAGCATCAATGGAGA----TGTTTTTCAA-----A-TGT----ACA-TATAAACAC--TATA--TGTGA-CGCAG-GTTTGG-CC--C----C--------A-T-CAGTAA--CCTC-------------TA-CCC-TG-GGATCACCAGATTTAC--AATTTG---GT-AGAGT-CTT---CCTGCTC---TAC-A-TCAC--CTATG-GCATT---GTTTC--TCTCAG----ACATGTGTGG-T-T-GTAAAGAAGAAGAT-TTATTG---AAAATTGGTC-AC----------TTTTGCCC------CACCCATC---CCA-GAA-C--C-CCAGGGGTGTCA-AA--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTACGTTT--C-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--C-T------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-G-AT-TGGA-CA-GG---AGTTATC-A-GAAG-AAGTC-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------T
gi|6 : ccatg----AAATGTT-CAATT-GTCAACACATTTCA-TCAATGACCATTTTGG--CCCCA-CCC--T-A-ATACC--A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGG-GT-CACGAAATT-TAC-A-A--TTATA-------ATAGAAAACTCCGTGCTCA--TTCCA--AACACCCATTTAGTTTAAT-TTA-CTA-TCAATAGCATTAAAGA-------TGTTTTTCAA-----A-TAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--T---A-C-CA--GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGGGT-CAG-AA--CCCC-------------TACCCC-AG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTG---GT-AAAGG-CCTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGGTT-T-GTAAG-AAGAAGAT-T--T-----AAAAcaacac
gi|7 : TTCA-CTTATGATTAATTTG----CCCA-CC---T-G-GACC---A--AAACCC-TTTTAACAT-CTGC-T-GGG-GA-GATGAAATT-TACAA-A--TTTTGTATTCATATATAAGACTCACTTCTAA--TACCT--AGTATTAGGTAAGGCGCA-ATTATAGA-GCAAT---ATTAAGAAAGA----TGTTATTTAATTAAGAACGT-TTTACA-T-TAAACACGGTAT---T---G-C-CAA-GCTTGG-CCAAA-ATCCAAT---AGC-TACAG-AA--CCTCCATGTAGCTCACATA-CCA-GG-AACTCTTAGAAGTTGCAAAATGTAT--GT-TATGG-GTTT--CCTGCTG---TAC-AGTCA---CTAT--GCAGT-Ta
gi|8 : TAGTGATCAAGAAGAA-------ATGTT-CAATT-GTTAAC-CAATTTA-TCAATGATCATTTCGA--TCCAC-CC---T-T-ATAC---A-------T-GT-----ACTC--C-T-AGGTGT--ATGAAATT-CAC-A-A--ATAAG-------ATAAAATGTTTTCTGCATA--TTCCA--AATAGATATTTAGTTTCANNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGCTTTTC-A-----AATGT-TCTACA-TACTAACAC--TATG--T---A-C-CAC-GTTTGG-CCA-C-ACCT--T---
gi|9 : TTTTGACCACGGCACACCC--C---TCA-G-G-C--C-CCAGGGAAG-CACAA--AT--AA--C-AAAATTCACA-ATGTCAGT--T--T-T-CC-TCGACTCTT-C----A--AG------TT------TATA-TACCGAA-ATGGGT----TGA------AAT-TGGC-AA-GG-C-CGTT-TCACTAAAG-AAG---A-T--AA--ATCGTTCTCACATT-------TACAAC---T---GACACA---ATGGACAACT-AATAA-TG-CTGGGATGAA-AAC-AGA-TTGC-AAC-AA-GT-CA------CATGA----------GT
blockSeqs : . . G T T G A GAAG T CTA TG CATA T TTAACATCTG C T T GT A A A G AA T TATTCAT G AA TA T T C T A NNNC C A TTAAG A . T GG ATGTG C G AC C CAACGCTTGG G A C TT CATGTAGCTCACA C CGGC A AA TTTG G C TC TCT GA AGT TG G AG CTTA TAT A A A TA GTT TCA CTTTTGGCAGT ACGGCA CTGGCT TG G CG A G G C GA TC CG T C G TT ACG T T AC T G ACCA GT CTTATCACT A A G T GGG TCCA C TT A CTGATT T GGG G G AG GT C TCT C T TACTTTT T GCAA AC AGC TAA T TG AG A . . A . . TACCTG GTTTACTCAG
blockSeqs : . . . C . AT . C AT ATG . ACAT . . . C A . . . . A . A . . T T C . A . T C . A . . . AGTT . . A A AAAATCCAAT . . T . . . CGT T . TTA . . . . AG C G . . . TTT A G . . . CC AT CTG ATCCC GA . . . G T . . . . T . . T CA . . A . . AA G AACTT . . G . . A . G . CTGGGT . AG . . . . . T . T T T ACAG . . TCG . . AA . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . GT . . A CC . ACTC . . . C A . . . . A . G . . T T A . . . C C . A . . . TA . . A . ACACCTT . . . . . . CG T . AT . . . . A . . . . . TG A A . . . TC AT . CCA G . . . A . . . . . C . . . CT . . . . . A . CTT . . . . . . . G . ATAAT . AG . . . . . T . T T T G . . ACG . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GC . . A CA . ACC . . . C A . . . . A . T . . A G T . . . T A . A . . . GT . . G . CGCCCT . . . . . . AA T . AT . . . . A . . . . . GT . G . . . TC CT . CTT G . . . G . . . . . C . . . GC . . . . . . . CTT . . . . . . . C . GCTAT . AG . . . . . T . T T T A . . TTG . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . AT . . A C . ACC . . . C A . . . . T . . . . T T N . . . T A . A . . . GT . . A . CCGCCT . . . . . . TG T . G . . . . A . . . . . TT . . . . . C C . CCT G . . . A . . . . . T . . . G . . . . . . . TT . . . . . . . G . CTGGT . AG . . . . . G . C C T T . . TCG . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G A . ACC . . . G . . . . . A . . . . . . . . . T A . A . . . T . . C . CGCCCT . . . . . . AG G . G . . . . . . . . . . . T T . CTC A . . . G . . . . . T . . . A . . . . . . . AT . . . . . . . T . AAGGC . AA . . . . . T . T T T G . . ACT . . A . . . . . . .
