lowQualScore : 1111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111 2222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1111 3333333333333333 22222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 1111111111 444444444444444 222222222222222 5555555555555555555555555555 11111 1 111111 1111 0000000000000000000000000000000000000000000 222222 2222 1 111 3333333333333333333 11 33333333333333333 7777777777777777777777777777777777 1 22
lowQualScore : 2222 66 4 777 9999 4 55 3333 2222222222222222 4 77 4 999 00000 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 11 8 3 1 3 4 2 6 7 5555555555 4 111111111111111 3 3 3 44 7777 222222222222222 2222222222222222222222222222 55555 4 4 3 4 666 4 222222 2222 5 1111111111111111111111111111111111111111111 77 5 3 000000 4444 2 0 444 5555555555555555555 3 33 3 55 77777777777777777 9999 4444444444444444444444444444444444 4 2 5 3 33 3 4
lowQualScore : .... .. . ... .... . .. .... ................ . .. . ... ..... . ........................................................ . .. . . . . . . . . .......... . ............... . . . .. .... ............... ............................ ..... . . . . ... . ...... .... . ........................................... .. . . ...... .... . . ... ................... . .. . .. ................. .... .................................. . . . . .. . .
lowQualScore : 1111 99 4 888 4444 4 55 5555 0000000000000000 0 44 0 777 66666 9 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 99 0 3 2 1 2 9 2 6 0000000000 4 444444444444444 1 1 9 66 7777 777777777777777 2222222222222222222222222222 00000 0 0 6 1 444 0 888888 1111 7 2222222222222222222222222222222222222222222 99 7 5 888888 5555 0 0 222 8888888888888888888 2 88 2 22 22222222222222222 8888 5555555555555555555555555555555555 0 5 0 0 00 0 0
consensus : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGG-CCTCA--TGGG--CATGAC-AT-AC-AACACT-TATGATT-ACACACACATAT----AT-ATGCA--------ACAT-GACA--GTAGA-CAAA-AT---TANAATAAA-CT--CTTGTTCAGAT-TGTA-TAA-CAAT-ATGGCA---TGAT---GACTAGATTCA-TT-----C----GGATAGTATAA-CAAT-ATGGCAT--GAT----GA---------------CTA---------GATTCG-----------T-ATTCAGA--T-NGTA-T-AACAAT-ATGGCA---TGATG------ACTAGAT----T-CATTCA-----------GAT-GTATAACGA--------------TAT--AA-TATTGTTTGAA-----TTTTTTT-TGTATAAAC-TTAATGAAAGTTCGACAAGT-TA--------TAACAATGAGTCTCT--GAATAAAGAAT--------ATAA-GT--CAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGNATGNTGCTNAAATTTGTTCAAAGNAANATGTTGAGGT
Reference ( gi|1 ) : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGA-CCTCA--TGGGT-CATGAC-AT-AC-AACACT-TATGATT-ACACACACATAT----AT-ATGCA--------ATAT-GACA--GTATG-CAAA-ATG--TAGAACAAA-CT--CTTGTTCACAT-TGTA-TGA-CAAT-ATGGCA---TGGT---GACTAGATTCA-TT-----G----GGATAGTATAA-CAAT-ATGGAAT--GAT----GA---------------CTA---------GANNNNNNNNNNNNNNNT-ATTCAGA--T-AGTA-T-AACAAT-ATGGAA---TGCTG------ACTAGAT----T-CAATAA-----------TATGGTATAATGA--------------CAT--AA-TATTATTTGAA-----TTTTTTTTTGTATGAAC-TTAATGGACGTTC--------T---------TAACAATGAATCTCT--GAATAAGGAAT--------ATAA-GT--CAAGTTAAATGTTGTGACTTACAAAGCTACTAAGAATACTTTACAAAGCTACTGAGAATACTGGTAAAATCAGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
gi|10 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGG-CCTCA--TGGG--CATGAC-AT-AC-AACACT-TATGATT-ACACACACACAC----AT-AT
gi|13 : gaaaaagatatgtttatttctgtacatataatgatatagaataGAATAGATGACATA--GAATTA---A----CAGTTATTT--C-AAATTTGG--CCTCAA-TGGGC---------T-GCTAACACT-TATGAT--ACACACACAAAT----AT-AT
gi|7 : atcATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATCT--CAAAATTAGGC-CCTAA--TGGGG-CATGAC-A--AA-AACACA-TAGGATT-ACACATGTATATGCAAAT-ACATA--------GCAT-GGCA--GCAGA-CAGA-ATG--
gi|3 : acaaagatacgtttaagtgagtgagtgtaagtatgagtatgagtgagttatTAGG----ACA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAAT-------------TGGGG-CATTAC-AT-AC-AACA---TAT------------CAT---------------------------GACA--GTA----GAA-------AGAATAAA-CT--CTTGGTCACAT-CG--------AAT-A----------------ACTAGATTTA-TT-----C----TGATTGTATAA-CAAT-ATGACAT--GAT----TA---------------CTA---------G
gi|8 : TAGA----ATATGAAAT-ATAGA----C-TTTTCTT--CCAAATTAAGG-ACTCAAATGGGGGTACAAC-A--GT-AACACT-TACGATTTACACATACATAT----ACCATG-A--------ACA--AACATAGCATGGCAAA-A------GAATAAA-TTT-CTTGTTCAGAT-TATA-TAA-CAATAATGGtttccttaattaacatacaatattgtatgactttgtgtataaaattattgaaacttccatcagtatataacagtgagtttccgaataaagaatataaatcaagttaaatgttactatttacaaagcttaccagaatggtgctcaaatttgttcaaagtaatatattgaagtacatgatatgtgtac
gi|4 : taatatttA----ATA--GAAT-A---AAACTT-TTTATTT--CCAAC---GGG-CCTC------------GAT-AT--C-AACAAC-TATA--T-GCAAACAAAT----------TGCA-----------T-GACA--ATAGA-CAAA-AT---TGAAATCAA-CTTTCTTGT-CAGAA-TGTA-TAAACAAT-ATGGCC---AGAT---GACTAGATTCATTT-----C----AGAT-GTATAA-CAAT-AT-GCAT--GAT----GA---------------CTA---------
gi|6 : ----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAA---CGGG-CCTC------------GAT-ATCAC-AAC----TATA--T-GCA-ACA-ACAT--------TGC-----------AT-GACA--ATAGA-CAAA-ATT--TGAAATAAG-CT--CTTGTTCAGAA-TGTA-TAA-CAAT-ATGGCA---TGAT---GACTAGATTCA-TT-----C----AGATTGTATAA-CAAT-ATGGCAT--GAT----GA---------------Ct
gi|15 : A--GAAT-A---A----T-TTCATTT--CCAAGTTAGGG-CCTAA--TGGG--CATGAT-AT-AC-AACATT-TA
gi|11 : acactgataaaaaaagagagT-A---A----C-TTTATTTTCCCAACTTGG----CCCG--TGA---CATGACAAT-AC-AACACTATATA--T-ACACATACACAC----AT-TT--A--------ATATCAACA--ATATA-C----ATGCCTAT-TTAAA-CT--CTTGTTCAGAT-TGGA-TAA-CAA
gi|14 : TT--CCAAATTAGGGCCCTTA--CAGG--CATTAC-AA-AT-AACATA-TATGATTGGCACA
gi|16 : aACACATCTAT----AT-ATGCACAAACATAACAT-GACA--ACAGT-CAAA-AT----------AA-TT--TTTGTTCACAT-TATG-TAA-CAGT-Attttaacacacagaattttgatttaacac
gi|2 : t-ATGGA--------ACAT----A--GTA---CAAACATT--CACAACAAA-CT--GTTGTTCAAAT-TGCA-TAA-CCATTATGGCA---TGAT---GA-TAAATTCA-TC-----A----T--TAGTTTAA-CAAT--TGGAATGTGAT----GGATTATTCAGTATATCCTATACAGTATGGATTGATAAGACTGCATTCATTCAGA--TCAGCC-TTAACA-T-ATGGAAGGATGATGGATTTCATTAGATATAATACAATAGAATTGTTATTTTATGGTATGATGATCTTTCCTTCTCAACAT--AAATATCGTTCGAAATTTTTTTTTTTTTGTTTGAACATTAATG-ATGTT-------------------TAACAA---ATTTCTTTGA-TA-GGAATTTACCCGTATAAAGT--CAAGTTAAATGTT
gi|12 : gcACA---TATG-GAAA-TTG-----AACTAATCA--CTTGATCATATGTACA-TAA-CAAT-ATGGAA---TGAG---GACTAGATTCA-CTCATCAG----ATGTAACATAA-CAAT----GAAT--G
gi|19 : cataaTTCAGAT-AGTA-TAA-CAAT-ATGGAA---TGTT---GACTAAATTt
gi|18 : acaataaggcatgatgactagattcaTTCAGAT--GTAATAA-CAAT-AAGGAA---TGAT---GACTAAATTCA-TT-----C----AGGTAGTATAA-CAATAATGGAA
gi|4 : CAAAT-TGCA-TGA-CAAT-A-GACAAAATTGA---AATCAACTTTC-TT-----GTCA-GAAT-GTATAAACAAT-ATGGCCA--GAT----GA---------------CTA---------GATTCAT-------------TTCAGA--T--GTA-T-AACAAT-AT-GCA---TGATG------ACTA
gi|6 : aatagaataaaactttttatttccaacgggcctcgatatcaacaactatatgcaaaACAT-TGCA-TGA-CAAT-A-GACA---AAATTTGAAATAAGCTC--TT-----GTTCAGAAT-GTATAA-CAAT-ATGGCAT--GAT----GA---------------CTA---------GATTC--------------ATTCAGA--T-TGTA-T-AACAAT-ATGGCA---TGATG------ACt
