lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111 2222 222222222 222222 22222 1 2222222222 33333 111 11 1111 11 222222 22 2222222222222222 111 1111111 222222222222222 22222222222222 11111 2222222222222 111111111 222222222 11111111111 1111 1111 5555555555555555555555555555555 111 4444444444 444444 11 111 3333333333 11111 2222 111 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111 111 33333333 2222222222222 3333333333333 1 1 555555555555555555555555555555555555555 11111 1111 11 1 222 8888888888888888888 222222222 11111 1 33333333333 1 5555555555555555555555555555555555 333333333333333333 2222 1 111 1 111 3333333 1 777777777777777 2 11 1 1 11 1 333333 1 11111 2 2222 11 1 33333 4444444 1 333333333 2222 1 1 22 1 55555555 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 1 11 1 1 11 22222222222222 44444444444444444444 1
lowQualScore : 55 111 3 3 3 88 3 55 4 8888 111111 55 8 0000 4 7777 4 4 9 4 222222222 3 4 4 4 88 4 6666 000000 4 4 11111 66 8888 55 4 4 4 4 4 55 2 777 5555555555 4 44 6 11111 111 77 66 8888 11 3 3 7777 7 4 4 8 8 4 4 4 4 000000 11 4 99 55 4444444444444444 4 111 7777777 4 222222222222222 55 666 3 6 3 33333333333333 44 88888 22222 44 3 3 77777 999 3 3 88888 3 1111111111111 3 3 5555 0 555555555 55 3 666 999999999 3 55555555555 55 9999 5555 6666 3 2222 8888888888888888888888888888888 4 1 111 2222222222 4 4 4 111111 4 55 11 9999 222 66 7777777777 9999 66 4 4 5 22222 5 5 2222 000 5 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111 8 444 77777777 8 8 88 1111111111111 2222222222222 0 0 222222222222222222222222222222222222222 2 55555 4444 2 22 7 0 777 5555555555555555555 000000000 22222 0 77777777777 0 3 3333333333333333333333333333333333 888888888888888888 0000 0 2 111 0 99 777 4 6666666 3 444444444444444 0 33 3 3 6 88 3 222222 0 55555 0 0000 2 22 3 55555 6666666 3 0 111111111 8888 3 6 3 00 5 3 66666666 5 3 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 2 0 0 0 33 0 2 0 33 22222222222222 2 00000000000000000000 7 0
lowQualScore : .. ... . . . .. . .. . .... ...... .. . .... . .... . . . . ......... . . . . .. . .... ...... . . ..... .. .... .. . . . . . .. . ... .......... . .. . ..... ... .. .. .... .. . . .... . . . . . . . . . ...... .. . .. .. ................ . ... ....... . ............... .. ... . . . .............. .. ..... ..... .. . . ..... ... . . ..... . ............. . . .... . ......... .. . ... ......... . ........... .. .... .... .... . .... ............................... . . ... .......... . . . ...... . .. .. .... ... .. .......... .... .. . . . ..... . . .... ... . .. ................................................. . ... ........ . . .. ............. ............. . . ....................................... . ..... .... . .. . . ... ................... ......... ..... . ........... . . .................................. .................. .... . . ... . .. ... . ....... . ............... . .. . . . .. . ...... . ..... . .... . .. . ..... ....... . . ......... .... . . . .. . . ........ . . . .................................................................................. . . . . . .. . . . .. .............. . .................... . .
lowQualScore : 55 000 6 6 6 66 6 00 0 5555 555555 88 9 0000 4 7777 4 4 4 4 222222222 9 4 4 4 99 4 3333 999999 4 4 11111 11 5555 55 0 0 0 0 0 55 0 000 0000000000 8 66 7 99999 000 55 11 5555 99 6 6 8888 3 0 0 7 0 0 0 0 0 000000 55 0 55 55 9999999999999999 0 000 0000000 0 444444444444444 00 444 6 7 3 22222222222222 66 33333 99999 66 3 3 11111 222 3 3 33333 3 7777777777777 3 3 3333 4 111111111 00 6 444 111111111 6 55555555555 00 0000 0000 4444 6 7777 2222222222222222222222222222222 0 6 777 2222222222 0 0 0 555555 4 66 99 4444 222 11 7777777777 4444 11 4 4 0 55555 0 0 1111 444 7 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222 0 000 00000000 0 0 88 0000000000000 5555555555555 0 0 555555555555555555555555555555555555555 5 88888 8888 5 22 0 0 555 0000000000000000000 888888888 00000 0 88888888888 0 5 5555555555555555555555555555555555 222222222222222222 2222 0 2 555 0 00 000 0 3333333 3 000000000000000 0 00 3 3 7 33 3 333333 0 55555 0 0000 5 55 3 00000 3333333 3 7 333333333 0000 3 7 3 77 5 2 00000000 0 2 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 5 0 0 0 88 0 5 0 22 55555555555555 5 33333333333333333333 3 7
consensus : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT-AN---T-TTC-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAG-TT---TTCT---T---TACCTAA--GA-CATGTCG---CACGG---AA--G--CACAGTCC-CTC-T-AA-GAA-A--CA-GAATAT-G-CTCCATA-CT-G-T-GAA-T------GAAAG-CA-TT--CAGT--TT------CTTTCAA-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA---------T-----ATC--G---A-ATACCT-AAG-AA--------A-T---TCGCAC--TG-----ATGTT---T-GC--GT-C-ATGNA---CTGA---AT-T-GA-----A-GCT-------------T-TG-AA--A-TGATT-------T-CAGAAAGA--A-CCG---TAGT---G-----ATGTG-T--------C--GCA--AGA-A--TAT-G--AAA-A--TA-CA----CTCA--A---T-TTCT-TAC--T-----A-A---TTTGCG-TTCATAAN--GCTTG-------T--A-TT-TT-GACG--A--AATG-ATTG-AAAATCGAA----AT---AACGC--AG------GGTGAAAA----GATGG--AC-ATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-G-GAG-ATA-CTCAT-ATCG--T--ATTG--AT-CCAT-TA---AA--------AATGNA---CAG-TTT---GGG----TTT-CCG-T-CACAG--T---T-TA---TTCTA-ATNTA----A--G-AT-TGAA--TCTN-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGT--T-AAGTTTTC-CTTC-CAT--TTTTC--ACGA----TGAC-CC--TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-T-C-ATTC--T--T--T--ATCG-TTCNTT---C-CTCTC---A---ACT-TC-GTAAG-GAAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCGAA-TCGTTTT-C-AAAACGA--AAATTAAAAANCGN-A----ATCGTAAT-TACTATTTATATTAGACAGGGAGGTGGAGANNGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTCGT--GTG-TTGTTTGCAACC-CCACTGCCAGG-GT-AAC-TACATCTAGTTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCAC--AA-T-GCTTG-ATAAATTATCTT-TTATA-CTTTGAAT--ATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT--G--ATTGTTGTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTGTN---AAGATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCNC-----ATA---CCATAAA--TTTGCCTAA
Reference ( gi|3 ) : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TTG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT-AA---T-TTT-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAG-TT---T-CT---A---TACCCAA--GA-CATGTTC---CACGG---AA--G--CACAGTTC-CTC-T-AA-GAA-A--CA-GAATAT-G-CTCCATA-CT-G-T-GAA-T------GAAAT-CA-TT--CAGT--TT------CTTTCAA-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA---------T-----ATC--G---A-ATACCT-AAG-AA--------A-T---TCGCAC--TG-----ATGTT---T-GC--GT-C-ATGAA---CTGA---AT-T-GA-----A-GCT-------------T-TG-AA--A-TGATT-------T-CAGAAAGA--A-CCA---TAGT---T-----ATGTG-T--------C--GCA--AGA-A--TAT-G--AAA-A--TA-CA----CTCAC-A---T-TTCT-TA---T-----A-A---TTTGCG-TTCATAAT--GCTTG-------C--A-TT-TT-GAC---A--AATG-ATTG-AAAATCAAA----AT---AACGC--AG------TG-GAAAA----GATGG--AC-ATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-A-GAG-ATA-CTCAT-ATTG--T--ATTG--AT-TTAT-TA---AA--------AATGCA---CAG-TTT---GGG----TT--CTG-T-CACAG--T---T-TA---TTCTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGT--T-AAGTTTTT-CTTC-CA---TTTTC--ACGA----TGAC-CTC-TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-T-C-ATTC--T--T--T--ATCG-TTCATT---C-CTCTC---A---ACT-TC-GTA---GGAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCAAA-TTGTTAT-C-AGAACGA--AAATTAAAAAATGG-A----ATCATAAT-TACTA--TATAT---ATA--GAGGT-GAGAGCGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACTACCATTGCCAGG-GT-ATC-TACATCTA-TTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCAC--AATTTGCTTG-ATAGATTATCTTGGTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT--G--A--GTTCTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTGTT---AA-ATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCCC-----ATA---CCATACA--TTTACCCAA
gi|2 : CGTGGTCCA--TCGCTTTGA-CCAATGGGTGAA--A-ATGGATTCGG-TATTATA------CGCG-A-GGAT--TT-CC-G--GATAA-AGTTGGGTTAAG---------TTG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT-GT---T-TTTTGTCT---AAAAA--C----C--AA-C-CAA-ACATG-ATTGAG-TT---T-TTCTAA---TACCTAA--GATCATGT-CGGGCACGG---AACGG--CACAGTCCTCTT-T-ACTGAACA--CA-GAATAT-G-C-CCATA-C--G-T-GAA-T------GAAAG-CA-TT--CA-T--TT------CTTC--A-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA---------CTGATAATC--GGGAA-ATACCT-AAG-AA--------A-A---TCACAC--TG-----ATATC---T-GC--GTGC-ATGAA---CTGA---AT-TTGA-----A-GCT-------------TCTG-AA--A-TGATT-------TTCAGAAAGA----CCA---TAGT---T-----ATGTG-T--------CTGGCT--AGA-A--TAT-G--AAA-A--TA-C-----CTCA--A---T-TTCT-TACTTT-----A-AGATTTTGCG-TTCATAAT--GCTTG-------CTAA-TT-TT-GACG--A--AATG-CATG-AAAATCAAATTTTAT---AAC-C--AG------GG-TGAAA----GATGGCAAC-ATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAGCATACATC-A-GAGTATA-CTCATGATTGGTT--ATCG--ATATCATCTATATAA--------GATGC----CAGTTTT---GGGT---TT--CTG-T-CAC-G--TTTAT-TA---TTCTATATATA----A--G-AC-TGAA---CTC-ATAC-TG---TA--TGTA--TCAATG--AA--GCGCCAG-ACT-TGTTCT-AAGTTTTTCCTTCTCAT--TTTTC--ACGA----GTAT-CCA-TGCCCAC-GCAACGAAAATA-T-T-CAATTC--T--T--TACATCGTTTTATTCTCC-TTCTCCAAA---ACTGTCAGTAAG-GAAGCTTCTCG--TAGAGGGAAAACCGGGGCAGTC-A--TCCAACTTTGATAT-CAAGAACGA--AATTAAAAAAATGG-A----AATGTAACGTATTATTTATATTAGATAGGGAGGTGGAGATCGTTTG-TTCTCTACAACCCCTTGTGAGTGTTTGTTTGCAACTACAACTGCCAGGAGT-ATTACACATCTAGTTCACCTCCAAAT-AGCCCCGTGGGCTCA-TTCAGGTGTCACGAAA---GCTTGCATAGATTATCTTGTCACACCTTTGAATGCATGATCATT-AGAGATAATTGCTAAAATCGG--AATGTTGTCCAC-TAAGATT-CTT--T-TTATCCTC--TT--GTGTCTTAAA-ATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTCAAA-GG-TC--ATATCTCA-TGATC-AAGACCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTTC
gi|1 : aaCGTGGTCCACATCGA--CGA-CAA-TGT-TGAATTA-A--GATTTGG-TA----A------C-CT-G-GT----TT-CCAG--GATAA-A-TTGG-T-AAAAAAAAAAATTCG-AAAGC-GAGA-GGTAC-AA-TTT-A----T-TTT-GT-A---AAATAGTA----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAG-TTCTTT-CT---T---TACCCA---GA-CATGTCG---CACGAGCAAG--G--CACAGTTCTCTT-T-AA-AAA-------GAATAT-G-C-CCAT--CT-GGTAGAT-T------GAAAG-CA-T---CAGT--TA------TCTTCAATAACAT-TC---GTGA------TATTAA---------T-----ATC--G---ATATACCTTAAG-AA--------AAT---TCG-AC--TG-----ACTTTAT-T-GC--GT-C-ATGAA---CTGA---ATCT-GA-----A-GCCC------------T-TG-AA--A-TTATT-------T-CAGAA-GATCA-CCA---TAGT---G-----GT-TG-T--------T--GCA--CGATA--TAT-G--AAA-A--TC-CA----CTCAT-A---T-T-CT-AC---T-----AGA---TTTGCA-TT-ATAAT--GCTTG-------C--A-TT-TTTGACG--A--AATG-ATTG-AAAATTCGA----AT---A-CGC--AG------GGTGAAAA----GATGG---C-ATGTTGG-ATTATAA-AA-----CGT-G-AAA-G---ATATC-A-GAG-ATA-CTCC-----------------AT-CTAA-TA---AA----------TG-A---CAG-TTTTCTGGG----TTT-CCG-TTCACAGGTT---TATA---TTCTA--TAAA----AAGG-AT-TGAA--TCAA-CT-C-TGGTATA--T-TGACT---TG--TATTGCGCATG-A-TATGT--T-AAGTTTCC-CT-C-CA---TTTTTCTACGAAGATTGACTCTCCTGCCCACTGCAACG--AATAAT-T-C-CTTC--TAAG--T--ATCG-TTCTTC---C-TTCTC---A---ACT-TC-GTAAAAGGAGCTTCTCG--TAA--G--AAAC----GCAGTCA---TCCAAA-TCGTTTT-C-AA---GA--ATATTAAAAAGCGC-ACCATGTCATATT-TACTA--TAT------CA--GAGGT-GAGAAAGTTTGGTTCTCTAC-ACCCTTC-T--GTG-TTGTTTGCAACC-CCACTGCCAGT-GTAAAC-TACATCTAGTTCA---CCAAATCA--CCCGTGTGCTCATTT--G--GTCAC--AA-TGGCTTG-ATAATTTATCTT-GTATA-C-TTGAAT---TGAT-ATTCAGA-AT--TTTTT-AAAT--GTTATTGTTGTCCACTTGAG-TT-CTTCCC-TTA-CCTC--TTGAGTGTG---AAGATGC------TAGG--------------TTCCCGCCGACTTTGATACCG-CTGTTCTC-AA-GGATC--ATAT-T-A-TGATCAAGACCCTTATCTGC-GCAA--AGTTCCACTTAAAATAAGCCCAT-CAAGTTTGCCCAA
gi|7 : tcacCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTTGG-TA----A------CGCT-GAGG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGC-GGC-C-TA-TTT-AT---T-TTC-GT-C---AAAAA--A----CCAAA-C-CAA-A-ATG-A--GGG-TT---TTCT---T---TGCCTAA--GA-CATGTCG---CATGG---AAT-G--CACAGTCT-CT--T-AA-GAA-A--CACGAATAT-G-CCCCATAACT-G-T-GAA-T------GAAAG-CA-CTA-TAGT--TT--------TTCAA-A-CAT-TC---GTG-------T-TTAAC--------T-----ATC--G---A-ATAC-T-AAG-AA--------A-C---TTGCGTCTTG-----ATGTT---T-GC--GT-C-ATGTA---CTGA---AT-T-GA-----ATGCT-------------T-TG-AA--AACGATT-------C-CAGAAAGA--A-CCG---TAGT---G-----ATGTG-T--------C--GCA--AGA-A--TAT-A--AAA-C--TA-CA----CTCA--A---T-TTCT-TA---C-----A---------CG-TTCATAAA--GCTTGT------T--A-TT-TT-GGCG--A--AATG-ATTG-AAAATTGAA----AT---AACGC--AG------GGTGAAAA----GATGG--AC-ATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAtatactaactcaatttaaaactcttttcatatcacgaattccgtttgttaaagcaccctccccataattttggccatcataaatctaatttgtttctaatgtaacattggcaaactgtattatttgctagatcgcatattcca
gi|5 : acCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAAG-A-A--GATTTGGGTA----A------CGCT-GAGG----TT-CG-C--GATAATA-TTGG-T-AAG---------TCGTAA-GC-GAGC-GGC-C-TA-TTT-AT---T-TTC-GT-C---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GGGTTT---T-CT---T---TGCCTAA--GA-CATGTCG---CA-GG---AA--G--CACAG-TC-CTCTT-AA-GAA-A--CACGAATAT-G-CCCCATA-CT-G-T-GAA-T------GAAAG-CA-CTAGTAGT--T--------TTTC-A-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA---------T-----ATC--G---A-ATAACT-AAG-AA--------A-T---TC-CTC--TG-----ATGTT---T-GC--GT-C-ATGTA---CTGA---AT-T-GA-----A-GCT-------------T-TGAAA--A-CGATT-------C-CAGAAAGA--A-CCG---TAGT---G-----ATGTG-T--------C--GCA--AGA-A--TAT-A--AAA-C--TA-CA----CTCA--A-----TTCT--------------A---CCCACG-TTCATAAA--GCTTG-------T--T-AT-TT-GGCG--A--AATG-ATTGAAAAATTGAA----ATA--AACGC--AG------GGTGAAAA----GATGG--AC-ATGTTGC-GTTATTATAA-----GGT-GAAAAAG---ATATC-T-GAG-A
gi|16 : acCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCG-TGG-TGAA--AGA--CATTCGG-TA----AATGTCTCACA-A-GAGGTTTT-CC-G--GG-AA-A-TTGGGT-AG-----------TG-AA-GCGGAGA-GGT-CGAG-TTTAAA---TATTG-GT-TTAAAAAAA--A----C--AAGCGCAACA-ATGAA--GAG-TT---T-TT---CTTTTATCTAAATGA-CATGTTTCG-CACGG---AA--
gi|21 : tatttcacCGTGGTGCA--TCG---TTA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CACaagggttaatacatttttttt
gi|25 : tctcacCGTGGTCCG--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--
gi|20 : ccacTCCA--CCG---TGGTCCA-TGG-TGAA--A-A--GAT-CGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-TC-
gi|12 : aagtCCA--TCG----GA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGT-TA----A------CG-A-G-GG----TTTCC-GATGATAA-A-TTGG-T-AAGA--------TCG-AA-GC-GAGAAGGT-C-AAATTT-CACACT-TTT-GT-TTA-AAAGA--A----C--AA-C--AA-A-ATG-A--GAG-TT---TTCT---T---TACCTAA--GAACATGTCG---CACGGG--AA--GGCCACAGGTC-CTC-TTAA-GAA-G--CA-GAATAT-G-TTCAATATCT-G-T-GAA-T------GAAAGACA-TT--CAGT--TT------TCTTCAA---CAT-TC---GTG-------T-TTAA---------T-----ATC--G---A-ACACCTCAAG-AA--------AAT---TCGCA----G-----ATGTT-----GC--GT-C-ATGAA---CTGA---AT-T-GA-----A-GCT-------------T-TG-AA--A-ctgtgagtgaggtacaatt
gi|18 : CCA--TCG---TGA-CCA-CAG-TGAA--A-A--GGTCCGA-TA----A------CGCAGG-GG----TT-CC-A--GGTAA-A-TT---T-AAG---------TAA-AA-GC-TAG------C-AC-T--------C-CTT-G-------------A----C--AG-C-CAA-A-ATA-A--GAGTTT---T-CT---T---TATC--A--GA-TATAT
