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Reference ( gi|7 ) : CACACACTT-TGATT-A-CG-G-C-C-TTTAAT-GT--AAT-T--GA--AG-GT-C-TTC-A---TA-----T----T----------A-ATT-T---TT--G-C----T---AA--TC---AC-C-G-A-C--CTT-TACAA-CAA----GGA--CTT---TGGAT------C-TAT--ATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAA-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGAC
gi|9 : CACACACTT-TGATT-A-CG-G-C-C-TTTAAT-GT--AAT-T--GA--AG-GT-C-TTCAA---TA----------T----------A-ATT-T---TT--G-C----T---AA--TC---AC-C-G-A-C--CTT-TACAA-CAA----GGA--CTT---TGGAT------C-TAT--ATA-----C--------T--AGT----A-T-ATT-A-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGA
gi|10 : CACACA-TT-TGATTTA-CG-G-C-C-TTTAAT-GT--TAT-T--GA--AG-GT-C-T-C-A---TA-----T----T----------A-ATT-T---TT--G-C----T---AAT-TC---AC-C-G-A-C--C-T-TACAA-CAA----GGA--CTT---TGGAT------A-TAT--ATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAT-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C----T--GCG----T-ATATCGAC
gi|6 : CACGCACTT-TGGTT-AGCG-G-C-CGTTTTAT-GT--AAT-C--GA--AGAGG-A-TTC-A---TA-----T----A----------C-ATT-T---TT--G-C----T---GA--TC---AC-C-GCA-CG-CTT-TACAA-CAA----TGATTCTT---TGGA-------C-TAG--ATA-----C--------TG-AGT----A-T-AT--A-----------------TTTTTC-CC-TGTTA---T-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGAC
gi|11 : aCACACACTT-TG-TT-A-CG-G-T-C-TTTA-T-GT--AAT-T--GA--AA-G--C-TT--A---TA-----T----A----------C-ATT-TATTTT--G-C----T---AA--TC---AC-C-G-C-A--CTT-AACAA-CAA----TGA--CTT-----GAT------C-TAG--ATA-----C--------T--A-T----A-T-GT--A-----------------TTTTTC-C--TGTTA---T-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGACc
gi|18 : aCACATACTT-TGATT-A-TG-G-C-C-TTGCAT-GT--ACT-T--GA--AG-GC-C-TTC-A---TA-----A----T----------G-A------------------T---AA--TC---AC-C-G-A-C--C-T-TATAA-CAA----TGA--CTT-----GAT------C-TAG--ATA-----C--------C--AGT----A-T-ATTAT-----------------TTTCTC-A--AGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCC----T-AGATc
gi|13 : CACACACTT-GG--T-A-CG-A-C-C-TTTTATTGT--ACT-T--GA--AG-GC-C-TTC-A---TA-----T----T----------T-GCTAC---TC--A-G----T---AA--TC---AC-C-G-A-C--TTG-TAGAA-CAA----A-----TTACATGGAT------T-TA---ATA-----C-----------AGT----AAT-ATTAA-----------------TTTTTC-C--TG-TA---C-A-ATCC--T-T--GCG----T-AT
gi|17 : aCACACACTG-TGGTT-A-CA-C-C-T-TTTACT--T--ACT-T--GA--AC-GC-C-TTC-A---TA-----T----T-------------TG-C---TA--G-CTCAGT---AA--TC---ACGC-G-A-C--CTTCTAGAA-CA------------------------------AT--ATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAA-----------------TTGTTCGC--T-TTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----
gi|23 : aCACACTCTT-TGGTT----G-G-C-C-TTTTCT-GT--AAT-T--GA--AT-GCGC-TTC-A---TG-----T----A----------T-ATT-T---TTCGG-CT---T---AA--TC---A--C-G-A-C--A-T-TACAA--AA----TGA--C-T---TGGAT------C-TAG--ATA-----C--------T---GT------T-ATT-A-----------------TTTTTcgctat