blockSeqs : T A . . . . . . . . . . . C A . . . . . T . . . . CC . . . . . . GG . . C C . CA G . . . G . . . . . C . . . G . . . . . . . CT . . . . . . . G . CTGT . AG . . . . . T . T T T G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T G . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . CT . . . . . . . G . TAAC . AG . . . . . T . T T T G . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . CT . . . . . . . . . CAGG . AG . . . . . C . T . T G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . TT . . . . . . . . TGT . C . . . . . T . T . C G . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . T . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . T . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : CACCCT******** TT*** TC* CT********* CT********* CTGGT**** T****** TCG* A*
originalCons : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACGCATTTCA-TCAATGATCATTTTGG--TCCCA-CC---T-A-ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGG-GT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-ATA-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATG--CTT------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAAGGAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
finalCons : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACGCATTTCA-TCAATGATCATTTTGG--TCCCA-CC---T-A-ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGG-GT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-ATA-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CCCACCCT--------GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGGTT---GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-ACT---------TTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A--AGATGCT---------T-CA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGACTGGT----GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTGT------TTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGA-CGAC--GGACGAA-GAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAAGTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222 1 1111 111 222222 11111111111 1111111 1 11111 1111111 1 22222222222222 1 2222222222222 1111 1111 111 111 11 1111 11111 111 22222222222 111111 11111111 1111 1111 1111 1111111 111111 2222222222
lowQualScore : 5 3333 77777 8 8 1 6 1111 5 555 888 222222 5 66666666666 5 5 5 66 3 5 5 5 77 1 8888888 0 5 77 77 0 0 1 1 4 5 1 9999 2 1 11111 1 4 4 66 6666666 5 5 77 0 00000000000000 5 5 0 66 7777777777777 5 0000 0 3 66 9999 5 0 5 77 000 999 555 33 5 99 4444 00000 7 4 5 77 000 666 22222222222 888888 44444444 444 4 55 4 4 7 3 55 55 55 0 2 4 44 88 0000 3 3 88 3 3 6666 3 666666 3 3 3 7 3 666 1111 4 77 3 999999999 2 333 2 2 33 33 2 333 2 1 7777777 3 6666666 33 555 9999 0 888 5 5 5 5 5 5 5 666666 9999999999
lowQualScore : . .... ..... . . . . .... . ... ... ...... . ........... . . . .. . . . . .. . ....... . . .. .. . . . . . . . .... . . ..... . . . .. ....... . . .. . .............. . . . .. ............. . .... . . .. .... . . . .. ... ... ... .. . .. .... ..... . . . .. ... ... ........... ...... ........ ... . .. . . . . .. .. .. . . . .. .. .... . . .. . . .... . ...... . . . . . ... .... . .. . ......... . ... . . .. .. . ... . . ....... . ....... .. ... .... . ... . . . . . . . ...... ..........