gi|10 : gttgaGA-CCA-TGG-TGAA--G-A--GATCCAG-TA----A------CGCA-G-GGG---TT-CC-A--AATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-AAGC-GGT-------TT-AT---T-TTT-CT-A---AAAAA--AAAAAC--AA-C-CAA-A-ACG-A--GAG-TT---TTCT---T---TGCCTAA--AA-CATATT----------------G--CACAA----------AA-GAA-T--CA-GAATAT-G-CTTCGTA-CT-G-T-AAA-T------AAAAG-CA-TT--GTTT--TT------TTTTCAA-A-CAC-TC---GTG-------T-TTAA---------C-----ATC--G---A-ATACCT-CAG-AA--------A-AA--TCGCAA--TG-----ATGTT---T-GC--CT-C-ATGTA---CTGA---AT-T-GA-----A-GCT-------------T-TG-AA--A-TAATT-------A-CAGAAAGA--A-CCA------------------------------------------------T-A--AAA-T--TA-CA----TTCA--A---T-TTCT-TAC--T-----AGA---TTTGCA-TTCATAAT--GCTTG-------TT-A-TT-TT-GACG--A--AATG-ATCG-AAAATGAAA----AT---AACGC--AG------GGCGAAAA----GATGG--AC-ATGTTTC-GTatcgatgtgcagtccacata
gi|11 : --GATAA-A-TTGAGC-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT-AA---T-TTC-GT-T----AAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTTT---T-CT---T---TACCCAA--GA-CATGTCG---CACGG---AAG-G--CACAGTCC-TTT-T-AA-GAA-A--CA-GAATAT-G-CTCCATA-CT-G-T-GAA-T------GAAAG-CA-TT--CAGT--TT-------GTTCA---------------------------AA---------C-----ATC--G---A-ATACCT-AAGAAA--------A-T---TCGCAC--TG-----ATGTT---T-GC--GT-C-ATGAA---CTGA---AT-T-GA-----A-GCT-------------T-TG-AA--A----------------------A--A-CCA---TAGT---G-----ATGTG-T--------C--GCC--AGA-A--TAT-A--AAA-A--TA-CA----CTCA--A---T-TTCT-CAC--T-----AGA---TTTCCG-TTTATAAA--GCCTGT------T--A-TT-TT-GAC---G--AA
gi|23 : ----C--AA-C-CAA-A-TTG-G--GAG-TT---TTCT---T---TATCTAA--GA-CATGTCG---CACG
gi|4 : g---A---TGCCTAA--GA-CACGTCG---CACG----AA--G--CACAGT-C-CTC-T-TA-AAA-A--CA-GCATATTG-C--CACA-CTTG-T-GAA-TGAAA--GAAAG-CA-TT--AAGTTGTT------TTTTTAA-------TC---G-G-------T-TCAA---------T-----ATC--G---A-AAACCT-AAA-AA--------A-A---TCCTAC--T-------TG-----T-GC---T-CAATG------------AC-T-GA-----A-GCT-------------T-TA-AA--T-TATTT-------T-CAGACAG---A-TCG---TAGTAG-T-----ATATGTT--------C--GCAGTAAA-AACTAT-A--AAA-A---A-CA----CACAA-AAAGT-TACT-AC---T-----A-A----TTGCG-TT-------------------------TT-TT-GACTGGA--AATG-ATT--AAAATTGAA----A----AACGCGGAG------TG---AAA----AAT----AC-ATGTTGCGGTTATCA-AG-----GGC-G-ATAA----ATATC-AGGAG-ATATTTCATCATTT--T--GTTAGCAT-CCAT-------A--------AATGAA---CAG-CTT---TGG----TTTACCGCT-CAAGG--T---T-AA---TCTTA-CTTTGAAGTA--G-ATGTGAA--CGTT-AT-CATT---TAAGG-TA--T---AG--TA--GCGCATG-G-T-TTT--T-AG--TTTC-CTCC-CATACTTTTC--A
gi|22 : aACCCAA--GA-CATGTCA---CACGG---AAG-G--CGCAG-TC-CTCTT-AA-GAA-A--CA-Gatcgaacttataatctgccaaacaaaaaaatacttcctttgttg
gi|9 : ACAGTCCTCTT-T-AA-AAA-A--CA-GAATAT-G-CTCCATA-CT-G-T-GAATT------GAA---CATTT--CACA--TT------CTC---A-AACAT-TCCCAGTGGCAGATAT-TT-A---------T-----ATC--G---A-ATAGCT-CAG-AA--------A-A---TTGTAC--TG-----ATGTT------C--GT-C-ATGAAAATCTGAAATAT-T-GA-----A-GCT-------------T-TG-AAATA-TGATT-------T-CAGAAAGA--A-CGA---TAGTGGATGGGGGGTGTG-T--------CT-GCA--AGA-A--TAT-G--AAAGA--TA--A----CTCA--A---T-TT-T-TA---TTACTAG-A---TTTGCG-TTCCTAATAAGCTTGA------T--ATTT-TT-GAC---AGGAATGAATT---AAAT-GAA----AT----ATGC--AG------GGTGAAAA----GATGG--AC-ATGTTGC-GTTATT--AA-----GGT-G-AAAAGAA-ATATC-A-GA--ATA--TCA--GTCG--TGGATT---AT-TTAT-TT---AAGTAATAGGAATGAATTCCAG-TTT---TGGATTTTT--CTG-T-CA-AG--T---T-TA---T
gi|8 : -AG-GAA-AATCA-GAATAT-GGCTCCATA--T-G-T-GAA-TATGTAAGAGA--CG-TT--CAGT--TTAATTCTCTTTCAA-A-CATCTCA--GTG-------T-GTAATGTGTAAAGT-----ATTCGG---A-ATATCT-ATG-AACAATACATA-TACATGACAC--TGTAAAAATGTTGTAT-ACTCGT-C-AT--A---CTTAC--AT-T-GATATATA-TCTCTCTTGAACATTCT-TG-AA--T-TAATTGACTCGGT-CAGAAAGA--AACCAATATAAT---G-----ATATG-TTCTCTGAGC--GCG--TGATG--TATTGTTAAA-A--TAACAGA--CTCAA-A---A-TTCA-TACTGT-----A-G---ATTGCGGTTCAT-------TTG-------TT-A-TTGTT-GACCG-ATTAATG-AT-G-AAAATCCGA----ATCCTAACGC--AGACGCTCTA-GAAGAATTAGATGG--GCCATGCGGT--TTATTA-AACAGTGGGTAG-AATAG---ATATC-G-GAG-ATat
gi|17 : AA---------T-----ATC--G---A-TTACCT-GAG-AA--------AAT---TCGTAC--GG-----ATGTT---T-GC--TT-T-GTGGG---TTGA---A--T-GA-----A-GAT-------------T-TG-AA--C-TAATT-------T---GAGAGA--A-CAT---TATT---A-----ATGTG-T--------C--CTA--AG-----TAT------A-A--TA-CACTGGCTCACAA---TGTTCT-T----T-----A-T---TTTG
gi|15 : -AAA-AA--------A-T---TCGCTC--TG-----ATGTT---TTGC--GT-C-ATGTA---CTGA---AT-T-GA-----A-GCT-------------T-TG-AA--A-CGATT-------C-CAGAAAGA--A-CCA---TAGT---G-----ATGTG-T--------C--GCA--AGA-A--TAT----AAA-ACTTG-CA----CTCA--A---T-TTCTCTA---C-----A---------CG-TTCATAAA--GCTTGAACACATT--A-TT-TT-GGCGA-A--AATG-ATTG--AAATTGAA----AT---ACCAG--GG------TG---AAA----GATGG--AC-ATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAA----ATATCGG-GAG-ATA-CTCAT-acgaaattatga
gi|14 : A--------AATGCA---CAC-TTT---GGG----TTTTCCG-T-CACAG--G---T-TACAATTCTA-ATTTA----A--GGAT-TGGAAGTCTACAT-C-CG---TA--T-TA--T---TGAGTG--GCA-ATGCA-T-TGT--TTAAGTTTTC-CTTC-CA---TTTTC----------TG----------CCAC-G----A--AATA-T-TCC-ATTC--T--T--T--ATCG-TTCCTT---TACTATC---ATTGACT-TT-GCA---T--CCTTCTCACTT----------C----CCAGTCAA--TCCGAA-TCATTTTCC-AAAACG---AAATTAAAATCTGACA----ATCATAAT-TGCtggtacgacatcaaatct
gi|19 : gtCCTAC-ACA-TG--AATC-TAT-C-ATTTAAT--TAGC--ATCA-TCCATT---A-CTC-----A---ACT-T--GTA---GA--CTTCTCG--TCGAGG--AAAC----GCAGACAAATCCCGAA-TCGTTTT-C-AAGACAAATAAATTGGAAAaaagagtgagaaagt
gi|13 : aG-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAAC--CC----CCAAG-GT-AAC-TACATCTG-TTCA---CCAAACCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--T--GTCAC--AA-TTGCTTG-ATAAATTATCTT-TTATA--TTTGA----ATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTT-AAAT--G--AT-GTTGTCGAC-TGAG-T---------------TT--TT--GTGTG---AAGATGC------TAGGTTCTGCGACTTTGAT-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCTC----------------TTTCCC-----ATA---CCTTAAA--TTTGCTTAA
gi|24 : CTAGG-AT-AAC-TACATCTA-TTCA----CAAATCAG-CCCGTtatactaactcaatttaaaactctg
gi|6 : TTTTTAA--T--G--AT-GTTGTCC-C-CGAG-TTTCTTTCTCTTATTATCGATT--G-ACT---AG-ATTCACGACTTTGA--------------T-----------------CCGGCT-TTCTC-AAAGG-TCCAATAT-TCAATGATC--GACCCCT-TT-GCTGCAAACAGTTTCAC-----ATA----CATAAA--TTT-CCTAA
Alignments
lowQualScore : 111 111111 1111 222222222 111 111111 11 1111 1111 111 11 11111111 11111 111 1111111 11 11111111111 2222222222222 2222222222 11111 1111 11 77777777777777777777777777777777777777777777 11111 111 111 1 111 111 11 1111111 1111111 111 1111 111111 111111 111 11 111 4444444444444 1 11 111 11111111 11 11111 1111111 11 3333 1111111111 1111 222 11 111 2222222 1 1 44444444 11 1 1 11 1 2 11 11 111 1 22222 1 3333 1 22 111 33333 1 1 11 1 22222222 1111 11 11 11 222222 99999999999999999999999999999999 11 11111 11 22222 2222 1
lowQualScore : 55 000 3 3 3 77 3 44 3 7777 000000 44 8 8888 4 5555 4 4 7 4 000000000 0 4 4 4 77 4 6666 111 2 4 77 666666 55 7777 55 3 3 3 3 3 55 55 55 44 44 6 44 44 999 44 55 2222 3 3 6666 6 7 7 7 3 3 3 55 1111 000 22 55 55555555 11111 3 000 5555555 3 3 88888 666 3 6 6 00 44 7777 3 3 4 555 555 3 3 3 3 3 3 7777 3 55 5 22222222222 3 77 44 3 44 7 5555 999 3 666 8888888888888 3 3 999 8888888888 3 6 3 77 3 44 3 4 5 8888 777 4 0 55 777 8888 6666 4 4 11111 4 4 8888 11 5 1 55555555555555555555555555555555555555555555 88888 888 111 3 6 6 44 99 6 111 444 33 1 9999999 8 8 5555555 8 8 444 4444 666666 222222 000 8 99 8 3 8 111 0 8 7777777777777 0 3 8 5 11 8 8 111 99999999 11 88888 8 0 9999999 8 11 2222 6 7777777777 7777 111 8 1 8 11 111 33 3333333 2 0 6 66666666 33 22 0 0 44 33 0 0 8 0 8 8 11 0 00 444 8 0 33333 0 1111 0 33 555 11111 0 2 0 33 0 0 44444444 0 8 8 88 5555 5 11 11 11 8 3 333333 44444444444444444444444444444444 8 8 8 8 11 8 8 88 00000 5 11 1 55555 0000 0 6
lowQualScore : .. ... . . . .. . .. . .... ...... .. . .... . .... . . . . ......... . . . . .. . .... ... . . .. ...... .. .... .. . . . . . .. .. .. .. .. . .. .. ... .. .. .... . . .... . . . . . . . .. .... ... .. .. ........ ..... . ... ....... . . ..... ... . . . .. .. .... . . . ... ... . . . . . . .... . .. . ........... . .. .. . .. . .... ... . ... ............. . . ... .......... . . . .. . .. . . . .... ... . . .. ... .... .... . . ..... . . .... .. . . ............................................ ..... ... ... . . . .. .. . ... ... .. . ....... . . ....... . . ... .... ...... ...... ... . .. . . . ... . . ............. . . . . .. . . ... ........ .. ..... . . ....... . .. .... . .......... .... ... . . . .. ... .. ....... . . . ........ .. .. . . .. .. . . . . . . .. . .. ... . . ..... . .... . .. ... ..... . . . .. . . ........ . . . .. .... . .. .. .. . . ...... ................................ . . . . .. . . .. ..... . .. . ..... .... . .
lowQualScore : 00 000 3 3 3 99 3 66 6 7777 555555 33 0 0000 0 8888 0 0 5 0 000000000 7 0 0 0 11 0 4444 000 4 0 99 555555 55 7777 00 6 6 6 6 6 00 00 00 66 22 2 22 22 222 66 00 6666 3 3 4444 7 3 1 3 6 6 6 00 4444 000 33 00 55555555 99999 6 000 5555555 6 3 33333 444 6 7 7 99 66 1111 3 3 2 888 888 3 3 3 3 3 3 9999 6 00 5 22222222222 3 99 66 3 66 1 1111 222 3 222 5555555555555 3 8 111 8888888888 3 7 3 99 3 66 6 0 5 5555 000 0 8 55 000 5555 9999 0 4 11111 4 4 1111 11 0 0 77777777777777777777777777777777777777777777 33333 333 777 3 7 7 22 22 7 777 000 66 0 0000000 0 0 0000000 0 0 000 8888 000000 222222 000 0 00 0 8 0 888 8 0 8888888888888 0 2 0 6 00 0 0 888 88888888 00 00000 0 8 0000000 0 22 4444 0 4444444444 0000 666 0 4 0 88 888 00 2222222 0 0 0 33333333 33 00 0 0 55 88 0 0 8 2 0 0 00 8 88 000 0 0 88888 0 2222 0 00 888 00000 0 5 0 22 6 8 44444444 8 0 0 88 0000 6 00 00 00 8 2 000000 00000000000000000000000000000000 0 0 0 0 00 0 0 88 88888 6 00 0 00000 0000 0 5
consensus : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---ATT-TTC-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--GA-CATG--TCG--CACGG---AA--G--CACAGTCC-CTTT-AA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--AT----GAAAG---CATT--CAGT--T------TCTTTCAA-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGNA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-T--GATTT-CAGAAAGA--ACCGTAGTG--A--------TGTG-TC--GCA--AGA-A--TATGAAA-A--TACACTC---A-ATTTCT--TAC--T--A-A---TTTGC-GTTCATAAN--GCTTG-------T--ATT-TT-GA-C--G-A--AATGA-TTG-AAAATCGAA----A---T-AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-GGAG-ATACTCAT-ATCG--T--ATTG-----AT-TCAT---TA-AA--------AATGCA---CAGTTT---GGG---TTT-CCG-T-CACAG--TT-TA---TT---CTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGTT--AAGTTTT-CCTTC-CAT--TTTTC-ACGA----TGAC---C-C-TGCCCAC-GCAACGAA--TA-T-TC-A-TTC--T--T--TA--TCGTTCN----TTC-CTCTC---A---ACT-TC-GTAA--GAAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCGAATC-GTTTT-CAA-AACGA--AAATTAAAAAATG-NA----ATCGTAAT-TACTAT-TATATCAGA---GGAGGTGGAGANCGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACCACCACTGCCAGG-GT-A--ACTACATCTAGTTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCAC-AAT-T-GCTTG-ATAGATTATCTTGNTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT--G--ATTGTTGTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TNAAGATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCNC-----ATA---CCAT-AAATTTGCCCAA
Reference ( family-2617 ) : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---ANT-TTC-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--GA-CATG--TCG--CACGG---AA--G--CACAGTCC-CTCT-AA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--AT----GAAAG---CATT--CAGT--T------TCTTTCAA-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGNA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-T--GATTT-CAGAAAGA--ACCGTAGTG--A--------TGTG-TC--GCA--AGA-A--TATGAAA-A--TACACTC---A-ATTTCT--TAC--T--A-A---TTTGC-GTTCATAAN--GCTTG-------T--ATT-TT-GA-C--G-A--AATGA-TTG-AAAATCGAA----A---T-AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-GGAG-ATACTCAT-ATCG--T--ATTG-----AT-CCAT---TA-AA--------AATGNA---CAGTTT---GGG---TTT-CCG-T-CACAG--TT-TA---TT---CTA-ATNTA----A--G-AT-TGAA--TCTN-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGTT--AAGTTTT-CCTTC-CAT--TTTTC-ACGA----TGAC---C-C-TGCCCAC-GCAACGAA--TA-T-TC-A-TTC--T--T--TA--TCGTTCN----TTC-CTCTC---A---ACT-TC-GTAAG-GAAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCGAATC-GTTTT-CAA-AACGA--AAATTAAAAANCG-NA----ATCGTAAT-TACTATTTATATTAGACAGGGAGGTGGAGANNGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTCGT--GTG-TTGTTTGCAACC-CCACTGCCAGG-GT-A--ACTACATCTAGTTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCAC-AA--T-GCTTG-ATAAATTATCTT-TTATA-CTTTGAAT--ATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT--G--ATTGTTGTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TNAAGATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCNC-----ATA---CCAT-AAATTTGCCTAA
gi|1 : CGTGGTCCACATCGA--CGA-CAA-TGT-TGAATTA-A--GATTTGG-TA----A------C-CT-G-GT----TT-CCAG--GATAA-A-TTGG-T-AAAAAAAAAAATTCG-AAAGC-GAGA-GGTAC-AA-TTT---ATT-TT--GT-A---AAATAGTA----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTTCTTT--CTT--TACCCA---GA-CATG--TCG--CACGAGCAAG--G--CACAGTTCTCTTT-AA-AAA-------GAATAT-GC-CCAT--CT-GGTAGA--TT----GAAAG---CAT---CAGT--T------ATCTTCAATAACAT-TC---GTGA------TATTAA-T-----ATCG---ATATACCTTAAG-AAAATTCG-AC--TGACTTTATT-GCGT-C-ATGAA---CTGAA---TCT-GAA-GCCCT-TG-AAA-T--TATTT-CAGAA-GATCACCATAGTG--G--------T-TG-TT--GCA--CGATA--TATGAAA-A--TCCACTC---A-TATTCT---AC--T--AGA---TTTGC-ATT-ATAAT--GCTTG-------C--ATT-TTTGA-C--G-A--AATGA-TTG-AAAATTCGA----A---T-A-CGCAG--GGT---GAAA----AGATGG----CATGTTGG-ATTATAA-AA-----CGT-G-AAA-G---ATATC-AGAG-ATACTC-C-ATC--------TA-----AT------------A--------AATG-A---CAGTTTTCTGGG---TTT-CCG-TTCACAGGTTTATA---TT---CTA--TAAA----AAGG-AT-TGAA--TCAA-CT-C-TGGTATA--T-TGACT---TG--TATTGCGCATG-A-TATGTT--AAGTTTC-CCT-C-CAT--TTTTCTACGAAGATTGACTCTC-C-TGCCCACTGCAACGAA--TAAT-TC-C-TTC--TAAG--TA--TCGTTCT----TCC-TTCTC---A---ACT-TC-GTAAAAGGAGCTTCTCG--TAA--G--AAAC----GCAGTCA---TCCAAATC-GTTTT-CAA----GA--ATATTAAAAAGCG-CACCATGTCATATT-TACTAT----ATCAGA------GGTG-AGAAAGTTTGGTTCTCTAC-ACCCTTC-T--GTG-TTGTTTGCAACC-CCACTGCCAGT-GTAA--ACTACATCTAGTTCA---CCAAATCA--CCCGTGTGCTCATTT--G--GTCAC-AA--TGGCTTG-ATAATTTATCTT-GTATA-C-TTGAAT---TGAT-ATTCAGA-AT--TTTTT-AAAT--GTTATTGTTGTCCACTTGAG-TT-CTTCCC-TTA-CCTC--TTGAGTG--TGAAGATGC------TAGG--------------TTCCCGCCGACTTTGATACCG-CTGTTCTC-AA-GGATC--ATAT-T-A-TGATCAAGACCCTTATCTGC-GCAA--AGTTCCACTTAAAATAAGCCCATCAAGTTTGCCCAA
gi|10 : tcacGA-CCA-TGG-TGAA--G-A--GATCCAG-TA----A------CGCA-G-GGG---TT-CC-A--AATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-AAGC-GGT-------TT---ATT-TTT-CT-A---AAAAA--AAAAAC--AA-C-CAA-A-ACG-A--GAGTT--TT--CTT--TGCCTAA--AA-CATA--TTG--CAC-----AA-------------------AA-GAA-T--CA-GAATAT-GCTTCGTA-CT-G-T-AA--AT----AAAAG---CATT--GTTT--T------TTTTTC-A-AACAC-TC---GTG-------T-TTAA-C-----ATCG---A-ATACCT-CAGAAAA-ATCGCAA--TGATGTT--T-GCCT-C-ATGTA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-T--AATTA-CAGAAAGA--ACC---------------------------------------ATAAAA-T--TACATTC---A-ATTTCT--TAC--T--AGA---TTTGC-ATTCATAAT--GCTTGT------T--ATT-TT-GA-C--G-A--AATGA-TCG-AAAATGAAA----A---T-AACGCAG--GGC---GAAA----AGATGG--A-CATGTTTC-GTtatactaactcaatttaaaactcttttcatatcacgaattccgtttgttaaagcaccctccccataattttggccatcataaatctaatttgtttctaatgtaacattggcaaactgtattatttgctagatcgcatattcca
