lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1111 222222222222 2222 4 11 44 4
lowQualScore : 3 666 2 33 666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 999999 1 222 1 1 22 1 222 55555 9999 1 1 44444 555 1 2 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 6666 6 999999999999 6 6 3 2222 0 0 6 6 22 6 66 0 6
lowQualScore : . ... . .. ... .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ...... . ... . . .. . ... ..... .... . . ..... ... . . ... ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ .. .... . ............ . . . .... . . . . .. . .. . .
lowQualScore : 3 999 2 11 999 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 555555 3 333 3 4 22 6 888 66666 8888 7 7 22222 222 7 6 555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 0000 8 222222222222 7 0 2 3333 7 0 0 0 00 0 00 0 0
consensus : NNCAA-TT--CAGGGGCGGA-TCC--AGGA---TTT-TT---T-----TAAA--GG----GGGG--GGG-------GG--T-G-A---G-A---AT-----T------TT--TA---T--C---AT---AT-----------CG-A--AA-T--GC-A---C--CG-AA-T--GCC----C----C---------T----TCA---G-A-----GG---------CA-A-GG-G---A-------T------T---A-T--G-GG-CCG-------CGG----C---G--------CC-AA----A-GG--CC---C-----T-GA--G-C---A-CGC-----T-G-T----T-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAAGC-TTT-----AA---AAAA------ANT-----T---T----TTTTTTTTT---TG-----T--TT-T----GATTA-A-------A---GTT----T--T-TG-AGGACTTGTC-GC---A-G-GCCG------AA--CC--AG-TA-A--TTT--CCATT-TG--GG--GT--G-GAGG--GG-----------------GGG------TGCACAAGACTAAGGCCGGAGG--TCCGTGGCCGC---TTT--A----GG--CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGG----G-GGCCNTGGCCCCCGGGAAATTATGGTGACTNNCANNAGCATCTT----CATTGAG-TCT-GG-GGCCGCTTTAAGCCCCAAG--CGT-GTCCAGGACTGGCCCTGG-TAGGGTCCAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGCATTTTCATTGGGTCTGGGGGTCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAAGAC
Reference ( gi|1 ) : TACAA-TT--CAGGGGCGGA-TCC--AGGA---TTTCTT---T-----TAAA-TGG----GGGA--GGG-------GG--T-G-A---G-A---AT-----T------TT--TA---T--C---AT---AT-----------CG-A--AA-T--GC-A---C--AG-AA-T--GCC----C----C---------T----TTA---G-A-----GG---------CA-A-GG-G---A-------T------T---A-T--G-GG-CTG-------CGA----C---G--------CT-AA----A-GG--TC---C-----T-GA--A-C---A-CGC-----T-G-C----T-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAAGC-TTT-----AA---AAAA------AGT-----T---T----TTTTCCTTC---TG-----T--TT-T----GATTA-A-------A---GTT----T--T-TG-AGGACTTGTC-GC---A-G-GCCG---A--AA--CC--AG-TA-A--TTT--CCATT-TG--TG--GT--G-GAGGT-GATT---------------GGG------TGCACATGACTAA--CCGAAAG--TCTG---CTGC---TTT--A----GG--CCCTTAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGTC-CTAGCAGG----G-GGCGA-AGCCC---GGACATTGAGA-GATTTTAAAAAGCATTTT----CATTGAA-TCT-AG-GGTCGCTTTGAATTCCAAG--CGT-GTTCAGGACTGGCCCTGGTTGGGGTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACTGAGAGTTCTAGATAGCATTT-CATTAGATCCAGAG-CCGCTTTTAGCTCCCATCGGGT-CAGGACTGGTCCTGGGTCCAGGGGCAAAACCCCTGGGAAACTGAAGGTTTAGCATTTTCATTGGGTGTACG
gi|7 : CAA-TCAGCAGGGACGGA-TCC--AAGA---TTT-TT---T-----GAAA-GGA----GGGG--GGG-------GG--T--------------------T------GT--TG---T-------T---GT-----------TG-A--GA--------------AT-AA-T--GTTA---T----C---------A----TTACGAG-A-----GG---------CA-A-GG-G---G-------T------T---A-T--G-GG-CTG-------TGT----C---G--------CC-AA----A-GA--CC---C-----T-GA--A-T---A-----------------------------GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AC-ATTTAGC-TCTGGC-TT---------------------AAT-----T---T----T-----------------------------------------------GTT----T--T-TG-AGGACTTGTT-GC---A-GTGCCG---T--AA--CT--A
gi|30 : ttgttttgaacgtaatattacgctttatgtcagcgttgataaagtgttgtctgtcacaatacagaatgaaagaagtttatcaaattatcttagttttgttttcaatctacatacatgtaacaaatctctatCAACTT--CAGTGGCGGA-TCC--AGGA---TT--TT---T-----TGAA---------GGA--GGGA------GG--T-G-A---G-A---CT-----T------TT--TA---T--C---AT---GA-----------CG-A--GG-G--GC-ACTGC--AGAAA-T--ACC--------------------------------------GA---------CA-G-GA-A---A-------T------A---A-T--G-GGACT--------CGG----C---G--------
gi|29 : A-TG--CAGGCGTGGA-TCC--AGGA---TTT-TT---T-----GAAA-GGG----GGGA--T-------------T-G-A---G-A---AT-----T------T----A---T--C---AG---AT-----------CG-A--AA-T--GC-A---C---C-AA-TA-GCC----C----T---------T----TCA---G-A-----GG---------CA-ACGG-G---G-------T------T---A-T--G-GG-CGG-------CGG----C---G--------CC-AA----A-GG--TC---
gi|2 : T--CAGGGTCGGA-CCC--AGGAATTTTTTTT---T-----TAAATTGG----GGGGCTGGA-------GGACT-G-A---G-G---ATAATTAT------TT--TAC--T--CCATAT---AT-----------CGAA--AA-T--GC-A---C--CG-A------CC----C----C--------------------A-C-----GG---------C-----G-C---A-------C------A---A-C--A-GG--TC-------CA---------G--------TT-------A-GG--TC---C--------A--A-G---A--GC-----T-G-CGTGTT-CCAGA-GG-GCA--GAT-T---C-----C------ATG-G-----ACGG---AAC-CCAAGC-TT-------A---AAAA------ATT-----G---TGGGATTGTGGGT----TA-----T--TT-TAAAAGAGTG-A-------T---GTT----T--G-GA-AGGAATTGTTGGCATGA-G-GCCA---AGTGG--CCCGCG-TA-A--TTT--C-----TG--GGAAGG--G-GAAG--GGTT---------------GGGGTTGATTGCACAAGACAAAGGCTGAAAGGTTCTA----TGCGCACTTAAA----GGAACCGTTAG-TG---TCAGG-A----C-GGTC-TCATCAGGTTATG-GATTA-G--CC---GGA-------G-GATTTGCAAA------TT----CAATGAG-TCA-AG-GG--GTTTTAAA---CAAAATCGT-GT
gi|3 : --CAGGGGCGGA-TCC--AGGA---ATTTTT-------------------------------------------G-A---G-A---AT-----T----------------------------------------------AA-T--GC-A---C--CG-AAGT--GCC----C----C---------T----TCA---G-A-----GG---------CA-A-GG-G---A-------T------T---A-T--G-GG-C----------------C---A--------CC-AA----A-GG--TT---C-----T-GA--G-C---A--GCG----T-G-T----T-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAATC-TT-------------AA------AAT-----TACAT----TTTTCATGT---T------T--TT-C----AA--A-A-------A---GTT----T--T-TG-AGG--CTGT--AC---ATA-ACC-------AG--TC--AG-TA-A--TTT--CCATT-TG--GG--GTTGG-GAG----------------------GGG------TGCACAAAACTAaacatgcggcgttgggtaccagaggtatcttagatcattccagcattggctcagcagcgtaatgcttccttaagaatggaggccaagccaacggcccgtggagtcacgggcaagcaacaaactgagaggtagttagcatgctccaatggagttaatgggggccgc
gi|8 : atcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacctcgaagtaatagtaggaatacacgatttgagggttttggtgattcggttccgcctaagcacacaacgcaatatagaatatagatctgttttaaaagaacgacctataatattatgcattgtatttttgtaaatttatcaataaaattcagacagactgttcagatctcaaaattatcttctttttttgcatgtgtttcatgtttacccagtgacgtatcgtatagctatacggca--CAGGGACGGA-TTT--TGAA---TTT-TT---T-----TAAA--------GGGG--GGG-------GG--T-G-A---G-A---AT-----T------TT--TA---TAAC---GT----T-----------TG-A--AACT--GC-A---CT-CG-AATT--GTC----C----C---------T----TCA---G-A-----GG---------CATA-GGCA---A-------T------T---A-G--T-GG-CCG-------CGG----C---G--------CA-AA----ACGC--CC---C-----T-GA--G-C---AGCG------T-G-T----T-C---A-AGTGCA---ATAT---C-----C------ATGTG-----ACGA---ATC-GCAAGC-TT-------A---AAAA------TGT-----TG--T----TTTTGTTT-----------T--TT-T----AATGA-G-------A---GTT----T--T-GG-A-GACTTGTC-GC---A-G-GACGCGTA--TA--CA--AG-TA-----TT--TCA-T-TG--GG--AG--G-GGGG---------------------GGG------TGCACA-GACTAA--
gi|6 : --CAAGGGCGGA-TCC--AGGA---TTT-TT---G-----AAAA-TAG----GGGA--GGG-------A---T-G-A---A-A---AT-----TAATGCATG--CA---C--CGA-AT---ATT----------CC-A--AA-T--GCCG---CCGGG-AA-TTCGTG----C----C---------T----TCA---A-G-----AC---------CA-A-TA-G-----------T------T-----T--G-GG-C-G-------TGG----C---G--------CA-AA----A-GGGGCT---C-----T-GA--G-C---A-GAG-----T-G-T----T-C---A-GG--CA--GAT-----C-----C----ACATG-G-----AAGA---GGC-CTGAAT-TTT-----TA---TTTA------TTT-----T---T----TTTTCCTTCATTTA-----T--TT-C----CATTT-ATTTATTTATTTATT----T--T-TA-A--ACTTGTC-GC---A-GTGCCG---T--AATCCC--AG-GA-AGTTTT--CAATT-AG--GG--GT--ATGTAGT-GG-----------------GGG------TGCA-ACAACTAAGGCTGGA----TC-----CCGC---TTT--AAATAGA--CCCCTAG-TACGTCCAGGAA----CTGGCA-CTGGTACG----G-Ggtcgcataggtt
gi|24 : aca--CAGGGGCAGA-TCC--TGGA---TTT--T---T-----TGAA-TGG----GGG-------------GC--T--------------T-----T------TT--TA---T--C---AT---TA-----------CG-A--AA-T--GC-A---C--CG-AA-T--GTC----CGTACC---------T----TCA---G-G-----GG---------CA-A-GG-G---A-------T------T---A-T--G-GG-CCG-------TAG----T---G--------CG-AA----ATGG--T----C-----T-GA--G-C---A-AGT-----T-G-T----T-C---
gi|19 : ag--CAGGTTCAGA-CCC--A--A---TTTTTG---A-----AAAA-TGG----GGGG--GGG-------GG--G-G-G---G-G---AG-----G------TT-------------------AT-----------CG-A----------------------------------C----C--------------------G-A-----G----------CA---GC-G---C-------T------T---A-T--T-GG--TG-------CGA---------------------A----A-GG--CC---C-----TTGA--A-CTGAG-CGCG----T-G-T----TTC---A-AG-ACA--GAA-C---C-----G----A-ATG-G-----ACGA---ACC-CCTGGC-TTT-----AA---------------T-----T---T----TTTTtcttaaaatatgttttttttagtttttgaggact
gi|11 : aAGGGGCGGA-TCA--AGGA---TGTTTT---TGAAAACAAA-AGA----GGG---GGG-------GG--A-A-A---GTA---ATA----T------TT--TA---T--C---GTT--AT------------G-A--AA-G--CC-A---C--GA-TA-T--GCC----C----C---------T----TCA---G-A-----GG---------CA-A-GG-----A-------T------T---A-T--G-GT-CCG-------CG------------------CTCAA----A-GG--TC---C-----T-GA--G-C---AGCG------T-G-T----T-C---A-GG-GTA--TAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAAGC-TT-----------AAAA------AAT-----T--------------TTC---TG--------CT-T----AATTG-A-------AAC-GTC----TTAT-TGAAGGACTTGTttggacgagacttgttgcgttg
gi|25 : AAGGGCGGA-TCC--AGGA---TTT-TT---T-----GAAA---------GGA----G-------GG--T-G-C---G-A---AT-----T------TT--TA---T--C---------------------C------------------------AA-T--GCC----C----C---------T----TCA---G-A-----GG---------CA-A-GC-G---A-------T------T---A-T--G-GG-CCG-------CGG----C---G--------TC-AA----A-GG-------------------------------------G-T----T-C---A-GG-GCA--GAC-T---CCAATGC----A-ATG-G-----AAGA---AGC-CCAAGC--TT-----AA---AAAA------TGT-----T---T----T-----------TG-----T--TT-T------TTA-A-------A---
gi|21 : AGGGGCGGA-TCC--AAGAGG-TTTCG-----------AAA--------GGGG--GGG-------GA--T-G-A---C-A---AT-----A------GT--CA---T--C---AT--------------------------------------------T--AC--------------------------TA---G-A-----GG---------CA-A-GG-G---G-------T------T---A-T--G-GG-CCG-------TGA--------G--------C--------A-G----------------------------CG------T-G-T----T-T---A-AG-GCA--AAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AAAA---AG---CATGG-CTT-----AA---------------T-----T---T----TTTTTTTTC----G-----T--TTGC----GAT-----------A---GTT----T--G-TG-AGGATTTGT
gi|28 : AGGGGCGGA-TCC--AGGA---TGT--T---T-----TGA----G----GGGA--TGG-------GG--TTG-A---C-A---AT-----T------TT--TA---T--C---AT---TA-----------CG-A--AA-T---C-A---A--CG-AA-T--GCC----C----a
gi|38 : AGGGGCGGA-TTC--AGGA-----TGTT---T-----TGAA---G----GGGA--TGG-------GG--T-gtgcaaattcccaatggacgaagcctggcttaaaaaaatcttaattttttctttt
gi|17 : ctGGAGCTGA-TTCCGAGGA---ATTCTT---T-----TTAA-AGA----GGGG--GGG-------GG--T-GCA---G-ACCGAT-----T------TT-------T--C---AC---AT-----------TG-A--AA-T--GCTA---C--CG-AA-C--GCC----C----T---------C----TCA---G-A-----AG---------CT-A-AA-G---G-------C------T---A-TC-G-GGCCCGC------CGAG---C---GT-------CA-AA----A-GG--TC---C-----T-GA--G-C---AGCGT-----T-G-T----T-C---A-GG-ACA---AT-T---C-----CAG--A-ATG-GACCGTACGA---AAC-CCAAGC---T-----AA---AAAA------tgaca
gi|9 : gGGGGCGGGGTCC--AGGA---TTTTTTTCCT-----TAAA--GGCCCCGGTG--GGGTTAAACCGG--TGG-A---G-A---ATC----T------TT--TGACTT--C---ATG--ATTCTTAAATTTGCG-ACGAA-T--GG-A---C--TG----T--GCA----C----T---------T----CAA---G-A-----G---------------GG-C---AT------T------T---A-T--G-GG-CCG-------GGAAG--CCA-G--------CT-AT----A-GA--GC---T-----T-TG--C-C---A-AAT-----T--------T-C---A-GG-GCA---AT-TTTAC-----A----A-ATG-G-----ACAACC-GGT-CAAAAG-CTT-----AA---AAAATGGAGGAAT-----T---T----TCTTTTTTT---AA-----T--TT-T----G
gi|27 : tgcatatacttaacacGCGGA-TCC--AGGA---TTT-TT---T-----GAAA-GGG----GGGT--GGG-------G-----G-A---G-A---AT-----A------TT--TA---T--C---AT---TA-----------CG-A--GA----------------------------------------------------------------GG---------CA-T-GG-G---A-------T------T---G-T--G-GG-CCG-------TGT----T---GCCGTGTTACC-AA----A-GG--CCCAGC-----T-GG--G-C---A--GCT----T-A-T----T-C---A-GG-GCA--GAA-T---C-----
gi|4 : acCGGA-TCC--AAGA---T--CAT---T-----T-------------GA--GGG-------GG------------G---AT-----T------TT--CA---T--C---AT---TA-----------CG-A--AA-T--GA-A---C--CA-AA-T--GTC----CGTGCC---------T----TCA---G-ACGCAAGG---------CC-A-GG-G---G-------T------T---A-T--G-CG-CCG-------TAG----T---G--------CC-AA----A-GA--CT---A-----T-GG--G-C---T-GGG-----T-G-T----T-C---A-TG-GCA--GAT-T---G-----C----A-ATG-G-----ACAT---AG--CCATGA-CTT-----AA---AAAA------t
gi|20 : cactatatgttatcaggattattattttgctaaaaaatagcgtttggtgcaccactacggatcatactgtacgactactttaggcgctcaaacgaatgccacccgtagaatattgatttcactagacctatgcgtatgtacaacacattaaaagggaaatgaatatgagttgggttatccccccaacccattcatatcaaacacatatttagcagttcAAA--GG----GGGG--GTT-------GA--T-G-ATTAA-A---AT-----T------TT--AA---T--C---AT---AT-----------CA-A--AC-T--AC-A---C--GA-AA-T--GCC----C----C---------T----TCA---G-A-----GGTTATCAATATA-A-GG-A---A-------T------T---A-TAGA-GG-TTGTCTGTGCCGG----C---G--------GC-CA----A-GGTCTC---T-----T-GA--AGC---AGCG------T-GTT----T-C---AGGG-GCA--GAT-T---T-----CTCCAA-ATG-G-----ACGA---taatggatgtttttagtttttgagcact
gi|16 : G----GGGA--GGT-------GT--T-G-A---------AT-----T------TT--TA----------------------------------GA-T--GC-A---C--TG-AA-TA-GTC----C----CAAGTGCTAGT----TCAA--G-A-----GG---------CA-C-AG-A---A-------TG-----T---AAT--GAGG-CGGG------TGG----C---G--------CA-AA----G-GA--CC---C-----T-GA----------CGC-----TAG-CGTGAT-C---A-GG-GCA--GAT-T---T-----CAT--A-ACG-G-----AGTA---AGCTCCTGGTATCT-----AG---AAAA------ATT-----T---T----tcgaccc
gi|18 : GA--TGG-------GG----------G-A---AT-----T------GT--TA---T--T---AC---ATGCATTA-----CG-A--AA-T--GC-A---C--CG-AA-T--GCCTGTGC----C---------T----TCA---G-G-----GG---------CA-A-GG------------------------A-T--G-GG-CCG-------TGC----C------------CC-AA----A-GG--CC---C-----T-CG--A-T---G---------T-G-T----T-C---A-GG-GAA--GAT-T---C-----C----A-ATA-G-----ACGA---AGC-CCTGGC-TTT-----AA---AAAA------CGTGTTGGT---T----TTTTTTTTT---AG-----T--TT-T----Ggtgtgttatttataggtttttttagggcac
gi|14 : gatttttt--GGG-------AG--T-G-A---GTA---AT-----T------TTGGTGAG-T--C---ATGTTAT-----------CA-A--AC-TAAGC-A---C--AA-------GCT----T----C---------GGGAATCA---GTA-----GG---------CA-A-AG-G---A-------CATCAG-TGGAA-T--G-GG-CCG-------CGAGCGGC---A--------CC-AA----G-AG--TC---C-----A-GATGA-G---A-GGCGGCCAT-G-T----T-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAAGG-CTT-----AATTGAAAA------A
gi|15 : GG-------AG--T-G-A---GTA---AT-----T------TTGGTGAG-T--C---ATGTTAT-----------CA-A--AC-TAAGC-A---C--AA-------GCT----T----C---------GGGAATCA---GTA-----GG---------CA-A-AG-G---A-------CATCAG-TGGAA-T--G-GG-CCG-------CGAGCGGC---A--------CC-AA----G-AG--TC---C-----A-GATGA-G---A-GGCGGCCAT-G-T----T-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAAGG-CTTAATTGAA---AAAA------AA---------------------------------------------AAGTA-A-------A-------------T-TG-AGGACTTGTT-GC---A-G-aaaaagtaaattgaggacttgttgca
gi|13 : GG-------AG--T-G-A---GTA---AT-----T------TTGGTGAG-T--C---ATGTTAT-----------CA-A--AC-TAAGC-A---C--AA-------GCT----T----C---------GGGAATCA---GTA-----GG---------CA-A-AG-G---A-------CATCAG-TGGAA-T--G-GG-CCG-------CGAGCGGC---A--------CC-AA----G-AG--TC---C-----A-GATGA-G---A-GGCGGCCAT-G-T----T-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAAGG-CTTAATTGAA---AAAA------AA---------------------------------------------AAGTA-A-------A-------------T-TG-AGGACTTGTT-GC---A-G-
gi|26 : ---G-A---AT-----T------TT--TA---T--C---AT---AT-----------CC-A--AA-T--GC-A---C--CG-AA-T--GACTGTGC----C---------T----TCA---G-A-----GG-----------------G---A-------T------T---A-T--G-GG-CCG-------TGG----C---G--------CC-AG-----------C---A-----T-GA--G-C---A--GCA----T-G-T----T-C---A-GG-GCA--CAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACAA---CGT-CCAAGC-TTA-----AA---AAAT------GGTGGA--T---T----TTTT
gi|22 : G-A--AA-T--GC-A---C--CG-AA-T--ACAAGG-C----C---------T----TCA---A-A-----GG---------TA-G-GG-------------T------T---A-T--G-GG-CT--------TGG----C---G--------CC-AA----A-GG--CC---CCAGCTT-GG--GTC---A--GC-----TTG-T----T-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-A-----ACGA---AGC-CTTGGT-TTT----------------------T-----T---TTTGGTTTTTTTTT---TGTTTTTT--TT-T----G-TTT-T-------A---GTT----T--T-TG-AGAACTTGTC-Gttaatt
gi|5 : -AA-T--GCG----C----C---------C----TTG---T-A-----GG---------CA-A-GA-GTTGA-------TGTCTTAT---AGT--G-AG-C---------CAA----CAGTG--------CA-AA----G-GA--AT---C-----T-GAT-G-C---A-TGC-----G-G-A----T-C---T-GG-GCACCAAT-C---CA----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAATC-GTG-----AG---ATAA--------------T---T----ACATCTTTA---TG-----TAGTT-T-----ATTACA-------A---ATTATAGT--T-TG-AGCGCTCAT----------------------A--CC--AGGTATA--TTTATCCATTATGGGTG--GT--G-AAGATTGGTTCGTGGGGAGGGTGTGAGG------TGCACA--ACAAA--CACAACA--TCCG---------------A----GA--CG---GG-TGG-TCCAGT-ATAATCTAGTCGCTATTAGA----GTGGCCTTAGCCCCCGGAAAATTATGATAACTGTTATCAGCATCTTATTCTATTGAGGTCT-AGTGGTCGCTTTGATTTCC-AG--CGT-GTCTA-GACTGGCTCTG--TAGGGGCCAGG
gi|23 : ----TTAC--G-A-----GA---------CA-A-GG-G---G-------G------T---AAT--G-GG-CCG-------TGG----C---G--------CC-AACCAAA-GG--CC---C-----C-GA--G-G---A--GCG----T-G-T----T-C---A-GG-GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-AC-TGT-GTT-----AA---A---------------------T----TTTTTATTT---AG-----T--TT-T----GA
gi|12 : attttatgaaaagggaggcggttagggtgtgaacatttttatca---------CA-A-GG-G---AGGAAGCGT------T---A-T--G-G------------CGGT---C---G--------CC-AA----A-A---TC---C-----T-------T---A-CGTG----T-G-T----T-C---A-GA-GCA--GAT-G---C----------A-GTA-C------CGA---AGC-CCCTG--TTT-----AA---------------T-----G---T----TTGTCTTT------------------------------------A---GCT----T--TGTG-AGGACTTTTT-GC---A-ATGCCG------AA--CC--A--TA-A--ATT--ACA-T-TG-------------------------------------GGG------TGCA---GAC--A--GCAAGGG--GCCGTAACCGC---TTT--A----G-----CCTAA-TGGGT--AGG-A----CTACTT-CT-GTGGG----G-Gagactt
gi|3 : tG--CC---C-----T-GA--A-C---A-CGC-----T-G-C----T-C---A-Gt
gi|17 : atcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacctcgaagtaatagtaggaatacacgatttgagggttttggtgattcggttccgcctaagcacacaacgcaatatagaatatagatctgttttaaaagaacgacctataatattatgcattgtatttttgtaaatttatcaataaaattcagacagactgttcagatctcaaaattatcttctttttttgcatgtgtttcatgtttacccagtgacgtatcgtatagctatacggcacaggggcggatccaggaatttttgagaattaatgcaccgaagtgccccttcagaggcaagggattatgggccaccaaaggttG--TC---C-----T-GA--A-C---AACGC-----T-G-C----T-C---A-GG-ACagattccaatggacgaggcccaatcttaaaattacatttttcatgtttttcaaaaagtttttgaggctgtacataaccagtcagtaatttccatttggggttgggaggggtgcacaaaacta
gi|23 : gggagctgattccgaggaattctttttaaagagggggggggtgcagaccgatttttcacattgaaatgctaccgaacgccctctcagaagctaaaggctatcgggcccgccgagcgtcaaaagG--CC---C-----T-GA--A-C---A-CGC-----T-C-C----T-C---G-GG-GCaattccagaatggaccgtacgaaacccaagctaaaaaa
gi|8 : attttatgaaaagggaggcggttagggtgtgaacatttttatcattacgagacaagggggtaatgggccgtggcgccaaccaaagC---T-----T-GA--A-C---A-CGC-----T-G-C----T-C---A-GG-Gggaatccaatggacgaagcactgtgttaaattttttatttagttttgaagactt
gi|11 : cagggacggattttgaatttttttaaagggggggggtgagaatttttataacgtttgaaactgcactcgaattgtcccttcagaggcataggcaattagtggccgcggcgcaaaacgcC---C-----T-GA--A-C---A-CGC-----T-G-C----T-C---A-GG-ACtgcaatatccatgtgacgaatcgcaagcttaaaaatgttgtttttgtttttttaatgagagttttggagacttgtcgcaggacgcgtatacaagtatttcattgggagggggggggtgcacagactaagtcgcataggtt
gi|28 : aggggcggatcaaggatgtttttgaaaacaaaagaggggggggaaagtaatattttatcgttatgaaagccacgatatgccccttcagaggcaaggattatggtccgcgctcaaag-----T-G-C----C-C-----GT-GCA--AAT-T---C-----CC---A-ATG-G-----ACGA---AGC-CT-GGC-TTA-----AA---AAAA------TCT-----TAA-T----TTTTTCTTT---Tgtatattccaatggacgaagcccaagcttaaaaaattttctgcttaattgaaacgtcttattgaaggacttgt
gi|32 : aggggcggatccaggatgttttgaggggatggggttgacaatttttatcattacgaaatcaacgaaA--CC--AG-GA-A--TTT--CCATT---------------------GA-----------------GGG------T-CACAAGACTAAGGCAAGGGG--TCTGTGGCCAC---TTT--A----GG--GCCCCAGCTAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTAGG----G-G