gi|9 : atagaataactttatttccaacgggcctcgatatcacaactatatgcaacaTA-TAG-CAAT-ATAGCA---TCAG---GACTAGATTC
gi|19 : A-CAAT-AAGGCA---TGAT---GACTAGATTCA-TT-----C----AGATAGTATAA-CAAT-ATGGAAT--GTT----GA---------------CTA---------AActaaatcatattgtttgaatttttatataagcttaagggaagttcaacaagtttataacaatgagtctctgaataaagaatataagtcaagttaaatatgtg
gi|18 : ATAA-CAAT-AAGGAAT--GAT----GA---------------CTA---------AATTC--------------ATTCAGG--T-AGTA-T-AACAATAATGGAA---tt
gi|12 : ttcagatgtaATAA-CAAT-ATGGAAT--GAG----GA---------------CTA---------GATTCACTCA-----------TCAGATGT-AACA-T-AACAAT----GAA---TG
gi|6 : cataaacatatggaaattgaactaatcacttgatcatatgtacAA-CAAC-ATTGCAT--GACAATAGA---------------CAA---------AATTTGAAATAAGCTCTT-GTTCAGA--A-TGTA-T-AACAAT-ATGGCA---TGATG------ACTAGAT----T-CATTCA-----------GATTGTATAACAA--------------TAT--GG-CATGATt
gi|19 : atagaataactttatttccaacgggcctcgatatcacaactatatgcA-CAAT-AAGGCAT--GAT----GA---------------CTA---------GATTC--------------ATTCAGA--T-AGTA-T-AACAAT-ATGGAA---TGTTG------ACTAAAT----T-gac
gi|3 : T-ATTCTGA--T-TGTA-T-AACAAT-ATGACA---TGATT------ACTAGTT----T-CCTTAA-----------T------TAAC-A--------------TAC--AA-TATTGTATGA---------CTTTGTGTATAAAA-TTATTGAAACTTC--------CATCAGTATATAACAGTGAGTTTCC--GAATAAAGAAT--------ATAA-AT--CAAGTTAAATGTTACTATTTACAAAGCT--------TACC--------------AGAATGGTGCTCAAATTTGTTCAAAGTAATATATTGAAGT
gi|18 : taggacagaataactttatttccaaattggggcattacatacaacatatcatgacagtagaaagaataaactcttggtcacatcgaataactagattTTCAGA--T--GTAAT-AACAAT-AAGGAA---TGATG------ACTAAAT----T-CATTCA-----------GGTAGTATAACA----------------AT--AA-Tacatgatatgtgtac
gi|9 : TA-T-AGCAAT-ATAGCA---TCAGG------ACTAGAT----T-CC----------------------TAA------------------AT--CA-TATTGTTTGAA-----TTTTT----ATATAAGC-TTAAGGGAAGTTCAACAAGTTTA--------TAACAATGAGTCTCT--GAATAAAGAAT--------ATAA-GT--CAAGTTAAATA-TGTGggaa
gi|19 : ACAAT-AAGGCA---TGATG------ACTAGAT----T-CATTCA-----------GATAGTATAACAA--------------TATGGAA-TGTTGACTAAA-----TT
gi|5 : AAT-A--------------TAT--AA-TATTGTTTGAA-----TTTTTT---GTATAAAC-TTAATGAAAGTCCGACAAGTATA--------TAATAATGAATCTCT--GAATAAAGAAT--------GT----TTACAAGTCAA-----GTGACTT------------------C----CAAAGCTACTGAGTATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGGAAAATGTTGAGGT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATTTATTTATTTACCAAATCAGGGCCAAATGGGCATAAACATGTAACATATATGAATCGTTATACAAA
Alignments
lowQualScore : 1111 1111111111111 11111111 3333333333333333333 11111 111111 555555555555555 222 11111 333333333333 99999999999999999 3333333 111 1 3333 333333333333333 7777777777777777
lowQualScore : 0000 66 4 777 8888 3 77 2 4 7777777777777 3 888 3 888 88888888 3 0 2222222222222222222 55 6 11 4 3 22222 1 55 4 3 555 3 11 3 3 3 3 0 2 55 4 777 9 99 55 4 111111 4 5 66 2 777777777777777 555 44444 555555555555 5 99 6 4 6 99999999999999999 1 1111111 111 8 6 1 1 0 0000 1 0 0 000000000000000 0 77 7 0000000000000000 1 11 1 1 1
lowQualScore : .... .. . ... .... . .. . . ............. . ... . ... ........ . . ................... .. . .. . . ..... . .. . . ... . .. . . . . . . .. . ... . .. .. . ...... . . .. . ............... ... ..... ............ . .. . . . ................. . ....... ... . . . . . .... . . . ............... . .. . ................ . .. . . .
lowQualScore : 6666 11 0 000 5555 6 99 4 4 7777777777777 3 000 3 444 99999999 2 5 3333333333333333333 33 4 99 0 6 22222 0 55 0 6 888 3 88 3 3 1 3 2 5 55 0 000 6 55 11 0 555555 0 6 11 5 888888888888888 000 11111 888888888888 2 22 7 2 7 99999999999999999 7 8888888 888 0 8 0 4 6 4444 4 8 8 000000000000000 8 33 3 0000000000000000 0 77 0 0 0
consensus : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-CAT-GACAGTAGACAA-A-A-T-T-ANAATAAAC--T-C-TTGTTCAG---AT-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TA------ACAAT-ATGGAATGAT--GACTGGA-----------TTC-TATTCAG---ATCG---TATAACAA-----------TATGGNATGAT--GA-CTAGATT-CATTC--AT----TAACGATATAATATTGTTTGAA------TTTTTTTTGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTAT-ATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--------TAT----AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
Reference ( family-2530 ) : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-CAT-GACAGTAGACAA-A-A-T-T-ANAATAAAC--T-C-TTGTTCAG---AT-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCGGA--T-AGTA-TA------ACAAT-ATGGCATGAT--GACTAGA-----------TTCGTATTCAG---ATNG---TATAACAA-----------TATGGCATGAT--GA-CTAGATT-CATTCAGAT-GTATAACGATATAATATTGTTTGAA------TTTTTTTTGTATAAAC-TTAATGAAAGTTCGACAAGT-T-ATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--------TAT----AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGNATGNTGCTNAAATTTGTTCAAAGNAANATGTTGAGGT
gi|1 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGACC-TCA--T-GGGT-CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-TAT-GACAGTATGCAA-A-A-TGT-AGAACAAAC--T-C-TTGTTCAC---AT-TGTA-T-GACAA-T-ATGGCATGGT--GACTAGATTCA-T---TGGGA--T-AGTA-TA------ACAAT-ATGGAATGAT--GACTAGANNNNNNNNNNNNNNNTATTCAG---ATAG---TATAACAA-----------TATGGAATGCT--GA-CTAGATT-CAATAATATGGTATAATGACATAATATTATTTGAAT-----TTTTTTTTGTATGAAC-TTAATGGACGTTC------T----TAACAATGAATCTCTGAATAAGGAA--------TAT----AAGTCAAGTTAAATGTTGTGACTTACAAAGCTACTAAGAATACTTTACAAAGCTACTGAGAATACTGGTAAAATCAGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
gi|10 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACACAC----AT-AT
gi|11 : gaaaaagatatgtttatttctgtacatataatgatatagaataT-A---A----C-TTTATTTTCCCAACTT--GGCC--CG--T-GA---CAT-GACAAT-AC-AACACTATATA------T-ACACATACACAC----AT-TT----A---A-TATCAACAATATACAT-G-C-C-T-ATT-TAAAC--T-C-TTGTTCAG---AT-TGGA-T-AACAA-
gi|12 : A-A-A-T-T-GAACTAATC--A-C-TTGATCAT---ATGTACA-T-AACAA-T-ATGGAATGAG--GACTAGATTCA-CTCATCAGATGT-AACA-TA------ACAAT-
gi|13 : cataaacatatggGAATAGATGACATA--GAATTA---A----CAGTTATTT--C-AAATT-TGGCC-TCAA-T-GGG--C--------T-GCTAACACT-TATGA----T--ACACACACAAAT----AT-ATgaatgt
gi|14 : atcTT--CCAAATTAGGGCCCTTA--C-AGG--CAT-TACA-A-AT-AACATA-TATGA----TTGGCACA
gi|15 : aA--GAAT-A---A----T-TTCATTT--CCAAGTTAGGGCC-TAA--T-GGG--CAT-GATA-T-AC-AACATT-TAttttaacacacagaattttgatttaacac
gi|16 : acactgataaaaaaagagagACACATCTAT----AT-ATG--CACAAA-CAT-AACA-T-GACAACA-G-T-C-AAAATAA-T--T-T-TTGTTCAC---AT-TATG-T-AACAG-T-A
gi|17 : t-TTTATTTA-CCAAATCAGGGCC-AAA--T-GGG--CATAAACA-T-GT-AACATA-TATGAATCGTT-ATACA
gi|18 : atttaTTCAG---AT--GTAAT-AACAA-T-AAGGAATGAT--GACTAAATTCA-T---TCAGG--T-AGTA-TA------ACAATAATGGaa
gi|19 : ACAA-T-AAGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TA------ACAAT-ATGGAATGTT--GACTAAA-----------TTaa
gi|2 : -ATG--GA---A-CAT----AGTA--CAA-ACA-T-TCACAACAAAC--T-G-TTGTTCAA---AT-TGCA-T-AACCATT-ATGGCATGAT--GA-TAAATTCA-T---C---AT-T-AGTT-TA------ACAAT--TGGAATG-T--GA-TGGA-----------T---TATTCAGTATATCC---TAT-ACAG-----------TATGGATTGATAAGA-CTGCATT-CATTCAGAT-
