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Reference ( gi|2 ) : TACCTTGTTTATTGTG----GGGAAAATTATTTAGGGACCC---ATT-ATCATT---GTTCGTTAACAATA----ATGAAGCAAGACCTTATGGAAATCACTGAGTGTCTT---AAT---------A--CTCATTTGGTCCCCA--TTTTAG--TAT----CGT-GA-TCTTTTAAATTTTCTTAAGACATGT-----GGCTATGGAA--CT--TCGTAA--CGATTTAATAGGGCGACAGAGTGTAGGGTA-CTGCAGTTAGGAGGGG-CTTAT--ATCAAGCATCCAGACATTGTTAGAAA-CA----TTGACCAA-TTCTTG--TATAATGATAA-GGTGCACT-TCACCCCCTTAGGTACATGTAACTCCATATTTTT-AAC-AACATAC-------AGGGGG--GG-----GGGGTTGAGTATTTTA-CAGTGGGTG----TTG-ATCCGTGCTTCCTGACAC---CC---GCTAAGATA-ATAAAT-TAAGGGGGTGGGTCGTGGTCAAGTGGAATGGGGC-TCCCC-ATAAGTGGGGTGACCTTGAACTTTCAGTTCTTGGTCATGTGGC--ATTAGCGC--CCAT-------CCATT-CCA-------CT-----------GAT-ATGTCAA-GTTTGTGA-TGCTGACG--GTAG-GTTTACTGA-T-TGAT-TGCAAA-ACAT-TGAACTTTGAAGAGT-GATAAAAAAATTGAGA-TTTTAGAAGTGTAAATA-TTTT---GGT-GCA--ATG----TTCG---CTG-TCAACCT---GGA-ACA-AACA-A-----A-----TGCTGCTT-G-A--TTGTAT-AC-T---GTTG-CT-----TA---CTG--------CTGCTAA------T-ACT-G-T-----GGCTT--GTTCA---ATTT-CAATTCA---CAATATGTC--TCTGGTATG--CT-GTT---AT---GT--TT-GC--T-GGGTCCGCCCTGCTTGGCG-ACCTGTTACTGAAA-GGTAA--ATG-GCCA-T-T--TG----C-G-G--TC--AACCCG-GAATGG--CTAA-----CCTT-TATG-C-TG-CT-T---AT---T---T--------TG--T--ATTTTGT---------T---G-T---G-CTTG-----C--T-GGGT-CTG-CCCTGCTTG
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Reference ( family-2468 ) : TACCTNGCTTATTGTGAAATGGGAAAATNATTTAGGGACCCAAAATNAATCATTCTAGTTCGTAATAACAACACATGGAGCAAGACCTTATGGAAATCGCCGAGCGTCTT---AAT---------A--CTCATTTGGTC--ACCA--TTTTA-GTCNCGT-GA-TCTTNTAAATTTTCTTA-AGANATATATATTGGCTATGGAAAGNTGCTCGCGAA-CGATTTA-TAGGGCGACAG--TGTAGGGT-ACTGCAGTTA-GGAGGGGCTTA--TATCAAGCATCCGGACATCGTT-AGAAACA----TTGACC-AATTCTTG--TCTAGTGATAA-GGTGCA---------CT-TCACCC--------------AAC----TG-----TT--TGAAC-AACATACA-------GGGGGGN-----GG---GG--TTGAGTATTTTA-CAGTGGGTGC-----GGATCCGTGTTTCCTGACACCCTCTGTTGAGATACATATATCCAAGGGTTGGGTCGTGNTCAAGTGGAATGGGGC-TCCCC-ATGC-GTGGGGTGACCTTGAACTTTCAGTTCCTGGTCATGTGGC---GT-TTGCGCCCAT-------CCA-TTCCA--CTG--CTATATGTGATG-------GTCCAAGTTTGTGACTGCTGACT-TGTGT----A-GT-TTATTG------ATTGAT-C-GCAA--A-AC--AT-TGAACT-TTGAA--GAGT-GAT------ATTCGNATTTTANAAGTGTAAAT--------A-T-TT-T---G--GT---A-CAAT--G----TTTG---C-G-GTC--AAC---CCGGA-ACG-AA--CAA------A-----TGCCGCTT-ATACTTTG--TA--T----------GC-T--G--------T-----TGCT-----T-G-----CTG--------CTGCTNA---------T-A-----C-T--G-T-----GG----CT---T--G----TNCA---A----TTT-CGATT---CCC-GA-NTG-------CC--T-TTGG-----TATG--C--T-GTTG-T---GT--T--------TGCT-GGGTCCGCCCTGCTTGGCG-ACCTGT-TAC-GAAA-GGTAA--ATG-GCCA-T--T-TGC-G---G--TC--AACCCG-GAATGG--CAAA-----CCTT-TA----T-G-CT-G-CT-------T---A---C---TT--TGTA---TGCT--GT-----TG---T---G-T--TTG-----C--T-GGGT-CTG-CCCTGCTTG