gi|34 : --CC--AG-GA-A--TTT--CCATT---------------------GA-----------------GGG------T-CACAAGACTAA----GGAAGGGTCTGTGGCCAC---TTT--A----GG--CCC-CAG-TAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTAGG----G-tccagag
gi|31 : C---TTC--C----GG--CCCCCAA-CGTGTCCAGG-A----CTGGCC-Ctccagag
gi|36 : gtcgcagcctgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaccaAGCATTTT----CATTGGG-TCTGGG-GGTCGCTTTTAGCTCCCAT--CGG-GTCCAAGAC
gi|34 : t-TCT-GT-GGCCACTTTAGGCCCCA-----GTAGGCCAGAGCTGGCCCTGG-TAGGGTCCAGAG
gi|32 : ccaggaatttccattgagggtcacaagactaaggaaggg-TCT-GT-GGCCACTTTAGGGCCCCAG--CTA-GGCCAGAGCTGGCCCTGGTAGGGGTCCAGAG
gi|31 : accaggaatttccattgagggtcacaagactaaggcaaggggCCAA---CGT-GTCCAGGACTGGCCC
gi|36 : gtcgcagcctgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaccacttccggcccTAGCATTTTCATTGGGTCTGGGGGTCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAAGAC
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AATTATTGTTTTGCTGACAAACAGTGTTTGGGTCACCTTTACCGATCATACAACTACTTTAGGCGCAACCGCAGAAGATTAATATCACTAGACCAGTGTGCATGTACAACACATTAACAGGGAAAAGCAAATGAGTTGGGTTACCTCCCTACAAAAAAACACATTTGTGAATTGTTGTCAAACGCATATTTAGCGGAACGGATCCAAGATCATTTGAAAGGGAGGA
Unaligned ( gi|33 ): GTCCTGAGGGCCGTGGCAGCCCCGAAAGACAACTCAGAAAGGTTTTTCAAGTGCAAAAGCATTGTCTCATTGTGTCGTGCGATCGCTTTTTTATTAGCGC
Unaligned ( gi|35 ): ACAGGAATTAAAAACAACAGACTAAGCTATGTTAGTTAGTTTACACATGCAGAGGATGTAT
Unaligned ( gi|37 ): GGACAATCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA
Unaligned ( gi|39 ): GTATCAGTAGCGGATCCAATATTTTTCGAAAGGGGGGGGGG
Alignments
lowQualScore : 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111 111111111111111111111111 44444444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 1 3333333333 88888888888888888888888888888888888888888 111111 11111111 1111111111 111 33333 33333 1111111 1 2222 11 1 11111 1 1 33333 777777777777777777777777777777 1 1
lowQualScore : 8 44 22 1 22 6666 1 3333 4444444 888888888 22 444444 4444444 1 4444 1 77777 222 66666 444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 1 4 33333 555555555 1 1 1 8888888888888888 4 33 1 777777777777777777777777 1 5555 1 222 222 55555555555555555555555555555 1 444 1 222 1 1 22 1 222 55555 9999 1 1 44444 555 1 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666666 2 00 777 2 0000000000 4 4 7777 66 77777777777777777777777777777777777777777 222222 1 4 0 2 1 88888888 88 0 8888888888 2 4 666 4 9999 5 1 5 2 777 33333 6 55555 3 7777777 2 8888 44 6 3 0 11111 5 2 6 88888 6 000000000000000000000000000000 7 5 5
lowQualScore : . .. .. . .. .... . .... ....... ......... .. ...... ....... . .... . ..... ... ..... ...... .............................................................................................. . . . . ..... ......... . . . ................ . .. . ........................ . .... . ... ... ............................. . ... . ... . . .. . ... ..... .... . . ..... ... . . ................................................................................................ ....... . .. ... . .......... . . .... .. ......................................... ...... . . . . . ........ .. . .......... . . ... . .... . . . . ... ..... . ..... . ....... . .... .. . . . ..... . . . ..... . .............................. . . .
lowQualScore : 0 66 66 9 66 4444 7 7777 9999999 777777777 11 333333 8888888 5 1111 5 88888 777 99999 444444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 4 1 44444 777777777 4 4 4 5555555555555555 3 44 4 000000000000000000000000 5 2222 5 999 666 99999999999999999999999999999 5 222 5 777 6 5 11 5 777 44444 4444 6 6 00000 000 7 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 9 00 000 0 5555555555 0 4 0000 11 99999999999999999999999999999999999999999 888888 1 4 1 0 4 44444444 11 2 3333333333 7 4 888 4 4444 0 7 7 5 000 33333 7 00000 7 3333333 0 3333 00 0 3 7 00000 3 0 7 00000 0 555555555555555555555555555555 3 0 0
consensus : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----TTT-TT----TG------AAA---GG----GGGG--G------GG-------G-G--T-G-A---G-A---AT-----T------TT--TA---T--C---AT---A--T------C-G-A-AA--T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---A-T------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-C-A-CGC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAAG-C-TT---TAAAAAA------A-T-----TT---T----TTT----------T--TT---TTTG-----T--TT--T----GATT--A-AA--G--TT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCG---A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GT--GG-GGGG---G-----GG------TGCA-CAAGACTAAGGCCGGGGG--TCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG-GNCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTG-GGAGANTTTTA-ANAGCATCTT----CATTGA-ATCTAG-GGTCGCTTTGANTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCT-G-TGGGGTCCAGGGCCAAGNNNNNNCNNNGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
Reference ( family-2457 ) : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----TTT-TT----TT------AAA---GG----GGGG--G------GG-------G-G--T-G-A---G-A---AT-----T------TT--TA---T--C---AT---A--T------C-G-A-AA--T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---A-T------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-C-A-CGC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAAG-C-TT---TAAAAAA------ANT-----TT---T----TTT----------T--TT---TTTG-----T--TT--T----GATT--A-AA--G--TT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCG---A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GT--GGAGGGG---G-----GG------TGCA-CAAGACTAAGGCCGGAGG--TCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG-GGCCNTGGC-----CCCCGGGAAATTATGGTGACTNNCA-NNAGCATCTT----CATTGA-GTCTGG-GGCCGCTTTAAGCCCCAAGCGTGTCCAGGACTGGCCCTGG-TAGGGTCCAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGCATTTTCATTGGGTCTGGGGGTCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAAGAC
gi|1 : CAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----TTTCTT----TT------AAAT--GG----GGGA--G------GG-------G-G--T-G-A---G-A---AT-----T------TT--TA---T--C---AT---A--T------C-G-A-AA--T--GC-AC-AG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-T-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---A-T------T---A-T--GGG-CTG-------C--G----A-C------GCT-AA----A-GG--TC---C-----T------GA-A-C-A-CGC-----T-G---CT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAAG-C-TT---TAAAAAA------AGT-----TT---T----TTT----------C--CT---TCTG-----T--TT--T----GATT--A-AA--G--TT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCGA--A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGTG----------------GT--GGAGGTGATTG-----GG------TGCA-CATGACTAA--CCGAAAG--TCT---GCTGCTTTA----GG---CCCTTAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGTC-CTAGCAGGG-GGCGA-AGC-----CC---GGACATTG-AGAGATTTTAA-AAAGCATTTT----CATTGA-ATCTAG-GGTCGCTTTGAATTCCAAGCGTGTTCAGGACTGGCCCTGGTTGGGGTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACTGAGAGTTCTAGATAGCA-TTTCATTAGATCC-AGAGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGT-CAGGAC
gi|1 : taGGTCGCTTTG----AA---TTCCAAG-CGTGTTCAGG-A----CTGGCC-CTGGTTGGG-GTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACT---GAGAGTTCTAGATAGCAT-TT----CATTAG-ATCCAG-AGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGT-CAGGACTGGTCCT-----GGGTCCAGGG----GCAAAACCCCTGGGAAACTGAAGGTTTAGCATTTTCATTGGGTtggtcctgggtccaggggcaaaacccctgggaaactgaaggtttagcattttcattgggtgtacg
gi|10 : tacaattcaggggcggatccaggatttcttttaaatgggggagggggtgagaatttttatcatatcgaaatgcacagaatgcccctttagaggcaagggattatgggctgcgacgctaaaggtcctgaacacgctgctcagggcagattccaatggacgaagcccaagctttaaaaaaagtttttttccttctgttttgattaaagtttttgaggacttgtcgcaggccgaaaccagtaatttccatttgtggtggaggtgattgggtgcacatgactaaccgaaagtctgctgctttaggcccttagtgggtccaggactggtcctagcagggggcgaagcccggacattgagagattttaaaaagcattttcattgaatctagA-TT--TAGCGGAACGGA-TCC--AAGA----TCA-TT----TG------AAA---GG----GAGG--gtacg
gi|11 : aattattgttttgctgacaaacagtgtttgggtcacctttaccgatcatacaactactttaggcgcaaccgcagaagattaatatcactagaccagtgtgcatgtacaacacattaacagggaaaagcaaatgagttgggttacctccctacaaaaaaacacatttgtgaattgttgtcaaacgcatAGGGG--CGGA-TCA--AGGA----TGT-TT----TTGAAAACAAA---AG----AGGG--G------GG-------G-G--A-A-A---GTA---ATA----T------TT--TA---T--C---GTT--A--T--------G-A-AA-----GC-CA-CG----ATA-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-----A-T------T---A-T--GGT-CCG-------C--G------C-------TC-AA----A-GG--TC---C-----T------GA-G-C-AGCG------T-G---TT-C---A-GG-GTA--TAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAAG-C--T---TAAAAAA-------------------------------------T--TT---TCTG--------CT--T----AATT--G-AAACG--TC----TTATTGAAGGACTTGTa
gi|12 : -G-A-----GG----------A-A-GC-G-----T------T---A-T--GG------------C--G----GTC------GCC-AA----A-AT--CC---T-----T-------------A-CGTG----T-G---TT-C---A-GA-GCA--GA--T---G-----C----A-GT--A-----CCGA---AGC-CCCTG---TT---TAA------------------TG---T----TTG----------T--CT---TTAG-----C--TT--T----G------------------------TG-AGGACTTTTT-GC---AATGCCG---A-A----CCA---TA-A--ATT--ACATT-------------------------------G---G-----GG------TGC----AGAC---AGCAAGGGG---CCGTAACCGCTTTA----G------CCTAA-TGGGT--AGG-A----CTACTT-CT-GTGGGG-G
gi|13 : tcaagg------GG-------A-G--T-G-A---GTA---AT-----T------TTGGTGAG-T--C---ATGTTA--T------C-A-A-AC--TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---A-CATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G---A-GGCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAAGGC-TTAATTGAAAAA------AA-----------------------------------------------------A----AAGT--A-AA--------------TTG-AGGACTTGTT-GC---AG-t
gi|14 : --G------GG-------A-G--T-G-A---GTA---AT-----T------TTGGTGAG-T--C---ATGTTA--T------C-A-A-AC--TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---A-CATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G---A-GGCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAAGGC-TTAATTGAAAAA------A
gi|15 : ------GG-------A-G--T-G-A---GTA---AT-----T------TTGGTGAG-T--C---ATGTTA--T------C-A-A-AC--TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---A-CATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G---A-GGCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAAGGC-TTAATTGAAAAA------AA-----------------------------------------------------A----AAGT--A-AA--------------TTG-AGGACTTGTT-GC---AG-aaaagtaaattgaggacttgttgca
gi|16 : GG--G------GA-------G-G--T-G-TT--G-A---AT-----T------TT--TA-------------------------------GA--T--GC-AC-TG----A-A-TA-G--T----C----C----CAAGTGCTAGT----T-C-AAG-A-----GG---------CA-C-AG-A---A-TG-----T---AAT--GAG-GCGGG-----T--G----G-C------GCA-AA----G-GA--CC---C-----T------GACG-C-T-AGCG----T-G---AT-C---A-GG-GCA--GAT-T---T-----CAT--A-ACG-G-----AGTA---AGCTCCTGG-TATC---TAGAAAA------A------------------------------T--TT---TGTG-----T--GT--T----ATTT--A-TA--GGTTT----T--TTT-AGGGC
gi|17 : GGAG--CTGA-TTCCGAGGAAT--TCT-TT----TT------AAA---GA----GGGG--G------GG-------G-G--T-GCA---G-ACCGAT-----T------TT-------T--C---AC---A--T------T-G-A-AA--T--GCTAC-CG----A-A-C--G--C----C----C----T---------C----T-C-A-G-A-----AG---------CT-A-AA-G---G-C------T---A-TC-GGGCCCG-------CCGA----G-C------GTCAAA----A-GG--TC---C-----T------GA-G-C-AGCGT-----T-G---TT-C---A-GG-ACA---AT-T---C-----CAG--A-ATG-GACCGTACGA---AAC-CCAAG-C------TAAAAAA------ac
gi|18 : gTT-TT----TT------GAT---GG----GGG----------------------------------A---AT-----T------GT--TA---T--T---AC---A--TGCATTAC-G-A-AA--T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----CTGTGC----C---------T----T-C-A-G-G-----GG---------CA-A-GG------------------A-T--GGG-CCG-------T--G----C-C-------CC-AA----A-GG--CC---C-----TC-----GA-------TG------T-G---TT-C---A-GG-GAA--GAT-T---C-----C----A-ATA-G-----ACGA---AGC-CCTGG-C-TT---TAAAAAA------CGTGTTGGTT---T----TTT----------T--TT---TTAG-----T--TT--T----G
gi|19 : ga--CAGGTT--CAGA-CCC--A--A----TTT-TT----GA------AAAATGGG----GGGG--G------GG-------G-G--G-G-G---G-A---GG-----T------T--------------------A--T------C-G-A------------C-CG----A------------------------------------------------------G---------CA---GC-G---C-T------T---A-T----------------T--G----G-T------GCG-AA----A-GG--CC---C-----TTGAACTGA-G-C-G-CG------T-G---TTTC---A-AG-ACA--GAA-C---C-----G----A-ATG-G-----ACGA---ACC-CCTGG-C-TT---TAA------------T-----TT---T----TTT----------T--T
gi|2 : aT--CAGGGT--CGGA-CCC--AGGAATTTTTT-TT----TT------AAATT-GG----GGGGCTG------GA-------G-GACT-G-A---G-G---ATAATTAT------TT--TAC--T--CCATAT---A--T------C-GAA-AA--T--GC-AC-CG----A---------C----C----C----C--------------------A-C-----GG---------C-----G-C---A-C------A---A-C--AGG-T---------------------------CC-AGTT--A-GG--TC---CA----A------GA-G-C---TGCG----T-G---TT-CCAGA-GG-GCA--GAT-T---C-----C------ATG-G-----ACGG---AAC-CCAAG-C-TT------AAAA------AAT-----TG---TGGGATTG----------T--GG---GTTA-----T--TT--TAAAAGAGT--G-AT--G--TT----T--GGA-AGGAATTGTTGGCATGAG-GCCA---A-GTGGCCCGCG-TA-A--TTT--C-----TGGGAA--------------GG--GGAAGGGTT-G-----GGGTTGATTGCA-CAAGACAAAGGCTGAAAGGTTCTATGCGCACTTAA----AGGAACCGTTAG-TG---TCAGG-A----Cggacgagacttgttgcgttg
gi|20 : ------AAA---GG----GGGG--G------TT-------G-A--T-G-ATTAA-A---AT-----T------TT--AA---T--C---AT---A--T------C-A-A-AC--T--AC-AC-GA----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GGTTATCAATATA-A-GG-A---A-T------T---A-TAGAGG-TTGTCTGTGCC--G----G-CG-----GCC-AA----G-GT--CT---C-----TTG----AA-G-C-A--GCG----T-GT--TT-C---AGGG-GCA--GAT-T---T-----CTCCAA-ATG-G-----ACGA---ggtctcatcaggttatggattagccggaggatttgcaaattcaatgagtcaaggggttttaaacaaaatcgtgtaacatgcggcgttgggtaccagaggtatcttagatcattccagcattggctcagcagcgtaatgcttccttaagaatggaggccaagccaacggcccgtggagtcacgggcaagcaacaaactgagaggtagttagcatgctccaatggagttaatgggggccgc
gi|21 : AGGGG--CGGA-TCC--AAGA----GGT-TT----CG------AAA---GG----GGGG--G------GA------------T-G-A---C-A---AT-----A------GT--CA---T--C---AT------------------------------------------T--A--C----T----------------------------A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---G-T------T---A-T--GGG-CCG---------------------------------------------------T------GA-G-C-AGCG------T-G---TT-T---A-AG-GCA--AAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AAAA---AG---CATG-G-CT---TAA------------------TT---T----TTT----------T--TT---TTCG-----T--TTG-C----GAT------A--G--TT----T--GTG-AGGATTTGTtcgaccc
gi|22 : -G-A-AA--T--GC-AC-CG----A-A-T--A--C----AAGG-C----C---------T----T-C-A-A-A-----GG---------TA-G-GG-------T------T---A-T--GGG-CT--------T--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---CCAGCTT------GG-GTC-A--GC-----TTG---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-A-----ACGA---AGC-CTTGG-T-TT---T-------------TT-----TTTGGT----TTT----------T--TT---TTTGTTTTTT--TT--T----G-TT--T-TA--G--TT----T--TTG-AGAACTTGTC-Ga
gi|23 : A----TTT-TA----TG------AAA---AG----GGAG--GCGGTTAGG-------GTG--T-G-A---A-C---AT-----T------TT--TA---T--C---AT------------------------------------------T--A--C-----------------------------------G-A-----GA---------CA-A-GG-G---G-G------T---AAT--GGG-CCG-------T--G----G-C------GCC-AACCAAA-GG--CC---C-----C------GA-G-G-AGCG------T-G---TT-C---A-GG-GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-AC-TG-T-GT---TAAA------------------T---T----TTT----------T--AT---TTAG-----T--TT--T----GA
gi|24 : --CAGGGG--CAGA-TCC--TGGA----TTT-TT----TG------AA-----------TGG--G------GG-------G-C--T--------------T-----T------TT--TA---T--C---AT---T--A------C-G-A-AA--T--GC-AC-CG----A-A-T--G--T----C----CGTACC---------T----T-C-A-G-G-----GG---------CA-A-GG-G---A-T------T---A-T--GGG-CCG-------T--A----G-T------GCG-AA----A-TG--GT---C-----T------GA-G-C-A-AGT-----T-G---TT-C---agactt
gi|25 : agAAGGG--CGGA-TCC--AGGA----TTT-TT----TG------AAA------------G--G------AG-------G-G--T-G-C---G-A---AT-----T------TT--TA---T--C------------------C------------------------A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GC-G---A-T------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GTC-AA----A-GG---------------------------------------G---TT-C---A-GG-GCA--GAC-T---CCAATGC----A-ATG-G-----AAGA---AGC-CCAAG-C--T---TAAAAAA------TGT-----TT---T----TGT----------T--TT---TTtcttaaaatatgttttttttagtttttgaggact
gi|26 : ---G-A---AT-----T------TT--TA---T--C---AT---A--T------C-C-A-AA--T--GC-AC-CG----A-A-T--G--A----CTGTGC----C---------T----T-C-A-G-A-----GG-----------------G---A-T------T---A-T--GGG-CCG-------T--G----G-C------GCC-AG-----------C---A-----T------GA-G-C-A--GCA----T-G---TT-C---A-GG-GCA--CAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACAA---CGT-CCAAG-C--T---TAAAAAATGGTGGATT-----TT---T----TTT----------aaa
gi|27 : G--CGGA-TCC--AGGA----TTT-TT----TG------AAA---GG----GGGG--T------GG-------G-G----G-A---G-A---AT-----A------TT--TA---T--C---AT-----------------------T--AC-G----------------------------------------------------A-G-A-----GG---------CA-T-GG-G---A-T------T---G-T--GGG-CCG-------T--GTT--G-CCGTGTTACC-AA----A-GG--CCCAGC-----T------GG-G-C-A--GCT----T-A---TT-C---A-GG-GCA--GAA-T---C-----aatt
gi|28 : acAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----TGT-TT----T--------GA---GG----GGAT--G------GG-------G-T--T-G-A---C-A---AT-----T------TT--TA---T--C---AT---T--A------C-G-A-AA--T---C-AA-CG----A-A-T--G--C----C----C----G---------T----G-C-A-A-A-----t
gi|28 : -GCA--AAT-T---C-----CC---A-ATG-G-----ACGA---AGC-CT-GG-C--T---TAAAAAA------ATC-----TTAA-T----TTT----------T--TC---TTTttcccaatggacgaagcctggcttaaaaaaatcttaattttttctttt
gi|29 : aggggcggatccaggatgttttgaggggatggggttgacaatttttatcattacgaaatcaacgaatgcccgtA-TG--CAGGCG--TGGA-TCC--AGGA----TTT-TT----TG------AAA---GG----GGGG--A------T-------------T-G-A---G-A---AT-----T------T----A---T--C---AG---A--T------C-G-A-AA--T--GC-AC-C-----A-A-TA-G--C----C----C----T---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-ACGG-G---G-T------T---A-T--GGG-CGG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--TC---t
gi|3 : --CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----ATT-TT----T------------------------------------------------G-A---G-A---AT-----T-------------------------------------------AA--T--GC-AC-CG----A-AGT--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---A-T------T---A-T--GGG-CCA-------C------------------C-AA----A-GG--TT---C-----T------GA-G-C-AGCG------T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAAT-C-TT--------AA------AAT-----TA---C----ATT----------T--TT---CATG-----T--TT--T------TCAAA-AA--G--TT----T--TTG-AGG--CTGT--AC---AT-AACC---A-G----TCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GT--TG-GGAG---G-----GG------TGCA-CAAAACTA
gi|30 : atcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacctcgaagtaatagtaggaatacacgatttgagggttttggtgattcggttccgcctaagcacacaacgcaatatagaatatagatctgttttaaaagaacgacctataatattatgcattgtatttttgtaaatttatcaataaaattcagacagactgttcagatctcaaaattatcttctttttttgcatgtgtttcatgtttacccagtgacgtatcgtatagctatacggcaCAACTT--CAGTGG--CGGA-TCC--AGGA----TTT-TT----TG------AA----------GGAG--G------GA-------G-G--T-G-A---G-A---CT-----T------TT--TA---T--C---AT---G--A------C-G-A-GG--G--GC-AC-TGCAGAA-A-T--A--C----C--------------------------------------GA---------CA-G-GA-A---A-T------A---A-T--GGG-ACT-------C--G----G-C------G
gi|31 : CCACTTCC----GG---CCCCCAA-CGTGTCCAGG-A----CTGGCC-C
gi|32 : gtcgcagcctgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaa-A----CCA-G-GA-A--TTT--CCATT------------------------------GA---G-----GG------T-CA-CAAGACTAAGGCAAGGGG--TCTGTGGCCACTTTA----GG---GCCCCAGCTAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTAGGG-GTCC
gi|34 : ----CCA-G-GA-A--TTT--CCATT------------------------------GA---G-----GG------T-CA-CAAGACTAAGG--AAGGG--TCTGTGGCCACTTTA----GG----CCCCAG-TAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTAGGG-agag
gi|36 : TAGCATTTTCATTGGGTCTGGGGGTCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAAGACtccagag
gi|38 : AGGGG--CGGA-TTC--AGGA-----TG-TT----TT------GAA---GG----GGAT--G------GG-------G-T--T-G-A---
gi|39 : ctT--CAGTAG--CGGA-TCC--AATA----TTT-TT----CG------AAA---GG----GGGG--G------GG-------G-ca
