lowQualScore : 222 11 11 5555555555555 333333333 1 1111 88888888888888888888888888888888888888 11 222222222222222 22222222222 2 11111 11 222 111 22222222222 11111 4444444444444444444444444444 11 444444444444444444444444 1111 111111111 22 1111
lowQualScore : 9 000 33 5 11 1111111111111 777777777 1 2 2222 8 2 3 6 5 6666 8 3 22222222222222222222222222222222222222 55 3 22 999999999999999 3 44 6 3 44 5 99999 44444444444 77 8 2 5 5 99999 1 3 777 88 66 222 1 5 66 66 999 5 22222222222 5 33333 2222222222222222222222222222 5 44 5 4 66 555555555555555555555555 55 5555 3 7 3 000000000 22 3 3 3 2222 4 5
lowQualScore : . ... .. . .. ............. ......... . . .... . . . . . .... . . ...................................... .. . .. ............... . .. . . .. . ..... ........... .. . . . . ..... . . ... .. .. ... . . .. .. ... . ........... . ..... ............................ . .. . . .. ........................ .. .... . . . ......... .. . . . .... . .
lowQualScore : 0 000 88 0 99 8888888888888 888888888 9 8 4444 0 5 6 2 7 5555 2 6 22222222222222222222222222222222222222 00 6 99 222222222222222 1 22 2 1 22 7 44444 55555555555 33 5 9 7 7 44444 2 3 888 88 99 444 4 7 11 99 444 0 44444444444 0 55555 6666666666666666666666666666 0 44 0 5 99 222222222222222222222222 00 5555 6 3 6 555555555 22 6 6 6 9999 4 0
consensus : GTATCCATT---CATTC--CA-TT--GTCAAC-GC---CTNA-TAACATGTA-ATATCTACATATATATTCATAG-AT-TACTGCA-GACGAT--A-CGGATA-T--------------A------------G----A-----A--AA-T-ATTGA--N--A------A--TA-T--G-TA-GGC--CTAG-TTA--A-TTTT-A---------AA--TCTACCT-CCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTCT-AAAAAG---TCG-GACGT--AAAT-CGCAA-TCGTA--AG--T-G-CT-ACCGA-CT-AA--GA-CAGG---TTT-C-GTT--GAAA----CG--C---GTG-T-ACG-TGCACG-TGA--AGG-------TGA-T-CG--TA-A-A-C--GTA----ATCGT-A-C-GNT-T-----ACGAATC-T-A-CGATCG-GTTAGTGAA-AC-GACC
Reference ( gi|3 ) : GTGTCCATT---CATTC--CA-TT--GTCAAC-GC---CTTT-TAACATGTACATATCTACATATATATTCATAA-AT-TACTGCA-GGCGAT--A-CGGCTA-T--------------A------------G----G-----A--AA-T-GTTGA--T--A------A--TA-T--G-TA-GGC--CTAG-TTA--A-CTTT-G---------AA--TCTACCTGCCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTCT-AAAAAG---TCA-GACGT--AAAT-TACAA-TCGTA--AG--T-G-CT-ACAGA-TT-AA--GA-CAAG---TTT-G-GT---GAAA----CG--C---GTG-T-ACG-TGCACG-TGA--AGG-------TG--T-CG--CA-A-A-C--GTA----ATCGT-A-C-GAT-T-----ACGAATC-T-A-CGATCA-GATAGTGAA-AC-GACC
gi|11 : GTATCCATTAAACATTC--CA-TT--GTCAAC--C---CGAA-TAATATA---ATA-----ATA-GTATCCA----ATATACTGCA-GACTTA--A-CGGATA-T--------------A------------G----A-----A--AA-T-ATTGA--C--AC-----ACTTA-A--GATA-GGC--CTAG-TCG--A-ATTT-A---------AA--TCTACTCCCTG-CAGAGCAGA-ATA--T--TCCT-AAAGA
gi|10 : acaaaGTATCCATTAAACATTC--CA-TT--GTCAAC--C---CGAA-TAATATA---ATA-----ATA-GTATCCA----ATATACTGCA-GACTTA--A-CGGATA-T--------------A------------G----A-----A--AA-T-ATTGA--C--AC-----ACTTA-A--GATA-GGC--CTAG-TCG--A-ATTT-A---------AA--TCTACTCCCTG-CAGAGCAGA-ATA--T--TCCT-AAAGA
gi|16 : acaaaGTTTCCATT---AATTC--CA-TT--GTCAA--AC---CTAT--AACATGTA----------TTTATATTCATGG-AT-TACTGCA-GACGAT--A-GGGATA-T--------------A------------
gi|4 : CCATT---CATTC--CATTT--GTCAAC--C---CTTT-TAACATGTACATATCTACATATATATTCATAA-AT-TACTGCATGGCGAT--A-CGGCTATT--------------A------------G----G-----A--AATT-GTTGA--T--A------A--TA-TGGG-TA-GCC--TTAG-TTA--ATCTTT-G---------AA--TCTACCT-CCG-CAG-G-AGA-AGA-----TTC--AAAAAG---TCAGGACGT--AAAT-TACAA-TCGTA--AG--T-G-CT-AC-GA-CT-AA--GA-CA-----TTTGG-GT---GAAA----CGCTC---GTG-T-ACGTTGC-CGTTGA--AGG-------TGA-T-CG--CA-A-A-C--GTA----ATCGT-A-C-GAT-T-----ACG-ATC-T-A--GATCA-GATAGTGGA-ttccaaaatcatgagaaaatattgaaaat
gi|12 : ATT---CATTAGATA-TT--GTCAA--AC---CT-----ACATGTA-A-ATTTACATAT--ATTCATAG-AT-TAGTGCA-GCCAAT--A-CGGATA-T--------------ATTC---------T----A-----A--AA-T-CATGA--GAAA------A--TAGT--G-TA-GGT--CTAG-TTA--A-TTTT-T---------AAC-TCTACCT-CCGCCAGAG-AGACAGA--G--
gi|2 : gtttttattaATT---CATTAGATA-TTA-GTCAAGAGC---CCTAATAACATGTAACTAT-TACATATAT--TCATAGTAT-TA-TG-A-AAC-AT--T-CTTCTG-T--------------A------------T----TTTTCCA--AA-T---TGAAAT--A------G--TA-T--G-TG-TGCACCT-G-TTA-------T-GTAA------AA--TCTACCAGTCG--GGAG-AGA-AG---G--TCCT-CAAA-G---TT--GACGT--AAAT-AGCCA-TCGTA--AGTTT-C-CT-ATCGA-CTAAA--GA-CAGGTTTTTT-C-GTTAGAAAA----CGCTC---GT--T-AAG-TGCAAG-TAATTAGT-------TGAAT-TGGATA-ATA-C--G-A----ATGGT-A-CTG---T-----ACGA--C-T-AGCGATT--GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|6 : ATT---CATAA--TA-TTTAGTCAAA-GCTCGCTAA-TAACAT-TAACTATTTACATATAT-TCTATAG-AT-TA-TGAA---CAAT------TCTA-T--------------T------------G----C-----C--AA-T-CATGA--A--A------A--TA-T----TACGGC--CTAG-TTA--A-TTAT-GTGCAGATAAAA--TCTACCT--CG-CGGAG-AGA-AG---G--TCCT-CTAAAG---TT--GACGT--AAAT-C-CAA-TCg
