lowQualScore                  :                           111111                                                                             11                            111                1                              111                                                   111       222222222222222222222222222222222222               1111                                 2222222222222                       1111     111111111      22                    222222         1111111   33333333333333               3333333333333333                                                                                            111             1111        111   111                               
lowQualScore                  :          2 2   2   333    000000   2       777  99999  3  333  22   2  11 2 11 77 22 1  1 11   1 222 333 666 66 333  22  1  11 5555   88   000 55 2   33 333  1      333   55    77    2  33 000  33    2 2  6666 2 9999    44 3 3     3     555 3 222     2 888888888888888888888888888888888888 2  33  77777  9999  9999999    2  666  77777    33 2222222222222   2 6666 2 33 2  66   2222   2 333333333  33  44  7      3 3 3   3  444444  55 0 4 3333333   11111111111111 777   777 4   0000000000000000  4  99 4  55 4   3 3  3    3 3 777   77   44    44  999999 44 888888   44 88888    555  3  888      3 1    1111  555   111   222   999999     55    4          
lowQualScore                  :          . .   .   ...    ......   .       ...  .....  .  ...  ..   .  .. . .. .. .. .  . ..   . ... ... ... .. ...  ..  .  .. ....   ..   ... .. .   .. ...  .      ...   ..    ..    .  .. ...  ..    . .  .... . ....    .. . .     .     ... . ...     . .................................... .  ..  .....  ....  .......    .  ...  .....    .. .............   . .... . .. .  ..   ....   . .........  ..  ..  .      . . .   .  ......  .. . . .......   .............. ...   ... .   ................  .  .. .  .. .   . .  .    . . ...   ..   ..    ..  ...... .. ......   .. .....    ...  .  ...      . .    ....  ...   ...   ...   ......     ..    .          
lowQualScore                  :          5 4   2   999    888888   2       444  11111  5  888  88   4  66 4 66 44 88 2  2 66   2 111 222 222 22 333  99  2  77 0000   88   666 33 2   11 999  1      999   33    77    7  99 000  99    9 9  1111 9 5555    22 1 1     1     888 1 999     9 444444444444444444444444444444444444 9  99  11111  9999  7777777    9  666  11111    99 4444444444444   9 1111 9 99 9  88   9999   9 666666666  99  66  3      6 6 6   6  111111  00 8 0 0000000   11111111111111 000   000 0   5555555555555555  0  55 0  55 0   6 6  6    3 3 888   99   66    66  666666 66 888888   66 33333    888  3  333      3 0    9999  222   222   555   999999     55    0          
consensus                     :      TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---C--TGC-TGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA--G-AA-A--TAT-T---T---C---TA-G---GT--CG-CC--A---TTTT-TAAA---A--T-TTC--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-NAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CGACTT-A-C----A----------------A------------A-AT--TT-----TC---AGT-----A-AAAA-AG-C-AA-----CATC--A-G-------T---ATC-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-A-------C-AT--TAC-TT-AATTGG-A-A-AGA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT-CCCA-G-T-ACACT--AGT--TCTA--GT------C--T--G---GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCGA--TTA-A-TAA-T-TCC--GAAA-T----GCAGA--CCTC-ATTTTTAATA
Reference ( gi|8 )            :      TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---T--TGC-TGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA--G-AA-A--TAT-T---T---C---T--G---GT--CG-CC--A---TTTT-TAAA---A--T-TTT--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CGACTT-A-C----A----------------A------------A-AT--TT-----TC---TGT-----A-AAAA-AG-C-AA-----CATC--A-A-------T---ATC-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-A-------C-AT--TA--TT-AATTGG-A-A-AGA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT-CCCA-G-T-GCACT--AGT--TCTA--GT------C--T--G---GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCGG--TTA-A-TAA-T-TCC--AAAA-T----GCAGA--CCTC-ATTTTTAATA
gi|6                          :      TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---C--TGC-TGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA--G-AA-A--TAT-T---T---C---T--G---GT--CG-CC--A---TTTT--AAA---T--T-TTT--T---AG-TCGTCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CGACTT-A-C----A----------------A------------A-AT--TT-----TC---AGT-----A-AAAA-AG-C-AA-----CATC--A-GTATCTACT---ATC-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-A-------C-AT--TAT-TT-AATGGA-A-A-AGA-AA------TG--CTG-TACAGTAGAAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT---CA-G-TCACACT--AGT--TCTA--GT------C--T--GAGAGGGATC-----TATT---AA-AT---AAGCTT-T-CCCGA--TTA-ATTAA-T-TCC--GAAA-T----GCAGA--CCTC-ATTTTTGA
gi|10                         :      TGCTTC-CAA-GTC---ACAT---C--TGC-TGTCAGG---TC-----AC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA--G-AA-A--TAT-T---T---C---T--G---GT--CG-CC--A----TTT-CAAA---A--T-TTT--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAAGA----T-TTGTA-GATAA--CT-ACGCGACTT--------A----------------A------------A-AT--TT-----TC---AGT-----A-AAAA-AG-C-AA-----CATC--A-G-------T---ATC-T----G-TACA-TT--ATG----TTT-A-------C-AT--TAT-TT-AATTGG-A-A-AGA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCA---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATCAC-AT--CAA-G-T-ACACT--AGT--TCTA--GT------C--T------GGG--C-----TATT---AA-ATATAAAGCTT-T---CGA--TTA-A-TAA-T-TCC--GAAA-T----GCAGA--CCTC-ATTATTAAatcatcgtagtatacgcagttaaattaatccttttc
