lowQualScore : 11111 1111111111 1111 1111111111 11111 6666666666666666666666666666666666666666 111 22222 11111111 333333 11 2222 1 1 111111 1 111111111 6666666666666666666666 11 11111111 11111111 11 11 11111 1 2222222222 1111 111111 1111
lowQualScore : 3 5 4 5 11111 9999999999 4 4 0000 6666666666 4 4 11111 6666666666666666666666666666666666666666 4 222 0 99999 3 3 7777 55 666 4 22222 55 777 55 4 33333333 8 111111 3 6 66 3 3333 0 3 0 3 3 666 7 666666 3 66 777 777 777777777 9999 9999 66 4 8888 4 4 5555555555555555555555 77 777 66666666 1 2 00000000 4 8888 4 4 66 4 33 55 9999 4 4 4 4 4 88888 2 888 1 4 4 7 4 5 2222222222 2222 5 666666 77 7777 8 8
lowQualScore : . . . . ..... .......... . . .... .......... . . ..... ........................................ . ... . ..... . . .... .. ... . ..... .. ... .. . ........ . ...... . . .. . .... . . . . . ... . ...... . .. ... ... ......... .... .... .. . .... . . ...................... .. ... ........ . . ........ . .... . . .. . .. .. .... . . . . . ..... . ... . . . . . . .......... .... . ...... .. .... . .
lowQualScore : 3 7 2 0 11111 4444444444 7 4 6666 4444444444 4 7 00000 1111111111111111111111111111111111111111 0 222 7 11111 6 6 7777 00 444 0 77777 55 000 55 0 77777777 0 555555 6 2 99 6 6666 9 6 9 6 6 444 3 999999 3 11 888 888 888888888 4444 4444 11 4 9999 4 4 3333333333333333333333 22 888 11111111 0 1 33333333 4 9999 4 4 11 4 66 00 4444 4 4 4 4 4 22222 9 444 8 4 4 8 4 0 6666666666 1111 7 444444 99 1111 0 0
consensus : AAAGAATCTGTCNGT-ATAAGGCGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TTTTT------T---------------------CA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GAAA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATTC-AATAAT-TGAC--A-TACC--AGAGCT-CAGTTGACCA-TAGAAG-T-AA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-----------A-TN--TTTCTTT---GCA--------TAGAGTGGGTCANCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAAA-GACAGT--AA----A-A-TA-C-ACG-T--T--ATCC--TTTTTTAAAAATAT-GGTACG-AAGACCC-A-CT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
Reference ( gi|4 ) : AGAAAATCTGTCTGT-ATAAGGCGATG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TTTTT------T---------------------CA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GAAA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATTC-AACAAT-TGAC--A-TACC--AA--CT-CGGTTGACCA-TAGAA--T-AA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-----------A-TA--TTGCTTT---GCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAAA-GACAGT--AA----A-A-TA-C-ATG-T--T--ATCC--TTTTTTAAAAATAT-GGTACG-AAGA-CC-A-TT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
gi|3 : AGAAAATCTGTCTGT-ATAAGGCGATG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TTTTT------T---------------------CA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GAAA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATTC-AACAAT-TGAC--A-TACC--AA--CT-CGGTTGACCA-TAGAA--T-AA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-----------A-TA--TTGCTTT---GCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAAA-GACAGT--AA----A-A-TA-C-ATG-T--T--ATCC--TTTTTTAAAAATAT-GGTACG-AAGA-CC-A-TT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
gi|1 : AGAAAATCTGTCTGTGATAAGG-GATG-AGCTGATTCTC----------GCCACG-AA-CAG----CAGATA-------AAGAAA-TCGATATA--TTTTA------T---------------------CA----C-----AA-AAAT-ATGGGCTTTT------GT-GAAAAG----TTATGAA--A---TATATGTA-CAC---AT--TA----G--TATTCAAACAAT-TGAC--A-TACC--AA-----CGG-TGACCA-TAGAAG-T-AATT-T-C-TATTA-GCAAGC-A--CC--AAA-TAGT--T---GCATGCTTAA---------GT----ATTT----AC-CAGAAATTCGGGCAACTTATA----GATC-TATAAA--A-----------A-TACTTTGCTTCTAAGCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TTATTTTGGAGCAATA-CG--AATAACG-AAAA-GACAGTAAAA----A-A-TA-CAATG-T--TTAATCC--TTGTTTAAAAATATAGGTACG-AAGA-CC-A-TT----C-ATGTGAAAAAG----GTATT------AG--TTAATAAACTGTCTCTTGTTAA
gi|2 : aaAAAGAATATGTCGGT-ATAGGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGACA-------A-GAAA-TCGATA-AATTTTTT------T---------------------CG----CCA---AA-AAAA-ATGG-CTTTT-----TGT-GAAA-G----TTATGAA--A---T------------------TA---TG--TATTC-AACAAT--GAC--AATACC--AGAGCT-CAGT-GACCA-TAGAA--TTAA-T-TTC-TATTA-GC---C-AA-CC--AAAACGCT--T---ACATGC---A---------AT----ATTT----AGACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATT-TA-AAG--ATTTTTTTTTTTATTT--TTTTTTT---GCA--------TTGAGTGGGTCATCGTACC---A---TT-TTTTG--GCAA-ACCG--AAT-ACG-AAAT-G-CAGT--AA----A-A-TA-A-TTG-T--T--TTCC--TTTTTT-TAAATAT-AGTACA-AAGACCC-A-CT----CTATG-AAAAAAA----GT-TT------AG--TT------TT-TCTGTC-TTAAaaac
gi|8 : AAAGAATCTGGGAGT-ATAAGGCGACA-AA-----TCTG----------CCCACACAA-tttttcaacttctctttca
gi|12 : tAAAGAATCTGTCGGT-ATAAGGCACTG-AA-----TCTGTAGTCTACTGCCCACACAA-CTA----CAGATA-------AA-AAA-TCAATA-A--TTTGT-----------------------------AGGGGC-----AA-AAA-----------T-----TGT-GAAA-G----ATATGAA--A---TATATGTA-CA----AT-----------TATTC-AACAA--TGACA-A-TATCAGAG--CT-CAG-TGACCA-TAGAAT-T-AATT-T-C-TCTAA-GC---CAA--CC--Atcaatatccccccccccctccctctgcaaaaatgggctttttgtgaaagttatgaaatatatgtacacttatcatatgtatttaataatgacaataccagagctcattgtccatagcatcaatttctgttagccactcgaaatgcttatacatgcaatatacatttacactaaaattggcacttataaatgcatctaaaactttctttgcatatacatgtagagtgggtcaacat
