lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 222222222222 11 1 33333333333333333 1 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 11111 44444444444 2222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 1 11111 1 111 111111111111 44444444444444444 555555555555555555555555555555555 11111 1111111111111 11 11111111 1111111 111 6666666666666666666666 333333 111111111 22222 1 22 11 444444444 2222 1 1 1 333 11 222222 1 1 444444444444444444444444444 11111 11111 3333333 33333333333 1111 11111111111 111 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 3333 2 11 1 11 1 1 333333333 11 1 22222 22 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 333333 1 111 11 555555555 1 1 222 22222222222 11 11 111 11 1
lowQualScore : 66 777 333 4 4 222222222222 777 00 4 4 66 4 0 5 5 5 5 00000000000000000 66 5 888 0 5 88 66 66 4 4 4 66 66 9999 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 6 77777 66666 3 33333333333 999 6 2 1111111 6 6 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 55 66 11 888 0 5 5 11111 4 55 777 4 7 55 666 3 7 3 3 222 3 3 444 555555555555 44444444444444444 4 55 99 4 555555555555555555555555555555555 22222 666 55 3 5555555555555 777 55 33 1 44444444 4 777 777 4 4 3333333 0 000 3 3 3 8 8888888888888888888888 3 55 0 4 444444 777 8 99999 4 777777777 888 66666 6 8 8 0 44 33 2 000000000 1111 0 0 3 111 33 8 555555 0 5 1 8 6 8 88 8 99 8 888888888888888888888888888 88 6 66666 66666 1111111 5 66666666666 5 3 5 5 0000 5 5 66666666666 000 00000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 6 6 6 99 6 11 0000 1 0 11 3 0 8 33 0 0 333333333 33 3 0 22222 1 77 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44444444 7 7 222222 0 666 6 33 777777777 0 0 777 77777777777 8 11 1 11 444 8 11 8 0
lowQualScore : .. ... ... . . ............ ... .. . . .. . . . . . . ................. .. . ... . . .. .. .. . . . .. .. .... . .......................................................................................... . . ..... ..... . ........... ... . . ....... . . . ........................................................................................................ . .. .. .. ... . . . ..... . .. ... . . .. ... . . . . ... . . ... ............ ................. . .. .. . ................................. ..... ... .. . ............. ... .. .. . ........ . ... ... . . ....... . ... . . . . ...................... . .. . . ...... ... . ..... . ......... ... ..... . . . . .. .. . ......... .... . . . ... .. . ...... . . . . . . .. . .. . ........................... .. . ..... ..... ....... . ........... . . . . .... . . ........... ... ..... ............................................................... . . . . .. . .. .... . . .. . . . .. . . ......... .. . . ..... . .. . ..................................................................................... ........ . . ...... . ... . .. ......... . . ... ........... . .. . .. ... . .. . .
lowQualScore : 11 888 333 4 4 999999999999 888 66 4 4 11 4 5 0 0 0 0 55555555555555555 99 0 888 2 0 22 99 99 6 4 4 11 11 8888 8 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 7 22222 77777 5 55555555555 777 7 5 7777777 7 7 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 88 99 99 222 0 0 0 00000 4 55 000 0 5 55 444 6 3 6 6 777 6 6 333 888888888888 66666666666666666 0 55 55 0 888888888888888888888888888888888 22222 444 00 6 1111111111111 000 55 55 1 55555555 0 000 000 0 0 0000000 4 000 6 6 6 2 3333333333333333333333 6 55 9 0 111111 000 0 77777 0 666666666 555 88888 7 0 0 0 88 88 5 000000000 2222 0 0 3 000 88 0 000000 8 0 2 0 0 0 88 0 44 0 000000000000000000000000000 33 7 77777 77777 1111111 7 33333333333 7 3 7 0 6666 0 0 00000000000 000 33333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 7 7 22 7 00 8888 2 0 22 2 0 8 88 0 0 555555555 00 2 0 22222 2 55 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00000000 0 3 000000 0 222 5 22 000000000 0 0 555 22222222222 0 00 4 00 000 0 00 0 0
consensus : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCG----AC---TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-TAA-TGAT-GTTATT-GA-T--AT--GAT-GG-T---AT--TTA-A---TTATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-TTTTC--TT--TGGTTTAAAACGAATTCGCGTTNGNATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGT--G---TG---ACGGTC-ATGATGAA-CGGT-----CATGCG--G---A----TATAANGT-GCGAA-------GGAT-CA-GCGATA---GT-T--TAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG-------TA-A--C-TGAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-T--T--AT-G-T-G-GCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TATTTT--TGAATA---AA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC---T---T----TTT----------TC---G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATTT--A-T-----AAAN-T--GGAAA---AA--CG-G-------TA----AAAT---TC--GG--ATAAA--------CAT-T---TT---TGG-CG-C-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-T-ACA-TG------------GTACACT-GAT--ATT-TAGG---T-CTCGGAT---CTG-TTG----TC-G-----G---CGAAC--GGTCATGC--N-GT-GTCTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCG-AT-ATAATTTTCGCC--ACATCCGGCG---------CAGGTAA----TAACAT-AGA-TCA-GATT-GGA--ACT-AACA-----CATGTCATTGATGNT-TTTACTGTAAATT-T-ACTGC-CG-TTTTT-GAA------AANAAACGTCAGA-CC----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGGTT--T--NTTGCATTT-AG-NG--AT----GA-TGGG-AGGCTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGT-----TAAG-GA--TG-GA--TTTAAG-CGAT----G--GA-C---T--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-GTC--G-GCT-TC---TATGANTTN-GAAG-GT--T--ATTTC-TTGAT-TATT-----TGGCC-GA-AACT-T--CT-GG------A--TTT----TAGGAATTATGTG--TTG-AA--------CAC-ATCGG----TATGACAC-TA---ATTTTGGATT--TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATG--TT-GACTTT-GC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CANAAGTAA
Reference ( gi|2 ) : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TGG----AC---TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-TGA-TGAT-GTTATT-GA-T--AT--GAT-GG-C---AT--TTA-A---TTGTG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-TTTTC--TT--TGGTTTAAAACGAATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG---TG---ACGGTC-ATGATAAA-CGGT-----CATGCG--G---A----TATAATGT-GCGAA-------GGAT-CA-GCGATA---GT-T--TAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG-------TA-AATC-TGAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-T--T--AT-G-T-G-GCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAGTTT--TGAATA---AA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-ACGTTC---T---T----TTT----------TC---T-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AGTTT--A-T-----AAAA-T--GGAAA---AA--CG-G-------TG----AAAT---TT--GG--ATAAA--------CAT-T---TT---TGG-CG-C-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TGGC--T-ACA-TG----------AAGTACACT-GAT--ATT-TAGG---T-ATCGGAT---CTG-TTG----CC-G-----G---TGAAT--GGTCATGC--T-GT-GTCTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCG-ATAATAATTTTCGCC--ACATCCGGCG---------CAGGTAA----TAACAT-AGA-TCA-GA-T-GGA--ACT-AACA-----CATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAA-T-T-ACTGC-CG-TTTTT-GAA------AACAAA-GTCAGA-CC----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGGTT--G--TTTGCATTT-AGAAA--AT----GA-TAGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGT-----TAAG-GA--TG-GA--TTTAAG-C-AT----G--GA-C---T--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCT-AAGACTTTTTTCATGTATG-GGC--G-GCT-TC---TATGAGTTT-GAAG-GT--T--ATTT--TTGAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GG------A--TTT----TAGGAAGTATGTG--TTG-AA--------CAT-ATTAG----TATGACA--TA---ATTTTGGATT--TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCAT---T--GA-TTT-GC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
gi|1 : TCATAGAA--G---TTG---TCGATGCAACA-G-----TCG----ACAAATTAATTATAAT-AAATGATTGAGAAGT-TGAATGATAGTTATG-AA-T--ATCAGAT-GGGC---AT--T-A-A---TTATG-ATTTTATA--TTATAATGGAATA-GTATTTTC--TTATTGGTT--AAACGAATTCGCGTTGACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGCAAACAGTC-ATGATAAAACGGT-----CATG-GATG---A----TAAAATGTTGCGAA-------GGATTCA-GCGATA---GT-T---AA--CTT-A-GATTATAGAACCTA-CCGTAG-A-ATGGCC--AAA--CAA------TA-A--C-TGA--CCACCT---A-TAGA-TA--AT--TAGA-TTA-T--T--AT-G-TTG-GCATT-GATAG-AG-TGAGAT---GTAATATTTT--TGAATA---AAATAAG-TTGTC-CGCCTCGTGG-GTTC-ACGTTC---TTTTT----TTTAC--------TC---G-TTA-TG--AC--A-CTGTCGTCTACCAATCAAACCCAAATTCTGA-T-----AAAAATCGGGAAA---AA--CA-GCGGTATCTG----AAAT---TT--GGAAATACACACACCATCAT-T---TC---TGGACGCC-------AATTCCGGA---TCGT-GT-TGACT-T-ACACTGCGAGCTATCAGAACACACT-GAT--A-T-TAGT---T-CTCGGAT---CGG-TTG----CT-GCCAGTG---TGAAC--GGTCATGCGGT-GT-GTCTTAGCTGGATCGTCCTGTCTGGCCGAATCATTGTTTCCGCCAAACATCCGGCG---------CAGGTAA----TAACATAAGATTCACGATT-GGACCACTAAACA------ATG-CATT-ATGATATTTACTGTAAATT-T-ACTGCACG-TTTTTGGAA------AACAAACGTCAGA-CCCTTGTTGTCTTAGTGTACGAGGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGGTTTCGCTCTTTCATTT-AGAGACCACTACAGATTAGG-AGACTCT-T----TAATAG-TA-CTAG------TGTAAAAAA---CAGGCC---TCTAGT-----ACAGTGAACTGTGATCTTTAAG-CGATC---GGTGA-C---TGCTCG-TAACGCTACTTAAC-TATG-G-A--TGA-TTTAAGGGACCA-TTTTCTAAAAATTTTTTTCATGTA---GTC--G-GCT-CCTCTTATGA-TTG-GAAGCGTCCT--ACTTCATTGATCTATTATTCATGGCCCAACAACT-TACCT-AG------AATTTC----TACCATTTATGTGGTTTG-AG--------AATGATTGGTATATATGACACTTATTCCTTTTGACTTCATA--TTATTTCACCTTACAGAGACGTCCTTATCTCTCATGTAC--GATTTT-GC-TTTGGTATTAATTC-----C-AT--TTTCCAACATTAATTTT--TTAGCCTGGTAGT-GTCTTTTTG-CA-AAGTAA
gi|13 : caaTCATAGAA--G---TTG---TGG-TGCAACA-G-----TCA----AC---TT--TTAAA-T-AAATG--TGAGAAGT-TAA-TGAT-GTTATT-GA-T--AT--GAT-GG-C---AT--TTA-A---TTATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-TTTCC--TT--TGGTTT--AACGAATTCtt
gi|3 : gttgaagggcgcgcaaCATAGAA--G---TTA---ACG-TGCAACAAG-----TCA----AC---TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-TAA-TGAT-GTTATT-GA-T------GATTGA-T---AT--TTA-A---TTATG-ATTT-ATA--TTTT--T-GGATA-GT-TTTTC--TT--TGGTT---AACGAATTCGCGTTTGAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG---TGG--ACTGTCCATGA-AAA-CGGT-----CATGCGATG---A----TATAATGT-GCGAA-------GGAT-CA-GCGATC---GT-T--TA---CTT-TAGA--------CCTA-A--TAG-A-GTGGC---AAC--CG-------TA---TC-TGAA-CCAC-T---A-TAAT-T--------TAA-TAT-T--TT-AT-G-T-G--CATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TATTTT--TGAATA---AA-TA-G-TTTTTTC---TT-TGG-TT-C-ACGTT--------------TT----------TC---TGTTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATTT--A-TTT---AAAA-T--GGAAA---AA--CG-G-------TA----AAAT---GT--G-----AAA--------CAT-T---TT---TGG-CG-C-------A-TTTCGGAA--T-GT-GT-TCGC--TTACA-TG----------A-GCACACT-GAT--ATT-TAGG---TTCTCGGAT---CTG-TTG----TC-GA----G---TGAAC--GGTCATGC--A-GT-GTCTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCG-ATA-TAATTTTCGCC--ACATCCG-TG---------CAGGTAA----TAACAT-AGA-TCA-GA-TTGGA--ACT-AACA-----AATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAA-T-TTACTTG-CG-TTTTT-GAA------AAACAA-GTCGGACCC----TTG-GGTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGGTT--T--GTTGCATTT-AG-AA--AT----GA-TTGG-AGACTCT-T----TAACAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG------TAAG-GA--TG-GA--TTTAAG-CGAT----G--GA-C---T--TTG-T--CG----TTTACTT-TT-G-A--TGATTTT--GGGA--ATTTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-GTC--GCGTT-TC----AT--ATTG-GAAG-GT--T--ATTT--TTGAT-TATT-----TG-----A-AACT-T--CT-GA------T--TTT----TAGG-ATTATGTG--TTGAAA--------CAT-A-TGG----TATGACA--TA---ATTTTGGA-T--TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GT-CTT-TCTTTCATG--T--GA-TTT-GG-CTTGT--TTAATTC-----CTTT--TTT-CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAAgcgttgaatcaatatataagtaatgttacaaaataaagtgaaagtatga
gi|27 : CATAAAA--GGTCCTG---TCA-TGCAACA-G-----TTC----AC---TT--TTATA-T-AAATA--TGAGAAGT-T
gi|8 : ATAGAATTG---CGG---TTG-TGCAACA-G-----TTG----AC---TT--TCATA-T---ATG--TGAGAAGT-T-A-TGAT-GTTATT-AA-T-------AT-GG-T---AT--CT------TT-TG-ATTT--TA--TTTT--T--GATA-AT-TTTTC--TT--TTGTTTAa
gi|4 : tATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGACCCAC---TTG-TTATA-TCAAATG--TGAGAAGTGTGA-TGAT-GTAGTTCGAGTCAAT--AAT-GG-CGGTATCCTTATATTCTTATGTATTT-ATAGTTTTT--TTGAATATGT-TTTTCCTTT--TGGTTTcgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttctgtcctaaattgtaatgtgtgaaagatgatggatggtgcaggcagcgtgatatcgtgcaaggacagtgatattactgagctaacgttgtagtaagaactgtaattgaacatatataattttaataattattgtgcatttagagtggtttatattttgaatgaatagctttctatttgttcctactctttttttgttgttatattatgaatta
gi|7 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAAGA-GAACTTTTG----AC---TT--TTATA-T-AAATG--TGGGAAGT-TAG-TGAT-GTTATT-AA-T--GT--G----G-T---AT--TTA-A---TTATG-ATTT-AT---TTTT--TTGGAAA-GT-TTTTC--TG--TGGTTTAA--CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--G---TG---ACAGTC-ATTATGAA-CGGT-----CAAGCG--GTTGA----TATGATGT-GTGAA-------GGGT-CA-GTGATA---AT-T--TAG--CCTATAGA--------CCTA-ACGTAG-A-ATGAA---AAA--CG-------TA-A--CATAAG-CCAC-TTTGA-TAAT-GA-------TAT-TAT-T--TTAAT-G-T-G-GCATT-TA-AA-TG-TGA--T---TTA-TATTTT--TGAATA---AA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-GTTC-ATGTTC---T---T----TTA----------CT---G-TTA-TG--TC--T-TTATA---------------------------------AAAA-TTGGAAAA---AA--CG-G-------TA----AAtaccgcaattcgaccgttgaatcaaatagtaataagataatgttacacggaggataagtgaggaagtatgagacacaccagcagaagaatatgcatactcgactcgtagtggtgtgacggtcaattcgtgcggactgatatatagtgctgatggtagcggatcaagcggtataggttgttaaacctctgttagacgtagagcgccgtgagaaggtcaaactataattcgaacatctagtaagataggatcctaaatatgttaccgtcggcattctaagcagctggtcgcttatattctcttgcgtataaaatagtttttcccttctggctttcaacgttcatattattatttactgttgatgtcatttatgaaatgtagtagtaaaaaatggaaatagaacgtgtactgcaaatgtcctggcataaacatatttgtatggagcagcgaagagtttcggagagtgtggtgtggctgtacatgagtacactagataaatttaaggattctcggataccccgtttgcctgggctcgaatacggtcatt
gi|22 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTG----AC---TT--TTAAA-T-GAATA--TGTAAAGT-TAA-TGAT-GTTACT-GA-T-------AT-GG-T---AT--TTA-A---TTATG-ATTT-AAA--TTTG--TTGGATA-GT-TCTTC--TT--TGGTTTAAcgtctgatatttt
gi|6 : AGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTG-----C---TT--TTTTA-T-AAATG--TGACAAGT-T-A-TGAT-GTTATT-GA-T--AT--G----G-T---AA--TTA-A---T-ATG-ATTC--TA--TTTT--TTG-ATA-GT-TTT-C--TT--TGATTTAA--CGA-TTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGT--G---TG---ACGATG-ATGA--AG-CGGT-----CATGCG--GTTGA----TATGCAGT-GCGAA-------GGAT-CA-G--------GTGC--TAA--TTT----A--------CC-----GTAG-AAGTGG----AGA--CG-------TA-A--T-TGAATCCACGT---A-TGAT-----AT--ATAA-ATT-T--T--AT-G-T-G-ACATT-TATAG-AG-TGG--T---TC--TATTTT--TGAATA---AA-TG-G--TTTT-C---TT-T-G-TTTC-ACGTTC---A---T----TTT----------TCCTGT-TTG-TT--TCCGT-TTATGA-----------------AATGT--A-T------AAA-T--GG-AA---AA--CG-G-------TA----AAAT---TCCAGT--ATAAA--------CAT-T---TT---TGG-CT-C-------AA-TTCGAA---T-GT-GT-TGcg
gi|26 : TGGATA-GT-TTTTC--TT--TGGTTT--AACGAATctta
gi|4 : G---TG---ACGGTC-A--AT-------T-----CGTGCG--G---ACTGATATATAGT-GCTGATGGTAGCGGAT-CAAGCGGTATAGGT-TGTTAAACCTC-T-G----------TTAGACGTAG-A-GCGCCGTGAGA--AGGTCAAACTATAATT-CGAA-CATC-T---AGTAAGATAGGATCCTAAA-TATGT--T--ACCG-TCG-GCATTCTA-AGCAGCTGG--TCGCTTA-TATTCTCTTGCGTATAAAA-TA-G-TTTTT-CCCTTC-TGGCTTTCAACGTTCATAT---TATTATTT----------AC---TGTTGATG--TCA-T-TTATGA-----------------AATGT--AGTAGTAAAAAA-T--GGAAATAGAA--CGTG-------TACTGCAAATGTCCT--GGC-ATAAA--------CATAT---TTGTATGG-AG-CAGCGAAGAGTTTCGGAGAGT-GTGGTGTGGCTGT-ACA-TG-----------AGTACACTAGATAAATT-TAAGGATT-CTCGGATACCCCGTTTG----CCTG-----GGCTCGAATACGGTCATacgcgtagaatatactataagtactataagtatgttacaagat
gi|8 : atagaagttgtcgtgcaacagtcgacccacttgttatatcaaatgtgagaagtgtgatgatgtagttcgagtcaataatggcggtatccttatattcttatgtatttatagtttttttgaatatgtttttccttttggttttaccgcaattcgaccgttgaatcaaatagtaataagataatgttacacggaggataagtgaggaagtatgagacacaccagcagaagaatatgcatactcgactcgtagtggt-ATGATGGA-TGGTGCAGGCA-GCGT-G---A----TAT--CGT-GC-AA-------GGA--CA-GTGATA------T--TA-----C-T-GA--------GCTA-ACGTTGTA-GTA-----AGAACTG-------TA-A--T-TGAA-CATA-T---A-TAAT-T-------TTAA-TAA-T--T--AT---T-GTGCATT-TA--G-AG-TGG--T---TTA-TA-TTT--TGAATG---AA-TA-GCTTTCT-A---TT-TG---TTC-CTACTC---T---T----TTT----------TT---G-TTG-T---TA--TATTATGA-----------------At
gi|12 : tatagaattgcggttgtgcaacagttgactttcatatatgtgagaagttatgatgttattaatatggtatcttttgattttatttttgataatttttcttttgtttacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttctgtcctaaattgtaatgtgtgaaagT--TTAAATAA-G--T--AT-A-T-T-GCATT-GA-TG-CA-AGG--T---TTA-TATTTT--CAAATG---AA-TG-G--TTTT-A---TT-TGG-TTTT-GTGGTT---T---T----TTTA---------TC---T-GTT-TG--GT--T-TTATAG-----------------AATCT--T-T-----AAAT-T--GAAGG---AA--T--G-------TA----ATGT---TC--GA--AT-----------TAT-TGCGTT---TAG-TG-T-------AAGTACTAA---T-GT-TT-TTGCT-T-AAA-TG------------GTGAACT-GAT-------------------GAT---CTG-TTA----TC-G-----T---CGAAT--GATCAtta
gi|13 : -TAT-TGAT--AT-GAT-G-GCATT-TA-AT-TA-TGA--T---TTA-TATTTT--T---TG---GA-TA-G-TTTTC-C---TT-TGG-TTTA-ACGacgatatattgcg
gi|11 : gttgaagggcgcgcaatcatagaagttgtggtgcaacagtcaacttttaaataaatgtgagaagttaatgatgt-TGG--T---TTG-TATTGT--TGAATA---AA-TATA-TTTTC-C---TT-TGG-TTTT-G---TC---T---G----GTGGGGGGGGGGGTC---TGTCG-TG--TA--T-ATATAG-----------------AATTT--A-T-----AAAT-T--GGAGA---AA--TG-G-------TA----AAAT---TT--GG--ATTAA--------TAT-T---TT---TGG-TG-C-------GATTCCGAA---T-GT-GT-TCGC--TCACA-TG-----------GGTACACT-GAT--GTT-TAAGT--T-CTCGGAT---CTG-TTG----TC-G-----G---TGAAC--GACCATAC--G-GT-aattcgcgttgaatcaatatataagtaatgttacaaaataaagtgaaagtatga
gi|20 : aG--T---TTA-GATTTT--TGAATG---AA-TA-T-TTTTC-C---CT-TGG-TTTC-CGGTTC---T---T----TTT----------CT---G-TTG-TGATTC--T-TTATGG-------------------------------------------AA---AA--CG-G-------TA----AAAT---TT--GG--ATAAA--------C-------TT---TGG-CG-C-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGC--T--------------------TACACT-Gtgatataatgtgatgaatctgacccatgacattgtttc
gi|5 : gtTA---AA-TT-G-TTTTT-C---CT-TGG-TTCC-GCTTTC---C---T----TTT----------AT---G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATTT--T-T-----AAAT-T--AAAAA---AAACCG-G-------TA----AAAG---TC--GG--ATATA--------AAT-A---TT---TGG-CG-C-------AATTTCTGG---T-GT-GT-TCGCT-T-TCA-TG-----------AGTACACT-AAT--ATT-TAGGT--T-CTCGGAT---TTG-TTGTTGACC-A-----A---CGAAC--GGTCATATA-TGGT-GTCTTAC-TGTGTC-TTCTGTCTGGTCG-AT-ATAATTCTCGCC--ACATCCGGCGTATGAGGTACATGTAATAATTAACAT-AGA-TAA-GATT-GGA--ACT-AACA-----CATGTCATTGATATT-TTTACTGTAACTT-T-ACTGC-CG-ATTTT-GAA------AACAAA-TTCCGACCC----TTGTGTTA-TGTATG-GACACAC-----AGCGCA-----TCTTGGTT--T--AATGCATTT-AG-TG--TT----GA-TGGG-AGGCTCT-TTAAATAATAT-TG-CTTG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG------TAAG---------------------AT----G--GA-C---T--TT------G----TTTAC-T-TT-GAA--TGA-TT
gi|16 : ttaagtgtggtTTT--G-T-----AAAT-T--GAAAA---AG--CA-T-------TA----TAAT---TC--GGC-ATAA---------TAT-T---TT----AG-TG-C-------AACTTCTAG---T-GT-GT-TCGCG-T-ACA-TG----------G-GAACACT-GAT--AATATGGT---T-TTCGGGT---CTG-TTG----TC-G-----T---AGAAC--GTTCATG
gi|14 : GAAA---AA--TG-T-------TA----GAAC---TC--GG--ATTAA--------TGT-T---TT---TGA-TG-C-------AATTT-GTA---T-GT-GT-TCGCT-T-ACA----------------TATATG-GAT--ATT-TCGT---T-CTCAGAT---CTGTTTG----TT-G-----G---TGAAC--AGTCAtagttactataatttgcacatga
gi|25 : tggtttcacggttttttctgttgcgtctttatagaaagcagaaacccgactataaataaaattttcttaatctgatgagttACTTCTGA---T-GT-GT-TCGC--T--------------------TACATT-AGT--ATA-TTGG---T-----GAT---CTG-TTG----TC-G-----G---TGAAC--GGTCATGC--G-GT--TCTTAG-TGTGTC-T
gi|21 : -ACA-TG----------G-GCACACT-GAT--ATT-TAAG---TTCTCGGTT---CTC-TTT----TC-G-----G---TGAAC--GATCAAG---T-GTTGCCTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCG-AT-ATAATTTTCGCC--ACATCCGGTG---------CAGGTAA----TAACAT-AGG-T
gi|19 : --ACT-AACAAACCCCATTTCACTGTCGTT-TATACAGTAAA-T-T---TGC-TA-ATTGT-GA-----------------------------GTGTAA--GTGCG-GGCATGT-----AGTGCA-----TCTTGGTT--T--GTTGCATTT-AG-TG--AT----AA-TGGG-ATGTTCT-T----AAATAT-TA-CTGG------T----A