gi|7 : agtttttacacctttaATTC--CA-TT--GGCATC--C---CTT---AACATGT---TATCTACATATAT--TCAAAG-AT-TACTGCA-GACGAC--A-CAGATA-TATTCCAAAATCATGA------------G----C-----G--AA-T-ATTTA--C--AACATACA--TG-T--A-TA-GGC--CTAG-ATA--A-TTTC-A---------AA--TGTTCCT-CTC-CAGAT-AG------------------AAG---TCG-GACGT--AACT-CGCAG-TCGTA--A
gi|9 : agtttctactacatgtaTATAT-TTCATAG-AT-TACTGCA-GATTATCCATCGGATA-T--------------ATTCCAAATTCATG----A-----ACAAA-T-ATTGA--A--A------T--TA-T--G-TA-GGC---TAG-GTT--A-TTTT-A---------AA--TC-ACC--ACG-CAAAG-AGA-AGA--G--TT-T-AAAAAG---TTG-GA-GT--AA
gi|21 : agtttccagtaatacattgtcaaaacatcaggctcAG-AT-TACTGCA-GAGGAT--A-CGGATA-TTCCAAAATCATG--A------------T----A-----A--AA-T-ATTGA--A--A------A--TA-T--G-TA-GGC--CTAG-TTA--
gi|18 : GCG-GACAAT--A-CGGATA-T--------------A------------ATTCCA-----A--AA-TCATTGA--G--A------AA-TA-T--G-TA-GG---CTAGTTTA--A-TTTT-A---------CA--TCTACCT-CCG-CAGAG-AGA-AGA-----TTC
gi|19 : -----A--AA-T-ATTGA--C--A------A--TA-T--G-TA-GGC--CTAG-TCA--A-TATT-A---------AA--TCTACCT-CCG-GAGAG-AGA-AGA--G--TTCT-AAAAAG---T
gi|5 : a--A------A--TA-T--G-TA-GGC--CTAGCTTA--T-CTTT-C---------AAACTCTACCTCCAC-CAGAG-AGACAGACTGATTTCT-AAA------TTG-GACGTTAGAATCCGCAATTCGTA--AG--T-T-CTGACCGACCT-AT--GA-CAGG---GTT-C-CT-----------CG--C---GTG-T-
gi|17 : cggtatattccaaaatctcgagcaa------A--TA-T--G-TA-GGC--CTAG-TTAATA-TTTT-A---------AA--TCTACCT-CCG-CAGAG-AGA-AGA--AGCTTCT-AAgaaccccgggcctccgcgttcacctgcacccgtcaatgcccctctttgcccgcttccatgatcgtaaactaatcgtcaccgtttacacacgactctccgatcgcgttagtgaaactgac
gi|8 : gacaatacggatatattccaaaagcatagagaaaacTAG-TTA--A-TTTTTA---------AA--TCTACCT-CCG-CAGAG-AGA-AGA--GC-TTCTTAAAAAG---TTG-GACGT--AAAT-CGC-A-TC-TA--CA--T-GTCT-AC-GA-CT-AC--GA-CATG---TTT-C-GT---GAAAGCTCCG--C---CT--T-ACG--G-ACG-TCA--ATG-------TGA-T-CG--TATA-A-CTGATA----CTCG----C-GTT-T-----AC--ATCTT-A-C-ATCG-GTTA-TGAA-AC-GACC
gi|1 : CCA-TAGAG-AAA-AGA--A--T----AAAAAGAATTCC-GACG----AA-----AA-TCGTACAAG--T-G-CT-AC-GA-CA-AC--GG-AAGG---TTT-T-GT---GAAAA---CG--CTA-GTA-T-CCA-TGCACG-ACA--AAG-------TGA-T-C---CT-A-A-C--GTA----ATCGT-A-C-GTT-T-----AAGAA-C-T-G-CAATCG-GTTAGTGAA-AT-GACC
gi|15 : aaatgtcctttattatcattgacaacatggatatataggcattcgtagattgctttattgcagacgaaagaaaggttatattcaaaatcttgaggatataatgaatgaattttttttacacaggaatatttatcataatgttatatTA--AG--T-TTCT-ATCGA-CT-AA--GAACAGG---TTT-TCGT---GAAA----CG--C---TCG-TTAAG-TGCACG-T-A--ATG-------TGATT-CGG-TA-A-A-C--G-A----ATCGT-A-C-TGT-T-----ACG-ATC-TGA-CGATT--GTTAGTGAATAC-GAg
gi|14 : A--AG--TTG-CT-ACGAA-CT-AACTAA-CAGG---TTT-T-TTT--GAAA----CG--CCCGATGCT-ACG--GCACG-TGA--AGGGTGATTTTA--TACG--CC-A-TTC--GTAGCACATTGT-ATC-GTTGT-----ACAATTC-T-A-CGATTG-GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|13 : A--AG--TTG-CT-ACGAA-CT-AACTAA-CAGG---TTT-T-TTT--GAAA----CG--CCCGATGCT-ACG--GCACG-TGA--AGGGTGATTTTA--TACG--CC-A-TTC--GTAGCACATTGT-ATC-GTTGT-----ACAATTC-T-A-CGATTG-GTTAGTGAA-AC-GACCgagcc
gi|20 : -TGCACG-TGA--AGG-------TGA-T-CG--TA-A-A-C--GTA----ATCGT-A-C-GTT-T-----ACG-ATC-T-A-CGATCG-GAAAGTGAA-AC-GACCgagcc
gi|20 : --T-CG--TA-G-ATC--GTA----AACGT-A-C-GAT-T-----ACG--TT-T-A-CGATCA-gc
gi|5 : tgcacgtgaagg--T-CG--TA-A-A-C---TA----ATCGTCA-C-CGT-TTACACACGACTC-T-C-CGATCGCGTTAGTGAA-ACTGACtcggaaagtgaaacgaccgc
gi|4 : cggtatattccaaaatctcgagcaaaatatgtaggcctagcttatctttcaaactctacctccaccagagagacagactgatttctaaattggacgttagaatccgcaattcgtaagttctgaccgacctatgacagggttcctcgcgtgtgaaccccgggcctccgcgttcacctgcacccgtcaatgcccctctttgcccgcttccatga-C--GTA----ATCGT-A-C-GAT-T-----ACG--TT-T-G-CGATCA-
Alignments
lowQualScore : 111 11 11 3333333333333 222222222222 1111 77777777777777777777777777777777 22222222222 1111111111111111111111111111 11111111111 11111 111 11 222222222222 222222222222222 3333333 22222222 222222222 3333333333333333333 1 11
lowQualScore : 777 22 33 3333333333333 222222222222 2 8 7 44 0 77777 2 3 33 2 1111 77777777777777777777777777777777 33 33 7 2 5555 44444444444 2 99 2 1 2 5555555555555555555555555555 2 2 5 66666666666 2 5 5 5 77777 0 2 777 44 66 5 0 0 5 0 66 666 4 9 4 4 22 4 0 777 666666666666 222222222222222 7777777 4 99 55 88 55 22222222 4 000000000 444 55 8888888888888888888 4 2 1 8 8888 11 4 4 4 4 4 4
lowQualScore : ... .. .. ............. ............ . . . .. . ..... . . .. . .... ................................ .. .. . . .... ........... . .. . . . ............................ . . . ........... . . . . ..... . . ... .. .. . . . . . .. ... . . . . .. . . ... ............ ............... ....... . .. .. .. .. ........ . ......... ... .. ................... . . . . .... .. . . . . . .
