lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 111 333333333 555555555555555 22222222222222 11111 11111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 111111 88888888888888888888 11111 1111 44444444444444444 11111111 111 11111 11111 22222 222222222 11 1111 111111 22 11111111111 7777777777777777777777777 11 22222222222 33333333333 1 22222 9999999999999 11111 22 4444444444444444 1111 1111111 111 111 33333 11 555555555555555555555555555555555 99999999999999999999999999999 111 22222 222222 1111 111
lowQualScore : 0 6 0 444 777777777 5 0 0 4 1 999999999999999 1 00000000000000 11111 8 5 77777777 11 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 5 7 8888888 5 444444 00000000000000000000 99 22222 0000 44444444444444444 88888888 33 4 5 4 000 33333 88888 99999 5 5 5 4 444444444 66 11 5 9999 5 5 555555 5 22 66 555 4 55555555555 0 8888888888888888888888888 44 1 44444444444 3 999999 99 88888888888 4 2 1 66666 3 5 3 5555555555555 0 00000 88 00 4444444444444444 0000 4444444 777 0 5 6 5 0 999 5 33333 3 1 5 1 11 66 8888 222222222222222222222222222222222 9 44444444444444444444444444444 99 6 111 99 1 6 6 1 1 55555 3 000000 7777 8 0 9 8 444 0
lowQualScore : . . . ... ......... . . . . . ............... . .............. ..... . . ........ .. . ............................................................................................................ .. . . ....... . ...... .................... .. ..... .... ................. ........ .. . . . ... ..... ..... ..... . . . . ......... .. .. . .... . . ...... . .. .. ... . ........... . ......................... .. . ........... . ...... .. ........... . . . ..... . . . ............. . ..... .. .. ................ .... ....... ... . . . . . ... . ..... . . . . .. .. .... ................................. . ............................. .. . ... .. . . . . . ..... . ...... .... . . . . ... .
lowQualScore : 8 4 8 000 111111111 3 7 7 9 3 444444444444444 4 00000000000000 66666 9 0 33333333 66 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 0 3 6666666 0 444444 88888888888888888888 22 55555 6666 55555555555555555 11111111 11 7 7 3 000 33333 00000 00000 7 7 7 3 777777777 99 99 0 4444 0 0 000000 0 00 99 888 0 99999999999 1 0000000000000000000000000 00 7 00000000000 0 555555 22 55555555555 8 5 7 33333 0 0 2 5555555555555 4 88888 11 99 5555555555555555 6666 5555555 000 4 0 0 7 1 333 7 99999 4 4 7 4 77 99 2222 222222222222222222222222222222222 8 55555555555555555555555555555 22 7 333 22 7 7 7 7 7 88888 5 222222 0000 0 8 6 0 000 8
consensus : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTTGACATGCAAGTTACATTTT-AAN-GTTAGTATATTAC---T----GT----TGTATAATGCATATTGCATAC---TC--TGCGATC-AGCATGACGA--------TAC---G-TTAC-----GC----------------ATATN---TAGTA---CA--CTTGCAT---AC--TTT--------GTNAA-----------T-ACTG--TG-TTGCAAC-------CA-C------ATGGCCAC----ACAATGTAAAT---G-TA--TTACCTT-----CT----ATAAC---A-------------CATTTT--------GTGAATCGATATCT-CGCACCTTCACATCAAA---AANT-T-AA--T--CTACTTNA-CT-ATTT-G-CAATCNAA--C-CC--ATTATT--CT-NT-ATN---A-ATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACG------CA---TGTACCCCGNT-CAG--C-C------TCG---TCGCG-TCACCT------TTGT-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGAGCCGGAATTAGAGTTAC----CCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT-------AA----ACATGA----ATTATTATTTGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTC-TTTTTA-CATCTTTCT-CTGATTTTTTT--CTA-ATAGAATTTCTA--ATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATT-A-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTT----AGACGTCATCTAGAC-GTC-GG-TAATCAACT-A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT-----TACTACGTA--TATAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
Reference ( gi|1 ) : TAATATGTTGGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTTGACATGCAAGTTACATTTT-AAG-GTTAGTACATTAC---T----GT----TGTATAATGCATATTGCATAC---TC--TACGATC-AGCATGACGA--------TACTTTG-TTACT--TCGC----CATT------TTATATC---TAGTA---CA--CTCGCAT---AC--TTT--------GTCAA-----------T-ACTG--TG-TTGCAGC-------CA-C------ATGGCCAC----ACAATGTAAATGTAAATA--TTACCTT-----CT----ATAAT---G-------------CATTTT--------GTGAATCAATATAT-CGCACCTTCATATCAAA---AACT-T-AA--T--CTACATTA-CT-ATTT-G-CAATCGAA--C-CC--ATTATT--CT-TT-ATA---A-ATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTA-GCA--A-GCCGACG------CA---TGTACCCCGTT-TAA--C-C------TCC---TCGCA-TCACCT------TTTT-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGGGCCGGAATCAGAGTTAA----CCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---TTG-AA----ACATGA----ATTAA-ATTTGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-CTAATGTTCTTTTCAC-TTTTTA-CATCTTTTT-CTGATTTTTTT--CTA-ATAGAATTTCTA--ATTAAAAT-TTGCCAGTTT--GTAAAAATT-A-------TTCCATATGAG-ACGTCA-CTT----AGACGTCATCTAGAA-GTC-GG-TAATC-ACT-A--TTTGCCCAA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TTATATTT-----TATTACGTA--TCTAAAG----T-CTGATTGAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|7 : TAA-ATGTTTGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGT--ACATGCA-GTGACATTTTTAAT-GTTAGTATATTACGATT----GTATGATGCATATTGGACATTACG-ACGAATCGATAAGATCTAGTACATCAG--------TGC---G-TTACT--TTG--------T------TCAT-TA---TTGT----TA--CTTGCAT---G-----TAAACAGAGGTGAAGCGACGAGGTTT-ACTG--TG-TTGCAACGCCAAACCA-C------ATGGCCAC----ACACT-T---TGT-GATA--TCA---------------ATGGTCTCG-------------CACCTT-----------------CATAT-CAAA----AACATTAAATCTAACT-T-AA--------------CT-ATTT-GCCAATCGAGATC-CT--ATCATT--C--TT-ATAATCA-ATTAGTGA-TG----A-TT-ATCTGTT-GCA--A-GCCAATG------CATC-TGTACC
gi|13 : ctTAATATACTATATT-ATC---CATTATTTCTTACATGCA----CGAATAAAGTTGACATGCAAGTTACACT-----G-----------TAC---T----AT----TCTAT-ATATATAATGCATAC---AC--TGGGATT-AGCATGACAA--------TA---------------GA----CA----------A-------TAGTA---CACGCTTACATGACAC--TTT--------GTAAAACGG-------C-CCTG--TGTTTGCAAC-------CA-C------GTG
gi|9 : AATATGTTAGGTCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTTGACATGCAAGTTACATTCT-AAC-GTTAGTATGTTAC---C----GT----TGTATGA-------TGCATAT---T------------GCAT----A--------TTCTACGATCA------GC----------------ATGAC---TAGTA---CA--CGCGCAT---AC--TTT--------GTCAA-----------T-ACTGCATG-TTGCAAC-------CA-C------ATGGCCAC----ACAAC-----------TA--TTACCTT-----CT----ATAAT---A-------------CATTTT--------GTGAATCAATATCT-CGCACATTCATATCAAG---AAAT-TAAA--T--CTACTCAA-CT-ATTT-G-CAAAACAA--C-CCT-ATTATT--CT-AT-ATC---A-ATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACG------CA---TGTACCCcatatggccg
gi|3 : ATATGTTTGA-CCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAACGTT----TG------ACATTT---AGCGTTAGTATATTAA---TTTACGT----TGTATGATGCATATTGCATAT---TC--TACGAAC-AGCATGACGAAGATCTAGTAC--TGCTTACTCATGGCCACACATTGTAATATTACATTCTATAATATATCA--ATAGCAT---ACATTTT--------GTGAA-----------TCAATA--TC-TTGCACC-------TT-C------AT-------------AT-CAAA---AAATA--TAACCTA-----CT----TTAAC-----------------TATTTT--------GC-AATCGA
gi|4 : tATATATT--ATCCACTAGTCATTATTTCTTACATATAGTACTAAATAAACTTAACATGCAAGTTACATT-----------GTAGA--AC---T----GT-----ATATAATGCATA---CA-------C--TGCGATC-AGCATGAC-A--------TA----G-T-ACA---CGC----------------ATACA---TGATA---C---TTTGTAA---AC--TTG--------GCC----------------CTG--TG-TTGCAAC-------CAGC------A--ACCAC----G---TGCACATG--GCTAGCCTACCTT-----CT----ATAAC---A-------------CATTTTCAGATTTTGTGCATCAATATAT-CGCACCGTCACATAGAA---AATT-A-AA--T--CTAC-TTA-ATGATAT-G-CAACCTAA--GACT--ATTATT--CT-AT-ATC---A-ATTAGTTA-TG----T-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACGAATATGCAAAATGTACCAC--T-CAGATC-C------ACG---TCGCG-TCACCT------TTGT-TTACAAGTCCTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTTAAAA--A-A--GTCATGAGCCAGAATTAGAGTTAT----CCGCCCTTTA-ATATTAA-AAT-------------ACATG-----GCTAATATTT----ACTTT--------AAGCGCGTATAT----TAACAT----T-TTAATGTTC-TTTCATATTCTTA-CACCTTTCT-CTGGTTGTTTT---TA-ATACAATTGC-G--CTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAcccttattattctttataaattagtgatgaattacctgtttgcaaagccaacgcatgtacccggcataactctcgtcgcagtcactttgtttacacatccttcagccgcgcttttttagtcatcggccgtaattagagtttacccccttgatttaacaataagttacatgaattatatttgtaaacttttaatattaacagatgttttaatgttcttttttcttttacatctttctcttatttttctaatagtttttctattaaaattgcgtttgtaaaaattcattcatatgagacgtcaattagacgtcatctagacgtgtgtaatcaactaattttgaaacattctctcgcaaatgatgactgtcatatttactacgtatataaagtcgattaacaatgaattaaaacaagatataatt
gi|8 : atTAC---------TAAGTAAACTTAACATGCAAGTTACATT-----G-A-------ATTAT---T-----C----TGTATA-----TAATACATAC---AC--TGCGATC-AGCATGACAA--------TA---TA-GTACA---CGC----------------ATACA---TA---------------AT---AC--TTT--------GTAAA-----------C-CCTG--TG-TTGCAAC-------CA-CGTGCACATGATCATGGCTACAATGTAAATTTA--TA--TTACCTTGGCTTCT----ATAAC---A-------------CATTTT--------GTGCATCAATATAT-CGCACCTTCACATAGAA---AATT-A-AA--T--CTACTTAA-TT-ATAT-G-CAATCTAA--CACT--ATTATT--CT-AT-ATC---A-AATAGTGA-TG----T-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACG------AA---TGTACCAC-T-------C-C------TCCACGTCGCG-TCTCCT------TTGT-TTACAAGGTTTCTA--
gi|15 : taTAC---------CAAATAAAGCTGA-A----------ATTTT-AAC-GTCAGTATATTAC---T----GT----TGTATTATGCATATTGCATAT---TC--TACGATC-AGCATGACGA--------TA----G------------------------------ATC---TAGTT---CA----TGCAT---AC--TTT--------GTCAA-----------T-ACTG--TA-TTGCAAC-------CA-C------ATGGCCAC----ACAATGT
gi|17 : TAGATC---TAGTA----A--GTGG--T---AC--TTT--------GTCAA-----------T-ACTG--TG-TTACA
gi|3 : aaataaaggttgacgttttagttattactgtttattactgtagcatgacga-C------ATGGCCAC----ACATTGTAA-------TA--TTACATT-----CT----ATAAT---ATATCAATAGCATACATTTT--------GTGAATCAATATCT-TGCACCTTCATATCAAA---AAATAT-AA--C--CTACTTTAACT-ATTTTG-CAATCGA---C-CCTTATTATT--CT-TT-ATA---A-ATTAGTGA-TG----AATT-ACCTGTTTGCA--AAGCCAACG------CA---TGTACCCGGCA-TAA--CTC------TCG---TCGCAGTCAC-T------TTGT-TTACACATCCTTCA--G-----CCGC--GCTTT---T--TTA--GTCATCGGCCGTAATTAGAGTTTA----CC--CCCTTG-AT-TTAACAAT-------AAGTT-ACATGA----ATTAT-ATTTGTAAACTTTT-------A-------ATAT----TAACAGATGTT-TTAATGTTCTTTTTTC-TTTT-A-CATCTTTCT-CTTATTTTT----CTA-ATAGTTTTTCTA---TTAAAAT-T-GC--GTTT--GTAAAAATTCA-------TT-CATATGAG-ACGTCA-ATT----AGACGTCATCTAGAC-GTG-TG-TAATCAACT-AATTTTG---AAACATT-CTCTCGC-AAAT--GAT-GACTGTCATA-TT-----TACTACGTA--TATAAAG----T-C-GATTAACAAT--GAATTAAAACAAcc
gi|11 : tatatgtttgaccatccattatttcttactaaataacgtttgacatttagcgttagtatattaatttacgttgtatgatgcatattgcatattctacgaacagcatgacgaagatctagtactgcttactACCTC-----CT----AAAGC---A-------------CATATT--------GTGCATCGATATCT-CGTACCCTCGTATCATA---GA-T-T-AAAAT--CCACTTAA-TT-ATTT-G-CAATCTTA--C-----ATTATT--AT-TTGATGTC-A-ATTAGT-A-CA----G-TTCATCAGTT-GCA--A-AACG-TG------CA---C-TGCCCAGAT--AG-----------TCC------------CCT------TTGT-TTAGAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGCAGGTTTT---T--T-ATGGTCATAAGCGGGATTTAGAGTTAC----CCGCCTTTTA-ATATTAGAGAT-------------ACATGA----ATTAATATTgatataatt
gi|5 : CTT-----CTTATGATTAT---A-------------CGTTTT--------GTGA-TCAATATCTTCGCAC-TTCATATCAAA---AAAT-T-AA--CAATTAC--TA-CT-ATTT-G-CA-TCGAA--T-CC--TATATT--CT----ATG---ATATTAGTGAATG----A-TT----TGTT-GCA--A---CAATG------CA---TGT--CCCGAT--AA--C-CGGTAACTCG---TCGCT-TCACTT------TGTG-TT-CAAGTATTCCACAAAAGGCCGGC--GCTTT---T----A--GTCATGCGC--GAAT-AGAGTTA-----CCGCC-TTTA-AT-TTAACAATAGTTT--------ACATGA----ATTATTATTTGTAAACTTT--------T-------ATAT----TAAT-G----T-TTA-TGTTCTTTTCTC--TTTTA-CATCTTTCTGCTGACTTTTTT--CTA-ATAGATTTT-----ATTAAAATGGTGCCGGTTT--GT-AAAATT-A-------TT-TATATGAGAACGT---CTT----AGACGTCATCTAGACTTTC-GG-TAATA-ACT-A--ATT--CTGA--TTT-CTCTC---AAAT--G-T-GGAT-TC-TATTT-----TACTACGTA--TAT--AG----T-CTGATT-AC-AT--TAAATAACACAAAc
gi|6 : aaccacatggtccaca--ATTATTGTCTATT-ATA---A-AT-AGTGG-TGTTTTA-TT-ATCTGTT-GCATAA-G--AATG------C----TCTACTC---T-CAG--A-C------G-----TGGCG-TTACTTGATGTGTGCT-TTACAGCTGTCACA--ATAAGCCAGT--GCTTT---TGGT-A--GT-ATGAGCCGG--TTAGAGTTAGAGTTCCGCCATTTAGATATTAGCAATAC-TTGTGA----ATTTGATATTATTA----TTGTAG----T--------A-------ATAA----TAACAG----TATTAAAGTTCTTT-CTC-TATTTAACACTCTACT-CTGCTTTGTTT---TATATAGAATTTCTACTATTAG------GT--GTTTAAATGAGAATG-A-------TTTTA-------ACGTCA-GTTGTTAAGACGT-GTCGAGA---------TAG-----------------AA--ATTCCTCTCTCAAAAT--GGT-TAAA-GCATACTTACTAGTATAACAGATTTTTTAAG----TGTTGCTTGAC-AT--GAATAAGATCAAatgt
gi|10 : tCG------CA---TAAACCCCGGCATAA--C-C------TCG---TCGCT-TCACCT------CCAAACTACAA--CTTACA--AA----TC---------------------TCATGAGCCGGAATTAGAGTTAC----GCGCCCTTTA-ATATTAACAAT-------AAGTTTACATGA----ATTAT-ATTTGTAAACTTT--------G-------ATATAAATTAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTC-TTTTTA-CATCTTTCT-CTGA-TTTTTT--CTA-ATAGAATTTCT---ATC---AT-TTGCCAGTTT--GTAAA-----A-------TTC---------AC-------T----AGACGTC--CTAGAC-ATCGGG-TAATC-A