gi|10 : -AACA-----CTTTTCGTTCATG-T-TTTAATGTAAA-TGT-ACTGC-CAATCTTT-GAAGAAGAAAAAAAACGT-AAT-CC----ATCTTTTA-CCCCCG-GGCACGT-----AGCTCAATATGTGTTGGTT--A--T--GCATTG-TGGCG--AT----AG-TGGGTAGGTT---T----TAATAT-TAACCAG------T----GAAAATCTAGG-T---TTATGG-----GGAA-AA--TGCGT--TTTTAA-C-ACTGAAG--GATC---T--TGG-T--CG----TTT-C-T-TTAG-AATTGA-TTT--GG-A--G-TTAACA-AAACCTTTTTTCATGTCTGTGTC--G-GCT-TC---TA--AGCTTGGAAG-GT--T--AATT--TTTAT-CATT-----TGA---AA-AGTT-C--CT-GGATTTCTA--TTT----TAGG--TCACGTG--TCG-AAACGCGTGGCAC-AT--G----TACGACAC-TA---GTTCT
gi|18 : -CC----TTGTGTTT-TGTATG-GGCACGTGGGCAAGTGCA-----TCTTGGTT--T--GTTGCATTT-AGTGA---T----GA-TGGG-AGACTTT-T----TGATAG-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTAGGGAT-GG-GA--TG-GA--TTTAAG-CGAT----G--GA-C---
gi|9 : cggac--G--TTGACATTTTAAAAA--AT----GA-TAG--AGAATCTAT----TAATATACA-CTAGGGAAGTT----GAAA---CAAG-TCGGTCTTGT------AAG-GC--TG-GA--TTTAAGACGAT----T--GG-C---T--TTGGT--CGGTGTTTCAC-T-TG-A-A--TG--TTT--GGGA----TTTCCT-AAG-CTTTTTTAATGTATG-GGCTCG-GCTGTC---TATGATTTT-GA-G-GT--CTGATTTCTTTGAT-TATG-----TGGTTGGA-AACTGT--CTTGG------A--TTTGTATCAGGAATAATGTG--TTG-AA---------AC-ATCTG----TGTTGGG--TA---ATT--GGATTA-TAGATT-TTTCACCTTAAGGA---GTCCTT---TTTCATG--TTAGA-TTTGGCATTTG---TTAATTTACAGAC-ATTGTTT-CA--ATTAATTTTTGTTAG---GGTAGTAGTC--TTTGACAGAAGT
gi|24 : -T----TAATAT-TT-CTAT------T----AATA---CAGA-C---TCTGGT------AGG-AA--CG-GA--TATAAG----T----G--GA-TAAAT--ATG-C--TA----CTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGG
gi|15 : -TTTCACTAAAAGAAG--GTTCTT-TCGTTCAT---TT-GACTTT-GC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CG--ATTAATATC--TTAG---AACAAC-GCA--TCTA-TCGGAGTAA
gi|28 : -CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAAtcaattattcaatgatatttttctaatatcacctccggtgtgtccagaggtgcgttggaaca
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACAACATATAAAACAAGATTGGGACTAACCTATATGTCAATGACATTTCACTGTAGATTTACTTTCTTTTAAAAGAAAGATTCATGCAGACTCATGTGTTTAGTATGGACACGTAACACGTCTTGGATTTACTGATGTTA
Unaligned ( gi|23 ): TTTAAAAAGGCGGATATTGTCTTATCGTTGGATTTTTTCAAATTAAAAGCTTTTATTTCCAAAATTTTAAGAGGCACCGGTTAAAAACCCGGATTTGTTGAATAAATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 11111 111111 222222222 111111 111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 1 11111 111111 4444 111 1111111 1111111 3333333333333333333 1 222222222222222222222 1111 11111 3333333333 11 1 11 111 4444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222 1111 11111111 1111111 33333333333333 111111 22222222222222 1111 11 333333333 1111 111 1111111 111111 2222222 222222222222222222222 11111 11111 111111 1111111 11111111111 33333333 1 1111111 1111 2222 2222 11 111111111 11111 22 444444444444444 1111 333333333 1111 11 11 4444444444444444444444 11 1 111 222 11 11 111111 111 22222 11 111
lowQualScore : 55 777 111 4 4 00000 0 8888 777 99 4 4 55 4 4 3 4 222222 000000000 000000 4 777 66 4 4 333 66 0 4 4 8888 55 55 88888 4 66 0 9 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444444 5 1 44444 666666 3333 000 444 5 0 8888888 5 5 1 7777777 3333333333333333333 5 1 999999999999999999999 0000 5 55 22222 5 5555555555 5 55 11 5 5 0 4 5 00 5 4 55 777 4 55 666 3 7 3 3 222 3 3 777 999999 1111111111111111111111 3 3 44 77 3 5555555555555555555555555555555555 88 44 33 555 44 555 3 4444 3 99 6 44 33333333 3 666 666 3 5555555 999 3 3 3 1 3 3 55555555555555 444 3 88 2 444444 666 7 3 55555555555555 55 777 99 6 6 3333 11 222222222 4444 6 111 6 8 0 99 77 5555555 0 6 5 111111 3333333 3 333333333333333333333 0 77 5 22222 22222 5 333333 4 5 66 66 6666666 5 5 1 4 9999 4 4 33333333333 888 5 888 00000000 5 66 0 66 0000000 7777 5 77 0000 4444 5 5 5 5 77 5 99 2222 11 44 0 8 11 8 8 666666666 1 0 8 66666 11 8 8 777777777777777 3333 8 000000000 7777 11 11 9999999999999999999999 11 5 444 3 7 777 33 8 11 3 88 666666 9 0 8 444 00000 8 11 6 99 99 111 6 99 6 7
lowQualScore : .. ... ... . . ..... . .... ... .. . . .. . . . . ...... ......... ...... . ... .. . . ... .. . . . .... .. .. ..... . .. . . . ................................................................................................. ...... . . ..... ...... .... ... ... . . ....... . . . ....... ................... . . ..................... .... . .. ..... . .......... . .. .. . . . . . .. . . .. ... . .. ... . . . . ... . . ... ...... ...................... . . .. .. . .................................. .. .. .. ... .. ... . .... . .. . .. ........ . ... ... . ....... ... . . . . . . .............. ... . .. . ...... ... . . .............. .. ... .. . . .... .. ......... .... . ... . . . .. .. ....... . . . ...... ....... . ..................... . .. . ..... ..... . ...... . . .. .. ....... . . . . .... . . ........... ... . ... ........ . .. . .. ....... .... . .. .... .... . . . . .. . .. .... .. .. . . .. . . ......... . . . ..... .. . . ............... .... . ......... .... .. .. ...................... .. . ... . . ... .. . .. . .. ...... . . . ... ..... . .. . .. .. ... . .. . .
lowQualScore : 55 000 000 0 0 00000 5 5555 000 55 0 0 55 0 0 6 4 888888 111111111 777777 4 888 11 4 4 999 11 7 0 0 5555 55 55 22222 4 11 9 7 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 777777 7 4 33333 000000 6666 000 999 7 7 6666666 7 7 7 4444444 9999999999999999999 7 4 999999999999999999999 4444 7 99 44444 7 4444444444 0 88 99 0 0 0 5 0 44 0 4 55 000 0 55 444 6 3 6 6 777 3 3 111 666666 7777777777777777777777 3 3 66 99 3 4444444444444444444444444444444444 88 66 66 888 66 888 3 2222 3 22 7 66 22222222 6 444 444 6 5555555 222 3 3 3 8 3 3 55555555555555 555 6 66 1 666666 444 3 6 33333333333333 00 999 22 7 7 0000 00 000000000 2222 7 777 7 0 8 22 99 9999999 7 6 7 777777 6666666 0 999999999999999999999 4 22 0 55555 55555 0 555555 4 0 99 00 2222222 0 0 4 4 4444 4 4 22222222222 888 0 888 22222222 0 99 0 99 1111111 0000 0 99 1111 3333 7 7 7 7 99 7 22 8888 66 44 8 0 00 0 0 444444444 0 8 0 00000 22 0 0 000000000000000 0000 0 222222222 0000 66 00 2222222222222222222222 00 0 000 8 0 555 88 0 00 2 88 666666 6 6 0 000 00000 0 00 7 22 22 777 7 22 7 5
consensus : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCG----AC---TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GAT-AT--GAT-GGTA---T--TTA-A---T--TATG-ATTT-ATA---TTTT--TTGGATA-GT-TT----TTC--TT--TGGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATC-AATAGTAA---------TAAGATAATGTTACACGGAGGATAAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAAT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-----CA-----TGCGGT--G---ATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-AGTGGC---AGA--CG---------TAA--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC------TTTT-----------T-T-----C--G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATTT--A-T-----AAAT-T--GG-AAA---AA--C---G-GTA----AAAT-TC--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-G------------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---C----GA--ACGGTCATGCG--GTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTGC-C-GTTTTT------GAAAANAAA----CGT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TT----TGTTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-T-ACTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TATGANTTGGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGG--G-A--AACT-T--CT-GG------A--TTT----TAGGAATTATGTG--TTGAA--------CAC-AT-TGG----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATGT-T-GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
Reference ( family-2575 ) : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCG----AC---TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GAT-AT--GAT-GGTA---T--TTA-A---T--TATG-ATTT-ATA---TTTT--TTGGATA-GT-TT----TTC--TT--TGGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGNATC-NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-----CA-----TGCG----G---ATATAANGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-AGTGGC---AGA--CG---------TAA--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC------TTTT-----------T-T-----C--G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATTT--A-T-----AAAN-T--GG-AAA---AA--C---G-GTA----AAAT-TC--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-G------------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---C----GA--ACGGTCATGCN--GTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGNT-TTTACTGTAAATTTACTGC-C-GTTTTT------GAAAANAAA----CGT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TT----TNTTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGGCTCT-T----TAATAT-T-ACTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TATGANTTNGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGGCCG-A--AACT-T--CT-GG------A--TTT----TAGGAATTATGTG--TTGAA--------CAC-AT-CGG----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATGT-T-GACTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CANAAGTAA
gi|1 : TCATAGAA--G---TTG---TCGATGCAACA-G-----TCG----ACAAATTAATTATAAT-AAATGATTGAGAAGT-TGAATGATAGTTATG------AAT-ATCAGAT-GGGC---A--TTA-A---T--TATG-ATTTTATA---TTATAATGGAATA-GTATT----TTC--TTATTGGTT--AAACG-AATTCG--CGTTGACATC-NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN--NNNNAT-TGCAAAC-AGTC-ATGATA-AAACGGT-----CA-----TG-GAT--G---ATAAAATGTTGCGAA-------GGATTC-AGCGATA---GT--T-AA--CTT-A-GATTATAGAACCTA-CCGTAG-AATGGCC--AAA--CAA--------TAA--C-T-GA--CCACCT---A-TAGA-TA--AT--TAGA-TTA-TT--A-T-GTTGGCATT-GATAG-AG-TGAGAT---GTAATAT--TTTTGAAT---AAAATAAG-TTGTC-CGCCTCGTGG-GTTC-ACGTTC------TTTT-----------T-TTTACTC--G-TTA-TG--AC--A-CTGTCGTCTACCAATCAAACCCAAATTCTGA-T-----AAAAATCGGG-AAA---AA--CAGCG-GTATCTGAAAT-TT--GG-AAATACACACACCATCAT-T---TC---TGGACGCC------AATTCCGGA---TCGT-GT-TGACT-TACACT-GCGAGCTATCAGAA-C-ACACT-GAT--ATT-AGT---T-CTCGGAT---CGG-TTGCT-GCCAGTG---T----GA--ACGGTCATGCG--GTGTGTCTTAGCTGGATCGTCCTGTCTGGCCGAATC-ATTGTTTCCGCCAAACATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CATAA---GATTCACGATTGGACCACTAA---A-----CAATG-CATT-ATGATATTTACTGTAAATTTACTGCAC-GTTTTTG-----GAAAACAAA----CGT-CAGA-C-CCTTGTTGTCTTAGTGTACGAGGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTTCGCTCTTT-CATT-T--AG-AGACCACTACAGATTAGG-AGACTCT-T----TAATAG-T-ACTAG------TGTAAAAAA---CAGGCC---TCTAGTAC-----AGTGAACTGTGATCTTTAAG-C---G-ATCGGTGA-CTGCTCG-TAACGCTACTTAAC-TATG-G-A--TGA-TTTAAGGGACCA-TTTTCTAAAAATTTTTTTCATGTA---G--TCG-GCT-CCTCTTATGA-TTGGAAGCGTCCT--ACTTCATT-GATCTATTATTCATGGCCC-AACAACT-TACCT-AG------AATTTC----TACCATTTATGTGGTTTGAG--------AATGAT-TGGTATATAT--GACACTTATTCCTTTTGACTTCATA--TTATTTCACCTTACAGAGACGTCCTTATCTCTCATGTAC-GATTTTGC-TTTGGTATTAATTC-----C-AT--TTTCCAACATTAATTTT--TTAGCCTGGTAGT-GTCTTTTTG-CA-AAGTAA
gi|10 : caaAAC--A-----C-TTTTCGTTCATG-T-TTTAATGTAAATGTACTGC-CAATCTTTGAAGAAGAAAAAAAA----CGT--AAT-C-C----ATCTTTTA-CCCCCG-GGCACGT-----AGCTCAATATGTGTTGG-TT------ATG-CATTGT--GG-CGAT-------AG-TGGGTAGG--TT-T----TAATAT-TAACCAG------T----GAAAATCTAGG-T---TTATGGGG-----AA-AA--TGCGT--TTTTAA-CACTG-AA-G--GATCT--TGG-T--CG----TTT-C-T-TTAG-AATTGA-TTT---GGA--G-TTAAC-AAAACCTTTTTTCATGTCTGTG--TCG-GCT-TC---TAAG-CTTGGAAG-GT--T--AATTT-TT--AT-CATT-----TGA--A-A--AGTT-C--CT-GGATTTCTA--TTT----TAGG--TCACGTG--TCGAAACGCGTGGCAC-AT---G----TAC--GACACTAGT---TCTtt
gi|11 : -TGG--T---TTG-TAT--TGTTGAAT---AAA-TATA-TTTTC-C---TT-TGG-TTTT-G---TC------TGGTGGGGGGGGGGGT-C-----T--G-TCG-TG--TA--T-ATATAG-----------------AATTT--A-T-----AAAT-T--GG-AGA---AA--T---G-GTA----AAAT-TT--GG-A--TTAATA--------T-T---TT---TGG-TGC-------GATTCCGAA---T-GT-GT-TCGCT-CACA-TGG------------G-T-ACACT-GAT--GTTTAAGT--T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---T----GA--ACGACCATACG--GT
gi|12 : aT--TTAAATAA-GT--A-T-AT-TGCATT-GA-TG-CA-AGG--T---TTA-TAT--TTTCAAAT---GAA-TG-G--TTTT-A---TT-TGG-TTTT-GTGGTT------TTTT-----------TAT-----CT-G-TT--TG--GT--T-TTATAG-----------------AATCT--T-T-----AAAT-T--GA-AGG---AA--T-----GTA----ATGT-TC--GA-A--T---TA--------T-TGCGTT---TAG-TGT-------AAGTACTAA---T-GT-TT-TTGCT-TAAA-T-G------------G-T-GAACT-GAT------------------GAT---CTG-TTATC-G-----T---C----GA--ATGATCAtgatataatgtgatgaatctgacccatgacattgtttc
gi|13 : TCATAGAA--G---TTG---TGG-TGCAACA-G-----TCA----AC---TT--TTAAA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GAT-AT--GAT-GGCA---T--TTA-A---T--TATG-ATTT-ATA---TTTT--TTGGATA-GT-TT----TCC--TT--TGGTTT--AACG-AATTCG--CGTT-GAATC-acgatatattgcg
gi|14 : gttgaagggcgcgcaa-TGG-TTTC-ACGGTT------TTTT-----------C-T--------G-TTG-CG--TC--T-TTATAG-----------------AAaatatataagtaatgttacaaaataaagtgaaagtatga
gi|14 : -----------------AATCTG-A-T-----GAGT-T--G--AAA---AA--T---G-TTA----GAAC-TC--GG-A--TTAATG--------T-T---TT---TGA-TGC-------AATTT-GTA---T-GT-GT-TCGCT-TACA------------------T-ATATG-GAT--ATTTCGT---T-CTCAGAT---CTGTTTGTT-G-----G---T----GA--ACAGTCAagcagaaacccgactataaataaaattttcttaatctgatgagttgaaaaatgttagaactcggattaatgtttttgatgcaatttgtatgtgttcgcttacatatatggatatttcgttctcagatctgtttgttggtgaacagtca
gi|15 : tggtttcacggttttttctgttgcgtctttatagaaagcagaaacccgactataaataaaattttctt-TTTCACTAAAAGAAG--GTTCTT-TCGTTCAT-T-T-GACTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CG--ATTAATATC--TTAG---AACAAC-GCA--TCTA-TCGGAGTAA
gi|16 : TTT--G-T-----AAAT-T--GA-AAA---AG--C---A-TTA----TAAT-TC--GGCA--TAA-TA--------T-T---TT----AG-TGC-------AACTTCTAG---T-GT-GT-TCGCG-TACA-T-G------------G-GAACACT-GATA-ATATGGT---T-TTCGGGT---CTG-TTGTC-G-----T---A----GA--ACGTTCATGTA--GTtcaattattcaatgatatttttctaatatcacctccggtgtgtccagaggtgcgttggaaca
gi|17 : ACAA----CAT-ATAAAA-CAA-GATTGGG--ACTAACCTA-----T-ATGTCAATGAC-AT-TTCACTGTAGATTTACTTT-C--TTTT--------AAAAGAAAGATTCATGCAGA-CTC----ATGTGTTT-AGTATG-GACACGT-----AACACG-----TCTTGGATT----TACTG-tactataatttgcacatga
gi|18 : -C-C----TTGTGTTT-TGTATG-GGCACGTGGGCAAGTGCA-----TCTTGG-TT----TGTTG-CATT-T--AG-TGAT-------GA-TGGG-AGACTTT-T----TGATAG-T-ACTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TAGGGATGG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-Catgtta
gi|19 : cggac--ACTAAC--AAACCCC-ATTTCACTGTCGTT-TATACAGTAAATTTGCT-----------------------AAT----TGT---GA----------GTGTAA--GTGCG-GGCATGT-----AGTGCA-----TCTTGG-TT----TGTTG-CATT-T--AG-TGAT-------AA-TGGG-ATGTTCT-T----AAATAT-T-ACTGG------T----A
gi|2 : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TGG----AC---TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-GATGAT-GTTATT------GAT-AT--GAT-GGCA---T--TTA-A---T--TGTG-ATTT-ATA---TTTT--TTGGATA-GT-TT----TTC--TT--TGGTTTAAAACG-AATTCN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNG------TG---AC-GGTC-ATGATA-AA-CGGT-----CA-----TGCG----G---ATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-AGTGGC---AGA--CG---------TAAATC-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAG--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-ACGTTC------TTTT-----------T-T-----C--T-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AGTTT--A-T-----AAAA-T--GG-AAA---AA--C---G-GTG----AAAT-TT--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TGGC--TACA-T-GAA----------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-ATCGGAT---CTG-TTGCC-G-----G---T----GA--ATGGTCATGCT--GTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--TAATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GA-TGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAA-TTACTGC-C-GTTTTT------GAAAACAAA-----GT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TT----GTTTG-CATT-T--AGAAAAT-------GA-TAGG-AGACTCT-T----TAATAT-T-ACTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C-----AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCT-AAGACTTTTTTCATGTATG-G--GCG-GCT-TC---TATGAGTTTGAAG-GT--T--ATTT--TT-GAT-TATT-----TGG--A-A--AACT-T--CT-GG------A--TTT----TAGGAAGTATGTG--TTGAA--------CAT-AT-TAG----TAT--GACA-TAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCA--T-T-GA-TTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
gi|20 : G--T---TTA-GAT--TTTTGAAT---GAA-TA-T-TTTTC-C---CT-TGG-TTTC-CGGTTC------TTTT-----------T-C-----T--G-TTG-TGATTC--T-TTATGG--------------------------------------------AA---AA--C---G-GTA----AAAT-TT--GG-A--TAAAC---------------TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-
gi|21 : gtACA-T-G------------GGC-ACACT-GAT--ATTTAAG---TTCTCGGTT---CTC-TTTTC-G-----G---T----GA--ACGATCAAGTG--TTGC--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGTG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GG-Tctg
gi|22 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTG----AC---TT--TTAAA-T-GAATA--TGTAAAGT-T-AATGAT-GTTACT------GAT------AT-GGTA---T--TTA-A---T--TATG-ATTT-AAA---TTTG--TTGGATA-GT-TC----TTC--TT--TGGTTTAA
gi|24 : -T----TAATAT-T-TCTAT------T----AATA---CAGA-C---TCTGGT-A-----GG-AA--CG-GA--TATAAG-T---GGAT-A--AA--T--ATG-C--TA----CTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGcg
gi|25 : ACTTCTGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-TTA------------G-T-A-------T--ATT--GG---T-----GAT---CTG-TTGTC-G-----G---T----GA--ACGGTCATGCG--GT-T--CTTAG-TGTGTC-T
gi|26 : TGGATA-GT-TT----TTC--TT--TGGTTT--AACG-AATACG--CG-TAGAAT
gi|27 : CATAAAA--GGTCCTG---TCA-TGCAACA-G-----TTC----AC---TT--TTATA-T-AAATA--TGAGAAGT-T-Aatactataagtactataagtatgttacaagat
gi|28 : -CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAA
gi|3 : CATAGAA--G---TTA---ACG-TGCAACAAG-----TCA----AC---TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GAT-----GATTGATA---T--TTA-A---T--TATG-ATTT-ATA---TTTT--T-GGATA-GT-TT----TTC--TT--TGGTT---AACG-AATTCG--CGTTTGAATC-NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT--G-------G---AC-TGTCCATGA-A-AA-CGGT-----CA-----TGCGAT--G---ATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATC---GT--TTA---CTT-TAGA--------CCTA-A--TAG-AGTGGC---AAC--CG---------TAT--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-T--------TAA-TAT-TTT-A-T-GT-G-CATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTTTC---TT-TGG-TT-C-ACGTTT------TTCT----------------------G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATTT--A-TTT---AAAA-T--GG-AAA---AA--C---G-GTA----AAAT-GT--G------AAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------A-TTTCGGAA--T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-GA-----------G-C-ACACT-GAT--ATTTAGG---TTCTCGGAT---CTG-TTGTC-GA----G---T----GA--ACGGTCATGCA--GTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCG-TG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----A-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTTG-C-GTTTTT------GAAAAACAA-----GT-CGGA-C-CC---TTGGGT-A-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TT----TGTTG-CATT-T--AG-AAAT-------GA-TTGG-AGACTCT-T----TAACAT-T-ACTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTACTT-TT-G-A--TGATTTT--GGGA--ATTTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCGCGTT-TC----AT--ATTGGAAG-GT--T--ATTT--TT-GAT-TATT-----T----G-A--AACT-T--CT-GA------T--TTT----TAGG-ATTATGTG--TTGAA---------AC-ATATGG----TAT--GACA-TAAT---TTTGGA-T---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GT-CTT-TCTTTCATG--T-GATTTGGC-TTGT---TTAATTC-----CTTT--TTT-CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAAtt
gi|4 : ATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGACCCAC---TTG-TTATA-TCAAATG--TGAGAAGTGT-GATGAT-GTAGTTCGAGTCAATAAT--GGC-GGTA---TCCTTATATTCT--TATGTATTT-ATAGT-TTTT--TTGAATATGT-TT----TTCCTTT--TGGTTT-TACCGCAATTCGACCGTT-GAATCAAATAGTAA---------TAAGATAATGTTACACGGAGGATAAGTGAGGAAGTATGAGACACACCAGCAGAAGAAT----AT--GCATACTCG---ACTCGTA-GTGGTGTGA-CGGT-----CAATTCGTGCGGACTG---ATATATAGT-GCTGATGGTAGCGGAT-CAAGCGGTATAGGTTGTTAAACCTC-T-G----------TTAGACGTAG-AGCGCCGTGAGA--AGGTCAAACTATAA--T-TCGAA-CATC-T---AGTAAGATAGGATCCTAAA-TATGTT--ACC-GTCGGCATTCTA-AGCAGCTGG--TCGCTTA-TATTCTCTTGCGTATAAAA-TA-G-TTTTT-CCCTTC-TGGCTTTCAACGTTCATATTATTAT-----------T-TAC---T--G-TTGATG--TCA-T-TTATGA-----------------AATGT--AGTAGTAAAAAA-T--GG-AAATAGAA--C---GTGTACTGCAAATGTCCTGGCA--TAAACA--------TAT---TTGTATGG-AGCAGCGAAGAGTTTCGGAGAGT-GTGGTGTGGCTGTACA-T-GA-----------G-T-ACACTAGATAAATTTAAGGATT-CTCGGATACCCCGTTTGCCTG-----GGCTC----GAATACGGTCAT
