lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 3 1 111 2 44444444444444444444 333333333333333333333333333333 111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111
lowQualScore : 5 3 444 0 0 1 6666666 3 2222 22 1 5555 55555555555555555555 33 1 0 0 222222 1 11 2 33 3333 222 333 77777777 5555555 11 0 000000000000000000000000000000 0 0 0 33 2222 1 111111111111111 2 0 22 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 6 6
lowQualScore : . . ... . . . ....... . .... .. . .... .................... .. . . . ...... . .. . .. .... ... ... ........ ....... .. . .............................. . . . .. .... . ............... . . .. . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ... . .
lowQualScore : 1 0 111 4 4 4 8888888 3 4444 66 1 7777 88888888888888888888 66 7 8 8 444444 7 77 4 99 7777 222 999 44444444 3333333 11 8 444444444444444444444444444444 7 7 7 99 5555 5 444444444444444 3 8 22 8 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 000 0 0
consensus : ACACAGGC-AAATGCTGCT-CTCACGT-GA-A--A----TT-C----A--CG-T----GAA----T--T---A-C-TGT--CA--C-G-T-G------A-AA-T-T--C----A---C---G--------T-------G--A-A-----C------N-T-------T-------T-C-AC-G--TG----A-A-------------T-T-T-CAC--G-T--G---A-------A------------T----C-----A--C----G----T-G--A-A-----TTT----ACA------CC-----G--T-GAA---AA-GT--------T-------G--------A--T-----T-T-C---AC----G---T-----GA-A----A--T----T-CA-C---G--TTGA--A---A------T---T-A---T---------T--C-ACG-T---G-A-A---T--T-------C----AC-G-T-T-AA--C-A------G---CAC--TT----C---A-C-GT--A-A---TTT--------C----A-C---GTG----A-----A------A----T---T---G-T----T-A---CG-------T--T---G--A--A--------T----T---TT-----C--ACG------T------------G-A--------A---A----A----AT---G--C---A--------T---T-C----A------C-----G----T---TG--A-A-----A-----T---TT-CA-C--G-----------T-G-A-A----AT----T-------A---A-------T--T-C-A-C--G---T---G-A--A-------T-T--C-A-C----T---GT--G-------AA-G--T---GC--A-G---C----A----TT-C--A--C--G-T-G-A---A-----A---TT--C-A-----CGT-----TG-A----------A-A--A--T-----T-----G---T-TA---AC--G-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AC------G----TGA--A----A--T----T-C-N---CGT-TAA----------T-T-T--------------A-ACGT-NATTTT----------------------------------------CAC-GT-G--A-AA--TTC-A-C---G-TGAA---T--T---C-G----T-TAACG-T------G-AA----A---TTCA--CG-TGAA-AAG----TT-AT--T----T----G----A----CCTT-GTTG--TTAT---T------AA---TTTCAC------GTTGAA--------A---G-A---CTT---AAT-TTA----GAAATTT-ACA--TG-AA--AT-T--TGT-A-AC-GCGAA--ATT--C-T--CGTA----A--A-----C----A-GCAC-TTCA-T----GTG--TT----T--ACGTGA-AT-AGTTTTAAT-TTACTG---T----TTCACGTGAAA--TTCAC-GTGAA-G--T-T--AAT-TTC----A---A-CGTGAATT-TCATTGTT------GTTATCATT-TCACTTATATT-TT-GGAAATTTAAATGAAATTTGAAC
Reference ( gi|1 ) : ACACAGGCCAAATGCTGCT-CTCACGTTGA-A--A----TT-C----A--CG-T----GAA----T--T---A-C-TGT--CA--C-G-T-G------A-AA-T-T--C----A---C---G--------T-------G--A-A-----C------C-T-------T-------T-C-AC-G--TG----A-A-------------T-T-T-CAC--G-T--A---A-------A------------T----C-----A--T----G----T-G--A-A-----TTT----ACA------CC-----GC-T-GAA---AA-GT--------T-------G--------A--T-----T-T-C---AC----A---T-----GA-A----A--T----T-CA-C---G--TTGA--A---A------T---T-A---T---------T--A-ACG-T---G-A-A---T--T-------C----AC-G-T-T-AA--C-A------G---CAC--TT----C---G-T-GT--A-A---TTC--------C----A-C---GTG----A-----A------A----T---T---G-T----T-A---CA-------T--T---G--A--A--------T----T---TT-----C--ACG------T------------G-A-------CA---A----A----AT---G--C---A--------T---T-C----A------C-----G----T---TG--A-A-----A-----T---TT-CA-C--A-----------T-G-A-A----AT----T-------A---A-------T--T-C-A-C--G---T---G-A--A-------T-T--C-A-C----T---AT--G-------AA-G--T---GC--A-G---C----A----TG-C--A--C--A-T-G-A---A-----A---TT--C-A-----TGT-----TG-A----------A-A--A--T-----T-----G---T-TA---AC--A-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------A---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AC------G----TGA--A----A--T----T-C-T---CGC-TAACT---C---CT-T-T--------------A-ACGT-CATTTT------T-----T--------TT-------T------TC-CGC-AT-G--A-AA--TTC-A-T---G-TGAA---T--C---C-G----T-TAACA-T------G-AA----A---TTCA--CA-TGAA-AAG----TT-AT--T----T----G----GC---CCTT-GCTG--TTAC---T------AA---TTTCAC------ATTGAAC-------A---GGA---CTT---AAT-TTA----GAAATTT-ATA--TGCAA--AT-T--TGT-A-AT-GTAAA--ATT--C-T--TGTA----A--A-----C----A-GCAC-TTCATT----GTG--TTA---T--ATGTGA-AT-AGTTTTAAT-TTACTG---T----TTTGTGTGAAA--TTCAT-GTTAA----T-T--AAT-TTC----A---A-AATGAATT-TCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAAT----ATGAGGCTCGGACCAGA
gi|2 : ACACAGGC-AAATTGTGC--CTCA----------------T-C----A---G-T----GAA----T--T------------CA--CCG-T-G------A-AC-T-T---------------G--------T-------G--A-A-----C------T-G-------T-------T-C-AC-G--TG----G-A-------------C-TAT-CAC--G-T--ATG-A-------A------------TGTT-C--------T----G----T-G--AGA-----TTT-----CA------C------GT-T-GAA---AA-GA--------T-------T--------A--T-----T---C---A-----A---T-----GA-A----A--T----T-CA-C---A--T--G--A---A------T---T-A---T---------T--A-ACG-T---G-A-AT--T--T-------C----A--A-T-T-AA--C-A------C---CAC--TT----C---A-C-GTG-A-A---GTT--------C----ATC---GTG----A-----A------ATTTGT---T---A-T----T-A---CA----------T---G--A--A-------------T---TT-----C--AC-------T------------G-A--------A---A----A----GT---G------A--------T---T-C----A------C-----A--------TG--A-A-----A---------TT-CA-C--G-----------T-G-A-AT---AT----T-------A---T-------T--T-C---C--A---T---G-A--A-------T-T--T-A-C--------AC--G-------AA-A------GC--A-----C----AC---TT-C--A--C--A-T-G-A---A-----AT--TT--C-A-----CTTA----TG------------A-G--A--T-----T-----G---TATA---G---G-T------A-A---T-T---T-----T-CA--CT-----G---TG-------------------------A----ACGC---AC----T----T--C-AC------G----TGA--A----A-------T-C-A---CGG-TGA-----------------------------A-A-----ATATT----------------------------------------CACGGT-G--AAAA--TTCAA-T---G-TGAAC--T--C---CTG----T-TAACG-T---------A----A---TTTA--CA-TGAA-AAG--------T--T----T----A----AC---TTTT-GTTG---TAT---C------AA---TTTCAC-------TTGA---------------------T---ATT-TTT----GAAATTT-AGAATTG-AA--AT-T--TGT-A-AC-GGCAA--ATTC-C-T--TGTA----C--AGCATGC----A-GCAC-TTAA-T----GTG--TC----T--TTATAA-AT-AGCT---AT-T--CTG---T----TT
gi|6 : aacactataatACACAGGC-AAATGTTGCC---------------------T-C----A--TG-T----GAA----T-------------------------G------A-AA-T-T--C----A---C---G--------T-------G--A-A----------------------------------------TG----A-A-------------A-T-T-CAC--G--------A-------A------------C----C-------------------------------TTT----CCA------CAAAAA-GT-T-GAA---AA-GT----------------G--------A--T-----T---C---AC----A---T-----GA-A----A--T----T-CA-C---G--T-GA--A---A------T---C-A---T---------T--T-ACA-T---G-A-A---T--TT------C----AC-G-T-T-AA--C-A------G---CAC--TT----T---------------------------------A-C---GTG----A-----A------A----T---T---G-T----T-AA--CA-------T------G--A--A--------T----T---T------C--ACG------T------------G-A--------A---A----A----AT---G------------------------------------------------------------A-----T---T--CA-C--A-----------T-G-A-A----AT----T-------A-----------T--T-C-A-C--G---T---G-G--A-------T-TT-C-A-C--------AT--G-------AC-G--T---GC--A-----C---------TT-C--A--C--A-T-G-A---A-----A---TT--C-A-----CGT--------G----------A-A--A--T-----T-----G---T-TA---AT--G-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------A---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AC------G----TGA--A----T--T----T-C-a
gi|9 : tcataatgaacaaacatctatACACAGGC-AAATGTTGCC---------------------T-C----A--TG-T----GAA----T-------------------------G------A-AA-T-T--C----A---C---G--------T-------G--A-A----------------------------------------TG----A-A-------------A-T-T-CAC--G--------A-------A------------C----C-------------------------------TTT----CCA------CAAAAA-GT-T-GAA---AA-GT----------------G--------A--T-----T-T-C---AC----A---T-----GA-A----A--T----T-CA-C---G--TGAA--A---A------T---------------------------------------------------------C-G-T-T-AA--C--------G---CAC--TT----T---------------------------------A-C---GTG----A-----A------A----T-------G-T----T-AA--CA-------T------G--A--A--------T----T---T------C--ACG------T------------G-A-------AA---A----A----AT---G------A--------C---T-C----A------C-----G----T--------------------------------------------------G-A----AT----T-------A-----------T--T-C-A-C--G---T---G-G--A-------T-TTTC-A-C----T---AT--G-------AC-G--T---GT--T-A---C---------TT-C--A--C--A-T-G-A---A-----A---TT--CGG-----CGT-----TG------------A-A--A--T-----T-----G---T-TA---AT--G-T------G-A---atgtgaggcacaa
gi|12 : tcataatgaacaaacatctatACATAAGTTAAA--CT--T-TTCATGT--A-A--A----TT-T----A--CG-TTAAAGGA----T--T------------CA--C-A-T-T------ATAA-T-TTTC----A---C---G--------T-------G--A-A-----TAA----T-T-------T-------T-C-AC-G---G----ATA-------------T-T-T-CAC--G-T--G---A-------gg
gi|7 : ACACAGGC-AATTG-TGC--CTCACAT-GA-A--T----TTTC----A--CG-T----GAA----AA-G---A-G-CAT--CAAAT-G-T-G------A-A--T-T--C----A---C---A--------T-------G--A-A-----A------A-AAAAA---T-------T-C-AC-A--TG----A-A-------------T-T-T-CAT--G-TGAA---A-------A------------T----T-----T--T----GACA-T-G--A-A-----TTTC---ACATTATGTCC------T-T-G------------------T-------G--------A--T-----T-T-TA--AC----A---T-----GA-A----A--T----T-TA-C---A--T--G--A---A------T---------T---------T--C-ATG-T---G-A-A---T--T-------tttattcatttcacttgaatttttggaaatttaaattgaaatttgaacgcaaatccttgtacagcaatgagcacttcatgtgctttagtaaatagctaattactgt
gi|13 : gaacagtcatcacccgaaacactatACACAGGC-AAATA-TGC--CTCGTGT-GA-A--A----TT-C----A--CG-T----GAA----T--A---T-T-TTT--CA--T-G-T-G------A-A--C-T--C----A---T---A--------TTT-----G--A-TGCT--C------T-T-------T-------T-C-AC-G--TA----A-A-------------T-T-T-CAC--G-T--G---A-------A--------------------------------------A--A-A-----TTT----A-A-------C-----G--T-GAA---A--------------------------------------T-T-C---AT----G---T-----GA-G----G--C----T-CA-tttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|5 : caatACAGGC-AAATG-TGC--CTCAGCTTGATA--A----TT-C----A--C-------------------------CGT----------T-G------A-AA-T-TT-C----A---C-----------------------A-C-----C------C-T-------T-------T-C-ACTA--TG----A-A-------------T-T-T-CAC--G-TG-A---A-------A------------T----C-----A--C----G----TTG--A-A-----TC--------------------------------AA-GT-------------------------A--T-----T---C---AC----A---------GA-A----A--T----T-CA-CTCAG--T-GA--A---A------T---A-A---T---------T--A-ACG-T---G-A-GAATT--T-------C----AC-G-A-T-CA--C-A------G---CAC--TT----C---ACT-GT--A-A---AAT--------C----A-T---TTA----A-----AG-----A----T---T---G-T----T-AA--CA-------T------G--A--A--------T----T---T------C--ACG------T------------G-A--------A---A----A----AT---G------A--------T---T----------------------------------A-----A-----T------------G-----------T-G-A-A----AT----T------------------------C-A-C--G---T---G-A--A-------T-TT-C-A-C--------AT--G-------AA-G--T---GC--A-----C----G----T--C--A--C--A-T-G-A---A-----A---TT--C-A-----CGT--------G----------A-A--A--T-----T-----G---T-TA---AC--G-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------A---TGAAATTCACGTGAACTCCTTAACATGA----A------T-----T----T--C-AC------A----GGA--A----AAGT----TAT-T---CGC----CT---TG--TT-T-T--------------A-A-----ATTT-----------------------------------------CAC-AT-G--A-A-----C-A-----G-TA--------C----------T-TAATT-T------G-AA----A---TTTA--CA-TGAA-Aaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|10 : cataaataataaatacctacaAATACTGTTTCTTGAGTAGC-G--G----TT-C----A--CG-T----AAAAA--T--T---A-C-TAT--C-----G-T-G------A-AA-TAT--C----A---C---AC-------T-------C--G-A-----C------C-A-------TAATGTAAT-C--C-GA-TG----A-A-------------T-A---CAC--G-T--A---A-------ACATT--------T----C-----A--TT---G----T-G--ACA-----TTT-----CA------C------G--T-GAA---A---T--------T-------C--------A--TG----T-T-A---AC----A----------A-A----T--T----T-CA-C---A--GTGA--A---A------TGA-C-A---T---------T--A-CCA-TAAAG-A-G---T--T-------C----AC-G-T---------G------G---TAC--TT----T---T-T-AT--G-A---ATC--------C----A-tttgtaaattccttgtaaacagccctgcatgtgtttatgtgaatagttaattac
gi|7 : ATGCTCTT-TTCACGTGAA-A--A----TT-C----A--TG-T----GAcacgttgatgaaattttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|6 : gaacagtcatcacccgaaacactatacacaggcaattgtgccTGC--CTCACAT-GA-A--A----TT-C----A--CG-T----GAA----T--T---------T--CA--T-G-T-G------A-AA-T-T--C----A---C---A--------T-------T--A-A-----C------AAT-------T-------T-C-AC-G--TG----A-A-------------T-T-T-CAT--G-T--G---A-------AGTGCACG-----T----C-----A--T----G----T-G--A-A-----AT--------------CC-----ACGT-GAA----------------T-------A--------A--T-----T-T-C---AT----G---T-----GA-A------------T-C-------------------A------T---T-T---T---------T--C-ACG-T---GAA-A---T--T-------C----AT-G-T-T-AA--C-A-----------AT--TT----C---A-C-GT--A-AAG-TGC--------TGTTAA-C---GTG----A-----A------A----T---T----------------CA-------TG-T---A--A--A--------TGA--T---TT-----C--ACG------T------------G-AATTT---CATGTG----A----AT------C---ACTT-----T---T-C----AACTTTTT-----G----T---GG--A-A-----AGG---T---T-----C--G-----------T-G-A-A----TT----T-------C---A-------T--T-C-A-C--G---T---G-A--AT------T-T--C-A-T----TCACAT--G-------AG--------GC--A-A---C----A----Tcaaatgtgaattcacatgaaaaaaaaattcacatgaatttcatgtgaaaattttgacatgaatttcacattatgtccttgtgattttaacatgaaatttacatgaatttcatgtgaatttttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|11 : tcataatgaacaaacatctatacacaggcaaCT-TTCACGT-GA-A--AAT--TT-C----A--CG-T----GAA----T--C---C-T-TGTGAAA--A-G-T--------A-AA-T-T--TTTCAA---C---A--------T-------A--A-A-----C----------------T-------T-C-AC-G--TG----G-ATTTT---------T-T-T-CAT--G-T--ATTCAT------ATTCATGCTCTTTT----C-----A--T----G----T-GAAA-A-----TTT----TC---------------C-T-GGC---AATGT--------A-------A--------A--T-----T-T-C----C----A---------AA-A----C--T----T-CA-C---A---TGA--A---T------T---T-T---T---------TTCA-AAG-T---G-A-T---C--T-------T----AC-A-T-T-TT--G-T------G---CTC--TT----TTAAG-T-G---A-A---TTC--------C----G-T---GTG----A-----A------A----T---T---caa
gi|5 : T-TTCATGT--A-A--A----TTTC----A--AA-T----TAA----G--T---A-C-TGTT-CA--T-G-T-G------A-AA-T-T--T----AAAACAAGG--------C-------G--A-ATAA--C------T-T-------T-------T-C-CT-G--TG----A-A-------------A-T-T-CAT--G-T--T---A-------A-------------------------------G------G--A-G-----TTC----ACG----------------T-GAA------------------------------------T-----T-T-C---AT----G---T-----GA-A----A--T----T-CA-C---G--TTAAC-A---A------T---T---------------T--C-ACG-T---G-A-A---T--TT------C----AT-G-T---GA--C-GT-----G---CAC--TT----C---A-T-GTGAA-A---TTC-------------A-C---GTG----A-----A-----------T---T-----T----C-A---CA-------T--T---A--ATCA--------T----T---TTT----C--ACG------T------------G-A-----------------A----AT---T--C---A--------TGT-T-A----A------C-----AATCTT---TA--A-ATG---A-----T---TT-TA-C--AG----------T-G-A-A----GTGCTGT-------G---A-------T--------C--G---T---G-A--AATT----C-T--C-A-C--------GT--T-------AA-T--T---AT------------------TT-C--A--C----T-G-AGTGA-----A---TT--T-C-----TGT------G-A----------ATA--C--T-----T-----GAT-T-CA---AC--G-T------G-A-----T---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-ATA-----G----TGA--A----A--catgctaggcacg
gi|16 : cataaataataaatacctacaacaggcaaatgtgcctcagcttgataattcaccgttgaaatttcacacccT-TTCATGC-GA-A--T----TT-C----A--CG-T----GAA----CAGT---A-G-T-T--CAT-C-GTT-G------A-AT-T-T--CA---A---T---G--------T-------G--A-A-----C------C-T-------T-------tttgtaaattccttgtaaacagccctgcatgtgtttatgtgaatagttaattac
gi|10 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattT-TTCACTGTGA-A--A----TT-TGTTAA--CA-T----GAA----T--T---------T--CA--C-G-T-G------A-AA-TGT--C----A---CA--A--------T-------G--A-A-----A------T-G-------T-------T-T-AC-G--TG----T-A-------------T-T-ttattacgtgacattttcacgtaaca
gi|18 : tggattcataaaaagtaccacgtgaactctttatggtaatgtcaT-CACACGT-GC-A--A----TT-C----A--CA-TT---GAA-----------A-C-TTT--CA--C-A-C-A------A-AT-T-T--C----A---C---G--------T-------G--A-A-----G------T-T-------T-------A-C-AT-G--AA----A-A-------------T-T-T-TAcatcggattacattatggtcgagtgtgatatttcacgatagtaatttttacgtgaaccgctactcaagaaacagtattcacgttgatgaaattttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|13 : tacatgaatagcgat-CTCACAT-GA-A--T----TT-C----A--CG-TT---AAA----T--T-------TTT--CA--C-G-T-G------A-AA-T-T--T----A---C---G--------T-------G--A-AAAGAGC------A-T-------C-------A-A-AT-A--TG----A-G---------------T-T-CAC--A-T--G---A-------AAAATAT------T----C-----A--C----G----T-G--A-A-----TTTC---ACA------Ctt
gi|2 : caattgagcTCACGT-GA-A--T----TT-C----A--TG-T----GAA----T--C---A-C-TTTT-CA----G-T-G------A-AA-T-T--C----A---T---G--------T-------AATA-A-----CAA----A-T-------T-------T-C-AC-GA-TG----A-A-------------C-T-T-CAC--G-T--G---A-------A-------------------------------G----T-G---------------------------------GT------------GT--------T-------A--------A--T-----------------------T-----GA-A----A--T----T-CA-C---G--TT----A---A------T---A-A---T---------T--C-ATG-T---G-A-A---T--T-------T-----C-A-T-TGAA--T-A------A---T-C--TT----------------------TTC--------A----A-C---GTG----A-----A------A----T---C-----T----C-A---CA--------------G--A--A--------C----A---TT-----CATACG------T------------G-A-------TA-------------------------G--------T---C-C----A------C-----G--------TG--A-AC----A-----G---TT-CA-C--A------------------------------------A---G-------T--T-C-A-CG-G---T---G-A--A-------T-T--C-A-C----TG--AT--G-------AG-G--C---AC--A-gaggcatatttgcctgtgtaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|4 : aacactataatacacaggcaaatTCACAT--A-A--A----TTTC----A--CG-T----GAA----T------A-T-TTT--CA--C-G-T-G------A-TT-T-T--C----A---C---G--------T-------G--A-A-----GTG----C-T-------TAA-----T-C-AC-GA-TG----A-AAA-----------T-T-A-CCT--G-C--AC--A-------ACTC---------T----C-----A--T----G----T-G--A-A-----TTT----TCA------TT-----G--T-GAA---G--GTG-------T-------G--------C--T-----TCT-C---A-----G---T-----AG-A----A--T----T-C--C---A--TGGA--A---A------TAA-T-A---T---------T--C-ACG-T---G-A-A---TATT-------C----AT-G-T-G-AA--T--------G---CAC--TT----TCA-G-T-GA--A-A---TTC-------------A-T---GTATAACA-----A------A----C---T-----T----T-C---CG-------A--T---G--A--A--------C----T---T------C--ACG------T------------G-AAGTGGTGTA---A----T----GT---G--C---AAA------T---T-C----A------C-----G----T---TA--A-T-----A-----A---TT-CA-T--G-----------T-G-A-A----TT----T-------C---A--------------A-T--G---T---G-A--ATAATCTTT-T--C-A-C----G---CT--G-------AA-A--TTCCAC--A-GAAAC----A----TT-T--A--C--G-T-G-AT--A-----G---TT--C-A-----CCG-----TG-A----------A-C--A--------------G---T----------A-T------C-A---A-G---T-----T-CA--C------G---TG------------------------------A------A-----T----T--C-AT------GA---TGA--atattatttccatgaatttacacgaaagcacacttcacatgaaatttcacttatgagattgtataggtaattttcactgtgaacgcacttcacgtgaaatcacggtgaaaatattcacggtgaaaattcaatgtgaactcctgttaacgtaatttacatgaaaagtttaacttttgttgtatcaatttcacttgatatttttgaaatttagaattgaaatttgtaacggcaaattccttgtacagcatgcagcacttaatgtgtctttataaatagctattctgttta
gi|8 : acacgaggcaaatgtgcTCACTTTGA-A--G----------------G-C----AAA----TG-T---G-C-T----CA--C-T-T-G------A-AA-T-T--C----A---C---G--------T-------G--A-A-----C------A-T-------T-------T-C-AC-G--TG----A-T-------------T-T-T-CAC--G----A---A-------G-------------------------------G----T-G----A-----TTC----ACA------CC--------------------------------------------------------------------------------A-A----A--T----T-TA-C---G---TGA--A---A------T---C-A---T---------T--A-ACG-T---C-A-AC--T--T-------C----AC-G-T----------------G--------TT----T---A---GT--A-A---T----------C----A-C---GTG----A-----A------A----T---T---G-T----A-A---CG----------T---G--A--A-------------T---TT-----C--ACC------T------------G-A--------A---A----A----GT---G------A--------T---T-C----A------T-----G----T---CA--G-A---------------TT-CA-C--G-----------T-A-A-A----AC----T-----------A-------T--T-C-A-C--G---T---G-A--A-------T-T--C---C--------------------AA-G--T---GA--A-AT--T----A----TT-A--G--C--G-T-G-A---A-----T---TT--C-A-----CG------TG-A----------A-A--A-----------------------------G-T------G-A---------T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AT------G----TGA--A----actcctcgttaacgtgaatattcatgaaaagttaacttattgttgttatcatttcacttatattttggaaatttaaatgaaatttgaacgcaaatccttgtacagcatgagcacttaatgtgctttagtaaatagctattctgttta
gi|8 : cttttcgcagtaTCACAT-GA-A--T----TT-C----A--CG-T----GAA----T--C---A-CTTTT--CA--C-G-T-G------A-AA-T-T--C----A---C---G--------C-------T--A-A-----TA-----A-T-------T-------T-C-AC-T--TG----G-A-------------A-T-T-CAC--G-T--G---A-------ATAGTT-------T----T-----A--C----G----T-G--A-A-----TCTG---ACA----------------T-GAA---TC-AC--------T-------------------T-----T-T-C---AG----G---T-----GA-A----A--T----T-CA-C---G--TTAC--A---A------T---------T---------T--C-ACG-T---G-A--------T-------T----AC-----T-AA----------------AC------------------------------------------A-C---GTG----A-----A------G----T---T---G--------A---CG-------T--T------A--A--------TGA--T---TT-----C--ACG------T---------------------------A----A----ATTTGG--T---G--------TGAAT-C----A------C-----C----TTCGTG--A-A-----A---------AT-CA-C--G-----------T-G-A-A----AT----------------G-------T--T-C-A-C--G---T---G-A--A-------T-T----------------T--C-------AA-G--T---G---A-G---C----A----caac
gi|16 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgTCACATTGA-A--A----TT-C----AA-CGAT----GAA----C--T---A-C-TGTT-CA--C-G-T-G------A-AA-T-T--C----G---C---A--------T-------G--A-A-----A------T-T-------A-------T-T-AC-G--TG----ACAT------------T-T-T-CAC--G-T--A---A-------acaac
gi|11 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggtTCACTTTGA-A--AAAAATT-C----A--TG-T----GAA----G--T---T-T-TG-------------G------A-AA-T-T--T----A---C---A--------TTGCCAGGA--A-A-----A------T-T-------T-------T-C-AC-A--TG----A-A--------------------A--------A---G-------A------------G----C-----A--T----GAATAT-G--A-A-----T------ACA----------------T-GAA---AA-A--------------------------A--A-----T-C-C---AC----G---T-----GA-A----G--T----T-TA-T---G--TTGA--A---AAAT---T---T-ACTTT---------T--C-ACA-A---G-G-A---T--T-------C----AC-G-T-G-AA--------------------------------------A-T---TTT--------C----A-C---GTG----A-----A------A----ca
gi|9 : cCACGT-GA-ATAA----TT-C----A--CG-T----GAG----T--C---A-T-TTTTTCA--C-G-T-G------A-AA-T-T--C----A---T---G--------T-------T--A-A-----C------A-T-------T-------T-C-AC-G--TA----A-AGTGCGTTAACGATT-T-T-CAC--G-T--G---A-------ATT----------T----C-----A--T----G----T-G--A-AATCACTTT----TCA------ACTTTTTGT-G-GAA---AG-GT--------T----------------------------------C----G---T-----GA-ATTTCA--T----T-CA-C---G---TGA--A---T------T---TCA---T---------T--C-ACA-T---G-A-tcttacattttgtgctcttttaagtgaattccgtgtgaaattcatgctaggcacg
gi|11 : tcataatgaacaaacatctatacacaggcaaatgttgccCACGT-GA-A--G----TT-T----A--TG-TT---GAAAAATT--T---A-C-TTTT-CA--C-A-A-G------G-A--T-T--C----A---C---G--------T-------G--A-A-----A------T-T-------T-------T-C-AC-G--TG----A-A-------------gattttcactatgacgtgttacttcacatgaaattcggcgttgaaattgttaatgtgagg
gi|9 : ctACGCCGA-A--T----TT-C----A--TG-T----GAA----G--T---AACACGT--CA--TAG-T-G------A-AAAT-C--C----A---C---G--------T-------G--A-A-----T------A-A-------T-------T-C-AC-G--TG----A-GTCATTT-------T-T-T-CAC--G-T--G---A-------AAT----------T----C-----A--T----G----T-T--A-A-----C---------------------------------------------------------------A--T-----T-T-C---AC----G---T-----AA-A----G--T-------G-C---G--TTAAC-G---A------T---T-----T---------T--C-ACG-T---G-A-AT--T--T-------C----AT-G-T-G-AA----A------T---CAC--TT----------T-TC--A-A---CTT--------T----T-T---GTG----G-----A------A----A---G---G-T----T-----CG----------T---G--A--A--------T----TTCATT-----C--ACG------T------------G--------------A----A----TT---T--C---A--------T---T-C----A------C-----A----T---gatttttttcatgtattcatattcatgctcttttcatgtgaaaattttcctggcaatgtaaatttccaaaacttcacatgaatttttttcaaagtgatcttacattttgtgctcttttaagtgaattccgtgtgaaattcatgctaggcacg
gi|3 : tcataatgaacaaacatctatacacaggcaaatgttgcctcCGTTCA-A--A----TT-C----ATTC--T----AAA----T--TCAAA-A-TAT--TA--A-G-T-G------A-AA-T-G--A----A---T---AAACAAAGTT-------A--A-A-----C------TAT-------T-------T-C-AT-G--TA----T-A-------------T-T----AC--G-TT-A---ACGAGG--A------------T----T-----A--C----A----T-G--A-A-----TTT-----CA------CC-----G--T-GAA----------------T-------A--------A--T-----T-T--------------------------------T----T-CA-C---G-----G--A---A------T---T-----T---------T--C-ACG-T---G-A-A---G--T------------GC-G-T-T-AA--C-A------G------------------A-T-GA--A-A---TTA--------C----A-C----TG----GCAC--A------A----T---C-----T----C-A---TAAG-----T--T---G--A--A--------T----T---TT-----C--ATG------T------------G-A--------A---G----T----GT---G--C------------T---T-C----T------CA----G----T---AG--A-A---------------TT-CA-T--G-----------T-G-A-A----AT----A-------A---T-------T--T-C-A-C--G---T---G-AATA-------T-T--C-A------T---GT--G-------AA----T---GC--A-----C----T----TT-C--A--C--G-T-G-A---A-----A---TT--C-A-----TGTA----TA-A----------C-A--A--T-----T---------T-TC---ACG-A-T------G-A---A-----T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------G-----TGGTGT--A-AT------G----TGA--A----A--T----T-C-A---CGT-TAA-T---A---AT-T-C--------------C-ATGT-GAATTTCAA---T-----TGAATAAACTT-------T------TCACGC--T-G--A-AA--TTC-A-C---A-GAAA---T------C-A----T-TTACG-T------G-AT----A---TTCACTCG-TGAACAAG----TA-AT--tgaaattgttaatgtgagg
gi|19 : atacacgaggcaaattgtgtcacatgaattcaccgtgaatgtTGA-A--A----TT-A----A--TG-T----GAA----C--C---T-T-TAT---A--C-G-T--------A-CA-T-T--C----A---C---G--------A-------A--A-A--------------T-------T-------T-C-AT-G--TG----A-A-------------T-T-T-CAC--G-T--G---A-------A------------caaatccttgtacagcaatgcagcacattcaatgtgctttagtaaatagctaattactgtttatg
gi|20 : atacaTGA-A--A----TC-T----A--CG-T----GAA----A--T---------T--CA--T-G-T-G--------AT-T-T--C----A---C---G--------T-------G--A-A-----T------A-T-------T-------T-----------------A-------------T-T-T-CAC--atttacgttaaaatt
gi|20 : t--A----TT-C----A--CG-T----GAA----------------AT--CA--C-A-T-G------A-AT-T-T--C----A---C---G--------T-------A--G-A--------------T-------T-------T-C-AC-A--TG----catgcaagtg
gi|19 : tgtgaaataaat----TT-A----A--CG-T----AAA----T--T---------T--CA--C-G-T-G------A-AA-T-T--C----A---C---A--------T-------G--A-A-----A------T-T-------T-------T----C-G--TG----A-A-------------T-G-T--AC--G-T--AT--A-------AAGGT--------T----C-----A--C----A----T-T--A-A-----TTT----caagtg
gi|18 : atacatg----TT-C----A--TG-T----AAA----C--T---------T--CA--C-G-T-G------A-AA-T-T--T----G---T---G--------T-------G--A-A-----A------G-T-------T-------T-CAAT-G--TG----A-A-------------T-T-G-CACGTG-T--G---A-------A------------T----C-----aatt
gi|7 : tacatgaatagcT-C----A--CC-C----GAA----A--C---A-C-TATA-CA--C-A-G-G------C-AA-T-T---------------G--------T-------G----------C------C-T-----------------C-AC-A--TG----A-A-------------T-T-TTCAC--G-T--G---A-------AAAGAGCA-----T----C-----AAAT----G----T-G--A-A-----TTC----ACA----------------T-GAA---AA-AA--------A-------A--------A--T-----T---C---AC----A---T-----GA-A----T--T----T-CA-T---G--TGAA--A---A------T---T-----T---------T--G-ACA-T---G-A-AT--T--T-------C----AC-A-T-T-A-----T------G---TCC--TT--------G-T-G---A-T---TTT--------A----A-C---ATG----A-----A------A----T---------T----T-A---CA----------T---G--A--A-------------T---TT-----C--ATG------T------------G-A-------aattttatt
gi|16 : gaacagtcaT-T----A--CG-T----GAA-----------A-A-TGT--CA--C-G-T-A------ATAA-T-TT-C----A---T---G--------C-------G--A-A--------------T-------T-------T-C-AC-G--TG----A-A-------------------CA---G-T--A---G-------T------------T----C-----A--TC---G----TTG--A-A-----TTT-----CA------AT-----G--T-GAA---CC--T--------T-------A--------A--T-----A-T-C---G-----A---T-----GA-T----C--A----T-CA-C---C--TTGA--A---A------T---atttttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|14 : acat-C----A--CA-T----GAA----G--T---G-C-TG---CA--T-G-T-GTACAAGG-AA-T-T--T----G---C---G--------T-------T--ACA-----A------A-T-------T-------T-C-AT-T--TA----A-A-------------T-T-T-CA------------A-------A------------T----T-----A--A----G----T-G--A-A-----ATTGATAACA------AC------------A---AA-GT--------T-------A--------ACTT-----T-T-C---AT----G---T-----GA-A----A--T----T-CA-C---G--Tca
gi|10 : tccttt-C----A--CG-T----GAACTCTT--T---A-T-GGT--AA--T-G-T-C------A-T--T-T--C----A---CT--G--------T-------G--A-A-----A------T-T-------TGT-----T-A-AC-A--TG----A-A-------------T-T-T-CAC--G-T--G---A-------A-----------------------A--T----G----T--------------------CA-------C-----AA-T-GAA---A------------T-------G-----------------T-T-T---AC----G---T-----G--T----A--T----T-CATC---GGATT-A--C---A------T---T-A---TGG-------TCGA-GTG-T---G-ATAT--T--T-------C----AC-G-A-T-A-----------------------------------GT--A-AT--TTT--------T----A-C---GTG----------A------A----C---C---G-C----T-A---C----------------------------------------T-----C--AAG------A------------A-A-------CA------------------G--T---A--------T---T-C----A------C-----G----TTGATG--A-A-----A-----T---TT-TA-tttatgtaaatagctaattactgtttat
gi|20 : tggattcataaaaagtac-C----A--TG-T----GAA----A--T-----C-T-----A--C-G-T-G------A-AA-T-T--C----A---T---G--------T-------G--A----------------T-------T-------T-C-AC-G--TG----A-A-------------T-tgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|3 : tgtgaaataaatAA----T--T---G---TGT--CA--C-A-T-G------A-A--T-T--C----A---CC--G--------T-------G--A-A-----TGTATTAC-T-------TGT-----T-C-AC-GAGTG----A-A-------------T-A-T-CAC--G-T--A---A-------A------------T----G-----A--TTTCTG----T-G--A-A-----TTT-----CA------GC-----G--T-GAA---AA-GT--------T-------T--------A--T-----T---C---AA----T---T-----GA-A----A--T----T-CA-C---A--T-GG--A---A------T---T-A---T---------T--A-ACG-T---G-A-A---T--TT------C----AC-A-T-T-A---C-A------C---CAC--TT----C---A-C-GTG-A-A---TTC--------A----T-C---GTG----A-----A------AA---T---T---G-T----T-A---TA-------CA-T---G--A--A--------T----T---T------C--ACG------T------------G-A------------A----A----GT---G--C---A--------T---T-C----A------C-----A----T----G--A-A-----T-----A---TT-CA-C--G-----------T-G-A-A----AT----T-------A---T-------T--T-C-A-C--A---T---G-A--A-------T-T--CTA-C----T---GA--G-------AA-G--C---AC--A-----C---------TT-C--A--C--A-T-GAA---A-----A---TT--C-A-----ACT-----TATG----------A-G--A--T-----T-----G-----TG---CC--AGT------GTA---A-T---T-----T-CA--TCTGTTAA---CG-------------------------C----A------C-----T----T--C-AC------G----TGA--A----A--A----T-T-C---CGT-GAA-----------------------------A-A-----ATTAT------T---------------------------------CACGGT-G--A-AA--TTC-A-T---G-T-AA---T--CCT-C-G----T-TAACG-T---------A----A---TATA--CA-TGAA-A-------T-AG--T----T----T----AA---CTTT-GT----TTAT---T------CA---TTTCAC-------TT-AAT-------------A---TTTTG-AAT-TTA----GA--------A--TG--A--AT-T--TG--A-AC-GC-AA--ATC--C-T--TGTACAGCA--ATG---C----A-GCACATTCAAT----GTG--CTT---T--A-GTAA-AT-AG--CTAA--TTACTG---T----TTcaagtg
