lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                      1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                           111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          44444444444444444444444444444444444444444444444444                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                5555555555555555555                   33333                       11               1          1111    6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666              2222          2222                       3333333333333       1                 1         1            11      1   1   111   55555         4444444444     1                   777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777                        66666666666666666666        11   11     11   3333333    1        5555               333     1      1      2222222      1      1  1           33333       2222222222         3333333333           333     11       333333    1             1   4      1   2   2   22          1           2    2      2                222     333          2   4           1          2          2222    1         1  1          22   6666666  1   1              2    3333                 22            22    5555555         444444       7777        4        4         44444444     4      4     5555555       4               555555555555555    22                 66666666666666                    1                4              4        666   1      99999999999999999999999999999999999999999999999999                      55555     4          55            1       4            4          11    1  444444      1                       33                                             111      55555555         11                            11     1       1                  11   22222        111         11       1                   333        1      1        
lowQualScore                  :                                                                                                              5  66    3   99   4444444444444444444        4     66   99999     4    4            55 2  777  33    6  2       0000    4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  5  5   77   2222          2222         3         0   1111111111111       0        6        3         3            33      0   0   777   22222    2    3333333333     0  77        6      222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222          7             66666666666666666666        88   88     88   9999999    6        0000            6  222     3      0      6666666   0  0      0  0  6  3     11111       7777777777         3333333333   7       555     88 7     222222  8 3 7           3   0      5   0   0   44          5           0    0      0          3     666     111          0   0           5 2        0          9999    5         5  5          33   5555555  5   5              0 4  8888                 77            77    5555555         333333       6666        0    6   0         88888888     0      0     1111111       0               999999999999999    33           6     88888888888888  6                 7       6    6 6 0              0   6 6  111   5      55555555555555555555555555555555555555555555555555                      44444     0          55 6          5  6    0     6      0          88    5  555555      5    4                  00 6 66                  8    6         6      666   7  11111111         88          7   7    1  7     88     5       3               6  88   66666        999         55       2      8   7        555   3    5      5        
lowQualScore                  :                                                                                                              .  ..    .   ..   ...................        .     ..   .....     .    .            .. .  ...  ..    .  .       ....    ................................................................  .  .   ..   ....          ....         .         .   .............       .        .        .         .            ..      .   .   ...   .....    .    ..........     .  ..        .      .................................................................................................................................          .             ....................        ..   ..     ..   .......    .        ....            .  ...     .      .      .......   .  .      .  .  .  .     .....       ..........         ..........   .       ...     .. .     ......  . . .           .   .      .   .   .   ..          .           .    .      .          .     ...     ...          .   .           . .        .          ....    .         .  .          ..   .......  .   .              . .  ....                 ..            ..    .......         ......       ....        .    .   .         ........     .      .     .......       .               ...............    ..           .     ..............  .                 .       .    . . .              .   . .  ...   .      ..................................................                      .....     .          .. .          .  .    .     .      .          ..    .  ......      .    .                  .. . ..                  .    .         .      ...   .  ........         ..          .   .    .  .     ..     .       .               .  ..   .....        ...         ..       .      .   .        ...   .    .      .        
lowQualScore                  :                                                                                                              0  99    2   22   4444444444444444444        4     99   22222     0    0            88 3  000  22    2  2       1111    7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  7  7   44   1111          9999         3         8   5555555555555       0        7        3         3            88      0   0   555   00000    5    8888888888     0  22        7      000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000          3             33333333333333333333        33   33     33   0000000    0        5555            7  333     3      0      0000000   2  0      0  0  8  2     00000       1111111111         3333333333   3       333     33 3     777777  3 3 3           3   0      5   0   0   00          5           0    0      0          0     555     555          0   0           5 5        0          0000    5         0  0          00   0000000  0   5              0 0  0000                 55            55    5555555         000000       0000        0    0   0         00000000     0      0     0000000       0               000000000000000    00           0     00000000000000  0                 0       0    0 0 0              0   0 0  000   0      00000000000000000000000000000000000000000000000000                      00000     0          00 0          0  0    0     0      0          55    5  000000      5    0                  55 0 00                  3    7         7      333   0  00000000         00          0   3    0  3     33     0       3               7  33   77777        333         00       3      3   3        000   0    0      5        
consensus                     :                                                                                                        NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATA-TAA-TACTAA-AATATTTTTGCA-TCATA--ATC---AAATGTA-TTTT-AAATATAAATGT-AATTC---AAANATTCGATAAAGTATATA--TATCGAATAGTGAGCAGAT--A-----C-A-CAT-ATA------TTN-----A-TAATATATTT----CA-TT-GTTT-ACATANGAAAGGCTACC-TATGTTTACCTGTAAGGCACACTACC--ACA--C---A-CCAAGAG-TCCATTCGCCCCCAGGT-AAACAAAAT-GTGAAGGAACAG--TCTCCC-TTC-ACA---TAG---A-ACCTCGCTT----------ATACG-TGNTTCACAAAAGAAATGC---------------A-TNCGTATA-CNAT-----ATTANATCAT-TTAT-ATGGCAG---------ATTA---ATG--A--A-----TTA----A------TATAA--AACACATCGATA-GATCA--GAAAATGATTTGGTATCATTCTAA-----TGTTTA-TTTT-CA-ATATCTCA--TAA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATG-TTAACATAATGTTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTA-ATTTCA-TT-TTNACTTTATA--NA-AGAAAGGCATAT-ACG-AAATGAGAAGAT-TAC-G-AGTTTTTGTGG-G-CGTGT--TTCATCA----A-AAAA-GTAACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATGTTATTGTTNTGATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTTTCCAGATTATCTTTACATNTTTGCAAATCAAAAANCAGGTGTTTAAGTATCTTCTTGTAATTGNCAGAAACTTGCACAGATTTGACNCATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGNTTACTNGTT-CAGAAGATTGTTCAAAAGTTTTANAAANTGAACTCAGCTAATTGTTTAAGTCTTTAGTTTTTAACTTTAATT--GGTTGAGTA-ATAGTCAGCTTTA---TCTTGAAA-TTTATATC-AATAGTTTTTA-CACA-TTTCT-TGTGTA-GGTGT-ATAAATTTTTTGC-ACGAGAATATCATAA--AATTTT-CTACA-AGTTTATTTATAGATAATATTTTGATTG-TA-TAAG-TTGATATAATTACAGTTTTTTATGTTAATATATCTAC-TTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTT--CAAATGTTTGA----------AAAGCTTTTT--TAAACGT---------------------TATATTCGCAAATCCAATTTGAACTG-TTTGT-ATATGTCTGA--AATGTTCAATGTGGTAAAAC-TCCCATTGAAGTACGAAGAGGCCTTTCACATAGAAGAATTTTACTTTTTNCCCAATCTGAGTAAAAGATTGAANNTTTTTTATTTGGAAGTTAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATC---CGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTATTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGCATTTGTTACATTTGTTTTCATAAGANGATAGTCTAAGTTAATTGAT
Reference ( gi|2 )            :                                                                                                        GATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATG-TAA-TATTAAAAATATTTTTGCA-TCATA--GTC---TCATATA-TTTT-AAATATAAATGT-TATTC---AAGTATTCTATAAAGTATAGA--TATC--ATA------AAAT--A-----C-A-CAT-ATA------TTC-----A-TAA-GTATTCAAAGCA-TT-GTTT-ACAAAGAAAAGGCTACC-TTAGTTTACCTGCAAGGCACACTACC--ACA--C---A-CCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGT-AAACAAAAT-GTGAAGGAACAG--TCTCCC-TTC-ACA---TAG---ACACCTCACTT----------ATACA-TGATTCACAAAAGAAATGC---------------T-TGC-TATAACTAT-----ATTATATCAT-TTATTATGGCAG---------ATTA---ATG--A--A-----TTA----A------TATAATTTACAC-TCGATAAGATCATTGAAAATGATTTGGTATCATTCTAA-----TGTTTATTTTTTCATATATCTCA--TAA--TAGTA--TAAT-TAA--TATGTTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCT-ATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTA-ATTTCA-TT-TTTACTTTATA--TA-AGAAAGGCATAT-ACG-AAATGAGAAGAT-TAC-G-AGTTTTTGTGGTG-CGTGT--TTCATCA----A-AATA-GTAACCAATGACA-ATGTGTTTCCAATG-TAT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAA-TTTT-CCAGAT-ATCTTTACATTTTTGC-AATCAAA--TCAGGTGTTTA-GTA-CTTCTTGTAATTGGCAGAAACT-GCACAGATTTGA-ACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTT-TTTATTGGTTTCAGAAGATTGTTCAAAAGTTT-ATAA-TTAAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTT--ATTTGGGTTGAGTAGATAG-CAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTGACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGATGTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTAGATAGTTAGTTTATAGATAACATTTT-ATTGTTATTAAGTTTAATATAATTACAGTTTTTAATGTTAACATATTTGCTTTTTTCAGTTTTGT-GACTCTTTTCTAAAGGTTTGATTTCAGCTTTATGACTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGATCAGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTCGTGAAACTTCCCACTGAAGT-CGAAGAGGTCTTTCACATA-AAATTTTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGAGTGGATTTTTTTTATTTGGAAGTTATTATTGAGCCATATAGGTTGTGCT-AGAACG---TC---TGTTGTTTTAATAATATTTTCTTTAAGCTTACATTCATT--AAAGGGAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTTTTTTTAAAGA-TATTTATTAGATCATTAGTATTTGTAACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|1                          :                                                                                                         ATGTA-TT--TATTTGAA-GAGTAT---AA-AACTATAAAT----TTGCACTCATA--GTC---AAATATAATTTT-AAATATAAATGT-AAT-C---AAGTAT-CGATAAAGTAT--------T--ATA------AAA---A-----C-AACA--ATA------TTC-----A-TCA-GTATAAAATGCAATT-ATT--ATAAAGTAA-GACTACCGTTAGTT-ACCTGCAAGGCACAC-AC--------C---A-CCAAGAGCTCCATTTG-CCCCAGGTAAAACAAAATGGTGAAGGAACAG--TCTCCCTTTC-ACA---TAG-----ACCCCACTT----------ATGTACTGA-TCACAAAAGAAAAGC---------------A-TATGTATACATAT-----ATTAGATCAT-TTA-GATGGCAG---------ATTA---ATGATA--A-----TTA----ATCAGATTATAA---ACACATCCATCCGATCA--GAAAATGAGTTAGGATCATTCTAA-----TGTTTA-TTTTTCA-ATATCTCATCTAA--TAGTA--TAAT-AAA--TATG-TTAACATA-----TTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--ATCTGGCCGTA-CATTCA-TT-TTGACTTTAAA--AA-AGAAAGCGATAT-ACGAAAATGAGAAGATGTACAA-AGTTTTTGTGG-G-TGTGCTGTTCATCA----A-AAAACGTAACCAATGACA-ATG-GTTTCC-ATGTTAT-GTTA-GATTTTAAAAAATCTCCAGTAATTTTT-CCAGAT-ATCTTTACATGTTTGCAAATCAAA--ACAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGCCAGAAACT-GCACAGATTT-A-CCATC-TTGTTCCAA-AACTTACAGATTT-GTTA-TG----CA-AAG-TTGTTCAAAAGTTT-AAAA-AT-AACTCAGCTAATTGTTTAAGTCTTTAGTTTTTAACTTTAATT--GGTTGAGTA-ATAGTCAGCTTTA---TCTTGAAA-TTTATATC-AATAGTTTTTA-CACA-TTTCT-TGTGTA-GGTGT-ATAAATTTTTTGC-ACGAGAATATCATAA--AATTTT-CTACA-AGTTTATTTATAGATAATATTTTGATTG-TA-TAAG-TTGATATAATTACAGTTTTTTATGTTAATATATCTAC-TTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTT--CAAATGTTTGA----------AAAGCTTTTT--TAAACGT---------------------TATATTCGCAAATCCAATTTGAACTG-TTTGT-ATATGTCTGA--AATGTTCAATGTGGTAAAAC-TCCCATTGAAGTACGAAGAGGTC--TCAC-TAGAAA--TTTTAC-TTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA--GAAGTTTTTTTATTTGGAAGTTATTATT-AGCCATATGGTTTGTGTTAAGAACGTCATC---CATTGTGTTATAAATATTTTCTTTA---CTACA-TCATTGAAAAAGCCAATAGGAACTTCACAATAAAAA-TTAGGGCAAGTTGTTTAAAATATTATTTATTA-ATCATTGG-ATTTGTAACA-TTGTTTTCATAAGAAGATA-TCTAAG-TAATTGAT
gi|3                          :                      tttgtcggttttcttattcatcaatcaagcaaaaacaaatcaatgaacatatccaacatatatctaaatgaagtttatacataATTTA-TT--AGGTTGAAAGAGTATA-TAAATACTATAA-TATTTTTGCG-ACATA--GTC---AAATATA-TTTT-AAATATAAATGT-AATTC----AGTATTCGATAAAGTAtctgactgacgcagagatttaaaaaagattaataagttgatattctgagaaatccattata
gi|4                          :               ttttttcgttttatttccattcatcaccaaaaactaaatgcaatgagacaatattccacatatatataaactaatagttatcattaatgtATGTA-TT--AATT-GAA--AGTAT-------ACTAA---TATTTTTGCA-TCATA--ATC---AAATGTA-TTTT-ATATATAAATGT-AATTC---AAATATTCAATAAGTTATATA--TATCGAATAGTGAGCAGAT--A-------A-CAT-CT-------TTT-----G-TAATATATTC----CA-TT-GTTT-ACATAAGAAAGGCTACC-TATGTTTACCTGTAAGGCACACTACCCCATA--C---AACCAAGAG-ATCATTTGCCCCCAGGT-AAAAAAAAA-TTGAAGGAACAG--TTTCCC-TTC-ACA---TAG---G-ACCTCGCTT----------ATATG-TGTTTgaatgcgttaacagttaagaggagactcctacacacgatatataagggaaatcgacgatataataggataagcagaatcattaagcactttataacatgctgatcactcacgctggactgcaggaggcagtacccacgacaaagcgtcgagttaactcgcactcctattgttacacaaaaaaaaatattgctggttgaaggaacagggtctcccttctacaaaatagggaaaacatcgcttccagcttgtaatacgtgattcacaaaagaaatgcaatgtatacaatattatatcatttatatggcagattaatgataattagatcatattataaacacatcgatagatcatgaaaatgattggtatcattctaaagaggtgtttatttttcatatatctcataatagtaaatagtataaattatgtttaacataatgttttttataacaatcctgattcttaattcaattttctttagtcgtcatttaaattttgactttataaataagaagggatattacgaaatgagaagattacggagtttttgtggtcgtgtttcatcaataaaagtaaccaatgacaatggtttccaatgtattgttttgattttaaaagtctccagtaatttttccagattatttttacatttttgcatcaaaaatcaggtgtttaagtatcttcttgtaatggcagaaacttgcacagatttgacacatctttgttccaagaattacagatttgtttacttgttcagaagattgttcaaaagttttataaattgaactcagctaattgtttgtctttagttttactta
gi|7                          :  tttttttcctttctttcattcaacatcaatgaaatacatagatcaatgaacaaattgcaatgttctacttatcttaatgtatgttatacatttttgtacattaATGTA-TT--AATTTGAA-AAGTATACTAA-TATT--------TTTTGCA-TCATATAATC---AAATGTA-TTTTTAAATATAAATGC-AATTC---AAAAATTCAATAAAGTATATA--TATCGAATAGTGAGCAAAT--A-------A-CTT-TTA------GTA-----A-TA---TATTT----CA-TT-GTTT-ACATATGAAAGGCTTCC-TATGTTTACCTGTAAGGCACACTACC--ACA--TATAA-CCAAGAG-
gi|10                         :                             gcaacaaatacatagatcaatgtacaaattacaatgttctacatatctaaatatgtgttatacattttgtacattaATGTA-TTTTAATTTGAA-GAGTGTA-TAA-TATTAATAATATTTTTGCA-TCATA--GTC---AAATATA-TTTT-AAATATAAATGT-AATTC---AAGTATTCGATAAAGTATAGA--TATC--ATA------AAAT--ACAGG-C-A-CATCATA------TT
gi|6                          :                                          cattcaacaaaaaacataaattctttacaatattccacatatctaaatgaatgttatacattaATGTACTT--AATTTGAA-AAGT--------TACTAAATAT-TTTTTGCA-TCATA--ATC----AATGTA-TTTT-TAATATAAAATT-TA------AAAAAATCAAT-AAGTACAGATGTATT--ATT------AGAT--AGTGAGCGA-TAA-ATC------TTTTAGTAA-TAA--TATTT----CA-TTGGTTTAACATATGAAAGGCTATC--TATGTTA-CTGTAAGGCACACTCCC--
gi|14                         : ttttttccccttttatttttattcataaatcaacaatacatagatcaatgaacaattgcatgtactccatattaaataatgtgtttatacattttgtaacattaATGTA-TT--AATTTGAA-ATGTATACTAA-TATT-------TTTTTGCA-TC
gi|11                         :          ttttttatcttttatttcattcaatatcaatatagatcaatgaacaaattgcaatgttctacatctaaatatgtgttatacatttttgtacattaATGTA-TT--AATT-GAA-AAGT--------CAT-AACAATATTT--GCA-TCATA--ATCAAATTGTAT--TCTT-AAATAT-AATGTGTA-TC---AAAAATTC
gi|17                         :                                                      ttttttttttattttcattcaataaacaaagttactagattaatgaaaaattgcaatgtgtctacatatttaattatgttatacattttgtacattaaGCA-TCATA--ATC---AAATGTA-TTTT-AAATATAAGTGT-AATTC---AAaaataa
