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gi|5                          :      AATT-TTA-T-AGAAATCTC-------TATGTC--TG-AATTTC--ATACA--TTCTTTT-CTT----TTCC-T-A------TTC--T-TAGAACTCTCATTTTGT-------------------G-AATTTTAT-AG-TGAA-GCT--AT--G-C-AT-A---CT--CAT-TTTC--AA-TTTGGGATTTATTCCT-AA--G--------AAAGGT-GAGATATT-T--TAAG---TGTTA--T---GC-CATT--T----GAAAATTTA-T--CA----A-A-TATAC---AAA-TACT-TTGTCAGGATTAGACTCAGCA-ACAGCCT-GC--AT-C---TT---CTTTGT---T-ATG-CTAGA-ATTGT-TAAGTCAGCATACATTTTGG-------TA--CA-----------AA-A----------------CA-----C-AAGAG--TTGCAC---------------T--TAAGTGCATC--ACA-C--AATGACAT-----TTAGTT-TAG-TTTGTTGTATC-CATAGC---AATT---ATGC-AAA-T-GA-CTTT-GG-CAT-GGATCCTAGGC---A-----TTTCAG--TT--CGCT--GGA-AA-TGCCAACAG-TTTTTAT--GATCCCTTC-AAACA----A--AA--TTG---TGTAAACACGT-GAA-AAGCAA-----CC-TCA-GAC-----AAT-ACTTTT-TACTGG
gi|1                          :      AATT-TTACTAAGAAATGTGAA-GGAATATGTT-----CATTTC--ATGCATATCCTTTT-ATTTG--GC-C-TAA------TCCTAA-TAA-----------TG--------------------C-AAT-T--TTAA-TGAA-GTTT-GCTGG-CTAT-G---C-----T-TTTCAAA--TTTTGGAT---TTTCGAAA--G---TATTAAAAAATGGACATATTAA--TAG----TGTTA--T---GC-CATT--T----GAAAATTTGGT--CA----ATAT--TACT--ATATT-TT-TGGTCAGGATC--AC---AT--CCAGTTT-GCA-A--C---TT---CTTTGC---T-A-G-CTA-ACA-TGT-CGAGCC----T-----CCGGATG-A-ATTGCTA--G-CATAACAAC-G----------------CA-----C-AAGAG--TTGggcatatacccccctcccccccaaaaaatgaattgtaggtccaaacacaaacacatgatgcattatacaatcaactcattctcattaaggccatgtggtactttttgtatgattatacaataagagtataatacatgtaagatttcttgaaacatgcagccgttgatactggaaagaagtgacagtctaggtgcaagcccttttcctaataataagatcaccggattagttgtacctccgccttttttctgacaaatacagaaaaatttttttatcttaaaacttaacccccccccccgcatttagggaattcgttgtcgatattcttttaattcctttcttatttctatagtttgtctgcaaaaattttgtacatctgcaaccctctgaaataaagatactatgagttcggagatatatttatcactttacattcgttatttatcgattatgatcgtacttacctactttactttgtattcaccgcttccttaagggttaggcctacttagcatcgatagggaatccaaatcaactatgaggcagggttttccggtcttgtgtgtacatccgattgcaaaacaatgcacaaaattatgtattggaaccgattcaacgttgtgatagtacaagttccatacgttgatgtacccggaagtagtaaaagcgaaagtgaaaactaaacgagacttacag
gi|3                          :   aagAATT-TTA-T-AGAAATGTGCT-GGA-CATGT--TCA--ATTTCTGA-AT---TTCTTT--ATT-----CGCCT-A------TCC----TAGGATTCTGCTTTTGA-------------------CCAATTTTAT-AT-TGAA-G-TT-GT--G-C-AT-G---CT--CTT-TTTC--A--ATTTGGGATTATTCAT-AA--G--------AAAGATGG--ATCTT-A--AAAG---TGT----T---ATGCATT--T----GAAAA-TTTGT--CA----A-AT-GTACT--AAAT-ACA-TTGTCAGGATC--A----GCAACCAGCTT-GCCAA--C---TT---CATTG----T-TTG-CTACA-ATT-T-CAA---AGG-------TCAGTTG-A-ATT--CA--GGCAT----AC-ATTTTGGCTGCAAA---CAAAGAGC-AAGAG--CTGCACT------T------------AGTGCATC--ACA-C--AATGA------A-TTAGTT-CAT-TTTGTT-TATC-CATTGC--AAATT---CTTC-AAA-T-GA-CTTT-GG-TAT-GGGATCTAGGC---A-----TTTCAGT-TT--GGCT--GGACA--TTCCAACAGTTTTTCAT--GATCCCTTCAAA--C----A--AA----ATTTTATAAA-ATGT-GAA-AAGTAA-----CT-ACA-GACGATTTAAT-G---TT-TATAGGtcagacccatactaaaattaagtcgacgaagcacataaactgaacattaagcttaaatctggatagtcacctaacaatcatattgataggttcttataatatccatcgtaaattcgcattcaaatgactttggcatggaatataggcaatccctttcgttttggctgtgcacatcactcaagtttcatgatcttcaataaactgatctaacaaataattcaacaagattaggagagatttcccacttatgtatataagggaaataacatttttacgggccgcatataccccaccacgtcaccaaccccacccccaaattaattgaacacaggataagttataaacaataatcattctcatcaaggcctatgtgagactttttatacaacttatttatagtatcttatacaaatactcacacagttaagagtctttgaaacatgtagcagttttactagcaagagtgacagtctagggcgcaagcccccccccccccccagcacccttcctaataataagatcaaccggattagttgttaacgcccgcctttattatctgaacaaatgaatacagatcaatacaaacctgtgattatataattaaaaccttaaccttccccgtatacggcaccgcctcatttaaggggaaattctcccgaattgtcgatattctttttctaaatttcttcttaattctatagtttatcattgtctcaaattttggtattcaagtgtgccccttgaaatatagtagaatactgaattagtttcgagtcaatatctactaattacattcgttatttatcgattatgatcgtactttacgtatcaatacttgtaaattgcagcggcatgcttttctcgtaagggttaaagggctatactgtgcatcgattggatcccaaatcacactatgaggcacgggtttttcccgtcttgtgtgtacattccgattgcgaaaacaatgcaacaaaattaatgtattggacgagtcaacacccgtgtatcgtagtaagcacagaaggaatatgctctccatacaacgttcgcaatgtacacggaagctaagtaaagcgaaagtaaatctcaaacaacagacttaca
gi|6                          : gacagtaaaagTA-T-AGAAAT-TGCT-GGAATATGTCA--A-TGTCTG--A-AT---TTTCTTT-ATTT---GC-C-T-AAGGACTTCT--GCTTC-----------TGT-------------------C-AATTTTAT--A-TGAA-G-TT-GT--G-C-ATTG---CT--TTT-T--C--A--ATTGGGATTTATTCTGTAA--G-------AAACAGTGGGG-TATT----TAA-----GTGATAT---GC-CATT--T----GAAA--TT-TT--CA----A-ATTATA------AT-ACG-TTGTCAGGATC--A----GCA-C-AG-TTTGC--AA-C---TT---CTTTG----TTATG-CTACA-ATTGTGCAAGTCAG--------T----TG-A-ATT--CA--G-CAT----AC-ATTTTGGTGGCAAAACACA-----C-AAGAG--CTGCACT------T-----------AAGTGCAT---ACA-C--AAT---AT---A-TTTGTT-CAC-TTTGTTGTATC-CATGGC--AAATT----TTC-AAA-T-GA------GG-CAT--GATCCTAGGC---A------TTCAG--TT--GGCT--GGACAC-T--CAACAT-TTTTCAT--GATCCCTTCAAA--C----A--GA----ATTTTAT-AACATGT-GAACAAGTAA-----CC-ACA-GAC-----AAA-A---TA-TACaaatatatacacgcccccccccaaaaaaaaatcaattgtcgctccaaaaattaacaccggataagttatacaatcaactattctcatcaaggcatgtgaggatttttatattatacaaaaaactataatactgtaagagttcttgaaacatggcagcagtttatactgcaagatagtgacagtcaggagcaagccacccccccccttctttcctctctcatctctctctcctctctagcatttttcttcatgatagaagataatcaataaaaaaaatcacctggatcagttttattgtacctcgccttttttacgacagaactgggattaatagcacaaaaaacacctatttaaatctggacacacgcacacagcctcaggaaattcgtatcaatattcttttattttttttcatatttctatagtttgttgggcaaaaaaatttatgtacaagtctgctaattaacgccttgacaataacgatactatatttcgggtatatatctagctgtatattacattcgtccaattgacatcattcgattatgatttgtacttacctacttaaaagctgtctctcagggtacttagcatcgatagggaatgccaaataattataaggtagaggttttcctaagtattgttgtacatcccatcgaaaacaatgcacaaaaattatcgtatgggacagattaatacatatctggtctgtatatgttccaatcacgattaattgtacccagaagtattaaagcgaaagtgaactaaacgagactac
gi|7                          :                    AATGTGAACGGAATATGTC--TATCATTTC--ATGCA--TTCTTTT-ATTT---GC-C-T-A------TCCTAA-TAGGAAC-------TGATCTGCTTCTG---------C-AATTTTAT-AA-TGAA-G-TT-GT--G-CCAT-G---CT--CTTCTTTC--AATTTTTGGATTTAATTCG-AAAAG---TATTAAAGAGTGGGAATATA-T--TAAC---TGT----TTATGC--ATTGAT----AAAA--TTTGTGTCA----A-ATAACACT--AAAAT-CT-TTGTCAGGATT--A----G-A-CCAA-GT-GC--AAAC---TT---CTTTGC---T-ATG-CTACA--TTGT-CGAGTC------------GGATG-A-ATT--CA--G-CAT----ACCA----------------CA-----C-AAGAG--TTGCACT------TATAATTATAATAAGT-CATC--ACATC--AATGACATTAAA-TTAGGT-GAC-TTTGTTGTATC-CATCGTAAAAATT---CTTCAAAA-TGGA-CTTT-GG-CAT-GGATCCTA-GC---A------TTCAG--TT--GGCT--GGACAC-TCCccccctctccaaaaaattgtagctccaaaaactaacaccatcaactcattctgatcaaggccatgtgagactttttattatacaataaaactataatacatgtaagacttcttgaaaaacatgcagcagtttatactagcaagaagtggcagtctaggtgcagctccccctctctctctctctctagcaaggtgcatttttcttccatatgagaaataataaaaattagatacatggagcagttgtacctc
gi|2                          :                      TGTGAA-GG--TATGTC--TA-CATTTC--ATGCAA-TTCTTTTTATCTTTAGC-C-T-A------TCC----TAC-----------TGAGGGCTCATCTGGCTATTGCC-AATTTTATAAACTGAATGTTTTGT--GGC-AT-GGTGCTAATTT-TTCA--A--TTTTGGATTTAGTTCG-AA--AAGATATTAAAGAGTGG--ATAGT-AGTTAAGTGTTAT----T---GC-CATT--TTGGAAAAA--TTGTT--CACAACA-GTTATACTGAAAAATACTATCGTCAGGATC--A----GCA-CCAGCTT-GC--AAAC---TTCTATTTCGC---T-ATGACTACA-ATTGT-CGAA-----------GTCGGATG-ACATT--CAAAG-TAT----AA-A----------------CA-----C-AAAGAGTCTGCACT------TA-----AT--TAAGTGCATCCAACA-CAAAATGACATTAAACTTAGGT-CAC-TTTGTTGTATCGCATCGT--AAATT---CTTC-AAATT-GATCTTTGGG-CATCGGATCCTAGGCAAAA-----TTTCAG--TG--GGCTGCGGACAC-TC----CAA-GTTTCATCCGATCCCTTC-AA--TAGAAA--AA--TTTTTTCATAAACATGTAGAA-GAATAC-----CC-ACAGTAC-----AAT-A---TTGTACAGGacgttcccctgggcgcggcgcatggattaataggtcttcaataaaataattttatgagagtagagagcatgggtgagaggagataccacgccacatacacaaatagtttacgatgagcatatcaccaca
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggcatggatcctagacatttcagttggtttgactctccaacagttttcatgatcccttcaaacaaaattttataaacatatgaaaagtaaccacagacagtaatgtctataggagtatgcacacccaCCCCCC-------CA------AAA-T------TC--AA-------T-TGCTAGCCCC------AAAAAT---TAAT---A-ACAGAATAA---GTTT--ATA--CA-ATCAGAACT--CATTTT-AGT-CATTTCTAGGCCGCCAATGTGAGAAACT---TTTTATATA-CG-----AT-CGAT--AG--TACAA-TA------A--A-AA-CGATGT--AAGAG-GGTCTTCTTG--AAAAACAGTG-TAGCAGTTATATACTAAGC-AAGAA----GTGGCAGTCTAGGCG--CAACCGCCCCCCCCCCCCCTTAACTT---------------CCAC-CACCCAGCA----------CCCGTTCC-T----------AAATATAAAGATATAAATAAAAAGTT--------A------AAAT-TA-CC--GGATTACGTT-----GT--ACCTCTGCCTTT-TT-CCT---GACAGAACCCTGAAGGAGTCAA--------TGGCAGAC----A--------------A----------A-AATAA--TGT-T---ATC------TTAAA--CTTTTACCC-CCCCC----------------C----CT----TT-A---GGGAAATT------GATTTGATCACA-T--ATTCTTTT----AAAAATTCCTTTC--TTATAT------TTAT-AGTTTTGGTCG-CACACAAA--A--TTT-TTTG----TAACA--TACTAGC--A--AAAC-CTTCTC-GA-AACTATGAGTTCGGAAG----AAACT--ATTGAGTTCGGAG-ATATAT-T--ATC---AC----TTACATTCGTGT-ATTTA----------AAATCGA----T---TATGATCCGGTAC-TTACGCTA--CTT-TCA-CCTAATTGC--ATT-CACCCG------CGT-TCCT--TAAGG------------------------------AAT-CCAAATCA-ACTATGA-GCAGGG-GGTTATACCCC-GGCTGTGTGTGTACA-TCCGCATTGA-AGAACAATGC-AACC-AAGAATT--AT-GCTATTGTTAAACCG-TTCA-A----CGGT-TATTGATTAG-GTAT-TA-AG-------------TCCAAA--T---ACG-TTGA-GA-TGTTACCCGGAAGA--GGTA---A-AAGCGAAAGGTG-A-----AAACG--AGGACTTACAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcagcagttatactagcaaaatatggcagtctaggtgcacccccc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgtgaaggtatgtctacatttcatgcaattctttttatctttagcctatcctactgagggctcatctggctattgccaattttataaactgaatgttttgtggcatggtgctaatttttcaattttggatttagttcgaaaagatattaaagagtggatagtagttaagtgttattgccattttggaaaaattgttcacaacagttatactgaaaaatactatcgtcaggatcagcaccagcttgcaaacttctatttcgctatgactacaattgtcgaagtcggatgacattcaaagtataaacacaaagagtctgcacttaattaagtgcatccaacacaaaatgacattaaacttaggtcactttgttgtatcgcatcgtaaattcttcaaattgatctttgggcatcggatcctaggcaaaatttcagtgggctgcggacactccaagtttcatccgatcccttcaatagaaaaattttttcataaacatgtagaagaatacccacagtacaatattgtacaggcgagcatagtacccacacccaccccca-TG-CAGCAGTT--ATACTA-GC-A-AAATAT-G--GCAGTCTAG----------GTGCACCCCCC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ggcatggatcctagacatttcagttggtttgactctccaacagttttcatgatcccttcaaacaaaattttataaacatatgaaaagtaaccacagacagtaatgtctataggagtatgcacacccacccccccccaaaaaaaaatcttcattgtagctcaaaaaaaaaatagcacaggataagctatacaatcaactcattctcatcaatgccatatgcgactttttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T----------AA---------------AAA-----T--------T------AGAT-CA-CT--GGATCA-GTT-----GT--AACTCCGC-TTT-TT-TCT---GA-------------------------------CAGAA----GGGGGTTACATGGCCA----------A-AAAAA---GT-T---ATT------TAAAA--CTTA-ACCCACCCCC----------------C----AT----TTTA---GAAAATTC------G--CAG-TCT-T-TCAATTCTTTT----AA---TTTTTTT-------TC------T-AT-AGT-TTGTCTG-CA---AAAGTA--TTT-T--A-------CA--T-CT-GC--T--AA-C-C--CTCTGA-AA-TA---------ACG----ATACT--AC-GATTTTGGAG-ATATAT-TT-GTC---AC-T--TTACATTTGT---ATTCATCCGATTTTGACATCATTCATTGAGTATGATT--GTAC-TTAC-CTATACTTAT-AACT---TTGC--ATT-CA-TCG------C-T-TCCT--TTAGGGTTA---CA-------TAGCATCGATAGGGACT-CCAAATCA-ACTATGAGGTA--G-G-TTTT--CCA-AGTCTTGTGTGTACA-TCAA-TTTGC-AAAACAACGC-A--C-AA-AATT--AC-G-TATAG--GGACCGATTCA-A----C-AT-TT-TGAT--A-GTA--TA-TG------------TTTC--A--T---ACG-TT---GA-TG-TACCCGGAAGT--AGTATTTATAAGCGAAA-