gi|19 : cAGAGTTAC----CCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT-------GA----AC---------------TTTATAAG---T--------AC------ATAT----TAACAG----T-TTAAAGTTCTTTTCTA-TTTTAA-CAact
gi|12 : TTA-ATATTAGCAAT-------AA----AGAGGA----ATTAT-GTTTGTAAACTTTTTAAATAAA-------ATAT----TAACAG----C-TTAATGTCCTTTTCTC-TTTTTA-CATCTTTCT-CTGATTTTTTTTTCTA-ATTGTATTTCTA---TGAAAAT-TTGCCACTTT--GTAAAA-TT-A-------TTT-ATATGAG-ACGTTA-CTA----AGACGTCATCTAGAC-GTC-AGTTAATCAACTAA--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GCAT-TTGTATTT-----TACTACGTA--
gi|16 : -------ATAT----TAAAAT----T-TTAATGTTCTTTTCTA-TTTTTA-CATCTTTCT-CTGGTTGTTTT---TA-ATAAAATTGC-G--CTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAAA
gi|14 : gtTTT--GTAAAATTT-ACGCTTTTTTTCA-ACG-----GTCAGCTT----AGACGTC----GGA----C-CA-TGATCAACTAA--TTTG--AAA--ATT-CTCTCT-AGAATGAGATGGAAC-TTATATTCTG---TACTACGTA--TA-AAAGAGGTT-TTGATGAAC-ATCAAAATTAAGACAAt
gi|20 : -A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCGAAAT--GAC-GAAT-TTATATTT-----TACTATGTA--TATAAAG----T-CTGATTAAC-Agtatattattg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAGCTTGATTCGTACTTCGATTTTTCGAGGTTGTGGATATGGAGCTCTCTAATTTCCAACTCGTGCGTGTATAATTTTATCCATTAAAAGACATGTCGTTCATTACCATATTCTATAAACTTGAATGAATGCAAGTTGCATGACATGTTGTACTGTTTGCTAATATAAAATGCTCTCAGACAGAGATATAGAGATAAATGGTGTTCACGTAAACAGGCCAAACTATTGTAAACTTAAGCTCCTGTTGACAGTTCATGGTCACTTGGATTAGCGCGCTTCAGTTTAACATTATATCATTTTCAAGGATGATTTTTTAGTGTGCAATCAATATAGACTATTCGCAAGCCGTTCACATTAGAAGCAAATCTAACTTTACGATTAAACTACCGTGTTATGAGTGCAATAAACTCGACATGCATGAATAGAAGTATTCATATATCGTTGATAATTTTATGATGCTTTATCATGTGTGGAACAGAAGAATACTCGCGCGAAATGATAGCACAGATAAACACCGCGCTTTGATCAATAACGCTCATAGCATCCCTGGTTTCTTGAAGGTATACCGCCACTTATTATTATAAAAATGCAAGGGGTTAATTTAGCTTTAAAGACGCGTATAAATTAACATTTAATGTTTATTTATCTTCTTTACATCTTTACTATATGTTATTAAATAAACAGGACGCTGAAACATATATTGCCTTGTT
Unaligned ( gi|18 ): GTTTCAAACTAAGCCTAGTGCTAAAGCTTAAATCTCCAATAATTCGATTTTCCGTGGTTGTGATTCGACCTAAATACGTGTGGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 333333333 111111111 1111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 55555555555555555555555555 11111 3333333333333333333333 11 1111 11111111 1111 111111 111111 333333333333333333 1111 2222222222 1111 333333333 2222222 3333333333333333 111 22 1111111 1111111 11111111 1111 111 22222222222 1111 11
lowQualScore : 7 111 222222222 5 3 888888888 1 9999 1 7 88888 9999999999 66 4 4 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 4 4 222222 5 88888888888888888888888888 22222 5 5555555555555555555555 5 4 5 5 2 66 00 1111 5 5 2 5 5 11 77777777 55 4 4 5 66 4 3333 4 4 4 66 22 111111 000000 444444444444444444 6 5 0000 5 5 5 1 66 33 77 5 3333333333 0 2222 0 5 1 4 1 777777777 0000000 66 5 3333333333333333 9999 9999 4 1 4 5 222 8 5 22 66 5 2 66 3 1 8888888 6 8888888 7777 99 77777777 5 6666 555 77 5 7 77 0 5 5 0 5 77 99999999999 4444 6 4 6 11
lowQualScore : . ... ......... . . ......... . .... . . ..... .......... .. . . . .............................................................................. .. . . ...... . .......................... ..... . ...................... . . . . . .. .. .... . . . . . .. ........ .. . . . .. . .... . . . .. .. ...... ...... .................. . . .... . . . . .. .. .. . .......... . .... . . . . . ......... ....... .. . ................ .... .... . . . . ... . . .. .. . . .. . . ....... . ....... .... .. ........ . .... ... .. . . .. . . . . . .. ........... .... . . . ..
lowQualScore : 5 777 555555555 0 1 444444444 8 4444 9 0 33333 0000000000 11 4 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 4 4 888888 0 55555555555555555555555555 55555 0 6666666666666666666666 0 0 0 0 0 00 88 6666 0 0 8 0 0 44 66666666 44 4 4 3 11 4 9999 4 4 4 11 22 555555 888888 777777777777777777 6 0 6666 0 0 0 4 99 11 99 7 4444444444 7 1111 1 0 4 4 9 000000000 9999999 11 0 1111111111111111 4444 4444 4 9 4 0 000 8 0 44 00 0 8 11 6 7 6666666 6 3333333 3333 99 77777777 7 7777 777 99 7 1 99 1 7 7 1 0 99 33333333333 2222 7 2 7 00
consensus : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACATTTT-AACGTTAGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTG--CAT----AC---TC--TACGATC-AGCATGACGATA----GT--AC---G--C------ATATNTAGTACA--CTTGCAT---ACTTT--------GTCAA-----------TACTG--TG-TTGCAACCA-C------ATGG-CCAC----ACAACGTAAAT--G--TA----TTACCTT-----CT-ATAACA-------------C--------ATTTTGTGA-ATCAATA-TCT-CGCACCTTCATATCAAAAAN-T-TAA-T--CTA-C-TTAACTA-TTTGC-AATCNAA--C-CC--ATTATTCTN-T-A-TCA--ATTAGTGA-TG----ATT-ACCTG-TTGC-A--AGCCAAC------GC---A--TGTACC-----CCG-T-CAG--C-CTCGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GC-TTT---T--TA--GTCATGAGCCGG----AATTAGAG-TTACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---AA----ACATGAATT----ATTATT--TGTAAAC-TTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCTGATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GG-TAATC-AACT-A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
Reference ( family-2931 ) : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACATTTT-AANGTTAGTATATTACT----GTTGTATAATGCATATTG--CAT----AC---TC--TGCGATC-AGCATGACGATAC---GT-TAC---G--C------ATATNTAGTACA--CTTGCAT---ACTTT--------GTNAA-----------TACTG--TG-TTGCAACCA-C------ATGG-CCAC----ACAATGTAAAT--G--TA----TTACCTT-----CT-ATAACA-------------C--------ATTTTGTGA-ATCGATA-TCT-CGCACCTTCACATCAAAAAN-T-TAA-T--CTA-C-TTNACTA-TTTGC-AATCNAA--C-CC--ATTATTCTN-T-A-TNA--ATTAGTGA-TG----ATT-ACCTG-TTGC-A--AGCCAAC------GC---A--TGTACC-----CCGNT-CAG--C-CTCGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GC-TTT---T--TA--GTCATGAGCCGG----AATTAGAG-TTACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---AA----ACATGAATT----ATTATT--TGTAAAC-TTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCTAATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GG-TAATC-AACT-A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|1 : TAATATGTTGGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACATTTT-AAGGTTAGTACATTACT----GTTGTATAATGCATATTG--CAT----AC---TC--TACGATC-AGCATGACGATACTTTGT-TACTTCG--CCATTTTATATCTAGTACA--CTCGCAT---ACTTT--------GTCAA-----------TACTG--TG-TTGCAGCCA-C------ATGG-CCAC----ACAATGTAAAT--G--TAAATATTACCTT-----CT-ATAATG-------------C--------ATTTTGTGA-ATCAATA-TAT-CGCACCTTCATATCAAAAAC-T-TAA-T--CTA-C-ATTACTA-TTTGC-AATCGAA--C-CC--ATTATTCTT-T-A-TAA--ATTAGTGA-TG----ATT-ACCTG-TAGC-A--AGCCGAC------GC---A--TGTACC-----CCGTT-TAA--C-CTCCTCGC-ATCACCT----T-TT-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GC-TTT---T--TA--GTCATGGGCCGG----AATCAGAG-TTAACCGCCCTTTA-ATATTAGCAATTTGAA----ACATGAATT----A-AATT--TGTAAAC-TTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-CTAATGTTCTTTTCACTTTTTA-CATCTTTTT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCTAATTAAAAT-TTGCCAGTTT--GTAAAAATTA-------TTCCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAA-GTC-GG-TAATC--ACT-A--TTTGCCCAA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TTATATTT--TATTACGTATC---------TAAAG----T-CTGATTGAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|10 : C------GC---A--TAAACC-----CCGGCATAA--C-CTCGTCGC-TTCACCT----C-CA-AACTACAA--CTTACA--AA----TC---------------------TCATGAGCCGG----AATTAGAG-TTACGCGCCCTTTA-ATATTAACAAT---AAGTTTACATGAATT----AT-ATT--TGTAAAC-TTT--------G-------ATATAAATTAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA---TTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATC---AT-TTGCCAGTTT--GTAAAA------------TTCA---------------CTAGACGTC--CTAGAC-ATCGGG-TAATC-AACT-
gi|11 : cACCTC-----CT-AAAGCA-------------C--------ATATTGTGC-ATCGATA-TCT-CGTACCCTCGTATCATAGAT-TAAAA-T--CCA-C-TTAATTA-TTTGC-AATCTTA--CATT--ATTATTTGA-T-G-TCA--ATTAGT-A-CA----GTTCATCAG-TTGC-A--A---AAC------G-------TGCA-------CTGCC-CAG-------AT--A-GTCCCCT----T-TG-T-TTAGAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGCAGGT-TTT---T--TATGGTCATAAGCGGG----ATTTAGAG-TTACCCGCCTTTTA-ATATTAGAGAT---------ACATGAATT----AATATT--
gi|12 : TTA-ATATTAGCAAT---AA----AGAGGAATT----AT-GTT--TGTAAAC-TTTTTAAATAAA-------ATAT----TAACAG----C-TTAATGTCCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGATTTTTTTTTCTA-ATTGTATTTCT-ATGAAAAT-TTGCCACTTT--GT-AAAATTA-------TTT-ATATGAG-ACGTTA-CTAAGACGTCATCTAGAC-GTC-AGTTAATC-AACTAA--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GCAT-TTGTATTT--TACTACGTAc
gi|13 : TAATATACTATATT-ATC---CATTATTTCTTACATGCA----CGAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACACT------G---------TACT----ATTCTAT-ATATATAATG--CAT----AC---AC--TGGGATT-AGCATGACAATA----G---AC---A-------------ATAGTACACGCTTACATGACACTTT--------GTAAAACGG-------CCCTG--TGTTTGCAACCA-C------GTG
gi|14 : TTT--GTAAAATTTACGCTTTTTTTCA-ACG-----GTCAGCTTAGACGTC----GGAC---C--A-TGATC-AACTAA--TTTGA--AA--ATT-CTCTCT-AGAATGAGATGGAAC-TTATATTCTGTACTACGTATA----------AAAGAGGTT-TTGATGAAC-ATCAAAATTAAGACAAcatatggccg
gi|15 : TAC---------CAAATAAAGCT-GA-A----------ATTTT-AACGTCAGTATATTACT----GTTGTATTATGCATATTG--CAT----AT---TC--TACGATC-AGCATGACGATA----G--------------------ATCTAGTTCA----TGCAT---ACTTT--------GTCAA-----------TACTG--TA-TTGCAACCA-C------ATGG-CCAC----ACAATGTgtatattattg
gi|16 : -------ATAT----TAAAAT----T-TTAATGTTCTTTTCTATTTTTA-CATCTTTCT-CTGG--TTGTTTT-TA-ATAAAATTGC-GCTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAAA
gi|17 : gtTTAGT-TATTACT----GTT----------TATT----------AC---TG--T-------AGCATGACGATA-------------G-----------ATCTAGTA-A--GTGG--T---ACTTT--------GTCAA-----------TACTG--TG-TTACAt
gi|19 : aaataaaggttgacgttAGAG-TTACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---GA----AC---------------TT--TATAAG----T--------AC------ATAT----TAACAG----T-TTAAAGTTCTTTTCTATTTTAA-CAcc
gi|20 : -A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCGAAAT--GAC-GAAT-TTATATTT--TACTATGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-A
gi|3 : ATATGTTTGA-CCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAACGTTTGACAT------------TT-AGCGTTAGTATATTAATTTACGTTGTATGATGCATATTG--CAT----AT---TC--TACGAAC-AGCATGACGA-------------------------AGATCTAGTAC-----TGCTT---ACT----------------------------------------------C------ATGG-CCAC----ACATTGTAA-------TA----TTACATT-----CT-ATAATATATCAATAGCATAC--------ATTTTGTGA-ATCAATA-TCT-TGCACCTTCATATCAAAAAA-TATAA-C--CTA-CTTTAACTATTTTGC-AATCG-A--C-CCTTATTATTCTT-T-A-TAA--ATTAGTGA-TGA---ATT-ACCTGTTTGCAA--AGCCAAC------GC---A--TGTACC-----CGGCA-TAA--CTCTCGTCGCAGTCA-CT----T-TG-T-TTACACATCCTTCA--G-----CCGC--GCTTTT---T--TA--GTCATCGGCCGT----AATTAGAGTTTAC---CCCCTTG-AT-TTAACAAT---AAGTT-ACATGAATT----A-TATT--TGTAAACTTTT--------A-------ATAT----TAACAGATGTT-TTAATGTTCTTTTTTC-TTTTA-CATCTTTCT-CTTA----TTTTTCTA-ATAGTTTTTCT-ATTAAAA--TTGC--GTTT--GTAAAAATTC-------ATTCATATGAG-ACGTCA-ATTAGACGTCATCTAGAC-GTG-TG-TAATC-AACT-AATTTTG---AAACATT-CTCTCGC-AAAT--GAT-GACTGTCATA-TT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-C-GATTAACAAT--GAATTAAAACAA
gi|4 : tATATATT--ATCCACTAGTCATTATTTCTTACATATAGTACTAAATAAACTT-AACATGCAAGTTACATT----------GTAGA--ACT----G-TATATAATGCATA-----CA-----------C--TGCGATC-AGCATGAC-ATA----GTACAC---G--C------ATACATGATAC---TTTGTAA---ACTTG--------GCC---------------CTG--TG-TTGCAACCAGC------A--A-CCAC-------GTGCACAT--GGCTAGC--CTACCTT-----CT-ATAACA-------------CATTTTCAGATTTTGTGC-ATCAATA-TAT-CGCACCGTCACATAGAAAAT-T-AAA-T--CTA-C-TTAATGA-TATGC-AACCTAAG-A-CT--ATTATTCTA-T-A-TCA--ATTAGTTA-TG----TTT-ACCTG-TTGC-A--AGCCAACGAATATGCAAAA--TGTACC-----AC--T-CAGATC-CACGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCCTCCA--AAAAGCCCGC--GC-TTTAAAA--AA--GTCATGAGCCAG----AATTAGAG-TTATCCGCCCTTTA-ATATTAA-AAT---------ACATG-GCT----AATATT--T----AC-TTT--------AAGCGCGTATAT----TAACAT----T-TTAATGTTCTTTCATATTCTTA-CACCTTTCT-CTGG--TTGTTTT-TA-ATACAATTGC-GCTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAgatataatt
gi|5 : atAACCA-C------ATGGTCCAC----AC--------------------TT--CTT-----ATGATTATA-------------C--------GTTTTGTGA--TCAATA-TCTTCGCAC-TTCATATCAAAAAA-T-TAA-CAATTA-C-T--ACTA-TTTGC-A-TCGAA--T-CC--TATATTCTA-TGA-T----ATTAGTGAATG----ATT----TG-TTGC-A--A--CAAT------GC---A--TGTCCCGATAACCGGT-AA-----CTCGTCGC-TTCAC-T----T-TG-T-GTTCAAGTATTCCACAAAAGGCCGGC--GC-TTT---T---A--GTCATGCGC--G----AAT-AGAG-TTACC-GCC-TTTA-AT-TTAACAAT---AGTTT-ACATGAATT----ATTATT--TGTAAAC-TTT--------T-------ATAT----TAAT-G----T-TT-ATGTTCTTTTCTC-TTTTA-CATCTTTCTGCTGA--CTTTTTTCTA-ATAGATTTT---ATTAAAATGGTGCCGGTTT--GT-AAAATTA-------TTT-ATATGAGAACGT---CTTAGACGTCATCTAGACTTTC-GG-TAAT--AACT-AATTCTG---A-----T-TTCTCTC-AAAT--G-T-GGAT-TC-TATTT--TACTACGTATA---------T--AG----T-CTGATT-AC-AT--TAAATAACACAAA