lowQualScore : 5 5555 99999 0 0 4 7 7777 7 777 000 666666 0 88888888888 0 0 0 44 2 0 0 0 99 0 6666666 4 2 99 99 1 6 7 4 6 7 4 4444 7 8 11111 9 4 4 11 6666666 0 0 00 0 00000000000000 0 0 0 99 5555555555555 0 4444 1 4 99 6666 7 4 7 99 000 444 777 66 7 22 2222 00000 3 2 7 99 000 444 22222222222 555555 66666666 666 0 55 0 3 3 6 00 00 00 4 7 0 88 66 5555 6 3 66 6 6 4444 6 555555 6 6 6 3 6 444 4444 0 33 6 888888888 9 555 9 9 99 99 9 888 5 1 4444444 4 2222222 99 000 6666 9 222 0 0 0 7 7 7 7 444444 2222222222
consensus : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACGCATTTCA-TCAATGATCATTTTGG--TCCCA-CC---T-A-ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGG-GT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-ATA-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A-AGATG---C-TT-C-A-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGACGAC--GGACGAA-GAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
Reference ( family-3104 ) : AAAAGAATTGGACTGTAGTGATCAAGAAGAAG----AAATGTT-CAATT-GTTAACGCATTTCA-TCAATGATCATTTTGG--TCCCA-CC---T-A-ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGG-GT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTNTG-------ATAGAAGGCTCCCTGCTCA--TTCCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTA-ATA-TCAATAGCATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-ACCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTNT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-T-GTAAGAAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A-AGATG---C-TT-C-A-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGACGAC--GGACGAA-GAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAGA
gi|1 : AAAAGAATTGGACTGTGGTTATTAAGAAGAAGTTAAAAATGTT-CAATT-GTTAACACATTTCA-TCAATGGCCATTTTGG--CCCCA-CC---T-A-ATAC---A--AAACCC-CT-----AC-C--C-A-ACG-AT-CATGAAATT-TAC-A-A--TTTTG-------ATAAAAGGCTCCCTACTCA--TTTCA--AATATTCATTTAGTTTCACATTG-ATA-TCAATAACATTAAAGAAGA----TGCTTTTCAA-----AATGTGTTTACA-TATAAACAC--TATG--T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-GCCC--TA--GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-GG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTTT--GT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-TGGTAAGAGAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCAGGGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACA-AT-TTATG--T--G-C-CC-TTG--TC-C-C----A-AGATG---CTTT-C-A-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CTCGG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-CTTG------TTTAAC---G---G--ACG---AC-GACGTCGCCACGACGAC--GTACGAAGGAC-CAAGTTGCAAAT-AGCGTCCA------CCTGA----------GTGACCTAAAAAAA
