lowQualScore : 111 33333333 88888888888888888888888888 22222222222222222 11 55555555555555555555555555555555555555555 111111111111 33333 11111 22222222222 1 11 111 1
lowQualScore : 22 666 99999999 1 0 4 99999999999999999999999999 5 99 00000000000000000 33 44 44 00 3 7 3 5 0 11111111111111111111111111111111111111111 3 7 6 6 555555555555 0 1 99 1 00000 3 44444 2 33 0 44444444444 4 6 555 22 0 111 4 4 1
lowQualScore : .. ... ........ . . . .......................... . .. ................. .. .. .. .. . . . . . ......................................... . . . . ............ . . .. . ..... . ..... . .. . ........... . . ... .. . ... . . .
lowQualScore : 44 555 66666666 5 5 0 99999999999999999999999999 0 22 22222222222222222 99 22 22 22 1 0 3 8 5 99999999999999999999999999999999999999999 6 4 4 3 333333333333 7 1 99 3 00000 6 33333 9 99 3 88888888888 4 0 888 22 1 333 3 4 8
consensus : ACTTTAGAACCGG--NATTGATAGAGACATGGA-ATCTTCAGAAGTGATAAAAGGATGTTA---CTTAC-AACTATAGG-A-TCCCCACT--GACC-------------T---TG--ATCAT--AG--AAANTTGT-ANTA-CTTNAGA---ACC-----ACCAGNACTG-ATAGAGACATNGAAT--CTTTA-GATGTGATAAAAGGATG---T---G----ACCTACAAA-CTAGTA---ANTC-CAG----TGA-C-CTTGACCT-------TTGATTATAA-AA---CTTGTATAACTTTAGAA--CTGGGACTG-ATGGAGACATGGGATCTTC
Reference ( gi|2 ) : ACTTTAGAACTGG--CATTGATAGAGACAAAGA-GTATTTAGAAATGATAAAGGGATTTTGTGCCTTACTAACTATAAG-A-TCCCCACT--GACC-------------T---TG--ATCAT--AG--AAATTTGT-AATA-CTTAAGA---ACCT----ACCAGTACTA-ATAAAGACA-AGAAT--CCTTA-GATGCGACAAAAGAATG---T---G----ACCTACAAA-TTAGTA---AATC-CAA----TGA-C-TTTGACCT-------TTAATTATAATAA---CTTGTGTAACTTTAGAG--CTGAGATTG-ATAGAGACATGGGATCATC
gi|6 : ACTTTTGAACAGG--T-TTGATCGAGACATGGA----TTCAGAAATGATAAAGGAACTT-----CTGACTATCCAT-AG-A-TCCCCCAT--GACC-------------T---TG--ACC------------TTG--AAT---TTAAAA---G--T----ACCAGTACTG-ATATAGACGTCAAAT--CTTTA-GACGTGATAAAAG-ATG---T---G----GCCTACAAA-GTGGTAT--ATTC-CAAGTTGTGA-C-CATGA
gi|12 : ccttggaaaaatgtattACTTTACAACCAG--GACAGGCAAAGACATAAA--TCTCTAGATGGGATAAAAGAATGTTA---CTTACAAACTA---GTA-TTTCCAGT--GACC-------------T---TG--ACCtta
gi|4 : ccttgatcatagaaagttgtattATTTTAGAACTGG--AATTGATTGAGACATGGA-ATCTTCAGAAGTGATAAATGGATGTTA---------AACTA--AG-A-TCCC-ACT--GACCCTGACCTTTGAGCT---TG--ATCAT--AG--AAAGTTTT-ATTA-CTTTATA---ACC-----AC---TACTANNNNNNNNNN-NNNNN--NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN---N---N----NNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-NNN----NNN-N-NNNNNNNN-------NNNNTTATAATAA---CTCGtcttgaccttcattttaaaaacttgt
gi|22 : ttgaccttgaacataaaactcattaACTTTAGAAATAG--AATTGATAGAGATA
gi|14 : ctttggccttgaacataaaaatggtaaaACTCTAGAACCAG--TACCGATGAAGACATGGATGGAATTAGATGTGGTAAAAG----------------AACTA---GTA-TCTCCAGC--GACA-------------T---TG--ATTAT--AG--AAACTTTT-Atgggatcta
gi|8 : cgttgacgttgatcgtagaacgttatattACTTT-GAACTGGGACATT-ACAGA-ACAGAGA---------------TAAAAGGATGTTG---CCTACAAACTATA-----TCCCAACT--TCCC-----------------------CA-------------GT-AC---CTTACTA------T----AACAGTACTG-ATTAGAACA-TGAAA--C--TATGATGTGATAAAAGAA-G---T---G----AC-TACAAAACTAGTA-----TCACCT----TCG-T-CTTGACC--------TTGATTATGAta
gi|26 : ttgacctgaacatacatctgataCTTTA---CTGG--AATTGATAGAGACATGGG-GTCTTTAGAAATGAT
gi|15 : AACTGG--AATTGATAGAGACATGGC-ATCTTCAGAAAT-------------TATGACTTAC-AGCC-TAGA-A-TCCCCGAT--GACC-------------T---TG--ATCAT--AG--AAAGTTGTAAATA-CTTTAGA---ACC
gi|7 : ATAGAAACATGGG-ATTTTCAAAAACGATCAAGGGATTA-GTGACGTACTAA--ATAGG-AATCCCCACTTTGAAC-------------T---TG--ATCAT--AG--AACTTGAT-CATA--GAAAGATATACTTTCGAACCAGTACT--------------AAT--CTTTA-GATGTGATAGAAGAATG---C---G----ACCTGCTAA-GTAGTA---TTTC-AGA----TGA-C-CTTGTCCT-------agtag
gi|5 : tgtagaatcaggtctcAGG-A-TCCCCACTTTGACCAT-----------TACATA--ATCAT--AA--AAATATGT-AACA-CTTAAGA---ACC--------AGCACTA-AT---------------CTTTA-GATGTAATAGAAGAATG---A---G----ACCAACAAA-AT-GTG---A--C-C-T----TGACC-TTTGACC--------TTGATTAATATAT---CTTGTATA--T----AA--CTGAGACTG-
gi|3 : gaaccaggtctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtgCCCACT--AACC-------------T---TT--ATCAT--AG--AAGGCTGT-ATTA-CTTA
gi|11 : ccctgactttagaatataaaatcagttttacaaacgaaccaggtcaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttaaccttggacctagaagaattggaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCT--GACC-------------T---TACAATTAA--AGGAAAATATGT-A-TATCTTCAGA---ATC--------AGGTCTG-GTAAAGACGTGGGAC--CTTCA-GA--------AAGGATG---TTGGG----ATCTTCCTA-T--------AATC-CAG----TGA-C-TTTGACCT-------TGAACT-TAAAAA---CTTATATCACTTTAg
gi|14 : T--GACG-------------T---TG--ATCGT--AG--AACGTTAT-ATTA-CTCTAGA---ACC--------AGTACCG-ATGAAGACA-TGGATGGAATTA-GATGTGGTAAAAG-----------------------AA-CTAGTA---TCTC-CAG----CGA-C-ATTG--------------ATTATAGAAA---CTTTTATA
gi|17 : cgtT--GACC-------------T---TG--ATCATGAAA--AAATTCGT-GATA-TTTTACA-----------ACCATGACCG-ATAGAAACATGGAAC--TTTCA-GA
gi|20 : tACC-------------C---TG--ATCAT--AA--AA---TGT-AGAA-CTGCAGA-----------ACCAGGGCTG-ATGGAGACATAGGAT--CATCA-Gattgatgacaggattt
gi|12 : tgaccttttCC-------------T---TG--ATCAT--AG--AAAGTTGT-ATTA-CTTTACA---ACC--------AGGACAG-GCAAAGACA-TAAAT--CTCTA-GATGGGATAAAAGAATG---T---T----ACTTACAAA-CTAGTA---TTTC-CAG----TGA-C-CTTGACCTCTTGACCTTCATTTTAAAAA---CTTGT
gi|13 : ----ACCGGGACCG-ACAGAGTCACGGAAG--CTTCA-GATATGATCAAAGGATG---T---G----ACCTGCA----TAGTAG--AATC-TA------GA-A-T----CC----------AGTGAT--------CTTGTATAACCTTAGAA--CCGGGACTGAATAGA
gi|16 : AAAGGATGCTGT---G----ATCTACAAA-TTGGTATTGAGTC-AAG----TGA-C-CTTGACCT-------GTGA-TATAAAAA---CTGACAAAACTTTAGAtgatgtttggatatgcgatc
gi|18 : tcagAAAGGATG---T---AGTGAATTTACATA-CTAGTA---GTTC-CAG----TGA-C-CTTGACCT-------TTGATaacataattgat
gi|19 : gattAG----TGA-C-CTTGGCC----------AATGATAGTAAACACTGGTTTAACATTAGAA--TTGGGACTA-ATGGCGACATGGGGTCTTCcttgattatgaaaatatata
gi|20 : a----TGA-CCTTTTACCC-------T-GATCATAA-AA-----TGTAGAACTGCAGAA--CCAGGGCTG-ATGGAGACATAGGATCATCa