gi|5 : AAATCTGGGTGA-ATAAGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACA---------------------------AAA-TCTCCA-T--TTTTTCCCTTTT---------------------CA----T-----AA-TAAA--TGGGCTTTT-----TGT-GAAA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----CT--TG---TG--TATTC-AATAAC---A---A-TACC--AGAGCT-CAGT-GACCA-TAG----T-AA-T-TTC-TATTA-GC---CCA--TC--AAAATGTT--TCAAACATGC---A---------AT----ATTTGTACACACTAAAATT--GGA-ACTCATT---GGACC-TA-A------------------T---TTTTTTT---TCA--------TAGAGTGGGTCAACATACC---AT--TT-ATT-G--GCAA-A-CG--AATAACG-AAAATGACAATT-AA----A-A-TA-C-ATG-T--TT-ATAC--AATTTCCAAAAT-T-GTTACG-AAGA-CCCACTT----G-ATG-AATGAAGTTGAGT-TTTCTCTTAA--TTTTTCAACT-TCTCTT-
gi|16 : -ATAAGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACATAAACTA----CAGCTA-------AAAAAAATCCAC-----TTTTTG-----T---------------------TA----T-----AGCAAAA-ATGGGATTTT-----TGT-GAAA-G----TTATGAA--A---a
gi|9 : gaaagaatatggagctataagcatgAAGTGATGGAA-----TCTG----------CCCACATAA-CTA----CATGTACAGATTTAAAAAT-TCAAAA-A--TTTTT------TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCG----C-----AA-AAAC--TGGGCTTTT-----TGTTGAAA-GATGATTATGAA--A---TATATGTAACA----CT--TA---TG--TATTC-AATAAT-TGACCAA-TACCAGAG--CT-CAG-TGACCATTAGAAGTT-AT-T-T-C-TATTA-GC---C-A--
gi|7 : taacaaagaatttgggggaacA-----TCAG----------CCCACACAA-CTATATGCAAATA-------AA--AA-TTCATT-A--TTTTT------T---------------------CC----C-----TC-AAAATGTGGACTTTTCAAGTTGT-GAAA-G----TTATGAATTA---TATATGTA-CACTTAAT--TAATATAAATATTC-AATAAT-GGCA--A-TACC--AGAGCT-CAAT-GATCA-TAGAAG-T-AA-T-TTC-TATAA-GC---C-AATCA--AAA-TGCT--T---GAATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAA-----GAC-ATTTGTG---CGATC-TA-A-------------------A--TT--TTT---G----------GAAAATGAA-TAACG---A---A---------------AA-A-CG--A--AAC-----A-GGCAGTA-AA----A-A-TA-C-ACGTT--T--ATAC--ACTTTAAAAAATAT-GGTACG-AAGA-CC-atc
gi|6 : cgcA-------AAAAAA-T--ATT-G--TTTTC------T---------------------CT----CTCTCTCA-AAAT-ATGGACTTTT-----GGT-GAAA-T----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----CT--TG---TG--TATTC-AATAAT-GGCA--A-TACC--AGAGCT-CAGT-GACCA-AAGAGG-T-AA-T-T-CCTAAAA-GC---C-AATCA--AAA-TGCT--A---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTACTTCT--GAC-ACGTATA---CGATC-T-------------------------TT--TTT---GCA--------TGTAGTGGGTCAACGTACATGTACCATT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACGTAGAC-GAAAGT--AA----ACA-TA-C-ACG-T--T-------------TA----TAT-GGTACG-AAGACCC-A-CTG---T-AT--GAAAAAA----GT-TT------AG--TTTTC
gi|8 : -AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GAAA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CACTT-ATCATA---TG--TATTT-AATAA--TGACA-A-TACCAGAG--CT-C-ATTGTCCA-TAGCA--TCAATT-T-C-TGTTA-GC---C-A--CTCGAAA-TGCTTAT---ACATGC---A---------ATATACATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATAAATGCATC-TA-AAA-----------------C--TTTCTTT---GCATATACATGTAGAGTGGGTCAtgtcttagtttttcaatttttctttcaa
gi|10 : taaagaatctgggagtataaggcgacaaatctgcccacacaatcaatatccccccccccctccctctgc-----TGT-GGAA-A----AAATGAG--AAATTATATGTA-CA----TT--TA---TG--TATCC---TAATATGAC--AATACC--AAAGCTGCAGTAGAGCA-TAGAAG-T-AA-TAT-T-TGTTA-GC---C-A--ACTAAAA-TGCT--T---ATGTGC---A---------AT----ATTT----ACACTGAAATT--GAC-ACTTATG---GGATCTTA-AAA--A-----------A-acat
gi|14 : --AA--CT-AAGTCTACTA-TA-------AG-T-T-T-TATTGCGC---A-A--TC--AAAATGCT--T---ACATGC---ACTGTGTGCAAT----ATTT----ACATTAAAATT--GGC-ACTTATG---GGATC-TG-AAATTT-----------T-TT--TTTTTTT---GCA--------TAGAGTGGGTCAagcatatataaatattttatttttttttccataaagttggtcaac
gi|2 : tTTT---TCA--------TAGAGTGGGTCTTTGTACT---AT--AT-TT-------AA-A-----AA-AAGG-AAA---ACAAT--TATTTTA-C-TG-C-ATT-TCGT--ATTCGGTTTGCCAAAAA-AT-GGTACG-ATGACCC-A-CT----CAATG-CAAAAA
gi|13 : aaagaatatgtcggtatagggtgacgaatctgcccacacaactacagacaagaaatcgataaatttttttcgccaaaaaaaatggctttttgtgaaagttatgaaattatgtattcaacaatgacaataccagagctcagtgaccatagaattaatttctattagccaaccaaaacgcttacatgcaatatttagactaaaattggcacttataggatttaaagatttttttttttatttttCATACC---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CGGCAATACCA-AAAC-AATAA---AA----A-A-TACC-GCG-TTAT--ATAC--ATTTTCCAAAATG--GGTACGAAAGT-CC-A-CTCTCGC-AT--GAACGAA----GT-TT------AC--TTaaagtttagtttttctgtcttaatttttcaacttctctttca
gi|15 : aTACA---AT--TT-TTT-G--GCAA-A-CG--AATAACG-AAAAAGACAGT--AA----A-AATA-C-ATG-T--TT-ATCC--TTTTTTAAAAATAT-GGTACG-AAGACCC-A-TT----C--T--GAAAAAG----GT-TT------AGTTTTATC-AACT-TCTCTT-TTAAtctgtcccttaatttttcaactttctttcg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GATGCATCTATCAACACAACTAGATAAGAAATTTTGTAATAAAGATTGTTAAATAAATGTTAGATTGTGTATTATTAATGAAAAATACCAATAGTTTAGTGAGTACTGAAGTAATTCATTAGGCAATCAAAACACTTACATTTAGTCTTTATGACAGATAAGGATTTACCGAGAGCCTTTTCT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111 1111111 3333333333333333333333333333333333333333333 11111 1111111 11 11 111111 1 111111111 777777777777777777777777777 11111111 11111111 111 11 11 2222222222 1111 111111
lowQualScore : 66 1 4 2 4 00000 7777777777 3 4 9999 3333333 7 4 3 88888 5555555555555555555555555555555555555555555 3 999 77777 3 44 3 9999 44 555 3 77777 44 555 44 44 6 1111111 6 55 3 55 3 00 9 3 9 3 3 555 6 777777 0 55 666 666 444444444 7777 7777 55 4 777 4 4 222222222222222222222222222 55 777 44444444 1 00000000 4 4 66 4 4 66 4 222 55 4 4 4 4 0 4 66 55 1 2 1 4 8 1111111111 0000 5 444444 66 8888 6 6
lowQualScore : .. . . . . ..... .......... . . .... ....... . . . ..... ........................................... . ... ..... . .. . .... .. ... . ..... .. ... .. .. . ....... . .. . .. . .. . . . . . ... . ...... . .. ... ... ......... .... .... .. . ... . . ........................... .. ... ........ . ........ . . .. . . .. . ... .. . . . . . . .. .. . . . . . .......... .... . ...... .. .... . .
