lowQualScore : 1 22 22222222 111111 2222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 1111 333333333333333333333 11 11111111111 1111 33333333 333333 22 1 1
lowQualScore : 3 3 22 55 33333333 1 6666 444 2 5555 888888 5555555 2 55555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 5555 33 555555 8888 3 555555555555555555555 3 99 4 44 6 66 22222222222 3 0 6666 66666666 1 666666 6 77 99 3 5 5
lowQualScore : . . .. .. ........ . .... ... . .... ...... ....... . ..... ....................................................... .. .... .. ...... .... . ..................... . .. . .. . .. ........... . . .... ........ . ...... . .. .. . . .
lowQualScore : 8 6 11 88 44444444 1 4444 444 5 3333 999999 5555555 2 66666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44 3333 77 222222 3333 6 222222222222222222222 6 00 4 11 9 77 55555555555 3 8 0000 22222222 2 555555 0 55 00 0 0 0
consensus : TGAAAAGGCC-AA-CGACACTG-TTGGT--T-N-TTTAA-A--CC---T-C----AA-TTTTTCGACGCAA-C-CCGCGT-C-----TT---------------------T-A--------T-C--AAGAG------AC--AN-AT--AT----TACATATACAT-NA---AA---CA-CACTA----C---------A------A-AAANNGGC-AATTATCAATNAA-CTACATCG----T-AAG--CAAGAGTATTCNACTG--------AATTGACAACGAAANNATGNCCAGCTTCTNTTNTGTCANCCGGTTCGTCAC
Reference ( gi|4 ) : TGAATAGGCC-AA-CGACACTG-TTGGA--T-T-TTTAA-A--CC---T-C----AA-TTTGTCGACGCAA-C-CAGTGT-C-----TT---------------------T-A--------T-C--ATGAA------AC--AA-AT--AT----TACATATACAT-CA---AA---CA-CACTA----C---------A------A-AAATAGGT-AATTATCAATTAA-CTACATCG----T-AAG--CGAGAGTATTTTACTG--------AATTGACAATGAAAAT-TTCCCAGCCTCTAATTCGTCATCCGTTTCGTAAC
gi|8 : TGAAAAGGCC-A--TGACACTG-TTAGT--T-A-TCTAACA--CC---C-A----AA-TTT-TCGACACAA-A-CGGCAT-C-----TT---------------------T-A--------T-C--AAAAG------AC--AT-AT--AC----TGCAC-TGCA--CA---AATATCA-CACCA----CAGACTATGAA------A-AAAT-GAC-AAATATTGATAAT-CTACATCA----T-
gi|10 : aagcacTGAAAAGGCC-A--CGGCACTG-TTGGT--T-A-TCTAA-C--CG---T-C----AA-TT------------------AT-T-----TT---------------------T-A--------CGC--AT---------AC--A---T--AT----TACATGTACAT-GT---AA-------ACTA----TG--------A------A-AAACGGAT-A-TTATCAGTAAA-CTACATCG----T-t
gi|17 : cTGAAAAGGGC-AAACGACACTG-ATGCT--T-A-TATAA-A--CT---C-C----AA-T---TCGACGCAA-TGCA-CGT-C-----TT--------------------------------T-C--AAGAT------AC--AC-AT--AT----TGCGTATAta
gi|3 : acTGAAAAGGCC-A--CG-CACTG-TTGG---T-A-TCTAA-C--CG---T-C----AA-TT------------------AT-T-----TT---------------------T-A--------CGC--AT---------AC--A---T--AT----TACATGTACAT-GT---AA-------ACTA----TG--------A------A-AAACGGAT-A-TTATCAGTAAAACTACATCG----T-TAA--CAACAGTA
gi|1 : gcgcgcgtgcgtgtgtgtgtaaaaatccaacaacacccttttcttatagtgctgtatctaaaatagataagcacTGAAAAGGCT-A--CGACA--A-GTGGT--TAT-TTTAA-AAATC---T-C----AA-ATTTTAAACGCAT-C-TCGTGT-TAAAATTT---------------------TGA--------T-A--AAGAG------AC--AT-AT--AT----TACATA---AA-CA---AA---TATCA-TA----C---------T------A-AAAT-GAC-AAATATTAATAAT-CAACATCG----T-TTA--CAAGAATGATTAACTGATAGAATAAATTGAAAATAAAAatagacttaaaatttaaa
gi|20 : gtgtgtgtgtgcgtgtgtgaagaaaatccaacaacaccacactttcataaagtgtcaggtcgaagaataagaagtttatagcagcacTGAAAAGGAC-A--CGCCATTG-TTGG---T-T-TTTA-----CC---C-C------------CGACGCAA-T-CGGCAT-C-----TT---------------------T-A--------T-C--A
gi|12 : cGAAAAGGCC-AA--GACACTGCTTG----T-T-ATTAA-C--CCGCGT-C-------TTTATCAA-GAGA-C---ATATCC-----TC---------------------C-A--------T-C------A------AC--AA-AT--AT----TACACA---AT-GAT--AA---GA-CA--A----C---------A------A-AAaaa
gi|7 : tatacacagcagcaccAATAGGCC-------CAC------GA--T-T-TTTAA-A--AC---T-TTTAAAA-GTTTTCGACGCAA-G-CCGCGT-C-----TT---------------------T-A--------T-C--AAGAG------AA--AC-AT--AC----TGTATATACAT-CA---AA---CA-CACTG----C---------ACCCTATA-AAAACGGC-AATTATCAATTAA-ATAC
gi|6 : gctgctgaAGGCCGAA-CGACACTG-ATGGT--T-A-TCTAA-A--CC---T-C----AA-ATTTTCGACGCAA-C-CCGCGT-C-----TT---------------------T-A--------T-C--AAGAG------AC--AC-AT--AT----TACATGTCCATACACATAA---AA-TACTA----C---------A------ggtacatcaaaatgatctc
gi|15 : aaAGGCC-AAACGACACTA-ATACACAT-G-TATAA-A--CT---T-C----AA-ATTTTCAACGCAA-C-ACGCGT-C-----TT---------------------T-A--------T-C--A--AG------AC-----AT--AT----TATACATACcactatatgaaaacactacatcctataaaagcactacacatgtacactataaaacaa
gi|16 : aGGCA-AA-CGACACTG-ATGCT--T-A-TATAA-A--CC---TCC----AA-TTTG-CGACGCAA-TGCA-CGT-C-----TT--------------------------------T-C--AAGAT------AC--AC-AT--AT----TGCGTATACcggtatacatc