gi|4 : gta--CGGA-TCC--AAGA----TCA-TT----T--------------------GAG--G------GG-------G-G----------------AT-----T------TT--CA---T--C---AT---T--A------C-G-A-AA--T--GA-AC-CA----A-A-T--G--T----C----CGTGCC---------T----T-C-A-G-ACGCAAGG---------CC-A-GG-G---G-T------T---A-T--GCG-CCG-------T--A----G-T------GCC-AA----A-GA--CT---A-----T------GG-G-C-T-GGG-----T-G---TT-C---A-TG-GCA--GAT-T---G-----C----A-ATG-G-----ACAT---AG--CCATG-A-CT---TAAAAAAT-----AATGGA--TG---T----TTT----------TAGTT---TTTG-----
gi|5 : cactatatgttatcaggattattattttgctaaaaaatagcgtttggtgcaccactacggatcatactgtacgactactttaggcgctcaaacgaatgccacccgtagaatattgatttcactagacctatgcgtatgtacaacacattaaaagggaaatgaatatgagttgggttatccccccaacccattcatatcaaacacatatttagcagttc----A-A-T--G--C----G----C----C---------C----T-T-G-T-A-----GG---------CA-A-GA-GTTGA-TGTCTTAT---AGT--GAG-CCAA------C--A----G-T------GCA-AA----G-GA--AT---C-----T------GATG-C-A-TGC-----G-G---AT-C---T-GG-GCACCAAT-C---CA----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAAT-C-GT---GAGATAA--------------TT---A----CAT----------C--TT---TATG-----TAGTT--T-----ATT--ACAA--A--TTATAGT--TTG-AGCGCTCAT-------------------A----CCA-GGTATA--TTTATCCATTATGGGTGGTGAAGATTGGTTCGT--GGGGAGG---GTGTGAGG------TGCA-CAACA--AACAC--AACA--TCCGAGAC-----------GG---------G-TGG-TCCAGT-ATAATCTAGTCGCTATTAGAGTGGCCTTAGC-----CCCCGGAAAATTATGATAACTGTTA-TCAGCATCTTATTCTATTGAGGTCTAGTGGTCGCTTTGATTTCC-AGCGTGTCTA-GACTGGCTCT-G-TAGGGGCCAGagcact
gi|6 : --CAAGGG--CGGA-TCC--AGGA----TTT-TT----GA------AAA---TA----GGGG--A------GG-------G-A--T-G-A---A-A---AT-----TAATGCATG--CA---C--CGA-AT---A--TT-----C-C-A-AA--T--GCCGC-CGGG--A-A-TTCG--T----G----C----C---------T----T-C-A-A-G-----AC---------CA-A-TA-G-----T------T-----T--GGG-C-G-------T--G----G-C------GCA-AA----A-GGGGCT---C-----T------GA-G-C-A-GAG-----T-G---TT-C---A-GG--CA--GAT-----C-----C----ACATG-G-----AAGA---GGC-CTGAA-T-TT---TTATTTA------TTT-----TT---T----TTTCCTTCATTTAT--TTCCATTTA-----T--TTATT----TATT--T-A------TT----T--TTA-A--ACTTGTC-GC---AGTGCCGT--A-ATC--CCA-G-GA-AGTTTT--CAATT-AGGG----------------GTATGTAGTGG---G-----GG------TGCAACAA--CTAAGGCTGGA----TCC-----CGCTTTAAATAGA---CCCCTAG-TACGTCCAGGAA----CTGGCA-CTGGTACGG-Gg
gi|7 : acaCAA-TCAGCAGGGA--CGGA-TCC--AAGA----TTT-TT----TG------AAA---GG----AGGG--G------GG-------G-G----------------GT-----T------GT--TG---T-------T---G--T------T-G-AGAA--T--------------A-A-T--G--TTA--T----C----A---------T----TACGA-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---G-T------T---A-T--GGG-CTG-------T--G----T-C------GCC-AA----A-GA--CC---C-----T------GA-A-T-A---------------------------GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AC-ATTTAGC-TCTGG-C-TT---------A------ATT-----TT--------------------------------------------------------------G--TT----T--TTG-AGGACTTGTT-GC---AGTGCCGT--A-A----CTA-
gi|8 : ttgttttgaacgtaatattacgctttatgtcagcgttgataaagtgttgtctgtcacaatacagaatgaaagaagtttatcaaattatcttagttttgttttcaatctacatacatgtaacaaatctctat--CAGGGA--CGGA-TTT--TGAA----TTT-TT----TT------AAA---------GGGG--G------GG-------G-G--T-G-A---G-A---AT-----T------TT--TA---TAAC---GT------T------T-G-A-AAC-T--GC-ACTCG----A-ATT--G--T----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CATA-GGCA---A-T------T---A-G--TGG-CCG-------C--G----G-C------GCA-AA----ACGC--CC---C-----T------GA-G-C-A--GCG----T-G---TT-C---A-AGTGCA---ATAT---C-----C------ATGTG-----ACGA---ATC-GCAAG-C-TT------AAAA------ATG-----TT---G----TTT----------T--TG---TTT------T--TT--T----AATG--A-GA--G--TT----T--TGG-A-GACTTGTC-GC---AG-GACGCGTATA----CAA-G-TA-----TT--TCATT---GG----------------GA--GG-GGGG---G-----GG------TGCA-C-AGACTAAG
gi|9 : GGGG--CGGGGTCC--AGGA----TTT-TTTTCCTT------AAA---GGCCCCGGTG--G------GGTTAAACCG-G--TGG-A---G-A---ATC----T------TT--TGACTT--C---AT---GATT------CTT-A-AATTT--GC-GA-CG----A-A-T--GGACTGTGC----A----C---------T----T-C-A---A-----G-------------A-GG-GC--ATT------T---A-T--GGG-CCG-------G--G----A-A------GCC-A--------G--CT---A-----TA-----GA-G-CTT-TGC-----C-AAATTT-C---A-GG-GCA---AT-TTTAC-----A----A-ATG-G-----ACAACC-GGT-CAAAA-G-CT---TAAAAAATGGAGGAAT-----TT---T----CTT----------T--TT---TTAA-----T--TT--T----Gtcgcataggtt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GTCCTGAGGGCCGTGGCAGCCCCGAAAGACAACTCAGAAAGGTTTTTCAAGTGCAAAAGCATTGTCTCATTGTGTCGTGCGATCGCTTTTTTATTAGCGC
Unaligned ( gi|35 ): ACAGGAATTAAAAACAACAGACTAAGCTATGTTAGTTAGTTTACACATGCAGAGGATGTAT
Unaligned ( gi|37 ): GGACAATCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA
Alignments
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 111111111111111111111111 44444444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 1 3333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222 1111111111 33333 22 1 111 1 2222 1 1 11 1 1 22222 5555555 1 1
lowQualScore : 8 44 22 1 22 6666 1 22 3333 888888888888888 0 22 444444 4444444 1 222 9999999 222 55555 444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 1 4 33333 555555555 1 1 1 4444 8888888888 4 33 1 777777777777777777777777 1 5555 1 222 222 55555555555555555555555555555 1 444 1 222 1 1 22 1 222 55555 9999 1 1 44444 555 1 222 66 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 00 777 2 0000000000 4 4 7777 66 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 0 2 1 0000 3 88 0 8888888888 2 4 666 4 9999 5 1 0 77 1 8 33333 6 44 1 3 444 2 8888 3 3 44 3 2 6 77777 2 0000000 333 22 666666 22 7 5 5
lowQualScore : . .. .. . .. .... . .. .... ............... . .. ...... ....... . ... ....... ... ..... ...... ............................................................................................. . . . . ..... ......... . . . .... .......... . .. . ........................ . .... . ... ... ............................. . ... . ... . . .. . ... ..... .... . . ..... ... . ... .. ............................................................................................................ . .. ... . .......... . . .... .. ........................................................ . . . . . .... . .. . .......... . . ... . .... . . . .. . . ..... . .. . . ... . .... . . .. . . . ..... . ....... ... .. ...... .. . . .
lowQualScore : 0 66 66 9 66 1111 7 44 5555 777777777777777 6 11 333333 8888888 5 555 0000000 777 44444 444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 4 1 44444 777777777 4 4 4 2222 9999999999 3 44 4 000000000000000000000000 5 2222 5 999 666 99999999999999999999999999999 5 222 5 777 6 5 11 5 777 44444 4444 6 6 00000 000 7 999 00 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 00 000 0 5555555555 0 4 0000 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 1 0 4 7777 0 11 2 3333333333 7 4 888 4 4444 0 7 7 99 0 0 33333 7 00 0 3 000 0 3333 3 3 33 3 0 7 77777 5 0000000 000 00 000000 00 3 0 0
consensus : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-CA-C-GC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------A-T---T--T----T----TTTT--TT--TTT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCG---A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-CAAGACTAAGGCCG--GGGGTCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTG-GAGANTT-TTA-ANAGCATCTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-NTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCTG--TGGGGTCCAGGGNCAAAGCCNNNCNNNGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
Reference ( family-2457 ) : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-CA-C-GC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------A-T---T--T----T----TTTT--TT--TTT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCG---A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-CAAGACTAAGGCCG--GGGGTCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG--GNCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTGGGAGANTT-TTA-ANAGCATCTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-NTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCTG--TGGGGTCCAGGGCCAAGNNNNNNCNNNGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
gi|1 : CAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TTCTTTTA----AAT----G-----G----GGGA--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-AG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-T-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CTG-------C--G----A-C------GCT-AA----A-GG--TC---C-----T------GA-A-CA-C-GC-----T-G---CT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------AGT---T--T----T----TTTC--CT--TCT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCGA--A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGTG----------------GTG---GAGGTGATTGG------G-----------TGCA-CATGACTAA--CCG--AAAGTCT---GCTGCTTTA----GG---CCCTTAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGTC-CTAGCAGGG--GGCGA-AGC-----CC---GGACATTGAGAGATTT-TAA-AAAGCATTTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-ATTCCAAGCGTGTTCAGGACTGGCCCTGGTTGGGGTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACTGAGAGTTCTAGATAGCA-TTTCATTAGATCC-AGAGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGT-CAGGAC
gi|1 : taGGTCGCTTTG----AA---TTCCAAG-CGTGTTCAGG-A----CTGGCC-CTGGTTGGG--GTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACT--GAGAGTT-CTAGATAGCAT-TT----CATTAGA-TCCAG-AGCCGCTTTTAGCTCCC-ATCGGGT-CAGGACTGGTCCT-----GGGTCCAGGGGCAA----AACCCCTGGGAAACTGAAGGTTTAGCATTTTCATTGGGTtggtcctgggtccaggggcaaaacccctgggaaactgaaggtttagcattttcattgggtgtacg
gi|10 : tacaattcaggggcggatccaggatttcttttaaatgggggagggggtgagaatttttatcatatcgaaatgcacagaatgcccctttagaggcaagggattatgggctgcgacgctaaaggtcctgaacacgctgctcagggcagattccaatggacgaagcccaagctttaaaaaaagtttttttccttctgttttgattaaagtttttgaggacttgtcgcaggccgaaaccagtaatttccatttgtggtggaggtgattgggtgcacatgactaaccgaaagtctgctgctttaggcccttagtgggtccaggactggtcctagcagggggcgaagcccggacattgagagattttaaaaagcattttcattgaatctagA-TT--TAGCGGAACGGA-TCC--AAGA----T-CA--TTTG----AAA----G-----G----GAGG--gtacg
gi|11 : aattattgttttgctgacaaacagtgtttgggtcacctttaccgatcatacaactactttaggcgcaaccgcagaagattaatatcactagaccagtgtgcatgtacaacacattaacagggaaaagcaaatgagttgggttacctccctacaaaaaaacacatttgtgaattgttgtcaaacgcatAGGGG--CGGA-TCA--AGGA----TGTT--TTTG----AAA----ACAAAAG----AGGG--G------GG-------G-G--AA-A---GTA---ATA----T------TT--T--A--T--C---GTT--A--T-------G-A-AA----GC-CA-CG----ATA-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-----AT------T---A-T--GGT-CCG-------C--G------C-------TC-AA----A-GG--TC---C-----T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GTA--TAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC--TT------AA---AAA------A----------------------------T--TT--TCT-G--------CT-T----AATT--G-A-------AAC-GTC----TTATTGAAGGACTTGTa
gi|12 : -G-A-----GG----------A-A-GC-G----T------T---A-T--GG------------C--G----GTC------GCC-AA----A-AT--CC---T-----T------------A-C-GTG----T-G---TT-C---A-GA-GCA--GAT-G---C----------A-GTA-C------CGA---AGC-CCCT-G--TTT------AA-------------------------T--G----T----TTGT--CT--TTA-G-----C--TT-T----G------------------------------TG-AGGACTTTTT-GC---AATGCCG---A-A----CCA---TA-A--ATT--ACATT--------------------------------G---GG------G-----------TGCA----GAC---AGCAA--GGGG-CCGTAACCGCTTTA----G------CCTAA-TGGGT--AGG-A----CTACTT-CT-GTGGGG--G
gi|13 : tcaagg------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTTAATTGAAA---AAA------A------A-------------------------------------------------AAGT--A-A-------A-------------TTG-AGGACTTGTT-GC---AG-t
gi|14 : --G------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTT------AATTGAAA------A------A-
gi|15 : ------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTTAATTGAAA---AAA------A------A-------------------------------------------------AAGT--A-A-------A-------------TTG-AGGACTTGTT-GC---AG-aaaaagtaaattgaggacttgttgca
gi|16 : GG--G------GA-------G-G--TG-TT--G-A---AT-----T------TT--T--A-----------------------------GA-T--GC-AC-TG----A-A-TA-G--T----C----C----CAAGTGCTAGT----T-C-AAG-A-----GG---------CA-C-AG-A---ATG-----T---AAT--GAG-GCGGG-----T--G----G-C------GCA-AA----G-GA--CC---C-----T------GACG-CT-A-GCG----T-G---AT-C---A-GG-GCA--GAT-T---T-----CAT--A-ACG-G-----AGTA---AGCTCCTG-GTATCT------AG---AAA------A------A-T---T--T----T----
gi|17 : GGAG--CTGA-TTCCGAGGAAT--T-CT--TTTT----AAA----G-----A----GGGG--G------GG-------G-G--TGCA---G-ACCGAT-----T------TT--------T--C---AC---A--T------TG-A-AA-T--GCTAC-CG----A-A-C--G--C----C----C----T---------C----T-C-A-G-A-----AG---------CT-A-AA-G---GC------T---A-TC-GGGCCCG-------CCGA----G-C------GTCAAA----A-GG--TC---C-----T------GA-G-CAGC-GT-----T-G---TT-C---A-GG-ACA---AT-T---C-----CAG--A-ATG-GACCGTACGA---AAC-CCAA-GC---T------AA---AAA------A------gtgtgttatttataggtttttttagggcac
gi|18 : gGA----T-TT--TTTG----ATG----G-----G----GG----------------------------------A---AT-----T------GT--T--A--T--T---AC---A--TGCATTACG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----CTGTGC----C---------T----T-C-A-G-G-----GG---------CA-A-GG-----------------A-T--GGG-CCG-------T--G----C-C-------CC-AA----A-GG--CC---C-----TC-----GA------T-G------T-G---TT-C---A-GG-GAA--GAT-T---C-----C----A-ATA-G-----ACGA---AGC-CCTG-GC-TTT------AA---AAA------ACGT---G-T---TGGT----T----TTTT--TT--TTTAG-----T--TT-T----G
gi|19 : --CAGGTT--CAGA-CCC--AA--------TT--TTTG----AAAAATGG-----G----GGGG--G------GG-------G-G--GG-G---G-A---GG-----T------T---------------------A--T------CG-A-----------C-CG----A------------------------------------------------------G---------CA---GC-G---CT------T---A-T----------------T--G----G-T------GCG-AA----A-GG--CC---C-----TTGAACTGA-G-CG-C-G------T-G---TTTC---A-AG-ACA--GAA-C---C-----G----A-ATG-G-----ACGA---ACC-CCTG-GC-TTT--------------------A------A-T---T--T----T----TTTT--T
gi|2 : aT--CAGGGT--CGGA-CCC--AGGAATTTT-TT--TTTT----AAATT--G-----G----GGGGCTG------GA-------G-GACTG-A---G-G---ATAATTAT------TT--T--AC-T--CCATAT---A--T------CG-A-AAAT--GC-AC-CG----A---------C----C----C----C--------------------A-C-----GG---------C-----G-C---AC------A---A-C--AGG-T---------------------------CC-AGTT--A-GG--TC---CA----A------GA-G-C--T-GCG----T-G---TT-CCAGA-GG-GCA--GAT-T---C-----C------ATG-G-----ACGG---AAC-CCAA-GC-TT--------A---AAA------A------A-T---T--G----TGGGATTGT--GG--GTT-A-----T--TT-TAAAAGAGT--G-A-------T---GTT----T--GGA-AGGAATTGTTGGCATGAG-GCCA---A-GTGGCCCGCG-TA-A--TTT--C-----TGGG----------------AAG---GGGA-A---GG------GTTGGGGTTGATTGCA-CAAGACAAAGGCTGAAAGGTTCTATGCGCACTTAA----AGGAACCGTTAG-TG---TCAGG-A----Cggacgagacttgttgcgttg
gi|20 : ----AAA----G-----G----GGGG--G------TT-------G-A--TG-ATTAA-A---AT-----T------TT--A--A--T--C---AT---A--T------CA-A-AC-T--AC-AC-GA----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GGTTATCAATATA-A-GG-A---AT------T---A-TAGAGG-TTGTCTGTGCC--G----G-CG-----GCC-AA----G-GT--CT---C-----TTG----AA-G-CA---GCG----T-GT--TT-C---AGGG-GCA--GAT-T---T-----CTCCAA-ATG-G-----ACGA---ggtctcatcaggttatggattagccggaggatttgcaaattcaatgagtcaaggggttttaaacaaaatcgtgtaacatgcggcgttgggtaccagaggtatcttagatcattccagcattggctcagcagcgtaatgcttccttaagaatggaggccaagccaacggcccgtggagtcacgggcaagcaacaaactgagaggtagttagcatgctccaatggagttaatgggggccgc
gi|21 : AGGGG--CGGA-TCC--AAGA----G-GT--TTCG----AAA----G-----G----GGGG--G------GA------------TG-A---C-A---AT-----A------GT--C--A--T--C---AT----------------------------------------T--A--C----T----------------------------A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---GT------T---A-T--GGG-CCG---------------------------------------------------T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-T---A-AG-GCA--AAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AAAA---AG---CAT-GG-CTT------AA-------------------------T--T----T----TTTT--TT--TTC-G-----T--TTGC----GAT-------------A---GTT----T--GTG-AGGATTTGTtcgaccc
gi|22 : G-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--A--C----AAGG-C----C---------T----T-C-A-A-A-----GG---------TA-G-GG------T------T---A-T--GGG-CT--------T--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---CCAGCTT------GG-GTCA---GC-----TTG---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-A-----ACGA---AGC-CTTG-GT-TTT-----------------------------T---T--TTTGGT----TTTT--TT--TTT-GTTTTTT--TT-T----G-TT--T-T-------A---GTT----T--TTG-AGAACTTGTC-Ga
gi|23 : A----T-TT--TATG----AAA----A-----G----GGAG--GCGGTTAGG-------GTG--TG-A---A-C---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT----------------------------------------T--A--C-----------------------------------G-A-----GA---------CA-A-GG-G---GG------T---AAT--GGG-CCG-------T--G----G-C------GCC-AACCAAA-GG--CC---C-----C------GA-G-GAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-AC-T-GT-GTT------AA---A------------------------T----T----TTTT--AT--TTA-G-----T--TT-T----GA
gi|24 : --CAGGGG--CAGA-TCC--TGGA----T-TT--TTTG----AA-----------------TGG--G------GG-------G-C--T-------------T-----T------TT--T--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--T----C----CGTACC---------T----T-C-A-G-G-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------T--A----G-T------GCG-AA----A-TG--GT---C-----T------GA-G-CA-A-GT-----T-G---TT-C---agactt
gi|25 : agAAGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA------------------G--G------AG-------G-G--TG-C---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C------------------C----------------------A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GC-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GTC-AA----A-GG---------------------------------------G---TT-C---A-GG-GCA--GAC-T---CCAATGC----A-ATG-G-----AAGA---AGC-CCAA-GC-TT--------A---AAA------A------A-T---G--T----T----TTTG--TT--TTT-tcttaaaatatgttttttttagtttttgaggact
gi|26 : ---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CC-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--A----CTGTGC----C---------T----T-C-A-G-A-----GG-----------------G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------T--G----G-C------GCC-AG-----------C---A-----T------GA-G-CA---GCA----T-G---TT-C---A-GG-GCA--CAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACAA---CGT-CCAA-GC--TT------AA---AAA------ATGGTGGA-T---T--T----T----TTTT--taaa
gi|27 : G--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--T------GG-------G-G---G-A---G-A---AT-----A------TT--T--A--T--C---AT---------------------T--AC-G----------------------------------------------------A-G-A-----GG---------CA-T-GG-G---AT------T---G-T--GGG-CCG-------T--GTT--G-CCGTGTTACC-AA----A-GG--CCCAGC-----T------GG-G-CA---GCT----T-A---TT-C---A-GG-GCA--GAA-T---C-----aatt
gi|28 : acAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-GT--TTTG------A----G-----G----GGAT--G------GG-------G-T--TG-A---C-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T---C-AA-CG----A-A-T--G--C----C----C----G---------T----G-C-A-A-A-----t
gi|28 : -GCA--AAT-T---C-----CC---A-ATG-G-----ACGA---AGC-CT-G-GC--TT------AA---AAA------A------A-T---C--T----TAA--TTTT--TT--CTT-ttcccaatggacgaagcctggcttaaaaaaatcttaattttttctttt
gi|29 : aggggcggatccaggatgttttgaggggatggggttgacaatttttatcattacgaaatcaacgaatgcccgtA-TG--CAGGCG--TGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--A------T-------------TG-A---G-A---AT-----T------T------A--T--C---AG---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-C-----A-A-TA-G--C----C----C----T---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-ACGG-G---GT------T---A-T--GGG-CGG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--TC---tt
gi|3 : --CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----A-TT--TTTG----A---------------------------------------------------G-A---AT-----T-------------------------------------------AA-T--GC-AC-CG----A-AGT--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCA-------C------------------C-AA----A-GG--TT---C-----T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAA-TC-TT-------------AA------A------A-T---T--A----C----ATTT--TT--CAT-G-----T--TT-T------TCAAA-A-------A---GTT----T--TTG-AGG--CTGT--AC---AT-AACC---A-G----TCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTT---GGGA-G---GG------G-----------TGCA-CAAAACTA