gi|13                         :                                                                                                                                                                           ATGTA-TTTT-AAATATAAATGT-AACTTTAAAAAAAATCAATGAAGTATATA--TATCTAATAGTGAGCAGAT--A-------A-CAT-TTT------TTA-----G-TAATATATTT----CA-TT-GTTT-ACATATGAAAGGCTACC-TATTTTTACCTGTAAGGTACAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                           ATGTA-TTTT-AAATATAAATGC-AATTC---AAATATTCAATTAAGTATATA--TATCGAATA------TAGTGAG-----C-A-GAT-ATAACATCTTTT-----AGTAATATATGC----CA-TT-GTTA-ACATAAGAAAGGCTACC-TATGTTTAC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        attgtattaatttgaaaagtatacaaccaaCA-TT-GTTT-ACGTA-AAAAGGCTACC-TATGTTTACCTGTAAGACACACTGCC--ACATGC---A-CCAAGAG-TCCATACGCTCCCAGGT-AAACAAAAT-GTGAAGGAACAG--TCTCCC-TTC-ACA---TAG---A-ACCT-ACTT----------ATACA-TGTTTCACAAAA-AAATGCATATATGTAATTTTTT-TTCATATAGCCATACCAGATTACATTATACAATTATTGCAAAGCACATTCATTATTCATA--A--AACATCTTA----T------TATAA--AACA--TCGAGA--ATCA-TGAAAATGATTTGGTATCATTCTAG-----T---------------TATCTCA--TAACGCAGTA--TAA--TAAGTTATGATTAaccc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gcTGAAGGAACAGGGTCTCCC-TTCTACAAAATAGGGAAAACATCGCTTCCAGCTTGTAATACG-TGATTCACAAAAGAAATGC---------------AATG--TATA-CAAT-----ATTATATCAT-TTAT-ATGGCAG---------ATTA---ATG--ATAA-----TTAGATCA------TATTATAAACACATCGATA-GATCAT-GAAAATGATT-GGTATCATTCTAAAGAGGTGTTTATTTTT-CATATATCTCA--TAA--TAGTAAATAGTATAAATTATGTTTAACATAATGTTTTTTATAACAA-TCCTGATTCTTAATTCAATTTTCTTTA----GTCGTC-ATTTAAATT-TTGACTTTATAAATA-AGAAGGG-ATATTACG-AAATGAGAAGAT-TAC-GGAGTTTTTGTGGT--CGTGT--TTCATCA----ATAAAA-GTAACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATG-TATTGTTTTGATTTTAAAA-GTCTCCAGTAA-TTTTTCCAGATTATTTTTACATTTTTGC-A-TCAAAAATCAGGTGTTTAAGTATCTTCTTGTAAT-GGCAGAAACTTGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAA-TTACAGATTTGTTTACTTGTT-CAGAAGATTGTTCAAAAGTTTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTT--A
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttttttcgttttatttccattcatcaccaaaaactaaatgcaatgagacaatattccacatatatataaactaatagttatcattaatgtatttattaggttgaaagagtatataaatactataatatttttgcgacatagtcaaatatattttaaatataaatgtaattcagtattcgataaagtagaatgcgttaacagttaagaggagactcctacacacgatatataagggaaatcgacgatataataggataagcagaatcattaagcactttataacatgctgatcactcacgctggactgcaggaggcagtacccacgacaaagcgtcgagttaactcgcactcctattgttacacaaaaaaaaatattgctggtTTTTTATTGCAACTG---ATTCT-AATTTA-TTTTCT--A----GTCTTA-ATTTCA-TT-TTCACTTTATA--AATAGAAAGGC-------G-ATATGAGAA------T-G-AGT----GTGGGGGCGTGT--T-CATCAGAAAA-AATA-G--ACTAATGACATATG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CA-TTTTTT--A----GTAATATATTTCA-TTGTTTAC---ATA--T---GAAAGGC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atgtattttaaatataaatgtaactttaaaaaaaatcaatgaagtatatatatctaatagtgagcagataaGAAGAGACCTTTCACATA-AAGAATTTTACTTTTTTCCCAATCTGAGTAAAAGATTGAATGTTTTTTATTTGGAAGATAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATC---TGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATATG-ACTTAACAATAAAAAGTT--GGC-A-TATTTTTAAATA-TATCTATTAGTTCATTAGCATTTGTTATATtacctatttttacctgtaaggtacac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTTGGAAGTTAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCG---TCATCTGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AG-ATTTGTAAATA-TATTAATTAGTTCATTAGTATTTGTTACATTTGTTTTC---AGACGATAGTCTAAGTTAATTGAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTTTTTCCTTTCTTTTCATTCAACATCAATGAATACATAGATCAATGAACAAATTGCAATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 11      333333333333333333                                                                                      222222222   11111             22     1111             111   1111                                                  111    2222222                             1                   11              111   1111111        3333333333         11                2222   1  11               222           2222   2222    4444444444444444444444         222     22                2222   33333333333333333333  1   333333333    3333         11  11     11   11   22    2  1      333                        1      1      2222222            1               22       111111      1         1    111          1       111     111    1   1          1   1          22222   22                           2     11                11       11         11                         11            22                            22   22222                       1111    1                 33            33    11   22         2    1        333        2        2           2    2     2      2     2             2               22      2     2                       1    2222    2                                     2              1        22           8888888888          22       777777777777777777777                          2     2          22                    2            1                   22222                               1                                                1                                                  11             1                  11   11111          1                  1                   333                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    4  55    0   00   2  111111111111111111        3     55      3    3  3  3        3         666   1    66       9999   1 4  1 000000000   00000       9999  11 4   5555  33 5   5   000   0000    5   55   0 1               0                  000    7777777        8      2     2       0       8           11        8 8   444   9999999        5555555555  0    1 11        2       3333   0  11      1        444           1111   8888    8888888888888888888888   3  2  333     33        0 3     1111   55555555555555555555  0   333333333    1111         33  33     33   33   22    0  0      777             2 2  2     0      0      6666666            0    1        1 33       333333      0      2  0    111    3     0       777     111    0   0          0   0       7  00000   11          7           7    3     44          1     44   7   33         44   7           7 1       44          6 00      7       6  6          00   88888    6   7           7  4444  1 2                 00            00    88   77         0    5        555        0        0         3 0    0     0      0     0    77       0               77      0   2 0    4                  5    2222    0                    4                0              5        77    3      7777777777 4        77    2  000000000000000000000                      4 4 0     0          77            2       0            5        0 7     7  44444       7    1                  5    22                  4    2         2      3 0   2  3    2                    2   3       3     33             0               2  33   00000          0          9       0      4   3        777   1    6      7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  ..    .   ..   .  ..................        .     ..      .    .  .  .        .         ...   .    ..       ....   . .  . .........   .....       ....  .. .   ....  .. .   .   ...   ....    .   ..   . .               .                  ...    .......        .      .     .       .       .           ..        . .   ...   .......        ..........  .    . ..        .       ....   .  ..      .        ...           ....   ....    ......................   .  .  ...     ..        . .     ....   ....................  .   .........    ....         ..  ..     ..   ..   ..    .  .      ...             . .  .     .      .      .......            .    .        . ..       ......      .      .  .    ...    .     .       ...     ...    .   .          .   .       .  .....   ..          .           .    .     ..          .     ..   .   ..         ..   .           . .       ..          . ..      .       .  .          ..   .....    .   .           .  ....  . .                 ..            ..    ..   ..         .    .        ...        .        .         . .    .     .      .     .    ..       .               ..      .   . .    .                  .    ....    .                    .                .              .        ..    .      .......... .        ..    .  .....................                      . . .     .          ..            .       .            .        . .     .  .....       .    .                  .    ..                  .    .         .      . .   .  .    .                    .   .       .     ..             .               .  ..   .....          .          .       .      .   .        ...   .    .      .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    0  55    8   44   3  888888888888888888        6     55      6    6  6  6        6         444   0    11       4444   8 4  9 000000000   77777       4444  22 4   3333  11 0   7   000   6666    0   44   4 0               1                  777    0000000        0      0     5       0       0           00        0 0   000   8888888        0000000000  8    0 00        5       5555   0  00      0        555           2222   5555    2222222222222222222222   2  5  555     88        8 2     2222   22222222222222222222  0   555555555    0000         88  88     88   22   00    0  0      333             5 5  5     0      0      0000000            0    0        0 88       000000      0      5  0    000    2     0       000     000    0   0          0   0       3  33333   33          3           3    7     77          0     77   3   00         77   3           3 0       77          7 77      3       7  7          77   33333    7   3           3  7777  0 0                 77            77    55   55         0    5        000        0        0         0 0    0     0      0     0    00       0               55      0   5 0    0                  0    0000    0                    0                0              0        55    0      5555555555 0        55    5  000000000000000000000                      0 0 0     0          55            5       0            5        7 3     3  33333       3    0                  3    00                  0    5         5      5 0   5  2    0                    5   2       2     88             0               5  88   88888          0          8       5      0   2        777   0    7      3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATATAA-TACTA-A-A-A-TATTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-GATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TAC-A-CAT-NTNTTAGT-AAT-ATA---TTC----CATT-GTTT-ACATANGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCACA--CA--ACCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCTCGCTT----------ATACGTGNT--TCACAAAAGAAATGCATACGTAT-ACA-ATATTATATCATTTA--TATGGCAGATTA----ATG-ATAATTA----AT------AT-A-A--AACACATCGAT-N-GATCAT-GAAAACGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TTT------A--TTTTTCATATATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATG-TT-AACATA---TTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTNACTTTATAAAT-AGAAAGGCATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGG-GCGTGTT--TCATCA-A-AAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATGTTATTGTT-TGATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTT-CCAGATTATCTTTACATTTTTGCAAATCAAAAATCAGGTGTTTAAGTATCTTCTTGTAATTGGCAGAAACTTGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGTTTACT-G-TTCAGAAGATTGTTCAAAAGTTTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTTAATTTGGGTTGAGTAGATAGTCAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTNACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGANNTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTANATAGTTNGTTTATAGATAACATTTTGATTGTTATTAAGTTTGATATAATTACAGTTTTTNATGTTAACATATCTGCTTTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTTTCCAAANGTTTGATTTCAGCTTTANGGCTTTTTTCTAAANGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGANCNGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTNGTGAAACTTCCCACTGAAGTACGAAGAGGTCTTTCACATAGAA-AATTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA-TGAATTTTTTTTATTTGGAAGTTANTATTGAGCCATATANGTTGTGNT-AGANCGTCATCCGTTGTTTTGTTAATATTTTCNTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTNTTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGTATTTGTNACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
Reference ( family-2508 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATATAA-TACTA-A-A-A-TATTTTTGCA-TCATA--ATCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAANATTC-GATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TAC-A-CAT-ATATTNAT-AAT-ATA---TTT----CATT-GTTT-ACATANGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCACA--C---ACCAAGAG-TCCATTCGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCTCGCTT----------ATACGTGNT--TCACAAAAGAAATGCATNCGTAT-ACN-ATATTANATCATTTA--TATGGCAGATTA----ATG-A--ATTA----AT------AT-A-A--AACACATCGAT-A-GATCA--GAAAATGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TTT------A--TTTT-CA-ATATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATG-TT-AACATAATGTTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTNACTTTATANA--AGAAAGGCATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGG-GCGTGTT--TCATCA-A-AAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATGTTATTGTTNTGATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTTTCCAGATTATCTTTACATNTTTGCAAATCAAAAANCAGGTGTTTAAGTATCTTCTTGTAATTGNCAGAAACTTGCACAGATTTGACNCATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGNTTACTNG-TTCAGAAGATTGTTCAAAAGTTTTANAAANTGAACTCAGCTAATTGTTTAAGTCTTTAGTTTTTAACTTTAATT--GGTTGAGTA-ATAGTCAGCTTTA---TCTTGAAA-TTTATATC-AATAGTTTTTA-CACA-TTTCT-TGTGTA-GGTGT-ATAAATTTTTTGC-ACGAGAATATCATAA--AATTTT-CTACA-AGTTTATTTATAGATAATATTTTGATTG-TA-TAAG-TTGATATAATTACAGTTTTTTATGTTAATATATCTAC-TTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTT--CAAATGTTTGA----------AAAGCTTTTT--TAAACGT---------------------TATATTCGCAAATCCAATTTGAACTG-TTTGT-ATATGTCTGA--AATGTTCAATGTGGTAAAAC-TCCCATTGAAGTACGAAGAGGCCTTTCACATAGAAGAATTTTACTTTTTNCCCAATCTGAGTAAAAGATTGAANNTTTTTTATTTGGAAGTTAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATCCGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTATTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGCATTTGTTACATTTGTTTTCATAAGANGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--TATTTGAA-GAGTATA-AA--ACTATA-A-A-T----TTGCACTCATA--GTCAAA-TATAATT-TT-AAATATAA-ATGTAAT-C---AAGTAT-C-GATAAAGT----AT-TA-TA--------A--A--------AACA----------A-CA--ATATTCATCAGT-ATAAAATGC----AATT-ATT--ATA-AAGTAAGACTACCGTTAGTTACCTGCAAGGCACAC------AC---C---ACCAAGAGCTCCATTTGCCCC-AGGTAAAACAAAATGGTGAAGGAACAG--TCTCCCTTTC-ACA---TAG----A--CCCCACTT----------AT--GTACTGATCACAAAAGAAAAGCATATGTAT-ACATATATTAGATCATTTA--GATGGCAGATTA----ATG-ATAATTA----ATCAGATTAT-A-A--A-CACATCCAT-CCGATCA--GAAAATGAGTTAGGAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TTT------A--TTTTTCA-ATATCTCATCTAA--TAGTA--TAAT-AAA--TATG-TT-AACATA-----TTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--ATCTGGCCGTACATTCA-TTTTGACTTTAAAAA--AGAAAGCGATAT-ACGAAAATGAGAAGATGTACA-AAGTTTTTGTGG-GTGTGCTGTTCATCA-A-AAAACGTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCA-TGTTAT-GTTA-GATTTTAAAAAATCTCCAGTAATTTTT-CCAGAT-ATCTTTACATGTTTGCAAATCAAAA--CAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGCCAGAAACT-GCACAGATTT-AC-CATCTT-GTTCCAA-AACTTACAGATTTG-TTA-----TGCA-AAG-TTGTTCAAAAGTTT--AAAAAT-AACTCAGCTAATTGTTTAAGTCTTTAGTTTTTAACTTTAATT--GGTTGAGTA-ATAGTCAGCTTTA---TCTTGAAA-TTTATATC-AATAGTTTTTA-CACA-TTTCT-TGTGTA-GGTGT-ATAAATTTTTTGC-ACGAGAATATCATAA--AATTTT-CTACA-AGTTTATTTATAGATAATATTTTGATTG-TA-TAAG-TTGATATAATTACAGTTTTTTATGTTAATATATCTAC-TTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTT--CAAATGTTTGA----------AAAGCTTTTT--TAAACGT---------------------TATATTCGCAAATCCAATTTGAACTG-TTTGT-ATATGTCTGA--AATGTTCAATGTGGTAAAAC-TCCCATTGAAGTACGAAGAGGTC--TCAC-TAGA--AATTTTAC-TTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA--GAAGTTTTTTTATTTGGAAGTTATTATT-AGCCATATGGTTTGTGTTAAGAACGTCATCCATTGTGTTATAAATATTTTCTTTA---CTACA-TCATTGAAAAAGCCAATAGGAACTTCACAATAAAAA-TTAGGGCAAGTTGTTTAAAATATTATTTATTAA-TCATTGG-ATTTGTAACA-TTGTTTTCATAAGAAGATA-TCTAAG-TAATTGAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttgtcggttttcttattcatcaatcaagcaaaaacaaatcaatgaacatatccaacatatatctaaatgaagtttatacataATGTA-TTTTAATTTGAA-GAGTGTATAA-TATTA-ATA-A-TATTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAGTATTC-GATAAAGT----ATAGA-TATCATAA--A--ATA--------CAGG----CAC-ATCAT-ATtctgactgacgcagagatttaaaaaagattaataagttgatattctgagaaatccattata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cattcaacaaaaaacataaattctttacaatattccacatatctaaatgaatgttatacattaATGTA-TT--AATT-GAA-AAGT-CATAA-CA--------A-TATTT--GCA-TCATA--ATCAAATTGTA-TTCTT-AAATATAATGTGTA--TC---AAAAATTCAAATAAt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttttttttttattttcattcaataaacaaagttactagattaatgaaaaattgcaatgtgtctacatatttaattatgttatacattttgtacattaaTGTA-TT--AATTTGAA-AAGTATACAA-C-------------------------------CAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGCAATTC---AAATATTC-AATTAAGT----ATATA-TATC---G--AATATAGT---GAGCAGA----TATAA-CAT-CTTTTAGT-AAT-ATA---TGC----CATT-GTTA-ACATAAGAAAGGCTACCTATGTTTAC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAACTTTAAAAAAAATC-AATGAAGT----ATATA-TATC---T--A--ATAGT---GAGCAGA----TA--A-CAT-TTTTTAGT-AAT-ATA---TTT----CATT-GTTT-ACATATGAAAGGCTACCTATTTTTACCTGTAAGGTACACaccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--AATTTGAA-----ATGT-A-TACTA-A-T-A-TTTTTTTGCA-TC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttttttatcttttatttcattcaatatcaatatagatcaatgaacaaattgcaatgttctacatctaaatatgtgttatacatttttgtacattaTTTTTATTGCAACT---GATTCT-AATTTA-TTTTCT--A----GTCTTAATTTCA-TTTTCACTTTATAAAT-AGAAAGGC-------GATA-TGAGAA------TG-A-GTGT--GGGG-GCGTGTT---CATCAGA-AAAA-ATAGACTAATGACATATG-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GCA-TCATA--ATCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-GTGTAATTC---AA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATGTAA-TATTA-A-A-AATATTTTTGCA-TCATA--GTCTCA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTTATTC---AAGTATTC-TATAAAGT----ATAGA-TATC---------ATA---------AAA----TAC-A-CAT-ATATTCAT-AA--GTA---TTCAAAGCATT-GTTT-ACAAAGAAAAGGCTACCTTAGTTTACCTGCAAGGCACACTA--CCACA--C---ACCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----ACACCTCACTT----------ATACATGAT--TCACAAAAGAAATGCTTGC-TATAACT-ATATTATATCATTTAT-TATGGCAGATTA----ATG-A--ATTA----AT------AT-A-ATTTACAC-TCGATAA-GATCATTGAAAATGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TTT------ATTTTTT-CATATATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAA--TATGTTT-AACATA---TTTTTTATAACAACTCCT-ATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTTACTTTATATA--AGAAAGGCATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGGTGCGTGTT--TCATCA-A-AATA-GTA-ACCAATGACA-ATGTGTTTCCAATG-TA-TGTT-TGATTTTAAAAAGTCTCCAGTAA--TTTTCCAGA-TATCTTTACATTTTTGC-AATC--AAATCAGGTGTTT-AGTA-CTTCTTGTAATTGGCAGAAAC-TGCACAGATTTGA-ACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTT-TTTATTGGTTTCAGAAGATTGTTCAAAAG-TTTAT-AATTAAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTT--ATTTGGGTTGAGTAGATAG-CAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTGACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGATGTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTAGATAGTTAGTTTATAGATAACATTTT-ATTGTTATTAAGTTTAATATAATTACAGTTTTTAATGTTAACATATTTGCTTTTTTCAGTTTTGT-GACTCTTTTCTAAAGGTTTGATTTCAGCTTTATGACTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGATCAGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTCGTGAAACTTCCCACTGAAGT-CGAAGAGGTCTTTCACATAAAAT-TTTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGAGTGGATTTTTTTTATTTGGAAGTTATTATTGAGCCATATAGGTTGTGCT-AGAACG---TCTGTTGTTTTAATAATATTTTCTTTAAGCTTACATTCATT--AAAGGGAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTTTTTTTAAAGA-TATTTATTAGATCATTAGTATTTGTAACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gATTTA-TT--AGGTTGAAAGAGTATATAAATACTA-T-A-A-TATTTTTGCG-ACATA--GTCAAA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC----AGTATTC-GATAAAGT----AGA-A-TG-C---GTTA--ACAGTTAAGAGGAGACTCCTAC-A-CACGATAT--AT-AA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttttttcgttttatttccattcatcaccaaaaactaaatgcaatgagacaatattccacatatatataaactaatagttatcattaatgt-TGAAGGAACAGGGTCTCCCTT-CTACAAAATAGGGAAA-ACATCGCTTCCAGCTTGTAATACGTGAT--TCACAAAAGAAATGCA-ATGTAT-ACA-ATATTATATCATTTA--TATGGCAGATTA----ATG-ATAATTAGATCAT------ATTATA--AACACATCGAT-A-GATCAT-GAAAATGATT-GGTAT----CAT------TC-T---AAAGAGGTG-TTT------A--TTTTTCATATATCTCAT--AA--TAGTAAATAGTATAAATTATG-TTTAACATAATGTTTTTTATAACAA-TCCTGATTCTTAATTCAATTTTCTTTA----GTCGTCATTTAAATTTTGACTTTATAAATAAGAAGGG-ATATTACGAAA-TGAGAAGAT-TACGGA-GTTTTTGTGG-TCGTGTT--TCATCA-ATAAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATGT-ATTGTTTTGATTTTAAAA-GTCTCCAGTAATTTTT-CCAGATTATTTTTACATTTTTGCA--TCAAAAATCAGGTGTTTAAGTATCTTCTTGTAAT-GGCAGAAACTTGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAA-TTACAGATTTGTTTACTTG-TTCAGAAGATTGTTCAAAAGTTTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTgggaaatcgacgatataataggataagcagaatcattaagcactttataacatgctgatcactcacgctggactgcaggaggcagtacccacgacaaagcgtcgagttaactcgcactcctattgttacacaaaaaaaaatattgctggttgaaggaacagggtctcccttctacaaaatagggaaaacatcgcttccagcttgtaatacgtgattcacaaaagaaatgcaatgtatacaatattatatcatttatatggcagattaatgataattagatcatattataaacacatcgatagatcatgaaaatgattggtatcattctaaagaggtgtttatttttcatatatctcataatagtaaatagtataaattatgtttaacataatgttttttataacaatcctgattcttaattcaattttctttagtcgtcatttaaattttgactttataaataagaagggatattacgaaatgagaagattacggagtttttgtggtcgtgtttcatcaataaaagtaaccaatgacaatggtttccaatgtattgttttgattttaaaagtctccagtaatttttccagattatttttacatttttgcatcaaaaatcaggtgtttaagtatcttcttgtaatggcagaaacttgcacagatttgacacatctttgttccaagaattacagatttgtttacttgttcagaagattgttcaaaagttttataaattgaactcagctaattgtttgtctttagttttactta
gi|4                          : ttttttcgttttatttccattcatcaccaaaaactaaatgcaatgagacaatattccacatatatataaactaatagttatcattaatgtatttattaggttgaaagagtatataaatactataatatttttgcgacatagtcaaatatattttaaatataaatgtaattcagtattcgataaagtagaatgcgttaacagttaagaggagactcctacacacgatatataagggaaatcgacgatataataggataagcagaatcattaagcactttataacatgctgatcactcacgctggactgcaggaggcagtacccacgacaaagcgtcgagttaactcgcactcctattgttacacaaaaaaaaatattgctggtATGTA-TT--AATT-GAA--AGTATA------CTA-A-----TATTTTTGCA-TCATA--ATCAAA-TGTA-TT-TT-ATATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-AATAAGTT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TA--A-CAT-CT-TTTGT-AAT-ATA---TTC----CATT-GTTT-ACATAAGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTACCCCATA--CA--ACCAAGAG-ATCATTTGCCCCCAGGTAAA-AAAAAAT-TGAAGGAACAG--TTTCCCTT-C-ACA---TAG----G-ACCTCGCTT----------ATATGTGTT--Ta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tttttttcctttctttcattcaacatcaatgaaatacatagatcaatgaacaaattgcaatgttctacttatcttaatgtatgttatacatttttgtacatta----CATT-GTTT-ACGTAA-AAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGACACACTG--CCACATGC---ACCAAGAG-TCCATACGCTCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCT-ACTT----------ATACATGTT--TCACAAAA-AAATGCATA--TAT-GTA-ATTTTTTTTCATATAGCCATACCAGATTACATTATACA--ATTA----TT------GC-A-A--AGCACATTCAT-T-ATTCA--TAAAACATCTTATTATAAAACATCGAGAATCATGAAAA-----TGATTTGGTATCA--TTCT-AG-TTATCTCAT--AACGCAGTA--TAA--TAAGTTATGATT-A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gcATGTACTT--AATTTGAA-AAGT-------TACTA-A-ATA-T-TTTTTGCA-TCATA--ATC-AA-TGTA-TT-TT-TAATATAA-A---ATTTA---AAAAAATC-AAT-AAGTACAGATGTATTATT---A--G--ATAGT---GAGC-GA----TA--A--AT-CTTTTAGT-AATAATA---TTT----CATTGGTTTAACATATGAAAGGCTATCTATG-TTA-CTGTAAGGCACACTC--CC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttttttccccttttatttttattcataaatcaacaatacatagatcaatgaacaattgcatgtactccatattaaataatgtgtttatacattttgtaacattaATGTA-TT--AATTTGAA-AAGTATA------CTA-A-T-A-T-TTTTTGCA-TCATATAATCAAA-TGTA-TT-TTTAAATATAA-ATGCAATTC---AAAAATTC-AATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAAA----TA--A-CTT----TTAGT-AAT-ATA---TTT----CATT-GTTT-ACATATGAAAGGCTTCCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCACA--TATAACCAAGAG-
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gcaacaaatacatagatcaatgtacaaattacaatgttctacatatctaaatatgtgttatacattttgtacattaTTTGGAAGTTAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATCTGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AG-ATTTGTAAATA-TATTAATTAGTTCATTAGTATTTGTTACATTTGTTTTC---AGACGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GAAGAGACCTTTCACATA-AAGAATTTTACTTTTTTCCCAATCTGAGTAAAAGATTGAATGTTTTTTATTTGGAAGATAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATCTGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATATG-ACTTAACAATAAAAAGTT--GGC-A-TATTTTTAAATA-TATCTATTAGTTCATTAGCATTTGTTATATttctggctgatgcaagatttaaaaaaagacttaatagtcgagttattctgagaaatcctata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTTTTTCCTTTCTTTTCATTCAACATCAATGAATACATAGATCAATGAACAAATTGCAATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 11      333333333333333333                                                                                      222222222   11111             22                       1111                                                         2222222                            1                   11              111   1111111        3333333333         11                  11    1111               2222           1    111     4444444444444444444444         22     111               2222   33333333333333333333  1  111       1    11        11  11     11   11   22    1  2      222                        1      1      2222222            1               1            1      1         1    111          1       111     111    1   1          1   1           2222    1                                 2                 22     22           2                          2            11                               33333333                       1      11                 11            11    11   11         1    1         222       1          1          1   1     1        1   1             1                11     1     1                       1     1  1     1                                   1               1       11           4444444444          11  777777777777777777777                               1     1          11                    1            1                                                      333                                               1                                                  11             1                  11   1              1                                      222                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    4  55    0   00   2  111111111111111111        3     666     3    3  3  3        3         666   1    66       9999   1 4  1 000000000   00000       9999  44 4   2 1  1    77      0000    5   55   0 1               0                   99    5555555       8            2       0       8           11        8 8   444   9999999        5555555555  0    1 11        2       3 99    1111               4444           0    777     8888888888888888888888   3  2  11     555    2  0 3     1111   55555555555555555555  0  777       0 66 33        33  33     33   33   22    0  0      333    3        2 2  2     0      0      6666666            0    1          5       55   0      0      2  0    111    3     0       777     111    0   0          0   0       7   9999    3          7               7      3                 22     22           3   7           7          3          6 44      7       6  6          6  66666666    6   7              6 7  7 11                 88            88    88   88         5    5         111       5          5       1  5   5     5        5   5    22       5                88     5   1 5    1                  5     5  5     5                  1                5               5       88    1      1111111111 1        88  888888888888888888888                           1 1 5     5          88            1       5            5          7     7  88         7                       444                       1    2         1      1 0   1  3    2                    1   3       3     33             0               2  33   0 666          0          9       7      1   3        333        6      7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  ..    .   ..   .  ..................        .     ...     .    .  .  .        .         ...   .    ..       ....   . .  . .........   .....       ....  .. .   . .  .    ..      ....    .   ..   . .               .                   ..    .......       .            .       .       .           ..        . .   ...   .......        ..........  .    . ..        .       . ..    ....               ....           .    ...     ......................   .  .  ..     ...    .  . .     ....   ....................  .  ...       . .. ..        ..  ..     ..   ..   ..    .  .      ...    .        . .  .     .      .      .......            .    .          .       ..   .      .      .  .    ...    .     .       ...     ...    .   .          .   .       .   ....    .          .               .      .                 ..     ..           .   .           .          .          . ..      .       .  .          .  ........    .   .              . .  . ..                 ..            ..    ..   ..         .    .         ...       .          .       .  .   .     .        .   .    ..       .                ..     .   . .    .                  .     .  .     .                  .                .               .       ..    .      .......... .        ..  .....................                           . . .     .          ..            .       .            .          .     .  ..         .                       ...                       .    .         .      . .   .  .    .                    .   .       .     ..             .               .  ..   . ...          .          .       .      .   .        ...        .      .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    0  55    8   44   3  888888888888888888        6     000     6    6  6  6        6         444   4    11       4444   8 4  9 000000000   77777       4444  00 4   8 0  4    44      6666    0   44   4 0               1                   22    6666666       0            5       0       0           00        0 0   000   8888888        0000000000  8    0 00        5       2 22    5555               5555           0    000     2222222222222222222222   2  5  00     888    0  8 2     2222   22222222222222222222  0  555       0 55 88        88  88     88   22   00    0  0      333    2        5 5  5     0      0      0000000            0    0          5       88   0      0      5  0    000    2     0       000     000    0   0          0   0       3   3333    3          3               3      7                 77     77           7   3           3          7          7 00      3       7  7          7  00000000    7   3              0 3  3 00                 33            33    55   00         0    5         555       0          5       0  0   0     0        0   0    00       5                00     0   0 5    0                  0     5  5     5                  0                5               0       00    0      0000000000 0        00  555555555555555555555                           0 0 5     5          00            0       5            5          3     3  00         3                       000                       0    5         0      0 0   0  2    0                    0   2       2     88             0               5  88   0 888          0          8       0      0   2        333        7      3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATATAA-TACTA-A-A-A-TATTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-GATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TAC-A-CATCTTTTAGTAAT-ATATTC----CATT-GTTT-ACATANGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCAC--ACA-ACCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCTCGCTT----------ATACGTGNT--TCACAAAAGAAATGCATACGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----AT------AT-A-AA--ACACATCGATN-GATCAT-GAAAACGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATG-TTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTNACTTTATAAATAGAAAGGNATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGG-GCGTGTT--TCATCA-A-AAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATGT-AT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATTTTTGCAA-TCAAAA-TCAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGGCAGAAACT-GCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGTTTAC-TG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAGTTT-ATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTTAATTTGGGTTGAGTAGATAGTCAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTNACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGANNTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTANATAGTTNGTTTATAGATAACATTTTGATTGTTATTAAGTTTGATATAATTACAGTTTTTNATGTTAACATATCTGCTTTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTTTCCAAANGTTTGATTTCAGCTTTANGGCTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGANCNGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTNGTGAAACTTCCCACTGAAGTACGAAGAGGTCTTTCACATAAAAAATTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA-T-GAATTTTTTTTATTTGGAAGTTANTATTGAGCCATATANGTTGTGNT-AGANCGTCATCCGTTGTTTTGTTAATATTTTCNTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTNTTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGTATTTGTNACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
