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lowQualScore                  :              .    ....   .........   .  .     . ...         .  .     ..  ...  ..... .   ..    .    .......    ..          ....................................................................................................................................................................  .  . ..  .    ....  . .....  . .............. . .   .   .      .........     ... . .... . .............................. . ... .. .. .. .. . ...   ........ ....      .  .......  ...    ....   .           ..      .........      
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consensus                     :      TTGAAAAT-GTGA----CATCANT-NAATATT-TC-CTGAACT--ATTTAAGATA-GAACTTTC--AT-T-ATT---GTATAT--AGATTTCTTAT-GG--CAAG-ATCTTTCATTTTATAACATNATACATTTNCNTATGACCTNGCGACTTTNGNTTATACCA----------GTGTTG--GGTCANAT---TG--------TA-CTGTGTTA--TA--TGAATTTATTTTC-AGTT----A--T-GTTGTGATCCTTT-GGGC-A----AGGTC-GGGCAACA-A-TAT-GGGG--TNAA-A-A-A-TT-TC-----TCA-----G-G-AAT-AAA-GATTGAT------G-AAAAT---T-C----TTTT-----A-----A--AATC----AC--C--A-C-T-G--C--T--G--A-A---CAA----CGG-C----AGGGCC-AAG------GT-C-ACTC-A--GGT-GAGCGATGTGG--CCCATG----GG--CCTCTTT
Reference ( gi|2 )            :      TTAAAAAT-GTGA----CAT-ATT-GAATATT-TC-CTGAACT--TTTTAAGATA-GAGCTTTC--AT-T-ATGA--GTATAT--AGATCTCTTAT-TG--CAAG-GTCTTTCATTTCATAAAA-GA-ACA---GCA-AGG---TGGTG---TTTGTTCATATTA----------GTGTTG--AGTCATATACATG--------TACCTGTGTTA--TA--TGAATTCATTTTC-AGTT----A--T-GTTGTGATCCTTTTGGGC-A----TGGTTAAGACAACA-A-GAT-GGGG--TGAA-A-A-A-TT-TC-----TCA-----G-G-AAT-AAA-GATTGAT------G-AAAAT---T-C----TTTT-----G-----A--AATT----AC--C--A-C-T-G--C--T--G--A-A---CAA----AAG-C----AGGGCC-AAG------GT-C-ACTC-A--GGT-GAGCGATGTGG--CCCATG----AA--TTTCTTT
gi|3                          :      TTGAAGATTGTGA----CATCATT-TCA-GTT-TCTCTGAACTAATTTCAGTACA-GGTCTTTC--AT-A-ATTGTCGTATATTCAGATTTCCT---TGGACAAGAGTATTTCATTT------A-CA-ATA---CCT-ATG---TGACT---TTGGCTTAT----------------GTTG---GTCAGAT-CTTG--------T----GTGTTC--AG--TGGATCTGTTTC----TT----A--T--TTGT------------C-A----AAATC--GGCAACG-A-TAT-GGGGATTGAATA-A-G-TT-TC-----ACA-----G---AAT-AA--GATTGAT------GAAAAAT---TAC----TTTT-----ACACCCA--AATCA---AA--C--ATC-TAG--C--G--T--A-G---CAACGTGAAA-C----A--GCC-ATA------GT-C-ATTT-AAGGGT-GAGCGAT-TTG--CTCAT
gi|17                         : tacttTTAAAAAT-CTGA----CATTATTCGA---TC-TC-CTGAAAT--ATTTACGATAGGAACTTTC--A--T-ATTT--GTATAT--TGATTTTTTGTAAA--AAAG-ATCTTTCAatggcctctt
gi|22                         :   tactttAAAAT-GTGATGGACAT-AAC-CAACATT-TC-CTGAACT--ATTCAAGATA-AAACTTTTAAAT-C-AT----GTGTAT--AGATTTCTTA
gi|1                          :                 GA----CAC-AGT-AAATATT-TC-TTGATTT--ATTTAAGATA-CAGCTTTC--AT-TTATG----TATAT--AGATTTCTTAT-GG--CAAG-ATTTTTCATTTTATAACATGATACATTTGTATATGACCTTGTGACTTTTGGTTTTACCAGAACAGCAAGGTGGTGTTGGTCATATAGGTGTTGAGGCATACCTATGTT---TA--TGAATTTATTTTC-AATT----A--T-ATTGTGATCCTTTTGG-----------------CAACA-A-TAT-GGGG--TGAA-A-A-T-GT-TC-----AAA-----G-G-AAT-AAA--ATTGAT------G----AT---T-T----TTTT-----------A--AATT--------C--A-C-T-G--C--TCAG--G-G---CTG----AGC-C----AGGGCC-AAG------GT-C-ATTC-A--GGT-GAGCGATGTGG--CTCATG----GG--CCTCTT
gi|23                         :                                AATATAATC-TTGAATT--ATTTAAGATA-GAA-TTTC--AT-T-ATTT--GT-TA---AG-----------G--CAAG-ATCTTTCATTTTATAAgtaatgttcttacgaggcatagttcaaaagcttctacaa
gi|33                         :                                                           agtcAGCTTTA--ATAT-TTTA---TATAT--AGATTTCTTAT-GG--CAAA-ATCTca
gi|4                          :                                                                                                                                                               acGTTCACATTA----------GTGTTA--GGTGACAT---TT--------TA--TGCGTTACTTA--CGGATG-ATTG---AGTG----AAAT-GT-ATAGCTCTTT---GC-AAATGCGATCTGGGTCACA-A-TAT-GGAG--TAAA-G-C-A-TT-AC-------G-----G-G-AAT-AAA-CATTGA---------ATACT---T-T----TCTT-----AC----A--AGTC----AG--A--A-G-T-A--C--T--T--A-A---CAA----TTG-C----AGGGGC-AAG------GT-A-AATC-A--GGT-GAGTGGTATTG--TTCATG----GAACTTTCGTT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                     CTGTGCTA--TA--TGAATTCATTTTC-A------------GTTGTGCACCTTTTGGGC-A----AGGTTAgtgtatctcattgtcaaaagctgttgcaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                        TGTTA--TAATTGAAATTATTTCT-AATTTCATA--C-GTTGTGATTCTTT------------------GGCAACATA-TATTAGGG--T--A-A-A-A-TT-TA-----TCAAAA--G-G-AAT-GAATGATTGAT------G-GAAAT---C-T----TTTT-----C-----A--AATC----ACA-C--A-C-T-G--T----------------------------------------------GT-C-AGTA-A--GGT-GAGCG-TGTTG--CCCATGGACCAA--TTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                acatccATTCATTTTTTAGTT----G--T-CTTGTAATCCTTTAGGGC-T----AGGTTGGGTCTA-A-A-AAT-ATGG--TTAA-ACG-A-TT-T------TCAATAGCG-G-AAT-AAA-GACAGATAAATGAA-AAAAT---T-C-----TAA-----A-----A--AATC----AA--CAAA-C-A-G--C--T--G--ATA---CAA----TGGAC----AGAGCTAAAG------GT-T-ACTCAA--GAC-AAGC-ATGTGA--CCCAa
