lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 666666666666666 1 11 1 3333333 4444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222 33333333333333333333333 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 1111111 22222222222222 11 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333
lowQualScore : 6 5 2 77 222222222222222 0 4 22 666 3 3 0 33 7 2222 8888888 4444 66 22 1 4444 333 1 66 0 444 6666 7777777777777777777777777777777777777777777777 555555 44 555555 6666 44444 3 0 2222222222222222 3 44 1 22 1 44444444444444444444444 222 1 555 44 22 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333 22 888888 555 1 7777777 22 5 22222222222222 1 22 66666666 22 1 1 99999 1 4 44 5 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 555 7777
lowQualScore : . . . .. ............... . . .. ... . . . .. . .... ....... .... .. .. . .... ... . .. . ... .... .............................................. ...... .. ...... .... ..... . . ................ . .. . .. . ....................... ... . ... .. .. ......................................................................................... .... .. ...... ... . ....... .. . .............. . .. ........ .. . . ..... . . .. . .................................................................................. . ... ....
lowQualScore : 0 0 5 55 777777777777777 0 0 88 444 6 1 5 77 8 8888 5555555 5555 22 66 9 0000 555 9 88 4 444 8888 0000000000000000000000000000000000000000000000 222222 33 222222 4444 55555 7 5 4444444444444444 6 00 6 22 6 11111111111111111111111 999 7 444 77 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5555 33 888888 555 8 0000000 66 8 11111111111111 7 88 66666666 55 8 9 55555 2 4 22 9 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 000 5555
consensus : NNGATAGAAANACAACGTGATT---AC----------AATACGAATCCGAGCATTACCTTT---AAATT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGTAATCTCAA--GNTATT----GCGT--GCCATA-GA----AAGT---G-CTATTATCTT---AT---TAATAT--C--AG-AA-----A-----AG------T--------C-------C------C--AT------A----A-----CTCTGT-----N-A-A-----GACAAA-GCCGAT-AAATCT--G-AAAATCGA-AA-G---GGTC-T---T--CC---T-CT-G-C-CT--AAT-CCA---AG---N-----AT---------------T----A--T---G-T------A------T---AAAAT----T-TA-----C-G-AAA----A--TCTT---CCGAAG--G-AAACTTAA-G---T--TATTGCG-------T--GC--C-AT-AG--------A--A-A-GTG----CTGACGGA-TGGAC-AGACAG--GG-GTGATT--ACTA--TAGG-G-C-ACCTGTCATNTG-GTGGGAC--GTAA-C--GA-A-NACAAAGTTTTGCGTTCAGTNAAGGGGATACNCGNCCGT
Reference ( gi|5 ) : CTGATGGACACACA--GTGATT---AC----------AATACGAACCTGTACATTACCTTT---AAATT-CTATGAACATC--TTCTCGAGTAATCTCGA--TATATT----GCAT--GCCATA-GA----AAGT---G-CTATTGTCTT---AT---TAATAT--C--AG-AA-----A-----AA------T--------C-------C------C--AT------A----A-----CTTTGT-----C-A-A-----GACAAA-GCTGAT-AAATCT--G-AAAATTGACAA-G---GGTC-T---G--CC---T-CT-G-C-TT--AAT-CAA---AG---A-----AT---------------C----A--T---G-C------A------T---AAAAT----T-TG-----T-G-AAA----A--TCTT---ATAAAA--G-AAACTTTA-A---T--TGTTGTG-------T--TT--C-AT-TG--------A--A-A-GTG----TTGACAGA-TGGAG-AGACAGTTGGGGCAATT--CCCT--TAGG-G-C-ACCTGTCATTTG-GTGTGAC--ATAA-C--GACA-TACAA--TTTT-CATT---TTAAGGG---ATAAATCTGT
gi|1 : GATAGAAAGACAACGTGATT---ACTACATATAGTAATAAGAATTCGTTCATTG----------ATT-----GAAAATA--TTCTCAAGT------------TATT----GCGT--GACTT--GA----AAGT---G-TTA-----------------------------AA-----A-----AA------T--------C-------CATGTTCC--AT------G----A-----CTCTGT-----A-A-A-----GACAAA-ATCGAT-GGATCC--G-AAAATCGAAAA-G---GGTT-C---A---T---T-CT-A-C-CTAAAAC-AAA---AA---A-----ATTACATAAATTGCATCC----G--T---G-C------A------T---AAAAT----T-AA-----T-G-AAAATATA--TCCC---AT------G-AATCTTCA-G---T--TATCACG-------T--GC--C-AT-AA--------A--A-A-GTA----CTAACCGA-
gi|3 : caaaggggccccgcgataaatctgaatattgatagggttttctctctgtctaatctatacgagtacaaatctttccacggaaactcaaagttatcacgtgagatagaaagctctgactgacgACACA--GTGATTTATAC----------AATG-AAATCCAAGCATTACCTTT---AAATT-CTATGAAAATC--TT---GAGTAATCTTAA--TTTTTT----GTGT--GCCATA-GA----AAGT---G-CTGTCATCTT---AT---CAATATA-T--AA-AA-----A-----AA------T--------TTTAAATGT------C--AT------A----A-----TTCTTT-----A-A-G-----GACAAA-GCCAAC-AAATCT--G-GAAATTAA-AA-G---TGTC-A---T--CC---T-CT-G-C-CT--AAT-CTG---AA---T-----AT---------------T----A--T---G-T------A------T---GAAAT----T-TA-----A-GAAAA----A--TCTT---CCTAAA--G-AAACTTCT-C---T--TATTGCA-------T--AC--C-AA-AG--------A--A-A-ATA----TTGATGGA-CGcaggttgattgctatgtggcgggaccct
gi|8 : agaaaactgaccaatcagaaagggtctcgtaataaatcagaaaattgaaaagggtcttcatttgcctaagaaaatctgccatagaaagtgccgaccaATT---AC----------TATAGGAATCTGAGCATTACCTTT---CATTT-ATATGAACATC---CCTTAAGTTGTTGCG---TATG-T----ACAT--G---TA-GA----AAG---------------T---AT---TA------------AA-----A-----AG------T--------C-------C------C--AT------A----T-----TTCTGT-----A-A-A-----GACAAA-GCCGAT-AAAT
gi|2 : cacaggggcctagttaccaagaacgaaaaacctggaaatctagtggtgtcttcctccgcctaattcacatatctaaaaatttgtcaatttaaaatattctgaaaggaagctgttgcgtgtcataaaaagcgctgacggaccgacatgtacaaagttattagttttACTAATCCGAGTATTACTTTT---ATATTTCTATGGAGCTA--TATTCAAGTAGTCTCAA--GTTACT----GCGT--GTTGTA-GA----AAGT---G-CAATTATCTTCAAAG---AAATCT--C--A---------A-----AG------T--------C-------C------C--AT------A----A-----CTCCAT-----A-A-C-----AACAAA-ATCAAT-AAATCT--G-AA-----------------C-T---T--CC---T-CTGG-C-TT---GT-CCA---AG---T-----GT---------------T----A--T---G-T------A------T---AAGGT----T-TT-----T-G-AAA----A--ACTC---TCAAAG--G-AAAATTT
gi|19 : cttcctcttaatcgaaatattacaagtaggtacaaaattaaccaaaatcttcttatgtgtaatttcttttcctgccataaaaagtcccactcttttatttaaaactatttaaagatcgaagttccgtaactttgtaacgagaaaccgactcatctgaaatcgaaaggattcttcttttaCAAATCTGTACATTATCTTTTAAAAATT-CTACAAAAATG--TTCTCAAATAATCCCAA--GTTACT----G-AT--Gtctt
gi|4 : agaaaactgacaagtgattaagaaaagcctctacaatgaatgttttaatgtgaaaatgttcaagtcccgtatctccataacgattaattgaaaatcaaaaggggtcttcctcttcGAGTCTGAGCTTTACCTTT---AAATA-CTACGACAATC--TTCTC----------------TATT----ACTT--GCCATA-AG----AAAT---G-CTATTACTGT---AT---TAATAT--T--AG-AA-----A-----AT------T--------CAAAGA--C------CA-AT------A----A-----CTCTGT-----CAA-A-----GACAAT-GCCGAT-AAATCC--C-GAAATT-CCTA-C---CGTG-T---G--GC---T-AC-G-C-CT--AAT-CCA---AATATA-----AC---------------CAGGTA--T---G-C------A------T---TAACT----T-TA-----C-G-AAA----A--ACTT----CCCAA--G-ACACTTAA-A---T--TATTGCA-------T--GC--C-AT-AG--------A--A-A-GTgtggggccata
gi|6 : agaaaactgccacgtcagaagggcccccacaataaaattgaaaatcgaaagaagtcttaccctatacctattcaatgaattacataaaaagtatacaaaaatatccctgagaaaattgtcattgccatgattgAATCTGAGCATTACCTTC---ATATT-TTATGCAAATC--TTCTGAAGCAATCTCAA--GTTATT----GCAT--ACCATA-GA----AAGT---GCCTATATTCTG---AT---TAATAT--CA-AG-AAATTCCA-----AG------T--------C-------C------CTTAT------A----C-----CTTTGT-------A-ACGTATGAC-AA-GCCATT-AAATAA--G-AAAACCTAAAA-G---GGTC-T---A--C
gi|9 : agatacctacaaatcaaaaaggggtctctcaatgaatattttgatataaagtgttctaaatcccttaattctgtatcaagaaaactgataaatatgaaaataaaaaggggtcttgagtcatatcttcctCCCATGCATTACATTT---A------CATGCATATT--TTAT-AAACAATCTTAA--GCTGTT----G--T--GCCATA-AA----CAGT---G-CTATAATTCT---AT---CCAC-T--C--AG----------------------T--------C-------T------C--AT------ATGTAA-----CTCTGT------------------AAG-GCCGAT-CTATCG--A-AAAATTGAAAG-G---GGTT-T---T--CC---T-CT-A-C-CT--AAT-TCA---AG---T-----TT---------------G----A--T---G-C------A------T---AA--------------------AAA----A--TCTT---CCCAAG--G-AAACTAAA-G---T--TATTATG-------T--GC--CTAT-AG--------A--T-A-TAG----CTGACAGA-TACAC-AGACAGACCAAGTGATT--ACTA--TAGG-G-C-ACATATCAaagtttggtgaatattgtattgtca
gi|23 : TT---ATATT-CTATGAATATC--TTCTCAAGT------------TTTT----GCAT--GCCATA-GA----AAGT---A-TTATTATC-T---AT---CAATGT--T---G-AA-----A-----AA------T--------
gi|20 : ctgcaaagaatatcttagtaaaaattgtcccatatctctttaaaagcaaaacaaatacatatgaaagttgactgagtaatcccaaccttatga---AAATT-C-ATGAAAATC--TTCCCCAAAAAACTTAA--GTTATT----GTGT--GCCATA-GA----AAGT---G-CTt
gi|11 : atattatgaatattcaagtcccataactctgtaacaatgatgctaaaaaatctgaaacttcctccatctaattcaagtattatattgtatgta---AAGTT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGGAATCT-----TATGTTAGTGGCAT--TCCATA-GA----GAGTAAAG-C--TTATCCT---TTAGGTAAAAT--A--AG-GG-----ATAC--AA------TATAGTTAAA-------C------T--AT------A----A-----CTCTGTA----T-ACA-----GACAAA-GCGG---CAATCT----------------------TC--------CC---T-CT-G-C-TC--AAA-CAACTCAG----------T---------------T----A--T---GTT------A------T---AAAATAAAAT-AA-----T-G--AA----A--TGTT---CTGAAG--GTAAACCTTA-AAAGT--TATTGTT-------T--TC--C-A--TG--------A--A-ATATG----CTG---GG-TGGGG-AG--AGTTGGgacggatggacagacagacagaatgattgttatggggcacc
gi|17 : ctttttagAACT-CTGT-AACAACAATTCTCAAGTAATCTAAA-----ATT----GT-T--GC-ATA-GA----AAAT---G-CTATTATCTT---AT------TAT--C--AA-AATTAT-A-----AG------T--------C-------C------A--AT------T----A------TTCCT-----T-A-A--------------TGAT--------------ATT---AA-G---GATT-T------CC---T-CT-G-CTTT--TAT-CCA---AG---T-----AT---------------T----A--G---G-T------A------T---AAAAT----T-TA-----T-A-TAA----A--TC-A---ATCAAT--G-AAACTTGATA---T--CA-TGTGCCAATCCT--TT--T-AA-TG--------AATA-A-GTA----T--ACAG--TGGA
gi|21 : TT-CTATAAAAATC--CTCTCAAGTAACCTCAA--ATTAGT----ATGT--GCCATATGA----A
gi|22 : gaaaacttgcaagtcagaaagggccctgtaatgaatagtccaatataaaaaattccaagtcctataactctgtaacaataatacatatactaataaatcagaaaattgaaatgggtcttcttcttcccagcatTATGAAAATA--TTCCCAAGGAAAGTC-----ATATT----GTGT--GCCATA-G-----ATGT---G-CTGATGTC
gi|25 : attgaagttcaactgtaAAAATC--TTCTCAAGGAGACTTGAATTATATT----GTG---GCCATA--A----AAAT---G-CTcatgtacagacagatggacggacattgactactgtagagcacccacaatatggcagggctcagtcacaaaaatataaagatagcttaaaacaagaaatgt
gi|32 : gaaggggccctttttctctgcctaatccaagtattaggtaaagacctaaaaTATC----ATAT--GTCATG-GA----AAGT---G-CTAATATCTT---AT---TAATAT--T--AA-AA-----A-----AAAGTAATT--------C-------C------C--AT------A----A-----CTCTGgagagatggagcagacagatttacaaataatgcatctaccatggcagagtc
gi|33 : agtTACT----GTGT--GCCATA-GA----AAGT---G-TT
gi|34 : tttacaaaaccttcccataaaaaaaccaaagtTACT----GTGT--GCCATA-GA----AAGT---G-TTgacaatgaacaaga
gi|16 : aaaccttcccataaaaaaaccaaagtT----GCATAGGGCATA-TACATTAAGT---G-CTTTTATTTT---AT---TGATAT--------AA-----A-----AA------T--------TTTTAAGTC------T--ATGGCTTCA----ATCTCTCTTTAC-----C-A-A-----CA-AAA-GTTGAT-CATTCT--T-GAAATTGA-AG-G---GGTC-T---T--CC---T-CC-GAC-TT--A-T-CTA---AG---A-----AT---------------CA---A--T---A-T------T------T---ATAAT----T-CA-----A-G-AAA----AGTTTTT---CCAAAG--G-AAACATAA-G---A--TATCACA-------T--TTGCC-AT-TG--------A--A-A-GTG----tgacaatgaacaag
gi|15 : T--GCCATA-GA----AAGT---G-CTcaatga
gi|14 : aagtctcataactcaataaagactaaaccataaatccaaaaatcaaggaacttctaatttattttaaaaaatcttcccatggaaacttaagtccctatgT--GCCATA-GA----AAGT---G-CTgacgtatggacagagtgatttctagggacacctgccatatggtggggcccagtaaagaggacaaagtttgcgttcagtgaaggggatatacagctgt
gi|24 : tttctaagtctcatataactcaataaagactaaaccataaatccaaaaatcaaggaacttctaattttattttaaaaaatcttccatggaaacttaagtcctatgTA-GA----AAGT---G-TTATCATTTA---AT---TAACAT--C--A--------------------------------C-------C------G--GT------A----A-----C--------------------AACAAA-TCTGAT-AATTCT--G-ACAATCTA-AA-GC--AATC-T---C--CC---T-CT-T-C-CT--AAT-CCT---TG---A-----AT---------------C----A--T---C-C------T------T---AAATT----C-TA-----C-G-GAA----A--TCTT---gacgtatggacagagtgatttctagggacacctgcatatggtggggccagtaaagaggacaaagttttgcgttcagtgaaggggatatacagctgta
gi|10 : atccataaagtgtctataatgaatcagcttg-CTATCATCTT---AT---CAGTATTTC--AA-AATTGT-A-----CG------T--------C-------C------C--AT------A----G-----CTCTGT-----T-A-A-----TATAGA-GCCATT-AAATCT--G-AAAATT-ACAA-G---GGGCAT---T--CT---T-TT-A-C-CT--AAT-CCA---AA---T-----AT---------------A----A--T---G-T------A------T---AAAAC----T-TG-----G-G-AAA----A--TCTT---GCAAAA--G-GAATTTGA-G---T--TATCG-G-------T--CT--T-AT-CACACACCACA--ATA-GTG----CTGATGGA-TGGAC-AGA-----GGG---ATT--ACTG--TCGG-G-C-AT---TCACT---ATAT-AC--ACAG-CTTGAAACTA-AA--T------TT---TTAAGGG---ACCAGTCCGc
gi|13 : ATTATCTT---CT---TTAAAA--C--AA-AATT---A-----AG------T--------C-------C------C--AT------A----A-----CTCCTT-----C-A-C-----AACAAAGGCCAAC-AAAAAT--G-AACATTGA---------GTC-T---AACCC---TCCT-G-C-TT--AAT-CCA---AGT--A-----AT--------------------A--T---T-T------A------T------AC----T-TG-----CAA-AAA----A--TCTT----CCAAG--G-GAACTAAA-G---T--TATCTTG-------T--AC--C-ACAGG--------A--A-A-GTGATGATGGACAGACTGAAC-AGACAGC----GTGATT--ATAA--TAGG-G-CAACCTGTTATT---GTGGGAC--
gi|20 : TT---AT---GAATATT-C--A---------------AG------T--------C-------C------C--AT------A----A-----CTCTGT-----A-A-C-----AATGAT-GCTAAA-AAATCT--G-AAA----------------C-T---T--CC---T-CC-A-T-CT--AAT-TCA---AG---T-----AT---------------T----A--TATTG-T------A------TGT-AAAAT----T-CA-----T-G-AAA----A--TCTT---CCCCAA--A-AAACTTAA-G---T--TATTGTG-------T--GC--C-AT-AG--------A--A-A-GTG----CTGACGGA-TGGAC-AGACAGACAGAATGATT--GTTA--TGGG-G-C-ACC
gi|7 : ataAATAT--T--A---------A-----GG------T--------C-------C------C--AT------A----A-----CTCCTT-----C-A-C-----AACAAA-GCCAACAAAAAAT--G-AACATTGA---------GTC-T---C--CC---T-CT-G-C-TT--AAT-CCA---AGT--A-----AT---------------A----A--T---T-T------A------T------AC----T-TG-----C-A-AAA----A--TCTT----CCAAG--G-GAACTAAA-G---T--TATCTTG-------T--AC--C-AC-AG--------A--A-A-GTGATGATGGACAGACTGTAC-AGACAGGTG-----ATT--ATA---TAGGCG-C-ACCTGTTA------TGTGAC---TAAGC--GA
gi|23 : tttttaaaaAATAT--CTTAGTAA-----A-----AA------TTGT-----C-------C------C--AT------A----T-----CTCTTT-----A-A-A-----AGCAAA-ACAAAT-ACATAT--G-AAAGTTGACttctggataagtaattccttgtaaatacagaagtgcagtcttaatatctactacatgcatgttttcacaagtttatttacgta
gi|21 : ctgcaaagAATAT--A--AA-AA-----ATTCCAAG------T--------C-------C------T--AT------A----A-----CTCTGTAACAAT-A-A-----TACATATACTAAT-AAATCA--G-AAAATTGAAAT-G---GGTC-T---T--CT---T-CT-T-C-CC--A-------------------------------------------------G-C------A------T-------T----TCTA-----T-A-AAA----A--TCCT---CTCAAG--T-AACCTCAA-A---T--TAGTATG-------T--GC--C-ATATG--------A--A-tgagtaatcccaaccttatgattatattctatgaatatcttctcaagtttttgcatgccatagaaagtattattatctatcaatgttgaaaaatt
gi|26 : gaaaacttgcaagtcagaaagggccctgtaatgaatagtcc-AA-----A-----AA------T--------C-------T------C--AT------C----A-----CTTTAT-----A-A-T-----GCAAAA-ACTT-T-AAATTTTTG-AAAATTGAAAA-G----------------T---T-TT-T-C-CT--AAT-TCC---AG---A-----AT---------------T----A--T---G-T------A------T---CAAAT----T-TA-----T-G-AAA----A--T-------TAAAGCTA-AAAC----------------GTG-------T--GC--C-AG-AG--------A--A-A-GTG----CTAACGGA-
gi|6 : -----A-----AA------T--------C-------C------C--TT------A----A-----TTCTGTAT---C-A-A-----GA--AA-ACTGAT-AAATAT--G-AAAATAAAAAG-G---GGTC-TTGAG--TCATAT-CT-T-C-CT--AAT-CTG---AG---C-----AT---------------T----ACCT---T-C------A------T-----ATT----T-TA-----T-G-CAA----A--TCTT---CTGAAG--C-AATCTCAA-G---T--TATTGCA-------T--AC--C-AT-AG--------A--A-A-GTG----
gi|15 : agatacctacaaatcaaaaaggggtctctcaatgaatattttgatataaagtgttct-----A-----AG------T--------C-------T------C--AT------A----A-----CTCAAT-----A-A-A-----GACTAA-ACC-AT-AAATCC--A-AAAAT---CAA-G---GAAC-T-----------T-CT---------AAT-------------------T---------------T----A--T---------------------------T----T-TA-------A-AAA----A--TCTT---CCCATG--G-AAACTTAA-G---T--CCCTATG-------T--GC--C-AT-AG--------A--A-A-GTG----CTGACGTA-TGGAC-AGA--------GTGATT--TC----TAGG-GAC-ACCTGCCATATG-GTGcctatattctgattaatatcaagaaattccaagtcccttatacctttgtaacgtatgacaagccattaaataagaaaacctaaaagggtctacaagtttggtgaatattgtattgtca
gi|14 : -----A-----AG------T--------C-------T------C--AT------ATA--A-----CTCAAT-----A-A-A-----GACTAA-ACC-AT-AAATCC--A-AAAAT---CAA-G---GAAC-T-----------T-CT---------AAT-T-----------------T---------------T----A--T---------------------------T----T-TA-------A-AAA----A--TCTTCC-ATG-----G-AAACTT-A-A---G--TCCTATG-------T--GC--C-AT-AG--------A--A-A-GTG----CTGACGTA-TGGAC-AGA--------GTGATT--TC----TAGG-GAC-ACCTG-CATATG-GTGGGGCCAGTAA-A--GA-G-GACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGTgggcccagtaaagaggacaaagtttgcgttcagtgaaggggatatacagctgt
gi|28 : tttctCAAA-GCCAAT-AAATCT--G--AAATTAGCAAGG---GGTC-T---T--TT---T-CT-C-T-CT--AAT-TAA---AG---T-----AC---------------T----G--T---G-TAAAAAAA------A---AAAAA----T-TA-----T-G-ACG----G--TCTTCCCATGA------AAACTTAC-G---T--CATTGTG-------T--GT--C-GT-a
gi|12 : GAT-AAATCT--G-AAAATCGAAAG-G---GACC-T---T--CC---T-CT-G-C-CT--ACT-CCA---AT---A-----AT---------------A----A--T---G-T------A------T---AAAAT----T-T------------------------------AAA--G-AAATCTTA--------CGTTATA-------CAAGT--C-AT-AG--------A--A-A-GTG----CTAACAAA-CAGAC-ACACAGT------GATT--ACTA--GAGG-G-C-ATCTGACAagca
gi|8 : ttgaaaactatgttgatttcctgttaaaaattaaagacaatttgaaacgaaactaagagtcctaaatatccccacGAA-AAACCT--G-GAAATCTAGTG-G---TGTC-T---T--CC---T-CC-G-C-CT--AAT-------------------T---------------C----A--C---A-T------A------TCTAAAAAT----T-TGTCAATT-T-AAA----A--TATT---CTGAAA--G-GA-----A-G---C--TGTTGCG-------T--GT--C-AT-AA--------A--A-A-GCG----CTGACGGA-cattatggac
gi|27 : cacaggggcctagttaccaagaacAT-AAATCT--G-AAAATAAAAAG-G---GGTT-T---T--CC---T-TT-G-C-CC--ACT-Cccgacatgtacaaagttattagttttattactataggaatctgagcattacctttcatttatatgaacatcccttaagttgttgcgtatgtacatgtagaaagtattaaaaagtcccatatttctgtaaagacaaagccgataaat
gi|29 : atttataactgtatttttttatgtttaacaggaaaaaaaataaataaataaactgacaagtcagaaaggtgccccaccTCT--GTAAAAACAACAA-AAAAGACC-T---C--CC---T-CT-G-C-CT--AATCCAA---AT---ATTATTAT---------------T----A--T---G-T------A------T---AAAAG----T-CA-----T-G-AAA----A--TTTctagtacatgta
gi|25 : agtttcattacC---T-CT-G-C-CT--AAT-CCA---AG---T-----AT---------------T----A--G---G-T------AAAGACCT---AAAA------------------AAA----A--TCTT---CTCAAG--G-AGACTTGA-A---TTATATTGTG----------GC--C-A--TA--------A--A-A-ATG----CTGAGAGA-TGGAGCAGACAGcc
gi|33 : gaaggggcccttttt-AAA----A--CCTTCCCATAAAA----AAACCAAA-G---T--TACTGTG-------T--GC--C-AT-AG--------A--A-A-GTG----TTGACA-A-TGAAatttacaaataatgcatctaccatggcagagtc
gi|37 : tttacTTGTG-------T------C-AT-TG--------A--A-A-GTG----TTGATGGA-TGGAC-AGACAGcaaga
gi|31 : tatcTTGTG----------------AT-AG--------A--A-A-GTG----CTGACGAA-CAGAC-AGATAG--AGAGTGATTAACATTACTAGG-T-C-ACCTGCCATGTGAAAGGGCC--ATAA-T--GACA-a
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AAAACTTCCAAGTAACTAAAAAGCCATAGAAAGGGCTGATGGACAGAAAATGGATGGACGGTCTGGTAAACAGAGTGATTATTATAAGGCATCCATAATATGGCAGGGCCTTGATGAGTGACTTATTGACACAGAAAATGTGCAGACTTTCCAGACAGTGAACATTATGGAAATTCGCATTGTTTACTTACGTA
Unaligned ( gi|30 ): CGATACATCGGAGAATTGAAAGGGACCTTTCTCTGTCTTATCCAAGTATTATGAATTTTCTTAGAAATATTCTTAAGGAAATTTAAGT
Unaligned ( gi|35 ): TGACGGACAGACGGACAATGTGATTACTATAGGGCACCCGTATTTCATGCGAGGCCCTTATTA
Unaligned ( gi|36 ): AAACTGACCAGTCAGAAAGGGCCCCATGATGAATATACAGTAAAT
Unaligned ( gi|38 ): AATATAAAAAATTCTAAGTCCCACAACTCTGTAACAACAA
Unaligned ( gi|39 ): CTTTTTGAGTTATCGCGTCACAACTAAAATG
Alignments
lowQualScore : 33 111 4444444444 1 111111111111 4444444444444444444444444444 11111111111111 111111111111111111111111 111111111 1 1111111 555555555555555555555555555 222 111
lowQualScore : 1 00 777 3333333333 0 0 4 44 0 44 1 666666666666 55 5 555 33 444 2 333 7777777 1 3333333333333333333333333333 22 444444 66666 5555555 33 444444 5555 1 0 77777777777777 555 0 3333 6666 1 3 2 1 666 333 11 333 1 222 444444444 1 222 1 222222 1 7777777 4444444 1 111111111111111111111111 33 666666 3 1 333333333 11 22 1 1 4 33 1 1 4444 33 555555555 11 1 2 222 3 22 4444444 1 1 2 222222222222222222222222222 88888888 444 2 2 2 2 33 1 4 1 777 3 8 1 333 6 6 1 6 77 77 6
lowQualScore : . .. ... .......... . . . .. . .. . ............ .. . ... .. ... . ... ....... . ............................ .. ...... ..... ....... .. ...... .... . . .............. ... . .... .... . . . . ... ... .. ... . ... ......... . ... . ...... . ....... ....... . ........................ .. ...... . . ......... .. .. . . . .. . . .... .. ......... .. . . ... . .. ....... . . . ........................... ........ ... . . . . .. . . . ... . . . ... . . . . .. .. .