gi|5 : aaaag-CGATACTG-TTGGT--T-A-TTTAA-T--CC---T-C----AA-ATATTCCACTCAC-C-CCAAGC-C-----TT---------------------T-A--------T-C--AAGAG------AT--AT-TT--AT----TACACAAACA
gi|14 : gaaaatgtccGACAAT--TTGGA--C-CATGTAA-A--CC---T-C----AAATTTG---ATACAAAC-CA-CGT-C-----TT---------------------T-AATTATTCTC-C--ATCAA------AA--GACATGGAT----TACATAAAC--------AG---CA-CACTA----C---------A------A-AAaaatatcatgtactgcatatcatgaaagaaagtctgaaaaagataaataatctcgtacattattagcaaaaataagacactaaaagactcaat
gi|2 : TGAA--T-TATTTAA-A--CC---T-C----AA-ATTTTCGCCGCAA-C-CCGCGT-C-----TTTATCAAGAGACACGTGTTGCAT-A--------T-CCAACGAACATACTACGAAA-AC--AC----TACACAC-TAT-CA---AA----A-CACTAAACAC---------A------ATAAAAAGGC-AATCATCAATTAA-CTATATCG----T-AAG--CAAGAGTATCCCACTG--------ACTTGACAAAGAAAATATGCCCAGCTTCTCTTTTGTCAGCCGGTTCGTCAC
gi|22 : cac-TTTAA-G--CT---T-C----AA-TTCTTTGACGCAA-T-TCGCGT-T-----TT---------------------T-A--------T-C--AAGAG------AC--aagagtgtctgtagatgatggt
gi|21 : ga-TTCAA-G--CC---T-C----TA-TTT-TCGAAGTAA-C-TTGCCT-C-----TT---------------------T-A--------T-C--AAGAG------AC--AT-AT--GT----
gi|13 : taCACAA-C-CCGCGT-C-----TT---------------------G-A--------T-C--AAGAG------CT--GA-TT--AT----TACATATACAT-AA---AG---CA-CACTA----A---------ACGCTATA-AAA-ACGTCAATCATCAATCGA-CTACATTT----TCAAA--CAAGAG
gi|11 : TGT-C-----TC---------------------T-A--------T-C--AAAAG------AC--TC-AT--ATCATATACATGGATAT-AA---AA---GA-CACTA----C---------A------A-GAAACGGT-AATTATCAATTAA-CTACATCGGTGAC-AAGATCGATAG------ACTG--------AATTGACAATG
gi|9 : ---------A------G-AAATAGGT-AA-----AATGA---TACGTGG----C-AAG--CAAGAGTATTCTCGTG--------AATAGGCAACGAAATA-TGACCAGCTTCTGTTGTGTCATTCGGTTCGT
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GCAATGAAAACGTGCCCAGCTTTTATTGTGTCATCCAGTAATAATTTGCCACAATAGTGTCTACAGATGATGATG
Unaligned ( gi|19 ): GTGTATAGAAAATCCCTGTATTGATACATTGTACAGGTAACGTATGAGGAATGTACAATGTATAT
Unaligned ( gi|23 ): TCCAACAACACCCTTTCTTATAGTGCTGTATCTAAAATAGATAAG
Unaligned ( gi|24 ): ATGCAAGCATTAAAAAGACCATGACACTGTTATTTGTCCAA
Unaligned ( gi|25 ): CTTTCTTGAAGCGTCGGGTATATTTATAGGGCCAGAAGC
Alignments
lowQualScore : 11 1 11111111111 11111111111111111 1111111111111 3333333333333333333333 22222222 111
lowQualScore : 3 3 3 77 5 2 33 1 0 444 2 444 0 4 1 0 55555 2 00000000000 88888888 5555 777777 66666666666666666 4444444444444 3333333333333333333333 44 33 1 33 4 9999 4 66 44444444 4 888 1 1 1 1
lowQualScore : . . . .. . . .. . . ... . ... . . . . ..... . ........... ........ .... ...... ................. ............. ...................... .. .. . .. . .... . .. ........ . ... . . . .
lowQualScore : 1 1 1 88 4 7 44 0 5 111 4 111 4 7 0 5 33333 1 00000000000 66666666 0000 222222 22222222222222222 1111111111111 6666666666666666666666 55 88 0 88 0 1111 3 33 22222222 8 888 0 0 0 0
consensus : TGAAA-AGG-CC-AA-CGACACTGNTGG-T--TATTT---AA-ACCTC---AAAT-TTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACAC-------ATAT----T------ACAT----A------------TACA-----TAAA-A-CACACTA----C--------A------A-AAAACGGCAAT-TATCAATNAA-CTACATCG-T-AAGCAAGAGTANTNNACTG--------AATTGACAATGAAAATATGCCCAGCTTCTATTNTGTCATCCGGTTCGTCAC
Reference ( family-2701 ) : TGAAA-AGG-CC-AA-CGACACTGTTGG-T--TNTTT---AA-ACCTC---AATT-TTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACAN-------ATAT----T------ACAT----A------------TACA-----TNAA-A-CACACTA----C--------A------A-AAANNGGCAAT-TATCAATNAA-CTACATCG-T-AAGCAAGAGTATTCNACTG--------AATTGACAACGAAANNATGNCCAGCTTCTNTTNTGTCANCCGGTTCGTCAC
gi|1 : TGAAA-AGG-CT-A--CGACA--AGTGG-T--TATTTTAAAA-ATCTC---AAAT-TTTAAACGCATCTCGTGTTAAAATTTTGA-----------TAAAGAGACAT-------ATAT----T------ACAT----A------------AACA-----AATA-T-CATACT-----------------------AAAATGACAAA-TATTAATAAT-CAACATCG-T-TTACAAGAATGATTAACTGATAGAATAAATTGAAAATAAAA
gi|10 : gtgtgtgtgtgcgtgtgtgaagaaaatccaacaacaccacactttcataaagtgtcaggtcgaagaataagaagtttatagcagcacTGAAA-AGG-CC-A--CGGCACTGTTGG-T--TATCT---AA-CCGTC---AATTATTTTTACGCA--------------------------------------TAC-------ATAT----T------ACAT----G------------TACA-----TGTA-A----ACTA----T--------G------A-AAAACGGATAT-TATCAGTAAA-CTACATCG-T-
gi|11 : cGTC-----TCT-A-----------TCAAAAGACTC-------ATATCATAT------ACAT----G------------GATA-----TAAA-A-GACACTA----C--------A------A-GAAACGGTAAT-TATCAATTAA-CTACATCGGT-GA-CAAGATCGATAGACTG--------AATTGACAATGta
gi|12 : tGAAA-AGG-CC-AA--GACACTGCTTG-T--TATT-----------------------------AACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACAT-------ATCC----T------CCAT----
