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gi|2 : GTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-TA-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------T----G-AGT-TT-CAGCA-CTG-TGC---T-A-TCAC-TACC--AG-TGCTCTGCT--ATAA-GC-TACCTGCAGTCCA--G-C-A-CTG-TC-C--TAT--AAAGATCA
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Reference ( family-265 ) : GTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-TA-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------C----G-AGT-T-T-CAGCA-CTG-TGC---T---A-TCAC-T-ACC-AGC-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCAA
gi|1 : GTT-CTC-CC-CAAGGC---C-CTT---AAT-A---GCGCTG-TA-TTT-T---AACCCAG--CGCT-AT-------T----G-AGT-T-TTCAGCA-CTGGTGC---T---A-TCAC-TTACCCAGT-GCTTTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TCGC--TAT--A----AAGA-TCA
gi|10 : tGTT-CTC-CC-CA-AGC---C-CTT---G-T-A---GCGCTG-TA-TTT-T---G---CAG--CACT-AT-------C----G-AGT-T-T-CAGCA-CTG-CGCTAGT---A-TCAC-T-ACC-AGC-ACTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-GCTG-TC-C--TAT--A----AAGA-
gi|11 : GTT-CTC-CC-CA-G-C---C-CTT---T-T-A---GTGCTG-TA-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------T------AG--T-T-CA-CA-CTG-TGC---T---A-TCAC-T-ACC-AGT-GCTCTCAT--AT-A-GC-TA--------CTA--G-C-ACGT-TC-C--TAT--A----AAGACTCA
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gi|9 : tGTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-TA-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------T----G-AGT-T-T-CAGCA-CTG-TGC---T---A-TCAC-T-AAC-AGT-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGG-TCAA
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Reference ( family-265 ) : GTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-TA-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------C----G-AGT-T-N-CAGCAC-TG-TGC---T---A-TCACT-ACC-AGC-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCAA
gi|1 : GTT-CTC-CC-CAAGGC---C-CTT---AAT-A---GCGCTG-TA-TTT-T---AACCCAG--CGCT-AT-------T----G-AGT-T-TTCAGCAC-TGGTGC---T---A-TCACTTACCCAGT-GCTTTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TCGC--TAT--A----AAGA-TCA
gi|10 : tGTT-CTC-CC-CA-AGC---C-CTT---G-T-A---GCGCTG-TA-TTT-T---G---CAG--CACT-AT-------C----G-AGT-T-T-CAGCAC-TG-CGCTAGT---A-TCACT-ACC-AGC-ACTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-GCTG-TC-C--TAT--A----AAGA-
gi|11 : GTT-CTC-CC-CA-G-C---C-CTT---T-T-A---GTGCTG-TA-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------T------AGT-T---CA-CAC-TG-TGC---T---A-TCACT-ACC-AGT-GCTCTCAT--AT-A-GC-TA--------CTA--G-C-ACGT-TC-C--TAT--A----AAGACTCA
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Reference ( family-265 ) : GTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-TA-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------C----G-AGT-T-N-CAGCAC-TG-TGC---T---A-TCACT-ACC-AGC-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCAA
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gi|38 : GTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-TA-TTT-T---A---CAG--CGCT-A
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gi|5 : TT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-TAATTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------T----G-AGT-T-T-CAGCAC-TG-TGC---T---A-TCACT-ACC-AGT-GCTCTGCT--ATAA-GCGTA--------CCA--G-T-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCA
gi|6 : gtGTT-CTC-CCTCA-GGC---C-CTT---T-TTA---GCGCTGTTA-TTT-T---A---C-G--CGCT-AT-------T----G-AGT-T-T-CAGCAC-T--TGC---T---A-TCACT-A-C-AGT-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--GCC-ACTG-TC-C--TACTAA----AAGA-TCA
gi|7 : GTT-CTC-CC-CA-GAC---C-CTT---T-T-A---CCGCTG-TA-TTT-T---T---CAG--CGCT-AT-------C----G-AGT-T-T-TAGCGT-TC-TGC---T---A-TCAAT-ACC-AGC-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-GCTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCAA
gi|8 : tGTT-CTC-CC-CA-GGC---C--TT---T-T-A---GCGCTG-TA-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------T----G-AGT-T-T-CAGCAC-TG-TGC---T---A-TCACT-ACC-A-T-GCTCTGCT--ATAA-GC-TG--------CCA--GCC-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCAA
gi|9 : tGTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-TA-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------T----G-AGT-T-T-CAGCAC-TG-TGC---T---A-TCACT-AAC-AGT-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGG-TCAA
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blockSeqs : . . T . . . AAA . T A C . . . . CAATGG GAGA . . . G . CACTAC . C C . A . . . . C . . . TA . AATT .
