lowQualScore : 11111111 1 11111
lowQualScore : 2 2 88 2 2 33 66666 2 2 2 4 2 2 33 11111111 2 3 444 2 11111 1
lowQualScore : . . .. . . .. ..... . . . . . . .. ........ . . ... . ..... .
lowQualScore : 9 9 44 5 5 11 11111 2 2 2 5 2 2 11 11111111 4 8 444 4 33333 6
consensus : GTATATAC-T-C-GCA-T-A--TA---G-GTCGA-C-CC-GCG-T-A--T--------AAG-TCGGG--A-ACCCC--T--TTTTCGGAG
Reference ( gi|10 ) : GTATATAC-T-C-ACA-T-A--TA---G-GTCGA-C-CC-GTG-T-A--T--------AAG-TAGGG--A-ACCCC--C--TTTCCGGAG
gi|20 : GTATGTAC-T-C-GCA-T-A--CA---G-GTCGA-C-CC-ACG-T-G--T--------A
gi|12 : tataccTATATAC-T-C-GCA-T-A--TA---T-GTCAA-C-C--GCG-T-A--T--------AAG-TCGGG--A-ACCCC--T--CTTTCGGA
gi|11 : TATATAC-T-C-GCA-T-A--TA---T-GTCAA-C-C--GCG-T-A--T--------AAG-TCGGG--A-ACCCC--T--CTTTCGGA
gi|16 : TATATAC-T-T-GCA-T-A--TA---G-GTTGA-C-CG-GCG-T-A--T--------AAA-TAGGA--A-ACCC
gi|3 : TATATACCT-CGATG-TTA--TA---G-GTCGA-C-CC-GGG-T-AATT--------AAG-TCGGT--A-ACCCC--T--CTTaacttt
gi|9 : TATATAA-T-C-GCA-T-A--TA---G-GTCGA-C-CC-TTG-C-A--TCC------ATC-T---G--A-ACCCA--T--CTTTCGGAggaaaaatct
gi|15 : TATATAC-T-A-GCA-C-A--TA---A-GTCAG-T-CT-GGG-T-A--T--------AAG-TTGGA--A-AACCC--A--TTTaaaa
gi|2 : TATCTAC-T-C-GCA-T-A--TATAAG-TTCGA-C-CC-GCG-T-A--TTGCGCAGAGAG-TCGGG--T-ACCCT--T--TTTtg
gi|19 : aATACAC-T-C-GCA-T-A--TA---G-GTCGA-C-CC-ACG-T-A--T--------AAG-TCGGG--A-ACCggggtgagaatttt
gi|4 : aATGTAC-T-C-CCA-T-ACGTA---T-GTCGA-C-CC-GCG-T-A--T--------AAG-TCGGA--A-AACCC--T--TTTTGGGAG
gi|6 : acATATAC-T-C-GCA-T-A--TA---G-GTCAA-C-CC-GCGTT-A--T--------AAT-TCCGGTCA-ATCCCATC--TTTCaaat
gi|14 : TATAC-T-A-GCA-T-A--TA---A-GTCGA-T-CC-GCT-T-A--T--------AAA-TCGGG--A-ACCCC--T--TTTagaga
gi|5 : gATAC-TGC-GCAAT-A--TA---TTGTCAA-CGCC-GCG-T-A--T--------AAG-TCGGG--A-ACCCT--C--TTTCTGtgga
gi|13 : tcaAC-T-T-GTA-C-A--TA---A-GTCGA-C-CCAGCA-T-G--T--------AAG-TCGGT--A-ACCCC--A--TTTTTGGAGaga
gi|17 : A-T-A--TA---A-GTCGA-C-CC-ATG-T-G--T--------AAG-CCAGT--A-ACCCC--T--TTTTTGGAGa
gi|8 : a-T-A--TA---A-GTCGACC-CC-ATG-T-G--T--------AAGCCAGT-----ACCCC--T--TTTTTGGAGa
gi|18 : aaggattaaaat--TA---G-GTCGA-C-CC-TCG-T-A--A--------AAG-TCGGG--A-ACCCC--T--CTTTCGGAaa
gi|1 : --TA---G-GTCGA-C-CC-GCG-TAA--T--------AAG-TCGGA--AGATCCT--CTGTTTCCGtaaat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AGGATTAAATTATAAGTCGGACCCCATGTGTAAGCCAGTAACCCTTTTTTTGGAGAA
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 333 22 55555 22 2 4 2 2 22 77777777 44444 33 2 2
lowQualScore : . . . ... .. ..... .. . . . . .. ........ ..... .. . .