gi|13 : tatacacagcagcaccCACAACCCGCGTC-----TTG-A-----------TCAAGAGCTGA-------TTAT----T------ACAT----A------------TACA-----TAAA-G-CACACTA----A--------ACGCTATA-AAAACGTCAAT-CATCAATCGA-CTACATTT-TCAAACAAGAGcaacaaatattacacaatgataagacaacaaaa
gi|14 : GACAAT-TTGGAC--CATGT---AA-ACCTC---AAAT-TT--GATACAAACCACGTC-----TTT-AATTATTCTCCATCAAAAGACAT-------GGAT----T------ACAT----A------------AAC---------A-G-CACACTA----C--------A------A-AA
gi|15 : A-AGG-CC-AAACGACACTAATAC-ACATGTAT---AA-ACTTC---AAAT-TTTCAACGCAACACGCGTC-----TTT-A-----------TCAAG----AC-------ATAT----T------ATAC----A------------TAC
gi|16 : AAA-GGG-CA-AA-CGACACTGATGC-T--TATAT---AA-ACCTC---CAAT-TTGCGACGCAATGCACGTC-----TT--------------TCAAGATACAC-------ATAT----T------GCGT----A------------TACcggtatacatc
gi|17 : aTGAAA-AGG-GC-AAACGACACTGATGC-T--TATAT---AA-ACTCC---AA----TTCGACGCAATGCACGTC-----TT--------------TCAAGATACAC-------ATAT----T------GCGT----A------------TA
gi|18 : acCAATGAAAACGTGCCCAGCTTTTATTGTGTCATCCAGT
gi|2 : gCACTG--AA-T--TATTT---AA-ACCTC---AAAT-TTTCGCCGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACGTGTTGCATAT----CCAACGAACAT----ACTACGAAAACACTACACACTATCAA-A--ACACTAAACAC--------A------ATAAAAAGGCAAT-CATCAATTAA-CTATATCG-T-AAGCAAGAGTATCCCACTG--------ACTTGACAAAGAAAATATGCCCAGCTTCTCTTTTGTCAGCCGGTTCGTCACaataatttgccacaatagtgtctacagatgatgatg
gi|20 : TGAAA-AGG-AC-A--CGCCATTGTTGG-T--TTTT-------ACCCC-----------CGACGCAATCGGCATC-----TTT-A-----------TCAAAAaagagtgtctgtagatgatggt
gi|21 : c--TATTC---AA-GCCTC---TATT-TT-CGAAGTAACTTGCCTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACAT-------ATGT----
gi|22 : TTT---AA-GCTTC---AATT-CTTTGACGCAATTCGCGTT-----TTT-A-----------TCAAGAGAC
gi|3 : gaTGAAA-AGG-CC-A--CG-CACTGTTGG-T---ATCT---AA-CCGTC---AATTATTTTTACGCA--------------------------------------TAC-------ATAT----T------ACAT----G------------TACA-----TGTA-A----ACTA----T--------G------A-AAAACGGATAT-TATCAGTAAAACTACATCG-T-TAACAACAGTAATAGACTT--------AA
gi|4 : gcgcgcgtgcgtgtgtgtgtaaaaatccaacaacacccttttcttatagtgctgtatctaaaatagataagcacTGAAT-AGG-CC-AA-CGACACTGTTGG-A--TTTTT---AA-ACCTC---AATT-TGTCGACGCAACCAGTGTC-----TTT-A-----------TCATGAAACAA-------ATAT----T------ACAT----A------------TACA-----TCAA-A-CACACTA----C--------A------A-AAATAGGTAAT-TATCAATTAA-CTACATCG-T-AAGCGAGAGTATTTTACTG--------AATTGACAATGAAAAT-TTCCCAGCCTCTAATTCGTCATCCGTTTCGTAACaatttaaa
gi|5 : GAAA-ATGTCC----CGATACTGTTGG-T--TATTT---AA-TCCTC---AAAT-ATTCCACTCACCCCAAGCC-----TTT-A-----------TCAAGAGATAT-------TTAT----T------ACAC----A------------AACA-----
gi|6 : AA-AGG-CCGAA-CGACACTGATGG-T--TATCT---AA-ACCTC---AAAT-TTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACAC-------ATAT----T------ACATGTCCA------------TACA-----CATA-A-AATACTA----C--------A---------------CACTATATGAAAACA-CTACATCC-T-A--TAAAAGCACTACACaaatatcatgtactgcatatcatgaaagaaagtctgaaaaagataaataatctcgtacattattagcaaaaataagacactaaaagactcaat
gi|7 : TGAAATAGG-CC-CA-CGA----------T--TTTTA---AA-ACTTTTAAAAGT-TTTCGACGCAAGCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGAAAC-------ATAC----T------GTAT----A------------TACA-----TCAA-A-CACACTG----C--------ACCCTATA-AAAACGGCAAT-TATCAATTAA-ATACatgtacactataaaacaa
gi|8 : gctgcTGAAA-AGG-CC-A--TGACACTGTTAG-T--TATCT---AACACC-C---AAAT-TTTCGACACAAACGGCATC-----TTT-A-----------TCAAAAGACAT-------ATAC----T------GCAC-----------------TGCA-----CAAATATCACACCA----CAGACTATGA------A-AAAATGACAAA-TATTGATAAT-CTACATCA-T-ggtacatcaaaatgatctc
gi|9 : aagcac--------A------G-AAATAGGTAA------AATGA---TACGTGG-C-AAGCAAGAGTATTCTCGTG--------AATAGGCAACGAAAT-ATGACCAGCTTCTGTTGTGTCATTCGGTTCGTCt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTATAGAAAATCCCTGTATTGATACATTGTACAGGTAACGTATGAGGAATGTACAATGTATAT
Unaligned ( gi|23 ): TCCAACAACACCCTTTCTTATAGTGCTGTATCTAAAATAGATAAG
Unaligned ( gi|24 ): ATGCAAGCATTAAAAAGACCATGACACTGTTATTTGTCCAA
Unaligned ( gi|25 ): CTTTCTTGAAGCGTCGGGTATATTTATAGGGCCAGAAGC
Alignments
lowQualScore : 11 111 11111111111 22222222222222 33333333333333333 1111111111 111111 22222222
lowQualScore : 3 3 3 77 2 333 444 2 5555 000 0 0 55555 2 00000000000 5555 33 8888888 66666666666666 33 99999999999999999 77777 4444444444 7777 3 1 222222 555 3 8888 1 22 00000000 3 7 0 1
lowQualScore : . . . .. . ... ... . .... ... . . ..... . ........... .... .. ....... .............. .. ................. ..... .......... .... . . ...... ... . .... . .. ........ . . . .