gi|2 : atacacgaggca-TAT--CA--A-G-T-G------A-AA-T-TGAT----A---C---AACAAAAGTT-------A--A-A-----C------T-T-------T-------T-C-AT-G--TA----A-A-------------T-T----AC--G-T--T---A-------ACAGGAGT-----T----C-----A--C----A----TTG--A-A-----TTT----TCA------CC-----G--T-GAA---TA-TT--------TTCACCGTG--------A--T-----T-T-C---AC----G---T-----GA-A----G--TGCGTT-CA-C---A--GTGA--A---AATTAC-C---T-A---TACAATCTCAT--A-A-G-T---G-A-AAT-T--T-------C----AT-G-T-G-AA--G-T------G---TGC--TTT---C---G-T-GT--A-A---ATT--------C----A-T---G-G----A-----A------A----TAA-T---A-T----T-----CA-------CG-T---G--A--A--------T----T---T------C--ATG------T------------G-A----------------------AT------C---ACTT-----T---T-C----A------------G----T----G--A-A-----A-----T---T-----C--A-----------T-G-T-A----ATAA--C-------A---AAT-----T--T-C-A-C--GA--T---G-A--AC------T-T--C-A-C--------GT--G-------AA-G--T---G-----G---T----G----TT-A--A--T----T-G-A---A-----A---TT--C-A-----CGT-----T---------------A--A--T-----A-----A---T-TC---AT--G-T------G-A---A-T---T-----T-CA--T----------TG-------------------------A----AT-----AATCTTT----T--CAAC------G----TGA--A----A-------T-C-T---CAC-atg
gi|15 : aacactataatacacaggcaaattgtgcctcatcagtgaattcaccgtgaacttgtgaactgttcacgtggactatcacgtatgaatgttct-TGT--TAG-C-G-T-G------A-AA-T-T--TGT--A---C---A--------T-------G-----------------T-T-------T-------T-C-AC-G--TG----A-A-------------T-T-T-TAT--G-T--tttttgaaatttagaattgaaatttgtaacggcaaattccttgtacagcatgcagcacttaatgtgtctttataaatagctattctgttta
gi|4 : T--CAT-C-A-T-G------A-A--T-T--C----A---C---G--------T-------G--A-A-----C------T-TGATACTGT-------T-C-AC-GG-TG----A-A-------------C-TAT-CAC--G-T--A---A-------A------------TGTTTC--------T----G----T-GG-A-A-----TTT-----CA------GC-----G--T-GAA---AA-GA--------T-------T--------A--T-----T---C---AC----A---TT----GA-A----A--T----T-CA-C---A--T--G--A---A------T---T-A---T---------T--A-ACG-T---G-A-A---T--TTG-----C----AC-A-T-T--A--C-A------C---CAC--TT----C---A-C-GTG-A-A---GTT--------C----ATC---G-G----A-----A------AGT--T---T---G-T----T-A---TA-------CA-T---G--A--A-------------T---TT-----C--AC-------T------------G----------A---A----A----GT---G--C---A--------T---T-C----A------C-----A--------TG--A-A-----T-----A---TT-CA-C--G-----------T-G-A-AT---AT----T-------A---T-------T--TCC-A-T--G-------G-A--A-------T-T--CTA-C----T---GA--G-------AA-G--C---AC--A-----C----C----TT-C--A--CA-A-T-GAA---A-----A---TT--C-A-----CA------TG-A----------G-A--G--T-----T-----G---T-GC---AG--G-T------A-A---T-T---T-----T-CAT-C------G---TG-------------------------ATT--A------AGCAC-T----T--C-AC------G----TGA--A----A--A----T-C-A---CGT-GAA-----------------------------A-A----TATT------------------------------------------CAC-GT-G--A-AA--TTT-A-T---G-TGAAC--T--CCT-C-G----T-TAACG-T------G-AAT---A---TT----CA-TGAA-AAG----TTAAC--T----T----A-----------TT-GTTG--TTA----T------CA---TTTCAC-------TTA----------------------T---ATT-TTG----GAAATTT-AAA--TG-AA--AT-T--TG--A-AC-GC-AA--ATC--C-T--TGTAC---A--G-----CATG-A-GCAC-TTAA-T----GTG--CTT---T--A-GTAA-AT-AGCT---AT-T--CTG---T----TTaatgaaattagtgatgtaacaattaccgtcgaacacatgaactagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|12 : acacgaggcaaatgtgcT--CA--C-G-T-G------A-AA-TAT--C--------C---G--------T-------G--A-A-----A------A-TTA-----T-------T-C-AC-G--TGAA--A-A-------------T-TAT-AAT--G-T--G---A-------A------------T----CCTTTAA--C----G----T-A--A-A-----TTT----ACA----------------T-GAA---AA-GTTTAACTTAT-------GTTTTATTCA--T-----T-T-C---ACTTGAA---TTTTTGGA-A----A--T----T-TA-A---A--TTGA--A---A------T---T-----T---------G--A-ACG-C---A-A-A---T--C-------CTTGTAC-A-G-C-AA--TGA------G---CAC--TT----C---A-T-GT--a
gi|7 : T--CA--C-A-T-G------A-AA-T-T--C----A---T---G--------T-------A--A-A--------------T-------T-------T-C-AT-G--TT----A-A-------------A-A-T-CACAAG-G--A---C-------A------------T----A-----A--T----G----T-G--A-AA----TTC----ATG------TC------------A---AA-AT--------T-------------------------T-T-C---AC----A---T-----GA-A----A--T----T-CA-T---G---TGA--ATTTT------T---T-T---T---------T--C-ATG-T---G-A-A---T--T-------C----AC-ATT-T-GA--T--------G---CTC--TTTTCAC---G-T-GA--A-A---ATT--------C----A-T---GTG----AGGCACA------A----T---T---G-gctttagtaaatagctaattactgt
gi|16 : gaacagtcatcacccgaaacactatacacaggT--CA--C-A-TTG------A-AA-T-T--C----AA--C---GA-------T-------G--A-A-----CTA----C-TG------T-------T-C-AC-G--TG----A-A-------------A-T-T-CGC--A-TG-A---A-------A------------T----T-----A--TTAC-G----T-G--ACA-----TTT----TCA------Catttttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|13 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggtT--CA--C-A-T-G------A-AT-T-T--C----A---C---G--------TT------A--A-A-----T------T-T-------T-------T-C-AC-G--TG----A-A-------------A-T-T-TAC--G-T--G---AAAAGAGCA------------T----CAA---A--T----A----T-G--A-G-----TTC----ACA----------------T-GAA---AA-AT-------------------------A--------T-T-C---AC----G---T-----GA-A----T--T----T-CA-C---gtaaca
gi|20 : caattgagccT--CA--C-G-T-G------A-AA-T----C----A---C---A--------T-------G--A-A--------------T-------T-------T-C-AC-G--TA----G-A-------------T-T-T-CAC--A-T--acgaggcatatttgcctgtgtaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|18 : tgtgaaataaatat--CA--C-G-T-G------C-AA-T-T--C----A---C---A--------TT------G--A-A-----A------C-T-------T-------T-C-AC-A--CA----A-A-------------T-T-T-CAC--G-T--G---A-------------------------------------------------A-G-----TTT----ACA----------------T-GAA---AA-TT--------T-------T--------A--T-----T-gcaagtg
gi|20 : tacatgaatagcgattca--CA--T-G-T-G------A-AA-T-C--T----A---C---G--------T-------G--A-A-----A----------------T-------T-C-AT-G--TG----A---------------T-T-T-CAC--G-T--G---A-------A------------T----
gi|19 : tgtgaaataaatA--C-A-T-G------A-AA-T-T--A----A---T---G--------T-------G--A-A-----C------C-T-------T-------TAT-AC-G--TA----C-A---------------T-T-CAC--G-A--A---A-------ATT----------T----C-----A--T----G----T-G--A-A-----TT-------------------------------------------------------------------------T-C---AC----G---T-----GA-A----A--T----T-TA-C---G--TTAA--A---A------T---T-caagtg
gi|15 : atA--C-A-T-A------A-AA-T-T--C----A---C---G--------T-------G--A-A--------------------------------A-AC-A--TGTACAA-A-------------T-T-T-CAC--GCT--A---A-------------------------C-----A--A----A----T-G--A-A-----ATT----A
gi|18 : -T-T--C----A---T---G--------T-------A--A-A-----C----------------T-------T-C-AC-G--TG----A-A-------------A-T-T-TGT--G-T--G---A-------AAGTT--------T----CA----A--T----G----T-G--A-A-----TTgtgatgtaacaattaccgtcgaacacatgaactagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|13 : tacatgaatagcgattcacacgtgc--------T-------G--A-G-----C------C-T-----------------C-AC-A--TG----A-A-------------T-T-T-CAC--G-TT-A---A-------A------------TTTTTC-----A--C----G----T-G--A-AA----TTT----ACG----------------T-GAA---AA-GA--------G-------C--------A--T-----C-A-A---AT----A---T-----GA-G-------T----T-CA-C---A--TGAA--A---A------A---T-A---T---------T--C-ACG-T---G-A-AT--T--T-------C----AC-aattttatt
gi|14 : caat-----C------C-T-------T-------T---AC-G--TG----A-A-------------T-T-T-CAC--A-T--G---A-------A-----------------------A--A----G----T-T--A-A-----CTT--------------T-----GT-T-GTT---A---T--------C-------A--------A--T-----T-T-C---ACTT--AATTT-----GA-A----A--T----T-TA-A---A---TGA--A---A------T---T-T---G---------T--A-ACG-C---A-A-A---T--TCCTTGTAC----AC-A-T----G--C-A------G---CAC--TT----C---A-T-GT--G-T---TT--------------A-T---GT-----A-----A------A----T---A---G-C----T-A----A-------T--T---acgaggcatatttgcctgtgtaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|11 : t------C-T-------T-------T-C-AC-G--TG----A-AAA-----------T-T-T-CAC--G-T--G---A-------A------------T----C-----C--T---------T-G------------------------------------T-GAA---AA-GT--------A-------A--------A--T-----T-T-TTCAAC----A---T-----AA-A----C--T----T-CA-C---G--TGGA--T---T------T---T-T---T---------T--C-ATG-T-------A---T--T-------C----AT-A-T-T-----C-AT-----G---CTC--T-----------------------TTT--------C----A-T---GTG----A-----A---------------------------------------------------A--A--------T----T---TT-----C---C-------T------------G-G-------CA---A----T----GT---A--A---A--------T---T-T----C------C---------------A--A-A-----A-----C---TT-CA-C--A-----------T-G-A-A----TT----T-------T---T-------T--T-CAA-A--G---T---G-A--T-------C-T--T-A-CATTTT---GT--GCTCTTTTAA-G--T---GA--A-T-------------TC-C--G--T--G-T-G-A---A-----A---TT--C-A-----TGC-----Tactgtttat
gi|20 : ------C-T-------T-------G-C-AT-G--TG----A-A-------------A-T-C-TAC--G-T--G---A-------AAT----------T----C-----A--T----G----T-G--A-T-----TTC----ACG----------------T-GAA---TA--T--------T-------T--------A--T-----T-T-C---AC----A---aggcacg
gi|19 : -T-------T-------T-A-AC-G--TA----A-A-------------T-T-T-CAC--G-T--G---A-------AAT----------T----C-----A--C----A----T-GA-A-A-----TTT-------------TC-----G--T-GAATGTAC-GT-------------------------A--TAAAGGT-T-C---AC----A---T-----TA-A----T--T----T-CA-T---G--Ttg
gi|7 : at-------T-T-AC-A--TG----C-A-------------T-T-A-AAC--A-T--A---A-------A------------A----T-----A--T----G----A-G--A-AAAA--TTC----ACA----------------T-GAA---A--------------------------------------T-T-C---AT----G---T-----AA-A----T--T----T-CA-T---G--TTAA--A---A------T---C-A---CAAGGACA--T--A-ATG-T---G-A-AA--T--T-------C----AT-G-T-C-AA--------------------------------------A-A---TTTT-------C----A-C---ATG----A-----A------A----T---T----------------CA-------TG-T---G--A--A--------T----T---TTTTTTTC--ATG------T------------G-AATT----CA---C----ATTTGAT---G--C---TCTT-----T---T-C----A------C-----G--------TG--A-A-----A-----A---TT-CA-T--G-----------T-G-A-att
gi|20 : gaacagtcatcacccgaaacactatacacaggcaattgtgcc--TA----A-A-------------TAT-T-CAC--G-TG-A---A-------A------------T----C-----A--C----A----T-G--A-A-----TTT-----CA------C--------------------GT--------A-------G--------A--T-----T-T-C---AC----A---T-----GC-A----A--tttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|11 : tgtgaaa----A-A-------------A-T-T-CAT--G-T--G---A-------AG-----------T----T-----T--T----G----G-A--A-A-----TTT----ACA------TT-----GC-CAGGA---AA-AT--------T-------------------------T-T-C---AC----A---T-----GA-A----A----------------------A--G---A------G---C-A---T---------G--A-ATA-T---G-A-A---T---------------AC-A-T-G-AA--A-A---------------------------------A-A---ATC--------C----A-C---GTG----A-----A------G----T---T----------T-A---TG-------T--T---G--A--AAAATTTACT----T---TT-----C--AC----------------------------------------A----AG---G------A--------T---T-C----A------C-----G--------TG--A-A-----AT----T---TT-CA-C--G-----------T-G-A-A----Agtg
gi|13 : c--A---G-------A------------T----C-----AG-T----G----T------------TTT----ACA------CA-----G----GCA---AA-TA--------T-------G-----------C-----C-T-C---GT----G---T-----GA-A----A--T----T-CA-C---G---TGA--AT--A------T---T-T---T---------T--C-ATG-T---G-A-A---C--T-------C----AT-ATT-T-GA--T--------G---CTCTTTT----C---A-C-GTA-A-A---TTT--------C----A-C---GTGAA--A-----A------A----T---T-----T----A-A---CG-------T--G---A--A--A-----------------TT-----C--ATG------T------------G-A-------ttttcaaagtgatcttacattttgtgctcttttaagtgaattccgtgtgaaattcatgctaggcacg
gi|12 : caattgagcc------------T----C-----A--T----G----T-A--A-A-----TTT----A---------C-----GT-T---A---AA-G-----------------G--------A--------T-T-C---AC----A---T-----TATA----ATTT----T-CA-C---G---TGAATA---A------T---T-----T---------T--C-ACG-----G-ATAT--T--T-------C----AC-G-T-ttgacctattgtatactg
gi|16 : tc----C-----A--T---------T-G--A-A-----ATT-----CA------AC-----GA-T-GAA---CT-AC--------T-------G-----------------T-T-C---AC----G---T-----GA-A----A--T----T-CG-C---A---TGA--A---A------T---T-A---T---------T----ACG-T---G-ACATT-T--T-------C----AC-G---T-AA--C-A------aaagtttaacttatgttttattcatttcacttgaatttttggaaatttaaattgaaatttgaacgcaaatccttgtacagcaatgagcacttcatgtgctttagtaaatagctaattactgt
gi|5 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggttca--A-A-----TT------CA------CC-----GT-T-GAA---A--------------------------------T-----T-T-C---AC----ACCCT----------------T----T-CA-C---T--ATGA--A--------------T-----T---------T--C-ACG-T---G-A-A---A--T-------C----AC-G-T-T-GAATC-AA-----G---TA---TT----C---A-C-AG--A-A---ATT--------C----A-CTCAGTG----A-----A------A----T---A---A-T----T-AA--CG-------T--G---A--G--A--------A----T---TT-----C--ACGA-----T------------C-A-------CA------------------G--C---AC-------T---T-C----A------C-----T----G---TA--A-A-----A-----T------CA-T--T-----------T-A-A-AG---AT----T-------G-----------T--T-A-A-C--A---T---G-A--A-------T-TT-C-A-C--------GT--G-------AA-AAAT---G--------------A----TT-A--A--T--G-T-G-A---A-----A---TT--C-A-----CGT-------------------G-A--A--T-----T-----------TC---AC--A-T------G-A---A-G---TGCACGT-CA--C------A---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AC------G----TGA--A----A--T----T--------G-----------------T-T--------------A-ACGT-GAATTT----------------------------------------CAC-AT-G--A-AA--TTC-A-C---G-TGAA---C--T---C-C----T-TAACA-T------G-AA----T---TTCA--CA-GGAA-AAG----TT-AT--T----C----G---------CCTT-GTT---TTA-----------AA---TTTCAC------A-TGAAC-------A---GTA---CTT---AAT-TT-----GAAATTT-ACA--TG-AA--AT-T--TGT---------AA--ATTC-C-T--TGTA----A--A-----C----A-GCCC-TGCA-T----GTG--TT----T--ATGTGA-AT-AG--TTAAT-T
gi|2 : cataaataataaatacctacaacaggcaaatgtgcctcagcttgat-T-GAA---A---T--------T-------G--------A--T-----A-C-A---AC----A----------A-A----A----------------G--TTAA--A---C------T---T-----T---------T--C-ATG-T---A-A-A---T--T------------AC-G-T-T-AA--C-A------G---GAG--TT----C---A-C-ATTGA-A---TTTT-------C----A-CC--GTG----A-----AT-----A----T---T---T-T----C-A---CC-------G--T---G--A----------------T---TT-----C--ACG------T------------G-A-----------------A----GT---G--C---G--------T---T-C----A------C-----A----G---TG--A-A-----A-----A---TT--A-CCTA-----------T-A-C-A----AT----C----------------------T-C-A-TAAG---T---G-A--AAT-----T-T--C-A------T---GT--G-------AA-G--T---GT----G---C----T----TT-C--G--T--G-T---A---A-----A---TT--C-A-----TG-------G-A----------A-AT-A--A-----T-----A---T-TC---AC--G-T------G-A---A-T---T-----T-CA--T------G---TG-------------------------A----A-----------------T--C-ACTTTTCAG----TGA--A----A--T----T-C-A---TG--TAA--------------T--------------A-ACA--AATTT-----------------------------------------CACGAT-G--A-AC--TTC-A-C---G-TGAA---G--TGG-T-G----T-TAAT--T------G-AA----A---TTCA--CG-TTAA-TAA----TT-ac
gi|18 : aacactataatacacaggcaaattgtgcctcatcagtgaattcaccgtgaacttgtgaactgttcacgtggactatcacgtatgaatgttctgtgagatttcacgttgaaaagattattcaatgaaattcacatg-T-GAA---TA-GC----------------G--------A--T-----T-CAC---AC----G---T-----GC-A----A--T----T-CA-C---A--TTGA--A---A------C---T-----T---------T--C-ACA-C---A-A-AT--T--T-------C----AC-G-T-G-AA--cttgatatttttgaaatttagaattgaaatttgtaacggcaaattccttgtacagcatgcagcacttaatgtgtctttataaatagctattctgttta
gi|13 : tacaA-AT--------T-------G--------AG-C-----C-T-C---AC----A---T-----GA-A----T--T----T-CA-C---G--TT-A--A---A------T---T-T---T---------T--C-ACG-T---GAA-A---T--T-------T----AC-G-T-G-AA--A-A------G---AGC--AT----CAA-A-T-AT--G-A---GTT--------C----A-C---ATG----A-----A------A--------------------------------------------A--A--------T----A---TT-----C--ACG------T------------G-A-------gtttacatgaaaattttatt
gi|12 : c--------A--T-----T-T-C----C----A---------AA-A----A--T----T-CA-A---G--T-GA--A---A------T---G-A---A---------T--A-A---------A-A---C--A-------T----AA-G-T-T-AA-----------A---CTT--TT----C---A-T-GT--A-A---ATT--------T----A-C---GTT----A-----A------A----G---G---A-T----TCA---CA-------T--T---AT-A--A--------T----T---TT-----C--ACG------T------------G-A--------A---T----A----AT---T---------------T---T-C----A------C-----G---------G--A-T-----A-----T---TT-CA-C--G-----------T-G-A-atttcacacgaggcatatttgcctgtgtaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|19 : --------A--T-----T-T-C---AC----G---T-----GA-A----A--T----T-CA-C---A---TGA--A---A------T---T-----T---------T-----CG-T---G-A-A---T--G-------T----AC-G-TAT-AA----A------GGTTCAC--AT-------------T--A-A---TTT--------C----A-T---GTttaaattgaaatttgaacgcaaatccttgtacagcaatgagcacttcatgtgctttagtaaatagctaattactgt
gi|11 : at--------A--T-----T-T-C---AC----A---C-----GG-A----A--T----T-CA-C------TTAA--A---A------G----------------------A-GCA-C---A-A-A-------------------AT-G-T---AA--G-A------T---CAC--TT----T---G-A-AA--A-AAA-TTC-------------A-T---GTG----A-----A------G----T---T-------------------------T--T---GGAA--A--------T----T---T---------ACA------T--------------------------------------T---G--C------------------C----A------------G---------G--A-A-----AAT---T---TT-CA-C--A-----------T-G-A-A----AA----G-------AGC-A-------T--G-A-A-T--A---T---G-A--A-------T------A-C--------AT--G-------AA-A----------A-A---A----A----TC-C--A--C--G-T-G-A---A-----G---TT--T-A-----TGT-----TG-A----------A-A--AATT-----T-----ACTTT-TC---AC--A-A------G-G---A-----T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------ATT---T----T--C-AC------G----TGA--A----A--ttacgttaaaatt
gi|18 : c--------A--C-----T-T-C---AC----G---T-----GA-A----A--T----T-TG-T---G---TGA--A---A------G---T-T---T---------C--A-ATG-T---G-A-A---T--TG------C----AC-G-TGTGAA--T-C------G---CTA--TT----C---A-T-GT--A-tcatgctaggcacg
gi|5 : -----T-T-T---AC----A---A-----GG-A----A--T----T-TA-C---------A--A---A------T---T---------------T--C-ATG-T---A-A-A---T--TT------C----AA-A-T-T-AA-----------G---TAC--T-------------GT----------T--------C----A-T---GTG----A-----A------A----T---T----------T-AAAACAAG-----G--C---G--A--A--------TAACTT---TT-----C--CTG------T------------G-A----------------------A-----------A--------T---T-C----A------T-----G----T---TA--A-GG----A-----G---TT-CA-C--G-----------T-G-A-A----------T-------------------T--T-C-A-T--G---T---G-A--AA------T-T--C-A-C-----------------------G--T----T--A-A---C----AAT--TT-C--A--C--G-T-G-A---A-----T---TT--C-A-----TGT----------------------------------------------G---AC--G-T------G-C---A-C---T-----T-CA--T------G---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AC------G----TGA--A----T--T----T-C-A---CAT-TAA----------------------------------T-CATTTT------T---------------------------------CAC-GT-G--A-AA--TTC-A-T---G-TTAA---CAAT---C-T----T-TAA-A-T------G--A----T---TTTA--CAGTGAA-GTG----CT-GTGAT----C----GTGAAAT---TCTC-AC-G--TTAA---T------TA---TTTCACTG----AGTGAATTTCTGTGA---ATA---CTT---GAT-TCAAC--GTGATTTCACG--TG-AA--AT-T--CAT-A-GT-G-AAA--ttacatgaaaattttatt
gi|7 : cataaataataaatacctacaacaggcaaatgtgcctcagcttgataattcaccgttgaaatttcacaccc-----T-T-C---AC----A---T-----GA-A----A--T----T-CA-T---G--T--A--A---A------T---------T---------T--C-ATGTT---A-A-A---A--T-------C----AC-A-A-G-GA--C-ATAATGTG---AAA--TT----C---A-T-GTC-A-AAATTTT--------C----A-C---ATG----A-----A------A----T---T----------------CA-------TG-T---G--A--ATTTTT---T----T---TT-----C--ATG------T------------G-A----------------------------------A--------T---T-C----A------C-----AT---T---TG--A-T-----GCTCT-T---TT-CA-C--G-----------T-G-A-A------------------A---A-------T--T-C-A-T--G---T---G-A--cagccctgcatgtgtttatgtgaatagttaattac
gi|6 : gaacagtcatcacccgaaacactatacacaggcaattgtgcc-T-C---AC----A---T-----GA-A----A--T----T-CA-C---G--T--G--A---A------T---------T---------T--C-ATG-T---GAA-A---T--T-------C----AC-A-T-T-AA--C-A-----------AT--TT----C---A-C-GTG-A-A---TTT--------C----A-T---GTG----A-----A------G----TGCAC---G-T----------CA-------TG-T---G--A--A-------------A---TC-----C--ACG------T------------G-A--------A---T----A----AT-------------------T---T-C----A------T-----G--------TG--A-ATC---ATT---T---TT-CA-C--G-----------T-G-A--------------------A---A-------T--T-C-A-T--G---T---T-A--ACAAT---T-T--C-A-C--------GT--A-------AA-G--T---GC------------------TG-TTAA--C--G-T-G-A---A-----A---TT--C-A-----TGT-------------------A-A--A--T-------------------------------------G---A-T---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------T-----T----T--C-AT------G----TGA--A----------------T---CAC-T-----------TT-T-C--------------A-AC---------------------T--------TT-------T------TG-TG-----G--A-AAGGTTC-------G-TGAAT--T--T---C-A----T-TCACG-T------G-AATTTCA---TTCA--CA-TGAtttttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|7 : tcataatgaacaaacatctatacacaggcaaatgttgcc-T-C---AC----A---T-----GA-A----T--T----TTCA-C---G--T-GA--A---AAGAGCAT---C-A----------------A-ATG-T---G-A-A---T--T-------C----AC-A-T-G-AA--A-A------A---AAAA-TT----C---A-C-ATG-A-A---TTT--------C----A-T---GTG----A-----A------AA---T---T---T-T----G-A---CA-------T------G--A--A--------T----T---T------C--ACA------T------------T-A-----------------------T---G---------------T---C-C----------------------T---TG--T-G-----A-----T---TT-TAAC--A-----------T-G-A-A----AT----TTACATG-A---AT------T--T-C-A-T--G---T---G-A--A-------T-T--ggcacaa
gi|16 : gaacagtcatcacccgaaacactatacacaggcaattgtgcc-T-T---AC----G---T-----GA-A----AA-TG---T-CA-C---G--T-----A---A------T---A-A---T---------TT-C-ATG-C---G-A-A---T--TT------C----AC-G-T-G-AA--C-A------G---TAG--TT----C---A-TCGTTGA-A---TTT--------CA---A-T---GTG----A-----A------tttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|19 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaagg---AC----A---T-----GA-A----A--T----T-AA-T---G--T-GA--A---C------C---T-----T---------T--ATACG-T---A-C-A---T--T-------C----AC-G-----------A------A---AAT--TT----C---A-T-GTG-A-A---TTT--------C----A-C---GTG----A-----A------A----T---------T----T-A---CG-------T--T---A--A--A--------A----T---Tca
gi|15 : at---AC----A---T-----AA-A----A--T----T-CA-C---G---TGA--A---A------A---C-A---T---------G--T-AC------A-A-AT--T--T-------C----AC-G-C-T-AA--C-AAAT---G---AAA--TT----A---G-T-G-------------------------A-T---GTA----AC----A------A----T---T---A-C----------CG-------T--C---G--A--A------------------------C--ACA------T------------GAA-------CT---A----G----AT------C---A--------C---T-C----A---------------------TA--A-A------------------CA-C--A-----------T-G-A------------C-------A---A-------T--T-C-A-C--A---T---A-A--
gi|16 : --T----T-CA-C---A--TTGA--A---A------T---T---------------C--A-ACGAT---G-A-A---C--T------------ACTG-T-T------------------CAC------------G-T-GA--A-A---TTC-------------G-C---ATG----A-----A------A----T---T---A-T----T-A---CG-------T------G--AC-A--------T----T---TT-----C--ACG------T------------A-A-------CA---
gi|10 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaagg--T----T-CA-C---G--TAAA--A---A------T---T-A---C---------T--A-TCG-T---GAA-A---TA-T-------C----AC-ACT-C-GA--C------------CA----T----A---A-T-GT--A-A---TCCGATGAATAC----A-C---GTA----A-----ACATTTCA----T---T---G-T----G-A---CA----------------------------------T---TT-----C--ACG------T------------G-A--------A-------------------------A--------T---T-C----A------T-----G----T---TAACA-A-----A-----T---TT-CA-C--AG----------T-G-A-A----AT----G-------AC--A-------T--T-A-C-C--A---TAAAG-A--G-------T-T--C-A-C----
gi|9 : tggattcataaaaagtaccac----T-CA-C---A--TTAAC-A---A------T---T-----T---------C--A-ACG-CC--G-A-A---T--TT------C----AT-G-T-G-AAG-T-A------A---CAC--GT----CATAG-T-GA--A-A---ATC--------C----A-C---GTG----AAT---A------A----T---TCACG-T----G-AGT-CA-------T--T------------------T----T---TT-----C--ACG------T------------G-A--------A-------------------------A--------T---T-C----A------T-----G----T---TA--A-C-----A-----T---TT-CA-C--G-----------T-A-A-AGTGCGT----T-------A---ACGATT--T--T-C-A-C--G---T---G-A--AT------T-T--C-A------T---GT--G-------AA-A--T--------------------------C--A--CTTT-T-C-A---A-----C---TT--T-T-----TGT-----GG-A----------A-A--G--------------G---T-T-----C--G-T------G-A---A-T---T-----T-C-----------------------------------------------------A-----T----T--C-AC------G----TGA--A----T--T----T-C-ccgctactcaagaaacagtattcacgttgatgaaattttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|3 : tcataatgaacaaacatctatacacaggcaaatgttgcctcatgtgaat---G--TT-A--A---A------C---T-A---T---------TT-C-ATG-T---A-T-A---T--T------------AC-G-T-T-AA--CGA------G---GAT--TA----C---A-T-G---A-A---TTT--------C----A-CC--GTG----A-----ATA----A----T---T---T-T----T-----CA-------C--G---G--A--A--------T----T---TT-----C--ACG------T------------G-A-----------------A----GT---G--C---G--------T---T-A----A------CA----G----A---TG--A-A-----A-----T---TA-CA-C--------------T-G-G-C----AC------------A---A-------TC-T-C-A-T--AAGTT---G-A--A-------T-TTTC-A------T---GT--G-------AA-G--T---GT----G---C---------TT-C--T--C--AGT-A-G---A-----A---TT--C-A-----TGT------G-A----------A-ATAA--T-----T-----------TC---AC--G-T------G-A---A-TA--T-----T-CA--T------G---TG-------------------------A----ATGC---ACT---T----T--C-AC------G----TGA--A----A--T----T-C-A---TG--TA---------------T--------------A-ACA---ATTTT----------------------------------------CACGAT-G----AA--TTC-A-C---G-TGAA---G--T---G-G----TGTAATG-T------G-AA----A---TTCA--CG-TTAA-TAA----TT-------------------------CCAT-G-TG----------------AA---TTTCA-------ATTGAAT-------A----AA---CTT-----T-TCACGCTGAAATTC-ACA---GAAATCAT-T--T-----AC-GTGAT--ATTCAC-T--CGTG----A--A-----CA---A-GTAA-TACATTCACGGTGAATT----C--ATGTGACAC-AATTTgg
gi|20 : atacacgaggcTGA--A---A------TAAAT-A---T---------T--C-ACG-T---G-A-A---A--T-------C----AC-A-T----------------G---AAT--TT----C---A-C-GT--AGA---TTT--------C----A-C---ATG----C-----A------A----G---T---G-tttgtttattcatttcacttaatattttgaatttagaatgaatttgaacgcaaatccttgtacagcaatgcagcacattcaatgtgctttagtaaatagctaattactgtttatg
gi|16 : tg-ACG-T---G-A-AAA-TG-T-------C----AC-G-T---AA--T-A-----------AT--TT----C---A-T-GCG-A-A---TTT--------C----A-C---GTG----A-----ACA----G----T---A---G-T----TCAT--CG-------T--T---G--A--A--------T----T---TC-----A--ATG------T------------G-AACCT---TA---ATATCG----AT---GATC---A------------T-C----A------C-----C----T---TG--A-A-----A-----T---
gi|10 : acat-ACG-T---G-A-A---C--T-------C---------T-T-TA--T-G------G---TA-------------A-T-GT--C-A---TTT--------C----A-CT--GTG----A-----A------A----T---TT--G-T----T-AA--CA-------T------G--A--A--------T----T---T------C--ACG------T------------G-A-----------------A----AT---G-------------------T-C----A------C-----A----A---TG--A-A-----A-----TG--TT-TA-C--G-----------T-G--------------T-------A-----------T--T-C-A-T------C---G-G--A-------T-TA-C-A-T----T---AT--G----------G--T---CG--A-G---T----G----TG----A--T--A-T-----------------TT--C-A-----CGA-----TA-G----------T-A--A--T-----T-----T---T-TA----C--G-T------G-A---A-CCGCT-----A-CT--C------A---AG-------------------------A----A------ACAGTAT----T--C-AC------GTTGATGA--A----A--T----T-T-T---aaca
gi|18 : tggattcataaaaagtacc-ACG-T---GCA-A---T--T-------C----AC-A-T-T-GA----A------A---C-T--TT----C---A-C-AC--A-AA--TTT--------C----A-C---GTG----A-----A------G----T---------T----T-A---CA-------T--G---A--A--A--------A----T---TT-----T--Aatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|4 : tacatgaatagcgattcacCA-T---G-A-A---TATT-------C----AC-G-T-T-AA--CGA------G---GAG--TT----C---A-C-AT--A-AA--TTT--------C----A-C---GTG----A-----AT-----A----T---T---T-T----C-A---CG-------T---------G--A--------T----T---TT-----C--ACG------T------------G--------------A----A----GT---G--CTT-A--------A---T-C----A------C-----G----A---TG--A-A-----A-----A---TT--A-C--C-----------T-GCACA----AC----T-------------------C--T-C-A-T--G---T---G-A--ATT-----T-T--C-A-T----T---GT--G-------AAGG--T---GT----G---C---------TT-C--T--C--AGT-A-G---A-----A---TTC-C-A-----TG-------G-A----------A-AT-A--A-----T-----A---T-TC---AC--G-T------G-A---A-TA--T-----T-CA--T------G---TG-------------------------A----ATGC---ACT---T----T--C-A-------G----TGA--A----A--T----T-C-A---TGTATAAC-------------A--------------A-AC-------------------------------T-------T------TC-CG--AT-G--A-AC--TTC-A-C---G-TGAA---G--T---G-G----TGTAATG-T------GCAA----A---TTCA--CG-TTAATAAT----TC-AT--G----T----G----AA---TTTC-AATG--TGAA---T------AATCTTTTCAC------GCTGAAtt
gi|14 : acacgaggcaaatgtgctcatcatgaattcacgtgaacttgatactgttcacggtgaactatcacgtaaatgtttctgtggaat---G-A-A---T--T-------T----GC-G-T-T-A---C-A------A----AT--TT----C---A-T-TT--A-AAT-TTCAAAT----T----A-A---GTG----A-----A------A----T---T---GAT----A-A---CAACAAAG-T--T---A--A--C--------T----T---TT-----C--ATG------T------------G-A--------A-------------------------A--------T---T-C----A------C-----G----T---aaaagttaacttattgttgttatcatttcacttatattttggaaatttaaatgaaatttgaacgcaaatccttgtacagcatgagcacttaatgtgctttagtaaatagctattctgttta
gi|8 : tccttt---CAC--TT------------GA--A-A---TTC-------------A-C---GTG----A-----AC-----A----T---T-----T----C-A---CG-------T---------G--A--------T----T---TT-----C--ACG------------------------------A---A----G----GT---G------A--------T---T-C----A------C-----A----C---C---A-A-----A-----T---TT--A-C--G-----------T-G-A-A----AT----C-------A-----------T--T-A-A-C--G---T---C-A--AC------T-T--C-A-C-----------------------G--T---GTTTA-G---T----A----AT-C--A--C--G-T-G-A---A-----A---TT----------------------------------------------------G---T--A---AC--G-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------C---TG-------------------------A----AAAGTG-A-----T----T--C-AT------G----TCA--G----A--T----T-C-A---CG--TAA-----------------------------A-AC---TATT------------------------------------------CAC-GT-G--A-AT--TCC-A-A---G-TGAA---A--T---T-A----T-TAGCG-T------G-AA----T---TTCA--CG-TGAA-AAG----TG-AT--T----cttgtacacatgcagcacttcatgtgtttatgtaaatagctaattactgtttat
gi|20 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgtgct---CAC--TTG---C---A-T-GTG-A-A---ATC--------T----A-C---GTG----A-----A------A----T---T----------------CA-------TG-T---G--A----------------T---TT-----C--ACG------T------------G-A-------cacgtgaaattcatgtgaacaac
gi|13 : tgtgaaataaatatC--CT----C---G-T-GTGAA-A---TTC-------------A-C---GTG----A-----AT-----A----T---T---T-T----T-----CA-------TG-T---G--A--A--------C----T---CA-----T--ATT------T------------G-A-----------------------T---G--C---TCTT-----T---T-C----A------C-----G----T-------A-A-----A-----T---TT-CA-C--G-----------T-G-A-A----A-------------A---A-------T--T-TAA-C--G---T---GAA--A-------T-T--C-A------T---GT--G-------AG-G--
gi|15 : caattgag--TT----C---A-T-GT--G-----TTC--------G----A-C---G-G----T-----A------A----T---T---G-T----T-A---CA-------T--C---ACTA--A--------T----T---T------C--ATT------T------------G---------------------------------------------T---T-A----G------C-----G----T----G--A-A-----A-----T---TTGTA-C--A-----------T-G---------T----T-------------------T--T-C-A-C--G---T---G-A--A-------T-T------T----T---AT--G-------catatttgcctgtgtaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|14 : a----C---G-T-G---A-A---TTT--------C----A-C---ATG----A-----A------A----A-------G-T----T-A-------------------------A--------C----T---TT-----G--TTG------T------------T-A-------TC---A----A----TT---T--C---A--------C---T-T----A------A-----T----T---TG--A-A-----A-----T---TT--A-A--A-----------T-G-A-A----AT----T-------------------TG-T-A-A-C--G---C---A-A--A-------T-T--C-C-T----T---GT--AC------AC-A--T---GC--A-G---C----AC---TT-C--A--T--G-T-G---------------TT--T-A-----TGT-------------------A-A--A--T-----A-----G---C-TA---Actagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|17 : tccttta---G-T-G---A-A---TTC--------A----A-T---GTG----C-----A------A----TA--T---A-TCA--T-A---CA-------A------G--A--A--------T----T---TT-----C--AGA------T------------G-A------------A----A----TT---G--C---A--------T---T-C----T------C-----G----T---TG--A-A-----A-----T-----------------------------------AT----T-------A---A-------T--C-C-A-C--G---T---G-ttactgtttat