gi|22 : cacaCACACACTTATGGTG-A-CGCG-C-T-TGTA---GT--TAT-T--GA--GA-GG-C-TTC-A---TA-----T----T---------------------T--GAT----T---AG--TT---AC-C-A-A-C--TTT-TATAA-C------------------------------TAG--ATA-----C--------T--AGT----A-TGAT--A-----------------TTTTTC-A--TGTTG-----A-AT-C--T-T--GCG----T-AT
gi|14 : aACACTT-TGGTT-A-CA-A-C-C-TTTTAT-GT--A-C-T--GA--AG-GC-CCTTT-A---TA-----T----T------------------------G-C----T---A---TC---AC-C-G-A-C--CTT-TAGAA-CAA----TTA--CAT---TGGAT------CTTAG--ATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAAT----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--TGT--GCG----T-ATATCAA
gi|15 : agCACTT-TGTTTTA-CG-C-CGC-TTGTAT-GT--ACT-T--GA--AG-GT-C-TTC-A---TA---------------------------T---TT--G-A----T---AT--AC---AC-C-G-A-----------------------A--CTT---GGAAT------C-TG---ATA-----C--------T--AGT----A-A-ATTAATTATTCATTTAATAAATTTTTTC-C--TGTTA---C-ACAT-C--T-T--GCG----T-ATATC
gi|20 : ACTT-TATTT-A-AC-G-C-C-TTTAA--GTTAAATAT--GA--AG-GT-C-TTC-A---T------T----A----------A-ATT-T---TT--G-C----T---AA--TC---AC-----------------------------A--CTT---T-GAT------C-TACTGATA-----C--------T--AGT----A-TCAC--A-----------------TTTTT--C--TGTTGACCC-A-AT-C--T-T--GCGT---T-AGATCGAC
gi|21 : ACTT-TGGTG-A-CG-G-C-C-TTCA-T-GT--ACT-T--GA--AG-GC-C-TTC-A---TA-----T----T----------G----------T--A------T---AA--TT---AC-C-A-A-C--CTT-TTTAA-TA-----------TC------AC------C-TAG--ATA-----C--------TA-AGT----A-T-AATTA-----------------TTCTTT-CAATTTTAG--C-A-A-----T-T--GCG----T-
gi|5 : CTT-TGGTT-A-CG-GGCAC-TTTTAT-GT--AAT-C--GAAGAG-GA-CATTC-A---TA-----TA---C----------ACATT-T---TT--G-C----TTGAAA--TTCTAAA-C-G-ATC--CTT-TACAA-CAAT---CGA--ATT---TGGAT------C-TAG--ATATCTAGT--------T--AGT----A-T-ATT-------------------TTTTTCGC--TGTTAT--T-A-AT-C----T--GCGTTATT-ATATCGACt
gi|19 : TT-TGA---A-CG-----C-CTTGAT-AT--ACT-TTTGA---G-GC-C-TTA-A---TA-----T-----------------ATT---------G-A----T---AT--TC---AC-C-A-A-CTGCTC-TATAA---------GC--CTT---T------------TA---ATA-----C--------T--AGT----A-T-CATAA-----------------TTTTTA----TGTTG---C-A-AT-C--T-T--GCA----T--TATTGcc
gi|4 : cacttggAT-AT--ACT-T--GA--AG-GC-C-TTC-A---TA-----T----TTGATATAAAGA-ACA-T---TT----C---------A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-T-TAA-CAA----CGA--CTT---TGAAT------T-TAA--ATA-----CACGTACCAT--AATGAACA-T-ATTAA-----------------TTTTTC-C--TGTTA---T-A-AT-T--T-T--GCG----T-caac
gi|8 : ctttacggtggccatttctgtcacttcgaaaaccaatggtAT-GT--ACT-T--GA--AG-GC-C-TTC-C---TA-----CCGGGT----------A-GTA---------G-A----T---AA--TC---AC-C-G-A-C--ATT-TTCAA-CAA----TGC--CTT---TGGAT------C-TAG--ATA-----C--------T--AGT----A-C-ATT-A-----------------TTTTTN-C--
gi|2 : tAT-GT--ACT-T--GA--AG-GC-C-TTC-----TA-----C-----------------ATT-T---C---------------A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-CATAA-CAA----TGA--CTT---TGGAT------C-TAatttggatctagatactagtatatttattttcctgttacaatcttgt