lowQualScore : 555 22 55 3333333333333 000000000000 1 8 3 33 4 77777 9 5 99 9 1111 55555555555555555555555555555555 44 44 5 5 4444 88888888888 7 00 7 1 5 9999999999999999999999999999 7 7 3 33333333333 7 3 3 3 55555 5 9 000 66 11 0 2 1 0 7 11 111 4 4 4 4 22 4 1 888 222222222222 666666666666666 4444444 4 77 55 11 55 55555555 0 000000000 222 55 2222222222222222222 0 0 0 0 5555 66 0 0 0 0 0 4
consensus : GTATCCATT---CATTC--CATT--GTCAA---C-C---CTAATAACATGTA-A-TATCTACATATATATTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAN---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--T--T---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-GGACGT--AAAT-CGCAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACCGA-CT-AA--GA-CAGG---TTT-----CGT-T--GAA----------A----CGC---GTG-T-ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------TG-ATC--G------TA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----ACGAATC-T-A-CGATCG-GTTAGTGAA-AC-GACC
Reference ( family-2808 ) : GTATCCATT---CATTC--CATT--GTCAA---CGC---CTNATAACATGTA-A-TATCTACATATATATTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAN---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--T--T---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-GGACGT--AAAT-CGCAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACCGA-CT-AA--GA-CAGG---TTT-----CGT-T--GAA----------A----CGC---GTG-T-ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------TG-ATC--G------TA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGNT-T----ACGAATC-T-A-CGATCG-GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|1 : ATT--ATCA----------TTGACAACATG-G-A-TAT----ATAGGCATTCG-TAG-ATTGCTTTATTGCA-GACGAA--A-GAAA-GGTTAT--------------A------------TTC--A--A--AAT-CTT-GAG---G------A----TA-TA---A-TG---AA-TGAA--T--T---------TTTTTTACACAGGAATA-TTTAT-CATAATGTTATAT-CCA-TAGAG-AAA-AGA--A--T----AAAAAGAATTC-CGACGA--AAAT-CGTA-----CAAG--T-G-CT-AC-GA-CA-AC--GG-AAGG---TTT-----TGT-G--AAA----------A----CGCTA-GTA-T-CCAT-GCA--CGA-CA--AAG--------TG-ATC--C------TA-A--C--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----AAGAA-C-T-G-CAATCG-GTTAGTGAA-AT-GACC
gi|10 : aaatgtcctttGTATCCATTAAACATTC--CATT--GTCAA---C-C---CGAATAATAT--A-A-TA-----ATA-GTATCCAATA----TACT-----GCA-GACTTA--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAC---AC-----ACT--TA-AGA-TA-GGCCTAG-TCGA--A--T---------TT-----------AA-A-TCTACTC-----------C-CTG-CAGAGCAGA-ATA--T--TCC-TAAAGAg
gi|11 : acaaaGTATCCATTAAACATTC--CATT--GTCAA---C-C---CGAATAATAT--A-A-TA-----ATA-GTATCCAATA----TACT-----GCA-GACTTA--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAC---AC-----ACT--TA-AGA-TA-GGCCTAG-TCGA--A--T---------TT-----------AA-A-TCTACTC-----------C-CTG-CAGAGCAGA-ATA--T--TCC-TAAAGA
gi|12 : acaaaTATTAATT---CATTAGATATT--GTCAA----AC---CT----ACATGTA-A--ATTTACATAT--ATTCA-TAG-ATTAGT-----GCA-GCCAAT--A-C----GGATAT--------------ATTC---------T----A--A--AATCATGAGAA---A------A----TAGTG--TA-GGTCTAG-TTAAT-T--T---------TT-----------AA-C-TCTAC-C-----------T-CCGCCAGAG-AGACAGA--G--
gi|13 : gttttAAG--TTG-CT-ACGAA-CT-AACTAA-CAGG---TTT-----TTT-T--GAA----------A----CGCCCGATGCT-ACG--GCA--CGT-GA--AGGG-------TG-ATT--T------TA-T-AC--GCCATTCGTAGCACA-----TTGT-ATCGTTGT----ACAATTC-T-A-CGATTG-GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|14 : AAG--TTG-CT-ACGAA-CT-AACTAA-CAGG---TTT-----TTT-T--GAA----------A----CGCCCGATGCT-ACG--GCA--CGT-GA--AGGG-------TG-ATT--T------TA-T-AC--GCCATTCGTAGCACA-----TTGT-ATCGTTGT----ACAATTC-T-A-CGATTG-GTTAGTGAA-AC-GACCgagcc
gi|15 : TAAG--T-TTCT-ATCGA-CT-AA--GAACAGG---TTTT----CGT----GAA----------A----CGC---TCG-TTAAGT-GCA--CGT--A--ATG--------TG-ATTCGG------TA-A-AC--G--------A----A-----TCGT-A-CTGT-T----ACGA-TC-TGA-CGATTG--TTAGTGAATAC-GAgagcc
gi|16 : GTTTCCATT---AATTC--CATT--GTCAA----AC---CT-ATAACATGTA-T-T---------TATATTCA-TGG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-G----GGATATATTCCAAAATCATGA------------G----A--A--AAT-ATT-GAA---A------A----T
gi|17 : -GACAAT--A-C----GGATAT--------------ATTCC--------A----A--A--AGC-ATA-GAG---A------AAACATA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--TATT---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--AGCTTC-TAA
gi|18 : -----GCG-GACAAT--A-C----GGATAT--------------A------------ATTCCA--A--AATCATT-GAG---A------AA---TA-TG--TA-GG-CTAGTTTAA--T--T---------TT-----------AC-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA-----TTC-
gi|19 : ----A--A--AAT-ATT-GAC---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TCAA--T--A---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-GAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---T
gi|2 : ATT---CATTAGATATTA-GTCAAGAGC-C---CTAATAACATGTA-ACTAT-TACATATAT--TCA-TAGTATTA-T-----G-A-AAC-AT--T-CTTCTGTATTT--------------T------------T----C--C--AA--ATT-GAA---ATAGT--A----TG-TG--TG-CACCT-G-TTA---T--G---------TA-----------AA-A-TCTAC-CAG---------T-CGG---GAG-AGA-AG---G--TCC-TCAAA-G---TT-G-ACGT--AAAT-AGCCA-TCGTAAGTTT-C-CT-ATCGA-CTAAA--GA-CAGGTTTTTT-----CGT-TAGAAA----------A----CGC---TCGTT-AAGT-GCA--AGT-AATTAGT--------TGAATT--GGA----TA-ATAC--G--------A----A-----TGGT-A-C-TG-T----ACGA--C-T-AGCGATT--GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|20 : T-GCA--CGT-GA--AGG--------TG-ATC--G------TA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----ACG-ATC-T-A-CGATCG-GAAAGTGAA-AC-GACCg
gi|21 : AG-ATTACT-----GCA-GAGGAT--A-C----GGATATTCCAAAATCATG--A------------T----A--A--AAT-ATT-GAA---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAgc
gi|3 : GTGTCCATT---CATTC--CATT--GTCAA---CGC---CTTTTAACATGTACA-TATCTACATATATATTCA-TAA-ATTACT-----GCA-GGCGAT--A-C----GGCTAT--------------A------------G----G--A--AAT-GTT-GAT---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--C--T---------TT-----------GA-A-TCTAC-C-----------TGCCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-AGACGT--AAAT-TACAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACAGA-TT-AA--GA-CAAG---TTT------GG-T--GAA----------A----CGC---GTG-T-ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------TG--TC--G------CA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGAT-T----ACGAATC-T-A-CGATCA-GATAGTGAA-AC-GACC
gi|4 : CCATT---CATTC--CATTT-GTCAA---C-C---CTTTTAACATGTACA-TATCTACATATATATTCA-TAA-ATTACT-----GCATGGCGAT--A-C----GGCTATT-------------A------------G----G--A--AATTGTT-GAT---A------A----TA-TGGGTA-GCCTTAG-TTAA--TC-T---------TT-----------GA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAG-G-AGA-AGA-----TTC--AAAAAG---TCAGGACGT--AAAT-TACAA-TCGTAAG--T-G-CT-AC-GA-CT-AA--GA-CA-----TTT-----GGG-T--GAA----------A----CGCTC-GTG-T-ACGTTGC---CGTTGA--AGG--------TG-ATC--G------CA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGAT-T----ACG-ATC-T-A--GATCA-GATAGTGGA-
gi|5 : ----A--A--AAT-CTC-GAGCAAA------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-CTTATCT--T---------TC-----------AA-ACTCTAC-C-----------T-CCACCAGAG-AGACAGACTGATTTC-TAAA------TT-GGACGTTAGAATCCGCAATTCGTAAG--T-T-CTGACCGACCT-AT--GA-CAGG---GTTCCTCGCGTGT--GAACCCCGGGCCTC----CGC---GTT-C-ACCT-GCACCCGT-CA--ATGCCCCTCTTTG-CCC--GCTTCCATG-A-TC--G-------TA----AACTAATCGTCACCGTT-TACACACGACTC-T-C-CGATCGCGTTAGTGAA-ACTGAC
gi|6 : cggtatattccATT---CATAA--TATTTAGTCAA---AGCTCGCTAATAACAT-TA-ACTATTTACATATAT-TCTA-TAG-ATTA-T-----G---AACAAT--T-C-------TAT--------------T------------G----C--C--AAT-CAT-GAA---A------A----TA-T---TACGGCCTAG-TTAA--T--TATGTGCAGATA-----------AA-A-TCTAC-C-----------T--CG-CGGAG-AGA-AG---G--TCC-TCTAAAG---TT--GACGT--AAAT-C-CAA-TC
gi|7 : agtttttacacctttaATTC--CATT--GGCAT---C-C---CT--TAACATGT----TATCTACATATAT--TCA-AAG-ATTACT-----GCA-GACGAC--A-C----AGATAT--------------ATTCCAAAATCATG----AGCG--AAT-ATT-TAC---AACATACA----TG-TA--TA-GGCCTAG-ATAA--T--T---------TC-----------AA-A-TGTTC-C-----------T-CTC-CAGAT-AG------------------AAG---TC-GGACGT--AACT-CGCAG-TCGTAA
gi|8 : agtttctactacatgtaTAG-TTAA--T--T---------TTT----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--GC-TTCTTAAAAAG---TT-GGACGT--AAAT-CGC-A-TC-TACA--T-GTCT-A-CGA-CT-AC--GA-CATG---TTT-----CG--T--GAA----------AGCTCCGC---CT--T-ACG--G-A--CGT-CA--ATG--------TG-ATC--G------TATA-ACTGA-------TA----C-----TCG----CGTT-T----AC--ATCTT-A-C-ATCG-GTTA-TGAA-AC-GACC
gi|9 : TATAT-TTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GATTATCCATC----GGATAT--------------ATTCCAAATTCATG----A--ACAAAT-ATT-GAA---A------T----TA-TG--TA-GG-CTAG-GTTA--T--T---------TT-----------AA-A-TC-AC-C-------------ACG-CAAAG-AGA-AGA--G--TT--TAAAAAG---TT-GGA-GT--AA
Alignments
lowQualScore : 111 11 11 11111111111 2222222222 1111 77777777777777777777777777777777 22222222222 1111111111111111111111111111 11111111111 11111 111 11 222222222222 222222222222222 3333333 22222222 222222222 3333333333333333333 1 11
lowQualScore : 777 11 22 99999999999 3333333333 0 9999 7 44 0 77777 2 3 33 2 1111 77777777777777777777777777777777 33 33 7 2 5555 44444444444 2 99 2 1 2 5555555555555555555555555555 2 2 5 66666666666 2 5 5 5 77777 0 2 777 44 66 5 0 0 5 0 66 666 4 9 4 4 22 4 0 777 666666666666 222222222222222 7777777 4 99 55 88 55 22222222 4 000000000 444 55 8888888888888888888 4 2 8 8888 11 4 4 4 4 4 4
lowQualScore : ... .. .. ........... .......... . .... . .. . ..... . . .. . .... ................................ .. .. . . .... ........... . .. . . . ............................ . . . ........... . . . . ..... . . ... .. .. . . . . . .. ... . . . . .. . . ... ............ ............... ....... . .. .. .. .. ........ . ......... ... .. ................... . . . .... .. . . . . . .