gi|2 : gc-A-T-G-ATGATAAAT--T-CATCATT-AG----T-T----T-AACAA-T--TGGAATG-T--GA-TGGATT-A-T---TC-------AGTA-TATCCTATACAGT-ATGGATTGATAAGACTGCA-----------TTC--ATTCAG---ATCAGCCT-TAACA------------TATGGAAGGAT--GA--TGGATTTCATT-----------A-GATATAATAcagccttaacatatggaaggatgatggatttcattagatataatacaatagaattgttattttatggtatgatgatctttccttctcaacataaatatcgttcgaaatttttttttttttgtttgaacattaatgatgtttaacaaatttctttgataggaatttacccgtataaagtcaagttaaatgtt
gi|2 : gcatggaacatagtacaaacattcacaacaaactgttgttcaaattgcataaccattatggc-TTATTCAGTATAT-CCTA-T-A-CAG-T-ATGGATTGATAAGACTGCATTCA-T---TCAGA--TCAGCCTTA------AC-AT-ATGGAAGGAT--GA-TGGA-----------TTT-CATT-AGAT-ATAA---TACAATAGAATTGTTATTTTATGGTATGAT--GATCT---TT-CCTTC---T----CAAC-ATA-AATATCGTTCGAAATTTTTTTTTTTTTGTTTGAACATTAATG-ATGTTTAACAAAT-T------------TCTTTG-AT-AGGAATTTACCCGTATA---AAGTCAAGTTAAATGTTcaatagaattgttattttatggtatgatgatctttccttctcaacataaatatcgttcgaaatttttttttttttgtttgaacattaatgatgtttaacaaatttctttgataggaatttacccgtataaagtcaagttaaatgtt
gi|3 : gcatggaacatagtacaaacattcacaacaaactgttgttcaaattgcataaccattatggcatgatgataaattcatcattagtttaacaattggaatgtgatggaTAGG----ACA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTGGGG---------------CAT-TACA-T-AC-AACA--------------------------------T-AT----------CAT-GACAGTAGA------A-----AGAATAAAC--T-C-TTGGTCAC---AT-CG--------AA-T-A------------ACTAGATTTA-T---TCTGA--T-TGTA-TA------ACAAT-ATGACATGAT--
gi|3 : AT--AACTAGA-----------TT--TATTCTG---ATTG---TATAACAA-----------TATGACATGAT--TA-CTAGTTT-CCTT--AAT----TAAC-ATACAATATTGTATGA---------CTTTGTGTATAAAA-TTATTGAAACTTCCATCAGTAT-ATAACAGTGAGTTTCCGAATAAAGAA--------TAT----AAATCAAGTTAAATGTTACTATTTACAAAGCT--------TACC--------------AGAATGGTGCTCAAATTTGTTCAAAGTAATATATTGAAGTtactagtttccttaattaacatacaatattgtatgactttgtgtataaaattattgaaacttccatcagtatataacagtgagtttccgaataaagaatataaatcaagttaaatgttactatttacaaagcttaccagaatggtgctcaaatttgttcaaagtaatatattgaagtacatgatatgtgtac
gi|4 : taggacagaataactttatttccaaattggggcattacatacaacatatcatgacagtagaaagaataaactcttggtcacatcgaA----ATA--GAAT-A---AAACTT-TTTATTT--CCAA---CGGGCC-TC--------------GATA-T--C-AACAAC-TATA------T-GCAAACAAAT----------TG---------CAT-GACAATAGACAA-A-A-T-T-GAAATCAACTTT-C-TTG-TCAG---AA-TGTA-TAAACAA-T-ATGGCCAGAT--GACTAGATTCATT---TCAGA--T--GTA-TA------ACAAT-AT-GCATGAT--GACTAacatgatatgtgtac
gi|5 : ATATAATATTGTTTGAA------TTTTTT--GTATAAAC-TTAATGAAAGTCCGACAAGTAT-ATAATAATGAATCTCTGAATAAAGAA--------TGTTTACAAGTCAAGT----------GACTT-------------------C---CAAAGCTACTGAGTATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGGAAAATGTTGAGGTt
gi|6 : aat----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAA---CGGGCC-TC--------------GATA-TCAC-AAC----TATA------T-GCA-ACA-ACAT--------TG---------CAT-GACAATAGACAA-A-ATT-T-GAAATAAGC--T-C-TTGTTCAG---AA-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-TGTA-TA------ACAAT-ATGGCATGAT--GACacattataagtatac
gi|7 : ATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATCT--CAAAATTAGGCCC-TAA--TGGGG--CAT-GACA---AA-AACACA-TAGGA----TT-ACACATGTATATGCAAAT-ACA--TA---G-CAT-GGCAGCAGACAG-A-A-T-
gi|8 : acaaagatacgtttaagtgagtgagtgtaagtatgagtatgagtgagttatTAGA----ATATGAAAT-ATAGA----C-TTTTCTT--CCAAATTAAGGAC-TCAAAT-GGGGGTAC-AACA---GT-AACACT-TACGA----TTTACACATACATAT----ACCATGAACA---AACAT-AGCA-TGG-CAA-A-A------GAATAAAT--TTC-TTGTTCAG---AT-TATA-T-AACAA-TAATGGg
gi|9 : taatattt---TATAGCAA-----------TATAGCATCAG--GA-CTAGATT-C---C--------TAA----ATCATATTGTTTGAA------TTTTT---ATATAAGC-TTAAGGGAAGTTCAACAAGT-TTATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--------TAT----AAGTCAAGTTAAATAT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111111111111 11111111 3333333333333333333 11111 555555555555555 2222222222 444444444444444 44444444444444444 3333333 1 111 44444444 7777777777777777
lowQualScore : 0000 66 4 777 8888 3 77 2 4 7777777777777 3 888 3 888 88888888 3 0 2222222222222222222 55 6 11 4 3 22222 1 55 4 3 555 3 11 3 3 3 3 0 2 55 88888 6666 55 4 4 44 66 2 666666666666666 3333333333 99 000000000000000 1 99 6 4 11111111111111111 1 1111111 777 8 1 1 0 777 1 0 0 66666666 8 0 77 7 0000000000000000
lowQualScore : .... .. . ... .... . .. . . ............. . ... . ... ........ . . ................... .. . .. . . ..... . .. . . ... . .. . . . . . . .. ..... .... .. . . .. .. . ............... .......... .. ............... . .. . . ................. . ....... ... . . . . ... . . . ........ . . .. . ................
lowQualScore : 6666 11 0 000 5555 6 99 4 4 7777777777777 3 000 3 444 99999999 2 5 3333333333333333333 33 4 99 0 6 22222 0 55 0 6 888 3 88 3 3 1 3 2 5 55 44444 9999 11 0 0 88 11 5 000000000000000 9999999999 22 888888888888888 0 22 7 2 22222222222222222 7 8888888 000 0 0 4 6 222 4 8 8 00000000 0 8 33 3 0000000000000000
consensus : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-CAT-GACAGTAGACAA-A-A-T-T-ANAATAAAC--T-C-TTGTTCAG---AT-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAG-A--T-AGTA-TA-ACAAT-ATGGAATGAT--GACTGGATTC------------TATTCAG---ATCG---TATA--ACAA--------------TATGGNATGAT--GA-CTAGATTC-TTCAT------TAACGATATAATATTGTTTGAA------TTTTTTTTGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTATATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAAT-T-----TAT-AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
Reference ( family-2530 ) : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-CAT-GACAGTAGACAA-A-A-T-T-ANAATAAAC--T-C-TTGTTCAG---AT-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAG-A--T-AGTA-TA-ACAAT-ATGGAATGAT--GACTGGATTC------------TATTCAG---ATCG---TATA--ACAA--------------TATGGNATGAT--GA-CTAGATTCATTCAT------TAACGATATAATATTGTTTGAA------TTTTTTTTGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTATATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--------TAT-AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
gi|1 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGACC-TCA--T-GGGT-CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-TAT-GACAGTATGCAA-A-A-TGT-AGAACAAAC--T-C-TTGTTCAC---AT-TGTA-T-GACAA-T-ATGGCATGGT--GACTAGATTCA-T---TGGG-A--T-AGTA-TA-ACAAT-ATGGAATGAT--GACTAGANNNNNNNNNNNNNNNTATTCAG---ATAG---TATA--ACAA--------------TATGGAATGCT--GA-CTAGATTCAATAATATGGTATAATGACATAATATTATTTGAAT-----TTTTTTTTGTATGAAC-TTAATGGACGTTC------T---TAACAATGAATCTCTGAATAAGGAA--------TAT-AAGTCAAGTTAAATGTTGTGACTTACAAAGCTACTAAGAATACTTTACAAAGCTACTGAGAATACTGGTAAAATCAGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
gi|10 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACACAC----AT-AT
gi|11 : gaaaaagatatgtttatttctgtacatataatgatatagaataT-A---A----C-TTTATTTTCCCAACTT--GGCC--CG--T-GA---CAT-GACAAT-AC-AACACTATATA------T-ACACATACACAC----AT-TT----A---A-TATCAACAATATACAT-G-C-C-T-ATT-TAAAC--T-C-TTGTTCAG---AT-TGGA-T-AACAA-
