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lowQualScore : . . . . . ...... ........ ... . . ......... .... .. .. . . . . .. . ..... . ....... . ................. . ... . . . . .. . . . . ... .. . .. .... . .......... . .... . ..... .................... . . .. ................. . . . .. ..
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Reference ( gi|7 ) : CGAAGA-AAT-CCTTAG-CA-GA-ATG-TCCGGTGT-T--T---G---A-A-AA----C----CG----TT--ATAAAA-C-AG-T-GA-CCGC--AA-TTA-----AG-A-A-----AT-GA-------GAGATACATGTAAGC-G---A-TGGCT-C-C-T--A-TT-A-A-T---TA--G-C--T----TG-TA---A---A--ATGGT----CC-TTTTG-----AA------G-C-----------ACAGTG-TC--G-----------------AA-ACC-G-GA--CGG--AATTT
gi|4 : CGAAGA-AAT-CCTTAGGCAAGA-AT--TCCGGTGT-T--T---G---A-A-AA----C----CG----TT--ATAAAT-C-AG-T-GA-CCGC--AA-TTA-----AG-A-G-----AT-GA-------GAGATA-----AGGC-G---A-TGGCT-C-C-T--A-TT-A-ATT---TA--G-CTAT----TG-TA---A---T--AT-GT----CC-TTTTG-----AA------G-C-----------ACAGTG-TC--GAAATTT-----------AA-ACC-GCGA--CGA--AATT
gi|16 : gCGAAGA-AAT-CCTTAA-CA-GA-ATG-TCCGGTGT-T--T---G---A-A-AA----C----CG----TT--ATAAAT-C-AG-T-GA-CCGC--AA-TTA-----AG-A-G-----AT-GA-------GAGA------TAAGC-G---A-TGGCT-C-C-T--A-TT-A-A-T---Tccg
gi|6 : tgCGAAGA-AAT-CCGTA--CA-GA-ATGCTCCGGTGT-T--T---G---G-A-AAGAAAC----CG----T---ATAGAA-TTAG-T-GA-CCGC--AA-TTA-----A--A-G-----ATAGA-------GAGATA------AGC-GG--A-TGGCT-C---T--A-TTGA-A-T---TA--GGC--T----TG-TA---A---T--ATGGT----CCCTTTTG-----AA------G-C-----------ACAGTG-TC--G-----------------AA-AGC-C-GC--GGG--AATTtctagt
gi|23 : CGAAGA-AAT-CCTTAG-CA-GA-ATG-TCCGct
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gi|10 : AAGA-AAT-CCTTAG-CA-GA-ATA-----ATTT-T--T---GTAGA-A-AA----G----CG----TT--ATAAAT-C-AG-T-GA-CCGT--AA-TTA-----AG-A-G-----GT-CA-------CAGA------TAAGC-G---A-TGGCT-C-C-T--A-TT-A-A-T---TA------------TG-T----A---A--TTTAT----CC-TTTTG-----AA------G-C-----------AAAGTG-TC--G-----------------AA-ATC-G-TA--CGG--GATTTc
gi|18 : AAGA-AAT-CCTTAG-CA-GA-ATG-TCCGGTGT-A--T---G---A-A-AA----C----CG----TT--AAAAAT-C-AG-T-GA-CCGC--AA-TTA-----AG-A-G-----AT-GA-------GAGA------TAAGT-G---A-TGGCT-C-C-cttgg
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gi|11 : aAAGA-AATTCCTTAG-CA-GA-ATA-TCTTGTGT-A--C---G---A-A-AA----T----CG----TC--AT--AG-CTAG-T-GA-CCAC--AA-TTA-----AG-A-G-----AT-AATTATGTCAAGATA----TAAGC-A---A-TGGCT-C-C-T--A-TT---A-T---TA--G-C--TGTAATT-TA---A---T--ATGGT-----C-GTTTG-----AA------G-C-----------AAAGGG-TC--G-----------------ctg
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gi|19 : tgccAGGA-AAT-TTTTAG-CA-AA-ATG-TCCGG-GTATGAT---G---A-ACAA----C----CG----TTA-ATAAA------------------AA-TCA-----GA-G-A-----AT-AA-------CAGATATAT----GC-G---A-TGGCT-C-C-T--A-TT-ttc
