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Reference ( gi|2 ) : TACTGTAAACGTATTTA------ATTTCGTT------GGGG----------AA-------TTTTTTTT--ATTG-------TTA---------TT----GT-A-G-T-G-AA---CAT-GATTTCATT-T---GG----AC-T-AATTTTCG-TTGT---TT-TA-------GATCAC-TGAAAAAAAAAAAAAAAA---AA---AAATCCATAT-----ATGCATTACGAACATG-GGCACCCAG-TA---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCAATCCTCACTTGCTT--A-----------ATATAACGTTACGATACACTCACCTTTTATAT-TATTAAGCG-TGTCAACTATATT-AGCA-----------CTTA----------------AT-------TA---C-TCGGTGAT---CCG--TGTTTTCTTGTG----TCATTAAAT------TGT----T-----------AT------AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGTCGATAAAATTCGC---TTTTTAA-GA-CCTGTTGAACC--------A-GGGTTGATGCTCA------CGCCCTACTCG-ATGTTCA-----CA---C------TC-CCAGGGC--ACG---T--T-TCCTTATAACC--AT-CT---ACAAA---ATA---AC--TAT---TG------AA---CA----------A-T-AC-------------ATTTAACATGCCCA--GCCATAC-AATA-GA-A-------------C---------AT--GC-T-AC-T----G----TA--TTGTT--A-----ACGGTAAATTGAAATTTATTGTG
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gi|23 : taacagtgtaagggctctttaactattcgtgtgctcaaaatTTTC--GTTG-------TGA---------TT----GT-A-T-T-T-AA---CAC-GATTACATG-T---TG----AT-T-AATTTTCG-TTGT---TT-GT-------GACCAT-TTTAAAA
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gi|5 : TACGAATACG-GGTGCCGAG-GA-----AA-TAAT-AT-GC-C---------ACGATCCCAACTTTCTG--A-----------A-ATACCGTTACAATACACTCGCC---TA----TGTTGAACG-TTTCAACTAAATG-AACACATACATGTACCTCA----------------ATAAATAAATA---C-TCGATGTT---TTG--AGTTCGCCTGTG----TCATCAAAA------TAC----T------------T------A--CA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTATTGATAAAATTAGC--------AACTA-CCCGTAGAACC--------A-------------A------CGCCCTGTTCG-AAGTTCA-----TA-----------------GGC--ACG---T--T-TCCTTA-ATCT--A--CT---ACAAA---ATAGGTAG--TAT---AT------AC---CA----------ACT-AT-------------ATTTAATACATCTA--GTTGTACAAATATG----------------C---------GT--GT-G-AC-C----G----TA--TGATT--A-----ACGGTAAATTGGAATGCATTGTGa
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gi|7 : tttcgttgtgattgtatttaacacgattacatgttgattaattttcgttgtttgtgaccattttaaaattgcacttacatAAGTG-TGTCAACT---TT-AACA-----------TTTT----------------AT-------TA---C-TCGTCTAT---CTG--TATTCGCTTGTG----TCATTAAAA------TATG---T-----------GA------AC-TA--TTT------G----GTATTG-------TCTTTGTCAATAACTATCGC-------AAA-TA-CACGC--AAAT--------ATGGGCTGAT-CCCA------CA--CTGCTCA-ATGTGCA---------------------TAGGAC--ACA---T--T-GTCTTA-------AT-CTGCAACAAA---GTA---AC--TGT---TGCATACAAA---CA----------A-T----------------ATCTAACA-ACCCAT-GGCGTAC-AAAA-TA-ATATCAGGCATCTCC---------GT--GT-G-GC-C----G----TA--TGATT--ATATTTAGGATAAACTGAAAACTATTGTG
gi|15 : T-------TA---T-TCGGTGAT---GTT--TGTACGCTTAGG----TAATTAAAT------TGT----TTTACGT-----AC------ATGTAAGTCA------TCAGAGTGTTT-------TGTCTCTCGATAGAATTCGC--------AATAA-CCTGTAGAAAG--------A-AGGCTGGTGTACA------T-CTCTGCCCG-ATGACCATGGGGCA---C-------A-TCAGAACAAATA---T--T-TACTTA-AACT--GC-CT---ATACA---A-A---AC--TA
gi|11 : accaatctGTGAT---CCG--TGTTCGCTTGTG----TCATTAAAA------TGT----C-----------ATTGTCTGGT-CA--TTT------T----ATAATC-------CGTTTGTCGATAAAATT-GC---T----AA-GA-CCTGTTGAACCGAACGTGCA-GGGTTGATGCTCA------CGCCCTGCTTG-ATGTTTA-----TA----------------GGCC--ACG---T--T-TCCTTATAACC--GT-CT---ACAAA---ATA---ACTATAT---TG------AA---CA----------A-T----------------ATTTAACACTCCCA--GCCATAC-AAGA-AA-A-------------C---------AT--GTATAAC-C----G----TA--TGGTT--A-----ATGGTAAATTGAAATTTATGGTGcagat
gi|14 : TATTC-------TGTTTGTCAATAAAATCTGGAAATT----A-GA-AATGAGAAA----------A-AGGCTGATGCCCT------TTCTCTGGTGG-ATGTTTA-----TA---AGGAAGATC---AGGAC--AAG---AGAT-TCATTG--ACC--TG-TT---ACA------TA---AC--TGTGAATG------AT---CA----------A-T-AT-------------GT-----ATTCCCAAAGTCGTAC-AG-A-GA-A-------------CGGCAGCC--AT--GT-G-AC-T----G----TA--TAGTC--C-----ATGGTACACTGAAGTCTGTTGTG
gi|24 : cgtAA-GA-CCTGC---AC---------A-AGGCAGATGCCCA------CACCTTGCTTG-TTGTTCA-----TAGGGC------ACATCAGAAC--AAG---TA-TATTCTTAT--CCT-AT--T---AAATA---GTA---AC--TACATATG------AA---CA----------A-T----------------ATTAAACA
gi|18 : ttcataA-GA-CTCGTAGAACC--------A-GGTTTGATTCCCA------CGCCCTGCTCGAATGT-------------C------CC-TAATGGC--A-A---T--T-TCCT--TAATCTGAT--T---ACAAATAGATA---TCA-TAT---GGCC----AA---CA----------A---AA-------------ATTTAA---ACACA--GCCGCAC-AAAA-GA-A-------------C---------AT--cagc
gi|3 : caacCAGGAC--AAGAATT--T-TCCTTA--ACT--TG-CT---ACAAA---ATA---AC--TAT---AG------AT---AAT---------A-T-AC-------------ATGCAACACACC-A--GCCATAC-AAAA-GA-A-------------T---------ATCAGC-T-GCAT----GATCATAAGCTTTTAAA-----ACAGTAAATAG-AATTCATTGTGtagttatacattatgcatgtgacccatacagttaaatggtaaattg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGCAATGTTGTATCAAATGCATGTATACATGCATGTACATGTATCGGTGTCAGTTCCAATTGCTCCTAATCTACAAGCTACATGATGACCCGGCATGATGATCCCTATTCAAATCAATCATGATCGGTAGTCTATGCACA
Unaligned ( gi|33 ): TAGACGTATTCAATTTCGATGGGGGGGGGGGGGGCGTTTAGTAAAAACAATTTTGTGTGGATGATTTT
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Reference ( family-2853 ) : TACTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTTGGGG----------A------A--TTTTTTT------GT-------CG----------TTTT-T----GT-A-GT-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCAC-TTA-AAAANAAAAAA--AAAAAA---AAATACATA-T-----ATGCAT-TAC-G-A-TACGGGTACCAAG-TA---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCAATCCTAACTTGCTT---A--A-A------------T------------ACCGTTACGA------TACACTCGCCCTTTATAT-TATCAAGCG-TGTCAACTANATTAA-C---ACTTA-------------------T---------------A----------T-----------------TA---CTCGGTGATCCGTGTNCGCTTGNGTCATTAAAT------TGT----T-----------AT------AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGTCGATAAAATTCGCA----A---AGACC-CGTAGAACC--------AGGGCTGATGCCCA------CGCCCTGCTCG-ATGTTCAT-----A------C--CC----AGGGC--A--CG---TT------------TCCTTATAACC-GTCTACAAA---ATA---AC--TAT---TG----------------------AA---CAA-T-A-T--ATTTAACACNCCC--A-GCCGTACAAAAGAA------------------CAT-------------G--C-----GA-CCGTACGGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATCTATTGTG
gi|1 : TA------ATTATCGTTG----------------------------TT------GT-------CC----------TTTTCT----GT-ACGT-G-AACACAGATTCCGTT------GTCG---TTC-CACTGGGTTCA-TTGTTT-----G--AGATCAC-TTA-AAAATGAAAAA--ATA---------TACACA-C-----ATGTAT-TACAG-A-TACAGGTACGAAG-TA---TAGA-CAAT-GTTGT-GT----ATCTGCAATCCTAGCTTGCTT---A--A-A------------T------------ACCGTTATGA------TA-----GCTCATTATAT-TATCAAACA-TGTCAACTAGATTAAAC---ACTTA-------------------T---------------ACA--------T-----------------CA---TCCAGTGATCTGCATTTGCTTGTGCCATTGAAA------TGT----TG----------AA------AT-TC--TTT------T----GTATTC-------TATTTGTCGATAAAATTCGCA----A---AGACC-CGTAGAATC--------AGGATTGATGTCCA------TACCCTGTTTG-ATGTTCAT-----AAGG---C--ACATATAAGGC--A--CA---TT------------TCCTTA-ATCT-G-CTACAAA---ATA---GC--TAT---TATATACCGCTATTATATACCGGTAC---CAA-CAA-T--ATACAACACCCCT--A-GCCATACACAAATG------------------CAT-------------A--A-----GA-CCATACGATT----A-----TCGGTAAATTGAAATCTATTG
gi|10 : taacagtgtaagggctctttaactattcgtgtgctcaaaa-----ATGTAC-TAC-GGA-TGCTGGTACCAAG-TA---TAAA-CAAT-GATGC-GT----AGCTGCAATCCTAATTTTCTTTAAA--A-A------------T------------ACCGTTACGA------TACACTTGTTCATTATAT-TATCAAGGG-TGATATTTAAATTAA-T---ACTTATACATCATGATCAACCAATT---------------A----------T-----------------TA---TCAGGCGATCTTCGTTGGCTTG-----TTGAA----------------------------------AT-TA--TTT------T----GTATT--------------TCGATCAAATTCGCA----A---AGAGC-CTTACAACC--------ATGGTTGATGTCCATACATGTACCTTGCTGG-TTGTACAC-----A------C--
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gi|17 : gT-G-AACAC-GATTTGGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--TTTTTACTTTA-AAAAT---------AAAAG---AAATACATA-TC----ATGC---------A-TACGCGCACAAAG-TA---TAAA-CCAC-AATGC-TT----ATCTAAAGTCCCTACTATTTT---A--A-A------------T------------AACCTTACAA------TGCACTCTCC
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gi|2 : TACTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTTGGGG----------A------A--TTTTTTTT-----AT-------TG----------TTAT-T----GT-A-GT-G-AACAT-GATTTCAT-------TTGG---ACT-AATT---TTCG-TTGTTT-----T--AGATCAC-TGA-AAAAAAAAAAA--AAAAAA---AAATCCATA-T-----ATGCAT-TAC-G-AACATGGGCACCCAG-TA---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCAATCCTCACTTGCTT---A--ATA------------T------------AACGTTACGA------TACACTCACCTTTTATAT-TATTAAGCG-TGTCAACTATATTAG-C---ACTTA-----------------------------------A----------T-----------------TA---CTCGGTGATCCGTGTTTTCTTGTGTCATTAAAT------TGT----T-----------AT------AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGTCGATAAAATTCGCTTTTTA---AGACC-TGTTGAACC--------AGGGTTGATGCTCA------CGCCCTACTCG-ATGTTCAC-----A------CTCCC----AGGGC--A--CG---TT------------TCCTTATAACC-ATCTACAAA---ATA---AC--TAT---TG----------------------AA---CAA-T-A-C--ATTTAACATGCCC--A-GCCATACAATAGAA------------------CAT-------------G--C-----TA-CTGTATTGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATTTATTGTG
gi|20 : GGGG----------A-----------TTGTT------GC-------TA----------TCTT-T----GT-G-GT-G-AA-AC-TCTTTTTTTTTTTTTGTGG---ATT-TATT---TTCA-TTATTT-----G--GGATCAC-TTA-AATAGAAGAAG--GAAAAATTTGTATTCATA-T-----GTATATATAG-GCA-TGCGAG-ACCAAA-TA---TGA
gi|22 : ggggggggCCGTAGACGTATTTA------ATT-TCGTTTGAA----------A------A--ATATTTC------GT-------TG----------TTTT-T----GT-A-GT-G-AACAC-GATTGCGA-------GTGG---ATT-AGTT---TTCG-CTGTTT-----G--TAATCAC-TT------------------AAA---AAATACATATT-----ATGCA--TAC-G-A-
gi|23 : TTTC------GT-------TG----------TGAT-T----GT-A-TT-T-AACAC-GATTACAT-------GTTG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--TGACCAT-TTT-AAAAT----------------------------------TGCAC-T-------TAC--ATACCAAG-TA---TAAAGCATT-GTCGG-TT----ATCTGCAATCCTAACTTGTTcgtataaacca
gi|24 : TTCATA----A---AGACC-TGCA----C--------AAGGCAGATGCCCA------CACCTTGCTTG-TTGTTCAT-----A----------------GGGC--A--CA---TCAGAACAAGTATATTCTTAT--CC-TATTAAATA---GTA---AC--TACATATG----------------------AA---CA----A-T--ATTAAACAC
gi|25 : TACTGTAAACGTACATA------ATT-TCGTCGGGG----------A------A--AAT----------GT-------CG----------TTGT-TCA--GT-A-GG-G-AACAC-TATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TT-----------------AGATCAC-TTA-ATAGAAAAAAagc
gi|26 : TACTGTAAACGTATTCT------ATT-TCGTT-GGG----------A------A--TTTTTTT------TT-------CATTACATTTTTTTTT-T----GT-AGGTGG-AACAC-GATTTCGT-------GTGtaca
gi|27 : CTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTTGGGGGGAAAA----A------A--TC-----------GT-------TG----------TTTT-T----GT-A-GA-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCAcgcatcattttatttttt
gi|28 : AAACGTATCTA-------TT-TCGTTGGG-----------A------A--TTTTTTT------TTTTCATTACA----------TTTT-TTTTTGT-A-GT-GGAACAC-GATTTCGT-------GTGGCGCATC-A--T---TTTA-TTTTTT-----
gi|29 : AAACGTATCTA-------TT-TCGTTGGG-----------A------A--TTTTTTT------TTTTCATTACA----------TTTT-TTTTTGT-A-GT-GGAACAC-GATTTCGT-------GTGGCGCATC-A--T---TTTA-TTTTTT-----
gi|3 : GTATTTA------ATT-TCATTGGGG----------A------AAATTTTGTT-------T-------CGGT--------TTTT-T----TT-A--T-G-AAGAC-AATTTTAT-------GTGG---ATT-AATT---TTCA-TTGTTT-----G--AGATCAC-T------------AA--AAAAAA---TTGCAAATT-T-----ATGCAC-TCC-------C--GTACCAAG-TA---TATA-TCAT-ACTGC-TTATAAATCTGCAATCTT-GCGTGCTC---C--A-A------------T------------ACTGTTACAATTAATCTACA--TGCC----ATATACATCAAGTG-AGTCAAC---ATTAA-C---ACCTA-------------------TAGTCAAAAATAAATCA----------T-----------------TA---CTCGGTGGTCTGTGCACACTTGGGTCAGTAATT------TAT----TTCACCCAAGCCATAAG---AA-TG--TTT------TAA--GTATTTAGCATAATGCCTGTCGATAAAATTCGCA----A---AGACCTCG----ATC--------AGGAC
gi|3 : tacctC----AGGAC--A--AGAATTT------------TCCTTA--ACT-TGCTACAAA---ATA---AC--TAT---AG-----------------------A---TAA-T-A-TACATGCAACACA-CC--A-GCCATACAAAAGAA------------------TATCA-----------G--CTGCATGA-TCATAAGCTTTTAAA-----ACAGTAAATAGAATTC-ATTGTGaagaattttccttaacttgctacaaaataactatagataatatacatgcaacacaccagccatacaaaagaatatcagctgcatgatcataagcttttaaaacagtaaatagaattcattgtg
gi|30 : tacctgtatttaatttcattggggaaaattttgtttcggttttttttatgaagacaattttatgtggattaattttcattgtttgagatcactaaaaaaaattgcaaatttatgcactcccgtaccaagtatatatcatactgcttataaatctgcaatcttgcgtgctccaatactgttacaattaatctacatgccatatacatcaagtgagtcaacattaacacctatagtcaaaaataaatcattactcggtggtctgtgcacacttgggtcagtaatttatttcacccaagccataagaatgttttaagtatttagcataatgcctgtcgataaaattcgcaaagacctcgatTAAACATATTTA------ATT-T--TTGGGA----------A------A--AACTATC------AT-------TG----------TTTT-T----GT-A-GC-G-AACAG-GATTTCAT-------AT-G---ATA-AATT---TT---TTTTTT-----G--AAATCAC-
gi|31 : actaaCTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTTGGGGGGAAAA----A------A-------TC------GT-------TG----------TTTT-T----GT-A-GA-G--ACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCAat
gi|32 : CTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTTGGGGGGAAAA----A------A-------TC------GT-------TG----------TTTT-T----GT-A-A--G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATC
gi|33 : TAGACGTATTCA------ATT-TCGATGGGG----------G------G---------GGGGGGGG-------CG----------TT---------T-A-GT-A-AAAAC-AATTTTGT-------GTGG---A-T-GATT---TT
gi|34 : T---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCAC-TTATAAAATAAAAA
gi|4 : AA---AAATGCATA-G-----AGGTAT-TAC-A-AATATGGATACCAAG-TA---TAAA--AATCGTTGC-TT----ATCTATAGTCCTAGCTTGATT---A--C-A------------TGCATATATATGTACCGTTACGA------TGCACTCGCTCTATACAT-TATCAAGCG-TGTCAACTAAATTAG-C---ACTTA-------------------T---------------ACCACAACAAAT-----------------TATAACCCACTGATCTGTGTTCGCTTTTGTCATTGCATATTATATGTATAAT-----------ATTTGA--AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGCCGATAAA----------------GACC-TGTTGAACC--------AGGGTTGATGCCCA------CGCCCTGCTCG-ATGTTCAT-----A------T----------GGT--A--CA---TT------------TCCCTATA--T-G-CTACAAA---ATA---AC--TAT---TA----------------------AATACCAA-C-AAT--ATTTAACA-GCCC--A-GCCTTACGAAAGAC------------------CATCAGTAGTATGCAAG--T-----GA-ACGTACGGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATTTATTGTGgcacatattatccatacgcgtacaataaat
gi|5 : -TAC-G-AATACGGGTGCCGAG-GA-----AA-TAAT-AT-GC-C---------ACGATCCCAACTTTCTG---A--A-A------------T------------ACCGTTACAA------TACACTCGCC---TATGT-TG---AACG-TTTCAACTAAATGAA-C---ACATA-------------------C---------------A----------TGTACCTCAATAAATAAATA---CTCGATGTTTTGAGTTCGCCTGTGTCATCAAAA------TAC----T------------T------AC--A--TTT------T----GTATTC-------CGTTTATTGATAAAATTAGCA----A---CTACC-CGTAGAACC--------A------------A------CGCCCTGTTCG-AAGTTCAT-----A-----------------GGC--A--CG---TT------------TCCT--TAATC-TACTACAAA---ATAGGTAG--TAT---AT----------------------AC---CAACT-A-T--ATTTAATACATCT--A-GTTGTACAAATATG------------------CGT-------------G--T-----GA-CCGTATGATT----A-----ACGGTAAATTGGAATGCATTGTG
gi|6 : TTCCGT-------TTAG---ATC-AGTT---CT------TTT-----G------CAC---A-ATAATTACAAA--AACTAA---AAATATATA-TT----ATAC-----C-----TACGCATACTAAT-TG---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCTATCCTGACTTGCCG---A--A-A------------T------------GCTGTTACTA------TACACTCGTCATTTCTA--TATCAACAG-TG-CAAATGCA--AA-CGCAACCAA-------------------TC--------------A----------T-----------------TC---CTCGGTGATCTTTGTACGCTTGGGCAATTAAAT------TGT----T--------------------T-TA--CCTAAGCCATAGA-GTGTTT-------TGTATGTTGATAGAATTCGTA----A---AAACG-TGTAGAAAG--------ATGGCTGATGCCCA------GGCCCTGTTCG-ATGTCTAT-----
gi|7 : tAAGTG-TGTCAACT---TTAA-C---ATTT--------------------T---------------A----------T-----------------TA---CTCGTCTATCTGTATTCGCTTGTGTCATTAAAA------TATG---T-----------GA------AC-TA--TTT------G----GTATTG-------TCTTTGTCAATAACTATCGCA----A---ATACA-CGCA-AATA--------TGGGCTGAT-CCCA------CA--CTGCTCA-ATGTGCAT---------------------AGGAC--A--CA---TT------------GTCTTA-ATCT-G-CAACAAA---GTA---AC--TGT---TGCATACA----------------AA---CA----A-T--ATCTAACA-ACCC--ATGGCGTACAAAATAATATCAGGCATCTC-----CGT-------------G--T-----GG-CCGTATGATT----ATATTTAGGATAAACTGAAAACTATTGTGggaacacatcaggac
gi|8 : ATGTA------ATT-TCATTGGGGGGGGGGGGGTA------A--TT---------------------G----------TTTA-T----GG-A--C-G-AACAC-GATT-CTT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG--TGTTT-----G--AGATTGC-TTA-AAAATAATTAA--AACACG---CAGTATAT--T-----ATGC---------G-TACGGGTACCAAA-TA------------------------------CAATCCTAACTTGCTT---A--C-A------------C------------GCCGTTAC--------TACACTTGCC---TA-------CAAACACTATCACCTAT-TCCA-C---AAT---------------------C---------------A----------T-----------------TC---CTCGGTGATCCGTGTACCCCTGGGTCATTAGAT------TGC----T-----------TT------A
gi|9 : gtatttacCGTATTTACATGTAATT-TCATTGGGGGGGGGGGGGTA------A--TT---------------------G----------TTTA-T----GG-A--C-G-AACAC-GATTTCTT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATTGC-TTA-AAAATAATTAA--AACACG---CAGTATAT--T-----ATGC---------G-TACGGGTACCAAA-TA------------------------------CAATCCTAACTTGCTT---A--C-A------------C------------GCCGTTAC--------TACACTTGCC---TA-------CAAACACTATCACCTAT-TCCA-C---AAT---------------------C---------------A----------T-----------------TC---CTCGGTGATCCGTGTACCCCTGGGTCATTAGAT------TGC----T-----------TT------Acccaagccatcagaatgtaatattagagtattt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGCAATGTTGTATCAAATGCATGTATACATGCATGTACATGTATCGGTGTCAGTTCCAATTGCTCCTAATCTACAAGCTACATGATGACCCGGCATGATGATCCCTATTCAAATCAATCATGATCGGTAGTCTATGCACA
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lowQualScore : ...... . . .................................................... . . . . . . ....... ... . ... . ..... .. . .. ............ . ..... . ........ ........... . . .... . . . ....... . .................................. . ...... ... . . . .. . ... .................................................................. ... . . . ....... ........................ . .. ........... ......... .... . ... . . . .......... . ...... . . ...................... .. . ... .. ............ ......... ... ... .. ...................................... .. . ... .. ......................................... .. . . ..........