gi|10 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CATCC--C---CAA-G-G-C--C-CCAGGGGTG-CA-AG--AG--AC--CTGAAATATAAA-A--TTATG--T--G-CTCC-TTG--TC-C-CA---A-AGATG---C-TT-CAA-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-GAAT-TGGA-CT--G-T-GGTTATTAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG-------TTAAC---aacc
gi|11 : gtcacttC-TTT--TC-C-A----AGAGATG---T-TT-C-A-CACC-AA-A------------AA-A------TGG---T-AA-C-ATTT------GAAG-AAGTA-A-A--AC--AT-GT----A-A------------AA-----------ATG---A------TAA-CACGACGAC--AGACGAG-GAC-CAA-CAGA-AAG-AG-AA-CA------CTTGA----------ATGGCCTAAAAac
gi|12 : acattcat-GAATATGGA-T---G-T-GGTTATCAA-GGGGGAAGTT-T-A--AGGTAT-GT--TCA-ATTG------TTTAAC---G---G--ATG---Aca
gi|13 : ---C-TT-C-A-TACCGAA-AT---T----GGAAACA-CAAT-GAAA-AT-AA-T-ATTTACCAA-GAC--AAGTTGA-A--AA--AT-GT--TAA-ATTG------TGTAAC---A---G--ATG---Agaccaacttgcaaggttatcttgagggttttttcttaggtgacctaaaatgtataaaaccaaaa
gi|14 : ttacaatttatctcaccattacgccagtatatacttatca---------TTTTTGCCC------GGCCC-------TA-G-GGC--C-CCAGG--TG-AA-AG--AT--TC--C-AAAATT-ACA-AT-TTATGT-T--A-C-TT-TTG--TT-C-CAA--A-AGATG---C-T
gi|15 : ttgtcctcatttgcgaAAGAAGAT-T--TTGGTTAAAATTGGT--AC----------TTTTGCCCCTG---CACGC--CTGGCTGTG-G-TCGC-CCAAGGGGG-CA-AGGAAG--GTCGCTG-AATTC-CA-AT-TTAT---T--G-C-CC-gaaaaagaaatggagtgatata
gi|16 : agA-CT-GA-TTAGTTGTCGA-GAAG-AAGTA-A-AAGAA--AT-GT----A-ATTATACTTTTTTGAT---T---G---CG---ATGAA------------GAT--CGACGAA-CACACAA-TTGC-AATAAG-GT-CA------CC
gi|17 : ttaT-A-A--GA--AT-GT--GCA-ACTG------TT-AAA---G---T--TCG---ACGAACG--------ACGAC--GGACGCA-GAA-CGA-CAGC-AAG-AG-GT-CA------CCTGA----------GTG
gi|18 : accaagcttggcaaggtagttataAATATT-AAATT-GTCACTGCAT--CAATCACTGGTTATTTTGA--TCGCA-CC---TTG-ATAC---CC-AAATAT-CT-----AC-C--C-TTGGG-GT-CATGAA--T-TAC-A-
gi|19 : GGGGTGGCA-CG--AG--TC--CTGGAATTCCTC-AT-TTACG--T--CTC-CC-CTG--TC-C-T----A-AGATG---A-T--C-A-TACC----AT---TTCCATGAAA-ATTAAT-TGAA-
gi|2 : TTTTGG--TCCCATCC---T-A-ATACCATA--AACCCC-TT-----AC-C--CCT-AGA-AT-CATGAA-TT-TAC-A-AAATTTTG-------AGAGAAGGCTCCC-ATTCA--TTCAA--AA-ATTCATTTAGTT-CACATTA-ATAATCAACAGCATTAAAGAAGA----TA--TTTCAA-----AATGT-TT-ACA-TATAAACAC--TACT--A---A-C-CAA-GTTTGACCC--C-GCCC--T---GTG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CG-GA--CACCAAA-TTAC--ATATTAT--GT-AAATG-CTTTTCCTTGCCCTCTTAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TG--TTC--TCTCA-----ACATGC-