Reference ( family-2508 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATATAA-TACTA-A-A-A-TATTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-GATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TAC-A-CATNTNTTAGTAAT-ATATTC----CATT-GTTT-ACATANGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCAC--ACA-ACCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCTCGCTT----------ATACGTGNT--TCACAAAAGAAATGCATACGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----AT------AT-A-AA--ACACATCGATN-GATCAT-GAAAACGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATG-TT-AACATA---TTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTNACTTTATAAATAGAAAGGCATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGG-GCGTGTT--TCATCA-A-AAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATGTTATTGTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTTCCAGATTATCTTTACATTTTTGCAAATCAAAAATCAGGTGTTTAAGTATCTTCTTGTAATTGGCAGAAACTTGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGTTTAC-TG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAGTTTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTTAATTTGGGTTGAGTAGATAGTCAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTNACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGANNTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTANATAGTTNGTTTATAGATAACATTTTGATTGTTATTAAGTTTGATATAATTACAGTTTTTNATGTTAACATATCTGCTTTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTTTCCAAANGTTTGATTTCAGCTTTANGGCTTTTTTCTAAANGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGANCNGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTNGTGAAACTTCCCACTGAAGTACGAAGAGGTCTTTCACATAGAAAATTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA-T-GAATTTTTTTTATTTGGAAGTTANTATTGAGCCATATANGTTGTGNT-AGANCGTCATCCGTTGTTTTGTTAATATTTTCNTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTNTTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGTATTTGTNACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--TATTTGAA-GAGTATA-AA--ACTATA-A-A-T----TTGCACTCATA--GTCAAA-TATAATT-TT-AAATATAA-ATGTAAT-C---AAGTAT-C-GATAAAGT----AT-TA-TA--------A--A--------AACA-A----CA--A-TATTCATCAGTATA-AAATGC----AATT-ATT--ATA-AAGTAAGACTACCGTTAGTTACCTGCAAGGCACAC-A--CCAC--------CAAGAGCTCCATTTGCCCC-AGGTAAAACAAAATGGTGAAGGAACAG--TCTCCCTTTC-ACA---TAG----A--CCCCACTT----------AT--GTACTGATCACAAAAGAAAAGCATATGTATA-CATATATTAGATCATTTA--G-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----ATCAGATTAT-A-AA---CACATCCATCCGATCA--GAAAATGAGTTAGGAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CA-A--TATCTCATCTAA--TAGTA--TAAT-AAA--TATG-TT-AACATA---TTTT--ATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--ATCTGGCCGTACATTCA-TTTTGACTTTAAAAA-AGAAAGCGATAT-ACGAAAATGAGAAGATGTACA-AAGTTTTTGTGG-GTGTGCTGTTCATCA-A-AAAACGTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCA-TGTTAT-GTTA-GATTTTAAAAAATCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATGTTTGCAAATCAAAA--CAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGCCAGAAACT-GCACAGATTT-AC-CATCTT-GTTCCAA-AACTTACAGATTTGTT-----A--TGCA-AAG-TTGTTCAAAAGTTTAA-AAAT--AACTCAGCTAATTGTTTAAGTCTTTAGTTTTTAACTTTAATT--GGTTGAGTA-ATAGTCAGCTTTAT---CTTGAAA-TTTATATCAA-TAGTTTTTAC-ACA-TTTCT-TGTGTAGG-TGT-ATAAATTTTTTGC-ACGAGAATATCATAAA--ATTTT-CTACA-AGTTTATTTATAGATAATATTTTGATTGT-AT-AAGTT-GATATAATTACAGTTTTTTATGTTAATATATCTAC-TTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTT--CAAATGTTTGA----------AAAGCTTTTT--TA---------------------AACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGAACTG-TTTGT-ATATGTCTGA--AATGTTCAATGTGGTAAAAC-TCCCATTGAAGTACGAAGAGGTC--TCAC-TAG-AAATTTTAC-TTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA---GAAGTTTTTTTATTTGGAAGTTATTATT-AGCCATATGGTTTGTGTTAAGAACGTCATCCATTGTGTTATAAATATTTTCTTTA---CTACA-TCATTGAAAAAGCCAATAGGAACTTCACAATAAAAA-TTAGGGCAAGTTGTTTAAAATATTATTTATTAA-TCATTGG-ATTTGTAACA-TTGTTTTCATAAGAAGATA-TCTAAG-TAATTGAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttgtcggttttcttattcatcaatcaagcaaaaacaaatcaatgaacatatccaacatatatctaaatgaagtttatacataATGTA-TTTTAATTTGAA-GAGTGTATAA-TATTA-ATA-A-TATTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAGTATTC-GATAAAGT----ATAGA-TATCATAA--A--ATA--------CAGG----CAC-ATCATATtctgactgacgcagagatttaaaaaagattaataagttgatattctgagaaatccattata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cattcaacaaaaaacataaattctttacaatattccacatatctaaatgaatgttatacattaATGTA-TT--AATT-GAA-AAGT-CATAA-CA--------A-TATTT--GCA-TCATA--ATCAAATTGTA-TTCTT-AAATATAATGTGTA--TC---AAAAATTCAAATAAt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttttttttttattttcattcaataaacaaagttactagattaatgaaaaattgcaatgtgtctacatatttaattatgttatacattttgtacattaaTGTA-TT--AATTTGAA-AAGTATACAA-C-------------------------------CAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGCAATTC---AAATATTC-AATTAAGT----ATATA-TATC---G--AATATAGT---GAGCAGA----TATAA-CATCTTTTAGTAAT-ATATGC----CATT-GTTA-ACATAAGAAAGGCTACCTATGTTTAC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAACTTTAAAAAAAATC-AATGAAGT----ATATA-TATC---T--A--ATAGT---GAGCAGA----TA--A-CATTTTTTAGTAAT-ATATTT----CATT-GTTT-ACATATGAAAGGCTACCTATTTTTACCTGTAAGGTACACaccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--AATTTGAA-----ATGT-A-TACTA-A-T-A-TTTTTTTGCA-TC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttttttatcttttatttcattcaatatcaatatagatcaatgaacaaattgcaatgttctacatctaaatatgtgttatacatttttgtacattaTTTTTATTGCAACT---GATTCT-AATTTA-TTTTCT--A----GTCTTAATTTCA-TTTTCACTTTATAAATAGAAAGGC-------GATA-TGAGAA------TG-A-GTGT--GGGG-GCGTGTT---CATCAGA-AAAA-ATAGACTAATGACATATG-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GCA-TCATA--ATCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-GTGTAATTC---AA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATGTAA-TATTA-A-A-AATATTTTTGCA-TCATA--GTCTCA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTTATTC---AAGTATTC-TATAAAGT----ATAGA-TATC---------ATA---------AAA----TAC-A-CATATATTCATAA--GTATTCAAAGCATT-GTTT-ACAAAGAAAAGGCTACCTTAGTTTACCTGCAAGGCACACTA--CCAC--ACA--CCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----ACACCTCACTT----------ATACATGAT--TCACAAAAGAAATGCTTGC-TATAACT-ATATTATATCATTTA--TTATGGCAGATTA-ATGA----ATTA----AT------AT-A-ATTTACAC-TCGATAAGATCATTGAAAATGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTTTCATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAA--TATG-TTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCT-ATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTTACTTTATATA-AGAAAGGCATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGGTGCGTGTT--TCATCA-A-AATA-GTA-ACCAATGACA-ATGTGTTTCCAATGT-AT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTT-CCAGAT-ATCTTTACATTTTTGCAA-TCAAA--TCAGGTGTTTA-GTA-CTTCTTGTAATTGGCAGAAACT-GCACAGATTTGA-ACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTT-TTTAT-TGGTTTCAGAAGATTGTTCAAAAGTTT-ATAA-TTAAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTT--ATTTGGGTTGAGTAGATAG-CAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTGACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGATGTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTAGATAGTTAGTTTATAGATAACATTTT-ATTGTTATTAAGTTTAATATAATTACAGTTTTTAATGTTAACATATTTGCTTTTTTCAGTTTTGTG-ACTCTTTTCTAAAGGTTTGATTTCAGCTTTATGACTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGATCAGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTCGTGAAACTTCCCACTGAAGT-CGAAGAGGTCTTTCACATAAAATTTTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGAGT-GGATTTTTTTTATTTGGAAGTTATTATTGAGCCATATAGGTTGTGCT-AGAACG---TCTGTTGTTTTAATAATATTTTCTTTAAGCTTACATTCATT--AAAGGGAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTTTTTTTAAAGA-TATTTATTAGATCATTAGTATTTGTAACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gATTTA-TT--AGGTTGAAAGAGTATATAAATACTA-T-A-A-TATTTTTGCG-ACATA--GTCAAA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC----AGTATTC-GATAAAGT----AGA-A-TG-C---GTTA--ACAGTTAAGAGGAGACTCCTAC-A-CA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttttttcgttttatttccattcatcaccaaaaactaaatgcaatgagacaatattccacatatatataaactaatagttatcattaatgt-TGAAGGAACAGGGTCTCCCTT-CTACAAAATAGGGAAA-ACATCGCTTCCAGCTTGTAATACGTGAT--TCACAAAAGAAATGCA-ATGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTAGATCAT------ATTATAA--ACACATCGATA-GATCAT-GAAAATGATT-GGTAT----CAT------TC-T---AAAGAGGTG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTAAATAGTATAAATTATG-TTTAACATAATGTTTTTTATAACAA-TCCTGATTCTTAATTCAATTTTCTTTA----GTCGTCATTTAAATTTTGACTTTATAAATAAGAAGGGATATTACGAAA-TGAGAAGAT-TACGGA-GTTTTTGTGG-TCGTGTT--TCATCA-ATAAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATGT-ATTGTTTTGATTTTAAAA-GTCTCCAGTAATTTTTCCAGATTATTTTTACATTTTTGCA--TCAAAAATCAGGTGTTTAAGTATCTTCTTGTAAT-GGCAGAAACTTGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAA-TTACAGATTTGTTTACTTG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAGTTTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTcgatatataagggaaatcgacgatataataggataagcagaatcattaagcactttataacatgctgatcactcacgctggactgcaggaggcagtacccacgacaaagcgtcgagttaactcgcactcctattgttacacaaaaaaaaatattgctggttgaaggaacagggtctcccttctacaaaatagggaaaacatcgcttccagcttgtaatacgtgattcacaaaagaaatgcaatgtatacaatattatatcatttatatggcagattaatgataattagatcatattataaacacatcgatagatcatgaaaatgattggtatcattctaaagaggtgtttatttttcatatatctcataatagtaaatagtataaattatgtttaacataatgttttttataacaatcctgattcttaattcaattttctttagtcgtcatttaaattttgactttataaataagaagggatattacgaaatgagaagattacggagtttttgtggtcgtgtttcatcaataaaagtaaccaatgacaatggtttccaatgtattgttttgattttaaaagtctccagtaatttttccagattatttttacatttttgcatcaaaaatcaggtgtttaagtatcttcttgtaatggcagaaacttgcacagatttgacacatctttgttccaagaattacagatttgtttacttgttcagaagattgttcaaaagttttataaattgaactcagctaattgtttgtctttagttttactta
gi|4                          : ttttttcgttttatttccattcatcaccaaaaactaaatgcaatgagacaatattccacatatatataaactaatagttatcattaatgtatttattaggttgaaagagtatataaatactataatatttttgcgacatagtcaaatatattttaaatataaatgtaattcagtattcgataaagtagaatgcgttaacagttaagaggagactcctacacacgatatataagggaaatcgacgatataataggataagcagaatcattaagcactttataacatgctgatcactcacgctggactgcaggaggcagtacccacgacaaagcgtcgagttaactcgcactcctattgttacacaaaaaaaaatattgctggtATGTA-TT--AATT-GAA--AGTATA------CTA-A-----TATTTTTGCA-TCATA--ATCAAA-TGTA-TT-TT-ATATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-AATAAGTT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TA--A-CATCTTTT-GTAAT-ATATTC----CATT-GTTT-ACATAAGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTACCCCAT--ACA-ACCAAGAG-ATCATTTGCCCCCAGGTAAA-AAAAAAT-TGAAGGAACAG--TTTCCCTT-C-ACA---TAG----G-ACCTCGCTT----------ATATGTGTT--Ta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttttttcctttctttcattcaacatcaatgaaatacatagatcaatgaacaaattgcaatgttctacttatcttaatgtatgttatacatttttgtacattaC----CATT-GTTT-ACGTAA-AAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGACACACTG--CCAC--ATGCACCAAGAG-TCCATACGCTCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCT-ACTT----------ATACATGTT--TCACAAAA-AAATGCATA--TATG-TA-ATTTTTTTTCATATAGCC-ATACCAGATTACATTATACAATTA----TT------GC-A-AA--GCACATTCATT-ATTCAT--AAAACATCTTATTATAAAACATCGAGAATCATGAAAA-----TGATTTGGTATCATT-C-TAGTTATCTCAT--AACGCAGTA--TAA--TAAGTTATGATT-A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gATGTACTT--AATTTGAA-AAGT-------TACTA-A-ATA-T-TTTTTGCA-TCATA--ATC-AA-TGTA-TT-TT-TAATATAA-A---ATTTA---AAAAAATC-AAT-AAGTACAGATGTATTATT---A--G--ATAGT---GAGC-GA----TA--A--ATCTTTTAGTAATAATATTT----CATTGGTTTAACATATGAAAGGCTATCTATG-TTA-CTGTAAGGCACACTC--CC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttttttccccttttatttttattcataaatcaacaatacatagatcaatgaacaattgcatgtactccatattaaataatgtgtttatacattttgtaacattaATGTA-TT--AATTTGAA-AAGTATA------CTA-A-T-A-T-TTTTTGCA-TCATATAATCAAA-TGTA-TT-TTTAAATATAA-ATGCAATTC---AAAAATTC-AATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAAA----TA--A-C---TTTTAGTAAT-ATATTT----CATT-GTTT-ACATATGAAAGGCTTCCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCACATATA-ACCAAGAG-
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gcaacaaatacatagatcaatgtacaaattacaatgttctacatatctaaatatgtgttatacattttgtacattaTTTGGAAGTTAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATCTGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AG-ATTTGTAAATA-TATTAATTAGTTCATTAGTATTTGTTACATTTGTTTTC---AGACGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAAGAGACCTTTCACATAAAGAATTTTACTTTTTTCCCAATCTGAGTAAAAGA-TTGAATGTTTTTTATTTGGAAGATAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATCTGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATATG-ACTTAACAATAAAAAGTT--GGC-A-TATTTTTAAATA-TATCTATTAGTTCATTAGCATTTGTTATATttctggctgatgcaagatttaaaaaaagacttaatagtcgagttattctgagaaatcctata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTTTTTCCTTTCTTTTCATTCAACATCAATGAATACATAGATCAATGAACAAATTGCAATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 11      333333333333333333                                                                                      222222222   11111             2222                     1111                                                         2222222                            1                   11              111   1111111        3333333333         11                  11    1111               2222           1    111     4444444444444444444444         22     111               2222   33333333333333333333  1  111       1    11        11  11     11   11   22             222                        1      1      2222222            1               1       1    1      1         1    111          1       11      111    1   1          1   1          1   1    1                                 1                1       222          1                         1             11                              222222222                    1         11                 11            11    11   11         1    1        222        1        1           1    1     1      1     1             1               11      1     1                       1    1  1    1                                     1               1       11           4444444444          11  777777777777777777777                               1     1          11                    1            1                                                      333                                               1                                                  11             1                  11   1              1                                      222                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    4  55    0   00   2  111111111111111111        3     666     3    3  3  3        3         666   1    66       9999   1 4  1 000000000   33333       9999  1111        1    77      0000    5   55   0 1               0                   99    5555555       8            2       0       8           11        8 8   444   9999999        5555555555  0    1 11        2       3 99    1111               4444           0    777     8888888888888888888888   3  2  11     555    2  0 3     1111   55555555555555555555  0  777       0 66 33        33  33     33   33   22      3      333    3        2 2  2     0      0      6666666            0    1          5       0    0      0     3   0    111 3        0     7 33      111    0   0          0   0      7   3   3    3          7               7      3                3 7     888          3   7          7          3           6 44    7         6  6          6 777777777    6   7           3       7 11                 88            88    88   88         5    5        111        5        5         1 5    5     5      5     5    22       5               88      5   1 5    1                  5    5  5    5                    1                5               5       88    1      1111111111 1        88  333333333333333333333                           1 1 5     5          88            1       5            5          7     7 7           7                       444                       1    2         1      1 0   1  3    2                    1   3       3     33             0               2  33   0 666          0          9       7      1   3        333        6      7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  ..    .   ..   .  ..................        .     ...     .    .  .  .        .         ...   .    ..       ....   . .  . .........   .....       ....  ....        .    ..      ....    .   ..   . .               .                   ..    .......       .            .       .       .           ..        . .   ...   .......        ..........  .    . ..        .       . ..    ....               ....           .    ...     ......................   .  .  ..     ...    .  . .     ....   ....................  .  ...       . .. ..        ..  ..     ..   ..   ..      .      ...    .        . .  .     .      .      .......            .    .          .       .    .      .     .   .    ... .        .     . ..      ...    .   .          .   .      .   .   .    .          .               .      .                . .     ...          .   .          .          .           . ..    .         .  .          . .........    .   .           .       . ..                 ..            ..    ..   ..         .    .        ...        .        .         . .    .     .      .     .    ..       .               ..      .   . .    .                  .    .  .    .                    .                .               .       ..    .      .......... .        ..  .....................                           . . .     .          ..            .       .            .          .     . .           .                       ...                       .    .         .      . .   .  .    .                    .   .       .     ..             .               .  ..   . ...          .          .       .      .   .        ...        .      .