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blockSeqs : . C . . . . A . AT . . . . C . . . . . . . G . T . . . . . . T . . . G . . . GTAGAT A TT T A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . TTAACTGATGGTGA . . . . . GC . T AACTGA . . . . TA . . A . . CTGGTGGGTAT . . . G A .
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blockSeqs : A . . . . C . . . . . . . G . T . . . . . . T . . . A . . . . G . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . TGCATAATGATGA . . . . . . . .
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originalCons : TATCCATACAAT-AATCGAAT-A-------TTG-TTA-TA-AAC----TTA-A---------T-TTTTT-CC-T-ATAT-AAAN-T-AAT-ACGATT------T-AGA---ACCAAC-ATT--TTAACT---G---TT-AAAC------CAA-CTCTCA-C-AC-TC-G-TGGTCTA--T--T--GACCG----G-TCAACA-GTTTACGAACTGTA----GATCGGGCAA-TTGTCTA----A--TTT--CT-AT-TGGCT-ACG-CAA-G-T-CGCGTG-A-TT-C-TTGG-TCT-GCT----GC--T-TTG-TTA-T--GTAATGGGAAGGTTAACT-------GAT--T----------AA-T-------A-CA--GAA-TTTAGCAG-ATGA-T-A-C-CT---A-AG---CAG-AAACAC---AAAATAT--T----TT--ATT-AAGA-TA-T--CAATT-GG-ATG-T--T---T--------A-A-----TT-TCTT-TT-AAACTAGTGTATNCGTTGAT-AAATGTACGTAATC--AGACAG-TCCCGT-T---AA-GTTCGAAAAAAAA----AAACCATTC--CAAACGCGG---ATCCAGCCGCCGGGC-AAC-AGA----TC---CTCAGGTCATTGTTCTCGAACACAG-TCAATAA-CTGTATGATA-TGCATATGGGT-AGTGATAGATATTCAA--AACCTTTTG
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gi|25 : tcaa----TTATTTAGGA-TAT-C----T--GG-------T------GGGTA--T-TTTCTTTTCA-CTAGTGGATACGTTGGTGAAATGtgc
gi|27 : ataatttagAATC--AGAGAG-TCCCGT-T---AAAGTTAAAAAAAAAA----AACCCATTC--CAAACGCGG---ATCCcca
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gi|5 : agTG-A---------T-TTTTT-CC-T-ATAT-AAAACTAAT-ACAATT------T-ACAACCAAC-ATT--TTAACT---GACGTT-ACAC------CGA-CTCTCA-C-AC-TT-G-TGATCTA--T--T--GACTG----G-TCAACA-GTCT-------------------------TTTTTCA----A--TTT--CT-AT-TGGCT-ACG-CAA-G-T-CACATG-A-TT-T-TTG----TAGCT----GC--TATTG-TTA-C--GT-AT-------TTGGCC--------AT--T-------------T-------C-CAGTGAA-TTT-GCAA-A-AA-C-A-C---------------G-AA------AAAAT---A----------T-AAAT-TAT-CA-ATTA-GG-ATAT--T------GGATA--T-TTTCTTTTAAACTAGTGGATACATTGAT-AAATGT
gi|6 : caataagataaatatactcactgcattgtttaatacaattacatgtaata-ATA--AAA-CTAAT-ACGATT------T-AGAACCAAC-TTT--TTAATT---C---TT-AAAC------CAA-CTCTCA-C-AC-TC-A-TAG---------T--GACAA----G-TCGACA-TTTTACGAAAT-TA-------CAGGCAA-------A----A--T-----T-AT-TGGTT-A-G-CAA-G-T-CACGTG-A-TT-C-TTGA-TTT-GCC----AC--T-CTG-TTT-TGAGTTATGGCGAG----ACT-------CAA--T----------GA-T-------A-CA--AAT-TTTATTGG-ATGA---A-A-CTGA-A-AG---CAA-AAACAC--AGAAA---ATA----TCATG-A--A-TAT-CA-ATT--AG-A-GTAGT------GGACAGGT-TTTCTTTTAAACTAGTTTTAACGATGGC-AAATGAACACAATC--ACATTA-TCTTTT-TTG-AA-GTTCAAAt
gi|7 : ccgcAC-ACC--TCAACTCCTG---TT-TAAC------CAA-ATTTCA-C-AC-AT-G-TGGTCTA--T--T--AACCG----G-TCAACG-GTT----AAC-----------CGGGTAA-TAGTCTG----CCCTTTACCT-AT-TGGAA-ACG-CAA-G-T-CACGTG-A-TT-C-TTGG-TCT-GCT----GC--T-TTGTTTA-T--GTAATGGA----TTAA-T-------GA--------------AG-T-------AGCT--GGA-TATAAAAG-A------A-G-CA---G-AG---CAA-AAACACGAAAAAT---AT------------AGG-TAT-C--AATGAGG-ATAT--T------GTGTA--TATTTCTTTTAAACT
gi|8 : C----TTA-A---------TCTTTTT-CC-T-ACAT-AAAACTAAT-ACGATT------T-AGAACCAAC-TTT--TTAACT---G---TT-GAAC------CAA-CTCTCA-C-AC-TC-A-TAG---------T--GACCA----G-TCGACA-TTTTACGAAAT-TA-------CAGGCAA-------A----A-------GT-AT-TGGTT-A-G-CAA-G-T-CACGTG-A-TT-T-TTGA-TTT-GCC----AC--T-CTG-TTT-TGAGTTATGGCGAG----ACT-------CAA--T----------GA-T-------A-CA--gat
gi|9 : c-CC-T-ATAT-AAAACTAAT-ACGATT------T-AGATCCAGT-ATT--TGAACT---G---TT-TAAT------CAG-CTC--AGC-AC-TCCG-TGGTCTAGCTAGT--GACTGCATGG-TTAACA-GTTTACGAACTATACGTTGAGTGGGCAG-TAGTCTGTCCTA--TTT--CT-AT-TGGCT-ATG-TAA-G-T-CATGCG-A-TT-C-TTGC-TCT-GCT----G
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|26 ): CAGTCTGAATTGAAAGTCAACAACTTCTAAATTGTAAAAGTTTTCTGAGTATCCTTTACCTGCAACTGT
Unaligned ( gi|28 ): CAATCACAAAAAAAAAATAAAAAAAAATGTCCAACCCATTCTTAACACACG