----TAT-GT---AAAGAAGAT-T--TTT---AAAA-TGGTCAACTTTTGGCAGTTTTTGCCC------CACTC--C---A-A-G-G-C--C-CCA-GGGT--CA-AG--AG--AC--CTGAAATTTACA-A--TTATG--T--G-C-CCTTTG--TC-C-CACCAA-AGAT----C-TT-C-A-TACC-AA-AT---TA---TGAAA-A-GAAT-TGGAGCT--A-T-GG-TATCAA-GAAG-AAGTT-AGA--AA--AT-GT--TCA-A-TG-------TTAAC---GCAAG--ACGAGCATGCACGTCG-CACGACGAC---GACGAA-AAA-CAA-TT-C-AAT-TG-GT-CATACCTGCCTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAGAta
gi|20 : TG--T--G-T-CT-TTG--TG-AGC----A-AGATAAACT-TT-C-AATACT-AATAT---T----TGAAA-A-TAAT--GTA-CT-GGGT-GGTTATCAA-ta
gi|21 : g-AT-GTATG--TACG-C-GC-TTGA-TC-C-C----A-AGATG---C-TTTC-A-TACC-AA-AT---T----TG
gi|22 : TTATCAA-GA----AGTT-A-A--AA--AT-GT--TCA-A----------TTAACACAG---G--ACG---ACGGACGACG-CACAACtgataataat
gi|23 : -T-AGTTATCAA-GA----AGTT-A-A--AA--AT-AT--TCC-ATTG-------TTAAT---G---G--ATG---AC
gi|24 : ttagacttctaTTGGCC-G----------TGTTTGCAC------CGTCC--C-----A-A-G-T--CACCAAGGGTG-CA-AG--AGTCAC--CTG
gi|25 : tt-ATTG------CT-ATC---G---C--ACG---GCCGACTTTG-CACAACGAC--GGATGCA-GAC-CAA-TTGg
gi|26 : tc-A-ATGC---C--AAACCCTCT-----ACAT--C-T-ATG-AT-CACGAAATT-TAC-A-A--TTATA-------ATAG
gi|27 : TTATGAA-GAAA-ACGTT-A-A--AC--AT-TT--CCA-ATTG-------TTAAC---G---G--ACG---ACGGACG
gi|28 : TTGG-C-AA---------TTTTTGCCC------CA-CC--C---TTA--------------AGGTA-CA-AG--AG--TC--CTGAa
gi|29 : gttacattG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCC-CGTGGATCACCAAAATTAC--AAT
gi|3 : AAGGAAGA----TGCTTTTGCA-----AATGT-TTTACA-TATAAACAC--TAT---T---A-C-CAA-GTTTGG-CC--C-CGCC--T---GGG-T-CAG-AA--CCCC-------------TA-CCCCGGCGGATCACCAAATTTAC--AATCTTTTGGT-AGAGG-CTTT--CCTGCTC---TAC---TCA----TATTGGCATT-TGGTT-C--TCTCAG----ACATGTGCGG-T-G-GTAAAGAAGAAGAT-T--TTG---AAAATTGGTC-AC---------TTTTTGCCC------CACCC--C---CTA-G-G-C--C-CCA-GGGTA-CA-AG--AG--AC--CTGGAATTTACACAT-TTATG--T--GCC-CC-TTG--TC-C-C----A-AGATG---C-TT-C-A-TACC-AA-AT---T----TGACA-A-GAAA-TTGA-CT-GG-T-GGTTATCAA-GAAG-AAGTT-A-A--AA--AT-G---TCA-CTTG-------TTAAC---G---G--ACG---ACGGACGTCG-CACGACGAC--GGACGAA-GAC-CAA-TTGC-AAT-AG-GT-CA------CCTGA----------GTGACCTAAAAA
gi|30 : taAGA----TGTTTTTTCA-----AATAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--a
gi|32 : T--TCA-ATTG------TT-AAC---G---G--ACG---ACGGACG
gi|4 : AAAAGA-TTGA----TAGTGATCAAAAGGAAG----AAATGTTTCAATTTGTTAACCAATTTTA-TCACTGATCACTTTGGAAGCCAA-CCCTAT-ATATAC---ATGGAACCC-CT-----------C-T-AGT-GTGTAT-AAATTATAC-AGA--ATAAG-------ATAAAA--TTCTCTGCATAAATTCCATAAATAGATATTTAGTATCACATTA-TTAATCA-TAGCATTAAAGAACA----TGCTTTACAG-----AATGT-TTTACATTACAAACAC--TATAGTT---ACC-CAACGTTTGGACC--CAACGC--TTGGGGG-T-CAGCAATTCCCT-------------TG-CCC-AA-GGATCA-GAAATTTTC--AATGTTTA-GTGACAGGCCTTT--CCTGGGC---TACGA-CCAAGTCTAT--A-ATCGTAGTTTTAGTCTTAGCTTAACAT-TGCGG-G-T-GT-AGAAACAAAATAT--TTG---AAAAaag