gi|5 : T---AAA-TT-G-TTTTT-C---CT-TGG-TTCC-GCTTTC------CTTT-----------T-A-----T--G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATTT--T-T-----AAAT-T--AA-AAA---AAACC---G-GTA----AAAG-TC--GG-A--TATAAA--------T-A---TT---TGG-CGC-------AATTTCTGG---T-GT-GT-TCGCT-TTCA-T-GA-----------G-T-ACACT-AAT--ATTTAGG---TTCTCGGAT---TTG-TTGTT-G-----A---CCAACGA--ACGGTCATATATGGTGT--CTTAC-TGTGTC-TTCTGTCTGGTCGA--T-ATAATTCTCGCCA--CATCCGGCGTATGAGGTACATGTAATAATTAACAT-A---GA-TAA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATATT-TTTACTGTAACTTTACTGC-C-GATTTT------GAAAACAAA----T-T-CCGACC-C----TTGTGTTA-TGTATG-GACACAC-----AGCGCA-----TCTTGG-TT----TAATG-CATT-T--AG-TGTT-------GA-TGGG-AGGCTCT-TTAAATAATAT-T-GCTTG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----A------------------------G-AT-G--GA-CT--TT------G----TTTAC-T-TT-GAA--TGA-TTt
gi|6 : ttaagtgtggtAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTG-----C---TT--TTTTA-T-AAATG--TGACAAGT-T-A-TGAT-GTTATT------GAT-AT--G----GTA---A--TTA-A---T---ATG-ATTC--TA---TTTT--TTG-ATA-GT-TT----T-C--TT--TGATTTAA--CG-A-TTCA--CNNNNNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT----GT--G------TG---AC-G----ATGATG-AAGCGGT-----CA-----TGCGGTT-G---ATATGCAGT-GCGAA-------GGAT-C-AG--------GTG-CTAA--TTT----A--------C-----CGTAGAAGTGG----AGA--CG---------TAA--T-T-GAATCCACGT---A-TGAT-----AT--ATAA-ATT-TT--A-T-GT-GACATT-TATAG-AG-TGG--T---TC--TAT--TTTTGAAT---AAA-TG-G--TTTT-C---TT-T-G-TTTC-ACGTTC------ATTT-----------T-T-----CCTGTTTG-TT--TCCGT-TTATGA-----------------AATGT--A-T-----AAA--T--GG--AA---AA--C---G-GTA----AAAT-TCCAGT-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CTC-------AA-TTCGAA---T-GT-GT-T-GCT-TA
gi|7 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAAGA-GAACTTTTG----AC---TT--TTATA-T-AAATG--TGGGAAGT-T-AGTGAT-GTTATT------AAT-GT--G----GTA---T--TTA-A---T--TATG-ATTT-AT----TTTT--TTGGAAA-GT-TT----TTC--TG--TGGTTTAA--CG-ANNNNN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN--G------TG---AC-AGTC-ATTATG-AA-CGGT-----CA-----AGCG----GTTGATATGATGT-GTGAA-------GGGT-C-AGTGATA---AT--TTAG--CCTATAGA--------CCTA-ACGTAG-AATGAA---AAA--CG---------TAA--CAT-AAG-CCAC-TTTGA-TAAT-GA-------TAT-TAT-TTTAA-T-GT-GGCATT-TA-AA-TG-TGA--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-GTTC-ATGTTC------TTTT-----------A-C-----T--G-TTA-TG--TC--T-TTAT-------------------AA-------------AAAT-T--GGAAAA---AA--C---G-GTA----AACG-TC--TG-A--TA
gi|8 : ATAGAATTG---CGG---TTG-TGCAACA-G-----TTG----AC---TT--TCATA-T-A--TG--TGAGAAGT-T-A-TGAT-GTTATT------AAT-AT------GGTATCTT--TTG-A---TTTTATT-TTTG-ATAATTTTTC--TT---TT-GT-TTACGANNN--NN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTCTGTCCTAAATTGTAAT----GT--G------TG---AA-AG---ATGATG-GA-TGGTGCAGGCA------GCGT---G---ATAT--CGT-GC-AA-------GGA--C-AGTGATA-------TTA-----C-T-GA--------GCTA-ACGTTGTAGTA-----AGAACTG---------TAA--T-T-GAA-CATA-T---A-TAAT-T-------TTAA-TAA-TT--A-TTGT-G-CATT-TA--G-AG-TGG--T---TTA-TA---TTTTGAAT---GAA-TA-GCTTTCT-A---TT-TG---TTC-CTACTC------TTTT-----------T-T-----T--G-TTG-T---TA--TATTAT-G-----------------AATTtttt
gi|9 : tTTGACATT-TTAAA-AAAT-------GA-TAG--AGAATCTAT----TAATATAC-ACTAGGGAAGTT----GAAA---CAAG-TCGGTCTTGT-A-----AG-GC--TG-GA--TTTAAGAC---G-AT-T--GG-CT--TTGGT--CGGTGTTTCAC-T-TG-A-A--TG--TTT--GGGA----TTTCCTAAG--CTTTTTTAATGTATG-GGCTCG-GCTGTC---TATGATTTTGA-G-GT--CTGATTTC-TTTGAT-TATG-----TGGTTGGA--AACTGT--CTTGG------A--TTTGTATCAGGAATAATGTG--TTGAA---------AC-AT-CTG----TGTTGGG---TAAT---T--GGATTA--TAGATT-TTTCACCTTAAGGA---GTCCTT---TTTCATGT-TAGATTTGGCATTTG---TTAATTTACAGAC-ATTGTTT-CA--ATTAATTTTTGTTAG---GGTAGTAGTC--TTTGACAGAAGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTAAAAAGGCGGATATTGTCTTATCGTTGGATTTTTTCAAATTAAAAGCTTTTATTTCCAAAATTTTAAGAGGCACCGGTTAAAAACCCGGATTTGTTGAATAAATA
Alignments
lowQualScore : 222 11111 1111 111111 111111111 11111 1111111111 11111 111 1111111111 3333333333333333 111 111111 1 11111 2222 1111111 1111111 3333333333333333333 222222222222222222222 1111 11111 3333333333 11 1 11 111 4444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222 1111 1111 11111111 1111111 33333333333333 111111 22222222222222 1111 11 333333333 1111 111 1111111 111111 2222222 222222222222222222222 11111 11111 111111 1111111 11111111111 33333333 1 1111111 1111 2222 2222 11 111111111 11111 22 33333333333 1111 333333333 1111 11 11 444444444 22222222 11 1 111 222 11 11 111111 111 22222 11 111
lowQualScore : 55 777 111 4 4 00000 0 5555 99 4 4 55 4 4 3 4 222222 777777777 66 4 777 4 66 66 66 3 4 4 00000 55 55 7777777777 88888 4 66 0 9 00 4 111 5555555555 8888888888 55 44444444 33333333 4444444444444444 000 444444 5 0 5 22222 5555 11 5 0 8888888 5 5 1 7777777 3333333333333333333 5 0 5 5 999999999999999999999 0000 5 55 22222 5 5555555555 5 55 11 5 5 0 4 5 00 5 4 55 777 4 55 666 3 7 3 3 222 3 3 777 999999 1111111111111111111111 3 3 44 77 3 4444444444444444444444444444444444444 33 555 1111 3 4444 3 99 6 44 33333333 3 666 666 3 5555555 999 3 3 3 1 3 3 55555555555555 444 3 88 2 444444 666 7 3 55555555555555 55 66 99 6 6 3333 11 222222222 4444 6 111 6 8 0 99 77 5555555 0 5 5 111111 3333333 3 333333333333333333333 0 77 5 22222 22222 5 111111 4 5 66 66 6666666 5 5 1 4 9999 4 4 33333333333 888 5 888 00000000 5 66 0 66 0000000 7777 5 77 0000 4444 5 5 5 5 77 5 99 2222 11 44 0 8 11 8 8 666666666 0 8 66666 11 8 8 77777777777 8 3333 8 000000000 7777 11 11 444444444 8 22222222 11 5 444 3 7 777 33 8 11 3 88 666666 3 0 8 444 00000 8 11 6 99 99 111 6 99 6 6
lowQualScore : .. ... ... . . ..... . .... .. . . .. . . . . ...... ......... .. . ... . .. .. .. . . . ..... .. .. .......... ..... . .. . . .. . ... .......... .......... .. ........ ........ ................ ... ...... . . . ..... .... .. . . ....... . . . ....... ................... . . . . ..................... .... . .. ..... . .......... . .. .. . . . . . .. . . .. ... . .. ... . . . . ... . . ... ...... ...................... . . .. .. . ..................................... .. ... .... . .... . .. . .. ........ . ... ... . ....... ... . . . . . . .............. ... . .. . ...... ... . . .............. .. .. .. . . .... .. ......... .... . ... . . . .. .. ....... . . . ...... ....... . ..................... . .. . ..... ..... . ...... . . .. .. ....... . . . . .... . . ........... ... . ... ........ . .. . .. ....... .... . .. .... .... . . . . .. . .. .... .. .. . . .. . . ......... . . ..... .. . . ........... . .... . ......... .... .. .. ......... . ........ .. . ... . . ... .. . .. . .. ...... . . . ... ..... . .. . .. .. ... . .. . .
lowQualScore : 55 000 000 0 0 00000 5 5555 55 0 0 55 0 0 6 4 888888 333333333 11 4 888 4 33 11 11 2 0 0 00000 55 55 5555555555 88888 4 11 9 7 88 4 999 7777777777 2222222222 99 00000000 44444444 7777777777777777 000 777777 0 0 0 55555 9999 11 0 7 6666666 7 7 7 4444444 9999999999999999999 7 7 7 7 999999999999999999999 4444 7 99 44444 7 4444444444 0 88 99 0 0 0 5 0 44 0 4 55 000 0 55 444 6 3 6 6 777 3 3 111 666666 7777777777777777777777 3 3 66 99 3 6666666666666666666666666666666666666 66 888 7777 3 2222 3 22 7 66 22222222 6 444 444 6 5555555 222 3 3 3 8 3 3 55555555555555 555 6 66 1 666666 444 3 6 33333333333333 00 99 22 7 7 0000 00 000000000 2222 7 777 7 0 8 22 99 9999999 7 4 7 777777 6666666 0 999999999999999999999 4 22 0 55555 55555 0 555555 4 0 99 00 2222222 0 0 4 4 4444 4 4 22222222222 888 0 888 22222222 0 99 0 99 1111111 0000 0 99 1111 3333 7 7 7 7 99 7 22 8888 66 44 8 0 00 0 0 444444444 8 0 00000 22 0 0 22222222222 0 0000 0 222222222 0000 66 00 000000000 0 00000000 00 0 000 8 0 555 88 0 00 2 88 666666 8 6 0 000 00000 0 00 7 22 22 777 7 22 7 7
consensus : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATCAA-TANTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAAT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-CA-----TGCGG--TTGATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAA--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC------TTTT-----------T-T-----C--G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-TC--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-G------------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---C----GA--ACGGTCATGC--GGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTGC-C-GTTTTT------GAAAANAAA----CGT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-T-ACTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TATGANTTGGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GG------A--TTT----TAGGAATTATGTG--TTGAA--------CAC-AT-TGG----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATGT-T-GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
Reference ( family-2575 ) : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATCAA-TAGTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAAT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-CA-----TGCGG--T-GATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAA--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC------TTTT-----------T-T-----C--G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-TC--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-G------------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---C----GA--ACGGTCATGC--GGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTGC-C-GTTTTT------GAAAANAAA----CGT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-T-ACTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TATGANTTGGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGG---GA-AACT-T--CT-GG------A--TTT----TAGGAATTATGTG--TTGAA--------CAC-AT-TGG----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATGT-T-GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
gi|1 : TCATAGAA--G---TTG---TCGATGCAACA-G-----TCGACAAA-TTAATTATAAT-AAATGATTGAGAAGT-TGAATGATAGTTATG------AATA-TCAGAT-GGGCA--TTA-ATT---ATG-ATTTTATA--TTATAATGGAATA-GTAT-----TTTC--TTATT----------GGTT--AAACG-AATTCG--CGTTGACATCNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN--NNNNAT-TGCAAAC-AGTC-ATGATA-AAACGGT-CA-----TG-GA--T-GATAAAATGTTGCGAA-------GGATTC-AGCGATA---GT--T-AA--CTT-A-GATTATAGAACCTA-CCGTAG-A-ATGGCC--AAA--CAA--------TAA--C-T-GA--CCACCT---A-TAGA-TA--AT--TAGA-TTA-TT--A-T-GTTGGCATT-GATAG-AG-TGAGAT---GTAATAT--TTTTGAAT---AAAATAAG-TTGTC-CGCCTCGTGG-GTTC-ACGTTC------TTTT-----------T-TTTACTC--G-TTA-TG--AC--A-CTGTCGTCTACCAATCAAACCCAAATTCTGAT-A-A-----AAATCGG-GAA---AAACAGCG-GTATCTGAAAT-TT--GG-AAATACACACACCATCAT-T---TC---TGGACGCC------AATTCCGGA---TCGT-GT-TGACT-TACACT-GCGAGCTATCAGAA-C-ACACT-GAT--ATT-AGT---T-CTCGGAT---CGG-TTGCT-GCCAGTG---T----GA--ACGGTCATGC--GGTGTGTCTTAGCTGGATCGTCCTGTCTGGCCGAATC-ATTGTTTCCGCCAAACATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CATAA---GATTCACGATTGGACCACTAA---A-----CAATG-CATT-ATGATATTTACTGTAAATTTACTGCAC-GTTTTTG-----GAAAACAAA----CGT-CAGA-C-CCTTGTTGTCTTAGTGTACGAGGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTTCGCTCTTT-CATT-T--AG-AGACCACTACAGATTAGG-AGACTCT-T----TAATAG-T-ACTAG------TGTAAAAAA---CAGGCC---TCTAGTAC-----AGTGAACTGTGATCTTTAAG-C---G-ATCGGTGA-CTGCTCG-TAACGCTACTTAAC-TATG-G-A--TGA-TTTAAGGGACCA-TTTTCTAAAAATTTTTTTCATGTA---G--TCG-GCT-CCTCTTATGA-TTGGAAGCGTCCT--ACTTCATT-GATCTATTATTCATGGCCCAACAACT-TACCT-AG------AATTTC----TACCATTTATGTGGTTTGAG--------AATGAT-TGGTATATAT--GACACTTATTCCTTTTGACTTCATA--TTATTTCACCTTACAGAGACGTCCTTATCTCTCATGTAC-GATTTTGC-TTTGGTATTAATTC-----C-AT--TTTCCAACATTAATTTT--TTAGCCTGGTAGT-GTCTTTTTG-CA-AAGTAA
gi|10 : caaAAC--A-----C-TTTTCGTTCATG-T-TTTAATGTAAATGTACTGC-CAATCTTTGAAGAAGAAAAAAAA----CGT--AAT-C-C----ATCTTTTA-CCCCCG-GGCACGT-----AGCTCAATATGTGTTGG-TT------ATG-CATTGT--GG-CGAT-------AG-TGGGTAGG--TT-T----TAATAT-TAACCAG------T----GAAAATCTAGG-T---TTATGGGG-----AA-AA--TGCGT--TTTTAA-CACTG-AA-G--GATCT--TGG-T--CG----TTT-C-T-TTAG-AATTGA-TTT---GGA--G-TTAAC-AAAACCTTTTTTCATGTCTGTG--TCG-GCT-TC---TAAG-CTTGGAAG-GT--T--AATTT-TT--AT-CATT-----TGA---AA-AGTT-C--CT-GGATTTCTA--TTT----TAGG--TCACGTG--TCGAAACGCGTGGCAC-AT---G----TAC--GACACTAGT---TCTtt
gi|11 : -TGG--T---TTG-TAT--TGTTGAAT---AAA-TATA-TTTTC-C---TT-TGG-TTTT-G---TC------TGGTGGGGGGGGGGGT-C-----T--G-TCG-TG--TA--T-ATATAG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AGA---AA----TG-GTA----AAAT-TT--GG-A--TTAATA--------T-T---TT---TGG-TGC-------GATTCCGAA---T-GT-GT-TCGCT-CACA-TGG------------G-T-ACACT-GAT--GTTTAAGT--T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---T----GA--ACGACCATAC--GGT
gi|11 : aGGTG-AA-CGAC-CA-----TACGG--TTGATATAATGT-Gtgatataatgtgatgaatctgacccatgacattgtttc
gi|12 : atggtttgtattgttgaataaatatattttcctttggttttgtctggtgggggggggggtctgtcgtgtatatatagaatttataaattggagaaatggtaaaatttggattaatatttttggtgcgattccgaatgtgttcgctcacatgggtacactgatgtttaagttctcggatctgttgtcT--TTAAATAA-GT--A-T-AT-TGCATT-GA-TG-CA-AGG--T---TTA-TAT--TTTCAAAT---GAA-TG-G--TTTT-A---TT-TGG-TTTT-GTGGTT------TTTT-----------TAT-----CT-G-TT--TG--GT--T-TTATAG-----------------AATC----T-T-T-----AAATTGA-AGG---AA----T--GTA----ATGT-TC--GA-A--T---TA--------T-TGCGTT---TAG-TGT-------AAGTACTAA---T-GT-TT-TTGCT-TAAA-T-G------------G-T-GAACT-GAT------------------GAT---CTG-TTATC-G-----T---C----GA--ATGATCAatgaatctgacccatgacattgtttc
gi|13 : TCATAGAA--G---TTG---TGG-TGCAACA-G-----TCAAC----TT--TTAAA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGCAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTCC--TT--T----------GGTTT--AACG-AATTCG--CGTT-GAATCAA-TA-T-ATAAG-----TA---ATGTTAC----AAAATAAAGTGA--AAGTATacgatatattgcg
gi|14 : gttgaagggcgcgcaa-TGG-TTTC-ACGGTT------TTTT-----------C-T--------G-TTG-CG--TC--T-TTATAG-----------------AAga
gi|14 : -----------------AATC----TGA-T-----GAGTTG--AAA---AA----TG-TTA----GAAC-TC--GG-A--TTAATG--------T-T---TT---TGA-TGC-------AATTT-GTA---T-GT-GT-TCGCT-TACA------------------T-ATATG-GAT--ATTTCGT---T-CTCAGAT---CTGTTTGTT-G-----G---T----GA--ACAGTCAagcagaaacccgactataaataaaattttcttaatctgatgagttgaaaaatgttagaactcggattaatgtttttgatgcaatttgtatgtgttcgcttacatatatggatatttcgttctcagatctgtttgttggtgaacagtca
gi|15 : tggtttcacggttttttctgttgcgtctttatagaaagcagaaacccgactataaataaaattttctt-TTTCACTAAAAGAAG--GTTCTT-TCGTTCAT-T-T-GACTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CG--ATTAATATC--TTAG---AACAAC-GCA--TCTA-TCGGAGTAA
gi|16 : TT----T-G-T-----AAATTGA-AAA---AG----CA-TTA----TAAT-TC--GGCA--TAA-TA--------T-T---TT----AG-TGC-------AACTTCTAG---T-GT-GT-TCGCG-TACA-T-G------------G-GAACACT-GATA-ATATGGT---T-TTCGGGT---CTG-TTGTC-G-----T---A----GA--ACGTTCATGT--AGTtcaattattcaatgatatttttctaatatcacctccggtgtgtccagaggtgcgttggaaca
gi|17 : ACAA----CAT-ATAAAA-CAA-GATTGGG--ACTAACCTA-----T-ATGTCAATGAC-AT-TTCACTGTAGATTTACTTT-C--TTTT--------AAAAGAAAGATTCATGCAGA-CTC----ATGTGTTT-AGTATG-GACACGT-----AACACG-----TCTTGGATTT-A---CTG-tactataatttgcacatga
gi|18 : -C-C----TTGTGTTT-TGTATG-GGCACGTGGGCAAGTGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-TGAT-------GA-TGGG-AGACTTT-T----TGATAG-T-ACTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TAGGGATGG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-Catgtta
gi|19 : cggac--ACTAAC--AAACCCC-ATTTCACTGTCGTT-TATACAGTAAATTTGCT-----------------------AAT----TGT---GA----------GTGTAA--GTGCG-GGCATGT-----AGTGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-TGAT-------AA-TGGG-ATGTTCT-T----AAATAT-T-ACTGG------T----A
gi|2 : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TGGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-GATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGCAT--TTA-ATT---GTG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNG------TG---AC-GGTC-ATGATA-AA-CGGT-CA-----TGCGG-----ATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAAATC-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAG--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-ACGTTC------TTTT-----------T-T-----C--T-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AGTT----T-A-T-----AAAATGG-AAA---AA----CG-GTG----AAAT-TT--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TGGC--TACA-T-GAA----------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-ATCGGAT---CTG-TTGCC-G-----G---T----GA--ATGGTCATGC--TGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--TAATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GA-TGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAA-TTACTGC-C-GTTTTT------GAAAACAAA-----GT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTG-T---TTG-CATT-T--AGAAAAT-------GA-TAGG-AGACTCT-T----TAATAT-T-ACTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C-----AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCT-AAGACTTTTTTCATGTATG-G--GCG-GCT-TC---TATGAGTTTGAAG-GT--T--ATTT--TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GG------A--TTT----TAGGAAGTATGTG--TTGAA--------CAT-AT-TAG----TAT--GACA-TAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCA--T-T-GA-TTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
gi|20 : G--T---TTA-GAT--TTTTGAAT---GAA-TA-T-TTTTC-C---CT-TGG-TTTC-CGGTTC------TTTT-----------T-C-----T--G-TTG-TGATTC--T-TTATGG-----------------AA------------------------------AA----CG-GTA----AAAT-TT--GG-A--TAAAC---------------TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-
gi|21 : gtACA-T-G------------GGC-ACACT-GAT--ATTTAAG---TTCTCGGTT---CTC-TTTTC-G-----G---T----GA--ACGATCAAGT--GTTGC--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGTG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GG-Tctg
gi|22 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTGAC----TT--TTAAA-T-GAATA--TGTAAAGT-T-AATGAT-GTTACT------GAT------AT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-AAA--TTTG--TTGGATA-GT-T-----CTTC--TT--T----------GGTTTAA
gi|24 : -T----TAATAT-T-TCTAT------T----AATA---CAGA-C---TCTGGT-A-----GG-AA--CG-GA--TATAAG-T---GGAT-A--AA--T--ATG-C--TA----CTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGcg
gi|25 : ACTTCTGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-TTA------------G-T-A-------T--ATT--GG---T-----GAT---CTG-TTGTC-G-----G---T----GA--ACGGTCATGC--GGT-T--CTTAG-TGTGTC-T
gi|26 : TGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTT--AACG-AATACG--CG-TAGAAT--A-TACT-ATAAGTACTATAAGTATGTTACA
gi|27 : CATAAAA--GGTCCTG---TCA-TGCAACA-G-----TTCAC----TT--TTATA-T-AAATA--TGAGAAGT-T-Aagat
gi|28 : -CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAA
gi|3 : CATAGAA--G---TTA---ACG-TGCAACAAG-----TCAAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GAT-----GATTGATAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--T-GGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTT---AACG-AATTCG--CGTTTGAATCNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT--G-------G---AC-TGTCCATGA-A-AA-CGGT-CA-----TGCGA--T-GATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATC---GT--TTA---CTT-TAGA--------CCTA-A--TAG-A-GTGGC---AAC--CG---------TAT--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-T--------TAA-TAT-TTT-A-T-GT-G-CATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTTTC---TT-TGG-TT-C-ACGTTT------TTCT----------------------G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATT----T-A-TTT---AAAATGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-GT--G------AAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------A-TTTCGGAA--T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-GA-----------G-C-ACACT-GAT--ATTTAGG---TTCTCGGAT---CTG-TTGTC-GA----G---T----GA--ACGGTCATGC--AGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCG-TG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----A-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTTG-C-GTTTTT------GAAAAACAA-----GT-CGGA-C-CC---TTGGGT-A-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-AAAT-------GA-TTGG-AGACTCT-T----TAACAT-T-ACTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTACTT-TT-G-A--TGATTTT--GGGA--ATTTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCGCGTT-TC----AT--ATTGGAAG-GT--T--ATTT--TT-GAT-TATT-----T-----GA-AACT-T--CT-GA------T--TTT----TAGG-ATTATGTG--TTGAA---------AC-ATATGG----TAT--GACA-TAAT---TTTGGA-T---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GT-CTT-TCTTTCATG--T-GATTTGGC-TTGT---TTAATTC-----CTTT--TTT-CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAAtt
gi|4 : ATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGACCCACTTG-TTATA-TCAAATG--TGAGAAGTGT-GATGAT-GTAGTTCGAGTCAATAAT--GGC-GGTATCCTTATATTCTTATGTATTT-ATAGTTTTT--TTGAATATGT-T-----TTTCCTTT--T----------GGTTTTAC-CGCAATTCGACCGTT-GAATCAAATAGTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATGAGACACACCAGCAGAAGAAT----AT--GCATACTCG---ACTCGTA-GTGGTGTGA-CGGT-CAATTCGTGCGGACT-GATATATAGT-GCTGATGGTAGCGGAT-CAAGCGGTATAGGTTGTTAAACCTC-T-G----------TTAGACGTAG-A-GCGCCGTGAGA--AGGTCAAACTATAA--T-TCGAA-CATC-T---AGTAAGATAGGATCCTAAA-TATGTT--ACC-GTCGGCATTCTA-AGCAGCTGG--TCGCTTA-TATTCTCTTGCGTATAAAA-TA-G-TTTTT-CCCTTC-TGGCTTTCAACGTTCATATTATTAT-----------T-TAC---T--G-TTGATG--TCA-T-TTATGA-----------------AATG----T-AGTAGTAAAAAATGG-AAATAGAA----CGTGTACTGCAAATGTCCTGGCA--TAAACA--------TAT---TTGTATGG-AGCAGCGAAGAGTTTCGGAGAGT-GTGGTGTGGCTGTACA-T-GA-----------G-T-ACACTAGATAAATTTAAGGATT-CTCGGATACCCCGTTTGCCTG-----GGCTC----GAATACGGTCAT
gi|5 : T---AAA-TT-G-TTTTT-C---CT-TGG-TTCC-GCTTTC------CTTT-----------T-A-----T--G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATT----T-T-T-----AAATTAA-AAA---AAAC--CG-GTA----AAAG-TC--GG-A--TATAAA--------T-A---TT---TGG-CGC-------AATTTCTGG---T-GT-GT-TCGCT-TTCA-T-GA-----------G-T-ACACT-AAT--ATTTAGG---TTCTCGGAT---TTG-TTGTT-G-----A---CCAACGA--ACGGTCATATATGGTGT--CTTAC-TGTGTC-TTCTGTCTGGTCGA--T-ATAATTCTCGCCA--CATCCGGCGTATGAGGTACATGTAATAATTAACAT-A---GA-TAA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATATT-TTTACTGTAACTTTACTGC-C-GATTTT------GAAAACAAA----T-T-CCGACC-C----TTGTGTTA-TGTATG-GACACAC-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-A---ATG-CATT-T--AG-TGTT-------GA-TGGG-AGGCTCT-TTAAATAATAT-T-GCTTG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----A------------------------G-AT-G--GA-CT--TT------G----TTTAC-T-TT-GAA--TGA-TTt
gi|6 : ttaagtgtggtAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTG-C----TT--TTTTA-T-AAATG--TGACAAGT-T-A-TGAT-GTTATT------GATA-T--G----GTAA--TTA-AT----ATG-ATTC--TA--TTTT--TTG-ATA-GT-T-----TT-C--TT--T----------GATTTAA--CG-A-TTCA--CNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT----GT--G------TG---AC-G----ATGATG-AAGCGGT-CA-----TGCGG--TTGATATGCAGT-GCGAA-------GGAT-C-AG--------GTG-CTAA--TTT----A--------CC-----GTAG-AAGTGG----AGA--CG---------TAA--T-T-GAATCCACGT---A-TGAT-----AT--ATAA-ATT-TT--A-T-GT-GACATT-TATAG-AG-TGG--T---TC--TAT--TTTTGAAT---AAA-TG-G--TTTT-C---TT-T-G-TTTC-ACGTTC------ATTT-----------T-T-----CCTGTTTG-TT--TCCGT-TTATGA-----------------AATG----T-A-T-----AAAT--G-GAA---AA----CG-GTA----AAAT-TCCAGT-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CTC-------AA-TTCGAA---T-GT-GT-T-GCT-TA
gi|7 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAAGA-GAACTTTTGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGGGAAGT-T-AGTGAT-GTTATT------AATG-T--G----GTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-AT---TTTT--TTGGAAA-GT-T-----TTTC--TG--T----------GGTTTAA--CG-ANNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN--G------TG---AC-AGTC-ATTATG-AA-CGGT-CA-----AGCGG--TTGATATGATGT-GTGAA-------GGGT-C-AGTGATA---AT--TTAG--CCTATAGA--------CCTA-ACGTAG-A-ATGAA---AAA--CG---------TAA--CAT-AAG-CCAC-TTTGA-TAAT-GA-------TAT-TAT-TTTAA-T-GT-GGCATT-TA-AA-TG-TGA--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-GTTC-ATGTTC------TTTT-----------A-C-----T--G-TTA-TG--TC--T-TTAT-------------------AA----------------AAATTGGAAAA---AA----CG-GTA----AACG-TC--TG-A--TA
gi|8 : ATAGAATTG---CGG---TTG-TGCAACA-G-----TTGAC----TT--TCATA-T-A--TG--TGAGAAGT-T-A-TGAT-GTTATT------AATA-T--G----GTAT--CT---TT----TG-ATTT--TA--TTTT--T--GATA-AT-TTTTCTTTTG--TT--TACGANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNTGTTCTGTCCTAAATTGTAAT----GT--G------TG---AA-AG---ATGATG-GA-TGGTGCA-----GGCAGCGT-GATAT--CGT-GC-AA-------GGA--C-AGTGATA-------TTA-----C-T-GA--------GCTA-ACGTTGTA-GTA-----AGAACTG---------TAA--T-T-GAA-CATA-T---A-TAAT-T-------TTAA-TAA-TT--A-TTGT-G-CATT-TA--G-AG-TGG--T---TTA-TA---TTTTGAAT---GAA-TA-GCTTTCT-A---TT-TG---TTC-CTACTC------TTTT-----------T-T-----T--G-TTG-T---TA--TATTAT-G-----------------AATT----tttt
gi|9 : t-G---TTGACATT-TTAAA-AAAT-------GA-TAG--AGAATCTAT----TAATATAC-ACTAGGGAAGTT----GAAA---CAAG-TCGGTCTTGT-A-----AG-GC--TG-GA--TTTAAGAC---G-AT-T--GG-CT--TTGGT--CGGTGTTTCAC-T-TG-A-A--TG--TTT--GGGA----TTTCCTAAG--CTTTTTTAATGTATG-GGCTCG-GCTGTC---TATGATTTTGA-G-GT--CTGATTTC-TTTGAT-TATG-----TGGTTGGA-AACTGT--CTTGG------A--TTTGTATCAGGAATAATGTG--TTGAA---------AC-AT-CTG----TGTTGGG---TAAT---T--GGATTA--TAGATT-TTTCACCTTAAGGA---GTCCTT---TTTCATGT-TAGATTTGGCATTTG---TTAATTTACAGAC-ATTGTTT-CA--ATTAATTTTTGTTAG---GGTAGTAGTC--TTTGACAGAAGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTAAAAAGGCGGATATTGTCTTATCGTTGGATTTTTTCAAATTAAAAGCTTTTATTTCCAAAATTTTAAGAGGCACCGGTTAAAAACCCGGATTTGTTGAATAAATA
Alignments
lowQualScore : 222 11111 1111 111111 111111111 11111 1111111111 11111 1111111111 3333333333333333 111 111111 1 11111 1111 1111111 1111111 3333333333333333333 222222222222222222222 1111 11111 3333333333 11 1 11 111 4444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222 1111 1111 11111111 1111111 33333333333333 111111 22222222222222 1111 11 333333333 1111 111 1111111 111111 111111 222222222222222222222 11111 11111 11111 1111111 11111111111 33333333 1 1111111 1111 2222 2222 11 111111111 11111 22 33333333333 1111 333333 1111 11 11 444444444 22222222 11 1 111 222 11 11 111111 111 22222 11 111
lowQualScore : 55 777 111 4 4 00000 0 5555 99 4 4 55 4 4 3 4 222222 777777777 66 4 777 4 66 66 66 3 4 4 00000 55 55 7777777777 88888 4 66 0 9 00 4 999 5555555555 8888888888 55 44444444 33333333 4444444444444444 000 444444 5 0 5 22222 4444 11 5 0 8888888 5 5 1 7777777 3333333333333333333 5 0 5 5 999999999999999999999 0000 5 55 22222 5 5555555555 5 55 11 5 5 0 4 5 00 5 4 55 777 4 55 666 3 7 3 3 222 3 3 777 999999 1111111111111111111111 3 3 44 77 3 4444444444444444444444444444444444444 33 555 1111 3 4444 3 99 6 44 33333333 3 666 666 3 5555555 999 3 3 3 1 3 3 55555555555555 444 3 88 2 444444 666 7 3 55555555555555 55 66 99 6 6 3333 11 222222222 4444 6 111 6 8 0 99 77 5555555 0 5 5 111111 77 666666 3 333333333333333333333 0 77 5 22222 22222 5 44444 4 5 66 66 6666666 5 5 4 9999 4 4 33333333333 888 5 888 00000000 5 66 0 66 0000000 7777 5 77 0000 4444 5 5 5 5 77 5 99 2222 11 44 0 8 11 8 8 666666666 0 8 66666 11 8 8 22222222222 8 3333 8 444444 7777 11 11 444444444 8 22222222 11 5 444 3 7 777 33 8 11 3 88 666666 3 0 8 444 00000 8 11 6 99 99 111 6 99 6 6
lowQualScore : .. ... ... . . ..... . .... .. . . .. . . . . ...... ......... .. . ... . .. .. .. . . . ..... .. .. .......... ..... . .. . . .. . ... .......... .......... .. ........ ........ ................ ... ...... . . . ..... .... .. . . ....... . . . ....... ................... . . . . ..................... .... . .. ..... . .......... . .. .. . . . . . .. . . .. ... . .. ... . . . . ... . . ... ...... ...................... . . .. .. . ..................................... .. ... .... . .... . .. . .. ........ . ... ... . ....... ... . . . . . . .............. ... . .. . ...... ... . . .............. .. .. .. . . .... .. ......... .... . ... . . . .. .. ....... . . . ...... .. ...... . ..................... . .. . ..... ..... . ..... . . .. .. ....... . . . .... . . ........... ... . ... ........ . .. . .. ....... .... . .. .... .... . . . . .. . .. .... .. .. . . .. . . ......... . . ..... .. . . ........... . .... . ...... .... .. .. ......... . ........ .. . ... . . ... .. . .. . .. ...... . . . ... ..... . .. . .. .. ... . .. . .
lowQualScore : 55 000 000 0 0 00000 5 5555 55 0 0 55 0 0 6 4 888888 333333333 11 4 888 4 33 11 11 2 0 0 00000 55 55 5555555555 88888 4 11 9 7 88 4 999 7777777777 2222222222 99 00000000 44444444 7777777777777777 000 777777 0 0 0 55555 2222 11 0 7 6666666 7 7 7 4444444 9999999999999999999 7 7 7 7 999999999999999999999 4444 7 99 44444 7 4444444444 0 88 99 0 0 0 5 0 44 0 4 55 000 0 55 444 6 3 6 6 777 3 3 111 666666 7777777777777777777777 3 3 66 99 3 6666666666666666666666666666666666666 66 888 7777 3 2222 3 22 7 66 22222222 6 444 444 6 5555555 222 3 3 3 8 3 3 55555555555555 555 6 66 1 666666 444 3 6 33333333333333 00 99 22 7 7 0000 00 000000000 2222 7 777 7 0 8 22 99 9999999 7 4 7 777777 11 444444 0 999999999999999999999 4 22 0 55555 55555 0 11111 4 0 99 00 2222222 0 0 4 4444 4 4 22222222222 888 0 888 22222222 0 99 0 99 1111111 0000 0 99 1111 3333 7 7 7 7 99 7 22 8888 66 44 8 0 00 0 0 444444444 8 0 00000 22 0 0 22222222222 0 0000 0 000000 0000 66 00 000000000 0 00000000 00 0 000 8 0 555 88 0 00 2 88 666666 8 6 0 000 00000 0 00 7 22 22 777 7 22 7 7
consensus : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATCAA-TANTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAAT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAA--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC------TTTT-----------T-T-----C--G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-TC--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-G------------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---C----GA--ACGGTCATGC--GGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTGC-CG-TTTTT-GAA------AANAAA----CGT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TATGANTTGGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGA-T----TTT----TAGGAATTATGTG--TTGAA--------CAC-AT-TGG----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATGT-T-GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
Reference ( family-2575 ) : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATCAA-TANTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAAT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAA--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC------TTTT-----------T-T-----C--G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-TC--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-G------------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---C----GA--ACGGTCATGC--GGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTGC-CG-TTTTT-GAA------AANAAA----CGT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TATGANTTGGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGA------TTT----TAGGAATTATGTG--TTGAA--------CAC-AT-TGG----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATGT-T-GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
gi|1 : TCATAGAA--G---TTG---TCGATGCAACA-G-----TCGACAAA-TTAATTATAAT-AAATGATTGAGAAGT-TGAATGATAGTTATG------AATA-TCAGAT-GGGCA--TTA-ATT---ATG-ATTTTATA--TTATAATGGAATA-GTAT-----TTTC--TTATT----------GGTT--AAACG-AATTCG--CGTTGACATCNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN--NNNNAT-TGCAAAC-AGTC-ATGATA-AAACGGT-CA-----TG--G-A-TGATAAAATGTTGCGAA-------GGATTC-AGCGATA---GT--T-AA--CTT-A-GATTATAGAACCTA-CCGTAG-A-ATGGCC--AAA--CAA--------TAA--C-T-GA--CCACCT---A-TAGA-TA--AT--TAGA-TTA-TT--A-T-GTTGGCATT-GATAG-AG-TGAGAT---GTAATAT--TTTTGAAT---AAAATAAG-TTGTC-CGCCTCGTGG-GTTC-ACGTTC------TTTT-----------T-TTTACTC--G-TTA-TG--AC--A-CTGTCGTCTACCAATCAAACCCAAATTCTGAT-A-A-----AAATCGG-GAA---AAACAGCG-GTATCTGAAAT-TT--GG-AAATACACACACCATCAT-T---TC---TGGACGCC------AATTCCGGA---TCGT-GT-TGACT-TACACT-GCGAGCTATCAGAA-C-ACACT-GAT--ATT-AGT---T-CTCGGAT---CGG-TTGCT-GCCAGTG---T----GA--ACGGTCATGC--GGTGTGTCTTAGCTGGATCGTCCTGTCTGGCCGAATC-ATTGTTTCCGCCAAACATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CATAA---GATTCACGATTGGACCACTAA---A-----CAATG-CATT-ATGATATTTACTGTAAATTTACTGCACG-TTTTTGGAA------AACAAA----CGT-CAGA-C-CCTTGTTGTCTTAGTGTACGAGGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTTCGCTCTTT-CATT-T--AG-AGACCACTACAGATTAGG-AGACTCT-T----TAATAG-TA-CTAG------TGTAAAAAA---CAGGCC---TCTAGTAC-----AGTGAACTGTGATCTTTAAG-C---G-ATCGGTGA-CTGCTCG-TAACGCTACTTAAC-TATG-G-A--TGA-TTTAAGGGACCA-TTTTCTAAAAATTTTTTTCATGTA---G--TCG-GCT-CCTCTTATGA-TTGGAAGCGTCCT--ACTTCATT-GATCTATTATTCATGGCCCAACAACT-TACCT-AGAAT----TTC----TACCATTTATGTGGTTTGAG--------AATGAT-TGGTATATAT--GACACTTATTCCTTTTGACTTCATA--TTATTTCACCTTACAGAGACGTCCTTATCTCTCATGTAC-GATTTTGC-TTTGGTATTAATTC-----C-AT--TTTCCAACATTAATTTT--TTAGCCTGGTAGT-GTCTTTTTG-CA-AAGTAA
gi|10 : caaAAC--A-----C-TTTTCGTTCATG-T-TTTAATGTAAATGTACTGC-CAATCTTT-GAAGAAGAAAAAAAA----CGT--AAT-C-C----ATCTTTTA-CCCCCG-GGCACGT-----AGCTCAATATGTGTTGG-TTA------TG-CATTGT--GG-CGAT-------AG-TGGGTAGGTT---T----TAATAT-TAACCAG------T----GAAAATCTAGG-T---TTATGGGG-----AA-AA--TGCGT--TTTTAA-CACTG-AA-G--GATCT--TGG-T--CG----TTT-C-T-TTAG-AATTGA-TTT--GG-A--G-TTAAC-AAAACCTTTTTTCATGTCTGTG--TCG-GCT-TC---TAAG-CTTGGAAG-GT--T--AATTT-TT--AT-CATT-----TGA---AA-AGTT-C--CT-GGATTTCTATTT----TAGG--TCACGTG--TCGAAACGCGTGGCAC-AT---G----TAC--GACACTAGT---TCTtt
gi|11 : -TGG--T---TTG-TAT--TGTTGAAT---AAA-TATA-TTTTC-C---TT-TGG-TTTT-G---TC------TGGTGGGGGGGGGGGT-C-----T--G-TCG-TG--TA--T-ATATAG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AGA---AA----TG-GTA----AAAT-TT--GG-A--TTAATA--------T-T---TT---TGG-TGC-------GATTCCGAA---T-GT-GT-TCGCT-CACA-TGG------------G-T-ACACT-GAT--GTTTAAGT--T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---T----GA--ACGACCATAC--GGT
gi|11 : aGGTG-AA-CGAC-CA-----TACGG-T-TGATATAATGT-Gtgatataatgtgatgaatctgacccatgacattgtttc
gi|12 : atggtttgtattgttgaataaatatattttcctttggttttgtctggtgggggggggggtctgtcgtgtatatatagaatttataaattggagaaatggtaaaatttggattaatatttttggtgcgattccgaatgtgttcgctcacatgggtacactgatgtttaagttctcggatctgttgtcT--TTAAATAA-GT--A-T-AT-TGCATT-GA-TG-CA-AGG--T---TTA-TAT--TTTCAAAT---GAA-TG-G--TTTT-A---TT-TGG-TTTT-GTGGTT------TTTT-----------TAT-----CT-G-TT--TG--GT--T-TTATAG-----------------AATC----T-T-T-----AAATTGA-AGG---AA----T--GTA----ATGT-TC--GA-A--T---TA--------T-TGCGTT---TAG-TGT-------AAGTACTAA---T-GT-TT-TTGCT-TAAA-T-G------------G-T-GAACT-GAT------------------GAT---CTG-TTATC-G-----T---C----GA--ATGATCAatgaatctgacccatgacattgtttc
gi|13 : TCATAGAA--G---TTG---TGG-TGCAACA-G-----TCAAC----TT--TTAAA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGCAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTCC--TT--T----------GGTTT--AACG-AATTCG--CGTT-GAATCAA-TAT--ATAAG-----TA---ATGTTAC----AAAATAAAGTGA--AAGTATacgatatattgcg
gi|14 : gttgaagggcgcgcaa-TGG-TTTC-ACGGTT------TTTT-----------C-T--------G-TTG-CG--TC--T-TTATAG-----------------AAga
gi|14 : -----------------AATC----TGA-T-----GAGTTG--AAA---AA----TG-TTA----GAAC-TC--GG-A--TTAATG--------T-T---TT---TGA-TGC-------AATTT-GTA---T-GT-GT-TCGCT-TACA------------------T-ATATG-GAT--ATTTCGT---T-CTCAGAT---CTGTTTGTT-G-----G---T----GA--ACAGTCAagcagaaacccgactataaataaaattttcttaatctgatgagttgaaaaatgttagaactcggattaatgtttttgatgcaatttgtatgtgttcgcttacatatatggatatttcgttctcagatctgtttgttggtgaacagtca
gi|15 : tggtttcacggttttttctgttgcgtctttatagaaagcagaaacccgactataaataaaattttctt-TTTCACTAAAAGAAG--GTTCTT-TCGTTCAT-T-T-GACTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CG--ATTAATATC--TTAG---AACAAC-GCA--TCTA-TCGGAGTAA
gi|16 : TT----T-G-T-----AAATTGA-AAA---AG----CA-TTA----TAAT-TC--GGCA--TAA-TA--------T-T---TT----AG-TGC-------AACTTCTAG---T-GT-GT-TCGCG-TACA-T-G------------G-GAACACT-GATA-ATATGGT---T-TTCGGGT---CTG-TTGTC-G-----T---A----GA--ACGTTCATGT--AGTtcaattattcaatgatatttttctaatatcacctccggtgtgtccagaggtgcgttggaaca
gi|17 : ACAA----CAT-ATAAAA-CAA-GATTGGG--ACTAACCTA-----T-ATGTCAATGAC-AT-TTCACTGTAGATTTACTTT-C--TTTT---AA------AAGAAAGATTCATGCAGA-CTC----ATGTGTTT-AGTATG-GACACGT-----AACACG-----TCTTGGATTT-A---CTG-tactataatttgcacatga
gi|18 : -C-C----TTGTGTTT-TGTATG-GGCACGTGGGCAAGTGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-TGAT-------GA-TGGG-AGACTTT-T----TGATAG-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TAGGGATGG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-Catgtta
gi|19 : cggac--ACTAAC--AAACCCC-ATTTCACTGTCGTT-TATACAGTAAATTTGCT------------------------AAT----TGT---GA----------GTGTAA--GTGCG-GGCATGT-----AGTGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-TGAT-------AA-TGGG-ATGTTCT-T----AAATAT-TA-CTGG------T----A
gi|2 : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TGGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-GATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGCAT--TTA-ATT---GTG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNG------TG---AC-GGTC-ATGATA-AA-CGGT-CA-----TGCGG-----ATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAAATC-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAG--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-ACGTTC------TTTT-----------T-T-----C--T-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AGTT----T-A-T-----AAAATGG-AAA---AA----CG-GTG----AAAT-TT--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TGGC--TACA-T-GAA----------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-ATCGGAT---CTG-TTGCC-G-----G---T----GA--ATGGTCATGC--TGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--TAATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GA-TGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAA-TTACTGC-CG-TTTTT-GAA------AACAAA-----GT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTG-T---TTG-CATT-T--AGAAAAT-------GA-TAGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C-----AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCT-AAGACTTTTTTCATGTATG-G--GCG-GCT-TC---TATGAGTTTGAAG-GT--T--ATTT--TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGA------TTT----TAGGAAGTATGTG--TTGAA--------CAT-AT-TAG----TAT--GACA-TAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCA--T-T-GA-TTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
gi|20 : G--T---TTA-GAT--TTTTGAAT---GAA-TA-T-TTTTC-C---CT-TGG-TTTC-CGGTTC------TTTT-----------T-C-----T--G-TTG-TGATTC--T-TTATGG-----------------AA------------------------------AA----CG-GTA----AAAT-TT--GG-A--TAAAC---------------TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-
gi|21 : gtACA-T-G------------GGC-ACACT-GAT--ATTTAAG---TTCTCGGTT---CTC-TTTTC-G-----G---T----GA--ACGATCAAGT--GTTGC--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGTG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GG-Tctg
gi|22 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTGAC----TT--TTAAA-T-GAATA--TGTAAAGT-T-AATGAT-GTTACT------GAT------AT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-AAA--TTTG--TTGGATA-GT-T-----CTTC--TT--T----------GGTTTAA
gi|24 : -T----TAATAT-TT-CTAT------T----AATA---CAGA-C---TCTGGT-A-----GG-AA--CG-GA--TATAAG-T---GGAT-A--AA--T--ATG-C--TA----CTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGcg
gi|25 : ACTTCTGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-TTA------------G-T-A-------T--ATT--GG---T-----GAT---CTG-TTGTC-G-----G---T----GA--ACGGTCATGC--GGT-T--CTTAG-TGTGTC-T
gi|26 : TGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTT--AACG-AATACG--CG-TAGAAT--A-TACT-ATAAGTACTATAAGTATGTTACA
gi|27 : CATAAAA--GGTCCTG---TCA-TGCAACA-G-----TTCAC----TT--TTATA-T-AAATA--TGAGAAGT-T-Aagat
gi|28 : -CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAA
gi|3 : CATAGAA--G---TTA---ACG-TGCAACAAG-----TCAAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GAT-----GATTGATAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--T-GGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTT---AACG-AATTCG--CGTTTGAATCNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT--G-------G---AC-TGTCCATGA-A-AA-CGGT-CA-----TGCGA-T--GATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATC---GT--TTA---CTT-TAGA--------CCTA-A--TAG-A-GTGGC---AAC--CG---------TAT--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-T--------TAA-TAT-TTT-A-T-GT-G-CATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTTTC---TT-TGG-TT-C-ACGTTT------TTCT----------------------G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATT----T-A-TTT---AAAATGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-GT--G------AAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------A-TTTCGGAA--T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-GA-----------G-C-ACACT-GAT--ATTTAGG---TTCTCGGAT---CTG-TTGTC-GA----G---T----GA--ACGGTCATGC--AGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCG-TG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----A-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTTG-CG-TTTTT-GAA------AAACAA-----GT-CGGA-C-CC---TTGGGT-A-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-AAAT-------GA-TTGG-AGACTCT-T----TAACAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTACTT-TT-G-A--TGATTTT--GGGA--ATTTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCGCGTT-TC----AT--ATTGGAAG-GT--T--ATTT--TT-GAT-TATT-----TG-----A-AACT-T--CT-GAT------TTT----TAGG-ATTATGTG--TTGAA---------AC-ATATGG----TAT--GACA-TAAT---TTTGGA-T---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GT-CTT-TCTTTCATG--T-GATTTGGC-TTGT---TTAATTC-----CTTT--TTT-CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAAtt
gi|4 : ATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGACCCACTTG-TTATA-TCAAATG--TGAGAAGTGT-GATGAT-GTAGTTCGAGTCAATAAT--GGC-GGTATCCTTATATTCTTATGTATTT-ATAGTTTTT--TTGAATATGT-T-----TTTCCTTT--T----------GGTTTTAC-CGCAATTCGACCGTT-GAATCAAATAGTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATGAGACACACCAGCAGAAGAAT----AT--GCATACTCG---ACTCGTA-GTGGTGTGA-CGGT-CAATTCGTGCGGAC-TGATATATAGT-GCTGATGGTAGCGGAT-CAAGCGGTATAGGTTGTTAAACCTC-T-G----------TTAGACGTAG-A-GCGCCGTGAGA--AGGTCAAACTATAA--T-TCGAA-CATC-T---AGTAAGATAGGATCCTAAA-TATGTT--ACC-GTCGGCATTCTA-AGCAGCTGG--TCGCTTA-TATTCTCTTGCGTATAAAA-TA-G-TTTTT-CCCTTC-TGGCTTTCAACGTTCATATTATTAT-----------T-TAC---T--G-TTGATG--TCA-T-TTATGA-----------------AATG----T-AGTAGTAAAAAATGG-AAATAGAA----CGTGTACTGCAAATGTCCTGGCA--TAAACA--------TAT---TTGTATGG-AGCAGCGAAGAGTTTCGGAGAGT-GTGGTGTGGCTGTACA-T-GA-----------G-T-ACACTAGATAAATTTAAGGATT-CTCGGATACCCCGTTTGCCTG-----GGCTC----GAATACGGTCAT
gi|5 : T---AAA-TT-G-TTTTT-C---CT-TGG-TTCC-GCTTTC------CTTT-----------T-A-----T--G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATT----T-T-T-----AAATTAA-AAA---AAAC--CG-GTA----AAAG-TC--GG-A--TATAAA--------T-A---TT---TGG-CGC-------AATTTCTGG---T-GT-GT-TCGCT-TTCA-T-GA-----------G-T-ACACT-AAT--ATTTAGG---TTCTCGGAT---TTG-TTGTT-G-----A---CCAACGA--ACGGTCATATATGGTGT--CTTAC-TGTGTC-TTCTGTCTGGTCGA--T-ATAATTCTCGCCA--CATCCGGCGTATGAGGTACATGTAATAATTAACAT-A---GA-TAA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATATT-TTTACTGTAACTTTACTGC-CG-ATTTT-GAA------AACAAA----T-T-CCGACC-C----TTGTGTTA-TGTATG-GACACAC-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-A---ATG-CATT-T--AG-TGTT-------GA-TGGG-AGGCTCT-TTAAATAATAT-TG-CTTG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----A------------------------G-AT-G--GA-CT--TT------G----TTTAC-T-TT-GAA--TGA-TTt
gi|6 : ttaagtgtggtAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTG-C----TT--TTTTA-T-AAATG--TGACAAGT-T-A-TGAT-GTTATT------GATA-T--G----GTAA--TTA-AT----ATG-ATTC--TA--TTTT--TTG-ATA-GT-T-----TT-C--TT--T----------GATTTAA--CG-A-TTCA--CNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT----GT--G------TG---AC-G----ATGATG-AAGCGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATGCAGT-GCGAA-------GGAT-C-AG--------GTG-CTAA--TTT----A--------CC-----GTAG-AAGTGG----AGA--CG---------TAA--T-T-GAATCCACGT---A-TGAT-----AT--ATAA-ATT-TT--A-T-GT-GACATT-TATAG-AG-TGG--T---TC--TAT--TTTTGAAT---AAA-TG-G--TTTT-C---TT-T-G-TTTC-ACGTTC------ATTT-----------T-T-----CCTGTTTG-TT--TCCGT-TTATGA-----------------AATG----T-A-T-----AAAT--G-GAA---AA----CG-GTA----AAAT-TCCAGT-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CTC-------AA-TTCGAA---T-GT-GT-T-GCT-TA
gi|7 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAAGA-GAACTTTTGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGGGAAGT-T-AGTGAT-GTTATT------AATG-T--G----GTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-AT---TTTT--TTGGAAA-GT-T-----TTTC--TG--T----------GGTTTAA--CG-ANNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN--G------TG---AC-AGTC-ATTATG-AA-CGGT-CA-----AGCGG-T-TGATATGATGT-GTGAA-------GGGT-C-AGTGATA---AT--TTAG--CCTATAGA--------CCTA-ACGTAG-A-ATGAA---AAA--CG---------TAA--CAT-AAG-CCAC-TTTGA-TAAT-GA-------TAT-TAT-TTTAA-T-GT-GGCATT-TA-AA-TG-TGA--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-GTTC-ATGTTC------TTTT-----------A-C-----T--G-TTA-TG--TC--T-TTAT-------------------AA----------------AAATTGGAAAA---AA----CG-GTA----AACG-TC--TG-A--TA
gi|8 : ATAGAATTG---CGG---TTG-TGCAACA-G-----TTGAC----TT--TCATA-T-A--TG--TGAGAAGT-T-A-TGAT-GTTATT------AATA-T--G----GTAT--CT---TT----TG-ATTT--TA--TTTT--T--GATA-AT-TTTTCTTTTG--TT--TACGANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNTGTTCTGTCCTAAATTGTAAT----GT--G------TG---AA-AG---ATGATG-GA-TGGTGCA-----GGCAG-CGTGATAT--CGT-GC-AA-------GGA--C-AGTGATA-------TTA-----C-T-GA--------GCTA-ACGTTGTA-GTA-----AGAACTG---------TAA--T-T-GAA-CATA-T---A-TAAT-T-------TTAA-TAA-TT--A-TTGT-G-CATT-TA--G-AG-TGG--T---TTA-TA---TTTTGAAT---GAA-TA-GCTTTCT-A---TT-TG---TTC-CTACTC------TTTT-----------T-T-----T--G-TTG-T---TA--TATTAT-G-----------------AATT----tttt
gi|9 : t-G---TTGACATT-TTAAA-AAAT-------GA-TAG--AGAATCTAT----TAATATACA-CTAGGGAAGTT----GAAA---CAAG-TCGGTCTTGT-A-----AG-GC--TG-GA--TTTAAGAC---G-AT-T--GG-CT--TTGGT--CGGTGTTTCAC-T-TG-A-A--TG--TTT--GGGA----TTTCCTAAG--CTTTTTTAATGTATG-GGCTCG-GCTGTC---TATGATTTTGA-G-GT--CTGATTTC-TTTGAT-TATG-----TGGTTGGA-AACTGT--CTTGGA------TTTGTATCAGGAATAATGTG--TTGAA---------AC-AT-CTG----TGTTGGG---TAAT---T--GGATTA--TAGATT-TTTCACCTTAAGGA---GTCCTT---TTTCATGT-TAGATTTGGCATTTG---TTAATTTACAGAC-ATTGTTT-CA--ATTAATTTTTGTTAG---GGTAGTAGTC--TTTGACAGAAGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTAAAAAGGCGGATATTGTCTTATCGTTGGATTTTTTCAAATTAAAAGCTTTTATTTCCAAAATTTTAAGAGGCACCGGTTAAAAACCCGGATTTGTTGAATAAATA
Alignments
lowQualScore : 222 11111 1111 111111 111111111 11111 1111111111 11111 1111111111 3333333333333333 111 111111 1 11111 1111 1111111 1111111 3333333333333333333 222222222222222222222 1111 11111 3333333333 11 1 11 111 4444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222 1111 1111 11111111 1111111 33333333333333 111111 22222222222222 1111 11 333333333 1111 111 1111111 111111 111111 222222222222222222222 11111 11111 11111 1111111 11111111111 33333333 1 1111111 1111 2222 2222 11 111111111 11111 22 33333333333 1111 2222222222 111 11 11 444444444 22222222 11 1 111 222 11 11 111111 111 22222 11 111
lowQualScore : 55 777 111 4 4 00000 0 5555 99 4 4 55 4 4 3 4 222222 777777777 66 4 777 4 66 66 66 3 4 4 00000 55 55 7777777777 88888 4 66 0 9 00 4 999 5555555555 8888888888 55 44444444 33333333 4444444444444444 000 444444 5 0 5 22222 4444 11 5 0 8888888 5 5 1 7777777 3333333333333333333 5 0 5 5 999999999999999999999 0000 5 55 22222 5 5555555555 5 55 11 5 5 0 4 5 00 5 4 55 777 4 55 666 3 7 3 3 222 3 3 777 999999 1111111111111111111111 3 3 44 77 3 4444444444444444444444444444444444444 33 555 1111 3 4444 3 99 6 44 33333333 3 666 666 3 5555555 999 3 3 3 1 3 3 55555555555555 444 3 88 2 444444 666 7 3 55555555555555 55 66 99 6 6 3333 11 222222222 4444 6 111 6 8 0 99 77 5555555 0 5 5 111111 77 666666 3 333333333333333333333 0 77 5 22222 22222 5 44444 4 5 66 66 6666666 5 5 4 9999 4 4 33333333333 888 5 888 00000000 5 66 0 66 0000000 7777 5 77 0000 4444 5 5 5 5 77 5 99 2222 11 44 0 8 11 8 8 666666666 0 8 66666 11 8 8 22222222222 8 3333 1111111111 444 11 11 444444444 8 22222222 11 5 444 3 7 777 33 8 11 3 88 666666 3 0 8 444 00000 8 11 6 99 99 111 6 99 6 6
lowQualScore : .. ... ... . . ..... . .... .. . . .. . . . . ...... ......... .. . ... . .. .. .. . . . ..... .. .. .......... ..... . .. . . .. . ... .......... .......... .. ........ ........ ................ ... ...... . . . ..... .... .. . . ....... . . . ....... ................... . . . . ..................... .... . .. ..... . .......... . .. .. . . . . . .. . . .. ... . .. ... . . . . ... . . ... ...... ...................... . . .. .. . ..................................... .. ... .... . .... . .. . .. ........ . ... ... . ....... ... . . . . . . .............. ... . .. . ...... ... . . .............. .. .. .. . . .... .. ......... .... . ... . . . .. .. ....... . . . ...... .. ...... . ..................... . .. . ..... ..... . ..... . . .. .. ....... . . . .... . . ........... ... . ... ........ . .. . .. ....... .... . .. .... .... . . . . .. . .. .... .. .. . . .. . . ......... . . ..... .. . . ........... . .... .......... ... .. .. ......... . ........ .. . ... . . ... .. . .. . .. ...... . . . ... ..... . .. . .. .. ... . .. . .
lowQualScore : 55 000 000 0 0 00000 5 5555 55 0 0 55 0 0 6 4 888888 333333333 11 4 888 4 33 11 11 2 0 0 00000 55 55 5555555555 88888 4 11 9 7 88 4 999 7777777777 2222222222 99 00000000 44444444 7777777777777777 000 777777 0 0 0 55555 2222 11 0 7 6666666 7 7 7 4444444 9999999999999999999 7 7 7 7 999999999999999999999 4444 7 99 44444 7 4444444444 0 88 99 0 0 0 5 0 44 0 4 55 000 0 55 444 6 3 6 6 777 3 3 111 666666 7777777777777777777777 3 3 66 99 3 6666666666666666666666666666666666666 66 888 7777 3 2222 3 22 7 66 22222222 6 444 444 6 5555555 222 3 3 3 8 3 3 55555555555555 555 6 66 1 666666 444 3 6 33333333333333 00 99 22 7 7 0000 00 000000000 2222 7 777 7 0 8 22 99 9999999 7 4 7 777777 11 444444 0 999999999999999999999 4 22 0 55555 55555 0 11111 4 0 99 00 2222222 0 0 4 4444 4 4 22222222222 888 0 888 22222222 0 99 0 99 1111111 0000 0 99 1111 3333 7 7 7 7 99 7 22 8888 66 44 8 0 00 0 0 444444444 8 0 00000 22 0 0 22222222222 0 0000 0000000000 000 66 00 000000000 0 00000000 00 0 000 8 0 555 88 0 00 2 88 666666 8 6 0 000 00000 0 00 7 22 22 777 7 22 7 7
consensus : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATCAA-TANTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAAT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAA--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC------TTTT-----------T-T-----C--G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-TC--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-G------------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---C----GA--ACGGTCATGC--GGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTGC-CG-TTTTT-GAA------AANAAA----CGT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TATGANTTGGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGAT-----TT---TTAGGAATTATGTG--TTGAA--------CAC-AT-TGG----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATGT-T-GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
Reference ( family-2575 ) : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATCAA-TANTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAAT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAA--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC------TTTT-----------T-T-----C--G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-TC--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-G------------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---C----GA--ACGGTCATGC--GGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTGC-CG-TTTTT-GAA------AANAAA----CGT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TATGANTTGGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGAT-----TT---TTAGGAATTATGTG--TTGAA--------CAC-AT-TGG----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATGT-T-GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
gi|1 : TCATAGAA--G---TTG---TCGATGCAACA-G-----TCGACAAA-TTAATTATAAT-AAATGATTGAGAAGT-TGAATGATAGTTATG------AATA-TCAGAT-GGGCA--TTA-ATT---ATG-ATTTTATA--TTATAATGGAATA-GTAT-----TTTC--TTATT----------GGTT--AAACG-AATTCG--CGTTGACATCNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN--NNNNAT-TGCAAAC-AGTC-ATGATA-AAACGGT-CA-----TG--G-A-TGATAAAATGTTGCGAA-------GGATTC-AGCGATA---GT--T-AA--CTT-A-GATTATAGAACCTA-CCGTAG-A-ATGGCC--AAA--CAA--------TAA--C-T-GA--CCACCT---A-TAGA-TA--AT--TAGA-TTA-TT--A-T-GTTGGCATT-GATAG-AG-TGAGAT---GTAATAT--TTTTGAAT---AAAATAAG-TTGTC-CGCCTCGTGG-GTTC-ACGTTC------TTTT-----------T-TTTACTC--G-TTA-TG--AC--A-CTGTCGTCTACCAATCAAACCCAAATTCTGAT-A-A-----AAATCGG-GAA---AAACAGCG-GTATCTGAAAT-TT--GG-AAATACACACACCATCAT-T---TC---TGGACGCC------AATTCCGGA---TCGT-GT-TGACT-TACACT-GCGAGCTATCAGAA-C-ACACT-GAT--ATT-AGT---T-CTCGGAT---CGG-TTGCT-GCCAGTG---T----GA--ACGGTCATGC--GGTGTGTCTTAGCTGGATCGTCCTGTCTGGCCGAATC-ATTGTTTCCGCCAAACATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CATAA---GATTCACGATTGGACCACTAA---A-----CAATG-CATT-ATGATATTTACTGTAAATTTACTGCACG-TTTTTGGAA------AACAAA----CGT-CAGA-C-CCTTGTTGTCTTAGTGTACGAGGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTTCGCTCTTT-CATT-T--AG-AGACCACTACAGATTAGG-AGACTCT-T----TAATAG-TA-CTAG------TGTAAAAAA---CAGGCC---TCTAGTAC-----AGTGAACTGTGATCTTTAAG-C---G-ATCGGTGA-CTGCTCG-TAACGCTACTTAAC-TATG-G-A--TGA-TTTAAGGGACCA-TTTTCTAAAAATTTTTTTCATGTA---G--TCG-GCT-CCTCTTATGA-TTGGAAGCGTCCT--ACTTCATT-GATCTATTATTCATGGCCCAACAACT-TACCTAGAAT-----TT---CTACCATTTATGTGGTTTGAG--------AATGAT-TGGTATATAT--GACACTTATTCCTTTTGACTTCATA--TTATTTCACCTTACAGAGACGTCCTTATCTCTCATGTAC-GATTTTGC-TTTGGTATTAATTC-----C-AT--TTTCCAACATTAATTTT--TTAGCCTGGTAGT-GTCTTTTTG-CA-AAGTAA
gi|10 : caaAAC--A-----C-TTTTCGTTCATG-T-TTTAATGTAAATGTACTGC-CAATCTTT-GAAGAAGAAAAAAAA----CGT--AAT-C-C----ATCTTTTA-CCCCCG-GGCACGT-----AGCTCAATATGTGTTGG-TTA------TG-CATTGT--GG-CGAT-------AG-TGGGTAGGTT---T----TAATAT-TAACCAG------T----GAAAATCTAGG-T---TTATGGGG-----AA-AA--TGCGT--TTTTAA-CACTG-AA-G--GATCT--TGG-T--CG----TTT-C-T-TTAG-AATTGA-TTT--GG-A--G-TTAAC-AAAACCTTTTTTCATGTCTGTG--TCG-GCT-TC---TAAG-CTTGGAAG-GT--T--AATTT-TT--AT-CATT-----TGA---AA-AGTT-C--CT-GGATTTCTATT---TTAGG--TCACGTG--TCGAAACGCGTGGCAC-AT---G----TAC--GACACTAGT---TCTtt
gi|11 : -TGG--T---TTG-TAT--TGTTGAAT---AAA-TATA-TTTTC-C---TT-TGG-TTTT-G---TC------TGGTGGGGGGGGGGGT-C-----T--G-TCG-TG--TA--T-ATATAG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AGA---AA----TG-GTA----AAAT-TT--GG-A--TTAATA--------T-T---TT---TGG-TGC-------GATTCCGAA---T-GT-GT-TCGCT-CACA-TGG------------G-T-ACACT-GAT--GTTTAAGT--T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---T----GA--ACGACCATAC--GGT
gi|11 : aGGTG-AA-CGAC-CA-----TACGG-T-TGATATAATGT-Gtgatataatgtgatgaatctgacccatgacattgtttc
gi|12 : atggtttgtattgttgaataaatatattttcctttggttttgtctggtgggggggggggtctgtcgtgtatatatagaatttataaattggagaaatggtaaaatttggattaatatttttggtgcgattccgaatgtgttcgctcacatgggtacactgatgtttaagttctcggatctgttgtcT--TTAAATAA-GT--A-T-AT-TGCATT-GA-TG-CA-AGG--T---TTA-TAT--TTTCAAAT---GAA-TG-G--TTTT-A---TT-TGG-TTTT-GTGGTT------TTTT-----------TAT-----CT-G-TT--TG--GT--T-TTATAG-----------------AATC----T-T-T-----AAATTGA-AGG---AA----T--GTA----ATGT-TC--GA-A--T---TA--------T-TGCGTT---TAG-TGT-------AAGTACTAA---T-GT-TT-TTGCT-TAAA-T-G------------G-T-GAACT-GAT------------------GAT---CTG-TTATC-G-----T---C----GA--ATGATCAatgaatctgacccatgacattgtttc
gi|13 : TCATAGAA--G---TTG---TGG-TGCAACA-G-----TCAAC----TT--TTAAA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGCAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTCC--TT--T----------GGTTT--AACG-AATTCG--CGTT-GAATCAA-TAT--ATAAG-----TA---ATGTTAC----AAAATAAAGTGA--AAGTATacgatatattgcg
gi|14 : gttgaagggcgcgcaa-TGG-TTTC-ACGGTT------TTTT-----------C-T--------G-TTG-CG--TC--T-TTATAG-----------------AAga
gi|14 : -----------------AATC----TGA-T-----GAGTTG--AAA---AA----TG-TTA----GAAC-TC--GG-A--TTAATG--------T-T---TT---TGA-TGC-------AATTT-GTA---T-GT-GT-TCGCT-TACA------------------T-ATATG-GAT--ATTTCGT---T-CTCAGAT---CTGTTTGTT-G-----G---T----GA--ACAGTCAagcagaaacccgactataaataaaattttcttaatctgatgagttgaaaaatgttagaactcggattaatgtttttgatgcaatttgtatgtgttcgcttacatatatggatatttcgttctcagatctgtttgttggtgaacagtca
gi|15 : tggtttcacggttttttctgttgcgtctttatagaaagcagaaacccgactataaataaaattttctt-TTTCACTAAAAGAAG--GTTCTT-TCGTTCAT-T-T-GACTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CG--ATTAATATC--TTAG---AACAAC-GCA--TCTA-TCGGAGTAA
gi|16 : TT----T-G-T-----AAATTGA-AAA---AG----CA-TTA----TAAT-TC--GGCA--TAA-TA--------T-T---TT----AG-TGC-------AACTTCTAG---T-GT-GT-TCGCG-TACA-T-G------------G-GAACACT-GATA-ATATGGT---T-TTCGGGT---CTG-TTGTC-G-----T---A----GA--ACGTTCATGT--AGTtcaattattcaatgatatttttctaatatcacctccggtgtgtccagaggtgcgttggaaca
gi|17 : ACAA----CAT-ATAAAA-CAA-GATTGGG--ACTAACCTA-----T-ATGTCAATGAC-AT-TTCACTGTAGATTTACTTT-C--TTTT---AA------AAGAAAGATTCATGCAGA-CTC----ATGTGTTT-AGTATG-GACACGT-----AACACG-----TCTTGGATTT-A---CTG-tactataatttgcacatga
gi|18 : -C-C----TTGTGTTT-TGTATG-GGCACGTGGGCAAGTGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-TGAT-------GA-TGGG-AGACTTT-T----TGATAG-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TAGGGATGG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-Catgtta
gi|19 : cggac--ACTAAC--AAACCCC-ATTTCACTGTCGTT-TATACAGTAAATTTGCT------------------------AAT----TGT---GA----------GTGTAA--GTGCG-GGCATGT-----AGTGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-TGAT-------AA-TGGG-ATGTTCT-T----AAATAT-TA-CTGG------T----A
gi|2 : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TGGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-GATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGCAT--TTA-ATT---GTG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNG------TG---AC-GGTC-ATGATA-AA-CGGT-CA-----TGCGG-----ATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAAATC-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAG--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-ACGTTC------TTTT-----------T-T-----C--T-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AGTT----T-A-T-----AAAATGG-AAA---AA----CG-GTG----AAAT-TT--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TGGC--TACA-T-GAA----------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-ATCGGAT---CTG-TTGCC-G-----G---T----GA--ATGGTCATGC--TGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--TAATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GA-TGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAA-TTACTGC-CG-TTTTT-GAA------AACAAA-----GT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTG-T---TTG-CATT-T--AGAAAAT-------GA-TAGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C-----AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCT-AAGACTTTTTTCATGTATG-G--GCG-GCT-TC---TATGAGTTTGAAG-GT--T--ATTT--TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGA------TT---TTAGGAAGTATGTG--TTGAA--------CAT-AT-TAG----TAT--GACA-TAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCA--T-T-GA-TTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
gi|20 : G--T---TTA-GAT--TTTTGAAT---GAA-TA-T-TTTTC-C---CT-TGG-TTTC-CGGTTC------TTTT-----------T-C-----T--G-TTG-TGATTC--T-TTATGG-----------------AA------------------------------AA----CG-GTA----AAAT-TT--GG-A--TAAAC---------------TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-