gi|12 : A-A-A-T-T-GAACTAATC--A-C-TTGATCAT---ATGTACA-T-AACAA-T-ATGGAATGAG--GACTAGATTCA-CTCATCAG-ATGT-AACA-TA-ACAAT----GAATG
gi|13 : cataaacatatggGAATAGATGACATA--GAATTA---A----CAGTTATTT--C-AAATT-TGGCC-TCAA-T-GGG--C--------T-GCTAACACT-TATGA----T--ACACACACAAAT----AT-ATt
gi|14 : atcTT--CCAAATTAGGGCCCTTA--C-AGG--CAT-TACA-A-AT-AACATA-TATGA----TTGGCACA
gi|15 : aA--GAAT-A---A----T-TTCATTT--CCAAGTTAGGGCC-TAA--T-GGG--CAT-GATA-T-AC-AACATT-TAttttaacacacagaattttgatttaacac
gi|16 : acactgataaaaaaagagagACACATCTAT----AT-ATG--CACAAA-CAT-AACA-T-GACAACA-G-T-C-AAAATAA-T--T-T-TTGTTCAC---AT-TATG-T-AACAG-T-A
gi|17 : t-TTTATTTA-CCAAATCAGGGCC-AAA--T-GGG--CATAAACA-T-GT-AACATA-TATGAATCGTT-ATACA
gi|18 : atttaTTCAG---AT--GTAAT-AACAA-T-AAGGAATGAT--GACTAAATTCA-T---TCAG-G--T-AGTA-TA-ACAATAATGGAAaa
gi|19 : ACAA-T-AAGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAG-A--T-AGTA-TA-ACAAT-ATGGAATGTT--GACTAAATT
gi|2 : -ATG--GA---A-CAT----AGTA--CAA-ACA-T-TCACAACAAAC--T-G-TTGTTCAA---AT-TGCA-T-AACCATT-ATGGCATGAT--GA-TAAATTCA-----TCAT----T-AGTT-TA-ACAAT--TGGAATG-T--GA-TGGAT--------------TATTCAGTATATCC---TAT---ACAG--------------TATGGATTGATAAGA-CTGCATTCATTCA
gi|2 : gc-A-T-G-ATGATAAAT--T-CATCATT-AG----T-T----T-AACAA-T--TGGAATG-T--GA-TGGATT-A-T---TCAGTA--T-ATCC-TATACAGT-ATGGATTGATAAGACTGCATTC-------------ATTCAG---ATCAGCCT-TA--ACA---------------TATGGAAGGAT--GA--TGGATT---TCAT------TA--GATATAATAgatcagccttaacatatggaaggatgatggatttcattagatataatacaatagaattgttattttatggtatgatgatctttccttctcaacataaatatcgttcgaaatttttttttttttgtttgaacattaatgatgtttaacaaatttctttgataggaatttacccgtataaagtcaagttaaatgtt
gi|2 : gcatggaacatagtacaaacattcacaacaaactgttgttcaaattgcataaccattatggc-TTATTCAGTATAT-CCTA-T-A-CAG-T-ATGGATTGATAAGACTGCATTCA-T---TCAG-A--TCAGCCTTA-AC-AT-ATGGAAGGAT--GA-TGGATTT------------CATT-AG---A------TATAATACAATAGAATTGTTATTTTATGGTATGAT--GATCT---TTCCTTC-T------CAAC-ATA-AATATCGTTCGAAATTTTTTTTTTTTTGTTTGAACATTAAT-GATGTTTAACAAAT-T-----------TCTTTG-AT-AGGAATTTACCCGTATAAAGTCAAGTTAAATGTTcaatagaattgttattttatggtatgatgatctttccttctcaacataaatatcgttcgaaatttttttttttttgtttgaacattaatgatgtttaacaaatttctttgataggaatttacccgtataaagtcaagttaaatgtt
gi|3 : gcatggaacatagtacaaacattcacaacaaactgttgttcaaattgcataaccattatggcatgatgataaattcatcattagtttaacaattggaatgtgatggaTAGG----ACA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTGGGG---------------CAT-TACA-T-AC-AACA--------------------------------T-AT----------CAT-GACAGTAGA------A-----AGAATAAAC--T-C-TTGGTCAC---AT-CG--------AA-T-A------------ACTAGATTTA-T---TCTG-A--T-TGTA-TA-ACAAT-ATGACATGAT--
gi|3 : AT--AACTAGATT-------------TATTCTG---ATTG---TATA--ACAA--------------TATGACATGAT--TA-CTAGTTTCCTTAAT------TAAC-ATACAATATTGTATGA---------CTTTGTGTATAAAA-TTATTGAAACTTCCATCAGTATATAACAGTGAGTTTCCGAATAAAGAA--------TAT-AAATCAAGTTAAATGTTACTATTTACAAAGCT--------TACC--------------AGAATGGTGCTCAAATTTGTTCAAAGTAATATATTGAAGTtactagtttccttaattaacatacaatattgtatgactttgtgtataaaattattgaaacttccatcagtatataacagtgagtttccgaataaagaatataaatcaagttaaatgttactatttacaaagcttaccagaatggtgctcaaatttgttcaaagtaatatattgaagtacatgatatgtgtac
gi|4 : taggacagaataactttatttccaaattggggcattacatacaacatatcatgacagtagaaagaataaactcttggtcacatcgaA----ATA--GAAT-A---AAACTT-TTTATTT--CCAA---CGGGCC-TC--------------GATA-T--C-AACAAC-TATA------T-GCAAACAAAT----------TG---------CAT-GACAATAGACAA-A-A-T-T-GAAATCAACTTT-C-TTG-TCAG---AA-TGTA-TAAACAA-T-ATGGCCAGAT--GACTAGATTCATT---TCAG-A--T--GTA-TA-ACAAT-AT-GCATGAT--GACTacatgatatgtgtac
gi|5 : ATATAATATTGTTTGAA------TTTT--TTGTATAAAC-TTAATGAAAGTCCGACAAGTATATAATAATGAATCTCTGAATAAAGAATGTT----TAC-AAGTCAAGT----------GACTT-------------------C---CAAAGCTACTGAGTATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGGAAAATGTTGAGGTat
gi|6 : aat----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAA---CGGGCC-TC--------------GATA-TCAC-AAC----TATA------T-GCA-ACA-ACAT--------TG---------CAT-GACAATAGACAA-A-ATT-T-GAAATAAGC--T-C-TTGTTCAG---AA-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAG-A--T-TGTA-TA-ACAAT-ATGGCATGAT--GACacattataagtatac
gi|7 : ATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATCT--CAAAATTAGGCCC-TAA--TGGGG--CAT-GACA---AA-AACACA-TAGGA----TT-ACACATGTATATGCAAAT-ACA--TA---G-CAT-GGCAGCAGACAG-A-A-T-
gi|8 : acaaagatacgtttaagtgagtgagtgtaagtatgagtatgagtgagttatTAGA----ATATGAAAT-ATAGA----C-TTTTCTT--CCAAATTAAGGAC-TCAAAT-GGGGGTAC-AACA---GT-AACACT-TACGA----TTTACACATACATAT----ACCATGAACA---AACAT-AGCA-TGG-CAA-A-A------GAATAAAT--TTC-TTGTTCAG---AT-TATA-T-AACAA-TAATGGg
gi|9 : taatattt---TATA--GCAA--------------TATAGCATCAG--GA-CTAGATTC-----C------TAA----ATCATATTGTTTGAA------TTTTT---ATATAAGC-TTAAGGGAAGTTCAACAAGTTTATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--------TAT-AAGTCAAGTTAAATAT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111111111111 11111111 3333333333333333333 11111 11111 555555555555555 2222222 111 44444444444444 11 66666666666666666 3333333 1 111 44444444444444 7777777777777777
lowQualScore : 0000 66 4 777 8888 3 77 2 4 7777777777777 3 888 3 888 88888888 3 0 2222222222222222222 55 6 11 4 4 22222 1 1 66 4 6666 3 0 3 3 3 3 1 1 66 00000 66 66 4 66 0 4 222222222222222 2 0000000 111 77777777777777 1 11 8 444 77777777777777777 3 1111111 777 8 1 1 0 777 1 0 0 11111111111111 0 77 7 0000000000000000
lowQualScore : .... .. . ... .... . .. . . ............. . ... . ... ........ . . ................... .. . .. . . ..... . . .. . .... . . . . . . . . .. ..... .. .. . .. . . ............... . ....... ... .............. . .. . ... ................. . ....... ... . . . . ... . . . .............. . .. . ................
lowQualScore : 6666 11 0 000 5555 6 99 4 4 7777777777777 3 000 3 444 99999999 2 5 3333333333333333333 33 4 99 0 0 77777 0 0 11 4 9999 6 4 6 6 3 6 1 1 11 33333 11 77 4 33 4 3 333333333333333 5 8888888 888 00000000000000 0 00 0 888 33333333333333333 8 8888888 000 0 0 4 6 222 4 8 8 88888888888888 8 33 3 0000000000000000
consensus : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-CAT-GACAGTAGACAA-A-A-T-T-AGAATAAAC--T-CTTGTTCAG---AT-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGA------------TTTTATTCAG---ATCGTATA--ACAA--------------TATGGNATGAT--GA-CTAGATTCACTNAT------TAAC-ATATAATATTGTTTGAA------TTTTTTTTGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTATATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--TTTAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
Reference ( family-2530 ) : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-CAT-GACAGTAGACAA-A-A-T-T-ANAATAAAC--T-CTTGTTCAG---AT-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTGGA------------TTCTATTCAG---ATCGTATA--ACAA--------------TATGGNATGAT--GA-CTAGATTC-TTCAT------TAACGATATAATATTGTTTGAA------TTTTTTTTGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTATATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--TTTAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
