lowQualScore : 4 4 55 1 1 22222 33333 1 11 1 33333333333 1 222222 333333 3333333333333 3333 11111111 11 222 22222222222222222222222 1111 99999999999999999999999999999999 22222 3333 111111111 222222222222222222222222
lowQualScore : 0 6 6 0 55 7 5 00000 7 0 88888 3 8 44 3 88888888888 0 3 666666 888 222222 3 5 2222222222222 4 888 3333 4 4 4 3 55 8 3 22222222 22 3 999999 3 666 3 1 3 44444444444444444444444 88888 3 88888 3 44 3 44 7777 44 0000 7777 555 00000000000000000000000000000000 2 22222 2 33 2 0000 33 2 2 0 7 33 33 33 5 999999999 4 3 3 55 666666666666666666666666 44 3 3 88
lowQualScore : . . . . .. . . ..... . . ..... . . .. . ........... . . ...... ... ...... . . ............. . ... .... . . . . .. . . ........ .. . ...... . ... . . . ....................... ..... . ..... . .. . .. .... .. .... .... ... ................................ . ..... . .. . .... .. . . . . .. .. .. . ......... . . . .. ........................ .. . . ..
lowQualScore : 0 0 0 0 00 0 5 55555 3 7 00000 3 3 00 3 77777777777 8 5 555555 000 999999 0 7 5555555555555 4 777 1111 0 0 4 9 33 9 3 11111111 55 3 666666 3 777 3 0 3 66666666666666666666666 33333 3 33333 3 66 3 66 1111 66 8888 1111 888 99999999999999999999999999999999 9 66666 9 99 9 3333 22 4 7 5 3 77 77 77 7 666666666 1 1 1 55 555555555555555555555555 22 1 1 55
consensus : NCCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAATTTTTTATCTGCCATTTAAAAAGAACATATCTACATGTAACGTTCATTTATTATGGCTGGGTGA-CGAATCTCTT-TCTGA-GGATGAC--AAT-ATGAAACGTTTT--A---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATAC-TGGTC-------------GTTTTAA-TTTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGCT-AATATTAAAT-G--------TAA--ATG-A------T-AGA---T-ATGA-TG--A------T-------------TTTC-----T-GT-----TT-C--ACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---CAA-TTTGGT--GA-CTA-CTT--GTAAAT---G-TATG-GCACA----TATGT-TT--GTACAT--T-ATT--TA-AAGG-AGAGGATTATCT--A--A--GTTTTGGAACTTG--------TATCCAATCCTTT-T-G-TC--AA----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTT
Reference ( gi|2 ) : TCCATG-ATGGATAATTTGTTAATCGTAAACAACTTTT-ATCTG--ATTAAAAAAGAACATATCT-TAT-TAATGTTCATTTATCATGGTGGGGTGA-TGAAACTCTT-CCTGA-GGATGAC--AAT-ATGAAACATTTT--A---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATAC-TGGTC-------------GTTTTAA-TTTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGCT-AATATCAAAT-G--------TAA--ATG-A------T-AGA---T-ATGA-TG--A------T-------------TTTC-----T-GT-----TT-C--ACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---CAA-TTTGGT--GAACTA-CTT--GTAAAT---C-TATG-GCACA----AATGT-TT--GTGCAT--TGATT--TA-AAGG-AGAGGGTTATCT--A--A--GTTTTGGGACTTT--------TATCCAATTCTTT-T-G-CC--AA----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTT
gi|1 : CCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAATTTTTTATCTGCCATTTAAAAAGAACAT-TCT-TAT-TAATGTTCAT--ATCATGGCTGG-TGAACGAAACTCTTTCCTGATGGATGACCAAATTATGAAACATCTTTCA---CTATTGTTCA-AAATA--CAT------ACGCGATACCTGGTCC------------GTTTTAAGTTTTTGCATT-TACAT-T-CT-GCTCAATGCTTAATATCAATG-G--------TAAG-ATG-A------TGAGA---TTATGA-TGC-A------T-------------TTCT-----C-GT-----TTGC--ACATCTTA--CG----A--AA-C-AT----T---CAAATTTGGTCGAAACTA-CCTTCGTAAAT---C-TATGCACCCA----AATGT-TT--GTGCAT--TGA-T--TA-AAGGCAGA-GGTTATCT--A--A--GTTTTGGGACTTT--------TATCCAATTCTTTGT-G-CCGAAA----T----T----T-----T-GC--AA-T-ATA--ATGTT
gi|27 : tcATATTTACATGTAATGTTCCATTATTATGG---GGTGA-TGAATCTCTT-TCTGA-GGATGAC--Attgcattcgccgctagaaggaaagtggttagtaaatgttgacagcaacttttgttttcgttttcaaattatcagttttgaatgacaattagaaagtagcatgccatttctgcatcctatcgttagatatacaaatgtaagaacttttcttaatcaacgttgcagcaatgtacttctttaattcaagatcccatgactctttacacactttttca
gi|4 : aaACGTTCATTTATTATTGCTAGATAA-TGAATCTCTT-TCTGA-AG-----------------C-TTTT------CTTTTGTTCAGAAATA---------------------TGGTC-------------GTTTTAA-TTTT-G-CTC---CAA-G-TT-GAT--ATGCA-AGCATTAAATTG--------TAACAATG-AAAACCTC-AGA---C-ATTT-TG--A------TAGTGTCATGCTTTTTTC-----TCGT-----TT-CTCACA-CTTA--CG----A--A--T-AT----T---CAA-AT-------AACCC-CTT--ATACAT---TGTACG-GCA
gi|3 : ttttgttagcacataaatgcagg-ATGAAACTTTTT--ATAACTAT-GTTCAGAAATA--CATGTATATACGCGATAC-TGGTC-------------GTTTTAA-TTTTTT-ATTCTA-AT-T-TT-ACTCATTGCT--ATAT-AAAT-G--------TAA--ATG-A------T-AGA---T-ATTA-TATTA------T-------------TTTC-----T-GT-----TT-C--A-A-CTTA--CG----AATA--C-AT----T---CAA--TTG---------------------------TATG-GCACA----TACGT-TT--GTACAT----ATT--TA-A----------TTATCTTCATCATCGTTTTGGAACTTG--------TATCCTATCCTTT-T-G-TC--AA----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAT--ATGTTa
gi|14 : AAGCGTTTT--G---TTACTGCTCAGAAGTAATCAT------ATA--ATAC-TGGTT-------------GTTTCGA--TTTTG-CTT-CAAAT-T-cga
gi|10 : ttttgttaaatacataactgcacgattttcatgatgagtttattgattgtgagtaggaatacaccTT--A---CTATTGTTCAGAAATG--CAT------ACGCGATAC-TGGTCATTTTAATATCTGGTTTTAA-TTTTTG-ATTCTA-AT-T-TT-GCTCAATGCT-AATATAAAAT-G--------TAA--ATG-A------T-AGATATT-ATGA-TG--A------T-------------TTTC-----G-TT-----TT-C--AC-----A--CG----A--A--T-AT----T---CAA--TTG----GAA--A-CTT--GTAAAT---G-TATG-ATACA----TATaatatacaagcattcgattacaaccat
gi|12 : ---CTATTGTTCAGAAATA--CATGTATATACGCGATAC-TGGTC-------------GTTTTAA-TTTTTT-ATTCTA-AT-T-TT-ACTCATTGCT-AATATAAAAT-G--------TAA--ATG-A------T-AGATATT-ATAA-TT--A------T-------------TTTC-----T-GT-----TT-C--ACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---CAA--TTG---------------------------TATG-GCACA----TACGT-TT--GTACAT--T-ATT--TA-AA