gi|11 : --GATAA-A-TTGAGC-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---AAT-TTC-GT-T----AAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCCAA--GA-CATG--TCG--CACGG---AAG-G--CACAGTCC-TTTT-AA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--AT----GAAAG---CATT--CAGT--T------T-GTTCA---------------------------AA-C-----ATCG---A-ATACCT-AAGAAAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGAA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-----------------A--ACCATAGTG--A--------TGTG-TC--GCC--AGA-A--TATAAAA-A--TACACTC---A-ATTTCT--CAC--T--AGA---TTTCC-GTTTATAAA--GCCTGT------T--ATT-TT-GA-C--G-A--A
gi|12 : CCA--TCG----GA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGT-TA----A------CG-A-G-GG----TTTCC-GATGATAA-A-TTGG-T-AAGA--------TCG-AA-GC-GAGAAGGT-C-AAATTTCACACT-TTT-GT-TTA-AAAGA--A----C--AA-C--AA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--GAACATG--TCG--CACGGG--AA--GGCCACAGGTC-CTCTTAA-GAA-G--CA-GAATAT-GTTCAATATCT-G-T-GA--AT----GAAAGA--CATT--CAGT--T------TTCTTCAA---CAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ACACCTCAAG-AAAATTCGCA----GATGTT----GCGT-C-ATGAA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-
gi|13 : G-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACC-C-----CCAAG-GT-A--ACTACATCT-GTTCA---CCAAACCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--T--GTCAC-AAT-T-GCTTG-ATAAATTATCTT-TTATA--TTTGA----ATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTT-AAAT--G--A-TGTTGTCGAC-TGAG-T---------------TT--TT--GTG--TGAAGATGC------TAGGTTCTGCGACTTTGAT-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCTC----------------TTTCCC-----ATA---CCTT-AAATTTGCTTAA
gi|14 : A--------AATGCA---CACTTT---GGG---TTTTCCG-T-CACAG--GT-TACAATT---CTA-ATTTA----A--GGAT-TGGAAGTCTACAT-C-CG---TA--T-TA--T---TGAGTG--GCA-ATGCA-T-TGTTT-AAGTTTT-CCTTC-CAT--TTT--------------------C-TGCC-AC-G----AAA--TA-T-TCCA-TTC--T--T--TA--TCGTTCC----TTTACTATC---ATTGACT-TT-GC-----ATCCTTCTCACTT----------C----CCAGTCAA--TCCGAATC-ATTTTCCAA-AACG---AAATTAAAATCTGACA----ATCATAAT-TGCtatactaactcaatttaaaactctg
gi|15 : gt-AAA-AAA-TTCGCTC--TGATGTT--TTGCGT-C-ATGTA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-C--GATTC-CAGAAAGA--ACCATAGTG--A--------TGTG-TC--GCA--AGA-A--TAT-AAA-ACTTGCACTC---A-ATTTCT----C--T--A-------CAC-GTTCATAAA--GCTTGAACACATT--ATT-TT-GG-C--GAA--AATGA-TTG--AAATTGAA----A---T--AC-CAG--GGT---G-AA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAA----ATATCGGGAG-ATACTCAT--TGG--T--A-CG-----A---CAT---CA-AA--------aaagagtgagaaagt
gi|16 : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCG-TGG-TGAA--AGA--CATTCGG-TA----AATGTCTCACA-A-GAGGTTTT-CC-G--GG-AA-A-TTGGGT--AG---------T-G-AA-GCGGAGA-GGT-CGAG-TTTA--AATATTG-GT-TTAAAAAAA--A----C--AAGCGCAACA-ATGAA--GAGTT--TTTCTTT--TATCTAAATGA-CATGTTTCG--CACGG---AA--tct
gi|17 : tatttcacAA-T-----ATCG---A-TTACCT-GAG-AAAATTCGTAC--GGATGTT--T-GCTT-T-GTGGG---TTGAA-----T-GAA-GAT-T-TG-AAC-T--AATTT---GAGAGA--ACATTATTA--A--------TGTG-TC--CTA--AG-----TAT---A-A--TACACTG---G-----CT--CAC-----A-A---T-----GTT---------CTT--------T--ATT-TT-GA-C--G-A--AATTA-Taagggttaatacatttttttt
gi|18 : CCA--TCG---TGA-CCA-CAG-TGAA--A-A--GGTCCGA-TA----A------CGCAGG-GG----TT-CC-A--GGTAA-A-TT---T-AAG---------TAA-AA-GC-TAG------C-A------------CTC-CT-T-------G--A----C--AG-C-CAA-A-ATA-A--GAGTT--TT--CTT--TATC--A--GA-TATA--T-----ATCG---AT--G--TGCAGTCC-ga
gi|19 : gttgaCCTAC-ACA-TGAA--TC-TATC-A-TTTAAT--TAGCA--TCATCCA----TTA-CTC-----A---ACT-T--GTA---GA--CTTCTCG--TCGAGG--AAAC----GCAGACAAATCCCGAATC-GTTTT-CAA-GACAAATAAATTGGAAAacata
gi|2 : aCGTGGTCCA--TCGCTTTGA-CCAATGGGTGAA--A-ATGGATTCGG-TATTATA------CGCG-A-GGAT--TT-CC-G--GATAA-AGTTGGGTTAAG---------TTG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---GTT-TTTTGTCT---AAAAA--C----C--AA-C-CAA-ACATG-ATTGAGTT--TT--TCTAATACCTAA--GATCATG--TCGGGCACGG---AACGG--CACAGTCCTCTTT-ACTGAACA--CA-GAATAT-GC-CCATA-C--G-T-GA--AT----GAAAG---CATT--CA-T--T------TCTTC--A-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-CTGATAATCGGGAA-ATACCT-AAG-AAA-ATCACAC--TGATATC--T-GCGTGC-ATGAA---CTGAA---T-TTGAA-GCT-TCTG-AAA-T--GATTTTCAGAAAGA---CCATAGTT--A--------TGTG-TCTGGCT--AGA-A--TATGAAA-A--TAC-CTC---A-ATTTCT--TAC--TTTA-AGATTTTGC-GTTCATAAT--GCTTG-------CTAATT-TT-GA-C--G-A--AATGC-ATG-AAAATCAAATTTTA---T-AAC-CAG--GGT---GAAA-----GATGGCAA-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAGCATACATC-AGAGTATACTCATGATTGGTT--ATCG-----ATATCATCTATATAA--------GATGC----CAGTTTT--GGG---TTT-CTG-T-CAC-G--TT-TA---TTATTCTATATATA----A--G-AC-TGAA---CTC-ATAC-TG---TA--TGTA--TCAATG--AA--GCGCCAG-ACT-TGTTCTAAGTTTTTCCTTCTCAT--TTTTC-ACGA----GTAT---C-CATGCCCAC-GCAACGAAAATA-T-TC-AATTC--T--T--TACATCGTTTTATTCTCC-TTCTCCAAA---ACTGTCAGTAAG-GAAGCTTCTCG--TAGAGGGAAAACCGGGGCAGTCA---TCCAACTTTGATAT-CAAGAACGA--AATTAAAAAAATG-GA----AATGTAACGTATTATTTATATTAGATAGGGAGGTGGAGATCGTTTG-TTCTCTACAACCCCTTGTGAGTGTTTGTTTGCAACTACAACTGCCAGGAGT-ATTAC-ACATCTAGTTCACCTCCAAAT-AGCCCCGTGGGCTCA-TTCAGGTGTCACGAA--A-GCTTGCATAGATTATCTTGTCACACCTTTGAATGCATGATCATT-AGAGATAATTGCTAAAATCGG--AATGTTGTCCAC-TAAGATT-CTT--T-TTATCCTC--TT--GTGTCTTAAAATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTCAAA-GG-TC--ATATCTCA-TGATC-AAGACCCT-TC-GCTGCAA--AGTTT
gi|20 : aaTCCA--CCG---TGGTCCA-TGG-TGAA--A-A--GAT-CGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-TC-tc
gi|21 : aagtCGTGGTGCA--TCG---TTA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CACctgtgagtgaggtacaatt
gi|22 : tctcacACCCAA--GA-CATG--TCA--CACGG---AAG-G--CGCAGTCC-TCTT-AA-GAA-A--CA-G
gi|23 : ----C--AA-C-CAA-A-TTG-G--GAGTT--TT--CTT--TATCTAA--GA-CATG--TCG--CACG
gi|24 : gCTAGG-AT-A--ACTACATCTA-TTCA----CAAATCAG-CCCGT
gi|25 : CGTGGTCCG--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--
gi|3 : ccacCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TTG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---AAT-TTT-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--T---CTA--TACCCAA--GA-CATG--TTC--CACGG---AA--G--CACAGTTC-CTCT-AA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--AT----GAAAT---CATT--CAGT--T------TCTTTCAA-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGAA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-T--GATTT-CAGAAAGA--ACCATAGTT--A--------TGTG-TC--GCA--AGA-A--TATGAAA-A--TACACTC---ACATTTCT--TA---T--A-A---TTTGC-GTTCATAAT--GCTTG-------C--ATT-TT-GA-C----A--AATGA-TTG-AAAATCAAA----A---T-AACGCAG--TG----GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-AGAG-ATACTCAT-ATTG--T--ATTG-----AT-TTAT---TA-AA--------AATGCA---CAGTTT---GGG----TT-CTG-T-CACAG--TT-TA---TT---CTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGTT--AAGTTTT-TCTTC-CA---TTTTC-ACGA----TGAC---CTC-TGCCCAC-GCAACGAA--TA-T-TC-A-TTC--T--T--TA--TCGTTCA----TTC-CTCTC---A---ACT-TC-GTA---GGAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCAAATT-GTTAT-CAG-AACGA--AAATTAAAAAATG-GA----ATCATAAT-TACTATATATAT-------AGAGGT-GAGAGCGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACTACCATTGCCAGG-GT-A--TCTACATCTA-TTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCAC-AATTT-GCTTG-ATAGATTATCTTGGTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT--G--A--GTTCTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TTAA-ATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCCC-----ATA---CCAT-ACATTTACCCAA
gi|4 : --TGCCTAA--GA-CACG--TCG--CACG----AA--G--CACAGTCC--TCT-TA-AAA-A--CA-GCATATTGC--CACA-CTTG-T-GA--ATGAAAGAAAG---CATT--AAGTTGT------TTTTTTAA-------TC---G-G-------T-TCAA-T-----ATCG---A-AAACCT-AAA-AAA-ATCCTAC--T--TG----T-GC-T-CAATG---------A---C-T-GAA-GCT-T-TA-AAT-T--ATTTT-CAGACAG---ATCGTAGTAGTA--------TATGTTC--GCAGTAAA-AACTATAAAA-A---ACACACAAAA-AGTTAC--TAC--T--A-A----TTGC-GTT------------------------TT-TT-GA-CTGG-A--AATGA-TT--AAAATTGAA----A-----AACGCGG--AGT---GAAA----A-AT----A-CATGTTGCGGTTATCA-AG-----GGC-G-ATAA----ATATCAGGAG-ATATTT-C-ATCA--T--TTTGTTAGCAT-CCAT-------A--------AATGAA---CAGCTT---TGG---TTTACCGCT-CAAGG--TT-AA---TC---TTA-CTTTGAAGTA--G-ATGTGAA--CGTT-AT-CATT---TAAGG-TA--T---AG--TA--GCGCATG-G-T-TTTT--AG--TTT-CCTCC-CATACTTTTC-A
gi|5 : aaCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAAG-A-A--GATTTGGGTA----A------CGCT-GAGG----TT-CG-C--GATAATA-TTGG-T-AAG---------TCGTAA-GC-GAGC-GGC-C-TA-TTT---ATT-TTC-GT-C---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GGGTT--TT--CTT--TGCCTAA--GA-CATG--TCG--CA-GG---AA--G--CACAGTCC-TCTT-AA-GAA-A--CACGAATAT-GCCCCATA-CT-G-T-GA--AT----GAAAG---CACTAGTAGT--T--------TTTC-A-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATAACT-AAG-AAA-TTC-CTC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGTA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TGAAAA-C--GATTC-CAGAAAGA--ACCGTAGTG--A--------TGTG-TC--GCA--AGA-A--TATAAAA-C--TACACTC---A-ATT--C--TAC--C--C-A-------C-GTTCATAAA--GCTTG-------T--TAT-TT-GG-C--G-A--AATGA-TTGAAAAATTGAA----A---TAAACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTATAA-----GGT-GAAAAAG---ATATC-TGAG-Aatcgaacttataatctgccaaacaaaaaaatacttcctttgttg
gi|6 : acTTTTTAA--T--G--AT-GTTGTCC-C-CGAG-TTTCTTTCTCTTATTATCGATT--GAC--T--AGATTCACGACTTTGA--------------T-----------------CCGGCT-TTCTC-AAAGG-TCCAATAT-TCAATGATC--GACCCCT-TT-GCTGCAAACAGTTTCAC-----ATA----CAT-AAATTT-CCTAA
gi|7 : ttttttttaatgataggCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTTGG-TA----A------CGCT-GAGG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGC-GGC-C-TA-TTT---ATT-TTC-GT-C---AAAAA--A----CCAAA-C-CAA-A-ATG-A--GGGTT--TT--CTT--TGCCTAA--GA-CATG--TCG--CATGG---AAT-G--CACAGTCT-CT-T-AA-GAA-A--CACGAATAT-GCCCCATAACT-G-T-GA--AT----GAAAG---CACTA-TAGT--T------T--TTCAA-A-CAT-TC---GTG-------T-TTAACT-----ATCG---A-ATAC-T-AAG-AAA-CTTGCGTCTTGATGTT--T-GCGT-C-ATGTA---CTGAA---T-T-GAATGCT-T-TG-AAAAC--GATTC-CAGAAAGA--ACCGTAGTG--A--------TGTG-TC--GCA--AGA-A--TATAAAA-C--TACACTC---A-ATTTCT--TAC--------------AC-GTTCATAAA--GCTTG-------TT-ATT-TT-GG-C--G-A--AATGA-TTG-AAAATTGAA----A---T-AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAgttaatggaatgtcagtaatattcaatttaaactctttccatattccgaattcaatttgttgaagcactcctctcccataattttttggcaatagaaacaatctaatgtacatttgacgccattatgatgattttatttgctagatcgcatatttcatgtaccatcgtgtgtggtctccaagtttttcatccttaccttagctaccctttcttatgatgccgatataaatataatatgaggtgttgttccctatttggaagattcatctaaagatattgcttatgcatctttg
gi|8 : ac-AG-GAA-AATCA-GAATATGGCTCCATA--T-G-T-GAATAT----GTAAGAGACGTT--CAGT--TTAATTCTCTTTC-A-AACATCTCA--GTG-------T-GTAA-T-----GT
gi|8 : GTG--A--------TGTA-TT--GTT--AAA-A--T-----A-A--CAGACTCA--A-AATTCA--TACTGT--A-G---ATTGCGGTTCAT-------TTGT------T--ATTGTT-GACC--G-ATTAATGA--TG-AAAATCCGA----ATCCT-AACGCAGACGCTCTAGAAGAATTAGATGG--GCCATGCGGT--TTATTA-AACAGTGGGTAG-AATAG---ATATC-GGAG-ATgtaaagtattcggaatatctatgaacaatacatatacatgacactgtaaaaatgttgtatactcgtcatacttacattgatatatatctctcttgaacattcttgaattaattgactcggtcagaaagaaaccaatataatgatatgttctctgagcgcgtgatgtattgttaaaataacagactcaaaattcatactgtagattgcggttcatttgttattgttgaccgattaatgatgaaaatccgaatcctaacgcagacgctctagaagaattagatgggccatgcggtttattaaacagtgggtagaatagatatcggagat
gi|9 : aggaaaatcagaatatggctccatatgtgaatatgtaagagacgttcagtttaattctctttcaaacatctcagtgtgtaatgtgtaaagtattcggaatatctatgaacaatacatatacatgacactgtaaaaatgttgtatactcgtcatacttacattgatatatatctctcttgaacattcttgaattaattgactcggtcagaaagaaaccaatataatgatatgttctctgagcgcACAGTCCTCTTT-AA-AAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--ATT---GAA-----CATTT-CACA--T------TCTC---A-AACAT-TCCCAGTGGCAGATAT-TTA--T-----ATCG---A-ATAGCT-CAG-AAA-ATTGTAC--TGATGTT-----CGT-C-ATGAAAATCTGAAATAT-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-TATGATTT-CAGAAAGA--ACGATAGTG--GATGGGGGGTGTG-TCT-GCA--AGA-A--TATGAAAGA--TA-ACTC---A-ATTTTTATTAC--T--AGA---TTTGC-GTTCCTAATAAGCTTGA------T--ATT-TTTGA-CA-G-G--AATGAATT---AAAT-GAA----A---T-A-TGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATT--AA-----GGT-G-AAAAGAA-ATATC-AGA--ATA-TCA--GTCG--TGGATT------AT-TTAT---TT-AAGTAATAGGAATGAATTCCAGTTT---TGGATTTTT-CTG-T-CA-AG--TT-TA---T
Alignments
lowQualScore : 111 111111 1111 222222222 111 111111 11 1 111 11111111 111 111 1111111 1 11111111111 2222222222222 2222222222 11111 1111 11 77777777777777777777777777777777777777777777 11111 111 111 1 111111 111 11 1111111 1111111 111 1111 111111 111111 111 11 111 4444444444444 1 11 1 22222222222 1111 1111111 11 3333 1111111111 1111 1111 11 11 111 2222222 1 333333333333333 11 1 1 11 1 1 11 11 111 1 22222 111 1 11 111 1111 1 1 11 1 22222222 1111 11 11 11 222222 99999999999999999999999999999999 11 11111 11 22222 2222 1
lowQualScore : 55 000 3 3 3 77 3 44 3 7777 000000 44 8 8888 4 5555 4 4 7 4 000000000 0 4 4 4 77 4 6666 222 0 77 666666 55 7777 55 3 3 3 3 3 55 55 55 44 44 3 3 44 44 3 555 44 55 3 0 3 6666 6 7 7 7 3 3 3 55 3 7777 000 3 88 55 55555555 444 3 000 5555555 3 3 88888 666 3 6 0 77 44 44 3 3 3 4 555 555 3 3 3 3 3 3 44 3 3 55 5 55555555555 3 77 44 3 44 7 5555 999 3 44 1 8888888888888 3 3 6666 8888888888 3 3 3 3 77 3 44 3 4 5 8888 777777 55 777 8888 6666 4 4 11111 4 4 8888 11 5 1 00000000000000000000000000000000000000000000 77777 6 111 111 3 6 6 44 555555 6 111 33 1 9999999 8 8 5555555 8 8 444 4444 666666 222222 000 8 11 8 8 3 8 111 0 8 7777777777777 0 3 8 5 11 8 8 6 44444444444 7777 1 8 0 9999999 8 11 5555 6 7777777777 7777 2222 6 11 1 8 11 111 0 3333333 2 0 666666666666666 7 33 1 0 0 2 33 0 5 2 3 8 8 11 0 00 444 8 0 33333 111 0 33 555 1111 0 2 0 33 0 0 44444444 0 8 8 88 5555 5 11 11 11 8 3 333333 44444444444444444444444444444444 8 8 8 8 11 8 8 88 00000 5 11 1 55555 0000 0 6
lowQualScore : .. ... . . . .. . .. . .... ...... .. . .... . .... . . . . ......... . . . . .. . .... ... . .. ...... .. .... .. . . . . . .. .. .. .. .. . . .. .. . ... .. .. . . . .... . . . . . . . .. . .... ... . .. .. ........ ... . ... ....... . . ..... ... . . . .. .. .. . . . . ... ... . . . . . . .. . . .. . ........... . .. .. . .. . .... ... . .. . ............. . . .... .......... . . . . .. . .. . . . .... ...... .. ... .... .... . . ..... . . .... .. . . ............................................ ..... . ... ... . . . .. ...... . ... .. . ....... . . ....... . . ... .... ...... ...... ... . .. . . . . ... . . ............. . . . . .. . . . ........... .... . . . ....... . .. .... . .......... .... .... . .. . . .. ... . ....... . . ............... . .. . . . . .. . . . . . . .. . .. ... . . ..... ... . .. ... .... . . . .. . . ........ . . . .. .... . .. .. .. . . ...... ................................ . . . . .. . . .. ..... . .. . ..... .... . .