gi|21 : gtACA-T-G------------GGC-ACACT-GAT--ATTTAAG---TTCTCGGTT---CTC-TTTTC-G-----G---T----GA--ACGATCAAGT--GTTGC--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGTG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GG-Tctg
gi|22 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTGAC----TT--TTAAA-T-GAATA--TGTAAAGT-T-AATGAT-GTTACT------GAT------AT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-AAA--TTTG--TTGGATA-GT-T-----CTTC--TT--T----------GGTTTAA
gi|24 : -T----TAATAT-TT-CTAT------T----AATA---CAGA-C---TCTGGT-A-----GG-AA--CG-GA--TATAAG-T---GGAT-A--AA--T--ATG-C--TA----CTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGcg
gi|25 : ACTTCTGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-TTA------------G-T-A-------T--ATT--GG---T-----GAT---CTG-TTGTC-G-----G---T----GA--ACGGTCATGC--GGT-T--CTTAG-TGTGTC-T
gi|26 : TGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTT--AACG-AATACG--CG-TAGAAT--A-TACT-ATAAGTACTATAAGTATGTTACA
gi|27 : CATAAAA--GGTCCTG---TCA-TGCAACA-G-----TTCAC----TT--TTATA-T-AAATA--TGAGAAGT-T-Aagat
gi|28 : -CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAA
gi|3 : CATAGAA--G---TTA---ACG-TGCAACAAG-----TCAAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GAT-----GATTGATAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--T-GGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTT---AACG-AATTCG--CGTTTGAATCNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT--G-------G---AC-TGTCCATGA-A-AA-CGGT-CA-----TGCGA-T--GATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATC---GT--TTA---CTT-TAGA--------CCTA-A--TAG-A-GTGGC---AAC--CG---------TAT--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-T--------TAA-TAT-TTT-A-T-GT-G-CATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTTTC---TT-TGG-TT-C-ACGTTT------TTCT----------------------G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATT----T-A-TTT---AAAATGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-GT--G------AAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------A-TTTCGGAA--T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-GA-----------G-C-ACACT-GAT--ATTTAGG---TTCTCGGAT---CTG-TTGTC-GA----G---T----GA--ACGGTCATGC--AGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCG-TG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----A-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTTG-CG-TTTTT-GAA------AAACAA-----GT-CGGA-C-CC---TTGGGT-A-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-AAAT-------GA-TTGG-AGACTCT-T----TAACAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTACTT-TT-G-A--TGATTTT--GGGA--ATTTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCGCGTT-TC----AT--ATTGGAAG-GT--T--ATTT--TT-GAT-TATT-----TG-----A-AACT-T--CT--GAT-----TT---TTAGG-ATTATGTG--TTGAA---------AC-ATATGG----TAT--GACA-TAAT---TTTGGA-T---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GT-CTT-TCTTTCATG--T-GATTTGGC-TTGT---TTAATTC-----CTTT--TTT-CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAAtt
gi|4 : ATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGACCCACTTG-TTATA-TCAAATG--TGAGAAGTGT-GATGAT-GTAGTTCGAGTCAATAAT--GGC-GGTATCCTTATATTCTTATGTATTT-ATAGTTTTT--TTGAATATGT-T-----TTTCCTTT--T----------GGTTTTAC-CGCAATTCGACCGTT-GAATCAAATAGTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATGAGACACACCAGCAGAAGAAT----AT--GCATACTCG---ACTCGTA-GTGGTGTGA-CGGT-CAATTCGTGCGGAC-TGATATATAGT-GCTGATGGTAGCGGAT-CAAGCGGTATAGGTTGTTAAACCTC-T-G----------TTAGACGTAG-A-GCGCCGTGAGA--AGGTCAAACTATAA--T-TCGAA-CATC-T---AGTAAGATAGGATCCTAAA-TATGTT--ACC-GTCGGCATTCTA-AGCAGCTGG--TCGCTTA-TATTCTCTTGCGTATAAAA-TA-G-TTTTT-CCCTTC-TGGCTTTCAACGTTCATATTATTAT-----------T-TAC---T--G-TTGATG--TCA-T-TTATGA-----------------AATG----T-AGTAGTAAAAAATGG-AAATAGAA----CGTGTACTGCAAATGTCCTGGCA--TAAACA--------TAT---TTGTATGG-AGCAGCGAAGAGTTTCGGAGAGT-GTGGTGTGGCTGTACA-T-GA-----------G-T-ACACTAGATAAATTTAAGGATT-CTCGGATACCCCGTTTGCCTG-----GGCTC----GAATACGGTCAT
gi|5 : T---AAA-TT-G-TTTTT-C---CT-TGG-TTCC-GCTTTC------CTTT-----------T-A-----T--G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATT----T-T-T-----AAATTAA-AAA---AAAC--CG-GTA----AAAG-TC--GG-A--TATAAA--------T-A---TT---TGG-CGC-------AATTTCTGG---T-GT-GT-TCGCT-TTCA-T-GA-----------G-T-ACACT-AAT--ATTTAGG---TTCTCGGAT---TTG-TTGTT-G-----A---CCAACGA--ACGGTCATATATGGTGT--CTTAC-TGTGTC-TTCTGTCTGGTCGA--T-ATAATTCTCGCCA--CATCCGGCGTATGAGGTACATGTAATAATTAACAT-A---GA-TAA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATATT-TTTACTGTAACTTTACTGC-CG-ATTTT-GAA------AACAAA----T-T-CCGACC-C----TTGTGTTA-TGTATG-GACACAC-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-A---ATG-CATT-T--AG-TGTT-------GA-TGGG-AGGCTCT-TTAAATAATAT-TG-CTTG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----A------------------------G-AT-G--GA-CT--TT------G----TTTAC-T-TT-GAA--TGA-TTt
gi|6 : ttaagtgtggtAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTG-C----TT--TTTTA-T-AAATG--TGACAAGT-T-A-TGAT-GTTATT------GATA-T--G----GTAA--TTA-AT----ATG-ATTC--TA--TTTT--TTG-ATA-GT-T-----TT-C--TT--T----------GATTTAA--CG-A-TTCA--CNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT----GT--G------TG---AC-G----ATGATG-AAGCGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATGCAGT-GCGAA-------GGAT-C-AG--------GTG-CTAA--TTT----A--------CC-----GTAG-AAGTGG----AGA--CG---------TAA--T-T-GAATCCACGT---A-TGAT-----AT--ATAA-ATT-TT--A-T-GT-GACATT-TATAG-AG-TGG--T---TC--TAT--TTTTGAAT---AAA-TG-G--TTTT-C---TT-T-G-TTTC-ACGTTC------ATTT-----------T-T-----CCTGTTTG-TT--TCCGT-TTATGA-----------------AATG----T-A-T-----AAAT--G-GAA---AA----CG-GTA----AAAT-TCCAGT-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CTC-------AA-TTCGAA---T-GT-GT-T-GCT-TA
gi|7 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAAGA-GAACTTTTGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGGGAAGT-T-AGTGAT-GTTATT------AATG-T--G----GTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-AT---TTTT--TTGGAAA-GT-T-----TTTC--TG--T----------GGTTTAA--CG-ANNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN--G------TG---AC-AGTC-ATTATG-AA-CGGT-CA-----AGCGG-T-TGATATGATGT-GTGAA-------GGGT-C-AGTGATA---AT--TTAG--CCTATAGA--------CCTA-ACGTAG-A-ATGAA---AAA--CG---------TAA--CAT-AAG-CCAC-TTTGA-TAAT-GA-------TAT-TAT-TTTAA-T-GT-GGCATT-TA-AA-TG-TGA--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-GTTC-ATGTTC------TTTT-----------A-C-----T--G-TTA-TG--TC--T-TTAT-------------------AA----------------AAATTGGAAAA---AA----CG-GTA----AACG-TC--TG-A--TA
gi|8 : ATAGAATTG---CGG---TTG-TGCAACA-G-----TTGAC----TT--TCATA-T-A--TG--TGAGAAGT-T-A-TGAT-GTTATT------AATA-T--G----GTAT--CT---TT----TG-ATTT--TA--TTTT--T--GATA-AT-TTTTCTTTTG--TT--TACGANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNTGTTCTGTCCTAAATTGTAAT----GT--G------TG---AA-AG---ATGATG-GA-TGGTGCA-----GGCAG-CGTGATAT--CGT-GC-AA-------GGA--C-AGTGATA-------TTA-----C-T-GA--------GCTA-ACGTTGTA-GTA-----AGAACTG---------TAA--T-T-GAA-CATA-T---A-TAAT-T-------TTAA-TAA-TT--A-TTGT-G-CATT-TA--G-AG-TGG--T---TTA-TA---TTTTGAAT---GAA-TA-GCTTTCT-A---TT-TG---TTC-CTACTC------TTTT-----------T-T-----T--G-TTG-T---TA--TATTAT-G-----------------AATT----tttt
gi|9 : t-G---TTGACATT-TTAAA-AAAT-------GA-TAG--AGAATCTAT----TAATATACA-CTAGGGAAGTT----GAAA---CAAG-TCGGTCTTGT-A-----AG-GC--TG-GA--TTTAAGAC---G-AT-T--GG-CT--TTGGT--CGGTGTTTCAC-T-TG-A-A--TG--TTT--GGGA----TTTCCTAAG--CTTTTTTAATGTATG-GGCTCG-GCTGTC---TATGATTTTGA-G-GT--CTGATTTC-TTTGAT-TATG-----TGGTTGGA-AACTGT--CTTGGAT-----TTGTATCAGGAATAATGTG--TTGAA---------AC-AT-CTG----TGTTGGG---TAAT---T--GGATTA--TAGATT-TTTCACCTTAAGGA---GTCCTT---TTTCATGT-TAGATTTGGCATTTG---TTAATTTACAGAC-ATTGTTT-CA--ATTAATTTTTGTTAG---GGTAGTAGTC--TTTGACAGAAGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTAAAAAGGCGGATATTGTCTTATCGTTGGATTTTTTCAAATTAAAAGCTTTTATTTCCAAAATTTTAAGAGGCACCGGTTAAAAACCCGGATTTGTTGAATAAATA
Alignments
lowQualScore : 222 11111 1111 111111 111111111 11111 1111111111 11111 1111111111 3333333333333333 111 111111 1 11111 1111 1111111 1111111 3333333333333333333 222222222222222222222 1111 11111 3333333333 11 1 11 111 4444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222 1111 1111 11111111 1111111 33333333333333 111111 22222222222222 1111 11 333333333 1111 111 1111111 111111 111111 222222222222222222222 11111 11111 11111 1111111 11111111111 33333333 1 1111111 1111 2222 2222 11 111111111 11111 22 33333333333 1111 2222222222 111 11 11 444444444 22222222 11 1 111 222 11 11 111111 111 22222 11 111
lowQualScore : 55 777 111 4 4 00000 0 5555 99 4 4 55 4 4 3 4 222222 777777777 66 4 777 4 66 66 66 3 4 4 00000 55 55 7777777777 88888 4 66 0 9 00 4 999 5555555555 8888888888 55 44444444 33333333 4444444444444444 000 444444 5 0 5 22222 4444 11 5 0 8888888 5 5 1 7777777 3333333333333333333 5 0 5 5 999999999999999999999 0000 5 55 22222 5 5555555555 5 55 11 5 5 0 4 5 00 5 4 55 777 4 55 666 3 7 3 3 222 3 3 777 999999 1111111111111111111111 3 3 44 77 3 4444444444444444444444444444444444444 33 555 1111 3 4444 3 99 6 44 33333333 3 666 666 3 5555555 999 3 3 3 1 3 3 55555555555555 444 3 88 2 444444 666 7 3 55555555555555 55 66 99 6 6 3333 11 222222222 4444 6 111 6 8 0 99 77 5555555 0 5 5 111111 77 666666 3 333333333333333333333 0 77 5 22222 22222 5 44444 4 5 66 66 6666666 5 5 4 9999 4 4 33333333333 888 5 888 00000000 5 66 0 66 0000000 7777 5 77 0000 4444 5 5 5 5 77 5 99 2222 11 44 0 8 11 8 8 666666666 0 8 66666 11 8 8 22222222222 8 3333 1111111111 444 11 11 444444444 8 22222222 11 5 444 3 7 777 33 8 11 3 88 666666 3 0 8 444 00000 8 11 6 99 99 111 6 99 6 6
lowQualScore : .. ... ... . . ..... . .... .. . . .. . . . . ...... ......... .. . ... . .. .. .. . . . ..... .. .. .......... ..... . .. . . .. . ... .......... .......... .. ........ ........ ................ ... ...... . . . ..... .... .. . . ....... . . . ....... ................... . . . . ..................... .... . .. ..... . .......... . .. .. . . . . . .. . . .. ... . .. ... . . . . ... . . ... ...... ...................... . . .. .. . ..................................... .. ... .... . .... . .. . .. ........ . ... ... . ....... ... . . . . . . .............. ... . .. . ...... ... . . .............. .. .. .. . . .... .. ......... .... . ... . . . .. .. ....... . . . ...... .. ...... . ..................... . .. . ..... ..... . ..... . . .. .. ....... . . . .... . . ........... ... . ... ........ . .. . .. ....... .... . .. .... .... . . . . .. . .. .... .. .. . . .. . . ......... . . ..... .. . . ........... . .... .......... ... .. .. ......... . ........ .. . ... . . ... .. . .. . .. ...... . . . ... ..... . .. . .. .. ... . .. . .
lowQualScore : 55 000 000 0 0 00000 5 5555 55 0 0 55 0 0 6 4 888888 333333333 11 4 888 4 33 11 11 2 0 0 00000 55 55 5555555555 88888 4 11 9 7 88 4 999 7777777777 2222222222 99 00000000 44444444 7777777777777777 000 777777 0 0 0 55555 2222 11 0 7 6666666 7 7 7 4444444 9999999999999999999 7 7 7 7 999999999999999999999 4444 7 99 44444 7 4444444444 0 88 99 0 0 0 5 0 44 0 4 55 000 0 55 444 6 3 6 6 777 3 3 111 666666 7777777777777777777777 3 3 66 99 3 6666666666666666666666666666666666666 66 888 7777 3 2222 3 22 7 66 22222222 6 444 444 6 5555555 222 3 3 3 8 3 3 55555555555555 555 6 66 1 666666 444 3 6 33333333333333 00 99 22 7 7 0000 00 000000000 2222 7 777 7 0 8 22 99 9999999 7 4 7 777777 11 444444 0 999999999999999999999 4 22 0 55555 55555 0 11111 4 0 99 00 2222222 0 0 4 4444 4 4 22222222222 888 0 888 22222222 0 99 0 99 1111111 0000 0 99 1111 3333 7 7 7 7 99 7 22 8888 66 44 8 0 00 0 0 444444444 8 0 00000 22 0 0 22222222222 0 0000 0000000000 000 66 00 000000000 0 00000000 00 0 000 8 0 555 88 0 00 2 88 666666 8 6 0 000 00000 0 00 7 22 22 777 7 22 7 7
consensus : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATCAA-TANTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAAT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAA--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC------TTTT-----------T-T-----C--G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-TC--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-G------------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---C----GA--ACGGTCATGC--GGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTGC-CG-TTTTT-GAA------AANAAA----CGT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TATGANTTGGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGAT-----TT---TTAGGAATTATGTG--TTGAA--------CAC-AT-TGG----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATGT-T-GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
Reference ( family-2575 ) : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATCAA-TANTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAAT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAA--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC------TTTT-----------T-T-----C--G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-TC--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-G------------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---C----GA--ACGGTCATGC--GGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTGC-CG-TTTTT-GAA------AANAAA----CGT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TATGANTTGGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGAT-----TT---TTAGGAATTATGTG--TTGAA--------CAC-AT-TGG----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATGT-T-GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
gi|1 : TCATAGAA--G---TTG---TCGATGCAACA-G-----TCGACAAA-TTAATTATAAT-AAATGATTGAGAAGT-TGAATGATAGTTATG------AATA-TCAGAT-GGGCA--TTA-ATT---ATG-ATTTTATA--TTATAATGGAATA-GTAT-----TTTC--TTATT----------GGTT--AAACG-AATTCG--CGTTGACATCNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN--NNNNAT-TGCAAAC-AGTC-ATGATA-AAACGGT-CA-----TG--G-A-TGATAAAATGTTGCGAA-------GGATTC-AGCGATA---GT--T-AA--CTT-A-GATTATAGAACCTA-CCGTAG-A-ATGGCC--AAA--CAA--------TAA--C-T-GA--CCACCT---A-TAGA-TA--AT--TAGA-TTA-TT--A-T-GTTGGCATT-GATAG-AG-TGAGAT---GTAATAT--TTTTGAAT---AAAATAAG-TTGTC-CGCCTCGTGG-GTTC-ACGTTC------TTTT-----------T-TTTACTC--G-TTA-TG--AC--A-CTGTCGTCTACCAATCAAACCCAAATTCTGAT-A-A-----AAATCGG-GAA---AAACAGCG-GTATCTGAAAT-TT--GG-AAATACACACACCATCAT-T---TC---TGGACGCC------AATTCCGGA---TCGT-GT-TGACT-TACACT-GCGAGCTATCAGAA-C-ACACT-GAT--ATT-AGT---T-CTCGGAT---CGG-TTGCT-GCCAGTG---T----GA--ACGGTCATGC--GGTGTGTCTTAGCTGGATCGTCCTGTCTGGCCGAATC-ATTGTTTCCGCCAAACATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CATAA---GATTCACGATTGGACCACTAA---A-----CAATG-CATT-ATGATATTTACTGTAAATTTACTGCACG-TTTTTGGAA------AACAAA----CGT-CAGA-C-CCTTGTTGTCTTAGTGTACGAGGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTTCGCTCTTT-CATT-T--AG-AGACCACTACAGATTAGG-AGACTCT-T----TAATAG-TA-CTAG------TGTAAAAAA---CAGGCC---TCTAGTAC-----AGTGAACTGTGATCTTTAAG-C---G-ATCGGTGA-CTGCTCG-TAACGCTACTTAAC-TATG-G-A--TGA-TTTAAGGGACCA-TTTTCTAAAAATTTTTTTCATGTA---G--TCG-GCT-CCTCTTATGA-TTGGAAGCGTCCT--ACTTCATT-GATCTATTATTCATGGCCCAACAACT-TACCTAGAAT-----TT---CTACCATTTATGTGGTTTGAG--------AATGAT-TGGTATATAT--GACACTTATTCCTTTTGACTTCATA--TTATTTCACCTTACAGAGACGTCCTTATCTCTCATGTAC-GATTTTGC-TTTGGTATTAATTC-----C-AT--TTTCCAACATTAATTTT--TTAGCCTGGTAGT-GTCTTTTTG-CA-AAGTAA
gi|10 : caaAAC--A-----C-TTTTCGTTCATG-T-TTTAATGTAAATGTACTGC-CAATCTTT-GAAGAAGAAAAAAAA----CGT--AAT-C-C----ATCTTTTA-CCCCCG-GGCACGT-----AGCTCAATATGTGTTGG-TTA------TG-CATTGT--GG-CGAT-------AG-TGGGTAGGTT---T----TAATAT-TAACCAG------T----GAAAATCTAGG-T---TTATGGGG-----AA-AA--TGCGT--TTTTAA-CACTG-AA-G--GATCT--TGG-T--CG----TTT-C-T-TTAG-AATTGA-TTT--GG-A--G-TTAAC-AAAACCTTTTTTCATGTCTGTG--TCG-GCT-TC---TAAG-CTTGGAAG-GT--T--AATTT-TT--AT-CATT-----TGA---AA-AGTT-C--CT-GGATTTCTATT---TTAGG--TCACGTG--TCGAAACGCGTGGCAC-AT---G----TAC--GACACTAGT---TCTtt
gi|11 : -TGG--T---TTG-TAT--TGTTGAAT---AAA-TATA-TTTTC-C---TT-TGG-TTTT-G---TC------TGGTGGGGGGGGGGGT-C-----T--G-TCG-TG--TA--T-ATATAG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AGA---AA----TG-GTA----AAAT-TT--GG-A--TTAATA--------T-T---TT---TGG-TGC-------GATTCCGAA---T-GT-GT-TCGCT-CACA-TGG------------G-T-ACACT-GAT--GTTTAAGT--T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---T----GA--ACGACCATAC--GGT
gi|11 : aGGTG-AA-CGAC-CA-----TACGG-T-TGATATAATGT-Gtgatataatgtgatgaatctgacccatgacattgtttc
gi|12 : atggtttgtattgttgaataaatatattttcctttggttttgtctggtgggggggggggtctgtcgtgtatatatagaatttataaattggagaaatggtaaaatttggattaatatttttggtgcgattccgaatgtgttcgctcacatgggtacactgatgtttaagttctcggatctgttgtcT--TTAAATAA-GT--A-T-AT-TGCATT-GA-TG-CA-AGG--T---TTA-TAT--TTTCAAAT---GAA-TG-G--TTTT-A---TT-TGG-TTTT-GTGGTT------TTTT-----------TAT-----CT-G-TT--TG--GT--T-TTATAG-----------------AATC----T-T-T-----AAATTGA-AGG---AA----T--GTA----ATGT-TC--GA-A--T---TA--------T-TGCGTT---TAG-TGT-------AAGTACTAA---T-GT-TT-TTGCT-TAAA-T-G------------G-T-GAACT-GAT------------------GAT---CTG-TTATC-G-----T---C----GA--ATGATCAatgaatctgacccatgacattgtttc
gi|13 : TCATAGAA--G---TTG---TGG-TGCAACA-G-----TCAAC----TT--TTAAA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGCAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTCC--TT--T----------GGTTT--AACG-AATTCG--CGTT-GAATCAA-TAT--ATAAG-----TA---ATGTTAC----AAAATAAAGTGA--AAGTATacgatatattgcg
gi|14 : gttgaagggcgcgcaa-TGG-TTTC-ACGGTT------TTTT-----------C-T--------G-TTG-CG--TC--T-TTATAG-----------------AAga
gi|14 : -----------------AATC----TGA-T-----GAGTTG--AAA---AA----TG-TTA----GAAC-TC--GG-A--TTAATG--------T-T---TT---TGA-TGC-------AATTT-GTA---T-GT-GT-TCGCT-TACA------------------T-ATATG-GAT--ATTTCGT---T-CTCAGAT---CTGTTTGTT-G-----G---T----GA--ACAGTCAagcagaaacccgactataaataaaattttcttaatctgatgagttgaaaaatgttagaactcggattaatgtttttgatgcaatttgtatgtgttcgcttacatatatggatatttcgttctcagatctgtttgttggtgaacagtca
gi|15 : tggtttcacggttttttctgttgcgtctttatagaaagcagaaacccgactataaataaaattttctt-TTTCACTAAAAGAAG--GTTCTT-TCGTTCAT-T-T-GACTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CG--ATTAATATC--TTAG---AACAAC-GCA--TCTA-TCGGAGTAA
gi|16 : TT----T-G-T-----AAATTGA-AAA---AG----CA-TTA----TAAT-TC--GGCA--TAA-TA--------T-T---TT----AG-TGC-------AACTTCTAG---T-GT-GT-TCGCG-TACA-T-G------------G-GAACACT-GATA-ATATGGT---T-TTCGGGT---CTG-TTGTC-G-----T---A----GA--ACGTTCATGT--AGTtcaattattcaatgatatttttctaatatcacctccggtgtgtccagaggtgcgttggaaca
gi|17 : ACAA----CAT-ATAAAA-CAA-GATTGGG--ACTAACCTA-----T-ATGTCAATGAC-AT-TTCACTGTAGATTTACTTT-C--TTTT---AA------AAGAAAGATTCATGCAGA-CTC----ATGTGTTT-AGTATG-GACACGT-----AACACG-----TCTTGGATTT-A---CTG-tactataatttgcacatga
gi|18 : -C-C----TTGTGTTT-TGTATG-GGCACGTGGGCAAGTGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-TGAT-------GA-TGGG-AGACTTT-T----TGATAG-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TAGGGATGG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-Catgtta
gi|19 : cggac--ACTAAC--AAACCCC-ATTTCACTGTCGTT-TATACAGTAAATTTGCT------------------------AAT----TGT---GA----------GTGTAA--GTGCG-GGCATGT-----AGTGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-TGAT-------AA-TGGG-ATGTTCT-T----AAATAT-TA-CTGG------T----A