gi|22 : -C-TTTGGCCT-------TGAAC-ATAA-AA---ATGGTAAAACTTTAGAA--ATAGAATTG-ATAGAGATATGGGATCag
gi|4 : TTGACCT-------TGAAC-ATAA-AA---CTCAT-TAATTTTAGAA--CTGGAATTG-ATTGAGACATGGAATCTTCta
gi|23 : ---CTTG---AACTTAAAAGAATTGGAATTA-ATGGAGGCATGGGATCTTCagaagtgataaatggatgttaaactaagatcccactgaccctgacctttgagcttgatcatagaaagttttattactttataaccactactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataataactcg
gi|26 : tgacCTTTA-----CTGGAATTG-ATAGAGACATGGGGTCagatttgtgacctac
gi|15 : AA--CTGGAATTG-ATAGAGACATGGCATCTTCtttagaaatgat
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TCTGACTTTAGAACATAAAATCAGTATTACATATAAACCAGGTCAGTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATAAAACTCATAAATTTAGAACTGGAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACCTTAACCTTTAACCTTGATCATAGAAAGCTGTATTAAACC
Unaligned ( gi|9 ): TGGCCTTAGAACATAATTCGGTACTTACGAACCAGGTCAGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTTAACCACGAACATGAAACTCATGTATTTAGAACTGGAAT
Unaligned ( gi|10 ): CCTGACTTTAGAACATAAAACCAGGAATGTATACAAACCAGGTGAGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATATTTGATCTCATAT
Unaligned ( gi|21 ): CTGACCTTGAAACAGAAAACTGGTATTCAGATTCAGGTTTGACAGAGACAAGGGATCCTCAGAAAGGA
Unaligned ( gi|24 ): CTTCAATCTAGTATCTCCAGTGACCTTGACCTTGACCTCTTACCTTAA
Unaligned ( gi|25 ): CCCCGAGTTTAGAACATAAAATCAGTAATACGTCATAACCAGGTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111 111111111111 1111111111111 1111111111 111 11111111 111111111111 22222 2222222222222222
lowQualScore : 3 44 22 1 4 777 6 3 999999999999999999999999999 5 333333333333 6666666666666 44 555 44 44 3 333 6666 3 9999999999 3 2 2 33 333 1 1 555 1 00000000 1 0 333333333333 1 3 1 33333 6666 2 2 6666 7777777777777777 2 2 2 1 1 44 2 0
lowQualScore : . .. .. . . ... . . ........................... . ............ ............. .. ... .. .. . ... .... . .......... . . . .. ... . . ... . ........ . . ............ . . . ..... .... . . .... ................ . . . . . .. . .
lowQualScore : 1 66 33 3 4 555 3 9 999999999999999999999999999 0 555555555555 9999999999999 22 444 22 22 1 444 5555 1 3333333333 1 3 8 99 555 0 6 222 6 22222222 3 8 444444444444 2 3 0 22222 5555 9 2 5555 7777777777777777 7 7 9 7 6 22 2 6
consensus : ACTTTAGAACCGGAATTGATAGAGACATGGGATCTT-CAGAA--ATGATAAAGGGAT--GTTA---CTTAC-AA-CTAT--A-GGA-TCCCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT--AG-AAAGT-TG----T-A-------N--TA-CTTTAGAACC-ACCAGNACTGAT-AGAGACATGGA----ATCTTTAGATGTGATAAAAGGATG---T---G----ACCTAC-AAACTAGTA---ANTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---TC-----AT----A-A-A-ACTTGTATAACTTTA--GAACCGGGACTGATGGAGACATGGGATCTTC
Reference ( family-2834 ) : ACTTTAGAACCGGNATTGATAGAGACATGGAATCTT-CAGAA--GTGATAAAAGGAT--GTTA---CTTAC-AA-CTAT--A-GGA-TCCCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT--AG-AAANT-TG----T-A-------N--TA-CTTNAGAACC-ACCAGNACTGAT-AGAGACATNGA----ATCTTTAGATGTGATAAAAGGATG---T---G----ACCTAC-AAACTAGTA---ANTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---TT-----AT----A-A-A-ACTTGTATAACTTTA--GAACTGGGACTGATGGAGACATGGGATCTTC
gi|1 : TTTAGAACTGGAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNN--NNNN---NNNNN-NN-NNNN--N-NNN-NNNNCACCTTAACCTTT--AAC-------------C--T---TG--ATCAT--AG-AAAGC-TG----T-A-------T--TA-
gi|11 : tctgactttagaacataaaatcagtattacatataaaccaggtcagtttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataaaactcataaaC---------T--GAC-------------C--T---TACAATTAA--AGGAAAATATG----T-A----------TATCTTCAGAATC-A---GGTCTGGT-AAAGACGTGGG----ACCTTCAGA--------AAGGATG---TTGGG----ATCTTC----CTA-TA---A-TCCA----G-TGACTTTG-ACC--TTGAAC-TT-----A-----A-A-A-ACTTATATCACTTTA--aacc
gi|12 : C-------------C--T---TG--ATCAT--AG-AAAGT-TG----T-A-------T--TA-CTTTA---CA-ACCAGGACAGGC-AAAGACATA-A----ATCTCTAGATGGGATAAAAGAATG---T---T----ACTTAC-AAACTAGTA---TTTCCA----G-TGACCTTG-ACCTCTTGACCTTC-----ATTTTAA-A-A-ACTTGT
gi|13 : -ACCGGGACCGAC-AGAGTCACGGA----AGCTTCAGATATGATCAAAGGATG---T---G----ACCTGC-A---TAGTAG--AATCTA----G--AATCCAG-------TGA---T-------------------CTTGTATAACCTTA--GAACCGGGACTGA
gi|14 : ---------T--GAC-------------G--T---TG--ATCGT--AG-AACGT-TA----T-A-------T--TA-CTCTAGAACC-A---GTACCGAT-GAAGACATGGATGGAAT---TAGATGTGGTAAAAG------------------------AACTAGTA---TCTCCA----G-CGAC-----A----TTGA---TT-----AT----AGA-A-ACTTTTATAatagatgatgtttggatatgcgatc
gi|15 : cgtAACTGGAATTGATAGAGACATGGCATCTT-CAGAA--AT----------T--ATGA---CTTAC-AG-CC-T--A-GAA-TCCCCGA---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT--AG-AAAGT-TG----TAA-------A--TA-CTTTAGAACC-A
gi|16 : AAAGGATGCTGT---G----ATCTAC-AAATTGGTATTGAGTCAA----G-TGACCTTG-ACCT-GTGA----T-----ATA---A-A-A-ACTGACAAAACTTTA--GAAgtag
gi|17 : tcag---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCATGAAA-AAATT-CG----T-G-------A--TA-TTTTACAACC-AT---GACCGAT-AGAAACATGGA----ACTTTCAGAATTGATGACAGGATacataattgat
gi|18 : tGATTAAAGGATG---T---AGTGAATTTAC-ATACTAGTA---GTTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---Ttt
gi|19 : A----G-TGACCTTG-GCCA-ATGA---TA-----GT----A-A-ACACTGGTTTAACATTA--GAATTGGGACTAATGGCGACATGGGGTCTTCcttgattatgaaaatatata
gi|2 : aACTTTAGAACTGGCATTGATAGAGACAAAGAGTATT-TAGAA--ATGATAAAGGGAT--TTTGTGCCTTACTAA-CTAT--A-AGA-TCCCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT--AG-AAATT-TG----T-A-------A--TA-CTTAAGAACCTACCAGTACTAAT-AAAGACA-AGA----ATCCTTAGATGCGACAAAAGAATG---T---G----ACCTAC-AAATTAGTA---AATCCA----A-TGACTTTG-ACCT-TTAA---TT-----AT----A-ATA-ACTTGTGTAACTTTA--GAGCTGAGATTGATAGAGACATGGGATCATCa
gi|20 : -TGACCTTTTACCC-T-GA---TC-----AT----A-A-A-A--TGTAGAACTGCA--GAACCAGGGCTGATGGAGACATAGGATCATC
gi|21 : TG-ACCT-TGAA---AC-----AG----A-A-A-ACTGGTA----TTCA--GATTCAGGTTTGACAGAGACAAGGGATCCTCag