lowQualScore : 00 000 3 3 3 99 3 66 6 7777 555555 33 0 0000 0 8888 0 0 5 0 000000000 7 0 0 0 11 0 4444 555 1 99 555555 55 7777 00 6 6 6 6 6 00 00 00 66 22 1 1 22 22 1 888 66 00 3 0 3 4444 7 3 1 3 6 6 6 00 6 7777 000 6 66 00 55555555 555 6 000 5555555 6 3 33333 444 6 7 0 66 66 66 3 3 3 2 888 888 3 3 3 3 3 3 66 3 6 00 5 66666666666 3 99 66 3 66 1 1111 222 3 66 7 5555555555555 3 8 1111 8888888888 3 3 3 3 99 3 66 6 0 5 5555 777777 55 000 5555 9999 0 4 11111 4 4 1111 11 0 0 99999999999999999999999999999999999999999999 55555 7 777 777 3 7 7 22 888888 7 777 66 4 0000000 0 0 0000000 0 0 000 8888 000000 222222 000 0 00 0 0 8 0 888 8 0 8888888888888 0 2 0 6 00 0 0 0 88888888888 0000 0 0 8 0000000 0 22 2222 0 4444444444 0000 6666 4 00 4 0 88 888 8 2222222 0 0 777777777777777 3 33 0 0 0 5 88 0 5 5 2 0 0 00 8 88 000 0 0 88888 000 0 22 888 5555 0 5 0 22 6 8 44444444 8 0 0 88 0000 6 00 00 00 8 2 000000 00000000000000000000000000000000 0 0 0 0 00 0 0 88 88888 6 00 0 00000 0000 0 5
consensus : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---ATTTTC-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--G-A-CATG--TCG--CAC-GG---AA--G--CACA-GTCC-CTTTAA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-TT--CAGT--T------TCTTTCAA-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGNA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-TGATTT-CAGAAAGA--ACCGTAGT--------G--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TATGAAA-A--TACACTC---A-ATTTC--TTAC--T--A-A---TTTGC-GTTCATA--ANGCTTG-------T--A-TT-TT-GA-C--G-A--AATG-ATTG-AAAATCGAA----A---T-AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-GGAG-ATACTCAT-ATCG--T--ATTG-----AT-TCAT-TA---AA--------AATGCA---CAG-TTT---GGG---TTT-CCG-T-CACAG--T---T-TA---TTCTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGT--T-AAG-TTTTCCTTC-CAT--TTTTC-ACGA----TGAC---C-C-TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-TC-ATTC--T--T--T--ATCGT----TCNTTC-CTCTC---A---ACT-TC-GTAA--GAAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCGAA--TCGTTTT-CAA-AACGA--AAATTAAAAAATG-NA----ATCGTAAT-TACTA-T-TATATCAGA---GGAGGTGGAGANCGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACCACCACTGCCAGG-GT-A--ACTACATCTAGTTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCACAA-TNGCTTG-ATAGATTATCTTGTTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT--G--ATTGTTGTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TNAAGATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCNC-----ATA---CCAT-AAATTTGCCCAA
Reference ( family-2617 ) : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---ATTTTC-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--G-A-CATG--TCG--CAC-GG---AA--G--CACA-GTCC-CTTTAA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-TT--CAGT--T------TCTTTCAA-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGNA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-TGATTT-CAGAAAGA--ACCGTAGT--------G--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TATGAAA-A--TACACTC---A-ATTTC--TTAC--T--A-A---TTTGC-GTTCATA--ANGCTTG-------T--A-TT-TT-GA-C--G-A--AATG-ATTG-AAAATCGAA----A---T-AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-GGAG-ATACTCAT-ATCG--T--ATTG-----AT-TCAT-TA---AA--------AATGCA---CAG-TTT---GGG---TTT-CCG-T-CACAG--T---T-TA---TTCTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGT--T-AAG-TTTTCCTTC-CAT--TTTTC-ACGA----TGAC---C-C-TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-TC-ATTC--T--T--T--ATCGT----TCNTTC-CTCTC---A---ACT-TC-GTAA--GAAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCGAA--TCGTTTT-CAA-AACGA--AAATTAAAAAATG-NA----ATCGTAAT-TACTA-T-TATATCAGA---GGAGGTGGAGANCGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACCACCACTGCCAGG-GT-A--ACTACATCTAGTTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCACAA-TTGCTTG-ATAGATTATCTTGNTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT--G--ATTGTTGTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TNAAGATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCNC-----ATA---CCAT-AAATTTGCCCAA
gi|1 : CGTGGTCCACATCGA--CGA-CAA-TGT-TGAATTA-A--GATTTGG-TA----A------C-CT-G-GT----TT-CCAG--GATAA-A-TTGG-T-AAAAAAAAAAATTCG-AAAGC-GAGA-GGTAC-AA-TTT---ATTTT--GT-A---AAATAGTA----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTTCTTT--CTT--TACCCA---G-A-CATG--TCG--CAC-GAGCAAG--G--CACA-GTTCTCTTTAA-AAA-------GAATAT-GC-CCAT--CT-GGTAGA--T-T----GAAAG---CA-T---CAGT--T------ATCTTCAATAACAT-TC---GTGA------TATTAA-T-----ATCG---ATATACCTTAAG-AAAATTCG-AC--TGACTTTATT-GCGT-C-ATGAA---CTGA---ATCT-GAA-GCCCT-TG-AA--A-TTATTT-CAGAA-GATCACCATAGT--------G--GT-TG-TT--GCA--CGATA--TATGAAA-A--TCCACTC---A-TATTC--T-AC--T--AGA---TTTGC-ATT-ATA--ATGCTTG-------C--A-TT-TTTGA-C--G-A--AATG-ATTG-AAAATTCGA----A---T-A-CGCAG--GGT---GAAA----AGATGG----CATGTTGG-ATTATAA-AA-----CGT-G-AAA-G---ATATC-AGAG-ATACTC-C-ATC--------TA-----AT------------A--------AATG-A---CAG-TTTTCTGGG---TTT-CCG-TTCACAGGTT---TATA---TTCTA--TAAA----AAGG-AT-TGAA--TCAA-CT-C-TGGTATA--T-TGACT---TG--TATTGCGCATG-A-TATGT--T-AAG-TTTCCCT-C-CAT--TTTTCTACGAAGATTGACTCTC-C-TGCCCACTGCAACG--AATAAT-TC-CTTC--TAAG--T--ATCGT----TCTTCC-TTCTC---A---ACT-TC-GTAAAAGGAGCTTCTCG--TAA--G--AAAC----GCAGTCA---TCCAAA--TCGTTTT-CAA----GA--ATATTAAAAAGCG-CACCATGTCATATT-TACTA-T----ATCAGA---GG---TG-AGAAAGTTTGGTTCTCTAC-ACCCTTC-T--GTG-TTGTTTGCAACC-CCACTGCCAGT-GTAA--ACTACATCTAGTTCA---CCAAATCA--CCCGTGTGCTCATTT--G--GTCACAA-TGGCTTG-ATAATTTATCTTG-TATA-C-TTGAAT---TGAT-ATTCAGA-AT--TTTTT-AAAT--GTTATTGTTGTCCACTTGAG-TT-CTTCCC-TTA-CCTC--TTGAGTG--TGAAGATGC------TAGG--------------TTCCCGCCGACTTTGATACCG-CTGTTCTC-AA-GGATC--ATAT-T-A-TGATCAAGACCCTTATCTGC-GCAA--AGTTCCACTTAAAATAAGCCCATCAAGTTTGCCCAA
gi|10 : tcacGA-CCA-TGG-TGAA--G-A--GATCCAG-TA----A------CGCA-G-GGG---TT-CC-A--AATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-AAGC-GGT-------TT---ATTTTT-CT-A---AAAAA--AAAAAC--AA-C-CAA-A-ACG-A--GAGTT--TT--CTT--TGCCTAA--A-A-CATA--TTG--CAC------AA-------------------AA-GAA-T--CA-GAATAT-GCTTCGTA-CT-G-T-AA--A-T----AAAAG---CA-TT--GTTT--T------TTTTTC-A-AACAC-TC---GTG-------T-TTAA-C-----ATCG---A-ATACCT-CAGAAAA-ATCGCAA--TGATGTT--T-GCCT-C-ATGTA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-TAATTA-CAGAAAGA--ACC---------------------------------------ATAAAA-T--TACATTC---A-ATTTC--TTAC--T--AGA---TTTGC-ATTCATA--ATGCTTGT------T--A-TT-TT-GA-C--G-A--AATG-ATCG-AAAATGAAA----A---T-AACGCAG--GGC---GAAA----AGATGG--A-CATGTTTC-GTtatactaactcaatttaaaactcttttcatatcacgaattccgtttgttaaagcaccctccccataattttggccatcataaatctaatttgtttctaatgtaacattggcaaactgtattatttgctagatcgcatattcca
gi|11 : --GATAA-A-TTGAGC-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---AATTTC-GT-T----AAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCCAA--G-A-CATG--TCG--CAC-GG---AAG-G--CACA-GTCC-TTTTAA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-TT--CAGT--T------T-GTTCA---------------------------AA-C-----ATCG---A-ATACCT-AAGAAAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGAA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A---------------A--ACCATAGT--------G--ATGTG-TC--GCC--AGA-A--TATAAAA-A--TACACTC---A-ATTTC--TCAC--T--AGA---TTTCC-GTTTATA--AAGCCTGT------T--A-TT-TT-GA-C--G-A--A
gi|12 : CCA--TCG----GA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGT-TA----A------CG-A-G-GG----TTTCC-GATGATAA-A-TTGG-T-AAGA--------TCG-AA-GC-GAGAAGGT-C-AAATTTCACACTTTT-GT-TTA-AAAGA--A----C--AA-C--AA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--GAA-CATG--TCG--CACGGG---AA--GGCCACAGGTCC-TCTTAA-GAA-G--CA-GAATAT-GTTCAATATCT-G-T-GA--A-T----GAAAGA--CA-TT--CAGT--T------TTCTTC---AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ACACCTCAAGAAAA-TTCGCA----GATG-T--T-GCGT-C-ATGAA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-
gi|13 : G-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACC----C--CCAAG-GT-A--ACTACATCT-GTTCA---CCAAACCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--T--GTCACAA-TTGCTTG-ATAAATTATCTT-TTATA--TTTGA----ATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTT-AAAT--G--A-TGTTGTCGAC-TGAG-T---------------TT--TT--GTG--TGAAGATGC------TAGGTTCTGCGACTTTGAT-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCTC----------------TTTCCC-----ATA---CCTT-AAATTTGCTTAA
gi|14 : A--------AATGCA---CAC-TTT---GGG---TTTTCCG-T-CACAG--G---T-TACAATTCTA-ATTTA----A--GGAT-TGGAAGTCTACAT-C-CG---TA--T-TA--T---TGAGTG--GCA-ATGCA-T-TGT--TTAAG-TTTTCCTTC-CAT--TTT--------------------C-TGCC-AC-G----A--AATA-T-TCCATTC--T--T--T--ATCGT----TCCTTTACTATC---ATTGACT-TT-GC-----ATCCTTCTCACTT----------C----CCAGTCAA--TCCGAA--TCATTTTCCAA-AACG---AAATTAAAATCTGACA----ATCATAAT-TGCtatactaactcaatttaaaactctg
gi|15 : gt-AAA-AAA-TTCGCTC--TGATGTT--TTGCGT-C-ATGTA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-CGATTC-CAGAAAGA--ACCATAGT--------G--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TAT-AAA-ACTTGCACTC---A-ATTTC--T--C--T--A-------CAC-GTTCATA--AAGCTTGAACACATT--A-TT-TT-GG-C--GAA--AATG-ATTG--AAATTGAA----A---T--AC-CAG--GGT---G-AA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAA----ATATCGGGAG-ATACTCAT--TGG--T--A-CG-----A---CAT-CA---AA--------aaagagtgagaaagt
gi|16 : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCG-TGG-TGAA--AGA--CATTCGG-TA----AATGTCTCACA-A-GAGGTTTT-CC-G--GG-AA-A-TTGGGT--AG---------T-G-AA-GCGGAGA-GGT-CGAG-TTTAA-ATATTG-GT-TTAAAAAAA--A----C--AAGCGCAACA-ATGAA--GAGTT--TTTCTTT--TATCTAAATG-A-CATGTTTCG--CAC-GG---AA--tct
gi|17 : tatttcacAA-T-----ATCG---A-TTACCT-GAG-AAAATTCGTAC--GGATGTT--T-GCTT-T-GTGGG---TTGA---A--T-GAA-GAT-T-TG-AA--C-TAATTT---GAGAGA--ACATTATT--------A--ATGTG-TC--CTA--AG-----TAT---A-A--TACACTG---G-----C--TCAC-----A-A---T-----GTT---------CTT--------T--A-TT-TT-GA-C--G-A--AATT-ATaagggttaatacatttttttt
gi|18 : CCA--TCG---TGA-CCA-CAG-TGAA--A-A--GGTCCGA-TA----A------CGCAGG-GG----TT-CC-A--GGTAA-A-TT---T-AAG---------TAA-AA-GC-TAG------C-A-----------CTC-CT-T-------G--A----C--AG-C-CAA-A-ATA-A--GAGTT--TT--CTT--TATC--A--G-A-TATA--T-----AT-CG---AT--G--TGCA-GTCC-ga
gi|19 : gttgaCCTAC-ACA-TG--AATC-TATC-ATTTAAT--TAGC--ATCAT----CCATTA-CTC-----A---ACT-T--GTA---GA--CTTCTCG--TCGAGG--AAAC----GCAGACAAATCCCGAA--TCGTTTT-CAA-GACAAATAAATTGGAAAacata
gi|2 : aCGTGGTCCA--TCGCTTTGA-CCAATGGGTGAA--A-ATGGATTCGG-TATTATA------CGCG-A-GGAT--TT-CC-G--GATAA-AGTTGGGTTAAG---------TTG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---GTTTTTTGTCT---AAAAA--C----C--AA-C-CAA-ACATG-ATTGAGTT--TT--TCTAATACCTAA--G-ATCATG--TCGGGCAC-GG---AACGG--CACA-GTCCTCTTTACTGAACA--CA-GAATAT-GC-CCATA-C--G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-TT--CA-T--T------TCTTC--A-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-CTGATAATCGGGAA-ATACCT-AAG-AAA-ATCACAC--TGATATC--T-GCGTGC-ATGAA---CTGA---AT-TTGAA-GCT-TCTG-AA--A-TGATTTTCAGAAAGA---CCATAGT--------T--ATGTG-TCTGGCT--AGA-A--TATGAAA-A--TAC-CTC---A-ATTTC--TTAC--TTTA-AGATTTTGC-GTTCATA--ATGCTTG-------CTAA-TT-TT-GA-C--G-A--AATG-CATG-AAAATCAAATTTTA---T-AAC-CAG--GGT---GAAA-----GATGGCAA-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAGCATACATC-AGAGTATACTCATGATTGGTT--ATCG-----ATATCATCTATATAA--------GATGC----CAGTTTT---GGG---TTT-CTG-T-CAC-G--TTTAT-TA---TTCTATATATA----A--G-AC-TGAA---CTC-ATAC-TG---TA--TGTA--TCAATG--AA--GCGCCAG-ACT-TGTTCT-AAGTTTTTCCTTCTCAT--TTTTC-ACGA----GTAT---C-CATGCCCAC-GCAACGAAAATA-T-TCAATTC--T--T--TACATCGTTTTATTCTCC-TTCTCCAAA---ACTGTCAGTAAG-GAAGCTTCTCG--TAGAGGGAAAACCGGGGCAGTC-A--TCC-AACTTTGATAT-CAAGAACGA--AATTAAAAAAATG-GA----AATGTAACGTATTATT-TATATTAGATAGGGAGGTGGAGATCGTTTG-TTCTCTACAACCCCTTGTGAGTGTTTGTTTGCAACTACAACTGCCAGGAGT-ATTAC-ACATCTAGTTCACCTCCAAAT-AGCCCCGTGGGCTCA-TTCAGGTGTCACGA-AAGCTTGCATAGATTATCTTGTCACACCTTTGAATGCATGATCATT-AGAGATAATTGCTAAAATCGG--AATGTTGTCCAC-TAAGATT-CTT--T-TTATCCTC--TT--GTGTCTTAAAATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTCAAA-GG-TC--ATATCTCA-TGATC-AAGACCCT-TC-GCTGCAA--AGTTT
gi|20 : aaTCCA--CCG---TGGTCCA-TGG-TGAA--A-A--GAT-CGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-TC-tc
gi|21 : aagtCGTGGTGCA--TCG---TTA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CACctgtgagtgaggtacaatt
gi|22 : tctcacACCCAA--G-A-CATG--TCA--CAC-GG---AAG-G--CGCA-GTCC-TCTTAA-GAA-A--CA-G
gi|23 : ----C--AA-C-CAA-A-TTG-G--GAGTT--TT--CTT--TATCTAA--G-A-CATG--TCG--CAC-G
gi|24 : gCTAGG-AT-A--ACTACATCTA-TTCA----CAAATCAG-CCCGT
gi|25 : CGTGGTCCG--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--
gi|3 : ccacCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TTG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---AATTTT-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--T---CTA--TACCCAA--G-A-CATG--TTC--CAC-GG---AA--G--CACA-GTTC-CTCTAA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--A-T----GAAAT---CA-TT--CAGT--T------TCTTTCAA-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGAA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-TGATTT-CAGAAAGA--ACCATAGT--------T--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TATGAAA-A--TACACTC---ACATTTC--TTA---T--A-A---TTTGC-GTTCATA--ATGCTTG-------C--A-TT-TT-GA-C----A--AATG-ATTG-AAAATCAAA----A---T-AACGCAG--TG----GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-AGAG-ATACTCAT-ATTG--T--ATTG-----AT-TTAT-TA---AA--------AATGCA---CAG-TTT---GGG----TT-CTG-T-CACAG--T---T-TA---TTCTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGT--T-AAG-TTTTTCTTC-CA---TTTTC-ACGA----TGAC---CTC-TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-TC-ATTC--T--T--T--ATCGT----TCATTC-CTCTC---A---ACT-TC-GT-A--GGAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCAAA--TTGTTAT-CAG-AACGA--AAATTAAAAAATG-GA----ATCATAAT-TACTA-TATATAT-------AGAGGT-GAGAGCGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACTACCATTGCCAGG-GT-A--TCTACATCTA-TTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCACAATTTGCTTG-ATAGATTATCTTGGTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT--G--A--GTTCTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TTAA-ATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCCC-----ATA---CCAT-ACATTTACCCAA