gi|6 : CAGAAAC---TAT------ACATGATAT-TAGTT-------------GTTTTAA-TTTT-G-CTT---CAT-TATTAGC--AATA---GACATTA-------------------TA-A------T-AG----T-ATCACTG--T------T-------------TCTT-----T-GT-----CT-T-------TT------------------T----T---AAA-TTTAAA--TAATTA-TTT--CTATAT---CGTATA-GCATATG--ACTGT-TT--AT-CAT--T---T--CA-AGGG-AGAGGATTATCC--A--A--GTTTTGGAACTTG--------CATCCAGTATTTT-T-A-AT--AA----T----T----GGGCAATGGC--AA-T-AAATCATGTT
gi|11 : GGTC-------------GTTTTAA-ATTTTG-ATT--------------------CT-AAT-----------------------TG-A------T-AGA---T-ATTA-TG--A------TGA-----------TTTC-----T-AA-----TT-C--ACA-CTTG--CG----A--A--T-AT----T---CAA-TT-GCC--AAGGTAACTT--GTAAAT---G-TATG-GCACA----TATGT-TT--GTAAAT--------------------GGATTATC------------TTG---------------TATCCAATCCATT-T-G-TC--AG----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATATcaaat
gi|5 : TTTGA-TTTTC--ATT-TTCAT-T-TT-GCTCCAAGAG-AA-ACCCAAT-G--------TAA--GCG-A------T-AGACATT-ATGA-GG--A------T-------------TTTC-----T-GTATTTTCT-C--TCA-CTTA--TG----A--A--C-A----------AA-AATGGT--GA-CTA--------AGATATTC-CATG-GCATATGTGAATGTATT--TTATAT--TAA-----A-AAGG-AAAGGTGTGTCT--A--A--GTTTTGAAATTTG--------TATCC-ATTCTTT-T-------------T----T----TCTGACTGGC--AG-TAAAA--ATGTTgttcaaa
gi|8 : -ATT-TGTATAT-TT-ACTGAATTCC-AATGTTAAAT-GCACGCGTTTAA--ATC-C------T-AAA---T-AAAA-TT--A------T-------------CTT---------T-----TT-C--ACA--TTAAATG----A--A--A-GT----T---CAA-T--GAT--TATCAA-C------AAAG-----TA-G-GCACA-----------T--GTGCATCTTAATC--TGGAAGA-AGATGATTATCT--A--A--G--------CTTG--------TATCTAATCCTTT-T-G-TC--TA----A----T----T-----TGAC--AA-T-AAA--ATATcaaatcaaattaa
gi|9 : tgtTTAAAT-G--------TAACAATACA------T-AAAG--C-ACGA-TG--AATTGCAT-------------TTTC-----T-GT-----TT-C--ACA-CTTG--CA----A--ATAC-ATGTACT---CAA-TT-GGT--AA-----CTT--GTAAAT---G-TATG-GCACA----TATGT-T---GTGCAT--TT-TT--TA-AAAG-AGAGGATTATCT--A--A--GTTTTGGAGCTTG--------TATCCAATCCTTT-T-G-TC--AA----A----T----A-----TGTTCAAA-T-AAA--ATgtt
gi|13 : tAT-G--------TAA--GTG-A------T-AGACATT-ATGA-TT--A------T-------------TTTC-----T-AT-----CT-T--TCT-CCTA---A----A--A--T-GG----T---CAG-CT--GT--G---TA-CT-----GAGT---A-TATG----TA----AA-AC-TT--GGGTAT--T-ATT--TA-GAGG-AGATGAATATGT--A--A--GTTTGGGAACTTG--------TATCCAGTCCTTT-T-G-CC--CA----TTCCAT----T-----TGGG--AT-C-AAA--tt
gi|17 : T-G--------TAA--ATG-A------T-AGA---T-ATGA-TG--A------T-------------TTTCTGTTTT-GT-----TT-C--ACA-C-TA--CAGTGTA--A--CAAT----TATGCAA--TTGG------CAA-CTT--GTAAAT---G-AATT-GCACA----TATGA-TCAAGTACAT--C-ATT--TA-AAG
gi|26 : TT--GTAAAC---G-TATG-GCACAT---AATGG-TT--GTACAT---GATT--TA-AAGG-AGAGGAATATCT--A--A--GTTTTGAAACT
gi|18 : ata-TATG-GCTCA----TATGT-TT--GTACAT----ATTCGTA-AAGG-AGAGA-TTATCG--A--A--GTGTTGGGGTTTTGGAGCTTGTATCCAATCCTTT-T-G-TC--AGTTT-T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--AT
gi|20 : tgATGT-TT--GTACAT--T-ATT--TA-AAGG-AGGGGATTATCT--A--A--GATTTGGAGCTTG--------TATCCAATTCTTT-T-G-TC--AGCTGCT----T----T-----TGGC--AA-T-CAA--ATATttgtt
gi|22 : t-TT--GTACAT--T-ATT--TA-AAGG-AAAAGGTTTTCT--A--A--GTTTTGGAACTCT--------TATCCAATgttcaaatca
gi|19 : TGCAC--C-ATT--GA-AAGG-AGAGGATTGTCT--A--A--GTTTTGGAACTTG--------TATCGAATCATGT-G-GTCT--AA----T----TAATAT-----TTGC--AA-T-AGATTATGTcaacggagttcaattcaacgatttgatttgctaataaaaattgt
gi|21 : gcaacCAT--T-ATC--TA-AAGG-AGAAGATTATCT--A--A--GTTTAGGAACTTC--------TATCTAATCGTTT-TCG-TC--TA----A----T----T-----TGGC--AATT-AAA--ATATccaaacaatata
gi|25 : tgactgaaT--TTATC--TA-AAGA-AGAGGATTGTCT--A--A-----------CTTG--------TATCCAATGCTTT-T-G-CC--TA----A----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTgttcgaaacaaat
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTGATTCGCTCACGTATATCGGTAGAAGGAAAATGGGTAGTAAATGTTGAACAACTTTTTTTTTTCGTTTTCAAATTATCTTTTGAAAAATAGAAAGTAGATCCATTTTGCATCTATCGTATACAATATAAGATTTTCTTAATCAACTTGAGAATGTACCTTTTTATATTCAAATCCCATGACTCTTTAAATTTTC
Unaligned ( gi|15 ): AAGCTTTTCATTGAACGAACAACATGATTTTAATTTTGCTTCTAATTGATAGGCAAGCATTATAAAAGTGTAACTTGTGGAAGCGATAGAGTACCATGCTTTTTGTCTATTCTTACACGTTGGAATAGTCACTCACACATTGTATGGT
Unaligned ( gi|16 ): AAGCTTTTCATTGAACGAACAACATGATTTTAATTTTGCTTCTAATTGATAGGCAAGCATTATAAAAGTGTAACTGTGGAAGCGATAGAGTACCATGCTTTTTTGTCTATTCTTACACGTTGGAATAGTCACTCACACATTGTATGGT
Unaligned ( gi|23 ): TGTATGTTAGATAAGAATTTTTTCAAATGTCATTCGCCATCAAATCGCGCCAATTTTTGTAATCGGCTAAAACACAATTA
Unaligned ( gi|24 ): GGAGAGAACAATACAAGTGTTTGAACTTTGTGTTCAATCCTTTTGGCACTATTGTTCCAATAAATATGTTTATTCA
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 222222 222 11111 2222222 111 1111 222222 2222222222222 2222 11111111 222 2222222222222222 66666666666666666666666666 22222222222222222222222222 11
lowQualScore : 5 5 77 4 3 0 333333 2 9 222 8 2 1 66666 8 11 0000000 777 1111 66 888888 1 5 4 4444444444444 77 3 3333 3 3 4 2 4 2 3 11111111 44 77 3 888888 3 777 0 3 6666666666666666 44 77777 3 77777 44 3 3 44 9999 44 6666 6666 555 3 11111111111111111111111111 0 2 2 444 2 2 1 33 33 2 33 2 2 22 2 33 33 33 88888888 2 2 2 44444444444444444444444444 33 2 2 00
lowQualScore : . . .. . . . ...... . . ... . . . ..... . .. ....... ... .... .. ...... . . . ............. .. . .... . . . . . . . ........ .. .. . ...... . ... . . ................ .. ..... . ..... .. . . .. .... .. .... .... ... . .......................... . . . ... . . . .. .. . .. . . .. . .. .. .. ........ . . . .......................... .. . . ..