gi|2 : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TGGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-GATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGCAT--TTA-ATT---GTG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNG------TG---AC-GGTC-ATGATA-AA-CGGT-CA-----TGCGG-----ATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAAATC-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAG--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-ACGTTC------TTTT-----------T-T-----C--T-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AGTT----T-A-T-----AAAATGG-AAA---AA----CG-GTG----AAAT-TT--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TGGC--TACA-T-GAA----------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-ATCGGAT---CTG-TTGCC-G-----G---T----GA--ATGGTCATGC--TGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--TAATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GA-TGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAA-TTACTGC-CG-TTTTT-GAA------AACAAA-----GT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTG-T---TTG-CATT-T--AGAAAAT-------GA-TAGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C-----AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCT-AAGACTTTTTTCATGTATG-G--GCG-GCT-TC---TATGAGTTTGAAG-GT--T--ATTT--TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGA------TT---TTAGGAAGTATGTG--TTGAA--------CAT-AT-TAG----TAT--GACA-TAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCA--T-T-GA-TTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
gi|20 : G--T---TTA-GAT--TTTTGAAT---GAA-TA-T-TTTTC-C---CT-TGG-TTTC-CGGTTC------TTTT-----------T-C-----T--G-TTG-TGATTC--T-TTATGG-----------------AA------------------------------AA----CG-GTA----AAAT-TT--GG-A--TAAAC---------------TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-
gi|21 : gtACA-T-G------------GGC-ACACT-GAT--ATTTAAG---TTCTCGGTT---CTC-TTTTC-G-----G---T----GA--ACGATCAAGT--GTTGC--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGTG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GG-Tctg
gi|22 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTGAC----TT--TTAAA-T-GAATA--TGTAAAGT-T-AATGAT-GTTACT------GAT------AT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-AAA--TTTG--TTGGATA-GT-T-----CTTC--TT--T----------GGTTTAA
gi|24 : -T----TAATAT-TT-CTAT------T----AATA---CAGA-C---TCTGGT-A-----GG-AA--CG-GA--TATAAG-T---GGAT-A--AA--T--ATG-C--TA----CTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGcg
gi|25 : ACTTCTGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-TTA------------G-T-A-------T--ATT--GG---T-----GAT---CTG-TTGTC-G-----G---T----GA--ACGGTCATGC--GGT-T--CTTAG-TGTGTC-T
gi|26 : TGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTT--AACG-AATACG--CG-TAGAAT--A-TACT-ATAAGTACTATAAGTATGTTACA
gi|27 : CATAAAA--GGTCCTG---TCA-TGCAACA-G-----TTCAC----TT--TTATA-T-AAATA--TGAGAAGT-T-Aagat
gi|28 : -CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAA
gi|3 : CATAGAA--G---TTA---ACG-TGCAACAAG-----TCAAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GAT-----GATTGATAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--T-GGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTT---AACG-AATTCG--CGTTTGAATCNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT--G-------G---AC-TGTCCATGA-A-AA-CGGT-CA-----TGCGA-T--GATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATC---GT--TTA---CTT-TAGA--------CCTA-A--TAG-A-GTGGC---AAC--CG---------TAT--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-T--------TAA-TAT-TTT-A-T-GT-G-CATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTTTC---TT-TGG-TT-C-ACGTTT------TTCT----------------------G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATT----T-A-TTT---AAAATGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-GT--G------AAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------A-TTTCGGAA--T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-GA-----------G-C-ACACT-GAT--ATTTAGG---TTCTCGGAT---CTG-TTGTC-GA----G---T----GA--ACGGTCATGC--AGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCG-TG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----A-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTTG-CG-TTTTT-GAA------AAACAA-----GT-CGGA-C-CC---TTGGGT-A-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-AAAT-------GA-TTGG-AGACTCT-T----TAACAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTACTT-TT-G-A--TGATTTT--GGGA--ATTTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCGCGTT-TC----AT--ATTGGAAG-GT--T--ATTT--TT-GAT-TATT-----TG-----A-AACT-T--CT--GAT-----TT---TTAGG-ATTATGTG--TTGAA---------AC-ATATGG----TAT--GACA-TAAT---TTTGGA-T---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GT-CTT-TCTTTCATG--T-GATTTGGC-TTGT---TTAATTC-----CTTT--TTT-CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAAtt
gi|4 : ATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGACCCACTTG-TTATA-TCAAATG--TGAGAAGTGT-GATGAT-GTAGTTCGAGTCAATAAT--GGC-GGTATCCTTATATTCTTATGTATTT-ATAGTTTTT--TTGAATATGT-T-----TTTCCTTT--T----------GGTTTTAC-CGCAATTCGACCGTT-GAATCAAATAGTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATGAGACACACCAGCAGAAGAAT----AT--GCATACTCG---ACTCGTA-GTGGTGTGA-CGGT-CAATTCGTGCGGAC-TGATATATAGT-GCTGATGGTAGCGGAT-CAAGCGGTATAGGTTGTTAAACCTC-T-G----------TTAGACGTAG-A-GCGCCGTGAGA--AGGTCAAACTATAA--T-TCGAA-CATC-T---AGTAAGATAGGATCCTAAA-TATGTT--ACC-GTCGGCATTCTA-AGCAGCTGG--TCGCTTA-TATTCTCTTGCGTATAAAA-TA-G-TTTTT-CCCTTC-TGGCTTTCAACGTTCATATTATTAT-----------T-TAC---T--G-TTGATG--TCA-T-TTATGA-----------------AATG----T-AGTAGTAAAAAATGG-AAATAGAA----CGTGTACTGCAAATGTCCTGGCA--TAAACA--------TAT---TTGTATGG-AGCAGCGAAGAGTTTCGGAGAGT-GTGGTGTGGCTGTACA-T-GA-----------G-T-ACACTAGATAAATTTAAGGATT-CTCGGATACCCCGTTTGCCTG-----GGCTC----GAATACGGTCAT
gi|5 : T---AAA-TT-G-TTTTT-C---CT-TGG-TTCC-GCTTTC------CTTT-----------T-A-----T--G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATT----T-T-T-----AAATTAA-AAA---AAAC--CG-GTA----AAAG-TC--GG-A--TATAAA--------T-A---TT---TGG-CGC-------AATTTCTGG---T-GT-GT-TCGCT-TTCA-T-GA-----------G-T-ACACT-AAT--ATTTAGG---TTCTCGGAT---TTG-TTGTT-G-----A---CCAACGA--ACGGTCATATATGGTGT--CTTAC-TGTGTC-TTCTGTCTGGTCGA--T-ATAATTCTCGCCA--CATCCGGCGTATGAGGTACATGTAATAATTAACAT-A---GA-TAA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATATT-TTTACTGTAACTTTACTGC-CG-ATTTT-GAA------AACAAA----T-T-CCGACC-C----TTGTGTTA-TGTATG-GACACAC-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-A---ATG-CATT-T--AG-TGTT-------GA-TGGG-AGGCTCT-TTAAATAATAT-TG-CTTG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----A------------------------G-AT-G--GA-CT--TT------G----TTTAC-T-TT-GAA--TGA-TTt
gi|6 : ttaagtgtggtAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTG-C----TT--TTTTA-T-AAATG--TGACAAGT-T-A-TGAT-GTTATT------GATA-T--G----GTAA--TTA-AT----ATG-ATTC--TA--TTTT--TTG-ATA-GT-T-----TT-C--TT--T----------GATTTAA--CG-A-TTCA--CNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT----GT--G------TG---AC-G----ATGATG-AAGCGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATGCAGT-GCGAA-------GGAT-C-AG--------GTG-CTAA--TTT----A--------CC-----GTAG-AAGTGG----AGA--CG---------TAA--T-T-GAATCCACGT---A-TGAT-----AT--ATAA-ATT-TT--A-T-GT-GACATT-TATAG-AG-TGG--T---TC--TAT--TTTTGAAT---AAA-TG-G--TTTT-C---TT-T-G-TTTC-ACGTTC------ATTT-----------T-T-----CCTGTTTG-TT--TCCGT-TTATGA-----------------AATG----T-A-T-----AAAT--G-GAA---AA----CG-GTA----AAAT-TCCAGT-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CTC-------AA-TTCGAA---T-GT-GT-T-GCT-TA
gi|7 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAAGA-GAACTTTTGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGGGAAGT-T-AGTGAT-GTTATT------AATG-T--G----GTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-AT---TTTT--TTGGAAA-GT-T-----TTTC--TG--T----------GGTTTAA--CG-ANNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN--G------TG---AC-AGTC-ATTATG-AA-CGGT-CA-----AGCGG-T-TGATATGATGT-GTGAA-------GGGT-C-AGTGATA---AT--TTAG--CCTATAGA--------CCTA-ACGTAG-A-ATGAA---AAA--CG---------TAA--CAT-AAG-CCAC-TTTGA-TAAT-GA-------TAT-TAT-TTTAA-T-GT-GGCATT-TA-AA-TG-TGA--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-GTTC-ATGTTC------TTTT-----------A-C-----T--G-TTA-TG--TC--T-TTAT-------------------AA----------------AAATTGGAAAA---AA----CG-GTA----AACG-TC--TG-A--TA
gi|8 : ATAGAATTG---CGG---TTG-TGCAACA-G-----TTGAC----TT--TCATA-T-A--TG--TGAGAAGT-T-A-TGAT-GTTATT------AATA-T--G----GTAT--CT---TT----TG-ATTT--TA--TTTT--T--GATA-AT-TTTTCTTTTG--TT--TACGANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNTGTTCTGTCCTAAATTGTAAT----GT--G------TG---AA-AG---ATGATG-GA-TGGTGCA-----GGCAG-CGTGATAT--CGT-GC-AA-------GGA--C-AGTGATA-------TTA-----C-T-GA--------GCTA-ACGTTGTA-GTA-----AGAACTG---------TAA--T-T-GAA-CATA-T---A-TAAT-T-------TTAA-TAA-TT--A-TTGT-G-CATT-TA--G-AG-TGG--T---TTA-TA---TTTTGAAT---GAA-TA-GCTTTCT-A---TT-TG---TTC-CTACTC------TTTT-----------T-T-----T--G-TTG-T---TA--TATTAT-G-----------------AATT----tttt
gi|9 : t-G---TTGACATT-TTAAA-AAAT-------GA-TAG--AGAATCTAT----TAATATACA-CTAGGGAAGTT----GAAA---CAAG-TCGGTCTTGT-A-----AG-GC--TG-GA--TTTAAGAC---G-AT-T--GG-CT--TTGGT--CGGTGTTTCAC-T-TG-A-A--TG--TTT--GGGA----TTTCCTAAG--CTTTTTTAATGTATG-GGCTCG-GCTGTC---TATGATTTTGA-G-GT--CTGATTTC-TTTGAT-TATG-----TGGTTGGA-AACTGT--CTTGGAT-----TTGTATCAGGAATAATGTG--TTGAA---------AC-AT-CTG----TGTTGGG---TAAT---T--GGATTA--TAGATT-TTTCACCTTAAGGA---GTCCTT---TTTCATGT-TAGATTTGGCATTTG---TTAATTTACAGAC-ATTGTTT-CA--ATTAATTTTTGTTAG---GGTAGTAGTC--TTTGACAGAAGTa
blockSeqs : TT GTC CTG . A AACTT CCAC G . C . G . A . CGAGTC AATGGC CC T CTT T A GT . T T . TTTCT CT . ACGANNNNNN TAAAA C AC N A NNN TACTATAAGT NNNNNNNNN NN NNNNNNNN NNNNNNNN ATGCATACTC . TGTCC T G G ATTCG ACT AA . TGGTAGC . A C TAGGTTG GCCTATAGA G T A CCGTGAGAAGGTCAAACTA ATC C AT TTTG G ATAGGATCCT A TG TA C T C G C TA C C . CGC . TC ATA . T C T CCT . C AAC ATATTA GGGGGGGGGGGTCT T A AT CG A GAAATGTAGTAGTAA GA TAG AC T CTGC G CT C . . A GCG GTA . AGCGAAG GAG . G G C G . GAA GA A AA T GATTC ACC T T ACCAAC AT AT . . . TA . TATGAGGTA TTAA . TAA . . . CT AACCCC A . GCCAA T GAAGAA A GATTCATGCAGACTCA C . GGGCA ATATG A A A G TA AA . . T A TAAA A A GGAAGTT ATC . CGG TAGGGAT . . C . CACTG G T . GT GTGT T . A A AT T . AT TA AC T GC C G TATGAG . CTG T T . TGGTTG . GT GGATTTCTA GTA AA . ACGCGTGGC . ATGG TG C . C T A GA . . T T TGTTA C A . ACAGA T TG . . TG . A . A G
blockSeqs : . . CTG . . . . . . . . . . A . . ATGAT . . . . A . . T . . . . . . NNNNN . . A . NNN NNN NNNNNNNNN NN NNNNNNNN NNNNNNNN NNNNGTG . TCGTA . . . . CGT AA . . . . C GTG AACCTCTG . . . GCAGACG CA . A GT . TAATT . A T . . . G . T . . . . . . . . . . . . . . GT . TATCT . . . A . GAAATTTATTT G . . . . . CA C . . . . . . . A . . . T . . GG GC . A T TTC . T . GGCTC . . . . . T . . . . . . . . . C T . GCCG T . G GTCGGACCCT A . . . . G . . . C . . . . . . . T . . . GGG . . . . TGG G . . T . . . . . . . . G TA GA . . . . TATGAT . T C . . TGA . C TGGAT . AA . C . TAG . . . T T . . . . C T TTT T . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . CTG . . . . . . . . . . A . . ATGAT . . . . A . . T . . . . . . TTAC . . T . GTA NNN ACGGAGGAT GG GAGACACA AGCAGAAG NNNNGT . GGTC . . . . TT AA . . . . C GT ACTTTGA . . . GCAACCG C . A T . ATA . T . . . . G . A . . . . . . . . . . . . . . AC . TTACT . . . . . AGAATTTAT A . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . TA T . . T TTC . . . AGT . . . . . T . . . . . . . . . T A . TGCG T . C TTCCGACCCT T . . . . G . . . T . . . . . . . T . . . TTA . . . . ACG G . . T . . . . . . . . A A AA . . . . TAAGC . T . . . TGG . T GGA . A . . . CTG . . . T . . . . . C T TGT T . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . GATT . . . . A . . T . . . . . . TAA . . N . NNN ATA NNNNNNNNN NN NNNNNNNN NNNNNNNN GTGT . AGTC . . . . TT AT . . . . T GT CTTTAGA . . . AAAAACG T . A T . GA . T . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . AC . TTCCT . . . . . AGAATCTTT A . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . GA T . . T TTC . . . GT . . . . . T . . . . . . . . . C A . GCCG T . A CGTAATCCA T . . . . T . . . T . . . . . . . T . . . TA . . . . CG A . . C . . . . . . . . . T . . . . . ATA . T . . . TG . T GAT . . . . . G . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . ATG . . . . A . . T . . . . . . TAA . . N . NNN NNN NNNNNNNNN NN NNNNNNNN NNNNNNNN NNGT . AG . . . . TT GC . . . . T AT ATTTA . . . AGAACTG T . G T . TT . T . . . . G . A . . . . . . . . . . . . . . CG . TTC . . . . . GGAGTTTAT G . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . GA T . . T TTC . . . TC . . . . . . . . . . . A T . TTC . . C GTCAGACCT T . . . . G . . . A . . . . . . . T . . . TA . . . . CG G . . T . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . GTG . . . . A . . T . . . . . . TAA . . N . NNN NNN NNNNNNNNN NN TGTTCTGT TAAATTGT GTGT . G . . . . T GA . . . . . . CTGA . . . GAGACG T . A T . T . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . AC . TCT . . . . . GAAATTTTT G . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . GA T . . T TC . . . GT . . . C . . . . . . TGTGA T . . . . A . . . T . . . . . . . T . . . TA . . . . C G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . ATG . . . . . . . T . . . . . . TAA . . . . CT NNN AAAATA . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GC . TAT . . . . . GAAATGTAT G . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . G T . . T TT . . . TA . . . . . . . G . . . A . . . . . . . T . . . TA . . . . G T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . T TA . . . . . . . . . . . . . AC . ACT . . . . . GGAA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . G C . . T TA . . . GT . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . TTT . . . . . AA G . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . G T . . . T . . . GT .
blockSeqs : . . . . . . . . CT . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . . . . GT .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** ** ** ATG****** A* ** ** GTGT************ *** ACTTTAGA*********** GNAANCG************** A* T**** ATN******* A* ** *** TCT******************* GGAATTTAT**************************** **** **** ** ******** ******* GA************ TTC*** GT************ ** T*** ** ** C****** NCCG** T* GTCGTGACCCN********** T* G**** ******* T********** TA****** ** ** G*** ** T*** **** ** G*** TATG***** T**** C* TGG******** T*** GGAT****** ** ********* CG****** *** ** T* TT**** *** ** *** **
originalCons : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATA-T--GAT-GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATCAA-TANTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAAT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAA--CTT-T-GA--------CCTA-ACGTAG-A-GTGGC---AGA--CG---------TAA--C-T-GAA-CCAC-T---A-TAAT-TA--AT--TTAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC------TTTT-----------T-T-----C--G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-TC--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-T-G------------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGG---T-CTCGGAT---CTG-TTGTC-G-----G---C----GA--ACGGTCATGC--GGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTGC-CG-TTTTT-GAA------AANAAA----CGT-CAGA-C-C----TTGTGTTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TATGANTTGGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGAT-----TT---TTAGGAATTATGTG--TTGAA--------CAC-AT-TGG----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATGT-T-GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
finalCons : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATATG------GGTAT--TTA-ATT---ATG-ATTTA-TA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATCAA-TANTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAATGTGT------------G---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCGATA---GT--TTAACTTTAGA-----------CCTA-ACGTAG-A-GTGGNAANCG--------------TAA--C-T-GAA-CCACT----A-TAATATN-------TAA-TAT-TT--A-T-GT-GGCATT-TAA-G-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GCGTTC------TTTTTCT-------------------G-TTG-TG--TC--T-TTATGGAATTTAT----------------------------AAATTGG-AAA---AA----CG-GTA----AAAT-TC--GG-A--TAAACA--------T-T---TT---TGG-CGC-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-TGA------------G-T-ACACT-GAT--ATTTAGGTTC---TCGGAT---CTG-TTGTC-GGT------------GA--ACGGTCATGC--GGTGT--CTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGAT---ATAATTTTCGCCA--CATCCGGCG---------CAGGTAATAA----CAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--AC------ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTNCCG--TTTTT-GAA------AANAAAGTCGTGACCCN----------TGTGTTAT-GTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTTG----TTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAGT----------AAAA---CAGG-C---TCTTGTA------AG-GA--TG-GA--TTTAAG-C---G-ATG---GA-CT--TTGT---CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGAG---TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TCTATG-----TTGGAAG-GTT----ATTTC-TT-GAT-TATTTGG--------AA-AACTT---CTGGAT------TT---TTAGGAATTATGTG--TTGAA---------AC-ATCG------TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---TA--TT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTTT-CTTTCATT----GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTAAAAAGGCGGATATTGTCTTATCGTTGGATTTTTTCAAATTAAAAGCTTTTATTTCCAAAATTTTAAGAGGCACCGGTTAAAAACCCGGATTTGTTGAATAAATA
Alignments
lowQualScore : 222 11111 1111 111111 222222222222 11111 1111111111 11111 1111111111 3333333333333333 111 111111 1 11111 1111 1111111 333333333333 111111 1 1111111 1111111 11111 2222222222222 1 11 111 1111 111 11111111111 2222222222222222222222222222222222222 111 1111 11 11111111 1111111 111111111111 1111 111111111 1111 11 333333333 1111 111 1111111 111111 1111 1111 22222 11111 11111 11111 1111111 11111111111 2222222222222 1 1111111 1111 2222 2222 11 333333333333 11111 22 33333333333 1111 2222222222 111 11 11 66666666666666666666666 11 1 1111 333333 11 444444 111 22222 11 111
lowQualScore : 55 777 111 4 4 00000 0 5555 99 4 4 55 4 4 3 4 222222 4 4 666666666666 66 4 777 4 66 66 66 3 4 4 00000 55 55 7777777777 88888 4 66 0 9 00 4 999 5555555555 8888888888 55 44444444 33333333 4444444444444444 000 444444 5 0 5 22222 4444 11 5 0 8888888 5 5 1 77 5 333333333333 5 666666 1 9999999 1 5 77 8888 8888888 55 22222 5 5 9999999999999 5 666 5 5 5 0 4 5 00 5 4 55 777 4 55 666 3 7 3 3 222 3 3 0000 000 7777 99999999999 3 88888 3 3 44 77 3 4444444444444444444444444444444444444 66 555 000 3 4444 3 99 11 33333333 3 666 666 3 3 1111111 999 3 3 3 1 3 888888888888 55 3 55 3333 666 7 7777 3 555555555 55 55 66 6 6 3333 11 222222222 4444 6 111 6 8 0 99 77 5555555 0 5 5 444444 77 2222 3 1111 66666 4 2 5 66 0 77 5 22222 22222 5 44444 4 5 66 66 6666666 5 5 4 9999 4 4 33333333333 888 5 888 5 3333333333333 0 66 0000000 7777 5 77 0000 4444 5 5 5 5 77 5 99 8888 11 44 0 8 11 8 8 666666666666 8 66666 11 8 8 22222222222 8 3333 1111111111 444 11 11 8 55555555555555555555555 11 5 4444 7 222222 8 11 3 88 333333 3 0 8 444 00000 8 11 6 99 99 111 6 99 6 6
lowQualScore : .. ... ... . . ..... . .... .. . . .. . . . . ...... . . ............ .. . ... . .. .. .. . . . ..... .. .. .......... ..... . .. . . .. . ... .......... .......... .. ........ ........ ................ ... ...... . . . ..... .... .. . . ....... . . . .. . ............ . ...... . ....... . . .. .... ....... .. ..... . . ............. . ... . . . . . . .. . . .. ... . .. ... . . . . ... . . .... ... .... ........... . ..... . . .. .. . ..................................... .. ... ... . .... . .. .. ........ . ... ... . . ....... ... . . . . . ............ .. . .. .... ... . .... . ......... .. .. .. . . .... .. ......... .... . ... . . . .. .. ....... . . . ...... .. .... . .... ..... . . . .. . .. . ..... ..... . ..... . . .. .. ....... . . . .... . . ........... ... . ... . ............. . .. ....... .... . .. .... .... . . . . .. . .. .... .. .. . . .. . . ............ . ..... .. . . ........... . .... .......... ... .. .. . ....................... .. . .... . ...... . .. . .. ...... . . . ... ..... . .. . .. .. ... . .. . .