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Reference ( family-2853 ) : TACTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGG----------A------A----TT-TT-T------C--GTCG----------TTTT-TGT-A-GT-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCAC-TTA-AAAATAAAAAA--AAAAAAAA-----ATACATA-T-----ATGCAT-TAC-G-A-TACGGGTACCAAG-TA---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCAATCCTAACTTGCTT---A--A-A------------T------------ACCGTTACGA------TACACTCGCCCTTTATAT-TATCAAGCG-TGTCAACTANATTAA-C---ACTTA-------------------T---------------A----------T-----------------TA---CTCGGTGATCCGTGTTCGCTTGTGTCATTAAAT------TGT----T-----------AT------AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACC-CGTAGAACC--------AGGGCTGATGCCCA------CGCCCTGCTCG-ATGTTCAT-------A-------C-----CAGGGC--ACG---T--T------------TCCTTATAACCGNCTACAAA---ATA---AC--TAT---TG----------------------AA---CAA-T-AT--AT-TTAACACGCCCA--GCCGTACAAAAGAA------------------C-------AT-------------G--TGA-CCGTACGGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATCTATTGTG
gi|1 : TA------ATTATCGTT-G-------------------------------T------T--GTCC----------TTTTCTGT-ACGT-G-AACACAGATTCCGTT------GTCG---TTC-CACTGGGTTCA-TTGTTT-----G--AGATCAC-TTA-AAAATGAAAAA--ATA-----------TACACA-C-----ATGTAT-TACAG-A-TACAGGTACGAAG-TA---TAGA-CAAT-GTTGT-GT----ATCTGCAATCCTAGCTTGCTT---A--A-A------------T------------ACCGTTATGA------TA-----GCTCATTATAT-TATCAAACA-TGTCAACTAGATTAAAC---ACTTA-------------------T---------------ACA--------T-----------------CA---TCCAGTGATCTGCATTTGCTTGTGCCATTGAAA------TGT----TG----------AA------AT-TC--TTT------T----GTATTC-------TATTTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACC-CGTAGAATC--------AGGATTGATGTCCA------TACCCTGTTTG-ATGTTCAT-------AAGG----CACATATAAGGC--ACA---T--T------------TCCT--TAATCTGCTACAAA---ATA---GC--TAT---TATATACCGCTATTATATACCGGTAC---CAA-CAAT--AT-ACAACACCCCTA--GCCATACACAAATG------------------C-------AT-------------A--AGA-CCATACGATT----A-----TCGGTAAATTGAAATCTATTG
gi|10 : taacagtgtaagggctctttaactattcgtgtgctcaaaa-----ATGTAC-TAC-GGA-TGCTGGTACCAAG-TA---TAAA-CAAT-GATGC-GT----AGCTGCAATCCTAATTTTCTTTAAA--A-A------------T------------ACCGTTACGA------TACACTTGTTCATTATAT-TATCAAGGG-TGATATTTAAATTAA-T---ACTTATACATCATGATCAACCAATT---------------A----------T-----------------TA---TCAGGCGATCTTCGTTGGCTTG-----TTGAA----------------------------------AT-TA--TTT------T----GTATT--------------TCGATCAAATTCGCA----A-A---GAGC-CTTACAACC--------ATGGTTGATGTCCATACATGTACCTTGCTGG-TTGTACAC-------A-------C-----
gi|11 : GTGATCCGTGTTCGCTTGTGTCATTAAAA------TGT----C-----------ATTGTCTGGT-CA--TTT------T----ATAATC-------CGTTTGTCGATAAAATT-GCT----A-A---GACC-TGTTGAACCGAACGTGCAGGGTTGATGCTCA------CGCCCTGCTTG-ATGTTTAT-------A---------------GGCC--ACG---T--T------------TCCTTATAACCGTCTACAAA---ATA---ACTATAT---TG----------------------AA---CA----AT--AT-TTAACACTCCCA--GCCATACAAGAAAA------------------C-------AT-------------GTATAA-CCGTATGGTT----A-----ATGGTAAATTGAAATTTATGGTGa
gi|12 : TACTGTAAACGTATTTA------ACT-TTGTT-GGGA----------A------AA---TT-TT-T------T--ATTG----------CTTT-TGT-A-GT-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-TATT---TTCA-TTGTTT-----G--AGATGAC-TTA-AAAAT----------TTAACA-----ATACATA-T-----A--CA------A-A-TAGGGGTACTAAGATACGGTAAA-CAAT-AGTGC-AT----ATCTGTATTCCTAACTTGCAT---ATGT-A------------T------------ACCGTTACAA------TACACTCGCTGTTTATAT-TATTAAACG-TGTCAACTAAATCAG-C---ACTTA-------------------T---------------A----------T-----------------CA---C
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gi|16 : accaatctCTGTAAACGTATTT-------ATT-TTGTT-GGGG----------G------A----AA-AC-C------C--GTTGT---------TTTT-TGTAA-GT-G-AA-ACAGATTT-GT-------GTGG---ATTAAATT---TCCGTTTGTAT-----G--AGATC--------AAATTAAATATTAAACACAA-----ATGCATA-TATTCCATGCAT-TAC-GTA-AACGGGTACCGAG-AA---TTCA-CCAT-ATCACAGT----ATCTGTAAACCTAACTTcagat
gi|17 : gT-G-AACAC-GATTTGGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--TTTTTACTTTA-AAAAT---------AAAAGAA-----ATACATA-TC----ATGC---------A-TACGCGCACAAAG-TA---TAAA-CCAC-AATGC-TT----ATCTAAAGTCCCTACTATTTT---A--A-A------------T------------AACCTTACAA------TGCACTCTCC
gi|18 : CA----ACA---GACT-CGTAGAACC--------AGGTTTGATTCCCA------CGCCCTGCTCGAATGTCCCT-------A--------------ATGGC--A-A---T--T------------TCCTTA-ATCTGATTACAAATAGATA---TCA-TAT---GGCC--------------------AA---CAA---AA--AT-TTAA-ACA--CA--GCCGCACAAAAGAACATTAGTTATACATTATGC-------AT-------------G--TGACCCATACAGTTA---A-----ATGGTAAATTGagcatgccaatgttaacatccctttcaaaaataa
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gi|2 : TACTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGG----------A------A----TT-TT-T------TTTATTG----------TTAT-TGT-A-GT-G-AACAT-GATTTCAT-------TTGG---ACT-AATT---TTCG-TTGTTT-----T--AGATCAC-TGA-AAAAAAAAAAA--AAAAAAAA-----ATCCATA-T-----ATGCAT-TAC-G-AACATGGGCACCCAG-TA---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCAATCCTCACTTGCTT---A--ATA------------T------------AACGTTACGA------TACACTCACCTTTTATAT-TATTAAGCG-TGTCAACTATATTAG-C---ACTTA-----------------------------------A----------T-----------------TA---CTCGGTGATCCGTGTTTTCTTGTGTCATTAAAT------TGT----T-----------AT------AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGTCGATAAAATTCGCTTTTTA-A---GACC-TGTTGAACC--------AGGGTTGATGCTCA------CGCCCTACTCG-ATGTTCAC-------A-------CTCC--CAGGGC--ACG---T--T------------TCCTTATAACCATCTACAAA---ATA---AC--TAT---TG----------------------AA---CAA-T-AC--AT-TTAACATGCCCA--GCCATACAATAGAA------------------C-------AT-------------G--CTA-CTGTATTGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATTTATTGTG
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gi|22 : gggggggCCGTAGACGTATTTA------ATT-TCGTTTGAAA----------A------A----TA-TT-T------C--GTTG----------TTTT-TGT-A-GT-G-AACAC-GATTGCGA-------GTGG---ATT-AGTT---TTCG-CTGTTT-----G--TAATCAC-TT------------------AAAAA-----ATACATATT-----ATGCA--TAC-G-A-
gi|23 : -TT-T------C--GTTG----------TGAT-TGT-A-TT-T-AACAC-GATTACAT-------GTTG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--TGACCAT-TTT-AAAAT------------------------------------TGCAC-T-------TAC--ATACCAAG-TA---TAAAGCATT-GTCGG-TT----ATCTGCAATCCTAACTTGTTcgtataaacca
gi|24 : TTCATA----A-A---GACC-TGCA----C--------AAGGCAGATGCCCA------CACCTTGCTTG-TTGTTCAT-------A---------------GGGC--ACA---T--CAGAACAAGTATATTCTTAT--CCTATTAAATA---GTA---AC--TACATATG----------------------AA---CA----AT--AT-TAAACAC
gi|25 : TACTGTAAACGTACATA------ATT-TCGTC-GGGG----------A------A----AA-TG-T------C--GTTG-----------TTC-AGT-A-GG-G-AACAC-TATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TT-----------------AGATCAC-TT----AATAGAAAA--AAagc
gi|26 : TACTGTAAACGTATTCT------ATT-TCGTT-GGGA----------A------T----TT-TT-T------T--TTCATTACATTTTTTTTT-TGT-AGGTGG-AACAC-GATTTCGT-------GTGtaca
gi|27 : CTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGGGGAAAA----A------A----T------------C--GTTG----------TTTT-TGT-A-GA-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCAcgcatcattttatttttt
gi|28 : AAACGTATCTA-------TT-TCGTT-GGG-----------A------A----TT-TT-TTTTTTTC--ATTACATTTT----TTTT-TGT-A-GT-GGAACAC-GATTTCGT-------GTGGCGCATC-A--T---TTTA-TTTTTT-----
gi|29 : AAACGTATCTA-------TT-TCGTT-GGG-----------A------A----TT-TT-TTTTTTTC--ATTACATTTT----TTTT-TGT-A-GT-GGAACAC-GATTTCGT-------GTGGCGCATC-A--T---TTTA-TTTTTT-----
gi|3 : GTATTTA------ATT-TCATT-GGGG----------A------AAATTTTGTT-T------C--G--G----------TTTT-TTT-T-AT-G-AAGAC-AATTTTAT-------GTGG---ATT-AATT---TTCA-TTGTTT-----G--AGATCAC-T------------AA--AAAAAATT-----GCAAATT-T-----ATGCAC-TCC-------C--GTACCAAG-TA---TATA-TCAT-ACTGC-TTATAAATCTGCAATCTT-GCGTGCTC---C--A-A------------T------------ACTGTTACAATTAATCTACA--TGCC----ATATACATCAAGTG-AGTCAAC---ATTAA-C---ACCTA-------------------TAGTCAAAAATAAATCA----------T-----------------TA---CTCGGTGGTCTGTGCACACTTGGGTCAGTAATT------TAT----TTCACCCAAGCCATAAG---AA-TG--TTT------TAA--GTATTTAGCATAATGCCTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACCTCG----ATC--------AGGAC