gi|21 : cTTCAGATTCAGGTTTGACAGAGACAAGGGATCCT-CAGAA--agaaagga
gi|22 : ctgaccttgaaacagaaaactggtaCTTTG-GCCT-T-GA---AC-----AT----A-A-A-AATGGTAAAACTTTA--GAAATAGAATTGATAGAGATATGGGATCTagga
gi|23 : CTTG---AACTTAAAAGAATTGGAATTAATGGAGGCATGGGATCTTCa
gi|24 : tgacCTTC-AATCTAGTA---TCTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-Tagatttgtgacctac
gi|26 : CTTTA---CTGGAATTGATAGAGACATGGGGTCTT-TAGAA--ATGATgacctcttaccttaa
gi|3 : CCCAC---------T--AAC-------------C--T---TT--ATCAT--AG-AAGGC-TG----T-A-------T--TA-CTT
gi|4 : ccctgactttagaatataaaatcagttttacaaacgaaccaggtcaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttaaccttggacctagaagaattggaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTG-ACCT-T-GA---AC-----AT----A-A-A-ACTCAT-TAATTTTA--GAACTGGAATTGATTGAGACATGGAATCTTCag
gi|4 : ATTTTAGAACTGGAATTGATTGAGACATGGAATCTT-CAGAA--GTGATAAATGGAT--GTTA---------AA-C--T--A-AGA-T-CCCAC---------T--GACCCTGACCTTTGAGC--T---TG--ATCAT--AG-AAAGT-TT----T-A-------T--TA-CTTTATAACC-ACTAagaagtgataaatggatgttaaactaagatcccactgaccctgacctttgagcttgatcatagaaagttttattactttataaccactactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataataactcg
gi|5 : ttgaccttgaacataaaactcatta--A-GGA-TCCCCAC---------TTTGAC-------------CATTACATA--ATCAT--AA-AAATA-TG----T-A-------A--CA-CTTAAGAACC-A---GCACT--------------A----ATCTTTAGATGTAATAGAAGAATG---A---G----ACCAAC-AAAAT-----------------G-TGACCTTG-ACCT-TTGACC-TTGATTAAT----A-T-A-TCTTGTATA--T------AACTGAGACTGctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataataactcg
gi|6 : gaaccaggtctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtgCCT-TGGA----------------A-A-A-A--TGTATTACTTTT--GAAC-AGGTTTGATCGAGACATGG
gi|6 : ACTTTTGAACAGGT-TTGATCGAGACATGGA---TT-CAGAA--ATGAT-AAAGGA------A---CTTCT-GA-CTATCCATAGA-TCCCCCA---------T--GAC-------------C--T---TG--ACC-----------T-TG------------------A-ATTTAAAAGT-ACCAGTACTGAT-ATAGACGTCAA----ATCTTTAGACGTGATAAAA-GATG---T---G----GCCTAC-AAAGTGGTAT--ATTCCAAGTTG-TGACCATG-Aattcagaaatgataaaggaacttctgactatccatagatcccccatgaccttgaccttgaatttaaaagtaccagtactgatatagacgtcaaatctttagacgtgataaaagatgtggcctacaaagtggtatattccaagttgtgaccatgatta
gi|7 : ccttggaaaaatgtattTAGAATCAGGTCTCATAGAAACATGGGATTTT-CAAAA--ACGATCAAGGGATTAGTGA---CGTACTAA---AT--A-GGAATCCCCAC---------TTTGAA-------------C--T---TG--ATCAT--AG--AACT-TGATCAT-AGAAAGATA--TA-CTTTCGA----ACCAGTACT--------------A----ATCTTTAGATGTGATAGAAGAATG---C---G----ACCTGC-TAAGTAGT----ATTTCA----GATGACCTTG-TCCT-tta
gi|8 : tgTTG-ACCT---GA---AC-----AT----A-C-A-TCT-G-ATAACTTT---GAACTGGGAC
gi|8 : TGGGACATTACAGAACAGAGATAAAAGGAT--GTTG---CCTAC-AAACTAT--A-----TCCCAAC---------T--TCC-------------C------------CA-------------G----T-A-------CCTTA-CT--ATAAC-----AGTACTGATTAGA-ACATGAA----A-CTAT-GATGTGATAAAAGAA-G---T---G----A-CTACAAAACTAGTATC-ACCTTC----G-T---CTTG-ACC--TTGA---TT-----AT----G-A-attacagaacagagataaaaggatgttgcctacaaactatatcccaacttccccagtaccttactataacagtactgattagaacatgaaactatgatgtgataaaagaagtgactacaaaactagtatcaccttcgtcttgaccttgattatga
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGCCTTAGAACATAATTCGGTACTTACGAACCAGGTCAGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTTAACCACGAACATGAAACTCATGTATTTAGAACTGGAAT
Unaligned ( gi|10 ): CCTGACTTTAGAACATAAAACCAGGAATGTATACAAACCAGGTGAGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATATTTGATCTCATAT
Unaligned ( gi|25 ): CCCCGAGTTTAGAACATAAAATCAGTAATACGTCATAACCAGGTCA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 111111111 1111111111111 11111111 11111 111111111111 22222 11111111111
lowQualScore : 5 0 0 1 4 777 0 1 888888888888888888888 888 66 777777777 44 6666666666666 44 555 44 3 3 5555555 3 3 55555555 3 5 3 55555 1 1 555 1 666 8888 1 0 333333333333 1 3 1 33333 6666 2 2 44 4 77777777777 2 2 3 0 2 2 555 44 3 0 2 0
lowQualScore : . . . . . ... . . ..................... ... .. ......... .. ............. .. ... .. . . ....... . . ........ . . . ..... . . ... . ... .... . . ............ . . . ..... .... . . .. . ........... . . . . . . ... .. . . . .
lowQualScore : 2 4 9 3 0 888 3 0 555555555555555555555 666 11 999999999 66 9999999999999 22 444 22 1 1 8888888 1 1 11111111 1 1 3 55555 0 6 222 6 111 5555 3 8 444444444444 2 3 0 22222 5555 9 4 44 0 22222222222 9 9 1 7 9 5 888 66 3 2 2 6
consensus : ACTTTAGAACTGGAATTGATAGAGACATGGGATCTT-CAGAA---ATGATAAAGGGAT--GTTA---CTTAC-AA-CCATAGG-ATC--CCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------NTA-CTTTAGAACC-AC--CAGNACTGAT-AGAGACATGGA----ATCTTTAGATGTGATAAAAGGATG---T---G----ACCTAC-AAACTAGTA---ANTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---TCAT----A-A-A-ACTT-GTATAACTT---TA--GAACCGGGATTGATGGAGACATGGGATCTTC
Reference ( family-2834 ) : ACTTTAGAACCGGAATTGATAGAGACATGGGATCTT-CAGAA---ATGATAAAGGGAT--GTTA---CTTAC-AA-CTATAGG-ATC--CCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------NTA-CTTTAGAACC-AC--CAGNACTGAT-AGAGACATGGA----ATCTTTAGATGTGATAAAAGGATG---T---G----ACCTAC-AAACTAGTA---ANTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---TCAT----A-A-A-ACTT-GTATAACTT---TA--GAACCGGGACTGATGGAGACATGGGATCTTC
gi|1 : TTTAGAACTGGAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNN---NNNNN-NN-NNNNNNN-NNN--NNCACCTTAACCTTT--AAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGC-T-GT-A-------TTA-
gi|11 : tctgactttagaacataaaatcagtattacatataaaccaggtcagtttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataaaactcataaaC---------T--GAC-------------C--T---TACAATTAA-AGGAA---AATAT-GT-A--------TATCTTCAGAATC-A-----GGTCTGGT-AAAGACGTGGG----ACCTTCAGA--------AAGGATG---TTGGG----ATCTTC----CTA-TA---A-TCCA----G-TGACTTTG-ACC--TTGA---ACTTA---A-A-A-ACTT-ATATCACTT---TA--aacc
gi|12 : C-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------TTA-CTTTA---CA-AC--CAGGACAGGC-AAAGACATA-A----ATCTCTAGATGGGATAAAAGAATG---T---T----ACTTAC-AAACTAGTA---TTTCCA----G-TGACCTTG-ACCTCTTGACCTTCATTTTAA-A-A-ACTT-GT