gi|1 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGACC-TCA--T-GGGT-CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-TAT-GACAGTATGCAA-A-A-TGT-AGAACAAAC--T-CTTGTTCAC---AT-TGTA-T-GACAA-T-ATGGCATGGT--GACTAGATTCA-T---TGGGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGANNNNNNNNNNNNNNNTATTCAG---ATAGTATA--ACAA--------------TATGGAATGCT--GA-CTAGATTCAATAATATGGTATAATGACATAATATTATTTGAAT-----TTTTTTTTGTATGAAC-TTAATGGACGTTC------T---TAACAATGAATCTCTGAATAAGGAA----TAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGTGACTTACAAAGCTACTAAGAATACTTTACAAAGCTACTGAGAATACTGGTAAAATCAGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
gi|10 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACACAC----AT-AT
gi|11 : gaaaaagatatgtttatttctgtacatataatgatatagaataT-A---A----C-TTTATTTTCCCAACTT--GGCC--CG--T-GA---CAT-GACAAT-AC-AACACTATATA------T-ACACATACACAC----AT-TT----A---A-TATCAACAATATACAT-G-C-C-T-ATT-TAAAC--T-CTTGTTCAG---AT-TGGA-T-AACAA-
gi|12 : A-A-A-T-T-GAACTAATC--A-CTTGATCAT---ATGTACA-T-AACAA-T-ATGGAATGAG--GACTAGATTCA-CTCATCAGATGT-AACA-TAACAAT----GAATG
gi|13 : cataaacatatggGAATAGATGACATA--GAATTA---A----CAGTTATTT--C-AAATT-TGGCC-TCAA-T-GGG--C--------T-GCTAACACT-TATGA----T--ACACACACAAAT----AT-ATt
gi|14 : atcTT--CCAAATTAGGGCCCTTA--C-AGG--CAT-TACA-A-AT-AACATA-TATGA----TTGGCACA
gi|15 : aA--GAAT-A---A----T-TTCATTT--CCAAGTTAGGGCC-TAA--T-GGG--CAT-GATA-T-AC-AACATT-TAttttaacacacagaattttgatttaacac
gi|16 : acactgataaaaaaagagagACACATCTAT----AT-ATG--CACAAA-CAT-AACA-T-GACAACA-G-T-C-AAAATAA-T--T-TTTGTTCAC---AT-TATG-T-AACAG-T-A
gi|17 : t-TTTATTTA-CCAAATCAGGGCC-AAA--T-GGG--CATAAACA-T-GT-AACATA-TATGAATCGTT-ATACA
gi|18 : atttaTTCAG---AT--GTAAT-AACAA-T-AAGGAATGAT--GACTAAATTCA-T---TCAGG--T-AGTA-TAACAATAATGGAAaa
gi|19 : ACAA-T-AAGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGTTGACTAAA------------TT
gi|2 : -ATG--GA---A-CAT----AGTA--CAA-ACA-T-TCACAACAAAC--T-GTTGTTCAA---AT-TGCA-T-AACCATT-ATGGCATGAT--GA-TAAATTCA-----TCAT---T-AGTT-TAACAAT--TGGAATG-TGA-TGGA------------T--TATTCAGTATATCCTAT---ACAG--------------TATGGATTGATAAGA-CTGCATTCATTCA
gi|2 : gcTTATTCAGTATAT-CCTA-T-A-CAG-T-ATGGATTGATAAGACTGCATTCA-T---TCAGA--TCAGCCTTAAC-AT-ATGGAAGGATGA-TGGA------------TTTCATT-AG---A---TATAATACAATAGAATTGTTATTTTATGGTATGAT--GATCT---TTC-CTTCT------CAAC-ATA-AATATCGTTCGAAATTTTTTTTTTTTTGTTTGAACATTAAT-GATGTTTAACAAAT-T-----------TCTTTG-AT-AGGAA--TTTACCCGTATAAAGTCAAGTTAAATGTTgatcagccttaacatatggaaggatgatggatttcattagatataatacaatagaattgttattttatggtatgatgatctttccttctcaacataaatatcgttcgaaatttttttttttttgtttgaacattaatgatgtttaacaaatttctttgataggaatttacccgtataaagtcaagttaaatgtt
gi|3 : gcatggaacatagtacaaacattcacaacaaactgttgttcaaattgcataaccattatggcatgatgataaattcatcattagtttaacaattggaatgtgatggaTAGG----ACA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTGGGG---------------CAT-TACA-T-AC-AACA--------------------------------T-AT----------CAT-GACAGTAGA------A-----AGAATAAAC--T-CTTGGTCAC---AT-CG--------AA-T-A------------ACTAGATTTA-T---TCTGA--T-TGTA-TAACAAT-ATGACATGAT
gi|3 : ATAACTAGA------------TT-TATTCTG---ATTGTATA--ACAA--------------TATGACATGAT--TA-CTAGTTTCCTTAAT------TAAC-ATACAATATTGTATGA---------CTTTGTGTATAAAA-TTATTGAAACTTCCATCAGTATATAACAGTGAGTTTCCGAATAAAGAA----TAT-------AAATCAAGTTAAATGTTACTATTTACAAAGCT--------TACC--------------AGAATGGTGCTCAAATTTGTTCAAAGTAATATATTGAAGTtactagtttccttaattaacatacaatattgtatgactttgtgtataaaattattgaaacttccatcagtatataacagtgagtttccgaataaagaatataaatcaagttaaatgttactatttacaaagcttaccagaatggtgctcaaatttgttcaaagtaatatattgaagtacatgatatgtgtac
gi|4 : taggacagaataactttatttccaaattggggcattacatacaacatatcatgacagtagaaagaataaactcttggtcacatcgaA----ATA--GAAT-A---AAACTT-TTTATTT--CCAA---CGGGCC-TC--------------GATA-T--C-AACAAC-TATA------T-GCAAACAAAT----------TG---------CAT-GACAATAGACAA-A-A-T-T-GAAATCAACTTT-CTTG-TCAG---AA-TGTA-TAAACAA-T-ATGGCCAGAT--GACTAGATTCATT---TCAGA--T--GTA-TAACAAT-AT-GCATGATGACTacatgatatgtgtac
gi|5 : ATATAATATTGTTTGAA------TTTT--TTGTATAAAC-TTAATGAAAGTCCGACAAGTATATAATAATGAATCTCTGAATAAAGAATGTTTAC-------AAGTCAAGT----------GACTT-------------------C---CAAAGCTACTGAGTATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGGAAAATGTTGAGGTat
gi|6 : aat----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAA---CGGGCC-TC--------------GATA-TCAC-AAC----TATA------T-GCA-ACA-ACAT--------TG---------CAT-GACAATAGACAA-A-ATT-T-GAAATAAGC--T-CTTGTTCAG---AA-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-TGTA-TAACAAT-ATGGCATGATGACacattataagtatac
gi|7 : ATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATCT--CAAAATTAGGCCC-TAA--TGGGG--CAT-GACA---AA-AACACA-TAGGA----TT-ACACATGTATATGCAAAT-ACA--TA---G-CAT-GGCAGCAGACAG-A-A-T-
gi|8 : acaaagatacgtttaagtgagtgagtgtaagtatgagtatgagtgagttatTAGA----ATATGAAAT-ATAGA----C-TTTTCTT--CCAAATTAAGGAC-TCAAAT-GGGGGTAC-AACA---GT-AACACT-TACGA----TTTACACATACATAT----ACCATGAACA---AACAT-AGCA-TGG-CAA-A-A------GAATAAAT--TTCTTGTTCAG---AT-TATA-T-AACAA-TAATGGg
gi|9 : taatatttTATA--GCAA--------------TATAGCATCAG--GA-CTAGATTC-CT----------AA----ATCATATTGTTTGAA------TTTTT---ATATAAGC-TTAAGGGAAGTTCAACAAGTTTATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA----TAT-------AAGTCAAGTTAAATAT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111111111111 11111111 3333333333333333333 22222222222 11111 4444444444444 2222222 111 44444444444444 11 55555555555555555555 3333333 1 111 44444444444444 7777777777777777
lowQualScore : 0000 66 4 777 8888 3 77 2 4 7777777777777 3 888 3 888 88888888 3 0 2222222222222222222 55 6 11 4 11111111111 1 66 4 6666 3 0 3 3 3 3 1 1 66 00000 66 66 4 66 0 4 3333333333333 7 2 0000000 111 77777777777777 1 11 8 444 77777777777777777777 6 1 1111111 777 8 1 1 0 777 1 0 0 11111111111111 0 77 7 0000000000000000
lowQualScore : .... .. . ... .... . .. . . ............. . ... . ... ........ . . ................... .. . .. . ........... . .. . .... . . . . . . . . .. ..... .. .. . .. . . ............. . . ....... ... .............. . .. . ... .................... . . ....... ... . . . . ... . . . .............. . .. . ................
lowQualScore : 6666 11 0 000 5555 6 99 4 4 7777777777777 3 000 3 444 99999999 2 5 3333333333333333333 33 4 99 0 44444444444 0 11 4 9999 6 4 6 6 3 6 1 1 11 33333 11 77 4 33 4 3 8888888888888 0 5 8888888 888 00000000000000 0 00 0 888 44444444444444444444 7 7 8888888 000 0 0 4 6 222 4 8 8 88888888888888 8 33 3 0000000000000000
consensus : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-CAT-GACAGTAGACAA-A---AT-T-AG-AATAAAC--T-CTTGTTCAG---AT-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGA------------TTTTATTCAG---ATCGTATA--ACAA--------------TATGGNATGAT--GA-CTAGATTCACTAA--------T------TAAC-ATATAATATTGTTTGAA------TTTTTTTTGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTATATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--TTTAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