lowQualScore : 1 1 1 88 0 777 111 4 0000 000 7 5 33333 1 00000000000 0000 44 1111111 33333333333333 99 66666666666666666 77777 6666666666 1111 3 0 000000 888 6 0000 0 00 77777777 2 0 8 0
consensus : TGAAA-AGG-CC-AA-CGACACTGNTGGTTAT-T-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACATAT----TACAT--AT-------ACATA-------AA----A-CACACTA-C--------A------AAA-----AAC----------GGC----A-ATTATCAATNA----A-C---TACATCG-T-AAGCAAGAGTANTNNACTG--------AATTGACAATGAAAATATGCCCAGCTTCTATTNTGTCATCCGGTTCGTCAC
Reference ( family-2701 ) : TGAAA-AGG-CC-AA-CGACACTGNTGGTTAT-T-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACATAT----TACAT--AT-------ACATA-------AA----A-CACACTA-C--------A------AAA-----AAC----------GGC----A-ATTATCAATNA----A-C---TACATCG-T-AAGCAAGAGTANTNNACTG--------AATTGACAATGAAAATATGCCCAGCTTCTATTNTGTCATCCGGTTCGTCAC
gi|1 : TGAAA-AGG-CT-A--CGACA--AGTGGTTAT-T-TTAAAA-ATCTC----AA--ATTTTAAACGCATCTCGTGTTAAAATTTTGA-----------TAAAGAGACATATAT----TACAT--AA-------ACAAA-------TA----T-CATACT-------------------AA-----AAT----------GAC----A-AATATTAATAA----T-C---AACATCG-T-TTACAAGAATGATTAACTGATAGAATAAATTGAAAATAAAA
gi|10 : gtgtgtgtgtgcgtgtgtgaagaaaatccaacaacaccacactttcataaagtgtcaggtcgaagaataagaagtttatagcagcacTGAAA-AGG-CC-A--CGGCACTGTTGGTTAT-C-T---AA-CCGTC----AATTATTTTT-ACGCA--------------------------------------TACATAT----TACAT--GT-------ACATG-------TA----A----ACTA-T--------G------AAA-----AAC----------GGA----T-ATTATCAGTAA----A-C---TACATCG-T-
gi|11 : cGTC-----TCT-A-----------TCAAAAGACTCATATCATATACAT--GG-------ATATA-------AA----A-GACACTA-C--------A------AGA-----AAC----------GGT----A-ATTATCAATTA----A-C---TACATCGGT-GA-CAAGATCGATAGACTG--------AATTGACAATGta
gi|12 : tGAAA-AGG-CC-AA--GACACTGCTTGTTAT-T--------------------------------AACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACATATCC----TCCATCAAC-------AAATA-------TT----A-CACAATG----------A------TAA-----GAC----------AAC----A-A
gi|13 : tatacacagcagcaccCACAACCCGCGTC-----TTG-A-----------TCAAGAGCTGATTAT----TACAT--AT-------ACATA-------AA----G-CACACTA-A--------ACGCTATAAA-----AAC----------GTC----A-ATCATCAATCG----A-C---TACATTT-TCAAACAAGAGaa
gi|14 : AT-G-T---AA-ACCTC----AA--ATTT--GATACAAACCACGTC-----TTT-AATTATTCTCCATCAAAAGACATGGAT----TACAT--AA-------AC-----------A----G-CACACTA-C--------A------AAA-----
gi|15 : gacaatttggaccA-AGG-CC-AAACGACACTAATACACATGTAT---AA-ACTTC----AA--ATTTTCAACGCAACACGCGTC-----TTT-A-----------TCAAG----ACATAT----TATAC--AT-------AC
gi|16 : AAA-GGG-CA-AA-CGACACTGATGCTTAT-A-T---AA-ACCTC----CA--ATTTGCGACGCAATGCACGTC-----TT--------------TCAAGATACACATAT----TGCGT--AT-------ACcggtatacatc
gi|17 : aTGAAA-AGG-GC-AAACGACACTGATGCTTAT-A-T---AA-ACTCC----AA-----TTCGACGCAATGCACGTC-----TT--------------TCAAGATACACATAT----TGCGT--AT-------A
gi|18 : acCAATGAAAACGTGCCCAGCTTTTATTGTGTCATCCAGT
gi|2 : gCACTGA--ATTAT-T-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGCCGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACGTGT----TGCAT--ATCCAACGAACATACTACGAAAACACTA-CACACTATC--------A------AAACACTAAACACAATAAAAAGGC----A-ATCATCAATTA----A-C---TATATCG-T-AAGCAAGAGTATCCCACTG--------ACTTGACAAAGAAAATATGCCCAGCTTCTCTTTTGTCAGCCGGTTCGTCACaataatttgccacaatagtgtctacagatgatgatg
gi|20 : TGAAA-AGG-AC-A--CGCCATTGTTGGTT-T-T-T---A---CCCC-------------CGACGCAATCGGCATC-----TTT-A-----------TCAAAAaagagtgtctgtagatgatggt
gi|21 : cTAT-T-C---AA-GCCTC----TA---TTTTCGAAGTAACTTGCCTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACATATGT----
gi|22 : AT-T-T---AA-GCTTC----AA--TTCTTTGACGCAATTCGCGTT-----TTT-A-----------TCAAGAGAC
gi|3 : gTGAAA-AGG-CC-A--CG-CACTGTTGGT-AT-C-T---AA-CCGTC----AATTATTTTT-ACGCA--------------------------------------TACATAT----TACAT--GT-------ACATG-------TA----A----ACTA-T--------G------AAA-----AAC----------GGA----T-ATTATCAGTAA----AAC---TACATCG-T-TAACAACAGTAATAGACTT--------AA
gi|4 : gcgcgcgtgcgtgtgtgtgtaaaaatccaacaacacccttttcttatagtgctgtatctaaaatagataagcacTGAAT-AGG-CC-AA-CGACACTGTTGGATTT-T-T---AA-ACCTC----AA--TTTGTCGACGCAACCAGTGTC-----TTT-A-----------TCATGAAACAAATAT----TACAT--AT-------ACATC-------AA----A-CACACTA-C--------A------AAA-----ATA----------GGT----A-ATTATCAATTA----A-C---TACATCG-T-AAGCGAGAGTATTTTACTG--------AATTGACAATGAAAAT-TTCCCAGCCTCTAATTCGTCATCCGTTTCGTAACaatttaaa