gi|7                          :      TGCT-C-C---GGC---GCAT---C--TGC-TGTCAGG---TC-----GCCTA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA--A-AA-A--TAT-T---T---C---T--G---GT--CG-CC--A----TTT-TAAA---A--T-TTC--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-AATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----GTT-A-AAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--TGACTT-ACC----A----------------A------------G-AT--TT-----TC---AGT-------AAAA-AG-C-AA-----CATC--A-G-------T---ATC-T----G-T--ATTT--ATG----TTT-A-------T-ATCCT---TT-AATTGG-A-A-AGA-AATG----TG--CTGTT-------AAA----------A---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--CAATC-C-AT-CCCA-G-T-ACACT--AGT--TCTA--TG------C--T--G---GGG--A-----T-TT---AA-AT---CAGC-T-TCCCCGA---TA-T-TAA---TCC--GAAA-T----GCAGA--CCTC-ATTTTTAATA
gi|14                         :      TACT-C-CAA-GTC---ACAT---C--TGC-TGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA--G-AA-A--TAT-T---T---C---T--G---GT--CG-CC--A---TTTT--AAA---A--T-TTT--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CGACTT-A-G----A----------------A------------A-AT--TT-----TC---AGT-----A-AAAA-AG-T-AA-----CATC--A-G-------T---ATC-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-A-------C-AT--tcg
gi|9                          :     gTGCT-C-CAA-GTC---ACAT---C--TGC-TGTCAGG---TC-----AC-TA---AA--TAG-CA--A-C--C-TA--G-AA-A--TAT-T---T---C---T--G---GT--CG-CC--A----TTT-AAAA---A--T-TTT--T---AG-TCGCCA---TTT--ATAA-ACTTT-CT--T---CT--CGCC-A-CA----G-T-G-AAAGA--T-T-TTGTA-GATAA---------AATTT-A-C----A----------------A------------A-TT--TT-----TC---AGT-----A-AAAA-AG-T-AA-----TATC--A-G-------T---ATT-T----G-G--G-TT--ATG----TTT-G-------T-AT--TAC-TT-AATTGA-A-A-AGA-AATG----TG--CTG-T-------AAAACTGGTGGATT---CTAACAA---T-TGC----------------AT-TG--G-GC--C-ATC-C-CT-CCTACA-T-G---T--AGT--AC-A--CT------T--T--G---GGG--C-----TA-------------AAGCTT-TTCCCGA--CTA-A-AAA-A-TCC--GAAA-T----GCCGA--CTTC-ATTT
gi|1                          :    agTGCT-CTCAA-ATTCATACAT---A--TGC-TGACAAGAGATC-----GC-TA---AAAATCG-CG--AAC--C-TAA-G-AA-A--TAC-TATAT---C---T--G---GTA-CG-CT--AAAGTTTA-TAAA---AATT-TTT--T---AG-TCGCCA---TTCC-ACAGGCATTTACT--AAGTTT--CACC-A-AATGTAG-T-A-TAATA--T-C-GCGTATGATAAATCT-AA-TGACTT-A-C----A----------------A------------A-AT--TT-----TC----AT-----A-ATAA-AGAC-CA-----CATC--A-G-------TTG-GTC-TTAGAG-A--A-TTA-ATG----TTT-AT------C-AT--TAC-TT-AATTGG-A-ATAGAGAA------TG--CTG-T-------AAA----------TCC-C---CCG---C-TTG----------------ATCTA--GCGC--C-CTC-C-AT-CCCA-G-T-G--CT--AGTCCTCTA--GT------C--T--G---G----------TATTCACAA-ATCC-ACGCTT-TCCCCGA--TTACC-TAACT-TCC--GTAA------GCAGACCCCTC-ATTGTTTATAgt
gi|4                          :      TGCT-C-CAACGTC---ACAT---C--TGC--GTCAGG---TC-----ACATA---AA--TAG-CA--A-C--CCTA--G-AA-A--TAT-T---C---T---T--A---G---CG-CC--A---TTTA-AAAA---A--TCTTT--T---AG-TCGCCA---TTT--A-AA-CTTTC-TT--A---CT--CGCC-A-CA----G-TGA-AAAGA--TAT-TCGTA-GATA----T-A---AATTT-A-C----A----------------A------------A-TT--TT-----TC---AGT-----ATAAAA-AGTT-AA-----TATCAGA-A-------TGAGGTC-T-----------TT--ATGT---TTT-G-------T-AT--TACCTT-AGGAGA-A-A-AGA-AAG-----TG--C-G-T-------TAA----------TAAAC---TTG---G-TGGAGATATTTAACAATGCAT-TG--G-GC--C-ATC-C----CTCA-C-T-ACA-TGAAGT--TACACGAT------T--T--G---GGG--C-----TA-----AA-A----AAGCTTATTCCCGA--CTA-A-AAA-CATCCGAAAAA-T----GCCGG--ACTT-ATTTGTAAtatcgtaagtaatacgagttagaattcaatcttcagaacatttgcttgttcggaaggtgaccgacctaaaatggggtggtagtttcgaattaaa
gi|19                         :    agTGCT-C-CAA-GTC---ACAT---C--TGC-TGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGC-CG--A-C--C-TA--G-AA-A--TAT-T---T---C---T--G---GT--CG-CC--A---TTTT-T-AA---A--T-TTC--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-atccagaggagttccgaagttatagaaatgttaatcattc
gi|21                         :     gTGCT-T-TAA-GTC---ACATAATT--TGC-TGTCAGG---TCTC---GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA--G-AA-A--TAT-T---T---C---T--G---TT--CG-TC--A---
gi|17                         :     gTGCT-C-CAA-GTC---GCAT---C--TGC-TGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CA--A-C--C-TA--A-AA-AACTAT-T---T---C---ggccccaattaaaaa
gi|23                         :     gTGCT-C-CAA-GTC---ACAT---C--TGC-TGTCcacataacgccgtcgaccatttagaaatataatgctaagttctgcttattacaataattttcta
gi|18                         : actcagGCT-C-CAA-GTC---ACAT---T--TGC-TATCAGA---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA--C-AG-A--TAT-T---T---C---C--G---GT--CG-CC--A----TTT-TAGA---A--T-TTC--T---AG-TAGCCA---TTT--ACAA--ATTT-CT--A---CT--CGCT-A-CA----G-T-
gi|11                         :    agcGCT-C-CAA-GTC---GCAT---T--TGT-TATAAGA---TC-----GC-TATA-AG--TAG-TG--A-C--C-AA--G-AT-A--TAT-T---T---A---G--G---GT--CG-CC--A----TTT-TGAA---A--T-TTC--T---AG-TCACCA---TTTAGAAAA-AATTT-CT--G---CT--TGCA-A-TG----G-T---CAATA--T-T-TGGTA-AATAA---T-A--TGACTT-A-T----GTGGGCTTTTTTCTTTTA------------A-AT--TTGAATATC---TTTCAATAA-AAAA-AG-C-AA-----CATC--C-A-------T---ATT-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-G-------T-AT--CA--
gi|5                          :       cCT-C-CA--GTC---ACAT---C--TGC-TGTCAGG---TC-----GC-TA---AAA-TGGGCG--A-C--C-TA--G-AA-A--TATAT---T---C---T--G---GT--CG-CC--A----TTT-TAGA---A--T-TTT--T---AGATCGCCA---TTT--AATA-CATTT-CCTGA---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAA-A--T-TGTTGTA-GATAA--CT-AACCGACTT-AGA----A----------------A------------A-AT--TT-----TC---AGT-----A-AAAA-AA-A-GAATACGCATC--A-G-------TAA-ATC-T----G-T--A-TT---TG----TTTAA-------CAAT--TAT-TT-AATTGG-A-A---G-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---CATGG----------------AT-TAAGG-GC--C-ATC-CAAT-CCCA-G-T-ACACT--AGT--TCTA--GT------CCGT--G---GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCGAATTTA-A-T-A-T-TCC--GAAA-T----GCAA----CTC-ATT