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agggcatttttcttccatgtatactcgtagatataaCCC----------------C----AC----TT-T---GAAAATTT------A--T-A-TTG-AAT--ATTCTTTT----AA---TGA-TTTCATTTATT--------TAG-T---TTTTCTG-CC---AAC--A--TTT-T----------------CT-GC--T--CG-C-T--ATCTGA-AG-TA---------GCA----ATACT--AC-GAGAT-CGAT-ATGCAA-TGAATT---ACAT--GTATGTTCA----ATTT----------GAAAT---------------------TAT-TCAC-CTA--TTA-T-A-AT---T-GT--ATC-TA-ACG------C-A-TCCT--T--------------T-T-CCTAGCATCGATAGGAAAT-CCAAA-AA-ACTATGAGGCA--G-GGTTTT--CCC-AGTCTTGTGTGTGCA-TCCA-ATTGC-AAAACAATGC-A--C-AA-ATCTAAAT-A-CATTG--GGGCTGATTAA-T----T-AT-CA-TGAC--A-GTA--TA-CG------------TTCC--G--T---ACG-TT---GT-TT-TACTCTGAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cccgctaTTC------T-AT-AGT-TTGTCTG-C-----AA--T--TTT-T--T----T--TAT-T-CT-GC--T--AA-C-G--CTCTGA-AA-TA---------A
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GAATTAACATGGAAGAGTAAAAAGACGAATATGCCTTCAGCATTTCTAAACAATTGCAGCGGTCCAAAAACTACTTCCATCGACTGTAGTATTTTGAACGATCATTTGAGAATTTTATTTTGTATTCTCAATCTACCGTATAAACTATAATTGTA
Unaligned ( gi|14 ): AATCTGTATAGACAGACGGACAAGCAGACAGTGATTCCTATATATACCCCCCTCCCCACAAAAAAAAATTGTGGGAAATACAACTACAGAATTGATGCTTAAACTGATTCACTTTTTTAAAACGATCAAAACATATGACTATCTAATAAGA






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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tcagcttgcattctggtgcaaaAT--AT-------AC---CCCCCCCCCCCCCTC--C------AA------ATTTACAA-------T-TG-TAGCT----CC-----A-AAAGT----T--AACACAGGATAA---GTTATAAT--ACA-ATCA--ACT--CATTCT-CAT-CA-----AGGCC----AC---GTT-AAG--A--C--TTTATAT-A-TT---A--CACAATA----AAACTATAAT-----G-C-ATGTAATCG----T-CTTGAAA--AA-T-GCAGCTTTT-TATACTG-GCAA-AA-A-GTGGCAGTCTAGG--TA-------AAACCC---CA--CC-CCCTCCC----------------------TTCCACCT-------------CTAGCA----------ccccccccccccctccaaatttacaattgtagctccaaaagttaacacaggataagttataatacaatcaactcattctcatcaaggccacgttaagactttatatattacacaataaaactataatgcatgtaatcgtcttgaaaaatgcagctttttatactggcaaaaagtggcagtctaggtaaaaccccaccccctcccttccacctctagcaagggtatttttcttcaatatatagatataattaaagtta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcagcttgcattctggtgcaaaacaagagctgcacttgagtgcatcacacaatggcattaatgtcacttttttgtatccattgcaaattcttcatattactttggcatggatcctaggcattccacttggctggacactccaacagttttcatgatctcttcaatcaatttttttttataaacatttgaaaagtacatgtaccaacatacaatgGG-CAT-GGATCCTAGACA-----TTTCAG--TT--GGTTT--GACTC-TCC-AACAG-TTTTCAT--GATCCCTTCAA---ACA--A-A--ATTTTATAAA--C--A----TATGAA-AAGTA-----ACC-ACAGACAGT--AAT-G---TCTATAGGagggtatttttcttcaatatatagatataattaaagtta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ---CCCCCCC-------C--C------AA------A-AAA-AAATCTTCAT-TG-TAGCT----CA--AA-A-AAAA---AAT--AGCACAGGATAA---GCT---AT--ACA-ATCA--ACT--CATTCT-CAT-CA-----ATGCC----AT---A-T-GCG--A--CTTTTTATAagtatgcacacccacccccccccaaaaaaaaatcttcattgtagctcaaaaaaaaaatagcacaggataagctatacaatcaactcattctcatcaatgccatatgcgactttttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcagcagttatactagcaaaatatggcagtctaggtgcacccccc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ggcatggatcctagacatttcagttggtttgactctccaacagttttcatgatcccttcaaacaaaattttataaacatatgaaaagtaaccacagacagtaatgtctataggagtatgcacaccca-T-GCAGCAGTT--ATACTA-GC-A-AA-ATATGGCAGTCTAG------------G---TG---CA--CC-CCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcagcagttatactagcaaaatatggcagtctaggtgcacccccc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggcatggatcctagacatttcagttggtttgactctccaacagttttcatgatcccttcaaacaaaattttataaacatatgaaaagtaaccacagacagtaatgtctataggagtatgcacacccacccccccccaaaaaaaaatcttcattgtagctcaaaaaaaaaatagcacaggataagctatacaatcaactcattctcatcaatgccatatgcgactttttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCC----------------C----A----CTT-T---GAAAATTT------AT---ATTG-AAT--ATTCTTTT----AATGATTTCATT--TATT----TAGTTT--TTC--TG-C--C---AACA--TTT-T-------------CT-GC----TCGCTATCT-GA-AG-TA---------GCAATACT--A-CGAGATC---GATATGC-A-ATG---AA---TTACAT--G--T--ATG--T-TC--------A-A-T---TT--------GAAA-T----TAT-TCAC-CTA--TTA-T-A-A----TTGT--ATC-TA-ACG------C-A-TCCT--T-----TT-------------CCTAGCATCGATAGGAAAT-CCAAA-AA-ACTATGAGGCA--G-GGTTTT--CCC-AGTCTTGTGTGTGCA-TCCA-ATTGC-AAAACAATGC-A--C-AA-ATCTAAAT-A-CATTG--GGGCTGATTAA-T----T-AT-C-ATGAC--A-GT-------------A-TACG--TTCC--G--T---ACG-TT---GT-TT-TACTCTGAA
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -TACCCGGAAGT--AGTG---A-AATCGAAA-GTG-AAACT-AAACG--A-GACTTATAG
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AT--AT-------AC---CCCCCTCT------C--C------AA------A---A-AA-------T-TG-TAGCT----CC--AA-A-AAC------T--AACAC---------------------CA--TCA--ACT--CATTCT-GAT-CA-----AGGCC----AT---G-T-GAG--A--CTTTTTAT------T---A--TACAATA----AAACTATAAT-----A-C-ATGTAAGAC----TTCTTGAAAAACA-T-GCAGCAGTT-TATACTA-GC-AAGA-A-GTGGCAGTCTAGGTGCA-------G---CT---CC--CC-CTCTCTC----------------------TCTC-TCT-------------CTAGCAAGGTGCATTTTTC-TTCCATATGAGA------AA---------------TAA-----T--------AAAAATTAGATAC-AT--GGAGCA-G-----TTGT--ACCTCccccctctccaaaaaattgtagctccaaaaactaacaccatcaactcattctgatcaaggccatgtgagactttttattatacaataaaactataatacatgtaagacttcttgaaaaacatgcagcagtttatactagcaagaagtggcagtctaggtgcagctccccctctctctctctctctagcaaggtgcatttttcttccatatgagaaataataaaaattagatacatggagcagttgtacctc
gi|7                          :                                                                      tatagaaattgctggaatatgtcaatgtctgaattttctttatttgcctaaggacttctgcttctgtcaattttatatgaagttgtgcattgctttttcaattgggatttattctgtaagaaacagtggggtatttaagtgatatgccatttgaaattttcaaattataatacgttgtcaggatcagcacagtttgcaacttctttgttatgctacaattgtgcaagtcagttgaattcagcatacattttggtggcaaaacacacaagagctgcacttaagtgcatacacaatatatttgttcactttgttgtatccatggcaaattttcaaatgaggcatgatcctaggcattcagttggctggacactcaacatttttcatgatcccttcaaacagaattttataacatgtgaacaagtaaccacagacaaaAATGTGAACGGAATATGTC--TATCATTTCATGC--A-TTCT-TTT-ATTT---GC-CT-ATCC-T-AATAG----------GA--A--------CT---------GATCTGCTTCTGC-AATTTTAT-AA--TGAA-GTT--GT--G-CCAT-GCT-CT---TCTTTC--AATTTTTGGATTTAATTCG-AAAAG---TATTAAAGAGTGGGAATATAT--TAACTG-TTTAT-GC-ATT----GATAAAA-TTTGTGTCA----AATAA-CACT--AAAAT-CT-TTGTCAGGATTA------G-A-CCAAG--TGC-AAACTTCT---TTGC---TATG-CT-ACA--TTG-T-CGA--GTC-----------GGATG-A-ATT--CA--G-CAT----ACCA----------------CA-----CAA-GAG-TTG---------CACT-T------ATAATTATAATAAGT-----CATC--ACATCAA--TG-ACATTAAA-TTA---------GGT-GAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATCGTAAAAATTC---TTCAAAATGGA-CTTTGG-CAT-GGATCCTA-GCA------TTCAG--TT--GGCTG--GACAC-TCC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---T----------AA---------------AAA-----T--------TA------GAT-C-ACT-GGATCA-G-----TTGT--AACTCCGC-TTT-TT-TC--------TG-------------------A-------CAGAA----GGGGGTTACATGGCCA-AAAAAA--G-TT---AT-------TTAAAA-CTTAACCCACCCCC----------------C----A----TTTTA---GAAAATTC------GCA--GTCT-T-TCAATTCTTTT----AAT---TTTTTT-----TCT-ATAGTTT--GTC--TG-C--A---AAAG--TAT-T-TT-A--CA--T-CT-GC----TAACCCTCT-GA-AA-TA---------ACGATACT--A-CGATTTTGGAGATATAT-TTGTC---ACT--TTACATTTGT----ATT--CATCCGATTTTGACA-TCA-TTCATTGAGTATGA-TT--GTAC-TTAC-CTATACTTAT-AACT---TTGC--ATT-CA-TCG------C-T-TCCT--TTAGGGTTA------------CATAGCATCGATAGGGACT-CCAAATCA-ACTATGAGGTA--G-G-TTTT--CCA-AGTCTTGTGTGTACA-TCAA-TTTGC-AAAACAACGC-A--C-AA-AATT--AC-G-TATAG--GGACCGATTCA-A----C-AT-T-TTGAT--A-GT-------------A-TATG--TTTC--A--T---ACG-TT---GA-TG-TACCCGGAAGT--AGTATTTATAAGCGAAA-acgttcccctgggcgcggcgcatggattaataggtcttcaataaaataattttatgagagtagagagcatgggtgagaggagataccacgccacatacacaaatagtttacgatgagcatatcaccaca
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acgcgtctgatgcaAAT-G----TTGGTCAC-GGAT--TAGGCA-----TTTCAC--TCGAGACTG--GACACGTTCCA--AG--TTTCAT--GAT--CTTCAA---ATAACA-ATTTATTAATAAAACC--AGCAGTGGGAG-GATTG-----AAC-TTTGAT-----AAT-A---TCCTCA-----ATGCAAGGGGTTAGCAACTTAACTCTATTACCATGAGTACG----GCATTAATGACCGGAAC---CCCCCCCTTCGA--C--C------AAATACTTA-ACA-AG-------TGTG-TAGCCCTTACC--AATATAATATTCAATTGAACACAGGATAATGGATTA--AC--ACACATCA--ATTGACATTCTATATCCA-----AGGCC----ATCTAG-T-GAGTAA--C-TTTAATAT-ACttggtggagtggagtcacagaaatctttacgacaattgcatctccgttaggccaatgttggtcacggattaggcatttcactcgagactggacacgttccaagtttcatgatcttcaaataacaatttattaataaaaccagcagtgggaggattgaactttgataatatcctcaatgcaaggggttagcaacttaactctattaccatgagtacggcattaatgaccggaaccccccccttcgaccaaatacttaacaagtgtgtagcccttaccaatataatattcaattgaacacaggataatggattaacacacatcaattgacattctatatccaaggccatctagtgagtaactttaatatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|14 ): AATCTGTATAGACAGACGGACAAGCAGACAGTGATTCCTATATATACCCCCCTCCCCACAAAAAAAAATTGTGGGAAATACAACTACAGAATTGATGCTTAAACTGATTCACTTTTTTAAAACGATCAAAACATATGACTATCTAATAAGA