gi|3 : tacct-------A-------T-----CAGGAC--AAGAATT--T------------TCCTTA--ACTTGCTACAAA---ATA---AC--TAT---AG-----------------------A---TAA-T-ATACAT-GCAACACA-CCA--GCCATACAAAAGAA------------------T-------ATCAGCTGC------A--TGA-TCATAAGCTTTTAAA-----ACAGTAAATAGAATTC-ATTGTGaagaattttccttaacttgctacaaaataactatagataatatacatgcaacacaccagccatacaaaagaatatcagctgcatgatcataagcttttaaaacagtaaatagaattcattgtg
gi|30 : tacctgtatttaatttcattggggaaaattttgtttcggttttttttatgaagacaattttatgtggattaattttcattgtttgagatcactaaaaaaaattgcaaatttatgcactcccgtaccaagtatatatcatactgcttataaatctgcaatcttgcgtgctccaatactgttacaattaatctacatgccatatacatcaagtgagtcaacattaacacctatagtcaaaaataaatcattactcggtggtctgtgcacacttgggtcagtaatttatttcacccaagccataagaatgttttaagtatttagcataatgcctgtcgataaaattcgcaaagacctcgTAAACATATTTA------ATT-T--TT-GGGA----------A------A----AA-CTAT------C--ATTG----------TTTT-TGT-A-GC-G-AACAG-GATTTCAT-------AT-G---ATA-AATT---TT---TTTTTT-----G--AAATCAC-
gi|31 : actaaCTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGGGGAAAA----A------A----T------------C--GTTG----------TTTT-TGT-A-GA-G-A-CAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCAat
gi|32 : CTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGGGGAAAA----A------A----T------------C--GTTG----------TTTT-TGT-A-A--G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATC
gi|33 : TAGACGTATTCA------ATT-TCGAT-GGGG----------G------G----GG-GG-G------G--GGCG----------TT-----T-A-GT-A-AAAAC-AATTTTGT-------GTGG---A-T-GATT---TT
gi|34 : T---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCAC-TTATAAAATAAAAA
gi|4 : AAAA-----ATGCATA-G-----AGGTAT-TAC-A-AATATGGATACCAAG-TA---TAAA--AATCGTTGC-TT----ATCTATAGTCCTAGCTTGATT---A--C-A------------TGCATATATATGTACCGTTACGA------TGCACTCGCTCTATACAT-TATCAAGCG-TGTCAACTAAATTAG-C---ACTTA-------------------T---------------ACCACAACAAAT-----------------TATAACCCACTGATCTGTGTTCGCTTTTGTCATTGCATATTATATGTATAAT-----------ATTTGA--AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGCCGATAAA-----------------GACC-TGTTGAACC--------AGGGTTGATGCCCA------CGCCCTGCTCG-ATGTTCAT-------A-------T--------GGT--ACA---T--T------------TCCCTATA---TGCTACAAA---ATA---AC--TAT---TA----------------------AATACCAA-CAAT--AT-TTAACA-GCCCA--GCCTTACGAAAGAC------------------C-------ATCAGTAGTATGCAAG--TGA-ACGTACGGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATTTATTGTGgcacatattatccatacgcgtacaataaat
gi|5 : -TAC-G-AATACGGGTGCCGAG-GA-----AA-TAAT-AT-GC-C---------ACGATCCCAACTTTCTG---A--A-A------------T------------ACCGTTACAA------TACACTCGCC---TATGT-TG---AACG-TTTCAACTAAATGAA-C---ACATA-------------------C---------------A----------TGTACCTCAATAAATAAATA---CTCGATGTTTTGAGTTCGCCTGTGTCATCAAAA------TAC----T------------T------AC--A--TTT------T----GTATTC-------CGTTTATTGATAAAATTAGCA----A-C---TACC-CGTAGAACC--------A------------A------CGCCCTGTTCG-AAGTTCAT-------A----------------GGC--ACG---T--T------------TCCT--TAATCTACTACAAA---ATAGGTAG--TAT---AT----------------------AC---CAACT-AT--AT-TTAATACATCTA--GTTGTACAAATATG------------------C-------GT-------------G--TGA-CCGTATGATT----A-----ACGGTAAATTGGAATGCATTGTG
gi|6 : TTCCGT-------TTAG---ATC-AGTT---CT------TTT-----G------CAC---A-ATAATTACAAA--AACTAAAA-----ATATATA-TT----ATAC-----C-----TACGCATACTAAT-TG---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCTATCCTGACTTGCCG---A--A-A------------T------------GCTGTTACTA------TACACTCGTCATTTCTA--TATCAACAG-TG-CAAATGCA--AA-CGCAACCAA-------------------TC--------------A----------T-----------------TC---CTCGGTGATCTTTGTACGCTTGGGCAATTAAAT------TGT----T--------------------T-TA--CCTAAGCCATAGA-GTGTTT-------TGTATGTTGATAGAATTCGTA----A-A---AACG-TGTAGAAAG--------ATGGCTGATGCCCA------GGCCCTGTTCG-ATGTCTAT-------
gi|7 : tAAGTG-TGTCAACT---TTAA-C---ATTT--------------------T---------------A----------T-----------------TA---CTCGTCTATCTGTATTCGCTTGTGTCATTAAAA------TATG---T-----------GA------AC-TA--TTT------G----GTATTG-------TCTTTGTCAATAACTATCGCA----A-A---TACA-CGCA-AATA--------TGGGCTGAT-CCCA------CA--CTGCTCA-ATGTGCAT----------------------AGGAC--ACA---T--T------------GTCT--TAATCTGCAACAAA---GTA---AC--TGT---TGCATACA----------------AA---CA----AT--AT-CTAACA-ACCCAT-GGCGTACAAAATAATATCAGGCATCTC-----C-------GT-------------G--TGG-CCGTATGATT----ATATTTAGGATAAACTGAAAACTATTGTGggaacacatcaggac
gi|8 : ATGTA------ATT-TCATT-GGGGGGGGGGGGGTA------A----TT-----------------G----------TTTA-TGG-A--C-G-AACAC-GATT-CTT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-T-GTTT-----G--AGATTGC-TTA-AAAATAATTAA--AACACGCA-----GTATAT--T-----ATGC---------G-TACGGGTACCAAA-TA------------------------------CAATCCTAACTTGCTT---A--C-A------------C------------GCCGTTAC--------TACACTTGCC---TA-------CAAACACTATCACCTAT-TCCA-C---AAT---------------------C---------------A----------T-----------------TC---CTCGGTGATCCGTGTACCCCTGGGTCATTAGAT------TGC----T-----------TT------A
gi|9 : gtatttacCGTATTTACATGTAATT-TCATT-GGGGGGGGGGGGGTA------A----TT-----------------G----------TTTA-TGG-A--C-G-AACAC-GATTTCTT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATTGC-TTA-AAAATAATTAA--AACACGCA-----GTATAT--T-----ATGC---------G-TACGGGTACCAAA-TA------------------------------CAATCCTAACTTGCTT---A--C-A------------C------------GCCGTTAC--------TACACTTGCC---TA-------CAAACACTATCACCTAT-TCCA-C---AAT---------------------C---------------A----------T-----------------TC---CTCGGTGATCCGTGTACCCCTGGGTCATTAGAT------TGC----T-----------TT------Acccaagccatcagaatgtaatattagagtattt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGCAATGTTGTATCAAATGCATGTATACATGCATGTACATGTATCGGTGTCAGTTCCAATTGCTCCTAATCTACAAGCTACATGATGACCCGGCATGATGATCCCTATTCAAATCAATCATGATCGGTAGTCTATGCACA
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consensus : TACTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGG----------A------A----TTTT-T------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GT-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCACTTA-AAAATAA-AAA--AAAA-AAAAA--TACAT--A-T-----ATGCAT---TAC-G-A-TACGGGTACCAAG-TA---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCAATCCTAACTTGCTT---A--A-A------------T------------ACCGTTACGA------TACACTCGCCCTTTATAT-TATCAAGCG-TGTCAACTANATTAA-C---ACTTA-------------------T---------------A----------T-----------------TA---CTCGGTGATCCGTGTTCGCTTGTGTCATTAAAT------TGT----T-----------AT------AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACC-CGTAGAACC--------AGGGCTGATGCCCA------CGCCCTGCTCG-ATGTTCAT-------A-------C-----CAGGGC--ACG---T--T------------TCCTTATAACCTG-C---TACAAA---ATA---AC--TAT---TG----------------------AA---CAA-T-AT--AT-TTAACACGCCCA--GCCGTACAAAAGAA------------------C-------AT-------------G--TGA-CCGTACGGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATCTATTGTG
Reference ( family-2853 ) : TACTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGG----------A------A----TTTT-T------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GT-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCACTTA-AAAATAA-AAA--AAAA-AAAAA--TACAT--A-T-----ATGCAT---TAC-G-A-TACGGGTACCAAG-TA---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCAATCCTAACTTGCTT---A--A-A------------T------------ACCGTTACGA------TACACTCGCCCTTTATAT-TATCAAGCG-TGTCAACTANATTAA-C---ACTTA-------------------T---------------A----------T-----------------TA---CTCGGTGATCCGTGTTCGCTTGTGTCATTAAAT------TGT----T-----------AT------AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACC-CGTAGAACC--------AGGGCTGATGCCCA------CGCCCTGCTCG-ATGTTCAT-------A-------C-----CAGGGC--ACG---T--T------------TCCTTATAACCTG-C---TACAAA---ATA---AC--TAT---TG----------------------AA---CAA-T-AT--AT-TTAACACGCCCA--GCCGTACAAAAGAA------------------C-------AT-------------G--TGA-CCGTACGGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATCTATTGTG
gi|1 : TA------ATTATCGTT-G--------------------------TTG-T------C--CTT------------TTCTGT-ACGT-G-AACACAGATTCCGTT------GTCG---TTC-CACTGGGTTCA-TTGTTT-----G--AGATCACTTA-AAAATGA-AAA--AATA--------TACAC--A-C-----ATGTAT---TACAG-A-TACAGGTACGAAG-TA---TAGA-CAAT-GTTGT-GT----ATCTGCAATCCTAGCTTGCTT---A--A-A------------T------------ACCGTTATGA------TA-----GCTCATTATAT-TATCAAACA-TGTCAACTAGATTAAAC---ACTTA-------------------T---------------ACA--------T-----------------CA---TCCAGTGATCTGCATTTGCTTGTGCCATTGAAA------TGT----TG----------AA------AT-TC--TTT------T----GTATTC-------TATTTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACC-CGTAGAATC--------AGGATTGATGTCCA------TACCCTGTTTG-ATGTTCAT-------AAGG----CACATATAAGGC--ACA---T--T------------TCCT--TAATCTG-C---TACAAA---ATA---GC--TAT---TATATACCGCTATTATATACCGGTAC---CAA-CAAT--AT-ACAACACCCCTA--GCCATACACAAATG------------------C-------AT-------------A--AGA-CCATACGATT----A-----TCGGTAAATTGAAATCTATTG
gi|10 : taacagtgtaagggctctttaactattcgtgtgctcaaaa-----ATGTAC---TAC-GGA-TGCTGGTACCAAG-TA---TAAA-CAAT-GATGC-GT----AGCTGCAATCCTAATTTTCTTTAAA--A-A------------T------------ACCGTTACGA------TACACTTGTTCATTATAT-TATCAAGGG-TGATATTTAAATTAA-T---ACTTATACATCATGATCAACCAATT---------------A----------T-----------------TA---TCAGGCGATCTTCGTTGGCTTG-----TTGAA----------------------------------AT-TA--TTT------T----GTATT--------------TCGATCAAATTCGCA----A-A---GAGC-CTTACAACC--------ATGGTTGATGTCCATACATGTACCTTGCTGG-TTGTACAC-------A-------C-----
gi|11 : GTGATCCGTGTTCGCTTGTGTCATTAAAA------TGT----C-----------ATTGTCTGGT-CA--TTT------T----ATAATC-------CGTTTGTCGATAAAATT-GCT----A-A---GACC-TGTTGAACCGAACGTGCAGGGTTGATGCTCA------CGCCCTGCTTG-ATGTTTAT-------A---------------GGCC--ACG---T--T------------TCCTTATAACCGT-C---TACAAA---ATA---ACTATAT---TG----------------------AA---CA----AT--AT-TTAACACTCCCA--GCCATACAAGAAAA------------------C-------AT-------------GTATAA-CCGTATGGTT----A-----ATGGTAAATTGAAATTTATGGTGa
gi|12 : TACTGTAAACGTATTTA------ACT-TTGTT-GGGA----------A------AA---TTTT-T------T--ATT---G-------CTTTTGT-A-GT-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-TATT---TTCA-TTGTTT-----G--AGATGACTTA-AAAAT----------TT-AACAA--TACAT--A-T-----A--CA--------A-A-TAGGGGTACTAAGATACGGTAAA-CAAT-AGTGC-AT----ATCTGTATTCCTAACTTGCAT---ATGT-A------------T------------ACCGTTACAA------TACACTCGCTGTTTATAT-TATTAAACG-TGTCAACTAAATCAG-C---ACTTA-------------------T---------------A----------T-----------------CA---C
gi|13 : GTAAACGTATCTA------ATT-TCGTT-GGGG----------GGGGGGGA----T-----------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GT-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TAAG-TTGGTT-----G--AGATCACTTG-AAAAT-----A--AAAA-AAAAA--TGCAT--A-G-----AGGTAT---TAC---A-TA----TAT--AG-TA---TAAA-CATT-GTTGC-TT----ATCTATAGTCCTAGCTTGATT---A--C-ATGCATATATATGT------------ACCGTTACGA------TGCACTCGCTCTATACAT-TATCAAGCG-
gi|14 : gTATTC-------TGTTTGTCAATAAAATCTGGA----A-ATTAGAAA-TG-AGAAA---------AAGGCTGATGCCCT------TTCTCTGGTGG-ATGTTTAT-------AAGGAAGAT-----CAGGAC--AAG---AGAT------------TCATTG--ACCTG-T---TACA------TA---AC--TGTGAATG----------------------AT---CAA-T-AT--GTATT------CCCAAAGTCGTACAGA-GAA------------------CGGCAGCCAT-------------G--TGA-CTGTATAGTC----C-----ATGGTACACTGAAGTCTGTTGTG
gi|15 : cgt----------T-----------------TA---TTCGGTGATGTTTGTACGCTTAGGTAATTAAAT------TGT----TTTACGT-----AC------ATGTAAGTCA------TCAGAGTGTTT-------TGTCTCTCGATAGAATTCGCA----A-T---AACC-TGTAGAAAG--------AAGGCTGGTGTACA------T-CTCTGCCCG-ATGACCATGGGGCACA-------T-----CAGAACAAATA---T--T------------TACTTA-AA-CTG-CCTATACAAA---A
gi|16 : accaatctCTGTAAACGTATTT-------ATT-TTGTT-GGGG----------G------A----AAAC-C------C--GTT---GT------TTTTTGTAA-GT-G-AA-ACAGATTT-GT-------GTGG---ATTAAATT---TCCGTTTGTAT-----G--AGATC------AAATTAA-ATATTAAAC-ACAAA--TGCAT--A-TATTCCATGCAT---TAC-GTA-AACGGGTACCGAG-AA---TTCA-CCAT-ATCACAGT----ATCTGTAAACCTAACTTctacagat
gi|17 : gT-G-AACAC-GATTTGGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--TTTTTACTT------TAA-AAA--TAAA-AGAAA--TACAT--A-TC----ATGC-----------A-TACGCGCACAAAG-TA---TAAA-CCAC-AATGC-TT----ATCTAAAGTCCCTACTATTTT---A--A-A------------T------------AACCTTACAA------TGCACTCTCC
gi|18 : CA----ACA---GACT-CGTAGAACC--------AGGTTTGATTCCCA------CGCCCTGCTCGAATGTCCCT-------A--------------ATGGC--A-A---T--T------------TCCT--TAATCTGAT---TACAAATAGATA---TCA-TAT---GGCC--------------------AA---CAA---AA--AT-TTAA-ACA--CA--GCCGCACAAAAGAACATTAGTTATACATTATGC-------AT-------------G--TGACCCATACAGTTA---A-----ATGGTAAATTGagcatgccaatgttaacatccctttcaaaaataa
gi|19 : TCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCA-TTGTTTTAATAGCTAGATCACTTA-AAATTAA-AAA--AAG---------TTCAT--A-T-----ATGTAT---TAC-G-AATATGGATACCCAG-TA---TAAA-CAAC-GTTGC-TT---------------------------------A------------T------------ACCATTACGA------TACACCCACCCTTTATAT-TATCAAGCC-TGTCAAC
gi|2 : TACTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGG----------A------A----TTTT-T------TTTATT---G-------TTATTGT-A-GT-G-AACAT-GATTTCAT-------TTGG---ACT-AATT---TTCG-TTGTTT-----T--AGATCACTGA-AAAAAAA-AAA--AAAA-AAAAAA-TCCAT--A-T-----ATGCAT---TAC-G-AACATGGGCACCCAG-TA---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCAATCCTCACTTGCTT---A--ATA------------T------------AACGTTACGA------TACACTCACCTTTTATAT-TATTAAGCG-TGTCAACTATATTAG-C---ACTTA-----------------------------------A----------T-----------------TA---CTCGGTGATCCGTGTTTTCTTGTGTCATTAAAT------TGT----T-----------AT------AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGTCGATAAAATTCGCTTTTTA-A---GACC-TGTTGAACC--------AGGGTTGATGCTCA------CGCCCTACTCG-ATGTTCAC-------A-------CTCC--CAGGGC--ACG---T--T------------TCCTTATAACCAT-C---TACAAA---ATA---AC--TAT---TG----------------------AA---CAA-T-AC--AT-TTAACATGCCCA--GCCATACAATAGAA------------------C-------AT-------------G--CTA-CTGTATTGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATTTATTGTG
gi|20 : -GGGG----------G------A----TTGT-T---------GCT---A-------TCTTTGT-G-GT-G-AA-AC-TCTTTTTTTTTTTTTGTGG---ATT-TATT---TTCA-TTATTT-----G--GGATCACTT---AAATAG-AAG--AAGG-AAAAATTTGTATTCA-T-----ATGTATATATAG-GCA-TGCGAG-ACCAAA-TA---TGA
gi|22 : gggggggCCGTAGACGTATTTA------ATT-TCGTTTGAAA----------A------A----TATT-T------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GT-G-AACAC-GATTGCGA-------GTGG---ATT-AGTT---TTCG-CTGTTT-----G--TAATCACTT------------------A-AAAAA--TACAT--ATT-----ATGCA----TAC-G-A-
gi|23 : TT-T------C--GTT---G-------TGATTGT-A-TT-T-AACAC-GATTACAT-------GTTG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--TGACCATTTT-AAAAT------------------------------------TGCAC---T-------TAC--ATACCAAG-TA---TAAAGCATT-GTCGG-TT----ATCTGCAATCCTAACTTGTTcgtataaacca
gi|24 : TTCATA----A-A---GACC-TGCA----C--------AAGGCAGATGCCCA------CACCTTGCTTG-TTGTTCAT-------A---------------GGGC--ACA---T--CAGAACAAGTATATTCTTAT--CCTA-T---TAAATA---GTA---AC--TACATATG----------------------AA---CA----AT--AT-TAAACAC
gi|25 : TACTGTAAACGTACATA------ATT-TCGTC-GGGG----------A------A----AATG-T------C--GTT---G--------TTCAGT-A-GG-G-AACAC-TATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TT-----------------AGATCACTT----AATAG-AAA--AAAagc
gi|26 : TACTGTAAACGTATTCT------ATT-TCGTT--GGG----------A------ATTTTTTTT-T------C--ATT---ACATTTTTTTTTTGT-AGGTGG-AACAC-GATTTCGT-------GTGtaca
gi|27 : CTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGGGGAAAA----A------A----T-----------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GA-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCAcgcatcattttatttttt
gi|28 : AAACGTATCTA-------TT-TCGTT-GGG-----------A------A----TTTT-TTTTTTTC--ATT---ACATTTT-TTTTTGT-A-GT-GGAACAC-GATTTCGT-------GTGGCGCATC-A--T---TTTA-TTTTTT-----
gi|29 : AAACGTATCTA-------TT-TCGTT-GGG-----------A------A----TTTT-TTTTTTTC--ATT---ACATTTT-TTTTTGT-A-GT-GGAACAC-GATTTCGT-------GTGGCGCATC-A--T---TTTA-TTTTTT-----