Reference ( family-2530 ) : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-CAT-GACAGTAGACAA-A---AT-T-AG-AATAAAC--T-CTTGTTCAG---AT-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGA------------TTTTATTCAG---ATCGTATA--ACAA--------------TATGGNATGAT--GA-CTAGATTCACTNA--------T------TAAC-ATATAATATTGTTTGAA------TTTTTTTTGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTATATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--TTTAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
gi|1 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGACC-TCA--T-GGGT-CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-TAT-GACAGTATGCAA-A---ATGT-AG-AACAAAC--T-CTTGTTCAC---AT-TGTA-T-GACAA-T-ATGGCATGGT--GACTAGATTCA-T---TGGGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGANNNNNNNNNNNNNNNTATTCAG---ATAGTATA--ACAA--------------TATGGAATGCT--GA-CTAGATTCAATAA--------TATGGTATAATGACATAATATTATTTGAAT-----TTTTTTTTGTATGAAC-TTAATGGACGTTC------T---TAACAATGAATCTCTGAATAAGGAA----TAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGTGACTTACAAAGCTACTAAGAATACTTTACAAAGCTACTGAGAATACTGGTAAAATCAGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
gi|10 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACACAC----AT-AT
gi|11 : gaaaaagatatgtttatttctgtacatataatgatatagaataT-A---A----C-TTTATTTTCCCAACTT--GGCC--CG--T-GA---CAT-GACAAT-AC-AACACTATATA------T-ACACATACACAC----AT-TT----A---A-TATCAACAATATACAT-GCCTAT-T------TAAAC--T-CTTGTTCAG---AT-TGGA-T-AACAA-
gi|12 : A-A---AT-T-GA-ACTAATC--A-CTTGATCAT---ATGTACA-T-AACAA-T-ATGGAATGAG--GACTAGATTCA-CTCATCAGATGT-AACA-TAACAAT----GAATG
gi|13 : cataaacatatggGAATAGATGACATA--GAATTA---A----CAGTTATTT--C-AAATT-TGGCC-TCAA-T-GGG--C--------T-GCTAACACT-TATGA----T--ACACACACAAAT----AT-ATt
gi|14 : atcTT--CCAAATTAGGGCCCTTA--C-AGG--CAT-TACA-A-AT-AACATA-TATGA----TTGGCACA
gi|15 : aA--GAAT-A---A----T-TTCATTT--CCAAGTTAGGGCC-TAA--T-GGG--CAT-GATA-T-AC-AACATT-TAttttaacacacagaattttgatttaacac
gi|16 : acactgataaaaaaagagagACACATCTAT----AT-ATG--CACAAA-CAT-AACA-T-GACAACA---GT-C-AA-AATAA-T--T-TTTGTTCAC---AT-TATG-T-AACAG-T-A
gi|17 : t-TTTATTTA-CCAAATCAGGGCC-AAA--T-GGG--CATAAACA-T-GT-AACATA-TATGAATCGTT-ATACA
gi|18 : atttaTTCAG---AT--GTAAT-AACAA-T-AAGGAATGAT--GACTAAATTCA-T---TCAGG--T-AGTA-TAACAATAATGGAAaa
gi|19 : ACAA-T-AAGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGTTGACTAAA------------TT
gi|2 : -ATG--GA---A-CAT----AGTA--CAA-AC--AT-TCAC-AACAAAC--T-GTTGTTCAA---AT-TGCA-T-AACCATT-ATGGCATGAT--GA-TAAATTCA-----TCAT---T-AGTT-TAACAAT--TGGAATG-TGA-TGGA--------------TTATTCAGTATATCCTAT---ACAG--------------TATGGATTGATAAGA-CTGCATTCATTCAGATCAGCCT------TAAC-ATAT
gi|2 : gcTTATTCAGTATAT-CCTA-T-A-CAG-T-ATGGATTGATAAGACTGCATTCA-T---TCAGA--TCAGCCTTAAC-AT-ATGGAAGGATGA-TGGA------------TTTCATT-AG---A---TATAATACAATAGAATTGTTATTTTATGGTATGAT--GATCT---TTC-CTTC--------T------CAAC-ATA-AATATCGTTCGAAATTTTTTTTTTTTTGTTTGAACATTAAT-GATGTTTAACAAAT-T-----------TCTTTG-AT-AGGAA--TTTACCCGTATAAAGTCAAGTTAAATGTTggaaggatgatggatttcattagatataatacaatagaattgttattttatggtatgatgatctttccttctcaacataaatatcgttcgaaatttttttttttttgtttgaacattaatgatgtttaacaaatttctttgataggaatttacccgtataaagtcaagttaaatgtt
gi|3 : gcatggaacatagtacaaacattcacaacaaactgttgttcaaattgcataaccattatggcatgatgataaattcatcattagtttaacaattggaatgtgatggaTAGG----ACA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTGGGG---------------CAT-TACA-T-AC-AACA--------------------------------T-AT----------CAT-GACAGTAGA--------A----AG-AATAAAC--T-CTTGGTCAC---AT-CG--------AA-T-A------------ACTAGATTTA-T---TCTGA--T-TGTA-TAACAAT-ATGACATGAT
gi|3 : ATAACTAGA------------TTT-ATTCTG---ATTGTATA--ACAA--------------TATGACATGAT--TA-CTAGTTTCCTTAA--------T------TAAC-ATACAATATTGTATGA---------CTTTGTGTATAAAA-TTATTGAAACTTCCATCAGTATATAACAGTGAGTTTCCGAATAAAGAA----TAT-------AAATCAAGTTAAATGTTACTATTTACAAAGCT--------TACC--------------AGAATGGTGCTCAAATTTGTTCAAAGTAATATATTGAAGTtactagtttccttaattaacatacaatattgtatgactttgtgtataaaattattgaaacttccatcagtatataacagtgagtttccgaataaagaatataaatcaagttaaatgttactatttacaaagcttaccagaatggtgctcaaatttgttcaaagtaatatattgaagtacatgatatgtgtac
gi|4 : taggacagaataactttatttccaaattggggcattacatacaacatatcatgacagtagaaagaataaactcttggtcacatcgaA----ATA--GAAT-A---AAACTT-TTTATTT--CCAA---CGGGCC-TC--------------GATA-T--C-AACAAC-TATA------T-GCAAACAAAT----------TG---------CAT-GACAATAGACAA-A---AT-T-GA-AATCAACTTT-CTTG-TCAG---AA-TGTA-TAAACAA-T-ATGGCCAGAT--GACTAGATTCATT---TCAGA--T--GTA-TAACAAT-AT-GCATGATGACTAacatgatatgtgtac
gi|5 : AAT-ATATAATATTGTTTGAA------TTTT--TTGTATAAAC-TTAATGAAAGTCCGACAAGTATATAATAATGAATCTCTGAATAAAGAATGTTTAC-------AAGTCAAGT----------GACTT-------------------C---CAAAGCTACTGAGTATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGGAAAATGTTGAGGTt
gi|6 : ----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAA---CGGGCC-TC--------------GATA-TCAC-AAC----TATA------T-GCA-ACA-ACAT--------TG---------CAT-GACAATAGACAA-A---AT-T-TGAAATAAGC--T-CTTGTTCAG---AA-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-TGTA-TAACAAT-ATGGCATGATGACacattataagtatac
gi|7 : ATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATCT--CAAAATTAGGCCC-TAA--TGGGG--CAT-GACA---AA-AACACA-TAGGA----TT-ACACATGTATATGCAAAT-ACA--TA---G-CAT-GGCAGCAGACAG-A---AT-
gi|8 : acaaagatacgtttaagtgagtgagtgtaagtatgagtatgagtgagttatTAGA----ATATGAAAT-ATAGA----C-TTTTCTT--CCAAATTAAGGAC-TCAAAT-GGGGGTAC-AACA---GT-AACACT-TACGA----TTTACACATACATAT----ACCATGAACA---AACAT-AGCA-TGG-CAA-A---A-----G-AATAAAT--TTCTTGTTCAG---AT-TATA-T-AACAA-TAATGGg
gi|9 : taatatttTATA--GCAA--------------TATAGCATCAG--GA-CTAGATTC-CTAA----------------------ATCATATTGTTTGAA------TTTTT---ATATAAGC-TTAAGGGAAGTTCAACAAGTTTATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA----TAT-------AAGTCAAGTTAAATAT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111111111111 11111111 3333333333333333333 22222222222 11111 4444444444444 2222222 111 44444444444444 11 55555555555555555555 3333333 1 111 44444444444444 7777777777777777
lowQualScore : 0000 66 4 777 8888 3 77 2 4 7777777777777 3 888 3 888 88888888 3 0 2222222222222222222 55 6 11 4 11111111111 1 66 4 6666 3 0 3 3 3 3 1 1 66 00000 66 66 4 66 0 4 3333333333333 7 2 0000000 111 77777777777777 1 11 8 444 77777777777777777777 6 1 1111111 777 8 1 1 0 777 1 0 0 11111111111111 0 77 7 0000000000000000
lowQualScore : .... .. . ... .... . .. . . ............. . ... . ... ........ . . ................... .. . .. . ........... . .. . .... . . . . . . . . .. ..... .. .. . .. . . ............. . . ....... ... .............. . .. . ... .................... . . ....... ... . . . . ... . . . .............. . .. . ................