lowQualScore : 555 00 33 99999999999 8888888888 5 3333 3 33 4 77777 9 5 99 9 1111 55555555555555555555555555555555 44 44 5 5 4444 88888888888 7 00 7 1 5 9999999999999999999999999999 7 7 3 33333333333 7 3 3 3 55555 5 9 000 66 11 0 2 1 0 7 11 111 4 4 4 4 22 4 1 888 222222222222 666666666666666 4444444 4 77 55 11 55 55555555 0 000000000 222 55 2222222222222222222 0 0 0 5555 66 0 0 0 0 0 4
consensus : GTATCCATT---CATTC--CATT--GTCAA----C-CCTAATAACATGTA-A-TATCTACATATATATTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAN---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--T--T---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-GGACGT--AAAT-CGCAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACCGA-CT-AA--GA-CAGG---TTT-----CGT-T--GAA----------A----CGC---GTG-T-ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------TG-ATC--G------TA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----ACGAATC-T-A-CGATCG-GTTAGTGAA-AC-GACC
Reference ( family-2808 ) : GTATCCATT---CATTC--CATT--GTCAA----C-CCTAATAACATGTA-A-TATCTACATATATATTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAN---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--T--T---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-GGACGT--AAAT-CGCAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACCGA-CT-AA--GA-CAGG---TTT-----CGT-T--GAA----------A----CGC---GTG-T-ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------TG-ATC--G------TA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----ACGAATC-T-A-CGATCG-GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|1 : ATT--ATCA--------TTGACAACATG-G-A-TAT----ATAGGCATTCG-TAG-ATTGCTTTATTGCA-GACGAA--A-GAAA-GGTTAT--------------A------------TTC--A--A--AAT-CTT-GAG---G------A----TA-TA---A-TG---AA-TGAA--T--T---------TTTTTTACACAGGAATA-TTTAT-CATAATGTTATAT-CCA-TAGAG-AAA-AGA--A--T----AAAAAGAATTC-CGACGA--AAAT-CGTA-----CAAG--T-G-CT-AC-GA-CA-AC--GG-AAGG---TTT-----TGT-G--AAA----------A----CGCTA-GTA-T-CCAT-GCA--CGA-CA--AAG--------TG-ATC--C------TA-A--C--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----AAGAA-C-T-G-CAATCG-GTTAGTGAA-AT-GACC
gi|10 : aaatgtcctttGTATCCATTAAACATTC--CATT--GTCAA----C-CCGAATAATAT--A-A-TA-----ATA-GTATCCAATA----TACT-----GCA-GACTTA--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAC---AC-----ACT--TA-AGA-TA-GGCCTAG-TCGA--A--T---------TT-----------AA-A-TCTACTC-----------C-CTG-CAGAGCAGA-ATA--T--TCC-TAAAGAg
gi|11 : acaaaGTATCCATTAAACATTC--CATT--GTCAA----C-CCGAATAATAT--A-A-TA-----ATA-GTATCCAATA----TACT-----GCA-GACTTA--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAC---AC-----ACT--TA-AGA-TA-GGCCTAG-TCGA--A--T---------TT-----------AA-A-TCTACTC-----------C-CTG-CAGAGCAGA-ATA--T--TCC-TAAAGA
gi|12 : acaaaTATTAATT---CATTAGATATT--GTCAA----A-CCTA----CATGTA-A--ATTTACATAT--ATTCA-TAG-ATTAGT-----GCA-GCCAAT--A-C----GGATAT--------------ATTC---------T----A--A--AATCATGAGAA---A------A----TAGTG--TA-GGTCTAG-TTAAT-T--T---------TT-----------AA-C-TCTAC-C-----------T-CCGCCAGAG-AGACAGA--G--
gi|13 : gttttAAG--TTG-CT-ACGAA-CT-AACTAA-CAGG---TTT-----TTT-T--GAA----------A----CGCCCGATGCT-ACG--GCA--CGT-GA--AGGG-------TG-ATT--T------TA-T-AC--GCCATTCGTAGCACA-----TTGT-ATCGTTGT----ACAATTC-T-A-CGATTG-GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|14 : AAG--TTG-CT-ACGAA-CT-AACTAA-CAGG---TTT-----TTT-T--GAA----------A----CGCCCGATGCT-ACG--GCA--CGT-GA--AGGG-------TG-ATT--T------TA-T-AC--GCCATTCGTAGCACA-----TTGT-ATCGTTGT----ACAATTC-T-A-CGATTG-GTTAGTGAA-AC-GACCgagcc
gi|15 : TAAG--T-TTCT-ATCGA-CT-AA--GAACAGG---TTTT----CGT----GAA----------A----CGC---TCG-TTAAGT-GCA--CGT--A--ATG--------TG-ATTCGG------TA-A-AC--G--------A----A-----TCGT-A-CTGT-T----ACGA-TC-TGA-CGATTG--TTAGTGAATAC-GAgagcc
gi|16 : GTTTCCATT---AATTC--CATT--GTCAA----A-CCTA-TAACATGTA-T-T---------TATATTCA-TGG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-G----GGATATATTCCAAAATCATGA------------G----A--A--AAT-ATT-GAA---A------A----T
gi|17 : -GACAAT--A-C----GGATAT--------------ATTCC--------A----A--A--AGC-ATA-GAG---A------AAACATA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--TATT---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--AGCTTC-TAA
gi|18 : -----GCG-GACAAT--A-C----GGATAT--------------A------------ATTCCA--A--AATCATT-GAG---A------AA---TA-TG--TA-GG-CTAGTTTAA--T--T---------TT-----------AC-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA-----TTC-
gi|19 : ----A--A--AAT-ATT-GAC---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TCAA--T--A---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-GAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---T
gi|2 : ATT---CATTAGATATTA-GTCAAGAG-C-CCTAATAACATGTA-ACTAT-TACATATAT--TCA-TAGTATTA-T-----G-A-AAC-AT--T-CTTCTGTATTT--------------T------------T----C--C--AA--ATT-GAA---ATAGT--A----TG-TG--TG-CACCT-G-TTA---T--G---------TA-----------AA-A-TCTAC-CAG---------T-CGG---GAG-AGA-AG---G--TCC-TCAAA-G---TT-G-ACGT--AAAT-AGCCA-TCGTAAGTTT-C-CT-ATCGA-CTAAA--GA-CAGGTTTTTT-----CGT-TAGAAA----------A----CGC---TCGTT-AAGT-GCA--AGT-AATTAGT--------TGAATT--GGA----TA-ATAC--G--------A----A-----TGGT-A-C-TG-T----ACGA--C-T-AGCGATT--GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|20 : T-GCA--CGT-GA--AGG--------TG-ATC--G------TA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----ACG-ATC-T-A-CGATCG-GAAAGTGAA-AC-GACCg
gi|21 : AG-ATTACT-----GCA-GAGGAT--A-C----GGATATTCCAAAATCATG--A------------T----A--A--AAT-ATT-GAA---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAgc
gi|3 : GTGTCCATT---CATTC--CATT--GTCAA----CGCCTTTTAACATGTACA-TATCTACATATATATTCA-TAA-ATTACT-----GCA-GGCGAT--A-C----GGCTAT--------------A------------G----G--A--AAT-GTT-GAT---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--C--T---------TT-----------GA-A-TCTAC-C-----------TGCCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-AGACGT--AAAT-TACAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACAGA-TT-AA--GA-CAAG---TTT------GG-T--GAA----------A----CGC---GTG-T-ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------TG--TC--G------CA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGAT-T----ACGAATC-T-A-CGATCA-GATAGTGAA-AC-GACC