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTAGGCTA----AGGTTGGG-CA-CA-A-TAT-GGGG--CCAA-A-A-G-TT-TT-----TCT-----G-G-AAA-AAA-GATCGC---------AAAA--------------------------------------------------G--C--T--G--A-A---CAA----CAG-G----AGGACC-AGA------GT-G-ATTC-A--GAC-AAACAGAATGA--CCCATG----GG--CTTCTTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               CAACA-A-TAT-GGGG--TTAA-A-A-AGTT-TC-----TTA-----G-G-AAT-AGA-GAT------------AAAATA--T-T----TTTT----------------TT--------------------C--T--A--A-AAATCAA----TAG-C----AGTGCC-AAG------GT-C-ACCC-A--TGC-GAAAAACGTGt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                gACA-ATGTT-GGGG--TCAA-A--------CC-----TTAAT---G-GCAAG-AAA-GATTGAT------T-AAAATAAAT-C-------------------A--AACTC---AT--A--A-C-A-G--C--T--A--A-A---CAA----CAG-C----AGGTCC-ACA------GA-G-ACTT-G--GAT-GAGCGATGTGA--CTCAGG----GG--CCTCTTTtgacatgggcctgttgttaa
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cCA-ATGAT-GGA---TCAA-A-A-A-TT-TCA----TTA-----G-G-AAT-GAA-GATTGAT------A-AAAAT---T-C----TTTtt
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gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-GGTG--TGAA-A-A-T-TT-TC-----TCA-----G-G-AAT-AAA-AATTGAT------G-AAAAG---T-A----CGTT-----A-----A--AATC----AC--C--
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGG--TTAG-A-C-A-AT-TC-----TCAT----GTG-AAT-A---GATTGAT------A-AAAGT---T-CTTAATTTT-----A-----A--AACC----ACA-CG-A-C-T-GATC--T--G--A-A---C------ATG-CCGTTAGGTCCTAAG------GTCC-ACTCTT--GGT-GAGCGATATGGTTTCCATG----g
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gatc-A-TT-TT-----ATG-----G-G-AATCAAA-GATTGAT--------AAAATA--T-C----TTTCAA---A-----A--AATC----AA--A--A-T-A-G--C--A--G--A-C---CAA----ACA-C----AGGGCT-AAG------AT-G-AC-C-A--GGA-TAGTGATTTTG--CCCTTG----GG--ACTCTTgttat
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cc-G-AAT-AAA-GATTGAA------G-AAATT---T-C----TGTC-----A-----A--AAT---------C--A-C-T-T--C--T--G--A-A---CAA----CGA-C----AAGACA-AA--------T-CTACTC-A--TGT--ACTGATAC-G--TCCATG----AG--CTTCTT
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---T-C----TGTT-----A-----A--AAATGACAAC--C--A-CGT-G--CACT--G--A-A---CAA----CAG-C----AGGGCC-AA------------ATTG-A---GT-GAGCATCGTGG--CCCGTG----A
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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ta-G--C--T--G--A-A---CAA----CAG-C----AGGGTC-AGA------AT-G-ACTC-G--GGA-GAGTGATATAG--CCCATG----GA--
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|32 ): ATGTGGCCCATGGGCCTCTTGTTATTTTACCTACAAAGCATAGCTC






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Reference ( family-2645 )     :        TTGAAAAT-GTGA----CATCANTNAATATT-TC-CTGAACT-ATTTAAG-ATAG-AACTTTC--AT-TATT---GTATAT--AGATTTCTTAT-GG-CAAGA-TCTTTCATTTTATAACATNATA-CATTTNCNTATGACCTNGCGACTTTNGNTTATACCAG-------------TGTTGGGTCANAT------TG-----TAC-TGTGTTA--TA--TGAATTTATTTTC-AGTT----A--T-GTTGTGATCCTTT-GGGC-AA----GGTC-GGG-C--AACA-AT-AT-GGGG--TNAA-A-A-A-TT-T-C-----TCA-----G-G-AAT-AAA-GATTGAT---G-AA------A-AT---T-C----TTTT-----A-----A-AA----TC-AC--C-A--C-T----G--C--TGA-AC-A--ACG----G-CAGGGCC-AA-G------GT-C-ACTC-A--GG-T-GAGCGATGTGG--CCCATG-GGCCTCTTT
gi|1                          :                   GA----CA-CAGTAAATATT-TC-TTGATTT-ATTTAAG-ATAC-AGCTTTC--AT-TTAT---GTATAT--AGATTTCTTAT-GG-CAAGA-TTTTTCATTTTATAACATGATA-CATTTGTATATGACCTTGTGACTTTTGGTTTTACCAGAACAGCAAGGTGGTGTTGG-TCATATAGGTGTTGAGGCATACCTATGTT---TA--TGAATTTATTTTC-AATT----A--T-ATTGTGATCCTTT--------------T---GG-C--AACA-AT-AT-GGGG--TGAA-A-A-T-GT-T-C-----AAA-----G-G-AAT-AAA--ATTGAT---G-A----------T---T-T----TTTT-----A-----A-AT----TC-AC--T-G--C-TCAGGG--C--TGA-GC-------------CAGGGCC-AA-G------GT-C-ATTC-A--GG-T-GAGCGATGTGG--CTCATG-GGCCTCTT
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ---T-C----TGTT-----A-----A-AAATGACA-AC--C-A--CGT----G--CACTGA-AC-A--ACA----G-CAGGGCC-AA-------------ATTG-A---G-T-GAGCATCGTGG--CCCGTG-AG-CTCTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aa-C----TTTT-----A-----A-AA-----A-ACGGC-A--C-T----G--T--TGA-TC-A--ACG----G-GAGGGTG-AA-G------AT-A-ACTC-A--GA-T-GAGTGATGTGA--CCCATG-ATCTTCTTgtttt
gi|22                         :         taAAAAT-GTGATGGACAT-AACCAACATT-TC-CTGAACT-ATTCAAG-ATAA-AACTTTTAAAT-CA-T---GTGTAT--AGATTTCTTA
gi|23                         :                             AGTCAATATAATC-TTGAATT-ATTTAAG-ATAG-AA-TTTC--AT-TATT----------------TGTTAA-GG-CAAGA-TCTTTCATTTTATAACA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ----TC-AC--A-A--T-A----G--C--TGA-TC-A--ACA----G-CAAGGCC-AC-A------GT-G-ACTC-C--GG----ATTGATGTGG--CACATT-GGCCTCTT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ----G--C--TGA-AC-A--ACA----G-CAGGGTC-AG-A------AT-G-ACTC-G--GG-A-GAGTGATATAG--CCCATG-gttaggac
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ta-----G-A-AAT-AAA-GGTTGAT---A-GA------A-AT---T-C----TTTG-----A-----A-AT----TC-AC--A-A--C-T----G--C--TTA-TC-A--ATG----G-CAGGGCC-AA-T------GT-C-aatggttagaatataa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ccT-GGTG--TGAA-A-A-T-TT-T-C-----TCA-----G-G-AAT-AAA-AATTGAT---G-AA------A-AG---T-A----CGTT-----A-----A-AA----TC-AC--C-
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATTGAT---T-AA------G-AT---T-C----TTCT-----A-----A-GA----AC-A---------------G--C--TGA-AC-A--ACA------CAGGGCA-AA-G------AT-C-ACTC-A--g