gi|6 : attacaatgctctgatcaa-T-GA--A-A---TTC-------------A-C---GTG----A-----A---------------T---G--------A---AA-------T--TCACG--A--ACC------T----T---TC-----C--ACAAAAAGTT------------G-A--------A---A----A----GT---G------A--------T---T-C----A------C-----A----T----G--A-A-----A-----T---T--CA-C--G-----------T-G-A-A----AT----C-------A-----------T--T-T-A-C--A---T---G-A--A-------T-TT-C-A-C-----------------------G--T----T--A-A---C----A-----G-C--A--C----------------------TT--T-A-----CGT--------G----------A-A--A--T-----T-----G---T-TA---AC--A-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------AAATGAT----T--C-AC------A----TGA--A----A--T----T-A-TTCACGT-GGATT---T---CA-CAT--------------G-ACGTGCACTT-----------------------------------------CAC-AT-G--A-AA--TTC-A-C---G-TGAA---A--T---T-G----T-TAATG-T------G-AA----T---TTCA--CA-TGAA-A
gi|2 : tcataatgaacaaacatctatacacaggcaaatgttgcctcatgtgaa--A-A---TAT--------C----A-A---GTG----A-----A------A----T---T---G-A----T-A---CAACAAAAGT--T---A--A--AC-------T----T---TT-----C--ATG------T------------A-AATTACGTTA---A----C----AG---G--A---G--------T---T-C----A------C-----A----T---TG--A-A-----T-----T---TT-CA-CC-G-----------T-G-A-AT---AT----T-------------------T--T-C-A-CC-G---T---G-A--T-------T-T--C-A-C--------GT--G-------AA-G--T---GC----------------------------------------------G---TT--C-A-----CAG-----TG-A----------A-A--A--T-----T-----A---C-CT---AT--A-C--------A---A-T---C-----T-CA--T------AAG-TG-------------------------A----A------AT----T----T--C-AT------G----TGA--A----G--TGTGCT-T-T---CGTGTAAAT---T---CA-T-G--------------G-AAAT-AATATT----------------------------------------CAC-GT-G--A-AT--TTC-A-T---G-TGAA---T--C---A-C----T-TTTCAGT------G-AA----A---TTCA--TG-TAAT-AAC----AA-AT--T----T----C----AC--------GATG----------------AA---CTTCAC------G-TGAAG-------T---GGT---GTT---AAT-T------GAAATTC-ACG--T--------------T-A-AT-----A--ATT--C-A--TGTG----A-----------------AT-TTCATT----Gttcacgtgaatttcatgtgaggcacaa
gi|8 : aacactataatacacaggcaaattgtgcctcatcagtgaattcaccgtgaacttgtgaactgttcacgtggactatcacgtatgaatgttctgtgagatttcacgttgaaaagattatt--A-A---TTT--------C----A-C---GTG----A-----A---------------------T----C-A---C------------------------------T----T---TT-----C--ACG------T------------G-A--------A-------------------------A--------T---T-C----A------C-----G----C---TA--ATA-----A-----T---TT-CA-C--T-----------T-G-G--------------------A---A-------T--T-C-A-C--G---T---G-A--A-------T------A-G----T---TT--T-------AC-G--T---GA--A-T---C---------TG----A--C--A-T-G-A---ATC---ACTTTT--C-A-----GGT--------G----------A-A--A--T-----TCAC--G---T-T----AC-------------A---A-T---T-----T-CA--C------G---TGATTACT-------------------A----A------A-------------C-AC------G----TGA--A----G--T----T-G-A---CGT-TAA-T---G---AT-T-T--------------C-ACGT-AAATTT------G-----G--------TG-------TGAATCACC-TTC-GT-G--A-AA--ATC-A-C---G-TGAA------A---T-G----T-TCACG-T------G-AA----T---TTCA--AG-TGAG-CA------C-AT--T----T----G---------CCTT-tttgaaatttagaattgaaatttgtaacggcaaattccttgtacagcatgcagcacttaatgtgtctttataaatagctattctgttta
gi|7 : cttttcgcagtatcactttg--A-A---TTC-------------A-C---ATG----A-----A------A----T---T----------------CA-------T--G---T--A--A--------A----T---TT-----C--ATG------TTAAAATCACAAGG-A-------CA---T----A----AT---G--TGAAA--------T---T-C----A------T-----G----T---CA--A-A-----A-----T---TTTCA-C--A-----------T-G-A-A----AT----TCATGTG-A---ATTTTTTTT--T-C-A-T--G---T---G-A--A-------T-T--C-A-CA---T---TT--G-------A-----T---GC--T-C---T----T----TT-C--A--C--G-T-GAA---A-----A---TT--C-A-----TGT-----catgtgaacaac
gi|13 : gaacagtcatcacccgaaacactatacacaggcaattgtgcctc--A-A---TTT--------C----A-C---GTT----A-----A------A----T---T---T-T----TCA---CG-------T--G---A--A--A--------T----T---T---------ACG------T------------G-A-------AA---A----G----A----G--C---A--------T-----C----A------A-----A----TA--TG--A-G---------------TT-CA-C--A-----------T-G-A-A----AA----A-------T---A-------T--T-C-A-C--G---T---G-A--AT------T-T--C-A-C--------AC--G-------AG-G--tttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|19 : caattgagcctcacatg--A-A---TTT--------C----A-C---GTG----A-----A------A----T---------T----C-A---CA-------T--G---A--A--A--------T----T---TT---------CG------T------------G-------------------A----AT---G---------------------T----A------C-----G----TA--TA--A-A-----G-----G---TT-CA-C--A-----------T-T-A-A----TT----T-------C---A-------T--catatttgcctgtgtaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|18 : atac-A---TTCA-------C----A-C---GTG----C-----A------A----T---T----------C-A---CA-------T--T---G--A--AA-------C----T---TT-----C--AC----------------------A-------CA---A----A-----T-------------------T---T-C----A------C-----G----T----G--A-A-----G-----T---TT--A-C--A-----------T-G-A-A----Atacgttaaaatt
gi|11 : tacatgaatagcg---TTT--------C----A-C---GTG----A-----A------A----A---T---T-T----C-A---CG----------T---G--A--A--------T----C---CT---------TG------T------------G-A--------A---A----A----GT---A--A---A--------T---T-TTTCAA------C-----A----T-------A-A-----A-----C---TT-CA-C--G-----------T-G-G-A----TT----T-------T---T-------T--T-C-A-T--G---T--------A-------T-T--C-A------T---AT----------------T-------------C----A----TG-C--T--C--T-T-----------------TT--C-A-----TG------TG-A----------A-A--A--TTTTCCT-----G---G-CA---AT--G-T------A-A---A-T---T-----T-C---C------A----A-------------------------A----A------C-----T----T--C-AC------A----TGA--A----T--T----T-T-T---TTC-AAAGT---G---ATCT-T--------------A------CATTTTGTGCTCT-----T--------TTAAGTGAAT------TC-CGT-GT-G--A-AA--TTC-A-T---G-attttatt
gi|10 : cTC--------A----A-C---GTG----A-----AT-----A----C---T---G-T----T-T---C--------T--T---G--A--G--------TAGCGG---TT-----C--ACG------T------------A-A--------A---A----A----TT---A--CT--A--------T-----------------C-----G----T----G--A-A-----A-----T---AT-CA-C--ACTCGACCATAAT-G-T-A----AT----CCGATG--A---A-------T--A-C-A-C--G---T---A-A--ACAT----T-T--C-A-T----T---GT--G-------A-------------------C----A----TTTC--A--C--G-T-G-A---A-----A---TT--C-A-----TGT-----TA-AC---------A-A--A--T-----TTCACAG---T-GA---A---A-T------G-AC--A-T---T-----A-C---C------A---TA-------------------------AAG--A------G-----T----T--C-AC------G----TGctaggcacg
gi|4 : tggattcataaaaagtac--------C----A-C---GAGGC--A-----A------A----TG--T---G-C----T-----CA-------TCAT---G--A--A--------T----T----------C--ACG------T------------G-AA------CT---T----G----AT---A--CT--G--------T---T-C----A------C-----G----G---TG--A-A-----C-----T---AT-CA-C--G-----------T---A-A----AT----------------G-------T--T-T-C-T--G---T---G-G--AAT-----T-T--C-A-G----C---GT--G-------AA-A--A---G---A-T---T----A----TT-C--A--C--A-TTG-A---A-----A---TT--C-A-----CAT-------------------G-A--A--T-----T-----A---T-TA---AC--G-T------G-A---A-T---T-----TGCA--C------A---TT-------------------------ACACCA------C-----T----T--C-AC------G----TGA--A----G--T----T-CAT---CGG-AAAGT--------T-T--------------------GT-TAT--------------------------------------------AC-AT-G--A-AT--TTC-A-C-----TGAAAG-T--G---C-A----T-TCACA-T------G-AAT---A---TTCA--CG-TGAA-TA-----TT-AT--T----T--------------CCAT-G--G----------------AA---TTCTAC--------TGAGA-------A---GCACACCTTCACAA---TG----AAAATTC-ACA--TG-AG--AG-T--TGT-GCAG-GTAAT--TTT--CAT--CGTG----ATTA----------A-GCAC-TTCA-C----GTG--AAAAT-C--ACGTGA-A--AAT----AT-TCAC-G---TGAAATTTATGTGAAC--TCCTC-GTTAACG--T-G--AATATTCATGAA---A-AGTTAACT-T-ATTGTT------GTTATCATT-TCACTTATATT-TT-GGAAATTTAAATGAAATTTGAACtgaaattttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|7 : a--------C----A-C---AGG----C-----A------A----T---T---G-TGCCTC-A---CA-------T------G--A--A--------T----T---TT-----C--ACG------T------------G-A-------AA---A----G----A----G--C---A--------T-----C----A------A-----A----TG--TG--A-A---------------TT-CA-C--A-----------T-G-A-A----AA----A-------A---AAA-----T--T-C-A-C--A---T---G-A--A-------T-TT-C-A------T---GT--G-------AA-A----------A-T---T----T----TG----A--C--A-T-G-A---A-----T---TT--C-ACATTATGTCCTTGTG-A------------------T-----T---------T-TA---AC--A-T------G-A---A-A---T-----T-TA--C------A---TG-------------------------A----A------T-----T----T--C-AT------G----TGA--A----T--T----T-T-T---Cgcaaatccttgtacagcatgagcacttaatgtgctttagtaaatagctattctgttta
gi|16 : gaacagtcatcacccgaaacactata---T---G-T----T-A---CG-------T--G---A--A--A--------A----T---GT-----C--ACG------T------------A-A-------TA---A----------T-------------------T---T-C----A------T-----G----C-------G-A-----A-----T---TT-CA-C--G-----------T-G-A-AC---AG----T-------A---G-------T--T-C-ATC--GT--T---G-A--AT------T-T--C-A-A----T---GT--G-------AA-tcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|5 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaagg-T----T-A---CA-------A--G---G--A--A--------T----T---T---------------------------------A-------CA---A----A-----T-------------------T---T-C----A------T-----G----T-------A-A-----A-----T---TT-CA----------------------A----AT----T-------A---AGTACTG-T--T-C-A-T--G---T---G-A--AA------T-T--T-A-A----A---AC--A-------AG-G--C---G---A-A---T----AACTTTT-C--C--T--G-T-G-A---A-----A---TT--C-A-----TGT-----TA-A----------G-G--A--------------G---T-TC---AC--G-T------G-A---A-T---T-----T-CA--T------G---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AC------G----TTA--A------------------------CAA----------T-T-T--------------C-ACGT-GAATTT------C-----A--------TG-------T------GA-CG---T-G--C-AC--TTC-A-T---G-TGAA------------A----T-TCACG-T------G-AA----T---TTCA--CA-TTAA--------TC-AT--T----T----T----TC---ACGT-G-------------------AA---ATTCAT------GTT-AAC-------A---ATC---TTT---AA----A----TGATTTT-ACAG-TG-AA--GTGC--TGT-G-ATCGTGAA--ATT--C-TCACGTT----A--A-----T-------TAT-TTCACT----GAG--TGAATTT--CTGTGA-AT-A--CTTGAT-TCAACGTGAT----TTCACGTGAAA--TTCATAGTGAAAGGGTGTGAAAT-TTC----A---ACGGTGAATTATCA
gi|16 : cataaataataaatacctacaacaggcaaatgtgcctcagct-T----C-A---CA-------T--T---G--A--A--------A----T---TC-----A--ACG---------------------A-------TG---A----A----CT---A--CT--G--------T---T-C----A------C-----G----T----G--A-A-----A-----T---T--CG-C--A-----------T-G-A-A----AT----T-------A--------------T-T-A-C--G---T---G-AC-A-------T-T--acagccctgcatgtgtttatgtgaatagttaattac
gi|9 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggt-A---CG-------C--C---G--A--A--------T----T---T------C--ATG------T------------G-A-------AG---T----A----AC---A--C---G--------T-----C----A------T-----A----G---TG--A-A-----A-----A---TC-CA-C--G-----------T-G-A-A----------T-------A---A-------T--T-C-A-C--G---T---G-A--G-------T----C-A-T----T---TT----------------------------------------TT-C--A--C--G-T-G-A---A-----A---TT--C-A-----TGT-----TA-ACATTTCACGTA-A--A--G-----T-----GCG-T-TA---AC-----------G-A---T-T---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------T-----T----T--C-AT------G----TGA--A----A-----------T---CAC-T-----------TT-T-C--------------A-AC---------------------T--------TT-------T------TG-TG-----G--A-AAGGTTC-------G-TGAAT--T--T---C-A----T-TCACG-T------G-AATTTCA---TTCA--CA-TGAttcacgtaaca
gi|20 : tcataatgaacaaacatctatacacaggcaaatgttgcc--T---A--A--A--------T----A---TT-----C--ACG------T------------G-A-------AATC-A----C----AT---G--A---A--------T---TTC----A------C-----G----T-------A-G-----A-----T---TT-CA-C--A-----------T-G-C-A----Atgaaattgttaatgtgagg
gi|18 : tgtgaaa--A--------T----T---CA-----C--ACG------T------------G---------CA---A------------------------------T---T-C----A------C-----A----T---TG--A-A-----AC----T---TT-CA-C--A-----------C---A-A----AT----T----------------------T-C-A-C--G---T---G-A--AG------T-T--T-A-C--------AT--G-------AA-gtg
gi|13 : tacatgaatagcg--------T----T---TTA----C--ACA-------------------G-G-------CA---A----AT---AT---G--C---C--------T-----------------C-----G----TG--TG--A-A-----A-----T---T--CA-C--G-----------T-G-A-AT---AT----T-------T-----------T--T-C-A-T--G---T---G-A--A-------C-T--C-A------T---ATTTG-------A-----T---GC--T-C---T----T----TT-C--A--C--G-T-A-A---A-----T---TT--C-A-----CGT------G-A----------A-A--A--------------------------------------------A-T---T-----T-AA--C------G---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AT------G----TGA--G----G--C----T-C-aattttatt
gi|9 : caatt---TT-----C--ACG------T------------G-AA------TG---A----A----AT---T--C---ACGAACCTTT---C-C----A------CAAAAAG----T---TG--A-A-----AAGTGAT---TT-CA-C--A-----------T-G-A-A----AT----T------------------------C-A-C--G---T---G-A--A-------AAT--C-G-T----T---A------------------------------------A----CG-C--A--C----------------------TT--T-A-----CGT------G-A----------A-A-----------T-----G---T-TA---AC--A-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----AAAAATGA-----C----T--C-AC------G----TGA--ATT--A--T----T-C-A---CGT-GGATT---TTCACT-A-T--------------G-ACGT--GTTAC------T-----T---------------------------CAC-AT-G--A-AA--TTCGG-C---GTTGAA---A--T---T-G----T-TAATG-T------G-Acactgatctttgacctattgtatactg
gi|20 : tcataatgaacaaacatctatacacaggcaaatgttgcctcatgtgaatgaaaG------T------------G-A-------AAT--A----A----AT----------A--------T---T-C----A------C-----G----T----G--A-A-----A-----T------CA-C--A-----------T-G---A----AT------------------------T--T-C-A-C--G---TA--G-A--T-------T-T--C-A-C--------AT--GC------AA-G--T---Ggg
gi|7 : t------T------------G-A-------GA---A----A----A-----------A--------T---T-C----A------C-----A----T----G--A-A-----A-----T---T-----C--A-----------T-GTA-A----AT----T----------------------T-C-A-T--G---TT--A-A--A-------A-T--C-A-C--------------------AA-G--G---AC--A-T---A----A----TG------------T-G-A---A-----A---TT--C-A-----TGT-----C--A----------A-A--A--T-----T-----------------------------------------T-----T-CA--C------A---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AT------G----TG---A----A--T----T-T-T---TTT-T---T---C---AT-G-T--------------G-AATT-CACATT------TGATGCT--------CT-------T------TT-CAC-GT-GA-A-AA--TTC-A-T---G-TGA
gi|18 : gaacagtcatcacccgaaacactatacacaggcaattgtgcc-A-------TA---A----A----AT---T---------------T---T-C----A------T-----G----T-------A-A-----A-----C---TT-CA-C--G-----------T-G-A-A----AT----T-------T---G-------T-----------G---T---G-A--AAGT----T-T--C-A-A----T---GT--G-------AA-T--T---GC--A-----C----G----TG------------T-G-A---ATCGCTA---TT--C-A-----TGT-----tattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|12 : t---A--------T---T-T----G------C-----G----T---TC--A-A-----A-----T---TT-CA-A--T-----------T-T-A-A----AT----TTCCAAA-A---A-------T--T-C-A-A--G---T---G-A--A-------------------------AT--G-------AA----T---AA--A-A---C----A----T-----A--A--G-T-T-A---A-----ACTTTT--C-A-----TGT-------------------A-A--A--T-----TTAC--G---T-TA---A---A-G------G-A---------T-----T-CA--C------A---TT-------------------------AT---A------A-----T----TTTC-AC------G----TGAATA----A--T----T-T-T---CAC-t
gi|16 : tcacgtgaaatatcc--------T---T-C----A------C-----A----T---TG--A-A-----A-----T---TC-AA-CG-A-----------T-G-A-ACT--AC----T-----------G-------T--T-C-A-C--G---T---GAA--A-------T-T--C-G-C--------AT--G-------AA-A--T---ccttgtacagcaatgagcacttcatgtgctttagtaaatagctaattactgt
gi|19 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaagg--------T---T-A----A------C-----G----T-------A-A-----A-----T---TT-CA-C--G-----------T-G-A-A----AT----TCACATGAA---A-------T--T-T-T-C--G---T---G-A--A-------T-G--T-A-CG---T---AT--A-------AA-G---------------------G----TT-C--A--C--A-T-T-A---A-----T---TT--C-A-----TGT-----tattacgtgacattttcacgtaaca
gi|8 : at---T-C----A------C-----T----T---TG--A-AGGCAAA-----TGTGCT-CA-C--T-----------T-G-A-A----AT----TCACGTG-A---ACAT----T--T-C-A-C--G---T---G-AT-T-------T-T--C-A-C------------G-------AAGG--T---G--------------A----TT-C--A--C--A-C-C-A---A-----A---TT--T-A-----CGT--------G----------A-A--A--T-----C-----A---T-TA---AC--G-T------C-A---A-C---T-----T-CA--C------G---TGTTTAGT-------------------A----A-----------------T--C-AC------G----TGA--A----A--T----T-G-TAA-CGT-GAATTTCAC---CT-G-A--------------A-AAGT-GATT--------------------------------------------C-AT-GTCA-GA--TTC-A-C---G-TAAA---A--C---T-A----T-TCACG-T------G-AA----T---TCCA--AG-TGAA-A------TT-AT--T----A----G----------CGT-G-------------------AA---TTTCAC------G-TGAAA-------A---G-------T---GAT-TCACGT-GAAATTC-ATG--TGaatt
gi|12 : cttttcgcagta---T-C----A------C-----G----T----G--A-A-----A-----T---AT-C--C--G-----------T-G-A-A----AA----T-------T---A-------T--T-C-A-C--G---T---G-A--A------------A-A-T----T---AT--A-------AT-G--T---GA--A-T---C----C----TT-TA-A--C--G-T---A---A-----A---TT--T-A-----CA------TG-A----------A-A--A--G-----T---------T-TA---ACTTA-T------G-------T---T-----T-TATTC------A---T--------------------------------------------T----T--C-AC------T----TGA--A----T--T----T-T-T---aacaac
gi|13 : ---T-C----A------C-----A----T-------G-A-----A-----T---TT-CA-C--G-----------T-T-A-A----AT----T-------T-----------T--T-C-A-C--G---T---G-A--AA------T-T--T-A-C--------GT--G-------AA-A--A---G---A-G---C----A----T--C--AAAT--A-T-G-A---G---------TT--C-A-----CAT------G-A----------A-A--A--A-----T-----A---T-TC---AC--G-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------A---CG-------------------------A----ggaaatttaaattgaaatttgaacgcaaatccttgtacagcaatgagcacttcatgtgctttagtaaatagctaattactgt
gi|10 : caattgagcc---TT-CA-T--A-------------A-A-A----AG----T-------A--------------C-C-A-C--G---T---G-A--A-------C-T--C-T-T----T---AT--G-----------------GT--A----------A----TG-T-----C--A-T-----------------TT--C-AC----TGT------G-A----------A-A--T--T-----T-----G---T-TA---AC--A-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------A-----TG---T--C-ACA-----A----TGA--A----A--T----ggcatatttgcctgtgtaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|6 : tggaT-CA-T--G-----------T-G-A-A----TG----A-------A---A-------T--T-C-A-C--G---T---G-A--A-------T---------------------G-------AA-A--T---TC--ACG---A----ACCTTTC-C--A--C--A---A-A---A-----A----------------GT-----TG-A----------A-A--A--G-----T-----GA--T-TC---AC--A-T------G-A---A-A---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------A-----TCAT-T--T-AC------A----TGA--A----T--T----T-C-A---CG-----------------T-T--------------A-ACAG-CACTTT-----------------------------------------AC-GT-G--A-AA--TT--------------------------G----T-TAACA-T------G-AA----T---TTCA--CG-TGAA-AAA----TG-AT--T---------------C---ACAT-GAAA--TTAT---TCACGTGGA---TTTCAC------AT--GAC-------GT--GCA---CTT---CAC-AT-----GAAATTC-ACG--TG-AA--AT-T--GTT-A-AT-GTGAA--TTT--C-gtttacgtgtattcatcggattacattatggtcgagtgtgatatttcacgatagtaatttttacgtgaaccgctactcaagaaacagtattcacgttgatgaaattttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|9 : tcataatgaacaaacatctatacacaggcaaatgttgccT-CA-T--G-----------T-G-A-A----TG----A-------A---A-------T--T-C-A-C--G---T---G-A--A-------T---------------------G-------AA-A--T---TC--ACG---A----ACCTTTC-C--A--C--A---A-A---A-----A----------------GT-----TG-A----------A-A--A--G-----T-----G-----------------------------A-T---T-----T-CA--C------A---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AC------G----TGA--A----A---------A-T---CGT-TAACG---CA--CT-T-T----------------ACGT-GAAATG------T-----T---------------------------AAC-AT-G--A-AT--TTC-A-C---G-TGAA--------------------AAAA-T------G-------A---CTCA--CG-TGAA--------TT-AT--TCACGT----G----GA---TTTTCACTA--TGACGTGT------TA---CTTCAC------A-TGAAacatgaaattcacgtgaatttcatgtgaggcacaa
gi|7 : tcataatgaacaaacatctatacacaggcaaatgttgccT-CA-C--A-----------T-G-A-A-----T----T-------------------T--T-C-A-C--G---T---G-A--A-------------------------------------AA-G----------A-G---C----A----T--C--A--A--A-T-GTG---A-----A---TT--C-A-----CAT------G-A----------A-A--A---------------------A---A--------------A---A-A---T-----T-CA--C------A---TG-------------------------A----A------T-----T----T--C-AT------G----TGA--A----A--A----T------------------------T-T-T--------------G-ACAT-GAATTT----------------------------------------CAC-AT-T--A-TG--TCC-T-T---G-TGAT---T-------------T-TAACA-T------G-AA----A---TTTA--CA-TGAA-attcggcgttgaaattgttaatgtgagg
gi|19 : gaacagtcatcacccgaaacactatacacaggcaattgtgccA-C--A-----------T-G-A-A----AT----T-------A---A-------T-----------G---T---G-A--A-------C----C-T-T----T---AT-----------------------------------A----CG-T--A--C--A-T------------------T--C-A-----CG---------A----------A-A--A--T-----T-----------TC---AT--G-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------A-----T----T--T-AC------GT---TAA--A----A--T----T-tttcatgtgaatttttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|16 : at-C--A-----------TCG-A-T----AT----T-------A---AGG-----T--T-C-A-C--A---TTG-A-A--A-------T-T--C-AAC----G---AT--G-------AA-C--T---AC--T-G-------------TT-C--A--C--G-T-G-A---A-----A---TTCGC-A-----TG--------------------A-A--A--T-----T-----A---T-T----AC--G-T------G-AC--ATT---T-----T-CA--C------G---TA-------------------------A----
gi|20 : acatatttcaaggtgatgat-----------T-G-A-A----AT----A-------A---A-------TATT-C-A-C--G---T---G-A--A-------A-T--C-A-C--------AT--G-------AA-T--T---TC--ACG---T----AGAT-TT-C--A--C--A-T-G-C---A-----A---ca
gi|14 : tg-A----AT----T-------AGCTA-------T--T-T-A-C--A---T---A-A--A------------C-A-C--------AT--G-------AA-G--T---GC--T-G---C----ATG--TG-T--A--C--A-A-G-G---A-----A---TT--T-G-----CGT-----TA-C----------A-A--A--T---------------T-TC---AT--T-T------A-A---A-T---T-----T-C-----------------------------------------A----A------A-----T----T----AA------G----TGA--A----A--T----T--------GA-TAACA---A---C-------------------A-AAGT-TAACTT------T-----T---------------------------CAT-GT-G--A-AA--TTC-A-C---G-TAAA---gtg
gi|17 : tcc-C-A-C--G---T---G-G--A-------T-T--A-A------T---AT----------------T---TC--A-A---CGAGAA----TG-C--A-----A-T-----------------TT--C-A-----T-C-----TG-A----------A-A--A--T-----T-----C---T-TG----T--A-T------G-ATATA-T---T-----G-CA--C------A---TT-------------------------G----A------A-----T----T--C-AC------T----TGA--actgtttat
gi|14 : attacaatgctctga-C--A--C--A-T-G-A---A-----AAG-TT--A-A-----CTT-----TG--------------------T-----T-----G---T-T--------A-T------C-A---A-T---T-----T-CA--CTT----AATTTG-------------------------A----A------A-----T----T--T-AA------A----TGA--A----A--T----T-TGTAA-CGC-AAATT---C---CT-T-
gi|13 : tcctttacgtgaattt-C--A--C--A-T-G-A---A-----T---TT--C-A-----CGT-----T-------------A-A--A--T-----T-------------------------------------T---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------A-----T----T--T-AC------G----TGA--A----A--gtacacatgcagcacttcatgtgtttatgtaaatagctaattactgtttat
gi|18 : caattgagcct-C--A--C--G-T-G-C---A-----A---TT--C-A-----CAT-----TG-A----------A-A--C--T-----T-----------TC---AC--A-C------A-A---A-T---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------G-----T----T--T-AC------A----TGA--A----A--agagcatcaaatatgagttcacatgaaaaatattcacgtgaatttcacacgaggcatatttgcctgtgtaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|19 : tacatgaatagcgattca--A--C--A-T-G-A---A-----A---TT--A-A-----TGT------G-A----------A-C--C--T-----T-----T---A-TACGTAC--A-TTCACGAA-A---A-T---T-----T-CA--T------G---TG-------------------------A----A------T-----T----T--C-AC------G----TGA--A----A--T----T-T-A---CGT-TAAattttatt
gi|20 : at--A-T-A-A---AT----A---TT--C-A-----CGT------G-A----------A-A-----------------------TC---AC--A-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------G---TA-------------------------G----A------T-----T----T--C-AC------A----TGC--A----A--aatt
gi|16 : tgtgaa---TT--C-A-----CAT-----TG-A----------A-A-----------T---------T-CA---ACG-A-T------G-A---A-C---TACTGTT-CA--C------G---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-GC------A----TGA--A----A--T----T-gtg
gi|18 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaagg-A----------A-A--A--T-----T---------T-TC---AT--G-T------A-A---A-C---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------A-----T----T--T-GT------G----TGA--A----A--G----T-T-T---Cattacgtgacattttcacgtaaca
gi|19 : tacatgaatagcgattcacacgtgcaattcacatt-A--A--T-----T---------T-TA---AC--G-T------A-A---A-T---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AC------A----TGA--A----A--T----T-T-T---CGatt
gi|8 : atacatgaaattaatgtgaacctttatacgtacattca--T-----T-----G---T-TC---AC--A-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----ATC----ACTT--T----T--C-AC------G----TGA--A----A--T----T-C-A---CGC-TAA--------------T--------------A-ATTT-CACT-----------------------------------------------T-G--G-AA--TTC-A-C---G-TGAA---T--A---G-T----T-TTACG-T------G-AA----T---CTGA--CA-TGAA--------TC-AC--T----TTTCAG----GTGAAATTC-AC-G--TTAC----------AA---TTTCACGTGATTACTAAAC-------ACGTGAA---GTT---GACGTTA----ATGATTT--CA--CGTAA--AT-T--TG----GT-GTGAATCACC--T-T--CGTG----A--A-----A----A-TCAC-GTGA-A----ATG--TT----C--ACGTGA-AT-
gi|11 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgtgctcacttgaa-TA---GC--A-T------G-A---A-T---T-----T-CA--C------A---CG-------------------------G----A------A-----T----T--C-AC------T----TAA--A----A-------G-A-G---CAC-AAA---------AT-G-T--------------A-AGAT-CACTTT-----------------------------------------GA-AA-A--A-AA--TTC-A-T---G-TGAAGT-T--T---T-GGAAAT-TTACA-TTGCCAGG-AA----AATTTTCA--CA-TGAA-AAG----c
gi|6 : ctttcacgtgaaaatttcacgtgaatccttgtgaaaagtaaatttttcaacataaacttcacgtggatttttttcatgtattcatattcatgct---AC--A-T------G-A---A-A---T-----T-CA--C------G---TG-------------------------A----A------T-----T----T--C-AT------G----TGA--A----A--T----T-C-A---CAT-TAAC----------------------------A-A----------------------------------------T------TT-CAC-GT-G--A-AT--TTC-A-T---G-TGAA---G--TGCAC-G----T-CA-TG-T------G-AA----A---TCCA--CG-TGAA-TA--------AT--T----T---------------CAT-G-TGAATCAT---T-----------TTTCAC------GT-GAA--------------A---TTC---ATG-TTA----ACAATTT--CA--CGTAA--AG-TGCTGTTA-AC-GTGAA--ATT--C-A--TGTA----A--A-----T----G---AT-TTCAC-----GTGAATTT---C--ATGTGA-ATCACTTTTCA----ACT----T----TTTGTG-GAAAGGTTCGT-G-------------AAT-TTC----ATTCA-CGTGAATT-TCATTggcacg
gi|13 : tcataatgaacaaacatctatacacaggcaaatgttgcctcatgtg-----T-CG--T------G---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AC------G----TGA--AT---A--T----T-T-T-----------T---C---AT-G-TG-------------A-AC-T-CATATT------TGATGCT--------CT-------T------TT-CAC-GT-A--A-AT--TTC-A-C---G-TGAAAAAT-------------T-TAACG-T------G-AA----A---TTCA--TG-TGAgaggcacaa
gi|19 : caattgagccA--C------A---TG-------------------------A----A------A-----T----T--A-AT------G----TGA--A--------------------------------C---CT-T-T--------------ATACGTACATT--------------------------------------------C-AC-G--A-AAATTTC-A-T---G-TGAA---T-------------T-TCACG-T------G-AA----A---TTTA--CG-TTAA-AAggcatatttgcctgtgtaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|6 : at------A---TG-------------------------A----A------A-----T----T--C-AC------G----TGA--ATGAAA--T----T-C-A---CG---AAC--------CT-T-TCCACAAAAAGTTGAA-AAGT-GATT------------------------------------------CAC-AT-G--A-AA--TTC-A-C---G-TGAA---A--T---C-A----T-TTACA-T------G-AA----T---TTCA--CG-TTAA-CAGCACTTT-AC--G----T----G----A----AATT-GTTA--ACAT---G------AA---TTTCAC------GTGAAA------------------------AAT----------GATTC-ACA--TG-AA--AT-T--ATT-C-AC-GTGGA--TTT--C-A--CAT-----G--A-----C----GTGCAC-TTCA-C----ATG--AAA---TTCACGTGA-A--ATTGTTAATGTGA--A---T----TTCACATGAAA--TTCAC-GTGAA----T-T--tt
gi|12 : tcataatgaacaaacatctatacacaggcaaatgttgcctcatgtga--------TT-------A------TT-CAC-GT-G--A-AA--ATT-A-TAATG-TGAA---T--C---C-T----T-TAACG-T--------AA----A---TTTA--CA-TGAA-AAG--------T--T----T----A----AC---TTAT-GTT---TTAT---T------CA---TTTCAC-------TTGAA-------------------TT-----T-TTG----GAAATTT-AAA--TTGAA--AT-T--TG--A-AC-GC-AA--ATC--C-T--TGTAC---A--G-----CAATGA-GCAC-TTCA-T----GTG--CTT---T--A-GTAA-AT-AG--CTAA--TTACTG---T----tcatgtgaggcacaa
gi|16 : tcacgtgaaatatccgtgaaaa------TT-CAC-ATTG--A-AA--TTC-AAC---GATGAA---CTAC---T-G----T-TCACG-T------G-AA----A---TTCG--CA-TGAA-A------TT-AT--T----
gi|13 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaagg-CAC-AT-G--A-AT--TTC-A-C---G-TTAA---A--T---T-T----T-TCACG-T------G-AA----A---TTTA--CG-TGAA-AAG----acgtgacattttcacgtaaca
gi|10 : caattgagcct--TTC-ACT---G-TGAAA--T--T---T-G----T-TAACA-T------G-AA----T---TTCA--CG-TGAA-ATG----TC-Aagcatcaaatatgagttcacatgaaaaatattcacgtgaatttcacacgaggcatatttgcctgtgtaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|14 : tggattcataaaaagtaccacgtgaactctttatggtaatgtcat---T--C---C-T----T-TA-CG-T------G-AA----T---TTCA--CA-TGAA-AAG----TT-A-------------------A---CTTT-GTTG--TTAT---C------AA---TTTC----------------------------A---CTT---AAT-TT-----GAAATTT-AAA--TG-AA--AT-T--TGT-A-AC-GCAAA--TTC--C-T--TGTA----C--ACATG-C----A-GCAC-TTCA-T----GTG--TT----T--ATGTAA-AT-AG--CTAA--TTACTG---T----TTcaatgaaatgtttacgtgtattcatcggattacattatggtcgagtgtgatatttcacgatagtaatttttacgtgaaccgctactcaagaaacagtattcacgttgatgaaattttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|5 : TGAAA--TTCAC-GTGAA----C-T----C-CTT----A---A-CATGAATT-TCAat
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 2 1111 4444444444444444444 1111 111111 22222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 2222 1111 1111111 333333333333333333333333333333333333333 4444444444444444444 2222222222222222222 2222222222222222222222 22222 44444444444 4444444444444444444444444444444 22222222 0000000000000000000000 1111111 111111 111 11 222222222222 88888888888888 1 1 1 2 1 55555555555555555555 1 2 333 1 111 1 4 22 1 66666666666666666666666666666666666666666 111
lowQualScore : 5 5 2 0 3 44 7 3 5555 3 3 3 4444444444444444444 55 0000 2 2 111111 11111111111111 2 33 888 33 2 4444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444 88888 4444 555 555 0000 1111 5 2 4444444 3 555555555555555555555555555555555555555 2 6666666666666666666 88888 7 2 2 4444444444444444444 33 8888888888888888888888 33 2 3 22222 6 44 77777777777 3 8888 3 44 6 3 5555555555555555555555555555555 77 6 44 55555555 1 2 7 1111111111111111111111 4444444 4 8 4 4 8888 66 5 333333 444 33 5 5 5 444444444444 5 7 555 77777777777777 77 1 3 0 77 5 5 2 3 1 6 44444444444444444444 5 5 5 7 5 0 1 999 2 7 888 6 5 0 11 5 99999999999999999999999999999999999999999 888 6 6
lowQualScore : . . . . . .. . . .... . . . ................... .. .... . . ...... .............. . .. ... .. . .... ..................................................... ..... ..... .... ... ... .... .... . . ....... . ....................................... . ................... ..... . . . ................... .. ...................... .. . . ..... . .. ........... . .... . .. . . ............................... .. . .. ........ . . . ...................... ....... . . . . .... .. . ...... ... .. . . . ............ . . ... .............. .. . . . .. . . . . . . .................... . . . . . . . ... . . ... . . . .. . ......................................... ... . .