lowQualScore : 0 5 55 0 2 2 555555 0 8 222 0 8 4 00000 0 44 5555555 444 7777 99 888888 4 0 4 4444444444444 44 6 1111 6 6 0 5 0 0 1 22222222 22 33 1 888888 1 777 2 1 1111111111111111 22 77777 1 77777 22 1 1 22 6666 22 1111 5555 444 1 66666666666666666666666666 9 7 7 777 7 7 1 44 99 2 11 2 2 99 4 22 22 22 55555555 5 7 7 55555555555555555555555555 77 7 7 00
consensus : NCCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAACTTTTTATCTGCCATTNAAAAAGAACATATCTGCATGTAATGTTCATTTATCATGGCTGGGTG-ATGAATCTCTT---T-CTGA-GGATGA-CAA--TATGAAACG--TTTTA---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATTAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---C-AATTT----GG-T---G-ACTAC--TT-GTAAA-T-GT---ATG-GCACATA-TGTTT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AGAGGATTATCT--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTT
Reference ( family-2505 ) : NCCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAATTTTTTATCTGCCATTTAAAAAGAACATATCTACATGTAACGTTCATTTATTATGGCTGGGTG-ACGAATCTCTT---T-CTGA-GGATGA-CAA--TATGAAACG--TTTTA---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATTAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---C-AATTT----GG-T---G-ACTAC--TT-GTAAA-T-GT---ATG-GCACATA-TGTTT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AGAGGATTATCT--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTT
gi|1 : CCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAATTTTTTATCTGCCATTTAAAAAGAACAT-TCT-TAT-TAATGTTCA--TATCATGGCT-GGTGAACGAAACTCTT---TCCTGATGGATGACCAAATTATGAAACATCTTTCA---CTATTGTTCA-AAATA--CAT------ACGCGATACCTGGTCC-------------GTTTTAAGTTTTTGCATT-TACAT-T-CT-GCTCAATGCTTAATATCAAT-GG--------TA--AG-ATG-A------TGAGAT--TATGA-TGC-A-------------T--TTCT-----C-GT-----T--TGCACATCTTA--CGA---A--A--C-AT----T---CAAATTT----GG-TCGAA-ACTACCTTC-GTAAA-T-CT---ATGCACCCAAA-TGTTT--GTGCATT-GA-T--T-A-AA--GGCAGAGG-TTATCT--A--A--GT--------TTTGGGACTT-TTATCCAATTCTTTGT-GCCGAA--A----T----T----T-----T-GC--AA-T-ATA--ATGTT
gi|10 : tcTTA---CTATTGTTCAGAAATG--CAT------ACGCGATA-CTGGT-CATTTTAATATCTGGTTTTAA-TTTTTG-ATTCTA-AT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATAAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGATATTATGA-TG--A-------------T--TTTC-----G-TT-----T--T-CAC-----A--CG----A--A--T-AT----T---C-AA-TT----GG-----A-A--AC--TT-GTAAA-T-GT---ATG-ATACATA-Tttgcattcgccgctagaaggaaagtggttagtaaatgttgacagcaacttttgttttcgttttcaaattatcagttttgaatgacaattagaaagtagcatgccatttctgcatcctatcgttagatatacaaatgtaagaacttttcttaatcaacgttgcagcaatgtacttctttaattcaagatcccatgactctttacacactttttca
gi|11 : GGT-C-------------GTTTTAA-ATTTTG-ATT--------------------C-TAAT-------------------------TG-A------T-AGA---TATTA-TG--A-------------TGATTTC-----T-AA-----T--T-CACA-CTTG--CG----A--A--T-AT----T---C-AATTGCCAAGG-T---A----AC--TT-GTAAA-T-GT---ATG-GCACATA-TGTTT--GTAAAT----------------------GGATTAT---------------------------CTT-GTATCCAATCCATT-T-GTC--A--G----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATAT
gi|12 : ---CTATTGTTCAGAAATA--CATGTATATACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTT-ATTCTA-AT-T-TT-ACTCATTGC-TAATATAAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGATATTATAA-TT--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---C-AAT-------------------------------T-GT---ATG-GCACATA-CGTTT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--gttcaaa
gi|13 : A-TG--------TA--A--GTG-A------T-AGACATTATGA-TT--A-------------T--TTTC-----T-AT-----C--T-TTCT-CCTA---A----A--A--T-GG----T---C-AGCT------G-T---G---TAC--TGAGTATA-T-GT---AAA-AC---------TT--GGGTATT-AT-T--T-A-GA--GG-AGATGAATATGT--A--A--GT--------TTGGGAACTT-GTATCCAGTCCTTT-T-GCC--C--A----TTCCAT----T-----TGGG--AT-C-AAA--
gi|14 : TG-ATGAGTTTATTGATT-GTGA-GTAGGA-ATA--CACCAAGCG--TTTTG---TTACTGCTCAGAAGTAATCAT------ATA--ATA-CTGGT-T-------------GTTTCGA--TTTTG-CTT-CAAAT-T-
gi|17 : ttttgttaaatacataactgcacgattttca-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTCTGTTTT-GT-----T--T-CACA-C-TA--CAGTGTA--A--CAAT----TATGC-AAT---------T---G-GCAAC--TT-GTAAA-T-GA---ATT-GCACATA-TGATCAAGTACATC-AT-T--T-A-AA--Gaatatacaagcattcgattacaaccat
gi|18 : -T-GT---ATG-GCTCATA-TGTTT--GTACAT--AT-TCGT-A-AA--GG-AGAG-ATTATCG--A--A--GTGTTGGGGTTTTGGAGCTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--GTTT-T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--AT
gi|19 : TGCACC-AT-T--G-A-AA--GG-AGAGGATTGTCT--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GTATCGAATCATGT-G-GTCT-A--A----T----TAATAT-----TTGC--AA-T-AGATTATGTttgtt
gi|2 : gcaacCCATG-ATGGATAATTTGTTAATCGTAAACAACTTTT-ATCTG--ATTAAAAAAGAACATATCT-TAT-TAATGTTCATTTATCATGGTGGGGTG-ATGAAACTCTT---C-CTGA-GGATGA-CAA--TATGAAACA--TTTTA---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATCAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---C-AATTT----GG-T---GAACTAC--TT-GTAAA-T-CT---ATG-GCACAAA-TGTTT--GTGCATTGAT-T--T-A-AA--GG-AGAGGGTTATCT--A--A--GT--------TTTGGGACTT-TTATCCAATTCTTT-T-GCC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTTccaaacaatata
gi|20 : tTA-TGTTT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AGGGGATTATCT--A--A--GA--------TTTGGAGCTT-GTATCCAATTCTTT-T-GTC--A--GCTGCT----T----T-----TGGC--AA-T-CAA--ATAT
gi|21 : T--GAACATT-AT-C--T-A-AA--GG-AGAAGATTATCT--A--A--GT--------TTAGGAACTT-CTATCTAATCGTTT-TCGTC--T--A----A----T----T-----TGGC--AATT-AAA--ATATgttcaaatca
gi|22 : tgacTT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AAAAGGTTTTCT--A--A--GT--------TTTGGAACTC-TTATCCAATCgttcgaaacaaat
gi|24 : --GG-AGAGAACAATAC--A--A--GT--------GTTTGAACTTTGTGTTCAATCCTTT-T-GGC--ACTA----T----T----G-----TTCC--AA-T-AAAT-ATGTTaacggagttcaattcaacgatttgatttgctaataaaaattgt
gi|25 : ACTTT-AT-C--T-A-AA--GA-AGAGGATTGTCT--A--A-------------------CTT-GTATCCAATGCTTT-T-GCC--T--A----A----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTtattca
gi|26 : --TT-GTAAA-C-GT---ATG-GCACATAATGGTT--GTACATG-AT-T--T-A-AA--GG-AGAGGAATATCT--A--A--GT--------TTTGAAACTgttc
gi|27 : ataATATTTACATGTAATGTTCCATTATTATGG---GGTG-ATGAATCTCTT---T-CTGA-GGATGA-CA
gi|3 : aaATGAAACT--TTTTATAACTAT-GTTCAGAAATA--CATGTATATACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTT-ATTCTA-AT-T-TT-ACTCATTGC-T-ATA-TAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATTA-TATTA-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CA-A-CTTA--CG----AATA--C-AT----T---C-AAT-------------------------------T-GT---ATG-GCACATA-CGTTT--GTACA-T-AT-T--T-A-------------ATTATCTTCATCATCGT--------TTTGGAACTT-GTATCCTATCCTTT-T-GTC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAT--ATGTT
gi|4 : AGCACATAAATGCAGG--ACGTTCATTTATTATTGCTAGATA-ATGAATCTCTT---T-CTGA-AG-----C---------------TTTT----CTTTTGTTCAGAAATA---------------------TGGT-C-------------GTTTTAA--TTTTG---C-TCCAA-G-TT-GAT--ATGC-AAGCATTAAATTG--------TAACA--ATG-AAAACCTC-AGA---CATTT-TG--ATAGTGTCATGCTTT--TTTC-----TCGT-----TTCT-CACA-CTTA--CG----A--A--T-AT----T---C-AA--------A-T---A-ACCCC--TT-ATACATT-GT---ACG-GCAcga
gi|5 : ttttgttTTTGA-TTTTC--ATT-TTCAT-T-TT-GCTCCAAGA-GAA-ACCCAA-TG--------TA--A--GCG-A------T-AGACATTATGA-GG--A-------------T--TTTC-----T-GTATTTTC--T-CTCA-CTTA--TG----A--A--C-A-----------AAAAT----GG-T---G-ACTA--------AGA-T-ATTCCATG-GCATATG-TGAAT--GTATTTT-ATAT--T-A-AAAAGG-AAAGGTGTGTCT--A--A--GT--------TTTGAAATTT-GTATCCATTCTTTT-T-TTCT-G--A--------------C-----TGGC--AG-TAAAA--ATGTTa
gi|6 : CAGAAAC---TAT------ACATGATA-TTAGT-T-------------GTTTTAA-TTTT-G-CTT---CAT-TATTAGC--AATA---GACATTA---------------------TA-A------T-AG----TATCACTG--T-------------T--TCTT-----T-GT-----C--T-T-----TT------------------T----T---A-AATTT----AAAT---A-ATTAT--TT-CTATA-TCGT---ATA-GCA--TA-TGACT--GTTTATC-AT-T--TCA-AG--GG-AGAGGATTATCC--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GCATCCAGTATTTT-T-AAT--A--A----T----T----GGGCAATGGC--AA-T-AAATCATGTTcaaatcaaattaa
gi|8 : -ATT-TGTATAT-TT-ACTGAATTC-CAATGTTAAA-TGCACGCGTTTA--A--ATC-C------T-AAA---TAAAA-TT--A-------------T--CTT---------T-----T--T-CACA--TTAAATG----A--A--A-GT----T---C-AAT-------------G-ATTAT--CA-ACAAA---GT---A-G-GCACATG-TGCAT--CT---TA-AT-C--T-GGAA--GA-AGATGATTATCT--A--A--G----------------CTT-GTATCTAATCCTTT-T-GTC--T--A----A----T----T-----TGAC--AA-T-AAA--ATATcaaat
gi|9 : tgtTTAAA-TG--------TA--ACAATACA------T-AAAG--CACGA-TG--AATTGCA-------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTG--CA----A--ATAC-ATGTACT---C-AATT-----GG-T---A-ACT-----T-GTAAA-T-GT---ATG-GCACATA-TGTT---GTGCATT-TT-T--T-A-AA--AG-AGAGGATTATCT--A--A--GT--------TTTGGAGCTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--A----A----T----A-----TGTTCAAA-T-AAA--ATgtt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTGATTCGCTCACGTATATCGGTAGAAGGAAAATGGGTAGTAAATGTTGAACAACTTTTTTTTTTCGTTTTCAAATTATCTTTTGAAAAATAGAAAGTAGATCCATTTTGCATCTATCGTATACAATATAAGATTTTCTTAATCAACTTGAGAATGTACCTTTTTATATTCAAATCCCATGACTCTTTAAATTTTC
Unaligned ( gi|15 ): AAGCTTTTCATTGAACGAACAACATGATTTTAATTTTGCTTCTAATTGATAGGCAAGCATTATAAAAGTGTAACTTGTGGAAGCGATAGAGTACCATGCTTTTTGTCTATTCTTACACGTTGGAATAGTCACTCACACATTGTATGGT
Unaligned ( gi|16 ): AAGCTTTTCATTGAACGAACAACATGATTTTAATTTTGCTTCTAATTGATAGGCAAGCATTATAAAAGTGTAACTGTGGAAGCGATAGAGTACCATGCTTTTTTGTCTATTCTTACACGTTGGAATAGTCACTCACACATTGTATGGT
Unaligned ( gi|23 ): TGTATGTTAGATAAGAATTTTTTCAAATGTCATTCGCCATCAAATCGCGCCAATTTTTGTAATCGGCTAAAACACAATTA
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 222222 222 11111 2222222 111 1111 222222 2222222222222 2222 11111111 222 2222222222222222 66666666666666666666666666 22222222222222222222222222 11
lowQualScore : 5 5 77 1 3 0 333333 9 222 8 1 66666 8 11 0000000 777 1111 66 888888 1 5 4 4444444444444 77 3 3333 3 3 4 2 4 2 3 11111111 44 77 3 888888 3 777 0 3 6666666666666666 44 77777 3 77777 44 3 3 44 9999 44 6666 6666 555 3 11111111111111111111111111 0 2 2 444 2 2 1 33 33 2 33 2 2 22 2 33 33 33 88888888 2 2 2 44444444444444444444444444 33 2 2 00
lowQualScore : . . .. . . . ...... . ... . . ..... . .. ....... ... .... .. ...... . . . ............. .. . .... . . . . . . . ........ .. .. . ...... . ... . . ................ .. ..... . ..... .. . . .. .... .. .... .... ... . .......................... . . . ... . . . .. .. . .. . . .. . .. .. .. ........ . . . .......................... .. . . ..