gi|25 : gggaggggtaagataatctgctgcatatcataatacatgtataagtgtgtagaataggatgggggttctcctaatttttaggcgacctttttctggcactttgaaaacaaatggtT-GT--ACT-T--GA--AG-GC-C-TTC-A---TA-----T----T---------------------T--G-C----T---AA--TC---AC-C-G-A-T--CTT-TAAAA-TAA----TGA--CTT---TGGAT------C-TAG--ATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTTA-----------------TTTTTT-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-TG-GCG----T-ATATCGACgaatctagat
gi|16 : gT-GTG-AAT-T--GA--AA-GC-C-TTC-AATATACATTTT----T----------T-ATT-T---TT--G-C----T---AGACTC---AC-CCG-A-C--CTT-AACAA-CAA----TGA--CTT---TGGAT------C-TAG--ATAC----C--------T--AGT----ATT-GTTAT-----------------TGTTTC-C--TGTTA---TAA-AT-C--T-T--GCG----TAATATCGAC
gi|27 : T-GT--ACT-T--GA--AG-GC-C-TTC------A-----T----C----------G-A---T---TT--G-A----T---AA--T----AC-C-A-A-C--TTT-T--AA-TA-------------------AC------C-TAG--ATA-----C--------TAAAGT----A-TAATTAT-----------------TTTTTC-
gi|24 : -GT-C-TTT-----TA-----TG---T----------A-CTA-T---TT--G-A----T---AA--TC----C-C-G-A-C--CTT-TATAAACAA----TGC--CTT---TA-AT--------TA---ATA--------------T--AGT----A-T-ATCAT-----------------TTTTTC-C--T-TAA---C-A-AT-CTTT-T--GCG----C-AAATCAACa
gi|26 : tttattacgc-ATA-T---TT--G-A----T---AA--TT---AC-C-A-A-C--TTT-TATAA-C-------------T---TAGAT---------------A-----C--------T--AGT----A-T-AATAT-----------------TTTTTC-A--TGTTG---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-c
gi|31 : tc-T---TT--G-A----T---AA--TT---AC-C-A-A-C--TTT-TATAC-CAG---------------------------------ATA-----C--------T--AGT----A-----TAA-----------------TATTTC-A--TGTTG---C-A-A--C--T-T--GCG----T-ttttca
gi|1 : aa-T---TT--A-C---------A--TT---AC-C-G-A-C--CTT-CATAA-TAATGTCAGACTCTT---TGAAT------C-TA
gi|29 : ataggcacgaagatacgaaaggtgcggggggggggggtgttgggtgttattctgttgcatataatgatataagcgtgtagagtgggattggaattctacttttctgtcattttgaaaaccaatggcatatgtacctgcatgaaggcttgcatatttgatatataaacgtttca----T---AA--TT---AC-C-A-A-C--CTT-TATAA-C-------------C---TAGATACCCGCC-TAG--ATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAT-----------------TTTTTC-A--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ga
gi|8 : TT---TGGAT------C-TAG--ATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTTA------------------TTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--G
gi|32 : tatgtacttgaaggccttcctaccgggtagtagataatcaccgacattttcaacaatgcctttggatctagatactagtacattatttttncaGAT------C-TAG--ATA-----C--------T--AGT----A-G-ATTTA-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-TTAGCG----T-ATATCGt
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|28 ): CTATTTCTGTCACTTTTAAAACCAATGATATGTACTTTAAGGCCTTCATATTTGATATATGTACATTTCATTATCG
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Unaligned ( gi|34 ): TTCCCTGTTACAAACCTTGTGTTATATTCAAC
Alignments
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lowQualScore : . .. ... .. ... . . . . ... .. .... . ... . ... .. .............................................. ... . .. ... . . . . .. . . ............................. . .. ..... ........ .. .... . . ................... .... ... . . . .. . .. .... .