lowQualScore : 7 7 2 999 88 33333 88 0 0 0 0 88 22222222 99999 11 2 2
consensus : GTATATAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TT-TTTCGGAG
Reference ( family-28 ) : GTATATAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TT-TTTCGGAG
gi|1 : --TA---G-GTCGA--C-CC-GCG-TAA--T--------AAGTCGGAAG--ATCCT--C-TG-TTTC
gi|10 : gtattatacctctgatggtatcggGTATATAC-T-CACA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-GTG-T-A--T--------AAGTAGG--G--AACCC--C-CT-TTCCGGAGcgtggaaaggtagaaa
gi|11 : TATATAC-T-CGCA-T---A--TA---T-GTCAA--C-C--GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TC-TTTCGGA
gi|12 : TATATAC-T-CGCA-T---A--TA---T-GTCAA--C-C--GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TC-TTTCGGA
gi|13 : AC-T-TGTA-C---A--TA---A-GTCGA--C-CCAGCA-T-G--T--------AAGTCGG--T--AACCC--C-AT-TTTTGGAG
gi|14 : TATAC-T-AGCA-T---A--TA---A-GTCGA--T-CC-GCT-T-A--T--------AAATCGG--G--AACCC--C-TT-TTT-GGAa
gi|15 : gTATATAC-T-AGCA-C---A--TA---A-GTCAG--T-CT-GGG-T-A--T--------AAGTTGG--A--AAACC--C-AT-TTT
gi|16 : TATATAC-T-TGCA-T---A--TA---G-GTTGA--C-CG-GCG-T-A--T--------AAATAGG--A--AACCCAAC-TT-g
gi|17 : A-T---A--TA---A-GTCGA--C-CC-ATG-T-G--T--------AAGCCAG--T--AACCC--C-TT-TTTTGGAG
gi|18 : a--TA---G-GTCGA--C-CC-TCG-T-A--A--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TC-TTTCGGAa
gi|19 : ATACAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-ACG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCtaaat
gi|2 : aTATCTAC-T-CGCA-T---A--TATAAG-TTCGA--C-CC-GCG-T-A--TTGCGCAGAGAGTCGG--G--TACCC--T-TT-TT
gi|20 : aGTATGTAC-T-CGCA-T---A--CA---G-GTCGA--C-CC-ACG-T-G--T--------Aggggtgagaatttt
gi|3 : tataccTATATACCT-CG-A-TGTTA--TA---G-GTCGA--C-CC-GGG-T-AATT--------AAGTCGG--T--AACCC--C-TC-TT
gi|4 : ATGTAC-T-CCCA-T---ACGTA---T-GTCGA--C-CC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--A--AAACC--C-TT-TTTGGGAGggaaaaatct
gi|5 : acATAC-TGCGCAAT---A--TA---TTGTCAA--CGCC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AA-CC--C-TC-TTTCTGAGaaat
gi|6 : tcaATATAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCAA--C-CC-GCGTT-A--T--------AATTCCG--GTCAATCC--CATC-TTTCAGAGa
gi|7 : -T---A--TA---A-GTCGGACC-CC-ATG-T-G--T--------AAGCCAG--T--AACCC----TTTTTTTGGAGa
gi|8 : aggattaaat-T---A--TA---A-GTCGA--C-CCCATG-T-G--T--------AAGCCAG--T--A-CCC--C-TT-TTTTGGAGaa
gi|9 : aaggattaaaatTATATAA-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-TTG-C-A--T--------CCATC-T--G--AACCC--A-TC-TTTCGGAaa
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 333 22 55555 22 2 4 2 2 22 77777777 44444 33 2 2
lowQualScore : . . . ... .. ..... .. . . . . .. ........ ..... .. . .