gi|4 : CCATT---CATTC--CATTT-GTCAA----C-CCTTTTAACATGTACA-TATCTACATATATATTCA-TAA-ATTACT-----GCATGGCGAT--A-C----GGCTATT-------------A------------G----G--A--AATTGTT-GAT---A------A----TA-TGGGTA-GCCTTAG-TTAA--TC-T---------TT-----------GA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAG-G-AGA-AGA-----TTC--AAAAAG---TCAGGACGT--AAAT-TACAA-TCGTAAG--T-G-CT-AC-GA-CT-AA--GA-CA-----TTT-----GGG-T--GAA----------A----CGCTC-GTG-T-ACGTTGC---CGTTGA--AGG--------TG-ATC--G------CA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGAT-T----ACG-ATC-T-A--GATCA-GATAGTGGA-
gi|5 : ----A--A--AAT-CTC-GAGCAAA------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-CTTATCT--T---------TC-----------AA-ACTCTAC-C-----------T-CCACCAGAG-AGACAGACTGATTTC-TAAA------TT-GGACGTTAGAATCCGCAATTCGTAAG--T-T-CTGACCGACCT-AT--GA-CAGG---GTTCCTCGCGTGT--GAACCCCGGGCCTC----CGC---GTT-C-ACCT-GCACCCGT-CA--ATGCCCCTCTTTG-CCC--GCTTCCATG-A-TC--G-------TA----AACTAATCGTCACCGTT-TACACACGACTC-T-C-CGATCGCGTTAGTGAA-ACTGAC
gi|6 : cggtatattccATT---CATAA--TATTTAGTCAAAGCTC-GCTAATAACAT-TA-ACTATTTACATATAT-TCTA-TAG-ATTA-T-----G---AACAAT--T-C-------TAT--------------T------------G----C--C--AAT-CAT-GAA---A------A----TA-T---TACGGCCTAG-TTAA--T--TATGTGCAGATA-----------AA-A-TCTAC-C-----------T--CG-CGGAG-AGA-AG---G--TCC-TCTAAAG---TT--GACGT--AAAT-C-CAA-TC
gi|7 : agtttttacacctttaATTC--CATT--GGCAT----C-CCT--TAACATGT----TATCTACATATAT--TCA-AAG-ATTACT-----GCA-GACGAC--A-C----AGATAT--------------ATTCCAAAATCATG----AGCG--AAT-ATT-TAC---AACATACA----TG-TA--TA-GGCCTAG-ATAA--T--T---------TC-----------AA-A-TGTTC-C-----------T-CTC-CAGAT-AG------------------AAG---TC-GGACGT--AACT-CGCAG-TCGTAA
gi|8 : agtttctactacatgtaTAG-TTAA--T--T---------TTT----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--GC-TTCTTAAAAAG---TT-GGACGT--AAAT-CGC-A-TC-TACA--T-GTCT-A-CGA-CT-AC--GA-CATG---TTT-----CG--T--GAA----------AGCTCCGC---CT--T-ACG--G-A--CGT-CA--ATG--------TG-ATC--G------TATA-ACTGA-------TA----C-----TCG----CGTT-T----AC--ATCTT-A-C-ATCG-GTTA-TGAA-AC-GACC
gi|9 : --CATT--GTCAA------------AACAT-CA-G-GCTCTATAT-----TTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GATTATCCATC----GGATAT--------------ATTCCAAATTCATG----A--ACAAAT-ATT-GAA---A------T----TA-TG--TA-GG-CTAG-GTTA--T--T---------TT-----------AA-A-TC-AC-C-------------ACG-CAAAG-AGA-AGA--G--TT--TAAAAAG---TT-GGA-GT--AA
Alignments
lowQualScore : 111 11 11 11111111111 2222222222 1111 77777777777777777777777777777777 22222222222 1111111111111111111111111111 11111111111 11111 111 11 222222222222 222222222222222 3333333 22222222 222222222 3333333333333333333 1 11
lowQualScore : 777 11 22 99999999999 3333333333 0 9999 7 44 0 77777 2 3 33 2 1111 77777777777777777777777777777777 33 33 7 2 5555 44444444444 2 99 2 1 2 5555555555555555555555555555 2 2 5 66666666666 2 5 5 5 77777 0 2 777 44 66 5 0 0 5 0 66 666 4 9 4 4 22 4 0 777 666666666666 222222222222222 7777777 4 99 55 88 55 22222222 4 000000000 444 55 8888888888888888888 4 2 8 8888 11 4 4 4 4 4 4
lowQualScore : ... .. .. ........... .......... . .... . .. . ..... . . .. . .... ................................ .. .. . . .... ........... . .. . . . ............................ . . . ........... . . . . ..... . . ... .. .. . . . . . .. ... . . . . .. . . ... ............ ............... ....... . .. .. .. .. ........ . ......... ... .. ................... . . . .... .. . . . . . .
lowQualScore : 555 00 33 99999999999 8888888888 5 3333 3 33 4 77777 9 5 99 9 1111 55555555555555555555555555555555 44 44 5 5 4444 88888888888 7 00 7 1 5 9999999999999999999999999999 7 7 3 33333333333 7 3 3 3 55555 5 9 000 66 11 0 2 1 0 7 11 111 4 4 4 4 22 4 1 888 222222222222 666666666666666 4444444 4 77 55 11 55 55555555 0 000000000 222 55 2222222222222222222 0 0 0 5555 66 0 0 0 0 0 4
consensus : GTATCCATT---CATTC--CATT--GTCAA----C-CCTAATAACATGTA-A-TATCTACATATATATTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAN---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--T--T---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-GGACGT--AAAT-CGCAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACCGA-CT-AA--GA-CAGG---TTT-----CGT-T--GAA----------A----CGC---GTG-T-ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------TG-ATC--G------TA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----ACGAATC-T-A-CGATCG-GTTAGTGAA-AC-GACC
Reference ( family-2808 ) : GTATCCATT---CATTC--CATT--GTCAA----C-CCTAATAACATGTA-A-TATCTACATATATATTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAN---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--T--T---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-GGACGT--AAAT-CGCAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACCGA-CT-AA--GA-CAGG---TTT-----CGT-T--GAA----------A----CGC---GTG-T-ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------TG-ATC--G------TA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----ACGAATC-T-A-CGATCG-GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|1 : ATT--ATCA--------TTGACAACATG-G-A-TAT----ATAGGCATTCG-TAG-ATTGCTTTATTGCA-GACGAA--A-GAAA-GGTTAT--------------A------------TTC--A--A--AAT-CTT-GAG---G------A----TA-TA---A-TG---AA-TGAA--T--T---------TTTTTTACACAGGAATA-TTTAT-CATAATGTTATAT-CCA-TAGAG-AAA-AGA--A--T----AAAAAGAATTC-CGACGA--AAAT-CGTA-----CAAG--T-G-CT-AC-GA-CA-AC--GG-AAGG---TTT-----TGT-G--AAA----------A----CGCTA-GTA-T-CCAT-GCA--CGA-CA--AAG--------TG-ATC--C------TA-A--C--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----AAGAA-C-T-G-CAATCG-GTTAGTGAA-AT-GACC
gi|10 : aaatgtcctttGTATCCATTAAACATTC--CATT--GTCAA----C-CCGAATAATAT--A-A-TA-----ATA-GTATCCAATA----TACT-----GCA-GACTTA--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAC---AC-----ACT--TA-AGA-TA-GGCCTAG-TCGA--A--T---------TT-----------AA-A-TCTACTC-----------C-CTG-CAGAGCAGA-ATA--T--TCC-TAAAGAg
gi|11 : acaaaGTATCCATTAAACATTC--CATT--GTCAA----C-CCGAATAATAT--A-A-TA-----ATA-GTATCCAATA----TACT-----GCA-GACTTA--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAC---AC-----ACT--TA-AGA-TA-GGCCTAG-TCGA--A--T---------TT-----------AA-A-TCTACTC-----------C-CTG-CAGAGCAGA-ATA--T--TCC-TAAAGA