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Reference ( family-2334 ) : CACACACTT-T--GGTT---A--CG-G-C-C-TTTNAT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA---T--A------T---T------A-T-----TT--------TT--G-C----T---A-A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-TACAA-C-AAT-G--A----CTTTGGAT------C-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAA-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGAC
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gi|11 : CACACACTT-T--G-TT---A--CG-G-T-C-TTT-AT-GT---AATT--G----AAA-G---C-TTATA---T--ACAT---T---T------A-T-----TT--------T---G-C----T---A-A--TC---AC-C-G-C-A--CTT-AACAA-C-AAT-G--A----CTT--GAT------C-TA--GATA-----C--------T--A-T----A-T-GT--A-----------------TTTTTC-C--TGTTA---T-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGAC
gi|12 : aCACTT-TAGGGTG---GAGCG-G-C-C-TGTAAT-GT---ACTT--G----GAA-G---C-CCTTA---T--C------A---T------A-C-----TG--------TT--GAT----T---A-AT-TT---AC-C-C-A-A--CTT-TAT-------T-A--A----CCT---A----------A--GATA-----C--------T--AGT----G---ATTAAATAAATT----------TTTTTC-C--AGCTG---T-GCAT-C--T-TG-GCG----T--TATc
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gi|15 : agCACTT-T--GTTTT--A--CG-C-CGC-TTGTAT-GT---ACTT--G----AAG-G---T-CTTCA---T--A--------------------------T--------TT--G-A----T---A-T--AC---AC-C-G-A-----------------------A----CTTGGAAT------C-T---GATA-----C--------T--AGT----A-A-ATTAATTATTCATTTAATAAATTTTTTC-C--TGTTA---C-ACAT-C--T-T--GCG----T-ATATC
gi|16 : TT--G----AAA-G---C-CTTCAATAT--ACATTTTT---T------A-T-----TT--------TT--G-C----T---A-GACTC---AC-CCG-A-C--CTT-AACAA-C-AAT-G--A----CTTTGGAT------C-TA--GATAC----C--------T--AGT----ATT-GTTAT-----------------TGTTTC-C--TGTTA---TAA-AT-C--T-T--GCG----TAATATCGAC
gi|17 : tgtgaaCACACACTG-T--GGTT---A--CA---C-C-TTTTAC-TT---ACTT--G----AAC-G---C-CTTCA---T--A------T---T--------T-----GC--------TA--G-CTCAGT---A-A--TC---ACGC-G-A-C--CTTCTAGAA-C-AAT------------------------------ATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAA-----------------TTGTTCGC--T-TTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----
gi|18 : aCACATACTT-T--GATT---A--TG-G-C-C-TTGCAT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA---T--A-----------------A------------------T--G-A----T---A-A--TC---AC-C-G-A-C--C-T-TATAA-C-AAT-G--A----CTT--GAT------C-TA--GATA-----C--------C--AGT----A-T-ATTAT-----------------TTTCTC-A--AGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCC----T-AGATcgctat
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gi|2 : AT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTC----T--A------C----------A-T-----TT--------C----------------A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-CATAA-C-AAT-G--A----CTTTGGAT------C-TA--GAAT-----C--------T--AGcaac
gi|20 : gggaggggtaagataatctgctgcatatcataatacatgtataagtgtgtagaataggatgggggttctcctaatttttaggcgacctttttctggcactttgaaaacaaatggtACTT-T--ATTT---A--AC-G-C-C-TTTAA--GTTAAATAT--G----AAG-G---T-CTTCA---T--T------A---A------A-T-----TT--------TT--G-C----T---A-A--TC---AC-----------------------------A----CTTTG-AT------C-TACTGATA-----C--------T--AGT----A-TCAC--A-----------------TTTTTC----TGTTGACCC-A-AT-C--T-T--GCGT---T-AGATCGACat
gi|21 : ACTT-T--GGTG---A--CG-G-C-C-TT-CAT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA---T--A------T---T------G-T---------------------A----T---A-A--TT---AC-C-A-A-C--CTT-TTTAA-T--AT-C--A----C-------------C-TA--GATA-----C--------TA-AGT----A-T-AATTA-----------------TTCTTT-CAATTTTAG--C-A-A-----T-T--GCG----T-