gi|5 : TCA--TTCCA--AATATTCATT--ATTTTAAATTG-ATA-TGAATAGCATCAATGGAGA----TGTTTTTCAA-----A-TGT----ACA-TATAAACAC--TATA--TGTGA-CGCAG-GTTTGG-CC--C----C--------A-T-CAGTAA--CCTC-------------TA-CCC-TG-GGATCACCAGATTTAC--AATTTG---GT-AGAGT-CTT---CCTGCTC---TAC-A-TCAC--CTATG-GCATT---GTTTC--TCTCAG----ACATGTGTGG-T-T-GTAAAGAAGAAGAT-TTATTG---AAAATTGGTC-AC----------TTTTGCCC------CACCCATC---CCA-GAA-C--C-CCAGGGGTGTCA-AA--AG--AC--CTGAAATTCACA-AT-TTACGTTT--C-C-CC-TTG--TC-C-C----A-AGATG---C-TT-C-A-TACC-AA-AT---T----TGAAA-A-G-AT-TGGA-CA-GG---AGTTATC-A-GAAG-AAGTC-A-A--AA--AT-GT--TCA-ATTG------T
gi|6 : ccatg----AAATGTT-CAATT-GTCAACACATTTCA-TCAATGACCATTTTGG--CCCCA-CCC--T-A-ATACC--A--AAACCC-CT-----AC-C--C-T-AGG-GT-CACGAAATT-TAC-A-A--TTATA-------ATAGAAAACTCCGTGCTCA--TTCCA--AACACCCATTTAGTTTAAT-TTA-CTA-TCAATAGCATTAAAGA-------TGTTTTTCAA-----A-TAT-TTTACA-CATATACAC--TATG--T---A-C-CA--GTTTGG-CC--C-GCCC--T---GGGGT-CAG-AA--CCCC-------------TACCCC-AG-GGATCACCAAATTTAC--AATTTG---GT-AAAGG-CCTT--CCTGCTC---TAC-A-TCA---CTAT--GCATT-TGGTTTC--TCTCAG----ACATGTGCGGTT-T-GTAAG-AAGAAGAT-T--T-----AAAAcaacac
gi|7 : TTCA-CTTATGATTAATTTG----CCCA-CC---T-G-GACC---A--AAACCC-TTTTAACAT-CTGC-T-GGG-GA-GATGAAATT-TACAA-A--TTTTGTATTCATATATAAGACTCACTTCTAA--TACCT--AGTATTAGGTAAGGCGCA-ATTATAGA-GCAAT---ATTAAGAAAGA----TGTTATTTAATTAAGAACGT-TTTACA-T-TAAACACGGTAT---T---G-C-CAA-GCTTGG-CCAAA-ATCCAAT---AGC-TACAG-AA--CCTCCATGTAGCTCACATA-CCA-GG-AACTCTTAGAAGTTGCAAAATGTAT--GT-TATGG-GTTT--CCTGCTG---TAC-AGTCA---CTAT--GCAGT-Ta
gi|8 : TAGTGATCAAGAAGAA-------ATGTT-CAATT-GTTAAC-CAATTTA-TCAATGATCATTTCGA--TCCAC-CC---T-T-ATAC---A-------T-GT-----ACTC--C-T-AGGTGT--ATGAAATT-CAC-A-A--ATAAG-------ATAAAATGTTTTCTGCATA--TTCCA--AATAGATATTTAGTTTCANNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGCTTTTC-A-----AATGT-TCTACA-TACTAACAC--TATG--T---A-C-CAC-GTTTGG-CCA-C-ACCT--T---
gi|9 : TTTTGACCACGGCACACCC--C---TCA-G-G-C--C-CCAGGGAAG-CACAA--AT--AA--C-AAAATTCACA-ATGTCAGT--T--T-T-CC-TCGACTCTT-C----A-AGTT------TA-T-A-TACCGAA-ATGGGT----TGA------AAT-TGGC-AA-GG-C-CGTT-TCACTAAAG-AAG---A-T--AA--ATCGTTCTCACATT-------TACAAC---T---GACACA---ATGGACAACT-AATAATG-CTGGGATGAA-AAC-AGA-TTGC-AAC-AA-GT-CA------CATGA----------GT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CTGAGTTTACTCAGGTGACCTAAAAAAGTTTTAT