gi|12 : acaaaTATTAATT---CATTAGATATT--GTCAA----A-CCTA----CATGTA-A--ATTTACATAT--ATTCA-TAG-ATTAGT-----GCA-GCCAAT--A-C----GGATAT--------------ATTC---------T----A--A--AATCATGAGAA---A------A----TAGTG--TA-GGTCTAG-TTAAT-T--T---------TT-----------AA-C-TCTAC-C-----------T-CCGCCAGAG-AGACAGA--G--
gi|13 : gttttAAG--TTG-CT-ACGAA-CT-AACTAA-CAGG---TTT-----TTT-T--GAA----------A----CGCCCGATGCT-ACG--GCA--CGT-GA--AGGG-------TG-ATT--T------TA-T-AC--GCCATTCGTAGCACA-----TTGT-ATCGTTGT----ACAATTC-T-A-CGATTG-GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|14 : AAG--TTG-CT-ACGAA-CT-AACTAA-CAGG---TTT-----TTT-T--GAA----------A----CGCCCGATGCT-ACG--GCA--CGT-GA--AGGG-------TG-ATT--T------TA-T-AC--GCCATTCGTAGCACA-----TTGT-ATCGTTGT----ACAATTC-T-A-CGATTG-GTTAGTGAA-AC-GACCgagcc
gi|15 : TAAG--T-TTCT-ATCGA-CT-AA--GAACAGG---TTTT----CGT----GAA----------A----CGC---TCG-TTAAGT-GCA--CGT--A--ATG--------TG-ATTCGG------TA-A-AC--G--------A----A-----TCGT-A-CTGT-T----ACGA-TC-TGA-CGATTG--TTAGTGAATAC-GAgagcc
gi|16 : GTTTCCATT---AATTC--CATT--GTCAA----A-CCTA-TAACATGTA-T-T---------TATATTCA-TGG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-G----GGATATATTCCAAAATCATGA------------G----A--A--AAT-ATT-GAA---A------A----T
gi|17 : -GACAAT--A-C----GGATAT--------------ATTCC--------A----A--A--AGC-ATA-GAG---A------AAACATA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--TATT---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--AGCTTC-TAA
gi|18 : -----GCG-GACAAT--A-C----GGATAT--------------A------------ATTCCA--A--AATCATT-GAG---A------AA---TA-TG--TA-GG-CTAGTTTAA--T--T---------TT-----------AC-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA-----TTC-
gi|19 : ----A--A--AAT-ATT-GAC---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TCAA--T--A---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-GAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---T
gi|2 : ATT---CATTAGATATTA-GTCAAGAG-C-CCTAATAACATGTA-ACTAT-TACATATAT--TCA-TAGTATTA-T-----G-A-AAC-AT--T-CTTCTGTATTT--------------T------------T----C--C--AA--ATT-GAA---ATAGT--A----TG-TG--TG-CACCT-G-TTA---T--G---------TA-----------AA-A-TCTAC-CAG---------T-CGG---GAG-AGA-AG---G--TCC-TCAAA-G---TT-G-ACGT--AAAT-AGCCA-TCGTAAGTTT-C-CT-ATCGA-CTAAA--GA-CAGGTTTTTT-----CGT-TAGAAA----------A----CGC---TCGTT-AAGT-GCA--AGT-AATTAGT--------TGAATT--GGA----TA-ATAC--G--------A----A-----TGGT-A-C-TG-T----ACGA--C-T-AGCGATT--GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|20 : T-GCA--CGT-GA--AGG--------TG-ATC--G------TA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----ACG-ATC-T-A-CGATCG-GAAAGTGAA-AC-GACCg
gi|21 : AG-ATTACT-----GCA-GAGGAT--A-C----GGATATTCCAAAATCATG--A------------T----A--A--AAT-ATT-GAA---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAgc
gi|3 : GTGTCCATT---CATTC--CATT--GTCAA----CGCCTTTTAACATGTACA-TATCTACATATATATTCA-TAA-ATTACT-----GCA-GGCGAT--A-C----GGCTAT--------------A------------G----G--A--AAT-GTT-GAT---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--C--T---------TT-----------GA-A-TCTAC-C-----------TGCCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-AGACGT--AAAT-TACAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACAGA-TT-AA--GA-CAAG---TTT------GG-T--GAA----------A----CGC---GTG-T-ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------TG--TC--G------CA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGAT-T----ACGAATC-T-A-CGATCA-GATAGTGAA-AC-GACC
gi|4 : CCATT---CATTC--CATTT-GTCAA----C-CCTTTTAACATGTACA-TATCTACATATATATTCA-TAA-ATTACT-----GCATGGCGAT--A-C----GGCTATT-------------A------------G----G--A--AATTGTT-GAT---A------A----TA-TGGGTA-GCCTTAG-TTAA--TC-T---------TT-----------GA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAG-G-AGA-AGA-----TTC--AAAAAG---TCAGGACGT--AAAT-TACAA-TCGTAAG--T-G-CT-AC-GA-CT-AA--GA-CA-----TTT-----GGG-T--GAA----------A----CGCTC-GTG-T-ACGTTGC---CGTTGA--AGG--------TG-ATC--G------CA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGAT-T----ACG-ATC-T-A--GATCA-GATAGTGGA-
gi|5 : ----A--A--AAT-CTC-GAGCAAA------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-CTTATCT--T---------TC-----------AA-ACTCTAC-C-----------T-CCACCAGAG-AGACAGACTGATTTC-TAAA------TT-GGACGTTAGAATCCGCAATTCGTAAG--T-T-CTGACCGACCT-AT--GA-CAGG---GTTCCTCGCGTGT--GAACCCCGGGCCTC----CGC---GTT-C-ACCT-GCACCCGT-CA--ATGCCCCTCTTTG-CCC--GCTTCCATG-A-TC--G-------TA----AACTAATCGTCACCGTT-TACACACGACTC-T-C-CGATCGCGTTAGTGAA-ACTGAC
gi|6 : cggtatattccATT---CATAA--TATTTAGTCAAAGCTC-GCTAATAACAT-TA-ACTATTTACATATAT-TCTA-TAG-ATTA-T-----G---AACAAT--T-C-------TAT--------------T------------G----C--C--AAT-CAT-GAA---A------A----TA-T---TACGGCCTAG-TTAA--T--TATGTGCAGATA-----------AA-A-TCTAC-C-----------T--CG-CGGAG-AGA-AG---G--TCC-TCTAAAG---TT--GACGT--AAAT-C-CAA-TC
gi|7 : agtttttacacctttaATTC--CATT--GGCAT----C-CCT--TAACATGT----TATCTACATATAT--TCA-AAG-ATTACT-----GCA-GACGAC--A-C----AGATAT--------------ATTCCAAAATCATG----AGCG--AAT-ATT-TAC---AACATACA----TG-TA--TA-GGCCTAG-ATAA--T--T---------TC-----------AA-A-TGTTC-C-----------T-CTC-CAGAT-AG------------------AAG---TC-GGACGT--AACT-CGCAG-TCGTAA
gi|8 : agtttctactacatgtaTAG-TTAA--T--T---------TTT----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--GC-TTCTTAAAAAG---TT-GGACGT--AAAT-CGC-A-TC-TACA--T-GTCT-A-CGA-CT-AC--GA-CATG---TTT-----CG--T--GAA----------AGCTCCGC---CT--T-ACG--G-A--CGT-CA--ATG--------TG-ATC--G------TATA-ACTGA-------TA----C-----TCG----CGTT-T----AC--ATCTT-A-C-ATCG-GTTA-TGAA-AC-GACC
gi|9 : --CATT--GTCAA------------AACAT-CA-G-GCTCTATAT-----TTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GATTATCCATC----GGATAT--------------ATTCCAAATTCATG----A--ACAAAT-ATT-GAA---A------T----TA-TG--TA-GG-CTAG-GTTA--T--T---------TT-----------AA-A-TC-AC-C-------------ACG-CAAAG-AGA-AGA--G--TT--TAAAAAG---TT-GGA-GT--AA
blockSeqs : AAA GA TA AGCTCGCTAA GTACATATC TATA A GT . T T CC T TTCT ATTCCAAAATCATGAG GC CA C A GCAA ACATACA G GG C C T TTATGTGCAGATA . C T AG G C C C CTGAT T . AG TA C T TT TG G G C A CT A TTT CCTCGCGTGT CCCCGGGCCTC CCGATGC T TT CC TG TT CCCCTCTT A GCTTCCA AT TG CCATTCGTAGCACA C T G ACAC AT T G G C T T
blockSeqs : . GA A GAGCCCTAA GTACATATC TATA A G . . T . . . TCCAAAATCATGAT . . C . C AAACA . A . C . TATTTT . . T . . C C C AGC . . G . . . . TG . G . . CT . . CGTTAG AGCTC CCGATGC . T . G . G . CGG TA . CCATTCGTAGCACA . T G . AT . . . . . .