gi|5 : GAAA-ATGTCC----CGATACTGTTGGTTAT-T-T---AA-TCCTC----AA--ATATTCCACTCACCCCAAGCC-----TTT-A-----------TCAAGAGATATTTAT----TACAC--AA-------ACA-A-------AATATCA-TGTACTG-CATATCATGA------AAG-----AAA----------GTCTGAAA-AAGATAAATAA----T-CTCGTACATTA-T-TAGCAAAAATAAGACACTA--------AA
gi|6 : AA-AGG-CCGAA-CGACACTGATGGTTAT-C-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACATAT----TACAT--GT-------CCAT--------------A-CAC---A-T--------A------AAA-----TAC----------TAC----ACACTAT--ATGAAAACA-C---TACATCC-T-A--TAAAAGCACTACACagactcaat
gi|7 : TGAAATAGG-CC-CA-CGA---------TT-T-T-T---AA-AACTTTTAAAA--GTTTTCGACGCAAGCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGAAACATAC----TGTAT--AT-------ACATC-------AA----A-CACACTG-C--------ACCCTATAAA-----AAC----------GGC----A-ATTATCAATTA----A-A---TACatgtacactataaaacaa
gi|8 : gctgcTGAAA-AGG-CC-A--TGACACTGTTAGTTAT-C-T---AACACC-C----AA--ATTTTCGACACAAACGGCATC-----TTT-A-----------TCAAAAGACATATAC----TGCAC---T-------GCACA-------AAT---ATCACACCA-CAGACTATGA------AAA-----AAT----------GAC----A-AATATTGATAA----T-C---TACATCA-T-ggtacatcaaaatgatctc
gi|9 : aagcacAATGA----------TACGTGG-C-AAGCAAGAGTATTCTCGTG--------AATAGGCAACGAAA-TATGACCAGCTTCTGTTGTGTCATTCGGTTCGTCt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTATAGAAAATCCCTGTATTGATACATTGTACAGGTAACGTATGAGGAATGTACAATGTATAT
Unaligned ( gi|23 ): TCCAACAACACCCTTTCTTATAGTGCTGTATCTAAAATAGATAAG
Unaligned ( gi|24 ): ATGCAAGCATTAAAAAGACCATGACACTGTTATTTGTCCAA
Unaligned ( gi|25 ): CTTTCTTGAAGCGTCGGGTATATTTATAGGGCCAGAAGC
Alignments
lowQualScore : 11 111 11111111111 22222222222222 33333333333333333 1111111111 111111 22222222
lowQualScore : 3 3 3 77 2 333 444 2 5555 000 0 0 55555 2 00000000000 5555 33 8888888 66666666666666 33 99999999999999999 77777 4444444444 7777 3 1 222222 555 3 8888 1 22 00000000 3 7 0 1
lowQualScore : . . . .. . ... ... . .... ... . . ..... . ........... .... .. ....... .............. .. ................. ..... .......... .... . . ...... ... . .... . .. ........ . . . .
lowQualScore : 1 1 1 88 0 777 111 4 0000 000 7 5 33333 1 00000000000 0000 44 1111111 33333333333333 99 66666666666666666 77777 6666666666 1111 3 0 000000 888 6 0000 0 00 77777777 2 0 8 0
consensus : TGAAA-AGG-CC-AA-CGACACTGNTGGTTAT-T-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACATAT----TACAT--AT-------ACATA-------AA----A-CACACTA-C--------A------AAA-----AAC----------GGC----A-ATTATCAATNA----A-C---TACATCG-T-AAGCAAGAGTANTNNACTG--------AATTGACAATGAAAATATGCCCAGCTTCTATTNTGTCATCCGGTTCGTCAC
Reference ( family-2701 ) : TGAAA-AGG-CC-AA-CGACACTGNTGGTTAT-T-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACATAT----TACAT--AT-------ACATA-------AA----A-CACACTA-C--------A------AAA-----AAC----------GGC----A-ATTATCAATNA----A-C---TACATCG-T-AAGCAAGAGTANTNNACTG--------AATTGACAATGAAAATATGCCCAGCTTCTATTNTGTCATCCGGTTCGTCAC
gi|1 : TGAAA-AGG-CT-A--CGACA--AGTGGTTAT-T-TTAAAA-ATCTC----AA--ATTTTAAACGCATCTCGTGTTAAAATTTTGA-----------TAAAGAGACATATAT----TACAT--AA-------ACAAA-------TA----T-CATACT-------------------AA-----AAT----------GAC----A-AATATTAATAA----T-C---AACATCG-T-TTACAAGAATGATTAACTGATAGAATAAATTGAAAATAAAA
gi|10 : gtgtgtgtgtgcgtgtgtgaagaaaatccaacaacaccacactttcataaagtgtcaggtcgaagaataagaagtttatagcagcacTGAAA-AGG-CC-A--CGGCACTGTTGGTTAT-C-T---AA-CCGTC----AATTATTTTT-ACGCA--------------------------------------TACATAT----TACAT--GT-------ACATG-------TA----A----ACTA-T--------G------AAA-----AAC----------GGA----T-ATTATCAGTAA----A-C---TACATCG-T-
gi|11 : cGTC-----TCT-A-----------TCAAAAGACTCATATCATATACAT--GG-------ATATA-------AA----A-GACACTA-C--------A------AGA-----AAC----------GGT----A-ATTATCAATTA----A-C---TACATCGGT-GA-CAAGATCGATAGACTG--------AATTGACAATGta
gi|12 : tGAAA-AGG-CC-AA--GACACTGCTTGTTAT-T--------------------------------AACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACATATCC----TCCATCAAC-------AAATA-------TT----A-CACAATG----------A------TAA-----GAC----------AAC----A-A