gi|6 : --ATTATTGTC-T-A-TTATAAATAGTGG-TGTTTTATT-ATCTG-TTGC-ATAAG--AAT------GC------TCTACT-----C---T-CAG--A-C--GTGGC-GTTACTTGATGTGTGCT-TTACAGCTGTCACA--ATAAGCCAGT--GC-TTT---TGGTA--GT-ATGAGCCGGTTAGAGTTAGAG-TT--CCGCCATTTAGATATTAGCAAT---AC----TTGTGAATTTGATATTATTATTGTAG-----T--------A-------ATAA----TAACAG----TATTAAAGTTCTTT-CTCTATTTAACACTCTACT-CTGC--TTTGTTT-TATATAGAATTTCTACT----AT-TAG-GTGTTTAAATGAGAATGA-------TTTTA-------ACGTCA-GTT----GTTA---AGAC-GT-------GTCGAGAT-A-----G---AA--ATTCCTCTCTCAAAAT--GGT-TAAA-GCATA-CT--TACTA-GTATAACAGATTTTTTAAG----TGTTGCTTGAC-AT--GAATAAGATCAAatgt
gi|7 : tTAA-ATGTTTGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGT---ACATGCA-GTGACATTTTTAATGTTAGTATATTACG----ATTGTATGATGCATATTGGACATTACGACGAATCGATAAGATCTAGTACATCAGTGC---GT-TACTTTGTTC------AT-TATTGT-TA--CTTGCAT---G---TAAACAGAGGTGAAGCGACGAGGTTTACTG--TG-TTGCAAC-------------G-CCAA----ACCAC----AT--G----------GCC-------------ACA-------------C--------ACTTTGTGATATCAATGGTCT-CGCACCTTCATATCAAAAACAT-TAAAT--CTAAC-TTAACTA-TTTGCCAATCGAGATC-CT--ATCATTCTTAT-AATCA--ATTAGTGA-TG----ATT-ATCTG-TTGC-A--AGCCAAT------GC---ATCTGTACC-----
gi|8 : ctTAC---------TAAGTAAACTT-AACATGCAAGTTACATTG--AAT-------TATT-CT----GT-ATATAATACATA-----CA-----------C--TGCGATC-AGCATGACAATATA--GTACAC---G--C------ATACATA------------AT---ACTTT--------GTAAA-----------CCCTG--TG-TTGCAACCA-CGTGCACATGA-TCATGGCTACAATGTAAATTTA--TA----TTACCTTGGCTTCT-ATAACA-------------C--------ATTTTGTGC-ATCAATA-TAT-CGCACCTTCACATAGAAAAT-T-AAA-T--CTA-C-TTAATTA-TATGC-AATCTAA--CACT--ATTATTCTA-T-A-TCA--AATAGTGA-TG----TTT-ACCTG-TTGC-A--AGCCAAC------GA---A--TGTACC-----AC--T-CCT--C-CACGTCGC-GTCTCCT----T-TG-T-TTACAAGGTTTCTA--
gi|9 : taAATATGTTAGGTCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACATTCT-AACGTTAGTATGTTACC----GTTGTATGATGCATATTG--CAT----AT---TC--TACGATC-AGCATGAC--------------------------------TAGTACA--CGCGCAT---ACTTT--------GTCAA-----------TACTGCATG-TTGCAACCA-C------ATGG-CCAC----ACAAC-----------TA----TTACCTT-----CT-ATAATA-------------C--------ATTTTGTGA-ATCAATA-TCT-CGCACATTCATATCAAGAAA-T-TAAAT--CTA-C-TCAACTA-TTTGC-AAAACAA--C-CCT-ATTATTCTA-T-A-TCA--ATTAGTGA-TG----ATT-ACCTG-TTGC-A--AGCCAAC------GC---A--TGTACC-----C
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAGCTTGATTCGTACTTCGATTTTTCGAGGTTGTGGATATGGAGCTCTCTAATTTCCAACTCGTGCGTGTATAATTTTATCCATTAAAAGACATGTCGTTCATTACCATATTCTATAAACTTGAATGAATGCAAGTTGCATGACATGTTGTACTGTTTGCTAATATAAAATGCTCTCAGACAGAGATATAGAGATAAATGGTGTTCACGTAAACAGGCCAAACTATTGTAAACTTAAGCTCCTGTTGACAGTTCATGGTCACTTGGATTAGCGCGCTTCAGTTTAACATTATATCATTTTCAAGGATGATTTTTTAGTGTGCAATCAATATAGACTATTCGCAAGCCGTTCACATTAGAAGCAAATCTAACTTTACGATTAAACTACCGTGTTATGAGTGCAATAAACTCGACATGCATGAATAGAAGTATTCATATATCGTTGATAATTTTATGATGCTTTATCATGTGTGGAACAGAAGAATACTCGCGCGAAATGATAGCACAGATAAACACCGCGCTTTGATCAATAACGCTCATAGCATCCCTGGTTTCTTGAAGGTATACCGCCACTTATTATTATAAAAATGCAAGGGGTTAATTTAGCTTTAAAGACGCGTATAAATTAACATTTAATGTTTATTTATCTTCTTTACATCTTTACTATATGTTATTAAATAAACAGGACGCTGAAACATATATTGCCTTGTT
Unaligned ( gi|18 ): GTTTCAAACTAAGCCTAGTGCTAAAGCTTAAATCTCCAATAATTCGATTTTCCGTGGTTGTGATTCGACCTAAATACGTGTGGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111
lowQualScore : 111 333333333 1111111111 1 0000000000000000000000 2222222 111111 111111 1111 666666666666666666666666 11111 2222222222222 2222222222 11111111 111 1111 11111111 111111 11111111111 44444444444444444444444 1111 22222222222 1111 333333333 2222222 3333333333333333 22 1111111 1111111 11111111 1111 111 22222222222 1111 11
lowQualScore : 7 111 222222222 5 3 5 5555555555 22 9999 0 0 2 0 0 55 0 4 3333333333333333333333 2 7777777 0 4 777 4 000000 66 7777 8888 4 222222 1 5 0000 000000000000000000000000 66 22222 5 7777777777777 1111111111 88888888 5 5 5 66 000 1111 5 5 5 5 1 77777777 4 1 8 2 66 4 222222 4 4 66 666 99999999999 00000000000000000000000 5 4 0000 5 5 5 1 66 33 77 99999999999 0 2222 0 5 1 4 1 777777777 0000000 66 8888888888888888 9999 9999 4 4 5 66 8 5 66 1 0 5 2 66 3 1 8888888 6 8888888 7777 99 77777777 5 6666 555 77 5 7 77 0 5 5 0 5 77 99999999999 4444 6 4 6 11
lowQualScore : . ... ......... . . . .......... .. .... . . . . . .. . . ...................... . ....... . . ... . ...... .. .... .... . ...... . . .... ........................ .. ..... . ............. .......... ........ . . . .. ... .... . . . . . ........ . . . . .. . ...... . . .. ... ........... ....................... . . .... . . . . .. .. .. ........... . .... . . . . . ......... ....... .. ................ .... .... . . . .. . . .. . . . . .. . . ....... . ....... .... .. ........ . .... ... .. . . .. . . . . . .. ........... .... . . . ..
lowQualScore : 5 777 555555555 0 1 0 4444444444 44 4444 1 2 2 1 8 88 1 7 9999999999999999999999 6 6666666 1 4 888 4 888888 11 9999 5555 4 888888 9 0 6666 666666666666666666666666 99 55555 0 5555555555555 9999999999 11111111 0 0 0 00 888 6666 0 0 0 0 0 66666666 4 0 9 9 11 4 333333 4 4 11 777 88888888888 88888888888888888888888 0 5 6666 0 0 0 4 99 11 99 11111111111 7 1111 1 0 4 4 9 000000000 9999999 11 1111111111111111 4444 4444 4 4 0 99 8 0 44 0 1 0 8 11 6 7 6666666 6 3333333 3333 99 77777777 7 7777 777 99 7 1 99 1 7 7 1 0 99 33333333333 2222 7 2 7 00
consensus : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAACGTT--AGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATA----G--AC---G-------A-ATCTAGTACA--CT--TGCA-T---ACTTTG-TCAA----TACTG--T--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAACG----TAAAT--G--TA----TTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACCTTCATATCAAAAA-NT-T-AA-T--CT-ACTT-AACTATTT-G-CAATCNAA--CACC--ATTATTC-TAT-ATCA--ATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACG------CA---TGTACCC--CGTC-A--G--CC------TCGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---AA----ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GG-TAATC-AACT-A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
Reference ( family-2931 ) : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAACGTT--AGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATA----GT-AC---GC------ATATNTAGTACA--CT--TGCA-T---ACTTTG-TCAA----TACTG--T--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAACG----TAAAT--G--TA----TTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACCTTCATATCAAAAA-NT-T-AA-T--CT-ACTT-AACTATTT-G-CAATCNAA--C-CC--ATTATTC-TNT-ATCA--ATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACG------CA---TGTACCC--CGTC-A--G--CC------TCGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---AA----ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCTGATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GG-TAATC-AACT-A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|1 : TAATATGTTGGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAAGGTT--AGTACATTACT----GTTGTATAATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATACTTTGTTACTTCGCCATTTTATATCTAGTACA--CT--CGCA-T---ACTTTG-TCAA----TACTG--T--G-TTGC----AGCCA-C------ATGG-CCAC----ACAATG----TAAAT--G--TAAATATTAC--CTT-----CT-ATAATG-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATAT-CGCACCTTCATATCAAAAA-CT-T-AA-T--CT-ACAT-TACTATTT-G-CAATCGAA--C-CC--ATTATTC-TTT-ATAA--ATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTA-GCA--A-GCCGACG------CA---TGTACCC--CGTTTA--A--CC------TCCTCGC-ATCACCT----T-TT-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGGGCCGG----AATCAGAGTT-AACCGCCCTTTA-ATATTAGCAATTTGAA----ACATGAATT----AA-ATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-CTAATGTTCTTTTCACTTTTTA-CATCTTTTT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCTAATTAAAAT-TTGCCAGTTT--GTAAAAATTA-------TTCCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAA-GTC-GG-TAATC--ACT-A--TTTGCCCAA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TTATATTT--TATTACGTATC---------TAAAG----T-CTGATTGAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|10 : CG------CA---TAAACCC--CGGC-ATAA--CC------TCGTCGC-TTCACCT----C-CA-AACTACAA--CTTACA--AA----TC---------------------TCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACGCGCCCTTTA-ATATTAACAAT---AAGTTTACATGAATT----AT-ATT--TGTAAACTTT--------G-------ATATAAATTAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA---TTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATC---AT-TTGCCAGTTT--GTAAAA------------TTCA---------------CTAGACGTC--CTAGAC-ATCGGG-TAATC-AACT-
gi|11 : cAC--CTC-----CT-AAAGCA-------------CAT----------ATT--------GTGC-ATCGAT-ATCT-CGTACCCTCGTATCATAGA-TT-A-AAAT--CC-ACTT-AATTATTT-G-CAATCTTA--CATT--ATTATTT-GAT-GTCA--ATTAGT-A-CA----G-TTCATCAGTT-GCA--A----AACG-----------TGCACT-----------G--CC------CAGATA--GTCCCCT----T-TG-T-TTAGAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGCAGGTTTT---T--T-ATGGTCATAAGCGGG----ATTTAGAGTT-ACCCGCCTTTTA-ATATTAGAGAT---------ACATGAATT----AATATT--
gi|12 : TTA-ATATTAGCAAT---AA----AGAGGAATT----AT-GTT--TGTAAACTTTTTAAATAAA-------ATAT----TAACAG----C-TTAATGTCCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGATTTTTTTTTCTA-ATTGTATTTCT-ATGAAAAT-TTGCCACTTT--GT-AAAATTA-------TTT-ATATGAG-ACGTTA-CTAAGACGTCATCTAGAC-GTC-AGTTAATC-AACTAA--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GCAT-TTGTATTT--TACTACGTAc
gi|13 : TAATATACTATATT-ATC---CATTATTTCTTACATGCA----CGAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-CT-----G-----------TACT----ATTCTAT-ATATATAATGCATACACTGGGATTAGCATGACAATA----G--AC---A-----------ATAGTACACGCT--TACA-TGACACTTTG-TAAAACGGCCCTG--T--GTTTGC----AACCA-C------GTG
gi|14 : TTT--GTAAAATTTACGCTTTTTTTCA-ACG-----GTCAGCTTAGACGTC----GGAC---C--A-TGATC-AACTAA--TTTGA--AA--ATT-CTCTCT-AGAATGAGATGGAAC-TTATATTCTGTACTACGTATA----------AAAGAGGTT-TTGATGAAC-ATCAAAATTAAGACAAcatatggccg
gi|15 : TAC---------CAAATAAAGCT-GA-A----------A-TTTTAACGTC--AGTATATTACT----GTTGTATTATGCATATTGCATATTCTACGATCAGCATGACGATA----G-----------------ATCTAGTTCA------TGCA-T---ACTTTG-TCAA----TACTG--T--A-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAATG----Tgtatattattg
gi|16 : -------ATAT----TAAAAT----T-TTAATGTTCTTTTCTATTTTTA-CATCTTTCT-CTGG--TTGTTTT-TA-ATAAAATTGC-GCTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAAA
gi|17 : gtTTGACGTTTTAGT-TATTACT----GTT----------TATT----ACTGTA------GCATGACGATA----G-----------------ATCTAGTA-A--GT--GG---T---ACTTTG-TCAA----TACTG--T--G-TTAC----At
gi|19 : aaataaaggAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---GA----AC---------------TT--TATAAG---T--------AC------ATAT----TAACAG----T-TTAAAGTTCTTTTCTATTTTAA-CAcc
gi|20 : -A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCGAAAT--GAC-GAAT-TTATATTT--TACTATGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-A
gi|3 : ATATGTTTGA-CCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAACGTTTGACAT-------------TTAGCGTT--AGTATATTAATTTACGTTGTATGATGCATATTGCATATTCTACGAACAGCATGACGA-A----G-----------------ATCTAGTAC-------TGCT-T---ACT--------------------------------------C------ATGG-CCAC----ACATTG----TAA-------TA----TTAC--ATT-----CT-ATAATATATCAATAGCATACAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-TGCACCTTCATATCAAAAA-ATAT-AA-C--CT-ACTTTAACTATTTTG-CAATCGA---C-CCTTATTATTC-TTT-ATAA--ATTAGTGA-TG----AATT-ACCTGTTTGCA--AAGCCAACG------CA---TGTACCCGGCATA-A--C--TC------TCGTCGCAGTCAC-T----T-TG-T-TTACACATCCTTCA--G-----CCGC--GCTTT---T--TTA--GTCATCGGCCGT----AATTAGAGTTTACCC---CCTTG-AT-TTAACAAT---AAGTT-ACATGAATT----AT-ATT--TGTAAACTTTT-------A-------ATAT----TAACAGATGTT-TTAATGTTCTTTTTTCTTTT-A-CATCTTTCT-CTTA--TTTTT--CTA-ATAGTTTTTCT-ATTAAAAT-T-GC--GTTT--GTAAAAATTC-------ATTCATATGAG-ACGTCA-ATTAGACGTCATCTAGAC-GTG-TG-TAATC-AACT-AATTTTG---AAACATT-CTCTCGC-AAAT--GAT-GACTGTCATA-TT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-C-GATTAACAAT--GAATTAAAACAA
gi|4 : tATATATT--ATCCACTAGTCATTATTTCTTACATATAGTACTAAATAAACTT-AACATGCAAGTTACA-TT-----------GTAGA--ACT----GT-ATATAATGCATA---CA----CTGCGATCAGCATGAC-ATA----GT-ACAC-GC------ATACATGATAC---TT--TGTA-A---ACTTGG-CC--------CTG--T--G-TTGC----AACCAGC------A--A-CCAC----GT---G----CACAT--GGCTAGC--CTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTTCAGATTTTGTGC-ATCAAT-ATAT-CGCACCGTCACATAGAAAA-TT-A-AA-T--CT-ACTT-AATGATAT-G-CAACCTAA--GACT--ATTATTC-TAT-ATCA--ATTAGTTA-TG----T-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACGAATATGCAAAATGTACCA--C-TC-A--GATCC------ACGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCCTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTTAAAA--A-A--GTCATGAGCCAG----AATTAGAGTT-ATCCGCCCTTTA-ATATTAA-AAT---------ACATG-GCT----AATATT--T----ACTTT--------AAGCGCGTATAT----TAACAT----T-TTAATGTTCTTTCATATTCTTA-CACCTTTCT-CTGG--TTGTTTT-TA-ATACAATTGC-GCTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAgatataatt
gi|5 : at----AACCA-C------ATGGTCCAC----AC------------------------TT----CTT-----ATGATTATA-------------CGT----------TTT--------GTGA--TCAAT-ATCTTCGCAC-TTCATATCAAAAA-AT-T-AA-CAATT-ACT---ACTATTT-G-CA-TCGAA--T-CC--TATATTC-TATGAT----ATTAGTGAATG----A-TT----TGTT-GCA--A---CAATG------CA---TGT--CC--CGAT-A--A--CCGGTAACTCGTCGC-TTCAC-T----T-TG-T-GTTCAAGTATTCCACAAAAGGCCGGC--GCTTT---T----A--GTCATGCGC--G----AAT-AGAGTT-ACC-GCC-TTTA-AT-TTAACAAT---AGTTT-ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------T-------ATAT----TAAT-G----T-TT-ATGTTCTTTTCTC-TTTTA-CATCTTTCTGCTGA--CTTTTTTCTA-ATAGATTTT---ATTAAAATGGTGCCGGTTT--GT-AAAATTA-------TTT-ATATGAGAACGT---CTTAGACGTCATCTAGACTTTC-GG-TAAT--AACT-AATTCTG---A-----T-TTCTCTC-AAAT--G-T-GGAT-TC-TATTT--TACTACGTATA---------T--AG----T-CTGATT-AC-AT--TAAATAACACAAA
gi|6 : --ATTATTG-TCT-ATTATAAATAGTGG-TGTTTTA-TT-ATCTGTT-GCATAA-G--AATG------C----TCTACTC----TC-A--G--AC--------GTGGC-GTTACTTGATGTGTGCT-TTACAGCTGTCACA--ATAAGCCAGT--GCTTT---TGGT-A--GT-ATGAGCCGGTTAGAGTTAGAGTT---CCGCCATTTAGATATTAGCAAT---AC----TTGTGAATTTGATATTATTATTGTAG----T--------A-------ATAA----TAACAG----TATTAAAGTTCTTT-CTCTATTTAACACTCTACT-CTGC--TTTGTTT-TATATAGAATTTCT-ACTA-----TTAGGTGTTTAAATGAGAATGA-------TTTTA-------ACGTCA-GTT----GTTA---AGAC-GT-------GTCGAGAT-A-----G---AA--ATTCCTCTCTCAAAAT--GGT-TAAA-GCATA-CT--TACTA-GTATAACAGATTTTTTAAG----TGTTGCTTGAC-AT--GAATAAGATCAAatgt
gi|7 : tTAA-ATGTTTGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGT---ACATGC-AGTGACATTTTTAATGTT--AGTATATTACG----ATTGTATGATGCATATTGGACA--TTACGAC--GAAT--CGATA--------------------AGATCTAGTACA--TCAGTGCGTT---ACTTTGTTCAT----TATTG--TTAC-TTGCATGTAAACA-G------A-GG-TGAA----GCGACGAGGTTTACT--G--TG----TTGCAAC-G-----CC-AAACCA-------------CATGGCCACACACTTT--------GTGATATCAATGGTCT-CGCACCTTCATATCAAAAACAT-TAAA-T--CTAACTT-AACTATTT-GCCAATCGAGATC-CT--ATCATTCTTATAATCA--ATTAGTGA-TG----A-TT-ATCTGTT-GCA--A-GCCAATG------CATC-TGTACC
gi|8 : ctTAC---------TAAGTAAACTT-AACATGCAAGTTACA-TT--GA-----------ATTATT-----CTGTAT-----ATAATACATACACTGCGATCAGCATGACAATATA--GT-ACAC-GC------ATACATA--------------A-T---ACTTTG-TAAA----CCCTG--T--G-TTGC----AACCA-CGTGCACATGA-TCATGGCTACAATG----TAAATTTA--TA----TTAC--CTTGGCTTCT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGC-ATCAAT-ATAT-CGCACCTTCACATAGAAAA-TT-A-AA-T--CT-ACTT-AATTATAT-G-CAATCTAA--CACT--ATTATTC-TAT-ATCA--AATAGTGA-TG----T-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACG------AA---TGTACCA--C-TC-C--T--CC------ACGTCGC-GTCTCCT----T-TG-T-TTACAAGGTTTCTA--
gi|9 : taAATATGTTAGGTCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTCTAACGTT--AGTATGTTACC----GTTGTATGATGCATATTGCATATTCTACGATCAGCATGAC-----------------------------TAGTACA--CG--CGCA-T---ACTTTG-TCAA----TACTGCAT--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAAC---------------TA----TTAC--CTT-----CT-ATAATA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACATTCATATCAAGAA-AT-T-AAAT--CT-ACTC-AACTATTT-G-CAAAACAA--C-CCT-ATTATTC-TAT-ATCA--ATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACG------CA---TGTACCC--
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAGCTTGATTCGTACTTCGATTTTTCGAGGTTGTGGATATGGAGCTCTCTAATTTCCAACTCGTGCGTGTATAATTTTATCCATTAAAAGACATGTCGTTCATTACCATATTCTATAAACTTGAATGAATGCAAGTTGCATGACATGTTGTACTGTTTGCTAATATAAAATGCTCTCAGACAGAGATATAGAGATAAATGGTGTTCACGTAAACAGGCCAAACTATTGTAAACTTAAGCTCCTGTTGACAGTTCATGGTCACTTGGATTAGCGCGCTTCAGTTTAACATTATATCATTTTCAAGGATGATTTTTTAGTGTGCAATCAATATAGACTATTCGCAAGCCGTTCACATTAGAAGCAAATCTAACTTTACGATTAAACTACCGTGTTATGAGTGCAATAAACTCGACATGCATGAATAGAAGTATTCATATATCGTTGATAATTTTATGATGCTTTATCATGTGTGGAACAGAAGAATACTCGCGCGAAATGATAGCACAGATAAACACCGCGCTTTGATCAATAACGCTCATAGCATCCCTGGTTTCTTGAAGGTATACCGCCACTTATTATTATAAAAATGCAAGGGGTTAATTTAGCTTTAAAGACGCGTATAAATTAACATTTAATGTTTATTTATCTTCTTTACATCTTTACTATATGTTATTAAATAAACAGGACGCTGAAACATATATTGCCTTGTT
Unaligned ( gi|18 ): GTTTCAAACTAAGCCTAGTGCTAAAGCTTAAATCTCCAATAATTCGATTTTCCGTGGTTGTGATTCGACCTAAATACGTGTGGC
Alignments
lowQualScore : 111 333333333 1111111111 1 9999999999999999999999999999 222222 1111111 222222222 111111 1111 666666666666666666666666 11111 2222222222222 2222222222 11111111 111 1 111111 111111 111111 44444444444444444444444 1111 22222222222 1111 333333333 2222222 3333333333333333 1111111 1111111 11111111 1111 111 22222222222 1111 11
lowQualScore : 7 111 222222222 5 3 5 5555555555 22 9999 0 0 2 0 0 55 0 1 2222222222222222222222222222 999999 1 4 777 4444444 4 1 111111111 66 7777 8888 4 222222 1 5 0000 000000000000000000000000 66 22222 5 7777777777777 1111111111 88888888 5 5 5 66 555 5 66 5 5 5 5 1 5 9 4 66 4 3 3 4 222222 4 4 66 666 111111 000000 00000000000000000000000 5 4 0000 5 5 5 1 66 33 77 99999999999 0 2222 0 5 1 4 1 777777777 0000000 66 8888888888888888 9999 9999 4 4 5 66 8 5 0 5 1 0 5 2 66 3 1 8888888 6 8888888 7777 99 77777777 5 6666 555 77 5 7 77 0 5 5 0 5 77 99999999999 4444 6 4 6 11
lowQualScore : . ... ......... . . . .......... .. .... . . . . . .. . . ............................ ...... . . ... ....... . . ......... .. .... .... . ...... . . .... ........................ .. ..... . ............. .......... ........ . . . .. ... . .. . . . . . . . . .. . . . . ...... . . .. ... ...... ...... ....................... . . .... . . . . .. .. .. ........... . .... . . . . . ......... ....... .. ................ .... .... . . . .. . . . . . . . . .. . . ....... . ....... .... .. ........ . .... ... .. . . .. . . . . . .. ........... .... . . . ..
lowQualScore : 5 777 555555555 0 1 0 4444444444 44 4444 1 2 2 1 8 88 1 9 8888888888888888888888888888 444444 1 4 888 4444444 4 1 000000000 11 9999 5555 4 888888 9 0 6666 666666666666666666666666 99 55555 0 5555555555555 9999999999 11111111 0 0 0 00 888 0 99 0 0 0 0 0 0 1 0 11 4 3 9 4 333333 4 4 11 777 555555 888888 88888888888888888888888 0 5 6666 0 0 0 4 99 11 99 11111111111 7 1111 1 0 4 4 9 000000000 9999999 11 1111111111111111 4444 4444 4 4 0 99 8 0 4 0 0 1 0 8 11 6 7 6666666 6 3333333 3333 99 77777777 7 7777 777 99 7 1 99 1 7 7 1 0 99 33333333333 2222 7 2 7 00
consensus : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAACGTT--AGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATA------------G---A--------ATCTAGTACA--C---TGCA-T---AC-------TTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAACG----TAAAT--G--TA----TTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACCTTCATATCAAAAA-NT-T-AA-T--CT-ACTT-AACTATTT-G-CAATCNA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACCC--CG-TCA--G--CC------TCGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---AA----ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GG-TAATC-AACT-A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
Reference ( family-2931 ) : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAACGTT--AGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATA------------G---ACG----A-ATCTAGTACA--CT--TGCA-T---AC-------TTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAACG----TAAAT--G--TA----TTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACCTTCATATCAAAAA-NT-T-AA-T--CT-ACTT-AACTATTT-G-CAATCNA-ACACCATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACCC--CG-TCA--G--CC------TCGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---AA----ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GG-TAATC-AACT-A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|1 : TAATATGTTGGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAAGGTT--AGTACATTACT----GTTGTATAATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATACTTTGTTACTTCG---CCATTTTATATCTAGTACA--CT--CGCA-T---AC-------TTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AGCCA-C------ATGG-CCAC----ACAATG----TAAAT--G--TAAATATTAC--CTT-----CT-ATAATG-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATAT-CGCACCTTCATATCAAAAA-CT-T-AA-T--CT-ACAT-TACTATTT-G-CAATCGA-AC-CCATTATT--C-TTT-ATAAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTA-GCA--A-GCCGAC------GC---A--TGTACCC--CGTTTA--A--CC------TCCTCGC-ATCACCT----T-TT-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGGGCCGG----AATCAGAGTT-AACCGCCCTTTA-ATATTAGCAATTTGAA----ACATGAATT----A-AATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-CTAATGTTCTTTTCACTTTTTA-CATCTTTTT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCTAATTAAAAT-TTGCCAGTTT--GTAAAAATTA-------TTCCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAA-GTC-GG-TAATC--ACT-A--TTTGCCCAA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TTATATTT--TATTACGTATC---------TAAAG----T-CTGATTGAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|10 : C------GC---A--TAAACCC--CG-GCATAA--CC------TCGTCGC-TTCACCT----C-CA-AACTACAA--CTTACA--AA----TC---------------------TCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACGCGCCCTTTA-ATATTAACAAT---AAGTTTACATGAATT----AT-ATT--TGTAAACTTT--------G-------ATATAAATTAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA---TTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATC---AT-TTGCCAGTTT--GTAAAA------------TTCA---------------CTAGACGTC--CTAGAC-ATCGGG-TAATC-AACT-
gi|11 : cAC--CTC-----CT-AAAGCA-------------CAT----------ATT--------GTGC-ATCGAT-ATCT-CGTACCCTCGTATCATAGA-TT-A-AAAT--CC-ACTT-AATTATTT-G-CAATCTT-ACATTATTATT--T-GAT-GTCAATTAGT-A-CA----G-TTCATCAGTT-GCA--A----AAC------G-------TGCACT-----------G--CC------CAGATA--GTCCCCT----T-TG-T-TTAGAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGCAGGTTTT---T--T-ATGGTCATAAGCGGG----ATTTAGAGTT-ACCCGCCTTTTA-ATATTAGAGAT---------ACATGAATT----AATATT--
gi|12 : TTA-ATATTAGCAAT---AA----AGAGGAATT----AT-GTT--TGTAAACTTTTTAAATAAA-------ATAT----TAACAG----C-TTAATGTCCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGATTTTTTTTTCTA-ATTGTATTTCT-ATGAAAAT-TTGCCACTTT--GT-AAAATTA-------TTT-ATATGAG-ACGTTA-CTAAGACGTCATCTAGAC-GTC-AGTTAATC-AACTAA--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GCAT-TTGTATTT--TACTACGTAc
gi|13 : TAATATACTATATT-ATC---CATTATTTCTTACATGCA----CGAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-CT-----G-----------TACT----ATTCTAT-ATATATAATGCATACACTGGGATTAGCATGACAATA------------G---ACA----A----TAGTACACGCT--TACA-TGACAC-------TTTG-TAAAACGGCC---CTG--T--GTTTGC----AACCA-C------GTG
gi|14 : TTT--GTAAAATTTACGCTTTTTTTCA-ACG-----GTCAGCTTAGACGTC----GGAC---C--A-TGATC-AACTAA--TTTGA--AA--ATT-CTCTCT-AGAATGAGATGGAAC-TTATATTCTGTACTACGTATA----------AAAGAGGTT-TTGATGAAC-ATCAAAATTAAGACAAcatatggccg
gi|15 : TAC---------CAAATAAAGCT-GA-A----------A-TTTTAACGTC--AGTATATTACT----GTTGTATTATGCATATTGCATATTCTACGATCAGCATGACGATA------------G------------ATCTAGTTCA------TGCA-T---AC-------TTTG-TCAA----TA---CTG--T--A-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAATG----Tgtatattattg
gi|16 : -------ATAT----TAAAAT----T-TTAATGTTCTTTTCTATTTTTA-CATCTTTCT-CTGG--TTGTTTT-TA-ATAAAATTGCG-CTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAAA
gi|17 : gtTTGACGTTTTAGT-TATTACT----GTT----------TATT----ACTGTA------GCATGACGATA------------G---A---------TCTAGTA-A--GT--GG---T---AC-------TTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTAC----At
gi|19 : aaataaaggAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---GA----AC---------------TT--TATAAG---T--------AC------ATAT----TAACAG----T-TTAAAGTTCTTTTCTATTTTAA-CAcc
gi|20 : -A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCGAAAT--GAC-GAAT-TTATATTT--TACTATGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-A
gi|3 : ATATGTTTGA-CCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAACGTTTGACAT-------------TTAGCGTT--AGTATATTAATTTACGTTGTATGATGCATATTGCATATTCTACGAACAGCATGACGA-A------------G---A---------TCTAGTAC-------TGCT-T---AC-------T-----------------------------------------C------ATGG-CCAC----ACATTG----TAA-------TA----TTAC--ATT-----CT-ATAATATATCAATAGCATACAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-TGCACCTTCATATCAAAAA-ATAT-AA-C--CT-ACTTTAACTATTTTG-CAATCGA-CCCTTATTATT--C-TTT-ATAAATTAGTGA-TG----AATT-ACCTGTTTGCA--AAGCCAAC------GC---A--TGTACCCGGCA-TAA--C--TC------TCGTCGCAGTCAC-T----T-TG-T-TTACACATCCTTCA--G-----CCGC--GCTTT---T--TTA--GTCATCGGCCGT----AATTAGAGTTTACCC---CCTTG-AT-TTAACAAT---AAGTT-ACATGAATT----AT-ATT--TGTAAACTTTT-------A-------ATAT----TAACAGATGTT-TTAATGTTCTTTTTTCTTTT-A-CATCTTTCT-CTTA--TTTTT--CTA-ATAGTTTTTCT-ATTAAAAT-T-GC--GTTT--GTAAAAATTC-------ATTCATATGAG-ACGTCA-ATTAGACGTCATCTAGAC-GTG-TG-TAATC-AACT-AATTTTG---AAACATT-CTCTCGC-AAAT--GAT-GACTGTCATA-TT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-C-GATTAACAAT--GAATTAAAACAA