gi|3 : GTATTTA------ATT-TCATT-GGGG----------A------A----AATT-T------T--GTTTCGG-------TTTTTTT-T-AT-G-AAGAC-AATTTTAT-------GTGG---ATT-AATT---TTCA-TTGTTT-----G--AGATCACT------------AA--AAAA-AATTG--CAAAT--T-T-----ATGCAC---TCC-------C--GTACCAAG-TA---TATA-TCAT-ACTGC-TTATAAATCTGCAATCTT-GCGTGCTC---C--A-A------------T------------ACTGTTACAATTAATCTACA--TGCC----ATATACATCAAGTG-AGTCAAC---ATTAA-C---ACCTA-------------------TAGTCAAAAATAAATCA----------T-----------------TA---CTCGGTGGTCTGTGCACACTTGGGTCAGTAATT------TAT----TTCACCCAAGCCATAAG---AA-TG--TTT------TAA--GTATTTAGCATAATGCCTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACCTCG----ATC--------AGGAC
gi|3 : tacct-------A-------T-----CAGGAC--AAGAATT--T------------TCCTTA--ACTTG-C---TACAAA---ATA---AC--TAT---AG-----------------------A---TAA-T-ATACAT-GCAACACA-CCA--GCCATACAAAAGAA------------------T-------ATCAGCTGC------A--TGA-TCATAAGCTTTTAAA-----ACAGTAAATAGAATTC-ATTGTGaagaattttccttaacttgctacaaaataactatagataatatacatgcaacacaccagccatacaaaagaatatcagctgcatgatcataagcttttaaaacagtaaatagaattcattgtg
gi|30 : tacctgtatttaatttcattggggaaaattttgtttcggttttttttatgaagacaattttatgtggattaattttcattgtttgagatcactaaaaaaaattgcaaatttatgcactcccgtaccaagtatatatcatactgcttataaatctgcaatcttgcgtgctccaatactgttacaattaatctacatgccatatacatcaagtgagtcaacattaacacctatagtcaaaaataaatcattactcggtggtctgtgcacacttgggtcagtaatttatttcacccaagccataagaatgttttaagtatttagcataatgcctgtcgataaaattcgcaaagacctcgTAAACATATTTA------ATT-T--TT-GGGA----------A------A----AACTAT------C--ATT---G-------TTTTTGT-A-GC-G-AACAG-GATTTCAT-------AT-G---ATA-AATT---TT---TTTTTT-----G--AAATCAC
gi|31 : actaaCTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGGGGAAAA----A------A----T-----------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GA-G-A-CAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCAat
gi|32 : CTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGGGGAAAA----A------A----T-----------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-A--G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATC
gi|34 : T---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCACTTATAAAATAA-AAA--
gi|4 : -AAAAA--TGCAT--A-G-----AGGTAT---TAC-A-AATATGGATACCAAG-TA---TAAA--AATCGTTGC-TT----ATCTATAGTCCTAGCTTGATT---A--C-A------------TGCATATATATGTACCGTTACGA------TGCACTCGCTCTATACAT-TATCAAGCG-TGTCAACTAAATTAG-C---ACTTA-------------------T---------------ACCACAACAAAT-----------------TATAACCCACTGATCTGTGTTCGCTTTTGTCATTGCATATTATATGTATAAT-----------ATTTGA--AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGCCGATAAA-----------------GACC-TGTTGAACC--------AGGGTTGATGCCCA------CGCCCTGCTCG-ATGTTCAT-------A-------T--------GGT--ACA---T--T------------TCCCTATA---TG-C---TACAAA---ATA---AC--TAT---TA----------------------AATACCAA-CAAT--AT-TTAACA-GCCCA--GCCTTACGAAAGAC------------------C-------ATCAGTAGTATGCAAG--TGA-ACGTACGGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATTTATTGTGgcacatattatccatacgcgtacaataaat
gi|5 : ---TAC-G-AATACGGGTGCCGAG-GA-----AA-TAAT-AT-GC-C---------ACGATCCCAACTTTCTG---A--A-A------------T------------ACCGTTACAA------TACACTCGCC---TATGT-TG---AACG-TTTCAACTAAATGAA-C---ACATA-------------------C---------------A----------TGTACCTCAATAAATAAATA---CTCGATGTTTTGAGTTCGCCTGTGTCATCAAAA------TAC----T------------T------AC--A--TTT------T----GTATTC-------CGTTTATTGATAAAATTAGCA----A-C---TACC-CGTAGAACC--------A------------A------CGCCCTGTTCG-AAGTTCAT-------A----------------GGC--ACG---T--T------------TCCT--TAATCTA-C---TACAAA---ATAGGTAG--TAT---AT----------------------AC---CAACT-AT--AT-TTAATACATCTA--GTTGTACAAATATG------------------C-------GT-------------G--TGA-CCGTATGATT----A-----ACGGTAAATTGGAATGCATTGTG
gi|6 : TTCCGT-------TTAG---ATC-AGTT---CT------TTT-----G------CAC--A-ATAATTA-CAA--AAACTAAAAA--TATAT--A-TT----ATAC-------C-----TACGCATACTAAT-TG---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCTATCCTGACTTGCCG---A--A-A------------T------------GCTGTTACTA------TACACTCGTCATTTCTA--TATCAACAG-TG-CAAATGCA--AA-CGCAACCAA-------------------TC--------------A----------T-----------------TC---CTCGGTGATCTTTGTACGCTTGGGCAATTAAAT------TGT----T--------------------T-TA--CCTAAGCCATAGA-GTGTTT-------TGTATGTTGATAGAATTCGTA----A-A---AACG-TGTAGAAAG--------ATGGCTGATGCCCA------GGCCCTGTTCG-ATGTCTAT-------
gi|7 : tAAGTG-TGTCAACT---TTAA-C---ATTT--------------------T---------------A----------T-----------------TA---CTCGTCTATCTGTATTCGCTTGTGTCATTAAAA------TATG---T-----------GA------AC-TA--TTT------G----GTATTG-------TCTTTGTCAATAACTATCGCA----A-A---TACA-CGCA-AATA--------TGGGCTGAT-CCCA------CA--CTGCTCA-ATGTGCAT----------------------AGGAC--ACA---T--T------------GTCT--TAATCTG-C---AACAAA---GTA---AC--TGT---TGCATACA----------------AA---CA----AT--AT-CTAACA-ACCCAT-GGCGTACAAAATAATATCAGGCATCTC-----C-------GT-------------G--TGG-CCGTATGATT----ATATTTAGGATAAACTGAAAACTATTGTGggaacacatcaggac
gi|8 : ATGTA------ATT-TCATT-GGGGGGGGGGGGGTA------A----TT-------------------G-------TTTATGG-A--C-G-AACAC-GATT-CTT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-T-GTTT-----G--AGATTGCTTA-AAAATAATTAA--AACA-CGCAG--TATAT----T-----ATGC-----------G-TACGGGTACCAAA-TA------------------------------CAATCCTAACTTGCTT---A--C-A------------C------------GCCGTTAC--------TACACTTGCC---TA-------CAAACACTATCACCTAT-TCCA-C---AAT---------------------C---------------A----------T-----------------TC---CTCGGTGATCCGTGTACCCCTGGGTCATTAGAT------TGC----T-----------TT------A
gi|9 : gtatttacCGTATTTACATGTAATT-TCATT-GGGGGGGGGGGGGTA------A----TT-------------------G-------TTTATGG-A--C-G-AACAC-GATTTCTT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATTGCTTA-AAAATAATTAA--AACA-CGCAG--TATAT----T-----ATGC-----------G-TACGGGTACCAAA-TA------------------------------CAATCCTAACTTGCTT---A--C-A------------C------------GCCGTTAC--------TACACTTGCC---TA-------CAAACACTATCACCTAT-TCCA-C---AAT---------------------C---------------A----------T-----------------TC---CTCGGTGATCCGTGTACCCCTGGGTCATTAGAT------TGC----T-----------TT------Acccaagccatcagaatgtaatattagagtattt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGCAATGTTGTATCAAATGCATGTATACATGCATGTACATGTATCGGTGTCAGTTCCAATTGCTCCTAATCTACAAGCTACATGATGACCCGGCATGATGATCCCTATTCAAATCAATCATGATCGGTAGTCTATGCACA
Unaligned ( gi|33 ): TAGACGTATTCAATTTCGATGGGGGGGGGGGGGGCGTTTAGTAAAAACAATTTTGTGTGGATGATTTT
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Reference ( family-2853 ) : TACTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGG----------A------A----TTTT-T------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GT-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCACTTA-AAAATAA-AAA--AAAA-AAAAA--TACAT--A-T-----ATGCAT---TAC-G-A-TACGGGTACCAAG-TA---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCAATCCTAACTTGCTT---A--A-A------------T------------ACCGTTACGA------TACACTCGCCCTTTATAT-TATCAAGCG-TGTCAACTANATTAA-C---ACTTA-------------------T---------------A----------T-----------------TA---CTCGGTGATCCGTGTTCGCTTGTGTCATTAAAT------TGT----T-----------AT------AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACC-CGTAGAACC--------AGGGCTGATGCCCA------CGCCCTGCTCG-ATGTTCAT-------A-------C-----CAGGGC--ACG---T--T------------TCCTTATAACCTG-C---TACAAA---ATA---AC--TAT---TG----------------------AA---CAA-T-AT--AT-TTAACACGCCCA--GCCGTACAAAAGAA------------------C-------AT-------------G--TGA-CCGTACGGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATCTATTGTG
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gi|22 : gggggggCCGTAGACGTATTTA------ATT-TCGTTTGAAA----------A------A----TATT-T------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GT-G-AACAC-GATTGCGA-------GTGG---ATT-AGTT---TTCG-CTGTTT-----G--TAATCACTT------------------A-AAAAA--TACAT--ATT-----ATGCA----TAC-G-A-
gi|23 : TT-T------C--GTT---G-------TGATTGT-A-TT-T-AACAC-GATTACAT-------GTTG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--TGACCATTTT-AAAAT------------------------------------TGCAC---T-------TAC--ATACCAAG-TA---TAAAGCATT-GTCGG-TT----ATCTGCAATCCTAACTTGTTcgtataaacca