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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tcagcttgcattctggtgcaaaAT--AT-------ACCCCC---CCC-----C--CCCCCTCCAA------AT-----TTACA------AT-TG-TAGCT----CC--AAAAG--T------T--AACACAGGATAA---GTTATAAT--ACA-ATCA--ACT--CATTCT-CAT-CA-----AGGCC----AC---GTT-AAG--A--C--TTTATAT-A-TT---A--CACAATA----AAAC-TATA---ATG-C-ATGTAATCG-----TCTTGAAA--AA-TG-CAGCTTTT-TATACTG-GCAAAA-AGTGGCAGTCTAG--GTA-------AAACCC---CA--CC-CCCTCCC----------------------TTCCACCT-------------CTAGCA----------ccccccccccccctccaaatttacaattgtagctccaaaagttaacacaggataagttataatacaatcaactcattctcatcaaggccacgttaagactttatatattacacaataaaactataatgcatgtaatcgtcttgaaaaatgcagctttttatactggcaaaaagtggcagtctaggtaaaaccccaccccctcccttccacctctagcaagggtatttttcttcaatatatagatataattaaagtta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tcagcttgcattctggtgcaaaacaagagctgcacttgagtgcatcacacaatggcattaatgtcacttttttgtatccattgcaaattcttcatattactttggcatggatcctaggcattccacttggctggacactccaacagttttcatgatctcttcaatcaatttttttttataaacatttgaaaagtacatgtaccaacatacaatgGG-CAT-GGATCCTAGACA-----TTTCAG--TT-GG--TTT--GACTC-TCC-AACAGTTTT-CAT--GATCCCTTCAA---ACAA--A--ATTTTATAAA-----C--A-TATGAA-AAGTA-----ACC-ACAGACAGTAAT-GTCTATAGGAagggtatttttcttcaatatatagatataattaaagtta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -------ACCCCC---CCC-----C--A-------AA------AA-----A-A-AATCTTCAT-TG-TAGCT----CA--AAAAAAA-----AAT--AGCACAGGATAA---GCT---AT--ACA-ATCA--ACT--CATTCT-CAT-CA-----ATGCC----AT---A-T-GCG--A--CTTTTTATAgtatgcacacccacccccccccaaaaaaaaatcttcattgtagctcaaaaaaaaaatagcacaggataagctatacaatcaactcattctcatcaatgccatatgcgactttttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcagcagttatactagcaaaatatggcagtctaggtgcacccccc
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TACCCGGAAGT--AGTG---A-AATCGAAA-GTG-AAACT-AAACG--A-GACTTATAG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGTGAA-GG--TATGTC--TA-CATTTCATGCAAT--TCT-TTTTATCTTTAG-C-CTA-TCC-T-ACTGAGGGCTCATCTGGCTA--------TT---------GC----------CAATTTTAT-AAACTGAATGTTTTGT--GGC-AT-GGTGCTAATT-TTTC-AATTTT-GGATTTAGTTCG-AA--AAGATATTAAAGAGTGG--A-TAGTAGTTAAGTGTT-ATTGCCATTTTGGAA--AAA-TTGTT--CACAACAGTTA-TACTGAAAAATACTATCGTCAGGATCA------GCA-CCA-GCTTGC-AAACTTCTATTTCGC---TATGACT-ACA-ATTG-T-CGA-----AG-------TCGGATG-ACATT--CAAAG-TAT----------------AA-A-------------CA-----CAAAGAGTCTG---------CACT-T------A-----AT--TAAGT----GCATCCAACA-CAAAATG-ACATTAAACTTA---------GGT-CAC-TT--------TGTTG--------------TATCGCATCGT--AAATTC---TTC-AAATTGATCTTTGGGCATCGGATCCTAGGCAAAA--TTTCAG--TG-GG--CTGCGGACAC-TCCAAG----TTT-CATCCGATCCCTTCAATAGAAAA--ATTTTTTCATAAA-----C--A-TGT-AG-AAG--------------------AAT-ACCCACAGTACAATATTG-----TACAGGCG--AGCATAGTACC--CA----------CAC--CC-------ACCCCCACCCCC-----C--C-------AA------AA-----TTC-A------AT-TGCTAGCC----CC--AAAAAT-T----AAT--AACA--GAATAA---GTTT--AT--ACA-ATCAGAACT--CATTTT-AGT-CATTTCTAGGCCGCCAAT---G-T-GAG--AAACTTTTTATAT-ACG----A--T-CGATA----GTAC-AATA---AAAACGATGTAAGAGGGTCTTCTTGAAAAACAGTG-TAGCAGTTATATACTAAGCAAGA-AGTGGCAGTCTAG--GC--------G---CA----A--CCGCCCCCCC----------------------CCCC-CCTTAACTTCCACCACCCAGCA----------CCCGTTCC-T----------AAATATAAAGATATAAATAAAAAGTT--------A------AAATT-AC-C-GGATTACGTT-----GT--ACCTCTGCCTTT-TT-CC--------TGACAGAACCCTGAAGGAGTCA---ATGGCAGAC----AA-------------A-AATAAT--GT-T---ATC------TTAAAC-TTTTACCC-CCCCC----------------C----CT----TT-AG--GGAAATTG------ATTTGATCACA-T--ATTCTTTTAAA-AATTCCTTTC--TTATATTTATAGTTTTGGTC---G-CACACAAAATTTTT-T-GTAA--CA--TACTAGCAAAAC-----CTTCT------------CGAAACT--ATGAGTTCGGAAGAAACTATTGAGTTCGGAGATATAT-T-ATC---AC---TTACATTCGTGT--ATT--TA--AAA-TCGATT-----------------ATGATCCGGTAC-TTACGCTA--CTT-TCA-CCTAATTGC--ATT-CACCCG------CGT-TCCT--TAA---------------------------------GGAAT-CCAAATCA-ACTATGA-GCAGGG-GGTTATACCCC-GGCTGTGTGTGTACA-TCCGCATTGA-AGAACAATGC-AACC-AAGAATT--AT-GCTATTGTTAAACCG-TTCA-A----CGGT-TATTGATTAG-GT-------------ATTAAG---TCCAAA--T---ACG-TTGA-GA-TGTTACCCGGAAGA--GGTA---A-AAGCGAAAGGTG-A-----AAACG--AGGACTTACAGac
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AT--AT-------ACCCCC---CTCT----C--C-------AA------A--------A-A------AT-TG-TAGCT----CC--AAAAAC--------T--AACAC---------------------CA--TCA--ACT--CATTCT-GAT-CA-----AGGCC----AT---G-T-GAG--A--CTTTTTAT------T---A--TACAATA----AAAC-TATA---ATA-C-ATGTAAGAC----TTCTTGAAAAACA-TG-CAGCAGTT-TATACTA-GCAAGA-AGTGGCAGTCTAGGTGCA-------G---CT---CC--CC-CTCTCTC----------------------TCTC-TCT-------------CTAGCAAGGTGCATTTTTC-TTCCATATGAGA----A---ATAA-----------------T--------AAAAATTAGAT--ACAT-GGAGCA-GTT-----GT--ACCTCccccctctccaaaaaattgtagctccaaaaactaacaccatcaactcattctgatcaaggccatgtgagactttttattatacaataaaactataatacatgtaagacttcttgaaaaacatgcagcagtttatactagcaagaagtggcagtctaggtgcagctccccctctctctctctctctagcaaggtgcatttttcttccatatgagaaataataaaaattagatacatggagcagttgtacctc
gi|7                          :                                    tatagaaattgctggaatatgtcaatgtctgaattttctttatttgcctaaggacttctgcttctgtcaattttatatgaagttgtgcattgctttttcaattgggatttattctgtaagaaacagtggggtatttaagtgatatgccatttgaaattttcaaattataatacgttgtcaggatcagcacagtttgcaacttctttgttatgctacaattgtgcaagtcagttgaattcagcatacattttggtggcaaaacacacaagagctgcacttaagtgcatacacaatatatttgttcactttgttgtatccatggcaaattttcaaatgaggcatgatcctaggcattcagttggctggacactcaacatttttcatgatcccttcaaacagaattttataacatgtgaacaagtaaccacagacaaaAATGTGAACGGAATATGTC--TATCATTTCATGCA-T--TCT-TTT-ATTT---G-C-CTA-TCC-T-AATAG----------GA--A--------CT---------GATCTGCTTCTGCAATTTTAT-AA--TGAA-GTT--GT--G-CCAT-GCT-CT---TCTTTC-AATTTTTGGATTTAATTCG-AAAAG---TATTAAAGAGTGGG-AATATAT--TAACTGTTTAT-GC-ATT----GATAAAA-TTTGTGTCA----AATAA-CACT--AAAAT-CT-TTGTCAGGATTA------G-A-CCAAG--TGC-AAACTTCT---TTGC---TATG-CT-ACA--TTG-T-CGA--GTC-----------GGATG-A-ATT--CA--G-CAT----------------ACCA-------------CA-----CAA-GAG-TTG---------CACT-T------ATAATTATAATAAGT-----CATC--ACATCAA--TG-ACATTAAA-TTA---------GGT-GAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATCGTAAAAATTC---TTCAAAATGGA-CTTTGG-CAT-GGATCCTA-GCA------TTCAG--TT-GG--CTG--GACAC-TCC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -T----------A---AAAA-----------------T--------T------AGATC-AC-T-GGATCA-GTT-----GT--AACTCCGC-TTT-TT-TC--------TG-------------------A-------CAGAA----GGGGGTTACATGGCCA-AAAAAA--GT-T---AT-------TTAAAA-CTTAACCCACCCCC----------------C----AT----TTTA---GAAAATTC------GCA--GTCT-T-TCAATTCTTTT----AATT--TTTT--TT----CTATAGTTT--GTC--TG-CA---AAAG--TAT-T-TT-A--CA--T-CT-GC-TAAC-----CCTCTGA-AATA----ACGATACT--ACGATTTT-------------------GGAGATATAT-TTGTC---ACT--TTACATTTGT----ATT--CATCCGA-TT--TTGACATCATTCATTGAGTATGATT--GTAC-TTAC-CTATACTTAT-AACT---TTGC--ATT-CA-TCG------C-T-TCCT--TTAGGGTTA-------------CATAGCATCGATAGGGACT-CCAAATCA-ACTATGAGGTA--G-G-TTTT--CCA-AGTCTTGTGTGTACA-TCAA-TTTGC-AAAACAACGC-A--C-AA-AATT--AC-G-TATAG--GGACCGATTCA-A----C-AT-T-TTGAT--A-GT-------------A-TATG--TTTC--A--T---ACG-TT---GA-TG-TACCCGGAAGT--AGTATTTATAAGCGAAA-acgttcccctgggcgcggcgcatggattaataggtcttcaataaaataattttatgagagtagagagcatgggtgagaggagataccacgccacatacacaaatagtttacgatgagcatatcaccaca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agggcatttttcttccatgtatactcgtagatataaC-AA-CTTCT---TTGCCGTTATG-CT-ACA-ATTGGT-CGA--GTC-----------GGATGCA-ACT--CA--G-CAT----------------AC-A-------------CA-----CAAAGAG-TTG---------CACT-TTAAAATA-----AT--TAAGT----GCATC--ACA-TAA--TG--CATTAAATTTA---------GGTCCACATC--------TCTTG--------------T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         acgcgtctgatgcaAAT-G----TTGGTCAC-GGAT--TAGGCA-----TTTCAC--TC-GAGACTG--GACACGTTCCAA--GTTT--CAT--GATC--TTCAA---ATAACAATTTATTAATAAAACCAGC--AGTGGGAG-GATTG-----AAC-TTTGAT---AAT-ATCCTCAATGCAAG-----GGGTTAGCAACTTAACTCTATTACCATGAGTACG----GCATTAATGACCGGAACCCCC---CCCTTCGAC--C-------AAATACTTAA-----C-A-A------GTGTG-TAGCCCTTACC--AATATAATATTCAATTGAACACAGGATAATGGATTA--AC--ACACATCA--ATTGACATTCTATATCCA-----AGGCC----ATCTAG-T-GAGTAA--C-TTTAATAT-ACttggtggagtggagtcacagaaatctttacgacaattgcatctccgttaggccaatgttggtcacggattaggcatttcactcgagactggacacgttccaagtttcatgatcttcaaataacaatttattaataaaaccagcagtgggaggattgaactttgataatatcctcaatgcaaggggttagcaacttaactctattaccatgagtacggcattaatgaccggaaccccccccttcgaccaaatacttaacaagtgtgtagcccttaccaatataatattcaattgaacacaggataatggattaacacacatcaattgacattctatatccaaggccatctagtgagtaactttaatatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GAATTAACATGGAAGAGTAAAAAGACGAATATGCCTTCAGCATTTCTAAACAATTGCAGCGGTCCAAAAACTACTTCCATCGACTGTAGTATTTTGAACGATCATTTGAGAATTTTATTTTGTATTCTCAATCTACCGTATAAACTATAATTGTA
Unaligned ( gi|14 ): AATCTGTATAGACAGACGGACAAGCAGACAGTGATTCCTATATATACCCCCCTCCCCACAAAAAAAAATTGTGGGAAATACAACTACAGAATTGATGCTTAAACTGATTCACTTTTTTAAAACGATCAAAACATATGACTATCTAATAAGA






Alignments
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tcagcttgcattctggtgcaaaAT--AT-------ACCCCC---CCC-----C--C------CCCCTCCAA------ATTTACA------AT-TG-TAGCTC----C--AAAAG--T-------T--AACACAGGATAA---GTTATAAT--ACA-ATCA--ACT--CATTCT-CAT-CA-----AGGCC----AC---GTT-AAG--A--C--TTTATAT-A-TT---A--CACAATA----AAAC-TATA---ATG-C-ATGTAATCG-----TCTTGAAA--AA-T-GCAGCTTTT-TATACTG-GCAAAA-AGTGGCAGTCTAG--GTA-------AAACCC---CA--CC-CCCTCCC----------------------TTCCACCT-------------CTAGCA----------ccccccccccccctccaaatttacaattgtagctccaaaagttaacacaggataagttataatacaatcaactcattctcatcaaggccacgttaagactttatatattacacaataaaactataatgcatgtaatcgtcttgaaaaatgcagctttttatactggcaaaaagtggcagtctaggtaaaaccccaccccctcccttccacctctagcaagggtatttttcttcaatatatagatataattaaagtta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tcagcttgcattctggtgcaaaacaagagctgcacttgagtgcatcacacaatggcattaatgtcacttttttgtatccattgcaaattcttcatattactttggcatggatcctaggcattccacttggctggacactccaacagttttcatgatctcttcaatcaatttttttttataaacatttgaaaagtacatgtaccaacatacaatgGG-CAT-GGATCCTAGACA-----TTTCAG--TTGG--TTT--GACTC-TCC-AACAG-TTTTCAT--GATCCCTTCAA---ACAA--A--ATTTTATAAA-----C--A-TAT-GAA-AAGTA-----ACC-ACAG-ACAGTAAT-GTCTATAGG-Aagggtatttttcttcaatatatagatataattaaagtta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -------ACCCCC---CCC-----C--A------A------AA------AA--A-AATCTTCAT-TG-TAGCTC----A--AAAAAAA--A----AT--AGCACAGGATAA---GCT---AT--ACA-ATCA--ACT--CATTCT-CAT-CA-----ATGCC----AT---A-T-GCG--A--CTTTTTATAgtatgcacacccacccccccccaaaaaaaaatcttcattgtagctcaaaaaaaaaatagcacaggataagctatacaatcaactcattctcatcaatgccatatgcgactttttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcagcagttatactagcaaaatatggcagtctaggtgcacccccc
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TACCCGGAAGT--AGTG---A-AATCGAAA-GTG-AAACT-AAACG--A-GACTTATAG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGTGAA-GG--TATGTC--TA-CATTTCATGC--AATTCT-TTTTATCTTTAGC-CT-ATCC-T-ACTGAGGGCTCATCTGGCTA--------TT---------GC----------CAATTTTAT-AAACTGAATGTTTTGT--GGC-AT-GGTGCTAATT-TTTC-AATTTT-GGATTTAGTTCG-AA--AAGATATTAAAGAGTGG--A-TAGTAGTTAAGTGTT-ATTGCCATTTTGGAA--AAA-TTGTT--CACAACAGTTA-TACTGAAAAATACTATCGTCAGGATCA------GC-ACCA-GCTTG-CAAACTTCTATTTCGC---TATGACT-ACA-ATTG-T-CGA-----AG-------TCGGATG-ACATT--CAAAGTAT----------------AA-A---------CA---------CAAAGAGTCTG---------CACT-T------A-----AT--TAAGT----GCATCCAACA-CAAAATG-ACATTAAACTTA---------GGT-CAC-TT--------TGTTG--------------TATCGCATCGT--AAATTC---TTC-AAATTGATCTTTGGGCATCGGATCCTAGGCAAAA--TTTCAG--TGGG--CTGCGGACAC-TCCAAG-----TTTCATCCGATCCCTTCAATAGAAAA--ATTTTTTCATAAA-----C--A-TGTAGAA-GAATA-----CCC-ACAGTAC---AAT-AT--------------T--G-----TACAGGCG--AGCATAGTACC--------------CAC--ACCC-----ACCCCCACCCCC-----C--C------A------AA------ATT-C-A------AT-TGCTAGCCC----C--AAAAAT-T-A----AT--AACA--GAATAA---GTTT--AT--ACA-ATCAGAACT--CATTTT-AGT-CATTTCTAGGCCGCCAAT---G-T-GAG--AAACTTTTTATAT-ACG----A--T-CGATA----GTAC-AATA---AAAACGATGTAAGAGGGTCTTCTTGAAAAACAGT-GTAGCAGTTATATACTAAGCAAGA-AGTGGCAGTCTAG--GC--------G---CA----A--CCGCCCCCCC----------------------CCCC-CCTTAACTTCCACCACCCAGCA----------CCCGTTCC-T----------AAATATAAAGATATAAATAAAAAGTT--------A------AAATT-AC-C-GGATTACG-----TTGT--ACCTCTGCCTTT-TT-CC--------TGACAGAACCCTGAAGGAGTCA---ATGGCAGAC----AA-------------A-AATAAT--G-TT---ATC------TTAAAC-TTTTACCC-CCCCC----------------C----C----TTT-AG--GGAAATTG------ATTTGATCACA-T--ATTCTTTTAAA-AATTCCTTTCTTATATTTATAGTTTTGGTC---G-C--ACACAAAATTTTT-T-GTAA--CA--TACTAGCA---AAACCTTCT------------CGAAACT--ATGAGTTCGGAAGAAACTATTGAGTTCGGAGATATAT-T-ATC---AC---TTACATTCGTGT--ATT--TA--AAA-TCGATT-----------------ATGA-TCCGGTAC-TTACGCTA--CTT-TCA-CCTAATTGC--ATT-CACCCG------CGT-TCCT--TAA----------------------------------GGAAT-CCAAATCA-ACTATGA-GCAGGG-GGTTATACCCC-GGCTGTGTGTGTACA-TCCGCATTGA-AGAACAATGC-AACC-AAGAATT--AT-GCTATTGTTAAACCG-TTCA-A----CGGT-TATTGATTAG-GT-------------ATTAAG---TCCAAA--T---ACG-TTGA-GA-TGTTACCCGGAAGA--GGTA---A-AAGCGAAAGGTG-A-----AAACG--AGGACTTACAGac
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AT--AT-------ACCCCC---CTCT----C--C------A------AA------A-----A------AT-TG-TAGCTC----C--AAAAAC---------T--AACAC---------------------CA--TCA--ACT--CATTCT-GAT-CA-----AGGCC----AT---G-T-GAG--A--CTTTTTAT------T---A--TACAATA----AAAC-TATA---ATA-C-ATGTAAGAC----TTCTTGAAAAACA-T-GCAGCAGTT-TATACTA-GCAAGA-AGTGGCAGTCTAGGTGCA-------G---CT---CC--CC-CTCTCTC----------------------TCTC-TCT-------------CTAGCAAGGTGCATTTTTC-TTCCATATGAGA----AA---------------TAA-----T--------AAAAATTAGAT--ACAT-GGAGCA-G-----TTGT--ACCTCccccctctccaaaaaattgtagctccaaaaactaacaccatcaactcattctgatcaaggccatgtgagactttttattatacaataaaactataatacatgtaagacttcttgaaaaacatgcagcagtttatactagcaagaagtggcagtctaggtgcagctccccctctctctctctctctagcaaggtgcatttttcttccatatgagaaataataaaaattagatacatggagcagttgtacctc
gi|7                          :                                    tatagaaattgctggaatatgtcaatgtctgaattttctttatttgcctaaggacttctgcttctgtcaattttatatgaagttgtgcattgctttttcaattgggatttattctgtaagaaacagtggggtatttaagtgatatgccatttgaaattttcaaattataatacgttgtcaggatcagcacagtttgcaacttctttgttatgctacaattgtgcaagtcagttgaattcagcatacattttggtggcaaaacacacaagagctgcacttaagtgcatacacaatatatttgttcactttgttgtatccatggcaaattttcaaatgaggcatgatcctaggcattcagttggctggacactcaacatttttcatgatcccttcaaacagaattttataacatgtgaacaagtaaccacagacaaaAATGTGAACGGAATATGTC--TATCATTTCATGC--A-TTCT-TTT-ATTT---GC-CT-ATCC-T-AATAG----------GA--A--------CT---------GATCTGCTTCTGCAATTTTAT-AA--TGAA-GTT--GT--G-CCAT-GCT-CT---TCTTTC-AATTTTTGGATTTAATTCG-AAAAG---TATTAAAGAGTGGG-AATATAT--TAACTGTTTAT-GC-ATT----GATAAAA-TTTGTGTCA----AATAA-CACT--AAAAT-CT-TTGTCAGGATTA------G--ACCAAG--TG-CAAACTTCT---TTGC---TATG-CT-ACA--TTG-T-CGA--GTC-----------GGATG-A-ATT--CA--GCAT----------------ACCA---------CA---------CAA-GAG-TTG---------CACT-T------ATAATTATAATAAGT-----CATC--ACATCAA--TG-ACATTAAA-TTA---------GGT-GAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATCGTAAAAATTC---TTCAAAATGGA-CTTTGG-CAT-GGATCCTA-GCA------TTCAG--TTGG--CTG--GACAC-TCC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -T----------AA---------------AAA-----T--------T------AGATC-AC-T-GGATCA-G-----TTGT--AACTCCGC-TTT-TT-TC--------TG-------------------A-------CAGAA----GGGGGTTACATGGCCA-AAAAAA--G-TT---AT-------TTAAAA-CTTAACCCACCCCC----------------C----A----TTTTA---GAAAATTC------GCA--GTCT-T-TCAATTCTTTT----AATT--TTT----TTTCTATAGTTT--GTC--TG-C--A---AAAG--TAT-T-TT-A--CA--T-CT-GC----TAACCCTCTGA-AATA----ACGATACT--ACGATTTT-------------------GGAGATATAT-TTGTC---ACT--TTACATTTGT----ATT--CATCCGA-TT--TTGACATCATTCATTGAGTATGA-TT--GTAC-TTAC-CTATACTTAT-AACT---TTGC--ATT-CA-TCG------C-T-TCCT--TTAGGGT--------TA----CA--TAGCATCGATAGGGACT-CCAAATCA-ACTATGAGGTA--G-G-TTTT--CCA-AGTCTTGTGTGTACA-TCAA-TTTGC-AAAACAACGC-A--C-AA-AATT--AC-G-TATAG--GGACCGATTCA-A----C-AT-T-TTGAT--A-GT-------------A-TATG--TTTC--A--T---ACG-TT---GA-TG-TACCCGGAAGT--AGTATTTATAAGCGAAA-acgttcccctgggcgcggcgcatggattaataggtcttcaataaaataattttatgagagtagagagcatgggtgagaggagataccacgccacatacacaaatagtttacgatgagcatatcaccaca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agggcatttttcttccatgtatactcgtagatataa-CAA-CTTCT---TTGCCGTTATG-CT-ACA-ATTGGT-CGA--GTC-----------GGATGCA-ACT--CA--GCAT----------------AC-A---------CA---------CAAAGAG-TTG---------CACT-TTAAAATA-----AT--TAAGT----GCATC--ACA-TAA--TG--CATTAAATTTA---------GGTCCACATC--------TCTTG--------------T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acgcgtctgatgcaAAT-G----TTGGTCAC-GGAT--TAGGCA-----TTTCAC--TCGAGACTG--GACACGTTCCAA--G-TTT-CAT--GATC--TTCAA---ATAACAATTTATTAATAAAACCAGC--AGTGG-GAG-GATTG-----AAC-TTTG-AT---AAT-ATCCTCAAT-GCAA-----GGGG-TTAGCAACTTAACTCTATTACCATGAGTACG----GCATTAATGACCGGAACCCCC---CCCTTCGAC--C------A------AATACTTAAC--A-A------GTGTG-TAGCCCTTACC--AATATAAT-ATTCAATTGAACACAGGATAATGGATTA--AC--ACACATCA--ATTGACATTCTATATCCA-----AGGCC----ATCTAG-T-GAGTAA--C-TTTAATAT-ACttggtggagtggagtcacagaaatctttacgacaattgcatctccgttaggccaatgttggtcacggattaggcatttcactcgagactggacacgttccaagtttcatgatcttcaaataacaatttattaataaaaccagcagtgggaggattgaactttgataatatcctcaatgcaaggggttagcaacttaactctattaccatgagtacggcattaatgaccggaaccccccccttcgaccaaatacttaacaagtgtgtagcccttaccaatataatattcaattgaacacaggataatggattaacacacatcaattgacattctatatccaaggccatctagtgagtaactttaatatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GAATTAACATGGAAGAGTAAAAAGACGAATATGCCTTCAGCATTTCTAAACAATTGCAGCGGTCCAAAAACTACTTCCATCGACTGTAGTATTTTGAACGATCATTTGAGAATTTTATTTTGTATTCTCAATCTACCGTATAAACTATAATTGTA
Unaligned ( gi|14 ): AATCTGTATAGACAGACGGACAAGCAGACAGTGATTCCTATATATACCCCCCTCCCCACAAAAAAAAATTGTGGGAAATACAACTACAGAATTGATGCTTAAACTGATTCACTTTTTTAAAACGATCAAAACATATGACTATCTAATAAGA






Alignments
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tcagcttgcattctggtgcaaaacaagagctgcacttgagtgcatcacacaatggcattaatgtcacttttttgtatccattgcaaattcttcatattactttggcatggatcctaggcattccacttggctggacactccaacagttttcatgatctcttcaatcaatttttttttataaacatttgaaaagtacatgtaccaacatacaatgGG-CAT-GGATCCTAGACA-----TTTCAG--TTGG--TTT--GACTC-TCC-AACAG-TTTTCAT--GATCCCTTCAA---ACAA--A--ATTTTATAAA-----C--A-TAT-GAA-AAGTA-----ACC-ACAG-ACAGT--------------AA----TGT----CT-------ATAGGAGTAT-------G--CA--CAC------C-----C-------ACCCCC---CCC-----C--A-----A------AA------AAAAATCTT---CAT-TG-TAGCTC----A--AAAAAAA--A----AT--AGCACAGGATAA---GCT---AT--ACA-ATCA--ACT--CATTCT-CAT-CA-----ATGCC----AT---A-T-GCG--A--CTTTTTATAagggtatttttcttcaatatatagatataattaaagtta
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TACCCGGAAGT--AGTG---A-AATCGAAA-GTG-AAACT-AAACG--A-GACTTATAG
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TAT--AGAAAT-TGCT-GGAATATGTC---A--ATGTC-TGAA-T--TTTCTTT-ATTT---G-C-CTA-------A--------------GG--A--------CTTCTGCTTCTGT----------CAATTTTAT-A---TGAA-GTT--GT--G-C-ATTGCT------T-TTTC-AATTG--GGATTTATTCTGTAA--G-------AAACAGTGGG-G-TATT---TAAGTGAT-AT-GCCATTT---GA--AAT-TT--T--CA----AATTA-TA------AT-ACG-TTGTCAGGATCA------GC-AC-A-GTTTG-CAA-CTTCT---TTGT---TATG-CT-ACA-ATTG-TGCAA--GTCAG-------T----TG-A-ATT--CA--GCATACATTTTGGTGGCAAAAC-A---------CA---------CAA-GAG-CTG---------CAC----------------T--TAAGT----GCAT---ACA-CAA--T----AT---A-TTT---------GTT-CAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATGGC--AAATT----TTC-AAAT-GA-----GG-CAT--GATCCTAGGCA------TTCAG--TTGG--CTG--GACAC-T--CAACAT-TTTTCAT--GATCCCTTCAA---ACAG--A--ATTTTAT-AA-----C--A-TGT-GAACAAGTA-----ACC-ACAG-ACAAAATAT-A-C
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AT--AT-------ACCCCC---CTCT----C--C-----A------AA------A-----------AAT-TG-TAGCTC----C--AAAAAC---------T--AACAC---------------------CA--TCA--ACT--CATTCT-GAT-CA-----AGGCC----AT---G-T-GAG--A--CTTTTTAT------T---A--TACAATA----AAAC-TATA---ATA-C-ATGTAAGAC----TTCTTGAAAAACA-T-GCAGCAGTT-TATACTA-GCAAGA-AGTGGCAGTCTAGGTGCA-------G---CT---CC--CC-CTCTCTC----------------------TCTC-TCT-------------CTAGCAAGGTGCATTTTTC-TTCCATATGAGA----AA---------------TAA-----T--------AAAAATTAGAT--ACAT-GGAGCA-G-----TTGT--ACCTCccccctctccaaaaaattgtagctccaaaaactaacaccatcaactcattctgatcaaggccatgtgagactttttattatacaataaaactataatacatgtaagacttcttgaaaaacatgcagcagtttatactagcaagaagtggcagtctaggtgcagctccccctctctctctctctctagcaaggtgcatttttcttccatatgagaaataataaaaattagatacatggagcagttgtacctc
gi|7                          : tatagaaattgctggaatatgtcaatgtctgaattttctttatttgcctaaggacttctgcttctgtcaattttatatgaagttgtgcattgctttttcaattgggatttattctgtaagaaacagtggggtatttaagtgatatgccatttgaaattttcaaattataatacgttgtcaggatcagcacagtttgcaacttctttgttatgctacaattgtgcaagtcagttgaattcagcatacattttggtggcaaaacacacaagagctgcacttaagtgcatacacaatatatttgttcactttgttgtatccatggcaaattttcaaatgaggcatgatcctaggcattcagttggctggacactcaacatttttcatgatcccttcaaacagaattttataacatgtgaacaagtaaccacagacaaaAATGTGAACGGAATATGTC--TATCATTTCATGCA-T--TCT-TTT-ATTT---G-C-CTA-TCC-T-AATAG----------GA--A--------CT---------GATCTGCTTCTGCAATTTTAT-AA--TGAA-GTT--GT--G-CCAT-GCT-CT---TCTTTC-AATTTTTGGATTTAATTCG-AAAAG---TATTAAAGAGTGGG-AATATAT--TAACTGTTTAT-GC-ATT----GATAAAA-TTTGTGTCA----AATAA-CACT--AAAAT-CT-TTGTCAGGATTA------G--ACCAAG--TG-CAAACTTCT---TTGC---TATG-CT-ACA--TTG-T-CGA--GTC-----------GGATG-A-ATT--CA--GCAT----------------ACCA---------CA---------CAA-GAG-TTG---------CACT-T------ATAATTATAATAAGT-----CATC--ACATCAA--TG-ACATTAAA-TTA---------GGT-GAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATCGTAAAAATTC---TTCAAAATGGA-CTTTGG-CAT-GGATCCTA-GCA------TTCAG--TTGG--CTG--GACAC-TCC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -T----------AA---------------AAA-----T--------T------AGATC-AC-T-GGATCA-G-----TTGT--AACTCCGC-TTT-TT-TC--------TG-------------------A----CAGAA----GGGGGTTACATGGCCA-AAAAA---A--G-TTAT-------TTAAAA-CTTAACCCACCCCC----------------CA----TTTTA---GAAAATTC------GCA--GTCT-T-TCAATTCTTTT----AATT--TTT----TTTCTATAGTTT--GTC--TG-C--A---AAAG--TAT-T-TT-A--CA--T-CT-GC----TAACCCTCTGA-AATA----ACGATACT--ACGATTTT-------------------GGAGATATA-T-TTGTC---ACT--TTACATTTGT----ATT--CATCCGA-TT--TTGACATCATTCATTGAGTATGA-TT--GTAC-TTAC-CTATACTTAT-AACT---TTGC--ATT-CA-TCG------C-T-TCCT--TTAGGGT--------TA----CA--TAGCATCGATAGGGACT-CCAAATCA-ACTATGAGGTA--G-G-TTTT--CCA-AGTCTTGTGTGTACA-TCAA-TTTGC-AAAACAACGC-A--C-AA-AATT--AC-G-TATAG--GGACCGATTCA-A----C-AT-T-TTGAT--A-GT-------------A-TATG--TTTC--A--T---ACG-TT---GA-TG-TACCCGGAAGT--AGTATTTATAAGCGAAA-acgttcccctgggcgcggcgcatggattaataggtcttcaataaaataattttatgagagtagagagcatgggtgagaggagataccacgccacatacacaaatagtttacgatgagcatatcaccaca
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tcagcttgcattctggtgcaaaacaagagctgcacttgagtgcatcacacaatggcattaatgtcacttttttgtatccattgcaaattcttcatattactttggcatggatcctaggcattccacttggctggacactccaacagttttcatgatctcttcaatcaatttttttttataaacatttgaaaagtacatgGG-CAT-GGATCCTAGACA-----TTTCAG--TTGG--TTT--GACTC-TCC-AACAG-TTTTCAT--GATCCCTTCAA---ACAA--A--ATTTTATAAA-----C--A-TAT-GAA-AAGTA-----ACC-ACAG-ACAGTA--------------------------ATG---TCTATAGG----AGTAT---------G----CA--C--AC--C-----C-------ACCCCC---CCC-----C--A------A------AA------AAAAATCTT---CAT-TG-TAGCTC----A--AAAAAAA--A----AT--AGCACAGGATAA---GCT---AT--ACA-ATCA--ACT--CATTCT-CAT-CA-----ATGCC----AT---A-T-GCG--A--CTTTTTATAagggtatttttcttcaatatatagatataattaaagtta
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ggcatggatcctagacatttcagttggtttgactctccaacagttttcatgatcccttcaaacaaaattttataaacatatgaaaagtaaccacagacagtaatgtctataggagtatgcacacccacccccccccaaaaaaaaatcttcattgtagctcaaaaaaaaaatagcacaggataagctatacaatcaactcattctcatcaatgccatatgcgactttttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCC----------------C----A----CTT-T---GAAAATTT------AT---ATTG-AAT--ATTCTTTT----AATGA-TTTC--ATTTATTTAGTTT--TTC--TG-C--C---AACA--TTT-T-------------CT-GC----TCGCTATCTGA-AGTA----GCAATACT--ACGAGATC-------------------G---ATATGC-A-ATG---AAT--T-ACAT--GT----ATG--T-TC-AA-TT--TG-----------------A-AA-T----TAT-TCAC-CTA--TTA-T-A-AT---T-GT--ATC-TA-ACG------C-A-TCCT--T-----T--------T-------CCTAGCATCGATAGGAAAT-CCAAA-AA-ACTATGAGGCA--G-GGTTTT--CCC-AGTCTTGTGTGTGCA-TCCA-ATTGC-AAAACAATGC-A--C-AA-ATCTAAAT-A-CATTG--GGGCTGATTAA-T----T-AT-C-ATGAC--A-GT-------------A-TACG--TTCC--G--T---ACG-TT---GT-TT-TACTCTGAA
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -TACCCGGAAGT--AGTG---A-AATCGAAA-GTG-AAACT-AAACG--A-GACTTATAG
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gacagtaaaagAATTCTTATG-AGAAATGTGAA-GGAATATGTCGTTA-CATTTCA-GC--T--TCT-TTT-ATT----G-CGCTA-TCCAT-A--------------A-------------T---------GA----------CAATGTTATTAA--TGAA-GCTT-GT--G-C-AT-GCT-TT---T-TTTC-A-TTTT-GGATTTATTTCG-AA--G---TATTAAAAAGTGGGGA-CATTA--TAA-TGTT----GCCATTT---GA--AA--TTAGT--CA----AATTA-TACT--AAATTACT-TTGTCAGGATCA----C-GCA-CCA-G-TTGC-A--CTTTC---TTG----TATG-CT-ACACATTG-T-CGA--GTCAGGATGATGTCGGATG-A-ATT--CA--G-CAT----------------AC-A-------------CA-----CAA-GGG-CTG---------CACT-T------G-----AT--TAAGT----GCGTC--ATA-CAA--TG-ACATTAAA-TTA---------GGT-CAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATTGT--AAATTA---TTC-AAAT-GA-CTTTGG-CAT-GGATCCTAGGCA-----TTTCAG--TTGG--CTG--GACAC-TCCCAACAG-TTTTCAT--GATCCCTTCAA----TAA--ATTGTTTTATAAA-----C--A-TGT-GAA-AGGTA-----CTC-ACAT-ACAATAT------TTACAGGTACAG------CGTGGGCCTTGCTGCTAGAGCGATTTTGGGGGCG----AA--T---TGGCAT--AT-------ACCCCC---CCC-----C--C------A------AA------T------TA---AAT-TG-TAGCCC----CCCAAAAAAATCA----ATTGAACACAGGATAA---GTT---AT--ACA-ATCA--ACT--CATTCT-CAT-CA-----AGGCC----AT---G-TAGAG--A--CTTTTTATAC-ACTTTTTA--TACGATT----ATAC-AATA---CAA-C-ATGTA-GAG----TCTTTGAAA--CA-T-GTAGCAGTT-TATACTA-GCA-GA-AG--ACAGTCTAG--GCGAGCATCTG---CG---CA--CC-CCCCCCC----------------------CCCC-CCC-------------CCAGCA----------CCC-TTCC-T----------A---ATAA-----------------T--------A------AGATC-AC-C-GG-TTA-G-----TTGT--ACCTCCGCCTTT-TT-TC--------TA-------------------A---AT-ACAGAA----GA-------------A-AAAAAT--G-TT---ATC------TTAAA--CTTAACCC-CCCCC----------------C----A----TTT-A---GGGAATTC------GTT--GTCG-A-T--ATTCTTTT----AATTCCTTTCTTATTCTTATA--TT--GTC--TG-C--A---AAAA--TTT-T-GT----CA--T-CT-GC----AAACCCTC-GA-AATA----AAGATACT--ATGAGTTT-------------------CGAGATATAT-T-ATC---ACT--TTACATTCGT-T--ATT--TATCGAAATC--TT-----------------ATGA-TC--GTAC-TTAC-CTA--CTT-T-A-CT---TTGT--ATT-CA-CCG------C-T-TCCT--TAAGGGT--------TAGACTTACTTAGCATCGATAGGGAAT-CCAAATCA-ACTATGAGGCA--G-GGTTTT--CCC-GGTCTTGTGTGTACA-TCCG-ATTGC-AAAACAATGC-A--C-AA-AATT--AT-G-TATTG--GAACCGATTCA-A----C-GT-T-GTGAT--A-GT-------------A-CAAG--TTCC--A--T---ACG-TT---GA-TG-TACCCGGAAGT--AGTA---A-AAGCGAAA-GTG-AAACT-AAACG--A-GACTTACAGac
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TAT--AGAAAT-TGCT-GGAATATGTC---A--ATGTC-TGAA-T--TTTCTTT-ATTT---G-C-CTA-------A--------------GG--A--------CTTCTGCTTCTGT----------CAATTTTAT-A---TGAA-GTT--GT--G-C-ATTGCT------T-TTTC-AATTG--GGATTTATTCTGTAA--G-------AAACAGTGGG-G-TATT---TAAGTGAT-AT-GCCATTT---GA--AAT-TT--T--CA----AATTA-TA------AT-ACG-TTGTCAGGATCA------GCA-C-A-GTTTGC-AA-CTTCT---TTGT---TATG-CT-ACA-ATTG-TGCAA--GTCAG-------T----TG-A-ATT--CA--G-CATACATTTTGGTGGCAAAAC-A-------------CA-----CAA-GAG-CTG---------CAC----------------T--TAAGT----GCAT---ACA-CAA--T----AT---A-TTT---------GTT-CAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATGGC--AAATT----TTC-AAAT-GA-----GG-CAT--GATCCTAGGCA------TTCAG--TTGG--CTG--GACAC-T--CAACAT-TTTTCAT--GATCCCTTCAA---ACAG--A--ATTTTAT-AA-----C--A-TGT-GAACAAGTA-----ACC-ACAG-ACAAAATA-----T-AC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AT--AT-------ACCCCC---CTCT----C--C------A------AA------A-----------AAT-TG-TAGCTC----C--AAAAAC---------T--AACAC---------------------CA--TCA--ACT--CATTCT-GAT-CA-----AGGCC----AT---G-T-GAG--A--CTTTTTAT------T---A--TACAATA----AAAC-TATA---ATA-C-ATGTAAGAC----TTCTTGAAAAACA-T-GCAGCAGTT-TATACTA-GCAAGA-AGTGGCAGTCTAGGTGCA-------G---CT---CC--CC-CTCTCTC----------------------TCTC-TCT-------------CTAGCAAGGTGCATTTTTC-TTCCATATGAGA----A---ATAA-----------------T--------AAAAATTAGAT--ACAT-GGAGCA-G-----TTGT--ACCTCccccctctccaaaaaattgtagctccaaaaactaacaccatcaactcattctgatcaaggccatgtgagactttttattatacaataaaactataatacatgtaagacttcttgaaaaacatgcagcagtttatactagcaagaagtggcagtctaggtgcagctccccctctctctctctctctagcaaggtgcatttttcttccatatgagaaataataaaaattagatacatggagcagttgtacctc
gi|7                          : tatagaaattgctggaatatgtcaatgtctgaattttctttatttgcctaaggacttctgcttctgtcaattttatatgaagttgtgcattgctttttcaattgggatttattctgtaagaaacagtggggtatttaagtgatatgccatttgaaattttcaaattataatacgttgtcaggatcagcacagtttgcaacttctttgttatgctacaattgtgcaagtcagttgaattcagcatacattttggtggcaaaacacacaagagctgcacttaagtgcatacacaatatatttgttcactttgttgtatccatggcaaattttcaaatgaggcatgatcctaggcattcagttggctggacactcaacatttttcatgatcccttcaaacagaattttataacatgtgaacaagtaaccacagacaaaAATGTGAACGGAATATGTC--TATCATTTCATGCA-T--TCT-TTT-ATTT---G-C-CTA-TCC-T-AATAG----------GA--A--------CT---------GATCTGCTTCTGCAATTTTAT-AA--TGAA-GTT--GT--G-CCAT-GCT-CT---TCTTTC-AATTTTTGGATTTAATTCG-AAAAG---TATTAAAGAGTGGG-AATATAT--TAACTGTTTAT-GC-ATT----GATAAAA-TTTGTGTCA----AATAA-CACT--AAAAT-CT-TTGTCAGGATTA------G-A-CCAAG--TGC-AAACTTCT---TTGC---TATG-CT-ACA--TTG-T-CGA--GTC-----------GGATG-A-ATT--CA--G-CAT----------------ACCA-------------CA-----CAA-GAG-TTG---------CACT-T------ATAATTATAATAAGT-----CATC--ACATCAA--TG-ACATTAAA-TTA---------GGT-GAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATCGTAAAAATTC---TTCAAAATGGA-CTTTGG-CAT-GGATCCTA-GCA------TTCAG--TTGG--CTG--GACAC-TCC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -T----------A---AAAA-----------------T--------T------AGATC-AC-T-GGATCA-G-----TTGT--AACTCCGC-TTT-TT-TC--------TG-------------------A-------CAGAA----GGGGGTTACATGGCCA-AAAAAA--G-TT---AT-------TTAAAA-CTTAACCCACCCCC----------------C----A----TTTTA---GAAAATTC------GCA--GTCT-T-TCAATTCTTTT----AATT--TTT----TTTCTATAGTTT--GTC--TG-C--A---AAAG--TAT-T-TT-A--CA--T-CT-GC----TAACCCTCTGA-AATA----ACGATACT--ACGATTTT-------------------GGAGATATAT-TTGTC---ACT--TTACATTTGT----ATT--CATCCGA-TT--TTGACATCATTCATTGAGTATGA-TT--GTAC-TTAC-CTATACTTAT-AACT---TTGC--ATT-CA-TCG------C-T-TCCT--TTAGGGT--------TA----CA--TAGCATCGATAGGGACT-CCAAATCA-ACTATGAGGTA--G-G-TTTT--CCA-AGTCTTGTGTGTACA-TCAA-TTTGC-AAAACAACGC-A--C-AA-AATT--AC-G-TATAG--GGACCGATTCA-A----C-AT-T-TTGAT--A-GT-------------A-TATG--TTTC--A--T---ACG-TT---GA-TG-TACCCGGAAGT--AGTATTTATAAGCGAAA-acgttcccctgggcgcggcgcatggattaataggtcttcaataaaataattttatgagagtagagagcatgggtgagaggagataccacgccacatacacaaatagtttacgatgagcatatcaccaca
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -T-GCAGCAGTT--ATACTA-GCAAAA-TATGGCAGTCTAG------------G---TG---CA--CC-CCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcagcagttatactagcaaaatatggcagtctaggtgcacccccc
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AATT-TTAT--AGAAATGTGCT-GGA-CATGTT--CA--ATTTC-TGA--A-TTTC-TTT-ATTC---GC-CT-ATCC-T-A--------------GG--A--------TTCTGCTTTTGAC----------CAATTTTAT-AT--TGAA-GTT--GT--G-C-AT-GCT-CT---T-TTTC-AATTTG-GGATT-ATTC------------ATAAGAAAGATGG-A-TCTTA--AAAGTGTT-AT-GC-ATTT---GA--AAA-TTTGT--CA----AAT-G-TACT--AAAT-ACA-TTGTCAGGATCA------GCAACCA-GCTTGCCAA-CTTCA---TTGT---T-TG-CT-ACA-ATT--T-CAAAGGTCAG-------T----TG-A-ATT--CA--GGCAT----------------AC-ATTTTGGCTGCAAACAAAGAGCAA-GAG-CTG---------CACT-T------A------------GT----GCATC--ACA-CAA--TG-A------A-TTA---------GTT-CAT-TT--------TGTT---------------TATC-CATTGC--AAATTC---TTC-AAAT-GA-CTTTGG-TAT-GGGATCTAGGCA-----TTTCAGT-TTGG--CTG--GACA--TTCCAACAGTTTTTCAT--GATCCCTTCAA---ACAA--A--ATTTT-ATAAA--------A-TGT-GAA-AAGTAACTACAG-ACGAT-T------T-------A----ATG---TTTATAGG---A-AAT-ATA---------------TA-------CACG---------------------CCCC---CCC-----C--CAAAAA-A------AA------A------TC---AAT-TG-TCGCTC----C----AAAAAT-------T--AACACCGGATAA---GTT---AT--ACA-ATCA--ACT---ATTCT-CAT-CA-----AGG-C----AT---G-T-GAG--G--ATTTTTATA----TT---A--TACAA-A----AAAC-TATA---ATA-C--TGTAAGAG----TTCTTGAAA--CA-TGGCAGCAGTT-TATACT--GCAAGATAGTGACAGTC-AG--G-A-------G---CAAGCCA--CC-CCCCCCCTTCTTTCCTCTCTCATCTCTCTCTCC-TCT-------------CTAGCA----------TTT-TTCT-TCATGATAGAAG---ATAA-----------------TCAATAAAAA------AAATC-AC-CTGGATCA-GTTTTATTGT--ACCT-CGCCTTT-TT-TA--------CG--------------------------ACAGAACTGGGATTAATAGCAC---A-AAAAAC--ACCT---AT-------TTAAAT-CTGGACAC-ACGCA----------------C----ACAGCCTC-A---GGAAATTC------G-T--ATCA-A-T--ATTCTTTT----ATTTTTTTTCATATTTCTATAGTTT--GTTG-GG-CAAA---AAAA--TTTAT-GT-A--CAAGT-CT-GCTAATTAACGCCTTGACAATA----ACGATACT--AT-ATTTC-------------------GGGTATATATCT-AGCTGTATA--TTACATTCGT-CCAATTGACATC-AT-TCGATT-----------------ATGATTT--GTAC-TTAC-CTA--C-T-T-A-----------------A-AAG------C-TGTCTC--TCAGGG---------------TACTTAGCATCGATAGGGAATGCCAAAT-A-ATTATAAGGTA--GAGGTTTT--CCTAAGTATTGT-TGTACA-TCCC-ATCG--AAAACAATGC-A--CAAA-AATT--ATCG-TA-TG--GGACAGATTAATA----C-ATAT-CTGGT--CTGT-------------A-TATG--TTCC--AATC---ACGATT---AATTG-TACCCAGAAGT--ATT----A-AAGCGAAA-GTG--AACT-AAACG--A-GACT
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AT--AT-------ACCCCC---CTCT----C--C------A------AA------A-----------AAT-TG-TAGCTC----C--AAAAAC---------T--AACAC---------------------CA--TCA--ACT--CATTCT-GAT-CA-----AGGCC----AT---G-T-GAG--A--CTTTTTAT------T---A--TACAATA----AAAC-TATA---ATA-C-ATGTAAGAC----TTCTTGAAAAACA-T-GCAGCAGTT-TATACTA-GCAAGA-AGTGGCAGTCTAGGTGCA-------G---CT---CC--CC-CTCTCTC----------------------TCTC-TCT-------------CTAGCAAGGTGCATTTTTC-TTCCATATGAGA----A---ATAA-----------------T--------AAAAATTAGAT--ACAT-GGAGCA-G-----TTGT--ACCTCccccctctccaaaaaattgtagctccaaaaactaacaccatcaactcattctgatcaaggccatgtgagactttttattatacaataaaactataatacatgtaagacttcttgaaaaacatgcagcagtttatactagcaagaagtggcagtctaggtgcagctccccctctctctctctctctagcaaggtgcatttttcttccatatgagaaataataaaaattagatacatggagcagttgtacctc
gi|7                          : tatagaaattgctggaatatgtcaatgtctgaattttctttatttgcctaaggacttctgcttctgtcaattttatatgaagttgtgcattgctttttcaattgggatttattctgtaagaaacagtggggtatttaagtgatatgccatttgaaattttcaaattataatacgttgtcaggatcagcacagtttgcaacttctttgttatgctacaattgtgcaagtcagttgaattcagcatacattttggtggcaaaacacacaagagctgcacttaagtgcatacacaatatatttgttcactttgttgtatccatggcaaattttcaaatgaggcatgatcctaggcattcagttggctggacactcaacatttttcatgatcccttcaaacagaattttataacatgtgaacaagtaaccacagacaaaAATGTGAACGGAATATGTC--TATCATTTCATGC--A-TTCT-TTT-ATTT---GC-CT-ATCC-T-AATAG----------GA--A--------CT---------GATCTGCTTCTGCAATTTTAT-AA--TGAA-GTT--GT--G-CCAT-GCT-CT---TCTTTC-AATTTTTGGATTTAATTCG-AAAAG---TATTAAAGAGTGGG-AATATAT--TAACTGTTTAT-GC-ATT----GATAAAA-TTTGTGTCA----AATAA-CACT--AAAAT-CT-TTGTCAGGATTA------G-A-CCAAG--TGC-AAACTTCT---TTGC---TATG-CT-ACA--TTG-T-CGA--GTC-----------GGATG-A-ATT--CA--G-CAT----------------ACCA-------------CA-----CAA-GAG-TTG---------CACT-T------ATAATTATAATAAGT-----CATC--ACATCAA--TG-ACATTAAA-TTA---------GGT-GAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATCGTAAAAATTC---TTCAAAATGGA-CTTTGG-CAT-GGATCCTA-GCA------TTCAG--TTGG--CTG--GACAC-TCC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -T----------A---AAAA-----------------T--------T------AGATC-AC-T-GGATCA-G-----TTGT--AACTCCGC-TTT-TT-TC--------TG-------------------A-------CAGAA----GGGGGTTACATGGCCA-AAAAAA--G-TT---AT-------TTAAAA-CTTAACCCACCCCC----------------C----A----TTTTA---GAAAATTC------GCA--GTCT-T-TCAATTCTTTT----AATT--TTT----TTTCTATAGTTT--GTC--TG-C--A---AAAG--TAT-T-TT-A--CA--T-CT-GC----TAACCCTCTGA-AATA----ACGATACT--ACGATTTT-------------------GGAGATATAT-TTGTC---ACT--TTACATTTGT----ATT--CATCCGA-TT--TTGACATCATTCATTGAGTATGA-TT--GTAC-TTAC-CTATACTTAT-AACT---TTGC--ATT-CA-TCG------C-T-TCCT--TTAGGGT--------TA----CA--TAGCATCGATAGGGACT-CCAAATCA-ACTATGAGGTA--G-G-TTTT--CCA-AGTCTTGTGTGTACA-TCAA-TTTGC-AAAACAACGC-A--C-AA-AATT--AC-G-TATAG--GGACCGATTCA-A----C-AT-T-TTGAT--A-GT-------------A-TATG--TTTC--A--T---ACG-TT---GA-TG-TACCCGGAAGT--AGTATTTATAAGCGAAA-acgttcccctgggcgcggcgcatggattaataggtcttcaataaaataattttatgagagtagagagcatgggtgagaggagataccacgccacatacacaaatagtttacgatgagcatatcaccaca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            agggcatttttcttccatgtatactcgtagatataaC-AA-CTTCT---TTGCCGTTATG-CT-ACA-ATTGGT-CGA--GTC-----------GGATGCA-ACT--CA--G-CAT----------------AC-A-------------CA-----CAAAGAG-TTG---------CACT-TTAAAATA-----AT--TAAGT----GCATC--ACA-TAA--TG--CATTAAATTTA---------GGTCCACATC--------TCTTG--------------T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acgcgtctgatgcaAAT-G----TTGGTCAC-GGAT--TAGGCA-----TTTCAC--TCGAGACTG--GACACGTTCCAA--G-TTT-CAT--GATC--TTCAA---ATAACAATTTATTA-ATAAAACCAGC--AGTGG-GAG-GATTGAACTTTG-ATAATATCCTCAAT-------GCAA-GGG---GTTAGCAACTTA-ACT-CTA-TTACC-ATG-----AG-------TACG----GCATTAATGACCGGAACCCCC---CCCTTCGAC--C------A------AATACTTAA------CA---AGTGTG-TAGCCCTTACC--AATATAAT-ATTCAATTGAACACAGGATAATGGATTA--AC--ACACATCA--ATTGACATTCTATATCCA-----AGGCC----ATCTAG-T-GAGTAA--C-TTTAATAT-ACttggtggagtggagtcacagaaatctttacgacaattgcatctccgttaggccaatgttggtcacggattaggcatttcactcgagactggacacgttccaagtttcatgatcttcaaataacaatttattaataaaaccagcagtgggaggattgaactttgataatatcctcaatgcaaggggttagcaacttaactctattaccatgagtacggcattaatgaccggaaccccccccttcgaccaaatacttaacaagtgtgtagcccttaccaatataatattcaattgaacacaggataatggattaacacacatcaattgacattctatatccaaggccatctagtgagtaactttaatatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GAATTAACATGGAAGAGTAAAAAGACGAATATGCCTTCAGCATTTCTAAACAATTGCAGCGGTCCAAAAACTACTTCCATCGACTGTAGTATTTTGAACGATCATTTGAGAATTTTATTTTGTATTCTCAATCTACCGTATAAACTATAATTGTA
Unaligned ( gi|14 ): AATCTGTATAGACAGACGGACAAGCAGACAGTGATTCCTATATATACCCCCCTCCCCACAAAAAAAAATTGTGGGAAATACAACTACAGAATTGATGCTTAAACTGATTCACTTTTTTAAAACGATCAAAACATATGACTATCTAATAAGA






Alignments
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcagcttgcattctggtgcaaaGG-CAT-GGATCCTAGACA-----TTTCAG--TTGG--TTT--GACTC-TCC-AACAG-TTTTCAT--GATCCCTTCA------------A---ACAA--A--ATTTT-ATAAA-----CA-TAT-GAA-AAG--TAACCAC-----------AG-AC-AGTA-------------------ATGT-----CTATAGG-----AGT-AT-----------GCA-CAC--C-----C-------ACCCCC---CCC-----CA------AAA------AAAAATCTT-C--AT-TG-TAGCTC----A--AAAAAAA--A----AT--AGCACAGGATAA---GCT---AT--ACA-ATCA--ACT--CATTCT-CAT-CA-----ATGCC----AT---A-T-GCG--A--CTTTTTATAagggtatttttcttcaatatatagatataattaaagtta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -T-GCAGCAGTT--ATACTA-GCAAAA-TATGGCAGTCTAG------------G---TG---CA--CC-CCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcagcagttatactagcaaaatatggcagtctaggtgcacccccc
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  C--A-AGT-AAC-C-----A-CAGA-CAAA--AT--AT-------ACCCCC---CTCT----CC------AAA------A---------A--AT-TG-TAGCTC----C--AAAAAC---------T--AACAC---------------------CA--TCA--ACT--CATTCT-GAT-CA-----AGGCC----AT---G-T-GAG--A--CTTTTTAT------T---A--TACAATA----AAAC-TATA---ATA-C-ATGTAAGAC----TTCTTGAAAAACA-T-GCAGCAGTT-TATACTA-GCAAGA-AGTGGCAGTCTAGGTGCA-------G---CT---CC--CC-CTCTCTC----------------------TCTC-TCT-------------CTAGCAAGGTGCATTTTTC-TTCCATATGAGA----AA---------------TAA-----T--------AAAAATTAGAT--ACAT-GGAGCA-G-----TTGT--ACCTCccccctctccaaaaaattgtagctccaaaaactaacaccatcaactcattctgatcaaggccatgtgagactttttattatacaataaaactataatacatgtaagacttcttgaaaaacatgcagcagtttatactagcaagaagtggcagtctaggtgcagctccccctctctctctctctctagcaaggtgcatttttcttccatatgagaaataataaaaattagatacatggagcagttgtacctc
gi|7                          : tatagaaattgctggaatatgtcaatgtctgaattttctttatttgcctaaggacttctgcttctgtcaattttatatgaagttgtgcattgctttttcaattgggatttattctgtaagaaacagtggggtatttaagtgatatgccatttgaaattttcaaattataatacgttgtcaggatcagcacagtttgcaacttctttgttatgctacaattgtgcaagtcagttgaattcagcatacattttggtggcaaaacacacaagagctgcacttaagtgcatacacaatatatttgttcactttgttgtatccatggcaaattttcaaatgaggcatgatcctaggcattcagttggctggacactcaacatttttcatgatcccttcaaacagaattttataacatgtgaaAATGTGAACGGAATATGTC--TATCATTTCATGC--A-TTCT-TTT-ATTT---GC-CT-ATCC-T-AATAG----------GA--A--------CT---------GATCTGCTTCTGCAATTTTAT-AA--TGAA-GTT--GT--G-CCAT-GCT-CT---TCTTTC-AATTTTTGGATTTAATTCG-AAAAG---TATTAAAGAGTGGG-AATATAT--TAACTGTTTAT-GC-ATT----GATAAAA-TTTGTGTCA----AATAA-CACT--AAAAT-CT-TTGTCAGGATTA------G-A-CCAAG--TGC-AAACTTCT---TTGC---TATG-CT-ACA--TTG-T-CGA--GTC-----------GGATG-A-ATT--CA--G-CAT----------------ACCA-------------CA-----CAA-GAG-TTG---------CACT-T------ATAATTATAATAAGT-----CATC--ACATCAA--TG-ACATTAAA-TTA---------GGT-GAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATCGTAAAAATTC---TTCAAAATGGA-CTTTGG-CAT-GGATCCTA-GCA------TTCAG--TTGG--CTG--GACAC-TCC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -T----------AA---------------AAA-----T--------T------AGATC-AC-T-GGATCA-G-----TTGT--AACTCCGC-TTT-TT-TC--------TG-------------------A-------CAGAA----GGGGGTTACATGGCCA-AAAAAA--G-TT---AT-------TTAAAA-CTTAACCCACCCCC----------------C----A----TTTTA---GAAAATTC------GCA--GTCT-T-TCAATTCTTTT----AATT--TTT----TTTCTATAGTTT--GTC--TG-C--A---AAAG--TAT-T-TT-A--CA--T-CT-GC----TAACCCTCTGA-AATA----ACGATACT--ACGATTTT-------------------GGAGATATAT-TTGTC---ACT--TTACATTTGT----ATT--CATCCGA-TT--TTGACATCATTCATTGAGTATGA-TT--GTAC-TTAC-CTATACTTAT-AACT---TTGC--ATT-CA-TCG------C-T-TCCT--TTAGGGT--------TA----CA--TAGCATCGATAGGGACT-CCAAATCA-ACTATGAGGTA--G-G-TTTT--CCA-AGTCTTGTGTGTACA-TCAA-TTTGC-AAAACAACGC-A--C-AA-AATT--AC-G-TATAG--GGACCGATTCA-A----C-AT-T-TTGAT--A-GT-------------A-TATG--TTTC--A--T---ACG-TT---GA-TG-TACCCGGAAGT--AGTATTTATAAGCGAAA-acgttcccctgggcgcggcgcatggattaataggtcttcaataaaataattttatgagagtagagagcatgggtgagaggagataccacgccacatacacaaatagtttacgatgagcatatcaccaca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agggcatttttcttccatgtatactcgtagatataaC-AA-CTTCT---TTGCCGTTATG-CT-ACA-ATTGGT-CGA--GTC-----------GGATGCA-ACT--CA--G-CAT----------------AC-A-------------CA-----CAAAGAG-TTG---------CACT-TTAAAATA-----AT--TAAGT----GCATC--ACA-TAA--TG--CATTAAATTTA---------GGTCCACATC--------TCTTG--------------T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acgcgtctgatgcaAAT-G----TTGGTCAC-GGAT--TAGGCA-----TTTCAC--TCGAGACTG--GACACGTTCCAA--G-TTT-CAT--GATC--TTCA------------A---ATAACAATTTATTA-ATAAAACCAGCAGTGG-GAG-GAT--TGAACTT-----------TG-AT-AATATCCTCAAT-------GCAAGGGG-----TTAGCAACTTA-ACT-CTA-TTACC-A-TGAG-TACGGCATTAATGACCGGAACCCCC---CCCTTCGACC------AAATACTTAA------CA-A--GTGTG-TAGCCCTTACC--AATATAAT-ATTCAATTGAACACAGGATAATGGATTA--AC--ACACATCA--ATTGACATTCTATATCCA-----AGGCC----ATCTAG-T-GAGTAA--C-TTTAATAT-ACttggtggagtggagtcacagaaatctttacgacaattgcatctccgttaggccaatgttggtcacggattaggcatttcactcgagactggacacgttccaagtttcatgatcttcaaataacaatttattaataaaaccagcagtgggaggattgaactttgataatatcctcaatgcaaggggttagcaacttaactctattaccatgagtacggcattaatgaccggaaccccccccttcgaccaaatacttaacaagtgtgtagcccttaccaatataatattcaattgaacacaggataatggattaacacacatcaattgacattctatatccaaggccatctagtgagtaactttaatatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GAATTAACATGGAAGAGTAAAAAGACGAATATGCCTTCAGCATTTCTAAACAATTGCAGCGGTCCAAAAACTACTTCCATCGACTGTAGTATTTTGAACGATCATTTGAGAATTTTATTTTGTATTCTCAATCTACCGTATAAACTATAATTGTA
Unaligned ( gi|14 ): AATCTGTATAGACAGACGGACAAGCAGACAGTGATTCCTATATATACCCCCCTCCCCACAAAAAAAAATTGTGGGAAATACAACTACAGAATTGATGCTTAAACTGATTCACTTTTTTAAAACGATCAAAACATATGACTATCTAATAAGA






Alignments
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TACCCGGAAGT--AGTG---A-AATCGAAA-GTG-AAACT-AAACG--A-GACTTATAG
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AC-----------AG-A---ATTT-T-------ATAACATGT-----GAACAAGTA-ACC-ACA-G-----A-CAAA-------ATATACCCC--CCTCT----CC-----AAA------A----------A--AT-TG-TAGCTC----C--AAAAAC---------T--AACAC---------------------CA--TCA--ACT--CATTCT-GAT-CA-----AGGCC----AT---G-T-GAG--A--CTTTTTAT------T---A--TACAATA----AAAC-TATA---ATA-C-ATGTAAGAC----TTCTTGAAAAACA-T-GCAGCAGTT-TATACTA-GCAAGA-AGTGGCAGTCTAGGTGCA-------G---CT---CC--CC-CTCTCTC----------------------TCTC-TCT-------------CTAGCAAGGTGCATTTTTC-TTCCATATGAGA----A---ATAA-----------------T--------AAAAATTAGAT--ACAT-GGAGCA-G-----TTGT--ACCTCccccctctccaaaaaattgtagctccaaaaactaacaccatcaactcattctgatcaaggccatgtgagactttttattatacaataaaactataatacatgtaagacttcttgaaaaacatgcagcagtttatactagcaagaagtggcagtctaggtgcagctccccctctctctctctctctagcaaggtgcatttttcttccatatgagaaataataaaaattagatacatggagcagttgtacctc
gi|7                          : tatagaaattgctggaatatgtcaatgtctgaattttctttatttgcctaaggacttctgcttctgtcaattttatatgaagttgtgcattgctttttcaattgggatttattctgtaagaaacagtggggtatttaagtgatatgccatttgaaattttcaaattataatacgttgtcaggatcagcacagtttgcaacttctttgttatgctacaattgtgcaagtcagttgaattcagcatacattttggtggcaaaacacacaagagctgcacttaagtgcatacacaatatatttgttcactttgttgtatccatggcaaattttcaaatgaggcatgatcctaggcattcagttggctggacactcaacatttttcatgatcccttcaaAATGTGAACGGAATATGTC--TATCATTTCATGCA-T--TCT-TTT-ATTT---G-C-CTA-TCC-T-AATAG----------GA--A--------CT---------GATCTGCTTCTGCAATTTTAT-AA--TGAA-GTT--GT--G-CCAT-GCT-CT---TCTTTC-AATTTTTGGATTTAATTCG-AAAAG---TATTAAAGAGTGGG-AATATAT--TAACTGTTTAT-GC-ATT----GATAAAA-TTTGTGTCA----AATAA-CACT--AAAAT-CT-TTGTCAGGATTA------G-A-CCAAG--TGC-AAACTTCT---TTGC---TATG-CT-ACA--TTG-T-CGA--GTC-----------GGATG-A-ATT--CA--G-CAT----------------ACCA-------------CA-----CAA-GAG-TTG---------CACT-T------ATAATTATAATAAGT-----CATC--ACATCAA--TG-ACATTAAA-TTA---------GGT-GAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATCGTAAAAATTC---TTCAAAATGGA-CTTTGG-CAT-GGATCCTA-GCA------TTCAG--TT--GGCTG--GACAC-TCC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -T----------A---AAAA-----------------T--------T------AGATC-AC-T-GGATCA-G-----TTGT--AACTCCGC-TTT-TT-TC--------TG-------------------A-------CAGAA----GGGGGTTACATGGCCA-AAAAAA--G-TT---AT-------TTAAAA-CTTAACCCACCCCC----------------C----A----TTTTA---GAAAATTC------GCA--GTCT-T-TCAATTCTTTT----AATT--TTT----TTTCTATAGTTT--GTC--TG-C--A---AAAG--TAT-T-TT-A--CA--T-CT-GC----TAACCCTCTGA-AATA----ACGATACT--ACGATTTT-------------------GGAGATATAT-TTGTC---ACT--TTACATTTGT----ATT--CATCCGA-TT--TTGACATCATTCATTGAGTATGA-TT--GTAC-TTAC-CTATACTTAT-AACT---TTGC--ATT-CA-TCG------C-T-TCCT--TTAGGGT--------TA----CA--TAGCATCGATAGGGACT-CCAAATCA-ACTATGAGGTA--G-G-TTTT--CCA-AGTCTTGTGTGTACA-TCAA-TTTGC-AAAACAACGC-A--C-AA-AATT--AC-G-TATAG--GGACCGATTCA-A----C-AT-T-TTGAT--A-GT-------------A-TATG--TTTC--A--T---ACG-TT---GA-TG-TACCCGGAAGT--AGTATTTATAAGCGAAA-acgttcccctgggcgcggcgcatggattaataggtcttcaataaaataattttatgagagtagagagcatgggtgagaggagataccacgccacatacacaaatagtttacgatgagcatatcaccaca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     agggcatttttcttccatgtatactcgtagatataaC-AA-CTTCT---TTGCCGTTATG-CT-ACA-ATTGGT-CGA--GTC-----------GGATGCA-ACT--CA--G-CAT----------------AC-A-------------CA-----CAAAGAG-TTG---------CACT-TTAAAATA-----AT--TAAGT----GCATC--ACA-TAA--TG--CATTAAATTTA---------GGTCCACATC--------TCTTG--------------T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acgcgtctgatgcaAAT-G----TTGGTCAC-GGAT--TAGGCA-----TTTCAC--TCGAGACTG--GACACGTTCCA--AG--TTTCAT--GAT--CTTCAAAT---------A---ACAATTTA-TTA-ATAAAttggtggagtggagtcacagaaatctttacgacaattgcatctccgttaggccaatgttggtcacggattaggcatttcactcgagactggacacgttccaagtttcatgatcttcaaataacaatttattaataaaaccagcagtgggaggattgaactttgataatatcctcaatgcaaggggttagcaacttaactctattaccatgagtacggcattaatgaccggaaccccccccttcgaccaaatacttaacaagtgtgtagcccttaccaatataatattcaattgaacacaggataatggattaacacacatcaattgacattctatatccaaggccatctagtgagtaactttaatatac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acgcgtctgatgcacaacttctttgccgttatgctacaattggtcgagtcggatgcaactcagcatacacacaaagagttgcactttaaaataattaagtgcatcacataatgcattaaatttaggtccacatctcttgtttggtggagtggagtcacagaaatctttacgacaattgcatctccgttaggccACCCC--CCCCTTCGACC-----AAATACTTAA-------CA-A--GTGTG-TAGCCCTTACC--AATATAAT-ATTCAATTGAACACAGGATAATGGATTA--AC--ACACATCA--ATTGACATTCTATATCCA-----AGGCC----ATCTAG-T-GAGTAA--C-TTTAATAT-ACaccagcagtgggaggattgaactttgataatatcctcaatgcaaggggttagcaacttaactctattaccatgagtacggcattaatgaccggaaccccccccttcgaccaaatacttaacaagtgtgtagcccttaccaatataatattcaattgaacacaggataatggattaacacacatcaattgacattctatatccaaggccatctagtgagtaactttaatatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GAATTAACATGGAAGAGTAAAAAGACGAATATGCCTTCAGCATTTCTAAACAATTGCAGCGGTCCAAAAACTACTTCCATCGACTGTAGTATTTTGAACGATCATTTGAGAATTTTATTTTGTATTCTCAATCTACCGTATAAACTATAATTGTA
Unaligned ( gi|14 ): AATCTGTATAGACAGACGGACAAGCAGACAGTGATTCCTATATATACCCCCCTCCCCACAAAAAAAAATTGTGGGAAATACAACTACAGAATTGATGCTTAAACTGATTCACTTTTTTAAAACGATCAAAACATATGACTATCTAATAAGA






Alignments
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Reference ( family-2847 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           NNNAATT-TTAT--AGAAATGTGAA-GGAATATGTC--TA-CATTTCATGC--A-TTCT-TTT-ATTT---GC-CT-ATCC-T-A--------------GG--A--------TT---------GN----------CAATTTTAT-AA--TGAA-GTTT-GT--G-C-AT-GCT-CT---T-TTTC-AATTTT-GGATTTATTCCG-AA--G---TATTAAAAAGTGGG-A-TATTA--TAAGTGTT-AT-GCCATTT---GA--AAA-TTNGT--CA----AATTA-TACT--AAATTACT-TTGTCAGGATCA----C-GCA-CCA-GCTTGC-AA-CTTCT---TTGC---TATG-CT-ACA-ATTG-T-CGA--GTCAG-------TCGGATG-A-ATT--CA--G-CAT----------------AC-A-------------CA-----CAA-GAG-CTG---------CACT-T------A-----AT--TAAGT----GCATC--ACA-CAA--TG-ACATTAAA-TTA---------GGT-CAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATCGC--AAATTC---TTC-AAAT-GA-CTTTGG-CAT-GGATCCTAGGCA-----TTTCAG--TT--GGCTG--GACAC-TCCCAACAG-TTTT-------------CAT--GATC------CCTTCA------------A---ACAAATTATTTT-AT---------AAACAT--GT-GAA-A--AG--TAACCAC-----------AG-AC-A-ATATTAC-AAT-GTTTACAGGCA-AGCATA-TA-CCCA-CACG-CAC--ACCC-CCCCC-----CC-----AAA------A------TN-A--AT-TG-TAGCTC----C--AAAAAAAT-A----AT--AACACAGGATAA---GTT---AT--ACA-ATCA--ACT--CATTCT-CAT-CA-----AGGCC----AT---G-T-GAG--A--CTTTTTATAT-ACTT---A--TACAATA----ANAC-NATA---ATA-C-ATGTAAGAG----TTCTTG--AAA--CA-T-GCAGCAGTT-TATACTA-GCAAGA-AGTGGCAGTCTAG--GCA-------G---CG---CA--CC-CCCCCCC----------------------CCCC-CCT-------------CTAGCA----------CCC-TTCC-T----------A---ATAA-----------------T--------A------AGATC-AC-C-GGATCA-G-----TTGT--ACCTCCGCCTTT-TT-TC--------TG-------------------A---AT-ACAGAA----GA-------------A-AAAAAC--G-TT---ATC------TTAAAA-CTTAACCC-CCCCC----------------C----A----TTT-A---GGAAATTC------GTT--GTCG-A-T--ATTCTTTT----AATTCCTTTCTTATTTCTATAGTTT--GTC--TG-C--A---AAAA--TTT-T-GT-A--CA--T-CT-GC----TAACCCTCTGA-AATA----ACGATACT--ATGAGTTC-------------------GGAGATATAT-T-ATC---ACT--TTACATTCGT-T--ATT--TATCGAA-TC--TT-----------------ATGA-TC--GTAC-TTAC-CTA--CTT-T-A-CT---TTGT--ATT-CA-NCG------C-T-TCCT--TAAGGGT--------TA----TACTTAGCATCGATAGGGAAT-CCAAATCA-ACTATGAGGCA--G-GGTTTT--CCC-GGTCTTGTGTGTACA-TCCG-ATTGC-AAAACAATGC-A--C-AA-AATT--AT-G-TATTG--GGACCGATTCA-A----C-GT-T-NTGAT--A-GT-------------A-TANG--TTCC--A--T---ACG-TT---GA-TG-TACCCGGAAGT--AGTA---A-AAGCGAAA-GTG-AAACT-AAACG--A-GACTTACAG
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -T-GCAGCAGTT--ATACTA-GCAAAA-TATGGCAGTCTAG------------G---TG---CA--CC-CCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcagcagttatactagcaaaatatggcagtctaggtgcacccccc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ggcatggatcctagacatttcagttggtttgactctccaacagttttcatgatcccttcaaacaaaattttataaacatatgaaaagtaaccacagacagtaatgtctataggagtatgcacacccacccccccccaaaaaaaaatcttcattgtagctcaaaaaaaaaatagcacaggataagctatacaatcaactcattctcatcaatgccatatgcgactttttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCC----------------C----A----CTT-T---GAAAATTT------AT---ATTG-AAT--ATTCTTTT----AATGA-TTTC--ATTTATTTAGTTT--TTC--TG-C--C---AACA--TTT-T-------------CT-GC----TCGCTATCTGA-AGTA----GCAATACT--ACGAGATC-------------------G---ATATGC-A-ATG---AAT--T-ACAT--GT----ATG--T-TC-AA-TT--TG-----------------A-AA-T----TAT-TCAC-CTA--TTA-T-A-AT---T-GT--ATC-TA-ACG------C-A-TCCT--T-----T--------T-------CCTAGCATCGATAGGAAAT-CCAAA-AA-ACTATGAGGCA--G-GGTTTT--CCC-AGTCTTGTGTGTGCA-TCCA-ATTGC-AAAACAATGC-A--C-AA-ATCTAAAT-A-CATTG--GGGCTGATTAA-T----T-AT-C-ATGAC--A-GT-------------A-TACG--TTCC--G--T---ACG-TT---GT-TT-TACTCTGAA
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    agggcatttttcttccatgtatactcgtagatataaC-AA-CTTCT---TTGCCGTTATG-CT-ACA-ATTGGT-CGA--GTC-----------GGATGCA-ACT--CA--G-CAT----------------AC-A-------------CA-----CAAAGAG-TTG---------CACT-TTAAAATA-----AT--TAAGT----GCATC--ACA-TAA--TG--CATTAAATTTA---------GGTCCACATC--------TCTTG--------------T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             acgcgtctgatgcaAAT-G----TTGGTCAC-GGAT--TAGGCA-----TTTCAC--TCGAGACTG--GACACGTTCCA--AG--TTT-------------CAT--GAT--------CTTCAAAT---------A---ACAATTTA-TTA-AT---------AAAttggtggagtggagtcacagaaatctttacgacaattgcatctccgttaggccaatgttggtcacggattaggcatttcactcgagactggacacgttccaagtttcatgatcttcaaataacaatttattaataaaaccagcagtgggaggattgaactttgataatatcctcaatgcaaggggttagcaacttaactctattaccatgagtacggcattaatgaccggaaccccccccttcgaccaaatacttaacaagtgtgtagcccttaccaatataatattcaattgaacacaggataatggattaacacacatcaattgacattctatatccaaggccatctagtgagtaactttaatatac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             acgcgtctgatgcacaacttctttgccgttatgctacaattggtcgagtcggatgcaactcagcatacacacaaagagttgcactttaaaataattaagtgcatcacataatgcattaaatttaggtccacatctcttgtttggtggagtggagtcacagaaatctttacgacaattgcatctccgttaggcc--ACCC-CCCCCTTCGACC-----AAATACTTAA------CA-A--GTGTG-TAGCCCTTACC--AATATAAT-ATTCAATTGAACACAGGATAATGGATTA--AC--ACACATCA--ATTGACATTCTATATCCA-----AGGCC----ATCTAG-T-GAGTAA--C-TTTAATAT-ACaccagcagtgggaggattgaactttgataatatcctcaatgcaaggggttagcaacttaactctattaccatgagtacggcattaatgaccggaaccccccccttcgaccaaatacttaacaagtgtgtagcccttaccaatataatattcaattgaacacaggataatggattaacacacatcaattgacattctatatccaaggccatctagtgagtaactttaatatac


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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|14 ): AATCTGTATAGACAGACGGACAAGCAGACAGTGATTCCTATATATACCCCCCTCCCCACAAAAAAAAATTGTGGGAAATACAACTACAGAATTGATGCTTAAACTGATTCACTTTTTTAAAACGATCAAAACATATGACTATCTAATAAGA






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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tcagctGG-CAT-GGATCCTAGACA-----TTTCAG--TT--GGTTT--GACTC-TCC-AACAG-TTTT-------------CAT--GATC------CCTTCA------------A---ACAA-A--ATTTTAT---------AAACAT--AT-GAA-A--AG--TAACCAC-----------AG-A-CA-GTA------AT-GTCTAT-AGG--AGTATG-----CACACC----CACC--CCC---C-CC-----C----A---AAA------AAAAATCT--T-CAT-TG-TAGCTC----A--AA---AA-A---AAAAT-AG-----CA-CAGGATAA---GCT---AT--ACA-ATCA--ACT--CATTCT-CAT-CA-----ATGCC----AT---A-T-GCG--A--CTTTTTATAagggtatttttcttcaatatatagatataattaaagtta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -T-GCAGCAGTT--ATACTA-GCAAAA-TATGGCAGTCTAG------------G---TG---CA--CC-CCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcagcagttatactagcaaaatatggcagtctaggtgcacccccc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggcatggatcctagacatttcagttggtttgactctccaacagttttcatgatcccttcaaacaaaattttataaacatatgaaaagtaaccacagacagtaatgtctataggagtatgcacacccacccccccccaaaaaaaaatcttcattgtagctcaaaaaaaaaatagcacaggataagctatacaatcaactcattctcatcaatgccatatgcgactttttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCC----------------C----A----CTT-T---GAAAATTT------AT---ATTG-AAT--ATTCTTTT----AATGA-TTTC--ATTTATTTAGTTT--TTC--TG-C--C---AACA--TTT-T-------------CT-GC----TCGCTATCTGA-AGTA----GCAATACT--ACGAGATC-------------------G---ATATGC-A-ATG---AAT--T-ACAT--GT----ATG--T-TC--------AATTT-------GA----AA-T----TAT-TCAC-CTA--TTA-T-A-AT---T-GT--ATC-TA-ACG------C-A-TCCT--T-----TT-------------CCTAGCATCGATAGGAAAT-CCAAA-AA-ACTATGAGGCA--G-GGTTTT--CCC-AGTCTTGTGTGTGCA-TCCA-ATTGC-AAAACAATGC-A--C-AA-ATCTAAAT-A-CATTG--GGGCTGATTAA-T----T-AT-C-ATGAC--A-GT-------------A-TACG--TTCC--G--T---ACG-TT---GT-TT-TACTCTGAA
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -TACCCGGAAGT--AGTG---A-AATCGAAA-GTG-AAACT-AAACG--A-GACTTATAG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TGTGAA-GG--TATGTC--TA-CATTTCATGC--AATTCT-TTTTATCTTTAGC-CT-ATCCTA-CTGAGG--GCTCATCTGGCTATTG-CCAATTTTAT-AAACTGAATG-TTTTGTGGC-AT-GGTG--CTAATT-TTTCAATTTT-GGATTTAGTTCG-AA--AAGATATTAAAGAGTGG--A-TAGTAGTTAAGTGTT-ATTGCCATTTTGGAA--AAA-TTGTT--CACAACAGTTA-TACTGAAAAATACTATCGTCAGGAT------CA-GCA-CCA-GCTTGC-AAACTTCTATTTCGC---TATGACT-ACA-ATTG-T-CGA-----AG-------TCGGATG-ACATT--C-AAAG-TAT-A-A---------------A--CA-----CAAAGAGTCTG---------CACT-T------A-----AT--TAAGT----GCATCCAACA-CAAAATG-ACATTAAACTTA---------GGT-CAC-TT--------TGTTG--------------TATCGCATCGT--AAATTC---TTC-AAATTGATCTTTGGGCATCGGATCCTAGGCAAAA--TTTCAG--TG--GGCTGCGGACAC-TCCAAG-----TTT-------------CATCCGATC------CCTTCA------------ATAGAAAA-ATTTTTTCAT---------AAACAT--GTAGAA-G--AA--TACCCAC-----------AGTA-CA-ATATTG---------TAC-AGGCGAGCATAGTACCCACACC----CACC--CCCACCC-CC-----C----C---AAA------A------T--TCAAT-TGCTAGCCC----C--AA---AA-A-----T-T-AA-----TAACAGAATAA---GTTT--AT--ACA-ATCAGAACT--CATTTT-AGT-CATTTCTAGGCCGCCAAT---G-T-GAG--AAACTTTTTATAT-A----CGA--T-CGATA----GTAC---AA-TAAAAACGATGTAAGAGGGTCTTCTTG--AAAAACAGT-GTAGCAGTTATATACTAAGCAAGA-AGTGGCAGTCTAG--GC--------G---CA----A--CCGCCCCCCC----------------------CCCC-CCTTAACTTCCACCACCCAGCA----------CCCGTTCC-T----------AAATATAAAGATATAAATAAAAAGTT--------A------AAATT-AC-C-GGATTACG-----TTGT--ACCTCTGCCTTT-TT-CC--------TGACAGAACCCTGAAGGAGTCA---ATGGCAGAC----A--------------A----------A-AATAA--TG-TT---ATC------TT-AAACTTTTACCC-CCCCC----------------C----C----TTT-AG--GGAAATTG------ATTTGATCACA-T--ATTCTTTTAAA-AATTCCTTTCTTATATTTATAGTTTTGGTC---G-C--ACACAAAATTTTT-T-GTAA--CA--TACTAGCA---AAACCTTCT------------CGAAACT--ATGAGTTCGGAAGAAACTATTGAGTTCGGAGATATAT-T-ATC---AC---TTACATTCGTGT--ATT--TA----------AAATC-------GATTATGA-TCCGGTAC-TTACGCTA--CTT-TCA-CCTAATTGC--ATT-CACCCG------CGT-TCCT--TAA--------------------------------GGAAT-CCAAATCA-ACTATGA-GCAGGG-GGTTATACCCC-GGCTGTGTGTGTACA-TCCGCATTGA-AGAACAATGC-AACC-AAGAATT--AT-GCTATTGTTAAACCG-TTCA-A----CGGT-TATTGATTAG-GT-------------ATTAAG---TCCAAA--T---ACG-TTGA-GA-TGTTACCCGGAAGA--GGTA---A-AAGCGAAAGGTG-A-----AAACG--AGGACTTACAGac
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AATGTGAACGGAATATGTC--TATCATTTCATGC--A-TTCT-TTT-ATTT---GC-CT-ATCCTAAT---AGGAACTGATCTG-CTTCTG-C-AATTTTAT-AA--TGAA-G-TT--GTG-CCAT-GCT---CT---TCTTTCAATTTTTGGATTTAATTCG-AAAAG---TATTAAAGAGTGGG-AATATAT--TAACTGTTTAT-GC-ATT----GATAAAA-TTTGTGTCA----AATAA-CACT--AAAAT-CT-TTGTCAGGAT------TA-G-A-CCAAG--TGC-AAACTTCT---TTGC---TATG-CT-ACA--TTG-T-CGA--GTC-----------GGATG-A-ATT--C-A--G-CAT-ACC---------------A--CA-----CAA-GAG-TTG---------CACT-T------ATAATTATAATAAGT-----CATC--ACATCAA--TG-ACATTAAA-TTA---------GGT-GAC-TT--------TGTTG--------------TATC-CATCGTAAAAATTC---TTCAAAATGGA-CTTTGG-CAT-GGATCCTA-GCA------TTCAG--TT--GGCTG--GACAC-TCC--AC-G-TTCCCCTGGGCGCGGCGCATG-GATTAATAGGTCTTCA------------A---TAAA-ATAATTTTATGAGAGTAGAGAGCATGGGT-GAG-AGGAG--ATACCAC------------G-C-CACATA-CACAAATAGTTTACGATG--AGCATA-T-----CACCA---CA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -T----------A---AAAA-----------------T--------T------AGATC-AC-T-GGATCA-G-----TTGT--AACTCCGC-TTT-TT-TC--------TG-------------------A-------CAGAA----GGGGGTTACATGGCCA----------A-AAAAA---G-TT---AT-------TT-AAAACTTAACCCACCCCC----------------C----A----TTTTA---GAAAATTC------GCA--GTCT-T-TCAATTCTTTT----AATT--TTT----TTTCTATAGTTT--GTC--TG-C--A---AAAG--TAT-T-TT-A--CA--T-CT-GC----TAACCCTCTGA-AATA----ACGATACT--ACGATTTT-------------------GGAGATATAT-TTGTC---ACT--TTACATTTGT----ATT--CATCCGATTTTGACATCATTCATTGAGTATGA-TT--GTAC-TTAC-CTATACTTAT-AACT---TTGC--ATT-CA-TCG------C-T-TCCT--TTAGGGTTA------------CATAGCATCGATAGGGACT-CCAAATCA-ACTATGAGGTA--G-G-TTTT--CCA-AGTCTTGTGTGTACA-TCAA-TTTGC-AAAACAACGC-A--C-AA-AATT--AC-G-TATAG--GGACCGATTCA-A----C-AT-T-TTGAT--A-GT-------------A-TATG--TTTC--A--T---ACG-TT---GA-TG-TACCCGGAAGT--AGTATTTATAAGCGAAA-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            agggcatttttcttccatgtatactcgtagatataaC-AA-CTTCT---TTGCCGTTATG-CT-ACA-ATTGGT-CGA--GTC-----------GGATGCA-ACT--C-A--G-CAT-ACA------------------CA-----CAAAGAG-TTG---------CACT-TTAAAATA-----AT--TAAGT----GCATC--ACA-TAA--TG--CATTAAATTTA---------GGTCCACATC--------TCTTG--------------T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           acgcgtctgatgcaAAT-G----TTGGTCAC-GGAT--TAGGCA-----TTTCAC--TCGAGACTG--GACACGTTCCA--AG--TTT-------------CAT--GAT--------CTTCAAAT---------A---ACAA-TTTA-TTAAT---------AAAttggtggagtggagtcacagaaatctttacgacaattgcatctccgttaggccaatgttggtcacggattaggcatttcactcgagactggacacgttccaagtttcatgatcttcaaataacaatttattaataaaaccagcagtgggaggattgaactttgataatatcctcaatgcaaggggttagcaacttaactctattaccatgagtacggcattaatgaccggaaccccccccttcgaccaaatacttaacaagtgtgtagcccttaccaatataatattcaattgaacacaggataatggattaacacacatcaattgacattctatatccaaggccatctagtgagtaactttaatatac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acgcgtctgatgcacaacttctttgccgttatgctacaattggtcgagtcggatgcaactcagcatacacacaaagagttgcactttaaaataattaagtgcatcacataatgcattaaatttaggtccacatctcttgtttggtggagtggagtcacagaaatctttacgacaattgcatctccgttaggccACC--CCC---C-CCTTCGAC----C---AAATACTTAA------C--A-AGTGTG-TAGCCCTTACC--AATATAATATTCAAT-TGAA-----CA-CAGGATAATGGATTA--AC--ACACATCA--ATTGACATTCTATATCCA-----AGGCC----ATCTAG-T-GAGTAA--C-TTTAATAT-A----accagcagtgggaggattgaactttgataatatcctcaatgcaaggggttagcaacttaactctattaccatgagtacggcattaatgaccggaaccccccccttcgaccaaatacttaacaagtgtgtagcccttaccaatataatattcaattgaacacaggataatggattaacacacatcaattgacattctatatccaaggccatctagtgagtaactttaatatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GAATTAACATGGAAGAGTAAAAAGACGAATATGCCTTCAGCATTTCTAAACAATTGCAGCGGTCCAAAAACTACTTCCATCGACTGTAGTATTTTGAACGATCATTTGAGAATTTTATTTTGTATTCTCAATCTACCGTATAAACTATAATTGTA
Unaligned ( gi|14 ): AATCTGTATAGACAGACGGACAAGCAGACAGTGATTCCTATATATACCCCCCTCCCCACAAAAAAAAATTGTGGGAAATACAACTACAGAATTGATGCTTAAACTGATTCACTTTTTTAAAACGATCAAAACATATGACTATCTAATAAGA