lowQualScore : 0 0 1 4 6 00 3 6 5555 3 3 3 1111111111111111111 77 3333 5 5 888888 22222222222222 4 22 000 11 2 4444 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 88888 66666 7777 000 444 0000 6666 4 9 7777777 1 999999999999999999999999999999999999999 9 7777777777777777777 88888 9 8 9 2222222222222222222 11 9999999999999999999999 66 6 1 11111 7 55 55555555555 1 4444 1 22 2 1 9999999999999999999999999999999 33 2 22 22222222 1 4 0 2222222222222222222222 4444444 4 9 4 4 4444 11 0 444444 444 88 0 1 7 999999999999 7 9 999 77777777777777 99 9 0 1 99 7 7 0 1 4 0 11111111111111111111 7 7 7 1 7 6 4 444 0 3 000 0 0 0 00 0 00000000000000000000000000000000000000000 000 0 0
consensus : ACAC-AGGC-AAATG-TGCTC-TCA-CGT-GA-A----ATT-CA-CG-TGAA--T-T-ACCGT-CA--C-GTGAAA-T----T-CA-C-G-T--GAA---CNT--------TTCAC-G--TGA-A-T--T-TCACG-T--GAA-------T---CA-C----GT--------GA-A--TTT---CA-------CG-TGAAAAG-TGATTTC---ACAT-GAAA---TTCAC---GT-G--AAAT---TATTNAC-GTGAA---TT--C-ACGTTAAC----A-GC-ACTTCAC-GT-A-ATTTCA--------CGTGAA-A----T-TGT--T-ACA--TGAAT----TTTCACGTGA-AAAATGC-ATTCACGTT----GAAATTTCAC-------------GTGA---A-ATTAATTC-ACGTGAA-----TTC-ACTGTGAAGTGCA-C-A-T-TCAC--G-TG-A--AA-TTC-ACGT--------TG--AAAATTGT-------TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACGTGAAATTCNCGTGAA-------AA-GT---AA--TT-TT-------C-AC-GTG-AAATTC-AC---G--TGA-A---C--TC--NTTAACGTG-AA-ATTCACATGAAA-AGTTATTTAA-C-TT-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGA--A----A-TT--AATTTGGAAATTTANA--T-G-AAATTTGTAACGC-AAATC-CTTGTAC---AA-----C---A----GCAC-TTC-A-TGTGCTT-TATGTAAATAG-TCTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAA-TTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAAT----ATGAGGCTCGGAC
Reference ( family-261 ) : ACAC-AGGC-AAATGCTGCTC-TCA-CGT-GA-A----ATT-CA-CG-TGAA--T-T-ACTGT-CA--C-GTGAAA-T----T-CA-C-G-T--GAA---CNT--------TTCAC-G--TGA-A-T--T-TCACG-T--GAA-------T---CA-C----GT--------GA-A--TTT-A-CA------CCG-TGAAAAGTTGATTTC---ACGT-GAAA---TTCAC---GTTG--AAAT---TATTCAC-GTGAA---TT--C-ACGTTAAC----A-GC-ACTTCAC-GT-A-ATTTCA--------CGTGAA-A----T-TGT--T-ACGT-TGAAT----TTTCACGTGA-AAAATGC-ATTCACGTT----GAAATTTCAC-------------GTGA---A-ATTAATTC-ACGTGAA-----TTC-ACTGTGAAGTGCAGC-A-T-TCAC--G-TG-A--AA-TTC-ACGT--------TG--AAAATTGT-------TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACGTGAAATTCNCGTTAA----TTTAACGT---NA--TT-TT-------C-AC-GTG-AAATTC-AC---G--TGA-A---T--TC--GTTAACGTG-AA-ATTCACGTGAAA-AGTTATTTGA-C-CT-TGTTGTTATTAATTTCACGTTGA--A-AG-ACTT--AATTTAGAAATTTACA--T-G-AAATTTGTAACGCGAAATT-CTCGTA----AA-----C---A----GCAC-TTC-A-TGTG-TT-TACGTGAATAGTTTTAATTTACTGTTTCACGTGAAATTCACGTGAAGTTAATTTCAACGTGAATTTCATTGTT------GTTATCATT-TCACTTATATT-TT-GGAAATTTAAATGAAATTTGAAC
gi|1 : ACAC-AGGCCAAATGCTGCTC-TCA-CGTTGA-A----ATT-CA-CG-TGAA--T-T-ACTGT-CA--C-GTGAAA-T----T-CA-C-G-T--GAA---CCT--------TTCAC-G--TGA-A-T--T-TCACG-T--AAA-------T---CA-T----GT--------GA-A--TTT-A-CA------CCGCTGAAAAGTTGATTTC---ACAT-GAAA---TTCAC---GTTG--AAAT---TATTAAC-GTGAA---TT--C-ACGTTAAC----A-GC-ACTTCGT-GT-A-ATTCCA--------CGTGAA-A----T-TGT--T-ACAT-TGAAT----TTTCACGTGACAAAATGC-ATTCACGTT----GAAATTTCAC-------------ATGA---A-ATTAATTC-ACGTGAA-----TTC-ACTATGAAGTGCAGC-A-T-GCAC--A-TG-A--AA-TTC-ATGT--------TG--AAAATTGT-------TAACATGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAAATTCTCGCTAACTCCTTTAACGT---CA--TT-TTTTTTTTCC-GC-ATG-AAATTC-AT---G--TGA-A---T--CC--GTTAACATG-AA-ATTCACATGAAA-AGTTATTTGGCC-CT-TGCTGTTACTAATTTCACATTGAACA-GG-ACTT--AATTTAGAAATTTATA--T-GCAAATTTGTAATGTAAAATT-CTTGTA----AA-----C---A----GCAC-TTC-ATTGTG-TTATATGTGAATAGTTTTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAA-TTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAAT----ATGAGGCTCGGAC
gi|10 : TT-TCA-CGT-GA-A----ATT-CA-TG-TTAA--C-A-AATTT-CA--CAGTGAAA-TGACAT-TACC-A-T--AAA---GAG--------TTCAC-G--TGGTA-C--T-TTTTA-T--GAA-------T---Ccaga
gi|10 : tgTT-CA-CG-TAAAAAT-T-ACTAT-C-----GTGAAA-TA---T-CA-C-A-CTCGAC---CAT----------AAT-G--TAA--------TC-CGAT--GAA-------TA--CA-C----GT--------AA-ACATTT---CA------TTG-TGACA------TTTC---ACGT-GAAA---TTCAT---GTTAACAAAT-----TTCACAGTGAA---AT--G-ACATTACCATAAA-G--AGTTCAC-GT-tgtcacaatgaaatgtttacgtgtattcatcggattacattatggtcgagtgtgatatttcacgatagtaatttttacgtgaaccgctactcaagaaacagtattcacgttgatgaaattttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|10 : tggattcataaaaagtacc-T--GAA---CAT--------TT-----------A-T--T---ACG-----AA-------T---CA-T----A---------AA-A--TTTCATCA------ACG-TGAATA-CTG-TTTC---TTGA-GTAGCGGTTCAC---GTAA--AAAT---TACTATC-GTGAA---------ATATCA---------C-ACTCGACCAT-A-AT-------------GT--A-A----T-C-------CGA-TGAAT----A--CACGT-A-AACAT----TTCATTGT----GACATTTCAC-------------GTGA--------AATTC-ATGTTAACAAATTTC-ACAGTGAAATG--AC-A-T-TACC--A-TA-AAGAG-TTC-ACGT--------ccgctactcaagaaacagtattcacgttgatgaaattttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|10 : tggattcataaaaagtacc-A-ATTTCATCAA----CGTGAATA----C-TGT--T-TC-T-TGAGTAGCGGTTCACGTAA-AAATTACTAT---CG-T----GAAATATCACACTCGACCATAATGTAATCCG-ATGAATAC-ACGTAAACAT--TTC-ATTGTGA-------C-ATT-TCAC--G-TG-A--AA-TTC-A--------------------TGT-------TAAC--AAATTTCA--CAGTGA--A---A----Tatcattgttaatcaa
gi|11 : tggattcataaaaagtaccacgtgaactctttatggtaatgtcTTTCA--C-GTGA--A---AAT--TTCACGTG-AATCCTTGTGAA-------AA-GT---AAATTT-TT-------CAAC-ATA-AACTTC-AC---G--TGG-A---T--Tttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|11 : c-T--T-TCACG-T--GAAAATT---T---CA-C----GT--------GA-A--T-----CC------TTG-TGAAAAGTAAATTTTTCAACAT-AAAC---TTCAC---GTGG--ATTT---TTTTCAT-GT--A---TT--C-ATATT--C----ATGC-TCT-----------TTTCA--------TGTGAA----------------------AAT----TTTCCTG---------GC-A---ATGT------AAATTTC-C----------------A---A-A--ACTTC-ACATGAA-----TTT-TTTTCAAAGTG-----A-TCTTAC--A-T--------TTT-GTGC--------T-------CTTT-------TAA-GTGAATTCCG--T-GTGA--A---A----TTCATGtttttcatgtattcatattcatgctcttttcatgtgaaaattttcctggcaatgtaaatttccaaaacttcacatgaatttttttcaaagtgatcttacattttgtgctcttttaagtgaattccgtgtgaaattcatgctaggcacg
gi|12 : cTCACGTGAAATATCCGTGAA---------------AA--TTATT-------C-AC-GTG-AAAATT-ATAATG--TGA-A---T--CC--TTTAACGT--AA-ATTTACATGAAA-AGTT---TAA-C-TTATGTT-TTATTCATTTCAC-TTGA--A------TT----TTTGGAAATTTAAA--TTG-AAATTTG-AACGC-AAATC-CTTGTAC---AG-----C---AATGAGCAC-TTC-A-TGTGCTT-TA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTctaggcacg
gi|13 : ACAC-AGGC-AAATA-TGC-C-TCG-TGT-GA-A----ATT-CA-CG-TGAA--T-A-TTTTT-CA--T-GTGAA--C----T-CA-T-A-TTTGATGCTCTT--------TTCAC-G--TAA-A-T--T-TCACG-T--GAA-----------------------------AA-A--TTT-A--A-------CG-TGAAA-------TTC---ATGT-GAGG---CTCA
gi|14 : caat--TC--CTTTACGTG-AA-TTTCACATGAAA-AGTTA----A-C-TT-TGTTGTTATCAATTTCAC--------------TT--AATTT-GAAATTTAAA--T-G-AAATTTGTAACGCAAATTC-CTTGTA----CACATG-C---A----GCAC-TTC-A-TGTG-TT-TATGTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|15 : TTCAT-GTG-----TT--CGACGGTAAT----T-GTTACATCAC--T-A-ATTTCATTTGTTAGCGTGAA-A----T-TTG--T-ACAT----GT----TTTCACGTGA-Aat
gi|16 : acataaaaTGT-TA--C-GTGAAAATG---T-CA-C-G-T--AAT---AAT--------TTCAT-G--CGA-A-T--T-TCACG-T--GAACAGTAGTT---CATC----GTT-------GA-A--TTT---CA------ATG-TGAACC-TTAATATC---G-AT-GATC---ATCAC---CTTG--AAAT---ctagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|16 : acat-TCA-CATTGA-A----ATT-CAACGATGAA--C-T-ACTGTTCA--C-GTGAAA-T----T-CG-C-A-T--GAA---ATT--------ATTAC-G--TGACATT--T-TCACG-T--AA
gi|17 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggtTCAA-GTGA-ATTCAA--------TGTGCA-A----TATATCAT-ACAA--GAAT----TTTCAGATGA-AAT-TGC-ATTCTCGTT----GAAAT---------------------------ATTAATCC-ACGTGca
gi|18 : attacaatgctctgaAGCGA-T-TCACACG-TG-C--AA-TTC-ACAT--------TG--AAACTT---------TCACACAAATTTCA--C-GTGA--A---G----TTTACATGAAA
gi|19 : tacatgaatAATT-T-------TAACGTAAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACATGAAATTTTCGTGAA----TGT-ACGTATAAA--GG-TT-------C-AC-ATT-AATTTC-AT---G--Tattttatt
gi|2 : atACAC-AGGC-AAATTGTGC-C-TCA---------------T-CA--G-TGAA--T-TCAC--------C-GTGAAC-T----T------G-T--GAA---CTG--------TTCAC-G--TGG-A-C--TATCACG-TATGAA-------TGTTC--T----GT--------GAGA--TTT---CA------CGT-TGAAAAGATTATT-C---A-AT-GAAA---TTCAC---AT----GAAT---TATTAAC-GTGAA---TTT-C-A-ATTAAC----A-CC-ACTTCAC-GTGA-AGTTCAT-------CGTGAA-ATTTGT-TAT--T-ACA--TGAA-----TTTCAC-TGA-AAAGTG--ATTCACA-T----GAAA-TTCAC-------------GTGA---ATATTATTTC--CATGAA-----TTT-AC-ACGAAA-GCA-C-ACT-TCAC--A-TG-A--AATTTC-ACTTA-------TG---AGATTGTA------TAG-GTAATTTTCA--CTGTGA--ACGCAC---TTCACGTGAAA-TCACGGTGA-------AA-------A--TA-TT-------C-ACGGTGAAAATTCAAT---G--TGA-A---C--TCCTGTTAACGT---A-ATTTACATGAAA-AG---TTTAA-CTTT-TGTTG-TATCAATTTCAC-TTGA----------T--ATTTTTGAAATTTAGAATT-G-AAATTTGTAACGGCAAATTCCTTGTA----CAGCATGC---A----GCAC-TTA-A-TGTG-TC-TTTATAAATAGCT---ATT--CTGTTT
gi|20 : aacactataatTG--AAATAAATATTCAC-GTGAA---AT--C-ACAT----------GA-ATTTCAC-GT-AGATTTCA--------CATGCA-A----G-TGa
gi|20 : tg-CA--T-GTGAAA-T----C-TA-C-G-T--GAA---A----------TTCAT-G--TGA---T--T-TCACG-T--GAA-------T---
gi|3 : tgtgaaataaatAA--T-T-G-TGT-CA--C-ATGAA--T----T-CA-CCG-T--GAA---TGTATTACTTGTTCAC-GAGTGA-A-T--A-TCACG-T--AAA-------T---GA-TTTCTGT--------GA-A--TTT---CA------GCG-TGAAAAGTTTATT-C---AATT-GAAA---TTCAC---AT-G--GAAT---TATTAAC-GTGAA---TTT-C-ACATTA-C----A-CC-ACTTCAC-GT-G-AATTCAT-------CGTGAA-AA---T-TGT--T-ATACATGAAT----TT-CACGTGA-AAG-TGC-ATTCACAT-----GAATATTCAC-------------GTGA---A-ATTATTTC-ACATGAA-----TTCTACTGAGAAGCACA-C---T-TCAC--A-TGAA--AA-TTC-AACT--------TAT-GAGATTGTGC-----CAGTGT-AATTTCATCT-GTTA--ACGCAC---TTCACGTGAAAATTCCGTGAA-------AA-------A--TTATT-------C-ACGGTG-AAATTC-AT---G--T-A-A---TCCTC--GTTAACGT---A-ATATACATGAAATAG---TTTAA-C-TT-TGT--TTATTCATTTCAC-TT----A-AT-ATTTTGAATTTAGA-------A--T-G--AATTTG-AACGC-AAATC-CTTGTACAGCAATG---C---A----GCACATTCAA-TGTGCTT-TA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTcaagtg
gi|4 : atacacgaggcaACACGAGGC-AAATG-TGCTCATCA-TG-----A----ATT-CA-CG-TGAA--C-T---TGA-TA--C--TG----T----T-CA-C-GGT--GAA---C-T--------ATCAC-G--TAA-A-TGTT-TC-TG-T--G-------------------------------GA-A--TTT---CA------GCG-TGAAAAGATTATT-C---ACATTGAAA---TTCAC---AT----GAAT---TATTAAC-GTGAA---TTTGC-ACATTA-C----A-CC-ACTTCAC-GTGA-AGTTCAT-------CG-GAA-AGT--T-TGT--T-ATACATGAAT----TT-CAC-TGA-AAG-TGC-ATTCACAT-----GAATATTCAC-------------GTGA---ATATTATTTCCATG-GAA-----TTCTACTGAGAAGCACACC---T-TCAC--AATG-A--AAATTC-ACAT---------G--AGAGTTGT-------GCAGGTAATTTTCAT-C-GTGATTA---AGCACTTCACGTGAAAATCACGTGAA---------------AA--TA-TT-------C-AC-GTG-AAATTT-AT---G--TGA-ACTCC--TC--GTTAACGTG-AATATTCA--TGAAA-AGTTAACTTA----T-TGTTGTTATC-ATTTCAC-TTA-----------T--ATTTTGGAAATTTAAA--T-G-AAATTTG-AACGC-AAATC-CTTGTAC---AG-----CATGA----GCAC-TTA-A-TGTGCTT-TA-GTAAATAGCT---ATT--CTGTTTatg
gi|5 : AC-AGGC-AAATG-TGC-C-TCAGCTT-GATA----ATT-CA-C--------------CGT--------TGAAA-T----TTCA-C-------AC---CCT--------TTCACTA--TGA-A-T--T-TCACG-T--GAAA------T---CA-C----GTT-------GA-A--TC--------------------AAGT--ATT-C---ACA--GAAA---TTCACTCAGT-G--AAAT---AATTAAC-GTGAGAATTT--C-ACGATCAC----A-GC-ACTTCAC--------------------TGTAAA-A----T-C--------------AT----TT-------A-AAGAT-T-GTTAACAT------GAATTTCAC-------------GTGA---A-A--AAT-------GA-------TT-AATGTGAA--------A-T-TCAC--G-TG-A--AT-TTC-ACAT---------G--AA-----------------GTGCACGTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAAATT---GTTAA---------CGT---GA--AT-TT-------C-AC-ATG-AAATTC-AC---G--TGA-A---C--TC--CTTAACATG-AA-TTTCACAGGAAA-AGTTATTCG--C-CT-TGTT-TTA--AATTTCACA-TGA--ACAGTACTT--AATTT-GAAATTTACA--T-G-AAATTTGT------AAATTCCTTGTA----AA-----C---A----GCCC-TGC-A-TGTG-TT-TATGTGAATAG--TTAATTa
gi|6 : cataaataataaatacctacaACAC-AGGC-AAATGTTGC-C-TCA-TGT-GA-ATGAAATT-CA-CG-TGAA-------------------TGAAA-T----T-CA-C------GAA---CCT--------TTC------------------CAC------AA-----------------------------AA-A--GTT----------------GAAAAG-TGA-TTC---ACAT-GAAA---TTCAC---G-TG--AAAT---CATTTAC-ATGAAT--TT--C-ACGTTAAC----A-GC-AC-------------TTTA--------CGTGAA-A----T-TGT--TAACA--TGAA-----TTTCACGTGA-AAAATG--ATTCACA-T----GAAATT------------------------------ATTC-ACGTGGAT----TTC-AC-ATGACGTGCA-C---T-TCAC--A-TG-A--AA-TTC-ACGT------------GAAATTGT-------TAATGTGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAATTTCATGTac
gi|7 : tcataatgaacaaacatctatACAC-AGGC-AATTG-TGC-C-TCA-CAT-GA-A----TTTTCA-CG-TGAA--AAG-AGCAT-CAAAT-GTGAA--T----T-CA-C-A-T--GAA---AAAAAAA----TTCAC-A--TGA-A-T--T-TCATG-T--GAAAATTT--T---GA-C----AT--------GA-A--TTTCA-CATTATGTCCT-TG------TGATTTTA--ACAT-GAAA---TTTAC---AT----GAAT-----TTCAT-GTGAA---TT--gaggcacaa
gi|7 : gaacagtcatcacccgaaacactat-AAAAT---ATTCAGGTTCTTGGAAATTACAT-------------GC-------ATTAA----ACATAAA---------A-TATGA---GAAAA-A-T-TCAC--A-TG-A--AA-TTC-ATGTAAATTTCATGTTAAAATCACAAGGACATAATGTGAAATTCA--T-GTCA--A---AATT-TTCACATGAAATTCATGTGAA----TTT----T---T---TT-TT-------C-AT-GTG--AATTC-AC---ATTTGATG---C--TCT-TTTCACGTGAAA-ATTCATGTGAtttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : gaacagtcatcacccgaaacactatacacaggcaattgtgccTGATT-TCA-CGT-AA-A----TTT-GG-TG-TGAA--T-C-ACCTT-C-----GTGAAA-A----T-CA-C-G-T--GAA---ATG--------TTCAC-G--TGA-A-T--T-TCAAG-T--GAG-----------CA-C----ATTTGCCTTCAA-A--GTG-A-TA------CTG-CGAAAAGatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : T-CA--C-TTGAAA-T----T-CA-C-G-T--GAA---CAT--------TTCAC-G--TGA-T-T--T-TCACG----------------------------------------------------------------AAGGTGATT-C---ACAC-CAAA---TTTAC---GT-G--AAAT---CATTAAC-GTCAAC--TT--C-ACGT----------G----TTTA--GT-A-AT--CA--------CGTGAA-A----T-TGT--A-ACGT--GAAT----TT-CACCTGA-AAAGTG--ATTCATGTC----AGA--TTCAC-------------GTAA---A-ACTA-TTC-ACGTGAA-----TTC-CAAGTGAAAT----T-A-T-TAGC--G-TG-A--AT-TTC-ACG---------TG--AAAA---------------GTGA--TTCA--C-GTGA--A---A----TTCATGTGAAttaacgtcaacttcacgtgtttagtaatcacgtgaaattgtaacgtgaatttcacctgaaaagtgattcatgtcagattcacgtaaaactattcacgtgaattccaagtgaaattattagcgtgaatttcacgtgaaaagtgattcacgtgaaattcatgtgaacaac
gi|9 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgtgcACAC-AGGC-AAATGTTGC-C-TCA-TGT-GA-ATGAAATT-CA-CG-TGAA-------------------TGAAA-T----T-CA-C------GAA---CCT--------TTC------------------CAC------AA-----------------------------AA-A--GTT----------------GAAAAG-TGATTTC---ACAT-GAAA---TTCAC---GTGA--AAAT--------------------------CGTTAAC------GC-AC-------------TTTA--------CGTGAA-A------TGT--TAACA--TGAA-----TTTCACGTGA-AAAA----A-------T----GA---CTCAC-------------GTG----A-ATT-ATTC-ACGTGGATT---TTC-ACTATGACGTGTTAC---T-TCAC--A-TG-A--AA-TTCGGCGT--------TG---AAATTGT-------TAATGTGAcaac
Alignments
lowQualScore : 2 111111111 11111 6666666666666666 111111111111111111 44444444444444444 1111111111111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111 11111 222222222 111 1111111 2222222222 1111111 333333333333333333 22222222 77777777777777777777 1111111 1 1111 22222 11 2222222222222 55555555555 11 1 11 1 1 55555555555 11 1 3333333
lowQualScore : 8 4 8 8 4 2 3 555555555 3 00000 3 3 3 3 0000000000000000 5 3 44 777777777777777777 2 2 7777 2 55 2 2 33 99999999999999999 2 2 333 2222222222222222222222222222222 8 2 2 66 555 6 888888 2 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 3 4444444444444444 3 3 3 7 4 2 66666 333333333 44 1 6 2 8 2 3 000 1111111 0 6666666666 3 44 3 2222222 3 111111111111111111 1 0 88 3 55 22222222 2 33 4 66666666666666666666 6666666 0 5 5 2222 00000 777 11 5 2 5 1111111111111 5 7 555 77 44444444444 00 3 66 33 5 2 5 7 4 00000000000 5 5 5 22 9 0000000 7
lowQualScore : . . . . . . . ......... . ..... . . . . ................ . . .. .................. . . .... . .. . . .. ................. . . ... ............................... . . . .. ... . ...... . . ................................................. . . . ................ . . . . . . ..... ......... .. . . . . . . ... ....... . .......... . .. . ....... . .................. . . .. . .. ........ . .. . .................... ....... . . . .... ..... ... .. . . . ............. . . ... .. ........... .. . .. .. . . . . . ........... . . . .. . ....... .
lowQualScore : 9 4 9 0 0 8 6 555555555 6 11111 6 6 6 6 9999999999999999 2 1 22 222222222222222222 7 5 8888 4 66 4 4 22 11111111111111111 7 5 000 9999999999999999999999999999999 6 9 9 88 444 2 999999 1 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 1 5555555555555555 1 1 5 2 7 9 33333 333333333 22 8 7 4 9 4 3 000 8888888 8 3333333333 6 00 3 3333333 3 000000000000000000 6 2 66 6 00 33333333 2 44 4 55555555555555555555 2222222 0 0 0 8888 11111 999 99 0 2 7 0000000000000 7 9 444 44 00000000000 33 7 77 66 7 0 7 1 3 33333333333 7 7 7 33 0 1111111 3
consensus : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-C-TCA-CG----T-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG-T--GAA---CTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAAA-----T---CAC----GT-GA-ATT-T-CA-C-G-T-G---AAA----AGT-GA---TT--TC-AC-AT-GAAA--TTCAC---GT-GAAATTATTAACG-TGAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCACGT-A----ATTTCA--------CG-T-G-AAA----T-TGT--T-A--CAT-GA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGT---T----GAAATTTCACGTGAA-ATTANTTC-ACGTGAA---TT--C-ACTGCGAAGTGC-A-CA-T-TCACG-TG-AA-----A-TTCA-CGT-TG-AAAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACGTGAAATTCNC-GTGAA-------AA-GT---AA-T-TT-------CAC-GTG-AAATTC-AT---GTGA-A---CTC--GTTAACGTGAA-ATTCACATGAAA-AGTT-ATTTAAC-T-T-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGAA----A----TTAATTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GCAAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-AT-GTG-CTTTATGTAAATAG-CT-AATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
Reference ( family-261 ) : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GCTC-TCA-CG----T-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG-T--GAA---CNT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA------T---CAC----GT-GA-ATT-T-CA-C-G-T-G---AAA----AGT-GA---TT--TC-AC-AT-GAAA--TTCAC---GT-GAAATTATTNACG-TGAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCACGT-A----ATTTCA--------CG-T-G-AAA----T-TGT--T-A--CAT-GA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGT---T----GAAATTTCACGTGAA-ATTAATTC-ACGTGAA---TT--C-ACTGTGAAGTGC-A-CA-T-TCACG-TG-AA-----A-TTCA-CGT-TG-AAAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACGTGAAATTCNC-GTGAA-------AA-GT---AATT-TT-------CAC-GTG-AAATTC-AC---GTGA-A---CTC--NTTAACGTGAA-ATTCACATGAAA-AGTT-ATTTAAC-T-T-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGAA----A----TTAATTTGGAAATTTA-NA--TG-AAATTTGTAAC-GCAAA-TCCTTGTACA-----AC----AGCAC-TTC-AT-GTG-CTTTATGTAAATAGTCT-AATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|1 : ACAC-AGGCCAAAT-GCT-GCTC-TCA-CG----TTGA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACTGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG-T--GAA---CCT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--AAA------T---CAT----GT-GA-ATT-TACA-CCGCT-G---AAA----AGTTGA---TT--TC-AC-AT-GAAA--TTCAC---GTTGAAATTATTAACG-TGAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCGTGT-A----ATTCCA--------CG-T-G-AAA----T-TGT--T-A--CATTGA-ATTTTCACGTGACAAAAT-GCATTCACGT---T----GAAATTTCACATGAA-ATTAATTC-ACGTGAA---TT--C-ACTATGAAGTGC-AGCA-T-GCACA-TG-AA-----A-TTCA-TGT-TG-AAAATTGT--TAACATGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAAATTCTC-GCTAACTCCTTTAACGT---CATT-TTTTTTTTCCGC-ATG-AAATTC-AT---GTGA-A---TCC--GTTAACATGAA-ATTCACATGAAA-AGTT-ATTTGGC-CCT-TGCTGTTACTAATTTCACATTGAACAGGAC---TTAATTTAGAAATTTA-TA--TGCAAATTTGTAAT-GTAAAATTCTTGTA-A-----AC----AGCAC-TTC-ATTGTG-TTATATGTGAATAGTTTTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|10 : -C--ACG-T--GAA---CTC----TTTAT-GGTAATGTCA-T--T-TCACTGT--GAAATTTGTT---AAC----AT-GA-ATT-T-CA-C-G-T-G---AAA------T-G--------TC-ACAAT-GAAATGTTTAC---GT-G----TATTCAT--CGGA---TT---ACATT-ATG-G----TCGAGT-GTGATATTTCA--------CGATAG-TAA----T-TTT--T-A--CGT-GA-ACCGCTACTCAA-GAAACAGTATTCACGTTGAT----GAAATTTTATGcaga
gi|11 : tggattcataaaaagtac-T--T-TCAC-GT--GAAAATT--T---CAC----GT-GA-A-T-C-CT-T-G-T-G---AAA----AGT-AAATTTT--TCAAC-AT-AAAC--TTCAC---GT-G-GATTTTTTTCA-TGTA---TT--CATATT--CATGCTCT-------------TTTCA--------TG-T-G-AA----------------------A-ATTTTCCTG----------GCA---ATGT---------AAATTTC-C---AA-A--ACTTC-ACATGAA---TT--T-TTTTCAAAGTG-----A-TCTTACA-T-----------TTTG-TGC-T------CTTT--TAA-GTGAATTCCG--T-GTGA--A---A----TTCATGattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|12 : cTCACGTGAAATATCC-GTGAA-------AA-TT---A----TT-------CAC-GTG-AAAATT-ATAATGTGA-A---TCC--TTTAACGT-AA-ATTTACATGAAA-AGTT----TAAC-T-TATGTT-TTATTCATTTCAC-TTGAA---------TT--TTTGGAAATTTA-AAT-TG-AAATTTG-AAC-GCAAA-TCCTTGTACA-----GCAATGAGCAC-TTC-AT-GTG-CTTTA-GTAAATAG-CT-AA-TTACTGTctaggcacg
gi|13 : ACAC-AGGC-AAAT-A-T-GC-C-TCG-TG----T-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-A-TTTTT-CA--TGTGAA-CT-C--ATA-TTTGATGCTCTT----TTCAC-G-TAA----A-T--T-TCAC-GT--GAAAAATT-T---AAC----GT-GA-AAT-T-CA-T-G-T-G---A
gi|14 : caattgagccTC--CTTTACGTGAA-TTTCACATGAAA-AGTT-A----AC-T-T-TGTTGTTATCAATTTCAC---------------TTAATTT-GAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GCAAATTCCTTGTACACAT--GC----AGCAC-TTC-AT-GTG--TTTATGTAAATAG-CT-AA-TTACTGTTTaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|15 : --CGTGAAATT-TGTACA-T--G------TT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TTAT-GT--at
gi|15 : ------T---TAT----GT-GA-ATTGT-CA-T-G-T-GTTTATG----AGT-GA---TC--T----------AG--TTCAT---GT-G----T-TCGACG-GTAA---TT-----GTTA-----CA--TCAC-T-A----ATTTCATTTGTTAGCG-T-G-AAA----T-TTG--T-A--CAT-G---TTTTCACGTGA-Actaacaaatgaaattagtgatgtaacaattaccgtcgaacacatgaactagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|16 : acataaaa-ATT-T-CA-A-GGT-G---A--------T-GA---TCA-TCGAT-AT-TAAGG-TTCAC---ATTGAAATT--CAACGATGAA---CT---------ACT-G---TTCACGTGA----AATTCG--------CA-T-G-AAA----T-TAT--T-A--CGT-GACATTTTCACGTAA-
gi|16 : acat-TCA-CA----TTGA-A----ATT-CAAC-GATGAAC-T-ACTGTTCA--CGTGAAATT-C--GCA-T--GAA---ATT----ATTAC-G-TGAC---ATT--T-TCAC-GT--AAca
gi|17 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggtTCAAGTGA----ATTCAA--------TG-T-G-CAA----TATATCAT-A--CAA-GA-ATTTTCAGATGA-AAT-T-GCATTCTCGT---T----GAAAT-----------ATTAATCC-ACGTGca
gi|18 : attacaatgctctgaTTCATGT---------AAACTTCACGTGAA-ATTTGT-----GTGAAAGTTT--C-AATGTGAATTGC-A-CG-T-----G-TG-AATCGCTA-TTCA-TGT-
gi|18 : tCACG-TG-CA-----A-TTCA-CAT-TG-AAACTT----TCACACAAATTTCA--C-GTGA--A---G----TTTACATGAAAaattttatt
gi|18 : tacatgaatagcgattca-T--AAA---ATT----TTCAT-G-TAA----A-C--T-TCAC-GT--GAA------attttatt
gi|19 : tacatgaatagcgattcacacgtgcaattcacattgaaactttcacacaaatAATT-T--TAACGTAAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACATGAAATTTTC-GTGAATGT----AC-GTATAAAGG-TT-------CAC-ATT-AATTTC-AT---GTtt
gi|2 : atACAC-AGGC-AAATTG-T-GC-C-TCA-------------------T-CA---G-TGAAT-TCACCGT--------GAACTT------G-T--GAA---CTG----TTCAC-G-TGG----A-C--TATCAC-GTATGAA------TGTTC-T----GT-GAGATT-T-CA-C-G-TTG---AAA----AG---A---TTATTC-A--AT-GAAA--TTCAC---AT-GAA-TTATTAACG-TGAA---TTT-CA-ATTAACA-CCACTTCACGTGA----AGTTCAT-------CG-T-G-AAATTTGT-TAT--T-A--CAT-GA-A-TTTCAC-TGA-AAAGT-G-ATTCACA----T----GAAA-TTCACGTGAATATTATTTC--CATGAA---TT--T-AC-ACGAAA-GC-A-CACT-TCACA-TG-AA-----ATTTCA-CTTATG--AGATTGTA-TAG-GTAATTTTCA--CTGTGA--ACGCAC---TTCACGTGAAA-TCACGGTGAA-------AA--T---A----TT-------CACGGTGAAAATTCAAT---GTGA-A---CTCCTGTTAACGT--A-ATTTACATGAAA-AG----TTTAACTT-T-TGTTG-TATCAATTTCAC-TTGAT----A----TT--TTT-GAAATTTA-GAATTG-AAATTTGTAACGGCAAATTCCTTGTACAGCAT-GC----AGCAC-TTA-AT-GTGTCTTTA--TAAATAG-CT--ATT--CTGTTT
gi|20 : aacactataat-TAA----A-TA-T-TCAC-GT--GAAA-----T---CAC----AT-GA-ATT-T-CA-C-G-T-A--------------GA---TT--TC-AC-AT-GCAA--a
gi|3 : tgtgaaaACACGAGGC-AAATTG-T-G----TCA-CA----T-GA-A-----TT-CA-CCG-TGAATGT-A---T-TA--CTTG---TT-C--ACG--------------------A--G-TGA----A-T--A-TCAC-GT--AAA------T---GATTTCTGT-GA-ATT-T-CAGC-G-T-G---AAA----AGT-TT---AT--TC-AA-TT-GAAA--TTCAC---AT-GGAATTATTAACG-TGAAT--TT--CACATT-ACA-CCACTTCACGT-G----AATTCAT-------CG-T-GAAAA----T-TGTTAT-A--CAT-GA-A-TTTCACGTG--AAAGT-GCATTCACA----T----GAATATTCACGTGAA-ATTATTTC-ACATGAA---TT--CTACTGAGAAGCAC-A-C--T-TCACA-TGAAA-----A-TTCA-ACT-TATGAGATTGTGCCAGTGT-AATTTCATCT-GTTA--ACGCAC---TTCACGTGAAAATTCC-GTGAA-------A-------AATTATT-------CACGGTG-AAATTC-AT---GTAATC---CTC--GTTAACGT--A-ATATACATGAAATAG----TTTAAC-T-T-TGT--TTATTCATTTCAC-TTAA-----------TATTTTG--AATTTAGAA--TG--AATTTG-AAC-GCAAA-TCCTTGTACAGCAATGC----AGCACATTCAAT-GTG-CTTTA-GTAAATAG-CT-AA-TTACTGTTTgtg
gi|4 : atACACGAGGC-AAAT-G-T-GCTCATCA-TG---------A----ATT-CA-C-G-TGAAC-T---TGA-TA--C-TG---TT-C--ACGGT--GAA---C-T----ATCAC-G-TAA----A-TGTT-TC-T-GT--G----------------------GA-ATT-T-CAGC-G-T-G---AAA----AG---A---TTATTC-AC-ATTGAAA--TTCAC---AT-GAA-TTATTAACG-TGAA---TTTGCACATTA-CA-CCACTTCACGTGA----AGTTCAT-------CG---G-AAAGT--T-TGT--T-ATACAT-GA-ATTT-CAC-TGA-AAG-T-GCATTCACAT--------GAATATTCACGTGAATATTATTTCCATG-GAA---TT--CTACTGAGAAGCAC-A-CC-T-TCACAATG-AA-----AATTCA-CAT--G-AGAGTTGT--GCAGGTAATTTTCAT-C-GTGATTA---AGCACTTCACGTGAAAATCAC-GTGAA-------AA--T---A----TT-------CAC-GTG-AAATTT-AT---GTGA-ACTCCTC--GTTAACGTGAATATT--CATGAAA-AGTTAACTTA-----T-TGTTGTTATC-ATTTCAC-TTA------------TATTTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTG-AAC-GCAAA-TCCTTGTACA-----GCATG-AGCAC-TTA-AT-GTG-CTTTA-GTAAATAG-CT--ATT--CTGTTTatg
gi|5 : AC-AGGC-AAAT-G-T-GC-C-TCAGCT----T-GATA----ATT-CA-C-------------CGT-------TGAAATTTC--AC------AC---CCT----TTCACTA-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAAA-----T---CAC----GTTGA-ATC------------------A----AGT-A-----T--TC-AC-A--GAAA--TTCACTCAGT-GAAATAATTAACG-TGAGAATTT--CACGATCACA-GCACTTCAC----------------------TG-T-A-AAA----T-C----------------ATTT-------A-AAGAT--TGTTAACAT---------GAATTTCACGTGAA-A--AAT-------GA-----T--T-AATGTGAA--------A-T-TCACG-TG-AA-----T-TTCA-CAT--G-AA------------GTGCACGTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAAATT----GTTAA-------C--GT---GAAT-TT-------CAC-ATG-AAATTC-AC---GTGA-A---CTC--CTTAACATGAA-TTTCACAGGAAA-AGTT-ATTC-GC-C-T-TGTT-TTA--AATTTCAC-ATGAAC---AGTACTTAATTT-GAAATTTA-CA--TG-AAATTTGTA-----AAT-TCCTTGTA-A-----AC----AGCCC-TGC-AT-GTG--TTTATGTGAATAGT-T-AATTa
gi|6 : cataaataataaatacctacaACAC-AGGC-AAAT-GTT-GC-C-TCA-TGTGAAT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAA----------------TGAAATT-C--AC-----GAA---CCT----TTC--------------------CAC-AA--AAA-----------------GT-----------------T-G---AAA----AGT-GA----T--TC-AC-AT-GAAA--TTCAC---GT-GAAATCATTTACA-TGAAT--TT--CACGTTAACA-GCAC---------------TTTA--------CG-T-G-AAA----T-TGT--TAA--CAT-GA-A-TTTCACGTGA-AAAAT-G-ATTCACA----T----GAAATT--------------ATTC-ACGTGGAT--TT--C-AC-ATGACGTGC-A-C--T-TCACA-TG-AA-----A-TTCA-CGT----GAAATTGT--TAATGTGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAATTTCAT-GTGAac
gi|7 : tcataatgaacaaacatctatACAC-AGGC-AATT-G-T-GC-C-TCA-CA----T-GA-A----TTTTCA-C-G-TGAAAAG-AGCAT-CAAATGTGAA-TT-C--ACA-T--GAA---AAAAAAATTCAC-A-TGA----A-T--T-TCAT-GT--GAAAATTT-T---GAC----AT-GA-ATT-T-CA-C-A-T-T---ATGTCCTTGT-GA---TT--TTAAC-AT-GAAA--TTTAC---AT-G-AAT--TTCATG-TGAA---TT--ggcacaa
gi|7 : gaacagtcatcacccgaaacactat-AAAAT---ATTCAGGT---TCTTGGAAATTACATGC----ATTAA----ACATAAA---AT----A-TGAGAA-----A-AA-T-TCACA-TG-AA-----A-TTCA-TGT-----AAATT----TCATGTTAAAATCA--C-AAGG--A---C----ATAATGTGAAATTCAT-GTCAA-------AA--------TT-TT-------CAC-ATG-AAATTC-AT---GTGA-ATTTTTT--TTTCATGTG-A-ATTCACATtttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : gaacagtcatcacccgaaacactatacacaggcaattgtgcctcacatgaattttcacgtgaaaagagcatcaa-T-GATT-TCA-CG----T-AA-A----TTT-GG-T-G-TGAAT-C-ACCTT-C----GTGAAAAT-C--ACG-T--GAA---ATG----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAA-GT--GAG----------CAC----------ATT-T--G-C-C-T-T---CAA----AGT-GA---Tatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : cttttcgcagtTCAC-T-TGA----A-A--T-TCAC-GT--GAACATT--T---CAC----GT-GA-TTT-T-CA-C-G--------AA----GGT-GA---TT---C-AC-AC-CAAA--TTTAC---GT-GAAATCATTAACG-TCAAC--TT--CACGT------G---TTTA-GT-A----AT--CA--------CG-T-G-AAA----T-TGT--A-A--CGT-GA-ATTT-CACCTGA-AAAGT-G-ATTCATGT---C----AGA--TTCACGTAAA-ACTA-TTC-ACGTGAA---TT--C-CAAGTGAAAT-----TA-T-TAGCG-TG-AA-----T-TTCA-CG--TG-AAAA----------GTGA--TTCA--C-GTGA--A---A----TTCATGTGAAttaacgtcaacttcacgtgtttagtaatcacgtgaaattgtaacgtgaatttcacctgaaaagtgattcatgtcagattcacgtaaaactattcacgtgaattccaagtgaaattattagcgtgaatttcacgtgaaaagtgattcacgtgaaattcatgtgaacaac
gi|9 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgtgcACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-C-TCA-TG----T-GA-ATGAAATT-CA-C-G-TGAAT----------------GAAATT-C--ACG-----AA---CCT----TTC--------------------CAC-AA--AAA-----------------GT-----------------T-G---AAA----AGT-GA---TT--TC-AC-AT-GAAA--TTCAC---GT-GAAA-------------A---T-----CGTTAAC--GCACTTTACGT-------------------------G-AAA----T--GT--T-AA-CAT-GA-ATTT-CACGTGA-AAAA--------A------T----GA---CTCACGTGAA--TTA-TTC-ACGTGGA---TTTTC-ACTATGACGTGTTA-C--T-TCACA-TG-AA-----A-TTCGGCGT-TG-AAA-TTGT--TAATGTGAcaac
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 666666666666666 22222222222222222 3333333333333333 11111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 222222222222222222222222 1 444444444444444444444 22222 11111 1111 22222222 44444444444444444444444444444444 11 11111 11111 111 11 3333333333 5555555555555 11 11 1 1 44444444444 11 1 1
lowQualScore : 8 4 8 4 8 4 00000000000000 3 555 3 000000000000000 3 1 3 44 33333333333333333 2 2 8888 6666 2 2 33 4444444444444444 666 2 444 444 88888888888888888888888888888888888 5 444 2 66 555 3 3 4 7777 3 3 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 3 3 0000 3 9999999 3 3 7 3 2 2 555 2 555555555555555555555555 7 1 3 3 4 222222222222222222222 1 4 33333 55 3 7 3 66666 3333 1 5 2 0 88 3 55 22222222 5 1 555 77777777777777777777777777777777 99 4 11111 4 777 33333 555 3 55 5 5 5 5555555555 5 5 777 0 5 7777777777777 00 66 33 5 2 5 5 1 4 33333333333 5 5 5 22 9 77 5 2 7
lowQualScore : . . . . . . .............. . ... . ............... . . . .. ................. . . .... .... . . .. ................ ... . ... ... ................................... . ... . .. ... . . . .... . . . .................................................. . . . . .... . ....... . . . . . . ... . ........................ . . . . . ..................... . . ..... .. . . . ..... .... . . . . .. . .. ........ . . ... ................................ .. . ..... . ... ..... ... . .. . . . .......... . . ... . . ............. .. .. .. . . . . . . ........... . . . .. . .. . . .