gi|13 : tatacacagcagcaccCACAACCCGCGTC-----TTG-A-----------TCAAGAGCTGATTAT----TACAT--AT-------ACATA-------AA----G-CACACTA-A--------ACGCTATAAA-----AAC----------GTC----A-ATCATCAATCG----A-C---TACATTT-TCAAACAAGAGaa
gi|14 : AT-G-T---AA-ACCTC----AA--ATTT--GATACAAACCACGTC-----TTT-AATTATTCTCCATCAAAAGACATGGAT----TACAT--AA-------AC-----------A----G-CACACTA-C--------A------AAA-----
gi|15 : gacaatttggaccA-AGG-CC-AAACGACACTAATACACATGTAT---AA-ACTTC----AA--ATTTTCAACGCAACACGCGTC-----TTT-A-----------TCAAG----ACATAT----TATAC--AT-------AC
gi|16 : AAA-GGG-CA-AA-CGACACTGATGCTTAT-A-T---AA-ACCTC----CA--ATTTGCGACGCAATGCACGTC-----TT--------------TCAAGATACACATAT----TGCGT--AT-------ACcggtatacatc
gi|17 : aTGAAA-AGG-GC-AAACGACACTGATGCTTAT-A-T---AA-ACTCC----AA-----TTCGACGCAATGCACGTC-----TT--------------TCAAGATACACATAT----TGCGT--AT-------A
gi|18 : acCAATGAAAACGTGCCCAGCTTTTATTGTGTCATCCAGT
gi|2 : gCACTGA--ATTAT-T-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGCCGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACGTGT----TGCAT--ATCCAACGAACATACTACGAAAACACTA-CACACTATC--------A------AAACACTAAACACAATAAAAAGGC----A-ATCATCAATTA----A-C---TATATCG-T-AAGCAAGAGTATCCCACTG--------ACTTGACAAAGAAAATATGCCCAGCTTCTCTTTTGTCAGCCGGTTCGTCACaataatttgccacaatagtgtctacagatgatgatg
gi|20 : TGAAA-AGG-AC-A--CGCCATTGTTGGTT-T-T-T---A---CCCC-------------CGACGCAATCGGCATC-----TTT-A-----------TCAAAAaagagtgtctgtagatgatggt
gi|21 : cTAT-T-C---AA-GCCTC----TA---TTTTCGAAGTAACTTGCCTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACATATGT----
gi|22 : AT-T-T---AA-GCTTC----AA--TTCTTTGACGCAATTCGCGTT-----TTT-A-----------TCAAGAGAC
gi|3 : gTGAAA-AGG-CC-A--CG-CACTGTTGGT-AT-C-T---AA-CCGTC----AATTATTTTT-ACGCA--------------------------------------TACATAT----TACAT--GT-------ACATG-------TA----A----ACTA-T--------G------AAA-----AAC----------GGA----T-ATTATCAGTAA----AAC---TACATCG-T-TAACAACAGTAATAGACTT--------AA
gi|4 : gcgcgcgtgcgtgtgtgtgtaaaaatccaacaacacccttttcttatagtgctgtatctaaaatagataagcacTGAAT-AGG-CC-AA-CGACACTGTTGGATTT-T-T---AA-ACCTC----AA--TTTGTCGACGCAACCAGTGTC-----TTT-A-----------TCATGAAACAAATAT----TACAT--AT-------ACATC-------AA----A-CACACTA-C--------A------AAA-----ATA----------GGT----A-ATTATCAATTA----A-C---TACATCG-T-AAGCGAGAGTATTTTACTG--------AATTGACAATGAAAAT-TTCCCAGCCTCTAATTCGTCATCCGTTTCGTAACaatttaaa
gi|5 : GAAA-ATGTCC----CGATACTGTTGGTTAT-T-T---AA-TCCTC----AA--ATATTCCACTCACCCCAAGCC-----TTT-A-----------TCAAGAGATATTTAT----TACAC--AA-------ACA-A-------AATATCA-TGTACTG-CATATCATGA------AAG-----AAA----------GTCTGAAA-AAGATAAATAA----T-CTCGTACATTA-T-TAGCAAAAATAAGACACTA--------AA
gi|6 : AA-AGG-CCGAA-CGACACTGATGGTTAT-C-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACATAT----TACAT--GT-------CCAT--------------A-CAC---A-T--------A------AAA-----TAC----------TAC----ACACTAT--ATGAAAACA-C---TACATCC-T-A--TAAAAGCACTACACagactcaat
gi|7 : TGAAATAGG-CC-CA-CGA---------TT-T-T-T---AA-AACTTTTAAAA--GTTTTCGACGCAAGCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGAAACATAC----TGTAT--AT-------ACATC-------AA----A-CACACTG-C--------ACCCTATAAA-----AAC----------GGC----A-ATTATCAATTA----A-A---TACatgtacactataaaacaa
gi|8 : gctgcTGAAA-AGG-CC-A--TGACACTGTTAGTTAT-C-T---AACACC-C----AA--ATTTTCGACACAAACGGCATC-----TTT-A-----------TCAAAAGACATATAC----TGCAC---T-------GCACA-------AAT---ATCACACCA-CAGACTATGA------AAA-----AAT----------GAC----A-AATATTGATAA----T-C---TACATCA-T-ggtacatcaaaatgatctc
gi|9 : aagcacAATGA----------TACGTGG-C-AAGCAAGAGTATTCTCGTG--------AATAGGCAACGAAA-TATGACCAGCTTCTGTTGTGTCATTCGGTTCGTCt
blockSeqs : T T G AA T GTA . C TTAA TTA . . ATTATTCTCCA CATA CA CCAACGA ACTACGAAAACACT TC CATATCATGA CACTA ACAATAAAAA TGAA C A AAACA TCG G CAAA A AG . A A T
blockSeqs : . . . AA C C . . . TTA . . . . . . AAATATC G CAGACTATGA . . . . T AA . . AAG T CC . A A T
blockSeqs : . . . A A T . . . A . . . . . . AAAT C AACGCTAT . . . . C A . . TAA A AG . . . G
blockSeqs : . . . A A G . . . A . . . . . . GTA C CACCCTAT . . . . T A . . AAG T TT .