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gi|26 : TACTGTAAACGTATTCT------ATT-TCGTT--GGG----------A------ATTTTTTTT-T------C--ATT---ACATTTTTTTTTTGT-AGGTGG-AACAC-GATTTCGT-------GTGtaca
gi|27 : CTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGGGGAAAA----A------A----T-----------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GA-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCAcgcatcattttatttttt
gi|28 : AAACGTATCTA-------TT-TCGTT-GGG-----------A------A----TTTT-TTTTTTTC--ATT---ACATTTT-TTTTTGT-A-GT-GGAACAC-GATTTCGT-------GTGGCGCATC-A--T---TTTA-TTTTTT-----
gi|29 : AAACGTATCTA-------TT-TCGTT-GGG-----------A------A----TTTT-TTTTTTTC--ATT---ACATTTT-TTTTTGT-A-GT-GGAACAC-GATTTCGT-------GTGGCGCATC-A--T---TTTA-TTTTTT-----
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gi|30 : tacctgtatttaatttcattggggaaaattttgtttcggttttttttatgaagacaattttatgtggattaattttcattgtttgagatcactaaaaaaaattgcaaatttatgcactcccgtaccaagtatatatcatactgcttataaatctgcaatcttgcgtgctccaatactgttacaattaatctacatgccatatacatcaagtgagtcaacattaacacctatagtcaaaaataaatcattactcggtggtctgtgcacacttgggtcagtaatttatttcacccaagccataagaatgttttaagtatttagcataatgcctgtcgataaaattcgcaaagacctcgTAAACATATTTA------ATT-T--TT-GGGA----------A------A----AACTAT------C--ATT---G-------TTTTTGT-A-GC-G-AACAG-GATTTCAT-------AT-G---ATA-AATT---TT---TTTTTT-----G--AAATCAC
gi|31 : actaaCTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGGGGAAAA----A------A----T-----------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GA-G-A-CAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCAat
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gi|7 : tAAGTG-TGTCAACT---TTAA-C---ATTT--------------------T---------------A----------T-----------------TA---CTCGTCTATCTGTATTCGCTTGTGTCATTAAAA------TATG---T-----------GA------AC-TA--TTT------G----GTATTG-------TCTTTGTCAATAACTATCGCA----A-A---TACA-CGCA-AATA--------TGGGCTGAT-CCCA------CA--CTGCTCA-ATGTGCAT----------------------AGGAC--ACA---T--T------------GTCT--TAATCTG-C---AACAAA---GTA---AC--TGT---TGCATACA----------------AA---CA----AT--AT-CTAACA-ACCCAT-GGCGTACAAAATAATATCAGGCATCTC-----C-------GT-------------G--TGG-CCGTATGATT----ATATTTAGGATAAACTGAAAACTATTGTGggaacacatcaggac
gi|8 : ATGTA------ATT-TCATT-GGGGGGGGGGGGGTA------A----TT-------------------G-------TTTATGG-A--C-G-AACAC-GATT-CTT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-T-GTTT-----G--AGATTGCTTA-AAAATAATTAA--AACA-CGCAG--TATAT----T-----ATGC-----------G-TACGGGTACCAAA-TA------------------------------CAATCCTAACTTGCTT---A--C-A------------C------------GCCGTTAC--------TACACTTGCC---TA-------CAAACACTATCACCTAT-TCCA-C---AAT---------------------C---------------A----------T-----------------TC---CTCGGTGATCCGTGTACCCCTGGGTCATTAGAT------TGC----T-----------TT------A
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originalCons : TACTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGG----------A------A----TTTT-T------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GT-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCACTTA-AAAATAA-AAA--AAAA-AAAAA--TACAT--A-T-----ATGCAT---TAC-G-A-TACGGGTACCAAG-TA---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCAATCCTAACTTGCTT---A--A-A------------T------------ACCGTTACGA------TACACTCGCCCTTTATAT-TATCAAGCG-TGTCAACTANATTAA-C---ACTTA-------------------T---------------A----------T-----------------TA---CTCGGTGATCCGTGTTCGCTTGTGTCATTAAAT------TGT----T-----------AT------AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACC-CGTAGAACC--------AGGGCTGATGCCCA------CGCCCTGCTCG-ATGTTCAT-------A-------C-----CAGGGC--ACG---T--T------------TCCTTATAACCTG-C---TACAAA---ATA---AC--TAT---TG----------------------AA---CAA-T-AT--AT-TTAACACGCCCA--GCCGTACAAAAGAA------------------C-------AT-------------G--TGA-CCGTACGGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATCTATTGTG
finalCons : TACTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGG----------A------A----TTTT-T------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GT-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATCACTTA-AAAATAAAAAAAAAA----------TACAT--A-T-----ATGCAT---TAC-G-A-TACGGGTACCAAG-TA---TAAA-CAAT-GTTGC-TT----ATCTGCAATCCTAACTTGCTT---A--A-A------------T------------ACCGTTACGA------TACACTCGCCCTTTATAT-TATCAAGCG-TGTCAACTANATTAA-C---ACTTA-------------------T---------------A----------T-----------------TA---CTCGGTGATCCGTGTTCGCTTGTGTCATTAAAT------TGTTTT---------------------AT-TA--TTT------T----GTATTC-------CGTTTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACC-CGTAGAACC--------AGGGCTGATGCCCA------CGCCCTGCTCG-ATGTTCATA---------------------AGGGC--ACG---T--T------------TCCTTATAACCTG-C---TACAAA---ATA---AC--TATAACGAACA------------------------------AT--AT-TTAACACGCCCA--GCCGTACAAAAGAA------------------C-------AT-------------G--TGA-CCGTACGGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATCTATTGTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2853 ) : TACTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGG----------A------A----TTTT-T------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GT-G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATC-AC-TTA-AA---AAT---AAAAA--AAAA-----A-----TA-CAT--A-T-----ATGCAT-TAC-G-A-TACGGGTACCAAG-TA---TAAA-CAAT-GTTGC-TTAT----CTGCAATCCTAACTTGCTT---A--A-A------------T------------ACCGTTACGAT------ACACTCGCCCTTTATAT-TATCAAGCG-TGTCAACTANATTAA-C---ACTTA-------------------T-A---------------T-----------------TA---CTCGGTGATCCGTGTTCGCTTGTGTCATTAAA------T------TGT------TTT--A------T--------------TATTT------T----GTATTC-------CGTTTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACC-CGTAGAACC--------AGGGCTGATGCCCA------CGCCCTGCTCG-ATGTTCATA-----AG----------G-------GCAC----G---TT------------TCCTTATAACCTG-CTACAAA---ATA---AC-----TA-T---A---ACG------------------AAC-A-AT--ATTTAACACGCCCA--GCCGTACAAAAGAA------------------C-------AT-------------G--TGA-CCGTACGGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATCTATTGTG
gi|1 : TA------ATTATCGTT-G--------------------------TTG-T------C--CTT------------TTCTGT-ACGT-G-AACACAGATTCCGTT------GTCG---TTC-CACTGGGTTCA-TTGTTT-----G--AGATC-AC-TTA-AA---AAT---GAAAA--AATA-----------TA-CAC--A-C-----ATGTAT-TACAG-A-TACAGGTACGAAG-TA---TAGA-CAAT-GTTGT-GTAT----CTGCAATCCTAGCTTGCTT---A--A-A------------T------------ACCGTTATGAT------A-----GCTCATTATAT-TATCAAACA-TGTCAACTAGATTAAAC---ACTTA-------------------T-ACA-------------T-----------------CA---TCCAGTGATCTGCATTTGCTTGTGCCATTGAA------A------TGT------TGA--AA-----T--------------TCTTT------T----GTATTC-------TATTTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACC-CGTAGAATC--------AGGATTGATGTCCA------TACCCTGTTTG-ATGTTCATA-----AGGCACATATAAG-------GCAC----A---TT------------TCCT--TAATCTG-CTACAAA---ATA---GCTATTATA-T---A---CCGCTATTATATACCGGTACCAAC-A-AT--ATACAACACCCCTA--GCCATACACAAATG------------------C-------AT-------------A--AGA-CCATACGATT----A-----TCGGTAAATTGAAATCTATTG
gi|10 : taacagtgtaagggctctttaactattcgtgtgctcaaaa-----ATGTAC-TAC-GGA-TGCTGGTACCAAG-TA---TAAA-CAAT-GATGC-GTAG----CTGCAATCCTAATTTTCTTTAAA--A-A------------T------------ACCGTTACGAT------ACACTTGTTCATTATAT-TATCAAGGG-TGATATTTAAATTAA-T---ACTTATACATCATGATCAACCAATT-A---------------T-----------------TA---TCAGGCGATCTTCGTTGGCTTG-----TTGAA---------------------------A------T--------------TATTT------T----GTATT--------------TCGATCAAATTCGCA----A-A---GAGC-CTTACAACC--------ATGGTTGATGTCCATACATGTACCTTGCTGG-TTGTACACA-----
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gi|17 : gT-G-AACAC-GATTTGGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--TTTTT-ACTTTA-AA---AAT-----AAA--AGAA-----A-----TA-CAT--A-TC----ATGC---------A-TACGCGCACAAAG-TA---TAAA-CCAC-AATGC-TTAT----CTAAAGTCCCTACTATTTT---A--A-A------------T------------AACCTTACAAT------GCACTCTCC
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gi|19 : TCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCA-TTGTTTTAATAGCTAGATC-AC-TTA-AA---ATT-----AAA--AAAA-----G-----TT-CAT--A-T-----ATGTAT-TAC-GAA-TATGGATACCCAG-TA---TAAA-CAAC-GTTGC-TT---------------------------------A------------T------------ACCATTACGAT------ACACCCACCCTTTATAT-TATCAAGCC-TGTCAAC
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gi|20 : -GGGG----------G------A----TTGT-T---------GCT---A-------TCTTTGT-G-GT-G-AA-AC-TCTTTTTTTTTTTTTGTGG---ATT-TATT---TTCA-TTATTT-----G--GGATC-AC-TTA-AATAGAAG---AAGGA--AAAATTTGTA-----TT-CAT--A-T-----GTATATATAG-GCA-TGCGAG-ACCAAA-TA---TGA
gi|22 : gggggggCCGTAGACGTATTTA------ATT-TCGTTTGAAA----------A------A----TATT-T------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GT-G-AACAC-GATTGCGA-------GTGG---ATT-AGTT---TTCG-CTGTTT-----G--TAATC-AC-TT-----------------A--AAAA-----A-----TA-CAT--ATT-----ATGCA--TAC-G-A-
gi|23 : TT-T------C--GTT---G-------TGATTGT-A-TT-T-AACAC-GATTACAT-------GTTG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--TGACC-AT-TTT-AA---AAT------------------------------------------TGCAC-T-------TAC--ATACCAAG-TA---TAAAGCATT-GTCGG-TTAT----CTGCAATCCTAACTTGTTcgtataaacca
gi|24 : TTCATA----A-A---GACC-TGCA----C--------AAGGCAGATGCCCA------CACCTTGCTTG-TTGTTCATA------G----------G-------GCAC----A---TCAGAACAAGTATATTCTTAT--CCTA-TTAAATA---GTA---AC-----TA-C---AT--ATG------------------AAC-A-AT--ATTAAACAC
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gi|26 : TACTGTAAACGTATTCT------ATT-TCGTT--GGG----------A------ATTTTTTTT-T------C--ATT---ACATTTTTTTTTTGT-AGGTGG-AACAC-GATTTCGT-------GTG
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gi|28 : AAACGTATCTA-------TT-TCGTT-GGG-----------A------A----TTTT-TTTTTTTC--ATT---ACATTTT-TTTTTGT-A-GT-GGAACAC-GATTTCGT-------GTGGCGCATC-A--T---TTTA-TTTTTT-----
gi|29 : AAACGTATCTA-------TT-TCGTT-GGG-----------A------A----TTTT-TTTTTTTC--ATT---ACATTTT-TTTTTGT-A-GT-GGAACAC-GATTTCGT-------GTGGCGCATC-A--T---TTTA-TTTTTT-----
gi|3 : GTATTTA------ATT-TCATT-GGGG----------A------A----AATT-T------T--GTTTCGG-------TTTTTTT-T-AT-G-AAGAC-AATTTTAT-------GTGG---ATT-AATT---TTCA-TTGTTT-----G--AGATC-AC-T---------------AAAA--AAAA-----T-----TG-CAA--A-TTT---ATGCAC-TCC-------CG--TACCAAG-TA---TATA-TCAT-ACTGC-TTATAAATCTGCAATCTTG-CGTGCTC---C--A-A------------T------------ACTGTTACAATTAATCTACAT--GCC----ATATACATCAAGTG-AGTCAAC---ATTAA-C---ACCTA-------------------T-AGTCAAAAATAAATCAT-----------------TA---CTCGGTGGTCTGTGCACACTTGGGTCAGTAAT------T------TAT------TTC--A------CCCAAGCCATAAGAATGTTT------TAA--GTATTTAGCATAATGCCTGTCGATAAAATTCGCA----A-A---GACCTCG----ATC--------AGGAC
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gi|30 : tacctgtatttaatttcattggggaaaattttgtttcggttttttttatgaagacaattttatgtggattaattttcattgtttgagatcactaaaaaaaattgcaaatttatgcactcccgtaccaagtatatatcatactgcttataaatctgcaatcttgcgtgctccaatactgttacaattaatctacatgccatatacatcaagtgagtcaacattaacacctatagtcaaaaataaatcattactcggtggtctgtgcacacttgggtcagtaatttatttcacccaagccataagaatgttttaagtatttagcataatgcctgtcgataaaattcgcaaagacctcgTAAACATATTTA------ATT-T--TT-GGGA----------A------A----AACTAT------C--ATT---G-------TTTTTGT-A-GC-G-AACAG-GATTTCAT-------AT-G---ATA-AATT---TT---TTTTTT-----G--AAATC-AC-
gi|31 : actaaCTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGGGGAAAA----A------A----T-----------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-GA-G-A-CAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATC-Aat
gi|32 : CTGTAAACGTATTTA------ATT-TCGTT-GGGGGGAAAA----A------A----T-----------C--GTT---G-------TTTTTGT-A-A--G-AACAC-GATTTCGT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATC-
gi|34 : T---TTCG-TTGTTT-----G--AGATC-AC-TTATAA---AAT---AAAAA--GCAC-----A-----TATTATCCA-T-----ACGCG--TAC-A-A-TA
gi|4 : --AAAA-----A-----TG-CAT--A-G-----AGGTAT-TAC-A-AATATGGATACCAAG-TA---TAAA--AATCGTTGC-TTAT----CTATAGTCCTAGCTTGATT---A--C-A------------TGCATATATATGTACCGTTACGAT------GCACTCGCTCTATACAT-TATCAAGCG-TGTCAACTAAATTAG-C---ACTTA-------------------T-ACCACAACAAA-----T-----------------TATAACCCACTGATCTGTGTTCGCTTTTGTCATTGCA------TATTATATGTATAATATTTGAA------T--------------TATTT------T----GTATTC-------CGTTTGCCGATAAA-----------------GACC-TGTTGAACC--------AGGGTTGATGCCCA------CGCCCTGCTCG-ATGTTCAT------AT----------G-------GTAC----A---TT------------TCCCTATA---TG-CTACAAA---ATA---AC-----TATT---AAATACC------------------AAC-A-AT--ATTTAACA-GCCCA--GCCTTACGAAAGAC------------------C-------ATCAGTAGTATGCAAG--TGA-ACGTACGGTT----A-----ACGGTAAATTGAAATTTATTGTGaat
gi|5 : -TAC-G-AATACGGGTGCCGAG-GA-----AA-TAAT-AT-GC-C---------ACGATCCCAACTTTCTG---A--A-A------------T------------ACCGTTACAAT------ACACTCGCC---TATGT-TG---AACG-TTTCAACTAAATGAA-C---ACATA-------------------C-A---------------TGTACCTCAATAAATAAATA---CTCGATGTTTTGAGTTCGCCTGTGTCATCAAA------A------TAC------TT---A------C---------------ATTT------T----GTATTC-------CGTTTATTGATAAAATTAGCA----A-C---TACC-CGTAGAACC--------A------------A------CGCCCTGTTCG-AAGTTCATA-----------------G-------GCAC----G---TT------------TCCT--TAATCTA-CTACAAA---ATAGGTAG-----TA-T---AT--ACC------------------AAC-T-AT--ATTTAATACATCTA--GTTGTACAAATATG------------------C-------GT-------------G--TGA-CCGTATGATT----A-----ACGGTAAATTGGAATGCATTGTG
gi|6 : TTCCGT-------TTAG---ATC-AGTT---CT------TTT-----G------C-AC---A-AT---AATTACAAAAACTAAAA-----A-----TA-TAT--A-TT----ATAC-----C-----TACGCATACTAAT-TG---TAAA-CAAT-GTTGC-TTAT----CTGCTATCCTGACTTGCCG---A--A-A------------T------------GCTGTTACTAT------ACACTCGTCATTTCTA--TATCAACAG-TG-CAAATGCA--AA-CGCAACCAA-------------------TCA---------------T-----------------TC---CTCGGTGATCTTTGTACGCTTGGGCAATTAAA------T------TGT------TTT--ACCTAAGC--------------CATAG------A----GTGTTT-------TGTATGTTGATAGAATTCGTA----A-A---AACG-TGTAGAAAG--------ATGGCTGATGCCCA------GGCCCTGTTCG-ATGTCTAT
gi|7 : tAAGTG-TGTCAACT---TTAA-C---ATTT--------------------T-A---------------T-----------------TA---CTCGTCTATCTGTATTCGCTTGTGTCATTAAA------A------TAT------GTGA-A------C--------------TATTT------G----GTATTG-------TCTTTGTCAATAACTATCGCA----A-A---TACA-CGCA-AATA--------TGGGCTGAT-CCCA------CA--CTGCTCA-ATGTGCAT------AG----------G-------ACAC----A---TT------------GTCT--TAATCTG-CAACAAA---GTA---AC-----TG-TTGCAT--ACA------------------AAC-A-AT--ATCTAACA-ACCCAT-GGCGTACAAAATAATATCAGGCATCTC-----C-------GT-------------G--TGG-CCGTATGATT----ATATTTAGGATAAACTGAAAACTATTGTGggaacacatcaggac
gi|8 : ATGTA------ATT-TCATT-GGGGGGGGGGGGGTA------A----TT-------------------G-------TTTATGG-A--C-G-AACAC-GATT-CTT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-T-GTTT-----G--AGATT-GC-TTA-AA---AAT---AATTA--AAAC-----A-----CG-CA---G-T-----AT--AT-TAT-GCG-TACGGGTACCAAA-TA------------------------------CAATCCTAACTTGCTT---A--C-A------------C------------GCCGTTAC--T------ACACTTGCC---TA-------CAAACACTATCACCTAT-TCCA-C---AAT---------------------C-A---------------T-----------------TC---CTCGGTGATCCGTGTACCCCTGGGTCATTAGA------T------TGC------TTT--A------
gi|9 : gtatttacCGTATTTACATGTAATT-TCATT-GGGGGGGGGGGGGTA------A----TT-------------------G-------TTTATGG-A--C-G-AACAC-GATTTCTT-------GTGG---ATT-AATT---TTCG-TTGTTT-----G--AGATT-GC-TTA-AA---AAT---AATTA--AAAC-----A-----CG-CA---G-T-----AT--AT-TAT-GCG-TACGGGTACCAAA-TA------------------------------CAATCCTAACTTGCTT---A--C-A------------C------------GCCGTTAC--T------ACACTTGCC---TA-------CAAACACTATCACCTAT-TCCA-C---AAT---------------------C-A---------------T-----------------TC---CTCGGTGATCCGTGTACCCCTGGGTCATTAGA------T------TGC------TTT--A------cccaagccatcagaatgtaatattagagtattt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGCAATGTTGTATCAAATGCATGTATACATGCATGTACATGTATCGGTGTCAGTTCCAATTGCTCCTAATCTACAAGCTACATGATGACCCGGCATGATGATCCCTATTCAAATCAATCATGATCGGTAGTCTATGCACA
Unaligned ( gi|33 ): TAGACGTATTCAATTTCGATGGGGGGGGGGGGGGCGTTTAGTAAAAACAATTTTGTGTGGATGATTTT