lowQualScore : 9 4 9 4 9 4 88888888888888 6 555 6 444444444444444 2 1 1 22 99999999999999999 9 7 3333 6666 5 5 44 3333333333333333 999 5 444 666 00000000000000000000000000000000000 7 000 9 88 444 1 1 6 8888 6 1 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1 1 1 8888 1 6666666 1 1 2 5 8 9 444 9 999999999999999999999999 3 6 6 6 0 444444444444444444444 3 0 77777 33 6 3 6 99999 7777 0 0 9 2 66 6 00 33333333 9 0 555 88888888888888888888888888888888 44 4 11111 4 888 66666 666 4 00 0 0 7 9999999999 7 7 111 4 7 7777777777777 99 00 66 7 0 7 7 4 3 11111111111 7 7 7 33 0 99 0 0 3
consensus : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----T--C-----AC-G-TGA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA--TTCAC---G-T-GAAATTATTAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCAC-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G-AA-A----T-TGT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-A---AAAT-GCATTCACGT---T----GAAA-TTCACGTGAA-ATTATTTC-AC-GTGAA-TT--C-AC----TGCG-------AAGCGC-A--CA-TTCACG-TG-AAA-TTCA-CGT-TG-AAAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACGTGAAATTCNC-G-TGA-------A---AAGT----AATTT--------CACG-GTG-AA-----ATTC-AT---GTGA-A---CTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA-TTTAA-C-TT-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGAA-A----TTA-TTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
Reference ( family-261 ) : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----T--C-----AC-G-TGA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA--TTCAC---G-T-GAAATTATTAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCAC-GT-A----ATTTCA--------CG-T-G-AA-A----T-TGT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-A---AAAT-GCATTCACGT---T----GAAATTTCACGTGAA-ATTANTTC-AC-GTGAA-TT--C-AC----TGCG-------AAGTGC-A--CA-TTCACG-TG-AAA-TTCA-CGT-TG-AAAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACGTGAAATTCNC-G-TGA-------A---AAGT----AATTT--------CAC--GTG-AA-----ATTC-AT---GTGA-A---CTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA-TTTAA-C-TT-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGAA-A----TTAATTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|1 : ACAC-AGGCCAAAT-GCT-GCTCTCA-CGTTGA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACTGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACCT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT---AA--A----T--C-----AT-G-TGA-A---TT-TACACCGC-----T-G---AAA----AGTTGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA--TTCAC---GTT-GAAATTATTAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCGT-GT-A----ATTCCA--------CG-T-G-AA-A----T-TGT--T-A--CATTGA-ATTTTCACGTGACA---AAAT-GCATTCACGT---T----GAAATTTCACATGAA-ATTAATTC-AC-GTGAA-TT--C-AC----TATG-------AAGTGC-AG-CA-TGCACA-TG-AAA-TTCA-TGT-TG-AAAATTGT--TAACATGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAAATTCTC-GCTAACTCCTTTA---ACGT----CATTTTTTTTTTCCGC--ATG-AA-----ATTC-AT---GTGA-A---TCC---GTTAACATGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA-TTTGGCC-CT-TGCTGTTACTAATTTCACATTGAACAGGACTTAATTTAGAAATTTA-TA--TGCAAATTTGTAAT-GTAAAA-TTCTTGTA-A-----AC----AGCAC-TTC-ATTGTG-TTATATGTGAATAGTTTTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|10 : -C--ACG--TGA---ACTC----TTTAT-GGTAATGTCA-T--T-TCACTGT--GAA--A----T--TTGTTAAC-A-TGA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA-------TG--------TC-A-CAAT-GAAATGTTTAC---G-T-G----TATT--CA-TCGGA---TT---ACATT-ATG-G----TCGA-GT-GTGATATTTCA--------CGATAG-TA-A----T-TTT--T-A--CG-TGA-ACCGCTACTCAA-G---AAACAGTATTCACGTTGAT----GAAATTTTATGcaga
gi|11 : tggattcataaaaagtac-T--T-TCAC-GT--GAA--AATT-T--C-----AC-G-TGA-A---TC---CT-TG------T-G---AAA----AG-TAAATTTT--TC-AAC-AT-AAAC--TTCAC---G-T-GGATTTTTTT-CA-T-GTA---TT--CATATT--CATGCTCTT--------------TTCA--------TG-T-G-AA-A-----------------------ATTTTCCTGGCA-ATGTAAAT----TTC-------C----AAAACTTCACATGAA-TTTTTTTC-AAAGTGAT-CT--T-ACATTTTGTGCTCTTTTAAGTGA-A--T--TCCGTG-TG-AAA-TTCA-TGC-Tattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|12 : cTCACGTGAAATATCC-G-TGA-------A---AATT----A--TT--------CAC--GTG-AA-----AATT-ATAATGTGA-A---TCC---TTTAACGT-AA-A-TTTACATGAAA-AGTT----TAA-C-TTATGTT-TTATTCATTTCAC-TTGAA------TT--TTTGGAAATTTA-AAT-TG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCAATGAGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTaggcacg
gi|13 : ACAC-AGGC-AAAT-A-T-GC-CTCG-TGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-A-TTTTT-CA--TGTG-AACT-C--ATATTTGATGCTCTT----TTCAC-G-TAA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--AAATTT--A-----AC-G-TGA-A---AT-T-CA-TG------T-G---A
gi|14 : caattgagccTC---CTTTACGTGAA-T-TTCACATGAAA-AGTTA-----A-C-TT-TGTTGTTATCAATTTCAC-TT-----------AATTTG-AAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAATTCCTTGTACACAT--GC----AGCAC-TTC-A-TGTG--TTTATGTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|15 : --CGTGAAATT-TGTACA--TG------TT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TTAT-GT--at
gi|15 : ----T--T-----AT-G-TGA-A---TTGT-CA-TG------T-GTTTATG----AG-TGA---TC--T-----------AG--TTCAT---G-T-G----T-TCGACG-G-TAA---TT-----GTTA-----CA--TCAC--T-A----ATTTCATTTGTTAGCG-T-G-AA-A----T-TTG--T-A--CA-TG---TTTTCACGTGA-A---ctaacaaatgaaattagtgatgtaacaattaccgtcgaacacatgaactagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|16 : acataaaa-A---TT-T-CA-AGG-----T-G---A---------TGA---TCA-TCGA-T-AT-TAAGG-TTCAC---A-TTGAAATT--CAACGAT-GAA---CT---------ACT-G---TTCAC-GTGA----AATTCG--------CA-T-G-AA-A----T-TAT--T-A--CG-TGACATTTTCACGTAA-
gi|16 : acatTCA-CATTGA-A----ATT-CAAC-GATGAAC-T-ACTGTTCA--CGTGAAATT-C--GCA--TGA---AATT----ATTAC-G-TGAC---ATT--T-TCAC-GT--AAca
gi|17 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggtTCAA-GTGA----ATTCAA--------TG-T-G-CA-A----TATATCAT-A--CA-AGA-ATTTTCAGATGA-A---AT-T-GCATTCTCGT---T----GAAAT-----------ATTAATCC-AC-GTGca
gi|18 : attacaatgctctga-AAAATT-T--TCATGTAAACTTCA--C-GTGA--A---A----TTTGTGTGAAAGTTTC-------------A---ATGTG---AATTG--------CACGTGTG-AATCGCTATTC-AT---GT
gi|18 : tCACG-TG-CAA-TTCA-CAT-TG-AAACTT----TCACACAAATTTCA--C-GTGA--A---G----TTTACATGAAAatt
gi|19 : tacatgaatagcgattcaAATT-T--TAACGTAAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACATGAAATTTTC-G-TGA-------ATGTACGTATAAAGGTT--------CAC--ATT-AA-----TTTC-AT---GTattttatt
gi|2 : atACAC-AGGC-AAATTG-T-GC-CTCA---------------T-CA---G-TGAAT-TCACCGT--------GAACTT------G--TGA---ACTG----TTCAC-G-TGG----A-C--TATCAC-GTATGAAT-G----T--T-----CT-G-TGAGA---TT-T-CA-CG------TTG---AAA----AG---A---TTATTC-A---AT-GAAA--TTCAC---A-T-GAA-TTATTAACG-T-GAAT--TT--CA-ATTAACA-CCACTTCAC-GTGA----AGTTCAT-------CG-T-G-AA-ATTTGT-TAT--T-A--CA-TGA-A-TTTCAC-TGA-A---AAGT-G-ATTCACA----T----GAAA-TTCACGTGAATATTATTTC--C-ATGAA-TT--T-AC-----ACG-------AAA-GC-A--CACTTCACA-TG-AAATTTCA-CTTATG--AGATTGTA-TAG-GTAATTTTCA--CTGTGA--ACGCAC---TTCACGTGAAA-TCACGG-TGA-------A---AA-T----A--TT--------CACG-GTGAAA-----ATTCAAT---GTGA-A---CTCCT-GTTAACGT--A-A-TTTACATGAAA-AG----TTTAA-CTTT-TGTTG-TATCAATTTCAC-TTGAT-A----TT--TTT-GAAATTTA-GAATTG-AAATTTGTAACGGC-AAATTCCTTGTACAGCAT-GC----AGCAC-TTA-A-TGTGTCTTTA--TAAATAG--CT-ATT--CTGTTT
gi|20 : aacactataat-TAA----A-TA-T-TCAC-GT--GAA--A----T--C-----AC-A-TGA-A---TT-T-CA-CG------T-A--------------GA---TT--TC-A-C-AT-GCAA--a
gi|3 : tgtgaaaACACGAGGC-AAATTG-T-G---TCA-CAT-GA-A-----TT-CA-CCG-TGAATGT-A---T-TA--CTTG---TT-C--ACG-------------------A--G-TGA----A-T--A-TCAC-GT--AAATGA----T--T-----TCTG-TGA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG-TTT---AT--TC-A-A-TT-GAAA--TTCAC---A-T-GGAATTATTAACG-T-GAAT--TT--CACATT-ACA-CCACTTCAC-GT-G----AATTCAT-------CG-T-GAAA-A----T-TGTTAT-A--CA-TGA-A-TTTCACGTG--A---AAGT-GCATTCACA----T----GAATATTCACGTGAA-ATTATTTC-AC-ATGAA-TT--CTAC----TGAG-------AAGCAC-A--C--TTCACA-TGAAAA-TTCA-ACT-TATGAGATTGTGCCAGTGT-AATTTCATCT-GTTA--ACGCAC---TTCACGTGAAAATTCC-G-TGA-------A---AAAT----TA-TT--------CACG-GTG-AA-----ATTC-AT---GTAATC---CTC---GTTAACGT--A-A-TATACATGAAATAG----TTTAA-C-TT-TGT--TTATTCATTTCAC-TTAA--------TATTTTG--AATTTAGAA--TG--AATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGCAATGC----AGCACATTCAA-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTgtg
gi|4 : atACACGAGGC-AAAT-G-T-GC--TCATCAT-GA-A-----TT-CA-C-G-TGAAC-T---TGA-TA--C-TG---TT-C--ACGG-TGA---ACTA----T-CAC-G-TAA----A-TGTT-TC-T-GT--G------------------------GA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG---A---TTATTC-A-C-ATTGAAA--TTCAC---A-T-GAA-TTATTAACG-T-GAA---TTTGCACATTA-CA-CCACTTCAC-GTGA----AGTTCAT-------CG---G-AA-AGT--T-TGT--T-ATACA-TGA-ATTT-CAC-TGA-A---AG-T-GCATTCACAT--------GAATATTCACGTGAATATTATTTCCAT-G-GAA-TT--CTAC----TGAG-------AAGCAC-A--CC-TTCACAATG-AAAATTCA-CAT--G-AGAGTTGT--GCAGGTAATTTTCAT-C-GTGATTA---AGCACTTCACGTGAAAATCAC-G-TGA-------A---AA-T----A--TT--------CAC--GTG-AA-----ATTT-AT---GTGA-A---CTCCTCGTTAACGTGAATA-TTCA--TGAAA-AGTTAACTTA-----T-TGTTGTTATCA-TTTCAC-TTA---------TATTTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCATG-AGCAC-TTA-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CT-ATT--CTGTTTatg
gi|5 : AC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCAGCTT-GATA----ATT-CA-C-------------CGT-------TGAAATTTC--AC-----A---CCCT----TTCACTA-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----T--C-----AC-GTTGA-A---TC----------------------A----AG-TA-----T--TC-A-C-A--GAAA--TTCACTCAG-T-GAAATAATTAACG-T-GAGAATTT--CACGATCACA-GCACTTCACTGT-A----AAATCA--------TT-T-A-AAGA----T-TGT--TAA--CA-TGA-A-TTTCACGTGA-A---AAAT-G-ATTAATG----T----GAAA-TTCACGTGA-----ATTTC-AC-AT-------------------G-------AAGTGC-A--CG--TCACA-TG-AAA-TTCA-CGT----GAAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAA---CTC-C-TTA-------A---CATG----AATTT--------CACA-GGA-AA-----AGTT-AT---TCG--C---CTT---GTT----TTAA-ATTTCACATGAAC-AGT-------A-C-TT-----------AAT------TTGAA-A----T------------TTA-CA--TG-AAATTTGTA------AAT-TCCTTGTA-A-----AC----AGCCC-TGC-A-TGTG--TTTATGTGAATAG--TTAATTa
gi|6 : cataaataataaatacctacaACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-T--------------------G-TGAAT----------------GAAATT-C--A----------------------C-G-TGA----A------------T--GAA--AT---T--C-----AC----GA-ACCTTT-C-CA-CAAAAAGTT-G---AAA----AG-TGA----T--TC-A-C-AT-GAAA--TTCAC---G-T-GAAATCATTTACA-T-GAAT--TT--CACGTTAACA-GCAC----------------TTTA--------CG-T-G-AA-A----T-TGT--TAA--CA-TGA-A-TTTCACGTGA-A---AAAT-G-A--------------------TTCACATGAA-ATTA-TTC-AC-GTGGATTT--C-AC-----ATG-------ACGTGC-A--C--TTCACA-TG-AAA-TTCA-CGT----GAAATTGT--TAATGTGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAATTTCAT-G-TGA-------ac
gi|7 : tcataatgaacaaacatctatACAC-AGGC-AATT-G-T-GC-CTCA-CAT-GA-A----TTTTCA-C-G-TGAAAAG-AGCAT-CAAATGTGAA-TT-C--ACA--TGA---AAAAAAAATTCAC-A-TGA----A-T--T-TCAT-GT--GAA--AATTTT--G-----AC-A-TGA-A---TT-T-CA-CA------T-T---ATGTCCTTG-TGA---TT--TTAA-C-AT-GAAA--TTTAC---A-T-G-AAT--TTCATG-T-GAA---TT--ggcacaa
gi|7 : gaacagtcatcacccgaaacactat-A---AAAT---ATTCAGGT---TCTTGGAAATTACATGC----ATTAA----AC-ATAAA-AT----A-----TGAG-------AA-----A--AA-TTCACA-TG-AAA-TTCA-TGT-----AAATT----TCATGTTAAAATCA--C-AAGG--A---C----ATAATGTGAAATTCAT-G-TCA-------A---AA-T------TTT--------CAC--ATG-AA-----ATTC-AT---GTGA-ATTTTTT---TTTCATGTG-A-A-TTCACATtttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : gaacagtcatcacccgaaacactatacacaggcaattgtgcctcacatgaattttcacgtgaaaagagcatcaaTCA-CGT-AA-A----TTT-GG-T-G-TGAAT-C-ACCTT-C----GTGAAAAT-C--ACG--TGA---AATG----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAA-GT--GAG----------C-----AC-------A---TT-T--G-CC------T-T---CAA----AG-TGA---Tatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : cttttcgcagtTCAC-T-TGA----A-A--T-TCAC-GT--GAAC-A----TTTC-----AC-G-TGA-T---TT-T-CA-CG-------------AA----GG-TGA---TT---C-A-C-AC-CAAA--TTTAC---G-T-GAAATCATTAACG-T-CAAC--TT--CACGT------G---TTTA--GT-A----AT--CA--------CG-T-G-AA-A----T-TGT--A-A--CG-TGA-ATTT-CACCTGA-A---AAGT-G-ATTCATGT---C----AGA--TTCACGTAAA-ACTA-TTC-AC-GTGAA-TT--C---------C--------AAGTGA-AATTA-TTAGCG-TG-AAT-TTCA-CG--TG-AAAA----------GTGA--TTCA--C-GTGA--A---A----TTCATGTGAAaatcattaacgtcaacttcacgtgtttagtaatcacgtgaaattgtaacgtgaatttcacctgaaaagtgattcatgtcagattcacgtaaaactattcacgtgaattccaagtgaaattattagcgtgaatttcacgtgaaaagtgattcacgtgaaattcatgtgaacaac
gi|9 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgtgcACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-TGT-GA-ATGAAATT-CA-C-G-TGAAT----------------GAAATT-C--ACG----A---ACCT----TTC--------------------CAC------AA--A-------------AA-G-T-----------------------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA--TTCAC---G-T-GAAA--------------A---T-----CGTTAAC--GCACTTTAC-GT-------------------------G-AA-A----T--GT--T-AA-CA-TGA-ATTT-CACGTGA-A---AAA--------A------T----GA---CTCACGTGAA--TTA-TTC-AC-GTGGA-TTTTC-AC----TATG-------ACGTGTTA--C--TTCACA-TG-AAA-TTCGGCGT-TG-AAA-TTGT--TAATGTGAcaac
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 666666666666666 22222222222222222 3333333333333333 11111111111111111111111111111111111 11111 3333333333333333333333333333333333333333 22222222 222222222222222 222222222222222222 22222222222222222222 1111 22222 22222222 55555555555555555555555555555555 11 111 111 1 3333333333 66666666666 11 1 1 44444444444 11 1 1
lowQualScore : 8 4 8 4 8 4 00000000000000 3 555 3 000000000000000 3 1 3 44 33333333333333333 2 2 8888 6666 2 2 33 4444444444444444 666 2 444 444 77777777777777777777777777777777777 5 333 2 33333 555 2 2 7 1 22 66666 2 2 3333333333333333333333333333333333333333 11111111 2 2 2 2 000000000000000 33 2 2 9 2 1 2 000000000000000000 3 5 6 99 3 99 99999999999999999999 3 1111 3 7 3 77777 4 77 6 3 0 88 3 55 00000000 4 1 4 4 33333333333333333333333333333333 55 5 5 000 6 777 1 5 666 5 5555555555 5 5 777 0 5 1 11111111111 888 66 33 5 2 5 5 1 4 33333333333 5 5 5 22 9 77 5 2 7
lowQualScore : . . . . . . .............. . ... . ............... . . . .. ................. . . .... .... . . .. ................ ... . ... ... ................................... . ... . ..... ... . . . . .. ..... . . ........................................ ........ . . . . ............... .. . . . . . . .................. . . . .. . .. .................... . .... . . . ..... . .. . . . .. . .. ........ . . . . ................................ .. . . ... . ... . . ... . .......... . . ... . . . ........... ... .. .. . . . . . . ........... . . . .. . .. . . .
lowQualScore : 9 4 9 4 9 4 88888888888888 6 555 6 444444444444444 2 1 1 22 99999999999999999 9 7 3333 6666 5 5 44 3333333333333333 999 5 444 666 44444444444444444444444444444444444 3 111 7 00000 000 9 9 8 4 99 11111 9 9 2222222222222222222222222222222222222222 88888888 9 9 9 9 666666666666666 99 9 9 6 6 9 9 999999999999999999 3 2 7 66 6 55 22222222222222222222 6 7777 6 3 6 33333 6 99 5 7 2 66 6 00 11111111 9 0 4 4 55555555555555555555555555555555 44 7 7 000 7 999 7 0 111 7 9999999999 7 7 111 4 7 7 00000000000 777 00 66 7 0 7 7 4 3 11111111111 7 7 7 33 0 99 0 0 3
consensus : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----T--C-----AC-G-TGA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCA--C-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G-AA-A------T-TGT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACGTGAA--TTC-ACTACG-AAGCG-CA--CAT-TCAC--A-TG-AAA-TTC-ACGT-TG-GAAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACGTGAAATTCNC-G-TGA-------A---AANT----AA-TT--------CACGGTG-AAATTC-AT---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA-TTTAA-C-TT-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGAA----ATT---TTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
Reference ( family-261 ) : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----T--C-----AC-G-TGA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCA--C-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G-AA-A------T-TGT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACGTGAA--TTC-ACTGCG-AAGCG-CA--CAT-TCAC--G-TG-AAA-TTC-ACGT-TG-AAAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACGTGAAATTCNC-G-TGA-------A---AAGT----AATTT--------CACGGTG-AAATTC-AT---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA-TTTAA-C-TT-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGAA----ATT--ATTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|1 : ACAC-AGGCCAAAT-GCT-GCTCTCA-CGTTGA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACTGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACCT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT---AA--A----T--C-----AT-G-TGA-A---TT-TACACCGC-----T-G---AAA----AGTTGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---GTT-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCG--T-GT-A----ATTCCA--------CG-T-G-AA-A------T-TGT--T-A--CATTGA-ATTTTCACGTGACAAAAT-GCATTCACGTTGAA-ATTTCACATGAA-ATTAA-TTC-ACGTGAA--TTC-ACTATG-AAGTG-CAG-CAT-GCAC--A-TG-AAA-TTC-ATGT-TG-AAAATTGT--TAACATGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAAATTCTC-GCTAACTCCTTTA---ACGT----CATTTTTTTTTTCCGC-ATG-AAATTC-AT---GTGA-ATCC---GTTAACATGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA-TTTGGCC-CT-TGCTGTTACTAATTTCACATTGAACAGGACTTAATTTAGAAATTTA-TA--TGCAAATTTGTAAT-GTAAAA-TTCTTGTA-A-----AC----AGCAC-TTC-ATTGTG-TTATATGTGAATAGTTTTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|10 : -C--ACG--TGA---ACTC----TTTAT-GGTAATGTCA-T--T-TCACTGT--GAA--A----T--TTGTTAAC-A-TGA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA-------TG--------TC-A-CAAT-GAAATG---TTTAC---G-T-G----TAT---T--CA-TCGGA---TT---ACATT-ATG-G----TCG--A-GT-GTGATATTTCA--------CGATAG-TA-A------T-TTT--T-A--CG-TGA-ACCGCTACTCAA-GAAACAGTATTCACGTTGA----------TGAA-ATTcaga
gi|11 : tggattcataaaaagtac-T--T-TCAC-GT--GAA--AATT-T--C-----AC-G-TGA-A---TC---CT-TG------T-G---AAA----AG-TAAATTTT--TC-AAC-AT-AAAC-----TTCAC---G-T-G-GATTTT---TTTCA-T-GTA---TT--CATATT--CATGCTCTT----------------TTCA--------TG-T-G-AA-------------------------A-ATTTTCCTG----------GCA---ATGT--AA-A-TTTCC---AA-A--AC-TTC-ACATGAA--TTT-TTTTCA-AAGTG------ATCTTAC--A-T------TTT-GTGC-T------CTTT--TAA-GTGAATTCCG--T-GTGA--A---A----TTCATGttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|12 : cTCACGTGAAATATCC-G-TGA-------A---AATT----A--TT--------CACG-TG-AAAATT-ATAATGTGA-ATCC---TTTAACGT-AA-A-TTTACATGAAA-AGTT----TAA-C-TTATGTT-TTATTCATTTCAC-TTGAA-----TT---TTTGGAAATTTA-AAT-TG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCAATGAGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTctaggcacg
gi|13 : ACAC-AGGC-AAAT-A-T-GC-CTCG-TGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-A-TTTTT-CA--TGTG-AACT-C--ATATTTGATGCTCTT----TTCAC-G-TAA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--AAATTT--A-----AC-G-TGA-A---AT-T-CA-TG------T-G---A
gi|14 : caattgagccTC---CTTTACGTGAA-T-TTCACATGAAA-AGTTA-----A-C-TT-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTAA-----------TTTG-AAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAATTCCTTGTACACAT--GC----AGCAC-TTC-A-TGTG--TTTATGTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|15 : --CGTGAAATT-TGTACA--TG------TT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TTAT-GT--at
gi|15 : ----T--T-----AT-G-TGA-A---TTGT-CA-TG------T-GTTTATG----AG-TGA---TC--T-----------AG-----TTCAT---G-T-G----T-T---CGACG-G-TAA---TT-----GTTA-----CA--TCA--C--T-A----ATTTCATTTGTTAGCG-T-G-AA-A------T-TTG--T-A--CA-TG---TTTTCACGTGA-Actaacaaatgaaattagtgatgtaacaattaccgtcgaacacatgaactagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|16 : acataaaa-A---TT-T-CA-AGG-----T-G---A---------TGA---TCA-TCGA-T-AT-TAAGG----TTCAC---A-TTGAAATT-----CAACGAT-GAA---CT---------ACT-G---TTCA--C-GTGA----AATTCG--------CA-T-G-AA-A------T-TAT--T-A--CG-TGACATTTTCACGTAA-
gi|16 : acatTCA-CATTGA-A----ATT-CAAC-GATGAAC-T-ACTGTTCA--CGTGAAATT-C--GCA--TGA---AATT----ATTAC-G-TGAC---ATT--T-TCAC-GT--AAca
gi|17 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggtTCA--A-GT-G----AATTCAA-------TG-T-G-CA-A------TATATCAT-A--CA-AGA-ATTTTCAGATGA-AAT-T-GCATTCTCGTTGAA-A-T----------ATTAA-TCC-ACGTGca
gi|18 : attacaatgctctgaAGCG------AT-TCACACG-TG-CAA-TTC-ACAT-TG-AAACTT----TCACACAAATTTCA--C-GTGA--A---G----TTTACATGAAA
gi|19 : tacatgaatAATT-T--TAACGTAAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACATGAAATTTTC-G-TGA-------ATGTACGTATAAAGGTT--------CAC-ATT-AATTTC-AT---GTattttatt
gi|2 : atACAC-AGGC-AAATTG-T-GC-CTCA---------------T-CA---G-TGAAT-TCACCGT--------GAACTT------G--TGA---ACTG----TTCAC-G-TGG----A-C--TATCAC-GTATGAAT-G----T--T-----CT-G-TGAGA---TT-T-CA-CG------TTG---AAA----AG---A---TTATTC-A---AT-GAAA-----TTCAC---A-T-GAA-TTAT---TAACG-T-GAAT--TT--CA-ATTAACA-CCACTTCA--C-GTGA----AGTTCAT-------CG-T-G-AA-ATTTG--T-TAT--T-A--CA-TGA-A-TTTCAC-TGA-AAAGT-G-ATTCACA-TGAA-A-TTCACGTGAATATTAT-TTC--CATGAA--TTT-AC-ACGAAAGCA-CA--C-T-TCAC--A-TG-AAATTTC-ACTTATG--AGATTGTA-TAG-GTAATTTTCA--CTGTGA--ACGCAC---TTCACGTGAAA-TCACGG-TGA-------A---AA-T----A--TT--------CACGGTGAAAATTCAAT---GTGA-ACTCCT-GTTAACGT--A-A-TTTACATGAAA-AG----TTTAA-CTTT-TGTTG-TATCAATTTCAC-TTGAT----ATT---TTT-GAAATTTA-GAATTG-AAATTTGTAACGGC-AAATTCCTTGTACAGCAT-GC----AGCAC-TTA-A-TGTGTCTTTA--TAAATAG--CT-ATT--CTGTTT
gi|20 : aacactataat-TAA----A-TA-T-TCAC-GT--GAA--A----T--C-----AC-A-TGA-A---TT-T-CA-CG------T-A--------------GA---TT--TC-A-C-AT-GCAA-----a
gi|3 : tgtgaaaACACGAGGC-AAATTG-T-G---TCA-CAT-GA-A-----TT-CA-CCG-TGAATGT-A---T-TA--CTTG---TT-C--ACG-------------------A--G-TGA----A-T--A-TCAC-GT--AAATGA----T--T-----TCTG-TGA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG-TTT---AT--TC-A-A-TT-GAAA-----TTCAC---A-T-GGAATTAT---TAACG-T-GAAT--TT--CACATT-ACA-CCACTTCA--C-GT-G----AATTCAT-------CG-T-GAAA-A------T-TGTTAT-A--CA-TGA-A-TTTCACGTG--AAAGT-GCATTCACA-TGAATA-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACATGAA--TTCTACTGAG-AAGCA-CA--C-T-TCAC--A-TGAAAA-TTC-AACT-TATGAGATTGTGCCAGTGT-AATTTCATCT-GTTA--ACGCAC---TTCACGTGAAAATTCC-G-TGA-------A---AAAT----TA-TT--------CACGGTG-AAATTC-AT---GTAATCCTC---GTTAACGT--A-A-TATACATGAAATAG----TTTAA-C-TT-TGT--TTATTCATTTCAC-TTAA-------T--ATTTTG-AATTTAGAA--TG--AATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGCAATGC----AGCACATTCAA-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTgtg
gi|4 : atACACGAGGC-AAAT-G-T-GC--TCATCAT-GA-A-----TT-CA-C-G-TGAAC-T---TGA-TA--C-TG---TT-C--ACGG-TGA---ACTA----T-CAC-G-TAA----A-TGTT-TC-T-GT--G------------------------GA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG---A---TTATTC-A-C-ATTGAAA-----TTCAC---A-T-GAA-TTAT---TAACG-T-GAA---TTTGCACATTA-CA-CCACTTCA--C-GTGA----AGTTCAT-------CG---G-AA-AGT----T-TGT--T-ATACA-TGA-ATTT-CAC-TGA-AAG-T-GCATTCACAT-GAATA-TTCACGTGAATATTAT-TTCCATG-GAA--TTCTACTGAG-AAGCA-CA--CCT-TCAC--AATG-AAAATTC-ACAT--G-AGAGTTGT--GCAGGTAATTTTCAT-C-GTGATTA---AGCACTTCACGTGAAAATCAC-G-TGA-------A---AA-T----A--TT--------CACG-TG-AAATTT-AT---GTGA-ACTCCTCGTTAACGTGAATA-TTCA--TGAAA-AGTTAACTTA-----T-TGTTGTTATCA-TTTCAC-TT-AT----ATT----TTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCATG-AGCAC-TTA-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CT-ATT--CTGTTTatg
gi|5 : AC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCAGCTT-GATA----ATT-CA-C-------------CGT-------TGAAATTTC--AC-----A---CCCT----TTCACTA-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----T--C-----AC-GTTGA-A---TC----------------------A----AG-TA-----T--TC-A-C-A--GAAA-----TTCACTCAG-T-GAAATAAT---TAACG-T-GAGAATTT--CACGATCACA-GCACTTCA--CTGT-A----AAATCA--------TT-T-A-AAGA------T-TGT--TAA--CA-TGA-A-TTTCACGTGA-AAAAT-G-ATTAATG-TGAA-A-TTCACGTGA-----AT-TTC-ACAT--------------G-AAGTG-CA--CG--TCAC--A-TG-AAA-TTC-ACGT----GAAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAA---CTC-C-TTA-------A---CATG----AATTT--------CACAGGA-AAAGTT-AT---TCG--CCTT---GTT----TTAA-ATTTCACATGAAC-AGT-------A-C-TT-----------AAT------TTGAA----A-------------TTTA-CA--TG-AAATTTGTA------AAT-TCCTTGTA-A-----AC----AGCCC-TGC-A-TGTG--TTTATGTGAATAG--TTAATTa
gi|6 : cataaataataaatacctacaACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-T--------------------G-TGAAT----------------GAAATT-C--A----------------------C-G-TGA----A------------T--GAA--AT---T--C-----AC----GA-ACCTTT-C-CA-CAAAAAGTT-G---AAA----AG-TGA----T--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATCAT---TTACA-T-GAAT--TT--CACGTTAACA-GCAC------------------TTTA--------CG-T-G-AA-A------T-TGT--TAA--CA-TGA-A-TTTCACGTGA-AAAAT-G--------------A-TTCACATGAA-ATTA--TTC-ACGTGGAT-TTC-AC-ATG-ACGTG-CA--C-T-TCAC--A-TG-AAA-TTC-ACGT----GAAATTGT--TAATGTGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAATTTCAT-G-TGA-------ac
gi|7 : tcataatgaacaaacatctat-G---AAC----AG-TCA---T----C-A-C-CC-GAAACACTATACAC---A-G-GCAATTGTGCCTCACA-T-GAA---TTTTCACGTGAAAA-GAGCATCAAAT-GT-G----AATTCA--------CA-T-G-AA-AAAAAAAT-T----C-A--CA-TGA-ATTT-CATGTGA-AAATT----TTGACA-TGAA-T-TTCAC------ATTATGTCC-TTGTGAT--TTT-AACATG-AA---------AT-TTAC--A-TG-AAT-TTC-ATGT-----GAATTTT--TCTCAT--ATTTTA--T-GTTT--A---A----TGCATGT--AATTTCC-A-AGA-------A---ggcacaa
gi|7 : ACAC-AGGC-AATT-G-T-GC-CTCA-CAT-GA-A----TTTTCA-C-G-TGAAAAG-AGCAT-CAAATGTGAA-TT-C--ACA--TGA---AAAAAAAATTCAC-A-TGA----A-T--T-TCAT-GT--GAA--AATTTT--G-----AC-A-TGA-A---TT-T-CA-CA------T-T---ATGTCCTTG-TGA---TT--TTAA-C-AT-GAAA-----TTTAC---A-T-G-AAT--T---TCATG-T-GAA---TT--cctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : gaacagtcatcacccgaaacactatTCA-CGT-AA-A----TTT-GG-T-G-TGAAT-C-ACCTT-C----GTGAAAAT-C--ACG--TGA---AATG----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAA-GT--GAG----------C-----AC-------A---TT-T--G-CC------T-T---CAA----AG-TGA---Ttttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : cttttcgcagtTCAC-T-TGA----A-A--T-TCAC-GT--GAAC-A----TTTC-----AC-G-TGA-T---TT-T-CA-CG-------------AA----GG-TGA---TT---C-A-C-AC-CAAA-----TTTAC---G-T-GAAATCAT---TAACG-T-CAAC--TT--CACGT------G---TTTA----GT-A----A--TCA--------CG-T-G-AA-A------T-TGT--A-A--CG-TGA-ATTT-CACCTGA-AAAGT-G-ATTCATGTC-AG-A-TTCACGTAAA-ACTAT-T-C-ACGTGAA--TTC-----C--AAGTG-AAATTAT-TAGC--G-TG-AAT-TTC-ACG--TG-AAAA----------GTGA--TTCA--C-GTGA--A---A----TTCATGTGAAaatcattaacgtcaacttcacgtgtttagtaatcacgtgaaattgtaacgtgaatttcacctgaaaagtgattcatgtcagattcacgtaaaactattcacgtgaattccaagtgaaattattagcgtgaatttcacgtgaaaagtgattcacgtgaaattcatgtgaacaac
gi|9 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgtgcACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-TGT-GA-ATGAAATT-CA-C-G-TGAAT----------------GAAATT-C--ACG----A---ACCT----TTC--------------------CAC------AA--A-------------AA-G-T-----------------------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAA--AT-----------------------CGTTAAC--GCAC------------------TTTA--------CG-T-G-AA-A--------TGT--TAA--CA-TGA-A-TTTCACGTGA-AAAA--------ATG------A-CTCACGTG-A-ATTA--TTC-ACGTGGATTTTC-ACTATG-ACGTGTTA--C-T-TCAC--A-TG-AAA-TTCGGCGT-TG--AAATTGT--TAATGTGAcaac
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 555555555555555 1111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222222222222222222222222222222 22222222 1111 11 11111 222222 4444444444444444444444 333 3333333333 4444444444444444444444444444444444 11 111 111 1 3333333333 333333333333333333 11 1 1 44444444444 11 1 1
lowQualScore : 8 4 8 4 8 4 00000000000000 3 555 3 666666666666666 2 0 2 33 8888888888888888 2 2 8888 2 55 2 2 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 444 2 66 555 3 3 888888 3 3 3 22222222222222222222222222222222222222 33333333 3 3 3 3 0000 3 88 3 00 3 3 7 3 2 3 33333 111111 3 2 7 7 4 4 0000000000000000000000 44 99 4 8 4 0 111 2 88 5 0 99 4 55 3333333333 4 1 4 4 5555555555555555555555555555555555 55 5 5 000 6 777 1 5 666 5 5555555555 5 5 777 0 5 777777777777777777 66 33 5 2 5 5 1 4 33333333333 5 5 5 22 9 77 5 2 7
lowQualScore : . . . . . . .............. . ... . ............... . . . .. ................ . . .... . .. . . .. ..................................................................... . ... . .. ... . . ...... . . . ...................................... ........ . . . . .... . .. . .. . . . . . . ..... ...... . . . . . . ...................... .. .. . . . . ... . .. . . .. . .. .......... . . . . .................................. .. . . ... . ... . . ... . .......... . . ... . . .................. .. .. . . . . . . ........... . . . .. . .. . . .