blockSeqs : . . . A A A . . . A . . . . . . AAA C TCA . . . . A A . . TAG A AC .
blockSeqs : . . . A A A . . . A . . . . . . ATT C TG . . . . T A . . AAG C AC .
blockSeqs : . . . A T T . . . T . . . . . . AAA C CA . . . . A A . . GA T CT
blockSeqs : . . . . T T . . . T . . . . . . GTA T CA . . . . G T . . A
blockSeqs : . . . . T T . . . A . . . . . . CAA C TG . . . . T A . .
blockSeqs : . . . . T T . . . A . . . . . . CAA C CA . . . . A T . .
blockSeqs : . . . . A C . . . G . . . . . . A . TA . . . . G . .
blockSeqs : . . . . T T . . . A . . . . . . . . A .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : A* *** ***** CA*************** ********
originalCons : TGAAA-AGG-CC-AA-CGACACTGNTGGTTAT-T-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACATAT----TACAT--AT-------ACATA-------AA----A-CACACTA-C--------A------AAA-----AAC----------GGC----A-ATTATCAATNA----A-C---TACATCG-T-AAGCAAGAGTANTNNACTG--------AATTGACAATGAAAATATGCCCAGCTTCTATTNTGTCATCCGGTTCGTCAC
finalCons : TGAAA-AGG-CC-AA-CGACACTGNTGGTTAT-T-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACATAT----TACAT--AT-------ACATA-------AA----A-CACACTACA---------------AAA-----AAC----------GGC----A-ATTATCAATNA----A-C---TACATCG-T-AAGCAAGAGTANTNNACTG--------AATTGACAATGAAAATATGCCCAGCTTCTATTNTGTCATCCGGTTCGTCAC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTATAGAAAATCCCTGTATTGATACATTGTACAGGTAACGTATGAGGAATGTACAATGTATAT
Unaligned ( gi|23 ): TCCAACAACACCCTTTCTTATAGTGCTGTATCTAAAATAGATAAG
Unaligned ( gi|24 ): ATGCAAGCATTAAAAAGACCATGACACTGTTATTTGTCCAA
Unaligned ( gi|25 ): CTTTCTTGAAGCGTCGGGTATATTTATAGGGCCAGAAGC
Alignments
lowQualScore : 11 111 11111111111 22222222222222 33333333333333333 1111111111 111111 22222222
lowQualScore : 3 3 3 77 2 333 444 2 5555 000 0 0 55555 2 00000000000 5555 33 8888888 66666666666666 33 99999999999999999 77777 4444444444 7777 3 1 222222 555 3 8888 1 22 00000000 3 7 0 1
lowQualScore : . . . .. . ... ... . .... ... . . ..... . ........... .... .. ....... .............. .. ................. ..... .......... .... . . ...... ... . .... . .. ........ . . . .
lowQualScore : 1 1 1 88 0 777 111 4 0000 000 7 5 33333 1 00000000000 0000 44 1111111 33333333333333 99 66666666666666666 77777 6666666666 1111 3 0 000000 888 6 0000 0 00 77777777 2 0 8 0
consensus : TGAAA-AGG-CC-AA-CGACACTGNTGGTTAT-T-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACATAT----TACAT--AT-------ACATA-------AA----A-CACACTA-C--------A------AAA-----AAC----------GGC----A-ATTATCAATNA----A-C---TACATCG-T-AAGCAAGAGTANTNNACTG--------AATTGACAATGAAAATATGCCCAGCTTCTATTNTGTCATCCGGTTCGTCAC
Reference ( family-2701 ) : TGAAA-AGG-CC-AA-CGACACTGNTGGTTAT-T-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACATAT----TACAT--AT-------ACATA-------AA----A-CACACTA-C--------A------AAA-----AAC----------GGC----A-ATTATCAATNA----A-C---TACATCG-T-AAGCAAGAGTANTNNACTG--------AATTGACAATGAAAATATGCCCAGCTTCTATTNTGTCATCCGGTTCGTCAC
gi|1 : TGAAA-AGG-CT-A--CGACA--AGTGGTTAT-T-TTAAAA-ATCTC----AA--ATTTTAAACGCATCTCGTGTTAAAATTTTGA-----------TAAAGAGACATATAT----TACAT--AA-------ACAAA-------TA----T-CATACT-------------------AA-----AAT----------GAC----A-AATATTAATAA----T-C---AACATCG-T-TTACAAGAATGATTAACTGATAGAATAAATTGAAAATAAAA
gi|10 : gtgtgtgtgtgcgtgtgtgaagaaaatccaacaacaccacactttcataaagtgtcaggtcgaagaataagaagtttatagcagcacTGAAA-AGG-CC-A--CGGCACTGTTGGTTAT-C-T---AA-CCGTC----AATTATTTTT-ACGCA--------------------------------------TACATAT----TACAT--GT-------ACATG-------TA----A----ACTA-T--------G------AAA-----AAC----------GGA----T-ATTATCAGTAA----A-C---TACATCG-T-
gi|11 : cGTC-----TCT-A-----------TCAAAAGACTCATATCATATACAT--GG-------ATATA-------AA----A-GACACTA-C--------A------AGA-----AAC----------GGT----A-ATTATCAATTA----A-C---TACATCGGT-GA-CAAGATCGATAGACTG--------AATTGACAATGta
gi|12 : tGAAA-AGG-CC-AA--GACACTGCTTGTTAT-T--------------------------------AACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACATATCC----TCCATCAAC-------AAATA-------TT----A-CACAATG----------A------TAA-----GAC----------AAC----A-A