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    0  55    8   44   3  888888888888888888        6     000     6    6  6  6        6         444   4    11       4444   8 4  9 000000000   44444       4444  2222        4    44      6666    0   44   4 0               1                   22    6666666       0            5       0       0           00        0 0   000   8888888        0000000000  8    0 00        5       2 22    5555               5555           0    000     2222222222222222222222   2  5  00     888    0  8 2     2222   22222222222222222222  0  555       0 55 88        88  88     88   22   00      2      333    2        5 5  5     0      0      0000000            0    0          5       8    0      0     2   0    000 2        0     0 88      000    0   0          0   0      3   3   3    3          3               3      3                3 3     000          3   3          3          3           7 00    3         7  7          7 000000000    7   3           3       3 00                 33            33    55   00         0    5        555        0        5         0 0    0     0      0     0    00       5               00      0   0 5    0                  0    5  5    5                    0                5               0       00    0      0000000000 0        00  000000000000000000000                           0 0 5     5          00            0       5            5          3     3 3           3                       000                       0    5         0      0 0   0  2    0                    0   2       2     88             0               5  88   0 888          0          8       0      0   2        333        7      3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATATAA-TACTA-A-A-A-TATTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-GATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TAC-A-CATCTTTTAGTAAT-ATATTC----CATT-GTTT-ACATANGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCAC--ACA-ACCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCTCGCTT----------ATACGTGNT--TCACAAAAGAAATGCATACGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----AT------AT-A-AA--ACACATCGATN-GATCAT-GAAAACGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATGTTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTNACTTTATAAATAGAAAGGGATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGG-GCGTGTT--TCATCA-A-AAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATG-TAT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATTTTTGC-AATCAAAA-TCAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGGCAGAAAC-TGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGTTTAC-TG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAG-TTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTTAATTTGGGTTGAGTAGATAGTCAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTNACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGANNTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTANATAGTTNGTTTATAGATAACATTTTGATTGTTATTAAGTTTGATATAATTACAGTTTTTNATGTTAACATATCTGCTTTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTTTCCAAANGTTTGATTTCAGCTTTANGGCTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGANCNGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTNGTGAAACTTCCCACTGAAGTACGAAGAGGTCTTTCACATAAAAAATTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA-T-GAATTTTTTTTATTTGGAAGTTANTATTGAGCCATATANGTTGTGNT-AGANCGTCATCCGTTGTTTTGTTAATATTTTCNTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTNTTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGTATTTGTNACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
Reference ( family-2508 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATATAA-TACTA-A-A-A-TATTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-GATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TAC-A-CATCTTTTAGTAAT-ATATTC----CATT-GTTT-ACATANGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCAC--ACA-ACCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCTCGCTT----------ATACGTGNT--TCACAAAAGAAATGCATACGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----AT------AT-A-AA--ACACATCGATN-GATCAT-GAAAACGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATGTTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTNACTTTATAAATAGAAAGGNATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGG-GCGTGTT--TCATCA-A-AAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATG-TAT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATTTTTGC-AATCAAAA-TCAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGGCAGAAAC-TGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGTTTAC-TG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAG-TTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTTAATTTGGGTTGAGTAGATAGTCAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTNACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGANNTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTANATAGTTNGTTTATAGATAACATTTTGATTGTTATTAAGTTTGATATAATTACAGTTTTTNATGTTAACATATCTGCTTTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTTTCCAAANGTTTGATTTCAGCTTTANGGCTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGANCNGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTNGTGAAACTTCCCACTGAAGTACGAAGAGGTCTTTCACATAAAAAATTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA-T-GAATTTTTTTTATTTGGAAGTTANTATTGAGCCATATANGTTGTGNT-AGANCGTCATCCGTTGTTTTGTTAATATTTTCNTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTNTTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGTATTTGTNACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--TATTTGAA-GAGTATA-AA--ACTATA-A-A-T----TTGCACTCATA--GTCAAA-TATAATT-TT-AAATATAA-ATGTAAT-C---AAGTAT-C-GATAAAGT----AT-TA-TA--------A--AAAC-----AACA-A----TAT-T-CATC----AGTATA-AAATGC----AATT-ATT--ATA-AAGTAAGACTACCGTTAGTTACCTGCAAGGCACAC-A--CCAC--------CAAGAGCTCCATTTGCCCC-AGGTAAAACAAAATGGTGAAGGAACAG--TCTCCCTTTC-ACA---TAG----A--CCCCACTT----------AT--GTACTGATCACAAAAGAAAAGCATATGTATA-CATATATTAGATCATTTA--G-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----ATCAGATTAT-A-AA---CACATCCATCCGATCA--GAAAATGAGTTAGGAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CA-A--TATCTCATCTAA--TAGTA--TAAT-AAA--TATGTT-AACATA---TTTT--ATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--ATCTGGCCGTACATTCA-TTTTGACTTTAAAAA-AGAAAGCGATAT-ACGAAAATGAGAAGATGTACA-AAGTTTTTGTGG-GTGTGCTGTTCATCA-A-AAAACGTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCC-ATGTTAT-GTTA-GATTTTAAAAAATCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATGTTTGCAAATCAAAA--CAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGCCAGAAAC-TGCACAGATTT-AC-CATC-TTGTTCCAA-AACTTACAGATTTGT-----TA--TGCA-AAG-TTGTTCAAAAG-TTTAAAAAT--AACTCAGCTAATTGTTTAAGTCTTTAGTTTTTAACTTTAATT--GGTTGAGTA-ATAGTCAGCTTTA---TCTTGAAA-TTTATATC-AATAGTTTTTA-CACA-TTTCT-TGTGTA-GGTGT-ATAAATTTTTTGC-ACGAGAATATCATAA--AATTTT-CTACA-AGTTTATTTATAGATAATATTTTGATTG-TA-TAAG-TTGATATAATTACAGTTTTTTATGTTAATATATCTAC-TTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTT--CAAATGTTTGA----------AAAGCTTTTT--TA---------------------AACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGAACTG-TTTGT-ATATGTCTGA--AATGTTCAATGTGGTAAAAC-TCCCATTGAAGTACGAAGAGGTC--TCAC-T-AGAAATTTTAC-TTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA---GAAGTTTTTTTATTTGGAAGTTATTATT-AGCCATATGGTTTGTGTTAAGAACGTCATCCATTGTGTTATAAATATTTTCTTTA---CTACA-TCATTGAAAAAGCCAATAGGAACTTCACAATAAAAA-TTAGGGCAAGTTGTTTAAAATATTATTTATTAA-TCATTGG-ATTTGTAACA-TTGTTTTCATAAGAAGATA-TCTAAG-TAATTGAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttgtcggttttcttattcatcaatcaagcaaaaacaaatcaatgaacatatccaacatatatctaaatgaagtttatacataATGTA-TTTTAATTTGAA-GAGTGTATAA-TATTA-ATA-A-TATTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAGTATTC-GATAAAGT----ATAGA-TATCATAA--A--ATA--------CAGG----CAC-ATCATATTtctgactgacgcagagatttaaaaaagattaataagttgatattctgagaaatccattata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cattcaacaaaaaacataaattctttacaatattccacatatctaaatgaatgttatacattaATGTA-TT--AATT-GAA-AAGT-CATAA-CA--------A-TATTT--GCA-TCATA--ATCAAATTGTA-TTCTT-AAATATAATGTGTA--TC---AAAAATTCAAATAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttttttttttattttcattcaataaacaaagttactagattaatgaaaaattgcaatgtgtctacatatttaattatgttatacattttgtacattaaTGTA-TT--AATTTGAA-AAGTATACAA-C-------------------------------CAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGCAATTC---AAATATTC-AATTAAGT----ATATA-TATC---G--AATATAGT---GAGCAGA----TATAA-CATCTTTTAGTAAT-ATATGC----CATT-GTTA-ACATAAGAAAGGCTACCTATGTTTAC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAACTTTAAAAAAAATC-AATGAAGT----ATATA-TATC---T--A--ATAGT---GAGCAGA----TA--A-CATTTTTTAGTAAT-ATATTT----CATT-GTTT-ACATATGAAAGGCTACCTATTTTTACCTGTAAGGTACACaccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--AATTTGAA-----ATGT-A-TACTA-A-T-A-TTTTTTTGCA-TC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttttttatcttttatttcattcaatatcaatatagatcaatgaacaaattgcaatgttctacatctaaatatgtgttatacatttttgtacattaTTTTTATTGCAACT---GATTCT-AATTTA-TTTTCT--A----GTCTTAATTTCA-TTTTCACTTTATAAATAGAAAGG-------CGATA-TGAGA------ATG-A-G--TGTGGGG-GCGTG-T--TCATCAGA-AAAA-ATAGACTAATGACATATG-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GCA-TCATA--ATCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-GTGTAATTC---AA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATGTAA-TATTA-A-A-AATATTTTTGCA-TCATA--GTCTCA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTTATTC---AAGTATTC-TATAAAGT----ATAGA-TATC---------ATA---------AAA----TAC-A-CATATATTCATAA--GTATTCAAAGCATT-GTTT-ACAAAGAAAAGGCTACCTTAGTTTACCTGCAAGGCACACTA--CCAC--ACA--CCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----ACACCTCACTT----------ATACATGAT--TCACAAAAGAAATGCTTGC-TATAACT-ATATTATATCATTTA--TTATGGCAGATTA-ATGA----ATTA----AT------AT-A-ATTTACAC-TCGATAAGATCATTGAAAATGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTTTCATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAA--TATGTTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCT-ATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTTACTTTATATA-AGAAAGGCATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGGTGCGTGTT--TCATCA-A-AATA-GTA-ACCAATGACA-ATGTGTTTCCAATG-TAT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTT-CCAGAT-ATCTTTACATTTTTGC-AATCAAA--TCAGGTGTTTA-GTA-CTTCTTGTAATTGGCAGAAAC-TGCACAGATTTGA-ACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTT-TTTAT-TGGTTTCAGAAGATTGTTCAAAAG-TTTATAA-TTAAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTT--ATTTGGGTTGAGTAGATAG-CAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTGACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGATGTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTAGATAGTTAGTTTATAGATAACATTTT-ATTGTTATTAAGTTTAATATAATTACAGTTTTTAATGTTAACATATTTGCTTTTTTCAGTTTTGTG-ACTCTTTTCTAAAGGTTTGATTTCAGCTTTATGACTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGATCAGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTCGTGAAACTTCCCACTGAAGT-CGAAGAGGTCTTTCACATAAAATTTTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGAGT-GGATTTTTTTTATTTGGAAGTTATTATTGAGCCATATAGGTTGTGCT-AGAACG---TCTGTTGTTTTAATAATATTTTCTTTAAGCTTACATTCATT--AAAGGGAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTTTTTTTAAAGA-TATTTATTAGATCATTAGTATTTGTAACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gATTTA-TT--AGGTTGAAAGAGTATATAAATACTA-T-A-A-TATTTTTGCG-ACATA--GTCAAA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC----AGTATTC-GATAAAGT----AGA-A-TG-C---GTTA--ACAGTTAAGAGGAGACTCCTAC-A-CA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttttttcgttttatttccattcatcaccaaaaactaaatgcaatgagacaatattccacatatatataaactaatagttatcattaatgt-TGAAGGAACAGGGTCTCCCTT-CTACAAAATAGGGAAA-ACATCGCTTCCAGCTTGTAATACGTGAT--TCACAAAAGAAATGCA-ATGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTAGATCAT------ATTATAA--ACACATCGATA-GATCAT-GAAAATGATT-GGTAT----CAT------TC-T---AAAGAGGTG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTAAATAGTATAAATTATGTTTAACATAATGTTTTTTATAACAA-TCCTGATTCTTAATTCAATTTTCTTTA----GTCGTCATTTAAATTTTGACTTTATAAATAAGAAGGGATATTACGAAA-TGAGAAGAT-TACGGA-GTTTTTGTGG-TCGTGTT--TCATCA-ATAAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATG-TATTGTTTTGATTTTAAAA-GTCTCCAGTAATTTTTCCAGATTATTTTTACATTTTTGC-A-TCAAAAATCAGGTGTTTAAGTATCTTCTTGTAA-TGGCAGAAACTTGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAA-TTACAGATTTGTTTACTTG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAGTTTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTcgatatataagggaaatcgacgatataataggataagcagaatcattaagcactttataacatgctgatcactcacgctggactgcaggaggcagtacccacgacaaagcgtcgagttaactcgcactcctattgttacacaaaaaaaaatattgctggttgaaggaacagggtctcccttctacaaaatagggaaaacatcgcttccagcttgtaatacgtgattcacaaaagaaatgcaatgtatacaatattatatcatttatatggcagattaatgataattagatcatattataaacacatcgatagatcatgaaaatgattggtatcattctaaagaggtgtttatttttcatatatctcataatagtaaatagtataaattatgtttaacataatgttttttataacaatcctgattcttaattcaattttctttagtcgtcatttaaattttgactttataaataagaagggatattacgaaatgagaagattacggagtttttgtggtcgtgtttcatcaataaaagtaaccaatgacaatggtttccaatgtattgttttgattttaaaagtctccagtaatttttccagattatttttacatttttgcatcaaaaatcaggtgtttaagtatcttcttgtaatggcagaaacttgcacagatttgacacatctttgttccaagaattacagatttgtttacttgttcagaagattgttcaaaagttttataaattgaactcagctaattgtttgtctttagttttactta
gi|4                          : ttttttcgttttatttccattcatcaccaaaaactaaatgcaatgagacaatattccacatatatataaactaatagttatcattaatgtatttattaggttgaaagagtatataaatactataatatttttgcgacatagtcaaatatattttaaatataaatgtaattcagtattcgataaagtagaatgcgttaacagttaagaggagactcctacacacgatatataagggaaatcgacgatataataggataagcagaatcattaagcactttataacatgctgatcactcacgctggactgcaggaggcagtacccacgacaaagcgtcgagttaactcgcactcctattgttacacaaaaaaaaatattgctggtATGTA-TT--AATT-GAA--AGTATA------CTA-A-----TATTTTTGCA-TCATA--ATCAAA-TGTA-TT-TT-ATATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-AATAAGTT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TA--A-CATCTTTT-GTAAT-ATATTC----CATT-GTTT-ACATAAGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTACCCCAT--ACA-ACCAAGAG-ATCATTTGCCCCCAGGTAAA-AAAAAAT-TGAAGGAACAG--TTTCCCTT-C-ACA---TAG----G-ACCTCGCTT----------ATATGTGTT--Ta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttttttcctttctttcattcaacatcaatgaaatacatagatcaatgaacaaattgcaatgttctacttatcttaatgtatgttatacatttttgtacattaC----CATT-GTTT-ACGTAA-AAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGACACACTG--CCAC--ATGCACCAAGAG-TCCATACGCTCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCT-ACTT----------ATACATGTT--TCACAAAA-AAATGCATA--TATG-TA-ATTTTTTTTCATATAGCC-ATACCAGATTACATTATACAATTA----TT------GC-A-AA--GCACATTCATT-ATTCAT--AAAACATCTTATTATAAAACATCGAGAATCATGAAAA-----TGATTTGGTATCATT-C-TAGTTATCTCAT--AACGCAGTA--TAA--TAAGTTATGATTA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gATGTACTT--AATTTGAA-AAGT-------TACTA-A-ATA-T-TTTTTGCA-TCATA--ATC-AA-TGTA-TT-TT-TAATATAA-A---ATTTA---AAAAAATC-AAT-AAGTACAGATGTATTATT---A--G--ATAGT---GAGC-GA----TA--A--ATCTTTTAGTAATAATATTT----CATTGGTTTAACATATGAAAGGCTATCTATG-TTA-CTGTAAGGCACACTC--CC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttttttccccttttatttttattcataaatcaacaatacatagatcaatgaacaattgcatgtactccatattaaataatgtgtttatacattttgtaacattaATGTA-TT--AATTTGAA-AAGTATA------CTA-A-T-A-T-TTTTTGCA-TCATATAATCAAA-TGTA-TT-TTTAAATATAA-ATGCAATTC---AAAAATTC-AATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAAA----TA-----A-CTTTTAGTAAT-ATATTT----CATT-GTTT-ACATATGAAAGGCTTCCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCACATATA-ACCAAGAG-