lowQualScore : 99 0 4 7 0 00000 5555555555 2 0 4444 0000000 3 0 2 11111 2222222222222222222222222222222222222222222 6 555 77777 1 22 1 6666 22 444 3 44444 66 888 66 66 7 7777777 7 44 1 33 1 44 2 1 2 1 1 444 2 333333 9 00 444 444 555555555 7777 7777 55 0 000 0 0 666666666666666666666666666 55 000 55555555 0 00000000 4 6 11 4 4 11 4 666 00 4 4 4 4 7 4 11 00 1 3 8 4 4 5555555555 6666 0 444444 99 9999 7 7
consensus : AAAGAA--TCTGTCNGT-ATAAGGCGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AATAATTGAC--A-TACCAG-AGCT-CAGTTGACCA-TAGAAG-TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TNTTT--TTTT---GCA--------TAGAGTGGGTCANCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ACG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCACT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
Reference ( family-2513 ) : AAAGAA--TCTGTCNGT-ATAAGGCGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AATAATTGAC--A-TACCAG-AGCT-CAGTTGACCA-TAGAAG-TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TNTTT--CTTT---GCA--------TAGAGTGGGTCANCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ACG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCACT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
gi|1 : AAAGAAAATCTGTCTGTGATAAGG-GATG-AGCTGATTCTC----------GCCACG-AA-CAG----CAGATA-------AAGAAA-TCGATATA--TT---------------------TTA------TCA----C-----AA-AAAT-ATGGGCTTTT------GT-GA--AAAG----TTATGAA--A---TATATGTA-CAC---AT--TA----G--TATT--CAAACAATTGAC--A-TACCAA------CGG-TGACCA-TAGAAG-TAATT-T-C-TATTA-GCAAGC-A--CC--AAA-TAGT--T---GCATGCTTAA---------GT----ATTT----AC-CAGAAATTCGGGCAACTTATA----GATC-TATAAA--A-------------------A-TACTTTGCTTCTAAGCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TTATTTTGGAGCAATA-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGTAAAAA-A-TA-CAATG-T--TTAATCCTTGTTTAAAAATATAGGTACGAAGA-CCATT----C-ATGTGAAAAAG----GTATT------AG--TTAATAAACTGTCTCTTGTTAA
gi|10 : -----TGT-GG--AA-A----AAATGAG--AAATTATATGTA-CA----TT--TA---TG--TATC--CTAATA--TGAC--AATACCAA-AGCTGCAGTAGAGCA-TAGAAG-TAA-TAT-T-TGTTA-GC---C-A--ACTAAAA-TGCT--T---ATGTGC---A---------AT----ATTT----ACACTGAAATT--GAC-ACTTATG---GGATCTTA-AAA--AAAGCATATATAAATATTTTA-TTTTT--TTTT---CCA--------TAAAGTTGGTCAACaaac
gi|11 : TTT-----TGT-AATAAA-GA---TTGTTAA--A---TAAATGTT-AG----AT--TG---TG--TATTATT-AATGA--AAA--A-TACCAATAGTT-TAGT-GAGTA-CTGAAG-TAA-T-T-C--ATTA-GG---C-AATCA--AAA-CACT--T---ACATTT---A---------GT----CTTT----A
gi|12 : gatgcatctatcaacacaactagataagaaaAAAGAA--TCTGTCGGT-ATAAGGCACTG-AA-----TCTGTAGTCTACTGCCCACACAA-CTA----CAGATA-------AA-AAA-TCAATA-A--TT---------------------TGT--------AGGGGC-----AA-AAA-----------T-----TGT-GA--AA-G----ATATGAA--A---TATATGTA-CA----AT-----------TATT--C-AACAA-TGACA-A-TATCAG-AGCT-CAG-TGACCA-TAGAAT-TAATT-T-C-TCTAA-GC---CAA--CC--Atgacagataaggatttaccgagagccttttct
gi|13 : CATACC---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CGGCAATACCA-AAA-C-AATAA---AAA-A-TACC-GCG-TTAT--ATACATTTTCCAAAATG--GGTACGAAAGTCCACTCTCGC-AT--GAACGAA----GT-TT------AC--TT
gi|14 : a-AACT-AAGTCTACTA-TA------AG-T-T-T-TATTGCGC---A-A--TC--AAAATGCT--T---ACATGC---ACTGTGTGCAAT----ATTT----ACATTAAAATT--GGC-ACTTATG---GGATC-TG-AAATTT-------------------T-TTTTT--TTTT---GCA--------TAGAGTGGGTCAtctgtcccttaatttttcaactttctttcg
gi|15 : tTACA---AT--TT-TTT-G--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-AAGACAGT--AAA-AATA-C-ATG-T--TT-ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCATT----C--T--GAAAAAG----GT-TT------AGTTTTATC-AACT-TCTCTT-TTAA
gi|16 : -ATAAGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACATAAACTA----CAGCTA-------AAAAAAATCCAC-----TT---------------------TTTG-----TTA----T-----AGCAAAA-ATGGGATTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---a
gi|2 : gaaagaatatggagctataagcatgAAAGAA--TATGTCGGT-ATAGGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGACA-------A-GAAA-TCGATA-AATTT---------------------TTT------TCG----CCA---AA-AAAA-ATGG-CTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---T------------------TA---TG--TATT--C-AACAAT-GAC--AATACCAG-AGCT-CAGT-GACCA-TAGAAT-TAA-T-TTC-TATTA-GC---C-AA-CC--AAAACGCT--T---ACATGC---A---------AT----ATTT----AGACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATT-TA-AAG--ATTTTTTTTTTT--------ATTTTTT--TTTT---GCA--------TTGAGTGGGTCATCGTACC---A---TT-TTTTG--GCAA-ACCG--AAT-ACG-AAA-T-G-CAGT--AAA-A-TA-A-TTG-T--T--TTCCTTTTTT-TAAATAT-AGTACAAAGACCCACT----CTATG-AAAAAAA----GT-TT------AG--TT------TT-TCTGTC-TTAA
gi|3 : AGAAAA--TCTGTCTGT-ATAAGGCGATG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AACAATTGAC--A-TACCAA---CT-CGGTTGACCA-TAGAA--TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TATTG--CTTT---GCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ATG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGA-CCATT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAAtttttcaacttctctttca
gi|4 : AGAAAA--TCTGTCTGT-ATAAGGCGATG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AACAATTGAC--A-TACCAA---CT-CGGTTGACCA-TAGAA--TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TATTG--CTTT---GCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ATG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGA-CCATT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
gi|5 : AA--TCTGGGTGA-ATAAGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACA---------------------------AAA-TCTCCA-T--TT---------------------TTTCCCTTTTCA----T-----AA-TAAA--TGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----CT--TG---TG--TATT--C-AATAAC--A---A-TACCAG-AGCT-CAGT-GACCA-TAG----TAA-T-TTC-TATTA-GC---CCA--TC--AAAATGTT--TCAAACATGC---A---------AT----ATTTGTACACACTAAAATT--GGA-ACTCATT---GGACC-TA-A--------------------------TTTTT--TTTT----CA--------TAGAGTGGGTCAACATACC---AT--TT-ATT-G--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-ATGACAATT-AAA-A-TA-C-ATG-T--TT-ATACAATTTCCAAAAT-T-GTTACGAAGACCCACT----TGATG-AATGAAGTTGAGT-TTTCTCTTAA--TTTTTCAACT-TCTCTT-
gi|6 : aA-------AAAAAA-T--ATT-G--TT---------------------TTC------TCT----CTCTCTCA-AAAT-ATGGACTTTT-----GGT-GA--AA-T----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----CT--TG---TG--TATT--C-AATAATGGCA--A-TACCAG-AGCT-CAGT-GACCA-AAGAGG-TAA-T-T-CCTAAAA-GC---C-AATCA--AAA-TGCT--A---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTACTTCT--GAC-ACGTATA---CGATC-T---------------------------------T--TTTT---GCA--------TGTAGTGGGTCAACGTACATGTACCATT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACGTAGA-C-GAAAGT--AAACA-TA-C-ACG-T--T-----------TA----TAT-GGTACGAAGACCCACTG---T-AT--GAAAAAA----GT-TT------AG--TTTTCa
gi|7 : CG-CA-----TCAG----------CCCACACAA-CTATATGCAAATA-------AA--AA-TTCATT-A--TT---------------------TTT------TCC----C-----TC-AAAATGTGGACTTTTCAAGTTGT-GA--AA-G----TTATGAATTA---TATATGTA-CACTTAAT--TAATATAAATATT--C-AATAATGGCA--A-TACCAG-AGCT-CAAT-GATCA-TAGAAG-TAA-T-TTC-TATAA-GC---C-AATCA--AAA-TGCT--T---GAATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAA-----GAC-ATTTGTG---CGATC-TA-AA-----------------------------T--TTTT---G----------GAAAATGAAT-AACG-----------------------AA-A--------AACG-AAACA-GGCAGTA-AAA-A-TA-C-ACGTT--T--ATACACTTTAAAAAATAT-GGTACGAAGACCtgtcttagtttttcaatttttctttcaa
gi|8 : AAAGAA--TCTGGGAGT-ATAAGGCGACA-AA-----TCTG----------CCCACACAA-
gi|8 : t-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CACTT-ATCATA---TG--TATT--T-AATAA-TGACA-A-TACCAG-AGCT-CA-TTGTCCA-TAGCAT-CAATT-T-C-TGTTA-GC---C-A--CTCGAAA-TGCTTAT---ACATGC---A---------ATATACATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATAAATGCATC-TA-AAA-------------------------CTTT--CTTT---GCATATACATGTAGAGTGGGTCAACATtcaatatccccccccccctccctctgcaaaaatgggctttttgtgaaagttatgaaatatatgtacacttatcatatgtatttaataatgacaataccagagctcattgtccatagcatcaatttctgttagccactcgaaatgcttatacatgcaatatacatttacactaaaattggcacttataaatgcatctaaaactttctttgcatatacatgtagagtgggtcaacat
gi|9 : taaagaatctgggagtataaggcgacaaatctgcccacacaatcaatatccccccccccctccctctgcAAAGAA--TTTGGGGGA-ACAAG-TGATGGAA-----TCTG----------CCCACATAA-CTA----CATGTACAGATTTAAAAAT-TCAAAA-A--TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT------TCG----C-----AA-AAAC--TGGGCTTTT-----TGTTGA--AA-GATGATTATGAA--A---TATATGTAACA----CT--TA---TG--TATT--C-AATAATTGACCAA-TACCAG-AGCT-CAG-TGACCATTAGAAGTTAT-T-T-C-TATTA-GC---C-A--
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111 1111111 3333333333333333333333333333333333333333333 11111 1111111 11 11 111111 1 111111111 777777777777777777777777777 11111111 111 11 11 2222222222 1111 111111
lowQualScore : 66 1 4 2 4 00000 7777777777 3 4 9999 3333333 7 4 3 88888 5555555555555555555555555555555555555555555 3 999 77777 3 44 3 9999 44 555 3 77777 44 555 44 44 6 1111111 6 55 3 55 3 00 9 3 9 3 3 555 6 777777 0 55 666 666 444444444 7777 7777 55 4 777 4 4 222222222222222222222222222 4 8888 44444444 2 777 66 4 4 66 4 4 66 4 222 55 4 4 4 4 0 4 66 55 1 2 1 4 8 1111111111 0000 5 444444 66 8888 6 6
lowQualScore : .. . . . . ..... .......... . . .... ....... . . . ..... ........................................... . ... ..... . .. . .... .. ... . ..... .. ... .. .. . ....... . .. . .. . .. . . . . . ... . ...... . .. ... ... ......... .... .... .. . ... . . ........................... . .... ........ . ... .. . . .. . . .. . ... .. . . . . . . .. .. . . . . . .......... .... . ...... .. .... . .