gi|3                          :        TTGAAGATTGTGA----CATCATTTCA-GTT-TCTCTGAACTAATTTCAGTACAG-GTCTTTC--AT-AATTGTCGTATATTCAGATTTCCT-T-GGACAAGAGTATTTCATTT----ACA--ATA-------CCTAT------GTGACTTTGGCTTA-------------------TGTT-GGTCAGAT------CT-----TG--TGTGTTC--AG--TGGATCTGTTTC----TT----A--T--TTGT------------C-AA----AATC--GG-C--AACG-AT-AT-GGGGATTGAATA-A-G-TT-T-C-----ACA-------G-AAT--AA-GATTGAT---GAAA------A-AT---TAC----TTTT-----ACACCCA-AA----TCAAA--C-AT-C-TA---G--C--GTA-GC-A--ACGTGAAA-CA--GCC-AT-A------GT-C-ATTT-AAGGG-T-GAGCGAT-TTG--CTCATATGGCCTCTT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tacttCA-ATGAT-GGA---TCAA-A-A-A-TT-T-CA----TTA-----G-G-AAT-GAA-GATTGAT---A-AA------A-AT---T-C----TTT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                     C-TGTGCTA--TA--TGAATTCATTTTC-AGTT----G--T-GC----ACCTTTT-GGGC-AA----GGT
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATGTGG--CCCATG-GGCCTCTTta
gi|33                         :                                                               -AGCTTTA--ATATTTT---ATATAT--AGATTTCTTAT-GG-CAAAA-TCTgttattttacctacaaagcatagctc
gi|4                          :                                                                                                                                                               acGTTCACATTAG-------------TGTTAGGTGACAT------TT-----TA--TGCGTTACTTA--CGGATG-ATTG---AGTG----AAAT-GT-ATAGCTCTTT-G--C-AAATGCGATCTGGG-T--CACA-AT-AT-GGAG--TAAA-G-C-A-TT-A-C-------G-----G-G-AAT-AAA-CATTGA------AT------A-CT---T-T----TCTT-----AC----A-AG----TC-AG--A-A--G-T----A--C--TTA-AC-A--ATT----G-CAGGGGC-AA-G------GT-A-AATC-A--GG-T-GAGTGGTATTG--TTCATG-GAACTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -A--ATG----G-CAGTGAT-AA-A------GT-C-ACTC-A--GG-T-GAACGATGTGA--CTGATA-GATCTCTTTcgttgtgtatctcattgtcaaaagctgttgcaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                      aATTCATTTTTTAGTT----G--T-CTTGTAATCCTTTAGGGC-TA----GGTT-GGG-TCTAAAA-AT-AT-GG----TTAA-ACG-A-TT-T-------TCAATAGCG-G-AAT-AAA-GACAGAT---A-AATGAAAAA-AT---T-C----TAA------A-----A-AA----TC-AA--C-AAAC-A----G--C--TGATAC-A--ATG----GACAGAGCT-AAAG------GT-T-ACTC-A--AGAC-AAGC-ATGTGA--CCCAAA-GGCCTCTTctatgaactgacaaaacagtactgactaacaattaagacggcatctctcttacgcttcatctaaatgacattaacagagagtatgtgtgaagatccctgtaacaatatcagtgaaaatgaagtgttttacagaatttattttcatgacagaacttctgatgaat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                    atttgTGTTA--TAATTGAAATTATTTCT-AATTTCATA--C-GTTGTGATTCTTT-GG------------------C--AACATAT-ATTAGGG--T--A-A-A-A-TT-T-A-----TCAAAA--G-G-AAT-GAATGATTGAT---G-GA------A-AT---C-T----TTTT-----C-----A-AA----TC-ACA-C-A--C-T----G--T---------------------------------------GT-C-AGTA-A--GG-T-GAGCG-TGTTG--CCCATG-GACCgtt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acatccGGG--TTAG-A-C-A-AT-T-C-----TCAT----GTG-AAT-A---GATTGAT---A-AA------A-GT---T-CTTAATTTT-----A-----A-AA----CC-ACA-CGA--C-T----GATC--TGA-AC-ATGCCG----T-TAGGTCCTAA-G------GTCC-ACTCTT--GG-T-GAGCGATATGGTTTCCAT--GGCCTCTTaattta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tACA-AT-GTTGGGG--TCAA-A--------C-C-----TTAAT---G-GCAAG-AAA-GATTGAT---T-AA------A-ATAAAT-C-------------A-----A-AC----TC-AT--A-A--C-A----G--C--TAA-AC-A--ACA----G-CAGGTCC-AC-A------GA-G-ACTT-G--GA-T-GAGCGATGTGA--CTCAGG-GGCCTCTTTg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTGACACAGCTAATAATTCTTGAACATATAAGCATACGCTGTCCATATATGTAC






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gi|23                         :                              A-GTCAATATAATCTTGAATT-ATTTAAG-ATAG-AA-TTTC---AT-T--------------ATTTGTTAA-GG-CAAGA-TCTTTCATTTTATAACA-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -T--C--A-C--AA-T----A----G--C--TGA-TC-A--ACA----G-CAAGGCC-AC-A------GT-G-ACTC-C--GG----ATTGATGTGG--CACATT-GGCCTCTT
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ta---GAAAT-AAA-GGTTGAT---A-GA------A-AT---T-C----TTTG-----A-----A-AT-T--C--A-C--AA-C----T----G--C--TTA-TC-A--ATG----G-CAGGGCC-AA-T------GT-C-aatggttagaatataa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ccT-GGTG--TGAA-A----A-T-TTT-C-----TC--A---GGAAT-AAA-AATTGAT---G-AA------A-AG---T-A----CGTT-----A-----A-AA-T--C--A-C--
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gi|3                          :         TTGAAGATTGTGA----CATCATTTCAGT-TT-CTCTGAACTAATTTCAGTACAG-GTCTTTCATAAT-TGTC-GTATATTCAGATTTCCT-T-GGACAAGAGTATTTCATTT----ACA--ATAC-CT-----A------TGTGACTTTGGCTTATGTT--------------------GGTCAGATC-T---------TG----TGTGTTC--AG--TGGATCTGTTTC----TT----A--T--TTGT------------C-AA----AATC--GG-C--AACG-AT-AT-GGGGATTGAATA----A-G-TTT-C-----AC------AGAAT--AA-GATTGAT---GAAA------A-AT---TAC----TTTT-----ACACCCA-AA-T--CAAA-C--AT-C----TA---G--C--GTA-GC-A--ACGTGAAA-CA--GCC-AT-A------GT-C-ATTT-AAGGG-T-GAGCGAT-TTG--CTCATATGGCCTCTT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tacttCA-ATGAT-GGA---TCAA-A----A-A-TTT-CA----TT--A---GGAAT-GAA-GATTGAT---A-AA------A-AT---T-C----TTT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                      CTGTGCTA--TA--TGAATTCATTTTC-AGTT----G--T-GC----ACCTTTT-GGGC-AA----GGT
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTGG--CCCATG-GGCCTCTTta
gi|33                         :                                                                -AGCTTTA---ATATTTT-ATATAT--AGATTTCTTAT-GG-CAAAA-TCTgttattttacctacaaagcatagctc