gi|4 : tATATATT--ATCCACTAGTCATTATTTCTTACATATAGTACTAAATAAACTT-AACATGCAAGTTACA-TT-----------GTAGA--ACT----GT-ATATAATGCATA---CA----CTGCGATCAGCATGAC-ATA------------GTACACG----C-AT-----ACA------TG-A-T---AC-------TTTG-TAAACT--TGGCCCTG--T--G-TTGC----AACCAGC------A--A-CCAC----GT---G----CACAT--GGCTAGC--CTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTTCAGATTTTGTGC-ATCAAT-ATAT-CGCACCGTCACATAGAAAA-TT-A-AA-T--CT-ACTT-AATGATAT-G-CAACCTA-AGACTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTTA-TG----T-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACGAATATGCAAAA--TGTACCA--C--TCA--GATCC------ACGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCCTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTTAAAA--A-A--GTCATGAGCCAG----AATTAGAGTT-ATCCGCCCTTTA-ATATTAA-AAT---------ACATG-GCT----AATATT--T----ACTTT--------AAGCGCGTATAT----TAACAT----T-TTAATGTTCTTTCATATTCTTA-CACCTTTCT-CTGG--TTGTTTT-TA-ATACAATTGCG-CTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAgatataatt
gi|5 : at----AACCA-C------ATGGTCCAC----AC------------------------TT----CTT-----ATGATTATA-------------CGT----------TTT--------GTGA--TCAAT-ATCTTCGCAC-TTCATATCAAAAA-AT-T-AA-CAATT-ACT---ACTATTT-G-CA-TCGA-ATCCTAT-ATT--C-TATGAT--ATTAGTGAATG----A-TT----TGTT-GCA--A---CAAT------GC---A--TGT--CC--CG-ATA--A--CCGGTAACTCGTCGC-TTCAC-T----T-TG-T-GTTCAAGTATTCCACAAAAGGCCGGC--GCTTT---T----A--GTCATGCGC--G----AAT-AGAGTT-ACC-GCC-TTTA-AT-TTAACAAT---AGTTT-ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------T-------ATAT----TAAT-G----T-TT-ATGTTCTTTTCTC-TTTTA-CATCTTTCTGCTGA--CTTTTTTCTA-ATAGA--TTTT-ATTAAAATGGTGCCGGTTT--GT-AAAATTA-------TTT-ATATGAGAACGT---CTTAGACGTCATCTAGACTTTC-GG-TAAT--AACT-AATTCTG---A-----T-TTCTCTC-AAAT--G-T-GGAT-TC-TATTT--TACTACGTATA---------T--AG----T-CTGATT-AC-AT--TAAATAACACAAA
gi|6 : ATTATTGTC-TATTATAAAT-AGTGG-TGTTTTA-TT-ATCTGTT-GCATAA-G--AAT------GC------TCTACTC-----TCA--G--AC--------GTGGC-GTTACTTGATGTGTGCT-TTACAGCTGTCACA--ATAAGCCAGT--GCTTT---TGGT-A--GT-ATGAGCCGGTTAGAGTTAGAGTT---CCGCCATTTAGATATTAGCAAT---AC----TTGTGAATTTGATATTATTATTGTAG----T--------A-------ATAA----TAACAG----TATTAAAGTTCTTT-CTCTATTTAACACTCTACT-CTGC--TTTGTTT-TATATAGAATTTCT-ACTA-----TTAGGTGTTTAAATGAGAATGA-------TTTTA-------ACGTCA-GTT----GTTA---AGAC-GT-------GTCGAGAT-A-----G---AA--ATTCCTCTCTCAAAAT--GGT-TAAA-GCATA-CT--TACTA-GTATAACAGATTTTTTAAG----TGTTGCTTGAC-AT--GAATAAGATCAAatgt
gi|7 : tTAA-ATGTTTGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGT---ACATGC-AGTGACATTTTTAATGTT--AGTATATTACG----ATTGTATGATGCATATTGGACA--TTACGAC--GAAT--CGATA------------------A----G-ATCTAGTACA--TCAGTGCGTT---AC-------TTTGTTCAT----TA---TTG--TTAC-TTGCATGTAAACA-G------A-GG-TGAA----GCGACGAGGTTTACT--G--TG----TTGCAAC-G-----CC-AAACCA-------------CATGGCCACACACTTT--------GTGATATCAATGGTCT-CGCACCTTCATATCAAAAACAT-TAAA-T--CTAACTT-AACTATTT-GCCAATCGAGATCCTATCATT--CTTATAATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ATCTGTT-GCA--A-GCCAAT------GC---ATCTGTACC
gi|8 : ctTAC---------TAAGTAAACTT-AACATGCAAGTTACA-TT--GA-----------ATTATT-----CTGTAT-----ATAATACATACACTGCGATCAGCATGACAATA----------------------------TAGTACA--C----GCA-T---ACATAATACTTTG-TAAA----CC---CTG--T--G-TTGC----AACCA-CGTGCACATGA-TCATGGCTACAATG----TAAATTTA--TA----TTAC--CTTGGCTTCT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGC-ATCAAT-ATAT-CGCACCTTCACATAGAAAA-TT-A-AA-T--CT-ACTT-AATTATAT-G-CAATCTA-ACACTATTATT--C-TAT-ATCAAATAGTGA-TG----T-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GA---A--TGTACCA--C--TCC--T--CC------ACGTCGC-GTCTCCT----T-TG-T-TTACAAGGTTTCTA--
gi|9 : taAATATGTTAGGTCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTCTAACGTT--AGTATGTTACC----GTTGTATGATGCATATTGCATATTCTACGATCAGCATGA--------------------------------CTAGTACA--CG--CGCA-T---AC-------TTTG-TCAA----TA---CTGCAT--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAAC---------------TA----TTAC--CTT-----CT-ATAATA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACATTCATATCAAGAA-AT-TAAA-T--CT-ACTC-AACTATTT-G-CAAAACA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACCC--
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAGCTTGATTCGTACTTCGATTTTTCGAGGTTGTGGATATGGAGCTCTCTAATTTCCAACTCGTGCGTGTATAATTTTATCCATTAAAAGACATGTCGTTCATTACCATATTCTATAAACTTGAATGAATGCAAGTTGCATGACATGTTGTACTGTTTGCTAATATAAAATGCTCTCAGACAGAGATATAGAGATAAATGGTGTTCACGTAAACAGGCCAAACTATTGTAAACTTAAGCTCCTGTTGACAGTTCATGGTCACTTGGATTAGCGCGCTTCAGTTTAACATTATATCATTTTCAAGGATGATTTTTTAGTGTGCAATCAATATAGACTATTCGCAAGCCGTTCACATTAGAAGCAAATCTAACTTTACGATTAAACTACCGTGTTATGAGTGCAATAAACTCGACATGCATGAATAGAAGTATTCATATATCGTTGATAATTTTATGATGCTTTATCATGTGTGGAACAGAAGAATACTCGCGCGAAATGATAGCACAGATAAACACCGCGCTTTGATCAATAACGCTCATAGCATCCCTGGTTTCTTGAAGGTATACCGCCACTTATTATTATAAAAATGCAAGGGGTTAATTTAGCTTTAAAGACGCGTATAAATTAACATTTAATGTTTATTTATCTTCTTTACATCTTTACTATATGTTATTAAATAAACAGGACGCTGAAACATATATTGCCTTGTT
Unaligned ( gi|18 ): GTTTCAAACTAAGCCTAGTGCTAAAGCTTAAATCTCCAATAATTCGATTTTCCGTGGTTGTGATTCGACCTAAATACGTGTGGC
Alignments
lowQualScore : 111 333333333 1111111111 1 6666666666666666666666666 3333 222222222 111111 1111 666666666666666666666666 11111 2222222222222 2222222222 11111111 111 1 111111 111111 111111 44444444444444444444444 1111 22222222222 1111 333333333 2222222 3333333333333333 1111111 1111111 11111111 1111 111 22222222222 1111 11
lowQualScore : 7 111 222222222 5 3 5 5555555555 22 9999 0 0 2 0 0 55 0 1 3333333333333333333333333 6666 4 1 4 777 777 4 1 111111111 66 7777 8888 4 222222 1 5 0000 000000000000000000000000 66 22222 5 7777777777777 1111111111 88888888 5 5 5 66 555 5 66 5 5 5 5 1 5 66 4 3 3 4 222222 4 4 66 666 111111 000000 00000000000000000000000 5 4 0000 5 5 5 1 66 33 77 99999999999 0 2222 0 5 1 4 1 777777777 0000000 66 8888888888888888 9999 9999 4 4 5 66 8 5 0 5 1 0 5 2 66 3 1 8888888 6 8888888 7777 99 77777777 5 6666 555 77 5 7 77 0 5 5 0 5 77 99999999999 4444 6 4 6 11
lowQualScore : . ... ......... . . . .......... .. .... . . . . . .. . . ......................... .... . . . ... ... . . ......... .. .... .... . ...... . . .... ........................ .. ..... . ............. .......... ........ . . . .. ... . .. . . . . . . .. . . . . ...... . . .. ... ...... ...... ....................... . . .... . . . . .. .. .. ........... . .... . . . . . ......... ....... .. ................ .... .... . . . .. . . . . . . . . .. . . ....... . ....... .... .. ........ . .... ... .. . . .. . . . . . .. ........... .... . . . ..
lowQualScore : 5 777 555555555 0 1 0 4444444444 44 4444 1 2 2 1 8 88 1 9 3333333333333333333333333 2222 4 1 4 888 888 4 1 000000000 11 9999 5555 4 888888 9 0 6666 666666666666666666666666 99 55555 0 5555555555555 9999999999 11111111 0 0 0 00 888 0 99 0 0 0 0 0 0 11 4 3 9 4 333333 4 4 11 777 555555 888888 88888888888888888888888 0 5 6666 0 0 0 4 99 11 99 11111111111 7 1111 1 0 4 4 9 000000000 9999999 11 1111111111111111 4444 4444 4 4 0 99 8 0 4 0 0 1 0 8 11 6 7 6666666 6 3333333 3333 99 77777777 7 7777 777 99 7 1 99 1 7 7 1 0 99 33333333333 2222 7 2 7 00
consensus : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAACGTT--AGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATA------------G-------A-AT-CTAGTACAC---T-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAACG----TAAAT--G--TA----TTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACCTTCATATCAAAAA-NT-T-AA-T--CT-ACTT-AACTATTT-G-CAATCNA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACCC--CG-TCA--G--CC------TCGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---AA----ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GG-TAATC-AACT-A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
Reference ( family-2931 ) : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAACGTT--AGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATA------------G-------A-AT-CTAGTACAC---T-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAACG----TAAAT--G--TA----TTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACCTTCATATCAAAAA-NT-T-AA-T--CT-ACTT-AACTATTT-G-CAATCNA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACCC--CG-TCA--G--CC------TCGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---AA----ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GG-TAATC-AACT-A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|1 : TAATATGTTGGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAAGGTT--AGTACATTACT----GTTGTATAATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATACTTTGTTACTTCGCCATTTTATAT-CTAGTACAC---TCGCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AGCCA-C------ATGG-CCAC----ACAATG----TAAAT--G--TAAATATTAC--CTT-----CT-ATAATG-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATAT-CGCACCTTCATATCAAAAA-CT-T-AA-T--CT-ACAT-TACTATTT-G-CAATCGA-ACCC-ATTATT--C-TTT-ATAAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTA-GCA--A-GCCGAC------GC---A--TGTACCC--CGTTTA--A--CC------TCCTCGC-ATCACCT----T-TT-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGGGCCGG----AATCAGAGTT-AACCGCCCTTTA-ATATTAGCAATTTGAA----ACATGAATT----A-AATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-CTAATGTTCTTTTCACTTTTTA-CATCTTTTT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCTAATTAAAAT-TTGCCAGTTT--GTAAAAATTA-------TTCCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAA-GTC-GG-TAATC--ACT-A--TTTGCCCAA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TTATATTT--TATTACGTATC---------TAAAG----T-CTGATTGAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|10 : C------GC---A--TAAACCC--CG-GCATAA--CC------TCGTCGC-TTCACCT----C-CA-AACTACAA--CTTACA--AA----TC---------------------TCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACGCGCCCTTTA-ATATTAACAAT---AAGTTTACATGAATT----AT-ATT--TGTAAACTTT--------G-------ATATAAATTAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA---TTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATC---AT-TTGCCAGTTT--GTAAAA------------TTCA---------------CTAGACGTC--CTAGAC-ATCGGG-TAATC-AACT-
gi|11 : cAC--CTC-----CT-AAAGCA-------------CAT----------ATT--------GTGC-ATCGAT-ATCT-CGTACCCTCGTATCATAGA-TT-A-AAAT--CC-ACTT-AATTATTT-G-CAATCTT-ACATTATTATT--T-GAT-GTCAATTAGT-A-CA----G-TTCATCAGTT-GCA--A----AAC------G-------TGCACT-----------G--CC------CAGATA--GTCCCCT----T-TG-T-TTAGAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGCAGGTTTT---T--T-ATGGTCATAAGCGGG----ATTTAGAGTT-ACCCGCCTTTTA-ATATTAGAGAT---------ACATGAATT----AATATT--
gi|12 : TTA-ATATTAGCAAT---AA----AGAGGAATT----AT-GTT--TGTAAACTTTTTAAATAAA-------ATAT----TAACAG----C-TTAATGTCCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGATTTTTTTTTCTA-ATTGTATTTCT-ATGAAAAT-TTGCCACTTT--GT-AAAATTA-------TTT-ATATGAG-ACGTTA-CTAAGACGTCATCTAGAC-GTC-AGTTAATC-AACTAA--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GCAT-TTGTATTT--TACTACGTAc
gi|13 : TAATATACTATATT-ATC---CATTATTTCTTACATGCA----CGAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-CT-----G-----------TACT----ATTCTAT-ATATATAATGCATACACTGGGATTAGCATGACAATA------------G-------A-CA-ATAGTACACGCTT-ACA-TGACA---CTTTG-TAAAACGGCC---CTG--T--GTTTGC----AACCA-C------GTG
gi|14 : TTT--GTAAAATTTACGCTTTTTTTCA-ACG-----GTCAGCTTAGACGTC----GGAC---C--A-TGATC-AACTAA--TTTGA--AA--ATT-CTCTCT-AGAATGAGATGGAAC-TTATATTCTGTACTACGTATA----------AAAGAGGTT-TTGATGAAC-ATCAAAATTAAGACAAcatatggccg
gi|15 : TAC---------CAAATAAAGCT-GA-A----------A-TTTTAACGTC--AGTATATTACT----GTTGTATTATGCATATTGCATATTCTACGATCAGCATGACGATA------------G---------AT-CTAGTTCA----T-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--A-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAATG----Tgtatattattg
gi|16 : -------ATAT----TAAAAT----T-TTAATGTTCTTTTCTATTTTTA-CATCTTTCT-CTGG--TTGTTTT-TA-ATAAAATTGCG-CTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAAA
gi|17 : gtTTGACGTTTTAGT-TATTACT----GTT----------TATT----ACTGTA------GCATGACGATA------------G-------A--T-CTAGTA-AG---T-G-G-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTAC----At
gi|19 : aaataaaggAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---GA----AC---------------TT--TATAAG---T--------AC------ATAT----TAACAG----T-TTAAAGTTCTTTTCTATTTTAA-CAcc