blockSeqs : . . T CGCCTTT GTAACTAT TATA . G . . A . . . ATTCCAAAATCATG . . T . C TAGTA . A . T . TCTTTC . . . . . . . . GC . . A . . . . TT . C . . . . . TTTT A TCGTG . T . G . G . GGA T . TAAACTAA . C . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . CCCGAA TAACTATT GTA . G . . G . . . ATTCCAAATTCATG . . . . A CACT . . . C . TTTTT . . . . . . . . T . . G . . . . GT . C . . . . . TTTT A TCGT . T . A . . . T T . TAA . . . . AC . . . . . .
blockSeqs : . . . CCCGAA GTAAATT GTA . A . . A . . . ATTCCA . . . . A CACT . . . C . TCTTT . . . . . . . . T . . G . . . . C . A . . . . . TCGT A TCG . T . G . . . T A . TAA . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . CCCTTT CAGGCTC TAT . A . . A . . . AATTCC . . . . G AA . . . C . TTTTT . . . . . . . . G . . G . . . . G . C . . . . . GGGT A GTG . T . G . . . G A . TAA . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . ACCTA GTTATC TAT . G . . G . . . ATTCT . . . . G A . . . C . ATTT . . . . . . . . G . . G . . . . G . C . . . . . GGT A GTT . . . C . . . G A . TAC . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . ACCTA GTATT TAT . G . . G . . . TAG . . . . C A . . . C . ATTT . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . . . CGT A CT . . . C . . . G A . AA . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . CCCT AATA TA . G . . G . . . AG . . . . A A . . . C . TTTT . . . . . . . . G . . . . . . . . G A . AA . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . AATA . . . . . A . . . AG . . . . A A . . . C . TATT . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . G . . . TT . . . . T A . . . C . TGTA . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . T . . . AG . . . . T A . . . C . CTTT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TG . . . . A A . . . . . TTTC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C A . . . . . TTTT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A T .
blockSeqCons : *** CCCTA****** GTAATATC** TATA ***** **** ATTCCG************************** TTTT************************ *********** *** CCGTG** A*
originalCons : GTATCCATT---CATTC--CATT--GTCAA----C-CCTAATAACATGTA-A-TATCTACATATATATTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-C----GGATAT--------------A------------G----A--A--AAT-ATT-GAN---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--T--T---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-GGACGT--AAAT-CGCAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACCGA-CT-AA--GA-CAGG---TTT-----CGT-T--GAA----------A----CGC---GTG-T-ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------TG-ATC--G------TA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----ACGAATC-T-A-CGATCG-GTTAGTGAA-AC-GACC
finalCons : GTATCCATT---CATTC--CATT--GTCAACCCTA------TAACATGTAATATC--TACATATATATTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-C----GGATATATTCCG--------------------------A--A--AAT-ATT-GAN---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAATTTT------------------------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-GGACGT--AAAT-CGCAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACCGA-CT-AA--GA-CAGG---TTT-----CGT-T--GAA----------A----CGCCCGTG--T-ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------TG-ATC--G------TA-A-AC--G-------TA----A-----TCGT-A-CGTT-T----ACGA-TC-T-A-CGATCG-GTTAGTGAA-AC-GACC
Alignments
lowQualScore : 111 1111 11 33333333333333 2222222222222 44444444444444444444444444444444444444444 22222222222 1111111111111111111111111111 11111111111 11111 11 111 11 111 222222222 1111 44444444444444444444 3333333333333333 1 111
lowQualScore : 0 555 3333 22 22222222222222 8888888888888 66 2 7 44 0 77777 2 3 33 2 444 5 55555555555555555555555555555555555555555 2 5555 44444444444 2 99 2 2 5555555555555555555555555555 2 2 5 66666666666 2 5 5 5 77777 0 2 777 00 66 5 0 0 5 0 66 666 4 9 4 4 22 4 0 222 222222222 66 9999 9999 66 8888 66 99 55 88 55 00000000000000000000 4 88888 444 6666666666666666 4 2 8 8888 4 000 4 4 4 77 4 4
lowQualScore : . ... .... .. .............. ............. .. . . .. . ..... . . .. . ... . ......................................... . .... ........... . .. . . ............................ . . . ........... . . . . ..... . . ... .. .. . . . . . .. ... . . . . .. . . ... ......... .. .... .... .. .... .. .. .. .. .. .................... . ..... ... ................ . . . .... . ... . . . .. . .
lowQualScore : 3 666 1111 33 55555555555555 0000000000000 00 1 3 33 4 77777 9 5 99 7 777 7 22222222222222222222222222222222222222222 5 4444 88888888888 7 00 7 5 9999999999999999999999999999 7 7 3 33333333333 7 3 3 3 55555 5 9 000 11 11 0 2 1 0 7 11 111 4 4 4 4 22 4 1 222 000000000 11 4444 4444 11 8888 11 77 55 11 55 55555555555555555555 0 55555 222 9999999999999999 0 0 0 5555 0 555 0 0 0 22 0 4
consensus : GTATCCATT---CATT-C--CATT--GTCAA----C--CCTA-T-AACATGTA-A-TATCTACATATATATTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-C---GGATATA---TT-CC----------G----------AA----------AATATT-GAN---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--T--T---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-GGACGT--AAAT-CGCAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACCGA-CT-AA--GA-CAGG---TTT-----CGT-T--GAAA----C----GC--CCG-TG-T--ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------------------TG-ATC--G--TA-A-AC--G-------TA----ATCGT-A-CGTT-T----ACG-A-T-C-T-A-CGATCG-GTTAGTGAA-AC-GACC
Reference ( family-2808 ) : GTATCCATT---CATT-C--CATT--GTCAA----C--CCTA-T-AACATGTA-A-TATCTACATATATATTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-C---GGATATA---TT-CC----------G----------AA----------AATATT-GAN---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--T--T---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-GGACGT--AAAT-CGCAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACCGA-CT-AA--GA-CAGG---TTT-----CGT-T--GAAA----C----GC--CCG-TG-T--ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------------------TG-ATC--G--TA-A-AC--G-------TA----ATCGT-A-CGTT-T----ACG-A-T-C-T-A-CGATCG-GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|1 : TGTCC-TT---TATTAT--CATT--G--------------A-C-AACATG-G-A-TAT----ATAGGCATTCG-TAG-ATTGCTTTATTGCA-GACGAA--A-GAAAGGTTATA---TT-C----------------------AA----------AATCTT-GAG---G------A----TA-TA---A-TG---AA-TGAA--T--T---------TTTTTTACACAGGAATA-TTTAT-CATAATGTTATAT-CCA-TAGAG-AAA-AGA--A--T----AAAAAGAATTC-CGACGA--AAAT-CGTA-----CAAG--T-G-CT-AC-GA-CA-AC--GG-AAGG---TTT-----TGT-G--AAAA----C----GC--TAG-TA-T--CCAT-GCA--CGA-CA--AAG--------------------TG-ATC--C--TA-A--C--G-------TA----ATCGT-A-CGTT-T----AAG-A-A-C-T-G-CAATCG-GTTAGTGAA-AT-GACC