blockSeqs : . . . . . . AAG . . . C . . . . TCCA TTC . . . . . CACTAC . T C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TTT . . . . . . . . CGT TTC . . . . . CACTAC . T C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TTT . . . . . . . . CGT TTC . . . . . CAATAC . C C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . GT . . . . . . . . GGA TTC . . . . . CAATAC . C C . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . CGG TAG . . . . . CACTAC . C T . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . CAA GAG . . . . . CACTAC . C G . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . CG TTC . . . . . CACTAC . C C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . TG TTC . . . . . CACTAC . C C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . TG GAG . . . . . TGCTAT . C C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . CA GAG . . . . . CACTAC . T C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TA . . . . . . . . TG GAG . . . . . TGCTAT . T G . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . TG GAG . . . . . TGCTAT . T G . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . CA GAG . . . . . CAATAC . T C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . CA GAG . . . . . CAATAC . C C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . CA TTC . . . . . CACTAC . C C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . CA GAG . . . . . CAATAC . C C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . CA GAG . . . . . CACTAC . C C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . CA GAG . . . . . CACTAA . C C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . TG TTC . . . . . CTGAT . C C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . CA GAG . . . . . CATTC . C C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . CA TTT . . . . . CATAC . T C . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . TG TTC . . . . . CACTA . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . CA TTC . . . . . TTAT . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AT . . . . . . . . CG TTT . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . TG TTC . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . TG TTC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . CG TC . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . TG TC . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . . . . TG T . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : TT***** *** TNN*** CACTAC*
originalCons : GTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-TA-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------C----G-AGT-T-N-CAGCAC-TG-TGC---T---A-TCACT-ACC-AGC-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCAA
finalCons : GTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTTTT-----A---GCGCTG-TA-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------C----G-AGTTNN---AGCAC-TG-TGC---T---A-TCACTAC-C-AGC-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCAA
Alignments
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Reference ( family-265 ) : GTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-T-A-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------C-G-AGT-T-NN-AGCAC-TG-TGC---T---A-TCACT-ACC-AGC-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCAA
gi|1 : GTT-CTC-CC-CAAGGC---C-CTT---AAT-A---GCGCTG-T-A-TTT-T---AACCCAG--CGCT-AT-------T-G-AGT-T-TTCAGCAC-TGGTGC---T---A-TCACTTACCCAGT-GCTTTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TCGC--TAT--A----AAGA-TCA
gi|10 : tGTT-CTC-CC-CA-AGC---C-CTT---G-T-A---GCGCTG-T-A-TTT-T---G---CAG--CACT-AT-------C-G-AGT-T-TC-AGCAC-TG-CGCTAGT---A-TCACT-ACC-AGC-ACTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-GCTG-TC-C--TAT--A----AAGA-
gi|11 : GTT-CTC-CC-CA-G-C---C-CTT---T-T-A---GTGCTG-T-A-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------T---AGT-T-CA---CAC-TG-TGC---T---A-TCACT-ACC-AGT-GCTCTCAT--AT-A-GC-TA--------CTA--G-C-ACGT-TC-C--TAT--A----AAGACTCA
gi|12 : gt-CTC-CT-CA-GCG---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-T-A-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------T-G-AGT-T-TC-AGCAC-TG-TGC---T---A-TCACT-ACC-AGT-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCAA
gi|13 : ---C-CTT---T-T-A---CCGCTG-T-A-TTT-T---T---CAG--CGCT-AT-------C-GTAGT-T-TC-AGC-C-TC-TGC---T---A-TCAAT-ACC-AGC-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-GCTG-TC-C--TAT--AAATTAAGA-TCA
gi|14 : caga---C-CTT---T-T-A---CCGCTG-T-A-TTT-T---T---CAG--CGCT-AT-------C-GTAGT-T-TC-AGC-C-TC-TGC---T---A-TCAAT-ACC-AGC-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-GCTG-TC-C--TAT--AAATTAAGA-TCA
gi|15 : cagaC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-T-A-TTT-----A---CAG--CGCT----------T-G-AGT-T-C--AGCAC-TG-TGC---T---A-TCACT-ACC-AGC-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCAA
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gi|18 : gtgtTT-CTC-CC-TA-GGT---CTCCC---T-T-AAAAGCGCCG-T-G-CTC-T---T---CAG--CGCT-AT-------C-A-AGTAG-AG-AGCAC-TGTTGC---TTTGC-TCATT--CA-AGC-ACTGTGCC--ATAA-at
gi|19 : gtGTT-CTC-CC-CA-ACC---G-CTT---T-A-A---CCG-TG-T-A-TTT-TT--A---CAG--GGAT--T-------C-GGAGT-T---------------------------------C-AGC-GCT-TGCT--ATAA-GC-TA--------CCAAGG-C-GCTG-TT-CTATAT--A----AAGA-TCAAaagatca
gi|2 : gtGTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-T-A-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------T-G-AGT-T-TC-AGCAC-TG-TGC---T---A-TCACT-ACC-AGT-GCTCTGCT--ATAA-GC-TACCTGCAGTCCA--G-C-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCAt
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gi|32 : GTTACTC-CC-CA-G-C---A-CTT---A-A-A---GCGCTGCT-A-T-------A---CAG--CGCT-AT-------CAA-AGT-G-AG-AGCAC-T--TGC---T---A-T--TT-ATC-ACC-ACT-TCCT--AAAA-G
gi|33 : gtTT-CTC-CC-CA-GGC---C---T---A-T-A---GCGCTG-C-G-TTT-T---A---CAG--TGCT-AT-------T-G-AGT-T-TC-AGCAC-TG-TGC---T---ATTCACT-ACC-AGC-ACTCTGCT--ATAA-Gatcaatta
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gi|37 : cCGC-TC-TGC---T---A-TCAAT-ACC-AGC-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-GCTG-TC-C--TAT--A----AAGA-TCAAtcccacataaagatcaatt
gi|38 : GTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-T-A-TTT-T---A---CAG--CGCT-A
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gi|9 : tGTT-CTC-CC-CA-GGC---C-CTT---T-T-A---GCGCTG-T-A-TTT-T---A---CAG--CGCT-AT-------T-G-AGT-T-TC-AGCAC-TG-TGC---T---A-TCACT-AAC-AGT-GCTCTGCT--ATAA-GC-TA--------CCA--G-C-ACTG-TC-C--TAT--A----AAGG-TCAA