gi|20 : -A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCGAAAT--GAC-GAAT-TTATATTT--TACTATGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-A
gi|3 : ATATGTTTGA-CCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAACGTTTGACAT-------------TTAGCGTT--AGTATATTAATTTACGTTGTATGATGCATATTGCATATTCTACGAACAGCATGACGA-A------------G-------A--T-CTAGTAC-----T-GCT-T---A---CT-----------------------------------------C------ATGG-CCAC----ACATTG----TAA-------TA----TTAC--ATT-----CT-ATAATATATCAATAGCATACAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-TGCACCTTCATATCAAAAA-ATAT-AA-C--CT-ACTTTAACTATTTTG-CAATCGA-CCCTTATTATT--C-TTT-ATAAATTAGTGA-TG----AATT-ACCTGTTTGCA--AAGCCAAC------GC---A--TGTACCCGGCA-TAA--C--TC------TCGTCGCAGTCAC-T----T-TG-T-TTACACATCCTTCA--G-----CCGC--GCTTT---T--TTA--GTCATCGGCCGT----AATTAGAGTTTACCC---CCTTG-AT-TTAACAAT---AAGTT-ACATGAATT----AT-ATT--TGTAAACTTTT-------A-------ATAT----TAACAGATGTT-TTAATGTTCTTTTTTCTTTT-A-CATCTTTCT-CTTA--TTTTT--CTA-ATAGTTTTTCT-ATTAAAAT-T-GC--GTTT--GTAAAAATTC-------ATTCATATGAG-ACGTCA-ATTAGACGTCATCTAGAC-GTG-TG-TAATC-AACT-AATTTTG---AAACATT-CTCTCGC-AAAT--GAT-GACTGTCATA-TT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-C-GATTAACAAT--GAATTAAAACAA
gi|4 : tATATATT--ATCCACTAGTCATTATTTCTTACATATAGTACTAAATAAACTT-AACATGCAAGTTACA-TT-----------GTAGA--ACT----GT-ATATAATGCATA---CA----CTGCGATCAGCATGAC-ATA------------G-------T-ACACGCATACA----T-G-A-T---A---CTTTG-TAAACT--TGGCCCTG--T--G-TTGC----AACCAGC------A--A-CCAC----GT---G----CACAT--GGCTAGC--CTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTTCAGATTTTGTGC-ATCAAT-ATAT-CGCACCGTCACATAGAAAA-TT-A-AA-T--CT-ACTT-AATGATAT-G-CAACCTA-AGACTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTTA-TG----T-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACGAATATGCAAAA--TGTACCA--C--TCA--GATCC------ACGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCCTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTTAAAA--A-A--GTCATGAGCCAG----AATTAGAGTT-ATCCGCCCTTTA-ATATTAA-AAT---------ACATG-GCT----AATATT--T----ACTTT--------AAGCGCGTATAT----TAACAT----T-TTAATGTTCTTTCATATTCTTA-CACCTTTCT-CTGG--TTGTTTT-TA-ATACAATTGCG-CTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAgatataatt
gi|5 : at----AACCA-C------ATGGTCCAC----AC------------------------TT----CTT-----ATGATTATA-------------CGT----------TTT--------GTGA--TCAAT-ATCTTCGCAC-TTCATATCAAAAA-AT-T-AA-CAATT-ACT---ACTATTT-G-CA-TCGA-ATCCTAT-ATT--C-TATGAT--ATTAGTGAATG----A-TT----TGTT-GCA--A---CAAT------GC---A--TGT--CC--CG-ATA--A--CCGGTAACTCGTCGC-TTCAC-T----T-TG-T-GTTCAAGTATTCCACAAAAGGCCGGC--GCTTT---T----A--GTCATGCGC--G----AAT-AGAGTT-ACC-GCC-TTTA-AT-TTAACAAT---AGTTT-ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------T-------ATAT----TAAT-G----T-TT-ATGTTCTTTTCTC-TTTTA-CATCTTTCTGCTGA--CTTTTTTCTA-ATAGA--TTTT-ATTAAAATGGTGCCGGTTT--GT-AAAATTA-------TTT-ATATGAGAACGT---CTTAGACGTCATCTAGACTTTC-GG-TAAT--AACT-AATTCTG---A-----T-TTCTCTC-AAAT--G-T-GGAT-TC-TATTT--TACTACGTATA---------T--AG----T-CTGATT-AC-AT--TAAATAACACAAA
gi|6 : TATTATTGTC-TATTATAAAT-AGTGG-TGTTTTA-TT-ATCTGTT-GCATAA-G--AAT------GC------TCTACTC-----TCA--G--AC--------GTGGC-GTTACTTGATGTGTGCT-TTACAGCTGTCACA--ATAAGCCAGT--GCTTT---TGGT-A--GT-ATGAGCCGGTTAGAGTTAGAGTT---CCGCCATTTAGATATTAGCAAT---AC----TTGTGAATTTGATATTATTATTGTAG----T--------A-------ATAA----TAACAG----TATTAAAGTTCTTT-CTCTATTTAACACTCTACT-CTGC--TTTGTTT-TATATAGAATTTCT-ACTA-----TTAGGTGTTTAAATGAGAATGA-------TTTTA-------ACGTCA-GTT----GTTA---AGAC-GT-------GTCGAGAT-A-----G---AA--ATTCCTCTCTCAAAAT--GGT-TAAA-GCATA-CT--TACTA-GTATAACAGATTTTTTAAG----TGTTGCTTGAC-AT--GAATAAGATCAAatgt
gi|7 : TAA-ATGTTTGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGT---ACATGC-AGTGACATTTTTAATGTT--AGTATATTACG----ATTGTATGATGCATATTGGACA--TTACGAC--GAAT--CGATA------------A-------G-AT-CTAGTACATCAGT-GCGTT---A---CTTTGTTCAT----TA---TTG--TTAC-TTGCATGTAAACA-G------A-GG-TGAA----GCGACGAGGTTTACT--G--TG----TTGCAAC-G-----CC-AAACCA-------------CATGGCCACACACTTT--------GTGATATCAATGGTCT-CGCACCTTCATATCAAAAACAT-TAAA-T--CTAACTT-AACTATTT-GCCAATCGAGATCCTATCATT--CTTATAATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ATCTGTT-GCA--A-GCCAAT------GC---ATCTGTACC
gi|8 : ctTAC---------TAAGTAAACTT-AACATGCAAGTTACA-TT--GA-----------ATTATT-----CTGTAT-----ATAATACATACACTGCGATCAGCATGACAATA--------------------------TAGTACACGCAT-ACA-T---AATACTTTG-TAAA----CC---CTG--T--G-TTGC----AACCA-CGTGCACATGA-TCATGGCTACAATG----TAAATTTA--TA----TTAC--CTTGGCTTCT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGC-ATCAAT-ATAT-CGCACCTTCACATAGAAAA-TT-A-AA-T--CT-ACTT-AATTATAT-G-CAATCTA-ACACTATTATT--C-TAT-ATCAAATAGTGA-TG----T-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GA---A--TGTACCA--C--TCC--T--CC------ACGTCGC-GTCTCCT----T-TG-T-TTACAAGGTTTCTA--
gi|9 : taAATATGTTAGGTCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTCTAACGTT--AGTATGTTACC----GTTGTATGATGCATATTGCATATTCTACGATCAGCATGA------------------------------CTAGTACACG--C-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTGCAT--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAAC---------------TA----TTAC--CTT-----CT-ATAATA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACATTCATATCAAGAA-AT-TAAA-T--CT-ACTC-AACTATTT-G-CAAAACA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACCC--
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAGCTTGATTCGTACTTCGATTTTTCGAGGTTGTGGATATGGAGCTCTCTAATTTCCAACTCGTGCGTGTATAATTTTATCCATTAAAAGACATGTCGTTCATTACCATATTCTATAAACTTGAATGAATGCAAGTTGCATGACATGTTGTACTGTTTGCTAATATAAAATGCTCTCAGACAGAGATATAGAGATAAATGGTGTTCACGTAAACAGGCCAAACTATTGTAAACTTAAGCTCCTGTTGACAGTTCATGGTCACTTGGATTAGCGCGCTTCAGTTTAACATTATATCATTTTCAAGGATGATTTTTTAGTGTGCAATCAATATAGACTATTCGCAAGCCGTTCACATTAGAAGCAAATCTAACTTTACGATTAAACTACCGTGTTATGAGTGCAATAAACTCGACATGCATGAATAGAAGTATTCATATATCGTTGATAATTTTATGATGCTTTATCATGTGTGGAACAGAAGAATACTCGCGCGAAATGATAGCACAGATAAACACCGCGCTTTGATCAATAACGCTCATAGCATCCCTGGTTTCTTGAAGGTATACCGCCACTTATTATTATAAAAATGCAAGGGGTTAATTTAGCTTTAAAGACGCGTATAAATTAACATTTAATGTTTATTTATCTTCTTTACATCTTTACTATATGTTATTAAATAAACAGGACGCTGAAACATATATTGCCTTGTT
Unaligned ( gi|18 ): GTTTCAAACTAAGCCTAGTGCTAAAGCTTAAATCTCCAATAATTCGATTTTCCGTGGTTGTGATTCGACCTAAATACGTGTGGC
Alignments
lowQualScore : 111 333333333 1111111111 1 6666666666666666666666666 3333 222222222 111111 1111 666666666666666666666666 11111 2222222222222 2222222222 11111111 111 1 111111 111111 111111 44444444444444444444444 1111 22222222222 1111 333333333 2222222 3333333333333333 1111111 1111111 11111111 1111 111 22222222222 1111 11
lowQualScore : 7 111 222222222 5 3 5 5555555555 22 9999 0 0 2 0 0 55 0 1 3333333333333333333333333 6666 4 1 4 777 777 4 1 111111111 66 7777 8888 4 222222 1 5 0000 000000000000000000000000 66 22222 5 7777777777777 1111111111 88888888 5 5 5 66 555 5 66 5 5 5 5 1 5 66 4 3 3 4 222222 4 4 66 666 111111 000000 00000000000000000000000 5 4 0000 5 5 5 1 66 33 77 99999999999 0 2222 0 5 1 4 1 777777777 0000000 66 8888888888888888 9999 9999 4 4 5 66 8 5 0 5 1 0 5 2 66 3 1 8888888 6 8888888 7777 99 77777777 5 6666 555 77 5 7 77 0 5 5 0 5 77 99999999999 4444 6 4 6 11
lowQualScore : . ... ......... . . . .......... .. .... . . . . . .. . . ......................... .... . . . ... ... . . ......... .. .... .... . ...... . . .... ........................ .. ..... . ............. .......... ........ . . . .. ... . .. . . . . . . .. . . . . ...... . . .. ... ...... ...... ....................... . . .... . . . . .. .. .. ........... . .... . . . . . ......... ....... .. ................ .... .... . . . .. . . . . . . . . .. . . ....... . ....... .... .. ........ . .... ... .. . . .. . . . . . .. ........... .... . . . ..
lowQualScore : 5 777 555555555 0 1 0 4444444444 44 4444 1 2 2 1 8 88 1 9 3333333333333333333333333 2222 4 1 4 888 888 4 1 000000000 11 9999 5555 4 888888 9 0 6666 666666666666666666666666 99 55555 0 5555555555555 9999999999 11111111 0 0 0 00 888 0 99 0 0 0 0 0 0 11 4 3 9 4 333333 4 4 11 777 555555 888888 88888888888888888888888 0 5 6666 0 0 0 4 99 11 99 11111111111 7 1111 1 0 4 4 9 000000000 9999999 11 1111111111111111 4444 4444 4 4 0 99 8 0 4 0 0 1 0 8 11 6 7 6666666 6 3333333 3333 99 77777777 7 7777 777 99 7 1 99 1 7 7 1 0 99 33333333333 2222 7 2 7 00
consensus : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAACGTT--AGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATA------------G-------A-AT-CTAGTACAC---T-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAACG----TAAAT--G--TA----TTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACCTTCATATCAAAAA-NT-T-AA-T--CT-ACTT-AACTATTT-G-CAATCNA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACCC--CG-TCA--G--CC------TCGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---AA----ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GG-TAATC-AACT-A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
Reference ( family-2931 ) : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAACGTT--AGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATA------------G-------A-AT-CTAGTACAC---T-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAACG----TAAAT--G--TA----TTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACCTTCATATCAAAAA-NT-T-AA-T--CT-ACTT-AACTATTT-G-CAATCNA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACCC--CG-TCA--G--CC------TCGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---AA----ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GG-TAATC-AACT-A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|1 : TAATATGTTGGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAAGGTT--AGTACATTACT----GTTGTATAATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATACTTTGTTACTTCGCCATTTTATAT-CTAGTACAC---TCGCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AGCCA-C------ATGG-CCAC----ACAATG----TAAAT--G--TAAATATTAC--CTT-----CT-ATAATG-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATAT-CGCACCTTCATATCAAAAA-CT-T-AA-T--CT-ACAT-TACTATTT-G-CAATCGA-ACCC-ATTATT--C-TTT-ATAAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTA-GCA--A-GCCGAC------GC---A--TGTACCC--CGTTTA--A--CC------TCCTCGC-ATCACCT----T-TT-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGGGCCGG----AATCAGAGTT-AACCGCCCTTTA-ATATTAGCAATTTGAA----ACATGAATT----A-AATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-CTAATGTTCTTTTCACTTTTTA-CATCTTTTT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCTAATTAAAAT-TTGCCAGTTT--GTAAAAATTA-------TTCCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAA-GTC-GG-TAATC--ACT-A--TTTGCCCAA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TTATATTT--TATTACGTATC---------TAAAG----T-CTGATTGAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|10 : C------GC---A--TAAACCC--CG-GCATAA--CC------TCGTCGC-TTCACCT----C-CA-AACTACAA--CTTACA--AA----TC---------------------TCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACGCGCCCTTTA-ATATTAACAAT---AAGTTTACATGAATT----AT-ATT--TGTAAACTTT--------G-------ATATAAATTAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA---TTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATC---AT-TTGCCAGTTT--GTAAAA------------TTCA---------------CTAGACGTC--CTAGAC-ATCGGG-TAATC-AACT-
gi|11 : cAC--CTC-----CT-AAAGCA-------------CAT----------ATT--------GTGC-ATCGAT-ATCT-CGTACCCTCGTATCATAGA-TT-A-AAAT--CC-ACTT-AATTATTT-G-CAATCTT-ACATTATTATT--T-GAT-GTCAATTAGT-A-CA----G-TTCATCAGTT-GCA--A----AAC------G-------TGCACT-----------G--CC------CAGATA--GTCCCCT----T-TG-T-TTAGAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGCAGGTTTT---T--T-ATGGTCATAAGCGGG----ATTTAGAGTT-ACCCGCCTTTTA-ATATTAGAGAT---------ACATGAATT----AATATT--
gi|12 : TTA-ATATTAGCAAT---AA----AGAGGAATT----AT-GTT--TGTAAACTTTTTAAATAAA-------ATAT----TAACAG----C-TTAATGTCCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGATTTTTTTTTCTA-ATTGTATTTCT-ATGAAAAT-TTGCCACTTT--GT-AAAATTA-------TTT-ATATGAG-ACGTTA-CTAAGACGTCATCTAGAC-GTC-AGTTAATC-AACTAA--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GCAT-TTGTATTT--TACTACGTAc
gi|13 : TAATATACTATATT-ATC---CATTATTTCTTACATGCA----CGAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-CT-----G-----------TACT----ATTCTAT-ATATATAATGCATACACTGGGATTAGCATGACAATA------------G-------A-CA-ATAGTACACGCTT-ACA-TGACA---CTTTG-TAAAACGGCC---CTG--T--GTTTGC----AACCA-C------GTG
gi|14 : TTT--GTAAAATTTACGCTTTTTTTCA-ACG-----GTCAGCTTAGACGTC----GGAC---C--A-TGATC-AACTAA--TTTGA--AA--ATT-CTCTCT-AGAATGAGATGGAAC-TTATATTCTGTACTACGTATA----------AAAGAGGTT-TTGATGAAC-ATCAAAATTAAGACAAcatatggccg