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gi|23 : aCACACTCTT-T--GGTT-------G-G-C-C-TTTTCT-GT---AATT--G----AAT-G---CGCTTCA---T--G------TA--T------A-T-----TT--------TTCGG-C----TT--A-A--TC---AC---G-A-C--ATT--ACAA---AAT-G--A----CTT-GGAT------C-TA--GATA-----C--------T---GT------T-ATT-A-----------------TTTTT
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gi|29 : ctatttctgtcacttttaaaaccaatgat----T---A-A--TT---AC-C-A-A-C--CTT-TATAA-C---------------CTAGATACCCGCC-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAT-----------------TTTTTC-A--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-tgatatatgtacatttcattatcg
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gi|5 : ctttacggtggccatttctgtcacttcgaaaaccaatggtCTT-T--GGTT---A--CG-GGCAC-TTTTAT-GT---AATC--G----AAG-AGGAC-ATTCA---T--A------TACAC------A-T-----TT--------TT--G-C----TTGAA-A--TTCTAAA-C-G-ATC--CTT-TACAA-C-AATCG--A----ATTTGGAT------C-TA--GATATCTAGT--------T--AGT----A-T-ATT-------------------TTTTTCGC--TGTTAT--T-A-AT-C----T--GCGTTATT-ATATCGAC
gi|6 : CACGCACTT-T--GGTT---AG-CG-G-C-CGTTTTAT-GT---AATC--G----AAGAG---G-ATTCA---T--A------TA--C------A-T-----TT--------TT--G-C----T---G-A--TC---AC-C-GCA-CG-CTT-TACAA-C-AAT-G--ATT--CTTTGGA-------C-TA--GATA-----C--------TG-AGT----A-T-AT--A-----------------TTTTTC-CC-TGTTA---T-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGACcc
gi|7 : aCACACACTT-T--GATT---A--CG-G-C-C-TTTAAT-GT---AATT--G----AAG-G---T-CTTCA---T--A------T---T------AAT-----TT--------TT--G-C----T---A-A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-TACAA-C-AAG-G--A----CTTTGGAT------C-TA--TATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAA-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGACc
gi|8 : AT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCC---T--A------C---C------G-G-----GTAG------TA--G-A----T---A-A--TC---AC-C-G-A-C--ATT-TTCAA-C-AAT-G--C----CTTTGGAT------C-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-C-ATT-A-----------------TTTTTN-C--
gi|8 : tTTTGGAT------C-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTTA------------------TTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--Gatttggatctagatactagtatatttattttcctgttacaatcttgt
gi|9 : tatgtacttgaaggccttcctaccgggtagtagataatcaccgacattttcaacaatgcctttggatctagatactagtacattatttttncaCACACACTT-T--GATT---A--CG-G-C-C-TTTAAT-GT---AATT--G----AAG-G---T-CTTCAA--T--A------T---A------A-T-----TT--------TT--G-C----T---A-A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-TACAA-C-AAG-G--A----CTTTGGAT------C-TA--TATA-----C--------T--AGT----A-T-ATT-A-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGAt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus : CACACACTT-T--GGTT---A--CG-G-C-C-TTTNAT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA---T--A------T---T------A-T-----TT--------TT--G-C----T---A-A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-TACAA-C-AAT-G--A----CTTTGGAT------C-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAA-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGAC
Reference ( family-2334 ) : CACACACTT-T--GGTT---A--CG-G-C-C-TTTNAT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA---T--A------T---T------A-T-----TT--------TT--G-C----T---A-A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-TACAA-C-AAT-G--A----CTTTGGAT------C-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAA-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGAC
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gi|16 : TT--G----AAA-G---C-CTTCAATAT--ACATTTTT---T------A-T-----TT--------TT--G-C----T---A-GACTC---AC-CCG-A-C--CTT-AACAA-C-AAT-G--A----CTTTGGAT------C-TA--GATAC----C--------T--AGT----ATT-GTTAT-----------------TGTTTC-C--TGTTA---TAA-AT-C--T-T--GCG----TAATATCGAC
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gi|18 : aCACATACTT-T--GATT---A--TG-G-C-C-TTGCAT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA---T--A-----------------A------------------T--G-A----T---A-A--TC---AC-C-G-A-C--C-T-TATAA-C-AAT-G--A----CTT--GAT------C-TA--GATA-----C--------C--AGT----A-T-ATTAT-----------------TTTCTC-A--AGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCC----T-AGATcgctat
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gi|20 : gggaggggtaagataatctgctgcatatcataatacatgtataagtgtgtagaataggatgggggttctcctaatttttaggcgacctttttctggcactttgaaaacaaatggtACTT-T--ATTT---A--AC-G-C-C-TTTAA--GTTAAATAT--G----AAG-G---T-CTTCA---T--T------A---A------A-T-----TT--------TT--G-C----T---A-A--TC---AC-----------------------------A----CTTTG-AT------C-TACTGATA-----C--------T--AGT----A-TCAC--A-----------------TTTTTC----TGTTGACCC-A-AT-C--T-T--GCGT---T-AGATCGACat
gi|21 : ACTT-T--GGTG---A--CG-G-C-C-TT-CAT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA---T--A------T---T------G-T---------------------A----T---A-A--TT---AC-C-A-A-C--CTT-TTTAA-T--AT-C--A----C-------------C-TA--GATA-----C--------TA-AGT----A-T-AATTA-----------------TTCTTT-CAATTTTAG--C-A-A-----T-T--GCG----T-
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gi|23 : aCACACTCTT-T--GGTT-------G-G-C-C-TTTTCT-GT---AATT--G----AAT-G---CGCTTCA---T--G------TA--T------A-T-----TT--------TTCGG-C----TT--A-A--TC---AC---G-A-C--ATT--ACAA---AAT-G--A----CTT-GGAT------C-TA--GATA-----C--------T---GT------T-ATT-A-----------------TTTTT
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gi|25 : tttaT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA---T--A------T---T-------------------------T--G-C----T---A-A--TC---AC-C-G-A-T--CTT-TAAAA-T-AAT-G--A----CTTTGGAT------C-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTTA-----------------TTTTTT-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-TG-GCG----T-ATATCGACc
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gi|27 : T-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA---TCGA--------------------------T--------TT--G-A----T---A-A--T----AC-C-A-A-C--TTT-T-------AAT-A--A----C-------------C-TA--GATA-----C--------TAAAGT----A-TAATTAT-----------------TTTTTC-ttttca
gi|28 : AT-GT---ACTT--T----AAG-G---C-CTTCA---T--A------T---T------a
gi|29 : ctatttctgtcacttttaaaaccaatgat----T---A-A--TT---AC-C-A-A-C--CTT-TATAA-C---------------CTAGATACCCGCC-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAT-----------------TTTTTC-A--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-tgatatatgtacatttcattatcg
gi|31 : T--------TT--G-A----T---A-A--TT---AC-C-A-A-C--TTT-TATA------------------------------C-CA--GATA-----C--------T--AGT----A-----TAA-----------------TATTTC-A--TGTTG---C-A-A--C--T-T--GCG----T-
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gi|4 : AT-AT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA---T--A------T---TTG----A-T-----ATAAAGAACATT--T-C----------A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-T-TAA-C-AAC-G--A----CTTTGAAT------T-TA--AATA-----CACGTACCAT--AATGAACA-T-ATTAA-----------------TTTTTC-C--TGTTA---T-A-AT-T--T-T--GCG----T-c