lowQualScore : 7 7 2 999 88 33333 88 0 0 0 0 88 22222222 99999 11 2 2
consensus : GTATATAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TT-TTTCGGAG
Reference ( family-28 ) : GTATATAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TT-TTTCGGAG
gi|1 : --TA---G-GTCGA--C-CC-GCG-TAA--T--------AAGTCGGAAG--ATCCT--C-TG-TTTC
gi|10 : gtattatacctctgatggtatcggGTATATAC-T-CACA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-GTG-T-A--T--------AAGTAGG--G--AACCC--C-CT-TTCCGGAGcgtggaaaggtagaaa
gi|11 : TATATAC-T-CGCA-T---A--TA---T-GTCAA--C-C--GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TC-TTTCGGA
gi|12 : TATATAC-T-CGCA-T---A--TA---T-GTCAA--C-C--GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TC-TTTCGGA
gi|13 : AC-T-TGTA-C---A--TA---A-GTCGA--C-CCAGCA-T-G--T--------AAGTCGG--T--AACCC--C-AT-TTTTGGAG
gi|14 : TATAC-T-AGCA-T---A--TA---A-GTCGA--T-CC-GCT-T-A--T--------AAATCGG--G--AACCC--C-TT-TTT-GGAa
gi|15 : gTATATAC-T-AGCA-C---A--TA---A-GTCAG--T-CT-GGG-T-A--T--------AAGTTGG--A--AAACC--C-AT-TTT
gi|16 : TATATAC-T-TGCA-T---A--TA---G-GTTGA--C-CG-GCG-T-A--T--------AAATAGG--A--AACCCAAC-TT-g
gi|17 : A-T---A--TA---A-GTCGA--C-CC-ATG-T-G--T--------AAGCCAG--T--AACCC--C-TT-TTTTGGAG
gi|18 : a--TA---G-GTCGA--C-CC-TCG-T-A--A--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TC-TTTCGGAa
gi|19 : ATACAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-ACG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCtaaat
gi|2 : aTATCTAC-T-CGCA-T---A--TATAAG-TTCGA--C-CC-GCG-T-A--TTGCGCAGAGAGTCGG--G--TACCC--T-TT-TT
gi|20 : aGTATGTAC-T-CGCA-T---A--CA---G-GTCGA--C-CC-ACG-T-G--T--------Aggggtgagaatttt
gi|3 : tataccTATATACCT-CG-A-TGTTA--TA---G-GTCGA--C-CC-GGG-T-AATT--------AAGTCGG--T--AACCC--C-TC-TT
gi|4 : ATGTAC-T-CCCA-T---ACGTA---T-GTCGA--C-CC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--A--AAACC--C-TT-TTTGGGAGggaaaaatct
gi|5 : acATAC-TGCGCAAT---A--TA---TTGTCAA--CGCC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AA-CC--C-TC-TTTCTGAGaaat
gi|6 : tcaATATAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCAA--C-CC-GCGTT-A--T--------AATTCCG--GTCAATCC--CATC-TTTCAGAGa
gi|7 : -T---A--TA---A-GTCGGACC-CC-ATG-T-G--T--------AAGCCAG--T--AACCC----TTTTTTTGGAGa
gi|8 : aggattaaat-T---A--TA---A-GTCGA--C-CCCATG-T-G--T--------AAGCCAG--T--A-CCC--C-TT-TTTTGGAGaa
gi|9 : aaggattaaaatTATATAA-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-TTG-C-A--T--------CCATC-T--G--AACCC--A-TC-TTTCGGAaa
blockSeqs : C G A GTT CG TAAG AC G A T . AT TGCGCAGA GTC AA A T
blockSeqs : . . . . . TT . . C . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . G
blockSeqs : . G . . . . . . .