gi|20 : gcaaAAGA-AAT-CCTTAG-CA-GC-ATA-TCTTGTGT-A--C---G---A-A-AA----CCAAACG----TT--ATATAT-C-AG-T-G
gi|3 : atgccAAGACAGT-CGTTAG-CA-GA-ATT-AAC--TTT-T--TGTAG---A-A-AA----A----CG----TCCAATAAGT-C-AG-T-GA-CCGC--AA-TTA-----AGTA-T-----AT-AA-------CAGA-----ATAGTC-G---A-TGA-T-C-C-TAAA-TT-A-A-TC--TA--G-C--TC---TG-CATTCAGT-A--ATTGTATTCTC-TTTTGTGTATAGCGATCCG-C-----------ACAGTC-TC--G-----------------AA-ATC-gaagtcgtgt
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gi|14 : AGA-AAT-CCTTAG-CA-GA-AT--------------------------AA----C----TT----TT--GTAGAATC-AG-T-GA-CCGC--AA-TTA-----AG-A-G-----AT-AA-------CAGATA------AGC-G---A-TGGCT-C-C-T--A-TT-A-A-T---TA--G-C--T----TG-T--------A--ATGGT----CCTTTTTG-----AA------G-C-----------TAAGTG-TC--G-----------------AA-ATC-G-TG--CGG--AATTTcctg
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gi|22 : -C--T----TG-TA---A---T--ATCTA----CC-TTTTG-----AACAC---G-C-----------ACAGTG-TC--G-----------------AA-ACC-G-GA--Caattttgtc
gi|21 : agc--T----TG-TA---A---T--ATGAT----CC-TTTTG-----AA------G-C-----------AAAGTG-TC--G-----------------AA-ATC-G-GA--CGG--GATTTcggcc
Alignments
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lowQualScore : . . . . . .. ... .... . . ......... .... .. . .. . . . .. . . ..... . ...................... . ... . . . . .. . . . . ... .. . .. .... ........ ..... ... . . . . . ..... ...... . ........... . . .. ................. . . . .. ..
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Reference ( family-2303 ) : CGAAGA-AAT-CCTTAG-CA-GA-ATG-TCC-GGTGT-NT-GA-A-AA----C----CG----TT--ATA-AATCAG--T-GA-CCGC-AA--TTA-AG-AG-----ATGA-------G-A---GATA----TAAGC-G---A-TGGCT-C-C-T--A-TT-A-A-T---TA--G-C--T----T--------G-----TA---A-T-ATGGTC-C-TTTTG-----AA------G-C-----------ACAGTG-TC--G-----------------AA-ACC-G-GA--CGG--AATTT
gi|1 : A-ATG-CCT-GGTGT-ATCAA-A-AA----C----CG----TTT-ATA-AATCAGG-T-GAACCGC-A---TTA--T-AG-----AT-A-------G-AATTGAGA----TAAGCCGCATA-TGGTT-C-T-A--A-TT-ACA-T---TA--G-C--T----T--------G-----TA---A-TTGTGGTC-T-TTTTG-----AA------G-C-----------A-AATGTTC--GA----------------AA-ACCAG-GAACCGG--ATTTT
gi|10 : atgccaaattgtaaatcgtttagacacaacatgtAAGA-AAT-CCTTAG-CA-GA-ATA-ATT-TTTGT-A--GA-A-AA----G----CG----TT--ATA-AATCAG--T-GA-CCGT-AA--TTA-AG-AG-----GTCA-------C-A---G--A----TAAGC-G---A-TGGCT-C-C-T--A-TT-A-A-T---TA------------T--------G-----TA---A-T--TTATC-C-TTTTG-----AA------G-C-----------AAAGTG-TC--G-----------------AA-ATC-G-TA--CGG--GATTT
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Alignments