gi|10 : aaaGTATCCATTAAACATT-C--CATT--GTCAA----C--CCGAAT-AATAT--A-A-TA-----ATA-GTATCCAATA----TACT-----GCA-GACTTA--A-C---GGATATA------------------G----------AA----------AATATT-GAC---AC-----ACT--TA-AGA-TA-GGCCTAG-TCGA--A--T---------TT-----------AA-A-TCTACTC-----------C-CTG-CAGAGCAGA-ATA--T--TCC-TAAAGAg
gi|11 : acaaaGTATCCATTAAACATT-C--CATT--GTCAA----C--CCGAAT-AATAT--A-A-TA-----ATA-GTATCCAATA----TACT-----GCA-GACTTA--A-C---GGATATA------------------G----------AA----------AATATT-GAC---AC-----ACT--TA-AGA-TA-GGCCTAG-TCGA--A--T---------TT-----------AA-A-TCTACTC-----------C-CTG-CAGAGCAGA-ATA--T--TCC-TAAAGA
gi|12 : acaaaTATTAATT---CATT-AGATATT--GTCAA----A--CCTA-----CATGTA-A--ATTTACATAT--ATTCA-TAG-ATTAGT-----GCA-GCCAAT--A-C---GGATATA---TT-CT----------A----------AA----------ATCATGAGAA---A------A----TAGTG--TA-GGTCTAG-TTAAT-T--T---------TT-----------AA-C-TCTAC-C-----------T-CCGCCAGAG-AGACAGA--G--
gi|13 : gttttAAG--TTG-CT-ACGAA-CT-AACTAA-CAGG---TTT-----TTT-T--GAAA----C----GC--CCGATGCT--ACG--GCA--CGT-GA--AGGG-------------------TG-ATT--T--TA-T-AC--GCCATTCGTAGCACATTGT-ATCGTTGT----ACA-A-TTC-T-A-CGATTG-GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|14 : AAG--TTG-CT-ACGAA-CT-AACTAA-CAGG---TTT-----TTT-T--GAAA----C----GC--CCGATGCT--ACG--GCA--CGT-GA--AGGG-------------------TG-ATT--T--TA-T-AC--GCCATTCGTAGCACATTGT-ATCGTTGT----ACA-A-TTC-T-A-CGATTG-GTTAGTGAA-AC-GACCgagcc
gi|15 : TAAG--T-TTCT-ATCGA-CT-AA--GAACAGGT--TTT-----CG--T--GAAA----C----GC--TCG-T--T--AAGT-GCA--CGT--A--ATG--------------------TG-ATTCGG--TA-A-AC--G--------A----ATCGT-A-CTGT-T----ACG-A-T-C-TGA-CGATT--GTTAGTGAATAC-GAgagcc
gi|16 : GTTTCCATT---AATT-C--CATT--GTCAA----A--CCTA-T-AACATGT-----------ATTTATATTCA-TGG-ATTACT-----GCA-GACGAT--A-G---GGATATA---TT-CCAAAATCATGAG----------AA----------AATATT-GAA---A------A----T
gi|17 : -GACAAT--A-C---GGATATA---TT-CC----------A----------AA----------AGCATA-GAG---A------AAACATA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--TATT---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--AGCTTC-TAA
gi|18 : -----GCG-GACAAT--A-C---GGATATAA--TT-CC----------A----------AA----------ATCATT-GAG---A------AA---TA-TG--TA-GG-CTAGTTTAA--T--T---------TT-----------AC-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA-----TTC-
gi|19 : ----------AA----------AATATT-GAC---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TCAA--T--A---------TT-----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-GAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---T
gi|2 : ATT---CATT-AGATATTA-GTCAAGAG-C--CCTAAT-AACATGTA-ACTAT-TAC--ATATATTCA-TAGTATTA-T-----G-A-AAC-AT--T-C---TTCTGTATTTTT-CC----------A----------A--------------ATT-GAA---ATAGT--A----TG-TG--TG-CACCT-G-TT-A--T--G---------TA-----------AA-A-TCTAC-CAG---------T-CGG---GAG-AGA-AG---G--TCC-T-CAAAG---TT--GACGT--AAAT-AGCCA-TCGTAAGTTT-C-CT-ATCGA-CTAAA--GA-CAGGTTTTTT-----CGT-TAGAAAA----C----GC--TCG-T--T--AAGT-GCA--AGT-AATTAGT--------------------TGAATT--GGATA-ATAC--G--------A----ATGGT-A-C-TG-T----ACG-A---C-T-AGCGATT--GTTAGTGAA-AC-GACC
gi|20 : T-GCA--CGT-GA--AGG--------------------TG-ATC--G--TA-A-AC--G-------TA----ATCGT-A-CGTT-T----ACG-A-T-C-T-A-CGATCG-GAAAGTGAA-AC-GACCg
gi|21 : AG-ATTACT-----GCA-GAGGAT--A-C---GG--ATA---TT-CC----------AAAATCATGATAA----------AATATT-GAA---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAgc
gi|3 : GTGTCCATT---CATT-C--CATT--GTCAA----CGCCTTT-T-AACATGTACA-TATCTACATATATATTCA-TAA-ATTACT-----GCA-GGCGAT--A-C---GGCTATA------------------G----------GA----------AATGTT-GAT---A------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-TTAA--C--T---------TT-----------GA-A-TCTAC-C-----------TGCCG-CAGAG-AGA-AGA--G--TTC-TAAAAAG---TC-AGACGT--AAAT-TACAA-TCGTAAG--T-G-CT-ACAGA-TT-AA--GA-CAAG---TTT------GG-T--GAAA----C----G----CG-TG-T--ACGT-GCA--CGT-GA--AGG--------------------TG--TC--G--CA-A-AC--G-------TA----ATCGT-A-CGAT-T----ACGAA-T-C-T-A-CGATCA-GATAGTGAA-AC-GACC
gi|4 : CCATT---CATT-C--CATTT-GTCAA----C--CCTT-TTAACATGTACA-TATCTACATATATATTCA-TAA-ATTACT-----GCATGGCGAT--A-C---GGCTAT-----T-AG----------G----------AA----------ATTGTT-GAT---A------A----TA-TGGGTA-GCCTTAG-TTAA--TC-T---------TT-----------GA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAG-G-AGA-AGA-----TTC--AAAAAG---TCAGGACGT--AAAT-TACAA-TCGTAAG--T-G-CT-AC-GA-CT-AA--GA-CA-----TTT-----GGG-T--GAAA----C----GC--TCG-TG-T--ACGTTGC---CGTTGA--AGG--------------------TG-ATC--G--CA-A-AC--G-------TA----ATCGT-A-CGAT-T----ACG-A-T-C-T-A--GATCA-GATAGTGGA-
gi|5 : -C---GG-TATA---TT-CC---------------------AA----------AATCTC-GAGCAAA------A----TA-TG--TA-GGCCTAG-CTTATCT--T---------TC-----------AA-ACTCTAC-C-----------T-CCACCAGAG-AGACAGACTGATTTC-TAAA------TT-GGACGTTAGAATCCGCAATTCGTAAG--T-T-CTGACCGACCT-AT--GA-CAGG---GTTCCTCGCGTGT--GAAC----CCCGGGCCTCCG-CG-TTCACCT-GCACCCGT-CA--ATGCCCCTCTTTGCCCGCTTCCATG-ATC--G--TA-A-AC----------TA----ATCGTCACCGTT-TACACACG-ACT-C-T-C-CGATCGCGTTAGTGAA-ACTGAC
gi|6 : ATT---CATA-A--TATTTAGTCAAAGCTC--GCTAAT-AACAT-TA-ACTATTTACATATAT-TCTA-TAG-ATTA-T-----G---AACAAT-----------TCTA---TTGCC---------------------------------AATCAT-GAA---A------A----TA-T---TACGGCCTAG-TTAA--T--TATGTGCAGATA-----------AA-A-TCTAC-C-----------T--CG-CGGAG-AGA-AG---G--TCC-TCTAAAG---TT--GACGT--AAAT-C-CAA-TC
gi|7 : agtttttacacctttaATT-C--CATT--GGCAT----C--CCT--T-AACATGT----TATCTACATATAT--TCA-AAG-ATTACT-----GCA-GACGAC--A-C---AGATATA---TT-CC----------A----------AAATCATGAGCGAATATT-TAC---AACATACA----TG-TA--TA-GGCCTAG-ATAA--T--T---------TC-----------AA-A-TGTTC-C-----------T-CTC-CAGAT-AG------------------AAG---TC-GGACGT--AACT-CGCAG-TCGTAA
gi|8 : agtttctactacatgtaTAG-TTAA--T--T---------TTT----------AA-A-TCTAC-C-----------T-CCG-CAGAG-AGA-AGA--GC-TTCTTAAAAAG---TT-GGACGT--AAAT-CGC-A-TC-TACA--T-GTCT-A-CGA-CT-AC--GA-CATG---TTT-----CG--T--GAAAGCTCC----GC--CT-----T--ACG--G-A--CGT-CA--ATG--------------------TG-ATC--G--TATA-ACTGA-------TA----CTCG----CGTT-T----AC--A-T-CTT-A-C-ATCG-GTTA-TGAA-AC-GACC
gi|9 : --CATT--GTCAA--------------AACAT-CA-G-GCTCTATAT-----TTCA-TAG-ATTACT-----GCA-GATTATCCATC---GGATATA---TT-CC----------A----------AATTCATGAACAAATATT-GAA---A------T----TA-TG--TA-GGC-TAG-GTTA--T--T---------TT-----------AA-A-TC-AC-C-------------ACG-CAAAG-AGA-AGA--G--TT--TAAAAAG---TT-GGA-GT--AA