gi|4                          :                                                                                                                                                              acGTTCACATTAG-------------TGTTAGGTGACAT------------TTTA--TGCGTTACTTA--CGGATG-ATTG---AGTG----AAAT-GT-ATAGCTCTTT-G--C-AAATGCGATCTGGG-T--CACA-AT-AT-GGAG--TAAA-G----C-A-TTA-C---------G---GGAAT-AAA-CATTGA------AT------A-CT---T-T----TCTT-----AC----A-AG-T--C--A-G--AA-G----T----A--C--TTA-AC-A--ATT----G-CAGGGGC-AA-G------GT-A-AATC-A--GG-T-GAGTGGTATTG--TTCATG-GAACTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -A--ATG----G-CAGTGAT-AA-A------GT-C-ACTC-A--GG-T-GAACGATGTGA--CTGATA-GATCTCTTTcgttgtgtatctcattgtcaaaagctgttgcaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                      aATTCATTTTTTAGTT----G--T-CTTGTAATCCTTTAGGGC-TA----GGTT-GGG-TCTAAAA-AT-AT-GG----TTAA-ACG--A-T-TTT-CAA---TA--GC--GGAAT-AAA-GACAGAT---A-AATGAAAAA-AT---T-C----TAA------A-----A-AA-T--C--AAC--AAAC----A----G--C--TGATAC-A--ATG----GACAGAGCT-AAAG------GT-T-ACTC-A--AGAC-AAGC-ATGTGA--CCCAAA-GGCCTCTTctatgaactgacaaaacagtactgactaacaattaagacggcatctctcttacgcttcatctaaatgacattaacagagagtatgtgtgaagatccctgtaacaatatcagtgaaaatgaagtgttttacagaatttattttcatgacagaacttctgatgaat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                    atttgTGTTA--TAATTGAAATTATTTCT-AATTTCATA--C-GTTGTGATTCTTT-GG------------------C--AACATAT-ATTAGGG--T--A-A----A-A-TTT-A-----TC--AAAAGGAAT-GAATGATTGAT---G-GA------A-AT---C-T----TTTT-----C-----A-AA-T--C--A-CA-CA-C----T----G--T---------------------------------------GT-C-AGTA-A--GG-T-GAGCG-TGTTG--CCCATG-GACCgtt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acatccGGG--TTAG-A----C-A-ATT-C-----TCATG---TGAAT-A---GATTGAT---A-AA------A-GT---T-CTTAATTTT-----A-----A-AA-CCAC--A-C--GA-C----T----GATC--TGA-AC-ATGCCG----T-TAGGTCCTAA-G------GTCC-ACTCTT--GG-T-GAGCGATATGGTTTCCAT--GGCCTCTTaattta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tACA-AT-GTTGGGG--TCAA-ACCTTA-A-T-------------G---GCAAG-AAA-GATTGAT---T-AA------A-ATAAAT-C-------------A-----A-AC-T--C--A-T--AA-C----A----G--C--TAA-AC-A--ACA----G-CAGGTCC-AC-A------GA-G-ACTT-G--GA-T-GAGCGATGTGA--CTCAGG-GGCCTCTTTg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTGACACAGCTAATAATTCTTGAACATATAAGCATACGCTGTCCATATATGTAC






Alignments
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lowQualScore                  :                 .    ....  .. . .    .  .          .      .    . .     .  ........      ..         . .  .     .          .      .. .  ................          .       . .............    . .   .  ................       ...  ..      .    ...    ....... .. .  .       .................   . ..    .  .  .    .. .  . .... ...   . .............     .   .       .....  ...... .  ... . .... .  ........... .  .......  .............. .. ..   .  . .. ........       .  ........  ...    . ..  ...           ..      .         
lowQualScore                  :                 0    0000  00 0 7    3  7          7      7    7 4     7  66666666      99         1 7  7     7          0      77 3  3333333333333333          8       2 0000000000000    2 5   8  2222222222222222       333  22      0    333    2222222 44 2  4       22222222222222222   4 11    3  3  2    44 4  5 8888 666   4 4444444444444     0   0       11111  555555 9  000 7 4444 3  66666666666 8  7777777  33333333333333 44 44   7  7 33 11111111       7  44444444  777    8 33  555           55      0         
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Reference ( family-2645 )     :         TTAAAAAT-GTGA----CATCANT-CAATATT-TCCTGAACTA-TTTAAG-ATAG-AGCTTTC-AT---TNTT-GTATAT--AGATTTCTTAT-GG-CAAGA-TCTTTCATTTTATAACA-GATACANTAGT----------GTGACTTTTGTTCATATTAG-------------TGTTGGGTCATATAN---------CGTACCTGTGTTA--TA--TGAATTCATTTTC-AGTT----A--T-GTTGTGATCCTTT-GGGC-AA----GGTC-GGG-C--AACA-AT-AT-GGGG--TNAA-A----A-A-TTT-C-----TC--G---GGAAT-AAA-GATTGAT---G-AA------A-AT---T-C----TTTT-----A-----A-AA-TC--A-CA--A-C----T----G--C--TGA-AC-A--ACG----G-CAGGGCC-AA-G------GT-C-ACTC-A--GG-T-GAGCGATGTGG--CCCATG-GGCCTCTTT
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gi|23                         :                              AGT-CAATATAATCTTGAATTA-TTTAAG-ATAG-AA-TTTC-AT---T--------------ATTTGTTAA-GG-CAAGA-TCTTTCATTTTATAACA-
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gi|3                          :         TTGAAGATTGTGA----CATCATTTCAGT-TT-CTCTGAACTAATTTCAGTACAG-GTCTTTC-ATAATTGTC-GTATATTCAGATTTCCT-T-GGACAAGAGTATTTCATTT----ACA--ATAC-CTA-T----------GTGACTTTGGCTTATGTT--------------------GGTCAGATCT---------TGT----GTGTTC--AG--TGGATCTGTTTC----TT----A--T--TTGT------------C-AA----AATC-GG--C--AACG-AT-AT-GGGGATTGAATA----A-G-TTT-C-----AC--A---G-AAT-AA--GATTGAT---GAAA------A-AT---TAC----TTTT-----ACACCCA-AA-TCAAA-CA--T-C----TA---G--C--GTA-GC-A--ACGTGAAA-CA--GCC-AT-A------GT-C-ATTT-AAGGG-T-GAGCGAT-TTG--CTCATATGGCCTCTT
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gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                     CTGTGCTA--TA--TGAATTCATTTTC-AGTT----G--T-GC----ACCTTTT-GGGC-AA----GGT