lowQualScore : 99 0 4 7 0 00000 5555555555 2 0 4444 0000000 3 0 2 11111 2222222222222222222222222222222222222222222 6 555 77777 1 22 1 6666 22 444 3 44444 66 888 66 66 7 7777777 7 44 1 33 1 44 2 1 2 1 1 444 2 333333 9 00 444 444 555555555 7777 7777 55 0 000 0 0 666666666666666666666666666 0 5555 55555555 6 888 11 4 6 11 4 4 11 4 666 00 4 4 4 4 7 4 11 00 1 3 8 4 4 5555555555 6666 0 444444 99 9999 7 7
consensus : AAAGAA--TCTGTCNGT-ATAAGGCGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AATAATTGAC--A-TACCAG-AGCT-CAGTTGACCA-TAGAAG-TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TNTTTT-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTCANCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ACG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCACT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
Reference ( family-2513 ) : AAAGAA--TCTGTCNGT-ATAAGGCGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AATAATTGAC--A-TACCAG-AGCT-CAGTTGACCA-TAGAAG-TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TNTTTT-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTCANCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ACG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCACT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
gi|1 : AAAGAAAATCTGTCTGTGATAAGG-GATG-AGCTGATTCTC----------GCCACG-AA-CAG----CAGATA-------AAGAAA-TCGATATA--TT---------------------TTA------TCA----C-----AA-AAAT-ATGGGCTTTT------GT-GA--AAAG----TTATGAA--A---TATATGTA-CAC---AT--TA----G--TATT--CAAACAATTGAC--A-TACCAA------CGG-TGACCA-TAGAAG-TAATT-T-C-TATTA-GCAAGC-A--CC--AAA-TAGT--T---GCATGCTTAA---------GT----ATTT----AC-CAGAAATTCGGGCAACTTATA----GATC-TATAAA--A-------------------A-TACTTTGCTTCTAAGCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TTATTTTGGAGCAATA-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGTAAAAA-A-TA-CAATG-T--TTAATCCTTGTTTAAAAATATAGGTACGAAGA-CCATT----C-ATGTGAAAAAG----GTATT------AG--TTAATAAACTGTCTCTTGTTAA
gi|10 : -----TGT-GG--AA-A----AAATGAG--AAATTATATGTA-CA----TT--TA---TG--TATC--CTAATA--TGAC--AATACCAA-AGCTGCAGTAGAGCA-TAGAAG-TAA-TAT-T-TGTTA-GC---C-A--ACTAAAA-TGCT--T---ATGTGC---A---------AT----ATTT----ACACTGAAATT--GAC-ACTTATG---GGATCTTA-AAA--AAAGCATATATAAATATTTTA-TTTTTT-TTT----CCA--------TAAAGTTGGTCAACaaac
gi|11 : TTT-----TGT-AATAAA-GA---TTGTTAA--A---TAAATGTT-AG----AT--TG---TG--TATTATT-AATGA--AAA--A-TACCAATAGTT-TAGT-GAGTA-CTGAAG-TAA-T-T-C--ATTA-GG---C-AATCA--AAA-CACT--T---ACATTT---A---------GT----CTTT----A
gi|12 : gatgcatctatcaacacaactagataagaaaAAAGAA--TCTGTCGGT-ATAAGGCACTG-AA-----TCTGTAGTCTACTGCCCACACAA-CTA----CAGATA-------AA-AAA-TCAATA-A--TT---------------------TGT--------AGGGGC-----AA-AAA-----------T-----TGT-GA--AA-G----ATATGAA--A---TATATGTA-CA----AT-----------TATT--C-AACAA-TGACA-A-TATCAG-AGCT-CAG-TGACCA-TAGAAT-TAATT-T-C-TCTAA-GC---CAA--CC--Atgacagataaggatttaccgagagccttttct
gi|13 : CATACC---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CGGCAATACCA-AAA-C-AATAA---AAA-A-TACC-GCG-TTAT--ATACATTTTCCAAAATG--GGTACGAAAGTCCACTCTCGC-AT--GAACGAA----GT-TT------AC--TT
gi|14 : a-AACT-AAGTCTACTA-TA------AG-T-T-T-TATTGCGC---A-A--TC--AAAATGCT--T---ACATGC---ACTGTGTGCAAT----ATTT----ACATTAAAATT--GGC-ACTTATG---GGATC-TG-AAATTT-------------------T-TTTTTT-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTCAtctgtcccttaatttttcaactttctttcg
gi|15 : tTACA---AT--TT-TTT-G--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-AAGACAGT--AAA-AATA-C-ATG-T--TT-ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCATT----C--T--GAAAAAG----GT-TT------AGTTTTATC-AACT-TCTCTT-TTAA
gi|16 : -ATAAGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACATAAACTA----CAGCTA-------AAAAAAATCCAC-----TT---------------------TTTG-----TTA----T-----AGCAAAA-ATGGGATTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---a
gi|2 : gaaagaatatggagctataagcatgAAAGAA--TATGTCGGT-ATAGGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGACA-------A-GAAA-TCGATA-AATTT---------------------TTT------TCG----CCA---AA-AAAA-ATGG-CTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---T------------------TA---TG--TATT--C-AACAAT-GAC--AATACCAG-AGCT-CAGT-GACCA-TAGAAT-TAA-T-TTC-TATTA-GC---C-AA-CC--AAAACGCT--T---ACATGC---A---------AT----ATTT----AGACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATT-TA-AAG--ATTTTTTTTTTT--------ATTTTTTT-TTT----GCA--------TTGAGTGGGTCATCGTACC---A---TT-TTTTG--GCAA-ACCG--AAT-ACG-AAA-T-G-CAGT--AAA-A-TA-A-TTG-T--T--TTCCTTTTTT-TAAATAT-AGTACAAAGACCCACT----CTATG-AAAAAAA----GT-TT------AG--TT------TT-TCTGTC-TTAA
gi|3 : AGAAAA--TCTGTCTGT-ATAAGGCGATG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AACAATTGAC--A-TACCAA---CT-CGGTTGACCA-TAGAA--TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TATTGC-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ATG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGA-CCATT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAAtttttcaacttctctttca
gi|4 : AGAAAA--TCTGTCTGT-ATAAGGCGATG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AACAATTGAC--A-TACCAA---CT-CGGTTGACCA-TAGAA--TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TATTGC-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ATG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGA-CCATT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
gi|5 : AA--TCTGGGTGA-ATAAGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACA---------------------------AAA-TCTCCA-T--TT---------------------TTTCCCTTTTCA----T-----AA-TAAA--TGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----CT--TG---TG--TATT--C-AATAAC--A---A-TACCAG-AGCT-CAGT-GACCA-TAG----TAA-T-TTC-TATTA-GC---CCA--TC--AAAATGTT--TCAAACATGC---A---------AT----ATTTGTACACACTAAAATT--GGA-ACTCATT---GGACC-TA-A--------------------------TTTTTT-TTT-----CA--------TAGAGTGGGTCAACATACC---AT--TT-ATT-G--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-ATGACAATT-AAA-A-TA-C-ATG-T--TT-ATACAATTTCCAAAAT-T-GTTACGAAGACCCACT----TGATG-AATGAAGTTGAGT-TTTCTCTTAA--TTTTTCAACT-TCTCTT-