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Reference ( family-2468 ) : TACCTNGCTTATTGTGAAATGGGAAAATNATTTAGGGACCCAAAATNAATCATTCTAGTTCGTAATAACAACACATGGAGCAAGACCTTATGGAAATCGCCGAGCGTCTT---AAT---------A--CTCATTTGGTC--ACCAA-TTTA-GTCNCGT-GA-TCTTNTAAATTTTCTTA-AGANATATATATTGGCTATGGAAAGNTGCTCGTGAA-CGATTTA-TAGGGCGACAG--TGTAGGGT-ACTGCAGTTA-GGAGGGGCTTA--TATCAAGCATCCGGACATCGTT-AGAAACA----TTGACC-AATTCTTG--TCTAGTGATAA-GGTGCA---------CT-TCACCC--------------AAC----TG-----TT--TGAAC-AACATACA-------GGGGGGN-----GG---GG--TTGAGTATTTTA-CAGTGGGTGC-----GGATCCGTGTTTCCTGACACCCTCTGTTGAGATA-TATATCAAG-GGT-TGGGTCGTGNTCAAGTGGAATGGGGC-TCCCC-ATGC-GTGGGGTGACCTTGAACTTTCAGTTCCTGGTCATGTGGC---GT-TTGCGCCCAT-------CCA-TTCCA--CTG----ATATGTGA---------GTCCAAGTTTGTGACTGCTGACT-TGTGT----A-GT-TTATTG------ATTGAT-C-GCAA--A-AC--AT-TGAACT-TTGAA--GAGT-GAT------ATTCGNATTTTANAAGTGTAAAT--------A-T-TT-T---G--GT---A-CAAT--G----TTTG---C-G-GTC--AAC---CCGGA-ACGAA--CAA------A-----TGCCGCTT-ATACTTTGTA--TGC-T--GTTG--CT-----T-G-CTG--------CTGCT---------NA---------T-ACT--GT-----GGCT------TGT-TCA---ATTT-CGGTC-AACCC-G-A-AT------G-------CC--TTT--------------TG-------TA------TG--CT-GTT---GT---GT--TTGCT-GGGTCCGCCCTGCTTGGCG-ACCTGT-TAC-GAAA-GGTAA--ATG-GCCA-T--T-TGC-G-G---TC--AACCCG-GAATGG--CAAA-----CCTT-TA----T-G----------------CT-G-CT-------T---A---C---TT--TGTA---TGCT--GT-----TG---T---G-T--TTG-----C--T-GGGT-CTG-CCCTGCTTG
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Reference ( family-2468 ) : TACCTNGCTTATTGTGAAATGGGAAAATNATTTAGGGACCCAAAATNAATCATTCTAGTTCGTAATAACAACACATGGAGCAAGACCTTATGGAAATCGCCGAGCGTCTT---AAT---------A--CTCATTTGGTC--ACCAA-TTTA-GTCNCGT-GA-TCTTNTAAATTTTCTTA-AGANATATATATTGGCTATGGAAAGNTGCTCGTGAA-CGATTTA-TAGGGCGACAG--TGTAGGGT-ACTGCAGTTA-GGAGGGGCTTA--TATCAAGCATCCGGACATCGTT-AGAAACA----TTGACC-AATTCTTG--TCTAGTGATAA-GGTGCA---------CT-TCACCC--------------AAC----TG-----TT--TGAAC-AACATACA-------GGGGGGN-----GG---GG--TTGAGTATTTTA-CAGTGGGTGC-----GGATCCGTGTTTCCTGACACCCTCTGTTGAGATA-TATATCAAG-GGT-TGGGTCGTGNTCAAGTGGAATGGGGC-TCCCC-ATGC-GTGGGGTGACCTTGAACTTTCAGTTCCTGGTCATGTGGC---GT-TTGCGCCCAT-------CCA-TTCCA--CTG----ATATGTGA---------GTCCAAGTTTGTGACTGCTGACT-TGTGT----A-GT-TTATTG------ATTGAT-C-GCAA--A-AC--AT-TGAACT-TTGAA--GAGT-GAT------ATTCGNATTTTANAAGTGTAAAT--------A-T-TT-T---G--GT---A-CAAT--G----TTTG---C-G-GTC--AAC---CCGGA-ACGAA--CAA------A-----TGCCGCTT-ATACTTTGTA--TGC-T--GTTG--CT-----T-G------CTG--------CTGCT---------NA---------T-A---CT--G-T-----GGCT------TGT-TCA---ATTT-----CGGTC-AACCCG-A-A--TG----------------CC-----------A-ATT-TTGTATG--CT-GTT---GT---GT--TTGCT-GGGTCCGCCCTGCTTGGCG-ACCTGT-TAC-GAAA-GGTAA--ATG-GCCA-T--T-TGC-G-G---TC--AACCCG-GAATGG--CAAA-----CCTT-TA----T-G----------------CT-G-CT-------T---A---C---TT--TGTA---TGCT--GT-----TG---T---G-T--TTG-----C--T-GGGT-CTG-CCCTGCTTG
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gi|6 : aaaattgtatcatgtctgttaatgaagatattacaatggggcaaaaactcttgaggaaaaaatacccaggagcctccacctaacgcaaactctttgtgatttAGCAAGACCTT-TGGAAATCGTTGGGCGTCTTCCTGAC---------AAGCTTATTTGGTC--ACAAAATTTT-GTCACGT-GAGTCTTATAAAATTT---A-AAAAATATATATTGGCTATGGAAAATTGCTCGTGAAGCGATCTA-TAGGGCGGCAG--TGTAGGTTAACTGCAGTTAGGGGGGGGCTTATTTATTAAGC-TCCGGACATCGTTAAAAAACA----TTGACCAAATTCTTAGCCCTAGTTATAATGGGGCACACCAACCTCT-TTACAC--------------AGCTCCATA-----TTTCTGAACGAACATACA----------GGAC-----GG---CC--TTGAGTATTTTA-TAGTGGTTGT-----GGAT-CGTGTTTCCT-ACACC
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Unaligned ( gi|11 ): TGACCTGCCTAAGGACCTATGTGCTGCATTTGGTAATGCCATGACCAAGCAACGCCAGTCACGTAAGAAGTACTAAGTTTTTTTGTCCCTCAAACTTCC