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2645 )     :         TTAAAAAT-GTGA----CATCA-NTCAATATT-TCCTGAACT-ATTTAAG-ATAG-AGCTTTC---AT-TNTT-GTATAT--AGATTTCTTAT-GG-CAAGA-TCTTTCATTTTATAACA-GATACANTAGT----------GTGACTTTTGTTCATATTAG-------------TGTTGGGTCATATN-----TG---CGTACCTGTGTTA--TA--TGAATTCATTTTC-AGTT----A--T-GTTGTGATCCTTT-GGGC-AA----GGTC-GGG-C--AACA-AT-AT-GGGG--TNAA-A----A-A-TTT-C-----TC--G---GGAAT-AAA-GATTGAT---G-AA------A-AT---T-C----TTTT-----A-----A-AA-TC--A-CA--A-C----T----G--C--TGA-AC-A--ACG----G-CAGGGCC-AA-G------GT-C-ACTC-A--GG-T-GAGCGATGTGG--CCCATG-GGCCTCTTT
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ta---GAAAT-AAA-GGTTGAT---A-GA------A-AT---T-C----TTTG-----A-----A-AT-TC--A-CA--A-C----T----G--C--TTA-TC-A--ATG----G-CAGGGCC-AA-T------GT-C-aatggttagaatataa
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gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATTGAT---T-AA------G-AT---T-C----TTCT-----A-----A-GA-----A-CA--------------G--C--TGA-AC-A--ACA------CAGGGCA-AA-G------AT-C-ACTC-A--cg
gi|3                          :         TTGAAGATTGTGA----CATCATTTCAGT-TT-CTCTGAACTAATTTCAGTACAG-GTCTTTCATAAT-TGTC-GTATATTCAGATTTCCT-T-GGACAAGAGTATTTCATTT----ACA--ATAC-CTA-T----------GTGACTTTGGCTTATGTT--------------------GGTCAGATC-----T----TG----TGTGTTC--AG--TGGATCTGTTTC----TT----A--T--TTGT------------C-AA----AATC--GG-C--AACG-AT-AT-GGGGATTGAATA----A-G-TTT-C-----AC------AGAAT--AA-GATTGAT---GAAA------A-AT---TAC----TTTT-----ACACCCA-AA-TCAAA-CA--T-C----TA---G--C--GTA-GC-A--ACGTGAAA-CA--GCC-AT-A------GT-C-ATTT-AAGGG-T-GAGCGAT-TTG--CTCATATGGCCTCTT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                tacttCA-ATGAT-GGA---TCAA-A----A-A-TTT-CA----TT--A---GGAAT-GAA-GATTGAT---A-AA------A-AT---T-C----TTT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                     CTGTGCTA--TA--TGAATTCATTTTC-AGTT----G--T-GC----ACCTTTT-GGGC-AA----GGT
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gi|33                         :                                                                -AGCTTTA---ATATTTT-ATATAT--AGATTTCTTAT-GG-CAAAA-TCTgttattttacctacaaagcatagctc
gi|4                          :                                                                                                                                                              acGTTCACATTAG-------------TGTTAGGTGACATT-----T------TA--TGCGTTACTTA--CGGATG-ATTG---AGTG----AAAT-GT-ATAGCTCTTT-G--C-AAATGCGATCTGGG-T--CACA-AT-AT-GGAG--TAAA-G----C-A-TTA-C---------G---GGAAT-AAA-CATTGA------AT------A-CT---T-T----TCTT-----AC----A-AG-TC--A-GA--A-G----T----A--C--TTA-AC-A--ATT----G-CAGGGGC-AA-G------GT-A-AATC-A--GG-T-GAGTGGTATTG--TTCATG-GAACTTT
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTGACACAGCTAATAATTCTTGAACATATAAGCATACGCTGTCCATATATGTAC






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Reference ( family-2645 )     :         TTAAAAAT-GTGA----CATCA-NTCAATATT-TCCTGAACT-ATTTAAG-ATAG-AGCTTTC---AT-TNTT-GTATAT--AGATTTCTTAT-GG-CAAGA-TCTTTCATTTTATAACA-GATACANTAGT----------GTGACTTTTGTTCATATTAG-------------TGTTGGGTCATATN-----TG---CGTACCTGTGTTA--TA--TGAATTCATTTTC-AGTT----A--T-GTTGTGATCCTTT-GGGC-AA----GGTC-GGG-C--AACA-AT-AT-GGGG--TNAA-A----A-A-TTT-C-----TC--G---GGAAT-AAA-GATTGAT---G-AA------A-AT---T-C----TTTT-----A-----A-AA-TC--A-CA--A-C----T----G--C--TGA-AC-A--ACG----G-CAGGGCC-AA-G------GT-C-ACTC-A--GG-T-GAGCGATGTGG--CCCATG-GGCCTCTTT
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gi|23                         :                              A-GTCAATATAATCTTGAATT-ATTTAAG-ATAG-AA-TTTC---AT-T--------------ATTTGTTAA-GG-CAAGA-TCTTTCATTTTATAACA-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -TC--A-CA--A-T----A----G--C--TGA-TC-A--ACA----G-CAAGGCC-AC-A------GT-G-ACTC-C--GG----ATTGATGTGG--CACATT-GGCCTCTT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ----G--C--TGA-AC-A--ACA----G-CAGGGTC-AG-A------AT-G-ACTC-G--GG-A-GAGTGATATAG--CCCATG-gttaggac
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ta---GAAAT-AAA-GGTTGAT---A-GA------A-AT---T-C----TTTG-----A-----A-AT-TC--A-CA--A-C----T----G--C--TTA-TC-A--ATG----G-CAGGGCC-AA-T------GT-C-aatggttagaatataa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ccT-GGTG--TGAA-A----A-T-TTT-C-----TC--A---GGAAT-AAA-AATTGAT---G-AA------A-AG---T-A----CGTT-----A-----A-AA-TC--A-C
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATTGAT---T-AA------G-AT---T-C----TTCT-----A-----A-GA-----A-CA--------------G--C--TGA-AC-A--ACA------CAGGGCA-AA-G------AT-C-ACTC-A--cg
gi|3                          :         TTGAAGATTGTGA----CATCATTTCAGT-TT-CTCTGAACTAATTTCAGTACAG-GTCTTTCATAAT-TGTC-GTATATTCAGATTTCCT-T-GGACAAGAGTATTTCATTT----ACA--ATAC-CTA-T----------GTGACTTTGGCTTATGTT--------------------GGTCAGATC-----T----TG----TGTGTTC--AG--TGGATCTGTTTC----TT----A--T--TTGT------------C-AA----AATC--GG-C--AACG-AT-AT-GGGGATTGAATA----A-G-TTT-C-----AC------AGAAT--AA-GATTGAT---GAAA------A-AT---TAC----TTTT-----ACACCCA-AA-TCAAA-CA--T-C----TA---G--C--GTA-GC-A--ACGTGAAA-CA--GCC-AT-A------GT-C-ATTT-AAGGG-T-GAGCGAT-TTG--CTCATATGGCCTCTT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                tacttCA-ATGAT-GGA---TCAA-A----A-A-TTT-CA----TT--A---GGAAT-GAA-GATTGAT---A-AA------A-AT---T-C----TTT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                     CTGTGCTA--TA--TGAATTCATTTTC-AGTT----G--T-GC----ACCTTTT-GGGC-AA----GGT