gi|15 : TAC---------CAAATAAAGCT-GA-A----------A-TTTTAACGTC--AGTATATTACT----GTTGTATTATGCATATTGCATATTCTACGATCAGCATGACGATA------------G---------AT-CTAGTTCA----T-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--A-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAATG----Tgtatattattg
gi|16 : -------ATAT----TAAAAT----T-TTAATGTTCTTTTCTATTTTTA-CATCTTTCT-CTGG--TTGTTTT-TA-ATAAAATTGCG-CTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAAA
gi|17 : gtTTGACGTTTTAGT-TATTACT----GTT----------TATT----ACTGTA------GCATGACGATA------------G-------A--T-CTAGTA-AG---T-G-G-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTAC----At
gi|19 : aaataaaggAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---GA----AC---------------TT--TATAAG---T--------AC------ATAT----TAACAG----T-TTAAAGTTCTTTTCTATTTTAA-CAcc
gi|20 : -A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCGAAAT--GAC-GAAT-TTATATTT--TACTATGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-A
gi|3 : ATATGTTTGA-CCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAACGTTTGACAT-------------TTAGCGTT--AGTATATTAATTTACGTTGTATGATGCATATTGCATATTCTACGAACAGCATGACGA-A------------G-------A--T-CTAGTAC-----T-GCT-T---A---CT-----------------------------------------C------ATGG-CCAC----ACATTG----TAA-------TA----TTAC--ATT-----CT-ATAATATATCAATAGCATACAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-TGCACCTTCATATCAAAAA-ATAT-AA-C--CT-ACTTTAACTATTTTG-CAATCGA-CCCTTATTATT--C-TTT-ATAAATTAGTGA-TG----AATT-ACCTGTTTGCA--AAGCCAAC------GC---A--TGTACCCGGCA-TAA--C--TC------TCGTCGCAGTCAC-T----T-TG-T-TTACACATCCTTCA--G-----CCGC--GCTTT---T--TTA--GTCATCGGCCGT----AATTAGAGTTTACCC---CCTTG-AT-TTAACAAT---AAGTT-ACATGAATT----AT-ATT--TGTAAACTTTT-------A-------ATAT----TAACAGATGTT-TTAATGTTCTTTTTTCTTTT-A-CATCTTTCT-CTTA--TTTTT--CTA-ATAGTTTTTCT-ATTAAAAT-T-GC--GTTT--GTAAAAATTC-------ATTCATATGAG-ACGTCA-ATTAGACGTCATCTAGAC-GTG-TG-TAATC-AACT-AATTTTG---AAACATT-CTCTCGC-AAAT--GAT-GACTGTCATA-TT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-C-GATTAACAAT--GAATTAAAACAA
gi|4 : tATATATT--ATCCACTAGTCATTATTTCTTACATATAGTACTAAATAAACTT-AACATGCAAGTTACA-TT-----------GTAGA--ACT----GT-ATATAATGCATA---CA----CTGCGATCAGCATGAC-ATA------------G-------T-ACACGCATACA----T-G-A-T---A---CTTTG-TAAACT--TGGCCCTG--T--G-TTGC----AACCAGC------A--A-CCAC----GT---G----CACAT--GGCTAGC--CTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTTCAGATTTTGTGC-ATCAAT-ATAT-CGCACCGTCACATAGAAAA-TT-A-AA-T--CT-ACTT-AATGATAT-G-CAACCTA-AGACTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTTA-TG----T-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACGAATATGCAAAA--TGTACCA--C--TCA--GATCC------ACGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCCTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTTAAAA--A-A--GTCATGAGCCAG----AATTAGAGTT-ATCCGCCCTTTA-ATATTAA-AAT---------ACATG-GCT----AATATT--T----ACTTT--------AAGCGCGTATAT----TAACAT----T-TTAATGTTCTTTCATATTCTTA-CACCTTTCT-CTGG--TTGTTTT-TA-ATACAATTGCG-CTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAgatataatt
gi|5 : at----AACCA-C------ATGGTCCAC----AC------------------------TT----CTT-----ATGATTATA-------------CGT----------TTT--------GTGA--TCAAT-ATCTTCGCAC-TTCATATCAAAAA-AT-T-AA-CAATT-ACT---ACTATTT-G-CA-TCGA-ATCCTAT-ATT--C-TATGAT--ATTAGTGAATG----A-TT----TGTT-GCA--A---CAAT------GC---A--TGT--CC--CG-ATA--A--CCGGTAACTCGTCGC-TTCAC-T----T-TG-T-GTTCAAGTATTCCACAAAAGGCCGGC--GCTTT---T----A--GTCATGCGC--G----AAT-AGAGTT-ACC-GCC-TTTA-AT-TTAACAAT---AGTTT-ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------T-------ATAT----TAAT-G----T-TT-ATGTTCTTTTCTC-TTTTA-CATCTTTCTGCTGA--CTTTTTTCTA-ATAGA--TTTT-ATTAAAATGGTGCCGGTTT--GT-AAAATTA-------TTT-ATATGAGAACGT---CTTAGACGTCATCTAGACTTTC-GG-TAAT--AACT-AATTCTG---A-----T-TTCTCTC-AAAT--G-T-GGAT-TC-TATTT--TACTACGTATA---------T--AG----T-CTGATT-AC-AT--TAAATAACACAAA
gi|6 : TATTATTGTC-TATTATAAAT-AGTGG-TGTTTTA-TT-ATCTGTT-GCATAA-G--AAT------GC------TCTACTC-----TCA--G--AC--------GTGGC-GTTACTTGATGTGTGCT-TTACAGCTGTCACA--ATAAGCCAGT--GCTTT---TGGT-A--GT-ATGAGCCGGTTAGAGTTAGAGTT---CCGCCATTTAGATATTAGCAAT---AC----TTGTGAATTTGATATTATTATTGTAG----T--------A-------ATAA----TAACAG----TATTAAAGTTCTTT-CTCTATTTAACACTCTACT-CTGC--TTTGTTT-TATATAGAATTTCT-ACTA-----TTAGGTGTTTAAATGAGAATGA-------TTTTA-------ACGTCA-GTT----GTTA---AGAC-GT-------GTCGAGAT-A-----G---AA--ATTCCTCTCTCAAAAT--GGT-TAAA-GCATA-CT--TACTA-GTATAACAGATTTTTTAAG----TGTTGCTTGAC-AT--GAATAAGATCAAatgt
gi|7 : TAA-ATGTTTGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGT---ACATGC-AGTGACATTTTTAATGTT--AGTATATTACG----ATTGTATGATGCATATTGGACA--TTACGAC--GAAT--CGATA------------A-------G-AT-CTAGTACATCAGT-GCGTT---A---CTTTGTTCAT----TA---TTG--TTAC-TTGCATGTAAACA-G------A-GG-TGAA----GCGACGAGGTTTACT--G--TG----TTGCAAC-G-----CC-AAACCA-------------CATGGCCACACACTTT--------GTGATATCAATGGTCT-CGCACCTTCATATCAAAAACAT-TAAA-T--CTAACTT-AACTATTT-GCCAATCGAGATCCTATCATT--CTTATAATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ATCTGTT-GCA--A-GCCAAT------GC---ATCTGTACC
gi|8 : ctTAC---------TAAGTAAACTT-AACATGCAAGTTACA-TT--GA-----------ATTATT-----CTGTAT-----ATAATACATACACTGCGATCAGCATGACAATA--------------------------TAGTACACGCAT-ACA-T---AATACTTTG-TAAA----CC---CTG--T--G-TTGC----AACCA-CGTGCACATGA-TCATGGCTACAATG----TAAATTTA--TA----TTAC--CTTGGCTTCT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGC-ATCAAT-ATAT-CGCACCTTCACATAGAAAA-TT-A-AA-T--CT-ACTT-AATTATAT-G-CAATCTA-ACACTATTATT--C-TAT-ATCAAATAGTGA-TG----T-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GA---A--TGTACCA--C--TCC--T--CC------ACGTCGC-GTCTCCT----T-TG-T-TTACAAGGTTTCTA--
gi|9 : taAATATGTTAGGTCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTCTAACGTT--AGTATGTTACC----GTTGTATGATGCATATTGCATATTCTACGATCAGCATGA------------------------------CTAGTACACG--C-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTGCAT--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAAC---------------TA----TTAC--CTT-----CT-ATAATA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACATTCATATCAAGAA-AT-TAAA-T--CT-ACTC-AACTATTT-G-CAAAACA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACCC--
blockSeqs : A AGT ATATAGTAC T A T TTGACGTTTT AT TTAC T A CA A GTACA CGCT . C T GAC ATA T A CTTGGCC CA TAC ATGT G GTGCAC T T GGCT GACGAGGTTTACTGTG AA GGCTT G TATCAATAGCATA GGCCACACAC CAGATTTT T G T CA AT A AA A T T C T G GT T G C A TTTTA C T TA AGC GAATAT AAAA CCGATAACCGGTAACT A C GATG G C A G CA AA AG AAAAAA TTAG T C G A AAGTTT TGATATT AT TTAAATAAA AAAT ATGT A A G TT C T . C G A AA A A CGCTTTT C TATGAGA CAGC AT ATCGGG G AAT A AC C A GA G G T TG ACAGATTTTTT AGGT G A A CA
blockSeqs : T . ATGCA . A . TTAACGTC AT . G T TT G GACA TCAG . C . . . . C ACGGCC . GT . . . T . . AATGTAAATTTATA . . . . . . . . . T TA . . . . . . G . . . T A . AA . . . GC . ATC CCGGCATAACCT . C . . . . A . AA . TTATG . . T . A AAGTT AAT . AAGCGCGT . . . . . . C . . G . A . A T . C TATGAG TAC AT GTCAGT . AAT . . . A . . . T . TA . . A . .
blockSeqs : T . . . A . TTAGCGTT AG . A T CT G AGAT CGCA . C . . . . C TA . A . . . T . . GCACATGGCTAGC . . . . . . . . . A TA . . . . . . T . . . A C . G . . . GC . A CGGCATAACTCT . C . . . . G . AA . TGGTA . . C . A AGTTT AAT . AC . . . . . . C . . G . T . A A . C TATGAG CAA AT TTTCGG . AA . . . G . . . T . TA . . A . .
blockSeqs : A . . . A . TTAATGTT AT . G T TT G GAT CG . C . . . . A TA . G . . . T . . ATTGTAATA . . . . . . . . . T A . . . . . . G . . . . A . T . . . GC . A ACTCAGATCCA . T . . . . G . TA . TTTA . . C . A AA ATT . TA . . . . . . C . . T . T . A A . T ACG CAG A GTGTG . AA . . . A . . . T . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . CTAACGTT AT . G T CA G GAT G . C . . . . C TA . G . . . T . . AACTA . . . . . . . . . A A . . . . . . G . . . . C . A . . . GC . A ACTCCTCCA . C . . . . C . A . TA . . C . A GA AT . G . . . . . . . . . G . G . A A . . . C . CA . A . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . GA T . . A TT A GAT . . C . . . . A CC . G . . . T . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . T . . . . C . A . . . G . A CTCAGAC . . . . . . G . . . . . . A . A AC AT . T . . . . . . . . . T . T . G . . . . . . GT . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . T . . . . . . . . . . C TA . G . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . C . . . . C . T . . . . . A GCCC . . . . . . . . . . . . . AT . A . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GAT********************** G*** AACGATTATA************** CCCATAACCN************* TNATA****** AATT***** AT***** TACGAG* GTCGN*** AAT* ***
originalCons : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAACGTT--AGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATA------------G-------A-AT-CTAGTACAC---T-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAACG----TAAAT--G--TA----TTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACCTTCATATCAAAAA-NT-T-AA-T--CT-ACTT-AACTATTT-G-CAATCNA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACCC--CG-TCA--G--CC------TCGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT---T--T-A--GTCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT---AA----ACATGAATT----ATTATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GG-TAATC-AACT-A--TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
finalCons : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAACGTT--AGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGATAGAT----------------------CTAGTACAG---T-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----ACAACGATTATA--------------TTAC--CTT-----CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACCTTCATATCAAAAA-NT-T-AA-T--CT-ACTT-AACTATTT-G-CAATCNA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACCCCCATAACCN-------------CGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTTTNATA------GTCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAATAATT-----ACATGAATTAT-----ATT--TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATACGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGACGTCGN---TAATC-AACTAAT-TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAGCTTGATTCGTACTTCGATTTTTCGAGGTTGTGGATATGGAGCTCTCTAATTTCCAACTCGTGCGTGTATAATTTTATCCATTAAAAGACATGTCGTTCATTACCATATTCTATAAACTTGAATGAATGCAAGTTGCATGACATGTTGTACTGTTTGCTAATATAAAATGCTCTCAGACAGAGATATAGAGATAAATGGTGTTCACGTAAACAGGCCAAACTATTGTAAACTTAAGCTCCTGTTGACAGTTCATGGTCACTTGGATTAGCGCGCTTCAGTTTAACATTATATCATTTTCAAGGATGATTTTTTAGTGTGCAATCAATATAGACTATTCGCAAGCCGTTCACATTAGAAGCAAATCTAACTTTACGATTAAACTACCGTGTTATGAGTGCAATAAACTCGACATGCATGAATAGAAGTATTCATATATCGTTGATAATTTTATGATGCTTTATCATGTGTGGAACAGAAGAATACTCGCGCGAAATGATAGCACAGATAAACACCGCGCTTTGATCAATAACGCTCATAGCATCCCTGGTTTCTTGAAGGTATACCGCCACTTATTATTATAAAAATGCAAGGGGTTAATTTAGCTTTAAAGACGCGTATAAATTAACATTTAATGTTTATTTATCTTCTTTACATCTTTACTATATGTTATTAAATAAACAGGACGCTGAAACATATATTGCCTTGTT
Unaligned ( gi|18 ): GTTTCAAACTAAGCCTAGTGCTAAAGCTTAAATCTCCAATAATTCGATTTTCCGTGGTTGTGATTCGACCTAAATACGTGTGGC
Alignments
lowQualScore : 111 333333333 1111111111 1 444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222 111111 66666666666666666666666666 222222 2222222222222 2222222222 11111111 111 1 111111 111111 111111 3333333333333333333333 1111 22222 1111 222222222 11 11111 3333333333333333 1111111 2222222 2222222 1 111 22222222222 1111 11
lowQualScore : 7 111 222222222 5 3 5 5555555555 22 9999 0 0 2 0 0 55 0 1 4 777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1 4 777 777 4 1 111111111 66 7777 8888 4 222222 1 5 44444444444444444444444444 666666 5 7777777777777 1111111111 88888888 5 5 5 66 555 5 66 5 5 5 5 1 5 66 4 3 3 4 222222 4 4 66 666 111111 000000 7777777777777777777777 5 4 0000 5 5 5 1 66 33 0 77 88888 0 2222 0 5 1 4 1 0 888888888 00 4 11111 8888888888888888 9999 9999 4 4 5 66 8 5 0 5 1 0 5 2 66 3 1 8888888 6 4444444 7777 99 2222222 0 1 000 77 5 7 77 0 5 5 0 5 77 99999999999 4444 6 4 6 11
lowQualScore : . ... ......... . . . .......... .. .... . . . . . .. . . . ................................................ . . . ... ... . . ......... .. .... .... . ...... . . .......................... ...... . ............. .......... ........ . . . .. ... . .. . . . . . . .. . . . . ...... . . .. ... ...... ...... ...................... . . .... . . . . .. .. . .. ..... . .... . . . . . . ......... .. . ..... ................ .... .... . . . .. . . . . . . . . .. . . ....... . ....... .... .. ....... . . ... .. . . .. . . . . . .. ........... .... . . . ..