blockSeqCons : G****
originalCons : GTATATAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TT-TTTCGGAG
finalCons : GTATATAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-GCG-T-A--T--------AAGTCGGG----AACCC--C-TT-TTTCGGAG
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 333 22 55555 22 2 4 2 2 22 77777777 44444 33 2 2
lowQualScore : . . . ... .. ..... .. . . . . .. ........ ..... .. . .
lowQualScore : 7 7 2 999 88 33333 88 0 0 0 0 88 22222222 99999 11 2 2
consensus : GTATATAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TT-TTTCGGAG
Reference ( family-28 ) : GTATATAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TT-TTTCGGAG
gi|1 : --TA---G-GTCGA--C-CC-GCG-TAA--T--------AAGTCGGAAG--ATCCT--C-TG-TTTC
gi|10 : gtattatacctctgatggtatcggGTATATAC-T-CACA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-GTG-T-A--T--------AAGTAGG--G--AACCC--C-CT-TTCCGGAGcgtggaaaggtagaaa
gi|11 : TATATAC-T-CGCA-T---A--TA---T-GTCAA--C-C--GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TC-TTTCGGA
gi|12 : TATATAC-T-CGCA-T---A--TA---T-GTCAA--C-C--GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TC-TTTCGGA
gi|13 : AC-T-TGTA-C---A--TA---A-GTCGA--C-CCAGCA-T-G--T--------AAGTCGG--T--AACCC--C-AT-TTTTGGAG
gi|14 : TATAC-T-AGCA-T---A--TA---A-GTCGA--T-CC-GCT-T-A--T--------AAATCGG--G--AACCC--C-TT-TTT-GGAa
gi|15 : gTATATAC-T-AGCA-C---A--TA---A-GTCAG--T-CT-GGG-T-A--T--------AAGTTGG--A--AAACC--C-AT-TTT
gi|16 : TATATAC-T-TGCA-T---A--TA---G-GTTGA--C-CG-GCG-T-A--T--------AAATAGG--A--AACCCAAC-TT-g
gi|17 : A-T---A--TA---A-GTCGA--C-CC-ATG-T-G--T--------AAGCCAG--T--AACCC--C-TT-TTTTGGAG
gi|18 : a--TA---G-GTCGA--C-CC-TCG-T-A--A--------AAGTCGG--G--AACCC--C-TC-TTTCGGAa
gi|19 : ATACAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-ACG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AACCtaaat
gi|2 : aTATCTAC-T-CGCA-T---A--TATAAG-TTCGA--C-CC-GCG-T-A--TTGCGCAGAGAGTCGG--G--TACCC--T-TT-TT
gi|20 : aGTATGTAC-T-CGCA-T---A--CA---G-GTCGA--C-CC-ACG-T-G--T--------Aggggtgagaatttt
gi|3 : tataccTATATACCT-CG-A-TGTTA--TA---G-GTCGA--C-CC-GGG-T-AATT--------AAGTCGG--T--AACCC--C-TC-TT
gi|4 : ATGTAC-T-CCCA-T---ACGTA---T-GTCGA--C-CC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--A--AAACC--C-TT-TTTGGGAGggaaaaatct
gi|5 : acATAC-TGCGCAAT---A--TA---TTGTCAA--CGCC-GCG-T-A--T--------AAGTCGG--G--AA-CC--C-TC-TTTCTGAGaaat
gi|6 : tcaATATAC-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCAA--C-CC-GCGTT-A--T--------AATTCCG--GTCAATCC--CATC-TTTCAGAGa
gi|7 : -T---A--TA---A-GTCGGACC-CC-ATG-T-G--T--------AAGCCAG--T--AACCC----TTTTTTTGGAGa
gi|8 : aggattaaat-T---A--TA---A-GTCGA--C-CCCATG-T-G--T--------AAGCCAG--T--A-CCC--C-TT-TTTTGGAGaa
gi|9 : aaggattaaaatTATATAA-T-CGCA-T---A--TA---G-GTCGA--C-CC-TTG-C-A--T--------CCATC-T--G--AACCC--A-TC-TTTCGGAaa