lowQualScore : 0 5 55 0 2 2 222222 8 222 0 4 00000 0 44 5555555 444 7777 99 888888 4 0 4 4444444444444 44 6 1111 6 6 0 5 0 0 1 22222222 22 33 1 888888 1 777 2 1 1111111111111111 22 77777 1 77777 22 1 1 22 6666 22 1111 5555 444 1 66666666666666666666666666 9 7 7 777 7 7 1 44 99 2 11 2 2 99 4 22 22 22 55555555 5 7 7 55555555555555555555555555 77 7 7 00
consensus : NCCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAACTTTTTATCTGCCATTNAAAAAGAACATATCTGCATGTAATGTTCATTTATCATGGCTGGGTG-ATGAATCTCTT---T-CTGA-GGATGA-CAA--TATGAAACG--TTTTA---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATTAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---C-AATTT----GG-T---G-ACTAC--TT-GTAAA-T-GT---ATG-GCACATA-TGTTT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AGAGGATTATCT--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTT
Reference ( family-2505 ) : NCCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAACTTTTTATCTGCCATTNAAAAAGAACATATCTGCATGTAATGTTCATTTATCATGGCTGGGTG-ATGAATCTCTT---T-CTGA-GGATGA-CAA--TATGAAACG--TTTTA---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATTAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---C-AATTT----GG-T---G-ACTAC--TT-GTAAA-T-GT---ATG-GCACATA-TGTTT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AGAGGATTATCT--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTT
gi|1 : CCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAATTTTTTATCTGCCATTTAAAAAGAACAT-TCT-TAT-TAATGTTCA--TATCATGGCT-GGTGAACGAAACTCTT---TCCTGATGGATGACCAAATTATGAAACATCTTTCA---CTATTGTTCA-AAATA--CAT------ACGCGATACCTGGTCC-------------GTTTTAAGTTTTTGCATT-TACAT-T-CT-GCTCAATGCTTAATATCAAT-GG--------TA--AG-ATG-A------TGAGAT--TATGA-TGC-A-------------T--TTCT-----C-GT-----T--TGCACATCTTA--CGA---A--A--C-AT----T---CAAATTT----GG-TCGAA-ACTACCTTC-GTAAA-T-CT---ATGCACCCAAA-TGTTT--GTGCATT-GA-T--T-A-AA--GGCAGAGG-TTATCT--A--A--GT--------TTTGGGACTT-TTATCCAATTCTTTGT-GCCGAA--A----T----T----T-----T-GC--AA-T-ATA--ATGTT
gi|10 : tcTTA---CTATTGTTCAGAAATG--CAT------ACGCGATA-CTGGT-CATTTTAATATCTGGTTTTAA-TTTTTG-ATTCTA-AT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATAAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGATATTATGA-TG--A-------------T--TTTC-----G-TT-----T--T-CAC-----A--CG----A--A--T-AT----T---C-AA-TT----GG-----A-A--AC--TT-GTAAA-T-GT---ATG-ATACATA-Tttgcattcgccgctagaaggaaagtggttagtaaatgttgacagcaacttttgttttcgttttcaaattatcagttttgaatgacaattagaaagtagcatgccatttctgcatcctatcgttagatatacaaatgtaagaacttttcttaatcaacgttgcagcaatgtacttctttaattcaagatcccatgactctttacacactttttca
gi|11 : GGT-C-------------GTTTTAA-ATTTTG-ATT--------------------C-TAAT-------------------------TG-A------T-AGA---TATTA-TG--A-------------TGATTTC-----T-AA-----T--T-CACA-CTTG--CG----A--A--T-AT----T---C-AATTGCCAAGG-T---A----AC--TT-GTAAA-T-GT---ATG-GCACATA-TGTTT--GTAAAT----------------------GGATTAT---------------------------CTT-GTATCCAATCCATT-T-GTC--A--G----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATAT
gi|12 : ---CTATTGTTCAGAAATA--CATGTATATACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTT-ATTCTA-AT-T-TT-ACTCATTGC-TAATATAAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGATATTATAA-TT--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---C-AAT-------------------------------T-GT---ATG-GCACATA-CGTTT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--gttcaaa
gi|13 : A-TG--------TA--A--GTG-A------T-AGACATTATGA-TT--A-------------T--TTTC-----T-AT-----C--T-TTCT-CCTA---A----A--A--T-GG----T---C-AGCT------G-T---G---TAC--TGAGTATA-T-GT---AAA-AC---------TT--GGGTATT-AT-T--T-A-GA--GG-AGATGAATATGT--A--A--GT--------TTGGGAACTT-GTATCCAGTCCTTT-T-GCC--C--A----TTCCAT----T-----TGGG--AT-C-AAA--
gi|14 : TG-ATGAGTTTATTGATT-GTGA-GTAGGA-ATA--CACCAAGCG--TTTTG---TTACTGCTCAGAAGTAATCAT------ATA--ATA-CTGGT-T-------------GTTTCGA--TTTTG-CTT-CAAAT-T-
gi|17 : ttttgttaaatacataactgcacgattttca-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTCTGTTTT-GT-----T--T-CACA-C-TA--CAGTGTA--A--CAAT----TATGC-AAT---------T---G-GCAAC--TT-GTAAA-T-GA---ATT-GCACATA-TGATCAAGTACATC-AT-T--T-A-AA--Gaatatacaagcattcgattacaaccat
gi|18 : -T-GT---ATG-GCTCATA-TGTTT--GTACAT--AT-TCGT-A-AA--GG-AGAG-ATTATCG--A--A--GTGTTGGGGTTTTGGAGCTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--GTTT-T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--AT
gi|19 : TGCACC-AT-T--G-A-AA--GG-AGAGGATTGTCT--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GTATCGAATCATGT-G-GTCT-A--A----T----TAATAT-----TTGC--AA-T-AGATTATGTttgtt
gi|2 : gcaacCCATG-ATGGATAATTTGTTAATCGTAAACAACTTTT-ATCTG--ATTAAAAAAGAACATATCT-TAT-TAATGTTCATTTATCATGGTGGGGTG-ATGAAACTCTT---C-CTGA-GGATGA-CAA--TATGAAACA--TTTTA---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATCAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---C-AATTT----GG-T---GAACTAC--TT-GTAAA-T-CT---ATG-GCACAAA-TGTTT--GTGCATTGAT-T--T-A-AA--GG-AGAGGGTTATCT--A--A--GT--------TTTGGGACTT-TTATCCAATTCTTT-T-GCC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTTccaaacaatata
gi|20 : tTA-TGTTT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AGGGGATTATCT--A--A--GA--------TTTGGAGCTT-GTATCCAATTCTTT-T-GTC--A--GCTGCT----T----T-----TGGC--AA-T-CAA--ATAT
gi|21 : T--GAACATT-AT-C--T-A-AA--GG-AGAAGATTATCT--A--A--GT--------TTAGGAACTT-CTATCTAATCGTTT-TCGTC--T--A----A----T----T-----TGGC--AATT-AAA--ATATgttcaaatca
gi|22 : tgacTT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AAAAGGTTTTCT--A--A--GT--------TTTGGAACTC-TTATCCAATCgttcgaaacaaat
gi|24 : --GG-AGAGAACAATAC--A--A--GT--------GTTTGAACTTTGTGTTCAATCCTTT-T-GGC--ACTA----T----T----G-----TTCC--AA-T-AAAT-ATGTTaacggagttcaattcaacgatttgatttgctaataaaaattgt
gi|25 : ACTTT-AT-C--T-A-AA--GA-AGAGGATTGTCT--A--A-------------------CTT-GTATCCAATGCTTT-T-GCC--T--A----A----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTtattca
gi|26 : --TT-GTAAA-C-GT---ATG-GCACATAATGGTT--GTACATG-AT-T--T-A-AA--GG-AGAGGAATATCT--A--A--GT--------TTTGAAACTgttc
gi|27 : ataATATTTACATGTAATGTTCCATTATTATGG---GGTG-ATGAATCTCTT---T-CTGA-GGATGA-CA
gi|3 : aaATGAAACT--TTTTATAACTAT-GTTCAGAAATA--CATGTATATACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTT-ATTCTA-AT-T-TT-ACTCATTGC-T-ATA-TAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATTA-TATTA-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CA-A-CTTA--CG----AATA--C-AT----T---C-AAT-------------------------------T-GT---ATG-GCACATA-CGTTT--GTACA-T-AT-T--T-A-------------ATTATCTTCATCATCGT--------TTTGGAACTT-GTATCCTATCCTTT-T-GTC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAT--ATGTT
gi|4 : AGCACATAAATGCAGG--ACGTTCATTTATTATTGCTAGATA-ATGAATCTCTT---T-CTGA-AG-----C---------------TTTT----CTTTTGTTCAGAAATA---------------------TGGT-C-------------GTTTTAA--TTTTG---C-TCCAA-G-TT-GAT--ATGC-AAGCATTAAATTG--------TAACA--ATG-AAAACCTC-AGA---CATTT-TG--ATAGTGTCATGCTTT--TTTC-----TCGT-----TTCT-CACA-CTTA--CG----A--A--T-AT----T---C-AA--------A-T---A-ACCCC--TT-ATACATT-GT---ACG-GCAcga