lowQualScore : 0 33 555 8888888888 0 1 7 22 6 66 8 000000000000 33 8 444 99 777 5 999 5555555 8 0000000000000000000000000000 00 444444 55555 0000000 77 444444 4444 5 8 11111111111111 333 2 1111 4444 2 6 4 2 777 222 66 888 2 111 888888888 2 999 2 999999 2 1111111 1111111 2 333333333333333333333333 55 222222 6 2 000000000 66 88 2 2 7 44 2 2 1111 55 333333333 88 2 6 444 1 44 3333333 9 9 1 444444444444444444444444444 55555555 111 4 4 5 5 22 0 0 5 999 2 0 0 000 7 7 0 7 00 00 0
consensus : NNGATGGAAACACA--GTGATT---AC----------AATANGAATCCGAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGT--AATCTCAAGTTA-TTGCGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTATCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--G------TC-----C-------C--AT------A----A-CTCTGT-A--A-----A--GACAAA-G-CCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-G-T-C---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--A---A-G------TAT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A-C--G----AAA--A--TC-T-TCCCA--AG-G-AAACTT---AAGT--TATCG---------CG--TGCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------G-GG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCTGTCATNTG-GCGGGGC---GTAACGA-GGACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
Reference ( family-291 ) : NNGATAGAAANACAACGTGATT---AC----------AATACGAATCCGAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGT--AATCTCAAGNTA-TTGCGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTATCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--G------TC-----C-------C--AT------A----A-CTCTGT-N--A-----A--GACAAA-G-CCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-G-T-C---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--A---A-G------NAT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A-C--G----AAA--A--TC-T-TCCGA--AG-G-AAACTT---AAGT--TATTG---------CG--TGCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------G-GG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCTGTCATNTG-GTGGGAC---GTAACGA-ANACAAAGTTTTGCGTTCAGTNAAGGGGATACNCGNCCGT
gi|1 : CGATAAATC-T--GAATATT-G-A-TA-G-G-G-T-T---T--T---CTC---T---------C-T--GT-CTAATC--------------------------------------------T------A-TAC--GAG----------T-A-C--------AA--A--TC-T-TTCCA--CG-G-AAACTCA--AAGT--TATCA---------CG--TGAG-ATA-GAAAGCTCTGACTGACG--GA-------TAGA-AA-G-ACA---------------A-CG--------TG--------ATT---AC-TA-CA
gi|1 : caaaggggccccgGATAGAAAGACAACGTGATT---ACTACATATAGTAATAAGAATTCGTTCATTG-------ATT-----GAAAATA--TTCTCAAGT------------TA-TTGCGTGA---CTT---GAAAGT---G-TTA----------A--------AA-AAT--C---C------------A--------T--G------TT-----C-------C--AT------G----A-CTCTGT-A--A-----A--GACAAA-A-TCGATGGATC-C--GAAAATC-G-A-AA-A-G-G-G-T---T--C---A-T---T---------C-T--AC-CTAAAACAAA---A-A------AAT-------T-ACATAAATTGCATCCGT------G-CAT--AAAAT------T-A-A-T--G----AAA--A--TA-TATCC-C--AT-G-AATCTT---CAGT--TATCA---------CG--TGCC-ATA-AAAAG---TA-CTAAC-----------------C--G-ACA---------------G-GT--------TG--------ATT---GC-TA-TGTG-GC-tatagtaataagaattcgttcattgattgaaaatattctcaagttattgcgtgacttgaaagtgttaaaaaatccatgttccatgactctgtaaagacaaaatcgatggatccgaaaatcgaaaagggttcattctacctaaaacaaaaaaattacataaattgcatccgtgcataaaattaatgaaaatatatcccatgaatcttcagttatcacgtgccataaaaagtactaaccgacaggttgattgctatgtggcgggaccct
gi|10 : caaaggggccccgcgataaatctgaatattgatagggttttctctctgtctaatctatacgagtacaaatctttccacggaaactcaaagttatcacgtgagatagaaagctctgactgacg-CTATCATCTT---AT---C---AG-TATTTC---AA--A--ATTGT-A--------C--G------TC-----C-------C--AT------A----G-CTCTGT-T--A-----A--TATAGA-G-CCATTAAATC-T--GAAAATT-A-C-AA-G-G-G-G-CA--T--T---C-T---T---------T-T--AC-CTAATCC--A---A-A------TAT-------A-A---------------T------G-TAT--AAAAC------T-T-G-G--G----AAA--A--TC-T-TGCAA--AA-G-GAATTT---GAGT--TATCGGTCTTATCACA--CACC-ACA--ATAG---TG-CTGATG--GA-------TGGA-CA-G---A---G-----------G------------G--------ATT---AC-TG-TCGG-GC-Agggaccct
gi|11 : AAGTT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGG--AATCTTATGTTAGTGGCATTC---CAT--AGAGAGTAAAG-C--TTATCCT---TTAGGT---AA-AAT--A---AG--G--G-----ATACAATATA--G------TTAAA--C-------T--AT------A----A-CTCTGTAT--AC----A--GACAAA-G-CGG--CAATC-T-----------------------------T--C---C-C---T---------C-T--GC-TCAAACA--ACTCA-G--------T-------T-A---------------T------GTTAT--AAAATAAAA--T-A-A-T--G-----AA--A--TG-T-TCTGA--AG-GTAAACCTTAAAAGT--TATTG---------TT--TTCC-ATG-AAATA---TG-CT---G--GG-------TGGG-GA-G-Attcactatatacacagcttgaaactaaatttttaagggaccagtccg
gi|12 : ctttttagCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-GAC-C---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTACTCC--A---A-T------AAT-------A-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A--------------------------A--AG-A-AATCTT---ACGT--TAT-A---------CA--AGTC-ATA-GAAAG---TG-CTAACA--AA-------CAGA-CA-C-ACA------------------G--------TG--------ATT---AC-TA-GAGG-GC-ATCTGACACATT-ATGGgttgg
gi|13 : ttgaaaactatgttgatttcctgttaaaaattaaagacaatttgaaacgaaactaagagtcctaaatatccccaATTATCTT---CT---T---TA-AAA--C---AA--A--ATT---A--------A--G------TC-----C-------C--AT------A----A-CTCCTT-C--A-----C--AACAAA-GGCCAACAAAAA-T--GAACATT-G-A--------G-T-C---TAAC---C-C---T---------CCT--GC-TTAATCC--A---A-G------TAA-------T-A---------------T------T-TAT--A---C------T-T-G-C--A----AAA--AA-TC-T-TCC-A--AG-G-GAACTA---AAGT--TATCT---------TG--TACC-ACAGGAAAG---TG-ATGATG--GACAGAC--TGAA-CA-G-ACA---------------G-CG--------TG--------ATT---AT-AA-TAGG-GCAACCTGTTATT---GTGGGAC---ac
gi|14 : -----A--------A--G------TC-----T-------C--AT------ATA--A-CTCAAT-A--A-----A--GACTAA-A-CC-ATAAATC-C--AAAAATC-----AA-G-G-A-A-C---T--T---C------------------------TAATT------------------T-------T-A---------------T-----------------T------T-T-A----A----AAA--A--TC-T-TCC-A--TG-G-AAACTT---AAGTCCTAT------------G--TGCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--TA-------TGGA-CA-G-A--------------------G--------TG--------ATT---TC-TA--GGG-AC-ACCTG-CATATG-GTGGGGCCA-GTAAAGA-GGACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
gi|15 : tttct-----A--------A--G------TC-----T-------C--AT------A----A-CTCAAT-A--A-----A--GACTAA-A-CC-ATAAATC-C--AAAAATC-----AA-G-G-A-A-C---T--T---C------------------------TAAT-------------------T-------T-A---------------T-----------------T------T-T-A----A----AAA--A--TC-T-TCCCA--TG-G-AAACTT---AAGT--CCCTA---------TG--TGCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--TA-------TGGA-CA-G-A--------------------G--------TG--------ATT---TC-TA--GGG-AC-ACCTGCCATATG-GTGGGGCCCAGTAAAGA-GGACAAAG-TTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGTa
gi|16 : AAGT---G-CTTTTATTTT---AT---T---GA-TAT--A---AA--A--ATTTTTA--------A--G------TC-----T----------ATGGCTTCA----ATCTCTCT-T--T-----ACCAACAAAAG-TTGATCATTC-T--TGAAATT-G-A-AG-G-G-G-T-C---T--T---C-C---T---------C-C--GA-CTTATCT--A---A-G------AAT-------CAA---------------T------A-TTT--ATAAT------T-C-A-A--G----AAA--AGTTT-T-TCCAA--AG-G-AAACAT---AAGA--TATCA---------CATTTGCC-ATT-GAAAG---TG-C
gi|17 : tgcatagggcatatacattAACT-CTGTAACAA-CAATTCTCAAGT--AATCTAAAATTG-TTGC--------AT--AGAAAAT---G-CTATTATCTT---AT----------TAT--C---AA--A--ATTAT-A--------A--G------TC-----C-------A--AT------T----A-TTCC-T-T--A-----A------------TGAT--ATT----------------AA-G-G-A-T-----T--T---C-C---T---------C-T--GCTTTTATCC--A---A-G------TAT-------T-A---------------G------G-TAT--AAAAT------T-T-A-T--A----TAA--A--TCAA-TC--A--AT-G-AAACTT---GA----TATCA---------TG--TGCC-Aaatga
gi|18 : GCC-ATA-GAAAG---GG-CTGATG--GACAGAAAATGGA-TG-G-ACG---GTCTGGTAAACAG-AG--------TG--------ATT---AT-TA-TAAG-GC-ATCCATAATATG-GCAGGGC---atccttttaatgaataagtatacagtgga
gi|19 : aaaacttccaagtaactaaaaaT---T---AA-TGT--G---AA--A--ATGTTCA--------A--G------TC-----C-------C--GT------A----T-CTCCAT-A--A------------------CGATTAAT--T--GAAAATC-A-A-AA-G-G-GGT-C---T--T---C-C---T---------C-T--TC-CAAATCT--G---T-A------CAT-------T-A---------------T------C-TTTTAAAAAT------TCT-A-C--A----AAA--A--TG-T-TCTCA--AA-T-AATCCC---AAGT--TACTG---------cttgatgagtgacttattgacacagaaaatgtgcagactttccagacagtgaacattatggaaattcgcattgtttacttacgta
gi|2 : agaaaactgacaagtgattaagaaaagcctctacaatgaatgtt-C---T--T---C-C---T---------C-T------TAATCG--A---A-A------TAT-------T-A---------------CAAGTAGG-TAC--AAAAT------T-A-A-C--C----AAA--A--TC-T-TCTTA--TGTG-TAATTT------C--T-TTT---------CC--TGCC-ATA-AAAAG---Tatggtggggccata
gi|2 : AAAATC--TTCTTATGTGTAATTTC----T--TTTCCTGC---CAT--AAAAAGT---C-CCACTCTTTT---AT---TTAAAACTAT--TTAAAG--ATCG-----A--------A--G------TT-----C-------C--GT------A----A-CTTTGT-A--A-----C--GAGAAA---CCGACTCATC-T--GAAA-TC-G-A-AA-G-G-A-TTC---T--T---C-T---T---------T-T--AA-CTAATCC--G---A-G------TAT-------T-A---------------C------T-TTT--ATATT------TCT-A-T--G----GAGCTA--TA-T-TC--A--AG-T-AGTCTC---AAGT--TACTG---------CG--TGTT-GTA-GAAAG---TG-Ccccactcttttatttaaaactatttaaagatcgaagttccgtaactttgtaacgagaaaccgactcatctgaaatcgaaaggattcttcttttaactaatccgagtattacttttatatttctatggagctatattcaagtagtctcaagttactgcgtgttgtagaaagtgcaattatcttcaaagaaatctcaaagtcccataactccataacaacaaaatcaataaatctgaacttcctctggcttgtccaagtgttatgtataaggtttttgaaaaactctcaaaggaaaattttctt
gi|2 : cttcctcttaatcgaaatattacaagtaggtacaaaattaaccACTAATCCGAGTATTACTTTTATATTTCTATGGAGCTA--TATTCAAGT--AGTCTCAAGTTA-CTGCGTGT---TGT--AGAAAGT---G-CAATTATCTTCAAAG---A---AA-TCT--C---A------------A--------A--G------TC-----C-------C--AT------A----A-CTCCAT-A--A-----C--AACAAA-A-TCAATAAATC-T--GAA--------------------C---T--T---C-C---T---------C-T--GG-CTTGTCC--A---A-G------TGT-------T-A---------------T------G-TAT--AAGGT------T-T-T-T--G----AAA--A--AC-T-CTCAA--AG-G-AAAATT---aattatcttcaaagaaatctcaaagtcccataactccataacaacaaaatcaataaatctgaacttcctctggcttgtccaagtgttatgtataaggtttttgaaaaactctcaaaggaaaattttctt
gi|20 : cttcctcttaatcgaaatattacaagtaggtacaaaattaaccaaaatcttcttatgtgtaatttcttttcctgccataaaaagtcccactcttttatttaaaactatttaaagatcgaagttccgtaactttgtaacgagaaaccgactcatctgaaatcgaaaggattcttcttttaATATT---AT---G---AA-TATT-C---A---------------------A--G------TC-----C-------C--AT------A----A-CTCTGT-A--A-----C--AATGAT-G-CTAAAAAATC-T--GAAA-------------------C---T--T---C-C---T---------C-C--AT-CTAATTC--A---A-G------TAT-------T-A---------------TATT---G-TATGTAAAAT------T-C-A-T--G----AAA--A--TC-T-TCCCC--AA-A-AAACTT---AAGT--TATTG---------TG--TGCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---GACA--------G-AA--------TG--------ATT---GT-TA-TGGG-GC-ACCttctt
gi|21 : ---AA-TAT--A---AA--A--A-----ATTCCA---A--G------TC-----C-------T--AT------A----A-CTCTGT-A--ACAATAA--TACATATA-CTAATAAATC-A--GAAAATT-G-A-AATG-G-G-T-C---T--T---C-T---T---------C-T---------TCC--C---A-G------CAT-------T-----------------T------C-TAT--AAAA--------------------------A--TC-C-TCTCA--AG-T-AACCTC---AAAT--TAGTA---------TG--TGCC-ATATGAA
gi|22 : gaaaacttgcaagtcagaaagggccctgtaatgaatagtcc-T-A-T--G----AAA--A--TA-T-TCCCA--AG-G-AAAGTC---A-----TATTG---------TG--TGCC-ATA-G-ATG---TG-CTGATGTCCA-------TGTA-CA-G-ACA---G-----------ATGGACGGACATTG--------ACT---AC-TG-TAGA-GC-ACCCACAATATG-GCAGGGCTCAGTCACAA-AAATA
gi|23 : attgaagttcaactgta---AA-TAT--CTT-AGTAA--A-----A--------ATTG------TC-----C-------C--AT------A----T-CTCTTT-A--A-----A--AGCAAA-A-CAAATACATA-T--GAAAGTT-G-A---------------------------------------C-T--GA-GTAATCC--C---A-A------CCT-------T-A---------------T------G--AT--TATAT------TCT-A-T--G----AAT--A--TC-T-T--------------CTC---AAGT--TTTTG---------CA--TGCC-ATA-GAAAG---Ttaaagatagcttaaaacaagaaatgt
gi|23 : ctgcaaagAATCCCAACCTTATGATTATATT-CTATGAATATC--TTCTCAAGT------------TT-TTGCATGC---CAT--AGAAAGT---A-TTATTATC-T---AT---C---AA-TGT--T---GA--A--A-----A--------A--attattatctatcaatgttgaaaaatt
gi|24 : ctgcaaagaatatcttagtaaaaattgtcccatatctctttaaaagcaaaacaaatacatatgaaagttgactgagtT--AGAAAGT---G-TTATCATTTA---AT---T---AA-CAT--C---A--------------------------------C-----C-------G--GT------A----A-C------------------AACAAA-T-CTGATAATTC-T--GACAATC-T-A-AA-GCA-A-T-C---T--C---C-C---T---------C-T--TC-CTAATCC--T---T-G------AAT-------C-A---------------T------C-CTT--AAATT------C-T-A-C--G----GAA--A--TC-T-TCtt
gi|25 : atccataaagtgtctataatgaatcagcttg-G-A-AG-G-G-G-C-CCTTT--T---T-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--A---A-G------TAT-------T-A---------------G------G-TA---AAGAC------C-TAA-A--A----AAA--A--TC-T-TCTCA--AG-G-AGACTT---GAATTATATTG---------TG---GCC-ATA--AAAA---TG-CTGAGA--GA-------TGGAGCA-G-ACA-----------------GA--------T----------TT---ACAAA-TAAT-GC-ATCTACCAT
gi|26 : --A--A-----A--------A--A------TC-----T-------C--AT------C----A-CTTTAT-A--A-----T--G-CAAA-A-ACTTTAAATT-TTTGAAAATT-G-A-AA-A-G-T-T-T---T--T---C-C---T-------------------AATTC--C---A-G------AAT-------T-A---------------T------G-TAT--CAAAT------T-T-A-T--G----AAA--A--TT---------------AAAGCT---AA-----AACG---------TG--TGCC-AGA-GAAAG---TG-CTAACG--GA-------ggcagagtc
gi|27 : ATAAATC-T--GAAAATA-A-A-AAGG-G-G-T-T---T--T---C-C---T---------T-T--GC-CCACTCC--T---A-G------TA--------C-A---------------T------G-TA
gi|28 : atttataactgtatttttttatgtttaacaggaaaaaaaataaataaataaactgacaagtcagaaaggtgccccaccCAAA-G-CCAATAAATC-T--GAAATTA-GCA-AG-G-G-G-T-C---T--T---T-T---T---------C-T--CT-CTAATTA--A---A-G------TAC-------T-G---------------T------G-TAA--AAAAAAAAAAAT-T-A-T--G----ACG--G--TC-T-TCCCA--TG-A-AAACTT---ACGT--CATTG---------TG--TGTC-GTA-G
gi|29 : --------A--G------TT-----T-------C--AT------T----A-CTCTGT-A--A-----A--AACAA-----CAA--------------------A-AA-A-G-A-C-C---T--C---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--A---A-ATATTATTAT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAG------T-C-A-T--G----AAA--A--T--T-TCCca
gi|3 : ATAAATC-A--GAAAATT-G-A-AAAG-G-G-T-C---T--T---C-A---T---------T-T--GC-CTAA
gi|3 : agaaaactgaccaatcagaaagggtctcgta--TGCC-ATA-GAAAG---TG-CCGACgaaaatctgccatagaaagtgccgaccaacacagtgatttatacaatgaaatccaagcattacctttaaattctatgaaaatcttgagtaatcttaattttttgtgtgccatagaaagtgctgtcatcttatcaatatataaaaaaattttaaatgtcataattctttaaggacaaagccaacaaatctggaaattaaaagtgtcatcctctgcctaatctgaatattatgtatgaaatttaagaaaaatcttcctaaagaaacttctcttattgcataccaaagaaaatattgatggacg
gi|3 : agaaaactgaccaatcagaaagggtctcgtaataaatcagaaaattgaaaagggtcttcatttgcctaagaaaatcAACACA--GTGATTTATAC----------AATG-AAATCCAAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TT---GAGT--AATCTTAATTTT-TTGTGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTGTCATCTT---AT---C---AA-TATA-T---AA--A--A-----A--------A--A------TT-----TTAAATGTC--AT------A----A-TTCTTT-A--A-----G--GACAAA-G-CCAACAAATC-T--GGAAATT-A-A-AA-G-T-G-T-C---A--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCT--G---A-A------TAT-------T-A---------------T------G-TAT--GAAAT------T-T-A-A--GA---AAA--A--TC-T-TCCTA--AA-G-AAACTT---CTCT--TATTG---------CA--TACC-AAA-GAAAA---TA-TTGATG--GA-------CGcaacacagtgatttatacaatgaaatccaagcattacctttaaattctatgaaaatcttgagtaatcttaattttttgtgtgccatagaaagtgctgtcatcttatcaatatataaaaaaattttaaatgtcataattctttaaggacaaagccaacaaatctggaaattaaaagtgtcatcctctgcctaatctgaatattatgtatgaaatttaagaaaaatcttcctaaagaaacttctcttattgcataccaaagaaaatattgatggacg