lowQualScore : 6666 11 0 000 5555 6 99 4 4 7777777777777 3 000 3 444 99999999 2 5 3333333333333333333 33 4 99 0 44444444444 0 11 4 9999 6 4 6 6 3 6 1 1 11 33333 11 77 4 33 4 3 8888888888888 0 5 8888888 888 00000000000000 0 00 0 888 44444444444444444444 7 7 8888888 000 0 0 4 6 222 4 8 8 88888888888888 8 33 3 0000000000000000
consensus : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-CAT-GACAGTAGACAA-A---AT-T-AG-AATAAAC--T-CTTGTTCAG---AT-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGA------------TTTTATTCAG---ATCGTATA--ACAA--------------TATGGNATGAT--GA-CTAGATTCACTAA--------T------TAAC-ATATAATATTGTTTGAA------TTTTTTTTGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTATATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--TTTAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
Reference ( family-2530 ) : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-CAT-GACAGTAGACAA-A---AT-T-AG-AATAAAC--T-CTTGTTCAG---AT-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGA------------TTTTATTCAG---ATCGTATA--ACAA--------------TATGGNATGAT--GA-CTAGATTCACTAA--------T------TAAC-ATATAATATTGTTTGAA------TTTTTTTTGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTATATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--TTTAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
gi|1 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGACC-TCA--T-GGGT-CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-TAT-GACAGTATGCAA-A---ATGT-AG-AACAAAC--T-CTTGTTCAC---AT-TGTA-T-GACAA-T-ATGGCATGGT--GACTAGATTCA-T---TGGGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGANNNNNNNNNNNNNNNTATTCAG---ATAGTATA--ACAA--------------TATGGAATGCT--GA-CTAGATTCAATAA--------TATGGTATAATGACATAATATTATTTGAAT-----TTTTTTTTGTATGAAC-TTAATGGACGTTC------T---TAACAATGAATCTCTGAATAAGGAA----TAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGTGACTTACAAAGCTACTAAGAATACTTTACAAAGCTACTGAGAATACTGGTAAAATCAGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
gi|10 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACACAC----AT-AT
gi|11 : gaaaaagatatgtttatttctgtacatataatgatatagaataT-A---A----C-TTTATTTTCCCAACTT--GGCC--CG--T-GA---CAT-GACAAT-AC-AACACTATATA------T-ACACATACACAC----AT-TT----A---A-TATCAACAATATACAT-GCCTAT-T------TAAAC--T-CTTGTTCAG---AT-TGGA-T-AACAA-
gi|12 : A-A---AT-T-GA-ACTAATC--A-CTTGATCAT---ATGTACA-T-AACAA-T-ATGGAATGAG--GACTAGATTCA-CTCATCAGATGT-AACA-TAACAAT----GAATG
gi|13 : cataaacatatggGAATAGATGACATA--GAATTA---A----CAGTTATTT--C-AAATT-TGGCC-TCAA-T-GGG--C--------T-GCTAACACT-TATGA----T--ACACACACAAAT----AT-ATt
gi|14 : atcTT--CCAAATTAGGGCCCTTA--C-AGG--CAT-TACA-A-AT-AACATA-TATGA----TTGGCACA
gi|15 : aA--GAAT-A---A----T-TTCATTT--CCAAGTTAGGGCC-TAA--T-GGG--CAT-GATA-T-AC-AACATT-TAttttaacacacagaattttgatttaacac
gi|16 : acactgataaaaaaagagagACACATCTAT----AT-ATG--CACAAA-CAT-AACA-T-GACAACA---GT-C-AA-AATAA-T--T-TTTGTTCAC---AT-TATG-T-AACAG-T-A
gi|17 : t-TTTATTTA-CCAAATCAGGGCC-AAA--T-GGG--CATAAACA-T-GT-AACATA-TATGAATCGTT-ATACA
gi|18 : atttaTTCAG---AT--GTAAT-AACAA-T-AAGGAATGAT--GACTAAATTCA-T---TCAGG--T-AGTA-TAACAATAATGGAAaa
gi|19 : ACAA-T-AAGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGTTGACTAAA------------TT
gi|2 : -ATG--GA---A-CAT----AGTA--CAA-AC--AT-TCAC-AACAAAC--T-GTTGTTCAA---AT-TGCA-T-AACCATT-ATGGCATGAT--GA-TAAATTCA-----TCAT---T-AGTT-TAACAAT--TGGAATG-TGA-TGGA--------------TTATTCAGTATATCCTAT---ACAG--------------TATGGATTGATAAGA-CTGCATTCATTCAGATCAGCCT------TAAC-ATAT
gi|2 : gcTTATTCAGTATAT-CCTA-T-A-CAG-T-ATGGATTGATAAGACTGCATTCA-T---TCAGA--TCAGCCTTAAC-AT-ATGGAAGGATGA-TGGA------------TTTCATT-AG---A---TATAATACAATAGAATTGTTATTTTATGGTATGAT--GATCT---TTC-CTTC--------T------CAAC-ATA-AATATCGTTCGAAATTTTTTTTTTTTTGTTTGAACATTAAT-GATGTTTAACAAAT-T-----------TCTTTG-AT-AGGAA--TTTACCCGTATAAAGTCAAGTTAAATGTTggaaggatgatggatttcattagatataatacaatagaattgttattttatggtatgatgatctttccttctcaacataaatatcgttcgaaatttttttttttttgtttgaacattaatgatgtttaacaaatttctttgataggaatttacccgtataaagtcaagttaaatgtt
gi|3 : gcatggaacatagtacaaacattcacaacaaactgttgttcaaattgcataaccattatggcatgatgataaattcatcattagtttaacaattggaatgtgatggaTAGG----ACA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTGGGG---------------CAT-TACA-T-AC-AACA--------------------------------T-AT----------CAT-GACAGTAGA--------A----AG-AATAAAC--T-CTTGGTCAC---AT-CG--------AA-T-A------------ACTAGATTTA-T---TCTGA--T-TGTA-TAACAAT-ATGACATGAT
gi|3 : ATAACTAGA------------TTT-ATTCTG---ATTGTATA--ACAA--------------TATGACATGAT--TA-CTAGTTTCCTTAA--------T------TAAC-ATACAATATTGTATGA---------CTTTGTGTATAAAA-TTATTGAAACTTCCATCAGTATATAACAGTGAGTTTCCGAATAAAGAA----TAT-------AAATCAAGTTAAATGTTACTATTTACAAAGCT--------TACC--------------AGAATGGTGCTCAAATTTGTTCAAAGTAATATATTGAAGTtactagtttccttaattaacatacaatattgtatgactttgtgtataaaattattgaaacttccatcagtatataacagtgagtttccgaataaagaatataaatcaagttaaatgttactatttacaaagcttaccagaatggtgctcaaatttgttcaaagtaatatattgaagtacatgatatgtgtac
gi|4 : taggacagaataactttatttccaaattggggcattacatacaacatatcatgacagtagaaagaataaactcttggtcacatcgaA----ATA--GAAT-A---AAACTT-TTTATTT--CCAA---CGGGCC-TC--------------GATA-T--C-AACAAC-TATA------T-GCAAACAAAT----------TG---------CAT-GACAATAGACAA-A---AT-T-GA-AATCAACTTT-CTTG-TCAG---AA-TGTA-TAAACAA-T-ATGGCCAGAT--GACTAGATTCATT---TCAGA--T--GTA-TAACAAT-AT-GCATGATGACTAacatgatatgtgtac
gi|5 : AAT-ATATAATATTGTTTGAA------TTTT--TTGTATAAAC-TTAATGAAAGTCCGACAAGTATATAATAATGAATCTCTGAATAAAGAATGTTTAC-------AAGTCAAGT----------GACTT-------------------C---CAAAGCTACTGAGTATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGGAAAATGTTGAGGTt
gi|6 : ----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAA---CGGGCC-TC--------------GATA-TCAC-AAC----TATA------T-GCA-ACA-ACAT--------TG---------CAT-GACAATAGACAA-A---AT-T-TGAAATAAGC--T-CTTGTTCAG---AA-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-TGTA-TAACAAT-ATGGCATGATGACacattataagtatac
gi|7 : ATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATCT--CAAAATTAGGCCC-TAA--TGGGG--CAT-GACA---AA-AACACA-TAGGA----TT-ACACATGTATATGCAAAT-ACA--TA---G-CAT-GGCAGCAGACAG-A---AT-
gi|8 : acaaagatacgtttaagtgagtgagtgtaagtatgagtatgagtgagttatTAGA----ATATGAAAT-ATAGA----C-TTTTCTT--CCAAATTAAGGAC-TCAAAT-GGGGGTAC-AACA---GT-AACACT-TACGA----TTTACACATACATAT----ACCATGAACA---AACAT-AGCA-TGG-CAA-A---A-----G-AATAAAT--TTCTTGTTCAG---AT-TATA-T-AACAA-TAATGGg
gi|9 : taatatttTATA--GCAA--------------TATAGCATCAG--GA-CTAGATTC-CTAA----------------------ATCATATTGTTTGAA------TTTTT---ATATAAGC-TTAAGGGAAGTTCAACAAGTTTATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA----TAT-------AAGTCAAGTTAAATAT
blockSeqs : TGAC TG T TAG AACT A TC A A TCAAATGGGGG A AT T CTA AATCGTT C GCAAATACATAG CA A TA C CATTCAC A TT T GTAT G A A T A T A AA CTCA TG CA T AA C T T C TATATCC AAT TAGAATTGTTATTT A AA T GCA ATTCAGATCAGCCT . T AATTTTT TTT A T A ATA G TTTACCCGTATA AC A TACC
blockSeqs : . . . . . . A C A TCAATGGG . TC . CT ATTG C ACCATGAACAAA A G GA . CCTATT T . . G . . . . . A A . TT . A . A C T C C ATTG A . T . . AGT CTTAAT . C A TTG . A C ATA A TGTTTAC . . CC
blockSeqs : . . . . . . . A A CTTACAGG . T . CT ATTT C ATATGCACAAA G G GA . ATTTGA A . . T . . . . . A C . T . A . A C T . . A A . C . . AGA CTTCT . T A T . A G TTA G TAT
blockSeqs : . . . . . . . A A TAATGGGG . T . TA ATT T ATTTAA G A GA . ATTGA A . . C . . . . . T C . T . A . A C . . . C . . . CTAA . T . T . A A T . TAT
blockSeqs : . . . . . . . G G TCATGGG . A . TT ATT A TAT G A GA . GTCAA A . . G . . . . . T A . T . A . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . A C TAATGGG . T . TA AT T TG G G GA . ATTGA G . . A . . . . . T C . T . T . A .
blockSeqs : . . . . . . . A C AAATGGG . T . AC T C TG A . G . AAG A . . C . . . . . T C . T . T . .
blockSeqs : . . . . . . A A CGTGA . T . CA T . . . . . AG . . . G . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A A TC . T . CT T . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . TC . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ATT***** ACATGAA************ ATTGA****** T************ CTTCAT************** A****** T** ATA
originalCons : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACACACATAT----AT-ATG--CA---A-CAT-GACAGTAGACAA-A---AT-T-AG-AATAAAC--T-CTTGTTCAG---AT-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGA------------TTTTATTCAG---ATCGTATA--ACAA--------------TATGGNATGAT--GA-CTAGATTCACTAA--------T------TAAC-ATATAATATTGTTTGAA------TTTTTTTTGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTATATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--TTTAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
finalCons : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TCA--T-GGG--CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGATT-----ACACACACATATACATGAA------------CAT-GACAGTAGACAA-AATTGA------AATAAAC--T-CTTGTTCAG---AT-TGTA-T-AACAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGAT------------TTTATTCAG---ATCGTATA--ACAA--------------TATGGNATGAT--GA-CTAGATTCCTTCAT--------------TAAC-ATATAATATTGTTTGAA------TTTTT--TGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTATATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--TTTAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111111111 11111111 22222222222222222 22222222222 11111 5555555555555 2222222 111 44444444444444 11 555555555555555555 11 44444444 1 111 44444444444444 7777777777777777
lowQualScore : 0000 66 4 777 8888 3 77 0 4 8888888888 33 3 888 3 888 88888888 55 3 88888888888888888 55 66 0 55 4 00000000000 55 66 6666 3 0 3 3 3 3 1 1 66 00000 66 66 4 66 0 4 2 8888888888888 2 0000000 111 77777777777777 1 11 8 444 999999999999999999 00 1 0 33333333 0 8 1 1 0 777 1 0 0 11111111111111 0 77 7 0000000000000000
lowQualScore : .... .. . ... .... . .. . . .......... .. . ... . ... ........ .. . ................. .. .. . .. . ........... .. .. .... . . . . . . . . .. ..... .. .. . .. . . . ............. . ....... ... .............. . .. . ... .................. .. . . ........ . . . . . ... . . . .............. . .. . ................