gi|30 : atcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacctcgaagtaatagtaggaatacacgatttgagggttttggtgattcggttccgcctaagcacacaacgcaatatagaatatagatctgttttaaaagaacgacctataatattatgcattgtatttttgtaaatttatcaataaaattcagacagactgttcagatctcaaaattatcttctttttttgcatgtgtttcatgtttacccagtgacgtatcgtatagctatacggcaCAACTT--CAGTGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AA----------------GGAG--G------GA-------G-G--TG-A---G-A---CT-----T------TT--T--A--T--C---AT---G--A------CG-A-GG-G--GC-AC-TGCAGAA-A-T--A--C----C--------------------------------------GA---------CA-G-GA-A---AT------A---A-T--GGG-ACT-------C--G----G-C------G
gi|31 : CCACTTCC----GG---CCCCCAA-CGTGTCCAGG-A----CTGGCC-C
gi|32 : gtcgcagcctgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaa-A----CCA-G-GA-A--TTT--CCATT------------------------------G-A---GG------G-----------T-CA-CAAGACTAAGGCAA--GGGGTCTGTGGCCACTTTA----GG---GCCCCAGCTAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-
gi|34 : ----CCA-G-GA-A--TTT--CCATT------------------------------G-A---GG------G-----------T-CA-CAAGACTAAGG--A--AGGGTCTGTGGCCACTTTA----GG----CCCCAG-TAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTA-GG--GTCCA-gag
gi|36 : TAGCATTTTCATTGGGTCTGGGGGTCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAAGACgag
gi|38 : AGGGG--CGGA-TTC--AGGA----T-GT--TTTG-----AA----G-----G----GGAT--G------GG-------G-T--TG-A---
gi|39 : ctT--CAGTAG--CGGA-TCC--AATA----T-TT--TTCG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-ca
gi|4 : gta--CGGA-TCC--AAGA----T-CA--TTTG----A--------------------G--G------GG-------G-G---------------AT-----T------TT--C--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T--GA-AC-CA----A-A-T--G--T----C----CGTGCC---------T----T-C-A-G-ACGCAAGG---------CC-A-GG-G---GT------T---A-T--GCG-CCG-------T--A----G-T------GCC-AA----A-GA--CT---A-----T------GG-G-CT-G-GG-----T-G---TT-C---A-TG-GCA--GAT-T---G-----C----A-ATG-G-----ACAT---AG--CCAT-GA-CTT------AA---AAAAT----A------A-TGGAT--G----T----TTTTAGTT--TTT-G-----
gi|5 : cactatatgttatcaggattattattttgctaaaaaatagcgtttggtgcaccactacggatcatactgtacgactactttaggcgctcaaacgaatgccacccgtagaatattgatttcactagacctatgcgtatgtacaacacattaaaagggaaatgaatatgagttgggttatccccccaacccattcatatcaaacacatatttagcagttc----A-A-T--G--C----G----C----C---------C----T-T-G-T-A-----GG---------CA-A-GA-GTTGATGTCTTAT---AGT--GAG-CCAA------C--A----G-T------GCA-AA----G-GA--AT---C-----T------GATG-CA-T-GC-----G-G---AT-C---T-GG-GCACCAAT-C---CA----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAA-TC-GTG------AG---ATA------A------------T--T----A----CATC--TT--TAT-G-----TAGTT-T-----ATT--ACA-------A---ATTATAGT--TTG-AGCGCTCAT-------------------A----CCA-GGTATA--TTTATCCATTATGGGTGGTGAAGATTGGTTCGTG---GGGA-G---GGTGTGAGG-----------TGCA-CAACA--AACAC----AACATCCGAGAC-----------GG---------G-TGG-TCCAGT-ATAATCTAGTCGCTATTAGAGTGGCCTT-AGC-----CCCCGGAAAATTATGATAACTGTTA-TCAGCATCTTATTCTATTGAGGTCTAGTGGTCGCTTTGA-TTTCC-AGCGTGTCTA-GACTGGCTCTG--TAGGGGCCAGGagcact
gi|6 : --CAAGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTGA----AAA----T-----A----GGGG--A------GG-------G-A--TG-A---A-A---AT-----TAATGCATG--C--A--C--CGA-AT---A--TT-----CC-A-AA-T--GCCGC-CGGG--A-A-TTCG--T----G----C----C---------T----T-C-A-A-G-----AC---------CA-A-TA-G----T------T-----T--GGG-C-G-------T--G----G-C------GCA-AA----A-GGGGCT---C-----T------GA-G-CA-G-AG-----T-G---TT-C---A-GG--CA--GAT-----C-----C----ACATG-G-----AAGA---GGC-CTGA-AT-TTT------TA---TTT------A------T-T---T--T----T----TTTTCCTTCATTT-A-----T--TT-C----CATT--T-ATTTATTTATTTATT----T--TTA-A--ACTTGTC-GC---AGTGCCGT--A-ATC--CCA-G-GA-AGTTTT--CAATT-AGGG----------------GTATGTAGTG-G---GG------G-----------TGCAACAA--CTAAGGCTG--GA--TCC-----CGCTTTAAATAGA---CCCCTAG-TACGTCCAGGAA----CTGGCA-CTGGTACGG--G
gi|7 : acaCAA-TCAGCAGGGA--CGGA-TCC--AAGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----AGGG--G------GG-------G-G---------------GT-----T------GT--T--G--T-------T---G--T------TG-AGAA-T--------------A-A-T--G--TTA--T----C----A---------T----TACGA-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---GT------T---A-T--GGG-CTG-------T--G----T-C------GCC-AA----A-GA--CC---C-----T------GA-A-TA----------------------------GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AC-ATTTAGC-TCTG-GC-TT---------------------A------A-T---T--T----T-------------------------------------------------------GTT----T--TTG-AGGACTTGTT-GC---AGTGCCGT--A-A----CTA-
gi|8 : ttgttttgaacgtaatattacgctttatgtcagcgttgataaagtgttgtctgtcacaatacagaatgaaagaagtttatcaaattatcttagttttgttttcaatctacatacatgtaacaaatctctat--CAGGGA--CGGA-TTT--TGAA----T-TT--TTTT----AAA----G-----G----GG----G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--TAAC---GT------T------TG-A-AACT--GC-ACTCG----A-ATT--G--T----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CATA-GGCA---AT------T---A-G--TGG-CCG-------C--G----G-C------GCA-AA----ACGC--CC---C-----T------GA-G-CA---GCG----T-G---TT-C---A-AGTGCA---ATAT---C-----C------ATGTG-----ACGA---ATC-GCAA-GC-TT------------AAA------A------A-T---G--T----T----GTTT--TT--GTT-T-----T--TT-T----AATG--A-G-------A---GTT----T--TGG-A-GACTTGTC-GC---AG-GACGCGTATA----CAA-G-TA-----TT--TCATT---GG----------------GAG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-C-AGACTAAG
gi|9 : GGGG--CGGGGTCC--AGGA----T-TT--TTTTCCTTAAA----G-----GCCCCGGTG--G------GGTTAAACCG-G--TGGA---G-A---AT-----C------TT--TTGACTT--C---AT---GATT------CTTA-AA-TTTGC-GA-CG----A-A-T--GGACTGTGC----A----C---------T----T-C-A---A-----G-------------A-GG-GC--AT------TT--A-T--GGG-CCG-------G--G----A-A------GCC-A--------G--CT---A-----TA-----GA-G-CT-TTGC-----C-AAATTT-C---A-GG-GCA---AT-TTTAC-----A----A-ATG-G-----ACAACC-GGT-CAAAAGC-TTA------AA---AAATGGAGGA------A-T---T--T----T----CTTT--TT--TTA-A-----T--TT-T----Gtcgcataggtt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GTCCTGAGGGCCGTGGCAGCCCCGAAAGACAACTCAGAAAGGTTTTTCAAGTGCAAAAGCATTGTCTCATTGTGTCGTGCGATCGCTTTTTTATTAGCGC
Unaligned ( gi|35 ): ACAGGAATTAAAAACAACAGACTAAGCTATGTTAGTTAGTTTACACATGCAGAGGATGTAT
Unaligned ( gi|37 ): GGACAATCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA
Alignments
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 111111111111111111111111 44444444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 1 3333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222 1111111111 33333 33 1 111 1 2222 1 1 11 1 1 22222 3333 1 1
lowQualScore : 8 44 22 1 22 6666 1 22 3333 888888888888888 0 22 444444 4444444 1 222 9999999 222 55555 444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 1 4 33333 555555555 1 1 1 4444 8888888888 4 33 1 777777777777777777777777 1 5555 1 222 222 55555555555555555555555555555 1 444 1 222 1 1 22 1 222 55555 9999 1 1 44444 555 1 222 66 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 00 777 2 0000000000 4 4 7777 66 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 0 2 1 0000 3 88 0 8888888888 2 4 666 4 9999 5 1 0 77 8 33333 6 88 1 3 444 2 8888 3 3 44 3 2 6 77777 1 9999 333 22 666666 22 7 5 5
lowQualScore : . .. .. . .. .... . .. .... ............... . .. ...... ....... . ... ....... ... ..... ...... ............................................................................................. . . . . ..... ......... . . . .... .......... . .. . ........................ . .... . ... ... ............................. . ... . ... . . .. . ... ..... .... . . ..... ... . ... .. ............................................................................................................ . .. ... . .......... . . .... .. ........................................................ . . . . . .... . .. . .......... . . ... . .... . . . .. . ..... . .. . . ... . .... . . .. . . . ..... . .... ... .. ...... .. . . .
lowQualScore : 0 66 66 9 66 1111 7 44 5555 777777777777777 6 11 333333 8888888 5 555 0000000 777 44444 444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 4 1 44444 777777777 4 4 4 2222 9999999999 3 44 4 000000000000000000000000 5 2222 5 999 666 99999999999999999999999999999 5 222 5 777 6 5 11 5 777 44444 4444 6 6 00000 000 7 999 00 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 00 000 0 5555555555 0 4 0000 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 1 0 4 7777 0 11 2 3333333333 7 4 888 4 4444 0 7 7 99 0 33333 7 77 0 3 000 0 3333 3 3 33 3 0 7 77777 0 0000 000 00 000000 00 3 0 0
consensus : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-CA-C-GC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------A-T---T--T----T----TTTT--TT--TTT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCG---A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-CAAGACTAAGGCCG--GGGGTCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTG-GAGANTT-TTA-ANAGCATCTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-NTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCTG--TGGGGTCCAGGGNCAAAGCCCCGCNNNGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
Reference ( family-2457 ) : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-CA-C-GC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------A-T---T--T----T----TTTT--TT--TTT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCG---A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-CAAGACTAAGGCCG--GGGGTCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTG-GAGANTT-TTA-ANAGCATCTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-NTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCTG--TGGGGTCCAGGGNCAAAGCCNNNCNNNGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
gi|1 : CAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TTCTTTTA----AAT----G-----G----GGGA--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-AG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-T-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CTG-------C--G----A-C------GCT-AA----A-GG--TC---C-----T------GA-A-CA-C-GC-----T-G---CT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------AGT---T--T----T----TTTC--CT--TCT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCGA--A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGTG----------------GTG---GAGGTGATTGG------G-----------TGCA-CATGACTAA--CCG--AAAGTCT---GCTGCTTTA----GG---CCCTTAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGTC-CTAGCAGGG--GGCGA-AGC-----CC---GGACATTGAGAGATTT-TAA-AAAGCATTTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-ATTCCAAGCGTGTTCAGGACTGGCCCTGGTTGGGGTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACTGAGAGTTCTAGATAGCA-TTTCATTAGATCC-AGAGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGT-CAGGAC
gi|1 : taGGTCGCTTTG----AA---TTCCAAG-CGTGTTCAGG-A----CTGGCC-CTGGTTGGG--GTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACT--GAGAGTT-CTAGATAGCAT-TT----CATTAGA-TCCAG-AGCCGCTTTTAGCTCCC-ATCGGGT-CAGGACTGGTCCT-----GGGTCCAGGGGCAAAAC----CCCTGGGAAACTGAAGGTTTAGCATTTTCATTGGGTtggtcctgggtccaggggcaaaacccctgggaaactgaaggtttagcattttcattgggtgtacg
gi|10 : tacaattcaggggcggatccaggatttcttttaaatgggggagggggtgagaatttttatcatatcgaaatgcacagaatgcccctttagaggcaagggattatgggctgcgacgctaaaggtcctgaacacgctgctcagggcagattccaatggacgaagcccaagctttaaaaaaagtttttttccttctgttttgattaaagtttttgaggacttgtcgcaggccgaaaccagtaatttccatttgtggtggaggtgattgggtgcacatgactaaccgaaagtctgctgctttaggcccttagtgggtccaggactggtcctagcagggggcgaagcccggacattgagagattttaaaaagcattttcattgaatctagA-TT--TAGCGGAACGGA-TCC--AAGA----T-CA--TTTG----AAA----G-----G----GAGG--gtacg
gi|11 : aattattgttttgctgacaaacagtgtttgggtcacctttaccgatcatacaactactttaggcgcaaccgcagaagattaatatcactagaccagtgtgcatgtacaacacattaacagggaaaagcaaatgagttgggttacctccctacaaaaaaacacatttgtgaattgttgtcaaacgcatAGGGG--CGGA-TCA--AGGA----TGTT--TTTG----AAA----ACAAAAG----AGGG--G------GG-------G-G--AA-A---GTA---ATA----T------TT--T--A--T--C---GTT--A--T-------G-A-AA----GC-CA-CG----ATA-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-----AT------T---A-T--GGT-CCG-------C--G------C-------TC-AA----A-GG--TC---C-----T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GTA--TAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC--TT------AA---AAA------A----------------------------T--TT--TCT-G--------CT-T----AATT--G-A-------AAC-GTC----TTATTGAAGGACTTGTa
gi|12 : -G-A-----GG----------A-A-GC-G----T------T---A-T--GG------------C--G----GTC------GCC-AA----A-AT--CC---T-----T------------A-C-GTG----T-G---TT-C---A-GA-GCA--GAT-G---C----------A-GTA-C------CGA---AGC-CCCT-G--TTT------AA-------------------------T--G----T----TTGT--CT--TTA-G-----C--TT-T----G------------------------------TG-AGGACTTTTT-GC---AATGCCG---A-A----CCA---TA-A--ATT--ACATT--------------------------------G---GG------G-----------TGCA----GAC---AGCAA--GGGG-CCGTAACCGCTTTA----G------CCTAA-TGGGT--AGG-A----CTACTT-CT-GTGGGG--GT
gi|13 : tcaagg------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTTAATTGAAA---AAA------A------A-------------------------------------------------AAGT--A-A-------A-------------TTG-AGGACTTGTT-GC---AG-
gi|14 : --G------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTT------AATTGAAA------A------A-
gi|15 : ------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTTAATTGAAA---AAA------A------A-------------------------------------------------AAGT--A-A-------A-------------TTG-AGGACTTGTT-GC---AG-aaaaagtaaattgaggacttgttgca
gi|16 : GG--G------GA-------G-G--TG-TT--G-A---AT-----T------TT--T--A-----------------------------GA-T--GC-AC-TG----A-A-TA-G--T----C----C----CAAGTGCTAGT----T-C-AAG-A-----GG---------CA-C-AG-A---ATG-----T---AAT--GAG-GCGGG-----T--G----G-C------GCA-AA----G-GA--CC---C-----T------GACG-CT-A-GCG----T-G---AT-C---A-GG-GCA--GAT-T---T-----CAT--A-ACG-G-----AGTA---AGCTCCTG-GTATCT------AG---AAA------A------A-T---T--T----T----
gi|17 : GGAG--CTGA-TTCCGAGGAAT--T-CT--TTTT----AAA----G-----A----GGGG--G------GG-------G-G--TGCA---G-ACCGAT-----T------TT--------T--C---AC---A--T------TG-A-AA-T--GCTAC-CG----A-A-C--G--C----C----C----T---------C----T-C-A-G-A-----AG---------CT-A-AA-G---GC------T---A-TC-GGGCCCG-------CCGA----G-C------GTCAAA----A-GG--TC---C-----T------GA-G-CAGC-GT-----T-G---TT-C---A-GG-ACA---AT-T---C-----CAG--A-ATG-GACCGTACGA---AAC-CCAA-GC---T------AA---AAA------A------gtgtgttatttataggtttttttagggcac
gi|18 : gGA----T-TT--TTTG----ATG----G-----G----GG----------------------------------A---AT-----T------GT--T--A--T--T---AC---A--TGCATTACG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----CTGTGC----C---------T----T-C-A-G-G-----GG---------CA-A-GG-----------------A-T--GGG-CCG-------T--G----C-C-------CC-AA----A-GG--CC---C-----TC-----GA------T-G------T-G---TT-C---A-GG-GAA--GAT-T---C-----C----A-ATA-G-----ACGA---AGC-CCTG-GC-TTT------AA---AAA------ACGT---G-T---TGGT----T----TTTT--TT--TTTAG-----T--TT-T----G
gi|19 : --CAGGTT--CAGA-CCC--AA--------TT--TTTG----AAAAATGG-----G----GGGG--G------GG-------G-G--GG-G---G-A---GG-----T------T---------------------A--T------CG-A-----------C-CG----A------------------------------------------------------G---------CA---GC-G---CT------T---A-T----------------T--G----G-T------GCG-AA----A-GG--CC---C-----TTGAACTGA-G-CG-C-G------T-G---TTTC---A-AG-ACA--GAA-C---C-----G----A-ATG-G-----ACGA---ACC-CCTG-GC-TTT--------------------A------A-T---T--T----T----TTTT--T
gi|2 : aT--CAGGGT--CGGA-CCC--AGGAATTTT-TT--TTTT----AAATT--G-----G----GGGGCTG------GA-------G-GACTG-A---G-G---ATAATTAT------TT--T--AC-T--CCATAT---A--T------CG-A-AAAT--GC-AC-CG----A---------C----C----C----C--------------------A-C-----GG---------C-----G-C---AC------A---A-C--AGG-T---------------------------CC-AGTT--A-GG--TC---CA----A------GA-G-C--T-GCG----T-G---TT-CCAGA-GG-GCA--GAT-T---C-----C------ATG-G-----ACGG---AAC-CCAA-GC-TT--------A---AAA------A------A-T---T--G----TGGGATTGT--GG--GTT-A-----T--TT-TAAAAGAGT--G-A-------T---GTT----T--GGA-AGGAATTGTTGGCATGAG-GCCA---A-GTGGCCCGCG-TA-A--TTT--C-----TGGG----------------AAG---GGGA-A---GG------GTTGGGGTTGATTGCA-CAAGACAAAGGCTGAAAGGTTCTATGCGCACTTAA----AGGAACCGTTAG-TG---TCAGG-A----Cggacgagacttgttgcgttg
gi|20 : ----AAA----G-----G----GGGG--G------TT-------G-A--TG-ATTAA-A---AT-----T------TT--A--A--T--C---AT---A--T------CA-A-AC-T--AC-AC-GA----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GGTTATCAATATA-A-GG-A---AT------T---A-TAGAGG-TTGTCTGTGCC--G----G-CG-----GCC-AA----G-GT--CT---C-----TTG----AA-G-CA---GCG----T-GT--TT-C---AGGG-GCA--GAT-T---T-----CTCCAA-ATG-G-----ACGA---ggtctcatcaggttatggattagccggaggatttgcaaattcaatgagtcaaggggttttaaacaaaatcgtgtaacatgcggcgttgggtaccagaggtatcttagatcattccagcattggctcagcagcgtaatgcttccttaagaatggaggccaagccaacggcccgtggagtcacgggcaagcaacaaactgagaggtagttagcatgctccaatggagttaatgggggccgc
gi|21 : AGGGG--CGGA-TCC--AAGA----G-GT--TTCG----AAA----G-----G----GGGG--G------GA------------TG-A---C-A---AT-----A------GT--C--A--T--C---AT----------------------------------------T--A--C----T----------------------------A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---GT------T---A-T--GGG-CCG---------------------------------------------------T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-T---A-AG-GCA--AAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AAAA---AG---CAT-GG-CTT------AA-------------------------T--T----T----TTTT--TT--TTC-G-----T--TTGC----GAT-------------A---GTT----T--GTG-AGGATTTGTtcgaccc
gi|22 : G-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--A--C----AAGG-C----C---------T----T-C-A-A-A-----GG---------TA-G-GG------T------T---A-T--GGG-CT--------T--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---CCAGCTT------GG-GTCA---GC-----TTG---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-A-----ACGA---AGC-CTTG-GT-TTT-----------------------------T---T--TTTGGT----TTTT--TT--TTT-GTTTTTT--TT-T----G-TT--T-T-------A---GTT----T--TTG-AGAACTTGTC-Ga
gi|23 : A----T-TT--TATG----AAA----A-----G----GGAG--GCGGTTAGG-------GTG--TG-A---A-C---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT----------------------------------------T--A--C-----------------------------------G-A-----GA---------CA-A-GG-G---GG------T---AAT--GGG-CCG-------T--G----G-C------GCC-AACCAAA-GG--CC---C-----C------GA-G-GAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-AC-T-GT-GTT------AA---A------------------------T----T----TTTT--AT--TTA-G-----T--TT-T----GA
gi|24 : --CAGGGG--CAGA-TCC--TGGA----T-TT--TTTG----AA-----------------TGG--G------GG-------G-C--T-------------T-----T------TT--T--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--T----C----CGTACC---------T----T-C-A-G-G-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------T--A----G-T------GCG-AA----A-TG--GT---C-----T------GA-G-CA-A-GT-----T-G---TT-C---agactt
gi|25 : agAAGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA------------------G--G------AG-------G-G--TG-C---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C------------------C----------------------A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GC-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GTC-AA----A-GG---------------------------------------G---TT-C---A-GG-GCA--GAC-T---CCAATGC----A-ATG-G-----AAGA---AGC-CCAA-GC-TT--------A---AAA------A------A-T---G--T----T----TTTG--TT--TTT-tcttaaaatatgttttttttagtttttgaggact
gi|26 : ---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CC-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--A----CTGTGC----C---------T----T-C-A-G-A-----GG-----------------G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------T--G----G-C------GCC-AG-----------C---A-----T------GA-G-CA---GCA----T-G---TT-C---A-GG-GCA--CAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACAA---CGT-CCAA-GC--TT------AA---AAA------ATGGTGGA-T---T--T----T----TTTT--taaa