gi|6 : aA-------AAAAAA-T--ATT-G--TT---------------------TTC------TCT----CTCTCTCA-AAAT-ATGGACTTTT-----GGT-GA--AA-T----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----CT--TG---TG--TATT--C-AATAATGGCA--A-TACCAG-AGCT-CAGT-GACCA-AAGAGG-TAA-T-T-CCTAAAA-GC---C-AATCA--AAA-TGCT--A---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTACTTCT--GAC-ACGTATA---CGATC-T---------------------------------TT-TTT----GCA--------TGTAGTGGGTCAACGTACATGTACCATT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACGTAGA-C-GAAAGT--AAACA-TA-C-ACG-T--T-----------TA----TAT-GGTACGAAGACCCACTG---T-AT--GAAAAAA----GT-TT------AG--TTTTCa
gi|7 : CG-CA-----TCAG----------CCCACACAA-CTATATGCAAATA-------AA--AA-TTCATT-A--TT---------------------TTT------TCC----C-----TC-AAAATGTGGACTTTTCAAGTTGT-GA--AA-G----TTATGAATTA---TATATGTA-CACTTAAT--TAATATAAATATT--C-AATAATGGCA--A-TACCAG-AGCT-CAAT-GATCA-TAGAAG-TAA-T-TTC-TATAA-GC---C-AATCA--AAA-TGCT--T---GAATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAA-----GAC-ATTTGTG---CGATC-TA-AA-----------------------------TT-TTT----G----------GAAAATG-----------A---AT---------------A-A-CG--AAAAACG-AAACA-GGCAGTA-AAA-A-TA-C-ACGTT--T--ATACACTTTAAAAAATAT-GGTACGAAGACCtgtcttagtttttcaatttttctttcaa
gi|8 : AAAGAA--TCTGGGAGT-ATAAGGCGACA-AA-----TCTG----------CCCACACAA-
gi|8 : t-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CACTT-ATCATA---TG--TATT--T-AATAA-TGACA-A-TACCAG-AGCT-CA-TTGTCCA-TAGCAT-CAATT-T-C-TGTTA-GC---C-A--CTCGAAA-TGCTTAT---ACATGC---A---------ATATACATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATAAATGCATC-TA-AAA-------------------------CTTTC-TTT----GCATATACATGTAGAGTGGGTCAACATtcaatatccccccccccctccctctgcaaaaatgggctttttgtgaaagttatgaaatatatgtacacttatcatatgtatttaataatgacaataccagagctcattgtccatagcatcaatttctgttagccactcgaaatgcttatacatgcaatatacatttacactaaaattggcacttataaatgcatctaaaactttctttgcatatacatgtagagtgggtcaacat
gi|9 : taaagaatctgggagtataaggcgacaaatctgcccacacaatcaatatccccccccccctccctctgcAAAGAA--TTTGGGGGA-ACAAG-TGATGGAA-----TCTG----------CCCACATAA-CTA----CATGTACAGATTTAAAAAT-TCAAAA-A--TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT------TCG----C-----AA-AAAC--TGGGCTTTT-----TGTTGA--AA-GATGATTATGAA--A---TATATGTAACA----CT--TA---TG--TATT--C-AATAATTGACCAA-TACCAG-AGCT-CAG-TGACCATTAGAAGTTAT-T-T-C-TATTA-GC---C-A--
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111 1111111 3333333333333333333333333333333333333333333 11111 1111111 11 11 111111 1 111111111 777777777777777777777777777 11111111 111 11 11 2222222222 1111 111111
lowQualScore : 66 1 4 2 4 00000 7777777777 3 4 9999 3333333 7 4 3 88888 5555555555555555555555555555555555555555555 3 999 77777 3 44 3 9999 44 555 3 77777 44 555 44 44 6 1111111 6 55 3 55 3 00 9 3 9 3 3 555 6 777777 0 55 666 666 444444444 7777 7777 55 4 777 4 4 222222222222222222222222222 4 8888 44444444 2 777 66 4 4 66 4 4 66 4 222 55 4 4 4 4 0 4 66 55 1 2 1 4 8 1111111111 0000 5 444444 66 8888 6 6
lowQualScore : .. . . . . ..... .......... . . .... ....... . . . ..... ........................................... . ... ..... . .. . .... .. ... . ..... .. ... .. .. . ....... . .. . .. . .. . . . . . ... . ...... . .. ... ... ......... .... .... .. . ... . . ........................... . .... ........ . ... .. . . .. . . .. . ... .. . . . . . . .. .. . . . . . .......... .... . ...... .. .... . .
lowQualScore : 99 0 4 7 0 00000 5555555555 2 0 4444 0000000 3 0 2 11111 2222222222222222222222222222222222222222222 6 555 77777 1 22 1 6666 22 444 3 44444 66 888 66 66 7 7777777 7 44 1 33 1 44 2 1 2 1 1 444 2 333333 9 00 444 444 555555555 7777 7777 55 0 000 0 0 666666666666666666666666666 0 5555 55555555 6 888 11 4 6 11 4 4 11 4 666 00 4 4 4 4 7 4 11 00 1 3 8 4 4 5555555555 6666 0 444444 99 9999 7 7
consensus : AAAGAA--TCTGTCNGT-ATAAGGCGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AATAATTGAC--A-TACCAG-AGCT-CAGTTGACCA-TAGAAG-TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TNTTTT-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTCANCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ACG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCACT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
Reference ( family-2513 ) : AAAGAA--TCTGTCNGT-ATAAGGCGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AATAATTGAC--A-TACCAG-AGCT-CAGTTGACCA-TAGAAG-TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TNTTTT-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTCANCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ACG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCACT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
gi|1 : AAAGAAAATCTGTCTGTGATAAGG-GATG-AGCTGATTCTC----------GCCACG-AA-CAG----CAGATA-------AAGAAA-TCGATATA--TT---------------------TTA------TCA----C-----AA-AAAT-ATGGGCTTTT------GT-GA--AAAG----TTATGAA--A---TATATGTA-CAC---AT--TA----G--TATT--CAAACAATTGAC--A-TACCAA------CGG-TGACCA-TAGAAG-TAATT-T-C-TATTA-GCAAGC-A--CC--AAA-TAGT--T---GCATGCTTAA---------GT----ATTT----AC-CAGAAATTCGGGCAACTTATA----GATC-TATAAA--A-------------------A-TACTTTGCTTCTAAGCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TTATTTTGGAGCAATA-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGTAAAAA-A-TA-CAATG-T--TTAATCCTTGTTTAAAAATATAGGTACGAAGA-CCATT----C-ATGTGAAAAAG----GTATT------AG--TTAATAAACTGTCTCTTGTTAA
gi|10 : -----TGT-GG--AA-A----AAATGAG--AAATTATATGTA-CA----TT--TA---TG--TATC--CTAATA--TGAC--AATACCAA-AGCTGCAGTAGAGCA-TAGAAG-TAA-TAT-T-TGTTA-GC---C-A--ACTAAAA-TGCT--T---ATGTGC---A---------AT----ATTT----ACACTGAAATT--GAC-ACTTATG---GGATCTTA-AAA--AAAGCATATATAAATATTTTA-TTTTTT-TTT----CCA--------TAAAGTTGGTCAACaaac
gi|11 : TTT-----TGT-AATAAA-GA---TTGTTAA--A---TAAATGTT-AG----AT--TG---TG--TATTATT-AATGA--AAA--A-TACCAATAGTT-TAGT-GAGTA-CTGAAG-TAA-T-T-C--ATTA-GG---C-AATCA--AAA-CACT--T---ACATTT---A---------GT----CTTT----A
gi|12 : gatgcatctatcaacacaactagataagaaaAAAGAA--TCTGTCGGT-ATAAGGCACTG-AA-----TCTGTAGTCTACTGCCCACACAA-CTA----CAGATA-------AA-AAA-TCAATA-A--TT---------------------TGT--------AGGGGC-----AA-AAA-----------T-----TGT-GA--AA-G----ATATGAA--A---TATATGTA-CA----AT-----------TATT--C-AACAA-TGACA-A-TATCAG-AGCT-CAG-TGACCA-TAGAAT-TAATT-T-C-TCTAA-GC---CAA--CC--Atgacagataaggatttaccgagagccttttct
gi|13 : CATACC---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CGGCAATACCA-AAA-C-AATAA---AAA-A-TACC-GCG-TTAT--ATACATTTTCCAAAATG--GGTACGAAAGTCCACTCTCGC-AT--GAACGAA----GT-TT------AC--TT
gi|14 : a-AACT-AAGTCTACTA-TA------AG-T-T-T-TATTGCGC---A-A--TC--AAAATGCT--T---ACATGC---ACTGTGTGCAAT----ATTT----ACATTAAAATT--GGC-ACTTATG---GGATC-TG-AAATTT-------------------T-TTTTTT-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTCAtctgtcccttaatttttcaactttctttcg
gi|15 : tTACA---AT--TT-TTT-G--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-AAGACAGT--AAA-AATA-C-ATG-T--TT-ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCATT----C--T--GAAAAAG----GT-TT------AGTTTTATC-AACT-TCTCTT-TTAA
gi|16 : -ATAAGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACATAAACTA----CAGCTA-------AAAAAAATCCAC-----TT---------------------TTTG-----TTA----T-----AGCAAAA-ATGGGATTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---a
gi|2 : gaaagaatatggagctataagcatgAAAGAA--TATGTCGGT-ATAGGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGACA-------A-GAAA-TCGATA-AATTT---------------------TTT------TCG----CCA---AA-AAAA-ATGG-CTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---T------------------TA---TG--TATT--C-AACAAT-GAC--AATACCAG-AGCT-CAGT-GACCA-TAGAAT-TAA-T-TTC-TATTA-GC---C-AA-CC--AAAACGCT--T---ACATGC---A---------AT----ATTT----AGACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATT-TA-AAG--ATTTTTTTTTTT--------ATTTTTTT-TTT----GCA--------TTGAGTGGGTCATCGTACC---A---TT-TTTTG--GCAA-ACCG--AAT-ACG-AAA-T-G-CAGT--AAA-A-TA-A-TTG-T--T--TTCCTTTTTT-TAAATAT-AGTACAAAGACCCACT----CTATG-AAAAAAA----GT-TT------AG--TT------TT-TCTGTC-TTAA
gi|3 : AGAAAA--TCTGTCTGT-ATAAGGCGATG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AACAATTGAC--A-TACCAA---CT-CGGTTGACCA-TAGAA--TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TATTGC-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ATG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGA-CCATT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAAtttttcaacttctctttca
gi|4 : AGAAAA--TCTGTCTGT-ATAAGGCGATG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AACAATTGAC--A-TACCAA---CT-CGGTTGACCA-TAGAA--TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TATTGC-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ATG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGA-CCATT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
gi|5 : AA--TCTGGGTGA-ATAAGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACA---------------------------AAA-TCTCCA-T--TT---------------------TTTCCCTTTTCA----T-----AA-TAAA--TGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----CT--TG---TG--TATT--C-AATAAC--A---A-TACCAG-AGCT-CAGT-GACCA-TAG----TAA-T-TTC-TATTA-GC---CCA--TC--AAAATGTT--TCAAACATGC---A---------AT----ATTTGTACACACTAAAATT--GGA-ACTCATT---GGACC-TA-A--------------------------TTTTTT-TTT-----CA--------TAGAGTGGGTCAACATACC---AT--TT-ATT-G--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-ATGACAATT-AAA-A-TA-C-ATG-T--TT-ATACAATTTCCAAAAT-T-GTTACGAAGACCCACT----TGATG-AATGAAGTTGAGT-TTTCTCTTAA--TTTTTCAACT-TCTCTT-
gi|6 : aA-------AAAAAA-T--ATT-G--TT---------------------TTC------TCT----CTCTCTCA-AAAT-ATGGACTTTT-----GGT-GA--AA-T----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----CT--TG---TG--TATT--C-AATAATGGCA--A-TACCAG-AGCT-CAGT-GACCA-AAGAGG-TAA-T-T-CCTAAAA-GC---C-AATCA--AAA-TGCT--A---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTACTTCT--GAC-ACGTATA---CGATC-T---------------------------------TT-TTT----GCA--------TGTAGTGGGTCAACGTACATGTACCATT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACGTAGA-C-GAAAGT--AAACA-TA-C-ACG-T--T-----------TA----TAT-GGTACGAAGACCCACTG---T-AT--GAAAAAA----GT-TT------AG--TTTTCa
gi|7 : CG-CA-----TCAG----------CCCACACAA-CTATATGCAAATA-------AA--AA-TTCATT-A--TT---------------------TTT------TCC----C-----TC-AAAATGTGGACTTTTCAAGTTGT-GA--AA-G----TTATGAATTA---TATATGTA-CACTTAAT--TAATATAAATATT--C-AATAATGGCA--A-TACCAG-AGCT-CAAT-GATCA-TAGAAG-TAA-T-TTC-TATAA-GC---C-AATCA--AAA-TGCT--T---GAATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAA-----GAC-ATTTGTG---CGATC-TA-AA-----------------------------TT-TTT----G----------GAAAATG-----------A---AT---------------A-A-CG--AAAAACG-AAACA-GGCAGTA-AAA-A-TA-C-ACGTT--T--ATACACTTTAAAAAATAT-GGTACGAAGACCtgtcttagtttttcaatttttctttcaa
gi|8 : AAAGAA--TCTGGGAGT-ATAAGGCGACA-AA-----TCTG----------CCCACACAA-
gi|8 : t-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CACTT-ATCATA---TG--TATT--T-AATAA-TGACA-A-TACCAG-AGCT-CA-TTGTCCA-TAGCAT-CAATT-T-C-TGTTA-GC---C-A--CTCGAAA-TGCTTAT---ACATGC---A---------ATATACATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATAAATGCATC-TA-AAA-------------------------CTTTC-TTT----GCATATACATGTAGAGTGGGTCAACATtcaatatccccccccccctccctctgcaaaaatgggctttttgtgaaagttatgaaatatatgtacacttatcatatgtatttaataatgacaataccagagctcattgtccatagcatcaatttctgttagccactcgaaatgcttatacatgcaatatacatttacactaaaattggcacttataaatgcatctaaaactttctttgcatatacatgtagagtgggtcaacat
gi|9 : taaagaatctgggagtataaggcgacaaatctgcccacacaatcaatatccccccccccctccctctgcAAAGAA--TTTGGGGGA-ACAAG-TGATGGAA-----TCTG----------CCCACATAA-CTA----CATGTACAGATTTAAAAAT-TCAAAA-A--TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT------TCG----C-----AA-AAAC--TGGGCTTTT-----TGTTGA--AA-GATGATTATGAA--A---TATATGTAACA----CT--TA---TG--TATT--C-AATAATTGACCAA-TACCAG-AGCT-CAG-TGACCATTAGAAGTTAT-T-T-C-TATTA-GC---C-A--
blockSeqs : . G . C G . TAGTCTACTG C A TATG CAGATTT A A A AAAT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGC C ATG CAAGT T TA . ATGA TT AAT A CTTAA CA ATA AA AT T TTGACCA A TA G TA T GT T A T C C . A ACTA A TA CAA . CTGTGTGCA ATAC GTAC . . AAT T . AAAAGCATATATAAATATTTTATT . . TATACATG A TGT CA . T . . C GC T AA T C A C . T TA T A A C . T CTCGCAT TTGA . TCTCTT TT ATCA . .
blockSeqs : . G . T . . . T . . . G . C AA TTTCCCTTTTCAT . AA . . . . A . . . CTTA . . . . . TGACA A A . TC . G T . T . . . C ATCA A . . . . . . . . . . . GATTTTTTTTTTTATTT . . . T . . . T . . . . . AT A . . . . . . T C T A . C CTATG . . . . ATCA . .
blockSeqs : . T . T . . . C . . . G . G AA TTCTCTCTCTCT . AA . . . . . . . . T . . . . . TTGAC . A . TT . G . . T . . . . ATCA A . . . . . . . . . . . ATTTTTT . . . T . . . T . . . . . CA . . . . . . . . C T A . C TGATG . . . . TTTC . .
blockSeqs : . T . C . . . C . . . G . G AA TGTAGGGGC . AA . . . . . . . . A . . . . . TTGAC . A . TT . T . . . . . . . ATCA . . . . . . . . . . . . AAATA . . . T . . . T . . . . . C . . . . . . . . C T A . C CATG . . . . ATC . .
blockSeqs : . T . C . . . C . . . A . G AT TTTTCGCCA . AA . . . . . . . . A . . . . . TGGCA . A . TT . T . . . . . . . CTCG . . . . . . . . . . . . AAATA . . . A . . . T . . . . . T . . . . . . . . C T C . C CATG . . . . . . .
blockSeqs : . A . T . . . C . . . A . T TG TTTGTTAT . TA . . . . . . . . A . . . . . TGGCA . A . T . G . . . . . . . ACC . . . . . . . . . . . . TT . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . A A A . C GTAT . . . .
blockSeqs : . G . C . . . C . . . . . C TA TTTTCAC . AA . . . . . . . . A . . . . . TGACA . A . T . G . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . . AC . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . A A A . . CT . . . .
blockSeqs : . T . . . T . . . . . A AA TTTTCAC . A . . . . . . . . C . . . . . TGAC . A . T . T . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TTTTCCC . C . . . . . . . . C . . . . . TGAC . A . T . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . AAA . A . T . . . . . . . . . CC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CA . . . T . . . . . . . . . TC
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ***** AA*** N**** A* *** *** ** ATN************************ **** ** ** ** CTATG*****
originalCons : AAAGAA--TCTGTCNGT-ATAAGGCGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA----AT--TA---TG--TATT--C-AATAATTGAC--A-TACCAG-AGCT-CAGTTGACCA-TAGAAG-TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAA--A-------------------A-TNTTTT-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTCANCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ACG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCACT----C-ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
finalCons : AAAGAA--TCTGTCNGT-ATAAGGCGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATAA---TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CAN----T--TA---TG--TATT--C-AATAATTGAC--A-TACCAGA-GCT-CAGTTGACCA-TAGAAG-TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TA-AAATN------------------------TTTT-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTCANCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-A-CG--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ACG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCACTCTATG-----GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111 1111111 3333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111 1111111 11 11 111111 1 111111111 77777777777777777777777777777777777777777777 11111111 1 111 11 11 22222222 1111 111111
lowQualScore : 66 1 4 2 4 00000 7777777777 3 4 9999 3333333 7 4 3 88888 5555555555555555555555555555555555555555555 3 999 77777 3 44 3 9999 44 555 3 55 11111111111111 44 44 6 1111111 6 3 3 55 3 00 9 3 9 3 3 555 6 777777 0 55 666 666 444444444 7777 7777 55 4 777 4 99999999999999999999999999999999999999999999 4 8888 44444444 2 777 66 4 0 66 4 4 66 4 222 55 4 4 4 4 0 4 66 55 1 2 4 8 22222222 0000 5 444444 66 8888 6 6
lowQualScore : .. . . . . ..... .......... . . .... ....... . . . ..... ........................................... . ... ..... . .. . .... .. ... . .. .............. .. .. . ....... . . . .. . .. . . . . . ... . ...... . .. ... ... ......... .... .... .. . ... . ............................................ . .... ........ . ... .. . . .. . . .. . ... .. . . . . . . .. .. . . . . ........ .... . ...... .. .... . .
lowQualScore : 99 0 4 7 0 00000 5555555555 2 0 4444 0000000 3 0 2 11111 2222222222222222222222222222222222222222222 6 555 77777 1 22 1 6666 22 444 3 55 00000000000000 66 66 7 7777777 7 1 1 33 1 44 2 1 2 1 1 444 2 333333 9 00 444 444 555555555 7777 7777 55 0 000 0 88888888888888888888888888888888888888888888 0 5555 55555555 6 888 11 4 0 11 4 4 11 4 666 00 4 4 4 4 7 4 11 00 1 3 4 4 99999999 6666 0 444444 99 9999 7 7
consensus : AAAGAA--TCTGTCNGT-ATAAGGCGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA-NT-----TA-------TG--TATT--C-AATAATTGAC--A-TACCAG-AGCT-CAGTTGACCA-TAGAAG-TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-T---AAA---------------------A--------------TNTTTT-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTCANCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-AC-G--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ACG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCACTCT---ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
Reference ( family-2513 ) : AAAGAA--TCTGTCNGT-ATAAGGCGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA-NT-----TA-------TG--TATT--C-AATAATTGAC--A-TACCAG-AGCT-CAGTTGACCA-TAGAAG-TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-T---AAA---------------------A--------------TNTTTT-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTCANCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-AC-G--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ACG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCACTCT---ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
gi|1 : AAAGAAAATCTGTCTGTGATAAGG-GATG-AGCTGATTCTC----------GCCACG-AA-CAG----CAGATA-------AAGAAA-TCGATATA--TT---------------------TTA------TCA----C-----AA-AAAT-ATGGGCTTTT------GT-GA--AAAG----TTATGAA--A---TATATGTA-CACAT-----TA--------G--TATT--CAAACAATTGAC--A-TACCAA------CGG-TGACCA-TAGAAG-TAATT-T-C-TATTA-GCAAGC-A--CC--AAA-TAGT--T---GCATGCTTAA---------GT----ATTT----AC-CAGAAATTCGGGCAACTTATA----GATC-TATAAAA---------------------A--------------TACTTTGCTTCTAAGCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TTATTTTGGAGCAATAC-G--AATAACG-AAA-A-GACAGTAAAAA-A-TA-CAATG-T--TTAATCCTTGTTTAAAAATATAGGTACGAAGA-CCATTC----ATGTGAAAAAG----GTATT------AG--TTAATAAACTGTCTCTTGTTAA
gi|10 : -----TGT-GG--AA-A----AAATGAG--AAATTATATGTA-CA-TT-----TA-------TG--TATC--CTAATA--TGAC--AATACCAA-AGCTGCAGTAGAGCA-TAGAAG-TAA-TAT-T-TGTTA-GC---C-A--ACTAAAA-TGCT--T---ATGTGC---A---------AT----ATTT----ACACTGAAATT--GAC-ACTTATG---GGATCTT---AAAAAAAGCATATATAAATATTTTA--------------TTTTTT-TTT----CCA--------TAAAGTTGGTCAACaaac
gi|11 : TTT-----TGT-AATAAA-GA---TTGTTAA--A---TAAATGTT-AG-AT-----TG-------TG--TATTATT-AATGA--AAA--A-TACCAATAGTT-TAGT-GAGTA-CTGAAG-TAA-T-T-C--ATTA-GG---C-AATCA--AAA-CACT--T---ACATTT---A---------GT----CTTT----A
gi|12 : gatgcatctatcaacacaactagataagaaaAAAGAA--TCTGTCGGT-ATAAGGCACTG-AA-----TCTGTAGTCTACTGCCCACACAA-CTA----CAGATA-------AA-AAA-TCAATA-A--TT---------------------TGT--------AGGGGC-----AA-AAA-----------T-----TGT-GA--AA-G----ATATGAA--A---TATATGTA-CA-AT------------------TATT--C-AACAA-TGACA-A-TATCAG-AGCT-CAG-TGACCA-TAGAAT-TAATT-T-C-TCTAA-GC---CAA--CC--Atgacagataaggatttaccgagagccttttct
gi|13 : CATACC---AT--TT-TTTTG--GCAA-AC-GGCAATACCA-AAA-C-AATAA---AAA-A-TACC-GCG-TTAT--ATACATTTTCCAAAATG--GGTACGAAAGTCCACTCTCGCAT--GAACGAA----GT-TT------AC--TT
gi|14 : a-AACT-AAGTCTACTA-TA------AG-T-T-T-TATTGCGC---A-A--TC--AAAATGCT--T---ACATGC---ACTGTGTGCAAT----ATTT----ACATTAAAATT--GGC-ACTTATG---GGATC-T---GAA---------------------ATTTT----------TTTTTT-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTCAtctgtcccttaatttttcaactttctttcg
gi|15 : tTACA---AT--TT-TTT-G--GCAA-AC-G--AATAACG-AAA-AAGACAGT--AAA-AATA-C-ATG-T--TT-ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGACCCATTCT-------GAAAAAG----GT-TT------AGTTTTATC-AACT-TCTCTT-TTAA
gi|16 : -ATAAGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACATAAACTA----CAGCTA-------AAAAAAATCCAC-----TT---------------------TTTG-----TTA----T-----AGCAAAA-ATGGGATTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---a
gi|2 : gaaagaatatggagctataagcatgAAAGAA--TATGTCGGT-ATAGGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGACA-------A-GAAA-TCGATA-AATTT---------------------TTT------TCG----CCA---AA-AAAA-ATGG-CTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---T------------------TA-------TG--TATT--C-AACAAT-GAC--AATACCAG-AGCT-CAGT-GACCA-TAGAAT-TAA-T-TTC-TATTA-GC---C-AA-CC--AAAACGCT--T---ACATGC---A---------AT----ATTT----AGACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATT-T---AAA---------------------GATTTTTTTTTTTATTTTTTT-TTT----GCA--------TTGAGTGGGTCATCGTACC---AT--TT-TTT-G--GCAA-ACCG--AATA-CG-AAA-T-G-CAGT--AAA-A-TA-A-TTG-T--T--TTCCTTTTTTTAAA-TAT-AGTACAAAGACCCACTCT---ATG-AAAAAAA----GT-TT------AG--TT------TT-TCTGTC-TTAA
gi|3 : AGAAAA--TCTGTCTGT-ATAAGGCGATG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA-AT-----TA-------TG--TATT--C-AACAATTGAC--A-TACC---AACT-CGGTTGACCA-TAGAA--TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TAA-AAA---------------------A--------------TATTGC-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-AC-G--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ATG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGA-CCATTC----ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAAtttttcaacttctctttca
gi|4 : AGAAAA--TCTGTCTGT-ATAAGGCGATG-AA-----TCTG----------CCCACACAA-CTA----CAGATA-------AAGAAA-TCGATA-A--TT---------------------TTT------TCA----C-----AA-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA-AT-----TA-------TG--TATT--C-AACAATTGAC--A-TACC---AACT-CGGTTGACCA-TAGAA--TAA-T-T-C-TATTA-GC---C-A--CC--AAA-TGCT--T---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATA---GGATC-TAA-AAA---------------------A--------------TATTGC-TTT----GCA--------TAGAGTGGGTTATCGTACA---AT--TT-TTTTG--GCAA-AC-G--AATAACG-AAA-A-GACAGT--AAA-A-TA-C-ATG-T--T--ATCCTTTTTTAAAAATAT-GGTACGAAGA-CCATTC----ATG-GAAAAAG----GT-TT------AG--TTATCAAACT-TCTCTT-TTAA
gi|5 : AA--TCTGGGTGA-ATAAGGTGACG-AA-----TCTG----------CCCACA---------------------------AAA-TCTCCA-T--TT---------------------TTTCCCTTTTCA----T-----AA-TAAA--TGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA-CT-----TG-------TG--TATT--C-AATAAC--A---A-TACCAG-AGCT-CAGT-GACCA-TAG----TAA-T-TTC-TATTA-GC---CCA--TC--AAAATGTT--TCAAACATGC---A---------AT----ATTTGTACACACTAAAATT--GGA-ACTCATT---GGACC-T---AA-------------------------------------TTTTTT-TTT-----CA--------TAGAGTGGGTCAACATACC---AT--TT-ATT-G--GCAA-AC-G--AATAACG-AAA-ATGACAATT-AAA-A-TA-C-ATG-T--TT-ATACAATTTCCAAAAT-T-GTTACGAAGACCCACTTG---ATG-AATGAAGTTGAGT-TTTCTCTTAA--TTTTTCAACT-TCTCTT-
gi|6 : aA-------AAAAAA-T--ATT-G--TT---------------------TTC------TCT----CTCTCTCA-AAAT-ATGGACTTTT-----GGT-GA--AA-T----TTATGAA--A---TATATGTA-CA-CT-----TG-------TG--TATT--C-AATAATGGCA--A-TACCAG-AGCT-CAGT-GACCA-AAGAGG-TAA-T-T-CCTAAAA-GC---C-AATCA--AAA-TGCT--A---GCATGC---A---------AT----ATTT----ACACTACTTCT--GAC-ACGTATA---CGATC-T----------------------------------------------TT-TTT----GCA--------TGTAGTGGGTCAACGTACATGTACCATT-TTTTG--GCAA-AC-G--AATAACGTAGA-C-GAAAGT--AAACA-TA-C-ACG-T--T-----------TA----TAT-GGTACGAAGACCCACTGT---AT--GAAAAAA----GT-TT------AG--TTTTCa
gi|7 : CG-CA-----TCAG----------CCCACACAA-CTATATGCAAATA-------AA--AA-TTCATT-A--TT---------------------TTT------TCC----C-----TC-AAAATGTGGACTTTTCAAGTTGT-GA--AA-G----TTATGAATTA---TATATGTA-CA-CT-----TAATTAATATAAATATT--C-AATAATGGCA--A-TACCAG-AGCT-CAAT-GATCA-TAGAAG-TAA-T-TTC-TATAA-GC---C-AATCA--AAA-TGCT--T---GAATGC---A---------AT----ATTT----ACACTAAA-----GAC-ATTTGTG---CGATC-T---AAA----------------------------------------TT-TTT----G----------GAAAATG-----------A---AT---------------A-AC-G--AAAAACG-AAACA-GGCAGTA-AAA-A-TA-C-ACGTT--T--ATACACTTTAAAAAATAT-GGTACGAAGACCtgtcttagtttttcaatttttctttcaa
gi|8 : AAAGAA--TCTGGGAGT-ATAAGGCGACA-AA-----TCTG----------CCCACACAA-
gi|8 : t-AAAA-ATGGGCTTTT-----TGT-GA--AA-G----TTATGAA--A---TATATGTA-CA-CTTATCATA-------TG--TATT--T-AATAA-TGACA-A-TACCAG-AGCT-CA-TTGTCCA-TAGCAT-CAATT-T-C-TGTTA-GC---C-A--CTCGAAA-TGCTTAT---ACATGC---A---------ATATACATTT----ACACTAAAATT--GGC-ACTTATAAATGCATC-T---AAA---------------------A---------------CTTTC-TTT----GCATATACATGTAGAGTGGGTCAACATtcaatatccccccccccctccctctgcaaaaatgggctttttgtgaaagttatgaaatatatgtacacttatcatatgtatttaataatgacaataccagagctcattgtccatagcatcaatttctgttagccactcgaaatgcttatacatgcaatatacatttacactaaaattggcacttataaatgcatctaaaactttctttgcatatacatgtagagtgggtcaacat
gi|9 : taaagaatctgggagtataaggcgacaaatctgcccacacaatcaatatccccccccccctccctctgcAAAGAA--TTTGGGGGA-ACAAG-TGATGGAA-----TCTG----------CCCACATAA-CTA----CATGTACAGATTTAAAAAT-TCAAAA-A--TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT------TCG----C-----AA-AAAC--TGGGCTTTT-----TGTTGA--AA-GATGATTATGAA--A---TATATGTAACA-CT-----TA-------TG--TATT--C-AATAATTGACCAA-TACCAG-AGCT-CAG-TGACCATTAGAAGTTAT-T-T-C-TATTA-GC---C-A--