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATGTGG--CCCATG-GGCCTCTTta
gi|33                         :                                                                -AGCTTTA---ATATTTT-ATATAT--AGATTTCTTAT-GG-CAAAA-TCTgttattttacctacaaagcatagctc
gi|4                          :                                                                                                                                                              acGTTCACATTAG-------------TGTTAGGTGACATT-----T------TA--TGCGTTACTTA--CGGATG-ATTG---AGTG----AAAT-GT-ATAGCTCTTT-G--C-AAATGCGATCTGGG-T--CACA-AT-AT-GGAG--TAAA-G----C-A-TTA-C---------G---GGAAT-AAA-CATTGA------AT------A-CT---T-T----TCTT-----AC----A-AG-TC--A-GA--A-G----T----A--C--TTA-AC-A--ATT----G-CAGGGGC-AA-G------GT-A-AATC-A--GG-T-GAGTGGTATTG--TTCATG-GAACTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -A--ATG----G-CAGTGAT-AA-A------GT-C-ACTC-A--GG-T-GAACGATGTGA--CTGATA-GATCTCTTTcgttgtgtatctcattgtcaaaagctgttgcaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                     aATTCATTTTTTAGTT----G--T-CTTGTAATCCTTTAGGGC-TA----GGTT-GGG-TCTAAAA-AT-AT-GG----TTAA-ACG--A-T-TTT-CAA---TA--GC--GGAAT-AAA-GACAGAT---A-AATGAAAAA-AT---T-C----TAA------A-----A-AA-TC--AACA--AAC----A----G--C--TGATAC-A--ATG----GACAGAGCT-AAAG------GT-T-ACTC-A--AGAC-AAGC-ATGTGA--CCCAAA-GGCCTCTTctatgaactgacaaaacagtactgactaacaattaagacggcatctctcttacgcttcatctaaatgacattaacagagagtatgtgtgaagatccctgtaacaatatcagtgaaaatgaagtgttttacagaatttattttcatgacagaacttctgatgaat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                   atttgTGTTA--TAATTGAAATTATTTCT-AATTTCATA--C-GTTGTGATTCTTT-GG------------------C--AACATAT-ATTAGGG--T--A-A----A-A-TTT-A-----TC--AAAAGGAAT-GAATGATTGAT---G-GA------A-AT---C-T----TTTT-----C-----A-AA-TC--A-CAC-A-C----T----G--T---------------------------------------GT-C-AGTA-A--GG-T-GAGCG-TGTTG--CCCATG-GACCgtt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         acatccGGG--TTAG-A----C-A-ATT-C-----TCATG---TGAAT-A---GATTGAT---A-AA------A-GT---T-CTTAATTTT-----A-----A-AA-CC--A-CACGA-C----T----GATC--TGA-AC-ATGCCG----T-TAGGTCCTAA-G------GTCC-ACTCTT--GG-T-GAGCGATATGGTTTCCAT--GGCCTCTTaattta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tACA-AT-GTTGGGG--TCAA-ACCTTA-A-T-------------G---GCAAG-AAA-GATTGAT---T-AA------A-ATAAAT-C-------------A-----A-AC-TC--A-TA--A-C----A----G--C--TAA-AC-A--ACA----G-CAGGTCC-AC-A------GA-G-ACTT-G--GA-T-GAGCGATGTGA--CTCAGG-GGCCTCTTTg


blockSeqs                     :                 T    TGGA  TT TT     A  A         A       T    G       ATAATTGTC        TC           A  A     G          C      G  T  AGCAAG                            A .                  G      ACATGTAC               ACT  AT      C    TTT    TCATA   AG T  G       GCAAATGCGATCTG      A CT    T  G  T    AT C  T CCTT TA    T ATGGGTCC          C   A       ATAG   TGAAAA T  AAA A TTAA T  TTTTGA      T  TCAAA    ACCACGT        AT AC   T  T TG CGTGAAA        T  AATAAAT   CT     T AG  TC            TT      T
blockSeqs                     :                 .    .     TC T      A  .         .       .    .       ATTATGA          .            .  .     .          T      .  .  CTAT                              A .                  G      CTTG                   A    .       T    TC     AAA     G  T  G       AGGCTAAGGTTG        . .     .  .  T    .  A  . CG   AG    . AATAGC            .   T       GA     .      .  A   . T    A  ACACCC      .  ATGA     GCACT          .  .    .  . .  TGGA           .  AG        CC     . C   AC            .       .
blockSeqs                     :                 .    .     T  T      A  .         .       .    .       AAATCAT          .            .  .     .          .                                              . .                  G      TTTA                   C    .       C    TC     A       G  T  A       TGGGCATGGTTA        . .     .  .  .    .  C  . .    G     . TCAAAA            .   .       T      .      .  .   . .    T  TCTAA       .  TCAA     CGACT          .  .    .  . .  CAG            .  A         G      . .   C             .       .
blockSeqs                     :                      .     T  A      .  .         .       .    .       ATATTTT          .            .  .     .                                                                                                            A    .       C    CT     A       G  T  A       AGGGCTAGGTTG        . .     .  .  .    .  T  . .    T     . TCATG             .   .       A      .      .  .   . .    T  TGA         .  TTA      TCTA           .  .    .  . .  TGC            .  G         C      . .   C             .       .
blockSeqs                     :                               G      .  .         .       .    .       ATATTT           .            .  .     .                                                                                                            A    .       T    C      A       C  T  G       CAAAATC             . .     .  .  .    .  C  . .    A     . ATTA              .   .       A      .      .  .   . .    T  AAA         .  CCA      AACA           .  .    .  . .  TGG            .  G         C      . .   T             .       .
blockSeqs                     :                                                                .       ATT              .                                                                                                                                               .    .      G       G  .  .       GG                  . .     .  .  .    .  A  . .    A     . TCT               .   .       G      .      .  .   . .    T  AC          .  TCG      CACT           .  .    .  . .  TAG            .  G         G      . .   T             .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                     G       .  .  .       GG                  . .     .  .  .    .  G  . .    A     . ATG               .   .       A      .      .  .   . .    G  A           .  TCA      ATA            .  .    .  . .  CAG            .  G         G      . .   A             .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                               . .     .  .  .    .  G  . .    A     . TTA               .   .       G      .      .  .   . .    T  A           .  TTA      ACT            .  .    .  . .  TAG            .  G         T      . .   T             .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .  .  .    .  G  . .    T     . GTG               .   .       A      .      .  .   . .    G  A           .  TCA      ACT            .  .    .  . .  ACA            .  G         C      . .   C             .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .  .  .    .  C  . .    G     . ATT               .   .       G      .      .  .   . .    T  A           .  TCA      ACA            .  .    .  . .  CGA            .  G         A      . .   T             .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .  .  .    .  A  . .    A     . ATG               .   .       T      .      .  .   . .    T  G           .  TCA      ATA            .  .    .  . .  TGA            .  G         G      . .   T             .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .    .  T  . .    A     . TCA               .   .       A      .      .  .   . .    G  A           .  TCA      ACT            .  .    .  . .  AAG            .  A         G      . .   T             .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .  T  . .    T     . TCA               .   .       A      .      .  .   . .    T  A           .  TCA      ACT            .  .    .  . .  CAG            .  A         C      . .   A             .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .  C  . .    A     . AC                .   .       G      .      .  .   . .    T  A           .  CCA      ATA            .  .    .  . .  CGG            .  T         C      . .   T             .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .  .  . .    A     . G                 .   .       A      .      .  .   . .    T  A           .  TCA      ACT            .  .    .  . .  CAG            .  G         C      . .   T             .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A     . G                 .   .       T      .      .  .   . .    C  A           .  TC       AGT            .  .    .  . .  CAG            .  A         A      . .   T             .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .   .       .      .      .  .   . .    A  A           .  TC       ACA            .  .    .  . .  TGG            .  G         C      . .   T             .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .   .       .      .      .  .   . .    T  C           .  AA       G              .  .    .  . .  TTG            .  A         T      . .   T             .       .
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTGACACAGCTAATAATTCTTGAACATATAAGCATACGCTGTCCATATATGTAC






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Reference ( family-2645 )     :         TTAAAAAT-GTGA----CATCANT-CAATATT-TCCTGAACTA-TTTAAG-ATAG-AGCTTTCAT-ATT-T-GT---ATAT--AGATTTCTTAT-GG-CAAGA-TCTTTCATTTTATAACA-GATACANTAGT----------GTGACTTTTGTTCATATTAG-------------TGTTGGGTCATATN-----TG---CGTACCTGTGTTA--TA--TGAATTCATTTTC-AGTT----A--T-GTTGTGATCCTTT--G-----GC--A-GGTTGGG-C--AACA-AT-AT-GGGG--TNAA-A----A-A-TTT-C-----TC--G---GGAAT-AAA-GATTGAT---G-AA------A-AT---T-C----TTTT-----A-----A-AA-TCA-CA--A-CN----G--C------TG----A-AC-A--ACG----G-CAGGGCC-AA-G------GT-C-ACTC-A--GG-T-GAGCGATGTGG--CCCATG-GGCCTCTTT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTA-G-----GCTAA-GGTTGGG-C--A-CA-AT-AT-GGGG--CCAA-A----A-G-TTT-T-----TC--T---GGAAA-AAA-GATCG-----------------------------------------------------CA--A-AA----G--C------TG----A-AC-A--ACA----G-GAGGACC-AG-A------GT-G-ATTC-A--GA-C-AAACAGAATGA--CCCATG-GGCTTCTTTgtaatgttcttacgaggcatagttcaaaagcttctacaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                     T----A--TAGTTGTGATCCATT--G---------------GGG-C--CACA-A--AT-TGGA--TAAA-A----ATA-TTT-CATGGGTC--C---GGTGT-AAA-AATTGAT---T-GA------A-TT---T-T----TTTTTTTTGA-----A-AA-TTA-CA--A-TA----G--C------TG----C-AC-A--ATG----C-CAGGGCT-GA-G------Gt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GA--TCAA-A----A-T-TTT-G-----AT--G---GAAAT-AAA-AATTGATATAG-AA------A-AT---C-T----TATC-----A-----A-AA-CCA-CA--A-CT----C--C------TG----A-AC-A--ATG----G-CAAGGCC-AA-G------G----AATT-T--GG-TCGAGCAAAGTGG--TCCGTG-GGTCTTTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                G-C--AACA-AT-AT-GGGG--TTAA-A----A-AGTTT-C-----TT--A---GGAAT-AGA-----GAT---A-AA------ATAT---T-T----TTTTTCTA-A-----A-AA-T----------------------------------C-A--ATA----G-CAGTGCC-AA-G------GT-C-ACCC-A--TG-C-GAAAAACGTGT--GACATG-GGCCTGTTgttat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --TCAA-A----A-A-TTTTC-----GT--G---GGAAT-AAAAGATTGAT---A-GA------A-GC---T-C----TTTTTG---A-----ATAA-TCG-CA--A-CT----G--C------TG-------CTA--ACA----G-AAAGGTC-TA-G------GA-C-ACTG-T--GG-T-GAGTGATGGGG--CCTGTG-GGCCTCTTgttaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A-AT-AG-GGGG--GACA-T----T-A-TTT-C-----AT--T---GGAAT-AAG-G-TTGA--------------A-AT---T-CT---TTTT-----A-----A-AA-TC--CA--A-CA----G--T------TG----A-AC----ATA----G-CAAGGCC-AA-AATAAATGT-G-ACTC-AC-GG-T-GAGCAGGGTGG--TCgttc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                a-A-TTT-T-----AT--G---GGAATCAAA-GATTGAT-----AA------A-ATA--T-C----TTTCAA---A-----A-AA-TCA-AA--A-TA----G--C------AG----A-CC-A--AAC----A-CAGGGCT-AA-G------AT-G-AC-C-A--GG-A-TAGTGATTTTG--CCCTTG-GGACTCTT