lowQualScore : 6666 11 0 000 5555 6 99 3 4 8888888888 88 3 000 3 444 11111111 55 2 33333333333333333 33 11 9 66 0 99999999999 44 11 9999 6 4 6 3 3 6 1 1 11 33333 11 77 4 33 4 3 8 2222222222222 5 8888888 888 00000000000000 0 00 0 888 222222222222222222 33 7 8 00000000 8 0 0 4 6 222 4 8 8 88888888888888 8 33 3 0000000000000000
consensus : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TC--A-T--GGG-CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACAC--ACAT------ATA-CATG-AACAT-GAC--AGTA-GACAA-A---A-T-TGA-AATAAA-CT--CTTGTTCAG---AT-TGTA-TAA-CAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGATTT------------TATTCAG---ATCGTATA--ACAA--------------TATGGNATGAT--GA-CTAGATTCCTTNA--------T------TAAC-ATATAATATTGTTTGAA-TT-----TTTTTTGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTATATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--TTTAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
Reference ( family-2530 ) : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TC--A-T--GGG-CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACAC--ACAT------ATA-CATG-AACAT-GAC--AGTA-GACAA-A---A-T-TGA-AATAAA-CT--CTTGTTCAG---AT-TGTA-TAA-CAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGATTT------------TATTCAG---ATCGTATA--ACAA--------------TATGGNATGAT--GA-CTAGATTCCTTCA--------T------TAAC-ATATAATATTGTTTGAA--------TTTTTTGTATAAAC-TTAATGGAAGTTCGACAAGTATATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA--TTTAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGCGACTTACAAAGCT--------TACC---CAAAGCTACTGAGAATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
gi|1 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGACC-TC--A-T--GGGTCAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACAC--ACAT------ATA-TATGCAATAT-GAC--AGTA-TGCAA-A---A-TGTAG-AACAAA-CT--CTTGTTCAC---AT-TGTA-TGA-CAA-T-ATGGCATGGT--GACTAGATTCA-T---TGGGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGATGACTAGANNNNNNNNNNNNNNNTATTCAG---ATAGTATA--ACAA--------------TATGGAATGCT--GA-CTAGATTCAATAA--------TATGGTATAATGACATAATATTATTTGAATTT-----TTTTTTGTATGAAC-TTAATGGACGTTC------T---TAACAATGAATCTCTGAATAAGGAA----TAT-------AAGTCAAGTTAAATGTTGTGACTTACAAAGCTACTAAGAATACTTTACAAAGCTACTGAGAATACTGGTAAAATCAGTTCAAAGTAATATGTTGAGGT
gi|10 : GAATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTAGGGCC-TC--A-T--GGG-CAT-GACA-T-AC-AACACT-TATGA----TT-ACACAC--ACAC------ACA-TAT
gi|11 : gaaaaagatatgtttatttctgtacatataatgatatagaataT-A---A----C-TTTATTTTCCCAACTT--GGCC--C--G-T--GA--CAT-GACAAT-AC-AACACTATATA------T-ACACAT--ACAC------ACA-T-TT-AATATCAAC--AATA-TACAT-GCCTA-T-T-----TAAA-CT--CTTGTTCAG---AT-TGGA-TAA-CAA-
gi|12 : A-A---A-T-TGA-ACTAAT-CA--CTTGATCAT---ATGTACA-TAA-CAA-T-ATGGAATGAG--GACTAGATTCA-CTCATCAGATGT-AACA-TAACAAT----GAATG
gi|13 : cataaacatatggGAATAGATGACATA--GAATTA---A----CAGTTATTT--C-AAATT-TGGCC-TC--AAT--GGG-C--------T-GCTAACACT-TATGA----T--ACACAC--ACAA------ATA-TATt
gi|14 : atcTT--CCAAATTAGGGCCCTT--A-C--AGG-CAT-TACA-A-AT-AACATA-TATGA----TTGGCACA
gi|15 : aA--GAAT-A---A----T-TTCATTT--CCAAGTTAGGGCC-TA--A-T--GGG-CAT-GATA-T-AC-AACATT-TAttttaacacacagaattttgatttaacac
gi|16 : acactgataaaaaaagagagT-ACACATCTATAT------ATG-CACA-AACAT-AAC--A-T--GACAACA---G-T-CAA-AATAA--TT--TTTGTTCAC---AT-TATG-TAA-CAG-T-A
gi|17 : -TTTATTTA-CCAAATCAGGGCC-AA--A-T--GGG-CATAAACA-T-GT-AACATA-TATGAATCGTT-ATACA
gi|18 : atttaTTCAG---AT--GTAATAA-CAA-T-AAGGAATGAT--GACTAAATTCA-T---TCAGG--T-AGTA-TAACAATAATGGAAaa
gi|19 : A-CAA-T-AAGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-AGTA-TAACAAT-ATGGAATGTTGACTAAATT
gi|2 : -CATGGAACAT------AGTA---CAA-AC--A-T-TCACAACAAA-CT--GTTGTTCAA---AT-TGCA-TAA-CCATT-ATGGCATGAT--GA-TAAATTCA-----TCAT---T-AGTT-TAACAAT--TGGAATG-TGA-TGGA--T------------TATTCAGTATATCCTAT---ACAG--------------TATGGATTGATAAGA-CTGCATTCATTCAGATCAGCCT------TAAC-ATAT
gi|2 : gTTATTCAGTATAT-CCTA-TA--CAG-T-ATGGATTGATAAGACTGCATTCA-T---TCAGA--TCAGCCTTAAC-AT-ATGGAAGGATGA-TGGATTT------------CATT-AG---A---TATAATACAATAGAATTGTTATTTTATGGTATGAT--GATCT---TTCCTTC---------T------CAAC-ATA-AATATCGTTCGAAATTTTTTTTTTTTTGTTTGAACATTAAT-GATGTTTAACAAAT-T-----------TCTTTG-AT-AGGAA--TTTACCCGTATAAAGTCAAGTTAAATGTTggaaggatgatggatttcattagatataatacaatagaattgttattttatggtatgatgatctttccttctcaacataaatatcgttcgaaatttttttttttttgtttgaacattaatgatgtttaacaaatttctttgataggaatttacccgtataaagtcaagttaaatgtt
gi|3 : gcatggaacatagtacaaacattcacaacaaactgttgttcaaattgcataaccattatggcatgatgataaattcatcattagtttaacaattggaatgtgatggaTAGG----ACA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAAATTGGGGC----------------AT-TACA-T-AC-AACA--------------------------T------AT---------CAT-GAC--AGTA-GA----A---A-----G-AATAAA-CT--CTTGGTCAC---AT-CG--------AA-T-A------------ACTAGATTTA-T---TCTGA--T-TGTA-TAACAAT-ATGACATGAT
gi|3 : ATAACTAGATTT-------------ATTCTG---ATTGTATA--ACAA--------------TATGACATGAT--TA-CTAGTTTCCTTAA--------T------TAAC-ATACAATATTGTATG-A--------CTTTGTGTATAAAA-TTATTGAAACTTCCATCAGTATATAACAGTGAGTTTCCGAATAAAGAA----TAT-------AAATCAAGTTAAATGTTACTATTTACAAAGCT--------TACC--------------AGAATGGTGCTCAAATTTGTTCAAAGTAATATATTGAAGTtactagtttccttaattaacatacaatattgtatgactttgtgtataaaattattgaaacttccatcagtatataacagtgagtttccgaataaagaatataaatcaagttaaatgttactatttacaaagcttaccagaatggtgctcaaatttgttcaaagtaatatattgaagtacatgatatgtgtac
gi|4 : taggacagaataactttatttccaaattggggcattacatacaacatatcatgacagtagaaagaataaactcttggtcacatcgaA----ATA--GAAT-A---AAACTT-TTTATTT--CCAAC---GGGCC-TC---------------GATA-T--C-AACAAC-TATA------T-GCAAAC--AAAT------------TG---CAT-GAC--AATA-GACAA-A---A-T-TGA-AATCAA-CTTTCTTGT-CAG---AA-TGTA-TAAACAA-T-ATGGCCAGAT--GACTAGATTCATT---TCAGA--T--GTA-TAACAAT-AT-GCATGATGACTAacatgatatgtgtac
gi|5 : AAT-ATATAATATTGTTTGAA--------TTTTTTGTATAAAC-TTAATGAAAGTCCGACAAGTATATAATAATGAATCTCTGAATAAAGAATGTTTAC-------AAGTCAAGT----------GACTT-------------------C---CAAAGCTACTGAGTATACTGCTAAAATTTGTTCAAAGGAAAATGTTGAGGTt
gi|6 : ----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATTT--CCAA---CGGGCC-TC---------------GATA-TCAC-AAC----TATA------T-GCA-AC--A-AC------AT----TG---CAT-GAC--AATA-GACAA-A---ATT-TGA-AATAAG-CT--CTTGTTCAG---AA-TGTA-TAA-CAA-T-ATGGCATGAT--GACTAGATTCA-T---TCAGA--T-TGTA-TAACAAT-ATGGCATGATGACacattataagtatac
gi|7 : ATAGA----ATA--GAAT-A---A----C-TTTATCT--CAAAATTAGGCCC-TA--A-TG-GGG-CAT-GACA---AA-AACACA-TAGGA----TT-ACACAT--GTATATGCAAATA-CAT--AGCAT-GGC--AGCA-GACAG-A---A-T-
gi|8 : acaaagatacgtttaagtgagtgagtgtaagtatgagtatgagtgagttatTAGA----ATATGAAAT-ATAGA----C-TTTTCTT--CCAAATTAAGGAC-TCAAA-TGGGGG-TAC-AACA---GT-AACACT-TACGAT---TT-ACACAT--ACAT------ATACCATG-AACA--AACATAGCATGGCAA-A---A-----G-AATAAATTT--CTTGTTCAG---AT-TATA-TAA-CAA-TAATGGg
gi|9 : taatatttTATA--GCAA--------------TATAGCATCAG--GA-CTAGATTCCT-------------------AA----ATCATATTGTTTGAA--------TTTTT-ATATAAGC-TTAAGGGAAGTTCAACAAGTTTATAACAATGAGTCTCTGAATAAAGAA----TAT-------AAGTCAAGTTAAATAT