lowQualScore : 9 4 9 4 9 4 88888888888888 6 555 6 555555555555555 3 3 9 99 8888888888888888 9 7 3333 5 99 5 5 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 000 9 88 444 1 1 999999 6 1 1 11111111111111111111111111111111111111 55555555 1 1 1 1 8888 1 55 1 44 1 1 2 5 8 1 00000 888888 6 0 3 5 0 4 6666666666666666666666 77 55 0 0 0 7 333 8 66 7 4 55 0 55 0000000000 9 0 4 4 9999999999999999999999999999999999 44 7 7 000 7 999 7 0 111 7 9999999999 7 7 111 4 7 666666666666666666 00 66 7 0 7 7 4 3 11111111111 7 7 7 33 0 99 0 0 3
consensus : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA--TTCAC---G-T-GAAATTATTAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCAC-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G-AA-A----T-TGT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTATTTC-ACGTGAA-TT--C-ACTACG-AAGCGC-A-C-T-TCACA--TG-AAA-TTC-ACGTT--GAAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCNC-G-TGA-------A---AATTA-----A-TT---------CACGGTG-AAATTC-AT---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA-TTTAA-C-TT-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGAA----AT-T---TTT-GAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
Reference ( family-261 ) : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA--TTCAC---G-T-GAAATTATTAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCAC-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G-AA-A----T-TGT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTATTTC-ACGTGAA-TT--C-ACTACG-AAGCGC-A-CAT-TCACA--TG-AAA-TTC-ACGTTG-GAAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCNC-G-TGA-------A---AANTA-----A-TT---------CACGGTG-AAATTC-AT---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA-TTTAA-C-TT-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGAA----AT-T---TTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|1 : ACAC-AGGCCAAAT-GCT-GCTCTCA-CGTTGA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACTGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACCT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT---AA--A----TC-----AT-GT-GA-A---TT-TACACCGC-----T-G---AAA----AGTTGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA--TTCAC---GTT-GAAATTATTAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCGT-GT-A----ATTCCA--------CG-T-G-AA-A----T-TGT--T-A--CATTGA-ATTTTCACGTGACAAAAT-GCATTCACGTTGAA-ATTTCACATGAA-ATTAATTC-ACGTGAA-TT--C-ACTATG-AAGTGC-AGCAT-GCACA--TG-AAA-TTC-ATGTTG-AAAATTGT--TAACATGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCTC-GCTAACTCCTTTA---ACGTC-----A-TTTTTTTTTTCCGC-ATG-AAATTC-AT---GTGA-ATCC---GTTAACATGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA-TTTGGCC-CT-TGCTGTTACTAATTTCACATTGAACAGGAC-TTAATTTAGAAATTTA-TA--TGCAAATTTGTAAT-GTAAAA-TTCTTGTA-A-----AC----AGCAC-TTC-ATTGTG-TTATATGTGAATAGTTTTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|10 : -C--ACG--TGA---ACTC----TTTAT-GGTAATGTCA-T--T-TCACTGT--GAA--A----TTTGTTAAC-AT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA-------TG--------TC-A-CAAT-GAAATGTTTAC---G-T-G----TATT--CA-TCGGA---TT---ACATT-ATG-G----TCGA-GT-GTGATATTTCA--------CGATAG-TA-A----T-TTT--T-A--CG-TGA-ACCGCTACTCAA-GAAACAGTATTCACGTTGA----------TGAA-ATTcaga
gi|11 : tggattcataaaaagtac-T--T-TCAC-GT--GAA--AATT-TC-----AC-GT-GA-A---TC---CT-TG------T-G---AAA----AG-TAAATTTT--TC-AAC-AT-AAAC--TTCAC---G-T-G-GATTTTTTTCA-T-GTA---TT--CATATT--CATGCTCTT--------------TTCA--------TG-T-G-AA-----------------------A-ATTTTCCTG----------GCA---ATGT--AA-A-TTTCC---AA-A--ACTTC-ACATGAA-TT--T-TTTTCA-AAGTG-----ATCTTACA--T------TTT-GTGCT------CTTT--TAA-GTGAATTCCG--T-GTGA--A-----A----TTCATGttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|12 : cTCACGTGAAATATCC-G-TGA-------A---AATTA-------TT---------CACG-TG-AAAATT-ATAATGTGA-ATCC---TTTAACGT-AA-A-TTTACATGAAA-AGTT----TAA-C-TTATGTT-TTATTCATTTCAC-TTGAA-----T-T---TTTGGAAATTTA-AAT-TG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCAATGAGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTctaggcacg
gi|13 : ACAC-AGGC-AAAT-A-T-GC-CTCG-TGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-A-TTTTT-CA--TGTG-AACT-C--ATATTTGATGCTCTT----TTCAC-G-TAA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--AAATTTA-----AC-GT-GA-A---AT-T-CA-TG------T-G---A
gi|14 : caattgagccTC---CTTTACGTGAA-T-TTCACATGAAA-AGTTA-----A-C-TT-TGTTGTTATCAATTTCAC-TT--A----AT-T---T---GAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAATTCCTTGTACACAT--GC----AGCAC-TTC-A-TGTG--TTTATGTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|15 : --CGTGAAATT-TGTACA--TG------TT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TTAT-GT--at
gi|15 : ----TT-----AT-GT-GA-A---TTGT-CA-TG------T-GTTTATG----AG-TGA---TC--T-----------AG--TTCAT---G-T-G----T-TCGACG-G-TAA---TT-----GTTA-----CA--TCAC--T-A----ATTTCATTTGTTAGCG-T-G-AA-A----T-TTG--T-A--CA-TG---TTTTCACGTGA-Actaacaaatgaaattagtgatgtaacaattaccgtcgaacacatgaactagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|16 : acataaaa-A---TT-T-CA-AGG-----T-G---A---------TGA---TCA-TCGA-T-AT-TAAGG-TTCAC---A-TTGAAATT--CAACGAT-GAA---CT---------ACT-G---TTCAC-GTGA----AATTCG--------CA-T-G-AA-A----T-TAT--T-A--CG-TGACATTTTCACGTAA-
gi|16 : acatTCA-CATTGA-A----ATT-CAAC-GATGAAC-T-ACTGTTCA--CGTGAAATT-C--GCA--TGA---AATT----ATTAC-G-TGAC---ATT--T-TCAC-GT--AAca
gi|17 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggtTCAA-GT-G----AATTCAA-------TG-T-G-CA-A----TATATCAT-A--CA-AGA-ATTTTCAGATGA-AAT-T-GCATTCTCGTTGAA-A-T----------ATTAATCC-ACGTGca
gi|18 : attacaatgctctgaAGCG-----AT-TCACACGTG-CAA-TTC-ACATT--GAAACT-T--TCACACAAATTTCA--C-GTGA--A-----G----TTTACATGAAA
gi|19 : tacatgaatAATT-T--TAACGTAAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACATGAAATTTTC-G-TGA-------ATGTACGTATAAAGG-TT---------CAC-ATT-AATTTC-AT---GTattttatt
gi|2 : atACAC-AGGC-AAATTG-T-GC-CTCA---------------T-CA---G-TGAAT-TCACCGT--------GAACTT------G--TGA---ACTG----TTCAC-G-TGG----A-C--TATCAC-GTATGAAT-G----TT-----CT-GT-GAGA---TT-T-CA-CG------TTG---AAA----AG---A---TTATTC-A---AT-GAAA--TTCAC---A-T-GAA-TTATTAACG-T-GAAT--TT--CA-ATTAACA-CCACTTCAC-GTGA----AGTTCAT-------CG-T-G-AA-ATTTGT-TAT--T-A--CA-TGA-A-TTTCAC-TGA-AAAGT-G-ATTCACA-TGAA-A-TTCACGTGAATATTATTTC--CATGAA-TT--T-AC-ACGAAAGCAC-A-C-T-TCACA--TG-AAATTTC-ACTTAT-GAGATTGTA-TAG-GTAATTTTCA--CTGTGA--ACGC--AC---TTCACGTGAAA-TCACGG-TGA-------A---AAT-------A-TT---------CACGGTGAAAATTCAAT---GTGA-ACTCCT-GTTAACGT--A-A-TTTACATGAAA-AG----TTTAA-CTTT-TGTTG-TATCAATTTCAC-TTGAT----AT-T---TTT-GAAATTTA-GAATTG-AAATTTGTAACGGC-AAATTCCTTGTACAGCAT-GC----AGCAC-TTA-A-TGTGTCTTTA--TAAATAG--CT-ATT--CTGTTT
gi|20 : aacactataat-TAA----A-TA-T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-AT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-A--------------GA---TT--TC-A-C-AT-GCAA--a
gi|3 : tgtgaaaACACGAGGC-AAATTG-T-G---TCA-CAT-GA-A-----TT-CA-CCG-TGAATGT-A---T-TA--CTTG---TT-C--ACG-------------------A--G-TGA----A-T--A-TCAC-GT--AAATGA----TT-----TCTGT-GA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG-TTT---AT--TC-A-A-TT-GAAA--TTCAC---A-T-GGAATTATTAACG-T-GAAT--TT--CACATT-ACA-CCACTTCAC-GT-G----AATTCAT-------CG-T-GAAA-A----T-TGTTAT-A--CA-TGA-A-TTTCACGTG--AAAGT-GCATTCACA-TGAATA-TTCACGTGAA-ATTATTTC-ACATGAA-TT--CTACTGAG-AAGCAC-A-C-T-TCACA--TGAAAA-TTC-AACTTATGAGATTGTGCCAGTGT-AATTTCATCT-GTTA--ACGC--AC---TTCACGTGAAAATTCC-G-TGA-------A---AAATT-----A-TT---------CACGGTG-AAATTC-AT---GTAATCCTC---GTTAACGT--A-A-TATACATGAAATAG----TTTAA-C-TT-TGT--TTATTCATTTCAC-TTAAT----AT-T---TT---GAATTTAGAA--TG--AATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGCAATGC----AGCACATTCAA-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTgtg
gi|4 : atACACGAGGC-AAAT-G-T-GC--TCATCAT-GA-A-----TT-CA-C-G-TGAAC-T---TGA-TA--C-TG---TT-C--ACGG-TGA---ACTA----T-CAC-G-TAA----A-TGTT-TC-T-GT--G----------------------GA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG---A---TTATTC-A-C-ATTGAAA--TTCAC---A-T-GAA-TTATTAACG-T-GAA---TTTGCACATTA-CA-CCACTTCAC-GTGA----AGTTCAT-------CG---G-AA-AGT--T-TGT--T-ATACA-TGA-ATTT-CAC-TGA-AAG-T-GCATTCACAT-GAATA-TTCACGTGAATATTATTTCCATG-GAA-TT--CTACTGAG-AAGCAC-A-CCT-TCACAA-TG-AAAATTC-ACAT-G-AGAGTTGT--GCAGGTAATTTTCAT-C-GTGATTA-----AGCACTTCACGTGAAAATCAC-G-TGA-------A---AAT-------A-TT---------CACG-TG-AAATTT-AT---GTGA-ACTCCTCGTTAACGTGAATA-TTCA--TGAAA-AGTTAACTTA-----T-TGTTGTTATCA-TTTCAC-TT-------ATAT---TTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCATG-AGCAC-TTA-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CT-ATT--CTGTTTatg
gi|5 : AC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCAGCTT-GATA----ATT-CA-C-------------CGT-------TGAAATTTC--AC-----A---CCCT----TTCACTA-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GTTGA-A---TC----------------------A----AG-TA-----T--TC-A-C-A--GAAA--TTCACTCAG-T-GAAATAATTAACG-T-GAGAATTT--CACGATCACA-GCACTTCACTGT-A----AAATCA--------TT-T-A-AAGA----T-TGT--T-AA-CA-TGA-ATTT-CACGTGA-AAAAT-G-ATTAATGT-GAA-A-TTCACGTGAA-----TTTC-ACATGAA----------------GTGC-A-CGT--CACA--TG-AAA-TTC-ACGT---GAAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAA---CTC-C-TTA-------A---CATGA-----ATTT---------CACAGGA-AAAGTT-AT---TCG--CCTT---GTT----TTAA-ATTTCACATGAAC-AGT-------A-C-TT-----------AAT------TTGAA----A--------------TTTA-CA--TG-AAATTTGTA------AAT-TCCTTGTA-A-----AC----AGCCC-TGC-A-TGTG--TTTATGTGAATAG--TTAATTa
gi|6 : cataaataataaatacctacaACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-T--------------------G-TGAAT----------------GAAATT-C--A----------------------C-G-TGA----A------------T--GAA--AT---TC-----AC----GA-ACCTTT-C-CA-CAAAAAGTT-G---AAA----AG-TGA----T--TC-A-C-AT-GAAA--TTCAC---G-T-GAAATCATTTACA-T-GAAT--TT--CACGTTAACA-GCAC----------------TTTA--------CG-T-G-AA-A----T-TGT--TAA--CA-TGA-A-TTTCACGTGA-AAAAT-G--------------A-TTCACATGAA-ATTA-TTC-ACGTGGATTT--C-AC-ATG-ACGTGC-A-C-T-TCACA--TG-AAA-TTC-ACGT---GAAATTGT--TAATGTGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAATTTCAT-G-TGA-------ac
gi|7 : tcataatgaacaaacatctatACAC-AGGC-AATT-G-T-GC-CTCA-CAT-GA-A----TTTTCA-C-G-TGAAAAG-AGCAT-CAAATGTGAA-TT-C--ACA--TGA---AAAAAAAATTCAC-A-TGA----A-T--T-TCAT-GT--GAA--AATTTTG-----AC-AT-GA-A---TT-T-CA-CA------T-T---ATGTCCTTG-TGA---TT--TTAA-C-AT-GAAA--TTTAC---A-T-G-AAT--TTCATG-T-GAA---TT--ggcacaa
gi|8 : gaacagtcatcacccgaaacactatTCA-CGT-AA-A----TTT-GG-T-G-TGAAT-C-ACCTT-C----GTGAAAAT-C--ACG--TGA---AATG----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAA-GT--GAG--------C-----AC-------A---TT-T--G-CC------T-T---CAA----AG-TGA---Ttttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : cttttcgcagtT-CA--CTTGAAATT-C--ACG--TGA---ACAT----TTCAC-G-TGA----T-T--T-TCAC-G--------------------------------------------------------AA----GG-TGA----T--TC-A-C-AC-CAAA--TTTAC---G-T-GAAATCATTAACG-T-CAAC--TT--CACGT------G---TTTA--GT-A----A--TCA--------CG-T-G-AA-A----T-TGT--A-A--CG-TGA-A-TTTCACCTGA-AAAGT-G-ATTCATGTC-AG-A-TTCACGTAAA-ACTA-TTC-ACGTGAA-TT--C----------------------CAAG--TG-AAA----------------TTAT--TAGCGTGAATTTCA--C-GTGA--AAAGTGA----TTCACGTGAAATTCAT-G-TGA-------A---aatcattaacgtcaacttcacgtgtttagtaatcacgtgaaattgtaacgtgaatttcacctgaaaagtgattcatgtcagattcacgtaaaactattcacgtgaattccaagtgaaattattagcgtgaatttcacgtgaaaagtgattcacgtgaaattcatgtgaacaac
gi|9 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgtgcACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-TGT-GA-ATGAAATT-CA-C-G-TGAAT----------------GAAATT-C--ACG----A---ACCT----TTC--------------------CAC------AA--A-----------AA-GT------------------------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA--TTCAC---G-T-GAAA--------------A---T-----CGTTAAC--GCACTTTAC-GT-------------------------G-AA-A----T--GT--T-AA-CA-TGA-ATTT-CACGTGA-AAAA--------ATG------A-CTCACGTGAA--TTATT-C-ACGTGGA-TTTTC-ACTATG-ACGTGTTA-C-T-TCACA--TG-AAA-TTCGGCGTT--GAAATTGT--TAATGTGAcaac
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 555555555555555 1111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 2222222222222222222222222222222222222222 22222222 111111 111111111111111 222222222222222222 3333333333333333333333 1111 2222222222 33333333333333333333333333333333333333 11111 111 1 333333333 33333333333 1 1 1 44444444444 11 1 1
lowQualScore : 8 4 8 4 8 4 00000000000000 3 555 3 666666666666666 2 0 2 33 8888888888888888 2 2 8888 2 55 2 2 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 333 2 33333 555 2 2 7 1 44 555 4 2 2 1111111111111111111111111111111111111111 11111111 2 2 111111 2 33 222222222222222 2 2 6 6 1 2 000000000000000000 3 5 6 99 3 4 1111111111111111111111 88 3 3 3 3 3 4444 6 77 4 3 77 3 44 6666666666 0 1 3 99999999999999999999999999999999999999 22222 5 5 888 6 777 1 5 666 5 777777777 999 55 1 0 5 1 66666666666 2 66 77 5 5 2 5 5 1 4 33333333333 5 5 5 22 9 77 5 2 7
lowQualScore : . . . . . . .............. . ... . ............... . . . .. ................ . . .... . .. . . .. ..................................................................... . ... . ..... ... . . . . .. ... . . . ........................................ ........ . . ...... . .. ............... . . . . . . .................. . . . .. . . ...................... .. . . . . . .... . .. . . .. . .. .......... . . . ...................................... ..... . . ... . ... . . ... . ......... ... .. . . . . ........... . .. .. . . . . . . . ........... . . . .. . .. . . .
lowQualScore : 9 4 9 4 9 4 88888888888888 6 555 6 555555555555555 3 3 9 99 8888888888888888 9 7 3333 5 99 5 5 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 111 7 00000 000 9 9 8 4 66 000 4 9 9 9999999999999999999999999999999999999999 88888888 9 9 111111 9 99 444444444444444 9 9 1 1 9 9 999999999999999999 3 2 7 66 6 0 4444444444444444444444 66 6 6 6 6 6 2222 6 33 5 8 99 3 66 0000000000 1 0 6 00000000000000000000000000000000000000 55555 0 0 888 7 999 7 0 111 7 999999999 444 77 4 4 7 7 66666666666 0 00 99 7 7 0 7 7 4 3 11111111111 7 7 7 33 0 99 0 0 3
consensus : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCA--C-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G------AA-A--T-T----GT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTACGAA-GCGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TT-C-A-CGT-TG-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCNCG-TGAA---NAT-----TAA---T-T-CA-----------CG-GTGAA-----A-TTCA-T---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA--TTAA-CTT-T-GTTGTTATCAATTTCAC-TTGAN--------ATTTTNGAAATTTA-AA--T-G-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
Reference ( family-261 ) : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCA--C-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G------AA-A--T-T----GT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTACGAA-GCGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TT-C-A-CGT-TG-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCNCG-TGAA---AAT-----TAA---T-T-CA-----------CG-GTGAA-----A-TTCA-T---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA-TTTAA-CTT-T-GTTGTTATCAATTTCAC-TTGAA--------ATTTTTGAAATTTA-AA--T-G-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|1 : ACAC-AGGCCAAAT-GCT-GCTCTCA-CGTTGA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACTGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACCT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT---AA--A----TC-----AT-GT-GA-A---TT-TACACCGC-----T-G---AAA----AGTTGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---GTT-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCG--T-GT-A----ATTCCA--------CG-T-G------AA-A--T-T----GT--T-A--CATTGA-ATTTTCACGTGACAAAAT-GCATTCACGTTGAA-ATTTCACATGAA-ATTAA-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTATGAA-GTGC-AGCATGCACA--TG-AAA-TT-C-A-TGT-TGAAAATTGT--TAACATGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCTCG-CTAACTCCTT-----TAA---CGT-CATTTTTTTTTTCCGCATGAA-----A-TTCA-T---GTGA-ATCC---GTTAACATGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA-TTTGGCCCT-T-GCTGTTACTAATTTCACATTGAACAGGACTTAATTTAGAAATTTA-TA--T-GCAAATTTGTAAT-GTAAAA-TTCTTGTA-A-----AC----AGCAC-TTC-ATTGTG-TTATATGTGAATAGTTTTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|10 : -C--ACG--TGA---ACTC----TTTAT-GGTAATGTCA-T--T-TCACTGT--GAA--A----TTTGTTAAC-AT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA-------TG--------TC-A-CAAT-GAAATG---TTTAC---G-T-G----TAT---T--CA-TCGGA---TT---ACATT-ATG-G----TCG--A-GT-GTGATATTTCA--------CGATAG------TA-A--T-T----TT--T-A--CG-TGA-ACCGCTACTCAA-GAAACAGTATTCACGTTGA----------TGAA-ATTcaga
gi|11 : tggattcataaaaagtac-T--T-TCAC-GT--GAA--AATT-TC-----AC-GT-GA-A---TC---CT-TG------T-G---AAA----AG-TAAATTTT--TC-AAC-AT-AAAC-----TTCAC---G-T-G-GATTTT---TTTCA-T-GTA---TT--CATATT--CATGCTCTT----------------TTCA--------TG-T-G------AA-------------------------A-ATTTTCCTG----------GCA---ATGT--AA-A-TTTCC---AA-A--AC-TTC-ACATGAA-TT--T-TTTTCAAA-GTG--A-T-CTTACA--T------TT-T-G-TGC-T-----CTTT--TAA-GTGAATTCCG--T-GTGA--A-----A----TTCATGttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|12 : cTCACGTGAAATATCCG-TGAA---AAT-----TA----T-T-CA-----------CG--TGAA-----A-ATTA-TAATGTGA-ATCC---TTTAACGT-AA-A-TTTACATGAAA-AGTT----TAA-CTTAT-GTT-TTATTCATTTCAC-TTGAA--------TTTTTGGAAATTTA-AA--TTG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCAATGAGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTctaggcacg
gi|13 : ACAC-AGGC-AAAT-A-T-GC-CTCG-TGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-A-TTTTT-CA--TGTG-AACT-C--ATATTTGATGCTCTT----TTCAC-G-TAA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--AAATTTA-----AC-GT-GA-A---AT-T-CA-TG------T-G---A
gi|14 : caattgagccTC---CTTTACGTGAA-T-TTCACATGAAA-AGTTA-----A-CTT-T-GTTGTTATCAATTTCAC-TTAA------------TTTGAAATTTA-AA--T-G-AAATTTGTAAC-GC-AAATTCCTTGTACACAT--GC----AGCAC-TTC-A-TGTG--TTTATGTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|15 : --CGTGAAATT-TGTACA--TG------TT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TTAT-GT--at
gi|15 : ----TT-----AT-GT-GA-A---TTGT-CA-TG------T-GTTTATG----AG-TGA---TC--T-----------AG-----TTCAT---G-T-G----T-T---CGACG-G-TAA---TT-----GTTA-----CA--TCA--C--T-A----ATTTCATTTGTTAGCG-T-G------AA-A--T-T----TG--T-A--CA-TG---TTTTCACGTGA-Actaacaaatgaaattagtgatgtaacaattaccgtcgaacacatgaactagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|16 : acataaaa-A---TT-T-CA-AGG-----T-G---A---------TGA---TCA-TCGA-T-AT-TAAGG----TTCAC---A-TTGAAATT-----CAACGAT-GAA---CT---------ACT-G---TTCA--C-GTGA----AATTCG--------CA-T-G------AA-A--T-T----AT--T-A--CG-TGACATTTTCACGTAA-
gi|16 : acatTCA-CATTGA-A----ATT-CAAC-GATGAAC-T-ACTGTTCA--CGTGAAATT-C--GCA--TGA---AATT----ATTAC-G-TGAC---ATT--T-TCAC-GT--AAca
gi|17 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggtTCA--A-GT-G----AATTCAA-------TG-T-G------CA-A--TAT----ATCAT-A--CA-AGA-ATTTTCAGATGA-AAT-T-GCATTCTCGTTGAA-A-T----------ATTAA-TCC-ACGTGca
gi|18 : attacaatgctctga-TA-AAATT-T--TCATGTAAACTTCA--C-GTGA--A-----A----TTTGTGTGAAAGTTTC----AA---TGT-----GAA---T-TGCA-----------CGTGTGAATCGCTA-TTCA-T---GT
gi|18 : t-TTCACACGTG-CAA-TT-C-A-CAT-TG-AAACT-T--TCACACAAATTTCA--C-GTGA--A-----G----TTTACATGAAAtt
gi|19 : tacatgaatagcgaAATT-T--TAACGTAAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACATGAAATTTTCG-TGAA---TGTACGTATAAAGGT-T-CA-----------C--ATTAA-----T-TTCA-T---GTattttatt
gi|2 : atACAC-AGGC-AAATTG-T-GC-CTCA---------------T-CA---G-TGAAT-TCACCGT--------GAACTT------G--TGA---ACTG----TTCAC-G-TGG----A-C--TATCAC-GTATGAAT-G----TT-----CT-GT-GAGA---TT-T-CA-CG------TTG---AAA----AG---A---TTATTC-A---AT-GAAA-----TTCAC---A-T-GAA-TTAT---TAACG-T-GAA---TTT-CA-ATTAACA-CCACTTCA--C-GTGA----AGTTCAT-------CG-T-G------AA-A--T-TTGTTAT--T-A--CA-TGA-ATTT-CAC-TGA-AAAGT-G-ATTCACAT-GAA-A-TTCACGTGAATATTAT-TTC--CATGAA-TT--T-AC-ACGAAAGCAC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TTTC-A-CTTATG-AGATTGTA-TAG-GTAATTTTCA--CTGTGA--ACGC--AC---TTCACGTGAAAT-CACGGTGAA---AAT-------A---T-T-CA-----------CG-GTGAA-----AATTCAAT---GTGA-ACTCCT-GTTAACGT--A-A-TTTACATGAAA-AGTT----TAA-CTT-TTGTTGT-ATCAATTTCAC-TTGAT--------ATTTTTGAAATTTA-GAATT-G-AAATTTGTAACGGC-AAATTCCTTGTACAGCAT-GC----AGCAC-TTA-A-TGTGTCTTTA--TAAATAG--CT-ATT--CTGTTT
gi|20 : aacactataat-TAA----A-TA-T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-AT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-A--------------GA---TT--TC-A-C-AT-GCAA-----a
gi|3 : tgtgaaaACACGAGGC-AAATTG-T-G---TCA-CAT-GA-A-----TT-CA-CCG-TGAATGT-A---T-TA--CTTG---TT-C--ACG-------------------A--G-TGA----A-T--A-TCAC-GT--AAATGA----TT-----TCTGT-GA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG-TTT---AT--TC-A-A-TT-GAAA-----TTCAC---A-T-GGAATTAT---TAACG-T-GAAT--TT--CACATT-ACA-CCACTTCA--C-GT-G----AATTCAT-------CG-T-GA-----AA-A--T-T----GTTAT-A--CA-TGA-A-TTTCACGTG--AAAGT-GCATTCACA-TGAATA-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACATGAA-TT--CTACTGAGAA-GCAC-A-C-TTCACA--TGAAAA-TT-CAA-CTTATG-AGATTGTGCCAGTGT-AATTTCATCT-GTTA--ACGC--AC---TTCACGTGAAAATTCCG-TGAA---AAA-----TTA---T-T-CA-----------CG-GTGAA-----A-TTCA-T---GTAATCCTC---GTTAACGT--A-A-TATACATGAAATAG----TTTAA-CTT-T-GT--TTATTCATTTCAC-TTAAT--------ATTTT--GAATTTAGAA--T-G--AATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGCAATGC----AGCACATTCAA-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTgtg
gi|4 : atACACGAGGC-AAAT-G-T-GC--TCATCAT-GA-A-----TT-CA-C-G-TGAAC-T---TGA-TA--C-TG---TT-C--ACGG-TGA---ACTA----T-CAC-G-TAA----A-TGTT-TC-T-GT--G----------------------GA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG---A---TTATTC-A-C-ATTGAAA-----TTCAC---A-T-GAA-TTAT---TAACG-T-GAA---TTTGCACATTA-CA-CCACTTCA--C-GTGA----AGTTCAT-------CG---G------AA-AGTT-T----GT--T-ATACA-TGA-ATTT-CAC-TGA-AAG-T-GCATTCACAT-GAATA-TTCACGTGAATATTAT-TTCCATG-GAA-TT--CTACTGAGAA-GCAC-A-CCTTCACAA-TG-AAAATT-C-A-CAT-GA-GAGTTGT--GCAGGTAATTTTCAT-C-GTGATTA-----AGCACTTCACGTGAAAATCACG-TGAA---AAT-------A---T-T-CA-----------CG--TGAA-----A-TTTA-T---GTGA-ACTCCTCGTTAACGTGAATA-TTCA--TGAAA-AGTTAACTTA----T-T-GTTGTTATCA-TTTCAC-TT-AT--------ATTTTGGAAATTTA-AA--T-G-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCATG-AGCAC-TTA-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CT-ATT--CTGTTTatg
gi|5 : AC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCAGCTT-GATA----ATT-CA-C-------------CGT-------TGAAATTTC--AC-----A---CCCT----TTCACTA-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GTTGA-A---TC----------------------A----AG-TA-----T--TC-A-C-A--GAAA-----TTCACTCAG-T-GAAATAAT---TAACG-T-GAGAATTT--CACGATCACA-GCACTTCA--CTGT-A----AAATCA--------TT-T-A------AAGA--T-T----GT--T-AA-CA-TGA-ATTT-CACGTGA-AAAAT-G-ATTAATGT-GAA-A-TTCACGTGAA-----T-TTC-ACATGAA----------------GTGC-A-C-GTCACA--TG-AAA-TT-C-A-CGT--G-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAA---CTCC-TTAA---CAT-----GAAT--T-T-CA-----------CA-GGAAA-----A-GTTA-T---TCG--CCTT---GTT----TTAA-ATTTCACATGAAC-AGT-------A-CTT------------AAT------TTGAA-----------------ATTTA-CA--T-G-AAATTTGTA------AAT-TCCTTGTA-A-----AC----AGCCC-TGC-A-TGTG--TTTATGTGAATAG--TTAATTa
gi|6 : cataaataataaatacctacaACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-T--------------------G-TGAAT----------------GAAATT-C--A----------------------C-G-TGA----A------------T--GAA--AT---TC-----AC----GA-ACCTTT-C-CA-CAAAAAGTT-G---AAA----AG-TGA----T--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATCAT---TTACA-T-GAAT--TT--CACGTTAACA-GCAC------------------TTTA--------CG-T-G------AA-A--T-T----GT--TAA--CA-TGA-A-TTTCACGTGA-AAAAT-G--------------A-TTCACATGAA-ATTA--TTC-ACGTGGATTT--C-AC-ATGAC-GTGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TT-C-A-CG--TG-AAATTGT--TAATGTGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAATTTCATG-TGAac
gi|7 : tcataatgaacaaacatctat-G---AAC----AG-TCA---T----C-A-C-CC-GAAACACTATACAC---A-G-GCAATTGTGCCTCACA-T-GAA---TTTTCACGTGAAAA-GAGCATCAAAT-GT-G----AATTCA--------CA-T-GAAAAAAAA-A--T-------T--C-A--CA-TGA-A-TTTCATGTGA-AAATT----TTGACA-TGAA-T-TTCAC------ATTATGTCC-TTGTGAT-TT--T-AACATGAA-A--------TTTACA--TG-AAT-TT-C-A-TGT----GAATTTT--TCTCAT--ATTTTA--T-GTTT--A-----A----TGCATGT--AATTTCCA-AGAA---ggcacaa
gi|7 : ACAC-AGGC-AATT-G-T-GC-CTCA-CAT-GA-A----TTTTCA-C-G-TGAAAAG-AGCAT-CAAATGTGAA-TT-C--ACA--TGA---AAAAAAAATTCAC-A-TGA----A-T--T-TCAT-GT--GAA--AATTTTG-----AC-AT-GA-A---TT-T-CA-CA------T-T---ATGTCCTTG-TGA---TT--TTAA-C-AT-GAAA-----TTTAC---A-T-G-AAT--T---TCATG-T-GAA---TT--cctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : gaacagtcatcacccgaaacactatTCA-CGT-AA-A----TTT-GG-T-G-TGAAT-C-ACCTT-C----GTGAAAAT-C--ACG--TGA---AATG----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAA-GT--GAG--------C-----AC-------A---TT-T--G-CC------T-T---CAA----AG-TGA---Ttttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : cttttcgcagtT-CA--CTTGAAATT-C--ACG--TGA---ACAT----TTCAC-G-TGA----T-T--T-TCAC-G--------------------------------------------------------AA----GG-TGA----T--TC-A-C-AC-CAAA-----TTTAC---G-T-GAAATCAT---TAACG-T-CAAC--TT--CACGT------G---TTTA----GT-A----A--TCA--------CG-T-G------AA-A--T-T----GT--A-A--CG-TGA-A-TTTCACCTGA-AAAGT-G-ATTCATGTC-AG-A-TTCACGTAAA-ACTA--TTC-ACGTGAA-TT--C---------------------CAAG--TG-AA------------------ATTAT--TAGCGTGAATTTCA--C-GTGA--AAAGTGA----TTCACGTGAAATTCATG-TGAA---aatcattaacgtcaacttcacgtgtttagtaatcacgtgaaattgtaacgtgaatttcacctgaaaagtgattcatgtcagattcacgtaaaactattcacgtgaattccaagtgaaattattagcgtgaatttcacgtgaaaagtgattcacgtgaaattcatgtgaacaac
gi|9 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgtgcACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-TGT-GA-ATGAAATT-CA-C-G-TGAAT----------------GAAATT-C--ACG----A---ACCT----TTC--------------------CAC------AA--A-----------AA-GT------------------------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAA-----------------A---T-----CGTTAAC--GCACTTTA--C-GT-------------------------G------AA-A--T------GT--T-AA-CA-TGA-ATTT-CACGTGA-AAAA--------ATG------A-CTCACGTGAA--TTAT-T-C-ACGTGGA-TTTTC-ACTATGAC-GTGTTA-C-TTCACA--TG-AAA-TT-C-GGCGT-TG-AAATTGT--TAATGTGAcaac
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 555555555555555 1111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 2222222222222222222222222222222222222222 22222222 1111111111111111111111 222222222222222222 3333333333333333333333 11111 2222222222 33333333333333333333333333333333333333 11111 111 1 4444444 1111 33333333333 1 1 44444444444 11 1 1
lowQualScore : 8 4 8 4 8 4 00000000000000 3 555 3 666666666666666 2 0 2 33 8888888888888888 2 2 8888 2 55 2 2 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 333 2 33333 555 2 2 7 1 44 555 4 2 2 1111111111111111111111111111111111111111 11111111 2 2 2 2 7777777777777777777777 2 2 2 9 1 2 000000000000000000 3 5 6 99 3 4 1111111111111111111111 88 3 3 3 3 3 33333 6 77 4 3 77 3 44 6666666666 0 1 3 22222222222222222222222222222222222222 22222 5 5 888 6 777 1 5 666 5 4444444 7777 55 1 0 5 5 22222222222 3 66 77 5 5 2 5 5 1 4 33333333333 5 5 5 22 9 77 5 2 7
lowQualScore : . . . . . . .............. . ... . ............... . . . .. ................ . . .... . .. . . .. ..................................................................... . ... . ..... ... . . . . .. ... . . . ........................................ ........ . . . . ...................... . . . . . . .................. . . . .. . . ...................... .. . . . . . ..... . .. . . .. . .. .......... . . . ...................................... ..... . . ... . ... . . ... . ....... .... .. . . . . ........... . .. .. . . . . . . . ........... . . . .. . .. . . .
lowQualScore : 9 4 9 4 9 4 88888888888888 6 555 6 555555555555555 3 3 9 99 8888888888888888 9 7 3333 5 99 5 5 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 111 7 00000 000 9 9 8 4 66 000 4 9 9 9999999999999999999999999999999999999999 88888888 9 9 9 9 2222222222222222222222 9 9 6 6 9 9 999999999999999999 3 2 7 66 6 0 4444444444444444444444 66 6 6 6 6 6 55555 6 33 5 8 99 3 66 0000000000 1 0 6 44444444444444444444444444444444444444 55555 0 0 888 7 999 7 0 111 7 7777777 3333 77 4 4 7 3 44444444444 0 00 99 7 7 0 7 7 4 3 11111111111 7 7 7 33 0 99 0 0 3
consensus : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCA--C-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTACGAA-GCGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TT-C-A-CGT-TG-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCNCG-TGAA---CGT-----TAA---T-T-CA-----------CG-GTGAA-----A-TTCA-T---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTA-T--AACTT--T-GTTGTTATCAATTTCAC-TTGA--------TATTTTGGAAATTTA-AA--T-G-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
Reference ( family-261 ) : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCA--C-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTACGAA-GCGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TT-C-A-CGT-TG-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCNCG-TGAA---NAT-----TAA---T-T-CA-----------CG-GTGAA-----A-TTCA-T---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTATT--AACTT--T-GTTGTTATCAATTTCAC-TTGA--------NATTTTNGAAATTTA-AA--T-G-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|1 : ACAC-AGGCCAAAT-GCT-GCTCTCA-CGTTGA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACTGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACCT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT---AA--A----TC-----AT-GT-GA-A---TT-TACACCGC-----T-G---AAA----AGTTGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---GTT-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCG--T-GT-A----ATTCCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--T-A--CATTGA-ATTTTCACGTGACAAAAT-GCATTCACGTTGAA-ATTTCACATGAA-ATTAA-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTATGAA-GTGC-AGCATGCACA--TG-AAA-TT-C-A-TGT-TGAAAATTGT--TAACATGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCTCG-CTAACTCCTT-----TAA---CGT-CATTTTTTTTTTCCGCATGAA-----A-TTCA-T---GTGA-ATCC---GTTAACATGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTATTTGGCCCT--T-GCTGTTACTAATTTCACATTGAACAGGACTTAATTTAGAAATTTA-TA--T-GCAAATTTGTAAT-GTAAAA-TTCTTGTA-A-----AC----AGCAC-TTC-ATTGTG-TTATATGTGAATAGTTTTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|10 : -C--ACG--TGA---ACTC----TTTAT-GGTAATGTCA-T--T-TCACTGT--GAA--A----TTTGTTAAC-AT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA-------TG--------TC-A-CAAT-GAAATG---TTTAC---G-T-G----TAT---T--CA-TCGGA---TT---ACATT-ATG-G----TCG--A-GT-GTGATATTTCA--------CGATAG-TA-A------T-T----TT--T-A--CG-TGA-ACCGCTACTCAA-GAAACAGTATTCACGTTGA----------TGAA-ATTcaga
gi|11 : tggattcataaaaagtac-T--T-TCAC-GT--GAA--AATT-TC-----AC-GT-GA-A---TC---CT-TG------T-G---AAA----AG-TAAATTTT--TC-AAC-AT-AAAC-----TTCAC---G-T-G-GATTTT---TTTCA-T-GTA---TT--CATATT--CATGCTCTT----------------TTCA--------TG-T-G-AA-----------------------------A-ATTTTCCTG----------GCA---ATGT--AA-A-TTTCC---AA-A--AC-TTC-ACATGAA-TT--T-TTTTCAAA-GTG--A-T-CTTACA--T------TT-T-G-TGC-T-----CTTT--TAA-GTGAATTCCG--T-GTGA--A-----A----TTCATGttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|12 : cTCACGTGAAATATCCG-TGAA---AAT-----TA----T-T-CA-----------CG--TGAA-----A-ATTA-TAATGTGA-ATCC---TTTAACGT-AA-A-TTTACATGAAA-AGTT--T--AACTTA-T-GTT-TTATTCATTTCAC-TTGA--------ATTTTTGGAAATTTA-AA--TTG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCAATGAGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTctaggcacg
gi|13 : ACAC-AGGC-AAAT-A-T-GC-CTCG-TGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-A-TTTTT-CA--TGTG-AACT-C--ATATTTGATGCTCTT----TTCAC-G-TAA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--AAATTTA-----AC-GT-GA-A---AT-T-CA-TG------T-G---A
gi|14 : caattgagccTC---CTTTACGTGAA-T-TTCACATGAAA-AGTTA-----ACTT--T-GTTGTTATCAATTTCAC-TTAA------------TTTGAAATTTA-AA--T-G-AAATTTGTAAC-GC-AAATTCCTTGTACACAT--GC----AGCAC-TTC-A-TGTG--TTTATGTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|15 : --CGTGAAATT-TGTACA--TG------TT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TTAT-GT--at
gi|15 : ----TT-----AT-GT-GA-A---TTGT-CA-TG------T-GTTTATG----AG-TGA---TC--T-----------AG-----TTCAT---G-T-G----T-T---CGACG-G-TAA---TT-----GTTA-----CA--TCA--C--T-A----ATTTCATTTGTTAGCG-T-G-AA-A------T-T----TG--T-A--CA-TG---TTTTCACGTGA-Actaacaaatgaaattagtgatgtaacaattaccgtcgaacacatgaactagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|16 : acataaaa-A---TT-T-CA-AGG-----T-G---A---------TGA---TCA-TCGA-T-AT-TAAGG----TTCAC---A-TTGAAATT-----CAACGAT-GAA---CT---------ACT-G---TTCA--C-GTGA----AATTCG--------CA-T-G-AA-A------T-T----AT--T-A--CG-TGACATTTTCACGTAA-
gi|16 : acatTCA-CATTGA-A----ATT-CAAC-GATGAAC-T-ACTGTTCA--CGTGAAATT-C--GCA--TGA---AATT----ATTAC-G-TGAC---ATT--T-TCAC-GT--AAca
gi|17 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggtTCA--A-GT-G----AATTCAA-------TG-T-G-CA-A------TAT----ATCAT-A--CA-AGA-ATTTTCAGATGA-AAT-T-GCATTCTCGTTGAA-A-T----------ATTAA-TCC-ACGTGca
gi|18 : attacaatgctctga-TA-AAATT-T--TCATGTAAACTTCA--C-GTGA--A-----A----TTTGTGTGAAAGTTTC----AA---TGT-----GAA---T-TGCA-----------CGTGTGAATCGCTA-TTCA-T---GT
gi|18 : t-TTCACACGTG-CAA-TT-C-A-CAT-TG-AAACT-T--TCACACAAATTTCA--C-GTGA--A-----G----TTTACATGAAAtt
gi|19 : tacatgaatagcgaAATT-T--TAACGTAAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACATGAAATTTTCG-TGAA---TGTACGTATAAAGGT-T-CA-----------C--ATTAA-----T-TTCA-T---GTattttatt
gi|2 : atACAC-AGGC-AAATTG-T-GC-CTCA---------------T-CA---G-TGAAT-TCACCGT--------GAACTT------G--TGA---ACTG----TTCAC-G-TGG----A-C--TATCAC-GTATGAAT-G----TT-----CT-GT-GAGA---TT-T-CA-CG------TTG---AAA----AG---A---TTATTC-A---AT-GAAA-----TTCAC---A-T-GAA-TTAT---TAACG-T-GAA---TTT-CA-ATTAACA-CCACTTCA--C-GTGA----AGTTCAT-------CG-T-G-AA-A------T-TTGTTAT--T-A--CA-TGA-ATTT-CAC-TGA-AAAGT-G-ATTCACAT-GAA-A-TTCACGTGAATATTAT-TTC--CATGAA-TT--T-AC-ACGAAAGCAC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TTTC-A-CTTATG-AGATTGTA-TAG-GTAATTTTCA--CTGTGA--ACGC--AC---TTCACGTGAAAT-CACGGTGAA---AAT-------A---T-T-CA-----------CG-GTGAA-----AATTCAAT---GTGA-ACTCCT-GTTAACGT--A-A-TTTACATGAAA-AGTT--T--AACTT--TTGTTGT-ATCAATTTCAC-TTGA--------TATTTTTGAAATTTA-GAATT-G-AAATTTGTAACGGC-AAATTCCTTGTACAGCAT-GC----AGCAC-TTA-A-TGTGTCTTTA--TAAATAG--CT-ATT--CTGTTT
gi|20 : aacactataat-TAA----A-TA-T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-AT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-A--------------GA---TT--TC-A-C-AT-GCAA-----a
gi|3 : tgtgaaaACACGAGGC-AAATTG-T-G---TCA-CAT-GA-A-----TT-CA-CCG-TGAATGT-A---T-TA--CTTG---TT-C--ACG-------------------A--G-TGA----A-T--A-TCAC-GT--AAATGA----TT-----TCTGT-GA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG-TTT---AT--TC-A-A-TT-GAAA-----TTCAC---A-T-GGAATTAT---TAACG-T-GAAT--TT--CACATT-ACA-CCACTTCA--C-GT-G----AATTCAT-------CG-T-GAAA-A------T-T----GTTAT-A--CA-TGA-A-TTTCACGTG--AAAGT-GCATTCACA-TGAATA-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACATGAA-TT--CTACTGAGAA-GCAC-A-C-TTCACA--TGAAAA-TT-CAA-CTTATG-AGATTGTGCCAGTGT-AATTTCATCT-GTTA--ACGC--AC---TTCACGTGAAAATTCCG-TGAA---AAA-----TTA---T-T-CA-----------CG-GTGAA-----A-TTCA-T---GTAATCCTC---GTTAACGT--A-A-TATACATGAAATAGT--TT--AACTT--T-GT--TTATTCATTTCAC-TTAA--------TATTTTG--AATTTAGAA--T-G--AATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGCAATGC----AGCACATTCAA-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTgtg
gi|4 : atACACGAGGC-AAAT-G-T-GC--TCATCAT-GA-A-----TT-CA-C-G-TGAAC-T---TGA-TA--C-TG---TT-C--ACGG-TGA---ACTA----T-CAC-G-TAA----A-TGTT-TC-T-GT--G----------------------GA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG---A---TTATTC-A-C-ATTGAAA-----TTCAC---A-T-GAA-TTAT---TAACG-T-GAA---TTTGCACATTA-CA-CCACTTCA--C-GTGA----AGTTCAT-------CG---G-AA-AGT----T-T----GT--T-ATACA-TGA-ATTT-CAC-TGA-AAG-T-GCATTCACAT-GAATA-TTCACGTGAATATTAT-TTCCATG-GAA-TT--CTACTGAGAA-GCAC-A-CCTTCACAA-TG-AAAATT-C-A-CAT-GA-GAGTTGT--GCAGGTAATTTTCAT-C-GTGATTA-----AGCACTTCACGTGAAAATCACG-TGAA---AAT-------A---T-T-CA-----------CG--TGAA-----A-TTTA-T---GTGA-ACTCCTCGTTAACGTGAATA-TTCA--TGAAA-AGTTA-----ACTTATT-GTTGTTATCA-TTTCAC-TT-A--------TATTTTGGAAATTTA-AA--T-G-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCATG-AGCAC-TTA-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CT-ATT--CTGTTTatg
gi|5 : AC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCAGCTT-GATA----ATT-CA-C-------------CGT-------TGAAATTTC--AC-----A---CCCT----TTCACTA-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GTTGA-A---TC----------------------A----AG-TA-----T--TC-A-C-A--GAAA-----TTCACTCAG-T-GAAATAAT---TAACG-T-GAGAATTT--CACGATCACA-GCACTTCA--CTGT-A----AAATCA--------TT-T-A-AAGA------T-T----GT--T-AA-CA-TGA-ATTT-CACGTGA-AAAAT-G-ATTAATGT-GAA-A-TTCACGTGAA-----T-TTC-ACATGAA----------------GTGC-A-C-GTCACA--TG-AAA-TT-C-A-CG--TG-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAA---CTCC-TTAA---CAT-----GAAT--T-T-CA-----------CA-GGAAA-----A-GTTA-T---TCG--CCTT---GTT----TTAA-ATTTCACATGAAC-AGT-------ACTT-------------AATTT-----------------------GAAATTTA-CA--T-G-AAATTTGTA------AAT-TCCTTGTA-A-----AC----AGCCC-TGC-A-TGTG--TTTATGTGAATAG--TTAATTa
gi|6 : cataaataataaatacctacaACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-T--------------------G-TGAAT----------------GAAATT-C--A----------------------C-G-TGA----A------------T--GAA--AT---TC-----AC----GA-ACCTTT-C-CA-CAAAAAGTT-G---AAA----AG-TGA----T--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATCAT---TTACA-T-GAAT--TT--CACGTTAACA-GCAC------------------TTTA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--TAA--CA-TGA-A-TTTCACGTGA-AAAAT-G--------------A-TTCACATGAA-ATTA--TTC-ACGTGGATTT--C-AC-ATGAC-GTGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TT-C-A-CG--TG-AAATTGT--TAATGTGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAATTTCATG-TGAac
gi|7 : tcataatgaacaaacatctat-G---AAC----AG-TCA---T----C-A-C-CC-GAAACACTATACAC---A-G-GCAATTGTGCCTCACA-T-GAA---TTTTCACGTGAAAA-GAGCATCAAAT-GT-G----AATTCA--------CA-T-G-AA-AAAAAAAT-T--------C-A--CA-TGA-ATTT-CATGTGA-AAATT----TTGACA-TGAA-T-TTCAC------ATTATGTCC-TTGTGAT-TT--T-AACATGAA-A--------TTTACA--TG-AAT-TT-C-A-TGT----GAATTTT--TCTCAT--ATTTTA--T-GTTT--A-----A----TGCATGT--AATTTCCA-AGAA---CCT-----GAA---T-ggcacaa
gi|7 : ACAC-AGGC-AATT-G-T-GC-CTCA-CAT-GA-A----TTTTCA-C-G-TGAAAAG-AGCAT-CAAATGTGAA-TT-C--ACA--TGA---AAAAAAAATTCAC-A-TGA----A-T--T-TCAT-GT--GAA--AATTTTG-----AC-AT-GA-A---TT-T-CA-CA------T-T---ATGTCCTTG-TGA---TT--TTAA-C-AT-GAAA-----TTTAC---A-T-G-AAT--T---TCATG-T-GAA---TT--attttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : gaacagtcatcacccgaaacactatTCA-CGT-AA-A----TTT-GG-T-G-TGAAT-C-ACCTT-C----GTGAAAAT-C--ACG--TGA---AATG----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAA-GT--GAG--------C-----AC-------A---TT-T--G-CC------T-T---CAA----AG-TGA---Ttttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : cttttcgcagtT-CA--CTTGAAATT-C--ACG--TGA---ACAT----TTCAC-G-TGA----T-T--T-TCAC-G--------------------------------------------------------AA----GG-TGA----T--TC-A-C-AC-CAAA-----TTTAC---G-T-GAAATCAT---TAACG-T-CAAC--TT--CACGT------G---TTTA----GT-A----A--TCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--A-A--CG-TGA-A-TTTCACCTGA-AAAGT-G-ATTCATGTC-AG-A-TTCACGTAAA-ACTA--TTC-ACGTGAA-TT--C---------------------CAAG--TG-AA------------------ATTAT--TAGCGTGAATTTCA--C-GTGA--AAAGTGA----TTCACGTGAAATTCATG-TGAA---CAaatcattaacgtcaacttcacgtgtttagtaatcacgtgaaattgtaacgtgaatttcacctgaaaagtgattcatgtcagattcacgtaaaactattcacgtgaattccaagtgaaattattagcgtgaatttcacgtgaaaagtgattcacgtgaaattcatgtgaacaac
gi|9 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgtgcACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-TGT-GA-ATGAAATT-CA-C-G-TGAAT----------------GAAATT-C--ACG----A---ACCT----TTC--------------------CAC------AA--A-----------AA-GT------------------------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAA-----------------A---T-----CGTTAAC--GCACTTTA--C-GT-------------------------G-AA-A------T------GT--T-AA-CA-TGA-ATTT-CACGTGA-AAAA--------ATG------A-CTCACGTGAA--TTAT-T-C-ACGTGGA-TTTTC-ACTATGAC-GTGTTA-C-TTCACA--TG-AAA-TT-C-GGCGT-TG-AAATTGT--TAATGTGAac
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 555555555555555 1111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 2222222222222222222222222222222222222222 22222222 1111111111111111111111 222222222222222222 3333333333333333333333 1111 2222222222 44444444444444444444444444444444444444 11111 111 1 333333 11 22222222222 11 1 1 44444444444 11 1 1
lowQualScore : 8 4 8 4 8 4 00000000000000 3 555 3 666666666666666 2 0 2 33 8888888888888888 2 2 8888 2 55 2 2 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 333 2 33333 555 2 2 7 1 44 555 4 2 2 1111111111111111111111111111111111111111 11111111 2 2 2 2 7777777777777777777777 2 2 2 9 1 2 000000000000000000 3 5 6 99 3 4 1111111111111111111111 88 3 7 3 3 4444 6 77 4 3 77 3 44 6666666666 4 1 3 00000000000000000000000000000000000000 5 22222 5 888 6 777 1 5 666 5 777777 5 33 777 0 5 5 55555555555 4 66 33 5 2 5 5 1 4 33333333333 5 5 5 22 9 77 5 2 7
lowQualScore : . . . . . . .............. . ... . ............... . . . .. ................ . . .... . .. . . .. ..................................................................... . ... . ..... ... . . . . .. ... . . . ........................................ ........ . . . . ...................... . . . . . . .................. . . . .. . . ...................... .. . . . . .... . .. . . .. . .. .......... . . . ...................................... . ..... . ... . ... . . ... . ...... . .. ... . . . ........... . .. .. . . . . . . ........... . . . .. . .. . . .
lowQualScore : 9 4 9 4 9 4 88888888888888 6 555 6 555555555555555 3 3 9 99 8888888888888888 9 7 3333 5 99 5 5 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 111 7 00000 000 9 9 8 4 66 000 4 9 9 9999999999999999999999999999999999999999 88888888 9 9 9 9 2222222222222222222222 9 9 6 6 9 9 999999999999999999 3 2 7 66 6 0 4444444444444444444444 66 6 3 6 6 2222 6 33 5 8 99 3 66 0000000000 5 0 6 00000000000000000000000000000000000000 0 55555 0 888 7 999 7 0 111 7 333333 7 66 111 4 7 3 66666666666 3 00 66 7 0 7 7 4 3 11111111111 7 7 7 33 0 99 0 0 3
consensus : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCA--C-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTACG-AAGCGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TTC-A-CGT-TG-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCNC-GTGAA---CGT-----TAA---T-T-CA-----------CG-GTG-AA-----ATTC-AT---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTAT---AAC-TT--TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGA--------TATTTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
Reference ( family-261 ) : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCA--C-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTACG-AAGCGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TTC-A-CGT-TG-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCNC-GTGAA---CGT-----TAA---T-T-CA-----------CG-GTG-AA-----ATTC-AT---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTAT---AAC-TT--TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGA--------TATTTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|1 : ACAC-AGGCCAAAT-GCT-GCTCTCA-CGTTGA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACTGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACCT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT---AA--A----TC-----AT-GT-GA-A---TT-TACACCGC-----T-G---AAA----AGTTGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---GTT-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCG--T-GT-A----ATTCCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--T-A--CATTGA-ATTTTCACGTGACAAAAT-GCATTCACGTTGAA-ATTTCACATGAA-ATTAA-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTATG-AAGTGC-AGCATGCACA--TG-AAA-TTC-A-TGT-TGAAAATTGT--TAACATGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCTC-GCTAACTCCTT-----TAA---CGT-CATTTTTTTTTTCCGCATG-AA-----ATTC-AT---GTGA-ATCC---GTTAACATGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTATTTGGCC-CT--TGCTGTTACTAATTTCACATTGAACAGGACTTAATTTAGAAATTTA-TA--TGCAAATTTGTAAT-GTAAAA-TTCTTGTA-A-----AC----AGCAC-TTC-ATTGTG-TTATATGTGAATAGTTTTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|10 : -C--ACG--TGA---ACTC----TTTAT-GGTAATGTCA-T--T-TCACTGT--GAA--A----TTTGTTAAC-AT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA-------TG--------TC-A-CAAT-GAAATG---TTTAC---G-T-G----TAT---T--CA-TCGGA---TT---ACATT-ATG-G----TCG--A-GT-GTGATATTTCA--------CGATAG-TA-A------T-T----TT--T-A--CG-TGA-ACCGCTACTCAA-GAAACAGTATTCACGTTGA----------TGAA-ATTcaga
gi|11 : tggattcataaaaagtac-T--T-TCAC-GT--GAA--AATT-TC-----AC-GT-GA-A---TC---CT-TG------T-G---AAA----AG-TAAATTTT--TC-AAC-AT-AAAC-----TTCAC---G-T-G-GATTTT---TTTCA-T-GTA---TT--CATATT--CATGCTCTT----------------TTCA--------TG-T-G-AA-----------------------------A-ATTTTCCTG----------GCA---ATGT--AA-A-TTTCC---AA-A--AC-TTC-ACATGAA-TT--T-TTTTCA-AAGTG--A-T-CTTACA--T------TTT-G-TGC-T-----CTTT--TAA-GTGAATTCCG--T-GTGA--A-----A----TTCATGttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|12 : cTCACGTGAAATATCC-GTGAA---AAT-----TA----T-T-CA-----------CG--TG-AA-----AATT-ATAATGTGA-ATCC---TTTAACGT-AA-A-TTTACATGAAA-AGTT-T---AAC-TTA-TGTT-TTATTCATTTCAC-TTGA--------ATTTTTGGAAATTTA-AAT-TG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCAATGAGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTctaggcacg
gi|13 : ACAC-AGGC-AAAT-A-T-GC-CTCG-TGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-A-TTTTT-CA--TGTG-AACT-C--ATATTTGATGCTCTT----TTCAC-G-TAA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--AAATTTA-----AC-GT-GA-A---AT-T-CA-TG------T-G---A
gi|14 : caattgagccTC---CTTTACGTGAA-T-TTCACATGAAA-AGTTA-----AC-TT--TGTTGTTATCAATTTCAC-TTAA--------T---TTG-AAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAATTCCTTGTACACAT--GC----AGCAC-TTC-A-TGTG--TTTATGTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|15 : --CGTGAAATT-TGTACA--TG------TT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TTAT-GT--at
gi|15 : ----TT-----AT-GT-GA-A---TTGT-CA-TG------T-GTTTATG----AG-TGA---TC--T-----------AG-----TTCAT---G-T-G----T-T---CGACG-G-TAA---TT-----GTTA-----CA--TCA--C--T-A----ATTTCATTTGTTAGCG-T-G-AA-A------T-T----TG--T-A--CA-TG---TTTTCACGTGA-Actaacaaatgaaattagtgatgtaacaattaccgtcgaacacatgaactagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|16 : acataaaa-A---TT-T-CA-AGG-----T-G---A---------TGA---TCA-TCGA-T-AT-TAAGG----TTCAC---A-TTGAAATT-----CAACGAT-GAA---CT---------ACT-G---TTCA--C-GTGA----AATTCG--------CA-T-G-AA-A------T-T----AT--T-A--CG-TGACATTTTCACGTAA-
gi|16 : acatTCA-CATTGA-A----ATT-CAAC-GATGAAC-T-ACTGTTCA--CGTGAAATT-C--GCA--TGA---AATT----ATTAC-G-TGAC---ATT--T-TCAC-GT--AAca
gi|17 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggtTCA--A-GT-G----AATTCAA-------TG-T-G-CA-A------TAT----ATCAT-A--CA-AGA-ATTTTCAGATGA-AAT-T-GCATTCTCGTTGAA-A-T----------ATTAA-TCC-ACGTGca
gi|18 : attacaatgctctga-TA-AAATT-T--TCATGTAAACTTCA--C-GTGA--A-----A----TTTGTGTGAAAGTTTC----AA---TGT-----GAA---T-TGCA-----------CGTGTG-AATCGCTATTC-AT---GT
gi|18 : t-TTCACACGTG-CAA-TTC-A-CAT-TG-AAACT-T--TCACACAAATTTCA--C-GTGA--A-----G----TTTACATGAAAtt
gi|19 : tacatgaatagcgaAATT-T--TAACGTAAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACATGAAATTTTC-GTGAA---TGTACGTATAAAGGT-T-CA-----------C--ATT-AA-----TTTC-AT---GTattttatt
gi|2 : atACAC-AGGC-AAATTG-T-GC-CTCA---------------T-CA---G-TGAAT-TCACCGT--------GAACTT------G--TGA---ACTG----TTCAC-G-TGG----A-C--TATCAC-GTATGAAT-G----TT-----CT-GT-GAGA---TT-T-CA-CG------TTG---AAA----AG---A---TTATTC-A---AT-GAAA-----TTCAC---A-T-GAA-TTAT---TAACG-T-GAA---TTT-CA-ATTAACA-CCACTTCA--C-GTGA----AGTTCAT-------CG-T-G-AA-A------T-TTGTTAT--T-A--CA-TGA-ATTT-CAC-TGA-AAAGT-G-ATTCACAT-GAA-A-TTCACGTGAATATTAT-TTC--CATGAA-TT--T-AC-ACGAAAGCAC-A-C-TTCACA--TG-AAATTTC-A-CTTATG-AGATTGTA-TAG-GTAATTTTCA--CTGTGA--ACGC--AC---TTCACGTGAAA-TCACGGTGAA---AAT-------A---T-T-CA-----------CG-GTGAAA-----ATTCAAT---GTGA-ACTCCT-GTTAACGT--A-A-TTTACATGAAA-AGTT-T---AACTTT--TGTTG-TATCAATTTCAC-TTGA--------TATTTTTGAAATTTA-GAATTG-AAATTTGTAACGGC-AAATTCCTTGTACAGCAT-GC----AGCAC-TTA-A-TGTGTCTTTA--TAAATAG--CT-ATT--CTGTTT
gi|20 : aacactataat-TAA----A-TA-T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-AT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-A--------------GA---TT--TC-A-C-AT-GCAA-----a
gi|3 : tgtgaaaACACGAGGC-AAATTG-T-G---TCA-CAT-GA-A-----TT-CA-CCG-TGAATGT-A---T-TA--CTTG---TT-C--ACG-------------------A--G-TGA----A-T--A-TCAC-GT--AAATGA----TT-----TCTGT-GA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG-TTT---AT--TC-A-A-TT-GAAA-----TTCAC---A-T-GGAATTAT---TAACG-T-GAAT--TT--CACATT-ACA-CCACTTCA--C-GT-G----AATTCAT-------CG-T-GAAA-A------T-T----GTTAT-A--CA-TGA-A-TTTCACGTG--AAAGT-GCATTCACA-TGAATA-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACATGAA-TT--CTACTGAG-AAGCAC-A-C-TTCACA--TGAAAA-TTCAA-CTTATG-AGATTGTGCCAGTGT-AATTTCATCT-GTTA--ACGC--AC---TTCACGTGAAAATTCC-GTGAA---AAA-----TTA---T-T-CA-----------CG-GTG-AA-----ATTC-AT---GTAATCCTC---GTTAACGT--A-A-TATACATGAAATAGTT-T---AAC-TT--TGT--TTATTCATTTCAC-TTAA--------TATTTTG--AATTTAGAA--TG--AATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGCAATGC----AGCACATTCAA-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTgtg
gi|4 : atACACGAGGC-AAAT-G-T-GC--TCATCAT-GA-A-----TT-CA-C-G-TGAAC-T---TGA-TA--C-TG---TT-C--ACGG-TGA---ACTA----T-CAC-G-TAA----A-TGTT-TC-T-GT--G----------------------GA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG---A---TTATTC-A-C-ATTGAAA-----TTCAC---A-T-GAA-TTAT---TAACG-T-GAA---TTTGCACATTA-CA-CCACTTCA--C-GTGA----AGTTCAT-------CG---G-AA-AGT----T-T----GT--T-ATACA-TGA-ATTT-CAC-TGA-AAG-T-GCATTCACAT-GAATA-TTCACGTGAATATTAT-TTCCATG-GAA-TT--CTACTGAG-AAGCAC-A-CCTTCACAA-TG-AAAATTC-A-CAT-GA-GAGTTGT--GCAGGTAATTTTCAT-C-GTGATTA-----AGCACTTCACGTGAAAATCAC-GTGAA---AAT-------A---T-T-CA-----------CG--TG-AA-----ATTT-AT---GTGA-ACTCCTCGTTAACGTGAATA-TTCA--TGAAA-AGTTA-----AC-TTATTGTTGTTATCA-TTTCAC-TT-A--------TATTTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCATG-AGCAC-TTA-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CT-ATT--CTGTTTatg
gi|5 : AC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCAGCTT-GATA----ATT-CA-C-------------CGT-------TGAAATTTC--AC-----A---CCCT----TTCACTA-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GTTGA-A---TC----------------------A----AG-TA-----T--TC-A-C-A--GAAA-----TTCACTCAG-T-GAAATAAT---TAACG-T-GAGAATTT--CACGATCACA-GCACTTCA--CTGT-A----AAATCA--------TT-T-A-AAGA------T-T----GT--T-AA-CA-TGA-ATTT-CACGTGA-AAAAT-G-ATTAATGT-GAA-A-TTCACGTGAA-----T-TTC-ACATGAA----------------GTGC-A-C-GTCACA--TG-AAA-TTC-A-CGT--G-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAA---CTC-CTTAA---CAT-----GAAT--T-T-CA-----------CA-GGA-AA-----AGTT-AT---TCG--CCTT---GTT----TTAA-ATTTCACATGAAC-AGT-------AC-TT------------AATTT-----------------------GAAATTTA-CA--TG-AAATTTGTA------AAT-TCCTTGTA-A-----AC----AGCCC-TGC-A-TGTG--TTTATGTGAATAG--TTAATTa
gi|6 : cataaataataaatacctacaACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-T--------------------G-TGAAT----------------GAAATT-C--A----------------------C-G-TGA----A------------T--GAA--AT---TC-----AC----GA-ACCTTT-C-CA-CAAAAAGTT-G---AAA----AG-TGA----T--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATCAT---TTACA-T-GAAT--TT--CACGTTAACA-GCAC------------------TTTA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--TAA--CA-TGA-A-TTTCACGTGA-AAAAT-G--------------A-TTCACATGAA-ATTA--TTC-ACGTGGATTT--C-AC-ATG-ACGTGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TTC-A-CG--TG-AAATTGT--TAATGTGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAATTTCAT-GTGAac
gi|7 : tcataatgaacaaacatctat-G---AAC----AG-TCA---T----C-A-C-CC-GAAACACTATACAC---A-G-GCAATTGTGCCTCACA-T-GAA---TTTTCACGTGAAAA-GAGCATCAAAT-GT-G----AATTCA--------CA-T-G-AA-AAAAAAAT-T--------C-A--CA-TGA-ATTT-CATGTGA-AAATT----TTGACA-TGAA-T-TTCAC------ATTATGTCC-TTGTGAT-TT--T-AACATG-AAA--------TTTACA--TG-AAT-TTC-A-TGT----GAATTTT--TCTCAT--ATTTTA--T-GTTT--A-----A----TGCATGT--AATTTCC-AAGAA---CCT-----GAA---T-ggcacaa
gi|7 : ACAC-AGGC-AATT-G-T-GC-CTCA-CAT-GA-A----TTTTCA-C-G-TGAAAAG-AGCAT-CAAATGTGAA-TT-C--ACA--TGA---AAAAAAAATTCAC-A-TGA----A-T--T-TCAT-GT--GAA--AATTTTG-----AC-AT-GA-A---TT-T-CA-CA------T-T---ATGTCCTTG-TGA---TT--TTAA-C-AT-GAAA-----TTTAC---A-T-G-AAT--T---TCATG-T-GAA---TT--attttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : gaacagtcatcacccgaaacactatTCA-CGT-AA-A----TTT-GG-T-G-TGAAT-C-ACCTT-C----GTGAAAAT-C--ACG--TGA---AATG----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAA-GT--GAG--------C-----AC-------A---TT-T--G-CC------T-T---CAA----AG-TGA---Ttttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : cttttcgcagtT-CA--CTTGAAATT-C--ACG--TGA---ACAT----TTCAC-G-TGA----T-T--T-TCAC-G--------------------------------------------------------AA----GG-TGA----T--TC-A-C-AC-CAAA-----TTTAC---G-T-GAAATCAT---TAACG-T-CAAC--TT--CACGT------G---TTTA----GT-A----A--TCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--A-A--CG-TGA-A-TTTCACCTGA-AAAGT-G-ATTCATGTC-AG-A-TTCACGTAAA-ACTA--TTC-ACGTGAA-TT--C---------------------CAAG--TG-AA-----------------ATTAT--TAGCGTGAATTTCA--C-GTGA--AAAGTGA----TTCACGTGAAATTCAT-GTGAA---Caatcattaacgtcaacttcacgtgtttagtaatcacgtgaaattgtaacgtgaatttcacctgaaaagtgattcatgtcagattcacgtaaaactattcacgtgaattccaagtgaaattattagcgtgaatttcacgtgaaaagtgattcacgtgaaattcatgtgaacaac
gi|9 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgtgcACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-TGT-GA-ATGAAATT-CA-C-G-TGAAT----------------GAAATT-C--ACG----A---ACCT----TTC--------------------CAC------AA--A-----------AA-GT------------------------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAA-----------------A---T-----CGTTAAC--GCACTTTA--C-GT-------------------------G-AA-A------T------GT--T-AA-CA-TGA-ATTT-CACGTGA-AAAA--------ATG------A-CTCACGTGAA--TTAT-T-C-ACGTGGA-TTTTC-ACTATG-ACGTGTTA-C-TTCACA--TG-AAA-TTC-GGCGT-TG-AAATTGT--TAATGTGAaac
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 555555555555555 1111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 2222222222222222222222222222222222222222 22222222 1111111111111111111111 222222222222222222 3333333333333333333333 1111 2222222222 44444444444444444444444444444444444444 11111 111 1 333333 11 22222222222 11 1 1 44444444444 11 1 1
lowQualScore : 8 4 8 4 8 4 00000000000000 3 555 3 666666666666666 2 0 2 33 8888888888888888 2 2 8888 2 55 2 2 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 333 2 33333 555 2 2 7 1 44 555 4 2 2 1111111111111111111111111111111111111111 11111111 2 2 2 2 7777777777777777777777 2 2 2 9 1 2 000000000000000000 3 5 6 99 3 4 1111111111111111111111 88 3 7 3 3 4444 6 77 4 3 77 3 44 6666666666 4 1 3 00000000000000000000000000000000000000 5 22222 5 888 6 777 1 5 666 5 777777 5 33 777 0 5 5 55555555555 4 66 33 5 2 5 5 1 4 33333333333 5 5 5 22 9 77 5 2 7
lowQualScore : . . . . . . .............. . ... . ............... . . . .. ................ . . .... . .. . . .. ..................................................................... . ... . ..... ... . . . . .. ... . . . ........................................ ........ . . . . ...................... . . . . . . .................. . . . .. . . ...................... .. . . . . .... . .. . . .. . .. .......... . . . ...................................... . ..... . ... . ... . . ... . ...... . .. ... . . . ........... . .. .. . . . . . . ........... . . . .. . .. . . .
lowQualScore : 9 4 9 4 9 4 88888888888888 6 555 6 555555555555555 3 3 9 99 8888888888888888 9 7 3333 5 99 5 5 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 111 7 00000 000 9 9 8 4 66 000 4 9 9 9999999999999999999999999999999999999999 88888888 9 9 9 9 2222222222222222222222 9 9 6 6 9 9 999999999999999999 3 2 7 66 6 0 4444444444444444444444 66 6 3 6 6 2222 6 33 5 8 99 3 66 0000000000 5 0 6 00000000000000000000000000000000000000 0 55555 0 888 7 999 7 0 111 7 333333 7 66 111 4 7 3 66666666666 3 00 66 7 0 7 7 4 3 11111111111 7 7 7 33 0 99 0 0 3
consensus : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCA--C-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTACG-AAGCGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TTC-A-CGT-TG-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCNC-GTGAA---CGT-----TAA---T-T-CA-----------CG-GTG-AA-----ATTC-AT---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTAT---AAC-TT--TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGA--------TATTTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
Reference ( family-261 ) : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCA--C-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTACG-AAGCGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TTC-A-CGT-TG-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCNC-GTGAA---CGT-----TAA---T-T-CA-----------CG-GTG-AA-----ATTC-AT---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTAT---AAC-TT--TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGA--------TATTTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|1 : ACAC-AGGCCAAAT-GCT-GCTCTCA-CGTTGA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACTGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACCT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT---AA--A----TC-----AT-GT-GA-A---TT-TACACCGC-----T-G---AAA----AGTTGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---GTT-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCG--T-GT-A----ATTCCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--T-A--CATTGA-ATTTTCACGTGACAAAAT-GCATTCACGTTGAA-ATTTCACATGAA-ATTAA-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTATG-AAGTGC-AGCATGCACA--TG-AAA-TTC-A-TGT-TGAAAATTGT--TAACATGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCTC-GCTAACTCCTT-----TAA---CGT-CATTTTTTTTTTCCGCATG-AA-----ATTC-AT---GTGA-ATCC---GTTAACATGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTATTTGGCC-CT--TGCTGTTACTAATTTCACATTGAACAGGACTTAATTTAGAAATTTA-TA--TGCAAATTTGTAAT-GTAAAA-TTCTTGTA-A-----AC----AGCAC-TTC-ATTGTG-TTATATGTGAATAGTTTTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|10 : -C--ACG--TGA---ACTC----TTTAT-GGTAATGTCA-T--T-TCACTGT--GAA--A----TTTGTTAAC-AT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA-------TG--------TC-A-CAAT-GAAATG---TTTAC---G-T-G----TAT---T--CA-TCGGA---TT---ACATT-ATG-G----TCG--A-GT-GTGATATTTCA--------CGATAG-TA-A------T-T----TT--T-A--CG-TGA-ACCGCTACTCAA-GAAACAGTATTCACGTTGA----------TGAA-ATTcaga
gi|11 : tggattcataaaaagtac-T--T-TCAC-GT--GAA--AATT-TC-----AC-GT-GA-A---TC---CT-TG------T-G---AAA----AG-TAAATTTT--TC-AAC-AT-AAAC-----TTCAC---G-T-G-GATTTT---TTTCA-T-GTA---TT--CATATT--CATGCTCTT----------------TTCA--------TG-T-G-AA-----------------------------A-ATTTTCCTG----------GCA---ATGT--AA-A-TTTCC---AA-A--AC-TTC-ACATGAA-TT--T-TTTTCA-AAGTG--A-T-CTTACA--T------TTT-G-TGC-T-----CTTT--TAA-GTGAATTCCG--T-GTGA--A-----A----TTCATGttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|12 : cTCACGTGAAATATCC-GTGAA---AAT-----TA----T-T-CA-----------CG--TG-AA-----AATT-ATAATGTGA-ATCC---TTTAACGT-AA-A-TTTACATGAAA-AGTT-T---AAC-TTA-TGTT-TTATTCATTTCAC-TTGA--------ATTTTTGGAAATTTA-AAT-TG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCAATGAGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTctaggcacg
gi|13 : ACAC-AGGC-AAAT-A-T-GC-CTCG-TGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-A-TTTTT-CA--TGTG-AACT-C--ATATTTGATGCTCTT----TTCAC-G-TAA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--AAATTTA-----AC-GT-GA-A---AT-T-CA-TG------T-G---A
gi|14 : caattgagccTC---CTTTACGTGAA-T-TTCACATGAAA-AGTTA-----AC-TT--TGTTGTTATCAATTTCAC-TTAA--------T---TTG-AAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAATTCCTTGTACACAT--GC----AGCAC-TTC-A-TGTG--TTTATGTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|15 : --CGTGAAATT-TGTACA--TG------TT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TTAT-GT--at
gi|15 : ----TT-----AT-GT-GA-A---TTGT-CA-TG------T-GTTTATG----AG-TGA---TC--T-----------AG-----TTCAT---G-T-G----T-T---CGACG-G-TAA---TT-----GTTA-----CA--TCA--C--T-A----ATTTCATTTGTTAGCG-T-G-AA-A------T-T----TG--T-A--CA-TG---TTTTCACGTGA-Actaacaaatgaaattagtgatgtaacaattaccgtcgaacacatgaactagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|16 : acataaaa-A---TT-T-CA-AGG-----T-G---A---------TGA---TCA-TCGA-T-AT-TAAGG----TTCAC---A-TTGAAATT-----CAACGAT-GAA---CT---------ACT-G---TTCA--C-GTGA----AATTCG--------CA-T-G-AA-A------T-T----AT--T-A--CG-TGACATTTTCACGTAA-
gi|16 : acatTCA-CATTGA-A----ATT-CAAC-GATGAAC-T-ACTGTTCA--CGTGAAATT-C--GCA--TGA---AATT----ATTAC-G-TGAC---ATT--T-TCAC-GT--AAca
gi|17 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaaggtTCA--A-GT-G----AATTCAA-------TG-T-G-CA-A------TAT----ATCAT-A--CA-AGA-ATTTTCAGATGA-AAT-T-GCATTCTCGTTGAA-A-T----------ATTAA-TCC-ACGTGca
gi|18 : attacaatgctctga-TA-AAATT-T--TCATGTAAACTTCA--C-GTGA--A-----A----TTTGTGTGAAAGTTTC----AA---TGT-----GAA---T-TGCA-----------CGTGTG-AATCGCTATTC-AT---GT
gi|18 : t-TTCACACGTG-CAA-TTC-A-CAT-TG-AAACT-T--TCACACAAATTTCA--C-GTGA--A-----G----TTTACATGAAAtt
gi|19 : tacatgaatagcgaAATT-T--TAACGTAAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACATGAAATTTTC-GTGAA---TGTACGTATAAAGGT-T-CA-----------C--ATT-AA-----TTTC-AT---GTattttatt
gi|2 : atACAC-AGGC-AAATTG-T-GC-CTCA---------------T-CA---G-TGAAT-TCACCGT--------GAACTT------G--TGA---ACTG----TTCAC-G-TGG----A-C--TATCAC-GTATGAAT-G----TT-----CT-GT-GAGA---TT-T-CA-CG------TTG---AAA----AG---A---TTATTC-A---AT-GAAA-----TTCAC---A-T-GAA-TTAT---TAACG-T-GAA---TTT-CA-ATTAACA-CCACTTCA--C-GTGA----AGTTCAT-------CG-T-G-AA-A------T-TTGTTAT--T-A--CA-TGA-ATTT-CAC-TGA-AAAGT-G-ATTCACAT-GAA-A-TTCACGTGAATATTAT-TTC--CATGAA-TT--T-AC-ACGAAAGCAC-A-C-TTCACA--TG-AAATTTC-A-CTTATG-AGATTGTA-TAG-GTAATTTTCA--CTGTGA--ACGC--AC---TTCACGTGAAA-TCACGGTGAA---AAT-------A---T-T-CA-----------CG-GTGAAA-----ATTCAAT---GTGA-ACTCCT-GTTAACGT--A-A-TTTACATGAAA-AGTT-T---AACTTT--TGTTG-TATCAATTTCAC-TTGA--------TATTTTTGAAATTTA-GAATTG-AAATTTGTAACGGC-AAATTCCTTGTACAGCAT-GC----AGCAC-TTA-A-TGTGTCTTTA--TAAATAG--CT-ATT--CTGTTT
gi|20 : aacactataat-TAA----A-TA-T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-AT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-A--------------GA---TT--TC-A-C-AT-GCAA-----a
gi|3 : tgtgaaaACACGAGGC-AAATTG-T-G---TCA-CAT-GA-A-----TT-CA-CCG-TGAATGT-A---T-TA--CTTG---TT-C--ACG-------------------A--G-TGA----A-T--A-TCAC-GT--AAATGA----TT-----TCTGT-GA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG-TTT---AT--TC-A-A-TT-GAAA-----TTCAC---A-T-GGAATTAT---TAACG-T-GAAT--TT--CACATT-ACA-CCACTTCA--C-GT-G----AATTCAT-------CG-T-GAAA-A------T-T----GTTAT-A--CA-TGA-A-TTTCACGTG--AAAGT-GCATTCACA-TGAATA-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACATGAA-TT--CTACTGAG-AAGCAC-A-C-TTCACA--TGAAAA-TTCAA-CTTATG-AGATTGTGCCAGTGT-AATTTCATCT-GTTA--ACGC--AC---TTCACGTGAAAATTCC-GTGAA---AAA-----TTA---T-T-CA-----------CG-GTG-AA-----ATTC-AT---GTAATCCTC---GTTAACGT--A-A-TATACATGAAATAGTT-T---AAC-TT--TGT--TTATTCATTTCAC-TTAA--------TATTTTG--AATTTAGAA--TG--AATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGCAATGC----AGCACATTCAA-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTgtg
gi|4 : atACACGAGGC-AAAT-G-T-GC--TCATCAT-GA-A-----TT-CA-C-G-TGAAC-T---TGA-TA--C-TG---TT-C--ACGG-TGA---ACTA----T-CAC-G-TAA----A-TGTT-TC-T-GT--G----------------------GA-A---TT-T-CAGCG------T-G---AAA----AG---A---TTATTC-A-C-ATTGAAA-----TTCAC---A-T-GAA-TTAT---TAACG-T-GAA---TTTGCACATTA-CA-CCACTTCA--C-GTGA----AGTTCAT-------CG---G-AA-AGT----T-T----GT--T-ATACA-TGA-ATTT-CAC-TGA-AAG-T-GCATTCACAT-GAATA-TTCACGTGAATATTAT-TTCCATG-GAA-TT--CTACTGAG-AAGCAC-A-CCTTCACAA-TG-AAAATTC-A-CAT-GA-GAGTTGT--GCAGGTAATTTTCAT-C-GTGATTA-----AGCACTTCACGTGAAAATCAC-GTGAA---AAT-------A---T-T-CA-----------CG--TG-AA-----ATTT-AT---GTGA-ACTCCTCGTTAACGTGAATA-TTCA--TGAAA-AGTTA-----AC-TTATTGTTGTTATCA-TTTCAC-TT-A--------TATTTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GCATG-AGCAC-TTA-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CT-ATT--CTGTTTatg
gi|5 : AC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCAGCTT-GATA----ATT-CA-C-------------CGT-------TGAAATTTC--AC-----A---CCCT----TTCACTA-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GTTGA-A---TC----------------------A----AG-TA-----T--TC-A-C-A--GAAA-----TTCACTCAG-T-GAAATAAT---TAACG-T-GAGAATTT--CACGATCACA-GCACTTCA--CTGT-A----AAATCA--------TT-T-A-AAGA------T-T----GT--T-AA-CA-TGA-ATTT-CACGTGA-AAAAT-G-ATTAATGT-GAA-A-TTCACGTGAA-----T-TTC-ACATGAA----------------GTGC-A-C-GTCACA--TG-AAA-TTC-A-CGT--G-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAA---CTC-CTTAA---CAT-----GAAT--T-T-CA-----------CA-GGA-AA-----AGTT-AT---TCG--CCTT---GTT----TTAA-ATTTCACATGAAC-AGT-------AC-TT------------AATTT-----------------------GAAATTTA-CA--TG-AAATTTGTA------AAT-TCCTTGTA-A-----AC----AGCCC-TGC-A-TGTG--TTTATGTGAATAG--TTAATTa
gi|6 : cataaataataaatacctacaACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-T--------------------G-TGAAT----------------GAAATT-C--A----------------------C-G-TGA----A------------T--GAA--AT---TC-----AC----GA-ACCTTT-C-CA-CAAAAAGTT-G---AAA----AG-TGA----T--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATCAT---TTACA-T-GAAT--TT--CACGTTAACA-GCAC------------------TTTA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--TAA--CA-TGA-A-TTTCACGTGA-AAAAT-G--------------A-TTCACATGAA-ATTA--TTC-ACGTGGATTT--C-AC-ATG-ACGTGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TTC-A-CG--TG-AAATTGT--TAATGTGAATTTCA--C-ATGA--A-----A----TTCACGTGAATTTCAT-GTGAac
gi|7 : tcataatgaacaaacatctat-G---AAC----AG-TCA---T----C-A-C-CC-GAAACACTATACAC---A-G-GCAATTGTGCCTCACA-T-GAA---TTTTCACGTGAAAA-GAGCATCAAAT-GT-G----AATTCA--------CA-T-G-AA-AAAAAAAT-T--------C-A--CA-TGA-ATTT-CATGTGA-AAATT----TTGACA-TGAA-T-TTCAC------ATTATGTCC-TTGTGAT-TT--T-AACATG-AAA--------TTTACA--TG-AAT-TTC-A-TGT----GAATTTT--TCTCAT--ATTTTA--T-GTTT--A-----A----TGCATGT--AATTTCC-AAGAA---CCT-----GAA---T-ggcacaa
gi|7 : ACAC-AGGC-AATT-G-T-GC-CTCA-CAT-GA-A----TTTTCA-C-G-TGAAAAG-AGCAT-CAAATGTGAA-TT-C--ACA--TGA---AAAAAAAATTCAC-A-TGA----A-T--T-TCAT-GT--GAA--AATTTTG-----AC-AT-GA-A---TT-T-CA-CA------T-T---ATGTCCTTG-TGA---TT--TTAA-C-AT-GAAA-----TTTAC---A-T-G-AAT--T---TCATG-T-GAA---TT--attttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : gaacagtcatcacccgaaacactatTCA-CGT-AA-A----TTT-GG-T-G-TGAAT-C-ACCTT-C----GTGAAAAT-C--ACG--TGA---AATG----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAA-GT--GAG--------C-----AC-------A---TT-T--G-CC------T-T---CAA----AG-TGA---Ttttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : cttttcgcagtT-CA--CTTGAAATT-C--ACG--TGA---ACAT----TTCAC-G-TGA----T-T--T-TCAC-G--------------------------------------------------------AA----GG-TGA----T--TC-A-C-AC-CAAA-----TTTAC---G-T-GAAATCAT---TAACG-T-CAAC--TT--CACGT------G---TTTA----GT-A----A--TCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--A-A--CG-TGA-A-TTTCACCTGA-AAAGT-G-ATTCATGTC-AG-A-TTCACGTAAA-ACTA--TTC-ACGTGAA-TT--C---------------------CAAG--TG-AA-----------------ATTAT--TAGCGTGAATTTCA--C-GTGA--AAAGTGA----TTCACGTGAAATTCAT-GTGAA---Caatcattaacgtcaacttcacgtgtttagtaatcacgtgaaattgtaacgtgaatttcacctgaaaagtgattcatgtcagattcacgtaaaactattcacgtgaattccaagtgaaattattagcgtgaatttcacgtgaaaagtgattcacgtgaaattcatgtgaacaac
gi|9 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgtgcACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-TGT-GA-ATGAAATT-CA-C-G-TGAAT----------------GAAATT-C--ACG----A---ACCT----TTC--------------------CAC------AA--A-----------AA-GT------------------------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAA-----------------A---T-----CGTTAAC--GCACTTTA--C-GT-------------------------G-AA-A------T------GT--T-AA-CA-TGA-ATTT-CACGTGA-AAAA--------ATG------A-CTCACGTGAA--TTAT-T-C-ACGTGGA-TTTTC-ACTATG-ACGTGTTA-C-TTCACA--TG-AAA-TTC-GGCGT-TG-AAATTGT--TAATGTGAaac
blockSeqs : G . T . T . TGTGAATGAAA T AC A AGAGCATCAAATG A T GT TTTGATGCTCTT T G TGTC T GT A T AT AATTTTGACATGAATTTCACATTATGTCCTTGTGATT G CA T CACTA TCA . T A A TA GCC T A C AATTTCACGATCACAGCACTTCACTGTAAA TTTGTTAG A A A G TTTGTTATTA . C C C T . ACAGTATTCACGTTGA . G T TG C T TTCACTATGACGTGTTAC CG A T A G ATG T GC T G TC T TT AAGTGA T C G TGTACGTATAAAGGTTCACA A TCGCT A AAT T CTC A G TA T TA T AT TGT . G ATT G GA AT . T G . T C GCAATGC A A . TC T . A T T
blockSeqs : G . T . T . GCTTGATAA . CC . TACTGTTCACG A . . TGAAAAAAAAA . . C . A . . . ATTCACGAACCTTTCCACAAAAAGTTGAAAAGTGAT A AC . TG . . . A A TT . G . . TTTTCACGTGAAAAGAGCATCAAATGTGAA A . . . . GTTTGTTATA . . T T G . GTGCATTCACATGAAT . G T C . . CTACTGAGAAGCACACC A . A . . ATG G A C A T . . CGCAC G T . TGTGAATTGCACGTG . . . . . CT T G AT . TA . A TGT . A TAT G A T . T . . T C GCAATG . . . C T . A T T
blockSeqs : . . . . . . CATTGAAA . C . ATTTTTCATG A . . GTGAACTA . . . . . . . . AATTTCACGTGAATCCTTGTGAAAAGTAAATTTT . T . G . . . G A TA . A . . TTTGCACATTACACCACTTCACGTGAAG T . . . . AAAAAATTCA . . T T G . TGCATTCTCGTTGAA . G . A . . CTACTGAGAAGCACAC . . . . . TA G . C A . . . CGCAC T T . CATGAATTTCACAG . . . . . . A T A . TA . . TT . G TAT G A . . T . . . C GCATGC . . . C . . A T T
blockSeqs : . . . . . . TGTGAAA . C . GTATTACT A . . TGAACTC . . . . . . . . TGATTTCTGTGAATTTCAGCGTGAAAAGTTTAT . C . . . . . A A TA . A . . TTTCAATTAACACCACTTCACGTGAAG T . . . . TATATCATA . . T T G . TGCATTCACATGAAT . G . T . . TACACGAAAGCACAC . . . . . TG G . T A . . . AGCAC A A . AAATTATTCACGG . . . . . . A . T . A . . TG . A TAT G G . . . . . . C CATGC . . . C . . A . .
blockSeqs : . . . . . . TCATGAA . C . CACCTTCG A . . TGAAATT . . . . . . . . TGTTCTGTGAGATTTCACGTTGAAAAGATTAT . A . . . . . A A TA . A . . TTTCACATTACACCACTTCACGTGAA T . . . . TTGTTATA . . T T A . GTGATTCACATGAA . A . T . . TTTTTCAAAGTGAT . . . . . GA G . G A . . . A A C . AATTATTCACG . . . . . . A . A . A . . T . . T . A . . . . . . C GCATG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CATGAAT . C . TCACCGT A . . TGAACTG . . . . . . . . ATTTGTTAACATGAATTTCACGTGAAATG . C . . . . . A A AA . A . . TTACATTATGGTCGAGTGTGATAT . . . . . TTGTTAA . . T T G . ATGATTAATGTGAA . G . T . . CACATGACGTGCAC . . . . . TG G . C A . . . A T A . AATATTCACGG . . . . . . . A . . . . . . . . . C . . . . . . . AC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CGTAAAT . T . TTGATAC A . . TGAAATG . . . . . . . . ATCACATGAATTTCACGTAGATT . C . . . . . C A CA . A . . TCGTTAACGCACTTTACGT . . . . . TTGTTAA . . T T G . GTGATTCATGTCAG . G . T . . TAACATGAAA . . . . . TG T . T G . . . G T T . AATATTCACG . . . .
blockSeqs : . . . . . . CATGAA . C . CGT A . . TGAACAT . . . . . . . . GAATTTCAGCGTGAAAAGATTAT . C . . . . . A A TG . T . . TTCATATTCATGCTCTT . . . . . TTTTTA . . T T G . TTTTGACATGAA . . . T . . GTGCAC . . . . . T A . C G . . . A T A .
blockSeqs : T . . . . A . . ACCCT . . . . . . . . ATCACGTTGAATCAAGTAT . C . . . . . A A CA . C . . CTACTGTTCACGTGAAA . . . . . TTTGTA . . T . G . GCAATGTAA . . . . . . C . . . . . G G . C G . . . A . C .
blockSeqs : . . . . . . . . AACCT . . . . . . . . AAAGTTGAAAAGTGATT . C . . . . . . . T . C . . TTTCACGTTAACAGCAC . . . . . TTATTA . . T . C . AATG . . . . . . . . . . . . . T G . . . A . A .
blockSeqs : . . . TGTT . . . . . . . . AAGGTGAT . C . . . . . . . T . A . . CTTCACGTGTTTAGTAA . . . . . TTGTAA . . . . G . ATG . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . TTGTTACATCACTAAT . . . . . TGTTAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : CGTGAA******** AGTTCA********* TTTCACGTTACANCACTTCACGTGAA************** GTGATTCACGTGAA**** TTACATGAAAGCGCAC****** TG** AATATTCACGG*************************** TA**** TAT******** GCAATGC**** **
originalCons : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-CGT-GA-A----ATT-CA-C-G-TGAAT-T-ACCGT-CA--CGTGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATTAT---TAACG-T-GAA---TT--CACGTTAACA-GCACTTCA--C-GT-A----ANTTCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAAT-GCATTCACGTTGAA-A-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACGTGAA-TT--C-ACTACG-AAGCGC-A-C-TTCACA--TG-AAA-TTC-A-CGT-TG-AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCNC-GTGAA---CGT-----TAA---T-T-CA-----------CG-GTG-AA-----ATTC-AT---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTAT---AAC-TT--TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGA--------TATTTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACA-----GC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
finalCons : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCACGTGAA--------TT-CA-C-G-TGAATAGTTCA---------TGAAATT-C--ACG--TGA---ACTT----TTCAC-G-TGA----A-T--T-TCAC-GT--GAA--A----TC-----AC-GT-GA-A---TT-T-CA-CG------T-G---AAA----AG-TGA---TT--TC-A-C-AT-GAAA-----TTCAC---G-T-GAAATTAT---TAACG-T-GAATTTCACGTTACANCACTTCACGTGAA--------------TTCA--------CG-T-G-AA-A------T-T----GT--T-A--CA-TGA-ATTTTCACGTGA-AAAGTGATTCACGTGAA----A-TTCACGTGAA-ATTAT-TTC-ACGTGAA-TTTTACATGAAAGCGCAC------TTCACA--TG-AAA-TTC-A-CGTTG--AAATTGT--TAACGTGAATTTCA--C-GTGA--A-----A----TTCACGTGAAATTCNC-GTGAAAATATTCACGG---------------------------TG-AA-----ATTC-AT---GTGA-ACTC---GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTTA----AC-TT--TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGATAT--------TTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGCAATGC----AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
Alignments
lowQualScore : 11111111 666666666666666 1111111 4444444444444444444444444 1111111111 1111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333 1 1111111 1 1111 333333333333333333333 2222222222222222222222222 22222222 4444444444444444444444444444444444 111 11 11111 1 111 22222222222 11 1 1 11111 11 1 1
lowQualScore : 8 4 8 4 8 4 9999 55 55 00000000 8 4 111111111111111 3 88 3 1 8888 4444444 9999 6666 777 2 2 2 33 0000000000000000000000000 2 2 3333333333 2 6666666666 2 2 2 2 33 555 5 33 4 2 66 777 8888888888888888888888888888888888888888888888 5 0 0 2 2 33 777777 4444444 2 5 777 4 1 55 666 2 888888 3 33 2222 111111111111111111111 2 3 0 0000000000000000000000000 99 4 3 3 3 3 88 3 9999 6 3 0 88 3 55 22222222 1 8888 4 6666666666666666666666666666666666 666 11 5 888 66666 77 1 5 666 4 5 000 1 5 5 77 5 777 55 5 5 55555555555 4 66 33 5 2 5 5 1 55555 666 5 5 5 22 9 77 5 2 7
lowQualScore : . . . . . . .... .. .. ........ . . ............... . .. . . .... ....... .... .... ... . . . .. ......................... . . .......... . .......... . . . . .. ... . .. . . .. ... .............................................. . . . . . .. ...... ....... . . ... . . .. ... . ...... . .. .... ..................... . . . ......................... .. . . . . . .. . .... . . . .. . .. ........ . .... . .................................. ... .. . ... ..... .. . . ... . . ... . . . .. . ... .. . . ........... . .. .. . . . . . ..... ... . . . .. . .. . . .
lowQualScore : 9 4 9 4 9 4 9999 55 55 55555555 0 0 666666666666666 6 66 6 4 5555 3333333 3333 1111 888 9 9 9 99 7777777777777777777777777 7 5 1111111111 5 4444444444 7 7 7 7 99 000 7 66 5 7 33 777 8888888888888888888888888888888888888888888888 3 7 8 7 7 77 666666 0000000 7 3 777 1 1 11 000 3 888888 1 99 7777 333333333333333333333 7 3 4 8888888888888888888888888 55 0 6 6 6 6 55 3 6666 5 3 2 66 6 00 33333333 0 8888 4 8888888888888888888888888888888888 000 99 0 888 44444 99 7 0 111 0 7 000 4 7 7 99 7 111 33 7 3 66666666666 3 00 66 7 0 7 7 4 66666 444 7 7 7 33 0 99 0 0 3
consensus : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-C--GT--G--AA--T-----TCA-C-GTGAAT-----T-T--CG--TG-AAA--T-TCACG-T--GAA---CTT-TTCAC-G--TGA----AT--T-T-CAC-GT--GAA--A------T--C-----A--C-G-TGA-ATTT-CA-C-G------T-GAAAAGT-GATT--TC-ACA-T-GAAA-T--TCAC---GT-GAAA-TCATTAACG-T--GAATT-T-CACG-T---T-A-C-----ANC-ACT----TCAC-GTG----AA-----TTC-A-CGTG-AA-A--T-T----GT--T-A--CAT-GA-AT--TTTCACGTGA-AAAG-TG-ATTC------ACG-T-GAA----ATT-C-----ACG----TGAA-ATTATTTC-ACGTGAATTTT-AC-ATGA-A-A-GC-GC---AC-TTCACA--TG-AAA-TT-C-A-CGT-TGAAA-TTGT--TAACG-TGAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACGTGAAATTC---NCG-TGA----------A-------AA-----------T-ATTCACG-GTGAAA--TTCA-T---GTGA-A---CTC--GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AG---TTTAA-C-T--T-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGA--------TATTTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGCAATGCAGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
Reference ( family-261 ) : ACAC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCA-C--GT--G--AA--T-----TCA-C-GTGAAT-AG--T-T--CA--TG-AAA--T-TCACG-T--GAA---CTT-TTCAC-G--TGA----AT--T-T-CAC-GT--GAA--A------T--C-----A--C-G-TGA-ATTT-CA-C-G------T-GAAAAGT-GATT--TC-ACA-T-GAAA-T--TCAC---GT-GAAA-TTATTAACG-T--GAATT-T-CACG-T---T-A-C-----ANC-ACT----TCAC-GTG----AA-----TTC-A-CGTG-AA-A--T-T----GT--T-A--CAT-GA-AT--TTTCACGTGA-AAAG-TG-ATTC------ACG-T-GAA----ATT-C-----ACG----TGAA-ATTATTTC-ACGTGAATTTT-AC-ATGA-A-A-GC-GC---AC-TTCACA--TG-AAA-TT-C-A-CGT-TGAAA-TTGT--TAACG-TGAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACGTGAAATTC---NCG-TGA----------A-------AA-----------T-ATTCACG-GTGAAA--TTCA-T---GTGA-A---CTC--GTTAACGTGAA-A-TTCACATGAAA-AG---TTTAA-C-T--T-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTGA--------TATTTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGCAATGCAGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTATGTAAATAG--CTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|1 : ACAC-AGGCCAAAT-GCT-GCTCTCA-C--GTTGA--AA--T-----TCA-C-GTGAATTAC--TGT--CACGTG-AAA--T-TCACG-T--GAA---CCT-TTCAC-G--TGA----AT--T-T-CAC-GT---AA--A------T--C-----A--T-G-TGA-ATTTACA-CCGC-----T-GAAAAGTTGATT--TC-ACA-T-GAAA-T--TCAC---GTTGAAA-TTATTAACG-T--GAATT---CACG-T---T-AAC-----AGC-ACT----TCGT-GTA----AT-----TCC-A-CGTG-AA-A--T-T----GT--T-A--CATTGA-AT--TTTCACGTGACAAAA-TGCATTC------ACG-TTGAA----ATTTC-----ACA----TGAA-ATTAATTC-ACGTGAATTC--ACTATGA-A-GTGCAGC---A--TGCACA--TG-AAA-TT-C-A-TGT-TGAAAATTGT--TAACA-TGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAAATTC---TCG-CTA----------ACTCCTTTAACGTCATTTTTTT-TTTC-CGCATGAAA--TTCA-T---GTGA-A---TCC--GTTAACATGAA-A-TTCACATGAAA-AGTTATTTGGCC-C--T-TGCTGTTACTAATTTCACATTGAACAGGACTTAATTTAGAAATTTA-TA--TGCAAATTTGTAAT-GTAAAA-TTCTTGTA----AA--CAGCAC-TTC-ATTGTG-TTATATGTGAATAGTTTTAATTTACTGTTTTGTGTGAAATTCATGTTAATTAATTTCAAAATGAATTTCATTTTTTTAAAAATTCTCATTATTAAATATATTATTAGGAAATATGAGGCTCGGAC
gi|10 : --T-T--CA--TA-AAAAGTACCACG-T--GAA---CTC-TTTAT-GG-TAATGTCAT--T-T-CACTGT--GAA--A------T--TTGTTAA--C-A-TGA-ATTT-CA-C-G------T-GAAA--T-G-----TC-ACAAT-GAAA-TGTTTAC---GT-G-----TATT--CA-TC-GGATT----ACA-T---T-A-T-----GG---------TCGA-GTGTGATAT-----TTC-A-CG------A--T-A----GT------------A-AT--TTTTACGTGA-ACCG-CT-ACTC------AAG---AAACAGTATT-C-----ACGTTGATGAA-ATTcaga
gi|11 : tggaTTT-CA-C-G------T-GAAA-----ATT--TC-ACG-T-G-AA-T--CCTT---GT-GAAA---A-----G-T--AAATT-T-TTCA-A---C-A-T-----AA--ACT----TCAC-GTG----GATTTTTTTC-A-TGT-----A--T-T----CA--T-ATTCAT-GCTCT--TTTCATGTGA-AAAT-T---TTCCTGGCAATG-T--AA----ATT-T-----CC-------AA-A--ACTTC-ACATGAATTTT--T-TTCA-A-A-GT-G----AT-CTTACA--T------TT-T-G-TGC-T-----CTTT--TAA-G-TGAATTCCG--T-GTGA--A---A----TTCATGttatgattcgtaataaatgttcaatcattgttaatcaa
gi|12 : cTCACGTGAAATAT---CCG-TGA----------A-------AA-----------TTATTCACG--TGAAA--ATTA-TAATGTGA-A---TCC--TTTAACGT-AA-A-TTTACATGAAA-AG---TTTAA-C-T--TATGTT-TTATTCATTTCAC-TTGA--------ATTTTTGGAAATTTA-AAT-TG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGCAATG-AGCAC-TTC-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTctaggcacg
gi|13 : ACAC-AGGC-AAAT-A-T-GC-CTCG-T--GT--G--AAA-T-----TCA-C-GTGAAT-AT--T-TTTCA--TGTGAA--C-TCATA-TTTGATGCTCTT-TTCAC-G--TAA----AT--T-T-CAC-GT--GAA--AAATT--T--A-----A--C-G-TGA-AATT-CA-T-G------T-GA
gi|14 : caattgagccTC--CTTTACGTGAA-T-TTCACATGAAA-AG---TT-AA-C-T--T-TGTTGTTATCAATTTCAC-TTAA--------T---TTG-AAATTTA-AA--TG-AAATTTGTAAC-GC-AAATTCCTTGTACA-C-ATGCAGCAC-TTC-A-TGTG--TTTATGTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTaaaacactgatctttgacctattgtatactg
gi|15 : -ACA-T-AAAA-T--TCAC---GT-GAAA-ACATGTAC-----AAATT-T-CACG-C---T-A-at
gi|15 : ATG-T--GAATTGT-CATG-TGTTT-A-TGAGTGATCTAGT----TCAT-GTG-----------TTCGA-CG-G-TA-A--T-T----GT--T-A--CAT-CA-CTAATTTCATTTG-----------TTA------GCG-T-GAA----ATT-TGT---ACA----TG-----T-TTTC-ACGTGAATTTT-Aacaaatgaaattagtgatgtaacaattaccgtcgaacacatgaactagatcactcataaacacatgacaattcacataa
gi|16 : aca-ATTT-CA-A-GG-----T-GA----T-GATCA-TCGATA-T-TAAGGT--TCAC---ATTGAAA-TT--CAACGAT--GAACT----AC------T-G-------------T----TCAC-GTG----AAA----TTC-G-CATG-AA-A--T-T----AT--T-A--CGT-GACAT--TTTCACGTAA-aa
gi|16 : acat-TT-C-A-CAT-TGAAA-TT----CAACGATGAACT--A--C--TG------------TTCACGTGAAATTC---GCA-TGA----------A-------AT-----------T-ATT-AC--GTGACATTTTCA-C---GTAA-ca
gi|17 : acatatttcaaggtgatgatcatcgatattaagg-T---T-A-C-----AAT-GCTCTGATCAA-GTG----AA-----TTC-AATGTG-CA-A--TAT----ATCAT-A--CAA-GA-AT--TTTCAGATG--AAAT-TGCATTC------TCGTT-GAA----AT--------------------ATTAATCC-ACGTGca
gi|18 : aT-AC-ATGA-ATA-GC-G----A--TTCACACGTG-CAA-TT-C-A-CAT-TGAAA-CT-T--TCACA-CAAATTTCA--C-GTGA--A---G----TTTACATGAAA
gi|19 : AA-TT-T--TAACG-TAAATTTCA--C-GTGA--A---A----TTCACATGAAATTT---TCG-TGAATGTACGTATA-------AA-----------G-GTTCAC--ATTAAT--TTCA-T---GTattttatt
gi|2 : atACAC-AGGC-AAATTG-T-GC-CTCA-TCAGT--G--AA--T-----TCA-C-----------------CG--TG-AAC--T-T---G-T--GAA---CTG-TTCAC-G--TGG----AC--TAT-CAC-GTATGAAT-G------T--T-----C--T-G-TGAGATTT-CA-C-G------TTGAAAAG---ATTATTC-A-A-T-GAAA-T--TCAC---AT-GAA--TTATTAACG-T--GAATT-T-CAAT-T---A-A-C-----ACC-ACT----TCAC-GTG----AAG----TTC-ATCGTG-AA-A--T-TTGTTAT--T-A--CAT-GA-AT--TT-CAC-TGA-AAAG-TG-ATTC------ACA-T-GAA----ATT-C-----ACG----TGAATATTATTTC--CATGAATTT--AC-ACGA-A-A-GC-AC---AC-TTCACA--TG-AAA-TTTC-A-CTTATGAGA-TTGTA-TAG-G-TAATTTTCA--CTGTGA--ACGCAC---TTCACGTGAAAT-C---ACGGTGA----------A-------AA-----------T-ATTCACG-GTGAAAA-TTCAAT---GTGA-A---CTCCTGTTAACGT--A-A-TTTACATGAAA-AG---TTTAA-CTT--T-TGTTG-TATCAATTTCAC-TTGA--------TATTTTTGAAATTTA-GAATTG-AAATTTGTAACGGC-AAATTCCTTGTACAGC-ATGCAGCAC-TTA-A-TGTGTCTTTA--TAAATAG--CT-ATT--CTGTTT
gi|20 : aacactataat--TAA----ATA-T-T-CAC-GT--GAA--A------T--C-----A--C-A-TGA-ATTT-CA-C-G------T-A-------GATT--TC-ACA-T-GCAA-a
gi|3 : tgtgaaaACACGAGGC-AAATTG-T-G---TCA-C--AT--G--AA--T-----TCA-CCGTGAAT--G--T-------------A--T-T----------A---CTTGTTCAC-GAGTGA----AT--A-T-CAC-GT--AAATGA------T--T-----T--CTG-TGA-ATTT-CAGC-G------T-GAAAAGT-TTAT--TC-AAT-T-GAAA-T--TCAC---AT-GGAA-TTATTAACG-T--GAATT-T-CACA-T---T-A-C-----ACC-ACT----TCAC-GTG----AA-----TTC-ATCGTGAAA-A--T-T----GTTAT-A--CAT-GA-A---TTTCACGTG--AAAG-TGCATTC------ACA-T-GAAT---ATT-C-----ACG----TGAA-ATTATTTC-ACATGAATTCT-AC--TGAGA-A-GC-AC---AC-TTCACA--TGAAAA-TT-CAA-CTTATGAGA-TTGTGCCAGTG-T-AATTTCATCT-GTTA--ACGCAC---TTCACGTGAAAATT---CCG-TGA----------A-------AAAT---------T-ATTCACG-GTGAAA--TTCA-T---GTAATC---CTC--GTTAACGT--A-A-TATACATGAAATAG---TTTAA-C-T--T-TGT--TTATTCATTTCAC-TTAA--------TATTTTG--AATTTAGAA--TG--AATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGCAATGCAGCACATTCAA-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CTAA-TTACTGTTTgtg
gi|4 : atACACGAGGC-AAAT-G-T-GC--TCATC--AT--G--AA--T-----TCA-C-GTGAAC-----T-T--GA--TA-CTG--T-TCACGGT--GAA---CTA-T-CAC-G--TAA----ATGTT-T-C-T-GT--G----------------------------GA-ATTT-CAGC-G------T-GAAAAG---ATTATTC-ACA-TTGAAA-T--TCAC---AT-GAA--TTATTAACG-T--GAATT-TGCACA-T---T-A-C-----ACC-ACT----TCAC-GTG----AAG----TTC-ATCG-G-AA-AGTT-T----GT--T-ATACAT-GA-AT--TT-CAC-TGA-AA-G-TGCATTC------ACA-T-GAAT---ATT-C-----ACG----TGAATATTATTTCCATG-GAATTCT-AC--TGAGA-A-GC-AC---ACCTTCACAA-TG-AAAATT-C-A-CAT-GAGAG-TTGT--GCAGG-TAATTTTCAT-C-GTGATTA---AGCACTTCACGTGAAAATC---ACG-TGA----------A-------AA-----------T-ATTCAC--GTGAAA--TTTA-T---GTGA-ACTCCTC--GTTAACGTGAATA-TT--CATGAAA-AG----TTAA-C-TTAT-TGTTGTTATC-ATTTCAC-TT-A--------TATTTTGGAAATTTA-AA--TG-AAATTTG-AAC-GC-AAA-TCCTTGTACAGC-ATG-AGCAC-TTA-A-TGTG-CTTTA-GTAAATAG--CT-ATT--CTGTTTatg
gi|5 : AC-AGGC-AAAT-G-T-GC-CTCAGC--TT--GATAA--T-----TCACC-GT------------------TG-AAAT-T-TCAC------AC---CCT-TTCACTA--TGA----AT--T-T-CAC-GT--GAA--A------T--C-----A--C-GTTGA-ATC-------------------AAGT-A--T--TC-ACA---GAAA-T--TCACTCAGT-GAAA-TAATTAACG-TGAGAATT-T-CACGAT---C-A-C-----AGC-ACT----TCACTGTA----AA-----ATC-A-TTTA-AAGA--T-T----GT--TAA--CAT-GA-A---TTTCACGTGA-AAAA-TG-ATTA------ATG-T-GAA----ATT-C-----ACG----TGA-----ATTTC-ACATG---------------A-A-GT-GC---AC-GTCACA--TG-AAA-TT-C-A-CG--TGAAA-TTGT--TAACG-TGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAACTCCTTAACA-TG-------------------AA-----------T--TTCACA-GGAAAA--GTTA-T---TCG--C---CTT--GTT----TTAA-ATTTCACATGAAC-AG---T---A-C-T--T-----------AATTT-----------------------GAAATTTA-CA--TG-AAATTTGTA------AAT-TCCTTGTA----AA--CAGCCC-TGC-A-TGTG--TTTATGTGAATAG--TTAATTa
gi|6 : cataaataataaatacctacaACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-T--GT--G--AA--T--------------------------------G-AAA--T-TCACG-T--GAA----------------TGA----AA--T-T-CAC-G-----A--A------C--C------------T----TTC-CA-C-AAAAAGTT-GAAAAGT-GA-T--TC-ACA-T-GAAA-T--TCAC---GT-GAAA-TCATTTACA-T--GAATT-T-CACG-T---TAA-C-----AGC-AC------------------------TTT-A-CGTG-AA-A--T-T----GT--TAA--CAT-GA-A---TTTCACGTGA-AAAA-TG-ATTC------ACA-T-GAA----ATT-------A----------------TTC-ACGTGGATTTC-AC-ATG--A-C-GT-GC---AC-TTCACA--TG-AAA-TT-C-A-CG--TGAAA-TTGT--TAATG-TGAATTTCA--C-ATGA--A---A----TTCACGTGAATTTC---ATG-TGA----------ac
gi|7 : tcataatgaacaaacatctatACAC-AGGC-AATT-G-T-GC-CTCA-C--AT--G--AATTT-----TCA-C-GTGAAA-AG--A-G--CA--TC-AAA--T-----G-T--GAA-------TTCAC-A--TGA----A--------AA-AA--AAA--T------T--C-----A--C-A-TGA-ATTT-CA-T-G------T-GAAAA-T---TT--TG-ACA-T-GAAT-T--TCAC---AT-TATG-TCCTT---G-T--GATTT-T-AACA-T---G-A-----------AAT----TTAC-ATG----AAT----TTC-A-TGTG-AA-T--T-T----TT--C-T--CAT----AT--TTT-ATGT------T-TA-ATGC------ATG-T--AA----TTT-CCAAGAACC----TGAA---TATTTT-ATG---ATTTT-ggcacaa
gi|7 : gaacagtcatcacccgaaacactatTCAC-A--TGA----AT--T-TTCAC-GT--GAA--AAGAGCAT--C-----AAAT-G-TGA-ATT--CA-C-A------T-GAAAAAA-AAAT--TC-ACA-T-GAAT-T--TCAT---GT-GAAA-ATTTTGACA-T--GAATT-T-CACA-T---T-A-T-----GTC--CT----T----GTG----AT-----TTTAA-CATG-AA-A--T-------T--T-A--CAT-GA-A---TTTCATGTGA-Agattataggtagaaattaacataac
gi|8 : gaacagtcatcacccgaaacactatacacaggcaattgtgccTCA-C--GT--A--AA--T-----TTGGT-GTGAAT-CACCT-T--CG--TG-AAA--A-TCACG-T--GAA---ATG-TTCAC-G--TGA----AT--T-T-CAA-GT--GAG------------C-----A--C-------ATTT--G-C-C------T-TCAAAGT-GATtttttctcatattttatgtttaatgcatgtaatttccaagaacctgaatattttatgattttgattataggtagaaattaacataac
gi|8 : cttttcgcagtTCAC-T--TGA----AA--T-T-CAC-GT--GAAC-A------TTTC-----A--C-G-TGA-TTTT-CA-C-G----------AAGGT-GATT---C-ACA-C-CAAA-T--TTAC---GT-GAAA-TCATTAACG-T--CAACT-T-CACG-T---G---------------T----TTA--GTA----A-------TC-A-CGTG-AA-A--T-T----GT--A-A--CGT-GA-AT--TT-CACCTGA-AAAG-TG-ATTC------ATG-T-CAG----ATT-C-----ACG----TAAA-ACTA-TTC-ACGTGAATTCC-AA-GTGA-A-A-TT-A-------TTAGCG--TG-AAT-TT-C-A-CGT-GAAAA-----------G-TGA--TTCA--C-GTGA--A---A----TTCATGTGAAaatcattaacgtcaacttcacgtgtttagtaatcacgtgaaattgtaacgtgaatttcacctgaaaagtgattcatgtcagattcacgtaaaactattcacgtgaattccaagtgaaattattagcgtgaatttcacgtgaaaagtgattcacgtgaaattcatgtgaacaac
gi|9 : cttttcgcagtatcactttgaaggcaaatgtgcACAC-AGGC-AAAT-G-TTGC-CTCA-T--GT--G--AA--TGAAATTCA-C-GTGAAT---------------G-AAA--T-TCACG-----AA---CCT-TTC---------------------CAC------AA--A---------------A--A-G-T--------------------T-GAAAAGT-GATT--TC-ACA-T-GAAA-T--TCAC---GT-GAAAATCGTTAACG-------------------------------------------CAC---------------TTT-A-CGTG-AA-A--T------GT--T-AA-CAT-GA-AT--TT-CACGTGA-AAAAATG-ACTC------ACG-T-GAA---------------------------TTATT-C-ACGTGGATTTTCACTATGA------C-GTGTTAC-TTCACA--TG-AAA-TT-C-GGCGT-TGAAA-TTGT--TAATG-TGAcaac