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gcaacaaatacatagatcaatgtacaaattacaatgttctacatatctaaatatgtgttatacattttgtacattaTTTGGAAGTTAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATCTGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AG-ATTTGTAAATA-TATTAATTAGTTCATTAGTATTTGTTACATTTGTTTTC---AGACGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GAAGAGACCTTTCACATAAAGAATTTTACTTTTTTCCCAATCTGAGTAAAAGA-TTGAATGTTTTTTATTTGGAAGATAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATCTGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATATG-ACTTAACAATAAAAAGTT--GGC-A-TATTTTTAAATA-TATCTATTAGTTCATTAGCATTTGTTATATttctggctgatgcaagatttaaaaaaagacttaatagtcgagttattctgagaaatcctata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTTTTTCCTTTCTTTTCATTCAACATCAATGAATACATAGATCAATGAACAAATTGCAATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 11      333333333333333333                                                                                      222222222   11111             2222                     1111                                                         2222222                            1                   11              111   1111111        3333333333         11                  11    1111               2222           1    111     4444444444444444444444         22     111               2222   33333333333333333333  1  111       1    11        11  11     11   11   22             222                        1      1      2222222            1               1            1      1         1    111          1       11      111    1   1          1   1          1   1    1                                 1                1       222          1                         1             11                              222222222                    1         11                 11            11    11   11         1    1        222        1        1           1    1     1      1     1             1               11      1     1                       1    1  1    1                                     1               1       11           4444444444          11  777777777777777777777                               1     1          11                    1            1                                                      333                                               1                                                  11             1                  11   1              1                                      222                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    4  55    0   00   2  111111111111111111        3     666     3    3  3  3        3         666   1    66       9999   1 4  1 000000000   33333       9999  1111        1    77      0000    5   55   0 1               0                   99    5555555       8            2       0       8           11        8 8   444   9999999        5555555555  0    1 11        2       3 99    1111               4444           0    777     8888888888888888888888   3  2  11     555    2  0 3     1111   55555555555555555555  0  777       0 66 33        33  33     33   33   22      3      333    3        2 2  2     0      0      6666666            0    1          5       8    0      0     3   0    111 3        0     7 33      111    0   0          0   0      7   3   3    3          7               7      3                3 7     888          3   7          7          3           6 44    7         6  6          6 777777777    6   7           3       7 11                 88            88    88   88         5    5        111        5        5         1 5    5     5      5     5    22       5               88      5   1 5    1                  5    5  5    5                    1                5               5       88    1      1111111111 1        88  333333333333333333333                           1 1 5     5          88            1       5            5          7     7 7           7                       444                       1    2         1      1 0   1  3    2                    1   3       3     33             0               2  33   0 666          0          9       7      1   3        333        6      7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  ..    .   ..   .  ..................        .     ...     .    .  .  .        .         ...   .    ..       ....   . .  . .........   .....       ....  ....        .    ..      ....    .   ..   . .               .                   ..    .......       .            .       .       .           ..        . .   ...   .......        ..........  .    . ..        .       . ..    ....               ....           .    ...     ......................   .  .  ..     ...    .  . .     ....   ....................  .  ...       . .. ..        ..  ..     ..   ..   ..      .      ...    .        . .  .     .      .      .......            .    .          .       .    .      .     .   .    ... .        .     . ..      ...    .   .          .   .      .   .   .    .          .               .      .                . .     ...          .   .          .          .           . ..    .         .  .          . .........    .   .           .       . ..                 ..            ..    ..   ..         .    .        ...        .        .         . .    .     .      .     .    ..       .               ..      .   . .    .                  .    .  .    .                    .                .               .       ..    .      .......... .        ..  .....................                           . . .     .          ..            .       .            .          .     . .           .                       ...                       .    .         .      . .   .  .    .                    .   .       .     ..             .               .  ..   . ...          .          .       .      .   .        ...        .      .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    0  55    8   44   3  888888888888888888        6     000     6    6  6  6        6         444   4    11       4444   8 4  9 000000000   44444       4444  2222        4    44      6666    0   44   4 0               1                   22    6666666       0            5       0       0           00        0 0   000   8888888        0000000000  8    0 00        5       2 22    5555               5555           0    000     2222222222222222222222   2  5  00     888    0  8 2     2222   22222222222222222222  0  555       0 55 88        88  88     88   22   00      2      333    2        5 5  5     0      0      0000000            0    0          5       8    0      0     2   0    000 2        0     0 88      000    0   0          0   0      3   3   3    3          3               3      3                3 3     000          3   3          3          3           7 00    3         7  7          7 000000000    7   3           3       3 00                 33            33    55   00         0    5        555        0        5         0 0    0     0      0     0    00       5               00      0   0 5    0                  0    5  5    5                    0                5               0       00    0      0000000000 0        00  000000000000000000000                           0 0 5     5          00            0       5            5          3     3 3           3                       000                       0    5         0      0 0   0  2    0                    0   2       2     88             0               5  88   0 888          0          8       0      0   2        333        7      3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATATAA-TACTA-A-A-A-TATTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-GATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TAC-A-CATCTTTTAGTAAT-ATATTC----CATT-GTTT-ACATANGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCAC--ACA-ACCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCTCGCTT----------ATACGTGNT--TCACAAAAGAAATGCATACGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----AT------AT-A-AA--ACACATCGATN-GATCAT-GAAAACGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATGTTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTNACTTTATAAATAGAAAGGGATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGG-GCGTGTT--TCATCA-A-AAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATG-TAT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATTTTTGC-AATCAAAA-TCAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGGCAGAAAC-TGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGTTTAC-TG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAG-TTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTTAATTTGGGTTGAGTAGATAGTCAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTNACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGANNTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTANATAGTTNGTTTATAGATAACATTTTGATTGTTATTAAGTTTGATATAATTACAGTTTTTNATGTTAACATATCTGCTTTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTTTCCAAANGTTTGATTTCAGCTTTANGGCTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGANCNGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTNGTGAAACTTCCCACTGAAGTACGAAGAGGTCTTTCACATAAAAAATTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA-T-GAATTTTTTTTATTTGGAAGTTANTATTGAGCCATATANGTTGTGNT-AGANCGTCATCCGTTGTTTTGTTAATATTTTCNTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTNTTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGTATTTGTNACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
Reference ( family-2508 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATATAA-TACTA-A-A-A-TATTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-GATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TAC-A-CATCTTTTAGTAAT-ATATTC----CATT-GTTT-ACATANGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCAC--ACA-ACCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCTCGCTT----------ATACGTGNT--TCACAAAAGAAATGCATACGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----AT------AT-A-AA--ACACATCGATN-GATCAT-GAAAACGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATGTTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTNACTTTATAAATAGAAAGGGATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGG-GCGTGTT--TCATCA-A-AAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATG-TAT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATTTTTGC-AATCAAAA-TCAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGGCAGAAAC-TGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGTTTAC-TG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAG-TTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTTAATTTGGGTTGAGTAGATAGTCAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTNACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGANNTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTANATAGTTNGTTTATAGATAACATTTTGATTGTTATTAAGTTTGATATAATTACAGTTTTTNATGTTAACATATCTGCTTTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTTTCCAAANGTTTGATTTCAGCTTTANGGCTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGANCNGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTNGTGAAACTTCCCACTGAAGTACGAAGAGGTCTTTCACATAAAAAATTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA-T-GAATTTTTTTTATTTGGAAGTTANTATTGAGCCATATANGTTGTGNT-AGANCGTCATCCGTTGTTTTGTTAATATTTTCNTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTNTTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGTATTTGTNACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--TATTTGAA-GAGTATA-AA--ACTATA-A-A-T----TTGCACTCATA--GTCAAA-TATAATT-TT-AAATATAA-ATGTAAT-C---AAGTAT-C-GATAAAGT----AT-TA-TA--------A--AAAC-----AACA-A----TAT-T-CATC----AGTATA-AAATGC----AATT-ATT--ATA-AAGTAAGACTACCGTTAGTTACCTGCAAGGCACAC-A--CCAC--------CAAGAGCTCCATTTGCCCC-AGGTAAAACAAAATGGTGAAGGAACAG--TCTCCCTTTC-ACA---TAG----A--CCCCACTT----------AT--GTACTGATCACAAAAGAAAAGCATATGTATA-CATATATTAGATCATTTA--G-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----ATCAGATTAT-A-AA---CACATCCATCCGATCA--GAAAATGAGTTAGGAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CA-A--TATCTCATCTAA--TAGTA--TAAT-AAA--TATGTT-AACATA---TTTT--ATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--ATCTGGCCGTACATTCA-TTTTGACTTTAAAAA-AGAAAGCGATAT-ACGAAAATGAGAAGATGTACA-AAGTTTTTGTGG-GTGTGCTGTTCATCA-A-AAAACGTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCC-ATGTTAT-GTTA-GATTTTAAAAAATCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATGTTTGCAAATCAAAA--CAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGCCAGAAAC-TGCACAGATTT-AC-CATC-TTGTTCCAA-AACTTACAGATTTGT-----TA--TGCA-AAG-TTGTTCAAAAG-TTTAAAAAT--AACTCAGCTAATTGTTTAAGTCTTTAGTTTTTAACTTTAATT--GGTTGAGTA-ATAGTCAGCTTTA---TCTTGAAA-TTTATATC-AATAGTTTTTA-CACA-TTTCT-TGTGTA-GGTGT-ATAAATTTTTTGC-ACGAGAATATCATAA--AATTTT-CTACA-AGTTTATTTATAGATAATATTTTGATTG-TA-TAAG-TTGATATAATTACAGTTTTTTATGTTAATATATCTAC-TTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTT--CAAATGTTTGA----------AAAGCTTTTT--TA---------------------AACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGAACTG-TTTGT-ATATGTCTGA--AATGTTCAATGTGGTAAAAC-TCCCATTGAAGTACGAAGAGGTC--TCAC-T-AGAAATTTTAC-TTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA---GAAGTTTTTTTATTTGGAAGTTATTATT-AGCCATATGGTTTGTGTTAAGAACGTCATCCATTGTGTTATAAATATTTTCTTTA---CTACA-TCATTGAAAAAGCCAATAGGAACTTCACAATAAAAA-TTAGGGCAAGTTGTTTAAAATATTATTTATTAA-TCATTGG-ATTTGTAACA-TTGTTTTCATAAGAAGATA-TCTAAG-TAATTGAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttgtcggttttcttattcatcaatcaagcaaaaacaaatcaatgaacatatccaacatatatctaaatgaagtttatacataATGTA-TTTTAATTTGAA-GAGTGTATAA-TATTA-ATA-A-TATTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAGTATTC-GATAAAGT----ATAGA-TATCATAA--A--ATA--------CAGG----CAC-ATCATATTtctgactgacgcagagatttaaaaaagattaataagttgatattctgagaaatccattata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cattcaacaaaaaacataaattctttacaatattccacatatctaaatgaatgttatacattaATGTA-TT--AATT-GAA-AAGT-CATAA-CA--------A-TATTT--GCA-TCATA--ATCAAATTGTA-TTCTT-AAATATAATGTGTA--TC---AAAAATTCAAATAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttttttttttattttcattcaataaacaaagttactagattaatgaaaaattgcaatgtgtctacatatttaattatgttatacattttgtacattaaTGTA-TT--AATTTGAA-AAGTATACAA-C-------------------------------CAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGCAATTC---AAATATTC-AATTAAGT----ATATA-TATC---G--AATATAGT---GAGCAGA----TATAA-CATCTTTTAGTAAT-ATATGC----CATT-GTTA-ACATAAGAAAGGCTACCTATGTTTAC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAACTTTAAAAAAAATC-AATGAAGT----ATATA-TATC---T--A--ATAGT---GAGCAGA----TA--A-CATTTTTTAGTAAT-ATATTT----CATT-GTTT-ACATATGAAAGGCTACCTATTTTTACCTGTAAGGTACACaccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--AATTTGAA-----ATGT-A-TACTA-A-T-A-TTTTTTTGCA-TC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttttttatcttttatttcattcaatatcaatatagatcaatgaacaaattgcaatgttctacatctaaatatgtgttatacatttttgtacattaTTTTTATTGCAACT---GATTCT-AATTTA-TTTTCT--A----GTCTTAATTTCA-TTTTCACTTTATAAATAGAAAGG-------CGATA-TGAGA------ATG-A-G--TGTGGGG-GCGTG-T--TCATCAGA-AAAA-ATAGACTAATGACATATG-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GCA-TCATA--ATCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-GTGTAATTC---AA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATGTAA-TATTA-A-A-AATATTTTTGCA-TCATA--GTCTCA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTTATTC---AAGTATTC-TATAAAGT----ATAGA-TATC---------ATA---------AAA----TAC-A-CATATATTCATAA--GTATTCAAAGCATT-GTTT-ACAAAGAAAAGGCTACCTTAGTTTACCTGCAAGGCACACTA--CCAC--ACA--CCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----ACACCTCACTT----------ATACATGAT--TCACAAAAGAAATGCTTGC-TATAACT-ATATTATATCATTTA--TTATGGCAGATTA-ATGA----ATTA----AT------AT-A-ATTTACAC-TCGATAAGATCATTGAAAATGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTTTCATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAA--TATGTTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCT-ATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTTACTTTATATA-AGAAAGGCATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGGTGCGTGTT--TCATCA-A-AATA-GTA-ACCAATGACA-ATGTGTTTCCAATG-TAT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTT-CCAGAT-ATCTTTACATTTTTGC-AATCAAA--TCAGGTGTTTA-GTA-CTTCTTGTAATTGGCAGAAAC-TGCACAGATTTGA-ACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTT-TTTAT-TGGTTTCAGAAGATTGTTCAAAAG-TTTATAA-TTAAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTT--ATTTGGGTTGAGTAGATAG-CAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTGACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGATGTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTAGATAGTTAGTTTATAGATAACATTTT-ATTGTTATTAAGTTTAATATAATTACAGTTTTTAATGTTAACATATTTGCTTTTTTCAGTTTTGTG-ACTCTTTTCTAAAGGTTTGATTTCAGCTTTATGACTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGATCAGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTCGTGAAACTTCCCACTGAAGT-CGAAGAGGTCTTTCACATAAAATTTTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGAGT-GGATTTTTTTTATTTGGAAGTTATTATTGAGCCATATAGGTTGTGCT-AGAACG---TCTGTTGTTTTAATAATATTTTCTTTAAGCTTACATTCATT--AAAGGGAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTTTTTTTAAAGA-TATTTATTAGATCATTAGTATTTGTAACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gATTTA-TT--AGGTTGAAAGAGTATATAAATACTA-T-A-A-TATTTTTGCG-ACATA--GTCAAA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC----AGTATTC-GATAAAGT----AGA-A-TG-C---GTTA--ACAGTTAAGAGGAGACTCCTAC-A-CA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttttttcgttttatttccattcatcaccaaaaactaaatgcaatgagacaatattccacatatatataaactaatagttatcattaatgt-TGAAGGAACAGGGTCTCCCTT-CTACAAAATAGGGAAA-ACATCGCTTCCAGCTTGTAATACGTGAT--TCACAAAAGAAATGCA-ATGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTAGATCAT------ATTATAA--ACACATCGATA-GATCAT-GAAAATGATT-GGTAT----CAT------TC-T---AAAGAGGTG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTAAATAGTATAAATTATGTTTAACATAATGTTTTTTATAACAA-TCCTGATTCTTAATTCAATTTTCTTTA----GTCGTCATTTAAATTTTGACTTTATAAATAAGAAGGGATATTACGAAA-TGAGAAGAT-TACGGA-GTTTTTGTGG-TCGTGTT--TCATCA-ATAAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATG-TATTGTTTTGATTTTAAAA-GTCTCCAGTAATTTTTCCAGATTATTTTTACATTTTTGC-A-TCAAAAATCAGGTGTTTAAGTATCTTCTTGTAA-TGGCAGAAACTTGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAA-TTACAGATTTGTTTACTTG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAGTTTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTcgatatataagggaaatcgacgatataataggataagcagaatcattaagcactttataacatgctgatcactcacgctggactgcaggaggcagtacccacgacaaagcgtcgagttaactcgcactcctattgttacacaaaaaaaaatattgctggttgaaggaacagggtctcccttctacaaaatagggaaaacatcgcttccagcttgtaatacgtgattcacaaaagaaatgcaatgtatacaatattatatcatttatatggcagattaatgataattagatcatattataaacacatcgatagatcatgaaaatgattggtatcattctaaagaggtgtttatttttcatatatctcataatagtaaatagtataaattatgtttaacataatgttttttataacaatcctgattcttaattcaattttctttagtcgtcatttaaattttgactttataaataagaagggatattacgaaatgagaagattacggagtttttgtggtcgtgtttcatcaataaaagtaaccaatgacaatggtttccaatgtattgttttgattttaaaagtctccagtaatttttccagattatttttacatttttgcatcaaaaatcaggtgtttaagtatcttcttgtaatggcagaaacttgcacagatttgacacatctttgttccaagaattacagatttgtttacttgttcagaagattgttcaaaagttttataaattgaactcagctaattgtttgtctttagttttactta