gi|4 : --TGCCTAA--G-A-CACG--TCG--CAC-G----AA--G--CACA-GTCC-TCTTAA--AA-A--CA-GCATATTGC--CACA-CTTG-T-GA--A-TGAAAGAAAG---CA-TT--AAGTTGT------TTTTTTAA-------TC---G-G-------T-TCAA-T-----ATCG---A-AAACCT-AAA-AAA-ATCCTAC--T--TG----T-GC-T-CAATG------------AC-T-GAA-GCT-T-TA-AA--T-TATTTT-CAGACAG---ATCGTAGT--------AGTATATGTTC--GCAGTAAA-AACTATAAAA-A---ACACACAAAA-AGTTA--CTAC--T--A-A----TTGC-GTT-------------------------TT-TT-GA-CTGG-A--AATG-ATT--AAAATTGAA----A-----AACGCGG--AGT---GAAA----A-AT----A-CATGTTGCGGTTATCA-AG-----GGC-G-ATAA----ATATCAGGAG-ATATTT-C-ATCA--T--TTTGTTAGCAT-CCAT-------A--------AATGAA---CAG-CTT---TGG---TTTACCGCT-CAAGG--T---T-AA---TCTTA-CTTTGAAGTA--G-ATGTGAA--CGTT-AT-CATT---TAAGG-TA--T---AG--TA--GCGCATG-G-T-TTT--T-AG---TTTCCTCC-CATACTTTTC-A
gi|5 : aaCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAAG-A-A--GATTTGGGTA----A------CGCT-GAGG----TT-CG-C--GATAATA-TTGG-T-AAG---------TCGTAA-GC-GAGC-GGC-C-TA-TTT---ATTTTC-GT-C---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GGGTT--TT--CTT--TGCCTAA--G-A-CATG--TCG--CA--GG---AA--G--CACA-GTCC-TCTTAA-GAA-A--CACGAATAT-GCCCCATA-CT-G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-CTAGTAGT--T--------TTTC-A-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATAACT-AAG-AAA-TTC-CTC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGTA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TGAAA--A-CGATTC-CAGAAAGA--ACCGTAGT--------G--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TATAAAA-C--TACACTC---A-ATT----CTAC--C--C-A-------C-GTTCATA--AAGCTTG-------T--T-AT-TT-GG-C--G-A--AATG-ATTGAAAAATTGAA----A---TAAACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTATAA-----GGT-GAAAAAG---ATATC-TGAG-Aatcgaacttataatctgccaaacaaaaaaatacttcctttgttg
gi|6 : acTTTTTAA--T--G--AT-GTTGTCC-C-CGAG-TTTCTTTCTCTTATTATCGATT--GAC--T--AGATTCACGACTTTGA--------------T-----------------CCGGCT-TTCTC-AAAGG-TCCAATAT-TCAATGATC--GACCCCT-TT-GCTGCAAACAGTTTCAC-----ATA----CAT-AAATTT-CCTAA
gi|7 : ttttttttaatgataggCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTTGG-TA----A------CGCT-GAGG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGC-GGC-C-TA-TTT---ATTTTC-GT-C---AAAAA--A----CCAAA-C-CAA-A-ATG-A--GGGTT--TT--CTT--TGCCTAA--G-A-CATG--TCG--CAT-GG---AAT-G--CACA-GTCT-CTT-AA-GAA-A--CACGAATAT-GCCCCATAACT-G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-CTA-TAGT--T------T--TTCAA-A-CAT-TC---GTG-------T-TTAACT-----ATCG---A-ATAC-T-AAG-AAA-CTTGCGTCTTGATGTT--T-GCGT-C-ATGTA---CTGA---AT-T-GAATGCT-T-TG-AA--AACGATTC-CAGAAAGA--ACCGTAGT--------G--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TATAAAA-C--TACACTC---A-ATTTC--TTAC--------------AC-GTTCATA--AAGCTTG-------TT-A-TT-TT-GG-C--G-A--AATG-ATTG-AAAATTGAA----A---T-AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAgttaatggaatgtcagtaatattcaatttaaactctttccatattccgaattcaatttgttgaagcactcctctcccataattttttggcaatagaaacaatctaatgtacatttgacgccattatgatgattttatttgctagatcgcatatttcatgtaccatcgtgtgtggtctccaagtttttcatccttaccttagctaccctttcttatgatgccgatataaatataatatgaggtgttgttccctatttggaagattcatctaaagatattgcttatgcatctttg
gi|8 : acAG-GAA-AATCA-GAATATGGCTCCATA--T-G-T-GAATA-T----GTAAGAGACG-TT--CAGT--TTAATTCTCTTTC-A-AACATCTCA--GTG-------T-GTAA-T-----GT
gi|8 : GT--------G--ATGTA-TT--GTT--AAA-A--T-----A-A--CAGACTCA--A-AATTC--ATACTGT--A-G---ATTGCGGTTCAT-------TTGT------T--A-TTGTT-GACC--G-ATTAATG-A-TG-AAAATCCGA----ATCCT-AACGCAGACGCTCTAGAAGAATTAGATGG--GCCATGCGGT--TTATTA-AACAGTGGGTAG-AATAG---ATATC-GGAG-ATgtaaagtattcggaatatctatgaacaatacatatacatgacactgtaaaaatgttgtatactcgtcatacttacattgatatatatctctcttgaacattcttgaattaattgactcggtcagaaagaaaccaatataatgatatgttctctgagcgcgtgatgtattgttaaaataacagactcaaaattcatactgtagattgcggttcatttgttattgttgaccgattaatgatgaaaatccgaatcctaacgcagacgctctagaagaattagatgggccatgcggtttattaaacagtgggtagaatagatatcggagat
gi|9 : aggaaaatcagaatatggctccatatgtgaatatgtaagagacgttcagtttaattctctttcaaacatctcagtgtgtaatgtgtaaagtattcggaatatctatgaacaatacatatacatgacactgtaaaaatgttgtatactcgtcatacttacattgatatatatctctcttgaacattcttgaattaattgactcggtcagaaagaaaccaatataatgatatgttctctgagcgcACA-GTCCTCTTTAA-AAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--ATT----GAA-----CATTT--CACA--T------TCTC---A-AACAT-TCCCAGTGGCAGATAT-TT-A-T-----ATCG---A-ATAGCT-CAG-AAA-ATTGTAC--TGATGTT-----CGT-C-ATGAAAATCTGAAATAT-T-GAA-GCT-T-TG-AAATA-TGATTT-CAGAAAGA--ACGATAGTGGATGGGGG--GTGTG-TCT-GCA--AGA-A--TATGAAAGA--TA-ACTC---A-ATTTTTATTAC--T--AGA---TTTGC-GTTCCTAATAAGCTTGA------T--ATTT-TT-GA-CA-G-G--AATGAATT---AAAT-GAA----A---T--ATGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATT--AA-----GGT-G-AAAAGAA-ATATC-AGA--ATA-TCA--GTCG--TGGATT------AT-TTAT-TT---AAGTAATAGGAATGAATTCCAG-TTT---TGGATTTTT-CTG-T-CA-AG--T---T-TA---T
Alignments
lowQualScore : 111 111111 1111 222222222 111 111111 11 1 111 11111111 111 111 1111111 1 11111111111 2222222222222 2222222222 11111 1111 11 77777777777777777777777777777777777777777777 11111 111 111 1 111111 111 11 1111111 1111111 111 1111 111111 111111 111 11 111 4444444444444 1 11 1 22222222222 1111 1111111 11 3333 1111111111 1111 1111 11 11 111 2222222 1 333333333333333 11 1 1 11 1 1 11 11 111 1 22222 1 1 11 111 1111 1 1 11 1 22222222 1111 11 11 11 222222 99999999999999999999999999999999 11 11111 11 22222 2222 1
lowQualScore : 55 000 3 3 3 77 3 44 3 7777 000000 44 8 8888 4 5555 4 4 7 4 000000000 0 4 4 4 77 4 6666 222 0 77 666666 55 7777 55 3 3 3 3 3 55 55 55 44 44 3 3 44 44 3 555 44 55 3 0 3 6666 6 7 7 7 3 3 3 55 3 7777 000 3 88 55 55555555 444 3 000 5555555 3 3 88888 666 3 6 0 77 44 44 3 3 3 4 555 555 3 3 3 3 3 3 44 3 3 55 5 55555555555 3 77 44 3 44 7 5555 999 3 44 1 8888888888888 3 3 6666 8888888888 3 3 3 3 77 3 44 3 4 5 8888 777777 55 777 8888 6666 4 4 11111 4 4 8888 11 5 1 00000000000000000000000000000000000000000000 77777 6 111 111 3 6 6 44 555555 6 111 33 1 9999999 8 8 5555555 8 8 444 4444 666666 222222 000 8 11 8 8 3 8 111 0 8 7777777777777 0 3 8 5 11 8 8 6 44444444444 7777 1 8 0 9999999 8 11 5555 6 7777777777 7777 2222 6 11 1 8 11 111 0 3333333 2 0 666666666666666 7 33 1 0 0 2 33 0 5 2 3 8 8 11 0 00 444 8 0 33333 0 1 0 11 555 1111 0 2 0 33 0 0 44444444 0 8 8 88 5555 5 11 11 11 8 3 333333 44444444444444444444444444444444 8 8 8 8 11 8 8 88 00000 5 11 1 55555 0000 0 6
lowQualScore : .. ... . . . .. . .. . .... ...... .. . .... . .... . . . . ......... . . . . .. . .... ... . .. ...... .. .... .. . . . . . .. .. .. .. .. . . .. .. . ... .. .. . . . .... . . . . . . . .. . .... ... . .. .. ........ ... . ... ....... . . ..... ... . . . .. .. .. . . . . ... ... . . . . . . .. . . .. . ........... . .. .. . .. . .... ... . .. . ............. . . .... .......... . . . . .. . .. . . . .... ...... .. ... .... .... . . ..... . . .... .. . . ............................................ ..... . ... ... . . . .. ...... . ... .. . ....... . . ....... . . ... .... ...... ...... ... . .. . . . . ... . . ............. . . . . .. . . . ........... .... . . . ....... . .. .... . .......... .... .... . .. . . .. ... . ....... . . ............... . .. . . . . .. . . . . . . .. . .. ... . . ..... . . . .. ... .... . . . .. . . ........ . . . .. .... . .. .. .. . . ...... ................................ . . . . .. . . .. ..... . .. . ..... .... . .
lowQualScore : 00 000 3 3 3 99 3 66 6 7777 555555 33 0 0000 0 8888 0 0 5 0 000000000 7 0 0 0 11 0 4444 555 1 99 555555 55 7777 00 6 6 6 6 6 00 00 00 66 22 1 1 22 22 1 888 66 00 3 0 3 4444 7 3 1 3 6 6 6 00 6 7777 000 6 66 00 55555555 555 6 000 5555555 6 3 33333 444 6 7 0 66 66 66 3 3 3 2 888 888 3 3 3 3 3 3 66 3 6 00 5 66666666666 3 99 66 3 66 1 1111 222 3 66 7 5555555555555 3 8 1111 8888888888 3 3 3 3 99 3 66 6 0 5 5555 777777 55 000 5555 9999 0 4 11111 4 4 1111 11 0 0 99999999999999999999999999999999999999999999 55555 7 777 777 3 7 7 22 888888 7 777 66 4 0000000 0 0 0000000 0 0 000 8888 000000 222222 000 0 00 0 0 8 0 888 8 0 8888888888888 0 2 0 6 00 0 0 0 88888888888 0000 0 0 8 0000000 0 22 2222 0 4444444444 0000 6666 4 00 4 0 88 888 8 2222222 0 0 777777777777777 3 33 0 0 0 5 88 0 5 5 2 0 0 00 8 88 000 0 0 88888 0 0 0 88 888 5555 0 5 0 22 6 8 44444444 8 0 0 88 0000 6 00 00 00 8 2 000000 00000000000000000000000000000000 0 0 0 0 00 0 0 88 88888 6 00 0 00000 0000 0 5
consensus : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---ATTTTC-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--G-A-CATG--TCG--CAC-GG---AA--G--CACA-GTCC-CTTTAA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-TT--CAGT--T------TCTTTCAA-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGNA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-TGATTT-CAGAAAGA--ACCGTAGT--------G--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TATGAAA-A--TACACTC---A-ATTTC--TTAC--T--A-A---TTTGC-GTTCATA--ANGCTTG-------T--A-TT-TT-GA-C--G-A--AATG-ATTG-AAAATCGAA----A---T-AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-GGAG-ATACTCAT-ATCG--T--ATTG-----AT-TCAT-TA---AA--------AATGCA---CAG-TTT---GGG---TTT-CCG-T-CACAG--T---T-TA---TTCTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGT--T-AAG-TTTTCCTTC-CAT--TTTTC-ACGA----TGAC---C-C-TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-TC-ATTC--T--T--T--ATCGT----TCNTTC-CTCTC---A---ACT-TC-GTAA--GAAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCGAA--TCGTTTT-CAA-AACGA--AAATTAAAAAATG-NA----ATCGTAAT-TACTA-T-TATATCAGA---GGAGGTGGAGANCGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACCACCACTGCCAGG-GT-A--ACTACATCTAGTTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCACAA-TNGCTTG-ATAGATTATCTTGTTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT--G--ATTGTTGTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TNAAGATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCNC-----ATA---CCAT-AAATTTGCCCAA
Reference ( family-2617 ) : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---ATTTTC-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--G-A-CATG--TCG--CAC-GG---AA--G--CACA-GTCC-CTTTAA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-TT--CAGT--T------TCTTTCAA-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGNA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-TGATTT-CAGAAAGA--ACCGTAGT--------G--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TATGAAA-A--TACACTC---A-ATTTC--TTAC--T--A-A---TTTGC-GTTCATA--ANGCTTG-------T--A-TT-TT-GA-C--G-A--AATG-ATTG-AAAATCGAA----A---T-AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-GGAG-ATACTCAT-ATCG--T--ATTG-----AT-TCAT-TA---AA--------AATGCA---CAG-TTT---GGG---TTT-CCG-T-CACAG--T---T-TA---TTCTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGT--T-AAG-TTTTCCTTC-CAT--TTTTC-ACGA----TGAC---C-C-TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-TC-ATTC--T--T--T--ATCGT----TCNTTC-CTCTC---A---ACT-TC-GTAA--GAAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCGAA--TCGTTTT-CAA-AACGA--AAATTAAAAAATG-NA----ATCGTAAT-TACTA-T-TATATCAGA---GGAGGTGGAGANCGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACCACCACTGCCAGG-GT-A--ACTACATCTAGTTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCACAA-TNGCTTG-ATAGATTATCTTGTTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT--G--ATTGTTGTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TNAAGATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCNC-----ATA---CCAT-AAATTTGCCCAA
gi|1 : CGTGGTCCACATCGA--CGA-CAA-TGT-TGAATTA-A--GATTTGG-TA----A------C-CT-G-GT----TT-CCAG--GATAA-A-TTGG-T-AAAAAAAAAAATTCG-AAAGC-GAGA-GGTAC-AA-TTT---ATTTT--GT-A---AAATAGTA----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTTCTTT--CTT--TACCCA---G-A-CATG--TCG--CAC-GAGCAAG--G--CACA-GTTCTCTTTAA-AAA-------GAATAT-GC-CCAT--CT-GGTAGA--T-T----GAAAG---CA-T---CAGT--T------ATCTTCAATAACAT-TC---GTGA------TATTAA-T-----ATCG---ATATACCTTAAG-AAAATTCG-AC--TGACTTTATT-GCGT-C-ATGAA---CTGA---ATCT-GAA-GCCCT-TG-AA--A-TTATTT-CAGAA-GATCACCATAGT--------G--GT-TG-TT--GCA--CGATA--TATGAAA-A--TCCACTC---A-TATTC--T-AC--T--AGA---TTTGC-ATT-ATA--ATGCTTG-------C--A-TT-TTTGA-C--G-A--AATG-ATTG-AAAATTCGA----A---T-A-CGCAG--GGT---GAAA----AGATGG----CATGTTGG-ATTATAA-AA-----CGT-G-AAA-G---ATATC-AGAG-ATACTC-C-ATC--------TA-----AT------------A--------AATG-A---CAG-TTTTCTGGG---TTT-CCG-TTCACAGGTT---TATA---TTCTA--TAAA----AAGG-AT-TGAA--TCAA-CT-C-TGGTATA--T-TGACT---TG--TATTGCGCATG-A-TATGT--T-AAG-TTTCCCT-C-CAT--TTTTCTACGAAGATTGACTCTC-C-TGCCCACTGCAACG--AATAAT-TC-CTTC--TAAG--T--ATCGT----TCTTCC-TTCTC---A---ACT-TC-GTAAAAGGAGCTTCTCG--TAA--G--AAAC----GCAGTCA---TCCAAA--TCGTTTT-CAA----GA--ATATTAAAAAGCG-CACCATGTCATATT-TACTA-T----ATCAGA---GG---TG-AGAAAGTTTGGTTCTCTAC-ACCCTTC-T--GTG-TTGTTTGCAACC-CCACTGCCAGT-GTAA--ACTACATCTAGTTCA---CCAAATCA--CCCGTGTGCTCATTT--G--GTCACAA-TGGCTTG-ATAATTTATCTTG-TATA-C-TTGAAT---TGAT-ATTCAGA-AT--TTTTT-AAAT--GTTATTGTTGTCCACTTGAG-TT-CTTCCC-TTA-CCTC--TTGAGTG--TGAAGATGC------TAGG--------------TTCCCGCCGACTTTGATACCG-CTGTTCTC-AA-GGATC--ATAT-T-A-TGATCAAGACCCTTATCTGC-GCAA--AGTTCCACTTAAAATAAGCCCATCAAGTTTGCCCAA
gi|10 : tcacGA-CCA-TGG-TGAA--G-A--GATCCAG-TA----A------CGCA-G-GGG---TT-CC-A--AATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-AAGC-GGT-------TT---ATTTTT-CT-A---AAAAA--AAAAAC--AA-C-CAA-A-ACG-A--GAGTT--TT--CTT--TGCCTAA--A-A-CATA--TTG--CAC------AA-------------------AA-GAA-T--CA-GAATAT-GCTTCGTA-CT-G-T-AA--A-T----AAAAG---CA-TT--GTTT--T------TTTTTC-A-AACAC-TC---GTG-------T-TTAA-C-----ATCG---A-ATACCT-CAGAAAA-ATCGCAA--TGATGTT--T-GCCT-C-ATGTA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-TAATTA-CAGAAAGA--ACC---------------------------------------ATAAAA-T--TACATTC---A-ATTTC--TTAC--T--AGA---TTTGC-ATTCATA--ATGCTTGT------T--A-TT-TT-GA-C--G-A--AATG-ATCG-AAAATGAAA----A---T-AACGCAG--GGC---GAAA----AGATGG--A-CATGTTTC-GTtatactaactcaatttaaaactcttttcatatcacgaattccgtttgttaaagcaccctccccataattttggccatcataaatctaatttgtttctaatgtaacattggcaaactgtattatttgctagatcgcatattcca