gi|13 : tatacacagcagcaccCACAACCCGCGTC-----TTG-A-----------TCAAGAGCTGATTAT----TACAT--AT-------ACATA-------AA----G-CACACTA-A--------ACGCTATAAA-----AAC----------GTC----A-ATCATCAATCG----A-C---TACATTT-TCAAACAAGAGaa
gi|14 : AT-G-T---AA-ACCTC----AA--ATTT--GATACAAACCACGTC-----TTT-AATTATTCTCCATCAAAAGACATGGAT----TACAT--AA-------AC-----------A----G-CACACTA-C--------A------AAA-----
gi|15 : gacaatttggaccA-AGG-CC-AAACGACACTAATACACATGTAT---AA-ACTTC----AA--ATTTTCAACGCAACACGCGTC-----TTT-A-----------TCAAG----ACATAT----TATAC--AT-------AC
gi|16 : AAA-GGG-CA-AA-CGACACTGATGCTTAT-A-T---AA-ACCTC----CA--ATTTGCGACGCAATGCACGTC-----TT--------------TCAAGATACACATAT----TGCGT--AT-------ACcggtatacatc
gi|17 : aTGAAA-AGG-GC-AAACGACACTGATGCTTAT-A-T---AA-ACTCC----AA-----TTCGACGCAATGCACGTC-----TT--------------TCAAGATACACATAT----TGCGT--AT-------A
gi|18 : acCAATGAAAACGTGCCCAGCTTTTATTGTGTCATCCAGT
gi|2 : gCACTGA--ATTAT-T-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGCCGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACGTGT----TGCAT--ATCCAACGAACATACTACGAAAACACTA-CACACTATC--------A------AAACACTAAACACAATAAAAAGGC----A-ATCATCAATTA----A-C---TATATCG-T-AAGCAAGAGTATCCCACTG--------ACTTGACAAAGAAAATATGCCCAGCTTCTCTTTTGTCAGCCGGTTCGTCACaataatttgccacaatagtgtctacagatgatgatg
gi|20 : TGAAA-AGG-AC-A--CGCCATTGTTGGTT-T-T-T---A---CCCC-------------CGACGCAATCGGCATC-----TTT-A-----------TCAAAAaagagtgtctgtagatgatggt
gi|21 : cTAT-T-C---AA-GCCTC----TA---TTTTCGAAGTAACTTGCCTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACATATGT----
gi|22 : AT-T-T---AA-GCTTC----AA--TTCTTTGACGCAATTCGCGTT-----TTT-A-----------TCAAGAGAC
gi|3 : gTGAAA-AGG-CC-A--CG-CACTGTTGGT-AT-C-T---AA-CCGTC----AATTATTTTT-ACGCA--------------------------------------TACATAT----TACAT--GT-------ACATG-------TA----A----ACTA-T--------G------AAA-----AAC----------GGA----T-ATTATCAGTAA----AAC---TACATCG-T-TAACAACAGTAATAGACTT--------AA
gi|4 : gcgcgcgtgcgtgtgtgtgtaaaaatccaacaacacccttttcttatagtgctgtatctaaaatagataagcacTGAAT-AGG-CC-AA-CGACACTGTTGGATTT-T-T---AA-ACCTC----AA--TTTGTCGACGCAACCAGTGTC-----TTT-A-----------TCATGAAACAAATAT----TACAT--AT-------ACATC-------AA----A-CACACTA-C--------A------AAA-----ATA----------GGT----A-ATTATCAATTA----A-C---TACATCG-T-AAGCGAGAGTATTTTACTG--------AATTGACAATGAAAAT-TTCCCAGCCTCTAATTCGTCATCCGTTTCGTAACaatttaaa
gi|5 : GAAA-ATGTCC----CGATACTGTTGGTTAT-T-T---AA-TCCTC----AA--ATATTCCACTCACCCCAAGCC-----TTT-A-----------TCAAGAGATATTTAT----TACAC--AA-------ACA-A-------AATATCA-TGTACTG-CATATCATGA------AAG-----AAA----------GTCTGAAA-AAGATAAATAA----T-CTCGTACATTA-T-TAGCAAAAATAAGACACTA--------AA
gi|6 : AA-AGG-CCGAA-CGACACTGATGGTTAT-C-T---AA-ACCTC----AA--ATTTTCGACGCAACCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGACACATAT----TACAT--GT-------CCAT--------------A-CAC---A-T--------A------AAA-----TAC----------TAC----ACACTAT--ATGAAAACA-C---TACATCC-T-A--TAAAAGCACTACACagactcaat
gi|7 : TGAAATAGG-CC-CA-CGA---------TT-T-T-T---AA-AACTTTTAAAA--GTTTTCGACGCAAGCCGCGTC-----TTT-A-----------TCAAGAGAAACATAC----TGTAT--AT-------ACATC-------AA----A-CACACTG-C--------ACCCTATAAA-----AAC----------GGC----A-ATTATCAATTA----A-A---TACatgtacactataaaacaa
gi|8 : gctgcTGAAA-AGG-CC-A--TGACACTGTTAGTTAT-C-T---AACACC-C----AA--ATTTTCGACACAAACGGCATC-----TTT-A-----------TCAAAAGACATATAC----TGCAC---T-------GCACA-------AAT---ATCACACCA-CAGACTATGA------AAA-----AAT----------GAC----A-AATATTGATAA----T-C---TACATCA-T-ggtacatcaaaatgatctc
gi|9 : aagcacAATGA----------TACGTGG-C-AAGCAAGAGTATTCTCGTG--------AATAGGCAACGAAA-TATGACCAGCTTCTGTTGTGTCATTCGGTTCGTCt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTATAGAAAATCCCTGTATTGATACATTGTACAGGTAACGTATGAGGAATGTACAATGTATAT
Unaligned ( gi|23 ): TCCAACAACACCCTTTCTTATAGTGCTGTATCTAAAATAGATAAG
Unaligned ( gi|24 ): ATGCAAGCATTAAAAAGACCATGACACTGTTATTTGTCCAA
Unaligned ( gi|25 ): CTTTCTTGAAGCGTCGGGTATATTTATAGGGCCAGAAGC