gi|17                         :         TTAAAAAT-CTGA----CATTATT-CGAT--C-TCCTGAAATA-TTTACG-ATAGGAACTTTCAT-ATT-T-GT---ATAT--TGATTTTTTGTAAA-AAAGA-TCTTTCAct
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tactttGAAT-AAA-GATTGAA---G-AA------A-TT---T-C----TGTC-----A-----A-AA-TC------A-CT----T--C------TG----A-AC-A--ACG----A-CAAGACA-AA---------T-CTACTC-A--TG-T--ACTGATAC-G--TCCATG-AGCTTCTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  a---GGAAT-AAA-GATTAAT---A-AG------A-GT---T-C----T------------------------A--A-TA----G---------TG----A-AC-A--TTG----A-CAGGGTC-AA-G------GT-T-ACTT-A--GA-C-GAGTGATGGGG--CC
gi|2                          : aaatcataTTAAAAAT-GTGA----CAT-ATT-GAATATT-TCCTGAACTT-TTTAAG-ATAG-AGCTTTCATTATG-A-GT---ATAT--AGATCTCTTAT-TG-CAAGG-TCTTTCATTTCATAAAA-GA-ACAGCAAG----------GTGGTGTTTGTTCATATTAG-------------TGTTGAGTCATATA-----CA---TGTACCTGTGTTA--TA--TGAATTCATTTTC-AGTT----A--T-GTTGTGATCCTTTTGG-----GC--ATGGTTAAGAC--AACA-AG-AT-GGGG--TGAA-A----A-A-TTT-C-----TC--A---GGAAT-AAA-GATTGAT---G-AA------A-AT---T-C----TTTT-----G-----A-AA-TTA-CC--A-CT----G--C------TG----A-AC-A--AAA----G-CAGGGCC-AA-G------GT-C-ACTC-A--GG-T-GAGCGATGTGG--CCCATG-AATTTCTTTttgatttc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ---T-C----TGTT-----A-----A-AAATGA-CA--A-CC----A--CGTGCACTG----A-AC-A--ACA----G-CAGGGCC-AA-------------ATTG-A---G-T-GAGCATCGTGG--CCCGTG-AG-CTCTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aa-C----TTTT-----A-----A-AA--AA-CGGCA-CT----G--T------TG----A-TC-A--ACG----G-GAGGGTG-AA-G------AT-A-ACTC-A--GA-T-GAGTGATGTGA--CCCATG-ATCTTCTTgtttt
gi|22                         :          taAAAAT-GTGATGGACAT-AAC-CAACATT-TCCTGAACTA-TTCAAG-ATAA-AACTTTTAA-ATCAT-GT---GTAT--AGATTTCTTA
gi|23                         :                              AGT-CAATATAATCTTGAATTA-TTTAAG-ATAG-AA-TTTCATTATT-T-GT-----------------TAA-GG-CAAGA-TCTTTCATTTTATAACA-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TCA-CA--A-TA----G--C------TG----A-TC-A--ACA----G-CAAGGCC-AC-A------GT-G-ACTC-C--GG----ATTGATGTGG--CACATT-GGCCTCTT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ----G--C------TG----A-AC-A--ACA----G-CAGGGTC-AG-A------AT-G-ACTC-G--GG-A-GAGTGATATAG--CCCATG-gttaggac
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ta---GAAAT-AAA-GGTTGAT---A-GA------A-AT---T-C----TTTG-----A-----A-AT-TCA-CA--A-CT----G--C------TT----A-TC-A--ATG----G-CAGGGCC-AA-T------GT-C-aatggttagaatataa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ccT-GGTG--TGAA-A----A-T-TTT-C-----TC--A---GGAAT-AAA-AATTGAT---G-AA------A-AG---T-A----CGTT-----A-----A-AA-TCA-C
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATTGAT---T-AA------G-AT---T-C----TTCT-----A-----A-GA---------A-CA----G--C------TG----A-AC-A--ACA------CAGGGCA-AA-G------AT-C-ACTC-A--cg
gi|3                          :         TTGAAGATTGTGA----CATCATTTCAGT-TT-CTCTGAACTAATTTCAGTACAG-GTCTTTCAT-AAT-T-GTCGTATATTCAGATTTCCT-T-GGACAAGAGTATTTCATTT----ACA--ATAC-CTA-T----------GTGACTTTGGCTTATGTT--------------------GGTCAGATC-----T----TGT----GTGTTC--AG--TGGATCTGTTTC----TT----A--T--TTGT-----------------C--A-AAATCGG-C--AACG-AT-AT-GGGGATTGAATA----A-G-TTT-C-----AC------AGAAT--AA-GATTGAT---GAAA------A-AT---TAC----TTTT-----ACACCCA-AA-TCA--A--A-CA----T--C------TAGCGTA-GC-A--ACGTGAAA-CA--GCC-AT-A------GT-C-ATTT-AAGGG-T-GAGCGAT-TTG--CTCATATGGCCTCTT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tacttCA-ATGAT-GGA---TCAA-A----A-A-TTT-CA----TT--A---GGAAT-GAA-GATTGAT---A-AA------A-AT---T-C----TTT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                      CTGTGCTA--TA--TGAATTCATTTTC-AGTT----G--T-GC----ACCTTTTG-G-----GCA-A-GGTT
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATGTGG--CCCATG-GGCCTCTTa
gi|33                         :                                                                -AGCTTTAAT-ATT-TTAT---ATAT--AGATTTCTTAT-GG-CAAAA-TCTgttattttacctacaaagcatagctc
gi|4                          :                                                                                                                                                               acGTTCACATTAG-------------TGTTAGGTGACATT-----T------TA--TGCGTTACTTA--CGGATG-ATTG---AGTG----AAAT-GT-ATAGCTCTTT--GCAAATGC--G-ATCTGGG-T--CACA-AT-AT-GGAG--TAAA-G----C-A-TTA-C---------G---GGAAT-AAA-CATTGA------AT------A-CT---T-T----TCTT-----AC----A-AG-TCA-GA--A-GT----A--C------TT----A-AC-A--ATT----G-CAGGGGC-AA-G------GT-A-AATC-A--GG-T-GAGTGGTATTG--TTCATG-GAACTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -A--ATG----G-CAGTGAT-AA-A------GT-C-ACTC-A--GG-T-GAACGATGTGA--CTGATA-GATCTCTTTcgttgtgtatctcattgtcaaaagctgttgcaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                      aATTCATTTTTTAGTT----G--T-CTTGTAATCCTTTAGG-----GCT-A-GGTTGGG-TCTAAAA-AT-AT-GG----TTAA-ACG--A-T-TTT-CAA---TA--GC--GGAAT-AAA-GACAGAT---A-AATGAAAAA-AT---T-C----TAA------A-----A-AA-TCAACA--AACA----G--C------TG----ATAC-A--ATG----GACAGAGCT-AAAG------GT-T-ACTC-A--AGAC-AAGC-ATGTGA--CCCAAA-GGCCTCTTctatgaactgacaaaacagtactgactaacaattaagacggcatctctcttacgcttcatctaaatgacattaacagagagtatgtgtgaagatccctgtaacaatatcagtgaaaatgaagtgttttacagaatttattttcatgacagaacttctgatgaat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                    atttgTGTTA--TAATTGAAATTATTTCT-AATTTCATA--C-GTTGTGATTCTTT--G-----GC--A-------------ACATAT-ATTAGGG--T--A-A----A-A-TTT-A-----TC--AAAAGGAAT-GAATGATTGAT---G-GA------A-AT---C-T----TTTT-----C-----A-AA-TCA-CAC-A-CT----G--T-----------------------------------------------GT-C-AGTA-A--GG-T-GAGCG-TGTTG--CCCATG-GACCgtt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           acatccGGG--TTAG-A----C-A-ATT-C-----TCATG---TGAAT-A---GATTGAT---A-AA------A-GT---T-CTTAATTTT-----A-----A-AA-CCA-CACGA-CT----GATC------TG----A-AC-ATGCCG----T-TAGGTCCTAA-G------GTCC-ACTCTT--GG-T-GAGCGATATGGTTTCCAT--GGCCTCTTaattta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tACA-AT-GTTGGGG--TCAA-ACCTTA-A-T-------------G---GCAAG-AAA-GATTGAT---T-AA------A-ATAAAT-C-------------A-----A-AC-TCA-TA--A-CA----G--C------TA----A-AC-A--ACA----G-CAGGTCC-AC-A------GA-G-ACTT-G--GA-T-GAGCGATGTGA--CTCAGG-GGCCTCTTTg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTGACACAGCTAATAATTCTTGAACATATAAGCATACGCTGTCCATATATGTAC