gi|12                         :        CT-C-CAA-GTC---ACAT---C--TGC-TATCAGA---TC-----GC-TA---AA--TGA-TG--A-C--C-TA--G-AA-A--TAT-T---T---C---T--G---GT--CA-CC--A---TTTA-CAAA---A--T-TTC--T---A------CA-----T--ACAA-------------------TGGC-A-A------------AAGA--T-T-TTGTA-AATAA--GT-------TTT-A-C----A----------------AGTGTTCGTCTTTA-A---TT-----TC---TTT-----C-AAAA-AG-C-GA-----TACC--T-G-------T---ACA-A----G-T--A-TT--ATG----TTT-G-------T-AT--TAT-TT-AGCTGA-A-T-AGA-AA------TG--aaaattacgtaagtataacagagttaagaatcttaatcttcaa
gi|2                          :         T-C-CGA-G-C---AC-T---TAGTGCCTGTCAGAGC-TC-----GC-TACAAGA--TGGTCG--A-CTCC-TA--A-AA-A--TAC-T---TGTGC---T--GA--GT--CG-CCCAA---TTTTGTGAAGAAA--T-TTC--TCATAGCTCGCCAAAATTT---CAA-AATTT-CT--AACCCTGTCGCG-ACAA----G-T-A-AAAGA--T-A-TAGTA-AGTAA--CT-A--CAATTT-A-CATAGA----------------A------------G-AA--TT-----TCACAAGT-----A-AAAATGG-CAAA-----CATC--A-G-------TA--ATCAT----GAT--A-TTGGACGAGGATTT-AAAATATTC-AT--CA--TTAAATTGGCACA-AGA-AAATCATGTG--C-G-T-------AAA--------------C---CCGTCTC-TGGC---------------AT-TA--G-GTCAC-ATC-C-ATACCCA-G-T-TAACTA-AAT--TCTA--GTGAGTAGC--TACG---GAG--CGCTGTTATA---AA-ATC--AAGCTC-TCCCt
gi|3                          :     agatgta-CAA-GTC---ACAT---C--TGC-TGTCAGG---TCAGGTCGC-TA---AA--TGG-CGGGA-C--C-TA--G-AA-A--TAT-T---T---C---T--GTAAGT--CG-CC--A---TTTT-TAAA---AA-T-TTT--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCCAA-AA----G-T-ATTAAGATTT-T-TTGTA-GATAA--CTCA--CGACTTAA-C----A----------------A------------ATATTGTT-----TC---AGT-------AAAA-AG-CAAA-----CATC--GTA-------T----TC-T----G-T--A-TT--ATGAC--TTT-A-------C-AT--TA--TT-TATTGG-A-A-GAA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TAG-G-GC--C-ATC-C-AT-CCCA-GAT-ACACT--G----TCTA--GT------C--T------GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTG-TCCCCGA--TTA-A-TAA-T-TCC--GAAATT----GCAGA--CCTCAATTTTTAacaaatatttaaatcgcgcaaaattgtcggagatccggttcattacttataataatccttaagtataaaaaacgcaagtagaattaagtctct
gi|15                         :              AA-GTC---ACAT---A--TGC-TGTCTGA---TT-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA--GAAA-A--AAA-T---T---C---T--A---GC--CG-CC--A---TTTT----G---A--T-TTTTGT---AG-TTGGCA---TTC--ACAA-AATTT-TT--A---AT--TGCC-A-CC----T-T-C-AAAGA--T-T-TTGTG-GATAA--CT-A--CG-----------------------------A------------A-AT--TT-----TC---ATT-----A-AAAA-AG-C-AA-----TATC--A-T-------T---ACC-T----G-T--A-TT--ATA----TTT-A-------A-AT--Ttacgtaagtatacgagttagacttaatcttcagtacaattgctttcgttaaggggccgactaaaaggggtggtacttttcgaatttaacccccccccccctcc
gi|10                         :                                                      at-TA---AA--TGG-CG--A-C----TA--A-AA-A--T-T-T---T---GAAAT--G---GC--GA-CC--A---G-----AAAT--A--T-TTC--T---AGGTCGCCA---TTT--A
gi|7                          :                         tgcttccaagtcacatctgctgtcaggtcac-TA---AA--TGG-CG--A-C----TA--G-AA-A--T-T-T---T---AAAAT--G---GC--GA-CC--A---G-----AAAT--A--T-TTT--T---AGGTCGCCA---TTT--Acaacatttctactcgccaaagtataagatttgtagataactacgcgacttaaaattttcagtaaaaaagcaacatcagtatctgtacattatgtttacattatttaattggaaagaaatgctgtaaatcccactggattaggccatcacatcaagtacactagttctagtctgggctattaaatataaagctttcgattaataattccgaaatgcagacctcattattaa
gi|14                         :                           tgctccggcgcatctgctgtcaggtcgcc-TA---AA--TGG-CG--A-C----TA--A-AA-A--T-T-T---T---AAAAT--G---GC--GA-CC--A---G-----AAAT--A--T-TTC--T---AGGTCGCCA---TTT--Acaaaatttctactcgccaaagttaaaagattttgtagataactatgacttaccaagattttcagtaaaaagcaacatcagtatctgtatttatgtttatatcctttaattggaaagaaatgtgctgttaaaacccgctggattaggccaatccatcccagtacactagttctatgctggggatttaaatcagcttccccgatattaatccgaaatgcagacctcatttttaatatcg
gi|9                          :                         gtactccaagtcacatctgctgtcaggtcgc-TA---AA--TGG-CG--A-C--C--A--G-AA-A--TAT-T---T---C---TA-G---GT--TG-CT--A---TTTcaacatttctactcgccaaagtataagattttgtagataactacgacttagaaaattttcagtaaaaaagtaacatcagtatctgtattatgtttacat
gi|4                          :                       agtgctccaagtcacatctgctgtcaggtcact-TA---AA--TGG-CG-------C-TA--A-GA-A--TAT-T---T---C---TAGG---GT--TG-CT--A---TTTaaaatttttagtcgccatttataaactttcttctcgccacagtgaaagattttgtagataaaatttacaaatttttcagtaaaaaagtaatatcagtatttgggttatgtttgtattacttaattgaaaagaaatgtgctgtaaaactggtggattctaacaattgcattgggccatccctcctacatgtagtacactttggggctaaagcttttcccgactaaaaaatccgaaatgccgacttcatttgt
gi|12                         :                      agtgctccaacgtcacatctgcgtcaggtcacat-TA---AA--TGG-TG--A-C--C--A--G-AA-A--TAT-T---T---C---TA-G---GT--CA-TC--A---TTTaaaaatcttttagtcgccatttaaactttcttactcgccacagtgaaaagatattcgtagatataaatttacaaatttttcagtataaaaagttaatatcagaatgaggtctttatgttttgtattaccttaggagaaaagaaagtgcgttaataaacttggtggagatatttaacaatgcattgggccatccctcactacatgaagttacacgatttggggctaaaaaagcttattcccgactaaaaacatccgaaaaatgccggacttatttgtaaatccagaggagttccgaagttatagaaatgttaatcattc
gi|6                          :                             ctccaagtcacatctgctatcagatcgctA---AA--TGG-CG--A-C--C--A--G-AA-A--TAT-T---T---C---TA-G---GT--CG-CC--A---TTTcaaaatttctacatacaatggcaaaagattttgtaaataagttttacaagtgttcgtctttaatttctttcaaaaagcgatacctgtacaagtattatgtttgtattatttagctgaatagaaatgt
gi|10                         :                           tgctccaagtcacatctgctgtcaggtcgctA---AA--TGG-CG--A-C--C--A--G-AA-A--TAT-T---T---C---TA-G---GT--CG-CC--A---TTTtaaattttttagtcgtcatttacaacatttctactcgccaaagtataagattttgtagataactacgacttacaaaattttcagtaaaaaagcaacatcagtatctactatctgtattatgtttacattatttaatggaaaagaaatgctgtacagtagaaatcccgctggattaggccatccatcagtcacactagttctagtctgagagggatctattaaataagctttcccgattaattaattccgaaatgcagacctcatttttgaatcatcgtagtatacgcagttaaattaatccttttc
gi|7                          :                          tgcttccaagtcacatctgctgtcaggtcactA---AA--TGG-CG--A-C--C--A--G-AA-A--TAT-T---T---T---TA-G---GT--CG-CC--A---TTTcaaaatttttagtcgccatttacaacatttctactcgccaaagtataagatttgtagataactacgcgacttaaaattttcagtaaaaaagcaacatcagtatctgtacattatgtttacattatttaattggaaagaaatgctgtaaatcccactggattaggccatcacatcaagtacactagttctagtctgggctattaaatataaagctttcgattaataattccgaaatgcagacctcattattaa
gi|3                          :                            tgctccggcgcatctgctgtcaggtcgcctA---AA--TGG-CG--A-C--T-TACAG-AA-A--TAT-T---T---C---TA-G---GTCCCG-CC--A---TTTtaaaatttctagtcgccatttacaaaatttctactcgccaaagttaaaagattttgtagataactatgacttaccaagattttcagtaaaaagcaacatcagtatctgtatttatgtttatatcctttaattggaaagaaatgtgctgttaaaacccgctggattaggccaatccatcccagtacactagttctatgctggggatttaaatcagcttccccgatattaatccgaaatgcagacctcatttttaatatcg
gi|5                          :                           caagtcacatctgctgtcaggtcaggtcgctA---AA--TGG-CG--A-C--C--A--G-AATA--TAT-T---T---C---TA-G---GT--CGCCC--A---TTTT-ttaaaaatttttagtcgccatttacaacatttctactcgccaaaagtattaagattttttgtagataactcacgacttaacaaatattgtttcagtaaaaagcaaacatcgtattctgtattatgactttacattatttattggaagaaaatgctgtaaatcccgctggattagggccatccatcccagatacactgtctagtctgggctattaaataagctgtccccgattaataattccgaaattgcagacctcaatttttatacgtaagtatacgagttagacttaatcttcagtacaattgctttcgttaaggggccgactaaaaggggtggtacttttcgaatttaacccccccccccctcc
gi|14                         :                              ctccagtcacatctgctgtcaggtcgctA---AA--TGG-CG--A-C--C--A--G-AA-A--TAT-T---T---C---TA-G---GT--CG-CC--A---TTTtagaatttttagatcgccatttaatacatttcctgactcgccaaagtataaattgttgtagataactaaccgacttagaaaaattttcagtaaaaaaaagaatacgcatcagtaaatctgtatttgtttaacaattatttaattggaagaatgctgtaaatcccgcatggattaagggccatccaatcccagtacactagttctagtccgtggggctattaaataagctttccccgaatttaatattccgaaatgcaactcattaaaattacgtaagtataacagagttaagaatcttaatcttcaa
gi|19                         :                          gtactccaagtcacatctgctgtcaggtcgctA---AA--TGG-CG--A-C--C--A--G-AA-A--TAT-T---T---C---TA-G---GT--CG-GC--A---TTTtaaaatttttagtcgccatttacaacatttctactcgccaaagtataagattttgtagataactacgacttagaaaattttcagtaaaaaagtaacatcagtatctgtattatgtttacat
gi|15                         :                          gtgctccaagtcacatctgctgtcaggtcgctA---AA--TGG-CG--G-C----TA--G-AA-T--TTT-T---TT--C---TA-G---GT--CG-CC--A---TTTttaaatttctagtcgccatttacaacattt
gi|18                         :                               ataagtcacatatgctgtctgattgctA---AA--TGG-CG--A-C--C--G--G-AA-A--TAT-C---T---G---TA-G---GT--CG-CC--A---TTTtgatttttgtagttggcattcacaaaatttttaattgccaccttcaaagattttgtggataactacgaaattttcattaaaaaagcaatatcattacctgtattatatttaaatt
gi|11                         :                         agcgctccaagtcacatttgctatcagatcgctA---AA--TGG-CG--ACC--C-TA--A-AT-A--TAT-C---T-------T--G---GT--CA-CT--A---CTTA-TAtagaatttctagtagccatttacaaatttctactcgctacagt
gi|21                         :                                  cgctccaagtcgcatttgttataagatcgc--TGA-CG--A-A--C--A--G-AA-A--TAT-T---T---C---TA-G---GT--CG-CC--A---TTTtgaaatttctagtcaccatttagaaaaaatttctgcttgcaatggtcaatatttggtaaataatatgacttatgtgggcttttttcttttaaatttgaatatctttcaataaaaaaagcaacatccatatttgtattatgtttgtatca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                      gtgctttaagtcacataatttgctgtcaggtctcgctT-A-C----A----------------A------------A-AT--TT-----TC---AGT-----A-AAAA-AG-C-AA-----CATC--A-G-------T---ATC-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-A-------T-AT--CA--TTTAATTGG-A-A-AGA-AA------TGTGCTG-T-------AAA----------A---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT-CCCA-G-T-ACACT--AGT--TCTA--TG------C--T--G---GGG--C-----TTTT---AA-AT---CAGCTT-TCCCCGA--CTA-T-TAA-A-TCCG-AAAA-CTTAAGCAGA--CCTC-ACTTTTAATggccccaattaaaaa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               C-C-AT-CCCA-G-T-ACACT--AGT--TCTA--GT------C--T--G---GGA--C-----TATT---AATATTA-AAGCTT-TCCCCGA--TTA-A-TAA-T-TC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CCA-G-T-ACACT--AGT--TCTA--GG------C--T--G---GTG--C-----TTTT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCAA--CTA-A-TAA-A-TCC--GAAA-T----GCAGA--CCTC-ATTTTTAATA

Unaligned ( gi|20 ): CGAAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACCCCTCCCCCCTC

lowQualScore                  :                                                                                                                                      222                   11                                                                                                                     3333333333333333333333333333333333333333333333333                                    1111111111111111                     1111     111111111                         222222         1111111   22222222222222               2222222222222222                                                                                            111                                     111111                      
lowQualScore                  :                                    2 2   2   333    333           666  88888  4  666  55   6  22 2 55 888888  2    22  22 4 333 333  666   55    22 333    77   444 55 2    777  5      444   55    66    2  33 999  33    2 33 5555 2 2 33    33 2 2 0   2     444 2 777 33    2 0000000000000000000000000000000000000000000000000    444   444    2  555  66666      2222222222222222  2 5555 2  66  66   2222   2 222222222    77        3 3 3   3  222222  44   3 1111111   77777777777777 666   666 3   7777777777777777  3  88 3  55 3   3 3  3     3 3    3 77   44    44  888888 44 777777   44 77777    555  3  666      3 0     444  444   999    55   000000     55    3          
lowQualScore                  :                                    . .   .   ...    ...           ...  .....  .  ...  ..   .  .. . .. ......  .    ..  .. . ... ...  ...   ..    .. ...    ..   ... .. .    ...  .      ...   ..    ..    .  .. ...  ..    . .. .... . . ..    .. . . .   .     ... . ... ..    . .................................................    ...   ...    .  ...  .....      ................  . .... .  ..  ..   ....   . .........    ..        . . .   .  ......  ..   . .......   .............. ...   ... .   ................  .  .. .  .. .   . .  .     . .    . ..   ..    ..  ...... .. ......   .. .....    ...  .  ...      . .     ...  ...   ...    ..   ......     ..    .          
lowQualScore                  :                                    5 4   2   999    999           999  66666  2  666  00   3  99 1 88 222222  1    99  99 2 777 777  444   00    99 777    55   444 99 5    888  0      444   99    66    5  77 333  77    7 44 7777 7 7 99    99 9 9 2   9     666 9 444 99    7 0000000000000000000000000000000000000000000000000    777   555    7  555  77777      7777777777777777  7 7777 7  33  33   0000   7 111111111    99        3 3 3   3  111111  66   6 8888888   55555555555555 444   444 6   7777777777777777  6  66 6  00 6   3 3  3     1 1    1 33   22    22  888888 22 333333   22 77777    444  1  999      1 2     777  000   555    00   555555     00    6          
consensus                     :                                TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C------TA-GAAA--TA--T-T---T---CT---GGT--CGCC--A---TTTT-TAAA---A--T-TTTT---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-NAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CG--ACTT-A-C----A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-C-AA-----CATCAG-------T--A-----TC-T----G-TA--TT--ATG----TTT-A-------C-ATTA-TTTAATTGG-A-A-AGA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT-CCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--GT------C--T--G---GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCGA--TTA-A-TAA-T-TCCG--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTTTTAATA
Reference ( family-2920 )     :                                TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C------TA-GAAA--TA--T-T---T---CT--AGGT--CGCC--A---TTTT-TAAA---A--T-TTCT---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-NAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CG--ACTT-A-C----A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-C-AA-----CATCAG-------T--A-----TC-T----G-TA--TT--ATG----TTT-A-------C-ATTA-CTTAATTGG-A-A-AGA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT-CCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--GT------C--T--G---GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCGA--TTA-A-TAA-T-TCCG--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTTTTAATA
gi|1                          :                                TGCT-CTCAA-ATTCATACAT---ATGCTGACAAGAGATC-----GC-TA---AAAATCG-CG--AAC--C------TAAGAAA--TA--C-TATAT---CT---GGTA-CGCT--AAAGTTTA-TAAA---AATT-TTTT---AG-TCGCCA---TTCC-ACAGGCATTTACT--AAGTTT--CACC-A-AATGTAG-T-A-TAATA--T-C-GCGTATGATAAATCT-AA-TG--ACTT-A-C----A----------------A------------A-AT---------TTTC---A-T-A-ATAA-AGAC-CA-----CATCAG-------TTGG-----TC-TTAGAG-AA--TTA-ATG----TTT-AT------C-ATTA-CTTAATTGG-A-ATAGAGAA------TG--CTG-T-------AAA----------TCC-C---CCG---C-TTG----------------ATCTA--GCGC--C-CTC-C-AT-CCCAG-T---GC-T--AGTCCTCTA--GT------C--T--G---G----------TATTCACAA-ATCC-ACGCTT-TCCCCGA--TTACC-TAACT-TCCG--TAA------GCAGACCCCTC-ATTGTTTATA
gi|10                         :                                TGCTTC-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----AC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C------TA-GAAA--TA--T-T---T---CT---GGT--CGCC--A---TTTC--AAA---A--T-TTTT---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAAGA--T-T-T-GTA-GATAA--CT-A--CGCGACTT-A-----------------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-C-AA-----CATCAG-------T--A-----TC-T----G-TACATT--ATG----TTT-A-------C-ATTA-TTTAATTGG-A-A-AGA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCA---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATCAC-AT--CAAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--GT------C--T------GGG--C-----TATT---AA-ATATAAAGCTT-T---CGA--TTA-A-TAA-T-TCCG--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTATTAAtatcgtaagtaatacgagttagaattcaatcttcagaacatttgcttgttcggaaggtgaccgacctaaaatggggtggtagtttcgaattaaa
gi|11                         :                                 GCT-C-CAA-GTC---GCAT---TTGTTATAAGA---TC-----GC-TATA-AG--TAG-TG--A-C--C------AA-GATA--TA--T-T---T---A---GGGT--CGCC--A---TTTT--GAA---A--T-TTCT---AG-TCACCA---TTTAGAAAA-AATTT-CT--G---CT--TGCA-A-TG----G-T---CAATA--T-T-TGGTA-AATAA---T-A--TG--ACTT-A-T----GTGGGCTTTTTTCTTTTA------------A-ATTTGAATATCTTTC---AATAA-AAAA-AG-C-AA-----CATCCA-------T--A-----TT-T----G-TA--TT--ATG----TTT-G-------T-ATCA-
gi|12                         :                                 cCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTATCAGA---TC-----GC-TA---AA--TGA-TG--A-C--C------TA-GAAA--TA--T-T---T---CT---GGT--CACC--A---TTTA-CAAA---A--T-TTCT---A------CA-----T--ACAA----------------T--GGC--------------A-AAAGA--T-T-TTGTA-AATAA--GT---------TTT-A-C----A----------------AGTGTTCGTCTTTA-A----------TTTC---TTT-C-AAAA-AG-C-GA-----TACCTG-------T--A-----CA-A----G-TA--TT--ATG----TTT-G-------T-ATTA-TTTAGCTGA-A-T-AGA-AA------TG--
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                T-A-C----A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-C-AA-----CATCAG-------T--A-----TC-T----G-TA--TT--ATG----TTT-A-------T-ATCA-TTTAATTGG-A-A-AGA-AA------TGTGCTG-T-------AAA----------A---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT-CCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--TG------C--T--G---GGG--C-----TTTT---AA-AT---CAGCTT-TCCCCGA--CTA-T-TAA-A-TCCG--AAAACTTAAGCAGA--CCTC-ACTTTTAATt
gi|14                         :                                TACT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C------TA-GAAA--TA--T-T---T---CT---GGT--CGCC--A---TTTT--AAA---A--T-TTTT---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CG--ACTT-A-G----A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-T-AA-----CATCAG-------T--A-----TC-T----G-TA--TT--ATG----TTT-A-------C-AT
gi|15                         :                                       gAA-GTC---ACAT---ATGCTGTCTGA---TT-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C------TA-GAAA--AA--AAT---T---CT--AG-C--CGCC--A---TTTT----G---A--T-TTTTGT-AG-TTGGCA---TTC--ACAA-AATTT-TT--A---AT--TGCC-A-CC----T-T-C-AAAGA--T-T-TTGTG-GATAA--CT-A--CG--A-----------------------------------------A-AT---------TTTC---ATT-A-AAAA-AG-C-AA-----TATCAT-------T--A-----CC-T----G-TA--TT--ATA----TTT-A-------A-ATT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--GG------C--T--G---GTG--C-----TTTT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCAA--CTA-A-TAA-A-TCCG--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTTTTAATA
gi|17                         :                                TGCT-C-CAA-GTC---GCAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CA--A-C--C------TA-AAAAACTA--T-T---T---CC--ACATAACGCC--G---Ttcgttaaagtgtacgagttagaattaatcttcagtacattggcctttgtcaataagggacaactaaatgagtt
gi|17                         :                                                                             gC-TA---AA--TGGTCG--A-CGGCGTTATGTG-GAAA--TAGTT-T---T---TT--AGGT--TGCC--A---TTTcgaccatttagaaatataatgctaagttctgcttattacaataattttcta
gi|18                         : gtgctccaagtcgcatctgctgtcaggtcgctGCT-C-CAA-GTC---ACAT---TTGCTATCAGA---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C------TA-CAGA--TA--T-T---T---CC---GGT--CGCC--A----TTT-TAGA---A--T-TTCT---AG-TAGCCA---TTT--ACAA--ATTT-CT--A---CT--CGCT-A-CA----G-T-aaatataatgctaagttctgcttattacaataattttcta
gi|19                         :                             agcTGCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGC-CG--A-C--C------TA-GAAA--TA--T-T---T---CT---GGT--CGCC--A---TTTT-T-AA---A--T-TTCT---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-
gi|2                          :                                                          gCTGTCAGAGC-TC-----GC-TACAAGA--TGGTCG--A-CTCC------TA-AAAA--TA--C-T---TGTGCT--GAGT--CGCCCAA---TTTTGTGAAGAAA--T-TTCTCATAGCTCGCCAAAATTT---CAA-AATTT-CT--AACCCTGTCGCG-ACAA----G-T-A-AAAGA--T-A-TAGTA-AGTAA--CT-A--CA--ATTT-A-CATAGA----------------A------------G-AA---------TTTCACAAGT-A-AAAATGG-CAAA-----CATCAG-------TA-A-----TCAT----GATA--TTGGACGAGGATTT-AAAATATTC-ATCA-TTAAATTGGCACA-AGA-AAATCATGTG--C-G-T-------AAA--------------C---CCGTCTC-TGGC---------------AT-TA--G-GTCAC-ATC-C-ATACCCAG-T-TAAC-TA-AAT--TCTA--GTGAGTAGC--TACG---GAG--CGCTGTTATA---AA-ATC--AAGCTC-TCCC
gi|21                         :         agatgtatccgagcacttagtgcTGCT-T-TAA-GTC---ACATAATTTGCTGTCAGG---TCTC---GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C------TA-GAAA--TA--T-T---T---CT---GTT--CGTC--A---acaaatatttaaatcgcgcaaaattgtcggagatccggttcattacttataataatccttaagtataaaaaacgcaagtagaattaagtctct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gC-C-AT-CCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--GT------C--T--G---GGA--C-----TATT---AATATTA-AAGCTT-TCCCCGA--TTA-A-TAA-T-TCggccccaattaaaaa
gi|23                         :                                TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTC
gi|3                          :                                actcag-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TCAGGTCGC-TA---AA--TGG-CGGGA-C--C------TA-GAAA--TA--T-T---T---CTGTAAGT--CGCC--A---TTTT-TAAA---AA-T-TTTT---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCCAA-AA----G-T-ATTAAGATTT-T-TTGTA-GATAA--CTCA--CG--ACTTAA-C----A----------------A------------ATATTG-------TTTC---AGT---AAAA-AG-CAAA-----CATC-G-------T--AT----TC-T----G-TA--TT--ATGAC--TTT-A-------C-ATTA-TTT-ATTGG-A-A-GAA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TAG-G-GC--C-ATC-C-AT-CCCAGAT-ACAC-T--G----TCTA--GT------C--T------GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTG-TCCCCGA--TTA-A-TAA-T-TCCG--AAAT-T---GCAGA--CCTCAATTTTTA
gi|4                          :                                TGCT-C-CAACGTC---ACAT---CTGC-GTCAGG---TC-----ACATA---AA--TAG-CA--A-C--CC-----TA-GAAA--TA--T-T---C---TT--AG----CGCC--A---TTTA-AAAA---A--TCTTTT---AG-TCGCCA---TTT--A-AA-CTTTC-TT--A---CT--CGCC-A-CA----G-TGA-AAAGA--TAT-TCGTA-GATA----T-A---A--ATTT-A-C----A----------------A------------A-TT---------TTTC---AGT-ATAAAA-AGTT-AA-----TATCAG-------A--ATGAGGTC-T----------TT--ATGT---TTT-G-------T-ATTACCTTAGGAGA-A-A-AGA-AAG-----TG--C-G-T-------TAA----------TAAAC---TTG---G-TGGAGATATTTAACAATGCAT-TG--G-GC--C-ATC-C----CTCAC-T-ACA--TGAAGT--TACACGAT------T--T--G---GGG--C-----TA-----AA-A----AAGCTTATTCCCGA--CTA-A-AAA-CATCCGAAAAA--T---GCCGG--ACTT-ATTTGTAAtacgtaagtatacgagttagacttaatcttcagtacaattgctttcgttaaggggccgactaaaaggggtggtacttttcgaatttaacccccccccccctcc
gi|5                          :                                agCT-C-CA--GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AAA-TGGGCG--A-C--C------TA-GAAA--TA--TAT---T---CT---GGT--CGCC--A----TTT-TAGA---A--T-TTTT---AGATCGCCA---TTT--AATA-CATTT-CCTGA---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAA-A--T-TGTTGTA-GATAA--CT-AACCG--ACTT-AGA----A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AA-A-GAATACGCATCAG-------TAAA-----TC-T----G-TA--TT---TG----TTTAA-------CAATTA-TTTAATTGG-A-A---G-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---CATGG----------------AT-TAAGG-GC--C-ATC-CAAT-CCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--GT------CCGT--G---GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCGAATTTA-A-T-A-T-TCCG--AAA--T---GCAA----CTC-ATTatccagaggagttccgaagttatagaaatgttaatcattc
gi|6                          :                                TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C------TA-GAAA--TA--T-T---T---CT---GGT--CGCC--A---TTTT--AAA---T--T-TTTT---AG-TCGTCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CG--ACTT-A-C----A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-C-AA-----CATCAGTATCTACT--A-----TC-T----G-TA--TT--ATG----TTT-A-------C-ATTA-TTTAATGGA-A-A-AGA-AA------TG--CTG-TACAGTAGAAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT---CAG-TCACAC-T--AGT--TCTA--GT------C--T--GAGAGGGATC-----TATT---AA-AT---AAGCTT-T-CCCGA--TTA-ATTAA-T-TCCG--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTTTTGAaaaattacgtaagtataacagagttaagaatcttaatcttcaa
gi|7                          :                                TGCT-C-C---GGC---GCAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GCCTA---AA--TGG-CG--A-C--C------TA-AAAA--TA--T-T---T---CT---GGT--CGCC--A---TTTT--AAA---A--T-TTCT---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-AATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----GTT-A-AAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--TG--ACTT-ACC----A----------------A------------G-AT---------TTTC---AGT---AAAA-AG-C-AA-----CATCAG-------T--A-----TC-T----G-TAT-TT--ATG----TTT-A-------T-ATCC-TTTAATTGG-A-A-AGA-AATG----TG--CTGTT-------AAA----------A---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--CAATC-C-AT-CCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--TG------C--T--G---GGG--A-----T-TT---AA-AT---CAGC-T-TCCCCGA---TA-T-TAA---TCCG--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTTTTAATAatcatcgtagtatacgcagttaaattaatccttttc
gi|8                          :                                TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---TTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C------TA-GAAA--TA--T-T---T---CT---GGT--CGCC--A---TTTT-TAAA---A--T-TTTT---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CG--ACTT-A-C----A----------------A------------A-AT---------TTTC---TGT-A-AAAA-AG-C-AA-----CATCAA-------T--A-----TC-T----G-TA--TT--ATG----TTT-A-------C-ATTA--TTAATTGG-A-A-AGA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT-CCCAG-T-GCAC-T--AGT--TCTA--GT------C--T--G---GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCGG--TTA-A-TAA-T-TCCA--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTTTTAATAtcg
gi|9                          :                                TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----AC-TA---AA--TAG-CA--A-C--C------TA-GAAA--TA--T-T---T---CT---GGT--CGCC--A---TTTA--AAA---A--T-TTTT---AG-TCGCCA---TTT--ATAA-ACTTT-CT--T---CT--CGCC-A-CA----G-T-G-AAAGA--T-T-TTGTA-GATAA---------A--ATTT-A-C----A----------------A------------A-TT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-T-AA-----TATCAG-------T--A-----TT-T----G-GG--TT--ATG----TTT-G-------T-ATTA-CTTAATTGA-A-A-AGA-AATG----TG--CTG-T-------AAAACTGGTGGATT---CTAACAA---T-TGC----------------AT-TG--G-GC--C-ATC-C-CT-CC----T-ACATGT--AGT--AC-A--CT------T--T--G---GGG--C-----TA-------------AAGCTT-TTCCCGA--CTA-A-AAA-A-TCCG--AAA--T---GCCGA--CTTC-ATTT

Unaligned ( gi|20 ): CGAAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACCCCTCCCCCCTC

lowQualScore                  :                                                                                                                                      1111                                                                                                                111       2222222222222222222222222222222222222222222222222                                    1111111111111111                      1111     111111111                         222222         1111111   22222222222222               2222222222222222                                                                                            111                                     111111                      
lowQualScore                  :                            2 2   2   333    333           666  88888  4  666  55   4  33 2 33 2  2 2   33   2 333 333   666  2    33 3333   77   444 55 2   33 444  5      444   55    66    2  33 999  33    2 33 5555 2 2 33    33 2 2     2     444 2 111     2 5555555555555555555555555555555555555555555555555    444   444    2  555  66666      2222222222222222  2 5555 2 33 2  66   2222   2 222222222    3         3 3 3   3  222222  44   3 1111111   77777777777777 666   666 3   7777777777777777  3  88 3  55 3   3 3  3     3 3    3 77   44    44  888888 44 777777   44 77777    555  3  666      3 0     444  444   999    55   000000     55    3          
lowQualScore                  :                            . .   .   ...    ...           ...  .....  .  ...  ..   .  .. . .. .  . .   ..   . ... ...   ...  .    .. ....   ..   ... .. .   .. ...  .      ...   ..    ..    .  .. ...  ..    . .. .... . . ..    .. . .     .     ... . ...     . .................................................    ...   ...    .  ...  .....      ................  . .... . .. .  ..   ....   . .........    .         . . .   .  ......  ..   . .......   .............. ...   ... .   ................  .  .. .  .. .   . .  .     . .    . ..   ..    ..  ...... .. ......   .. .....    ...  .  ...      . .     ...  ...   ...    ..   ......     ..    .          
lowQualScore                  :                            5 4   2   999    999           999  66666  4  999  33   4  11 2 11 2  2 2   11   2 999 999   555  4    22 5555   88   444 99 5   44 444  0      444   99    66    5  77 333  77    7 44 7777 7 7 99    99 9 9     9     666 9 333     7 1111111111111111111111111111111111111111111111111    777   555    7  555  77777      7777777777777777  7 7777 7 77 7  33   0000   7 111111111    1         3 3 3   3  111111  66   6 8888888   55555555555555 444   444 6   7777777777777777  6  66 6  00 6   3 3  3     1 1    1 33   22    22  888888 22 333333   22 77777    444  1  999      1 2     777  000   555    00   555555     00    6          
consensus                     :                        TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA-G-AAA--TAT-T---T---CTG---GT-CGCC--A---TTTT-TAAA---A--T-TTT--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-NAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CGACTT-A-C----A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-C-AA-----CATCAG-------T--A-----TC-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-A-------C-ATTA-TTTAATTGG-A-A-AGA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT-CCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--GT------C--T--G---GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCGA--TTA-A-TAA-T-TCCG--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTTTTAATA
Reference ( family-2920 )     :                        TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA-G-AAA--TAT-T---T---CTG---GT-CGCC--A---TTTT-TAAA---A--T-TTT--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-NAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CGACTT-A-C----A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-C-AA-----CATCAG-------T--A-----TC-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-A-------C-ATTA-TTTAATTGG-A-A-AGA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT-CCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--GT------C--T--G---GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCGA--TTA-A-TAA-T-TCCG--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTTTTAATA
gi|1                          :                        TGCT-CTCAA-ATTCATACAT---ATGCTGACAAGAGATC-----GC-TA---AAAATCG-CG--AAC--C-TAAG-AAA--TAC-TATAT---CTG---GTACGCT--AAAGTTTA-TAAA---AATT-TTT--T---AG-TCGCCA---TTCC-ACAGGCATTTACT--AAGTTT--CACC-A-AATGTAG-T-A-TAATA--T-C-GCGTATGATAAATCT-AA-TGACTT-A-C----A----------------A------------A-AT---------TTTC---A-T-A-ATAA-AGAC-CA-----CATCAG-------TTGG-----TC-TTAGAG-A--A-TTA-ATG----TTT-AT------C-ATTA-CTTAATTGG-A-ATAGAGAA------TG--CTG-T-------AAA----------TCC-C---CCG---C-TTG----------------ATCTA--GCGC--C-CTC-C-AT-CCCAG-T---GC-T--AGTCCTCTA--GT------C--T--G---G----------TATTCACAA-ATCC-ACGCTT-TCCCCGA--TTACC-TAACT-TCCG--TAA------GCAGACCCCTC-ATTGTTTATA
gi|10                         :                        TGCTTC-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----AC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA-G-AAA--TAT-T---T---CTG---GT-CGCC--A----TTT-CAAA---A--T-TTT--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAAGA----T-TTGTA-GATAA--CT-ACGCGACTT--------A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-C-AA-----CATCAG-------T--A-----TC-T----G-TACA-TT--ATG----TTT-A-------C-ATTA-TTTAATTGG-A-A-AGA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCA---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATCAC-AT--CAAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--GT------C--T------GGG--C-----TATT---AA-ATATAAAGCTT-T---CGA--TTA-A-TAA-T-TCCG--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTATTAAtatcgtaagtaatacgagttagaattcaatcttcagaacatttgcttgttcggaaggtgaccgacctaaaatggggtggtagtttcgaattaaa
gi|11                         :                         GCT-C-CAA-GTC---GCAT---TTGTTATAAGA---TC-----GC-TATA-AG--TAG-TG--A-C--C-AA-G-ATA--TAT-T---T---AGG---GT-CGCC--A----TTT-TGAA---A--T-TTC--T---AG-TCACCA---TTTAGAAAA-AATTT-CT--G---CT--TGCA-A-TG----G-T---CAATA--T-T-TGGTA-AATAA---T-A--TGACTT-A-T----GTGGGCTTTTTTCTTTTA------------A-ATTTGAATATCTTTC---AATAA-AAAA-AG-C-AA-----CATCCA-------T--A-----TT-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-G-------T-ATCA-
gi|12                         :                         cCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTATCAGA---TC-----GC-TA---AA--TGA-TG--A-C--C-TA-G-AAA--TAT-T---T---CTG---GT-CACC--A---TTTA-CAAA---A--T-TTC--T---A------CA-----T--ACAA----------------T--GGC--------------A-AAAGA--T-T-TTGTA-AATAA--GT-------TTT-A-C----A----------------AGTGTTCGTCTTTA-A----------TTTC---TTT-C-AAAA-AG-C-GA-----TACCTG-------T--A-----CA-A----G-T--A-TT--ATG----TTT-G-------T-ATTA-TTTAGCTGA-A-T-AGA-AA------TG--
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 T-A-C----A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-C-AA-----CATCAG-------T--A-----TC-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-A-------T-ATCA-TTTAATTGG-A-A-AGA-AA------TGTGCTG-T-------AAA----------A---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT-CCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--TG------C--T--G---GGG--C-----TTTT---AA-AT---CAGCTT-TCCCCGA--CTA-T-TAA-A-TCCG--AAAACTTAAGCAGA--CCTC-ACTTTTAATt
gi|14                         :                        TACT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA-G-AAA--TAT-T---T---CTG---GT-CGCC--A---TTTT--AAA---A--T-TTT--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CGACTT-A-G----A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-T-AA-----CATCAG-------T--A-----TC-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-A-------C-AT
gi|15                         :                               gAA-GTC---ACAT---ATGCTGTCTGA---TT-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA-GAAAA--AAA-T---T---CTA---GC-CGCC--A---TTTT----G---A--T-TTTTGT---AG-TTGGCA---TTC--ACAA-AATTT-TT--A---AT--TGCC-A-CC----T-T-C-AAAGA--T-T-TTGTG-GATAA--CT-A--CG-----------------------------A------------A-AT---------TTTC---ATT-A-AAAA-AG-C-AA-----TATCAT-------T--A-----CC-T----G-T--A-TT--ATA----TTT-A-------A-ATT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--GG------C--T--G---GTG--C-----TTTT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCAA--CTA-A-TAA-A-TCCG--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTTTTAATA
gi|17                         :                        TGCT-C-CAA-GTC---GCAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CA--A-C--C-TA-A-AAAACTAT-T---T---Ctcgttaaagtgtacgagttagaattaatcttcagtacattggcctttgtcaataagggacaactaaatgagtt
gi|18                         :                        gGCT-C-CAA-GTC---ACAT---TTGCTATCAGA---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA-C-AGA--TAT-T---T---CCG---GT-CGCC--A----TTT-TAGA---A--T-TTC--T---AG-TAGCCA---TTT--ACAA--ATTT-CT--A---CT--CGCT-A-CA----G-T-cacataacgccgtcgaccatttagaaatataatgctaagttctgcttattacaataattttcta
gi|19                         :                     agcTGCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGC-CG--A-C--C-TA-G-AAA--TAT-T---T---CTG---GT-CGCC--A---TTTT-T-AA---A--T-TTC--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-
gi|2                          :                                                  gCTGTCAGAGC-TC-----GC-TACAAGA--TGGTCG--A-CTCC-TA-A-AAA--TAC-T---TGTGCTGA--GT-CGCCCAA---TTTTGTGAAGAAA--T-TTC--TCATAGCTCGCCAAAATTT---CAA-AATTT-CT--AACCCTGTCGCG-ACAA----G-T-A-AAAGA--T-A-TAGTA-AGTAA--CT-A--CAATTT-A-CATAGA----------------A------------G-AA---------TTTCACAAGT-A-AAAATGG-CAAA-----CATCAG-------TA-A-----TCAT----GAT--A-TTGGACGAGGATTT-AAAATATTC-ATCA-TTAAATTGGCACA-AGA-AAATCATGTG--C-G-T-------AAA--------------C---CCGTCTC-TGGC---------------AT-TA--G-GTCAC-ATC-C-ATACCCAG-T-TAAC-TA-AAT--TCTA--GTGAGTAGC--TACG---GAG--CGCTGTTATA---AA-ATC--AAGCTC-TCCC
gi|21                         : agatgtatccgagcacttagtgcTGCT-T-TAA-GTC---ACATAATTTGCTGTCAGG---TCTC---GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA-G-AAA--TAT-T---T---CTG---TT-CGTC--A---acaaatatttaaatcgcgcaaaattgtcggagatccggttcattacttataataatccttaagtataaaaaacgcaagtagaattaagtctct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gC-C-AT-CCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--GT------C--T--G---GGA--C-----TATT---AATATTA-AAGCTT-TCCCCGA--TTA-A-TAA-T-TCggccccaattaaaaa
gi|23                         :                        TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTC
gi|3                          :                        actcag-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TCAGGTCGC-TA---AA--TGG-CGGGA-C--C-TA-G-AAA--TAT-T---T---CTGTAAGT-CGCC--A---TTTT-TAAA---AA-T-TTT--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCCAA-AA----G-T-ATTAAGATTT-T-TTGTA-GATAA--CTCA--CGACTTAA-C----A----------------A------------ATATTG-------TTTC---AGT---AAAA-AG-CAAA-----CATC-G-------T--AT----TC-T----G-T--A-TT--ATGAC--TTT-A-------C-ATTA-TTT-ATTGG-A-A-GAA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TAG-G-GC--C-ATC-C-AT-CCCAGAT-ACAC-T--G----TCTA--GT------C--T------GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTG-TCCCCGA--TTA-A-TAA-T-TCCG--AAAT-T---GCAGA--CCTCAATTTTTA
gi|4                          :                        TGCT-C-CAACGTC---ACAT---CTGC-GTCAGG---TC-----ACATA---AA--TAG-CA--A-C--CCTA-G-AAA--TAT-T---C---TTA---G--CGCC--A---TTTA-AAAA---A--TCTTT--T---AG-TCGCCA---TTT--A-AA-CTTTC-TT--A---CT--CGCC-A-CA----G-TGA-AAAGA--TAT-TCGTA-GATA----T-A---AATTT-A-C----A----------------A------------A-TT---------TTTC---AGT-ATAAAA-AGTT-AA-----TATCAG-------A--ATGAGGTC-T-----------TT--ATGT---TTT-G-------T-ATTACCTTAGGAGA-A-A-AGA-AAG-----TG--C-G-T-------TAA----------TAAAC---TTG---G-TGGAGATATTTAACAATGCAT-TG--G-GC--C-ATC-C----CTCAC-T-ACA--TGAAGT--TACACGAT------T--T--G---GGG--C-----TA-----AA-A----AAGCTTATTCCCGA--CTA-A-AAA-CATCCGAAAAA--T---GCCGG--ACTT-ATTTGTAAtacgtaagtatacgagttagacttaatcttcagtacaattgctttcgttaaggggccgactaaaaggggtggtacttttcgaatttaacccccccccccctcc
gi|5                          :                        agCT-C-CA--GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AAA-TGGGCG--A-C--C-TA-G-AAA--TATAT---T---CTG---GT-CGCC--A----TTT-TAGA---A--T-TTT--T---AGATCGCCA---TTT--AATA-CATTT-CCTGA---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAA-A--T-TGTTGTA-GATAA--CT-AACCGACTT-AGA----A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AA-A-GAATACGCATCAG-------TAAA-----TC-T----G-T--A-TT---TG----TTTAA-------CAATTA-TTTAATTGG-A-A---G-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---CATGG----------------AT-TAAGG-GC--C-ATC-CAAT-CCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--GT------CCGT--G---GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCGAATTTA-A-T-A-T-TCCG--AAA--T---GCAA----CTC-ATTatccagaggagttccgaagttatagaaatgttaatcattc
gi|6                          :                        TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA-G-AAA--TAT-T---T---CTG---GT-CGCC--A---TTTT--AAA---T--T-TTT--T---AG-TCGTCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CGACTT-A-C----A----------------A------------A-AT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-C-AA-----CATCAGTATCTACT--A-----TC-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-A-------C-ATTA-TTTAATGGA-A-A-AGA-AA------TG--CTG-TACAGTAGAAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT---CAG-TCACAC-T--AGT--TCTA--GT------C--T--GAGAGGGATC-----TATT---AA-AT---AAGCTT-T-CCCGA--TTA-ATTAA-T-TCCG--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTTTTGAaaaattacgtaagtataacagagttaagaatcttaatcttcaa
gi|7                          :                        TGCT-C-C---GGC---GCAT---CTGCTGTCAGG---TC-----GCCTA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA-A-AAA--TAT-T---T---CTG---GT-CGCC--A----TTT-TAAA---A--T-TTC--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-AATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----GTT-A-AAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--TGACTT-ACC----A----------------A------------G-AT---------TTTC---AGT---AAAA-AG-C-AA-----CATCAG-------T--A-----TC-T----G-T--ATTT--ATG----TTT-A-------T-ATCC-TTTAATTGG-A-A-AGA-AATG----TG--CTGTT-------AAA----------A---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--CAATC-C-AT-CCCAG-T-ACAC-T--AGT--TCTA--TG------C--T--G---GGG--A-----T-TT---AA-AT---CAGC-T-TCCCCGA---TA-T-TAA---TCCG--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTTTTAATAatcatcgtagtatacgcagttaaattaatccttttc
gi|8                          :                        TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---TTGCTGTCAGG---TC-----GC-TA---AA--TGG-CG--A-C--C-TA-G-AAA--TAT-T---T---CTG---GT-CGCC--A---TTTT-TAAA---A--T-TTT--T---AG-TCGCCA---TTT--ACAA-CATTT-CT--A---CT--CGCC-A-AA----G-T-A-TAAGA--T-T-TTGTA-GATAA--CT-A--CGACTT-A-C----A----------------A------------A-AT---------TTTC---TGT-A-AAAA-AG-C-AA-----CATCAA-------T--A-----TC-T----G-T--A-TT--ATG----TTT-A-------C-ATTA--TTAATTGG-A-A-AGA-AA------TG--CTG-T-------AAA----------T---C---CCG---C-TGG----------------AT-TA--G-GC--C-ATC-C-AT-CCCAG-T-GCAC-T--AGT--TCTA--GT------C--T--G---GGG--C-----TATT---AA-AT---AAGCTT-TCCCCGG--TTA-A-TAA-T-TCCA--AAA--T---GCAGA--CCTC-ATTTTTAATAtcg
gi|9                          :                        TGCT-C-CAA-GTC---ACAT---CTGCTGTCAGG---TC-----AC-TA---AA--TAG-CA--A-C--C-TA-G-AAA--TAT-T---T---CTG---GT-CGCC--A----TTT-AAAA---A--T-TTT--T---AG-TCGCCA---TTT--ATAA-ACTTT-CT--T---CT--CGCC-A-CA----G-T-G-AAAGA--T-T-TTGTA-GATAA---------AATTT-A-C----A----------------A------------A-TT---------TTTC---AGT-A-AAAA-AG-T-AA-----TATCAG-------T--A-----TT-T----G-G--G-TT--ATG----TTT-G-------T-ATTA-CTTAATTGA-A-A-AGA-AATG----TG--CTG-T-------AAAACTGGTGGATT---CTAACAA---T-TGC----------------AT-TG--G-GC--C-ATC-C-CT-CC----T-ACATGT--AGT--AC-A--CT------T--T--G---GGG--C-----TA-------------AAGCTT-TTCCCGA--CTA-A-AAA-A-TCCG--AAA--T---GCCGA--CTTC-ATTT