gi|5 : ctttacggtggccatttctgtcacttcgaaaaccaatggtCTT-T--GGTT---A--CG-GGCAC-TTTTAT-GT---AATC--G----AAG-AGGAC-ATTCA---T--A------TACAC------A-T-----TT--------TT--G-C----TTGAA-A--TTCTAAA-C-G-ATC--CTT-TACAA-C-AATCG--A----ATTTGGAT------C-TA--GATATCTAGT--------T--AGT----A-T-ATT-------------------TTTTTCGC--TGTTAT--T-A-AT-C----T--GCGTTATT-ATATCGAC
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gi|7 : aCACACACTT-T--GATT---A--CG-G-C-C-TTTAAT-GT---AATT--G----AAG-G---T-CTTCA---T--A------T---T------AAT-----TT--------TT--G-C----T---A-A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-TACAA-C-AAG-G--A----CTTTGGAT------C-TA--TATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAA-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGACc
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gi|9 : tatgtacttgaaggccttcctaccgggtagtagataatcaccgacattttcaacaatgcctttggatctagatactagtacattatttttncaCACACACTT-T--GATT---A--CG-G-C-C-TTTAAT-GT---AATT--G----AAG-G---T-CTTCAA--T--A------T---A------A-T-----TT--------TT--G-C----T---A-A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-TACAA-C-AAG-G--A----CTTTGGAT------C-TA--TATA-----C--------T--AGT----A-T-ATT-A-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGAt
blockSeqs : A AG TGA AG CG G G A T TAA TT . A GGA G ATA CG TTTGATATAAAGAACATTTC TGA . AC CTA G C C T TG C C CAATCGAATTTGGAT T CT TCTAG ACGTACCA AA GAAC T C AATTATTCATTTAATAAAT CAA ACC A C C TT G TA TTAT A
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originalCons : CACACACTT-T--GGTT---A--CG-G-C-C-TTTNAT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA---T--A------T---T------A-T-----TT--------TT--G-C----T---A-A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-TACAA-C-AAT-G--A----CTTTGGAT------C-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAA-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGAC
finalCons : CACACACTT-T--GGTT---A--CG-G-C-C-TTTNAT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA---T--ATAATTTTTGC------------------------------------T---A-A--TC---AC-C-G-A-C--CTT-TACAACAATGACTTTGGAT---------------C-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAA-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGAC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TATAGGCGAGAAGGAAAGGGGGAGGGGGGAAATATTTTGTATAAAATAATACAAGCAGGTAGAATGGGATGAGGGTTGTACTTTTAGGCGGCCTTTTACTGTCACTTTGAAAACCAATGATACGTACATAGAGGTCCTCATATTTGATATATGTATACATTTCATCACCGAC
Unaligned ( gi|30 ): GTTGCATGTAATAATATCAGCGTCTAGAATAGGATGGGGTTCTCCTTTTTTTAGGCGGCCTTTTTC
Unaligned ( gi|33 ): AGAAATGGGATGGGTTCTCCTTACATTTTTAGGCGGCTTTTTTCTC
Unaligned ( gi|34 ): TTCCCTGTTACAAACCTTGTGTTATATTCAAC
Alignments
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Reference ( family-2334 ) : CACACACTT-T--GGTT---A--CG-G-C-C-TTTNAT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA-T-A-----T-----------A--------A---TT--T---TT--G-C--------T---AA--TC---AC-C-G-A-C--CTT-TACAA-C-AAT-G--A----CTTTGGAT------C-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAA-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGAC
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gi|10 : ataggcacgaagatacgaaaggtgcggggggggggggtgttgggtgttattctgttgcatataatgatataagcgtgtagagtgggattggaattctacttttctgtcattttgaaaaccaatggcatCACACA-TT-T--GATTT--A--CG-G-C-C-TTTAAT-GT---TATT--G----AAG-G---T-C-TCA-T-AT----T-----------A--------A---TT--T---TT--G-C--------T---AAT-TC---AC-C-G-A-C--C-T-TACAA-C-AAG-G--A----CTTTGGAT------A-TA--TATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTAT-----------------TTTTTC-C--TGTTA---C-A-AT-C----T--GCG----T-ATATCGAC
gi|11 : CACACACTT-T--G-TT---A--CG-G-T-C-TTT-AT-GT---AATT--G----AAA-G---C-TT--A-T-A-----T-----------AC-------A---TT--TATTTT--G-C--------T---AA--TC---AC-C-G-C-A--CTT-AACAA-C-AAT-G--A----CTT--GAT------C-TA--GATA-----C--------T--A-T----A-T-GT--A-----------------TTTTTC-C--TGTTA---T-A-AT-C--T-T--GCG----T-ATATCGAC
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gi|15 : agCACTT-T--GTTTT--A--CG-C-CGC-TTGTAT-GT---ACTT--G----AAG-G---T-CTTCA-T-A----------------------------------T---TT--G-A--------T---AT--AC---AC-C-G-A-----------------------A----CTTGGAAT------C-T---GATA-----C--------T--AGT----A-A-ATTAATTATTCATTTAATAAATTTTTTC-C--TGTTA---C-ACAT-C--T-T--GCG----T-ATATC
gi|16 : TT--G----AAA-G---C-CTTCAAT-A-----T-----------ACATTTTTTA---TT--T---TT--G-C--------T---AGACTC---AC-CCG-A-C--CTT-AACAA-C-AAT-G--A----CTTTGGAT------C-TA--GATAC----C--------T--AGT----ATT-GTTAT-----------------TGTTTC-C--TGTTA---TAA-AT-C--T-T--GCG----TAATATCGAC
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gi|18 : aCACATACTT-T--GATT---A--TG-G-C-C-TTGCAT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA-T-A-----------------A---------------------T--G-A--------T---AA--TC---AC-C-G-A-C--C-T-TATAA-C-AAT-G--A----CTT--GAT------C-TA--GATA-----C--------C--AGT----A-T-ATTAT-----------------TTTCTC-A--AGTTA---C-A-AT-C--T-T--GCC----T-AGATcgctat
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gi|20 : gggaggggtaagataatctgctgcatatcataatacatgtataagtgtgtagaataggatgggggttctcctaatttttaggcgacctttttctggcactttgaaaacaaatggtACTT-T--ATTT---A--AC-G-C-C-TTTAA--GTTAAATAT--G----AAG-G---T-CTTCA-T-T-----A-----------A--------A---TT--T---TT--G-C--------T---AA--TC---AC-----------------------------A----CTTTG-AT------C-TACTGATA-----C--------T--AGT----A-TCAC--A-----------------TTTTTC----TGTTGACCC-A-AT-C--T-T--GCGT---T-AGATCGACat
gi|21 : ACTT-T--GGTG---A--CG-G-C-C-TT-CAT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA-T-A--------------------------------------TT--G-TA-------T---AA--TT---AC-C-A-A-C--CTT-TTTAA-T--AT-C--A----C-------------C-TA--GATA-----C--------TA-AGT----A-T-AATTA-----------------TTCTTT-CAATTTTAG--C-A-A-----T-T--GCG----T-
gi|22 : CACACACTTAT--GGTG---A--CGCG-C-T-TGTAGT--T---A-TT--G----AGA-G---G-CTTCA-T-A----------------------------------T---TT--GAT--------T---AG--TT---AC-C-A-A-C--TTT-TATAA-----------------------------C-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-TGAT--A-----------------TTTTTC-A--TGTTG-----A-AT-C--T-T--GCG----T-ATt
gi|23 : aCACACTCTT-T--GGTT-------G-G-C-C-TTTTCT-GT---AATT--G----AAT-G---CGCTTCA-T-G-----T-----------AT-------A---TT--T---TTCGG-C--------TT--AA--TC---AC---G-A-C--ATT--ACAA---AAT-G--A----CTT-GGAT------C-TA--GATA-----C--------T---GT------T-ATT-A-----------------TTTTT
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gi|25 : tttattacgcgtT-GT---ACTT--G----AAG-G---C-CTTCA-T-A-----T--------------------------------TT--G-C--------T---AA--TC---AC-C-G-A-T--CTT-TAAAA-T-AAT-G--A----CTTTGGAT------C-TA--GATA-----C--------T--AGT----A-T-ATTTA-----------------TTTTTT-C--TGTTA---C-A-AT-C--T-TG-GCG----T-ATATCGACc
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