gi|5 : ttttgttTTTGA-TTTTC--ATT-TTCAT-T-TT-GCTCCAAGA-GAA-ACCCAA-TG--------TA--A--GCG-A------T-AGACATTATGA-GG--A-------------T--TTTC-----T-GTATTTTC--T-CTCA-CTTA--TG----A--A--C-A-----------AAAAT----GG-T---G-ACTA--------AGA-T-ATTCCATG-GCATATG-TGAAT--GTATTTT-ATAT--T-A-AAAAGG-AAAGGTGTGTCT--A--A--GT--------TTTGAAATTT-GTATCCATTCTTTT-T-TTCT-G--A--------------C-----TGGC--AG-TAAAA--ATGTTa
gi|6 : CAGAAAC---TAT------ACATGATA-TTAGT-T-------------GTTTTAA-TTTT-G-CTT---CAT-TATTAGC--AATA---GACATTA---------------------TA-A------T-AG----TATCACTG--T-------------T--TCTT-----T-GT-----C--T-T-----TT------------------T----T---A-AATTT----AAAT---A-ATTAT--TT-CTATA-TCGT---ATA-GCA--TA-TGACT--GTTTATC-AT-T--TCA-AG--GG-AGAGGATTATCC--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GCATCCAGTATTTT-T-AAT--A--A----T----T----GGGCAATGGC--AA-T-AAATCATGTTcaaatcaaattaa
gi|8 : -ATT-TGTATAT-TT-ACTGAATTC-CAATGTTAAA-TGCACGCGTTTA--A--ATC-C------T-AAA---TAAAA-TT--A-------------T--CTT---------T-----T--T-CACA--TTAAATG----A--A--A-GT----T---C-AAT-------------G-ATTAT--CA-ACAAA---GT---A-G-GCACATG-TGCAT--CT---TA-AT-C--T-GGAA--GA-AGATGATTATCT--A--A--G----------------CTT-GTATCTAATCCTTT-T-GTC--T--A----A----T----T-----TGAC--AA-T-AAA--ATATcaaat
gi|9 : tgtTTAAA-TG--------TA--ACAATACA------T-AAAG--CACGA-TG--AATTGCA-------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTG--CA----A--ATAC-ATGTACT---C-AATT-----GG-T---A-ACT-----T-GTAAA-T-GT---ATG-GCACATA-TGTT---GTGCATT-TT-T--T-A-AA--AG-AGAGGATTATCT--A--A--GT--------TTTGGAGCTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--A----A----T----A-----TGTTCAAA-T-AAA--ATgtt
blockSeqs : . . . A A ACATGT T TGG . T GATT . AG ATAC G ATAA AT GTATAT C . . ATTTTAATATCTG T . CTA A A A C . A T CACGCGTT AC CA C AAACCT . TAT C ATAGTGTCATGCTT GA TGTTT C ATTTT TC . . AA GTGT AT TAC GTAC ATG . TTGCCAAGGTAACTT T C TCC . A T AA TG A CG C G AA . TC TC TC GTTGGGGT T . C TAATTAATAT CA T A TT
blockSeqs : A GCAGG A CTA . A C . AT CAAT A A . GTATAT C . . . A . CTA . . . C . A . . . . . . . TAT . AATTGCA . . . . . . . . . . CA . . . TTTGGTGAACTACTT . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . AATTGGGCAA . . . TC
blockSeqs : A TATT T . . T T . AT C T G . . C . . . T . CAA . . . C . C . . . . . . . CAT . TTA . . . . . . . . . . T . . . TTTAAATAATTATTT . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . CATTCCATT . . . T
blockSeqs : . T T . . . A . . C . . . T . TAC . . . C . T . . . . . . . CAT . A . . . . . . . . . . T . . . CTGTGTACTGA . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . AGCTGCTTT . . . .
blockSeqs : . . . T . . . T . CTA . . . C . T . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . C . . . AATGGTGACTA . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . AGTTTTTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . TCC . . . G . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . . . TTGGAAACTT . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . ACTATTG . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . TTC . . . . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C . . . TTGGCAACTT . . . . . G . T . . . . . . . . . . . . . AGTTT . . . .
blockSeqs : . . . . TGT . . . . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C . . . ATAACCCCTT . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . AATTT . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . . . TTGGTAACTT . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . TAATT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C . . . TGATTATCA . . . . . A . G . . . . . . . . . . . . . TAATT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . T . . . . . C . T . . . . . . . . . . . . . AATTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . TAATT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . AAATA . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . TGAC . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : T**** N** T* ** *** A*************** **** TTGGTAACTT**************** AATTT*********************
originalCons : NCCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAACTTTTTATCTGCCATTNAAAAAGAACATATCTGCATGTAATGTTCATTTATCATGGCTGGGTG-ATGAATCTCTT---T-CTGA-GGATGA-CAA--TATGAAACG--TTTTA---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATTAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---C-AATTT----GG-T---G-ACTAC--TT-GTAAA-T-GT---ATG-GCACATA-TGTTT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AGAGGATTATCT--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTT
finalCons : NCCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAACTTTTTATCTGCCATTNAAAAAGAACATATCTGCATGTAATGTTCATTTATCATGGCTGGGTG-ATGAATCTCTTT----CTGA-GGATGA-CAA--TATGAAACN--TTTTA---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAAT-TTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATTAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TGA---------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---C-AATTGGTAACTT----------------GTAAA-T-GT---ATG-GCACATA-TGTTT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AGAGGATTATCT--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTCAATTT---------------------TGGC--AA-T-AAA--ATGTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTGATTCGCTCACGTATATCGGTAGAAGGAAAATGGGTAGTAAATGTTGAACAACTTTTTTTTTTCGTTTTCAAATTATCTTTTGAAAAATAGAAAGTAGATCCATTTTGCATCTATCGTATACAATATAAGATTTTCTTAATCAACTTGAGAATGTACCTTTTTATATTCAAATCCCATGACTCTTTAAATTTTC
Unaligned ( gi|15 ): AAGCTTTTCATTGAACGAACAACATGATTTTAATTTTGCTTCTAATTGATAGGCAAGCATTATAAAAGTGTAACTTGTGGAAGCGATAGAGTACCATGCTTTTTGTCTATTCTTACACGTTGGAATAGTCACTCACACATTGTATGGT
Unaligned ( gi|16 ): AAGCTTTTCATTGAACGAACAACATGATTTTAATTTTGCTTCTAATTGATAGGCAAGCATTATAAAAGTGTAACTGTGGAAGCGATAGAGTACCATGCTTTTTTGTCTATTCTTACACGTTGGAATAGTCACTCACACATTGTATGGT
Unaligned ( gi|23 ): TGTATGTTAGATAAGAATTTTTTCAAATGTCATTCGCCATCAAATCGCGCCAATTTTTGTAATCGGCTAAAACACAATTA
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 222222 222 11111 2222222 111 111 222222 2222222222222 2222 11111111 222 2222222222222222 333333333333333333333333333333 22222222222222222222222222 11
lowQualScore : 5 5 77 1 3 0 333333 9 222 8 1 66666 8 11 0000000 222 1 000 66 888888 1 5 4 4444444444444 77 3 3333 3 3 4 2 4 2 3 11111111 44 77 3 888888 3 777 0 3 6666666666666666 44 77777 3 77777 44 3 3 44 9999 44 8888 66666666 222222222222222222222222222222 0 2 2 2 444 2 2 66666 33 33 2 33 2 2 22 2 33 33 33 88888888 2 2 2 44444444444444444444444444 33 2 2 00
lowQualScore : . . .. . . . ...... . ... . . ..... . .. ....... ... . ... .. ...... . . . ............. .. . .... . . . . . . . ........ .. .. . ...... . ... . . ................ .. ..... . ..... .. . . .. .... .. .... ........ .............................. . . . . ... . . ..... .. .. . .. . . .. . .. .. .. ........ . . . .......................... .. . . ..