gi|4                          : ttttttcgttttatttccattcatcaccaaaaactaaatgcaatgagacaatattccacatatatataaactaatagttatcattaatgtatttattaggttgaaagagtatataaatactataatatttttgcgacatagtcaaatatattttaaatataaatgtaattcagtattcgataaagtagaatgcgttaacagttaagaggagactcctacacacgatatataagggaaatcgacgatataataggataagcagaatcattaagcactttataacatgctgatcactcacgctggactgcaggaggcagtacccacgacaaagcgtcgagttaactcgcactcctattgttacacaaaaaaaaatattgctggtATGTA-TT--AATT-GAA--AGTATA------CTA-A-----TATTTTTGCA-TCATA--ATCAAA-TGTA-TT-TT-ATATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-AATAAGTT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TA--A-CATCTTTT-GTAAT-ATATTC----CATT-GTTT-ACATAAGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTACCCCAT--ACA-ACCAAGAG-ATCATTTGCCCCCAGGTAAA-AAAAAAT-TGAAGGAACAG--TTTCCCTT-C-ACA---TAG----G-ACCTCGCTT----------ATATGTGTT--Ta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttttttcctttctttcattcaacatcaatgaaatacatagatcaatgaacaaattgcaatgttctacttatcttaatgtatgttatacatttttgtacattaC----CATT-GTTT-ACGTAA-AAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGACACACTG--CCAC--ATGCACCAAGAG-TCCATACGCTCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCT-ACTT----------ATACATGTT--TCACAAAA-AAATGCATA--TATG-TA-ATTTTTTTTCATATAGCC-ATACCAGATTACATTATACAATTA----TT------GC-A-AA--GCACATTCATT-ATTCAT--AAAACATCTTATTATAAAACATCGAGAATCATGAAAA-----TGATTTGGTATCATT-C-TAGTTATCTCAT--AACGCAGTA--TAA--TAAGTTATGATTA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gATGTACTT--AATTTGAA-AAGT-------TACTA-A-ATA-T-TTTTTGCA-TCATA--ATC-AA-TGTA-TT-TT-TAATATAA-A---ATTTA---AAAAAATC-AAT-AAGTACAGATGTATTATT---A--G--ATAGT---GAGC-GA----TA--A--ATCTTTTAGTAATAATATTT----CATTGGTTTAACATATGAAAGGCTATCTATG-TTA-CTGTAAGGCACACTC--CC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttttttccccttttatttttattcataaatcaacaatacatagatcaatgaacaattgcatgtactccatattaaataatgtgtttatacattttgtaacattaATGTA-TT--AATTTGAA-AAGTATA------CTA-A-T-A-T-TTTTTGCA-TCATATAATCAAA-TGTA-TT-TTTAAATATAA-ATGCAATTC---AAAAATTC-AATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAAA----TA-----A-CTTTTAGTAAT-ATATTT----CATT-GTTT-ACATATGAAAGGCTTCCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCACATATA-ACCAAGAG-
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gcaacaaatacatagatcaatgtacaaattacaatgttctacatatctaaatatgtgttatacattttgtacattaTTTGGAAGTTAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATCTGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AG-ATTTGTAAATA-TATTAATTAGTTCATTAGTATTTGTTACATTTGTTTTC---AGACGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GAAGAGACCTTTCACATAAAGAATTTTACTTTTTTCCCAATCTGAGTAAAAGA-TTGAATGTTTTTTATTTGGAAGATAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATCTGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATATG-ACTTAACAATAAAAAGTT--GGC-A-TATTTTTAAATA-TATCTATTAGTTCATTAGCATTTGTTATATttctggctgatgcaagatttaaaaaaagacttaatagtcgagttattctgagaaatcctata


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    C  TT        AG   G  TAATATTAATAATA            .     TAA     T    .  C  T        T         TAA   T    AA       ACAG   G T  T ATAAA       GTTAA       CTCC  CAT         A    TA      AAAG    G   TA     A                                   CC    ATATAA        .            C       .       .           GG        . T   AAA   GGAAAA         CCAGCTTGTA       A .         G       T TG    ACT                GCC            C    TAC     GATCATATTATAAA           A  G  AA     TTG    T    T     AAAA   CGAGAATCATGAAAA       A  TGG       T AT GT        .   CG     AA   TA   AT      T      ATG    T        C C  G     T      A      TTA                A    C          T       C    T      .     A   .    GA  T        T     T .       GA     .   G          T   T      A   .   T    T          A               T      T                . A     AAT          A   T          T          T           G CA    T         G  C          G TTATTGGT     G   A           T       A TA                 .             .     .    TG         G    .        TAT        G        A         G C    C     C      G     G    TG       T               AG      G   G T    A                  .    T  T    T                    A                T               .       TC    G      TTTCAGCTTT T        TC  AAGGTTTGAAAAGCTTTTTTT                           T A T     A          AC            C       T            .          T     A A           T                       GT                        T    G         G      C .   A  T    T                    T   A       T     .              .               G  .    . GTT          .          A       T      A   T        .          G      T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  .         G    A  TAATATTAAAAATA            .     G       .    .  .  .        .         .     A    G        .      T .  T GAAT        GT          .     TAA         A    T       .       .   A      T                                   .     ATGCA         .            C       .       .           .         . .   .     ACA            .                A .         G       T C     CA                 TT             .    T       ATATAATTTA               A  G  A      TG     T    T     .      TCTAAAGAGG            .  .         . AT .         .   .      .    T    GT      T      .      T        C C  G     .      .      A                  .    T          T       G    .      .     A   .    A   T        .     T .       AT     .   .          .   .      A   .   .    .          .               .      .                . .     T            .   .          .          .           G A     T         G  .          . TTACTTG      G   A           .       . TG                 .             .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T     A A           T                       TT                        A    G         C      A .   C  T    T                    G   A       T     .              .               G  .    . GA           .          T       T      T   T        .          G      T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  .         A    A  TAAATACTATAATA            .     A       .    .  .  .        .         .     T    A        .      T .  T GTTA        GT          .     CA          C    T       .       .   T      G                                   .     ACAA          .            C       .       .           .         . .   .     GA             .                T .         .       . .     TA                 T              .    .       TTGCAAAG                 .  C  T      T      C    .     .      TCTAA                 .  .         . T  .         .   .      .    .    .       T             T        . .  .     .      .      A                  .    G          .       .    .      .     .   .    A   .        .     . .       A      .   .          .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A    G         C      A .   C  .    T                    G   A       T     .              .               G  .    . TA           .          T       C      T   T                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  .         A    A  TATACTAATATT              .     A       .    .  .  .        .         .     A    A        .      G .  T TA          GT          .     CA          A    T       .       .   T      A                                   .     ACA           .                            .           .         . .   .     AA             .                T .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  .         G    A  TACTAAATAT                .     G       .    .  .  .        .         .     T    T        .      T .  T GA          GT          .     A           A    T       .       .   T      A                                   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  .         A    A  TAACAATA                  .     G       .    .  .  .        .         .     T    G        .      T .  T AG          GT          .     A           .    .       .       .   T      T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  .         A    A  CTAATAT                   .     A       .    .  .  .        .         .     T    A        .      T .  T GA          .           .     A                        .       .   T      T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  .         .    .  CTAATA                    .     A       .    .  .  .        .         .     A    A        .      . .  . .           .           .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  .         .    .  CAAC                      .     .       .    .  .  .        .         .     A    A                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .             .    .  .  .        .         .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAATACTAAATA******                                                                                      GA*******   GT***             A***                                 T*                                               ACAA***                                                                      AA*****                           **
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATATAA-TACTA-A-A-A-TATTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-GATAAAGT----ATATA-TATC---G--A--ATAGT---GAGCAGA----TAC-A-CATCTTTTAGTAAT-ATATTC----CATT-GTTT-ACATANGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCAC--ACA-ACCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCTCGCTT----------ATACGTGNT--TCACAAAAGAAATGCATACGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----AT------AT-A-AA--ACACATCGATN-GATCAT-GAAAACGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATGTTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTNACTTTATAAATAGAAAGGGATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGG-GCGTGTT--TCATCA-A-AAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATG-TAT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATTTTTGC-AATCAAAA-TCAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGGCAGAAAC-TGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGTTTAC-TG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAG-TTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTTAATTTGGGTTGAGTAGATAGTCAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTNACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGANNTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTANATAGTTNGTTTATAGATAACATTTTGATTGTTATTAAGTTTGATATAATTACAGTTTTTNATGTTAACATATCTGCTTTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTTTCCAAANGTTTGATTTCAGCTTTANGGCTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGANCNGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTNGTGAAACTTCCCACTGAAGTACGAAGAGGTCTTTCACATAAAAAATTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA-T-GAATTTTTTTTATTTGGAAGTTANTATTGAGCCATATANGTTGTGNT-AGANCGTCATCCGTTGTTTTGTTAATATTTTCNTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTNTTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGTATTTGTNACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATATAATACTAAATA------TTTTTGCA-TCATA--GTCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-GATAAAGT----ATATA-TATCGA-------ATAGT---GAGCAGA----TAA---CATCTTTTAGTAAT-ATATTC----CATT-GTTT-ACATANGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCACACAA---CCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAGAA-----CCTCGCTT----------ATACGTGNT--TCACAAAAGAAATGCATACGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----AT------AT-A-AA--ACACATCGATN-GATCAT-GAAAACGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATGTTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTNACTTTATAAATAGAAAGGGATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGG-GCGTGTT--TCATCA-A-AAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATG-TAT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATTTTTGC-AATCAAAA-TCAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGGCAGAAAC-TGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGTTTAC-TG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAG-TTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTTAATTTGGGTTGAGTAGATAGTCAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTNACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGANNTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTANATAGTTNGTTTATAGATAACATTTTGATTGTTATTAAGTTTGATATAATTACAGTTTTTNATGTTAACATATCTGCTTTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTTTCCAAANGTTTGATTTCAGCTTTANGGCTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGANCNGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTNGTGAAACTTCCCACTGAAGTACGAAGAGGTCTTTCACATAAAAAATTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA-T-GAATTTTTTTTATTTGGAAGTTANTATTGAGCCATATANGTTGTGNT-AGANCGTCATCCGTTGTTTTGTTAATATTTTCNTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTNTTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGTATTTGTNACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTTTTTCCTTTCTTTTCATTCAACATCAATGAATACATAGATCAATGAACAAATTGCAATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         3333333333333333333                                                                                                         11                      1111                                                         2222222                            1                   11              111   1111111        3333333333         11                  11    1111               2222           1    111     4444444444444444444444         22     111               2222   33333333333333333333  1  111       1    11        11  11     11   11   22             222                        1      1      2222222            1               1            1      1         1    111          1       11      111    1   1          1   1          1   1    1                                 1                1       222          1                         1             11                              222222222                    1         11                 11            11    11   11         1    1        222        1        1           1    1     1      1     1             1               11      1     1                       1    1  1    1                                     1               1       11           4444444444          11  777777777777777777777                               1     1          11                    1            1                                                      333                                               1                                                  11             1                  11   1              1                                      222                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    4  55    0   77   2  5555555555555555555     3   3     666     3    3  3  3        3         666   1    66    8888  4          6    888      1   33    1    1    1 5     0000     5  0 5  0 1               0                   99    5555555       8            2       0       8           11        8 8   444   9999999        5555555555  0    1 11        2       3 99    1111               4444           0    777     8888888888888888888888   3  2  11     555    2  0 3     1111   55555555555555555555  0  777       0 66 33        33  33     33   33   22      3      333    3        2 2  2     0      0      6666666            0    1          5       8    0      0     3   0    111 3        0     7 33      111    0   0          0   0      7   3   3    3          7               7      3                3 7     888          3   7          7          3           6 44    7         6  6          6 777777777    6   7           3       7 11                 88            88    88   88         5    5        111        5        5         1 5    5     5      5     5    22       5               88      5   1 5    1                  5    5  5    5                    1                5               5       88    1      1111111111 1        88  333333333333333333333                           1 1 5     5          88            1       5            5          7     7 7           7                       444                       1    2         1      1 0   1  3    2                    1   3       3     33             0               2  33   0 666          0          9       7      1   3        333        6      7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  ..    .   ..   .  ...................     .   .     ...     .    .  .  .        .         ...   .    ..    ....  .          .    ...      .   ..    .    .    . .     ....     .  . .  . .               .                   ..    .......       .            .       .       .           ..        . .   ...   .......        ..........  .    . ..        .       . ..    ....               ....           .    ...     ......................   .  .  ..     ...    .  . .     ....   ....................  .  ...       . .. ..        ..  ..     ..   ..   ..      .      ...    .        . .  .     .      .      .......            .    .          .       .    .      .     .   .    ... .        .     . ..      ...    .   .          .   .      .   .   .    .          .               .      .                . .     ...          .   .          .          .           . ..    .         .  .          . .........    .   .           .       . ..                 ..            ..    ..   ..         .    .        ...        .        .         . .    .     .      .     .    ..       .               ..      .   . .    .                  .    .  .    .                    .                .               .       ..    .      .......... .        ..  .....................                           . . .     .          ..            .       .            .          .     . .           .                       ...                       .    .         .      . .   .  .    .                    .   .       .     ..             .               .  ..   . ...          .          .       .      .   .        ...        .      .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    0  55    8   00   3  0000000000000000000     6   6     000     6    6  6  6        6         444   4    11    5555  4          6    666      7   66    7    4    7 7     6666     0  4 0  4 0               1                   22    6666666       0            5       0       0           00        0 0   000   8888888        0000000000  8    0 00        5       2 22    5555               5555           0    000     2222222222222222222222   2  5  00     888    0  8 2     2222   22222222222222222222  0  555       0 55 88        88  88     88   22   00      2      333    2        5 5  5     0      0      0000000            0    0          5       8    0      0     2   0    000 2        0     0 88      000    0   0          0   0      3   3   3    3          3               3      3                3 3     000          3   3          3          3           7 00    3         7  7          7 000000000    7   3           3       3 00                 33            33    55   00         0    5        555        0        5         0 0    0     0      0     0    00       5               00      0   0 5    0                  0    5  5    5                    0                5               0       00    0      0000000000 0        00  000000000000000000000                           0 0 5     5          00            0       5            5          3     3 3           3                       000                       0    5         0      0 0   0  2    0                    0   2       2     88             0               5  88   0 888          0          8       0      0   2        333        7      3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATA-TAA-TACTA-A--A--TATTTTT-GCA-TCATA--GTCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-GATAA----AG-TATATATATCGAATA--GTGAGCAGATA--ACATCTTTTAGTAATA-TATTC----CATTG-TTTA-CATANGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCAC--ACA-ACCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCTCGCTT----------ATACGTGNT--TCACAAAAGAAATGCATACGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----AT------AT-A-AA--ACACATCGATN-GATCAT-GAAAACGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATGTTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTNACTTTATAAATAGAAAGGGATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGG-GCGTGTT--TCATCA-A-AAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATG-TAT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATTTTTGC-AATCAAAA-TCAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGGCAGAAAC-TGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGTTTAC-TG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAG-TTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTTAATTTGGGTTGAGTAGATAGTCAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTNACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGANNTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTANATAGTTNGTTTATAGATAACATTTTGATTGTTATTAAGTTTGATATAATTACAGTTTTTNATGTTAACATATCTGCTTTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTTTCCAAANGTTTGATTTCAGCTTTANGGCTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGANCNGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTNGTGAAACTTCCCACTGAAGTACGAAGAGGTCTTTCACATAAAAAATTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA-T-GAATTTTTTTTATTTGGAAGTTANTATTGAGCCATATANGTTGTGNT-AGANCGTCATCCGTTGTTTTGTTAATATTTTCNTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTNTTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGTATTTGTNACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
Reference ( family-2508 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              NATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATA-TAA-TACTA-A--A--TATTTTT-GCA-TCATA--GTCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-GATAA----AG-TATATATATCGAATA--GTGAGCAGATA--ACATCTTTTAGTAATA-TATTC----CATTG-TTTA-CATANGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCAC--ACA-ACCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCTCGCTT----------ATACGTGNT--TCACAAAAGAAATGCATACGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----AT------AT-A-AA--ACACATCGATN-GATCAT-GAAAACGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAAGTTATGTTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTNACTTTATAAATAGAAAGGGATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGG-GCGTGTT--TCATCA-A-AAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATG-TAT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATTTTTGC-AATCAAAA-TCAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGGCAGAAAC-TGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTTGTTTAC-TG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAG-TTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTTAATTTGGGTTGAGTAGATAGTCAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTNACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGANNTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTANATAGTTNGTTTATAGATAACATTTTGATTGTTATTAAGTTTGATATAATTACAGTTTTTNATGTTAACATATCTGCTTTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTTTCCAAANGTTTGATTTCAGCTTTANGGCTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGANCNGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTNGTGAAACTTCCCACTGAAGTACGAAGAGGTCTTTCACATAAAAAATTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA-T-GAATTTTTTTTATTTGGAAGTTANTATTGAGCCATATANGTTGTGNT-AGANCGTCATCCGTTGTTTTGTTAATATTTTCNTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTNTTTTTAAATA-TATTTATTAGTTCATTAGTATTTGTNACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--TATTTGAA-GAGTATA-AAACTA-TA-A--A--T----TT-GCACTCATA--GTCAAA-TATAATT-TT-AAATATAA-ATGTAAT-C---AAGTAT-C-GATAA----AG-TAT-TATA---AA-------AACA-ACA--ATATTCATCAGTATAA-AATGC----AATTA-TT-A-TA-AAGTAAGACTACCGTTAGTTACCTGCAAGGCACAC-A--CCAC--------CAAGAGCTCCATTTGCCCC-AGGTAAAACAAAATGGTGAAGGAACAG--TCTCCCTTTC-ACA---TAG----A--CCCCACTT----------AT--GTACTGATCACAAAAGAAAAGCATATGTATA-CATATATTAGATCATTTA--G-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTA----ATCAGATTAT-A-AA---CACATCCATCCGATCA--GAAAATGAGTTAGGAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTT-CA-A--TATCTCATCTAA--TAGTA--TAAT-AAA--TATGTT-AACATA---TTTT--ATAACAACTCCTGATTCT-AATTCA-TTTTCT--ATCTGGCCGTACATTCA-TTTTGACTTTAAAAA-AGAAAGCGATAT-ACGAAAATGAGAAGATGTACA-AAGTTTTTGTGG-GTGTGCTGTTCATCA-A-AAAACGTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCC-ATGTTAT-GTTA-GATTTTAAAAAATCTCCAGTAATTTTTCCAGAT-ATCTTTACATGTTTGCAAATCAAAA--CAGGTGTTTA-GTATCTTCTTGTAATTGCCAGAAAC-TGCACAGATTT-AC-CATC-TTGTTCCAA-AACTTACAGATTTGT-----TA--TGCA-AAG-TTGTTCAAAAG-TTTAAAAAT--AACTCAGCTAATTGTTTAAGTCTTTAGTTTTTAACTTTAATT--GGTTGAGTA-ATAGTCAGCTTTA---TCTTGAAA-TTTATATC-AATAGTTTTTA-CACA-TTTCT-TGTGTA-GGTGT-ATAAATTTTTTGC-ACGAGAATATCATAA--AATTTT-CTACA-AGTTTATTTATAGATAATATTTTGATTG-TA-TAAG-TTGATATAATTACAGTTTTTTATGTTAATATATCTAC-TTTTTCAGTTTTGTGGACCCCTT--CAAATGTTTGA----------AAAGCTTTTT--TA---------------------AACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGAACTG-TTTGT-ATATGTCTGA--AATGTTCAATGTGGTAAAAC-TCCCATTGAAGTACGAAGAGGTC--TCAC-T-AGAAATTTTAC-TTTTACCCAATCTGAGTAAAAGA---GAAGTTTTTTTATTTGGAAGTTATTATT-AGCCATATGGTTTGTGTTAAGAACGTCATCCATTGTGTTATAAATATTTTCTTTA---CTACA-TCATTGAAAAAGCCAATAGGAACTTCACAATAAAAA-TTAGGGCAAGTTGTTTAAAATATTATTTATTAA-TCATTGG-ATTTGTAACA-TTGTTTTCATAAGAAGATA-TCTAAG-TAATTGAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttgtcggttttcttattcatcaatcaagcaaaaacaaatcaatgaacatatccaacatatatctaaatgaagtttatacataATGTA-TTTTAATTTGAA-GAGTGTA-TAA-TATTA-ATAA--TATTTTT-GCA-TCATA--GTCAAA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC---AAGTATTC-GATAA----AG-TATAGATATCtctgactgacgcagagatttaaaaaagattaataagttgatattctgagaaatccattata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cattcaacaaaaaacataaattctttacaatattccacatatctaaatgaatgttatacattaATGTA-TT--AATT-GAA-AAGT-CA-TAA-CA-------A--TATTT---GCA-TCATA--ATCAAATTGTA-TTCTT-AAATATAATGTGTA--TC---AAAAATTCAAATAA----ataaaatacaggcacatcatatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttttttttttattttcattcaataaacaaagttactagattaatgaaaaattgcaatgtgtctacatatttaattatgttatacattttgtacattaaTGTA-TT--AATTTGAA-AAGTATA-CAA-C--------------------------------CAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGCAATTC---AAATATTC-AATTA----AG-TATATATATCGAATATAGTGAGCAGATATAACATCTTTTAGTAATA-TATGC----CATTG-TTAA-CATAAGAAAGGCTACCTATGTTTAC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAACTTTAAAAAAAATC-AATGA----AG-TATATATATCTAATA--GTGAGCAGATA--ACATTTTTTAGTAATA-TATTT----CATTG-TTTA-CATATGAAAGGCTACCTATTTTTACCTGTAAGGTACACaccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--AATTTGAA-ATGTATACTAA-TATT----------TTTTT-GCA-TC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttttttatcttttatttcattcaatatcaatatagatcaatgaacaaattgcaatgttctacatctaaatatgtgttatacatttttgtacattaTTTTTATTGCAACT---GATTCT-AATTTA-TTTTCT--A----GTCTTAATTTCA-TTTTCACTTTATAAATAGAAAGG-------CGATA-TGAGA------ATG-A-G--TGTGGGG-GCGTG-T--TCATCAGA-AAAA-ATAGACTAATGACATATG-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -GCA-TCATA--ATCAAA-TGTA-TT-TT-AAATATAA-GTGTAATTC---AA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTA-TT--AATTTGAA-GAGTATG-TAA-TATTA-A--AAATATTTTT-GCA-TCATA--GTCTCA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTTATTC---AAGTATTC-TATAA----AG-TATAGATATC--ATA--------AAATAC-ACATATATTCATAA-G-TATTCAAAGCATTG-TTTA-CAAAGAAAAGGCTACCTTAGTTTACCTGCAAGGCACACTA--CCAC--ACA--CCAAGAG-TCCATTTGCCCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----ACACCTCACTT----------ATACATGAT--TCACAAAAGAAATGCTTGC-TATAACT-ATATTATATCATTTA--TTATGGCAGATTA-ATGA----ATTA----AT------AT-A-ATTTACAC-TCGATAAGATCATTGAAAATGATTTGGTAT----CAT------TC-T---AA-----TG-TT---TATTTTTTCATA--TATCTCAT--AA--TAGTA--TAAT-TAA--TATGTTTAACATA---TTTTTTATAACAACTCCT-ATTCT-AATTCA-TTTTCT--A----GTCGTAATTTCA-TTTTTACTTTATATA-AGAAAGGCATAT-ACGAAA-TGAGAAGAT-TACG-A-GTTTTTGTGGTGCGTGTT--TCATCA-A-AATA-GTA-ACCAATGACA-ATGTGTTTCCAATG-TAT-GTTT-GATTTTAAAAAGTCTCCAGTAATTTT-CCAGAT-ATCTTTACATTTTTGC-AATCAAA--TCAGGTGTTTA-GTA-CTTCTTGTAATTGGCAGAAAC-TGCACAGATTTGA-ACATCTTTGTTCCAAGAACTTACAGATTT-TTTAT-TGGTTTCAGAAGATTGTTCAAAAG-TTTATAA-TTAAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTT--ATTTGGGTTGAGTAGATAG-CAGCTTTGTATTCTTGAAAGTTTACATCAAATAGTTTTGACCACACTTTCTCTGTGTAGGGTGTGATGATGTTTTTGCTACGAGAATATCATAAAGAATTTTGCTAGATAGTTAGTTTATAGATAACATTTT-ATTGTTATTAAGTTTAATATAATTACAGTTTTTAATGTTAACATATTTGCTTTTTTCAGTTTTGTG-ACTCTTTTCTAAAGGTTTGATTTCAGCTTTATGACTTTTTTCTAAAGGTTTGAAAAGCTTTTTTTAACGTTATATTCGCAAATCCAATTTGATCAGTTTTGTAATATGTCTGAACAGTGTTCAATGTCGTGAAACTTCCCACTGAAGT-CGAAGAGGTCTTTCACATAAAATTTTTTACTTTTTACCCAATCTGAGTAAAAGAGT-GGATTTTTTTTATTTGGAAGTTATTATTGAGCCATATAGGTTGTGCT-AGAACG---TCTGTTGTTTTAATAATATTTTCTTTAAGCTTACATTCATT--AAAGGGAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AGTTTTTTTAAAGA-TATTTATTAGATCATTAGTATTTGTAACATTTGTTTTC---AGAAGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gATTTA-TT--AGGTTGAAAGAGTATA-TAAATACTATA--A--TATTTTT-GCG-ACATA--GTCAAA-TATA-TT-TT-AAATATAA-ATGTAATTC----AGTATTC-GATAA----AG-TA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttttttcgttttatttccattcatcaccaaaaactaaatgcaatgagacaatattccacatatatataaactaatagttatcattaatgt-TGAAGGAACAGGGTCTCCCTT-CTACAAAATAGGGAAA-ACATCGCTTCCAGCTTGTAATACGTGAT--TCACAAAAGAAATGCA-ATGTATA-CA-ATATTATATCATTTA--T-ATGGCAGATTA-ATGAT--AATTAGATCAT------ATTATAA--ACACATCGATA-GATCAT-GAAAATGATT-GGTAT----CAT------TC-T---AAAGAGGTG-TT---TATTTTT-CATA--TATCTCAT--AA--TAGTAAATAGTATAAATTATGTTTAACATAATGTTTTTTATAACAA-TCCTGATTCTTAATTCAATTTTCTTTA----GTCGTCATTTAAATTTTGACTTTATAAATAAGAAGGGATATTACGAAA-TGAGAAGAT-TACGGA-GTTTTTGTGG-TCGTGTT--TCATCA-ATAAAA-GTA-ACCAATGACA-ATG-GTTTCCAATG-TATTGTTTTGATTTTAAAA-GTCTCCAGTAATTTTTCCAGATTATTTTTACATTTTTGC-A-TCAAAAATCAGGTGTTTAAGTATCTTCTTGTAA-TGGCAGAAACTTGCACAGATTTGACACATCTTTGTTCCAAGAA-TTACAGATTTGTTTACTTG--TTCAGAAGATTGTTCAAAAGTTTTATAAATTGAACTCAGCTAATTGTTT--GTCTTTAGTTTT--ACTTgaatgcgttaacagttaagaggagactcctacacacgatatataagggaaatcgacgatataataggataagcagaatcattaagcactttataacatgctgatcactcacgctggactgcaggaggcagtacccacgacaaagcgtcgagttaactcgcactcctattgttacacaaaaaaaaatattgctggttgaaggaacagggtctcccttctacaaaatagggaaaacatcgcttccagcttgtaatacgtgattcacaaaagaaatgcaatgtatacaatattatatcatttatatggcagattaatgataattagatcatattataaacacatcgatagatcatgaaaatgattggtatcattctaaagaggtgtttatttttcatatatctcataatagtaaatagtataaattatgtttaacataatgttttttataacaatcctgattcttaattcaattttctttagtcgtcatttaaattttgactttataaataagaagggatattacgaaatgagaagattacggagtttttgtggtcgtgtttcatcaataaaagtaaccaatgacaatggtttccaatgtattgttttgattttaaaagtctccagtaatttttccagattatttttacatttttgcatcaaaaatcaggtgtttaagtatcttcttgtaatggcagaaacttgcacagatttgacacatctttgttccaagaattacagatttgtttacttgttcagaagattgttcaaaagttttataaattgaactcagctaattgtttgtctttagttttactta
gi|4                          : ttttttcgttttatttccattcatcaccaaaaactaaatgcaatgagacaatattccacatatatataaactaatagttatcattaatgtatttattaggttgaaagagtatataaatactataatatttttgcgacatagtcaaatatattttaaatataaatgtaattcagtattcgataaagtagaatgcgttaacagttaagaggagactcctacacacgatatataagggaaatcgacgatataataggataagcagaatcattaagcactttataacatgctgatcactcacgctggactgcaggaggcagtacccacgacaaagcgtcgagttaactcgcactcctattgttacacaaaaaaaaatattgctggtATGTA-TT--AATT-GAA--AGTATA-------CTA-A-----TATTTTT-GCA-TCATA--ATCAAA-TGTA-TT-TT-ATATATAA-ATGTAATTC---AAATATTC-AATAA----GT-TATATATATCGAATA--GTGAGCAGATA--ACATCTTTT-GTAATA-TATTC----CATTG-TTTA-CATAAGAAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTACCCCAT--ACA-ACCAAGAG-ATCATTTGCCCCCAGGTAAA-AAAAAAT-TGAAGGAACAG--TTTCCCTT-C-ACA---TAG----G-ACCTCGCTT----------ATATGTGTT--Ta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tttttttcctttctttcattcaacatcaatgaaatacatagatcaatgaacaaattgcaatgttctacttatcttaatgtatgttatacatttttgtacattaC----CATTG-TTTA-CGTAA-AAAGGCTACCTATGTTTACCTGTAAGACACACTG--CCAC--ATGCACCAAGAG-TCCATACGCTCCCAGGTAAA-CAAAATG-TGAAGGAACAG--TCTCCCTT-C-ACA---TAG----A-ACCT-ACTT----------ATACATGTT--TCACAAAA-AAATGCATA--TATG-TA-ATTTTTTTTCATATAGCC-ATACCAGATTACATTATACAATTA----TT------GC-A-AA--GCACATTCATT-ATTCAT--AAAACATCTTATTATAAAACATCGAGAATCATGAAAA-----TGATTTGGTATCATT-C-TAGTTATCTCAT--AACGCAGTA--TAA--TAAGTTATGATTA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gATGTACTT--AATTTGAA-AAGT--------TACTA-A--A--TATTTTTTGCA-TCATA--ATCAA--TGTA-TT-TT-TAATATAA-A---ATTTA---AAAAAATC-AATAAGTACAGATGTAT-TATTAGATA--GTGAGC-GATA--A-ATCTTTTAGTAATAATATTT----CATTGGTTTAACATATGAAAGGCTATCTATG-TTA-CTGTAAGGCACACTC--CC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttttttccccttttatttttattcataaatcaacaatacatagatcaatgaacaattgcatgtactccatattaaataatgtgtttatacattttgtaacattaATGTA-TT--AATTTGAA-AAGTATACTAA-TATT-----------TTTT-GCA-TCATATAATCAAA-TGTA-TT-TTTAAATATAA-ATGCAATTC---AAAAATTC-AATAA----AG-TATATATATCGAATA--GTGAGCAAATA--AC---TTTTAGTAATA-TATTT----CATTG-TTTA-CATATGAAAGGCTTCCTATGTTTACCTGTAAGGCACACTA--CCACATATA-ACCAAGAG-
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gcaacaaatacatagatcaatgtacaaattacaatgttctacatatctaaatatgtgttatacattttgtacattaTTTGGAAGTTAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATCTGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATAGG-ACTTCACAATAAAAAGTT--GGC-AG-ATTTGTAAATA-TATTAATTAGTTCATTAGTATTTGTTACATTTGTTTTC---AGACGATAGTCTAAGTTAATTGAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GAAGAGACCTTTCACATAAAGAATTTTACTTTTTTCCCAATCTGAGTAAAAGA-TTGAATGTTTTTTATTTGGAAGATAATATTGAGCCATATACGTTGTGAT-AGACCGTCATCTGTTGTTTTGTTAATATTTTCGTTAAGCTTGCATTCATT--AAAGGCAGATATG-ACTTAACAATAAAAAGTT--GGC-A-TATTTTTAAATA-TATCTATTAGTTCATTAGCATTTGTTATATttctggctgatgcaagatttaaaaaaagacttaatagtcgagttattctgagaaatcctata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTTTTTCCTTTCTTTTCATTCAACATCAATGAATACATAGATCAATGAACAAATTGCAATG