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Reference ( family-2303 ) : CGAAGA-AAT-CCTTAG-CA-GA-AT--G-TCC-GGTGT-AT-GAA-AA----C----CG----TT--ATA-AATCAG--T-GA-CCGC-AA--TTA-AG-AG-----ATGA-------G-A---GATA----TAAGC-G---A-TGGCT-C-C-T--A-TT-A-A-T---TA--G-C--T----T--------G-----TA---A-T-ATGGTC-C-TTTTG-----AA------G-C-----------ACAGTG-TC--G-----------------AA-ACC-G-GA--CGG--AATTT
gi|1 : A-AT--G-CCT-GGTGT-ATCAAA-AA----C----CG----TTT-ATA-AATCAGG-T-GAACCGC-A---TTA--T-AG-----AT-A-------G-AATTGAGA----TAAGCCGCATA-TGGTT-C-T-A--A-TT-ACA-T---TA--G-C--T----T--------G-----TA---A-TTGTGGTC-T-TTTTG-----AA------G-C-----------A-AATGTTC--GA----------------AA-ACCAG-GAACCGG--ATTTT
gi|10 : atgccaaattgtaaatcgtttagacacaacatgtAAGA-AAT-CCTTAG-CA-GA-AT--A-ATT-TTTGT-A--GAA-AA----G----CG----TT--ATA-AATCAG--T-GA-CCGT-AA--TTA-AG-AG-----GTCA-------C-A---G--A----TAAGC-G---A-TGGCT-C-C-T--A-TT-A-A-T---TA------------T--------G-----TA---A-T--TTATC-C-TTTTG-----AA------G-C-----------AAAGTG-TC--G-----------------AA-ATC-G-TA--CGG--GATTT
gi|11 : AAGA-AATTCCTTAG-CA-GA-AT--A-TCT-TGTGT-AC-GAA-AA----T----CG----TC--ATA-GCT-AG--T-GA-CCAC-AA--TTA-AG-AG-----ATAATTATGTCA-A---GATA----TAAGC-A---A-TGGCT-C-C-T--A-TT---A-T---TA--G-C--TGTAAT--------T-----TA---A-T-ATGGT--C-GTTTG-----AA------G-C-----------AAAGGG-TC--G-----------------cttgg
gi|12 : tgccTAG-CA-GA-AT--G-TC---GTGT-AT-GAA-AA----C----CG----TT--ATA-AATCAG--TCGA-CCGC-AAAATTAGAG-AG-----ATGC-------G-A---GATA------AGC-G---AGTGGCTAC-C-T--A-TT-A-A-T---TA--GAC--T----T--------G------A---A-T-ATGGTC-C-TTTTG-----AA------G--------------CAGTG-TTCAG-----------------AA-ACC-G-GA--CGG--AATTTg
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Alignments
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Reference ( family-2303 ) : CGAAGA-AAT-CCTTAG-CA-GA-AT--G-TCC-GGTGT-AT-GAA-AA----C----CG----TT--ATA-AATCAG--T-GA-CCGC-AA--TTA-AG-AG-----ATGA-------G-A---GATA----TAAGC-G---A-TGGCT-C-C-T--A-TT-A-A-T---TA--G-C--T----T--------G-----TA---A-T-ATGGTC-C-TTTTG-----AA------G-C-----------ACAGTG-TC--G-----------------AA-ACC-G-GA--CGG--AATTT
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Reference ( family-2303 ) : CGAAGA-AAT-CCTTAG-CA-GA-ATG-TCC-GGTGT-NT-GA-A-AA----C----CG----TT--AT--A-AATCAG--T-GA-CCGCAA--TTA-AG-AG-----AT---------GA---G-AG-A------TA-A-GC-G---A-TGGCT-C-C-T--A-TT-A-A-T---TA--G-C--T----T--------G-----TA---A-T-ATGGT-C-C-TTTTG-----AA------G-C-----------ACAGTG-TC--G-----------------AA-ACC-G-GA--CGG--AATTT
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gi|11 : AAGA-AATTCCTTAG-CA-GA-ATA-TCT-TGTGT-AC-GA-A-AA----T----CG----TC--AT--A-GCT-AG--T-GA-CCACAA--TTA-AG-AG-----ATAATTATGTCAA---G-AT-A------TA-A-GC-A---A-TGGCT-C-C-T--A-TT---A-T---TA--G-C--TGTAAT--------T-----TA---A-T-ATGGT---C-GTTTG-----AA------G-C-----------AAAGGG-TC--G-----------------cttgg
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