gi|13 : -AC--CGGGACCGAC-AGAGTCACGGA----AGCTTCAGATATGATCAAAGGATG---T---G----ACCTGC-A---TAGTAG--AATCTA----G--AATCCAG-------TGA---T--------------CTT-GTATAACCT---TA--GAACCGGGACTGA
gi|14 : ---------T--GAC-------------G--T---TG--ATCGT-AG-AA---CGT-T-AT-A-------TTA-CTCTAGAACC-A-----GTACCGAT-GAAGACATGGATGGAAT---TAGATGTGGTAAAAG------------------------AACTAGTA---TCTCCA----G-CGAC-----A----TTGA---TTAT----AGA-A-ACTT-TTATAatagatgatgtttggatatgcgatc
gi|15 : cgtAACTGGAATTGATAGAGACATGGCATCTT-CAGAA---AT----------T--ATGA---CTTAC-AG-CC-TAGA-ATC--CCCGA---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GTAA-------ATA-CTTTAGAACC-A
gi|16 : AAAGGATGCTGT---G----ATCTAC-AAATTGGTATTGAGTCAA----G-TGACCTTG-ACCT-GTGA---T-ATA---A-A-A-ACTG-ACAAAACTT---TA--GAAACATAATTGATgtag
gi|17 : tcag---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCATGAA-AA---AAT-TCGT-G-------ATA-TTTTACAACC-AT-----GACCGAT-AGAAACATGGA----ACTTTCAGAATTGATGACAGGAT
gi|18 : tGATTAAAGGATG---T---AGTGAATTTAC-ATACTAGTA---GTTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---TCtt
gi|19 : A----G-TGACCTTG-GCCA-ATGA---TAGT----A-A-ACACTG-GTTTAACAT---TA--GAATTGGGACTAATGGCGACATGGGGTCTTCttgattatgaaaatatata
gi|2 : aACTTTAGAACTGGCATTGATAGAGACAAAGAGTATT-TAGAA---ATGATAAAGGGAT--TTTGTGCCTTACTAA-CTATAAG-ATC--CCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---ATT-T-GT-A-------ATA-CTTAAGAACCTAC--CAGTACTAAT-AAAGACA-AGA----ATCCTTAGATGCGACAAAAGAATG---T---G----ACCTAC-AAATTAGTA---AATCCA----A-TGACTTTG-ACCT-TTAA---TTAT----A-ATA-ACTT-GTGTAACTT---TA--GAGCTGAGATTGATAGAGACATGGGATCATCa
gi|20 : -TGACCTTTTACCC-T-GA---TCAT----A-A-A-A--T-GTAGAACTG---CA--GAACCAGGGCTGATGGAGACATAGGATCATC
gi|21 : TG-ACCT-TGAA---ACAG----A-A-A-ACTG-GTA----TT---CA--GATTCAGGTTTGACAGAGACAAGGGATCCTCag
gi|22 : cCTTTG-GCCT-T-GA---ACAT----A-A-A-AATG-GTAAAACTT---TA--GAAATAGAATTGATAGAGATATGGGATCTagaaagga
gi|23 : CTT-G---AACTT---AAAAGAATTGGAATTAATGGAGGCATGGGATCTTCa
gi|23 : tgacAGAATTGGAATTAATGGAGGCATGGGATCTT-CAGAagatttgtgacctac
gi|24 : tgaccttgaacttaaaCTTC-AATCTAGTA---TCTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-Ttttgtgacctac
gi|26 : CTTTA---CTGGAATTGATAGAGACATGGGGTCTT-TAGAA---ATGATgacctcttaccttaa
gi|3 : AGAATTGGAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNN---NNNNN-NN-NNNNNNN-NNNNNCCCAC---------T--AAC-------------C--T---TT--ATCAT-AG-AA---GGC-T-GT-A-------TTA-CTT
gi|4 : ccctgactttagaatataaaatcagttttacaaacgaaccaggtcaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttaaccttggacctagaTTG-ACCT-T-GA---ACAT----A-A-A-ACTC-AT-TAATTT---TA--GAACTGGAATTGATTGAGACATGGAATCTTCag
gi|4 : ATTTTAGAACTGGAATTGATTGAGACATGGAATCTT-CAGAA---GTGATAAATGGAT--GTTA---------AA-C--TAAG-AT---CCCAC---------T--GACCCTGACCTTTGAGC--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-TT-A-------TTA-CTTTATAACC-AC--TAagaagtgataaatggatgttaaactaagatcccactgaccctgacctttgagcttgatcatagaaagttttattactttataaccactactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataataactcg
gi|5 : ttgaccttgaacataaaactcattaAGG-ATC--CCCAC---------TTTGAC-------------CATTACATA--ATCAT-AA-AA---ATA-T-GT-A-------ACA-CTTAAGAACC-A-----GCACT--------------A----ATCTTTAGATGTAATAGAAGAATG---A---G----ACCAAC-AAAAT-----------------G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---CCTT----G-A-----TTAATATATCTTGTATA--TAACTGAGACTGctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataataactcg
gi|6 : gaaccaggtctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtgCCT-TGGA-----------A-A-A-A--T-GTATTACTT---TT--GAAC-AGGTTTGATCGAGACATGG
gi|6 : ACTTTTGAACAGGT-TTGATCGAGACATGGA---TT-CAGAA---ATGATAAAGGAAC---TT----CTGAC-TATCCATAG--ATC--CCCCA---------T--GAC-------------C--T---TG--ACC-------------T-T-G------------A-ATTTAAAAGT-AC--CAGTACTGAT-ATAGACGTCAA----ATCTTTAGACGTGATAAAA-GATG---T---G----GCCTAC-AAAGTGGTAT--ATTCCAAGTTG-TGACCATG-Aattcagaaatgataaaggaacttctgactatccatagatcccccatgaccttgaccttgaatttaaaagtaccagtactgatatagacgtcaaatctttagacgtgataaaagatgtggcctacaaagtggtatattccaagttgtgaccatgatta
gi|7 : ccttggaaaaatgtattTAGAATCAGGTCTCATAGAAACATGGGATTTT-CAAAA---ACGATCAAGGGATTAGTGA---CGTACTAA---ATAGGAATC--CCCACTT-------T--GAA-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AACTTGAT-C-AT-AGAAAGATATA-CTTTCGA----AC--CAGTACT--------------A----ATCTTTAGATGTGATAGAAGAATG---C---G----ACCTGC-TAAGTAGT----ATTTCA----GATGACCTTG-TCCT-tta
gi|8 : tgTGGGACATTACAGAACAGA-GATAAAAGGAT--GTTG---CCTAC-AAACTATA----TC--CCAAC---------T--TCC-------------C--C------------------------------A-------GTA-CCTTA---CT-ATAACAGTACTGATTAGA-ACATGAA----A-CTAT-GATGTGATAAAAGAA-G---T---G----A-CTACAAAACTAGTATC-ACCTTC----G-T---CTTG-ACC--TTGA---TTAT----G-A-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGCCTTAGAACATAATTCGGTACTTACGAACCAGGTCAGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTTAACCACGAACATGAAACTCATGTATTTAGAACTGGAAT
Unaligned ( gi|10 ): CCTGACTTTAGAACATAAAACCAGGAATGTATACAAACCAGGTGAGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATATTTGATCTCATAT
Unaligned ( gi|25 ): CCCCGAGTTTAGAACATAAAATCAGTAATACGTCATAACCAGGTCA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 111111111 1111111111111 11111111 11111 111111111111 22222 222222222222222222
lowQualScore : 0 3 777 1 1 888888888888888888888 888 66 777777777 44 6666666666666 44 555 44 3 3 5555555 3 3 55555555 3 5 3 55555 1 1 555 1 666 8888 1 0 333333333333 1 3 1 33333 6666 2 2 44 4 444444444444444444 2 2 3 2 55 3 2 0
lowQualScore : . . ... . . ..................... ... .. ......... .. ............. .. ... .. . . ....... . . ........ . . . ..... . . ... . ... .... . . ............ . . . ..... .... . . .. . .................. . . . . .. . . .