gi|11 : --GATAA-A-TTGAGC-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---AATTTC-GT-T----AAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCCAA--G-A-CATG--TCG--CAC-GG---AAG-G--CACA-GTCC-TTTTAA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-TT--CAGT--T------T-GTTCA---------------------------AA-C-----ATCG---A-ATACCT-AAGAAAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGAA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A---------------A--ACCATAGT--------G--ATGTG-TC--GCC--AGA-A--TATAAAA-A--TACACTC---A-ATTTC--TCAC--T--AGA---TTTCC-GTTTATA--AAGCCTGT------T--A-TT-TT-GA-C--G-A--A
gi|12 : CCA--TCG----GA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGT-TA----A------CG-A-G-GG----TTTCC-GATGATAA-A-TTGG-T-AAGA--------TCG-AA-GC-GAGAAGGT-C-AAATTTCACACTTTT-GT-TTA-AAAGA--A----C--AA-C--AA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--GAA-CATG--TCG--CACGGG---AA--GGCCACAGGTCC-TCTTAA-GAA-G--CA-GAATAT-GTTCAATATCT-G-T-GA--A-T----GAAAGA--CA-TT--CAGT--T------TTCTTC---AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ACACCTCAAGAAAA-TTCGCA----GATG-T--T-GCGT-C-ATGAA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-
gi|13 : G-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACC----C--CCAAG-GT-A--ACTACATCT-GTTCA---CCAAACCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--T--GTCACAA-TTGCTTG-ATAAATTATCTT-TTATA--TTTGA----ATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTT-AAAT--G--A-TGTTGTCGAC-TGAG-T---------------TT--TT--GTG--TGAAGATGC------TAGGTTCTGCGACTTTGAT-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCTC----------------TTTCCC-----ATA---CCTT-AAATTTGCTTAA
gi|14 : A--------AATGCA---CAC-TTT---GGG---TTTTCCG-T-CACAG--G---T-TACAATTCTA-ATTTA----A--GGAT-TGGAAGTCTACAT-C-CG---TA--T-TA--T---TGAGTG--GCA-ATGCA-T-TGT--TTAAG-TTTTCCTTC-CAT--TTT--------------------C-TGCC-AC-G----A--AATA-T-TCCATTC--T--T--T--ATCGT----TCCTTTACTATC---ATTGACT-TT-GC-----ATCCTTCTCACTT----------C----CCAGTCAA--TCCGAA--TCATTTTCCAA-AACG---AAATTAAAATCTGACA----ATCATAAT-TGCtatactaactcaatttaaaactctg
gi|15 : gt-AAA-AAA-TTCGCTC--TGATGTT--TTGCGT-C-ATGTA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-CGATTC-CAGAAAGA--ACCATAGT--------G--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TAT-AAA-ACTTGCACTC---A-ATTTC--T--C--T--A-------CAC-GTTCATA--AAGCTTGAACACATT--A-TT-TT-GG-C--GAA--AATG-ATTG--AAATTGAA----A---T--AC-CAG--GGT---G-AA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAA----ATATCGGGAG-ATACTCAT--TGG--T--A-CG-----A---CAT-CA---AA--------aaagagtgagaaagt
gi|16 : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCG-TGG-TGAA--AGA--CATTCGG-TA----AATGTCTCACA-A-GAGGTTTT-CC-G--GG-AA-A-TTGGGT--AG---------T-G-AA-GCGGAGA-GGT-CGAG-TTTAA-ATATTG-GT-TTAAAAAAA--A----C--AAGCGCAACA-ATGAA--GAGTT--TTTCTTT--TATCTAAATG-A-CATGTTTCG--CAC-GG---AA--tct
gi|17 : tatttcacAA-T-----ATCG---A-TTACCT-GAG-AAAATTCGTAC--GGATGTT--T-GCTT-T-GTGGG---TTGA---A--T-GAA-GAT-T-TG-AA--C-TAATTT---GAGAGA--ACATTATT--------A--ATGTG-TC--CTA--AG-----TAT---A-A--TACACTG---G-----C--TCAC-----A-A---T-----GTT---------CTT--------T--A-TT-TT-GA-C--G-A--AATT-ATaagggttaatacatttttttt
gi|18 : CCA--TCG---TGA-CCA-CAG-TGAA--A-A--GGTCCGA-TA----A------CGCAGG-GG----TT-CC-A--GGTAA-A-TT---T-AAG---------TAA-AA-GC-TAG------C-A-----------CTC-CT-T-------G--A----C--AG-C-CAA-A-ATA-A--GAGTT--TT--CTT--TATC--A--G-A-TATA--T-----AT-CG---AT--G--TGCA-GTCC-ga
gi|19 : gttgaCCTAC-ACA-TG--AATC-TATC-ATTTAAT--TAGC--ATCAT----CCATTA-CTC-----A---ACT-T--GTA---GA--CTTCTCG--TCGAGG--AAAC----GCAGACAAATCCCGAA--TCGTTTT-CAA-GACAAATAAATTGGAAAacata
gi|2 : aCGTGGTCCA--TCGCTTTGA-CCAATGGGTGAA--A-ATGGATTCGG-TATTATA------CGCG-A-GGAT--TT-CC-G--GATAA-AGTTGGGTTAAG---------TTG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---GTTTTTTGTCT---AAAAA--C----C--AA-C-CAA-ACATG-ATTGAGTT--TT--TCTAATACCTAA--G-ATCATG--TCGGGCAC-GG---AACGG--CACA-GTCCTCTTTACTGAACA--CA-GAATAT-GC-CCATA-C--G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-TT--CA-T--T------TCTTC--A-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-CTGATAATCGGGAA-ATACCT-AAG-AAA-ATCACAC--TGATATC--T-GCGTGC-ATGAA---CTGA---AT-TTGAA-GCT-TCTG-AA--A-TGATTTTCAGAAAGA---CCATAGT--------T--ATGTG-TCTGGCT--AGA-A--TATGAAA-A--TAC-CTC---A-ATTTC--TTAC--TTTA-AGATTTTGC-GTTCATA--ATGCTTG-------CTAA-TT-TT-GA-C--G-A--AATG-CATG-AAAATCAAATTTTA---T-AAC-CAG--GGT---GAAA-----GATGGCAA-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAGCATACATC-AGAGTATACTCATGATTGGTT--ATCG-----ATATCATCTATATAA--------GATGC----CAGTTTT---GGG---TTT-CTG-T-CAC-G--TTTAT-TA---TTCTATATATA----A--G-AC-TGAA---CTC-ATAC-TG---TA--TGTA--TCAATG--AA--GCGCCAG-ACT-TGTTCT-AAGTTTTTCCTTCTCAT--TTTTC-ACGA----GTAT---C-CATGCCCAC-GCAACGAAAATA-T-TCAATTC--T--T--TACATCGTTTTATTCTCC-TTCTCCAAA---ACTGTCAGTAAG-GAAGCTTCTCG--TAGAGGGAAAACCGGGGCAGTC-A--TCC-AACTTTGATAT-CAAGAACGA--AATTAAAAAAATG-GA----AATGTAACGTATTATT-TATATTAGATAGGGAGGTGGAGATCGTTTG-TTCTCTACAACCCCTTGTGAGTGTTTGTTTGCAACTACAACTGCCAGGAGT-ATTAC-ACATCTAGTTCACCTCCAAAT-AGCCCCGTGGGCTCA-TTCAGGTGTCACGA-AAGCTTGCATAGATTATCTTGTCACACCTTTGAATGCATGATCATT-AGAGATAATTGCTAAAATCGG--AATGTTGTCCAC-TAAGATT-CTT--T-TTATCCTC--TT--GTGTCTTAAAATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTCAAA-GG-TC--ATATCTCA-TGATC-AAGACCCT-TC-GCTGCAA--AGTTT
gi|20 : aaTCCA--CCG---TGGTCCA-TGG-TGAA--A-A--GAT-CGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-TC-tc
gi|21 : aagtCGTGGTGCA--TCG---TTA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CACctgtgagtgaggtacaatt
gi|22 : tctcacACCCAA--G-A-CATG--TCA--CAC-GG---AAG-G--CGCA-GTCC-TCTTAA-GAA-A--CA-G
gi|23 : ----C--AA-C-CAA-A-TTG-G--GAGTT--TT--CTT--TATCTAA--G-A-CATG--TCG--CAC-G
gi|24 : gCTAGG-AT-A--ACTACATCTA-TTCA----CAAATCAG-CCCGT
gi|25 : CGTGGTCCG--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--
gi|3 : ccacCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TTG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---AATTTT-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--T---CTA--TACCCAA--G-A-CATG--TTC--CAC-GG---AA--G--CACA-GTTC-CTCTAA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--A-T----GAAAT---CA-TT--CAGT--T------TCTTTCAA-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGAA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-TGATTT-CAGAAAGA--ACCATAGT--------T--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TATGAAA-A--TACACTC---ACATTTC--TTA---T--A-A---TTTGC-GTTCATA--ATGCTTG-------C--A-TT-TT-GA-C----A--AATG-ATTG-AAAATCAAA----A---T-AACGCAG--TG----GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-AGAG-ATACTCAT-ATTG--T--ATTG-----AT-TTAT-TA---AA--------AATGCA---CAG-TTT---GGG----TT-CTG-T-CACAG--T---T-TA---TTCTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGT--T-AAG-TTTTTCTTC-CA---TTTTC-ACGA----TGAC---CTC-TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-TC-ATTC--T--T--T--ATCGT----TCATTC-CTCTC---A---ACT-TC-GT-A--GGAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCAAA--TTGTTAT-CAG-AACGA--AAATTAAAAAATG-GA----ATCATAAT-TACTA-TATATAT-------AGAGGT-GAGAGCGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACTACCATTGCCAGG-GT-A--TCTACATCTA-TTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCACAATTTGCTTG-ATAGATTATCTTGGTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT--G--A--GTTCTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TTAA-ATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCCC-----ATA---CCAT-ACATTTACCCAA
gi|4 : --TGCCTAA--G-A-CACG--TCG--CAC-G----AA--G--CACA-GTCC-TCTTAA--AA-A--CA-GCATATTGC--CACA-CTTG-T-GA--A-TGAAAGAAAG---CA-TT--AAGTTGT------TTTTTTAA-------TC---G-G-------T-TCAA-T-----ATCG---A-AAACCT-AAA-AAA-ATCCTAC--T--TG----T-GC-T-CAATG------------AC-T-GAA-GCT-T-TA-AA--T-TATTTT-CAGACAG---ATCGTAGT--------AGTATATGTTC--GCAGTAAA-AACTATAAAA-A---ACACACAAAA-AGTTA--CTAC--T--A-A----TTGC-GTT-------------------------TT-TT-GA-CTGG-A--AATG-ATT--AAAATTGAA----A-----AACGCGG--AGT---GAAA----A-AT----A-CATGTTGCGGTTATCA-AG-----GGC-G-ATAA----ATATCAGGAG-ATATTT-C-ATCA--T--TTTGTTAGCAT-CCAT-------A--------AATGAA---CAG-CTT---TGG---TTTACCGCT-CAAGG--T---T-AA---TCTTA-CTTTGAAGTA--G-ATGTGAA--CGTT-AT-CATT---TAAGG-TA--T---AG--TA--GCGCATG-G-T-TTT--T-AG---TTTCCTCC-CATACTTTTC-A
gi|5 : aaCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAAG-A-A--GATTTGGGTA----A------CGCT-GAGG----TT-CG-C--GATAATA-TTGG-T-AAG---------TCGTAA-GC-GAGC-GGC-C-TA-TTT---ATTTTC-GT-C---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GGGTT--TT--CTT--TGCCTAA--G-A-CATG--TCG--CA--GG---AA--G--CACA-GTCC-TCTTAA-GAA-A--CACGAATAT-GCCCCATA-CT-G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-CTAGTAGT--T--------TTTC-A-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATAACT-AAG-AAA-TTC-CTC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGTA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TGAAA--A-CGATTC-CAGAAAGA--ACCGTAGT--------G--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TATAAAA-C--TACACTC---A-ATT----CTAC--C--C-A-------C-GTTCATA--AAGCTTG-------T--T-AT-TT-GG-C--G-A--AATG-ATTGAAAAATTGAA----A---TAAACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTATAA-----GGT-GAAAAAG---ATATC-TGAG-Aatcgaacttataatctgccaaacaaaaaaatacttcctttgttg
gi|6 : acTTTTTAA--T--G--AT-GTTGTCC-C-CGAG-TTTCTTTCTCTTATTATCGATT--GAC--T--AGATTCACGACTTTGA--------------T-----------------CCGGCT-TTCTC-AAAGG-TCCAATAT-TCAATGATC--GACCCCT-TT-GCTGCAAACAGTTTCAC-----ATA----CAT-AAATTT-CCTAA
gi|7 : ttttttttaatgataggCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTTGG-TA----A------CGCT-GAGG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGC-GGC-C-TA-TTT---ATTTTC-GT-C---AAAAA--A----CCAAA-C-CAA-A-ATG-A--GGGTT--TT--CTT--TGCCTAA--G-A-CATG--TCG--CAT-GG---AAT-G--CACA-GTCT-CTT-AA-GAA-A--CACGAATAT-GCCCCATAACT-G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-CTA-TAGT--T------T--TTCAA-A-CAT-TC---GTG-------T-TTAACT-----ATCG---A-ATAC-T-AAG-AAA-CTTGCGTCTTGATGTT--T-GCGT-C-ATGTA---CTGA---AT-T-GAATGCT-T-TG-AA--AACGATTC-CAGAAAGA--ACCGTAGT--------G--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TATAAAA-C--TACACTC---A-ATTTC--TTAC--------------AC-GTTCATA--AAGCTTG-------TT-A-TT-TT-GG-C--G-A--AATG-ATTG-AAAATTGAA----A---T-AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAgttaatggaatgtcagtaatattcaatttaaactctttccatattccgaattcaatttgttgaagcactcctctcccataattttttggcaatagaaacaatctaatgtacatttgacgccattatgatgattttatttgctagatcgcatatttcatgtaccatcgtgtgtggtctccaagtttttcatccttaccttagctaccctttcttatgatgccgatataaatataatatgaggtgttgttccctatttggaagattcatctaaagatattgcttatgcatctttg
gi|8 : acAG-GAA-AATCA-GAATATGGCTCCATA--T-G-T-GAATA-T----GTAAGAGACG-TT--CAGT--TTAATTCTCTTTC-A-AACATCTCA--GTG-------T-GTAA-T-----GT
gi|8 : GT--------G--ATGTA-TT--GTT--AAA-A--T-----A-A--CAGACTCA--A-AATTC--ATACTGT--A-G---ATTGCGGTTCAT-------TTGT------T--A-TTGTT-GACC--G-ATTAATG-A-TG-AAAATCCGA----ATCCT-AACGCAGACGCTCTAGAAGAATTAGATGG--GCCATGCGGT--TTATTA-AACAGTGGGTAG-AATAG---ATATC-GGAG-ATgtaaagtattcggaatatctatgaacaatacatatacatgacactgtaaaaatgttgtatactcgtcatacttacattgatatatatctctcttgaacattcttgaattaattgactcggtcagaaagaaaccaatataatgatatgttctctgagcgcgtgatgtattgttaaaataacagactcaaaattcatactgtagattgcggttcatttgttattgttgaccgattaatgatgaaaatccgaatcctaacgcagacgctctagaagaattagatgggccatgcggtttattaaacagtgggtagaatagatatcggagat
gi|9 : aggaaaatcagaatatggctccatatgtgaatatgtaagagacgttcagtttaattctctttcaaacatctcagtgtgtaatgtgtaaagtattcggaatatctatgaacaatacatatacatgacactgtaaaaatgttgtatactcgtcatacttacattgatatatatctctcttgaacattcttgaattaattgactcggtcagaaagaaaccaatataatgatatgttctctgagcgcACA-GTCCTCTTTAA-AAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--ATT----GAA-----CATTT--CACA--T------TCTC---A-AACAT-TCCCAGTGGCAGATAT-TT-A-T-----ATCG---A-ATAGCT-CAG-AAA-ATTGTAC--TGATGTT-----CGT-C-ATGAAAATCTGAAATAT-T-GAA-GCT-T-TG-AAATA-TGATTT-CAGAAAGA--ACGATAGTGGATGGGGG--GTGTG-TCT-GCA--AGA-A--TATGAAAGA--TA-ACTC---A-ATTTTTATTAC--T--AGA---TTTGC-GTTCCTAATAAGCTTGA------T--ATTT-TT-GA-CA-G-G--AATGAATT---AAAT-GAA----A---T--ATGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATT--AA-----GGT-G-AAAAGAA-ATATC-AGA--ATA-TCA--GTCG--TGGATT------AT-TTAT-TT---AAGTAATAGGAATGAATTCCAG-TTT---TGGATTTTT-CTG-T-CA-AG--T---T-TA---T