gi|30 : agaaaactgaccaatcagaaagggtctcgtaataaatcagaaaattgaaaagggtcttcatttgcctaagaaaatctgccatagaaagtgccgaccCGATACATC-G--GAGAATT-G-A-AA-G-G-GAC-C---T--T---T-C---T---------C-T--GT-CTTATCC--A---A-G------TAT-------T-A---------------T------G--------AAT------T-T-T-CTTA----GAA--A--TA-T-TCTTA--AG-G-AAATTT---AAGT--
gi|31 : -ATA-GAAAG---TG-CTGACG--AA-------CAGA-CA-G-ATA---GA----------G-AG--------TG--------ATTAACAT-TACTAGG-TC-ACCTGCCATGTGAAAGGGCC---ATAATGA-
gi|32 : ttgtgAGTTA-TCATATGT---CAT--GGAAAGT---G-CTAATATCTT---AT---T---AA-TAT--T---AA--A--A-----A--------A--AAGTAATTC-----C-------C--AT------A----A-CTCTGcaat
gi|33 : T------T-T-A-C-------AAA--A--CC-T-TCCCATAAA-A-AAACCA---AAGT--TACTG---------TG--TGCC-ATA-GAAAG---TG-TTGAC---AA-------TGAA-CA-
gi|34 : AA--A--CC-T-TCCCATAAA-A-AAACCA---AAGT--TACTG---------TG--TGCC-ATA-GAAAG---TGTTTGAC---AA-------TGAA-CA-aga
gi|35 : TGACG--GA-------CAGA-CG-G-ACA---A-----------T-G---------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCCGT-ATTTC-ATGCGAag
gi|37 : G--TGTC-ATT-GAAAG---TG-TTGATG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------ggcccttatta
gi|4 : tatcttCAATAAAAT-T--GAAAATC-G-A-AA-GAA-G-T-C---T--TAC-C-C---T---------A-T--AC-CT-ATTC--A---ATG------AAT-------T-A---------------C------A-TAA--AAAGT------A-T-A-C--A----AAA--A--TA-T-CCCTG--AG-A-AAATT------GT--CATTG---------Ca
gi|4 : agaaaactgccacgtcagaagggcccccaGAGTCTGAGCTTTACCTTTAAATA-CTACGACAATC--TTCTC----------------TA-TTACTTGC---CAT--AAGAAAT---G-CTATTACTGT---AT---T---AA-TAT--T---AG--A--A-----A--------A--T------TCAAAGAC-------CA-AT------A----A-CTCTGTCA--A-----A--GACAAT-G-CCGATAAATC---------CC-G-A-AA-------------T--T---C-C---TACCGTGTGGC-TACGC-CTAATCC--A---A-A------TATAACCAGGT-A---------------T------G-CAT--TAACT------T-T-A-C--G----AAA--A--AC-T-TCCCA--A--G-ACACTT---AAAT--TATTG---------CA--TGCC-ATA-GAAAG---Tcatgattggagtctgagctttacctttaaatactacgacaatcttctctattacttgccataagaaatgctattactgtattaatattagaaaattcaaagaccaataactctgtcaaagacaatgccgataaatcccgaaattcctaccgtgtggctacgcctaatccaaatataaccaggtatgcattaactttacgaaaaacttcccaagacacttaaattattgcatgccatagaaagt
gi|5 : agaaaactgccacgtcagaagggcccccacaataaaattgaaaatcgaaagaagtcttaccctatacctattcaatgaattacataaaaagtatacaaaaatatccctgagaaaattgtcattgccatgattgGATGGACACACA--GTGATT---AC----------AATACGAACCTGTACATTACCTTTAAATT-CTATGAACATC--TTCTCGAGT--AATCTCGATATA-TTGCATGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTGTCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--A------TC-----C-------C--AT------A----A-CTTTGT-C--A-----A--GACAAA-G-CTGATAAATC-T--GAAAATT-G-ACAA-G-G-G-T-C---T--G---C-C---T---------C-T--GC-TTAATCA--A---A-G------AAT-------C-A---------------T------G-CAT--AAAAT------T-T-G-T--G----AAA--A--TC-T-TATAA--AA-G-AAACTT---TAAT--TGTTG---------TG--TTTC-ATT-GAAAG---TG-TTGACA--GA-------TGGA-GA-G-ACAGTTG-----------G-GG--------CA--------ATT---CC-CT-TAGG-GC-ACCTGTCATTTG-GTGTGAC---ATAACGACATACAA--TTTT-CATT---TTAA-GGGATA
gi|6 : ct-----A--------A--A------TC-----C-------C--TT------A----A-TTCTGT-ATCA-----A--GA--AA-A-CTGATAAATA-T--GAAAATA-A-A-AA-G-G-GGT-C---T--TGAGT-CATAT---------C-T--TC-CTAATCT--G---A-G------CAT-------T-A---------------C------C-TTC--ATATT------T-T-A-T--G----CAA--A--TC-T-TCTGA--AG-C-AATCTC---AAGT--TATTG---------CA--TACC-ATA-GAAAG---TG-Caatctgt
gi|6 : agatacctacaaatcaaaaaggggtctctcaatgaatattttgatataaagtgttctAATCTGAGCATTACCTTCATATT-TTATGCAAATC--TTCTGAAGC--AATCTCAAGTTA-TTGCATAC---CAT--AGAAAGT---GCCTATATTCTG---AT---T---AA-TAT--CA--AG--A--AATTCCA--------A--G------TC-----C-------CTTAT------A----C-CTTTGT-A--ACGT--AT-GAC-AA-G-CCATTAAATA-A--GAAAACCTA-A-AA-G-G-G-T-C---T--ctatattctgattaatatcaagaaattccaagtcccttatacctttgtaacgtatgacaagccattaaataagaaaacctaaaagggtctacaagtttggtgaatattgtattgtca
gi|7 : agatacctacaaatcaaaaaggggtctctcaatgaatattttgatataaagtgttctaaatcccttaattctgtatcaagaaaactgataaatatgaaaataaaaaggggtcttgagtcatatcttcct---AA-TAT--T---A------------A--------G--G------TC-----C-------C--AT------A----A-CTCCTT-C--A-----C--AACAAA-G-CCAACAAAAAAT--GAACATT-G-A--------G-T-C---T--C---C-C---T---------C-T--GC-TTAATCC--A---A-G------TAA-------T-AA--------------T------T-TAT--A---C------T-T-G-C--A----AAA--A--TC-T-TCC-A--AG-G-GAACTA---AAGT--TATCT---------TG--TACC-ACA-GAAAG---TG-ATGATG--GACAGAC--TGTA-CA-G-ACA-----------------GG--------TG--------ATT---A--TA-TAGGCGC-ACCTGTTATGTG-acaagtttggtgaatattgtattgtca
gi|8 : tttttaaaaCAAG-A-ACGAAAAACC-T--GGAAATC-T-A-GT-G-GTG-T-C---T--T---C-C---T---------C-C--GC-CTAATTC--A------------CA--------T-A---------------T------C-TA---AAAAT------T-T-GTC--AATTTAAA--A--TA-T-TCTGA--AA-G-G--------AAGC--TGTTG---------CG--TGTC-ATA-AAAAG---CG-CTGACG--GA-------CCGA-CATGTACA---A-----------A-GT--------TATTAGTTTTATT---AC-TA-TAGG-A--ATCTGactaagcgattctggataagtaattccttgtaaatacagaagtgcagtcttaatatctactacatgcatgttttcacaagtttatttacgta
gi|8 : cacaggggcctagttacATT---AC----------TATAGGAATCTGAGCATTACCTTTCATTT-ATATGAACATC--C-------------CTTAAGTTG-TTGCGTATGTACATGTAGAAAGT------------------AT---T---AA-----------------A-----A--------A--G------TC-----C-------C--AT------A----T-TTCTGT-A--A-----A--GACAAA-G-CCGATAAATagcattacctttcatttatatgaacatcccttaagttgttgcgtatgtacatgtagaaagtattaaaaagtcccatatttctgtaaagacaaagccgataaat
gi|9 : cacaggggcctagttaccaagaacgaaaaacctggaaatctagtggtgtcttcctccgcctaattcacatatctaaaaatttgtcaatttaaaatattctgaaaggaagctgttgcgtgtcataaaaagcgctgacggaccgacatgtacaaagttattagttttGCATTACATTTA------CATGCATATT--TTAT-AAAC--AATCTTAAGCTG-TTG--TGC---CAT--AAACAGT---G-CTATAATTCT---AT---C---CA-C-T--C---AG------------------------------TC-----T-------C--AT------ATGTAA-CTCTGT----------------AAG-G-CCGATCTATC-G--AAAAATT-G-A-AA-G-G-GGT-T---T--T---C-C---T---------C-T--AC-CTAATTC--A---A-G------TTT-------G-A---------------T------G-CAT--AAAA-----------------------A--A--TC-T-TCCCA--AG-G-AAACTA---AAGT--TATTA---------TG--TGCCTATA-GATAT---AG-CTGACA--GA-------TACA-CA-G-ACA---GACC--------A-AG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACATATCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): AAACTGACCAGTCAGAAAGGGCCCCATGATGAATATACAGTAAAT
Unaligned ( gi|38 ): AATATAAAAAATTCTAAGTCCCACAACTCTGTAACAACAA
Unaligned ( gi|39 ): CTTTTTGAGTTATCGCGTCACAACTAAAATG
Alignments
lowQualScore : 11 111 4444444444 11111111111 4444444444444444444444444444 11111111 1111111 111111111111111111111111 111111111 111111111111 1111111 555555555555555555555555555 111 1 111
lowQualScore : 88 777 3333333333 1 0 4 44 0 44 1 00000000000 77 7 555 33 444 2 333 7777777 1 3333333333333333333333333333 22 444444 22222222 5555555 33 5555 1 33 3333333 666 0 3333 6666 1 3 2 1 7 333 11 333 1 222 444444444 1 222 1 11 1 666666666 4444444 1 222222222222222222222222 33 666666 3 1 333333333 11 22 11 1 44 33 1 1 5555 333 222222222222 11 1 1 2 222 3 22 4444444 1 1 2 222222222222222222222222222 88888888 444 2 2 2 2 33 2 55 4 333 6 0 333 6 6 6
lowQualScore : .. ... .......... . . . .. . .. . ........... .. . ... .. ... . ... ....... . ............................ .. ...... ........ ....... .. .... . .. ....... ... . .... .... . . . . . ... .. ... . ... ......... . ... . .. . ......... ....... . ........................ .. ...... . . ......... .. .. .. . .. .. . . .... ... ............ .. . . . ... . .. ....... . . . ........................... ........ ... . . . . .. . .. . ... . . ... . . .
lowQualScore : 33 555 8888888888 0 1 7 22 6 66 8 77777777777 11 7 444 99 777 5 999 5555555 8 0000000000000000000000000000 00 444444 11111111 0000000 77 4444 6 88 9999999 333 2 1111 4444 2 6 4 2 3 222 66 888 2 111 888888888 2 999 2 77 2 111111111 1111111 2 111111111111111111111111 55 222222 6 2 000000000 66 88 66 2 99 44 2 2 1111 999 999999999999 88 3 2 7 555 2 44 3333333 9 9 1 444444444444444444444444444 55555555 111 4 4 5 5 22 3 00 0 999 5 0 000 7 7 7
consensus : NNGATGGAAACACA--GTGATT---AC----------AATAAGAATCCGAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGT--AATCTCAAGTTA-TTGCGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTATCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A-C--G----AAA--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTT---AAGT---TATCG---------CG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------G-GG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCTGTCATNT--GGCGGGG-C---GTAANGA-GGACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
Reference ( family-291 ) : NNGATGGAAACACA--GTGATT---AC----------AATANGAATCCGAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGT--AATCTCAAGTTA-TTGCGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTATCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A-C--G----AAA--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTT---AAGT---TATCG---------CG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------G-GG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCTGTCATNT--GGCGGGG-C---GTAACGA-GGACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
gi|1 : CGATAAATC-T--GAATATT-G-A-TA-G-G-G-TT---T--T---CTC---T---------C-T--GT-CTAATC-------------------------------------------T------A-TAC--GAG----------T-A-C--------AA--A--TC--T-TTC-CA--CG-G-AAACTCA--AAGT---TATCA---------CG--T-GAG-ATA-GAAAGCTCTGACTGACG--GA-------TAGA-AA-G-ACA---------------A-CG--------TG--------ATT---AC-TA-CA
gi|1 : caaaggggccccgGATAGAAAGACAACGTGATT---ACTACATATAGTAATAAGAATTCGTTCATTG-------ATT-----GAAAATA--TTCTCAAGT------------TA-TTGCGTGA---CTT---GAAAGT---G-TTA----------A--------AA-AAT--C---C------------A--------T--G------TT--------C-------C--ATG----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-A-TCGATGGATC-C--GAAAATC-G-A-AA-A-G-G-GT---T--C---A-T---T---------C-T--AC-CTAAAACAAAA-A------A--AT-------T-ACATAAATTGCATCCGT------G-CAT--AAAAT------T-A-A-T--G----AAA--A--TA--TATCC-C---AT-G-AATCTT---CAGT---TATCA---------CG--T-GCC-ATA-AAAAG---TA-CTAAC-----------------C--G-ACA---------------G-GT--------TG--------ATT---GC-TA-TGTG-GC-tatagtaataagaattcgttcattgattgaaaatattctcaagttattgcgtgacttgaaagtgttaaaaaatccatgttccatgactctgtaaagacaaaatcgatggatccgaaaatcgaaaagggttcattctacctaaaacaaaaaaattacataaattgcatccgtgcataaaattaatgaaaatatatcccatgaatcttcagttatcacgtgccataaaaagtactaaccgacaggttgattgctatgtggcgggaccct
gi|10 : caaaggggccccgcgataaatctgaatattgatagggttttctctctgtctaatctatacgagtacaaatctttccacggaaactcaaagttatcacgtgagatagaaagctctgactgacg-CTATCATCTT---AT---C---AG-TATTTC---AA--A--ATTGT-A--------C--G------TC--------C-------C--ATA----GCTCTGT-T--A-----A-TATAGA-G-CCATTAAATC-T--GAAAATT-A-C-AA-G-G-G-GCA--T--T---C-T---T---------T-T--AC-CTAATCC--AA-A------T--AT-------A-A---------------T------G-TAT--AAAAC------T-T-G-G--G----AAA--A--TC--T-TGC-AA--AA-G-GAATTT---GAGT---TATCGGTCTTATCACA--C-ACC-ACA--ATAG---TG-CTGATG--GA-------TGGA-CA-G---A---G-----------G------------G--------ATT---AC-TG-TCGG-GC-Agggaccct
gi|11 : AAGTT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGG--AATCTTATGTTAGTGGCATTC---CAT--AGAGAGTAAAG-C--TTATCCT---TTAGGT---AA-AAT--A---AG--G--G-----ATACAATATA--G------TTAAA-----C-------T--ATA----ACTCTGT-AT-AC----A-GACAAA-G-CGG--CAATC-T----------------------------T--C---C-C---T---------C-T--GC-TCAA-AC--AA-C------TCAGT-------T-A---------------T------GTTAT--AAAATAAAA--T-A-A-T--G-----AA--A--TG--T-TCT-GA--AG-GTAAACCTTAAAAGT---TATTG---------TT--T-TCC-ATG-AAATA---TG-CT---G--GG-------TGGG-GA-G-Attcactatatacacagcttgaaactaaatttttaagggaccagtccg
gi|12 : ctttttagCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-GACC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTACTCC--AA-T------A--AT-------A-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A----------------------------A--AG-A-AATCTT---ACGT---TAT-A---------CA--A-GTC-ATA-GAAAG---TG-CTAACA--AA-------CAGA-CA-C-ACA------------------G--------TG--------ATT---AC-TA-GAGG-GC-ATCTGACACAT--gttgg
gi|13 : ttgaaaactatgttgatttcctgttaaaaattaaagacaatttgaaacgaaactaagagtcctaaatatccccaATTATCTT---CT---T---TA-AAA--C---AA--A--ATT---A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCCTT-C--A-----C-AACAAA-GGCCAACAAAAA-T--GAACATT-G-A--------G-TC---TAAC---C-C---T---------CCT--GC-TTAATCC--AA-G------T--AA-------T-A---------------T------T-TAT--A---C------T-T-G-C--A----AAA--AA-TC--T-TCC--A--AG-G-GAACTA---AAGT---TATCT---------TG--T-ACC-ACAGGAAAG---TG-ATGATG--GACAGAC--TGAA-CA-G-ACA---------------G-CG--------TG--------ATT---AT-AA-TAGG-GCAACCTGTTATT----GTGGGA-C---tatggac
gi|14 : -----A--------A--G------TC--------T-------C--ATATA--ACTCAAT-A--A-----A-GACTAA-A-CC-ATAAATC-C--AAAAATC-----AA-G-G-A-AC---T--T---C------------------------TAATT-----------------T-------T-A---------------T-----------------T------T-T-A----A----AAA--A--TC--T-TCC--A--TG-G-AAACTT---AAGTCC-TAT------------G--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--TA-------TGGA-CA-G-A--------------------G--------TG--------ATT---TC-TA--GGG-AC-ACCTG-CATAT--GGTGGGG-CCA-GTAAAGA-GGACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
gi|15 : tttct-----A--------A--G------TC--------T-------C--ATA----ACTCAAT-A--A-----A-GACTAA-A-CC-ATAAATC-C--AAAAATC-----AA-G-G-A-AC---T--T---C------------------------TAAT------------------T-------T-A---------------T-----------------T------T-T-A----A----AAA--A--TC--T-TCC-CA--TG-G-AAACTT---AAGTCCCTAT------------G--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--TA-------TGGA-CA-G-A--------------------G--------TG--------ATT---TC-TA--GGG-AC-ACCTGCCATAT--GGTGGGG-CCCAGTAAAGA-GGACAAAG-TTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGTa
gi|16 : AAGT---G-CTTTTATTTT---AT---T---GA-TAT--A---AA--A--ATTTTTA--------A--G------TCTATGGCTTC-------A--ATC----TCTCTTT-A--C-----C-AACAAAAG-TTGATCATTC-T--TGAAATT-G-A-AG-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-C--GA-CTTATCT--AA-G------A--AT-------CAA---------------T------A-TTT--ATAAT------T-C-A-A--G----AAA--AGTTT--T-TCC-AA--AG-G-AAACAT---AAGA---TATCA---------CATTT-GCC-ATT-GAAAG---TG-C
gi|17 : tgcatagggcatatacattAACT-CTGTAACAA-CAATTCTCAAGT--AATCTAAAATTG-TTGC--------AT--AGAAAAT---G-CTATTATCTT---AT----------TAT--C---AA--A--ATTAT-A--------A--G------TC--------C-------A--ATT----ATTCCTT-A--A-----------------TGAT--ATT----------------AA-G-G-A-T----T--T---C-C---T---------C-T--GCTTTTATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------G------G-TAT--AAAAT------T-T-A-T--A----TAA--A--TCAAT-----CA--AT-G-AAACTT---GA-----TATCA---------TG--T-GCC-Aaatga