lowQualScore : 5 777 555555555 0 1 0 4444444444 44 4444 1 2 2 1 8 88 1 9 4 666666666666666666666666666666666666666666666666 4 1 4 888 888 4 1 000000000 11 9999 5555 4 888888 9 0 11111111111111111111111111 999999 0 5555555555555 9999999999 11111111 0 0 0 00 888 0 99 0 0 0 0 0 0 11 4 3 9 4 333333 4 4 11 777 555555 888888 2222222222222222222222 0 5 6666 0 0 0 4 99 11 7 99 11111 7 1111 1 0 4 4 9 9 000000000 66 4 11111 1111111111111111 4444 4444 4 4 0 99 8 0 4 0 0 1 0 8 11 6 7 6666666 6 6666666 3333 99 6666666 1 3 000 99 7 1 99 1 7 7 1 0 99 33333333333 2222 7 2 7 00
consensus : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAACGTT--AGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGAT-A------------G---------ATC--TA-----GTA---CA---G--T-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----A--CA-ACG---A--T-T-A--TATTACCTT------CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACCTTCATATCAAAAA-NT-T-AA-T--CT-ACTT-AACTATTT-G-CAATCNA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACC-CCG-CA--TAAC-CN------CGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT-TN-TAGTCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAATAA--TT---ACATGAATT--AT-ATT-----TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GGTAATCAACTAATTTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
Reference ( family-2931 ) : TAATATGTTNGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAACGTT--AGTATATTACT----GTTGTATGATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGAT-A------------G---------ATC--TA-----GTA---CA---G--T-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----A--CA-ACG---A--T-T-A--TATTACCTT------CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACCTTCATATCAAAAA-NT-T-AA-T--CT-ACTT-AACTATTT-G-CAATCNA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACC-CC--CA--TAAC-CN------CGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT-TNATAGTCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAATAA--TT---ACATGAATT--AT-ATT-----TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATNAAAAT-TTGCCNGTTT--GTAAAAATTA-------TTTCATACGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAC-GTC-GNTAATCAACTAATTTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TCATATTT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|1 : TAATATGTTGGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTTTAAGGTT--AGTACATTACT----GTTGTATAATGCATATTGCATACTCTACGATCAGCATGACGAT-ACTTTGTTACTTCGCCATTTTATATC--TA-----GTA---CA---C--TCGCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTGC----AGCCA-C------ATGG-CCAC----A--CA-ATGTAAA--TGT-AAATATTACCTT------CT-ATAATG-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATAT-CGCACCTTCATATCAAAAA-CT-T-AA-T--CT-ACAT-TACTATTT-G-CAATCGA-ACCC-ATTATT--C-TTT-ATAAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTA-GCA--A-GCCGAC------GC---A--TGTACC-CCG-TT--TAAC-CT------CCTCGC-ATCACCT----T-TT-T-TTACAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTT-T--TAGTCATGGGCCGG----AATCAGAGTT-AACCGCCCTTTA-ATATTAGCAAT----TTGAAACATGAATT--AA-ATT-----TGTAAACTTT--------A-------ATAT----TAACAG----T-CTAATGTTCTTTTCACTTTTTA-CATCTTTTT-CTGA--TTTTTTTCTA-ATAGAATTTCTAATTAAAAT-TTGCCAGTTT--GTAAAAATTA-------TTCCATATGAG-ACGTCA-CTTAGACGTCATCTAGAA-GTC-GGTAATC-ACTA--TTTGCCCAA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GAAT-TTATATTT--TATTACGTATC---------TAAAG----T-CTGATTGAC-AT--GAATTAAAACAAA
gi|10 : C------GC---A--TAAACC-CCGGCA--TAAC-CT------CGTCGC-TTCACCT----C-CA-AACTACAA--CTTACA--AA----------------TC----TCATGAGCCGG----AATTAGAGTT-ACGCGCCCTTTA-ATATTAACAATAAGTTT---ACATGAATT--AT-ATT-----TGTAAACTTT--------G-------ATATAAATTAACAG----T-TTAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGA---TTTTTTCTA-ATAGAATTTCT-ATC---AT-TTGCCAGTTT--GTAAAA------------TTCA---------------CTAGACGTC--CTAGAC-ATCGGGTAATCAACT
gi|11 : cACCTC------CT-AAAGCA-------------CAT----------ATT--------GTGC-ATCGAT-ATCT-CGTACCCTCGTATCATAGA-TT-A-AAAT--CC-ACTT-AATTATTT-G-CAATCTT-ACATTATTATT--T-GAT-GTCAATTAGT-A-CA----G-TTCATCAGTT-GCA--A----AAC------G-------TGCACTGCC--CAGATA------------------GTCCCCT----T-TG-T-TTAGAAGTCTTCCA--AAAAGCCCGCAGGTTTT-TTATGGTCATAAGCGGG----ATTTAGAGTT-ACCCGCCTTTTA-ATATTAGAGA------T---ACATGAATTA-AT-ATT-----
gi|12 : TTA-ATATTAGCAATAA-------AGAGGAATT--AT-GTT-----TGTAAACTTTTTAAATAAA-------ATAT----TAACAG----C-TTAATGTCCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCT-CTGATTTTTTTTTCTA-ATTGTATTTCT-ATGAAAAT-TTGCCACTTT--GT-AAAATTA-------TTT-ATATGAG-ACGTTA-CTAAGACGTCATCTAGAC-GTCAGTTAATCAACTAA-TTTG---AA--ATT-CTCTCTCAAAAT--GAT-GCAT-TTGTATTT--TACTACGTAc
gi|13 : TAATATACTATATT-ATC---CATTATTTCTTACATGCA----CGAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-CT-----G-----------TACT----ATTCTAT-ATATATAATGCATACACTGGGATTAGCATGACAAT-A------------G---------A-CAATA-----GTA---CAC--GCTT-ACA-TGACA---CTTTG-TAAAACGGCC---CTG--T--GTTTGC----AACCA-C------GTG
gi|14 : TTT--GTAAAATTTACGCTTTTTTTCA-ACG-----GTCAGCTTAGACGTC----GGAC---C--ATGATCAACTAATTTGA---AA--ATT-CTCTCT-AGAATGAGATGGAAC-TTATATTCTGTACTACGTATA----------AAAGAGGTT-TTGATGAAC-ATCAAAATTAAGACAAcatatggccg
gi|15 : TAC---------CAAATAAAGCT-GA-A----------A-TTTTAACGTC--AGTATATTACT----GTTGTATTATGCATATTGCATATTCTACGATCAGCATGACGAT-A------------G---------ATC--TA-----GTT---CA------T-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--A-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----A--CA-ATG---gtatattattg
gi|16 : -------ATAT----TAAAAT----T-TTAATGTTCTTTTCTATTTTTA-CATCTTTCT-CTGG--TTGTTTT-TA-ATAAAATTGCG-CTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAAAt
gi|17 : gtTTGACGTTTTAGT-TATTACT----GTT----------TATT----ACTGTA------GCATGACGAT-A------------G---------ATC--TA-----GTA----A---G--T-G-G-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTG--T--G-TTAC----At
gi|19 : aaataaaggAGAGTT-ACCCGCCCTTTA-ATATTAGCAATGA-------AC-------------TT-----TATAAG---T--------AC------ATAT----TAACAG----T-TTAAAGTTCTTTTCTATTTTAA-CAcc
gi|20 : TTTG---AA--ATT-CTCTCTCGAAAT--GAC-GAAT-TTATATTT--TACTATGTATA---------TAAAG----T-CTGATTAAC-A
gi|3 : aATATGTTTGA-CCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAACGTTTGACAT-------------TTAGCGTT--AGTATATTAATTTACGTTGTATGATGCATATTGCATATTCTACGAACAGCATGACGA--A------------G---------ATC--TA-----GTA---C-------T-GCT-T---A---CT-----------------------------------------C------ATGG-CCAC----A--CA-TTG------T-A-A--TATTACATT------CT-ATAATATATCAATAGCATACAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-TGCACCTTCATATCAAAAA-ATAT-AA-C--CT-ACTTTAACTATTTTG-CAATCGA-CCCTTATTATT--C-TTT-ATAAATTAGTGA-TG----AATT-ACCTGTTTGCA--AAGCCAAC------GC---A--TGTACC-CGG-CA--TAACTCT------CGTCGCAGTCAC-T----T-TG-T-TTACACATCCTTCA--G-----CCGC--GCTTT-TT-TAGTCATCGGCCGT----AATTAGAGTTTACCC---CCTTG-AT-TTAACAATAAG-TT---ACATGAATT--AT-ATT-----TGTAAACTTTT-------A-------ATAT----TAACAGATGTT-TTAATGTTCTTTTTTCTTTT-A-CATCTTTCT-CTTA--TTTTT--CTA-ATAGTTTTTCT-ATTAAAAT-T-GC--GTTT--GTAAAAATTC-------ATTCATATGAG-ACGTCA-ATTAGACGTCATCTAGAC-GTG-TGTAATCAACTAATTTTG---AAACATT-CTCTCGC-AAAT--GAT-GACTGTCATA-TT--TACTACGTATA---------TAAAG----T-C-GATTAACAAT--GAATTAAAACAA
gi|4 : tATATATT--ATCCACTAGTCATTATTTCTTACATATAGTACTAAATAAACTT-AACATGCAAGTTACA-TT-----------GTAGA--ACT----GT-ATATAATGCATA---CA----CTGCGATCAGCATGAC-AT-A------------G--------------TACACGCATA---CA------T-G-A-T---A---CTTTG-TAAACT--TGGCCCTG--T--G-TTGC----AACCAGC------A--A-CCAC----GTGCACATG---G--C-T-A--GCCTACCTT------CT-ATAACA-------------CAT----------TTTCAGATTTTGTGC-ATCAAT-ATAT-CGCACCGTCACATAGAAAA-TT-A-AA-T--CT-ACTT-AATGATAT-G-CAACCTA-AGACTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTTA-TG----T-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAACGAATATGCAAAA--TGTACCACT--CA--GATC-CA------CGTCGC-GTCACCT----T-TG-T-TTACAAGTCCTCCA--AAAAGCCCGC--GCTTTAAAAAAGTCATGAGCCAG----AATTAGAGTT-ATCCGCCCTTTA-ATATTA-----AA--AT---ACATGGCTA--AT-ATT-----T----ACTTT--------AAGCGCGTATAT----TAACAT----T-TTAATGTTCTTTCATATTCTTA-CACCTTTCT-CTGG--TTGTTTT-TA-ATACAATTGCG-CTGAAAAT-TTGCCTGTTT--GTAgatataatt
gi|5 : at----AACCA-C------ATGGTCCAC----A--C--------------------TT--CTT------ATGATTATA-------------CGT----------TTT--------GTGA--TCAAT-ATCTTCGCAC-TTCATATCAAAAA-AT-T-AA-CAATT-ACT---ACTATTT-G-CA-TCGA-ATCCTAT-ATT--C-TATGAT--ATTAGTGAATG----A-TT----TGTT-GCA--A---CAAT------GC---A--TGT--C-CC--GA--TAAC-CGGTAACTCGTCGC-TTCAC-T----T-TG-T-GTTCAAGTATTCCACAAAAGGCCGGC--GCTTT-T---AGTCATGCGC--G----AAT-AGAGTT-ACC-GCC-TTTA-AT-TTAACAATAG--TTT--ACATGAATT--ATTATT-----TGTAAACTTT--------T-------ATAT----TAAT-G----T-TTA-TGTTCTTTTCTC-TTTTA-CATCTTTCTGCTGA--CTTTTTTCTA-ATAGA--TTTT-ATTAAAATGGTGCCGGTTT--GT-AAAATTA-------TTT-ATATGAGAACGT---CTTAGACGTCATCTAGACTTTC-GGTAAT-AACTAATTCTG---A-----T-TTCTCTC-AAAT--G-T-GGAT-TC-TATTT--TACTACGTATA---------T--AG----T-CTGATT-AC-AT--TAAATAACACAAA
gi|6 : TATTATTGTC-TATTATAAAT-AGTGG-TGTTTTA-TT-ATCTGTT-GCATAA-G--AAT------GC------TCTACT-CT--CA--GA-----------CGTGGC-GTTACTTGATGTGTGCT-TTACAGCTGTCACA--ATAAGCCAGT--GCTTT-TGGTAGT-ATGAGCCGGTTAGAGTTAGAGTT---CCGCCATTTAGATATTAGCAATAC--TT---G--TGAATTTGAT-ATTATTATTGTAG----T--------A-------ATAA----TAACAG----TATTAAAGTTCTTT-CTCTATTTAACACTCTACT-CTGC--TTTGTTT-TATATAGAATTTCT-ACTA-----TTAGGTGTTTAAATGAGAATGA-------TTTTA-------ACGTCA-GTT----GTTA---AGAC-GT------GTCGA--GA--TAG---AA--ATTCCTCTCTCAAAAT--GGT-TAAA-GCATA-CT--TACTA-GTATAACAGATTTTTTAAG----TGTTGCTTGAC-AT--GAATAAGATCAAatgt
gi|7 : TAA-ATGTTTGATCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGT---ACATGC-AGTGACATTTTTAATGTT--AGTATATTACG----ATTGTATGATGCATATTGGACA--TTACGAC--GAAT--CGATAA------------G---------ATC--TA-----GTACATCA---G--T-GCGTT---A---CTTTGTTCAT----TA---TTG--TTAC-TTGCATGTAAACA-G------A-GG-TGAA----G--CG-ACG---AGGT-T----TACTGTGTTGCAACGCC-AAACCA-------------CATGGCCACACACTTT--------GTGATATCAATGGTCT-CGCACCTTCATATCAAAAACAT-TAAA-T--CTAACTT-AACTATTT-GCCAATCGAGATCCTATCATT--CTTATAATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ATCTGTT-GCA--A-GCCAAT------GC---ATCTGTACC-
gi|8 : ctTAC---------TAAGTAAACTT-AACATGCAAGTTACA-TT--GA-----------ATTATT-----CTGTAT-----ATAATACATACACTGCGATCAGCATGACAAT-A---------------------------TA-----GTA---CACGCA--T-ACA-T---AATACTTTG-TAAA----CC---CTG--T--G-TTGC----AACCA-CGTGCACATGA-TCATGGCTA--CA-ATGTAAA--T-TTA--TATTACCTTGGCTT-CT-ATAACA-------------CAT----------TTT--------GTGC-ATCAAT-ATAT-CGCACCTTCACATAGAAAA-TT-A-AA-T--CT-ACTT-AATTATAT-G-CAATCTA-ACACTATTATT--C-TAT-ATCAAATAGTGA-TG----T-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GA---A--TGTACCACT--CC--T--C-CA------CGTCGC-GTCTCCT----T-TG-T-TTACAAGGTTTCTA--
gi|9 : taAATATGTTAGGTCCATC---CATTATTTCTTAC---------TAAATAAAGTT-GACATGCAAGTTACA-TTCTAACGTT--AGTATGTTACC----GTTGTATGATGCATATTGCATATTCTACGATCAGCATGA------------------------------C--TA-----GTA---CAC--G--C-GCA-T---A---CTTTG-TCAA----TA---CTGCAT--G-TTGC----AACCA-C------ATGG-CCAC----A--CA-AC--------------TATTACCTT------CT-ATAATA-------------CAT----------TTT--------GTGA-ATCAAT-ATCT-CGCACATTCATATCAAGAA-AT-TAAA-T--CT-ACTC-AACTATTT-G-CAAAACA-ACCCTATTATT--C-TAT-ATCAATTAGTGA-TG----A-TT-ACCTGTT-GCA--A-GCCAAC------GC---A--TGTACC-C
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAGCTTGATTCGTACTTCGATTTTTCGAGGTTGTGGATATGGAGCTCTCTAATTTCCAACTCGTGCGTGTATAATTTTATCCATTAAAAGACATGTCGTTCATTACCATATTCTATAAACTTGAATGAATGCAAGTTGCATGACATGTTGTACTGTTTGCTAATATAAAATGCTCTCAGACAGAGATATAGAGATAAATGGTGTTCACGTAAACAGGCCAAACTATTGTAAACTTAAGCTCCTGTTGACAGTTCATGGTCACTTGGATTAGCGCGCTTCAGTTTAACATTATATCATTTTCAAGGATGATTTTTTAGTGTGCAATCAATATAGACTATTCGCAAGCCGTTCACATTAGAAGCAAATCTAACTTTACGATTAAACTACCGTGTTATGAGTGCAATAAACTCGACATGCATGAATAGAAGTATTCATATATCGTTGATAATTTTATGATGCTTTATCATGTGTGGAACAGAAGAATACTCGCGCGAAATGATAGCACAGATAAACACCGCGCTTTGATCAATAACGCTCATAGCATCCCTGGTTTCTTGAAGGTATACCGCCACTTATTATTATAAAAATGCAAGGGGTTAATTTAGCTTTAAAGACGCGTATAAATTAACATTTAATGTTTATTTATCTTCTTTACATCTTTACTATATGTTATTAAATAAACAGGACGCTGAAACATATATTGCCTTGTT
Unaligned ( gi|18 ): GTTTCAAACTAAGCCTAGTGCTAAAGCTTAAATCTCCAATAATTCGATTTTCCGTGGTTGTGATTCGACCTAAATACGTGTGGC