blockSeqs : . CTT T A G G G TG G TTAT ATGTCT AG A GGTT T GAT T G G T A T . G AA . AAA CAC TT TTAAA . AAAA CA G G C C A TT . TC AA AT A T TT GG G . CG GC G T T AAT C T T T T . . AT T GAAA AGA T AG TG TAATTCTC AA C CCA GCAGATA . C TGATA GGA . C A AT CT . T G A T AAT AAT . T T . C A AT A T . A GGATGGGGG T TG GT . AC A ACT AAA C TA T TTTAAGATTT G C ATAA AACACATT T G . C TG A TT A A G TTTT TCCTA AC CTA AATT CAA G T CAGTG A A GCAT GG T C ATGATTGGTTATCGATATCATCTATATAA AATTC T . ATT T C . CA TTTA . CAA TA T AAGTA G G AGTCTAC A A . AGG TCAA AGTG CA . TC T T T T TAC . TGACCT A T . A AA . A C AATTAGC TTTA C A ATTG G CA AAG T TAGAGGGA CGGG AAAT G CT T C GA AAT ACA A G TTTATATTAGATAG A GG T . A G GA T A A T A . TT AG CCT C . CAGGT T T C GT CCT ATGC C C G AA A CGGAAT . A TT TCTC T GA . TC G G ACGACT TTCTGCGACTTTGAT G A A . CA C A A TTC T AC C . C . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A A AT . A . . G . . . . . C . GAG AA T TTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . T . CA C G T A . . . . . . A . A . TT AA . A . . . . . . . A A . . . . . A . . . . . . . . . . . . A AGT . T . . . A GA A . . C TGTAGAT . T AT CTA . . . . A . . . . T . TAA . . . GC . . . . . GAA AG . C AGTCGTGGATTATTTATTTAAGTAATAGG CA . . . A . . CA G . . A A A . . TCTA . . . TG T AA AC . . . . T . T . GTATC . C . A . . . A TTTAC . A . CAAA . T A A TCGAGG . AA G . T . A A GA G . TATATAT A G G . . G . . A C T . . . G . . . T . A . GG CT ATGC . C . A A GAT . . T CCT T . . . T A . T . . . . . . . A TTC T . C . C . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . G . G . . G . . . . . A . AA . C CTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . T . . T . . . . . . . . . . . TT AA . . . . . . . . . A T . . . . . A . . . . . . . . . . . . T G . . . . . G T . . . C TAGATT . C AA TT . . . . . . . . . C . TA . . . A . . . . . G A . C CATCATTTTGTTAGCATCCATA CA . . . . . . AG T . . A A A . . CGTT . . . T T TA A . . . . T . T . . . C . . . . . . TTT . C . A . C A A TAGAGG . AA A . A . G A GA A . . . G . . . . . . . . A . . . G . T . T T . . . . A A GAT . . T T T . . . T G . T . . . . . . . A TTT T . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . A . . G . . . . . A . AA . T AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . T . . . . . . . . . . . TC A . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . A G . . . . . G A . . . T TAGATT . C AA TT . . . . . . . . . C . TA . . . A . . . . . G A . T ATATTGTATTGATTTATTAAA AA . . . . . . C T . . C T A . . CTC . . . T T TA G . . . . C . . . . . . . . . . TTT . A . A . . . . CTT . A . . A . A . . . . A . . . GA . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . G . . G . . . . . A . AA . G TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . TC A . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . A A . . . . . A A . . . T TAGATT . C AT TT . . . . . . . . . T . TA . . . A . . . . . G T . . ATTGGTACGACATCAAA C . . . . . . A T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . G . . G . . . . . A . TA . C CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . TT A . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . G T . . . . . A A . . . T TAATT . C AT TT . . . . . . . . . T . TA . . . A . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . C . TA . T CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . TC A . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . G T . . . . . A A . . . T TAAT . C AA AT . . . . . . . . . T . T . . . A . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . G . . . . . . . . C . A . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . . G G . . . . . G A . . . T AAT . C AA T . . . . . . . . . C . A . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . A G . . . . . . C . . . T CCA . C . C . . . . . . . . . . . T . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . C . . . T TA . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** *** ** G*** ********* C* ** ** *** A*** A** ******* N* ** ** TT******** A*** ATATCGTATTGATTCATTAAA*********************** CA*** *** T***** A* A****** *** T***** TA**** A** TTT******** A****** A*** TGAGG***** AA** A* A* GAT***** ** T******************************* A* TTC**
originalCons : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---ATTTTC-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--G-A-CATG--TCG--CAC-GG---AA--G--CACA-GTCC-CTTTAA-GAA-A--CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-TT--CAGT--T------TCTTTCAA-AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAA-TTCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGNA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-TGATTT-CAGAAAGA--ACCGTAGT--------G--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TATGAAA-A--TACACTC---A-ATTTC--TTAC--T--A-A---TTTGC-GTTCATA--ANGCTTG-------T--A-TT-TT-GA-C--G-A--AATG-ATTG-AAAATCGAA----A---T-AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-GGAG-ATACTCAT-ATCG--T--ATTG-----AT-TCAT-TA---AA--------AATGCA---CAG-TTT---GGG---TTT-CCG-T-CACAG--T---T-TA---TTCTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGT--T-AAG-TTTTCCTTC-CAT--TTTTC-ACGA----TGAC---C-C-TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-TC-ATTC--T--T--T--ATCGT----TCNTTC-CTCTC---A---ACT-TC-GTAA--GAAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCGAA--TCGTTTT-CAA-AACGA--AAATTAAAAAATG-NA----ATCGTAAT-TACTA-T-TATATCAGA---GGAGGTGGAGANCGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACCACCACTGCCAGG-GT-A--ACTACATCTAGTTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCACAA-TNGCTTG-ATAGATTATCTTGTTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT--G--ATTGTTGTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TNAAGATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCNC-----ATA---CCAT-AAATTTGCCCAA
finalCons : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CCG---GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---ATTTTC-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--G-A-CATG--TCG--CAC-GG---AA--G--CACA-GTCC-CTTTAA-GAAA---CA-GAATAT-GCTCCATA-CT-G-T-GA--A-T----GAAAG---CA-TT--CAGT--T------TCTTTCA--AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAAN-TCGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGNA---CTGA---AT-T-GAA-GCT-T-TG-AA--A-TGATTT-CAGAAAGA--ACCGTAGT--------G--ATGTG-TC--GCA--AGA-A--TATGAAA-A--TACACTC---A-ATTTC--TTAC--T--A-A---TTTGC-GTTCATA--ANGCTTGTT--------A-TT-TT-GA-C--G-A--AATG-ATTG-AAAATCGAA----A---T-AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGGA---CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-GGAG-ATACTCATATCGTATTGATTCATTAAA-----------------------AATGCA---CAG-TTT---GGG---TTT-CCG-T-CACAGT-----T-TA---TTCTAA-TATAA------G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TAT-----TGTA----GCGCATGA--T-TGT--T-AAG-TTTTCCTTC-CAT--TTTTC-ACGA----TGAC---C-C-TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-TC-ATTCTTT--------ATCGT----TCNTTC-CTCTCA------ACT-TC-GTA---GAAGCTTCTCGTGAGG-----AAAC----GCAGTCAA--TCCGAA--TCGTTTT-CAAA-ACGA--AAATTAAAAAATG-NA----ATCGTAAT-TACTA-T-TATATCAGA---GGAGGTGGAGANCGTTTG-TTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACCACCACTGCCAGG-GT-A--ACTACATCTA-TTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCACAA-TNGCTTG-ATAGATTATCTTGTTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAATGAT-----GTTGTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TNAAGATGC------TAGGT-------------------------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATCA-GACCCCTTC--GCTGCAA--AGTTTCNC-----ATA---CCAT-AAATTTGCCCAA
Alignments
lowQualScore : 111 111111 1111 222222222 111 111111 11 1 1111 111 11 1111111 111 1111111 1 111111111 1111 11111111111 11111111111 1111 333333333 1111111 11 111 11111 1111 11 77777777777777777777777777777777777777777777 11111 111 111 1 111111 111 11 1111111 1111111 111 1111 111111 111111 111 11 111 4444444444444 1 11 1 22222222222 1111 1111111 11 222222222 33333 11 1111 1111 11 11 111 2222222 1 33333 66666666 2 1 1 11 1 1 11 1 111 1 22222 1 1 11 111 1111 1 1 11 1 111111 1111 11 11 11 222222 99999999999999999999999999999999 11 11111 11 22222 2222 1
lowQualScore : 55 000 3 3 3 77 3 44 3 7777 000000 44 8 8888 4 5555 4 4 7 4 000000000 0 4 4 4 77 4 6666 222 0 77 666666 55 7777 55 3 3 3 3 3 55 55 55 44 44 6 44 44 999 44 55 3 0 3 6666 6 3 3 4 7 3 3 3 6666 000 22 55 7777777 55 3 3 000 5555555 3 3 88888 666 3 6 0 1 6 44 44 3 3 3 4 555 555 3 3 3 3 3 3 6666 333333333 44 3 1111 22222222222 3 33333333333 44 7777 2222 5555 3 44 555 3 3 777 333333333 3 777 1111111 3 3 3 11 3 44 3 4 5 8888 111 0 55 777 8888 6666 4 4 11111 4 4 8888 11 5 1 00000000000000000000000000000000000000000000 77777 6 111 111 3 6 6 44 555555 6 111 33 1 9999999 8 8 5555555 8 8 444 4444 666666 222222 000 8 11 8 8 3 8 111 0 8 7777777777777 0 3 8 5 11 8 8 6 44444444444 7777 1 8 0 9999999 8 11 333333333 66666 11 7777 2222 6 11 1 8 11 111 0 3333333 2 0 22222 00000000 3 1 0 0 2 33 0 5 2 3 8 8 11 0 6 444 8 0 33333 0 1 0 11 555 1111 0 2 0 33 0 0 888888 88 0 8 8 88 5555 5 11 11 11 8 3 333333 44444444444444444444444444444444 8 8 8 8 11 8 8 88 00000 5 11 1 55555 0000 0 6
lowQualScore : .. ... . . . .. . .. . .... ...... .. . .... . .... . . . . ......... . . . . .. . .... ... . .. ...... .. .... .. . . . . . .. .. .. .. .. . .. .. ... .. .. . . . .... . . . . . . . . .... ... .. .. ....... .. . . ... ....... . . ..... ... . . . . . .. .. . . . . ... ... . . . . . . .... ......... .. . .... ........... . ........... .. .... .... .... . .. ... . . ... ......... . ... ....... . . . .. . .. . . . .... ... . .. ... .... .... . . ..... . . .... .. . . ............................................ ..... . ... ... . . . .. ...... . ... .. . ....... . . ....... . . ... .... ...... ...... ... . .. . . . . ... . . ............. . . . . .. . . . ........... .... . . . ....... . .. ......... ..... .. .... .... . .. . . .. ... . ....... . . ..... ........ . . . . . .. . . . . . . .. . . ... . . ..... . . . .. ... .... . . . .. . . ...... .. . . . .. .... . .. .. .. . . ...... ................................ . . . . .. . . .. ..... . .. . ..... .... . .
lowQualScore : 00 000 3 3 3 99 3 66 6 7777 555555 33 0 0000 0 8888 0 0 5 0 000000000 7 0 0 0 11 0 4444 555 1 99 555555 55 7777 00 6 6 6 6 6 00 00 00 66 22 2 22 22 222 66 00 3 0 3 4444 7 6 6 8 3 6 6 6 4444 000 33 00 6666666 00 6 6 000 5555555 6 3 33333 444 6 7 0 0 7 66 66 3 3 3 2 888 888 3 3 3 1 1 1 5555 111111111 66 3 4444 22222222222 3 44444444444 66 5555 9999 1111 3 66 888 3 3 000 000000000 3 999 3333333 3 3 3 22 3 66 6 0 5 5555 000 8 55 000 5555 9999 0 4 11111 4 4 1111 11 0 0 99999999999999999999999999999999999999999999 55555 7 777 777 3 7 7 22 888888 7 777 66 4 0000000 0 0 0000000 0 0 000 8888 000000 222222 000 0 00 0 0 8 0 888 8 0 8888888888888 0 2 0 6 00 0 0 0 88888888888 0000 0 0 8 0000000 0 22 444444444 00000 00 0000 6666 4 00 4 0 88 888 8 2222222 0 0 00000 00000000 3 0 0 0 5 88 0 5 5 2 0 0 00 8 0 000 0 0 88888 0 0 0 88 888 5555 0 5 0 22 6 8 222222 88 8 0 0 88 0000 6 00 00 00 8 2 000000 00000000000000000000000000000000 0 0 0 0 00 0 0 88 88888 6 00 0 00000 0000 0 5
consensus : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---ATTTTC-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--GA-CATG--TCG--CACGG---AA--G--CACAG-TCC-CTTTAA-GAA-A--CA-GAATA-TG-CTCCATA-C-TG-T-GAAT----GAAAG---CATT--CAGT--TT------CTTTCAA--A-CAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAANT-CGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGNA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-T--GATT-------T-CAGAAAGA--A-CCG---TAGTG--A--------TGTG-T--------C--GCA--AGA-A--TAT-G--AAA-A--TA-CA--CTC---A-AT-TTCT--TACT--A-A---TTTGCG-TTCATAAT--GCTTG------TTA-TT-TT-GAC--G-A--AATGA-TTG-AAAATCGAA----AT---AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-GGAG-ATACTCAT-ATCG--T--ATTG-----AT-TCAT-TA---AA--------AATGCA---CAG-TTT---GGG---TTT-CCG-T-CACAG--T---T-TA---TTCTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGT--T-AAG-TTTTCCTTC-CAT--TTTTC-ACGA----TGAC---C-C-TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-TC-ATTC--T--T--T--ATCGT----TCNTTC-CTCTC---A---ACT-TC-GT---A--GGAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCGAA--TCGTTTT-CAA-AACGA--AAATTAAAAAATG-NA----ATCGTAAT-TACTA-T-TATATCA-----GGAGGT-GAGANCGTTT-GTTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACCACCACTGCCAGG-GT-A--ACTACATCTAGTTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCACAA-TNGCTTG-ATAGATTATCTTGTTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT---G--A-TGTTGTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TNAAGATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCNC-----ATA---CCAT-AAATTTGCCCAA
Reference ( family-2617 ) : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---ATTTTC-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--GA-CATG--TCG--CACGG---AA--G--CACAG-TCC-CTTTAA-GAA-A--CA-GAATA-TG-CTCCATA-C-TG-T-GAAT----GAAAG---CATT--CAGT--TT------CTTTCAA--A-CAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAANT-CGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGNA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-T--GATT-------T-CAGAAAGA--A-CCG---TAGTG--A--------TGTG-T--------C--GCA--AGA-A--TAT-G--AAA-A--TA-CA--CTC---A-AT-TTCT--TACT--A-A---TTTGCG-TTCATAAN--GCTTG------TTA-TT-TT-GAC--G-A--AATGA-TTG-AAAATCGAA----AT---AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-GGAG-ATACTCAT-ATCG--T--ATTG-----AT-TCAT-TA---AA--------AATGCA---CAG-TTT---GGG---TTT-CCG-T-CACAG--T---T-TA---TTCTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGT--T-AAG-TTTTCCTTC-CAT--TTTTC-ACGA----TGAC---C-C-TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-TC-ATTC--T--T--T--ATCGT----TCNTTC-CTCTC---A---ACT-TC-GT---A--GAAGCTTCTCG--T-GAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCGAA--TCGTTTT-CAA-AACGA--AAATTAAAAAATG-NA----ATCGTAAT-TACTA-T-TATATCAGA---GGAGGTGGAGANCGTTT-GTTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACCACCACTGCCAGG-GT-A--ACTACATCTA-TTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCACAA-TNGCTTG-ATAGATTATCTTGTTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT---G--A-TGTTGTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TNAAGATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCNC-----ATA---CCAT-AAATTTGCCCAA
gi|1 : CGTGGTCCACATCGA--CGA-CAA-TGT-TGAATTA-A--GATTTGG-TA----A------C-CT-G-GT----TT-CCAG--GATAA-A-TTGG-T-AAAAAAAAAAATTCG-AAAGC-GAGA-GGTAC-AA-TTT---ATTTT--GT-A---AAATAGTA----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTTCTTT--CTT--TACCCA---GA-CATG--TCG--CACGAGCAAG--G--CACAG-TTCTCTTTAA-AAA-------GAATA-TG-C-CCAT--C-TGGTAGATT----GAAAG---CAT---CAGT--TA------TCTTCAATAA-CAT-TC---GTGA------TATTAA-T-----ATCG---ATATACCTTAAG-AAAATTCG-AC--TGACTTTATT-GCGT-C-ATGAA---CTGAA---TCT-GAA-GCCCT-TG-AAA-T--TATT-------T-CAGAA-GATCA-CCA---TAGTG--G--------T-TG-T--------T--GCA--CGATA--TAT-G--AAA-A--TC-CA--CTC---A-TA-TTCT---ACT--AGA---TTTGCA-TT-ATAAT--GCTTG------CAT-TT-TT-GAC--G-A--AATGA-TTG-AAAATTCGA----AT---A-CGCAG--GGT---GAAA----AGATGG----CATGTTGG-ATTATAA-AA-----CGT-G-AAA-G---ATATC-AGAG-ATACTC-C-ATC--------TA-----AT------------A--------AATG-A---CAG-TTTTCTGGG---TTT-CCG-TTCACAGGTT---TATA---TTCTA--TAAA----AAGG-AT-TGAA--TCAA-CT-C-TGGTATA--T-TGACT---TG--TATTGCGCATG-A-TATGT--T-AAG-TTTCCCT-C-CAT--TTTTCTACGAAGATTGACTCTC-C-TGCCCACTGCAACG--AATAAT-TC-CTTC--TAAG--T--ATCGT----TCTTCC-TTCTC---A---ACT-TC-GTAAAA--GGAGCTTCTCG--T--AAG--AAAC----GCAGTC-A--TCCAAA--TCGTTTT-CAA----GA--ATATTAAAAAGCG-CACCATGTCATATT-TAC-----TATATCA------GAGGT-GAGAAAGTTTGGTTCTCTAC-ACCCTTC-T--GTG-TTGTTTGCAACC-CCACTGCCAGT-GTAA--ACTACATCTAGTTCA---CCAAATCA--CCCGTGTGCTCATTT--G--GTCACAA-TGGCTTG-ATAATTTATCTTG-TATA-C-TTGAAT---TGAT-ATTCAGA-AT--TTTTT-AAAT---GTTATTGTTGTCCACTTGAG-TT-CTTCCC-TTA-CCTC--TTGAGTG--TGAAGATGC------TAGG--------------TTCCCGCCGACTTTGATACCG-CTGTTCTC-AA-GGATC--ATAT-T-A-TGATCAAGACCCTTATCTGC-GCAA--AGTTCCACTTAAAATAAGCCCATCAAGTTTGCCCAA
gi|10 : tcacGA-CCA-TGG-TGAA--G-A--GATCCAG-TA----A------CGCA-G-GGG---TT-CC-A--AATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-AAGC-GGT-------TT---ATTTTT-CT-A---AAAAA--AAAAAC--AA-C-CAA-A-ACG-A--GAGTT--TT--CTT--TGCCTAA--AA-CATA--TTG--CAC-----AA-------------------AA-GAA-T--CA-GAATA-TG-CTTCGTA-C-TG-T-AAAT----AAAAG---CATT--GTTT--TT------TTTTCAA--A-CAC-TC---GTG-------T-TTAA-C-----ATCG---A-ATACCT-CAGAAAAAT-CGCAA--TGATGTT--T-GCCT-C-ATGTA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-T--AATT-------A-CAGAAAGA--A-CC--------------------------------------------------AT-A--AAA-T--TA-CA--TTC---A-AT-TTCT--TACT--AGA---TTTGCA-TTCATAAT--GCTTG------TTA-TT-TT-GAC--G-A--AATGA-TCG-AAAATGAAA----AT---AACGCAG--GGC---GAAA----AGATGG--A-CATGTTTC-GTtatactaactcaatttaaaactcttttcatatcacgaattccgtttgttaaagcaccctccccataattttggccatcataaatctaatttgtttctaatgtaacattggcaaactgtattatttgctagatcgcatattcca
gi|11 : --GATAA-A-TTGAGC-AAG---------TCG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---AATTTC-GT-T----AAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCCAA--GA-CATG--TCG--CACGG---AAG-G--CACAG-TCC-TTTTAA-GAA-A--CA-GAATA-TG-CTCCATA-C-TG-T-GAAT----GAAAG---CATT--CAGT--TT-------GTTCAA--A-C-------------------------------ATCG---A-ATACCT-AAGAAAATT-CGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGAA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA------------------------A--A-CCA---TAGTG--A--------TGTG-T--------C--GCC--AGA-A--TAT-A--AAA-A--TA-CA--CTC---A-AT-TTCT--CACT--AGA---TTTCCG-TTTATAAA--GCCTG------TTA-TT-TT-GAC--G-A--A
gi|12 : CCA--TCG----GA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGT-TA----A------CG-A-G-GG----TTTCC-GATGATAA-A-TTGG-T-AAGA--------TCG-AA-GC-GAGAAGGT-C-AAATTTCACACTTTT-GT-TTA-AAAGA--A----C--AA-C--AA-A-ATG-A--GAGTT--TT--CTT--TACCTAA--GAACATG--TCG--CACGGG--AA--GGCCACAGGTCC-TCTTAA-GAA-G--CA-GAATA-TG-TTCAATATC-TG-T-GAAT----GAAAGA--CATT--CAGT--TT------TCTTC-A--A-CAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ACACCTCAAGAAAATT-CGCA----GATG-T--T-GCGT-C-ATGAA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-
gi|13 : -GTTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACC----C--CCAAG-GT-A--ACTACATCTG-TTCA---CCAAACCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--T--GTCACAA-TTGCTTG-ATAAATTATCTT-TTATA--TTTGA----ATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTT-AAAT---G--A-TGTTGTCGAC-TGAG-T---------------TT--TT--GTG--TGAAGATGC------TAGGTTCTGCGACTTTGAT-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCTC----------------TTTCCC-----ATA---CCTT-AAATTTGCTTAA
gi|14 : A--------AATGCA---CAC-TTT---GGG---TTTTCCG-T-CACAG--G---T-TACAATTCTA-ATTTA----A--GGAT-TGGAAGTCTACAT-C-CG---TA--T-TA--T---TGAGTG--GCA-ATGCA-T-TGT--TTAAG-TTTTCCTTC-CAT--TTT--------------------C-TGCC-AC-G----A--AATA-T-TCCATTC--T--T--T--ATCGT----TCCTTTACTATC---ATTGACT-TT-GC---A--T--CCTTCTCACTT----------C----CCAGTCAA--TCCGAA--TCATTTTCCAA-AACG---AAATTAAAATCTGACA----ATCATAAT-TGCtatactaactcaatttaaaactctg
gi|15 : gt-AAA-AAATT-CGCTC--TGATGTT--TTGCGT-C-ATGTA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-C--GATT-------C-CAGAAAGA--A-CCA---TAGTG--A--------TGTG-T--------C--GCA--AGA-A--TAT----AAA-ACTTG-CA--CTC---A-AT-TTCT----CT--A-------CACG-TTCATAAA--GCTTGAACACATTA-TT-TT-GGC--GAA--AATGA-TTG--AAATTGAA----AT----AC-CAG--GGT---G-AA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAA----ATATCGGGAG-ATACTCAT--TGG--T--A-CG-----A---CAT-CA---AA--------aaagagtgagaaagt
gi|16 : CGTGGTCCA--TCG---TGA-CCG-TGG-TGAA--AGA--CATTCGG-TA----AATGTCTCACA-A-GAGGTTTT-CC-G--GG-AA-A-TTGGGT--AG---------T-G-AA-GCGGAGA-GGT-CGAG-TTTAA-ATATTG-GT-TTAAAAAAA--A----C--AAGCGCAACA-ATGAA--GAGTT--TTTCTTT--TATCTAAATGA-CATGTTTCG--CACGG---AA--tct
gi|17 : tatttcacAA-T-----ATCG---A-TTACCT-GAG-AAAATTCGTAC--GGATGTT--T-GCTT-T-GTGGG---TTGAA-----T-GAA-GAT-T-TG-AAC-T--AATT-------T---GAGAGA--A-CAT---TATTA--A--------TGTG-T--------C--CTA--AG-----TAT------A-A--TA-CA--C------------------------------TG-G-CTCACAAT--GTTCT------TTA-TT-TT-GAC--G-A--AATTA-Taagggttaatacatttttttt
gi|18 : CCA--TCG---TGA-CCA-CAG-TGAA--A-A--GGTCCGA-TA----A------CGCAGG-GG----TT-CC-A--GGTAA-A-TT---T-AAG---------TAA-AA-GC-TAG------C-A-----------CTC-CT-T-------G--A----C--AG-C-CAA-A-ATA-A--GAGTT--TT--CTT--TATC--A--GA-TATA--T-----ATCG---AT--G--TGCAG-TCC-ga
gi|19 : gttgaCCTAC-ACA-TG--AATC-TATC-ATTTAAT--TAGC--ATCAT----CCATTA-CTC-----A---ACT-T--GT---A--GA--CTTCTCG--TCGAGG--AAAC----GCAGACAAATCCCGAA--TCGTTTT-CAA-GACAAATAAATTGGAAAacata
gi|2 : aCGTGGTCCA--TCGCTTTGA-CCAATGGGTGAA--A-ATGGATTCGG-TATTATA------CGCG-A-GGAT--TT-CC-G--GATAA-AGTTGGGTTAAG---------TTG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---GTTTTTTGTCT---AAAAA--C----C--AA-C-CAA-ACATG-ATTGAGTT--TT--TCTAATACCTAA--GATCATG--TCGGGCACGG---AACGG--CACAG-TCCTCTTTACTGAACA--CA-GAATA-TG-C-CCATA-C--G-T-GAAT----GAAAG---CATT--CA-T--TT------CTT-CAA--A-CAT-TC---GTG-------T-TTAA-CTGATAATCGGGAA-ATACCT-AAG-AAAAT-CACAC--TGATATC--T-GCGTGC-ATGAA---CTGAA---T-TTGAA-GCT-TCTG-AAA-T--GATT-------TTCAGAAAGA----CCA---TAGTT--A--------TGTG-T--------CTGGCT--AGA-A--TAT-G--AAA-A--TA-C---CTC---A-AT-TTCT--TACTTTA-AGATTTTGCG-TTCATAAT--GCTTG------CTAATT-TT-GAC--G-A--AATGC-ATG-AAAATCAAATTTTAT---AAC-CAG--GGT---GAAA-----GATGGCAA-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAGCATACATC-AGAGTATACTCATGATTGGTT--ATCG-----ATATCATCTATATAA--------GATGC----CAGTTTT---GGG---TTT-CTG-T-CAC-G--TTTAT-TA---TTCTATATATA----A--G-AC-TGAA---CTC-ATAC-TG---TA--TGTA--TCAATG--AA--GCGCCAG-ACT-TGTTCT-AAGTTTTTCCTTCTCAT--TTTTC-ACGA----GTAT---C-CATGCCCAC-GCAACGAAAATA-T-TCAATTC--T--T--TACATCGTTTTATTCTCC-TTCTCCAAA---ACTGTCAGT---AAGGAAGCTTCTCG--TAGAGGGAAAACCGGGGCAGTC-A--TCC-AACTTTGATAT-CAAGAACGA--AATTAAAAAAATG-GA----AATGTAACGTATTATT-TATATTAGATAGGGAGGTGGAGATCGTTT-GTTCTCTACAACCCCTTGTGAGTGTTTGTTTGCAACTACAACTGCCAGGAGT-ATTAC-ACATCTAGTTCACCTCCAAAT-AGCCCCGTGGGCTCA-TTCAGGTGTCACGA-AAGCTTGCATAGATTATCTTGTCACACCTTTGAATGCATGATCATT-AGAGATAATTGCTAAAATCGGA--A-TGTTGTCCAC-TAAGATT-CTT--T-TTATCCTC--TT--GTGTCTTAAAATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTCAAA-GG-TC--ATATCTCA-TGATC-AAGACCCT-TC-GCTGCAA--AGTTT
gi|20 : aaTCCA--CCG---TGGTCCA-TGG-TGAA--A-A--GAT-CGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-TC-tc
gi|21 : aagtCGTGGTGCA--TCG---TTA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CACctgtgagtgaggtacaatt
gi|22 : tctcacACCCAA--GA-CATG--TCA--CACGG---AAG-G--CGCAG-TCC-TCTTAA-GAA-A--CA-G
gi|23 : ----C--AA-C-CAA-A-TTG-G--GAGTT--TT--CTT--TATCTAA--GA-CATG--TCG--CACG
gi|24 : gCTAGG-AT-A--ACTACATCTA-TTCA----CAAATCAG-CCCGT
gi|25 : CGTGGTCCG--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--
gi|3 : ccacCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTCGG-TA----A------CGCA-G-GG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TTG-AA-GC-GAGA-GGT-C-AA-TTT---AATTTT-GT-T---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GAGTT--T---CTA--TACCCAA--GA-CATG--TTC--CACGG---AA--G--CACAG-TTC-CTCTAA-GAA-A--CA-GAATA-TG-CTCCATA-C-TG-T-GAAT----GAAAT---CATT--CAGT--TT------CTTTCAA--AACAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATACCT-AAG-AAATT-CGCAC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGAA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-T--GATT-------T-CAGAAAGA--A-CCA---TAGTT--A--------TGTG-T--------C--GCA--AGA-A--TAT-G--AAA-A--TA-CA--CTC---ACAT-TTCT--TA-T--A-A---TTTGCG-TTCATAAT--GCTTG-------CA-TT-TT-GAC----A--AATGA-TTG-AAAATCAAA----AT---AACGCAG--TG----GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAG---ATATC-AGAG-ATACTCAT-ATTG--T--ATTG-----AT-TTAT-TA---AA--------AATGCA---CAG-TTT---GGG----TT-CTG-T-CACAG--T---T-TA---TTCTA-ATATA----A--G-AT-TGAA--TCTA-AT-C-TG---TA--T-TA--T---TG--TA--GCGCATG-A-T-TGT--T-AAG-TTTTTCTTC-CA---TTTTC-ACGA----TGAC---CTC-TGCCCAC-GCAACG--AATA-T-TC-ATTC--T--T--T--ATCGT----TCATTC-CTCTC---A---ACT-TC-GT---A--GGAGCTTCTCG--TAGAGG--AAAC----GCAGTCAA--TCCAAA--TTGTTAT-CAG-AACGA--AAATTAAAAAATG-GA----ATCATAAT-TACTA-TATATAT-------AGAGGT-GAGAGCGTTT-GTTCTCTAC-ACCCTTTGT--GTG-TTGTTTGCAACTACCATTGCCAGG-GT-A--TCTACATCTA-TTCA---CCAAATCAG-CCCGTGTGCTCA-TT--G--GTCACAATTTGCTTG-ATAGATTATCTTGGTATA-CTTTGAATGCATGAT-ATTCAGA-AT-ATTTTTAAAAT---G--A--GTTCTCCAC-TGAG-TT-CTTCCT-TTATCCTC--TT--GTG--TTAA-ATGC------TAGG--------------T-----------------CCG-CTGTTCTC-AA-GG-TC--ATAT-TCA-TGATC-AGACCCCT-TC-GCTGCAA--AGTTTCCC-----ATA---CCAT-ACATTTACCCAA
gi|4 : --TGCCTAA--GA-CACG--TCG--CACG----AA--G--CACAG-TCC-TCTTAA--AA-A--CA-GCATATTG---CCACA-CTTG-T-GAATGAAAGAAAG---CATT--AAGTTGTT------TTTTTAA--------TC---G-G-------T-TCAA-T-----ATCG---A-AAACCT-AAA-AAAAT-CCTAC--T--TG----T-GC-T-CAATG---------A---C-T-GAA-GCT-T-TA-AAT-T--ATTT-------T-CAGACAG---A-TCG---TAGTAGTA--------TATGTT--------C--GCAGTAAA-AACTAT-A--AAA-A---A-CA--CACAAAA-AG-TTAC--TACT--A-A----TTGCG-TT-----------------------TT-TT-GACTGG-A--AATGA-TT--AAAATTGAA----A----AACGCGG--AGT---GAAA----A-AT----A-CATGTTGCGGTTATCA-AG-----GGC-G-ATAA----ATATCAGGAG-ATATTT-C-ATCA--T--TTTGTTAGCAT-CCAT-------A--------AATGAA---CAG-CTT---TGG---TTTACCGCT-CAAGG--T---T-AA---TCTTA-CTTTGAAGTA--G-ATGTGAA--CGTT-AT-CATT---TAAGG-TA--T---AG--TA--GCGCATG-G-T-TTT--T-AG---TTTCCTCC-CATACTTTTC-A
gi|5 : aaCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAAG-A-A--GATTTGGGTA----A------CGCT-GAGG----TT-CG-C--GATAATA-TTGG-T-AAG---------TCGTAA-GC-GAGC-GGC-C-TA-TTT---ATTTTC-GT-C---AAAAA--A----C--AA-C-CAA-A-ATG-A--GGGTT--TT--CTT--TGCCTAA--GA-CATG--TCG--CA-GG---AA--G--CACAG-TCC-TCTTAA-GAA-A--CACGAATA-TG-CCCCATA-C-TG-T-GAAT----GAAAG---CACTAGTAGT--T--------TTTCAA--A-CAT-TC---GTG-------T-TTAA-T-----ATCG---A-ATAACT-AAG-AAATT-C-CTC--TGATGTT--T-GCGT-C-ATGTA---CTGAA---T-T-GAA-GCT-T-TGAAAA-C--GATT-------C-CAGAAAGA--A-CCG---TAGTG--A--------TGTG-T--------C--GCA--AGA-A--TAT-A--AAA-C--TA-CA--CTC---A-AT-T--C--TACC--C-A-------CG-TTCATAAA--GCTTG------TTA--T-TT-GGC--G-A--AATGA-TTGAAAAATTGAA----ATA--AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTATAA-----GGT-GAAAAAG---ATATC-TGAG-Aatcgaacttataatctgccaaacaaaaaaatacttcctttgttg
gi|6 : acTTTTTAA--T---G--A-TGTTGTCC-C-CGAG-TTTCTTTCTCTTATTATCGATT--GAC--T--AGATTCACGACTTTGA--------------T-----------------CCGGCT-TTCTC-AAAGG-TCCAATAT-TCAATGATC--GACCCCT-TT-GCTGCAAACAGTTTCAC-----ATA----CAT-AAATTT-CCTAA
gi|7 : ttttttttaatgataggCGTGGTCCA--TCG---TGA-CCA-TGG-TGAA--A-A--GATTTGG-TA----A------CGCT-GAGG----TT-CC-G--GATAA-A-TTGGGT-AAG---------TCG-AA-GC-GAGC-GGC-C-TA-TTT---ATTTTC-GT-C---AAAAA--A----CCAAA-C-CAA-A-ATG-A--GGGTT--TT--CTT--TGCCTAA--GA-CATG--TCG--CATGG---AAT-G--CACAG-TCT-CTT-AA-GAA-A--CACGAATA-TG-CCCCATAAC-TG-T-GAAT----GAAAG---CACTA-TAGT--TT--------TTCAA--A-CAT-TC---GTG-------T-TTAACT-----ATCG---A-ATAC-T-AAG-AAACT-TGCGTCTTGATGTT--T-GCGT-C-ATGTA---CTGAA---T-T-GAATGCT-T-TG-AAAAC--GATT-------C-CAGAAAGA--A-CCG---TAGTG--A--------TGTG-T--------C--GCA--AGA-A--TAT-A--AAA-C--TA-CA--CTC---A-AT-TTCT--TAC------------ACG-TTCATAAA--GCTTG------TTA-TT-TT-GGC--G-A--AATGA-TTG-AAAATTGAA----AT---AACGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATTA-AA-----GGT-G-AAAAgttaatggaatgtcagtaatattcaatttaaactctttccatattccgaattcaatttgttgaagcactcctctcccataattttttggcaatagaaacaatctaatgtacatttgacgccattatgatgattttatttgctagatcgcatatttcatgtaccatcgtgtgtggtctccaagtttttcatccttaccttagctaccctttcttatgatgccgatataaatataatatgaggtgttgttccctatttggaagattcatctaaagatattgcttatgcatctttg
gi|8 : acAG-GAA-AATCA-GAATA-TGGCTCCATA---TG-T-GAATAT--GTAAGAGACGTT--CAGT--TTAATTCTCTTTCAA--A-CATCTCA--GTG-------T-GTAA-T-----GT
gi|8 : -T-TG-AAT-T--AATTGACTCGGT-CAGAAAGA--AACCAATATAATG--A--------TATG-TTCTCTGAGC--GCG--TGATG--TATTGTTAAA-A--TAACAGACTC---A-AAATTCA--TACTGTA-G---ATTGCGGTTCAT-------TTG------TTA-TTGTT-GACC-G-ATTAATGA-T-G-AAAATCCGA----ATCCTAACGCAGACGCTCTAGAAGAATTAGATGG--GCCATGCGGT--TTATTA-AACAGTGGGTAG-AATAG---ATATC-GGAG-ATgtaaagtattcggaatatctatgaacaatacatatacatgacactgtaaaaatgttgtatactcgtcatacttacattgatatatatctctcttgaacattcttgaattaattgactcggtcagaaagaaaccaatataatgatatgttctctgagcgcgtgatgtattgttaaaataacagactcaaaattcatactgtagattgcggttcatttgttattgttgaccgattaatgatgaaaatccgaatcctaacgcagacgctctagaagaattagatgggccatgcggtttattaaacagtgggtagaatagatatcggagat
gi|9 : aggaaaatcagaatatggctccatatgtgaatatgtaagagacgttcagtttaattctctttcaaacatctcagtgtgtaatgtgtaaagtattcggaatatctatgaacaatacatatacatgacactgtaaaaatgttgtatactcgtcatacttacattgatatatatctctcttgaacattcACAG-TCCTCTTTAA-AAA-A--CA-GAATA-TG-CTCCATA-C-TG-T-GAATT---GAA-----CATTT-CACA--TT------CT--CAA--A-CAT-TCCCAGTGGCAGATAT-TTA--T-----ATCG---A-ATAGCT-CAG-AAAAT-TGTAC--TGATGTT-----CGT-C-ATGAAAATCTGAAATAT-T-GAA-GCT-T-TG-AAA-TATGATT-------T-CAGAAAGA--A-CGA---TAGTG--GATGGGGGGTGTG-T--------CT-GCA--AGA-A--TAT-G--AAAGA--TA--A--CTC---A-AT-TTTTATTACT--AGA---TTTGCG-TTCCTAATAAGCTTG------ATA-TT-TTTGACA-G-G--AATGAATT---AAAT-GAA----AT---A-TGCAG--GGT---GAAA----AGATGG--A-CATGTTGC-GTTATT--AA-----GGT-G-AAAAGAA-ATATC-AGA--ATA-TCA--GTCG--TGGATT------AT-TTAT-TT---AAGTAATAGGAATGAATTCCAG-TTT---TGGATTTTT-CTG-T-CA-AG--T---T-TA---T