gi|27 : G--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--T------GG-------G-G---G-A---G-A---AT-----A------TT--T--A--T--C---AT---------------------T--AC-G----------------------------------------------------A-G-A-----GG---------CA-T-GG-G---AT------T---G-T--GGG-CCG-------T--GTT--G-CCGTGTTACC-AA----A-GG--CCCAGC-----T------GG-G-CA---GCT----T-A---TT-C---A-GG-GCA--GAA-T---C-----aatt
gi|28 : acAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-GT--TTTG------A----G-----G----GGAT--G------GG-------G-T--TG-A---C-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T---C-AA-CG----A-A-T--G--C----C----C----G---------T----G-C-A-A-A-----t
gi|28 : -GCA--AAT-T---C-----CC---A-ATG-G-----ACGA---AGC-CT-G-GC--TT------AA---AAA------A------A-T---C--T----TAA--TTTT--TT--CTT-ttcccaatggacgaagcctggcttaaaaaaatcttaattttttctttt
gi|29 : aggggcggatccaggatgttttgaggggatggggttgacaatttttatcattacgaaatcaacgaatgcccgtA-TG--CAGGCG--TGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--A------T-------------TG-A---G-A---AT-----T------T------A--T--C---AG---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-C-----A-A-TA-G--C----C----C----T---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-ACGG-G---GT------T---A-T--GGG-CGG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--TC---tt
gi|3 : --CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----A-TT--TTTG----A---------------------------------------------------G-A---AT-----T-------------------------------------------AA-T--GC-AC-CG----A-AGT--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCA-------C------------------C-AA----A-GG--TT---C-----T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAA-TC-TT-------------AA------A------A-T---T--A----C----ATTT--TT--CAT-G-----T--TT-T------TCAAA-A-------A---GTT----T--TTG-AGG--CTGT--AC---AT-AACC---A-G----TCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTT---GGGA-G---GG------G-----------TGCA-CAAAACTA
gi|30 : atcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacctcgaagtaatagtaggaatacacgatttgagggttttggtgattcggttccgcctaagcacacaacgcaatatagaatatagatctgttttaaaagaacgacctataatattatgcattgtatttttgtaaatttatcaataaaattcagacagactgttcagatctcaaaattatcttctttttttgcatgtgtttcatgtttacccagtgacgtatcgtatagctatacggcaCAACTT--CAGTGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AA----------------GGAG--G------GA-------G-G--TG-A---G-A---CT-----T------TT--T--A--T--C---AT---G--A------CG-A-GG-G--GC-AC-TGCAGAA-A-T--A--C----C--------------------------------------GA---------CA-G-GA-A---AT------A---A-T--GGG-ACT-------C--G----G-C------G
gi|31 : CCACTTCC----GG---CCCCCAA-CGTGTCCAGG-A----CTGGCC-C
gi|32 : gtcgcagcctgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaa-A----CCA-G-GA-A--TTT--CCATT------------------------------G-A---GG------G-----------T-CA-CAAGACTAAGGCAA--GGGGTCTGTGGCCACTTTA----GG---GCCCCAGCTAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-
gi|34 : ----CCA-G-GA-A--TTT--CCATT------------------------------G-A---GG------G-----------T-CA-CAAGACTAAGG--A--AGGGTCTGTGGCCACTTTA----GG----CCCCAG-TAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTA-GG--GTCCA-gag
gi|36 : TAGCATTTTCATTGGGTCTGGGGGTCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAAGACgag
gi|38 : AGGGG--CGGA-TTC--AGGA----T-GT--TTTG-----AA----G-----G----GGAT--G------GG-------G-T--TG-A---
gi|39 : ctT--CAGTAG--CGGA-TCC--AATA----T-TT--TTCG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-ca
gi|4 : gta--CGGA-TCC--AAGA----T-CA--TTTG----A--------------------G--G------GG-------G-G---------------AT-----T------TT--C--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T--GA-AC-CA----A-A-T--G--T----C----CGTGCC---------T----T-C-A-G-ACGCAAGG---------CC-A-GG-G---GT------T---A-T--GCG-CCG-------T--A----G-T------GCC-AA----A-GA--CT---A-----T------GG-G-CT-G-GG-----T-G---TT-C---A-TG-GCA--GAT-T---G-----C----A-ATG-G-----ACAT---AG--CCAT-GA-CTT------AA---AAAAT----A------A-TGGAT--G----T----TTTTAGTT--TTT-G-----
gi|5 : cactatatgttatcaggattattattttgctaaaaaatagcgtttggtgcaccactacggatcatactgtacgactactttaggcgctcaaacgaatgccacccgtagaatattgatttcactagacctatgcgtatgtacaacacattaaaagggaaatgaatatgagttgggttatccccccaacccattcatatcaaacacatatttagcagttc----A-A-T--G--C----G----C----C---------C----T-T-G-T-A-----GG---------CA-A-GA-GTTGATGTCTTAT---AGT--GAG-CCAA------C--A----G-T------GCA-AA----G-GA--AT---C-----T------GATG-CA-T-GC-----G-G---AT-C---T-GG-GCACCAAT-C---CA----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAA-TC-GTG------AG---ATA------A------------T--T----A----CATC--TT--TAT-G-----TAGTT-T-----ATT--ACA-------A---ATTATAGT--TTG-AGCGCTCAT-------------------A----CCA-GGTATA--TTTATCCATTATGGGTGGTGAAGATTGGTTCGTG---GGGA-G---GGTGTGAGG-----------TGCA-CAACA--AACAC----AACATCCGAGAC-----------GG---------G-TGG-TCCAGT-ATAATCTAGTCGCTATTAGAGTGGCCTT-AGC-----CCCCGGAAAATTATGATAACTGTTA-TCAGCATCTTATTCTATTGAGGTCTAGTGGTCGCTTTGA-TTTCC-AGCGTGTCTA-GACTGGCTCTG--TAGGGGCCAGGagcact
gi|6 : --CAAGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTGA----AAA----T-----A----GGGG--A------GG-------G-A--TG-A---A-A---AT-----TAATGCATG--C--A--C--CGA-AT---A--TT-----CC-A-AA-T--GCCGC-CGGG--A-A-TTCG--T----G----C----C---------T----T-C-A-A-G-----AC---------CA-A-TA-G----T------T-----T--GGG-C-G-------T--G----G-C------GCA-AA----A-GGGGCT---C-----T------GA-G-CA-G-AG-----T-G---TT-C---A-GG--CA--GAT-----C-----C----ACATG-G-----AAGA---GGC-CTGA-AT-TTT------TA---TTT------A------T-T---T--T----T----TTTTCCTTCATTT-A-----T--TT-C----CATT--T-ATTTATTTATTTATT----T--TTA-A--ACTTGTC-GC---AGTGCCGT--A-ATC--CCA-G-GA-AGTTTT--CAATT-AGGG----------------GTATGTAGTG-G---GG------G-----------TGCAACAA--CTAAGGCTG--GA--TCC-----CGCTTTAAATAGA---CCCCTAG-TACGTCCAGGAA----CTGGCA-CTGGTACGG--G
gi|7 : acaCAA-TCAGCAGGGA--CGGA-TCC--AAGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----AGGG--G------GG-------G-G---------------GT-----T------GT--T--G--T-------T---G--T------TG-AGAA-T--------------A-A-T--G--TTA--T----C----A---------T----TACGA-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---GT------T---A-T--GGG-CTG-------T--G----T-C------GCC-AA----A-GA--CC---C-----T------GA-A-TA----------------------------GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AC-ATTTAGC-TCTG-GC-TT---------------------A------A-T---T--T----T-------------------------------------------------------GTT----T--TTG-AGGACTTGTT-GC---AGTGCCGT--A-A----CTA-
gi|8 : ttgttttgaacgtaatattacgctttatgtcagcgttgataaagtgttgtctgtcacaatacagaatgaaagaagtttatcaaattatcttagttttgttttcaatctacatacatgtaacaaatctctat--CAGGGA--CGGA-TTT--TGAA----T-TT--TTTT----AAA----G-----G----GG----G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--TAAC---GT------T------TG-A-AACT--GC-ACTCG----A-ATT--G--T----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CATA-GGCA---AT------T---A-G--TGG-CCG-------C--G----G-C------GCA-AA----ACGC--CC---C-----T------GA-G-CA---GCG----T-G---TT-C---A-AGTGCA---ATAT---C-----C------ATGTG-----ACGA---ATC-GCAA-GC-TT------------AAA------A------A-T---G--T----T----GTTT--TT--GTT-T-----T--TT-T----AATG--A-G-------A---GTT----T--TGG-A-GACTTGTC-GC---AG-GACGCGTATA----CAA-G-TA-----TT--TCATT---GG----------------GAG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-C-AGACTAAG
gi|9 : GGGG--CGGGGTCC--AGGA----T-TT--TTTTCCTTAAA----G-----GCCCCGGTG--G------GGTTAAACCG-G--TGGA---G-A---AT-----C------TT--TTGACTT--C---AT---GATT------CTTA-AA-TTTGC-GA-CG----A-A-T--GGACTGTGC----A----C---------T----T-C-A---A-----G-------------A-GG-GC--AT------TT--A-T--GGG-CCG-------G--G----A-A------GCC-A--------G--CT---A-----TA-----GA-G-CT-TTGC-----C-AAATTT-C---A-GG-GCA---AT-TTTAC-----A----A-ATG-G-----ACAACC-GGT-CAAAAGC-TTA------AA---AAATGGAGGA------A-T---T--T----T----CTTT--TT--TTA-A-----T--TT-T----Gtcgcataggtt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GTCCTGAGGGCCGTGGCAGCCCCGAAAGACAACTCAGAAAGGTTTTTCAAGTGCAAAAGCATTGTCTCATTGTGTCGTGCGATCGCTTTTTTATTAGCGC
Unaligned ( gi|35 ): ACAGGAATTAAAAACAACAGACTAAGCTATGTTAGTTAGTTTACACATGCAGAGGATGTAT
Unaligned ( gi|37 ): GGACAATCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA
Alignments
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 111111111111111111111111 44444444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 1 3333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222 1111111111 33333 33 1 111 1 2222 1 1 11 1 1 22222 33333 1 1
lowQualScore : 8 44 22 1 22 6666 1 22 3333 888888888888888 0 22 444444 4444444 1 222 9999999 222 55555 444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 1 4 33333 555555555 1 1 1 4444 8888888888 4 33 1 777777777777777777777777 1 5555 1 222 222 55555555555555555555555555555 1 444 1 222 1 1 22 1 222 55555 9999 1 1 44444 555 1 222 66 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 00 777 2 0000000000 4 4 7777 66 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 0 2 1 0000 3 88 0 8888888888 2 4 666 4 9999 5 1 0 77 8 33333 6 88 1 3 444 2 8888 3 3 44 3 2 6 77777 1 44444 22 666666 22 7 5 5
lowQualScore : . .. .. . .. .... . .. .... ............... . .. ...... ....... . ... ....... ... ..... ...... ............................................................................................. . . . . ..... ......... . . . .... .......... . .. . ........................ . .... . ... ... ............................. . ... . ... . . .. . ... ..... .... . . ..... ... . ... .. ............................................................................................................ . .. ... . .......... . . .... .. ........................................................ . . . . . .... . .. . .......... . . ... . .... . . . .. . ..... . .. . . ... . .... . . .. . . . ..... . ..... .. ...... .. . . .
lowQualScore : 0 66 66 9 66 1111 7 44 5555 777777777777777 6 11 333333 8888888 5 555 0000000 777 44444 444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 4 1 44444 777777777 4 4 4 2222 9999999999 3 44 4 000000000000000000000000 5 2222 5 999 666 99999999999999999999999999999 5 222 5 777 6 5 11 5 777 44444 4444 6 6 00000 000 7 999 00 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 00 000 0 5555555555 0 4 0000 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 1 0 4 7777 0 11 2 3333333333 7 4 888 4 4444 0 7 7 99 0 33333 7 77 0 3 000 0 3333 3 3 33 3 0 7 77777 0 55555 00 000000 00 3 0 0
consensus : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-CA-C-GC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------A-T---T--T----T----TTTT--TT--TTT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCG---A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-CAAGACTAAGGCCG--GGGGTCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTG-GAGANTT-TTA-ANAGCATCTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-NTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCTG--TGGGGTCCAGGGNCAAAGCCCCGCGANGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
Reference ( family-2457 ) : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-CA-C-GC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------A-T---T--T----T----TTTT--TT--TTT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCG---A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-CAAGACTAAGGCCG--GGGGTCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTG-GAGANTT-TTA-ANAGCATCTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-NTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCTG--TGGGGTCCAGGGNCAAAGCCCCGCNNNGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
gi|1 : CAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TTCTTTTA----AAT----G-----G----GGGA--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-AG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-T-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CTG-------C--G----A-C------GCT-AA----A-GG--TC---C-----T------GA-A-CA-C-GC-----T-G---CT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------AGT---T--T----T----TTTC--CT--TCT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCGA--A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGTG----------------GTG---GAGGTGATTGG------G-----------TGCA-CATGACTAA--CCG--AAAGTCT---GCTGCTTTA----GG---CCCTTAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGTC-CTAGCAGGG--GGCGA-AGC-----CC---GGACATTGAGAGATTT-TAA-AAAGCATTTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-ATTCCAAGCGTGTTCAGGACTGGCCCTGGTTGGGGTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACTGAGAGTTCTAGATAGCA-TTTCATTAGATCC-AGAGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGT-CAGGAC
gi|1 : taGGTCGCTTTG----AA---TTCCAAG-CGTGTTCAGG-A----CTGGCC-CTGGTTGGG--GTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACT--GAGAGTT-CTAGATAGCAT-TT----CATTAGA-TCCAG-AGCCGCTTTTAGCTCCC-ATCGGGT-CAGGACTGGTCCT-----GGGTCCAGGGGCAAAACCCC----TGGGAAACTGAAGGTTTAGCATTTTCATTGGGTtggtcctgggtccaggggcaaaacccctgggaaactgaaggtttagcattttcattgggtgtacg
gi|10 : tacaattcaggggcggatccaggatttcttttaaatgggggagggggtgagaatttttatcatatcgaaatgcacagaatgcccctttagaggcaagggattatgggctgcgacgctaaaggtcctgaacacgctgctcagggcagattccaatggacgaagcccaagctttaaaaaaagtttttttccttctgttttgattaaagtttttgaggacttgtcgcaggccgaaaccagtaatttccatttgtggtggaggtgattgggtgcacatgactaaccgaaagtctgctgctttaggcccttagtgggtccaggactggtcctagcagggggcgaagcccggacattgagagattttaaaaagcattttcattgaatctagA-TT--TAGCGGAACGGA-TCC--AAGA----T-CA--TTTG----AAA----G-----G----GAGG--gtacg
gi|11 : aattattgttttgctgacaaacagtgtttgggtcacctttaccgatcatacaactactttaggcgcaaccgcagaagattaatatcactagaccagtgtgcatgtacaacacattaacagggaaaagcaaatgagttgggttacctccctacaaaaaaacacatttgtgaattgttgtcaaacgcatAGGGG--CGGA-TCA--AGGA----TGTT--TTTG----AAA----ACAAAAG----AGGG--G------GG-------G-G--AA-A---GTA---ATA----T------TT--T--A--T--C---GTT--A--T-------G-A-AA----GC-CA-CG----ATA-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-----AT------T---A-T--GGT-CCG-------C--G------C-------TC-AA----A-GG--TC---C-----T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GTA--TAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC--TT------AA---AAA------A----------------------------T--TT--TCT-G--------CT-T----AATT--G-A-------AAC-GTC----TTATTGAAGGACTTGTa
gi|12 : -G-A-----GG----------A-A-GC-G----T------T---A-T--GG------------C--G----GTC------GCC-AA----A-AT--CC---T-----T------------A-C-GTG----T-G---TT-C---A-GA-GCA--GAT-G---C----------A-GTA-C------CGA---AGC-CCCT-G--TTT------AA-------------------------T--G----T----TTGT--CT--TTA-G-----C--TT-T----G------------------------------TG-AGGACTTTTT-GC---AATGCCG---A-A----CCA---TA-A--ATT--ACATT--------------------------------G---GG------G-----------TGCA----GAC---AGCAA--GGGG-CCGTAACCGCTTTA----G------CCTAA-TGGGT--AGG-A----CTACTT-CT-GTGGGG--GT
gi|13 : tcaagg------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTTAATTGAAA---AAA------A------A-------------------------------------------------AAGT--A-A-------A-------------TTG-AGGACTTGTT-GC---AG-
gi|14 : --G------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTT------AATTGAAA------A------A-
gi|15 : ------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTTAATTGAAA---AAA------A------A-------------------------------------------------AAGT--A-A-------A-------------TTG-AGGACTTGTT-GC---AG-aaaaagtaaattgaggacttgttgca
gi|16 : GG--G------GA-------G-G--TG-TT--G-A---AT-----T------TT--T--A-----------------------------GA-T--GC-AC-TG----A-A-TA-G--T----C----C----CAAGTGCTAGT----T-C-AAG-A-----GG---------CA-C-AG-A---ATG-----T---AAT--GAG-GCGGG-----T--G----G-C------GCA-AA----G-GA--CC---C-----T------GACG-CT-A-GCG----T-G---AT-C---A-GG-GCA--GAT-T---T-----CAT--A-ACG-G-----AGTA---AGCTCCTG-GTATCT------AG---AAA------A------A-T---T--T----T----
gi|17 : GGAG--CTGA-TTCCGAGGAAT--T-CT--TTTT----AAA----G-----A----GGGG--G------GG-------G-G--TGCA---G-ACCGAT-----T------TT--------T--C---AC---A--T------TG-A-AA-T--GCTAC-CG----A-A-C--G--C----C----C----T---------C----T-C-A-G-A-----AG---------CT-A-AA-G---GC------T---A-TC-GGGCCCG-------CCGA----G-C------GTCAAA----A-GG--TC---C-----T------GA-G-CAGC-GT-----T-G---TT-C---A-GG-ACA---AT-T---C-----CAG--A-ATG-GACCGTACGA---AAC-CCAA-GC---T------AA---AAA------A------gtgtgttatttataggtttttttagggcac
gi|18 : gGA----T-TT--TTTG----ATG----G-----G----GG----------------------------------A---AT-----T------GT--T--A--T--T---AC---A--TGCATTACG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----CTGTGC----C---------T----T-C-A-G-G-----GG---------CA-A-GG-----------------A-T--GGG-CCG-------T--G----C-C-------CC-AA----A-GG--CC---C-----TC-----GA------T-G------T-G---TT-C---A-GG-GAA--GAT-T---C-----C----A-ATA-G-----ACGA---AGC-CCTG-GC-TTT------AA---AAA------ACGT---G-T---TGGT----T----TTTT--TT--TTTAG-----T--TT-T----G
gi|19 : --CAGGTT--CAGA-CCC--AA--------TT--TTTG----AAAAATGG-----G----GGGG--G------GG-------G-G--GG-G---G-A---GG-----T------T---------------------A--T------CG-A-----------C-CG----A------------------------------------------------------G---------CA---GC-G---CT------T---A-T----------------T--G----G-T------GCG-AA----A-GG--CC---C-----TTGAACTGA-G-CG-C-G------T-G---TTTC---A-AG-ACA--GAA-C---C-----G----A-ATG-G-----ACGA---ACC-CCTG-GC-TTT--------------------A------A-T---T--T----T----TTTT--T
gi|2 : aT--CAGGGT--CGGA-CCC--AGGAATTTT-TT--TTTT----AAATT--G-----G----GGGGCTG------GA-------G-GACTG-A---G-G---ATAATTAT------TT--T--AC-T--CCATAT---A--T------CG-A-AAAT--GC-AC-CG----A---------C----C----C----C--------------------A-C-----GG---------C-----G-C---AC------A---A-C--AGG-T---------------------------CC-AGTT--A-GG--TC---CA----A------GA-G-C--T-GCG----T-G---TT-CCAGA-GG-GCA--GAT-T---C-----C------ATG-G-----ACGG---AAC-CCAA-GC-TT--------A---AAA------A------A-T---T--G----TGGGATTGT--GG--GTT-A-----T--TT-TAAAAGAGT--G-A-------T---GTT----T--GGA-AGGAATTGTTGGCATGAG-GCCA---A-GTGGCCCGCG-TA-A--TTT--C-----TGGG----------------AAG---GGGA-A---GG------GTTGGGGTTGATTGCA-CAAGACAAAGGCTGAAAGGTTCTATGCGCACTTAA----AGGAACCGTTAG-TG---TCAGG-A----Cggacgagacttgttgcgttg
gi|20 : ----AAA----G-----G----GGGG--G------TT-------G-A--TG-ATTAA-A---AT-----T------TT--A--A--T--C---AT---A--T------CA-A-AC-T--AC-AC-GA----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GGTTATCAATATA-A-GG-A---AT------T---A-TAGAGG-TTGTCTGTGCC--G----G-CG-----GCC-AA----G-GT--CT---C-----TTG----AA-G-CA---GCG----T-GT--TT-C---AGGG-GCA--GAT-T---T-----CTCCAA-ATG-G-----ACGA---ggtctcatcaggttatggattagccggaggatttgcaaattcaatgagtcaaggggttttaaacaaaatcgtgtaacatgcggcgttgggtaccagaggtatcttagatcattccagcattggctcagcagcgtaatgcttccttaagaatggaggccaagccaacggcccgtggagtcacgggcaagcaacaaactgagaggtagttagcatgctccaatggagttaatgggggccgc
gi|21 : AGGGG--CGGA-TCC--AAGA----G-GT--TTCG----AAA----G-----G----GGGG--G------GA------------TG-A---C-A---AT-----A------GT--C--A--T--C---AT----------------------------------------T--A--C----T----------------------------A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---GT------T---A-T--GGG-CCG---------------------------------------------------T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-T---A-AG-GCA--AAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AAAA---AG---CAT-GG-CTT------AA-------------------------T--T----T----TTTT--TT--TTC-G-----T--TTGC----GAT-------------A---GTT----T--GTG-AGGATTTGTtcgaccc
gi|22 : G-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--A--C----AAGG-C----C---------T----T-C-A-A-A-----GG---------TA-G-GG------T------T---A-T--GGG-CT--------T--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---CCAGCTT------GG-GTCA---GC-----TTG---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-A-----ACGA---AGC-CTTG-GT-TTT-----------------------------T---T--TTTGGT----TTTT--TT--TTT-GTTTTTT--TT-T----G-TT--T-T-------A---GTT----T--TTG-AGAACTTGTC-Ga
gi|23 : A----T-TT--TATG----AAA----A-----G----GGAG--GCGGTTAGG-------GTG--TG-A---A-C---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT----------------------------------------T--A--C-----------------------------------G-A-----GA---------CA-A-GG-G---GG------T---AAT--GGG-CCG-------T--G----G-C------GCC-AACCAAA-GG--CC---C-----C------GA-G-GAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-AC-T-GT-GTT------AA---A------------------------T----T----TTTT--AT--TTA-G-----T--TT-T----GA