lowQualScore : 3 6 000 8 0 222222222222222222222 666 11 999999999 66 9999999999999 22 444 22 1 1 8888888 1 1 11111111 1 1 3 55555 0 6 222 6 111 5555 3 8 444444444444 2 3 0 22222 5555 9 4 44 0 000000000000000000 9 9 1 5 00 0 2 6
consensus : ACTTTAGAACTGGAATTGATAGAGACATGGGATCTT-CAGAA---ATGATAAAGGGAT--GTTA---CTTAC-AA-CCATAGG-ATC--CCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------NTA-CTTTAGAACC-AC--CAGNACTGAT-AGAGACATGGA----ATCTTTAGATGTGATAAAAGGATG---T---G----ACCTAC-AAACTAGTA---ANTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---TC-------AT----A-A-A-ACTTGTATAACTTTA--GAACCGGGATTGATGGAGACATGGGATCTTC
Reference ( family-2834 ) : ACTTTAGAACTGGAATTGATAGAGACATGGGATCTT-CAGAA---ATGATAAAGGGAT--GTTA---CTTAC-AA-CCATAGG-ATC--CCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------NTA-CTTTAGAACC-AC--CAGNACTGAT-AGAGACATGGA----ATCTTTAGATGTGATAAAAGGATG---T---G----ACCTAC-AAACTAGTA---ANTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---TC-------AT----A-A-A-ACTTGTATAACTTTA--GAACCGGGATTGATGGAGACATGGGATCTTC
gi|1 : TTTAGAACTGGAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNN---NNNNN-NN-NNNNNNN-NNN--NNCACCTTAACCTTT--AAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGC-T-GT-A-------TTA-
gi|11 : tctgactttagaacataaaatcagtattacatataaaccaggtcagtttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataaaactcataaaC---------T--GAC-------------C--T---TACAATTAA-AGGAA---AATAT-GT-A--------TATCTTCAGAATC-A-----GGTCTGGT-AAAGACGTGGG----ACCTTCAGA--------AAGGATG---TTGGG----ATCTTC----CTA-TA---A-TCCA----G-TGACTTTG-ACC--TTGA---AC-------TTA---A-A-A-ACTTATATCACTTTA--aacc
gi|12 : C-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------TTA-CTTTA---CA-AC--CAGGACAGGC-AAAGACATA-A----ATCTCTAGATGGGATAAAAGAATG---T---T----ACTTAC-AAACTAGTA---TTTCCA----G-TGACCTTG-ACCTCTTGACCTTC-------ATTTTAA-A-A-ACTTGT
gi|13 : -AC--CGGGACCGAC-AGAGTCACGGA----AGCTTCAGATATGATCAAAGGATG---T---G----ACCTGC-A---TAGTAG--AATCTA----G--AATCCAG-------TGA---T---------------------CTTGTATAACCTTA--GAACCGGGACTGA
gi|14 : ---------T--GAC-------------G--T---TG--ATCGT-AG-AA---CGT-T-AT-A-------TTA-CTCTAGAACC-A-----GTACCGAT-GAAGACATGGATGGAAT---TAGATGTGGTAAAAG------------------------AACTAGTA---TCTCCA----G-CGAC-----A----TTGA---TT-------AT----AGA-A-ACTTTTATAatagatgatgtttggatatgcgatc
gi|15 : cgtAACTGGAATTGATAGAGACATGGCATCTT-CAGAA---AT----------T--ATGA---CTTAC-AG-CC-TAGA-ATC--CCCGA---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GTAA-------ATA-CTTTAGAACC-A
gi|16 : AAAGGATGCTGT---G----ATCTAC-AAATTGGTATTGAGTCAA----G-TGACCTTG-ACCT-GTGA---T--------ATA---A-A-A-ACTGACAAAACTTTA--GAAACATAATTGATgtag
gi|17 : tcag---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCATGAA-AA---AAT-TCGT-G-------ATA-TTTTACAACC-AT-----GACCGAT-AGAAACATGGA----ACTTTCAGAATTGATGACAGGAT
gi|18 : tGATTAAAGGATG---T---AGTGAATTTAC-ATACTAGTA---GTTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---TC-------tt
gi|19 : A----G-TGACCTTG-GCCA-ATGA---TA-------GT----A-A-ACACTGGTTTAACATTA--GAATTGGGACTAATGGCGACATGGGGTCTTCttgattatgaaaatatata
gi|2 : aACTTTAGAACTGGCATTGATAGAGACAAAGAGTATT-TAGAA---ATGATAAAGGGAT--TTTGTGCCTTACTAA-CTATAAG-ATC--CCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---ATT-T-GT-A-------ATA-CTTAAGAACCTAC--CAGTACTAAT-AAAGACA-AGA----ATCCTTAGATGCGACAAAAGAATG---T---G----ACCTAC-AAATTAGTA---AATCCA----A-TGACTTTG-ACCT-TTAA---TT-------AT----A-ATA-ACTTGTGTAACTTTA--GAGCTGAGATTGATAGAGACATGGGATCATCa
gi|20 : -TGACCTTTTACCC-T-GA---TC-------AT----A-A-A-A--TGTAGAACTGCA--GAACCAGGGCTGATGGAGACATAGGATCATC
gi|21 : TG-ACCT-TGAA---AC-------AG----A-A-A-ACTGGTA----TTCA--GATTCAGGTTTGACAGAGACAAGGGATCCTCag
gi|21 : cTTGACAGAGACAAGGGATCCT-CAGAA---AGGAagaaagga
gi|22 : ctgaccttgaaacagaaaactggtattcagattcaggtCTTTG-GCCT-T-GA---AC-------AT----A-A-A-AATGGTAAAACTTTA--GAAATAGAATTGATAGAGATATGGGATCT
gi|23 : CTTG---AACTTAAAAGAATTGGAATTAATGGAGGCATGGGATCTTCa
gi|23 : tgacAGAATTGGAATTAATGGAGGCATGGGATCTT-CAGAagatttgtgacctac
gi|24 : tgaccttgaacttaaaCTTC-AATCTAGTA---TCTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-Ttttgtgacctac
gi|26 : CTTTA---CTGGAATTGATAGAGACATGGGGTCTT-TAGAA---ATGATgacctcttaccttaa
gi|3 : AGAATTGGAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNN---NNNNN-NN-NNNNNNN-NNNNNCCCAC---------T--AAC-------------C--T---TT--ATCAT-AG-AA---GGC-T-GT-A-------TTA-CTT
gi|4 : ccctgactttagaatataaaatcagttttacaaacgaaccaggtcaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttaaccttggacctagaTTG-ACCT-T-GA---AC-------AT----A-A-A-ACTCAT-TAATTTTA--GAACTGGAATTGATTGAGACATGGAATCTTCag
gi|4 : ATTTTAGAACTGGAATTGATTGAGACATGGAATCTT-CAGAA---GTGATAAATGGAT--GTTA---------AA-C--TAAG-AT---CCCAC---------T--GACCCTGACCTTTGAGC--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-TT-A-------TTA-CTTTATAACC-AC--TAagaagtgataaatggatgttaaactaagatcccactgaccctgacctttgagcttgatcatagaaagttttattactttataaccactactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataataactcg
gi|5 : ttgaccttgaacataaaactcattaAGG-ATC--CCCAC---------TTTGAC-------------CATTACATA--ATCAT-AA-AA---ATA-T-GT-A-------ACA-CTTAAGAACC-A-----GCACT--------------A----ATCTTTAGATGTAATAGAAGAATG---A---G----ACCAAC-AAAAT-----------------G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---CCTTGATTAAT----A-T-A-TCTTGTATActannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataataactcg
gi|6 : gaaccaggtctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtgCCT-TGGA------------------A-A-A-A--TGTATTACTTTT--GAAC-AGGTTTGATCGAGACATGGtaactgagactg
gi|6 : ACTTTTGAACAGGT-TTGATCGAGACATGGA---TT-CAGAA---ATGATAAAGGAAC---TT----CTGAC-TATCCATAG--ATC--CCCCA---------T--GAC-------------C--T---TG--ACC-------------T-T-G------------A-ATTTAAAAGT-AC--CAGTACTGAT-ATAGACGTCAA----ATCTTTAGACGTGATAAAA-GATG---T---G----GCCTAC-AAAGTGGTAT--ATTCCAAGTTG-TGACCATG-Aattcagaaatgataaaggaacttctgactatccatagatcccccatgaccttgaccttgaatttaaaagtaccagtactgatatagacgtcaaatctttagacgtgataaaagatgtggcctacaaagtggtatattccaagttgtgaccatgatta
gi|7 : ccttggaaaaatgtattTAGAATCAGGTCTCATAGAAACATGGGATTTT-CAAAA---ACGATCAAGGGATTAGTGA---CGTACTAA---ATAGGAATC--CCCACTT-------T--GAA-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AACTTGAT-C-AT-AGAAAGATATA-CTTTCGA----AC--CAGTACT--------------A----ATCTTTAGATGTGATAGAAGAATG---C---G----ACCTGC-TAAGTAGT----ATTTCA----GATGACCTTG-TCCT-tta
gi|8 : tgTGGGACATTACAGAACAGA-GATAAAAGGAT--GTTG---CCTAC-AAACTATA----TC--CCAAC---------T--TCC-------------C--C------------------------------A-------GTA-CCTTA---CT-ATAACAGTACTGATTAGA-ACATGAA----A-CTAT-GATGTGATAAAAGAA-G---T---G----A-CTACAAAACTAGTATC-ACCTTC----G-T---CTTG-ACC--TTGA---TT-------AT----G-A-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGCCTTAGAACATAATTCGGTACTTACGAACCAGGTCAGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTTAACCACGAACATGAAACTCATGTATTTAGAACTGGAAT
Unaligned ( gi|10 ): CCTGACTTTAGAACATAAAACCAGGAATGTATACAAACCAGGTGAGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATATTTGATCTCATAT
Unaligned ( gi|25 ): CCCCGAGTTTAGAACATAAAATCAGTAATACGTCATAACCAGGTCA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 111111111 1111111111111 11111111 11111 111111111111 22222 222222222222222222
lowQualScore : 0 3 777 1 1 888888888888888888888 888 66 777777777 44 6666666666666 44 555 44 3 3 5555555 3 3 55555555 3 5 3 55555 1 1 555 1 666 8888 1 0 333333333333 1 3 1 33333 6666 2 2 44 4 444444444444444444 2 2 3 2 55 3 2 0
lowQualScore : . . ... . . ..................... ... .. ......... .. ............. .. ... .. . . ....... . . ........ . . . ..... . . ... . ... .... . . ............ . . . ..... .... . . .. . .................. . . . . .. . . .