gi|18 : -GCC-ATA-GAAAG---GG-CTGATG--GACAGAAAATGGA-TG-G-ACG---GTCTGGTAAACAG-AG--------TG--------ATT---AT-TA-TAAG-GC-ATCCATAATAT--GGCAGGG-C---atccttttaatgaataagtatacagtgga
gi|19 : aaaacttccaagtaactaaaaaT---T---AA-TGT--G---AA--A--ATGTTCA--------A--G------TC--------C-------C--GTA----TCTCCAT-A--A-----------------CGATTAAT--T--GAAAATC-A-A-AA-G-G-GGTC---T--T---C-C---T---------C-T--TC-CAAATCT--GT-A------C--AT-------T-A---------------T------C-TTTTAAAAAT------TCT-A-C--A----AAA--A--TG--T-TCT-CA--AA-T-AATCCC---AAGT---TActtgatgagtgacttattgacacagaaaatgtgcagactttccagacagtgaacattatggaaattcgcattgtttacttacgta
gi|2 : agaaaactgacaagtgattaagaaaagcctctacaatgaatgttC---T--T---C-C---T---------C-T------TAATCG--AA-A------T--AT-------T-A---------------CAAGTAGG-TAC--AAAAT------T-A-A-C--C----AAA--A--TC--T-TCT-TA--TGTG-TAATTT-----CT---TTTC----------C---T-GCC-ATA-AAAAG---Tctgatggtggggccata
gi|2 : AAAATC--TTCTTATGTGTAATTTC---TT--TTCC-TGC---CAT--AAAAAGT---C-CCACTCTTTT---AT---TTAAAACTAT--TTAAAG--ATCG-----A--------A--G------TT--------C-------C--GTA----ACTTTGT-A--A-----C-GAGAAA---CCGACTCATC-T--G-AAATC-G-A-AA-G-G-ATTC---T--T---C-T---T---------T-T--AA-CTAATCC--GA-G------T--AT-------T-A---------------C------T-TTT--ATATT------TCT-A-T--G----GAGCTA--TA--T-T---CA--AG-T-AGTCTC---AAGT---TACTG---------CG--T-GTT-GTA-GAAAG---TG-Ccccactcttttatttaaaactatttaaagatcgaagttccgtaactttgtaacgagaaaccgactcatctgaaatcgaaaggattcttcttttaactaatccgagtattacttttatatttctatggagctatattcaagtagtctcaagttactgcgtgttgtagaaagtgcaattatcttcaaagaaatctcaaagtcccataactccataacaacaaaatcaataaatctgaacttcctctggcttgtccaagtgttatgtataaggtttttgaaaaactctcaaaggaaaattttctt
gi|2 : cttcctcttaatcgaaatattacaagtaggtacaaaattaaccAATCCGAGTATTACTTTTATATTTCTATGGAGCTA--TATTCAAGT--AGTCTCAAGTTA-CTGCGTGT---TGT--AGAAAGT---G-CAATTATCTTCAAAG---A---AA-TCT--C---A------------A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCCAT-A--A-----C-AACAAA-A-TCAATAAATC-T--GAA-------------------C---T--T---C-C---T---------C-T--GG-CTTGTCC--AA-G------T--GT-------T-A---------------T------G-TAT--AAGGT------T-T-T-T--G----AAA--A--AC--T-CTC-AA--AG-G-AAAATT---aattatcttcaaagaaatctcaaagtcccataactccataacaacaaaatcaataaatctgaacttcctctggcttgtccaagtgttatgtataaggtttttgaaaaactctcaaaggaaaattttctt
gi|20 : cttcctcttaatcgaaatattacaagtaggtacaaaattaaccaaaatcttcttatgtgtaatttcttttcctgccataaaaagtcccactcttttatttaaaactatttaaagatcgaagttccgtaactttgtaacgagaaaccgactcatctgaaatcgaaaggattcttcttttaactATATT---AT---G---AA-TATT-C---A---------------------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----C-AATGAT-G-CTAAAAAATC-T--GAAA------------------C---T--T---C-C---T---------C-C--AT-CTAATTC--AA-G------T--AT-------T-A---------------TATT---G-TATGTAAAAT------T-C-A-T--G----AAA--A--TC--T-TCC-CC--AA-A-AAACTT---AAGT---TATTG---------TG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---GACA--------G-AA--------TG--------ATT---GT-TA-TGGG-GC-ACCttctt
gi|21 : ---AA-TAT--A---AA--A--A-----ATTCCA---A--G------TC--------C-------T--ATA----ACTCTGT-A--ACAATAA-TACATATA-CTAATAAATC-A--GAAAATT-G-A-AATG-G-G-TC---T--T---C-T---T---------C-T---------TCC--CA-G------C--AT-------T-----------------T------C-TAT--AAAA--------------------------A--TC--C-TCT-CA--AG-T-AACCTC---AAAT---TAGTA---------TG--T-GCC-ATATGAA
gi|22 : gaaaacttgcaagtcagaaagggccctgtaatgaatagtcc-T-A-T--G----AAA--A--TA--T-TCC-CA--AG-G-AAAGTC---A------TATTG---------TG--T-GCC-ATA-G-ATG---TG-CTGATGTCCA-------TGTA-CA-G-ACA---G-----------ATGGACGGACATTG--------ACT---AC-TG-TAGA-GC-ACCCACAATAT--GGCAGGG-C---
gi|23 : attgaagttcaactgta---AA-TAT--CTT-AGTAA--A-----A--------ATTG------TC--------C-------C--ATA----TCTCTTT-A--A-----A-AGCAAA-A-CAAATACATA-T--GAAAGTT-G-A--------------------------------------C-T--GA-GTAATCC--CA-A------C--CT-------T-A---------------T------G--AT--TATAT------TCT-A-T--G----AAT--A--TC--T-TCT-C-----------------AAGT---TTTTG---------CA--T-GCC-ATA-GAAAG---Ttcagtcacaaaaatataaagatagcttaaaacaagaaatgt
gi|23 : ctgcaaagAATCCCAACCTTATGATTATATT-CTATGAATATC--TTCTCAAGT-----------TT--TTGCATGC---CAT--AGAAAGT---A-TTATTATC-T---AT---C---AA-TGT--T---GA--A--A-----A--------A--attattatctatcaatgttgaaaaatt
gi|24 : ctgcaaagaatatcttagtaaaaattgtcccatatctctttaaaagcaaaacaaatacatatgaaagttgactgagtT--AGAAAGT---G-TTATCATTTA---AT---T---AA-CAT--C---A-----------------------------------------C-------C--G-----------GT-A--A-----C-AACAAA-T-CTGATAATTC-T--GACAATC-T-A-AA-GCA-A-TC---T--C---C-C---T---------C-T--TC-CTAATCC--TT-G------A--AT-------C-A---------------T------C-CTT--AAATT------C-T-A-C--G----GAA--A--TC--T-TCtt
gi|25 : atccataaagtgtctataatgaatcagcttg-G-A-AG-G-G-G-CCCTTT--T---T-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------G------G-TA---AAGAC------C-TAA-A--A----AAA--A--TC--T-TCT-CA--AG-G-AGACTT---GAAT---TATAT---------TG--TGGCC-ATA--AAAA---TG-CTGAGA--GA-------TGGAGCA-G-ACA-----------------GA--------T----------TT---ACAAA-TAAT-GC-ATCTACCA--T--GGCAGAG-
gi|26 : --A--A-----A--------A--A------TC--------T-------C--ATC----ACTTTAT-A--A-----T-G-CAAA-A-ACTTTAAATT-TTTGAAAATT-G-A-AA-A-G-T-TT---T--T---C-C---T-------------------AATTC--CA-G------A--AT-------T-A---------------T------G-TAT--CAAAT------T-T-A-T--G----AAA--A--TT-----------------AAAGCT---AA------AACG---------TG--T-GCC-AGA-GAAAG---TG-CTAACG--GA-------tc
gi|27 : ATAAATC-T--GAAAATA-A-A-AAGG-G-G-TT---T--T---C-C---T---------T-T--GC-CCACTCC--TA-G------T--A--------C-A---------------T------G-TA
gi|28 : atttataactgtatttttttatgtttaacaggaaaaaaaataaataaataaactgacaagtcagaaaggtgccccaccCAAA-G-CCAATAAATC-T--GAAATTA-GCA-AG-G-G-G-TC---T--T---T-T---T---------C-T--CT-CTAATTA--AA-G------T--AC-------T-G---------------T------G-TAA--AAAAAAAAAAAT-T-A-T--G----ACG--G--TC--T-TCC-CA--TG-A-AAACTT---ACGT---CATTG---------TG--T-GTC-GTA-G
gi|29 : --------A--G------TT--------T-------C--ATT----ACTCTGT-A--A-----A-AACAA-----CAA--------------------A-AA-A-G-A-CC---T--C---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-ATATTATT--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAG------T-C-A-T--G----AAA--A--T---T-TCC-ca
gi|3 : ATAAATC-A--GAAAATT-G-A-AAAG-G-G-TC---T--T---C-A---T---------T-T--GC-CTAA
gi|3 : agaaaactgaccaatcagaaagggtctcgtaAACACA--GTGATTTATAC----------AATGA-AATCCAAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TT---GAGT--AATCTTAATTTT-TTGTGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTGTCATCTT---AT---C---AA-TATA-T---AA--A--A-----A--------A--A------TT--------TTAAATGTC--ATA----ATTCTTT-A--A-----G-GACAAA-G-CCAACAAATC-T--GGAAATT-A-A-AA-G-T-G-TC---A--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCT--GA-A------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--GAAAT------T-T-A-A--GA---AAA--A--TC--T-TCC-TA--AA-G-AAACTT---CTCT---TATTG---------CA--T-ACC-AAA-GAAAA---TA-TTGATG--GA-------CGgaaaatctgccatagaaagtgccgaccaacacagtgatttatacaatgaaatccaagcattacctttaaattctatgaaaatcttgagtaatcttaattttttgtgtgccatagaaagtgctgtcatcttatcaatatataaaaaaattttaaatgtcataattctttaaggacaaagccaacaaatctggaaattaaaagtgtcatcctctgcctaatctgaatattatgtatgaaatttaagaaaaatcttcctaaagaaacttctcttattgcataccaaagaaaatattgatggacg
gi|30 : agaaaactgaccaatcagaaagggtctcgtaataaatcagaaaattgaaaagggtcttcatttgcctaagaaaatctgccatagaaagtgccgaccCGATACATC-G--GAGAATT-G-A-AA-G-G-GACC---T--T---T-C---T---------C-T--GT-CTTATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G--------AAT------T-T-T-CTTA----GAA--A--TA--T-TCT-TA--AG-G-AAATTT---AAGT---
gi|31 : -ATA-GAAAG---TG-CTGACG--AA-------CAGA-CA-G-ATA---GA----------G-AG--------TG--------ATTAACAT-TACTAGG-TC-ACCTGCCATGT--GAAAGGGCC---ATAATGA-
gi|32 : ttgtgAGTTA-TCATATGT---CAT--GGAAAGT---G-CTAATATCTT---AT---T---AA-TAT--T---AA--A--A-----A--------A--AAGTAATTC--------C-------C--ATA----ACTCTGcaat
gi|33 : T------T-T-A-C-------AAA--A--CC--T-TCC-CATAAA-A-AAACCA---AAGT---TACTG---------TG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-TTGAC---AA-------TGAA-CA-
gi|34 : AA--A--CC--T-TCC-CATAAA-A-AAACCA---AAGT---TACTG---------TG--T-GCC-ATA-GAAAG---TGTTTGAC---AA-------TGAA-CA-aga
gi|35 : TGACG--GA-------CAGA-CG-G-ACA---A-----------T-G---------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCCGT-ATTTCATGCGAGG-C---ag
gi|37 : ---TATCT---------TG--T-GTC-ATT-GAAAG---TG-TTGATG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------ccttatta
gi|4 : CAATAAAAT-T--GAAAATC-G-A-AA-GAA-G-TC---T--TAC-C-C---T---------A-T--AC-CT-ATTC--AATG------A--AT-------T-A---------------C------A-TAA--AAAGT------A-T-A-C--A----AAA--A--TA--T-CCC-TG--AG-A-AAATT------GT---CAT---------------T-GCC-ATa
gi|4 : agaaaactgccacgtcagaagggcccccaGAGTCTGAGCTTTACCTTTAAATA-CTACGACAATC--TTCTC----------------TA-TTACTTGC---CAT--AAGAAAT---G-CTATTACTGT---AT---T---AA-TAT--T---AG--A--A-----A--------A--T------TCAAAGA---C-------CA-ATA----ACTCTGTCA--A-----A-GACAAT-G-CCGATAAATC---------CC-G-A-AA------------T--T---C-C---TACCGTGTGGC-TACGC-CTAATCC--AA-A------T--ATAACCAGGT-A---------------T------G-CAT--TAACT------T-T-A-C--G----AAA--A--AC--T-TCC-CA--A--G-ACACTT---AAAT---TATTG---------CA--T-GCC-ATA-GAAAG---Tgattggagtctgagctttacctttaaatactacgacaatcttctctattacttgccataagaaatgctattactgtattaatattagaaaattcaaagaccaataactctgtcaaagacaatgccgataaatcccgaaattcctaccgtgtggctacgcctaatccaaatataaccaggtatgcattaactttacgaaaaacttcccaagacacttaaattattgcatgccatagaaagt
gi|5 : agaaaactgccacgtcagaagggcccccacaataaaattgaaaatcgaaagaagtcttaccctatacctattcaatgaattacataaaaagtatacaaaaatatccctgagaaaattgtcattgccatgattgGATGGACACACA--GTGATT---AC----------AATACGAACCTGTACATTACCTTTAAATT-CTATGAACATC--TTCTCGAGT--AATCTCGATATA-TTGCATGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTGTCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--A------TC--------C-------C--ATA----ACTTTGT-C--A-----A-GACAAA-G-CTGATAAATC-T--GAAAATT-G-ACAA-G-G-G-TC---T--G---C-C---T---------C-T--GC-TTAATCA--AA-G------A--AT-------C-A---------------T------G-CAT--AAAAT------T-T-G-T--G----AAA--A--TC--T-TAT-AA--AA-G-AAACTT---TAAT---TGTTG---------TG--T-TTC-ATT-GAAAG---TG-TTGACA--GA-------TGGA-GA-G-ACAGTTG-----------G-GG--------CA--------ATT---CC-CT-TAGG-GC-ACCTGTCATTT--GGTGTGA-C---ATAACGACATACAA--TTTT-CATT---TTAAGGG---ATAAATCTGT
gi|6 : ct-----A--------A--A------TC--------C-------C--TTA----ATTCTGT-ATCA-----A-GA--AA-A-CTGATAAATA-T--GAAAATA-A-A-AA-G-G-GGTC---T--TGAGT-CATAT---------C-T--TC-CTAATCT--GA-G------C--AT-------T-A---------------C------C-TTC--ATATT------T-T-A-T--G----CAA--A--TC--T-TCT-GA--AG-C-AATCTC---AAGT---TATTG---------CA--T-ACC-ATA-GAAAG---TG-C
gi|6 : agatacctacaaatcaaaaaggggtctctcaatgaatattttgatataaagtgttctAATCTGAGCATTACCTTCATATT-TTATGCAAATC--TTCTGAAGC--AATCTCAAGTTA-TTGCATAC---CAT--AGAAAGT---GCCTATATTCTG---AT---T---AA-TAT--CA--AG--A--AATTCCA--------A--G------TC--------C-------CTTATA----CCTTTGT-A--ACGT--ATGAC-AA-G-CCATTAAATA-A--GAAAACCTA-A-AA-G-G-G-TC---T--ctatattctgattaatatcaagaaattccaagtcccttatacctttgtaacgtatgacaagccattaaataagaaaacctaaaagggtctacaagtttggtgaatattgtattgtca
gi|7 : agatacctacaaatcaaaaaggggtctctcaatgaatattttgatataaagtgttctaaatcccttaattctgtatcaagaaaactgataaatatgaaaataaaaaggggtcttgagtcatatcttcct---AA-TAT--T---A------------A--------G--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCCTT-C--A-----C-AACAAA-G-CCAACAAAAAAT--GAACATT-G-A--------G-TC---T--C---C-C---T---------C-T--GC-TTAATCC--AA-G------T--AA-------T-AA--------------T------T-TAT--A---C------T-T-G-C--A----AAA--A--TC--T-TCC--A--AG-G-GAACTA---AAGT---TATCT---------TG--T-ACC-ACA-GAAAG---TG-ATGATG--GACAGAC--TGTA-CA-G-ACA-----------------GG--------TG--------ATT---A--TA-TAGGCGC-ACCTGTTATGT--GACTAAG-C---Gacaagtttggtgaatattgtattgtca
gi|8 : tttttaaaaCAAG-A-ACGAAAAACC-T--GGAAATC-T-A-GT-G-GTG-TC---T--T---C-C---T---------C-C--GC-CTAATTC--AC-A------T--AT-------C--------------------------TA---AAAAT------T-T-GTC--AATTTAAA--A--TA--T-TCTGAA--AG-G-AAGCT------GT---T---G---------CG--T-GTC-ATA-AAAAG---CG-CTGACG--GA-------CCGA-CATGTACA---A-----------A-GT--------TATTAGTTTTATT---AC-TA-TAGG-A--ATCTGattctggataagtaattccttgtaaatacagaagtgcagtcttaatatctactacatgcatgttttcacaagtttatttacgta
gi|8 : cacaggggcctagttacATT---AC----------TATAGGAATCTGAGCATTACCTTTCATTT-ATATGAACATC--C-------------CTTAAGTTG-TTGCGTATGTACATGTAGAAAGT------------------AT---T---AA-----------------A-----A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----TTTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATagcattacctttcatttatatgaacatcccttaagttgttgcgtatgtacatgtagaaagtattaaaaagtcccatatttctgtaaagacaaagccgataaat
gi|9 : cacaggggcctagttaccaagaacgaaaaacctggaaatctagtggtgtcttcctccgcctaattcacatatctaaaaatttgtcaatttaaaatattctgaaaggaagctgttgcgtgtcataaaaagcgctgacggaccgacatgtacaaagttattagttttGCATTACATTTA------CATGCATATT--TTAT-AAAC--AATCTTAAGCTG-TTG--TGC---CAT--AAACAGT---G-CTATAATTCT---AT---C---CA-C-T--C---AG------------------------------TC--------T-------C--ATATGTAACTCTGT-A--A-----G-G--------CCGATCTATC-G--AAAAATT-G-A-AA-G-G-GGTT---T--T---C-C---T---------C-T--AC-CTAATTC--AA-G------T--TT-------G-A---------------T------G-CAT--AAAA-----------------------A--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTA---AAGT---TATTA---------TG--T-GCCTATA-GATAT---AG-CTGACA--GA-------TACA-CA-G-ACA---GACC--------A-AG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACATATCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): AAACTGACCAGTCAGAAAGGGCCCCATGATGAATATACAGTAAAT
Unaligned ( gi|38 ): AATATAAAAAATTCTAAGTCCCACAACTCTGTAACAACAA
Unaligned ( gi|39 ): CTTTTTGAGTTATCGCGTCACAACTAAAATG
Alignments
lowQualScore : 11 111 33333333333 111 11111111111 4444444444444444444444444444 11111111 1111111 111111111111111111111111 111111111 111111111111 1111111 555555555555555555555555555 111 111 111
lowQualScore : 33 444 66666666666 444 0 4 44 0 44 1 00000000000 77 7 555 33 444 2 333 7777777 1 3333333333333333333333333333 22 444444 22222222 5555555 33 5555 1 33 3333333 666 0 3333 6666 1 3 2 1 7 333 11 333 1 222 444444444 1 222 1 11 1 666666666 4444444 1 222222222222222222222222 33 666666 3 1 333333333 11 22 11 1 44 33 1 1 5555 333 222222222222 11 1 1 2 222 3 22 4444444 1 1 2 222222222222222222222222222 88888888 444 2 2 2 2 33 2 55 8 333 1 222 333 6 6 6
lowQualScore : .. ... ........... ... . . .. . .. . ........... .. . ... .. ... . ... ....... . ............................ .. ...... ........ ....... .. .... . .. ....... ... . .... .... . . . . . ... .. ... . ... ......... . ... . .. . ......... ....... . ........................ .. ...... . . ......... .. .. .. . .. .. . . .... ... ............ .. . . . ... . .. ....... . . . ........................... ........ ... . . . . .. . .. . ... . ... ... . . .
lowQualScore : 88 000 00000000000 000 1 7 22 6 66 8 77777777777 11 7 444 99 777 5 999 5555555 8 0000000000000000000000000000 00 444444 11111111 0000000 77 4444 6 88 9999999 333 2 1111 4444 2 6 4 2 3 222 66 888 2 111 888888888 2 999 2 77 2 111111111 1111111 2 111111111111111111111111 55 222222 6 2 000000000 66 88 66 2 99 44 2 2 1111 999 999999999999 88 3 2 7 555 2 44 3333333 9 9 1 444444444444444444444444444 55555555 111 4 4 5 5 22 3 00 0 999 0 000 000 7 7 7
consensus : NNGATGGAAACACA--GTGATT---AC----------AATAA---GAATCCGAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGT--AATCTCAAGTTA-TTGCGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTATCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A-C--G----AAA--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTT---AAGT---TATCG---------CG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------G-GG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCTGTCATNT--GGCGGGG-C---GTAANGA-G-GACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
Reference ( family-291 ) : NNGATGGAAACACA--GTGATT---AC----------AATAA---GAATCCGAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGT--AATCTCAAGTTA-TTGCGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTATCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A-C--G----AAA--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTT---AAGT---TATCG---------CG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------G-GG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCTGTCATNT--GGCGGGG-C---GTAANGA-G-GACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
gi|1 : CGATAAATC-T--GAATATT-G-A-TA-G-G-G-TT---T--T---CTC---T---------C-T--GT-CTAATC-------------------------------------------T------A-TAC--GAG----------T-A-C--------AA--A--TC--T-TTC-CA--CG-G-AAACTCA--AAGT---TATCA---------CG--T-GAG-ATA-GAAAGCTCTGACTGACG--GA-------TAGA-AA-G-ACA---------------A-CG--------TG--------ATT---AC-TA-CA
gi|1 : caaaggggccccgGATAGAAAGACAACGTGATT---ACTACATATAGTAATAA---GAATTCGTTCATTG-------ATT-----GAAAATA--TTCTCAAGT------------TA-TTGCGTGA---CTT---GAAAGT---G-TTA----------A--------AA-AAT--C---C------------A--------T--G------TT--------C-------C--ATG----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-A-TCGATGGATC-C--GAAAATC-G-A-AA-A-G-G-GT---T--C---A-T---T---------C-T--AC-CTAAAACAAAA-A------A--AT-------T-ACATAAATTGCATCCGT------G-CAT--AAAAT------T-A-A-T--G----AAA--A--TA--TATCC-C---AT-G-AATCTT---CAGT---TATCA---------CG--T-GCC-ATA-AAAAG---TA-CTAAC-----------------C--G-ACA---------------G-GT--------TG--------ATT---GC-TA-TGTG-GC-tatagtaataagaattcgttcattgattgaaaatattctcaagttattgcgtgacttgaaagtgttaaaaaatccatgttccatgactctgtaaagacaaaatcgatggatccgaaaatcgaaaagggttcattctacctaaaacaaaaaaattacataaattgcatccgtgcataaaattaatgaaaatatatcccatgaatcttcagttatcacgtgccataaaaagtactaaccgacaggttgattgctatgtggcgggaccct
gi|10 : caaaggggccccgcgataaatctgaatattgatagggttttctctctgtctaatctatacgagtacaaatctttccacggaaactcaaagttatcacgtgagatagaaagctctgactgacg-CTATCATCTT---AT---C---AG-TATTTC---AA--A--ATTGT-A--------C--G------TC--------C-------C--ATA----GCTCTGT-T--A-----A-TATAGA-G-CCATTAAATC-T--GAAAATT-A-C-AA-G-G-G-GCA--T--T---C-T---T---------T-T--AC-CTAATCC--AA-A------T--AT-------A-A---------------T------G-TAT--AAAAC------T-T-G-G--G----AAA--A--TC--T-TGC-AA--AA-G-GAATTT---GAGT---TATCGGTCTTATCACA--C-ACC-ACA--ATAG---TG-CTGATG--GA-------TGGA-CA-G---A---G-----------G------------G--------ATT---AC-TG-TCGG-GC-Agggaccct
gi|11 : AAGTT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGG--AATCTTATGTTAGTGGCATTC---CAT--AGAGAGTAAAG-C--TTATCCT---TTAGGT---AA-AAT--A---AG--G--G-----ATACAATATA--G------TTAAA-----C-------T--ATA----ACTCTGT-AT-AC----A-GACAAA-G-CGG--CAATC-T----------------------------T--C---C-C---T---------C-T--GC-TCAA-AC--AA-C------TCAGT-------T-A---------------T------GTTAT--AAAATAAAA--T-A-A-T--G-----AA--A--TG--T-TCT-GA--AG-GTAAACCTTAAAAGT---TATTG---------TT--T-TCC-ATG-AAATA---TG-CT---G--GG-------TGGG-GA-G-Attcactatatacacagcttgaaactaaatttttaagggaccagtccg
gi|12 : ctttttagCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-GACC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTACTCC--AA-T------A--AT-------A-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A----------------------------A--AG-A-AATCTT---ACGT---TAT-A---------CA--A-GTC-ATA-GAAAG---TG-CTAACA--AA-------CAGA-CA-C-ACA------------------G--------TG--------ATT---AC-TA-GAGG-GC-ATCTGACACAT--gttgg
gi|13 : ttgaaaactatgttgatttcctgttaaaaattaaagacaatttgaaacgaaactaagagtcctaaatatccccaATTATCTT---CT---T---TA-AAA--C---AA--A--ATT---A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCCTT-C--A-----C-AACAAA-GGCCAACAAAAA-T--GAACATT-G-A--------G-TC---TAAC---C-C---T---------CCT--GC-TTAATCC--AA-G------T--AA-------T-A---------------T------T-TAT--A---C------T-T-G-C--A----AAA--AA-TC--T-TCC--A--AG-G-GAACTA---AAGT---TATCT---------TG--T-ACC-ACAGGAAAG---TG-ATGATG--GACAGAC--TGAA-CA-G-ACA---------------G-CG--------TG--------ATT---AT-AA-TAGG-GCAACCTGTTATT----GTGGGA-C---tatggac
gi|14 : -----A--------A--G------TC--------T-------C--ATATA--ACTCAAT-A--A-----A-GACTAA-A-CC-ATAAATC-C--AAAAATC-----AA-G-G-A-AC---T--T---C------------------------TAATT-----------------T-------T-A---------------T-----------------T------T-T-A----A----AAA--A--TC--T-TCC--A--TG-G-AAACTT---AAGTCC-TAT------------G--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--TA-------TGGA-CA-G-A--------------------G--------TG--------ATT---TC-TA--GGG-AC-ACCTG-CATAT--GGTGGGG-CCA-GTAAAGA-G-GACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
gi|15 : tttct-----A--------A--G------TC--------T-------C--ATA----ACTCAAT-A--A-----A-GACTAA-A-CC-ATAAATC-C--AAAAATC-----AA-G-G-A-AC---T--T---C------------------------TAAT------------------T-------T-A---------------T-----------------T------T-T-A----A----AAA--A--TC--T-TCC-CA--TG-G-AAACTT---AAGTCCCTAT------------G--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--TA-------TGGA-CA-G-A--------------------G--------TG--------ATT---TC-TA--GGG-AC-ACCTGCCATAT--GGTGGGG-CCCAGTAAAGA-G-GACAAAG-TTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGTa
gi|16 : AAGT---G-CTTTTATTTT---AT---T---GA-TAT--A---AA--A--ATTTTTA--------A--G------TCTATGGCTTC-------A--ATC----TCTCTTT-A--C-----C-AACAAAAG-TTGATCATTC-T--TGAAATT-G-A-AG-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-C--GA-CTTATCT--AA-G------A--AT-------CAA---------------T------A-TTT--ATAAT------T-C-A-A--G----AAA--AGTTT--T-TCC-AA--AG-G-AAACAT---AAGA---TATCA---------CATTT-GCC-ATT-GAAAG---TG-C
gi|17 : tgcatagggcatatacattAACT-CTGTAACAA-CAATTCTCAAGT--AATCTAAAATTG-TTGC--------AT--AGAAAAT---G-CTATTATCTT---AT----------TAT--C---AA--A--ATTAT-A--------A--G------TC--------C-------A--ATT----ATTCCTT-A--A-----------------TGAT--ATT----------------AA-G-G-A-T----T--T---C-C---T---------C-T--GCTTTTATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------G------G-TAT--AAAAT------T-T-A-T--A----TAA--A--TCAAT-----CA--AT-G-AAACTT---GA-----TATCA---------TG--T-GCC-Aaatga
gi|18 : -GCC-ATA-GAAAG---GG-CTGATG--GACAGAAAATGGA-TG-G-ACG---GTCTGGTAAACAG-AG--------TG--------ATT---AT-TA-TAAG-GC-ATCCATAATAT--GGCAGGGCC---TTGATGA-GTGACatccttttaatgaataagtatacagtgga
gi|19 : aaaacttccaagtaactaaaaaT---T---AA-TGT--G---AA--A--ATGTTCA--------A--G------TC--------C-------C--GTA----TCTCCAT-A--A-----------------CGATTAAT--T--GAAAATC-A-A-AA-G-G-GGTC---T--T---C-C---T---------C-T--TC-CAAATCT--GT-A------C--AT-------T-A---------------T------C-TTTTAAAAAT------TCT-A-C--A----AAA--A--TG--T-TCT-CA--AA-T-AATCCC---AAGT---TAttattgacacagaaaatgtgcagactttccagacagtgaacattatggaaattcgcattgtttacttacgta
gi|2 : agaaaactgacaagtgattaagaaaagcctctacaatgaatgttC---T--T---C-C---T---------C-T------TAATCG--AA-A------T--AT-------T-A---------------CAAGTAGG-TAC--AAAAT------T-A-A-C--C----AAA--A--TC--T-TCT-TA--TGTG-TAATTT-----CT---TTTC----------C---T-GCC-ATA-AAAAG---Tctgatggtggggccata
gi|2 : AAAATC--TTCTTATGTGTAATTTC---TT--TTCC-TGC---CAT--AAAAAGT---C-CCACTCTTTT---AT---TTAAAACTAT--TTAAAG--ATCG-----A--------A--G------TT--------C-------C--GTA----ACTTTGT-A--A-----C-GAGAAA---CCGACTCATC-T--G-AAATC-G-A-AA-G-G-ATTC---T--T---C-T---T---------T-T--AA-CTAATCC--GA-G------T--AT-------T-A---------------C------T-TTT--ATATT------TCT-A-T--G----GAGCTA--TA--T-T---CA--AG-T-AGTCTC---AAGT---TACTG---------CG--T-GTT-GTA-GAAAG---TG-Ccccactcttttatttaaaactatttaaagatcgaagttccgtaactttgtaacgagaaaccgactcatctgaaatcgaaaggattcttcttttaactaatccgagtattacttttatatttctatggagctatattcaagtagtctcaagttactgcgtgttgtagaaagtgcaattatcttcaaagaaatctcaaagtcccataactccataacaacaaaatcaataaatctgaacttcctctggcttgtccaagtgttatgtataaggtttttgaaaaactctcaaaggaaaattttctt
gi|2 : cttcctcttaatcgaaatattacaagtaggtacaaaattaaccAATCCGAGTATTACTTTTATATTTCTATGGAGCTA--TATTCAAGT--AGTCTCAAGTTA-CTGCGTGT---TGT--AGAAAGT---G-CAATTATCTTCAAAG---A---AA-TCT--C---A------------A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCCAT-A--A-----C-AACAAA-A-TCAATAAATC-T--GAA-------------------C---T--T---C-C---T---------C-T--GG-CTTGTCC--AA-G------T--GT-------T-A---------------T------G-TAT--AAGGT------T-T-T-T--G----AAA--A--AC--T-CTC-AA--AG-G-AAAATT---aattatcttcaaagaaatctcaaagtcccataactccataacaacaaaatcaataaatctgaacttcctctggcttgtccaagtgttatgtataaggtttttgaaaaactctcaaaggaaaattttctt
gi|20 : cttcctcttaatcgaaatattacaagtaggtacaaaattaaccaaaatcttcttatgtgtaatttcttttcctgccataaaaagtcccactcttttatttaaaactatttaaagatcgaagttccgtaactttgtaacgagaaaccgactcatctgaaatcgaaaggattcttcttttaactATATT---AT---G---AA-TATT-C---A---------------------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----C-AATGAT-G-CTAAAAAATC-T--GAAA------------------C---T--T---C-C---T---------C-C--AT-CTAATTC--AA-G------T--AT-------T-A---------------TATT---G-TATGTAAAAT------T-C-A-T--G----AAA--A--TC--T-TCC-CC--AA-A-AAACTT---AAGT---TATTG---------TG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---GACA--------G-AA--------TG--------ATT---GT-TA-TGGG-GC-ACCttctt
gi|21 : ---AA-TAT--A---AA--A--A-----ATTCCA---A--G------TC--------C-------T--ATA----ACTCTGT-A--ACAATAA-TACATATA-CTAATAAATC-A--GAAAATT-G-A-AATG-G-G-TC---T--T---C-T---T---------C-T---------TCC--CA-G------C--AT-------T-----------------T------C-TAT--AAAA--------------------------A--TC--C-TCT-CA--AG-T-AACCTC---AAAT---TAGTA---------TG--T-GCC-ATATGAA
gi|22 : gaaaacttgcaagtcagaaagggccctgtaatgaatagtcc-T-A-T--G----AAA--A--TA--T-TCC-CA--AG-G-AAAGTC---A------TATTG---------TG--T-GCC-ATA-G-ATG---TG-CTGATGTCCA-------TGTA-CA-G-ACA---G-----------ATGGACGGACATTG--------ACT---AC-TG-TAGA-GC-ACCCACAATAT--GGCAGGG-C---
gi|23 : attgaagttcaactgta---AA-TAT--CTT-AGTAA--A-----A--------ATTG------TC--------C-------C--ATA----TCTCTTT-A--A-----A-AGCAAA-A-CAAATACATA-T--GAAAGTT-G-A--------------------------------------C-T--GA-GTAATCC--CA-A------C--CT-------T-A---------------T------G--AT--TATAT------TCT-A-T--G----AAT--A--TC--T-TCT-C-----------------AAGT---TTTTG---------CA--T-GCC-ATA-GAAAG---Ttcagtcacaaaaatataaagatagcttaaaacaagaaatgt
gi|23 : ctgcaaagAATCCCAACCTTATGATTATATT-CTATGAATATC--TTCTCAAGT-----------TT--TTGCATGC---CAT--AGAAAGT---A-TTATTATC-T---AT---C---AA-TGT--T---GA--A--A-----A--------A--attattatctatcaatgttgaaaaatt
gi|24 : ctgcaaagaatatcttagtaaaaattgtcccatatctctttaaaagcaaaacaaatacatatgaaagttgactgagtT--AGAAAGT---G-TTATCATTTA---AT---T---AA-CAT--C---A-----------------------------------------C-------C--G-----------GT-A--A-----C-AACAAA-T-CTGATAATTC-T--GACAATC-T-A-AA-GCA-A-TC---T--C---C-C---T---------C-T--TC-CTAATCC--TT-G------A--AT-------C-A---------------T------C-CTT--AAATT------C-T-A-C--G----GAA--A--TC--T-TCtt
gi|25 : atccataaagtgtctataatgaatcagcttg-G-A-AG-G-G-G-CCCTTT--T---T-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------G------G-TA---AAGAC------C-TAA-A--A----AAA--A--TC--T-TCT-CA--AG-G-AGACTT---GAAT---TATAT---------TG--TGGCC-ATA--AAAA---TG-CTGAGA--GA-------TGGAGCA-G-ACA-----------------GA--------T----------TT---ACAAA-TAAT-GC-ATCTACCA--T--GGCAGAG-
gi|26 : --A--A-----A--------A--A------TC--------T-------C--ATC----ACTTTAT-A--A-----T-G-CAAA-A-ACTTTAAATT-TTTGAAAATT-G-A-AA-A-G-T-TT---T--T---C-C---T-------------------AATTC--CA-G------A--AT-------T-A---------------T------G-TAT--CAAAT------T-T-A-T--G----AAA--A--TT-----------------AAAGCT---AA------AACG---------TG--T-GCC-AGA-GAAAG---TG-CTAACG--GA-------tc
gi|27 : ATAAATC-T--GAAAATA-A-A-AAGG-G-G-TT---T--T---C-C---T---------T-T--GC-CCACTCC--TA-G------T--A--------C-A---------------T------G-TA
gi|28 : atttataactgtatttttttatgtttaacaggaaaaaaaataaataaataaactgacaagtcagaaaggtgccccaccCAAA-G-CCAATAAATC-T--GAAATTA-GCA-AG-G-G-G-TC---T--T---T-T---T---------C-T--CT-CTAATTA--AA-G------T--AC-------T-G---------------T------G-TAA--AAAAAAAAAAAT-T-A-T--G----ACG--G--TC--T-TCC-CA--TG-A-AAACTT---ACGT---CATTG---------TG--T-GTC-GTA-G
gi|29 : --------A--G------TT--------T-------C--ATT----ACTCTGT-A--A-----A-AACAA-----CAA--------------------A-AA-A-G-A-CC---T--C---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-ATATTATT--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAG------T-C-A-T--G----AAA--A--T---T-TCC-ca
gi|3 : ATAAATC-A--GAAAATT-G-A-AAAG-G-G-TC---T--T---C-A---T---------T-T--GC-CTAA
gi|3 : agaaaactgaccaatcagaaagggtctcgtaAACACA--GTGATTTATAC----------AATGA----AATCCAAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TT---GAGT--AATCTTAATTTT-TTGTGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTGTCATCTT---AT---C---AA-TATA-T---AA--A--A-----A--------A--A------TT--------TTAAATGTC--ATA----ATTCTTT-A--A-----G-GACAAA-G-CCAACAAATC-T--GGAAATT-A-A-AA-G-T-G-TC---A--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCT--GA-A------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--GAAAT------T-T-A-A--GA---AAA--A--TC--T-TCC-TA--AA-G-AAACTT---CTCT---TATTG---------CA--T-ACC-AAA-GAAAA---TA-TTGATG--GA-------CGgaaaatctgccatagaaagtgccgaccaacacagtgatttatacaatgaaatccaagcattacctttaaattctatgaaaatcttgagtaatcttaattttttgtgtgccatagaaagtgctgtcatcttatcaatatataaaaaaattttaaatgtcataattctttaaggacaaagccaacaaatctggaaattaaaagtgtcatcctctgcctaatctgaatattatgtatgaaatttaagaaaaatcttcctaaagaaacttctcttattgcataccaaagaaaatattgatggacg
gi|30 : agaaaactgaccaatcagaaagggtctcgtaataaatcagaaaattgaaaagggtcttcatttgcctaagaaaatctgccatagaaagtgccgaccCGATACATC-G--GAGAATT-G-A-AA-G-G-GACC---T--T---T-C---T---------C-T--GT-CTTATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G--------AAT------T-T-T-CTTA----GAA--A--TA--T-TCT-TA--AG-G-AAATTT---AAGT---
gi|31 : -ATA-GAAAG---TG-CTGACG--AA-------CAGA-CA-G-ATA---GA----------G-AG--------TG--------ATTAACAT-TACTAGG-TC-ACCTGCCATGT--GAAAGGGCC---ATAATGA-
gi|32 : ttgtgAGTTA-TCATATGT---CAT--GGAAAGT---G-CTAATATCTT---AT---T---AA-TAT--T---AA--A--A-----A--------A--AAGTAATTC--------C-------C--ATA----ACTCTGcaat
gi|33 : T------T-T-A-C-------AAA--A--CC--T-TCC-CATAAA-A-AAACCA---AAGT---TACTG---------TG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-TTGAC---AA-------TGAA-CA-
gi|34 : AA--A--CC--T-TCC-CATAAA-A-AAACCA---AAGT---TACTG---------TG--T-GCC-ATA-GAAAG---TGTTTGAC---AA-------TGAA-CA-aga
gi|35 : TGACG--GA-------CAGA-CG-G-ACA---A-----------T-G---------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCCGT-ATTTCATGCGAGG-C---ag
gi|37 : ---TATCT---------TG--T-GTC-ATT-GAAAG---TG-TTGATG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------ccttatta
gi|4 : CAATAAAAT-T--GAAAATC-G-A-AA-GAA-G-TC---T--TAC-C-C---T---------A-T--AC-CT-ATTC--AATG------A--AT-------T-A---------------C------A-TAA--AAAGT------A-T-A-C--A----AAA--A--TA--T-CCC-TG--AG-A-AAATT------GT---CAT---------------T-GCC-ATa
gi|4 : agaaaactgccacgtcagaagggccccca--GTCATT---GC----------CATGATTGGAGTCTGAGCTTTACCTTTAAATA-CTACGACAATC--TTCTC----------------TA-TTACTTGC---CAT--AAGAAAT---G-CTATTACTGT---AT---T---AA-TAT--T---AG--A--A-----A--------A--T------TCAAAGA---C-------CA-ATA----ACTCTGTCA--A-----A-GACAAT-G-CCGATAAATC---------CC-G-A-AA------------T--T---C-C---TACCGTGTGGC-TACGC-CTAATCC--AA-A------T--ATAACCAGGT-A---------------T------G-CAT--TAACT------T-T-A-C--G----AAA--A--AC--T-TCC-CA--A--G-ACACTT---AAAT---TATTG---------CA--T-GCC-ATA-GAAAG---Tgattggagtctgagctttacctttaaatactacgacaatcttctctattacttgccataagaaatgctattactgtattaatattagaaaattcaaagaccaataactctgtcaaagacaatgccgataaatcccgaaattcctaccgtgtggctacgcctaatccaaatataaccaggtatgcattaactttacgaaaaacttcccaagacacttaaattattgcatgccatagaaagt
gi|5 : agaaaactgccacgtcagaagggcccccacaataaaattgaaaatcgaaagaagtcttaccctatacctattcaatgaattacataaaaagtatacaaaaatatccctgagaaaattGATGGACACACA--GTGATT---AC----------AATAC---GAACCTGTACATTACCTTTAAATT-CTATGAACATC--TTCTCGAGT--AATCTCGATATA-TTGCATGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTGTCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--A------TC--------C-------C--ATA----ACTTTGT-C--A-----A-GACAAA-G-CTGATAAATC-T--GAAAATT-G-ACAA-G-G-G-TC---T--G---C-C---T---------C-T--GC-TTAATCA--AA-G------A--AT-------C-A---------------T------G-CAT--AAAAT------T-T-G-T--G----AAA--A--TC--T-TAT-AA--AA-G-AAACTT---TAAT---TGTTG---------TG--T-TTC-ATT-GAAAG---TG-TTGACA--GA-------TGGA-GA-G-ACAGTTG-----------G-GG--------CA--------ATT---CC-CT-TAGG-GC-ACCTGTCATTT--GGTGTGA-C---ATAACGACA-TACAA--TTTT-CATT---TTAAGGG---ATAAATCTGT
gi|6 : ct-----A--------A--A------TC--------C-------C--TTA----ATTCTGT-ATCA-----A-GA--AA-A-CTGATAAATA-T--GAAAATA-A-A-AA-G-G-GGTC---T--TGAGT-CATAT---------C-T--TC-CTAATCT--GA-G------C--AT-------T-A---------------C------C-TTC--ATATT------T-T-A-T--G----CAA--A--TC--T-TCT-GA--AG-C-AATCTC---AAGT---TATTG---------CA--T-ACC-ATA-GAAAG---TG-C
gi|6 : agatacctacaaatcaaaaaggggtctctcaatgaatattttgatataaagtgttctAATCTGAGCATTACCTTCATATT-TTATGCAAATC--TTCTGAAGC--AATCTCAAGTTA-TTGCATAC---CAT--AGAAAGT---GCCTATATTCTG---AT---T---AA-TAT--CA--AG--A--AATTCCA--------A--G------TC--------C-------CTTATA----CCTTTGT-A--ACGT--ATGAC-AA-G-CCATTAAATA-A--GAAAACCTA-A-AA-G-G-G-TC---T--ctatattctgattaatatcaagaaattccaagtcccttatacctttgtaacgtatgacaagccattaaataagaaaacctaaaagggtctacaagtttggtgaatattgtattgtca
gi|7 : agatacctacaaatcaaaaaggggtctctcaatgaatattttgatataaagtgttctaaatcccttaattctgtatcaagaaaactgataaatatgaaaataaaaaggggtcttgagtcatatcttcct---AA-TAT--T---A------------A--------G--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCCTT-C--A-----C-AACAAA-G-CCAACAAAAAAT--GAACATT-G-A--------G-TC---T--C---C-C---T---------C-T--GC-TTAATCC--AA-G------T--AA-------T-AA--------------T------T-TAT--A---C------T-T-G-C--A----AAA--A--TC--T-TCC--A--AG-G-GAACTA---AAGT---TATCT---------TG--T-ACC-ACA-GAAAG---TG-ATGATG--GACAGAC--TGTA-CA-G-ACA-----------------GG--------TG--------ATT---A--TA-TAGGCGC-ACCTGTTATGT--GACTAAG-C---Gacaagtttggtgaatattgtattgtca
gi|8 : tttttaaaaCAAG-A-ACGAAAAACC-T--GGAAATC-T-A-GT-G-GTG-TC---T--T---C-C---T---------C-C--GC-CTAATTC--AC-A------T--AT-------C--------------------------TA---AAAAT------T-T-GTC--AATTTAAA--A--TA--T-TCTGAA--AG-G-AAGCT------GT---T---G---------CG--T-GTC-ATA-AAAAG---CG-CTGACG--GA-------CCGA-CATGTACA---A-----------A-GT--------TATTAGTTTTATT---AC-TA-TAGG-A--ATCTGattctggataagtaattccttgtaaatacagaagtgcagtcttaatatctactacatgcatgttttcacaagtttatttacgta
gi|8 : cacaggggcctagttacATT---AC----------TATAG---GAATCTGAGCATTACCTTTCATTT-ATATGAACATC--C-------------CTTAAGTTG-TTGCGTATGTACATGTAGAAAGT------------------AT---T---AA-----------------A-----A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----TTTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATagcattacctttcatttatatgaacatcccttaagttgttgcgtatgtacatgtagaaagtattaaaaagtcccatatttctgtaaagacaaagccgataaat
gi|9 : cacaggggcctagttaccaagaacgaaaaacctggaaatctagtggtgtcttcctccgcctaattcacatatctaaaaatttgtcaatttaaaatattctgaaaggaagctgttgcgtgtcataaaaagcgctgacggaccgacatgtacaaagttattagttttGCATTACATTTA------CATGCATATT--TTAT-AAAC--AATCTTAAGCTG-TTG--TGC---CAT--AAACAGT---G-CTATAATTCT---AT---C---CA-C-T--C---AG------------------------------TC--------T-------C--ATATGTAACTCTGT-A--A-----G-G--------CCGATCTATC-G--AAAAATT-G-A-AA-G-G-GGTT---T--T---C-C---T---------C-T--AC-CTAATTC--AA-G------T--TT-------G-A---------------T------G-CAT--AAAA-----------------------A--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTA---AAGT---TATTA---------TG--T-GCCTATA-GATAT---AG-CTGACA--GA-------TACA-CA-G-ACA---GACC--------A-AG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACATATCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): AAACTGACCAGTCAGAAAGGGCCCCATGATGAATATACAGTAAAT
Unaligned ( gi|38 ): AATATAAAAAATTCTAAGTCCCACAACTCTGTAACAACAA
Unaligned ( gi|39 ): CTTTTTGAGTTATCGCGTCACAACTAAAATG
Alignments
lowQualScore : 11 111 33333333333 111 11111111111 4444444444444444444444444444 11111111 1111111 111111111111111111111111 111111111 111111111111 1111111 555555555555555555555555555 111 111 111
lowQualScore : 33 444 66666666666 444 0 4 44 0 44 1 00000000000 77 7 555 33 444 2 333 7777777 1 3333333333333333333333333333 22 444444 22222222 5555555 33 5555 1 33 3333333 666 0 3333 6666 1 3 2 1 7 333 11 333 1 222 444444444 1 222 1 11 1 666666666 4444444 1 222222222222222222222222 33 666666 3 1 333333333 11 22 11 1 44 33 1 1 5555 333 222222222222 11 1 1 2 222 3 22 4444444 1 1 2 222222222222222222222222222 88888888 444 2 2 2 2 33 2 55 8 333 1 222 333 6 6 6
lowQualScore : .. ... ........... ... . . .. . .. . ........... .. . ... .. ... . ... ....... . ............................ .. ...... ........ ....... .. .... . .. ....... ... . .... .... . . . . . ... .. ... . ... ......... . ... . .. . ......... ....... . ........................ .. ...... . . ......... .. .. .. . .. .. . . .... ... ............ .. . . . ... . .. ....... . . . ........................... ........ ... . . . . .. . .. . ... . ... ... . . .
lowQualScore : 88 000 00000000000 000 1 7 22 6 66 8 77777777777 11 7 444 99 777 5 999 5555555 8 0000000000000000000000000000 00 444444 11111111 0000000 77 4444 6 88 9999999 333 2 1111 4444 2 6 4 2 3 222 66 888 2 111 888888888 2 999 2 77 2 111111111 1111111 2 111111111111111111111111 55 222222 6 2 000000000 66 88 66 2 99 44 2 2 1111 999 999999999999 88 3 2 7 555 2 44 3333333 9 9 1 444444444444444444444444444 55555555 111 4 4 5 5 22 3 00 0 999 0 000 000 7 7 7
consensus : NNGATGGAAACACA--GTGATT---AC----------AATAA---GAATCCGAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGT--AATCTCAAGTTA-TTGCGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTATCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A-C--G----AAA--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTT---AAGT---TATCG---------CG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------G-GG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCTGTCATNT--GGCGGGG-C---GTAANGA-G-GACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
Reference ( family-291 ) : NNGATGGAAACACA--GTGATT---AC----------AATAA---GAATCCGAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGT--AATCTCAAGTTA-TTGCGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTATCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A-C--G----AAA--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTT---AAGT---TATCG---------CG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------G-GG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCTGTCATNT--GGCGGGG-C---GTAANGA-G-GACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
gi|1 : CGATAAATC-T--GAATATT-G-A-TA-G-G-G-TT---T--T---CTC---T---------C-T--GT-CTAATC-------------------------------------------T------A-TAC--GAG----------T-A-C--------AA--A--TC--T-TTC-CA--CG-G-AAACTCA--AAGT---TATCA---------CG--T-GAG-ATA-GAAAGCTCTGACTGACG--GA-------TAGA-AA-G-ACA---------------A-CG--------TG--------ATT---AC-TA-CA
gi|1 : caaaggggccccgGATAGAAAGACAACGTGATT---ACTACATATAGTAATAA---GAATTCGTTCATTG-------ATT-----GAAAATA--TTCTCAAGT------------TA-TTGCGTGA---CTT---GAAAGT---G-TTA----------A--------AA-AAT--C---C------------A--------T--G------TT--------C-------C--ATG----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-A-TCGATGGATC-C--GAAAATC-G-A-AA-A-G-G-GT---T--C---A-T---T---------C-T--AC-CTAAAACAAAA-A------A--AT-------T-ACATAAATTGCATCCGT------G-CAT--AAAAT------T-A-A-T--G----AAA--A--TA--TATCC-C---AT-G-AATCTT---CAGT---TATCA---------CG--T-GCC-ATA-AAAAG---TA-CTAAC-----------------C--G-ACA---------------G-GT--------TG--------ATT---GC-TA-TGTG-GC-tatagtaataagaattcgttcattgattgaaaatattctcaagttattgcgtgacttgaaagtgttaaaaaatccatgttccatgactctgtaaagacaaaatcgatggatccgaaaatcgaaaagggttcattctacctaaaacaaaaaaattacataaattgcatccgtgcataaaattaatgaaaatatatcccatgaatcttcagttatcacgtgccataaaaagtactaaccgacaggttgattgctatgtggcgggaccct
gi|10 : caaaggggccccgcgataaatctgaatattgatagggttttctctctgtctaatctatacgagtacaaatctttccacggaaactcaaagttatcacgtgagatagaaagctctgactgacg-CTATCATCTT---AT---C---AG-TATTTC---AA--A--ATTGT-A--------C--G------TC--------C-------C--ATA----GCTCTGT-T--A-----A-TATAGA-G-CCATTAAATC-T--GAAAATT-A-C-AA-G-G-G-GCA--T--T---C-T---T---------T-T--AC-CTAATCC--AA-A------T--AT-------A-A---------------T------G-TAT--AAAAC------T-T-G-G--G----AAA--A--TC--T-TGC-AA--AA-G-GAATTT---GAGT---TATCGGTCTTATCACA--C-ACC-ACA--ATAG---TG-CTGATG--GA-------TGGA-CA-G---A---G-----------G------------G--------ATT---AC-TG-TCGG-GC-Agggaccct
gi|11 : AAGTT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGG--AATCTTATGTTAGTGGCATTC---CAT--AGAGAGTAAAG-C--TTATCCT---TTAGGT---AA-AAT--A---AG--G--G-----ATACAATATA--G------TTAAA-----C-------T--ATA----ACTCTGT-AT-AC----A-GACAAA-G-CGG--CAATC-T----------------------------T--C---C-C---T---------C-T--GC-TCAA-AC--AA-C------TCAGT-------T-A---------------T------GTTAT--AAAATAAAA--T-A-A-T--G-----AA--A--TG--T-TCT-GA--AG-GTAAACCTTAAAAGT---TATTG---------TT--T-TCC-ATG-AAATA---TG-CT---G--GG-------TGGG-GA-G-Attcactatatacacagcttgaaactaaatttttaagggaccagtccg
gi|12 : ctttttagCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-GACC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTACTCC--AA-T------A--AT-------A-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A----------------------------A--AG-A-AATCTT---ACGT---TAT-A---------CA--A-GTC-ATA-GAAAG---TG-CTAACA--AA-------CAGA-CA-C-ACA------------------G--------TG--------ATT---AC-TA-GAGG-GC-ATCTGACACAT--gttgg
gi|13 : ttgaaaactatgttgatttcctgttaaaaattaaagacaatttgaaacgaaactaagagtcctaaatatccccaATTATCTT---CT---T---TA-AAA--C---AA--A--ATT---A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCCTT-C--A-----C-AACAAA-GGCCAACAAAAA-T--GAACATT-G-A--------G-TC---TAAC---C-C---T---------CCT--GC-TTAATCC--AA-G------T--AA-------T-A---------------T------T-TAT--A---C------T-T-G-C--A----AAA--AA-TC--T-TCC--A--AG-G-GAACTA---AAGT---TATCT---------TG--T-ACC-ACAGGAAAG---TG-ATGATG--GACAGAC--TGAA-CA-G-ACA---------------G-CG--------TG--------ATT---AT-AA-TAGG-GCAACCTGTTATT----GTGGGA-C---tatggac
gi|14 : -----A--------A--G------TC--------T-------C--ATATA--ACTCAAT-A--A-----A-GACTAA-A-CC-ATAAATC-C--AAAAATC-----AA-G-G-A-AC---T--T---C------------------------TAATT-----------------T-------T-A---------------T-----------------T------T-T-A----A----AAA--A--TC--T-TCC--A--TG-G-AAACTT---AAGTCC-TAT------------G--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--TA-------TGGA-CA-G-A--------------------G--------TG--------ATT---TC-TA--GGG-AC-ACCTG-CATAT--GGTGGGG-CCA-GTAAAGA-G-GACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
gi|15 : tttct-----A--------A--G------TC--------T-------C--ATA----ACTCAAT-A--A-----A-GACTAA-A-CC-ATAAATC-C--AAAAATC-----AA-G-G-A-AC---T--T---C------------------------TAAT------------------T-------T-A---------------T-----------------T------T-T-A----A----AAA--A--TC--T-TCC-CA--TG-G-AAACTT---AAGTCCCTAT------------G--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--TA-------TGGA-CA-G-A--------------------G--------TG--------ATT---TC-TA--GGG-AC-ACCTGCCATAT--GGTGGGG-CCCAGTAAAGA-G-GACAAAG-TTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGTa
gi|16 : AAGT---G-CTTTTATTTT---AT---T---GA-TAT--A---AA--A--ATTTTTA--------A--G------TCTATGGCTTC-------A--ATC----TCTCTTT-A--C-----C-AACAAAAG-TTGATCATTC-T--TGAAATT-G-A-AG-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-C--GA-CTTATCT--AA-G------A--AT-------CAA---------------T------A-TTT--ATAAT------T-C-A-A--G----AAA--AGTTT--T-TCC-AA--AG-G-AAACAT---AAGA---TATCA---------CATTT-GCC-ATT-GAAAG---TG-C
gi|17 : tgcatagggcatatacattAACT-CTGTAACAA-CAATTCTCAAGT--AATCTAAAATTG-TTGC--------AT--AGAAAAT---G-CTATTATCTT---AT----------TAT--C---AA--A--ATTAT-A--------A--G------TC--------C-------A--ATT----ATTCCTT-A--A-----------------TGAT--ATT----------------AA-G-G-A-T----T--T---C-C---T---------C-T--GCTTTTATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------G------G-TAT--AAAAT------T-T-A-T--A----TAA--A--TCAAT-----CA--AT-G-AAACTT---GA-----TATCA---------TG--T-GCC-Aaatga
gi|18 : -GCC-ATA-GAAAG---GG-CTGATG--GACAGAAAATGGA-TG-G-ACG---GTCTGGTAAACAG-AG--------TG--------ATT---AT-TA-TAAG-GC-ATCCATAATAT--GGCAGGGCC---TTGATGA-GTGACatccttttaatgaataagtatacagtgga
gi|19 : aaaacttccaagtaactaaaaaT---T---AA-TGT--G---AA--A--ATGTTCA--------A--G------TC--------C-------C--GTA----TCTCCAT-A--A-----------------CGATTAAT--T--GAAAATC-A-A-AA-G-G-GGTC---T--T---C-C---T---------C-T--TC-CAAATCT--GT-A------C--AT-------T-A---------------T------C-TTTTAAAAAT------TCT-A-C--A----AAA--A--TG--T-TCT-CA--AA-T-AATCCC---AAGT---TAttattgacacagaaaatgtgcagactttccagacagtgaacattatggaaattcgcattgtttacttacgta
gi|2 : agaaaactgacaagtgattaagaaaagcctctacaatgaatgttC---T--T---C-C---T---------C-T------TAATCG--AA-A------T--AT-------T-A---------------CAAGTAGG-TAC--AAAAT------T-A-A-C--C----AAA--A--TC--T-TCT-TA--TGTG-TAATTT-----CT---TTTC----------C---T-GCC-ATA-AAAAG---Tctgatggtggggccata
gi|2 : AAAATC--TTCTTATGTGTAATTTC---TT--TTCC-TGC---CAT--AAAAAGT---C-CCACTCTTTT---AT---TTAAAACTAT--TTAAAG--ATCG-----A--------A--G------TT--------C-------C--GTA----ACTTTGT-A--A-----C-GAGAAA---CCGACTCATC-T--G-AAATC-G-A-AA-G-G-ATTC---T--T---C-T---T---------T-T--AA-CTAATCC--GA-G------T--AT-------T-A---------------C------T-TTT--ATATT------TCT-A-T--G----GAGCTA--TA--T-T---CA--AG-T-AGTCTC---AAGT---TACTG---------CG--T-GTT-GTA-GAAAG---TG-Ccccactcttttatttaaaactatttaaagatcgaagttccgtaactttgtaacgagaaaccgactcatctgaaatcgaaaggattcttcttttaactaatccgagtattacttttatatttctatggagctatattcaagtagtctcaagttactgcgtgttgtagaaagtgcaattatcttcaaagaaatctcaaagtcccataactccataacaacaaaatcaataaatctgaacttcctctggcttgtccaagtgttatgtataaggtttttgaaaaactctcaaaggaaaattttctt
gi|2 : cttcctcttaatcgaaatattacaagtaggtacaaaattaaccAATCCGAGTATTACTTTTATATTTCTATGGAGCTA--TATTCAAGT--AGTCTCAAGTTA-CTGCGTGT---TGT--AGAAAGT---G-CAATTATCTTCAAAG---A---AA-TCT--C---A------------A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCCAT-A--A-----C-AACAAA-A-TCAATAAATC-T--GAA-------------------C---T--T---C-C---T---------C-T--GG-CTTGTCC--AA-G------T--GT-------T-A---------------T------G-TAT--AAGGT------T-T-T-T--G----AAA--A--AC--T-CTC-AA--AG-G-AAAATT---aattatcttcaaagaaatctcaaagtcccataactccataacaacaaaatcaataaatctgaacttcctctggcttgtccaagtgttatgtataaggtttttgaaaaactctcaaaggaaaattttctt
gi|20 : cttcctcttaatcgaaatattacaagtaggtacaaaattaaccaaaatcttcttatgtgtaatttcttttcctgccataaaaagtcccactcttttatttaaaactatttaaagatcgaagttccgtaactttgtaacgagaaaccgactcatctgaaatcgaaaggattcttcttttaactATATT---AT---G---AA-TATT-C---A---------------------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----C-AATGAT-G-CTAAAAAATC-T--GAAA------------------C---T--T---C-C---T---------C-C--AT-CTAATTC--AA-G------T--AT-------T-A---------------TATT---G-TATGTAAAAT------T-C-A-T--G----AAA--A--TC--T-TCC-CC--AA-A-AAACTT---AAGT---TATTG---------TG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---GACA--------G-AA--------TG--------ATT---GT-TA-TGGG-GC-ACCttctt
gi|21 : ---AA-TAT--A---AA--A--A-----ATTCCA---A--G------TC--------C-------T--ATA----ACTCTGT-A--ACAATAA-TACATATA-CTAATAAATC-A--GAAAATT-G-A-AATG-G-G-TC---T--T---C-T---T---------C-T---------TCC--CA-G------C--AT-------T-----------------T------C-TAT--AAAA--------------------------A--TC--C-TCT-CA--AG-T-AACCTC---AAAT---TAGTA---------TG--T-GCC-ATATGAA
gi|22 : gaaaacttgcaagtcagaaagggccctgtaatgaatagtcc-T-A-T--G----AAA--A--TA--T-TCC-CA--AG-G-AAAGTC---A------TATTG---------TG--T-GCC-ATA-G-ATG---TG-CTGATGTCCA-------TGTA-CA-G-ACA---G-----------ATGGACGGACATTG--------ACT---AC-TG-TAGA-GC-ACCCACAATAT--GGCAGGG-C---
gi|23 : attgaagttcaactgta---AA-TAT--CTT-AGTAA--A-----A--------ATTG------TC--------C-------C--ATA----TCTCTTT-A--A-----A-AGCAAA-A-CAAATACATA-T--GAAAGTT-G-A--------------------------------------C-T--GA-GTAATCC--CA-A------C--CT-------T-A---------------T------G--AT--TATAT------TCT-A-T--G----AAT--A--TC--T-TCT-C-----------------AAGT---TTTTG---------CA--T-GCC-ATA-GAAAG---Ttcagtcacaaaaatataaagatagcttaaaacaagaaatgt
gi|23 : ctgcaaagAATCCCAACCTTATGATTATATT-CTATGAATATC--TTCTCAAGT-----------TT--TTGCATGC---CAT--AGAAAGT---A-TTATTATC-T---AT---C---AA-TGT--T---GA--A--A-----A--------A--attattatctatcaatgttgaaaaatt
gi|24 : ctgcaaagaatatcttagtaaaaattgtcccatatctctttaaaagcaaaacaaatacatatgaaagttgactgagtT--AGAAAGT---G-TTATCATTTA---AT---T---AA-CAT--C---A-----------------------------------------C-------C--G-----------GT-A--A-----C-AACAAA-T-CTGATAATTC-T--GACAATC-T-A-AA-GCA-A-TC---T--C---C-C---T---------C-T--TC-CTAATCC--TT-G------A--AT-------C-A---------------T------C-CTT--AAATT------C-T-A-C--G----GAA--A--TC--T-TCtt
gi|25 : atccataaagtgtctataatgaatcagcttg-G-A-AG-G-G-G-CCCTTT--T---T-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------G------G-TA---AAGAC------C-TAA-A--A----AAA--A--TC--T-TCT-CA--AG-G-AGACTT---GAAT---TATAT---------TG--TGGCC-ATA--AAAA---TG-CTGAGA--GA-------TGGAGCA-G-ACA-----------------GA--------T----------TT---ACAAA-TAAT-GC-ATCTACCA--T--GGCAGAG-
gi|26 : --A--A-----A--------A--A------TC--------T-------C--ATC----ACTTTAT-A--A-----T-G-CAAA-A-ACTTTAAATT-TTTGAAAATT-G-A-AA-A-G-T-TT---T--T---C-C---T-------------------AATTC--CA-G------A--AT-------T-A---------------T------G-TAT--CAAAT------T-T-A-T--G----AAA--A--TT-----------------AAAGCT---AA------AACG---------TG--T-GCC-AGA-GAAAG---TG-CTAACG--GA-------tc
gi|27 : ATAAATC-T--GAAAATA-A-A-AAGG-G-G-TT---T--T---C-C---T---------T-T--GC-CCACTCC--TA-G------T--A--------C-A---------------T------G-TA
gi|28 : atttataactgtatttttttatgtttaacaggaaaaaaaataaataaataaactgacaagtcagaaaggtgccccaccCAAA-G-CCAATAAATC-T--GAAATTA-GCA-AG-G-G-G-TC---T--T---T-T---T---------C-T--CT-CTAATTA--AA-G------T--AC-------T-G---------------T------G-TAA--AAAAAAAAAAAT-T-A-T--G----ACG--G--TC--T-TCC-CA--TG-A-AAACTT---ACGT---CATTG---------TG--T-GTC-GTA-G
gi|29 : --------A--G------TT--------T-------C--ATT----ACTCTGT-A--A-----A-AACAA-----CAA--------------------A-AA-A-G-A-CC---T--C---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-ATATTATT--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAG------T-C-A-T--G----AAA--A--T---T-TCC-ca
gi|3 : ATAAATC-A--GAAAATT-G-A-AAAG-G-G-TC---T--T---C-A---T---------T-T--GC-CTAA
gi|3 : agaaaactgaccaatcagaaagggtctcgtaAACACA--GTGATTTATAC----------AATGA----AATCCAAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TT---GAGT--AATCTTAATTTT-TTGTGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTGTCATCTT---AT---C---AA-TATA-T---AA--A--A-----A--------A--A------TT--------TTAAATGTC--ATA----ATTCTTT-A--A-----G-GACAAA-G-CCAACAAATC-T--GGAAATT-A-A-AA-G-T-G-TC---A--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCT--GA-A------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--GAAAT------T-T-A-A--GA---AAA--A--TC--T-TCC-TA--AA-G-AAACTT---CTCT---TATTG---------CA--T-ACC-AAA-GAAAA---TA-TTGATG--GA-------CGgaaaatctgccatagaaagtgccgaccaacacagtgatttatacaatgaaatccaagcattacctttaaattctatgaaaatcttgagtaatcttaattttttgtgtgccatagaaagtgctgtcatcttatcaatatataaaaaaattttaaatgtcataattctttaaggacaaagccaacaaatctggaaattaaaagtgtcatcctctgcctaatctgaatattatgtatgaaatttaagaaaaatcttcctaaagaaacttctcttattgcataccaaagaaaatattgatggacg
gi|30 : agaaaactgaccaatcagaaagggtctcgtaataaatcagaaaattgaaaagggtcttcatttgcctaagaaaatctgccatagaaagtgccgaccCGATACATC-G--GAGAATT-G-A-AA-G-G-GACC---T--T---T-C---T---------C-T--GT-CTTATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G--------AAT------T-T-T-CTTA----GAA--A--TA--T-TCT-TA--AG-G-AAATTT---AAGT---
gi|31 : -ATA-GAAAG---TG-CTGACG--AA-------CAGA-CA-G-ATA---GA----------G-AG--------TG--------ATTAACAT-TACTAGG-TC-ACCTGCCATGT--GAAAGGGCC---ATAATGA-
gi|32 : ttgtgAGTTA-TCATATGT---CAT--GGAAAGT---G-CTAATATCTT---AT---T---AA-TAT--T---AA--A--A-----A--------A--AAGTAATTC--------C-------C--ATA----ACTCTGcaat
gi|33 : T------T-T-A-C-------AAA--A--CC--T-TCC-CATAAA-A-AAACCA---AAGT---TACTG---------TG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-TTGAC---AA-------TGAA-CA-
gi|34 : AA--A--CC--T-TCC-CATAAA-A-AAACCA---AAGT---TACTG---------TG--T-GCC-ATA-GAAAG---TGTTTGAC---AA-------TGAA-CA-aga
gi|35 : TGACG--GA-------CAGA-CG-G-ACA---A-----------T-G---------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCCGT-ATTTCATGCGAGG-C---ag
gi|37 : ---TATCT---------TG--T-GTC-ATT-GAAAG---TG-TTGATG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------ccttatta
gi|4 : CAATAAAAT-T--GAAAATC-G-A-AA-GAA-G-TC---T--TAC-C-C---T---------A-T--AC-CT-ATTC--AATG------A--AT-------T-A---------------C------A-TAA--AAAGT------A-T-A-C--A----AAA--A--TA--T-CCC-TG--AG-A-AAATT------GT---CAT---------------T-GCC-ATa
gi|4 : agaaaactgccacgtcagaagggccccca--GTCATT---GC----------CATGATTGGAGTCTGAGCTTTACCTTTAAATA-CTACGACAATC--TTCTC----------------TA-TTACTTGC---CAT--AAGAAAT---G-CTATTACTGT---AT---T---AA-TAT--T---AG--A--A-----A--------A--T------TCAAAGA---C-------CA-ATA----ACTCTGTCA--A-----A-GACAAT-G-CCGATAAATC---------CC-G-A-AA------------T--T---C-C---TACCGTGTGGC-TACGC-CTAATCC--AA-A------T--ATAACCAGGT-A---------------T------G-CAT--TAACT------T-T-A-C--G----AAA--A--AC--T-TCC-CA--A--G-ACACTT---AAAT---TATTG---------CA--T-GCC-ATA-GAAAG---Tgattggagtctgagctttacctttaaatactacgacaatcttctctattacttgccataagaaatgctattactgtattaatattagaaaattcaaagaccaataactctgtcaaagacaatgccgataaatcccgaaattcctaccgtgtggctacgcctaatccaaatataaccaggtatgcattaactttacgaaaaacttcccaagacacttaaattattgcatgccatagaaagt
gi|5 : agaaaactgccacgtcagaagggcccccacaataaaattgaaaatcgaaagaagtcttaccctatacctattcaatgaattacataaaaagtatacaaaaatatccctgagaaaattGATGGACACACA--GTGATT---AC----------AATAC---GAACCTGTACATTACCTTTAAATT-CTATGAACATC--TTCTCGAGT--AATCTCGATATA-TTGCATGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTGTCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--A------TC--------C-------C--ATA----ACTTTGT-C--A-----A-GACAAA-G-CTGATAAATC-T--GAAAATT-G-ACAA-G-G-G-TC---T--G---C-C---T---------C-T--GC-TTAATCA--AA-G------A--AT-------C-A---------------T------G-CAT--AAAAT------T-T-G-T--G----AAA--A--TC--T-TAT-AA--AA-G-AAACTT---TAAT---TGTTG---------TG--T-TTC-ATT-GAAAG---TG-TTGACA--GA-------TGGA-GA-G-ACAGTTG-----------G-GG--------CA--------ATT---CC-CT-TAGG-GC-ACCTGTCATTT--GGTGTGA-C---ATAACGACA-TACAA--TTTT-CATT---TTAAGGG---ATAAATCTGT
gi|6 : ct-----A--------A--A------TC--------C-------C--TTA----ATTCTGT-ATCA-----A-GA--AA-A-CTGATAAATA-T--GAAAATA-A-A-AA-G-G-GGTC---T--TGAGT-CATAT---------C-T--TC-CTAATCT--GA-G------C--AT-------T-A---------------C------C-TTC--ATATT------T-T-A-T--G----CAA--A--TC--T-TCT-GA--AG-C-AATCTC---AAGT---TATTG---------CA--T-ACC-ATA-GAAAG---TG-C
gi|6 : agatacctacaaatcaaaaaggggtctctcaatgaatattttgatataaagtgttctAATCTGAGCATTACCTTCATATT-TTATGCAAATC--TTCTGAAGC--AATCTCAAGTTA-TTGCATAC---CAT--AGAAAGT---GCCTATATTCTG---AT---T---AA-TAT--CA--AG--A--AATTCCA--------A--G------TC--------C-------CTTATA----CCTTTGT-A--ACGT--ATGAC-AA-G-CCATTAAATA-A--GAAAACCTA-A-AA-G-G-G-TC---T--ctatattctgattaatatcaagaaattccaagtcccttatacctttgtaacgtatgacaagccattaaataagaaaacctaaaagggtctacaagtttggtgaatattgtattgtca
gi|7 : agatacctacaaatcaaaaaggggtctctcaatgaatattttgatataaagtgttctaaatcccttaattctgtatcaagaaaactgataaatatgaaaataaaaaggggtcttgagtcatatcttcct---AA-TAT--T---A------------A--------G--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCCTT-C--A-----C-AACAAA-G-CCAACAAAAAAT--GAACATT-G-A--------G-TC---T--C---C-C---T---------C-T--GC-TTAATCC--AA-G------T--AA-------T-AA--------------T------T-TAT--A---C------T-T-G-C--A----AAA--A--TC--T-TCC--A--AG-G-GAACTA---AAGT---TATCT---------TG--T-ACC-ACA-GAAAG---TG-ATGATG--GACAGAC--TGTA-CA-G-ACA-----------------GG--------TG--------ATT---A--TA-TAGGCGC-ACCTGTTATGT--GACTAAG-C---Gacaagtttggtgaatattgtattgtca
gi|8 : tttttaaaaCAAG-A-ACGAAAAACC-T--GGAAATC-T-A-GT-G-GTG-TC---T--T---C-C---T---------C-C--GC-CTAATTC--AC-A------T--AT-------C--------------------------TA---AAAAT------T-T-GTC--AATTTAAA--A--TA--T-TCTGAA--AG-G-AAGCT------GT---T---G---------CG--T-GTC-ATA-AAAAG---CG-CTGACG--GA-------CCGA-CATGTACA---A-----------A-GT--------TATTAGTTTTATT---AC-TA-TAGG-A--ATCTGattctggataagtaattccttgtaaatacagaagtgcagtcttaatatctactacatgcatgttttcacaagtttatttacgta
gi|8 : cacaggggcctagttacATT---AC----------TATAG---GAATCTGAGCATTACCTTTCATTT-ATATGAACATC--C-------------CTTAAGTTG-TTGCGTATGTACATGTAGAAAGT------------------AT---T---AA-----------------A-----A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----TTTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATagcattacctttcatttatatgaacatcccttaagttgttgcgtatgtacatgtagaaagtattaaaaagtcccatatttctgtaaagacaaagccgataaat
gi|9 : cacaggggcctagttaccaagaacgaaaaacctggaaatctagtggtgtcttcctccgcctaattcacatatctaaaaatttgtcaatttaaaatattctgaaaggaagctgttgcgtgtcataaaaagcgctgacggaccgacatgtacaaagttattagttttGCATTACATTTA------CATGCATATT--TTAT-AAAC--AATCTTAAGCTG-TTG--TGC---CAT--AAACAGT---G-CTATAATTCT---AT---C---CA-C-T--C---AG------------------------------TC--------T-------C--ATATGTAACTCTGT-A--A-----G-G--------CCGATCTATC-G--AAAAATT-G-A-AA-G-G-GGTT---T--T---C-C---T---------C-T--AC-CTAATTC--AA-G------T--TT-------G-A---------------T------G-CAT--AAAA-----------------------A--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTA---AAGT---TATTA---------TG--T-GCCTATA-GATAT---AG-CTGACA--GA-------TACA-CA-G-ACA---GACC--------A-AG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACATATCA
blockSeqs : . TAT A TTG A TC AA C AATCTTATG AG A GTA GT AAA C CAA AGGT C AAGGGATACAATAT TT AGTAAT TATGGCTT TAAATGT TT TGTA C TC CAATAA GG TTT AGC C T C T A CTT AA GAG . ATA ACCGTGTGG C ACG T AA T TATTATT AACCAGG A CATAAATTGCATCCGTG TA AAAAAA C A TCAATTT CT GT AA A GA TA T T TTAA CCC CGGTCTTATCAC TT G T G . T TC CAGAAAA G T T GTCTGGTAAACAGAG TTAGTTTT AAC A C C A TT T CA C CCA A GT AG G C G
blockSeqs : . . C . A C . C AATCTAAAA G G . . . . . TTAA . TTCAAAATTGTA . . AAAGA . A TA . T CGTAT AG AT CTA . G A . G A . AC . . . . A . . . TCA . . CAAGTAGG GT AAAA C . CTTA . A . . C TA . . T CC CAC . . . T . . . CAGAC . . . GATGGACGGACAT . . . . . . CC A . C CA T CA T . . .
blockSeqs : . . A . T C . T AGTCTCAAG A A . . . . . C . CAAGAAATTCCA . . AAA . . . . . CA TA C CG . A . . T . . . . . . . A . . . A . . TATTG . . C . AGA . . . . A . . . T . TGT . . . . . . . CAGAC . . . GACAGAA . . . . . . TA A . . . T G
blockSeqs : . T . T C . C AATCTTAAT T G . . . . . T . AAAAATTTTTA . . . . . . . . A G T TA . . . . A . . . . . . . G . . . T . . TGT . . . . TG . . . . G . . . T . CTT . . . . . . . . . . . GTTGGGG . . . . . . CA A . . . C
blockSeqs : A C . C AATCTCGAT A A . . . . . T . GAAAATGTTCA . . . . . . . . C G T CG . . . . G . . . . . . . G . . . A . . ATT . . . . GG . . . . C . . . A . CAC . . . . . . . . . . . GACCAAG . . . . . . CC A . . .
blockSeqs : A C . C AATCTCAAG A T . . . . . T . TTAAAGATCGA . . . . . . . . A A T TG . . . . G . . . . . . . G . . . T . . TG . . . . TG . . . . A . . . T . CAT . . . . . . . . . . . GAGAG . . . . . . CC G . . .
blockSeqs : A C . C AATCTTAAG A A . . . . . A . AAAAAATTCCA . . . . . . . . A A T TG . . . . . . . . . . . . G . . . A . . TG . . . . CA . . . . C . . . T . TGC . . . . . . . . . . . AAGT . . . . . . TC T . . .
blockSeqs : T T . G GTAATTTC A A . . . . . G . CAAAATTATA . . . . . . . . C A C CA . . . . . . . . . . . . G . . . T . . TT . . . . AG . . . . C . . . T . TGT . . . . . . . . . . . GGT . . . . . . TT T . . .
blockSeqs : A A . . CTTAAG G G . . . . . C . CTTAGTAAAA . . . . . . . . C G C CG . . . . . . . . . . . . T . . . C . . TA . . . . TA . . . . T . . . T . TAT . . . . . . . . . . . GCG . . . . . . TC G . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . T . CAAAATTA . . . . . . . . C A T TG . . . . . . . . . . . . A . . . T . . GG . . . . CA . . . . C . . . C . TGT . . . . . . . . . . . ATG . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . ATAAAAA . . . . . . . . C T T TG . . . . . . . . . . . . G . . . T . . TC . . . . CC . . . . A . . . T . TGC . . . . . . . . . . . GG . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . TGAAAA . . . . . . . . A A T CT . . . . . . . . . . . . A . . . T . . CT . . . . TG . . . . C . . . C . ATT . . . . . . . . . . . GA . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . TAAAAA . . . . . . . . C G T TG . . . . . . . . . . . . G . . . T . . TG . . . . TG . . . . C . . . T . CGT . . . . . . . . . . . GG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . TAGAAA . . . . . . . . T G T AA . . . . . . . . . . . . T . . . C . . TC . . . . TG . . . . C . . . T . TGT . . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . T . CAGAAA . . . . . . . . A G A TG . . . . . . . . . . . . G . . . C . . TG . . . . TG . . . . C . . . C . TGC . . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . T . CAA . . . . . . . . G G T TA . . . . . . . . . . . . G . . . A . . TC . . . . TG . . . . C . . . C . TGT . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . C . TCA . . . . . . . . A A T TG . . . . . . . . . . . . C . . . T . . GG . . . . CG . . . . C . . . T . TGT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TAA . . . . . . . . A G T CG . . . . . . . . . . . . G . . . A . . TG . . . . AA . . . . T . . . T . CTT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CAG . . . . . . . . A G T CG . . . . . . . . . . . . G . . . T . . TG . . . . TG . . . . T . . . T . TGC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CA . . . . . . . . C A A TG . . . . . . . . . . . . G . . . T . . TG . . . . TG . . . . C . . . T . TGT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA . . . . . . . . A G T AA . . . . . . . . . . . . G . . . T . . TG . . . . TG . . . . C . . . T . TGC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . G TG . . . . . . . . . . . . A . . . T . . TG . . . . CA . . . . T . . . A . CTT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T CT . . . . . . . . . . . . G . . . A . . TG . . . . CG . . . . C . . . A . TAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T TG . . . . . . . . . . . . T . . . T . . CA . . . . TG . . . . A . . . T . AC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . G . . . A . . TG . . . . TG . . . . G . . . T . CC . . . . .
blockSeqs : . . A C . . . . . . . . . . . . G . . . C . . TG . . . . CA . . . . C . . . C . GC . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . CC . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . TG . . . . A . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : N********** C* AATCTCAAG** T****** CAAAAA********************** T******** CG******* T*** *** GG*************************
originalCons : NNGATGGAAACACA--GTGATT---AC----------AATAA---GAATCCGAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGT--AATCTCAAGTTA-TTGCGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTATCTT---AT---T---AA-TAT--C---AG--A--A-----A--------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A-C--G----AAA--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTT---AAGT---TATCG---------CG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACA---G-----------G-GG--------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCTGTCATNT--GGCGGGG-C---GTAANGA-G-GACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
finalCons : NNGATGGAAACACA--GTGATT---ACN----------ATAA---GAATCCGAGCATTACCTTTAAATTC-TATGAAAATC--TTCTCAAGTAATCTCAAG--TTA-TTGCGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTATCTT---ATT------AA-TATCAAAAA----------------------A--G------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-GT--------AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-ACG-------AAA--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTT---AAGT---TATCG---------CG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CTGACG--GA-------TGGA-CA-G-ACAGG-------------------------TG--------ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCTGTCATNT--GGCGGGG-C---GTAANGA-G-GACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): AAACTGACCAGTCAGAAAGGGCCCCATGATGAATATACAGTAAAT
Unaligned ( gi|38 ): AATATAAAAAATTCTAAGTCCCACAACTCTGTAACAACAA
Unaligned ( gi|39 ): CTTTTTGAGTTATCGCGTCACAACTAAAATG
Alignments
lowQualScore : 11 111 3333333333333333 11111111111 3333333333333333333333333 11111111 1111111 111111111111111111111111 111111111 111111111111 11111111111111 11111111111 22222222222222222222 111 111 111
lowQualScore : 33 444 1 5555555555555555 0 4 44 0 44 1 00000000000 77 7 555 33 444 2 333 5555555 33 2222222222222222222222222 444444 22222222 5555555 33 5555 1 33 3333333 666 0 3333 6666 1 3 2 1 7 333 11 333 1 222 444444444 1 222 1 11 1 666666666 4444444 1 222222222222222222222222 33 666666 3 1 333333333 11 22 11 1 44 33 1 1 5555 333 222222222222 11 1 1 2 222 3 00000000000000 77777777777 1 1 99999999 2 55555555555555555555 444 2 2 2 2 33 2 55 8 333 1 222 333 6 6 6
lowQualScore : .. ... . ................ . . .. . .. . ........... .. . ... .. ... . ... ....... .. ......................... ...... ........ ....... .. .... . .. ....... ... . .... .... . . . . . ... .. ... . ... ......... . ... . .. . ......... ....... . ........................ .. ...... . . ......... .. .. .. . .. .. . . .... ... ............ .. . . . ... . .............. ........... . . ........ . .................... ... . . . . .. . .. . ... . ... ... . . .
lowQualScore : 88 000 0 8888888888888888 1 7 22 6 66 8 77777777777 11 7 444 99 777 5 777 6666666 22 6666666666666666666666666 444444 11111111 0000000 77 4444 6 88 9999999 333 2 1111 4444 2 6 4 2 3 222 66 888 2 111 888888888 2 999 2 77 2 111111111 1111111 2 111111111111111111111111 55 222222 6 2 000000000 66 88 66 2 99 44 2 2 1111 999 999999999999 88 3 2 7 555 2 22222222222222 00000000000 9 9 77777777 2 77777777777777777777 111 4 4 5 5 22 3 00 0 999 0 000 000 7 7 7
consensus : NNGATGGAAACACA--GTGATT---ACNA----------TAA---GAATCCGAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGT--AATCTCAAGTTA-TTGCGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTATCTT---AT---T---AA-TAT--------CAAAA------A-----AG------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A-C--G----AAA--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTT---AAGT---TATCG---------CG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CT--------------GACGGA-----------TGGA-CA-G--------AC-AG-----G-T-----G-----ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCTGTCATNT--GGCGGGG-C---GTAANGA-G-GACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
Reference ( family-291 ) : NNGATGGAAACACA--GTGATT---ACNA----------TAA---GAATCCGAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGT--AATCTCAAGTTA-TTGCGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTATCTT---AT---T---AA-TAT--------CAAAA------A-----AG------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A-C--G----AAA--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTT---AAGT---TATCG---------CG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CT--------------GACGGA-----------TGGA-CA-G--------AC-AG-----G-T-----G-----ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCTGTCATNT--GGCGGGG-C---GTAANGA-G-GACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
gi|1 : CGATAAATC-T--GAATATT-G-A-TA-G-G-G-TT---T--T---CTC---T---------C-T--GT-CTAATC-------------------------------------------T------A-TAC--GAG----------T-A-C--------AA--A--TC--T-TTC-CA--CG-G-AAACTCA--AAGT---TATCA---------CG--T-GAG-ATA-GAAAGCTCTGACT--------------GACGGA-----------TAGA-AA-G--------AC-AAC----G-T-----G-----ATT---AC-TA-CA
gi|1 : caaaggggccccgGATAGAAAGACAACGTGATT---ACTACATATAGTAATAA---GAATTCGTTCATTG-------ATT-----GAAAATA--TTCTCAAGT------------TA-TTGCGTGA---CTT---GAAAGT---G---------------T---T---AA-------------AAAATCC---A-----TG------TT--------C-------C--ATG----ACTCTGT-A--A-----A-GACAAA-A-TCGATGGATC-C--GAAAATC-G-A-AA-A-G-G-GT---T--C---A-T---T---------C-T--AC-CTAAAACAAAA-A------A--AT-------T-ACATAAATTGCATCCGT------G-CAT--AAAAT------T-A-A-T--G----AAA--A--TA--TATCC-C---AT-G-AATCTT---CAGT---TATCA---------CG--T-GCC-ATA-AAAAG---TA-CT--------------AAC-------------------C--G--------AC-AG-----GTT-----G-----ATT---GC-TA-TGTG-GC-tatagtaataagaattcgttcattgattgaaaatattctcaagttattgcgtgacttgaaagtgttaaaaaatccatgttccatgactctgtaaagacaaaatcgatggatccgaaaatcgaaaagggttcattctacctaaaacaaaaaaattacataaattgcatccgtgcataaaattaatgaaaatatatcccatgaatcttcagttatcacgtgccataaaaagtactaaccgacaggttgattgctatgtggcgggaccct
gi|10 : caaaggggccccgcgataaatctgaatattgatagggttttctctctgtctaatctatacgagtacaaatctttccacggaaactcaaagttatcacgtgagatagaaagctctgactgacg-CTATCATCTT---AT---C---AG-TATTT------CAAAATTGT--A-----CG------TC--------C-------C--ATA----GCTCTGT-T--A-----A-TATAGA-G-CCATTAAATC-T--GAAAATT-A-C-AA-G-G-G-GCA--T--T---C-T---T---------T-T--AC-CTAATCC--AA-A------T--AT-------A-A---------------T------G-TAT--AAAAC------T-T-G-G--G----AAA--A--TC--T-TGC-AA--AA-G-GAATTT---GAGT---TATCGGTCTTATCACA--C-ACC-ACA--ATAG---TG-CT--------------GATGGA-----------TGGA-CA-G-----------AG-----G-------G-----ATT---AC-TG-TCGG-GC-Agggaccct
gi|11 : AAGTT-CTATGAAAATC--TTCTCAAGG--AATCTTATGTTAGTGGCATTC---CAT--AGAGAGTAAAG-C--TTATCCT---TTAGGT---AA-AATAAGGGATACAATA------T-----AG------TTAAA-----C-------T--ATA----ACTCTGT-AT-AC----A-GACAAA-G-CGG--CAATC-T----------------------------T--C---C-C---T---------C-T--GC-TCAA-AC--AA-C------TCAGT-------T-A---------------T------GTTAT--AAAATAAAA--T-A-A-T--G-----AA--A--TG--T-TCT-GA--AG-GTAAACCTTAAAAGT---TATTG---------TT--T-TCC-ATG-AAATA---TG-CT-----------------GGG-----------TGGG-GA-G--------Attcactatatacacagcttgaaactaaatttttaagggaccagtccg
gi|12 : ctttttagCGATAAATC-T--GAAAATC-G-A-AA-G-G-GACC---T--T---C-C---T---------C-T--GC-CTACTCC--AA-T------A--AT-------A-A---------------T------G-TAT--AAAAT------T-T-A----------------------------A--AG-A-AATCTT---ACGT---TAT-A---------CA--A-GTC-ATA-GAAAG---TG-CT--------------AACAAA-----------CAGA-CA-C--------AC-A------G-T-----G-----ATT---AC-TA-GAGG-GC-ATCTGACACAT--gttgg
gi|13 : ttgaaaactatgttgatttcctgttaaaaattaaagacaatttgaaacgaaactaagagtcctaaatatccccaATTATCTT---CT---T---TA-AAA--------CAAAATT----A-----AG------TC--------C-------C--ATA----ACTCCTT-C--A-----C-AACAAA-GGCCAACAAAAA-T--GAACATT-G-A--------G-TC---TAAC---C-C---T---------CCT--GC-TTAATCC--AA-G------T--AA-------T-A---------------T------T-TAT--A---C------T-T-G-C--A----AAA--AA-TC--T-TCC--A--AG-G-GAACTA---AAGT---TATCT---------TG--T-ACC-ACAGGAAAG---TG-AT--------------GATGGACAGAC------TGAA-CA-G--------AC-AGC----G-T-----G-----ATT---AT-AA-TAGG-GCAACCTGTTATT----GTGGGA-C---tatggac
gi|14 : ------A-----AG------TC--------T-------C--ATATA--ACTCAAT-A--A-----A-GACTAA-A-CC-ATAAATC-C--AAAAATC-----AA-G-G-A-AC---T--T---C------------------------TAATT-----------------T-------T-A---------------T-----------------T------T-T-A----A----AAA--A--TC--T-TCC--A--TG-G-AAACTT---AAGTCC-TAT------------G--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CT--------------GACGTA-----------TGGA-CA-G--------A---------G-T-----G-----ATT---TC-TA--GGG-AC-ACCTG-CATAT--GGTGGGG-CCA-GTAAAGA-G-GACAAAGTTTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGT
gi|15 : tttct------A-----AG------TC--------T-------C--ATA----ACTCAAT-A--A-----A-GACTAA-A-CC-ATAAATC-C--AAAAATC-----AA-G-G-A-AC---T--T---C------------------------TAAT------------------T-------T-A---------------T-----------------T------T-T-A----A----AAA--A--TC--T-TCC-CA--TG-G-AAACTT---AAGTCCCTAT------------G--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CT--------------GACGTA-----------TGGA-CA-G--------A---------G-T-----G-----ATT---TC-TA--GGG-AC-ACCTGCCATAT--GGTGGGG-CCCAGTAAAGA-G-GACAAAG-TTTGCGTTCAGTGAAGGGGATATACAGCTGTa
gi|16 : AAGT---G-CTTTTATTTT---AT---T---GA-TAT--------AAAAATTTTT-A-----AG------TCTATGGCTTC-------A--ATC----TCTCTTT-A--C-----C-AACAAAAG-TTGATCATTC-T--TGAAATT-G-A-AG-G-G-G-TC---T--T---C-C---T---------C-C--GA-CTTATCT--AA-G------A--AT-------CAA---------------T------A-TTT--ATAAT------T-C-A-A--G----AAA--AGTTT--T-TCC-AA--AG-G-AAACAT---AAGA---TATCA---------CATTT-GCC-ATT-GAAAG---TG-C
gi|17 : tgcatagggcatatacattAACT-CTGTAACAA-CAATTCTCAAGT--AATCTAAAATTG-TTGC--------AT--AGAAAAT---G-CTATTATCTT---AT----------TAT--------CAAAATTAT--A-----AG------TC--------C-------A--ATT----ATTCCTT-A--A-----------------TGAT--ATT----------------AA-G-G-A-T----T--T---C-C---T---------C-T--GCTTTTATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------G------G-TAT--AAAAT------T-T-A-T--A----TAA--A--TCAAT-----CA--AT-G-AAACTT---GA-----TATCA---------TG--T-GCC-Aaatga
gi|18 : -GCC-ATA-GAAAG---GG-CT--------------GATGGACAGAAAATGGATGGA-CG-GTCTGGTAAAC-AGA----G-T-----G-----ATT---AT-TA-TAAG-GC-ATCCATAATAT--GGCAGGGCC---TTGATGA-GTGACatccttttaatgaataagtatacagtgga
gi|19 : aaaacttccaagtaactaaaaaT---T---AA-TGT--------GAAAATGTTC-A-----AG------TC--------C-------C--GTA----TCTCCAT-A--A-----------------CGATTAAT--T--GAAAATC-A-A-AA-G-G-GGTC---T--T---C-C---T---------C-T--TC-CAAATCT--GT-A------C--AT-------T-A---------------T------C-TTTTAAAAAT------TCT-A-C--A----AAA--A--TG--T-TCT-CA--AA-T-AATCCC---AAGT---TAttattgacacagaaaatgtgcagactttccagacagtgaacattatggaaattcgcattgtttacttacgta
gi|2 : agaaaactgacaagtgattaagaaaagcctctacaatgaatgttC---T--T---C-C---T---------C-T------TAATCG--AA-A------T--AT-------T-A---------------CAAGTAGG-TAC--AAAAT------T-A-A-C--C----AAA--A--TC--T-TCT-TA--TGTG-TAATTT-----CT---TTTC----------C---T-GCC-ATA-AAAAG---Tctgatggtggggccata
gi|2 : AAAATC--TTCTTATGTGTAATTTC---TT--TTCC-TGC---CAT--AAAAAGT---C-CCACTCTTTT---AT---TTAAAACTAT--------TTAAAGATCG-A-----AG------TT--------C-------C--GTA----ACTTTGT-A--A-----C-GAGAAA---CCGACTCATC-T--G-AAATC-G-A-AA-G-G-ATTC---T--T---C-T---T---------T-T--AA-CTAATCC--GA-G------T--AT-------T-A---------------C------T-TTT--ATATT------TCT-A-T--G----GAGCTA--TA--T-T---CA--AG-T-AGTCTC---AAGT---TACTG---------CG--T-GTT-GTA-GAAAG---TG-Ccccactcttttatttaaaactatttaaagatcgaagttccgtaactttgtaacgagaaaccgactcatctgaaatcgaaaggattcttcttttaactaatccgagtattacttttatatttctatggagctatattcaagtagtctcaagttactgcgtgttgtagaaagtgcaattatcttcaaagaaatctcaaagtcccataactccataacaacaaaatcaataaatctgaacttcctctggcttgtccaagtgttatgtataaggtttttgaaaaactctcaaaggaaaattttctt
gi|2 : cttcctcttaatcgaaatattacaagtaggtacaaaattaaccAATCCGAGTATTACTTTTATATTTCTATGGAGCTA--TATTCAAGT--AGTCTCAAGTTA-CTGCGTGT---TGT--AGAAAGT---G-CAATTATCTTCAAAG---A---AA-TCT--------CAAA--------------G------TC--------C-------C--ATA----ACTCCAT-A--A-----C-AACAAA-A-TCAATAAATC-T--GAA-------------------C---T--T---C-C---T---------C-T--GG-CTTGTCC--AA-G------T--GT-------T-A---------------T------G-TAT--AAGGT------T-T-T-T--G----AAA--A--AC--T-CTC-AA--AG-G-AAAATT---aattatcttcaaagaaatctcaaagtcccataactccataacaacaaaatcaataaatctgaacttcctctggcttgtccaagtgttatgtataaggtttttgaaaaactctcaaaggaaaattttctt
gi|20 : cttcctcttaatcgaaatattacaagtaggtacaaaattaaccaaaatcttcttatgtgtaatttcttttcctgccataaaaagtcccactcttttatttaaaactatttaaagatcgaagttccgtaactttgtaacgagaaaccgactcatctgaaatcgaaaggattcttcttttaactATATT---AT---G---AA-TATT-------CAA---------------G------TC--------C-------C--ATA----ACTCTGT-A--A-----C-AATGAT-G-CTAAAAAATC-T--GAAA------------------C---T--T---C-C---T---------C-C--AT-CTAATTC--AA-G------T--AT-------T-A---------------TATT---G-TATGTAAAAT------T-C-A-T--G----AAA--A--TC--T-TCC-CC--AA-A-AAACTT---AAGT---TATTG---------TG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-CT--------------GACGGA-----------TGGA-CA-G--------AC-AGACAGAA-T-----G-----ATT---GT-TA-TGGG-GC-ACCttctt
gi|21 : ---AA-TAT--------AAAAA------ATTCCAAG------TC--------C-------T--ATA----ACTCTGT-A--ACAATAA-TACATATA-CTAATAAATC-A--GAAAATT-G-A-AATG-G-G-TC---T--T---C-T---T---------C-T---------TCC--CA-G------C--AT-------T-----------------T------C-TAT--AAAA--------------------------A--TC--C-TCT-CA--AG-T-AACCTC---AAAT---TAGTA---------TG--T-GCC-ATATGAA
gi|22 : gaaaacttgcaagtcagaaagggccctgtaatgaatagtcc-T-A-T--G----AAA--A--TA--T-TCC-CA--AG-G-AAAGTC---A------TATTG---------TG--T-GCC-ATA-G-ATG---TG-CTGATGTCCATGTACAGACAGA-----------TGGA-CG-G--------AC-A------T-T-----G-----ACT---AC-TG-TAGA-GC-ACCCACAATAT--GGCAGGG-C---
gi|23 : attgaagttcaactgtaTATCTT---AG---T---AA--------------AAA------T-----TG------TC--------C-------C--ATA----TCTCTTT-A--A-----A-AGCAAA-A-CAAATACATA-T--GAAAGTT-G-A--------------------------------------C-T--GA-GTAATCC--CA-A------C--CT-------T-A---------------T------G--AT--TATAT------TCT-A-T--G----AAT--A--TC--T-TCT-C-----------------AAGT---TTTTG---------CA--T-GCC-ATA-GAAAG---Ttcagtcacaaaaatataaagatagcttaaaacaagaaatgt
gi|23 : ctgcaaagaaAATCCCAACCTTATGATTATATT-CTATGAATATC--TTCTCAAGT-----------TT--TTGCATGC---CAT--AGAAAGT---A-TTATTATC-T---AT---C---AA-TGT--------TGAAA------A-----Aattattatctatcaatgttgaaaaatt
gi|24 : ctgcaaagaatatcttagtaaaaattgtcccatatctctttaaaagcaaaacaaatacatatgaaagttgactgagtT--AGAAAGT---G-TTATCATTTA---AT---T---AA-CAT--------CA---------------------------------C-------C--G-----------GT-A--A-----C-AACAAA-T-CTGATAATTC-T--GACAATC-T-A-AA-GCA-A-TC---T--C---C-C---T---------C-T--TC-CTAATCC--TT-G------A--AT-------C-A---------------T------C-CTT--AAATT------C-T-A-C--G----GAA--A--TC--T-TCtt
gi|25 : atccataaagtgtctataatgaatcagcttg-G-A-AG-G-G-G-CCCTTT--T---T-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------G------G-TA---AAGAC------C-TAA-A--A----AAA--A--TC--T-TCT-CA--AG-G-AGACTT---GAAT---TATAT---------TG--TGGCC-ATA--AAAA---TG-CT--------------GAGAGA-----------TGGAGCA-G--------AC-AG-----A-T------------TT---ACAAA-TAAT-GC-ATCTACCA--T--GGCAGAG-
gi|26 : AA------A-----AA------TC--------T-------C--ATC----ACTTTAT-A--A-----T-G-CAAA-A-ACTTTAAATT-TTTGAAAATT-G-A-AA-A-G-T-TT---T--T---C-C---T-------------------AATTC--CA-G------A--AT-------T-A---------------T------G-TAT--CAAAT------T-T-A-T--G----AAA--A--TT-----------------AAAGCT---AA------AACG---------TG--T-GCC-AGA-GAAAG---TG-CT--------------AACGGA-----------tc
gi|27 : ATAAATC-T--GAAAATA-A-A-AAGG-G-G-TT---T--T---C-C---T---------T-T--GC-CCACTCC--TA-G------T--A--------C-A---------------T------G-TA
gi|28 : atttataactgtatttttttatgtttaacaggaaaaaaaataaataaataaactgacaagtcagaaaggtgccccaccCAAA-G-CCAATAAATC-T--GAAATTA-GCA-AG-G-G-G-TC---T--T---T-T---T---------C-T--CT-CTAATTA--AA-G------T--AC-------T-G---------------T------G-TAA--AAAAAAAAAAAT-T-A-T--G----ACG--G--TC--T-TCC-CA--TG-A-AAACTT---ACGT---CATTG---------TG--T-GTC-GTA-G
gi|29 : -----AG------TT--------T-------C--ATT----ACTCTGT-A--A-----A-AACAA-----CAA--------------------A-AA-A-G-A-CC---T--C---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCC--AA-ATATTATT--AT-------T-A---------------T------G-TAT--AAAAG------T-C-A-T--G----AAA--A--T---T-TCC-ca
gi|3 : ATAAATC-A--GAAAATT-G-A-AAAG-G-G-TC---T--T---C-A---T---------T-T--GC-CTAA
gi|3 : agaaaactgaccaatcagaaagggtctcgtaAACACA--GTGATTTATACAA----------TGA----AATCCAAGCATTACCTTTAAATT-CTATGAAAATC--TT---GAGT--AATCTTAATTTT-TTGTGTGC---CAT--AGAAAGT---G-CTGTCATCTT---AT---C---AA-TATA-------TAAAA------A-----AA------TT--------TTAAATGTC--ATA----ATTCTTT-A--A-----G-GACAAA-G-CCAACAAATC-T--GGAAATT-A-A-AA-G-T-G-TC---A--T---C-C---T---------C-T--GC-CTAATCT--GA-A------T--AT-------T-A---------------T------G-TAT--GAAAT------T-T-A-A--GA---AAA--A--TC--T-TCC-TA--AA-G-AAACTT---CTCT---TATTG---------CA--T-ACC-AAA-GAAAA---TA-TT--------------GATGGA-----------CGgaaaatctgccatagaaagtgccgaccaacacagtgatttatacaatgaaatccaagcattacctttaaattctatgaaaatcttgagtaatcttaattttttgtgtgccatagaaagtgctgtcatcttatcaatatataaaaaaattttaaatgtcataattctttaaggacaaagccaacaaatctggaaattaaaagtgtcatcctctgcctaatctgaatattatgtatgaaatttaagaaaaatcttcctaaagaaacttctcttattgcataccaaagaaaatattgatggacg
gi|30 : agaaaactgaccaatcagaaagggtctcgtaataaatcagaaaattgaaaagggtcttcatttgcctaagaaaatctgccatagaaagtgccgaccCGATACATC-G--GAGAATT-G-A-AA-G-G-GACC---T--T---T-C---T---------C-T--GT-CTTATCC--AA-G------T--AT-------T-A---------------T------G--------AAT------T-T-T-CTTA----GAA--A--TA--T-TCT-TA--AG-G-AAATTT---AAGT---
gi|31 : -ATA-GAAAG---TG-CT--------------GACGAA-----------CAGA-CA-G--------AT-AGAGA--G-T-----G-----ATTAACAT-TACTAGG-TC-ACCTGCCATGT--GAAAGGGCC---ATAATGA-
gi|32 : ttgtgAGTTA-TCATATGT---CAT--GGAAAGT---G-CTAATATCTT---AT---T---AA-TAT--------TAAAA------A-----AAAGTAATTC--------C-------C--ATA----ACTCTGcaat
gi|33 : T------T-T-A-C-------AAA--A--CC--T-TCC-CATAAA-A-AAACCA---AAGT---TACTG---------TG--T-GCC-ATA-GAAAG---TG-TT--------------GAC-AA-----------TGAA-CA-
gi|34 : AA--A--CC--T-TCC-CATAAA-A-AAACCA---AAGT---TACTG---------TG--T-GCC-ATA-GAAAG---TGTTT--------------GAC-AA-----------TGAA-CA-aga
gi|35 : T--------------GACGGA-----------CAGA-CG-G--------AC-AAT----G-T-----G-----ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACCCGT-ATTTCATGCGAGG-C---ag
gi|37 : ---TATCT---------TG--T-GTC-ATT-GAAAG---TG-TT--------------GATGGA-----------TGGA-CA-G--------AC-AG-----ccttatta
gi|4 : CAATAAAAT-T--GAAAATC-G-A-AA-GAA-G-TC---T--TAC-C-C---T---------A-T--AC-CT-ATTC--AATG------A--AT-------T-A---------------C------A-TAA--AAAGT------A-T-A-C--A----AAA--A--TA--T-CCC-TG--AG-A-AAATT------GT---CAT---------------T-GCC-ATa
gi|4 : agaaaactgccacgtcagaagggccccca--GTCATT---GCCA----------TGATTGGAGTCTGAGCTTTACCTTTAAATA-CTACGACAATC--TTCTC----------------TA-TTACTTGC---CAT--AAGAAAT---G-CTATTACTGT---AT---T---AA-TAT--------TAGAA------A-----AT------TCAAAGA---C-------CA-ATA----ACTCTGTCA--A-----A-GACAAT-G-CCGATAAATC---------CC-G-A-AA------------T--T---C-C---TACCGTGTGGC-TACGC-CTAATCC--AA-A------T--ATAACCAGGT-A---------------T------G-CAT--TAACT------T-T-A-C--G----AAA--A--AC--T-TCC-CA--A--G-ACACTT---AAAT---TATTG---------CA--T-GCC-ATA-GAAAG---Tgattggagtctgagctttacctttaaatactacgacaatcttctctattacttgccataagaaatgctattactgtattaatattagaaaattcaaagaccaataactctgtcaaagacaatgccgataaatcccgaaattcctaccgtgtggctacgcctaatccaaatataaccaggtatgcattaactttacgaaaaacttcccaagacacttaaattattgcatgccatagaaagt
gi|5 : agaaaactgccacgtcagaagggcccccacaataaaattgaaaatcgaaagaagtcttaccctatacctattcaatgaattacataaaaagtatacaaaaatatccctgagaaaattGATGGACACACA--GTGATT---ACAA----------TAC---GAACCTGTACATTACCTTTAAATT-CTATGAACATC--TTCTCGAGT--AATCTCGATATA-TTGCATGC---CAT--AGAAAGT---G-CTATTGTCTT---AT---T---AA-TAT--------CAGAA------A-----AA------TC--------C-------C--ATA----ACTTTGT-C--A-----A-GACAAA-G-CTGATAAATC-T--GAAAATT-G-ACAA-G-G-G-TC---T--G---C-C---T---------C-T--GC-TTAATCA--AA-G------A--AT-------C-A---------------T------G-CAT--AAAAT------T-T-G-T--G----AAA--A--TC--T-TAT-AA--AA-G-AAACTT---TAAT---TGTTG---------TG--T-TTC-ATT-GAAAG---TG-TT--------------GACAGA-----------TGGA-GA-G--------AC-AG-----T-T-----GGGGCAATT---CC-CT-TAGG-GC-ACCTGTCATTT--GGTGTGA-C---ATAACGACA-TACAA--TTTT-CATT---TTAAGGG---ATAAATCTGT
gi|6 : ct------A-----AA------TC--------C-------C--TTA----ATTCTGT-ATCA-----A-GA--AA-A-CTGATAAATA-T--GAAAATA-A-A-AA-G-G-GGTC---T--TGAGT-CATAT---------C-T--TC-CTAATCT--GA-G------C--AT-------T-A---------------C------C-TTC--ATATT------T-T-A-T--G----CAA--A--TC--T-TCT-GA--AG-C-AATCTC---AAGT---TATTG---------CA--T-ACC-ATA-GAAAG---TG-C
gi|6 : agatacctacaaatcaaaaaggggtctctcaatgaatattttgatataaagtgttctAATCTGAGCATTACCTTCATATT-TTATGCAAATC--TTCTGAAGC--AATCTCAAGTTA-TTGCATAC---CAT--AGAAAGT---GCCTATATTCTG---AT---T---AA-TAT--------CAAGAAATTCCA-----AG------TC--------C-------CTTATA----CCTTTGT-A--ACGT--ATGAC-AA-G-CCATTAAATA-A--GAAAACCTA-A-AA-G-G-G-TC---T--ctatattctgattaatatcaagaaattccaagtcccttatacctttgtaacgtatgacaagccattaaataagaaaacctaaaagggtctacaagtttggtgaatattgtattgtca
gi|7 : agatacctacaaatcaaaaaggggtctctcaatgaatattttgatataaagtgttctaaatcccttaattctgtatcaagaaaactgataaatatgaaaataaaaaggggtcttgagtcatatcttcct---AA-TAT--------TAAG--------------G------TC--------C-------C--ATA----ACTCCTT-C--A-----C-AACAAA-G-CCAACAAAAAAT--GAACATT-G-A--------G-TC---T--C---C-C---T---------C-T--GC-TTAATCC--AA-G------T--AA-------T-AA--------------T------T-TAT--A---C------T-T-G-C--A----AAA--A--TC--T-TCC--A--AG-G-GAACTA---AAGT---TATCT---------TG--T-ACC-ACA-GAAAG---TG-AT--------------GATGGACAGAC------TGTA-CA-G--------AC-AG-----G-T-----G-----ATT---A--TA-TAGGCGC-ACCTGTTATGT--GACTAAG-C---Gacaagtttggtgaatattgtattgtca
gi|8 : tttttaaaaCAAG-A-ACGAAAAACC-T--GGAAATC-T-A-GT-G-GTG-TC---T--T---C-C---T---------C-C--GC-CTAATTC--AC-A------T--AT-------C--------------------------TA---AAAAT------T-T-GTC--AATTTAAA--A--TA--T-TCTGAA--AG-G-AAGCT------GT---T---G---------CG--T-GTC-ATA-AAAAG---CG-CT--------------GACGGA-----------CCGA-CATGT-------ACAAA-----G-TTATTAGTTTT-ATT---AC-TA-TAGG-A--ATCTGattctggataagtaattccttgtaaatacagaagtgcagtcttaatatctactacatgcatgttttcacaagtttatttacgta
gi|8 : cacaggggcctagttacATT---ACTA----------TAG---GAATCTGAGCATTACCTTTCATTT-ATATGAACATC--C-------------CTTAAGTTG-TTGCGTATGTACATGTAGAAAGT------------------AT---T---AA----------------A------A-----AG------TC--------C-------C--ATA----TTTCTGT-A--A-----A-GACAAA-G-CCGATAAATagcattacctttcatttatatgaacatcccttaagttgttgcgtatgtacatgtagaaagtattaaaaagtcccatatttctgtaaagacaaagccgataaat
gi|9 : cacaggggcctagttaccaagaacgaaaaacctggaaatctagtggtgtcttcctccgcctaattcacatatctaaaaatttgtcaatttaaaatattctgaaaggaagctgttgcgtgtcataaaaagcgctgacggaccgacatgtacaaagttattagttttGCATTACATTTA------CATGCATATT--TTAT-AAAC--AATCTTAAGCTG-TTG--TGC---CAT--AAACAGT---G-CTATAATTCT---AT---C---CA-C-T--------CA----------------G------TC--------T-------C--ATATGTAACTCTGT-A--A-----G-G--------CCGATCTATC-G--AAAAATT-G-A-AA-G-G-GGTT---T--T---C-C---T---------C-T--AC-CTAATTC--AA-G------T--TT-------G-A---------------T------G-CAT--AAAA-----------------------A--A--TC--T-TCC-CA--AG-G-AAACTA---AAGT---TATTA---------TG--T-GCCTATA-GATAT---AG-CT--------------GACAGA-----------TACA-CA-G--------AC-AGACCAAG-T-----G-----ATT---AC-TA-TAGG-GC-ACATATCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): AAACTGACCAGTCAGAAAGGGCCCCATGATGAATATACAGTAAAT
Unaligned ( gi|38 ): AATATAAAAAATTCTAAGTCCCACAACTCTGTAACAACAA
Unaligned ( gi|39 ): CTTTTTGAGTTATCGCGTCACAACTAAAATG