gi|24 : --CAGGGG--CAGA-TCC--TGGA----T-TT--TTTG----AA-----------------TGG--G------GG-------G-C--T-------------T-----T------TT--T--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--T----C----CGTACC---------T----T-C-A-G-G-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------T--A----G-T------GCG-AA----A-TG--GT---C-----T------GA-G-CA-A-GT-----T-G---TT-C---agactt
gi|25 : agAAGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA------------------G--G------AG-------G-G--TG-C---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C------------------C----------------------A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GC-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GTC-AA----A-GG---------------------------------------G---TT-C---A-GG-GCA--GAC-T---CCAATGC----A-ATG-G-----AAGA---AGC-CCAA-GC-TT--------A---AAA------A------A-T---G--T----T----TTTG--TT--TTT-tcttaaaatatgttttttttagtttttgaggact
gi|26 : ---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CC-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--A----CTGTGC----C---------T----T-C-A-G-A-----GG-----------------G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------T--G----G-C------GCC-AG-----------C---A-----T------GA-G-CA---GCA----T-G---TT-C---A-GG-GCA--CAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACAA---CGT-CCAA-GC--TT------AA---AAA------ATGGTGGA-T---T--T----T----TTTT--taaa
gi|27 : G--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--T------GG-------G-G---G-A---G-A---AT-----A------TT--T--A--T--C---AT---------------------T--AC-G----------------------------------------------------A-G-A-----GG---------CA-T-GG-G---AT------T---G-T--GGG-CCG-------T--GTT--G-CCGTGTTACC-AA----A-GG--CCCAGC-----T------GG-G-CA---GCT----T-A---TT-C---A-GG-GCA--GAA-T---C-----aatt
gi|28 : acAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-GT--TTTG------A----G-----G----GGAT--G------GG-------G-T--TG-A---C-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T---C-AA-CG----A-A-T--G--C----C----C----G---------T----G-C-A-A-A-----t
gi|28 : -GCA--AAT-T---C-----CC---A-ATG-G-----ACGA---AGC-CT-G-GC--TT------AA---AAA------A------A-T---C--T----TAA--TTTT--TT--CTT-ttcccaatggacgaagcctggcttaaaaaaatcttaattttttctttt
gi|29 : aggggcggatccaggatgttttgaggggatggggttgacaatttttatcattacgaaatcaacgaatgcccgtA-TG--CAGGCG--TGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--A------T-------------TG-A---G-A---AT-----T------T------A--T--C---AG---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-C-----A-A-TA-G--C----C----C----T---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-ACGG-G---GT------T---A-T--GGG-CGG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--TC---tt
gi|3 : --CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----A-TT--TTTG----A---------------------------------------------------G-A---AT-----T-------------------------------------------AA-T--GC-AC-CG----A-AGT--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCA-------C------------------C-AA----A-GG--TT---C-----T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAA-TC-TT-------------AA------A------A-T---T--A----C----ATTT--TT--CAT-G-----T--TT-T------TCAAA-A-------A---GTT----T--TTG-AGG--CTGT--AC---AT-AACC---A-G----TCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTT---GGGA-G---GG------G-----------TGCA-CAAAACTA
gi|30 : atcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacctcgaagtaatagtaggaatacacgatttgagggttttggtgattcggttccgcctaagcacacaacgcaatatagaatatagatctgttttaaaagaacgacctataatattatgcattgtatttttgtaaatttatcaataaaattcagacagactgttcagatctcaaaattatcttctttttttgcatgtgtttcatgtttacccagtgacgtatcgtatagctatacggcaCAACTT--CAGTGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AA----------------GGAG--G------GA-------G-G--TG-A---G-A---CT-----T------TT--T--A--T--C---AT---G--A------CG-A-GG-G--GC-AC-TGCAGAA-A-T--A--C----C--------------------------------------GA---------CA-G-GA-A---AT------A---A-T--GGG-ACT-------C--G----G-C------G
gi|31 : CCACTTCC----GG---CCCCCAA-CGTGTCCAGG-A----CTGGCC-C
gi|32 : gtcgcagcctgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaa-A----CCA-G-GA-A--TTT--CCATT------------------------------G-A---GG------G-----------T-CA-CAAGACTAAGGCAA--GGGGTCTGTGGCCACTTTA----GG---GCCCCAGCTAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-
gi|34 : ----CCA-G-GA-A--TTT--CCATT------------------------------G-A---GG------G-----------T-CA-CAAGACTAAGG--A--AGGGTCTGTGGCCACTTTA----GG----CCCCAG-TAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTA-GG--GTCCA-gag
gi|36 : TAGCATTTTCATTGGGTCTGGGGGTCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAAGACgag
gi|38 : AGGGG--CGGA-TTC--AGGA----T-GT--TTTG-----AA----G-----G----GGAT--G------GG-------G-T--TG-A---
gi|39 : ctT--CAGTAG--CGGA-TCC--AATA----T-TT--TTCG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-ca
gi|4 : gta--CGGA-TCC--AAGA----T-CA--TTTG----A--------------------G--G------GG-------G-G---------------AT-----T------TT--C--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T--GA-AC-CA----A-A-T--G--T----C----CGTGCC---------T----T-C-A-G-ACGCAAGG---------CC-A-GG-G---GT------T---A-T--GCG-CCG-------T--A----G-T------GCC-AA----A-GA--CT---A-----T------GG-G-CT-G-GG-----T-G---TT-C---A-TG-GCA--GAT-T---G-----C----A-ATG-G-----ACAT---AG--CCAT-GA-CTT------AA---AAAAT----A------A-TGGAT--G----T----TTTTAGTT--TTT-G-----
gi|5 : cactatatgttatcaggattattattttgctaaaaaatagcgtttggtgcaccactacggatcatactgtacgactactttaggcgctcaaacgaatgccacccgtagaatattgatttcactagacctatgcgtatgtacaacacattaaaagggaaatgaatatgagttgggttatccccccaacccattcatatcaaacacatatttagcagttc----A-A-T--G--C----G----C----C---------C----T-T-G-T-A-----GG---------CA-A-GA-GTTGATGTCTTAT---AGT--GAG-CCAA------C--A----G-T------GCA-AA----G-GA--AT---C-----T------GATG-CA-T-GC-----G-G---AT-C---T-GG-GCACCAAT-C---CA----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAA-TC-GTG------AG---ATA------A------------T--T----A----CATC--TT--TAT-G-----TAGTT-T-----ATT--ACA-------A---ATTATAGT--TTG-AGCGCTCAT-------------------A----CCA-GGTATA--TTTATCCATTATGGGTGGTGAAGATTGGTTCGTG---GGGA-G---GGTGTGAGG-----------TGCA-CAACA--AACAC----AACATCCGAGAC-----------GG---------G-TGG-TCCAGT-ATAATCTAGTCGCTATTAGAGTGGCCTT-AGC-----CCCCGGAAAATTATGATAACTGTTA-TCAGCATCTTATTCTATTGAGGTCTAGTGGTCGCTTTGA-TTTCC-AGCGTGTCTA-GACTGGCTCTG--TAGGGGCCAGGagcact
gi|6 : --CAAGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTGA----AAA----T-----A----GGGG--A------GG-------G-A--TG-A---A-A---AT-----TAATGCATG--C--A--C--CGA-AT---A--TT-----CC-A-AA-T--GCCGC-CGGG--A-A-TTCG--T----G----C----C---------T----T-C-A-A-G-----AC---------CA-A-TA-G----T------T-----T--GGG-C-G-------T--G----G-C------GCA-AA----A-GGGGCT---C-----T------GA-G-CA-G-AG-----T-G---TT-C---A-GG--CA--GAT-----C-----C----ACATG-G-----AAGA---GGC-CTGA-AT-TTT------TA---TTT------A------T-T---T--T----T----TTTTCCTTCATTT-A-----T--TT-C----CATT--T-ATTTATTTATTTATT----T--TTA-A--ACTTGTC-GC---AGTGCCGT--A-ATC--CCA-G-GA-AGTTTT--CAATT-AGGG----------------GTATGTAGTG-G---GG------G-----------TGCAACAA--CTAAGGCTG--GA--TCC-----CGCTTTAAATAGA---CCCCTAG-TACGTCCAGGAA----CTGGCA-CTGGTACGG--G
gi|7 : acaCAA-TCAGCAGGGA--CGGA-TCC--AAGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----AGGG--G------GG-------G-G---------------GT-----T------GT--T--G--T-------T---G--T------TG-AGAA-T--------------A-A-T--G--TTA--T----C----A---------T----TACGA-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---GT------T---A-T--GGG-CTG-------T--G----T-C------GCC-AA----A-GA--CC---C-----T------GA-A-TA----------------------------GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AC-ATTTAGC-TCTG-GC-TT---------------------A------A-T---T--T----T-------------------------------------------------------GTT----T--TTG-AGGACTTGTT-GC---AGTGCCGT--A-A----CTA-
gi|8 : ttgttttgaacgtaatattacgctttatgtcagcgttgataaagtgttgtctgtcacaatacagaatgaaagaagtttatcaaattatcttagttttgttttcaatctacatacatgtaacaaatctctat--CAGGGA--CGGA-TTT--TGAA----T-TT--TTTT----AAA----G-----G----GG----G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--TAAC---GT------T------TG-A-AACT--GC-ACTCG----A-ATT--G--T----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CATA-GGCA---AT------T---A-G--TGG-CCG-------C--G----G-C------GCA-AA----ACGC--CC---C-----T------GA-G-CA---GCG----T-G---TT-C---A-AGTGCA---ATAT---C-----C------ATGTG-----ACGA---ATC-GCAA-GC-TT------------AAA------A------A-T---G--T----T----GTTT--TT--GTT-T-----T--TT-T----AATG--A-G-------A---GTT----T--TGG-A-GACTTGTC-GC---AG-GACGCGTATA----CAA-G-TA-----TT--TCATT---GG----------------GAG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-C-AGACTAAG
gi|9 : GGGG--CGGGGTCC--AGGA----T-TT--TTTTCCTTAAA----G-----GCCCCGGTG--G------GGTTAAACCG-G--TGGA---G-A---AT-----C------TT--TTGACTT--C---AT---GATT------CTTA-AA-TTTGC-GA-CG----A-A-T--GGACTGTGC----A----C---------T----T-C-A---A-----G-------------A-GG-GC--AT------TT--A-T--GGG-CCG-------G--G----A-A------GCC-A--------G--CT---A-----TA-----GA-G-CT-TTGC-----C-AAATTT-C---A-GG-GCA---AT-TTTAC-----A----A-ATG-G-----ACAACC-GGT-CAAAAGC-TTA------AA---AAATGGAGGA------A-T---T--T----T----CTTT--TT--TTA-A-----T--TT-T----Gtcgcataggtt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GTCCTGAGGGCCGTGGCAGCCCCGAAAGACAACTCAGAAAGGTTTTTCAAGTGCAAAAGCATTGTCTCATTGTGTCGTGCGATCGCTTTTTTATTAGCGC
Unaligned ( gi|35 ): ACAGGAATTAAAAACAACAGACTAAGCTATGTTAGTTAGTTTACACATGCAGAGGATGTAT
Unaligned ( gi|37 ): GGACAATCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA
Alignments
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 111111111111111111111111 44444444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 1 3333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222 1111111111 33333 33 1 111 1 2222 1 1 11 1 1 22222 22222 1 1
lowQualScore : 8 44 22 1 22 6666 1 22 3333 888888888888888 0 22 444444 4444444 1 222 9999999 222 55555 444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 1 4 33333 555555555 1 1 1 4444 8888888888 4 33 1 777777777777777777777777 1 5555 1 222 222 55555555555555555555555555555 1 444 1 222 1 1 22 1 222 55555 9999 1 1 44444 555 1 222 66 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 00 777 2 0000000000 4 4 7777 66 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 0 2 1 0000 3 88 0 8888888888 2 4 666 4 9999 5 1 0 77 8 33333 6 88 1 3 444 2 8888 3 3 44 3 2 6 77777 1 44444 22 666666 22 7 5 5
lowQualScore : . .. .. . .. .... . .. .... ............... . .. ...... ....... . ... ....... ... ..... ...... ............................................................................................. . . . . ..... ......... . . . .... .......... . .. . ........................ . .... . ... ... ............................. . ... . ... . . .. . ... ..... .... . . ..... ... . ... .. ............................................................................................................ . .. ... . .......... . . .... .. ........................................................ . . . . . .... . .. . .......... . . ... . .... . . . .. . ..... . .. . . ... . .... . . .. . . . ..... . ..... .. ...... .. . . .
lowQualScore : 0 66 66 9 66 1111 7 44 5555 777777777777777 6 11 333333 8888888 5 555 0000000 777 44444 444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 4 1 44444 777777777 4 4 4 2222 9999999999 3 44 4 000000000000000000000000 5 2222 5 999 666 99999999999999999999999999999 5 222 5 777 6 5 11 5 777 44444 4444 6 6 00000 000 7 999 00 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 00 000 0 5555555555 0 4 0000 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 1 0 4 7777 0 11 2 3333333333 7 4 888 4 4444 0 7 7 99 0 33333 7 77 0 3 000 0 3333 3 3 33 3 0 7 77777 0 00000 00 000000 00 3 0 0
consensus : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-CA-C-GC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------A-T---T--T----T----TTTT--TT--TTT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCG---A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-CAAGACTAAGGCCG--GGGGTCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTG-GAGANTT-TTA-ANAGCATCTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-NTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCTG--TGGGGTCCAGGGNCAAAGCCCCGCGANGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
Reference ( family-2457 ) : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-CA-C-GC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------A-T---T--T----T----TTTT--TT--TTT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCG---A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-CAAGACTAAGGCCG--GGGGTCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTG-GAGANTT-TTA-ANAGCATCTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-NTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCTG--TGGGGTCCAGGGNCAAAGCCCCGCGANGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
gi|1 : CAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TTCTTTTA----AAT----G-----G----GGGA--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-AG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-T-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CTG-------C--G----A-C------GCT-AA----A-GG--TC---C-----T------GA-A-CA-C-GC-----T-G---CT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------AGT---T--T----T----TTTC--CT--TCT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCGA--A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGTG----------------GTG---GAGGTGATTGG------G-----------TGCA-CATGACTAA--CCG--AAAGTCT---GCTGCTTTA----GG---CCCTTAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGTC-CTAGCAGGG--GGCGA-AGC-----CC---GGACATTGAGAGATTT-TAA-AAAGCATTTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-ATTCCAAGCGTGTTCAGGACTGGCCCTGGTTGGGGTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACTGAGAGTTCTAGATAGCA-TTTCATTAGATCC-AGAGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGT-CAGGAC
gi|1 : taGGTCGCTTTG----AA---TTCCAAG-CGTGTTCAGG-A----CTGGCC-CTGGTTGGG--GTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACT--GAGAGTT-CTAGATAGCAT-TT----CATTAGA-TCCAG-AGCCGCTTTTAGCTCCC-ATCGGGT-CAGGACTGGTCCT-----GGGTCCAGGGGCAAAACCCC----TGGGAAACTGAAGGTTTAGCATTTTCATTGGGTtggtcctgggtccaggggcaaaacccctgggaaactgaaggtttagcattttcattgggtgtacg
gi|10 : tacaattcaggggcggatccaggatttcttttaaatgggggagggggtgagaatttttatcatatcgaaatgcacagaatgcccctttagaggcaagggattatgggctgcgacgctaaaggtcctgaacacgctgctcagggcagattccaatggacgaagcccaagctttaaaaaaagtttttttccttctgttttgattaaagtttttgaggacttgtcgcaggccgaaaccagtaatttccatttgtggtggaggtgattgggtgcacatgactaaccgaaagtctgctgctttaggcccttagtgggtccaggactggtcctagcagggggcgaagcccggacattgagagattttaaaaagcattttcattgaatctagA-TT--TAGCGGAACGGA-TCC--AAGA----T-CA--TTTG----AAA----G-----G----GAGG--gtacg
gi|11 : aattattgttttgctgacaaacagtgtttgggtcacctttaccgatcatacaactactttaggcgcaaccgcagaagattaatatcactagaccagtgtgcatgtacaacacattaacagggaaaagcaaatgagttgggttacctccctacaaaaaaacacatttgtgaattgttgtcaaacgcatAGGGG--CGGA-TCA--AGGA----TGTT--TTTG----AAA----ACAAAAG----AGGG--G------GG-------G-G--AA-A---GTA---ATA----T------TT--T--A--T--C---GTT--A--T-------G-A-AA----GC-CA-CG----ATA-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-----AT------T---A-T--GGT-CCG-------C--G------C-------TC-AA----A-GG--TC---C-----T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GTA--TAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC--TT------AA---AAA------A----------------------------T--TT--TCT-G--------CT-T----AATT--G-A-------AAC-GTC----TTATTGAAGGACTTGTa
gi|12 : -G-A-----GG----------A-A-GC-G----T------T---A-T--GG------------C--G----GTC------GCC-AA----A-AT--CC---T-----T------------A-C-GTG----T-G---TT-C---A-GA-GCA--GAT-G---C----------A-GTA-C------CGA---AGC-CCCT-G--TTT------AA-------------------------T--G----T----TTGT--CT--TTA-G-----C--TT-T----G------------------------------TG-AGGACTTTTT-GC---AATGCCG---A-A----CCA---TA-A--ATT--ACATT--------------------------------G---GG------G-----------TGCA----GAC---AGCAA--GGGG-CCGTAACCGCTTTA----G------CCTAA-TGGGT--AGG-A----CTACTT-CT-GTGGGG--GT
gi|13 : tcaagg------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTTAATTGAAA---AAA------A------A-------------------------------------------------AAGT--A-A-------A-------------TTG-AGGACTTGTT-GC---AG-
gi|14 : --G------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTT------AATTGAAA------A------A-
gi|15 : ------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTTAATTGAAA---AAA------A------A-------------------------------------------------AAGT--A-A-------A-------------TTG-AGGACTTGTT-GC---AG-aaaaagtaaattgaggacttgttgca
gi|16 : GG--G------GA-------G-G--TG-TT--G-A---AT-----T------TT--T--A-----------------------------GA-T--GC-AC-TG----A-A-TA-G--T----C----C----CAAGTGCTAGT----T-C-AAG-A-----GG---------CA-C-AG-A---ATG-----T---AAT--GAG-GCGGG-----T--G----G-C------GCA-AA----G-GA--CC---C-----T------GACG-CT-A-GCG----T-G---AT-C---A-GG-GCA--GAT-T---T-----CAT--A-ACG-G-----AGTA---AGCTCCTG-GTATCT------AG---AAA------A------A-T---T--T----T----
gi|17 : GGAG--CTGA-TTCCGAGGAAT--T-CT--TTTT----AAA----G-----A----GGGG--G------GG-------G-G--TGCA---G-ACCGAT-----T------TT--------T--C---AC---A--T------TG-A-AA-T--GCTAC-CG----A-A-C--G--C----C----C----T---------C----T-C-A-G-A-----AG---------CT-A-AA-G---GC------T---A-TC-GGGCCCG-------CCGA----G-C------GTCAAA----A-GG--TC---C-----T------GA-G-CAGC-GT-----T-G---TT-C---A-GG-ACA---AT-T---C-----CAG--A-ATG-GACCGTACGA---AAC-CCAA-GC---T------AA---AAA------A------gtgtgttatttataggtttttttagggcac
gi|18 : gGA----T-TT--TTTG----ATG----G-----G----GG----------------------------------A---AT-----T------GT--T--A--T--T---AC---A--TGCATTACG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----CTGTGC----C---------T----T-C-A-G-G-----GG---------CA-A-GG-----------------A-T--GGG-CCG-------T--G----C-C-------CC-AA----A-GG--CC---C-----TC-----GA------T-G------T-G---TT-C---A-GG-GAA--GAT-T---C-----C----A-ATA-G-----ACGA---AGC-CCTG-GC-TTT------AA---AAA------ACGT---G-T---TGGT----T----TTTT--TT--TTTAG-----T--TT-T----G
gi|19 : --CAGGTT--CAGA-CCC--AA--------TT--TTTG----AAAAATGG-----G----GGGG--G------GG-------G-G--GG-G---G-A---GG-----T------T---------------------A--T------CG-A-----------C-CG----A------------------------------------------------------G---------CA---GC-G---CT------T---A-T----------------T--G----G-T------GCG-AA----A-GG--CC---C-----TTGAACTGA-G-CG-C-G------T-G---TTTC---A-AG-ACA--GAA-C---C-----G----A-ATG-G-----ACGA---ACC-CCTG-GC-TTT--------------------A------A-T---T--T----T----TTTT--T
gi|2 : aT--CAGGGT--CGGA-CCC--AGGAATTTT-TT--TTTT----AAATT--G-----G----GGGGCTG------GA-------G-GACTG-A---G-G---ATAATTAT------TT--T--AC-T--CCATAT---A--T------CG-A-AAAT--GC-AC-CG----A---------C----C----C----C--------------------A-C-----GG---------C-----G-C---AC------A---A-C--AGG-T---------------------------CC-AGTT--A-GG--TC---CA----A------GA-G-C--T-GCG----T-G---TT-CCAGA-GG-GCA--GAT-T---C-----C------ATG-G-----ACGG---AAC-CCAA-GC-TT--------A---AAA------A------A-T---T--G----TGGGATTGT--GG--GTT-A-----T--TT-TAAAAGAGT--G-A-------T---GTT----T--GGA-AGGAATTGTTGGCATGAG-GCCA---A-GTGGCCCGCG-TA-A--TTT--C-----TGGG----------------AAG---GGGA-A---GG------GTTGGGGTTGATTGCA-CAAGACAAAGGCTGAAAGGTTCTATGCGCACTTAA----AGGAACCGTTAG-TG---TCAGG-A----Cggacgagacttgttgcgttg