lowQualScore : 0 5 55 0 2 2 222222 8 222 0 4 00000 0 44 5555555 000 7 000 99 888888 4 0 4 4444444444444 44 6 1111 6 6 0 5 0 0 1 22222222 22 33 1 888888 1 777 2 1 1111111111111111 22 77777 1 77777 22 1 1 22 6666 22 7777 66666666 555555555555555555555555555555 9 9 7 7 777 7 7 77777 44 99 2 11 2 2 99 4 22 22 22 55555555 5 7 7 55555555555555555555555555 77 7 7 00
consensus : NCCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAACTTTTTATCTGCCATTNAAAAAGAACATATCTGCATGTAATGTTCATTTATCATGGCTGGGTG-ATGAATCTCTT---T-CTGA-GGATGA-CAA--TATGAAAC--NTTTTA---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATTAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---CAA--TTG-----GT---A----A---C-----TTGTAA-A-T-GT---ATG-GCACATA-TGT-----TT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AGAGGATTATCT--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTT
Reference ( family-2505 ) : NCCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAACTTTTTATCTGCCATTNAAAAAGAACATATCTGCATGTAATGTTCATTTATCATGGCTGGGTG-ATGAATCTCTT---T-CTGA-GGATGA-CAA--TATGAAAC--NTTTTA---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATTAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---CAA--TTG-----GT---A----A---C-----TTGTAA-A-T-GT---ATG-GCACATA-TGT-----TT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AGAGGATTATCT--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTT
gi|1 : CCATGCATGGATAATTCGTTAATCGTAAACAATTTTTTATCTGCCATTTAAAAAGAACAT-TCT-TAT-TAATGTTCA--TATCATGGCT-GGTGAACGAAACTCTT---TCCTGATGGATGACCAAATTATGAAACATCTTTCA---CTATTGTTCA-AAATA--CAT------ACGCGATACCTGGTCC-------------GTTTTAAGTTTTTGCATT-TACAT-T-CT-GCTCAATGCTTAATATCAAT-GG--------TA--AG-ATG-A------TGAGAT--TATGA-TGC-A-------------T--TTCT-----C-GT-----T--TGCACATCTTA--CGA---A--A--C-AT----T---CAAATTTG-----GTCGAA----A---CTACCTTCGTAA-A-T-CT---ATGCACCCAAA-TGT-----TT--GTGCATT-GA-T--T-A-AA--GGCAGAGG-TTATCT--A--A--GT--------TTTGGGACTT-TTATCCAATTCTTTGT-GCCGAA--A----T----T----T-----T-GC--AA-T-ATA--ATGTT
gi|10 : tcTTA---CTATTGTTCAGAAATG--CAT------ACGCGATA-CTGGT-CATTTTAATATCTGGTTTTAA-TTTTTG-ATTCTA-AT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATAAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGATATTATGA-TG--A-------------T--TTTC-----G-TT-----T--T-CAC-----A--CG----A--A--T-AT----T---CAA--TTG-----GA---A----A---C-----TTGTAA-A-T-GT---ATG-ATACATA-Tttgcattcgccgctagaaggaaagtggttagtaaatgttgacagcaacttttgttttcgttttcaaattatcagttttgaatgacaattagaaagtagcatgccatttctgcatcctatcgttagatatacaaatgtaagaacttttcttaatcaacgttgcagcaatgtacttctttaattcaagatcccatgactctttacacactttttca
gi|11 : GGT-C-------------GTTTTAA-ATTTTG-ATT--------------------C-TAAT-------------------------TG-A------T-AGA---TATTA-TG--A-------------TGATTTC-----T-AA-----T--T-CACA-CTTG--CG----A--A--T-AT----T---CAA--TTGCCAAGGT---A----A---C-----TTGTAA-A-T-GT---ATG-GCACATA-TGT-----TT--GTAAAT----------------------GGATTAT---------------------------CTT-GTATCCAATCCATT-T-GTC--A--G----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATAT
gi|12 : ---CTATTGTTCAGAAATA--CATGTATATACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTT-ATTCTA-AT-T-TT-ACTCATTGC-TAATATAAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGATATTATAA-TT--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---CAA--T------------------------------------T-GT---ATG-GCACATA-CGT-----TT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--gttcaaa
gi|13 : A-TG--------TA--A--GTG-A------T-AGACATTATGA-TT--A-------------T--TTTC-----T-AT-----C--T-TTCT-CCTA---------------------------AA--ATG-----GT---C----A---G-----CTGT-------GT---ACT-GAGTATA-TGTAAAACTT--GGGTATT-AT-T--T-A-GA--GG-AGATGAATATGT--A--A--GT--------TTGGGAACTT-GTATCCAGTCCTTT-T-GCC--C--A----TTCCAT----T-----TGGG--AT-C-AAA--
gi|14 : TG-ATGAGTTTATTGATT-GTGA-GTAGGA-ATA--CACCAAGC--GTTTTG---TTACTGCTCAGAAGTAATCAT------ATA--ATA-CTGGT-T-------------GTTTCGA--TTTTG-CTT-CAAAT-T-
gi|17 : ttttgttaaatacataactgcacgattttca-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTCTGTTTT-GT-----T--T-CACA-C-TA--CAGTGTA--A--CAAT----TATGCAA--TTG-----GC---A----A---C-----TTGTAA-A-T-GA---ATT-GCACATA-TGA-----TCAAGTACATC-AT-T--T-A-AA--Gaatatacaagcattcgattacaaccat
gi|18 : -T-GT---ATG-GCTCATA-TGT-----TT--GTACAT--AT-TCGT-A-AA--GG-AGAG-ATTATCG--A--A--GTGTTGGGGTTTTGGAGCTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--GTTT-T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--AT
gi|19 : TGCACC-AT-T--G-A-AA--GG-AGAGGATTGTCT--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GTATCGAATCATGT-G-GTCT-A--A----T----TAATAT-----TTGC--AA-T-AGATTATGTttgtt
gi|2 : gcaacCCATG-ATGGATAATTTGTTAATCGTAAACAACTTTT-ATCTG--ATTAAAAAAGAACATATCT-TAT-TAATGTTCATTTATCATGGTGGGGTG-ATGAAACTCTT---C-CTGA-GGATGA-CAA--TATGAAAC--ATTTTA---CTATTGTTCAGAAATA--CAT------ACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTG-ATT-TACAT-T-TT-GCTCAATGC-TAATATCAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATGA-TG--A-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTA--CG----A--A--C-AT----T---CAAT-TTG-----GT---GAACTA---C-----TTGTAA-A-T-CT---ATG-GCACAAA-TGT-----TT--GTGCATTGAT-T--T-A-AA--GG-AGAGGGTTATCT--A--A--GT--------TTTGGGACTT-TTATCCAATTCTTT-T-GCC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTTccaaacaatata
gi|20 : tTA-TGT-----TT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AGGGGATTATCT--A--A--GA--------TTTGGAGCTT-GTATCCAATTCTTT-T-GTC--A--GCTGCT----T----T-----TGGC--AA-T-CAA--ATAT
gi|21 : T--GAACATT-AT-C--T-A-AA--GG-AGAAGATTATCT--A--A--GT--------TTAGGAACTT-CTATCTAATCGTTT-TCGTC--T--A----A----T----T-----TGGC--AATT-AAA--ATATgttcaaatca
gi|22 : tgac-----TT--GTACATT-AT-T--T-A-AA--GG-AAAAGGTTTTCT--A--A--GT--------TTTGGAACTC-TTATCCAATCgttcgaaacaaat
gi|24 : --GG-AGAGAACAATAC--A--A--GT--------GTTTGAACTTTGTGTTCAATCCTTT-T-GGC--ACTA----T----T----G-----TTCC--AA-T-AAAT-ATGTTaacggagttcaattcaacgatttgatttgctaataaaaattgt
gi|25 : ACTTT-AT-C--T-A-AA--GA-AGAGGATTGTCT--A--A-------------------CTT-GTATCCAATGCTTT-T-GCC--T--A----A----T----T-----TGGC--AA-T-AAA--ATGTtattca
gi|26 : -----TTGTAA-A-C-GT---ATG-GCACATAATGG-----TT--GTACATG-AT-T--T-A-AA--GG-AGAGGAATATCT--A--A--GT--------TTTGAAACTgttc
gi|27 : ataATATTTACATGTAATGTTCCATTATTATGG---GGTG-ATGAATCTCTT---T-CTGA-GGATGA-CA
gi|3 : aaATGAAAC--TTTTTATAACTAT-GTTCAGAAATA--CATGTATATACGCGATA-CTGGT-C-------------GTTTTAA-TTTTTT-ATTCTA-AT-T-TT-ACTCATTGC-T-ATA-TAAA-TG--------TA--A--ATG-A------T-AGA---TATTA-TATTA-------------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CA-A-CTTA--CG----AATA--C-AT----T---CAA--T------------------------------------T-GT---ATG-GCACATA-CGT-----TT--GTACA-T-AT-T--T-A-------------ATTATCTTCATCATCGT--------TTTGGAACTT-GTATCCTATCCTTT-T-GTC--A--A----T----T----T-----TGGC--AA-T-AAT--ATGTT
gi|4 : AGCACATAAATGCAGG--ACGTTCATTTATTATTGCTAGATA-ATGAATCTCTT---T-CTGA-AG-----------------C--TTTT-----CTTTTGTTCAGAAATA---------------------TGGT-C-------------GTTTTAA--TTTTG---C-TCCAA-G-TT-GAT--ATGC-AAGCATTAAATTG--------TAACA--ATG-AAAACCTC-AGA---CATTT-TG--ATAGTGTCATGCTTT--TTTC-----TCGT-----TTCT-CACA-CTTA--CG----A--A--T-AT----T---CAA----------AT---A----ACCCC-----TTATAC-ATT-GT---ACG-GCAcga
gi|5 : ttttgttTTTGA-TTTTC--ATT-TTCAT-T-TT-GCTCCAAGA-GAA-ACCCAA-TG--------TA--A--GCG-A------T-AGACATTATGA-GG--A-------------T--TTTC-----T-GTATTTTC--T-CTCA-CTTA--TG----A--A--C-A---------AAA--ATG-----GT---G----A---C-----T---AAGA-T-ATTCCATG-GCATATG-TGA-----AT--GTATTTT-ATAT--T-A-AAAAGG-AAAGGTGTGTCT--A--A--GT--------TTTGAAATTT-GTATCCATTCTTTT-T-TTCT-G--A--------------C-----TGGC--AG-TAAAA--ATGTTa
gi|6 : CAGAAAC---TAT------ACATGATA-TTAGT-T-------------GTTTTAA-TTTT-G-CTT---CAT-TATTAGC--AATA---GACATTA---------------------TA-A------T-AG----TATCACTG--T-------------T--TCTT-----T-GT-----C--T-------TTT--TT----A--A----AT----T---TAA--ATA-----AT---T----A---T-----TTCTAT-A-TCGT---ATA-GCA--TA-TGA-----CT--GTTTATC-AT-T--TCA-AG--GG-AGAGGATTATCC--A--A--GT--------TTTGGAACTT-GCATCCAGTATTTT-T-AAT--A--A----T----T----GGGCAATGGC--AA-T-AAATCATGTTcaaatcaaattaa
gi|8 : -ATT-TGTATAT-TT-ACTGAATTC-CAATGTTAAA-TGCACGCGTTTA--A--ATC-C------T-AAA---TAAAA-TT--A-------------T--CTT---------T-----T--T-CACA--TTAAATG----A--A--A-GT----T---CAA--T-G-----AT---T----A---T-----CAACAA-A---GT---A-G-GCACATG-TGC-----AT--CT---TA-AT-C--T-GGAA--GA-AGATGATTATCT--A--A--G----------------CTT-GTATCTAATCCTTT-T-GTC--T--A----A----T----T-----TGAC--AA-T-AAA--ATATcaaat
gi|9 : tgtTTAAA-TG--------TA--ACAATACA------T-AAAG--CACGA-TG--AATTGCA-------T--TTTC-----T-GT-----T--T-CACA-CTTG--CA----A--ATAC-ATGTACT---CAA--TTG-----GT---A----A---C-----TTGTAA-A-T-GT---ATG-GCACATA-TGT-----T---GTGCATT-TT-T--T-A-AA--AG-AGAGGATTATCT--A--A--GT--------TTTGGAGCTT-GTATCCAATCCTTT-T-GTC--A--A----A----T----A-----TGTTCAAA-T-AAA--ATgtt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTGATTCGCTCACGTATATCGGTAGAAGGAAAATGGGTAGTAAATGTTGAACAACTTTTTTTTTTCGTTTTCAAATTATCTTTTGAAAAATAGAAAGTAGATCCATTTTGCATCTATCGTATACAATATAAGATTTTCTTAATCAACTTGAGAATGTACCTTTTTATATTCAAATCCCATGACTCTTTAAATTTTC
Unaligned ( gi|15 ): AAGCTTTTCATTGAACGAACAACATGATTTTAATTTTGCTTCTAATTGATAGGCAAGCATTATAAAAGTGTAACTTGTGGAAGCGATAGAGTACCATGCTTTTTGTCTATTCTTACACGTTGGAATAGTCACTCACACATTGTATGGT
Unaligned ( gi|16 ): AAGCTTTTCATTGAACGAACAACATGATTTTAATTTTGCTTCTAATTGATAGGCAAGCATTATAAAAGTGTAACTGTGGAAGCGATAGAGTACCATGCTTTTTTGTCTATTCTTACACGTTGGAATAGTCACTCACACATTGTATGGT
Unaligned ( gi|23 ): TGTATGTTAGATAAGAATTTTTTCAAATGTCATTCGCCATCAAATCGCGCCAATTTTTGTAATCGGCTAAAACACAATTA