lowQualScore : 3 6 000 8 0 222222222222222222222 666 11 999999999 66 9999999999999 22 444 22 1 1 8888888 1 1 11111111 1 1 3 55555 0 6 222 6 111 5555 3 8 444444444444 2 3 0 22222 5555 9 4 44 0 000000000000000000 9 9 1 5 00 0 2 6
consensus : ACTTTAGAACTGGAATTGATAGAGACATGGGATCTT-CAGAA---ATGATAAAGGGAT--GTTA---CTTAC-AA-CCATAGG-ATC--CCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------NTA-CTTTAGAACC-AC--CAGNACTGAT-AGAGACATGGA----ATCTTTAGATGTGATAAAAGGATG---T---G----ACCTAC-AAACTAGTA---ANTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---TC-------AT----A-A-A-ACTTGTATAACTTTA--GAACCGGGATTGATGGAGACATGGGATCTTC
Reference ( family-2834 ) : ACTTTAGAACTGGAATTGATAGAGACATGGGATCTT-CAGAA---ATGATAAAGGGAT--GTTA---CTTAC-AA-CCATAGG-ATC--CCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------NTA-CTTTAGAACC-AC--CAGNACTGAT-AGAGACATGGA----ATCTTTAGATGTGATAAAAGGATG---T---G----ACCTAC-AAACTAGTA---ANTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---TC-------AT----A-A-A-ACTTGTATAACTTTA--GAACCGGGATTGATGGAGACATGGGATCTTC
gi|1 : TTTAGAACTGGAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNN---NNNNN-NN-NNNNNNN-NNN--NNCACCTTAACCTTT--AAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGC-T-GT-A-------TTA-
gi|11 : tctgactttagaacataaaatcagtattacatataaaccaggtcagtttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataaaactcataaaC---------T--GAC-------------C--T---TACAATTAA-AGGAA---AATAT-GT-A--------TATCTTCAGAATC-A-----GGTCTGGT-AAAGACGTGGG----ACCTTCAGA--------AAGGATG---TTGGG----ATCTTC----CTA-TA---A-TCCA----G-TGACTTTG-ACC--TTGA---AC-------TTA---A-A-A-ACTTATATCACTTTA--aacc
gi|12 : C-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------TTA-CTTTA---CA-AC--CAGGACAGGC-AAAGACATA-A----ATCTCTAGATGGGATAAAAGAATG---T---T----ACTTAC-AAACTAGTA---TTTCCA----G-TGACCTTG-ACCTCTTGACCTTC-------ATTTTAA-A-A-ACTTGT
gi|13 : -AC--CGGGACCGAC-AGAGTCACGGA----AGCTTCAGATATGATCAAAGGATG---T---G----ACCTGC-A---TAGTAG--AATCTA----G--AATCCAG-------TGA---T---------------------CTTGTATAACCTTA--GAACCGGGACTGA
gi|14 : ---------T--GAC-------------G--T---TG--ATCGT-AG-AA---CGT-T-AT-A-------TTA-CTCTAGAACC-A-----GTACCGAT-GAAGACATGGATGGAAT---TAGATGTGGTAAAAG------------------------AACTAGTA---TCTCCA----G-CGAC-----A----TTGA---TT-------AT----AGA-A-ACTTTTATAatagatgatgtttggatatgcgatc
gi|15 : cgtAACTGGAATTGATAGAGACATGGCATCTT-CAGAA---AT----------T--ATGA---CTTAC-AG-CC-TAGA-ATC--CCCGA---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GTAA-------ATA-CTTTAGAACC-A
gi|16 : AAAGGATGCTGT---G----ATCTAC-AAATTGGTATTGAGTCAA----G-TGACCTTG-ACCT-GTGA---T--------ATA---A-A-A-ACTGACAAAACTTTA--GAAACATAATTGATgtag
gi|17 : tcag---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCATGAA-AA---AAT-TCGT-G-------ATA-TTTTACAACC-AT-----GACCGAT-AGAAACATGGA----ACTTTCAGAATTGATGACAGGAT
gi|18 : tGATTAAAGGATG---T---AGTGAATTTAC-ATACTAGTA---GTTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---TC-------tt
gi|19 : A----G-TGACCTTG-GCCA-ATGA---TA-------GT----A-A-ACACTGGTTTAACATTA--GAATTGGGACTAATGGCGACATGGGGTCTTCttgattatgaaaatatata
gi|2 : aACTTTAGAACTGGCATTGATAGAGACAAAGAGTATT-TAGAA---ATGATAAAGGGAT--TTTGTGCCTTACTAA-CTATAAG-ATC--CCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---ATT-T-GT-A-------ATA-CTTAAGAACCTAC--CAGTACTAAT-AAAGACA-AGA----ATCCTTAGATGCGACAAAAGAATG---T---G----ACCTAC-AAATTAGTA---AATCCA----A-TGACTTTG-ACCT-TTAA---TT-------AT----A-ATA-ACTTGTGTAACTTTA--GAGCTGAGATTGATAGAGACATGGGATCATCa
gi|20 : -TGACCTTTTACCC-T-GA---TC-------AT----A-A-A-A--TGTAGAACTGCA--GAACCAGGGCTGATGGAGACATAGGATCATC
gi|21 : TG-ACCT-TGAA---AC-------AG----A-A-A-ACTGGTA----TTCA--GATTCAGGTTTGACAGAGACAAGGGATCCTCag
gi|21 : cTTGACAGAGACAAGGGATCCT-CAGAA---AGGAagaaagga
gi|22 : ctgaccttgaaacagaaaactggtattcagattcaggtCTTTG-GCCT-T-GA---AC-------AT----A-A-A-AATGGTAAAACTTTA--GAAATAGAATTGATAGAGATATGGGATCT
gi|23 : CTTG---AACTTAAAAGAATTGGAATTAATGGAGGCATGGGATCTTCa
gi|23 : tgacAGAATTGGAATTAATGGAGGCATGGGATCTT-CAGAagatttgtgacctac
gi|24 : tgaccttgaacttaaaCTTC-AATCTAGTA---TCTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-Ttttgtgacctac
gi|26 : CTTTA---CTGGAATTGATAGAGACATGGGGTCTT-TAGAA---ATGATgacctcttaccttaa
gi|3 : AGAATTGGAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNN---NNNNN-NN-NNNNNNN-NNNNNCCCAC---------T--AAC-------------C--T---TT--ATCAT-AG-AA---GGC-T-GT-A-------TTA-CTT
gi|4 : ccctgactttagaatataaaatcagttttacaaacgaaccaggtcaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttaaccttggacctagaTTG-ACCT-T-GA---AC-------AT----A-A-A-ACTCAT-TAATTTTA--GAACTGGAATTGATTGAGACATGGAATCTTCag
gi|4 : ATTTTAGAACTGGAATTGATTGAGACATGGAATCTT-CAGAA---GTGATAAATGGAT--GTTA---------AA-C--TAAG-AT---CCCAC---------T--GACCCTGACCTTTGAGC--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-TT-A-------TTA-CTTTATAACC-AC--TAagaagtgataaatggatgttaaactaagatcccactgaccctgacctttgagcttgatcatagaaagttttattactttataaccactactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataataactcg
gi|5 : ttgaccttgaacataaaactcattaAGG-ATC--CCCAC---------TTTGAC-------------CATTACATA--ATCAT-AA-AA---ATA-T-GT-A-------ACA-CTTAAGAACC-A-----GCACT--------------A----ATCTTTAGATGTAATAGAAGAATG---A---G----ACCAAC-AAAAT-----------------G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---CCTTGATTAAT----A-T-A-TCTTGTATActannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataataactcg
gi|6 : gaaccaggtctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtgCCT-TGGA------------------A-A-A-A--TGTATTACTTTT--GAAC-AGGTTTGATCGAGACATGGtaactgagactg
gi|6 : ACTTTTGAACAGGT-TTGATCGAGACATGGA---TT-CAGAA---ATGATAAAGGAAC---TT----CTGAC-TATCCATAG--ATC--CCCCA---------T--GAC-------------C--T---TG--ACC-------------T-T-G------------A-ATTTAAAAGT-AC--CAGTACTGAT-ATAGACGTCAA----ATCTTTAGACGTGATAAAA-GATG---T---G----GCCTAC-AAAGTGGTAT--ATTCCAAGTTG-TGACCATG-Aattcagaaatgataaaggaacttctgactatccatagatcccccatgaccttgaccttgaatttaaaagtaccagtactgatatagacgtcaaatctttagacgtgataaaagatgtggcctacaaagtggtatattccaagttgtgaccatgatta
gi|7 : ccttggaaaaatgtattTAGAATCAGGTCTCATAGAAACATGGGATTTT-CAAAA---ACGATCAAGGGATTAGTGA---CGTACTAA---ATAGGAATC--CCCACTT-------T--GAA-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AACTTGAT-C-AT-AGAAAGATATA-CTTTCGA----AC--CAGTACT--------------A----ATCTTTAGATGTGATAGAAGAATG---C---G----ACCTGC-TAAGTAGT----ATTTCA----GATGACCTTG-TCCT-tta
gi|8 : tgTGGGACATTACAGAACAGA-GATAAAAGGAT--GTTG---CCTAC-AAACTATA----TC--CCAAC---------T--TCC-------------C--C------------------------------A-------GTA-CCTTA---CT-ATAACAGTACTGATTAGA-ACATGAA----A-CTAT-GATGTGATAAAAGAA-G---T---G----A-CTACAAAACTAGTATC-ACCTTC----G-T---CTTG-ACC--TTGA---TT-------AT----G-A-
blockSeqs : A CAG T G TTTGTGCCTTACTAACTA GGA NN TT TT CCTGACCTTTGAG AT ACA CA G G CTTGAT C A GAAAGATA T G T TAACA G G TAG G CGG TGGA T TAGTGA C A C TTGAG AGTT A T TC T CCTTCATTTTA G T C T AA C A
blockSeqs : . . T N TAGTGACGTACTAAA GA . . . . . . . . . AATA . . T . G . CCA G G AA G TGG . G CTGTG C . C TCAC . . . T T CCTTGATTAAT . . . T . T G
blockSeqs : . . G T GTTGCCTACAAACTA AG . . . . . . . . . AGT . . T . C . CCG T G AG G TGG . T TT T . T GAA . . . T T TTAT . . . A . T A
blockSeqs : . . T G NNNNNNNNNNNNNN NN . . . . . . . . . CGT . . A . G . CCA G G GA A TCA . C TG T . C TAT . . . A T TATA . . . T . C A
blockSeqs : . . N G ATGACTTACAGCC AG . . . . . . . . . AGT . . A . T . CTA T A AG G TGA . T TG C . T TT . . . T T TAGT . . . T . C G
blockSeqs : . . T A TTCTGACTATCCA GG . . . . . . . . . AAT . . A . G . CCA C G AA G TA . T AG C . C TC . . . C T TTAT . . . G . T T
blockSeqs : . . T . GTTAAAC G . . . . . . . . . ATT . . T . A . CCA T G AT . AG . T TG C . A GT . . . T T TCAT . . . A . T C
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . GGC . . T . G . T T . . . . . T CG C . G AA . . . T G ACAG . . . T . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AGT . . A . . . . T . . . . . . TG . . G TC . . . T T ACAT . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . ATA . . G . . . . . . . C AT . . . T G ACAT . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T T TTAT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . .
blockSeqs : . . T . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TTGTGACTTACTAACCA**** ********* CCA** TG********** NT*** T* TCAT**************
originalCons : ACTTTAGAACTGGAATTGATAGAGACATGGGATCTT-CAGAA---ATGATAAAGGGAT--GTTA---CTTAC-AA-CCATAGG-ATC--CCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------NTA-CTTTAGAACC-AC--CAGNACTGAT-AGAGACATGGA----ATCTTTAGATGTGATAAAAGGATG---T---G----ACCTAC-AAACTAGTA---ANTCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGA---TC-------AT----A-A-A-ACTTGTATAACTTTA--GAACCGGGATTGATGGAGACATGGGATCTTC
finalCons : ACTTTAGAACTGGAATTGATAGAGACATGGGATCTT-CAGAA---ATGATAAAGGGATTTGTGACTTACTAACCA----TAGG-ATC--CCCAC---------T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------NTA-CTTTAGAACC-ACCA--GNACTGAT-AGAGACATGGA----ATCTTTAGATGTGATAAAAGGATGTG----------ACCTAC-AAACTAGTANT---TCCA----G-TGACCTTG-ACCT-TTGATCAT--------------A-A-A-ACTTGTATAACTTTA--GAACCGGGATTGATGGAGACATGGGATCTTC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGCCTTAGAACATAATTCGGTACTTACGAACCAGGTCAGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTTAACCACGAACATGAAACTCATGTATTTAGAACTGGAAT
Unaligned ( gi|10 ): CCTGACTTTAGAACATAAAACCAGGAATGTATACAAACCAGGTGAGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATATTTGATCTCATAT
Unaligned ( gi|25 ): CCCCGAGTTTAGAACATAAAATCAGTAATACGTCATAACCAGGTCA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111111 11111111 11111 111111111111 222222222 222222222222222222
lowQualScore : 0 3 666 3 1 2 7777777 1 99 88 888 777 000 44 6666666666666 44 555 44 3 3 5555555 3 3 55555555 3 5 3 55555 1 1 555 1 666 8888 1 0 333333333333 1 3 1 000000000 666666 2 33 44 4 444444444444444444 2 2 3 2 55 3 2 0
lowQualScore : . . ... . . . ....... . .. .. ... ... ... .. ............. .. ... .. . . ....... . . ........ . . . ..... . . ... . ... .... . . ............ . . . ......... ...... . .. .. . .................. . . . . .. . . .
lowQualScore : 3 6 444 0 2 6 7777777 2 77 88 666 888 444 66 9999999999999 22 444 22 1 1 8888888 1 1 11111111 1 1 3 55555 0 6 222 6 111 5555 3 8 444444444444 2 3 0 222222222 777777 4 11 55 0 000000000000000000 9 9 1 5 00 0 2 6
consensus : ACTTTAGAACTGGAATTGATAGAGACATGGGATCTT-CAGAA---ATGATAAAGGGAT-TT-GTGACTTACTAACCATAGG-ATCCCC---AC---T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------NTA-CTTTAGAACC-AC--CAGNACTGAT-AGAGACATGGA----ATCTTTAGATGTGATAAAAGGATG---T---G----ACCTAC-AAACTAGTA----NT---TCCA----GTGACCTTG-A--CCT-TTGA---TC-------AT----A-A-A-ACTTGTATAACTTTA--GAACCGGGATTGATGGAGACATGGGATCTTC
Reference ( family-2834 ) : ACTTTAGAACTGGAATTGATAGAGACATGGGATCTT-CAGAA---ATGATAAAGGGAT-TT-GTGACTTACTAACCATAGG-ATCCCC---AC---T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------NTA-CTTTAGAACC-AC--CAGNACTGAT-AGAGACATGGA----ATCTTTAGATGTGATAAAAGGATG---T---G----ACCTAC-AAACTAGTA----NT---TCCA----GTGACCTTG-A--CCT-TTGA---TC-------AT----A-A-A-ACTTGTATAACTTTA--GAACCGGGATTGATGGAGACATGGGATCTTC
gi|1 : TTTAGAACTGGAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCACCTTAACCTTT--AAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGC-T-GT-A-------TTA-
gi|11 : tctgactttagaacataaaatcagtattacatataaaccaggtcagtttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataaaactcataaaC---T--GAC-------------C--T---TACAATTAA-AGGAA---AATAT-GT-A--------TATCTTCAGAATC-A-----GGTCTGGT-AAAGACGTGGG----ACCTTCAGA--------AAGGATG---TTGGG----ATCTTC----CTA-TA----AT----CCA----GTGACTTTG-A--CC--TTGA---AC-------TTA---A-A-A-ACTTATATCACTTTA--aacc
gi|12 : C-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GT-A-------TTA-CTTTA---CA-AC--CAGGACAGGC-AAAGACATA-A----ATCTCTAGATGGGATAAAAGAATG---T---T----ACTTAC-AAACTAGTA----TT---TCCA----GTGACCTTG-A--CCTCTTGACCTTC-------ATTTTAA-A-A-ACTTGT
gi|13 : -AC--CGGGACCGAC-AGAGTCACGGA----AGCTTCAGATATGATCAAAGGATG---T---G----ACCTGC-A---TAGTA----G--------------AATCTAG-AATCCA-GTGA---T---------------------CTTGTATAACCTTA--GAACCGGGACTGA
gi|14 : ---T--GAC-------------G--T---TG--ATCGT-AG-AA---CGT-T-AT-A-------TTA-CTCTAGAACC-A-----GTACCGAT-GAAGACATGGATGGAAT---TAGATGTGGTAAAAG------------------------AACTAGTA----TC---TCCA----GCGAC-----A------TTGA---TT-------AT----AGA-A-ACTTTTATAatagatgatgtttggatatgcgatc
gi|15 : cgtAACTGGAATTGATAGAGACATGGCATCTT-CAGAA---AT-------------T-ATGACTTAC-AGCC-TAGA-ATCCCC---GA---T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-GTAA-------ATA-CTTTAGAACC-A
gi|16 : AAAGGATGCTGT---G----ATCTAC-AAATTGGTA----TTGAGTCAA----GTGACCTTG-A--CCT-GTGA---T--------ATA---A-A-A-ACTGACAAAACTTTA--GAAACATAATTGATgtag
gi|17 : tcag---T--GAC-------------C--T---TG--ATCATGAA-AA---AAT-TCGT-G-------ATA-TTTTACAACC-AT-----GACCGAT-AGAAACATGGA----ACTTTCAGAATTGATGACAGGAT
gi|18 : tGATTAAAGGATG---T---AGTGAATTTAC-ATACTAGTA----GT---TCCA----GTGACCTTG-A--CCT-TTGA---TC-------tt
gi|19 : A----GTGACCTTG-G--CCA-ATGA---TA-------GT----A-A-ACACTGGTTTAACATTA--GAATTGGGACTAATGGCGACATGGGGTCTTCttgattatgaaaatatata
gi|2 : aACTTTAGAACTGGCATTGATAGAGACAAAGAGTATT-TAGAA---ATGATAAAGGGAT-TTTGTGCCTTACTAACTATAAG-ATCCCC---AC---T--GAC-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AA---ATT-T-GT-A-------ATA-CTTAAGAACCTAC--CAGTACTAAT-AAAGACA-AGA----ATCCTTAGATGCGACAAAAGAATG---T---G----ACCTAC-AAATTAGTA----AA---TCCA----ATGACTTTG-A--CCT-TTAA---TT-------AT----A-ATA-ACTTGTGTAACTTTA--GAGCTGAGATTGATAGAGACATGGGATCATCa
gi|20 : TGACCTTTTA--CCC-T-GA---TC-------AT----A-A-A-A--TGTAGAACTGCA--GAACCAGGGCTGATGGAGACATAGGATCATC
gi|21 : TG-A--CCT-TGAA---AC-------AG----A-A-A-ACTGGTA----TTCA--GATTCAGGTTTGACAGAGACAAGGGATCCTCag
gi|21 : cTTGACAGAGACAAGGGATCCT-CAGAA---AGGAagaaagga
gi|22 : ctgaccttgaaacagaaaactggtattcagattcaggtCTTTG-G--CCT-T-GA---AC-------AT----A-A-A-AATGGTAAAACTTTA--GAAATAGAATTGATAGAGATATGGGATCT
gi|23 : CTTG---AACTTAAAAGAATTGGAATTAATGGAGGCATGGGATCTTCa
gi|23 : tgacAGAATTGGAATTAATGGAGGCATGGGATCTT-CA----------------GAT-TT-GTGACCTACagatttgtgacctac
gi|24 : tgaccttgaacttaaaCTTC-AATCTAGTA----TC---TCCA----GTGACCTTG-A--CCT-T
gi|26 : CTTTA---CTGGAATTGATAGAGACATGGGGTCTT-TAGAA---ATGATgacctcttaccttaa
gi|3 : AGAATTGGAATTG-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNCCC---AC---T--AAC-------------C--T---TT--ATCAT-AG-AA---GGC-T-GT-A-------TTA-CTT
gi|4 : ccctgactttagaatataaaatcagttttacaaacgaaccaggtcaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttaaccttggacctagaTTG-A--CCT-T-GA---AC-------AT----A-A-A-ACTCAT-TAATTTTA--GAACTGGAATTGATTGAGACATGGAATCTTCag
gi|4 : ATTTTAGAACTGGAATTGATTGAGACATGGAATCTT-CAGAA---GTGATAAATGGA---T-G----TTA--AAC--TAAG-AT-CCC---AC---T--GACCCTGACCTTTGAGC--T---TG--ATCAT-AG-AA---AGT-T-TT-A-------TTA-CTTTATAACC-AC--TAagaagtgataaatggatgttaaactaagatcccactgaccctgacctttgagcttgatcatagaaagttttattactttataaccactactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataataactcg
gi|5 : ttgaccttgaacataaaactcattaAGG-ATCCCC---AC---TTTGAC-------------CATTACATA--ATCAT-AA-AA---ATA-T-GT-A-------ACA-CTTAAGAACC-A-----GCACT--------------A----ATCTTTAGATGTAATAGAAGAATG---A---G----ACCAAC-AAAAT---------------------GTGACCTTG-A--CCT-TTGA---CCTTGATTAAT----A-T-A-TCTTGTATActannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataataactcg
gi|6 : gaaccaggtctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtg--CCT-TGGA------------------A-A-A-A--TGTATTACTTTT--GAAC-AGGTTTGATCGAGACATGGtaactgagactg
gi|6 : ACTTTTGAACAGGT-TTGATCGAGACATGGA---TT-CAGAA---ATGATAAAGGAAC-TT-CTGACT----ATCCATAG--ATCCCC---CA---T--GAC-------------C--T---TG--ACC-------------T-T-G------------A-ATTTAAAAGT-AC--CAGTACTGAT-ATAGACGTCAA----ATCTTTAGACGTGATAAAA-GATG---T---G----GCCTAC-AAAGTGGTAT---AT---TCCAAGTTGTGACCATG-A--attcagaaatgataaaggaacttctgactatccatagatcccccatgaccttgaccttgaatttaaaagtaccagtactgatatagacgtcaaatctttagacgtgataaaagatgtggcctacaaagtggtatattccaagttgtgaccatgatta
gi|7 : ccttggaaaaatgtattTAGAATCAGGTCTCATAGAAACATGGGATTTT-CAAAA---ACGATCAAGGGAT-TA-GTGACGTACTAA--ATAGGAATCCCC---ACTT-T--GAA-------------C--T---TG--ATCAT-AG-AACTTGAT-C-AT-AGAAAGATATA-CTTTCGA----AC--CAGTACT--------------A----ATCTTTAGATGTGATAGAAGAATG---C---G----ACCTGC-TAAGTAGTA----TT---TCAG----ATGACCTTG-T--CCT-tta
gi|8 : tgTGGGACATTACAGAACAGA-GATAAAAGGATGTT-G---CCTACAAACTATA----TCCCA---AC---T--TCC-------------C--C------------------------------A-------GTA-CCTTA---CT-ATAACAGTACTGATTAGA-ACATGAA----A-CTAT-GATGTGATAAAAGAA-G---T---G----A-CTACAAAACTAGTATCACCT---TC------GT---CTTG-A--CC--TTGA---TT-------AT----G-A-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGCCTTAGAACATAATTCGGTACTTACGAACCAGGTCAGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTTAACCACGAACATGAAACTCATGTATTTAGAACTGGAAT
Unaligned ( gi|10 ): CCTGACTTTAGAACATAAAACCAGGAATGTATACAAACCAGGTGAGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATATTTGATCTCATAT
Unaligned ( gi|25 ): CCCCGAGTTTAGAACATAAAATCAGTAATACGTCATAACCAGGTCA