lowQualScore : 55 000 000 0 0 00000 5 5555 55 0 0 55 0 0 6 4 888888 4 4 222222222222 11 4 888 4 33 11 11 2 0 0 00000 55 55 5555555555 88888 4 11 9 7 88 4 999 7777777777 2222222222 99 00000000 44444444 7777777777777777 000 777777 0 0 0 55555 2222 11 0 7 6666666 7 7 7 99 7 000000000000 7 444444 4 0000000 0 7 99 1111 6666666 99 44444 7 7 3333333333333 0 555 0 0 0 0 5 0 44 0 4 55 000 0 55 444 6 3 6 6 777 3 3 4444 444 1111 22222222222 3 33333 3 3 66 99 3 6666666666666666666666666666666666666 99 888 444 3 2222 3 22 22 22222222 6 444 444 6 6 8888888 222 3 3 3 8 3 666666666666 44 6 00 8888 444 3 7777 6 111111111 00 00 99 7 7 0000 00 000000000 2222 7 777 7 0 8 22 99 9999999 7 4 7 000000 11 1111 0 7777 99999 5 8 0 99 4 22 0 55555 55555 0 11111 4 0 99 00 2222222 0 0 4 4444 4 4 22222222222 888 0 888 0 1111111111111 0 99 1111111 0000 0 99 1111 3333 7 7 7 7 99 7 22 6666 66 44 8 0 00 0 0 222222222222 0 00000 22 0 0 22222222222 0 0000 0000000000 000 66 00 0 88888888888888888888888 00 0 8888 0 222222 0 00 2 88 000000 8 6 0 000 00000 0 00 7 22 22 777 7 22 7 7
consensus : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GAT-A-T-----G--G--GTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATCAA-TANTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAAT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCG--ATAGT-TTAACTT------TAGA-CCT------AACGTAG-AGTG----GN-AAACG-T--AA--C-T-------GAA-CCAC-T---A-TA-AT--AT---NT----A-ATAT-TT-A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GC-GTTC---TT----TT-----------T-CT-----G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AAA---AA---CG-GTA----AAAT-TC--GG--ATAAA--------CAT-T---TT---TGG-CG-C-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACAT------------G-AGTACACT-GAT--ATTTA--GGTTCTCGGAT---CTG-TTGT----C-G-----G---CGA--ACGGTC--ATGCG--GTGTCTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCC--ACATCCGGCG---------CAGGTAA----TAACAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTGC-CG-TTTTT-GAA----AANAAA-G--TCGT---GACCCTTG-TG--TTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----AG-GA---TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TAT--GA--TTGGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGAT-----TT---TTAGGAATTATGTG--TTGA-A---------AC--ATC-G-----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---T--ATT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCATG--TT-GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
Reference ( family-2575 ) : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GAT-A-T-----G--G--GTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCG--CGTTNGAATCAA-TANTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATNGNNCNNNCCNGNANNGNAAT----GT--G------TG---AC-GGTC-ATGATG-AA-CGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCG--ATAGT-TTAACTT------TAGA-CCT------AACGTAG-AGTG----GN-AANCG-T--AA--C-T-------GAA-CCAC-T---A-TA-AT--AT---NT----A-ATAT-TT-A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-GC-GTTC---TT----TT-----------T-CT-----G-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AAA---AA---CG-GTA----AAAT-TC--GG--ATAAA--------CAT-T---TT---TGG-CG-C-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACAT------------G-AGTACACT-GAT--ATTTA--GGTTCTCGGAT---CTG-TTGT----C-G-----G---TGA--ACGGTC--ATGCG--GTGTCTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCC--ACATCCGGCG---------CAGGTAA----TAACAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTNC-CG-TTTTT-GAA----AANAAA-G--TCGT---GACCCNTG-TG--TTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-NGAT-------GA-TGGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----AG-GA---TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--G-TTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCG-GCT-TC---TAT--G---TTGGAAG-GT--T--ATTTC-TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGAT-----TT---TTAGGAATTATGTG--TTGA-A---------AC--ATC-G-----TAT--GACACTAAT---TTTGGATT---T--ATT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCAT---T--GATTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
gi|1 : TCATAGAA--G---TTG---TCGATGCAACA-G-----TCGACAAA-TTAATTATAAT-AAATGATTGAGAAGT-TGAATGATAGTTATG------AAT-A-TCAGATG--G--GCAT--T-A-ATT---ATG-ATTTTATA--TTATAATGGAATA-GTAT-----TTTC--TTATT----------GGTT--AAACG-AATTCG--CGTTGACATCNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN--NNNNAT-TGCAAAC-AGTC-ATGATA-AAACGGT-CA-----TG--G-A-TGATAAAATGTTGCGAA-------GGATTC-AGCG--ATAGT-T-AACTTAGATTATAGAACCT------ACCGTAG-AATG----GCCAAACAAT--AA--C-T-------GA--CCACCT---A-TAGAT--AA---TT----AGATTA-TT-A-T-GTTGGCATT-GATAG-AG-TGAGAT---GTAATAT--TTTTGAAT---AAAATAAG-TTGTC-CGCCTCGTGG-GTTC-AC-GTTC---TT----TT-----------T-TTTACTCG-TTA-TG--AC--A-CTGTCGTCTACCAATCAAACCCAAATTCTGAT-A-A-----AAATCGGGAAA---AACAGCG-GTATCTGAAAT-TT--GGAAATACACACACCATCAT-T---TC---TGGACGCC-------AATTCCGGA---TCGT-GT-TGACT-TACACTGCGAGCTATCAG-AACACACT-GAT--ATT----AGTTCTCGGAT---CGG-TTGC----T-GCCAGTG---TGA--ACGGTC--ATGCGGTGTGTCTTAGCTGGATCGTCCTGTCTGGCCGAATC-ATTGTTTCCGCCAAACATCCGGCG---------CAGGTAA----TAACATAA---GATTCACGATTGGACCACTAA---A-----CAATG-CATT-ATGATATTTACTGTAAATTTACTGCACG-TTTTTGGAA----AACAAACG--TCA----GACCCTTGTTGTCTTAGTGTACGAGGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTTCGCTCTTT-CATT-T--AG-AGACCACTACAGATTAGG-AGACTCT-T----TAATAG-TA-CTAG------TGTAAAAAA---CAGGCC---TCTAG-TAC----AGTGAAC-TGTGATCTTTAAG-C---G-ATCGGTGA-CTGCTCG-TAACGCTACTTAAC-TATG-G-A--TGA-TTTAAGGGACCA-TTTTCTAAAAATTTTTTTCATGTA---G--TCG-GCT-CCTCTTAT--GA--TTGGAAGCGTCCT--ACTTCATT-GATCTATTATTCATGGCCCAACAACT-TACCTAGAAT-----TT---CTACCATTTATGTGGTTTGAGA---------ATG-ATT-GGTATATAT--GACACTTATTCCTTTTGACTTCAT--ATTATTTCACCTTACAGAGACGTCCTTATCTCTCATGTAC--GATTTTGC-TTTGGTATTAATTC-----C-AT--TTTCCAACATTAATTTT--TTAGCCTGGTAGT-GTCTTTTTG-CA-AAGTAA
gi|10 : caaAAC--A-----C-TTTTCGTTCATG-T-TTTAATGTAAATGTACTGC-CAATCTTT-GAAGAAGAAAAAA-A--ACGT---AATCCATC-TT--TTA-CCCCCG-GGCACGT-----AGCTCAATATGTGTTGG-TTA------TG-CATTGT--GG-CGAT-------AG-TGGGTAGGTT---T----TAATAT-TAACCAG------T----GAAAATCTAGG-T---T--TA-TG-----GG-GAAAATGCGT--TTTTAA-CACTG-AA-G--GATCT--TGG-T--CG----TTT-C-T-TTAG-AATTGA-TTT--GG-A--G-TTAAC-AAAACCTTTTTTCATGTCTGTG--TCG-GCT-TC---TAA--GC--TTGGAAG-GT--T--AATTT-TT--AT-CATT-----TGA---AA-AGTT-C--CT-GGATTTCTATT---TTAGG--TCACGTG--TCGA-AACGCGTGGCAC--AT--G-----TAC--GACACTAGT---TCTtt
gi|11 : -TGG--T---TTG-TAT--TGTTGAAT---AAA-TATA-TTTTC-C---TT-TGG-TTTT-G----TC---TG----GTGGGGGGGGGGGT-CT-----G-TCG-TG--TA--T-ATATAG-----------------AATT----T-A-T-----AAATTGG-AGA---AA---TG-GTA----AAAT-TT--GG--ATTAA--------TAT-T---TT---TGG-TG-C-------GATTCCGAA---T-GT-GT-TCGCT-CACAT------------G-GGTACACT-GAT--GTTTA--AGTTCTCGGAT---CTG-TTGT----C-G-----G---TGA--ACGACC--ATACG--GT
gi|11 : aGGTG-AA-CGAC-CA-----TACGG-T-TGATATAATGT-Gtgatataatgtgatgaatctgacccatgacattgtttc
gi|12 : atggtttgtattgttgaataaatatattttcctttggttttgtctggtgggggggggggtctgtcgtgtatatatagaatttataaattggagaaatggtaaaatttggattaatatttttggtgcgattccgaatgtgttcgctcacatgggtacactgatgtttaagttctcggatctgttgtc----A-ATAA-GT-A-T-AT-TGCATT-GA-TG-CA-AGG--T---TTA-TAT--TTTCAAAT---GAA-TG-G--TTTT-A---TT-TGG-TTTT-GTGGTTT---TT----TTA----------T-CT-----G-TT--TG--GT--T-TTATAG-----------------AATC----T-T-T-----AAATTGA-AGG---AA---T--GTA----ATGT-TC--GA--AT-----------TAT-TGCGTT---TAG-TG-T-------AAGTACTAA---T-GT-TT-TTGCT-TAAAT------------G--GTGAACT-GAT-----------------GAT---CTG-TTAT----C-G-----T---CGA--ATGATC--Aatgaatctgacccatgacattgtttc
gi|13 : tttaTCATAGAA--G---TTG---TGG-TGCAACA-G-----TCAAC----TT--TTAAA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GAT-A-T-----GATG--GCAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTCC--TT--T----------GGTTT--AACG-AATTCG--CGTT-GAATCAA-TAT--ATAAG-----TA---ATGTTAC----AAAATAAAGTGA--AAGTATacgatatattgcg
gi|14 : gttgaagggcgcgcaa-TGG-TTTC-AC-GGT----TT----TT-----------T-CT-----G-TTG-CG--TC--T-TTATAG-----------------AAga
gi|14 : -----------------AATC----TGA-T-----GAGTTG--AAA---AA---TG-TTA----GAAC-TC--GG--ATTAA--------TGT-T---TT---TGA-TG-C-------AATTT-GTA---T-GT-GT-TCGCT-TACA-----------------TATATG-GAT--ATTT---CGTTCTCAGAT---CTGTTTGT----T-G-----G---TGA--ACAGTC--Aagcagaaacccgactataaataaaattttcttaatctgatgagttgaaaaatgttagaactcggattaatgtttttgatgcaatttgtatgtgttcgcttacatatatggatatttcgttctcagatctgtttgttggtgaacagtca
gi|15 : tggtttcacggttttttctgttgcgtctttatagaaagcagaaacccgactataaataaaattttctt-TTTCACTAAAAGAAG--GTTCTT-TCGTTCAT---TT-GACTTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CG--ATTAATATC--TTAG---AACAAC-GCA--TCTA-TCGGAGTAA
gi|16 : TT----T-G-T-----AAATTGA-AAA---AG---CA-TTA----TAAT-TC--GGC-ATAA---------TAT-T---TT----AG-TG-C-------AACTTCTAG---T-GT-GT-TCGCG-TACAT------------G-GGAACACT-GAT--AATAT--GGTTTTCGGGT---CTG-TTGT----C-G-----T---AGA--ACGTTC--ATGTA--GTtcaattattcaatgatatttttctaatatcacctccggtgtgtccagaggtgcgttggaaca
gi|17 : A----CAACAT-ATAAAA-CAA-GATTGGG--ACTAACCTA-----T-ATGTCAATGAC-AT-TTCACTGTAGATTTACTTT-C--TTTT---AA----AAGAAA-GATTCATGCAGACTCATG-TG--TTT-AGTATG-GACACGT-----AACACG-----TCTTGGATTT-A---CTG-tactataatttgcacatga
gi|18 : ---GACCCTTG-TG--TTT-TGTATG-GGCACGTGGGCAAGTGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-TGAT-------GA-TGGG-AGACTTT-T----TGATAG-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TAGGGATGG-GA---TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-Catgtta
gi|19 : cg--ACTAAC--AAACCCC-ATTTCACTGTCGTT-TATACAGTAAATTTGCT------------------------A-A--TTGT---GA-----G-TG--TAA--GTGCG-GGCATGT-----AGTGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-TGAT-------AA-TGGG-ATGTTCT-T----AAATAT-TA-CTGG------T----A
gi|2 : TCATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TGGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-GATGAT-GTTATT------GAT-A-T-----GATG--GCAT--TTA-ATT---GTG-ATTT-ATA--TTTT--TTGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTTAAAACG-AATTCN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNG------TG---AC-GGTC-ATGATA-AA-CGGT-CA-----TGCGG-----ATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCG--ATAGT-TTAACTT------T-GA-CCT------AACGTAG-AGTG----GC-AGACG-T--AAATC-T-------GAA-CCAC-T---A-TA-ATTAAT---TT----A-ATAT-TT-A-T-GT-GGCATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAG--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-TTTC-AC-GTTC---TT----TT-----------T-TC-----T-TTG-TG--TC--T-TTATGG-----------------AGTT----T-A-T-----AAAATGG-AAA---AA---CG-GTG----AAAT-TT--GG--ATAAA--------CAT-T---TT---TGG-CG-C-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TGGC--TACAT------------GAAGTACACT-GAT--ATTTA--GG-TATCGGAT---CTG-TTGC----C-G-----G---TGA--ATGGTC--ATGCT--GTGTCTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--TAATAATTTTCGCC--ACATCCGGCG---------CAGGTAA----TAACAT-A---GA-TCA-GA-TGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAA-TTACTGC-CG-TTTTT-GAA----AACAAA-G--TCA----GA-CCTTG-TG--TTA-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTG-T---TTG-CATT-T--AGAAAAT-------GA-TAGG-AGACTCT-T----TAATAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTGTTA-----AG-GA---TG-GA--TTTAAG-C-----AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGA--A-TTTTCT-AAGACTTTTTTCATGTATG-G--GCG-GCT-TC---TATGAG---TTTGAAG-GT--T--ATTT--TT-GAT-TATT-----TGG---AA-AACT-T--CT-GGA------TT---TTAGGAAGTATGTG--TTGA-AC--------AT--ATTAG-----TAT--GACA-TAAT---TTTGGATT---T--ATT-TTTCACCTTAAGGAG--GTCCTT-TCTTTCAT---T--GA-TTTGC-TTTG---TTAATTC-----C-AT--TTT-CA--ATTAATTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CAGAAGTAA
gi|20 : G--T---TTA-GAT--TTTTGAAT---GAA-TA-T-TTTTC-C---CT-TGG-TTTC-CG-GTTC---TT----TT-----------T-CT-----G-TTG-TGATTC--T-TTATGG-----------------AA------------------------------AA---CG-GTA----AAAT-TT--GG--ATAAA--------C-------TT---TGG-CG-C-------AATTTCGGA---T-GT-GT-TCGCT-TACA
gi|21 : gtACAT------------G-GGCACACT-GAT--ATTTA--AGTTCTCGGTT---CTC-TTTT----C-G-----G---TGA--ACGATC--AAGTG--TTGCCTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCC--ACATCCGGTG---------CAGGTAA----TAACAT-A---GG-Tctg
gi|22 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTGAC----TT--TTAAA-T-GAATA--TGTAAAGT-T-AATGAT-GTTACT------GAT-A-T--------G--GTAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-AAA--TTTG--TTGGATA-GT-T-----CTTC--TT--T----------GGTTTAA
gi|24 : -T----TAATAT-TT-CTAT------T----AATA---CAGA-C---TCTGG-TA-----GG-AA---CG-GA--TATAAG-T---GGAT-A--AA--T--ATG-C--TA----CTTAC-T-TT-G-A--TGA-TTT--GGGcg
gi|25 : ACTTCTGA---T-GT-GT-TCGCT-TACAT------------T-AGTA-------T--ATT----GGT-----GAT---CTG-TTGT----C-G-----G---TGA--ACGGTC--ATGCG--GT-TCTTAG-TGTGTC-T
gi|26 : TGGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTTT--AACG-AATACG--CG-TAGAAT--A-TACT-ATAAGTACTATAAGTATGTTACA
gi|27 : CATAAAA--GGTCCTG---TCA-TGCAACA-G-----TTCAC----TT--TTATA-T-AAATA--TGAGAAGT-T-Aagat
gi|28 : -CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAA
gi|3 : CATAGAA--G---TTA---ACG-TGCAACAAG-----TCAAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGAGAAGT-T-AATGAT-GTTATT------GATGA-T-----T--G--ATAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-ATA--TTTT--T-GGATA-GT-T-----TTTC--TT--T----------GGTT---AACG-AATTCG--CGTTTGAATCNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT--G-------G---AC-TGTCCATGA-A-AA-CGGT-CA-----TGCGA-T--GATATAATGT-GCGAA-------GGAT-C-AGCG--ATCGT-TTA-CTT------TAGA-CCT------AA--TAG-AGTG----GC-AACCG-T--AT--C-T-------GAA-CCAC-T---A-TA-AT-------TT----A-ATAT-TTTA-T-GT-G-CATT-TA-AG-AG-TGG--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTTTC---TT-TGG-TT-C-AC-GTT----------TT-----------T-CT-----G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATT----T-A-TTT---AAAATGG-AAA---AA---CG-GTA----AAAT-GT--G-----AAA--------CAT-T---TT---TGG-CG-C-------A-TTTCGGAA--T-GT-GT-TCGCT-TACAT------------G-AGCACACT-GAT--ATTTA--GGTTCTCGGAT---CTG-TTGT----C-GA----G---TGA--ACGGTC--ATGCA--GTGTCTTAG-TGTGTC-TCCTGTCTGGCCGA--T-ATAATTTTCGCC--ACATCCG-TG---------CAGGTAA----TAACAT-A---GA-TCA-GATTGGA--ACTAAC--A-----A-ATGTCATTGATGAT-TTTACTGTAAATTTACTTG-CG-TTTTT-GAA----AAACAA-G--TCG----GACCCTTG-GG--T-A-TGTACG-GGCACGT-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-G---TTG-CATT-T--AG-AAAT-------GA-TTGG-AGACTCT-T----TAACAT-TA-CTAG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----AG-GA---TG-GA--TTTAAG-C---G-AT-G--GA-CT--TTG-T--CG----TTTACTT-TT-G-A--TGATTTT--GGGA--ATTTTTCTAAAAACTTTTTTCATGTATG-G--TCGCGTT-TC----AT--A---TTGGAAG-GT--T--ATTT--TT-GAT-TATT-----TG-----A-AACT-T--CT--GAT-----TT---TTAGG-ATTATGTG--TTGA-A---------ACATATG-G-----TAT--GACA-TAAT---TTTGGA-T---T--ATT-TTTCACCTTAAGGAG--GT-CTT-TCTTTCATG--T--GATTTGGC-TTGT---TTAATTC-----CTTT--TTT-CA--ATTATTTTT--TTAG---GGTAGC-GTC--TTTG-CATAAGTAAtt
gi|4 : ATAGAA--G---TTG---TCG-TGCAACA-G-----TCGACCCACTTG-TTATA-TCAAATG--TGAGAAGTGT-GATGAT-GTAGTTCGAGTCAAT-AAT-----G--GCGGTATCCTTATATTCTTATGTATTT-ATAGTTTTT--TTGAATATGT-T-----TTTCCTTT--T----------GGTTTTAC-CGCAATTCGACCGTT-GAATCAAATAGTAATAAG----ATA---ATGTTACACGGAGGAT-AAGTGAGGAAGTATGAGACACACCAGCAGAAGAAT----AT--GCATACTCG---ACTCGTA-GTGGTGTGA-CGGT-CAATTCGTGCGGAC-TGATATATAGT-GCTGATGGTAGCGGAT-CAAGCGGTATAGG-TTG---T------TAAA-CCTCTGTTAGACGTAG-AGCGCCGTGA-GAAGG-TCAAA--C-TATAATTCGAA-CATC-T---AGTA-AG--ATAGGATCCTAA-ATATGTT-ACC-GTCGGCATTCTA-AGCAGCTGG--TCGCTTA-TATTCTCTTGCGTATAAAA-TA-G-TTTTT-CCCTTC-TGGCTTTCAAC-GTTCATATTATTATT-----------TACT-----G-TTGATG--TCA-T-TTATGA-----------------AATG----T-AGTAGTAAAAAATGG-AAATAGAA---CGTGTACTGCAAATGTCCTGGC-ATAAA--------CATAT---TTGTATGG-AG-CAGCGAAGAGTTTCGGAGAGT-GTGGTGTGGCTGTACAT------------G-AGTACACTAGATAAATTTAAGGATTCTCGGATACCCCGTTTGC----CTG-----GGCTCGAATACGGTC--AT
gi|5 : T---AAA-TT-G-TTTTT-C---CT-TGG-TTCC-GC-TTTC---CT----TT-----------T-AT-----G-TTG-TG--TC--T-TTATGA-----------------AATT----T-T-T-----AAATTAA-AAA---AAAC-CG-GTA----AAAG-TC--GG--ATATA--------AAT-A---TT---TGG-CG-C-------AATTTCTGG---T-GT-GT-TCGCT-TTCAT------------G-AGTACACT-AAT--ATTTA--GGTTCTCGGAT---TTG-TTGTTGACC-A-----A---CGA--ACGGTCATATATG--GTGTCTTAC-TGTGTC-TTCTGTCTGGTCGA--T-ATAATTCTCGCC--ACATCCGGCGTATGAGGTACATGTAATAATTAACAT-A---GA-TAA-GATTGGA--ACTAAC--A-----C-ATGTCATTGATATT-TTTACTGTAACTTTACTGC-CG-ATTTT-GAA----AACAAA-T--TC-C---GACCCTTG-TG--TTA-TGTATG-GACACAC-----AGCGCA-----TCTTGG-TTT-A---ATG-CATT-T--AG-TGTT-------GA-TGGG-AGGCTCT-TTAAATAATAT-TG-CTTG------T----AAAA---CAGG-C---TCTTG-TA-----A-------------------------G-AT-G--GA-CT--TT------G----TTTAC-T-TT-GAA--TGA-TTt
gi|6 : ttaagtgtggtAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAACA-G-----TTG-C----TT--TTTTA-T-AAATG--TGACAAGT-T-A-TGAT-GTTATT------GAT-A-T-----G--G---TAA--TTA-AT----ATG-ATTC--TA--TTTT--TTG-ATA-GT-T-----TT-C--TT--T----------GATTTAA--CG-A-TTCA--CNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT----GT--G------TG---AC-G----ATGATG-AAGCGGT-CA-----TGCGG-T-TGATATGCAGT-GCGAA-------GGAT-C-AG-------GTGCTAATTT---------A-C----------CGTAGAAGTG----G--AGACG-T--AA--T-T-------GAATCCACGT---A-TG-AT--AT---AT----A-AATT-TT-A-T-GT-GACATT-TATAG-AG-TGG--T---TC--TAT--TTTTGAAT---AAA-TG-G--TTTT-C---TT-T-G-TTTC-AC-GTTCAT-TT----TT-----------C-CT-----GTTTG-TT--TCCGT-TTATGA-----------------AATG----T-A-T-----AAAT--G-GAA---AA---CG-GTA----AAAT-TCCAGT--ATAAA--------CAT-T---TT---TGG-CT-C-------AA-TTCGAA---T-GT-GT-T-GCT-TA
gi|7 : TAGAA--G---TTGCTGTCG-TGCAAGA-GAACTTTTGAC----TT--TTATA-T-AAATG--TGGGAAGT-T-AGTGAT-GTTATT------AAT-G-T-----G--G---TAT--TTA-ATT---ATG-ATTT-AT---TTTT--TTGGAAA-GT-T-----TTTC--TG--T----------GGTTTAA--CG-ANNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN--G------TG---AC-AGTC-ATTATG-AA-CGGT-CA-----AGCGG-T-TGATATGATGT-GTGAA-------GGGT-C-AGTG--ATAAT-TTAGCCTA-----TAGA-CCT------AACGTAG-AATG----AA-AAACG-T--AA--CAT-------AAG-CCAC-TTTGA-TA-ATG-AT---AT----T-ATTT-TA-A-T-GT-GGCATT-TA-AA-TG-TGA--T---TTA-TAT--TTTTGAAT---AAA-TA-G-TTTTT-C---TT-TGG-GTTC-AT-GTTC---TT----TT-----------A-CT-----G-TTA-TG--TC--T-TTAT-------------------AA----------------AAATTGGAAAA---AA---CG-GTA----AACG-TC--TG--ATA
gi|8 : ATAGAATTG---CGG---TTG-TGCAACA-G-----TTGAC----TT--TCATA-T-A--TG--TGAGAAGT-T-A-TGAT-GTTATT------AAT-A-T-----G--G---TAT--CT---TT----TG-ATTT--TA--TTTT--T--GATA-AT-TTTTCTTTTG--TT--TACGANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNTGTTCTGTCCTAAATTGTAAT----GT--G------TG---AA-AG---ATGATG-GA-TGGTGCA-----GGCAG-CGTGATAT--CGT-GC-AA-------GGA--C-AGTG--ATA---TTA-CT---------GA-GCT------AACGTTGTAGTA----AG-AACTG-T--AA--T-T-------GAA-CATA-T---A-TA-AT---T---TT----A-ATAA-TT-A-TTGT-G-CATT-TA--G-AG-TGG--T---TTA-TA---TTTTGAAT---GAA-TA-GCTTTCT-A---TT-TG---TTC-CT-ACTC---TT----TT-----------T-TT-----G-TTG-T---TA--TATTAT-G-----------------AATT----tttt
gi|9 : t-G---TTGACATT-TTAAA-AAAT-------GA-TAG--AGAATCTAT----TAATATACA-CTAGGGAAGTT----GAAA---CAAG-TCGGTCTTG-TA-----AG-GC---TG-GA--TTTAAGAC---G-AT-T--GG-CT--TTGGT--CGGTGTTTCAC-T-TG-A-A--TG--TTT--GGGA----TTTCCTAAG--CTTTTTTAATGTATG-GGCTCG-GCTGTC---TAT--GATTTTG--AG-GT--CTGATTTC-TTTGAT-TATG-----TGGTTGGA-AACTGT--CTTGGAT-----TTGTATCAGGAATAATGTG--TTGA-A---------AC--ATCTG-----TGTTGGG---TAA-----TTGGATTA--TAGATT-TTTCACCTTAAGGA---GTCCTT---TTTCATG--TTAGATTTGGCATTTG---TTAATTTACAGAC-ATTGTTT-CA--ATTAATTTTTGTTAG---GGTAGTAGTC--TTTGACAGAAGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTAAAAAGGCGGATATTGTCTTATCGTTGGATTTTTTCAAATTAAAAGCTTTTATTTCCAAAATTTTAAGAGGCACCGGTTAAAAACCCGGATTTGTTGAATAAATA