gi|20 : ----AAA----G-----G----GGGG--G------TT-------G-A--TG-ATTAA-A---AT-----T------TT--A--A--T--C---AT---A--T------CA-A-AC-T--AC-AC-GA----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GGTTATCAATATA-A-GG-A---AT------T---A-TAGAGG-TTGTCTGTGCC--G----G-CG-----GCC-AA----G-GT--CT---C-----TTG----AA-G-CA---GCG----T-GT--TT-C---AGGG-GCA--GAT-T---T-----CTCCAA-ATG-G-----ACGA---ggtctcatcaggttatggattagccggaggatttgcaaattcaatgagtcaaggggttttaaacaaaatcgtgtaacatgcggcgttgggtaccagaggtatcttagatcattccagcattggctcagcagcgtaatgcttccttaagaatggaggccaagccaacggcccgtggagtcacgggcaagcaacaaactgagaggtagttagcatgctccaatggagttaatgggggccgc
gi|21 : AGGGG--CGGA-TCC--AAGA----G-GT--TTCG----AAA----G-----G----GGGG--G------GA------------TG-A---C-A---AT-----A------GT--C--A--T--C---AT----------------------------------------T--A--C----T----------------------------A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---GT------T---A-T--GGG-CCG---------------------------------------------------T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-T---A-AG-GCA--AAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AAAA---AG---CAT-GG-CTT------AA-------------------------T--T----T----TTTT--TT--TTC-G-----T--TTGC----GAT-------------A---GTT----T--GTG-AGGATTTGTtcgaccc
gi|22 : G-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--A--C----AAGG-C----C---------T----T-C-A-A-A-----GG---------TA-G-GG------T------T---A-T--GGG-CT--------T--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---CCAGCTT------GG-GTCA---GC-----TTG---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-A-----ACGA---AGC-CTTG-GT-TTT-----------------------------T---T--TTTGGT----TTTT--TT--TTT-GTTTTTT--TT-T----G-TT--T-T-------A---GTT----T--TTG-AGAACTTGTC-Ga
gi|23 : A----T-TT--TATG----AAA----A-----G----GGAG--GCGGTTAGG-------GTG--TG-A---A-C---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT----------------------------------------T--A--C-----------------------------------G-A-----GA---------CA-A-GG-G---GG------T---AAT--GGG-CCG-------T--G----G-C------GCC-AACCAAA-GG--CC---C-----C------GA-G-GAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-AC-T-GT-GTT------AA---A------------------------T----T----TTTT--AT--TTA-G-----T--TT-T----GA
gi|24 : --CAGGGG--CAGA-TCC--TGGA----T-TT--TTTG----AA-----------------TGG--G------GG-------G-C--T-------------T-----T------TT--T--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--T----C----CGTACC---------T----T-C-A-G-G-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------T--A----G-T------GCG-AA----A-TG--GT---C-----T------GA-G-CA-A-GT-----T-G---TT-C---agactt
gi|25 : agAAGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA------------------G--G------AG-------G-G--TG-C---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C------------------C----------------------A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GC-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GTC-AA----A-GG---------------------------------------G---TT-C---A-GG-GCA--GAC-T---CCAATGC----A-ATG-G-----AAGA---AGC-CCAA-GC-TT--------A---AAA------A------A-T---G--T----T----TTTG--TT--TTT-tcttaaaatatgttttttttagtttttgaggact
gi|26 : ---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CC-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--A----CTGTGC----C---------T----T-C-A-G-A-----GG-----------------G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------T--G----G-C------GCC-AG-----------C---A-----T------GA-G-CA---GCA----T-G---TT-C---A-GG-GCA--CAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACAA---CGT-CCAA-GC--TT------AA---AAA------ATGGTGGA-T---T--T----T----TTTT--taaa
gi|27 : G--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--T------GG-------G-G---G-A---G-A---AT-----A------TT--T--A--T--C---AT---------------------T--AC-G----------------------------------------------------A-G-A-----GG---------CA-T-GG-G---AT------T---G-T--GGG-CCG-------T--GTT--G-CCGTGTTACC-AA----A-GG--CCCAGC-----T------GG-G-CA---GCT----T-A---TT-C---A-GG-GCA--GAA-T---C-----aatt
gi|28 : acAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-GT--TTTG------A----G-----G----GGAT--G------GG-------G-T--TG-A---C-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T---C-AA-CG----A-A-T--G--C----C----C----G---------T----G-C-A-A-A-----t
gi|28 : -GCA--AAT-T---C-----CC---A-ATG-G-----ACGA---AGC-CT-G-GC--TT------AA---AAA------A------A-T---C--T----TAA--TTTT--TT--CTT-ttcccaatggacgaagcctggcttaaaaaaatcttaattttttctttt
gi|29 : aggggcggatccaggatgttttgaggggatggggttgacaatttttatcattacgaaatcaacgaatgcccgtA-TG--CAGGCG--TGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--A------T-------------TG-A---G-A---AT-----T------T------A--T--C---AG---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-C-----A-A-TA-G--C----C----C----T---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-ACGG-G---GT------T---A-T--GGG-CGG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--TC---tt
gi|3 : --CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----A-TT--TTTG----A---------------------------------------------------G-A---AT-----T-------------------------------------------AA-T--GC-AC-CG----A-AGT--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCA-------C------------------C-AA----A-GG--TT---C-----T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAA-TC-TT-------------AA------A------A-T---T--A----C----ATTT--TT--CAT-G-----T--TT-T------TCAAA-A-------A---GTT----T--TTG-AGG--CTGT--AC---AT-AACC---A-G----TCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTT---GGGA-G---GG------G-----------TGCA-CAAAACTA
gi|30 : atcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacctcgaagtaatagtaggaatacacgatttgagggttttggtgattcggttccgcctaagcacacaacgcaatatagaatatagatctgttttaaaagaacgacctataatattatgcattgtatttttgtaaatttatcaataaaattcagacagactgttcagatctcaaaattatcttctttttttgcatgtgtttcatgtttacccagtgacgtatcgtatagctatacggcaCAACTT--CAGTGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AA----------------GGAG--G------GA-------G-G--TG-A---G-A---CT-----T------TT--T--A--T--C---AT---G--A------CG-A-GG-G--GC-AC-TGCAGAA-A-T--A--C----C--------------------------------------GA---------CA-G-GA-A---AT------A---A-T--GGG-ACT-------C--G----G-C------G
gi|31 : CCACTTCC----GG---CCCCCAA-CGTGTCCAGG-A----CTGGCC-C
gi|32 : gtcgcagcctgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaa-A----CCA-G-GA-A--TTT--CCATT------------------------------G-A---GG------G-----------T-CA-CAAGACTAAGGCAA--GGGGTCTGTGGCCACTTTA----GG---GCCCCAGCTAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-
gi|34 : ----CCA-G-GA-A--TTT--CCATT------------------------------G-A---GG------G-----------T-CA-CAAGACTAAGG--A--AGGGTCTGTGGCCACTTTA----GG----CCCCAG-TAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTA-GG--GTCCA-gag
gi|36 : TAGCATTTTCATTGGGTCTGGGGGTCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAAGACgag
gi|38 : AGGGG--CGGA-TTC--AGGA----T-GT--TTTG-----AA----G-----G----GGAT--G------GG-------G-T--TG-A---
gi|39 : ctT--CAGTAG--CGGA-TCC--AATA----T-TT--TTCG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-ca
gi|4 : gta--CGGA-TCC--AAGA----T-CA--TTTG----A--------------------G--G------GG-------G-G---------------AT-----T------TT--C--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T--GA-AC-CA----A-A-T--G--T----C----CGTGCC---------T----T-C-A-G-ACGCAAGG---------CC-A-GG-G---GT------T---A-T--GCG-CCG-------T--A----G-T------GCC-AA----A-GA--CT---A-----T------GG-G-CT-G-GG-----T-G---TT-C---A-TG-GCA--GAT-T---G-----C----A-ATG-G-----ACAT---AG--CCAT-GA-CTT------AA---AAAAT----A------A-TGGAT--G----T----TTTTAGTT--TTT-G-----
gi|5 : cactatatgttatcaggattattattttgctaaaaaatagcgtttggtgcaccactacggatcatactgtacgactactttaggcgctcaaacgaatgccacccgtagaatattgatttcactagacctatgcgtatgtacaacacattaaaagggaaatgaatatgagttgggttatccccccaacccattcatatcaaacacatatttagcagttc----A-A-T--G--C----G----C----C---------C----T-T-G-T-A-----GG---------CA-A-GA-GTTGATGTCTTAT---AGT--GAG-CCAA------C--A----G-T------GCA-AA----G-GA--AT---C-----T------GATG-CA-T-GC-----G-G---AT-C---T-GG-GCACCAAT-C---CA----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAA-TC-GTG------AG---ATA------A------------T--T----A----CATC--TT--TAT-G-----TAGTT-T-----ATT--ACA-------A---ATTATAGT--TTG-AGCGCTCAT-------------------A----CCA-GGTATA--TTTATCCATTATGGGTGGTGAAGATTGGTTCGTG---GGGA-G---GGTGTGAGG-----------TGCA-CAACA--AACAC----AACATCCGAGAC-----------GG---------G-TGG-TCCAGT-ATAATCTAGTCGCTATTAGAGTGGCCTT-AGC-----CCCCGGAAAATTATGATAACTGTTA-TCAGCATCTTATTCTATTGAGGTCTAGTGGTCGCTTTGA-TTTCC-AGCGTGTCTA-GACTGGCTCTG--TAGGGGCCAGGagcact
gi|6 : --CAAGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTGA----AAA----T-----A----GGGG--A------GG-------G-A--TG-A---A-A---AT-----TAATGCATG--C--A--C--CGA-AT---A--TT-----CC-A-AA-T--GCCGC-CGGG--A-A-TTCG--T----G----C----C---------T----T-C-A-A-G-----AC---------CA-A-TA-G----T------T-----T--GGG-C-G-------T--G----G-C------GCA-AA----A-GGGGCT---C-----T------GA-G-CA-G-AG-----T-G---TT-C---A-GG--CA--GAT-----C-----C----ACATG-G-----AAGA---GGC-CTGA-AT-TTT------TA---TTT------A------T-T---T--T----T----TTTTCCTTCATTT-A-----T--TT-C----CATT--T-ATTTATTTATTTATT----T--TTA-A--ACTTGTC-GC---AGTGCCGT--A-ATC--CCA-G-GA-AGTTTT--CAATT-AGGG----------------GTATGTAGTG-G---GG------G-----------TGCAACAA--CTAAGGCTG--GA--TCC-----CGCTTTAAATAGA---CCCCTAG-TACGTCCAGGAA----CTGGCA-CTGGTACGG--G
gi|7 : acaCAA-TCAGCAGGGA--CGGA-TCC--AAGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----AGGG--G------GG-------G-G---------------GT-----T------GT--T--G--T-------T---G--T------TG-AGAA-T--------------A-A-T--G--TTA--T----C----A---------T----TACGA-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---GT------T---A-T--GGG-CTG-------T--G----T-C------GCC-AA----A-GA--CC---C-----T------GA-A-TA----------------------------GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AC-ATTTAGC-TCTG-GC-TT---------------------A------A-T---T--T----T-------------------------------------------------------GTT----T--TTG-AGGACTTGTT-GC---AGTGCCGT--A-A----CTA-
gi|8 : ttgttttgaacgtaatattacgctttatgtcagcgttgataaagtgttgtctgtcacaatacagaatgaaagaagtttatcaaattatcttagttttgttttcaatctacatacatgtaacaaatctctat--CAGGGA--CGGA-TTT--TGAA----T-TT--TTTT----AAA----G-----G----GG----G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--TAAC---GT------T------TG-A-AACT--GC-ACTCG----A-ATT--G--T----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CATA-GGCA---AT------T---A-G--TGG-CCG-------C--G----G-C------GCA-AA----ACGC--CC---C-----T------GA-G-CA---GCG----T-G---TT-C---A-AGTGCA---ATAT---C-----C------ATGTG-----ACGA---ATC-GCAA-GC-TT------------AAA------A------A-T---G--T----T----GTTT--TT--GTT-T-----T--TT-T----AATG--A-G-------A---GTT----T--TGG-A-GACTTGTC-GC---AG-GACGCGTATA----CAA-G-TA-----TT--TCATT---GG----------------GAG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-C-AGACTAAG
gi|9 : GGGG--CGGGGTCC--AGGA----T-TT--TTTTCCTTAAA----G-----GCCCCGGTG--G------GGTTAAACCG-G--TGGA---G-A---AT-----C------TT--TTGACTT--C---AT---GATT------CTTA-AA-TTTGC-GA-CG----A-A-T--GGACTGTGC----A----C---------T----T-C-A---A-----G-------------A-GG-GC--AT------TT--A-T--GGG-CCG-------G--G----A-A------GCC-A--------G--CT---A-----TA-----GA-G-CT-TTGC-----C-AAATTT-C---A-GG-GCA---AT-TTTAC-----A----A-ATG-G-----ACAACC-GGT-CAAAAGC-TTA------AA---AAATGGAGGA------A-T---T--T----T----CTTT--TT--TTA-A-----T--TT-T----Gtcgcataggtt
blockSeqs : C AG AA G CG ATTT G . CCTT ACAAAAG CT CGGTTA TTAAACC T ACT ATTAA CCG AATTA AATGCA TTGACTTCATGATTCTTAAATTTGCGACGAATGGACTGTGCACT A G A T CGCAA TTATCAATA T C C TTGA ATCAGTGGA A AG C TCTGTGCCGGCG A CCAA C GGC CAG AGATGAGAGGCGGCCA T AAT T CAG G T CC A TTA CAATG TCCA C T ACCGT TTT T AAA AT TTATTTATTTTTTTTTCCTTCATTTATTTCCATTTATTTATTTATTTATTT A TG ATG T AGTGGC C G AGT AT ATGGGTGGTGAAGATTGGTTCGTGGGGAGGGTGTGAGG G A A A TGAA G GT AATAGAC A C TGT A TAAT G G TG G CAAAG C AT G G GAT C ATTC G T GC . C G GTA G T GG CTGAAG TT T G C
blockSeqs : . . . . . AT . . . AATGGG . . . . A AGT . A . GGTGAGTCATGTTATCAAACTAAGCACAAGCTTCGGGAA . . . T . . . . . CA ATCAGTGGA A C . TGTTGCCGTGTT . TT . T . AGATGAGAGGCGGCCA . T . . . . . . . A AT . . . CC . AA T AAAAAATTGTGGGATTGTGGGTTATTTTAAAAGAGTGATGTTT . T . T CGTATA . . TA . TGGGAAGGGGAAGGGTTGGGGTTGAT G . T G AA G AT AGGAAC T . GGT . . . G . . . C . A . TC . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . GGCCCC . . . . T AGT . . . GGTGAGTCATGTTATCAAACTAAGCACAAGCTTCGGGAA . . . T . . . . . A ATCAGTGGA G . . CGAGCGGC . . . C . AGATGAGAGGCGGCCA . . . . . . . . . . AG . . . . . CT C GAGATAATTACATCTTTATGTAGTTTATTACAAATTATAGT . T . T TAATC . . A . AGGGGTATGTAGTGGGGG G . T G AA G GT AAT T . TGT . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TTGG . . . . T AGT . . . GGTGAGTCATGTTATCAAACTAAGCACAAGCTTCGGGAA . . . . . . . . . A GTCTTAT . . . CGAGCGGC . . . T . TTGAACTGAGCGCG . . . . . . . . . . C . . . . . AA C TTTTTTGGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTGTTTTAGTTT . T . . TAA . . A . TGGGGTTGGGAGGGG G . T G TG G GT GGC C . CGT . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . GG . . . . T AGT . . . TATTACATGCATTACGAAATGCACCGAATGCCTGTGCCT . . . . . . . . . A GT . . . CGAGCGGC . . . T . CAGCTTGGGTCAGC . . . . . . . . . . . . . . . . AA C AAAAATGTTGTTTTTGTTTTTTTAATGAGAGTTT . C . . AA . . A . GGGAGGGGGGGGG G . T C A C GA GGG C . GG . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . GA . . . . T TTG . . . CACCGAATATTCCAAATGCCGCCGGGAATTCGTGCCT . . . . . . . . . A TT . . . GGTGGC . . . T . TGACGCTAGCG . . . . . . . . . . . . . . . . AA T AAAATTACATTTTTCATGTTTTTCAAAAAGTTT . C . . AG . . A . GAGGG G . T G . . . GG C . GG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GG . . . . T CAG . . . TATCATTACGAAATGCACCGAATGTCCGTACCT . . . . . . . . . A T . . . CCGAGC . . . C . TTGAAGCAGCG . . . . . . . . . . . . . . . . TG T TAAAAAATTTTCTGCTTAATTGAAACGTCTTA . T . . A . . A . GAGGG . . . G GG T . GT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GG . . . . G GAG . . . TATCATATCCAAATGCACCGAATGACTGTGCCT . . . . . . . . . G T . . . CGGTC . . . T . TAGAGCTTTGC . . . . . . . . . . . . . . . . AA T TAATTTTTTTTTTTCGTTTGCGATAGTTT . C . . . . . . GGGG . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GG . . . . T GG . . . CATCATTACGAAATGAACCAAATGTCCGTGCCT . . . . . . . . . C T . . . ACAGT . . . C . TGAGCAGCGT . . . . . . . . . . . . . . . . TG C TAATGTTTGTCTTTAGCTTTG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AG . . . . T AG . . . TATAACGTTTGAAACTGCACTCGAATTGTCCCT . . . . . . . . . A T . . . TGCC . . . C . AAGAGCTGCG . . . . . . . . . . . . . . . . TG T TAATTGAAAAAAAAAAGTAAA . .
blockSeqs : . . . . . . . . GG . . . . T AC . . . TAGATGCACTGAATAGTCCCAAGTGCTAGT . . . . . . . . . A A . . . TGGT . . . T . TGATGCATGC . . . . . . . . . . . . . . . . AA G TAATTGAAAAAAAAAAGTAAA .
blockSeqs : . . . . . . . GG . . . . T AA . . . TACTCCATATATCGAAAATGCACCGACCCC . . . . . . . . . G T . . . TGGC . . . C . TGAGCAGCG . . . . . . . . . . . . . . . . AT T AATTTTGTTT .
blockSeqs : . . . . . . . GG . . . . T CG . . . TATCATGACGAGGGGCACTGCAGAAATACC . . . . . . . . . G T . . . TGGC . . . C . TGAGCAGCG . . . . . . . . . . . . . . . . TG T
blockSeqs : . . . . . . . GG . . . . T AG . . . TATCGTTATGAAAGCCACGATATGCCCCT . . . . . . . . . A T . . . TAGT . . . C . CGAGGAGCG . . . . . . . . . . . . . . . . AA C
blockSeqs : . . . . . . . GG . . . . T AC . . . AATCATATCAAACTACACGAAATGCCCCT . . . . . . . . . A T . . . CGGC . . . G . TGAGCAAGT . . . . . . . . . . . . . . . . AA G
blockSeqs : . . . . . . . TA . . . . T AG . . . TCACATTGAAATGCTACCGAACGCCCTC . . . . . . . . . A T . . . TGGC . . . C . TGAGCAGCA . . . . . . . . . . . . . . . . AA T
blockSeqs : . . . . . . . GG . . . . T AG . . . TATCATTACGAAATCAACGAATGCCCGT . . . . . . . . . A T . . . CGGC . . . T . TGGGCAGCT . . . . . . . . . . . . . . . . AT T
blockSeqs : . . . . . . . GG . . . . T AA . . . ATCAGATCGAAATGCACCAATAGCCCTT . . . . . . . . . G T . . . CGGC . . . T . TGAGCAGCG . . . . . . . . . . . . . . . . AA T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T AG . . . TGTTGTTGAGAATAATGTTATCAT . . . . . . . . . A T . . . TAGT . . . C . TGGGCTGGG . . . . . . . . . . . . . . . . GA T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T G . . . AATGCACCGAAGTGCCCCT . . . . . . . . . A T . . . TGGC . . . A . TGAGCAGAG . . . . . . . . . . . . . . . . TG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TATCCAATGCCCCT . . . . . . . . . G T . . . TGTC . . . C . TGAGCAGCG . . . . . . . . . . . . . . . . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CATCATTACT . . . . . . . . . G A . . . CGGC . . . C . TACGTG . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATCATTACG . . . . . . . . . A T . . . GGAA . . . C . TCGATG . . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . ATCGACCGA . . . . . . . . . . T . . . CGC . . . . . TGAATA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TATCATTAC . . . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** TAA******* GT
originalCons : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-CA-C-GC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------A-T---T--T----T----TTTT--TT--TTT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCG---A-A----CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-CAAGACTAAGGCCG--GGGGTCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTG-GAGANTT-TTA-ANAGCATCTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-NTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCTG--TGGGGTCCAGGGNCAAAGCCCCGCGANGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
finalCons : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-CA-C-GC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------A-T---T--T----T----TTTT--TT--TTT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-GCCGTAA-------CCA-G-TA-A--TTT--CCATT-TGGG----------------GTG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-CAAGACTAAGGCCG--GGGGTCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTG-GAGANTT-TTA-ANAGCATCTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-NTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCTG--TGGGGTCCAGGGNCAAAGCCCCGCGANGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GTCCTGAGGGCCGTGGCAGCCCCGAAAGACAACTCAGAAAGGTTTTTCAAGTGCAAAAGCATTGTCTCATTGTGTCGTGCGATCGCTTTTTTATTAGCGC
Unaligned ( gi|35 ): ACAGGAATTAAAAACAACAGACTAAGCTATGTTAGTTAGTTTACACATGCAGAGGATGTAT
Unaligned ( gi|37 ): GGACAATCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA
Alignments
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 111111111111111111111111 44444444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222 1111111111 33333 33 1 111 1 2222 1 1 11 1 1 22222 22222 1 1
lowQualScore : 8 44 22 1 22 6666 1 22 3333 888888888888888 0 22 444444 4444444 1 222 9999999 222 55555 444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 1 4 33333 555555555 1 1 1 4444 8888888888 4 33 1 777777777777777777777777 1 5555 1 222 222 55555555555555555555555555555 1 444 1 222 1 1 22 1 222 55555 9999 1 1 44444 555 1 222 66 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 55 777 44444 66 0 111111111111 66 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 0 2 1 0000 3 88 0 8888888888 2 4 666 4 9999 5 1 0 77 8 33333 6 88 1 3 444 2 8888 3 3 44 3 2 6 77777 1 44444 22 666666 22 7 5 5
lowQualScore : . .. .. . .. .... . .. .... ............... . .. ...... ....... . ... ....... ... ..... ...... ............................................................................................. . . . . ..... ......... . . . .... .......... . .. . ........................ . .... . ... ... ............................. . ... . ... . . .. . ... ..... .... . . ..... ... . ... .. ............................................................................................................ . .. ... ..... .. . ............ .. . ........................................................ . . . . . .... . .. . .......... . . ... . .... . . . .. . ..... . .. . . ... . .... . . .. . . . ..... . ..... .. ...... .. . . .
lowQualScore : 0 66 66 9 66 1111 7 44 5555 777777777777777 6 11 333333 8888888 5 555 0000000 777 44444 444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 4 1 44444 777777777 4 4 4 2222 9999999999 3 44 4 000000000000000000000000 5 2222 5 999 666 99999999999999999999999999999 5 222 5 777 6 5 11 5 777 44444 4444 6 6 00000 000 7 999 00 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 55 000 55555 99 4 222222222222 11 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 1 0 4 7777 0 11 2 3333333333 7 4 888 4 4444 0 7 7 99 0 33333 7 77 0 3 000 0 3333 3 3 33 3 0 7 77777 0 00000 00 000000 00 3 0 0
consensus : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-CA-C-GC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------A-T---T--T----T----TTTT--TT--TTT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-G-C-C--GTA-A--C----C--AGTAA--TT-TCCATT-TGGG----------------GTG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-CAAGACTAAGGCCG--GGGGTCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTG-GAGANTT-TTA-ANAGCATCTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-NTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCTG--TGGGGTCCAGGGNCAAAGCCCCGCGANGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
Reference ( family-2457 ) : NNCAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---C-----T------GA-G-CA-C-GC-----T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------A-T---T--T----T----TTTT--TT--TTT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-G-C-C--GTA-A--C----C--AGTAA--TT-TCCATT-TGGG----------------GTG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-CAAGACTAAGGCCG--GGGGTCCGTGGCCGCTTTA----GG---CCCCCAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-AGC-----CCCCGGGAAATTG-GAGANTT-TTA-ANAGCATCTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-NTTCC-AGCGTGTCCAGGACTGGCCCTG--TGGGGTCCAGGGNCAAAGCCCCGCGANGNNGAGNNNNNNGNNTAGCATTTTCATTGGGTCCGGGGGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAGGAC
gi|1 : CAA-TT--CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TTCTTTTA----AAT----G-----G----GGGA--G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-AG----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-T-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CTG-------C--G----A-C------GCT-AA----A-GG--TC---C-----T------GA-A-CA-C-GC-----T-G---CT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC-TTT------AA---AAA------A------AGT---T--T----T----TTTC--CT--TCT-G-----T--TT-T----GATT--A-A-------A---GTT----T--TTG-AGGACTTGTC-GC---AG-G-C-C--GAA-A--C----C--AGTAA--TT-TCCATT-TGTG----------------GTG---GAGGTGATTGG------G-----------TGCA-CATGACTAA--CCG--AAAGTCT---GCTGCTTTA----GG---CCCTTAG-TGGGTCCAGG-A----CTGGTC-CTAGCAGGG--GGCGA-AGC-----CC---GGACATTGAGAGATTT-TAA-AAAGCATTTT----CATTGAA-TCTAG-GGTCGCTTTGA-ATTCCAAGCGTGTTCAGGACTGGCCCTGGTTGGGGTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACTGAGAGTTCTAGATAGCA-TTTCATTAGATCC-AGAGCCGCTTTTAGCTCCCATCGGGT-CAGGAC
gi|1 : taGGTCGCTTTG----AA---TTCCAAG-CGTGTTCAGG-A----CTGGCC-CTGGTTGGG--GTCCAGGGCCAAAGCCCCGCGAAACT--GAGAGTT-CTAGATAGCAT-TT----CATTAGA-TCCAG-AGCCGCTTTTAGCTCCC-ATCGGGT-CAGGACTGGTCCT-----GGGTCCAGGGGCAAAACCCC----TGGGAAACTGAAGGTTTAGCATTTTCATTGGGTtggtcctgggtccaggggcaaaacccctgggaaactgaaggtttagcattttcattgggtgtacg
gi|10 : tacaattcaggggcggatccaggatttcttttaaatgggggagggggtgagaatttttatcatatcgaaatgcacagaatgcccctttagaggcaagggattatgggctgcgacgctaaaggtcctgaacacgctgctcagggcagattccaatggacgaagcccaagctttaaaaaaagtttttttccttctgttttgattaaagtttttgaggacttgtcgcaggccgaaaccagtaatttccatttgtggtggaggtgattgggtgcacatgactaaccgaaagtctgctgctttaggcccttagtgggtccaggactggtcctagcagggggcgaagcccggacattgagagattttaaaaagcattttcattgaatctagA-TT--TAGCGGAACGGA-TCC--AAGA----T-CA--TTTG----AAA----G-----G----GAGG--gtacg
gi|11 : aattattgttttgctgacaaacagtgtttgggtcacctttaccgatcatacaactactttaggcgcaaccgcagaagattaatatcactagaccagtgtgcatgtacaacacattaacagggaaaagcaaatgagttgggttacctccctacaaaaaaacacatttgtgaattgttgtcaaacgcatAGGGG--CGGA-TCA--AGGA----TGTT--TTTG----AAA----ACAAAAG----AGGG--G------GG-------G-G--AA-A---GTA---ATA----T------TT--T--A--T--C---GTT--A--T-------G-A-AA----GC-CA-CG----ATA-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-----AT------T---A-T--GGT-CCG-------C--G------C-------TC-AA----A-GG--TC---C-----T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GTA--TAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-CCAA-GC--TT------AA---AAA------A----------------------------T--TT--TCT-G--------CT-T----AATT--G-A-------AAC-GTC----TTATTGAAGGACTTGTa
gi|12 : -G-A-----GG----------A-A-GC-G----T------T---A-T--GG------------C--G----GTC------GCC-AA----A-AT--CC---T-----T------------A-C-GTG----T-G---TT-C---A-GA-GCA--GAT-G---C----------A-GTA-C------CGA---AGC-CCCT-G--TTT------AA-------------------------T--G----T----TTGT--CT--TTA-G-----C--TT-T----G------------------------------TG-AGGACTTTTT-GC---AATG-C-C--G-A-A--C----C--A-TAA--AT-TACATT--------------------------------G---GG------G-----------TGCA----GAC---AGCAA--GGGG-CCGTAACCGCTTTA----G------CCTAA-TGGGT--AGG-A----CTACTT-CT-GTGGGG--GT
gi|13 : tcaagg------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTTAATTGAAA---AAA------A------A-------------------------------------------------AAGT--A-A-------A-------------TTG-AGGACTTGTT-GC---AG-
gi|14 : --G------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTT------AATTGAAA------A------A-
gi|15 : ------GG-------A-G--TG-A---GTA---AT-----T------TTGGT--GAGT--C---ATGTTA--T------CA-A-AC-TAAGC-AC-------A-A----G--C----T----T----C---------GGGAAT-C-A-GTA-----GG---------CA-A-AG-G---ACATCAG-TGGAA-T--GGG-CCG-------C--GAGCGG-C------ACC-AA----G-AG--TC---CAGA--T------GA-G--A-G-GCGGCCAT-G---TT-C---A-GG-G-A--G-T-T---C-----C----A-ATG-------ACGA---AGC-CCAA-GG-CTTAATTGAAA---AAA------A------A-------------------------------------------------AAGT--A-A-------A-------------TTG-AGGACTTGTT-GC---AG-aaaaagtaaattgaggacttgttgca
gi|16 : GG--G------GA-------G-G--TG-TT--G-A---AT-----T------TT--T--A-----------------------------GA-T--GC-AC-TG----A-A-TA-G--T----C----C----CAAGTGCTAGT----T-C-AAG-A-----GG---------CA-C-AG-A---ATG-----T---AAT--GAG-GCGGG-----T--G----G-C------GCA-AA----G-GA--CC---C-----T------GACG-CT-A-GCG----T-G---AT-C---A-GG-GCA--GAT-T---T-----CAT--A-ACG-G-----AGTA---AGCTCCTG-GTATCT------AG---AAA------A------A-T---T--T----T----
gi|17 : GGAG--CTGA-TTCCGAGGAAT--T-CT--TTTT----AAA----G-----A----GGGG--G------GG-------G-G--TGCA---G-ACCGAT-----T------TT--------T--C---AC---A--T------TG-A-AA-T--GCTAC-CG----A-A-C--G--C----C----C----T---------C----T-C-A-G-A-----AG---------CT-A-AA-G---GC------T---A-TC-GGGCCCG-------CCGA----G-C------GTCAAA----A-GG--TC---C-----T------GA-G-CAGC-GT-----T-G---TT-C---A-GG-ACA---AT-T---C-----CAG--A-ATG-GACCGTACGA---AAC-CCAA-GC---T------AA---AAA------A------gtgtgttatttataggtttttttagggcac
gi|18 : gGA----T-TT--TTTG----ATG----G-----G----GG----------------------------------A---AT-----T------GT--T--A--T--T---AC---A--TGCATTACG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--C----CTGTGC----C---------T----T-C-A-G-G-----GG---------CA-A-GG-----------------A-T--GGG-CCG-------T--G----C-C-------CC-AA----A-GG--CC---C-----TC-----GA------T-G------T-G---TT-C---A-GG-GAA--GAT-T---C-----C----A-ATA-G-----ACGA---AGC-CCTG-GC-TTT------AA---AAA------ACGT---G-T---TGGT----T----TTTT--TT--TTTAG-----T--TT-T----G
gi|19 : --CAGGTT--CAGA-CCC--AA--------TT--TTTG----AAAAATGG-----G----GGGG--G------GG-------G-G--GG-G---G-A---GG-----T------T---------------------A--T------CG-A-----------C-CG----A------------------------------------------------------G---------CA---GC-G---CT------T---A-T----------------T--G----G-T------GCG-AA----A-GG--CC---C-----TTGAACTGA-G-CG-C-G------T-G---TTTC---A-AG-ACA--GAA-C---C-----G----A-ATG-G-----ACGA---ACC-CCTG-GC-TTT--------------------A------A-T---T--T----T----TTTT--T
gi|2 : aT--CAGGGT--CGGA-CCC--AGGAATTTT-TT--TTTT----AAATT--G-----G----GGGGCTG------GA-------G-GACTG-A---G-G---ATAATTAT------TT--T--AC-T--CCATAT---A--T------CG-A-AAAT--GC-AC-CG----A---------C----C----C----C--------------------A-C-----GG---------C-----G-C---AC------A---A-C--AGG-T---------------------------CC-AGTT--A-GG--TC---CA----A------GA-G-C--T-GCG----T-G---TT-CCAGA-GG-GCA--GAT-T---C-----C------ATG-G-----ACGG---AAC-CCAA-GC-TT--------A---AAA------A------A-T---T--G----TGGGATTGT--GG--GTT-A-----T--TT-TAAAAGAGT--G-A-------T---GTT----T--GGA-AGGAATTGTTGGCATGAG-G-C-CAAGTG-G--C----CCGCGTAA--TT-TC-----TGGG----------------AAG---GGGA-A---GG------GTTGGGGTTGATTGCA-CAAGACAAAGGCTGAAAGGTTCTATGCGCACTTAA----AGGAACCGTTAG-TG---TCAGG-A----Cggacgagacttgttgcgttg
gi|20 : ----AAA----G-----G----GGGG--G------TT-------G-A--TG-ATTAA-A---AT-----T------TT--A--A--T--C---AT---A--T------CA-A-AC-T--AC-AC-GA----A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GGTTATCAATATA-A-GG-A---AT------T---A-TAGAGG-TTGTCTGTGCC--G----G-CG-----GCC-AA----G-GT--CT---C-----TTG----AA-G-CA---GCG----T-GT--TT-C---AGGG-GCA--GAT-T---T-----CTCCAA-ATG-G-----ACGA---ggtctcatcaggttatggattagccggaggatttgcaaattcaatgagtcaaggggttttaaacaaaatcgtgtaacatgcggcgttgggtaccagaggtatcttagatcattccagcattggctcagcagcgtaatgcttccttaagaatggaggccaagccaacggcccgtggagtcacgggcaagcaacaaactgagaggtagttagcatgctccaatggagttaatgggggccgc
gi|21 : AGGGG--CGGA-TCC--AAGA----G-GT--TTCG----AAA----G-----G----GGGG--G------GA------------TG-A---C-A---AT-----A------GT--C--A--T--C---AT----------------------------------------T--A--C----T----------------------------A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---GT------T---A-T--GGG-CCG---------------------------------------------------T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-T---A-AG-GCA--AAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AAAA---AG---CAT-GG-CTT------AA-------------------------T--T----T----TTTT--TT--TTC-G-----T--TTGC----GAT-------------A---GTT----T--GTG-AGGATTTGTtcgaccc
gi|22 : G-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--A--C----AAGG-C----C---------T----T-C-A-A-A-----GG---------TA-G-GG------T------T---A-T--GGG-CT--------T--G----G-C------GCC-AA----A-GG--CC---CCAGCTT------GG-GTCA---GC-----TTG---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-A-----ACGA---AGC-CTTG-GT-TTT-----------------------------T---T--TTTGGT----TTTT--TT--TTT-GTTTTTT--TT-T----G-TT--T-T-------A---GTT----T--TTG-AGAACTTGTC-Ga
gi|23 : A----T-TT--TATG----AAA----A-----G----GGAG--GCGGTTAGG-------GTG--TG-A---A-C---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT----------------------------------------T--A--C-----------------------------------G-A-----GA---------CA-A-GG-G---GG------T---AAT--GGG-CCG-------T--G----G-C------GCC-AACCAAA-GG--CC---C-----C------GA-G-GAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---AGC-AC-T-GT-GTT------AA---A------------------------T----T----TTTT--AT--TTA-G-----T--TT-T----GA
gi|24 : --CAGGGG--CAGA-TCC--TGGA----T-TT--TTTG----AA-----------------TGG--G------GG-------G-C--T-------------T-----T------TT--T--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--T----C----CGTACC---------T----T-C-A-G-G-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------T--A----G-T------GCG-AA----A-TG--GT---C-----T------GA-G-CA-A-GT-----T-G---TT-C---agactt
gi|25 : agAAGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA------------------G--G------AG-------G-G--TG-C---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C------------------C----------------------A-A-T--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GC-G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------C--G----G-C------GTC-AA----A-GG---------------------------------------G---TT-C---A-GG-GCA--GAC-T---CCAATGC----A-ATG-G-----AAGA---AGC-CCAA-GC-TT--------A---AAA------A------A-T---G--T----T----TTTG--TT--TTT-tcttaaaatatgttttttttagtttttgaggact
gi|26 : ---G-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---A--T------CC-A-AA-T--GC-AC-CG----A-A-T--G--A----CTGTGC----C---------T----T-C-A-G-A-----GG-----------------G---AT------T---A-T--GGG-CCG-------T--G----G-C------GCC-AG-----------C---A-----T------GA-G-CA---GCA----T-G---TT-C---A-GG-GCA--CAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACAA---CGT-CCAA-GC--TT------AA---AAA------ATGGTGGA-T---T--T----T----TTTT--taaa
gi|27 : G--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--T------GG-------G-G---G-A---G-A---AT-----A------TT--T--A--T--C---AT---------------------T--AC-G----------------------------------------------------A-G-A-----GG---------CA-T-GG-G---AT------T---G-T--GGG-CCG-------T--GTT--G-CCGTGTTACC-AA----A-GG--CCCAGC-----T------GG-G-CA---GCT----T-A---TT-C---A-GG-GCA--GAA-T---C-----aatt
gi|28 : acAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-GT--TTTG------A----G-----G----GGAT--G------GG-------G-T--TG-A---C-A---AT-----T------TT--T--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T---C-AA-CG----A-A-T--G--C----C----C----G---------T----G-C-A-A-A-----t
gi|28 : -GCA--AAT-T---C-----CC---A-ATG-G-----ACGA---AGC-CT-G-GC--TT------AA---AAA------A------A-T---C--T----TAA--TTTT--TT--CTT-ttcccaatggacgaagcctggcttaaaaaaatcttaattttttctttt
gi|29 : aggggcggatccaggatgttttgaggggatggggttgacaatttttatcattacgaaatcaacgaatgcccgtA-TG--CAGGCG--TGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----GGGG--A------T-------------TG-A---G-A---AT-----T------T------A--T--C---AG---A--T------CG-A-AA-T--GC-AC-C-----A-A-TA-G--C----C----C----T---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-ACGG-G---GT------T---A-T--GGG-CGG-------C--G----G-C------GCC-AA----A-GG--TC---tt
gi|3 : --CAGGGG--CGGA-TCC--AGGA----A-TT--TTTG----A---------------------------------------------------G-A---AT-----T-------------------------------------------AA-T--GC-AC-CG----A-AGT--G--C----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---AT------T---A-T--GGG-CCA-------C------------------C-AA----A-GG--TT---C-----T------GA-G-CAGC-G------T-G---TT-C---A-GG-GCA--GAT-T---C-----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAA-TC-TT-------------AA------A------A-T---T--A----C----ATTT--TT--CAT-G-----T--TT-T------TCAAA-A-------A---GTT----T--TTG-AGG-CT-----GT---A------C--ATA-A--CCAGTC--AGTAA--TT-TCCATT-TGGG----------------GTT---GGGA-G---GG------G-----------TGCA-CAAAACTA
gi|30 : atcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacctcgaagtaatagtaggaatacacgatttgagggttttggtgattcggttccgcctaagcacacaacgcaatatagaatatagatctgttttaaaagaacgacctataatattatgcattgtatttttgtaaatttatcaataaaattcagacagactgttcagatctcaaaattatcttctttttttgcatgtgtttcatgtttacccagtgacgtatcgtatagctatacggcaCAACTT--CAGTGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTTG----AA----------------GGAG--G------GA-------G-G--TG-A---G-A---CT-----T------TT--T--A--T--C---AT---G--A------CG-A-GG-G--GC-AC-TGCAGAA-A-T--A--C----C--------------------------------------GA---------CA-G-GA-A---AT------A---A-T--GGG-ACT-------C--G----G-C------G
gi|31 : CCACTTCC----GG---CCCCCAA-CGTGTCCAGG-A----CTGGCC-C
gi|32 : gtcgcagcctgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaa-A--C----C--AGGAA--TT-TCCATT------------------------------G-A---GG------G-----------T-CA-CAAGACTAAGGCAA--GGGGTCTGTGGCCACTTTA----GG---GCCCCAGCTAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTAGGG--GTCCA-
gi|34 : --C----C--AGGAA--TT-TCCATT------------------------------G-A---GG------G-----------T-CA-CAAGACTAAGG--A--AGGGTCTGTGGCCACTTTA----GG----CCCCAG-TAGG-CCAGA-G----CTGGCC-CTGGTA-GG--GTCCA-gag
gi|36 : TAGCATTTTCATTGGGTCTGGGGGTCGCTTTTAGCTCCCATCGGGTCCAAGACgag
gi|38 : AGGGG--CGGA-TTC--AGGA----T-GT--TTTG-----AA----G-----G----GGAT--G------GG-------G-T--TG-A---
gi|39 : ctT--CAGTAG--CGGA-TCC--AATA----T-TT--TTCG----AAA----G-----G----GGGG--G------GG-------G-ca
gi|4 : gta--CGGA-TCC--AAGA----T-CA--TTTG----A--------------------G--G------GG-------G-G---------------AT-----T------TT--C--A--T--C---AT---T--A------CG-A-AA-T--GA-AC-CA----A-A-T--G--T----C----CGTGCC---------T----T-C-A-G-ACGCAAGG---------CC-A-GG-G---GT------T---A-T--GCG-CCG-------T--A----G-T------GCC-AA----A-GA--CT---A-----T------GG-G-CT-G-GG-----T-G---TT-C---A-TG-GCA--GAT-T---G-----C----A-ATG-G-----ACAT---AG--CCAT-GA-CTT------AA---AAAAT----A------A-TGGAT--G----T----TTTTAGTT--TTT-G-----
gi|5 : cactatatgttatcaggattattattttgctaaaaaatagcgtttggtgcaccactacggatcatactgtacgactactttaggcgctcaaacgaatgccacccgtagaatattgatttcactagacctatgcgtatgtacaacacattaaaagggaaatgaatatgagttgggttatccccccaacccattcatatcaaacacatatttagcagttc----A-A-T--G--C----G----C----C---------C----T-T-G-T-A-----GG---------CA-A-GA-GTTGATGTCTTAT---AGT--GAG-CCAA------C--A----G-T------GCA-AA----G-GA--AT---C-----T------GATG-CA-T-GC-----G-G---AT-C---T-GG-GCACCAAT-C---CA----C----A-ATG-G-----ACGA---GGC-CCAA-TC-GTG------AG---ATA------A------------T--T----A----CATC--TT--TAT-G-----TAGTT-T-----ATT--ACA-------A---ATTATAGT--TTG-AGCGCTCATA-CC---AG-G-------TA--------------TAT--TTATCCATTATGGGTGGTGAAGATTGGTTCGTG---GGGA-G---GGTGTGAGG-----------TGCA-CAACA--AACAC----AACATCCGAGAC-----------GG---------G-TGG-TCCAGT-ATAATCTAGTCGCTATTAGAGTGGCCTT-AGC-----CCCCGGAAAATTATGATAACTGTTA-TCAGCATCTTATTCTATTGAGGTCTAGTGGTCGCTTTGA-TTTCC-AGCGTGTCTA-GACTGGCTCTG--TAGGGGCCAGGagcact
gi|6 : --CAAGGG--CGGA-TCC--AGGA----T-TT--TTGA----AAA----T-----A----GGGG--A------GG-------G-A--TG-A---A-A---AT-----TAATGCATG--C--A--C--CGA-AT---A--TT-----CC-A-AA-T--GCCGC-CGGG--A-A-TTCG--T----G----C----C---------T----T-C-A-A-G-----AC---------CA-A-TA-G----T------T-----T--GGG-C-G-------T--G----G-C------GCA-AA----A-GGGGCT---C-----T------GA-G-CA-G-AG-----T-G---TT-C---A-GG--CA--GAT-----C-----C----ACATG-G-----AAGA---GGC-CTGA-AT-TTT------TA---TTT------A------T-T---T--T----T----TTTTCCTTCATTT-A-----T--TT-C----CATT--T-ATTTATTTATTTATT----T--TTA-A--ACTTGTC-GC---AGTG-C-C--GTA-ATCC----C--AGGAAGTTT-TCAATT-AGGG----------------GTATGTAGTG-G---GG------G-----------TGCAACAA--CTAAGGCTG--GA--TCC-----CGCTTTAAATAGA---CCCCTAG-TACGTCCAGGAA----CTGGCA-CTGGTACGG--G
gi|7 : acaCAA-TCAGCAGGGA--CGGA-TCC--AAGA----T-TT--TTTG----AAA----G-----G----AGGG--G------GG-------G-G---------------GT-----T------GT--T--G--T-------T---G--T------TG-AGAA-T--------------A-A-T--G--TTA--T----C----A---------T----TACGA-G-A-----GG---------CA-A-GG-G---GT------T---A-T--GGG-CTG-------T--G----T-C------GCC-AA----A-GA--CC---C-----T------GA-A-TA----------------------------GCG--GAA-T---C-----C----A-ATG-G-----AC-ATTTAGC-TCTG-GC-TT---------------------A------A-T---T--T----T-------------------------------------------------------GTT----T--TTG-AGGACTTGTT-GC---AGTG-C-C--GTA-A--C----T--A
gi|8 : ttgttttgaacgtaatattacgctttatgtcagcgttgataaagtgttgtctgtcacaatacagaatgaaagaagtttatcaaattatcttagttttgttttcaatctacatacatgtaacaaatctctat--CAGGGA--CGGA-TTT--TGAA----T-TT--TTTT----AAA----G-----G----GG----G------GG-------G-G--TG-A---G-A---AT-----T------TT--T--A--TAAC---GT------T------TG-A-AACT--GC-ACTCG----A-ATT--G--T----C----C----C---------T----T-C-A-G-A-----GG---------CATA-GGCA---AT------T---A-G--TGG-CCG-------C--G----G-C------GCA-AA----ACGC--CC---C-----T------GA-G-CA---GCG----T-G---TT-C---A-AGTGCA---ATAT---C-----C------ATGTG-----ACGA---ATC-GCAA-GC-TT------------AAA------A------A-T---G--T----T----GTTT--TT--GTT-T-----T--TT-T----AATG--A-G-------A---GTT----T--TGG-A-GACTTGTC-GC---AG-GACGC--GTATA--C----A--AGTA----T-TTCATT---GG----------------GAG---GGGG-G---GG------G-----------TGCA-C-AGACTAAG
gi|9 : GGGG--CGGGGTCC--AGGA----T-TT--TTTTCCTTAAA----G-----GCCCCGGTG--G------GGTTAAACCG-G--TGGA---G-A---AT-----C------TT--TTGACTT--C---AT---GATT------CTTA-AA-TTTGC-GA-CG----A-A-T--GGACTGTGC----A----C---------T----T-C-A---A-----G-------------A-GG-GC--AT------TT--A-T--GGG-CCG-------G--G----A-A------GCC-A--------G--CT---A-----TA-----GA-G-CT-TTGC-----C-AAATTT-C---A-GG-GCA---AT-TTTAC-----A----A-ATG-G-----ACAACC-GGT-CAAAAGC-TTA------AA---AAATGGAGGA------A-T---T--T----T----CTTT--TT--TTA-A-----T--TT-T----Gtcgcataggtt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GTCCTGAGGGCCGTGGCAGCCCCGAAAGACAACTCAGAAAGGTTTTTCAAGTGCAAAAGCATTGTCTCATTGTGTCGTGCGATCGCTTTTTTATTAGCGC
Unaligned ( gi|35 ): ACAGGAATTAAAAACAACAGACTAAGCTATGTTAGTTAGTTTACACATGCAGAGGATGTAT
Unaligned ( gi|37 ): GGACAATCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA